JP7312173B2 - 量子古典コンピューティングハードウェア用いた量子コンピューティング対応の第一原理分子シミュレーションのための方法とシステム - Google Patents
量子古典コンピューティングハードウェア用いた量子コンピューティング対応の第一原理分子シミュレーションのための方法とシステム Download PDFInfo
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Description
本出願は、2017年11月30日出願の米国仮特許出願第62/593,060号の利益を主張するものであり、該出願は、すべての目的のために引用によって本明細書に組み込まれるものとする。
このための1つの手法は、所定の工業規模の問題を下位の問題へと分解し、より複雑な下位の問題を識別し、量子コンピューターを用いることで古典コンピューターでは困難であった下位の問題のみを処理することである。
本明細書で言及される出願公開、特許、および特許出願は全て、あたかも個々の出願公開、特許、または特許出願がそれぞれ引用により組み込まれるように具体的かつ個々に指示されるかのごとく同じ程度にまで、引用により本明細書に組み込まれる。引用により組み込まれる刊行物および特許または特許出願が、本明細書に含まれる開示に矛盾する程度まで、本明細書は、そのような矛盾のある題材に取って代わる、および/または、それに先立つように意図される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるシステム、媒体、ネットワーク、および方法は、古典コンピューター、またはその使用を含む。いくつかの実施形態において、古典コンピューターは、古典コンピューターの機能を実行する1つ以上のハードウェア中央処理装置(CPU)を具備する。いくつかの実施形態において、古典コンピューターは、実行可能命令を実行するように構成されたオペレーティングシステム(OS)をさらに具備する。いくつかの実施形態において、古典コンピューターはコンピューターネットワークに接続される。いくつかの実施形態において、古典コンピューターは、ワールドワイドウェブにアクセスするようにインターネットに接続される。いくつかの実施形態において、古典コンピューターは、クラウド・コンピューティング・インフラストラクチャーに接続される。いくつかの実施形態において、古典コンピューターはイントラネットに接続される。いくつかの実施形態において、古典コンピューターはデータ記憶デバイスに接続される。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるシステムと方法は、随意にネットワーク化されたデジタル処理装置のオペレーティングシステムによって実行可能な命令を含むプログラムでコードされた、1つ以上の非一時的コンピューター可読記憶媒体を具備する。いくつかの実施形態において、コンピューター可読記憶媒体は、古典コンピューターの有形要素である。いくつかの実施形態において、コンピューター可読記憶媒体は、古典コンピューターから随意に取り外し可能である。いくつかの実施形態において、コンピューター可読記憶媒体には、限定されないが、CD-ROM、DVD、フラッシュメモリーデバイス、固体記憶装置、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、クラウドコンピューティングシステム、およびサービスなどが挙げられる。場合によっては、プログラムと命令は、永続的に、ほぼ永続的に、半永続的に、または非一時的に、媒体上でコードされる。
古典コンピューターと量子コンピューターとを具備するハイブリッドコンピューティングシステムを使用して、化学系に対する量子力学的エネルギーおよび/または電子構造の計算を実行できる。例えば、そのようなハイブリッドコンピューティングシステムを使用して、化学系(例えば分子)の安定した立体配座を効率的に識別する方法を実行できる。
方法(100)は、化学系の立体配座の集団を判定する工程を含み得る。例えば、方法(100)は、操作(104)に従い入力化学系の配座異性体の集団(例えば、リスト)を生成する工程を含み得る。様々な異なる手法を使用して、所定の化学系の配座異性体を列挙できる。いくつかの実施形態において、完全な配座異性体サンプラーを使用することもでき、その中で分子の配座立体は、化学系中の回転可能な結合まわりの二面角すべてを変えることでサンプリングされる。いくつかの実施形態において、モンテカルロ・シュミレーションまたは分子動力学的シミュレーションを実行して、配座異性体の集団を生成できる。別の実施形態において、分子の配座異性体の集団は、化学系情報を含む入力として与えられる。
方法(100)は、操作(106)に従い、配座異性体の集団またはリスト(例えば、順序付けしたリスト)から配座異性体を選択する工程、および、選択された配座異性体に対して操作(108)、(110)、(112)、(114)、(116)、および/または(120)のうち、少なくとも1、2、3、4、5、6、または7つ、または、それらのうち多くとも7、6、5、4、3、2、または1つを実行する工程を、含み得る。操作(108)、(110)、(112)、(114)、(116)、および/または(120)のうち、少なくとも1、2、3、4、5、6、または7つ、または、それらのうち多くとも7、6、5、4、3、2、または1つは、配座異性体の集団における各配座異性体に対して実行され得る。
方法(100)は、集合内の少なくとも1つの立体配座を複数の分子フラグメントへと分解する工程を含み得る。例えば、方法(100)は、操作(108)に従い、複数のより小さなフラグメントまたは下位系(例えばリスト)へと化学系を分解する(例えば、化学系上で問題分解を実行する)工程を含み得る。系を下位系に分解する特定のスキームは、使用するPD技術に応じて変更され得る。一般的に、適切なPDフラグメント(「フラグメント」)サイズは、フラグメントの処理に必要な計算資源が、使用される量子古典ハードウェアの能力を超えないように、選択され得る。
方法(100)は、ハイブリッドコンピューティングシステムを用いて、複数の分子フラグメントの少なくとも部分集合の量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を判定する工程を含み得る。例えば、方法(100)は、操作(110)、(112)、および(114)に従い、1つ以上の下位系の量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を算出する工程を含み得る。
いくつかの実施形態において、分子フラグメントの各々の量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を判定するためのハイブリッドコンピューティングシステムの使用は、(例えば分子ハミルトニアンまたは電子ハミルトニアンの構築により)分子のフラグメントの量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を判定する工程、(例えば、ハミルトニアンのフェルミオン演算子をキュービット演算子に変換することにより)量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を同等のキュービットエネルギーに変換する工程、および量子回路を用いて、所定の分子フラグメントの量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を判定する工程を含み得る。
操作(212)に従い、第1の量子化形式が選択されると、キュービット・ハミルトニアンは、三次元現実空間をキュービットの三次元グリッドへと離散化することにより得られる場合がある。その後、各グリッド点はキュービット変数により表され得る。
操作(218)に従い、キュービット・ハミルトニアンがシミュレートされ得る。キュービット・ハミルトニアンは、図3に関して本明細書に開示される操作(310)、(312)、(314)、および(318)のうち少なくとも1、2、3、または4つ、またはそれらのうち多くとも4、3、2、または1つを実行することにより、シミュレートされ得る。
方法(218)は、操作(312)に従い、量子古典ハードウェア上での量子化学シミュレーションのために初期状態(または初期の推測)を用意する工程を含み得る。適切な初期状態は、ハートリー・フォック波動関数であり得る。適切な初期状態は、ポスト・ハートリー・フォック法によって得られた波動関数であり得る。適切な初期状態は、例えば、「Matsuura et al., “VanQver: The Variational and Adiabatically Navigated Quantum Eigensolver,” arXiv:1810.11511 , October 31, 2018」に記載されるシステムまたは方法のいずれかを使用して用意でき、この文献はその全体を引用することで本明細書に組み込まれるものとする。
(操作(310)からの)量子回路と(操作(312)からの)初期状態を考慮すると、方法(218)はキュービット・ハミルトニアンをシミュレートする工程を含み得る。方法(218)は、操作(314)に従い、量子コンピューター上で初期状態および/またはキュービット・ハミルトニアンをコンパイルし、かつ実行する(例えば、最適化する)工程を含み得る。いくつかの実施形態において、量子コンピューターは、量子ハードウェアデバイス(316)、または量子回路の古典シミュレーター(例えば量子ハードウェアシミュレーター(316))を具備している。例えば、操作(314)に従い、変換された量子回路および初期のキュービット状態は、各フラグメントに対して量子化学シミュレーションを実行するために、量子ハードウェアデバイス(316)、または量子ハードウェアシミュレーター(316)に送信され得る。
方法(218)は、操作(318)に従い最低の固有値の古典使用を提供するために量子ビットを測定する工程を含み得る。使用されるアルゴリズムに応じて、その最低のエネルギー固有値を生じさせた電子構造をもたらすのに必要なパラメーターも提供され得る。測定の基礎は、使用されているハミルトニアンと量子アルゴリズムにより示され得る。量子ビットに記憶された量子データに対する測定により、その情報が情報の古典ビットに変換され得る。測定されているデータを正確に推定するために、操作(218)の少なくとも一部を繰り返す場合がある。この場合、操作(218)を複数回繰り返して得られた複数の結果が、平均化され得る。使用されるアルゴリズムに応じて、その最低のエネルギー固有値を生じさせた電子構造をもたらすのに必要なパラメーターも提供され得る。
化学系の1つ以上の分子フラグメントがその量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を算出するべく処理された後、化学系に対する量子力学的エネルギーおよび/または電子構造の計算を実行するためにハイブリッドコンピューティングシステムを使用する方法は、分子フラグメントに対して判定された量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を組み合わせる工程を含み得る。例えば、化学系の安定立体配座を効率的に識別する方法は、操作(118)に従い、化学系(例えば分子)全体の配座異性体の総合的量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を得るために各フラグメントに対して得られたエネルギーおよび/または電子構造を再結合する工程を含み得る。操作(118)においてフラグメントのエネルギーおよび/または電子構造の再結合を実行して、化学系の配座異性体の総合的量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を得るための手法は、操作(108)に使用される問題分解(PD)方法に左右され、かつこれにより完全に説明され得る。その後、配座異性体の結果として生じる量子力学的エネルギーおよび/または電子構造は、量子力学的配座異性体エネルギーおよび/または電子構造のリストなどに記憶され得る。
配座異性体の集団内の対象の配座異性体がその量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を算出するべく処理された後、配座異性体の集団中に提供される配座異性体は任意の順序で選別でき、例えば、操作(122)に従い、操作(118)により提供される配座異性体の各々の総合的量子力学的エネルギーおよび/または電子構造の推定に基づいて、安定性の順序を増やすまたは減らすことにより選別され得る。最後に、操作(124)に従い、化学系の配座異性体の選別されたリストの指標は、結果として生じる量子力学的エネルギーおよび/または電子構造に基づいて提供され、これにより、化学系の配座異性体の集団中の最も安定した配座異性体の予測が提供される。
本開示のシステムと方法は、第一原理分子動力学(AIMD)技術を使用して経時的に分子構造の発達をシミュレートするために使用され得る。そのようなシミュレーションにおいて、本明細書に記載される量子対応問題分解(PD)技術は、(例えば、図1、図2、または図3に関して本明細書に記載されるような)分子の量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を算出するために使用される。量子力学的エネルギーおよび/または電子構造の計算は、AIMDフレームワーク中の力の計算の根拠として役立つ場合がある。分子内の粒子(分子内の1つ以上の原子など)にかかる力は、本明細書に記載される量子対応PD技術により得られた量子力学的エネルギーに基づいて判定され得る。その後、粒子の位置と速度はAIMD技術を使用して更新され得る。
PDを用いる総合的量子力学的エネルギー計算の結果と、PDを用いない結果との相関を、化合物の様々な立体配座について研究した。PDを用いる固定立体配座のシミュレーション結果は、化学精度内に含まれない場合がある。しかし、これが系統誤差によるものである場合、同じ分子の様々な立体配座の2つの誤った結果を比較することで、この誤差を相殺でき、分子の2つの立体配座間の正確な相対量子力学的エネルギー差異を提供できる。それゆえ、この手法は、各個体の配座異性体の総合的量子力学的エネルギーの最良に正確な推定を行うことなく、それらの総合的量子力学的エネルギー値に基づいて最善の配座異性体(例えば、最も安定した配座異性体)を正確に取り上げるために使用され得る。この手法の下で、より侵襲的なPD技術(例えば、比較的小さなバッファーサイズを伴うDC)を使用して、利用可能な配座異性体の集団から最良の配座異性体を見出すことができる。より侵襲的なPD技術は、より小さな副分子をもたらす場合があり、このことは、大きな分子に対する実験を行うのにより少数の量子資源が必要とされ得ることを、意味する場合がある。この手法により、量子コンピューティング資源を使用して化学系の最も安定した配座異性体の高度に効率的かつ正確な予測を可能にできる。
観察されるように、FMOとDCは共に、単純なポリマー系に対して比較的良好に作用する。次に、多様なエネルギー地形は、図7に示されるように、n-ヘプタンの「3」位置にて炭素原子へと1つのメチル基を移植し、3-メチルヘプタンをもたらすことにより、検査のために生成された。メチル基の「3」位置への導入により、分子は非対称性となる。n-ヘプタンの場合のように、立体配座の集団は、4つの二面角を120度変位させることにより3-メチルヘプタンに対して生成され(トランス、ゴーシュ、ゴーシュ’)、高エネルギーの立体配座を取り除いた後に65の立体配座を得た。
本開示は、本開示の方法を実施するようにプログラムされるコンピューターシステムを提供する。図10は、化学系の立体配座の集団を判定し;集合内の少なくとも1つの立体配座を複数の分子フラグメントへと分解させ;ハイブリッドコンピューティングシステムを用いて、前記複数の分子フラグメントの少なくとも部分集合の量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を判定し;判定された量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を組み合わせ;および組み合わせた量子力学的エネルギーおよび/または電子構造を示すレポートを電子出力するようにプログラムされ、または構成される、コンピューターシステム(1001)を示す。
Claims (24)
- 化学系に対して量子力学的エネルギーまたは電子構造の計算を実行するための方法であって、該方法は、少なくとも1つの古典コンピューターおよび少なくとも1つの非古典コンピューターを具備するハイブリッドコンピューティングシステムにより実施され、前記方法は、
(a)前記化学系の立体配座の集合を判定する工程と、
(b)前記集合内の少なくとも1つの立体配座を複数の分子フラグメントへと分解する工程と、
(c)フラグメント間相互作用を使用して、前記複数の分子フラグメント内のフラグメントのハミルトニアンを構築する工程と、
(d)前記ハイブリッドコンピューティングシステムを用いて、前記複数の分子フラグメントの少なくとも部分集合の複数の量子力学的エネルギーまたは複数の電子構造を判定する工程であって、前記判定は、少なくとも前記ハミルトニアンを使用することを含む、工程と、
(e)前記(d)において判定された前記複数の量子力学的エネルギーまたは前記複数の電子構造を組み合わせる工程と、および
(f)前記(e)において組み合わされた前記複数の量子力学的エネルギーまたは前記複数の電子構造を示すレポートを電子出力する工程と、
を含む、方法。 - 前記少なくとも1つの非古典コンピューターは、少なくとも1つの量子コンピューターを具備する、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの量子コンピューターは、量子ハードウェアデバイス、および量子回路の古典シミュレーターから成る群から選択される、1つ以上の部材を具備する、請求項2に記載の方法。
- 前記複数の量子力学的エネルギーの所定のエネルギーは、核間反発エネルギーを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ハイブリッドコンピューティングシステムに入力を行う工程をさらに含み、前記入力は、前記化学系に関する原子配位のセットを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記化学系の立体配座の集合内の2つ以上の立体配座に対して前記(b)-(e)を実行する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記(e)において組み合わされる前記複数の量子力学的エネルギーまたは前記複数の電子構造を選別する工程をさらに含む、請求項6に記載の方法。
- 選別された前記複数の量子力学的エネルギーまたは選別された前記複数の分子フラグメントの指標を提供する工程をさらに含む、請求項7に記載の方法。
- 前記(f)におけるレポートは、前記立体配座の集合内の最も安定した配座異性体の予測をさらに含む、請求項8に記載の方法。
- 前記(b)は、フラグメント分子軌道(FMO)方法、分割統治(DC)方法、密度行列埋め込み理論(DMET)方法、密度行列繰り込み群(DMRG)方法、テンソルネットワーク、および増分法から成る群から選択される1つ以上の要素を適用する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記(d)は、
(i)前記複数の分子フラグメントの少なくとも部分集合の所定の分子フラグメントのフェルミオン・ハミルトニアンを判定する工程;
(ii)前記フェルミオン・ハミルトニアンを同等のキュービット・ハミルトニアンに変換する工程;
(iii)前記キュービット・ハミルトニアンを量子回路に変換する工程;および
(iv)前記量子回路を用いて、前記所定の分子フラグメントの量子力学的エネルギーまたは電子構造を判定する工程
を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記(c)における前記ハミルトニアンが分子ハミルトニアンを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記(c)における前記ハミルトニアンが電子ハミルトニアンを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記フェルミオン・ハミルトニアンを同等のキュービット・ハミルトニアンに変換する工程は、前記フェルミオン・ハミルトニアンのフェルミオン演算子をキュービット演算子に変換する工程を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記化学系の第一原理分子動力学的(AIMD)シミュレーションを実行する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記AIMDシミュレーションは、
前記(a)の前に、前記化学系の指標を得る工程であって、該指標は、前記化学系中の複数の粒子の各粒子の配位、および前記化学系中の各粒子の速度を含む、工程と、および
前記(e)の後に
(i)前記組み合わされたエネルギーまたは電子構造から、前記化学系中の各粒子に対する力を判定し、
(ii)前記化学系中の前記各粒子の前記配位、および前記化学系中の前記各粒子の前記速度をアップデートし、および
(iii)前記配位または前記速度を示すレポートを電子出力する、工程と、
を含む、請求項15に記載の方法。 - 前記(i)は、数値勾配推定のヨルダン量子アルゴリズムを前記量子力学的エネルギーまたは電子構造に適用する工程を含む、請求項16に記載の方法。
- 前記(ii)は、ベレ法、速度ベレ法、シンプレクティック積分、ルンゲ=クッタ積分、およびビーマン積分から成る群から選択された1つ以上の要素を適用する工程を含む、請求項16に記載の方法。
- 前記フラグメント間相互作用が、前記フラグメントおよび前記複数の分子フラグメントのうちの少なくとも別のフラグメントに空間的に及ぶバッファー領域を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記フラグメント間相互作用が、前記複数の分子フラグメントの2つ以上のフラグメント間の静電ポテンシャル、前記複数の分子フラグメントの2つ以上のフラグメント間の化学的ポテンシャル、前記複数のフラグメントのうちの別のフラグメントの分子軌道、またはこれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記(c)が、フラグメント間相互作用の複数のモデルからフラグメント間相互作用のモデルを選択することを含む、請求項1に記載の方法。
- フラグメント間相互作用の前記モデルが、フラグメント分子軌道(FMO)方法、分割統治(DC)方法、密度行列埋め込み理論(DMET)方法、密度行列繰り込み群(DMRG)方法、テンソルネットワーク、および増分法、からなる群から選択された1つ以上を含む、請求項21に記載の方法。
- 化学系に対して量子力学的エネルギーまたは電子構造の計算を実行するためのシステムであって、該システムは、
前記化学系に対して前記量子力学的エネルギーまたは電子構造の計算を実行するための命令を含むメモリーと、および
前記メモリーに動作可能につなげられたハイブリッドコンピューティングシステム
を含み、
前記ハイブリッドコンピューティングシステムは、少なくとも1つの古典コンピューターおよび少なくとも1つの非古典コンピューターを具備し、かつ、少なくとも、
(a)前記化学系の立体配座の集合を判定させ、
(b)前記集合内の少なくとも1つの立体配座を複数の分子フラグメントへと分解させ、
(c)フラグメント間相互作用を使用して、前記複数の分子フラグメント中のフラグメントのハミルトニアンを構築させ、
(d)少なくとも前記ハミルトニアンを使用して、前記複数の分子フラグメントの少なくとも部分集合の複数の量子力学的エネルギーまたは複数の電子構造を判定させ、
(e)前記(d)において判定された前記複数の量子力学的エネルギーまたは複数の電子構造を組み合わさせ、および、
(f)前記(e)において組み合わされた前記複数の量子力学的エネルギーまたは複数の電子構造を示すレポートを電子出力させる
命令を実行するように構成される、システム。 - 機械実行可能コードを含む非一時的コンピューター可読媒体であって、前記コードは、少なくとも1つの古典コンピューターおよび少なくとも1つの非古典コンピューターを具備するハイブリッドコンピューティングシステムによる実行に際して、化学系に対して量子力学的エネルギーまたは電子構造の計算を実行するための方法を実施し、該方法は、
(a)前記化学系の立体配座の集合を判定する工程と、
(b)前記集合内の少なくとも1つの立体配座を複数の分子フラグメントへと分解する工程と、
(c)フラグメント間相互作用を使用して、前記複数の分子フラグメント内のフラグメントのハミルトニアンを構築する工程と、
(d)前記複数の分子フラグメントの少なくとも部分集合の複数の量子力学的エネルギーまたは複数の電子構造を判定する工程であって、該判定が少なくとも前記ハミルトニアンを使用することを含む、工程と、
(e)前記(d)において判定された前記複数の量子力学的エネルギーまたは前記複数の電子構造を組み合わせる工程と、
(f)前記(e)において組み合わされた前記複数の量子力学的エネルギーまたは前記複数の電子構造を示すレポートを電子出力する工程と、
を含む、非一時的コンピューター可読媒体。
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