JP7303765B2 - 材料設計プログラム - Google Patents
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Description
(a)無数にある有機化合物の中からその用途に適した物性値を持つ特定の有機化合物を選択すること、あるいは、
(b)その用途に適した分子構造を持つ有機化合物を設計すること
が行われる。
有機化合物が設計される場合、設計された有機化合物が目的とする用途に適しているか否かを知る方法としては、
(a)分子動力学(MD)計算を用いて、その有機化合物の物性値を推定する方法、
(b)その有機化合物がその用途に適しているか否かを確認するための実験を行う方法
などがある。
一方、VR空間上においては、有機化合物の分子構造の改変を比較的簡単に行うことができる。また、専門知識を持つユーザーであれば、表示された分子構造から、その有機化合物の物性値をある程度予測することもできる。そのため、VR空間上への目的物の表示に関し、従来から種々の提案がなされている。
同文献には、
(A)当該システムを用いると、バーチャルリアリティ空間において、リアルタイム溶融金属流動性及び熱放散特性を有する溶接だまりを模擬することが可能となる点、
(B)バーチャルリアリティ空間上において模造溶接工具が表示されているときに、そのユーザに対してリアルタイム視覚フィードバックを与えることにより、ユーザが溶接技術をリアルタイムで調節することが可能となる点、及び、
(C)これによって、ユーザによる溶接技術の習得を支援することが可能となる点
が記載されている。
同文献に記載のVRプラットフォームは、アプリケーション利用のための技術的なノウハウの必要性を最小限に抑え、分子構造とダイナミクスとをより直感的に表現することを目標に開発されたものであり、全参加者が等しく分子構造を調査、修正、及び操作することができる。このVRプラットフォームは、創薬に限らず、様々な分野の専門家からの意見をリアルタイムに組み込むことを可能にする。
一方、強化学習型の分子構造探索を用いて、目的とする物性値を持つ有機化合物を探索することも考えられる。しかしながら、強化学習型の分子構造探索は、高性能な分子ではあるが、合成困難なものを大量に生成してしまうという問題がある。これは、「合成のしやすさ」、「コスト」のようなデータ化しにくい要素を予測するのが困難なためである。
(A)操作者に、起点となる有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造の入力を求め、入力された前記分子構造の立体画像をVR空間上に表示させると同時に、入力された前記分子構造をメモリに記憶させる手順A。
(B)前記VR空間上において、前記操作者が前記有機化合物(A)又は前記フラグメントの分子構造を改変し、新たな有機化合物(B)を生成させたときは、前記有機化合物(B)の分子構造の立体画像を前記VR空間上に表示させると同時に、前記有機化合物(B)の分子構造を前記メモリに記憶させる手順B。
(C)前記有機化合物(B)の分子構造に基づいて、前記有機化合物(B)の物性値である目的変数(YB)と相関がある可能性がある説明変数(XB)を生成させ、前記説明変数(XB)を前記メモリに記憶させる手順C。
(D)分子構造及び物性値が既知である有機化合物(C)の目的変数(YC)と、前記目的変数(YC)と相関がある可能性がある説明変数(XC)との関係について予め学習させた機械学習モデルを用いて、前記説明変数(XB)から前記目的変数(YB)を予測し、予測された前記目的変数(YB)を前記VR空間上に表示させると同時に、前記目的変数(YB)を前記メモリに記憶させる手順D。
(E)前記手順Dの後、前記操作者が前記有機化合物(B)の新たな改変を選択した時には、前記手順B~手順Dを繰り返す手順E。
さらに、分子構造と物性値が同時に表示されるので、材料設計者は新規物質に関するインスピレーションを得やすい。また、遠隔地にいる参加者を含めて、多人数に対して同時に可視化することもできるので、集合知に対しても新規物質に関するインスピレーションを付与することができる。
[1. 材料設計プログラム]
本発明に係る材料設計プログラムは、コンピュータに以下の手順を実行させるためのものからなる。
(A)操作者に、起点となる有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造の入力を求め、入力された前記分子構造の立体画像をVR空間上に表示させると同時に、入力された前記分子構造をメモリに記憶させる手順A。
(B)前記VR空間上において、前記操作者が前記有機化合物(A)又は前記フラグメントの分子構造を改変し、新たな有機化合物(B)を生成させたときは、前記有機化合物(B)の分子構造の立体画像を前記VR空間上に表示させると同時に、前記有機化合物(B)の分子構造を前記メモリに記憶させる手順B。
(C)前記有機化合物(B)の分子構造に基づいて、前記有機化合物(B)の物性値である目的変数(YB)と相関がある可能性がある説明変数(XB)を生成させ、前記説明変数(XB)を前記メモリに記憶させる手順C。
(D)分子構造及び物性値が既知である有機化合物(C)の目的変数(YC)と、前記目的変数(YC)と相関がある可能性がある説明変数(XC)との関係について予め学習させた機械学習モデルを用いて、前記説明変数(XB)から前記目的変数(YB)を予測し、予測された前記目的変数(YB)を前記VR空間上に表示させると同時に、前記目的変数(YB)を前記メモリに記憶させる手順D。
(E)前記手順Dの後、前記操作者が前記有機化合物(B)の新たな改変を選択した時には、前記手順B~手順Dを繰り返す手順E。
(F)前記手順Eにおいて、前記操作者が前記有機化合物(B)の新たな改変を選択しなかった時には、前記有機化合物(B)の分子シミュレーションを行い、前記目的変数(YB)に対応する物性値を算出する手順F
をさらに備えていても良い。
(G)前記手順Cの後、前記データベースの中に、前記有機化合物(B)の前記説明変数(XB)と全一致する前記説明変数(XC)を持つ前記有機化合物(C)があるか否かを判断する手順G、及び、
(H)前記データベースの中に、説明変数が全一致する有機化合物(C)がある時には、前記説明変数が全一致する有機化合物(C)の前記目的変数(YC)を読み込み、これを前記目的変数(YB)として前記VR空間上に表示させる手順H
をさらに備えていても良い。
まず、操作者に、起点となる有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造の入力を求め、入力された前記分子構造の立体画像をVR空間上に表示させると同時に、入力された前記分子構造をメモリに記憶させる(手順A)。
起点には、有機化合物(A)又はフラグメントのいずれを用いても良い。
「フラグメント」とは、目的変数(YB)の予測が行われる有機化合物(B)を構成する部分構造をいう。部分構造としては、例えば、
(a)有機化合物(B)に含まれる原子、
(b)有機化合物(B)に含まれる原子団(例えば、N員環(N≧3)、有機化合物(B)よりも低分子量及び/又は単純構造の有機化合物、C-C、O-C、C=C、=Oなど)、
などがある。
一方、後述するように、メモリには、目的変数を予測するための機械学習モデルに加えて、機械学習モデルを作成する際に用いた有機化合物(C)の分子構造、目的変数(Yc)、及び説明変数(Xc)に関するデータベースが記憶されていても良い。このような場合、起点となる有機化合物(A)として、メモリに記憶されている有機化合物(C)を選択し、その分子構造及び目的変数をVR空間上に表示させても良い。
次に、前記VR空間上において、前記操作者が前記有機化合物(A)又は前記フラグメントの分子構造を改変し、新たな有機化合物(B)を生成させたときは、前記有機化合物(B)の分子構造の立体画像を前記VR空間上に表示させると同時に、前記有機化合物(B)の分子構造を前記メモリに記憶させる(手順B)。
(a)操作者がヘッドマウントディスプレイを装着し、VR空間上に配置されたボタン又はハンドジェスチャを用いて分子構造の改変を行う方法、
(b)操作者がヘッドマウントディスプレイを装着し、ヘッドマウントディスプレイ付属のコントローラを用いて分子構造の改変を行う方法、
などがある。
特に、ボタン又はハンドジェスチャを用いて分子構造の改変を行う方法は、動作と分子構造変更の紐付けが容易であるため、直感的に操作しやすいという利点がある。例えば、VR空間上に、一般的なWebブラウザの「戻る」と同じマークのボタンがあれば、「分子が変更前の構造に戻る」と説明書きをせずとも、ボタンを押した後の結果を想像しやすい。また、「2本」の指で単結合に触れると「二重」結合に変更されるなど、イメージしやすい操作で構造変更が可能である。
次に、前記有機化合物(B)の分子構造に基づいて、前記有機化合物(B)の物性値である目的変数(YB)と相関がある可能性のある説明変数(XB)を生成させ、前記説明変数(XB)を前記メモリに記憶させる(手順C)。
「目的変数」とは、有機化合物の物性値であって、分子構造の設計時に着目しているものをいう。目的変数としては、例えば、粘度、密度、拡散係数、イオン伝導度などがある。
説明変数となり得る数値データとしては、例えば、C原子の数、O原子の数、環の数、特定の官能基や部分構造の数や有無などがある。
次に、有機化合物(B)の目的変数(YB)をVR空間上に表示させる。有機化合物(B)の目的変数(YB)を取得する方法としては、
(a)機械学習モデルを用いて目的変数を推定する方法、
(b)データベースから分子構造に対応する目的変数を読み込む方法
などがある。
機械学習モデルを用いて目的変数(YB)を推定する場合、まず、分子構造及び物性値が既知である有機化合物(C)の目的変数(YC)と、目的変数(YC)と相関がある可能性がある説明変数(XC)との関係について予め学習させ、機械学習モデルを作成する必要がある。
有機化合物(C)の分子構造から説明変数(Xc)を生成する方法は、説明変数(XB)を生成させる方法と同様であるので、説明を省略する。
一旦、機械学習モデルを生成させると、その機械学習モデルを作成する際に用いた有機化合物(C)の分子構造、目的変数(YC)、及び説明変数(XC)に関するデータベースがなくても、有機化合物(B)の目的変数(YB)を推定することができる。しかしながら、このようなデータベースをメモリに記憶させておくと、機械学習モデルを用いることなく、目的変数(YB)を取得することができる。
すなわち、まず、前記メモリに、前記機械学習モデルを作成する際に用いた前記有機化合物(C)の分子構造、前記目的変数(YC)、及び前記説明変数(XC)に関するデータベースが記憶されている場合、説明変数の生成(手順C)を行った後、前記データベースの中に、前記有機化合物(B)の前記説明変数(XB)と全一致する前記説明変数(XC)を持つ前記有機化合物(C)があるか否かを判断する(手順G)。
次に、前記データベースの中に、説明変数が全一致する有機化合物(C)がある時には、前記説明変数が全一致する有機化合物(C)の前記目的変数(YC)を読み込み、これを前記目的変数(YB)として前記VR空間上に表示させる(手順H)。
有機化合物(B)の目的変数(YB)をVR空間上に表示させた後(手順D又は手順Hの後)、前記操作者が前記有機化合物(B)の新たな改変を選択した時には、前記手順B~手順Dを繰り返す(手順E)。VR空間上におけるこのような分子構造の改変の繰り返しは、1人で行うこともでき、あるいは、多人数に対して同時に可視化した状態で行うこともできる。
VR空間上において分子構造の改変を行い、目標とする物性値を持つ有機化合物(B)を発見した場合、発見された前記有機化合物(B)について分子シミュレーションを行い、前記目的変数(YB)に対応する物性値を算出しても良い(手順F)。手順Fは、必ずしも必要ではないが、手順Fがあると、新たに発見された有機化合物(B)が目標をクリアしているか否かをより高い精度で判定することができる。
図1に、本発明に係る材料設計プログラムのフローチャートを示す。
まず、操作者に、起点となる有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造の入力を求め、入力された分子構造の立体画像をVR空間上に表示させると同時に、入力された分子構造をメモリに記憶させる(手順A)。
S1では、操作者に、データベースに記憶されている有機化合物(C)の一つを有機化合物(A)として読み込むか否かの選択を求める(手順A1)。データベースからの読み込みが選択された時(S1:YES)には、S2に進む。
次に、S3に進む。S3では、操作者により選択された有機化合物(C)の分子構造及び目的変数(YC)をデータベースから読み込み、これを有機化合物(A)の分子構造及び目的変数(YA)としてVR空間上に表示させる(手順A3)。これと同時に、入力された分子構造をメモリに記憶させる。
なお、メモリにデータベースが記憶されていない場合、S1~S3(手順A1~A3)を省略することができる。
S3又はS5において、起点となる有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造の立体画像をVR空間上に表示させた後、S6に進む。S6では、VR空間上において、操作者が有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造を改変し、新たな有機化合物(B)を生成させたときは、有機化合物(B)の分子構造の立体画像をVR空間上に表示させると同時に、有機化合物(B)の分子構造をメモリに記憶させる(手順B)。
一方、VR空間上の分子数が1である場合(S7:YES)には、S8に進む。
S8では、有機化合物(B)の分子構造に基づいて、有機化合物(B)の物性値である目的変数(YB)と相関がある可能性がある説明変数(XB)を生成させ、説明変数(XB)をメモリに記憶させる(手順C)。説明変数(XB)の生成方法の詳細については、上述した通りであるので、説明を省略する。
次に、S9に進む。S9では、メモリに、機械学習モデルを作成する際に用いた有機化合物(C)の分子構造、目的変数(YC)、及び説明変数(XC)に関するデータベースが記憶されている場合において、データベースの中に、有機化合物(B)の説明変数(XB)と全一致する前記説明変数(XC)を持つ有機化合物(C)があるか否かが判断される(手順G)。データベースの中にそのような有機化合物(C)がない場合(S9:YES)には、S10に進む。なお、上述したように、このようなデータベースがメモリ内にないときは、S9を省略することができる。
次に、S10において、分子構造及び物性値が既知である有機化合物(C)の目的変数(YC)と、目的変数(YC)と相関がある可能性がある説明変数(XC)との関係について予め学習させた機械学習モデルを用いて、説明変数(XB)から目的変数(YB)を予測し、予測された目的変数(YB)をVR空間上に表示させると同時に、目的変数(YB)をメモリに記憶させる(手順D)。機械学習モデル及びこれを用いた目的変数(YB)の予測の詳細については、上述した通りであるので、説明を省略する。
次に、S11に進む。S11では、分子構造の改変を継続するか否かが判断される。操作者が有機化合物(B)の新たな改変を選択した時(S11:YES)には、S6に戻り、上述したS6~S11の各ステップを繰り返す(手順)E)。
一方、有機化合物(B)の新たな改変を選択しなかった時(S11:NO)には、S12に進む。S12では、有機化合物(B)の分子シミュレーションを行い、目的変数(YB)に対応する物性値を算出する(手順F)。上述したように、S12は必ずしも必要ではないが、S12があると、物性値の推定精度が向上する。
一方、有機化合物(B)の新たな改変を選択した時(S13:NO)には、プログラムを終了させる。
一方、S9において、データベースの中に、説明変数が全一致する有機化合物(C)がある時(S9:NO)には、S14に進む。S14では、説明変数が全一致する有機化合物(C)の目的変数(YC)を読み込み、これを目的変数(YB)としてVR空間上に表示させる(手順H)。
次に、S15に進む。S15では、分子構造の改変を継続するか否かが判断される。操作者が有機化合物(B)の新たな改変を選択した時(S15:YES)には、S6に戻り、上述したS6~S14の各ステップを繰り返す。
一方、有機化合物(B)の新たな改変を選択した時(S15:NO)には、プログラムを終了させる。
VR空間上において、分子構造の改変により新たな有機化合物(B)を生成させた時には、有機化合物(B)の目的変数(例えば、粘度)と相関のある説明変数(例えば、原子の種類及び数、原子の結合状態など)を生成させる。次に、予め学習させた機械学習モデルを用いて、生成させた説明変数から目的変数を予測する。さらに、予測された目的変数を分子構造と共にVR空間上に表示する。
さらに、インターネット回線を用いることで、本システムが稼働する場所によらず、同じVR空間で同じ分子を見ながらディスカッションが可能である。また、自由な位置から分子を観察できるため、複数人に対してもインスピレーションを与えることができる。
図1に示す材料設計プログラムを作成した。ここでは、分子の粘度を目的変数とし、その分子構造をもとに「RDKit」で構造記述子を生成させた。また、構造記述子を説明変数として、機械学習手法の1種である「lightGBM」を用いて、機械学習モデルを構築した。
図2~図5に、材料設計プログラムの実際の表示画面を示す。
図2(A)の左図に、スタート画面を示す。スタート画面の下部にはテンキーが表示されている。メモリ内に既知分子の分子構造が記憶されている時には、VR空間上においてテンキーを操作し、既知分子に割り振られた番号を入力する。
番号が入力されると、図2(A)の右図に示すように、その番号に対応する有機化合物(A)の分子構造と物性値が表示される。図2(A)においては、物性値として4.5が表示されている。
次に、ボタン又はハンドジェスチャを用いて、分子構造の改変を行う。また、これと同時に、機械学習モデルを用いた目的変数の推定、又はデータベースからの目的変数の読み込みを行う。
例えば、画面上に表示されている分子に六員環を結合させる場合、図2(B)の左図に示すように、VR空間上においてフラグメントを選択するボタンの内、六員環に対応するボタンを押し、六員環をVR空間上に出現させ、これをVR空間上において掴む。
次に、図2(B)の中図に示すように、掴んだ六員環を分子に近づける。その結果、図2(B)の右図に示すように、分子と六員環が結合し、分子構造が変化する。これとほぼ同時に、分子構造に対応する物性値(機械学習モデルによる予測値、又は、メモリ内に記憶されている物性値)がVR空間上に表示される。図2(B)では、六員環を結合することにより、物性値が4.5から8に増加したことが示されている。
VR空間上において原子の置換、消去を行う場合、VR空間上の指の操作について、予めルールを決めておくのが好ましい。そのようなルールとしては、例えば、
(a)右手の人差し指で触れた原子は、炭素原子に置換される、
(b)右手の人差し指と中指の2本で触れた原子は、酸素原子に置換される、
(c)右手の中指と薬指を折りたたむと右手が杖に変化し、杖で原子に触れると、その原子は消去される、
などがある。
あるいは、図3(B)の左図に示すように、右手の中指と薬指を折りたたむと、右手が杖に変化する。これにより、原子を削除する機能が起動する。次いで、図3(B)の中図に示すように杖で原子に触れる。その結果、図3(B)の右図に示すように原子が消去され、分子構造が変化する。図3(B)では、原子の消去により、物性値が4.5から3.9に減少したことが示されている。
VR空間上において結合の変更、切断、再結合を行う場合、VR空間上の指の操作について、予めルールを決めておくのが好ましい。そのようなルールとしては、例えば、
(a)左手の人差し指で触れた結合は、単結合に変更される、
(b)左手の人差し指と中指の2本で触れた結合は、二重結合に変更される、
(c)左手の中指と薬指を折りたたむと左手がハサミに変化し、ハサミで結合に触れると、その結合は切断される、
(d)右手の親指で触れた2つの原子を近づけると、2つの原子が結合する、
などである。
あるいは、図4(B)の左図に示すように、左手の中指と薬指を折りたたむと、左手がハサミに変化する。これにより、結合を切断する機能が起動する。次いで、図4(B)の中図に示すように、ハサミで結合に触れる。その結果、図4(B)の右図に示すように、結合が切断される。この場合、VR空間上に2つの分子が表示されているので、物性値は3.9のままで変化しない。切断後の分子の物性値を表示させるには、不要な分子を消去し、VR空間上の分子数を1にする。
図5(B)に、本発明に係る材料設計プログラムを多人数のディスカッションに応用した状態を示す。図5(B)の左図は、設計者Bの頭と手がVR空間上に表示されており、設計者AがそのVR空間を見ている状態を表している。この状態から、設計者Bが設計者Aから、例えば、「六員環を結合して下さい」とアドバイスされた時には、図5(B)の中図に示すように、VR空間上に六員環を出現させる。次いで、図5(B)の右図に示すように、六員環を分子に結合させる。これとほぼ同時に、物性値が4.9から7.6に増加する。このように、本発明に係る材料設計プログラムを用いると、分子構造の変化とそれに伴う物性値の変化を多人数に対して同時に可視化することができる。
Claims (3)
- コンピュータに以下の手順を実行させるための材料設計プログラム。
(1)前記材料設計プログラムは、
(A)操作者に、起点となる有機化合物(A)又はフラグメントの分子構造の入力を求め、入力された前記分子構造の立体画像をVR空間上に表示させると同時に、入力された前記分子構造をメモリに記憶させる手順Aと、
(B)前記VR空間上において、前記操作者が前記有機化合物(A)又は前記フラグメントの分子構造を改変し、新たな有機化合物(B)を生成させたときは、前記有機化合物(B)の分子構造の立体画像を前記VR空間上に表示させると同時に、前記有機化合物(B)の分子構造を前記メモリに記憶させる手順Bと、
(C)前記有機化合物(B)の分子構造に基づいて、前記有機化合物(B)の物性値である目的変数(YB)と相関がある可能性がある説明変数(XB)を生成させ、前記説明変数(XB)を前記メモリに記憶させる手順Cと、
(D)分子構造及び物性値が既知である有機化合物(C)の目的変数(YC)と、前記目的変数(YC)と相関がある可能性がある説明変数(XC)との関係について予め学習させた機械学習モデルを用いて、前記説明変数(XB)から前記目的変数(YB)を予測し、予測された前記目的変数(YB)を前記VR空間上に表示させると同時に、前記目的変数(YB)を前記メモリに記憶させる手順Dと、
(E)前記手順Dの後、前記操作者が前記有機化合物(B)の新たな改変を選択した時には、前記手順B~手順Dを繰り返す手順Eと
を備えている。
(2)前記メモリには、前記機械学習モデルを作成する際に用いた前記有機化合物(C)の分子構造、前記目的変数(Y C )、及び前記説明変数(X C )に関するデータベースが記憶されており、
前記手順Aは、
前記操作者に、前記データベースに記憶されている前記有機化合物(C)の一つを前記有機化合物(A)として読み込むか否かの選択を求める手順A1と、
前記データベースからの読み込みが選択された時には、前記操作者に、読み込むべき前記有機化合物(C)の選択を求める手順A2と、
前記操作者により選択された前記有機化合物(C)の分子構造及び前記目的変数(Y C )を前記データベースから読み込み、これを前記有機化合物(A)の分子構造及び目的変数(Y A )として前記VR空間上に表示させる手順A3と
を備えている。
(3)前記材料設計プログラムは、
前記手順A1において、前記データベースからの読み込みが選択されなかった時には、前記操作者に、起点とする前記フラグメントの決定を求める手順A4と、
前記フラグメントの構造を前記VR空間上に表示させる手順A5と
をさらに備えている。
(4)前記材料設計プログラムは、
前記手順Eにおいて、前記操作者が前記有機化合物(B)の新たな改変を選択しなかった時には、前記有機化合物(B)の分子シミュレーションを行い、前記目的変数(Y B )に対応する物性値を算出する手順F
をさらに備えている。
(5)前記メモリには、前記機械学習モデルを作成する際に用いた前記有機化合物(C)の分子構造、前記目的変数(Y C )、及び前記説明変数(X C )に関するデータベースが記憶されており、
前記材料設計プログラムは、
前記手順Cの後、前記データベースの中に、前記有機化合物(B)の前記説明変数(X B )と全一致する前記説明変数(X C )を持つ前記有機化合物(C)があるか否かを判断する手順Gと、
前記データベースの中に、説明変数が全一致する有機化合物(C)がある時には、前記説明変数が全一致する有機化合物(C)の前記目的変数(Y C )を読み込み、これを前記目的変数(Y B )として前記VR空間上に表示させる手順H
をさらに備えている。 - 前記物性値は、粘度である請求項1に記載の材料設計プログラム。
- 前記手順Bは、前記VR空間上に配置されたボタン又はハンドジェスチャを用いて前記分子構造の改変を行うための手順を含む請求項1又は2に記載の材料設計プログラム。
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