JP7130663B2 - インデックス選別システム及び方法 - Google Patents

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Description

本願は、概して、インデックス選別システム及び方法に関し、具体的には、定量的生物学的事象データを分析するためのインデックス選別システム及び方法に関する。
フローサイトメータ、スキャニングサイトメータなどの粒子分析器は、光散乱、蛍光などの光学パラメータに基づいた粒子の特性評価を可能にする分析ツールである。フローサイトメータでは、例えば、流体懸濁液の分子、分析物結合ビーズ、または個々の細胞などの粒子は、粒子が典型的には１つまたは複数のレーザーからの励起光に曝露され、粒子の光散乱及び蛍光特性が測定される検出領域を通過する。粒子またはその構成要素は、典型的には、検出を容易にするために蛍光染料で標識されている。スペクトルにおいて異なる蛍光染料を用いて、異なる粒子または成分を標識することによって、多数の異なる粒子または成分を同時に検出することができる。いくつかの実装形態では、多数の光検出器、つまり測定されるべき各散乱パラメータに対して１つ、また検出される各異なる染料のそれぞれに対して１つが、分析器に含まれる。得られたデータは、各光散乱パラメータ及び蛍光発光について測定された信号を含む。
サイトメータは、測定されたデータを記録し、データを分析するための手段をさらに含み得る。例えば、データの記憶及び分析は、検出用電子機器に接続されたコンピュータを使用して実施され得る。例えば、データは表形式で保存することができ、各行は１つの粒子のデータに対応し、列は各測定パラメータに対応する。フローサイトメータからのデータを保存するための、フローサイトメトリー標準（ＰＣＳ）ファイルフォーマットなどの標準ファイルフォーマットの使用は、別々のプログラム及び／または機械を使用してデータを分析することを容易にする。現在の分析方法を用いて、データは典型的には、視覚化を容易にするために二次元（２Ｄ）プロットで表示されるが、他の方法を使用して多次元データを視覚化することもできる。
フローサイトメータを使用して測定されるパラメータは、一般に、前方散乱（ＦＳＣ）と呼ばれる、粒子によってほぼ前方方向に沿って散乱される励起光、側方散乱（ＳＳＣ）と呼ばれる、ほぼ横方向に粒子によって散乱される励起光、及びＦＬ１、ＦＬ２などと呼ばれるスペクトルの１つまたは複数のチャネル（周波数範囲）の蛍光分子から放出される光、または主にそのチャネルで検出される蛍光染料によって放出される光を含む。様々な細胞型は、散乱パラメータと、様々な細胞タンパク質を色素標識抗体で標識した結果生じる蛍光発光とによって識別できる。
フローサイトメータ及びスキャニングサイトメータの両方が、例えば、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、カリフォルニア州）から市販されている。フローサイトメトリーは、例えば、Ｌａｎｄｙ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ， Ａｎｎａｌｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｖｏｌｕｍｅ ６７７ （１９９３）；Ｂａｕｅｒ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ、Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ （１９９３）、Ｏｒｍｅｒｏｄ （ｅｄ．）， Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ． Ｐｒｅｓｓ （１９９４）、Ｊａｒｏｓｚｅｓｋｉ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｎｏ． ９１， Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ （１９９７）、及びＰｒａｃｔｉｃａｌ Ｓｈａｐｉｒｏ， Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ， ４ｔｈ ｅｄ．， Ｗｉｌｅｙ－ Ｌｉｓｓ （２００３）に記載されており、これらのすべては参照により本明細書に組み込まれる。蛍光イメージング顕微鏡法は、例えば、Ｐａｗｌｅｙ （ｅｄ．）， Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｏｎｆｏｃａｌ． Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ， ２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ （１９８９）に記載されており、それは参照により本明細書に組み込まれる。
多色フローサイトメトリーによる細胞（または他の粒子）の分析から得られたデータは多次元であり、各細胞は、測定されたパラメータによって定義された多次元空間の点に対応する。細胞または粒子の集団は、データ空間の点のクラスタとして識別される。クラスタの識別、またそれによる集団の識別は、データの「散布図」または「ドットプロット」と言及される１つまたは複数の二次元プロットに表示された集団の周りにゲートを引くことによって、手動で行うことができる。あるいは、クラスタを識別することができ、集団の限界を規定するゲートを自動的に判定し得る。自動的なゲーティングの方法の例は、例えば、米国特許第４，８４５，６５３号、第５，６２７，０４０号、第５，７３９，０００号、第５，７９５，７２７号、第５，９６２，２３８号、第６，０１４，９０４号、及び第６，９４４，３３８号、及び米国特許出願公開第２０１２／０２４５８８９号に記載されており、それぞれは参照により本明細書に組み込まれる。
フローサイトメトリーは、細胞、構成分子などの生物学的粒子の分析及び単離のために価値ある方法である。したがって、それは広範囲の診断的用途及び治療的用途を有する。この方法は、流体の流れを利用して、粒子が検出装置を経て単一のファイルを通過することができるように、粒子を直線的に分離する。個々の細胞は、流体の流れにおけるそれらの位置及び検出可能なマーカーの存在に従って区別することができる。したがって、フローサイトメータを使用して生物学的粒子の集団の診断プロファイルを作成することができる。
生物学的粒子の単離は、フローサイトメータに選別能力または収集能力を加えることによって達成されてきた。１つ以上の所望の特性を有するものとして検出された、分離された流れの中の粒子は、機械的または電気的な除去によって、試料の流れから個々に単離される。この流れ選別方法は、異なる種類の細胞の選別、動物の育種のためのＸ染色体及びＹ染色体を有する精子の分離、遺伝子分析のための染色体の選別、及び複雑な生物学的集団からの特定の生物の単離に使用されてきた。
フローサイトメトリーの選別において、インデックス選別を使用することは、個々の細胞事象をプレート、チューブ、またはスライドホルダーなどの収集容器のそれらの目的の位置に結び付ける追加情報が利用可能であることを意味する。この情報は、細胞が物理的にプレート装置のどこに位置しているかのさらなる分析を行うために、取得後に使用され得る。また、使用者がこれらの細胞が二変量プロットのどこにあるのかを確認することができるようにする。現在のインデックス選別用製品は、分析段階でのデータとの対話が非常に限られている。
革新的な一態様で、整合グラフィックス制御用のシステムが説明される。このシステムは、１つ以上の処理装置と、１つ以上の処理装置のうちの少なくとも１つによって実行される命令を格納する非一時的コンピュータ可読媒体とを備える。命令が実行されると、システムに、試料の粒子を受け取るための収集容器の識別子を受信させ、収集インターフェースを表示させる。収集インターフェースは対話型要素を含み、各対話型要素は収集容器の収集位置に対応する。命令が実行されると、システムに選択事象を検出させ、選択事象は対話型要素に含まれる対話型要素を識別する。命令が実行されると、システムに、試料の粒子についての測定値を提示するための第２のインターフェースの表示を行わせ、測定値は試料の粒子の部分に対応する。粒子の部分は収集位置に選別される粒子であり、そのうちの１つは粒子である。
いくつかの実装形態では、収集容器の識別子が、粒子の測定値を含むファイルのメタデータとして受信され、識別子を受信することは、ファイルを粒子分析器から受信することを含む。
命令はさらに、システムに入力装置からのメッセージを少なくとも受信させることができ、メッセージは選択事象を含む。
命令はさらに、少なくとも第１のグラフィック方式に従って粒子の部分を表示させること、及び第２のグラフィック方式に従って粒子の別の部分を表示させることによって、システムに第２のインターフェースを表示させることができる。第１のグラフィック方式は、第２のグラフィック方式とは知覚的に異なる。
いくつかの実装形態では、命令はさらに、システムに、少なくとも収集インターフェース用の第１の登録メッセージを受信させ、第２のインターフェース用の第２の登録メッセージを受信させることができる。選択事象を検出すると、命令は、システムに、第２のインターフェースまたは収集インターフェースのうちの少なくとも一方に選択事象を通知させることができる。
命令は、システムに、入力装置から、受信される第２の選択事象を示す選択制御信号を受信させ、入力装置から、粒子の第２の部分を識別する第２の選択事象を受信させ、粒子の第２の部分を粒子の部分に加えさせ、また、粒子の第２の部分を識別するために、第２のインターフェースまたは収集インターフェースのうちの少なくとも一方を更新させることができる。
いくつかの実装形態では、第２の選択事象は、どのインターフェースが第２の選択事象を収集するために使用されたかを示すインターフェース識別子を含み得る。インターフェース識別子は第２のインターフェースを識別してもよい。そのような場合、第２の選択事象は粒子測定値の範囲を定義する。いくつかの実施形態では、第２のインターフェースは二変量プロットを含み、範囲は二変量プロットの領域の幾何学形状を使用して定義される。
いくつかの実装形態では、命令が、システムに、収集位置に含まれる粒子の測定値（ｉ）、または、収集位置に含まれる粒子の数（ｉｉ）の少なくとも１つに少なくとも部分的に基づいて、収集位置の表示プロパティを生成させるように与えられる。
別の革新的な態様では、整合グラフィックス制御のためのコンピュータ実施方法が提供される。この方法は、１つ以上の処理装置の制御下で実行される。この方法は、試料の粒子を受け取るための収集容器の識別子を受信することを含む。この方法は、対話型要素を含む収集インターフェースを表示させることを含む。各対話型要素は、収集容器の収集位置に対応する。この方法はさらに、対話型要素の間から得る対話型要素を識別する選択事象を検出することを含む。この方法は、試料の粒子についての測定値を提示するための第２のインターフェースを表示させることを含む。測定値は収集位置に選別される粒子の部分に対応する。粒子の部分は粒子を含む。
インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 インデックス選別用のユーザインターフェースを示す図である。 ２つの異なるディスプレイを調整するための選択モデルを示す論理図である。 収集プレートインターフェースと二変量プロットとの間の選択整合を示す図である。 収集プレートインターフェースと３つの異なる二変量プロットとの間の選択整合を示す図である。 収集プレートインターフェースと３つの異なる二変量プロットとの間の選択整合を示す図である。 いかにして連続選択が実行され得るかを示す図である。 いかにして連続選択が実行され得るかを示す図である。 いかにして連続選択が実行され得るかを示す図である。 プロットのうちの１つに対して選択が実行された３つの二変量プロットを示す図である。 選択後の３つの二変量プロットを示す図である。 部分的に選択された事象を含むウェルを有する収集プレートを示す図である。 粒子事象データを分析し表示するためのグラフィック制御システムの一例を示す機能ブロック図である。 グラフィックスコントローラの例を示す機能ブロック図である。 ２つ以上のインターフェース間の事象の選択の整合レンダリングの方法を示す流れ図である。
データと対話するための多数の新しい方法を提供する分析機能が記載され、提供される。インデックス選別分析の１つの目的は、特定の細胞がプレート装置内及び二変量プロットのどこにあるかを視覚化することであり得る。使用者は、プレートウェルをクリックするか、プロットの対象領域をクリックして選択することによって、特定の細胞事象を「選択」することができる。細胞事象の対応する選択は、そのとき、視覚化（例えば、１つまたは複数のユーザインターフェース）の事象の一貫した表現を維持するように調整され得る。
分析中のこの選択メカニズムの二方向性は、このワークフローを他の選別製品と独自に区別するものである。プレートとプロットとの両方について選択メカニズムを均一にするために細心の注意を払った。この均一性と使いやすさとにより、使用者は必要なインデックス分析を迅速に実行できる。
図１及び図１－１～図１－６は、インデックス選別のためのユーザインターフェースを示している。ユーザインターフェース１００は、試料を選別するために適用され得るゲートの階層１４０を含む。階層１４０は、試料に対する全事象を表すルートノードを含み得る。その場合、ルートノードは１つ以上の子ノードを含み得る。いくつかの子ノードが選別のために選択され得る。特定の位置（例えば、ウェル、プレートなど）に選別するために、散乱パラメータでシングレットを識別することができる。インターフェースの制御要素をアクティブにすることによって、ノードを階層１４０に追加または階層１４０から除去することができる。ノードをプレートの選別位置に関連付けることもできる。したがって、ユーザインターフェース１００は、実験用の選別ロジックを定義するために使用され得る。実験が実行され、実験に関する実験情報（例えば、事象データ）が受信されると、ユーザインターフェース１００を使用して事象データを提示することができる。選別の視覚化を促すために、ユーザインターフェース１００は、ターゲットプレート１３０の表現を含み得る。ターゲットプレート１３０は、使用される（または使用された）プレートのウェルの視覚表現を実験用に提供するグラフィック要素であり得る。選別を定義するとき、実験が行われる前に、ターゲットプレート１３０またはその一部を選択的に作動させて、ゲートと関連付けるためのウェルの位置を識別することができる。例えば、ターゲットプレート１３０のウェルを選択して、次いで階層１４０のノードを選択して、選択されたウェルに関連付けてもよい。
パラメータゲートは、１つまたは複数の集団プロット１１０を使用して指定することができる。設計時に、対象の集団を定義するために集団プロットの領域を選択することができる。例えば、対象のｘ、ｙパラメータ値に対応する二次元プロットの領域を識別するために多角形を描くことができる。特定の例として、特定の特性を有する細胞は、既知の範囲のパラメータを表し得る。これらの細胞を選別するために、対象の細胞に対するゲートを確立するために、既知の範囲の粒子測定値の選択を受信することができる。
プレートインデックス選別内の各ウェルに選別ゲートを割り当てることができる。プレートは、すべて同じ選別ゲートからなることも、複数の異なる選別ゲートを含むこともある。各ゲートはゲーティング階層に属する。実験には「全事象」という親ノードがあり、その場合そのゲートは親または他のゲートの子になる。例えば、ＣＤ４陽性細胞のゲートは、「散乱」という子を有し、別の「シングレット」という子を有し、最後の子「ＣＤ４陽性」を有する「全事象」からなり得る。ゲート階層は、非選別ゲートと共に、選別に使用されるゲート、及び選別ゲートの親であるゲートを含み得る。いくつかのゲートは、いくつかのウェルを選別するために使用されるが、他のウェルは選別されない。
ユーザインターフェース１００は、要約セクション１２０を含み得る。要約セクション１２０は、実験用の事象データの要約を提供し得る。要約セクション１２０は、事象データに含まれる事象のパラメータデータを、階層１４０に含まれるものなどの実験に関連するゲートと比較することによって、生成することができる。要約セクション１２０に示す集団は、それぞれの制御要素に関連付けることができる。それを起動させると、ユーザインターフェース１００が選択された集団（複数可）に関連する情報が表示される。例えば、Ｐ１パラメータが選択された場合、集団プロット１１０は、Ｐ１パラメータに関連した事象のみをレンダリングすることができる。
選別電子機器内の領域には有限の容量があり得、実験の一部であるが選別ゲートの一部として使用されていない領域は、選別電子機器に送信されない可能性がある。これらの地域は質の管理または他の目的に使用され得る。いくつかの実装形態では、選別は、選別されている各プレートウェルの選別ゲートを変更することがある。例えば、ワークステーションは、選別ゲートのスーパーセットが選別電子機器を介して利用可能であるよりも狭い領域が必要であると判定するように構成され得る。このような場合は、実験前にすべての選別領域を送信して、次いで各ウェルのゲートを切り替える方が効率的であることがある。また、スーパーセットがハードウェアで利用可能なものよりも多くの領域を必要とすることもあり得るが、細胞選別装置（例えばフローサイトメータ）に送信される初期選別領域の選択により、ワークステーションは、異なる選択された選別ゲートのウェルに移動するときに他の選別ゲートからの領域に置換される選別領域の数を、最小限にすることができる。例えば、典型的には、複数の選別ゲートにわたって適用できる、選別領域の共通のサブセットがある。いくつかの実装形態では、ワークステーションは、非選別領域を細胞選別装置に送信し、細胞選別装置の選別領域の分類を受信することができる。非分類領域の送信は、送信する時間、電子機器で利用可能な分類領域などのリソースの制約に少なくとも部分的に基づいて選択的に実行されてもよい。
例えばユーザインターフェース１００を介して分析されるべきデータは、いくつかの情報を含み得る。表１は、分析のために受信され得る粒子事象情報の一部の要約を示す。特定の事象が複数のプロットに現れることがある点に留意されたい（例えば、それぞれプロットＩＤ２及びＩＤ３に現れる事象１２３４５及び１３３４１を参照）。
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表１において、インデックスは事象選択用の識別子を表し、Ｘ、Ｙは特定のプロットタイプに対してグラフ化する座標を表し、事象ＩＤは取得中に割り当てられた事象番号を表し、プロットＩＤは画面上のプロットの一意のコードを表し、ウェルＩＤはプレート装置のウェルに対するゼロベースのオフセットを表す。
電子機器デバイス（例えば、ワークステーション、パーソナルコンピュータ、テーブルコンピュータなど）を介して提示されるユーザインターフェース１００などのユーザインターフェースは、単一の選択モデルを利用して現在の事象の選択を維持することができる。
図２は２つの異なるディスプレイを調整するための選択モデルの論理図を示す。選択モデル２０２は、粒子事象データを提示する少なくとも１つの装置と通信する論理構成要素または物理状態機械であり得る。選択モデル２０２は、インデックスのリストを元のインデックス選別データに維持することができる。インデックスが使用されるので、データのコピーは必要ではなく、したがって事象のインデックスを使用して元のデータを参照することができる。選択が変わるとき、選択モデル２０２に加入している装置またはインターフェース要素は、それらのグラフィックの更新の必要性を示す通知メッセージを受信することができる。選択は選択モデル２０２にて維持してもよく、少なくとも２つの可能な入力ソースによって修正されるように選択状態を調整することができる。
１．ウェルのマトリックスからなる収集プレートのグラフィック表現２０４。これらのウェルには、ターゲット数の細胞「事象」が含まれている。各ウェルはプレートによって判定される最大数までゼロ事象を保持することができる。ウェルをクリックするか範囲を描くと、選択モデルは新しい選択インデックスで更新される。
２．分類取得中に収集されたデータを表示する二変量プロット２０６。細胞事象は、それらのチャネル情報に従ってプロット内に表示される。サポートされているプロットには、ドットプロット（散乱）、等高線、及び密度が含まれる。プロット上に選択ツールが描かれると、長方形領域内の事象がモデル内の選択された事象を変更する。
グラフィック表現２０４及び二変量プロット２０６は、同じ表示装置を介して、または異なる表示装置に提示することができる。いずれかの選択元で行われた選択の調整は、選択モデル２０２によって維持することができる。追加のプロット、粒子測定値の表形式の表現から得た事象の選択など、追加の入力元を同様に調整できることが認識される。選択モデルはまた、選択に加入しているインターフェースのレジストリを維持して、１つのインターフェースの変更が加入しているインターフェースに伝達されるようにすることもできる。加入は、インターフェースに対するインターフェース識別子を含むことができる。そのため、インターフェース識別子は、選択がどこから来たか（例えば、どのプロットまたはグラフィック表現が対話したか）を識別し、どのインターフェースをグラフィック制御メッセージがターゲットとしているかを識別するために使用できる。
例示的な選択特性
インデックス分析用インターフェースが低次の複雑さである１つの要因は、インターフェースを介して提示された情報の一貫性及び直感性を維持していることである。グラフィカル分析ワークフロー機能は、直感的で柔軟でありながら強力であると描写されるものである。以下の特徴についてさらに詳細に説明する。例示的な特性を次に挙げる。
・一貫した統一された入力装置のジェスチャ－プレート装置とプロットとは、クリックして選択し、ツール領域をドラッグして選択し、コントロールキーを押しながらクリック／ドラッグで追加し、何もない領域をクリックして選択を解除することを含む、同じツールとジェスチャとを使用してデータを選択し、選択に追加する複数の方法を可能にする。
・ツール－同じツールを使用して、ある範囲のデータ／ウェルを選択できる。
・複数のソースからの選択への追加－単一の装置で選択するか、複数のソースからの選択（プレート、及び複数のプロット）を組み合わせて選択を構築できる。これは二方向選択ジェスチャと呼ばれる。
・表示の強化－事象を選択すると、選択した事象を強調するために、プロットの選択されていないデータが色あせて描画される。
出力装置内のウェルの選択
データがロードされると、実験に使用された収集装置の表現が表示され得る。収集装置は、粒子事象情報と共に含まれるメタデータとして識別できる。実験装置の一部のように、収集装置は収集前に識別されてもよい。使用者は、マウスなどの入力装置を使用することなどによって、特定のウェルに関連付けられたインターフェースの開始部分を起動することができる。
図３は、収集プレートインターフェースと二変量プロットとの間の選択の整合を示す。収集プレートインターフェース３１０において、各ウェルは、始動されると、選択されたウェルへと、分類されたまたは分類される事象の選択を引き起こす対話型制御要素と関連付けられてもよい。選択されたウェル３１２は、色の変更、ウェルの周囲の境界の追加、または他の知覚可能なインターフェースの表示などの視覚特性を変更することができる。
ウェルが選択されると、二変量プロット３２０は、選択されたウェルに対応する事象を強調するように調整されてもよい。図３では、選択されたウェル３１２は、点３２２として二変量プロット３２０に示される１つの事象を含む。所与のウェルについての事象の数は、収集プレートインターフェース３１０に含まれてもよい。例えば、位置Ｄ５のウェルは、ウェル領域の６を含む。この数は、そのウェルに６つの事象が選別されて存在することを示している。
ウェルはまた、グラフィック方式を用いて分類情報を伝達してもよい。グラフィック方式は、事象を表すための、色、形状、濃淡、またはアイコンなどの表示プロパティのセットとすることができる。グラフィック方式は、すべての使用者に対する一般的なスキームであり得るか、実験、試料、使用者、または他の検出可能な特徴に基づいて動的に識別され得る。行Ａ及び行Ｂの事象は、第１の分類（例えば、対象の集団）に関連付けられ得るが、行Ｅ及び行Ｆの事象は、第２の分類に関連付けられる。ウェルの色は、事象を二変量プロット３２０にレンダリングするために使用される色に対応し得る。
説明の目的上、収集プレートインターフェース３１０によって表される容器はプレートである。他の図面でも同様の例が使用されているが、本願に記載されている特徴を使用して、異なるサイズのプレートまたは異なる収集容器を表すことができることが理解される。
多重のウェルの選択
いくつかの実装形態では、選択プロセスは、収集プレートのウェルに対応するユーザインターフェースに示されている異なる領域を選択しながら、コントロールキーを押し続けることなどによってなされ、連続的または非連続的であり得る。複数のウェルを選択することができ、それらの対応する事象は、関連するウェルの色を用いてすべてのプロットにおいて示され得る。例えば、使用者は、ウェルＡ１に関連する制御要素を起動し、所定の入力シーケンスを使用して、選択に追加したいという希望を示すことができる。次いで、これによりその後の選択がＡｌの選択に追加される。
図４－１及び図４－２は、収集プレートインターフェースと３つの異なる二変量プロットとの間の選択整合を示す。収集プレートインターフェース４１０は、選択された全事象を示す。そのような場合、第１の二変量プロット４２０、第２の二変量プロット４３０、及び第３の二変量プロット４４０は、調整される。
連続的選択
図５Ａ～図５Ｃは、いかにして連続的選択が実行され得るかを示す。図５Ａでは、第１の範囲のウェル５１２が収集プレートインターフェース５１０から選択される。いくつかの実装形態では、隣接する選択は、対象のデルまたはウェルの周りに幾何学形状を描くことなどによって選択ツールを使用して達成され得る。コントロールキーを押したままにすると、さらなるウェルを選択に追加できる。
図５Ｂでは、第１の範囲のウェルは、それらが選択されたことを示すための調整を伴って収集プレートインターフェース５２０に提示され得る。調整は、ウェルの境界を変更すること、ウェルの色を変更すること、または選択の他の知覚可能な指示を含むことができる。第２の範囲のウェル５２４を示す使用者の入力が受信されると、選択モデルによって第１の選択５２２が維持され得る。使用者入力は、追加の選択が既存の選択に追加されるべきであることを示す所定のキーまたはキーシーケンスに関連する入力の受信を含み得る。
図５Ｃでは、第２の選択が完了すると、収集プレートインターフェース５３０は、第２の範囲のウェル５２４に対応する第１の選択５２２及び第２の選択５３２の両方を提示し得る。
プロット内の細胞事象の選択
図２～図５Ｃは、収集プレートインターフェースから始まる選択を論じているが、プロットの粒子事象はまた、他のプロット及び収集プレートインターフェースとの調整のために選択され得る。この二方向の選択は、適切な選択のみを許可する他の実装とは対照的である。
図６Ａは、プロットの１つに対して選択が行われた３つの二変量プロットを示す。選択６１５は、ＳＳＣシングレットプロット６１０に示される。選択６１５は、ＰＩプロット６２０またはＰ２プロット６３０などの他のプロット上で実行されてもよい。
図６Ｂでは、選択後の３つの二変量プロットを示す。図６Ｂに示すように、選択６１５内の事象は、示されている他の事象と区別されている。区別は、事象の識別子を変更すること（例えば、ドットから円へ）、及び選択６１５外部の事象の表現を変更することを含む。示されるように、非選択事象を表すために使用される色は、図６Ａの条件と比較すると色あせている。
示されてはいないが、収集プレートインターフェースは、選択６１５に含まれる事象を含むウェルを反映するように、同様に調整される。
ウェルの部分的な選択
プロットを用いた事象の選択の場合、特定のウェルが、選択されたそのウェルの全事象を含んでいるとは限らない。この場合、部分的に選択されたウェルを示すためにわずかに異なる色が使用されてもよい。
図７は、部分的に選択された事象を含むウェルを有する収集プレートを示す。完全に選択されているウェル（例えば７１０）と部分的に選択されている事象のセット（例えば７２０）との間の選択の違いである。違いは、色、濃淡、またはユーザインターフェースを介して表すことができる他の知覚可能な指標を使用して示すことができる。
運用環境の例
図８は、粒子事象データを分析し表示するためのグラフィック制御システムの一例の機能ブロック図を示す。グラフィックスコントローラ９００は、上下で説明されるものなどの粒子事象データのグラフィック表示を制御するための様々なプロセスを実装するように構成され得る。グラフィックスコントローラ９００は、説明したグラフィックス制御機能の少なくとも一部を提供するように構成された独立型の処理装置とすることができる。
フローサイトメータまたは他の生物学的粒子測定装置などの粒子分析器８０２は、粒子事象データを取得するように構成されてもよい。例えば、フローサイトメータは、１つ以上の波長の光についての蛍光強度測定値を表すフローサイトメトリー事象データを生成し得る。粒子分析器８０２は、粒子事象データ（例えば、粒子測定値、実験条件、分析器の構成、試薬、粒子が採取された試料など）をグラフィックスコントローラ９００に提供するように構成され得る。データ通信チャネルが、粒子分析器８０２とグラフィックスコントローラ９００との間に含まれ得る。フローサイトメトリー事象は、データ通信チャネルを介してグラフィックスコントローラ９００に提供されてもよい。
グラフィックスコントローラ９００は、粒子分析器８０２から粒子事象データを受信するように構成されてもよい。粒子分析器８０２から受信された粒子事象データは、フローサイトメトリー事象データを含んでもよい。グラフィックスコントローラ９００は、事象を表すための１つまたは複数のユーザインターフェースを含むグラフィカルディスプレイを、上記の図１及び図７に示すものなどのディスプレイデバイス８０６に提供するように構成され得る。グラフィックスコントローラ９００は、インターフェース及びプロットにわたって事象の選択を調整するための選択モデルを維持することができる。
グラフィックスコントローラ９００は、ゲートまたは収集位置（例えば、プレートのウェル）内の表示装置８０６に、ゲートまたは収集位置外部の他の事象とは異なるように事象を表示するようにさらに構成され得る。例えば、グラフィックスコントローラ９００は、ゲート内に含まれる粒子事象の色を、ゲートの外側の事象の色と区別するようにレンダリングするように構成されてもよい。同様に、ユーザインターフェースが収集プレートインターフェースを含む場合、グラフィックスコントローラ９００は、他のウェルとは異なる色で、選択された粒子を含むウェルを表してもよい。表示装置８０６は、モニタ、タブレットコンピュータ、スマートフォン、またはグラフィカルインターフェースを提示するように構成された他の電子装置として実装することができる。
グラフィックスコントローラ９００は、第１の入力装置からゲートまたはウェルの位置を識別する選択信号を受信するように構成されてもよい。例えば、第１の入力装置は、マウス８１０として実装されてもよい。マウス８１０は、ゲートまたはウェルを識別するグラフィックスコントローラ９００への選択事象信号を始めてもよい。選択事象信号は、選択の開始を示すクリックまたはキーストロークであり得る。
選択事象信号を受信した後、グラフィックスコントローラ９００は、第１の入力装置または他の入力装置、例えばキーボード８０８から、後続の事象を受信するように構成されてもよい。後続の事象はグラフィックスコントローラ９００に複数の選択を示してもよい。例えば、キーボード８０８の特定のキーまたはキーのグループの起動は、特定のトリガ事象を生成し得る。後続の事象に応答して、グラフィックスコントローラ９００は、インターフェースに示された選択された事象を反映するように選択モデルを更新し、選択された事象の変化が検出された場合、表示装置８０６の第１のディスプレイを第２のプロットで置き換えるように構成できる。
第１及び第２の入力装置は、マウス８１０、キーボード８０８、またはグラフィックスコントローラ９００に入力信号を提供するための他の手段、例えばタッチスクリーン、スタイラス、光学的検出器、または音声認識システムのうちの１つまたは複数として実装され得る。いくつかの入力装置は複数の入力機能を含むことができる。そのような実装形態では、入力機能はそれぞれ入力装置とみなすことができる。例えば、図８に示すように、マウス８１０は、マウスの右ボタン８１２とマウスの左ボタン８１３とを含み、それぞれはトリガ事象を生じることができる。
事象は、グラフィックスコントローラ９００に、いかにデータを表示するか、またはデータのどの部分を実際に表示装置８０６に表示するか、またはその両方における様式を同時に変更させる可能性がある。
いくつかの実施形態では、グラフィックスコントローラ９００は、第１のインターフェース（例えば、収集プレートインターフェースまたは二変量プロット）を使用してマウス８１０によって選択が開始されるときを検出するように構成され得る。グラフィックスコントローラ９００はさらに、第１の選択が第２のインターフェースにも反映されるように、第２のインターフェースを自動的に修正するように構成されてもよい。
グラフィックスコントローラ９００は、記憶装置８０４に接続されてもよい。記憶装置８０４は、グラフィックスコントローラ９００から、またはグラフィックスコントローラ９００を介して粒子事象データを受信して記憶するように構成されてもよい。記憶装置８０４は粒子事象及びグラフィックスコントローラ９００による粒子事象データの取り出しを可能にするようさらに構成できる。
表示装置８０６は、グラフィックスコントローラ９００から表示データを受信するように構成されてもよい。表示データは、粒子事象のプロットと、そのプロットの選択されたセクションを概説するゲートとを含んでもよい。プロットは、二変量プロットまたは収集プレートインターフェースなどの事象の視覚的表現を示すことができる。表示装置８０６は、粒子分析器８０２、記憶装置８０４、キーボード８０８、及び／またはマウス８１０からの入力と共にグラフィックスコントローラ９００から受信した入力に従って提示された情報を変更するようにさらに構成されてもよい。
図９は、グラフィックスコントローラの例の機能ブロック図を示す。図９に示すグラフィックスコントローラ９００は、図８に示すシステム８００に含まれてもよい。グラフィックスコントローラ９００は、事象データ処理中にグラフィック表示を動的に調整するための特別に構成された装置として実装することができる。いくつかの実装形態では、グラフィックスコントローラ９００は、粒子分析器８０２、表示装置８０６（例えば、タブレットコンピュータ、ラップトップコンピュータ、デスクトップコンピュータ）、または他の電子ハードウェアと統合され得る。
グラフィックスコントローラ９００は、粒子分析器入出力（Ｉ／Ｏ）インターフェース９０５を含む。粒子分析器入出力インターフェース９０５は、図８に示す粒子分析器８０２などの粒子分析器から、サイトメトリ事象データを受信するように構成される。粒子分析器Ｉ／Ｏインターフェース９０５は、グラフィックスコントローラ９００によって受信される事象データのための経路を提供するハードウェアインターフェースであり得る。例えば、粒子分析器Ｉ／Ｏインターフェース９０５は、ネットワークインターフェース、ユニバーサルシリアルバスインターフェース、シリアルデータ通信インターフェース、無線通信インターフェース（例えば、ブルートゥース(登録商標)）メモリアクセス装置、または他の機器間通信インターフェースとして実装され得る。データは、カンマ区切りリスト、トークン区切りリスト、マークアップ言語文書、またはスプレッドシートなどの標準化された機械可読フォーマットで受信することができる。
粒子分析器入出力インターフェース９０５を介してグラフィックスコントローラ９００によって受信された粒子事象データは、図８に示される記憶装置８０４などの記憶装置に記憶されてもよい。グラフィックスコントローラ９００は、記憶装置へのデータの記憶及び記憶装置からのデータの取り出しを容易にするための記憶装置入出力（Ｉ／Ｏ）インターフェース９２０を含むことができる。例えば、記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０は、ネットワークインターフェース、ユニバーサルシリアルバスインターフェース、シリアルデータ通信インターフェース、メモリアクセスデバイス、または他の機械間通信インターフェースとして実装することができる。いくつかの実装形態では、記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０は、グラフィックスコントローラ９００の要素によって要求された情報を取り出すためのクエリを生成するように構成され得る。そのようなクエリは、構造化クエリ言語（ＳＱＬ）などの標準化されたクエリ言語であり得る。いくつかの実装形態では、記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０は、記憶装置のデバイスにデータを永続化するための記憶装置コマンドを生成するように構成され得る。ＳＱＬの更新または挿入コマンドは、記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０によって生成される記憶装置コマンドの例である。
表示処理部９１０を図９に示す。表示処理部９１０は、グラフィックスコントローラ９００の動作を調整する。例えば、表示処理部９１０は、粒子分析器Ｉ／Ｏインターフェース９０５を介してデータを受信した旨の信号を受信し得る。表示処理部９１０は、信号を検出すると、データの格納のために記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０にデータをルーティングする命令を送信することができる。表示処理部９１０は、事前に構成された機械可読命令のセットに従って活動を調整することができる。
図９に示したグラフィックスコントローラ９００はまた、装置入出力（Ｉ／Ｏ）インターフェース９１５も含む。装置Ｉ／Ｏインターフェース９１５は、マウスまたはキーボードなどの入力装置から信号を受信する。表示処理部９１０は、さらに詳細に説明されるように、入力信号を検出し、ディスプレイを調整することができる。１つの入力信号は、粒子事象データを表示し始めるためのメッセージを含み得る。入力信号は、データが表示されるべき実験または試料の識別子を含み得る。この識別子を使用して、事象データは、例えば記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０を介して、または粒子分析器Ｉ／Ｏインターフェース９０５を介して粒子分析器から取り出すことができる。
事象リスナ９２５は、装置Ｉ／Ｏインターフェース９１５を介して受信された信号を監視するためにグラフィックスコントローラ９００に含まれてもよい。事象リスナ９２５は、入力装置からの信号がグラフィックス調整に変換されるように構成されてもよい。グラフィックスコントローラ９００は、異なるシステムコンテキストを説明するための複数の事象リスナ９２５を含み得る。例えば、何らかの事象データが表示される前にキーを押すことを利用してデータのロードをトリガすることができる。ただし、いったんデータが最初に表示されると、同じキーを押す事象が異なるシステムの応答を引き起こす可能性がある。
事象リスナ９２５は、事象のレジストリと、事象の検出時にトリガするための対応するグラフィックス制御機能とを含むことができる。例えば、事象リスナ９２５は、キーストローク（例えば、「Ｌ」キー及び「Ｈ」キーで押されたコントロールキー）を検出するように構成され得る。事象リスナ９２５は状況に応じて認識することができる。例えば、キーストロークは、他の入力信号（例えば、マウスの選択、マウスの位置）、システムの状態（例えば、電源オン、プラグイン）、データの状態（例えば、サイトメトリーデータロード）、表示状態（例えば、表示されているプロット、現在表示されているプロットの種類）などと共に検出されたときにグラフィック制御機能をトリガし得る。レジストリはメモリ内に保持され、事象リスナ９２５によってアクセスされてもよい。
入力事象を検出してシステムの応答を識別すると、事象リスナ９２５はグラフィックスコントローラ９００の適切な１つまたは複数の要素に命令を送信することができる。例えば、事象が粒子事象データの受信を示す場合、事象リスナ９２５は、受信した事象データの格納を開始するために、記憶装置Ｉ／Ｏインターフェース９２０にメッセージを送信してもよい。
いくつかの実装形態では、例えばグラフィックスコントローラ９００によって維持される選択モデルに基づいて、表示処理部９１０が、検出された事象に対するシステムの応答を調整することを可能にすることが有利であり得る。多数の入力信号が受信される可能性があり、事象が実行されるべき順序を判定するために、調停が必要である場合に有利なことがある。表示処理部９１０は、グラフィックスコントローラ９００の現在の状態及び可能な次の状態を表すために状態機械を使用して状態の変化を管理するように構成されてもよい。
事象リスナ９２５によって検出されたいくつかの事象は、グラフィック制御事象であり得る。表示調整回路９３０は、現在の状態から調整された状態へのフローサイトメトリー事象のグラフィック表示の調整を整合させるために含まれてもよい。表示調整回路９３０は、表示される事象の数、表示される１つまたは複数の事象の色、事象を表示するために使用するプロットタイプ、ディスプレイのズームのレベルなどを調整することができる。
表示調整回路９３０は、調整または選択、及び表示すべき事象の識別をグラフィックスジェネレータ９３５に送信することができる。グラフィックスジェネレータ９３５は、次に、調整または選択に従って、事象データの１つまたは複数のコンピュータで表示可能なグラフィックの表現を生成することができる。そのとき、グラフィックス出力インターフェース９４０を介してディスプレイに表現がなされ得る。グラフィックス出力インターフェースは、ビデオグラフィックスアレイ（ＶＧＡ）インターフェース、高精細度マルチメディアインターフェース（ＨＤＭＩ(登録商標)）、有線または無線ネットワークインターフェース、または他のグラフィックスデータを直接または間接的に表示装置に提供するように構成された通信手段であり得る。いくつかの実装形態では、グラフィックスジェネレータ９３５は、適用されているディスプレイの調整（複数可）または選択（複数可）に基づいて、表示する事象をさらに選択するように構成され得る。
グラフィックスコントローラ９００に含まれる要素は、バス９４５によって結合することができる。バス９４５は、グラフィックスコントローラ９００の様々な構成要素が情報を交換することを可能にするためのデータバス、通信バス、または他のバス機構とすることができる。異なる要素が示されているが、ディスプレイ調整回路９３０、グラフィックスジェネレータ９３５などの複数の機能が単一の要素に組み合わされてもよいことがさらに理解される。さらに、説明されている機能を補うために、追加の要素をグラフィックスコントローラ９００に含んでもよい。例えば、電源は図示されていないが、グラフィックスコントローラ９００に電力を供給するために含まれてもよい。これにより、グラフィックスコントローラ９００は、１つ以上のサイトメータからデータを受信し、１つ以上の入力装置から入力を受信し、１つ以上の表示装置にグラフィックスを提供する独立型グラフィックス制御ハブとして動作できる。
データ事象ストリームと選択
データ事象ストリームは、選択された事象を表すインターフェースをレンダリングするために必要な全情報を含むことができる。１ウェルあたりの事象の量が多い大きなプレートの場合、事象を表すために必要なメモリは相当多大になる可能性がある。このため、説明されている機能はデータの１つのコピーに依存し、それによって、事象データのグラフィカル分析のためのリソースの使用を改善する。選択はインデックスをデータ内へ使用して実行される。
選択を実行するには、十分な情報がデータストリームに存在していなければならない。これには、次のような各プロットタイプの事象の情報が含まれる。
・Ｘ、Ｙの位置
・各データの点がどのプロットに属しているか
・ウェルの情報
・事象ＩＤの情報
図１０は、２つ以上のインターフェース間の事象の選択の整合レンダリングの方法を示す流れ図である。方法１０００は、グラフィックスコントローラ９００などの記載された装置の１つまたは複数により全体または一部分が実行され得る。方法１０００は、選択の入力を収集し、選択を対象のインターフェースに伝播するために含まれ得る特定の機能を示す。
ブロック１００２で、収集プレートインターフェースまたは二変量プロットなどのインターフェースにおいて、１つまたは複数の事象を選択することができる。説明したように、選択は、入力装置からの１つまたは複数のメッセージを使用して指示することができる。
ブロック１００４で、グラフィックスコントローラは、追加の選択に関連する所定の入力が起動されたか否かを判定し得る。例えば、使用者がコントロールキーを押すと、ブロック１００２での選択と共にコントロールキーの起動の指示を受け取ることができる。ブロック１００４での判定が否定的である場合、ブロック１００６で、グラフィックスコントローラは選択された事象を格納するメモリの位置を消去することができる。メモリの位置は、説明したように、選択された事象のインデックスを提示することができる。
ブロック１００４での判定が肯定的である場合、またはブロック１００６でメモリの位置を消去した後、ブロック１００８で、グラフィックスコントローラは選択範囲に関連する事象を取得することができる。選択が収集プレートの制御要素を使用して施される場合、選択範囲は、活性化ウェル（複数可）に、分類された粒子の測定値に基づいて識別され得る。いくつかの実装形態では、ウェルは、粒子をそれぞれのウェルに分類するための測定範囲を定義する分類ロジックと関連付けられてもよい。選択がプロットを使用して施される場合、範囲は、二次元または三次元プロット内で選択された領域についての測定の範囲を示すことができる。選択に関連する事象のインデックス値は、現在選択されている事象を識別するメモリの位置に格納されてもよい。
ブロック１０１０で、グラフィックスコントローラは、選択モデルへの１つまたは複数の通知メッセージを加入者に送信することができる。例えば、ユーザインターフェースが粒子事象データの複数の表現を含む場合、現在選択されている事象を反映するように各インターフェースを調整することができる。調整は、選択された事象を、選択されていない事象と比較してより視覚的に目立つようにするために、示される事象の色または形状を変更すること（例えば、ハイライト、減光、アイコンの変更など）を含み得る。調整は、選択された事象を示すインターフェースの領域へのパニングまたはズームを含むことができる。
ブロック１０１２で、視覚的表現（例えば、収集プレートプロットまたは二変量プロット）を更新するために調整を適用することができる。更新は、特定のインターフェースに対する対話性を調整することを含み得る。例えば、収集プレートインターフェースのウェルが選択された場合、その後のウェルの活性化は、ウェルの選択解除を示し得る。このようにして、更新は、起動時に制御要素によってシグナリングされたメッセージを変更することができる。
一貫したツールと選択ワークフローとを利用することによって、使用者がインデックス選別データを分析することができるスピードと使いやすさとが大幅に向上する。二方向の選択は、細胞がプレート装置内とプロットのセット内との両方に位置する場所を視覚化するために有用であり得る。記載された機能はさらに、視覚化及び／またはそれを含むインターフェースを提示する装置の間での調整的な選択に対する革新的な解決策を提供する。
説明されたワークフローシステム及び方法は、いくつかの非限定的な利点を提供する。１つの非限定的な利点は、プレート用の入力の選択を受信するために、はるかに高次の柔軟性が実現されることである。さらに、システム及び方法は、任意のプロット（複数可）での直接細胞事象の整合する選択を可能にし、これらの選択を選択モデルに蓄積する。この二方向の操作により、インターフェース間で一貫した様式で構築及び視覚化できる選別された事象の洗練された調整された選択が可能になる。その結果、選別された事象の位置を判定するためのはるかに高速な発見プロセスが得られる。
現在のインデックス選別分析システムに含まれるインターフェースは、分析段階中にデータとの非常に限られた相互作用を提供する。これらは、プレート装置でのみ機能する、制限された幾分厄介な選択オプションのセットしか提供していない可能性がある。対照的に、記載された特徴は、プレート装置及び１つ以上のプロットから細胞事象の選択を迅速に受け取るための効率的かつ柔軟な選択ツール／ジェスチャを含む。システムはまた、プレート装置とプロットとの両方に利用可能である選択に追加するための一様なジェスチャを識別することができる。また、選択されたデータは、現在の製品よりも速くてより高度な視覚的区別でレンダリングされてもよい。
現在のインデックス選別分析は、プレート装置内での選択のみを可能にすることによって達成される。選択オプションは限られており、使用することが幾分面倒である。説明されている機能には、プレートまたはプロットでの事象の選択における受信の柔軟性が含まれている。例えば、プレートの選択は、ウェル、行、列、またはウェルの範囲を選択することによって起こり得る。任意の組み合わせを実現することができる。非連続的な選択は、例えば、特定のキーまたはキーの組み合わせ（例えば、コントロールキー）を保持することによって達成することができる。さらに、プロットの事象の選択を受信し、対応するウェル（例えば、仮想または物理的）にその選択を表示させるための機能をもたらすことができる。プロットで事象が選択されている場合、対応する事象がウェル事象リスト全体を完全には網羅していない可能性がある。そのような例では、ウェルは部分的な選択の指示を発し、選択された細胞事象に関する追加の情報を提供することができる。
説明の態様は、フローサイトメトリー及びフローサイトメトリー事象データに焦点を合わせる。いくつかの実施形態において、事象データは、特定のタンパク質または遺伝子の発現を示す他の定量的生物学的データに対応し得る。例えば、事象データは、細胞内または細胞の混合集団にわたり当該ｍＲＮＡ配列が存在していることを示し得る。事象データは、細胞または複数の細胞についてのトランスクリプトームの遺伝子転写物の絶対数を同定し得る。事象データの提示は、細胞ごとにまたは遺伝子発現ごとに調整されて、（例えば、特定の細胞から得られた、特定のｍＲＮＡ配列に関連するなどの）特定の対象の事象データの集団について異なる見通しを提示する。事象データは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第９，５６７，６４５号に記載されているものなどの超並列単一細胞分析機能を使用して、生成することができる。１つの市販の単細胞分析システムは、ニュージャージー州フランクリンレイクスのＢｅｃｔｏｎ， Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ ＣｏｍｐａｎｙによるＢｅｃｔｏｎ， Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ Ｒａｐｓｏｄｙｙ（商標）ハードウェアである。論じられた特徴は、遺伝子発現に基づく選別判定を調整するために適用され得る。
本明細書で使用される場合、「判定する」または「判定すること」という用語は、多種多様な行為を包含する。例えば、「判定すること」は、算出すること、計算すること、処理すること、導出すること、調査すること、調べること（例えば、テーブル、データベースまたは他のデータ構造を調べること）、確認することなどを含み得る。また、「判定すること」は、受信すること（例えば、情報を受信すること）、アクセスすること（例えば、メモリ内のデータにアクセスすること）などを含み得る。また、「判定すること」は、解決すること、選択すること、選ぶこと、確立することなどを含み得る。
本明細書で使用される場合、「ｐｒｏｖｉｄｅ（提供する）」または「ｐｒｏｖｉｄｉｎｇ（提供すること）」という用語は、多種多様な行為を包含する。例えば、「提供すること」は、その後の取り出しのためにある場所に値を格納すること、受信者に直接値を送信すること、値への参照を送信または格納することなどを含み得る。「提供すること」はまた、符号化、復号化、暗号化、解読、確認、検証などを含み得る。
本明細書で使用される場合、「選択的に」または「選択的な」という用語は、多種多様な行為を包含し得る。例えば、「選択的な」プロセスは、複数の選択肢から１つの選択肢を判定することを含み得る。「選択的な」プロセスは、動的に判定された入力、事前設定された入力、または判定を行うための使用者開始の入力のうちの１つまたは複数を含み得る。いくつかの実装形態では、ｎが選択を行うために使用される入力の数である場合、選択的な機能を提供するためにｎの入力スイッチが含まれてもよい。
本明細書で使用される場合、「メッセージ」という用語は、情報を通信する（例えば、送信または受信する）ための多種多様なフォーマットを包含する。メッセージは、ＸＭＬ文書、固定フィールドメッセージ、コンマ区切りメッセージなどの機械が可読な情報の集約を含むことができる。メッセージは、いくつかの実装形態では、情報の１つまたは複数の表現を送信するために利用される信号を含み得る。単数形で記載されているが、メッセージは複数の部分に構成され、送信され、格納され、受信されることなどができることが理解される。
本明細書で使用される場合、「ユーザインターフェース」（対話型ユーザインターフェース、グラフィカルユーザインターフェース、インターフェース、またはＵＩとも呼ばれる）は、データフィールド及び／または入力信号を受信すること、または電子情報を提供すること、及び／または任意の受信入力信号に応答して使用者に情報を提供することのための他の制御を含むネットワークベースのインターフェースを示すことができる。ＵＩは、ハイパーテキストマークアップ言語（ＨＴＭＬ）、ＡＤＯＢＥ（登録商標）、ＦＬＡＳＨ（登録商標）、ＪＡＶＡ（登録商標）、ＭＩＣＲＯＳＯＦＴ（登録商標）．ＮＥＴ（登録商標）、ウェブサービス、及びリッチサイトサマリ（ＲＳＳ）などの技術を使用して全体的または部分的に実装され得る。いくつかの実装形態では、ＵＩは、説明された態様のうちの１つまたは複数に従って通信する（例えば、データを送信または受信する）ように構成された独立型クライアント（例えば、シッククライアント、ファットクライアント）に含まれ得る。
本明細書で使用される場合、「システム」、「器具」、「ａｐｐａｒａｔｕｓ（装置）」、及び「ｄｅｖｉｃｅ（装置）」は、一般に、ハードウェア（例えば、機械的及び電子的）と、いくつかの実装形態では関連するソフトウェア（例えば、グラフィック制御用の特殊なコンピュータプログラム）の構成要素との両方を包含する。
本明細書で使用される場合、「事象」とは一般に、細胞または合成粒子などの単一の粒子から測定されたデータを示す。典型的には、単一粒子から測定されたデータは、１つまたは複数の光散乱パラメータ、及び少なくとも１つの蛍光強度パラメータを含むいくつかのパラメータを含む。したがって、各事象はパラメータ測定値のベクトルとして表され、各々の測定されたパラメータはデータ空間の一次元に対応する。いくつかの生物学的用途において、事象データは特定のタンパク質または遺伝子の発現を示す定量的生物学的データに対応し得る。
本明細書で使用される場合、細胞または他の粒子などの粒子の「集団」または「亜集団」は、一般に、測定パラメータデータがデータスペースにクラスタを形成するように、１つまたは複数の測定パラメータに関して光学特性を有する粒子群を示す。したがって、集団はデータ内のクラスタとして認識される。逆に、ノイズまたはバックグラウンドに対応するクラスタもまた典型的に観察されるが、各データのクラスタは一般に特定の種類の細胞または粒子の集団に対応すると解釈される。クラスタは、例えば測定されたパラメータのサブセットに関して、測定されたパラメータのサブセットにおいてのみ異なる集団に対応する、次元のサブセットにおいて定義されてもよい。
本明細書で使用される場合、「ゲート」は一般に、対象のデータのサブセットを識別する境界を示す。サイトメトリでは、ゲートは、特定の対象の一群の事象を制限し得る。事象の群は、集団と呼ばれることがある。さらに、本明細書で使用されているとき、「ゲーティング」は、一般に、ユーザインターフェースまたはプレート及びウェルの選択を介したものなどの所与のデータセットについてゲートを定義するプロセスを示すことができる。
本明細書で使用される場合、項目の列挙の「少なくとも１つ」を示す句は、単一の部材を含むそれらの項目の任意の組み合わせを示す。例として、「ａ、ｂ、またはｃのうちの少なくとも１つ」は、ａ、ｂ、ｃ、ａ～ｂ、ａ～ｃ、ｂ～ｃ、及びａ～ｂ～ｃを網羅することを意図している。
当業者は、情報、メッセージ、及び信号が、様々な異なる技術及び技法のうちのいずれかを使用して表され得ることを理解する。例えば、上記の説明を通して参照され得るデータ、命令、コマンド、情報、信号、ビット、シンボル、及びチップは、電圧、電流、電磁波、磁場または粒子、光場または粒子、またはそれらの任意の組み合わせによって表され得る。
当業者は、本明細書に開示された実施形態に関連して説明された様々な例示的な論理ブロック、モジュール、回路、及びアルゴリズムのステップが、電子ハードウェア、コンピュータソフトウェア、またはその両方の組み合わせとして実装され得ることをさらに認識する。ハードウェアとソフトウェアとのこの互換性を明確に示すために、様々な例示的な構成要素、ブロック、モジュール、回路、及びステップは、概してそれらの機能に関して上述されている。そのような機能がハードウェアとして実装されるかソフトウェアとして実装されるかは、特定のアプリケーション及びシステム全体に課される設計上の制約に依拠する。当業者は、説明された機能を特定の用途ごとに様々な方法で実施することができるが、そのような実施の決定が本発明の範囲からの逸脱を引き起こすと解釈されるべきではない。
本明細書で説明されている技法は、ハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、またはそれらの任意の組合せで実装され得る。そのような技術は、具体的にプログラムされた事象処理コンピュータ、無線通信装置、または集積回路装置などの様々な装置のうちのいずれかにおいて実装され得る。モジュールまたは構成要素として説明された任意の機能は、集積論理装置にて一緒に実装されても、個別であるが相互運用可能な論理装置として別々に実装されてもよい。ソフトウェアで実施される場合、これらの技法は、実行されたときに上述の方法のうちの１つまたは複数を実行する命令を含むプログラムコードを含むコンピュータ可読データ記憶媒体によって少なくとも部分的に実現され得る。コンピュータ可読データ記憶媒体は、包装材料を含み得るコンピュータプログラム製品の一部を形成し得る。コンピュータ可読媒体は、メモリまたはデータ記憶媒体、例えばランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、例えば同期ダイナミックランダムアクセスメモリ（ＳＤＲＡＭ）、読み取り専用メモリ（ＲＯＭ）、不揮発性ランダムアクセスメモリ（ＮＶＲＡＭ）、電気的消去可能プログラマブル読み出し専用メモリ（ＥＥＰＲＯＭ）、フラッシュメモリ、磁気または光学データ記憶媒体を含むことができる。コンピュータ可読媒体は、非一時的記憶媒体とすることができる。追加的または代替的に、これらの技法は、命令またはデータ構造の形でプログラムコードを搬送または通信し、コンピューティング装置、例えば伝播される信号または波によってアクセス、読み取り、及び／または実行することができるコンピュータ可読通信媒体によって、少なくとも部分的に実現され得る。
プログラムコードは、１つまたは複数のデジタル信号プロセッサ（ＤＳＰ）、構成可能マイクロプロセッサ、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、フィールドプログラマブルロジックアレイ（ＦＰＧＡ）、または他の同等の集積または個別論理回路などの１つまたは複数のプロセッサを含むことができる、特別にプログラムされたグラフィックプロセッサによって実行され得る。そのようなグラフィックプロセッサは、本開示で説明されている技法のうちのいずれかを実行するように特に構成され得る。コンピューティング装置の組み合わせ、例えばＤＳＰとマイクロプロセッサとの組み合わせ、複数のマイクロプロセッサ、ＤＳＰコアと連携した１つ以上のマイクロプロセッサ、または少なくとも部分的なデータ接続性における他の任意のそのような構成は、説明した機能の１つ以上を実装し得る。したがって、本明細書で使用される「プロセッサ」という用語は、前述の構造のいずれか、前述の構造の任意の組合せ、または本明細書に記載の技法の実装に適した任意の他の構造または装置を示し得る。さらに、いくつかの態様では、本明細書で説明される機能は、符号化及び復号化のために構成された、または専用のグラフィック制御カードに組み込まれた専用のソフトウェアモジュールまたはハードウェアモジュール内に提供され得る。
本明細書に開示された方法は、説明された方法を達成するための１つまたは複数のステップまたは動作を含む。方法ステップ及び／または動作は、特許請求の範囲から逸脱することなく交換し合うことができる。言い換えれば、ステップまたは動作の特定の順序が指定されていない限り、特定のステップ及び／または動作の順序及び／または使用は、特許請求の範囲から逸脱することなく修正され得る。
関連出願の相互参照
本願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１７年６月１２日に出願された米国仮出願第６２／５１８５１２号に対する優先権を主張する。出願データシートに記載されているいずれか及びあらゆる優先権の主張、またはそれに対するいずれかの補正はまた、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７の下での参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、その全体が参照により組み込まれる、２０１７年１２月１３日に出願された米国特許出願第１５／８４１１６１号に関する。

Claims (14)

  1. 整合グラフィックス制御用のシステムであって、
    １つ以上の処理装置と、
    前記１つ以上の処理装置のうちの少なくとも１つによって実行されるとき、前記システムに少なくとも
    試料の粒子を受け取るための収集容器の識別子を受信すること、
    収集インターフェースを表示することであって、前記収集インターフェースが複数の対話型要素を含み、前記複数の対話型要素の各対話型要素が前記収集容器の収集位置に対応する、前記収集インターフェースを表示すること、
    入力装置から、前記複数の対話型要素に含まれる対話型要素を識別する選択事象を受信すること、
    前記試料の粒子についての測定値を提示するための第２のインターフェースを表示することであって、前記測定値が前記試料の前記粒子の部分に対応し、前記収集位置に選別された前記粒子の前記部分が粒子を含み、少なくとも、第１のグラフィック方式に従って前記粒子の部分を表示すること、及び、前記第１のグラフィック方式とは知覚的に異なる第２のグラフィック方式に従って前記粒子の別の部分を表示することによって、前記第２のインターフェースを表示すること、
    前記入力装置から、第２の選択事象が受信されることを示す選択制御信号を受信すること、
    前記入力装置から、前記粒子の第２の部分を識別する前記第２の選択事象を受信すること、
    前記粒子の前記第２の部分を前記粒子の前記部分に加えること、ならびに
    前記粒子の第２の部分を識別するために、前記第２のインターフェースまたは前記収集インターフェースのうちの少なくとも一方を更新すること
    を惹起させる命令を格納する非一時的コンピュータ可読媒体と
    を備える、システム。
  2. 前記収集容器の前記識別子が、前記粒子の前記測定値を含むファイルのメタデータとして受信され、前記識別子を受信することは、前記ファイルを粒子分析器から受信することを含む、請求項１に記載のシステム。
  3. 前記命令がさらに、前記システムに、少なくとも
    前記収集インターフェース用の第１の登録メッセージを受信させ、
    前記第２のインターフェース用の第２の登録メッセージを受信させ、また
    前記選択事象を検出すると、前記第２のインターフェースまたは前記収集インターフェースのうちの少なくとも一方に前記選択事象を通知させる、
    請求項１に記載のシステム。
  4. 前記第２の選択事象は、どのインターフェースが前記第２の選択事象を収集するために使用されたかを示すインターフェース識別子を含む、請求項１に記載のシステム。
  5. 前記インターフェース識別子が前記第２のインターフェースを識別し、前記第２の選択事象が粒子測定値の範囲を定義する、請求項４に記載のシステム。
  6. 前記第２のインターフェースは二変量プロットを含み、前記範囲が、前記二変量プロットの領域に対する幾何学形状を使用して定義される、請求項５に記載のシステム。
  7. 前記命令がさらに、前記システムに、少なくとも
    前記収集位置に含まれる粒子の測定値（ｉ）、または、前記収集位置に含まれる粒子の数（ｉｉ）の少なくとも１つに少なくとも部分的に基づいて、前記収集位置の表示プロパティを生成させる、
    請求項１に記載のシステム。
  8. 整合グラフィックス制御のためのコンピュータ実施方法であって、
    １つ以上の処理装置の制御下で、
    試料の粒子を受け取るための収集容器の識別子を受信すること、
    収集インターフェースを表示することであって、前記収集インターフェースが複数の対話型要素を含み、各対話型要素が前記収集容器の収集位置に対応する、前記収集インターフェースを表示すること、
    入力装置から、前記複数の対話型要素に含まれる対話型要素を識別する選択事象を含むメッセージを受信すること、
    前記試料の粒子についての測定値を提示するための第２のインターフェースを表示することであって、前記測定値が前記収集位置に選別された前記粒子の部分に対応し、前記粒子の前記部分が前記収集位置に選別されて前記粒子を含み、前記第２のインターフェースを表示することが、第１のグラフィック方式に従って前記粒子の部分を表示すること、及び前記第１のグラフィック方式と知覚的に異なる第２のグラフィック方式に従って前記粒子の別の部分を表示することを含む、前記第２のインターフェースを表示すること、
    前記入力装置から、第２の選択事象が送信されることを示す選択制御信号を受信すること、
    前記入力装置から、前記粒子の第２の部分を識別する前記第２の選択事象を受信すること、
    前記粒子の前記第２の部分を前記粒子の前記部分に加えること、ならびに
    前記粒子の第２の部分を識別するために、前記第２のインターフェースまたは前記収集インターフェースのうちの少なくとも一方を更新すること
    を有する、コンピュータ実施方法。
  9. 前記収集容器の前記識別子が、前記粒子の前記測定値を含むファイルのメタデータとして受信され、前記識別子を受信することは、粒子分析器から前記ファイルを受信することを含む、請求項８に記載のコンピュータ実施方法。
  10. 前記収集インターフェース用の第１の登録メッセージを受信すること、
    前記第２のインターフェース用の第２の登録メッセージを受信すること、及び
    前記選択事象を検出すると、前記第２のインターフェースまたは前記収集インターフェースのうちの少なくとも１つに前記選択事象を通知すること
    をさらに有する、請求項８に記載のコンピュータ実施方法。
  11. 前記第２の選択事象は、どのインターフェースが前記第２の選択事象を収集するために使用されたかを示すインターフェース識別子を含む、請求項８に記載のコンピュータ実施方法。
  12. 前記インターフェース識別子が前記第２のインターフェースを識別し、前記第２の選択事象が粒子測定値の範囲を定義する、請求項１１に記載のコンピュータ実施方法。
  13. 前記第２のインターフェースは二変量プロットを含み、前記範囲が、前記二変量プロットの領域に対する幾何学形状を使用して定義される、請求項１２に記載のコンピュータ実施方法。
  14. 前記収集位置に含まれる粒子の測定値（ｉ）、または、前記収集位置に含まれる粒子の数（ｉｉ）の少なくとも１つに少なくとも部分的に基づいて前記収集位置の表示プロパティを生成すること
    をさらに有する、請求項８に記載のコンピュータ実施方法。
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