JP7091372B2 - 核酸インデックス付け技術 - Google Patents
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Description
本出願は、2017年11月6日に出願された「NUCLEIC ACID INDEXING TECHNIQUES」というタイトルの米国仮出願第62/582,175号に対する優先権及び利益を主張し、該仮出願の開示は、参照することにより全ての目的のために全体が本明細書に組み込まれる。
14 インサート
16 シークエンシングプライマー配列
18 シークエンシングプライマー配列
20 第1のインデックス部位
22 第2のインデックス部位
26 第1のアダプター配列
28 第2のアダプター配列
30 第1のインデックスセット
32 第2のインデックスセット
40 シークエンシングライブラリー
60 試料
62 断片化された核酸
64 リン酸化された断片化された核酸
68 1塩基3'オーバーハング断片化核酸
70 分岐アダプター
72 アダプター-標的コンストラクト
92 基板
94 捕捉プローブ
96 鋳型鎖
98 リード1のプライマー
100 第1のインデックスプライマー
104 捕捉プローブ
106 第2のインデックスリードプライマー
110 相補鎖
112 リード2のプライマー
120 位置
122 位置
150 試料調製キット
152 プライマー
154 試薬
160 シークエンシングデバイス
162 試料処理デバイス
164 関連付けられたコンピューター
170 試料基板
172 イメージングモジュール
174 プロセッサ
176 I/O制御部
178 内部バス
180 不揮発性メモリ
182 RAM
184 プロセッサ
186 I/O制御部
188 RAM
190 不揮発性メモリ
192 実行可能指示
194 内部バス
196 ディスプレイ
200 グラフィカルユーザーインターフェーススクリーン
Claims (21)
- 試料インデックス付きの、マルチプレックス核酸ライブラリー調製物であって、
第1の試料から調製された第1の核酸ライブラリーであって、前記第1の核酸ライブラリーが第1の複数の核酸断片を含み、前記第1の複数の核酸断片のそれぞれが、互いに全て区別可能であるインデックス配列の第1のセットから選択される少なくとも2つの異なるインデックス配列を含む、前記第1の核酸ライブラリーであって、
前記インデックス配列の第1のセットが、第1の複数の5’インデックス配列及び第1の複数の3’インデックス配列を含み、
前記第1の複数の5’インデックス配列から選択される1つ又は複数のインデックス配列が標的配列の5’に位置して標的配列の3’に位置せず、前記第1の複数の3’インデックス配列から選択される1つ又は複数のインデックス配列が標的配列の3’に位置して標的配列の5’に位置しないように、前記インデックス配列の第1のセットが、前記第1の複数の核酸断片の個々に配置され、
前記第1のセットのインデックス配列が、前記第1のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、
前記第1の核酸ライブラリー;並びに
第2の試料から調製された第2の核酸ライブラリーであって、前記第2の核酸ライブラリーが第2の複数の核酸断片を含み、前記第2の複数の核酸断片のそれぞれが、互いに、且つ、インデックス配列の前記第1のセットと全て区別可能なインデックス配列の第2のセットから選択される少なくとも2つの異なるインデックス配列を含む、前記第2の核酸ライブラリーであって、
前記インデックス配列の第2のセットが、第2の複数の5’インデックス配列及び第2の複数の3’インデックス配列を含み、
前記第2の複数の5’インデックス配列から選択される1つ又は複数のインデックス配列が標的配列の5’に位置して標的配列の3’に位置せず、前記第2の複数の3’インデックス配列から選択される1つ又は複数のインデックス配列が標的配列の3’に位置して標的配列の5’に位置しないように、前記インデックス配列の第2のセットが、前記第2の複数の核酸断片の個々に配置され、
前記第2のセットのインデックス配列が、前記第2のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、
前記第2の核酸ライブラリー
を含む、
ライブラリー調製物。 - (i)前記第1の複数の核酸断片が、前記第1の複数の核酸断片内の他の個々の核酸断片に対して、インデックス配列の前記第1のセットからの2つの異なるインデックス配列の異なる組合せを有する個々の核酸断片を含み、且つ/又は
(ii)前記第2の複数の核酸断片が、前記第2の複数の核酸断片内の他の個々の核酸断片に対して、インデックス配列の前記第2のセットからの2つの異なるインデックス配列の異なる組合せを有する個々の核酸断片を含む、請求項1に記載のライブラリー調製物。 - インデックス配列の前記第1のセットの各インデックス配列が、前記第1の複数の核酸断片中に、インデックス配列の前記第1のセット中の他のインデックス配列に対して0.9~1.1の間の比で存在する、請求項1又は請求項2に記載のライブラリー調製物。
- インデックス配列の前記第2のセットの各インデックス配列が、前記第2の複数の核酸断片中に、インデックス配列の前記第2のセット中の他のインデックス配列に対して0.9~1.1の間の比で存在する、請求項1から3のいずれか一項に記載のライブラリー調製物。
- インデックス配列の前記第2のセットからのインデックス配列の部分が、前記第2の複数の核酸断片中の前記標的配列の5'にのみ位置し、前記標的配列の3'には位置しない、請求項1から4のいずれか一項に記載のライブラリー調製物。
- インデックス配列の前記第2のセットからのインデックス配列の別の部分が、前記第2の複数の核酸断片中の前記標的配列の3'にのみ位置し、前記標的配列の5'には位置しない、請求項5に記載のライブラリー調製物。
- 前記第1の試料及び前記第2の試料が異なる個体からの核酸試料である、請求項1から6のいずれか一項に記載のライブラリー調製物。
- 複数の核酸断片を含み、各断片が、インデックス配列及びアダプター配列を含む、複数試料ライブラリー調製キットであって、前記複数の核酸断片が、
第1の試料に関連付けられる核酸断片セットであって、前記核酸断片セットが、第1のインデックスセットから選択される前記インデックス配列を有する核酸断片であって、前記アダプター配列が第1のアダプター配列である核酸断片を含み、且つ、第2のインデックスセットから選択される前記インデックス配列を有する核酸断片であって、前記アダプター配列が第2のアダプター配列である核酸断片を含み、前記第1のインデックスセット及び前記第2のインデックスセットの各インデックス配列が、前記第1の試料に関連付けられる核酸断片セット中に提示され、
前記第1のインデックスセットが、前記第1のインデックスセット内で、シークエンシングにおけるインデックス配列のパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、
前記第1の試料に関連付けられる核酸断片セット、並びに
第2の試料に関連付けられる核酸断片セットであって、前記核酸断片セットが、第3のインデックスセットから選択される前記インデックス配列を有する核酸断片であって、前記アダプター配列が第1のアダプター配列である核酸断片を含み、且つ、第4のインデックスセットから選択される前記インデックス配列を有する核酸断片であって、前記アダプター配列が第2のアダプター配列である核酸断片を含み、前記第3のインデックスセット及び前記第4のインデックスセットの各インデックス配列が、前記第2の試料に関連付けられる核酸断片セット中に提示され、
前記第3のインデックスセットが、前記第3のインデックスセット内で、シークエンシングにおけるインデックス配列のパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、
前記第2の試料に関連付けられる核酸断片セット
を含み、
前記第1のインデックスセット、前記第2のインデックスセット、前記第3のインデックスセット、及び前記第4のインデックスセットのそれぞれが、互いに区別可能な複数のインデックス配列を含む、
複数試料ライブラリー調製キット。 - 前記第1のインデックスセットが、
CCATACTA、
TGTGCGCT、
CACATTGC、及び
ATCCGGAG
を含む第1の複数のユニークインデックス配列を含み、
前記第1の複数のユニークインデックス配列のそれぞれが、前記第1の試料に関連付けられる核酸断片セット中に提示される、
請求項8に記載の複数試料ライブラリー調製キット。 - 前記第2のインデックスセットが、
TCGCTCTA、
ATTGGAGG、
AACTAGAC、及び
CGGACTAT
を含む第2の複数のユニークインデックス配列を含み、
前記第2の複数のユニークインデックス配列のそれぞれが、前記第1の試料に関連付けられる核酸断片セット中に提示される、
請求項9に記載の複数試料ライブラリー調製キット。 - 前記第1のアダプター配列がp5アダプター配列であり、且つ/又は前記第2のアダプター配列がp7アダプター配列である、請求項8から10のいずれか一項に記載の複数試料ライブラリー調製キット。
- 前記インデックス配列が、各核酸断片において前記アダプター配列とシークエンシングプライマーとの間に位置する、請求項8から11のいずれか一項に記載の複数試料ライブラリー調製キット。
- (i)前記第1のインデックスセットが、少なくとも5塩基の長さであり、個々のユニークインデックス配列のうちの少なくとも3つが第1の塩基において異なる塩基を有するように互いに異なる第1の複数のユニークインデックス配列を含み、
(ii)前記第1のインデックスセットが、少なくとも5塩基の長さであり、複数のユニークインデックス配列の各塩基位置において少なくとも3つの異なるヌクレオチドが前記複数のユニークインデックス配列に提示されるように互いに異なる第1の複数のユニークインデックス配列を含み、且つ/又は
(iii)前記第1のインデックスセットが、少なくとも5塩基の長さであり、複数のユニークインデックス配列の塩基位置の大部分において少なくとも3つの異なるヌクレオチドが前記複数のユニークインデックス配列に提示されるように互いに異なる第1の複数のユニークインデックス配列を含む、
請求項1から12のいずれか一項に記載の複数試料ライブラリー調製キット。 - 基板上に固定化された複数の核酸捕捉配列を含み、各個々の核酸捕捉配列が、
第1のアダプター配列に相補的な第1の捕捉配列又は第2のアダプター配列に相補的な第2の捕捉配列
を含む、シークエンシング基板であって、
前記複数の核酸捕捉配列の各々の核酸捕捉配列に連結された複数の核酸断片を含み、前記複数の核酸断片の各個々の断片が、前記第1のアダプター配列及び前記第2のアダプター配列を含み、前記複数の核酸断片の各個々の断片が、ユニークインデックス配列の第1のセットの1つのインデックス配列に相補的な第1の配列及びユニークインデックス配列の第2のセットの1つのインデックス配列に相補的な第2の配列を含み、ユニークインデックス配列の前記第1のセット及びユニークインデックス配列の前記第2のセットが、前記複数の核酸断片が由来する1つの試料とのみ関連付けられ、前記第1のセット及び前記第2のセットの各ユニークインデックス配列が、前記複数の核酸断片の少なくとも1つの核酸断片中に存在する、
シークエンシング基板であって、
前記第1のセットの各ユニークインデックス配列が、前記複数の核酸断片中に、前記第1のセット中の別のユニークインデックス配列に対して0.9~1.1の間の比で存在し、
前記第1のセットのユニークインデックス配列が、前記第1のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、
シークエンシング基板。 - (i)前記複数の核酸捕捉配列が一本鎖であり、
(ii)各ユニークインデックス配列が少なくとも6塩基の長さである、
請求項14に記載のシークエンシング基板。 - 各々の複数の追加の試料に由来する追加の複数の核酸断片を含み、前記追加の試料の各個々の試料からの前記追加の複数の核酸断片が、ユニークインデックス配列の前記第1のセット及びユニークインデックス配列の前記第2のセットに相補的な配列を含まない、請求項14又は請求項15に記載のシークエンシング基板。
- 核酸分子をシークエンシングする方法であって、
試料から生成された複数のデュアルインデックス付き核酸断片を用意する工程であって、前記デュアルインデックス付き核酸断片の各個々の核酸断片が、前記試料に由来する目的の配列、5'アダプター配列、5'インデックス配列、3'アダプター配列、及び3'インデックス配列を含んで、デュアルインデックス付き核酸断片を生成し、前記試料と関連付けられる5'インデックス配列の第1のセットから選択される複数の異なる5'インデックス配列及び前記試料と関連付けられる3'インデックス配列の第2のセットから選択される複数の異なる3'インデックス配列が、前記デュアルインデックス付き核酸断片中に提示され、前記複数の異なる5'インデックス配列及び前記複数の異なる3'インデックス配列が互いに区別可能である、前記用意する工程であって、
前記第1のセットの5’インデックス配列が、前記第1のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものであり、前記第2のセットの3’インデックス配列が、前記第2のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、前記用意する工程、
前記目的の配列を表すシークエンシングデータを生成する工程、
前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表すシークエンシングデータを生成する工程、並びに
個々の目的の配列が前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方と関連付けられる場合にのみ、前記個々の目的の配列を前記試料に割り当てる工程
を含む、方法。 - 前記個々の目的の配列が、前記目的の配列を表す前記シークエンシングデータとの前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータの共通位置に基づいて前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方と関連付けられる、請求項17に記載の方法。
- 別の個々の目的の配列の配列データを、前記個々の目的の配列との相補性に基づいて前記試料に割り当てる工程を含む、請求項17に記載の方法。
- 前記目的の配列を表す前記シークエンシングデータと共に前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータが、前記デュアルインデックス付き核酸断片の同じ単鎖から生成される、請求項17から19のいずれか一項に記載の方法。
- 前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータが、前記デュアルインデックス付き核酸断片の異なる単鎖から生成される、請求項17から20のいずれか1項に記載の方法。
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US20220336054A1 (en) | 2021-04-15 | 2022-10-20 | Illumina, Inc. | Deep Convolutional Neural Networks to Predict Variant Pathogenicity using Three-Dimensional (3D) Protein Structures |
US20230005253A1 (en) | 2021-07-01 | 2023-01-05 | Illumina, Inc. | Efficient artificial intelligence-based base calling of index sequences |
WO2023107622A1 (en) * | 2021-12-10 | 2023-06-15 | Illumina, Inc. | Parallel sample and index sequencing |
WO2023175024A1 (en) * | 2022-03-15 | 2023-09-21 | Illumina, Inc. | Paired-end sequencing |
WO2024081805A1 (en) * | 2022-10-13 | 2024-04-18 | Element Biosciences, Inc. | Separating sequencing data in parallel with a sequencing run in next generation sequencing data analysis |
Citations (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011100617A2 (en) | 2010-02-12 | 2011-08-18 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid, biomolecule and polymer identifier codes |
US20130079232A1 (en) | 2011-09-23 | 2013-03-28 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
US20130231253A1 (en) | 2012-01-26 | 2013-09-05 | Doug Amorese | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library regeneration |
WO2014062717A1 (en) | 2012-10-15 | 2014-04-24 | Life Technologies Corporation | Compositions, methods, systems and kits for target nucleic acid enrichment |
US20160017320A1 (en) | 2014-07-15 | 2016-01-21 | Qiagen Sciences, Llc | Semi-random barcodes for nucleic acid analysis |
US20160122753A1 (en) | 2013-06-12 | 2016-05-05 | Tarjei Mikkelsen | High-throughput rna-seq |
US20160314242A1 (en) | 2015-04-23 | 2016-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Sample indexing methods and compositions for sequencing applications |
US20160319345A1 (en) | 2015-04-28 | 2016-11-03 | Illumina, Inc. | Error suppression in sequenced dna fragments using redundant reads with unique molecular indices (umis) |
JP2017526353A (ja) | 2014-08-06 | 2017-09-14 | ニューゲン テクノロジーズ, インコーポレイテッド | 標的化されたシークエンシングからのデジタル測定値 |
Family Cites Families (26)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
ATE545710T1 (de) | 1997-04-01 | 2012-03-15 | Illumina Cambridge Ltd | Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäuren |
US6969488B2 (en) | 1998-05-22 | 2005-11-29 | Solexa, Inc. | System and apparatus for sequential processing of analytes |
US7001792B2 (en) | 2000-04-24 | 2006-02-21 | Eagle Research & Development, Llc | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
GB2395954A (en) | 2002-08-23 | 2004-06-09 | Solexa Ltd | Modified nucleotides |
GB0321306D0 (en) | 2003-09-11 | 2003-10-15 | Solexa Ltd | Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues |
EP3673986A1 (en) | 2004-01-07 | 2020-07-01 | Illumina Cambridge Limited | Improvements in or relating to molecular arrays |
WO2006064199A1 (en) | 2004-12-13 | 2006-06-22 | Solexa Limited | Improved method of nucleotide detection |
WO2006120433A1 (en) | 2005-05-10 | 2006-11-16 | Solexa Limited | Improved polymerases |
GB0514936D0 (en) | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Preparation of templates for nucleic acid sequencing |
US7329860B2 (en) | 2005-11-23 | 2008-02-12 | Illumina, Inc. | Confocal imaging methods and apparatus |
US7754429B2 (en) * | 2006-10-06 | 2010-07-13 | Illumina Cambridge Limited | Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides |
US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
EP2677308B1 (en) | 2006-12-14 | 2017-04-26 | Life Technologies Corporation | Method for fabricating large scale FET arrays |
JP4337919B2 (ja) | 2007-07-06 | 2009-09-30 | トヨタ自動車株式会社 | 設計支援装置、方法及びプログラム |
US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
FI3425062T3 (fi) * | 2010-06-09 | 2023-09-01 | Keygene Nv | Kombinatorisia sekvenssiviivakoodeja suuren suorituskyvyn seulontaa varten |
WO2013142389A1 (en) | 2012-03-20 | 2013-09-26 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Methods of lowering the error rate of massively parallel dna sequencing using duplex consensus sequencing |
US10081807B2 (en) | 2012-04-24 | 2018-09-25 | Gen9, Inc. | Methods for sorting nucleic acids and multiplexed preparative in vitro cloning |
AU2013267609C1 (en) | 2012-05-31 | 2019-01-03 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Method for accurate sequencing of DNA |
US9208847B2 (en) | 2013-10-30 | 2015-12-08 | Taiwan Semiconductor Manufacturing Co., Ltd. | Memory devices with improved refreshing operations |
EP3387152B1 (en) | 2015-12-08 | 2022-01-26 | Twinstrand Biosciences, Inc. | Improved adapters, methods, and compositions for duplex sequencing |
EP3601598B1 (en) | 2017-03-23 | 2022-08-03 | University of Washington | Methods for targeted nucleic acid sequence enrichment with applications to error corrected nucleic acid sequencing |
-
2018
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-
2019
- 2019-12-08 IL IL271239A patent/IL271239A/en unknown
-
2021
- 2021-11-08 AU AU2021266189A patent/AU2021266189A1/en active Pending
-
2022
- 2022-06-15 JP JP2022096601A patent/JP2022126742A/ja active Pending
-
2023
- 2023-12-15 US US18/542,058 patent/US20240117341A1/en active Pending
Patent Citations (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011100617A2 (en) | 2010-02-12 | 2011-08-18 | Life Technologies Corporation | Nucleic acid, biomolecule and polymer identifier codes |
US20130079232A1 (en) | 2011-09-23 | 2013-03-28 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
US20130231253A1 (en) | 2012-01-26 | 2013-09-05 | Doug Amorese | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library regeneration |
WO2014062717A1 (en) | 2012-10-15 | 2014-04-24 | Life Technologies Corporation | Compositions, methods, systems and kits for target nucleic acid enrichment |
US20160122753A1 (en) | 2013-06-12 | 2016-05-05 | Tarjei Mikkelsen | High-throughput rna-seq |
US20160017320A1 (en) | 2014-07-15 | 2016-01-21 | Qiagen Sciences, Llc | Semi-random barcodes for nucleic acid analysis |
JP2017526353A (ja) | 2014-08-06 | 2017-09-14 | ニューゲン テクノロジーズ, インコーポレイテッド | 標的化されたシークエンシングからのデジタル測定値 |
US20160314242A1 (en) | 2015-04-23 | 2016-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Sample indexing methods and compositions for sequencing applications |
US20160319345A1 (en) | 2015-04-28 | 2016-11-03 | Illumina, Inc. | Error suppression in sequenced dna fragments using redundant reads with unique molecular indices (umis) |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
KIRCHER, Martin et al.,Nucleic Acids Research,2011年10月21日,Vol. 40, No. 1, e3,pp. 1-8 |
KOZICH, James J. et al.,Applied and Environmental Microbiology,2013年06月21日,Vol. 79, No. 17,pp. 5112-5120 |
MEYER, Matthias et al.,Nucleic Acids Research,2007年08月01日,Vol. 35, No. 15, e97,pp. 1-5 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP4289996A2 (en) | 2023-12-13 |
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CA3067421A1 (en) | 2019-05-09 |
WO2019090251A2 (en) | 2019-05-09 |
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