JP2022126742A - 核酸インデックス付け技術 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2017年11月6日に出願された「NUCLEIC ACID INDEXING TECHNIQUES」というタイトルの米国仮出願第62/582,175号に対する優先権及び利益を主張し、該仮出願の開示は、参照することにより全ての目的のために全体が本明細書に組み込まれる。
14 インサート
16 シークエンシングプライマー配列
18 シークエンシングプライマー配列
20 第1のインデックス部位
22 第2のインデックス部位
26 第1のアダプター配列
28 第2のアダプター配列
30 第1のインデックスセット
32 第2のインデックスセット
40 シークエンシングライブラリー
60 試料
62 断片化された核酸
64 リン酸化された断片化された核酸
68 1塩基3'オーバーハング断片化核酸
70 分岐アダプター
72 アダプター-標的コンストラクト
92 基板
94 捕捉プローブ
96 鋳型鎖
98 リード1のプライマー
100 第1のインデックスプライマー
104 捕捉プローブ
106 第2のインデックスリードプライマー
110 相補鎖
112 リード2のプライマー
120 位置
122 位置
150 試料調製キット
152 プライマー
154 試薬
160 シークエンシングデバイス
162 試料処理デバイス
164 関連付けられたコンピューター
170 試料基板
172 イメージングモジュール
174 プロセッサ
176 I/O制御部
178 内部バス
180 不揮発性メモリ
182 RAM
184 プロセッサ
186 I/O制御部
188 RAM
190 不揮発性メモリ
192 実行可能指示
194 内部バス
196 ディスプレイ
200 グラフィカルユーザーインターフェーススクリーン
Claims (13)
- 核酸分子をシークエンシングする方法であって、
試料から生成された複数のデュアルインデックス付き核酸断片を用意する工程であって、前記核酸断片の各個々の核酸断片が、5'アダプター配列、5'インデックス配列、3'アダプター配列、及び3'インデックス配列を含み、前記試料と関連付けられる5'インデックス配列の第1のセットから選択される複数の異なる5'インデックス配列及び前記試料と関連付けられる3'インデックス配列の第2のセットから選択される複数の異なる3'インデックス配列が、前記デュアルインデックス付き核酸断片中に提示され、前記複数の異なる5'インデックス配列及び前記複数の異なる3'インデックス配列が互いに区別可能である、前記用意する工程、
初期画像及び第2の画像を獲得する1チャネルシークエンシングデバイスを用いて、前記デュアルインデックス付き核酸断片の配列を表すシークエンシングデータを生成する工程であって、前記シークエンシングデータが、検出された単一の標識と、前記初期画像及び前記第2の画像間で検出された標識の変化とに基づいたヌクレオチドの割り当てを含む、前記生成する工程、及び
前記配列のうちの個々の配列が、前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方を含む場合にのみ、前記個々の配列を前記試料と関連付ける工程
を含む、方法。 - 前記デュアルインデックス付き核酸断片を、固定化された捕捉分子を含むシークエンシング基板と接触させる工程を含み、前記捕捉分子が、前記核酸断片の前記5'アダプター及び前記3'アダプター配列にハイブリダイズするように構成されている、請求項1に記載の方法。
- 前記5'インデックス配列又は前記3'インデックス配列のうちの1つのみを含む前記シークエンシングデータ中の個々の配列を除去する工程を含む、請求項1又は2に記載の方法。
- 第2の試料からのデュアルインデックス付き核酸断片を用意する工程を含み、前記第2の試料からの前記デュアルインデックス付き核酸断片が、前記5'アダプター配列及び前記3'アダプター配列を用いて修飾されており、第2の複数の異なる5'インデックス配列及び第2の複数の異なる3'インデックス配列が、前記第2の試料からの前記デュアルインデックス付き核酸断片中に提示され、前記第2の複数の異なる5'インデックス配列及び第2の複数の異なる3'インデックス配列が、互いにも、前記複数の異なる5'インデックス配列及び前記複数の異なる3'インデックス配列とも区別可能である、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記試料及び前記第2の試料からの前記デュアルインデックス付き核酸断片を、固定化された捕捉分子を含むシークエンシング基板と同時に接触させる工程を含み、前記捕捉分子が、前記核酸断片の前記5'アダプター及び前記3'アダプター配列にハイブリダイズするように構成されている、請求項4に記載の方法。
- 目的の配列を表すシークエンシングデータを試料に割り当てるためのコンピューター実装方法であって、
1チャネルシークエンシングデバイスのシークエンシングデータを受け取る工程であって、
前記シークエンシングデータが、初期画像及び第2の画像を含み、且つ、試料から生成された複数のデュアルインデックス付き核酸断片の5'インデックス配列及び3'インデックス配列のヌクレオチドの割り当てを求めるために、前記シークエンシングデータが、検出された単一の標識と、前記初期画像及び第2の画像間で検出された標識の変化とに基づいたヌクレオチドの割り当てを含んでおり、
前記デュアルインデックス付き核酸断片の各個々の核酸断片が、前記試料に由来する目的の配列、5'アダプター配列、5'インデックス配列、3'アダプター配列、及び3'インデックス配列を含んで、デュアルインデックス付き核酸断片を生成し、前記試料と関連付けられる5'インデックス配列の第1のセットから選択される複数の異なる5'インデックス配列及び前記試料と関連付けられる3'インデックス配列の第2のセットから選択される複数の異なる3'インデックス配列が、前記デュアルインデックス付き核酸断片中に提示され、前記複数の異なる5'インデックス配列及び前記複数の異なる3'インデックス配列が互いに区別可能である、
シークエンシングデータを受け取る工程、並びに
前記シークエンシングデータを処理して、前記個々の目的の配列が前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方と関連付けられる場合にのみ、前記個々の目的の配列を前記試料に割り当てる工程
を含む方法。 - 前記個々の目的の配列が、前記目的の配列を表す前記シークエンシングデータとの前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータの共通位置に基づいて、前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方と関連付けられる、請求項6に記載の方法。
- 試料処理デバイス及びプロセッサを含むシークエンシングデバイスであって、
前記試料処理デバイスが、
画像撮影装置を介して画像データを生成するように構成され、
前記画像データが、試料から生成された複数のデュアルインデックス付き核酸断片に由来する画像データを含み、
前記デュアルインデックス付き核酸断片の各個々の核酸断片が、前記試料に由来する目的の配列、5'アダプター配列、5'インデックス配列、3'アダプター配列、及び3'インデックス配列を含んで、デュアルインデックス付き核酸断片を生成し、
前記試料と関連付けられる5'インデックス配列の第1のセットから選択される複数の異なる5'インデックス配列及び前記試料と関連付けられる3'インデックス配列の第2のセットから選択される複数の異なる3'インデックス配列が、前記デュアルインデックス付き核酸断片中に提示され、
前記複数の異なる5'インデックス配列及び前記複数の異なる3'インデックス配列が互いに区別可能であり、
前記第1のセットの5’インデックス配列が、前記第1のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものであり、前記第2のセットの3’インデックス配列が、前記第2のセット内で、シークエンシングにおけるパフォーマンスに基づいて、既に一緒にグループ化されているものである、
デバイスであり、
前記プロセッサが、
画像データを受け取り、
目的とする配列についてのシークエンシングデータを生成し、
前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表すシークエンシングデータを生成し、並びに
個々の目的の配列が前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方と関連付けられる場合にのみ、前記個々の目的の配列を前記試料に割り当てる
ように構成されたプロセッサである、
シークエンシングデバイス。 - 前記個々の目的の配列が、前記目的の配列を表す前記シークエンシングデータとの前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータの共通位置に基づいて前記第1のセットから選択される前記5'インデックス配列及び前記第2のセットから選択される前記3'インデックス配列の両方と関連付けられる、請求項8に記載のシークエンシングデバイス。
- 前記プロセッサが、別の個々の目的の配列の配列データを、前記個々の目的の配列との相補性に基づいて前記試料に割り当てるように構成される、請求項8に記載のシークエンシングデバイス。
- 前記目的の配列を表す前記シークエンシングデータと共に前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータが、前記デュアルインデックス付き核酸断片の同じ単鎖から生成される、請求項8に記載のシークエンシングデバイス。
- 前記5'インデックス配列及び前記3'インデックス配列を表す前記シークエンシングデータが、前記デュアルインデックス付き核酸断片の異なる単鎖から生成される、請求項8に記載のシークエンシングデバイス。
- 前記複数の異なる5'インデックス配列及び前記複数の異なる3'インデックス配列についての同定情報を含むユーザーインプットを受け取るユーザーインターフェースを含む、請求項8に記載のシークエンシングデバイス。
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