JP7080514B2 - 悪性b細胞を特異的に認知する抗体またはその抗原結合断片、これを含むキメラ抗原受容体及びその用途 - Google Patents

悪性b細胞を特異的に認知する抗体またはその抗原結合断片、これを含むキメラ抗原受容体及びその用途 Download PDF

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Description

本発明は大韓民国多部処の支援下で課題番号9991006240によりなされたものであって、前記課題の研究管理専門機関は(財)汎部処新薬開発事業団、研究事業名は“汎部処全周期新薬開発”、研究課題名は“新規CD19抗体基盤CAR-T治療剤開発”、主管機関は“アブクロン(株)”、研究期間は2018.02.01-2019.01.31である。
本特許出願は2017年12月22日付で大韓民国特許庁に提出された大韓民国特許出願第10-2017-0178559号に対して優先権を主張し、前記特許出願の開示事項は本明細書に参照として挿入される。
本発明は悪性B細胞を標的して癌を治療する用途の新規な抗体またはその抗原結合断片、これを含むキメラ抗原受容体及びその用途に関するものである。
悪性B細胞(B cell malignancy)は体の兔疫体系を構成する細胞系列のうち、B細胞で生じる腫瘍をいう。このような悪性B細胞は正常な兔疫体系を破壊するので、外部から侵入する抗原に対する免疫性を落ちて患者が死亡に至るようにする。例えば、悪性B細胞のうちの1つである急性リンパ球性白血病はリンパ球系白血球が悪性細胞に変わり、骨髄で増殖し、末梢血液に広がるが、肝、脾臟、リンパ系、大脳、小脳、脊髄などを侵す病気である。急性リンパ球性白血病は2015年グローバルALL発生数は161,000人、死亡者数は110,000人に予想され、発生及び死亡全て女子より男子でたくさん表れている病気である。このような急性リンパ球性白血病を治療する方法に、化学療法(chemotherapy)、標的治療法(targeted therapy)、同種幹細胞移植(allogeneic stem cell transplantation)が代表的であり、その治療法が向上して小児患者の生存率は85%を上回っている。しかしながら、相変らず既存の治療剤に未反応する患者または再発患者が発生しており、小児癌死亡の最も大きい原因となっている。
急性リンパ球性白血病だけでなく、悪性B細胞から発生する大部分のリンパ腫/白血病(lymphoma/leukemia)は細胞の表面にCD19を発現するので、これに基づいてCD19を認識する多様な治療法が試みられている。このようなCD19標的治療剤分野にはCAR-T治療剤、二重抗体(bispecific antibody)、抗体薬物複合体(antibody-drug conjugate)、免疫毒素(immunotoxin)、Fc-engineered抗体などがある。このようなCD19標的治療剤分野のうち、CAR-T治療剤は既存の治療に不応する急性白血病患者を対象に標的細胞の細胞毒性を活性化させることによって細胞死滅を誘導する機作を通じて血液癌治療に活用されて、これを通じて高い完治率(30人のうち、27人完治)の臨床試験結果が報告された。
このような背景下に本発明者らは、悪性B細胞のうち、CD19を選択的に認識する抗体断片及びこれを含むキメラ抗原受容体を開発して、このキメラ抗原受容体を発現する細胞毒性T細胞が細胞毒性活性を保有していることを確認した。
本発明者らは悪性B細胞を治療するための方法にCD19に特異的に結合する新規な抗体及びこれを用いたキメラ抗原受容体を開発するために努力した。その結果、本発明のCD19_8.1抗体がCD19抗原に選択的に結合し、この抗体の断片を含むキメラ抗原受容体を発現する細胞毒性T細胞が細胞毒性活性を保有することを確認し本発明を完成した。
したがって、本発明の目的は新規抗の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を提供することにある。
本発明の他の目的は、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメイン(extracellular domain)、膜貫通ドメイン(transmembrane domain)、及び細胞内信号伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体を提供することにある。
本発明の更に他の目的は、前記キメラ抗原受容体を発現する細胞を提供することにある。
本発明の更に他の目的は、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体を発現する細胞を含む薬剤学的組成物を提供することにある。
本発明の更に他の目的は、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体をエンコーディングする核酸分子を提供することにある。
本発明の更に他の目的は、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体をエンコーディングする核酸分子を含む再組合せベクターを提供することにある。
本発明の更に他の目的は、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片、または再組合せベクターに形質転換された宿主細胞を提供することにある。
本明細書では、以下の第1項乃至第35項の発明が請求される。
1.次を含む抗-CD19抗体またはその抗原結合断片:
(a)次の一般式1で表示されるアミノ酸序列からなるCDRH2を含む重鎖可変領域(heavy chain variable region、VH):
一般式1
GIYYDX10111213SVKG
ここで、XはG、A、またはSであり;XはS、T、I、A、D、F、L、またはHであり;XはA、T、S、Q、W、I、V、M、N、Y、またはHであり;XはR、KS、V、A、Q、L、T、E、D、M、L、F、またはPであり;X10はY、G、S、またはTであり;X11はY、W、M、またはLであり;X12はA、S、T、またはLであり;X13はD、S、G、N、またはPである;及び
(b)次の一般式2で表示されるアミノ酸序列からなるCDRL1を含む軽鎖可変領域(light chain variable region、VL):
一般式2
GXSNIGSX101112
前記XはV、A、G、S、W、N、Y、K、T、H、R、Q、E、またはDであり;XはG、H、D、L、T、Q、K、N、S、またはMであり;XはV、Y、I、P、V、M、A、L、F、またはSであり;X10はNまたはAであり;X11はAまたはPであり;X12はV、T、またはLである。
2.第1項において、
前記重鎖可変領域は下記の一般式1-1で表示されるアミノ酸序列からなるCDRH2を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片:
一般式1-1
GIYYDXYYADSVKG
ここで、XはG、A、またはSであり;XはS、T、I、A、D、F、L、またはHであり;XはA、T、S、Q、W、I、V、M、N、Y、またはHであり;XはR、KS、V、A、Q、L、T、E、D、M、L、F、またはPである。
3.第1項において、
前記軽鎖可変領域は下記の一般式2-1で表示されるアミノ酸序列からなるCDRL1を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片:
一般式2-1
GXSNIGSNAVY
前記XはV、A、G、S、W、N、Y、K、T、H、R、Q、E、またはDであり;XはG、H、D、L、T、Q、K、N、S、またはMであり;XはV、Y、I、P、V、M、A、L、I、F、またはSである。
4.第1項において、前記重鎖可変領域(VH)は序列目録第1序列のCDRH1及び序列目録第3序列のCDRH3をさらに含み;前記軽鎖可変領域(VL)は序列目録第5序列のCDRL2及び序列目録第6序列のCDRL3をさらに含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
5.第4項において、前記CDRH2は序列目録第2序列、第7序列乃至第48序列からなる群より選択されたアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
6.第4項において、前記CDRL1は序列目録第4序列、第49序列乃至第90序列からなる群より選択されたアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
7.第4項において、前記CDRH2及びCDRL1は各々序列目録第2序列及び第4序列;第7序列及び第49序列;第8序列及び第50序列;第9序列及び第51序列;第10序列及び第52序列;第11序列及び第53序列;第12序列及び第54序列;第13序列及び第55序列;第14序列及び第56序列;第15序列及び第57序列;第16序列及び第58序列;第17序列及び第59序列;第18序列及び第60序列;第19序列及び第61序列;第20序列及び第62序列;第21序列及び第63序列;第22序列及び第64序列;第23序列及び第65序列;第24序列及び第66序列;第25序列及び第67序列;第26序列及び第68序列;第27序列及び第69序列;第28序列及び第70序列;第29序列及び第71序列;第30序列及び第72序列;第31序列及び第73序列;第35序列及び第74序列;第33序列及び第75序列;第34序列及び第76序列;第35序列及び第77序列;第36序列及び第78序列;第37序列及び第79序列;第38序列及び第80序列;第39序列及び第81序列;第40序列及び第82序列;第41序列及び第83序列;第42序列及び第84序列;第43序列及び第85序列;第44序列及び第86序列;第45序列及び第87序列;第46序列及び第88序列;第47序列及び第89序列;または第48序列及び第90序列のアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
8.第1項において、前記重鎖可変領域(VH)は序列目録第91序列乃至第133序列からなる群より選択されたアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
9.第1項において、前記軽鎖可変領域(VL)は序列目録第134序列乃至第176序列からなる群より選択されたアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
10.第1項において、前記重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)は各々序列目録第91序列及び第134序列;第92序列及び第135序列;第93序列及び第136序列;第94序列及び第137序列;第95序列及び第138序列;第96序列及び第139序列;第97序列及び第140序列;第98序列及び第141序列;第99序列及び第142序列;第100序列及び第143序列;第101序列及び第144序列;第102序列及び第145序列;第103序列及び第146序列;第104序列及び第147序列;第105序列及び第148序列;第106序列及び第149序列;第107序列及び第150序列;第108序列及び第151序列;第109序列及び第152序列;第110序列及び第153序列;第111序列及び第154序列;第112序列及び第155序列;第113序列及び第156序列;第114序列及び第157序列;第115序列及び第158序列;第116序列及び第159序列;第117序列及び第160序列;第118序列及び第161序列;第119序列及び第162序列;第120序列及び第163序列;第121序列及び第164序列;第122序列及び第165序列;第123序列及び第166序列;第124序列及び第167序列;第125序列及び第168序列;第126序列及び第169序列;第127序列及び第170序列;第128序列及び第171序列;第129序列及び第172序列;第130序列及び第173序列;第131序列及び第174序列;第132序列及び第175序列;または第133序列及び第176序列のアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
11.第1項において、前記CDRH2は序列目録第190序列のアミノ酸序列を含み、前記CDRL1は序列目録第199序列または第200序列のアミノ酸序列を含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
12.第11項において、序列目録第191序列乃至第198序列のアミノ酸序列を含むCDRH3を追加的に含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
13.第11項において、序列目録第1序列のCDRH1、序列目録第5序列のCDRL2、及び序列目録第6序列のCDRL3を追加的に含むことを特徴とする、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片。
14.第1項乃至第13項のうち、いずれか一項の抗体またはその抗原結合断片をエンコーディングする核酸分子。
15.第14項の核酸分子を含む、再組合せベクター。
16.第15項の再組合せベクターに形質転換された宿主細胞。
17.次を含むCD19特異的キメラ抗原受容体:
(a)第1項乃至第13項のうち、いずれか一項の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメイン(Extracellular domain);
(b)膜貫通ドメイン(transmembrane domain);及び
(c)細胞内信号伝達ドメイン。
18.第17項において、前記膜横断ドメインはT-細胞受容体、CD27、CD28、CD3イプシロン、CD45、[0011]CD4、CD5、CD8(CD8α)、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、及びCD154のアルファ、ベータ、またはゼータ鎖からなる群より選択されたタンパク質の膜横断ドメインであることを特徴とする、CD19特異的キメラ抗原受容体。
19.第17項において、前記細胞内信号伝達ドメインはCD3ζ(CD3ゼータ)鎖から由来したドメインであることを特徴とする、キメラ抗原受容体。
20.第17項において、前記細胞内信号伝達ドメインはOX40(CD134)、CD2、CD27、CD28、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、及び4-1BB(CD137)からなる群より選択された共同刺激分子(costimulatory molecule)を追加的に含むことを特徴とする、キメラ抗原受容体。
21.第17項乃至第20項のうち、いずれか一項のキメラ抗原受容体を発現する細胞。
22.第21項において、前記細胞は、樹枝状細胞、キラー樹枝状細胞、肥満細胞、NK-細胞、B-細胞、または炎症性T-リンパ球、細胞毒性T-リンパ球、調節T-リンパ球、またはヘルパーT-リンパ球からなる群より選択された免疫細胞であることを特徴とする、キメラ抗原受容体を発現する細胞。
23.第1項乃至第13項のうち、いずれか一項の抗体またはその抗原結合断片を含むCD19を発現する細胞と関連した疾患、自家免疫疾患、または炎症疾患の予防または治療用薬剤学的組成物。
24.第23項において、前記CD19を発現する細胞と関連した疾患は、慢性リンパ球性白血病(chronic lymphocytic leukemia、CLL)、急性リンパ球性白血病(acute lymphocytic leukemia、ALL)、前リンパ球性白血病(pro-lymphocytic leukemia)、毛細胞白血病(hairy cell leukemia)、一般急性リンパ球性白血病(common acute lymphocytic leukemia、CALLA)、Null-acute lymphoblastic leukemia、非-ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(diffuse large B cell lymphoma、DLBCL)、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫(follicular lymphoma)、脾臟リンパ腫(splenic lymphoma)、辺縁帯リンパ腫(marginal zone lymphoma)、マントル細胞リンパ腫(mantle cell lymphoma)、低危険群B細胞リンパ腫(indolent B cell lymphoma)、及びホジキンリンパ腫(Hodgkin lymphoma)からなる群より選択されたB細胞悪性腫瘍(B cell malignancy)であることを特徴とする、薬剤学的組成物。
25.第23項において、前記自家免疫疾患または炎症疾患は、多発性硬化症、リューマチ性関節炎、及び全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus、SLE)からなる群より選択された疾患であることを特徴とする、薬剤学的組成物。
26.第21項または第22項の細胞を含むCD19を発現する細胞と関連した疾患、自家免疫疾患、または炎症疾患の予防または治療用薬剤学的組成物。
27.第26項において、前記CD19を発現する細胞と関連した疾患は、慢性リンパ球性白血病(chronic lymphocytic leukemia、CLL)、急性リンパ球性白血病(acute lymphocytic leukemia、ALL)、前リンパ球性白血病(pro-lymphocytic leukemia)、毛細胞白血病(hairy cell leukemia)、一般急性リンパ球性白血病(common acute lymphocytic leukemia、CALLA)、Null-acute lymphoblastic leukemia、非-ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(diffuse large B cell lymphoma、DLBCL)、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫(follicular lymphoma)、脾臟リンパ腫(splenic lymphoma)、辺縁帯リンパ腫(marginal zone lymphoma)、マントル細胞リンパ腫(mantle cell lymphoma)、低危険群B細胞リンパ腫(indolent B cell lymphoma)、及びホジキンリンパ腫(Hodgkin lymphoma)からなる群より選択されたB細胞悪性腫瘍(B cell malignancy)であることを特徴とする、薬剤学的組成物。
28.第26項において、前記自家免疫疾患または炎症疾患は、多発性硬化症、リューマチ性関節炎、及び全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus、SLE)からなる群より選択された疾患であることを特徴とする、薬剤学的組成物。
29.第17項乃至第20項のキメラ抗原受容体をエンコーディングする核酸分子。
30.第26項の核酸分子を含む再組合せベクター。
31.第27項の再組合せベクターに形質転換された宿主細胞。
32.第23項乃至第28項のうち、いずれか一項の組成物を治療が必要な対象体に投与する段階を含むCD19を発現する細胞と関連した疾患、自家免疫疾患、または炎症疾患の治療方法。
33.第32項において、前記CD19を発現する細胞と関連した疾患は、慢性リンパ球性白血病(chronic lymphocytic leukemia、CLL)、急性リンパ球性白血病(acute lymphocytic leukemia、ALL)、前リンパ球性白血病(pro-lymphocytic leukemia)、毛細胞白血病(hairy cell leukemia)、一般急性リンパ球性白血病(common acute lymphocytic leukemia、CALLA)、Null-acute lymphoblastic leukemia、非-ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(diffuse large B cell lymphoma、DLBCL)、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫(follicular lymphoma)、脾臟リンパ腫(splenic lymphoma)、辺縁帯リンパ腫(marginal zone lymphoma)、マントル細胞リンパ腫(mantle cell lymphoma)、低危険群B細胞リンパ腫(indolent B cell lymphoma)、及びホジキンリンパ腫(Hodgkin lymphoma)からなる群より選択されたB細胞悪性腫瘍(B cell malignancy)である、治療方法。
34.第32項において、前記自家免疫疾患または炎症疾患は、多発性硬化症、リューマチ性関節炎、及び全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus、SLE)からなる群より選択された疾患である、治療方法。
35.第32項において、前記対象体は哺乳動物またはヒトである、治療方法。
本明細書で、本発明の一態様に従う抗体は、CD19_8.1抗体及び親和度成熟を経たこれらの変形抗体である。
本発明のCD19_8.1抗体、その変形抗体、またはそれらの抗原結合断片は、従来のキメラ抗原受容体に使われる抗体であるFMC63と同様にCD19に対して特異的な結合能を有する。
本明細書で、“FMC63”抗体はミューリン抗-CD19単一クローン抗体の一例である(Nicholson et al., Molecular Immunology, 34(16-17): 1157-1165 (1997))。FMC63単一クローン抗体の可変領域は臨床試験で試験されたCARに使われてきた(例えば、文献[Kochenderfer et al., Nature Review Clinical Oncol., 10(5); 267-276 (2013); Porter et al., New Eng. J. Med., 365(8): 725-733 (2011); Kalos et al., Science Translational Medicine, 3(95): 95ra73 (2011); Kochenderfer et al., Blood, 116(20): 4099-4102 (2010); and Kochenderfer et al., Blood, 119(12): 2709-2720 (2012)]参照)。
本発明の抗体は、前記FMC63抗体と同一なCD19のエピトープに特異的に結合する。
本明細書で、用語“抗体(antibody)”はCD19に対する特異抗体であって、完全な抗体形態だけでなく、抗体分子の抗原結合断片(antigen binding fragment)を含む。
完全な抗体は2つの全体長さの軽鎖及び2つの全体長さの重鎖を有する構造であり、各々の軽鎖は重鎖とジスルフィド結合により連結されている。重鎖不変領域は、ガンマ(γ)、ミュー(μ)、アルファ(α)、デルタ(δ)、及びイプシロン(ε)タイプを有し、サブクラスに、ガンマ1(γ1)、ガンマ2(γ2)、ガンマ3(γ3)、ガンマ4(γ4)、アルファ1(α1)、及びアルファ2(α2)を有する。軽鎖の不変領域はキャパ(κ)及びラムダ(λ)タイプを有する。
本明細書で、用語“抗原結合断片(antigen binding fragment)”は抗原結合機能を保有している断片を意味し、Fab、F(ab')、F(ab')2、及びFvなどを含む。抗体断片のうち、Fab(fragment antigen binding)は軽鎖及び重鎖の可変領域と軽鎖の不変領域及び重鎖の最初の不変領域(CH1)を有する構造で1つの抗原結合部位を有する。Fab'は重鎖CH1ドメインのC-末端に1つ以上のシステイン残基を含むヒンジ領域(hinge region)を有するという点でFabと差がある。F(ab')2抗体はFab'のヒンジ領域のシステイン残基がジスルフィド結合をなしながら生成される。Fvは重鎖可変部位及び軽鎖可変部位のみを有している最小の抗体断片でFv断片を生成する再組合せ技術は、当業界に公知されている。二重鎖Fv(two-chain Fv)は非共有結合により重鎖可変部位と軽鎖可変部位が連結されており、単鎖Fv(single-chin variable fragment、scFv)は一般的にペプチドリンカーを通じて重鎖の可変領域と単鎖の可変領域が共有結合により連結されるか、またはC-末端で直ちに連結されているので、二重鎖Fvのようにダイマーのような構造をなすことができる。このような抗体断片はタンパク質加水分解酵素を用いて得ることができ(例えば、全体抗体をパパインに制限切断すれば、Fabを得ることができ、ペブシンに切断すれば、F(ab')2断片を得ることができる)、または遺伝子再組合せ技術により製作することができる。
したがって、本発明で抗体は具体的に単一クローン抗体、多特異的抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、単鎖Fvs(scFv)、単鎖抗体、Fab断片、F(ab')断片、ジスルフィド-結合Fvs(sdFv)、及び抗-イディオタイプ(抗-Id)抗体、そして、前記抗体のエピトープ-結合断片などを含むが、これに限定されるのではない。
本明細書で、用語“重鎖”は抗原に特異性を与えるための充分の可変領域序列を有するアミノ酸序列を含む可変領域ドメインVH及び3個の不変領域ドメインCH1、CH2、及びCH3を含む全体長さ重鎖及びその断片を全て意味する。また、本明細書で、用語“軽鎖”は抗原に特異性を与えるための充分の可変領域序列を有するアミノ酸序列を含む可変領域ドメインVL及び不変領域ドメインCLを含む全体長さ軽鎖及びその断片を全て意味する。
本明細書で、用語“可変領域(variable region)”または“可変ドメイン(variable domain)”は、抗体を抗原に結合させることと関連する抗体重鎖または軽鎖のドメインを意味する。Native抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン(各々VH及びVL)は一般的に類似の構造を有し、各ドメインは4個の保存されたフレームワーク領域(frameworkr egions、FR)及び3個の超可変領域(hyper variable regions、HVR)を含む。(Kindt et al., Kuby Immunology、第6版、W.H. Freeman and Co., page 91 (2007))。
本明細書で、用語“CDR(complementarity determining region)”は、免疫グロブリン重鎖及び軽鎖の高可変領域(hyper variable region)のアミノ酸序列を意味する(Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 4th Ed., U.S. Department of Health and Human Services, National Institutes of Health (1987))。重鎖(CDRH1、CDRH2、及びCDRH3)及び軽鎖(CDRL1、CDRL2、及びCDRL3)には各々3個のCDRsが含まれている。CDRは抗体が抗原またはエピトープに結合することにおける主要な接触残基を提供する。
本明細書で、用語“フレームワーク(Framework)”または“FR”は超可変領域(hyper variable region、HVR)残基の以外の可変ドメイン残基を示す。可変ドメインのFRは一般的に4個のFRドメインFR1、FR2、FR3、及びFR4で構成される。したがって、HVR及びFR序列は一般的にVHで次の順序で表れる:
FRH1(Framework region 1 of Heavy chain)-CDRH1(complementarity determining region 1 of Heavy chain)-FRH2-CDRH2-FRH3-CDRH3-FRH4;
また、HVR及びFR序列は一般的にVL(または、Vk)で次の順序で表れる:
FRL1(Framework region 1 of Light chain)-CDRL1(complementarity determining region 1 of Light chain)-FRL2-CDRL2-FRL3-CDRL3-FRL4。
本明細書で、用語“特異的に結合する”またはこのようなことは、抗体またはその抗原結合断片、またはscFvのような他の構成物が生理的条件下で比較的安定な抗原と複合体を形成するということを意味する。特異的結合は、少なくとも約1x10-6M以下の平衡解離定数(例えば、これより小さなKDはより堅い結合を示す)に特性化できる。2つの分子が特異的に結合するか否かを決定する方法は当業界によく知られており、例えば平衡透析、表面プラスモン共鳴などを含む。
本明細書で、用語“親和度(Affinity)”は分子(例えば、抗体)の単一結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原)との間の非共有相互作用の総合の強度を意味する。他の明示のない限り、“結合親和力(binding affinity)”は結合対(例えば、抗体及び抗原)の構成員間の1:1相互作用を反映する内因性(intrinsic)結合親和力を示す。分子XとそのパートナーYの親和度は一般的に解離定数(Kd)で示すことができる。親和度は本願に記述されているものを含んで当業界に公知された通常的な方法により測定できる。
また、本明細書で、用語、“ヒト抗体(human antibody)”または“ヒト化抗体(humanized antibody)”はヒトまたはヒト細胞により生成された抗体、またはヒト抗体レパートリー(repertoires)または他のヒト抗体コーディング序列を用いる非ヒト根源から由来した抗体のアミノ酸序列に相応するアミノ酸序列を保有する。
本明細書で、用語、“キメラ(chimeric)抗体”は重鎖及び/又は軽鎖の一部が特定根源(source)または種(species)から由来し、重鎖及び/又は軽鎖の残りが相異する根源または種から由来した抗体を意味する。
本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は、通常の技術者が認知するように、CD19を特異的に認識することができる範囲内でアミノ酸序列の変異体を含むことができる。例えば、抗体の結合親和度及び/又はその他の生物学的特性を改善させるために、抗体のアミノ酸序列に変化を与えることがある。このような変形は、例えば抗体のアミノ酸序列残基の欠失、挿入、及び/又は置換を含む。
このようなアミノ酸変異は、アミノ酸側鎖置換体の相対的類似性、例えば、疏水性、親水性、電荷、サイズなどに基づいてなされる。アミノ酸側鎖置換体のサイズ、模様、及び種類に対する分析によって、アルギニン、リシンとヒスチジンは全て正電荷を帯びた残基であり;アラニン、グリシンとセリンは類似のサイズを有し;フェニルアラニン、トリプトファンとチロシンは類似の模様を有することが分かる。したがって、このような考慮事項に基づいて、アルギニン、リシンとヒスチジン;アラニン、グリシンとセリン;そして、フェニルアラニン、トリプトファンとチロシンは生物学的に機能均等物ということができる。
変異を導入するに当たって、アミノ酸の疏水性インデックス(hydropathic index)が考慮できる。各々のアミノ酸は疏水性と電荷によって疏水性インデックスが与えられている:イソロイシン(+4.5);バリン(+4.2);ロイシン(+3.8);フェニルアラニン(+2.8);システイン/シスタイン(+2.5);メチオニン(+1.9);アラニン(+1.8);グリシン(-0.4);トレオニン(-0.7);セリン(-0.8);トリプトファン(-0.9);チロシン(-1.3);プロリン(-1.6);ヒスチジン(-3.2);グルタメート(-3.5);グルタミン(-3.5);アスパルテート(-3.5);アスパラギン(-3.5);リシン(-3.9);及びアルギニン(-4.5)。
タンパク質の相互的な生物学的機能(interactive biological function)を与えるに当たって、疏水性アミノ酸インデックスは非常に重要である。類似の疏水性インデックスを有するアミノ酸に置換しなければ類似の生物学的活性を保有できないということは公知の事実である。疏水性インデックスを参照して変異を導入させる場合、好ましくは、±2以内、より好ましくは±1以内、より好ましくは±0.5以内の疏水性インデックス差を示すアミノ酸の間で置換を行う。
一方、類似の親水性値(hydrophilicity value)を有するアミノ酸の間の置換が均等な生物学的活性を有するタンパク質をもたらすということもよく知られている。米国特許第4,554,101号に開示したように、次の親水性値が各々のアミノ酸残基に与えられている。:アルギニン(+3.0);リシン(+3.0);アスパルテート(+3.0±1);グルタメート(+3.0±1);セリン(+0.3);アスパラギン(+0.2);グルタミン(+0.2);グリシン(0);トレオニン(-0.4);プロリン(-0.5±1);アラニン(-0.5);ヒスチジン(-0.5);システイン(-1.0);メチオニン(-1.3);バリン(-1.5);ロイシン(-1.8);イソロイシン(-1.8);チロシン(-2.3);フェニルアラニン(-2.5);トリプトファン(-3.4)。
親水性値を参照して変異を導入させる場合、好ましくは±2以内、より好ましくは±1以内、より好ましくは±0.5以内の親水性値の差を示すアミノ酸の間で置換を行う。
分子の活性を全体的に変更させないタンパク質でのアミノ酸交換は当該分野に公知されている(H. Neurath, R.L.Hill, The Proteins, Academic Press, New York, 1979)。最も通常的に起こる交換はアミノ酸残基Ala/Ser、Val/Ile、Asp/Glu、Thr/Ser、Ala/Gly、Ala/Thr、Ser/Asn、Ala/Val、Ser/Gly、Thy/Phe、Ala/Pro、Lys/Arg、Asp/Asn、Leu/Ile、Leu/Val、Ala/Glu、Asp/Glyの間の交換である。
本発明の一態様によれば、本発明は次を含む抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を提供する:
(a)次の一般式1で表示されるアミノ酸序列からなるCDRH2を含む重鎖可変領域(heavy chain variable region、VH):
一般式1
GIYYDX10111213SVKG
ここで、XはG、A、またはSであり;XはS、T、I、A、D、F、L、またはHであり;XはA、T、S、Q、W、I、V、M、N、Y、またはHであり;XはR、KS、V、A、Q、L、T、E、D、M、L、F、またはPであり;X10はY、G、S、またはTであり;X11はY、W、M、またはLであり;X12はA、S、T、またはLであり;X13はD、S、G、N、またはPである;及び
(b)次の一般式2で表示されるアミノ酸序列からなるCDRL1を含む軽鎖可変領域(light chain variable region、VL):
一般式2
GXSNIGSX101112
前記XはV、A、G、S、W、N、Y、K、T、H、R、Q、E、またはDであり;XはG、H、D、L、T、Q、K、N、S、またはMであり;XはV、Y、I、P、V、M、A、L、F、またはSであり;X10はNまたはAであり;X11はAまたはPであり;X12はV、T、またはLである。
本明細書で使われた“X”及び“X”などの記号は前記定義された一般式で位置n及びmのアミノ酸を表示するために使用したものである。ここで、n及びmは前記序列のN-末端から計算される前記序列内のアミノ酸位置を表示する正数である。例えば、X及びXは前記序列のN-末端から各々1番目及び6番目の位置のアミノ酸を表示するものである。
本発明の一具現例の場合、前記一般式内のXまたはXになることができる可能なアミノ酸残基のグループから独立的に選択される。通常の技術者はXが可能な残基の羅列されたグループのいずれか1つから選択できるということと、このような選択がXのアミノ酸の選択とは独立的になされて、ここで、nとmは異なるということを理解することができる。したがって、前記一般式で、X位置で羅列された可能なアミノ酸残基のうちのどんなものでも他の多様な位置(X位置)で羅列された可能なアミノ酸残基のうちの他のものと独立的に組み合わせることができる。
下記の実施例で詳細に記載したように、本発明のCD19に特異的に結合する抗-CD19抗体、その変形抗体、またはそれらの抗原結合断片のCDRH2及びCDRL1は、各々前記一般式1または1-1、2、または2-1で表示され、前記一般式は数多いランダム変形抗体を統計的に分析した結果に基づいて作成されたものである。前記CD19に特異的に結合するCD19_8.1抗体または抗原結合断片とこれらの変形抗体は反復的な選抜試験によりCD19との相互作用が確認されて選択された。
本発明の具体的な具現例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片が含む重鎖可変領域は、下記の一般式1-1で表示されるアミノ酸序列からなるCDRH2を含む:
一般式1-1
GIYYDXYYADSVKG
ここで、XはG、A、またはSであり;XはS、T、I、A、D、F、L、またはHであり;XはA、T、S、Q、W、I、V、M、N、Y、またはHであり;XはR、KS、V、A、Q、L、T、E、D、M、L、F、またはPである。
本発明の他の具体的な具現例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片が含む軽鎖可変領域は、下記の一般式2-1で表示されるアミノ酸序列からなるCDRL1を含む:
一般式2-1
GXSNIGSNAVY
前記XはV、A、G、S、W、N、Y、K、T、H、R、Q、E、またはDであり;XはG、H、D、L、T、Q、K、N、S、またはMであり;XはV、Y、I、P、V、M、A、L、I、F、またはSである。
本発明の実施例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片が含む前記重鎖可変領域(VH)は序列目録第1序列のCDRH1及び序列目録第3序列のCDRH3をさらに含み;前記軽鎖可変領域(VL)は序列目録第5序列のCDRL2及び序列目録第6序列のCDRL3をさらに含む。
本発明の実施例で、前記一般式で示したCDRH2のアミノ酸序列は、序列目録第2序列、第7序列乃至第48序列からなる群より選択されたアミノ酸序列に対応する。
また、本発明の実施例で、前記一般式で示したCDRL1のアミノ酸序列は、序列目録第4序列、第49序列乃至第90序列からなる群より選択されたアミノ酸序列に対応する。
本発明の一実施例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片の前記CDRH2及びCDRL1は、各々序列目録第2序列及び第4序列;第7序列及び第49序列;第8序列及び第50序列;第9序列及び第51序列;第10序列及び第52序列;第11序列及び第53序列;第12序列及び第54序列;第13序列及び第55序列;第14序列及び第56序列;第15序列及び第57序列;第16序列及び第58序列;第17序列及び第59序列;第18序列及び第60序列;第19序列及び第61序列;第20序列及び第62序列;第21序列及び第63序列;第22序列及び第64序列;第23序列及び第65序列;第24序列及び第66序列;第25序列及び第67序列;第26序列及び第68序列;第27序列及び第69序列;第28序列及び第70序列;第29序列及び第71序列;第30序列及び第72序列;第31序列及び第73序列;第35序列及び第74序列;第33序列及び第75序列;第34序列及び第76序列;第35序列及び第77序列;第36序列及び第78序列;第37序列及び第79序列;第38序列及び第80序列;第39序列及び第81序列;第40序列及び第82序列;第41序列及び第83序列;第42序列及び第84序列;第43序列及び第85序列;第44序列及び第86序列;第45序列及び第87序列;第46序列及び第88序列;第47序列及び第89序列;または第48序列及び第90序列のアミノ酸序列を含む。
本発明の他の実施例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片の重鎖可変領域(VH)は、序列目録第91序列乃至第133序列からなる群より選択されたアミノ酸序列を含み、及び/又は前記軽鎖可変領域(VL)は序列目録第134序列乃至第176序列からなる群より選択されたアミノ酸序列を含むが、これに限定されるのではない。
本発明の更に他の実施例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片の前記重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)は、各々序列目録第91序列及び第134序列;第92序列及び第135序列;第93序列及び第136序列;第94序列及び第137序列;第95序列及び第138序列;第96序列及び第139序列;第97序列及び第140序列;第98序列及び第141序列;第99序列及び第142序列;第100序列及び第143序列;第101序列及び第144序列;第102序列及び第145序列;第103序列及び第146序列;第104序列及び第147序列;第105序列及び第148序列;第106序列及び第149序列;第107序列及び第150序列;第108序列及び第151序列;第109序列及び第152序列;第110序列及び第153序列;第111序列及び第154序列;第112序列及び第155序列;第113序列及び第156序列;第114序列及び第157序列;第115序列及び第158序列;第116序列及び第159序列;第117序列及び第160序列;第118序列及び第161序列;第119序列及び第162序列;第120序列及び第163序列;第121序列及び第164序列;第122序列及び第165序列;第123序列及び第166序列;第124序列及び第167序列;第125序列及び第168序列;第126序列及び第169序列;第127序列及び第170序列;第128序列及び第171序列;第129序列及び第172序列;第130序列及び第173序列;第131序列及び第174序列;第132序列及び第175序列;または第133序列及び第176序列のアミノ酸序列を含む。
本発明者らは前述した抗-CD19抗体またはその抗原結合断片の他にCD19抗原に対する親和度が増進した追加的な抗体を開発するために、既存に開発したCD19_8.1_2F1に基づいてCDRH2、CDHR3、及びCDRL1を変形させたサブライブラリを製作した。その結果、親和度が向上した8種の抗体を追加的に導出しており、各抗体のアミノ酸序列を本発明の実施例及び序列目録に収録した。
前記8種の追加抗体はCD19_8.1_2F1に基づいて導出されたので、序列目録第1序列のCDRH1、序列目録第5序列のCDRL2、及び序列目録第6序列のCDRL3を含むことを特徴とする。
本発明の一具現例によれば、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は序列目録第190序列のアミノ酸序列を含むCDRH2を含み;序列目録第199序列または第200序列のアミノ酸序列を含むCDRL1を含む。
本発明の他の具現例によれば、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は序列目録第191序列乃至第198序列のうちから選択されるアミノ酸序列を含むCDRH3を含む。
本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は前述したアミノ酸序列に対して小幅の変化、即ち、3次構造及び抗体の機能にほとんど影響を及ぼさない変形を含む抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を含む。したがって、ある具現例の場合、前述した序列と一致しなくても、少なくとも90%、93%、95%、または98%以上の類似性を有することができる。
本発明の一具現例によれば、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は前述した序列のCDRを含む重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含むモノクローナル抗体、多特異的抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、単鎖Fvs(scFv)、単鎖抗体、Fab断片、F(ab')断片、ジスルフィド-結合Fvs(sdFV)、及び抗-イディオタイプ(抗-Id)抗体、そして、前記抗体のエピトープ-結合断片などを含むが、これに限定されるのではない。
本発明の他の具現例で、本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は抗-CD19 scFvである。本発明の具体的な具現例で、前記抗体またはその抗原結合断片に含まれる重鎖可変領域及び軽鎖可変領域は(Gly-Ser)n、(Gly2-Ser)n、(Gly3-Ser)n、または(Gly4-Ser)nなどのリンカーにより連結される。ここで、nは1乃至6の正数であり、具体的には3乃至4であるが、これに限定されるのではない。前記scFvの軽鎖可変領域及び重鎖可変領域は、例えば次の配向に存在することができる:軽鎖可変領域-リンカー-重鎖可変領域または重鎖可変領域-リンカー-軽鎖可変領域。
一方、本発明の抗体CDR序列は、従来の抗-CD19抗体またはこれらを含むキメラ抗原受容体のCDR序列と比較して相同性(similarity)が非常に低いので、その序列の独特性がある。例えば、本発明のCD19_8.1抗体に対してBLAST検索した結果、相同性が最も高く出た米国特許公開公報第2016/0090427 A1号に開示された抗体(序列目録第173序列)は、本発明のCD19_8.1抗体とCDR序列の相同性が88.5%に過ぎず、さらに前記米国特許公開公報に記載された抗体はVEGF、C-MET、またはVEGFとC-METに特異的に結合する二重特異的抗体(bispecific antibody)であって、本発明の抗体とそのターゲット及び類型が相異する。
本発明の他の一態様によれば、本発明は前記の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片をエンコーディングする核酸分子を提供する。
本明細書で、用語“核酸分子”はDNA(gDNA及びcDNA)、そして、RNA分子を包括的に含む意味を有し、核酸分子で基本構成単位であるヌクレオチドは自然のヌクレオチドだけでなく、糖または塩基部位が変形された類似体(analogue)も含む(Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York(1980); Uhlman及び Peyman, Chemical Reviews, 90:543-584(1990))。
本発明の前記抗体またはその抗原結合断片、または前記キメラ抗原受容体ポリペプチドをエンコーディングするヌクレオチド序列は、前記キメラ抗原受容体分子を構成するアミノ酸序列をエンコーディングするヌクレオチド序列であればよく、ある特定ヌクレオチド序列に限定されないということは当業者に自明である。
これは、ヌクレオチド序列の変異が発生しても変異されたヌクレオチド序列をタンパク質で発現すればタンパク質序列で変化をもたらさない場合もあるためである。これをコドンの縮退性という。したがって、前記ヌクレオチド序列は機能的に均等なコドンまたは同一なアミノ酸をコーディングするコドン(例えば、コドンの縮退性により、アルギニンまたはセリンに対するコドンは6個である)、または生物学的に均等なアミノ酸をコーディングするコドンを含むヌクレオチド序列を含む。
本発明の具体的な具現例によれば、前記本発明のCD19に対する抗体またはその抗原結合断片の重鎖CDR、軽鎖CDR、重鎖可変領域、軽鎖可変領域、重鎖、または軽鎖をなすポリペプチドの序列は、本明細書の添付の序列目録に収録されている。
抗-CD19抗体またはその抗原結合断片をエンコーディングする本発明の核酸分子は、前記のヌクレオチド序列に対して実質的な同一性を示すヌクレオチド序列も含むことと解析される。前記の実質的な同一性は、前記の本発明のヌクレオチド序列と任意の他の序列を最大限対応するようにアラインし、当業界で通常的に用いられるアルゴリズムを用いてアラインされた序列を分析した場合に、最小80%の相同性、より好ましくは最小90%の相同性、最も好ましくは最小95%の相同性を示すヌクレオチド序列を意味する。
前述した生物学的均等活性を有する変異を考慮すると、本発明の抗体または抗原結合断片;またはキメラ抗原受容体ポリペプチドをエンコーディングする核酸分子は序列目録に記載された序列と実質的な同一性(substantial identity)を示す序列も含むことと解析される。前記の実質的な同一性は、前記の本発明の序列と任意の他の序列を最大限対応するようにアラインし、当業界で通常的に用いられるアルゴリズムを用いてアラインされた序列を分析した場合に、最小61%の相同性、より好ましくは70%の相同性、より好ましくは80%の相同性、最も好ましくは90%の相同性を示す序列を意味する。序列比較のためのアラインメント方法は当業界に公知されている。アラインメントに対する多様な方法及びアルゴリズムは、Smith and Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482(1981); Needleman and Wunsch, J. Mol. Bio. 48:443(1970); Pearson and Lipman, Methods in Mol. Biol. 24: 307-31(1988); Higgins and Sharp, Gene 73:237-44(1988); Higgins and Sharp, CABIOS 5:151-3(1989); Corpet et al., Nuc. Acids Res. 16:10881-90(1988); Huang et al., Comp. Appl. BioSci. 8:155-65(1992) and Pearson et al., Meth. Mol. Biol. 24:307-31(1994)に開示されている。 NCBI Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)(Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-10(1990))はNBCI(National Center for Biological Information)などで接近可能であり、インターネット上でblastp、blastn、blastx、tblastn、及びtblastxのような序列分析プログラムと連動して用いることができる。BLASTはncbiウェブサイトのBLASTページを通じて接続可能である。このプログラムを用いた序列相同性比較方法はncbiウェブサイトのBLAST helpページで確認することができる。
本発明の更に他の態様によれば、本発明は前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片をエンコーディングする核酸分子を含む再組合せベクターを提供する。
本発明の更に他の一態様によれば、本発明は前記再組合せベクターに形質転換された宿主細胞を含む。
本発明のベクターを安定し、かつ連続してクローニング及び発現させることができる宿主細胞は当業界に公知されて、如何なる宿主細胞も用いることができ、例えば、前記ベクターの適合した真核細胞宿主細胞は猿の腎臟細胞7(COS7:monkey kidney cells)、NSO細胞、SP2/0、チャイニーズハムスター卵巣(CHO:Chinese hamsterovary)細胞、W138、幼いハムスター腎臟(BHK:baby hamster kidney)細胞、MDCK、骨髄腫細胞株、HuT78細胞及びHEK-293細胞を含むが、これに限定されない。
本発明の更に他の態様によれば、本発明は次を含むCD19特異的キメラ抗原受容体を提供する:
(a)前記の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメイン(Extracellular domain);
(b)膜貫通ドメイン(transmembrane domain);及び
(c)細胞内信号伝達ドメイン。
本明細書で、用語“キメラ抗原受容体(chimeric antigen receptor、CAR)”はT-細胞信号伝達またはT-細胞活性化ドメインに連結された抗体の抗原結合ドメイン(例えば、単一鎖可変断片(scFv))を含有する人工的に製作されたハイブリッドタンパク質またはポリペプチドである。キメラ抗原受容体はモノクローナル抗体の抗原-結合性質を用いて非-MHC-制限方式により選択された標的に対するT-細胞特異性及び反応性を再誘導する能力を有する。非-MHC-制限された抗原認識はCARを発現するT-細胞に抗原処理にかかわらず抗原を認識する能力を提供して、腫瘍逃避の主要メカニズムを回避させる。また、CARはT-細胞で発現される時、有利には内在性T-細胞受容体(TCR)アルファ及びベータ鎖と二量体化されない。
本発明のキメラ抗原受容体はBリンパ球抗原として知られたCD19に対して誘導された抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメインを含む。本発明で、前記CD19に対して誘導された抗体またはその抗原結合断片は前述した抗-CD19抗体またはその抗原結合断片である。
本発明の一具現例によれば、本発明のキメラ抗原受容体は細胞の表面で発現される。したがって、膜貫通ドメインを含むことができる。前記膜貫通ドメインは当該分野で公知の天然供給源から、または合成供給源から由来できる。前記膜貫通ドメインは、例えばT-細胞受容体、CD27、CD28、CD3イプシロン、CD45、[0011]CD4、CD5、CD8(CD8α)、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、及びCD154のアルファ、ベータ、またはゼータ鎖からなる群より選択されたタンパク質の膜貫通ドメインでありえるが、これに限定されるのではない。
本発明の具体的な具現例によれば、前記膜貫通ドメインは、序列目録第177序列を含むヌクレオチド序列によりエンコーディングされるCD8由来ヒンジ/膜貫通ドメインである。
本明細書で、用語“細胞内信号伝達ドメイン”は二次伝令(2nd messenger)を生成するか、または前記2次伝令に反応してエフェクターとして機能することによって、規定された信号伝達経路を通じての細胞活性を調節するために情報を細胞内に伝達することによって作用するタンパク質の機能性部分を意味する。
本発明の他の具現例によれば、本発明のキメラ抗原受容体は細胞内信号伝達ドメインを含むことができる。前記細胞内信号伝達ドメインは免疫細胞及び免疫反応の活性化を引き起こすターゲット(例えば、CD19)に前記細胞外ドメインを結合させた後、細胞内信号伝達の原因となる。即ち、細胞内信号伝達ドメインは免疫細胞の正常エフェクター(effector)機能のうち、少なくとも1つの活性化の原因となる。例えば、T細胞のエフェクター機能はサイトカインの分泌を含む細胞毒性活性またはヘルパー活性でありえる。キメラ抗原受容体で使用するための信号変換ドメインの好ましい例は、抗原受容体結合(engagement)後、信号変換を開示するために協力して作用するT細胞受容体及び共同-受容体の細胞質序列、だけでなく同一な機能的能力を有する、このような序列の任意誘導体または変形体及び任意合成序列でありえる。
本発明の具体的な具現例によれば、前記キメラ抗原受容体の細胞内信号伝達ドメインはCD3ζ(CD3ゼータ)鎖から由来したドメインである。
本発明のより具体的な具現例によれば、前記CD3ζ(CD3ゼータ)鎖から由来したドメインは序列目録第180序列を含む塩基序列によりエンコーディングされるCD3ζドメインである。
本発明の他の具体的な具現例によれば、前記キメラ抗原受容体の細胞内信号伝達ドメインは、OX40(CD134)、CD2、CD27、CD28、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、及び4-1BB(CD137)からなる群より選択された共同刺激分子(costimulatory molecule)を追加的に含む。前記細胞内信号伝達ドメインは前述したドメインの他にも当該分野で公知された他の細胞内信号伝達分子から収得または由来することができ、細胞内信号伝達ドメインが由来する分子の全体またはその断片を含むことができる。
本発明の具体的な一具現例によれば、前記共同刺激分子(ドメイン)はCD28、OX40、4-1BB(CD137)、及び/又はICOS(CD278)からなる群より選択されたタンパク質から収得された機能的信号伝達ドメインでありえ、より具体的にはCD28及び/又はOX40の機能的信号伝達ドメインでありえる。
本発明の他の一具現例によれば、前記細胞内信号伝達ドメインは4-1BB、CD28、OX40、CD3ゼータの機能的信号伝達ドメイン、またはこれらの組合せである。前記細胞内信号伝達ドメインは最も具体的にはCD3ゼータの機能的信号伝達ドメインである。
本発明のより具体的な具現例によれば、前記CD137を含む共同刺激分子は序列目録第179序列を含む塩基序列によりエンコーディングされるCD3ζドメインである。
本発明のキメラ抗原受容体の膜貫通ドメイン及び細胞内信号伝達ドメインは、前述した具体的な膜貫通ドメイン及び細胞内信号伝達ドメインのうち、1以上選択された組合せで含まれることができる。例えば、本発明のキメラ抗原受容体はCD8α膜貫通ドメイン及びCD28及びCD3ζの細胞内信号伝達ドメインを含むことができる。
本発明の他の一態様によれば、本発明は前述したキメラ抗原受容体をエンコーディングする核酸分子を提供する。
本明細書で前述した抗-CD19抗体またはその抗原結合断片(ポリペプチド)とこれをエンコーディングする核酸分子、抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を含むキメラ抗原受容体及びこれをエンコーディングする核酸分子は単離された状態である。
本明細書で、用語“単離された”は自然/天然状態から変形または除去されることを意味する。例えば、生きている動物に自然的に存在する核酸またはペプチドは“単離された”ものではないが、それから部分的にまたは完全に分離された同一な核酸またはペプチドは“単離された”ものである。単離された核酸またはタンパク質は実質的に精製された形態に存在できるか、または例えば宿主細胞のような非-天然環境に存在することができる。
本発明の更に他の態様によれば、本発明は前述した核酸分子を含む再組合せベクターを提供する。本明細書で後述する“ベクター”に対しては前述した抗体またはその抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体をエンコーディングする核酸分子と関連して共通的に適用される。
本明細書で、用語“ベクター”は伝達ベクターと発現ベクターを含む。
本明細書で、用語“伝達ベクター”は単離された核酸を含み、単離された核酸を細胞内部に伝達することに使われることができる物質の組成を称する。線形ポリヌクレオチド、イオン性または両親媒性化合物と連結されたポリヌクレオチド、プラスミド及びウイルスを含むが、これに限定されるのではない。より具体的に、前記伝達ベクターは自家複製性プラスミドまたはウイルスを含む。前記用語は細胞内への核酸の転移を促進させる非-プラスミド及び非-ウイルス性化合物、例えばポリリシン化合物、リポソームなどを追加的に含むことができるものとして解析されなければならない。ウイルス性伝達ベクターはアデノウイルスベクター、アデノ-関連ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクターを含むが、これに限定されるのではない。
本明細書で、用語“発現ベクター”は宿主細胞で目的遺伝子を発現させるために、発現させるヌクレオチド序列に作動可能に連結された発現制御序列を含む再組合せヌクレオチドを含むベクターを称する。発現ベクターは発現のための充分のシス作用因子(cis-acting element)を含み、発現のための他の要素は宿主細胞または試験管内発現システムにより提供できる。前記発現ベクターは、再組合せポリヌクレオチドを含むプラスミドベクター;コスミドベクター;そしてバクテリオファージベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルス、レトロウイルスベクター、及びアデノ-関連ウイルスベクターのようなウイルスベクターを含む。本発明の具体的な具現例によれば、本発明のベクターで前記スイッチ分子をコーディングする核酸分子は、前記ベクターのプロモーターと作動的に結合(operatively linked)されている。本明細書で、用語“作動的に結合された”は、核酸発現調節序列(例:プロモーター、シグナル序列、または転写調節因子結合位置のアレイ)と他の核酸序列との間の機能的な結合を意味し、これにより前記調節序列は前記他の核酸序列の転写及び/又は解読を調節するようになる。
本発明の再組合せベクターシステムは、当業界に公知の多様な方法により構築されることができ、これに対する具体的な方法はSambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)に開示されており、この文献は本明細書に参照として挿入される。
本発明のベクターは遺伝子クローニングのためのベクター、タンパク質の発現のためのベクター、または遺伝子の伝達のためのベクターとして構築できる。また、本発明のベクターは元核細胞または真核細胞を宿主にして構築できる。
例えば、本発明のベクターが発現ベクターであり、真核細胞を宿主にする場合には、哺乳動物細胞のゲノムから由来したプロモーター(例:メタロチオニンプロモーター、β-アクチンプロモーター、ヒトヘモグロビンプロモーター、及びヒト筋肉クレアチンプロモーター)または哺乳動物ウイルスから由来したプロモーター(例:アデノウイルス後期プロモーター、ワクチニアウイルス7.5Kプロモーター、SV40プロモーター、サイトメガロウイルスプロモーター、HSVのtkプロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルス(MMTV)プロモーター、HIVのLTRプロモーター、モロニウイルスのプロモーター、エプスタインバーウイルス(EBV)のプロモーター、及びラウスサルコーマウイルス(RSV)のプロモーター)が用いられることができ、これらは一般的に転写終結序列としてポリアデニル化序列を有する。
本発明の一具現例によれば、前記ベクターが伝達ベクターである場合、“レトロウイルスベクター”でありえる。レトロウイルスは遺伝子伝達システムのための便利なプラットフォームを提供する。遺伝子伝達のために選択された遺伝子はレトロウイルスベクター内に挿入され、レトロウイルス粒子内にパッケージングできる。次に、再組合せされたレトロウイルスはインビボ、またはインビトロで目的とする宿主細胞に伝達できる。多いレトロウイルスベクターが関連技術分野に知られており、本発明の具体的な具現例で前記レトロウイルスベクターはMLV-基盤のレトロウイルスベクターであるpMTレトロウイルスベクターであるが、これに限定されるのではない。
本発明の他の一具現例によれば、前記ベクターは、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクターである。
本発明のベクターはそれから発現されるポリペプチドまたはタンパク質の精製を容易にするために、他の序列と融合されることもできる。融合される序列は、例えば、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(Pharmacia、USA)、マルトース結合タンパク質(NEB、USA)、FLAG(IBI、USA)、及び6xHis(hexahistidine;Quiagen、USA)などがある。一方、本発明の発現ベクターは本発明の抗体またはその抗原結合断片、及びこれを含むCARポリペプチドの発現を評価するための選択標識として選択可能マーカー遺伝子及び/又はレポーター遺伝子を含むことができる。選択可能マーカー遺伝子には、当業界で通常的に用いられる抗生剤耐性遺伝子を含み、例えばアンピシリン、ゲンタマイシン、カルベニシリン、クロラムフェニコール、ストレプトマイシン、カナマイシン、ジェネティシン、ネオマイシン、及びテトラサイクリンに対する耐性遺伝子がある。レポーター遺伝子には、ルシフェラーゼ、ベータ-ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、または緑色蛍光タンパク質遺伝子を含む。
本発明の再組合せベクターを細胞内に導入し発現させる方法は、関連技術分野によく知られている。ベクターは当業界に公知された方法により宿主細胞、例えば哺乳動物、バクテリア、酵母、または昆虫細胞内に容易に導入できる。例えば、ベクターは物理的、化学的、または生物学的手段により宿主細胞内に伝達できる。前記物理的手段は、燐酸カルシウム沈殿、リポフェクション、粒子爆撃(particle bombardment)、微細注入、電気穿孔などを含む。前記化学的手段は、コロイド分散液システム、例えば巨大分子複合体、ナノカプセル、マイクロスピア、ビード、及び水中油エマルジョン、マイセル(micelle)、混合されたマイセル、及びリポソームを含む脂質-基盤システムを含む。また、前記生物学的手段は、前述したレンチウイルス、レトロウイルスなど、DNAまたはRNAベクターの使用を含む。
本発明の他の一態様によれば、本発明は前述したキメラ抗原受容体を発現する細胞を提供する。
本発明の一具現例によれば、前記細胞は免疫細胞として先天性及び/又は後天性免疫反応の開示及び/又は実行を担当する造血起源の細胞を称する。
本発明に従う前記免疫細胞は、幹細胞から由来できる。幹細胞は、成体幹細胞、非-ヒト胚芽幹細胞、臍帯血由来幹細胞、骨髄由来幹細胞、誘導万能幹細胞、または造血幹細胞でありえる。より具体的には、前記免疫細胞は、樹枝状細胞、キラー樹枝状細胞、肥満細胞、NK-細胞、B-細胞または炎症性T-リンパ球、細胞毒性T-リンパ球、調節T-リンパ球、またはヘルパーT-リンパ球からなる群より選択された免疫細胞でありえるが、これに制限されるのではない。
本発明で、前記キメラ抗原受容体を発現する細胞は効果器細胞(effector cell)とも称される。前記効果器細胞は自家細胞または同種異型細胞の集団を含む。即ち、前記効果器細胞は本CD19に特異的なCARを発現する自家細胞または同種異型細胞の集団を含む。
また、本発明の一具現例によれば、前記効果器細胞はCD19特異的CARをコーディングする核酸分子を含むベクターに形質感染または形質導入された細胞の集団を含む。前記形質感染または形質導入は前述したように当業界に知られた多様な手段により制限無しでなされることができる。
したがって、本発明の具体的な具現例によれば、本発明の効果器細胞、例えばTリンパ球、または自然殺害細胞に伝達され、CD19特異的CARコーディング核酸分子はmRNAに転写され、前記mRNAからCD19特異的CARポリペプチドが翻訳されて効果器細胞の表面に発現される。
また、本発明の更に他の一態様によれば、本発明は抗-CD19抗体またはその抗原結合断片を含む薬剤学的組成物、または前記キメラ抗原受容体を発現する細胞を含む薬剤学的組成物を提供する。
前記薬剤学的組成物は前述した本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片、または本発明の前記キメラ抗原受容体を発現する細胞;及び薬剤学的に許容される担体を含む薬剤学的組成物の形態に提供できる。
本発明のキメラ抗原受容体を発現する細胞が薬剤学的組成物の形態に投与される場合、前記細胞は投与される対象体(subject)に対して同種動物由来または自家由来細胞でありえる。
本発明の薬剤学的組成物は、本発明のキメラ抗原受容体を発現する細胞の集団を含むことができる。
本発明の薬剤学的組成物は、前述した本発明の抗-CD19抗体またはその抗原結合断片、または本発明のキメラ抗原受容体を発現する細胞を有効性分に用いるので、この両者に共通した内容は本明細書の過度な複雑性を避けるために、その記載を省略する。
下記の実施例で立証されたように、本発明のCD19_8.1抗体断片を含むキメラ抗原受容体T細胞(CD19_8.1 CAR-T cell)はCD19抗原を発現する細胞株(RaJi)と同時培養する場合、CD19陽性細胞株(RaJi)表面のCD19抗原を認識することによって、キメラ抗原受容体細胞の活性化を誘導するので、CD19抗原と関連した疾患の治療に有用に使用できることと期待される。
本発明の薬剤学的組成物により予防または治療できる疾患には、CD19を発現する細胞と関連したヒト及び哺乳動物の疾患として、慢性リンパ球性白血病(chronic lymphocytic leukemia、CLL)、急性リンパ球性白血病(acute lymphocytic leukemia、ALL)、前リンパ球性白血病(pro-lymphocytic leukemia)、毛細胞白血病(hairy cell leukemia)、一般急性リンパ球性白血病(common acute lymphocytic leukemia、CALLA)、Null-acute lymphoblastic leukemia、非-ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(diffuse large B cell lymphoma、DLBCL)、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫(follicular lymphoma)、脾臟リンパ腫(splenic lymphoma)、辺縁帯リンパ腫(marginal zone lymphoma)、マントル細胞リンパ腫(mantle cell lymphoma)、低危険群B細胞リンパ腫(indolent B cell lymphoma)、ホジキンリンパ腫(Hodgkin lymphoma)からなる群より選択されたB細胞悪性腫瘍(B cell malignancy)を含む。
また、前記疾患は不適切であるか、または増強したB細胞数及び/又は活性化と関連した自家免疫疾患及び炎症疾患を含む。前記自家免疫疾患及び炎症疾患の例には、多発性硬化症、リューマチ性関節炎、及び全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus、SLE)を含む。
本発明の薬剤学的組成物に含まれる薬剤学的に許容される担体は、製剤時に通常的に用いられるものであって、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、澱粉、アカシアゴム、燐酸カルシウム、アルギネート、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微細結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、シロップ、メチルセルロース、メチルヒドロキシベンゾエート、プロピルヒドロキシベンゾエート、滑石、ステアル酸マグネシウム、及びミネラルオイルなどを含むが、これに限定されるのではない。本発明の薬剤学的組成物は前記成分の以外に潤滑剤、湿潤剤、甘味剤、香味剤、乳化剤、懸濁剤、保存剤などを追加で含むことができる。適合した薬剤学的に許容される担体及び製剤は Remington's Pharmaceutical Sciences (19th ed., 1995)に詳細に記載されている。
本発明の薬剤学的組成物は経口または非経口で投与することができ、例えば静脈内注入、皮下注入、筋肉注入、腹腔注入、胸骨内注入、腫瘍内注入、局所投与、鼻内投与、肺内投与、及び直腸内投与などにより投与することができる。
本発明の薬剤学的組成物の適合した投与量は、製剤化方法、投与方式、患者の年齢、体重、性、病的状態、飲食、投与時間、投与経路、排泄速度、及び反応感応性のような要因により多様であり、普通に熟練した医者は所望の治療または予防に効果的な投与量を容易に決定及び処方することができる。本発明の好ましい具現例によれば、本発明の薬剤学的組成物の1日投与量は0.0001-100mg/kgである。本明細書で、用語“薬剤学的有効量”は前述した疾患の予防または治療に十分な量を意味する。
本明細書で、用語“予防”は疾患または疾患状態の防止または保護的な治療を意味する。本明細書で、用語“治療”は、疾患状態の減少、抑制、鎮静、または根絶を意味する。
本発明の薬剤学的組成物は、当該発明が属する技術分野で通常の知識を有する者が容易に実施することができる方法によって、薬剤学的に許容される担体及び/又は賦形剤を用いて製剤化することにより単位容量形態に製造されるか、または多用量容器内に内入させて製造できる。この際、剤形はオイルまたは水性媒質中の溶液、懸濁液、または乳化液形態、またはエキス剤、散剤、坐剤、粉末剤、顆粒剤、錠剤、またはカプセル剤形態でありえ、分散剤または安定化剤を追加的に含むことができる。
また、本発明の薬剤学的組成物は前述したキメラ抗原受容体を発現する細胞の以外に他の薬剤学的活性薬剤または薬物、例えば、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、ビンクリスチンなどの化学治療剤;ベバシズマブ (bevacizumab)、オラパリブ(olaparib)などの標的治療剤;またはニボルマブ (nivolumab)、ペムブロリズマブ(pembrolizumab)のような免疫関門抑制剤を含むか、またはこれらと共に併用投与できる。
本発明の更に他の一態様によれば、本発明は前述したCD19に対する抗体またはその抗原結合断片を含む組成物;または前記のCD19特異的キメラ抗原受容体を発現する効果器細胞を含む組成物を治療が必要な対象体に投与する段階を含むCD19を発現する細胞と関連した疾患、自家免疫疾患、または炎症疾患の治療方法を提供する。
本発明の治療方法の対象疾病であるCD19を発現する細胞と関連した疾患、自家免疫疾患、または炎症疾患は、前記薬学的組成物の治療対象疾病と関連して定義したことと同一である。
本発明の一具現例で、前記対象体は哺乳動物またはヒトである。
本発明の癌または炎症性疾患の治療方法は有効性分として前述した抗体または抗原結合断片;またはキメラ抗原受容体を発現する効果器細胞を共通的に使用する方法であるので、重複する内容に対しては本明細書の過度な複雑性を避けるために、その記載を省略する。
本発明の抗体は癌細胞(特に、血液癌)で高発現されるCD19に特異的に結合する抗体であって、従来のCD19ターゲット抗体のCDR序列と比較して相同性が非常に低いので、その序列の独特性があり、本発明の抗-CD19抗体または抗原結合断片を含むキメラ抗原受容体を発現する細胞はCD19を発現する陽性細胞株に反応して免疫細胞活性を誘導するので、CAR-免疫細胞治療剤として有用に使用することができる。
CD19_8.1抗体断片に対するCD19-ECD Fcタンパク質に対する結合をELISAで分析した結果を示す図である。 第2重鎖と第1軽鎖CDR部位を変更して親和度が増進した抗体を確保するために、CD19-ECD Fcタンパク質に対する結合を変更されたELISA方法により分析した結果を示す図である。 親和度が増進した10種抗体に対するCD19-ECD Fcタンパク質に対する結合をELISAで分析した結果を示す図である。 親和度が増進した3種抗体に対するCD19陽性細胞株であるRaJi細胞株に対する結合能を流細胞分析器を通じて分析した結果を示す図である。 開発された抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体の発現を特殊タンパク質検出検査方法を用いて分析した結果を示す図である。 開発された抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体を発現する細胞毒性T細胞の活性をインターフェロンガンマ分泌量で分析した結果を示す図である。 親和度が増進した8種抗体に対するCD19-ECD Fcタンパク質に対する結合をELISAで分析した結果を示す図である。 親和度が増進した3種抗体に対するCD19陽性細胞株であるRaJi細胞株に対する結合能を流細胞分析器を通じて分析した結果を示す図である。 CD19_8.1_3C12のキメラ抗原受容体が発現される細胞毒性T細胞の活性をインターフェロンガンマの量で確認した結果である。標的細胞にCD19陽性細胞であるRaJiとCD19陰性細胞であるJurkatを使用したものであり、細胞毒性T細胞と1:5の割合で共同培養してインターフェロンガンマを測定した。 CD19陽性細胞株であるRaJi-Luc細胞と細胞毒性T細胞を共同培養した後、生き残ったRaJi-Luc細胞のluciferaseを測定して細胞毒性を確認した結果である。
発明の実施のための形態
以下、実施例を通じて本発明をより詳細に説明する。これら実施例は本発明をより具体的に説明するためのものであり、本発明の要旨に従って本発明の範囲がこれら実施例により制限されないということは当業界で通常の知識を有する者において自明である。
実施例
実施例1:CD19に対する抗体開発
抗体開発のためにヒトCD19タンパク質の細胞外部ドメイン(Extracellular domain、ECD)を動物細胞を用いて生産した後、抗原に用いた。ECDのC-末端にヒトIgG1のヒンジ及びFc部位(CH-CH)が結合された形態のDNAをpCEP4ベクター(Invitrogen、米国)にクローニングした。次に、FreeStyleTM293F(Invitrogen、米国)細胞に前記クローニングされたベクターを一時的に形質転換させて、CD19-ECD Fc融合タンパク質を確保した。前記CD19-ECD Fc融合タンパク質とオパールライブラリを用いてファージバイオ-パンニング(bio-panning)を実施した。抗体ライブラリはVCSM13ヘルパーファージ(helper phage)を用いてファージ形態に収得してパンニングに用いた。初めて抗原と結合させるライブラリファージの数は1013を用いた。パンニングラウンド(panning round)は4ラウンドまで実施したものであり、親和度の高いファージが選択的によく選別できるパンニング戦略でパンニングラウンド回数が増えるにつれて抗原の量を減らし、洗浄回数は増やす方法を適用した。ターゲット抗原に結合したファージの数はER2537E.coliを用いて下記のように適正した。バイオ-パンニング各ラウンドで得たバインダーファージ(binder phage)をpH2.2グリシン緩衝液に湧出した。SB培養液で一夜間培養したER2537を新たなSB培養液を用いて1/200で希薄して継代した。次に、3時間の間37℃で追加培養してログファージ(log phage)に到達するようにした。100μlの新鮮なER2537と10μlの希釈されたファージを1.5mlチューブで混合した後、30分間培養した後、アンピシリン(ampicillin)LBプレートに塗抹した。次に、37℃で一夜間培養して生成されたコロニー(colony)数と希釈因子を適用してファージ数を測定した。バイオ-パンニング各ラウンドで得たバインダーファージはER2537に感染させてコロニー形態に維持した状態でELISA方法により各抗原に対する結合有無を確認した。バインダーファージを感染させて得たコロニーをSB培養液に接種した後、OD600で0.5になるまで培養した。次に、0.5mMのIPTGを入れて30℃でシェーキング(shaking)培養して抗体断片タンパク質が過発現されるようにした。BBS緩衝液を用いてscFvタンパク質を精製した。精製された抗体断片をCD19-ECD Fcタンパク質がコーティングされたプレートとCD19過発現細胞株であるRaJiに処理した。2次抗体を処理した後、TMBで発色反応を発生させてELISAリーダ器(Victor X3 PerkinElmer)を用いてOD450値を測定した。CD19に特異的に結合するものとして選別された抗体クローンはファージミド(phagemid)プラスミドと公知されたプライマセット(Phage display: a laboratory manual, Carlos Barbas III, et al., Cold Spring Harbor Laboratory Press)を用いてシーケンシング(sequencing)分析を通じて可変部位の塩基序列を確認した。選別された抗体のうち、CD19に対する結合能に優れるCD19_8.1を選別したものであり、選別されたCD19_8.1抗体の可変部位の塩基序列は表1の通りである。
Figure 0007080514000001
選別されたCD19_8.1抗体の結合を定量的に確認するために抗体断片を動物細胞を用いて生産した。抗体断片のC-末端にヒトキャパ軽鎖部位が結合された形態のDNAをpCEP4ベクターにクローニングした。次に、FreeStyleTM293F細胞に前記クローニングされたベクターを一時的に形質転換させて、キャパ軽鎖融合タンパク質形態の抗体を確保した。選別された抗体の結合能を測定するためにCD19-ECD Fcを用いたELISAを進行した。CD19-ECD Fcタンパク質がコーティングされたプレートに精製された抗体断片を濃度依存的に処理したものであり、2次抗体を処理した後、TMBで発色反応を発生させてELISAリーダ器(Victor X3 PerkinElmer)を用いてOD450値を測定した(図1)。
実施例2.開発された抗体断片に対する親和度増進
CD19に対してCD19_8.1対比優れる結合力を有する抗体断片を確保するために重鎖と軽鎖ライブラリを組合せて新たなサブライブラリを製作した。サブライブラリを生成するために、NNK同意コドン(degenerate codons)を含有するオリゴヌクレオチドが使われた。CD19_8.1抗体断片はtemplate DNAに使われた。無作為コドンはPCRによりHCDR3のみを除いて5個のCDRに導入された。増幅された抗体断片は QIAquick Gel Extraction Kit(QIAGEN、米国)により精製された。抗体断片及びpComb3XSSベクターはsfiI制限酵素に切断され、ライゲーション後、ER2537に形質注入してファージライブラリを製作した。製作されたファージライブラリに基づいて実施例1と同一な方法により抗体を選別した。
選別された抗体のうち、親和度がより向上した抗体を選別するためにCD19がコーティングされたプレートを用いたELISAを進行した。ELISA遂行時、抗体断片の結合後、37℃で2時間の間追加培養して親和度が向上した抗体を選別しようとした。培養が終わって洗浄を遂行した後、2次抗体反応及びTMB発色を進行して親和度が増進した抗体を最終選別した。ELISA遂行結果、第2重鎖CDRと第1軽鎖CDRが親和度に重要であるということを確認した。これによって、第2重鎖CDRと第1軽鎖CDR部位を変更するサブライブラリを製作して前記と同一な方法により親和度が向上した抗体を選別した(図2)。選別されたコロニーで発現される抗体の序列を塩基分析を通じて確認した。選別された抗体の可変部位である第2重鎖CDRと第1軽鎖CDR部位の塩基序列は表2の通りである。
Figure 0007080514000002
Figure 0007080514000003
選別された抗体のうち、親和度が向上した10種抗体に対する定量実験のために抗体断片に対する生産を実施例2に言及された方法と同一に進行した。その結果、親和度が向上した抗体に対して、キャパ軽鎖融合タンパク質形態の抗体に確保した。選別された抗体の結合能を測定するためにCD19-ECD Fcを用いたELISAを進行した。CD19-ECD Fcタンパク質がコーティングされたプレートに精製された抗体断片を濃度依存的に処理し、2次抗体を処理した後、TMBで発色反応を発生させてELISAリーダ器(Victor X3 PerkinElmer)を用いてOD450値を測定した(図3)。測定されたOD450値を用いてCD19-ECD Fcに対する結合能をGraphpad Prismで分析した(表3)。
Figure 0007080514000004
選別された抗体のうち、CD19-ECD Fcに対する結合能に優れるE3、2F1抗体と相対的に低いC2抗体に対してCD19陽性細胞株であるRaJi細胞株に対する結合能を確認した。精製された抗体断片をCD19陽性細胞株であるRaJiに濃度依存的に処理し、CD19陽性細胞株であるRaJiに結合した抗体断片は抗-ヒトIgG-FITCを用いて染色した。RaJi細胞株に結合した抗体断片に対する分析は流細胞分析器を通じて測定し(図4)、結合能の分析はGraphpad Prismで遂行した(表4)。これを通じてCD19_8.1対比結合能が向上した抗体を確保した。
Figure 0007080514000005
実施例3:開発された抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体を含むレンチウイルスの製作
開発された抗体CD19_8.1を用いてキメラ抗原受容体を開発した。キメラ抗原受容体はCD8リーダ、scFv形態のCD19_8.1、CD8ヒンジ領域、CD137膜貫通領域及び細胞質領域、及びCD3ゼータの細胞質領域をコドン最適化した後、pLenti6-V5/DESTレンチウイルスベクター(Invitrogen、米国)にSpeI/XhoIに切断及び結紮させた。製造されたコンストラクト(序列目録第181序列)は塩基序列分析を通じて確認した。
製造されたレンチウイルスコンストラクトをウイルス外皮タンパク質であるVSV-G(vesicular stomatitis indiana virus G protein)をコーディングする核酸とgag、pol、及びrev遺伝子を含むプラスミドであるpCMV-dR8.91と共にLenti-X293T(Takara Bio Inc., 日本)細胞株に形質導入させた。形質導入はリポフェクタミン2000(Invitrogen、米国)を使用して製造社のプロトコルの通り遂行した。72時間後、レンチウイルスが含まれた培養液を遠心分離型フィルタ装置(Millipore、米国)を使用して10倍濃縮して保管した。
実施例4.開発された抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞の製造
実施例3で製造されたウイルスを用いて、CD19_8.1抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞を製造した。
まず、ヒトのnaive T細胞を分離してDynabeadsTM Human T-Activator CD3/CD28(Thermofisher scientific、米国)で24時間の間刺激し、ポリブレン(Sigma-Aldrich、米国)が含まれたレンチウイルスを前記細胞に添加して24時間の間培養しながら形質導入させる。以後、インタルキン-2(Gibco、米国)が含まれた培地に交替して5% CO2、37℃の条件で培養した。その後、CD19_8.1断片が連結されたキメラ抗原受容体の形質導入をキメラ抗原受容体を構成するCD3z抗体(BD、米国)と特殊タンパク質検出検査(Western blot)方法を用いて分析した(図5)。このように製造されたCD19_8.1抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体が表面に提示されたT細胞は、製造後24時間以内に以後の実験に使用した。
実施例5.開発された抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞の活性確認
実施例3で製造したキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞を使用して、前記T細胞が細胞の表面のCD19を認識することによって、キメラ抗原受容体細胞の活性化を誘導するか否かを確認した。具体的に、実験はCD19陽性細胞株であるRaJiとCD19陰性細胞株であるJurkat E61細胞株を10%ウシ胎児血清及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンが添加されたRPMI-1640培地に培養して使用した。まず、CD19陽性または陰性細胞株を底の丸い形態の96-ウェルプレートにウェル当たり3x10個になるように株分けした。培養上等液を除去した後、ウェル当たり処理割合に合うように製造したキメラ抗原受容体T細胞を添加し、5%のCO2及び37℃の条件で24時間の間培養した。その結果、培地に分泌されたインターフェロンガンマの量をELISAキットを使用して製造社のプロトコルの通り測定し、その結果を図6に示した。この際、対照群として細胞を培養しないプレートにキメラ抗原受容体T細胞を添加した群(Effector T cell only)、細胞を培養したプレートに何も添加しない群(Target cell only)を使用した。
図6に示すように、CD19_8.1抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体T細胞とCD19陽性細胞株でインターフェロンガンマの分泌が有意的に増加することを確認した。
実施例6.開発された抗体断片に対する親和度増進抗体開発
CD19_8.1_2F1に基づいて第2、3重鎖と第1軽鎖ライブラリを組合せて新たなサブライブラリを製作した。サブライブラリを生成するために、NNK同意コドン(degenerate codons)を含有するオリゴヌクレオチドが使われており、この際、CD19_8.1_2F1の序列が70%以上維持されるようにした。CD19_8.1_2F1抗体断片をtemplate DNAに使用した。同意コドンを用いた多様性はPCRにより3個のCDRに導入された。増幅した抗体断片はQIAquick Gel Extraction Kit (QIAGEN、米国)により精製された。抗体断片及びpComb3XSSベクターはsfiI制限酵素に切断されており、ライゲーション後、ER2537に形質注入してファージライブラリを製作した。製作されたファージライブラリに基づいて実施例1と同一な方法により抗体を選別した。開発された抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸序列は表5の通りである。
Figure 0007080514000006
開発された抗体断片をキャパ軽鎖融合タンパク質形態にFreeStyleTM 293F細胞株を用いて生産し、実施例2と同一な方法によりCD19-ECD-Fcに対する結合能を確認し(図7)、結合能の分析はGraphpad Prismで遂行した(表6)。
Figure 0007080514000007
親和度増進がなされた抗体断片に対してCD19陽性細胞株であるRaJi細胞株に対する結合能を流細胞分析法により確認した。精製された抗体断片をCD19陽性細胞株であるRaJiに濃度依存的に処理し、結合した抗体断片は抗-ヒトキャパ軽鎖-FITC(BD bioscience、米国)を用いて染色した。RaJi細胞株に結合した抗体断片のうち、細胞結合能に優れる3種に対する分析は流細胞分析器を通じて測定し(図8)、結合能の分析はGraphpad Prismで遂行した(表7)。これを通じてCD19_8.1対比結合能が向上した抗体を確保した。
Figure 0007080514000008
実施例7:親和度増進がなされた抗体断片が連結されたキメラ抗原受容体を含むレンチウイルスの製作
開発された抗体のうち、親和度が向上したCD19_8.1_3C12を用いてキメラ抗原受容体を開発した。キメラ抗原受容体はCD8リーダ、scFv形態の開発された抗体、CD8ヒンジ及び膜貫通領域、CD137細胞質領域、及びCD3ゼータの細胞質領域をGeneOptimizer(Invitrogen)アルゴリズムを用いてコドン最適化した後、プロモーターがEF-1 alphaに変更されたpLenti6.3/V5-TOPOレンチウイルスベクター(Invitrogen、米国)にSpeI/PacIに切断及び結紮させた。製造されたコンストラクトは塩基序列分析を通じて確認した。
製造されたレンチウイルスコンストラクトをウイルス外皮タンパク質であるVSV-G(vesicular stomatitis indiana virus G protein)をコーディングする核酸とgag、pol、及びrev遺伝子を含むプラスミドであるpCMV-dR8.91と共にLenti-X 293T(Takara Bio Inc.,日本)細胞株に形質導入させた。形質導入はリポフェクタミン2000(Invitrogen、米国)を使用して製造社のプロトコルの通り遂行した。レンチウイルスが含まれた培養液をLenti-X concentrator(Takara Bio Inc.,日本)を使用して濃縮して保管した。
実施例8.親和度増進がなされた抗体断片を含むキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞の製造及び活性確認
実施例7で製造されたレンチウイルスを用いて、CD19_8.1_3C12抗体断片(scFv)を含むキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞を製造した。これを通じてキメラ抗原受容体が表面に提示された細胞毒性T細胞を使用して、前記T細胞が細胞表面のCD19を認識することによって、キメラ抗原受容体細胞の活性化を誘導するか否かを確認した。
具体的に、CD19陽性細胞株であるRaJiにGFP-Luciferaseが発現されるようにレンチウイルスを導入して遺伝子導入細胞株であるRaJi-Luc細胞株を構築して実験に使用した。まず、RaJi-Luc細胞株を底の丸い形態の96-ウェルプレートにウェル当たり3x10個になるように株分けした。RaJi-Luc細胞株が株分けされたプレートにウェル当たり処理割合に合うように製造した細胞毒性T細胞を添加し、5%のCO及び37℃の条件で24時間の間共に培養した。培養後、培地に分泌されたインターフェロンガンマの量をELISAキットを使用して製造社のプロトコルの通り測定し、細胞毒性T細胞の毒性効果を luciferase測定(Bio-Glo Luciferase assay system、Promega、米国)を通じて確認した。
図9に示すように、本発明の抗体断片を含む細胞毒性T細胞とRaJi-Lucが1:5の割合で処理された実験群でインターフェロンガンマの分泌が有意的に増加することを確認した。本発明の抗体断片を含むキメラ抗原受容体の細胞毒性効果は細胞毒性T細胞とRaJi-Lucの培養後、残っているRaJi-Luc細胞株を3X Lysis buffer(75 mM Tris(pH8.0)、30% glycerol、3% Triton X100)で破砕して湧き出るluciferaseをsubstrateと反応させて確認した。Raji-Luc細胞のみ培養したwellから出るsignalを100%にしてlysis割合を決定した。本発明の抗体断片が含まれたキメラ抗原受容体T細胞では処理割合によって細胞毒性効果が示されることを確認することができた(図10)。

Claims (3)

  1. 次を含むCD19特異的キメラ抗原受容体:
    (a)-CD19抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメイン(Extracellular domain);
    ここで、前記抗-CD19抗体またはその抗原結合断片は、以下を含む:
    (i)配列番号1のアミノ酸配列からなるCDRH1、配列番号2のアミノ酸配列からなるCDRH2、及び配列番号3のアミノ酸配列からなるCDRH3を含む重鎖可変領域(heavy chain variable region、VH)、並びに、配列番号4のアミノ酸配列からなるCDRL1、配列番号5のアミノ酸配列からなるCDRL2、及び配列番号6のアミノ酸配列からなるCDRL3を含む軽鎖可変領域(light chain variable region、VL);又は
    (ii)配列番号1のアミノ酸配列からなるCDRH1、配列番号190のアミノ酸配列からなるCDRH2、及び配列番号191のアミノ酸配列からなるCDRH3を含む重鎖可変領域(VH)、並びに、配列番号199のアミノ酸配列からなるCDRL1、配列番号5のアミノ酸配列からなるCDRL2、及び配列番号6のアミノ酸配列からなるCDRL3を含む軽鎖可変領域(VL);
    (b)CD8のヒンジドメインを含む、膜貫通ドメイン(transmembrane domain);及び
    (c)4-1BBの細胞ドメイン及びCD3ζ(CD3ゼータ)の細胞ドメインを含む、細胞内信号伝達ドメイン。
  2. 請求項のキメラ抗原受容体を発現するエフェクター細胞。
  3. 請求項のエフェクター細胞を含む薬剤学的組成物。
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