JP7059003B2 - 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 - Google Patents
脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP7059003B2 JP7059003B2 JP2017512860A JP2017512860A JP7059003B2 JP 7059003 B2 JP7059003 B2 JP 7059003B2 JP 2017512860 A JP2017512860 A JP 2017512860A JP 2017512860 A JP2017512860 A JP 2017512860A JP 7059003 B2 JP7059003 B2 JP 7059003B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- lysostaphin
- mutations
- wild
- mutation
- manifold
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
- C12N9/50—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
- C12N9/52—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from bacteria or Archaea
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/16—Amides, e.g. hydroxamic acids
- A61K31/18—Sulfonamides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/397—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having four-membered rings, e.g. azetidine
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
- A61K31/47—Quinolines; Isoquinolines
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
- A61K31/505—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim
- A61K31/519—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim ortho- or peri-condensed with heterocyclic rings
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/54—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with at least one nitrogen and one sulfur as the ring hetero atoms, e.g. sulthiame
- A61K31/542—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with at least one nitrogen and one sulfur as the ring hetero atoms, e.g. sulthiame ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems
- A61K31/545—Compounds containing 5-thia-1-azabicyclo [4.2.0] octane ring systems, i.e. compounds containing a ring system of the formula:, e.g. cephalosporins, cefaclor, or cephalexine
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7028—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages
- A61K31/7034—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages attached to a carbocyclic compound, e.g. phloridzin
- A61K31/7036—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages attached to a carbocyclic compound, e.g. phloridzin having at least one amino group directly attached to the carbocyclic ring, e.g. streptomycin, gentamycin, amikacin, validamycin, fortimicins
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7042—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings
- A61K31/7048—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having oxygen as a ring hetero atom, e.g. leucoglucosan, hesperidin, erythromycin, nystatin, digitoxin or digoxin
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
- A61K38/46—Hydrolases (3)
- A61K38/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
- A61K38/46—Hydrolases (3)
- A61K38/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
- A61K38/4886—Metalloendopeptidases (3.4.24), e.g. collagenase
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
- A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y304/00—Hydrolases acting on peptide bonds, i.e. peptidases (3.4)
- C12Y304/24—Metalloendopeptidases (3.4.24)
- C12Y304/24075—Lysostaphin (3.4.24.75)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Oncology (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Description
本出願は、2014年5月14日に出願された米国特許出願第61/993,056号、2014年5月27日に出願された米国特許出願第62/003,256号、2015年2月12日に出願された米国特許出願第62/115,326号、及び2015年4月30日に出願された米国特許出願第62/155,079号の利益を主張し、この内容は、全体として、参照により本明細書に組み込まれる。
AATHEHSAQWLNNYKKGYGYGPYPLGINGGMHYGVDFFMNIGTPVKAISSGKIVEAGWSNYGGGNQIGLIENDGVHRQWYMHLSKYNVKVGDYVKAGQIIGWSGSTGYSTAPHLHFQRMVNSFSNPTAQDPMPFLKSAGYGKAGGTVTPTPNTGWKTNKYGTLYKSESASFTPNTDIITRTTGPFRSMPQSGVLKAGQTIHYDEVMKQDGHVWVGYTGNSGQRIYLPVRTWNKSTNTLGVLWGTIK(配列番号49)と比較した時に、単一のアミノ酸置換(例えば、本明細書に記載されるアミノ酸置換の任意の1つ)を有する。一部の実施形態では、リゾスタフィン多様体は、野生型配列と比較した場合に、2つのアミノ酸置換を有する。他の実施形態では、リゾスタフィン多様体は、野生型配列と比較した時に、3つのアミノ酸置換を有する。さらなる実施形態では、リゾスタフィン多様体は、野生型配列と比較した時に、4つ以上のアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、リゾスタフィン多様体は、触媒ドメインに1つ以上のアミノ酸置換を有する。一部の実施形態では、リゾスタフィン変異体は、Ser124、Ser122、Asn121、Arg118、Ile99、Lys95、Tyr93、Leu83、Lys46、Ile41、Asn13、Asn12、またはそれらの組み合わせに、変異を有する。一部の実施形態では、リゾスタフィン多様体は、次の変異:Ser124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Arg118Thr、Ile99Gln、Lys95Glu、Tyr93His、Leu83Met、Lys46His、Ile41Glu、Asn13His、及びAsn12Gly、のうちの1つまたは組み合わせを有する。他の実施形態では、リゾスタフィン多様体はまた、C末端結合ドメインに、1つ以上のアミノ酸置換を有する。一部の実施形態では、リゾスタフィン多様体は、Asn236、Arg186、Ala169、Ser166、Tyr160、またはそれらの組み合わせに、C末端結合ドメイン変異を有する。一部の実施形態では、リゾスタフィン多様体は、C末端結合ドメイン変異の次の変異:Asn236Asp、Arg186Thr、Ala169Gly、Ser166Asn、及びTyr160His、のうちの1つまたは組み合わせを有する。C末端結合ドメインにおける他の好適なアミノ酸置換は、US2008/0095756に開示されているものを含むが、これらに限定されない。
材料及び方法
試薬及び培地
プライマーを、IDT Technologies(アイオワ州コーラルビル)に、標準脱塩装置と共に注文した。PCRクリーンアップキット及びゲル抽出キットは、Zymo Research(カリフォルニア州アーバイン)製であった。市販のリゾスタフィンを、Sigma(ミズーリ州セントルイス)から購入した。プラスミド精製を、QIAPREP Spin Miniprep Kit(Qiagen; カリフォルニア州バレンシア)を使用して実施した。別途記載のない限り、全ての酵素を、New England BioLabs(マサチューセッツ州イプスウィッチ)から入手し、全ての試薬をVWR Scientific(ペンシルベニア州フィラデルフィア)から入手した。リゾスタフィン触媒ドメインから誘導されたペプチドを、GenScript(ニュージャージー州ピスカタウェイ)に注文し、これは、純度85%以上であった。MHCクラスIIDR分子を、Benaroya Research Institute(ワシントン州シアトル)から購入し、抗MHCクラスIIDR抗体をBiolegend(カルフォルニア州サンディエゴ)から購入し、DELFIA Eu標識ストレプトアビジンを、PerkinElmer(マサチューセッツ州ボストン)から購入した。
リゾスタフィン触媒ドメインのT細胞エピトープの含有量を、EpiMatrix、スコアリングマトリックスを使用して予測した。この予測は、臨床的に観察される治療薬の免疫原性とよく相関することが示されている。EpiMatrixは、HLA結合を予測するために使用されたポケットプロファイル法である(Groot及びMoise (2007) Curr. Opin. Drug Discover. Dev. 10)。このアプローチでは、タンパク質は、重複するノナマーペプチドに分けられ、次に、これらのそれぞれは、HLA対立遺伝子に対する結合能について評価される。90%を超えるヒト個体群を代表する、最も一般的な8つのHLA対立遺伝子(DRB1*0101、DRB1*0301、DRB1*0401、DRB1*0701、DRB1*0801、DRB1*1101、DRB1*1301、DRB1*1501)(Southwoodら(1998) J. Immunol. 160:3363-3373)を考慮した。結合能に基づいて、各ペプチドに、対応する標準化されたZスコアを割り当て、次に、各ペプチドを、クラスタ免疫原性スケールにマッピングした。これらは、無作為に生成されたペプチドに対して予想されることになるものからのエピトープ含有量における偏差を表す(Grootら(2013) Exp. Rev. Clin. Pharmacol. 6:651-662)。EpiMatrix「Z」スケール上の1.64を上回るペプチドスコアリング(約上位5%)は、対応するMHC分子に結合する可能性があると考えられた一方、上位1%のペプチドスコアリング(スケール上で2.32を超える)は、結合する可能性が非常にあった(Korenら(2007) Clin. Immunol. 124:26-32)。ペプチドが、4つ以上の対立遺伝子に対し、1.64より高いスコアを有した場合、EpiBarを含有すると言われていた(Weberら(2009) Adv. Drug Deliv. Rev. 61:965-976)。
EpiSweepは、2つの定量化された測定値:エピトープスコア及び力場エネルギー値、に基づいて脱免疫化多様体を分析する。しかし、アルゴリズムは、エネルギーを計算するためにタンパク質の構造を使用する。リゾスタフィンの結晶構造が知られていないので、リゾスタフィンの触媒ドメインに類似したタンパク質の利用可能な結晶構造に基づいて、リゾスタフィンモデルを作製した。リゾスタフィンの配列を、PDBデータベースと比較して、3つの非常に類似したタンパク質(PDBアクセッションコード:2B0PA、2B44A、及び1QWYA)を選択することにより、テンプレートを選択した。ホモロジーモデリングの目的の場合、30%を超える配列同一性は、十分に正確であると考えられる(Rost (1999) Prot. Eng. Design Select. 12:85-94)。全てのテンプレート構造は、S. aureusからの自己溶菌酵素であるLytMに属し、これは、リゾスタフィンの触媒ドメインと48%の配列同一性及び63%の類似性を有する(Luら(2013) supra)。
脱免疫化のプロセスは、MHC結合に寄与すると予測される残基の変異を必要とする。しかし、T細胞エピトープは、タンパク質の任意の部分に存在する可能性がある。従って、変異のランダム選択は、適切なフォールディング及び機能の阻害をもたらすことができた。この問題は、標的配列とわずかに類似している配列に見出される点変異を採用することにより、軽減できる。どの変異が脱免疫化プロセスに使用できるかを決定するために、LSTCATに対する10,000のホモログの合計を、PSI-BLASTを実行して収集した(3回繰り返し、e-value(値)<0.001)。これらの配列を、フィルタリングして、野生型と>50%のギャップまたは<35%の配列同一性を有するものを除去した。互いに多くとも90%の配列同一性を有するように、218の代表的な配列の多様なセットをサブセレクトした。許容される変異は、バックグラウンド確率分布の観点から予想される程度、頻繁に現れるが、少なくとも1つの推定エピトープを欠失させると予測されるものであった(McCaldon及びArgos (1988) Proteins 4:99-122)。さらなるフィルタは、Pro及びCysへの/Pro及びCysからの変異である活性部位残基を含む変異(32His、36Asp、82His、113His、及び115His)、ならびに以前に有害であることが判明した変異(Thr43Asp、Ser50Asp、Asn121Asp、及びLeu135Ser)を除外した。
構造ベースのEpiSweepは、タンパク質の脱免疫化を可能にし、その上、タンパク質の安定性及び機能性を保持するタンパク質再設計ツールである。アルゴリズムは、最高の免疫原性、安定性、及び活性スコアを目指して、その時点で実験的に選択される可能性があるパレート最適設計を作製するための検証された免疫情報及び構造モデリングを兼ね備える。EpiSweepが最適の設計を選択する方法は、記載されている(Parkerら(2013) J. Computation. Biol. 20:152-165)。要約すると、アルゴリズムは、タンパク質バックボーンが、剛性があると仮定し、回転異性体の離散集合から最良の側鎖コンフォメーションを選択することによる安定性の懸案事項を扱い、これは、全タンパク質のエネルギーを最小化するように選択される。全ての回転異性体及び回転異性体対は、バックボーンとの可能性のある衝突及び互いの可能性のある衝突について評価される。例えば、有意なファン・デル・ワールス半径の重なりを伴う回転異性体、または、回転異性体間エネルギー若しくは回転異性体内エネルギーが例外的に高い回転異性体を含むことが判明したコンフォメーションは、廃棄される(Parkerら(2013) supra)。
Ser126Proリゾスタフィンバックボーンを使用する分析の場合、アルゴリズムは、12の許容性の高い変異(Ser124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Arg118Thr、Ile99Gln、Lys95Glu、Tyr93His、Leu83Met、Lys46His、Ile41Glu、Asn13His、及び Asn12Gly)のみを考慮した。Ser122Asp変異が、極めて有効なエピトープ除去剤(表6)であるので、アルゴリズムを、生成された全ての計画でこの変異を含むようにさらに制約した。AMBER(AMBER99sb)力場及び陰溶媒モデル(GB/SA)に対して、分子モデリングソフトウェアTINKERを使用して、EpiSweep設計のさらなるポスト処理エネルギーの最小化を実行した。
P. pastoris株GS115及び発現ベクターpPIC9を、Invitrogen(ニューヨーク州グランドアイランド)から入手した。S. aureus株SA113及びS. aureus subsp. aureus(ATCC 25923)を、American Type Culture Collection(バージニア州マナッサス)から入手した。S. aureusの他の株(メチシリン感受性株6445及び3425-1、ならびにMRSA株3425-3)は、臨床分離株であった。
合成リゾスタフィン遺伝子の合成を、記載されるように実施した(Zhaoら(2014) Appl. Environ. Microbiol. 80:2746-53)。P. pastorisによるコドン選好性を反映するために、コドンの大部分を交換した(Zhaoら(2000) Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao 16:308-11)。遺伝子配列中のA+Tヌクレオチド伸長を阻害するために、二番目に頻度の高いコドンを必要に応じて導入した。
リゾスタフィン単一変異体を、記載されるように合成した(Zhaoら(2014) supra)。要約すると、表1に示されるプライマーを用いるスプライスオーバーラップ伸長PCRを使用して、変異を導入した。例えば、Syn_F及びS122G_R、ならびにS122G_F及びSyn_Rプライマーを使用して、リゾスタフィン遺伝子を最初に増幅することにより、Ser122Gly変異を導入した。次に、得られる(ゲル精製された)遺伝子フラグメントを、等モル比で混合し、Syn_F及びSyn_Rプライマーを使用する後続反応においてテンプレートとして使用した。最終生成物は、Ser122Gly変異を有する完全長リゾスタフィン遺伝子であった。PHUSION高忠実度DNAポリメラーゼを使用して、全てのPCR反応を実施した。次に、所望の変異を含むリゾスタフィン遺伝子を、EcoRI及びXhoIで消化し、T4 DNAリガーゼを使用して、pPIC9プラスミドにライゲーションした。ライゲーションの最終産物は、Saccharomyces cerevisiaeからのα交配因子分泌シグナルと融合されたリゾスタフィン遺伝子であった。得られるプラスミドを、E. coli DH5αエレクトロコンピテントセル(F- Φ80lacZΔM15 Δ(lacZYA-argF) U169 recA1 endA1 hsdR17 (rK -, mK +) phoA supE44 λ- thi-1 gyrA96 relA1)に形質転換させた。クローンを、Syn_F及びSyn_Rプライマーを使用してリゾスタフィン遺伝子の存在について評価し、変異の存在確認するために配列決定した(primers AOX1_F及びAOX1_R)。
スクリーニングの第1ラウンドで発現せず、Arg118Thr変異を含有するリゾスタフィン多様体を、その変異なしに合成し、発現について再試験した。スプライスオーバーラップ伸長PCRを使用して、プライマーT118R_F及びT118R_Rを用いて、Arg118Thr変異を野生型(Thr118)に復帰させた(表1)。
配列分析により、正しい触媒ドメイン変異の存在について、DH5αクローンを確認した後、P. pastoris株GS115に電気穿孔する前に、精製されたプラスミドを、SacI高忠実度制限酵素で消化した。得られる形質転換体をMDプレート(1.34%の酵母ニトロゲンベース、0.000004%のビオチン、2%のデキストロース、及び1%のアガー)上で成長させた。発現研究の場合、酵母への酸素流量を強化するために4層のチーズクロスで覆われた500mlの振とうフラスコ中30℃で、BMGY培地(1%の酵母抽出物、2%のペプトン、1.34%の酵母ニトロゲンベース、0.000004%のビオチン、1%のグリセロール、100mMのリン酸緩衝液、pH6)中で、クローンを成長させた。24時間後、細胞を、10分間テーブルトップ遠心分離機で3,000rpmの遠心分離にかけた。次に、細胞を100mlのBMMY誘導培地(1%の酵母抽出物、2%のペプトン、1.34%の酵母ニトロゲンベース、0.000004%のビオチン、0.5%のメタノール、100mMのリン酸緩衝液、pH6)に再懸濁し、30℃で次の48時間成長させた。12時間間隔で、100%のメタノールを、1%の最終濃度を目指して加えた。誘導の48時間後、振とうフラスコ培養物を、15分間3000rpmのテーブルトップ遠心分離機で遠心分離した。得られる上清を濾過して、任意の酵母細胞を除去し、pH7.5のKH2PO4緩衝液10mMで、1:5に希釈した。500μlのSP-SEPHAROSE Fast Flow resin(GE Healthcare;オハイオ州クリーブランド)を充填した重力カラムに、希釈された上清を流した。pH7.5のKH2PO4緩衝液10mM中の50mMのNaCl 5mlで、カラムを洗浄した。pH7.5のKH2PO4緩衝液10mM中の200mMのNaClのアリコート500μlで、タンパク質を溶出した。SDS-PAGEを使用して、リゾスタフィンの純度を測定した。ND-1000分光光度計(NanoDrop Technologies;デラウェア州ウィルミントン)を使用して、タンパク質濃度を定量化した。精度を確保するために、野生型リゾスタフィン及びその多様体の両方に対し、0.4の吸光度調整係数を使用して、タンパク質吸光度測定値を調整した。要約すると、調整係数を、報告されたAbs0.1%(=1g/L)値の逆数として計算した(ProtParam、ExPASy)。
振とうしながら、37℃で、トリプチックソイブロス(TSB)において、ミッドログ(mid-log)または飽和のいずれかまで、S. aureus細胞を成長させた。細胞を、遠心分離により採取し、リン酸緩衝生理食塩水(PBS:2.7mMのKCl、1.5mMのKH2PO4、8.9mMのNa2HPO4、136.9mMのNaCl、pH7.4)で1回洗浄した。Greiner Bio-One(ノースカロライナ州モンロー)製96ウェルプレート(黒・透明底)中で、アッセイを実施した。最終(250μl)反応物は、10μlのP. pastorisの培養上清、OD600=1.5のS. aureus細胞、及び5μMのSYTOX Green(Thermo Fisher Scientific;マサチューセッツ州ウォルサム)(全てPBS中)からなった。励起504nm/発光523nmを使用するSPECTRAMAX GEMINI蛍光マイクロプレートリーダー(Molecular Devices;カルフォルニア州サニーベール)を使用して、データを収集し、トレースの最も急勾配な直線の傾きから割合を測定した。内部対照としての500ngの市販のリゾスタフィン(ssLys)を用いて、各アッセイを実施した。
第2章第3.2.6節で上述したようにSYTOX(登録商標)動態アッセイを使用して、精製リゾスタフィン多様体の活性を試験した。(培養上清の代わりに)200ngの精製酵素を、各反応物において使用した。
2%のNaCl及び0.1%のウシ血清アルブミンが補充されて総量100μlになったミューラーヒントンブロス(BD)中の~40,000S. aureus SA113(またはS. aureus 6445、3425-1、3425-3)細胞を含有するポリプロピレンの96ウェルプレート(Costar 3879)のウェルに、2倍連続希釈の酵素を加えることにより、野生型リゾスタフィン及びその多様体のMICを測定した。Orbit P4 orbital shaker(ニュージャージー州エジソン)上、900rpmで振とうしながら、37℃で一晩プレートを成長させた。細菌増殖を完全に阻害する酵素の濃度により、精製リゾスタフィンの阻害活性を測定した。アッセイを、各酵素に対し3回実施した。
1μlの10XG7緩衝液及び同じ量のREMOVE-IT PNGase Fで、P. pastoris培養上清を処理した。37℃で1時間反応物をインキュベーションし、結果をSDS-PAGEにより分析した。
既知の方法(Zhaoら(2014) supra)を使用して、リゾスタフィン触媒ドメインの125位での飽和変異誘発を実施した。要約すると、テンプレートとしてのリゾスタフィン合成遺伝子及び縮重NNKプライマーを使用するスプライスオーバーラップ伸長PCRにより、飽和変異誘発を実施した。得られる32メンバーライブラリを、P. pastorisに形質転換し、48時間30℃でYPD培地(1%の酵母抽出物、2%のペプトン、1%のメタノール、1%のアガー)上で形質転換体を成長させた。活性酵素を発現する酵母クローンを見出すために、S. aureus SA113細胞を含有する溶解したトップアガー(0.5%の酵母抽出物、1%のペプトン、1%のNaCl、0.75%のアガー)を、YPM酵母プレートに注ぎ、10時間37℃でインキュベーションした。ハロ形成コロニーを採取し、プライマーSyn_F及びSyn_Rを使用して増幅し、プライマーAOX1_F及びAOX1_Rを使用して、遺伝子を配列決定した。
記載される(Zhaoら(2014) supra)ようにリゾスタフィンMICを実質的に測定した。要約すると、P. pastoris培養上清の100μlのアリコートを、TBSで連続希釈した。各ウェルに、TSB中~106CFU/mlのS. aureus SA113を100μl接種した。24時間37℃でマイクロプレートをインキュベーションした。培養上清中の阻害活性をMIC50として評価し、処理希釈は、50%の成長の阻害をもたらした。マイクロプレートリーダーで650nmの光散乱を測定することにより、MIC50を定量化した。
上述したように、示差走査蛍光測定により、リゾスタフィン多様体の相対的な熱安定性を測定した(Niesenら(2007) Nat. Protocols 2:2212-2221)。タンパク質及びSYPROオレンジをPBSで希釈し(それぞれ100μg/mlの最終濃度及び5×20μlの反応量)、Applied Biosystems ABI 7500 fastリアルタイムPCRシステムを使用して、25℃から94℃まで1℃ずつ増加して、蛍光を定量化した。Fast Thermocyclers(VWR;ペンシルベニア州ラドノール)用PCRプレートを使用して、反応物を実施した。予め設定されたTAMRAパラメータを使用して、蛍光を定量化した。『DSF Analysis v3.0.xlsx』エクセルシート及びGraphPad Prism v.6.02ソフトウェアを用いたデータ分析により、融解温度を測定した。
上述したように(Salvatら(2014) supra)、384ウェルハイスループットアッセイを使用して、MHCクラスII競合結合アッセイを実施した。8つの対立遺伝子:DRB1*0101、0301、0401、0701、0801、1101、1301、及び1501に対し、結合アッセイを実施した。要約すると、50nMの精製された組換えMHCクラスIIタンパク質及びLSTの連続希釈物または多様体ペプチドフラグメント(100μM~10nM)の入ったポリプロピレン384ウェルプレート中で、各MHCクラスII対立遺伝子に対する既知のペプチド抗原からなる100nMのビオチン化対照ペプチドをインキュベーションした。高結合ELISAプレート上にコーティングされたコンフォメーション特異的抗HLA-DR抗体L243を使用して、平衡化された溶液から、ペプチド-MHCクラスII複合体を捕獲した。DELFIAストレプトアビジン-ユーロピウムコンジュゲート及び時間分解蛍光(SpectraMax Gemini蛍光マイクロプレートリーダー)を使用して、結合された対照ペプチドを定量化した。
振とうしながら、37℃、TSB中で、一晩、S. aureus SA113を成長させた。次に、5%のエタノール及び0.1%のグルコースが補充されたTSBで1:100に細胞を希釈し、100μlの細胞懸濁液を、96ウェルプレート(Costar 3595)のウェルに添加した。振とうなしに、37℃で一晩、細胞を放置してバイオフィルムを形成した。次に、得られるバイオフィルムを水で3回洗浄し、75分間、100μl中200ngの酵素で処理した。無処理ウェルは、0.1%BSAの入ったPBSを含有していた。処理後に、プレートを水で3回洗浄し、15分間0.1%のクリスタルバイオレットで染色した。次に、プレートを、再度水で3回洗浄し、乾燥させた。30%の酢酸200μlを、各ウェルに加え、振とうしながら、25℃で15分間、クリスタルバイオレット染色液に溶解させた。デスティン(150μl)を新しい96ウェルプレートへ移し、550nmのSPECTRAMAX 190分光分析装置(Molecular Devices;カルフォルニア州サニーベール)で、各ウェルの吸光度を測定した。
一晩S. aureus株ATCC 25923のLB培養物を、ペレット化し、PBSで2回洗浄し、懸濁して、40μlのPBS中の108~109コロニー形成単位(CFU)を得た。LBアガー(DIFCO)上での投入細菌懸濁液の連続希釈により、実際の接種物を測定し、続いて、24時間37℃でインキュベーションを行った。成体雌C57BL/6Jマウス(8~12週齢;Jackson Laboratories、ミシガン州デトロイト)を、イソフルランで簡易麻酔し、これらのマウスに、口腔咽頭吸引で40μlの細菌懸濁液を接種させた。感染の1時間後に、2.5μgの野生型LST、2.5μgの多様体Flex5、2.5μgの多様体Flex9、またはブランク対照のいずれかを含有する2回目の40μlのPBS接種。感染の24時間後に、マウスを死亡させ、肺を切除し、1mlの冷PBS中に置き、均質化した。連続希釈物をLBアガー上にプレーティングし、次に、24時間37℃のインキュベーションを行うことにより、肺ホモジネートの生菌数を測定した。
(Brainardら(2009) J. Virol. 83:7305-21)に記載されるように、ヒト骨髄、肝臓、及び胸腺組織を、NOD/SCID/γc -/-マウス(Dartmouthトランスジェニック及び遺伝的構築物共有リソース)に外科移植することにより、HUMIマウスを作製した。全ての動物を、同じヒトドナーからヒト化した。実験的に使用されるマウスは、最低25%の全末梢血白血球として、ヒトリンパ球を有した。移植の14週間後、12匹の雌HUMIマウスを各4匹ずつの3グループに分け、完全フロイントアジュバント(CFA)中の100μgの野生型LST、100μgの多様体Flex5、または100μgの多様体Flex9の50μlの単回皮下注射で免疫化した。免疫化の2週間後、マウスを死亡させ、各グループに対し脾細胞を採取してプールした。プールされた脾細胞(5×105/ウェル)を、5%のウシ胎児血清、L-グルタミン、抗生物質、及び最終濃度10μg/mlのLST若しくは多様体(または対照としての1%のDMSO)を含有する培地の入った96ウェルプレートに3回プレーティングした。インキュベーションの72時間後、ウェルを1μCiの[3H]チミジン(Dupont NEN、マサチューセッツ州ボストン)とパルスし、シンチレーションカウンティング(Packard MicroSant NXT counter)によるチミジン取り込みの評価のために、UNIFILTER96ウェルGF/Cプレートで6時間後に採取した。
12匹の雌6~8週齢DR4トランスジェニックマウス(Abbノックアウト/トランスジェニックHLA-DR4;B6.129S2-H2-Ab1tm1GruTg(HLA-DRA/H2-Ea、HLA-DRB1*0401/H2-Eb)1Kito;Taconic Farms、ニューヨーク州ジャーマンタウン)を各3匹ずつの4グループに分け、次の4つのスキームのうちの1つを使用して、野生型LSTの50μlの皮下注射で免疫化した。(i)CFA中の100μgの酵素で初回の免疫化した後、14及び28日目に、不完全フロイントアジュバント(IFA)100μgでブーストする;(ii)CFA中の20μgの酵素で初回の免疫化した後、14及び28日目に、IFA20μgでブーストする;(iii)PBS緩衝液中の100μgの酵素で初回の免疫化した後、7、14、21及び28日目に、PBS緩衝液100μgでブーストする;(iv)PBS緩衝液中の20μgの酵素で初回の免疫化した後、7、14、21及び28日目に、PBS緩衝液20μgでブーストする。野生型LSTに対する血清IgG抗体力価を、13、20、27、34、及び62日目に測定した。最終ブーストの5週間後に、12匹のマウス全ては、1:40の血清希釈で、最大のELISAシグナルを示し、全てのシグナルは、1:160の希釈で、20%以内であった。マウスを、研究から23週まで、さらなる操作なしに収容し、この時点で、IgG抗体力価を再度測定し、マウスを同等の平均抗体力価を有する2つの実験群に分けた。9週~23週の回復期間に、2匹のマウス(100μgのアジュバントなしでの最低力価及び100μgのアジュバントでの高力価のうちの1匹)は脱毛、体重喪失、及び移動性の低下を受け始め、IACUC承認プロトコールにより死亡させたことに注意を要する。24週目に、1つの群を、IFA中の100μgの野生型LSTで、もう1つの群を、IFC中の100μgの多様体Flex5で、再チャレンジした。26週目に、マウスを死亡させ、各グループに対して脾細胞を採取してプールした。増殖アッセイを、上記のように行った。
ClustalWを使用して、リゾスタフィン及びその相同配列ALE-1及びLytMの配列アライメントを実施した。
Asn125Gln変異体のリゾスタフィン触媒ドメイン(Zhaoら(2014) supra)のEpiMatrix分析は、ドメインが、合計エピトープスコア46を有する、多くの予測されたT細胞エピトープを有することを示す。タンパク質は、14例の予測された上位1%のバインダー(score(スコア)>2.32)及び32例の上位5%のバインダー(score>1.64)を有していた。配列はまた、3つのEpiBars(最低4つの対立遺伝子に対して1.64以上のスコアを有するペプチド)を含有することが判明し、ペプチド116FQRMVNSFS124(配列番号88)は、全ての8つの対立遺伝子に対して高度に免疫原性があると予測された(表2)。
EpiSweepは、合計1,533の計画をもたらし、これらのうちの81を、2~8の変異の変異負荷でのパレート最適計画として評価した。この時点で、一連の設計を単に選択することは可能であったが、次に、これを、適切なフォールディング及び活性について、実験的分析にかけるであろう。しかし、配列ベースのEpiSweepに基づく脱免疫化リゾスタフィンを生成する以前の取り組みは、活性多様体をもたらさなかった。構造ベースのEpiSweepを、代替方法として設計し、これは、良好な結果を生じると想定された。不正確なリゾスタフィン表現がエラーを生じることがあることを考えると、反復フィードバック戦略を用いて、(個別に)15の最も頻度の高い変異を、タンパク質フォールディング(発現)及び活性の影響について試験した。
P. pastoris中でS. simulansリゾスタフィン作製する初期の試みは、タンパク質発現の不足により、妨げられた。従って、P. pastoris中の発現に対する遺伝子を、修飾した(Zhaoら(2014) supra)。要約すると、野生型リゾスタフィンの配列を、P. pastorisのコドン選好性を反映するように調整した。さらに、配列における不均衡なA+T含有物を有する長いセグメントを、特定して阻害した。新しいバージョンの遺伝子(SYNリゾスタフィン)は、振とうフラスコ培養物中に多くとも80mg/Lのタンパク質を生じ、2Lのバイオリアクター中に500mg/Lのタンパク質を生じることが判明した(Zhaoら(2014) supra)。
エピトープスコアを測定するために、及び、最も頻度の高い変異を比較するために、Ser126Proリゾスタフィンバックボーンを、EpiMatrix及びEpiSweepで分析した。結果は、Ser126Pro変異体に切り替えると、予測されたエピトープスコアが増加したことを示した。Ser126Proは、Asn125Glnバックボーンに対する46のエピトープスコアと比較して、50の合計エピトープスコアを有する(表2)。EpiMatrix分析はまた、Ser126Proが5つのEpiBars(最低4つの対立遺伝子に対して、1.64以上のZスコアを有するペプチド)を有する一方、Asn125Glnが3つのEpiBarsを有したことを示した。Ser126Proバックボーンは、15例の予測された上位1%のバインダー(score>2.32)及び35例の上位5%のMHCバインダー(score>1.64)を有していた。ペプチド116FQRMVNSFS124(配列番号88)は、Asn125Glnバックボーンと同程度に問題が残り、8つの対立遺伝子全てに対してより高い免疫原性があると予測された。Ser126Proバックボーン中に存在する4つの新しいエピトープを、ペプチド119MVNSFSNPT127(配列番号142)及び120VNSFSNPTA128(配列番号143)に導入した(表5)。
例え、アルゴリズムが、触媒ドメインのみの脱免疫化に焦点を当てたとしても、適切なタンパク質フォールディングを保証する完全長成熟タンパク質との関連で、単一点変異体を試験したことに注意することが重要である。リゾスタフィンが、培地に分泌されるので、培養上清からのリゾスタフィン活性の単一分析を、タンパク質上の単一点変異の効果の十分な評価とみなした。
EpiSweepを使用して得られた全ての設計は、剛性バックボーンを想定していた(本明細書において、「剛性」バックボーン設計と称する)。しかし、タンパク質は、高いレベルの柔軟性で知られているので、ポスト処理エネルギーの最小化工程において、バックボーンを固定したままにすることは、不正確なエネルギー評価をもたらすことにより、脱免疫化多様体の正確性を損なう可能性があることが肯定された。完全に剛性のある設計が、最小化の間、側鎖を緩ませた(一方、バックボーンを固定した)設計と、エネルギーエピトープスコア状況において大幅に異なることが観察されている(Parkerら(2013) supra)。従って、計算上許容される方法において、柔軟性を得るためには、EpiSweep設計のさらなるポスト処理エネルギーの最小化を実施した(本明細書において、「柔軟性」バックボーン設計と称する)。この分析の結果は、2つのバックボーンの間に、実際に目に見える動きがあったことを示した。
上記のように、15の最も頻度の高い変異の発現及び活性を分析した。この分析に基づいて、不満足な活性値のために、2つの変異を断念した。加えて、Ser122Glyは、Ser122Gly変異の3つのエピトープと比較して、10エピトープを欠失させたSer122Aspと同じ残基を標的としたので、除去された。最も頻度の高い変異Arg118Thrは、Ser126Proバックボーンとの関連で任意のエピトープを欠失せず、発現レベルが比較的低かった。しかし、Arg118Thrは、標的エピトープにおいて他の変異を助けるので、維持された。例えば、Ser122Aspと組み合わせた場合、Arg118Thr変異は、合計13のエピトープを標的とした。その結果、データセットは、12の異なる変異:Ser124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Arg118Thr、Ile99Gln、Lys95Glu、Tyr93His、Leu83Met、Lys46His、Ile41Glu、Asn13His、及びAsn12Glyを含有した。
各リゾスタフィン多様体を、振とうフラスコ中で成長させ、SDS-PAGEにより発現レベルについて試験した。(SDS-PAGE検出による)培養上清中の意味のあるレベルで発現することが判明した計画を、相対的な特定の活性についてさらに特性決定した。結果は、28の剛性バックボーン計画及び柔軟性バックボーン計画のうち11のみが発現したことを示した。Rigid1を除く全ての多様体の発現レベルは、野生型リゾスタフィンのものよりも低いことが判明した。
合成設計の半分未満が、意味のあるレベルで発現したので、非発現設計を、変異パターンについて分析した。この分析は、発現設計及び非発現設計は、変異の大部分を共有したことを示した。Leu83Met、Tyr93His、及びLys95Gluなどの一部の変異は、非発現計画のほとんどに存在したが、ごく少ない発現計画にしか存在しなかった。同様に、Arg118Thrは、ほんのわずかの発現計画に存在したが、(強制Ser122Asp変異が除外された)他の任意の変異とは異なり、それは非発現計画の全てにおいて見出すことができた。
表された全ての計画を、活性及び安定性のさらなる特性評価のために洗練させた。さらに、Arg118Thr変異をもともと有していたが、目下同じ位置に野生型残基を有していた全ての設計(復帰計画)を評価した。この分析の結果を表9に示した。
野生型リゾスタフィン触媒ドメイン中の予測されたエピトープは、リゾスタフィン配列の全体にわたって広く分布したが、エピトープの大部分が、5つのクラスタにグループ化することができた(図2)。ほとんどのエピトープは、多数の結合イベントを有することが予測された。
多様体Flex5及びFlex9を発現させ、精製し、生物学的複製において特性決定した。さらなる対照として、野生型LSTを、商業的供給元から入手し、平行して分析した。多様体の両方の見かけの融解温度は、予備的試験中に得られた値と一致したが、細菌溶解の特異的な割合は、より厳密な分析時にやや高いことが見出された(表17)。重要なことに、脱免疫化多様体は、両方のアッセイにおいて、商業的に供給されるLSTと同等かまたはこれよりも良好であった。酵素の抗菌活性を、S. aureusの4つ株に対する最小阻害濃度(MIC)を評価することにより、さらに定量化した。株SA113に対するFlex5のMICは、野生型及び市販のLSTのものと同等であり、それは、MRSA株3425-3を含む3つの臨床分離株に対する1回の2倍連続希釈内であった。多様体Flex9はまた、良好な殺菌/静菌活性を保持して、200ng/ml(~7nM)以下で、4つの株全ての副産物を防止した。LSTCAT多様体が4つまたは8つの変異をそれぞれコードしたという事実を考えると、それらの高レベルの抗ブドウ球菌活性が顕著であった。
より臨床的に関連する方法において抗菌活性を評価するためには、S. aureus臨床分離株を使用するマウス肺感染モデルを用いた。マウスを、口腔咽頭吸引により、生きているバクテリアに感染させ、1時間後に、2.5μgの野生型LST、多様体Flex5、または多様体Flex9を含有する溶液で同じ経路から治療した。感染の24時間後に、マウスを死亡させ、肺を採取し、生菌数を、肺のホモジネートの連続希釈物をプレーティングすることにより、測定した。全ての3つの酵素は、生理食塩水緩衝液対照と比較して、細菌が与える負担において統計的有意に10分の1に減少した(一元ANOVA P=0.007、テューキーの後検定)が、3つの治療の間に有意差はなかった(図4A)。従って、脱免疫化候補は、感染した及び炎症をおこした肺環境において、野生型の有効性を保持した。
概要
LST中の推定T細胞エピトープの枯渇が抗薬物抗体応答を軽減し、結果として治療有効性を強化することになることを実証するために、この分析を実施した。エピトープ枯渇多様体は、2つの異なる計算的に導かれた戦略を使用して開発された:これらは、経験的な改善が続く、個々の脱免疫化多様体(「opt」多様体と表記される)の構造ベースの設計ならびに機能的に脱免疫化されたメンバー(「lib」多様体と表記される)が強化された組み合わせのライブラリの構造ベースの設計及びスクリーニングである。ヒト化HLAトランスジェニックマウスを使用して、各方法が推定免疫原性エピトープを欠失し、それによりインビボでの抗LST抗体の形成を妨げる効率性を評価した。続いて、再発性菌血症モデルを使用して、LST脱免疫が全身性S. aureus感染のクリアランスを可能にする程度を測定した。脱免疫化多様体及びその野生型対応物の間のこの体系的な比較は、推定T細胞エピトープ、インビボ免疫原性、及び治療有効性の間の臨床関連の接続の直接実験的証拠を提供する。
材料
プライマーを、IDT Technologies(アイオワ州コーラルビル)に、標準脱塩装置と共に注文した。分子クローニングのための制限酵素及びPhusion DNAポリメラーゼを、New England Biolabs(マサチューセッツ州イプスウィッチ)から購入した。他の全ての試薬及び用品は、別途明記のない限り、VWR Scientific(ペンシルベニア州フィラデルフィア)製であった。
リゾスタフィンの結晶構造を利用できなかったので、2つのドメインのためのホモロジーモデルを作製した。触媒ドメイン(2B0P:A、2B44:A、及び1QWY:A)に対するLytMからの3つのテンプレート構造を、選択した(Firczukら(2005) J. Mol. Biol. 354:578-90; Odintsovら(2004) J. Mol. Biol. 335:775-85)。3つのテンプレート構造は、有意な配列同一性(95%~97%)を共有し、さらに、それらは、保存された活性部位周辺に高度な可動性ループ(Firczukら(2005) J. Mol. Biol. 354:578-90)を有する。リゾスタフィン触媒ドメインに対する最も高い配列同一性は、優良なモデル構造を構築するのに十分である46.7%であった(Baker及びAndrej (2001) Science 294:93-96)。MODELLERを使用して、最初のホモロジーモデルを構築した。ループモデリング法FREAD(Choi及びDeane (2010) Proteins 78:1431-1440)を使用して、テンプレートなしの領域(24PLGINGG30;配列番号168)をモデル化し、これは、1GMN:A(180PRGEEGG186;配列番号169)から配列類似ループを選択した(Liethaら(2001) EMBO J. 20:5543-5555)。配列同一性が高い(83.5%)単一テンプレート構造(1R77:A、リゾスタフィンホモログであるALE-1の細胞壁標的ドメイン構造)を使用して、細胞壁結合ドメインを作製した(Luら(2006) J. Biol. Chem. 281:549-558)。DOPE統計ポテンシャル関数のスコア(Shen及びSali (2006) Protein Sci. 15:2507-2524)の観点から、良好なモデルを選択した。予測されたループを緩ませるために、GB/SAを伴うAMBER99sbに対し、触媒ドメインモデルを最小化した(Hornakら(2006) Proteins 65:712-725; Stillら(1990) J. Am. Chem. Soc. 112:6127-6129)。
各ドメインの場合、ホモログを見つけるために、非冗長のデータベースに対して、PSI-BLASTの3回の繰り返し(Altschulら(1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402)を実行した。同定された配列に対する複数の配列アライメントを作製し、あまりギャッピーでないもの(多くとも25%)、及びLSTと十分に類似する(少なくとも35%)が、互いに十分に異なる(多くとも90%同一)ものを同定するために処理した。一連の114の代表的な触媒ドメインホモログ及び23の代表的な結合ドメイン配列が残った。アミノ酸を、各複数配列アライメント中の各位置で同定し、続いて設計のための可能な変異として使用した。機能的に重要とみられる特定の位置及び変異を、変異させなかった(32、36、82、113、115、117、118、119、125、126、127位はロックされ;Y33T、F38A、F38G、M39A、I41R、S124Y、及びR118Tは許容されなかった)。第2のフィルタリング工程は、5%の閾値で、ProPredを使用して決定されるように、少なくとも1つのエピトープを欠失すると予測されたそれらの変異のみを保った。推定される有害な影響を避けるために、プロリン及びシステインへの変異、ならびに、プロリン及びシステインからの変異も排除した。
エピトープ枯渇設計を生成するために、構造ベースの脱免疫化方法EpiSweepを、実施例1に記載されるように、各ドメインに適応した。AMBER力場(Pearlmanら(1995) Comput. Phys. Commun. 91:1-41)及び基準エネルギー(Lippow及びTidor (2007) Curr. Opin. Biotechnol. 18:305-311)に従い、OSPREY(ver.2.0)(Chenら(2009) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106:7678-7678)を使用して、変異の選択肢のための可能な回転異性体(Lovellら(2000) Proteins 40:389-408)に対する1体及び2体エネルギー項を評価した。5%の閾値で、ProPred(Singh及びRaghava (2001) Bioinformatics 17:1236-7)を使用して、バインダーまたは非バインダーのいずれかとして、各ノナマーを特徴づけるDR4エピトープ(HLA Allele DRB1*0401)の含有量を評価した。少なくとも7つの変異は、触媒ドメイン中の全ての予測されたDR4エピトープを枯渇させる必要があり;6つの変異が、細胞壁結合ドメインを完全に枯渇させる必要があったことが判明した。一連の20のエネルギー最適な及びほぼ最適な完全枯渇設計を、EpiSweep最適化アルゴリズムにより、各ドメインに対して同定した。最もエネルギー最適な触媒ドメイン設計は、分析が潜在的に有害であると特定するSer124に変異を含有する。しかし、代替二重変異Asn121Gly及びSer122Glyが、同じエピトープを除去することが予測され、さらに、これらの2つの変異は、実験的に決定された活性がLSTWTよりも高いことを表す。(有害なSer124変異を含有する)最もエネルギー最適な設計及び代替二重変異設計の間のエネルギー差は、わずかであった(-294.94及び-293.9)。従って、細胞壁結合ドメインに対する最もエネルギー最適な設計及び触媒ドメインのC末端部分の代替二重変異(Asn121Gly及びSer122Gly)を有するように、設計(Opt1)を選択した。
安定な脱免疫化多様体が強化された組み合わせのライブラリを設計するために、EpiSOCoMと称される方法を開発した。これは、エピトープ分析を用いてSOCoM構造ベースのライブラリ設計アプローチを向上させ、エネルギー及びエピトープ含有量の両方を同時に最適化するために、スイープベースのパレート最適価アルゴリズム(Parkerら(2013) J. Comput. Biol. 20:152-65)を用いる所望のライブラリサイズと共に、一連の変異する可能な位置及びそれらの位置に組み込む可能なアミノ酸を考えると、EpiSOCoMは、位置のサブセット及びそれらの位置における置換のサブセットを選択する。その結果、それは、置換の全ての組み合わせ及び対応する野生型残基からなるライブラリの作製を具体的に述べる。EpiSOCoMは、その構成多様体に対する平均エネルギースコア及び平均エピトープについて、ライブラリを最適化し、そのため、一般に、多様体は「良好」であるであろう。そのパレート最適化アルゴリズムは、2つのスコアの間の無制限のトレードオフをする全てのライブラリ設計(位置及び置換)を同定し、そのため、他のいかなるライブラリ設計も、両方のスコアに対し良好でない。
LST及びその誘導体を、P. pastorisから分泌させた。要約すると、2.5Lのバイオリアクター(Applicon Biotechnology)中で、組換えPichia株を培養し、ポリエチレングリコール-6000(PEG-6000)沈殿による上清から、タンパク質を捕獲し、SP SEPHAROSE F.F.陽イオン交換クロマトグラフィーにより、均質になるまで精製した。TRITON-X114抽出によりタンパク質製剤から、内毒素を除去した(Liuら(1997) Clin. Biochem. 30:455-63)。SDS-PAGEゲルのデンシトメトリー分析により、タンパク質発現レベルを推定した。S. aureus株SA113に対する最小阻害濃度(MIC)の決定により、タンパク質の活性を評価した。タンパク質の活性は、LSTWTに対して決定されたMIC希釈物と比較して、正規化された百分率として報告される(すなわち、50%の活性は、野生型と比較して、2倍高いMICであり、25%の活性は、野生型と比較して4倍高いMICである)。
表18に示されるプライマーを用いるスプライスオーバーラップ伸長PCRにより、LSTライブラリを作製した。
動物感染、治療、及び免疫化に対するプロトコールを、動物の苦痛を最小限にするように実施した。C57Bl/6マウスを、Jackson Laboratory(メイン州バーハーバー)から購入した。C57Bl/6バックグラウンドAbbノックアウト/トランスジェニックHLA-DR4マウス(B6.129S2-H2-Ab1tm1Gru Tg(HLA-DRA/H2-Ea,HLA-DRB1*0401/H2-Eb)1Kito)を、Taconic Farms(ニューヨーク州ジャーマンタウン)から購入した。
完全フロイントアジュバント(CFA)中の100μgの精製された野生型または多様体酵素100μl量を、DR4(グループ毎にN=5)またはC57Bl/6(グループ毎にN=4)マウスのいずれかに皮下注射した。免疫化の13日後、血清を回収し、ELISAにより、(野生型または多様体タンパク質に特異的な)抗LSTIgG抗体力価を測定した。要約すると、野生型または多様体タンパク質抗原を、高結合ELISAプレート上にコーティングし、次にBSAでブロッキングを行った。マウス由来の免疫血清は、コーティングされたプレートに連続希釈し、次に、これを、1:1000の実用的濃度でヤギ抗マウスIgG-HRPコンジュゲート(Santa Cruz Biotechnology、テキサス州ダラス)を使用してプローブした。続いて、TMB基質(Santa Cruz Biotechnology)を使用して、プレートを成長させた。報告された力価を、1.5倍の吸光度をもたらす血清倍希釈として定義した。
細菌のチャレンジの前に、DR4マウス(グループ毎にN=3)の免疫系を、滅菌リン酸緩衝生理食塩水(PBS: 2.7mMのKCl、1.5mMのKH2PO4、8.9mMのNa2HPO4、136.9mMのNaCl、pH7.4)中の100μgのLSTWTまたはLib5多様体を週1回の皮下注射で、3回プライムした。これらの免疫化及びブーストは、アジュバントを含有しない。抗LST抗体力価を、上記のように測定した。感染及び治療の最初のサイクルの場合、ブタムチンの3%懸濁液中の2×108CFUのStaphylococcus aureus株USA400の腹腔内投与で、マウスにチャレンジし、1時間後、滅菌PBS中の500μgのLSTWTまたはLib5多様体の静脈内(尾静脈内)投与によりマウスを治療した。酵素治療により救助したマウスは、後続の感染及び週1回の間隔での治療サイクルを受けた。最初の細菌曝露後に、生来のネズミ抗菌免疫の発達を補うために、マウスに、2及び3サイクル目に、1×109CFUのUSA400でチャレンジしたが、治療は、500μgの適切なタンパク質にとどまった。各サイクルにおける致死細菌用量を確認するための対照として、1匹のマウスにPBSの疑似治療を与えた。
EpiSweepアルゴリズム(Parkerら(2013) J. Comput. Biol. 20:152-65)を使用して脱免疫化された多様体を最適化し、ProPredにより評価されたエピトープ含有量の予測された減少、及び、構造ベースの回転異性体エネルギーにより評価されたタンパク質安定性の予測された維持の間で良好なトレードオフを行った。20の完全枯渇設計のパネル(すなわち、DR4エピトープスコア=0)を、触媒及び細胞壁結合ドメインの両方に対し別々に生成した。各ドメインから、低エネルギー設計を組み合わせた多様体Opt1(表19)を実験的分析のために選択し、最適化されたPichia pastoris発現システムにクローニングした。残念ながら、この14変異設計は、機能性タンパク質を生成することができなかった(表20)。
個々の多様体の設計と並行して、代替の組み合わせアプローチを探求し、このアプローチで、計算設計を使用して、機能性脱免疫化多様体が強化されることが予測されるLSTライブラリを生成した。残基位置及び変異を同定するために、構造ベースのライブラリ設計法SOCoMを、エピトープ分析と共に向上させ、それらの組み合わせが、Rosettaモデルで潜在的にトレーニングされたクラスタ拡張ポテンシャルにより評価された場合の良好なエネルギーに加えて、ProPredにより評価された場合の低いエピトープスコアを有する多様体を生成した。最初のラウンドでは、設計は、野生型標準に基づいた一方、続くラウンドでは、標準を、以前のライブラリスクリーニングから選択されたリードクローンに変えた。
続いて、エピトープ枯渇がインビボ免疫原性に影響を及ぼす程度を評価した。C57Bl/6及びトランスジェニックDR4マウスの両方における抗LST抗体応答を決定し、これらの後者は、内因性マウスMHCクラスIIに対して効力がなかったが、ヒトHLA DRB1*0401から誘導されるキメラMHCクラスII受容体を有した(Itoら(1996) J. Exp. Med. 183:2635-44)。脱免疫化に対する厳しいベンチマークとして、マウスを、強力な免疫賦活剤である完全フロイントアジュバント中のタンパク質で皮下免疫化した。LSTWTでの単回の免疫化の2週間後に、全てのDR4マウスは、1:150及び1:1700の力価を有する強力な抗LSTIgG抗体応答を備えた。対照的に、Opt4で免疫化されたマウスは、顕著な力価低減を示し、2/5のマウスのみが、任意の検出可能な抗LST抗体を示し、それらでさえ、LSTWTで免疫化された動物と比較して実質的に減少した。多様体Lib5はまた、減少した抗体応答を誘発し;1匹の動物しか、高い抗体力価(1:1200)を示さず、3匹のマウスは、著しく低い抗体力価を示し(1:15~1:26)、1匹のマウスは、抗LST抗体のバックグラウンドレベルの付近を示した。重要なことに、C57Bl/6研究室マウス株において、LSTWT及びOpt4の両方は、等しく免疫原性を有した一方、Lib5は実際、LSTWTよりも免疫原性が高かった(それぞれ、IgG力価1:4400~1:15,000対1:560~1: 2100)。従って、Opt4及びLib5の免疫原性の顕著な低減は、天然マウスMHCクラスIIとは対照的に、ヒトDR4による分子認識の阻害と本質的に関連した。
一部の実施形態では、LSTの治療的適用は、S. aureus感染を完全に根絶するために、反復投与を必要としても良い。それ故、可能な臨床適用をより密接に模倣するために、アジュバントの不存在下で、週1回の投薬中に、LSTWT及びLib5の免疫原性をモニタリングした。3回目の免疫の7日後に、LSTWTを受ける全てのDR4マウスは、1:40~1:160の範囲の抗LST力価を有する比較的強い免疫応答を備えていた。同じ時間枠中で、Lib5で免疫化された3匹のマウスのうち1匹のみが、高抗体力価(1:120)を獲得し、他の2匹のLib5マウスは、バックグラウンドをほんのわずかにしか超えない力価を示した。
ヒトHLA対立遺伝子DRB1*0101、0301、0401、0701、0801、1101、1301、及び1501に対するLSTを脱免疫化するために、機能性脱免疫化多様体で強化されることが予測される個々の多様体及びライブラリを生成した。触媒ドメイン(図6A)及び細胞壁結合ドメイン(図6B)のエピトープマッピングを、実施例2に記載されるように実施した。この情報ならびに溶媒の近づきやすさ及び進化的保存を使用して、脱免疫化LST変異体を生成した。
Claims (11)
- 変異:
a)配列番号49のAsn232Gln、Arg186Thr、Ala169Gly、Tyr160His、Ser126Pro、Ser124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Ile99Gln、Lys95Glu、Leu83Met、Ile41Glu、およびAsn12Gly;
b)配列番号49のAsn236Asp、Asn232Gln、Arg186Thr、Ala169Gly、Ser166Asn、Tyr160His、Ser126Pro、Ser124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Ile99Gln、Leu83Met、Ile41Glu、およびAsn12Gly;
c)配列番号49のAsn236Asp、Asn232Gln、Arg186Thr、Ala169Gly、Ser166Asn、Tyr160His、Ser126Pro、Ser124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Ile99Gln、Lys95Glu、Leu83Met、Ile41Glu、およびAsn12Gly;
d)配列番号49のSer122Asp、Asn121Gly、Ile99Gln、およびLys46His;
e)配列番号49のSer124Gly、Ser122Asp、Asn121Gly、Ile99Gln、Lys95Glu、Leu83Met、Ile41Glu、およびAsn12Gly;
f)配列番号49のSer234Lys、Asn219Tyr、Ile200Thr、Ser122Gly、Asn121Gly、Ser84Tyr、Val75Gln、Asn72His、Phe38Ser、およびTyr33Thr;または
g)配列番号49のAsn236Asp、Asn219Tyr、Ile200Thr、Ser191Ala、Arg186Thr、Ala169Gly、Ser166Thr、Ser122Thr、Val120Asp、Ser84Gly、Val75Glu、Ile70Lys、およびAsn40Thr
を含む、脱免疫化リゾスタフィンまたはその断片であって、前記断片は、リゾスタフィンの触媒活性ドメインを含む、脱免疫化リゾスタフィンまたはその断片。 - 前記脱免疫化リゾスタフィンまたはその断片が、非グリコシル化される、請求項1に記載の脱免疫化リゾスタフィンまたはその断片。
- 請求項1に記載の脱免疫化リゾスタフィンまたはその断片および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
- 抗生物質をさらに含む、請求項3に記載の医薬組成物。
- 前記抗生物質が、β-ラクタム、セファロスポリン、アミノグリコシド、スルホンアミド、葉酸代謝拮抗薬、マクロライド、キノロン、グリコペプチド、ポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項4に記載の医薬組成物。
- 微生物感染を予防または治療するための、請求項3に記載の医薬組成物。
- 前記感染が、細菌感染である、請求項6に記載の医薬組成物。
- 前記細菌感染が、Staphylococcus属の細菌により引き起こされる、請求項7に記載の医薬組成物。
- Ser126、Thr127、および/またはSer234における変異を含む、請求項2に記載の非グリコシル化リゾスタフィンまたはその断片。
- 変異Ser126Pro、Thr127Ala、および/またはSer234Lysを含む、請求項2に記載の非グリコシル化リゾスタフィンまたはその断片。
- 配列番号218~220のいずれか1つに示されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の脱免疫化リゾスタフィンまたはその断片。
Applications Claiming Priority (9)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201461993056P | 2014-05-14 | 2014-05-14 | |
US61/993,056 | 2014-05-14 | ||
US201462003256P | 2014-05-27 | 2014-05-27 | |
US62/003,256 | 2014-05-27 | ||
US201562115326P | 2015-02-12 | 2015-02-12 | |
US62/115,326 | 2015-02-12 | ||
US201562155079P | 2015-04-30 | 2015-04-30 | |
US62/155,079 | 2015-04-30 | ||
PCT/US2015/030765 WO2015175774A1 (en) | 2014-05-14 | 2015-05-14 | Deimmunized lysostaphin and methods of use |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020109773A Division JP2020168013A (ja) | 2014-05-14 | 2020-06-25 | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017517278A JP2017517278A (ja) | 2017-06-29 |
JP7059003B2 true JP7059003B2 (ja) | 2022-04-25 |
Family
ID=54480675
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017512860A Active JP7059003B2 (ja) | 2014-05-14 | 2015-05-14 | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
JP2020109773A Pending JP2020168013A (ja) | 2014-05-14 | 2020-06-25 | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
JP2022161793A Pending JP2022188218A (ja) | 2014-05-14 | 2022-10-06 | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
Family Applications After (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020109773A Pending JP2020168013A (ja) | 2014-05-14 | 2020-06-25 | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
JP2022161793A Pending JP2022188218A (ja) | 2014-05-14 | 2022-10-06 | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US10358636B2 (ja) |
EP (1) | EP3143137A4 (ja) |
JP (3) | JP7059003B2 (ja) |
CN (2) | CN106795506B (ja) |
CA (1) | CA2948864C (ja) |
WO (1) | WO2015175774A1 (ja) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP7059003B2 (ja) * | 2014-05-14 | 2022-04-25 | トラスティーズ・オブ・ダートマス・カレッジ | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
US11565024B2 (en) | 2017-11-16 | 2023-01-31 | Georgia Tech Research Corporation | Lysostaphin containing synthetic hydrogel carriers for bone repair |
CN110917339B (zh) * | 2019-12-27 | 2023-07-07 | 遵义医学院附属医院 | 一种溶葡萄球菌酶凝胶剂及其在mrsa感染创面中的应用 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008105826A2 (en) | 2006-09-05 | 2008-09-04 | Biosynexus Incorporated | Compositions compromising lysostaphin variants and methods of using the same |
Family Cites Families (30)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPS585320A (ja) | 1981-07-01 | 1983-01-12 | Toray Ind Inc | グラフト共重合体 |
US4931390A (en) | 1986-04-16 | 1990-06-05 | Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Expression of the cloned lysostaphin gene |
US5446090A (en) | 1993-11-12 | 1995-08-29 | Shearwater Polymers, Inc. | Isolatable, water soluble, and hydrolytically stable active sulfones of poly(ethylene glycol) and related polymers for modification of surfaces and molecules |
US5932462A (en) | 1995-01-10 | 1999-08-03 | Shearwater Polymers, Inc. | Multiarmed, monofunctional, polymer for coupling to molecules and surfaces |
US5672662A (en) | 1995-07-07 | 1997-09-30 | Shearwater Polymers, Inc. | Poly(ethylene glycol) and related polymers monosubstituted with propionic or butanoic acids and functional derivatives thereof for biotechnical applications |
US6214966B1 (en) | 1996-09-26 | 2001-04-10 | Shearwater Corporation | Soluble, degradable poly(ethylene glycol) derivatives for controllable release of bound molecules into solution |
US6258351B1 (en) | 1996-11-06 | 2001-07-10 | Shearwater Corporation | Delivery of poly(ethylene glycol)-modified molecules from degradable hydrogels |
JP2002512624A (ja) | 1997-05-21 | 2002-04-23 | バイオベーション リミテッド | 非免疫原性タンパク質の製造方法 |
US5990237A (en) | 1997-05-21 | 1999-11-23 | Shearwater Polymers, Inc. | Poly(ethylene glycol) aldehyde hydrates and related polymers and applications in modifying amines |
CA2211293A1 (en) * | 1997-07-23 | 1999-01-23 | Immunova Ltee | Recombinant lysostaphin analogs |
US6028051A (en) | 1997-07-23 | 2000-02-22 | Ambi Inc. | Method for the treatment of staphylococcal disease |
US6448369B1 (en) | 1997-11-06 | 2002-09-10 | Shearwater Corporation | Heterobifunctional poly(ethylene glycol) derivatives and methods for their preparation |
US6362276B1 (en) | 1998-01-07 | 2002-03-26 | Debio Recherche Pharmaceutique S.A. | Degradable heterobifunctional poly(ethylene glycol) acrylates and gels and conjugates derived therefrom |
PT1411075E (pt) | 1998-03-12 | 2008-08-05 | Nektar Therapeutics Al Corp | Método para a preparação de conjugados de polímeros |
US7091332B1 (en) * | 1998-06-22 | 2006-08-15 | University Of Vermont | Treatment of staphylococcus infections |
EP1051432B1 (en) | 1998-12-08 | 2007-01-24 | Biovation Limited | Method for reducing immunogenicity of proteins |
US6569830B1 (en) | 1999-03-05 | 2003-05-27 | Ambi, Inc. | Compositions and methods for treatment of staphylococcal infection while suppressing formation of antibiotic-resistant strains |
US6348558B1 (en) | 1999-12-10 | 2002-02-19 | Shearwater Corporation | Hydrolytically degradable polymers and hydrogels made therefrom |
AU781839B2 (en) | 1999-12-22 | 2005-06-16 | Nektar Therapeutics | Sterically hindered derivatives of water soluble polymers |
WO2002002630A2 (en) | 2000-07-03 | 2002-01-10 | Smithkline Beecham P.L.C. | Hcn polypeptides and polynucleotides and their use in therapy |
KR100899970B1 (ko) | 2001-02-19 | 2009-05-28 | 메르크 파텐트 게엠베하 | T-세포 에피토프의 동정 방법 및 감소된 면역원성을 갖는분자의 제조를 위한 용도 |
US6908963B2 (en) | 2001-10-09 | 2005-06-21 | Nektar Therapeutics Al, Corporation | Thioester polymer derivatives and method of modifying the N-terminus of a polypeptide therewith |
US20030211995A1 (en) | 2001-12-21 | 2003-11-13 | Kokai-Kun John Fitzgerald | Methods and formulations for eradicating or alleviating staphylococcal nasal colonization using lysostaphin |
JP4348194B2 (ja) | 2001-12-21 | 2009-10-21 | バイオシネクサス インコーポレーテッド | ブドウ球菌溶解活性が増強された切断型リゾスタフィン分子 |
BR0308285A (pt) | 2002-03-26 | 2005-04-12 | Biosynexus Inc | Ruptura de biofilmes bacterianos por meio de enzimas |
WO2004052308A2 (en) | 2002-12-10 | 2004-06-24 | Biosynexus Incorporated | Topical anti-infective formulations |
KR100512483B1 (ko) | 2003-05-07 | 2005-09-05 | 선바이오(주) | 신규한 폴리에틸렌글리콜-말레이미드 유도체의 합성방법 |
WO2007130655A2 (en) * | 2006-05-05 | 2007-11-15 | Gangagen, Inc. | Phage derived antimicrobial activities |
DK3085777T3 (da) * | 2011-05-04 | 2020-02-03 | Micreos Human Health Bv | Polypeptid |
JP7059003B2 (ja) * | 2014-05-14 | 2022-04-25 | トラスティーズ・オブ・ダートマス・カレッジ | 脱免疫化リゾスタフィン及び使用方法 |
-
2015
- 2015-05-14 JP JP2017512860A patent/JP7059003B2/ja active Active
- 2015-05-14 CA CA2948864A patent/CA2948864C/en active Active
- 2015-05-14 CN CN201580038125.6A patent/CN106795506B/zh active Active
- 2015-05-14 WO PCT/US2015/030765 patent/WO2015175774A1/en active Application Filing
- 2015-05-14 US US15/310,917 patent/US10358636B2/en active Active
- 2015-05-14 CN CN202011324763.3A patent/CN112626055A/zh active Pending
- 2015-05-14 EP EP15793514.9A patent/EP3143137A4/en active Pending
-
2019
- 2019-06-05 US US16/432,246 patent/US11091749B2/en active Active
-
2020
- 2020-06-25 JP JP2020109773A patent/JP2020168013A/ja active Pending
-
2021
- 2021-03-12 US US17/199,484 patent/US20210395713A1/en active Pending
-
2022
- 2022-10-06 JP JP2022161793A patent/JP2022188218A/ja active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008105826A2 (en) | 2006-09-05 | 2008-09-04 | Biosynexus Incorporated | Compositions compromising lysostaphin variants and methods of using the same |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Applied and Environmental Microbiology,2014年,80(9):2746-2753 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2015175774A1 (en) | 2015-11-19 |
CN112626055A (zh) | 2021-04-09 |
CN106795506A (zh) | 2017-05-31 |
JP2022188218A (ja) | 2022-12-20 |
JP2017517278A (ja) | 2017-06-29 |
US20200040321A1 (en) | 2020-02-06 |
JP2020168013A (ja) | 2020-10-15 |
US20210395713A1 (en) | 2021-12-23 |
CA2948864C (en) | 2023-10-17 |
CN106795506B (zh) | 2020-11-27 |
US10358636B2 (en) | 2019-07-23 |
CA2948864A1 (en) | 2015-11-19 |
US20170145398A1 (en) | 2017-05-25 |
EP3143137A4 (en) | 2017-11-15 |
EP3143137A1 (en) | 2017-03-22 |
US11091749B2 (en) | 2021-08-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CA2890427C (en) | Antibodies to s. aureus surface determinants | |
US20240083961A1 (en) | Compositions and methods for treating or preventing endocrine fgf-linked diseases | |
US20220332834A2 (en) | Antibodies and polypeptides directed against cd127 | |
US20210395713A1 (en) | Deimmunized lysostaphin and methods of use | |
WO2016197071A1 (en) | Compositions and methods for anti-staphylococcal biologic agents | |
HUE026855T2 (en) | Preparations and method for Protein A (SPA) variants | |
JP7045133B2 (ja) | C5多型を有する患者における補体媒介性疾患の治療に使用するためのオルニトドロス・モウバタ(Ornithodoros moubata)補体阻害剤 | |
EP3083679B1 (en) | Antibodies directed against the lukgh (lukab) toxin of staphylococcus aureus and antibody sequences | |
US20160244511A1 (en) | Cross-reactive staphylococcus aureus antibody sequences | |
AU2015209140B2 (en) | Antibody specific to Staphylococcus aureus, therapeutic method and detection method using same | |
TW202210523A (zh) | 用於調節骨髓樣細胞發炎表型之抗vsig4組合物及方法以及其用途 | |
Congdon et al. | Single domain antibodies targeting pathological tau protein: Influence of four IgG subclasses on efficacy and toxicity | |
TW201321415A (zh) | 新抗體 | |
Laustsen et al. | In vivo neutralization of myotoxin II, a phospholipase A2 homologue from Bothrops asper venom, using peptides discovered via phage display technology | |
JP6924745B2 (ja) | 感染性疾患に対する抗体 | |
CN115151559A (zh) | 葡萄球菌肽和使用方法 | |
Gang | Mechanisms of the Anti-Pneumococcal Function of C-Reactive Protein | |
EP3107561A1 (en) | Factor viii b cell epitope variants having reduced immunogenicity |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170425 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20170425 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180418 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20190213 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190311 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190610 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190911 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200225 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200625 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20200625 |
|
C11 | Written invitation by the commissioner to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C11 Effective date: 20200706 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20200729 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20200821 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20200824 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20201002 |
|
C211 | Notice of termination of reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C211 Effective date: 20201012 |
|
C22 | Notice of designation (change) of administrative judge |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C22 Effective date: 20210322 |
|
C13 | Notice of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C13 Effective date: 20210614 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20210913 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20211214 |
|
C23 | Notice of termination of proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C23 Effective date: 20220207 |
|
C03 | Trial/appeal decision taken |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C03 Effective date: 20220314 |
|
C30A | Notification sent |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C3012 Effective date: 20220314 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20220413 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7059003 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |