JP6965526B2 - マイクロ流体装置における溶液混合方法、マイクロ流体装置システムおよびマイクロ流体装置 - Google Patents

マイクロ流体装置における溶液混合方法、マイクロ流体装置システムおよびマイクロ流体装置 Download PDF

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Description

本発明は、マイクロ流体装置内での溶液(液体)を混合するための方法及びその装置、並びにシステムに関する。
化学的及び生物学的な分析物の解析のため、マイクロ流体装置への大きな関心は続いている。「マイクロ流体」又は「マイクロスケール装置」は、一般的に、少なくとも一つのエレメントが、約0.5μm〜約500μmの少なくとも一つの寸法を有する、マイクロ流体エレメント(例えば、チャンネル、チャンバー、及び液体を保持し又は動かすその他の空間)のネットワークを備えてなる、流体を操作するための装置のことである。例えば、チャンネルはこの範囲にある深さ及び/又は幅を有し、チャンバーはこの範囲にある深さを少なくとも有する。
マイクロ流体装置においては、小さいスケールの反応が可能であり、それは当該分野の技術において周知である通り、試薬の使用量を減らす、サンプルサイズを小さくする、操作が迅速になるなど多くの利点が提供される。また、単一装置内への幾つかの機能の統合が可能であり、その装置において、続いて行われる取扱い、反応又は解析のために、サンプルは一つのエレメントから別のところへと輸送される。統合の態様によっては、オペレータ又はロボットステーションによるサンプルの取扱いの手間が低減されるため、サンプル処理量が改良され、必要とされる空間が小さくなり、遠隔地や現場で使用するために携帯することもできるようになる。
サンプルの測定においては、一般的に、サンプルを少なくとも一つの試薬と接触させ、反応を進行させ、測定の結果を解析することが必要となる。そして、通常、溶液中で測定成分が均一な濃度となることが好まれる。
マイクロ流体装置内の流体流は、一般的に、乱流ではないため、溶液の混合が必要となる。溶液の混合により、対流輸送が起こり、拡散輸送のみに依存する必要がなくなるため、反応動力学は改善される。
上記のようにサンプルサイズを小さくすると、サンプル容積が小さくなるため、分析物の濃度が同じ場合、分析物の量は少なくなる。解析方法においては、分析物の絶対数が少なくなると、その結果はそれに応じて不正確になる。例えば、コピーサンプルに対して測定された値は、より大きな変動(標準偏差)を有する。これは例えば、測定溶液中で分析物が均一に分布していない、アンプリコンのような反応生成物が反応の進行につれて測定溶液中に均一に分布しなくなる、検出工程において測定される溶液部分が測定溶液を代表していないなど、幾つかの理由によって生じる。
マイクロ流体装置であっても、分子(試薬及び/又は測定生成物)の拡散混合は、要求水準よりも更に遅いと認識される。
μL未満の容積に対する装置の寸法は小さいものの、小さい分子に対する拡散混合時間は数分のオーダーであり、例えば、核酸、酵素、蛋白質のようなより大きな分子や1オーダー又は数オーダーだけ小さい拡散係数を有する粒子を均一に混合するためには、より長い時間が必要となる。そのため、マイクロ流体装置の開発者らは、装置中の試薬の混合を向上させる方法を開発してきた。例えば、Liuら(米国特許公告第2003/0175947A1号)は、マイクロ流体チャンバー内のガスポケットにかけられる超音波又は温度変化を用いて混合を向上させるための装置を開示しており、そこでは超音波場内で又は温度の影響下でガスポケットが膨張収縮して、装置内の振動流体流をもたらす。マイクロ流体装置における第二の液相内で液滴を混合するための混合技術の別の例は、Wangら(バイオームマイクロ装置、12:533〜541(2010))が開示している。
しかしながら、一般的に、当該技術分野におけるこれら及び他の方法においては、まだ以下の問題の少なくとも1つが残されている:(1)コストや空間が要求される追加の装置又は器具が必要であること、(2)分析物と二相システムが適合しないこと、(3)より大容積のものに対する混合が不適切であること、(4)局所温度変化のような、混合プロセス独特の他の変動が生じること。
従って、以下のような装置が要求されている:正確で、再現性があり、そして信頼性がある解析結果を達成するため、装置内で溶液を混合するマイクロ流体装置、方法、及びシステム;コンパクトシステムにおいて、自動化を含み、低コストかつ効率的な製作及び操作が可能な一方で、操作コストを下げながら、広範囲なサンプル容積、例えば、約100nL〜数mLまたはそれを超える容積を処理できる装置。
実施態様に従う装置は、第一チャンバー、第二チャンバー、及び第一チャンバーから第二チャンバーに繋がるコネクティングチャンネルを備えてなり、ここで第二チャンバーはコネクティングチャンネル以外に出口を持たないように構成され、つまり、本明細書において述べられた方法に従って装置が使用されるとき、第二チャンバーはコネクティングチャンネルを介してのみ流体的に連通している状態にある。
一つの実施態様において、マイクロ流体装置が供され、装置は第一チャンバー、第一チャンバーから第一ロードウェルに繋がる第一ロードチャンネル、第一チャンバーから第二ロードウェルに繋がる第二ロードチャンネル、第二チャンバー、及び第一チャンバーから第二チャンバーに繋がるコネクティングチャンネルを備えてなる。好ましい実施態様において、第一チャンバーの容積は約1μL〜1mLであり、そして第二チャンバーの容積は第一チャンバーの容積の0.1〜1.5倍であり、第二チャンバー充填率の設計パラメータは、約0.2〜約0.99である。尚、第二チャンバー充填率とは、本発明の溶液を混合する方法において、第一ロードウェル及び第二ロードウェルのガス圧を圧力Phighに上げ、第一チャンバーの溶液が第二チャンバーに流れこんだ時に、該溶液が第二チャンバー内に占める割合を表す。また、好ましい実施態様において、コネクティングチャンネルは、約0.001mm2〜0.12mm2の断面積を有する。
一つの実施態様において、(第二チャンバー充填率)×(第二チャンバー容積)の積は、(i)第一ロードチャンネルと第一ロードウェルの容積和及び(ii)第二ロードチャンネルと第二ロードウェルの容積和の少ない方の二倍未満である。即ち、本発明の溶液を混合する方法において、第一及び第二ロードウェルのガス圧を圧力Phighに上げた時でも、第一及び第二ロードチャンネルから溶液が第一チャンバーに供給され、第一チャンバーに空気等が混入することはない。
別の実施態様において、(第二チャンバー充填率)×(第二チャンバーの容積)の積は、(i)第一ロードチャンネルと第一ロードウェルの容積と(ii)第二ロードチャンネルと第二ロードウェルの容積の総和よりも小さい。
幾つかの実施態様において、第一チャンバー容積は約2μL〜100mLである。さらに他の実施態様において、第二チャンバー容積は第一チャンバーの容積の約0.2倍〜約0.95倍である。さらに他の実施態様において、第二チャンバー充填率の設計パラメータは約0.5〜約0.7である。
幾つかの実施態様において、コネクティングチャンネルは、少なくとも第一チャンバーと比べて比較的小さな断面積を有する。好ましい実施態様において、コネクティングチャンネルは約0.002mm2〜0.06mm2の断面積を有する。
追加の実施態様において、キャピラリー電気泳動チャンネルネットワークは第一チャンバーに接続される。これらの追加の実施態様において、一つの好ましい実施態様は、キャピラリー電気泳動チャンネルネットワークにおける電気泳動解析のために構成されたマイクロ流体装置中の電極を備えてなる。
本発明のマイクロ流体装置内の溶液の混合方法は、コネクティングチャンネルを介して、第一チャンバーから第二チャンバー内に液体を動かし、次いで、液体を第二チャンバーから抜き出して第一チャンバーに戻すことを含む。幾つかの実施態様において、コネクティングチャンネルの位置、角度及びサイズの結果として、コネクティングチャンネルを出る溶液によって、第一チャンバー内で渦混合が引き起こされる。
一つの実施態様は、上記実施態様によって記載されたマイクロ流体装置を供し、第一ロードウェルを介して、第一ロードチャンネル、第一チャンバー、第二ロードチャンネル、及び第二ロードウェル内に溶液を添加し、第一ロードウェル及び第二ロードウェルに亘って、ガス圧を圧力Phighに上げ、次いで第一ロードウェル及び第二ロードウェルに亘って、ガス圧を圧力Plowに下げることを含む。ここで、Plowは大気圧以上であり、そしてPhighより低い。幾つかの実施態様において、ガス圧上昇工程及びガス圧下降工程は、交互に少なくとも二度繰り返される。
別の実施態様は、上記実施態様によって記載されたマイクロ流体装置を供し、第一ロードウェルを介して、第一ロードチャンネル、第一チャンバー、第二ロードチャンネル、及び第二ロードウェルを満たすために溶液を添加し、第一及び第二ロードウェル上にガスマニフォールドブロックを配置し、そしてガスマニフォールドブロック中でガス圧を昇降することによって、第一ロードウェル及び第二ロードウェルにおけるガス圧の昇降が引き起こされる。当該ガスマニフォールドブロックは、マイクロ流体装置に接する第一の表面上の開口部、第一の表面とは異なる外部表面上のポート、及び第一の表面上の少なくとも一つの開口部とポートとを連通するガスマニフォールドブロック内部のチャンネルを備えてなる。そして、ガスマニフォールドブロックは、ガスで満たされた空間を形成するように、マイクロ流体装置をシールし、ガスマニフォールドブロック及びマイクロ流体装置は、ガスマニフォールドブロック中のポートを介してのみ外部環境と連通する。第一ロードウェル及び第二ロードウェルにおけるガス圧のPhighまでの昇圧、次いで、第一ロードウェル及び第二ロードウェルにおけるガス圧がPlowまでの降圧(ここで、Plowは大気圧以上であり、そしてPhighより低い)が、ガスマニフォールドブロック中のガス圧の昇降によって達成されるよう、ガスマニフォールドブロック中のガス圧の変化が、第一ロードウェル及び第二ロードウェルにおける容積に伝えられる。幾つかの実施態様において、ガス圧上昇工程及びガス圧下降工程は、交互に少なくとも二度繰り返される。
上記方法の幾つかの実施態様において、ガス圧上昇工程において、Phighは、約50〜約200kPaであり、幾つかの実施態様において、ガス圧下降工程において、Plowは約0(大気圧)〜約180kPaである。別途示されない限り、この明細書において、述べられる圧力数字は、一般的に、ゲージ圧のことであって、そして絶対圧ではなく、従って、周囲、又は大気圧に対して述べられた場合の圧力はゼロである。
上記方法の幾つかの実施態様でのガス圧上昇工程において、上昇の速度は約20kPa/秒〜約900kPa/秒であり、そして幾つかの実施態様でのガス圧下降工程において、下降の速度は約50kPa/秒〜約1500kPa/秒である。実施態様によっては、上昇の速度が大きい場合、第二チャンバーに溶液を押し出した時に第二チャンバー内に溶液が急激に流入し、溶液に泡がみが生じる可能性があるため、上昇の速度は約20kPa/秒〜約100kPa/秒が好ましい。下降の速度は、約100kPa/秒〜約1000kPa/秒が好ましい。
さらに上記方法の幾つかの実施態様において、流体の添加工程の後、水不混和性流体が、第一ロードウェル及び第二ロードウェル中の溶液の頂部上に置かれる。好ましい実施態様において、水不混和性流体はシリコーンオイルである。
下記を備えてなるシステムも供される:(i)上記如何なる装置の実施態様にも記載された、第一ロードウェル及び第二ロードウェル、及び(ii)マイクロ流体装置に接する第一の表面上の開口部、第一の表面とは異なる外部表面上のポート、及び第一の表面上の少なくとも一つの開口部とポートとを連通するガスマニフォールドブロック内部のチャンネルを備えてなるガスマニフォールドブロック。該ガスマニフォールドブロックは、マイクロ流体装置の第一ロードウェル及び第二ロードウェル、要すればその他のマイクロ流体装置中のウェルにガスをかけるためのものである。ここで、ガスマニフォールドブロックの開口部は、第一及び第二ロードウェル上に、配置されるように構成される。そのため、ガスマニフォールドブロックをマイクロ流体装置に配置したとき、第一及び第二ロードウェルは、ガスマニフォールドブロックの開口部及びチャンネルを通じてポートを介してのみ、外部環境と連通する。
幾つかの実施態様において、システムは以下をさらに備えてなる:加圧されたガス源、 第一のバルブ開口部及び第二のバルブ開口部を備えてなるバルブ、加圧されたガス源を第一のバルブ開口部に連結する第一のチューブ、及び第二のバルブ開口部をガスマニフォールドブロックポートに連結する第二のチューブ。幾つかの好ましい実施態様において、加圧されたガス源は、シリンジポンプ又は制御された圧縮された空気タンクである。
上記システムの幾つかの実施態様において、システムは、加圧されたガス源及び/又はバルブを制御することによって、ガスマニフォールドブロック中の圧力の昇降を制御するように構成されたマイクロプロセッサをさらに備えてなる。
追加の実施態様において、上記システムは、マイクロ流体装置を受け取るように適合された、温度制御可能な表面をさらに備えてなる。
本システムの更なる追加の実施態様において、マイクロ流体装置が、第一チャンバーに接続されたキャピラリー電気泳動チャンネルネットワーク、及びキャピラリー電気泳動チャンネルネットワークにおける電気泳動解析のために構成された、マイクロ流体装置中の電極を備えてなるとき、システムは、マイクロ流体装置中の電極を操作できるように接続された電源をさらに備えてなる。
本発明の目的および特徴は、添付図面と併せて、本発明の以下の詳細な記述により完全に明確になる。
混合方法の実施態様を実施するために有用な装置の実施態様を説明する。 混合方法の実施態様を実施するために有用な装置の実施態様を説明する。 マイクロ流体チャンネルのネットワークと統合される、本発明の実施態様に従う混合方法を実施するために有用な装置を説明する。 混合方法の実施態様を実施するために有用な装置の第一チャンバー及び第二チャンバーの追加の実施態様のための設計を示す。 混合方法の実施態様を実施するために有用な装置の第一チャンバー及び第二チャンバーの追加の実施態様のための設計を示す。 混合方法の実施態様を実施するために有用な装置の第一チャンバー及び第二チャンバーの追加の実施態様のための設計を示す。 混合方法中の2つの段階における装置内の溶液の位置を説明する。 ヒートサイクルされた核酸増幅反応と組み合わせる混合方法のタイミングプロトコールを説明する。 ヒートサイクルされた核酸増幅反応と組み合わせる混合方法のタイミングプロトコールを説明する。 本発明に係るマニフォールドブロックの一つの実施態様を説明した図である。 本発明に係るマニフォールドブロック一つの実施態様を説明した図である。 本発明に係るマニフォールドブロック一つの実施態様を説明した図である。 本発明に係るマニフォールドブロックの実施態様を説明した図である。 本発明に係るマニフォールドブロックの実施態様を説明した図である。 本発明に係るマニフォールドブロックの実施態様を説明した図である。 混合方法の実施態様を実施するとき、装置内の圧力を制御するために有用なシステムの実施態様を説明する。 混合方法の実施態様を実施するとき、装置内の圧力を制御するために有用なシステムの実施態様を説明する。 図10Aで説明されたシステムの実施態様における圧力設定点に対する、装置内で測定された圧力を示す。 バルブを作動させた場合、及び作動させなかった場合の、図6Bで説明されたシステムの実施態様に用いて装置内で測定された圧力を示す。 本発明の実施態様に従う、サンプルを混合しなかった場合(A〜C)、及びサンプルを混合した場合の(D〜F)、実施例1に記載のPCR反応産物を解析したキャピラリー電気泳動図を示す。 混合有りのサンプル、混合なしのサンプルを用い、実施例2に記載された本発明の実施態様に従う装置におけるリアルタイムRT−PCR解析の結果を示す。
本発明の装置、方法、及びシステムは、マイクロ流体装置内の溶液を混合するために一般的に有用である。マイクロ流体装置は、多くの異なるタイプの分子状の生物学的又は化学的な反応又は測定を実行するために設計され開発されている。駆動原理の一つは、解析結果を得るためにサンプル上で幾つかの異なる操作を実行できる装置を有することである。上述の通り、装置内で溶液を混合することができると、そのようなマイクロスケールの測定を実行するときに多くの便益が供される。
一つの例は、抗体、蛋白質、又は核酸のような生物分子に係る結合反応に基づくバイオアッセイである。そのような測定には、その検出が直接的であれ間接的であれ、検出され得る結合反応生成物を形成するために、少なくとも二つの分子、場合によりより多くの分子が係わる。測定が増幅反応(例えば、PCRなど)に係る場合、結合相互反応は測定を通して繰り返し起こる必要がある。元のサンプル中の分析物の濃度又はコピー数を適切に反映する結果を有するという点での正確さ、及び測定反応の動力学は、一般的に、均一に混合された測定溶液中で反応させることに依存する。また、そのような測定は通常、非常に低い濃度の分析物を検出できることを必要とし、従って代表的な溶液の一部(分取した溶液)が検出器に確実に提供されるためには、溶液中での反応生成物の均一な分布が必要とされる。
一つの特定の用途は、以下に述べられる通り、第二チャンバーと流体的に連通状態にある反応チャンバーを少なくとも備えてなるマイクロ流体装置中でのリアルタイムPCR解析又は定量的PCR(qPCR)である。装置において、サンプルは、オリゴヌクレオチドプライマー対並びに、例えば、ポリメラーゼ酵素及びデオキシリボヌクレオチド三リン酸類(dNTPs)のようなPCR反応のための必要な試薬と接触することになる。溶液は反応チャンバー中でヒートサイクルにかけられ、二本鎖ポリヌクレオチドの変性、プライマーのテンプレートへのアニーリング、及びアンプリコンとも呼ばれるポリヌクレオチド生成物へのプライマーの伸長を各々サポートする、温度の繰り返しサイクルにかけられる。マイクロ流体装置内に導入される元のサンプルは、例えば、数百の又はわずか数十のコピー、又はターゲット配列の十未満のコピーを含有する。測定が実行されるときのターゲットの均一な分布は、異なるサンプルの中で正確で、精密に、そして再現性がある測定を達成するために重要であると理解され得る。本発明の種々の実施態様に従えば、(i)試薬と最初に接触するとき、(ii)測定中の一定の時点又は規則的間隔で、及び/又は(iii)反応又は加温後に、サンプルの混合を行うことが望ましい。
幾つかの実施態様において、装置は、反応生成物(例えば、アンプリコンなど)を検出するべく、電気泳動分離を実行するためのマイクロチャンネルのネットワークのようなマイクロ流体構造をさらに含む。統合された反応チャンバー及び電気泳動分離チャンネルを含む装置の例は、例えば、両者とも、Bousse及びZhangによる米国特許第8,394,324号、並びに米国特許出願第14/395,239号(付与前の公表第2015/0075983号)に開示されており、その全文が本明細書で参照するために取り込まれているものとする。
このように、主題発明の装置、方法、及びシステムは、増幅反応の実行、そして終点検出又は増幅の過程でのリアルタイム解析の何れかによって、反応で生み出されるアンプリコン(ポリヌクレオチド生成物)の量の測定ができる統合された装置内の反応溶液及び測定溶液の効率的な混合を可能にすることによって、Bousseら又はLiuらによって開示されたもののような装置、方法、及びシステムも改良する。
本明細書において開示された装置、方法、及びシステムに対する他の関係する使用には、異なるタイプの核酸増幅反応が含まれる。ターゲットはDNA又はRNA配列の何れかである。増幅反応は等温プロセスである。同様に、他の使用には、分析物を検出するための蛋白質又は抗体に基づく結合反応が含まれる。結合反応測定の一例は、K.Sumidaらによる米国特許出願第12/578,576号「ヒアルロン酸−結合蛋白質を用いるヒアルロン酸の測定方法」で開示されたヒアルロン酸の解析に対するものである。このような結合反応測定は、一般的に、等温条件下で実行される。これらの場合、熱駆動対流輸送による溶液混合への寄与が少ないため、溶液の混合はなおいっそう有益である。
[A.マイクロ流体装置及び設計パラメータ]
本発明に従う装置は、一般的に反応チャンバーと称される第一チャンバー、及びコネクティングチャンネルによって接続されるサイドチャンバーと一般的に称される第二チャンバーを備えてなる。尚、該装置は、第一チャンバー及び第二チャンバーを少なくとも1以上備えるが、それぞれ一つ備えるのが好ましい。用語「反応チャンバー」又は「サイドチャンバー」は議論を助けるためにのみ使用され、そして本明細書で述べられる装置、方法、及びシステムを制限することを意図するものではない。一般的に、溶液は装置内に導入され、そして概念的には、反応チャンバー中の溶液の部分は、何らかの反応が起きる間に亘ってある条件に晒される。本反応は、測定又は解析の目的及びタイプに従って、結合反応、化学反応、酵素反応、増幅反応などの一つ以上である。反応は、装置の他の部分中にある溶液中で起こるため、用語「反応チャンバー」は、発明を限定することを意図するものではなく、又はどこで何らかの反応が起きているか又は起きていないかを断定するものではない。
反応の前、反応中及び/又は反応後に、反応チャンバー中に存在する溶液を混合するためにサイドチャンバーが使用され得る。以下に述べる通り、溶液を混合するために、反応チャンバー中の流体はコネクティングチャンネルを通ってサイドチャンバー内に強制的に押し出され、次いで、サイドチャンバー中の流体はコネクティングチャンネルを通って反応チャンバー内に引き戻される。コネクティングチャンネルから出てそして反応チャンバー内に引き戻される溶液の流れによって反応チャンバー中の溶液の対流混合が引き起こされ、そして反応チャンバー内におそらく渦流を起こして溶液がさらに混合される。
サイドチャンバーは装置の構造の結果としてこの機能を果たす。この機能を支えるサイドチャンバー構造の一つの態様として、操作において、サイドチャンバーは反応チャンバーとのみ、そしてコネクティングチャンネルを介してのみ流体的連通状態にある。反応チャンバーをサイドチャンバーと接続する一つ以上、好ましくは1つのコネクティングチャンネルが供される。幾つかの実施態様において、一つのコネクティングチャンネルが供され、他の実施態様においては、二つ以上のコネクティングチャンネルが供される。幾つかの実施態様において、装置は一つ以上のコネクティングチャンネルを有して製作され、第二チャンバーへの又はそれからの流体的連通を供する。他の実施態様において、第二チャンバーは、チャンネル、ポートなどのような他の流体的連通経路を有して製作されるが、装置は、操作において、第二チャンバーのみが第一チャンバーと流体的連通状態にあるように構成され得る。
溶液が装置内に最初に導入されるとき、溶液は反応チャンバーを充填するが、ガス(例えば、空気)がサイドチャンバー中にトラップされる故に、ガス圧によって、溶液がサイドチャンバーを充填することが妨げられる。混合工程を実行しないとき、サイドチャンバー中にトラップされた空気圧は、反応チャンバー中の溶液がサイドチャンバー内を自由に動かないように維持することに役立つ。混合工程を実行するために、最初に、ロードウェル上の空域に圧力をかけ、反応チャンバー中の溶液を、トラップされた空気の圧力に対抗してサイドチャンバー内に強制的に動かし、そうすることによってトラップされた空気が圧縮される。次いで、ロードウェルの上方の空域中の圧力を減じ、ここでサイドチャンバー中にトラップされて圧縮された空気が膨張して、コネクティングチャンネルを介して反応チャンバー内に溶液が押し出される。
図1Aは、本発明に従うマイクロ流体装置100の実施態様を説明する。本装置は、第一チャンバー110、第一チャンバー110から第一ロードウェル112に繋がる第一ロードチャンネル111;第一チャンバー110から第二ロードウェル114に繋がる第二ロードチャンネル113;第二チャンバー116;及び第一チャンバー110から第二チャンバー116に繋がるコネクティングチャンネル115、を備えてなる。
図1Aで示された通り、幾つかの実施態様におけるロードチャンネルはほぼ等しい寸法を有するように設計される。例えば、ウェルから第一チャンバーまでのチャンネル長、チャンネル幅、及びチャンネル深さは、第一及び第二ロードチャンネルに対してほぼ等しい。しかしながら、一つの好まれる設計上の配慮は、ロードウェルと第一チャンバーの間のロードチャンネルの容積である。このように、第一及び第二ロードチャンネルのチャンネル容積がほぼ等しく、例えば、約3%を超えてまで異ならない場合、各ロードチャンネルの線形寸法(長さ、幅、深さ)の一つ以上が互いに異なっていても、ロードチャンネルは設計目的に対して等しいと考えられ得る。
図1Bは、本発明に従うマイクロ流体装置100の別の実施態様を示す。本装置は、第一チャンバー110、第一チャンバー110から第一ロードウェル112に繋がる第一ロードチャンネル111’;第一チャンバー110から第二ロードウェル114に繋がる第二ロードチャンネル113’;第二チャンバー116;及び第一チャンバー110から第二チャンバー116に繋がるコネクティングチャンネル115、を備えてなる。図1Bで説明された通り、幾つかの実施態様におけるロードチャンネルは等しくない寸法を用いて設計される。この図においては、第二ロードチャンネルと長さが異なる第一ロードチャンネルが例示され、その結果、チャンネル容積が異なる。他のチャンネル寸法(幅及び/又は深さ)もロードチャンネルの間で異なっていてもよい。
第一及び第二ロードチャンネル容積がほぼ等しいか又は異なるかは、以下に論議されるように、第二チャンバーの寸法の設計及び混合方法の操作パラメータに影響を及ぼす。
第一チャンバー110は、約1μL〜約1mLの容積を有するように設計される。幾つかの実施態様において、第一チャンバー110は、約2μL〜約100μLの容積を有するように設計される。第一チャンバー110の容積は、その中で実行される反応のタイプに従い、解析、検出できるサイズであり、又はその他の目的に使用されるのに十分な生成物の量が反応によって生成されるようなサイズであり得る。例えば、反応がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)のような増幅反応である場合、装置中で実行されるPCRアッセイの望まれる感度が、反応チャンバーの容積の設定因子となる。10個のターゲットコピーが信頼できるように増幅され得る場合、そして望まれる感度がμL当たり1コピーである場合、第一チャンバー容積は少なくとも約10μLであるべきである。約1、2、5、10、25、50、75、100、150、200、500、又は1000μLの容積を有する第一チャンバー110が考えられる。
第一チャンバー110は、サポート構造及び/又は流体流制御構造を有するように設計される。サポート構造はしばしばピラー又はポストと称され、そしてチャンバーを囲んでチャンバー内にフィルム又は積層体が垂れ下がるのを防ぐようそれをサポートするために役立つ。これらは装置中の任意の構造であるが、装置を構築するために使用される材料で、垂れ下がりが起きるような十分に大きな領域をチャンバーが占める実施態様においては、垂れ下がりを防ぐためのサポート構造を有することが好ましい。幾つかの実施態様において、ピラー又はポストは、結合反応のための大きな表面積を供するような囲まれた表面をサポートすることに代わる機能又は追加される他の機能を有してもよい。流体流制御構造は、泡の形成を防ぐ、チャンバーの全容積の充填を促進する堰、溝などを含むものである。
第二チャンバー116は、第一チャンバー110の約0.1倍〜約1.5倍容積を有するように設計される。幾つかの実施態様において、第二チャンバー116は、第一チャンバー110の約0.2倍〜約0.95倍容積を有する。第二チャンバー116の容積は、第一チャンバー110から強制的に押し込まれる溶液の量(容積)、及び溶液が第一チャンバー110から強制的に押し込まれるとき、トラップされた空気がそこまで圧縮される容積を収容するようなサイズにされる。溶液が第二チャンバー116を充填する程度、及びトラップされた空気が圧縮される程度は、装置の外部から溶液にかけられる力に依存する。外力が大きいほど、より多くの溶液が第二チャンバー116を充填し、そしてトラップされた空気が圧縮される容積がより小さくなる。第二チャンバー116の容積に対する第二チャンバー116を充填する溶液の比率は、「第二チャンバー充填率」と呼ばれる。例えば、第二チャンバー充填率が0.5とは、混合方法を実行する際に、溶液が第一チャンバー110から強制的に押し込まれるとき、第二チャンバー116の容積の半分が溶液によって占められることを意味する。幾つかの実施態様において、第二チャンバー充填率は約0.2〜約0.99である。幾つかの好ましい実施態様において、第二チャンバー充填率は約0.5〜約0.7である。
コネクティングチャンネル115は、第一チャンバー110と第二チャンバー116の間で流体的連通を供する、比較的に小さな断面のチャンネルである。一般的に、コネクティングチャンネル115の断面は、ロードチャンネルよりも高い水力学的流れ抵抗を有するようなサイズであり、そしてキャピラリー電気泳動チャンネルネットワークを備えてなる装置100の実施態様において、断面は、キャピラリー電気泳動チャンネルよりも低い水力学的流れ抵抗を有するようなサイズである。このように、コネクティングチャンネル115の断面は、ロードチャンネル及びキャピラリー電気泳動チャンネルと比較してサイズが中間である。
コネクティングチャンネル115の断面は一般的に、約0.12mm2より小さい。幾つかの実施態様において、断面は約0.06mm2より小さい。理論に固執するものではないが、断面がより大きくなるにつれ、混合方法におけるコネクティングチャンネル115を通る溶液の流速は低下し、そして混合効率がより悪くなる。また、断面積が大きくなると、第一チャンバーから第二チャンバーへ強制的に溶液を押し込む時に泡が発生しやすくなる。コネクティングチャンネル115の断面は一般的に、約0.001mm2より大きい。幾つかの実施態様において、断面は約0.002mm2より大きい。理論に固執するものではないが、断面がより小さくなるにつれ、混合方法においてコネクティングチャンネル115を出ていく溶液の流れの流速は低下し、そして混合効率がより悪くなる。
適切である断面から適切でない断面への明確な線引きはないが(それがあまりにも小さいか又はあまりにも大きいかの何れかの理由のため)、効率は以下のような多くの因子に依存する:溶液粘度、第一チャンバー110のサイズ及び形状、コネクティングチャンネル115のアスペクト比、並びに第一チャンバー110に対するコネクティングチャンネル115の入口の角度(およびそのサイズ及び形状)、第一チャンバー110内の如何なるピラーの場所及び形状など。コネクティングチャンネル115の断面が特定の用途に対して適切であるか否かは、以下にさらに述べられるように、装置を用いて達成された結果を見て当業者は決定できる。
コネクティングチャンネル115のアスペクト比(幅に対する深さの比)は、幾つかの実施態様において、約0.25〜約4である。幾つかの実施態様において、その比は約0.5〜約2である。コネクティングチャンネルの寸法、従って断面積及びアスペクト比は、コネクティングチャンネルの長さに亘って変わる。
コネクティングチャンネルに関して他に設計上考慮すべき点として、第一チャンバーに対するその場所及び角度が含まれる。一般的に、チャンネルから出る溶液が、チャンバー壁又はチャンバー内の他の構造体にぶつかる前に、長い経路を横切って向かう第一チャンバーのレイアウトに対する入口位置及び入口角度を、コネクティングチャンネルは有する。経路は第一チャンバー内で最も長くて妨害されない経路である必要ではないが、第一チャンバーを通る経路が最短であることは、短い混合手順中、チャンバーを通した完全な混合を供するために最も好ましくない。幾つかの実施態様において、設計によって示される経路は十分長く、本発明に従う方法を実行するときに得られる混合効果は、意図された用途に対して十分であり、それは、例えば、この明細書で述べられたように経験的に求められた通りである。
第二チャンバー充填率は設計パラメータであり、それは第二チャンバー116に出入りして動くことを望む溶液の量、及び第一チャンバー110に入る際にコネクティングチャンネル115を出る溶液の望まれる出口速度を考慮することによって設定され得る。出口速度は、コネクティングチャンネル115の寸法及び溶液の粘度のような多くの因子に依存するが、一般的原理として、装置の外部から溶液にかけられる力が早い速度で除かれるとして、第二チャンバー充填率が増すにつれて、第二チャンバー116中にトラップされる空気がより大きく圧縮される故に、出口速度はより速くなる。しかしながら、第二チャンバー充填率は、他の因子、例えば、高い内圧下での装置100の構造的統合性を維持する能力、又は利用可能な圧力源の強さによって制限される。
第二チャンバー116に出入りして動く溶液の量、及びその出口速度によって溶液の十分な混合が供されるか否かは経験的に決定され得る。例えば、染料又は対象物(例えば、ビーズ、ナノ粒子など)が溶液内に導入することができ、そしてそれらの動きは、異なる装置構造及び/又は操作圧力に対する混合プロセスの進展を決定するために観察され得る。当業者はマイクロ流体装置内の流体流を可視化する方法に精通している。又は、数セットの測定若しくは分析は、異なる装置構造及び/又は操作圧力を用いて実行することができ、そして均一性の証拠を示す解析結果が、混合方法の成果として得られる。例えば、実施例1及び2以下で述べる実験は、より均一な溶液を達成し、より小さな変動係数を有する結果を得るという混合の成果を示す。
第二チャンバー116は、溶液が第二チャンバーを出入りして円滑に動くよう、そして本来コネクティングチャンネル115を介して排出されるべき溶液が第二チャンバー内に残る可能性を最小化するように形成される。従って、第二チャンバー116は、コネクティングチャンネル115が第二チャンバー116内で広がるように形づけられる。第二チャンバー116を斜視的に見ると、溶液がコネクティングチャンネル115内に向けられるべく、それが漏斗の如く作用するように、チャンバーは狭まり又はテーパ状になる。但し、第二チャンバー116が漏斗の形状を有すること、又は側部がコネクティングチャンネル115に向かって対称的にテーパになることは必須ではない。むしろ、好ましい設計基準は、そのような「流体を向かわす形状」を有する第二チャンバー116の結果として、混合方法の操作中に、第二チャンバーに入る溶液が、第二チャンバーから実質的に排出されることである。本発明は、入る溶液の100%が排出されることを要求しない。しかし、第二チャンバー116の「流体を向かわす形状」設計の結果として、トラップされ圧縮された空気の幾らかが、実質的にごく少量の溶液とコネクティングチャンネル115の入口の間を動き得るので、実質的にごく少量の溶液が第二チャンバー中に残ることはない。一回の混合サイクルで排出される溶液の量は、幾つかの場合、かけられた力の間の違い(圧力の違い)故に、混合サイクルの初めに無理やり押し込まれた溶液の量と同じではない。その結果、幾らかの溶液が第二チャンバー116中に残る場合でも、混合方法において、第二チャンバーに入る溶液が第二チャンバーから実質的に排出されるという設計基準を損なうものではない。第二チャンバー116の形状はコネクティングチャンネルよりは広いが、0.1〜1mm2の断面積を有するチューブ状(例えば図2や図3等)であることが好ましい。
第二チャンバー116の設計の第二の態様においては、第二チャンバー充填率に基づいて、トラップされ圧縮された空気と溶液とが接する場所(空気/液体インターフェイス)と期待される第二チャンバー部分は、混合方法において溶液で満たされる第二チャンバー部分の特徴的断面積よりも小さい断面積を有する。特徴的断面積は、溶液で満たされる第二チャンバーのその部分において最大、平均、又は中間の断面積であり、通常、最大の断面積である。尚、当該特徴的断面積は、通常0.1〜1mm2、好ましくは0.1〜0.5mm2である。通常、このようの実施態様において、空気と溶液とが接する場所として期待される部分の断面積は、溶液で満たされる第二チャンバーの部分の特徴的断面積の約80%、又は約60%、又は約40%、又は約20%である。断面積は、第二チャンバーのその部分の幅及び/又は深さを変えることによって調節される。本発明の幾つかのアプリケーションで、空気/液体インターフェイスの領域を最小化するために、そしてそれによって気相と液相の間の温度差の影響、及び/又は空気/液体インターフェイスの存在によって引き起こされる他の影響を最小化するために、そのような実施態様が望ましい。さらに、これらの実施態様において、混合方法中にトラップされた空気が圧縮される第二チャンバー116の遠位端は、空気/液体インターフェイスが期待される部分と同じくより小さな断面積を維持し、より小さくなり及び/又はより大きくなり、そしてこれらの変化は、第二チャンバーの幅及び/又は深さを変えることによって達成される。
第二チャンバーが流体を向かわせる形状を有し、そして種々の実施態様が上記設計基準を満たす限り、第二チャンバー116の全体的形状は、装置設計及び混合方法の操作において重要なものではない。第二チャンバー116は、(例えば、四角形又は矩形の形状を有する)チャンバー状又は(例えば、ロードチャンネルのそれと類似の幅を有する)チャンネル状、又はその二つの幾つかの組み合わせである。第二チャンバー116の全体的形状は、一般的に、全体としてのマイクロ流体装置のレイアウト、及びマイクロ流体装置内に第二チャンバーを置くために利用できる領域に依存する。幾つかの実施態様において、第二チャンバー116は、特に、溶液が二つのチャンバー中に存在しその間を動くときに溶液の温度を制御することが望まれる場合、第一チャンバー110及び第二チャンバー116の組合わされた面積を最小化するように設計される。温度制御が望まれる場合、二つのチャンバーによって占められる面積を最小化することによって、温度制御された領域に対して必要な領域が最小化され、そしてこれは温度制御の精度及び/又は正確さ及び/又は付随する装備のコストに対して望ましい。
第二チャンバー116を出入りさせて動かしたいと望む溶液の量によって、第一及び第二ロードチャンネル(111、113;又は111’、113’)および第一及び第二ロードウェル(112、114)の構造も決定づけられる。操作の好ましい実施態様において、溶液が混合方法中に第一チャンバー110から第二チャンバー116内に無理やり押し込まれるときでさえ、第一チャンバー110は溶液で満たされたまま留まる。第一チャンバー110を溶液で満たされた状態に維持するために、ロードチャンネル111及び113、又は111’及び113’そして必要に応じてロードウェル112及び114において溶液の適切な容積が利用可能でなければならない。
第一及び第二ロードチャンネル、そして必要に応じて第一及び第二ロードウェルが、第一チャンバー110に供給する必要がある溶液の量は、第一チャンバー110から第二チャンバー116に動く溶液の量に等しい。その容積は、(第二チャンバー充填率)×(第二チャンバー容積)として表され得る。これら二つの値を乗じると、第二チャンバー116を強制的に占めさせられる溶液の量が得られ、そして述べられた通り、装置の好ましい実施態様において、ローディング量は、ロードチャンネル及びロードウェルから第一チャンバー110へと供給されるべく利用可能な溶液の量のような多さである。
通常、第一及び第二ロードチャンネル111及び113、又は111’及び113’は第一チャンバー110と同じ深さを有するが、深さはロードチャンネルの長さに沿って変わる。ロードチャンネルは、通常、約50μm〜約2000μmの、又は約100μm〜1500μmの幅を有し、そして幅はロードチャンネルの長さに沿って変わる。ロードチャンネルの長さは、一般的に、ロードウェルのサイズ及び空間取り、及びこれらの装備と第一及び/又は第二チャンバーの間の相対的位置のような装置のレイアウトを考慮することによって決定される。
上述の通り、幾つかの実施態様において、第一ロードチャンネル111及び第二ロードチャンネル113はほぼ同じ容積を有する。別の実施態様において、第一ロードチャンネル111’及び第二ロードチャンネル113’は、通常、異なる長さを有する故に、異なる容積を有する。
一般的に、ロードチャンネルは、特に水溶液に対して低い流体動力学的流れ抵抗を示すよう、比較的大きな断面積を有する。このように、操作において、ロードウェルに添加される溶液は、圧力をかけられることなくロードチャンネルを通して第一チャンバー内に流れる傾向にある。しかしながら、幾つかの実施態様において、ロードウェルからロードチャンネルを通して第一チャンバー内に溶液が確実に動くようにするために、小さい圧力、例えば、約7kPa未満がかけられる。
幾つかの実施態様において、第一及び第二ロードチャンネルは、約0.05μL〜約50μLの容積を有する。他の実施態様において、第一及び第二ロードチャンネルは、約0.1μL〜約10μLの容積を有し、そして他の実施態様においては約1μL〜約5μLの容積を有する。
第一ロードウェル112及び第二ロードウェル114は、溶液をマイクロ流体装置100内に導入するためのアクセスポートとして供される。ロードウェルは各々、第一ロードチャンネル111、第一チャンバー110、第二ロードチャンネル113、並びに第一及び第二ロードウェル112及び114の両者の少なくとも一部を満たすのに足りるだけの十分な溶液の量を保持するために十分大きな容積を有すべきである。好ましい実施態様において、利便性のために、ロードウェル112及び114は、同じサイズ及び構造を有するように設計されるがこれは必須条件ではない。幾つかの実施態様において、第一及び第二ロードウェルは、約1μL〜約1000μLの容積を有する。他の実施態様において、第一及び第二ロードウェルは、約5μL〜約100μLの容積を有する。
図1Bで説明されたように、第一ロードウェルと第一ロードチャンネルの組み合わせ容積が、第二ロードウェルと第二ロードチャンネルの組み合わせ容積と異なる場合は、混合方法において第一チャンバー110に供給するために利用できる溶液の量は、二つの組み合わせ容積のより少ない方によって制限される。このように、この状況において装置100に対する設計基準を考慮するとき、(第二チャンバー充填率)×(第二チャンバー容積)は、(i)第一ロードチャンネルと第一ロードウェルの容積和及び(ii)第二ロードチャンネルと第二ロードウェルの容積和のより小さい方の2倍未満である。
各ロードウェル及びロードチャンネル対の組み合わせ容積がほぼ等しい場合、装置100の設計基準は、(第二チャンバー充填率)×(第二チャンバー容積)が、i)第一ロードチャンネルと第一ロードウェルの容積及び(ii)第二ロードチャンネルと第二ロードウェルの容積の総和未満であるとして表される。これらの実施態様において、ロードウェル及びロードチャンネル対の各々は、溶液の同等容積を第一チャンバー110に供することができ、このように装置の設計は、これらのマイクロ流体エレメントの容積の総和に関して表される。
本発明に従う装置は他のマイクロ流体エレメントをさらに備えてなる。特に、幾つかの実施態様において、装置はその中の化学的又は生物学的成分を検出するために有用なチャンネル及び/又はチャンバーをさらに備えてなる。例えば、幾つかの実施態様において、チャンネルは第一のチャンバー110から外に繋がる。特定の例は、Bousseらの米国特許第8,394、324号に開示された装置中の反応チャンバーから抜き出される反応成分のキャピラリー電気泳動解析のためのマイクロ流体ネットワークを含む。好ましくは、成分は第一チャンバーからチャンネル内に、次いで電気泳動輸送によってチャンネルに沿って動かされる。幾つかの実施態様において、チャンネルは、UV、可視、及び/又は赤外線の当該波長が光源から通過して入り検出器から出ることを装置材料が可能にする光学的検出に適する領域のような、成分を検出するのに適する領域を有するように構成される。幾つかの実施態様において、チャンネルは、チャンバーに繋がり、そこで第一チャンバー110から輸送されて入ってきた成分の更なる処理又は反応が実行される。他の実施態様において、チャンネルは、出口ポートに繋がり、そこで更なる使用又は解析のために溶液成分がマイクロ流体装置100の外側に除去される。
さらに他の実施態様において、第一チャンバー110から外側に繋がるチャンネルは、第一チャンバーから、第一チャンバーから除去された連続分取又はサンプルを迅速解析するために最適化されたキャピラリーネットワークへと成分を送達する。例示的用途は、リアルタイムqPCR解析に対するものである。そのようなキャピラリー電気泳動ネットワークは、その全文が本明細書に参照することにより取り込まれているものとする、Liuらによる米国特許出願第14/395、239号(付与前の公表第2015/0075983号)に開示されている。
図2は、本発明に従う、第一チャンバー110、第一チャンバー110から第一ロードウェル112に繋がる第一ロードチャンネル111;第一チャンバー110から第二ロードウェル114に繋がる第二ロードチャンネル113;第二チャンバー116;及び第一チャンバー110から第二チャンバー116に繋がるコネクティングチャンネル115、を備えてなる装置の実施態様を説明する。第二チャンバー116は、コネクティングチャンネル115のより近くに位置する第二チャンバー116の部分よりもより小さな断面積を有するチャンバーセクション117をさらに含む。装置は、第一チャンバー110、ロードチャンネル111及び113、ロードウェル112及び114、並びに第二チャンバー116の相対的容積、そして、上で論じられたように、溶液が第一チャンバー110から第二チャンバー116に強制的に押し込まれるときに、第二チャンバー充填率が与えられ、そしてトラップされ圧縮された空気と溶液の間の空気/液体の接する場所が、第二チャンバー116のチャンバーセクション117内となるように設計される。第一チャンバーは、フィルム又は積層体をサポートするために役立つ二つのサポート構造(例えば、ピラー、ポストなど)をさらに含む。そのようなピラー又はポストが第一チャンバー中に存在する場合、装置は一般的に、流体がピラー又はポストに向かうことを妨げる一つ又は複数のコネクティングチャンネルを有するように設計される。このように、コネクティングチャンネルから排出された溶液のメインの流れが、チャンネルを出る際にピラー又はポストと直接ぶつからないように、コネクティングチャンネルの位置及び角度を設計することが一般的に好ましいが、これは必須事項ではない。キャピラリー電気泳動チャンネルネットワーク、ウェル、電極、検出領域などを備えてなる図2で説明されたマイクロ流体装置エレメント120の残りの部品は、Liuらによる米国特許出願第14/395,239号で述べられている。
図2はまた、第一チャンバー110の容積が(アームを含んで)約17μLであり、そして第二チャンバー116が約6.2μLであり、このようにして第二チャンバーに対する第一チャンバーの比が2.7である、混合方法をその中で実行するための装置の実施態様を説明する。図3A〜3Cは、第一及び第二チャンバーの異なる相対的サイズを有する他の実施態様を説明する。図3Aでは、第一チャンバー110の容積が約21μLであり、そして第二チャンバー116が約6μLであり、このようにして第二チャンバーに対する第一チャンバーの比が3.5である。図3Bでは、第一チャンバー110の容積が約18.9μLであり、そして第二チャンバー116が約10μLであり、このようにして第二チャンバーに対する第一チャンバーの比が1.9である。図3Cでは、第一チャンバー110の容積が約15.5μLであり、そして第二チャンバー116が約14μLであり、このようにして第二チャンバーに対する第一チャンバーの比が1.1である。
本発明に従うマイクロ流体装置の製作は、一般的に、異なる寸法、特に異なる深さを有する流体的装備(例えば、チャンネル、チャンバー)を有する装置を準備することを含む。例えば、ロードチャンネル111及び113、並びに第一チャンバー110は、他の寸法(幅及び長さ)が過度に大きいものであることを必要とせずに、必要なサンプル容積を収容するために、通常、例えば、約50〜500μmの深さをしている。他方、キャピラリー電気泳動チャンネルネットワークは通常、より浅い、例えば、20〜60μmの深さである小さな断面を有するチャンネルを備えてなる。解析チャンネルネットワークの断面及び全体容積を小さくすることによって、反応溶液の小量のみが解析のために除去されればよくなり、そしてチャンネルネットワーク内に入るための大きな水力学的流れ抵抗がバルブとして役立つ。
マイクロ流体装置は、当業者に公知の好適な材料からも作られ得る。Bousseらの米国特許第8、394、324号で開示された通り、そのような装置を準備するための方法は、当業技術において公知である。ポリメタクリル酸メチル及び環状オレフィンポリマーは、深さを変えることを含む異なった寸法のチャンネルを用意するのに適する。材料を接合して装置を製造することを含む、微細加工技術との適合性に対して、材料が選択される。例えば、装置は、ポリメタクリル酸メチル(PMMA)、環状オレフィンポリマー(COP)又は環状オレフィンコポリマー(COC)、ポリカーボネート(PC)、ポリエステル(PE)及びその他適切なポリマー又はエラストマーなどのポリマー材料、並びにガラス、石英及び半導体材料などから形成され得る。
環状オレフィンコポリマー(COC)は、例えば、ビシクロ[2.2.1]ヘプタ−2−エン(ノルボルネン)又は、1,2,3,4,4a,5,8,8a−オクタヒドロ−1,4:5,8−ジメタノナフタレン(テトラシクロドデセン)のような環状モノマーとエテンとの連鎖共重合により製造される。COCの例としては、Ticona社のTOPAS(登録商標)及び三井化学社のAPEL(登録商標)が挙げられる。COCは、また、種々の環状モノマーの開環メタセシス重合とそれに続く水素化により準備される。そのようなポリマーの例としては、日本合成ゴム社のARTON及びゼオン化成社のZeonex(登録商標)及びZeonor(登録商標)が挙げられる。単一タイプの環状モノマーの重合により、環状オレフィンポリマー(COP)が得られる。三菱化学社のルピロン(登録商標)ポリカーボネートのようなポリカーボネート、及びEvonik CYRO社のアクリレートのAcrylite(登録商標)シリーズ(例えば、S10、L40、M30)のようなPMMAは、マイクロ流体装置の製作のために適するプラスチックである。
一般的に、そのようなポリマーは多くのグレードで入手できる。用途によっては、FDA認可されたグレードが適切であるが、他のグレードタイプも十分である。マイクロ流体装置用の基板の選択に関する他の配慮には、製作の容易さ及び再現性、並びに光学測定における低いバックグラウンドが挙げられる。これらのパラメータは当業者によって容易に最適化される。
通常、チャンバー、チャンネル及びウェルのネットワークを備えてなるマイクロ流体装置は、装置を形成するために一緒に接合される二つ以上の基板層から製作される。通常、微細加工技術と称されるそのような装置の製作技術は当業技術において周知である。装置準備方法の一つの例において、マイクロ流体チャンバー及びチャンネル装備は、第一の層を備えてなる基板の第一の表面で製作され、そして第一の層の第一の表面に第二の層が接合され、そこで装備が微細加工され、そうすることによって装備が取り囲まれる。多層化装置は当業技術において準備され得てそして周知である。
一つの実施態様において、装置は、その中に定義されるマイクロ流体的ネットワークを有する基板の第一の表面(つまり、堀、突起、溝、孔などを供する表面)に、ポリマーの薄いフィルムを接合することによって準備され、そうすることによってネットワークを囲む。薄いフィルムは約20μm〜約500μm、又は約50μm〜約200μmの厚みを有する。薄いフィルムは、厚みの均一性、入手性、接合のしやすさ、透明性、光学的性質、熱的性質、化学的性質及び他の物性に従って選択される。接合技術は、当業技術において公知であるラミネーション、超音波溶接、IR溶接などを含む。薄いフィルム材料はそれに接合される基板と同じか又は異なり得る。仕上げられた装置が、本明細書で記述された方法の実行において使用される操作圧力に耐え得る限り、如何なる接合技術も装置を製作するために使用される。
[B.操作の方法]
本発明に従う方法は、マイクロ流体装置内で溶液を混合するために有用である。本方法は、本発明に従う装置中の第一チャンバー内の溶液の混合に関する。幾つかの実施態様において、本発明の方法は、その第一チャンバー中の溶液の渦混合を引き起こす。
本方法の実施態様における溶液の動きが、図4に説明されている。図1Aに関して述べられるように、構造エレメント100、111、112、113、114、115、及び116を備えてなる装置100が供される。使用において、溶液はロードウェル112又は114を介して装置内に導入される。幾つかの装置実施態様及び/又は幾つかのシステム実施態様において、ロードウェル112及び114は互換的に使用され得るが、幾つかの実施態様において、装置又はシステムは、装置内に溶液を導入するために一つの特定のウェルを使用するように設計される。例えば、第一チャンバー110は、泡の形成を抑制するか、又はローディング中にチャンバーの全体容積の充填を促進する、堰又は溝のような構造エレメントを備えてなる。しばしばそのような構造は、溶液が特定の方向から導入されるとき、最もよく働く。又は、例えば、装置100は、システムにおける一つの特定のウェル中に溶液が導入されるよう、特定の向きにおいてマイクロ流体装置に合体される流体管理装置を含んだ、自動化又は半自動化されたシステムでの使用に対して設計される。
例えば、溶液がロードウェル112(例えば「第一ロードウェル」)内に導入されると仮定すると、溶液はロードチャンネル111(例えば「第一ロードチャンネル」)、第一チャンバー110及びロードチャンネル113(例えば「第二ロードチャンネル」)を通して流しそれを充填する。溶液はロードウェル114(例えば「第二ロードウェル」)にも入る。最終的に、溶液は流体静力学的平衡に到達し、そしてロードウェル112及び114を同様の高さまで充填する。導入される溶液の量は、混合方法の実施において、溶液が第二チャンバー116内に押し込まれるとき、少なくとも幾らかの溶液がロードチャンネル111及び113中に残るのに十分な量である。また、溶液を第一ロードチャンネル111、第一チャンバー110、及びロードチャンネル113を通して流しそれらを充填するとき、幾らかの溶液が通常、コネクティングチャンネル115に入る。溶液がコネクティングチャンネル115内に流れる程度は、チャンネルの断面及び長さ、溶液がロードウェル112及び114、ロードチャンネル111及び113、並びに第一チャンバー110を充填するために使用される力、及び第二チャンバー116の容積に依存する。本方法の好ましい実施態様において、溶液添加プロセス中に、溶液は第二チャンバー116には入らないが、幾つかの実施態様において、溶液は第二チャンバー116に入る。第二チャンバー116内に溶液が入るのを許すことは、一般的に避けられる。なぜなら、それが混合方法において第二チャンバー116内の圧縮範囲を減じるからである。第二チャンバー116内に溶液が入ることを抑制するために、例えば、長さを増し又はチャンネル断面が減じることによって、コネクティングチャンネル115の寸法が変えられ得る。疎水性材料でチャンネル表面を被覆することによるなど、チャンネルを通る溶液の前進に抵抗するために、コネクティングチャンネルの表面の性質を適合するような他の手段も適用され得る。
第一ロードウェルを介して、第一ロードウェル、第一ロードチャンネル、第一チャンバー、第二ロードチャンネル、及び第二ロードウェル内に溶液を添加することは、例えば、キャピラリー作用、重力下での水力学的流れによって、又は溶液に圧力をかけることによって達成され得る。圧力には、第二ロードウェルを通して溶液を押すために第一ロードウェルにかけられる正圧、第二ロードウェルを通して溶液を引くために第二ロードウェルにかけられる負圧、又は別々に及び/又は同時にかけられる正圧と負圧の組合せがある。また、圧力は、第一及び第二ロードウェルの両方において同時にかけられる正圧であり、そこで溶液は、かけられた圧力下で水力学的平衡になる。第一ロードウェルの容積は、チャンバー及び二つのロードチャンネルの少なくとも一部を充填するのに十分な溶液の容積を収容するために十分大きい。好ましい実施態様において、第一ロードウェルの容積は、第一チャンバー、第一及び第二ロードチャンネル、並びに第一及び第二ロードウェルの少なくとも一部を充填するのに十分な溶液の容積を収容するために十分大きい。
一般的に、多くの実施態様において、水溶液は第一チャンバーを充填することができ、そして重力下で水力学的流れによって第二ロードウェルに到達することができる。添加工程において圧力がかけられるとき、正圧は幾つかの実施態様において約35kPaを超えず、そして通常、約7kPaを超えない。さらに、溶液が装置内で適切に位置し、そして、例えば、装置から無理やり押し出されない十分に短い時間だけ圧力がかけられる。このように、一般的に、圧力をかけることは、溶液の容積と粘度、装置の幾何形状、及び使用される圧力制御システムに基づいて、事前に決定されたプロトコールに従って実行される。
図4の上方部分において、第一のウェル112を介して溶液を添加することによって、第一ロードウェル(212)、第一ロードチャンネル(211)、第一チャンバー(210)、第二ロードチャンネル(213)、及び第二ロードウェル(214)中に溶液がもたらされる。上で論じられた通り、添加工程の結果として、幾らかの溶液がコネクティングチャンネル(215)中に存在することになる。また、添加工程の結果として、空気(200)が第二チャンバー内にトラップされることになる。好ましくは、第一ロードウェル(212)及び第二ロードウェル(214)中の溶液は、各ロードウェル112及び114の全容積を満たしはしない。
幾つかの実施態様において、溶液が装置に添加された後、第一ロードウェル及び第二ロードウェル中の溶液の頂部上に水不混和性流体が添加される。好ましくは、同じ容積の水不混和性流体が各ウェルに添加される。各ウェルに水不混和性流体が添加されるとき、好ましい実施態様において、各ロードウェル112及び114の全容積が満たされはしない。
幾つかの実施態様において、水不混和性流体は、疎水性ポリマーである。ポリマーは無機ポリマーであり、そして好ましい実施態様は、シリコーンオイル(シリコーン流体としても知られている)である。幾つかの実施態様において、ポリマーは、鉱物油、パラフィン油、Vapor Lock(Qiagen社、Valencia、カリフォルニア州)、ベビーオイル、またはホワイト油などの有機ポリマーである。ポリマーは、天然、合成、または半合成の生成物である。水不混和性流体は、また、好ましくは、方法、装置材料、及び装置に加えられる溶液の内容物と化学的に及び物理的に相性が良い。当業者は、水不混和性流体のような試薬とマイクロ流体装置、並びにその中で実施される測定、反応及び分析の相性を確認するための必要性及び方法に精通している。
次に、第一及び第二ロードウェルの上方の空域におけるガス圧が、初期圧力から、例えば、Phighへと上げられる。初期圧力は、大気圧であってもよく、又はそれは大気圧を超える圧力であってもよい。図4で説明された通り、第一及び第二ロードウェルにおいて圧力を上げることによって、溶液位置が、図の上方部分において示されるところから、下方部分において示されるところに変わる。説明された通り、装置中の溶液は再分布され、溶液(212及び214)はロードウェルから出ていき、そして溶液(216)は第二チャンバー116に入る。また、第二チャンバー116中にトラップされた空気(200)は圧縮されそして占める容積は小さくなる。
引き続いて、第一及び第二ロードウェルの上方の空域中のガス圧がPhighからより低い圧力、例えば、Plowへと下げられる。ロードウェルの上方の圧力を下げることにより、第二チャンバー116中の圧縮された空気(200)は膨張し、そして第二チャンバー116中の溶液(216)は、コネクティングチャンネル115を介して外へ第一チャンバー110内に押し出され、そして最終的に溶液(212及び214)はロードウェルを再度満たす。Plowは初期圧と同じでも異なっていてもよく、大気圧であってよい。好ましい実施態様において、Plowは大気圧より高い。
(i)第一及び第二ロードウェルの上方のガス圧を上げる工程に続いて、(ii)第一及び第二ロードウェルの上方のガス圧を下げる工程が、望まれる通り多くの回数繰り返される。一般的に、ガス圧の昇降工程は、望まれる量の溶液が混合されるように十分な回数だけ繰り返される。
図4の説明は、ロードウェルにおいてガス圧を上げる結果として、溶液がロードウェルを出て、そして第一及び第二ロードチャンネルを部分的にのみ占めることを示す。(説明されていない)他の実施態様において、第二チャンバー116内に強制的に入れられる溶液(216)の容積と比較して、第一及び第二ロードウェル(212及び214)中の溶液の容積は十分であるので、装置100のある設計及び各マイクロ流体エレメントの容積に対して、Phighでさえ、溶液(212及び213)は第一及び第二ロードチャンネルを完全に満たし、そして溶液(212及び214)は、第一及び第二ロードウェルを少なくとも部分的に満たす。そのような実施態様において、水不混和性流体がロードウェル中の溶液の頂部上に添加されるとき、水不混和性流体はロードウェル中に残り、そしてロードチャンネルには入らない。
述べられた通り、ガス圧の昇降の二つの工程は、望まれる量の溶液が混合されるように十分な回数だけ繰り返される。さらに、反応、測定、及び他の解析を実行するための装置100の使用において、反応、測定、及び他の解析の前、後、及び/又はこれらの実施中如何なる時点においても混合プロトコールは実行される。反応を行う場合、特にPCR反応を行う場合には、反応の途中で混合プロトコールを実行するのが好ましい。混合プロトコールが実行されるそれぞれの時点で、ガス圧の昇降の二つの工程が繰り返される回数は、手順の要求によって異なる。
ガス圧の昇降工程の間の時間間隔は適宜設定される。幾つかの実施態様において、混合を実行するために溶液は第二チャンバーを出入りして通過するが、第一チャンバー中に主として留まるよう、ガス圧の降下工程は上昇工程のすぐ後に、例えば、2秒以内、又はガス圧の上昇工程の60秒以内に起こる。他の実施態様において、溶液は第二チャンバー内へと通過し、そして排出され、第一チャンバー内に戻される前の測定中に、実質的な時間、そこに留まる。
圧力パルス混合プロトコールの二つの例が図5A及び5Bで説明される。図5Aで、PCR増幅反応の過程中に、圧力パルスの一つのセッションが実行される。PCRのような、そこで温度が変えられる測定と併せて混合プロセスが実行されるとき、温度が安定に保持される間に混合プロセスが実行されることが好ましい。このように、例えば、温度サイクルの初期の設定がX回実行され、次いで、温度が安定に保持される間に、圧力パルス混合サイクルがY回実行され、次いで、残りのPCRサイクルがZ回実行される。この例において、X+Zの合計は一般的にPCRサイクルの通常の数であり、それは当業技術において周知である通りのアプリケーションに従って変わる。感染生物の核酸材料の存否を解析する測定において、例えば、30〜50サイクルが一般に実行される。
幾つかの実施態様において、測定の最初に測定分析物の均一な分布を確保することが望まれる場合、圧力パルス混合工程が測定の最初に実行される(例えば、X=0)。幾つかの実施態様において、測定反応の最後の、例えば、生成物検出工程の前に、測定生成物の均一な分布を確保することが望まれる場合、測定の最後に圧力パルス混合工程が実行される(例えば、Z=0)。幾つかの実施態様において、溶液全体を通して測定反応の中間体の均一な分布および反応領域における非クラスタ化の確保(析出防止)が望まれる場合、測定の中間に圧力パルス混合工程が実行される(例えば、Xが0でない、Zが0でない)。
圧力パルス混合サイクルの数(Y)は、1のように少ないか、および2、3、4、5、6、又は8、又は10、又は20、又は30、又はそれを超えるように多い。有用な混合サイクルの数は、多くの因子、例えば、第一および第二チャンバーの相対的サイズ、コネクティングチャンネルのサイズと角度を含む装置の幾何形状、第二チャンバー充填率、かけられた圧力変化の大きさ、溶液粘度などに依存し、そして各装置およびアプリケーションに対して容易に決定され得る。混合サイクルの数を決定するとき、合計測定時間も考慮され、そして合計測定時間と溶液を混合する必要性のバランスを取って、混合工程のために使用される時間が適宜、割り当てられる。
他の実施態様において(図5Aで示されていない)、圧力パルス混合サイクルが1セッションより多く実行される。例えば、アッセイプロトコールの前後に、プロトコール前及びその途中に、プロトコールの途中及びその後に、又は、プロトコール前、途中及びその後に溶液は混合される。プロトコールの途中で混合が実行されるとき、一回以上の異なる時点で実行される。例えば、それはプロトコールを通した途中の半分及び4分の3で実行される。プロトコールが、PCRプロトコールにおいて使用されるような、温度サイクルなどの別個のサイクルを含む場合、混合は、例えば、各サイクル、各2回目のサイクル又は各3回目又は4回目のサイクルの後で実行される。図5Bは、サイクルの初期の設定がX回(Xは0から約40まで、又はそれを超えて変わる)実行された後、圧力パルス混合サイクルの組が各2回目のサイクルの後で実行される実施態様を説明する。上で論じられた通り、サイクルの数は調節されるが、二つの混合サイクル(Y=2)が説明される。幾つかの実施態様においてこれはアッセイプロトコールの最後までを通して続く。
ロードウェルにおいてガス圧が如何にして制御されるかを含む本方法の他の態様は、システム成分と合わせて次のセクションで述べられる。
[C.システム成分]
一つの実施態様において、装置中の溶液を混合するためのマイクロ流体装置システムは、この明細書において述べられる通りのマイクロ流体装置、およびガスマニフォールドを備えてなる。一般的に、ガスマニフォールドはマイクロ流体装置に完全に適合し、そしてマイクロ流体装置のウェルにおいてガス圧を制御することを可能にする装置である。幾つかの実施態様において、それは装置のすべてのウェルにおいてガス圧を同時に制御することをさらに可能にする。幾つかの実施態様において、これは同じ共通の狭い空間に全てのウェルを晒すことによってなされ、そうすることによって、その共通の狭い空間の圧力を制御することで、全てのウェルが本質的に同じガス圧になる結果となる。
ガスマニフォールドの幾つかの実施態様は、第一の表面に少なくとも一つの開口部を有するマニフォールドブロックを備えてなる。ガスマニフォールドは、外部表面上に開口部と連通するポートも備えてなる。ガスマニフォールドの第一の表面は、第一の表面における少なくとも一つの開口部が、第一および第二ロードウェルの両方において囲まれた空間を形成するように、マイクロ流体装置と嵌合する。外部表面上のポートは圧力源と連結され得る。代表的な図を図6に示す。図中、100はマイクロ流体デバイスを、140は圧力源を、200はマニフォールドブロックを、210は開口部を、220はポートを、250はガスケットを、300はマイクロ流体装置(チップ)を、310はウェルを、320はチャネルをそれぞれ表す。
一つの実施態様において、ガスマニフォールドは、第一および第二ロードウェルの両方における空間を囲む第一の表面に単一の開口部を有する。第一の表面は、第一および第二ロードウェルを囲む領域上のマイクロ流体装置の上方表面に接触してそしてシールを形成する。第一および第二ロードウェルと最終的に連通するチャンネルと連通するマイクロ流体装置中に他のウェルが存在する場合、好ましい実施態様において、第一の表面における単独開口部も、第一および第二ロードウェルを有するマイクロ流体チャンネルによって相互接続されるすべてのウェルに亘る空間を囲む。代表的な図を図7及び8に示す。図中、700及び910はマニフォールドブロックを、705はポートを、710及び930はマイクロ流体装置(チップ)を、720及び940はウェルを、740及び925はガスケットを、750は開口部を、800及び900は第一の表面にある空洞を、810は管状延長部を、830は電極を、920は基板を、950はサーマルサイクラーをそれぞれ表す。
別の実施態様において、ガスマニフォールドは、第一の表面に複数の開口部を有し、ここで開口部は各々、ガスマニフォールドブロック内の相互コネクティングチャンネルシステムのチャンネルの端部を示す。この相互コネクティングチャンネルシステムは、ガスマニフォールドの外部表面上のポートにも接続し、そしてポートはガス圧源に連結され得る。好ましい態様において、ガスマニフォールドがマイクロ流体装置上に配置されるとき、第一の表面における複数の開口部は、第一および第二ロードウェル上に位置する。第一の表面における開口部は、各ロードウェルを囲むマイクロ流体装置の表面に対して、又はウェルを囲む(そして部分的に定義する)チューブ状の延長部が存在する場合、延長部(「隆起したリム」としても知られる)の表面に接触しそしてシールを形成する。第一および第二ロードウェルと最終的に連通するチャンネルと連通するマイクロ流体装置中に他のウェルが存在する場合、好ましい実施態様において、第一の表面における追加の開口部も、マイクロ流体チャンネルによって第一および第二ロードウェルと相互接続されるウェルの各々に整列する。ガスマニフォールドは、他のウェルの各々の上に位置する別個の開口部を有するか、又は幾つかの場合、二つ以上のウェルは同じ開口部によって覆われる。代表的な図を図9A〜9Cに示す。図中、400はマニフォールドブロックを、410は相互チャンネルを、420はポートを、430はプラグを、440は電極を、450はエポキシ接着剤を、500はマイクロ流体装置(チップ)を、510はウェルを、515はo−リングを、520は管状延長部を、530はチャンネルをそれぞれ表す。
ガスマニフォールドの如何なる実施態様においても、ガスマニフォールドとマイクロ流体装置の間の気密シールの形成を助けるために、ガスマニフォールドがマイクロ流体装置と接触するところに圧縮可能な材料が存在する。圧縮可能な材料は、ガスマニフォールドとマイクロ流体装置の間の、ロードウェルにおける狭い共通空間を確立する一つ以上の領域の周辺に沿って気密シールの形成を助けるためのガスケット又はOリングの形態でもある。
ガスマニフォールドをマイクロ流体装置に固定し、そしてポートを介して接続される圧力源からマニホールドに供給されるガス圧を制御するために、第一および第二ロードウェルにおける圧力が昇降される。第一および第二ロードウェルにおける圧力を昇降することによって、本発明に従う方法が実行される。
例として、マイクロ流体装置のウェルにおける圧力を制御するために有用なガス圧マニホールドの幾つかの実施態様が、その全文が本明細書に参照することにより取り込まれているものとする、米国特許出願第12/600、171号(付与前の公表第2010/0200402号)でLiらによって開示されている。Liらは、疑問を避けるべく、本明細書に参照することにより取り込まれているものとする、分子生物学的測定を実行するためのマイクロ流体装置と共にそのようなガスマニフォールドを使用するシステムおよび方法をさらに開示している。
ロードウェルにおける圧力を制御するために、ガスマニフォールドに供給されるガスは、空気、窒素、アルゴン又は装置の材料及びマイクロ流体装置内に導入される溶液の化学的(生物学的)成分と適合する他の類似ガスである。
図10A及び6Bは、マイクロ流体装置100及びガスマニフォールド310を備えてなる装置中で溶液を混合するためのマイクロ流体装置システムの二つの例示的実施態様を説明する。図10Aのシステムは、導管306、変換器330及び導管307を介してガスマニフォールド310に接続される圧力制御器340に、導管305を介して接続されるガス圧源350をさらに備えてなる。変換器330は、コンピュータ(示されていない)から電気入力信号を受け取り、そして受け取られた信号に比例する制御された電気出力信号を生み出すことによって、導管307中の下流の圧力を制御する。このように、一連の圧力サイクルを生み出すために、時間の関数としての圧力プロファイル、一連の圧力設定点がコンピュータから変換器に送られる。変換器330は導管307中に(例えば、制御器340によって設定される値までの)より高い圧力を生み出すために、又はより低い圧力(例えば、ベント)を生み出すために使用され得る。導管306に接続される圧力ゲージ320によって、導管中の圧力を目視及び/又は電気シグナルで読み取ることができる。導管305及び306は、システムにかけられる圧力差に耐えるために十分に剛直である限り、如何なる材料からも作られ得る。各導管は同じ又は異なる材料で作られる。通常使用される材料には金属及びエンジニアリングプラスチックが含まれるが、当業技術において使用される如何なる材料も選択される。ガス圧源350は、ガス圧縮機、「家庭用」圧力源、又は圧縮されたガスタンクのような高圧ガスの如何なるものでもよい。
操作において、図10Aのシステムは、システム内のガス圧を昇降するために、制御器での圧力設定を制御することによって使用される。高圧状態から出発して、圧力制御器設定点を下げ、そして設定点圧力まで圧力を抜き取ると、システムにおけるロードウェルにおける狭い共通の空間における圧力が下がる。逆に、低圧状態から出発して、制御器により圧力設定を上げると、狭い共通の空間における圧力が上がることになる。そのようなシステムにおける、時間の関数としての圧力変化を説明する実験データが図11Aに示される。この数字は、狭い共通の空間内及びこのようにマイクロ流体装置のロードウェルにおいて測定された圧力と圧力設定点を比較している。この数字は、約135kPaの高圧(設定点)と約36kPaの低圧設定点の間の行き来を示す。高圧から低圧への移行時間は約0.25秒であり、そして低圧から高圧への移行時間は約1秒であった。圧力の変化速度は、他の因子のなかでも圧力制御の速度に主に依存するであろう。
図10Bのシステムは、導管309を介してガスマニフォールド310に接続されるバルブ15に、導管308を介して接続されるシリンジポンプ360をさらに備えてなる。圧力ゲージ320は、導管を介してバルブ15に任意に接続される。圧力ゲージの代わりに、システムをベントするために第三のポートが使用され得るか又は第三のポートがふたされて二ポートバルブと同等のバルブが与えられる。導管308及び309の材料は、導管305及び306に対して上で述べられた通りである。シリンジポンプは、約200kPaまでの圧力に耐えるように設計された如何なる標準シリンジであればよい。シリンジはガラス又はプラスチックである。シリンジは、達成され得る容積変化によって、混合方法で望まれる必要な圧力差が供され得るようなサイズにされる。例えば、(シリンジポンプ、配管及び装置を備えてなる)システムの囲まれた空間が約28.5mLである場合、26mLの容積を有するシリンジが、圧力変化(例えば、Phigh−Plow=200kPa)を駆動するために使用され得る。そのような場合、シリンジ中の容積変化は約18mLである。シリンジのプランジャを駆動するために標準モータが使用される。通常、プランジャを駆動するモータの線形力は少なくとも約13ポンドである。モータがついた多くのシリンジポンプが市販品で入手でき、そして本明細書において述べられたシステムで使用することができる。
操作において、図10Bのシステムは、システム内のガス圧を昇降するためにシリンジポンプを作動することによって使用される。高圧状態から出発して、プランジャを外側に動かすと、システムにおいてロードウェルにおける狭い共通の空間内の容積が増す。逆に、低圧状態から出発して、プランジャを内側に動かすと、狭い共通の空間内の容積が減り、そして圧力が上がることになる。そのようなシステム内の、時間の関数としての圧力変化を説明する実験データが図11Bに、「バルブを使用しないシリンジポンプ」(〇)と標識された曲線で示される。この数字は約140kPaの高圧と約10kPaの低圧の間の繰り返しの行き来を示す。高圧から低圧への移行時間は約5秒であり、そして低圧から高圧への移行時間は約4秒であった。圧力の変化速度は、他の因子の中でも、シリンジプランジャの駆動速度及び狭い共通の空間の容積に主として依存するであろう。
システム上の圧力変化のより速い速度を供する一つの手段は、シリンジポンプと共にバルブ315のようなバルブを作動させることである。バルブはガス流体と共に使用する、例えば、手動又は電気機械的に操作される如何なる標準のバルブでもよい。幾つかの実施態様において、バルブは、ソレノイドバルブでありそしてバルブはコンピュータ制御される。さらに、バルブ操作は、以下に述べられる通り、本発明の種々の実施態様に従う方法を実行するのに有用な圧力変化を供するために、シリンジの動きと共に調整される。バルブは、シリンジを、装置の第一および第二ロードウェルに亘る空域と接続している二ポートバルブである。幾つかの実施態様において、バルブは、シリンジ、装置の第一および第二ロードウェルに亘る空域、及び、例えば、圧力ゲージ又は排出ラインを大気に接続している三ポートバルブである。バルブ接続は、装置に亘る空域がシリンジ及びゲージ/排出部に交互に接続されるように構成される。
シリンジポンプ及びバルブの両方を使用して、そして装置100の狭い共通空間、ガスマニフォールド310、導管309及び308、並びにシリンジポンプ360における高圧状態から出発して、最初にバルブ315が閉じられ、そして次いでプランジャが外側に動かされると、容積が増し、そしてシリンジポンプ360及び導管308内の圧力が下がる。次いで、バルブ315が開かれ、そして狭い共通空間全体を通して圧力が均等化するにつれ、装置100中のロードウェルにおける圧力が低下する。逆に、低圧状態から出発し、バルブ315が閉じられ、そしてシリンジプランジャが内側に動かされると、容積が減じられそしてシリンジポンプ360及び導管308中の圧力が上がる。次いで、バルブ315が開けられ、そして狭い共通空間全体を通して圧力が均等化するにつれて、装置100のロードウェルの圧力が上がる。
幾つかの実施態様において、シリンジポンプ及びバルブは高圧状態から低圧状態への移行に対して協調して働くが、逆(低圧から高圧への移行)プロセス中はそうではない。シリンジポンプ及びバルブの協調によってガス圧の降圧工程が加速され、そしてシリンジのみを使用する他の場合の速度よりも速い速度で移行が生じる。この工程中に、第二チャンバーから第一チャンバー内にその溶液が追い出され、そして移行速度がより速いとき、混合がより顕著であることが通常、観察される。一方、シリンジと装置の間でバルブが開かれて、シリンジのみを作動させて、ガス圧の昇圧工程が実行される。
そのようなシステムにおける圧力変化を説明する実験データが時間の関数として図11Bの「バルブを伴うシリンジポンプ」(−)と標識された曲線で示される。本図は、約140kPaの高圧と約55kPaの低圧の間の繰り返される実行を示す。高圧から低圧への移行時間は、早い移行速度を生み出すためにシリンジと共にバルブを用いて約1秒未満であり、そして低圧から高圧への移行時間は、シリンジのみを用いて約3秒であった。バルブの開放時間がプランジャの駆動速度よりも早い場合、シリンジポンプと共にバルブを使用すると、より早い圧力変化速度がもたらされるはずである。これらの操作モードの何れかにおいて、望まれる圧力変化を得るために、第二チャンバー内に移動されることになる溶液の容積に基づいて、シリンジポンプ中の必要な容積変化が決定され得る。
システムの実施態様は、マイクロ流体装置、ガスマニフォールド、ガス圧源、又は圧力制御システムとインターフェイスをとる他の装備又は制御システムと組合わされる。
[実施例1.PCR後アッセイの混合]
A.PCRプライマー及びターゲット
phiX174 RF1 DNA (New England Biolab、MA; Cat. No. N3021S)の243塩基対のセグメントを、PCR増幅ターゲットとして使用した。フォワードプライマーは、検出用の蛍光色素(TAMRA)で標識した。プライマー配列は以下の通りであった:
配列番号1(フォワードプライマー):
5’−TAMRA−cgttggatgaggagaagtgg−3’
配列番号2(リバースプライマー):
5’− acggcagaagcctgaatg−3’
PCRアッセイ反応混合物を以下の成分を用いて準備した:1XのKOD緩衝液、0.25%のCHAPS、0.1mg/mLのBSA、0.4mMのdNTP、0.095%のアジ化ナトリウム、1.25UのKOD HS DNAポリメラーゼ、(東洋紡、日本)、及び0.5μMの各プライマー。phiX174 RF1 DNAを、12.5コピー/25μLの反応溶液濃度で、ターゲットとして添加した。
B.マイクロ流体デバイスおよびシステム
PCR及びキャピラリー電気泳動を実行するためのマイクロ流体デバイスを、射出成形されたポリカーボネート基板及びポリカーボネートフィルム(GE Plastics社製、125μmのLexan8010)を積層により接合して準備した。第一チャンバー110、第二チャンバー116、チャンバーセクション117、およびコネクティングチャンネル115の設計が図3Bに示されるものであることを除いて、全体的マイクロ流体デバイスの設計を図2に示す。装置の全体的寸法は、約45.5mm×25.5mm×5.5mmである。第一チャンバー110は、約350μmの深さ及び約18.9μLの容積を有する。第二チャンバー116は約350μmの深さ及び約10μLの容積を有する。コネクティングチャンネル115は約80μmの深さ、約98μmの幅(断面積:約7840μm、アスペクト比:約1.2)、及び約1.1mmの長さを有する。装置中のマイクロ流体コネクティングチャンネルは、各々約30μmの深さ及び約40μmの幅である。マイクロ流体デバイスエレメント120(図2を参照)は、Liuらによる米国特許出願第14/395、239号で記載されている。電極は、積層前にポリカーボネートフィルム上にスクリーン印刷し、基板/フィルム積層デバイス中のウェル1〜10(図2を参照)に添加される溶液に接触するように置かれた。
マイクロ流体デバイスを以下のような操作のために準備した。ゲル緩衝液としては、3.0mMのMgClを含むpH8の200mMTAPS緩衝液を準備した。3%のポリジメチルアクリルアミド篩マトリックスをゲル緩衝液中に含む分離ゲルを、ウェル3、4、及び9に添加することによってキャピラリー電気泳動チャンネルネットワークを満たした。0.2μMの5−カルボキシテトラメチルローダミンをゲル緩衝液中に含むフォーカシング色素溶液をウェル1内にローディングした。ゲル緩衝液をウェル7内にローディングした。Fermentas NoLimits DNA(15、300、500bp;各々1ng/μL)をゲル緩衝液中に含むCEマーカー溶液をウェル8内にローディングした。PCR反応溶液(約35μL)(セクションA)を第二ロードウェル114(同様に、図2でウェル6と標識されている)内にローディングし、そしてこの溶液で第二ロードチャンネル113、第一チャンバー110、第一ロードチャンネル111、及び(同様に、図2でウェル5と標識されている)第一ロードウェル112の幾つかを毛管作用によって満たした。最後に、15μLの50cstシリコーン流体を、第一及び第二ロードウェル112及び114(ウェル5及び6)に添加した。
ローディングされたマイクロ流体デバイスを、熱電ヒーター/クーラーモジュール(モデルHV56、Nextreme、Durham、N.C.社製)に接続された平らな銅板から成るサーマルサイクリングデバイス上に置いた。その全文が本明細書に参照することにより取り込まれているものとする、Liuらの米国特許出願第12/600、171号で開示されたタイプの圧力マニホールドを、全てのウェルに亘って気密シールする、マイクロ流体デバイスのウェルを囲む縁の表面と接触させた。
シリンジポンプ(容積26mL)およびバルブ(CKD 空気入りUSG2−M5)を含む気体圧力源を、図10Bに関連して記載された通りに配置し、そして第一及び第二ロードウェルを含む、マイクロ流体デバイスのすべてのウェルにおける圧力を制御するための気体マニホールドに接続した。混合プロセスにおいて使用された操作圧力は、Phigh =130kPa、Plow=10kPaであった。PlowからPhighへの移行のためには、バルブを開かれたままに保持したが、PhighからPlowへの移行のためには、バルブを閉じて、シリンジ中に低圧を生み出すべくシリンジプランジャを引く前に、気体マニホールドとマイクロ流体デバイスを隔離し、そして次いで、気体マニホールドを低圧環境に迅速に晒すためにバルブを開いた。PCRヒートサイクルの間、気体マニホールド中の圧力をPlowに保持した。
C.測定プロトコール
PCRを45サイクル実行し、反応生成物をキャピラリー電気泳動(CE)によってマイクロ流体デバイス中で解析し、次いで、第一チャンバー110の内容物を本発明の実施態様に従って混合し、そして最後に、反応生成物をCEによって再度解析した。3つのサンプルを用い、本実験を3回繰り返した。
PCRヒートサイクルプロトコールを以下の変性、アニーリング、及び伸長温度及び時間の配列を用いて実行した:
サイクル1:96℃で300秒間、60℃で14秒間、及び74℃で8秒間。
サイクル2〜13:96℃で17秒間、60℃で14秒間、及び74℃で8秒間。
サイクル14〜45:96℃で17秒間、60℃で14秒間、及び74℃で39秒間。
サイクル14〜45の間に、Liuらによる米国特許出願第14/395、239号で記載された通りに、CE解析を実施した。
圧力パルス混合は、ヒートサイクリングデバイスの温度を74℃に保持しながら、圧力をPhighに上げ、そしてPlowに下げることを250秒間に30サイクル行うことによって実行した。
圧力パルス混合工程に続いて、PCRアッセイ溶液の内容物を、Liuらによる米国特許出願第14/395、239号で記載された通りに、マイクロ流体デバイスにおけるCE解析のために再度採取した。
D.結果
試験した3つのサンプルについてのCE電気泳動図を図12の(A)〜(F)に示す。電気泳動図の(A)〜(C)は、PCRサイクル45の後であるが、第一チャンバー110中の測定溶液が混合される前の3つのサンプルの各々についての結果を示す。電気泳動図(D)〜(F)は、圧力パルス混合が実行された後の各サンプルについての結果を示す。
電気泳動図において、PCRアンプリコン生成物のピーク(243bp)は22秒に現れ、そして二つのマーカーピーク(300および500bp)は24秒および30秒に現れる。
電気泳動図から、混合前に測定溶液を解析すると、溶液中の生成物アンプリコンの濃度を正確に反映しない誤った結果に導かれることが明らかである。例えば、図12の(A)では、アンプリコン生成物のピークは、マーカーDNAよりもはるかにより高い濃度で明らかに存在し、そして図12の(B)では、非常に少ない量のアンプリコン生成物であるように見える。しかしながら、圧力パルス混合工程を実行した後では、これらの測定溶液の各々は、図12(D)及び(E)で、マーカーDNAと対比して類似の量のアンプリコン生成物を有することが分かる。これは、ヒートサイクル直後の測定溶液においては、アンプリコン生成物が均一に分配されていないが、圧力パルス混合工程の結果、生成物がより均一に分配され、従って解析のために第一チャンバーから抽出されたサンプルが、測定溶液の内容物のより良い代表物であったことを示す。
[実施例2.測定中の混合を伴うPCRアッセイ]
A.PCRプライマー及びターゲット
実施例1のプライマー、ターゲット及びPCRアッセイ溶液を使用した。
B.マイクロ流体デバイスおよびシステム
実施例1のマイクロ流体デバイスおよびシステムを使用した。
C.アッセイプロトコール
8つのサンプルを用意した。PCRを45サイクル実行し、最後の32サクルごとに、反応生成物を細管電気泳動(CE)によってマイクロ流体デバイス中で解析した。4つのサンプルは、第一チャンバー中の測定溶液を圧力パルス混合せずに解析した。4つのサンプルは、PCRサイクル13と14の間で、測定溶液を2分間混合(30回の混合サイクル、Phigh=130kPa、Plow=40kPa)することによって解析した。
PCRヒートサイクル及び圧力パルス混合は、以下の変性、アニーリング及び伸長温度及び時間のシーケンス、並びに混合プロトコールを用いて実行した:
サイクル1:96℃で300秒間、60℃で14秒間、及び74℃で8秒間。
サイクル2〜13:96℃で17秒間、60℃で14秒間、及び74℃で8秒間。
混合時間:Phighへの昇圧及び、Plowへの降圧の30サイクルを用いて、又は用いないで、95℃で120秒間。
サイクル14〜45:96℃で17秒間、60℃で14秒間、及び74℃で39秒間。
サイクル14〜45中に、Liuらによる米国特許出願第14/395,239号で記載された通りに、CE解析を実施した。
D.結果
実験の結果を、各サンプルについて、サイクル数(サイクル31から45)対アンプリコン生成物の蛍光強度をプロットした図13に示す。圧力パルス混合を行わなかったコントロールサンプルの増殖曲線を点線で示し、そして本明細書で開示された方法に従って混合したサンプルの増殖曲線を実線で示す。閾値サイクル数(Cq)、平均Cq、及び二組のサンプルについて観察された真陽性率を以下の表1に示す。
Figure 0006965526
PCR増幅プロトコールの途中(サイクル13と14の間)で測定溶液を混合することによって、引き続いて観察された増殖曲線は、混合工程なしで増幅されたサンプルよりもはるかにより大きな均一性及び再現性を示す。
PCRアッセイの初期段階においてサンプルを混合することによって、反応領域のホットスポット発生が最小化され、及び/又はその中間点でのアンプリコンがより均一に分布しており、その結果、生成物のより均一な分布、およびより遅いサイクルにおける測定溶液のより均一なサンプリングをもたらしたものと思われる。対照的に、混合されなかったサンプルは、約35.3というより早い閾値サイクル数(C)の範囲にある結果を示し、生成物が検出されなかったネガティブ結果に対して、サンプル中のターゲットがはるかにより高い濃度を示した。
この実験の結果も、圧力パルス混合が低濃度成分のより均一な分布をもたらし、その結果、マイクロ流体チャンバーから、溶液内容物の量(濃度)を反映したサンプルを提供できることを示す。
本発明は特定の実施態様および用途に関して記載されているものの、当業者は本明細書で記載されそして可能にされた本発明のデバイス、システム、および方法の範囲を理解するであろう。

Claims (25)

  1. 第一チャンバー;
    前記第一チャンバーから第一ロードウェルに繋がる第一ロードチャンネル;
    前記第一チャンバーから第二ロードウェルに繋がる第二ロードチャンネル;
    第二チャンバー;及び
    前記第一チャンバーから前記第二チャンバーに繋がるコネクティングチャンネル;を備えてなるマイクロ流体装置であって、
    前記第一チャンバーの容積が1μL〜1mLであり;
    前記コネクティングチャンネルの断面積が0.001mm 2 〜0.12mm 2 であり;
    前記第二チャンバーが前記第一チャンバーの容積の0.1〜1.5倍の容積であり、
    前記第二チャンバーが前記コネクティングチャンネルを介してのみ流体的連通状態にある、マイクロ流体装置において溶液を混合する方法であって、
    前記第一ロードウェルを介して、前記第一ロードウェル、前記第一ロードチャンネル、前記第一チャンバー、前記第二ロードチャンネル、及び前記第二ロードウェル内に溶液を添加する添加工程と;
    前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェルのガス圧を圧力Phighに上げるガス圧上昇工程と;
    前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェルの前記ガス圧を、大気圧以上であって前記圧力Phighより低い圧力Plowに下げるガス圧下降工程とを含み、
    前記ガス圧下降工程において、前記ガス圧の下降の速度を50kPa/秒〜1500kPa/秒とし、
    前記ガス圧上昇工程において、前記ガス圧の上昇の速度を20kPa/秒〜1500kPa/秒とする、溶液を混合する方法。
  2. 更に、前記溶液を添加した後、且つ前記ガス圧上昇工程の前に、水不混和性流体を、前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェル中の前記溶液上に置く、請求項1に記載の方法。
  3. 第一チャンバー;
    前記第一チャンバーから第一ロードウェルに繋がる第一ロードチャンネル;
    前記第一チャンバーから第二ロードウェルに繋がる第二ロードチャンネル;
    第二チャンバー;及び
    前記第一チャンバーから前記第二チャンバーに繋がるコネクティングチャンネル;を備えてなるマイクロ流体装置中の溶液を混合する方法であって、
    前記第一ロードウェルを介して、前記第一ロードウェル、前記第一ロードチャンネル、前記第一チャンバー、前記第二ロードチャンネル、及び前記第二ロードウェル内に溶液を添加する添加工程と;
    前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェルのガス圧を圧力Phighに上げるガス圧上昇工程と;
    前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェルの前記ガス圧を、大気圧以上であって前記圧力Phighより低い圧力Plowに下げるガス圧下降工程とを含み、
    前記溶液を添加した後、且つ前記ガス圧上昇工程の前に、水不混和性流体を、前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェル中の前記溶液上に置く、溶液を混合する方法。
  4. 前記溶液は、DNA又はRNAと、ポリメラーゼ連鎖反応のための試薬とを含む、請求項1〜3の何れか1項に記載の方法。
  5. 前記ガス圧上昇工程及び前記ガス圧下降工程が、交互に少なくとも二度繰り返される、請求項1〜4の何れか1項に記載の方法。
  6. 前記ガス圧上昇工程において、前記圧力Phighの最大ガス圧が50〜200kPaである、請求項1〜の何れか1項に記載の方法。
  7. 前記ガス圧下降工程において、前記圧力Plowが0〜180kPaである、請求項1〜の何れか1項に記載の方法。
  8. 前記マイクロ流体装置の前記第一チャンバーの容積は2μL〜100μLである、請求項1〜7の何れか1項に記載の方法。
  9. 前記ガス圧上昇工程及び前記ガス圧下降工程の間、前記第一チャンバー内は前記溶液で満たされている、請求項1〜8の何れか1項に記載の方法。
  10. 前記マイクロ流体装置の前記第一チャンバー及び前記第二チャンバーの深さが0.5μm〜500μmである、請求項1〜9の何れか1項に記載の方法。
  11. 第一チャンバー;
    前記第一チャンバーから第一ロードウェルに繋がる第一ロードチャンネル;
    前記第一チャンバーから第二ロードウェルに繋がる第二ロードチャンネル;
    第二チャンバー;及び
    前記第一チャンバーから前記第二チャンバーに繋がるコネクティングチャンネル;を備えてなる、マイクロ流体装置であって、
    前記第一チャンバーの容積が1μL〜1mLであり;
    前記コネクティングチャンネルの断面積が0.001mm 2 〜0.12mm 2 であり;
    前記第二チャンバーが前記第一チャンバーの0.1〜1.5倍の容積であり、
    前記第二チャンバーが前記コネクティングチャンネルとのみ流体的連通状態にあるマイクロ流体装置、
    前記マイクロ流体装置に接する第一の表面上の開口部、前記第一の表面とは異なる外部表面上のポート、及び前記第一の表面上の少なくとも一つの前記開口部と前記ポートとを連通するチャンネルを内部に備えてなる、ガスマニフォールドブロック
    加圧されたガス源;
    第一の開口部及び第二の開口部を備えてなるバルブ;
    前記加圧されたガス源を前記第一の開口部に連結する第一のチューブ;
    前記第二の開口部を前記ガスマニフォールドブロックのポートに連結する第二のチューブ;及び
    前記加圧されたガス源及び/又は前記バルブを制御することによって、前記ガスマニフォールドブロック中の圧力の昇降を制御するように構成されたマイクロプロセッサを備え、
    前記マイクロプロセッサは、前記圧力の昇降の際に、前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェルのガス圧を圧力P high に上げ、前記第一ロードウェル及び前記第二ロードウェルの前記ガス圧を、大気圧以上であって前記圧力P high より低い圧力P low に下げるように制御するように構成されており、前記ガス圧の下降工程において、前記ガス圧の下降の速度を50kPa/秒〜1500kPa/秒とし、前記ガス圧の上昇工程において、前記ガス圧の上昇の速度が20kPa/秒〜1500kPa/秒とするように制御する、
    マイクロ流体装置システム。
  12. (前記第二チャンバーの充填率)×(前記第二チャンバーの容積)が、(i)前記第一ロードチャンネルの容積と前記第一ロードウェルの容積との和及び(ii)前記第二ロードチャンネルの容積と前記第二ロードウェルの容積との和の少ない方の二倍未満であり、前記第二チャンバーの充填率が0.4〜0.99である、請求項11に記載のマイクロ流体装置システム。
  13. 前記加圧されたガス源が、シリンジポンプ及び圧縮された空気のタンクから選ばれる、請求項11又は12に記載のマイクロ流体装置システム。
  14. 前記マイクロ流体装置の前記第一チャンバーの容積は2μL〜100μLである、請求項11〜13の何れか1項に記載のマイクロ流体装置システム。
  15. 前記マイクロ流体装置を受け取るように適合された、温度制御可能な表面をさらに備えてなる、請求項1〜1の何れか1項に記載のマイクロ流体装置システム。
  16. 前記マイクロ流体装置が、前記第一チャンバーに接続されたキャピラリー電気泳動チャンネルネットワーク;及び
    前記キャピラリー電気泳動チャンネルネットワークにおける電気泳動解析のために構成された前記マイクロ流体装置中の電極;及び
    前記マイクロ流体装置中の電極に接続された電源;をさらに備えてなる、請求項1〜1の何れか1項に記載のマイクロ流体装置システム。
  17. 前記マイクロ流体装置の前記第一チャンバー及び前記第二チャンバーの深さが0.5μm〜500μmである、請求項11〜16の何れか1項に記載のマイクロ流体装置システム。
  18. 第一チャンバー;
    前記第一チャンバーから第一ロードウェルに繋がる第一ロードチャンネル;
    前記第一チャンバーから第二ロードウェルに繋がる第二ロードチャンネル;
    第二チャンバー;
    前記第一チャンバーから前記第二チャンバーに繋がるコネクティングチャンネル;及び
    前記第一チャンバーに接続されるキャピラリー電気泳動チャンネルネットワークを備えてなり、
    前記第一チャンバーの容積が1μL〜1mLであり;
    前記コネクティングチャンネルの断面積が0.001mm 2 〜0.12mm 2 であり;
    前記第二チャンバーが前記第一チャンバーの0.1〜1.5倍の容積であり、前記第二チャンバーが前記コネクティングチャンネルを介してのみ流体的連通状態にある、マイクロ流体装置。
  19. (前記第二チャンバーの充填率)×(前記第二チャンバーの容積)が、(i)前記第一ロードチャンネルの容積と前記第一ロードウェルの容積との和及び(ii)前記第二ロードチャンネルの容積と前記第二ロードウェルの容積との和の少ない方の二倍未満であり、前記第二チャンバーの充填率が0.2〜0.99である、請求項18に記載のマイクロ流体装置。
  20. (前記第二チャンバーの充填率)×(前記第二チャンバーの容積)が、(i)前記第一ロードチャンネルの容積と前記第一ロードウェルの容積との和(ii)前記第二ロードチャンネルの容積と前記第二ロードウェルの容積の和との総和よりも小さい、請求項18又は19の何れか1項に記載のマイクロ流体装置。
  21. 前記第一チャンバーの容積が2μL〜100mLである、請求項18〜20の何れか1項に記載のマイクロ流体装置。
  22. 前記第二チャンバーが前記第一チャンバーの容積の0.2〜0.95倍の容積である、請求項18〜21の何れか1項に記載のマイクロ流体装置。
  23. 前記第二チャンバーの充填率が0.5〜0.7である、請求項18〜22の何れか1項に記載のマイクロ流体装置。
  24. 前記コネクティングチャンネルの断面積が0.002mm2〜0.06mm2である、請求項18〜23の何れか1項に記載のマイクロ流体装置。
  25. 前記第一チャンバー及び前記第二チャンバーの深さが0.5μm〜500μmである、請求項18〜24の何れか1項に記載のマイクロ流体装置。
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