JP6960053B2 - 画像処理装置および培養評価システム - Google Patents

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Description

本発明は、画像処理装置および培養評価システムに関するものである。
従来、再生医療の分野では、様々な細胞が研究に使用されている。間葉系幹細胞(MSC)は、骨、軟骨、脂肪等へ分化する能力を有し、盛んに研究されている。通常、研究者は、購入したMSCを拡大培養することによって実験に必要な細胞数を確保し、その後にMSCを目的の細胞に分化させる。一般的に、細胞の培養は不安定であるため、培養の状態を把握する技術が考案されている(例えば、特許文献1参照。)。
一方、コロニー形成ユニット(CFU)とMSCの分化能との間に相関が存在することが報告されている(例えば、非特許文献1参照。)。CFUは、細胞を非常に低い密度で播種してから2〜3週間後に形成されたコロニー数の割合である。非特許文献1によれば、MSCの分化能が高い程、CFUが高くなる。したがって、CFUの測定によってMSCの分化能を予測することができる。
特開2017−23055号公報
Jessica Lo Surdo、外1名、"Quantitative Approaches to Detect Donor and Passage Differences in Adipogenic Potential and Clonogenicity in Human Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells"、Tissue Engineering Part C: Methods、2012年11月、18(11)、pp.877-889.
MSCを使用した実験の再現性の確保には、MSCの分化能が重要である。しかしながら、MSCは、ロットおよび培養条件等による性質のばらつきが大きく、全てのMSCが目的の細胞に分化するとは限らない。したがって、MSCを使用した実験の再現性を確保することが難しい。
特許文献1では、培養された細胞の分化能の評価については言及されていない。細胞の分化能の測定に一般に使用される生化学的方法は、時間および手間を要する。非特許文献1の方法は、通常の培養プロセスとは別にCFU計測用のMSCの培養が必要であり、CFU値の計測を得るまでに2〜3週間を要する。
本発明は、上述した事情に鑑みてなされたものであって、培養中の細胞の分化能を簡易に評価することができ、実験の再現性の向上を支援することができる画像処理装置および培養評価システムを提供することを目的とする。
上記目的を達成するため、本発明は以下の手段を提供する。
本発明の一態様は、培養容器内で培養される細胞の画像を解析し、該画像内の個々の細胞の分裂回数を取得する細胞解析部と、該細胞解析部によって取得された前記細胞の分裂回数から、前記画像内の細胞の分化能を表す統計値を算出する統計解析部とを備え、該統計解析部が、前記分裂回数の度数分布を作成し、前記統計値が、前記度数分布の偏りを表す画像処理装置である。
本態様によれば、細胞解析部が培養容器内の画像を解析することによって、培養容器内の個々の細胞の分裂回数を取得する。次に、統計解析部が分裂回数を統計解析することによって、分裂回数の度数分布の偏りを表す統計値を算出する。
培養容器内で細胞が良好に分裂を繰り返している場合、度数分布の偏りはない(分布の形状が対称)か、または、分裂回数の多い側に度数分布は偏る。一方、培養容器内で細胞が死んだり分裂を停止したりしている場合、分裂回数の少ない側に度数分布は偏る。
したがって、分裂回数の度数分布の偏りを表す統計値に基づいて、培養容器内の細胞が良好に分裂を繰り返しているか否かを判断し、培養容器内で培養されている細胞の状態、特に分化能を簡易に評価することができる。また、通常の拡大培養中の細胞の画像を使用して、拡大培養と並行して細胞の分化能を評価することができる。また、作業者は、実験を行う前に、統計値に基づいて培養容器内の細胞の状態を評価し、実験に適した細胞のみを選択的に使用して実験を行うことができる。これにより、実験の再現性の向上を支援することができる。
本発明の他の態様は、培養容器内で培養される細胞の画像を取得する画像取得部と
、該画像取得部によって取得された前記画像を処理する画像処理装置とを備え、該画像処理装置が、前記画像を解析し、該画像内の個々の細胞の分裂回数を取得する細胞解析部と、該細胞解析部によって取得された前記細胞の分裂回数から、前記画像内の細胞の分化能を表す統計値を算出する統計解析部とを備え、該統計解析部が、前記分裂回数の度数分布を作成し、前記統計値が、前記度数分布の偏りを表す培養評価システムである。
本発明のさらに他の態様は、培養容器内で培養される細胞の画像を取得すること、取得された前記画像を解析し、該画像内の個々の細胞の分裂回数を取得すること、取得された前記細胞の分裂回数から、前記画像内の細胞の分化能を表す統計値の算出を行うこと、を行う培養評価方法であって、前記統計値の算出では、前記分裂回数の度数分布を作成し、前記統計値は前記度数分布の偏りを表すものである、培養評価方法である。
上記態様においては、前記統計解析部が、前記統計値として、前記度数分布の歪度を算出してもよい。
統計値として歪度を用いることによって、分裂回数の度数分布の偏りをより正確に評価することができる。
上記態様においては、前記統計解析部が、前記統計値として、前記度数分布の平均値、中央値、最頻値、分散および尖度の内、少なくとも1つをさらに算出してもよい。
歪度と他の統計値とを組み合わせることによって、培養容器内の細胞の分裂回数をより正確に評価することができる。
上記態様においては、前記細胞解析部が、前記度数分布として、各前記分裂回数の細胞数を表す度数分布を作成してもよい。
この構成によって、細胞数を度数とする度数分布に基づいて、分裂回数間の細胞数の偏りを評価することができる。
上記態様においては、各前記分裂回数の細胞数が、培養開始時の細胞数に換算された数であってもよい。
細胞の分裂回数は、培養期間が長い程、多くなる。したがって、度数分布における分裂回数の度数が、画像内の各分裂回数の細胞数である場合、培養期間の長さに応じて統計値が異なる。そのため、培養期間の長さが異なる複数の培養間で統計値を単純に比較することが難しい。度数を培養開始時の細胞の数に換算することによって、培養期間の長さが異なる複数の培養間で統計値を容易に比較することができる。
上記態様においては、前記細胞解析部が、前記画像を複数の領域に分割し、各該領域内の個々の細胞の分裂回数を取得し、前記統計解析部が、各前記領域の分裂回数の代表値を算出し、前記度数分布として、各前記代表値の領域数を表す度数分布を作成してもよい。
周囲の細胞に比べて分裂回数が著しく多いまたは少ない細胞が培養容器内に局所的に存在する場合、一部の領域の分裂回数の代表値が他の領域の代表値とは大きく異なる。このような培養容器内での分裂回数の空間的なばらつきを、代表値の領域数を度数とする度数分布の統計値に基づいて評価することができる。
上記態様においては、前記統計値の参照データを記録した記録部と、前記統計値と前記参照データとを相互に比較可能に表示する表示部とを備えていてもよい。
表示部に表示された統計値と参照データとを相互に比較することによって、細胞の状態を客観的に評価することができる。
上記態様においては、前記画像取得部が、前記培養容器内の画像を経時的に取得し、前記統計解析部が、前記統計値の経時的変化を算出し、前記表示部が、前記統計値の経時的変化と前記参照データとを比較可能に表示してもよい。
この構成によって、作業者は、統計値の経時的変化に基づいて、培養容器内の細胞の分裂能および分化能の経時的変化を評価することができる。また、作業者は、統計値の経時的変化を参照データと容易に比較することができる。
上記態様においては、前記統計解析部によって算出された前記統計値と前記参照データとの比較に基づいて、前記培養容器内の細胞の分化能を判断する比較判断部を備えていてもよい。
この構成によって、作業者は、比較判断部による分化能の判断結果に基づいて、細胞の分化能をより客観的に評価することができる。
上記態様においては、前記記録部が、前記統計解析部によって算出された前記統計値をさらに記録してもよい。
この構成によって、記録部に記録された統計値を解析等に使用することができる。
上記態様においては、前記参照データが、前記統計値に対して設定された下限値および上限値を含み、前記比較判断部が、前記統計解析部によって算出された前記統計値と前記上限値および前記下限値との比較に基づいて、前記培養容器内の細胞の分化能を判断してもよい。
この構成によって、比較判断部は、細胞の分化能をより適切に判断することができる。
上記態様においては、前記表示部が、前記下限値および前記上限値によって画定される合格範囲を表示してもよい。
この構成によって、作業者は、統計値と合格範囲との比較に基づき、細胞の分化能をより客観的に評価することができる。
上記態様においては、培養後の細胞の評価結果を作業者が入力する評価入力部を備え、前記記録部が、前記評価入力部に入力された前記評価結果を、評価対象の細胞の培養において前記統計解析部によって算出された前記統計値と関連付けて記録してもよい。
培養後の細胞を使用して実験を行った後、実験結果に基づいて細胞の分化能の最終的な評価が分かる。この評価結果を統計値と関連付けて記録することで、細胞の分化能の評価結果と統計値との相関に関する情報が記録部に蓄積される。作業者は、このように蓄積された情報を参照することで、現在培養している細胞の分化能をより正確に評価することができる。
上記態様においては、前記比較判断部が、前記培養容器内の細胞の現在の統計値と、前記記録部に前記評価結果と関連付けて記録され過去の培養において取得された前記統計値との比較に基づいて、前記培養容器内の細胞の分化能を判断してもよい。
このように過去の培養において取得された統計値および評価結果を参照することで、比較判断部は現在培養中の細胞の分化能をより正確に判断することができる。
上記態様においては、現在の前記培養容器内の細胞の画像から得られた統計値に基づいて未来の統計値を予測する予測部を備え、前記比較判断部が、前記予測部によって予測された前記未来の統計値と前記下限値および前記上限値との比較に基づいて、未来における細胞の分化能を判断してもよい。
この構成によって、作業者は、未来における細胞の分化能の予測結果に基づいて、培養を継続するか否かを判断することができる。
本発明によれば、培養中の細胞の分化能を簡易に評価することができ、実験の再現性の向上を支援することができるという効果を奏する。
本発明の第1の実施形態に係る培養評価システムの全体構成を示す外観図である。 図1の培養評価システムにおける培養観察装置の構成を示す縦断面図である。 図1の培養評価システムの全体構成を示すブロック図である。 マルチウェルプレートを使用したときの撮影位置を説明する図である。 記録部に記録されるデータベースの一例である。 培養観察装置によって取得される培養容器内の細胞の画像の一例である。 細胞解析部による図6Aの画像の解析結果の一例を示す図である。 1個の細胞の分裂の過程を説明する図である。 細胞解析部によって生成される細胞解析データの一例を示す図である。 統計解析部による各分裂回数の細胞数の解析結果の一例を示す図表である。 複数の撮影時刻における分裂回数のヒストグラムである。 負の歪度を有する分布の一例である。 正の歪度を有する分布の一例である。 図1の培養評価システムの動作を示すフローチャートである。 分裂回数のヒストグラムの歪度の経時的変化を表すグラフの一例である。 各分裂回数の細胞数を度数とするヒストグラムの一例である。 図14Aのヒストグラムから生成された、培養開始時の細胞数を度数とするヒストグラムである。 画像を複数の領域に分割する方法を説明する図である。 統計解析部によって生成されるヒストグラムの変形例であり、分裂回数の代表値の領域数を度数とするヒストグラムの一例である。 分化能が低い細胞集団の分裂回数のヒストグラムの一例である。 分化能が高い細胞集団の分裂回数のヒストグラムの一例である。 分化能が異なる2つの細胞集団のヒストグラムの歪度の経時的変化を表すグラフの一例である。 分化能が異なる2つの細胞集団のヒストグラムの平均値の経時的変化を表すグラフの一例である。 平均値と歪度との関係を表すグラフである。 分裂回数のヒストグラムの歪度と尖度との関係を表すグラフである。 最頻値および平均値を表す、分裂回数のヒストグラムの他の例である。 歪度および歪度の傾きの経時的変化を表すグラフの一例である。 本発明の第2の実施形態に係る培養評価システムの全体構成を示すブロック図である。 本発明の第3の実施形態に係る培養評価システムの全体構成を示すブロック図である。 参照データおよび比較判断部による培養の合否の判断方法の一例を説明する図である。 参照データおよび比較判断部による培養の合否の判断方法の他の例を説明する図である。 参照データおよび比較判断部による培養の合否の判断方法の他の例を説明する図である。 本発明の第4の実施形態に係る培養評価システムの全体構成を示すブロック図である。 図25の培養評価システムの記録部に記録されるデータベースの一例である。 図25の培養評価システムの表示生成部によって生成される表示の一例を示す図である。 細胞解析部による分裂回数の解析方法の他の例を説明する図である。 本発明の他の実施形態に係る画像処理装置の全体構成を示すブロック図である。
(第1の実施形態)
本発明の第1の実施形態に係るに培養評価システムについて図面を参照して説明する。
本実施形態に係る培養評価システム100は、図1に示されるように、培養容器A内の細胞Bの画像を取得する培養観察装置(画像取得部)1と、培養観察装置1によって取得された画像を処理するパーソナルコンピュータ(PC)2と、培養観察装置1によって取得された画像およびPC2による処理結果等を表示する表示部3とを備えている。符号5は、インキュベータを示している。
図2は、培養観察装置1の一例を示している。図2に示されるように、培養観察装置1は、培養容器Aが搭載される箱型のベース6と、ベース6内に設けられた光源部7、撮像部8、送受信部9および制御部10とを備えている。
培養容器Aは、例えば、細胞培養用のフラスコであり、光学的に透明な材質から形成されている。
ベース6の上板6aは、透明な材質からなる平坦な部材であり、培養容器Aが載置されるステージとして使用される。
光源部7は、ステージ6a上の培養容器Aに向かって照明光Lを射出し、培養容器A内の細胞Bを照明光Lで照明する。例えば、光源部7は、ステージ6aよりも上方の位置に配置され、ステージ6aに平行な方向に照明光Lを射出する。
撮像部8は、培養容器A内の細胞Bをステージ6aを介して撮像する。例えば、撮像部8は、細胞Bにおいて散乱された照明光L’を集め細胞Bの像を結ぶ集光レンズ8aと、集光レンズ8aによって形成された細胞Bの像を撮像する撮像素子8bとを備える。ベース6内には、ステージ6aに平行な方向に撮像部8を移動させるリニアアクチュエータ等の移動機構(図示略)が設けられている。移動機構の作動によって、撮像部8による画像の撮影位置が変更される。
送受信部9は、インキュベータ5の外に配置されているPC2と無線通信してデータおよび信号の送受信を行う。撮像部8によって取得された画像は、送受信部9を経由してPC2に送信される。
制御部10は、PC2からの制御信号を送受信部9を経由して受信し、制御信号に従って光源部7および撮像部8を制御する。例えば、制御部10は、時刻を計時するタイマ(図示略)を備えており、作業者によって設定された撮影時刻に設定された撮影位置で画像を取得するように、光源部7および撮像部8を制御する。
PC2には、図3に示されるように、表示部3、入力装置4および記録部11が接続されている。
表示部3は、液晶モニタのような表示装置である。表示部3は、PC2から受信した表示データを表示させる。
入力装置4は、キーボードおよびマウスのような入力デバイスである。
記録部11は、例えば、PC2に外付けされた記憶装置である。記録部11は、PC2に内蔵された記憶装置であってもよい。
PC2は、培養観察装置1を制御する制御部21と、培養観察装置1によって取得された画像を処理する画像処理部(画像処理装置)22と、画像処理部22による処理結果の表示データを生成する表示生成部23とを備えている。制御部21、画像処理部22および表示生成部23は、PC2にインストールされCPU(中央演算処理装置)に後述の処理を実行させるようにプログラムされたソフトウェアによって実現される。
制御部21は、設定された撮影時刻に設定された撮影位置で撮影を実行させるための制御信号を培養観察装置1に送信する。撮影時刻および撮影位置は、入力装置4を用いて作業者によって設定される。培養期間中の細胞Bの画像を定期的に取得し細胞Bの状態を経時的に評価するために、撮影時刻は、例えば、一定時間(例えば、15分)間隔で設定される。したがって、培養観察装置1からPC2に一定の時間間隔で時系列の画像が送信される。図4に示されるように、複数の撮影位置を設定し、各撮影時刻において撮像部8に培養容器A内の複数の撮影位置の画像を取得させてもよい。図4に示される培養容器Aは、複数のウェルWを有するマルチウェルプレートである。
画像処理部22は、細胞解析部24と、統計解析部25とを備えている。培養観察装置1からPC2に送信された画像は、記録部11に記録されるとともに画像処理部22の細胞解析部24に入力される。
図5は、記録部11に記録されるデータベースの例を示している。記録部11は、細胞解析部24および統計解析部25による後述する解析結果を画像処理部22から受け取り、画像および解析結果を、培養の識別子および撮影時刻と関連付けて時系列に記録する。これにより、記録部11には、培養の識別子、撮影開始日時、撮影位置、撮影時刻および解析結果が相互に関連付けられたデータベースが作成される。培養が行われる度に、その培養に関する情報がデータベースに追加される。したがって、記録部11のデータベースには、過去および現在の培養における解析結果が蓄積される。データベースには、作業者および培養条件がさらに記録されてもよい。培養条件は、例えば、細胞種、インキュベータ5内の温度および二酸化炭素濃度、培地の種類、ならびに培養容器Aの種類を含む。
細胞解析部24は、画像を解析することによって、画像内の個々の細胞を検出するとともに個々の細胞Bの分裂回数を取得する。図6Aは、培養観察装置1によって取得された画像の例を示している。図6Bは、図6Aの画像内の細胞Bの検出結果および分裂回数の解析結果の例を示している。
分裂回数を数える方法として、参考文献1(Takeo Kanade、et al、“Cell Image Analysis: Algorithms, System and Applications”、IEEE Workshop on Applications of Computer Vision (WACV)、2011)に記載の方法が使用される。細胞解析部24は、新たな画像が入力される度に、新たな画像内の細胞Bおよびその位置を検出する。次に、細胞解析部24は、新たな画像内の細胞Bと直前の画像内の細胞Bとを比較することによって個々の細胞Bを追跡し、個々の細胞Bの分裂回数を判別する。
図7は、1個の細胞Bが分裂によって増える過程を示している。1つの丸は、1個の細胞を示し、丸の中の数字は分裂回数を示している。図7に示されるように、細胞解析部24は、最初に入力された画像内の個々の細胞Bの分裂回数をゼロ回と設定する。分裂回数k回の細胞Bが分裂することによって、分裂回数k+1回の2つの細胞が生じる。
図8は、細胞解析部24による解析結果の一例を示している。細胞解析部24は、最初に入力された画像内の個々の細胞に細胞ID(識別子)を付す。細胞が分裂したとき、母細胞に親細胞IDが付されるとともに分裂によって生じた2つの娘細胞の各々に新たな細胞IDが付される。したがって、培養開始時には、親細胞IDの欄は空である。細胞の位置は、画像の左上の角を原点と定義し、細胞の左上の角および右下の角の座標で記録される。細胞の位置は、細胞の中心位置であってもよい。細胞解析部24は、細胞ID、位置および分裂回数を相互に関連付けた細胞解析データを生成する。細胞解析部24は、細胞の状態(例えば、生死および分裂中)をさらに記録してもよい。細胞解析部24は、画像から得られた細胞解析データを、画像の撮影時刻と関連付けて、統計解析部25に送信する。また、細胞解析データは、記録部11に記録される。
統計解析部25は、細胞解析部24から受信した細胞解析データを統計解析し、培養容器A内の細胞Bの分化能を表す統計値を算出する。具体的には、統計解析部25は、図9に示されるように、細胞解析データに含まれる各分裂回数の細胞の数を数える。これにより、画像内に存在する各分裂回数の細胞の数が算出される。次に、統計解析部25は、分裂回数のヒストグラム(度数分布)を作成する。ヒストグラムにおいて、横軸が分裂回数を示し、縦軸が細胞数を示している。
図10は、複数の撮影時刻t=t0,t1,t2,t3(t0<t1<t2<t3)における分裂回数のヒストグラムを示している。図10に示されるように、小さな分裂回数の細胞数は経時的に減り、大きな分裂回数の細胞数は経時的に増える。
次に、統計解析部25は、ヒストグラムの歪度を計算する。歪度は、分布の偏りを表す統計値であり、分布の非対称性を表す。分布が左右対称である(例えば、分布が正規分布である)とき、歪度はゼロである。図11Aに示されるように、分布が右(分裂回数が多い側)に偏っているとき、歪度は負である。図11Bに示されるように、分布が左(分裂回数が少ない側)に偏っているとき、歪度は正である。したがって、負の歪度は、分裂回数の多い細胞が多いことを意味し、正の歪度は、分裂回数の少ない細胞が多いことを意味する。
歪度は、以下の手順に従って算出される。
まず、下式(1),(2),(3)に従って、平均分裂回数μ、分散σ、および標準偏差σを計算する。ここで、k(k=0,1,2,…,kmax)は細胞の分裂回数であり、kmaxはある撮影時刻における分裂回数の最大値である。撮影開始時の全ての細胞の分裂回数kはゼロである。Nk(Nk=N0,N1,N2,…,Nkmax)は、分裂回数がk回の細胞数であり、Nは、全細胞数(すなわち、N=N0+N1+N2+…+Nkmax)である。
Figure 0006960053
Figure 0006960053
Figure 0006960053
次に、下式(4)に従って、歪度Skewを計算する。
Figure 0006960053
分散σとして、下式(2’)で定義される不偏分散を用い、歪度Skewとして、下式(4’)で定義される不偏歪度を用いてもよい。
Figure 0006960053
Figure 0006960053
表示生成部23は、統計解析部25から受信した歪度の数値表示を作成し、数値表示を表示部3に送信して表示させる。
次に、このように構成された培養評価システム100の作用について図12を参照して説明する。
本実施形態に係る培養評価システム100を用いて、細胞Bの培養状態を評価するには、細胞Bおよび培地Cを収容した培養容器Aをステージ6a上に載置し、培養観察装置1を培養容器Aと一緒にインキュベータ5内に配置し、インキュベータ5内の温度および湿度が管理された環境下で培養容器A内の細胞Bの培養を開始する。
培養開始後、作業者によって撮影時刻および撮影位置が入力装置4を用いて設定される(ステップS1)。制御部21は、設定された撮影時刻および撮影位置に基づく制御信号を生成し、培養観察装置1に制御信号を送信する。培養観察装置1の制御部10は、設定された撮影時刻に光源部7を作動させ撮像素子8bに撮影を実行させる(ステップS2,S3)。撮像素子8bによって取得された画像は、培養観察装置1からPC2に送信される。画像は、記録部11に記憶されるとともに、PC2内の画像処理部22によって処理される。
画像処理部22によって、細胞解析部24よる画像解析(ステップS4)および統計解析部25による統計解析(ステップS5)が実行される。
具体的には、細胞解析部24において、画像内の個々の細胞Bが検出される。解析対象の画像が、最初の撮影時刻の画像である場合、個々の細胞Bの分裂回数はゼロ回と計算される。解析対象の画像が、2回目以降の撮影時刻の画像である場合、それまでに取得された画像との比較に基づいて、個々の細胞Bの分裂回数が計算される。
次に、統計解析部25において、各分裂回数の細胞数を表すヒストグラムが作成され、ヒストグラムの歪度が算出される
次に、表示生成部23において、歪度の値の数値表示が生成される。生成された数値表示は、表示部3に送信され、表示部3に表示される(ステップS6)。作業者は、表示部3に表示された歪度の数値に基づいて、培養容器A内で現在培養中の細胞Bの培養状態を評価する。
培養容器A内の細胞Bが全体的に良好に分裂している場合、ヒストグラムの形状は正規分布のような対称な形状に近くなるか、または、分裂回数が多い側に偏るので、歪度は、ゼロまたは負になる。一方、培養容器A内の一部の細胞Bが分裂していない場合には、ヒストグラムの形状は分裂回数が少ない側に偏るので、歪度は正になる。したがって、分裂回数のヒストグラムの歪度に基づいて、培養容器A内の細胞Bが全体的に良好に分裂を繰り返しているか、または分裂しない細胞Bが培養容器A内に含まれているか、を判断することができる。
細胞Bの分裂回数が多いということはCFUが大きいということと同等であり、したがって細胞Bの分化能が高いと予測される。逆に、細胞Bの分裂回数が少ないということはCFUが小さいということと同等であり、したがって細胞Bの分化能が低いと予測される。したがって、作業者は、CFUアッセイと同様に、表示部3に表示された歪度の値に基づいて、培養中の細胞Bの分化能を簡易に評価することができる。また、作業者は、実験に先立って細胞Bの分化能を評価し、一定の分化能を有する細胞Bのみを実験に使用することで、再現性の高い実験を行うことができる。
また、歪度の算出に必要なことは、現在培養中の細胞Bの画像の取得と、解析処理のみである。すなわち、培養容器A内の細胞Bとは別に分化能評価用の細胞を用意したり、細胞Bを使用して分化能評価のための実験を行ったりする必要がない。このように、簡単な方法によって迅速に培養中の細胞Bの分化能を評価することができる。
表示部3には、歪度の数値表示に加えて、分裂回数のヒストグラムが表示されてもよい。作業者は、ヒストグラムに基づいて、培養容器A内の細胞の分裂状況をより詳細に知ることができる。例えば、作業者は、全体的に分裂回数が多いかまたは少ないか、分裂回数が異常に多い細胞が存在しているか、全く分裂していない細胞が存在するか、等をヒストグラムから把握することができる。
また、図13に示されるように、表示部3には、歪度の数値表示に代えて、またはこれに加えて、それまでに算出された歪度の経時的変化を表すグラフが表示されてもよい。
本実施形態においては、統計解析部25が、図14Aに示されるように、画像内における各分裂回数の細胞数を度数とするヒストグラムを作成することとしたが、これに代えて、図14Bに示されるように、正規化された細胞数を度数とする正規化されたヒストグラムを作成してもよい。
正規化された細胞数とは、分裂回数kの細胞数を2で割った数である。細胞数を2で割ることによって、分裂回数kの細胞数が、培養開始時の細胞数に換算される。
分裂回数は培養時間の経過に伴って増えるので、ヒストグラムは右側にシフトする。そのため、培養時間の長さが異なる2つの培養のヒストグラムを相互に単純に比較することはできない。細胞数を正規化することによって、培養期間の長さが相互に異なる2つの培養のヒストグラムを比較することができる。細胞数が正規化されたヒストグラムからの統計値の算出は、上述した統計値の算出と同様に行われる。
細胞数を2で割ることに代えて、細胞数の対数をとってもよい。
本実施形態においては、統計解析部25が、各分裂回数の細胞数を画像全体から取得し、細胞数を度数とするヒストグラムを作成することとしたが、これに代えて、画像を複数の領域に分割し、複数の領域の各々の統計値の代表値の領域数を度数とするヒストグラムを作成してもよい。
具体的には、図15に示されるように、細胞解析部24は、画像をNh個×Nv個の領域Rに分割する。画像の分割数(すなわち、各領域の幅hおよび高さv)は、画像内の細胞Bのサイズに応じて決定される。次に、細胞解析部24は、各領域R内の個々の細胞Bの分裂回数を取得する。
統計解析部25は、各領域R内の細胞Bの分裂回数の代表値を算出する。代表値は、例えば、各領域R内の細胞Bの分裂回数の最大値である。代表値は、各領域R内の細胞Bの分裂回数の平均値であってもよい。次に、統計解析部25は、各代表値の領域Rの数を計数し、図16に示されるように、各代表値の領域Rの数を表すヒストグラムを生成する。ヒストグラムにおいて、横軸は代表値、縦軸は領域Rの数である。次に、統計解析部25は、分裂回数の代表値のヒストグラムの歪度を計算する。
培養容器A内への播種時の細胞Bの密度の不均一さ、培養容器A内の場所による細胞数の差異、ガン化細胞のような特殊な細胞の局所的な混入等が原因で、培養容器A内の細胞Bの分裂回数には空間的なばらつきが存在することがある。通常の細胞Bに比べて分化能が極端に低いまたは高い細胞が培養容器A内に混入しているときにも、分裂回数に空間的なばらつきが生じる。
培養容器A内の全体にわたって細胞Bが同じように分裂しているときには、代表値の分布の偏りは小さく、したがって歪度の絶対値が小さくなる。一方、細胞の分裂回数が局所的に多いまたは少ないときには、歪度の絶対値が大きくなる。したがって、図16のヒストグラムの歪度に基づいて培養容器A内の細胞の分化能の空間的なばらつきの有無を判断し、培養容器A内全体にわたって細胞Bの分化能が良好である否かを評価することができる。
本変形例において、ヒストグラムの分散からも、培養容器A内の細胞Bの分化能の空間的なばらつきを判断することができる。したがって、歪度に代えて、ヒストグラムの分散を算出してもよい。
図16のヒストグラムの縦軸の領域の数は、面積と等価である。したがって、ヒストグラムから、各分裂回数の細胞Bが画像に占める面積の割合が分かる。
統計解析部25は、各分裂回数の細胞Bが画像内に占める面積を、個々の細胞Bの面積から算出してもよい。個々の細胞Bの面積(ピクセル数)の算出には、例えば、Watershedアルゴリズムが使用される。
本実施形態においては、統計解析部25が、ヒストグラムの歪度のみを算出することとしたが、歪度に加えて他の統計値を算出してもよい。他の統計値は、例えば、平均値、中央値、最頻値、分散、および尖度の内、少なくとも1つである。統計解析部25が、複数種類の統計値を算出し、複数種類の統計値の内、細胞の分化能との相関が高い統計値を多変量解析によって決定し、決定された統計値を歪度と組み合わせてもよい。
図17Aから図18Cは、歪度と平均値との組み合わせの例を示している。
図17Aは、分化能が低い(分裂回数が少ない)細胞集団の分裂回数のヒストグラムを示し、図17Bは、分化能が高い細胞集団の分裂回数のヒストグラムを示している。2つのヒストグラムは、分裂回数において相互に異なるが、形状において相互に同一である。歪度は、分布の形状を表わす指標である。したがって、2つの細胞集団の分化能の違いを歪度に基づいて明確に区別することは難しい。一方、分裂回数の平均値は、各細胞集団の分裂回数を直接的に表す指標であるので、2つの細胞集団の分化能の違いを平均値に基づいて明確に区別することができる。
統計解析部25は、図10に示されるように、各撮影時刻の分裂回数のヒストグラムを作成し、各撮影時刻のヒストグラムの歪度および平均値を算出する。図18Aは、歪度の経時的変化を表すグラフであり、図18Bは、平均値の経時的変化を表すグラフであり、図18Cは、平均値の変化に対する歪度の変化を表すグラフである。図18Aから図18Cにおいて、実線が、分化能が高い細胞集団を示し、破線が、分化能が低い細胞集団を示している。
図18Aに示されるように、2つの細胞集団の歪度の経時的変化は、相互に類似している。一方、図18Bに示されるように、分化能が高い細胞集団の平均値は、培養時間の経過に伴って増加するが、分裂能が低いまたは分裂しない細胞集団の平均値は、培養時間の経過に伴う増加が緩やかである。したがって、歪度に平均値を組み合わせることによって、細胞Bの分化能の高低をさらに正確に評価することができる。
図19は、歪度と尖度との組み合わせの例を示している。
尖度は、分布の鋭さを表す統計値である。尖度Kurtは、下式(5)に従って算出される。下式(5’)で定義される尖度Kurtを算出してもよい。
Figure 0006960053
Figure 0006960053
本実施形態においては、統計解析部25が、ヒストグラムの偏りを表す統計値として歪度を算出することとしたが、これに代えて、またはこれに加えて、他の種類の統計値を算出してもよい。例えば、図20に示されるように、他の統計値は、ヒストグラムの平均値μと最頻値mとの差分μ−mである。分布に偏りがあるとき、平均値μと最頻値mとの間に差が生じる。したがって、差分μ−mに基づいて、培養容器A内の細胞Bの分化能を評価することができる。
統計値は、平均値、最頻値および中央値の中の任意の2つの差分であってもよい。
本実施形態においては、統計解析部25は、歪度に加えて、図21に示されるように、歪度の時間変化率を表す傾きを算出してもよい。図21において、撮影時刻tiにおける歪度の傾きは、撮影時刻ti−1の歪度と撮影時刻tiの歪度との差分として定義している。
培養時間の経過に伴って、細胞Bの分裂能は変化し得る。細胞Bの分裂能の経時的変化に応じて歪度の傾きも変化する。例えば、培養時間の経過に伴って分裂しない細胞Bが増えると、歪度の傾きが正になる。したがって、歪度の傾きに基づいて、細胞Bの分裂能の経時的変化を評価することができる。
(第2の実施形態)
次に、本発明の第2の実施形態に係る培養評価システムについて図面を参照して説明する。
本実施形態の説明において、第1の実施形態と異なる構成について説明し、第1の実施形態と共通する構成については同一の符号を付して説明を省略する。
第1の実施形態においては、作業者が、それまでの自身の経験等に基づき、細胞Bの状態を評価することとした。これに対し、本実施形態に係る培養評価システム200は、統計値の比較対象である参照データを保持し、参照データを統計値と一緒に表示部3に表示する点において、第1の実施形態と異なっている。
培養評価システム200は、図22に示されるように、培養観察装置1と、PC2と、表示部3と、記録部11と、参照データ入力部12とを備えている。
参照データ入力部12は、例えば、PC2に接続された入力装置4である。作業者は、参照データ入力部12を使用して参照データをPC2に入力することができる。PC2に入力された参照データは、記録部11に記録される。参照データは、例えば、作業者のそれまでの経験等に基づいて決定された統計値の標準的な値を含む。参照データは、統計値の標準的な範囲の最大値および最小値、または、統計値の経時的変化を表すグラフを含んでいてもよい。
表示生成部23は、統計解析部25によって算出された統計値と参照データとを比較可能な表示データを生成する。表示生成部23は、生成された表示データを表示部3に送信して表示させる。
本実施形態によれば、第1の実施形態の効果に加えて、以下の効果を奏する。すなわち、作業者は、表示部3に表示されている統計値と参照データとを比較することによって、細胞Bの状態を客観的に評価することができる。したがって、経験の乏しい作業者であっても細胞Bの状態を正確に評価することができるとともに、作業者の違いに因る細胞Bの状態の評価のばらつきを防止することができ、より再現性の高い実験を行うことができる。
(第3の実施形態)
次に、本発明の第3の実施形態に係る培養評価システムについて図面を参照して説明する。
本実施形態の説明において、第1および第2の実施形態と異なる構成について説明し、第1および第2の実施形態と共通する構成については同一の符号を付して説明を省略する。
第2の実施形態においては、作業者が、表示部3に表示された統計値と参照データとの比較に基づいて細胞Bの状態を評価することとした。これに対し、本実施形態に係る培養評価システム300は、統計値と参照データとの比較に基づいて細胞Bの分化能を判断し、判断結果を表示部3に表示する点において、第2の実施形態と異なっている。
培養評価システム300は、図23に示されるように、培養観察装置1と、PC2と、表示部3と、記録部11と、参照データ入力部12とを備えている。
PC2内の画像処理部22は、細胞解析部24および統計解析部25に加えて、比較判断部26を備えている。
比較判断部26は、記録部11から参照データを読み出し、統計解析部25によって算出された統計値を参照データと比較する。
参照データは、例えば、図24Aに示されるように、統計値の標準的な値である。比較判断部26は、統計値が参照データ以下である場合には合格と判断し、統計値が参照データよりも大きい場合には不合格と判断する。
参照データが、図24Bおよび図24Cに示されるように、培養の合格範囲を画定する統計値の上限値および下限値を含んでいてもよい。この場合、比較判断部26は、統計値が合格範囲内に位置する場合には合格と判断し、統計値が合格範囲外に位置する場合には不合格と判断してもよい。上限値および下限値は、作業者によって設定される。例えば、上限値および下限値は、作業者の経験に基づいて、または、過去に培養された細胞の分化能の測定結果に基づいて、決定される。
表示生成部23は、統計値と、比較判断部26による判断結果とを含む表示を生成し、生成された表示を表示部3に送信して表示させる。
本実施形態によれば、第1および第2の実施形態の効果に加えて、以下の効果を奏する。すなわち、現在の培養における統計値と参照データとの比較に基づいて、現在の培養の合否が培養評価システム300によって判断される。作業者は、表示部3に表示された統計値および判断結果に基づいて、細胞Bの状態をより客観的に評価することができる。
(第4の実施形態)
次に、本発明の第4の実施形態に係る培養評価システムについて図面を参照して説明する。
本実施形態の説明において、第1から第3の実施形態と異なる構成について説明し、第1から第3の実施形態と共通する構成については同一の符号を付して説明を省略する。
第3の実施形態においては、参照データが作業者によって入力されることとした。これに対し、本実施形態に係る培養評価システム400は、培養後の細胞Bの評価結果に基づいて参照データを作成する点において、第3の実施形態と異なっている。
培養評価システム400は、図25に示されるように、培養観察装置1と、PC2と、表示部3と、記録部11と、参照データ入力部12と、評価入力部13とを備えている。
評価入力部13は、例えば入力装置4である。評価入力部13は、培養後の細胞Bの評価結果を培養の識別子と関連付けて作業者が入力することができるようになっている。作業者は、培養後の細胞Bを使用した実験の成否に基づいて当該細胞Bの分化能が良好であったか、または不良であったかを評価し、その評価結果を評価入力部13に入力する。入力された評価結果は、PC2から記録部11に送信され、図26に示されるように、培養の識別子と関連付けて記録部11のデータベースに記録される。
記録部11のデータベースには、識別子、撮影開始日時、各画像の撮影位置、撮影時刻および解析結果に加えて、現在および未来の判断結果(後述)、実験後の評価結果が相互に関連付けて記録される。
PC2内の画像処理部22は、細胞解析部24、統計解析部25、および比較判断部に加えて、参照データ生成部27および予測部28をさらに備えている。
参照データ生成部27は、記録部11に記録された、過去の培養において取得された統計値のデータを読み出し、実験が成功した(すなわち、培養後の細胞Bの評価が良好であった)培養の統計値のデータから参照データを生成し、実験に失敗した(すなわち、培養後の細胞Bの評価が不良であった)培養の統計値のデータから参照データを生成する。参照データは、例えば、統計値の一覧である。参照データは、複数の統計値の加算平均、多項式近似、サポートベクターマシン(SVM)、深層学習等によって生成されてもよい。
例えば、参照データ生成部27は、図27に示されるように、実験が成功した培養の統計値と実験が失敗した培養の統計値との境界、すなわち実験が成功した培養の統計値の上限値および下限値を判別し、下限値と上限値とに挟まれた領域を培養の合格範囲に設定し、合格範囲以外の領域を不合格範囲に設定する。
参照データ生成部27は、例えば、細胞の評価結果が新たに記録部11に記録されたとき、または作業者から指示されたときに、参照データの生成と合格範囲および不合格範囲の設定とを行い、参照データ、合格範囲および不合格範囲を記録部11に記録する。
予測部28は、培養観察装置1によって新たな画像が取得されて統計解析部25によって現在の統計値が算出されたときに、その時点までの現在の培養の統計値を記録部11から読み出し、読み出された統計値から未来の統計値を予測する。例えば、予測部28は、現在から所定の時間後、または培養観察装置1による次の撮影時刻における統計値を予測する。統計値の予測には、例えば、それまでの統計値の経時的変化のグラフの多項式近似による外挿、または、過去の培養の統計値の経時的変化に基づき再帰型ニューラルネットを使用した深層学習等が用いられる。
比較判断部26は、培養観察装置1によって新たな画像が取得されて統計解析部25によって現在の統計値が算出されたときに、現在の統計値を合格範囲と比較し、現在の統計値が合格範囲内に位置する場合には合格と判断し、現在の統計値が合格範囲外に位置する場合には不合格と判断する。
また、比較判断部26は、未来の統計値を予測部28から受信し、未来の統計値を合格範囲と比較し、未来の統計値が合格範囲内に位置する場合には合格と判断し、未来の統計値が合格範囲外に位置する場合には不合格と判断する。
比較判断部26による現在および未来の判断結果は、記録部11のデータベースに記録される。
表示生成部23は、図27に示されるように、現在の培養における統計値の経時的変化のグラフと、参照データとを相互に重ね合わせた表示データを生成する。表示生成部23は、統計値のグラフに、予測部28によって予測された未来の統計値を追加してもよい。
本実施形態によれば、第1から第3の実施形態の効果に加えて、以下の効果を奏する。すなわち、過去に培養における統計値が、培養後の細胞Bを使用した実験の成否に基づく培養の評価結果と関連付けて記録部11に記録されることで、実験に成功した培養の統計値と実験に失敗した培養の統計値とが蓄積される。そして、蓄積された統計値に基づいて、実験に成功した培養および実験に不成功の培養それぞれの統計値の経時的変化のモデルとなる参照データが生成される。比較判断部26では、現在および未来の統計値をこのような参照データと比較することで、現在および未来の細胞Bの状態がより正確に評価される。
したがって、作業者は、表示部3に表示された現在の統計値および比較判断部26による判断結果に基づいて、細胞Bの状態を客観的に評価することができる。すなわち、経験の乏しい作業者であっても細胞Bの状態を正確に評価することができるとともに、作業者の違いに因る細胞Bの状態の評価のばらつきを防止することができ、より再現性の高い実験を行うことができる。
上述した実施形態においては、細胞解析部24が、画像内の細胞Bを追跡することによって個々の細胞Bの分裂回数を取得することとしたが、これに代えて、画像内の個々の細胞Bの蛍光強度に基づいて分裂回数を取得してもよい。
例えば、細胞Bの分裂回数の計測に、CFSE(carboxyfluorescein succinimidyl ester)dilution法を用いてもよい。CFSEは、蛍光色素である。CFSEが導入された細胞の蛍光強度は、図28に示されるように、分裂する度に半減する。したがって、細胞BのCFSEの蛍光強度から、その細胞の分裂回数を推定することができる。図28において、1つの丸は1個の細胞Bを表し、ハッチングのピッチの違いは蛍光強度の違いを表し、数字は分裂回数を表している。
上述した実施形態においては、画像処理装置が、培養評価システム100,200,300,400のPC2の一部として実現されることとしたが、これに代えて、図29に示されるように、画像処理装置が、独立した装置として実現されてもよい。例えば、画像処理装置は、培養観察装置1によって過去に取得された時系列の画像が入力され、時系列の画像を解析して統計値を算出し、統計値を外部装置に出力してもよい。
上述した実施形態においては、所定の分化能を有する細胞を選択することを目的として、培養された細胞の分化能を統計値に基づいて評価することとしたが、細胞の分化能の指標である統計値は、他の用途にも用いることができる。
例えば、培地成分や分化・未分化誘導試薬のような、細胞の分化能に影響を与える外部要因の効果を、統計値に基づいて定量的に検証することができる。
例えば、1つの培養容器内で培養され同一の分化能を有すると期待される細胞集団を2つの条件群に分け、一方の条件群を通常の培養条件下で培養し、他方の条件群を試薬を添加した培地で培養し、各条件群の統計値を算出する。そして、2つの条件群の統計値の差異に基づいて、添加された試薬の効果を定量的に検証することができる。
また、各条件群をマルチウェルプレートで培養し、各ウェル内の細胞の合否を本発明の方法によって判断する。そして、合格と判断されたウェル数の割合によって、添加された試薬の効果を定量化することができる。
1 培養観察装置(画像取得部)
2 パーソナルコンピュータ
3 表示部
4 入力装置
11記録部
12 参照データ入力部
13 評価入力部
21 制御部
22 画像処理部(画像処理装置)
23 表示生成部
24 細胞解析部
25 統計解析部
26 比較判断部
27 参照データ生成部
28 予測部
100,200,300,400 培養評価システム
A 培養容器
B 細胞

Claims (17)

  1. 培養容器内で培養される細胞の画像を解析し、該画像内の個々の細胞の分裂回数を取得する細胞解析部と、
    該細胞解析部によって取得された前記細胞の分裂回数から、前記画像内の細胞の分化能を表す統計値を算出する統計解析部とを備え、
    該統計解析部が、前記分裂回数の度数分布を作成し、前記統計値が、前記度数分布の偏りを表す画像処理装置。
  2. 培養容器内で培養される細胞の画像を取得する画像取得部と、
    該画像取得部によって取得された前記画像を処理する画像処理装置とを備え、
    該画像処理装置が、
    前記画像を解析し、該画像内の個々の細胞の分裂回数を取得する細胞解析部と、
    該細胞解析部によって取得された前記細胞の分裂回数から、前記画像内の細胞の分化能を表す統計値を算出する統計解析部とを備え、
    該統計解析部が、前記分裂回数の度数分布を作成し、前記統計値が、前記度数分布の偏りを表す培養評価システム。
  3. 前記統計解析部が、前記統計値として、前記度数分布の歪度を算出する請求項2に記載の培養評価システム。
  4. 前記統計解析部が、前記統計値として、前記度数分布の平均値、中央値、最頻値、分散および尖度の内、少なくとも1つをさらに算出する請求項3に記載の培養評価システム。
  5. 前記細胞解析部が、前記度数分布として、各前記分裂回数の細胞数を表す度数分布を作成する請求項2から請求項4のいずれかに記載の培養評価システム。
  6. 各前記分裂回数の細胞数が、培養開始時の状態に換算された数である請求項5に記載の培養評価システム。
  7. 前記細胞解析部が、前記画像を複数の領域に分割し、各該領域内の個々の細胞の分裂回数を取得し、
    前記統計解析部が、各前記領域の分裂回数の代表値を算出し、前記度数分布として、各前記代表値の領域数を表す度数分布を作成する請求項2から請求項4のいずれかに記載の培養評価システム。
  8. 前記統計値の参照データを記録した記録部と、
    前記統計値と前記参照データとを相互に比較可能に表示する表示部とを備える請求項2から請求項7のいずれかに記載の培養評価システム。
  9. 前記画像取得部が、前記培養容器内の画像を経時的に取得し、
    前記統計解析部が、前記統計値の経時的変化を算出し、
    前記表示部が、前記統計値の経時的変化と前記参照データとを比較可能に表示する請求項8に記載の培養評価システム。
  10. 前記統計解析部によって算出された前記統計値と前記参照データとの比較に基づいて、前記培養容器内の細胞の分化能を判断する比較判断部を備える請求項8または請求項9に記載の培養評価システム。
  11. 前記記録部が、前記統計解析部によって算出された前記統計値をさらに記録する請求項8から請求項10のいずれかに記載の培養評価システム。
  12. 前記参照データが、前記統計値に対して設定された下限値および上限値を含み、
    前記比較判断部が、前記統計解析部によって算出された前記統計値と前記上限値および前記下限値との比較に基づいて、前記培養容器内の細胞の分化能を判断する請求項10に記載の培養評価システム。
  13. 前記表示部が、前記下限値および前記上限値によって画定される合格範囲を表示する請求項12に記載の培養評価システム。
  14. 培養後の細胞の評価結果を作業者が入力する評価入力部を備え、
    前記記録部が、前記評価入力部に入力された前記評価結果を、評価対象の細胞の培養において前記統計解析部によって算出された前記統計値と関連付けて記録する請求項10、請求項12および請求項13のいずれかに記載の培養評価システム。
  15. 前記比較判断部が、前記培養容器内の細胞の現在の統計値と、前記記録部に前記評価結果と関連付けて記録され過去の培養において取得された前記統計値との比較に基づいて、前記培養容器内の細胞の分化能を判断する請求項14に記載の培養評価システム。
  16. 現在の前記培養容器内の細胞の画像から得られた統計値に基づいて未来の統計値を予測する予測部を備え、
    前記比較判断部が、前記予測部によって予測された前記未来の統計値と前記下限値および前記上限値との比較に基づいて、未来における細胞の分化能を判断する請求項12または請求項13に記載の培養評価システム。
  17. 培養容器内で培養される細胞の画像を取得すること、
    取得された前記画像を解析し、該画像内の個々の細胞の分裂回数を取得すること、
    取得された前記細胞の分裂回数から、前記画像内の細胞の分化能を表す統計値の算出を行うこと、を行う培養評価方法であって、
    前記統計値の算出では、前記分裂回数の度数分布を作成し、前記統計値は前記度数分布の偏りを表すものである、培養評価方法。
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