JP6911118B2 - 薄膜デバイス保管装置,保管方法及び生体分子計測方法 - Google Patents

薄膜デバイス保管装置,保管方法及び生体分子計測方法 Download PDF

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Description

本発明は,被検体がナノポアを通過するときのイオン電流を計測する電流計測装置に用いられる薄膜デバイスの保管装置,保管方法及び生体分子計測方法に関する。
次世代DNAシーケンサの分野では,伸長反応や蛍光ラベルを行うことなく,DNAの塩基配列を電気的に直接計測する手法としてナノポアシーケンサが注目されている。ナノポアシーケンサで用いられるナノポアデバイスはナノポアが埋め込まれた薄膜を有している。薄膜を挟んだ両側には溶液が配置されており,この溶液はナノポアを介して連通している。このとき溶液を介してナノポアに対して電圧を印加すると,ナノポアを通過するイオン電流が流れ,DNAがナノポアを通過すると,DNAを構成する塩基の違いによってナノポアの塞がり方が異なり電流値に違いが生じるため,塩基配列を決定できる。
ナノポアシーケンス方式には,ナノポアを構成する材料によって主にバイオナノポア方式とソリッドステートナノポア方式の2種類がある。バイオナノポア方式は脂質二重膜に埋め込まれた改変タンパク質(Mycobacterium smegmatis porin A(MspA)等)のポアを検出部としたものであり,ソリッドステートナノポア方式は無機材料に加工したポアを検出部としたものである。バイオナノポア方式と比較してソリッドステートナノポア方式は試薬依存度及び前処理工程が少なく,低コストに読み取れる方式として注目されている。
ソリッドステートナノポアの製作方法には主に2種類あり,溶液導入前にナノポアを製作する方法と,溶液導入後にナノポアを製作する方法がある。溶液導入前にナノポアを作る場合,非特許文献1のようにTEM等の電子線やエッチングを利用して孔を開ける方法が用いられている。溶液導入後にナノポアを作る場合,非特許文献2のように薄膜に高電圧を印加することによって薄膜を絶縁破壊し,孔を開ける方法が用いられている。上記いずれかの方法でナノポアを製作した後,被検体を溶液に導入し,ナノポア通過時の信号を取得する。
Venta, K., et al., Differentiation of Short, Single-Stranded DNA Homopolymers in Solid-State Nanopores, ACS Nano 7(5), pp.4629-4636 (2013). Yanagi, I., et al., Fabricating nanopores with diameters of sub-1 nm to 3 nm using multilevel pulse-voltage injection, Sci. Rep., 4(5000) (2014).
図1と図2は,ソリッドステートナノポアシーケンサの典型的な計測手順を示したものである。図1に示す手順ではTEM等の電子線やエッチングを利用してナノポア製作後に表面親水化処理を実施し,溶液を導入した後に被検体を溶液に導入して計測する。図2に示す手順では表面親水化処理を実施し,溶液を導入した後に,絶縁破壊を利用してナノポアを製作して被検体を溶液に導入して計測する。このとき親水化処理から溶液導入までの間に1日以上等の時間が経過すると,デバイス表面の親水性は表面への大気中の有機物等の付着によって徐々に減衰して,膜表面に液体を満たせなくなる。そのため,親水化処理後1日以内に溶液を導入する必要がある。
ここでナノポアシーケンサをメーカから顧客へ製品として売り出す場合を想定し,図1と図2に記載の工程がメーカ側工程と顧客側工程のいずれに該当するか考える。親水化処理工程には一般にO2プラズマ等が使われており顧客側での処理が困難であることから,装置単価を下げるにはメーカ側で実施することが望ましい。一方で,生体分子導入工程は顧客が計測したいサンプルを投入できるように顧客側で実施する必要がある。そのため,親水化処理後から生体分子導入工程までの間に,メーカから顧客へとデバイスを搬送する必要がある。海外等へ搬送する時間を考慮すると,この搬送工程には1週間程度かかるほか,顧客側等でデバイスを2〜3週間程度保管する時間も考慮すると,親水化処理工程から生体分子導入工程までの間に1週間〜1ヶ月以上かかることが想定される。なお,本明細書において「保管」とは,薄膜に対して外部電源等により電位差を与えたり,生体分子特性解析を行うまでの工程を意味する。1週間〜1ヶ月以上もの間,デバイス表面の親水性を維持することは一般に困難である。
そのため図3と図4に示すように,親水化処理後メーカ側で溶液を導入した後に,顧客へと搬送する手順が考えられる。この方法であれば,大気中の有機物等の付着を溶液で保護できるため,親水性を保持したまま顧客へと搬送し,顧客側での長期保管も可能となる。またこの手順であれば顧客側で溶液を導入する必要がなくなり,顧客側での溶液導入機構が不要となることから,装置コストを安価に抑えられる。
しかしながら,Siを含む薄膜を水溶液に浸すと経時的に絶縁破壊電圧が低下して,膜の品質が劣化することが判明した。このように膜の絶縁耐圧が小さくなると,静電気等の影響によって膜に与えられる電位差により膜が絶縁破壊されるほか,薄膜に高エネルギーを与えてナノポアを製作する際に必要となるエネルギーが変化して(例:絶縁破壊でナノポアを製作する際には印加すべき絶縁破壊電圧が変化,TEMでナノポアを製作する際には電子線のパワーが変化),ナノポア径制御が困難になる,生体試料計測中におけるナノポアへの印加電圧(0.1〜0.5Vなど)によって経時的にナノポア直径が広がる,といった問題が生じる。この劣化現象は従来報告例がなく,従ってその劣化の原因が明らかになっておらず防止方法も不明であった。
本発明の薄膜デバイス保管装置は,一態様として,Siを含んだ厚さ100nm以下の絶縁性の薄膜を有する薄膜デバイスと,前記薄膜に接液する溶液と,前記溶液を密封する槽を有する容器とを備えており,前記溶液は下記(1)乃至(3)のいずれかの条件を満たす溶液である。
(1)体積比0%以上30%以下の水を含む溶液
(2)凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
(3)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含み,凝固点以上25℃未満に冷却維持された溶液
本発明の薄膜デバイスの保管方法は,一態様として,Siを含んだ厚さ100nm以下の絶縁性の薄膜を有する薄膜デバイスの保管方法であって,薄膜デバイスを親水化処理する工程と,親水化処理された薄膜デバイスを上記(1)乃至(3)のいずれかの条件を満たす溶液に接液させて保管する工程と,を有する。
また,本発明の生体分子計測方法は,一態様として,Siを含んだ孔のない厚さ100nm以下の絶縁性の薄膜を有する薄膜デバイスを上記(1)乃至(3)のいずれかの条件を満たす溶液に接液させて保管する工程と,薄膜デバイスの一方の面に接液する溶液に接する第1の電極と他方の面に接液する溶液に接する第2の電極との間に薄膜の絶縁破壊電圧以上の電圧を印加して薄膜に孔を形成する工程と,第1の電極と接する溶液又は第2の電極と接する溶液に生体分子を導入する工程と,第1の電極と第2の電極の間に電位差を与え,生体分子が孔を通過している間の電流値変化を計測して生体分子の特性を調べる工程と,を有する。
本発明により,Siを含んだ絶縁性の薄膜を溶液に浸漬した際に生じる絶縁破壊電圧の低下を防止することができる。
上記した以外の課題,構成及び効果は,以下の実施形態の説明により明らかにされる。
一般的なナノポアを用いた生体分子計測手順を示す図。 一般的なナノポアを用いた生体分子計測手順を示す図。 顧客への搬送及び保管を伴う,ナノポアを用いた生体分子計測手順を示す図。 顧客への搬送及び保管を伴う,ナノポアを用いた生体分子計測手順を示す図。 SiN膜の絶縁破壊電圧減少メカニズムを示す説明図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図。 保管された薄膜デバイスを用いた生体分子計測方法を示す模式図。 保管された薄膜デバイスを用いた生体分子計測方法を示す模式図。 絶縁破壊電圧の経時変化の実験結果を示す図。 絶縁破壊電圧の経時変化の実験結果を示す図。 温度とデバイス寿命の関係を示す図。 温度とデバイス寿命の関係を示す図。 保管時間とリーク電流の関係を示す図。 劣化防止効果のある溶液条件でのリーク電流を示す図。 劣化防止効果のある溶液条件でのリーク電流を示す図。 劣化防止効果のある溶液条件でのリーク電流を示す図。
以下,図面を参照して本発明の実施の形態を説明する。なお,実施の形態を説明するための全図において同一機能を有するものには同一の符号を付し,その繰り返しの説明は可能な限り省略した。また,本発明は以下に示す実施の形態の記載内容に限定して解釈されるものではない。本発明の思想ないし趣旨から逸脱しない範囲で,その具体的構成を変更し得ることは当業者であれば容易に理解される。
図面等において示す各構成の位置,大きさ,形状,範囲などは,発明の理解を容易にするため,実際の位置,大きさ,形状,範囲などを表していない場合がある。このため,本発明は,必ずしも,図面等に開示された位置,大きさ,形状,範囲などに限定されない。
本明細書で引用した刊行物,特許公報は,そのまま本明細書の説明の一部を構成する。
本明細書において単数形で表される構成要素は,特段文脈で明らかに示されない限り,複数形を含むものとする。
ここでは,まずSiを含んだ絶縁性の薄膜の絶縁破壊電圧が減少するメカニズムの推定と検証を行い,メカニズムに基づいた解決方法を検討した。Siを含む膜(SiN膜など)を高温・高圧・高湿度下等の環境に置くと,空気中の水蒸気によってSi膜が酸化され,さらに酸化膜が水蒸気と反応することで,やがて揮発することが知られている。本実施例で用いるSi膜の保管環境は高温・高圧には該当しないが,多量のH2Oが膜近傍に存在しており,長期間接液することで図5に示すようなエッチング反応が進むと考えられる。H2OによりSiを含む膜がエッチングされると,膜が薄くなり絶縁破壊電圧が減少する。またソリッドステートナノポアシーケンサ等で用いるSi膜の厚さは薄いため,僅かなエッチングによって絶縁破壊電圧減少という課題が顕在化したと考えられる。
続いて,図5で示すエッチング反応による薄膜デバイスの寿命(以下,単にデバイス寿命という)を立式し,長寿命化の手法について考察した。ソリッドステートナノポアを用いた計測装置で用いる薄膜は一般に厚さ100nm以下であり,DNAなどのサンプルを計測する際には厚さ10nm以下の薄膜が使われる。こうした計測において,一般に絶縁破壊電圧が1V以上減少すると,膜厚が1nm以上薄くなったことを意味し,膜特性として大きく変化することから,デバイス寿命は絶縁破壊電圧が1V低下するまでの時間[h/V]と定義した。図5で示すエッチング反応(H2Oのn次反応:SiN+nH2O→SiO,Si(OH)4,n≧1)はアレニウス型の反応式に従うことから,デバイス寿命Lt[h/V]は次式で表せる。
Lt=A×eE/RT×[H2O]-n ・・・(式1)
ただし[H2O]はH2O濃度[mol/L],Tは絶対温度[K],Eは活性化エネルギー[J/mol]であり,A,R(≒8.314J/(mol・K))は定数である。
上式より,Ltを増加するには,(i)[H2O]の低減,(ii)Tの低減,(iii)Eの増加,のいずれかの対策が必要だと判明した。具体的な対策方法としては,それぞれ薄膜デバイスと接液する溶液条件を,(i)有機溶媒(H2O濃度が低い溶液),(ii)低温溶液,(iii)高濃度の塩を含む溶液,とすることで実現できる。(iii)については,塩を含む水溶液では塩が水和した状態で安定化しており,水が薄膜をエッチングするためには,塩から脱水和させる必要がある。そのため塩の水和エネルギーによってEを増加できる。以上の仮説の検証は,後述の実験結果で説明する。また(i),(ii),(iii)の各条件によって得られるデバイス寿命の詳細についても後述の実験結果で説明する。
前述のとおり,Siを含む薄膜と接液する溶液を,(i)H2O濃度が低い溶液,(ii)低温溶液,(iii)高濃度の塩を含む溶液,のいずれかの条件を満たす溶液として薄膜デバイスを保管することで,薄膜デバイス表面の親水性を維持したまま,薄膜の劣化を防止できる。(i)H2O濃度が低い溶液とは典型的には有機溶媒であり,典型的にはエタノールやメタノールや2−プロパノールやDMSO等を含んだ溶液を用いることができる。販売されているものでは,99.5%エタノール,99.8%メタノール,99.7%2−プロパノール,99.5%DMSOなどがあり,このような溶液を用いるとよい。また(i)H2O濃度が低い溶液や(ii)低温溶液は,LiCl,NaCl,KCl,RbCl,MgCl2,CaCl2,SrCl2,BaCl2などの塩を1mol/L以下程度含むような溶液であってもよい。(i),(ii),(iii)の溶液には複数種類の試薬が含まれていてもよく,例えばpH調整剤や酵素等が含まれていてもよい。
また前述のとおり,顧客への配送などを行う場合1週間程度かかることから,デバイス寿命は1週間以上である必要がある。デバイス寿命1週間以上を達成するには,Siを含む薄膜と接液する溶液を,(1)体積比0%以上30%以下の水を含む溶液,(2)液温が凝固点以上15℃未満の溶液,(3)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含む溶液であって液温が凝固点以上25℃未満の溶液,のいずれかの溶液条件とすればよい。数値の根拠については後述する。
また薄膜デバイスを搬送するだけでなく,顧客側で保管して,計測できることが好ましく,現実的な運用方法として2〜3週間以上保管できることが好ましいことから,配送にかかる1週間を考慮すると,全体として1ヶ月以上保管できることが好ましい。デバイス寿命1ヶ月以上を達成するには,(4)体積比0%以上5%以下の水を含む溶液,(5)液温が凝固点以上5℃未満の溶液,(6)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含む溶液であって,液温が凝固点以上15℃未満の溶液,のいずれかの条件を満たせばよい。上記(1)(2)(3)と同様,数値の根拠については後述する。
なお,H2O濃度が低い溶液での保管条件については次のように算出した。H2O濃度が低い溶液でのデバイス寿命をLt’,H2O濃度を[H2O’]とすると,水の体積比([H2O’]/[H2O])は次式で表せる。
[H2O’]/[H2O]=(Lt/Lt’)1/n≧Lt/Lt’ ・・・(式2)
この式から,ある温度でのデバイス寿命Ltを計測すれば,目標となるLt’を得るのに最低限必要な水の体積比([H2O’]/[H2O])を算出できる。ここでは,後述する図21の結果から25℃純水での保管時のデバイス寿命Ltを算出し,Lt’≧1week又はLt’≧1monthを得るのに必要な体積比を算出した。その結果,上記条件(1)及び(4)を得た。
図6は,本実施例による薄膜デバイス保管装置の構成例を示す断面模式図である。また,図7から図15は,薄膜デバイス保管装置の他の構成例を示す断面模式図である。
図6に示すように,薄膜デバイス保管装置は,第1の槽11と第2の槽12を備える容器を有し,保管すべき薄膜デバイスを保持している。容器の第1の槽11と第2の槽12には溶液1が密封されている。図6の場合,薄膜デバイスは薄膜3として描かれている。薄膜3は片面が容器の第1の槽11,もう一方の面が第2の槽12に配置されて溶液1に接液し,第1の槽11と第2の槽12に充填された溶液1は,薄膜3によって分離されている。溶液1はデバイス寿命1週間以上を達成できる上述の(1)〜(3)の条件のいずれかを満たすものであり,好ましくは,デバイス寿命1ヶ月以上を達成できる上述の(4)〜(6)の条件のいずれかを満たすものである。より長寿命化できるように,(1)〜(6)のうち2つ以上の条件を同時に満たすものであってもよい。
また溶液1は,保管後の工程で溶液1に電極を繋いで電圧を印加する際の溶液としても使えることが好ましく,一般的なナノポア計測で用いられる1mmol/L以上の塩を含む溶液であることが好ましい。溶液1を1mmol/L未満の塩を含む溶液とした場合,電気伝導度が小さく電圧を印加しても十分な電流量が得られず電流計測が困難となるため,電圧印加前には溶液1を1mmol/L以上の塩を含む溶液に置換する工程が必要となる。また電流計測時におけるシグナルを向上させるためには,電気伝導度が上がるように塩濃度を高くすればよく,好ましくは10mmol/L以上,より好ましくは100mmol/L以上である。溶液1に含まれるカチオンとしては,電離するカチオン類を用いることができ,典型的にはLi,Na,K,Rb,Cs,Mg,Ca,Sr,Baなどの一族元素又は二族元素を用いることが好ましい。溶液1に含まれるアニオンとしては,電離するアニオン類を用いることができ,電極の材質との相性によって選定することが好ましい。例えば電極材質としてハロゲン化銀を用いた場合,I,Br,Clなどのハロゲン化物のイオンをアニオンとして用いることが好ましい。またアニオンは,グルタミン酸イオン等に代表される有機アニオン類であってもよい。
薄膜3は無機材料で構成されており,無機材料は半導体微細加工技術で形成できる材質であればよく,典型的には窒化ケイ素,酸化ケイ素,酸化ハフニウム,二硫化モリブデン,グラフェンなどであり,好ましくは半導体プロセスで量産可能なSiの化合物である窒化ケイ素や酸化ケイ素などである。ピンセットで把持するといった工程で発生する振動や衝撃によって,薄膜3は一般に力学的に破壊されやすいことから,図7に示すように薄膜3を支持する支持構造4が設けられていることが好ましい。薄膜3を支持する構造としては,例えば厚さ725μm程度のシリコン製の支持基板を用いることができる。例えば,厚さ1μm以下,面積100μm2以下のSiN薄膜を支持基板によって支持した薄膜デバイスが使用される。このように本明細書でいう薄膜デバイスは,無機材料の薄膜だけから構成されていてもよいが,好ましくは薄膜とそれを支持する支持構造を備えている。
薄膜3が水溶液によってエッチングされるとき,元の膜厚から1%以上変化すると顕著な変化だと考えられることから,膜厚100nm以下の薄膜を用いるときに絶縁破壊電圧1V以上(すなわち膜厚1nm以上)の変化が問題となる。すなわち,本実施例における溶液1への保管は,特に膜厚100nm以下の薄膜において効力を発揮し,元の膜厚から10%以上変化する膜厚10nm以下の極薄膜ではより効力を発揮する。
計測内容によって薄膜3の厚さを,より厳密に定めることが好ましく0.1nm以上100nm以下とする必要がある。被検体として生体ポリマなどを分析する場合には,生体ポリマを構成するモノマ単位の2倍以上,好ましくは3倍以上,より好ましくは5倍以上の厚さとする。例えば生体ポリマが核酸から構成されている場合には,厚さは塩基3個以上の大きさ,例えば約1nm以上とすることが好ましい。一方でナノポアセンサの分解能という観点でみると,生体ポリマの形状や構成物質(DNAであれば塩基の種類等)を把握するためには,ナノポアの厚さは薄いことが好ましい。例えば生体ポリマの大きさが1〜10μm程度の連鎖球菌などを計測し,その直鎖状に連なった形状を把握するためには,ナノポアの厚さは100nm以下にすることが好ましい。さらに生体ポリマが核酸から構成されているDNAの塩基種などを解析するためには,塩基毎の間隔が0.5nm程度と短いことから,ナノポアの厚さは30nm以下にすることが好ましく,より好ましくは10nm以下である。これにより,生体ポリマの形状や構成物質などを高分解能で解析可能となる。また,ナノポアの形状は,基本的には円形であるが,楕円形や多角形とすることも可能である。
薄膜3の表面に液体が接液するように処理してから溶液1を満たす必要があり,具体的にはOプラズマを薄膜3の表面に当てて親水化してから溶液1を満たす方法や,ピラニア溶液等で有機残渣を除去し親水化してから溶液1を満たす方法や,エタノール等の表面張力が小さな溶液を一度薄膜表面に満たした後に溶液1へ置換することで溶液1を満たす方法などを用いるとよい。
生体ポリマを分析する薄膜部は複数個が並ぶようにアレイ化されていてもよい。ナノポアアレイ構造では,計測のスループットを飛躍的に上昇させることができるという利点がある。このナノポアアレイ構造ではナノポアを有する薄膜部を規則的に配列することが好ましい。複数の薄膜部を配置する間隔は,使用する電極,電気測定系の能力や半導体プロセスの加工限界などに応じて,0.1μm〜10μm,好ましくは0.5μm〜4μmとすることができる。
第1の槽11,第2の槽12などの溶液槽の素材は例えばPMMAであってもよく,耐薬品性にすぐれたテフロン(登録商標)などで構成されていてもよい。各溶液槽の容量は例えば100mL以下のものを使用する。
図6,図7ではナノポアDNAシーケンサ等のセンサで用いられるような,薄膜3の両側に溶液を満たす構成を記載した。しかし当然のことながら,溶液が薄膜3をエッチングする現象は,図5で示したように薄膜3の片側にのみ溶液を満たす構成であっても発生する。そのため,図8に示すように薄膜3の片側にのみ溶液1を満たす構成であっても本明細書に記載のエッチング防止効果を得ることができる。図8に記載の薄膜デバイス保管装置は,第1の槽11を備える容器を有し,保管すべき薄膜デバイスを保持している。容器の第1の槽11には溶液1が密封されている。図8の場合,薄膜デバイスは薄膜3として描かれている。図8の構成は,Ion Sensitive Field Effect Transistorセンサ(ISFET)等のセンサで用いられる。ISFETはイオン感応膜でゲート表面上を覆ったFETで,溶液−イオン感応膜間の表面電位を検出する。ISFETのイオン感応膜にはSiO2,SiN,Al23などの絶縁体の薄膜3が用いられる。ただし絶縁体の膜厚は1〜100nm程度であることが条件となる。そのため,図9に示すように薄膜3を支持する支持構造4が設けられていることが好ましい。薄膜3を支持する構造としては,例えば厚さ725μm程度のシリコン製の支持基板等を用いることができる。図9に示すセンサをFETとして機能させるために,Siの支持基板上にソース電極及びドレイン電極を設け,ソース電極及びドレイン電極の上にSiO2やSiNなどの絶縁膜を設けているような構成であってもよい。このように本明細書でいう薄膜デバイスは,無機材料の薄膜だけから構成されていてもよいが,好ましくは薄膜とそれを支持する支持構造を備えている。
図8,図9のように薄膜3の片側に溶液を満たす構成であっても,溶液との接液箇所から徐々に薄膜3はエッチングされてセンサ特性が変化することから,デバイス寿命を延ばすためには,溶液1の条件は図6や図7の構成と同様に配慮する必要がある。薄膜3の片側に溶液を満たす構成での達成すべきデバイス寿命は,顧客への配送などを行う場合1週間程度かかることから,デバイス寿命は1週間以上である必要がある。また薄膜デバイスを搬送するだけでなく,顧客側で保管して,計測できることが好ましく,現実的な運用方法として2〜3週間以上保管できることが好ましいことから,配送にかかる1週間を考慮すると,全体として1ヶ月以上保管できることが好ましい。薄膜3の片側に溶液を満たしたときのデバイス寿命と,薄膜3の両側に溶液を満たしたときのデバイス寿命を比較すると,薄膜3と溶液との接液箇所からエッチングが進むことから,片側に溶液を満たした場合の方がデバイス寿命は長くなる。よって,デバイス寿命を1週間以上とするには,両側に溶液を満たしたときにデバイス寿命1週間以上を達成するときの溶液条件,上述の(1)〜(3)の条件のいずれかを満たすものにすれば十分である。また,デバイス寿命1ヶ月以上を達成するには,上述の(4)〜(6)の条件のいずれかを満たすものにすればよい。
図10以降の図で示す構成は,ナノポアDNAシーケンサ等のセンサに適用することを想定し,薄膜の両側に溶液を満たす構成を記載する。図10に示すように薄膜3中にナノポア2を設けてもよく,ナノポア2は大量生産ができるよう半導体プロセスによって形成されていてもよく,孔径が小さくなるようにTEMの電子線で形成されていてもよい。より好ましくは,孔径の小さなナノポアを精度良く,素早く,安価に形成できるように,薄膜3に高電圧を与えることで絶縁破壊によって形成されたナノポア2を用いるとよい。このように容器に組み込んだ段階で薄膜にナノポアを設けると,この保管装置を顧客等に配送した際に,顧客側でナノポア製作を行う必要がなくなり,装置構成が簡易になり,即座に計測可能となる。
計測内容によってナノポアの直径はより厳密に定めることが好ましく,例えば直径10nm程度の生体ポリマやビーズなどを分析する場合には100nm以下,好ましくは50nm以下であり,具体的にはおよそ0.9nm以上10nm以下などである。例えば直径が約1.4nmである1本鎖DNAの分析に用いるナノポアの直径は,好ましくは1.4nm〜10nm程度,より好ましくは1.4nm〜2.5nm程度である。また,例えば直径が約2.6nmである2本鎖DNAの分析に用いるナノポアの直径は,好ましくは3nm〜10nm程度,より好ましくは3nm〜5nm程度である。
図11に示すように,第1の電極13と第2の電極14がそれぞれ第1の槽11,第2の槽12に設けられていて,第1の電極13は第1の槽11内の溶液に接し,第2の電極14は第2の槽12内の溶液に接した状態にしておくと,図12に示すように液槽外に別途設けられた電源装置15や電流計16や制御及び測定装置17で構成された回路系に簡易に接続することが可能になる。制御及び測定装置17はPCであってもよい。図11のような構造の薄膜デバイス保管装置にすると,例えば,電源装置15や電流計16や制御及び測定装置17で構成された装置を1つだけ用意して,薄膜デバイス保管装置を消耗品として活用し,計測が終わるごとに新しい薄膜デバイス保管装置を用いるようにすれば,安価に計測することが可能となる。すなわち,電極13,14を付設した薄膜デバイス保管装置は,薄膜デバイスを保管するだけではなく,電流計測に利用するための装置としても用いられる。
第1の電極13や第2の電極14などの電極は,溶液1中の電解質と電子授受反応(ファラデー反応)を行うことが可能な材質で作製されることが好ましく,典型的にはハロゲン化銀又はハロゲン化アルカリ銀で作製されたものである。電位安定性及び信頼性の観点からは,銀塩化銀を電極に使用することが好ましい。電極は,分極電極となる材質で作製されてもよく,例えば金や白金などで作製されてもよい。その場合は,安定的なイオン電流を確保するために溶液に電子授受反応を補助することができる物質,例えばフェリシアン化カリウム又はフェロシアン化カリウムなどを添加することが好ましい。あるいは,電子授受反応を行うことが可能な物質,例えばフェロセン類をその分極電極表面に固定化することが好ましい。
電極の構造は,電極全てが前記材質で構成されていてもよく,あるいは前記材質が銅,アルミニウムなどの下地材の表面に被覆されていてもよい。電極の形状は特に限定されるものではないが,溶液と接液する表面積が大きくなる形状が好ましい。電極は配線と接合されて,測定回路へと電気信号が送られる。電源装置15は印加電圧を制御できるように制御及び測定装置17と繋げていてもよく,電流計16についてもパソコンなどの装置に繋ぐことで,計測した電流をデータとして保存する計測システムとなっていてもよい。電流計16は,電圧の印加によって電極間に流れる電流を増幅するアンプとADC(Analog to Digital Converter)を有していてもよい。
第1の電極13と第2の電極14の電位差が大きいと薄膜3の絶縁破壊不良に繋がることから,少なくとも電位差を調整して薄膜の絶縁耐力以下に保つ必要がある。薄膜の絶縁耐力は,一般に1V/nmとされており,この電界強度以下になるように保つ必要がある。好ましくは膜に経時的に電圧が印加されることがないように,第1の電極13と第2の電極14の電位差が0Vなど,薄膜の絶縁破壊電圧未満になるように調整されていればよく,図13に示すように第1の電極13と第2の電極14が短絡された構造などであると良い。
また溶液1を第1の槽11と第2の槽12内に導入しやすいように,図14に示すように容器には導入口及び排出口31が設けられていることが好ましい。このとき導入口及び排出口31を通じて,溶液1は経時的に揮発する可能性があるため,容器には揮発防止用の封止構造が備えられていることが望ましい。具体的には,容器の流路導入口にシール構造32を設ける,溶液1と混合しない溶液32(溶液1が水溶液であればベンゼン・フロリナートなどの有機溶媒)を配置するなどの構造である。溶液32を配置する際には,例えば溶液1を予め導入口及び排出口31近傍まで満たしておき,その後導入口及び排出口31を覆うように溶液32を滴下する,といった手順で構築する。溶液1が空気と接触する面積が狭くなることが好ましい。
溶液1を冷却して低温の溶液とするためには,温度調整機構を設ける必要がある。具体的には,薄膜デバイス保管装置の容器に熱伝素子(ペルチェ素子など)を貼り付けておき,熱伝素子と容器を介して溶液1に熱を伝えるような温度調整機構であればよい。ただしペルチェ素子などを薄膜デバイス保管装置の容器に貼り付ける形態は,各容器にペルチェ素子を用意する必要があるため単価コストが上がりやすい。そのため,図15に示すように薄膜デバイスを保持する容器の周囲に温度調整機構41を配置する,具体的には恒温槽や保冷材やドライアイス等を設ける,薄膜デバイス保管装置を冷蔵庫や冷凍庫に入れるといった形態にすることが好ましい。上記の薄膜デバイス保管装置をメーカ側から顧客へ配送して,顧客側で保管する一態様としては,例えば薄膜デバイス保管装置の周囲に保冷材やドライアイス等を配置した状態で配送し,顧客側では冷蔵庫や冷凍庫に保管する,といったものである。
図16は,本実施例による薄膜デバイス保管装置で保管された薄膜デバイスを用いた生体分子計測方法を示す模式図である。まず図16(A)に示すように薄膜3を溶液1に接液した状態にする。このとき,溶液1を用いたことにより薄膜3の劣化が防止されているため,この保管装置を長時間かけてメーカから顧客へ搬送したり,長期保管するなどの処理を行ってもよい。
続いて図16(B)に示すように,電源装置15と電流計16と制御及び測定装置17で構成された装置等によって第1の電極13と第2の電極14の間に薄膜3の絶縁破壊電圧以上の高電圧を印加し,絶縁破壊によって薄膜3にナノポア2を形成する。最後に図16(C)に示すように,第1の電極13と接する溶液又は第2の電極14と接する溶液にDNAなどの生体ポリマ51を導入して,第1の電極13と第2の電極14の間に電位差を与え,生体ポリマ51がナノポア2を通過している間のイオン電流の変化から生体試料を計測・解析する。
図16(A)に示す薄膜デバイス保管装置には,図11で示したように,第1の電極13と第2の電極14がそれぞれ第1の槽11及び第2の槽12に設けられていて,第1の電極13は第1の槽11内の溶液に接し,第2の電極14は第2の槽12内の溶液に接した状態としてもよい。このような構成にすると,液槽外に別途設けられた電源装置15や電流計16や制御及び測定装置17で構成された回路系に簡易に接続可能となる。あるいは,電極が設けられていない図16(A)に示す薄膜デバイス保管装置で保管した薄膜デバイスを,計測時に薄膜デバイス保管装置から取り出して図16(B)に示す電極が設けられた計測用の容器に設置してもよい。
分析対象となる生体ポリマ51は,ナノポア2通過時に電気的特性,特に抵抗値を変化させる対象物であればよく,核酸から構成されるものである。具体的には,RNA(一本鎖RNA若しくは二本鎖RNA),DNA(一本鎖DNA若しくは二本鎖DNA),PNA(ペプチド核酸),オリゴヌクレオチド,アプタマー,並びにそれらの組み合わせ(例えば,ハイブリッド核酸)である。生体ポリマ51は,生体に存在するものであってもよいし,又は生体に存在するものから誘導されるものであってもよい。例えば,自然には存在しない配列や構成要素を含むポリマ,例えばpoly(A),poly(T)などの配列,人為的に合成されたポリマ分子,核酸増幅技術(例えばPCR)によって調製された核酸,ベクターにクローニングされている核酸なども含まれる。これらの生体ポリマ51の調製方法は,当技術分野で周知であり,当業者であれば,生体ポリマ51の種類に応じて適宜調製方法を選択することができる。本実施例において,生体ポリマ51の分析とは,生体ポリマ51を構成する核酸の特性解析を指す。例えば,生体ポリマ51を構成する核酸のモノマの配列順序の分析(配列決定),核酸の長さの決定,一塩基多型の検出,生体ポリマ数の決定,生体ポリマ中の構造多型(コピー数多型,挿入,欠失など)の検出などを指す。
溶液1に含まれる塩の濃度が1mmol/L未満などであり,電流計測を実施するにあたって十分な電気伝導度が得られない場合には,図17に示すように,溶液1から電流計測用の溶液101に置換する必要がある。溶液101は一般的なナノポア計測で用いられる1mmol/L以上の塩を含む溶液であることが好ましい。また電流計測時におけるシグナルを向上させるためには,電気伝導度が上がるように塩濃度を高くすればよく,好ましくは10mmol/L以上,より好ましくは100mmol/L以上である。溶液101に含まれるカチオンとしては,電離するカチオン類を用いることができ,典型的にはLi,Na,K,Rb,Cs,Mg,Ca,Sr,Baなどの一族元素又は二族元素を用いることが好ましい。溶液101に含まれるアニオンとしては,電離するアニオン類を用いることができ,電極の材質との相性によって選定することが好ましい。例えば電極材質としてハロゲン化銀を用いた場合,I,Br,Clなどのハロゲン化物のイオンをアニオンとして用いることが好ましい。またアニオンは,グルタミン酸イオン等に代表される有機アニオン類であってもよい。ただし,図17の手順と比較して図16に示す手順の方が作業工程が少なくて済む,という利点がある。
溶液1に低温の溶液を用いた場合においては,図16(B)や図17(B)などのナノポア開孔時に,薄膜デバイス保管装置を低温に保ったまま電圧を印加してもよい。薄膜デバイス保管装置の溶液を低温に保ったまま電圧印加して開孔すると,薄膜3の絶縁破壊電圧を高めることができ,絶縁破壊電圧の低い薄膜を絶縁破壊する際に発生しやすいソフトブレークダウンを防止し,電流特性を安定化させることができる。また溶液1に低温の溶液を用いた場合においては,図16(C)や図17(C)などの生体ポリマ51計測時に,薄膜デバイス保管装置を低温に保ったまま計測してもよい。薄膜デバイス保管装置を低温に保ったままDNAなどを計測すると,DNAのナノポア通過速度を遅延化させることが可能となる。
以上で述べた計測方法の具体例の1つは次のとおりである。まずメーカ側が親水化処理済の薄膜3を薄膜デバイス保管装置の容器の第1の槽11及び第2の槽12内に組み込み,1mol/L KCl水溶液を溶液槽内に満たす。このとき,第1の電極13と第2の電極14がそれぞれ第1の槽11,第2の槽12に設けられていて,第1の電極13は第1の槽11内の溶液に接し,第2の電極14は第2の槽12内の溶液に接した状態にしておく。また第1の電極13と第2の電極14とは短絡させて電位差を0Vとしておき,薄膜3が劣化しないようにしておく。その後,薄膜デバイス保管装置を冷蔵輸送(+2℃〜+8℃等で冷却維持された状態)で1週間程度かけて顧客側へと届ける。顧客側では届けられた薄膜デバイス保管装置を冷蔵庫に2〜3週間以上保管(4℃程度で冷却維持された状態)して,計測サンプルである生体試料の準備等を整えてから,薄膜デバイス保管装置を取り出し,電源装置15と電流計16と制御及び測定装置17で構成された装置に接続する。そして,電源装置15と電流計16と制御及び測定装置17によって薄膜3に高電圧を与え,絶縁破壊によってナノポア2を設ける。最後に,計測サンプルである生体試料51を導入して,ナノポア2通過時の生体試料を計測・解析する。
以下に,本実施例の効果を検証した実験例を示す。本実験では,SiN膜を含む薄膜デバイスの薄膜の両側に溶液が接液するように,各種条件の溶液に浸して保管し,一定時間経過後に薄膜デバイスを溶液中から取り出して洗浄した後,薄膜デバイスの上下に1mol/L CaCl2(常温)を満たして薄膜に電圧を印加し,絶縁破壊電圧や膜を通過する電流値を計測した。
まず前述のように,SiN膜を含む薄膜デバイスを長期間水溶液中に保管すると,徐々にSiN膜がエッチングされて絶縁破壊電圧が減少することを検証した。図18は,薄膜デバイスを純水,100mmol/L CaCl2,1mol/L CaCl2の水溶液中に保管したときの絶縁破壊電圧の経時変化を示したものである(温度はいずれも25℃)。この結果から,いずれの保管条件においても絶縁破壊電圧Vが時間tに対して線形に減少することが判明した。一般に薄膜の深さ方向へのエッチングレートは一定であることから,H2Oへの浸漬時間に対してほぼ線形に膜厚が薄くなると考えられ,また薄膜の絶縁破壊強度は1V/nmであり,絶縁破壊電圧は膜厚に対してほぼ線形である。すなわち,H2Oへの浸漬時間に対してほぼ線形に絶縁破壊電圧が減少すると考えられる。そのため,図18に示す絶縁破壊電圧が時間に対して線形に減少するという実験結果は,絶縁破壊電圧の減少がH2Oによるエッチングに由来することを支持するものである。
1mol/L CaCl2は,純水や100mmol/L CaCl2と比較して絶縁破壊電圧の減少が抑制されており,長寿命化に効果があることが分かる。これは1mol/L CaCl2水溶液では高濃度の塩が含まれており,塩が水と水和することでH2OがSiN膜をエッチングする反応の活性化エネルギーを変動させるため,このように長寿命化に繋がったと考えられる。以上の結果はH2OがSiN膜をエッチングするという仮説を支持するものであり,また高濃度の塩(1mol/L以上)を含む溶液では長寿命化できることを示している。
図19は,薄膜デバイスを純水で保管し,かつ保管温度を変化(25℃,40℃,60℃,80℃)させたときの絶縁破壊電圧の経時変化を示したものである。図19(A)は横軸対数スケール,図19(B)は横軸線形スケールで表記した。図19(A)から明らかなように,保管時の温度が高いほど,絶縁破壊電圧は短時間で減少することが示された。図19(B)に示す直線は各温度で保管した際の近似直線を示しており,いずれの保管条件においても保管時間tに対して絶縁破壊電圧Vは線形に減少することが判明した。この結果は図18の結果と同様であり,膜の劣化がH2Oによるエッチングに由来することを支持するものである。
また図19をもとに絶縁破壊電圧が1V低減するまでの時間(デバイス寿命)Ltと保管温度Tの関係をまとめると,図20のようになる。図20中の黒のプロットは図19の実験データから得られた値を示しており,点線は近似直線を示している。図20の結果はlnLt∝1/Tとなることを示し,デバイス寿命がアレニウス型の関係式で表せることを示唆しており,直線の傾きから純水保管時の活性化エネルギーEを算出できる。
図21は,これまでの実験結果をもとに,薄膜デバイスを純水と1mol/L CaCl2水溶液で保管したときの,デバイス寿命と保管温度のアレニウス型の関係式を示したものである。図21に示す純水保管時の結果は,図20で示した近似直線の縦軸と横軸の表記を変えたものであり,デバイス寿命Ltを縦軸対数スケールで表記し,保管温度Tを横軸に示した。続いて図21に示す1mol/L CaCl2水溶液保管時の結果を算出する際には,まず図18の結果から25℃保管時の絶縁破壊電圧が1V低減するまでの時間(デバイス寿命)Ltを算出した。(式1)に示すAや[H2O]-nは純水保管時と同一であると考え,純水保管時のデバイス寿命と比較することで1mol/L CaCl2水溶液保管時の活性化エネルギーを算出し,図21を得た。図21から任意のデバイス寿命を得るのに最低限必要となる保管温度(冷却温度)を読み取ることができ,デバイス寿命1週間を得るには,純水保管では15℃未満,1mol/L CaCl2水溶液保管では25℃未満,と判明した。また,デバイス寿命1ヶ月を得るには,純水保管では5℃未満,1mol/L CaCl2水溶液保管では15℃未満,と判明した。
図22は,薄膜デバイスを25℃の純水で保管し,0.1Vの電圧を印加したときに膜を通過する電流値を示したものである。水溶液中での保管により絶縁破壊電圧が減少して0.1V以下まで減少すると,生体分子計測等で実施されるような0.1Vなどの低電圧印加時であっても絶縁破壊する。また,薄膜の上下に満たされた電解液間には溶液槽表面の静電気によって0.1V以上の電位差が生じることもあり,こうした静電気の影響によっても膜が絶縁破壊する。膜内に絶縁破壊された孔が存在すると,0.1V印加時にその孔を通じてイオン電流が流れるため1×10-10A以上のイオン電流が発生する。そのため電流値が1×10-10Aを超えるかを調べることで,膜が絶縁破壊されたか判別できる。図22で示すように時間経過に伴って1×10-10Aを超える薄膜デバイスが増加しており,これはH2Oによるエッチングによって絶縁破壊電圧が徐々に減少し,静電気や0.1V印加時の電圧によって絶縁破壊したことを示している。この結果からも,水溶液中での長期保管によって絶縁破壊電圧が減少することを確認できた。
図23は,同じ膜厚の薄膜デバイスを25℃の純水及び25℃の1mol/L CaCl2の溶液に2週間保管した後,0.1V印加時の電流値を計測したものである。結果,純水保管では孔を通過するリーク電流が観測されたのに対して,1mol/L CaCl2保管ではリーク電流を抑制できた。この結果からも,1mol/L CaCl2を用いることにより,長寿命化することを確認できた。
図24は,同じ膜厚の薄膜デバイスを25℃及び4℃の純水に2週間保管した後,0.1V印加時の電流値を計測したものである。結果,25℃保管では孔を通過するリーク電流が観測されたのに対して,4℃保管ではリーク電流を抑制できた。この結果から,保管時の温度をより下げることにより,長寿命化することを確認できた。
図25は,同じ膜厚の薄膜デバイスを25℃の純水及び25℃の有機溶媒(IPAとDMSO)に保管した後,0.1V印加時の電流値を計測したものである。保管日数はそれぞれ異なり,純水保管では3又は4日,有機溶媒保管では2ヶ月とした。結果,純水保管では孔を通過するリーク電流が観測されたのに対して,有機溶媒保管では保管時間が長いのにも関わらずリーク電流を抑制できた。この結果から,保管時の溶液に有機溶媒を用いてH2O濃度を下げることにより,長寿命化することを確認できた。
以上の実験例では,Siを含む膜(SiN膜)での実験結果を例示したが,当然のことながらH2OによるエッチングはSiを含む膜に限定されるものではなく,膜の材質がグラフェンなどであってもグラフェンがH2Oで酸化されて酸化グラフェンとなり,やがてCOなどに分解されると考えられることから,本手法を適用できる。
なお,本発明は上記した実施例に限定されるものではなく,様々な変形例が含まれる。例えば,上記した実施例は本発明を分かりやすく説明するために詳細に説明したものであり,必ずしも説明した全ての構成を備えるものに限定されるものではない。また,ある実施例の構成の一部を他の実施例の構成に置き換えることが可能であり,また,ある実施例の構成に他の実施例の構成を加えることも可能である。また,各実施例の構成の一部について,他の構成の追加・削除・置換をすることが可能である。
1 溶液
2 ナノポア
3 薄膜
4 支持構造
11 第1の槽
12 第2の槽
13 第1の電極
14 第2の電極
15 電源装置
16 電流計
17 制御及び測定装置
31 導入口及び排出口
32 シール構造
41 温度調整機構
51 生体ポリマ

Claims (15)

  1. Siを含んだ厚さ100nm以下の絶縁性の薄膜を有する薄膜デバイスと,
    前記薄膜に接液する溶液と,
    前記溶液を密封する槽を有する容器とを備え,
    前記溶液は下記(1)乃至(3)のいずれかの条件を満たす溶液である,薄膜デバイス保管装置。
    (1)水を含まない、若しくは体積比30%以下の水を含む溶液
    (2)凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
    (3)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含み,凝固点以上25℃未満に冷却維持された溶液
  2. 前記薄膜デバイスを挟んで配置された第1の槽と第2の槽を有する容器を備え,
    前記第1の槽及び前記第2の槽にはそれぞれ前記薄膜と接液する前記溶液が密封されている請求項1に記載の薄膜デバイス保管装置。
  3. 前記溶液の温度を調整する機構を有する,請求項1に記載の薄膜デバイス保管装置。
  4. 前記溶液は下記(4)乃至(6)のいずれかの条件を満たす溶液である,請求項1に記載の薄膜デバイス保管装置。
    (4)水を含まない、若しくは体積比5%以下の水を含む溶液
    (5)凝固点以上5℃未満に冷却維持された溶液
    (6)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含み,凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
  5. 前記第1の槽には第1の電極が,前記第2の槽には第2の電極が,それぞれ前記溶液に接した状態で配置されており,
    前記第1の電極と前記第2の電極が短絡されている,請求項2に記載の薄膜デバイス保管装置。
  6. 前記薄膜の厚さが10nm以下である,請求項2に記載の薄膜デバイス保管装置。
  7. 前記薄膜には直径0.1nm以上100nm以下の孔が設けられている,請求項2に記載の薄膜デバイス保管装置。
  8. 前記第1の槽及び前記第2の槽は前記溶液の揮発防止用の封止構造を有する,請求項2に記載の薄膜デバイス保管装置。
  9. Siを含んだ厚さ100nm以下の絶縁性の薄膜を有する薄膜デバイスの保管方法であって,
    前記薄膜デバイスを親水化処理する工程と,
    親水化処理された前記薄膜デバイスを下記(1)乃至(3)のいずれかの条件を満たす溶液に接液させて保管する工程と,
    を有する薄膜デバイスの保管方法。
    (1)水を含まない、若しくは体積比30%以下の水を含む溶液
    (2)凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
    (3)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含み,凝固点以上25℃未満に冷却維持された溶液
  10. 前記溶液は下記(4)乃至(6)のいずれかの条件を満たす溶液である,請求項9に記載の薄膜デバイスの保管方法。
    (4)水を含まない、若しくは体積比5%以下の水を含む溶液
    (5)凝固点以上5℃未満に冷却・維持された溶液
    (6)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含む溶液であって,凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
  11. Siを含んだ孔のない厚さ100nm以下の絶縁性の薄膜を有する薄膜デバイスを下記(1)乃至(3)のいずれかの条件を満たす溶液に接液させて保管する工程と,
    前記薄膜デバイスの一方の面に接液する溶液に接する第1の電極と他方の面に接液する溶液に接する第2の電極との間に前記薄膜の絶縁破壊電圧以上の電圧を印加して前記薄膜に孔を形成する工程と,
    前記第1の電極と接する溶液又は前記第2の電極と接する溶液に生体分子を導入する工程と,
    前記第1の電極と前記第2の電極の間に電位差を与え,前記生体分子が前記孔を通過している間の電流値変化を計測して前記生体分子の特性を調べる工程と,
    を有する生体分子計測方法。
    (1)水を含まない、若しくは体積比30%以下の水を含む溶液
    (2)凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
    (3)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含む溶液であって,凝固点以上25℃未満に冷却維持された溶液
  12. 前記溶液は下記(4)乃至(6)のいずれかの条件を満たす溶液である,請求項11に記載の生体分子計測方法。
    (4)水を含まない、若しくは体積比5%以下の水を含む溶液
    (5)凝固点以上5℃未満に冷却維持された溶液
    (6)濃度1mol/L以上飽和濃度以下の塩を含み,凝固点以上15℃未満に冷却維持された溶液
  13. 前記溶液は前記(2)又は(3)の条件を満たす溶液であり,
    前記薄膜に孔を形成する工程においても前記溶液の冷却条件を変えずに孔を形成する,請求項11に記載の生体分子計測方法。
  14. 前記薄膜に孔を形成する工程の前に,前記溶液を濃度100mmol/L以上飽和濃度以下の塩を含む溶液で置換する工程を有する,請求項11に記載の生体分子計測方法。
  15. 前記薄膜の厚さが10nm以下である,請求項11に記載の生体分子計測方法。
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EP4001897A1 (en) * 2019-07-17 2022-05-25 NOK Corporation Storage method and production method for particle analysis instrument
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1548444A1 (en) * 2003-12-23 2005-06-29 Paul Scherrer Institut An assay chip, and uses of said assay chip to determine molecular structures and functions
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JP5819309B2 (ja) * 2010-09-29 2015-11-24 株式会社日立ハイテクノロジーズ 生体ポリマーの光学的解析装置及び方法
CN102621214B (zh) * 2012-03-13 2014-10-29 美国哈佛大学 一种基于固态纳米孔对核酸分子进行减速及单分子捕获的方法
US10139390B2 (en) 2013-06-28 2018-11-27 Hitachi High-Technologies Corporation Analysis device
WO2015068673A1 (ja) * 2013-11-08 2015-05-14 株式会社日立ハイテクノロジーズ Dna搬送制御デバイスおよびその製造方法、ならびにdnaシーケンシング装置
CN109073625B (zh) 2015-11-24 2020-03-17 株式会社日立高新技术 生物体样本分析装置以及生物体样本分析方法
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