JP6740242B2 - 詳細検定プロトコル仕様 - Google Patents
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Description
図1をここで参照して、本開示によるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)撮像システム10の一実施形態のブロック図を示す。この開示は当然PCRデバイスに限定されないが、図1は一例示的実施形態の背景付与のために提供している。図示の実施形態では、このシステムは、光源12、入力レンズ14、入力フィルタ16、PCRチューブ18(標本を保持してPCRデバイスの熱ブロック中に挿入されるように構成設定された消耗素子であり得る)、出力フィルタ20、出力レンズ22、検出器24、及び分析ハードウェア26を含む。
本明細書に説明する技法は、ユーザが検定を作成または修正するのを可能にする。図3〜図10に関して以下に検討する例示的実施形態では、単純疱疹ウイルス(HSV)検出に対する例示的検定を説明するが、同様の技法も種々の検定類型のうちのいずれに対しても使用可能である。HSV実施例では、検定結果は、PCR相に対する検出サイクル閾値と、検定の融成物相に対する検出融解温度とに基づいて、患者がHSVを有するかを示し得る。
図3をここで参照して、検定設定の入力に使用可能なユーザインターフェース300の一実施形態を示す。図示の実施形態では、検定名称、検定類型、及び検定がスタータ検定であるか、が特定される。この特定の実施例では、検定は、HSVに対するものであり、体外診断(IVD)検定のものである。図示の実施例では、記述フィールドは記入されていない。
プロトコルスクリプト210は、所与の検定に対して如何なる順番に如何なる動作が起こるかを特定し得る。プロトコルスクリプト210の一実施形態に対する以下の例示的擬似符号は、例示的HSV検定の準備、PCR、及び融成物相を特定するものである。
1. if (!MotorsHomed) then Home All Motors
2. if (SamplePrepEnabled) then {
3. Start Sample Prep
4. If(!RtPcrEnabled & !MeltEnabled) then No Oil Dispense
5. else Execute Oil Dispense Sequence
6. }
7. if (RtPcrEnabled) then {
8. StartRtPcr
9. if(NumPcrSteps==2) then Execute 2‐step RT‐PCR Sequence
10. else Execute 3‐step RT‐PCR Sequence
11. else RT‐PCR Not Executed
12. }
13. if (MeltEnabled) then {
14. Execute Melt Sequence
15. Turn Heater On
16. Lock Cassette for PCR
17. Start Melt
18. End Melt
19. }
図5をここで参照して、分析パラメータ260の入力に使用可能なユーザインターフェース500の一実施形態を示す。分析パラメータは、未加工検定データの信号処理を構成設定するために使用され得る。図示の実施例では、「波長チャネル」ドロップダウンメニューにより、パラメータが特定されているチャネルの選択が可能になる。図示の実施形態に、種々の信号処理及び検出用のパラメータを示す。
図11は、検定を構成設定するための方法1100の一例示的実施形態を示すフロー図を示す。図11に示す方法は、とりわけ、本明細書に開示したコンピュータシステム、デバイス、構成要素、または構成部品のうちのいずれかと共同して使用され得る。種々の実施形態で、図示の方法要素の一部は、図示とは異なる順序で同時に遂行されるかまたは省略され得る。追加の方法要素も要望通りに遂行され得る。フローはステップ1110で開始される。
図12をここで参照して、コンピューティングデバイス1210の一実施形態のブロック図を示す。コンピューティングデバイス1210は、この開示の種々の部分を実装するために使用され得る。コンピューティングデバイス1210は、限定はされないが、パーソナルコンピュータシステム、デスクトップコンピュータ、ラップトップもしくはノートブックコンピュータ、メインフレームコンピュータシステム、ウェブサーバ、ワークステーション、またはネットワークコンピュータを含めて、任意の好適な類型のデバイスであり得る。図示のように、コンピューティングデバイス1210は、相互接続1260(例えば、システムバス)によって結合された、処理装置1250、記憶デバイス1212、及び入力/出力(入出力)インターフェース1230を含む。入出力インターフェース1230は、1つまたは複数の入出力デバイス1240に結合され得る。コンピューティングデバイス1210は、例えば、他のコンピューティングデバイスと通信可能なネットワーク1220に結合され得るネットワークインターフェース1232を更に含む。
Claims (24)
- 記憶した命令を有する非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記命令はコンピューティングデバイスにより、
検定デバイス用のユーザ構成設定ツールを提示すること、
ユーザ入力に基づいた前記ユーザ構成設定ツールにより、前記検定デバイスにより遂行され得る検定の動作シーケンスを特定して該動作シーケンスに対するパラメータの組を特定する第1の構成設定情報を生成すること、及び
ルールの組に対する少なくとも1つの新規のルールを特定するユーザ入力に基づいた前記ユーザ構成設定ツールにより、前記検定の複数の潜在的成果の中からの成果の選択のための前記ルールの組を特定する第2の構成設定情報を生成すること、
を備える動作を遂行するように実行可能であり、
前記第1の構成設定情報は、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して標本に対するデータを生成するように前記検定デバイスにより使用可能であり、
前記第2の構成設定情報は、前記ルールの組に基づいて前記データを処理して前記検定の成果を生成するように使用可能であり、
前記少なくとも1つの新規のルールは、1つまたは複数の他のルールに対する従属関係の定義を含む、
非一時的コンピュータ可読媒体。 - 前記標本に対する前記データは蛍光データである、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記第2の構成設定情報は、前記ルールの組のうちの1つまたは複数のルールの間の論理的従属関係を特定し、前記第2の構成設定情報は、前記データに対するデータ処理機能性を示す分析パラメータを特定する、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記第1の構成設定情報は初期の動作シーケンス及び初期のパラメータの組に対するユーザ修正に基づいて生成され、前記第2の構成設定情報は初期のルールの組に対するユーザ修正に基づいて生成される、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記動作は、前記第1及び第2の構成設定情報を前記検定デバイスに送信させること、を更に備える、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記動作は、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して前記標本に対するデータを生成すること、及び、前記データ、データ処理パラメータ、及び前記ルールの組に基づいた1つまたは複数の検定結果を含む検定レポートを生成すること、を更に備える、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記動作シーケンスは、ポリメラーゼ連鎖反応部分または融成物部分の少なくとも一方を含む、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記第2の構成設定情報は、前記検定に対する前記検定デバイスによりレポートされ得る情報を特定するレポートパラメータを含む、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- 前記動作は、前記ルールの組に対する真理値表を生成すること、及び前記検定の前記ルールの組のうちの1つまたは複数のルールの成果を示すデバグ情報を生成すること、を更に備える、請求項1に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
- コンピューティングシステムにより、検定デバイス用のユーザ構成設定ツールを表示させること、
前記ユーザ構成設定ツールに対するユーザ入力に基づいた前記コンピューティングシステムにより、前記検定デバイスにより遂行され得る検定の動作シーケンスを特定して前記動作シーケンスに対するパラメータの組を特定する、第1の構成設定情報を生成すること、及び
ルールの組に対する少なくとも1つの新規のルールを特定する、前記ユーザ構成設定ツールに対する、ユーザ入力に基づいた前記コンピューティングシステムにより、前記検定の複数の潜在的成果の中からの成果の選択のための前記ルールの組を特定する、第2の構成設定情報を生成すること、
を備え、
前記第1の構成設定情報は、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して標本に対するデータを生成するように前記検定デバイスにより使用可能であり、
前記第2の構成設定情報は、前記ルールの組に基づいて前記データを処理して前記検定の成果を生成するように使用可能であり、
前記少なくとも1つの新規のルールは、1つまたは複数の他のルールに対する従属関係の定義を含む、 方法。 - 前記データは蛍光データである、請求項10に記載の方法。
- 前記検定デバイスにより、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して標本に対するデータを生成すること、及び前記ルールの組に基づいて前記データを処理して前記検定の成果を生成することを更に備え、前記検定デバイスは前記コンピューティングシステムとは別個である、請求項10に記載の方法。
- 前記コンピューティングシステムから前記検定デバイスに前記第1の構成設定情報及び前記第2の構成設定情報を転送することを更に備える、請求項12に記載の方法。
- 前記第2の構成設定情報の生成は、前記ルールの組のうちのルールの間の1つまたは複数のユーザ特定の論理的従属関係に基づく、請求項10に記載の方法。
- 前記第2の構成設定情報に含まれた分析パラメータに基づいて前記データに信号処理動作を遂行して既処理データを生成すること、を更に備える、請求項10に記載の方法。
- 前記ユーザに初期の動作シーケンス及び初期のパラメータの組であって、前記第1の構成設定情報は前記初期の動作シーケンス及び初期のパラメータの組に対するユーザ修正に基づいて生成された、初期の動作シーケンス及び初期のパラメータの組を提供すること、及び前記ユーザに初期のルールの組であって、前記第2の構成設定情報は初期のルールの組に対するユーザ修正に基づいて生成される、初期のルールの組を提供すること、を更に備える、請求項10に記載の方法。
- システムであって、
1つまたは複数のプロセッサ、及び
1つまたは複数のメモリであって、前記1つまたは複数のプロセッサにより実行可能な記憶された命令を有し、前記システムに対して、
検定デバイス用のユーザ構成設定ツールを提示すること、
ユーザ入力に基づいて、前記検定デバイスにより遂行され得る検定の動作シーケンスを特定して前記動作シーケンスに対するパラメータの組を特定する、第1の構成設定情報を生成すること、及び
ルールの組に対して少なくとも1つの新規のルールを特定するユーザ入力に基づいて、前記検定の複数の潜在的成果の中からの成果の選択のためのルールの組を特定する、第2の構成設定情報を生成すること、
を含む動作を遂行させる、1つまたは複数のメモリ、
を備え、
前記第1の構成設定情報は、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して標本に対するデータを生成するように前記検定デバイスにより使用可能であり、
前記第2の構成設定情報は、前記ルールの組に基づいて前記データを処理して前記検定の成果を生成するように使用可能であり、
前記少なくとも1つの新規のルールは、1つまたは複数の他のルールに対する従属関係の定義を含む、
システム。 - 前記検定デバイスを更に備え、該検定デバイスは、標本に対するデータを生成する前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して、前記検定の成果を生成する前記ルールの組に基づいて前記データを処理するように構成される、請求項17に記載のシステム。
- 第1のコンピューティングデバイスであって、
検定デバイス用のユーザ構成設定ツールを提示し、
ユーザ入力に基づいて、前記検定デバイスにより遂行され得る検定の動作シーケンスを特定して前記動作シーケンスに対するパラメータの組を特定する、第1の構成設定情報を生成し、かつ
ルールの組に対して少なくとも1つの新規のルールを特定するユーザ入力に基づいて、前記検定の複数の潜在的成果の中からの成果の選択のためのルールの組を特定する、第2の構成設定情報を生成する、
ように構成される、第1のコンピューティングデバイス、及び
第2のコンピューティングデバイスであって、前記第1のコンピューティングデバイスとは別個であり、かつ前記検定デバイスに含まれて、
前記第1及び第2の構成設定情報を受信し、
前記検定デバイスに対して、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行させて標本に対するデータを生成させ、かつ
前記ルールの組に基づいて前記データを処理して前記検定の成果を生成する、
ように構成される、第2のコンピューティングデバイス、
を備え、
前記少なくとも1つの新規のルールは、1つまたは複数の他のルールに対する従属関係の定義を含む、
システム。 - 前記第2のコンピューティングデバイスは、1つまたは複数の較正ルーチンを遂行し、かつ前記較正ルーチンに基づいて前記データを事前処理するように更に構成設定される、請求項19に記載のシステム。
- コンピューティングシステムにより、検定デバイス用のユーザ構成設定ツールを表示させること、
前記ユーザ構成設定ツールに対するユーザ入力に基づいた前記コンピューティングシステムにより、前記検定デバイスにより遂行され得る検定の動作シーケンスを特定して前記動作シーケンスに対するパラメータの組を特定する、第1の構成設定情報を生成すること、及び
ルールの組に対する少なくとも1つの新規のルールを特定する、前記ユーザ構成設定ツールに対する、ユーザ入力に基づいた前記コンピューティングシステムにより、前記検定の複数の潜在的成果の中からの成果の選択のためのルールの組を特定する、第2の構成設定情報を生成すること、
前記検定デバイスに核酸を含む標本をロードすること、
前記第1及び第2の構成設定情報を前記検定デバイスに転送させること、
前記検定デバイスにより、前記パラメータの組に基づいて前記動作シーケンスを遂行して前記標本中に増幅核酸を生成すること、及び
前記ルールの組に基づいて、前記動作シーケンスにより生成されたデータを処理して前記検定の成果を生成すること、
を備え、
前記少なくとも1つの新規のルールは、1つまたは複数の他のルールに対する従属関係の定義を含む、
方法。 - 前記動作シーケンスにより生成された前記データは蛍光データである、請求項21に記載の方法。
- 前記ロードは、前記コンピューティングシステムから前記検定デバイスへの前記第1及び第2の構成設定情報の転送に先だって遂行される、請求項21に記載の方法。
- 前記第1及び第2の構成設定情報は、前記ロードに先だって前記検定デバイスに転送される、請求項21に記載の方法。
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