JP6734271B2 - 二重特異性サメ抗体可変ドメインの製造方法およびそれらの使用 - Google Patents
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Description
IgG型抗体は、分子量約150kDを有する、構造的に複雑で大きなヘテロ四量体タンパク質である。IgG型抗体は、2つのH鎖と2つのL鎖を含む。同一の2つの抗原結合部位(すなわちパラトープ)は、L鎖の可変ドメイン1つとH鎖の可変ドメイン1つをそれぞれ含む。
しかしながら、特定の環境下では、IgG型抗体などの抗体による治療および診断の有効性は、それらの固有の物理化学的性質によって限定される場合がある。例えば、古典的抗体分子の組織浸透性は、それらの大きなサイズによって妨げられ(例えばMordenti et al. (1999) Toxicol Pathol 27:536-44 を参照のこと)、それによってin vitroおよびin vivoにおける診断法においてもそれらの使用が限定される場合がある。さらにまた、長期の血漿半減期による従来の抗体の遅い血液クリアランスは、さらに、in vivo腫瘍イメージング目的に関して問題を引き起こす。また、健常組織による古典的抗体の非特異的取り込みによって、さらに、分子イメージングにおけるそれらの使用に制限が加わる。
それらの不規則な構造によって、過去数年間にわたって多くの注目を集めてきた他のクラスの抗体が、ラクダ科動物および軟骨魚類において見いだされたが、それらはH鎖のみからなる天然抗体を有する(例えばGreenberg et al. (1995) Nature 374:168-73; Hamers-Casterman et al. (1993) Nature 363:446-8 を参照のこと)。これらの抗体において、抗原結合部位は、それぞれVHHおよびvNARと呼ばれる1つの単一ドメインのみによって形成される。従来の抗体の疎水性VH-VL界面に対応する溶媒暴露領域における極性および荷電アミノ酸の頻度増加のために、vNARおよびVHHドメインは高溶解性である。
ラクダ科動物のVHHドメインは、前期(early phase)臨床試験において好結果を示すことが明らかとなったが(例えばHolz et al. (2012) Transfus Apher Sci. 2012 Jun;46(3):343-6)、vNARドメインの生体医学用途のための工学は、今までのところは進歩していない。しかしながら、ここ数年、これらのドメインの治療的有用性を示す著しい進歩が見られた。
原子分解能構造データおよびX線小角散乱に基づいて、完全なIgNAR分子の構造モデルが得られた。その分子内で、各鎖のドメインC1およびC3はIgNARの二量体化を引き起こす。標準的なヒンジ領域を欠くにもかかわらず、可変ドメインは、様々なエピトープに結合するのに十分に広い間隔があけられており、このことは、C1二量体化界面の広い角度によっても容易となっている。両方のC3ドメイン間の小さな角度によって、IgNAR分子の細いストーク(stalk)の形成が誘導される。しかしながら、ドメインC3とドメインC4を連結するジスルフィド架橋リンカーの導入によってストークの柔軟性が導入される。H鎖のみの分子は、分子のおおよそ中央部の柔軟性リンカーの位置でねじれており、それがその特徴的な形状の原因となっている。IgNARの定常領域によってエフェクター機能が媒介されるかどうかについては、現在明らかにされていない。
ホモ二量体IgNARは、潜在的L鎖対合の抑制に関与するいくつかの特有の特徴を示す。典型的なVH-VL相互作用部位において、哺乳動物においてこの会合を媒介する残基は不十分にしか保存されていない。その代わり、一般的には疎水性のこれらのアミノ酸は、しばしば極性残基又は荷電残基によって置換されている。古典的抗体の場合には、特定の機構がH鎖とL鎖の対合の形成を確実にしている。小胞体において、CH1ドメインとの相互作用で、Ig結合タンパク質(BiP)によってH鎖が捕捉される。その放出のためには、L鎖がBiPと置き換わらなければならない。その結果として、H鎖とL鎖が対合した抗体のみが分泌される。
結果として、哺乳動物の可変ドメインとは異なり、vNARドメインは2つの相補性決定領域CDR1およびCDR3しか有していない。一次vNARレパートリーの多様性は、主としてCDR3において見いだされる。抗原接触後の高率の体細胞変異は、CDR2欠失部位であるCDR1(残りのループは、分子の底部におけるベルト様構造を形成する)およびTCRにおけるHV4に相当するループにおいて見られる。従って、これらの変異を起こしやすい(mutation-prone)領域は、それぞれHV2およびHV4と命名された(例えばDooley et al., PNAS (USA) 2006; 103:1846-51 を参照のこと)。
vNAR分子は、非標準的な(non-canonical)システイン残基のそれぞれの数に基づいて、4つのタイプに分類されてきた。すべてのタイプは、ジスルフィド結合によって免疫グロブリンフォールドを安定化する、古典的Ig標準システインを共通に有している。タイプI可変ドメインは、フレームワーク領域2および4に余分なシステインを有し、その結果として、CDR3に偶数のパートナーシステイン残基を有する。リゾチームと複合体を形成したタイプI vNARの結晶構造の決定によって、非標準的フレームワークシステインはそれぞれ共にCDR3の非標準的フレームワークシステインとジスルフィド結合を形成し、それによってこのループがHV2の方向に厳密に保持されていることが明らかとなった。これまで、IgNARのタイプI可変ドメインは、コモリザメ(ギングリモストマ・サータム)においてのみ同定されている。
タイプIIドメインは、タイプIとは、それぞれCDR1およびCDR3におけるさらなるシステインによって異なっており、両ループを近傍に持ってくる分子内ジスルフィド結合を形成する。しかしながら、タイプIIドメインは、タイプI vNARにおけるフレームワークにCDR3につなぎとめる両方のシステインモチーフを欠き、結果として、CDR3領域は、ポケットまたは溝、例えば酵素の活性部位に結合しやすくする突き出た‘指様(finger-like)’構造を形成する。
タイプIVドメインは、標準的ジスルフィド結合のみを含むという点で、記載されたすべてのvNARタイプとは異なる。従って、タイプIV可変ドメインのパラトープのトポロジーは、より柔軟性であり、より物理的に拘束されていない。タイプIVドメインは、タイプIIbとも呼ばれる(Streltsov et al. PNAS 2004; 101:12444-9; Liu et al., Molecular immunology 2007; 44:1775-83)。
タイプIIIドメインに多少類似する、CDR1に不変的なトリプトファン残基を有するタイプIVドメインが同定された。タイプIII vNARドメインを除いては、vNARドメインのすべてのタイプは、高親和性バインダーをもたらす。
米国市場に認可されたモノクローナル抗体(mAb)の大部分は、単一の細胞表面抗原を標的とする。例えば、アダリムマブ(ヒュミラ;Abbott社/AbbVie社)はTNFを標的とし、パニツムマブ(ベクチビックス;Amgen社)はEGFRを標的とし、オファツムマブ(アーゼラ;Genmab社)は、CD20を標的とする。しかしながら、腫瘍細胞は、多くの場合、種々の成長を促進させる受容体をアップレギュレートし、それらは独立して作用する場合もあり、細胞内でクロストークする場合もある。単一特異性抗体による1つの受容体のターゲッティングは、経路スイッチだけでなく、代替受容体のアップレギュレーションに関連する抵抗性をもたらす恐れがある(Kontermann (2012) mAbs 4:2, 182-197)。このことは、腫瘍細胞上の複数の細胞表面抗原を標的とするか、またはそれをブロックすることが有益であることを示唆している。このことは受け入れられており、現在、15を超える二重特異性抗体、すなわち2つの異なる細胞表面抗原を標的とする抗体が臨床試験中である(例えば、Garber, Nat Rev Drug Discov. 2014 Oct 31;13(11):799-801 を参照のこと)。しかしながら、ヒト二重特異性抗体は、これまでのところは、平面または凹面の抗原結合部位を標的とすることができるだけであるが、それによって、治療的により有効な可能性のある抗原結合部位が除外されている。
従って、ヒトまたはヒト化二重特異性抗体により標的とされる古典的エピトープの限界を考慮すれば、二重特異性抗体をベースとする新規で有効な癌治療薬の需要は継続している。従って、本発明の目的は、抗原ターゲッティングにおける現行の限界を克服する新規二重特異性抗体を提供することである。
a.超可変領域2(HV2)をコードする少なくとも1つのポリヌクレオチド配列をランダム化する工程、
b.HV2が、対照試料に対するよりも改変された親和性で目的の抗原に結合し、第2の目的の抗原が、CDR3およびCDR1によって形成されるパラトープによって特異的に結合されるvNARドメインを検出する工程、
c.(b)のvNARドメインを選択する工程、
を含む前記方法を提供する。
一実施形態において、前記vNARをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチドに含まれるHV2領域をコードするポリヌクレオチドの本発明によるランダム化は、コドンベースのランダム化、NNBランダム化、NNKランダム化、NNSランダム化または偏りのあるランダム化を含む。
一実施形態によれば、本発明によるHV2ドメインをコードするポリヌクレオチド配列は、ヌクレオチド配列NNN1(NNN)7NNN9であって、
-位置1のコドンの50%がアミノ酸リジンをコードし、残りの50%がシステイン以外の任意のアミノ酸をコードし、
-コドン2〜8が任意のアミノ酸をコードすることができ、
-位置9のコドンの50%が、アミノ酸トレオニンをコードし、残りの50%がシステイン以外の任意のアミノ酸をコードする
前記ヌクレオチド配列を含む。
一実施形態によれば、本発明によるvNARは、検出可能なタグをさらに含む。
一実施形態において、本発明によるvNARの検出可能なタグは、vNARのアミノ末端および/またはカルボキシ末端に位置する。
一実施形態において、本発明のvNARは、フローサイトメトリー、FACS、ELISA、またはマイクロフルイディクスによって検出および/または選択される。
一実施形態によれば、本発明の方法の第1および第2の目的の抗原は細胞表面抗原であり、好ましくは癌細胞表面抗原である。
一実施形態において、本発明の融合タンパク質は、IgG-Fcドメイン、VH、VL、VHH抗体ドメインの1つまたはそれらのフラグメントを含む。
一実施形態において、本発明の融合タンパク質はヒト化されている。
一実施形態において、本発明の融合タンパク質のFcドメインは、ヒトIgG-Fcドメインまたはその配列変種を含む。
一実施形態によれば、本発明の融合タンパク質は、前記第1および前記第2の目的の抗原に結合するとき、in vivoでADCCを誘導する。
一実施形態において、本発明は、本発明の方法によって製造されるvNARを提供する。 一実施形態において、本発明は、本発明のvNARまたは本発明の融合体をコードするポリヌクレオチド配列を含むベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、本発明によるベクターを含む宿主細胞を提供する。
-本発明のvNARまたはvNAR融合タンパク質のタンパク質発現に十分な条件下で本発明による少なくとも1つの宿主細胞を培養し、
-本発明のvNARタンパク質またはvNAR融合タンパク質を分離精製する
工程を含む前記方法を提供する。
一実施形態において、本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、全構造FW1-CDR1-FW2-HV2-FW3a-HV4-FW3b-CDR3-FW4のタイプI、IIまたはタイプIV vNARドメインをコードする複数のポリヌクレオチドであって、HV2ドメインが、本発明によるランダム化(randomnized)ポリヌクレオチド配列によってコードされる前記複数のポリヌクレオチドを含む。
一実施形態において、本発明は、配列番号2、配列番号4、配列番号5によるアミノ酸配列を含む二重特異性vNARを提供する。
一実施形態において、本発明は、医薬の製造における、本発明のvNARまたは本発明の融合タンパク質の使用に関する。
一実施形態において、本発明は、本明細書に記載の本発明のvNARまたは本発明のvNAR融合タンパク質と薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む医薬組成物を提供する。
一実施形態において、本発明は、本発明による医薬組成物を、それを必要とする個体に投与することを含む、病的状態にある個体の治療方法に関する。
一実施形態において、本発明の方法によって治療される病的状態は、癌、自己免疫疾患またはウイルス感染である。
一実施形態によれば、本発明の方法によって治療される個体はヒトである。
一実施形態において、本発明は、二重特異性vNARまたは本発明のvNAR融合タンパク質と本発明のvNARを検出する手段とを含むパーツのキットを提供する。
配列番号1 HV2ドメインのランダム化に用いる人工ポリヌクレオチド
配列番号2 vNARクローンB1のアミノ酸配列
配列番号3 親vNARクローン5005のアミノ酸配列
配列番号4 vNAR EphA2-Fcアミノ酸配列
配列番号5 vNAR EphA2_4-Fcのアミノ酸配列
配列番号6 ビオチン受容体ポリペプチドのアミノ酸配列
配列番号7 acTEV部位
配列番号8 オリゴヌクレオチドHV2Rand_up
配列番号9 pCT-Seq-lo
配列番号10 pCT-Seq-up
配列番号11 HV2rand_SOE-lo
本発明を以下に詳細に説明するが、本明細書による特定の方法、プロトコルおよび試薬は変形が可能であるため、本発明がそれらに限定されないことが理解されるべきである。本明細書に用いられる用語法は、特定の実施形態のみを説明するためのものであって、本発明の範囲を限定しようとするものではなく、それらは添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることもまた理解されなければならない。別途定義しない限り、本明細書で用いられるすべての学術用語は、当業者によって一般に理解される意味と同じ意味を有する。
以下では、本発明の要素を説明する。これらの要素を特定の実施形態と共に挙げるが、付加的な実施形態を作成するために、任意の様式かつ任意の数で該要素を組み合わせることができることを理解すべきである。様々に記載された実施例および好ましい実施形態は、明示的に記載された実施形態にのみ本発明を限定するものと解釈されるべきではない。本記載は、明示的に記載された実施形態を任意の数の開示されたおよび/または好ましい要素と組み合わせる実施形態を支持および包含するものと理解されるべきである。さらにまた、本願において記載されたあらゆる要素の任意の並べ替えおよび組み合わせは、文脈上他の意味を示していない限り、本願の記載により開示されているとみなすものとする。
本明細書および添付の特許請求の範囲を通じて、文脈上他の意味に解する必要がある場合を除き、用語"含む(comprise)"および変化形、例えば"含む(comprises)"および"含んでいる(complising)"は、記載された構成要素、整数または工程の包含を意味するが、任意の他の記載されていない構成要素、整数または工程を排除するものではないと理解されよう。用語"からなる(consist of)"は、用語"含む(comprise)"の特定の実施形態であり、その実施形態において、任意の他の記載されていない構成要素、整数または工程は排除される。本発明の文脈において、用語"含む(comprise)"は、用語"からなる(consist of)"を含む。
本明細書のテキストを通じていくつかの文書が引用されている。本明細書に引用した文書のそれぞれ(特許、特許出願、科学出版物、製造業者の仕様書、使用説明書などをすべて含む)は、上記下記にかかわらず、全てが参照により本願に組み込まれる。これらのいずれも、先行発明によってこのような開示に本発明が先行しないと認めるものとして解釈してはならない。
(a)超可変領域2(HV2)をコードする少なくとも1つのポリヌクレオチド配列をランダム化し、
(b)HV2が、対照試料と比較して改変された親和性で目的の抗原に結合し、第2の目的の抗原が、CDR3およびCDR1によって形成されるパラトープによって特異的に結合されるvNARドメインを検出し、(c)(b)のvNARドメインを選択する工程を含む本発明の方法によって、二重特異性vNARドメインが得られることを見出した。従って、本発明の方法は、少なくとも1つのvNARのHV2ドメインをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチド配列をランダム化し、対照試料と比較して改変された親和性を示す第1の目的の抗原と、vNARドメインのCDR3およびCDR1によって形成されるパラトープに結合される第2の目的の抗原とに結合するvNARを検出し、次いで第1の目的の抗原に改変された親和性を示すvNARドメインを選択することを含む。本発明の方法に用いられる用語"vNARドメイン"は、軟骨魚類、例えばサメ、エイおよびガンギエイ、例えばギングリモストマ・サータムまたはC.プラギオスム(C. plagiosum)において見いだされるIgNARに存在するただ1つの単一ドメインによって形成される抗原結合部位のことをいう。本発明によるvNARドメインは、上記のvNARタイプI、vNARタイプIIまたはvNARタイプIVであるか、または例えばKovaleva et al. (2014), Expert Opin Biol Ther. Oct;14(10):1527-39 に開示されているものであることができる。
本発明の方法で用いられるランダム化という用語は、1つまたはいくつかの位置がランダム化されている複数の配列を生じるプロセスのことをいう。いくつかの実施形態において、ランダム化は完全である(即ち、ランダム化位置で全4つのヌクレオチド、A、T、GおよびCが存在しうる)。別の実施形態において、ヌクレオチドのランダム化は、4つのヌクレオチドのサブセットに限定される。ランダム化は、超可変領域2(HV2)をコードするポリヌクレオチド配列の1つまたはいくつかのコドンに使用されることができる。発現されるとき、得られるライブラリーは、1以上のアミノ酸位置が、全20アミノ酸の混合物またはアミノ酸のサブセットを含むことができるHV2集団を生じる。
本発明の一側面において、vNARライブラリーは、例えばOmniscript(登録商標)逆転写キット(Qiagen社)およびOdT-オリゴヌクレオチドを用いて、例えばcDNA合成の鋳型としてのサメからの全RNAから得ることができる。PCR増幅したvNAR産物は、例えば、半合成ライブラリー構築のための出発材料として用いることができる。初期ライブラリーは、例えば、3回連続のPCRステップで得ることができる(例えば添付の実施例または例えば Zielonka, S. et al. (2014) Journal of Biotechnologyを参照のこと)。
本明細書において、"ファージディスプレイ"とは、本発明によるvNARドメイン、または例えば本発明のHV2ドメインを含む融合タンパク質が、バクテリオファージのコートタンパク質に遺伝的に融合され、その融合タンパク質またはペプチドをコードするDNAはビリオン内部に存在するが、ファージビリオンの外部にその融合タンパク質がディスプレイされる選択技術のことをいう。ディスプレイされるタンパク質とそれをコードするDNAとの間のこの物理的結合によって、膨大な数の本発明のvNAR HV2ドメインまたは例えば本発明のvNARドメインを含む融合タンパク質のバリアントのスクリーニングが可能となる。例えば、ファージディスプレイは、先行技術において公知の任意のプロトコル、例えばEngberg et al. (1996) Mol Biotechnol. Dec;6(3):287-310 のプロトコルに従って行うことができる。
一実施形態において、本発明は、本発明のvNARドメインを含む融合タンパク質を提供する。例えば、本発明の融合タンパク質は、FW1-CDR1-FW2-HV2-FW3a-HV4-FW3b-CDR3-FW4の構造のvNARドメインを含むことができる(式中、FWxはフレームワークxを意味し、CDRxは相補性決定領域xを意味し、HV2は、本発明のHV2ドメイン、例えば本発明によるランダム化HV2ドメインを意味する)。本発明のvNARドメインは、例えば、Fcドメインに融合されることができる。本発明の方法において用いられる用語"Fcドメイン"または"Fc領域"は、IgG分子のパパイン消化によって得られる結晶性フラグメントに関連する免疫グロブリン、例えばIgG分子の一部のことをいう。Fc領域は、ジスルフィド結合で連結されたIgG分子の2つのH鎖のC末端側を含む。これは抗原結合活性を有さないが、炭水化物部分ならびに補体およびFc受容体(FcRn受容体を含む)の結合部位を含む。
Fcドメインは、ジスルフィド結合で連結されたIgG分子の2つのH鎖のC末端側を含む。これは抗原結合活性を有さないが、炭水化物部分ならびに補体およびFc受容体(FcRn受容体を含む)の結合部位を含む。"Fcドメイン"は、例えば、天然配列Fc領域およびバリアントFc領域、例えばWO02/094852)に開示されたものならびにFcドメインにおける多くの位置(位置270、272、312、315、356および358を含むがこれに限定されない)において観察された多型を含む。本発明の方法において、用語"Fc"は、単離におけるこの領域または抗体、抗体フラグメントまたはFc融合タンパク質の文脈におけるこの領域を指すことができる。
本発明の一実施形態において、本発明の融合タンパク質はヒトFcドメインまたはその配列変種を含む。従って、本発明の融合タンパク質は、上記のFcドメインまたはその配列変種を含むことができる。本発明のFc-vNAR融合タンパク質のFcドメインの配列変種は、上記のFcドメインと少なくとも80%、85%、90%、95%または98%同一であり、あるいは約92%〜約98%、例えば92%、93%、94%、95%、96%、97%または98%同一である。本発明のFc融合タンパク質の配列類似性は、前述のように算出することができる。配列類似性は、Fcドメインのアミノ酸配列の全長に関して算出することもできるが、長さ10〜200アミノ酸または110〜190アミノ酸または120〜180アミノ酸または130〜170アミノ酸または140〜160アミノ酸または10〜100アミノ酸または20〜90アミノ酸、30〜80アミノ酸、40〜70アミノ酸、50〜60アミノ酸のアミノ酸配列、例えば長さ約15〜55アミノ酸、または長さ約25〜115アミノ酸または長さ約35〜95アミノ酸または長さ約45〜85アミノ酸または長さ約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、32、34、35、36、37、38、39、40、42、46、48、51、54、56、57、59または60アミノ酸のアミノ酸配列の任意の部分または位置に関して算出することもできる。
一実施形態において、本発明の融合タンパク質は、in vivoで第1および第2の目的の抗原に結合するとき、例えば、本発明の二重特異性融合タンパク質が、腫瘍または癌細胞の第1および第2の抗原、例えば上記の癌細胞表面抗原が結合するときADCCを誘導する。本発明の融合タンパク質に用いられる用語ADCC(抗体依存性細胞傷害)とは、免疫系のエフェクター細胞が、特異的抗体によって膜表面抗原が結合された標的細胞を活発に溶解する細胞性免疫防御機構のことをいう。ADCCは、例えば、NK細胞上に発現されるCD16(FcγRIII)の抗体Fcドメインへの結合によって媒介される(例えばClynes et al. (2000) Nature Medicine 6, 443-446 を参照のこと)。ADCCは、例えば、CD16へのFcドメインの結合に影響を及ぼす、Fcドメインにおけるアミノ酸置換によって改変されることができる。例えば、Shields et al. (J Biol Chem 9(2), 6591-6604 (2001)) は、Fc領域の位置298、333、および/または334(残基のEUナンバリング)におけるアミノ酸置換がADCCを改変することを見出した。また、Fc受容体結合およびエフェクター機能の増加は、例えば、Fc領域のグリコシル化を改変することによって得ることができる。FcドメインのAsn297に結合した2つの複合分枝糖鎖(complex biantennary oligosaccharide)は、一般的にはCH2ドメイン間に埋もれ、ポリペプチド骨格と接触しているが、それらの存在は、抗体がADCCを含むエフェクター機能を媒介するために必須である(Lifely et al., Glycobiology 5, 813-822 (1995); Jefferis et al., Immunol Rev 163, 59-76 (1998); Wright and Morrison, Trends Biotechnol 15, 26-32 (1997))。例えば、二分岐(bisected)オリゴ糖の生成を触媒するグリコシルトランスフェラーゼであるβ(1,4)-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼIII(GnTIII)の過剰発現は、抗体のin vitro ADCC活性を顕著に増加させる。従って、例えば、本発明の融合タンパク質の産生に用いる細胞株におけるGnTIIIの過剰発現は、二分岐オリゴ糖が富化した本発明の融合タンパク質を生じることができ、これらはまた一般にフコシル化されていず、ADCCの増加を示すことができる。
酵母表面ディスプレイの挿入フラグメントの生成のために、出発材料として、EpCAM特異的バインダー5005(EpCAM-specific binder5005)からのプラスミドDNAを用いた。PCR反応を並行して2つ行ってDNAフラグメントを2つ生成させ、これらを3回目のPCRの出発材料として用いた(図11参照)。PCR条件は以下の通りとした。92℃で30分、[92℃で30分、52℃で30分、72℃で30分]を30サイクル、次いで72℃で5分間。3回目のPCRのために、フラグメントAとフラグメントB(図11参照)を等モル比(それぞれおよそ50ng)で混合して鋳型として用いた。前述のPCRランを6サイクル行った後、オリゴヌクレオチドpCT_Seq_upおよびpCT_Seq_loを添加し、ランダム化HV2コード領域を含む最終PCR産物を生成させ、これをライブラリー作成のための挿入材料として用いた。
高い配列多様性を有する酵母ライブラリーの作成のために、Benatuil et al., Protein Eng Des Sel 2010; 23:155-9 のプロトコルに従ってS.セレビシエ(S.cerevisiae)の形質転換を行った。S.セレビシエ株EBY100の終夜培養物を用いて、OD600=0.3までYPD培地100mLに接種し、OD600=1.6の細胞密度に到達するまでインキュベーションを続けた。3000rpmで5分間の遠心分離によって培地から細胞を分離した。さらに進めて、氷水50mlで2回、エレクトロポレーション緩衝液で1回細胞を洗浄し、次いでリチウム緩衝液20ml中、30℃、180rpmで振盪しながら酵母細胞のコンディショニングを行った。エレクトロポレーション緩衝液を用いる最後の1回の洗浄工程後に、細胞ペレットをエレクトロポレーション緩衝液100〜200μlに再懸濁し、最終容量1mlにして氷上に保存した。
SGCAA培地:2%(w/v)ガラクトース、0.17%(w/v)酵母窒素源、0.5%(w/v)カザミノ酸、0.5%(w/v)硫酸アンモニウム、10%w/vポリエチレングリコール8000、38mM Na2HPO4、62mM NaH2PO4・H2O[pH7.4]。
細胞選別実験のために、pCTベクター(実施例2参照)を用いて酵母細胞を形質転換した。サメ抗体バリアントは、ガラクトースプロモーターの制御下にあるベクターにコードされているため、遺伝子発現の誘導は、グルコース含有培地からガラクトース含有SGCAA培地へと培地を変更することによって行うことができた。従って、酵母終夜培養物の対応容量の細胞を沈殿させ(14000U/分;2分間)、OD600=0.5の細胞密度まで振盪フラスコ中の50〜1000ml SGCAA培地に接種し、20℃で少なくとも1日インキュベーションを行った。
SGCAA培地:2%(w/v)ガラクトース、0.17%(w/v)酵母窒素源、0.5%(w/v)カザミノ酸、0.5%(w/v)硫酸アンモニウム、10%w/vポリエチレングリコール8000、38mM Na2HPO4、62mM NaH2PO4・H2O[pH7.4]。
SGCAA培地中で酵母細胞を終夜増殖させてペレット化し、PBSで1回洗浄した。その後、適切な容量の1μM EpCAM中で細胞をインキュベートした。15分後、細胞をPBSで再度洗浄し、CD3ε-ビオチンを加えた(1μM)。30〜60分のインキュベーション後、細胞を再度洗浄した。PE標識抗EpCAM抗体を用いてEpCAM-結合を検出した。CD3ε-結合を、ビオチン化CD3εおよびストレプトアビジン-APCかまたはHisタグ付きCD3εおよびAlexaFlur標識ペンタHis-抗体のいずれか用いて検出した。氷冷しながら5分間第2試薬とのインキュベーションを行った。PBSで繰り返し洗浄した後、酵母細胞を二次元FACS選別(次元A:EpCAM-結合;次元B:CD3ε-結合)にかけた。これと同様に、EpCAMおよびヒトFcに対する二重特異性バインダーを選択するためにスクリーニングを行った。ここでは、Hisタグ付きEpCAMおよびAlexaFlur標識ペンタHis-抗体を用いてEpCAM結合が検出された。PE標識抗ヒト抗体を用いてヒトFcに対する結合が検出された。
MoFlo Cytomation装置を用い、Summit4.3によって解析することによって蛍光活性化細胞選別を行った。この装置は、単一細胞を含有する液滴の蛍光を測定することが可能である。488nmおよび640nmにおける2つのレーザー発光の使用によって、単一酵母細胞上のvNAR表面提示および標的タンパク結合の蛍光強度の平行測定が可能であった。細胞選別手順を開始する前に、選別装置のレーザーを、蛍光標識ビーズを用いて調整した。さらに、解析される細胞含有液滴の位置を決定するために、ドロップディレイ(drop-delay)を行った。各選別ラウンドのために、選別される細胞の蛍光特性を定める選別ゲートをセットした。選別ゲートの設定によって、一般に、抗原の非存在下で対照染色によって判断して、0.1%の偽陽性細胞が見込まれた。
側方散乱:650(LINモード)
FL1:650(Logモード)
FL2:600(Logモード)
FL3:640(Logモード)
プレートの電化:2,500V
イベントレート5,000〜30,000イベント/s
試料圧力:60.1psi
シース圧力:59psi
ノズル直径:70μm
選別モード:Sort Purify1
細胞選別後、すでに選別された細胞の少量部分を解析し、選別効率を決定した。その後、30℃で2日間、細胞をSDCAAプレート上で増殖させ、続いて、次の選別ラウンドのために、次の選別を誘導するために細胞表面提示を誘導した。各選別ラウンドに関してプレート上でインキュベーション後、選別された細胞の10倍過剰を凍結保存のために10%グリセロールに懸濁した。
用いたSDCAA培地:2%(w/v)グルコース、0.17%(w/v)酵母窒素源、0.5%(w/v)カザミノ酸、0.5%(w/v)硫酸アンモニウム、38mM Na2HPO4、62mM NaH2PO4・H2O[pH7.4]。FACS結果を図6、7および9に示す。
Claims (16)
- FW1-CDR1-FW2-HV2-FW3a-HV4-FW3b-CDR3-FW4の構造を有する二重特異性サメ抗体可変ドメイン(vNARドメイン)の製造方法であって、
a)超可変領域2(HV2)をコードする少なくとも1つのポリヌクレオチド配列をランダム化する工程、
b)HV2が、対照試料と比較して改変された親和性で目的の抗原に結合し、第2の目的の抗原が、CDR3およびCDR1によって形成されるパラトープによって特異的に結合されるvNARドメインを検出する工程、
c)b)のvNARドメインを選択する工程、
を含む前記方法。 - vNARドメインが、vNARタイプI、vNARタイプIIまたはvNARタイプIVの1つである、請求項1に記載の方法。
- vNARをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチドに含まれるHV2領域をコードするポリヌクレオチドのランダム化が、コドンベースのランダム化、NNBランダム化、NNKランダム化、NNSランダム化または偏りのあるランダム化を含む、請求項1または2に記載の方法。
- HV2ドメインをコードするポリヌクレオチド配列がヌクレオチド配列NNN1(NNN)7NNN9(配列番号1)を含み、前記ヌクレオチド配列において
- 位置1のコドンの50%がアミノ酸リジンをコードし、残りの50%がシステイン以外の任意のアミノ酸をコードし、
- コドン2〜8が任意のアミノ酸をコードすることができ、
- 位置9のコドンの50%が、アミノ酸トレオニンをコードし、残りの50%がシステイン以外の任意のアミノ酸をコードする、
請求項1〜3のいずれか1つに記載の方法。 - 第1抗原に対して対照試料に比較して改変された親和性を示すvNARが、酵母表面ディスプレイ、ファージディスプレイ、哺乳動物ディスプレイまたはタンパク質アレイの1つによって検出および/または選択される、請求項1〜4のいずれか1つに記載の方法。
- vNARが、検出可能なタグをさらに含む、請求項1〜5のいずれか1つに記載の方法。
- 検出可能なタグが、vNARのアミノ末端および/またはカルボキシ末端に位置する、請求項1〜6のいずれか1つに記載の方法。
- vNARの検出および/または選択が、フローサイトメトリー、FACS、ELISAまたはマイクロフルイディクスによって行われる、請求項1〜7のいずれか1つに記載の方法。
- 第1および第2の目的の抗原が細胞表面抗原であるか、または癌細胞表面抗原である、請求項1〜8のいずれか1つに記載の方法。
- 請求項1〜9のいずれか1つに記載の方法によって製造されるvNAR。
- 請求項10に記載のvNARをコードするポリヌクレオチド配列を含むベクター。
- 請求項11に記載のベクターを含む宿主細胞。
- 請求項1〜9のいずれか1つに記載のvNARタンパク質の製造方法であって、
-vNARのタンパク質発現に十分な条件下で請求項12に記載の少なくとも1つの宿主細胞を培養する工程、
-前記vNARタンパク質を分離精製する工程、
を含む前記方法。 - 配列番号2のアミノ酸配列を含む二重特異性vNAR。
- 1以上の請求項10記載のvNARドメインを含む融合タンパク質であって、血清アルブミンに融合しており、前記1以上のvNARドメインが血清アルブミンのアミノ末端、カルボキシ末端、またはアミノ末端およびカルボキシ末端に融合している、前記融合タンパク質。
- 請求項10に記載の二重特異性vNARタンパク質と前記vNARを検出する手段とを含むキット。
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