JP6490006B2 - アッセイを設計し、開発し、共有するためのシステムおよび方法 - Google Patents

Description

本発明は、一般に、実験的アッセイの設計、開発、実行、分析、および共有に関するものである。より詳細には、本明細書において説明される本技法は、システムを提供し、そのシステムによって科学者やエンジニアは、グラフィカルユーザインターフェースを使用して開発、実行、および分析を可能にするソフトウェアプラットフォームを使用するアッセイを生成することができる。ファイルは、ソフトウェアを使用して共有され得、協力、ドキュメンテーション、および改良された生産性を可能にさせる。

多くの研究室や健康管理の人員は、現在、紙のノートおよび汎用のオフィスソフトウェアを使用してアッセイ（実験）を行う。残念なことに、利用される現在のシステムは、アッセイを設計、開発、評価、実行、最適化、分析、および共有するための統一されたシステムを可能にしていない。

多くの科学者は、方法の組み合わせを使用してそれらのプロトコルを記憶し、プロトコルを生成し結果を共有するために紙の文書に大きく頼っている。これは、ノートが紛失した場合、ファイルが行方不明である場合、および注記が他人によって誤解された場合に、いくつかの問題を引き起こす。その上、厳格な規制指針が監査を要求し、そこでは手書き文書に対して検索機能がないので、特定のプロトコルを見付けることが、不可能ではないにしても、困難であり得る。

科学者は、彼らのアッセイを設計し開発する際、彼らは、地元の図書館およびワールド・ワイド・ウェブによって利用可能な文献を検索することが多い。彼らは、多くの場合、彼らの独自のアッセイプロトコルを構築するための試みにおいて、大量のプロトコルに目を通す必要がある。この処理は、時間集約的であり、アッセイが一旦開発されると、簡単な数学的エラーが、信頼できないデータを結果としてもたらす。その上、アッセイの変動は、必要とするパラメータ全ての文書化の欠如に起因し得る。

本明細書に開示される技法は、ユーザが、ユーザのカスタマイズ化が完全にできる統一されたプラットフォーム上でアッセイを迅速に設計し開発することを可能にし、さらに、全てのプロトコル、手順、および構成要素の均一で信頼できるドキュメンテーションを可能にするシステムを提供する。グラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）を通して表示され得る要素や操作のライブラリから成るシステムは、種々の属性、パラメータ、およびカスタムプラグインを追加することによってカスタマイズされる。要素、操作、およびプラグインは、ソフトウェアが提供されるかユーザによって生成される構成要素のライブラリから利用可能である。これらのライブラリ構成要素はまた、他のユーザまたは技術プロバイダによって提供され得、ユーザが、彼らのアッセイプロトコルを容易に実装すること、あるいは構成要素をユーザの新たなプロトコルに統合することを可能にする。その上、前に使用された構成要素は、ドラッグ・ドロップＧＵＩインターフェースによって新たなアッセイ設計に追加され得、そこで、ドキュメンテーションの繰り返しの必要性無しに属性が更新される。これは、ユーザに非常に高い効率をもたらす。

開示される主題は、アッセイが１組のユーザ間で容易に共有され得るように、アッセイを電子的に定義し、確認するためのコンピュータ化された方法を含む。コンピュータ化された方法は、コンピューティングデバイスによって、データベース内に、（１）１セットのユーザが選択可能な要素データオブジェクトであって、各要素データオブジェクトが、１つまたは複数のアッセイにおいて使用され得る物理的構成要素を定義する、要素データオブジェクトと、（２）１セットのユーザが選択可能な操作データオブジェクトであって、各操作データオブジェクトが、１つまたは複数のアッセイについて１セットの要素データオブジェクトからの１つまたは複数の要素データオブジェクトのために行われ得る活動を定義する、操作データオブジェクトと、（３）１つまたは複数のアッセイのうちの各アッセイについて、１セットの要素データオブジェクトからの関連付けられたセットの要素データオブジェクトおよび１セットの操作データオブジェクトからの関連付けられたセットの操作データオブジェクトが、有効なアッセイを定義するかどうかを決定するために使用され得る１つまたは複数のアッセイのための１セットの確認規則と、を記憶することを含む。コンピュータ化された方法は、コンピューティングデバイスによって、候補アッセイ仕様について、（１）１セットの要素データオブジェクトからの第１のセットの要素データオブジェクト、および（２）１セットの操作データオブジェクトからの第１のセットの操作データオブジェクトであって、第１のセットの操作データオブジェクトからの各操作データオブジェクトが、第１のセットの要素データオブジェクトからの要素データオブジェクトのうちの１つまたは複数について行うための活動を定義する、第１のセットの操作データオブジェクトを選択することを示すデータを受信することを含む。コンピュータ化された方法は、コンピューティングデバイスによって、受信されたデータに基づいて候補アッセイ仕様を生成することを含み、候補アッセイ仕様は、第１のセットの要素データオブジェクトおよび第１のセットの操作データオブジェクトを含む。コンピュータ化された方法は、コンピューティングデバイスによって、候補アッセイ仕様が有効であるかを決定するために候補アッセイ仕様について第１のセットの要素データオブジェクトおよび第１のセットの操作データオブジェクトを確認することを含む。コンピュータ化された方法は、コンピューティングデバイスによって、アッセイデータファイルが１組のユーザ間で共有され得るように、第１のセットの要素データオブジェクトおよび第１のセットの操作データオブジェクトを含む候補アッセイ仕様についてアッセイデータファイルを生成することを含む。

いくつかの実施形態では、コンピュータ化された方法は、候補アッセイ仕様のためのステップごとの実行指示を生成することを含み、各ステップは、第１のセットの要素データオブジェクトからの１つまたは複数の物理的構成要素、および１つまたは複数の物理的構成要素上で行うために、１セットの操作データオブジェクトからの、１つまたは複数の活動を列挙する。コンピュータ化された方法は、ステップごとの実行指示からの第１のステップを表示すること、第１のステップの完了を示すデータを受信すること、および第１のステップの完了タイムスタンプを記録することを含む。

いくつかの実施形態では、アッセイデータファイルを生成することは、サブセットの候補アッセイ仕様だけを共有する要求を示すデータを受信することを含む。コンピュータ化された方法は、第１のセットの要素データオブジェクトからのサブセットの要素データオブジェクトであって、サブセットの候補アッセイ仕様と関連付けられたサブセットの要素データオブジェクトと、第１のセットの操作データオブジェクトからのサブセットの操作データオブジェクトであって、サブセットの候補アッセイ仕様と関連付けられたサブセットの操作データオブジェクトと、を含む省略されたアッセイデータファイルを生成することを含む。

いくつかの実施形態では、アッセイデータファイルを生成することは、１つまたは複数のユーザプロファイル属性に基づいてアッセイデータファイルを共有する要求を示すデータを受信することと、１つまたは複数のユーザプロファイル属性に基づいて協力グループを生成することと、協力グループとアッセイデータファイルを共有することと、協力グループにおける１人または複数人のグループメンバーによってアッセイデータファイルのいくつかのビューを記憶することと、を含む。

いくつかの実施形態では、要素データオブジェクトによって定義された物理的構成要素を購入する要求を示すデータが受信され、要素データオブジェクトは、物理的構成要素の販売業者を示すデータを含み、注文要求が、物理的構成要素のために販売業者に送信される。

いくつかの実施形態では、候補アッセイ仕様を生成することは、選択された第１のセットの要素データオブジェクトおよび第１のセットの操作データオブジェクトのグラフィカル表現を、テキストをベースとしたアッセイデータファイルに変換することを含む。

いくつかの実施形態では、第２のアッセイデータファイルをロードする要求を示すデータが受信され、第２のアッセイデータファイルのグラフィカル表現が生成される。

いくつかの実施形態では、本明細書において説明される技法は、迅速な文書化を可能にし、そこで、結び付けられた要素、操作、およびプラグイン属性が、ユーザによって更新され、トランザクションログファイルによって全詳細報告を生成する。

いくつかの実施形態では、本明細書において説明される技法は、ユーザが、実行された手順、使用された構成要素の全アッセイトランザクションファイルを瞬時に生成し、関連データを添付することを可能にする。デジタル署名および立会人署名がまた、規制順守または知的財産（ＩＰ）保護を維持する目的のために可能にされ得る。

その上、このトランザクションファイルは、ユーザまたは管理者が、クエリパラメータに基づいて全アッセイを検索することを可能にする。例えば、ある試薬が汚染されていることが分かった場合、単純なクエリが、影響を受ける可能性のあるアッセイの全てを取り出すことができる。それは、関係するユーザの名前、行われた時間、位置、および追加的な特殊情報を提供することができる。これらの潜在的な利益は、潜在的に不正確なデータを識別し、それに対処することに役立ち得る。

例えば、世界的なチームのメンバーが異常な結果を体験している場合、検索モジュールは、潜在的な根本原因を探し出すために、共通構成要素がこれらのユーザによって使用されているかを決定するために使用され得る。

加えて、いくつかの実施形態において、本明細書において説明される技法は、ユーザが、他のグループメンバーが、プロトコルをダウンロードし、彼ら自身の目的のためにそれらを繰り返すか修正することができるネットワーク上で、全てのアッセイ設計、プロトコル、データ、および結果を共有することを可能にする。ネットワークは、企業のイントラネット上に、またはユーザと世界的に共有するためにワールド・ワイド・ウェブ上にあり得る。

ユーザは、所望の部分だけが他人と共有されるように、彼／彼女が共有することを望むアッセイの構成要素を選択することができる。いくつかの場合において、監督者または管理者の承認が、共有のために要求され得る。

ユーザおよび技術プロバイダは、効果的に協力し、カスタムライブラリ構成要素を生成することができ、新たなプロトコル、試薬、ならびに、また、プラグインやＡＰＩモジュールを使用するソフトウェアによって操作され得る新たな研究室機器のためのデバイスドライバをそれらが共有することを可能にする。

いくつかの実施形態では、本明細書において説明される技法は、デスクトップ、ラップトップ、サーバ、モバイルおよびタブレットデバイスを含む複数のデバイス上で使用され得る。これは、ユーザが、彼らのデスクで彼らのアッセイを設計し、（例えば）タブレットデバイスから研究室内で彼らのアッセイを完了することを可能にする。これは、オフィスから研究室に移動し、また、オフィスに戻って汚染の機会を与える、現在の研究室ノートに起因する二次汚染を防ぐ。

一般に、ソフトウェアは、アッセイの設計、開発、実行、データ管理、記憶、および共有のための万能ツールを生成することによって、科学者、エンジニア、技術者、および健康管理プロバイダのためのエコシステムならびにソーシャル・コラボレーション（協力）・ネットワークを生成することができる。これは、３つの主な種類のユーザ、すなわち、ユーザ、組織（地域社会）、および国際社会の利益になる。

ソフトウェアは、要素、操作、プラグイン、および／またはデータを含むようにアッセイを定義する。それは、物（例えば、フラスコ、細胞、デバイス、消耗品など）であるとして要素を定義し、これらの要素上で行われること（例えば、分配、吸引、インキュベートなど）として操作を定義する。注記／観察、中間結果、および最終結果は、データを構成する。その上、全ての要素および操作は、予め定義され得るか更新され得る属性であって、ユーザによってカスタマイズされ得る属性を有する。プラグインは、追加パラメータを要求し得る、また、テンプレート（例えば、マイクロプレートテンプレート）として記憶され得るカスタマイズされたオブジェクトを含む。要素、操作、およびプラグインの組み合わせは、データの生成を可能にする。

ある特定の実施形態のアッセイを設計するためのネットワークアーキテクチャ例の例となるブロック図である。 ある特定の実施形態のアッセイを設計するためのアプリケーションソフトウェアの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のライブラリモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のアッセイ設計モジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のアッセイプラグインモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のウィザードモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態の要素モジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態の操作モジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のデータモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態の検索モジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のトランザクションログモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のアッセイプレイヤモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のアカウントモジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態のデータ分析モジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態の電子商取引モジュールの例となるアーキテクチャブロック図である。 ある特定の実施形態の、新たなアッセイを生成し、チームまたは国際社会と新たなアッセイを共有するための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、新たなアッセイを生成し、チームまたは国際社会と新たなアッセイを共有するための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、既存のアッセイに基づいて新たなアッセイを生成し、チームまたは国際社会と新たなアッセイを共有するための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、既存のアッセイに基づいて新たなアッセイを生成し、チームまたは国際社会と新たなアッセイを共有するための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、所与の時間にアッセイを設計し、後の時間にデータをアッセイプロジェクトに追加し、チームまたは国際社会とアッセイを共有するための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、所与の時間にアッセイを設計し、後の時間にデータをアッセイプロジェクトに追加し、チームまたは国際社会とアッセイを共有するための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、アッセイを設計し共有し、他のユーザにアッセイプロジェクト、テンプレート、または構成要素をダウンロードし、ダウンロードされたアッセイの上に構築する機会を作るための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、アッセイを設計し共有し、他のユーザにアッセイプロジェクト、テンプレート、または構成要素をダウンロードし、ダウンロードされたアッセイの上に構築する機会を作るための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、要素、操作、およびプラグインを含むプロジェクトならびに構成要素として、それらの関連付けられた属性と共にアッセイを記憶し、任意のクエリパラメータに基づいてアッセイ、ユーザ、および構成要素の検索を可能にするための例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、例となる処理であって、それによって、試料細胞をベースとしたアッセイワークフローがさまざまなステップを伴う、例となる過程を例示する。 ある特定の実施形態の、例となる処理であって、それによって、試料細胞をベースとしたアッセイワークフローがさまざまなステップを伴う、例となる処理を例示する。 ある特定の実施形態の、図２１Ａおよび２１Ｂに説明されたるアッセイ例を使用する例となる過程ならびにアッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、図２１Ａおよび２１Ｂに説明されるアッセイ例を使用する例となる過程ならびにアッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、図２１Ａおよび２１Ｂに説明されるアッセイ例を使用する例となる過程ならびにアッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、図２１Ａおよび２１Ｂに説明されるアッセイ例を使用する例となる過程ならびにアッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、アッセイを生成するための例となるグラフィカルユーザインターフェースを例示する。 ある特定の実施形態の、属性インターフェースを含む、アッセイを生成するための例となるグラフィカルユーザインターフェースを例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、例となるトランザクションログファイルの一部分を例示する。 ある特定の実施形態の、プラグインのためのソフトウェアプラグインインターフェースを含む、アッセイを生成するための例となるグラフィカルユーザインターフェースを例示する。 ある特定の実施形態の、例となる論理的アッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、例となる論理的アッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、例となる論理的アッセイワークフローを例示する。 ある特定の実施形態の、例となる論理的アッセイワークフローを例示する。

図１は、本明細書において説明される現在の技法の概要として、アッセイを設計し、開発し、評価し、実行し、最適化し、分析し、および／または共有する能力をもたらすことができるネットワークアーキテクチャ例のブロック図である。システムは、ワイドエリアネットワークおよびローカルエリアネットワークを通して相互にやりとりするアプリケーションソフトウェア（１１０）、ライブラリサーバイントラネット（１２０）、メインライブラリサーバエクストラネット（１３０）、ユーザ（１４０）、管理者（１５０）、認証サーバ（１６０）、および販売業者（１７０）を含む。アプリケーションソフトウェア（１１０）は、ユーザ（１４０）にアッセイおよびデータを設計し、評価し、実行し、分析し、共有する能力を与える。管理者（１５０）は、ユーザ（１４０）を管理し、許可、規則を設定し、ユーザ（１４０）によって生成されたアッセイを検討することができる。認証（１６０）は、どのようにユーザ（１４０）が種々のネットワークや関連するサーバと相互やりとりすることができるかについて制御することができる。ライブラリサーバイントラネット（１２０）は、ユーザ（１２０）が、グループ内の他のユーザと種々のアッセイをアップロードしダウンロードすることを可能にする。メインライブラリサーバエクストラネット（１３０）は、ユーザが、国際社会における他のユーザと種々のアッセイをアップロードしダウンロードすることを可能にする。販売業者（１７０）は、ユーザ（１４０）が電子商取引機能を含み得る通知システムを通してアッセイまたは構成要素を要求するか購入することを望めば、通知され得るアッセイおよび構成要素の商業供給業者であり得る。

本明細書において説明される技法は、独立型のデバイスの一部分のようなソフトウェアアプリケーション（１１０）として実現され得、あるいは、イントラネットネットワークサーバ（１２０）に付属され得、また、ワールド・ワイド・ウェブ（１３０）に付属されてもよい。（複数の）ユーザは、それらの自身のデバイス上にあるいはネットワーク経由で遠隔的にインストールされたソフトウェアを使用することができる。これは、ユーザが、１つの位置（例えば、自宅またはオフィス）におけるデバイス上のソフトウェアを使用して、離れた位置（例えば、研究室）における別のデバイス上のソフトウェアにアクセスすることを可能にする。これはまた、ユーザが、それらのイントラネット（１２０）サーバ上に記憶されるアッセイ構成要素を共有すること、あるいは、メインライブラリサーバ（１３０）を使用してワールド・ワイド・ウェブ経由で他のユーザと世界的にそれらを共有することを可能にする。メインライブラリサーバ（１３０）は、協力を可能にし、また、ユーザが見たり、ダウンロードしたり、あるいは購入を要求したりすることができる商業構成要素を含有する。技術提供業者および販売業者（１７０）は、アッセイおよび他の構成要素をメインライブラリサーバ（１３０）に追加することができ、ユーザにそれらを購入させてまたは無料で利用可能にさせ得る。メインライブラリサーバ（１３０）はまた、ソフトウェアが紛失したか盗まれた場合には、ライセンシングシステムによってソフトウェアの無許可の使用からの保護を可能にする。管理者バージョンのソフトウェア（１５０）は、ユーザ、権利、およびユーザ（１４０）の権限を制御し、ソフトウェアが紛失したか盗まれた場合には、グループイントラネット（１２０）へのアクセスを許可するか禁止し、あるいは、メインサーバ管理者（１３０）と連絡を取ることができる。その上、メインライブラリサーバ（１３０）は、例えばアッセイのダウンロードおよび／または検討などの統計情報を製作者ならびに／あるいはユーザに提供し得る。さらに、アッセイの製作者は、それを検討および／またはダウンロードすることができ得る者を指定してもよい。例えば、国際社会とアッセイを共有する者は、ある特定の個人、グループ、または事業体と権限を共有することを指定することができ得る。その上、各ユーザは、検索関連性における使用のためにユーザによって指定された属性を含有するユーザプロファイルを生成し得る。

図２は、ライブラリモジュール（２００）、アッセイ設計モジュール（２０５）、アッセイプラグインモジュール（２１０）、ウィザードモジュール（２１５）、要素モジュール（２２０）、操作モジュール（２２５）、ＡＰＩモジュール（２３０）、データモジュール（２３５）、検索モジュール（２４０）、トランザクションログモジュール（２４５）、アッセイプレイヤモジュール（２５０）、アカウントモジュール（２５５）、データ分析モジュール（２６０）、および電子商取引モジュール（２６５）を含有するアプリケーションソフトウェア（１１０）のアーキテクチャブロック図である。アプリケーションソフトウェアモジュール（１１０）は、例えばイントラネットネットワークライブラリ（１２０）、認証（１６０）、およびエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）などの遠隔コンピュータへの論理的接続を用いたネットワーク化された環境にあり得る。イントラネットネットワークライブラリ（１２０）は、要素ライブラリ、アッセイライブラリ、データライブラリ、およびアッセイプラグインライブラリを含有し得る。認証（１６０）は、ユーザ認証、権利、および権限を含む。エクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）は、要素ライブラリ、アッセイライブラリ、データライブラリ、およびアッセイプラグインライブラリを含有し得る。

アプリケーションソフトウェア（１１０）は、リポジトリとして機能するライブラリモジュール（２００）を含むいくつかのモジュールから成る。アッセイソフトウェアテンプレート、構成要素、およびデータファイルは、ライブラリモジュール（２００）内に記憶される。アッセイ構成要素は、要素、操作、プラグイン、およびデータを含む。これは、図３により詳細に示される。

アッセイ設計モジュール（２０５）は、ライブラリモジュール（２００）から要素、操作、プラグイン、およびデータを含む構成要素をコピーしてロードすることによってアッセイ設計の生成を可能にする。あるいは、既存のアッセイが、アッセイ設計モジュール（２０５）にコピーされインポートされ得、新たなアッセイを開発するように修正され得る。さらに、アッセイは、設計され得、ライブラリ内に記憶され得、次いで、データファイルが追加され得る後の時間に取り出され得、行われ得る。更なる詳細が、図４に提供される。アッセイ設計モジュール（２０５）は、迅速なアッセイ設計を可能にするドラッグ・アンド・ドロップ・インターフェースを提供するグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）を有し、そこで、ユーザは、予め定義されたパラメータを使用することができ、次いで、そのパラメータは、特定のアッセイについて更新され得る。更なる詳細が、図４に提供される。その上、アッセイ設計モジュール（２０５）は、プラグインの使用を可能にする。

アッセイプラグインモジュール（２１０）は、システムとのプラグインの相互やりとりを可能にする。プラグインは、ライブラリモジュール（２００）からコピーされ、アッセイ設計モジュール（２０５）にロードされ、アッセイプラグインモジュール（２１０）によって更新される。プラグインは、限定されるものではないが、マイクロプレートテンプレート、ＤＮＡゲル電気泳動、ウェスタンブロット、測定器制御インターフェースなどを含む、さまざまなアッセイおよび構成要素（図５を参照）について生成され得る。プラグインはまた、アッセイ設計と実際に行われる実験との間の直接相互やりとりを可能にする。

ウィザードモジュール（２１５）は、アッセイパラメータのエラー検査を提供する。ウィザードモジュール（２１５）がまた、ロードされているアッセイから独立した独立型の操作のために使用され得る。例えば、ユーザは、ソフトウェアを呼び出し得、例えば、所望の濃度を実現するために溶質に追加する溶媒の量などの要求に応じた計算を行うためにウィザードインターフェースを使用し得、ある特定のアッセイを実施するための規則などを検討し得る。これは、アッセイ設計なしで行われ得る。その上、アッセイ設計の任意の時点で、ユーザは、ウィザードモジュール（２１５）を呼び出すことを選び得る。このモジュールは、アッセイパラメータが正しいかどうかを決定するために特定要素、操作、およびプラグイン（必要とされる場合）から属性を引き出す。例えば、１０μＬの量の２０μＭ濃度の物質を含有するウェルに１０μＬの緩衝液を追加することは、１０μＭの濃度を有する２０μＬの最終量を結果としてもたらす（したがって、これを維持しないアッセイは、大体、１つまたは複数のエラーを含有する）。ウィザードモジュール（２１５）は、所望のアッセイパラメータが適合されているかを決定するために関連付けられた操作の前や後に、要素を比較する数学エンジンならびに／あるいは他の関連ソフトウェアを含有する。ウィザードモジュール（２１５）はまた、アッセイを確認するために、カスタムパラメータ、例えば規則などを含有し得る。例えば、ユーザは、細胞継代数が１０を超える細胞がアッセイにおいて使用されることを防ぐことを選び得る。ユーザが、１０を超える細胞継代数を入力する場合、ウィザードモジュール（２１５）は、使用される細胞継代数が限界設定を超えるという応答を表示することになる。これは、実験結果を不正確にし得る、代償の大きな計算間違いや実験的設計の悪さを回避する。ウィザードモジュールについての更なる詳細が、図６に提供される。

要素モジュール（２２０）は、要素名および要素属性を定義する。それはまた、特殊属性を備える新たな要素を生成し、それらをライブラリモジュール（２００）に追加するために使用され得る。要素は、アッセイにおける構成要素であって、その上で操作が行われる、アッセイにおける構成要素であり得る。例えば、細胞培養フラスコは要素であり得る。この要素の属性は、例えば、フラスコ容積、製造業者、型番号などのパラメータを含むことができる。要素モジュール（２２０）についての更なる詳細が、図７に提供される。要素は、アッセイプロジェクトを生成するために操作、プラグイン、およびデータファイルと組み合わされ得る。

操作モジュールは、操作名および操作属性を定義する。それは、特定の属性を有する新たな操作を生成し、それらをライブラリモジュール（２００）に追加するために使用され得る。操作は、例えば、液体の分配、インキュベーションなどのタスクである。操作は、要素、プラグイン、およびデータ上で行われ得る。操作は、例えば、ある特定の量の液体の分配またはある特定の温度における一定時間にわたるインキュベーションなどの特定の属性を有し得る。操作モジュール（２２５）についての更なる詳細が、図８に提供される。

ＡＰＩモジュール（２３０）は、ソフトウェアが他のソフトウェアと相互やりとりすることを可能にする。コマンドを他のソフトウェアに送信するか他のソフトウェアから受信するＡＰＩ呼び出しが行われ得る。あるいは、ＡＰＩモジュール（２３０）は、アッセイソフトウェアが他のソフトウェアから応答を受けることを可能にし得る。一例は、ソフトウェアによって決定されるように、ある特定のタスクを完了した後に応答を送信し戻す研究室において操作するデバイスであろう。ＡＰＩモジュールは、他の既存のソフトウェアやデバイスとのソフトウェアの統合を可能にする。

データモジュール（２３５）は、ユーザが、データ、例えば中間および／または実験結果などをソフトウェアにロードすることを可能にする。データは、多くの形式であり得、ソフトウェアは、データを解析し得、それをライブラリモジュール（２００）に記憶し得る。中間データ、例えばアッセイにおいて任意の時点に生成されたデータなどは、統合され得る。データモジュール（２３５）についてのより多くの情報は、図９に提供される。データが追加された後、それは、データ分析モジュール（２６０）による分析のために操作され得る。

検索モジュール（２４０）は、ライブラリモジュール（２００）内の検索を可能にするか、あるいは、例えばイントラネットネットワークライブラリ（１２０）およびエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）などのネットワーク上の外部ライブラリ内の検索を可能にし得る。検索モジュール（２４０）がまた、例えば、特定の要素、操作、プラグイン、またはデータを利用するアッセイの数を決定するためなどの、さまざまな目的のために管理者によって使用され得る。例えば、要素（例えば、試薬）が汚染されていることが分かった場合、検索モジュール（２４０）は、アッセイ、ユーザ、データ、タイムスタンプ、および特定の試薬の使用によって影響を及ぼされた可能性があるものなどのリストを提供し得る。検索モジュール（２４０）についての更なる情報は、図１０に示される。検索モジュール（２４０）はまた、特定ユーザおよびアッセイ情報を提供するためにトランザクションログモジュール（２４５）によって生成されたトランザクションログファイルに索引を付ける。

トランザクションログモジュール（２４５）は、ユーザによって行われた全てのステップ、アッセイ、手順などのログを取る。ログは、（限定されるものではないが）要素、操作、属性、プラグイン、データ、および行われたデータ分析のリストを含有する。トランザクションログモジュール（２４５）はまた、医薬品安全性試験実施基準（ＧＬＰ）およびドキュメンテーションのために重要であり得るタイムスタンプ、ユーザ署名、および立会人副署を含有する。トランザクションログモジュール（２４５）は図１１により詳細に示され、１つの可能な例は図２５に示される。

アッセイプレイヤモジュール（２５０）は、アッセイ設計モジュール（２０５）において生成されるようなアッセイ設計のステップごとの再生装置である。アッセイは、デスクで設計され得、次いで、研究室に持ち込まれ得、単一ユーザが、（例えば、ユーザが１つのステップから別のステップを一旦クリックすると）各ステップで注記やタイムスタンプ追加されて、アッセイをステップごとに行うためにアッセイプレイヤモジュール（２５０）を使用することができる。アッセイプレイヤモジュール（２５０）についての更なる詳細が、図１２に示される。

アカウントモジュール（２５５）は、ユーザ、ライセンス、ソフトウェアバージョン、および更新についての重要な情報を記憶する。アカウントモジュール（２５５）は、認証、トランザクションログファイル、およびシステム更新に含めるためにこの情報を使用する。アカウントモジュール（２５５）についての更なる詳細が、図１３に示される。

データ分析モジュール（２６０）は、データモジュール（２３５）からの生データを使用し、データ分析機能（例えば、グラフ化、プロット化など）を提供する。アッセイからの情報を使用して、データ分析モジュール（２６０）は、ある特定のタスク、例えば、データ点から負の対照値を減算すること、正の対照によって規定されたスケールに対する実験応答のグラフ化などを行うことができる。日常分析機能は、ライブラリに記憶され得、データ分析モジュール（２６０）からユーザによる分析のために呼び出され得る。データ分析モジュールについての更なる詳細が、図１４に提供される。

電子商取引モジュール（２６５）は、ユーザが特定のアッセイ構成要素の販売業者と相互やりとりすることを可能にする。要素、操作、およびプラグインは、ワールド・ワイド・ウェブ（ＷＷＷ）上の外部メインネットワークライブラリ（１３０）から利用可能であるので、販売業者は、ライブラリ内で彼らの製品を列挙し、それらをユーザに利用可能にさせることができ得る。ユーザが彼らのアッセイを設計する際に、彼らは、システムを通して、販売業者から構成要素を統合し、サンプルおよび購入要求を送信し、ならびに／あるいは購入を完了することができる。電子商取引モジュール（２６５）についての更なる情報は、図１５に提供される。

図３は、ライブラリモジュール（２００）のアーキテクチャブロック図であり、要素ライブラリ（３００）、データライブラリ（３１０）、アッセイライブラリ（３２０）、およびアッセイプラグインライブラリ（３３０）を含む。ライブラリモジュール（２００）はローカルデバイス上で利用可能であるが、それはまた、ネットワーク経由でイントラネットライブラリ（１２０）およびメインエクストラネットネットワークライブラリ（１３０）に接続される。各アッセイは、以下の構成要素、すなわち、要素（例えば、ハードウェア、消耗品、試薬など）、操作（例えば、吸引、分配、インキュベートなど）、プラグイン（例えば、マイクロプレートプラグイン）、データ（例えば、ＡＳＣＩＩファイル、写真など）を含有し得、これらの構成要素のそれぞれは、ライブラリモジュール（２００）内に記憶される。これらの構成要素はまた、他の場所に記憶され得るが、ライブラリモジュール（２００）の機能は、アッセイ、データ、およびデータ分析を設計し、実行し、記憶するための構成要素のリポジトリを提供することである。

ライブラリモジュール（２００）は、各構成要素を種類別に記憶する。要素ライブラリ（３００）は、ユーザが選択可能な要素データオブジェクトである、要素の種類のライブラリを含有する。例えば、各要素データオブジェクトは、１つまたは複数のアッセイにおいて使用され得る物理的構成要素を定義する。ハードウェアライブラリは、例えばｐＨ計、マイクロプレートリーダー、およびピペッターなどの要素を含有し得る。消耗品ライブラリは、例えば、組織培養プレート、ピペットチップ、およびフラスコなどの要素を含有する。試薬ライブラリは、例えば、緩衝液、食塩水、および培養媒体などの要素を含有し得る。化合物ライブラリは、例えば小分子などのアッセイに使用される化合物を含有し得る。生物製剤ライブラリは、例えば、細胞株、タンパク質、および抗体などの項目を含有し得る。カスタムライブラリはまた、カスタム要素を記憶するために利用可能である。ライブラリの構造は、ユーザによって修正され得るが、しかしながら、デフォルトのセットの共通構成要素は、ユーザが共通要素を用いて迅速に始めることを可能にし得る。ライブラリモジュール（２００）はまた、アッセイに必要とされる要素を検索するツールとして機能し得る。例えば、ユーザが少量の培養フラスコを必要とする場合、ユーザは、属性または他の値によってそのような要素についてライブラリを検索することができる。

その上、技術製品の販売業者がこれらのライブラリに含めるために支払い得るように、商業およびサンプル製品が、このライブラリに含まれ得る。ソフトウェア更新はまた、新たな項目を含むようにライブラリモジュール（２００）を更新し得る。ライブラリモジュール（２００）はまた、ユーザが、要素、データ、操作、およびアッセイプラグインを共有することを可能にする。ソフトウェアのバージョンに応じて、管理者によって設定されたユーザ許可は、イントラネットネットワークライブラリ（１２０）とのまたはエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）との共有および他の機能を確認するか無効にするための許可を制御し得る。いくつかのバージョンは、これらの機能について許可制御を要求し得ない。

データライブラリ（３１０）は、ライブラリモジュール（２００）内に記憶され得る生データファイルを含み得る。データファイル参照は、他の場所に記憶されたデータファイルへの参照情報である。データパーサーライブラリは、異なるデータ種類についての１組みのパーサーを含有する。パーサーは、データ抽出および操作のために使用され得る。データ分析ファイルは、例えば、グラフ、プロット、およびデータが情報を提供するために操作されているところなどの項目を含む。カスタムファイルはまた、ユーザがデータの記憶に柔軟性を有することを可能にするデータライブラリ（３１０）内に記憶され得る。カスタムファイルは、写真、画像などを含み得る。

アッセイライブラリ（３２０）はまた、ライブラリモジュール（２００）の一部分である。アッセイライブラリ（３２０）は、（例えば、１つまたは複数の要素データオブジェクトについて）アッセイにおいて行われ得る１セットの操作（または活動）を定義するユーザが選択可能な操作データオブジェクトを含む操作ライブラリを含有し得る。プロトコルライブラリは、所与のアッセイにおいて使用される１セットの要素、操作、およびプラグインを含み得る。プロトコルライブラリは、ユーザが、前に行われたアッセイをロードし、新たなアッセイを生成するためにある特定の構成要素を追加、編集、または削除することを可能にする。プロトコルライブラリはまた、グループまたは組織内で共有されることになるイントラネットネットワークライブラリ（１２０）に、あるいは世界的に複数ユーザと共有されることになるエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）と共有され得る。任意選択的に、フリーウェアバージョンのソフトウェアが、限定された機能である特定のファイルを見ることを可能にし得る。アッセイライブラリ（３２０）はまた、ユーザによって行われた所与の実験の全ての要素、操作、プラグイン、および属性を含むファイルであるトランザクションログを含有する。任意選択的に、トランザクションログは、データを含み得る。これらのファイルはまた、署名、立会人署名、タイムスタンプ情報、および他の情報を含有し得る。これらのトランザクションログファイルはまた、ある特定の要素またはある特定の操作を含有する、ユーザによって行われたある特定のアッセイを見付けるために、検索モジュール（２４０）あるいは管理者を使用してユーザによってクエリされ得る。

アッセイプラグインライブラリ（３３０）は、プラグインライブラリおよびテンプレートライブラリを含有する。プラグインライブラリは、ユーザが予め定義されたプラグインと、また、カスタムプラグインとを用いて作業することを可能にするプラグインのリポジトリである。プラグインは、例えば、システムに追加され得るカスタマイズされた要素、操作、またはデータツールであり得る。例えば、プラグインは、特定化された属性を有することができ、特別な能力もしくは特徴をシステムに与えることができ、および／またはソフトウェア内にそれらの独自のインターフェースを有することができる。プラグインは、ソフトウェアについてカスタマイズされた機能を提供する。プラグインは、例えば、測定器制御プラグイン、マイクロプレートプラグインなどに大きく異なり得、また、カスタムプラグインを生成するためにプラグインモジュール（２１０）によって開発され得る。プラグインの１つの例は、マイクロプレートについての特定のウェル、量、および詳細を指定するためのマイクロプレート属性インターフェースを含むマイクロプレートプラグインであろう。マイクロプレートのレイアウトもまた、アッセイが行われたときはいつでもユーザがマイクロプレートテンプレートを選択し、ユーザの時間を節約することができるように、テンプレートライブラリ内にテンプレートとして記憶され得る。その上、全ての他の構成要素と同様に、テンプレートライブラリは、グループまたは組織内で共有されることになるイントラネットネットワークライブラリ（１２０）によって複数ユーザと、あるいは世界的に複数ユーザと共有されることになるエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）と、共有され得る。

アプリケーションソフトウェア（１１０）内の全てのモジュールは、グループまたは組織内で共有されることになるイントラネットネットワークライブラリ（１２０）によって、ローカルにアッセイおよびアッセイ構成要素へのアクセスをユーザに提供するためにライブラリモジュール（２００）と、あるいは世界的に複数ユーザと共有されることになるエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）と、相互やりとりすることができる。

図４は、視覚的アッセイ設計グラフィカルユーザインターフェース（４８８）、ドラッグ・ドロップツールバー（４８９）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（４９０）、属性モジュール（４９１）、関係性結び付けエンジン（４９２）、ウィザード応答インターフェース（４９３）、プラグイン属性エンジン（４９４）、保存／エクスポートエンジン（４９５）、属性インターフェース（４９６）、および操作インターフェース（４９７）を含む、アッセイ設計モジュール（２０５）のアーキテクチャブロック図である。

視覚的アッセイ設計グラフィカルユーザインターフェース（４８８）は、ユーザが、ソフトウェアと相互やりとりし、アッセイファイルを生成し、修正し、編集し、保存することを可能にする。ドラッグ・ドロップツールバー（４８９）は、ユーザが、アイコンを使用して要素、操作、プラグインまたは他の構成要素を選択することを可能にする。アイコンは、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（４９０）を使用してライブラリからワークスペースにドラッグされ得る。要素の属性が、次いで、属性インターフェース（４９６）を有する属性モジュール（４９１）を使用して更新され得、操作属性が、操作インターフェース（４９７）を使用して更新され得、あるいはプラグイン属性が、プラグイン属性エンジン（４９４）を使用して更新され得る。要素、操作、プラグイン、およびデータは、視覚的表現で構成要素間の関係性を生成する関係性結び付けエンジン（４９２）を使用して結び付けられる。ウィザード応答インターフェース（４９３）は、ウィザードモジュール（２１５）からの結果のためのインターフェースを提供する。保存／エクスポートエンジン（４９５）は、ユーザが、アッセイの全てまたは一部分を保存し共有することを可能にする。ユーザは、データと共にあるいはデータ無しである特定の項目を共有することを望み得、保存／エクスポートエンジンは、ユーザが、他人とプロジェクトの全てまたは一部分を共有することを可能にする。図２７は、アッセイ設計論理を取り巻く更なる詳細を提供する。

したがって、いくつかの例では、アッセイ設計モジュールは、ユーザが、候補アッセイ仕様（例えば、ウィザードモジュール２１５を使用してまだ確認されていないアッセイ）について要素、操作、およびプラグインを定義することを可能にする。定義された構成要素は、要素ライブラリ３００内に記憶された１セットの要素データオブジェクトからの１セットの要素データオブジェクトと、アッセイライブラリ（３２０）の操作ライブラリ内に記憶された１セットの操作データオブジェクトからの１セットの操作データオブジェクトと、を含むことができる。含まれる操作データオブジェクトは、アッセイの要素データオブジェクトのうちの１つまたは複数について行うために（複数の）活動を定義することができる。候補アッセイ仕様は、ユーザから受信されたデータに基づいて生成される。

図５は、プラグイングラフィカルユーザインターフェース（５００）、プラグイン属性モジュール（５０２）、ライブラリ構成要素コピー／インポートエンジン（５０４）、プラグイン生成インターフェース（５０６）、プラグインテンプレートインターフェース（５０８）、保存／エクスポートエンジン（５１０）、マイクロプレートモジュール（５１２）、ＤＮＡモジュール（５１４）、タンパク質モジュール（５１６）、薬品モジュール（５１８）、ＲＮＡモジュール（５２０）、細胞モジュール（５２２）、界面活性剤モジュール（５２４）、カスタムモジュール（５２６）、ウィルス学モジュール（５２８）、石油化学モジュール（５３０）、および合成モジュール（５３２）を含み得るアッセイプラグインモジュール（２１０）のアーキテクチャブロック図である。

アッセイプラグインモジュール（２１０）は、ユーザがソフトウェアと相互やりとりすることを可能にするプラグイングラフィカルユーザインターフェース（５００）を有する。例えば、上記のように、プラグインは、特別な属性を有し、特定化された能力を提供でき、および／またはソフトウェア内に独自のインターフェースを有することができる、カスタマイズされた要素、操作、もしくはデータツールである。プラグインは、ソフトウェアにカスタマイズされた機能を提供する。プラグイン属性モジュール（５０２）は、ユーザが、プラグイン属性を編集し更新することを可能にする。プラグイン生成インターフェース（５０６）は、ユーザが、新たなプラグインを生成することを可能にする。プラグインテンプレートインターフェース（５０８）は、ユーザが、プラグインテンプレート（例えば、マイクロプレートテンプレート）と相互やりとりすることを可能にする。さまざまな特定のアッセイとともに使用することを可能にするためにソフトウェア内に予めロードされるさまざまな可能なプラグインがあり得る。マイクロプレートモジュール（５１２）は、特に、マイクロプレートを伴うアッセイのために設計される。ＤＮＡモジュール（５１４）は、ＤＮＡアッセイ（例えば、ＤＮＡ配列決定）とともに使用するために設計される。タンパク質モジュール（５１６）は、タンパク質を伴うアッセイ（例えば、ウェスタンブロット）のために設計される。薬品モジュール（５１８）は、小分子および薬品アッセイとともに使用するために設計される。ＲＮＡモジュール（５２０）は、ＲＮＡを伴うアッセイとともに使用するためのものである。細胞モジュール（５２２）は、細胞を伴うアッセイとともに使用するためのものである。界面活性剤モジュール（５２４）は、界面活性剤を伴うアッセイのためのものである。ウィルス学モジュール（５２８）は、ウィルス学アッセイとともに使用するためのものである。石油化学モジュール（５３０）は、石油化学におけるアッセイとともに使用するためのものである。合成モジュール（５３２）は、合成におけるアッセイとともに使用するためのものである。カスタムプラグインがまた、カスタムモジュール（５２６）を使用して生成され得る。これらのモジュールは、例えばデバイスの操作または特別なアッセイなどの特定の目的のために開発され得る。ライブラリ構成要素コピー／インポートエンジン（５０４）は、ユーザが、ライブラリからアッセイプラグイン構成要素をインポートすることを可能にする。保存／エクスポートエンジン（５１０）は、ユーザが、アッセイプラグイン構成要素を保存し、エクスポートし、共有することを可能にする。

図６は、ウィザードグラフィカルユーザインターフェース（６００）、属性エンジン（６０２）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（６０４）、数学モジュール（６０６）、応答モジュール（６０８）、および規則モジュール（６１０）を含み得るウィザードモジュール（２１５）のアーキテクチャブロック図である。

ウィザードグラフィカルユーザインターフェース（６００）は、ユーザが、必要とされたときに計算を可能にする独立型の形態でモジュールにアクセスすることを可能にする。さらに、ウィザードモジュール（２１５）は、アッセイ設計モジュール（２０５）において設計された全アッセイを評価するためにアッセイ設計モジュール（２０５）とインターフェースをとる。以下に更に説明されるように、ウィザードグラフィカルユーザインターフェース（６００）は、特定のアッセイについての要素データオブジェクトおよび操作データオブジェクトが有効なアッセイを定義するかどうかを決定するために使用され得るアッセイのための１セットの確認規則を記憶する。

数学モジュール（６０６）は、数学演算を行う。数学演算は、例えば、モル濃度、重量モル濃度、体積、濃度、希釈体積、質量、密度、および細胞集計などの共通アッセイ計算を含むことができる。属性エンジン（６０２）は、要素、操作、およびプラグインの間の属性を比較する。規則モジュール（６１０）は、ユーザまたは管理者ユーザが、例えばアッセイにおける使用のための最大細胞継代数などの評価のために規則を定めることを可能にする。さらなる規則の例は、最大洗浄サイクル、最低分配高度、最高分配速度、凍結融解サイクルの数、除外するロット数、インキュベーション時間、およびユーザならびに／あるいは管理者によって設定された任意の規則を含み得る。規則は、個人またはグループによって行われるアッセイのための指針を設定するために使用され得る。応答モジュール（６０８）は、評価からの結果を提供する。ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（６０４）は、システムが、ライブラリ構成要素をインポートすることを可能にする。

ウィザードモジュール（２１５）は、実験的パラメータを確認するために要素、操作、およびプラグインの属性を評価する。例えば、ソースウェルから１０μＬを含有する宛先ウェルに転移された１０μＬは、宛先ウェルにおいて２０μＬの最終量を結果としてもたらす。この例において、ユーザが宛先ウェルにおける量について異なる値、例えば２２μＬなどを入力している場合、ウィザードは、ユーザにエラーを警告し得る。

図７は、要素グラフィカルユーザインターフェース（７００）、属性エンジン（７０２）、要素エンジン（７０４）、要素選択インターフェース（７０６）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（７０８）、および保存／エクスポートエンジン（７１０）を含む要素モジュール（２２０）のアーキテクチャブロック図である。

要素モジュール（２２０）は、要素グラフィカルユーザインターフェース（７００）と呼ばれる、要素を用いて作業するためのインターフェースを含有する。（例えば、要素データオブジェクトとして記憶される）要素を生成し修正する要素エンジン（７０４）と、属性データオブジェクトを生成し、修正し、要素データオブジェクトと関連付ける属性エンジン（７０２）と、がある。要素選択インターフェース（７０６）は、ユーザが、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（７０８）経由でライブラリからインターフェースにコピーされ得る要素を選択することを可能にする。要素はまた、保存／エクスポートエンジン（７１０）を使用して保存されエクスポートされ得る。

図８は、操作グラフィカルユーザインターフェース（８００）、属性エンジン（８０２）、操作エンジン（８０４）、操作選択インターフェース（８０６）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（８０８）、および保存／エクスポートエンジン（８１０）を含む操作モジュール（２２５）のアーキテクチャブロック図である。

操作モジュール（２２５）は、操作グラフィカルユーザインターフェース（８００）と呼ばれる、操作を用いて作業するためのインターフェースを含有する。操作エンジン（８０４）は、操作を生成し修正し、属性エンジン（８０２）は、属性を生成し修正し、（例えば、操作データオブジェクトとして記憶される）操作と関連付ける。操作選択インターフェース（８０６）は、ユーザが、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（８０８）を介してライブラリからインターフェースにコピーされ得る操作を選択することを可能にする。操作はまた、保存／エクスポートエンジン（８１０）を使用して保存されエクスポートされ得る。

図９は、データグラフィカルユーザインターフェース（９００）、データインポート／エクスポートエンジン（９０２）、パーサーモジュール（９０４）、データエンジン（９０６）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（９０８）、および保存／エクスポートエンジン（９１０）を含むデータモジュール（２３５）のアーキテクチャブロック図である。

データモジュール（２３５）は、ユーザが、データをアッセイプロジェクトにインポートすることを可能にする。ユーザは、データグラフィカルユーザインターフェース（９００）経由でデータモジュール（２３５）と相互やりとりする。データインポート／エクスポートエンジン（９０２）は、ユーザが、データをデータモジュール（２３５）に引き出すことを可能にする。生データファイルは、パーサーモジュール（９０４）によって解析され得、データエンジン（９０６）によって処理され得る。パーサーは、生成されたデータファイルの種類（例えば、ＡＳＣＩＩ、画像、テキストなど）およびデータを生成するデバイス（例えば、リーダーデバイス）次第で変動し得る。パーサーモジュール（９０４）はまた、ユーザがパーサーを生成することを可能にする。あるいは、種々のパーサーファイルは、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（９０８）経由でライブラリモジュールからインポートされ得る。データファイルおよびパーサーはまた、保存／エクスポートエンジン（９１０）経由でライブラリに戻して保存され得る。技術プロバイダはまた、それらの製品のためにパーサーを提供し得、それらをソフトウェアで使用するようにユーザに利用可能にさせ得る。

図１０は、検索グラフィカルユーザインターフェース（１０００）、データインポート／エクスポートエンジン（１００２）、検索エンジン（１００４）、および検索インデクサー（１００６）を含む検索モジュール（２４０）のアーキテクチャブロック図である。検索グラフィカルユーザインターフェース（１０００）は、ユーザが、ライブラリモジュール（２００）においてアッセイ、アッセイ構成要素、およびトランザクションログファイルを含むファイルを検索することを可能にする。それはまた、認証モジュール（１６０）によって許可されるようなユーザの権利に従ってイントラネットライブラリネットワーク（１２０）の検索を可能にする。検索モジュールはまた、ユーザが、アッセイ、特定化されたプラグイン、要素、操作、および国際社会と共有されるアッセイなどの構成要素についてメインエクストラネットネットワークライブラリ（１３０）を検索することを可能にする。管理者は、ユーザによって行われる全てのアッセイを検索すること、あるいは、恐らく、ある特定の要素または操作が行われた全ての事例を検索することを望み得る。検索グラフィカルユーザインターフェース（１０００）は、ユーザに彼らの検索クエリを入力するための検索パラメータを提供する。それはまた、クエリに基づく結果インターフェースを提供する。検索エンジン（１００４）は、ユーザのクエリに基づいて検索を行う。検索インデクサー（１００６）は、検索可能な記録の索引を含有する（１００６）。データインポート／エクスポートエンジンは、ユーザが、検索結果をインポートし、また、報告する目的のために検索結果をエクスポートすることを可能にする（１００２）。ユーザ認証次第で、ユーザによって行われる検索のトランザクションログファイルを生成することが重要であり得る。例えば、複数サイトの、複数チームレベルのアクセスを用いる管理者は、クエリを実行し得、秘密である性質の結果を生成し得る。したがって、トランザクションログモジュール（２４５）は、これらのクエリ、結果、ユーザ、日付、および実行される時間を記録しているトランザクションログファイルを生成し得る。

図１１は、グラフィカルユーザインターフェース（１１００）、ファイルインポート／エクスポートエンジン（１１０２）、トランザクションエンジン（１１０４）、署名エンジン（１１０６）、話者識別モジュール（１１０８）、音声モジュール（１１１０）、タッチスクリーンモジュール（１１１２）、および暗号化エンジン（１１１４）を含むトランザクションログモジュール（２４５）のアーキテクチャブロック図である。

トランザクションログモジュール（２４５）は、ユーザによって行われ得るアッセイを定義するファイルを生成する。さらに、それらは、非アッセイ活動、例えば（図１０に説明されるように）ユーザによって実行された検索クエリやアッセイの結果などを記録し得る。トランザクションログモジュール（２４５）は、トランザクションログファイルにアクセスするためのグラフィカルユーザインターフェース（１１００）を含有する。トランザクションエンジン（１１０４）は、要素、操作、プラグインおよびアッセイにおいて順次行われるそれぞれの属性のリスト全体を組み立てる。ファイルは、ユーザを一意的に識別する署名エンジン（１１０６）を使用して署名され得る。さまざまな方法が、ユーザ、例えばユーザ名やパスワード、音声の録音、話者識別、およびタッチスクリーン署名などを識別するために利用され得る。音声録音は、トランザクションファイルを用いてユーザ音声を記憶する音声モジュール（１１１０）によって行われ得る。話者識別モジュール（１１０８）は、音声によってユーザを識別し得、ユーザ署名として機能し得る。例えば、タブレットデバイス、モバイルデバイス、または周辺デバイス上などで見付けられるタッチスクリーンモジュール（１１１２）がまた使用され得、ユーザは、ファイルで記憶された署名を描くために彼らの指（もしくはスタイラス）を使用することになる。トランザクションログファイルはまた、暗号化エンジン（１１１４）経由で安全性の目的のために暗号化され得る。ファイルインポート／エクスポートエンジン（１１０２）は、トランザクションファイルが、ライブラリモジュール（２００）に保存されること、またはユーザによって見られるように取り出されることを可能にする。トランザクションログファイルは、ユーザによって行われるアッセイおよび活動のドキュメンテーションのために価値があり得る。それらはまた、法的事柄において要求され得る。その上、ファイルは、ユーザ情報、タイムスタンプ、および署名ならびに追加情報を含有し得る。いくつかの実施形態では、トランザクションログモジュール（２４５）は、イントラネットネットワークライブラリ（１２０）、認証（１６０）、ならびにエクストラネットメインネットワークライブラリ（１３０）またはユーザおよびタイムスタンプ情報を含む固有値を生成するための他のシステムと相互やりとりし得る。

図１２は、グラフィカルユーザインターフェース（１２００）、アッセイプレイヤエンジン（１２０２）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（１２０４）、および保存／エクスポートエンジン（１２０６）を含むアッセイプレイヤモジュール（２５０）のアーキテクチャブロック図である。アッセイプレイヤモジュール（２５０）のグラフィカルユーザインターフェース（１２００）は、ユーザがアッセイにアクセスすることを可能にする。ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（１２０４）は、記憶されたアッセイがモジュールにインポートされることを可能にする。アッセイプレイヤエンジン（１２０２）は、ユーザが、アッセイが行われる際に、注記を追加し、属性を更新し、データを追加することを可能にする。保存／エクスポートエンジン（１２０６）は、ユーザが、ファイルをライブラリモジュール（２００）に戻して保存すること、あるいはイントラネットネットワークライブラリ（１２０）またはエクストラネットネットワークライブラリ（１３０）経由で共有されることを可能にする。

アッセイプレイヤモジュール（２５０）は、アッセイ設計モジュール（２０５）において設計されたアッセイが、後の時間に行われることになるかステップごとの形式で見られることになることを可能にするシステムである。各ステップは、アッセイステップについて１セットの要素データオブジェクトからの１つまたは複数の物理的構成要素、およびそのステップについて関連付けられた操作データオブジェクトからの１つまたは複数の活動を列挙する。

例えば、ユーザは、１つの位置においてアッセイを設計することを選び得、次いで、後の時間に他の場所でアッセイを行い得る。アッセイプレイヤは、所与のアッセイについて要素、操作、およびプラグインをそれらのそれぞれの属性と共にインポートすることができ、アッセイのステップ間で切り換えるように「次の」や「前の」種類のナビゲーションを用いてユーザにステップごとに促すことができる。プレイヤは、ユーザが、各項目の提案された属性をグラフィカルに見て、彼らがアッセイを行う際にそれらを更新することを可能にする。ユーザが、タブレットデバイスを持って研究室または医療設備に入り得、アッセイを行うためにアッセイプレイヤモジュールを使用し得、実際の結果、注記、データを記録し得、トランザクションファイルで記憶された署名を描くように指（もしくはスタイラス）を使用してアッセイのための署名を提供し得るように、特別バージョンのソフトウェアが、タブレットデバイスまたはモバイルデバイスのために設計されることが可能である。アッセイプレイヤモジュールは、例えば、ステップについての完了タイムスタンプ、および特定のステップ（もしくはステップの組み合わせ）についての作業に費やした時間の合計を記録することなどによって、アッセイまたは手順の各ステップ間の経過時間を記録し注記する能力を有する。

図１３は、グラフィカルユーザインターフェース（１３００）、アカウントエンジン（１３０２）、ファイルインポート／エクスポートエンジン（１３０４）、ライセンス有効化エンジン（１３０６）、更新モジュール（１３０８）、およびユーザ認証エンジン（１３１０）を含むアカウントモジュール（２５５）のアーキテクチャブロック図である。

アカウントモジュール（２５５）は、ソフトウェアおよびユーザ情報を記憶する。グラフィカルユーザインターフェース（１３００）は、ユーザおよび／または管理者が、ソフトウェアバージョンを見ることおよびユーザ許可を設定することを可能にする。アカウントエンジン（１３０２）は、ユーザアカウントの種類を決定する。ソフトウェアの同じインストールを使用するいくつかのアカウント種類および数人のユーザが存在し得る。各ユーザは、固有のユーザアカウントを要求し得る。加えて、各ユーザは、検索関連性における使用のためにユーザによって指定された属性を含有するユーザプロファイルを生成し得る。ライセンス確認エンジン（１３０６）は、所与のユーザについてのソフトウェアライセンスを確認する。ユーザが彼らのデバイスを失くしたならば、システムは、認証モジュール（１６０）によって無許可のアクセスを防ぐために遠隔的に無効にされ得る。ユーザ認証エンジン（１３１０）は、ユーザ認証、権利、および権限を決定するために情報を認証モジュール（１６０）と交換する。さらに、ソフトウェアが、最新リリースに更新し、新たに利用可能な要素、操作、プラグイン、および他の構成要素でライブラリを更新することを可能にする更新モジュール（１３０８）が含まれる。いくつかの例では、新たな要素、操作、およびプラグインをライブラリに追加することを望む技術プロバイダは、そのような更新に含まれるものに代金を支払う。ファイルインポート／エクスポートエンジン（１３０４）は、ファイルが、ソフトウェアアプリケーションファイルおよびライブラリファイルを含むソフトウェアからインポートされたりエクスポートされたりすることを可能にする。

図１４は、グラフィカルユーザインターフェース（１４００）、属性モジュール（１４０２）、数学モジュール（１４０４）、グラフィカル表示エンジン（１４０６）、ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（１４０８）、保存／エクスポートエンジン（１４１０）、および分析プラグインモジュール（１４１２）を含むデータ分析モジュール（２６０）のアーキテクチャブロック図である。

データ分析モジュール（２６０）は、種々のデータ分析タスクを行うために使用され得るグラフィカルユーザインターフェース（１４００）を含む。属性モジュール（１４０２）は、データ分析モジュールが、プラグイン、要素、および操作の属性と相互やりとりすることを可能にする。ライブラリ構成要素コピー・インポートエンジン（１４０８）は、データ分析モジュールが、ライブラリモジュール（２００）からデータならびに記憶された分析手順をインポートすることを可能にする。数学モジュール（１４０４）は、データを操作するための数学演算（例えば、前に説明したように、負のウェル値を減算すること）を含有する。グラフィカル表示エンジン（１４０６）は、グラフの生成を可能にする。データ分析出力ファイルや手順は、保存／エクスポートエンジン（１４１０）経由で保存され得、および／またはエクスポートされ得る。また、データ分析モジュール（２６０）は、分析プラグインモジュール（１４１２）による分析のために特定化されたプラグインとインターフェースをとり得、それは、また開発され共有され得るアッセイのための特別な分析ツールを可能にする。

データ分析モジュール（２６０）は、例えばグラフ、プロットなどの結果や報告を生成するためのデータの操作を可能にする。データがアッセイにおいて一旦生成されると、データモジュール（２３５）は、生データをインポートし、記憶し、解析することができる。データ分析モジュール（２６０）は、報告をレンダリングするために要素、操作、およびプラグインの属性を使用することができる。１つの例は、アッセイについて負および正の対照ウェルを指定するプレートマップを定義する属性を有するマイクロプレートプラグインを含むことになる。データ分析モジュール（２６０）を使用して、ユーザは、マイクロプレート上の任意のまたは全てのウェルから負の対照ウェル値を減算することによってそのアッセイについて値を正規化することができ、そのようにして、背景信号を減らす。その上、正の対照ウェルは、実験的ウェルからの応答のための相対指標として使用され得る。さらに、化合物がウェルにわたって用量依存的手法で使用された場合、個々のウェルは、使用された化合物の濃度に対してプロットされ得る。この情報は、そのアッセイにおいて使用されたプラグインモジュールの属性内に記憶されるので、情報は、アッセイプラグインモジュール（２１０）およびデータモジュール（２３５）からのデータから取り出され得、ユーザのために有用な情報をレンダリングするデータ分析モジュール（２６０）において操作され得る。

図１５は、グラフィカルユーザインターフェース（１５００）、インポート／エクスポートエンジン（１５０２）、電子商取引エンジン（１５０４）、および通知エンジン（１５０６）を含む電子商取引モジュール（２６５）のアーキテクチャブロック図である。

電子商取引モジュール（２６５）は、ユーザが、ソフトウェアを使用して販売業者や技術プロバイダからアッセイ、要素、操作、プラグイン、および他の構成要素を注文することを可能にする。電子商取引モジュールは、ユーザが注文することができるグラフィカルユーザインターフェース（１５００）を通して見られ得るインポート／エクスポートエンジン（１５０２）を使用する構成要素（要素、操作、およびプラグイン）のリストを含有する。電子商取引エンジン（１５０４）は、商品リスト、量、および価格を集めるショッピングカートに似た作用をする。購入は、安全なトランザクションがエクストラネットネットワークライブラリ（１３０）上で起こり得るネットワーク経由で完了され得る。販売業者通知エンジン（１５０６）はまた、販売業者に注文情報を送信し得るか、あるいは、サンプルを要求するために使用され得る。販売業者通知エンジン（１５０６）はまた、注文確認情報をユーザに送信し戻し得、ユーザと販売業者との間の通信サービスとして使用され得る。一部のユーザは、ある特定の電子商取引機能のための承認を要求し得る。

図１６Ａおよび１６Ｂは、ユーザが、ソフトウェアを使用して新たなアッセイを生成し、このアッセイをチームまたは国際社会と共有することができる処理例を例示する。論理フローは、下記のように説明される。ユーザは、ライブラリから構成要素（例えば、要素、操作、プラグイン）を選択し、それらをアッセイ設計インターフェースに追加することができる（１６００）。ユーザは、アッセイに使用される各要素、操作、およびプラグインについて属性を追加し更新することができる（１６０２）。ユーザはまた、アッセイパラメータが有効であるかを検証するためにウィザードを走らせることができる（１６０４）。ユーザはまた、設計されている実験を行うためにデバイスコントローラであり得るプラグインを走らせることができる（１６０６）。ユーザがアッセイを手動で実施し得るので、デバイス制御プラグインが、アッセイを実施する目的のために常に要求されることはないことに注意することが重要である。ユーザはまた、そのアッセイデータをインポートすることができ（１６０８）、例えばアッセイの最後などの任意の時点にアッセイ設計を用いてそれを含むこと、またはアッセイの過程の間の中間結果を報告することができる。さらに、ユーザはまた、データモジュール（２３５）を使用してデータ分析（１６１０）を行うことができる。ユーザは、アッセイプロジェクトを保存することができる（１６１２）。保存が一旦初期化されると、ユーザは、ユーザの署名をアッセイに追加し得る（１６１４）。いくつかの構成では、管理者（例えば、監督者、研究室長、管理人）は、ユーザがアッセイを保存していることを通知され得、管理者が署名することを通知される（１６１６）。この通知は、例えば電子メールなどの種々の方法によって提供され得るが、一実施形態では、管理者バージョンのソフトウェアが、他のユーザを管理することを可能にする。管理者は、ユーザアッセイに立会人として署名することが通知される（１６１６）。管理者は、ユーザアッセイプロジェクトに署名することができ（１６１８）、処理は、ユーザトランザクションログファイル（１６２４）および管理者トランザクションログファイル（１６２０）に記録される。他の事例では、ソフトウェアは、管理者署名が必要とされないように構成され得る。アッセイプロジェクトおよびトランザクションログは、ユーザライブラリに追加される（１６２８）。

図１６Ａから図１６Ｂに続けると、ユーザは、チームとアッセイプロジェクトを共有することができる（１６３０）。ユーザは、イントラネットライブラリ経由でチームと、アッセイプロジェクト全体を共有することを選択することができ、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１６３２）。図２２Ａ〜２２Ｄは、要素、操作、プラグイン、およびデータが、どのようにグラフィカル表示からテキストをベースとしたアッセイデータファイルに変換されるかに関しての詳細を提供する。に、ソフトウェアがアッセイデータファイルをロードすると、データファイルをアッセイのグラフィカル表現に変換することができ得る。例えば、ユーザは、サブセットのアッセイ仕様だけを共有することができ、それに応答して、システムは、サブセットの候補アッセイ仕様と関連付けられたサブセットの要素データオブジェクトおよび／またはサブセットの操作データオブジェクトを含む省略されたアッセイデータファイルを生成することができる。さらに、ユーザは、メインエクストラネットＷＷＷライブラリ経由で国際社会と、アッセイプロジェクト全体を共有する、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１６３６）。一実施形態では、管理者は、ユーザが、チームおよび／または国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいることを通知される。管理者は、要求を承認することによって共有することを可能にし得（１６２６）、プロジェクト（またはそれの一部分）は、チームライブラリに追加される（１６３４）。あるいは、管理者は、ユーザソフトウェアについて許可を設定することによってチームと共有することを自動承認するためにユーザソフトウェアを設定することができる。管理者承認フローは、任意選択的な特徴であり、全ての場合において要求されなくてもよい。ユーザが、国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいる場合、メインエクストラネットＷＷＷライブラリの管理者は、含めるためのアッセイを検討し（１６３８）、アッセイプロジェクト（またはそれの一部分）は、メインエクストラネットＷＷＷライブラリに追加され、国際社会と共有される（１６４０）。チームユーザまたは国際社会は、アッセイプロジェクトまたはアッセイの一部分をダウンロードし、それらの独自のアッセイについての情報を使用することができる。これはまた、協力的作業環境を生成し得る。アッセイのダウンロードについては図１９を参照。

図１７Ａおよび１７Ｂは、例となる処理を例示し、それによって、ユーザは、既存のアッセイに基づいてソフトウェアを使用して新たなアッセイを生成し、チームまたは国際社会とこれを共有することができる。論理フローは、下記のように説明される。ユーザは、アッセイライブラリから既存のアッセイを選択する（１７００）。ユーザは、必要に応じて、要素、操作、およびプラグインについての属性を修正する（１７０２）。ユーザはまた、必要に応じて、要素、操作、およびプラグインを取り除くこともできる。ユーザは、必要に応じて、要素、操作、およびプラグインを追加することができる（１７０４）。ユーザはまた、アッセイ属性およびパラメータを評価するためにウィザードを走らせることもできる（１７０６）。ユーザは、必要とされる場合、プラグインを実行することができる（１７０８）。ユーザは、前（図１６Ａのステップ１６０８）に説明したように、データをインポートすることができる（１７１０）。ユーザは、前（図１６Ａのステップ１６１０）に説明したように、データを分析することができる（１７１２）。ユーザは、アッセイを保存する（１７１４）。ユーザ署名が追加される（１７１６）。いくつかの構成では、管理者（例えば、監督者、研究室長、管理人）は、ユーザがアッセイを保存していることを通知され得、管理者が署名することを通知される（１７１８）。この通知は、例えば電子メールなどの種々の方法によって提供され得るが、一実施形態では、管理者バージョンのソフトウェアが、他のユーザを管理することを可能にする。管理者は、立会人として署名することを通知される（１７１８）。管理者は、ユーザアッセイプロジェクトに署名する（１７２０）。管理者トランザクションログファイルは、管理者がユーザプロジェクトに署名していることを記録する（１７２２）。ユーザトランザクションログファイルが生成される（１７２４）。他の事例では、ソフトウェアは、管理者署名が必要とされないように構成され得る。アッセイプロジェクトおよびトランザクションログが、ライブラリに追加される（１７２６）。

図１７Ａから図１７Ｂに続けると、ユーザは、チームとアッセイプロジェクトを共有することを選び得る（１７２８）。ユーザは、イントラネットライブラリ経由でチームと、アッセイプロジェクト全体を共有することを選択すること、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１７３０）。さらに、ユーザは、メインエクストラネットＷＷＷライブラリ経由で国際社会と、アッセイプロジェクト全体を共有すること、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１７３６）。管理者は、ユーザが、チームおよび／または国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいることを通知される。管理者は、要求を承認することによって共有することを可能にし得（１７３２）、アッセイプロジェクト（またはそれの一部分）がチームライブラリに追加される（１７３４）。あるいは、管理者は、ユーザソフトウェアについて許可を設定することによってチームと共有することを自動承認するためにユーザソフトウェアを設定することができる。管理者承認フローは、任意選択的な特徴であり、全ての場合において要求されなくてもよい。

ユーザが、国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいる場合、メインエクストラネットＷＷＷライブラリの管理者は、含めるためのアッセイを検討し（１７３８）、アッセイプロジェクト（またはそれの一部分）が、メインエクストラネットＷＷＷライブラリに追加され、国際社会と共有される（１７４０）。チームユーザまたは国際社会は、アッセイプロジェクトまたはアッセイの一部分をダウンロードし、それらの独自のアッセイについての情報を使用することができる。これはまた、協力的作業環境を生成し得る。アッセイのダウンロードについては図１９を参照。

図１８Ａおよび図１８Ｂは、例となる処理を例示し、それによって、ユーザは、所与の時間にアッセイを設計し、後の時間にデータをアッセイプロジェクトに追加し、次いで、チームまたは国際社会とアッセイを共有することを選び得る。論理フローは、下記のように説明される。ユーザは、ライブラリから彼らの既存のアッセイを選択する（１８００）。ユーザは、データをインポートし（１８０２）、データを分析し（１８０４）、アッセイを保存する（１８０６）。ユーザ署名が追加され（１８０８）、管理者は、立会人として署名することを通知される（１８１０）。いくつかの構成では、管理者（例えば、監督者、研究室長、管理人）は、ユーザがアッセイを保存していることを通知され得、管理者は、署名することを通知される（１８１０）。この通知は、例えば電子メールなどの種々の方法によって提供され得るが、一実施形態では、管理者バージョンのソフトウェアが、他のユーザを管理することを可能にする。管理者は、ユーザアッセイプロジェクトに署名する（１８１２）。管理者トランザクションログファイルは、管理者がユーザプロジェクトに署名していることを記録する（１８１４）。ユーザトランザクションログファイルが生成される（１８１６）。他の事例では、ソフトウェアは、管理者署名が必要とされないように構成され得る。アッセイプロジェクトおよびトランザクションログがライブラリに追加される（１８１８）。

図１８Ａから図１８Ｂに続けると、ユーザは、チームとアッセイプロジェクトを共有することを選ぶ（１８２０）。ユーザは、イントラネットライブラリ経由でグループと、アッセイプロジェクト全体を共有することを選択することができ、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１８２２）。さらに、ユーザは、メインエクストラネットＷＷＷライブラリ経由で国際社会と、アッセイプロジェクト全体を共有することができ、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１８２４）。管理者は、ユーザが、チームおよび／または国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいることを通知される。管理者は、要求を承認することによって共有することを可能にし得（１８２６）、プロジェクト（またはそれの一部分）がチームライブラリに追加される（１８２８）。あるいは、いくつかの例では、管理者は、ユーザソフトウェアについて許可を設定することによってチームと共有することを自動承認するためにユーザソフトウェアを設定することができる。管理者承認フローは、任意選択的な特徴であり、全ての場合において要求されなくてもよい。ユーザが、国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいる場合、メインエクストラネットＷＷＷライブラリの管理者は、含めるためのアッセイを検討し（１８３０）、アッセイプロジェクト（またはそれの一部分）は、メインエクストラネットＷＷＷライブラリに追加され、国際社会と共有される（１８３２）。チームユーザまたは国際社会は、アッセイプロジェクトまたはアッセイの一部分をダウンロードし、それらの独自のアッセイについての情報を使用することができる。これはまた、協力的作業環境を生成し得る。アッセイのダウンロードについては図１９を参照。

図１９Ａおよび１９Ｂは、例となる処理を例示し、それによって、ソフトウェアは、ユーザが、アッセイを設計し共有することと、メインエクストラネットＷＷＷライブラリ（１９００）によって他のユーザにアッセイプロジェクト、テンプレート、または構成要素をダウンロードする機会を作ることと、同様に共有され得る新たなアッセイを生成するためにこれらのアッセイの上に構築することとを可能にする。これはまた、協力的作業環境を生成し得る。論理フローは、下記のように説明される。ユーザは、メインエクストラネットＷＷＷライブラリからアッセイテンプレートファイルをダウンロードする（１９００）。ユーザは、次いで、必要に応じて、要素、操作、およびプラグインについての属性を修正することができる（１９０２）。ユーザは、新たな要素、操作、およびプラグインをアッセイテンプレートに追加することができる（１９０４）。さらに、ユーザは、アッセイテンプレートから要素、操作、およびプラグインを削除することができる。ユーザは、アッセイパラメータを評価するためにウィザードを走らせ（１９０６）、必要に応じて、プラグインを実行することができる（１９０８）。データが生成される場合、それはインポートされ得る（１９１０）。ユーザはまた、データを分析することができる（１９１２）。ユーザは、このアッセイを保存することができ、ユーザ署名が追加され（１９１６）、管理者が、立会人として署名することを通知される（１９１８）。いくつかの構成では、管理者（例えば、監督者、研究室長、管理人）は、ユーザがアッセイを保存していることを通知され得、管理者は署名することを通知される（１９１８）。この通知は、例えば電子メールなどの種々の方法によって提供され得るが、一実施形態では、管理者バージョンのソフトウェアが、他のユーザを管理することを可能にする。管理者は、ユーザアッセイプロジェクトに署名する（１９２０）。管理者トランザクションログファイルは、管理者がユーザプロジェクトに署名していることを記録する（１９２２）。他の事例では、ソフトウェアは、管理者署名が必要とされないように構成され得る。ユーザトランザクションログファイルが生成される（１９２４）。アッセイプロジェクトおよびトランザクションログが、ライブラリに追加される（１９２６）。

図１９Ａから図１９Ｂに続けると、ユーザは、チームとアッセイプロジェクトを共有することを選ぶ（１９２８）。ユーザは、イントラネットライブラリによってグループと、アッセイプロジェクト全体を共有することを選択すること、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１９３０）。さらに、ユーザは、メインエクストラネットＷＷＷライブラリ経由で国際社会と、アッセイプロジェクト全体を共有すること、あるいは、共有するために一部分を選択することができる（１９３２）。管理者は、ユーザが、チームおよび／または国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいることを通知される。管理者は、要求を承認することによって共有することを可能にし得（１９３４）、プロジェクト（またはそれの一部分）がチームライブラリに追加される（１９３６）。あるいは、管理者は、ユーザソフトウェアについて許可を設定することによってチームと共有することを自動承認するためにユーザソフトウェアを設定することができる。管理者承認フローは、任意選択的な特徴であり、全ての場合において要求されなくてもよい。ユーザが、国際社会とアッセイプロジェクト（またはそれの一部分）を共有することを選んでいる場合、メインエクストラネットＷＷＷライブラリの管理者は、含めるためのアッセイ検討し（１９３８）、アッセイプロジェクト（またはそれの一部分）が、メインエクストラネットＷＷＷライブラリに追加され、国際社会と共有される（１９４０）。チームユーザまたは国際社会は、アッセイプロジェクトまたはアッセイの一部分をダウンロードし、それらの独自のアッセイについての情報を使用することができる。これはまた、協力的作業環境を生成し得る。

図２０は、例となる処理を例示し、それによって、ソフトウェアは、関連する属性と共に、要素、操作、およびプラグインを含むプロジェクトならびに構成要素としてアッセイを記憶することができ、ユーザが、任意のクエリパラメータに基づいてアッセイ、ユーザ、および構成要素を検索することを可能にする。例えば、ユーザは、汚染されているとしてある特定の試薬を特定し得、その特定の試薬を使用した全てのアッセイであって、結果をオフセットし得る全てのアッセイについてクエリすることを望み得る。同様に、管理者は、特定の試薬の使用を利用したユーザおよびアッセイの数を理解することを望み得る。論理フローは、下記のように説明される。ユーザは、検索画面に入力する（２０００）。ユーザは、検索クエリを入力し得、例えばライブラリ、トランザクションログ、要素、操作、プラグイン、データ、ユーザ、化合物などのパラメータを選択し得る（２００２）。ある特定のクエリは、ユーザまたは位置のリストの取り出しなどの管理者権限を要求し得る。検索エンジンは、全てのユーザトランザクションログ（２００４）およびライブラリをクエリする。結果のセットは、例えばアッセイ、ユーザ、トランザクションログなどの一致した結果のリストを供給する（２００６）。ユーザは、結果を選択し、報告をエクスポートすることができる（２００８）。権限に依存して、管理者はまた、十分詳細に行われたアッセイを見ることができ得る。任意選択的に、ユーザ署名がクエリ報告に追加され得（２０１０）、クエリのトランザクションログファイルが生成される（２０１８）。これは、ある特定の設定において任意選択的であり得、他で要求され得る。その上、管理者は、別のユーザに対して立会人としてクエリトランザクションログに署名する（２０１２）必要があり得、管理者署名がまた、追加され（２０１４）、管理者トランザクションファイルに記録される（２０１６）。検索クエリトランザクションログファイルが、トランザクションログライブラリに追加される（２０２０）。

図２１Ａおよび図２１Ｂは、処理を例示し、それによって、サンプルの細胞をベースとしたアッセイの典型的ワークフローが、さまざまなステップを伴い得る。この図面の目的は、伝統的な細胞をベースとしたアッセイのワークフローを実演するためである。後続の図面では、このアッセイ例は、本明細書において説明されたアッセイソフトウェア技法を使用して行われるアッセイとして説明され得る。細胞培養プレートが、細胞を成長する目的のために選択される（２１００）。細胞培養媒体が、食塩水、１０％ウシ胎児血清、および１％ペニシリン／ストレプトマイシンを含有して準備される（２１０２）。細胞は、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などのアッセイについて選択される（２１０４）。細胞培養媒体は、３７^ｏＣに温められる（２１０６）。細胞は、円錐管内の細胞培養媒体に追加される（２１０８）。細胞集計デバイスが、単位量媒体毎の細胞の数を数えるために使用される（２１１０）。媒体量は、細胞を所望の細胞密度に持っていくように調整される（２１１２）。培養媒体内の細胞は、所望の数の細胞を各ウェルに追加するようにマイクロプレートに分配される（２１１４）。細胞は、３７^ｏＣで夜通しインキュベーター内でインキュベートされ（２１１６）、ウェル底部への細胞の付着を可能にする。付着した細胞は、９５％のコンフルエンスに達するように視覚的に調べられる（２１１８）。細胞培養媒体は、次いで、ウェルから吸引される（２１２０）。細胞は、適切な緩衝液を用いて２回洗浄される（２１２２）。

図２１Ａから図２１Ｂに続けると、染料試薬を含有する緩衝液が、細胞を含有するウェルに追加され、１時間インキュベートされる（２１２４）。染料試薬を含有する緩衝液が、次いで、ウェルから吸引される（２１２６）。細胞は、緩衝液を用いてさらに２回洗浄される（２１２８）。アッセイ緩衝液が、マイクロプレートのウェルに追加される（２１３０）。薬品（例えば、小分子）を含有する第２のプレートが、所望の最終濃度の２倍で準備される（２１３２）。細胞を含有するプレートが、基準測定を確立するためにリーダー上で読み取られる（２１３４）。薬品を含有するアッセイ緩衝液は、所望の最終濃度を結果としてもたらす量で細胞培養プレートに追加される（２１３６）。プレートは、応答が検出されたかを決定するために（２１３８）薬品および染料の存在において経時的に（２１４０）デバイス上で再度読み取られる。経時的に動的データが記録される（２１４０）。データファイルがエクスポートされる（２１４２）。次いで、データファイルが分析され、アッセイの質が、負の対照ウェルおよび正の対照ウェルの応答を測定することによって検証される（２１４４）。薬品に対する細胞の応答は、例えばグラフ、プロット、信号減算などのさまざまな異なる方法を通して検討される（２１４６）。この高レベルのビューは、典型的な細胞をベースとしたアッセイに関係するワークフローを実演する。このアッセイは、図２２に示されるように、本明細書において説明されたアッセイソフトウェア技法を使用して要素、操作、およびプラグインとしてここで見られ得る。

図２２Ａ、２２Ｂ、２２Ｃ、および２２Ｄは、処理を例示し、図２１Ａおよび図２１Ｂに説明されたアッセイ例におけるアッセイワークフローを描写し、どのように要素データオブジェクト、操作データオブジェクト、およびプラグインがデータファイルに符号化されるかを示す。ここで、同じアッセイが一連の要素、操作、およびプラグインとして見られ、それらのそれぞれは、ソフトウェアアプリケーションにおいてそれらの独自の属性を有する。各要素、操作、およびプラグインは、デフォルトライブラリ設定を通した種類として、またはユーザによって決定されるようなカスタム種類として分類され得る。種類によって要素、操作、およびプラグインを分類することは、ユーザが、ライブラリ内の構成要素の位置をより迅速に見つけることを可能にする。属性は、例えば、所与の要素、操作、またはプラグインについての観察、中間結果などのさまざまなユーザ入力であり得る注記を含み得る。ユーザはまた、所与の要素、操作、またはプラグインについて属性をカスタマイズし得る。彼らは、属性を追加するか取り除くこと、あるいは、カスタム属性を有する新たな要素、操作、およびプラグインを生成することを選び得る。デフォルトセットの属性が、デフォルトセットの要素、操作、およびプラグインに含まれ得る。

要素、操作、プラグイン、データ、およびそれらの関連付けられた属性は、ソフトウェアにおいてグラフィカル表現に組み立てられるので、情報は、アッセイを視覚的に表現するために組み立てられ得る。各構成要素の情報がまた、アッセイの全詳細を用いてテキストファイルを生成するために使用され得る。これは、ユーザが、（例えば、ドラッグ・アンド・ドロップによって）アッセイを視覚的に生成し、（例えば、テキストファイルによって）アッセイを効率的に文書化することを可能にする。さらに、アッセイファイルが、アッセイファイルがソフトウェアにロードされるときに、アッセイの視覚的表現をレンダリングし（例えば、または、再現し）得るこの情報を使用して生成され得る。（図２３のステップ２３０４および２３０６に説明されるように）ドラッグ・アンド・ドロップインターフェースは、ユーザが、視覚的表現において要素、操作、プラグイン、およびデータ間の関係性を作り出し、それぞれに属性情報を追加することを可能にする。ソフトウェアは、各オブジェクトから情報を抽出し、ソフトウェアにロードされるときにアッセイの視覚的表現を可能にするテキストファイルまたはアッセイファイルを生成することができる。

図２２Ａで始めると、培養フラスコは、製造業者、モデル番号、体積容量、初期量、および注記の属性を有する消耗できる種類の要素である（２２００）。培養媒体は、最終量が１００ｍＬの場合の、種々の量における、塩緩衝液、ウシ胎児血清、ペニシリン／ストレプトマイシンおよび注記を含む属性を有する試薬の種類の要素である（２２０２）。ＣＨＯ細胞は、細胞種類、継代数、条件、および注記を含む属性を有する生物製剤の種類の要素である（２２０４）。媒体の温めは、温度、期間、および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２０６）。細胞移送は、細胞量、媒体量、最終量、および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２０８）。細胞集計は、集計器種類、モデル、試験される量、集計値、および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２１０）。

図２２Ａから図２２Ｂに続けると、細胞希釈は、初期量、初期濃度、最終量、最終濃度、および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２１２）。細胞マイクロプレートは、プレートマップ、プレート詳細、初期ウェル量、最終ウェル量、および注記を含むさまざまな属性を有するタイプ３８４マイクロプレートのプラグインである（２２１４）。３８４−ウェルマイクロプレートは、１６行２４列の行列に配置された３８４個のウェルを含有する。この項目はプラグインであるので、それは、例えばウェルプレートマップおよびさまざまな詳細などの特定セットの属性を有する。３８４−ウェルマイクロプレートについてのプラグインの一例が、図２６に詳細に説明される。インキュベートは、温度、期間、および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２１６）。ＣＨＯ細胞のコンフルエンスを検証することは、検証種類、設定、および注記を含む属性を有する細胞観察の種類の操作である（２２１８）。これは、アッセイにおける中間結果であり得、ユーザは、必要とされる場合、書かれた注記を含むことと、観察の写真を添付することとの両方を任意選択的に選び得る。ＣＨＯ吸引は、初期量、吸引方法、最終量、および注記を含む属性を有する吸引の種類の操作である（２２２０）。プレート洗浄２回（２ｘ）は、使用される緩衝液、追加量、吸引量、サイクルの数、最終量および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２２２）。

図２２Ｂから図２２Ｃに続けると、染料緩衝液ＡＢＣは、緩衝液量、染料量、最終量、最終濃度、および注記を含む属性を有する試薬の種類の要素である。ＣＨＯ染料露出は、分配された材料、初期量、初期濃度、最終量、最終濃度、および注記を含む属性を有する分配の種類の操作である（２２２６）。インキュベートは、温度、期間、および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２２８）。ＣＨＯ吸引は、初期量、吸引方法、最終量、および注記を含む属性を有する吸引の種類の操作である（２２３０）。プレート洗浄２回（２ｘ）は、使用される緩衝液、追加量、吸引量、サイクルの数、最終量および注記を含む属性を有する細胞培養の種類の操作である（２２３２）。薬品１２３マイクロプレートは、プレートマップ、プレート詳細、初期ウェル体積、最終ウェル体積、および注記を含むさまざまな属性を有するタイプ３８４マイクロプレートのプラグインである（２２３４）。３８４−ウェルマイクロプレートは、１６行２４列の行列に配置された３８４個のウェルを含有する。この項目はプラグインであるので、それは、例えばウェルプレートマップおよびさまざまな詳細などの特定セットの属性を有する。図２６は、３８４−ウェルマイクロプレートについての例となるプラグインを詳細に説明する。

図２２Ｃから図２２Ｄに続けると、リーダーＡＢＣは、デバイスのメーカー、モデル、読み取られた波長、読み取られた間隔、所望の読み取りの数、および注記を含む属性を有するハードウェアの種類の要素である（２２３６）。ここで、リーダーＡＢＣは、基準の、または予め追加した読み取りを行うために使用されている。薬品追加は、ソースプレート、初期量、初期濃度、宛先プレート、最終量、最終濃度、転移量、および注記を含む属性を有するプレート／プレート移送の種類の操作である（２２３８）。リーダーＡＢＣは、デバイスのメーカー、モデル、読み取られた波長、読み取られた間隔、所望の読み取りの数、および注記を含む属性を有するハードウェアの種類の要素である（２２４０）。ここで、リーダーＡＢＣは、細胞が種々の薬剤に露出された後に追加後の読み取りを行うために使用されている。ＣＨＯ細胞データは、ファイル種類、使用されたパーサー、および注記を含む属性を有する生データエクスポートの種類の操作である（２２４２）。ＣＨＯ細胞結果は、グラフ種類、および注記を含む属性を有するリーダー１２３プロットの種類のプラグインである（２２４４）。保存および署名は、アッセイ種類の保存、アッセイ共有、署名、および日付を含む属性を有するアッセイ保存の種類の最終ステップとして行われる（２２４６）。

図２３は、本明細書において説明されたアッセイソフトウェア技法からの例となるグラフィカルユーザインターフェースを例示する。ソフトウェアは、左のツリーナビゲーション（２３００）、タブによるナビゲーションパネル（２３０２）、要素、操作、およびプラグインの共通で使用されるアイコンの表現を有するカスタマイズされたツールバー（２３０４）、ワークスペース（２３０６）、例えば培養フラスコ要素アイコン（２３０８）、培養媒体要素アイコン（２３１０）、細胞要素アイコン（２３１２）、媒体温め操作アイコン（２３１４）、結び付け関係性（２３１６）などのアイコン例を含む、図２２において概説したような、ユーザが要素、操作、およびプラグインを使用してアッセイを視覚的に設計することを可能にするグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）を含む。

インターフェースの左のツリーナビゲーション（２３００）は、ユーザが、アッセイプロジェクトにおける種々のファイルに迅速にアクセスすることを可能にする。アッセイ設計は、ユーザがパネルビュー間をクリックすることを可能にするタブによるナビゲーションパネル（２３０２）の一部分である。アッセイ設計パネルは、要素、操作、およびプラグインの共通で使用されるアイコンの表現を有するカスタマイズされたツールバー（２３０４）を含む。ユーザは、アイコンをクリックするかワークスペース（２３０６）までドラッグし、項目間の関係性の結び付けを生成することができる。培養フラスコ要素（図２２の２２００）は、培養フラスコ要素アイコン（２３０８）として描写される。培養媒体要素（図２２の２２０２）は、培養媒体要素アイコン（２３１０）として描写される。ＣＨＯ細胞要素（図２２の２２０４）は、ＣＨＯ細胞要素アイコン（２３１２）として描写される。媒体温め操作（図２２の２２０６）は、媒体温め操作アイコン（２３１４）として描写される。アッセイ構成要素は、互いに結び付けられ得（２３１６）、関係性が定義され得る。アッセイステップとしての視覚的アイコンの使用は、速いアッセイ設計および実現を結果としてもたらす。例えば、ユーザは、グラフィカルインターフェースを通して要素、操作、およびプラグインを簡単に選択することができ、ソフトウェアは、選択されたオブジェクトを詳細データファイルに変換する。さらに、視覚的表現は、見る人が、アッセイに関係するステップを迅速に理解することを可能にし、情報を共有するための強力なツールとして機能する。その上、各要素、操作、およびプラグインの属性が定義され得る。図２４は、属性ボックスを詳細に示す。要素、操作、プラグインを互いに結び付け、各構成要素について属性を定義することによって、ロバストなセットの情報が、視覚的インターフェースを使用して迅速に組み立てられる。

図２４は、図２３に説明されるようなソフトウェアの例となるグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）を例示し、本明細書において説明される現在の技法のための属性インターフェース例を描写する。ソフトウェアは、アッセイ設計ワークスペース（２４００）、化合物プレート要素（２４０２）、追加ステップ操作（２４０４）、宛先プレート要素（２４０６）、要素属性ボックス（２４０８）、および操作属性ボックス（２４１０）を含む。アッセイ設計ワークスペース（２４００）は、化合物プレート要素（２４０２）、追加ステップ操作（２４０４）、および追加操作の宛先プレート（２４０６）を描写する。（２４０６）に描写された要素の属性は、要素属性ボックス（２４０８）に示される。属性は、ユーザによって定義され得るさまざまなデフォルトおよびカスタム属性を含み得る。属性ボックス（２４０８）は、プレートの色、プレートの底部、ウェル形状、ウェル底部形状、ウェルの量、コーティング、製造業者、モデル番号、カスタム属性選択肢、および注記を含む（２４０８）。これらの属性は、プレート種類の要素である、名前プレート♯１の要素と関連付けられている。これは、ユーザが、この情報を一旦入力し、この特定要素をライブラリから任意の時間に引き出し、情報を必ずしも再入力する必要性なしに、必要に応じて、属性を簡単に編集することを可能にする。これは、日常アッセイ構成要素をユーザに容易に利用可能にさせる。その上、ユーザは、ドラッグ／ドロップ活動でアッセイ設計を生成するために視覚的アイコンを使用し、特定要素と共に記憶される属性を自動入力し、変更のみを更新することができる。追加ステップは、要素毎に、吸引量、分配量、初期濃度、最終濃度、初期量、最終量、カスタム属性選択肢、および注記を含む固有セットの属性を用いる追加の種類の操作である（２４１０）。もう一度、属性は、この特定操作と関連付けられ得、ユーザによって必要に応じて更新され得る。各要素、操作、およびプラグインの属性は、（図６に説明される）ウィザードが、アッセイパラメータを評価し、パラメータが正しい値または規則基準に合わない場合にユーザに警告することを可能にする。例えば、ユーザが、１０μＬが、１５μＬを含有するウェルに追加されるときに２０μＬの総量を示すならば、ウィザードは、属性からこの情報を評価し、ユーザに最終量が正確ではないことを警告することができる。その上、カスタム規則が破られる場合、ウィザードは、使用された要素、操作、またはプラグインの属性に基づいてユーザに警告することができる。１つのそのような規則は、細胞種類について最大継代数を有するように設定され得る。要素属性が、使用された細胞が、最大規則値１０を超える１２の継代数を有することを示す場合、ウィザードはユーザに警告することができる。

図２５Ａ〜２５Ｈは、トランザクションログファイルの例である。このファイルは、ユーザ署名やタイムスタンプと共に、実験に使用された全ての要素、操作、プラグイン、およびそれらのそれぞれの属性を順次含む。トランザクションログファイルは、図２５Ａに示されるように、ユーザ名、日付、およびタイムスタンプで始まり得る。トランザクションログファイルにおける第１の要素が、図２２Ａのステップ２２００における要素と同じデータであるとして図２５Ａに示される。この要素は、培養フラスコの名前を有する消耗できる種類の要素であり、製造業者、モデル番号、体積容量、初期量、および注記を含む属性を有する。全属性を含む要素が、トランザクションログファイルに表示される。トランザクションログファイルにおける次の要素は、培養媒体の名前を有する試薬の種類の要素であり、８９ｍＬのＨＢＳＳ量、１０ｍＬのＦＢＳ量、１ｍＬのペニシリン／ストレプトマイシン量、１００ｍＬの最終量、および注記の属性を有する、図２２Ａのステップ２２０２に示された第２の要素に基づく。示されるように、これらの属性は、アッセイから直接的に抽出され得、トランザクションファイルに含まれ得る。トランザクションファイルは、アッセイソフトウェア（図２２Ａ〜２２Ｄ）に示されるような要素、操作、プラグイン、データ、およびそれぞれの属性に順次続く。トランザクションログファイルはまた、ユーザ名、日付、タイムスタンプを含み得、外部確認キーがまた、いくつかの実施形態では第三者の確認をもたらすように追加され得、このファイルの一部分として日付、タイムスタンプ、およびユーザ情報に安全性が追加され得る。このファイルは、図３のアッセイライブラリ（３２０）内に記憶され得る。その上、このトランザクションログファイルは、それが管理者によってアクセスされ得るようにイントラネットネットワークライブラリ（１２０）にまたは他の場所に外部に記憶され得る。ファイルはまた、検索可能であり、それは、管理者が、図２０に説明されるような、ユーザ、アッセイなどをクエリすることなどのタスクを行うことを可能にする。トランザクションログファイルは、行われるアッセイの証拠が要求されるときに価値のあるものであり得る。それはまた、オーディット・トレールとして機能し得る。

図２６は、タイプ３８４プラグインの、プラグインのためのソフトウェアプラグインインターフェースの例となるグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）を例示する。３８４ウェルプレート（２６０２）という名のタイプ３８４プラグイン（２６００）のプラグインは、プレートマップまたは仮想マイクロプレート（２６０４）、種々のウェルマップエリアマーカー（２６０６）、（２６１８）、（２６１４）、新たな選択を生成するための方法（２６１０）、およびプレートウェルエリアのためのラベル（２６０８）、（２６１２）、（２６１６）を含む。

この例は、特定化された属性インターフェースを用いるプラグイン（２６００）を描写する。要素および操作が属性ボックスを有する一方、プラグインは、特別な属性インターフェースの選択肢を有し得る。この例において、３８４ウェルプレート（２６０２）という名のタイプ３８４プラグインのプラグイン（２６００）が示される。マイクロプレートは、アッセイにおいて一般的であり、さまざまな行列サイズで利用可能である。マイクロプレートにおける各ウェルは、異なる実験的パラメータをとともに異なる実験を含有し得る。プラグインにおいて、プレートマップまたはマイクロプレートが示される（２６０４）。マップは、マイクロプレート内の種々の領域を描写する。例えば、最初の２列（２６０６）は、正の対照、すなわち、正の応答を示すことが知られているものを含有し得る。正の対照ウェルはまた、色、名前、および注記によってプレートの頂部にラベル付けされ（２６０８）、マップ上で固有色を割り当てられる（２６０６）。ユーザは、プレートマップを生成するために必要なだけの数のラベルを有する必要なだけの数のウェルを割り当てることができる。対照は、ユーザが、選択に追加し、選択を取り除き、選択をクリアにし、あるいはプレート上に新たな選択を生成することを可能にする（２６１０）。負の対照は、アッセイにおける応答を引き起すべきではないウェルである（２６１２）。これらのウェルは、プレートマップの右端上に示される（２６１４）。実験ウェルは、頂部にラベル付けされ（２６１６）、色でプレートマップの中心領域に示される（２６１８）。特別な属性インターフェースを有するこの種類のプラグインは、ユーザが、アッセイについてプレートマップを視覚的に設計することを可能にする。その上、プレートマップは、それがライブラリ（３３０）内にテンプレートとして記憶され得るので、多くの実験のために使用され得る。ユーザは、属性を再入力させること無しに同じテンプレートを使用して（高スループットスクリーニングの研究室においてよく起こるように）多くのプレートを実施することができる。さらに、技術プロバイダ（例えば、アッセイキット供給業者）は、そのようなプラグインを準備することができ、ユーザが製造業者によって説明されるようにアッセイを迅速に実施し得るように、ユーザがそれらをダウンロードすることを可能にする。その上、これは、生成され得るただ１つの種類のプラグインである。特別な属性インターフェースプラグインが、図５に説明されるような、ＤＮＡアッセイ、タンパク質アッセイ、合成アッセイ、石油化学アッセイなどのために提供され得る。ユーザは、特定のまたはカスタムアッセイとともに使用するためのためにプラグインを設計するように、プラグイン生成インターフェース（５０６）を使用することができる。それらは、ローカルデバイスライブラリ（２００）、イントラネットネットワークライブラリ（１２０）、または国際社会と共有されることになるエクストラネットメインネットワークライブラリ（１６０）ならびに他の位置に記憶され得る。

図２７Ａ、２７Ｂ、２７Ｃ、および２７Ｄは、本明細書において説明されたソフトウェア技法を使用する論理的アッセイワークフローを例示する。ユーザは、ソフトウェアを開始し、ログイン（２７０２）処理から始める。一旦ログインされると、ナビゲーションツリーが左のパネルにロードされる（２７０４）。ユーザは、新たなアッセイ（２７０６）を生成し得るか、あるいは、既存のアッセイをロードし得る。

アッセイが既存のアッセイである場合、ユーザは、アッセイライブラリからアッセイを選択する（２７０８）。選択されたアッセイは、アッセイ設計パネルにロードされる（２７１０）。ユーザは、要素、操作、およびプラグインの属性を更新し得る（２７１４）。ユーザはまた、所望に応じて、要素、操作、およびプラグインを取り除くことができ、または、例えば要素、操作、およびプラグインなどの項目をアッセイに追加することができる（２７１４）。

２７Ａから２７Ｂに続けると、ユーザが新たなアッセイを構築することを選ぶ場合、ユーザは、要素（２７１６）、操作（２７３２）、またはプラグイン（２７４６）を追加することを選び得る。ユーザが新たな要素を追加すること（２７１８）を選ぶ場合、彼らは、ライブラリに追加される要素生成インターフェース（２７２０）を使用して新たな要素を生成することができる。ユーザは、要素選択インターフェース（２７２２）を使用して新たなまたは既存の要素を選択することができ、その要素選択インターフェースは、ライブラリから要素を選択する（２７２４）。要素は、次いで、ワークスペースに追加され（２７２６）、ユーザは、要素属性を更新することができる（２７２８）。ユーザは、例えば要素、操作、またはプラグインなどのより多くの項目を追加することを選び得る（２７３０）。

ユーザが操作を追加することを選ぶ場合（２７３２）、ユーザは、新たな操作を追加すること（２７３４）と、操作生成インターフェース（２７３６）を使用して新たな操作を生成することとができ、その操作生成インターフェースは、新たな操作をライブラリに追加する。ユーザは、操作選択インターフェース（２７３８）を使用して新たなまたは既存の操作を選択することができ、その操作選択インターフェースは、ライブラリから操作を選択する（２７４０）。操作は、次いで、ワークスペースに追加され（２７４２）、ユーザは、操作属性を更新することができる（２７４４）。ユーザは、例えば要素、操作、またはプラグインなどのより多くの項目を追加することを選び得る（２７３０）。

ユーザがプラグインを追加することを選ぶ場合（２７４６）、ユーザは、新たなプラグインを追加すること（２７４８）と、プラグイン生成インターフェース（２７５０）を使用してプラグインを生成することとができ、そのプラグイン生成インターフェースは、新たなプラグインをライブラリに追加する。ユーザは、プラグイン選択インターフェース（２７５２）を使用して新たなまたは既存のプラグインを選択することができ、そのプラグイン選択インターフェースは、ライブラリからプラグインを選択する（２７５４）。プラグインは、次いで、ワークスペースに追加され（２７５６）、ユーザは、プラグイン属性を更新することができる（２７５８）。ユーザは、例えば要素、操作、またはプラグインなどのより多くの項目を追加することを選び得る（２７３０）。

２７Ｂから２７Ｃに続けると、ユーザが要素、操作、またはプラグインを追加しないことを選ぶ場合（２７３０）および（２７１４）、ユーザは、ウィザードを実効することを選ぶことができる（２７６０）。ウィザードが開始される場合、ウィザードエンジン（２７６２）は、アッセイにおける全ての要素、操作、およびプラグインの属性を評価することができ、ウィザード応答（２７６４）によってユーザに応答をもたらすことができる。次いで、ユーザはまた、データをアッセイに追加することを選び得る（２７６６）。

あるいは、ユーザは、ウィザードを実行しないことを選び得る。ユーザはまた、データをアッセイに追加することを選び得る（２７６６）。ユーザがデータを追加しないことを選ぶ場合、ユーザは、アッセイを保存し得る（２７８４）。ユーザがデータをアッセイに追加することを選ぶ場合、彼らは、データをインポートし得（２７６８）、データインポートインターフェース（２７７０）を使用し得、データについてパーサーを選択し得（２７７２）、データをライブラリに追加し得る。データは、データライブラリから選択され得（２７７４）、アッセイに追加され得る（２７７６）。

ユーザは、データ上でデータ分析を行うことを選び得る（２７７８）。データ分析は、データ分析エンジン（２７８０）を用いて行われ得、データ分析は、ライブラリに保存され得る（２７８２）。アッセイが保存され得る（２７８４）。あるいは、ユーザがデータ分析を行わないことを選ぶ場合も同様に、アッセイが保存され得る（２７８４）。

２７Ｃから２７Ｄに続けると、ユーザは、署名エンジン（２７８６）を使用して彼らの署名をアッセイに追加することができる。トランザクションファイルはまた、図１１や図２５に説明されるようにトランザクションファイルを生成するトランザクションエンジン（２７８８）、ユーザモジュール２７９０、および暗号化エンジン（２７９２）を使用して生成される。アッセイが、ライブラリに保存される（２７９４）。ユーザは、ログアウトして出ることができる（２７９６）。

保存されたアッセイまたは構成要素は、図１６Ａ〜１６Ｂ、図１７Ａ〜１７Ｂ、図１８Ａ〜１８Ｂ、および図１９Ａ〜１９Ｂに説明されるように、チームとまたは国際社会と共有され得る。

上記の技法は、デジタルおよび／またはアナログ電子回路に、あるいはコンピュータハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、またはそれらの組み合わせで実現され得る。実現形態は、コンピュータプログラム製品、すなわち、例えばプログラム可能なプロセッサ、コンピュータ、および／または複数コンピュータなどのデータ処理装置による実行のために、あるいはデータ処理装置の操作を制御するために、マシンで読み取り可能な記憶デバイスに有形に具体化されるコンピュータプログラムとしてあり得る。コンピュータプログラムは、ソースコード、コンパイルされるコード、解釈されるコードおよび／またはマシンコードを含むコンピュータあるいはプログラミング言語の任意の形態で書かれ得、コンピュータプログラムは、独立型のプログラムとしてまたはサブルーチン、要素、もしくはコンピューティング環境における使用に適した他の単位としての形態を含む、任意の形態で展開され得る。コンピュータプログラムは、１つもしくは複数のサイトで１つのコンピュータ上でまたは複数のコンピュータ上で実行されるように展開され得る。

方法のステップは、入力データ上の操作によって、および／または出力データを生成することによって、発明の機能を果たすためにコンピュータプログラムを実行する１つあるいは複数のプロセッサによって行われ得る。方法のステップはまた、特殊用途の論理回路、例えば、ＦＰＧＡ（フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ）、ＦＰＡＡ（フィールド・プログラマブル・アナログ・アレイ）、ＣＰＬＤ（複合プログラマブル論理デバイス）、ＰＳｏＣ（プログラマブル・システム・オン・チップ）、ＡＳＩＰ（特定用途向け命令設定プロセッサ）、あるいはＡＳＩＣ（特定用途向け集積回路）によって行われ得、装置は、その特殊用途の論理回路として実現され得る。サブルーチンは、１つもしくは複数の機能を実現するコンピュータプログラムおよび／またはプロセッサ／特別回路の一部分のことを言い得る。

コンピュータプログラムの実行に適したプロセッサは、例として、汎用および特殊用途の両方のマイクロプロセッサ、ならびに任意の種類のデジタルもしくはアナログコンピュータの任意の１つまたは複数のプロセッサを含む。一般に、プロセッサは、読み取り専用メモリまたはランダムアクセスメモリあるいはその両方から命令およびデータを受け取る。コンピュータの本質的要素は、命令を実行するためのプロセッサと、命令および／もしくはデータを記憶するための１つまたは複数のメモリデバイスである。メモリデバイス、例えばキャッシュなどが、データを一時的に記憶するために使用され得る。メモリデバイスはまた、長期的なデータ記憶のためにも使用され得る。一般に、コンピュータはまた、データを記憶するための１つまたは複数の大容量記憶デバイス、例えば、磁気、光磁気ディスク、もしくは光ディスクを含み、あるいは、その大容量記憶デバイスからデータを受け取るために、もしくはその大容量記憶デバイスにデータを転送するために、またはその両方のために操作可能に結合される。コンピュータはまた、ネットワークから命令および／またはデータを受け取るために、ならびに／あるいはネットワークに命令および／またはデータを転送するために通信ネットワークに動作可能に結合され得る。コンピュータプログラム命令およびデータを具体化するのに適したコンピュータで読み取り可能な記憶デバイスは、揮発性および不発性メモリの全ての形態を含み、例として、半導体メモリデバイス、例えば、ＤＲＡＭ、ＳＲＡＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、およびフラッシュメモリデバイス、磁気ディスク、例えば、内部ハードディスクまたは取り外し可能ディスク、光磁気ディスク、ならびに光ディスク、例えば、ＣＤ、ＤＶＤ、ＨＤ−ＤＶＤ、およびブルーレイディスクを含む。プロセッサおよびメモリは、特殊用途の論理回路によって補充され得るおよび／または特殊用途の論理回路に組み込まれ得る。

ユーザとの相互やりとりをもたらすために、上記の技法は、情報をユーザに表示するための表示するために、表示デバイス、例えば、ＣＲＴ（ブラウン管）、プラズマ、もしくはＬＣＤ（液晶ディスプレイ）モニタ、およびユーザが入力をコンピュータに提供することができるキーボードやポインティングデバイス、例えば、マウス、トラックボール、タッチパッド、または動きセンサと通信する（例えば、ユーザインターフェース要素と相互やりとりする）コンピュータ上に実現され得る。他の種のデバイスも同様に、ユーザとの相互やりとりを提供するために使用され得、例えば、ユーザに提供されるフィードバックは、センサフィードバックの任意の形態、例えば、視覚的フィードバック、聴覚フィードバック、または触覚フィードバックであり得、ユーザからの入力は、音響、発話、および／または触覚入力を含む任意の形態で受信され得る。

上記の技法は、バックエンド構成要素を含む分散型コンピューティングシステムにおいて実現され得る。バックエンド構成要素は、例えば、データサーバ、ミドルウェア構成要素、および／またはアプリケーションサーバであり得る。上記の技法は、フロントエンド構成要素を含む分散型コンピューティングシステムにおいて実現され得る。フロントエンド構成要素は、例えば、グラフィカルユーザインターフェース、ウェブブラウザであって、そのウェブブラウザを通してユーザが実現形態例と相互やりとりすることができるウェブブラウザ、および／または送信デバイスのための他のグラフィカルユーザインターフェースを有するクライアントコンピュータであり得る。上記の技法は、そのようなバックエンド、ミドルウェア、またはフロントエンド構成要素の任意の組み合わせを含む分散型コンピューティングシステムにおいて実現され得る。

コンピューティングシステムは、クライアントおよびサーバを含むことができる。クライアントおよびサーバは、一般に、互いにリモートであり、典型的には、通信ネットワークを通して相互やりとりする。クライアントおよびサーバの関係は、それぞれのコンピュータ上で走るコンピュータプログラムであって、互いにクライアントとサーバの関係性を有するコンピュータプログラムによって生まれる。

コンピューティングシステムの構成要素は、デジタルまたはアナログデータ通信の任意の形態あるいは媒体（例えば、通信ネットワーク）によって相互接続され得る。通信ネットワークの例は、回路をベースとしたおよびパケットをベースとしたネットワークを含む。パケットをベースとしたネットワークは、例えば、インターネット、キャリアインターネットプロトコル（ＩＰ）ネットワーク（例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、キャンパスエリアネットワーク（ＣＡＮ）、メトロポリタンエリアネットワーク（ＭＡＮ）、ホームエリアネットワーク（ＨＡＮ）、プライベートＩＰネットワーク、ＩＰ構内交換機（ＩＰＢＸ）、無線ネットワーク（例えば、無線アクセスネットワーク（ＲＡＮ）、８０２．１１ネットワーク、８０２．１６ネットワーク、汎用パケット無線サービス（ＧＰＲＳ）ネットワーク、ＨｉｐｅｒＬＡＮ）、および／または他のパケットをベースとしたネットワークを含むことができる。回路をベースとしたネットワークは、例えば、公衆交換電話網（ＰＳＴＮ）、構内交換機（ＰＢＸ）、無線ネットワーク（例えば、ＲＡＮ、ブルートゥース、符号分割多元接続（ＣＤＭＡ）ネットワーク、時分割多元接続（ＴＤＭＡ）ネットワーク、モバイル通信のための世界的なシステム（ＧＳＭ（登録商標））ネットワーク）、および／または他の回路をベースとしたネットワークを含むことができる。

コンピューティングシステムのデバイスおよび／またはコンピューティングデバイスは、例えば、コンピュータ、ブラウザデバイスを有するコンピュータ、電話、ＩＰ電話、モバイルデバイス（例えば、携帯電話、パーソナルデジタルアシスタント（ＰＤＡ）デバイス、ラップトップコンピュータ、電子メールデバイス）、サーバ、１つまたは複数の処理カードを有するラック、特殊用途の回路、および／または他の通信デバイスを含むことができる。ブラウザデバイスは、例えば、ワールド・ワイド・ウェブブラウザ（例えば、マイクロソフト社から利用可能なマイクロソフト（登録商標）インターネットエクスプローラー（登録商標）、モジラ社から利用可能なモジラ（登録商標）ファイアフォックス）を用いるコンピュータ（例えば、デスクトップコンピュータ、ラップトップコンピュータ）を含む。モバイルコンピューティングデバイスは、例えば、ブラックベリー（登録商標）を含む。ＩＰ電話は、例えば、Ｃｉｓｃｏ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｉｎｃから利用可能なＣｉｓｃｏ（登録商標）Ｕｎｉｆｉｅｄ ＩＰ Ｐｈｏｎｅ ７９８５Ｇ、および／またはＣｉｓｃｏ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｉｎｃから利用可能なＣｉｓｃｏ（登録商標）Ｕｎｉｆｉｅｄ Ｗｉｒｅｌｅｓｓ Ｐｈｏｎｅ ７９２０を含む。

当業者は、発明が、それらの趣旨または本質的特徴から逸脱すること無く、他の特殊形態に具体化され得ることに気付くであろう。前述の実施形態は、したがって、本明細書において説明された発明を限定するものではなくて、あらゆる点で例示的なものであるとされるものである。発明の範囲は、それ故、前述の説明によってではなくて、添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の等価の意味および範囲内に入る全ての変更は、したがって、その中に包含されることが意図される。

前述は「発明」のことを言うが、この開示は、２つ以上の発明を含み得る。

Claims (7)

1. アッセイ仕様に対して異なる責任を有するユーザのグループの中の前記アッセイ仕様の実行を協力的に開発及び制御するためのコンピュータ化された方法であって、本方法は、コンピュータによって実行される以下のステップ、
   （Ａ）データベース内に、
   １セットのユーザが選択可能な要素データオブジェクトであって、各要素データオブジェクトが、１つまたは複数のアッセイにおいて使用され得る構成要素を定義する、要素データオブジェクトと、
   １セットのユーザが選択可能な操作データオブジェクトであって、各操作データオブジェクトが、１つまたは複数の要素データオブジェクトについて行われ得る活動を定義する、操作データオブジェクトと、
   要素データオブジェクトの識別されたセット、及び、操作データオブジェクトの識別されたセットが、ユーザによって実行され得る有効なアッセイ操作であるかどうかを定義するための１セットの確認規則と、を記憶するステップと、
   （Ｂ）候補アッセイ仕様の第１の部分について、
   前記１セットの要素データオブジェクトからの第１のセットの要素データオブジェクトと、
   前記１セットの操作データオブジェクトからの第１のセットの操作データオブジェクトであって、前記第１のセットの操作データオブジェクトからの各操作データオブジェクトが、前記第１のセットの要素データオブジェクトからの前記要素データオブジェクトのうちの１つまたは複数について行うための活動を定義し、且つ、前記第１のセットの要素データオブジェクトの活動の制御された一時的な注文を特定する、当該第１のセットの操作データオブジェクトと、
   を選択することを示すデータを第１のユーザから受信するステップと、
   （Ｃ）前記第１のセットの要素データオブジェクト及び前記第１のセットの操作データオブジェクトを確認するために確認規則を実行するステップと、
   （Ｄ）前記受信されたデータに基づく前記候補アッセイ仕様の第１の部分であって、前記第１のセットの要素データオブジェクトおよび前記第１のセットの操作データオブジェクトの仕様を含む、当該候補アッセイ仕様の第１の部分を生成するステップと、
   （Ｅ）前記第１のユーザに加えて、他のグループのユーザによってアクセス可能であるライブラリに、前記候補アッセイ仕様の第１の部分を共有するステップと、
   （Ｆ）前記第１のユーザのグループとは異なるグループの第２のユーザから、前記候補アッセイ仕様の第１の部分を前記第２のユーザが選択することを示すデータを受信するステップと、
   （Ｇ）前記候補アッセイ仕様の第１の部分に基づいた前記候補アッセイ仕様の第２の部分に対して、
   前記１セットの要素データオブジェクトからの第２のセットの要素データオブジェクトと、
   前記１セットの操作データオブジェクトからの第２のセットの操作データオブジェクトと、を選択することを示す第２のデータを前記第２のユーザから受信するステップであって、前記第２のセットの操作データオブジェクトからの各操作データオブジェクトは、前記第２のセットの選択された要素データオブジェクトからの１つまたは複数の要素データオブジェクトを実行するように活動を定義し、且つ、前記第２のセットの要素データオブジェクトの実行のための活動の制御された一時的な注文を特定する、ステップと、
   （Ｈ）確認規則を実行するステップであって、
   前記第２のセットの要素データオブジェクト及び前記第２のセットの操作データオブジェクトが、有効なアッセイ操作を特定すること、及び、
   前記第２のセットの要素データオブジェクト及び前記第２のセットの操作データオブジェクトが、前記候補アッセイ仕様の第１の部分全体とともに実行されるときに、有効なアッセイ仕様を特定することを確認するように確認規則を実行し、前記第２のユーザが、前記仕様の少なくとも一部を見ることの許可を有しないことから、前記第２のユーザは、前記候補アッセイ仕様の第１の部分の仕様の少なくとも一部に気付かない、ステップと、
   （Ｉ）前記第１の部分及び第２の部分に基づいて前記候補アッセイ仕様を生成するステップであって、前記候補アッセイ仕様は、前記第１及び第２セットの要素データオブジェクト及び前記第１及び第２セットの操作データオブジェクトの全仕様を含む、ステップと、
   を含み、
   ユーザの複数のグループが、前記候補アッセイ仕様の設計及び実行において即時的に協力可能であり、異なるグループの各々の前記アッセイ仕様の異なる部分への異なるアクセス許可に基づいて、ユーザの異なるグループによって異なる部分が生成及び実行された、コンピュータ化された方法。
2. 前記候補アッセイ仕様のためのステップごとの実行指示であって、各ステップが、前記第１のセットの要素データオブジェクトからのうちの１つまたは複数の物理的構成要素と、前記１つまたは複数の物理的構成要素について行うための前記１セットの操作データオブジェクトからのうちの１つまたは複数の活動と、を列挙する、ステップごとの実行指示を生成するステップと、
   前記ステップごとの実行指示から第１のステップを表示するステップと、
   前記第１のステップの完了を示すデータを受信するステップと、
   前記候補アッセイ仕様の第１のステップの完了を記録するためにトランザクションログファイルを更新するように、前記第１のステップの完了タイムスタンプを記録するステップであって、前記トランザクションログファイルは、ユーザによって実行された前記候補アッセイ仕様からのデータを含み、前記トランザクションログファイルが、ユーザによって実行及び特定された操作を記録する、ステップと、を更に含む、請求項１に記載のコンピュータ化された方法。
3. 各ユーザが、他のユーザに利用可能な前記候補アッセイ仕様の部分にアクセスできないように、前記候補アッセイ仕様の異なる部分を第３及び第４のユーザと共有するステップ、
   前記第３及び第４のユーザの各々から、アッセイの共有された異なる部分の実行を示すデータを受信するステップであって、該ステップは、
   ユーザによる、ユーザの選択可能な要素データオブジェクトのセットからの１つまたは複数の要素データオブジェクトの実行、及び、
   ユーザによる、ユーザの選択可能な操作データオブジェクトのセットからの１つまたは複数の操作データオブジェクトの実行を含む、ステップ、及び／又は、
   前記候補アッセイ仕様との個々の相互やりとりが、前記第１及び第２のユーザの各々にとって経時的に追跡可能であるように、前記第３及び第４のユーザによって実行及び特定された操作を記録するために、前記第３及び第４のユーザによって実行された前記候補アッセイ仕様からのデータを含むトランザクションログファイルを生成するステップを更に含む、請求項１に記載のコンピュータ化された方法。
4. 前記第１の部分へのアクセスのために前記第２のユーザに関連付けられた許可データをチェックするステップと、
   前記第２のユーザに関連付けられた許可データに基づいて、ユーザが前記第１の部分の少なくとも一部にアクセスする許可を有しないことを決定するステップと、
   前記候補アッセイ仕様の省略された第１の部分を生成するステップであって、前記候補アッセイ仕様の省略された第１の部分は、
   前記第２のユーザがアクセスの許可を有する、前記第１のセットの要素データオブジェクトからの要素データオブジェクトのサブセットと、
   前記第２のユーザがアクセスの許可を有する、前記第１のセットの操作データオブジェクトからの操作データオブジェクトのサブセットと、を含む、ステップと、
   を更に含む、請求項１に記載のコンピュータ化された方法。
5. 要素データオブジェクトであって、物理的構成要素の販売業者を示すデータを含む、要素データオブジェクトによって定義された前記物理的構成要素を購入するための要求を示すデータを受信するステップと、
   前記物理的構成要素について注文要求を前記販売業者に送信するステップと、を更に含む、請求項１に記載のコンピュータ化された方法。
6. 前記候補アッセイ仕様を生成するステップは、前記選択された第１及び第２のセットの要素データオブジェクトおよび前記第１及び第２のセットの操作データオブジェクトのグラフィカル表現を、テキストをベースとしたアッセイデータファイルに変換することを含む、請求項１に記載のコンピュータ化された方法。
7. 第２のアッセイデータファイルをロードするための要求を示すデータを受信するステップと、
   前記第２のアッセイデータファイルのグラフィカル表現を生成するステップと、を更に含む、請求項１に記載のコンピュータ化された方法。