JP6463797B2 - 構造変異検出方法、デバイス及びシステム - Google Patents

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Description

本発明は、遺伝子検出技術分野に関し、特に、構造変異検出方法、デバイス及びシステムに関する。
従来の人間全ゲノムのリシーケンスにおいて、大量の初期データに対して構造変異検出を行ってデータ分析を行う必要がある。
数量の増大に連れて、今の構造変異検出でサポートできる方法として非並列法があり、このような方法は一つのデバイス且つ一つのプロセスで全部のテストシーケンスを検出することに適用する。この方法は、コンピュータリソースを充分に利用せず、テスト時間が長い。テスト時間を短縮するために、従来の技術は非並列法を改良して、並列法の構造変異検出方案を提出したが、この方法ではテストシーケンスを染色体によって分割し、処理する時に各デバイスが特定の染色体セグメントの染色体を処理することによって、複数のセグメントの染色体を並列に検出でき、一つの染色体を一つのプロセスで処理できる。コンピュータリソースをもう一歩利用するように、従来の技術ではさらに染色体における簡単な並列演算方法を提出し、テストシーケンスを染色体によって分離し、その後、染色体毎を位置（range）に従ってNに分割し、一つずつ一つのプロセスを起動して、並列に実行する。
しかし、染色体の異なる位置での処理時間が異なるので、各セグメントの処理時間も異なり、並列タスクの割当バランスが取れなく、一部は速く完了し、一部は長い時間が必要であり、アイドル状態のコンピュータリソースを充分に利用できず、全体のテストシーケンスのテスト時間が長い。
本発明は、コンピュータ資源を充分に利用し、全体テストシーケンスのテスト時間を短縮する構造変異検出方法、デバイス及びシステムを提供する。
本発明は、
管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得し、
前記管理デバイスが各前記検出デバイスに各前記検出タスクを発送して、各前記検出タスクを起動し、
前記管理デバイスが前記少なくとも二つの検出デバイスの前記検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、
未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、前記管理デバイスは検出タスクを完了しなかった前記検出デバイスへ未完了の前記検出タスクを取り消す指示を発送し、
前記管理デバイスは未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせることを含む構造変異検出方法を提供する。
さらに、好ましくは、前記方法において、前記管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得するには、具体的に、
前記管理デバイスが前記テストシーケンスを染色体によって割れており、
前記管理デバイスが割れた全部の染色体を位置によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得することを含む。
さらに、好ましくは、前記方法において、前記管理デバイスが割れた全部の染色体を位置によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得するには、具体的に、
前記管理デバイスが構造変異検出システムに含んでいる検出デバイスの数量及び前記検出デバイス毎のコア数に基づいて、割れた全部の染色体を位置によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得ことを含み、且つ、前記少なくとも二つの検出タスクの数量は前記検出デバイスの数量と前記コンピュータのコア数の乗算結果の整数倍に等しい。
さらに、好ましくは、前記方法において、未完了のプロセス数量が元々の予設比例の閾値までに減少された場合、前記管理デバイスが検出タスクを完了しなかった前記検出デバイスに未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを発送した後、さらに、
前記検出デバイスが発送した取り消した前記検出タスクのリストを受信することを含む。
さらに、好ましくは、前記方法において、前記管理デバイスが各前記検出デバイスの前記検出タスクが完了したことを検出した場合、さらに、
前記管理デバイスは、各前記検出デバイスが発送した対応する前記検出タスクに対する検出結果ファイルを受信し、
前記管理デバイスが受信した各前記検出結果ファイルを一つに合併することを含む。
本発明は、さらに、
検出デバイスが管理デバイスから発送した検出タスクを受信し、
前記検出デバイスが前記管理デバイスから発送した前記検出タスクを起動する指示メッセージを受信し、
前記検出デバイスが前記検出タスクを起動する指示メッセージに基づいて、他の前記検出デバイスと同時に対応する前記検出タスクに対する検出を起動し、
前記管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、現在前記検出デバイスが検出を完了しなかった場合、前記検出デバイスが前記管理デバイスから発送した未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを受信し、
前記検出デバイスが前記未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の前記検出タスクを取り消して、前記管理デバイスが未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせることを含む構造変異検出方法を提供する。
さらに、好ましくは、前記方法において、前記検出デバイスが前記管理デバイスから発送した未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを受信してから、前記検出デバイスが前記未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の前記検出タスクを取り消す前に、さらに、
前記検出デバイスが未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔の以上であるか否かを判断し、
前記検出デバイスが未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が前記予設の位置間隔以上であることを確定することを含む。
さらに、好ましくは、前記方法において、未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が前記予設の位置間隔より小さい場合、さらに、
前記検出デバイスが未完了のプロセスを取り消さずに、前記検出タスクの構造変異検出のプロセスを検出完了までに監視し、
前記検出デバイスが前記管理デバイスへ対応する前記検出タスクの検出結果ファイルを発送することを含む。
本発明は、さらに、
テストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得するタスク分割モジュールと、
各前記検出デバイスに各前記検出タスクを発送し、各前記検出タスクを起動するタスク発送及び起動モジュールと、
前記少なくとも二つの検出デバイスの前記検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定するタスク検出モジュールと、
未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、検出タスクを完了しなかった前記検出デバイスへ未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを発送するタスク処理モジュールとを含み、
前記タスク分割モジュールは、さらに、未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、
前記タスク発送及び起動モジュールは、さらに、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせることを含む構造変異検出の管理デバイスを提供する。
さらに好ましくは、前記デバイスにおいて、前記タスク分割モジュールは、具体的に、
前記テストシーケンスを染色体によって割れており、
割れた全部の染色体を位置によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得する。
さらに好ましくは、前記デバイスにおいて、前記タスク分割モジュールは、具体的に、前記管理デバイスが構造変異検出システムに含んでいる検出デバイスの数量及び前記検出デバイス毎のコア数に基づいて、割れた全部の染色体を位置によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得し、且つ、前記少なくとも二つの検出タスクの数量は前記検出デバイスの数量と前記コンピュータのコア数の乗算結果の整数倍に等しい。
さらに好ましくは、前記デバイスにおいて、さらに、
前記検出デバイスが発送した取り消した前記検出タスクのリストを受信する受信モジュールを含んでいる。
さらに好ましくは、前記デバイスにおいて、さらに、合併モジュールを含み、
前記受信モジュールは、さらに各前記検出デバイスの前記検出タスク完了を検出し、各前記検出デバイスが発送した対応する前記検出タスクに対する検出結果ファイルを受信し、
前記合併モジュールは、受信した各前記検出結果ファイルを一つに合併する。
本発明は、さらに、
管理デバイスから発送した検出タスクを受信し、
さらに、前記管理デバイスが発送した前記検出タスクを起動する指示メッセージを受信し、
さらに、前記管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、現在前記検出デバイスが検出を完了しなかった場合、前記管理デバイスが発送した未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを受信する受信モジュールと、
前記検出タスクを起動する指示メッセージに基づいて、他の前記検出デバイスと同時に対応する前記検出タスクに対する検出を起動するタスク起動モジュールと、
前記未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の前記検出タスクを取り消して、前記管理デバイスが未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせるタスク処理モジュールとを含む
構造変異検出の検出デバイスを提供する。
さらに好ましくは、前記デバイスにおいて、さらに、
未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔の以上であるか否かを判断し、未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が前記予設の位置間隔以上であることを確定するタスク検出モジュールを含む。
さらに好ましくは、前記デバイスにおいて、さらに発送モジュールを含み、
前記タスク処理モジュールは、さらに、未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が前記予設の位置間隔より小さい場合、未完了のプロセスを取り消さずに、前記検出タスクの構造変異検出のプロセスを検出完了までに監視し、
前記発送モジュールは、前記管理デバイスへ対応する前記検出タスクの検出結果ファイルを発送する。
本発明は、さらに、構造変異検出の管理デバイスと、少なくとも二つの構造変異検出の検出デバイスとを含み、前記構造変異検出の管理デバイスはそれぞれ各前記構造変異検出の検出デバイスと通信接続され、
前記構造変異検出の管理デバイスは、前記の構造変異検出の管理デバイスを利用し、前記構造変異検出の検出デバイスは、前記の構造変異検出の検出デバイスを利用する。
本発明の構造変異検出方法及び装置は、管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得し、各検出デバイスへ各検出タスクを発送し、各検出タスクを起動し、少なくとも二つの検出デバイスの検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送し、未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。本実施例の技術案を利用して、毎回の構造変異検出において未完了のプロセスに対応する染色体セグメントを再び一つのセグメントのテストシーケンスとして前記ステップを重複に繰り返して実行して、コンピュータ資源を充分に利用し、全体テストシーケンスの構造変異の検出プロセスを速くし、全体テストシーケンスの構造変異の検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。
本発明の構造変異検出方法の実施例一のフローチャートである。 本発明の構造変異検出方法の実施例二のフローチャートである。 本発明の構造変異検出方法の実施例三のフローチャートである。 本発明の構造変異検出の管理デバイスの実施例の構造図である。 本発明の構造変異検出の検出デバイスの実施例の構造図である。 本発明の構造変異検出のシステムの実施例の構造図である。
本発明の目的、技術案及び利点をより明確にするために、以下では図面及び具体的な実施例を利用して本発明を詳細に記述する。
図1は、本発明の構造変異検出方法の実施例一のフローチャートである。図1に示すように、本実施例の構造変異検出方法は、具体的に以下のステップを含む。
100で、管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得する。
101で、管理デバイスが各検出デバイスへ各検出タスクを発送し、各検出タスクを起動する。
例えば、各検出タスクを起動するには、具体的に、各検出デバイスへ検出タスクを起動する指示メッセージを発送して、検出タスクの実行を起動する。
102で、管理デバイスは、少なくとも二つの検出デバイスの検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、ステップ103を実行し、そうしないと、ステップ102に返して継続して検出する。
103で、管理デバイスが検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送し、ステップ104を実行する。
104で、管理デバイスが未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。
本実施例の構造変異検出方法は、構造変異検出システムに利用され、当該構造変異検出システムは、構造変異検出の管理デバイス（管理デバイスと簡略して記載する）と、少なくとも二つの構造変異検出の検出デバイス（検出デバイスと簡略して記載する）を含み、すなわち、当該管理デバイスは少なくとも二つの検出デバイスを管理して、少なくとも二つの検出デバイスを管理して検出タスクを実行させてもよい。
本実施例の構造変異検出方法は、人間の全ゲノムのリシーケンスに用いられる。本実施例のテストシーケンスは多い染色体によって構成される。先ず、管理デバイスが、テストシーケンスを染色体の位置（range）によって分割し、少なくとも二つの染色体セグメントを得ており、染色体セグメント毎を一つの検出タスクとする。例えば、分割して得た染色体セグメント毎の長さが等しい、即ち、分割して得た染色体セグメント毎における位置（range）値の間隔は同じである。構造変異検出で、検出タスク毎が一つの検出デバイスに割り当てられて、対応的に一つの検出タスクを起動し、それによって、少なくとも二つの検出タスクを同時に起動して、構造変異検出を並列に実行し、その後、管理デバイスが少なくとも二つの検出デバイスの検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、本実施例における予設比例の閾値は実際の必要によって設置してもよく、具体的に0-1の何れの比例であってもよく、例えば、1/2、又は1/3又は他の何れの比例値であってもよい。未完了のタスク数がタスクの総数の予設比例の閾値までに減少されなかった場合、継続して検出する。そうしないと、未完了のタスク数がタスク総数の予設比例の閾値までに減少された場合、管理デバイスが検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送し、管理デバイスが未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。言い換えると、未完了のタスク数がタスク総数の予設比例の閾値までに減少された場合、この時一部のプロセスが既に検出を完了し、また一部のプロセスが検出を完了しなく、検出タスクの割当がバランスと取れなくり、また検出を完了した検出デバイスにはまだアイドル状態のコンピュータリソースが存在して充分に利用されなく、本実施例では、未完了の検出タスクを一つのテストシーケンスとして、継続して染色体の位置（range）によってさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して継続して構造変異検出を行い、即ち上記のステップを重複に繰り返して実行して、コンピュータリソースを充分に利用し、構造変異の検出プロセスを速くし、構造変異の検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。
本実施例の構造変異検出方法では、管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得し、各検出デバイスへ各検出タスクを発送し、各検出タスクを起動し、少なくとも二つの検出デバイスの検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送し、未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。本実施例の技術案を利用することによって、毎回の構造変異検出で未完了のプロセスに対応する染色体セグメントを再び一つのセグメントのテストシーケンスとして重複に繰り返して上記ステップを実行し、コンピュータリソースを充分に利用し、全体テストシーケンスの構造変異の検出プロセスを速くし、全体テストシーケンスの構造変異の検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。
さらに好ましくは、上記実施例の技術案に基づき、上記実施例におけるステップ100「管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを得る」には、具体的に、
（a1）管理デバイスがテストシーケンスを染色体によって割り、
（a2）管理デバイスが割れた全部の染色体を位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを得ることを含む。
テストシーケンスは染色体によって構成され、染色体はまた多い位置（range）を含み、本実施例の技術案において、先ずに、管理デバイスがテストシーケンスを染色体によって割り、その後、割れた染色体を位置（range）によって分割し、少なくとも二つの染色体セグメントを得る。好ましくは、分割する時、分割して得た染色体セグメントは均等である。
好ましくは、上記実施例におけるステップ（a2）「管理デバイスが割れた全部の染色体を位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを得る」には、具体的に、管理デバイスが構造変異検出システムに含んでいる検出デバイスの数量及び検出デバイス毎のコア数に基づいて、割れた全部の染色体を位置（range）によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得することを含み、且つ少なくとも二つの検出タスクの数量は検出デバイスの数量とコンピュータのコア数の乗算結果の整数倍に等しい。
言い換えると、構造変異検出を行うシステムの検出デバイスの数量及び検出デバイス毎のコア数に基づいて、割れた全部の染色体を位置によって分割して、分割した検出タスクの数量が検出デバイスの数量とコンピュータ毎のコア数の乗算結果の整数倍にぴったり等しくなり、それによって、構造変異検出を行う時、検出デバイスに割り当てた検出タスクの数量は同じになるように保証でき、これによって、コンピュータリソースを充分に利用し、且つ最大程度で構造変異検出タスクのバランスを保証でき、全体テストシーケンスの検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。また、本実施例の構造変異検出方法で、また構造変異検出システムにおける検出デバイスの数量及び検出デバイス毎のコア数に基づいて、検出タスク数量を融通的に変化でき、拡張能力が非常に強い。
さらに好ましくは、上記実施例の技術案に基づき、ステップ103「未完了のプロセス数量が元々の予設比例の閾値までに減少された場合、管理デバイスが検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送」した後、さらに、検出デバイスが発送した取り消した未完了の検出タスクのリストを受信することを含んでいても良い。
言い換えると、管理デバイスが検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送し、検出デバイスが当該指示メッセージを受信してから、当該指示メッセージに基づいて、当該検出タスクを取り消す必要があるか否かを検出し、必要であると、当該検出タスクを取り消す。それによって、管理デバイスはそのとき当該検出デバイスへ発送した検出タスクを基づいて、当該検出タスクを一つの新たなテストシーケンスとし、ステップ100によって継続して分割し、ステップ101-103に従って継続して検出を繰り返して実行する。
ここで、検出デバイスが検出タスクを取り消す指示メッセージを受信した後、当該検出タスクを取り消すか否かを検出する条件は、具体的に、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔以上であるか否かを判断し、以上であると、当該検出タスクを取り消し、そうしないと、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔より小さいと、その時、検出デバイスは予設の位置間隔が染色体セグメントにおいて単位が最小のセグメントであり、さらに分割できないと認識する。未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔より小さいと、当該検出タスクを取り消す必要がなく、当該検出タスクを監視して実行完了すればよい。
また、好ましくは、検出デバイスは管理デバイスに取り消した検出タスクのリストを発送してもよい。この時、管理デバイスは、検出デバイスから発送した取り消した検出タスクに基づいて、上記ステップ100-103に従って継続して繰り返して検出してもよい。
さらに好ましくは、上記実施例の技術案に基づき、管理デバイスが各検出デバイスの検出タスク完了を検出した場合、さらに、以下のステップを含んでいてもよい。
（b1）管理デバイスが各検出デバイスから発送した対応する検出タスクに対する検出結果ファイルを受信する。
（b2）管理デバイスが受信した各検出結果ファイルを一つに合併する。
検出デバイス毎はそれに発送された検出タスクに対して検出を完了してから、相応する検出結果ファイルを生成し、検出デバイスは発送された検出タスクに対する検出を完了してから、相応する検出結果ファイルを生成し、検出結果ファイルを管理デバイスに発送する。このようにして、管理デバイスは受信した各検出デバイスの検出結果を一つに合併して、テストシーケンスの最後の検出結果ファイルとする。
上記実施例の技術案を利用することによって、毎回の構造変異体検出で未完了の検出タスクを再び一つのセグメントのテストシーケンスとして前記ステップを重複に繰り返して実行して、コンピュータリソースを充分に利用し、全体テストシーケンスの構造変異の検出プロセスを速くし、全体テストシーケンスの構造変異の検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。
図2は、本発明の構造変異検出方法の実施例二のフローチャートである。図2に示すように、本実施例の構造変異検出方法は、具体的に以下のステップを含む。
200で、検出デバイスが管理デバイスから発送した検出タスクを受信する。
201で、検出デバイスが管理デバイスから発送した検出タスクの指示メッセージを起動するを受信する。
202で、検出デバイスが検出タスクの指示メッセージを起動するに基づいて、他の検出デバイスと同時に対応する検出タスクに対する検出を起動する。
203で、管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、且つ現在検出デバイスが検出を完了しなかった場合、検出デバイスが管理デバイスから発送した未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを受信する。
204で、検出デバイスは未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の検出タスクを取り消し、管理デバイスが未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。
本実施例の構造変異検出方法の利用シーンは、上記図1に示す実施例と同じである。上記図1に示す実施例と異なることは、上記図1に示す実施例は構造変異検出システムの管理デバイス側に用いられるが、本実施例の技術案は構造変異検出システムの検出デバイス側に用いられる。本実施例では、管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出した時、現在検出デバイスが検出を完了しなかったことを例として発明の技術案を記載する。管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、現在検出デバイスが検出を完了した時、現在検出デバイスが管理デバイスへ検出結果を発送すればよい。現在検出デバイスが検出を完了したので、取り消す必要がある検出タスクが存在しない。本実施例の構造変異検出方法の実現過程は、上記管理デバイス側の構造変異検出方法の実現原理と同じで、詳しくは上記管理デバイス側の構造変異検出方法の記載を参照してもよく、ここで再び記述しない。
本実施例の構造変異検出方法は、検出デバイスが管理デバイスから発送した検出タスクを受信し、管理デバイスが発送した検出タスクの指示メッセージを起動するを受信する。検出タスクを起動する指示メッセージに基づいて、他の検出デバイスと同時に対応する検出タスクに対する検出を起動し、管理デバイスが検出未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、且つ現在検出デバイスが検出を完了しなかった場合、管理デバイスが発送した未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを受信し、未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の検出タスクを取り消し、管理デバイスが未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。上記技術案を利用することによって、毎回の構造変異検出で未完了の検出タスクに対応する染色体セグメントを再び一つのセグメントのテストシーケンスとして上記ステップを重複に繰り返して実行し、コンピュータリソースを充分に利用し、全体テストシーケンスの構造変異の検出プロセスを速くし、全体テストシーケンスの構造変異の検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。
さらに好ましくは、上記実施例の技術案に基づき、ステップ203「検出デバイスが管理デバイスから発送した未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを受信」してから、ステップ204「検出デバイスが未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の検出タスクを取り消す」前に、さらに以下のステップを含んでいてもよい。
（c1）検出デバイスが未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔以上であるか否かを判断する。
（c2）検出デバイスが未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔以上であることを確定する。
さらに好ましくは、上記実施例の技術案に基づき、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔より小さいと、さらに以下のステップを含んでいてもよい。
（d1）検出デバイスが未完了のプロセスを取り消さずに、検出タスクの構造変異検出のプロセスを検出が完了されるまでに監視する。
（d2）検出デバイスが管理デバイスへ対応する検出タスクの検出結果ファイルを発送する。
この時、検出デバイスは予設の位置間隔が染色体セグメントにおいて単位が最小のセグメントであり、さらに分割できないと認識する。未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔より小さいと、当該検出タスクを取り消す必要がなく、当該検出タスクを監視して実行完了すればよい。
上記実施例の構造変異検出方法は、構造変異検出システムの管理デバイス側の実現権利と同じで、詳細には、上記実施例における構造変異検出システムの管理デバイス側の構造変異検出方法を参照してもよく、ここでは重ねて述べない。
図3は、本発明の構造変異検出方法の実施例三のフローチャートである。図3に示すように、本実施例の構造変異検出方法は、具体的に以下のステップを含む。
300で、管理デバイスがテストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得する。
301で、管理デバイスが各検出デバイスへ各検出タスクと各検出タスクを起動する指示メッセージを発送する。
302で、検出デバイスが管理デバイスから発送した検出タスクと検出タスクを起動する指示メッセージを受信する。
303で、各検出デバイスが対応する検出タスクに対する検出を同時に起動する。
即ち、各検出デバイスは、検出タスクの検出を並列に実行する。
304で、管理デバイスが少なくとも二つの検出デバイスの検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、ステップ305を実行し、そうしないと、ステップ304に返して継続して検出する。
305で、管理デバイスが検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送し、ステップ306を実行する。
306で、検出デバイスが未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔以上であるか否かを判断する。以上であると、ステップ307を実行し、そうしないと、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔より小さいと、ステップ308を実行する。
307で、検出デバイスが未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の検出タスクを取り消し、ステップ309を実行する。
308で、検出デバイスが未完了のプロセスを取り消さずに、検出タスクの構造変異検出のプロセスを検出が完了されるまでに監視し、ステップ310を実行する。
309で、検出デバイスが管理デバイスへ取り消した未完了の検出タスクのリストを発送し、ステップ311を実行する。
310で、検出デバイスが管理デバイスへ対応する検出タスクの検出結果ファイルを発送し、ステップ312を実行する。
311で、管理デバイスが取り消した未完了の検出タスクを新たなテストシーケンスとし、ステップ300を実行する。
本実施例で、取り消した未完了の検出タスクを新たなテストシーケンスとしてさらに割り、各検出デバイスへ発送して継続して検出を行い、即ち、未完了の検出タスクに対して上記ステップを繰り返して実行する。
312で、管理デバイスが各検出デバイスが検出完了してから発送した検出結果ファイルを一つに合併して、元々のテストシーケンスの検出結果とする。
本実施例の構造変異検出方法が、上記技術案を利用することによって、毎回の構造変異検出で未完了の検出タスクに対応する染色体セグメントを再び一つのセグメントのテストシーケンスとして、上記ステップを重複に繰り返して実行して、コンピュータリソースを充分に利用し、全体テストシーケンスの構造変異の検出プロセスを速くし、全体テストシーケンスの構造変異の検出時間を短縮し、検出効率を向上させる。
図4は、本発明の構造変異検出の管理デバイスの実施例の構造図である。図4に示すように、本実施例の構造変異検出の管理デバイスは、具体的に、タスク分割モジュール10と、タスク発送及び起動モジュール11と、タスク検出モジュール12と、タスク処理モジュール13とを含む。
ここで、タスク分割モジュール10は、テストシーケンスを染色体の位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得する。タスク発送及び起動モジュール11は、各検出デバイスへタスク分割モジュール10が分割した各検出タスクを発送し、各検出タスクを起動する。タスク検出モジュール12は、タスク発送及び起動モジュール11が起動した少なくとも二つの検出デバイスの検出タスク完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定する。タスク処理モジュール13は、タスク検出モジュール12の検出結果に基づいて、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、検出タスクを完了しなかった検出デバイスへ未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを発送する。タスク分割モジュール10は、さらに、タスク処理モジュール13が取り消した未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割する。タスク発送及び起動モジュール11は、さらに、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。
本実施例の構造変異検出の管理デバイスが上記モジュールを利用して構造変異検出を実現する実現原理及び技術効果は、上記関連方法実施例の実現と同じであり、詳しくは上記関連方法実施例の記載を参照してもよく、ここでは重ねて述べない。
さらに好ましくは、上記図4に示す実施例の技術案に基づいて、タスク分割モジュール10は、具体的に、テストシーケンスを染色体によって割り、割れた全部の染色体を位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを得る。
さらに好ましくは、上記図4に示す実施例の技術案に基づき、タスク分割モジュール10は、具体的に、管理デバイスが構造変異検出システムに含んでいる検出デバイスの数量及び検出デバイス毎のコア数に基づいて、割れた全部の染色体を位置によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得し、且つ少なくとも二つの検出タスクの数量が検出デバイスの数量と検出デバイス毎のコア数の乗算結果の整数倍と等しい。このようにして、検出デバイスのコア毎のプロセッサが対応的に整数の検出タスクを処理し、且つ、リソースバランスを保証でき、全体の検出時間を短縮し、全体の検出効率を向上させる。
さらに好ましくは、上記図4に示す実施例の技術案に基づき、さらに、受信モジュールが検出デバイスから発送した取り消した検出タスクのリストを受信する。
さらに好ましくは、上記図4に示す実施例の技術案に基づき、さらに、合併モジュールを含み、受信モジュールは、さらに、各検出デバイスの検出タスク完了を検出し、各検出デバイスが発送した対応する検出タスクの検出結果ファイルを受信し、合併モジュールは、受信モジュールが受信した各検出結果ファイルを一つに合併する。
図5は、本発明の構造変異検出の検出デバイスの実施例の構造図である。図5に示すように、本実施例の構造変異検出の検出デバイスは、具体的に、受信モジュール20と、タスク起動モジュール21と、タスク処理モジュール22とを含む。
ここで、受信モジュール20は、管理デバイスから発送した検出タスクを受信する。受信モジュール20は、さらに、管理デバイスが発送した検出タスクの指示メッセージを起動するを受信する。タスク起動モジュール21は、受信モジュール20が受信した検出タスクを起動する指示メッセージに基づいて、他の検出デバイスと同時に対応する検出タスクに対する検出を起動する。受信モジュール20は、さらに、管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、且つ現在検出デバイスが検出を完了しなかった場合、管理デバイスが発送した未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージを受信する。タスク処理モジュール22は、受信モジュール20が受信した未完了の検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の検出タスクを取り消して、管理デバイスが未完了の検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各検出タスクを各検出デバイスへ発送し、各検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる。
本実施例の構造変異検出の検出デバイスが上記モジュールを利用して構造変異検出を実現する実現原理及び技術効果は、上記関連方法の実施例の実現と同じであり、詳しくは上記関連方法実施例の記載を参照してもよく、ここでは重ねて述べない。
さらに好ましくは、上記図5に示す実施例の技術案に基づき、本実施例の構造変異検出の検出デバイスは、さらに、タスク検出モジュールを含む。
タスク検出モジュールは、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔以上であるか否かを判断し、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔以上であることを確定する。
さらに好ましくは、上記図5に示す実施例の技術案に基づき、本実施例の構造変異検出の検出デバイスは、さらに、発送モジュールを含む。
タスク処理モジュール22は、さらに、未完了の検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける位置値の最大間隔が予設の位置間隔より小さいと、未完了のプロセスを取り消しなく、検出タスクの構造変異検出のプロセスを検出が完了されるまでに監視する。
発送モジュールは、管理デバイスへ対応する検出タスクの検出結果ファイルを発送する。
図6は、本発明の構造変異検出のシステムの実施例の構造図である。図6に示すように、本実施例の構造変異検出のシステムは、構造変異検出の管理デバイス30と、少なくとも二つの構造変異検出の検出デバイス40とを含み、構造変異検出の管理デバイス30はそれぞれ各構造変異検出の検出デバイス40と通信接続されている。
本実施例の構造変異検出の管理デバイス30は、図4に示す実施例の構造変異検出の管理デバイスを利用し、構造変異検出の検出デバイス40は、図5に示す実施例の構造変異検出の検出デバイスを利用する。具体的には、上記図1-図3に示す実施例の構造変異検出方法を利用して構造変異検出を実現し、詳細には上記関連実施例の記載を参照してもよく、ここでは重ねて述べない。また、本実施例で、少なくとも二つの構造変異検出の検出デバイス40の数量が所定の程度までになると、構造変異検出の検出クラスタを形成して、検出クラスタは統一に構造変異検出の管理デバイス30によって呼出しまた制御される。
本発明で提供するいくらの実施例で公開したシステム、装置と方法は、他の形態によって提供できる。例えば、以上に記載した装置実施例はただ例示的なもので、例えば手段の分割はただロジック機能の分割で、実際に実現する時には他の分割形態がある可能性がある。
前記で分離部材として説明した手段は、物理上で分離したものであってもよく物理上で分離しなかったものであってもよく、手段として示した部材は物理的な手段であってもよく、物理的な手段でなくてもよく、即ち、同一の位置にあってもよく、複数のネットワークユニットに分布されていてもよい。実際の必要によってその中の一部または全部手段を選択して、本実施例の方案の目的を実現してもよい。
また、本発明の各実施例における各機能手段は一つの処理モジュールに集積してもよく、各手段が物理上で単独に存在してもよく、二つ又は二つ以上の手段を一つの手段に集積してもよい。前記集積した手段は、ハードウェアの形式で実現してもよく、ハードウェアにソフトウェアの機能手段を結合する形式で実現してもよい。
上記のソフト機能手段の形式で実現した集積した手段は、一つのコンピュータが可読な記憶媒体に記憶してもよい。前記ソフト機能手段は一つの記憶媒体に記憶してもよく、複数の命令を含んで一つのコンピュータデバイス（パースナルコンピュータ、サーバ、又はネットワークデバイス等）又はプロセッサ（processor）によって、本発明の各実施例の前記方法の一部のステップを実行させてもよい。前記記憶媒体は、Uディスク、ポータブルハードウェア、読み出し専用メモリ（Read-Only Memory、ROM）、ランダムアクセスメモリ（RandomAccessMemory、RAM）、ディスク又は光ディスク等の複数のプログラムコードを記憶できる媒体を含む。
前記はただ本発明の好ましい実施例で、本発明についての限定ではなく、本発明の主旨及び原則の範囲で実行したいずれの修正、等価置換、改良などは、全部本発明の保護する範囲に属すべきである。

Claims (14)

  1. 管理デバイスがテストシーケンスを染色体の遺伝子座によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得し、
    前記管理デバイスが各検出デバイスに各前記検出タスクを発送して、各前記検出タスクを起動し、
    前記管理デバイスが前記少なくとも二つの検出デバイスの前記検出タスクの完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定し、
    未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、前記管理デバイスは検出タスクを完了しなかった前記検出デバイスへ未完了の前記検出タスクを取り消す指示を発送し、
    前記管理デバイスは未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせることを含む、
    構造変異検出方法。
  2. 前記管理デバイスがテストシーケンスを染色体の遺伝子座によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得するには、具体的に、
    前記管理デバイスが前記テストシーケンスを染色体によって分割し、
    前記管理デバイスが分割した全部の染色体を遺伝子座によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得することを含む、
    請求項１に記載の構造変異検出方法。
  3. 前記管理デバイスが分割した全部の染色体を遺伝子座によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得するには、具体的に、
    前記管理デバイスが構造変異検出システムに含んでいる検出デバイスの数量及び前記検出デバイス毎のコア数に基づいて、分割した全部の染色体を遺伝子座によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得することを含み、且つ前記少なくとも二つの検出タスクの数量は前記検出デバイスの数量とコンピュータのコア数の乗算結果の整数倍に等しい、
    請求項２に記載の構造変異検出方法。
  4. 未完了のプロセス数量が元々の予設比例の閾値までに減少された場合、前記管理デバイスが検出タスクを完了しなかった前記検出デバイスに未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを発送した後、前記方法は、さらに、
    前記検出デバイスが発送した取り消した前記検出タスクのリストを受信することを含む、
    請求項１に記載の構造変異検出方法。
  5. 前記管理デバイスが各前記検出デバイスの前記検出タスクが完了したことを検出した場合、前記方法は、さらに、
    前記管理デバイスは、各前記検出デバイスが発送した対応する前記検出タスクに対する検出結果ファイルを受信し、
    前記管理デバイスが受信した各前記検出結果ファイルを一つに合併することを含む、
    請求項１から４の何れかの一項に記載の構造変異検出方法。
  6. 検出デバイスが管理デバイスから発送した検出タスクを受信し、
    前記検出デバイスが前記管理デバイスから発送した前記検出タスクを起動する指示メッセージを受信し、
    前記検出デバイスが前記検出タスクを起動する指示メッセージに基づいて、他の前記検出デバイスと同時に対応する前記検出タスクを起動し、
    前記管理デバイスが未完了のタスク数が全部タスクの予設比例の閾値までに減少されたことを検出し、現在前記検出デバイスが検出を完了しなかった場合、前記検出デバイスが前記管理デバイスから発送した未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを受信し、
    前記検出デバイスが前記未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の前記検出タスクを取り消して、前記管理デバイスが未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせることを含む、
    構造変異検出方法。
  7. 前記検出デバイスが前記管理デバイスから発送した未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを受信してから、前記検出デバイスが前記未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージに基づいて、未完了の前記検出タスクを取り消す前に、前記方法は、さらに、
    前記検出デバイスが未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける遺伝子座の区間の最大間隔が予設の間隔以上であるか否かを判断し、
    前記検出デバイスが未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける遺伝子座の区間の最大間隔が前記予設の間隔以上であることを確定することを含む、
    請求項６に記載の構造変異検出方法。
  8. 未完了の前記検出タスクにおいて対応する染色体セグメントにおける遺伝子座の区間の最大間隔が前記予設の間隔より小さい場合、前記方法は、さらに、
    前記検出デバイスが未完了のプロセスを取り消さずに、前記検出タスクの構造変異検出のプロセスを検出完了までに監視し、
    前記検出デバイスが前記管理デバイスへ対応する前記検出タスクの検出結果ファイルを発送することを含む、
    請求項７に記載の構造変異検出方法。
  9. テストシーケンスを染色体の遺伝子座によって分割して、少なくとも二つの検出タスクを獲得するタスク分割モジュールと、
    各検出デバイスに各前記検出タスクを発送し、各前記検出タスクを起動するタスク発送及び起動モジュールと、
    前記少なくとも二つの検出デバイスの前記検出タスクの完了状況を検出して、未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少されたか否かを確定するタスク検出モジュールと、
    未完了のタスク数が全部タスク数の予設比例の閾値までに減少された場合、検出タスクを完了しなかった前記検出デバイスへ未完了の前記検出タスクを取り消す指示メッセージを発送するタスク処理モジュールとを含み、
    前記タスク分割モジュールは、さらに、未完了の前記検出タスクをさらに少なくとも二つに分割し、
    前記タスク発送及び起動モジュールは、さらに、各前記検出タスクを各前記検出デバイスへ発送し、各前記検出デバイスを起動して構造変異検出を継続して行わせる、
    構造変異検出の管理デバイス。
  10. 前記タスク分割モジュールは、具体的に、
    前記テストシーケンスを染色体によって分割し、
    分割した全部の染色体を遺伝子座によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得する、
    請求項９に記載の構造変異検出の管理デバイス。
  11. 前記タスク分割モジュールは、具体的に、前記管理デバイスが構造変異検出システムに含んでいる検出デバイスの数量及び前記検出デバイス毎のコア数に基づいて、分割した全部の染色体を遺伝子座によって分割して、前記少なくとも二つの検出タスクを獲得し、且つ、前記少なくとも二つの検出タスクの数量は前記検出デバイスの数量とコンピュータのコア数の乗算結果の整数倍に等しい、
    請求項１０に記載の構造変異検出の管理デバイス。
  12. 前記管理デバイスは、さらに、
    前記検出デバイスが発送した取り消した前記検出タスクのリストを受信する受信モジュールを含んでいる、
    請求項９から１１の何れかの一項に記載の構造変異検出の管理デバイス。
  13. 前記管理デバイスは、さらに合併モジュールを含み、
    前記受信モジュールは、さらに各前記検出デバイスの前記検出タスクの完了を検出し、各前記検出デバイスが発送した対応する前記検出タスクに対する検出結果ファイルを受信し、
    前記合併モジュールは、受信した各前記検出結果ファイルを一つに合併する、
    請求項１２に記載の構造変異検出の管理デバイス。
  14. 構造変異検出の管理デバイスと、少なくとも二つの構造変異検出の検出デバイスとを含み、前記構造変異検出の管理デバイスはそれぞれ各前記構造変異検出の検出デバイスと通信接続され、
    前記構造変異検出の管理デバイスは、請求項９から１３の何れか一項に記載の構造変異検出の管理デバイスを利用する、
    構造変異検出のシステム。
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