CN101560564A - 一种检测装置及系统 - Google Patents
一种检测装置及系统 Download PDFInfo
- Publication number
- CN101560564A CN101560564A CNA2009100814723A CN200910081472A CN101560564A CN 101560564 A CN101560564 A CN 101560564A CN A2009100814723 A CNA2009100814723 A CN A2009100814723A CN 200910081472 A CN200910081472 A CN 200910081472A CN 101560564 A CN101560564 A CN 101560564A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- data
- sample
- peak
- dna sample
- verification
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Abstract
本发明提供一种检测装置及系统，该检测装置包括：获取单元，用于获取DNA样本数据，该DNA样本数据是由DNA测序仪取样并生成；分析单元，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；校验单元，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；输出单元，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。本发明取代了由人工来完成校验的过程，从而不仅高效率地、准确地完成对鉴定结果的鉴定检验工作，而且能省略对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出的过程，节约了成本。
Description
技术领域
本发明有关于工控技术领域，尤其是有关于数据的监控、分析设备的技术领域，具体地讲是一种检测装置及系统。
背景技术
目前，在例如公安、司法鉴定经常使用GeneMarker分析软件。GeneMarker分析软件是基于微卫星DNA(即短串联重复序列，STR)多态性的分析软件，可用于法医学鉴定，亲子鉴定等领域。GeneMarker分析软件可读取多种格式的DNA片段峰值数据，个体鉴定灵敏度极高，性能稳定而操作简便。
Gene Marker分析软件主要应用于：遗传学领域遗传制图，连锁性分析；肿瘤学领域染色体杂合性缺失(LOH)分析，分析肿瘤患者染色体异常情况；医学领域高脂血症，动脉粥样硬化性心脑血管，肿瘤等复杂疾病基因定位；进化生物学领域物种多态性研究；古生物学相关研究；以及生物学家单核苷酸延伸法SNP的高通量分析。
而Gene Marker分析软件的主要功能为：读取多种格式的DNA片段峰值数据(Trace Data)；自动识别每个DNA片段的内标；计算出等位基因(Allele)的位置(Size)；获得等位基因的Repeat Number。
Gene Marker分析软件借助GeneMarker国际领先的STR分析算法，为司法鉴定人员提供一个精确、快速的分析数据，减少了司法鉴定人员的工作量，同时也避免了许多由于手工操作可能导致的错误。
然而，现有的基于Gene Marker分析软件的分析平台，都需要人工来审核分析结果的准确性，即由于在实验过程或分析过程中，出现一些误差，因此由Gene Marker分析软件分析出的结果很有可能存在一些误差，此时分析人员就要考虑采用哪个或哪组分析数据来作为分析结果。而该检验工作目前只能由一些具有多年经验的检验工作者来人工完成，因此检验结果不仅存在误差，也存在人为的因素，从而无法高效率地、准确地完成对鉴定结果的鉴定检验工作。
发明内容
本发明鉴于上述现有技术中存在的问题，其目的在于，提出一种检测装置及系统，以对DNA数据进行分析后，自动检验该分析结果，以减少司法鉴定人员的工作量，同时也避免了许多由于人工操作可能导致的错误。
为了实现上述本发明的目的，本发明的实施例提出一种检测装置，所述检测装置包括：获取单元，用于获取DNA样本数据，该DNA样本数据是由DNA测序仪取样并生成；分析单元，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；校验单元，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；输出单元，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。
所述校验单元包括：基因峰校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的峰的高度、宽度、形状和局部信噪比生成所述校验结果数据。
所述校验单元包括：内标校验模块，用于根据标准内标与所述DNA样本数据中的样本内标进行比较，生成所述校验结果数据。
所述内标校验模块根据所述样本内标与所述标准内标的线性相关性、所述样本内标数目与所述标准数目的差别、所述样本内标的峰的信号质量以及高度离散度以及所述样本内标的杂峰的数目来生成所述校验结果数据。
所述校验单元包括：等位基因阶梯校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的等位基因阶梯样本的信号质量生成所述校验结果数据。
所述等位基因阶梯校验模块根据荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的信号质量、等位基因峰的间距以及试剂盒等位基因阶梯标准分型的比对结果来生成所述校验结果数据。
所述校验单元包括：阳性对照样本校验模块，用于所述荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的质量、与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果来对阳性对照样本的信号质量进行校验，生成所述校验结果数据；阴性对照样本校验模块，用于根据所述荧光分子量内标校验结果以及是否出现等位基因来对阴性对照样本进行校验，生成所述校验结果数据。
为了实现上述本发明的目的，本发明的实施例还提供一种检测系统，所述系统包括：DNA测序仪，用于对DNA数据进行取样并测序，生成DNA样本数据；数据采集装置，用于实时采集所述DNA样本数据，并发送；检测装置，该检测装置包括：获取单元，用于接收所述数据采集装置发送的所述DNA样本数据；分析单元，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；校验单元，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；输出单元，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。
所述校验单元包括：基因峰校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的峰的高度、宽度、形状和局部信噪比生成基因峰校验数据；内标校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的样本内标与标准内标的线性相关性、所述样本内标数目与所述标准数目的差别、所述样本内标的峰的信号质量以及高度离散度以及所述样本内标的杂峰的数目来生成内标校验数据；等位基因阶梯校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的等位基因阶梯样本的荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的信号质量、等位基因峰的间距以及试剂盒等位基因阶梯标准分型的比对结果来生成等位基因阶梯校验数据；阳性对照样本校验模块，用于所述荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的质量、与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果来对阳性对照样本的信号质量进行校验，生成阳性对照样本校验数据；阴性对照样本校验模块，用于根据所述荧光分子量内标校验结果以及是否出现等位基因来对阴性对照样本进行校验，生成阴性对照样本校验数据；校验数据生成模块，用于根据所述基因峰校验数据、内标校验数据、等位基因阶梯校验数据、阳性对照样本校验数据以及阴性对照样本校验数据生成所述校验结果数据。
数据采集装置具有USB存储模块，用于实时采集所述DNA样本数据，并通过无线通信网络或有线通信网络将所述DNA样本数据发送。
本发明通过对DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据的同时还对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据，因此无需对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出，同时取代了由人工来完成校验的过程，从而不仅高效率地、准确地完成对鉴定结果的鉴定检验工作，而且能省略对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出的过程，节约了成本。
附图说明
此处所说明的附图用来提供对本发明实施例的进一步理解，构成本申请的一部分，并不构成对本发明的限定。在附图中：
图1所示的是本发明实施例1的检测装置的结构框图。
图2所示的是本发明实施例2的校验单元的结构框图。
图3所示的是本发明实施例2的等位基因峰的详细信息列表的示意图。
图4所示的是本发明实施例2的荧光分子量内标校验结果的示意图。
图5所示的是本发明实施例2的等位基因阶梯(ladder)样本的校验结果的示意图。
图6所示的是本发明实施例2的阳性对照样本的荧光峰的示意图。
图7所示的是本发明实施例3的检测系统的结构框图。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚明白，下面结合实施方式和附图，对本发明做进一步详细说明。在此，本发明的示意性实施方式及其说明用于解释本发明，但并不作为对本发明的限定。
实施例1
图1所示的是本发明实施例1的检测装置的结构框图。如图1所示，本发明实施例1的检测装置包括：获取单元101，用于获取DNA样本数据，该DNA样本数据是由DNA测序仪取样并生成；分析单元102，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；校验单元103，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；输出单元104，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。
在本发明实施例1中，当DNA测序仪完成某个样本的实验时，会在该批样本的输出文件夹内生成该样本的数据文件，当完成整批样本的实验时，会在测序仪的实验日志文件中写入试验完成标记。获取单元101时刻监控测序仪实验数据输出目录内的文件变化。只要有新的数据文件生成，软件马上读取测序仪的实验日志文件，如果找到实验完成的标记，便获取该批实验数据。因此，仅当整批样本的实验全部完成，获取单元101才会启动获取DNA样本数据的功能，避免了重复上传数据，重复分析数据、重复提交分析结果的情况。
并且，本发明实施例1通过对DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据的同时还对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据，因此无需对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出，同时取代了由人工来完成校验的过程，从而不仅高效率地、准确地完成对鉴定结果的鉴定检验工作，而且能省略对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出的过程，节约了成本。
实施例2
图2所示的是本发明实施例2的校验单元的结构框图。本发明实施例2与上述本发明实施例1的不同之处在于，本发明实施例2的校验单元包括：基因峰校验模块201，用于根据所述DNA样本数据中的峰的高度、宽度、形状和局部信噪比生成基因峰校验数据；内标校验模块202，用于根据所述DNA样本数据中的样本内标与标准内标的线性相关性、所述样本内标数目与所述标准数目的差别、所述样本内标的峰的信号质量以及高度离散度以及所述样本内标的杂峰的数目来生成内标校验数据；等位基因阶梯校验模块203，用于根据所述DNA样本数据中的等位基因阶梯样本的荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的信号质量、等位基因峰的间距以及试剂盒等位基因阶梯标准分型的比对结果来生成等位基因阶梯校验数据；阳性对照样本校验模块204，用于所述荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的质量、与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果来对阳性对照样本的信号质量进行校验，生成阳性对照样本校验数据；阴性对照样本校验模块205，用于根据所述荧光分子量内标校验结果以及是否出现等位基因来对阴性对照样本进行校验，生成阴性对照样本校验数据；校验数据生成模块，用于根据所述基因峰校验数据、内标校验数据、等位基因阶梯校验数据、阳性对照样本校验数据以及阴性对照样本校验数据生成校验结果数据。
图3所示的是本发明实施例2的等位基因峰的详细信息列表的示意图。
基因峰校验模块201根据峰的高度、宽度、形状和局部信噪比计算出一个综合分数，根据阈值进行质量评估。同时，还会考虑基因座内的杂合不平衡系数。
如图3所示，第9、10个峰质量为‘Check’，质量判断原因为‘LS’，分数小于等于阈值0.3；第5个峰质量为‘Undetermined’，质量判断原因为‘OB，IMB’，位置落在等位基因标准范围之外，杂合不平衡系数为0.14，小于阈值0.6。
图4所示的是本发明实施例2的荧光分子量内标校验结果的示意图。
内标校验模块202根据以下几个方面对样本的内标校验结果进行校验：1.样本内标与标准内标的线性相关性；2.样本内标数目与标准数目的差别；3.样本内标峰的信号质量以及高度离散度；4.杂峰的数目。任何一项出现问题都会显著降低校验结果，提醒司法鉴定人员留意内标校验结果可能出现错误的样本。
如图4所示，第一个样本内标校验结果没有任何问题，校验结果为97(在本发明实施例2中，为了直观的表示校验的结果，以分数来表示校验结果，分数越高其准确性越高)，第二个样本因为出现几个杂峰，校验结果为76，第三个样本因为内标峰的信号质量较差，校验结果为52。内标校验模块202具备强大的内标搜索、过滤和匹配功能，即使对于信号较差的样本，在绝大部分情况下都能够自动找出正确的内标。但是考虑到内标校验结果对分型结果的重要性，在样本信号较差的情况下不能保证100％的正确性，内标校验模块202根据不同情况降低分数以提醒司法鉴定人员检查或修改内标校验结果。
图5所示的是本发明实施例2的等位基因阶梯(ladder)样本的校验结果的示意图。
等位基因阶梯校验模块203根据以下几个方面对ladder样本的信号质量进行校验：1.荧光分子量内标校验结果；2.等位基因峰的信号质量；3.等位基因峰的间距；4.与试剂盒ladder标准分型的比对结果。只要其中一方面没有达到相应阈值，等位基因阶梯校验模块203在分析其他样本等位基因分型的过程中，不会将该ladder样本作为等位基因参照标准。如果没有一个ladder样本通过质量审核，则判定实验失败，对所有样本不进行短串联重复序列分析。等位基因阶梯校验模块203会在荧光峰图上标记出与相应标准不匹配的分型。
如图5所示，在基因座D13S317内，标准分型应该是8，9，10，11，12，13，14，15，ladder样本的分型结果是9，10，11，12，13，15。
图6所示的本发明实施例2的阳性对照样本的荧光峰的示意图。
阳性对照样本校验模块204根据以下几个方面对阳性对照样本的信号质量进行评估：1.荧光分子量内标校验结果；2.等位基因峰的信号质量；3.与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果。
而阴性对照样本校验模块205根据荧光分子量内标校验结果和是否出现等位基因来进行评估。与ladder一样，阴性对照样本校验模块205会在荧光峰图上标记出与相应标准不匹配的分型.
如图6，阳性对照样本在基因座D81179内的等位基因132.5，在基因座D21S11内的等位基因193.2在标准中不存在。
只要普通样本的内标校验结果打分小于一定阈值，或者存在可疑的等位基因，不进行短串联重复序列分析，只提交荧光峰图图片。
并且，本发明实施例2通过对DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据的同时还对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据，因此无需对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出，同时取代了由人工来完成校验的过程，从而不仅高效率地、准确地完成对鉴定结果的鉴定检验工作，而且能省略对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出的过程，节约了成本。
实施例3
图7所示的是本发明实施例3的检测系统的结构框图。如图7所示，本发明实施例3的检测系统包括：DNA测序仪701，用于对DNA数据进行取样并测序，生成DNA样本数据；数据采集装置702，用于实时采集所述DNA样本数据，并发送；检测装置703，该检测装置包括：获取单元704，用于接收所述数据采集装置发送的所述DNA样本数据；分析单元705，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；校验单元706，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；输出单元707，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。
并且，本发明实施例3的校验单元包括：基因峰校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的峰的高度、宽度、形状和局部信噪比生成基因峰校验数据；内标校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的样本内标与标准内标的线性相关性、所述样本内标数目与所述标准数目的差别、所述样本内标的峰的信号质量以及高度离散度以及所述样本内标的杂峰的数目来生成内标校验数据；等位基因阶梯校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的等位基因阶梯样本的荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的信号质量、等位基因峰的间距以及试剂盒等位基因阶梯标准分型的比对结果来生成等位基因阶梯校验数据；阳性对照样本校验模块，用于所述荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的质量、与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果来对阳性对照样本的信号质量进行校验，生成阳性对照样本校验数据；阴性对照样本校验模块，用于根据所述荧光分子量内标校验结果以及是否出现等位基因来对阴性对照样本进行校验，生成阴性对照样本校验数据；校验数据生成模块，用于根据所述基因峰校验数据、内标校验数据、等位基因阶梯校验数据、阳性对照样本校验数据以及阴性对照样本校验数据生成所述校验结果数据。
在本发明实施例3中，数据采集装置702能够时时监控DNA测序仪701输出的原始数据，并且能够判断DNA测序仪是否已完成整批样本。
当DNA测序仪701完成某个样本的实验时，会在该批样本的输出文件夹内生成该样本的数据文件，当完成整批样本的实验时，会在DNA测序仪701的实验日志文件中写入试验完成标记。
数据采集装置702时刻监控测序仪实验数据输出目录内的文件变化。只要有新的数据文件生成，数据采集装置702马上读取测序仪的实验日志文件，如果找到实验完成的标记，便向检测装置703上传该批实验数据。因此，仅当整批样本的实验全部完成，数据采集装置702才会启动上传DNA采样数据的功能，避免了重复上传数据，重复分析数据、重复提交分析结果的情况。
获取单元704获取上述数据采集装置702发送的DNA采样数据，并按照DNA测序仪701的编号保存到各个目录，同时根据原始数据实验所用的试剂盒提交相应的自动分析参数配置文件。
其中，每种试剂盒都创建一个Results Group，并在建立独立的数据输出目录，每个输出目录内放置一个与试剂盒对应的分析参数配置文件。在数据采集装置702向获取单元704提交完整批实验数据后，分析单元705向数据所在文件夹的上层目录中寻找并上传分析参数配置文件，并使用该配置文件中的参数来分析数据，这样保证了参数的正确性。
检测装置703能够时时监控DNA测序仪701上传的原始数据，并且分析单元705调用GeneMarker自动分析软件分析数据。
分析单元705检测到新的分析参数配置文件(文本格式)，马上调用GeneMarker自动分析软件，按照配置文件中的参数对DNA采样数据进行短串联重复序列分析(STR分析)。
分析单元705能够自动辨别并评估Ladder，Positive Control，NegativeControl等特殊样本，并在普通样本中识别出混合样本。并且，本发明实施例3中，校验单元706对每个样本都会进行荧光分子量内标校验效果评估，等位基因峰图质量评估，基因座内杂合不平衡评估等等，方便司法鉴定人员进行质量监控。
分析单元705分析完数据以后，输出单元707自动将分析结果数据和相应的校验结果数据提交到实验室管理系统(即客户端)。
分析结果数据和相应的校验结果数据包括该批实验数据的样本总数，特殊的样本数，实验失败的样本数，存在可疑分型的样本数，样本的STR分型结果，以及样本荧光峰图的图片等。如果样本存在可疑的STR分型，只提交该样本的荧光峰图，在第一个关卡就保证了有疑问的分析结果不会被应用于司法鉴定。
另外，本发明实施例3的数据采集装置702可以具有USB存储模块，用于实时采集所述DNA样本数据，并可以通过无线通信网络或有线通信网络将所述DNA样本数据发送。该数据采集装置702可以插入到DNA测序仪，并且可以具有射频模块，从而一方面实时采集所述DNA样本数据，另一方面可以将该DNA样本数据通过射频发送出去。
本发明实施例3一体化全自动解决方案(自动监控原始数据，自动上传，自动分析，自动提交分析结果)，从实验结束，到产生首次分析结果，无需任何人工操作，大大减少了司法鉴定人员的工作量，提供他们的工作效率。
数据采集装置的时时监控机制，保证了检测系统的高效性。实验结束后很短时间内(由实验样本数量决定，不超过2分钟)，司法鉴定人员便可以在实验室管理系统中看到分析结果。
自动分析参数配置文件方案，保证第一次分析就采用了与实验所用试剂盒匹配的参数，以及司法鉴定人员预先设定的参数，避免了在GeneMarker客户端内重复设置参数进行二次分析。
GeneMarker分析软件具有强大的专家系统，分别对特殊样本和普通样本的各个方面进行质量评估，通过丰富的界面提醒司法鉴定人员，并提供方便的操作功能来修改分析结果。最后在上传分析结果部分进行把关，防止有疑问的分析结果进入实验室管理系统，被用于司法鉴定。
本发明通过对DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据的同时还对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据，因此无需对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出，同时取代了由人工来完成校验的过程，从而不仅高效率地、准确地完成对鉴定结果的鉴定检验工作，而且能省略对校验结果不好的DNA样本数据进行短串联重复序列分析并输出的过程，节约了成本。
以上所述的具体实施方式，对本发明的目的、技术方案和有益效果进行了进一步详细说明，所应理解的是，以上所述仅为本发明的具体实施方式而已，并不用于限定本发明的保护范围，凡在本发明的精神和原则之内，所做的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种检测装置，其特征在于，所述检测装置包括：
获取单元，用于获取DNA样本数据，该DNA样本数据是由DNA测序仪取样并生成；
分析单元，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；
校验单元，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；
输出单元，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。
2.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述校验单元包括：
基因峰校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的峰的高度、宽度、形状和局部信噪比生成所述校验结果数据。
3.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述校验单元包括：
内标校验模块，用于根据标准内标与所述DNA样本数据中的样本内标进行比较，生成所述校验结果数据。
4.根据权利要求3所述的检测装置，其特征在于，所述内标校验模块根据所述样本内标与所述标准内标的线性相关性、所述样本内标数目与所述标准数目的差别、所述样本内标的峰的信号质量以及高度离散度以及所述样本内标的杂峰的数目来生成所述校验结果数据。
5.根据权利要求3所述的检测装置，其特征在于，所述校验单元包括：
等位基因阶梯校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的等位基因阶梯样本的信号质量生成所述校验结果数据。
6.根据权利要求5所述的检测装置，其特征在于，所述等位基因阶梯校验模块根据荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的信号质量、等位基因峰的间距以及试剂盒阶梯标准分型的比对结果来生成所述校验结果数据。
7.根据权利要求3所述的检测装置，其特征在于，所述校验单元包括：
阳性对照样本校验模块，用于所述荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的质量、与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果来对阳性对照样本的信号质量进行校验，生成所述校验结果数据；
阴性对照样本校验模块，用于根据所述荧光分子量内标校验结果以及是否出现等位基因来对阴性对照样本进行校验，生成所述校验结果数据。
8.一种检测系统，其特征在于，所述系统包括：
DNA测序仪，用于对DNA数据进行取样并测序，生成DNA样本数据；
数据采集装置，用于实时采集所述DNA样本数据，并发送；
检测装置，该检测装置包括：获取单元，用于接收所述数据采集装置发送的所述DNA样本数据；分析单元，用于对所述DNA样本数据进行短串联重复序列分析，并生成分析结果数据；校验单元，用于对所述DNA样本数据进行校验，检验所述DNA样本数据是否存在误差，并生成校验结果数据；输出单元，用于输出所述分析结果数据和相应的所述校验结果数据。
9.根据权利要求8所述的检测系统，其特征在于，所述校验单元包括：
基因峰校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的峰的高度、宽度、形状和局部信噪比生成基因峰校验数据；
内标校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的样本内标与标准内标的线性相关性、所述样本内标数目与所述标准数目的差别、所述样本内标的峰的信号质量以及高度离散度以及所述样本内标的杂峰的数目来生成内标校验数据；
等位基因阶梯校验模块，用于根据所述DNA样本数据中的等位基因阶梯样本的荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的信号质量、等位基因峰的间距以及试剂盒等位基因阶梯标准分型的比对结果来生成等位基因阶梯校验数据；
阳性对照样本校验模块，用于所述荧光分子量内标校验结果、等位基因峰的质量、与试剂盒阳性对照标准分型的比对结果来对阳性对照样本的信号质量进行校验，生成阳性对照样本校验数据；
阴性对照样本校验模块，用于根据所述荧光分子量内标校验结果以及是否出现等位基因来对阴性对照样本进行校验，生成阴性对照样本校验数据；
校验数据生成模块，用于根据所述基因峰校验数据、内标校验数据、等位基因阶梯校验数据、阳性对照样本校验数据以及阴性对照样本校验数据生成所述校验结果数据。
10.根据权利要求8或9所述的检测系统，其特征在于，数据采集装置具有USB存储模块，用于实时采集所述DNA样本数据，并通过无线通信网络或有线通信网络将所述DNA样本数据发送。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CNA2009100814723A CN101560564A (zh) | 2009-04-08 | 2009-04-08 | 一种检测装置及系统 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CNA2009100814723A CN101560564A (zh) | 2009-04-08 | 2009-04-08 | 一种检测装置及系统 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN101560564A true CN101560564A (zh) | 2009-10-21 |
Family
ID=41219538
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNA2009100814723A Pending CN101560564A (zh) | 2009-04-08 | 2009-04-08 | 一种检测装置及系统 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN101560564A (zh) |
Cited By (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102766574A (zh) * | 2012-05-24 | 2012-11-07 | 中国科学院北京基因组研究所 | 用于dna测序仪的反应仓 |
| CN102834828A (zh) * | 2010-03-31 | 2012-12-19 | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 | 通过利用递归算法校正dna测序数据中的异相误差的系统和方法 |
| CN105354442A (zh) * | 2015-11-25 | 2016-02-24 | 广州金域检测科技股份有限公司 | 一种高通量测序数据前期处理方法 |
| CN106446537A (zh) * | 2016-09-18 | 2017-02-22 | 北京百度网讯科技有限公司 | 结构体变异检测的方法、设备及系统 |
| CN106845155A (zh) * | 2016-12-29 | 2017-06-13 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 一种用于检测内部串联重复的装置 |
| CN109943635A (zh) * | 2017-12-21 | 2019-06-28 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 一种用于flt3-itd定量检测的装置 |
| CN111444151A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-07-24 | 至本医疗科技（上海）有限公司 | 数据监控方法、装置、计算机设备和存储介质 |
| CN113793644A (zh) * | 2021-09-15 | 2021-12-14 | 宁波海尔施基因科技有限公司 | 一种dna检测数据的质量评估方法 |
-
2009
- 2009-04-08 CN CNA2009100814723A patent/CN101560564A/zh active Pending
Cited By (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US9317654B2 (en) | 2006-02-16 | 2016-04-19 | 454 Life Sciences Corporation | System and method to correct out of phase errors in DNA sequencing data by use of a recursive algorithm |
| CN102834828A (zh) * | 2010-03-31 | 2012-12-19 | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 | 通过利用递归算法校正dna测序数据中的异相误差的系统和方法 |
| CN102834828B (zh) * | 2010-03-31 | 2016-04-20 | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 | 通过利用递归算法校正dna测序数据中的异相误差的系统和方法 |
| CN102766574B (zh) * | 2012-05-24 | 2013-12-25 | 中国科学院北京基因组研究所 | 用于dna测序仪的反应仓 |
| CN102766574A (zh) * | 2012-05-24 | 2012-11-07 | 中国科学院北京基因组研究所 | 用于dna测序仪的反应仓 |
| CN105354442B (zh) * | 2015-11-25 | 2018-02-16 | 广州市金圻睿生物科技有限责任公司 | 一种高通量测序数据前期处理方法 |
| CN105354442A (zh) * | 2015-11-25 | 2016-02-24 | 广州金域检测科技股份有限公司 | 一种高通量测序数据前期处理方法 |
| CN106446537A (zh) * | 2016-09-18 | 2017-02-22 | 北京百度网讯科技有限公司 | 结构体变异检测的方法、设备及系统 |
| CN106446537B (zh) * | 2016-09-18 | 2018-07-10 | 北京百度网讯科技有限公司 | 结构体变异检测的方法、设备及系统 |
| US10950328B2 (en) | 2016-09-18 | 2021-03-16 | Beijing Baidu Netcom Science And Technology Co., Ltd. | Method, apparatus and system for detecting structural variations |
| CN106845155A (zh) * | 2016-12-29 | 2017-06-13 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 一种用于检测内部串联重复的装置 |
| CN106845155B (zh) * | 2016-12-29 | 2021-11-16 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 一种用于检测内部串联重复的装置 |
| CN109943635A (zh) * | 2017-12-21 | 2019-06-28 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 一种用于flt3-itd定量检测的装置 |
| CN111444151A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-07-24 | 至本医疗科技（上海）有限公司 | 数据监控方法、装置、计算机设备和存储介质 |
| CN113793644A (zh) * | 2021-09-15 | 2021-12-14 | 宁波海尔施基因科技有限公司 | 一种dna检测数据的质量评估方法 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN101560564A (zh) | 一种检测装置及系统 | |
| Quinn et al. | A field guide for the compositional analysis of any-omics data | |
| US8676510B2 (en) | Clinical-result confirming device, clinical-result confirming method, and computer program therefor | |
| WO2018213774A1 (en) | Systems and methods for analyzing datasets | |
| CN108920899B (zh) | 一种基于目标区域测序的单个外显子拷贝数变异预测方法 | |
| US11036777B2 (en) | Analysis information management system | |
| Arrigo et al. | Automated scoring of AFLPs using RawGeno v 2.0, a free R CRAN library | |
| WO2007103430A2 (en) | Method and system for generating sample plate layout for validation | |
| Miller et al. | JustOrthologs: a fast, accurate and user-friendly ortholog identification algorithm | |
| CN104714429A (zh) | 煤样实验数据采集分析系统及方法 | |
| Rachtman et al. | CONSULT: accurate contamination removal using locality-sensitive hashing | |
| CN110246544B (zh) | 一种基于整合分析的生物标志物选择方法及系统 | |
| CN113793644A (zh) | 一种dna检测数据的质量评估方法 | |
| CN111564178A (zh) | 基因多态性分析报告的生成方法、装置、设备及存储介质 | |
| US20190056361A1 (en) | Analysis information management system | |
| Porter et al. | METAWORKS: A flexible, scalable bioinformatic pipeline for multi-marker biodiversity assessments | |
| CN115376612A (zh) | 一种数据评测方法、装置、电子设备及存储介质 | |
| EP3254080B1 (en) | Methods and systems for instrument validation | |
| CN112116314B (zh) | 称样数据管理系统 | |
| CN112328951B (zh) | 一种分析样品的实验数据的处理方法 | |
| CN110504006B (zh) | 一种处理扩增子数据的方法、系统、平台及存储介质 | |
| Uhlig et al. | Validation of binary non-targeted approaches: mathematical framework and experimental designs | |
| CN104484750A (zh) | 生物信息项目的产品参数自动匹配方法及系统 | |
| Buchner et al. | Upscaling biodiversity monitoring: Metabarcoding estimates 31,846 insect species from Malaise traps across Germany | |
| CN104484581A (zh) | 生物信息项目的自动化分析方法及系统 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| ASS | Succession or assignment of patent right |
Owner name: HUASHENG HENGYE (JIANGSU) BIOLOGICAL TECHNOLOGY CO |
|
| C41 | Transfer of patent application or patent right or utility model | ||
| TA01 | Transfer of patent application right |
Effective date of registration: 20101231 Address after: 100083 Beijing City, Haidian District Zhongguancun Road No. 18 smartfortune International Building, block C room 1511 Applicant after: Beijing Huasheng Hengye Technology Co., Ltd. Co-applicant after: Wahson sunny (Jiangsu) Biotechnology Co. Ltd. Address before: 100083 Beijing City, Haidian District Zhongguancun Road No. 18 smartfortune International Building, block C room 1511 Applicant before: Beijing Huasheng Hengye Technology Co., Ltd. |
|
| C12 | Rejection of a patent application after its publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20091021 |