JP6426268B2 - 新規の二重らせんオリゴrnaおよびこれを含む線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物 - Google Patents
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Description
5´‐caguaguagcugucacuau‐3´(配列番号2)、
5´‐agacucacagcgaggauga‐3´(配列番号3)、
5´‐cacaaauauccggcuauau‐3´(配列番号4)、
5´‐caccauaagcgaaaugccu‐3´(配列番号5)、
5´‐gauuacuuuggugaacggu‐3´(配列番号6)、
5´‐caguugucacuuuuuauga‐3´(配列番号7)、
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5´‐ccuagcugaggacaaugca‐3´(配列番号10)、
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5´‐caaauauccggcuauauua‐3´(配列番号21)、
5´‐gggacuacgacuacucaga‐3´(配列番号22)、
5´‐gcgaaugcagauacaucga‐3´(配列番号23)、
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5´‐agaguugaacaggugauua‐3´(配列番号25)、
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5´‐aacttttccgtcttccact‐3´(配列番号301)、
5´‐tgatcgtaggaattgagga‐3´(配列番号302)、
5´‐ggagagagccagtctgatc‐3´(配列番号303)、
5´‐agcaggccgaacgctatga‐3´(配列番号304)、
5´‐aggacatggcagccttcat‐3´(配列番号305)、
5´‐acgacaagaagcgcatcat‐3´(配列番号306)、
5´‐accatgtttcctctcaata‐3´(配列番号307)、
5´‐tgccgagaggactagtatg‐3´(配列番号308)、
5´‐tctgatcgtaggaattgag‐3´(配列番号309)、
5´‐tgggtgtgaccatgtttcc‐3´(配列番号310)、
5´‐tgaacttttccgtcttcca‐3´(配列番号311)、
5´‐gaattgaggagtgtcccgc‐3´(配列番号312)、
5´‐tttccgtcttccactacga‐3´(配列番号313)、
5´‐ctgctgcctctgatcgtag‐3´(配列番号314)、
5´‐ggccctgaacttttccgtc‐3´(配列番号315)、
5´‐gccaagaccactttcgacg‐3´(配列番号316)、
5´‐tctggccaagaccactttc‐3´(配列番号317)、
5´‐ctgaacttttccgtcttcc‐3´(配列番号318)、
5´‐aagcgcatcattgactcag‐3´(配列番号319)、
5´‐tgttgagcgcacctaacca‐3´(配列番号320)、
5´‐tacctgaagatgaagggtg‐3´(配列番号321)、
5´‐accactttcgacgaggcca‐3´(配列番号322)、
5´‐acgaggccatggctgatct‐3´(配列番号323)、
5´‐gatcccactcttcttgcag‐3´(配列番号324)、
5´‐cttttccgtcttccactac‐3´(配列番号325)、
5´‐gccgagaggactagtatgg‐3´(配列番号326)、
5´‐gctgttgagcgcacctaac‐3´(配列番号327)、
5´‐caggaccaggctacttctc‐3´(配列番号328)、
5´‐cctataagaacgtggtggg‐3´(配列番号329)、
5´‐ctgggtgtgaccatgtttc‐3´(配列番号330)
アンフィレグリン(Homo sapiens)遺伝子のmRNA配列(NM_001657.2)、ストラティフィン(Homo sapiens)遺伝子のmRNA配列(NM_006142.2)、アンフィレグリン(Mus musculus)遺伝子のmRNA配列(NM_009704.2)、ストラティフィン(Mus musculus)遺伝子のmRNA配列(NM_018754.2)に結合することができる標的塩基配列(センス鎖)をデザインし、前記標的塩基配列の相補的配列であるアンチセンス鎖のsiRNAを製造した。
本発明で製造した二重らせんオリゴRNA構造体(SAMiRNA LP)は、下記構造式5のような構造を有する。
実施例2で製造された二重らせんオリゴRNA構造体(SAMiRNA LP)は、二重らせんオリゴRNAの末端に結合された疎水性物質の間の疎水性相互作用によりナノ粒子、すなわちミセル(micelle)を形成する(図1)。
前記SAMiRNALP‐hARを1.5ml DPBS(Dulbecco´s Phosphate Buffered Saline)に50μg/mlの濃度で溶解した後、‐75℃、5mTorrの条件で48時間凍結乾燥によりナノ粒子パウダーを製造した後、溶媒であるDPBSに溶解して均質化されたナノ粒子を製造した。
ゼータ電位測定装置(Zeta‐potential measurement)により前記ナノ粒子の粒径を測定した。実施例3‐1で製造された均質化されたナノ粒子は、ゼータ電位測定装置(Nano‐ZS、MALVERN、イギリス)で粒径を測定したが、物質に対する屈折率(Refractive index)は1.459、吸収率(Absorption index)は0.001とし、溶媒であるDPBSの温度25℃およびそれによる粘度(viscosity)は1.0200および屈折率は1.335である条件で測定した。1回の測定は、15回の繰り返しによる粒径測定で行われ、これを6回繰り返した。
実施例1で製造された配列番号1〜配列番号30の配列をそれぞれセンス鎖として有するアンフィレグリン特異的siRNAを用いて線維芽細胞株であるマウス線維芽細胞(NIH3T3)を形質転換させ、前記形質転換された線維芽細胞(NIH3T3)細胞株でアンフィレグリンの発現プロファイル、すなわち前記siRNAによる発現抑制程度を分析した。
アメリカ培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection、ATCC)から手に入れたマウス線維芽細胞株(NIH3T3)をRPMI‐1640培養培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)ウシ胎児血清、ペニシリン100units/mlおよびストレプトマイシン100μg/ml)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
実施例4‐1で培養された1×105線維芽細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12‐ウェルプレートで18時間RPMI 1640で培養した後、培地を除去した後、各ウェル当たり500μlのOpti‐MEM培地(GIBCO、米国)を分注した。
実施例4‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real‐time PCR)を用いてアンフィレグリンmRNAの発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit、BIONEER、韓国)を用いて、前記実施例4‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出し、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20、BIONEER、韓国)を用いて、下記のような方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mlのエッペンチューブに満たされいるAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(BIONEER、韓国)にチューブ1本当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μlになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸留水を添加した。これを遺伝子増幅装置(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block、BIONEER、韓国)で30℃で1分間RNAとプライマーをハイブリダイズし、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、95℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
実施例4‐3‐1で製造されたcDNAを鋳型とし、リアルタイムPCRによりアンフィレグリンmRNAの相対的な量を下記のような方法で定量した。96‐ウェルプレートの各ウェルに前記実施例4‐3‐1で製造されたcDNAを蒸留水で5倍希釈し、アンフィレグリンmRNAの発現量の分析のために希釈されたcDNA3μlと2XGreenStarTM PCR master mix(BIONEER、韓国)を10μl、蒸留水6μl、アンフィレグリンqPCRプライマー(配列番号336および337(表2);10pmole/μlそれぞれ、BIONEER、韓国)を1μl入れて混合液を作製した。一方、アンフィレグリンmRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子(housekeeping gene、以下、HK遺伝子)であるRPL13A(60S Ribosomal Protein L13a)を標準遺伝子とした。前記混合液で満たされた96‐ウェルプレートをExicyclerTM 96 Real‐Time Quantitative Thermal Block(BIONEER、韓国)を用いて下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造を除去した後、94℃で30秒間変性(denaturing)、58℃で30秒間アニーリング(annealing)、72℃で30秒間延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の4つの過程を42回繰り返して行い、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持し、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。
実施例4で選別された配列番号2、6〜9、11、17〜21、23、24、28および29の配列をそれぞれセンス鎖として有するsiRNAを用いて、線維芽細胞株であるマウス線維芽細胞(NIH3T3)を形質転換させ、前記形質転換された線維芽細胞(NIH3T3)細胞株でアンフィレグリンmRNAの発現プロファイルを分析した。
アメリカ培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection、ATCC)から手に入れたマウス線維芽細胞株(NIH3T3)をRPMI‐1640培養培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)ウシ胎児血清、ペニシリン100units/mlおよびストレプトマイシン100μg/ml)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
実施例5‐1で培養された1×105線維芽細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12‐ウェルプレートで18時間RPMI 1640で培養した後、培地を除去した後、各ウェル当たり500μlのOpti‐MEM培地(GIBCO、米国)を分注した。
実施例5‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real‐time PCR)を用いてアンフィレグリンmRNA発現を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit、BIONEER、韓国)を用いて、前記実施例5‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出し、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20、BIONEER、韓国)を用いて、下記のような方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mlのエッペンチューブに満たされいるAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(BIONEER、韓国)にチューブ1本当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μlになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸留水を添加した。これを遺伝子増幅装置(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block、BIONEER、韓国)で30℃で1分間RNAとプライマーをハイブリダイズし、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、95℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
実施例5‐3‐1で製造されたcDNAを鋳型とし、リアルタイムPCRによりアンフィレグリンmRNAの相対的な量を下記のような方法で定量した。96‐ウェルプレートの各ウェルに実施例5‐3‐1で製造されたcDNAを蒸留水で5倍希釈し、アンフィレグリンmRNAの発現量の分析のために希釈されたcDNA3μlと2XGreenStarTM PCR master mix(BIONEER、韓国)を10μl、蒸留水6μl、アンフィレグリンqPCRプライマー(配列番号336および337(表2);10pmole/μlそれぞれ、BIONEER、韓国)を1μl入れて混合液を作製した。一方、アンフィレグリンmRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子であるRPL13Aを標準遺伝子とした。前記混合液で満たされた96‐ウェルプレートをExicyclerTM 96 Real‐Time Quantitative Thermal Block(BIONEER、韓国)を用いて下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造を除去した後、94℃で30秒間変性(denaturing)、58℃で30秒間アニーリング(annealing)、72℃で30秒間延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の4つの過程を42回繰り返して行い、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持し、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ取得した標的遺伝子のCt(threshold cycle)値はRPL13A遺伝子により補正された標的遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列のsiRNA(siCONT)が処理された実験群を対照群とし、△Ct値の差を求めた。前記△Ct値と計算式2(‐△Ct)×100を用いてアンフィレグリン特異的siRNAが処理された細胞の標的遺伝子の発現量を相対定量して配列番号2、6〜9、11、17〜21、23、24、28および29の配列をそれぞれセンス鎖として有するアンフィレグリン特異的siRNAによるmRNAの発現量変化を相対定量した。
実施例5で選別された配列番号8、9および28の配列をそれぞれセンス鎖として有するsiRNAを用いて線維芽細胞株であるマウス線維芽細胞(NIH3T3)を形質転換させ、前記形質転換された線維芽細胞(NIH3T3)細胞株でアンフィレグリンmRNAの発現プロファイルを分析し、siRNAのIC50値を確認した。
アメリカ培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection、ATCC)から手に入れたマウス線維芽細胞株(NIH3T3)をRPMI‐1640培養培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)ウシ胎児血清、ペニシリン100units/mlおよびストレプトマイシン100μg/ml)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
実施例6‐1で培養された1×105線維芽細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12‐ウェルプレートで18時間RPMI 1640で培養した後、培地を除去した後、各ウェル当たり500μlのOpti‐MEM培地(GIBCO、米国)を分注した。
実施例6‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real‐time PCR)を用いてアンフィレグリンmRNAの発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit、BIONEER、韓国)を用いて、実施例6‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出し、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20、BIONEER、韓国)を用いて、下記のような方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mlのエッペンチューブに満たされいるAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(BIONEER、韓国)にチューブ1本当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μlになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸留水を添加した。これを遺伝子増幅装置(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block、BIONEER、韓国)で30℃で1分間RNAとプライマーをハイブリダイズし、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、95℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
実施例6‐3‐1で製造されたcDNAを鋳型とし、リアルタイムPCRによりアンフィレグリンmRNAの相対的な量を下記のような方法で定量した。96‐ウェルプレートの各ウェルに実施例6‐3‐1で製造されたcDNAを蒸留水で5倍希釈し、アンフィレグリンmRNAの発現量の分析のために希釈されたcDNA3μlと2XGreenStarTM PCR master mix(BIONEER、韓国)を10μl、蒸留水6μl、アンフィレグリンqPCRプライマー(配列番号336および337(表2);10pmole/μlそれぞれ、BIONEER、韓国)を1μl入れて混合液を作製した。一方、アンフィレグリンmRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子であるRPL13Aを標準遺伝子とした。前記混合液で満たされた96‐ウェルプレートをExicyclerTM 96 Real‐Time Quantitative Thermal Block(BIONEER、韓国)を用いて下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造を除去した後、94℃で30秒間変性(denaturing)、58℃で30秒間アニーリング(annealing)、72℃で30秒間延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の4つの過程を42回繰り返して行い、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持し、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ取得した標的遺伝子のCt(threshold cycle)値は、RPL13A遺伝子により補正された標的遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列のsiRNA(siCONT)が処理された実験群を対照群とし、△Ct値の差を求めた。前記△Ct値と計算式2(‐△Ct)×100を用いてアンフィレグリン特異的siRNAが処理された細胞の標的遺伝子の発現量を相対定量した(図3)。
実施例1で製造された配列番号31〜130および231〜330の配列をセンス鎖として有するsiRNAを用いて肺腫瘍細胞株であるヒト肺腫瘍細胞株(A549)を形質転換させて、前記形質転換された肺腫瘍細胞(A549)細胞株で標的遺伝子の発現プロファイルを分析した。
アメリカ培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection、ATCC)から手に入れたヒト肺腫瘍細胞(A549)細胞株は、DMEM培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)ウシ胎児血清、ペニシリン100units/mlおよびストレプトマイシン100μg/ml)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
実施例7‐1で培養された1.2×105肺腫瘍細胞(A549)細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で6‐wellプレートで18時間DMEM培地で培養した後、培地を除去した後、各ウェル(well)当たり500μlのOpti‐MEM培地(GIBCO、USA)を分注した。
実施例7‐2でトランスフェクトされた細胞株から実施例4‐3と同一の方法で全体のRNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real‐time PCR)を用いて標的遺伝子のmRNAの発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit、BIONEER、Korea)を用いて、実施例7‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出し、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20、BIONEER、Korea)を用いて、下記のような方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mlのエッペンチューブに満たされいるAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(BIONEER、Korea)にチューブ1本当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μlになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸留水を添加した。これを遺伝子増幅装置(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block、BIONEER、Korea)で30℃で1分間RNAとプライマーをハイブリダイズして、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、90℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
実施例7‐4で製造されたcDNAを鋳型とし、リアルタイムPCRにより呼吸器疾患関連遺伝子mRNAの相対的な量を下記のような方法で定量した。96‐wellプレートの各wellに実施例7‐4で製造されたcDNAを蒸留水で5倍希釈し、標的遺伝子mRNAの発現量の分析のために希釈されたcDNA3μlと2XGreenStarTM PCR master mix(BIONEER、Korea)を25μl、蒸留水19μl、qPCRプライマー(アンフィレグリン遺伝子、配列番号338および339;ストラティフィン遺伝子、配列番号342および343;表2;F、Rそれぞれ10pmole/μl;BIONEER、Korea)を3μl入れて混合液を作製した。一方、標的遺伝子mRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子(housekeeping gene、以下、HK遺伝子)であるRPL13Aを標準遺伝子とした。前記混合液で満たされた96‐wellプレートをExicyclerTM 96 Real‐Time Quantitative Thermal Block(BIONEER、Korea)を用いて下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造を除去した後、94℃で30秒間変性(denaturing)、58℃で30秒間アニーリング(annealing)、72℃で30秒間延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の4つの過程を42回繰り返して行い、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持し、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ取得した標的遺伝子のCt(threshold cycle)値は、RPL13A遺伝子により補正された標的遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列のsiRNA(siCONT)が処理された実験群を対照群とし、△Ct値の差を求めた。
実施例7‐5で選定された配列をセンス鎖として有する26種のヒトアンフィレグリン特異的siRNAおよび47種のヒトストラティフィン特異的siRNAを用いてヒト肺腫瘍細胞(A549)を形質転換させ、前記形質転換された肺腫瘍細胞(A549)細胞株で標的遺伝子の発現プロファイルを分析し、高効率のsiRNAを選別した。
アメリカ培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection、ATCC)から手に入れたヒト肺腫瘍細胞(A549)細胞株は実施例7‐1と同一の条件で培養した。
実施例8‐1で培養された1.2×105肺腫瘍細胞(A549)細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で6‐wellプレートで18時間DMEM培地で培養した後、培地を除去した後、各ウェル(well)当たり500μlのOpti‐MEM培地(GIBCO、USA)を分注した。
実施例8‐2でトランスフェクトされた細胞株から実施例4‐3と同一の方法で全体のRNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real‐time PCR)を用いて標的遺伝子のmRNAの発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit、BIONEER、Korea)を用いて、実施例8‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出し、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20、BIONEER、Korea)を用いて、下記のような方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mlのエッペンチューブに満たされいるAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(BIONEER、Korea)にチューブ1本当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μlになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸留水を添加した。これを遺伝子増幅装置(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block、BIONEER、Korea)で30℃で1分間RNAとプライマーをハイブリダイズして、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、90℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
実施例8‐4で製造されたcDNAを鋳型とし、リアルタイムPCRにより呼吸器疾患関連遺伝子mRNAの相対的な量を下記のような方法で定量した。96‐wellプレートの各wellに実施例8‐4で製造されたcDNAを蒸留水で5倍希釈し、標的遺伝子mRNAの発現量の分析のために希釈されたcDNA3μlと2XGreenStarTM PCR master mix(BIONEER、Korea)を25μl、蒸留水19μl、qPCRプライマー(アンフィレグリン遺伝子、配列番号338および339;ストラティフィン遺伝子、配列番号342および343;表2;F、Rそれぞれ10pmole/μl;BIONEER、Korea)を3μl入れて混合液を作製した。一方、標的遺伝子mRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子であるRPL13Aを標準遺伝子とした。前記混合液で満たされた96‐wellプレートをExicyclerTM 96 Real‐Time Quantitative Thermal Block(BIONEER、Korea)を用いて下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造を除去した後、94℃で30秒間変性(denaturing)、58℃で30秒間アニーリング(annealing)、72℃で30秒間延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の4つの過程を42回繰り返して行い、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持し、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ取得した標的遺伝子のCt(threshold cycle)値はRPL13A遺伝子により補正された標的遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列であるsiRNA(siCONT)が処理された実験群を対照群とし、△Ct値の差を求めた。
実施例8‐5で選定されたヒトアンフィレグリン3種の配列(79、80、91)およびヒトストラティフィン5種の配列(248、257、268、290、327)をセンス鎖として有するsiRNAを用いて、前記実施例3‐1で製造したSAMiRNAからなるナノ粒子でヒト肺腫瘍細胞(A549)を形質転換させ、形質転換された肺腫瘍細胞(A549)細胞株で標的遺伝子の発現プロファイルを分析した。
アメリカ培養細胞系統保存機関(American Type Culture Collection、ATCC)から手に入れたヒト肺腫瘍細胞(A549)細胞株は、実施例7‐1と同一の条件で培養した。
前記実施例9‐1で培養された0.8×105ヒト肺腫瘍細胞(A549)細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12‐ウェル(well)プレートで18時間DMEM培地で培養した。実施例3‐1で製造されたアンフィレグリン配列79、80、91およびストラティフィン配列248、257、268、290、327を有するSAMiRNAを50nM、100nM、200nM、500nMのトランスフェクション(transfection)用溶液に作製するために、13.3μl、26.6μl、53.2μl、133.0μlのSAMiRNAと986.7μl、973.4μl、976.8μl、867.0μlのOpti‐MEM培地(GIBCO、米国)をそれぞれ混合して1mlを製造した。細胞培養液を除去した後、各ウェル(well)当たり1mlのトランスフェクション溶液を処理し、37℃、5%(v/v)CO2の条件で培養した。トランスフェクションは、毎12時間ごとに新たな溶液に交替され、総48時間4回繰り返して行った。
実施例9‐2でトランスフェクトされた細胞株から実施例4‐3と同一の方法で全体のRNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real‐time PCR)を用いて標的遺伝子のmRNAの発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit、BIONEER、Korea)を用いて、実施例9‐2でトランスフェクトされた細胞株から全体のRNAを抽出し、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower RocketScript RT Premix/dT20、BIONEER、Korea)を用いて、下記のような方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mlのエッペンチューブに満たされいるAccuPower RocketScript RT Premix/dT20(BIONEER、Korea)にチューブ1本当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μlになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸留水を添加した。これを遺伝子増幅装置(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block、BIONEER、Korea)で30℃で1分間RNAとプライマーをハイブリダイズし、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、90℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
実施例9‐4で製造されたcDNAを鋳型とし、リアルタイムPCRにより呼吸器疾患関連遺伝子mRNAの相対的な量を下記のような方法で定量した。96‐wellプレートの各wellに実施例9‐4で製造されたcDNAを蒸留水で5倍希釈し、標的遺伝子mRNAの発現量の分析のために希釈されたcDNA3μlと2×GreenStarTM PCR master mix(BIONEER、Korea)を25μl、蒸留水19μl、qPCRプライマー(アンフィレグリン遺伝子、配列番号338および339;ストラティフィン遺伝子、配列番号342および343(表2);F、Rそれぞれ10pmole/μl;BIONEER、Korea)を3μl入れて混合液を作製した。一方、標的遺伝子mRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子であるRPL13Aを標準遺伝子とした。前記混合液で満たされた96‐wellプレートをExicyclerTM 96 Real‐Time Quantitative Thermal Block(BIONEER、Korea)を用いて下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造を除去した後、94℃で30秒間変性(denaturing)、58℃で30秒間アニーリング(annealing)、72℃で30秒間延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の4つの過程を42回繰り返して行い、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持し、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ取得した標的遺伝子のCt(threshold cycle)値は、RPL13A遺伝子により補正された標的遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列であるSAMiRNA‐CONT(siCONT)が処理された実験群を対照群とし、ΔCt値の差を求めた。
Claims (31)
- 配列番号8、9、28、59、75、79、80、91、及び102からなる群から選択されるいずれか一つの配列を含むセンス鎖(sense strand)と、これに相補的な配列を含むアンチセンス鎖(anti‐sense strand)とを含み、siRNAの目標遺伝子がアンフィレグリン(amphiregulin)である、siRNA。
- 前記センス鎖またはアンチセンス鎖は、19〜31個のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項1に記載のsiRNA。
- 前記siRNAのセンス鎖またはアンチセンス鎖は、化学的修飾(chemical modification)を含むことを特徴とする請求項1に記載のsiRNAであって、前記化学的修飾は、
ヌクレオチド内の糖(sugar)構造の2´炭素位置で水酸化基(‐OH)がメチル基(‐CH3)、メトキシ基(‐OCH3)、アミン基(‐NH2)、フッ素(‐F)、O‐2‐メトキシエチル基、O‐プロピル基、O‐2‐メチルチオエチル基、O‐3‐アミノプロピル基、O‐3‐ジメチルアミノプロピル基、O‐N‐メチルアセトアミド基およびO‐ジメチルアミドオキシエチルからなる群から選択されるいずれか一つで置換される修飾;
ヌクレオチド内の糖構造の酸素が硫黄で置換される修飾;
ヌクレオチド結合がホスホロチオエート(phosphorothioate)結合、ボラノホスフェート(boranophosphate)結合およびメチルホスホネート(methyl phosphonate)結合からなる群から選択されるいずれか一つの結合になる修飾;並びに
PNA(peptide nucleic acid)、LNA(locked nucleic acid)およびUNA(unlocked nucleic acid)形態への修飾;
からなる群から選択されるいずれか一つ以上であることを特徴とする、前記siRNA。 - siRNAのアンチセンス鎖の5´末端に一つ以上のリン酸基(Phosphate group)が結合されていることを特徴とする請求項1に記載のsiRNA。
- 下記構造式1の構造を含む二重らせんオリゴRNA構造体:
[構造式1]
前記構造式1中、Aは親水性物質、Bは疎水性物質、XおよびYはそれぞれ独立して単純共有結合またはリンカーで媒介された共有結合を意味し、Rは請求項1に記載のsiRNAを意味する。 - 下記構造式2の構造を含む請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体:
[構造式2]
前記構造式2中、SおよびASはそれぞれ請求項5によるsiRNAのセンス鎖およびアンチセンス鎖を意味し、A、B、XおよびYは請求項5に記載の定義と同一である。 - 下記構造式3の構造を含む請求項6に記載の二重らせんオリゴRNA構造体:
[構造式3]
前記構造式3中、A、B、X、Y、SおよびASは、請求項6に記載の定義と同一であり、5´および3´は、それぞれ、siRNAセンス鎖の5´および3´末端を意味する。 - 親水性物質は、下記構造式4の構造を持つことを特徴とする請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体:
[構造式4]
前記構造式4中、A´は親水性物質モノマー(monomer)、Jはm個の親水性物質モノマー同士をまたはm個の親水性物質モノマーとsiRNAとを互いに連結するリンカー、mは1〜15の整数、そして、nは1〜10の整数を意味し、
親水性物質モノマーA´は化合物(1)〜化合物(3)から選択される何れか一つの化合物で、リンカーJは、PO3−、SO3およびCO2からなる群から選択される;
化合物(1)
前記化合物(1)のGは、CH2、O、SおよびNHからなる群から選択される;
化合物(2)
化合物(3)
- 前記親水性物質の分子量は200〜10,000であることを特徴とする請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記親水性物質は、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリビニルピロリドン及びポリオキサゾリンからなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記疎水性物質の分子量は250〜1,000であることを特徴とする請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記疎水性物質は、ステロイド誘導体、グリセリド誘導体、グリセロールエーテル、ポリプロピレングリコール、C12〜C50の不飽和または飽和炭化水素、ジアシルホスファチジルコリン(diacylphosphatidylcholine)、脂肪酸、リン脂質、リポポリアミン(lipopolyamine)、脂質(lipid)、トコフェロール(tocopherol)及びトコトリエノール(tocotrienol)からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記ステロイド誘導体は、コレステロール、コレスタノール、コール酸、コレステリルホルメート、コテスタニルホルメート及びコレスタニルアミンからなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項12に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記グリセリド誘導体は、モノ‐グリセリド、ジ‐グリセリド及びトリ‐グリセリドからなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項12に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記XおよびYで表される共有結合は、非分解性結合または分解性結合であることを特徴とする請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記非分解性結合は、アミド結合またはリン酸化結合であることを特徴とする請求項15に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記分解性結合は、ジスルフィド結合、酸分解性結合、エステル結合、無水物結合、生分解性結合または酵素分解性結合であることを特徴とする請求項15に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体を含むナノ粒子。
- 互いに異なる配列を含むsiRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体の混合物を含むことを特徴とする請求項18に記載のナノ粒子。
- 請求項1に記載のsiRNAを有効成分として含む線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 前記呼吸器疾患は、慢性閉塞性疾患(COPD)、喘息、急性・慢性気管支炎、アレルギー鼻炎、痰と咳、気管支炎、細気管支炎、咽頭炎、扁桃炎及び喉頭炎からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項20に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 前記線維症は、特発性肺線維症(IPF)、肝硬変(cirrhosis)、骨髄線維症(myelofibrosis)、心筋線維症(myocardial fibrosis)、腎線維症(renal fibrosis)及び肺線維症(pulmonary fibrosis)からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項20に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 請求項20に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物を含む凍結乾燥した形態の剤形。
- 請求項5に記載の二重らせんオリゴRNA構造体を有効成分として含む線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 前記呼吸器疾患は、慢性閉塞性疾患(COPD)、喘息、急性・慢性気管支炎、アレルギー鼻炎、痰と咳、気管支炎、細気管支炎、咽頭炎、扁桃炎及び喉頭炎からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項24に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 前記線維症は、特発性肺線維症(IPF)、肝硬変(cirrhosis)、骨髄線維症(myelofibrosis)、心筋線維症(myocardial fibrosis)、腎線維症(renal fibrosis)及び肺線維症(pulmonary fibrosis)からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項24に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 請求項24に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物を含む凍結乾燥した形態の剤形。
- 請求項18に記載のナノ粒子を有効成分として含む線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 前記呼吸器疾患は、慢性閉塞性疾患(COPD)、喘息、急性・慢性気管支炎、アレルギー鼻炎、痰と咳、気管支炎、細気管支炎、咽頭炎、扁桃炎及び喉頭炎からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項28に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 前記線維症は、特発性肺線維症(IPF)、肝硬変(cirrhosis)、骨髄線維症(myelofibrosis)、心筋線維症(myocardial fibrosis)、腎線維症(renal fibrosis)及び肺線維症(pulmonary fibrosis)からなる群より選択される何れか一つであることを特徴とする請求項28に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物。
- 請求項28に記載の線維症または呼吸器疾患の予防または治療用薬学組成物を含む凍結乾燥した形態の剤形。
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