JP6417603B2 - Rnaの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法およびdnaエレメントの分析方法 - Google Patents
Rnaの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法およびdnaエレメントの分析方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6417603B2 JP6417603B2 JP2017528859A JP2017528859A JP6417603B2 JP 6417603 B2 JP6417603 B2 JP 6417603B2 JP 2017528859 A JP2017528859 A JP 2017528859A JP 2017528859 A JP2017528859 A JP 2017528859A JP 6417603 B2 JP6417603 B2 JP 6417603B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- rna
- nucleic acid
- dna
- decoding
- template
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1096—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA cDNA Synthesis; Subtracted cDNA library construction, e.g. RT, RT-PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
鋳型RNAを用いて、
前記RNAの5’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸、
前記RNAの3’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの3’末端領域に対応する相補DNA核酸、
前記RNA全長のセンスストランドもしくはアンチセンスストランドにおける部分領域のRNA核酸、および、
これらの組み合わせ
からなる群から選択された少なくとも一つの核酸、または、2つ以上の配列が連結された配列を有する核酸を調製し、前記核酸を配列解読する調製解読工程を含み、前記調製解読工程において、使用する前記鋳型RNAが、新生RNA(Nascent RNA)であることを特徴とする。
前記解読した配列情報に基づき、前記RNAの合成をコードするDNAエレメントをゲノム配列にマッピングするマッピングステップとを含むことを特徴とする。
前記調製解読工程において、nAnT−iCAGE法に基づく手法を用いる。
前記調製解読工程が、
前記核酸にリンカーが結合したリンカー付加核酸を調製する調製ステップと、
前記リンカー内に認識部位を有し且つ前記核酸内に切断部位を有する制限酵素を用いて、前記リンカー付加核酸を切断する切断ステップと、
得られた切断物から、前記RNAの5’末端領域に対応するフラグメントを回収する回収ステップとを含む。
前記調製解読工程において、テンプレートスイッチ法に基づく手法を用いる。
前記調製解読工程において、HeliScopeCAGE法に基づく手法を用いる。
単離した前記新生RNAを、前記鋳型RNAとして使用する。
前記生体試料から、転写過程における鋳型DNAとRNAポリメラーゼIIと合成中のRNAとの複合体を含むクロマチンを分離し、
前記クロマチンから、前記複合体に含まれる前記合成中のRNAを、新生RNAとして分離する。
ゲノム上のDNA変異および遺伝子多型の少なくとも一方とを関連させる。
本発明の解読方法は、前述のように、RNAの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法であり、
鋳型RNAを用いて、
前記RNAの5’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸、
前記RNAの3’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの3’末端領域に対応する相補DNA核酸、
前記RNA全長のセンスストランドもしくはアンチセンスストランドにおける部分領域のRNA核酸、および、
これらの組み合わせ
からなる群から選択された少なくとも一つの核酸、または、2つ以上の配列が連結された配列を有する核酸を調製し、前記核酸を配列解読する調製解読工程を含み、
前記調製解読工程において、使用する前記鋳型RNAが、新生RNA(Nascent RNA)である。本発明において、調製される前記核酸は、例えば、核酸フラグメントまたはフラグメントということもでき、前記核酸がDNA核酸の場合、DNAフラグメントいうこともできる。
(1)前記RNAの5’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸
(2)前記RNAの3’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの3’末端領域に対応する相補DNA核酸
(3)前記RNA全長のセンスストランドもしくはアンチセンスストランドにおける部分領域のRNA核酸
(4)前記(1)〜(4)の任意の組み合わせ
(5)2つ以上の配列が連結された配列を有する核酸
前記(5)において、例えば、「2つ以上の配列」における「配列」とは、前記(1)〜(4)の核酸の配列であり、「2つ以上の配列が連結された配列」とは、前記(1)〜(4)のいずれかの配列が2つ以上連結されている配列である。前記連結は、例えば、直接的な連結でもよいし、リンカー等を介した間接的な連結でもよい。
前記リンカー内に認識部位を有し且つ前記核酸内に切断部位を有する制限酵素を用いて、前記リンカー付加核酸を切断する切断ステップと、
得られた切断物から、前記RNAの5’末端領域に対応するフラグメントを回収する回収ステップとを含む。前記核酸が前記RNAの5’末端領域に対応するDNA核酸の場合、例えば、前記リンカー付加核酸は、リンカー付加DNA核酸であり、前記RNAの5’末端に対応するフラグメントは、前記RNAの5’末端に対応する(相補的な)DNAフラグメントである。また、前記核酸が前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸の場合、例えば、前記リンカー付加核酸は、リンカー付加RNA核酸であり、前記RNAの5’末端に対応するフラグメントは、前記RNAの5’末端に対応する(同一の)RNAフラグメントである。
(1)前記鋳型RNAに対するDNA核酸を合成し、前記DNA核酸に前記リンカーを結合することにより、前記リンカー付加DNA核酸を調製する。
(2)前記鋳型RNAの5’末端のキャップ構造を、前記リンカーに対応するオリゴヌクレオチドに置換し、得られた5’末端置換型の鋳型RNAに対するDNA核酸を合成することにより、前記リンカー付加DNA核酸を調製する。
(1a)前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するDNA核酸を調製するステップ
(1b)前記DNA核酸に、少なくとも1つの前記リンカーを結合するステップ
前記鋳型RNAの5’キャップ構造をオリゴヌクレオチドに置換するステップと、
鋳型として前記鋳型RNAを使用して、第1のcDNA鎖を合成することにより、前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するDNA核酸を調製するステップ
とを含んでもよい。
鋳型として前記鋳型RNAを使用して、第1のcDNA鎖を合成することにより、得られた前記第1のcDNA鎖と前記鋳型RNAとのcDNA/RNAハイブリッドを産生するステップと、
前記cDNA/RNAハイブリッドから、5’キャップ構造を特異的に認識する選択的結合物質を使用して、前記5’キャップ構造を有する特定のcDNA/RNAハイブリッドを選択するステップと、
前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するDNA核酸を回収するステップ
とを含んでもよい。
鋳型として前記鋳型RNAを使用して、第1のcDNA鎖を合成することにより、得られた前記第1のcDNA鎖と前記鋳型RNAとのcDNA/RNAハイブリッドを産生するステップと、
前記cDNA/RNAハイブリッドから、前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するDNA核酸を回収するステップ
とを含んでもよい。
鋳型として前記鋳型RNAを使用して、第1のcDNA鎖を合成することにより、得られた前記第1のcDNA鎖と前記鋳型RNAとのcDNA/RNAハイブリッドを産生するステップと、
前記cDNA/RNAハイブリッドに、5’キャップ構造に対する選択的結合物質(第1物質)をコンジュゲートするステップと、
前記cDNA/RNAハイブリッドを、もう一つのマッチする選択的結合物質(第2物質)を固定した支持体に接触させるステップと、
前記支持体に固定された前記cDNA/RNAハイブリッドから、前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するDNA核酸を回収するステップ
とを含んでもよい。ここで、もう一つのマッチする選択的結合物質(第2物質)は、例えば、前記選択的結合物質(第1物質)に特異的に結合するものである。このため、前記cDNA/RNAハイブリッドを前記支持体に接触させることによって、前記ハイブリッドに結合した前記選択的結合物質(第1物質)と、前記支持体に固定された前記マッチする選択的結合物質(第2物質)とが結合し、結果的に、前記支持体に前記ハイブリッドが固定される。
前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するDNA核酸の末端領域に、前記リンカーを結合するステップと、
鋳型として前記リンカーを結合したDNA核酸(以下、「第1のcDNA鎖」ともいう)を使用して、第2のcDNA鎖を合成するステップと、
得られた前記リンカーが結合した前記第1のcDNA鎖と前記第2のcDNA鎖との二本鎖cDNA(以下、「リンカー結合二本鎖cDNA」ともいう)を、制限酵素により処理するステップと、
前記制限酵素による分解物から、前記リンカーと、前記鋳型RNAの5’末端のヌクレオチド配列に対応するcDNAの一部とを含むフラグメントを回収するステップ、とを含む。ここで、前記リンカーは、例えば、前記制限酵素の認識部位を少なくとも1つ有し、前記制限酵素は、例えば、前記認識部位とは異なる部位を切断する酵素であることが好ましい。前記フラグメントにおいて、前記リンカーは、例えば、前記リンカーの一部を含んでもよいし、前記リンカーの全配列を含んでもよい。
(2a)前記鋳型RNAの5’キャップ構造をオリゴヌクレオチドに置換するステップ
(2b)鋳型として前記鋳型RNAを使用して、第1のcDNA鎖を合成するステップ
(2c)鋳型として前記第1のcDNA鎖を使用して、第2のcDNA鎖を合成するステップ
本発明の分析方法は、前述のように、DNAエレメントの分析方法であり、
前記本発明の解読方法により、RNAの5’末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する解読ステップと、
前記解読した配列情報に基づき、前記RNAの合成をコードするDNAエレメントをゲノム配列にマッピングするマッピングステップとを含むことを特徴とする。
ステップ1は、サンプル中のRNAの5’末端に対応する部位を含むcDNAを選択的に回収することである。cDNAを、例えば、テンプレートとしてRNAの使用によって合成することができる。
ステップ1に続いて、少なくともRNAの5’末端に相補的な部位を含むcDNAを含むフラグメントを、選択的に回収するためにステップ2を行う。
その後のステップ3は、回収したフラグメントの相互ライゲーションによってコンカテマーを形成する。複数のRNAが存在し、且つリンカーが上記のランダムオリゴマー部分で第1のcDNA鎖とハイブリッド形成するので、上記の方法により、サンプル内の複数のRNA由来の複数のcDNAを含むフラグメントを得ることができる。ステップ3は、これらの複数のフラグメントをライゲーションしてコンカテマーを形成する。T4DNAリガーゼ(これに限定するものではない)に基づいた市販のライゲーションキットを使用した標準的な方法によって、cDNAフラグメントのライゲーションを行うことができる。最初に、第2のリンカーを移入して、より以前の段階で使用した他の認識部位と異なる制限酵素の認識部位を獲得し、その後、2つのフラグメントをライゲーションして、反対方向に2つの5’タグを含む二量体(ジタグ)とし、これらのライゲーションしたジタグフラグメントを、さらにライゲーションして、コンカテマーにする方法によってライゲーションを安全に行うことができるが、この方法に限定されない。しかし、本発明の性能は、中間ジタグのクローニングに依存しない。単量体タグを直接自己ライゲーションして、本発明を実施するための長さを満たすコンカテマーを形成することができる。したがって、本発明は、ジタグの使用を制限も依存しない。ライゲーションフラグメント数は、制限されず、実際、2つ以上の任意の数、好ましくは少なくとも20〜30個が、本発明の実施に適切である。得られたコンカテマーを、標準的な方法によって増幅またはクローン化することが好ましいが、これらに限定されない。
まず、MCF7細胞から、定法に従って核を回収した。回収した核に、ウレア含有変性緩衝液を添加し、所定濃度(0.5、1、2、4mol/L)のウレアで変性処理を行い、核内成分を、可溶分画(nuclear)とクロマチン分画(chromatin)とに分離した。そして、前記可溶分画と前記クロマチン分画とについて、ウェタンブロッティングにより、GAPDH、U1snRNP70、ポリメラーゼIIを検出した。GAPDHは、細胞質のマーカーであり、U1snRNP70は、核内可溶分画のマーカーである。これらのウェスタンブロッティングの結果を、図4に示す。図4に示すように、U1snRNP70は、相対的に、前記可溶分画において検出され、前記クロマチン分画には検出されなかったことから、効率良く分画できていることがわかった。そして、前記クロマチン分画には、リン酸化された活性RNAポリメラーゼ(active PolII)が濃縮しており、前記クロマチン分画に、合成中のRNAポリメラーゼが存在することが示された。
従来のCAGE法は、鋳型RNAとして、トータルRNAを使用する方法である。この方法を、以下、通常のCAGE法という。他方、CAGE法に本発明を適用する場合、鋳型RNAとして、新生RNAを使用する。そこで、鋳型RNAとして新生RNAを使用する本発明を適用したCAGE法を、以下、本発明におけるNET−CAGE(Native Elongating Transcript-Cap Analysis of Gene Expression)法と呼ぶ。本実施例では、前記実地例1で得られたクロマチン分画からRNAを回収することで、新生RNAを得て、この新生RNAを鋳型としてNET−CAGE法を行った。そして、MCF7細胞から回収したトータルRNAを使用する前記通常のCAGE法との比較を行った。特に示さない限り、以下の実施例も同様とした。
論文(Andersson et al. Nature 2014)ですでに発表されている、FANTOM5計画において同定された既知のエンハンサー領域について、MCF7細胞における通常のCAGEによるリード数と、MCF7細胞における前記NET−CAGEによるリード数とに基づいて、再現性を確認した。これらの結果を、図6のグラフに示す。図6において、X軸およびY軸は、前記論文で同定された既知のエンハンサー領域にマップされたリード数を示す。図6に示すように、通常のCAGEでは、前記論文のリード数に対して、相関係数が0.69であり、本発明におけるNET−CAGEは、前記論文のリード数に対して、相関係数が、0.65であった。この結果から、本発明におけるNET−CAGEによっても、通常のCAGEと同様に、再現性良く、高い信頼度で定量的にエンハンサーを同定できることがわかった。
MCF7細胞を用いて、通常のCAGEと前記NET−CAGEとを施行した。GAPDH遺伝子の上流領域について、通常のCAGEおよび前記NET−CAGEによって得られたCAGEタグの分布を、それぞれ図7に示す。図7は、Integrative Genomics Viewer(IGV)のゲノムブラウザーのブラウザービューであり、図に示されているゲノム座標位置に、マップしているCAGEタグが示されており、横軸は、ゲノムの位置座標である。本実施例は、本発明におけるNET−CAGEにより、通常のCAGEでは同定できない新規のエンハンサー候補の同定を示すことを目的とするため、図7は、プラウザービューの一部を抜粋して示す。具体的には、図7の上部に示すプロモーターのピークのすそ野におけるタグを示す。図7において、枠線で囲まれていない矢印は、センス方向にマッピングしたCAGEタグであり、枠で囲まれた矢印は、アンチセンス方向にマッピングしたCAGEタグである。矢印で示した領域には、対称性の逆方向のCAGEタグが分布する領域であり、この領域は通常のCAGEではCAGEタグを実質検出できないが、前記NET−CAGEによってのみ十分数のCAGEタグが検出された。このように、対称性に逆方向にCAGEタグが存在する領域は、エンハンサーに特徴的な所見であり、この領域がエンハンサーであることを強く示唆している。なお、この領域は、FANTOM5計画ではエンハンサーと同定できていないことから、本発明におけるNET−CAGEにより同定された新規のエンハンサー候補と考えられる。つまり、本発明を適用した前記NET−CAGEによれば、通常のCAGEでは検出不可能な新規のエンハンサーを同定できるといえる。
Claims (13)
- 鋳型RNAを用いて、
前記RNAの5’末端領域のRNA核酸もしくは前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸、または、2つ以上の配列が連結された配列を有する核酸を調製し、前記核酸をCAGE法により配列解読する調製解読工程を含み、
前記調製解読工程において、使用する前記鋳型RNAが、非標識新生RNA(Nascent RNA)であることを特徴とする、RNAの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法。 - 前記調製解読工程において、前記調製する核酸が、前記鋳型RNAの5’末端領域のRNA核酸および前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸の少なくとも一方の核酸を含み、
前記調製解読工程において、nAnT−iCAGE法に基づく手法を用いる、請求項1記載の解読方法。 - 前記調製解読工程において、前記調製する核酸が、前記鋳型RNAの5’末端領域のRNA核酸および前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸の少なくとも一方の核酸を含み、
前記調製解読工程が、
前記核酸にリンカーが結合したリンカー付加核酸を調製する調製ステップと、
前記リンカー内に認識部位を有し且つ前記核酸内に切断部位を有する制限酵素を用いて、前記リンカー付加核酸を切断する切断ステップと、
得られた切断物から、前記RNAの5’末端領域に対応するフラグメントを回収する回収ステップとを含む、請求項1記載の解読方法。 - 前記調製解読工程において、前記調製する核酸が、前記鋳型RNAの5’末端領域のRNA核酸および前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸の少なくとも一方の核酸を含み、
前記調製解読工程において、テンプレートスイッチ法に基づく手法を用いる、請求項1記載の解読方法。 - 前記調製解読工程において、前記調製する核酸が、前記鋳型RNAの5’末端領域のRNA核酸および前記RNAの5’末端領域に対応する相補DNA核酸の少なくとも一方の核酸を含み、
前記調製解読工程において、HeliScopeCAGE法に基づく手法を用いる、請求項1記載の解読方法。 - 前記非標識新生RNAが、単一の細胞種由来のRNAまたは単一の組織由来のRNAである、請求項1から5のいずれか一項に記載の解読方法。
- 前記非標識新生RNAが、転写過程における鋳型DNAとRNAポリメラーゼIIと合成中のRNAとの複合体から単離されたRNAである、請求項1から6のいずれか一項に記載の解読方法。
- さらに、生体試料から前記非標識新生RNAを単離する単離ステップを含み、
単離した前記非標識新生RNAを、前記鋳型RNAとして使用する、請求項1から7のいずれか一項に記載の解読方法。 - 前記単離ステップにおいて、
前記生体試料から、転写過程における鋳型DNAとRNAポリメラーゼIIと合成中のRNAとの複合体を含むクロマチンを分離し、
前記クロマチンから、前記複合体に含まれる前記合成中のRNAを、非標識新生RNAとして分離する、請求項8記載の解読方法。 - 請求項1から9のいずれか一項に記載の解読方法により、RNAの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する解読ステップと、
前記解読した配列情報に基づき、前記RNAの合成をコードするDNAエレメントをゲノム配列にマッピングするマッピングステップとを含むことを特徴とする、DNAエレメントの分析方法。 - 前記マッピングステップにおいて、前記マッピングにより前記DNAエレメントを同定する、請求項10記載の分析方法。
- さらに、マッピングした前記核酸の重複数から、前記DNAエレメントの活性量を定量するステップを含む、請求項10または11記載の分析方法。
- 前記定量した前記DNAエレメントの活性量と、
ゲノム上のDNA変異および遺伝子多型の少なくとも一方とを関連させる、請求項12記載の分析方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016013575 | 2016-01-27 | ||
JP2016013575 | 2016-01-27 | ||
PCT/JP2017/001097 WO2017130750A1 (ja) | 2016-01-27 | 2017-01-13 | Rnaの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法およびdnaエレメントの分析方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2017130750A1 JPWO2017130750A1 (ja) | 2018-02-01 |
JP6417603B2 true JP6417603B2 (ja) | 2018-11-07 |
Family
ID=59397857
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017528859A Active JP6417603B2 (ja) | 2016-01-27 | 2017-01-13 | Rnaの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法およびdnaエレメントの分析方法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US11312991B2 (ja) |
EP (1) | EP3409773B1 (ja) |
JP (1) | JP6417603B2 (ja) |
DK (1) | DK3409773T3 (ja) |
EA (1) | EA037304B1 (ja) |
WO (1) | WO2017130750A1 (ja) |
Family Cites Families (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6280935B1 (en) | 1994-10-13 | 2001-08-28 | Lynx Therapeutics, Inc. | Method of detecting the presence or absence of a plurality of target sequences using oligonucleotide tags |
US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
US5695934A (en) | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
FR2733762B1 (fr) | 1995-05-02 | 1997-08-01 | Genset Sa | Methode de couplage specifique de la coiffe de l'extremite 5' d'un fragment d'arnm et preparation d'arnm et d'adnc complet |
US5962271A (en) | 1996-01-03 | 1999-10-05 | Cloutech Laboratories, Inc. | Methods and compositions for generating full-length cDNA having arbitrary nucleotide sequence at the 3'-end |
US6013488A (en) | 1996-07-25 | 2000-01-11 | The Institute Of Physical And Chemical Research | Method for reverse transcription |
US6265163B1 (en) | 1998-01-09 | 2001-07-24 | Lynx Therapeutics, Inc. | Solid phase selection of differentially expressed genes |
CA2356123A1 (en) | 2000-08-25 | 2002-02-25 | Riken | Method of preparing normalized and/or subtracted cdna |
EP1523554A2 (en) | 2002-06-12 | 2005-04-20 | Riken | Method of utilizing the 5' end of transcribed nucleic acid regions for cloning and analysis |
JP4403069B2 (ja) | 2002-08-12 | 2010-01-20 | 独立行政法人理化学研究所 | クローニングおよび分析のためのmRNAの5’末端の使用方法 |
JP2009072062A (ja) | 2006-04-07 | 2009-04-09 | Institute Of Physical & Chemical Research | 核酸の5’末端を単離するための方法およびその適用 |
US20150184246A1 (en) * | 2011-11-11 | 2015-07-02 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Biomarkers of response to proteasome inhibitors |
US9333578B2 (en) | 2014-06-30 | 2016-05-10 | General Electric Company | Fiber reinforced brazed components and methods |
-
2017
- 2017-01-13 JP JP2017528859A patent/JP6417603B2/ja active Active
- 2017-01-13 US US16/073,210 patent/US11312991B2/en active Active
- 2017-01-13 DK DK17743981.7T patent/DK3409773T3/da active
- 2017-01-13 WO PCT/JP2017/001097 patent/WO2017130750A1/ja active Application Filing
- 2017-01-13 EP EP17743981.7A patent/EP3409773B1/en active Active
- 2017-01-13 EA EA201891697A patent/EA037304B1/ru unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3409773A1 (en) | 2018-12-05 |
EP3409773B1 (en) | 2020-07-29 |
EP3409773A4 (en) | 2019-07-03 |
US20190032127A1 (en) | 2019-01-31 |
EA037304B1 (ru) | 2021-03-09 |
EA201891697A1 (ru) | 2019-01-31 |
WO2017130750A1 (ja) | 2017-08-03 |
DK3409773T3 (da) | 2020-09-07 |
JPWO2017130750A1 (ja) | 2018-02-01 |
US11312991B2 (en) | 2022-04-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20200370105A1 (en) | Methods for performing spatial profiling of biological molecules | |
US10731152B2 (en) | Method for controlled DNA fragmentation | |
JP5198284B2 (ja) | 高処理量配列決定技術を使用する転写産物の特徴づけのための改良された戦略 | |
JP5986572B2 (ja) | 固定化プライマーを使用した標的dnaの直接的な捕捉、増幅、および配列決定 | |
US20220348906A1 (en) | Methods and compositions for analyzing nucleic acid | |
US20110129827A1 (en) | Methods for transcript analysis | |
KR20170020704A (ko) | 개별 세포 또는 세포 개체군으로부터 핵산을 분석하는 방법 | |
JP2008546405A (ja) | ハイスループットシーケンシング技術を使用して複雑なゲノムをシーケンシングするための改善された戦略 | |
JP7051677B2 (ja) | 次世代シークエンシングのための高分子量dnaサンプル追跡タグ | |
CN105793438A (zh) | 未知序列的双股线性核酸的全长扩增方法 | |
US20140336058A1 (en) | Method and kit for characterizing rna in a composition | |
EP4172357B1 (en) | Methods and compositions for analyzing nucleic acid | |
JP6417603B2 (ja) | Rnaの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法およびdnaエレメントの分析方法 | |
US11136576B2 (en) | Method for controlled DNA fragmentation | |
JP4403069B2 (ja) | クローニングおよび分析のためのmRNAの5’末端の使用方法 | |
CA3200114C (en) | Rna probe for mutation profiling and use thereof | |
CA3200114A1 (en) | Rna probe for mutation profiling and use thereof | |
KR20140006363A (ko) | 잡종화된 리보핵산과 이로부터 유래한 상보적 dna 및 그 유도체의 제조방법 | |
JP2009268362A (ja) | Rnaの修飾とrnaからdnaを調製する方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180612 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180810 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20180904 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20180918 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6417603 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |