JP6414876B2 - 実験系支援システム - Google Patents
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Description
例えば、バイオ系の実験では、試料から目的物質を抽出したり分離したりした上で分析することが多く、対象物質を増幅させた後に測定したり、目的物質と特異的に結合する他の材料で標識したりした後に測定が行われることも多い。さらには、酵素反応や免疫反応といった特定の反応を生じさせた後に測定を行われることも多い。最終的に目的物質の同定や定量を行う際には、放射性検出、化学発光検出、蛍光検出、発色検出等の手法が用いられる。この他、対象物質の電気的性質を利用して分離、検出する電気泳動の手法が用いられることも多い。
サーバと、実験用携帯端末と、機器用ソフトウェアと、実験系実施プログラムとを備えており、
実験用携帯端末は、サーバに加え、実験室に設置されている複数の実験機器との間で情報の送受信が可能であって、複数の実験機器は、前記複数の異なる実験を行う際に使用されるものであり、
機器用ソフトウェアは、測定値に対して適用されることで対象物についての定量又は同定を可能にするためのデータである検量線データを少なくとも含むものであって、使用される前記複数の実験機器の各々について設けられており、且つサーバの記憶部に記憶されていて実験用携帯端末にダウンロードされることが可能なものであり、
実験系実施プログラムは、実験用携帯端末にインストールされていて実行可能であるか、又はサーバ上に実装されていて実験用携帯端末からの要求によって実行可能とされているプログラムであり、
実験系実施プログラムは、各実験機器での測定値に対して機器用ソフトウェアに含まれる検量線データを適用して各実験の結果を得るものであって、目的とする実験系に応じて定められた順序で機器用ソフトウェアを選択して使用するプログラムであるという構成を有する。
また、上記課題を解決するため、請求項2記載の発明は、前記請求項1の構成において、前記サーバの記憶部には、前記実験系実施プログラムが実行されたことを示す実験ログファイルが記憶されており、
前記実験系実施プログラムは、プログラムが実行された旨及び各実験において取得されたデータを実験ログファイルに記録するものであり、
前記サーバは、前記実験用携帯端末以外の端末からアクセスがあった際に当該端末に実験ファイルの内容を閲覧させるものであるという構成を有する。
また、上記課題を解決するため、請求項3記載の発明は、前記請求項1又は2の構成において、前記実験系実施プログラムは、前記検量線データの適用結果から当該実験が正しく行われたか否かを評価する評価モジュールを有しているという構成を有する。
また、上記課題を解決するため、請求項4記載の発明は、前記請求項3の構成において、前記実験系実施プログラムは、前記評価モジュールにより当該実験が正しく行われたと評価された場合に限りに実験系の次のステップに進むプログラムであるという構成を有する。
また、上記課題を解決するため、請求項5記載の発明は、前記請求項3又は4の構成において、前記サーバの記憶部には、前記実験系実施プログラムが実行されたことを示す実験ログファイルが記憶されており、
前記実験系実施プログラムは、前記評価モジュールによる当該実験の評価結果を実験ログファイルに記録するものであり、
前記サーバは、前記実験用携帯端末以外の端末からアクセスがあった際に当該端末に実験ファイルの内容を閲覧させるものであるという構成を有する。
また、上記課題を解決するため、請求項6記載の発明は、前記請求項1乃至5いずれかの構成において、前記実験用携帯端末は、各実験機器との間で無線通信を行うことにより情報の送受信を行うものであるという構成を有する。
また、上記課題を解決するため、請求項7記載の発明は、前記請求項1乃至6いずれかの構成において、各実験機器を使用しながら行った実験の結果を記録したラボノートファイルを作成してサーバの記録部に保存するラボノート作成プログラムが設けられており、
ラボノート作成プログラムは、実験系実施プログラムにおいて呼び出されて実行されるサブプログラムであって、実験系実施プログラムで取得されて保持されたデータを組み込んでラボノートファイルを作成するプログラムであるという構成を有する。
また、請求項2記載の発明によれば、サーバの記憶部には実験ログファイルが設けられており、実験系実施プログラムの実行結果が実験ログファイルに記録され、実験ログファイルの内容は他の端末において閲覧できるので、実験系の進捗状況を実験系実施プログラムの実行状況という形で第三者がモニタすることができるようになる。
また、請求項3記載の発明によれば、上記効果に加え、実験系実施プログラムが評価モジュールを備えているので、実験系の途中の段階で逐次結果をチェックすることができる。このため、ある実験が正しく行われていないのにもかかわらず次の実験を進んでしまい、結果として最終的な実験結果が不適切なものになってしまう(実験を無駄に行ってしまう)ことが無くなる。また、評価モジュールにおける基準を予め正しく定めておくことで、常に一定の正しい基準で評価でき、より適切な実験系の実施結果を得るのに役立つ。
また、請求項4記載の発明によれば、上記効果に加え、実験の結果を評価モジュールが適切であると評価した場合に次のステップに進むので、ある実験が正しく行われていないのにもかかわらず次の実験を進んでしまうことがプログラムにより自動的に防止される。
また、請求項5記載の発明によれば、評価モジュールによる評価結果が実験ログファイルに記録されて他の端末から閲覧が可能なので、実験系が正しく進捗していることを第三者が確認できるようになる。
また、請求項6記載の発明によれば、上記効果に加え、実験用携帯端末は各実験機器との間で無線通信を行うことにより情報の送受信を行うので、実験室内の配線が不要で、この点でも簡便となる。
また、請求項7記載の発明によれば、上記効果に加え、実験系支援プログラムを利用した実験系の実施結果が引き継がれてラボノートファイルが作成される。このため、実験者は、各実験の結果について個別に記録に残す等してラボノートをまとめる必要がなく、極めて簡便である。
図1は、第一の実施形態の実験系支援システムの概略図である。「実験系」とは、一つの目的とする結果を得るのに複数の異なる実験を行う系という意味である。典型的には、前述したように一連の実験プロトコルの各段階において検出又は測定等を行う場合が該当する。この実施形態では、実験系は、複数の異なる実験機器を使用することを前提としている。
また、複数のクライアント端末のうちの少なくとも一つ4は、実験結果や実験の進捗状況を閲覧するための端末である。以下、この端末4を閲覧用端末と呼ぶ。閲覧用端末4は、携帯型である必要はなく、デスクトップPCであっても良い。図1では、実験室1は一つのみ示されているが、実験系支援システムは複数の研究グループにおける実験系の実施を支援するものとなっており、実験室1は複数である。従って、実験用携帯端末3も複数であり、閲覧用端末4も複数である。
また、1つの研究グループであっても研究員が複数であって、各研究員がそれぞれ個人ユースの実験ベンチ上にて実験を行う場合、各研究員は専用の実験用携帯端末3を使用することになり、結果として実験用形態端末3は複数となる。この場合、閲覧用端末4は、各研究員が使用する各実験用形態端末3に支援されて得た実験結果や実験の進捗状況を閲覧するので、単数であってもよい。
このような機器用ソフトウェア61は、各実験機器11,12,13について記憶部21に記憶されている。記憶部21には、実験機器11,12,13毎にディレクトリが設けられており、実験機器11,12,13毎に分けて記憶されている。尚、同じ実験機器でも、目的物質が異なる場合には検量線データも異なる。従って、機器用ソフトウェアは、実験機器11,12,13が同じ場合であっても目的物質が異なる場合には別のディレクトリに記憶される。
図2は、サーバ2に実装されている各プログラム70〜75の関係を示した概略図である。これらプログラム70〜75は、実験用携帯端末3によりサーバ2から実験用携帯端末3にダウンロードされて実行されるプログラムであり、全体として実験系支援のアプリケーションソフトウェア(以下、実験系支援アプリ)を構成している。
認証用のユーザーIDとパスワードは、実施形態の実験系支援システムが使用される研究室の研究員や指導監督を行う者(上司や指導教授等、以下、指導者と総称する)に対して予め発行されている。各ユーザーIDと対応するパスワードは、研究員や指導者等の氏名とともにデータベース化された認証用DBF63に記録されており、認証用DBF63は、サーバ2の記憶部21に記憶されている。尚、認証用DBF63には、ユーザーの氏名を記録したフィールドを含んでおり、またユーザーIDが指導者のものであるか、研究員のものであるかを識別するフィールドを含んでいる。
実験系選択プログラム72は、どの実験系を実施するのかを選択させるプログラムである。このプログラムには、実験系を選択させる画面を実験用携帯端末3に表示する実験系選択画面表示モジュールや、選択された実験系についての実験系実施プログラム73を起動する各実施支援プログラム起動モジュール等が含まれている。
また、ラボノート閲覧プログラム75は、指導者がラボノートの内容を閲覧するためのプログラムである。
尚、サーバ2の記憶部21には、ラボノートの管理のためのデータベースファイル(以下、ノート管理用DBF)64が記憶されている。
「実験系ID」は、タップされたコマンドボタン700に埋め込まれたものが記録され、「実験系名称」は、上記実験系情報DBFを実験系IDで検索して該当レコードから読み出して記録される。「実験1名称」、「実験2名称」、「実験3名称」も同様である。「実験1日時」、「実験2日時」、「実験3日時」は、各実験実施モジュールの実行日時が記録されるフィールドである。
「実験1データ」は、実験1で得られた実験データを記録するフィールド、「実験1評価」は、実験1の評価結果を記録したフィールドである。「実験2データ」、「実験2評価」、「実験3データ」、「実験3評価」も同様である。
実験系実施プログラム73は、実験ログファイルを開いたままとし、追加した新レコードをアクティブなままとした状態で、初期実験画面を実験用携帯端末3においてメインウインドウ内に表示する。図6は、初期実験画面の一例を示した概略図である。初期実験画面702は、選択された実験系を実施する際に最初に表示される画面であり、最初に行う実験のための画面である。
また、「実験1開始」と表記されたコマンドボタン712には、選択された実験系のプロトコルにおける最初の実験についての実験実施モジュール(以下、実験1に対応する実験実施モジュールともいう)の起動コマンドが埋め込まれており、コマンドボタン712のタップによりこの実験1に対応する実験実施モジュールが実行される。
図8に示すように、実験1に対応する実験実施モジュールは、実験系IDにより実験系情報DBF65を検索し、「実験1DR」の値を渡して機器用ソフトDLモジュールを実行する。機器用ソフトDLモジュールは、「実験1DR」のディレクトリから機器用ソフトウェア61をダウンロードする。ダウンロードされる機器用ソフトウェア61は、実験機器によって異なるが、一例として、制御プログラム及び検量線データとする。機器用ソフトDLモジュールは、ダウンロードした機器用ソフトウェア61を一時ファイル(一時的にメモリに記憶するファイル)として実験用携帯端末3内の記憶部に記憶する。
OKボタンがタップされると、実験1に対応する実験実施モジュールは、実験用携帯端末3が最初の実験機器11を認識していることを確認した後、一時ファイルから制御プログラムを読み込み、制御プログラムに従って実験機器11に制御信号を送る(この例では機器用ソフトウェアは制御プログラムを含む)。これにより実験機器11が動作し、セットされている試料について検出や測定を行い、その結果(実験データ)を実験用携帯端末3に送信する。
この例の実験系では、実施する実験は三つであるので、次のステップを実施するための画面は、プログラム終了と電子ラボノート作成の確認をさせる画面となっている(以下、この画面を終了確認画面と呼ぶ)。
実験系実施プログラム73は、各実験実施モジュールを実行した際、評価モジュールにおいてOKの評価がされた場合に、各実験データをメモリ変数に格納しておく。ラボノート作成プログラム74は、ログインの際に入力されたユーザーID引数にして実行され、各実験データがメモリ変数から読み出されて渡される。
その後、ラボノート作成プログラム74は、ノート管理用DBF64に新しいレコードを追加し、各フィールドの値を記録してファイルを更新する。この際、ラボノート作成プログラム74は、PDFのようなDTP形式のファイルとするとともにファイルを変更不可の形式とした上でサーバ2の記憶部21の所定のディレクトリに保存する。これにより、ラボノート作成プログラム74は終了である。
「実験ID」は、実験実施モジュールにおいて自動生成されるIDである。例えば、実験系について通し番号で識別しておき、選択された実験系とセッション日時とを組み合わせたIDとされる。実験IDは、最後の(上の例では3番目の)実験が実施されて評価モジュールがOKと評価した場合に自動生成されるようプログラミングされる。「実験ID」の値も、ラボノート作成プログラム74が起動させる際に引数として渡される。
「実験者ID」は、ログインの際に保持されたユーザーIDである。「実験日時」は、実験を行った日時であるが、同様に最後の実験が実施されて評価モジュールによりOKと判断された日時がシステム時刻から呼び出されて記録される。
「実験系名称」は、実験系選択画面で実験系が選択された際に保持された実験系IDで実験系情報DBFを検索し、該当するレコードの「実験系名称」のフィールドから値を取得する。
このようなフィールドから成るレコードが、ラボノートファイル67の保存を行うたびに追加されて記録される。
ラボノート閲覧プログラム75は、認証プログラム70にリンクしている。前述したように、実験系支援アプリのアイコンをタップすると、ログイン画面が表示され、ユーザーIDとパスワードが正しく入力されて認証がされると、ユーザーIDが保持され、初期画面が閲覧用端末4に表示される。初期画面には、ラボノートの閲覧を行うメニューのコマンドボタンが含まれており、このコマンドボタンがラボノート閲覧プログラム75の起動ボタンとなっている。
このような動作を可能にするため、サーバ2の記憶部21には、指導者と研究員との関係を登録したデータベースファイル(以下、メンバ情報DBF)68が記憶されている。図15は、メンバ情報DBFの構造の一例を示した図である。
図示は省略するが、ログ閲覧ボタン723は、図4に示す実験ログファイルの内容を一覧表にして表示するプログラムとなっている。この際、ラボノート閲覧プログラムと同様に、メンバ情報DBFを参照し、ログインの際に保持されたユーザーIDに応じて表示する実験ログの内容が制限されるようになっている。即ち、実験ログ閲覧プログラムは、「ユーザー種別」が指導者である場合、同じグループに所属する研究者のユーザーIDが「実験者ID」となっているレコード(実験ログ)のみが表示されるようプログラミングされている。また、実験ログ閲覧プログラムは、「ユーザー種別」が研究者である場合、自分のユーザーIDが「実験者ID」となっているレコードのみが表示されるようプログラミングされている。
DNA濃度が基準値以上であれば、DNA抽出が正しくされたと評価されたことになる。この場合、実験2として、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)法によりDNAの増幅が行われる。そして、正しく増幅が行われたかどうかをチェックするため、蛍光測定が行われる。蛍光測定には、例えばレーザー励起蛍光測定器が使用される。
蛍光強度が基準値未満の場合、評価はNG(増幅が不十分)となり、PCR増幅をもう一度行う。蛍光強度が基準値以上であれば、正しく増幅できたことになるので、実験3として、分離、保存を行う。
増幅させたDNAの分離、保存には、例えば電気泳動法が使用される。増幅させたDNAを電気泳動装置でDNAの大きさに応じて分離し、想定した大きさの増幅断片が得られているかどうか確認する。この際、バンドの目視により評価を行う場合もあるが、電気泳動装置としてバンドの濃淡を数値化して出力できるものを使用し、出力された数値データに対して基準値を適用することで実験結果を評価する場合もある。このような評価により、実験3が正しく行われたと評価された場合、分離したDNA断片を染色してバンドとして可視化した後、バンドを切り離して保存する。これで、この例の実験系が終了する。
第二の実施形態の実験系支援システムは、ラボノートファイル67の改ざん防止の機能をより高めた構成となっている。即ち、第二の実施形態の実験系支援システムにおけるラボノート作成プログラム74は、作成したラボノートファイル67に対してタイムスタンプを付与した後、サーバ2の記憶部21に記憶するプログラムとなっている。
一方、サーバ2には、第一の実施形態と同様の実験系選択プログラム72及び実験系実施プログラム73が実装されている。ラボノート作成プログラム74は、ラボノートファイル67を作成するところまでは第一の実施形態と同じであるが、その後の処理が第一の実施形態と異なっている。
図示は省略するが、例えばラボノート閲覧画面において、ラボノートファイル67の内容を表示するとともに、「検証」と表記されたコマンドボタンが設けられる。このボタンには検証モジュールの起動コマンドが埋め込まれている。このコマンドは、閲覧しているラボノートファイル67の実験系IDを引数にして検証モジュールを実行するものとする。
尚、上記実施形態においてタイムスタンプは電子署名方式であったが、アーカイビング方式やリンクトークン方式であっても良い。
また、上記各実施形態では、実験系を構成する各実験の結果は数値データであるとして説明したが、実験結果は単に目的物質の存在が確認されたかどうかというような定性的な結果の場合もある。
さらに、各実施形態では、ラボノート作成プログラム74はサーバ2に実装されていて実験用携帯端末3が呼び出して実行したが、実験用携帯端末3に予めインストールされていても良い。
11 実験機器
12 実験機器
13 実験機器
2 サーバ
3 実験用携帯端末
4 閲覧用端末
5 ネットワーク
61 機器用ソフトウェア
62 説明ファイル
63 認証用DBF
64 ノート管理用DBF
65 実験系情報DBF
66 ラボノートテンプレートファイル
67 ラボノートファイル
68 メンバ情報DBF
70 メインウインドウ
701 実験系選択画面
702 初期実験画面
703 2番目実験画面
704 3番目実験画面
705 終了確認画面
706 コメント入力画面
707 ラボノート選択画面
8 タイムスタンプサーバ
80 ハッシュ値
81 タイムスタンプトークン
Claims (7)
- 関連した複数の異なる実験よりなる実験系の実施を支援する実験系支援システムであって、
サーバと、実験用携帯端末と、機器用ソフトウェアと、実験系実施プログラムとを備えており、
実験用携帯端末は、サーバに加え、実験室に設置されている複数の実験機器との間で情報の送受信が可能であって、複数の実験機器は、前記複数の異なる実験を行う際に使用されるものであり、
機器用ソフトウェアは、測定値に対して適用されることで対象物についての定量又は同定を可能にするためのデータである検量線データを少なくとも含むものであって、使用される複数の実験機器の各々について設けられており、且つサーバの記憶部に記憶されていて実験用携帯端末にダウンロードされることが可能なものであり、
実験系実施プログラムは、実験用携帯端末にインストールされていて実行可能であるか、又はサーバ上に実装されていて実験用携帯端末からの要求によって実行可能とされているプログラムであり、
実験系実施プログラムは、各実験機器での測定値に対して機器用ソフトウェアに含まれる検量線データを適用して各実験の結果を得るものであって、目的とする実験系に応じて定められた順序で機器用ソフトウェアを選択して使用するプログラムであることを特徴とする実験系支援システム。 - 前記サーバの記憶部には、前記実験系実施プログラムが実行されたことを示す実験ログファイルが記憶されており、
前記実験系実施プログラムは、プログラムが実行された旨及び各実験において取得されたデータを実験ログファイルに記録するものであり、
前記サーバは、前記実験用携帯端末以外の端末からアクセスがあった際に当該端末に実験ファイルの内容を閲覧させるものであることを特徴とする請求項1記載の実験系支援システム。 - 前記実験系実施プログラムは、前記検量線データの適用結果から当該実験が正しく行われたか否かを評価する評価モジュールを有していることを特徴とする請求項1又は2記載の実験系支援システム。
- 前記実験系実施プログラムは、前記評価モジュールにより当該実験が正しく行われたと評価された場合に限りに実験系の次のステップに進むプログラムであることを特徴とする請求項3記載の実験系支援プログラム
- 前記サーバの記憶部には、前記実験系実施プログラムが実行されたことを示す実験ログファイルが記憶されており、
前記実験系実施プログラムは、前記評価モジュールによる当該実験の評価結果を実験ログファイルに記録するものであり、
前記サーバは、前記実験用携帯端末以外の端末からアクセスがあった際に当該端末に実験ファイルの内容を閲覧させるものであることを特徴とする請求項3又は4に記載の実験系支援システム。 - 前記実験用携帯端末は、各実験機器との間で無線通信を行うことにより情報の送受信を行うものであることを特徴とする請求項1乃至5いずれかに記載の実験系支援システム。
- 各実験機器を使用しながら行った実験の結果を記録したラボノートファイルを作成してサーバの記録部に保存するラボノート作成プログラムが設けられており、
ラボノート作成プログラムは、実験系実施プログラムにおいて呼び出されて実行されるサブプログラムであって、実験系実施プログラムで取得されて保持されたデータを組み込んでラボノートファイルを作成するプログラムであることを特徴とする請求項1乃至6いずれかに記載の実験系支援システム。
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