JP6388811B2 - 小麦の生地伸展性の判定方法 - Google Patents
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Description
配列番号1における、44位チミン、106位アデニン、151位グアニン、179位チミン、268位アデニン、及び274位シトシン;
配列番号2における、53位アデニン、及び88位グアニン;
配列番号3における、114位チミン、124位シトシン、及び138位チミン;
配列番号4における、205位チミン;
配列番号5における、14位チミン、54位アデニン、94位グアニン、111位シトシン、及び137位アデニン;ならびに、
配列番号6における、47位チミン、及び65位グアニン。
(a)配列番号1の44位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号1の106位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号1の151位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号1の179位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号1の268位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号1の274位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号2の53位を5’末端又は3’末端とする配列番号2の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号2の88位を5’末端又は3’末端とする配列番号2の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号3の114位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(j)配列番号3の124位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(k)配列番号3の138位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(l)配列番号4の205位を5’末端又は3’末端とする配列番号4の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(m)配列番号5の14位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(n)配列番号5の54位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(o)配列番号5の94位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(p)配列番号5の111位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(q)配列番号5の137位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(r)配列番号6の47位を5’末端又は3’末端とする配列番号6の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;
(s)配列番号6の65位を5’末端又は3’末端とする配列番号6の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド;及び、
(t)上記(a)〜(s)の相補鎖からなるオリゴヌクレオチド。
配列番号1における、44位チミン、106位アデニン、151位グアニン、179位チミン、268位アデニン、及び274位シトシン;
配列番号2における、53位アデニン、及び88位グアニン;ならびに
配列番号3における、114位チミン、124位シトシン、及び138位チミン;
これらの塩基は、小麦の生地伸展性の判定用マーカーとして使用することができる。
配列番号4における、205位チミン;
配列番号5における、14位チミン、54位アデニン、94位グアニン、111位シトシン、及び137位アデニン;ならびに
配列番号6における、47位チミン、及び65位グアニン;
これらの塩基は、小麦の生地伸展性の判定用マーカーとして使用することができる。
(a)配列番号1の44位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号1の106位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号1の151位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号1の179位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号1の268位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号1の274位を5’末端又は3’末端とする配列番号1の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号2の53位を5’末端又は3’末端とする配列番号2の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号2の88位を5’末端又は3’末端とする配列番号2の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号3の114位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(j)配列番号3の124位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(k)配列番号3の138位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(l)配列番号4の205位を5’末端又は3’末端とする配列番号4の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(m)配列番号5の14位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(n)配列番号5の54位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(o)配列番号5の94位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(p)配列番号5の111位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(q)配列番号5の137位を5’末端又は3’末端とする配列番号5の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(r)配列番号6の47位を5’末端又は3’末端とする配列番号6の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(s)配列番号6の65位を5’末端又は3’末端とする配列番号6の部分配列からなるオリゴヌクレオチド;
(t)上記(a)〜(s)の相補鎖からなるオリゴヌクレオチド。
国内産の小麦品種のうち、硬質小麦3品種(品種A〜C)、及び軟質小麦11品種(品種D〜N)の計14品種の小麦種子をサンプルとした。小麦種子14品種をAACC公定法26−21に従ってビューラー・テストミルにより粉砕し、60%粉を作製した。次に、The AlveoConsistograph Handbook,Second Edition(AACCインターナショナル)に従って、60%粉から調整した生地のコンシストグラフのEx値を測定した。すなわち、各サンプルの生地の硬さが2200mb(水分15%ベース時)となるような吸水量を算出し、アルベオコンシストグラフ(ショパン社製)にて、算出した量の2.5質量%食塩水、及び指定された量の60%粉をミキサーに投入し、Ex値を測定した。各サンプルについて2〜4回測定を行い、その平均値を採用した。また、Turkey−Kramerによる有意差検定を行った(有意水準5%)。
上記の14品種の小麦種子をマルチビーズショッカー(安井器械社製)で粉砕後、DNeasy Plant Mini Kit(キアゲン社製)によりDNAを抽出した。DNA 1μL(20ng/μL)、0.1μL(0.5U)のAmpliTaq Gold(Applid Biosystems社製)、1μLの2mM dNTP、1μLの25mM MgCl2、0.3μlの10μM各プライマー、1μLの10×PCRバッファー、水(残余)を添加した10μLの反応系でPCRを行った。
PCRプライマーは、表2記載のものを用いた。フォワードプライマーは本発明のマーカーを含まない共通配列部分に設計し、セットAでは配列番号2で示されるドメイン2のコード領域中に、セットBでは配列番号5で示されるドメイン2のコード領域に対して設計した。リバースプライマーは、セットAでは配列番号3で示されるドメイン3のコード領域の塩基配列の第114位のチミンが、セットBでは配列番号6で示されるドメイン3のコード領域の塩基配列の第47位のチミンが3’末端になるように設計した(図1−2参照)。
PCRは、95℃で10分間変性後、95℃で15秒、各アニーリング温度で30秒、72℃で30秒を35サイクルまわした。アニーリング温度はセットAで62℃、セットBで66℃に設定した。PCR反応溶液の全量を2%アガロースゲルにて電気泳動し、EtBr溶液で染色後、UVでバンドを検出した。アガロースゲル電気泳動でバンドが検出された場合、PCR増幅あり(+)と判定した。
生地伸展性の大小が不明である小麦3品種(未判定品種O〜Q)について、実施例1と同様の手順で、種子からDNAを抽出してPCRにかけ、増幅産物の有無から生地伸展性を評価した。次いで、それらの小麦品種について、参考例1と同様の手順で生地伸展性Ex値の確認試験を行った。
Claims (5)
- 小麦のα/βグリアジン遺伝子において、配列番号3における114位チミンの有無及び配列番号6における47位チミンの有無を検出することを含む、小麦の生地伸展性の判定方法。
- 前記α/βグリアジン遺伝子に前記の塩基が存在していた場合に、前記小麦の生地伸展性は高いと判断される、請求項1記載の方法。
- 以下のプライマーセットを含む、小麦の生地伸展性の判定用のプライマーセット:
配列番号3の114位を5’末端又は3’末端とする配列番号3の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド又はその相補鎖を含むプライマーセット、及び
配列番号6の47位を5’末端又は3’末端とする配列番号6の部分配列からなる10〜40塩基長のオリゴヌクレオチド又はその相補鎖を含むプライマーセット。 - 配列番号7で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号8で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとのプライマーセットと、配列番号9で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号10で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとのプライマーセットを含む、請求項3記載のプライマーセット。
- 請求項3又は4記載のプライマーセットを含む小麦の生地伸展性の判定用キット。
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JP2014200548A JP6388811B2 (ja) | 2014-09-30 | 2014-09-30 | 小麦の生地伸展性の判定方法 |
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JP2014200548A JP6388811B2 (ja) | 2014-09-30 | 2014-09-30 | 小麦の生地伸展性の判定方法 |
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JP2016067282A JP2016067282A (ja) | 2016-05-09 |
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