JP4418303B2 - ダイズの検査方法 - Google Patents
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Description
(i)配列番号3に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号4に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(ii)配列番号5に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号6に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(iii)配列番号7に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号8に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(iv)配列番号9に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号10に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(v)配列番号13に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号14に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、および
(vi)配列番号15に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号16に記載の塩基配列からなるプライマーのセット。
また、上記の(i)〜(vi)からなる群から選択され、ダイズを特異的に検出しうるPCR用プライマーセット、およびこれらのプライマーのセットの少なくとも1つを含有する、試料中のダイズを定性的または定量的に測定するためのキットを提供する。
なお、食品素材または食品は、食品原料、その加工中間原料、加工食品が含まれる。また、食品素材または食品はヒトの食品のみならず、ペットフードや飼料を含む。
本発明は、ダイズの遺伝情報に基づきPCR用プライマーを設計してPCRを行い、食品中のダイズの有無を測定する方法(以下、「本発明の方法」という場合がある。)である。
sion No. U26697)またはSIRE1(Accession No. L06326)のダイズDNAの塩基配列、特に配列番号1または2に記載される塩基配列を挙げることができる。
条件として、(i)プライマーのGC含量が40〜60%、(ii)プライマーのTm値が55〜70℃、(iii)センス、アンチセンスプライマーのTm値が近い、(iv)プライマーの3′末端側で相補的配列を有していない、(v)プライマーが高次構造を形成しない、(vi)プライマーの全長は5〜50mer、好ましくは15〜35mer
、(vii)プライマーの3′末端側のGC含量を低くする、(viii)プライマー内で同一ヌクレオチドが多数連続する配列は回避する、(ix)プライマーは増幅すべき鋳型DNAの片側1本鎖の配列と完全に一致している必要はないが、3′末端側の相補性を高くする、(x)使用する鋳型DNAにおいて、プライマー部位の他に同様の配列がない等である。
本発明の方法に用いるプライマーは、該DNA領域において(i)〜(xi)の全ての条件を満たすプライマーとして設計する。しかし、これらの条件を全て満たすプライマーを設計することは難しく、条件を満たすプライマーを設計できたとしてもPCRを行う上での必要条件でしかなく、所望のPCRの結果が得られるかどうかは、実際にPCRを行ってみないと判らない。それ故、プライマーの設計は、PCRを行う上で非常に困難な問題となっている。
ssion No. U26697)またはSIRE1(Accession No. L06326)のダイズDNAの80〜400bp、好ましくは100〜300bp程度の連続した領域を特異的に増幅するためのプライマーである。したがって、本発明におけるプライマーは、サテライトDNA STR120−A. 1(Accession N
o. U26697)またはSIRE1(Accession No. L06326)のダイズDNAより選択されるダイズDNAの塩基配列のうち、少なくとも5〜50merの連続した塩基配列を有するプライマーが好ましい。
gym01;5’−GGTGGAGGACAAATGAGCAGCGA−3’
(配列番号3)
gym02;5’−ATGCTTCATGATTCCCTAAGTCTGGAAACT−3’
(配列番号4)
gym03;5’−GACTTAGGGAATCATGAAGCATAGATCCA−3’
(配列番号5)
gym04;5’−TGCCTAAGTGTGGACCCTCAA−3’
(配列番号6)
gym05;5’−TTAACAGCGCTAGGCAATGACATTGA−3’
(配列番号7)
gym06;5’−TGGAGCTATGCTTCATGATTGCCTAA−3’
(配列番号8)
gym07;5’−CACTTAGGCAATCATGAAGCATAGCTCC−3’(配列番号9)
gym08;5’−TTCATGATTGCTAAAGTGTGGACACTCA−3’(配列番号10)
gym41;5’−GGTGGAGGACACATGAACAG−3’
(配列番号13)
gym42;5’−GATTGCTAAAGTGTGGACACTCA−3’
(配列番号14)
gym81;5’−TCAGCAGATTCAAATCTCCCAGTGA−3’
(配列番号15)
gym82;5’−CATCTCAAGAAGCAGAGGAAAGGAC−3’
(配列番号16)
応液とする。PCRの1サイクルは、熱変性、アニーリング、DNAポリメラーゼによるDNA合成反応の3つのステップからなる。各ステップはそれぞれ異なる、場合により同一の反応温度と反応時間を必要とし、これらは増幅すべきDNA領域の塩基配列、長さ等により適宜決定される。このような操作のためのthermal cyclerが市販されている。
好適なPCR条件の検討、またはnestedPCRを用いれば、さらに検出感度が向上する可能性がある。
試薬としては、例えば、dNTP、MgCl2、TaqDNAポリメラーゼ等のポリメ
ラーゼ、緩衝液(例えばTris−HCl)、グリセロール、DMSO、ポジティブコントロール用DNA、ネガティブコントロール用DNA、蒸留水等が挙げられる。これらの試薬はキットの中で、それぞれ独立に梱包されて提供されてもよいし、2種以上の試薬が混合された形で提供されてもよい。キット中のそれぞれの試薬の濃度に特に制限はなく、本発明のPCRを実施するについて可能な範囲であればよい。また、キットには、好適なPCR条件等の情報がさらに添付されていてもよいし、プライマー試薬のみであってもよい。
on No. U26697)またはSIRE1(Accession No. L06326)を例にして、本発明を具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。
(1)ダイズ検出のためのプライマーの構築
ダイズ由来DNAを検出するためのプライマーを構築するにあたって、国立遺伝学研究所(DDBJ)のデータベースにアクセスし、ダイズの既知遺伝子配列の検索を行った。キーワードは、ダイズの学術名「glycine max」および繰り返し配列を示す「サテライト[satellite]」とした。
その結果、サテライトDNA STR120−A. 1〜A. 4、B. 1(Acce
ssion No.U.26697〜U.26701)がヒットした。このうち、最も配列の長いSTR120−A. 1をBLAST検索にかけた所、STR120−A. 2〜A. 4、B. 1以外には、殆ど相同性が見られず、ダイズ特異性が高いことが見込まれた。そこで、このSTR120−A. 1(全長372bp)の塩基配列(配列番号1)
をもとにプライマーを設計した。設計したプライマーは、第1表に示した。
また、DDBJデータベースに登録されたダイズの既知遺伝子からBLAST検索により他の生物との相同性が低い遺伝子として、SIRE1配列(Accession No. L06326)(配列番号2)を選択し、このSIRE1配列(全長776bp)の塩基配列(配列番号2)をもとにプライマーを設計した。設計したプライマーは、第2表に示した。
ダイズ、その他の豆類、穀物、種実類は、それぞれ表面を1%TritonX(和光純薬(株)製)により洗浄した後蒸留水ですすぎ、よく乾燥させた。その後マルチビーズショッカー(安井機械(株)製)により微粉砕した。
得られた穀物類の粉砕サンプル1gを厚生労働省医薬局食品保健部長通知 食発第1106001号(平成14年11月6日付け) 「アレルギー物質を含む食品の検査方法について」(以下、単に「通知法」という。)に記載されたプロトコールに従って、Dneasy Plant Maxiキット(QIAGEN社製)を用いてDNAを抽出した。ダイズ、その他の豆類および種実類については、得られた粉砕サンプル2gを、該通知法に従いGenomic Tip20/G(QIAGEN社製)を用いてDNAを抽出した。
抽出された各DNAは吸光度の測定により濃度を求めた後、純水を用いて20ng/μLに希釈し、これをPCRの鋳型(被検)DNA試料液として用いた。
PCR反応液は以下のようにして調製した。
すなわちPCR緩衝液(PCR bufferII、アプライドバイオシステムズ社製)、200μmol/L dNTP、1.5mmol/L MgCl2、0.5μmol/
L 各プライマーおよび0.625単位 TaqDNAポリメラーゼ(AmpliTaq
Gold、アプライトバイオシステムズ社製)を含む液に、20ng/μLに調整したDNA試料液2.5μLを加え、全量を25μLとした。
まず95℃に10分間保ち反応を開始させ、次に95℃で30秒間、63℃で30秒間、72℃で30秒間を1サイクルとして、40サイクルのPCRの増幅を行った。最後に終了反応として72℃に7分間保った後4℃で保存し、得られた反応液をPCR増幅反応液とした。
PCR増幅反応液はエチジウムブロミドを含む2%アガロースゲル(2%E−Gel、Invitrogen社製)にて電気泳動し、陰性コントロール(鋳型DNAを含まない
PCR反応液)および陽性コントロール(ダイズより抽出したDNA)のバントの有無およびサイズによってPCRの妥当性を判断すると共に、各プライマーによるPCR産物のバンドとそのサイズを確認することによって試料中のダイズの混入の有無を判定した。
また同時に、植物DNA検出プライマー、cp03−5’/−3’(通知法)を用いてPCR反応を行い、DNA試料液にPCR反応に至適なDNAが確実に含まれていることを確認した。
ダイズおよび豆類3種(インゲンマメ、ガルバンゾーおよびアズキ)のDNAを鋳型として、gym01/02〜gym07/08のプライマーを用いPCRを行った。その結果を下記の第3表に示す。
まず、選抜試験1として、とよこまち(北海道)、とよむすめ(北海道)、りゅうほう(秋田)、たちながは(栃木)、えんれい(富山)、ふくゆたか(三重)及び、むらゆたか(三重)のDNAを混合したダイズ7種混合DNAと、HyperProtein、PrimeHard、WesternWhite、Dark Northern Spring(以上アメリカ産)、CanadianAmberDurum、CanadianWheatNo.1(以上カナダ産)、AustralianStandardWheat(オーストラリア産)、農林61号、チクゴイズミ及び、ホクシン(以上日本産)のDNAを混合したコムギ10種混合DNAと、マンカン(アメリカ産)、マンカン(カナダ産)、マンカン(中国産)、内蒙古(中国産)、楡林(中国産)、キタワセ(日本産)及び、会津在来(日本産)のDNAを混合したソバ7種混合DNAと、ピーナッツ及びトラマメ、エンドウマメ、レンズマメのDNAを混合した、ダイズ以外の豆類4種混合DNAと、マカダミアナッツのDNAと、ナタネ、アワ及び、コメのDNAを混合した油脂・穀類3種混合DNAを用いてPCRを行った。
次に、選抜試験2として、選抜試験1で用いたダイズ7種混合DNAを、混入率が0、10、50、100ppmとなるように、20ng/μLのサケ精子由来DNA(SIGMA)に混合して作製した擬似混入DNAを用いてPCRを行った。選抜試験1及び選抜試験2で用いた各種混合DNAは、各作物から別々にDNAを採取し、それぞれ精製水で20ng/μLに希釈した後、等量づつ混合して作製した。
ym89/90の18セットのプライマーは全てダイズに対してのみ増幅バンドが認められ、ダイズ以外の豆類、種実類、油脂・穀類とは交叉反応が認められなかった。一方で、選抜試験2においてgym41/42及び、gym81/82を用いた場合のみ、ダイズDNAの混入率が10ppmの擬似混入DNAまで増幅が認められた。
1)gym01/02の評価
穀類9種(ライムギ、コメ、トウモロコシ、ナタネ、オーツムギ、コムギ、ソバ、モチキビ、オオムギ)、種実類5種(ピーナッツ、カシューナッツ、マカダミアナッツ、ピスタチオ、アーモンド)、豆類10種(キントキマメ(大正金時)、シロハナマメ、ムラサキハナマメ、ウズラマメ(中長うずら)、エンドウマメ、レンズマメ、インゲンマメ、ガルバンゾー、アズキ、ダイズ)から得られたDNAを試料として、gym01/02のプライマーセットによるPCRを行い、プライマーのダイズ特異性を検証した。
その結果、ダイズのみに強いシングルバンドが検出され、ダイズ以外の豆類、穀類、種実類とは交叉反応が認められなかった(図1および図2)。ただし、インゲンマメについては、植物DNA検出プライマーcp03−5’/−3’による増幅も認められなかったことから、DNA試料液がPCR反応に不適当なものであったと考えられる。
図2の電気泳動像において、レーン1はピーナッツ、レーン2はカシューナッツ、レーン3はマカダミアナッツ、レーン4はピスタチオ、レーン5はアーモンド、レーン6はキントキマメ、レーン7はシロハナマメ、レーン8はムラサキハナマメ、レーン9はウズラマメ、レーン10はエンドウマメ、レーン11はレンズマメ、レーン12はガルバンゾー、レーン13はアズキ、レーン14はダイズ、レーン15は陰性コントロール(水)、Mは100bpマーカーを示す。
穀類6種(ライムギ、コメ、トウモロコシ、コムギ、ソバ、オオムギ)、種実類1種(マカダミアナッツ)、油脂類1種(ナタネ)、豆類6種(トラマメ、エンドウマメ、レンズマメ、アズキ、ピーナッツ、ダイズ)から得られたDNAを試料として、gym81/82、gym05/06及び、gym41/42のプライマーセットによるPCRを行い、プライマーのダイズ特異性を検証した。その結果を下記の第4表に示す。
1)gym01/02の評価
ダイズ14品種(とよこまち(北海道産)、とよむすめ(北海道産)、りゅうほう(秋田産)、たちながは(栃木産)、えんれい(富山産)、ふくゆたか(三重産)、むらゆたか(三重産)、丹波黒豆、青大豆(山形産)、VINTON(米国産)、納豆用(米国産)、単品種(米国産)、SOY(ブラジル産)および中国産ダイズ)から得られたDNAを試料として、PCRを行った。
図3の電気泳動像において、レーン1はとよこまち(北海道産)、レーン2はとよむすめ(北海道産)、レーン3はりゅうほう(秋田産)、レーン4はたちながは(栃木産)、レーン5はえんれい(富山産)、レーン6はふくゆたか(三重産)、レーン7はむらゆたか(三重産)、レーン8は丹波黒豆、レーン9は青大豆(山形産)、レーン10はVINTON(米国産)、レーン11は納豆用(米国産)、レーン12は単品種(米国産)、レーン13はSOY(ブラジル産)、レーン14は中国産ダイズ、レーン15は陰性コントロール(水)、Mは100bpマーカーを示す。
ダイズ9品種(とよこまち(北海道産)、とよむすめ(北海道産)、りゅうほう(秋田産)、たちながは(栃木産)、えんれい(富山産)、ふくゆたか(三重産)、むらゆたか(三重産)、VINTON(米国産)、NAVY(米国産))から得られたDNAを試料として、PCRを行った。その結果を下記の第5表に示す。
1)gym01/02の評価
擬似混入DNAサンプルを鋳型として、プライマーgym01/02によるPCRを行い、ダイズの検出限界を確認した。
DNAレベルの擬似混入DNAサンプルは、ダイズDNAを20ng/μLに希釈し、それをサケ精子DNA中のダイズDNAの混入率が10、50、100、1000ppmとなるように混合して作製した。その結果を第6表に示す。
粉体レベルの擬似混入サンプルから抽出したDNAサンプルを鋳型として、プライマーgym05/06、gym41/42及び、gym81/82によるPCRを行い、ダイズの検出限界を確認した。
粉体レベルの擬似混入サンプルは、ダイズ混入率が10、50、100および1000
ppmとなるように大豆粉を小麦粉に重量比で混合して作製したものより抽出したDNAを用いた。その結果を第7表に示す。
先行技術(特許文献1)のダイズ検出方法(以下、単に「従来法」という)と本発明の方法との比較実験を以下のように行った。
実験例2の1)と同じDNA試料液(穀類9種および豆類4種)を用いて、従来法のプライマー(配列番号11、12)、本発明のプライマーgym01/02によりPCRを行い、ダイズに対する特異性を比較した。その結果を第8表に示す。
Claims (2)
- 下記(i)〜(vi)からなる群から選択される、ダイズを特異的に検出しうるプライマーのセットを用いてPCR(Polymerase Chain reaction)を行うことを特徴とする、試料中のダイズを定性的または定量的に測定する方法;
(i)配列番号3に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号4に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(ii)配列番号5に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号6に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(iii)配列番号7に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号8に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(iv)配列番号9に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号10に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、
(v)配列番号13に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号14に記載の塩基配列からなるプライマーのセット、および
(vi)配列番号15に記載の塩基配列からなるプライマーと配列番号16に記載の塩基配列からなるプライマーのセット。 - 請求項1に記載の(i)〜(vi)からなる群から選択されるプライマーセットを含有する、試料中のダイズを定性的または定量的に測定するためのキット。
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