JP6374967B2 - 多孔質基材における核酸増幅の検出 - Google Patents
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Description
Claims (10)
- 核酸の増幅を評価する方法であって、
複数の増幅試薬が多孔質基材全体に分布した多孔質基材を用意する工程と、
核酸を含む試料を多孔質基材の所定の初期位置に塗布する工程と、
試料を多孔質基材上の増幅試薬と所定時間反応させて関心核酸配列の増幅産物を生成する工程であって、増幅時に増幅産物が生成したときにシグナルを与えるように構成された1以上の検出可能な部分を増幅産物が含んでいる、工程と、
基材でのシグナルの経時的進展に基づいて、試料の初期濃度を決定する工程と
を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、初期濃度を決定する工程が、
a)所定時間の終わりの増幅産物から検出されたシグナルの最も遠い位置を決定することを含んでいて、最も遠い位置が所定の初期位置に対して検討され、検出されたシグナルが閾値を超える、或いは
b)初期濃度を決定する工程が、増幅産物から検出されたシグナルが、初期位置に対する所定の距離で閾値を超える時間を求めることを含む、
方法。 - 請求項1に記載の方法であって、多孔質基材が、
a)初期位置に対応する印刷マーカー及び初期位置からの異なる距離に対応する複数の印刷マーカーを含んでいるか、
b)液体で飽和されているか、
c)不均一なポロシティを有しているか、或いは
d)ポロシティが1の開孔チャネルを含んでいる、
方法。 - 請求項1に記載の方法であって、増幅試薬が
a)等温核酸増幅試薬、
b)DNAポリメラーゼ及び1以上の核酸プライマー、又は
c)RNAポリメラーゼ
を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
a)検出されたシグナルが初期位置からの最小距離に達しない場合に、試料が閾値量の関心配列を含んでいないと決定することを含んでいるか、
b)試料中の目標物の初期濃度を求める工程が、増幅試薬中の1以上のプライマーと相補的な関心配列の核酸配列の出発コピー数を求めることを含んでいるか、
c)試料の初期濃度に基づいて試料を採取した患者の臨床的特徴を決定することを含んでいて、臨床的特徴が関心核酸配列の有無に関連し、増幅試薬が関心核酸配列と相補的な1以上のプライマーを含んでいるか、或いは
d)増幅時に基材中を液体が移動するか、又は多孔質基材を用意する工程が増幅試薬を単一溶液中の多孔質基材に塗布することを含む、
方法。 - 多孔質基材を加熱して1以上の増幅試薬を活性化させることを含んでおり、適宜、加熱が等温温度までである、請求項1に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法であって、シグナルが、
a)視認できるシグナル及び/又は蛍光シグナルを含んでいるか、
b)電気化学的シグナル又はpH変化を含んでいるか、
c)色素の放出によって生成するか、或いは
d)アンプリコン、H + 又はピロリン酸塩の1以上によって生成する、
方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
a)初期位置からの設定距離でのシグナル強度が、試料中の目標アナライトの出発量と相関するか、或いは
b)初期位置からの設定距離でのシグナルの有無を用いて、試料中の目標アナライトの出発量を計算する、
方法。 - 増幅システムであって、当該システムが、
多孔質基材と、
増幅時に検出可能な部分を与えるように構成され、基材全体に分布したシグナル分子、及び目標核酸配列と相補的な1以上のプライマーを含む複数の増幅試薬と、
多孔質基材の複数の位置で部分を検出し、複数の位置の各々で検出されたシグナルに関する出力を与えるように構成された検出器と。
出力を受信して、シグナルが閾値を超える多孔質基材の試料塗布点から最も遠い距離又は多孔質基材の試料塗布点から所定の距離でシグナルが閾値を超える時間に基づいて、多孔質基材に塗布された目標核酸配列の初期濃度を決定するように構成されたプロセッサと
を備えており、プロセッサが、適宜、経時的に、反応速度の曲線フィッティングに基づいて初期濃度の品質基準を決定するように構成されている、システム。 - 複数の増幅試薬が多孔質基材全体に分布した多孔質基材を用意する工程であって、増幅試薬が、増幅時にシグナルを与えるように構成された1以上のシグナル分子、及び目標核酸配列と相補的な1以上のプライマー、及び目標核酸配列の既知出発コピー数を含む試料を多孔質基材の初期位置に含んでいる、工程と、
シグナルが複数の時点で閾値を超える、初期位置から最も遠い距離を決定する工程と
を含む方法であって、適宜、第2の試料が既知出発コピー数の試料を有していたか否かを決定するために複数の時点での最も遠い距離を用いる、方法。
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