JP6215929B2 - 生物学的及び/または化学的検定を実行するための方法及び装置 - Google Patents

生物学的及び/または化学的検定を実行するための方法及び装置 Download PDF

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Description

本発明は、生命科学産業における検定技術に関連し、特に診断、遺伝子研究、及び分子生物学で適用されるマルチプレクシングに関連する。本発明は特に生物学的及び/または化学的検定を実行するための方法、及びこの目的のために捧げられる検定装置に関連する。
本発明の範囲内で、マイクロキャリアまたはマイクロ粒子とは、任意の種類の粒子に言及し、それぞれ任意の種類のキャリアに言及し、微視的な大きさであり、典型的には最大寸法が100nmから300μmであり、好ましくは1μmから200μmである。
本発明によると、マイクロキャリアとの語は、マイクロキャリアの表面に結合された、若しくはそのバルク内に含浸された、一つ以上の配位子、若しくは機能単位を含んでいる、若しくは含むように設計された、機能化された、若しくは機能化されるように設計されたマイクロ粒子に言及する。広範囲の化学的及び生物学的分子が配位子としてマイクロキャリアに付着され得る。マイクロキャリアは複数の機能及び/または配位子を有し得る。本明細書では、機能単位とは上記マイクロキャリアの表面を修飾する、該表面に付着する、該表面から追加する、該表面をコートする、または該表面と共有結合的若しくは非共有結合的に結合した、またはそのバルクに含浸された任意の種を定義するように意味される。これらの機能は、高スループットスクリーン技術及び診断法で日常的に使用される全ての機能を含む。
マイクロチャネルまたはマイクロ流体チャネルとの語は閉じられたチャネルに言及する。即ち、断面がマイクロサイズの流体用の細長い通路である。即ち、断面の最小寸法が典型的には約1から約500μmであり、好ましくは約10から約300μmである。マイクロ流体チャネルは必ずしも直線ではない縦方向を有し、マイクロ流体チャネル内を流れる流体の方向と対応する。即ち、好ましくは層流状態を仮定した時の流体の平均速度ベクトルに基本的に対応する方向である。
国際公開第00/63695号 国際公開第2010/072011号
創薬若しくは薬のスクリーニング及びDNA塩基配列決定は通常大量の化合物または分子の検定の実行を伴う。これらの検定は典型的には例えば興味のある化合物用の化学ライブラリー若しくは特定の標的分子をスクリーニングすること、または分子間の興味のある化学的及び生物学的相互作用の試験を含む。これらの検定はしばしば何千もの個々の化学的及び/または生物学的な反応を実行することを要求する。
数多くの実施上の問題が、そのような大量の個々の反応を扱うことから生じる。最も重大な問題は、個々の反応をラベルし、追跡する必要性であろう。
反応の同一性を追跡するための一つの従来の方法は、マイクロタイタープレート(マイクロアレイ)内に各反応を物理的に分離することで達成される。しかしマイクロタイタープレートの使用はいくつかの不利点を有する。特に使用されるマイクロタイタープレートの大きさについての物理的な制限、及び従ってプレート上で実施され得る異なる反応の数についての物理的な制限などである。
マイクロアレイの使用における制限の観点から、今日では、それらは化学的及び/または生物学的検定を実施するために機能化されコード化されたマイクロ粒子によって有利に置換される。機能化されコード化されたマイクロ粒子はそれぞれ、その表面に結合する特定の配位子を一意的に同定するコードを伴って提供される。そのような機能化されコード化されたマイクロ粒子の使用によって、何千の独自に機能化されコード化されたマイクロ粒子がすべて混合され、同時に検定の対象となり得ることを意味する、ランダム処理を可能にする。機能化されコード化されたマイクロ粒子の例は特許文献1に開示されている。
本出願人は特許文献2において、入口と出口を有する少なくとも一つのマイクロチャネルを有し、上記マイクロチャネルが複数の機能化されコード化されたマイクロ粒子またはマイクロキャリア10(図1)をその中にパック可能な反応チャンバーの役割を果たす検定装置を提案した。マイクロ流体チャネルはフィルターとして働く制限手段または停止手段を伴って提供され、該フィルターによってマイクロチャネル内でマイクロキャリア10をブロックしつつ化学的及び/または生物学的試薬を含む液体溶液が貫流することが可能となる。マイクロ粒子10はマイクロチャネルの断面に対してその形状及び大きさが隣接したマイクロキャリア10の重なりを一切防ぐように設計される。従って、マイクロキャリア10は各マイクロチャネルの内部に単層配置を示し、制限手段上にマイクロチャネルに沿って積み重ねられる。
それらの付着された配位子と、貫流する化学的及び/または生物学的試薬との好ましい興味のある反応を示す、それらの機能化されコード化されたマイクロキャリア10は、その後、光学的に読み取られるコードを有してもよく、それによって好ましい反応を生み出す配位子の同定に至る。
コードは複数の横断穴(traversing hole)12の独自のパターンを備えてもよく、例えばL字サイン14(図1参照)または三角形等の、非対称な方向マークを含んでもよい。この非対称な方向マークによって、マイクロキャリア1の上面16及び下面18の区別が可能となる。
特許文献2に記述された検定装置と共に、マイクロ粒子は入口からマイクロチャネル内に導入され、制限手段上へと固定される。その後、生物学的試料(一以上の標的分子を含む)がマイクロ粒子の周りのマイクロチャネル(マイクロキャリアの一以上のセットを含む)内に流され、その後、制限手段を通って出口へ向かい、マイクロキャリアは依然として制限手段によってブロックされる。興味のある反応の検出は、マイクロ流体チャネル内に存在するコード化された各マイクロキャリアの蛍光強度の連続的な読み出しに基づき得る。換言すれば、検定内の標的分子の存在は、所定の蛍光シグナルを引き起こす。
しかし、マイクロ粒子10がマイクロチャネル内に挿入され、制限手段上に積み重ねられた後は、マイクロ粒子10はマイクロチャネル20に垂直の方向、即ちZ方向(図2参照)に、互いに対してわずかにオフセットされ得る。
その後、特許文献2で記述された蛍光の連続的な読み出しを実行する際に、マイクロ粒子22の一部または全てが、標的分子の結合に応答した蛍光を発するその表面にわたって不均一な強度を示し得ることが観測された(図3)。
図4は、その表面にわたって不均一な強度を示すマイクロ粒子22の拡大図である。マイクロ粒子22は、第二の周囲領域26より劣っているグレーラベルを有する一つの領域24を明確に示す。
この不均一な強度は、マイクロチャネル20内のZ方向のマイクロキャリア10の特定の配置に主として起因する、マイクロチャネル内の不均一な物質移動によるものである。マイクロチャネル20内の不均一な物質移動の結果、マイクロ粒子の表面上に標的分子の不均一な流れをもたらす。
不均一な物質移動は蛍光値のマイクロキャリアへの帰属に影響を与えるので問題である。不均一性が著しい場合、マイクロキャリアに帰属される蛍光の値は分析された試料内の標的分子の正しい濃度を反映しない。
従って、不均一な物質移動は測定された信号の信頼性に影響する。複数のマイクロキャリアについての不正確な値は検定の信頼性に深刻な結果を招きかねず、従って、診断、遺伝子研究及び分子生物学の分野における有用性に深刻な結果を招きかねない。
本発明は上述の不利点の全てまたは一部を改善することを目標とする。
この目標のために、本発明は少なくとも以下の連続ステップを備える化学的及び/または生物学的検定を実行するための方法を提案する:
a)少なくとも一つの入口及び少なくとも一つの出口を有する少なくとも一つのマイクロチャネルを備える検定装置を提供するステップであって、前記検定装置はさらに、マイクロチャネル内に導入されるマイクロ粒子の出口への動きを制限するように設計された制限手段を備え、一方で流体を出口に向かって制限手段を通って流すステップ。
b)入口を介してマイクロチャネル内に複数のマイクロ粒子を導入するステップであって、各マイクロ粒子がマイクロチャネルの断面に対して隣接する二つのマイクロ粒子の重なりを防ぐ形状を有するステップ。
c)制限手段を用いて、前記マイクロ粒子のマイクロチャネル内における出口への動きを制限するステップ。
d)マイクロチャネルを通して流体試料を流すステップ。
e)各マイクロ粒子について生物学的及び/または化学的読出しを実行するステップ。この方法は更に以下のステップを備える:
f)マイクロチャネル内でマイクロ粒子を動かし、一方でマイクロ粒子の出口への動きは依然として前記制限手段によって制限されるステップ。
g)ステップ(d)及び(e)を連続的に繰り返すステップ。
従って本発明に係る方法では、マイクロチャネルと垂直方向に互いに対してマイクロ粒子の配置を少なくとも修正し、上述の不均一な物質移動の効果を減らすために、二つの連続する生物学的及び/または化学的読出しの間にマイクロ粒子が動かされる。
実際に、第一の生物学的及び/または化学的読出しを実行する際、マイクロチャネル内のマイクロ粒子配置に依存して、マイクロチャネル内の特定の物質移動の分布が確立し得り、それによってマイクロキャリア上の流れパターンができる。しかし、第二の生物学的及び/または化学的読出しを実行する前にマイクロ粒子を動かすことで、マイクロチャネル内の物質移動の分布の変化を引き起こす。従って、不均一な物質移動による強度の不均一性は、全てのマイクロ粒子について経時的に統計的に平均化され、結果として各マイクロ粒子に時間をかけて集められた均一な強度をもたらす。
その後、異なる時間点で読み出すことで動的な反応を確実に追うことが可能である。
本発明の別の特徴によると、ステップ(f)から(g)はステップ(g)の終了後に少なくとも一度繰り返され、従って、標的分子とマイクロ粒子との生物学的及び/または化学的相互作用中に、何度か物質移動の分布の変化が可能となる。
優先的に、ステップ(f)から(g)は少なくとも所定の周波数で繰り返される。従って、経時的な生物学的及び/または化学的検定を通してマイクロチャネル中のマイクロキャリアの定期的なランダムな再分布が可能となる。
本発明の特定の実施形態では、所定の周波数は0.05Hzから1Hzの範囲であり、より優先的には0.5Hzから2Hzの範囲である。
本発明の別の特徴によれば、マイクロチャネル内でマイクロ粒子を動かすステップ(f)は、マイクロチャネル内の物質移動の分布の変化を引き起こすのに十分長い第一の所定の期間実行される。
この第一の期間は全ての生物学的及び/または化学的検定を実行するのに必要とされる時間を増やさない方法で決定されるべきであることも理解されるべきである。
本発明のある実施形態において、第一の所定の期間は0.5秒から5秒の範囲内である。この期間は、全ての検定を実行するのに必要とされる時間と、物質移動の分布の変化を引き起こすためにマイクロ粒子を十分動かす必要との、良好な妥協点を満たすと分かった。
本発明の別の特徴によれば、ステップ(g)は第二の所定の期間実行される。
第二の所定の期間は、全てのマイクロ粒子が流体試料中に存在する試薬及び標的分子と相互作用するのに十分な時間を有することを保証し、マイクロ粒子から発される信号の検出が実行されることを保証する。従って、第二の望ましい期間は、マイクロ粒子上の標的分子の良好な物質移動を得るための重要な特徴である。
本発明のある実施形態では、第二の所定の期間は0.2秒から5秒の範囲内である。
本発明の別の実施形態によると、ステップ(f)はマイクロ粒子を後方へと動かし、その後、前方へとマイクロチャネルに沿って動かし、マイクロチャネルに沿って互いに対してマイクロ粒子を空間的にランダムに再配置することであり、従って、結果としてマイクロチャネル内で確立され得る物質移動の分布を変更する。
本発明の特定の実施形態では、マイクロ粒子は、マイクロチャネルの入口及び出口の間に流体試料の負差圧を適用することで後方へ動かされ、マイクロチャネルの入口及び出口の間に流体試料の正差圧を適用することによって前方へ動かされる。ある実施形態では、負差圧は−20から−200mbarの間である。本発明によると、正差圧は20から200mbarの間である。
本発明の別の実施形態では、マイクロ粒子は、マイクロチャネルの出口から入口へ、機械的作動による流体試料の変位を適用することで後方へ動かされ、マイクロチャネルの入口から出口へ、機械的作動による流体試料の変位を適用することで前方へ動かされる。有利に、機械的作動はシリンジポンプをマイクロチャネルに接続し、シリンジピストンを動かすことによって得られる。
優先的に、ステップ(f)においてマイクロ粒子は、マイクロチャネルに沿って測定されたマイクロ粒子の寸法の少なくとも五倍を表す距離で、マイクロチャネルの入口へと動かされる。
この値は、マイクロチャネル内で互いに対してマイクロ粒子のランダムな再配置を保証するためにマイクロ粒子が動かされるべき最適な距離に対応することが分かった。結果としてマイクロチャネル内の物質移動の分布のランダムな変化をもたらす。
本発明のある実施形態によると、ステップf’がステップfとステップgとの間に実施され、マイクロ粒子を、その動きが制限手段によって制限されるまで、出口へと動かす。
制限手段によってその動きが制限されるまでマイクロ粒子を出口へと動かすことによって、その中でマイクロチャネル内の同じ領域に常にマイクロ粒子が位置する検定及び読出しを実行するための、マイクロ粒子の静的配置を提供する。
本発明は、本発明に係る方法を実行するための検定装置にも関連し、少なくとも一つの入口及び出口を有する少なくとも一つのマイクロチャネルを備え、前記マイクロチャネルは複数のマイクロ粒子を収容するように設計され;入口及び出口が、入口と出口との間の負差圧及び正差圧を生み出すために、圧力印加手段を制御するための制御手段に連結された圧力印加手段に接続されることを特徴とする。
本発明に係る検定装置は、マイクロチャネルの入口及び出口に印加される差圧を変化させることで、マイクロチャネル内に挿入されたマイクロ粒子を後方および前方へと動かすことを可能にする。従って、生物学的及び/または化学的検定についての不均一な物質移動の効果を防ぐ、または少なくとも低減することが可能になる。
添付の図面を参照しつつ、非限定の実施例による以下の記述を読むことによって、本発明はより明瞭に理解され、本発明の他の詳細、特徴及び利点が明らかとなる。
従来技術によるマイクロキャリアの上面斜視図である。 マイクロチャネル内の互いに対するマイクロキャリアの位置を表わす図である。 従来技術による方法及び検定装置で得られた蛍光の画像である。 一つのマイクロキャリアから集められた蛍光の拡大図である。 本発明に係る検定装置の断面図である。 本発明に係る方法でマイクロチャネル内のマイクロ粒子を動かす異なるステップの概略図である。 本発明に係る方法でマイクロチャネル内のマイクロ粒子を動かす異なるステップの概略図である。 本発明に係る方法でマイクロチャネル内のマイクロ粒子を動かす異なるステップの概略図である。 本発明に係る方法でマイクロチャネル内のマイクロ粒子を動かす異なるステップの概略図である。 本発明に係る方法で得られた蛍光の画像である。
第一に、プレート22に形成され、互いに並んで配置されるいくつかのマイクロチャネル20(断面図では一つのみ見ることができる)を備える本願発明に係る検定装置19を表す図5に言及する。各マイクロチャネル20は、入口ウェル30と流体連結した入口28、及び出口ウェル32と流体連結した出口32を備える。
各マイクロチャネル20はマイクロチャネル20内でマイクロキャリア10をブロックしつつ液体溶液が貫流することを可能にするフィルターとして働く制限手段34または停止手段34で終了する。
上述の通り、マイクロ粒子10は各マイクロチャネル内で単層配置を示し、マイクロチャネルに沿って制限手段上へ積み重ねられる。
検定装置はプレートに実質的に垂直な方向にマイクロ粒子10の表面で発された蛍光信号を検出するように設計された検出手段36を備え、プレートはマイクロチャネルの外部から信号が検出可能であるように光学的に透明である。
第一マイクロポンプ38は入口ウェル30の入口部に搭載され、第二マイクロポンプ40は出口ウェル32の出口部に搭載される。第一及び第二マイクロポンプ38、40の両方は第一及び第二マイクロポンプ38、40を同時に制御し、従って入口28と出口30との間のマイクロチャネル20内の流体に印加される差圧ΔPを制御する制御手段42と連結される。
本発明に係る方法によると、第一ステップ(a)は上述の検定装置19を提供することである。
図6Aに示される第二ステップ(b)では、入口ウェル内、そしてその後マイクロチャネル内に複数のマイクロ粒子101、102、103、104を導入する。マイクロチャネル内部のマイクロ粒子101、102、103、104の導入を容易にするために、マイクロ粒子101、102、103、104は予め溶液にされ、それから入口ウェル30及びマイクロチャネル20内へと導入される。
マイクロ粒子101、102、103、104をマイクロチャネル20の出口30へと流すために、制御手段42が第一及び第二ポンプ38、40を制御し、マイクロチャネル20の入口28と出口30との間に正差圧ΔPを生み出す。
図6Bに示された第三ステップ(c)では、マイクロチャネル20の出口へのマイクロ粒子101、102、103、104の動きは制限手段34によって制限される。
第四ステップ(d)では、流体試料が入口28から出口30へとマイクロチャネル20内を流される。流体試料は生物学的検定を実行するために必要なすべての試薬、標的及び/または標的外の分子を含む。
第五ステップ(e)では、検出手段34を用いてマイクロ粒子が発した蛍光信号を収集する。
第六ステップ(f)では、図6Cでマイクロチャネル20内の入口へと後方にマイクロ粒子101、102、103、104を動かし、その後、その動きが制限手段34によって制限されるまで出口30へと前方に動かす。
マイクロ粒子101、102、103、104の後方への動き(図6C)はマイクロチャネル20の入口28と出口30との間の差圧を正から負に変えるために、第一及び第二マイクロポンプ38、40を制御する制御手段42によって引き起こされる。マイクロ粒子101、102、103、104の前方への動きは、マイクロチャネル20の入口28と出口30との間の正差圧を再びセットすることで引き起こされる。
マイクロ粒子101、102、103、104は、マイクロチャネルに沿って測定されたマイクロ粒子の寸法の少なくとも五倍、即ちマイクロ粒子の直径の五倍、を表す距離で、マイクロチャネル20の入口28へと動かされる。
マイクロ粒子101、102、103、104は、全てのマイクロ粒子101、102、103、104がマイクロチャネルに沿って動くのに十分な時間を保証するために、好ましくは1秒から5秒の範囲内の期間、後方へと動かされる。
図6Dに表される通り、マイクロ粒子101、102、103、104は、図6Bで観察された配置と比較して、マイクロチャネル20に沿った互いに対する異なる空間配置を有する。その後、マイクロ粒子101、102、103、104の空間配置の上記変化によって、連続する生物学的及び/または化学的読出し間の物質移動の分布の変化が可能となる。
最終ステップ(g)では、本発明に係る方法は、0.2秒から5秒の範囲内の期間、ステップ(d)及び(e)を連続的に繰り返す。
本発明に係る方法の特定の実施形態では、化学的及び/または生物学的検定の間にマイクロチャネル20内の物質移動の分布を定期的に修正するために、例えば0.05Hzから5Hzの範囲の所定の周波数で、ステップ(f)及び(g)が周期的に繰り返される。
図7はマイクロ粒子10によって発される蛍光の画像を示す。試料溶液中の化学的及び/または生物学的試薬と反応した配位子が付着したマイクロ粒子は、その表面全体にわたって均一な強度を示す。従って、本発明に係る方法によって、マイクロ粒子から収集される蛍光信号に対する、不均一な物質移動の効果を除くことができる。
第一及び第二マイクロポンプ38、40を制御する制御手段42は、各マイクロポンプ38、40がマイクロチャネル20の入口28及び出口30にそれぞれ圧力Pinlet及びPoutletを印加するように構成され、大気圧Patmよりも高圧である。
さらに、マイクロチャネルを部分的にブロックし得るマイクロバブルの形成をマイクロチャネル20内で防ぐために、圧力Pinlet及び圧力Poutletは、マイクロチャネルの入口28と出口30との差圧の絶対的な変動|ΔP|と共に、Pinlet−|ΔP|及びPoutlet−|ΔP|が常に所定の圧力よりも高いままである。
本発明に係るある実施形態では、圧力Pinlet及び圧力Poutletは同じ値Pにセットされる。
制限手段34の非限定の例は、グリッド、ワイヤー、メッシュフィルター、堰構造体、プレートに対して実質的に垂直に延在する1つ以上のピラー、マイクロチャネルの断面の減少を含む。静電気力若しくは誘電泳動力または磁場がマイクロ粒子を固定するのに使用され得る。制限手段の数多くの例が本出願人の特許文献2に開示されている。
上述の差圧を変化させること以外の方法によってもマイクロ粒子10を後方へと動かすことが可能である。特に、磁場の影響を受けるマイクロ粒子10と相互作用する磁界を生み出す磁気的手段を用いることが可能であろう。
マイクロ粒子10は好ましくはディスク形状に成形され、1から200μm、例えば40μmの直径を有する。マイクロ粒子は正方形または六角形等の、異なる形状を有してもよい。
本発明の別の実施形態は、ここに開示された本明細書及び本発明の実施を考慮して当業者に明らかであるだろう。本明細書及び例は例示としてのみ考慮され、本発明の真の範囲及び精神は以下の特許請求の範囲によって指摘されることが意図される。
10 マイクロ粒子
12 横断穴
14 L字サイン
16 上面
18 下面
20 マイクロチャネル
22 マイクロ粒子
28 入口
30 入口ウェル
32 出口ウェル
34 制限手段
38、40 マイクロポンプ
101、102、103、104 マイクロ粒子

Claims (8)

  1. 少なくとも以下の連続ステップを備える化学的及び/または生物学的検定を実行するための方法であって、ステップ(f)及び(g)が0.05Hzから5Hzの範囲内の所定の周波数で周期的に繰り返される、方法
    (a)少なくとも一つの入口(28)及び少なくとも一つの出口(30)を有する少なくとも一つのマイクロチャネル(20)を備える検定装置(19)を提供するステップであって、前記検定装置が、前記マイクロチャネル(20)内に導入されたマイクロ粒子(10)の前記出口(30)への動きを制限するように設計され、一方で流体を、制限手段(34)を通って前記出口(30)へと流す制限手段(34)をさらに備えるステップ、
    (b)前記入口(28)を介して前記マイクロチャネル(20)内に複数のマイクロ粒子(10)を導入するステップであって、各マイクロ粒子(10)が、前記マイクロチャネル(20)の断面に対して隣接する二つのマイクロ粒子(10)の重なりを防ぐ形状を有し、前記マイクロ粒子は前記マイクロチャネルに沿って測定された寸法dを有するステップ、
    c)制限手段(34)を用いて、前記マイクロ粒子(10)の前記マイクロチャネル(20)内における前記出口への動きを制限するステップ、
    d)前記マイクロチャネル(20)を通って流体試料を流すステップ
    e)各マイクロ粒子(10)について生物学的及び/または化学的読出しを実行するステップであって、前記読出しは前記生物学的及び/または化学的検定と関連して発された信号を検出することを含むステップ、
    f)前記マイクロチャネル(20)に沿って前記入口(28)に向かって後方へと、その後、前記マイクロチャネル(20)に沿って前記出口(30)に向かって前方へと前記マイクロ粒子(101、102、103、104)を動かす一方で、前記制限手段が前記マイクロ粒子の前記出口(30)に向かう方向の動きを制限し、前記マイクロ粒子の後方及び前方への動きが前記マイクロチャネルに沿って前記マイクロ粒子の互いに対して空間的かつランダムな再配置を起こすステップであって、前記マイクロ粒子は前記寸法dの少なくとも5倍を表す距離で前記マイクロチャネルの入口に向かって動かされるステップ、及び
    g)ステップ(d)及び(e)を連続的に繰り返すステップ。
  2. 前記所定の周波数が0.05Hzから1Hzの範囲内である、請求項に記載の方法。
  3. 前記ステップ(f)が第一の所定の期間実行される、請求項に記載の方法。
  4. 前記第一の所定の期間が1秒から5秒の範囲内である、請求項に記載の方法。
  5. 前記ステップ(g)が第二の所定の期間実行される、請求項に記載の方法。
  6. 前記第二の所定の期間が0.5秒から5秒の範囲内である、請求項に記載の方法。
  7. 前記ステップ(f)の間に、前記マイクロ粒子(10)が、前記マイクロチャネル(20)の前記入口(28)と前記出口(30)との間の流体試料の負差圧(ΔP)を印加することで後方に動かされ、前記マイクロチャネル(20)の前記入口(28)と前記出口(30)との間の流体試料の正差圧(ΔP)を印加することで前方に動かされる、請求項に記載の方法。
  8. 前記ステップ(f)と前記ステップ(g)との間に実施される、前記マイクロ粒子(10)の動きが前記制限手段(34)によって制限されるまで、前記マイクロ粒子(10)を前記出口(30)へと動かすことを含むステップ(f’)をさらに備える、請求項に記載の方法。
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