JP5977355B2 - ペプチダーゼの蛍光発生基質 - Google Patents
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Description
・特定のペプチダーゼに対する特異性
・プローブの自然分解により生成される偽陽性シグナルが、特にO,Oアセタールスペーサーを有するプローブと比較して全く存在しないこと
・良好な犠牲反応速度
・アミノベンジルスペーサーの使用に伴う毒性が認められない生体適合性
・R0は、カルボキシ末端を介してNH基に結合したペプチジル又はアミノ酸基であり、
・nは0又は1であり、
・R1は、水素原子又はアミノ酸の側鎖であり、
・R5は、対応するフェノール誘導体がESIPT型フルオロフォアに属するフェノキシ誘導体であり、
・R2、R3及びR4は以下の通り:
●R2が(C1−C4)アルキル基又は水素原子、R3が(C1−C4)アルキル基、且つ、R4が(C1−C4)アルキル基であるか、又は、
●R2が(C1−C4)アルキル基又は水素原子、且つ、R3及びR4が互いに結合してそれらが結合する炭素原子及び窒素原子と共に脂肪族複素環を形成し、上記複素環は、上記基質の水溶性を高めることができるアンモニウム型、カルボン酸型又はスルホン酸型の基で置換されていてもよいか、又は、
●R4が(C1−C4)アルキル基、且つ、R2及びR3が互いに結合してそれらが結合する炭素原子と共に脂肪族炭素環を形成する。)
・上記ペプチダーゼを含んでいる疑いがあるサンプルを本発明に係る基質と接触させる工程と、
・蛍光沈殿物を形成するのに適した条件を適用する工程と、
・上記蛍光沈殿物を定量又は定性分析する工程とを含む方法に関する。特に、上記検出方法は、生理的条件下、特にpH7.4程度に緩衝された水性媒体中で行ってもよい。
・上記蛍光沈殿物の吸収波長の光を発生可能な光源に上記蛍光沈殿物を暴露する工程と、
・得られる沈殿物の蛍光を検出する工程とを含む。
・Tは、−NH−C(O)−、−S−、−O−、−NH、N−アルキル又はN−アリールであり、
・Raは、水素、又は、電子吸引基である炭素含有置換基(−CN若しくは−COORd(Rdは(C1−C4)アルキル基)等)であるか、又は、Raは−CONReRf(Re及びRfは同一又は異なって水素又は(C1−C4)アルキル基)であるか、又は、Raは、−CF3、2−オキサゾリル、2−チアゾリル、(ベンゾ縮合した若しくはしていない)2−イミダゾリル、4−ピリミジノン−2−イル、又は、キナゾリノン−2−イル基であり、
・Rbは、水素、塩素原子、−OH、−NH2、−NRgRh又は−ORg(Rg及びRhは同一又は異なって(C1−C4)アルキル基)であるか、又は、
・Ra及びRbは互いに結合して飽和又は不飽和の置換又は非置換四員〜五員炭化水素鎖を形成しており、上記炭化水素鎖には、N、S及びOから選択される1又は複数のヘテロ原子が介在していてもよく、
・Rcは、水素、Br、Cl、I又はFである。)
・T’は、NH2、OH、アリール基、(C1−C4)アルキル基、SH、NHR、OR、NRR’、SR(R及びR’は(C1−C4)アルキル又はアリール)であり、
・Raは、水素、又は、電子吸引基である炭素含有置換基(−CN若しくは−COORd(Rdは(C1−C4)アルキル基)等)であるか、又は、Raは−CONReRf(Re及びRfは同一又は異なって水素又は(C1−C4)アルキル基)であるか、又は、Raは、−CF3、2−オキサゾリル、2−チアゾリル、(ベンゾ縮合した若しくはしていない)2−イミダゾリル、4−ピリミジノン−2−イル、又は、キナゾリノン−2−イルであり、
・Rbは、水素、塩素原子、−OH、−NH2、−NRgRh又は−ORg(Rg及びRhは同一又は異なって(C1−C4)アルキル基)であるか、又は、
・Ra及びRbは互いに結合して飽和又は不飽和の置換又は非置換四員〜五員炭化水素鎖を形成しており、上記炭化水素鎖には、N、S及びOから選択される1又は複数のヘテロ原子が介在していてもよい。)
特定の実施形態によれば、本発明は、式(I)(R5は(A)又は(B)基)の化合物及び式(IA)(Ra=Rb=Rc=H、又は、Ra=H、Rb=Rc=Cl(Rcは好ましくは窒素原子の位置に対してパラ位)の化合物に関する。他の特定の実施形態によれば、Ra及びRbが互いに結合して、本発明に係る基質は下記式(IA’)又は(IB’)となる。
窒素原子に対してパラ位のRc=H又はClの化合物が好ましい。
2:Yamada,S.,et al.Chemistry Letters(1999),197−198
3a:Nagaoka,S.,et al.Journal of Photochemistry and Photobiology a−Chemistry(1999)122,151−159
3b:Douhal,A.,et al.Chemical Physics Letters(1994)217,619−625
4:Kemp,D.S.,et al.,Journal of Organic Chemistry(1981)46,1804−1807
5:Mordzinski,A.,et al.Journal of Physical Chemistry(1986)90,1455−1458
6:Lins,g.O.W.,et al.Dyes and Pigments(2010)84,114−120
7:Seo,J.,et al.Journal of Photochemistry and Photobiology a−Chemistry(2007)191,51−58
8:Kauffman,J.M.,et al.Journal of Heterocyclic Chemistry(1995)32,1541−1555
9:Heller,A.,et al.J.Phys.Chem.(1970)74,4473−4480
10:特開2004−142131号公報
を下記式(III)の塩素化誘導体:
でカップリングし、場合によってはその後、置換基R’0のアミン又は酸官能基を脱保護してR0とすることによって得ることができる。
60メッシュシリカゲル(40〜63μm)を使用してカラムでのクロマトグラフィーを行った。1H及び13C NMRスペクトルは、特に明記しない限り、重水素化クロロホルム中、それぞれ200.13MHz及び50.13MHzで記録した。化学シフト(δ)は、ppmで表し、テトラメチルシランを参照物質として又は溶媒の残留シグナルに従って記載した。以下の略号を使用した。s=一重線、d=二重線、t=三重線、m=多重線、br=ブロード。NMR結合定数(J)はヘルツで表した。蛍光分析は、黒色ポリプロピレン製96ウェル(Corning、Corning Inc.)又は384ウェル(NUNCLONE、Nunc Inc.)プレート中で行い、マイクロプレートを備えた蛍光光度計(Mithras LB940、Berthold Technologies製)で記録した。明記しない限り、薬品は分析試薬品質のものを購入し、さらに特に精製することなく使用した。
Me=メチル
Et=エチル
cbz=カルボベンゾキシ
tBu=tert−ブチル
Boc=tert−ブトキシカルボニル
DCC=ジサイクロヘキシルカルボジイミド
TEA=トリエチルアミン
pTsOH=パラトルエンスルホン酸
EA=酢酸エチル
Cy=シクロヘキサン
HOBt=N−ヘドロキシベンゾトリアゾール
TFA=トリフルオロ酢酸
THF=テトラヒドロフラン
Leu=L−ロイシル
BocLeu=N−(tert−ブトキシカルボニル)−L−ロイシル
EDC=1−エチル−3−(3,5−ジメチルアミノプロピル)−カルボジイミド塩酸塩
TLC=薄層クロマトグラフィー
DMF=ジメチルホルムアミド
DCM=ジクロロメタン
DDQ=2,3−ジクロロ−5,6−ジシアノ−1,4−ベンゾキノン
DCU=ジ−サイクロヘキシル尿素
PLA=ミクロソームロイシンアミノペプチダーゼ
以下のスキーム5に記載されるように基質I.1を調製する。
BocLeuOH(4.385g,19.0mmol;市販;Fluka,15450,≧99.0%)を無水雰囲気下、無水DCM(50mL)中に完全に溶解した後、氷浴により混合液の温度を0℃まで下げる。幾らかDCC(3.95g,19.1mmol)を添加し、混合液を5分間撹拌した後、アミノメチルピペリジン(2.11g,18.5mmol;市販;Aldrich 656518,97%)を添加する。混合液を氷浴から外して室温に戻す。24時間撹拌した後、白色固体として沈殿したDCUを多孔度3のフリットで濾別し、固体をDCMでゆすぐ。得られた黄色溶液を飽和Na2CO3で洗浄してから、0.5Mリン酸バッファ(pH>10)で洗浄し、その後、塩水で洗浄し、Na2SO4で乾燥させ、Na2SO4を濾別し、蒸発させて、黄色油状物(6.6g)を得る。この油状物を一晩4℃に保持すると、DCUが沈殿し、これを上記と同様にして分離する。未精製物のNMRスペクトルから、DCCカップリングの通常の寄生物質、すなわちアミノ酸でアシル化されたDCUによってほんの少しだけ汚染されているものの、ほとんど純粋な所望の生成物の存在が示される。EA:Cy:MeOH勾配(1:1:0→1:1:1(v:v:v))でシリカカラムにより精製すると、無色固体として純粋な生成物II.1(2.703g;42%)が得られる。NMRスペクトルから、(a)ピペリジン環に不斉中心があるためにモル比1:1で2つのジアステレオ異性体の存在が示され、(b)上記スペクトルは、環の各種構造異性体が存在するため複雑化しているように思われる。
HRMS(TOF MS ESI+)[C17H34N3O3]+=[MH]+からの計算値:m/z=328.2595,実測値328.2589.
無水アルゴン雰囲気下、HPQ(76mg;0.32mmol)を入れた二つ口フラスコ中に、無水TEA(57mg;0.56mmol;1.8当量)及び無水DCM(1.2mL)を投入し、混合液を0℃に冷却する。撹拌下、トリホスゲン(124mg;0.42mmol)の無水DCM(1.2mL)溶液を迅速に注入する。混合液を0℃で40分間撹拌してから25℃で20分間撹拌した後、2つの液体窒素トラップで保護したベーンポンプによって蒸発乾固する。得られたベージュ色固体を、化合物II.1(19mg;0.058mmol;0.2当量)を無水TEA(101mg;1mmol;3当量)及び無水DCM(1.2mL)に溶かして得た溶液で室温下、処理する。オリーブ様緑色の溶液を2時間撹拌した後、飽和NaHCO3に注ぐ。水相をCHCl3で抽出し、有機相を回収し、飽和NaHCO3と塩水とで洗浄した後、Na2SO4で乾燥させ、Na2SO4を濾別し、蒸発乾固する。残渣をCHCl3に溶かし、Celiteで2回濾過して、HPQの残部を除去し、濾液を蒸発させて、緑色をおびたペースト状固体(70mg)を得る。シリカカラムにより精製(EA:Cy:MeOH勾配、2:2:0→2:2:1(v:v:v))すると、純粋な化合物I.7(15mg;0.025mmol;44%)が得られる。NMRスペクトルから、(a)ピペリジン環に不斉中心があるためにモル比1:1で2つのジアステレオ異性体の存在が示され、(b)上記スペクトルは、環の各種構造異性体(1核当たり最大4つの共鳴が生じる)が存在するため複雑化しているように思われる。
pTsOH・H2O(61mg,0.32mmol)を添加した無水エタノール(10mL)に化合物I.7(174mg;0.294mmol)を溶解し、アルゴン雰囲気下に置き、8時間80℃に加熱する。反応後にTLC(EA:Cy:MeOH=1:1:1(v:v:v);UV及びニンヒドリン)を行う。微量のHPQスポットが現れる場合もある。未精製溶液をシリカカラムで精製し、微量のHPQ(EA:Cy:MeOH=1:1:0(v:v:v))、残留した微量のI.7(EA:Cy:MeOH=1:1:0.15(v:v:v))及び固体(149mg)状の未精製生成物I.1(EA:Cy:MeOH=1:1:0.3(v:v:v))を連続して得る。この生成物はUVランプ下でわずかに青色の蛍光を発する。水を用いて摩砕して過剰量のTsOHをできる限り除去し、固体残差(107mg)から得た1H NMRスペクトルから、I.1:トシレートがモル比1:1で示される。この固体の水溶性はあまり高くないが、MeOH(0.6mL)に容易に溶解させた後、沈殿の恐れなく水で希釈することができる。NMRスペクトルから、(a)ピペリジン環に不斉中心があるためにモル比1:1で2つのジアステレオ異性体の存在が示され、(b)上記スペクトルは、上記環の各種構造異性体(1核当たり最大4つの共鳴が生じる)が存在するため複雑化しているように思われる。
アミノメチル−ピペリジン(市販化合物)の代わりに、まずN2−2−ジメチルプロパン−1,2−ジアミン(13)を文献の好適な方法に従って3工程で合成しなければならないことを除き、上記基質I.1と同様にして基質I.2を合成する。
メタ重亜硫酸ナトリウム(11g,58mmol)の水溶液(20mL)を穏やかに攪拌しながらアセトン(5.8g,100mmol)で処理する。シアン化カリウム(6g,92mmol)の水溶液(20mL)を添加すると、第二相(上相)に所望のアセトンシアンヒドリンが分離される。この反応が完了したら、両相を分離し、上相をNa2SO4で乾燥させ、濾過して純粋なアセトンシアンヒドリン(11)を透明液体(5.402g,69%)として得る。
氷浴中のフラスコに入れたアセトンシアンヒドリン(11)(1g,12mmol)にメチルアミン(2.8g,36mmol)の水溶液(40質量%)をゆっくりと添加する。添加は、混合液の温度が15℃を超えないようにゆっくりと行う。添加が完了したら、反応混合液を1時間半攪拌する。得られた溶液をEt2O(3×10mL)で抽出する。有機相を合わせて、Na2SO4で乾燥させた後、Na2SO4を濾別する。溶媒を減圧下で除去して生成物(12)を無色液体(0.700g,59%)として得る。
アルゴン雰囲気下、水素化アルミニウムリチウム(1.520g,40mmol)のEt2O(2mL)懸濁液に2−メチルアミノ−2−メチル−プロピオニトリル(12)(1.960g,20mmol)を滴下する。混合液を室温で3時間攪拌した後、Et2O(30mL)で希釈する。氷浴中に置いたら、飽和K2CO3水溶液を水素の放出がもはや観察されなくなるまで添加する。その後、無水Na2SO4を反応混合液に添加し、10分間攪拌する。Celiteで濾過して塩を除去した後、大量のEt2Oで洗浄する。その後、得られた濾液を減圧下で濃縮してN2−2−ジメチルプロパン−1,2−ジアミン(13)を透明液体(2.001g,98%)として得る。1H NMR(200MHz,CDCl3):δ=2.40(s,2H),2.14(s,〜3H,NHMe),1.8(s,br,3H,NH+NH2),0.87(s,6H,2×Me)ppm;13C NMR(50MHz,CDCl3):δ=53.0(CMe2),50.2(CH2),28.3(NHMe),23.0(2×Me)ppm;MS(ESI,ポジティブモード):m/z 103.1:[MH]+.
BocLeuOH(1.37g;5.92mmol)の無水DCM(50mL)溶液を−5℃でDCC(1.227g;1当量)で処理し、5分間撹拌する。N2−2−ジメチルプロパン−1,2−ジアミン(13)(47質量%Et2O溶液の1.50g;>1当量)を添加した後、混合液の温度を室温まで昇温し、混合液を48時間撹拌しながら放置する。沈殿したDCU(無色)を多孔度3のガラスフリットで濾別する。ほとんど無色の濾液を飽和Na2CO3で洗浄して、残留したBocLeuOHを除去する。その後、DCM溶液をHCl(2M,3×30mL)で洗浄して、アミン成分を全て除去する。そして、得られたDCM溶液には副産物である尿素がアミノ酸でアシル化されたもののみが含まれている。その後、酸水溶液をKOH(5M,40mL)で直ちに塩基性化して、pHを>12に調整し、その後、両相が透明になるまでDCM(6×20mL)で洗浄する。再び合わせた有機相を塩水で洗浄し、Na2SO4で乾燥させる。濾過し、蒸発させた後、化合物II.2(43mol%,52wt%,280mg;0.88mmol)と、そのBoc基を失った誘導体(H2NLeu−NH−CH2−C(Me)2−NHMe,MW=215.3Da,57mol%,48wt%,260mg,1.2mmol)とを含む透明油状物0.54gを得る。EA:Cy:MeOH勾配(10:7:0→10:7:3(v:v:v))を使用してシリカカラムでこの混合液を濾過して、生成物II.2のみを無色油状物として得る。この油状物は時間がたつと固化する(235mg;0.74mmol,13%)。化合物II.1のNMRスペクトルと違い、化合物II.2では予想通りジアステレオ異性体が存在しないことが確かめられる。NMR共鳴数を表す数字は、合成スキーム6に示された化合物I.8の対応する原子の番号を指す。
化合物I.7の調製とほぼ同様にして、HPQ(149mg;0.628mmol)及び化合物II.2(198mg;0.627mmol)を投入して、化合物I.8を調製する。無水ピリジン中のピペラジンで未精製反応生成物を処理して、アミンと反応しなかったクロロギ酸HPQを捕集する。上述した水処理によって未精製の黄色油状物(299mg)を得る。この油状物には、化合物I.8と、幾らかのHPQと、微量のピペラジンとの反応生成物とが含まれている。未精製物(200mg)の一部を以下のようにして精製する。固体をDCM(2×1mL)で処理し、溶解分をデカンテーションで分離する。その後、シリカカラムクロマトグラフィー(Cy:EA勾配3:1→1:1(v:v))で溶解分を精製して、非常に強い青色蛍光を有する稠密な無色粉体(134mg;0.231mmol;ここでの全収率は55%)として化合物I.8を得る。
56mgのI.8(0.097mmol)を無水DCM(1.5mL)とTFA(1.5mL)とで処理し、得られた溶液を室温で1時間撹拌した後、減圧下で揮発成分を全て除去する。未精製物のTLC分析(Cy:EA:MeOH=1:1:1;UV分析,ニンヒドリン及びKMnO4により検出)から、化合物I.8が全で消費され、HPQが存在しないことがわかる。しかしながら、シリカカラムクロマトグラフィー(Cy:EA:MeOH勾配1:1:0→1:1:1(v:v:v))を行って、化合物I.2(稠密な無色粉体;48mg;0.081mmol;84%)を得る。NMR共鳴数を表す数字は、合成スキーム6に示された番号を指す。
下記スキーム7において合成中間体II.1の代わりに化合物II.3を使用して、上記基質I.1と同様にして基質I.3を合成する。THF還流下、市販cbzにより保護されたプロリン−アミドをボランBH3により還元することで、cbz保護基により保護されたジアミン(14)を文献に記載の収率74%(Wang,J.,et al.Chem.Eur.J.(2006)12,4321−4332)で調製する。
HPQの代わりに生成物6を使用して、プローブI.1と同様にしてプローブI.4を合成する。
下記スキーム8に示されるようにプローブI.5を調製する。
市販の保護ペプチド配列Ac−DEVDの代わりに市販の保護ペプチド配列Ac−HSSKLQを使用して、化合物I.5と同様にしてプローブI.6を合成する。
前文:
本発明の範囲内においては、酵素試験を行う際、結晶核形成を引き起こす最低濃度に達すると、固体状フルオロフォアはまず容器(マルチウェルプレートのウェル)の壁に堆積した後に容器の底に堆積し始め得る。示した図の反応速度曲線において、核形成を引き起こす際に遅れ(≧10分)を伴うことがよく見てとれる。実施した酵素試験を添付の図に示す。
酵素試験の最終溶液は全て、11mM NaClを含む25mM(全濃度)Tris/Tris・HClバッファによって(室温に応じて)pH7.4〜7.6の範囲に緩衝された。MgCl2(10mM)を含む硫酸アンモニウム(3.5M)中の懸濁液(タンパク質含量3.5mg/mL、10〜40U/mgタンパク質、ロイシン−パラ−ニトロアニリドを標準基質として測定)としてブタ肝臓のミクロソームロイシンアミノペプチダーゼ(EC3.4.11.2)をSigma(カタログ番号069K7356)から購入し、最長40日間4℃で冷蔵保管して使用した。この酵素懸濁液を最初に25mM Tris/Tris・HClバッファで100〜200倍に希釈し、均質化し、室温で1時間放置してから使用した。これは、文献(例えばBeattie et al,Biochem.J.(1987)242,281−283)の記載通り、MgCl2又はMnCl2の存在下又は非存在下、37℃で酵素をインキュベーションすると、結果として優れた反応性が示されなかったためである。活性ウェル中の酵素の最終濃度の値を3.5μg/mLに調整した。プローブI.1及びI.2は、常に、密封した丸薬容器に保管した固体の状態からMeOH(〜5mg/mL)に溶解させた後、Tris/Tris・HClを添加してから、酵素試験に用いる最終濃度まで希釈した。
RFUとして測定した蛍光値を時間に対して読み取って分析を行った。分析は、96ウェル(Corning、Corning Inc.)又は384ウェル(Nunclon、Nunc Inc.)の黒色ポリプロピレン製プレートで行い、マイクロプレート蛍光光度計(Mithras LB940、Berthold Technologies製)で記録した。この蛍光光度計は、ここでは3秒/ウェルとなるよう選択した読み取りを行って蛍光を測定するいわゆる反復モードで使用し、直径4mmの励起ビームをウェルの中心に向けた。フルオロフォアが放出されると、まずウェルの壁に堆積し、ウェルの底及び中央に直ちには落下しない傾向(図2参照)にも関わらず、反復モードの分析(ウェルの中心の蛍光のみを考慮)は意義深いことが示された。なお、このモードでの使用は、上記種類のプローブに想定される用途の1つである蛍光によるハイスループット光学スクリーニングの操作に近い。図1及び図2のイメージは、励起ビーム及び読み取り装置が段階的に移動して各ウェル、特にその端までカバーするいわゆる走査モードで取得した。走査モードでは、ウェルを読み出し正方格子に分割し、典型的には8×8画素〜15×15画素の分解能のウェルとし、各画素を0.1〜0.3秒で読み取った。この走査モードによって、反復モードで処理したウェルの全蛍光の誤差と読み出しノイズ(フルオロフォアが放出されるとまず壁に堆積する傾向に由来)を一部除くことができる。また、ここで実施される走査モードはよりゆっくりしたものであり、反応速度の定性的観察への適性は低い。なお、このモードでの使用は、上記種類のプローブに想定される別の用途である細胞数測定の操作に近い。
調製したウェルに最終的に酵素を添加した。酵素を添加した後、ウェルの内容物をピペットで2回吸い上げて放出して、出来るだけ混合液を均質化した。これにより、一回目の取得の前に、取得毎のウェル数に応じて5〜20分の遅れが生じたが、第一ウェルが蛍光を呈し始めた時点でこの遅れにより取得が妨げられることはなかった。ウェル間の読み取りの遅れを観察して、各ウェルに酵素を添加した。その結果、プレートを読み出す際は毎回各ウェルの反応時間を同一にして、異なるウェルで取得したデータを比較することができた(本実験では、隣接するウェルを読み出す間に3秒〜20秒の遅れが生じたが、これに、時間tで取得して読み取られる最大77ウェルを乗じる)。特に明記しない限り、活性条件(基質の濃度及び性質、酵素濃度など)の各群Xについて5ウェル以上(繰り返しI)、並びに、コントロール条件(例えば、酵素なし及び/又は基質なし)の各群について3以上の繰り返しの蛍光値Ax,i(t)を各処置において測定した。読み出しと読み出しの間にプレートレットを約10秒間撹拌した。
反復モードによって、RFUとして測定した各ウェルの蛍光値の時間に対する関数を取得できるが、この未加工値の関数はAx,i(t)(X群の繰り返しを表す指数)として記載する。緩衝溶液と、活性ウェルで使用したのと同じ量の酵素とを含むが、基質は含まない(3以上の)コントロールウェルからなる群で得られた未加工蛍光値(単位:RFU)の平均B(t)を計算する。そして、関数G* X,i(t)=AX,i(t)−B(t)を計算して、とりわけプレートレット、酵素及び緩衝媒体による光の分散、空気中及びウェル表面上の埃による光の分散が原因となって生じる、測定シグナルに重なった環境シグナルを除いた。次に、G* X,i(t)を正規化して、各ウェルについて関数GX,i(t)=G* X,i(t)×B(t=0)/B(t)を得た。この正規化により、検出器の校正のずれ(「検出器ドリフト」)や、24時間を超えて続く場合もある取得工程時のUVランプによる強度の起こり得る差異などの影響を少し補うことで蛍光値を経時的に比較できる。
ある点(図3の矢印が示す点)がその隣と非常に異なる、例えば隣接値の算術平均よりもRFUが最大300%大きい又は小さいことがあったため、各ウェルの未加工データを調べてそれらの一貫性を検討した。この場合、これらは、取得したシグナルの自然な差異ではなく、例えば、光を分散させる分析板上にやって来たり、読み取り装置の近くで気流により吹き飛ばされたりした埃粒子の存在などに由来する一貫性のない値であると考慮した。従って、関係するウェルで得られた全曲線を保持しつつ、一貫性がないと考慮した上記点を捨てることに決めた。ある点を一貫性がないとするかどうかを決定するために試験を構成した。点GX,i(t)について、隣接値の量に反比例して重みを付けた期待値を計算して、μX,i(t)=[(3GX,i(t−3)+2GX,i(t−2)+2GX,i(t+2)+3GX,i(t+3))/10]を得た。そして、ΔX,i(t)=[Gx,i(t)−μX,i(t)]2/(|μX,i(t)|+|Gx,i(t)|)の値を計算した。ΔX,i(t)の最大値に相当する点GX,i(t)は、大きいものから順に拒否することができ、拒否する点が各組の得られた点の5%(例えば、図3の矢印の付いた5つの点)となるまで隣接点の新しいμX,i(t’)の値を再計算した。この方法は取得の終了時頃(蛍光のプラトー領域とすることが必要)の値に適しているが、プローブの活性化に相当するシグナルの急速な増加を隠してしまう恐れがあるため初期データの3点には適用しなかった。この方法は、非線形の急速な増加に相当する蛍光値のデータ域にも適用しなかった。図3には、この方法で得た曲線(曲線G(t)に適用)もデータ点を三角形として太字で表し、除いた点(矢印付き)も示す。
最も一貫性のあるデータを分析するために、(1)各群について常に3以上の繰り返しが保持され、(2)拒否したウェルのシグナルが、その値と群の総平均値MX(t)との任意の偏差閾値を超えた場合、各群Xの最大2の繰り返しiの、一貫性のない点が全くないデータ曲線GX,i(t)は拒否した。拒否を評価するため、関数|(GX,i(t)−MX(t))2/MX(t)|の全値の平均QX,iをまず計算した。この際、繰り返しiを拒否するには、比Ri=[QX,i/(M(t)の最後の5つの点の平均値)]は0.025よりも大きくなくてはならない。このように各群Xについて最大QX,iを有するウェルiを拒否した後、MX(t)及びQX,iを再計算して残りのQX,iを再評価し、上記方法を再適用した。なお、この工程は、隣接値GX,i(t)とGX,i(t’)との起こり得る差異(この差はシグナル対ノイズ比と同等)に本質的に反対するものではない。保持された繰り返しを「許容可能」とし、保持された点群Xそれぞれについて、保持された関数の値GX,i(t)を平均して、各条件のX群の一連の蛍光値FX(t)を得た。
反復モードで11時間取得を行って、(1)プローブI.1及びI.2の安定性を確認し、(2)それらの最少バックグラウンド蛍光値を示し、(3)様々な濃度範囲で、酵素活性により引き起こされる顕著なシグナルを示し、(4)プローブのおおよその作用速度を得、(5)酵素活性により得られたシグナルがこの急速な取得モードでは定量的とみなされるかどうかを経過時間に対して評価した。各プローブを10μM〜100μMの濃度範囲で試験したが、各プローブについて、2組の安定性コントロール(1つは100μM、1つは10μM)を測定して、偽陽性シグナルが全く見られないことを確認した。プローブの非存在下の標準バッファ中に幾らか酵素を含むウェルを使用して、バックグラウンド蛍光のコントロール測定を行った。最後に、3週間前に調製したプローブI.1溶液(「3週間」)を使用して測定を行って、さらに自然加水分解に対するこのプローブのロバスト性を実際に評価した。各読み出しはウェル毎に3秒間続けた。得られた結果を図4〜8に図式的に示す。
Claims (17)
- 光学異性体若しくはジアステレオ異性体の任意の割合の混合物、又は、光学異性体若しくはジアステレオ異性体が濃縮された形態である、下記式(I)で表されるペプチダーゼ基質。
nは0又は1であり、
R1は、水素原子又はアミノ酸の側鎖であり、
R5は、対応するフェノール誘導体がESIPT型フルオロフォアに属するフェノキシ誘導体であり、以下から選択され:
Raは、水素、又は、電子吸引基である炭素含有置換基、例えば−CN若しくは−COORd(Rdは(C 1 −C 4 )アルキル基)等であるか、又は、Raは−CONReRf(Re及びRfは同一又は異なって水素又は(C 1 −C 4 )アルキル基)であるか、又は、Raは、−CF 3 、2−オキサゾリル、2−チアゾリル、(ベンゾ縮合した若しくはしていない)2−イミダゾリル、4−ピリミジノン−2−イル、又は、キナゾリノン−2−イルであり、
Rbは、水素、塩素原子、−OH、−NH 2 、−NRgRh又は−ORg(Rg及びRhは同一又は異なって(C 1 −C 4 )アルキル基)であるか、又は、
Ra及びRbは互いに結合して飽和又は不飽和の置換又は非置換四員〜五員炭化水素鎖を形成しており、前記炭化水素鎖には、N、S及びOから選択される1又は複数のヘテロ原子が介在していてもよく、
Rcは、水素、Br、Cl、I又はFである。);
Raは、水素、又は、電子吸引基である炭素含有置換基、例えば−CN若しくは−COORd(Rdは(C 1 −C 4 )アルキル基)等であるか、又は、Raは−CONReRf(Re及びRfは同一又は異なって水素又は(C 1 −C 4 )アルキル基)であるか、又は、Raは、−CF 3 、2−オキサゾリル、2−チアゾリル、(ベンゾ縮合した若しくはしていない)2−イミダゾリル、4−ピリミジノン−2−イル、又は、キナゾリノン−2−イルであり、
Rbは、水素、塩素原子、−OH、−NH 2 、−NRgRh又は−ORg(Rg及びRhは同一又は異なって(C 1 −C 4 )アルキル基)であるか、又は、
Ra及びRbは互いに結合して飽和又は不飽和の置換又は非置換四員〜五員炭化水素鎖を形成しており、前記炭化水素鎖には、N、S及びOから選択される1又は複数のヘテロ原子が介在していてもよい。)、
R2、R3及びR4は以下の通り:
R2が(C1−C4)アルキル基又は水素原子、R3が(C1−C4)アルキル基、且つ、R4が(C1−C4)アルキル基であるか、又は、
R2が(C1−C4)アルキル基又は水素原子、且つ、R3及びR4が互いに結合してそれらが結合する炭素原子及び窒素原子と共に脂肪族複素環を形成し、前記複素環は、前記基質の水溶性を高めることができるアンモニウム型、カルボン酸型又はスルホン酸型の基で置換されていてもよいか、又は、
R4が(C1−C4)アルキル基、且つ、R2及びR3が互いに結合してそれらが結合する炭素原子と共に脂肪族炭素環を形成する。) - R2はHであり、R3及びR4は互いに結合して配列:−(CH2)m−(m=3、4又は5)を形成することを特徴とする請求項1記載のペプチダーゼ基質。
- R2、R3及びR4は同一又は異なって、(C1−C4)アルキル基を表すことを特徴とする請求項1記載のペプチダーゼ基質。
- R 2 、R 3 及びR 4 は同一又は異なって、メチル又はエチルを表すことを特徴とする請求項3記載のペプチダーゼ基質。
- R2=R3=R4=−CH3であることを特徴とする請求項4記載のペプチダーゼ基質。
- 光学異性体若しくはジアステレオ異性体の任意の割合の混合物、又は、光学異性体若しくはジアステレオ異性体が濃縮された形態である、下記式(IA)で表される請求項1〜5のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- Ra=Rb=Rc=H、又は、Ra=H、Rb=Rc=Clであることを特徴とする請求項1〜6のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- Ra及びRbが互いに結合して、本発明の基質が、光学異性体若しくはジアステレオ異性体の任意の割合の混合物、又は、光学異性体若しくはジアステレオ異性体が濃縮された形態である、下記式(IA’)又は(IB’)となることを特徴とする請求項1〜6のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- R0は、アミノ酸基を表すか、又は、同一若しくは異なる10以下のアミノ酸からなるペプチジル基を表すことを特徴とする請求項1〜8のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- R 0 は、アミノ酸基を表すか、又は、同一若しくは異なる6以下のアミノ酸からなるペプチジル基を表すことを特徴とする請求項9記載のペプチダーゼ基質。
- 前記アミノ酸基、又は前記ぺプチジル基を構成するアミノ酸は、天然アミノ酸から選択され、N末端は非置換であっても、アシル基:−COR”(R”は(C 1 −C 6 )アルキル基又はO−(C 1 −C 6 )アルキル基)で置換されていてもよいことを特徴とする請求項9又は10記載のペプチダーゼ基質。
- n=0であることを特徴とする請求項1〜11のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- n=1であり、R1は、アミノ酸の側鎖を表すことを特徴とする請求項1〜12のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- R 1 は、メチル、イソプロピル、イソブチル又はベンジル基を表すことを特徴とする請求項13記載のペプチダーゼ基質。
- 前記ペプチジル又はアミノ酸基R0は、ロイシンアミノペプチダーゼ、カスパーゼ−3、HIV−1ペプチダーゼ、レニン、トロンビン、トリプターゼ、カテプシンK、ACEプラスメプシンI若しくはII、β−セクレターゼ、又は、前立腺特異抗原(PSA)の基質であることを特徴とする請求項1〜14のいずれか1項記載のペプチダーゼ基質。
- 触媒活性を有するペプチダーゼの存在を検出する方法であって、
前記ペプチダーゼを含んでいる疑いがあるサンプルを請求項1〜15のいずれか1項記載の基質と接触させる工程と、
NHとR0の共有結合を切断した後、スペーサーを環化して−C(O)−R5結合を切断することによって蛍光沈殿物を形成するのに適した条件を適用する工程と、
前記蛍光沈殿物を定量又は定性分析する工程とを含む方法。 - 前記蛍光沈殿物の分析は、
前記蛍光沈殿物の吸収波長の光を発生可能な光源に前記蛍光沈殿物を暴露する工程と、
得られる沈殿物の蛍光を検出する工程とを含む、請求項16項記載の方法。
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