JP5818250B2 - 情報処理装置、情報処理方法および情報処理プログラム - Google Patents
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Description
少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理装置であって、
前記少なくとも2つのサンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも2種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを取得し、前記少なくとも2つのサンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御手段と、
表示された前記少なくとも2つのサンプル中において、症例(case)とすべきサンプルと対照(control)とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキング手段と、
前記マーキング手段でマーキングされた前記サンプルの識別情報を保持する保持手段と、
前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとにおける、前記バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析手段と、
を備え、
前記マーキング手段は、表示されたサンプル中において、マーキングすべき症例とすべきサンプル群および対照とすべきサンプル群の選択を受け付け、
前記解析手段は、前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとを識別するための前記バイオマーカーを推定し、
前記表示制御手段は、前記マーキング手段によって選択されたサンプル群ごとに異なるピン画像を付加して表示し、新たにマーキングを行なうべきサンプルを選択する際に参照できるように、前記保持手段が保持する前記識別情報に基づいて、過去にマーキングされた前記サンプルを表示し、前記解析手段が推定したバイオマーカーを他のバイオマーカー候補とは識別可能に表示すべく制御し、
前記保持手段は、さらに、マーキングされた前記サンプルに対して前記解析手段が行なった解析の結果を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする。
少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理方法であって、
前記少なくとも2つのサンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも2種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを取得し、前記少なくとも2つのサンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御ステップと、
表示された前記少なくとも2つのサンプル中において、症例(case)とすべきサンプルと対照(control)とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキングステップと、
前記マーキングステップでマーキングされた前記サンプルの識別情報を保持する保持ステップと、
前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとにおける、前記バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析ステップと、
を備え、
前記マーキングステップは、表示されたサンプル中において、マーキングすべき症例とすべきサンプル群および対照とすべきサンプル群の選択を受け付け、
前記解析ステップは、前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとを識別するための前記バイオマーカーを推定し、
前記表示制御ステップは、前記マーキングステップによって選択されたサンプル群ごとに異なるピン画像を付加して表示し、新たにマーキングを行なうべきサンプルを選択する際に参照できるように、前記保持ステップが保持する前記識別情報に基づいて、過去にマーキングされた前記サンプルを表示し、前記解析ステップが推定したバイオマーカーを他のバイオマーカー候補とは識別可能に表示すべく制御し、
前記保持ステップは、さらに、マーキングされた前記サンプルに対して前記解析ステップが行なった解析の結果を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする。
少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理方法であって、
前記少なくとも2つのサンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも2種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを取得し、前記少なくとも2つのサンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御ステップと、
表示された前記少なくとも2つのサンプル中において、症例(case)とすべきサンプルと対照(control)とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキングステップと、
前記マーキングステップでマーキングされた前記サンプルの識別情報を保持する保持ステップと、
前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとにおける、前記バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析ステップと、
をコンピュータに実行させ、
前記マーキングステップは、表示されたサンプル中において、マーキングすべき症例とすべきサンプル群および対照とすべきサンプル群の選択を受け付け、
前記解析ステップは、前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとを識別するための前記バイオマーカーを推定し、
前記表示制御ステップは、前記マーキングステップによって選択されたサンプル群ごとに異なるピン画像を付加して表示し、新たにマーキングを行なうべきサンプルを選択する際に参照できるように、前記保持ステップが保持する前記識別情報に基づいて、過去にマーキングされた前記サンプルを表示し、前記解析ステップが推定したバイオマーカーを他のバイオマーカー候補とは識別可能に表示すべく制御し、
前記保持ステップは、さらに、マーキングされた前記サンプルに対して前記解析ステップが行なった解析の結果を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする。
本発明の実施形態について説明する前に、その前提となる背景について簡単に説明する。
本発明の第1実施形態としての情報処理装置100について、図1を用いて説明する。情報処理装置100は、少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理装置である。
《装置構成》
本発明の第2実施形態に係る情報処理装置としてのバイオマーカー検出装置200について、図2を用いて説明する。図2は、本実施形態に係るバイオマーカー検出装置200の概略構成を説明するための図である。なお、本実施形態では、バイオマーカーとしてプロテインを一例としてあげているが、本発明はこれに限定されるものではない。本発明は、たとえば、遺伝子発現解析や遺伝子の一塩基多型、体内の代謝物や金属イオン、伝達物質、補酵素、ビタミンなど健康や病気の状態を反映する原子や分子の解析など、様々な解析に応用することが可能である。
次に、バイオマーカー検出装置200で行なわれる処理の流れについて表示画面を参照しつつ説明する。図5は、バイオマーカー検出装置200で行なわれる処理の流れを示すフローチャートである。このフローチャートは、バイオマーカー検出アプリケーションの起動と同時に開始される。具体的にはバイオマーカー検出装置200に含まれるCPUが、ストレージに格納されたバイオマーカー検出アプリケーションを実行することによって開始される。
本実施形態に係るシステムでは、グループとして区別されたサンプル群を区別する1次解析の結果として、プロテイン毎のP値711、統計量712、Q値713といった指標を導く。P値(P value)711は、サンプル群同士に差が偶然生じる可能性を示す尺度であり、有意確率とも呼ばれる。Q値(Q value)713は、P値の代わりに用いるために作られた多重検定用の仮説有意性指標である。Q値は、FDR(False Discovery Rate)による補正により得られる。
本実施形態に係るバイオマーカー検出装置200では、2次解析手法として、主成分分析(PCA)を用いる。
図8は、グルーピングの詳しい処理の流れを説明するための図である。ステップS801では、グループ制御部202のグループ生成部301が、ユーザの操作に応じて、新規なグループ(サンプル群を選択するための入れ物)を生成する。図9は、グループ生成の際に表示される画面900を示す図である。サンプルリスト602のいずれかのセルで右クリックすることにより、操作リスト901が表示され、その中で「Group」を選択すれば、さらにグルーピング処理リスト902が表示される。グルーピング処理としては、グループ追加(Add)、グループ削除(Remove)、カラムからグループ生成(Create from Column)の3種類の処理を選ぶことができる。
本発明の第3実施形態に係る情報処理装置として、タイムコースビューを利用した投薬タイミング検出装置について説明する。この装置は、第2実施形態で説明したケースコントロール研究用の装置に加えて、サンプル毎の投薬タイミングとプロテインの発現率の時系列的な変化を用いて、バイオマーカーの検出タイミングを導くものである。
以上、本発明の実施形態について詳述したが、それぞれの実施形態に含まれる別々の特徴を如何様に組み合わせたシステムまたは装置も、本発明の範疇に含まれる。
Claims (6)
- 少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理装置であって、
前記少なくとも2つのサンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも2種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを取得し、前記少なくとも2つのサンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御手段と、
表示された前記少なくとも2つのサンプル中において、症例(case)とすべきサンプルと対照(control)とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキング手段と、
前記マーキング手段でマーキングされた前記サンプルの識別情報を保持する保持手段と、
前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとにおける、前記バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析手段と、
を備え、
前記マーキング手段は、表示されたサンプル中において、マーキングすべき症例とすべきサンプル群および対照とすべきサンプル群の選択を受け付け、
前記解析手段は、前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとを識別するための前記バイオマーカーを推定し、
前記表示制御手段は、前記マーキング手段によって選択されたサンプル群ごとに異なるピン画像を付加して表示し、新たにマーキングを行なうべきサンプルを選択する際に参照できるように、前記保持手段が保持する前記識別情報に基づいて、過去にマーキングされた前記サンプルを表示し、前記解析手段が推定したバイオマーカーを他のバイオマーカー候補とは識別可能に表示すべく制御し、
前記保持手段は、さらに、マーキングされた前記サンプルに対して前記解析手段が行なった解析の結果を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする情報処理装置。 - 前記マーキング手段は、ユーザの操作に応じて、サンプルをマーキングし、
前記保持手段は、さらに、前記サンプルをマーキングする際に行なわれた前記ユーザの操作を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする請求項1に記載の情報処理装置。 - 前記表示制御手段は、リスト表示された前記少なくとも2つのサンプルについて、ユーザに選択された属性に応じて並び替えて表示するソート手段を含み、
前記保持手段は、マーキング前に前記ソート手段が行なったソート処理を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする請求項1または2に記載の情報処理装置。 - 前記バイオマーカーは、プロテイン、遺伝子の一塩基多型、体内の代謝物、金属イオン、伝達物質、補酵素、およびビタミンのうちの少なくともいずれか一つを含むことを特徴とする請求項1乃至3のいずれか1項に記載の情報処理装置。
- 少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理方法であって、
前記少なくとも2つのサンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも2種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを取得し、前記少なくとも2つのサンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御ステップと、
表示された前記少なくとも2つのサンプル中において、症例(case)とすべきサンプルと対照(control)とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキングステップと、
前記マーキングステップでマーキングされた前記サンプルの識別情報を保持する保持ステップと、
前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとにおける、前記バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析ステップと、
を備え、
前記マーキングステップは、表示されたサンプル中において、マーキングすべき症例とすべきサンプル群および対照とすべきサンプル群の選択を受け付け、
前記解析ステップは、前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとを識別するための前記バイオマーカーを推定し、
前記表示制御ステップは、前記マーキングステップによって選択されたサンプル群ごとに異なるピン画像を付加して表示し、新たにマーキングを行なうべきサンプルを選択する際に参照できるように、前記保持ステップが保持する前記識別情報に基づいて、過去にマーキングされた前記サンプルを表示し、前記解析ステップが推定したバイオマーカーを他のバイオマーカー候補とは識別可能に表示すべく制御し、
前記保持ステップは、さらに、マーキングされた前記サンプルに対して前記解析ステップが行なった解析の結果を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする情報処理方法。 - 少なくとも2つのサンプルについて、症例対照研究(case-control study)を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理方法であって、
前記少なくとも2つのサンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも2種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを取得し、前記少なくとも2つのサンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御ステップと、
表示された前記少なくとも2つのサンプル中において、症例(case)とすべきサンプルと対照(control)とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキングステップと、
前記マーキングステップでマーキングされた前記サンプルの識別情報を保持する保持ステップと、
前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとにおける、前記バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析ステップと、
をコンピュータに実行させ、
前記マーキングステップは、表示されたサンプル中において、マーキングすべき症例とすべきサンプル群および対照とすべきサンプル群の選択を受け付け、
前記解析ステップは、前記症例としてマーキングされたサンプルと、前記対照としてマーキングされたサンプルとを識別するための前記バイオマーカーを推定し、
前記表示制御ステップは、前記マーキングステップによって選択されたサンプル群ごとに異なるピン画像を付加して表示し、新たにマーキングを行なうべきサンプルを選択する際に参照できるように、前記保持ステップが保持する前記識別情報に基づいて、過去にマーキングされた前記サンプルを表示し、前記解析ステップが推定したバイオマーカーを他のバイオマーカー候補とは識別可能に表示すべく制御し、
前記保持ステップは、さらに、マーキングされた前記サンプルに対して前記解析ステップが行なった解析の結果を、マーキングされた前記サンプルの識別情報と関連付けて保持することを特徴とする情報処理プログラム。
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