JP5633133B2 - 遺伝子解析装置 - Google Patents
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図1は、本発明の遺伝子解析装置の概要を示す断面図である。本発明の遺伝子解析装置は、反応容器1、温度調節手段2、光連結誘導手段3および蛍光測定手段4を備える。当該装置には、任意に、ガラス基板5およびヒータープレート6を設けることができる。光連結誘導手段3は、光連結用光源31を備え、任意に光連結用フィルター32を備える。蛍光測定手段4は、蛍光測定用励起光源41および蛍光取得ユニット42を備え、任意に、励起用フィルター43、蛍光測定用フィルター44、ダイクロイックミラー45、迷光吸収ユニット46および集光レンズ47を備える。
この工程では、PCR法によって標的核酸が増幅される。予め反応容器1内に、解析の対象となる配列を含むゲノムDNA、プライマー、ポリメラーゼおよびPCRに必要な試薬が添加されており、温度調節手段2により反応容器1内の温度条件を調節することによってPCRが進行し、ゲノムDNAから特定の配列を有した標的核酸が増幅される。なお、標的核酸の増幅はPCR法によらず、当該分野で既知のその他の増幅方法によって行うこともできる。
この工程では、増幅した標的核酸と、予め反応容器1内に添加されていた2種のプローブとのハイブリダイゼーションが行われる。このハイブリダイゼーションは、主に温度調節手段2による温度条件の設定によって達成される。例えば、解離温度まで加熱して増幅した二本鎖の標的核酸を一本鎖にした後、一定の温度まで冷却して、当該一本鎖にプローブをアニーリングさせる。この2種のプローブの配列は、標的核酸の配列に相補的であり、且つ、標的核酸にハイブリダイズした場合には互いに隣接して位置するように設計されている。また、プローブの2つの末端のうち、標的核酸上で隣接してハイブリダイズしたときに他方のプローブ側に位置する末端は、それぞれ光応答物質によって修飾されている。光応答物質とは、例えば、光照射によって開裂する共役二重結合を有した化合物であり、光の照射によって2種のプローブの共有結合による連結をもたらす。さらに、一方のプローブにはアクセプター分子が結合されており、他方のプローブにはドナー分子が結合されており、これらの分子が接近した場合にはFRET(Fluorescence Resonance Energy Transfer、蛍光共鳴エネルギー移動)が生じるように設計されている。ここにおいて、FRETとは、互いに近接したドナー分子とアクセプター分子との間で、励起エネルギーが、電磁波となることなく、電子の共鳴により直接移動する現象のことである。標的核酸の配列が、予め設計したプローブの配列と一致する場合には、標的核酸と2種のプローブとのハイブリダイゼーションが良好に生じ、標的核酸上で2種のプローブが隣接した状態となる。一方、標的核酸の配列にSNPが生じており、予め設計したプローブの配列とは完全に一致しない場合、少なくとも一方のプローブは標的核酸とハイブリダイズできずまたは不完全な状態でハイブリダイズし、その結果、標的核酸上で、2種のプローブが十分隣接した状態とならない。
この工程では、標的核酸上で隣接して位置する2種のプローブに、光連結誘導手段3から光を照射し、プローブ間の光連結を誘導する。それぞれのプローブを光応答物質で修飾しているため、標的核酸上で隣接した場合には、波長365nmの光を受けることで、光応答物質の有する共役二重結合が開裂し、光応答物質間で共有結合が生じる。一方、標的核酸中にSNPが生じており、標的核酸とプローブとの間で良好なハイブリダイゼーションが生じなかった場合、光を照射しても、光応答物質同士が十分接近していないため共有結合が生じない。すなわち、正常な配列とSNPを有する配列との違いが、光連結の有無となる。
この工程では、光連結の有無を蛍光の発生の有無として検出する。上記の通り、2種のプローブには、FRETの反応におけるドナー分子およびアクセプター分子がそれぞれ結合されており、2種のプローブ同士が光連結できた場合、ドナー分子とアクセプター分子との間でFRETが生じ得る状態となる。ここで、ドナー分子として、波長436nmの光によって励起され、波長480nmの光を放出する分子を使用し、アクセプター分子として波長480nmの光によって励起され、波長535nmの光を放出する分子を使用した場合、蛍光測定用励起光源41から436nmの光を照射すると、その光は一旦ドナー分子に吸収された後、FRETによってアクセプター分子が励起され、続いて波長535nmの光が放出される。一方、光連結が出来なかった場合は、蛍光測定用励起光源41からの波長436nmの光は、ドナー分子によって吸収された後、そのままドナー分子から波長480nmの光として放出される。蛍光測定用フィルター44および蛍光取得ユニット42で測定することで、波長535nmの光が放出されたか、波長480nmの光が放出されたかを判断することによって、光連結反応が生じたか否か、すなわち標的核酸にSNPがあったか否かが判断できる。また、ドナー分子およびアクセプター分子の代わりに、蛍光分子およびクエンチャー分子を使用することもでき、この場合、光連結が生じた場合では、励起された蛍光分子から生じるエネルギーは、クエンチャー分子によって消光され、光連結が生じなかった場合には、励起された蛍光分子から生じるエネルギーは、そのまま蛍光として放出される。
<反応容器>
反応容器としてPCR用チューブを使用した。200μl容量で、キャップ上面が平らなマイクロチューブ(Applied Biosystems社製)を使用した。
WT:正常なCYP2C9遺伝子を含むゲノムDNAを使用
MT:SNPを含むCYP2C9遺伝子を含むゲノムDNAを使用
NC:ゲノムDNAを添加しない。
温度調節手段としては、一般にPCR用サーマルサイクラーにおいて使用されるものを使用した。すなわち、複数枚のペルチェ素子と熱電対とで構成された温度調節ブロックを使用した。当該ブロックは、チューブを12連で設置可能なものとした。それを制御系に接続し、通常のPCR法を実行できるよう設定した。また、光連結反応および蛍光測定において、特定の温度条件を達成できるように設定した。
光連結誘導手段として、波長365nmの光を照射する光連結用光源と、光連結用フィルターとしてのレンズとを組み合わせて作製した。光連結用光源は、日亜化学の高出力UV−LEDチップ(型番NCSU033A:駆動電流500mA)を備えた浜松ホトニクス製のUV−LEDモジュール(型番LC−L2)を用いた。レンズは、チューブ内の光照射位置での照度および希望照射距離を考慮して、φ6mmの照射エリアを持つもの(浜松ホトニクス社製、型番L10561−215)を選択した。
蛍光検出手段は、蛍光測定用励起光源として日亜化学の470nmの青発光の駆動電流20mAのLEDを使用した。また、蛍光取得ユニットとして、浜松ホトニクス製の光電子増倍管(型番H6780)を使用した。上記青色LEDは、470nm以外の可視光も若干放出するため、蛍光波長に被らないように励起光源のスペクトル幅を470nm±20nmや470nm±10nmに限定するバンドパスフィルターを必要に応じ設置した。蛍光については、3波長用に3組のフィルターを交換して使用した。
反射防止コーティングと、赤外反射コーティングとを施したガラス基板を使用した。屈折率1.52のガラス基板の片面に、高周波スパッタ装置により、基板温度を200℃として、ITOを50nm程度形成した。これが、赤外反射コーティングとなる。また、ガラス基板の他方の面に、スパッタで屈折率1.47のSiO2の膜を62nm程度形成した。これによって、通常4%以上の反射率が、1〜2%程度の反射率に抑えられる。これが、反射防止コーティングとなる。
チューブを固定および加熱するためのヒータープレートを作製し、設置した。アルミ製プレートのチューブを固定する面とは反対側に、坂口電熱製シリコンラバーヒーターを貼り付けた。またヒーター内に、ヒーターの温度制御用の熱電対を設置した。ヒーター温度調節は、熱電対の温度モニターでヒーターをPID制御した。ヒータープレートは、温度調節手段にチューブをセットした後に、チューブの蓋を押し付けて固定した。
上記の通り作製した遺伝子解析装置を使用して、PCR法による核酸増幅、UV照射による光連結およびFRETを利用した蛍光検出を行った。上述のとおり、3種のサンプル(WT、MTおよびNC)について、CYP2C9遺伝子のSNP解析を行った。CYP2C9遺伝子のSNP解析は、既に正常遺伝子と変異遺伝子との識別検出系が確立されている。
図6は、従来方法による測定結果である。蛍光測定の際に、ドナー分子が発する波長488nm近辺の光およびアクセプター分子が発する波長594nm近辺の光を、チューブの温度を上昇しながら随時測定した。縦軸を、アクセプター分子由来の594nm付近の蛍光強度をドナー分子由来の488nm付近の蛍光強度で割った比とし、横軸を温度として表した。したがって、アクセプター分子とドナー分子との間でFRETが良好に生じる場合には、縦軸の蛍光強度比は高く検出される。
図7は、本発明方法による測定結果である。本発明による遺伝子測定装置を使用した場合、NCのサンプルでは、温度にかわらずほぼ一定の蛍光強度比が得られるのに対し、WTのサンプルおよびMTのサンプルでは、低温域では高いものの、65度付近を境に高温域で低い蛍光強度比が得られた。さらに、WTのサンプルに比べて、MTのサンプルは、全温度域で低く、高温域ではMTはNCに近い蛍光強度比となった。すなわち、本発明の遺伝子解析装置を使用した方法によって、個々の装置を組み合わせて使用する従来方法と同様の結果が得られることがわかった。
図8は、混合方法による測定結果である。すなわち、核酸の増幅および光連結誘導までは本発明の遺伝子解析装置によって行い、その後、サンプルを従来の蛍光検出装置に移して測定した結果である。測定結果から、この方法によっても、従来方法と同様の結果が得られることがわかった。このことから、核酸の増幅および光連結誘導について、本発明の装置によれば、個別の装置を使用する場合と、同程度の反応効率を達成できることがわかった。
Claims (8)
- 核酸の増幅および光連結反応が行われるサンプルが収容される反応容器と、
前記反応容器内のサンプルの温度を調節する温度調節手段と、
前記反応容器内のサンプルに光連結反応を促進する光を照射する光連結用光源を備えた光連結誘導手段と、
前記反応容器内のサンプルにおける光連結反応の有無を測定するための蛍光測定用励起光源および蛍光取得ユニットを備えた蛍光測定手段と
を備え、
前記光連結誘導手段と前記蛍光測定手段とが、前記反応容器を挟んで対向して位置し、
前記光連結誘導手段と前記反応容器との間に、前記光連結誘導手段側に紫外光に対する反射防止コーティングが施され、前記反応容器側に赤外光を反射する赤外反射コーティングが施されたガラス基板を有する
遺伝子解析装置。 - 前記蛍光測定手段が、前記蛍光測定用励起光源からの光の波長帯域を制限するフィルターと、前記反応容器内のサンプルから放出される蛍光の波長帯域を制限するフィルターとを備え、
前記反応容器が蓋を有したチューブであり、前記蓋は平らな形状であり且つ紫外光から可視光の間の光を透過し、
前記光連結誘導手段と前記反応容器との間に、前記チューブの蓋に押し付けて固定されるヒータープレートを備え、前記ヒータープレートは前記光連結誘導手段からの光を前記反応容器まで通過させる孔を有し、
前記温度調節手段は、複数の前記反応容器をそれぞれ収容できる複数の孔を有した温度調節ブロックと、前記温度調節ブロックの側面に備えられた温度調節用ヒートシンクとを備え、
前記光連結誘導手段は、前記光連結用光源を固定し且つ冷却する冷却固定ブロックと、前記冷却固定ブロックに取り付けられた光連結用ヒートシンクとをさらに備えた
請求項1に記載の装置。 - 前記光連結用光源が、365nmを中心波長とする光を照射し、365nm±10nmのバンド幅の透過用フィルターを備える請求項1に記載の装置。
- 前記温度調節手段が、前記反応容器内のサンプルの温度を、核酸の増幅および光連結反応の進行に適した温度に調節する請求項1に記載の装置。
- 前記蛍光測定用励起光源が発光ダイオードであり、前記蛍光取得ユニットがアバランシェ・フォトダイオード、光電子増倍管またはフォトダイオードである請求項1に記載の装置。
- 前記光連結用光源と前記反応容器との間に挿入可能な、表面に凹凸が形成された無反射板を備える請求項1に記載の装置。
- 前記ガラス基板における前記赤外反射コーティングは、100nm以下の厚さの酸化インジウムスズ膜から成る請求項1に記載の装置。
- 前記光連結誘導手段は、前記光連結用ヒートシンクに対して送風する空冷ファンをさらに備えた請求項2に記載の装置。
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