JP5605571B2 - 部分グラフ検出装置、部分グラフ検出方法、プログラム、データのデータ構造、及び情報記憶媒体 - Google Patents
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Description
図1は、本発明の実施形態に係る部分グラフ検出装置2を含む部分グラフ検出システム6の構成を示す図である。同図に示すように、部分グラフ検出システム6は、部分グラフ検出装置2と、データベース4と、を含む。部分グラフ検出装置2と、データベース4と、は、ネットワークを介して相互に通信することが可能になっている。
部分グラフ検出装置2は、例えば、パーソナルコンピュータである。図1に示すように、部分グラフ検出装置2は、制御部8と、記憶部10と、通信部12と、表示部14と、操作部16と、を含む。各部は、バス18を介して通信可能に接続される。
データベース4は、例えばデータベースサーバのハードディスク(情報記憶媒体)に格納される。なお、データベースは部分グラフ検出装置2の不揮発性メモリ(情報記憶媒体)に格納されるようにしてもよい。
図6は、部分グラフ検出装置2で実現される機能のうち、本発明に関連するものを主として示す機能ブロック図である。同図に示すように、部分グラフ検出装置2は、グラフデータ取得部20と、頂点データ取得部22と、部分グラフ検出部24と、を機能的に含む。これらの機能は、記憶部10から読み出された上記プログラムに従って制御部8が動作することによって実現される。
グラフデータ取得部20は、例えば制御部8と通信部12とを主として実現される。グラフデータ取得部20は、複数の頂点を含むグラフを示すグラフデータを取得する。本実施形態の場合、グラフデータ取得部20は、例えば図2に示すようなグラフGのグラフデータをデータベース4から読み出して取得する。
頂点データ取得部22は、例えば制御部8と通信部12とを主として実現される。頂点データ取得部22は、グラフに含まれる複数の頂点の各々に情報を対応づけてなる頂点データを取得する。ここで、「情報」とは、グラフGの頂点間の接続関係を示す情報以外の情報である。例えば、頂点が遺伝子に対応する場合、上記の「情報」とは、遺伝子に関する情報である。ここで、「遺伝子に関する情報」とは、例えば、遺伝子の発現を変化させるような医薬を示す情報である。また例えば、頂点がタンパク質に対応する場合、上記の「情報」とは、タンパク質に関する情報である。ここで、「タンパク質に関する情報」とは、例えば、タンパク質の発現を変化させるような医薬を示す情報である。さらに例えば、頂点がユーザに対応する場合、上記の「情報」とは、ユーザに関する情報である。ここで、「ユーザに関する情報」とは、例えば、ユーザの属性を示す情報や、ユーザが購入した商品を示す情報である。本実施形態の場合、頂点データ取得部22は、例えば図3又は図5に示すような頂点データをデータベース4から読み出して取得する。
部分グラフ検出部24は、例えば制御部8を主として実現される。部分グラフ検出部24は、グラフデータと、頂点データと、に基づいて、グラフの部分グラフであって、該部分グラフの各頂点に関連づけられた情報が所定関係を有するような部分グラフを検出する。本実施形態の場合、部分グラフ検出部24は、グラフGの部分グラフであって、該部分グラフの各頂点vに関連づけられたアイテム集合I(v)の積集合がN(Nは正の整数)種以上のアイテム(商品)を含む共通部分グラフCSGを検出する。具体的には、例えば、「共通のN種以上の医薬の投与により共通して発現が変化する複数の遺伝子」に対応する複数の頂点vを含む共通部分グラフCSGが検出される。また例えば、「共通のN種以上の医薬の投与により共通して発現が変化する複数のタンパク質」に対応する複数の頂点vを含む共通部分グラフCSGが検出される。また例えば、共通のN種以上の商品を購入した複数のユーザに対応する複数の頂点vを含む共通部分グラフCSGが検出される。
部分グラフ検出装置2で実行される、共通部分グラフCSG(特に閉共通部分グラフCCSG)を検出するための処理について説明する。なお、以下では、上記のNの値が2である場合、すなわち、各頂点vに関連づけられたアイテム集合I(v)の積集合が二種以上のアイテムiを含むような共通部分グラフCSGを検出する場合について説明する。
まず処理の概要について説明する。図7は処理の概要を説明するための図である。部分グラフ検出装置2では、深さ優先探索アルゴリズムを用いて、図7に示すようなツリーT(探索木)が生成されることによって共通部分グラフCSG(特に閉共通部分グラフCCSG)が検出される。図7に示すツリーTは、グラフGの各頂点v1〜v6に対応するルートノードnr(nr1〜nr6)と、ルートノードnr1〜nr6よりも下位のノードnc(nc1〜ncM)と、を含む。また、図に示すツリーTの各ノードnには、そこまでの経路に含まれる頂点vの集合を示す頂点集合V(n)と、頂点集合V(n)のうちの全ての頂点vが有する共通のアイテムiの集合を示す共通アイテム集合I(n)と、が含まれている。図7では、各ノードnの左側領域に頂点集合V(n)が表され、右側領域に共通アイテム集合I(n)が表されている。なお、以下、ツリーTのノードnに含まれる頂点集合V(n)のことを、ツリーTのノードnの頂点集合V(n)と呼び、ツリーTのノードnに含まれるアイテム集合I(n)のことを、ツリーTのノードnのアイテム集合I(n)と呼ぶ。
部分グラフ検出装置2では、無駄な処理を実行しないようにするためのデータとして、基準集合テーブルが記憶される。ここで、基準集合テーブルについて説明しておく。
(関係2)ノードnyがノードnxよりも前に判定対象とされること。
(関係3)ノードnyの共通アイテム集合I(ny)⊇ノードnxの共通アイテム集合I(nx)であること。
(関係2’)ノードnxがノードnyよりも前に判定対象とされること。
図9は制御部8が実行する処理を示すフロー図である。以下、図9を参照しながら制御部8が行う処理の詳細について説明する。なお、図9に示す処理を制御部8が実行することによって、グラフデータ取得部20、頂点データ取得部22、及び部分グラフ検出部24が実現される。なお、図9のS101の処理は、グラフデータ取得部20及び頂点データ取得部22に対応しており、図9のS102以降の処理は部分グラフ検出部24に対応している。
上記の部分グラフ検出システム6では、例えば、複数の遺伝子に対応する複数の頂点viを含み、該複数の遺伝子の関係を示すグラフGのグラフデータが記憶される。また、複数の頂点viの各々にアイテム集合I(vi)を対応づけてなる頂点データが記憶され、この頂点データは各遺伝子の発現を変化させる医薬を示すデータとなっている。そして、部分グラフ検出装置2では、これらのデータに基づいて、直接的又は間接的に関係を有し、かつ、共通の医薬の投与により共通して発現が変化する遺伝子群を表す共通部分グラフCSGが検出される。この検出結果を用いることによって、例えば、創薬のターゲットとすべき遺伝子を絞り込む上で有用な情報が得られるようになる。
なお、本発明は、以上に説明した実施形態に限定されるものではない。
例えば、図9乃至図11の処理では、頂点集合V(nx)が複数の頂点を含むようなノードnxと、他のノードnyと、の間で上記関係1〜3がすべて成立している場合に、ノードnxの子孫となるノードnxdの頂点集合V(nxd)を判定対象とした上記判定処理が省略されるようになっている。しかしながら、頂点集合V(nx)が一の頂点のみを含むようなノードnx(第3のノード)と、ノードny(第4のノード)と、の間で上記関係1〜3(又は上記関係1,3,4)がすべて成立している場合に、ノードnxの子孫となるノードnxdの頂点集合V(nxd)を判定対象とした上記判定処理が省略されるようにしてもよい。
また、共通部分グラフCSGを検出するための処理は上記に説明したものに限られない。例えば、まず、N種以上のアイテムiを含む基準アイテム集合Idが決定されるようにしてもよい。その後、各頂点vに関連付けられたアイテム集合I(v)が該基準アイテム集合Idを含むような共通部分グラフCSGが検出されるようにしてもよい。この場合、制御部8は、図10のS203の処理において、アイテム集合Idが共通アイテム集合Icの部分集合であるか否かが判定されるようにすればよい。
例えば、図5に示す頂点データにおけるアイテムiは、ユーザが利用している又は過去に利用したことのあるサービスに対応するようにしてもよい。この場合、頂点データは各ユーザが利用している又は過去に利用したことのあるサービスを示すデータになる。このようにすれば、直接的又は間接的に交友関係にあり、かつ、共通のサービスを利用している又は利用したことのあるユーザ群を検出することが可能になる。そして、この検出結果を用いることによって、例えば、サービスの広告宣伝を効率的に行えるようになる。
例えば、グラフデータは、複数の文献に対応する複数の頂点vを含み、該複数の文献の関係(例えば引用関係)を示すグラフのデータであってもよい。このグラフでは、例えば、第1の文献が第2の文献を引用している場合、第1の文献に対応する頂点v1と第2の文献に対応する頂点v2が辺e12によって連結される。また、この場合、頂点データにおけるアイテムiは、例えば、文献に関連するキーワードに対応するようにしてもよい。この場合、頂点データは各文献のキーワードを示すデータになる。この変形例1によれば、上記のグラフデータ及び頂点データに基づいて、例えば、直接的又は間接的に引用関係にあり、かつ、共通のキーワードが設定された文献群を検出できるようになる。なお例えば、アイテムiは文献の著者に対応させるようにしてもよい。
また、グラフGは、遺伝子、タンパク質、ユーザ、文献以外の関係を示すグラフであってもよい。すなわち、グラフGに含まれる頂点vは、遺伝子、タンパク質、ユーザ、文献以外に対応する頂点であってもよい。また、頂点データにおいて頂点vに関連づけられる情報は、頂点間の接続関係を示す情報以外の情報であれば、ユーザに関する情報、キーワード、医薬に限らず、どのような情報であってもよい。
なお、本実施形態に係る方法Aと他の方法Bとのそれぞれで、「M」本以上の辺を含む閉共通部分グラフCCSGの集合Cを検出する実験を試みたので、その実験内容及び実験結果について説明する。
・2種以上の共通のアイテムが、集合Cのどの閉共通部分グラフCCSGにも含まれる。(各閉共通部分グラフCCSGの共通アイテム集合の積集合には2種以上のアイテムが含まれる)。
・集合Cに含まれるすべての閉共通部分グラフCCSGは、集合Cに含まれる他のどの閉共通部分グラフCCSGとも頂点を共通しない。
・CPU:3.2GB AMD Opteron(登録商標)
・メモリ容量:1GB
・OS:Linux(kernel2.6)
フェーズA1:図9乃至図11に示す処理を行って、閉共通部分グラフCCSGを特定する。
フェーズA2:フェーズA1で特定した閉共通部分グラフCCSGのうちから「M」本以上の辺を含む閉共通部分グラフCCSGを特定する。
フェーズA3:フェーズA2で特定した閉共通部分グラフCCSGの共通アイテム集合に基づき集合Cを検出する。
フェーズB1:アプリオリ法により2種以上のアイテムを含む頻出アイテム集合を検出する。ここで、頻出アイテム集合とは、頻出アイテム集合を含むアイテム集合に関連づけられた頂点が「F」個以上存在するアイテム集合である。なお、本実験では、頻出アイテム集合を検出するためにフリーのデータマイニングソフト「Weka」を用いた。
フェーズB2:頻出アイテム集合ごとに、該頻出アイテム集合を含むアイテム集合に関連づけられた頂点からなる、辺が「M」本以上の閉共通部分グラフCCSGを特定することにより、集合Cを検出する。
・頂点の数:22178個
・辺の数:112304本
・頂点の数:6152個
・辺の数:3318本
Claims (11)
- 複数の頂点と1又は複数のエッジとを含むグラフを示すグラフデータを記憶しているデータベースから前記グラフデータを読み出して取得するグラフデータ取得手段と、
前記頂点に少なくとも一種の要素を含む要素集合を関連づけてなる頂点データを記憶しているデータベースから前記頂点データを読み出して取得する頂点データ取得手段と、
前記グラフデータ取得手段により取得された前記グラフデータと、前記頂点データ取得手段により取得された前記頂点データと、に基づいて、前記グラフの部分グラフであって、該部分グラフの各頂点に関連付けられた要素集合の積集合がN(N≧1)種以上の要素を含む部分グラフを検出する部分グラフ検出手段と、
を含み、
前記部分グラフ検出手段は、
前記グラフデータに基づいて、前記グラフの部分グラフを順次探索する探索手段と、
前記頂点データに基づいて、前記探索手段により探索された部分グラフの各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを判定する判定手段と、
を含むことを特徴とする部分グラフ検出装置。 - 前記探索手段は、
各ノードが前記グラフの頂点の少なくとも一つを含む頂点集合を示す探索木であって、かつ、親ノードが示す頂点集合に当該頂点集合のうちの末端頂点に隣接する一つの頂点を新たな末端頂点として追加してなる頂点集合、を当該親ノードの子ノードとして有する探索木、の各ノードが示す頂点集合を、深さ優先探索アルゴリズムに従った探索順序で前記グラフデータに基づき探索し、
前記判定手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された該頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを、前記頂点データに基づいて判定し、
前記探索手段は、
前記探索木のうちの第1のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合が、前記第1のノードが示す頂点集合のうちの末端頂点と同じ頂点を末端頂点とする頂点集合を示すノードであって、かつ、前記第1のノードよりも探索順序が前のノードである第2のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合に含まれる場合、前記第1のノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項1に記載の部分グラフ検出装置。 - 前記部分グラフ検出手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合を、基準集合として、探索された当該頂点集合のうちの末端頂点に関連づけて基準集合記憶手段に記憶させる手段をさらに含み、
前記探索手段は、
前記第1のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合が、前記第1のノードが示す頂点集合のうちの末端頂点に関連づけて前記基準集合記憶手段に記憶される基準集合に含まれる場合、前記第1のノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項2に記載の部分グラフ検出装置。 - 前記探索手段は、
各ノードが前記グラフの頂点の少なくとも一つを含む頂点集合を示す探索木であって、かつ、親ノードが示す頂点集合に当該頂点集合のうちの末端頂点に隣接する一つの頂点を新たな末端頂点として追加してなる頂点集合を当該親ノードの子ノードとして有する探索木、の各ノードが示す頂点集合を、深さ優先又は幅優先探索アルゴリズムに従った探索順序で前記グラフデータに基づき探索し、
前記判定手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された該頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを、前記頂点データに基づいて判定し、
前記探索手段は、
前記探索木のうちの第1のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合が、前記第1のノードが示す頂点集合のうちの末端頂点と同じ頂点を末端頂点とする頂点集合を示すノードであって、かつ、前記第1のノードが示す頂点集合を含む頂点集合を示す第2のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合に含まれる場合、前記第1のノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項1に記載の部分グラフ検出装置。 - 前記探索手段は、
各ノードが前記グラフの頂点の少なくとも一つを含む頂点集合を示す探索木であって、かつ、親ノードが示す頂点集合に当該頂点集合のうちの末端頂点に隣接する一つの頂点を新たな末端頂点として追加してなる頂点集合を当該親ノードの子ノードとして有する探索木、の各ノードが示す頂点集合を、深さ優先探索アルゴリズムに従った探索順序で前記グラフデータに基づき探索し、
前記判定手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された該頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを、前記頂点データに基づいて判定し、
前記探索手段は、
前記探索木のうちの第3のノードが示す頂点集合が一つの頂点のみを含み、かつ、当該頂点に関連づけられた要素集合が、当該頂点を末端頂点とする頂点集合を示すノードであって、かつ、前記第3のノードよりも探索順序が前のノードである第4のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合に含まれる場合、前記第3のノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項1に記載の部分グラフ検出装置。 - 前記部分グラフ検出手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合を、基準集合として、探索された当該頂点集合のうちの末端頂点に関連づけて基準集合記憶手段に記憶させる手段をさらに含み、
前記探索手段は、
前記第3のノードが示す頂点集合が一つの頂点のみを含み、かつ、当該頂点に関連づけられた要素集合が、当該頂点に関連づけて前記基準集合記憶手段に記憶される基準集合に含まれる場合に、前記第3のノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項5に記載の部分グラフ検出装置。 - 前記探索手段は、
各ノードが前記グラフの頂点の少なくとも一つを含む頂点集合を示す探索木であって、かつ、親ノードが示す頂点集合に当該頂点集合のうちの末端頂点に隣接する一つの頂点を新たな末端頂点として追加してなる頂点集合を当該親ノードの子ノードとして有する探索木、の各ノードが示す頂点集合を、深さ優先又は幅優先探索アルゴリズムに従った探索順序で前記グラフデータに基づき探索し、
前記判定手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された該頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを、前記頂点データに基づいて判定し、
前記探索手段は、
前記探索木のうちの第3のノードが示す頂点集合が一つの頂点のみを含み、当該頂点に関連づけられた要素集合が、当該頂点を末端頂点とする頂点集合を示す第4のノードが示す頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合に含まれる場合、前記第3のノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項1に記載の部分グラフ検出装置。 - 前記探索手段は、
各ノードが前記グラフの頂点の少なくとも一つを含む頂点集合を示す探索木であって、かつ、親ノードが示す頂点集合に当該頂点集合の末端頂点に隣接する一つの頂点を新たな末端頂点として追加してなる頂点集合を当該親ノードの子ノードとして有する探索木、の各ノードが示す頂点集合を、深さ優先探索又は幅優先探索アルゴリズムに従った探索順序で前記グラフデータに基づき探索し、
前記判定手段は、
前記探索手段により複数の頂点を含む頂点集合が探索された場合に、前記探索手段により探索された該頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを、前記頂点データに基づいて判定し、
前記探索手段は、
前記探索手段が探索した頂点集合の各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含んでいない場合、探索した当該頂点集合を示すノードの子孫のノードが示す頂点集合を探索しないこと、
を特徴とする請求項1に記載の部分グラフ検出装置。 - グラフデータ取得手段が、複数の頂点と1又は複数のエッジとを含むグラフを示すグラフデータを記憶しているデータベースから前記グラフデータを読み出して取得するグラフデータ取得ステップと、
頂点データ取得手段が、前記頂点に少なくとも一種の要素を含む要素集合を関連づけてなる頂点データを記憶しているデータベースから前記頂点データを読み出して取得する頂点データ取得ステップと、
部分グラフ検出手段が、前記グラフデータ取得手段により取得された前記グラフデータと、前記頂点データ取得手段により取得された前記頂点データと、に基づいて、前記グラフの部分グラフであって、該部分グラフの各頂点に関連付けられた要素集合の積集合がN(N≧1)種以上の要素を含む部分グラフを検出する部分グラフ検出ステップと、
を含み、
前記部分グラフ検出ステップは、
前記部分グラフ検出手段が、前記グラフデータに基づいて、前記グラフの部分グラフを順次探索する探索ステップと、
前記部分グラフ検出手段が、前記頂点データに基づいて、前記探索ステップで探索された部分グラフの各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN種以上の要素を含むか否かを判定する判定ステップと、
を含むことを特徴とする部分グラフ検出方法。 - 複数の頂点と1又は複数のエッジとを含むグラフを示すグラフデータを記憶しているデータベースから前記グラフデータを読み出して取得するグラフデータ取得手段、
前記頂点に少なくとも一種の要素を含む要素集合を関連づけてなる頂点データを記憶しているデータベースから前記頂点データを読み出して取得する頂点データ取得手段、
前記グラフデータ取得手段により取得された前記グラフデータに基づいて、前記グラフの部分グラフを順次探索する探索手段、
前記頂点データ取得手段により取得された前記頂点データに基づいて、前記探索手段により探索された部分グラフの各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN(N≧1)種以上の要素を含むか否かを判定する判定手段、
としてコンピュータを機能させるプログラム。 - 複数の頂点と1又は複数のエッジとを含むグラフを示すグラフデータを記憶しているデータベースから前記グラフデータを読み出して取得するグラフデータ取得手段、
前記頂点に少なくとも一種の要素を含む要素集合を関連づけてなる頂点データを記憶しているデータベースから前記頂点データを読み出して取得する頂点データ取得手段、
前記グラフデータ取得手段により取得された前記グラフデータに基づいて、前記グラフの部分グラフを順次探索する探索手段、
前記頂点データ取得手段により取得された前記頂点データに基づいて、前記探索手段により探索された部分グラフの各頂点に関連づけられた要素集合の積集合がN(N≧1)種以上の要素を含むか否かを判定する判定手段、
としてコンピュータを機能させるプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な情報記憶媒体。
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