JP5430929B2 - 新規セスキテルペン合成酵素ならびにその使用方法 - Google Patents
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Description
技術背景と解決すべき問題
テルペノイド又はテルペンは、殆どの生物(バクテリア、真菌類、動物、植物)で見られる天然生成物のファミリーを代表している。テルペノイドは、イソプレン単位と称される5つの炭素単位から成っている。これらは、それらの構造に存在するイソプレン単位の数により分類できる:モノテルペン(C10)、セスキテルペン(C15)、ジテルペン(C20)、トリテルペン(C30)、テトラテルペン(C40)及びポリテルペン(Cn、n≧45)。植物界はモノテルペンとセスキテルペンの最も高い多様性を含んでいる。
本発明の発明者は、ベチバー根の新規セスキテルペンをコードするcDNAをクローン化した。意外にも、新規セスキテルペン合成酵素は、これまでにベチバーから単離されてこなかったシクロコパカンフェン(cyclocopacamphene)、(+)−エピ−β−サンタレン、トランス−α−ベルガモテン、シス−α−ベルガモテン、β−ビサボレン、及び/又はトランス−γ−ビサボレンのようなセスキテルペンを合成できた。従って、本発明はFPPからビサボリルカチオンへの環化を触媒し、かつ引き続きベルガモテンとサンタレン骨格への環化を触媒できるクローン化セスキテルペン合成酵素を初めて提供する。相当量のビサボリルカチオンの二環式誘導体を合成できるテルペンシクラーゼを初めて報告する。
(a)SEQ ID NO:2と少なくとも82.4%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する核酸;
(b)SEQ ID NO:5と少なくとも76.8%の配列相同性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する核酸;
(c)中程度のストリンジェントな条件下に、ヌクレオチド配列SEQ ID NO:2にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸;
(d)C3〜C7結合を有する1つの二環及び/又は三環式セスキテルペンを合成できるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する核酸;及び/又は
(e)少なくとも1つのベルガモテン、及び場合により他のセスキテルペンを合成できるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する核酸
から選択される単離核酸を提供し、ここでベルガモテンは、ポリペプチドにより合成されたセスキテルペン生成物の全体の少なくとも10質量%を構成し、その際、(a)〜(e)の前記核酸のいずれかによりコードされたポリペプチドはテルペン合成酵素活性を有することを特徴とする。
(a)SEQ ID NO:1と少なくとも59%の配列相同性を有するヌクレオチド配列を有する核酸;
(b)SEQ ID NO:4と少なくとも50%のアミノ酸配列相同性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する核酸;
(c)中程度のストリンジェントな条件下にSEQ ID NO:1にハイブリダイズする核酸;
(d)シクロコパカンフェンを合成できるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する核酸
から選択される単離核酸を提供し、その際、前記核酸によりコードされるポリペプチドはテルペン合成酵素活性を有することを特徴とする。
(a)SEQ ID NO:5と少なくとも76.8%のアミノ酸配列相同性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド;
(b)C3〜C7結合を有する二環及び/又は三環式セスキテルペンを合成できるポリペプチド;
(c)少なくとも1つのベルガモテン、及び場合により他のセスキテルペンを合成できるポリペプチド
から選択される単離ポリペプチドを提供し、その際、ベルガモテンは前記ポリペプチドにより合成されるセスキテルペン生成物の全体の少なくとも10質量%から成ることを特徴とする。
(a)SEQ ID NO:5と少なくとも76.8%のアミノ酸配列相同性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド;
(b)C3〜C7結合を有する二環及び/又は三環式セスキテルペンを合成できるポリペプチド;
(c)少なくとも1つのベルガモテン、及び場合により他のセスキテルペンを合成できるポリペプチド
から選択されるポリペプチドを提供し、その際、ベルガモテンはポリペプチドにより合成されるセスキテルペン生成物の全体の少なくとも5質量%から成ることを特徴とする。
bp 塩基対
DNA デオキシリボ核酸
cDNA 相補的DNA
DTT ジチオトレイトール
FPP ファルネシル−ピロリン酸
NPP ネロリドール−ピロリン酸
IPTG イソプロピル−D−チオガラクト−ピラノシド
PCR ポリメラーゼ連鎖反応
RT-PCR 逆転写ポリメラーゼ連鎖反応
3’−/5’−RACE cDNA末端の3’及び5’迅速増幅法
RNA リボ核酸
mRNA メッセンジャーRNA
nt ヌクレオチド
RNase リボヌクレアーゼ
SDS-PAGE SDS−ポリアクリルアミドゲル電気泳動
有利な実施態様の詳細な説明
本発明は、単環、二環、及び/又は三環式セスキテルペンの合成が可能な新規セスキテルペン合成酵素をコードする単離核酸を提供する。C3〜C7結合を有する二環又は三環式セスキテルペンは、サンタレン炭素骨格を有するセスキテルペンとして定義されるのに対して、C2〜C7結合を有するものは、ベルガモテン骨格のセスキテルペンとして定義される。
(a)SEQ ID NO:1、2及び3から成るグループから選択される核酸、
(b)SEQ ID NO:4、5及び6に実質的に記載されているようなポリペプチドのいずれかをコードする核酸から成るグループから選択される核酸、
(c)低いストリンジェントな条件下に、(a)又は(b)の核酸にハイブリダイズする核酸、
から選択される核酸を提供し、その際、前記核酸によりコードされるポリペプチドは、セスキテルペン合成酵素活性を有する。
R1、R2、R3、R4は、相互に独立に、C1〜C20から成る線状又は分枝のアルキル又はアルキレン基であり、その際、R1とR2及び/又はR3とR4は、別々の2個の単結合の代わりに二重結合を形成してもよい]
のC3〜C7結合を有する化合物を形成できる単離ポリペプチドに関する。
によるC2〜C7結合を有する化合物を形成できる単離ポリペプチドに関する。
(a)SEQ ID NO:1、2又は3から成るグループから、いずれかの核酸、又は上記ヌクレオチド配列を有し、これと関連する核酸を選択し;
(b)選択した核酸を変性して少なくとも1つの突然変異体核酸を得て;
(c)宿主細胞を突然変異体核酸配列で形質転換し、突然変異体核酸配列によりコードされるポリペプチドを発現させ;
(d)該ポリペプチドを少なくとも1つの変性特性を有する機能的ポリペプチドにスクリーニングし;かつ
(e)場合により、該ポリペプチドが所望の変異体テルペン合成酵素活性を有さない場合には、所望の変異体テルペン合成酵素活性を有するポリペプチドが得られるまで工程(a)〜(d)を繰り返す(=DNAシャフリング)
から成る。
(f) 所望の変異体テルペン活性を有するポリペプチドが同定された場合には、工程(c)で得られた突然変異体核酸を獲得し、これを使用して宿主細胞を形質転換し、工程(c)と(d)に続いて変異体テルペン合成酵素を発現させる
工程から成る。
(a)本発明による核酸を発現しない宿主生物及び/又は細胞を選択し;
(b)該生物を形質転換し、本発明による核酸を発現させ;
(c)前記核酸によりコードされたテルペン合成酵素の生成を補助する条件下に該生物を培養する
工程から成る。
(a)本発明による核酸を発現しない宿主生物及び/又は細胞を選択し;
(b)該生物を形質転換し、請求項1から3までのいずれか1項、又は12項に記載の核酸を発現させ;
(c)前記核酸によりコードされたテルペン合成酵素の生成を補助する条件下に該生物を培養する
工程から成る。
(a)少なくとも1つの非環式ピロリン酸テルペン前駆体を、本発明の少なくとも1つのポリペプチド又は本発明の核酸のいずれかによりコードされた少なくとも1つのポリペプチドと接触させ、かつ
(b)場合により、工程(a)で製造された少なくとも1つのテルペノイドを単離する
工程から成る少なくとも1つのテルペノイドを製造する方法を提供する。
−テルペノイドの生成を補助する条件下に、ヒト以外の生物を培養して形質転換させ、請求項1から3までのいずれか1項に記載の核酸によりコードされたポリペプチド又は請求項4に記載のポリペプチドを発現もしくは次第に発現させ、かつ
−場合により、ヒト以外の生物から少なくとも1つのテルペノイドを単離する
ことから成る少なくとも1つのテルペノイドを製造する方法を提供する。
テルペノイドの生成を補助する条件下に前記生物を培養する前に、ヒト以外の生物を組換え核酸で形質転換させ、請求項1から3までのいずれか1項に記載の核酸によりコードされたポリペプチド又は請求項4に記載のポリペプチドを発現もしくは次第に発現させる
工程から成る。
例1 ベチバー根材料、mRNAの単離とcDNA合成
Vetiveria zizanoides(ベチバー)植物をプラント・ナーセリー("La Comoagnie des Plantes Australes", Les Avirons, The Reunion Island, France)から得た。ルーリエ農学研究所(Lullier Agronomy research Station、スイス)で植物を温室内の鉢で培養し、かつ6カ月から1年のクランプに分けることにより栄養繁殖させた。温室内の状況では、移植したベチバーの切取りを発芽1〜3週間後に開始し、かつ培養1年後に根の体積は一般に3倍又は4倍になった。
植物セスキテルペン合成酵素ヌクレオチド配列に特異的な変性プライマーを用いてセスキテルペン合成酵素をコードするcDNA断片を増幅させた。
これらの新規cDNA断片からフォワード特異的プライマーを設計した(表2)。3’RACEを次のように行った。はじめに、先のRT-PCRで記載したような同じ条件で、オリゴ(dT)20プライマー、全RNA1.5ミクログラム及びThermoscriptTM逆転写酵素を用いて、逆転写を60℃で行った。dTアダプタープライマーとcDNA特異的フォワードプライマーを用いて初めのPCRを行った。PCRミクスチャーは、cDNA特異的プライマー0.4μM、dTアダプタープライマー0.4μM(表2)、各dNTPs300μM、10X HotStartTaq(R) DNAポリメラーゼ緩衝液(Qiagen)5μL、cDNA2μL、HotStartTaq(R) DNAポリメラーゼ0.5μLを含有していた(最終体積50μL中)。循環条件は次の通りであった:95℃で15分;94℃で45秒、48℃で45秒及び72℃で2分30秒;及び72℃で10分を35サイクル。次の変更を除いて上記と同じ組成物を有するPCRミクスチャーを用いてネストPCRを行った:ネストcDNA特異的プライマーとアダプターPプライマー(表2)を使用し、初めのPCR5mLをテンプレートに使用し、かつアニーリング温度を60℃まで上げた。増幅産物を評価し、サブクローン化し、かつそれらの配列を上記のように分析した。3’RACEはCA717とCA733(図3)に関しては成功したが、しかし他のcDNAに関して成功しなかった。ThermoscriptTM及びプライマーCA711_F1とCA711_F2(表2)ならびに60℃の代わりに48℃に下げたネストPCRのアニーリング温度を用いた3’RACE実験は、新規セスキテルペン合成酵素cDNAの3’末端の非特異的増幅を可能にし、CA775と名付けた。
RACEにより得られた配列情報から設計したプライマーCA717_NdeとCA717_Kpn(表3)を用いて、Vet717完全長cDNAをMarathon cDNAライブラリーから増幅した。Pfuポリメラーゼ(Promega)を用い、Pfu DNAポリメラーゼ10×緩衝液5μl、各dNTP200μM、各フォワード及びリバースプライマー0.4μM、Pfu DNAポリメラーゼ2.9単位及び100倍希釈したcDNA5μl含有の最終的な体積50μL中(Marathon TM cDNA増幅キット(Clontech))を用いて上記のように調製した)で、PCRを行った。
FPPを基質として用い、得られた組換えタンパク質をセスキテルペン合成酵素活性についてアッセイした。酵素アッセイは、15mM MgCl2と100〜250μM精製FPPを補足した最終体積1mLの抽出緩衝液中、例3で挙げた方法(表3)により得られたE. Coliタンパク質粗抽出物50〜100μlを用いてテフロン密閉ガラス管内で行った。媒体をペンタン1mlで被せ、ガラス管を30℃で12〜18時間インキュベートした。
Claims (11)
- SEQ ID NO:2と少なくとも90%の相同性を有するヌクレオチド配列を有し、かつファルネシルピロリン酸を基質としてシス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン及び/又はトランス−γ−ビサボレンを合成できるポリペプチドをコードする単離核酸。
- SEQ ID NO:5で表されるポリペプチドをコードする、請求項1に記載の単離核酸。
- シス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン及び/又はトランス−γ−ビサボレンを合成できるポリペプチドをコードし、その際、シス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン又はトランス−γ−ビサボレンが、該ポリペプチドにより合成されるシス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン及びトランス−γ−ビサボレンの生成物の少なくとも5質量%を構成する、請求項1又は2に記載の単離核酸。
- 請求項1から3までのいずれか1項に記載の核酸によりコードされる、単離ポリペプチド。
- 請求項1から3までのいずれか1項に記載の核酸を有するベクター。
- 形質転換し、請求項1から3までのいずれか1項に記載の核酸を宿らせたため、請求項4に記載のポリペプチドを発現する、ヒト以外の組換え宿主細菌又は細胞。
- (a)少なくとも1つの非環式ピロリン酸テルペン前駆体を、請求項4に記載の少なくとも1つのポリペプチドと接触させ、かつ
(b)工程(a)で製造された少なくとも1つのテルペノイドを単離する
ことを含む、シス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン及び/又はトランス−γ−ビサボレンを製造する方法。 - 工程(a)が、少なくとも1つのテルペノイドの生成を補助する条件下にヒト以外の宿主細菌又は細胞を培養することを含み、その際、前記ヒト以外の宿主細菌又は細胞を形質転換させ、請求項1から3までのいずれか1項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを発現させるか、又は前記ポリペプチドを、形質転換されていないヒト以外の細菌又は細胞におけるよりも多量に発現させる、請求項7に記載の方法。
- 工程(a)が、テルペノイドの生成を補助する条件下に細菌又は細胞を培養する工程の前に、ヒト以外の宿主細菌又は細胞を請求項1から3までのいずれか1項に記載の組み換え核酸で形質転換させ、前記の核酸によりコードされたポリペプチドを発現させるか、又は前記ポリペプチドを、形質転換されていないヒト以外の細菌又は細胞におけるよりも多量に発現させることを含む、請求項8に記載の方法。
- テルペン合成酵素を製造する方法において、請求項6に記載のヒト以外の宿主細菌又は細胞を、前記のテルペン合成酵素の生成を補助する条件下に培養する工程を含む、テルペン合成酵素を製造する方法。
- シス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン又はトランス−γ−ビサボレンの合成酵素活性を有する変異体ポリペプチドを調製する方法において、該方法は次の:
(a)ヒト以外の宿主細胞を請求項1に記載の核酸で形質転換し、該核酸によりコードされるポリペプチドを発現させ;
(b)該ポリペプチドを所望のテルペン合成酵素活性についてスクリーニングし;かつ
(c)該ポリペプチドが所望のテルペン合成酵素活性を有さない場合には、所望のテルペン合成酵素活性を有するポリペプチドが得られるまで方法工程(a)〜(b)を繰り返す
工程を含む、シス−α−ベルガモテン、トランス−α−ベルガモテン、エピ−β−サンタレン、β−ビサボレン又はトランス−γ−ビサボレンの合成酵素活性を有する変異体ポリペプチドを調製する方法。
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