JP5258755B2 - 捕捉プローブを含み、pcr槽を開けることなしにハイブリダイゼーションによるpcr産物の検出を可能にするリアルタイムpcr用反応チェンバ - Google Patents
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用語「核酸」、「オリゴヌクレオチド」、「アレイ」、「プローブ」、「ターゲット核酸」、「ほぼ結合」、「に対して特異的にハイブリダイゼーションする」、「バックグラウンド」、および「定量」は、参照によって本明細書に組み込まれる国際公開第97/27317号パンフレットに記載されているとおりのものである。
有利には、本発明による反応チェンバは、複数の捕捉分子が、少なくとも4つの異なる局所域を持つマイクロアレイの形をなして固定される窓を有する。
96個のウェルを持つZeonex(登録商標)製マルチウェルプレートが、以下のプロトコルに従ってアルデヒド基の存在のために官能基化された。
一次アミン機能がCOC Zeonex 330R製マルチウェルプレートのウェルにアンモニアプラズマ処理によって導入された。
デキストラン2.5g(分子量70000、Aldrich番号D1537)を50mlの蒸留水に溶かし、次いで3.594gの過ヨウ素酸カリウム(15.6mmol、Aldrich番号322423)を加えた。調製物は室温の暗所で14時間にわたってよく振り混ぜ、4℃で3日間透析した(カットオフ値10000、蒸留水1リットルを3回)。溶液を遠心分離し、凍結乾燥させた。これによって2.15gのデキストランポリアルデヒドが得られ(収率は86%)、使用まで室温で保管された。
ステップ2で得たデキストランポリアルデヒド溶液70μlを、アミノ基を有するマルチウェルプレートのそれぞれのウェルに加えた。プレートを蓋で覆い、室温で2時間インキュベーションした後、蒸留水で3回洗浄した。マルチウェルプレートは使用まで真空下で保管された。
96のウェルを持つZeonex(登録商標)製マルチウェルプレートが、実施例1に記載された方法に従ってアルデヒドの存在のために官能基化された。次いで、アミノ化されたDNAが、アルデヒド基で誘導体化された96ウェルプレートのウェルにマイクロアレイのパターンで分注された。アミノ化された捕捉分子は、3μMの濃度の溶液から分注された。捕捉分子は、スプリットピン(Genetix Limited、No.1545)を使用してウェル上にプリントされた。分注後、ウェルを0.2%SDSで1分間1回、蒸留水で2回洗浄した。次いで、NaBH4溶液(1mlのPBS75%/エタノール25%に対して2.5mg)でウェルを5分間インキュベーションし、蒸留水で2回洗浄した後、乾燥させた。96ウェルプレートは4℃で真空下で保管した。こうして得た96ウェルプレートのウェルの1つを本発明の好ましい装置として図1に示す。
Claims (28)
- 少なくとも4つの異なる局所域を持つマイクロアレイの形をなしてチェンバ内面上に固定化された複数の捕捉分子(4)であって、各局所域が所定のターゲット分子に対して特異性を持つ捕捉分子を含み、捕捉分子(4)が、捕捉部位と、チェンバ表面に結合する少なくとも20のヌクレオチドによるスペーサ部位とを持つポリヌクレオチド分子である、捕捉分子(4)と、前記内面からのシグナルをチェンバ外にある読取り装置(6)によって検出することを可能にする窓(7)とを有し、前記内面がPCR溶液(3)と断続的に接触するように構成されており、固定化された捕捉分子(4)が標識づけされておらず、反応チェンバが、結合された標識づけされたアンプリコンの測定を液体の不在下で行えるように構成されている、PCR溶液(3)を収容するように構成されたリアルタイムPCRのための密封可能な反応チェンバ(1)。
- PCRの間に生成されるアンプリコンがPCRサイクルにおけるその合成の間に標識づけされ、捕捉分子(4)に結合されたところを反応チェンバ(1)の窓(7)を通して検出される、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 液体の蒸発が、35回のPCRサイクルの後で10%未満である、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)が、90℃に耐える固体材料で製造される、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 窓(7)の表面が、85℃超の温度で平坦に保たれる、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 窓(7)が複数の局所域を持ち、窓(7)の検出される局所域の平坦度公差が100ミクロン未満である、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 光による検出用として意図され、検出に使用される波長における窓(7)の光線透過率が80%超である、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 窓(7)を通して検出する対象が、固定化された捕捉分子(4)へのアンプリコンの結合に由来するシグナルであり、前記シグナルが、結合のないときのシグナルの少なくとも5倍である、請求項1に記載の反応チェンバ。
- チェンバがチェンバ外にある温度調節装置(5)で温度調節される、請求項1に記載の反応チェンバ。
- マイクロアレイが異なる捕捉分子(4)を20種超含む、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 固定化された捕捉分子(4)が、捕捉部位と、少なくとも50個のヌクレオチドによるスペーサ部位とを持つポリヌクレオチド分子である、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 複数の捕捉分子(4)が、サブコンパートメントを持つ表面に固定される、請求項1に記載の反応チェンバ。
- それぞれのサブコンパートメントが異なる捕捉分子(4)を含む、請求項12に記載の反応チェンバ。
- 幾つかのサブコンパートメントが同じ捕捉分子(4)を含む、請求項12に記載の反応チェンバ。
- それぞれの局所域が、少なくとも4種の捕捉分子(4)をサブコンパートメントに物理的に切り離された状態で含む、請求項1に記載の反応チェンバ。
- アンプリコンを含む溶液を収容し、捕捉分子(4)がPCR中に前記溶液と流体的に接触しない、請求項1に記載の反応チェンバ。
- アンプリコンを含む溶液を収容し、捕捉分子がPCR中に前記溶液と流体的に接触し、結合された標識づけされたアンプリコンの測定が液体の不在下で行われる、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 液体の不在が、反応チェンバ(1)の回転、並進、または側方運動からなる一群の中から選ばれる方法により、反応チェンバの向きが変わることによってもたらされる重力排出によって得られる、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)が流体的に接触する2つのコンパートメントを持ち、1つはPCR用のコンパートメントであり、もう1つは結合したアンプリコンの検出用の窓(7)を含むコンパートメントである、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバが流体的に接触する3つのコンパートメントを持ち、2つはPCR用のコンパートメントであり、3つめは結合したアンプリコンの検出用の窓(7)を含むコンパートメントである、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)の少なくとも1つのコンパートメントが、チューブ、ウェル、キャビティ、リザーバからなる一群の中から選ばれる形状を持つ、請求項19または20に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)が、チューブ、ウェル、キャビティ、リザーバからなる一群の中から選ばれる形状を持つ、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)またはチェンバのコンパートメントが蓋(2)によって閉ざされる、請求項21または22に記載の反応チェンバ。
- 蓋(2)が、結合したアンプリコンを検出するための窓の役割を果たす、請求項23に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)またはチェンバのコンパートメントが、4.5mmまたはその倍数のピッチで互いに隔てられたマルチウェルプレートのウェルである、請求項21または22に記載の反応チェンバ。
- 反応チェンバ(1)またはチェンバのコンパートメントが、少なくとも24のチェンバ(1)を持つマルチウェルプレートである支持体の一部である、請求項1に記載の反応チェンバ。
- チェンバが、ポリカーボネート(PC)、ポリエチレン(PE)、シクロオレフィンコポリマー(COC)、環状オレフィンポリマー(COP)、またはそれらの混合物からなる一群の中から選ばれるポリマーによって製造される、請求項1に記載の反応チェンバ。
- 請求項1から27のいずれか一項に記載の反応チェンバを有する装置。
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