JP5224539B2 - Rapid identification of Salmonella Typhimurium by multiplex detection of specific genes - Google Patents

Rapid identification of Salmonella Typhimurium by multiplex detection of specific genes Download PDF

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Description

本発明は、血清型特異的遺伝子の多重検出によるサルモネラ血清型の迅速同定法に関する。   The present invention relates to a rapid identification method of Salmonella serotype by multiplex detection of serotype-specific genes.

サルモネラ感染は家畜生産の阻害要因であるのみならず、畜産物を介してヒトに食中毒を起こすことから、公衆衛生上の脅威ともなっている。サルモネラは飼料を介して伝播するため、飼料安全法で有害微生物として規定されている。このため、農林水産消費安全技術センター・肥飼料安全検査部では飼料のサルモネラ汚染のモニタリング調査を継続的に実施している。
分離されたサルモネラが、家畜伝染病予防法で「家畜伝染病」または「届出伝染病」と規定している主要６血清型（Gallinarum、Typhimurium、Dublin、Enteritidis、Choleraesuis、Abortusequi）であるか否かでその後の対応が異なるため、血清型の特定が必須である。また、2004年にと畜場法が改正され、食肉衛生検査所では、肉眼病変の認められた材料について上記の６血清型のサルモネラ検査を行う必要がある。現行のサルモネラ血清型別法では判定までに２週間を必要とする。このため、飼料から上記６血清型のサルモネラが検出されても、その判定結果が出るまでに当該飼料が消費されてしまう可能性が高い。また、食肉衛生検査所では判定まで枝肉を保留する必要があるため、食品衛生上大きな問題となっている。以上のことから、飼料検査および食肉検査現場で、サルモネラの６血清型迅速同定法の開発が強く求められている。６血清型の迅速同定法が実用化されれば、家畜保健衛生所における日常検査、血清型別不能菌の同定、スクリーニング検査等へも応用可能である。畜産物の安全・安心を確保する上で、飼料および畜産物を汚染するサルモネラのリスク管理、および生産現場でのサルモネラ保菌動物の早期摘発・淘汰は、極めて重要である。 Salmonella infection is not only a hindrance to livestock production but also causes human food poisoning through livestock products and is a public health threat. Since Salmonella is transmitted through feed, it is defined as a harmful microorganism in the feed safety law. For this reason, the Agricultural, Forestry and Fisheries Consumption Safety Technology Center and Fertilizer and Feed Safety Inspection Department are continuously conducting monitoring surveys of salmonella contamination in feed.
Whether the isolated Salmonella is one of the six major serotypes (Gallinarum, Typhimurium, Dublin, Enteritidis, Choleraesuis, Abortusequi) stipulated as “livestock infectious disease” or “reported infectious disease” in the Livestock Infectious Disease Prevention Law Since the subsequent response differs, it is essential to specify the serotype. In addition, the slaughterhouse law was amended in 2004, and it is necessary for the meat sanitation laboratory to conduct the above six serotype Salmonella tests on materials with gross lesions. The current Salmonella serotyping method requires two weeks to determine. For this reason, even if the said 6 serotype Salmonella is detected from a feed, the possibility that the said feed will be consumed before the determination result comes out is high. Moreover, since it is necessary to hold the carcass until the judgment at the meat hygiene inspection laboratory, it is a big problem in food hygiene. For these reasons, there is a strong demand for the development of a method for rapid identification of Salmonella 6 serotypes at feed and meat inspection sites. If the rapid identification method of 6 serotypes is put into practical use, it can be applied to daily inspections at livestock health centers, identification of serotype-incapable bacteria, screening tests, and the like. In order to ensure the safety and security of livestock products, risk management of Salmonella contaminating feed and livestock products, and early detection and trapping of Salmonella-bearing animals at the production site are extremely important.

Agron P.G. et al. 2001. Identification by subtractive hybridization of sequences specific for Salmonella enterica Serovar Enteritidis. Appl. Environ. Microbiol. 67: 4984-4991.Agron P.G. et al. 2001. Identification by subtractive hybridization of sequences specific for Salmonella enterica Serovar Enteritidis. Appl. Environ. Microbiol. 67: 4984-4991. Kim H.J. et al. 2006. Identification of Salmonella enterica serovar Typhimurium using specific PCR primers obtained by comparative genomics in Salmonella serovars. J. Food Prot. 69: 1653-1661.Kim H.J. et al. 2006. Identification of Salmonella enterica serovar Typhimurium using specific PCR primers obtained by comparative genomics in Salmonella serovars. J. Food Prot. 69: 1653-1661.

サルモネラは生化学的性状、DNAの相同性等から１属２菌種６亜種に分類されている。この国際命名規約上の分類とは別にサルモネラでは菌体（O）抗原と鞭毛（H）抗原の組み合わせによる血清型分類が早くから確立しており、現在までに2,500を越す血清型が報告されている。通常、サルモネラの分離、同定に１週間、さらに血清型別分類を行うと１週間、すなわち血清型の特定までに合計２週間を必要とする。農林水産消費安全技術センターや各県の食肉衛生検査所では最初の１週間でサルモネラを分離、同定し、O群血清型まで決定しているが、本発明者は、この時点でPCR法等の手法を併用し、血清型に特異的な遺伝子を検出することで、従来２週間を要していた検査時間を１週間に短縮することが可能と考えた。即ち本発明は、サルモネラの血清型に特異的な遺伝子を多重検出することにより、サルモネラの血清型を迅速に同定する方法を提供することを課題とする。   Salmonella is classified into 1 genus, 2 bacterial species, and 6 subspecies based on biochemical properties, DNA homology, and the like. Apart from this classification under the international naming convention, Salmonella has established serotype classification based on the combination of cell (O) antigen and flagellar (H) antigen from an early stage, and more than 2,500 serotypes have been reported to date. . Normally, one week is required for the isolation and identification of Salmonella, and further one week is required for serotype classification, that is, a total of two weeks are required to identify the serotype. At the Agriculture, Forestry and Fisheries Consumption Safety Technology Center and meat hygiene inspection laboratories in each prefecture, Salmonella was isolated and identified in the first week and determined up to group O serotypes. By using this method together and detecting a serotype-specific gene, we thought that the test time, which conventionally required two weeks, could be shortened to one week. That is, an object of the present invention is to provide a method for rapidly identifying a Salmonella serotype by multiplex detection of genes specific to the Salmonella serotype.

2,500を超えるサルモネラ血清型のうち、1,500以上の血清型が亜種Iに分類され、この中にヒトや家畜にしばしば感染症を引き起こす血清型のほとんど含まれる。したがって我々が日常遭遇するサルモネラは互いに遺伝的類似度が極めて高く、これが塩基配列の違いを利用した血清型判別法開発の障壁となっていた。一方、細菌の全ゲノム塩基配列の最初の報告から10年以上が経過し、配列の報告された細菌は数百にのぼる。サルモネラでも、すでに20を超える菌株の全ゲノム塩基配列が参照可能である。そこで本発明者はまず、サルモネラ主要血清型に特異的な遺伝子をin silico（コンピューター上）で網羅的に抽出した。そして次に、本発明者が所有している3700株を超えるサルモネラ野外分離株を利用して、抽出された遺伝子の血清型特異性を検討した。その結果本発明者は、サルモネラ主要血清型に特異的な遺伝子を指標に、サルモネラ血清型の判別が可能であることを見出した。すなわち本発明は、血清型特異的遺伝子の多重検出によるサルモネラの血清型の迅速同定法に関し、以下〔１〕〜〔２３〕を提供するものである。
〔１〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型を判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（Ａ）から（Ｅ）からなる群より選択される少なくとも１つに記載のDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）において
下記（Ａ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がTyphimuriumであると示され、
下記（Ｂ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がCholeraesuisであると示され、
下記（Ｃ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がEnteritidisであると示され、
下記（Ｄ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がDublinであると示され、
下記（Ｅ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がGallinarumであると示される工程、
（Ａ）下記（１）〜（４）に記載のDNA
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｂ）下記（１）〜（５）に記載のDNAのうち少なくとも３つのDNA
（１）配列番号：５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｃ）下記（１）〜（５）に記載のDNAのうち少なくとも４つのDNA
（１）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｄ）下記（１）〜（６）に記載のDNAのうち少なくとも３つのDNA
（１）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（６）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｅ）下記（１）〜（４）に記載のDNA
（１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
〔２〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（４）に記載のDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（４）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると示される工程、
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
〔３〕下記（ｄ）及び（ｅ）の工程をさらに含む、〔２〕に記載の方法；
（ｄ）サルモネラのＯ群血清型を判定する工程、及び
（ｅ）工程（ｄ）においてＯ群血清型がＯ４群と判定された場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると示される工程、
〔４〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がCholeraesuisであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がCholeraesuisであると示される工程、
（１）配列番号：５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
〔５〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも4つのDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも4つのDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がEnteritidisであると示される工程、
（１）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
〔６〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（６）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（６）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がDublinであると示される工程、
（１）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（６）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
〔７〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がGallinarumであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（４）に記載のDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（４）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がGallinarumであると示される工程、
（１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
〔８〕配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAとストリンジェントな条件で特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、
〔９〕配列番号：２５〜７２のいずれかに記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、
〔１０〕下記（ｉ）から（ｖ）からなる群より選択される少なくとも１つのセット；
（ｉ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット
（１）配列番号：３３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：３５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：３７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：４１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも４つを含むセット
（１）配列番号：４３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：４５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：４７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：４９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：５１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｖ）下記（１）から（６）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット
（１）配列番号：５３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：５５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：５７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：５９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：６１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（６）配列番号：６３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｖ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：６５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：６７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：６９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：７１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
〔１１〕〔８〕又は〔９〕に記載のオリゴヌクレオチドを含有するサルモネラの血清型判別用キット、
〔１２〕〔１０〕に記載のセットを含有するサルモネラの血清型判別用キット、
〔１３〕Salmonella Typhimurium、Salmonella Choleraesuis、Salmonella Enteritidis、Salmonella Dublin、及びSalmonella Gallinarumからなる群より選択されるいずれかのサルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、下記（ｉ）から（ｖ）からなる群より選択される少なくとも１つのセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物；
（ｉ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット
（１）配列番号：３３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：３５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：３７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：４１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも４つを含むセット
（１）配列番号：４３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：４５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：４７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：４９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：５１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｖ）下記（１）から（６）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット
（１）配列番号：５３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：５５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：５７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：５９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：６１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（６）配列番号：６３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｖ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：６５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：６７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：６９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：７１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
〔１４〕配列番号：９９〜１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAとストリンジェントな条件で特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、
〔１５〕配列番号：７３〜９８のいずれかに記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、
〔１６〕以下（１）から（１３）からなる群より選択される少なくとも1組のセット；
（１）配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：７５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：７７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：７９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：８１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（６）配列番号：８３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（７）配列番号：８５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（８）配列番号：８７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（９）配列番号：８９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１０）配列番号：９１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１１）配列番号：９３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１２）配列番号：９５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１３）配列番号：９７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
〔１７〕〔１５〕に記載のオリゴヌクレオチドを含有するサルモネラの血清型判別用キット、
〔１８〕〔１６〕に記載のセットを含有するサルモネラの血清型判別用キット、
〔１９〕Salmonella Typhimurium、Salmonella Choleraesuis、Salmonella Enteritidis、Salmonella Dublin、及びSalmonella Gallinarumからなる群より選択されるいずれかのサルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、下記（１）から（１３）からなる群より選択される少なくとも１つのセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物；
（１）配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：７５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：７７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：７９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：８１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（６）配列番号：８３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（７）配列番号：８５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（８）配列番号：８７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（９）配列番号：８９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１０）配列番号：９１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１１）配列番号：９３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１２）配列番号：９５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（１３）配列番号：９７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
〔２０〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がCholeraesuisであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）配列番号：１００〜１０２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）においてDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がCholeraesuisであると示される工程、
〔２１〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）配列番号：１０３〜１０５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）においてDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がEnteritidisであると示される工程、
〔２２〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）配列番号：１０６〜１０８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）においてDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がDublinであると示される工程、
〔２３〕下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）配列番号：１０９〜１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）においてDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がDublinであると示される工程。 Of the over 2,500 Salmonella serotypes, more than 1,500 serotypes are classified as subspecies I, including most of the serotypes that often cause infections in humans and livestock. Therefore, Salmonella we encounter daily have extremely high genetic similarity, which has been a barrier to developing serotyping methods using differences in nucleotide sequences. On the other hand, more than 10 years have passed since the first report of the whole genome sequence of bacteria, and hundreds of bacteria have been reported. Even in Salmonella, the entire genome sequence of more than 20 strains can be referenced. Therefore, the present inventor first exhaustively extracted genes specific to Salmonella major serotypes in silico (on a computer). Then, the serotype specificity of the extracted gene was examined using more than 3700 Salmonella field isolates owned by the inventor. As a result, the present inventor has found that Salmonella serotype can be identified using a gene specific to Salmonella major serotype as an index. That is, the present invention relates to a method for rapid identification of Salmonella serotypes by multiplex detection of serotype-specific genes, and provides the following [1] to [23].
[1] A method for discriminating a serotype of Salmonella, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying the DNA according to at least one selected from the group consisting of (A) to (E) below, and (c) an amplification product of the DNA according to (A) below in step (b) Is obtained, the Salmonella serotype is Typhimurium,
When the DNA amplification product described in (B) below is obtained, the Salmonella serotype is shown to be Choleraesuis,
When the DNA amplification product described in (C) below is obtained, the Salmonella serotype is Enteritidis,
When the DNA amplification product described in (D) below is obtained, the Salmonella serotype is shown to be Dublin,
A step in which Salmonella serotype is indicated as Gallinarum when the amplification product of DNA described in (E) below is obtained;
(A) DNA described in (1) to (4) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 1
(2) DNA containing all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 2
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 3
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 4
(B) At least three of the DNAs described in (1) to (5) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 5
(2) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 6
(3) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 7
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 8
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 9
(C) At least four of the DNAs described in (1) to (5) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 10
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 11
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 12
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 13
(5) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 14
(D) at least three of the DNAs described in (1) to (6) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 15
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 16
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 17
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 18
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 19
(6) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 20
(E) DNA described in (1) to (4) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 21
(2) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 22
(3) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 23
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 24
[2] A method for determining whether or not the serotype of Salmonella is Typhimurium, including the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying the DNA described in (1) to (4) below; and (c) a serotype of Salmonella when the amplification product of the DNA described in (1) to (4) below is obtained. The process is shown to be Typhimurium,
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 1
(2) DNA containing all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 2
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 3
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 4
[3] The method according to [2], further comprising the following steps (d) and (e):
(D) a step of determining a Salmonella group O serotype, and (e) a step in which the Salmonella serotype is Typhimurium when the group O serotype is determined to be the O4 group in step (d).
[4] A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Choleraesuis, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) amplifying at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5), and (c) at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5) When the amplification product is obtained, the Salmonella serotype is shown to be Choleraesuis,
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 5
(2) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 6
(3) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 7
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 8
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 9
[5] A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Enteritidis, including the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) amplifying at least four DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5), and (c) at least four DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5) When the amplification product is obtained, the Salmonella serotype is Enteritidis,
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 10
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 11
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 12
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 13
(5) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 14
[6] A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Dublin, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) amplifying at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (6), and (c) at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (6) When the amplification product is obtained, the Salmonella serotype is shown to be Dublin,
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 15
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 16
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 17
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 18
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 19
(6) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 20
[7] A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Gallinarum, including the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying the DNA described in (1) to (4) below; and (c) a serotype of Salmonella when the amplification product of the DNA described in (1) to (4) below is obtained. A process indicated to be Gallinarum,
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 21
(2) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 22
(3) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 23
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 24
[8] an oligonucleotide that specifically hybridizes under stringent conditions with DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 1 to 24;
[9] an oligonucleotide comprising the base sequence of any one of SEQ ID NOs: 25 to 72,
[10] At least one set selected from the group consisting of (i) to (v) below;
(I) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 26,
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 27 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 28;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 29, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 30;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 32;
(Ii) a set comprising at least three selected from the following sets (1) to (5) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 33 and a base set forth in SEQ ID NO: 34 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 36;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 37, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 38;
(4) a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 39 and oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 40;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 41 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 42;
(Iii) a set comprising at least four selected from the following sets (1) to (5) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 43 and a base set forth in SEQ ID NO: 44 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 45 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 46;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 47 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 48;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 49 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 50;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 51 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 52;
(Iv) A set comprising at least three selected from the following sets (1) to (6) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 53 and a base set forth in SEQ ID NO: 54 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 55 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 56;
(3) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 57 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 58;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 59 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 60;
(5) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 61 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 62;
(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 63 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 64;
(V) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 65, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 66;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 67 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 68;
(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 69 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 70;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 71 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 72;
[11] A salmonella serotyping kit containing the oligonucleotide according to [8] or [9],
[12] A Salmonella serotype determination kit containing the set according to [10],
[13] Salmonella Typhimurium, Salmonella Choleraesuis, Salmonella Enteritidis, Salmonella Dublin, and Salmonella Gallinarum selected from the group consisting of (i) to (v) below, using as a template the genomic DNA of any Salmonella selected from the group consisting of PCR products amplified by PCR using at least one set as a primer set;
(I) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 26,
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 27 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 28;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 29, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 30;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 32;
(Ii) a set comprising at least three selected from the following sets (1) to (5) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 33 and a base set forth in SEQ ID NO: 34 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 36;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 37, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 38;
(4) a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 39 and oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 40;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 41 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 42;
(Iii) a set comprising at least four selected from the following sets (1) to (5) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 43 and a base set forth in SEQ ID NO: 44 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 45 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 46;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 47 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 48;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 49 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 50;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 51 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 52;
(Iv) A set comprising at least three selected from the following sets (1) to (6) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 53 and a base set forth in SEQ ID NO: 54 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 55 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 56;
(3) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 57 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 58;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 59 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 60;
(5) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 61 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 62;
(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 63 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 64;
(V) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 65, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 66;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 67 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 68;
(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 69 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 70;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 71 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 72;
[14] an oligonucleotide that specifically hybridizes under stringent conditions with DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 99 to 111;
[15] an oligonucleotide comprising the base sequence according to any one of SEQ ID NOs: 73 to 98,
[16] At least one set selected from the group consisting of (1) to (13) below;
(1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 74;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 75 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 76;
(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 77 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 78;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 79 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 80;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 81 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 82;
(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 83, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 84;
(7) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 85 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 86;
(8) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 87 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 88;
(9) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 89 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 90;
(10) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 91 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 92;
(11) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 93 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 94;
(12) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 95 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 96;
(13) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 97 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 98;
[17] A Salmonella serotyping kit containing the oligonucleotide according to [15],
[18] A Salmonella serotyping kit comprising the set according to [16],
[19] selected from a group consisting of Salmonella Typhimurium, Salmonella Choleraesuis, Salmonella Enteritidis, Salmonella Dublin, and Salmonella Gallinarum selected from the group consisting of any of the following (1) to (13) PCR products amplified by PCR using at least one set as a primer set;
(1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 74;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 75 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 76;
(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 77 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 78;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 79 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 80;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 81 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 82;
(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 83, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 84;
(7) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 85 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 86;
(8) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 87 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 88;
(9) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 89 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 90;
(10) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 91 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 92;
(11) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 93 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 94;
(12) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 95 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 96;
(13) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 97 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 98;
[20] A method for determining whether or not the serotype of Salmonella is Choleraesuis, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 100 to 102, and (c) salmonella serum when an amplification product of DNA is obtained in step (b) A process whose type is shown to be Choleraesuis,
[21] A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Enteritidis, including the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 103 to 105, and (c) salmonella serum when a DNA amplification product is obtained in step (b) A process whose type is shown to be Enteritidis,
[22] A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Dublin, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 106 to 108, and (c) a salmonella serum when an amplification product of DNA is obtained in step (b) A process whose type is shown to be Dublin,
[23] A method for determining whether or not Salmonella serotype is Dublin, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying DNA containing all or part of the base sequence described in SEQ ID NOs: 109 to 111, and (c) a salmonella serum when an amplification product of DNA is obtained in step (b) A process whose type is shown to be Dublin.

本発明により、血清型特異的遺伝子の多重検出によるサルモネラ血清型の迅速同定法が開発された。従来、サルモネラの血清型特定には２週間程度の時間を要していたため、血清型が特定される前に検査対象である飼料や食肉が消費されてしまう危険性があった。本発明を利用することにより、サルモネラの血清型特定に要する時間を１週間以上短縮することが可能であるため、このような危険性を回避することが可能である。   According to the present invention, a rapid identification method of Salmonella serotype by multiplex detection of serotype-specific genes has been developed. Conventionally, since it took about two weeks to identify Salmonella serotypes, there was a risk that the feed and meat to be examined were consumed before the serotypes were identified. By utilizing the present invention, it is possible to reduce the time required for Salmonella serotype identification by one week or more, and thus it is possible to avoid such a risk.

本発明者は、サルモネラ主要血清型に特異的な遺伝子をin silicoで網羅的に抽出したところ、特定のサルモネラの血清型に特異的な遺伝子領域が存在すること、及び、該遺伝子領域を指標とすることにより、サルモネラの血清型の判別を行えることを見出した。本発明はこのような知見に基づくものであり、下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型を判別する方法を提供する。
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程
（ｂ）下記（Ａ）から（Ｅ）からなる群より選択される少なくとも１つに記載のDNAを増幅する工程
（ｃ）工程（ｂ）において
下記（Ａ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がTyphimuriumであると示され、
下記（Ｂ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がCholeraesuisであると示され、
下記（Ｃ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がEnteritidisであると示され、
下記（Ｄ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がDublinであると示され、
下記（Ｅ）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合にサルモネラの血清型がGallinarumであると示される工程
ここで（Ａ）から（Ｅ）は以下の通りである。
（Ａ）下記（１）〜（４）に記載のDNA
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｂ）下記（１）〜（５）に記載のDNAのうち少なくとも３つのDNA
（１）配列番号：５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｃ）下記（１）〜（５）に記載のDNAのうち少なくとも４つのDNA
（１）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｄ）下記（１）〜（６）に記載のDNAのうち少なくとも３つのDNA
（１）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（６）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（Ｅ）下記（１）〜（４）に記載のDNA
（１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA The inventor exhaustively extracted in silico genes specific to Salmonella major serotypes, and found that there is a gene region specific to a specific Salmonella serotype, and using the gene region as an index. By doing so, it was found that the serotype of Salmonella can be determined. The present invention is based on such knowledge, and provides a method for discriminating the serotype of Salmonella, including the following steps (a) to (c).
(A) Step of extracting genomic DNA from Salmonella (b) Step of amplifying DNA according to at least one selected from the group consisting of (A) to (E) below (c) When the amplification product of the DNA described in A) is obtained, it is indicated that the Salmonella serotype is Typhimurium,
When the DNA amplification product described in (B) below is obtained, the Salmonella serotype is shown to be Choleraesuis,
When the DNA amplification product described in (C) below is obtained, the Salmonella serotype is Enteritidis,
When the DNA amplification product described in (D) below is obtained, the Salmonella serotype is shown to be Dublin,
Steps in which Salmonella serotype is indicated as Gallinarum when amplification products of DNA described in (E) below are obtained. Here, (A) to (E) are as follows.
(A) DNA described in (1) to (4) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 1
(2) DNA containing all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 2
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 3
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 4
(B) At least three of the DNAs described in (1) to (5) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 5
(2) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 6
(3) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 7
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 8
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 9
(C) At least four of the DNAs described in (1) to (5) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 10
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 11
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 12
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 13
(5) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 14
(D) at least three of the DNAs described in (1) to (6) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 15
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 16
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 17
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 18
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 19
(6) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 20
(E) DNA described in (1) to (4) below
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 21
(2) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 22
(3) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 23
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 24

本発明の方法は、サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程を含む。DNAの抽出は、当業者においては公知の方法によって行なうことができる。例えば、フェノール・クロロホルム法または市販のゲノムDNA抽出キットを用いて行うことができる。   The method of the present invention includes a step of extracting genomic DNA from Salmonella. DNA extraction can be performed by those skilled in the art by a known method. For example, a phenol / chloroform method or a commercially available genomic DNA extraction kit can be used.

本発明の方法においては次いで、上記（Ａ）から（Ｅ）からなる群より選択される少なくとも１つに記載のDNAを増幅する。具体的には、まず、上記（Ａ）から（Ｅ）からなる群より選択される少なくとも１つに記載のDNAをPCRにより増幅するためのプライマーを設計する。当業者においては、鋳型となるDNAの配列情報に基づいて、適宜プライマーを設計することが可能である。例えば、プライマーの長さが20bp前後、Tm値が50〜60℃程度になることが好ましいが、これに制限されるものではない。プライマーの設計は例えば、Primer3 （Rozen and Skaletsky, 2000, In: Krawets and Misener （eds.） Bioinfomatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology, Totowa, NJ, USA: Humana Press, 365-386）によって行うことができるが、これに限定されない。   Next, in the method of the present invention, the DNA described in at least one selected from the group consisting of (A) to (E) is amplified. Specifically, first, a primer for amplifying the DNA described in at least one selected from the group consisting of (A) to (E) by PCR is designed. Those skilled in the art can appropriately design primers based on the sequence information of DNA serving as a template. For example, the primer length is preferably about 20 bp and the Tm value is about 50 to 60 ° C., but is not limited thereto. Primer design can be performed by, for example, Primer 3 (Rozen and Skaletsky, 2000, In: Krawets and Misener (eds.) Bioinfomatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology, Totowa, NJ, USA: Humana Press, 365-386) Yes, but not limited to this.

本発明のプライマーは、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAと特異的にハイブリダイズする。ここで「特異的に」ハイブリダイズするとは、通常のハイブリダイゼーション条件下、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下（例えば、サムブルックら,Molecular Cloning,Cold Spring Harbour Laboratory Press,New York,USA,第２版1989に記載の条件）において、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA以外のDNAとのクロスハイブリダイゼーションを有意に生じさせずにハイブリダイズすることを意味する。   The primer of the present invention specifically hybridizes with DNA containing all or part of the base sequences described in SEQ ID NOs: 1 to 24. Here, “specifically” hybridizes under normal hybridization conditions, preferably under stringent hybridization conditions (eg, Sambrook et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, In the second edition of 1989) means that hybridization occurs without causing significant cross-hybridization with DNA other than DNA containing all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NOs: 1 to 24 To do.

ハイブリダイゼーションの条件は、当業者であれば適宜選択することができる。ハイブリダイゼーションの条件としては、例えば、低ストリンジェントな条件が挙げられる。低ストリンジェントな条件とは、ハイブリダイゼーション後の洗浄において、例えば42℃、0.1×SSC、0.1％SDSの条件であり、好ましくは50℃、0.1×SSC、0.1％SDSの条件である。より好ましいハイブリダイゼーションの条件としては、高ストリンジェントな条件が挙げられる。高ストリンジェントな条件とは、例えば65℃、5×SSC及び0.1％SDSの条件である。これらの条件において、温度を上げる程に、高い相同性を有するDNAを効率的に得ることができる。但し、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに影響する要素としては温度や塩濃度など複数の要素が考えられ、当業者であればこれら要素を適宜選択することで同様のストリンジェンシーを実現することが可能である。   Hybridization conditions can be appropriately selected by those skilled in the art. Examples of hybridization conditions include low stringency conditions. Low stringent conditions are, for example, conditions of 42 ° C., 0.1 × SSC, and 0.1% SDS, and preferably 50 ° C., 0.1 × SSC, and 0.1% SDS in washing after hybridization. More preferable hybridization conditions include highly stringent conditions. Highly stringent conditions are, for example, conditions of 65 ° C., 5 × SSC and 0.1% SDS. Under these conditions, DNA having high homology can be efficiently obtained as the temperature is increased. However, a plurality of factors such as temperature and salt concentration can be considered as factors affecting the stringency of hybridization, and those skilled in the art can realize the same stringency by appropriately selecting these factors. .

本発明のプライマーは、好ましくは、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAに相補的な、連続する少なくとも15塩基、より好ましくは連続する少なくとも20塩基を含むオリゴヌクレオチドである。PCRにおいて、上記配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅する場合には、通常、上記配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを挟み込むように設定されたオリゴヌクレオチドのペア（プライマーセット）が用いられる。より具体的には、以下のプライマーセットをサルモネラの血清型に特異的な遺伝子領域を増幅するためのプライマーセットとして用いることができるが、これらに限定されない。   The primer of the present invention is preferably an oligo complementary to DNA comprising all or part of the nucleotide sequences set forth in SEQ ID NOs: 1 to 24 and comprising at least 15 consecutive bases, more preferably at least 20 consecutive bases. It is a nucleotide. In PCR, when a DNA containing all or part of the base sequences described in SEQ ID NOs: 1 to 24 is amplified, usually all or part of the base sequences described in SEQ ID NOs: 1 to 24 are used. A pair of oligonucleotides (primer set) set to sandwich the contained DNA is used. More specifically, the following primer set can be used as a primer set for amplifying a gene region specific to Salmonella serotype, but is not limited thereto.

配列番号：１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：３３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：３４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：３５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：３６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：３７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：３８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：３９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：４０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：４１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：４２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：４３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：４４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：４５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：４６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：４７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：４８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：４９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：５０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：５１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：５２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：５３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：５４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：５５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：５６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：５７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：５８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：５９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：６０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：６１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：６２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：２０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：６３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：６４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：２１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：６５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：６６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：２２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：６７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：６８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：２３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：６９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：７０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：７１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：７２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 1, an oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 25, and a base set forth in SEQ ID NO: 26 Set of oligonucleotide containing sequence (reverse primer) As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 2, oligonucleotide containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 (forward primer) ), And a set of oligonucleotides (reverse primers) comprising the base sequence described in SEQ ID NO: 28. As a primer set for DNA amplification comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 3, Oligonucleotide (forward primer) containing the described base sequence and sequence A set of oligonucleotides (reverse primers) containing the base sequence described in No. 30: As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 4, the base sequence described in SEQ ID NO: 31 A set of oligonucleotides containing DNA (forward primer) and a set of oligonucleotides (reverse primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 32 DNA primer set containing all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 5 As a set of oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 33 and oligonucleotide (reverse primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 34 of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 6 As a primer set for DNA amplification including all or part, SEQ ID NO: A set of oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence described in 35 and oligonucleotide (reverse primer) containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 36. All or part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 7 As a DNA amplification primer set to be included, an oligonucleotide (forward primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 37 and an oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 38 (reverse primer) SEQ ID NO: 8 As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence described in (4), an oligonucleotide containing the base sequence described in SEQ ID NO: 39 (forward primer) and an oligo containing the base sequence described in SEQ ID NO: 40 Set of nucleotides (reverse primer) SEQ ID NO: As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence described in (4), an oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 and an oligo containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 42 Set of nucleotides (reverse primer) As a primer set for DNA amplification including all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 10, an oligonucleotide (forward primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 43, and a sequence A set of oligonucleotides (reverse primers) comprising the base sequence described in No. 44: As a primer set for DNA amplification comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID No. 11, the base sequence described in SEQ ID No. 45 Containing oligonucleotide (forward primer) and SEQ ID NO: 4 A set of oligonucleotides (reverse primer) comprising the base sequence described in 6 includes a base sequence described in SEQ ID NO: 47 as a primer set for DNA amplification including all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 12. Set of oligonucleotide (forward primer) and oligonucleotide (reverse primer) comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 48 As a primer set for DNA amplification comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 13 A set of an oligonucleotide (forward primer) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 49 and an oligonucleotide (reverse primer) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 50 or all of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 14 As a primer set for DNA amplification including a part, SEQ ID NO: A set of oligonucleotide (forward primer) comprising the base sequence described in 1 and oligonucleotide (reverse primer) comprising the base sequence described in SEQ ID NO: 52 All or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 15 As a DNA amplification primer set to be included, an oligonucleotide (forward primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 53 and an oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 54 (reverse primer) SEQ ID NO: 16 As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence described in (5), an oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 55 and an oligo containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 56 Set of nucleotides (reverse primer) : As a primer set for DNA amplification including all or part of the base sequence described in 17, the oligonucleotide (forward primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 57, and the base sequence described in SEQ ID NO: 58 A set of oligonucleotides (reverse primer) comprising as a primer set for DNA amplification comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 18, an oligonucleotide (forward primer) comprising the base sequence described in SEQ ID NO: 59, And a set of oligonucleotides (reverse primers) comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 60 As a primer set for DNA amplification comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 19, described in SEQ ID NO: 61 Oligonucleotide containing nucleotide sequence (forward primer) and sequence number : Set of oligonucleotide (reverse primer) containing the base sequence described in 62: As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 20, the base sequence described in SEQ ID NO: 63 A set of oligonucleotides (forward primer) containing, and a set of oligonucleotides (reverse primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 64 As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 21 , A set of an oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 65 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 66 (reverse primer) All of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 22 Alternatively, as a primer set for DNA amplification including a part, the sequence No .: Set of oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence described in 67 and oligonucleotide (reverse primer) containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 68 All or one of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 As a primer set for DNA amplification including a portion, a set of an oligonucleotide (forward primer) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 69 and an oligonucleotide (reverse primer) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 70 : As a primer set for DNA amplification including all or part of the base sequence described in 24, an oligonucleotide (forward primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 71, and the base sequence described in SEQ ID NO: 72 Set of oligonucleotides (reverse primers)

なお配列番号：１に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：９９に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：５に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１００に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：７に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０１に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：９に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０２に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：１５に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０３に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：１８に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０４に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：１９に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０５に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：１１に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０６に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：１２に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０７に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：１４に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０８に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：２１に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１０９に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：２２に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１１０に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。
配列番号：２４に記載の塩基配列の一部を含むDNAとして配列番号：１１１に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられる。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 1 include the DNA containing the base sequence described in SEQ ID NO: 99.
Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 include DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 100.
Examples of DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 7 include DNA containing the base sequence described in SEQ ID NO: 101.
Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 include DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 102.
Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 include the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 103.
Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 18 include the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 104.
Examples of DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 19 include DNA containing the base sequence described in SEQ ID NO: 105.
Examples of DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 11 include DNA containing the base sequence described in SEQ ID NO: 106.
Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 12 include the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 107.
Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 14 include DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 108.
Examples of DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 21 include DNA containing the base sequence described in SEQ ID NO: 109.
Examples of DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 22 include DNA containing the base sequence described in SEQ ID NO: 110.
Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24 include DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 111.

これらのサルモネラの血清型に特異的な遺伝子領域を増幅するためのプライマーセットとして以下のセットを用いることができるが、これらに限定されない。
配列番号：９９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１００に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：７５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：７６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：７７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：７８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：７９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：８０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：８１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：８２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：８３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：８４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：８５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：８６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：８７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：８８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：８９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：９０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：９１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：９２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１０９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：９３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：９４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１１０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：９５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：９６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
配列番号：１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA増幅用プライマーセットとして、配列番号：９７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー）、及び配列番号：９８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット
また本発明には、配列番号：９９〜１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAに相補的な、連続する少なくとも15塩基、より好ましくは連続する少なくとも20塩基を含むプライマーも含まれる。 The following sets can be used as primer sets for amplifying gene regions specific to these Salmonella serotypes, but are not limited thereto.
As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 99, an oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and the base set forth in SEQ ID NO: 74 Set of oligonucleotide containing sequence (reverse primer) As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 100, oligonucleotide containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 75 (forward primer) ) And a set of oligonucleotides (reverse primers) comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 76 As a primer set for DNA amplification comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 77 Oligonucleotides containing the described base sequences (forward primers) And a set of oligonucleotides (reverse primers) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 78. As a primer set for DNA amplification comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 102, the set forth in SEQ ID NO: 79 A set of oligonucleotide containing the nucleotide sequence (forward primer) and oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 80 (reverse primer) For DNA amplification containing all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 103 As a primer set, an oligonucleotide (forward primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 81 and an oligonucleotide (reverse primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 82: The base set forth in SEQ ID NO: 104 Primer for DNA amplification containing all or part of the sequence A set of oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 83 and oligonucleotide (reverse primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 84 As a primer set for DNA amplification containing all or part of the sequence, an oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 85 (forward primer) and an oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 86 (reverse primer) ) Set of DNA amplification primer sets comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 106, oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 87 (forward primer), and SEQ ID NO: 88 Oligonucleotide containing the nucleotide sequence described (reverse Limer) set As a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 107, an oligonucleotide (forward primer) containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 89, and SEQ ID NO: 90 A set of oligonucleotides (reverse primer) containing the base sequence described in SEQ ID NO: 108 as a primer set for DNA amplification containing all or part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 108 A set of nucleotides (forward primer) and an oligonucleotide (reverse primer) comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 92 as a DNA amplification primer set comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 109 No. 93: oligonucleotide containing the nucleotide sequence described in No. 93 Forward primer) and an oligonucleotide (reverse primer) set comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 94 SEQ ID NO: as a DNA amplification primer set comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 110 : A set of oligonucleotide (forward primer) including the base sequence described in 95 and oligonucleotide (reverse primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 96 All or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 111 As a primer set for DNA amplification containing, a set of an oligonucleotide (forward primer) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 97 and an oligonucleotide (reverse primer) comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 98 Includes the bases described in SEQ ID NOs: 99 to 111 Column DNA comprising all or part complementary of at least 15 consecutive bases, also includes the primer more preferably containing at least 20 consecutive bases.

本発明のプライマーは、配列番号：１〜２４、９９〜１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅しうる限り、該DNA領域に完全に相補的である必要はない。例えば、5'末端側に数ベース程度の他の塩基への置換変異を有する、もしくは5'末端側に任意の塩基が付加されたオリゴヌクレオチドであっても、本発明のプライマーとして利用することが可能である。   The primer of the present invention does not need to be completely complementary to the DNA region as long as it can amplify a DNA containing all or part of the base sequences described in SEQ ID NOs: 1 to 24 and 99 to 111. For example, even an oligonucleotide having a substitution mutation of about several bases on the 5 ′ end side or an arbitrary base added to the 5 ′ end side can be used as the primer of the present invention. Is possible.

本発明のプライマーは、さらに修飾することができる。たとえば、蛍光物質や、ビオチンまたはジゴキシンのような結合親和性物質で標識したプライマーも本発明の方法に使用することができる。   The primer of the present invention can be further modified. For example, a fluorescent substance or a primer labeled with a binding affinity substance such as biotin or digoxin can also be used in the method of the present invention.

設計されたプライマーは、その塩基配列情報に従って化学的に合成することができる。任意の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを合成する方法が公知である。たとえば、オリゴヌクレオチドは、DNA合成装置（DNA synthesizer）によって合成することができる。具体的には、現在、ホスホロアミダイト法やホスホン酸エステル法などの原理に基づく、DNA合成装置が実用化されている。これらのDNA合成装置は、与えられた塩基配列にしたがって、固相上に、ヌクレオチドモノマーをひとつずつ化学的に連結する。全ての反応工程は自動化されていて、目的とする塩基配列情報を入力することで合成が開始される。したがって、このようなDNA合成装置に対して、設計したプライマーの塩基配列を与えることによって、目的とするDNAを合成することができる。   The designed primer can be chemically synthesized according to the base sequence information. Methods for synthesizing oligonucleotides having an arbitrary base sequence are known. For example, the oligonucleotide can be synthesized by a DNA synthesizer. Specifically, DNA synthesizers based on principles such as the phosphoramidite method and the phosphonate method are now in practical use. These DNA synthesizers chemically link nucleotide monomers one by one on a solid phase according to a given base sequence. All reaction steps are automated, and synthesis is started by inputting target base sequence information. Therefore, the target DNA can be synthesized by giving the designed primer base sequence to such a DNA synthesizer.

次いで、サルモネラより抽出されたゲノムDNAを鋳型とし、合成したプライマーセットを用いてPCRを行う。PCR法としては、例えば、タッチダウンPCR法（Sato et al., 2005, DNA Res. 12, 301-364）、リアルタイムPCR法等が挙げられるが、これらに限定されるものではなく、当業者においては、その反応条件等について実験または経験によって最適な条件を適宜選択して実施することが可能である。通常、PCRは、反応液および耐熱性ポリメラーゼを含む市販の試薬キット（rTaq, ExTaq, Takara; BIOTAQ, BIOLINEなど）、および市販のPCR装置（GeneAmp（登録商標） PCR System 9700, ABIなど）等を利用して、簡便に実施することができる。   Next, PCR is performed using the synthesized primer set using genomic DNA extracted from Salmonella as a template. Examples of the PCR method include a touchdown PCR method (Sato et al., 2005, DNA Res. 12, 301-364), a real-time PCR method, and the like. It is possible to carry out by appropriately selecting optimum conditions for the reaction conditions and the like based on experiments or experience. Usually, PCR is performed using a commercially available reagent kit (rTaq, ExTaq, Takara; BIOTAQ, BIOLINE, etc.) containing a reaction solution and a thermostable polymerase, and a commercially available PCR device (GeneAmp (registered trademark) PCR System 9700, ABI, etc.). It can be carried out simply by using.

本発明において、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の一部を含むDNAは特に制限されないが、例えば少なくとも５０塩基以上、少なくとも１００塩基以上、少なくとも５００塩基以上、少なくとも１０００塩基以上、少なくとも５０００塩基以上の塩基を含むDNAが挙げられる。特に判定の容易さから、450から550の塩基を含むDNAが好ましい。450から550の塩基を含むDNAとしては例えば、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、又は550の塩基を含むDNAが挙げられるがこれらに限定されない。また50から350塩基を含むDNAが好ましい。このようなDNAの具体例として配列番号：99〜111に記載の塩基配列を含むDNAが挙げられるがこれらに限定されない。本発明の配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の一部を含むDNAには、ORF領域を含むDNA、非ORF領域を含むDNA、並びに、ORF領域及び非ORF領域を含むDNAが含まれる。
なお本発明の技術分野が属する比較ゲノム解析の分野では、ゲノムDNAを骨格配列と挿入配列に大別することができる。骨格配列とは主に微生物が生存するために必須の遺伝子群を含む領域で、近縁微生物種が共通に保有する配列である。挿入配列とはファージやトランスポゾンといった外来性の遺伝子に由来する配列であり、進化の過程の比較的新しい時期にゲノムに取り込まれたものと考えられる。挿入配列は一群の遺伝子が微生物ゲノム中に同時に取り込まれた可能性が高い。従って、挿入配列中の遺伝子がサルモネラの血清型に特異的な遺伝子である場合、同じ挿入配列中の他の遺伝子も血清型に特異的な遺伝子である可能性が高い。即ち本発明においては、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列のいかなる部分配列もサルモネラの血清型に特異的な遺伝子と考えられる。 In the present invention, the DNA comprising a part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 1 to 24 is not particularly limited, but for example, at least 50 bases or more, at least 100 bases or more, at least 500 bases or more, at least 1000 bases or more, at least 5000. Examples thereof include DNA containing bases of more than bases. In particular, DNA containing 450 to 550 bases is preferable because of easy determination. Examples of DNA containing 450 to 550 bases include, but are not limited to, DNA containing 450, 460, 470, 480, 490, 500, 510, 520, 530, 540, or 550 bases. A DNA containing 50 to 350 bases is preferred. Specific examples of such DNA include, but are not limited to, DNAs containing the base sequences set forth in SEQ ID NOs: 99 to 111. The DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NOs: 1 to 24 of the present invention includes DNA containing an ORF region, DNA containing a non-ORF region, and DNA containing an ORF region and a non-ORF region. .
In the field of comparative genome analysis to which the technical field of the present invention belongs, genomic DNA can be roughly divided into a skeleton sequence and an insertion sequence. A skeletal sequence is a region mainly containing a group of genes essential for the survival of microorganisms, and is a sequence commonly held by closely related microorganism species. An inserted sequence is a sequence derived from an exogenous gene such as a phage or transposon, and is considered to have been incorporated into the genome at a relatively new stage of the evolution process. The inserted sequence is likely to have a group of genes incorporated into the microbial genome at the same time. Therefore, when the gene in the inserted sequence is a gene specific to the serotype of Salmonella, the other genes in the same inserted sequence are likely to be genes specific to the serotype. That is, in the present invention, any partial sequence of the nucleotide sequences set forth in SEQ ID NOs: 1 to 24 is considered to be a gene specific for Salmonella serotype.

配列番号：１に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：９９に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
ST0280（STM0289）: 329873-332062（配列番号：１に記載の塩基配列において、1番目〜2190番目の塩基からなる配列）
ST0281（STM0290）: 332086-332532（配列番号：１に記載の塩基配列において、2214番目〜2660番目の塩基からなる配列）
ST0282（STM0291）: 332551-336645（配列番号：１に記載の塩基配列において、2679番目〜6773番目の塩基からなる配列）
ST0283（STM0292）: 337095-337835（配列番号：１に記載の塩基配列において、7223番目〜7963番目の塩基からなる配列）
ST0284（STM0293）: 337829-338275（配列番号：１に記載の塩基配列において、7957番目〜8403番目の塩基からなる配列）
ST0285（STM0294）: 338838-339275（配列番号：１に記載の塩基配列において、8966番目〜9403番目の塩基からなる配列）
ST0286（STM0294.1N）: 339603-339328（配列番号：１に記載の塩基配列において、9456番目〜9731番目の塩基からなる配列）
＊カッコ内のSTMで始まる文言はNC_003197（Typhimurium）におけるlocus tagを示す。
＊ST0283とST0284にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 99. However, it is not limited to these.
ST0280 (STM0289): 329873-332062 (sequence consisting of the 1st to 2190th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
ST0281 (STM0290): 332086-332532 (sequence consisting of bases 2214 to 2660 in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
ST0282 (STM0291): 332551-336645 (sequence consisting of bases 2679 to 6773 in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
ST0283 (STM0292): 337095-337835 (sequence consisting of bases 7223 to 7963 in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
ST0284 (STM0293): 337829-338275 (sequence consisting of bases 7957 to 8403 in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
ST0285 (STM0294): 338838-339275 (sequence consisting of bases 8966 to 9403 in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
ST0286 (STM0294.1N): 339603-339328 (sequence consisting of bases 9456 to 9731 in the base sequence described in SEQ ID NO: 1)
* Words beginning with STM in parentheses indicate the locus tag in NC_003197 (Typhimurium).
* ST0283 and ST0284 have overlap.

配列番号：２に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
ST0551（STM0571）: 629330-632059（配列番号：２に記載の塩基配列において、1番目〜2730番目の塩基からなる配列）
ST0552（STM0572）: 633173-632187（配列番号：２に記載の塩基配列において、2858番目〜3844番目の塩基からなる配列）
ST0553（STM0573）: 634283-633240（配列番号：２に記載の塩基配列において、3911番目〜4954番目の塩基からなる配列）
ST0554（STM0574）: 635170-634316（配列番号：２に記載の塩基配列において、4987番目〜5841番目の塩基からなる配列）
ST0555（STM0575）: 635916-635173（配列番号：２に記載の塩基配列において、5844番目〜6587番目の塩基からなる配列）
ST0556（STM0576）: 636401-635931（配列番号：２に記載の塩基配列において、6602番目〜7072番目の塩基からなる配列）
ST0557（STM0577）: 636828-636379（配列番号：２に記載の塩基配列において、7050番目〜7499番目の塩基からなる配列）
＊カッコ内のSTMで始まる文言はNC_003197（Typhimurium）におけるlocus tagを示す。
＊ST0556とST0557にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 2 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
ST0551 (STM0571): 629330-632059 (sequence consisting of the 1st to 2730th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
ST0552 (STM0572): 633173-632187 (sequence consisting of bases 2858 to 3844 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
ST0553 (STM0573): 634283-633240 (sequence consisting of bases 3911 to 4954 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
ST0554 (STM0574): 635170-634316 (sequence consisting of bases 4987 to 5841 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
ST0555 (STM0575): 635916-635173 (sequence consisting of bases 5844 to 6587 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
ST0556 (STM0576): 636401-635931 (sequence consisting of bases 6602 to 7072 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
ST0557 (STM0577): 636828-636379 (sequence consisting of bases 7050 to 7499 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2)
* Words beginning with STM in parentheses indicate the locus tag in NC_003197 (Typhimurium).
* ST0556 and ST0557 have overlap.

配列番号：３に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
ST3627（STM3752）: 3949331-3948987（配列番号：３に記載の塩基配列において、1番目〜345番目の塩基からなる配列）
ST3628（STM3753）: 3950009-3951199（配列番号：３に記載の塩基配列において、1023番目〜2213番目の塩基からなる配列）
ST3629（STM3754）: 3951196-3951546（配列番号：３に記載の塩基配列において、2210番目〜2560番目の塩基からなる配列）
ST3630（STM3755）: 3951733-3952770（配列番号：３に記載の塩基配列において、2747番目〜3784番目の塩基からなる配列）
＊カッコ内のSTMで始まる文言はNC_003197（Typhimurium）におけるlocus tagを示す。
＊ST3628とST3629にはオーバーラップ有り。 Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
ST3627 (STM3752): 3949331-3948987 (sequence consisting of the 1st to 345th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 3)
ST3628 (STM3753): 3950009-3951199 (sequence consisting of bases 1023 to 2213 in the base sequence described in SEQ ID NO: 3)
ST3629 (STM3754): 3951196-3951546 (sequence consisting of bases 2210 to 2560 in the base sequence described in SEQ ID NO: 3)
ST3630 (STM3755): 3951733-3952770 (sequence consisting of bases 2747 to 3784 in the base sequence described in SEQ ID NO: 3)
* Words beginning with STM in parentheses indicate the locus tag in NC_003197 (Typhimurium).
* ST3628 and ST3629 have overlap.

配列番号：４に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
ST4250（STM4416）: 4656671-4658050（配列番号：４に記載の塩基配列において、1番目〜1380番目の塩基からなる配列）
ST4251（STM4417）: 4658541-4659374（配列番号：４に記載の塩基配列において、1871番目〜2704番目の塩基からなる配列）
ST4252（STM4418）: 4660858-4659425（配列番号：４に記載の塩基配列において、2755番目〜4188番目の塩基からなる配列）
ST4253（STM4419）: 4661317-4662753（配列番号：４に記載の塩基配列において、4647番目〜6083番目の塩基からなる配列）
ST4254（STM4420）: 4663915-4663106（配列番号：４に記載の塩基配列において、6436番目〜7245番目の塩基からなる配列）
ST4255（STM4421）: 4665445-4663940（配列番号：４に記載の塩基配列において、7270番目〜8775番目の塩基からなる配列）
ST4256（STM4423）: 4665886-4666710（配列番号：４に記載の塩基配列において、9216番目〜10040番目の塩基からなる配列）
ST4257（STM4424.S）: 4666985-4667890（配列番号：４に記載の塩基配列において、10315番目〜11220番目の塩基からなる配列）
ST4258（STM4425）: 4667909-4668919（配列番号：４に記載の塩基配列において、11239番目〜12249番目の塩基からなる配列）
ST4259（STM4426）: 4669016-4670359（配列番号：４に記載の塩基配列において、12346番目〜13689番目の塩基からなる配列）
ST4260（STM4427）: 4670360-4671193（配列番号：４に記載の塩基配列において、13690番目〜14523番目の塩基からなる配列）
ST4261（STM4428）: 4672356-4671190（配列番号：４に記載の塩基配列において、14520番目〜15686番目の塩基からなる配列）
ST4262（STM4433）: 4676890-4677912（配列番号：４に記載の塩基配列において、20220番目〜21242番目の塩基からなる配列）
ST4263（STM4434）: 4677985-4679211（配列番号：４に記載の塩基配列において、21315番目〜22541番目の塩基からなる配列）
ST4264（STM4435）: 4679372-4680187（配列番号：４に記載の塩基配列において、22702番目〜23517番目の塩基からなる配列）
ST4265（STM4436）: 4680240-4681124（配列番号：４に記載の塩基配列において、23570番目〜24454番目の塩基からなる配列）
＊カッコ内のSTMで始まる文言はNC_003197（Typhimurium）におけるlocus tagを示す。
＊ST4260とST4261にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 4 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
ST4250 (STM4416): 4656671-4658050 (sequence consisting of the 1st to 1380th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4251 (STM4417): 4658541-4659374 (sequence consisting of bases 1871 to 2704 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4252 (STM4418): 4660858-4659425 (sequence consisting of bases 2755 to 4188 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4253 (STM4419): 4661317-4662753 (sequence consisting of bases 4647 to 6083 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4254 (STM4420): 4663915-4663106 (sequence consisting of bases 6436 to 7245 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4255 (STM4421): 4665445-4663940 (sequence consisting of the 7270th to 8775th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4256 (STM4423): 4665886-4666710 (sequence consisting of the 9216th to 10040th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4257 (STM4424.S): 4666985-4667890 (sequence consisting of the 10315th to 11220th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4258 (STM4425): 4667909-4668919 (sequence consisting of the 11239th to 12249th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4259 (STM4426): 4669016-4670359 (sequence consisting of bases 12346 to 13689 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4260 (STM4427): 4670360-4671193 (sequence consisting of bases 13690 to 14523 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4261 (STM4428): 4672356-4671190 (sequence consisting of bases 14520 to 15686 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4262 (STM4433): 4676890-4677912 (sequence consisting of bases 20220 to 21242 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4263 (STM4434): 4677985-4679211 (sequence consisting of bases 21315 to 22541 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4264 (STM4435): 4679372-4680187 (sequence consisting of bases 22702 to 23517 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
ST4265 (STM4436): 4680240-4681124 (sequence consisting of bases 23570 to 24454 in the base sequence described in SEQ ID NO: 4)
* Words beginning with STM in parentheses indicate the locus tag in NC_003197 (Typhimurium).
* ST4260 and ST4261 have overlap.

配列番号：５に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１００に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SC0970: 1090512-1090718（配列番号：５に記載の塩基配列において、1番目〜207番目の塩基からなる配列）
SC0971: 1091683-1090751（配列番号：５に記載の塩基配列において、240番目〜1172番目の塩基からなる配列）
SC0972: 1092153-1091680（配列番号：５に記載の塩基配列において、1169番目〜1642番目の塩基からなる配列）
SC0973: 1092771-1092304（配列番号：５に記載の塩基配列において、1793番目〜2260番目の塩基からなる配列）
SC0974: 1092942-1093352（配列番号：５に記載の塩基配列において、2431番目〜2841番目の塩基からなる配列）
SC0975: 1093444-1094280（配列番号：５に記載の塩基配列において、2933番目〜3769番目の塩基からなる配列）
SC0976: 1094277-1094972（配列番号：５に記載の塩基配列において、3766番目〜4461番目の塩基からなる配列）
SC0977: 1094986-1095783（配列番号：５に記載の塩基配列において、4475番目〜5272番目の塩基からなる配列）
SC0978: 1096303-1096542（配列番号：５に記載の塩基配列において、5792番目〜6031番目の塩基からなる配列）
＊SC0971とSC0972にはオーバーラップ有り。
＊SC0975とSC0976にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 100. However, it is not limited to these.
SC0970: 1090512-1090718 (sequence consisting of bases 1 to 207 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0971: 1091683-1090751 (sequence consisting of bases 240 to 1172 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0972: 1092153-1091680 (sequence consisting of bases 1169 to 1642 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0973: 1092771-1092304 (sequence consisting of bases 1793 to 2260 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0974: 1092942-1093352 (sequence consisting of bases 2431 to 2841 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0975: 1093444-1094280 (sequence consisting of bases 2933 to 3769 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0976: 1094277-1094972 (sequence consisting of bases 3766 to 4461 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0977: 1094986-1095783 (sequence consisting of bases 4475 to 5272 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
SC0978: 1096303-1096542 (sequence consisting of bases 5792 to 6031 in the base sequence described in SEQ ID NO: 5)
* SC0971 and SC0972 have overlap.
* SC0975 and SC0976 have overlap.

配列番号：６に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SC1238: 1348838-1348575（配列番号：６に記載の塩基配列において、1番目〜264番目の塩基からなる配列）
SC1239: 1348864-1349382（配列番号：６に記載の塩基配列において、290番目〜808番目の塩基からなる配列）
SC1240: 1350481-1350789（配列番号：６に記載の塩基配列において、1907番目〜2215番目の塩基からなる配列）
SC1241: 1351990-1350920（配列番号：６に記載の塩基配列において、2346番目〜3416番目の塩基からなる配列）
SC1242: 1351955-1352248（配列番号：６に記載の塩基配列において、3381番目〜3674番目の塩基からなる配列）
SC1243: 1354673-1352985（配列番号：６に記載の塩基配列において、4411番目〜6099番目の塩基からなる配列）
SC1244: 1355857-1354892（配列番号：６に記載の塩基配列において、6318番目〜7283番目の塩基からなる配列）
SC1245: 1355902-1356051（配列番号：６に記載の塩基配列において、7328番目〜7477番目の塩基からなる配列）
SC1246: 1356958-1356605（配列番号：６に記載の塩基配列において、8031番目〜8384番目の塩基からなる配列）
SC1247: 1357089-1357265（配列番号：６に記載の塩基配列において、8515番目〜8691番目の塩基からなる配列）
＊SC1241とSC1242にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 6 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SC1238: 1348838-1348575 (sequence consisting of bases 1 to 264 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1239: 1348864-1349382 (sequence consisting of bases 290 to 808 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1240: 1350481-1350789 (sequence consisting of bases 1907 to 2215 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1241: 1351990-1350920 (sequence consisting of bases 2346 to 3416 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1242: 1351955-1352248 (sequence consisting of bases 3381 to 3574 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1243: 1354673-1352985 (sequence consisting of bases 4411 to 6099 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1244: 1355857-1354892 (sequence consisting of bases 6318 to 7283 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1245: 1355902-1356051 (sequence consisting of the 7328th to 7477th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1246: 1356958-1356605 (sequence consisting of bases 8031 to 8384 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
SC1247: 1357089-1357265 (sequence consisting of bases 8515 to 8691 in the base sequence described in SEQ ID NO: 6)
* SC1241 and SC1242 have overlap.

配列番号：７に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０１に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SC2137: 2242043-2242762（配列番号：７に記載の塩基配列において、1番目〜720番目の塩基からなる配列）
SC2138: 2243636-2242893（配列番号：７に記載の塩基配列において、851番目〜1594番目の塩基からなる配列）
SC2139: 2243874-2243740（配列番号：７に記載の塩基配列において、1698番目〜1832番目の塩基からなる配列）
SC2140: 2244460-2244086（配列番号：７に記載の塩基配列において、2044番目〜2418番目の塩基からなる配列）
SC2141: 2245155-2244778（配列番号：７に記載の塩基配列において、2736番目〜3113番目の塩基からなる配列）
SC2142: 2245956-2245567（配列番号：７に記載の塩基配列において、3525番目〜3914番目の塩基からなる配列）
SC2143: 2247252-2247494（配列番号：７に記載の塩基配列において、5210番目〜5452番目の塩基からなる配列）
SC2144: 2248246-2247881（配列番号：７に記載の塩基配列において、5839番目〜6204番目の塩基からなる配列）
SC2145: 2249085-2248348（配列番号：７に記載の塩基配列において、6306番目〜7043番目の塩基からなる配列）
SC2146: 2249646-2249113（配列番号：７に記載の塩基配列において、7071番目〜7604番目の塩基からなる配列）
SC2147: 2250691-2250248（配列番号：７に記載の塩基配列において、8206番目〜8649番目の塩基からなる配列）
SC2148: 2251657-2251238（配列番号：７に記載の塩基配列において、9196番目〜9615番目の塩基からなる配列）
SC2149: 2252255-2252091（配列番号：７に記載の塩基配列において、10049番目〜10213番目の塩基からなる配列）
SC2150: 2252930-2252313（配列番号：７に記載の塩基配列において、10271番目〜10888番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 7 include DNA containing the whole or a part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 101. However, it is not limited to these.
SC2137: 2242043-2242762 (sequence consisting of bases 1 to 720 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2138: 2243636-2242893 (sequence consisting of bases 851 to 1594 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2139: 2243874-2243740 (sequence consisting of bases 1698 to 1832 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2140: 2244460-2244086 (sequence consisting of bases 2044 to 2418 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2141: 2245155-2244778 (sequence consisting of the 2736th to 3113th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2142: 2245956-2245567 (sequence consisting of bases 3525 to 3914 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2143: 2247252-2247494 (sequence consisting of bases 5210 to 5452 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2144: 2248246-2247881 (sequence consisting of nucleotides 5839 to 6204 in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2145: 2249085-2248348 (sequence consisting of bases 6306 to 7043 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2146: 2249646-2249113 (sequence consisting of bases 7071 to 7604 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2147: 2250691-2250248 (sequence consisting of bases 8206 to 8649 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2148: 2251657-2251238 (sequence consisting of bases 9196 to 9615 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2149: 2252255-2252091 (sequence consisting of bases 10049 to 10213 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)
SC2150: 2252930-2252313 (sequence consisting of bases 10271 to 10888 in the base sequence described in SEQ ID NO: 7)

配列番号：８に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SC3523（SC3527）: 3725291-3724176（配列番号：８に記載の塩基配列において、1番目〜1116番目の塩基からなる配列）
SC3524（SC3528）: 3725428-3725264（配列番号：８に記載の塩基配列において、1089番目〜1253番目の塩基からなる配列）
SC3525（SC3529）: 3726424-3725471（配列番号：８に記載の塩基配列において、1296番目〜2249番目の塩基からなる配列）
SC3526（SC3530）: 3726653-3727534（配列番号：８に記載の塩基配列において、2478番目〜3359番目の塩基からなる配列）
SC3527（SC3531）: 3727648-3728466（配列番号：８に記載の塩基配列において、3473番目〜4291番目の塩基からなる配列）
＊カッコ内のSCで始まる文言はNC_006905におけるlocus tagを示す。
＊SC3523とSC3524にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 8 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SC3523 (SC3527): 3725291-3724176 (sequence consisting of the 1st to 1116th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 8)
SC3524 (SC3528): 3725428-3725264 (sequence consisting of bases 1089 to 1253 in the base sequence described in SEQ ID NO: 8)
SC3525 (SC3529): 3726424-3725471 (sequence consisting of bases 1296 to 2249 in the base sequence described in SEQ ID NO: 8)
SC3526 (SC3530): 3726653-3727534 (sequence consisting of bases 2478 to 3359 in the base sequence described in SEQ ID NO: 8)
SC3527 (SC3531): 3727648-3728466 (sequence consisting of bases 3473 to 4291 in the base sequence described in SEQ ID NO: 8)
* Words beginning with SC in parentheses indicate a locus tag in NC_006905.
* SC3523 and SC3524 have overlap.

配列番号：９に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０２に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SC4339（SC4343）: 4646619-4647488（配列番号：９に記載の塩基配列において、1番目〜870番目の塩基からなる配列）
SC4340（SC4344）: 4648534-4648704（配列番号：９に記載の塩基配列において、1916番目〜2086番目の塩基からなる配列）
SC4341（SC4345）: 4649364-4648993（配列番号：９に記載の塩基配列において、2375番目〜2746番目の塩基からなる配列）
SC4342（SC4346）: 4649947-4650324（配列番号：９に記載の塩基配列において、3329番目〜3706番目の塩基からなる配列）
SC4343（SC4347）: 4651313-4650642（配列番号：９に記載の塩基配列において、4024番目〜4695番目の塩基からなる配列）
SC4344（SC4348）: 4651851-4651600（配列番号：９に記載の塩基配列において、4982番目〜5233番目の塩基からなる配列）
SC4345（SC4349）: 4652868-4652038（配列番号：９に記載の塩基配列において、5420番目〜6250番目の塩基からなる配列）
SC4346（SC4350）: 4654170-4653805（配列番号：９に記載の塩基配列において、7187番目〜7552番目の塩基からなる配列）
SC4347（SC4351）: 4654491-4655762（配列番号：９に記載の塩基配列において、7873番目〜9144番目の塩基からなる配列）
SC4348（SC4352）: 4655773-4657860（配列番号：９に記載の塩基配列において、9155番目〜11242番目の塩基からなる配列）
SC4349（SC4353）: 4658481-4659503（配列番号：９に記載の塩基配列において、11863番目〜12885番目の塩基からなる配列）
SC4350（SC4354）: 4660161-4661036（配列番号：９に記載の塩基配列において、13543番目〜14418番目の塩基からなる配列）
＊カッコ内のSCで始まる文言はNC_006905（Choleraesuis）におけるlocus tagを示す。 Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 102. However, it is not limited to these.
SC4339 (SC4343): 4646619-4647488 (sequence consisting of bases 1 to 870 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4340 (SC4344): 4648534-4648704 (sequence consisting of bases 1916 to 2086 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4341 (SC4345): 4649364-4648993 (sequence consisting of bases 2375 to 2746 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4342 (SC4346): 4649947-4650324 (sequence consisting of bases 3329 to 3706 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4343 (SC4347): 4651313-4650642 (sequence consisting of 4024th to 4695th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4344 (SC4348): 4651851-4651600 (sequence consisting of bases 4982 to 5233 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4345 (SC4349): 4652868-4652038 (sequence consisting of bases 5420 to 6250 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4346 (SC4350): 4654170-4653805 (sequence consisting of bases 7187 to 7552 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4347 (SC4351): 4654491-4655762 (sequence consisting of the 7873th to 9144th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4348 (SC4352): 4655773-4657860 (sequence consisting of bases 9155 to 11242 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4349 (SC4353): 4658481-4659503 (sequence consisting of bases 11863 to 12885 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
SC4350 (SC4354): 4660161-4661036 (sequence consisting of bases 13543 to 14418 in the base sequence described in SEQ ID NO: 9)
* Words beginning with SC in parentheses indicate the locus tag in NC_006905 (Choleraesuis).

配列番号：１０に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これに限定されない。
SEN0216: 249114-252176（配列番号：１０に記載の塩基配列において、1番目〜3063番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 10 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SEN0216: 249114-252176 (sequence consisting of the 1st to 3063rd bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 10)

配列番号：１１に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０６に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SEN0910: 1013812-1014441（配列番号：１１に記載の塩基配列において、1番目〜630番目の塩基からなる配列）
SEN0911: 1014335-1015051（配列番号：１１に記載の塩基配列において、524番目〜1240番目の塩基からなる配列）
*SEN0910とSEN0911にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 include DNA containing the whole or a part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 106. However, it is not limited to these.
SEN0910: 1013812-1014441 (sequence consisting of the first to 630th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 11)
SEN0911: 1014335-1015051 (sequence consisting of bases 524 to 1240 in the base sequence described in SEQ ID NO: 11)
* SEN0910 and SEN0911 have overlap.

配列番号：１２に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０７に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これに限定されない。
SEN1006: 1110476-1110946（配列番号：１２に記載の塩基配列において、1番目〜471番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 12 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 107. However, it is not limited to this.
SEN1006: 1110476-1110946 (sequence consisting of the first to 471st bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 12)

配列番号：１３に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SEN1432: 1520207-1520926（配列番号：１３に記載の塩基配列において、1番目〜720番目の塩基からなる配列）
SEN1433: 1521017-1522129（配列番号：１３に記載の塩基配列において、811番目〜1923番目の塩基からなる配列）
SEN1434: 1522077-1523636（配列番号：１３に記載の塩基配列において、1871番目〜3430番目の塩基からなる配列）
SEN1435: 1523522-1524289（配列番号：１３に記載の塩基配列において、3316番目〜4083番目の塩基からなる配列）
SEN1436: 1524621-1525880（配列番号：１３に記載の塩基配列において、4415番目〜5674番目の塩基からなる配列）
*SEN1433とSEN1434にはオーバーラップ有り。
*SEN1434とSEN1435にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 13 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SEN1432: 1520207-1520926 (sequence consisting of the first to 720th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 13)
SEN1433: 1521017-1522129 (sequence consisting of bases 811 to 1923 in the base sequence described in SEQ ID NO: 13)
SEN1434: 1522077-1523636 (sequence consisting of bases 1871 to 3430 in the base sequence described in SEQ ID NO: 13)
SEN1435: 1523522-1524289 (sequence consisting of bases 3316 to 4083 in the base sequence described in SEQ ID NO: 13)
SEN1436: 1524621-1525880 (sequence consisting of nucleotides 4415 to 5574 in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 13)
* SEN1433 and SEN1434 have overlap.
* SEN1434 and SEN1435 have overlap.

配列番号：１４に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０８に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これに限定されない。
SEN2420: 2550140-2550748（配列番号：１４に記載の塩基配列において、1番目〜609番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 14 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 108. However, it is not limited to this.
SEN2420: 2550140-2550748 (sequence consisting of the first to 609th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 14)

配列番号：１５に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０３に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SD1749: 46331-47743（配列番号：１５に記載の塩基配列において、1番目〜1413番目の塩基からなる配列）
SD1750: 47745-48473（配列番号：１５に記載の塩基配列において、1415番目〜2143番目の塩基からなる配列）
SD1751: 48479-51214（配列番号：１５に記載の塩基配列において、2149番目〜4884番目の塩基からなる配列）
SD1752: 51227-51985（配列番号：１５に記載の塩基配列において、4897番目〜5655番目の塩基からなる配列）
SD1753: 51990-53321（配列番号：１５に記載の塩基配列において、5660番目〜6991番目の塩基からなる配列）
SD1754: 53324-53857（配列番号：１５に記載の塩基配列において、6994番目〜7527番目の塩基からなる配列）
SD1755: 53854-55152（配列番号：１５に記載の塩基配列において、7524番目〜8822番目の塩基からなる配列）
SD1756: 55165-56259（配列番号：１５に記載の塩基配列において、8835番目〜9929番目の塩基からなる配列）
SD1757: 56217-58070（配列番号：１５に記載の塩基配列において、9887番目〜11740番目の塩基からなる配列）
SD1758: 58075-58491（配列番号：１５に記載の塩基配列において、11745番目〜12161番目の塩基からなる配列）
SD1759: 58488-59960（配列番号：１５に記載の塩基配列において、12158番目〜13630番目の塩基からなる配列）
SD1760: 60030-60161（配列番号：１５に記載の塩基配列において、13700番目〜13831番目の塩基からなる配列）
SD1761: 60251-60763（配列番号：１５に記載の塩基配列において、13921番目〜14433番目の塩基からなる配列）
SD1762: 60811-60990（配列番号：１５に記載の塩基配列において、14481番目〜14660番目の塩基からなる配列）
SD1763: 61384-61902（配列番号：１５に記載の塩基配列において、15054番目〜15572番目の塩基からなる配列）
SD1764: 62124-64238（配列番号：１５に記載の塩基配列において、15794番目〜17908番目の塩基からなる配列）
＊SD1754とSD1755にはオーバーラップ有り。
＊SD1756とSD1757にはオーバーラップ有り。
＊SD1758とSD1759にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 103. However, it is not limited to these.
SD1749: 46331-47743 (sequence consisting of the 1st to 1413th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1750: 47745-48473 (sequence consisting of nucleotides 1415 to 2143 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15)
SD1751: 48479-51214 (sequence consisting of bases 2149 to 4884 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1752: 51227-51985 (sequence consisting of the 4897th to 5655th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1753: 51990-53321 (sequence consisting of bases 5660 to 6991 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1754: 53324-53857 (sequence consisting of bases 6994 to 7527 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1755: 53854-55152 (sequence consisting of 7524th to 8822th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1756: 55165-56259 (sequence consisting of the 8835th to 9929th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1757: 56217-58070 (sequence consisting of the 987th to 11740th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1758: 58075-58491 (sequence consisting of the 11745th to 12161th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1759: 58488-59960 (sequence consisting of the 12158th to 13630th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1760: 60030-60161 (sequence consisting of bases 13700 to 13831 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1761: 60251-60763 (sequence consisting of bases 13921 to 14433 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1762: 60811-60990 (sequence consisting of bases 14481 to 14660 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1763: 61384-61902 (sequence consisting of bases 15054 to 15572 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
SD1764: 62124-64238 (sequence consisting of bases 15794 to 17908 in the base sequence described in SEQ ID NO: 15)
* SD1754 and SD1755 have overlap.
* SD1756 and SD1757 have overlap.
* There is overlap between SD1758 and SD1759.

配列番号：１６に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SD2163: 110203-111366（配列番号：１６に記載の塩基配列において、1番目〜1164番目の塩基からなる配列）
SD2164: 112411-112692（配列番号：１６に記載の塩基配列において、2209番目〜2490番目の塩基からなる配列）
SD2165: 112685-113299（配列番号：１６に記載の塩基配列において、2483番目〜3097番目の塩基からなる配列）
＊SD2164とSD2165にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 16 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SD2163: 110203-111366 (sequence consisting of the 1st to 1164th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 16)
SD2164: 112411-112692 (sequence consisting of bases 2209 to 2490 in the base sequence described in SEQ ID NO: 16)
SD2165: 112685-113299 (sequence consisting of bases 2483 to 3097 in the base sequence described in SEQ ID NO: 16)
* SD2164 and SD2165 have overlap.

配列番号：１７に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これに限定されない。
SD2881: 26113-27609（配列番号：１７に記載の塩基配列において、1番目〜1497番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence described in SEQ ID NO: 17 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SD2881: 26113-27609 (sequence consisting of bases 1 to 1497 in the base sequence described in SEQ ID NO: 17)

配列番号：１８に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０４に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SD3914: 9282-9398（配列番号：１８に記載の塩基配列において、1番目〜117番目の塩基からなる配列）
SD3915: 9460-10434（配列番号：１８に記載の塩基配列において、179番目〜1153番目の塩基からなる配列）
SD3916: 10424-11695（配列番号：１８に記載の塩基配列において、1143番目〜2414番目の塩基からなる配列）
SD3917: 11695-13125（配列番号：１８に記載の塩基配列において、2414番目〜3844番目の塩基からなる配列）
SD3918: 13097-13972（配列番号：１８に記載の塩基配列において、3816番目〜4691番目の塩基からなる配列）
SD3919: 13973-15547（配列番号：１８に記載の塩基配列において、4692番目〜6266番目の塩基からなる配列）
SD3920: 15595-16440（配列番号：１８に記載の塩基配列において、6314番目〜7159番目の塩基からなる配列）
SD3921: 16506-17489（配列番号：１８に記載の塩基配列において、7225番目〜8208番目の塩基からなる配列）
SD3922: 17554-18039（配列番号：１８に記載の塩基配列において、8273番目〜8758番目の塩基からなる配列）
SD3923: 18052-18477（配列番号：１８に記載の塩基配列において、8771番目〜9196番目の塩基からなる配列）
SD3924: 18474-18905（配列番号：１８に記載の塩基配列において、9193番目〜9624番目の塩基からなる配列）
SD3925: 18889-19827（配列番号：１８に記載の塩基配列において、9608番目〜10546番目の塩基からなる配列）
SD3926: 19832-21226（配列番号：１８に記載の塩基配列において、10551番目〜11945番目の塩基からなる配列）
SD3927: 21230-21667（配列番号：１８に記載の塩基配列において、11949番目〜12386番目の塩基からなる配列）
SD3928: 21667-22254（配列番号：１８に記載の塩基配列において、12386番目〜12973番目の塩基からなる配列）
SD3929: 22263-22394（配列番号：１８に記載の塩基配列において、12982番目〜13113番目の塩基からなる配列）
SD3930: 22378-24432（配列番号：１８に記載の塩基配列において、13097番目〜15151番目の塩基からなる配列）
SD3931: 24432-24929（配列番号：１８に記載の塩基配列において、15151番目〜15648番目の塩基からなる配列）
SD3932: 25145-25420（配列番号：１８に記載の塩基配列において、15864番目〜16139番目の塩基からなる配列）
SD3933: 25513-26472（配列番号：１８に記載の塩基配列において、16232番目〜17191番目の塩基からなる配列）
SD3934: 26469-27185（配列番号：１８に記載の塩基配列において、17188番目〜17904番目の塩基からなる配列）
SD3935: 27257-27514（配列番号：１８に記載の塩基配列において、17976番目〜18233番目の塩基からなる配列）
＊SD3915とSD3916にはオーバーラップ有り。
＊SD3916とSD3917にはオーバーラップ有り。
＊SD3917とSD3918にはオーバーラップ有り。
＊SD3923とSD3924にはオーバーラップ有り。
＊SD3924とSD3925にはオーバーラップ有り。
＊SD3927とSD3928にはオーバーラップ有り。
＊SD3929とSD3930にはオーバーラップ有り。
＊SD3930とSD3931にはオーバーラップ有り。
＊SD3933とSD3934にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 18 include DNA containing the whole or part of the following ORFs in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 104. However, it is not limited to these.
SD3914: 9282-9398 (sequence consisting of the first to 117th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3915: 9460-10434 (sequence consisting of bases 179 to 1153 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3916: 10424-11695 (sequence consisting of bases 1143 to 2414 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3917: 11695-13125 (sequence consisting of nucleotides 2414 to 3844 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18)
SD3918: 13097-13972 (sequence consisting of bases 3816 to 4691 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3919: 13973-15547 (sequence consisting of bases 4692 to 6266 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3920: 15595-16440 (sequence consisting of bases 6314 to 7159 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 18)
SD3921: 16506-17489 (sequence consisting of the 7225th to 8208th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3922: 17554-18039 (sequence consisting of bases 8273 to 8758 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3923: 18052-18477 (sequence consisting of bases 8771 to 9196 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3924: 18474-18905 (sequence consisting of bases 9193 to 9624 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3925: 18889-19827 (sequence consisting of the 9608th to 10546th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3926: 19832-21226 (sequence consisting of bases 10551 to 11945 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3927: 21230-21667 (sequence consisting of bases 11949 to 12386 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3928: 21667-22254 (sequence consisting of bases 12386 to 12973 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3929: 22263-22394 (sequence consisting of the 12129th to 13113th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3930: 22378-24432 (sequence consisting of bases 13097 to 15151 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3931: 24432-24929 (sequence consisting of bases 15151 to 15648 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3932: 25145-25420 (sequence consisting of the 15864th to 16139th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3933: 25513-26472 (sequence consisting of bases 16232 to 17191 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3934: 26469-27185 (sequence consisting of bases 17188 to 17904 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
SD3935: 27257-27514 (sequence consisting of bases 17976 to 18233 in the base sequence described in SEQ ID NO: 18)
* SD3915 and SD3916 have overlap.
* There is overlap between SD3916 and SD3917.
* SD3917 and SD3918 have overlap.
* SD3923 and SD3924 have overlap.
* SD3924 and SD3925 have overlap.
* SD3927 and SD3928 have overlap.
* SD3929 and SD3930 have overlap.
* There is overlap between SD3930 and SD3931.
* There is overlap between SD3933 and SD3934.

配列番号：１９に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０５に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SD4771: 3202-3501（配列番号：１９に記載の塩基配列において、1番目〜300番目の塩基からなる配列）
SD4772: 4162-4554（配列番号：１９に記載の塩基配列において、961番目〜1353番目の塩基からなる配列）
SD4773: 4538-5014（配列番号：１９に記載の塩基配列において、1337番目〜1813番目の塩基からなる配列）
SD4774: 5018-5374（配列番号：１９に記載の塩基配列において、1817番目〜2173番目の塩基からなる配列）
＊SD4772とSD4773にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 include DNA containing the whole or part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 105. However, it is not limited to these.
SD4771: 3202-3501 (sequence consisting of the first to 300th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 19)
SD4772: 4162-4554 (sequence consisting of bases 961 to 1353 in the base sequence described in SEQ ID NO: 19)
SD4773: 4538-5014 (sequence consisting of bases 1337 to 1813 in the base sequence described in SEQ ID NO: 19)
SD4774: 5018-5374 (sequence consisting of bases 1817 to 2173 in the base sequence described in SEQ ID NO: 19)
* SD4772 and SD4773 have overlap.

配列番号：２０に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SD4777: 364-615（配列番号：２０に記載の塩基配列において、1番目〜252番目の塩基からなる配列）
SD4778: 1045-1608（配列番号：２０に記載の塩基配列において、682番目〜1245番目の塩基からなる配列）
SD4779: 1607-1963（配列番号：２０に記載の塩基配列において、1244番目〜1600番目の塩基からなる配列）
SD4780: 2021-2848（配列番号：２０に記載の塩基配列において、1658番目〜2485番目の塩基からなる配列）
SD4781: 2985-3524（配列番号：２０に記載の塩基配列において、2622番目〜3161番目の塩基からなる配列）
SD4782: 3595-4332（配列番号：２０に記載の塩基配列において、3232番目〜3969番目の塩基からなる配列）
SD4783: 4374-4805（配列番号：２０に記載の塩基配列において、4011番目〜4442番目の塩基からなる配列）
SD4784: 4809-5558（配列番号：２０に記載の塩基配列において、4446番目〜5195番目の塩基からなる配列）
＊SD4778とSD4779にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 20 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SD4777: 364-615 (sequence consisting of the first to 252nd bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
SD4778: 1045-1608 (sequence consisting of bases 682 to 1245 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 20)
SD4779: 1607-1963 (sequence consisting of bases 1244 to 1600 in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
SD4780: 2021-2848 (sequence consisting of the 1658th to 2485th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
SD4781: 2985-3524 (sequence consisting of bases 2622 to 3161 in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
SD4782: 3595-4332 (sequence consisting of bases 3323 to 3969 in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
SD4783: 4374-4805 (sequence consisting of bases 4011 to 4442 in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
SD4784: 4809-5558 (sequence consisting of the 4446th to 5195th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 20)
* SD4778 and SD4779 have overlap.

配列番号：２１に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１０９に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SG0263: 306318-307190（配列番号：２１に記載の塩基配列において、1番目〜873番目の塩基からなる配列）
SG0264: 307461-308006（配列番号：２１に記載の塩基配列において、1144番目〜1689番目の塩基からなる配列）
SG0265: 307747-308286（配列番号：２１に記載の塩基配列において、1430番目〜1969番目の塩基からなる配列）
SG0266: 308384-309028（配列番号：２１に記載の塩基配列において、2067番目〜2711番目の塩基からなる配列）
SG0267: 309025-309396（配列番号：２１に記載の塩基配列において、2708番目〜3079番目の塩基からなる配列）
SG0268: 309368-309772（配列番号：２１に記載の塩基配列において、3051番目〜3455番目の塩基からなる配列）
SG0269: 309754-309975（配列番号：２１に記載の塩基配列において、3437番目〜3658番目の塩基からなる配列）
SG0270: 309972-310262（配列番号：２１に記載の塩基配列において、3655番目〜3945番目の塩基からなる配列）
SG0271: 310278-310757（配列番号：２１に記載の塩基配列において、3961番目〜4440番目の塩基からなる配列）
SG0272: 310768-311226（配列番号：２１に記載の塩基配列において、4451番目〜4909番目の塩基からなる配列）
SG0273: 311308-311832（配列番号：２１に記載の塩基配列において、4991番目〜5515番目の塩基からなる配列）
SG0274: 311843-312097（配列番号：２１に記載の塩基配列において、5526番目〜5780番目の塩基からなる配列）
SG0275: 312097-312915（配列番号：２１に記載の塩基配列において、5780番目〜6598番目の塩基からなる配列）
SG0276: 313021-313296（配列番号：２１に記載の塩基配列において、6704番目〜6979番目の塩基からなる配列）
SG0277: 313366-313779（配列番号：２１に記載の塩基配列において、7049番目〜7462番目の塩基からなる配列）
SG0278: 314053-314592（配列番号：２１に記載の塩基配列において、7736番目〜8275番目の塩基からなる配列）
SG0279: 314655-315107（配列番号：２１に記載の塩基配列において、8338番目〜8790番目の塩基からなる配列）
SG0280: 315104-315556（配列番号：２１に記載の塩基配列において、8787番目〜9239番目の塩基からなる配列）
SG0281: 315593-316159（配列番号：２１に記載の塩基配列において、9276番目〜9842番目の塩基からなる配列）
SG0282: 316156-316869（配列番号：２１に記載の塩基配列において、9839番目〜10552番目の塩基からなる配列）
SG0283: 317130-317591（配列番号：２１に記載の塩基配列において、10813番目〜11274番目の塩基からなる配列）
SG0284: 317604-318005（配列番号：２１に記載の塩基配列において、11287番目〜11688番目の塩基からなる配列）
SG0285: 318319-318417（配列番号：２１に記載の塩基配列において、12002番目〜12100番目の塩基からなる配列）
SG0286: 318423-318779（配列番号：２１に記載の塩基配列において、12106番目〜12462番目の塩基からなる配列）
SG0287: 319143-321761（配列番号：２１に記載の塩基配列において、12826番目〜15444番目の塩基からなる配列）
SG0288: 321869-322303（配列番号：２１に記載の塩基配列において、15552番目〜15986番目の塩基からなる配列）
SG0289: 322340-324028（配列番号：２１に記載の塩基配列において、16023番目〜17711番目の塩基からなる配列）
SG0290: 324025-325548（配列番号：２１に記載の塩基配列において、17708番目〜19231番目の塩基からなる配列）
SG0291: 325866-327722（配列番号：２１に記載の塩基配列において、19549番目〜21405番目の塩基からなる配列）
SG0292: 328069-329589（配列番号：２１に記載の塩基配列において、21752番目〜23272番目の塩基からなる配列）
SG0293: 329893-330726（配列番号：２１に記載の塩基配列において、23576番目〜24409番目の塩基からなる配列）
SG0294: 330474-331238（配列番号：２１に記載の塩基配列において、24157番目〜24921番目の塩基からなる配列）
SG0295: 331606-332244（配列番号：２１に記載の塩基配列において、25289番目〜25927番目の塩基からなる配列）
SG0296: 332241-334406（配列番号：２１に記載の塩基配列において、25924番目〜28089番目の塩基からなる配列）
SG0297: 334372-334737（配列番号：２１に記載の塩基配列において、28055番目〜28420番目の塩基からなる配列）
SG0298: 335047-335123（配列番号：２１に記載の塩基配列において、28730番目〜28805番目の塩基からなる配列）
SG0299: 335505-335837（配列番号：２１に記載の塩基配列において、29188番目〜29520番目の塩基からなる配列）
*SG0264とSG0265にはオーバーラップ有り。
*SG0266とSG0267にはオーバーラップ有り。
*SG0267とSG0268にはオーバーラップ有り。
*SG0268とSG0269にはオーバーラップ有り。
*SG0269とSG0270にはオーバーラップ有り。
*SG0274とSG0275にはオーバーラップ有り。
*SG0279とSG0280にはオーバーラップ有り。
*SG0281とSG0282にはオーバーラップ有り。
*SG0289とSG0290にはオーバーラップ有り。
*SG0293とSG0294にはオーバーラップ有り。
*SG0295とSG0296にはオーバーラップ有り。
*SG0296とSG0297にはオーバーラップ有り。 Examples of DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 include DNA containing the whole or part of the following ORFs in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 109. However, it is not limited to these.
SG0263: 306318-307190 (sequence consisting of bases 1 to 873 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0264: 307461-308006 (sequence consisting of bases 1144 to 1689 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0265: 307747-308286 (sequence consisting of bases 1430 to 1969 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0266: 308384-309028 (sequence consisting of bases 2067 to 2711 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0267: 309025-309396 (sequence consisting of bases 2708 to 3079 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0268: 309368-309772 (sequence consisting of bases 3051 to 3455 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0269: 309754-309975 (sequence consisting of bases 3437 to 3658 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0270: 309972-310262 (sequence consisting of bases 3655 to 3945 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0271: 310278-310757 (sequence consisting of bases 3961 to 4440 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0272: 310768-311226 (sequence consisting of bases 4451 to 4909 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0273: 311308-311832 (sequence consisting of 4991st to 5515th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0274: 311843-312097 (sequence consisting of bases 5526 to 5780 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0275: 312097-312915 (sequence consisting of bases 5780 to 6598 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0276: 313021-313296 (sequence consisting of 6704th to 6969th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0277: 313366-313779 (sequence consisting of bases 7049 to 7462 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0278: 314053-314592 (sequence consisting of bases 7736 to 8275 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0279: 314655-315107 (sequence consisting of bases 8338 to 8790 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0280: 315104-315556 (sequence consisting of the 8787th to 9239th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0281: 315593-316159 (sequence consisting of bases 9276 to 9842 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0282: 316156-316869 (sequence consisting of the 9839th to 10552th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0283: 317130-317591 (sequence consisting of bases 10813 to 11274 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0284: 317604-318005 (sequence consisting of the 11287th to 11688th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0285: 318319-318417 (sequence consisting of bases 12002 to 12100 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0286: 318423-318779 (sequence consisting of bases 12106 to 12462 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0287: 319143-321761 (sequence consisting of bases 12826 to 15444 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0288: 321869-322303 (sequence consisting of bases 15552 to 15986 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0289: 322340-324028 (sequence consisting of bases 16023 to 17711 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0290: 324025-325548 (sequence consisting of bases 17708 to 19231 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0291: 325866-327722 (sequence consisting of bases 19549 to 21405 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0292: 328069-329589 (sequence consisting of bases 21752 to 23272 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0293: 329893-330726 (sequence consisting of 23576th to 24409th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0294: 330474-331238 (sequence consisting of nucleotides 24157 to 24921 in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0295: 331606-332244 (sequence consisting of bases 25289 to 25927 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0296: 332241-334406 (sequence consisting of 25924th to 28089th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0297: 334372-334737 (sequence consisting of the 28055th to 28420th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0298: 335047-335123 (sequence consisting of 28730th to 28805th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
SG0299: 335505-335837 (sequence consisting of bases 29288 to 29520 in the base sequence described in SEQ ID NO: 21)
* SG0264 and SG0265 have overlap.
* SG0266 and SG0267 have overlap.
* SG0267 and SG0268 have overlap.
* SG0268 and SG0269 have overlap.
* SG0269 and SG0270 have overlap.
* SG0274 and SG0275 have overlap.
* SG0279 and SG0280 have overlap.
* SG0281 and SG0282 have overlap.
* SG0289 and SG0290 have overlap.
* SG0293 and SG0294 have overlap.
* SG0295 and SG0296 have overlap.
* SG0296 and SG0297 have overlap.

配列番号：２２に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１１０に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SG1032: 1119872-1121167（配列番号：２２に記載の塩基配列において、1番目〜1296番目の塩基からなる配列）
SG1033: 1121286-1122023（配列番号：２２に記載の塩基配列において、1415番目〜2152番目の塩基からなる配列）
SG1034: 1122020-1124683（配列番号：２２に記載の塩基配列において、2149番目〜4812番目の塩基からなる配列）
SG1035: 1124696-1125454（配列番号：２２に記載の塩基配列において、4825番目〜5583番目の塩基からなる配列）
SG1036: 1125459-1126790（配列番号：２２に記載の塩基配列において、5588番目〜6919番目の塩基からなる配列）
SG1037: 1126793-1127326（配列番号：２２に記載の塩基配列において、6922番目〜7455番目の塩基からなる配列）
SG1038: 1127323-1128621（配列番号：２２に記載の塩基配列において、7452番目〜8750番目の塩基からなる配列）
SG1039: 1128634-1129728（配列番号：２２に記載の塩基配列において、8763番目〜9857番目の塩基からなる配列）
SG1040: 1129686-1131599（配列番号：２２に記載の塩基配列において、9815番目〜11728番目の塩基からなる配列）
SG1041: 1131957-1133429（配列番号：２２に記載の塩基配列において、12086番目〜13558番目の塩基からなる配列）
SG1042: 1133720-1134232（配列番号：２２に記載の塩基配列において、13849番目〜14361番目の塩基からなる配列）
SG1043: 1134853-1135371（配列番号：２２に記載の塩基配列において、14982番目〜15500番目の塩基からなる配列）
SG1044: 1135581-1137704（配列番号：２２に記載の塩基配列において、15710番目〜17833番目の塩基からなる配列）
SG1045: 1137713-1141114（配列番号：２２に記載の塩基配列において、17842番目〜21243番目の塩基からなる配列）
SG1046: 1141142-1142204（配列番号：２２に記載の塩基配列において、21271番目〜22333番目の塩基からなる配列）
SG1047: 1142122-1142601（配列番号：２２に記載の塩基配列において、22251番目〜22730番目の塩基からなる配列）
*SG1033とSG1034にはオーバーラップ有り。
*SG1037とSG1038にはオーバーラップ有り。
*SG1039とSG1040にはオーバーラップ有り。
*SG1046とSG1047にはオーバーラップ有り。 Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22 include DNA containing the whole or part of the following ORF, in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 110. However, it is not limited to these.
SG1032: 1119872-1121167 (sequence consisting of bases 1 to 1296 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1033: 1121286-1122023 (sequence consisting of bases 1415 to 2152 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1034: 1122020-1124683 (sequence consisting of bases 2149 to 4812 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1035: 1124696-1125454 (sequence consisting of the 4825th to 5583th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1036: 1125459-1126790 (sequence consisting of bases 5588 to 6919 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1037: 1126793-1127326 (sequence consisting of bases 6922 to 7455 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1038: 1127323-1128621 (sequence consisting of the 7542th to 8750th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1039: 1128634-1129728 (sequence consisting of 876th to 9857th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1040: 1129686-1131599 (sequence consisting of the 9815th to 11728th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1041: 1131957-1133429 (sequence consisting of bases 12086 to 13558 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1042: 1133720-1134232 (sequence consisting of the 1389th to 14361th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1043: 1134853-1135371 (sequence consisting of bases 14149 to 15500 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1044: 1135581-1137704 (sequence consisting of bases 15710 to 17833 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1045: 1137713-1141114 (sequence consisting of nucleotides 17842 to 21243 in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1046: 1141142-1142204 (sequence consisting of bases 21271 to 22333 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
SG1047: 1142122-1142601 (sequence consisting of bases 22251 to 22730 in the base sequence described in SEQ ID NO: 22)
* SG1033 and SG1034 have overlap.
* SG1037 and SG1038 have overlap.
* SG1039 and SG1040 have overlap.
* SG1046 and SG1047 have overlap.

配列番号：２３に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これらに限定されない。
SG1182: 1264348-1264776（配列番号：２３に記載の塩基配列において、1番目〜429番目の塩基からなる配列）
SG1183: 1265107-1266069（配列番号：２３に記載の塩基配列において、760番目〜1722番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 23 include, but are not limited to, DNA containing all or part of the following ORF.
SG1182: 1264348-1264776 (sequence consisting of bases 1 to 429 in the base sequence described in SEQ ID NO: 23)
SG1183: 1265107-1266069 (sequence consisting of bases 760 to 1722 in the base sequence described in SEQ ID NO: 23)

配列番号：２４に記載の塩基配列の一部を含むDNAとしては、配列番号：１１１に記載の塩基配列を含むDNAの他、例えば下記のORFの全部又は一部を含むDNAを挙げることができるが、これに限定されない。
SG3181: 3319694-3320146（配列番号：２４に記載の塩基配列において、1番目〜453番目の塩基からなる配列） Examples of the DNA containing a part of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24 include DNA containing the whole or a part of the following ORF in addition to the DNA containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 111. However, it is not limited to this.
SG3181: 3319694-3320146 (sequence consisting of the first to 453th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 24)

本発明においては、
上記（Ａ）のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると判別される。
上記（Ｂ）のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がCholeraesuisであると判別される。
上記（Ｃ）のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がEnteritidisであると判別される。
上記（Ｄ）のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がDublinであると判別される。
上記（Ｅ）のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がGallinarumであると判別される。 In the present invention,
When the DNA amplification product (A) is obtained, it is determined that the serotype of Salmonella is Typhimurium.
When the amplification product of the DNA of (B) is obtained, it is determined that the Salmonella serotype is Choleraesuis.
When the DNA amplification product (C) is obtained, it is determined that the serotype of Salmonella is Enteritidis.
When the DNA amplification product (D) is obtained, it is determined that the serotype of Salmonella is Dublin.
When the amplification product of the DNA of (E) is obtained, it is determined that the Salmonella serotype is Gallinarum.

DNAが増幅されたか否かは、当業者においては種々の方法によって判定することができる。例えば、PCRによって増幅されたPCR産物（増幅産物）の分子サイズを測定することにより、DNAが増幅されたか否かを判定することができる。PCRによって増幅されたPCR産物の分子サイズを測定する方法としては、当業者に周知の方法が挙げられる。ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いる方法、アガロースゲル電気泳動を用いる方法、フラグメントアナライザーを用いる方法、マイクロチップ電気泳動装置を用いる方法（Multina, 島津）が例示できるが、これらに限定されるものではない。またリアルタイムPCR法を使用した場合、蛍光強度を指標としてPCR産物（増幅産物）の増加量を即時に検出することが可能である。   A person skilled in the art can determine whether or not DNA has been amplified by various methods. For example, it is possible to determine whether or not DNA has been amplified by measuring the molecular size of a PCR product (amplified product) amplified by PCR. As a method for measuring the molecular size of the PCR product amplified by PCR, methods well known to those skilled in the art can be mentioned. Examples include, but are not limited to, a method using polyacrylamide gel electrophoresis, a method using agarose gel electrophoresis, a method using a fragment analyzer, and a method using a microchip electrophoresis apparatus (Multina, Shimadzu). In addition, when the real-time PCR method is used, it is possible to immediately detect an increase in the PCR product (amplification product) using the fluorescence intensity as an index.

具体的には、PCR産物を蛍光ラベルした後にキャピラリー電気泳動で分離し、分離された各々のPCR産物の分子サイズを測定する。あるいは、PCR産物を（ポリアクリルアミドゲル/アガロースゲルで）電気泳動で分離し、分離された各々のPCR産物の分子サイズを測定する。通常、予めサイズが既知のDNA断片（例えば、サイズマーカー）を対照として、分離された各々のPCR産物の分子サイズ（例えば、分子量や長さ）を測定する。次いで、分子サイズによってPCR産物を分類し、PCR産物の種類を特定する。   Specifically, PCR products are fluorescently labeled and then separated by capillary electrophoresis, and the molecular size of each separated PCR product is measured. Alternatively, PCR products are separated by electrophoresis (on polyacrylamide gel / agarose gel) and the molecular size of each separated PCR product is measured. Usually, the molecular size (for example, molecular weight or length) of each separated PCR product is measured using a DNA fragment (for example, a size marker) of a known size as a control. Next, the PCR products are classified by molecular size, and the kind of the PCR product is specified.

またDNAが増幅されたか否かは、増幅されたDNAの塩基配列を決定することにより判定することも可能である。増幅したDNA断片の塩基配列の決定は、当業者においては、DNAシークエンサー等を用いて容易に実施することができる。   Whether or not DNA has been amplified can also be determined by determining the base sequence of the amplified DNA. Those skilled in the art can easily determine the base sequence of the amplified DNA fragment using a DNA sequencer or the like.

なお本発明においては、
配列番号：１に記載の塩基配列からなるDNAをSTR1、
配列番号：２に記載の塩基配列からなるDNAをSTR2、
配列番号：３に記載の塩基配列からなるDNAをSTR3、
配列番号：４に記載の塩基配列からなるDNAをSTR4、
配列番号：５に記載の塩基配列からなるDNAをSCR1、
配列番号：６に記載の塩基配列からなるDNAをSCR2、
配列番号：７に記載の塩基配列からなるDNAをSCR3、
配列番号：８に記載の塩基配列からなるDNAをSCR4、
配列番号：９に記載の塩基配列からなるDNAをSCR5、
配列番号：１０に記載の塩基配列からなるDNAをSER1、
配列番号：１１に記載の塩基配列からなるDNAをSER2、
配列番号：１２に記載の塩基配列からなるDNAをSER3、
配列番号：１３に記載の塩基配列からなるDNAをSER4、
配列番号：１４に記載の塩基配列からなるDNAをSER5、
配列番号：１５に記載の塩基配列からなるDNAをSDR1、
配列番号：１６に記載の塩基配列からなるDNAをSDR2、
配列番号：１７に記載の塩基配列からなるDNAをSDR3、
配列番号：１８に記載の塩基配列からなるDNAをSDR4、
配列番号：１９に記載の塩基配列からなるDNAをSDR5、
配列番号：２０に記載の塩基配列からなるDNAをSDR6、
配列番号：２１に記載の塩基配列からなるDNAをSGR1、
配列番号：２２に記載の塩基配列からなるDNAをSGR2、
配列番号：２３に記載の塩基配列からなるDNAをSGR3、
配列番号：２４に記載の塩基配列からなるDNAをSGR4、
と称することも出来る。Typhimurium、Choleraesuis、Enteritidis、Dublin、及びGallinarumの各血清型のサルモネラゲノム上におけるSTR1〜SGR4の位置、ORFの数等は実施例に記載の表１に示されている。 In the present invention,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 1 is STR1,
DNA comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 2 is STR2,
DNA comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 3 is STR3,
DNA comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 4 is STR4,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 5 is SCR1,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 6 is SCR2,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 7 is SCR3,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 8 is SCR4,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 9 is SCR5,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 10 is SER1,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 11 is SER2,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 12 is SER3,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 13 is SER4,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 14 is SER5,
DNA comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 15 is SDR1,
DNA comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 16 is SDR2,
DNA comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 17 is SDR3,
DNA comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 18 is SDR4,
DNA comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 19 is SDR5,
DNA comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 20 is SDR6,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 21 is SGR1,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 22 is SGR2,
DNA comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 23 is SGR3,
DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 24 is SGR4,
It can also be called. The positions of STR1 to SGR4 on the Salmonella genome of each serotype of Typhimurium, Choleraesuis, Enteritidis, Dublin, and Gallinarum, the number of ORFs, etc. are shown in Table 1.

また本発明の「サルモネラの血清型を判定する方法」は、「サルモネラの血清型がTyphimurium、Choleraesuis、Enteritidis、Dublin、Gallinarumからなる群より選択されるいずれかであるか否かを判別する方法」と表現することも出来る。   Further, the “method for determining Salmonella serotype” of the present invention is “a method for determining whether the Salmonella serotype is any one selected from the group consisting of Typhimurium, Choleraesuis, Enteritidis, Dublin, and Gallinarum”. It can also be expressed.

本発明のサルモネラの血清型を判定する方法は、サルモネラ血清型別法と併用して実施することが可能である。サルモネラの血清型別(中村明子、1988、臨床と微生物、15、62-68)は当業者であれば市販の免疫血清（例えばデンカ生研株式会社製サルモネラ免疫血清「生研」シリーズ）を用い、添付の指示書に従って適宜行うことができる。   The method for determining the Salmonella serotype of the present invention can be carried out in combination with the Salmonella serotyping method. For salmonella serotypes (Nakamura Akiko, 1988, Clinical and Microbial, 15, 62-68), those skilled in the art use commercially available immune sera (for example, Salmonella immune sera "Seiken" series manufactured by Denka Seiken Co., Ltd.) This can be done in accordance with the instructions.

また本発明は、下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別する方法を提供する。
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（４）に記載のDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（４）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると示される工程。
ここで（１）〜（４）は以下の通りである。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA The present invention also provides a method for determining whether or not the serotype of Salmonella is Typhimurium, including the following steps (a) to (c).
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying the DNA described in (1) to (4) below; and (c) a serotype of Salmonella when the amplification product of the DNA described in (1) to (4) below is obtained. The process indicated as Typhimurium.
Here, (1) to (4) are as follows.
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 1
(2) DNA containing all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 2
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 3
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 4

本発明のサルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別する方法において、DNAの抽出、DNAの増幅は上述の方法によって行うことが可能である。
なお本発明のサルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別する方法においては、血清型がMbandakaであるサルモネラにおいて、上記（１）〜（４）に記載のDNAの増幅産物が得られる場合がある。TyphimuriumとMbandakaについてはＯ群血清型別で識別可能であることから、これら４遺伝子の多重検出とＯ群血清型別の組み合わせにより、サルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別することが可能である。即ち本発明のサルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別する方法は、さらに下記（ｄ）及び（ｅ）に記載の工程を含んでもよい。
（ｄ）サルモネラのＯ群血清型を判定する工程、及び
（ｅ）工程（ｄ）においてＯ群血清型がＯ４群と判定された場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると示される工程 In the method for determining whether the Salmonella serotype of the present invention is Typhimurium, DNA extraction and DNA amplification can be performed by the above-described methods.
In the method for determining whether or not the Salmonella serotype of the present invention is Typhimurium, the amplification product of the DNA described in (1) to (4) above can be obtained in Salmonella whose serotype is Mbandaka There is. Since Typhimurium and Mbandaka can be distinguished by group O serotypes, it is possible to determine whether the serotype of Salmonella is Typhimurium by the combination of multiple detection of these four genes and group O serotypes. Is possible. That is, the method for determining whether or not the Salmonella serotype of the present invention is Typhimurium may further include the steps described in (d) and (e) below.
(D) a step of determining Salmonella group O serotype, and (e) a step in which the Salmonella serotype is indicated as Typhimurium when the group O serotype is determined to be the O4 group in step (d).

サルモネラのＯ群血清型の判定は、市販の免疫血清（例えばデンカ生研株式会社製サルモネラ免疫血清「生研」シリーズ）を用い、添付の指示書に従って行うことが可能である。本発明においては、Ｏ群血清型がＯ４群である場合にサルモネラの血清型がTyphimuriumであると判別され、Ｏ群血清型がＯ７群である場合にサルモネラの血清型がMbandakaであると判別される。   The determination of Salmonella group O serotype can be performed using a commercially available immune serum (for example, Salmonella immune serum "Seiken" series manufactured by Denka Seken Co., Ltd.) and according to the attached instructions. In the present invention, when the O group serotype is the O4 group, the Salmonella serotype is determined to be Typhimurium, and when the O group serotype is the O7 group, the Salmonella serotype is determined to be Mbandaka. The

また本発明は、下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がCholeraesuisであるか否かを判別する方法を提供する。
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がCholeraesuisであると示される工程。
ここで（１）〜（５）は以下の通りである。
（１）配列番号：５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA The present invention also provides a method for determining whether or not the Salmonella serotype is Choleraesuis, comprising the following steps (a) to (c).
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) amplifying at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5), and (c) at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5) When the amplification product is obtained, the serotype of Salmonella is shown to be Choleraesuis.
Here, (1) to (5) are as follows.
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 5
(2) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 6
(3) DNA comprising all or part of the base sequence described in SEQ ID NO: 7
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 8
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 9

本発明のサルモネラの血清型がCholeraesuisであるか否かを判別する方法において、DNAの抽出、DNAの増幅は上述の方法によって行うことが可能である。   In the method for determining whether or not the Salmonella serotype of the present invention is Choleraesuis, DNA extraction and DNA amplification can be performed by the above-described methods.

また本発明は、下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別する方法を提供する。
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも4つのDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも4つのDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がEnteritidisであると示される工程。
ここで（１）〜（５）は以下の通りである。
（１）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA The present invention also provides a method for determining whether or not the Salmonella serotype is Enteritidis, including the following steps (a) to (c).
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) amplifying at least four DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5), and (c) at least four DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5) If the amplification product is obtained, the serotype of Salmonella is shown to be Enteritidis.
Here, (1) to (5) are as follows.
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 10
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 11
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 12
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 13
(5) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 14

本発明のサルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別する方法において、DNAの抽出、DNAの増幅は上述の方法によって行うことが可能である。
なお本発明のサルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別する方法においては、血清型がBlegdamであるサルモネラにおいて、上記（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも4つのDNAの増幅産物が得られる場合がある。これは、血清型EnteritidisとBlegdamは遺伝的類似度が極めて高いと考えられるためである。しかしながら、血清型がBlegdamであるサルモネラは極めて分離頻度の低いサルモネラであることから、実際にサルモネラの血清型を判別する場面においては、（１）〜（５）からなる群より選択される少なくとも4遺伝子領域が増幅された場合、Enteritidisである可能性が極めて高いと考えることが可能である。 In the method for determining whether the Salmonella serotype of the present invention is Enteritidis, DNA extraction and DNA amplification can be performed by the above-described methods.
In the method for determining whether the serotype of Salmonella according to the present invention is Enteritidis, at least four DNAs selected from the group consisting of (1) to (5) above in Salmonella whose serotype is Blegdam. Amplification product may be obtained. This is because serotypes Enteritidis and Blegdam are considered to have extremely high genetic similarity. However, since Salmonella whose serotype is Blegdam is a Salmonella with a very low frequency of separation, at least 4 selected from the group consisting of (1) to (5) in the situation of actually determining the Salmonella serotype. If the gene region is amplified, it can be considered very likely to be Enteritidis.

なお血清型EnteritidisとBlegdamは、1相Ｈ抗原の型別を行うことにより識別することが可能である。1相Ｈ抗原の型別がg,mである場合に血清型がEnteritidisであると判定され、g,m,qである場合にBlegdamであると判定される。すなわち本発明は、上記（ａ）から（ｃ）の工程に加え下記（ｄ）及び（ｅ）に記載の工程を含んでもよい。
（ｄ）サルモネラの1相Ｈ抗原の型別を判定する工程、及び
（ｅ）工程（ｄ）において1相Ｈ抗原の型別がg,mと判定された場合に、サルモネラの血清型がEnteritidisであると示される工程
サルモネラの1相Ｈ抗原の型別の判定は、市販の免疫血清（例えばデンカ生研株式会社製サルモネラ免疫血清「生研」シリーズ）を用い、添付の指示書に従って行うことが可能である。 The serotypes Enteritidis and Blegdam can be distinguished by performing type classification of the 1-phase H antigen. When the type of the 1-phase H antigen is g, m, it is determined that the serotype is Enteritidis, and when it is g, m, q, it is determined that it is Blegdam. That is, the present invention may include the following steps (d) and (e) in addition to the steps (a) to (c).
(D) determining the type of Salmonella single-phase H antigen, and (e) if the type of the single-phase H antigen is determined to be g, m in step (d), the Salmonella serotype is Enteritidis It is possible to determine the type of Salmonella 1-phase H antigen according to the attached instructions using commercially available immune serum (eg, Salmonella immune serum “Seiken” series manufactured by Denka Seiken Co., Ltd.). It is.

また本発明は、下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別する方法を提供する。
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（６）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（６）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がDublinであると示される工程。
ここで（１）〜（６）は以下の通りである。
（１）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（６）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA The present invention also provides a method for determining whether or not the Salmonella serotype is Dublin, comprising the following steps (a) to (c).
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) amplifying at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (6), and (c) at least three DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (6) When the amplification product is obtained, the serotype of Salmonella is shown to be Dublin.
Here, (1) to (6) are as follows.
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 15
(2) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 16
(3) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 17
(4) DNA comprising all or part of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 18
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 19
(6) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 20

本発明のサルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別する方法において、DNAの抽出、DNAの増幅は上述の方法によって行うことが可能である。
なお本発明のサルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別する方法においては、血清型がRostock又はNaestvedであるサルモネラにおいて、上記（１）〜（６）からなる群より選択される少なくとも3つのDNAの増幅産物が得られる場合がある。しかしながら、血清型がRostock又はNaestvedであるサルモネラは極めて分離頻度の低いサルモネラであることから、実際にサルモネラの血清型を判別する場面においては、（１）〜（６）からなる群より選択される少なくとも3遺伝子領域が増幅された場合、Dublinである可能性が極めて高いと考えることが可能である。 In the method for determining whether or not the serotype of Salmonella of the present invention is Dublin, DNA extraction and DNA amplification can be performed by the methods described above.
In the method for determining whether or not the Salmonella serotype is Dublin, at least 3 selected from the group consisting of (1) to (6) above in Salmonella whose serotype is Rostock or Naestved. An amplification product of one DNA may be obtained. However, since Salmonella whose serotype is Rostock or Naestved is a Salmonella with a very low frequency of separation, it is selected from the group consisting of (1) to (6) when actually determining the Salmonella serotype. If at least three gene regions are amplified, it can be considered very likely to be Dublin.

なお血清型Dublin、Rostock、Naestvedは、1相Ｈ抗原の型別を行うことにより識別することが可能である。1相Ｈ抗原の型別がg,pである場合に血清型がDublinであると判定され、g,p,uである場合にRostockであると判定され、g,p,sである場合にNaestvedであると判定される。本発明においては、上記（ａ）から（ｃ）の工程に加え下記（ｄ）及び（ｅ）に記載の工程を含んでもよい。
（ｄ）サルモネラの1相Ｈ抗原の型別を判定する工程、及び
（ｅ）工程（ｄ）において1相Ｈ抗原の型別がg,pと判定された場合に、サルモネラの血清型がDublinsであると示される工程
サルモネラの1相Ｈ抗原の型別の判定は、上述の通り、市販の免疫血清（例えばデンカ生研株式会社製サルモネラ免疫血清「生研」シリーズ）を用い、添付の指示書に従って行うことが可能である。 The serotypes Dublin, Rostock, and Naestved can be identified by typing the type 1 H antigen. When the type of 1-phase H antigen is g, p, it is determined that the serotype is Dublin, when it is g, p, u, it is determined that it is Rostock, and when it is g, p, s It is determined to be Naestved. In the present invention, the following steps (d) and (e) may be included in addition to the steps (a) to (c).
(D) determining the type of Salmonella single-phase H antigen, and (e) if the type of the single-phase H antigen is determined as g, p in step (d), the Salmonella serotype is Dublins. As described above, the type-specific determination of Salmonella phase I H antigen is performed using a commercially available immune serum (for example, Salmonella immune serum “Seiken” series manufactured by Denka Seiken Co., Ltd.) and according to the attached instructions. Is possible.

また本発明は、下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がGallinarumであるか否かを判別する方法を提供する。
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（５）に記載のDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（５）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がGallinarumであると示される工程。
ここで（１）〜（５）は以下の通りである。
（１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
（５）配列番号：２５に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNA
本発明のサルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別する方法において、DNAの抽出、DNAの増幅は上述の方法によって行うことが可能である。 The present invention also provides a method for determining whether or not the Salmonella serotype is Gallinarum, including the following steps (a) to (c).
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying the DNA described in (1) to (5) below; and (c) a serotype of Salmonella when the amplification product of the DNA described in (1) to (5) below is obtained. The process indicated to be Gallinarum.
Here, (1) to (5) are as follows.
(1) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 21
(2) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 22
(3) DNA containing all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 23
(4) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 24
(5) DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25
In the method for determining whether the Salmonella serotype of the present invention is Enteritidis, DNA extraction and DNA amplification can be performed by the above-described methods.

また本発明は、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAとストリンジェントな条件で特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを提供する。
また本発明は、配列番号：２５から７２のいずれかに記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドを提供する。本発明は、さらに、下記（ｉ）から（ｖ）からなる群より選択される少なくとも1組のセットを提供する。これらのオリゴヌクレオチド及びセットは、例えば、配列番号：１〜２４に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅するためのプライマーとして有用である。 In addition, the present invention provides an oligonucleotide that specifically hybridizes under stringent conditions with a DNA containing all or part of the base sequences set forth in SEQ ID NOs: 1 to 24.
The present invention also provides an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in any of SEQ ID NOs: 25 to 72. The present invention further provides at least one set selected from the group consisting of (i) to (v) below. These oligonucleotides and sets are useful as primers for amplifying DNA containing all or part of the base sequences described in SEQ ID NOs: 1 to 24, for example.

（ｉ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット
（１）配列番号：３３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：３５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：３７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：４１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも４つを含むセット
（１）配列番号：４３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：４５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：４７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：４９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：５１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｉｖ）下記（１）から（６）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット
（１）配列番号：５３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：５５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：５７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：５９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（５）配列番号：６１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（６）配列番号：６３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（ｖ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：６５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：６７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：６９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：７１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。 (I) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 26,
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 27 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 28;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 29, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 30;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 32;
(Ii) a set comprising at least three selected from the following sets (1) to (5) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 33 and a base set forth in SEQ ID NO: 34 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 36;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 37, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 38;
(4) a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 39 and oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 40;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 41 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 42;
(Iii) a set comprising at least four selected from the following sets (1) to (5) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 43 and a base set forth in SEQ ID NO: 44 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 45 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 46;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 47 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 48;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 49 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 50;
(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 51 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 52;
(Iv) A set comprising at least three selected from the following sets (1) to (6) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 53 and a base set forth in SEQ ID NO: 54 A set of oligonucleotides comprising the sequence;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 55 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 56;
(3) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 57 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 58;
(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 59 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 60;
(5) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 61 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 62;
(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 63 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 64;
(V) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 65, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 66;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 67 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 68;
(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 69 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 70;
(4) A set of an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 71 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 72.

例えば、サルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別するために用いられるプライマーセットとしては、上記（ｉ）に記載のセットが例示できるがこれに限定されない。
例えば、サルモネラの血清型がCholeraesuisであるか否かを判別するために用いられるプライマーセットとしては、上記（ｉｉ）に記載のセットが例示できるがこれに限定されない。
例えば、サルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かを判別するために用いられるプライマーセットとしては、上記（ｉｉｉ）に記載のセットが例示できるがこれに限定されない。
例えば、サルモネラの血清型がDublinであるか否かを判別するために用いられるプライマーセットとしては、上記（ｉｖ）に記載のセットが例示できるがこれに限定されない。
例えば、サルモネラの血清型がGallinarumであるか否かを判別するために用いられるプライマーセットとしては、上記（ｖ）に記載のセットが例示できるがこれに限定されない。 For example, examples of the primer set used to determine whether or not the serotype of Salmonella is Typhimurium include, but are not limited to, the set described in (i) above.
For example, examples of the primer set used to determine whether or not the serotype of Salmonella is Choleraesuis include, but are not limited to, the set described in (ii) above.
For example, the primer set used for determining whether or not the serotype of Salmonella is Enteritidis can be exemplified by the set described in (iii) above, but is not limited thereto.
For example, the primer set used to determine whether the serotype of Salmonella is Dublin can be exemplified by the set described in (iv) above, but is not limited thereto.
For example, the primer set used to determine whether or not the Salmonella serotype is Gallinarum can be exemplified by the set described in (v) above, but is not limited thereto.

また本発明は、配列番号：９９から１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAとストリンジェントな条件で特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを提供する。より具体的には、配列番号：７３から９８のいずれかに記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドを提供する。本発明はさらに、下記（ａ）から（ｍ）からなる群より選択される少なくとも1組のセットを提供する。このようなオリゴヌクレオチド及びセットは、例えば、配列番号：９９から１１１に記載の塩基配列の全部又は一部を含むDNAを増幅するためのプライマーとして有用である。
（ａ）配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｂ）配列番号：７５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：７６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｃ）配列番号：７７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：７８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｄ）配列番号：７９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：８０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｅ）配列番号：８１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：８２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｆ）配列番号：８３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：８４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｇ）配列番号：８５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：８６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｈ）配列番号：８７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：８８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｉ）配列番号：８９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：９０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｊ）配列番号：９１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：９２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｋ）配列番号：９３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：９４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｌ）配列番号：９５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：９６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット、
（ｍ）配列番号：９７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（フォワードプライマー、及び、配列番号：９８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド（リバースプライマー）のセット。 The present invention also provides an oligonucleotide that specifically hybridizes under stringent conditions with DNA comprising all or part of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 99 to 111. More specifically, an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in any one of SEQ ID NOs: 73 to 98 is provided. The present invention further provides at least one set selected from the group consisting of the following (a) to (m). Such oligonucleotides and sets are useful, for example, as primers for amplifying DNA comprising all or part of the base sequences set forth in SEQ ID NOs: 99 to 111.
(A) a set of oligonucleotides including the base sequence described in SEQ ID NO: 73 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 74;
(B) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 75 (forward primer and an oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 76 (reverse primer);
(C) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 77 (forward primer and oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 78 (reverse primer);
(D) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 79 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 80;
(E) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 81 (forward primer and oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 82 (reverse primer);
(F) a set of oligonucleotides including the base sequence described in SEQ ID NO: 83 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 84;
(G) a set of oligonucleotides including the base sequence described in SEQ ID NO: 85 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 86;
(H) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 87 (forward primer and an oligonucleotide containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 88 (reverse primer);
(I) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 89 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 90;
(J) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 91 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 92;
(K) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 93 (forward primer and oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 94 (reverse primer);
(L) a set of oligonucleotides containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 95 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) containing the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 96;
(M) A set of oligonucleotides including the base sequence described in SEQ ID NO: 97 (forward primer and oligonucleotide (reverse primer) including the base sequence described in SEQ ID NO: 98).

上記（ａ）を含むセットは、サルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かの判別に有用である。
上記（ｂ）〜（ｄ）を含むセットは、サルモネラの血清型がCholeraesuisであるか否かの判別に有用である。
上記（ｅ）〜（ｇ）を含むセットは、サルモネラの血清型がDublinであるか否かの判別に有用である。
上記（ｈ）〜（ｊ）を含むセットは、サルモネラの血清型がEnteritidisであるか否かの判別に有用である。
上記（ｋ）〜（ｍ）を含むセットは、サルモネラの血清型がGallinarumであるか否かの判別に有用である。 The set including the above (a) is useful for determining whether or not the serotype of Salmonella is Typhimurium.
The set including the above (b) to (d) is useful for determining whether or not the Salmonella serotype is Choleraesuis.
The set including the above (e) to (g) is useful for determining whether or not the Salmonella serotype is Dublin.
The set including the above (h) to (j) is useful for determining whether or not the Salmonella serotype is Enteritidis.
The set including the above (k) to (m) is useful for determining whether or not the Salmonella serotype is Gallinarum.

また本発明は、サルモネラの血清型判別用試薬及びサルモネラの血清型判別用キットを提供する。このような試薬やキットには、少なくとも次の構成要素（Ｉ）又は（Ｉ´）のいずれか又は両方が含まれる。
（Ｉ）上記（Ａ）から（Ｅ）からなる群より選択される少なくとも１つのDNAをPCRにより増幅するためのオリゴヌクレオチドのセット
このようなセットとしては、上記（ｉ）から（ｖ）に記載のセットが挙げられるが、これらに限定されない。
（Ｉ´）上記（ａ）から（ｍ）からなる群より選択される少なくとも１つのDNAをPCRにより増幅するためのオリゴヌクレオチドのセット The present invention also provides a Salmonella serotyping reagent and a Salmonella serotyping kit. Such a reagent or kit contains at least one or both of the following components (I) and (I ′).
(I) A set of oligonucleotides for amplifying by PCR at least one DNA selected from the group consisting of (A) to (E) above. Such a set is described in (i) to (v) above. But is not limited to these.
(I ′) Oligonucleotide set for amplifying by PCR at least one DNA selected from the group consisting of (a) to (m) above

上記キットには、前記構成要素（Ｉ）又は（Ｉ´）のいずれか又は両方に加え、次のような付加的な要素を含むことができる。
（ＩＩ）DNAポリメラーゼ：
本発明の試薬又はキットは、鋳型依存性の相補鎖合成反応を触媒するDNAポリメラーゼを含むことができる。PCRなどの公知の核酸合成反応に利用されている種々のDNAポリメラーゼは、本発明に利用することができる。
（ＩＩＩ）ヌクレオチド基質：
本発明の試薬又はキットは、核酸の相補鎖合成反応の基質として利用されるヌクレオチド類を含むことができる。具体的には、dCTP、dGTP、dTPT、およびdATPの少なくとも一つ、通常はこれらの全て（dNTP）をキットに含むことができる。これらのヌクレオチド類は、天然の構造のみならず、誘導体を利用することもできる。蛍光物資や結合性リガンドで修飾したヌクレオチド類が公知である。上記キットには、PCRにより増幅されたPCR産物のサイズが記載された書類を添付することができる。また、PCRにより増幅されたPCR産物のサイズ情報を機械読み取り可能なデータとし、それを格納した記録媒体としてキットに加えることもできる。 The kit may contain the following additional elements in addition to either or both of the components (I) and (I ′).
(II) DNA polymerase:
The reagent or kit of the present invention can contain a DNA polymerase that catalyzes a template-dependent complementary strand synthesis reaction. Various DNA polymerases used in known nucleic acid synthesis reactions such as PCR can be used in the present invention.
(III) Nucleotide substrate:
The reagent or kit of the present invention can contain nucleotides that are used as substrates for nucleic acid complementary strand synthesis reactions. Specifically, at least one of dCTP, dGTP, dTPT, and dATP, usually all of these (dNTP) can be included in the kit. These nucleotides can utilize not only natural structures but also derivatives. Nucleotides modified with fluorescent materials or binding ligands are known. A document describing the size of the PCR product amplified by PCR can be attached to the kit. Moreover, the size information of the PCR product amplified by PCR can be converted into machine-readable data and added to the kit as a recording medium storing the data.

さらに本発明は、Salmonella Typhimurium、Salmonella Choleraesuis、Salmonella Enteritidis、Salmonella Dublin、及びSalmonella Gallinarumからなる群より選択されるいずれかのサルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、上記（ｉ）から（ｖ）からなる群より選択される少なくとも1つのセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物を提供する。また本発明は、これらのサルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、上記（ａ）から（ｍ）からなる群より選択される少なくとも1つのセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物を提供する。本発明のPCR産物は、サルモネラの血清型の判別に使用することが出来る。   Further, the present invention provides a template of Salmonella genomic DNA selected from the group consisting of Salmonella Typhimurium, Salmonella Choleraesuis, Salmonella Enteritidis, Salmonella Dublin, and Salmonella Gallinarum, from the group consisting of (i) to (v) above. A PCR product amplified by PCR using at least one selected set as a primer set is provided. The present invention also provides a PCR product amplified by PCR using the genomic DNA of these Salmonella as a template and at least one set selected from the group consisting of (a) to (m) above as a primer set. The PCR product of the present invention can be used for discrimination of Salmonella serotypes.

また本発明は、下記（ａ）に記載のPCR産物の種類、及び、下記（ｂ）に記載のPCR産物の種類を比較する工程を含む被検サルモネラの血清型判別法であって、前記工程において比較したPCR産物の種類が一致したときに、被検サルモネラの血清型が、対照サルモネラの血清型と同一であると判別される方法を提供する。
（ａ）対照サルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、上記（ｉ）から（ｖ）からなる群より選択される少なくとも1つのセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物の種類であって、対照サルモネラに特異的なPCR産物の種類、
（ｂ）被検サルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、（ａ）と同じセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物の種類。 The present invention also relates to a method for determining the serotype of Salmonella to be tested, comprising the step of comparing the types of PCR products described in (a) below and the types of PCR products described in (b) below. A method is provided in which when the types of the PCR products compared in the above match, the serotype of the test Salmonella is determined to be the same as that of the control Salmonella.
(A) a kind of PCR product amplified by PCR using genomic DNA of control Salmonella as a template and at least one set selected from the group consisting of (i) to (v) above as a primer set, Types of PCR products specific for Salmonella,
(B) Types of PCR products amplified by PCR using the genomic DNA of the test Salmonella as a template and the same set as (a) as a primer set.

本発明において、「PCR産物の種類」とは、分子サイズによって分類されたPCR産物の種類（パターン）を意味し、「PCR産物の種類」は「PCRパターン」と表現することができる。   In the present invention, “type of PCR product” means the type (pattern) of PCR products classified by molecular size, and “type of PCR product” can be expressed as “PCR pattern”.

なお本発明においては、上記（Ａ）から（Ｅ）に記載のDNAを以下のように別の形式で表現することができる。
（Ａ）下記（１）〜（４）に記載のDNA
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
DNA
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
DNA
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（Ｂ）下記（１）〜（５）に記載のDNAのうち少なくとも３つのDNA
（１）配列番号：３３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：３４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（２）配列番号：３５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：３６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
DNA
（３）配列番号：３７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：３８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
DNA
（４）配列番号：３９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：４０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（５）配列番号：４１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：４２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（Ｃ）下記（１）〜（５）に記載のDNAのうち少なくとも４つのDNA
（１）配列番号：４３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：４４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（２）配列番号：４５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：４６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（３）配列番号：４７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：４８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（４）配列番号：４９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：５０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（５）配列番号：５１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：５２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（Ｄ）下記（１）〜（６）に記載のDNAのうち少なくとも３つのDNA
（１）配列番号：５３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：５４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（２）配列番号：５５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：５６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（３）配列番号：５７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：５８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（４）配列番号：５９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：６０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（５）配列番号：６１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：６２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（６）配列番号：６３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：６４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（Ｅ）下記（１）〜（４）に記載のDNA
（１）配列番号：６５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：６６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（２）配列番号：６７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：６８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（３）配列番号：６９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：７０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（４）配列番号：７１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：７２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA In the present invention, the DNAs described in (A) to (E) above can be expressed in other formats as follows.
(A) DNA described in (1) to (4) below
(1) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 25 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 26
(2) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 27 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 28
DNA
(3) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 29 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 30
DNA
(4) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 31 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 32
(B) At least three of the DNAs described in (1) to (5) below
(1) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 33 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 34
(2) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 35 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 36
DNA
(3) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 37 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 38
DNA
(4) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 39 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 40
(5) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 41 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 42
(C) At least four of the DNAs described in (1) to (5) below
(1) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 43 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 44
(2) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 45 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 46
(3) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 47 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 48
(4) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 49 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 50
(5) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 51 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 52
(D) at least three of the DNAs described in (1) to (6) below
(1) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 53 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 54
(2) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 55 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 56
(3) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 57 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 58
(4) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 59 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 60
(5) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 61 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 62
(6) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 63 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 64
(E) DNA described in (1) to (4) below
(1) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 65 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 66
(2) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 67 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 68
(3) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 69 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 70
(4) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 71 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 72

また配列番号：９９から１１１に記載のDNAはそれぞれ、以下のように表現することができる。
（１）配列番号：７３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（２）配列番号：７５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：７６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（３）配列番号：７７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：７８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（４）配列番号：７９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：８０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（５）配列番号：８１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：８２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（６）配列番号：８３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：８４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（７）配列番号：８５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：８６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（８）配列番号：８７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：８８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（９）配列番号：８９に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：９０に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（１０）配列番号：９１に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：９２に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（１１）配列番号：９３に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：９４に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（１２）配列番号：９５に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：９６に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA
（１３）配列番号：９７に記載の塩基配列と相補的な塩基配列、及び、配列番号：９８に記載の塩基配列と相補的な塩基配列によって挟まれるDNA The DNAs described in SEQ ID NOs: 99 to 111 can be expressed as follows.
(1) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 73 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 74
(2) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 75 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 76
(3) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 77 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 78
(4) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 79 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 80
(5) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 81 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 82
(6) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 83 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 84
(7) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 85 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 86
(8) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 87 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 88
(9) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 89 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 90
(10) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 91 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 92
(11) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 93 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 94
(12) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 95 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 96
(13) DNA sandwiched between a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 97 and a base sequence complementary to the base sequence described in SEQ ID NO: 98

なお本発明においては、「含む」という文言の代わりに「からなる」という文言を使用することが出来る。   In the present invention, the word “consisting of” can be used instead of the word “including”.

以下実施例により本発明をさらに詳しく説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。   The present invention will be described in more detail with reference to the following examples. However, the present invention is not limited to the following examples.

１．材料と方法
１．１ 血清型Typhimurium（ST）及びCholeraesuis（SC）特異的塩基配列の特定
遺伝子データベース上に公開されているST LT2株及びSC SC-B67株の全ゲノム塩基配列を用いて２つの異なる手法で比較ゲノム解析を実施し、非共通領域に含まれる遺伝子を血清型特異的遺伝子の候補とした。この中から連続した遺伝子群を挿入配列とし、異なる挿入配列の中から１遺伝子を選び、遺伝子データベースを用いて相同性検索を実施することで血清型特異的遺伝子候補の絞り込みを行った。次に過去30年間にわたって収集した約3,700株の野外分離サルモネラの中から異なる事例に由来するST125株（表２−１〜２−２）、SC29株（表３）、それ以外の118血清型（表７−１〜７−５）から各１株を選び、これらのゲノムDNAを鋳型として上記遺伝子を検出するPCRを実施し、野外分離サルモネラにおける血清型特異的遺伝子候補保有率を調べた。 1. Materials and methods
1.1 Two different methods using the whole genome base sequences of ST LT2 strain and SC SC-B67 strain published on the specific gene database of serotype Typhimurium (ST) and Choleraesuis (SC) specific base sequences Comparative genome analysis was performed, and genes included in non-common regions were selected as serotype-specific gene candidates. Sequential gene groups were selected as insertion sequences, one gene was selected from different insertion sequences, and homology search was performed using a gene database to narrow down serotype-specific gene candidates. Next, ST125 strain (Table 2-1 to 2-2), SC29 strain (Table 3), and other 118 serotypes derived from different cases among about 3,700 field-separated Salmonella collected over the past 30 years ( Each strain was selected from Tables 7-1 to 7-5), PCR was carried out using these genomic DNAs as templates to detect the above genes, and the serotype-specific gene candidate prevalence in field-separated Salmonella was examined.

１．２ 血清型Dublin（SD）、Enteritidis（SE）、Gallinarum（SG）特異的塩基配列の特定
遺伝子データベース上に公開されているSD str.CT_02021853、SE NCTC13349、SG_NCTC13346の全ゲノム塩基配列データを用いてSDとSE及びSEとSGの間でオーソログ解析に基づく比較ゲノム解析を実施し、非オーソログ対応ORFを血清型特異的遺伝子の候補として抽出した。さらに、遺伝子データベースを用いて相同性検索を行い、血清型特異的遺伝子候補の絞り込みを行った。次に過去30年間にわたって収集した約3,700株の野外分離サルモネラの中から異なる事例に由来するSD、SE、SG、それぞれ162株（表４−１〜４−３）、69株（表５）、13株（表６）を、それ以外の118血清型（表７−１〜７−５）から各１株を選び、これらのゲノムDNAを鋳型として上記遺伝子を検出するPCRを実施し、野外分離サルモネラにおける血清型特異的遺伝子候補保有率を調べた。 1.2 Using whole genome base sequence data of SD str. Comparative genome analysis based on ortholog analysis was performed between SD and SE and SE and SG, and non-ortholog corresponding ORFs were extracted as serotype-specific gene candidates. Furthermore, homology search was performed using the gene database, and serotype-specific gene candidates were narrowed down. Next, among the approximately 3,700 field-separated Salmonella collected over the past 30 years, SD, SE, and SG derived from different cases, 162 (Tables 4-1 to 4-3), 69 (Table 5), Select 13 strains (Table 6) from each of the other 118 serotypes (Tables 7-1 to 7-5), perform PCR to detect the above genes using these genomic DNAs as templates, and perform field isolation The serotype-specific gene candidate possession rate in Salmonella was investigated.

２．結果
２．１ ST及びSC特異的塩基配列の特定
MUMmerソフトウェアによる比較ゲノム解析で抽出した非共通領域には、ST LT2株で372の、SC-B67株で305のCDS配列を認めた。オーソログ解析に基づく比較ゲノム解析ではST LT2株で533の、SC-B67株で549の非一致ORFが抽出できた。これら遺伝子のうち挿入配列から１遺伝子を選び、相同性検索を実施し、他のサルモネラで登録のない遺伝子をST及びSCで、それぞれ４及び５個選び出した（表１）。 2. result
2.1 Identification of ST and SC specific nucleotide sequences
In the non-common region extracted by comparative genomic analysis using MUMmer software, 372 CDS sequences were found in ST LT2 strain and 305 in SC-B67 strain. In comparative genome analysis based on ortholog analysis, 533 unmatched ORFs were extracted from ST LT2 strain and 549 from SC-B67 strain. Among these genes, one gene was selected from the inserted sequence, homology search was performed, and 4 and 5 genes not registered in other Salmonella were selected by ST and SC, respectively (Table 1).

ST遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：２５〜３２）を用いて４遺伝子の検出を試みたところ、各遺伝子の保有率はST 125株で全て100%、その他血清型118株で12.7〜42.4%であった（表１、表８−１〜８−３）。
SC遺伝子検出用プライマーペア５種（配列番号：３３〜４２）を用いて同様の実験を行ったところ、各遺伝子の保有率はSC 29株で全て100%、その他血清型118株で0.8〜5.9%であった（表１、表９−１〜９−４）。 Attempts were made to detect 4 genes using the primer pair for detecting ST gene (SEQ ID NO: 25-32). The retention rate of each gene was 100% for ST 125 strains and 12.7-42.4% for 118 other serotype strains. (Table 1, Tables 8-1 to 8-3).
When similar experiments were performed using 5 types of primer pairs for detecting SC genes (SEQ ID NOs: 33 to 42), the retention rate of each gene was 100% for SC 29 strains, and 0.8 to 5.9 for 118 other serotype strains. % (Table 1, Tables 9-1 to 9-4).

ST遺伝子検出用プライマーペアでST以外の血清型118株を解析したとき、血清型Mbandaka（O6,7: z10: e,n,z15）及びO4:i:1,2で４遺伝子とも増幅陽性であった（表８−３）。O4: i: 1,2についてはSTが保有する血清型特異的病原性プラスミドを保有していたことから、STの単相変異株である可能性が考えられた。MbandakaについてはＯ群血清型別で識別可能であることから、これら４遺伝子の多重検出とＯ群血清型別の組み合わせにより、STの迅速同定が可能であることが示唆された。
一方、SC遺伝子検出用プライマーペア５種を用いてSC以外の血清型118株を解析したとき、３遺伝子以上で増幅陽性の株は認められなかった（表９）。これら５遺伝子の多重検出により、SCの迅速同定が可能であることが示唆された。 When analyzing the ST gene detection primer serotype 118 strain other than ST in pairs, serotype Mbandaka (O6,7: z 10: e , n, z 15) and O4: i: 1, 2 at 4 gene, also amplified It was positive (Table 8-3). O4: i: 1, 2 possessed a serotype-specific virulence plasmid possessed by ST, so it was possible that it was a single-phase mutant of ST. Since Mbandaka can be identified by O group serotype, it was suggested that rapid identification of ST is possible by multiplex detection of these 4 genes and combination by O group serotype.
On the other hand, when serotype 118 strains other than SC were analyzed using 5 kinds of primer pairs for detecting SC gene, no positive strain was found in 3 or more genes (Table 9). It was suggested that rapid identification of SC is possible by multiplex detection of these 5 genes.

またST遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：７３及び７４）を用いてSTR1（ST0283）の検出を試みたところ、検出率は125株で全て100%、その他血清型118株で12.7%であった（表１３）。
SC遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：７５〜８０）を用いて同様の実験を行ったところ、SCR1（SC0971）、SCR3（SC2145）、SCR5（SC4345）の検出率はSC 29株で全て100%、その他血清型118株でそれぞれ0.8、1.7、0.8%であった（表１４）。 In addition, when STR1 (ST0283) was detected using the ST gene detection primer pair (SEQ ID NOs: 73 and 74), the detection rate was 125% for all 125 strains and 12.7% for other serotype 118 strains. (Table 13).
When the same experiment was performed using the SC gene detection primer pair (SEQ ID NO: 75 to 80), the detection rates of SCR1 (SC0971), SCR3 (SC2145), and SCR5 (SC4345) were all 100% in the SC 29 strain. The other serotype 118 strains were 0.8, 1.7, and 0.8%, respectively (Table 14).

２．２ 血清型SD、SE、SG特異的塩基配列の特定
SDとSEの比較ゲノム解析ではSDで356の、SEで152の非一致ORFが、SEとSGの比較ゲノム解析ではSEで139の、SGで123の非一致ORFが抽出できた。これら遺伝子のうち挿入配列から１遺伝子を選び、相同性検索を実施し、他のサルモネラで登録のない遺伝子をSD、SE、SGで、それぞれ６、５、４個選び出した（表１）。 2.2 Identification of serotype SD, SE, and SG specific nucleotide sequences
In the comparative genomic analysis of SD and SE, 356 non-matching ORFs were extracted in SD, 152 in SE, and 139 in SE and 123 non-matching ORFs in SG were extracted. Among these genes, one gene was selected from the inserted sequence, homology search was performed, and 6, 5, and 4 genes that were not registered in other Salmonella were selected by SD, SE, and SG, respectively (Table 1).

SD遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：５３〜６４）を用いて、これら６遺伝子の検出を試みたところ、各遺伝子の保有率はSD162株で全て100％、その他の118血清型で5.9〜15.3％であった（表１、表１０−１〜１０−６）。
同様にSE検出用プライマー（配列番号：４３〜５２）ではSE69株で全て100％、その他の118血清型で7.6〜33.9％（表１、表１１−１〜１１−５）、SG検出用プライマー（配列番号：６５〜７２）ではSG13株で全て100％、その他の118血清型で9.3〜13.6％の陽性率であった（表１、表１２−１〜１２−２）。 Attempts were made to detect these 6 genes using the SD gene detection primer pair (SEQ ID NO: 53 to 64). % (Table 1, Tables 10-1 to 10-6).
Similarly, SE detection primers (SEQ ID NOs: 43 to 52) are all 100% for SE69 strain, 7.6 to 33.9% for other 118 serotypes (Table 1, Tables 11-1 to 11-5), and SG detection primers. In (SEQ ID NO: 65-72), all of the SG13 strains had a positive rate of 100%, and the other 118 serotypes had a positive rate of 9.3-13.6% (Table 1, Tables 12-1 to 12-2).

SD遺伝子検出用プライマーペアでSD以外の血清型118株を解析したとき、Rostock（O9：g,p,u：−）とNaestved（O9：g,p,s：−）で６遺伝子陽性であった（表１０−４）。これらの血清型はSD（O9：g,p：−）と近縁であると考えられた。他に３遺伝子以上で増幅陽性の株は認められなかった（表１０−１〜１０−６）。フォールスポジティブの可能性を残しているが、これら６遺伝子の多重検出によりSDの迅速同定が可能であると考えられた。
SE検出用プライマーペアでSE以外の血清型118株を解析したとき、Blegdam（O9：g,m,q：−）で５遺伝子陽性であった（表１１−３）。この血清型はSE（O9：g,m：−）と近縁であると考えられた。他に４遺伝子以上で増幅陽性の株は認められなかった（表１１−１〜１１−５）。フォールスポジティブの可能性を残しているが、これら５遺伝子の多重検出によりSEの迅速同定が可能と考えられた。
SG検出用プライマーペアでSG以外の血清型118株を解析したとき、４遺伝子で増幅陽性の株は認められなかった（表１２−１〜１２−２）。これら４遺伝子の多重検出により、SGの迅速同定が可能と考えられた。 When serotype 118 strains other than SD were analyzed using the SD gene detection primer pair, 6 genes were positive for Rostock (O9: g, p, u :-) and Naestved (O9: g, p, s :-). (Table 10-4). These serotypes were considered to be closely related to SD (O9: g, p :-). In addition, strains positive for amplification with 3 or more genes were not found (Tables 10-1 to 10-6). Although the possibility of false positives remains, it was considered that rapid identification of SD was possible by multiplex detection of these 6 genes.
When serotype 118 strains other than SE were analyzed with the SE detection primer pair, 5 genes were positive in Blegdam (O9: g, m, q :-) (Table 11-3). This serotype was considered to be closely related to SE (O9: g, m :-). In addition, strains positive for amplification with 4 or more genes were not found (Tables 11-1 to 11-5). Although the possibility of false positives remains, it was considered that rapid identification of SE was possible by multiplex detection of these 5 genes.
When serotype 118 strains other than SG were analyzed with the SG detection primer pair, strains positive for amplification with 4 genes were not found (Tables 12-1 to 12-2). It was considered that SG could be quickly identified by multiplex detection of these 4 genes.

またSD遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：８１〜８６）を用いてSDR1（SD1756）、SDR4（SD3920）、SDR5（SD4773）の検出を試みたところ、検出率はSD162株で全て100％、その他の118血清型でそれぞれ9.3、5.9、7.6％であった（表１５）。
SE遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：８７〜９２）を用いて同様の実験を行ったところ、SER2（SE0910）、SER3（SE1006）、SER5（SE2420）の検出率はSE69株で全て100％、その他の118血清型でそれぞれ16.9、11.9、7.6％であった（表１６）。
またSG遺伝子検出用プライマーペア（配列番号：９３〜９８）を用いて同様の実験を行ったところ、SGR1、SGR2、SGR4の検出率はSG13株で全て100％、その他の118血清型でそれぞれ10.2、11.9、9.3％であった（表１７）。

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 In addition, SDR1 (SD1756), SDR4 (SD3920), and SDR5 (SD4773) were detected using the SD gene detection primer pair (SEQ ID NOs: 81 to 86). The detection rate was 100% for the SD162 strain. The 118 serotypes were 9.3, 5.9, and 7.6%, respectively (Table 15).
When a similar experiment was performed using the SE gene detection primer pair (SEQ ID NOs: 87 to 92), the detection rates of SER2 (SE0910), SER3 (SE1006), and SER5 (SE2420) were all 100% in the SE69 strain, The other 118 serotypes were 16.9, 11.9, and 7.6%, respectively (Table 16).
Similar experiments were performed using the SG gene detection primer pair (SEQ ID NO: 93 to 98). The detection rates of SGR1, SGR2, and SGR4 were 100% for the SG13 strain and 10.2 for the other 118 serotypes. 11.9 and 9.3% (Table 17).
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Claims (11)

下記（ａ）から（ｃ）の工程を含む、サルモネラの血清型がTyphimuriumであるか否かを判別する方法；
（ａ）サルモネラよりゲノムDNAを抽出する工程、
（ｂ）下記（１）〜（４）に記載のDNAを増幅する工程、及び
（ｃ）下記（１）〜（４）に記載のDNAの増幅産物が得られた場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると示される工程。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列において7223番目〜7963番目の塩基からなる配列からなるDNA又は配列番号：９９に記載の塩基配列からなるDNA
（２）配列番号：２に記載の塩基配列において5844番目〜6587番目の塩基からなる配列からなるDNA
（３）配列番号：３に記載の塩基配列において1023番目〜2213番目の塩基からなる配列からなるDNA
（４）配列番号：４に記載の塩基配列において9216番目〜10040番目の塩基からなる配列からなるDNA A method for determining whether or not the Salmonella serotype is Typhimurium, comprising the following steps (a) to (c):
(A) a step of extracting genomic DNA from Salmonella,
(B) a step of amplifying the DNA described in (1) to (4) below; and (c) a serotype of Salmonella when the amplification product of the DNA described in (1) to (4) below is obtained. The process indicated as Typhimurium.
(1) DNA consisting of a sequence consisting of bases 7223 to 7963 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 or DNA consisting of a base sequence shown in SEQ ID NO: 99
(2) DNA consisting of a sequence consisting of bases 5844 to 6587 in the base sequence described in SEQ ID NO: 2
(3) DNA consisting of a sequence consisting of bases 1023 to 2213 in the base sequence described in SEQ ID NO: 3
(4) DNA consisting of a sequence consisting of the 9216th to 10040th bases in the base sequence described in SEQ ID NO: 4 配列番号：１に記載の塩基配列において7223番目〜7963番目の塩基からなる配列からなるDNAが、配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセットによって増幅され、DNA comprising a sequence consisting of the 7223rd to 7963th bases in the base sequence set forth in SEQ ID NO: 1 is an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25, and the base sequence set forth in SEQ ID NO: 26 Amplified by a set of oligonucleotides comprising
配列番号：２に記載の塩基配列において5844番目〜6587番目の塩基からなる配列からなるDNAが、配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセットによって増幅され、In the base sequence shown in SEQ ID NO: 2, a DNA comprising a sequence consisting of the 5844th to 6587th bases is an oligonucleotide containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 27, and the base sequence shown in SEQ ID NO: 28 Amplified by a set of oligonucleotides comprising
配列番号：３に記載の塩基配列において1023番目〜2213番目の塩基からなる配列からなるDNAが、配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセットによって増幅され、In the base sequence described in SEQ ID NO: 3, the DNA comprising the sequence consisting of the 1023rd to 2213th bases is an oligonucleotide containing the base sequence described in SEQ ID NO: 29, and the base sequence described in SEQ ID NO: 30 Amplified by a set of oligonucleotides comprising
配列番号：４に記載の塩基配列において9216番目〜10040番目の塩基からなる配列からなるDNAの増幅を、配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセットによって増幅され、Amplification of DNA consisting of the sequence consisting of the 9216th to 10040th bases in the base sequence set forth in SEQ ID NO: 4 is performed using an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and the sequence set forth in SEQ ID NO: 32 Amplified by a set of oligonucleotides containing the base sequence,
配列番号：９９に記載の塩基配列からなるDNAが、配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセットによって増幅される、DNA consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NO: 99 is amplified by an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 74.
請求項１に記載の方法。The method of claim 1. 下記（ｄ）及び（ｅ）の工程をさらに含む、請求項２に記載の方法；
（ｄ）サルモネラのＯ群血清型を判定する工程、及び
（ｅ）工程（ｄ）においてＯ群血清型がＯ４群と判定された場合に、サルモネラの血清型がTyphimuriumであると示される工程。 The method according to claim 2, further comprising the following steps (d) and (e):
(D) a step of determining Salmonella group O serotype, and (e) a step in which the Salmonella serotype is Typhimurium when the group O serotype is determined to be the O4 group in step (d). 下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。 A set comprising (1) to (4) below (1) an oligonucleotide comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 25, and a set of oligonucleotides comprising the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 26;
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 27 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 28;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 29, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 30;
(4) A set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 32. 請求項４に記載のセットを含有するサルモネラの血清型判別用キット。 A kit for salmonella serotyping comprising the set according to claim 4 . Salmonella TyphimuriumのサルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、下記（ｉ）のセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物；
（ｉ）下記（１）から（４）を含むセット
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。 PCR product amplified by PCR using Salmonella Typhimurium Salmonella genomic DNA as a template and the following (i) set as a primer set;
(I) a set comprising the following (1) to (4) (1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 26,
(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 27 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 28;
(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 29, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 30;
(4) A set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 32. 配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。 A set of an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 74. 請求項７に記載のセットを含有するサルモネラの血清型判別用キット。 A kit for salmonella serotyping comprising the set according to claim 7 . Salmonella TyphimuriumのサルモネラのゲノムDNAを鋳型とし、下記（１）のセットをプライマーセットとするPCRによって増幅されるPCR産物；
（１）配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。 PCR products amplified by PCR using Salmonella Typhimurium Salmonella genomic DNA as a template and the following (1) set as a primer set;
(1) A set of an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 74. 下記（ｉ）から（ｖ）を含むセット；A set comprising (i) to (v) below;
（ｉ）下記（１）から（４）を含むセット(I) A set including (1) to (4) below
（１）配列番号：２５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(1) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 25 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 26;
（２）配列番号：２７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：２８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 27 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 28;
（３）配列番号：２９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 29, and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 30;
（４）配列番号：３１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 31 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 32;
（ｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット(Ii) a set including at least three selected from the following sets (1) to (5)
（１）配列番号：３３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(1) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 33 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 34;
（２）配列番号：３５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 36;
（３）配列番号：３７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：３８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 37, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 38;
（４）配列番号：３９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(4) a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 39 and oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 40;
（５）配列番号：４１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 41 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 42;
（ｉｉｉ）下記（１）から（５）のセットから選択される少なくとも４つを含むセット(Iii) A set including at least four selected from the following sets (1) to (5)
（１）配列番号：４３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 43 and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 44;
（２）配列番号：４５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 45 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 46;
（３）配列番号：４７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：４８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(3) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 47 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 48;
（４）配列番号：４９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 49 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 50;
（５）配列番号：５１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 51 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 52;
（ｉｖ）下記（１）から（６）のセットから選択される少なくとも３つを含むセット(Iv) A set including at least three selected from the following sets (1) to (6)
（１）配列番号：５３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(1) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 53 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 54;
（２）配列番号：５５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 55 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 56;
（３）配列番号：５７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：５８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(3) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 57 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 58;
（４）配列番号：５９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 59 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 60;
（５）配列番号：６１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(5) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 61 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 62;
（６）配列番号：６３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 63 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 64;
（ｖ）下記（１）から（４）を含むセット(V) A set including the following (1) to (4)
（１）配列番号：６５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 65 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 66;
（２）配列番号：６７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：６８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 67 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 68;
（３）配列番号：６９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 69 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 70;
（４）配列番号：７１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。(4) A set of an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 71 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 72. 以下（１）から（１３）を含むセット；A set comprising (1) to (13) below;
（１）配列番号：７３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(1) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 73 and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 74;
（２）配列番号：７５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(2) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 75 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 76;
（３）配列番号：７７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：７８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(3) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 77 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 78;
（４）配列番号：７９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(4) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 79 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 80;
（５）配列番号：８１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(5) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 81 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 82;
（６）配列番号：８３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(6) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 83, and an oligonucleotide set comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 84;
（７）配列番号：８５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(7) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 85 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 86;
（８）配列番号：８７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：８８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(8) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 87 and oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 88;
（９）配列番号：８９に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９０に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(9) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 89 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 90;
（１０）配列番号：９１に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９２に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(10) a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 91 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 92;
（１１）配列番号：９３に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９４に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(11) an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 93 and a set of oligonucleotides containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 94;
（１２）配列番号：９５に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９６に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット、(12) an oligonucleotide comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 95 and a set of oligonucleotides comprising the base sequence set forth in SEQ ID NO: 96;
（１３）配列番号：９７に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチド、及び、配列番号：９８に記載の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのセット。(13) A set of an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 97 and an oligonucleotide containing the base sequence set forth in SEQ ID NO: 98.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108148892A (en) * 2018-01-24 2018-06-12 深圳市儿童医院 PCR detection primers, nucleic acid hybond membrane item, kit and the method for salmonella

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP5727255B2 (en) * 2011-02-21 2015-06-03 日本ハム株式会社 Rapid and simple discrimination method of Salmonella serotype by multiplex PCR and its primer set
JP5279051B2 (en) * 2011-08-10 2013-09-04 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 Oligonucleotides for detecting Salmonella Typhimurium and rapid serotype identification method using them
CA2920636A1 (en) * 2013-08-20 2015-02-23 E. I. Du Pont De Nemours And Company Sequences and their use for detection of salmonella enteritidis and/or salmonella typhimurium
CN106226536B (en) * 2016-08-01 2017-11-10 福建省产品质量检验研究院 A kind of position phase polymorphism test method of salmonella H antigens
CN106244690B (en) * 2016-08-03 2019-06-18 扬州大学 A kind of multiple PCR detection kit of Rapid identification Salmonella enteritidis, white diarrhea/Salmonella gallinarum and Salmonella dublin
CN111733266A (en) * 2020-07-13 2020-10-02 扬州大学 PCR detection kit for rapidly detecting salmonella and identifying pullorum/typhoid salmonella and application thereof
CN113388539B (en) * 2020-12-30 2022-05-20 广东省微生物研究所（广东省微生物分析检测中心） Salmonella standard strain containing specific molecular target and detection and application thereof

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH0479885A (en) * 1990-07-24 1992-03-13 Kitasato Inst:The New virulence plasmid and base sequence related to the same plasmid
GB9312508D0 (en) * 1993-06-17 1993-08-04 Bioteknologisk Inst Compounds

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108148892A (en) * 2018-01-24 2018-06-12 深圳市儿童医院 PCR detection primers, nucleic acid hybond membrane item, kit and the method for salmonella
CN108148892B (en) * 2018-01-24 2021-07-27 深圳市儿童医院 PCR (polymerase chain reaction) detection primer, nucleic acid hybridization membrane strip, kit and method for salmonella

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