JP5128875B2 - 電気透析及び微生物捕獲手段を利用して試料から微生物を分離する方法及びそのための微生物分離装置 - Google Patents

電気透析及び微生物捕獲手段を利用して試料から微生物を分離する方法及びそのための微生物分離装置 Download PDF

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Description

本発明は、電気透析及び微生物捕獲手段を利用して試料から微生物を分離する方法及びそのための微生物分離装置に関する。
従来の微生物を分離する方法には、遠心分離及び濾過の過程が一般的に使われた。また、特定の細胞を濃縮または分離するためには、前記特定の細胞に特異的に結合する受容体またはリガンドが結合されている支持体に前記細胞を特異的に結合させ、それを濃縮または分離する方法が使われた。例えば、前記細胞に特異的な蛋白質に結合する抗体が結合されている支持体に、前記細胞が含まれている試料を流して前記細胞を前記抗体に結合させ、結合されていない細胞は洗浄するステップを含む親和性クロマトグラフィ方法が含まれる。
また、例えば特許文献1には、上部ガラス基板の両端に連結されており、外部からの電気的な入力を機械的振動に変換して、前記上部ガラス基板に加える圧電トランスデューサと、前記上部ガラス基板と平行な下部基板上とに配列されたN個の電極とを備えるが、前記上部ガラス基板と下部基板との間には、細胞を含む溶液で満たされ、前記各電極は、前記圧電トランスデューサの長手方向と垂直である方向に置かれており、前記N個の電極は、前記圧電トランスデューサの長手方向に沿って一定間隔で配列されている細胞分離装置を備えることを特徴とする超音波長及び進行波の誘電泳動を利用した細胞分離システムが開示されている。
韓国特許公開第2006−0068979号公報
しかし、前述の従来の技術は、何れも固体基板上にリガンドまたは受容体を固定化するか、または外部動力を提供して特定の細胞を選択的に濃縮または分離することである。したがって、固体支持体の自体の特性及び媒質である液体の特性を利用して細胞を分離する方法及び装置については知られていない。
また、固体支持体の自体の特性及び媒質である液体の特性を利用して細胞を分離する方法においては、細胞が固体支持体に結合することを阻害する試料中に存在する物質を電気透析によって除去する方法についても知られていない。
そこで、本発明の目的は、電気透析及び微生物捕獲手段を利用して試料から微生物を分離する方法を提供することである。
また、本発明の他の目的は、電気透析及び微生物捕獲手段を利用して試料から微生物を分離するための装置を提供することである。
本発明は、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって限定端部が仕切さられる反応チャンバと、
前記陰イオン交換膜及び第1電極によって限定さ端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第1電極チャンバと、
前記陽イオン交換膜及び第2電極によって限定さ端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第2電極チャンバと、を備える塩濃度調節装置
の前記反応チャンバに微生物を含む試料を導入するステップと、
前記第1電極と第2電極との間に電圧を印加し、前記反応チャンバ中の微生物を含む試料を電気透析して前記微生物を含む試料の塩濃度を低下させるステップと、
前記塩濃度の低下した試料をと微生物捕獲手段とを接触させるステップと、を含む試料から微生物を分離する方法であって、
前記試料は、生物学的試料であることを特徴とする試料から微生物を分離する方法を提供する。
本発明の方法は、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部が仕切られる反応チャンバと、前記陰イオン交換膜及び第1電極によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第1電極チャンバと、前記陽イオン交換膜及び第2電極によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第2電極チャンバと、を備える塩濃度の調節装置の前記反応チャンバに微生物を含む試料を導入するステップを含む。
本発明の微生物を分離する方法によれば、生物的試料中に存在するバクテリア細胞、カビ細胞またはウイルスを含む微生物細胞を効率的に分離しうる。
本発明の微生物を分離するための装置によれば、バクテリア細胞、カビ細胞またはウイルスを含む微生物細胞を効率的に分離しうる。
「本発明に係る塩濃度調節装置の反応チャンバに微生物を含む試料を導入するステップ」
塩濃度調節装置を図面を参照して説明すれば、次の通りである。図1は、本発明の方法に使われる塩濃度調節装置の一例を示す平面図である。
図1を参照すると、本発明の方法に係る塩濃度調節装置は、a)陽イオン交換膜205(C)及び陰イオン交換膜204(A)によって端部が仕切られる反応チャンバ201と、b)前記陰イオン交換膜204(A)及び第1電極206によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質208を含む第1電極チャンバ202と、c)前記陽イオン交換膜205(C)及び第2電極207によって端部が仕切られ、イオン交換媒質208’を含む第2電極チャンバ203と、を備えうる。
さらに、図1を参照すれば、本発明の方法に使われる前記塩濃度の調節装置において、前記反応チャンバ201は、例えば微生物を含む試料が流入及び流出される流入口209及び流出口210をさらに備えうる。
すなわち、本発明に係る反応チャンバは、端部が陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって仕切られる構造である。そして、当該反応チャンバ内または反応チャンバと連結している微生物捕獲手段を含む容器で、微生物を含む試料が所定の方向に流れる流路が形成されるものであり、当該微生物を含む試料の流れと接するように陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜が配置されており、かつ前記陽イオン交換膜と陰イオン交換膜とは離隔して配置されていることが好ましく、前記陽イオン交換膜と陰イオン交換膜とは離隔して、かつ対向して配置されていることがより好ましい。さらに、本発明に係る第1電極は、反陽イオン交換膜側であって、かつ前記陰イオン交換膜と離隔して配置されることが好ましく、前記陰イオン交換膜と第1電極とは離隔して対向して配置されることがより好ましい。
また、本発明に係る第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜及び第1電極によって端部で仕切られ、かつイオン交換媒質を含む。すなわち、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜を前記反応チャンバと共有している。(換言すると、前記陰イオン交換膜を介して反応チャンバと第1電極チャンバとは接続している)。
なお、前記陰イオン交換膜と前記第1電極とは、第1電極チャンバの側面の一部または全部に離隔して配置されるよう形成されてよい。
さらに、本発明に係る第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜及び第2電極によって端部で仕切られ、かつイオン交換媒質を含む。すなわち、前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜を前記反応チャンバと共有している。(換言すると、前記陽イオン交換膜を介して反応チャンバと第2電極チャンバとは接続している)。
なお、前記陽イオン交換膜と前記第2電極とは、第2電極チャンバの側面の一部または全部に離隔して配置されるよう形成されてよい。
本発明に係るイオン交換媒質は、イオン伝導性媒質であれば、何れも含まれるが、望ましくは、電解質水溶液である。前記電解質の種類は、特に限定されず、各反応の特性に合うように当業者によって容易に選択されうるものであるが、具体的には、上記電解質は、水酸化カリウム、水酸化ナトリウム、塩化カリウム、塩化ナトリウム、ビスマス、スズ、インジウム、水銀、鉛もしくはタリウムの溶解塩、酸化物または水酸化物を含む。また本発明に係る電解質は、金属アノードの溶解カチオンまたはアニオン(例えば酸化アルミニウム、ナトリウムアルミネート、カリウムアルミネート、酸化亜鉛、水酸化亜鉛またはカルシウム塩)を含んでも良い。
図2は、本発明の方法に使われる塩濃度調節装置の他の一例を示す平面図である。図2を参照すると、本発明の方法に係る塩濃度調節装置は、a)陽イオン交換膜305(C)及び陰イオン交換膜304(A)によって端部が仕切られる第1反応チャンバ301と、b)陽イオン交換膜305’(C)及び陰イオン交換膜304’(A)によって端部が仕切られる第2反応チャンバ301’と、c)前記第1反応チャンバ301の陽イオン交換膜305(C)及び前記第2反応チャンバ301’の陰イオン交換膜304’(A)によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質308’を含むイオンチャンバ311と、d)前記第1反応チャンバ301の陰イオン交換膜304(A)及び第1電極306によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質308を含む第1電極チャンバ302と、e)前記第2反応チャンバ301’の陽イオン交換膜305’(C)及び第2電極307によって端部が仕切られ、イオン交換媒質308’’を含む第2電極チャンバ303と、を備えることが好ましい。
すなわち、本発明の方法に係る塩濃度調節装置は、反応チャンバ301、301’が2個以上であり、前記2個以上の反応チャンバ301,301’の間には、前記反応チャンバの陽イオン交換膜305及び陰イオン交換膜304’によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質308’を含むイオンチャンバ311をさらに備えうる。
さらに、図2を参照すれば、本発明の方法に係る塩濃度調節装置において、前記反応チャンバ301,301’は、例えば微生物を含む試料が流入及び流出される流入口309,309’及び流出口310,310’をさらに備えうる。
本発明の方法に係る塩濃度調節装置において、前記反応チャンバは、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部が仕切られる。前記反応チャンバは、前記反応チャンバの2つ以上の対向する側面が前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によってそれぞれ仕切られるが、前記反応チャンバの2つ以上の対向する側面の一部分が前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によってそれぞれ仕切られてもよい。
本発明の方法に係る塩濃度の調節装置において、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜及び第1電極によって仕切られ、かつイオン交換媒質を含む。すなわち、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜を前記反応チャンバと共有し、前記陰イオン交換膜の対向側面の全部または一部に前記第1電極が備えられる。
本発明の方法に係る塩濃度調節装置において、前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜及び第2電極によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質を含む。すなわち、前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜を前記反応チャンバと共有し、前記陽イオン交換膜の対向側面の全部または一部に前記第2電極が備えられる。
本発明の方法に係る塩濃度調節装置において、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜と前記陰イオン交換膜に対向して位置する陽イオン交換膜とによって仕切られ、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバをさらに備えてもよい。また、前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜と前記陽イオン交換膜に対向して位置する陰イオン交換膜とによって仕切られ、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバをさらに備えてもよい。
図3は、本発明の方法に係る塩濃度調節装置の他の一例を示す図面である。図3を参照すれば、本発明の方法に係る塩濃度調節装置は、a)陽イオン交換膜305(C)及び陰イオン交換膜304(A)によって端部を仕切られる反応チャンバ301と、b)前記陰イオン交換膜304(A)及び陽イオン交換膜305’(C)によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質308’を含む第1イオンチャンバ302’及び、前記陽イオン交換膜305’(C)及び第1電極306によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質308を含む第2イオンチャンバ302’’で構成される第1電極チャンバ302と、c)前記陽イオン交換膜305(C)及び陰イオン交換膜304’(A)によって仕切られ、かつイオン交換媒質308’’を含む第1イオンチャンバ303’及び、前記陰イオン交換膜304’(A)及び第2電極307によって仕切られ、かつイオン交換媒質308’’’を含む第2イオンチャンバ303’’で構成される第2電極チャンバ303と、を備えうる。
さらに図3を参照すると、本発明の方法に係る前記塩濃度調節装置において、前記反応チャンバ301は、微生物を含む試料が流入及び流出される流入口309及び流出口310をさらに備えうる。
本発明の方法に係る塩濃度調節装置において、前記陽イオン交換膜は、陽イオンは通過させるが、陰イオンの通過には100%に近い抵抗を表す膜であり、逆に、陰イオン交換膜は、陰イオンは通過させるが、陽イオンの通過には100%に近い抵抗を表す膜である。前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜は、公知のものであり、当業者が容易にそれを購入して使用しうる。例えば、前記陽イオン交換膜は、強酸交換膜(−SO−Naを含む、Nafion社)または弱酸交換膜(−COO−Naを含む)であり、前記陰イオン交換膜は、強塩基(−N(CH)Clを含む)または弱塩基(−N(CHを含む)であり、具体的には、上記ナフィオンなどのフッ素系交換膜としては、ナフィオン(登録商標、デュポン社製)、アシプレックス(登録商標、旭化成株式会社製)、フレミオン(登録商標、旭硝子株式会社製)等のパーフルオロカーボンスルホン酸系高分子、ポリトリフルオロスチレンスルフォン酸系高分子、パーフルオロカーボンホスホン酸系高分子、トリフルオロスチレンスルホン酸系高分子、エチレンテトラフルオロエチレン−g−スチレンスルホン酸系高分子などが挙げられる。
また、使用することのできる陰イオン交換膜の例は次のものである:徳山AM1、AM2、AM3、AMX、AMH、AFN、旭硝子AMP、AMV。
また、本発明に係る陽イオン交換膜の膜厚は、適宜選択されるものであるが、反応チャンバのサイズが小さい場合には、陽イオン交換能を有しており、また厚さが薄ければ薄いほど製作しやすい。例えば、0.1mm〜1.5mmが好ましい。
本発明の係る塩濃度調節装置において、本発明に係る第1電極及び第2電極の材質は、それぞれ白金、金、銅及びパラジウムからなる群から選択される少なくとも一つが挙げることができるが、これらの例に特に限定されるものではない。
前記本発明に係る塩濃度調節装置の反応チャンバに微生物を含む試料を導入するステップは、微生物を含む試料を、前記塩濃度調節装置の反応チャンバに導入することで構成される。本発明の方法において、前記微生物には、バクテリア、カビ及びウイルスが含まれるが、これらの例に限定されるものではない。前記反応チャンバに試料を導入することは、公知の任意の手段によってなされうる。例えば、手作業で導入されるか、またはポンプを利用して導入されうる。したがって、本発明の方法に使われる前記塩濃度調節装置は、前記反応チャンバに試料を流入させるためのポンプ、前記反応チャンバから試料を流出させるためのポンプ及び、前記流入及び流出を調節するための弁をさらに備えうる。例えば、前記反応チャンバに試料を流入させるためのポンプは、チャンネルを通じて前記流入口に連結され、前記反応チャンバから試料を流出させるためのポンプは、チャンネルを通じて前記流出口に連結されうる。
なお、本発明に係る微生物を含む試料は、バクテリア、カビ及びウイルスなどの微生物を緩衝溶液中に希釈してもよい。
本発明に係る微生物を含む試料は、生物的試料、望ましくは、血液、尿、または唾液、さらに望ましくは、尿である。本発明の方法において、“生物的試料”とは、個体から分離された細胞または生物学的液体のような細胞または組織物を含むか、またはそれらで構成された試料を意味する。前記個体は、人間を含む動物でありうる。生物的試料の例としては、唾液、痰、血液、血液細胞(例、白血球、赤血球)、羊膜液、血清、精液、骨髄、組織または微細針生検試料、尿、腹膜液、肋膜液及び細胞培養物が含まれる。生物的試料には、組織学的な目的のために取られた冷凍切片のような組織切片が含まれる。
「第1電極と第2電極との間に電圧を印加し、前記反応チャンバ中の微生物を含む試料を電気透析して前記試料の塩濃度を低下させるステップ」
本発明の方法は、前記第1電極と第2電極との間に電圧を印加し、前記反応チャンバ中の微生物を含む試料を電気透析して前記試料の塩濃度を低下させるステップを含む。前記第1電極及び第2電極は、それぞれ正極及び負極電源に連結されることが望ましい。前記第1電極及び第2電極は、電圧の方向を変化させうる可変電源に連結されているものでありうる。前記第1電極及び第2電極に連結される電圧の方向は、本発明の装置において、前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜の配置によって変わり、当業者ならば、前記反応チャンバ内のイオン物質が減少する方向に適切に方向を設定しうる。
また、本発明に係る反応チャンバ内の塩濃度は、試料に含まれる微生物によって適宜選択されるものであるが、10〜500mmol/Lが好ましく、50〜300mmol/Lがより好ましい。
また、本発明に係る第1電極チャンバ内の塩濃度、または第2電極チャンバ内の塩濃度は、試料に含まれる微生物によって適宜選択されるものである。
本具体例には、反応チャンバが一つである本発明の具体例に該当する装置である。第1、第2電極のうち何れかがアノード(anode)、またはカソード(cathode)となるか任意に選択しうる。第1及び第2電極内の塩濃度は、反応チャンバの試料の所望の塩濃度によって異なる塩濃度が選択される。例えば、第1及び第2電極に脱イオン水(distilled deionized water)が使用される。なお、電気透析にかかる時間及び生体試料の所望のpHなどによっても異なりうる。例えば、anode及び/あるいはcathodeには、100mM Tris−HCI(pH9.6)、脱イオン水あるいは2.46mS/cm NaClが使用されることが記載されている。反応チャンバで導入される生体試料の塩濃度は、生体試料の種類によって異なりうる。尿の場合、約7〜30mS/cmであった。イオン交換膜を利用した電気透析と関連した当業者ならば、第1及び第2電極及び反応チャンバに含まれる溶液の塩濃度によって、生体試料を適切に透析するために電圧などの条件を適宜選択しうる。これの範囲に特に限定されるものではない。
前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、本発明に係る微生物を含む試料は、10mMないし500mM、望ましくは、50mMないし300mMの塩濃度を有する。前記試料は、10mMないし500mM、望ましくは、50mMないし300mMの酢酸及びリン酸で構成された群から選択されたイオン濃度を有する。
本発明に係る方法における、第1電極と第2電極との間に電圧を印加し、前記反応チャンバ内の試料を電気透析して前記試料の塩濃度を低下させるステップにおいて、
第1電極と第2電極との間に印加する電圧は、試料に含まれる微生物、pH、塩濃度などによって適宜選択されるものであるが、1〜3V/mmが好ましく、前記電圧は、当業者ならば、所望の電気透析が起きる時間、膜の種類及び生体試料、例えば、尿の伝導度によって適宜選択しうる。
図4は、本発明の方法に使われる塩濃度の調節装置の一例を利用して試料内の塩濃度を低下させる過程を示す図面である。図4を参照すれば、第1電極に(+)電圧を印加し、第2電極に(−)電圧を印加する。この場合、第1反応チャンバ301及び第2反応チャンバ301’に注入された試料内に含まれている陽イオン、Na及び陰イオン、Clは、それぞれ陽イオン交換膜305,305’(C)及び陰イオン交換膜304,304’(A)を通じて第1電極チャンバ302、イオンチャンバ311または第2電極チャンバ303に移動する。
一方、第1電極チャンバ302、イオンチャンバ311及び第2電極チャンバ303内に含まれているイオン交換媒質308,308’,308’’中の陽イオン、Na及び陰イオン、Clは、それぞれ陽イオン交換膜305,305’(C)及び陰イオン交換膜304,304’(A)を通じて第1反応チャンバ301または第2反応チャンバ301’に移動できない。
結果的に、前記陽イオン、Na及び陰イオン、Clは、前記第1電極チャンバ302、イオンチャンバ311または第2電極チャンバ303では濃縮され、逆に、前記第1反応チャンバ301及び第2反応チャンバ301’内では希釈される。
図5は、図3の装置を利用して試料中の塩濃度を低下させる過程を示す図面である。第1電極306を正極電源に連結し、第2電極307を負極電源に連結して、試料が導入された反応チャンバ301に電圧を印加する。前記試料中の陰イオン、Clは、陰イオン交換膜304を通じて第1電極チャンバ312中の第1イオンチャンバ302’に流入され、流入された陰イオン、Clは、陽イオン交換膜305’を通過できないので、前記第1イオンチャンバ302’内に濃縮される。一方、前記試料中の陽イオン、Naは、陽イオン交換膜305を通じて第2電極チャンバ315中の第1イオンチャンバ303’に流入され、流入された陽イオン、Naは、陰イオン交換膜304’は通過できないので、第1イオンチャンバ303’内に濃縮される。結果的に、試料中のイオン物質の濃度は低下する。図5で、各イオンチャンバ302’,302’’,303’,303’’には、電解質溶液が含まれうる。
前記塩濃度を低下させるステップによって、試料中のイオン物質の濃度が低下する。それにより、微生物が固体支持体に付着することを妨害する物質、例えば、NaClのような塩及びクレアチンが除去される。また、PCRを阻害する物質が除去される。
「塩濃度の低下した試料を微生物捕獲手段と接触させるステップ」
本発明の方法は、前記塩濃度が低下した試料を微生物捕獲手段と接触させるステップを含む。前記塩濃度が低下した試料は、電気透析によってイオン濃度が低下している試料である。
本発明に係る微生物捕獲手段は、微生物を結合させる特性を有する物質ならば、何れも含まれる。例えば、微生物を結合させる固体物質、半固状物質、または液体物質となりうるが、これらの例に限定されるものではない。前記微生物捕獲手段は、望ましくは、固体支持体であり、好ましくは非平面形状(三次元構造)の固体支持体である。
したがって、本発明の方法の一具体例は、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部に仕切られる反応チャンバと、前記陰イオン交換膜及び第1電極によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第1電極チャンバと、前記陽イオン交換膜及び第2電極によって端部に仕切られる、かつイオン交換媒質を含む第2電極チャンバを備える塩濃度調節装置の前記反応チャンバに微生物を含む試料を導入するステップと、前記第1電極と第2電極との間に電圧を印加し、前記反応チャンバ内の試料を電気透析して前記試料の塩濃度を低下させるステップと、前記塩濃度が低下した試料を固体支持体とpH3.0ないし6.0の範囲で接触させるステップと、を含む試料から微生物を分離する方法であって、前記試料は、生物的試料である。
前記一具体例は、前記塩濃度が低下した試料を固体支持体とpH3.0ないし6.0の範囲で接触させるステップを含む。
前記接触によって、前記微生物は、前記固体支持体に付着する。これは、固体支持体の表面積が増大すると同時に、pH3.0ないし6.0の液体媒質を使用することによって微生物の細胞膜が変成されて、溶液に対する溶解度が低下し、固体表面に付着する比率が相対的に上昇すると見なされるが、本発明の範囲は、このような特定のメカニズムに限定されるものではない。
本発明において、分離の対象となる微生物には、バクテリア細胞、カビ及びウイルスが含まれる。
前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記試料は、前記微生物を低いpHで緩衝役割を行える溶液またはバッファによって希釈されうる。望ましくは、前記バッファは、リン酸バッファ(例、リン酸ナトリウム、pH3.0ないし6.0)または酢酸バッファ(酢酸ナトリウム、pH3.0ないし6.0)で希釈されたものでありうる。前記希釈の程度は、特別に限定されないが、望ましくは、99:1ないし1:1,000の倍率、さらに望ましくは、99:1ないし1:10の倍率、さらに望ましくは、99:1ないし1:4の倍率に希釈されうる。
前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、本発明に係る固体支持体は、非平面形状を有しており、表面積が平面に比べて増大している表面を有する。前記固体支持体は、表面に凹凸構造が形成されている。本発明において、“凹凸構造”とは、表面が平坦でなく、凸凹のある構造を称す。このような凹凸構造には、複数の突起が形成されている柱構造を有する表面、または複数の孔隙が形成されている網状構造を有する表面が含まれるが、これらの例に限定されるものではない。
前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記固体支持体は、任意の形状を有しうる。例えば、表面に複数の突起が形成されている柱構造を有する固体支持体、ビーズ形状を有する固体支持体、及び表面に複数の孔隙が形成されているふるい構造を有する固体支持体で形成された群から選択される。前記固体支持体は、単独でまたは複数の前記固体支持体の集合(例えば、管または容器内に充填された集合体)として使われうる。
前記ビーズのサイズは、直径が1〜100μmであることがより好ましい。容器に充填する場合、40%以上に充填することが好ましい。篩構造を有する固体支持体の場合、前記孔隙の直径は、1〜25μmであることがより好ましい。なお、本発明に係る固体支持体は、表面に対する体積の比率(surface to volume
ratio)は、100−300mmが望ましい。
前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記固体支持体は、微細流動装置内のマイクロチャンネルまたはマイクロチャンバの内壁の形態でありうる。したがって、本発明の微生物を分離する方法は、一つ以上の入口及び出口が備えられており、前記入口及び出口がチャンネルまたはマイクロチャンネルを通じて連通されている流動装置または微細流動装置内で行われうる。
本明細書において、“微細流動装置(microfluidic device)”という用語は、微細流動チャンネル(また、マイクロチャンネルまたはマイクロレベルのチャンネルとも言われる)のような微細流動要素(microfluidic elements)を含む微細流動装置をいう。本明細書で使われた“微細流動(microfluidic)”という用語は、約0.1μm〜1000μmの深さ、広さ、長さ、直径のような一つ以上の断面積次元を含む装置部分(component)、例えば、チャンバ、チャンネル、保存所などを示す。したがって、“マイクロチャンバ(microchamber)”及び”マイクロチャンネル(microchannel)”という用語は、それぞれ約0.1μm〜1000μmの深さ、広さ、長さ、直径のような一つ以上の断面積次元を含むチャンネル及びチャンバを示す。
本発明の方法の一具体例は、本発明の方法において、前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記固体支持体は、その表面に複数の突起が形成されている柱構造を有するものでありうる。固体支持体上に柱を製造することは、公知のものである。例えば、半導体製造工程に使われるフォトリソグラフィ工程を使用して、微細柱を高密度で形成させうる。前記柱は、アスペクト比、(アスペクト比は、すなわち柱の高さ: 柱の断面の長さ)が1:1ないし20:1であることが望ましいが、前記範囲に限定されるものではない。
本発明において、「アスペクト比」とは、 柱 の断面の長さと 柱 の高さとの比率を意味する。前記断面の長さとは、 柱 の断面形状が円の場合には断面の直径を意味し、断面形状が四方形の場合には各辺の長さの平均値を意味する。前記柱構造は、柱の高さ:柱の間の距離の比率が1:1ないし25:1でありうる。前記柱構造は、柱の間の距離が5μmないし100μmの範囲を有しうる。
本発明の方法において、前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記固体支持体は、水接触角が70°ないし95°である疎水性を有しうる。前記水接触角が70°ないし95°である疎水性は、固体支持体の表面をオクタデシルジメチル(3−トリメトキシシリルプロピル)アンモニウム(OTC)、トリデカフルオロテトラヒドロオクチルトリメトキシシラン(DFS)、CF(CFCHCHSI(OCH、CF(CFCHCHSI(OCH、CF(CFCHCHSI(OCH、CF(CFCHCHSI(OCH、(CFCF(CFCHCHSI(OCH、(CFCF(CFCHCHSI(OCH、(CFCF(CFCHCHSI(OCH、CF(C)CSi(OCH、CF(CF(C)CSi(OCH、CF(CF(C)CSi(OCH、CF(CF(C)CSi(OCH、CF(CFCHCHSiCH(OCH、CF(CFCHCHSiCH(OCH、CF(CFCHCHSiCH(OCH、CF(CFCHCHSiCH(OCH、(CFCF(CFCHCHSiCH(OCH、(CFCF(CFCHCHSiCH(OCH、(CFCF(CFCHCHSiCH(OCH、CF(C)CSiCH(OCH、CF(CF(C)CSiCH(OCH、CF(CF(C)CSiCH(OCH、CF(CF(C)CSiCH(OCH、CF(CFCHCHSi(OCHCH、CF(CFCHCHSi(OCHCH、及びCF(CFCHCHSi(OCHCH)からなる群から選択された物質にコーティングされていることが好ましい。前記水接触角が70°ないし95°の表面は、望ましくは、固体支持体のSiO層にOTC及びDFSからなる群から選択された化合物が自己組立単分子(SAM:Self−Assembled Monolayer)コーティングされているものでありうる。
本発明の方法で、前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記固体支持体は、表面にアミン系の官能基を一つ以上有するものでありうる。前記アミン系の官能基を一つ以上有する表面は、前記固体支持体の表面にポリエチレンイミントリメトキシシラン(PEIM)、アミノプロピルトリエトキシシラン、N−(3−トリメトキシシリル)−プロピル)エチレンジアミン、及びN−トリメトキシシリルプロピル−N,N,N−塩化トリメチルアンモニウムからなる群から選択された物質がコーティングされているものでありうる。前記コーティングされた表面は、望ましくは、固体支持体のSiO層にPEIMがSAMコーティングされているものでありうる。前記アミン系の官能基は、pH3.0ないし6.0の範囲で正電荷を帯びる。
本発明の方法の前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップにおいて、前記固体支持体は、前記のような水接触角特性を有するもの、またはその表面に一つ以上のアミン系官能基を有するものならば、いかなる材質の支持体も含まれる。例えば、ガラス、シリコンウェーハ、及びプラスチック物質が含まれるが、これらの例に限定されるものではない。前記水接触角が70°ないし95°である表面またはその表面に一つ以上のアミン系官能基を有する表面は、前記表面を有する固体支持体に微生物を含む試料が接触される場合に、微生物が付着すると見なされるが、本発明が特定のメカニズムに限定されるものではない。
本明細書において、“水接触角(water contact angle)”という用語は、Kruss Drop Shape Analysis System type DSA 10 Mk2によって測定された水接触角を示す。1.5μlの蒸溜水滴を試料上に自動的に位置させた。前記水滴をCCD−カメラによって0.2秒ごとに10秒間モニターし、Drop Shape Analysis software(DSA version 1.7,Kruss)によって分析した。前記水滴の完全な形状は、タンジェント方法によって一般に円錐曲線の切片方程式(conic section equation)に適合化した(fitted)。前記角は、右側及び左側でいずれも決定された。各水滴に対する平均値を測定し、試料当たり全て5滴を測定した。前記5滴の平均を前記水接触角とした。
本発明の微生物を分離する方法は、前記試料と微生物捕獲手段の接触ステップ後に前記固体支持体に付着されていない目的微生物以外の物質を洗浄するステップをさらに含みうる。前記洗浄には、前記固体支持体の表面に付着された目的微生物は、前記固体支持体から離脱させずに、後続工程に悪影響を及ぼす恐れのある不純物を除去できる任意の溶液が使われうる。例えば、結合バッファとして使われた酢酸バッファ及びリン酸バッファが使われうる。前記洗浄溶液は、望ましくは、pH3.0ないし6.0の範囲に含まれるpHを有するバッファである。
本発明において、“微生物の分離”とは、試料中の微生物を純粋分離だけでなく、濃縮することを含むことである。
本発明の方法によって、前記固体支持体上に付着されて濃縮された微生物は、前記固体支持体上に付着された状態でDNAの分離のような追加処理ステップに使われうる。また、前記固体支持体上に付着されて濃縮された微生物は、前記固体支持体から溶出されて追加処理ステップに使われうる。
したがって、本発明の方法は、前記試料と微生物捕獲手段との接触ステップ及び/または洗浄ステップ後に、前記付着された微生物を溶出するステップをさらに含みうる。前記溶出ステップにおいて、溶出に使われる溶液は、前記固体支持体から微生物を離脱させる性質を有するものならば、当業界に公知された任意の溶液が使われうる。例えば、水及びトリスバッファが使われうる。前記溶出溶液は、望ましくは、pH6.0以上である溶液である。
本発明はまた、前記本願の方法によって分離された微生物から核酸の分離、核酸の増幅反応及び核酸の混成化反応で形成された群から選択された一つ以上の過程を前記反応チャンバと同じ空間または異なる空間で行うことを特徴とする微生物を処理する方法を提供する。前記核酸の分離、核酸の増幅及び核酸の混成化反応は、当業界に公知された任意の方法となりうる。
本発明の装置は、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部が仕切られ、かつ試料注入口及び流出口が備えられた反応チャンバと、
前記陰イオン交換膜及び第1電極によって端部が仕切らされ、かつイオン交換媒質を含む第1電極チャンバと、前記陽イオン交換膜及び第2電極により端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第2電極チャンバと、前記反応チャンバの前記流出口を通じて前記反応チャンバと連結されている微生物捕獲手段が備えられている容器と、を備える微生物を含む試料から微生物を分離するための装置である。
前記連結は、望ましくは、前記反応チャンバと前記容器とが連通されて連結されることである。
本発明の装置において、前記塩濃度の調節装置を図面を参照して説明すれば、次の通りである。図1は、本発明の装置に備えられる塩濃度の調節装置の一例を示す平面図である。
図1を参照すれば、本発明の装置に含まれる塩濃度の調節装置は、a)陽イオン交換膜205(C)及び陰イオン交換膜204(A)によって端部が仕切られる反応チャンバ201と、b)前記陰イオン交換膜204(A)及び第1電極206によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質208を含む第1電極チャンバ202と、c)前記陽イオン交換膜205(C)及び第2電極207によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質208’を含む第2電極チャンバ203と、を備えうる。
再び、図1を参照すれば、本発明の装置に備えられる前記塩濃度の調節装置において、前記反応チャンバ201は、微生物を含む試料が流入及び流出される流入口209及び流出口210をさらに備えうる。
図2は、本発明の装置に備えられる塩濃度調節装置の他の一例を示す平面図である。図2を参照すれば、本発明の装置に備えられる塩濃度調節装置は、a)陽イオン交換膜305(C)及び陰イオン交換膜304(A)によって端部が仕切られる第1反応チャンバ301と、b)陽イオン交換膜305’(C)及び陰イオン交換膜304’(A)によって端部が仕切られる第2反応チャンバ301’と、c)前記第1反応チャンバ301の陽イオン交換膜305(C)及び前記第2反応チャンバ301’の陰イオン交換膜304’(A)によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質308’を含むイオンチャンバ311と、d)前記第1反応チャンバ301の陰イオン交換膜304(A)及び第1電極306によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質308を含む第1電極チャンバ302と、e)前記第2反応チャンバ301’の陽イオン交換膜305’(C)及び第2電極307によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質308’’を含む第2電極チャンバ303と、を備えうる。
すなわち、本発明の装置に備えられる塩濃度調節装置は、反応チャンバ301、301’が2個以上有し、前記2個以上の反応チャンバ301,301’の間には、前記反応チャンバの陽イオン交換膜305及び陰イオン交換膜304’によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質308’を含むイオンチャンバ311をさらに備えうる。すなわち、2個以上のそれぞれの反応チャンバが、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部に仕切られ限定され、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバを介して連結されていることが好ましい。
また、図2を参照すれば、本発明の装置に備えられる塩濃度調節装置において、前記反応チャンバ301,301’は、微生物を含む試料が流入及び流出される流入口309,309’及び流出口310,310’をさらに備えうる。
本発明に係る塩濃度調節装置において、前記反応チャンバは、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって仕切られる。前記反応チャンバは、前記反応チャンバの2つ以上の対向する側面が前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によってそれぞれ仕切られるが、前記反応チャンバの2つ以上の対向する側面の一部分が前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によってそれぞれ仕切られてもよい。

本発明に係る塩濃度調節装置において、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜及び第1電極によって仕切られ、かつイオン交換媒質を含む。すなわち、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜を前記反応チャンバと共有している(換言すると、前記陰イオン交換膜を介して反応チャンバと第1電極チャンバとは接続している。)。
なお、前記陰イオン交換膜と前記第1電極とは、第1電極チャンバの側面の一部または全部に離隔して配置されるよう形成されてよい。
本発明に係る塩濃度調節装置において、さらに、本発明に係る第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜及び第2電極によって端部で仕切られ、かつイオン交換媒質を含む。すなわち、前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜を前記反応チャンバと共有している。(換言すると、前記陽イオン交換膜を介して反応チャンバと第2電極チャンバとは接続している)。
本発明に係る塩濃度調節装置において、前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜及び前記陰イオン交換膜に対向して位置する陽イオン交換膜によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバをさらに備えてもよい。また、前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜及び前記陽イオン交換膜に対向して位置する陰イオン交換膜によって端部を仕切られ、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバをさらに備えてもよい。
図3は、本発明の装置に備えられる塩濃度の調節装置の他の一例を示す図面である。図3を参照すれば、本発明の装置に備えられる塩濃度の調節装置は、a)陽イオン交換膜305(C)及び陰イオン交換膜304(A)によって限定される反応チャンバ301と、b)前記陰イオン交換膜304(A)及び陽イオン交換膜305’(C)によって限定され、イオン交換媒質308’を含む第1イオンチャンバ302’及び、前記陽イオン交換膜305’(C)及び第1電極306によって限定され、イオン交換媒質308’を含む第2イオンチャンバ302’’で構成される第1電極チャンバ302と、c)前記陽イオン交換膜305(C)及び陰イオン交換膜304’(A)によって限定され、イオン交換媒質308’’を含む第1イオンチャンバ303’及び、前記陰イオン交換膜304’(A)及び第2電極307によって限定され、イオン交換媒質308’’’を含む第2イオンチャンバ303’’で構成される第2電極チャンバ303と、を備えうる。
また、図3を参照すれば、本発明の装置に備えられる前記塩濃度の調節装置において、前記反応チャンバ301は、微生物を含む試料が流入及び流出される流入口309及び流出口310をさらに備えうる。
本発明の装置に備えられる塩濃度調節装置において、前記陽イオン交換膜は、陽イオンは通過させるが、陰イオンの通過には100%に近い抵抗を表す膜であり、逆に、陰イオン交換膜は、陰イオンは通過させるが、陽イオン通過には100%に近い抵抗を表す膜である。前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜は、公知のものであり、当業者が容易にそれを購入して使用しうる。また、上記本発明に係る陽イオン交換膜、および陰イオン交換膜で説明したものと同一であるためここでは省略する。
本発明の装置に備えられる塩濃度調節装置において、前記第1電極及び第2電極の材質は、上記に説明したものと同一のものであるため、ここでは省略する。
本発明に備えられる前記塩濃度調節装置は、前記反応チャンバに試料を流入させるためのポンプ、前記反応チャンバから試料を流出させるためのポンプ及び前記流入及び流出を調節するための弁をさらに備えうる。例えば、前記反応チャンバに試料を流入させるためのポンプは、チャンネルを通じて前記流入口に連結され、前記反応チャンバから試料を流出させるためのポンプは、チャンネルを通じて前記流出口に連結されうる。
前記第1電極及び第2電極は、それぞれ正極及び負極電源に連結されるか、それぞれ負極及び正極電源に連結されうる。望ましくは、前記第1電極及び第2電極は、電圧の方向を変化させうる可変電源に連結されている。前記第1電極及び第2電極に連結される電圧の方向は、本発明の装置において、前記陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜の配置によって変わり、当業者ならば、前記反応チャンバ中のイオン物質が減少する方向に適切に方向を設定しうる。
本発明の装置はまた、前記反応チャンバの前記流出口を通じて前記反応チャンバと連結されている微生物捕獲手段が備えられている容器を備える。
前記反応チャンバの前記流出口を通じて前記反応チャンバと連結されている前記微生物捕獲手段は、その特性及び微生物を含む試料の塩濃度及びpHなどの特性によって微生物をその表面に付着させうる。
本発明に係る微生物捕獲手段については、本発明に係る塩濃度の低下した試料をと微生物捕獲手段とを接触させるステップで説明したものと同様のものであるためここでは省略する。
本発明に係る固体支持体が含まれている容器は、任意の形態の容器でありうる。例えば、チャンバ、チャンネル、またはカラムの形態でありうる。本発明の容器の一具体例は、ビーズ形状の前記固体支持体がカラム内に充填されている容器である。
本発明の装置はまた、前記容器に備えられたバッファ保存部をさらに備えうる。前記バッファ保存部は、前記微生物試料をpH3.0ないし6.0に調整するか、または希釈するのに使われうるバッファを備える。前記バッファは、例えば、酢酸バッファまたはリン酸バッファとなりうる。前記保存部は、前記容器の内部と流体連通されている。したがって、前記保存部は、前記容器内にバッファ溶液を前記反応チャンバに提供することによって、前記反応チャンバで脱塩によって固体支持体に結合する物質が除去された試料溶液に適当なpH及び塩濃度を提供しうる。
本発明の装置は、ラボオンチップとして具現されうる。
以下、本発明を実施例を通じてさらに詳細に説明する。しかし、これらの実施例は、本発明を例示的に説明するためのものであり、本発明の範囲がこれらの実施例に限定されるものではない。
例1:柱アレイが形成されている表面を有する固体支持体を利用した尿模似溶液中の大腸菌の濃縮:細胞捕獲を妨害する因子の探索
本実施例では、試料入口と出口とが備えられており、サイズが10mmx23mmであるシリコンチップ上に柱構造のアレイが形成されている表面を有するチャンバを有する流動装置にバクテリア細胞を含む試料を流しつつ、細胞を前記固体支持体上に付着させ、流れ出る試料中のバクテリア細胞の数をコロニー係数を通じて決定し、これから前記固体支持体によるバクテリア細胞の捕獲効率を計算した。前記柱アレイにおいて、柱の間の距離は12μmであり、柱の高さが100μmであり、各柱の断面は、一辺の長さが25μmである正四角形である。
前記固体支持体は、表面に対する体積比率は、152.18mm(V/S)であり、mm2単位面積当りのカラムの個数は、816個である。
前記柱アレイが形成された領域の表面は、SiO層上にOTCがSAMコーティングされた表面を有する。水接触角は、約80°であった。
前記細胞試料は、0.01 OD600の大腸菌を含む、酢酸ナトリウムバッファに基づいた溶液と透析された尿に基づいた溶液とを使用した。
前記酢酸ナトリウムバッファに基づいた溶液(pH4.0)は、次の通りである:
バッファ:100mMの酢酸ナトリウムバッファ(pH4.0)。
バッファ+塩:100mMの酢酸ナトリウムバッファ(pH4.0)に塩の濃度、88mMのNaCl、67mMのKCl、38mMのNHCl及び18mMのNaSOとなるように、NaCl 0.514g、KCl 0.5g、NHCl 0.203g、NaSO 0.259gを添加して得られた溶液。
バッファ+塩+要素:前記“バッファ+塩”溶液に333mMの要素を含む溶液。
バッファ+塩+要素+クレアチン:前記“バッファ+塩”溶液に333mMの要素及び9.8mMのクレアチンを含む溶液。
バッファ+塩+要素+クレアチン+尿酸:前記“バッファ+塩”溶液に333mMの要素及び9.8mMのクレアチン及び2.5mMの尿酸を含む溶液。
バッファ+塩+要素+クレアチン+尿酸+ブドウ糖:前記“バッファ+塩”溶液に333mMの要素及び9.8mMのクレアチン及び2.5mMの尿酸及び0.6mMの葡萄糖を含む溶液。
前記透析された尿に基づいた溶液は、透析された尿と2×前記酢酸ナトリウムバッファに基づいた各溶液を1:1に混合して得られた、最終pHが3.97である。
前記尿試料は、200μl/分の流速で入口から前記チャンバを通じて出口に200μlを流した。実験は、それぞれ3回反復した。細胞係数は、前記固体支持体に尿試料を流す前と流した後とに、出口を通じて出る流出液中の細胞を数えた。
図6は、柱アレイが形成されている表面を有する固体支持体を利用して尿中の細胞を濃縮した結果を示す図面である。尿内に存在する塩の濃度及びその他の物質(主に、クレアチン)によって捕獲効率が低下するということが分かる。
例2:柱アレイが形成されている表面を有する固体支持体を利用した尿中の大腸菌の濃縮:尿の希釈比率及び流速による濃縮効果の測定
本実施例では、試料入口と出口とが備えられており、サイズが10mmx23mmであるシリコンチップ上に柱のアレイが形成されている表面を有するチャンバを有する流動装置に、バクテリア細胞を含む試料を流しつつバクテリア細胞を前記固体支持体上に付着させ、流れ出る試料中の細胞の数をコロニー係数を通じて決定し、これから前記固体支持体によるバクテリア細胞の捕獲効率を計算した。前記柱アレイにおいて、柱の間の距離は12μmであり、柱の高さが100μmであり、各柱の断面は、一辺の長さが25μmである正四角形である。
前記固体支持体は、表面に対する体積比率は、152.18mm(V/S)であり、mm単位面積当りのカラムの個数は、816個である。
前記柱アレイが形成された領域の表面は、SiO層上にPEIMがSAMコーティングされた表面を有する 。水接触角は、約80°であった。
試料は、次のように準備した。バッファと尿とを希釈倍率に合わせつつ、最終体積が1mlとなるように混合した。ここに、10μlの1.0 ODの大腸菌を入れた。
前記希釈された尿試料は、100μl/分、300μl/分、および500μl/分の流速で入口から前記チャンバを通じて出口に200μlを流した。実験は、それぞれ3回反復した。バクテリア細胞係数は、前記固体支持体に尿試料を流す前と流した後とに、出口を通じて出る流出液中の細胞を数えた。
図7は、柱アレイが形成されている表面を有する固体支持体を利用して尿中の細胞を濃縮した結果を示す図面であって、尿の希釈及び流速による結果を示す図面である。図7に示したように、希釈倍数が増加するにつれて、細胞捕獲効率が向上し、流速が増加するにつれて、細胞捕獲効率が低下した。
図6及び図7に示したように、尿試料中には、微生物が固体支持体に付着することを妨害する物質、例えば、イオン物質及びクレアチンが存在するため、尿中の微生物を固体支持体を利用して分離しようとする場合には、これらを除去する必要がある。また、尿中の微生物は、高い希釈比率、通常5倍以上に希釈して初めて、固体支持体に付着する効率が高かった。
実施例3:電圧が電気透析による尿試料の脱塩に及ぼす影響
本実施例では、図3に示したような塩濃度の調節装置の反応チャンバに尿試料を導入し、第1電極306を正極電圧に連結し、第2電極307を負極電圧に連結して、前記尿試料に対して電気透析を実施した。
使われた尿試料は、伝導度が19.55mS/cmであり、pH6.5であり、各イオンチャンバ302’,302’’,303’,303’’に含まれた伝導性媒質は、2.46mS/cmのNaCl水溶液であった。陽イオン交換膜は、強酸交換膜(−SO Naform、韓国浄水工業(株)、韓国、安山)で形成されており、陰イオン交換膜は、強塩基(−N(CH)Clform、韓国浄水工業(株)、韓国、安山)で形成されている。反応チャンバのサイズは、2×2×10mmであった。使われた電極は、10×10mmのPtであり、電極と電極との間隔は、1cmであった。
図8は、尿試料0.2mlを前記反応チャンバに導入し、3分間電圧を印加した後、前記反応チャンバ中の尿試料の電気伝導度を測定した結果である。図8に示したように、電圧が高いほど尿試料の脱塩比率が高かった。
実施例4:電気透析による尿試料の脱塩が固体支持体による微生物の捕獲に及ぼす影響
本実施例では、尿試料を脱塩させ、脱塩された尿試料を固体支持体に接触させて、固体支持体に微生物が捕獲される効率を測定した。
図3に示したような塩濃度の調節装置の反応チャンバに尿試料を導入し、第1電極306を正極電圧に連結し、第2電極307を負極電圧に連結して、前記尿試料に対して電気透析を実施した。
使われた尿試料(尿試料2)は、伝導度が7.30mS/cmであり、pH6.5であり、各イオンチャンバ302’,302’’,303’,303’’に含まれた伝導性媒質は、2.46mS/cmのNaCl水溶液であった。陽イオン交換膜は、強酸交換膜(約1mm)(−SO Naform、韓国浄水工業(株)、韓国、安山)で形成されており、陰イオン交換膜(約1mm)は、強塩基(−N(CH)Clform、韓国浄水工業(株)、韓国、安山)で形成されている。反応チャンバのサイズは、2×2×10mmであった。使われた電極は、10×10mmのPtであり、電極と電極との間隔は1cmであった。尿試料0.2mlを前記反応チャンバに導入し、電圧は1.5V/分を30秒間印加し、2.5V/分を1分間印加し、3V/分を2分間印加して、総3.5分間印加した。
前記電気透析された試料に大腸菌を添加して、0.01 OD(約10細胞/ml)にして希釈し、非平面形状の固体支持体に接触させて微生物を前記固体支持体に結合させ、それから各試料による細胞結合効率を測定した。
試料入口と試料出口とが備えられており、サイズが10mm×23mmであるシリコンチップ上に柱のアレイが形成されている表面を有するチャンバを有する流動装置に、前記電気透析された大腸菌細胞を含む尿試料を流しつつ細胞を前記固体支持体上に付着させ、流れ出る試料中の大腸菌細胞の数を光学密度測定を通じて決定し、これから前記固体支持体による大腸菌細胞の捕獲効率を計算した。前記柱アレイにおいて、柱の間の距離は12μmであり、柱の高さが100μmであり、各柱の断面は、一辺の長さが25μmである正四角形である。
前記固体支持体は、表面に対する体積比率は、152.18mm(V/S)であり、1mm単位面積当りのカラムの個数は、816個である。
前記柱アレイが形成された領域の表面は、SiO層上にOTCがSAMコーティングされた表面を有する。
水接触角は、約80°であった。
0.01 OD600の大腸菌を含む投与された尿試料は、100mMの酢酸ナトリウムバッファ(pH4.0)でそれぞれ2倍(試料:バッファ=1:1)(D2ともいう)及び5倍(試料:バッファ=1:4)(D5ともいう)に希釈させた。前記D2及びD5試料のpHは、それぞれpH4.0ないしpH4.5であった。
前記尿試料は、200μl/分の流速で入口から前記チャンバを通じて出口に200μlμLを流した。実験は、それぞれ3回反復した。細胞係数は、前記固体支持体に尿試料を流す前と流した後とに出口を通じて出る流出液中の細胞数を決定した。
図9は、尿試料を電気透析することが、微生物が固体支持体に付着する効率に及ぼす影響を示す図面である。図9に示したように、電気透析を行った場合が、電気透析を行っていない場合に比べて、細胞結合効率が顕著に優秀であった(細胞結合効率>95%)。また、電気透析を行った場合には、D5及びD2で何れも95%以上であったが、電気透析を行っていない場合には、D2試料の細胞結合効率は、D5試料の細胞結合効率に比べて、50%未満に顕著に低かった。
図10は、3種類の尿試料を電気透析し、100mMの酢酸ナトリウムバッファ(pH4.0)で2倍(D2ともいう)希釈した試料の細胞結合効率を示す図面である。図10に示したように、電気透析を行う場合、試料を2倍に希釈しても何れも95%以上の結合効率を示した。一方、電気透析を行っていない場合、尿試料による偏差が大きく、細胞結合効率も70%未満であった。図10に使われた尿試料1、2及び3の伝導度は、それぞれ7.71mS/cm、7.30mS/cm、及び11.2mS/cmであり、pHは、6.5ないし6.7であった。尿試料を電気透析する場合、試料を5倍に希釈した場合にも、何れも95%以上の細胞結合効率を示した(データは表さない)。
実施例5:電気透析が微生物の破砕及び生存力に及ぼす影響
図3に示したような塩濃度の調節装置の反応チャンバに尿試料を導入し、第1電極306を正極電圧に連結し、第2電極307を負極電圧に連結し、前記尿試料に対して電気透析を実施した。
使われた尿試料は、伝導度が7.30mS/cmであり、pH6.5であり、各イオンチャンバに含まれた伝導性媒質は、2.46mS/cmのNaCl水溶液であった。陽イオン交換膜は、強酸交換膜(約1mm)(−SO Naform、韓国浄水工業(株)、韓国、安山)で形成されており、陰イオン交換膜(約1mm)は、強塩基(−N(CH)Clform、韓国浄水工業(株)、韓国、安山)で形成されている。反応チャンバのサイズは、2×2×10mmであった。使われた電極は、10×10mmのPtであり、電極と電極との間隔は1cmであった。尿試料0.2mlを前記反応チャンバに導入し、電圧は、それぞれ設定された値で総3.5分間印加した。
前記電気透析された試料に大腸菌を添加して、0.01 OD(約10細胞/ml)にした。次いで、電気透析された尿試料を遠心分離し、上澄み液を鋳型とし、配列番号1及び2のオリゴヌクレオチドをプライマーとして定量PCR(qPCR)を行って、電気透析が細胞破砕に及ぼす影響を確認した。前記qPCRは、ライトサイクラー(Lightcycle 登録商標)2.0リアル−タイムPCRシステム(2.0 Real−Time PCR system)(Roche株式会社製)を用いて行い、Ct値は、ライトサイクラー(Lightcycle 登録商標)2.0リアル−タイムPCRシステムに備えられている方法を用いて自動的に算出された。また、電気透析された尿試料を培養して、コロニー係数を通じて微生物の生存力を決定した。
図11は、電気透析された尿試料を鋳型としてqPCRした結果を示す図面である。図11に示したように、Ct値は、加えられた電圧によって大きい偏差を示さなかった。したがって、微生物は、電気透析過程でほとんど破砕されていないと見なされる。
図12は、電気透析された尿試料を培養してコロニー係数した結果を示す図面である。図12に示したように、電圧が高まるにつれて、微生物の生存力は減少する。
実施例6:電気透析された尿試料の希釈がpH及び塩濃度に及ぼす影響
本実施例では、実施例5と同じ方法で尿試料に対して電気透析を実施し、電気透析された試料の伝導度を電気透析によって225μS/cmに合せた後、200mMの酢酸バッファ(pH4)で希釈して得られる溶液のpH及び塩濃度を測定した。
図13は、電気透析された尿試料の含量による電気透析された尿試料と200mMの酢酸バッファとの混合溶液のpH及び塩濃度を示す図面である。図13に示したように、透析された尿試料の含量が55%ないし99%の範囲で、前記混合溶液のpH及び塩濃度は、固体支持体を利用した微生物を分離するための最適のpH及び塩濃度であるpH3ないし6及び、塩濃度10mMないし500mMの範囲に含まれた。
したがって、尿試料を電気透析する場合、尿試料をほとんど希釈せずとも微生物を分離しうる。したがって、分析に使われる試料の量を減らせる。
本発明は、前記実施例を参照して説明されたが、それは、例示的なものに過ぎず、当業者ならば、これから多様な変形及び均等な他の実施例が可能であるということが分かるであろう。したがって、本発明の真の技術的保護範囲は、特許請求の範囲の技術的思想によって決定されねばならない。
本発明は、塩濃度の調節装置関連の技術分野に適用可能である。
本発明の方法及び装置に使われる塩濃度の調節装置の一例を示す平面図である。 本発明の方法及び装置に使われる塩濃度の調節装置の他の一例を示す平面図である。 本発明の方法及び装置に使われる塩濃度の調節装置の他の一例を示す図面である。 図2に開示された装置を利用して、試料中の塩濃度を低下させる過程を示す図面である。 図3に開示された装置を利用して、試料中の塩濃度を低下させる過程を示す図面である。 柱アレイが形成されている表面を有する固体支持体を利用して尿中の細胞を濃縮した結果を示す図面である。 柱アレイが形成されている表面を有する固体支持体を利用して尿中の細胞を濃縮した結果を示す図面であって、尿の希釈及び流速による結果を示す図面である。 電圧に対する尿試料の脱塩比率を示す図面である。 尿試料を電気透析することが、微生物が固体支持体に付着する効率に及ぼす影響を示す図面である。 3種類の尿試料を、電気透析が固体支持体に細胞が結合する効率に及ぼす影響を示す図面である。 直流電圧に対する電気透析された尿試料を鋳型として得られたCt値を示す図面である。 直流電圧に対する細胞生存力を示す図面である。 電気透析された尿試料の含量による、電気透析された尿試料と200mMの酢酸バッファとの混合溶液のpH及び塩濃度を示す図面である。
符号の説明
201 反応チャンバ、
202 第1電極チャンバ、
203 第2電極チャンバ、
204 陰イオン交換膜、
205 陽イオン交換膜、
206 第1電極、
207 第2電極、
208,208’ イオン交換媒質、
209 流入口、
210 流出口。

Claims (26)

  1. 陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部が仕切られる反応チャンバと、
    前記陰イオン交換膜及び第1電極によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第1電極チャンバと、
    前記陽イオン交換膜及び第2電極によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第2電極チャンバと、を備える塩濃度調節装置の前記反応チャンバに微生物を含む試料を導入するステップと、
    前記第1電極と第2電極との間に電圧を印加し、前記反応チャンバ中の微生物を含む試料を電気透析して前記微生物を含む試料の塩濃度を低下させて、水接触角が70°〜95°の疎水性を有する固体支持体、またはその表面にアミン系の官能基を一つ以上有する固体支持体の固体表面に付着する比率を上昇させるステップと、
    pH3.0ないし6.0の範囲で前記塩濃度の低下した試料と前記固体支持体とを接触させるステップと、を含む試料から微生物を分離する方法であって、
    前記試料は、生物的試料であることを特徴とする試料から微生物を分離する方法。
  2. 前記固体支持体は、表面に複数の突起が形成されている柱構造を有する固体支持体、ビーズ形状を有する固体支持体及び表面に複数の孔隙が形成されているふるい構造を有する固体支持体で構成された群から選択されることを特徴とする請求項1のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  3. 前記突起は、アスペクト比として、柱の高さ:柱の断面の長さが1:1ないし20:1であることを特徴とする請求項2に記載の試料から微生物を分離する方法。
  4. 前記柱構造は、柱の高さ:柱の間の距離の比率が1:1ないし25:1であることを特徴とする請求項3に記載の試料から微生物を分離する方法。
  5. 前記柱構造は、柱の間の距離が5μmないし100μmの範囲を有することを特徴とする請求項4に記載の試料から微生物を分離する方法。
  6. 前記アミン系の官能基を一つ以上有する表面は、ポリエチレンイミントリメトキシシラン(PEIM)でコーティングされていることを特徴とする請求項1〜5のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  7. 前記疎水性は、前記固体支持体の表面をオクタデシルジメチル(3−トリメトキシシリルプロピル)アンモニウム(OTC)またはトリデカフルオロテトラヒドロオクチルトリメトキシシラン(DFS)の化合物でコーティングして付与される性質であることを特徴とする請求項1に記載の試料から微生物を分離する方法。
  8. 前記塩濃度調節装置は、前記反応チャンバを2個以上有しており、
    2個以上のそれぞれの反応チャンバが、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部に仕切られ、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバを介して連結されていることを特徴とする請求項1〜7のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  9. 前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜と陽イオン交換膜とを有し、前記陰イオン交換膜に対向し、かつ前記第1電極チャンバ内に位置する陽イオン交換膜と、によって端部を仕切られ、さらにイオン交換媒質を含む第1イオンチャンバ、及び前記陰イオン交換膜に対向して前記第1電極チャンバ内に位置する陽イオン交換膜と前記第1電極とによって端部を仕切られる第2イオンチャンバで構成され、
    前記第2電極チャンバは、前記イオン交換膜と前記陽イオン交換膜とを有し、前記陽イオン交換膜に対向して前記第2電極チャンバ内に位置する陰イオン交換膜とによって端部を仕切られ、さらにイオン交換媒質を含む第1イオンチャンバ及び、前記陽イオン交換膜に対向して前記第2電極チャンバ内に位置する陰イオン交換膜と前記第2電極とによって端部を仕切られる第2イオンチャンバで構成されることを特徴とする請求項1〜8のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  10. 前記電圧は、第1電極及び第2電極をそれぞれ正極及び負極電源に連結させて印加することを特徴とする請求項1〜9のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  11. 前記イオン交換媒質は、電解質水溶液であることを特徴とする請求項1〜10のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  12. 前記微生物は、バクテリア、カビまたはウイルスであることを特徴とする請求項1〜11のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  13. 前記生物的試料は、尿であることを特徴とする請求項1〜12のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  14. 前記接触ステップ前に、前記電気透析された試料をリン酸バッファまたは酢酸バッファで希釈するステップをさらに含むことを特徴とする請求項1〜13のいずれか1項に記載の試料から微生物を分離する方法。
  15. 請求項1ないし14のうち何れか1項に記載の方法によって分離された微生物から核酸の分離、核酸の増幅反応及び核酸の混成化反応で形成された群から選択された一つ以上の過程を、前記反応チャンバと同じ空間または異なる空間で行うことを特徴とする微生物を処理する方法。
  16. 陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部が仕切られ、かつ試料注入口及び流出口が備えられた反応チャンバと、
    前記陰イオン交換膜及び第1電極によって端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第1電極チャンバと、
    前記陽イオン交換膜及び第2電極により端部が仕切られ、かつイオン交換媒質を含む第2電極チャンバと、
    前記反応チャンバの前記流出口を通じて前記反応チャンバと連結されており、水接触角が70°ないし95°の疎水性を有する固体支持体、またはその表面にアミン系の官能基を一つ以上有する固体支持体が備えられている容器と、を備え、
    かつ、前記反応チャンバは、当該反応チャンバ中に注入された微生物を含む試料を第1電極および第2電極間に電圧を印加することによって電気透析して前記微生物を含む試料の塩濃度を低下させ、かつ前記微生物が前記固体支持体と付着する比率を上昇させることを特徴とする、微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  17. 前記第1電極及び第2電極は、それぞれ正極及び負極電源に連結されていることを特徴とする請求項16に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  18. 前記容器は、バッファ溶液保存部をさらに備えることを特徴とする請求項16または17に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  19. 前記固体支持体は、表面に複数の突起が形成されている柱構造を有する固体支持体、ビーズ形状を有する固体支持体及び表面に複数の孔隙が形成されているふるい構造を有する固体支持体で構成された群から選択されることを特徴とする請求項16〜18のいずれか1項に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  20. 前記突起は、アクペクト比として、柱の高さ: 柱の断面の長さが1:1ないし20:1であることを特徴とする請求項19に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  21. 前記柱構造は、柱の高さ:柱の間の距離の比率が1:1ないし25:1であることを特徴とする請求項19または20に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  22. 前記柱構造は、柱の間の距離が5μmないし100μmの範囲を有することを特徴とする請求項19〜21のいずれか1項に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  23. 前記アミン系の官能基を一つ以上有する表面は、ポリエチレンイミントリメトキシシラン(PEIM)でコーティングされていることを特徴とする請求項16に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  24. 前記疎水性は、前記固体支持体の表面をオクタデシルジメチル(3−トリメトキシシリルプロピル)アンモニウム(OTC)またはトリデカフルオロテトラヒドロオクチルトリメトキシシラン(DFS)の化合物でコーティングして付与される性質であることを特徴とする請求項16に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  25. 前記反応チャンバが2個以上有しており、2個以上のそれぞれの反応チャンバが、陽イオン交換膜及び陰イオン交換膜によって端部に仕切られ、かつイオン交換媒質を含むイオンチャンバを介して連結されていることを特徴とする請求項16〜24のいずれか1項に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
  26. 前記第1電極チャンバは、前記陰イオン交換膜と前記陰イオン交換膜に対向して前記第1電極チャンバ内に位置する陽イオン交換膜とによって端部に仕切られる第1イオンチャンバ及び、前記陰イオン交換膜に対向して前記第1電極チャンバ内に位置する陽イオン交換膜と前記第1電極とによって端部に仕切られる第2イオンチャンバで構成され、
    前記第2電極チャンバは、前記陽イオン交換膜と前記陽イオン交換膜に対向して前記第2電極チャンバ内に位置する陰イオン交換膜とによって端部に仕切られる第1イオンチャンバ及び、前記陽イオン交換膜に対向して前記第2電極チャンバ内に位置する陰イオン交換膜と前記第2電極とによって端部に仕切られる第2イオンチャンバで構成されることを特徴とする請求項16〜25のいずれか1項に記載の微生物を含む試料から微生物を分離するための装置。
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