JP5102450B2 - 核酸増幅分析装置 - Google Patents
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Description
本発明は、核酸増幅分析装置に関し、特に、生体由来試料中の標的核酸を増幅して測定することが可能な核酸増幅分析装置に関する。
近年、臨床診断の分野において遺伝子検査が急速に普及している。遺伝子検査とは、核酸や染色体などを分析して遺伝性疾患に関連する変異や核型などの有無を臨床目的で検査するものである。遺伝子検査の一例として、癌細胞のリンパ節転移診断がある。癌細胞は、原発巣を離れ、血管やリンパ管を経由して全身に転移する。癌の手術では、できるだけ確実に病巣を取り除くことが必要であるため、転移を正確に検出し、転移の度合に応じて適切な処置を施すことが要求される。このため、術中の癌細胞のリンパ節転移診断は極めて重要な意義を有している。癌細胞のリンパ節転移診断の１つの手法として、正常細胞には発現しないかまたは発現量が低く、癌細胞には多く発現するタンパク質の核酸を標的核酸として検出する方法が知られている。そして、近年の遺伝子解析技術の発展により、生体から切除したリンパ節組織に含まれる標的核酸を増幅して検出することにより、効果的に癌診断を行うことが可能になってきている。
上記のように、リンパ節への癌細胞の転移を標的核酸の増幅によって判定しようとする場合、リンパ節をホモジナイズして溶液中に標的核酸を抽出および精製して調製した測定試料を用いて、測定試料中の標的核酸の増幅を行っている。しかしながら、このような方法では、標的核酸の精製に時間がかかるため、標的核酸の増幅による判定結果を得るまでに時間がかかり、迅速に標的核酸の増幅による癌細胞の転移の診断を行うことが困難であるという問題点がある。術中の癌細胞のリンパ節転移診断においては、癌細胞の転移の判定結果に応じて、その手術における処置方針が決められるため、迅速に転移の判定を行うことが重要である。
このような観点から、測定試料の調製の際に、標的核酸の抽出精製を行わずに、リンパ節をホモジナイズした溶液、または、この溶液の上清を測定試料として用いれば迅速に標的核酸の測定を行うことが可能となる。しかしながら、このような測定試料を用いて標的核酸の増幅を行う場合、標的核酸の精製を行って調製した測定試料を用いて核酸の増幅を行う場合に比べて、リンパ節に由来する標的核酸の増幅を妨げる阻害物質の量が多くなるので、正確な測定結果が得られなくなるという問題点がある。
そのような問題を解決するために、従来では、標的核酸にハイブリダイズする核酸プローブを用いて、標的核酸の増幅を推定する方法が知られている（たとえば、特許文献１参照）。この特許文献１に開示された方法では、標的核酸の塩基配列の一部を変異させた核酸（内部標準核酸）を測定系に既知濃度で添加するとともに、標的核酸に特異的にハイブリダイズする標的核酸プローブと内部標準核酸に特異的にハイブリダイズする内部標準核酸プローブとを測定系に添加した後、ＰＣＲ法を用いて、標的核酸と内部標準核酸とを同時に測定し、内部標準核酸の添加量から標的核酸の測定を行っている。
しかしながら、上記特許文献１に開示された標的核酸を測定する方法では、内部標準核酸が必ずしも標的核酸と同じ反応性を示すとは限らないので、正確に標的核酸を測定することが困難になるという問題点がある。
この発明は、上記のような課題を解決するためになされたものであり、標的核酸の測定結果が増幅阻害の影響を受けているか否かを自動的に判定することが可能な核酸増幅分析装置を提供することを目的とする。
上記目的を達成するために、この発明の第１の局面による核酸増幅分析装置は、プライマーと核酸増幅酵素とによって生体由来試料中の標的核酸を増幅し、その増幅に伴い生成される核酸増幅産物を測定する測定部と、患者から採取された生体由来試料を収容した第１容器および生体由来試料を希釈した希釈生体由来試料を収容した第２容器をセットする試料セット部と、プライマーを収容した第３容器および核酸増幅酵素を収容した第４容器をセットする試薬セット部と、第３容器に収容されたプライマーと第４容器に収容された核酸増幅酵素と第１容器に収容された生体由来試料とを測定部にセットされた第１検出セルに分注して第１測定試料を調製するとともに、第３容器に収容されたプライマーと第４容器に収容された核酸増幅酵素と第２容器に収容された希釈生体由来試料とを測定部にセットされた第２検出セルに分注して第２測定試料を調製する分注機構部と、第１検出セルに収容された第１測定試料を測定部で測定することによって得られる第１測定結果と、第２検出セルに収容された第２測定試料を測定部で測定することによって得られる第２測定結果とに基づいて、標的核酸の増幅阻害を判定する分析部と、標的核酸の増幅阻害の判定結果を出力する出力部とを備え、分析部は、第２測定結果の核酸増幅産物が第１測定結果の核酸増幅産物より多い場合に、標的核酸の増幅阻害があると判定する。
この第１の局面による核酸増幅分析装置では、上記のように、プライマーと核酸増幅酵素と生体由来試料とを含む第１測定試料によって得られる第１測定結果に加えて、プライマーと核酸増幅酵素と希釈された生体由来試料とを含む第２測定試料によって得られる第２測定結果を取得することにより、第１測定結果では確認できなかった標的核酸の増幅を第２測定結果から確認することができる場合がある。これは、第１測定結果の測定時に標的核酸や核酸増幅酵素に付着して標的核酸の増幅を阻害していた阻害物質が第２測定結果の測定時に希釈試料中で遊離したことに起因するためである。この場合、標的核酸の増幅を確認できなかった第１測定結果と、標的核酸の増幅を確認できた第２測定結果とから第１測定結果の測定時に標的核酸の増幅阻害が生じていたと判断することができる。その結果、第１測定結果および第２測定結果から増幅阻害の発生の有無を考慮した正確な測定結果を取得することができる。さらに、測定部で測定された第１測定結果と第２測定結果とを分析部に送ることより、分析部で標的核酸の増幅阻害を判定することができる。その結果、分析部で得られた標的核酸の増幅阻害の判定結果を出力部に出力することにより、ユーザーは、標的核酸の増幅阻害に関する判定結果を確認することができる。また、第１測定結果の測定時に増幅阻害が生じていたかどうかを第１測定結果の核酸増幅産物の量と第２測定結果の核酸増幅産物の量とを比較する簡単な方法で判定して出力することができる。
この場合、好ましくは、分析部は、第２測定結果に基づいて標的核酸が所定量以上存在するか否かを判定するとともに、出力部は、標的核酸が所定量以上存在するか否かの第２の判定結果を増幅阻害の判定結果とともに出力する。このように構成すれば、第１測定結果の測定時に増幅阻害が生じている場合にも、希釈試料を用いて測定された第２測定結果では、標的核酸が所定量以上存在するか否かについて、増幅阻害の影響を受けることなく判断することができるので、正確に標的核酸が所定量以上存在するか否かを判定することができる。また、出力部により、増幅阻害の判定結果とともに、標的核酸の所定量以上の存在を示す第２の判定結果を出力することによって、ユーザーは、増幅阻害の有無のみならず、標的核酸が所定量以上存在するか否かも確認することができる。
上記第１の局面による核酸増幅分析装置において、好ましくは、出力部は、第１測定結果と増幅阻害の判定結果とを出力する。このように構成すれば、ユーザーは、第１測定結果が増幅阻害が生じて出力された測定結果であることを確認することができる。
この場合、好ましくは、出力部は、表示部を含み、表示部には、第１測定結果と増幅阻害の判定結果とが表示される。このように構成すれば、ユーザーは、第１測定結果が増幅阻害が生じて出力された測定結果であると表示部で確認することができる。
上記第１の局面による核酸増幅分析装置において、好ましくは、分析部は、第１測定結果が第１の範囲にある場合には、第２測定結果を取得せず、第１測定結果が第２の範囲にある場合には、第２測定結果を取得する。このように構成すれば、第１測定結果が第１の範囲にある場合には、第２測定結果を取得するための生体由来試料の希釈試料を用いる必要がないので、その分、生体由来試料を希釈するための試薬（希釈液）が無駄になるのを抑制することができる。
上記第１の局面による核酸増幅分析装置において、好ましくは、生体由来試料は、未精製の生体由来試料である。このように未精製の生体由来試料を用いた場合に生体由来試料内に阻害物質が多量に含まれていても、生体由来試料を用いて測定された第１測定結果に加えて、生体由来試料の希釈試料を用いて測定された第２測定結果を取得することにより、第１測定結果では確認できなかった標的核酸の増幅を第２測定結果から確認することができる。その結果、生体由来試料から標的核酸を精製する時間が不要な未精製の生体由来試料を用いても、正確な測定結果を迅速に取得することができる。
また、上記第１の局面による核酸増幅分析装置において、好ましくは、分析部は、第１測定結果および／または第２測定結果に基づいて、標的核酸が所定量以上存在するか否かを判定し、出力部は、標的核酸が所定量以上存在するか否かの第２の判定結果と増幅阻害の判定結果を出力する。
また、上記第１の局面による核酸増幅分析装置において、好ましくは、分析部は、第１測定結果および／または第２測定結果に基づいて、標的核酸が所定量以上存在するか否かを判定し、出力部は、標的核酸が所定量以上存在するか否かの第２の判定結果と増幅阻害の判定結果を出力する。
この発明の第２の局面による核酸増幅分析装置は、プライマーと核酸増幅酵素とによって生体由来試料中の標的核酸を増幅し、その増幅に伴い生成される核酸増幅産物を測定する測定部と、患者から採取された生体由来試料を収容した第１容器をセットする試料セット部と、プライマーを収容した第２容器および核酸増幅酵素を収容した第３容器をセットする試薬セット部と、生体由来試料を希釈するための希釈液を有する希釈部と、第２容器に収容されたプライマーと第３容器に収容された核酸増幅酵素と第１容器に収容された生体由来試料とを測定部にセットされた第１検出セルに分注して第１測定試料を調製するとともに、第２容器に収容されたプライマーと第３容器に収容された核酸増幅酵素と第１容器に収容された生体由来試料と希釈部の希釈液とを測定部にセットされた第２検出セルに分注して第２測定試料を調製する分注機構部と、第１検出セルに収容された第１測定試料を測定部で測定することによって得られる第１測定結果と、第２検出セルに収容された第２測定試料を測定部で測定することによって得られる第２測定結果とに基づいて、標的核酸の増幅阻害を判定する分析部と、標的核酸の増幅阻害の判定結果を出力する出力部とを備え、分析部は、第２測定結果の核酸増幅産物が第１測定結果の核酸増幅産物より多い場合に、標的核酸の増幅阻害があると判定する。
この第２の局面による核酸増幅分析装置では、上記のように、プライマーと核酸増幅酵素と生体由来試料とを含む第１測定試料によって得られる第１測定結果に加えて、プライマーと核酸増幅酵素と希釈された生体由来試料とを含む第２測定試料によって得られる第２測定結果を取得することにより、第１測定結果では確認できなかった標的核酸の増幅を第２測定結果から確認することができる場合がある。これは、第１測定結果の測定時に標的核酸や核酸増幅酵素に付着して標的核酸の増幅を阻害していた阻害物質が第２測定結果の測定時に希釈試料中で遊離したことに起因するためである。この場合、標的核酸の増幅を確認できなかった第１測定結果と、標的核酸の増幅を確認できた第２測定結果とから第１測定結果の測定時に標的核酸の増幅阻害が生じていたと判断することができる。その結果、第１測定結果および第２測定結果から増幅阻害の発生の有無を考慮した正確な測定結果を取得することができる。さらに、測定部で測定された第１測定結果と第２測定結果とを分析部に送ることより、分析部で標的核酸の増幅阻害を判定することができる。その結果、分析部で得られた標的核酸の増幅阻害の判定結果を出力部に出力することにより、ユーザーは、標的核酸の増幅阻害に関する判定結果を確認することができる。また、核酸増幅分析装置内で、生体由来試料から生体由来試料の希釈試料を作製することができる。また、第１測定結果の測定時に増幅阻害が生じていたかどうかを第１測定結果の核酸増幅産物の量と第２測定結果の核酸増幅産物の量とを比較する簡単な方法で判定して出力することができる。
以下、本発明を具体化した実施形態を図面に基づいて説明する。
図１は、本発明の一実施形態による遺伝子増幅分析システムの全体構成を示した斜視図である。図２は、図１に示した遺伝子増幅分析システムの遺伝子増幅測定装置の全体構成を示した斜視図であり、図３は、図２の平面概略図である。図４〜図１０は、図１に示した遺伝子増幅分析システムの詳細を説明するための図である。本実施形態による遺伝子増幅分析システム１は、癌手術での切除組織（リンパ節）における癌転移診断を支援するシステムであり、切除組織内に存在する癌由来の標的遺伝子（ｍＲＮＡ）をＬＡＭＰ（Ｌｏｏｐ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，栄研化学）法を用いて増幅させ、増幅に伴い発生するピロリン酸マグネシウムによる白濁を比濁法により測定することにより標的遺伝子が所定量以上存在するか否かを判定するシステムである。なお、ＬＡＭＰ法の詳細は、米国特許第６４１０２７８号公報に開示されている。
本実施形態の遺伝子増幅分析システム１は、図１に示すように、遺伝子増幅測定装置１０１と、遺伝子増幅測定装置１０１と有線または無線による通信ができるように接続されたパーソナルコンピュータ（ＰＣ）１０２とによって構成されている。
まず、図１〜図３を参照して、遺伝子増幅測定装置１０１の詳細について説明する。遺伝子増幅測定装置１０１は、図２および図３に示すように、分注機構部１０と、サンプル試料セット部２０と、チップセット部３０と、チップ廃棄部４０と、５つの反応検出ブロック５０ａからなる反応検出部５０と、分注機構部１０をＸ軸方向およびＹ軸方向に移送するための移送部６０とを含んでいる。
また、分注機構部１０は、図２および図３に示すように、移送部６０によりＸ軸方向およびＹ軸方向（水平方向）に移動されるアーム部１１と、アーム部１１に対してそれぞれ独立してＺ軸方向（垂直方向）に移動可能な２連（２本）のシリンジ部１２とを含んでいる。
また、図２および図３に示すように、サンプル試料セット部２０には、装置の手前から順番に、１０個のサンプル容器セット孔２１ａ〜２１ｊと、１つの酵素試薬容器セット孔２１ｋおよび１つのプライマー試薬容器セット孔２１ｌとが設けられている。また、１０個のサンプル容器セット孔２１ａ〜２１ｊは、５行２列に配列するように設けられている。そして、サンプル容器セット孔２１ｃおよび２１ｄと、サンプル容器セット孔２１ｅおよび２１ｆと、サンプル容器セット孔２１ｇおよび２１ｈと、サンプル容器セット孔２１ｉおよび２１ｊとは、それぞれ、装置の奥側から順に、サンプルセット位置１、サンプルセット位置２、サンプルセット位置３およびサンプルセット位置４に設けられている。
また、本実施形態では、正面左側のサンプル容器セット孔２１ｃ、２１ｅ、２１ｇおよび２１ｉには、予め切除生体組織（リンパ節）を処理（ホモジナイズ、ろ過など）して作製された可溶化抽出液（サンプル試料）が収容されたサンプル容器２２がセットされるとともに、正面右側のサンプル容器セット孔２１ｄ、２１ｆ、２１ｈおよび２１ｊには、上記したサンプル試料を１０倍に希釈した希釈試料が収容されたサンプル容器２３がセットされている。具体的には、サンプル容器セット孔２１ｄのサンプル容器２３には、サンプル容器セット孔２１ｃにセットされるサンプル容器２２に収容されるサンプル試料に対応する希釈試料が収容される。また、サンプル容器セット孔２１ｆのサンプル容器２３には、サンプル容器セット孔２１ｅにセットされるサンプル容器２２に収容されるサンプル試料に対応する希釈試料が収容され、サンプル容器セット孔２１ｈのサンプル容器２３には、サンプル容器セット孔２１ｇにセットされるサンプル容器２２に収容されるサンプル試料に対応する希釈試料が収容され、サンプル容器セット孔２１ｊのサンプル容器２３には、サンプル容器セット孔２１ｉにセットされるサンプル容器２２に収容されるサンプル試料に対応する希釈試料が収容される。つまり、１つの生体組織から２つの試料（サンプル試料、希釈試料）が作製される。なお、本実施形態では、サンプル試料および希釈試料として、標的核酸を精製していない未精製の試料が用いられている。
また、サンプル容器セット孔２１ａには、増幅するべき遺伝子が正常に増幅することを確認するための陽性コントロールが収容された容器２４が載置されるとともに、サンプル容器セット孔２１ｂには、増幅するべきでない遺伝子が正常に増幅しないことを確認するための陰性コントロールを収容した容器２５がセットされている。
また、酵素試薬容器セット孔２１ｋおよびプライマー試薬容器セット孔２１ｌには、それぞれ、サイトケラチン１９（ＣＫ１９）の酵素試薬が収容された酵素試薬容器２６と、ＣＫ１９のプライマー試薬が収容されたプライマー試薬容器２７とがセットされている。
また、図３に示すように、チップセット部３０には、３６本のピペットチップ３１を収納可能な収納孔３２ａを有する２つのラック３２がそれぞれ着脱可能に嵌め込まれている。また、チップセット部３０には、２つの取り外しボタン３３が設けられている。この取り外しボタン３３を押すことにより、ラック３２が取り外し可能な状態になる。
また、図３に示すように、チップ廃棄部４０には、使用済みのピペットチップ３１を廃棄するための２つのチップ廃棄孔４０ａが設けられている。また、チップ廃棄孔４０ａに連続するように、チップ廃棄孔４０ａよりも細い幅の溝部４０ｂが設けられている。
また、反応検出部５０の各反応検出ブロック５０ａは、図２および図３に示すように、反応部５１と、２つの濁度検出部５２と、蓋閉機構部５３（図３参照）とから構成されている。各反応検出ブロック５０ａに設けられる反応部５１には、図３に示すように、検出セル５４をセットするための２つの検出セルセット孔５１ａが設けられている。各反応検出ブロック５０ａは、装置の奥側から順に、セルセット位置１、セルセット位置２、セルセット位置３、セルセット位置４およびセルセット位置５に配置されている。
また、濁度検出部５２は、図３に示すように、反応部５１の一方の側面側に配置された基板５５ａに取り付けられた４６５ｎｍの波長を有する青色ＬＥＤからなるＬＥＤ光源部５２ａと、反応部５１の他方の側面側に配置された基板５５ｂに取り付けられたフォトダイオード受光部５２ｂとによって構成されている。各反応検出ブロック５０ａには、１つのＬＥＤ光源部５２ａと１つのフォトダイオード受光部５２ｂとからなる１組の濁度検出部５２が２組ずつ配置されている。したがって、５つの反応検出ブロック５０ａには、合計１０組のＬＥＤ光源部５２ａおよびフォトダイオード受光部５２ｂからなる濁度検出部５２が配置されている。ＬＥＤ光源部５２ａおよびそれに対応するフォトダイオード受光部５２ｂは、ＬＥＤ光源部５２ａから検出セル５４の下部に約１ｍｍの直径の光を照射してフォトダイオード受光部５２ｂによってその光を受光可能なように配置されている。このフォトダイオード受光部５２ｂが受光する光の強度によって、検出セル５４の有無を検出するとともに、検出セル５４のセル部５４ａの内部に収容された液の濁度を後述するパーソナルコンピュータ１０２の表示部１０２ｃでモニタリングすることが可能になる。具体的には、検出セル５４が検出セルセット孔５１ａにセットされると、検出セル５４がＬＥＤ光源部５２ａとフォトダイオード受光部５２ｂとの間に配置されるので、フォトダイオード受光部５２ｂが受光する光が検出セル５４がセットされていない場合に比べて弱くなる。これによって検出セル５４がセットされたことを検知することが可能となる。
また、検出セル５４は、サンプル試料および希釈試料を収容するため２つのセル部５４ａと、２つのセル部５４ａを塞ぐ２つの蓋部５４ｂとを有している。
また、移送部６０は、図２および図３に示すように、分注機構部１０をＹ軸方向に移送するための直動ガイド６１およびボールネジ６２と、ボールネジ６２を駆動するためのステッピングモータ６３と、分注機構部１０をＸ軸方向に移送するための直動ガイド６４およびボールネジ６５と、ボールネジ６５を駆動するためのステッピングモータ６６とを含んでいる。なお、分注機構部１０のＸ軸方向およびＹ軸方向への移送は、ステッピングモータ６３および６６により、それぞれ、ボールネジ６２および６５を回転させることにより行う。
パーソナルコンピュータ１０２は、図１に示すように、入力機器のキーボード１０２ａおよびマウス１０２ｂと、モニタからなる表示部１０２ｃと、サンプル試料および希釈試料の測定結果を分析するＣＰＵ１０２ｄとを含んでいる。次に、図１および図４〜図８を参照して、パーソナルコンピュータ１０２の表示部１０２ｃの画面レイアウトの詳細について説明する。
表示部１０２ｃは、ＣＰＵ１０２ｄにより分析されたサンプル試料の測定結果を表示する画面（データブラウザ画面）、キーボード１０２ａおよびマウス１０２ｂを用いてサンプルＩＤの登録などの測定指示を行う画面（ワークロードリスト画面）および検量線を表示する画面（検量線表示画面）などを表示するために設けられている。
データブラウザ画面には、図４に示すように、ヘルプ機能など種々の機能を実行するボタンが表示されるツールバー１１１と、サンプル試料の各種情報を表示するサンプル情報表示部１１２と、サンプル情報表示部１１２に表示されるサンプル試料の測定結果を示す測定結果表示部１１３とが表示されている。
また、サンプル情報表示部１１２には、バッチ番号表示欄１１２ａと、サンプル位置表示欄１１２ｂと、サンプルＩＤ表示欄１１２ｃと、コメント表示欄１１２ｄと、測定日表示欄１１２ｅと、測定時刻表示欄１１２ｆとが設けられている。バッチ番号表示欄１１２ａには、何番目のバッチ処理かが表示される。なお、バッチ処理とは、複数のサンプル試料および希釈試料（本実施形態では、最大４つのサンプル試料および最大４つの希釈試料）の処理を一括して行う処理である。バッチ番号表示欄１１２ａには、電源投入後、このバッチ処理が行なわれた回数に「１」を加算した数字（画面中では、「５」）が表示される。また、サンプル位置表示欄１１２ｂには、サンプル試料がセットされたサンプルセット位置（画面中では、「４」）が表示される。また、サンプルＩＤ表示欄１１２ｃおよびコメント表示欄１１２ｄには、それぞれ、後述するワークロードリスト画面で入力されたサンプル試料のサンプルＩＤ（画面中では、「Ｓａｍｐｌｅ０２」）およびサンプル試料（希釈試料）に対するコメント（画面中では、空欄）が表示される。また、測定日表示欄１１２ｅおよび測定時刻表示欄１１２ｆには、それぞれ、サンプル試料および希釈試料が測定された日（画面中では、「２００５／０９／２６」）および時刻（画面中では、「１２：５３：０６」）が表示される。
また、測定結果表示部１１３には、上記したバッチ番号表示欄１１２ａおよびサンプル位置表示欄１１２ｂから特定されるサンプル試料の濁度と時間（ｍｉｎ）との関係を示したグラフ１１３ａと、増幅立ち上がり時間表示欄１１３ｂと、濃度測定値表示欄１１３ｃと、判定結果表示欄１１３ｄとが設けられている。なお、本実施形態では、希釈試料についての測定結果（グラフ、増幅立ち上がり時間、濃度測定値および判定結果）は、管理者以外のユーザーが見れないように設定されている。その結果、ユーザーが希釈試料についての測定結果を、サンプル試料についての測定結果だと勘違いするのを抑制することが可能となる。
また、増幅立ち上がり時間表示欄１１３ｂには、グラフ１１３ａの縦軸である濁度の０．１に対応する時間（画面中では、「１０．７」）が表示される。
また、本実施形態では、濃度測定値表示欄１１３ｃには、増幅立ち上がり時間表示欄１１３ｂに表示される立ち上がり時間（＝１０．７）（ｍｉｎ）から算出されるサンプル試料の濃度または濃度の範囲（画面中では、「＜２．５Ｅ＋０２」）（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）が表示される。具体的には、予め測定されたキャリブレータにより作成された増幅立ち上がり時間と濃度との１次関数である検量線（図８参照）に基づいて、増幅立ち上がり時間（＝１０．７）から濃度が算出される。そして、その濃度が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合には、直線性保証の範囲「２．５Ｅ＋０７ｃｏｐｉｅｓ／μｌ」までの場合、実際の測定濃度が表示され、２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満である場合には、「＜２．５Ｅ＋０２」と表示される。また、直線性保証の範囲「２．５Ｅ＋０７ｃｏｐｉｅｓ／μｌ」を越えると、「＞２．５Ｅ＋０７」と表示される。
ここで、本実施形態では、判定結果表示欄１１３ｄは、サンプル試料の測定結果（濃度）と、その希釈試料の測定結果（濃度）とに基づいて、サンプル試料中に標的遺伝子（ｍＲＮＡ）が所定量以上存在するか否か（陽性「（＋）」、陰性「（−）」）の結果を表示するために設けられている。さらに、判定結果表示欄１１３ｄは、サンプル試料中の標的遺伝子（ｍＲＮＡ）の増幅阻害に関する情報を上記した標的遺伝子が所定量以上存在するか否かの結果とともに表示するために設けられている。具体的には、図５に示すように、サンプル試料（ＣＫ１９）の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合には、陽性を示す「（＋）」が表示される。また、サンプル試料の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満であり、かつ、そのサンプル試料の希釈試料（ＣＫ１９−Ｄ）の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満である場合には、陰性を示す「（−）」が表示される。また、サンプル試料（ＣＫ１９）の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満であり、かつ、そのサンプル試料の希釈試料（ＣＫ１９−Ｄ）の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合には、陽性を示す「（＋）Ｉ」が表示される。そして、図４に示したデータブラウザ画面では、サンプル試料（ＣＫ１９）の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満であり、かつ、そのサンプル試料の希釈試料（ＣＫ１９−Ｄ）の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合の例を示している。これは、図６に示すように、サンプル試料を希釈した希釈試料を用いて測定した測定結果が陽性であるにも関わらず、サンプル試料を用いて測定した測定結果が陰性である場合である。そして、サンプル試料の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満であり、かつ、そのサンプル試料の希釈試料の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合に表示される「（＋）Ｉ」の「Ｉ」は、増幅阻害が発生したことを示すフラグである。
ワークロードリスト画面には、図７に示すように、印刷機能などの種々の機能を実行するボタンが表示されるツールバー１２１と、測定オーダ（測定指示）を入力するオーダ入力部１２２と、測定オーダの登録状況を表示するオーダリスト表示部１２３と、バッチ番号表示欄１２４と、グループ選択欄１２５と、セルセット位置表示部１２６ａ〜１２６ｅと、サンプルセット位置表示部１２７と、測定開始ボタン１２８とが表示されている。
また、オーダ入力部１２２は、サンプルセット位置１〜４についての測定オーダの入力と、サンプル容器セット孔２１ａおよび２１ｂ（図３参照）にセットされる精度管理試料（陽性コントロール、陰性コントロール）についての測定オーダの入力とを行うために設けられている。このオーダ入力部１２２には、サンプルＩＤ入力欄１２２ａと、コメント入力欄１２２ｂと、確定ボタン１２２ｃとが設けられている。具体的には、キーボード１０２ａを用いてサンプルＩＤ入力欄１２２ａに、サンプルセット位置１〜４のサンプル試料とサンプル容器セット孔２１ａおよび２１ｂの精度管理試料とについてサンプルＩＤを入力する。なお、このサンプルＩＤとしては、サンプル試料に対応したＩＤの他、陰性コントロールや陽性コントロールなどに対応したＩＤを入力する。サンプルのＩＤとしては、たとえば、「Ｓａｍｐｌｅ０１〜Ｓａｍｐｌｅ０４」を用いる。陽性コントロールのサンプルＩＤとしては、たとえば、「ＱＣ［ＣＫ１９−ＰＣ］」を用いる。陰性コントロールのサンプルＩＤとしては、たとえば、「ＱＣ［ＣＫ１９−ＮＣ］」を用いる。また、コメントがある場合には、オーダ入力部１２２のコメント入力欄１２２ｂにコメントを入力することが可能である。そして、確定ボタン１２２ｃがマウス１０２ｂによりクリックされると、入力されたサンプルＩＤおよびコメントがオーダリスト表示部１２３に反映される。
また、バッチ番号表示欄１２４には、データブラウザ画面（図４参照）のサンプル情報表示部１１２のバッチ番号表示欄１１２ａと同様に、何番目のバッチ処理かが表示される。また、グループ選択欄１２５では、プルダウンメニュー１２５ａの中からグループを選択する。このグループとしては、たとえば、サンプル試料を測定するグループ、検量線を取得するためのキャリブレータを測定するグループなどがある。本実施形態では、サンプル試料を測定するグループ（Ｓａｍｐｌｅ）を選択した場合の例を示している。このグループ（Ｓａｍｐｌｅ）の選択により、オーダリスト表示部１２３には、ＣＫ１９の対応個所に「○」が表示される。
また、セルセット位置表示部１２６ａ〜１２６ｅは、反応検出部５０の各反応検出ブロック５０ａの検出セル５４のセット状態を表示するために設けられている。この検出セル５４のセット状態としては、使用する予定があり、かつ、検出セルセット孔５１ａに検出セル５４がセットされている場合には、図７に示すように、セルセット位置表示部１２６ａおよび１２６ｂに「Ｇ」（緑色で表示）が表示される。また、使用する予定があるにも関わらず検出セルセット孔５１ａに検出セル５４がセットされていない場合には、セルセット位置表示部１２６ａ〜１２６ｅの所定の個所に「ＮＧ」（赤色で表示）が表示される。そして、使用する予定がないために検出セルセット孔５１ａに検出セル５４をセットする必要がない場合には、セルセット位置表示部１２６ａ〜１２６ｅの所定の個所に検出セル５４をセットする必要がない状態の反応部５１を示す図柄（グレーで表示）が表示される。
また、サンプルセット位置表示部１２７は、遺伝子増幅測定装置１０１のサンプル試料セット部２０のサンプル試料を収容するサンプル容器２２、希釈試料を収容するサンプル容器２３、陽性コントロールが収容される容器２４、陰性コントロールが収容される容器２５、酵素試薬容器２６およびプライマー試薬容器２７のセット状態を表示するために設けられている。このサンプルセット位置表示部１２７は、１０個のサンプル容器セット孔２１ａ〜２１ｊに対応するサンプル容器表示部１２７ａ〜１２７ｊと、酵素試薬容器セット孔２１ｋに対応する酵素試薬容器表示部１２７ｋと、プライマー試薬容器セット孔２１ｌに対応するプライマー試薬容器表示部１２７ｌとを有している。そして、サンプル容器表示部１２７ａには、オーダリスト表示部１２３に表示されるサンプルＩＤ（ＱＣ［ＣＫ１９−ＰＣ］）に対応したアルファベット（画面中では「ＰＣ」）が表示される。また、サンプル容器表示部１２７ｂには、オーダリスト表示部１２３に表示されるサンプルＩＤ（ＱＣ［ＣＫ１９−ＮＣ］）に対応したアルファベット（画面中では「ＮＣ」）が表示される。
また、サンプル容器表示部１２７ｃ、１２７ｅ、１２７ｇおよび１２７ｉには、オーダリスト表示部１２３に表示されるサンプルＩＤに対応したアルファベット（画面中では、サンプル（ｓａｍｐｌｅ）を意味する「Ｓ」）が表示される。そして、サンプル容器表示部１２７ｄ、１２７ｆ、１２７ｈおよび１２７ｊには、希釈試料であることを示すアルファベット（画面中では、希釈（ｄｉｌｕｔｉｏｎ）を意味する「Ｄ」）が表示される。そして、酵素試薬容器表示部１２７ｋには、酵素試薬容器２６がセットされたことを示すアルファベット（画面中では「Ｅ」）が表示されるとともに、プライマー試薬容器表示部１２７ｌには、プライマー試薬容器２７が載置されたことを示すアルファベット（画面中では「Ｐ」）が表示される。本実施形態では、サンプルセット位置１についての測定オーダの入力が終了した状態の画面を示している。
検量線表示画面は、図８に示すように、３種類の既知濃度（２．５×１０３（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）、２．５×１０５（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）、２．５×１０７（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ））のキャリブレータを測定することにより作製された検量線を表示する画面であり、キャリブレータの立ち上がり増幅時間に対する濃度をプロットした３点を１次式で近似した直線が表示されている。
次に、図１〜図４、図７および図８を参照して、本実施形態による遺伝子増幅分析システム１の動作について説明する。本実施形態による遺伝子増幅分析システム１では、上記したように、癌手術での切除組織内に存在する癌由来の標的遺伝子（ｍＲＮＡ）をＬＡＭＰ法を用いて増幅させ、増幅に伴い発生するピロリン酸マグネシウムによる白濁を測定することにより標的遺伝子が所定量以上存在するか否かを判定する。なお、本実施形態のＬＡＭＰ法では、切除組織を処理することにより標的遺伝子（ｍＲＮＡ）を抽出する処理を行っているが、精製する処理は行っていない。
まず、図２および図３に示すように、予め切除組織を処理（ホモジナイズ、ろ過など）して作製された可溶化抽出液（サンプル試料）が収容されたサンプル容器２２をサンプル容器セット孔２１ｃ、２１ｅ、２１ｇおよび２１ｉにセットする。そして、本実施形態では、サンプル容器２２に収容されるサンプル試料を１０倍に希釈した希釈試料を収容したサンプル容器２３をサンプル容器セット孔２１ｄ、２１ｆ、２１ｈおよび２１ｊにセットする。また、陽性コントロールが収容された容器２４および陰性コントロールが収容された容器２５を、それぞれ、サンプル容器セット孔２１ａおよび２１ｂ（図３参照）にセットする。また、酵素試薬容器セット孔２１ｋ（図３参照）およびプライマー試薬容器セット孔２１ｌに、それぞれ、ＣＫ１９の酵素試薬が収容された酵素試薬容器２６と、ＣＫ１９のプライマー試薬が収容されたプライマー試薬容器２７とをセットする。また、チップセット部３０に、それぞれ３６本の使い捨て用のピペットチップ３１が収納された２つのラック３２を設置する。
また、測定を開始する前に、図１に示したパーソナルコンピュータ１０２のキーボード１０２ａおよびマウス１０２ｂを用いて、パーソナルコンピュータ１０２の表示部１０２ｃの画面（ワークロードリスト画面（図７参照））でサンプルＩＤの登録などの測定指示を行う。
そして、ユーザーは、図７に示したワークロードリスト画面の測定開始ボタン１２８をマウス１０２ｂ（図１参照）を用いてクリックする。これにより、遺伝子増幅測定装置１０１での測定動作がスタートされる。
遺伝子増幅測定装置１０１の動作がスタートすると、まず、図２に示した移送部６０により分注機構部１０のアーム部１１が初期位置からチップセット部３０に移動された後、チップセット部３０において、分注機構部１０の２つのシリンジ部１２が下方向に移動される。これにより、２つのシリンジ部１２のノズル部の先端が２つのピペットチップ３１の上部開口部内に圧入されるので、２つのシリンジ部１２のノズル部の先端にピペットチップ３１が自動的に装着される。そして、２つのシリンジ部１２が上方に移動された後、分注機構部１０のアーム部１１は、ＣＫ１９のプライマー試薬が収容されたプライマー試薬容器２７の上方に向かってＸ軸方向に移動される。そして、プライマー試薬容器２７の上方に位置する一方のシリンジ部１２が下方向に移動されてプライマー試薬が吸引された後、その一方のシリンジ部１２が上方向に移動される。その後、他方のシリンジ部１２が同じプライマー試薬容器２７の上方に位置するように、移送部６０により分注機構部１０のアーム部１１がＹ軸方向に移動される。そして、他方のシリンジ部１２が下方向に移動されて同じプライマー試薬容器２７からプライマー試薬が吸引された後、その他方のシリンジ部１２が上方向に移動される。このようにして、シリンジ部１２に装着される２つのピペットチップ３１によりプライマー試薬容器２７内のＣＫ１９のプライマー試薬が吸引される。
プライマー試薬の吸引後、２つのシリンジ部１２が上方に移動された後、分注機構部１０のアーム部１１は、移送部６０により最も奥側（装置正面奥側）であるセルセット位置１に位置する反応検出ブロック５０ａの上方に移動される。そして、最も奥側の反応検出ブロック５０ａにおいて、２つのシリンジ部１２が下方向に移動されることにより、２つのシリンジ部１２に装着された２つのピペットチップ３１が、それぞれ、検出セル５４の２つのセル部５４ａ内に挿入される。そして、シリンジ部１２を用いて、ＣＫ１９のプライマー試薬がそれぞれ２つのセル部５４ａに吐出される。
プライマー試薬の吐出後、２つのシリンジ部１２が上方に移動された後、分注機構部１０のアーム部１１は、移送部６０によりチップ廃棄部４０の上方に向かってＸ軸方向に移動される。そして、チップ廃棄部４０において、ピペットチップ３１の廃棄が行われる。具体的には、２つのシリンジ部１２が下方向に移動されることにより、チップ廃棄部４０の２つのチップ廃棄孔４０ａ（図３参照）内にピペットチップ３１が挿入される。この状態で、分注機構部１０のアーム部１１が移送部６０によりＹ軸方向に移動されることにより、ピペットチップ３１が溝部４０ｂの下に移動される。そして、２つのシリンジ部１２が上方向に移動されることにより、ピペットチップ３１の上面のつば部は、溝部４０ｂの両側の下面に当接してその下面から下方向の力を受けるので、ピペットチップ３１が２つのシリンジ部１２のノズル部から自動的に脱離される。これにより、ピペットチップ３１がチップ廃棄部４０に廃棄される。
次に、分注機構部１０のアーム部１１が、再び、移送部６０によりチップセット部３０に移動される。この後、チップセット部３０において、上記と同様の動作により、２つのシリンジ部１２のノズル部の先端に、新しい２つのピペットチップ３１が自動的に装着される。そして、分注機構部１０のアーム部１１は、ＣＫ１９の酵素試薬が収容された酵素試薬容器２６の上方に向かってＸ軸方向に移動される。そして、酵素試薬容器２６の上方に位置する一方のシリンジ部１２が下方向に移動されて酵素試薬が吸引された後、その一方のシリンジ部１２が上方向に移動される。その後、他方のシリンジ部１２が同じ酵素試薬容器２６の上方に位置するように、移送部６０により分注機構部１０のアーム部１１がＹ軸方向に移動される。そして、他方のシリンジ部１２が下方向に移動されて同じ酵素試薬容器２６から酵素試薬が吸引された後、その他方のシリンジ部１２が上方向に移動される。このようにして、シリンジ部１２に装着される２つのピペットチップ３１により酵素試薬容器２６内の酵素試薬が吸引される。
そして、分注機構部１０のアーム部１１は、移送部６０により最も奥側の反応検出ブロック５０ａの上方に移動された後、ＣＫ１９の酵素試薬が、検出セル５４の２つのセル部５４ａに吐出される。そして、酵素試薬の吐出後、分注機構部１０のアーム部１１は、移送部６０によりチップ廃棄部４０の上方に移動された後、ピペットチップ３１の廃棄が行われる。
次に、分注機構部１０のアーム部１１が、再び、移送部６０によりチップセット部３０に移動された後、２つのシリンジ部１２のノズル部の先端に新しい２つのピペットチップ３１が自動的に装着される。そして、分注機構部１０のアーム部１１は、サンプル試料セット部２０にセットされたサンプル試料および希釈試料が収容されたサンプル容器２２およびサンプル容器２３の上方に向かってＸ軸方向に移動された後、上記プライマー試薬および酵素試薬の吸引動作と同様の動作により、サンプル容器２２および２３内のサンプル試料および希釈試料が同時に吸引される。この後、分注機構部１０のアーム部１１は、移送部６０により最も奥側の反応検出ブロック５０ａの上方に移動された後、２つのシリンジ部１２が下方向に移動されて検出セル５４の２つのセル部５４ａに、それぞれ、サンプル試料と希釈試料とが吐出される。なお、プライマー試薬、酵素試薬およびサンプル試料（希釈試料）の分注時には、検出セル５４内の液温は、約２０℃に保持されている。この後、分注機構部１０のアーム部１１が、移送部６０によりチップ廃棄部４０の上方に移動された後、ピペットチップ３１の廃棄が行われる。
そして、上記のセル部５４ａ内へのプライマー試薬、酵素試薬、サンプル試料および希釈試料の吐出が行われた後、検出セル５４の蓋部５４ｂの蓋閉め動作が行われる。この蓋閉め動作が完了した後、検出セル５４内の液温を約２０℃から約６５℃に加温することにより、ＬＡＭＰ（遺伝子増幅）反応により標的遺伝子（ｍＲＮＡ）を増幅する。そして、増幅に伴い生成されるピロリン酸マグネシウムによる白濁を比濁法により検出する。具体的には、図３に示したＬＥＤ光源部５２ａおよびフォトダイオード受光部５２ｂを用いて、増幅反応時の検出セル５４内の濁度を検出（モニタリング）することによって、濁度の検出を行う。
サンプル試料の濁度データ（第１測定結果）および希釈試料の濁度データ（第２測定結果）は、遺伝子増幅測定装置１０１からパーソナルコンピュータ１０２へリアルタイムに送信される。パーソナルコンピュータ１０２のＣＰＵ１０２ｄは、受信した第１測定結果と第２測定結果とに基づいて、遺伝子増幅阻害が生じているかどうかを判定する。
ここで、図１０を参照して、パーソナルコンピュータ１０２のＣＰＵ１０２ｄの増幅阻害判定フローについて説明する。まず、ステップＳ１において、ＣＰＵ１０２ｄは、遺伝子増幅測定装置１０１からサンプル試料および希釈試料のそれぞれの濁度データを受信し、取得する。次に、ステップＳ２において、ＣＰＵ１０２ｄは、サンプル試料および希釈試料のそれぞれの濁度データに基づいて、図４に示すように、反応時間（ｍｉｎ）と濁度との関係を示したグラフ１１３ａを表示部１０２ｃのデータブラウザ画面に表示する。図４に示したグラフ１１３ａは、サンプル試料の反応時間（ｍｉｎ）と濁度との関係を示したグラフである。また、濁度データを取得してグラフ１１３ａを表示するステップＳ１〜ステップＳ２は、リアルタイムに行なわれ、濁度データを受信する度に、グラフ１１３ａの表示が更新されるようになっている。なお、反応時間が１６分に達すると、データの取得、グラフ１１３ａの表示は完了する。
次に、ステップＳ３において、ＣＰＵ１０２ｄは、増幅立ち上がり時間表示欄１１３ｂに、グラフ１１３ａにおける濁度０．１に対応するサンプル試料の立ち上がり時間「１０．７（ｍｉｎ）」を表示する。そして、ステップＳ４において、ＣＰＵ１０２ｄは、サンプル試料および希釈試料のそれぞれの立ち上がり時間と図８に示した検量線とからサンプル試料および希釈試料のそれぞれの核酸濃度を算出する。ステップＳ５において、ＣＰＵ１０２ｄは、濃度測定値表示欄１１３ｃに、サンプル試料の核酸濃度または核酸濃度の範囲（画面中では、「＜２．５Ｅ＋０２」）を表示する。次に、ステップＳ６において、ＣＰＵ１０２ｄは、サンプル試料およびその希釈試料のそれぞれの核酸濃度に基づいて、増幅阻害の有無の判定を行う。具体的には、サンプル試料の核酸濃度が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満であり、かつ、そのサンプル試料の希釈試料の核酸濃度が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合に、増幅阻害が生じていることを判定する。それ以外の場合には、増幅阻害がないと判定する。そして、ステップＳ７において、ＣＰＵ１０２ｄは、判定結果表示欄１１３ｄに、増幅阻害が生じていたことを示すフラグ「Ｉ」を表示する。なお、反応時間１６分に達した後、濁度０．１に対応する試料の立ち上がり時間と図８に示した検量線とから試料中の核酸濃度を算出したが、反応時間１６分に達するまでの間に濁度が０．１に達した時点で、濁度０．１に対応する試料の立ち上がり時間と図８に示した検量線とから試料中の核酸濃度を算出してもよい。その場合、ステップＳ１〜ステップＳ２とステップＳ３〜ステップＳ７とは並列処理される。
上記のようにして、最も奥側に位置する反応検出ブロック５０ａでの標的遺伝子（ｍＲＮＡ）の検出が行われるとともに、表示部１０２ｃに検出結果が表示される。また、奥から２番目〜４番目の反応検出ブロック５０ａについても、順次、セルセット位置１の反応検出ブロック５０ａでの標的遺伝子の検出動作と同様の動作が行われる。そして、奥から５番目に位置するセルセット位置５に位置する反応検出ブロック５０ａにおいて、上記したセルセット位置１の反応検出ブロック５０ａでの標的遺伝子の検出動作と同様に、サンプル試料セット部２０のサンプル容器セット孔２１ａにセットされる容器２４内の陽性コントロールと、サンプル容器セット孔２１ｂにセットされる容器２５内の陰性コントロールとが測定されて、セルセット位置１〜４の反応検出ブロック５０ａでの検出結果が正常であったか否かが判断される。これにより、４つのサンプル試料（４つの希釈試料を含む）を一括して行う１つのバッチ処理が終了する。このように、所定回数バッチ処理を実行することにより、遺伝子増幅分析システム１の動作が終了する。
本実施形態では、上記のように、プライマーと核酸増幅酵素とサンプル試料とによって得られる測定結果（濃度）に加えて、プライマーと核酸増幅酵素とサンプル試料の希釈試料とによって得られる測定結果（濃度）を取得することにより、図６に示したグラフのように、サンプル試料による測定結果では陰性であった標的遺伝子（ｍＲＮＡ）の増幅を希釈試料による測定結果から陽性だと確認することができる場合がある。これは、サンプル試料による測定結果の測定時に標的遺伝子や核酸増幅酵素に付着して標的遺伝子の増幅を阻害していた阻害物質が希釈試料による測定結果の測定時に希釈試料中で遊離したことに起因するためである。この場合、標的遺伝子の増幅を確認できなかったサンプル試料による測定結果と、標的遺伝子の増幅を確認できた希釈試料による測定結果とからサンプル試料による測定結果の測定時に標的遺伝子の増幅阻害が生じていたと判断することができる。その結果、サンプル試料による測定結果および希釈試料による測定結果から増幅阻害の発生の有無を考慮した正確な測定結果を取得することができる。
また、本実施形態では、標的遺伝子（ｍＲＮＡ）の増幅阻害に関する情報を表示する表示部１０２ｃを設けることによって、ユーザーは、サンプル試料による測定結果（濃度）と希釈試料による測定結果（濃度）とに基づいて取得された増幅阻害に関する情報（フラグ「Ｉ」）を確認することができる。
また、本実施形態では、パーソナルコンピュータ１０２のＣＰＵ１０２ｄに、希釈試料による測定結果に基づいて標的遺伝子（ｍＲＮＡ）が所定量以上存在するか否か（陽性「（＋）」、陰性「（−）」）を判定させるとともに、表示部１０２ｃに、ＣＰＵ１０２ｄによる標的遺伝子の所定量以上の存在の判定結果を増幅阻害の判定結果（フラグ「Ｉ」）とともに出力させることによって、サンプル試料の測定結果の測定時に増幅阻害が生じている場合にも、希釈試料を用いて測定された測定結果では、標的遺伝子の所定量以上の存在を増幅阻害の影響を受けることなく判断することができるので、正確に標的遺伝子が所定量以上存在するか否かを判定することができる。また、表示部１０２ｃにより、増幅阻害の判定結果とともに、標的遺伝子が所定量以上存在するか否かの判定結果を出力することによって、ユーザーは、増幅阻害の有無のみならず、標的遺伝子が所定量以上存在するか否かも確認することができる。
また、本実施形態では、サンプル試料および希釈試料として、未精製の試料を用いることによって、サンプル試料および希釈試料内に阻害物質が多量に含まれていても、サンプル試料による測定結果に加えて、希釈試料を用いて測定された測定結果を取得することにより、サンプル試料による測定結果では確認できなかった標的遺伝子（ｍＲＮＡ）の増幅を希釈試料による測定結果から確認することができる。その結果、サンプル試料および希釈試料から標的遺伝子（ｍＲＮＡ）を精製する時間が不要な未精製のサンプル試料および希釈試料を用いても正確な測定結果を迅速に取得することができる。
なお、今回開示された実施形態は、すべての点で例示であって制限的なものではないと考えられるべきである。本発明の範囲は、上記した実施形態の説明ではなく特許請求の範囲によって示され、さらに特許請求の範囲と均等の意味および範囲内でのすべての変更が含まれる。
たとえば、上記実施形態では、遺伝子増幅測定装置とパーソナルコンピュータとにより構築される遺伝子増幅分析システムに本発明を適用する例を示したが、本発明はこれに限らず、遺伝子増幅測定装置のみでもよいし、遺伝子増幅測定装置にパーソナルコンピュータの機能を持たせてもよい。
また、上記実施形態では、サンプル試料（ＣＫ１９）の測定結果（濃度）が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満であり、かつ、そのサンプル試料の希釈試料（ＣＫ１９−Ｄ）の測定結果（濃度）が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合に、増幅阻害が生じたことを示すフラグ「Ｉ」を表示する例を示したが、本発明はこれに限らず、サンプル試料の測定結果（濃度）と、そのサンプル試料の希釈試料の測定結果（濃度）とを比較して、希釈試料の測定結果がサンプル試料の測定結果より大きい場合に増幅阻害が生じたことを示すフラグを表示してもよい。
また、上記実施形態では、サンプル試料とその希釈試料とを収容したサンプル容器をサンプル試料セット部のサンプル容器セット孔に載置する例を示したが、本発明はこれに限らず、図９に示した本実施形態の変形例による遺伝子増幅測定装置２０１のように、サンプル試料セット部２２０に希釈部２２１を設けることによって、遺伝子増幅測定装置２０１内で自動的に希釈試料を作製するようにしてもよい。この場合、サンプル試料の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合には、希釈試料を作成せず、サンプル試料の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）未満である場合には、希釈試料を作製するようにするのが好ましい。これにより、サンプル試料の測定結果が２．５×１０２（ｃｏｐｉｅｓ／μｌ）以上である場合には、判定結果が陽性「（＋）」であることが明白であるので、希釈試料を作成するために必要な希釈液が無駄になるのを抑制することができる。
１ 遺伝子増幅分析システム（核酸増幅分析装置）
１０１、２０１ 遺伝子増幅測定装置（測定部、核酸増幅測定装置）
５１ 反応部（増幅手段）
５２ 濁度検出部（測定手段）
１０２ パーソナルコンピュータ
１０２ｃ 表示部（出力部）
１０２ｄ ＣＰＵ（分析部、判定部）
２２１ 希釈部
１０１、２０１ 遺伝子増幅測定装置（測定部、核酸増幅測定装置）
５１ 反応部（増幅手段）
５２ 濁度検出部（測定手段）
１０２ パーソナルコンピュータ
１０２ｃ 表示部（出力部）
１０２ｄ ＣＰＵ（分析部、判定部）
２２１ 希釈部
Claims (8)
- プライマーと核酸増幅酵素とによって生体由来試料中の標的核酸を増幅し、その増幅に伴い生成される核酸増幅産物を測定する測定部と、
患者から採取された生体由来試料を収容した第１容器および前記生体由来試料を希釈した希釈生体由来試料を収容した第２容器をセットする試料セット部と、
前記プライマーを収容した第３容器および前記核酸増幅酵素を収容した第４容器をセットする試薬セット部と、
前記第３容器に収容された前記プライマーと前記第４容器に収容された前記核酸増幅酵素と前記第１容器に収容された前記生体由来試料とを前記測定部にセットされた第１検出セルに分注して第１測定試料を調製するとともに、前記第３容器に収容された前記プライマーと前記第４容器に収容された前記核酸増幅酵素と前記第２容器に収容された前記希釈生体由来試料とを前記測定部にセットされた第２検出セルに分注して第２測定試料を調製する分注機構部と、
前記第１検出セルに収容された前記第１測定試料を前記測定部で測定することによって得られる第１測定結果と、前記第２検出セルに収容された第２測定試料を前記測定部で測定することによって得られる第２測定結果とに基づいて、前記標的核酸の増幅阻害を判定する分析部と、
前記標的核酸の増幅阻害の判定結果を出力する出力部とを備え、
前記分析部は、前記第２測定結果の核酸増幅産物が前記第１測定結果の核酸増幅産物より多い場合に、前記標的核酸の増幅阻害があると判定する、核酸増幅分析装置。 - 前記分析部は、前記第２測定結果に基づいて前記標的核酸が所定量以上存在するか否かを判定するとともに、前記出力部は、前記標的核酸が所定量以上存在するか否かの第２の判定結果を前記増幅阻害の判定結果とともに出力する、請求項１に記載の核酸増幅分析装置。
- 前記出力部は、前記第１測定結果と前記増幅阻害の判定結果とを出力する、請求項１または請求項２のいずれか１項に記載の核酸増幅分析装置。
- 前記出力部は、表示部を含み、
前記表示部には、前記第１測定結果と前記増幅阻害の判定結果とが表示される、請求項３に記載の核酸増幅分析装置。 - 前記分析部は、前記第１測定結果が第１の範囲にある場合には、前記第２測定結果を取得せず、前記第１測定結果が第２の範囲にある場合には、前記第２測定結果を取得する、請求項１に記載の核酸増幅分析装置。
- 前記生体由来試料は、未精製の生体由来試料である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の核酸増幅分析装置。
- 前記分析部は、前記第１測定結果および／または前記第２測定結果に基づいて、前記標的核酸が所定量以上存在するか否かを判定し、前記出力部は、前記標的核酸が所定量以上存在するか否かの第２の判定結果と前記増幅阻害の判定結果を出力する、請求項１に記載の核酸増幅分析装置。
- プライマーと核酸増幅酵素とによって生体由来試料中の標的核酸を増幅し、その増幅に伴い生成される核酸増幅産物を測定する測定部と、
患者から採取された生体由来試料を収容した第１容器をセットする試料セット部と、
前記プライマーを収容した第２容器および前記核酸増幅酵素を収容した第３容器をセットする試薬セット部と、
前記生体由来試料を希釈するための希釈液を有する希釈部と、
前記第２容器に収容された前記プライマーと前記第３容器に収容された前記核酸増幅酵素と前記第１容器に収容された前記生体由来試料とを前記測定部にセットされた第１検出セルに分注して第１測定試料を調製するとともに、前記第２容器に収容された前記プライマーと前記第３容器に収容された前記核酸増幅酵素と前記第１容器に収容された前記生体由来試料と前記希釈部の希釈液とを前記測定部にセットされた第２検出セルに分注して第２測定試料を調製する分注機構部と、
前記第１検出セルに収容された前記第１測定試料を前記測定部で測定することによって得られる第１測定結果と、前記第２検出セルに収容された第２測定試料を前記測定部で測定することによって得られる第２測定結果とに基づいて、前記標的核酸の増幅阻害を判定する分析部と、
前記標的核酸の増幅阻害の判定結果を出力する出力部とを備え、
前記分析部は、前記第２測定結果の核酸増幅産物が前記第１測定結果の核酸増幅産物より多い場合に、前記標的核酸の増幅阻害があると判定する、核酸増幅分析装置。
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