JP5085320B2 - 生体反応又は生体内状態変化の複数同時解析法 - Google Patents

生体反応又は生体内状態変化の複数同時解析法 Download PDF

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Description

本発明は生体反応又は生体内状態変化を測定するために必要な活性測定分子および該活性測定分子を使用した活性測定方法に関する。より詳細には、量子ドットを用いた生体反応又は生体内状態変化測定用の活性測定分子および該活性測定分子を使用した活性測定方法に関する。
生体内に存在する物質は、種々様々な役割を担っていることから、その生体反応の様式も非常に多岐にわたるものである。ここで、生体反応とは、タンパク質、核酸、脂質、糖質などに対する分解、転移、付加、合成を行う酵素反応や、生体内物質の濃度変化、細胞内局在変化等を指す。生体内/細胞内で行う状態変化は、多くの場合多成分構成体による一連の反応が時間・空間的連鎖反応することで担われている。従って、様々な生体構成成分によってなされる反応を同時にモニターすることで生体/細胞の状態をより厳密にとらえることが可能となり、その結果得られた情報は、病態診断並びに、創薬の際の有用な指標となることが期待される。しかしながら、このような異なる成分によって起こる異なる様式の反応どころか、複数の酵素反応をモニターする方法すら開発されていないのが現状である。
また、ここで言う「厳密に」とは生体や細胞の状態のより詳細な解析を指すばかりではなく診断等において試料間、測定装置間、施設間の差を超えて定量的な比較検討をするには試料中に設定した内部標準反応等を同時に測定しなければならず、例えある一つの酵素活性を病態診断に用いる場合でも内部標準反応として別種の反応の同時測定が行われなければならない事も指す。
プロテインチップと称されるものの多くはELISA法などと同様に抗体を用いて所望のタンパク質の存在量(発現量)を検出することができるものであるが、生体内においてそのタンパク質が関わる詳細な相互作用メカニズムなどの反応機構まで明らかにすることはできず、また、質量分析(MS)を用いたリン酸化タンパク質の同定等においてもその修飾を受けたタンパク質の存在量が確認されるに留まる。すなわち、修飾酵素の活性状態の把握は出来ない。
また、酵素活性測定用人工基質などが多く開発されているものの、それらを並列してハイスループット的に使用することは困難である。なぜなら、従来技術では、測定対象が全く異なる場合でも用いる試薬が類似のものが殆どで同時に別種の活性は測定不可能な場合が殆どだからである。
そこで発明者らは、これまでに、GFPにタンパク質工学的改変を施し、新たなアミノ酸配列の導入などの方法を用いて、GFPタンパク質と蛍光色素あるいは蛍光色素でラベルされた生体成分とを結合させた複合体分子(バイオプローブ)を調製し、生体構成成分によってなされる色々な反応を並列的にモニターする方法を開発してきた。これはGFP(あるいは他の蛍光タンパク質)と複合体を形成する蛍光色素(あるいは蛍光色素でラベルされた生体成分)間の同一分子あるいは近傍に存在する2種の蛍光分子間で観察される蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)を生体反応の状態変化に変換して細胞内外に関わらずモニターするものである(例えば、非特許文献1、非特許文献2及び特許文献1)。既存のプロテアーゼ解析法が存在量の解析にほぼ特化されたものであるのに対し、この方法論は、反応、状態変化をモニターできる点において優れているといえる。また、FRETではなく2種の蛍光分子間で観察される蛍光相互相関分光法(FCCS)によっても、反応、状態変化をモニター可能であることが明らかとなっている。
また、量子ドットと蛍光分子を標識した生体分子により構成されるバイオプローブにおけるFRETを利用した解析方法もこれまでに報告されているが、効率的で測定対象に依存しないFRETの観測が困難性あるなどの理由から、測定精度を担保した利用は実現されていない(特許文献2、非特許文献3、非特許文献4及び非特許文献5)。
特開2002−153279 WO2004/042404 Suzukiら,Biochim.Biophys.Acta,1679:222−229,2004 Suzukiら,Biochem.Biophys.Res.Comm.,330:454−460,2005 Changら,Biochem.Biophys.Res.Comm.,334:1317−1321,2005 Linら,Anal.Biochem.,319:239−243,2003 Medintzら,Proc.Nat.Acad.Sci.USA,101:9612−9617,2004
上述のように、複数同時可視化という観点から複数の蛍光タンパク質(例えば、GFPとその色変異体)を用いる場合、それぞれの蛍光タンパク質の使用環境における適合性および安定性に問題があり、広範な用途への適用が困難であった。
また、量子ドットなどを用いる点においても、広範な用途のための一般化された解析システムの安定性等における問題が存在していた。
さらに、GFPに結合させる蛍光色素でラベルした生体分子の分子量が大きい場合、GFPとの複合体を得る事は可能であるが、結合効率が極めて悪く実用化には適さないことから、種々の生体反応、酵素反応を測定するのに必要な測定分子(例えば、GFPと他の蛍光標識タンパク質との複合体、又はGFPと蛍光標識DNAとの複合体)を大量に効率よく取得するのが困難であった。
よって、本発明は測定環境に左右されず、かつ、複数の生体反応又は生体内状態変化を同時検出するための活性測定分子の安定した提供を目的とする。
また、本発明は該活性測定分子を使用した生体反応複数同時解析法の提供を目的とする。
本発明者らは、上記事情に鑑み、生体反応又は生体内状態変化を測定するにあたり、測定環境の寛容さに優れ、同時に複数の生体反応又は生体内状態変化等を検出するための活性測定分子、および測定方法の開発において鋭意研究を行った結果、FRETのドナーあるいはFCCSの蛍光供与体として量子ドットを選択することで、上記課題が解決することを見出し、本発明を完成させるに至った。
FRETのドナーあるいはFCCSの蛍光供与体として成立するGFPの色変異体は、現在10種類程度利用可能であるものの、その蛍光特性はストークシフトが短く、励起スペクトルはそれ程広く無いのに対し広い蛍光スペクトルを持つものであり、複数の活性測定分子を得るに上で、十分に区別し得る変異体を容易に入手することは困難である。一方、GFPと比較して、量子ドットは生体への無毒性が確認されている物が、同様に10種類程度存在するが、その蛍光特性は、広い励起スペクトルに対し狭い蛍光スペクトルを有し、上述の蛍光タンパク質に比べ大変優れた特性を示す。さらに量子ドット自体無機分子であるため、タンパク質であるGFPに比べるとロット差の少ない製造が容易であり、今後、所望の蛍光特性を備えた量子ドットの取得が格段に容易になると考えられる。また、量子ドットはGFPと比較すると測定環境への寛容さが高く、蛍光タンパク質に比べて飛躍的に優れた光安定性を有し、さらには、中性付近から大きくはずれたpH条件下、油層、高温環境などにおいても活性測定が可能である。
複数の生体反応等を同時にモニターして解析するためには、より多くの生体反応等を区別化しモニターすることを可能にする活性測定分子が必要となる。従来使用されていたGFPをFRETのドナーあるいはFCCSの蛍光供与体として使用するためには、色変異体ごとに異なる励起波長を用いなければ所望の蛍光を得ることができなかったが、量子ドットの場合はすべて同じ励起波長を使用することが可能である。しかも性質の異なる量子ドットの取得はGFP等と比較してはるかに容易であることから(粒径が異なると蛍光が異なる)、量子ドットを使用することによって、これまで困難であった測定対象の並列性の増大を可能とし、複数同時解析方法(可視化方法)を最適化することができる。また、量子ドットの蛍光はGFP及びその色変異体に比べてより長波長側の蛍光を示すものが多いため生体内で観察される自家蛍光との区別をより明確に行うことができる。
さらに、本発明者らは、従来報告されている量子ドットの使用における困難性を顕著に改善することで、量子ドットを利用した解析システムの実用化を可能にした。前掲の従来技術を報告する文献には、生体反応等の解析における量子ドットの利用性を報告したものも存在するが、その解析結果は実用化する上での問題及び困難性を示唆するものが少なくなかった。例えば、量子ドットを用いたタンパク質分解酵素活性の検出を報告した例においては(非特許文献3)、逆電荷を持つ量子ドットと金粒子の間で観察される消光効果を利用したもので、ペプチドを金粒子でラベルし量子ドット上に固定化、消光を観察した後、タンパク質分解酵素活性処理により消光効果の解消により量子ドットの蛍光が回復する過程を解析したものである。その結果は、ratio imaging(狭義のFRETにより得られる精度の高いデータ)になっていないばかりか酵素活性測定に18時間から47時間もかかっており、実際の解析への利用にはかなりの改善を要するものであった。
以上のような点から、本願発明は従来困難であった複数同時解析もしくはその可視化を可能ならしめるものであるということができる。
すなわち、本発明は以下の(1)〜(19)に関する。
(1)本発明の第1の態様は、量子ドット上に、生体反応又は生体内状態変化の対象となる、蛍光分子で標識した生体分子及び/又は標識しない生体分子を1以上結合していることを特徴とする生体反応及び/又は生体内状態変化の複数同時解析用活性測定分子である。
(2)本発明の第2の態様は、前記生体分子がペプチドであり、該ペプチドが前記蛍光分子と共有結合で結合していることを特徴とする上記(1)に記載の活性測定分子である。
(3)本発明の第3の態様は、前記共有結合がペプチド結合であることを特徴とする上記(2)に記載の活性測定分子である。
(4)本発明の第4の態様は、前記量子ドットをアビジンでコートし、前記生体分子をビオチン化して、ビオチン−アビジン結合を介して、前記生体分子が量子ドットに結合することを特徴とする上記(1)乃至(3)のいずれかに記載の活性測定分子である。
(5)本発明の第5の態様は、前記蛍光標識した生体分子の数が0〜40であり、及び/又は前記蛍光標識していない生体分子の数が0〜40であることを特徴とする上記(1)乃至(4)のいずれかに記載の活性測定分子である。
(6)本発明の第6の態様は、前記生体分子が、核酸、タンパク質、ペプチド、アミノ酸、補酵素、糖、糖鎖、脂質、それらの誘導体、及びそれらの複合体からなるグループより選択されることを特徴とする上記(1)乃至(5)のいずれかに記載の活性測定分子である。
(7)本発明の第7の態様は、前記生体反応が酵素反応であることを特徴とする上記(1)乃至(6)のいずれかに記載の活性測定分子である。
(8)本発明の第8の態様は、前記酵素が、核酸分解酵素、核酸修飾酵素、タンパク質分解酵素、タンパク質修飾酵素、糖鎖分解酵素、糖ヌクレオチド合成酵素及び糖転移酵素からなるグループより選択されることを特徴とする上記(7)に記載の活性測定分子である。
(9)本発明の第9の態様は、前記酵素が、核酸分解酵素であり、前記生体分子が核酸であることを特徴とする上記(8)に記載の活性測定分子である。
(10)本発明の第10の態様は、前記酵素が、タンパク質分解酵素であり、前記生体分子がペプチドであることを特徴とする上記(8)に記載の活性測定分子である。
(11)本発明の第11の態様は、前記蛍光分子がBFP、CFP、GFP、YFP、RFPを代表とする蛍光蛋白質とその変異体から選択されることを特徴とする上記(1)乃至(10)のいずれかに記載の活性測定分子である。
(12)本発明の第12の態様は、上記(1)乃至(6)のいずれかに記載の第1の生体分子を結合した1以上の活性測定分子と蛍光分子で標識した又は標識しない1以上の第2の生体分子からなる試験サンプルを混合し、量子ドット上の第1の生体分子と第2の生体分子が相互作用するために適した条件下でインキュベートし、インキュベートの間又はインキュベート後、各量子ドットに適した波長で各量子ドットを励起し、各量子ドット上に結合している第1の生体分子及び/又は各第2の生体分子に結合した蛍光標識など、系に存在するすべての蛍光分子から得られる蛍光強度の変化を検出することを含んでなる、生体分子の相互作用複数同時解析方法である。
(13)本発明の第13の態様は、前記量子ドット上の第1の生体分子が、核酸、タンパク質、ペプチド、糖、糖鎖、それらの誘導体、及びそれらの複合体からなるグループより選択されることを特徴とする上記(12)に記載の方法である。
(14)本発明の第14の態様は、前記第2の生体分子が、核酸、タンパク質、ペプチド、糖、糖鎖、それらの誘導体、及びそれらの複合体からなるグループより選択されることを特徴とする上記(12)又は(13)に記載の方法である。
(15)本発明の第15の態様は、前記試験サンプルが細胞抽出液、細胞培養上清、血液、体液であることを特徴とする上記(12)乃至(14)のいずれかに記載の方法である。
(16)本発明の第16の態様は、上記(7)乃至(11)のいずれかに記載の1以上の活性測定分子の混合物と、活性検出の対象である1以上の酵素を混合し、該混合物を該酵素の活性に至適な条件下でインキュベートし、インキュベートの間又はインキュベート後、各量子ドットに適した波長で各量子ドットを励起し、各量子ドット及び各基質に結合した蛍光標識など系に存在するすべての蛍光分子から得られる蛍光強度の変化を検出することを含んでなる、酵素活性複数同時解析方法。
(17)本発明の第17の態様は、前記酵素の少なくとも1つがタンパク質分解酵素であることを特徴とする上記(16)に記載の方法である。
(18)本発明の第18の態様は、活性測定分子の混合物に、前記酵素の蛍光標識した第2の基質をさらに混合することを特徴とする上記(16)又は(17)に記載の方法である。
(19)本発明の第19の態様は、前記活性測定分子の混合物中に含まれる量子ドットの蛍光特性が相互に異なるものであることを特徴とする上記(12)乃至(18)のいずれかに記載の方法である。
本発明の活性測定分子ならびに方法を用いることで、従来測定が困難であった環境における生体反応の解析が可能になる。
本発明の活性測定分子(バイオプローブとも称する)は、活性測定に要する基質などの集積度が高いこと、また、該分子に使用されるモル吸光係数が従来使用されている蛍光色素と比較して〜10倍以上であることなどから、該活性測定分子はシグナルの増幅等を要せず超高感度な測定分子であり、該分子を使用する本発明の方法は、感度の高い結果を提供することができる。
本発明の活性測定分子ならびに方法を用いることで、複数の生体反応、状態変化を同時に測定することが可能な、従来存在しないプロテインチップの作製が可能となり、プロテオーム解析など得られる情報が飛躍的に増えるばかりではなく、チップ化が可能である事により網羅的な解析の進展に貢献することができる。この様なチップは病態診断や創薬スクリーニングチップにも利用可能となる。
本発明の活性測定分子ならびに活性測定方法により、該活性測定分子を細胞内あるいは個体内に取り込ませることが可能となるため、インビボ(in vivo)で実際に生じている生命現象を可視化してとらえることが可能となり、上述のインビトロ(in vitro)の場合のみならず、病態の診断、創薬スクリーニングなどに役立つことが期待される。
図1はDNaseアッセイに用いた基質DNA(レーン2、3;PCR product)、量子ドットに結合させた基質DNAを(レーン4、6;Q dots+PCR product)ポリアクリルアミドゲル電気泳動を行い、SYBRGreenI (Promega Corp.)染色した結果を示す。レーン1は100ベースDNAマーカー(100 bp ladder)を、レーン5(Q dots)は量子ドットのみを泳動した。 図2は、量子ドットのみ、量子ドットに蛍光標識した基質DNAを結合させたもの、量子ドットに蛍光標識した基質DNAを結合させDNase処理したものに関し、FRETを測定した結果を示す。 図3は、量子ドット(QD525) 上にPCR product(dUTP-Alexa 532でラベルした)を固定化しDNase処理を行った場合のFRETの測定結果を示す。未処理(四角)では、FRETが観察されているが、DNase処理(三角)により解消している。丸のグラフはDNase処理した試料をより高感度な条件で測定したものである。 図4は、QD 525 上にssDNA(一本鎖DNA) を固定化(プライマーは予めハイブリダイズさせた)した後、Klenow fragmentによる処理を行い、FRETを観察した結果を示す。三角はKlenow fragment無処理、丸はKlenow fragmentで処理したものの観察結果である。 図5は、タンパク質分解酵素の認識ペプチド配列とGFP又はRFPとのキメラタンパク質のアミノ酸配列を示す図である。AはトリプシンとGFP、Bはキャスパーゼ−3とGFP、Cはキャスパーゼ−9とGFP、DはカテプシンEとGFP、Eはキャスパーゼ−3とRFPとの組換えタンパク質のアミノ酸配列である。挿入配列を斜字で示し、酵素の認識配列に下線を付した。 図6は、トリプシン活性をFRETにより測定した結果を示す。トリプシン処理により、蛍光強度のピーク波長が513nmから508nmへ移動した。 図7は、キャスパーゼ−3活性をFRETにより測定した結果を示す。トリプシン処理により、蛍光強度のピーク波長が510nmから506nmへ移動した。 図8は、量子ドット(QD)のみを各々pH環境にさらして蛍光スペクトルを観察した結果を示す。pH7以上では殆ど変化が無い。 図9は、pH感受性蛍光色素のみを各々pH環境にさらして蛍光スペクトルを観察した結果を示す。pH7.9前後で大きく変化が出るが、それぞれ、pH7.9以下及びpH7.9以上ではほぼ変化が見られない。また、Exは励起蛍光スペクトル、Emは最大励起波長により得られる蛍光スペクトルである。 図10は、量子ドット上にpH感受性蛍光色素を固定化し各々のpH環境にさらして蛍光スペクトルを観察した結果を示す。波形パターンとしてはそれぞれの変化を強調する形になっており結合のメリットが出た。量子ドットのみの蛍光スペクトルを参照のためNot modifiedとして図中に示した。 図11は、DNA分解酵素活性とタンパク質分解酵素活性を同時に測定した結果を示す。+と−は、各酵素の処理の有無を示す。
本発明における実施態様の1つは、量子ドット上に、生体反応又は生体内状態変化の対象となる、蛍光分子で標識した生体分子及び/又は標識しない生体分子を1以上結合していることを特徴とする生体反応及び/又は生体内状態変化の複数同時解析用活性測定分子である。
ここで本発明の「活性測定分子」は、生体反応又は生体内状態変化等の対象となる生体分子、又は、該生体分子(例えば、タンパク質、核酸、脂質、糖など)の結合パートナー(例えば、タンパク質、核酸、脂質、糖など)などに蛍光分子標識したもの又は蛍光分子標識していないものを量子ドット上に結合させたものである。ここで、蛍光標識をしていないものを量子ドット上に結合させたものは、該蛍光標識をしていない生体分子と結合する第2の生体分子との結合様式を検出するために使用することができる。「生体分子」とは、生体内において、機能的又は構造的な役割を担って存在する全ての分子のことであり、例えば、核酸、タンパク質、ペプチド、アミノ酸、補酵素、糖、糖鎖、脂質、又はそれらの誘導体及び複合体(例えば、糖タンパク質、糖脂質など)、各種酵素(例えば、核酸分解酵素、核酸修飾酵素、核酸合成酵素、タンパク質分解酵素、タンパク質修飾酵素、糖鎖分解酵素、糖ヌクレオチド合成酵素又は糖転移酵素)、酵素反応の基質(例えば、タンパク質、核酸、脂質、糖など)などが含まれる。
ここでいう「生体反応」には、生体分子同士の反応の全てが含まれ、例えば、酵素反応などがその典型的な例である。また、「生体内状態変化」とは、化学反応は生じない場合であっても、生体分子同士の相互作用などの結果、1の生体分子が分解したり、2の生体分子が結合して一体化するような状態変化の全てが含まれる。さらに、生体分子同士の相互作用のみならず、測定対象である生体分子の濃度(反応中に起きる関連分子の濃度変化など、例えば、カルシウムイオン濃度変化、プロトンの濃度変化であるpH変化など)や膜電位、酸化還元状態なども本発明の生体内状態変化に含まれる。
「量子ドット」は、半導体原子が数百個から数千個集まった10数nm程度の小塊のことであり、1970年代米国Bell研究所のLouis Brus博士ら及び旧ソビエトYoffe研究所のAlexander Efros 博士並びに Alexie Ekimovらによりその製法が考案されたもので、コア技術は米国特許第5990479号に記載された発明に基づいている。現在でもその製造方法について技術的改良が盛んに行われているが、電子線リソグラフィーなどを用いて二次元的な量子井戸を切り分けたり、一次元の量子細線を切り分けたりする方法、Stranski-Krastanovモードの結晶成長による方法などが代表的な製造方法である。また、製造品については、米国Quantum Dot Corp.などから購入することも可能である。
本発明の活性測定分子に用いられる生体分子に蛍光標識色素(蛍光分子)を導入する場合には、量子ドットとの間で蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)または蛍光2分子のゆらぎを検出する(FCCS)ことができるような蛍光標識色素であれば、いかなるものでも利用可能である。限定はしないが、例えば、そのような蛍光標識色素として、Alexa dye、BODIPY、Cy dye、quencherなどが好適に利用可能である。
本発明の活性測定分子に用いられる生体分子を蛍光標識する場合、該生体分子の種類および特性に応じて標識化することができる。例えば、該生体分子がDNAである場合には、該DNAの末端を標識するか、あるいは、DNA全体を標識することが可能である。当該方法は当該技術分野において公知の方法に基づいて行うことができる。生体分子がタンパク質、脂質、糖である場合も同様に公知の技術によって行うことができる。
本発明の活性測定分子は、FRETを検出する方法又はFCCS法などを適用することにより、目的の生体反応、生体変化などの検出を可能ならしめるものである。この場合、量子ドットと蛍光標識生体分子との間でFRETが観測され、またはFCCS法が適用可能である必要がある。FRETにおいては、量子ドットと蛍光標識生体分子との間を、一定の距離の範囲内にするなどの条件が必要となるが、量子ドットの量子収率が高いため通常の蛍光色素分子間でこの現象を観察する場合に比してその適応範囲は広くなる。一方、FCCSにおいては特に距離的制限は無く、反応後の2分子の分子量に差がある程良好な感度が得られる。量子ドット上には複数の生体分子固定を想定しているため反応後の分子量差を実現し易く成っている。これらの条件については、当業者の通常の技術常識に基づいて選択可能である。
本発明の活性測定分子は、液体中などの流動状態においても、または基盤などの支持体に固定した状態においても、使用することができる。支持体に固定する場合には、例えば、アビジンコート等された量子ドットの場合には、そのままあるいはビオチン誘導体を介してマイクロプレートに固定化可能であるし、また、抗体コートされた量子ドットの場合には、抗体固定化(プロテインA又はプロテインGカラムなど)カラム等を用いてに固定化することができる。さらにいずれの場合もヒスチジンタグをタンパク質中に持たせる事が出来、Ni2+−NTAなどで活性化されたチップ、金基盤上に容易に固定化出来る。
本発明の活性測定分子を製造するにあたり、量子ドットと生体分子との結合は、当該分野において公知の方法により行うことができ、共有結合でも、非共有結合(例えば、配位結合(例えば、His tag−Ni2+−NTA)や抗原抗体反応を利用する、のでもよい。また、ビオチン−アビジン結合も利用することができる。概略を説明すると、蛍光標識した生体分子(タンパク質、DNA、糖鎖など)をビオチン化し、アビジンコートした量子ドットを混合してビオチン−アビジン結合を形成させ、該結合を介して、量子ドット上に生体分子を結合することができる。ここで、生体分子をビオチン化する場合、該生体分子がタンパク質などである場合には、アミノ基反応性ビオチン化試薬であるビオチンNHS−エステルあるいはスルフォーNHS−エステルをアミノ酸残基やタンパク質のN末端と反応させることにより達成され、すなわちアミノ酸残基特異的反応性ビオチンか試薬であればすべて適応可能で、また、生体分子が核酸もしくは糖鎖の場合、これらをアミノ化誘導体とした後、アミノ基反応性ビオチン化試薬と反応させる、などの様にビオチンか試薬の反応基に対応した誘導体を得ることにより達成される。
また、上記抗体やアビジンでコートされた量子ドットを用いる方法以外では、例えば、量子ドット上に存在する官能基(例えば、−COOH、−NHなど)を介して結合させる方法なども利用可能である。これらの方法に適した量子ドットが市販されており、これらの市販品を使用することもできる。
本発明における他の実施態様は、量子ドット上に、生体反応又は生体内状態変化の対象となる生体分子ペプチドであって、蛍光分子と共有結合している生体分子を少なくとも1つ結合していることを特徴とする生体反応及び/又は生体内状態変化の複数同時解析用活性測定分子である。本実施態様における活性測定分子は単一の生体反応等を測定する上でも有用なツールとなり得る。使用可能な「蛍光分子」は、当業者において既知の如何なる蛍光分子でも使用可能であり、例えば、蛍光タンパク質などが使用可能であり、BFP、CFP、GFP、YFP、RFPを代表とする蛍光蛋白質とその変異体などが好ましい。また、本実施態様において使用可能なペプチドは、生体内においてそれ自体機能しているものでも、また、タンパク質の機能領域等に相当するペプチド部分でもよい。また、当該ペプチドは、特定のタンパク質の機能ドメイン又は機能領域に相当する配列など、タンパク質の一部であってもよい。本ペプチドとしては、例えば、タンパク質分解酵素の認識配列、タンパク質リン酸化酵素の認識配列、糖転移酵素の認識配列、核酸結合配列、など、ある生体内分子によって認識され、該生体内分子との相互作用が期待され、相互作用の結果、量子ドットと蛍光分子間におけるFRET等に影響を及ぼすもの、又は、該ペプチドが分解等される結果、FRET等に影響を及ぼすものであれば、いずれも使用することができる。
蛍光分子と生体分子の間における結合は、特に結合様式は問わないが、蛍光タンパク質の場合には、遺伝子工学的手法を適用することができる理由から、ペプチド結合が望ましいが、それ以外の共有結合、例えば、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホラミドチオエート結合、ホスホラミデート結合、ホスホルジアミデート結合、メチルホスホネート結合なども使用可能である。非共有結合では配位結合(例えば、His tag−Ni2+−NTA)や包接(結合させたシクロデキストリンに蛍光分子を包接させる)などが使用可能である。
蛍光タンパク質とペプチドを共有結合させる場合、両者の位置関係は、反応の前後で大きなFRET変化、FCCSなどが観測可能な位置関係にある必要がある。例えば、蛍光タンパク質として、GFP、RFPやその色変異体などを使用する場合、GFP、RFPのN末端、C末端、11本のβ鎖をつなぐ11本のループ領域のいずれかに挿入することができる。この場合、当該ペプチドと蛍光タンパク質又は量子ドットとを直接結合させてもよいが、場合によっては、スペーサーとなるいくつかアミノ酸(1〜20程度)を挿入してもよい。
本発明におけるその他の実施態様は、上記活性測定分子を用いて、量子ドットと蛍光分子標識した生体成分間に生じる蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)を生体反応の状態変化としてモニターし、あるいは、量子ドットと該標識した生体成分間で観察される蛍光2分子のゆらぎを蛍光相互相関分光法(FCCS)によって検出することにより生体反応、例えば、タンパク質同士、タンパク質と核酸、核酸同士、タンパク質と糖鎖などの結合や解離反応、あるいは、酵素反応をモニターすることである。
量子ドット上に標識された生体分子が結合している状態において、最も高い効率のFRETが検出される。また、FCCS法を適用する場合、量子ドットと標識された生体分子が同一分子としてのゆらぎのパターンが検出される。ここで活性測定分子に含まれる生体分子がタンパク質、核酸、糖鎖などの場合に、タンパク質分解酵素、核酸分解酵素、糖鎖分解酵素で処理すると、生体分子が切断されることで、生体分子に標識された蛍光分子が量子ドットから解離するため、FRETが解消され、また、2つの蛍光分子が別の分子としての挙動を示しゆらぎのパターンが変化する。この過程を蛍光分光光度計によるFRET、蛍光寿命、時間分解蛍光等の測定、蛍光相互相関分光計によるFCCSの測定及びそれらの測定対応蛍光マイクロプレートリーダーを用いて解析することで酵素活性のモニターが可能である。
また、酵素が転移酵素である場合には、量子ドット上に標識されていない基質を結合させ、標識された第2の基質が転移酵素によって転移された結果生じるFRETを検出するか、あるいは、ばらばらに挙動する蛍光分子が1つの蛍光分子としての挙動を示すゆらぎパターンへの変化を測定することにより、活性のモニターが可能である。
さらに、タンパク質同士、タンパク質と核酸、核酸同士、タンパク質と糖鎖などの結合反応に関しては、一方の生体分子を蛍光標識せずに量子ドット上に結合させた活性測定分子を調製し、該活性測定分子と結合パートナーとなる蛍光標識した生体分子を接触させた結果、FRETの最も低い状態から高い状態への変化が検出されるか、または、独立した蛍光分子としてのゆらぎパターンが1つの大きな分子上にある2つの蛍光分子としてのゆらぎパターンに変化した場合には、両生体分子が結合または相互作用し得ると判断することができる。
量子ドットは蛍光波長の青色側に広い吸収帯を持ち励起波長によらず狭い蛍光を示せるのが特徴であるため、異種の量子ドットを同波長で励起し、異蛍光波長を同時に得る事が可能である。励起波長は、使用する量子ドットの特性にもっとも適した波長が望ましく、例えば、300から500nm、好ましくは、該活性測定系に存在するすべてのアクセプターの励起波長からより離れた波長を用いるのが良く、用いた量子ドットの特性に応じて490nm、525nm、565nm、585nm、605nm、655nmに蛍光を示すことが予想される。
従って、異なる生体反応又は生体内状態変化を測定するための生体分子を結合させた蛍光特性の異なるドットを共存させた場合においても、同一の波長で異なる蛍光特性を有する量子ドットの全てを励起することができることから、複数の生体反応を同時にモニターすることができる。例えば、1の量子ドットには、蛍光標識したDNAを結合させ、2の量子ドットには別の蛍光標識を行ったタンパク質を結合させ、3の量子ドットには蛍光標識しない糖鎖を結合させて活性測定分子を調製した場合、DNA分解酵素、タンパク質分解酵素、糖転移酵素及び蛍光標識した糖を含んだ試験サンプル(精製した酵素などの混合物、または細胞抽出物、培養上清など)を該活性測定分子と混合し、適切な条件下でインキュベートしている間に励起波長を照射することによって得られる蛍光波長の特性変化を、FRET変化検出法又はFCCS法によって解析することにより、上記3種の酵素活性を確認することが可能となる。さらに、蛍光標識しないタンパク質を結合させた量子ドットと蛍光標識したタンパク質の混合ではタンパク質間相互作用を検出することができ、生体分子との結合(金属イオンをキレートするなども含め)によりその蛍光特性が変化する環境依存型蛍光色素を適切なスペーサー分子等を用いて量子ドットに結合させた場合には、該生体分子の濃度変化をFRET変化検出法に適応する事も可能である。
以上のように、本発明の方法は、多くの生体反応又は生体内状態変化の複数同時解析に適用することができる。
量子ドットに励起波長を照射するタイミングは、試験物質をインキュベートしている間、又はインキュベートの後のいずれであってもよい。リアルタイムで何らかの活性、反応を見たい場合はインキュベート中に励起波長を照射するのが好ましく、最終的な活性の確認を行うのであれば、インキュベート後に励起波長を照射すればよい。従来の蛍光色素を用いて、生体内反応のリアルタイムでの逐次観察を試みようとすると、非常に短い時間で蛍光退色が生じ、良好の結果を得ることが非常に困難であった。これに対し、本発明の方法を用いると、量子ドットが半導体であることから蛍光の保持がある程度長時間可能であり、比較的遅い反応のリアルタイムモニターをも可能にする。
本発明の活性測定分子はキットの形態で、容器、パック中に使用説明書と共に含めることができる。本発明の活性測定分子がキットとして供給される場合、該活性測定分子の機能を失うことなく長期間の貯蔵を可能ならしめる形態にて包装されるのが好ましい。
キット中に含まれる活性測定分子は、構成成分が活性を長期間有効に持続し、容器の材質によって吸着されず、変質を受けないような何れかの種類の容器中に供給される。例えば、封着されたガラスアンプルは、窒素ガスのような中性で不反応性ガスの下において包装されたバッファーを含む。アンプルは、ガラス、ポリカーボネート、ポリスチレンなどの有機ポリマー、セラミック、金属、又は試薬を保持するために通常用いられる他の何れかの適切な材料などから構成される。他の適切な容器の例には、アンプルなどの類似物質から作られる簡単なボトル、及び内部がアルミニウム又は合金などのホイルで裏打ちされた包装材が含まれる。
また、キットには使用説明書も添付される。当該活性測定分子から成るキットの使用説明は、紙又は他の材質上に印刷され、及び/又はフロッピー(登録商標)ディスク、CD−ROM、DVD−ROM、Zipディスク、ビデオテープ、オーディオテープなどの電気的又は電磁的に読み取り可能な媒体として供給されてもよい。詳細な使用説明は、キット内に実際に添付されていてもよく、あるいは、キットの製造者又は分配者によって指定され又は電子メール等で通知されるウェブサイトに掲載されていてもよい。
以下に実施例を示すが、本発明はこれに限定されるものではない。
〔実施例1〕
DNA分解酵素の活性測定
1.活性測定分子の調製
DNA分解酵素の活性を測定するための実施例を示す。
基質となる二重鎖DNAは、5‘AGAACCACTCCCAGCAGCAGTTACAAACTC3‘(配列番号1)及び5‘ACTCCAATTGGCGATGGCCCTG3‘(配列番号2)のプライマーセットを使用し、UV5casS22tagをコードしているプラスミド( 非特許文献2を参照のこと)をテンプレートにしてPCR法により一部を(およそ150mer)増幅し、増幅された産物は、電気泳動により塩基長の確認を行った。具体的には、dUTPAlexa(Alexa Fluor 568-5dUTP又はAlexa Fluor 532-5dUTP, Moleclar Probes社)を、PCR反応液に加え(dATP、dCTP、dGTPを各0.2mM、0.14mM dTTPを含み、Alexa-dUTPは、0.05mM濃度になるように添加した)、94℃2分後、94℃30秒、63℃30秒、72℃30秒を30サイクル、最後に72℃7分の反応条件にてPCR反応を行わせ、Alexa dyeで標識したDNaseの基質となるDNAを調製した。また、配列番号1又は2で示される配列からなるプライマーの末端をビオチンラベルしておくことで、アビジンコートした量子ドット(住商バイオサイエンス株式会社)と容易に結合することができた。この結合反応は、PCR後精製した二本鎖DNAと量子ドットを添付バッファー中にて(組成2% BSA in 50mM borate, pH8.3 with 0.05% sodium azide)室温で2時間インキュベートの条件で行った。量子ドットはアビジンコートにより多価となっているため、複数の基質DNAの結合が可能である(図1)。
2.DNA分解活性の測定
1分子の量子ドット(FRETのドナー)に対し複数個Alexa dyeでラベルされた多数の基質DNA(FRETのアクセプター)が結合しても量子ドットの量子収率は極めて高く効率の良いFRETが観察された(図2、図3)。このようにして調製した活性測定分子にDNase(Promega社)を混合し、37℃にて60分インキュベートし、基質DNAの分解反応を行わせたところ、FRETの解消が観察された(図2、図3)。
3.考察
本測定を量子ドットの代わりにGFPなどを用いると、GFPとDNAを一対一で結合させた場合、DNAに取り込まれた複数の蛍光ラベルが、GFPの蛍光量子収率以上(ラベルされた蛍光分子の蛍光のみとなる)になると高効率のFRETが観察されず、基質として使用することができなくなる欠点を呈することとなる。
さらに、GFPとDNAを有機化学的に共有結合させる場合、タンパク質と核酸の効率の良い結合方法はこれまでに殆ど知られていない。最近、150merまでのdsDNAをタンパク質に効率よく結合させる方法が報告された。しかしながら、この方法論では煩雑なステップを経なければならない事やモニターしたいDNaseの種類によっては活性測定プローブとして成立するためには150mer程度では不十分であると考えられることから従来の方法では限界がある。それに対し、本実施例は簡潔なステップであるばかりではなく、より長鎖にすぐさま応用可能であると思われる。
〔実施例2〕
DNAポリメラーゼ活性の測定
1.活性測定分子の調製
活性測定分子は、量子ドット(QD525)上に、予めプライマーをハイブリダイズさせたssDNA(一本鎖DNA)を、上述の方法により固定化して調製した。
2.DNA分解活性の測定
調製した活性分子に対し、DNAポリメラーゼとして、Klenow fragment(クレノウフラグメント)を用いて、DNA鎖伸長反応を行わせた。その結果、DNAポリメラーゼで処理する前は、FRETを観察することができなかったが(最低の状態)、DNAポリメラーゼ処理により、FRETが観察されるようになった(最高の状態)(図4)。
〔実施例3〕
トリプシンの活性測定
1.トリプシン感受性部位のGFP標識及び活性測定分子の調製
本実施例、生体分子としてトリプシン感受性部位を含むペプチドを用い、トリプシンの活性測定を行ったものである。
トリプシン感受性部位を含むペプチド(配列番号3)が、図5Aに示すようにGFPのC末端領域に挿入され、さらにそのC末端側にHisタグが付加されるように、GEP−トリプシン認識ペプチド挿入改変タンパク質の発現ベクターを構築した。本発現ベクターは、非特許文献1に示したがpET21a(NOVAGEN社)にPCRによりGFPUV5配列を組み込みさらにそのC末端領域に、配列番号4で示されるアミノ酸配列をコードするDNA断片を挿入することで構築した。構築した発現ベクターを用い、GEP−トリプシン認識組換えタンパク質を発現させ、Hisタグを利用して、認識ペプチド挿入組換えタンパク質精製を行った。
アミン(Amine)処理された量子ドット(Amine Evitag Lake Placid Blue, Evident Technologie社)とアミン基と反応可能なホモ二価性架橋試薬をインンキュベートし(0.1μM 炭酸バッファー中)、未反応のホモ二価性架橋試薬を限外濾過スピンカラムにて除去する。得られた量子ドットとNi−NTAのアミン誘導体をさらにインキュベートする(0.1μM 炭酸バッファー中)。Ni−NTAの結合した量子ドットより限外濾過スピンカラムにて未反応のNi−NTAのアミン誘導体の除去及びバッファー置換を行い(リン酸バッファー)精製した認識ペプチド挿入組換えタンパク質とインキュベートすると、Hisタグ部位を介して、認識ペプチド挿入組換えタンパク質を量子ドット上に固定化することができる。
2.トリプシンの活性測定
上述のように調製した活性測定分子にトリプシンを添加し、37℃120分のインキュベートを行ったところ、FRETの解消が観察された(図6)。つまり、蛍光強度のピーク波長が、トリプシン処理によって513nm(トリプシン未処理)から508nm(トリプシン処理)に変化した。
従来、量子ドットを用いたタンパク質分解酵素活性の測定においては、酵素と基質とのインキュベーションに極めて長時間(〜47時間)必要であったため、真の酵素活性を反映しているか疑わしい点が存在していた。これに対し、本実施例において、本発明の構成をとることにより、合理的なインキュベーション時間により、明確な測定結果が得ることができた。
〔実施例4〕
キャスパーゼ−3の活性測定
1.キャスパーゼ−3感受性部位のGFP標識及び活性測定分子の調製
本実施例、生体分子としてキャスパーゼ−3を含むペプチドを用い、トリプシンの活性測定を行ったものである。
キャスパーゼ−3感受性部位を含むペプチド(配列番号5)が、図5Bに示すようにGFPのC末端領域に挿入され、さらにそのC末端側にHisタグが付加されるように、GEP−キャスパーゼ−3認識ペプチド挿入組換えタンパク質の発現ベクターを構築した。本発現ベクターは、上述のトリプシン活性を測定する場合と同様にして調製した。
2.キャスパーゼ−3の活性測定
上述のように調製した活性測定分子にキャスパーゼ−3を(Medical & Biological Laboratories社)添加し、30℃120分のインキュベートを行ったところ、FRETの解消が観察された(図7)。
従来、量子ドットを用いたタンパク質分解酵素活性の測定においては、酵素と基質とのインキュベーションに極めて長時間(〜47時間)必要であったため、真の酵素活性を反映しているか疑わしい点が存在していた。これに対し、本実施例において、本発明の構成をとることにより、合理的なインキュベーション時間により、明確な測定結果が得ることができた。つまり、蛍光強度のピーク波長が、キャスパーゼ−3処理によって510nm(トリプシン未処理)から506nm(トリプシン処理)に変化した。
なお、キャスパーゼ−9(図5Cに、実験に使用したGEP−キャスパーゼ−9認識ペプチド挿入改変タンパク質のアミノ酸配列を示す)、カテプシン−E(図5Dに、実験に使用したGEP−カテプシン−E認識ペプチド挿入改変タンパク質のアミノ酸配列を示す)に関しても同様に使用可能である。
また、上記トリプシン及びキャスパーゼ−3の実施例はいずれもGFPを用いているがRFPを用いた場合も概ね同様の結果が得られている。さらに、GFP又はRFPのN末端側に酵素認識ペプチドを配置した場合も、同様の結果に使用可能である。
〔実施例5〕
pH変化の測定
アミン処理された量子ドット(Amine Evitag Lake Placid Blue , Evident Technologies社)にTraut試薬を反応させアミン基をチオール基に変換する。この量子ドットとpH感受性蛍光色素(慶応大学小松広和博士より分譲)のマレイミド誘導体(チオール基反応性)をリン酸バッファー中でインキュベートし量子ドット上にpH感受性蛍光色素を結合させる。未反応のpH感受性蛍光色素をゲル濾過カラムにて除去する。得られたpH感受性蛍光色素結合量子ドットをそれぞれpHモニター用バッファーに分散させ、量子ドットを励起し蛍光スペクトルを測定した。ここで、量子ドット単体、pH感受性蛍光色素単体も同様のpHモニター用バッファー中にてそれぞれ蛍光スペクトルを測定した。この結果量子ドット上に固定化した場合のみpHに依存した大きな蛍光スペクトル変化が得られ(図8、9、10)、pH変化測定用分子を作製出来た事が示された。
〔実施例6〕
酵素活性の複数同時検出
本実施例は、本発明の構成を用いて、核酸分解酵素とタンパク質分解酵素の各々の活性を同時に検出した結果を示す。
DNA分解酵素活性の活性測定分子は、量子ドットとしてQD525を、蛍光分子としてAlexa532を用い、〔実施例1〕と同様な方法で調製を行った。一方、タンパク質分解酵素(ここでは、トリプシンを用いた)の活性測定分子は、量子ドットとしてQD565を、蛍光分子としてGFP(図5A)を用い、〔実施例2〕と同様な方法で調製を行った。調製した活性測定分子を4つのチューブに分注して、DNase未処理及びトリプシン未処理(図11、−DNase−Trypsin)のチューブをコントロールとして、DNase処理及びトリプシン処理(図11、+DNase+Trypsin))、DNase処理及びトリプシン未処理(図11、+DNase−Trypsin))、DNase未処理及びトリプシン処理(図11、−DNase+Trypsin))を行ったチューブに対しFRETの測定を行った。その結果、図11に示す通り、DNase未処理及びトリプシン未処理のチューブのピーク波長から、各処理によって検出される蛍光強度のピーク波長のずれが観察された。詳細には、本実施例の核酸分解酵素及びタンパク質分解酵素の同時測定においては、−DNase−Trypsinの波形パターンを基本とし、各酵素処理による波形パターンの変化を観察し、各酵素の活性状況をモニターする。510、560、600nm付近に3つのピークが存在する。+DNase−Trpsinでは、核酸分解酵素のみの添加であるが、600nm付近のピークが減少し560nm付近のピークが増加した。−DNase+Trpsinではトリプシンのみの添加であるが、510nm付近のピークがずれているが観察された。+DNase+Trpsinは、両酵素を添加した場合であるが、上記2点の変化の両方が観察された。なお、+Trpsinでトリプシンを添加した場合、 560nm付近のピークの増加は、DNAを固定化している方の量子ドットの蛍光波長が観察されたものと思われるが、本実施例の観察方法(コントロールに対して波形パターンの変化を観察する方法)においては、特に、支障は出なかった。
以上の結果から、本発明の構成を用いることで複数の生体内反応を同時に検出できることが分かった。

Claims (9)

  1. 量子ドット上に蛍光分子を標識した酵素反応の基質となる生体分子が1以上結合していることを特徴とする酵素活性測定分子の2種類以上の混合物であって、該酵素活性測定分子の少なくとも1種類は、該蛍光分子が蛍光タンパク質である混合物と、測定対象となる1種類以上の酵素を含む試験サンプルを混合し、活性測定分子に含まれる生体分子と試験サンプルに含まれる酵素が反応する条件下でインキュベートし、インキュベートの間又はインキュベート後、各活性測定分子に含まれる量子ドットの励起波長で各量子ドットを励起し、各活性測定分子に含まれる量子ドット及び蛍光分子から得られる蛍光強度の変化を検出することを含んでなる、複数の酵素活性の同時解析方法。
  2. 前記活性測定分子に含まれる生体分子が、核酸、蛋白質、ペプチド、糖、糖鎖、それらの誘導体、及びそれらの複合体からなるグループより選択されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
  3. 前記試験サンプルが細胞抽出液、細胞培養上清、血液、体液であることを特徴とする請求項1又は2のいずれかに記載の方法。
  4. 前記酵素反応の少なくとも1つが蛋白質分解酵素反応であることを特徴とする請求項1乃至3のいずれかに記載の方法。
  5. 前記酵素反応の少なくとも1つが核酸分解酵素反応であることを特徴とする請求項1乃至3のいずれかに記載の方法。
  6. 前記活性測定分子の混合物中に、相互に異なる蛍光特性をもつ量子ドットが含まれることを特徴とする請求項1乃至5のいずれかに記載の方法。
  7. 前記活性測定分子の混合物中に、相互に異なる蛍光特性をもつ蛍光蛋白質又は蛍光分子が含まれることを特徴とする請求項1乃至6のいずれかに記載の方法。
  8. 前記蛍光蛋白質が、BFP、CFP、GFP、YFP、RFPからなる蛍光蛋白質又はその変異体から選択されることを特徴とする請求項1乃至9のいずれかに記載の方法。
  9. 量子ドット上に、蛍光タンパク質で標識した酵素反応の基質となる生体分子が1以上結合している酵素活性測定分子の2種類以上を含んでなる、複数の酵素活性の同時解析用キット。
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