JP4933458B2 - シグナル増幅による核酸の検出および分析のための方法および組成物 - Google Patents
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Description
本明細書において使用する用語は、個々の実施形態を説明する目的のために過ぎず、本発明の範囲を限定することを意図していない。
材料。ポリマー1は、先に出版された研究10,13に従って合成した。単分散ポリピリジニウム試料で較正したサイズ排除クロマトグラフィ測定を基準にして、ポリマーは数平均分子量11000および多分散指数2.0を有していた。標識および非標識オリゴヌクレオチドは、Integrated DNA Technologies, Inc.から購入した。20量体オリゴヌクレオチドの検討のために、プローブ(X1)および標的(Y1、Y2およびY3)を、カンジダ酵母種の検出のために設計されたプローブ10から誘導した。チロシン血症I型 IVS12+5 G-Aスプライス変異21の検出について、ゲノム中の変異した配列に相補的な15量体の捕捉プローブ配列は(TAN 100) 5'-CCG GTG AAT ATC TGG-3'であり、野生型DNAに相補的な捕捉プローブは(TAN 101) 5'-CCG GTG AGT ATC TGG-3'であった。これらのオリゴヌクレオチドプローブの5'-末端にAlexa Fluor 546を結合させた。全てのオリゴヌクレオチド溶液は無菌水で希釈し、全ての希釈液および溶液の取扱いはプラスチック器具で実施した。
本発明は、特異的受容体、光学トランスデューサーおよび増幅機構を組み合わせた新規な統合された、PCRを使用しないシグナル増幅DNA検出システムに関する。この新規な検出システムは、カチオン性ポリチオフェン(すなわちポリマー1)とss-DNAまたはds-DNAとの間の異なった静電気的相互作用およびコンホメーション、ならびに、三重鎖(カチオン性ポリチオフェンとds-DNAとの間の複合体形成)とss-DNAまたはds-DNAプローブに結合した近接する蛍光体との間の効率的エネルギー移動に基づく。ss-DNAの場合、三重鎖形成は、カチオン性ポリチオフェンとの複合体形成と組み合わさった、相補ss-DNAのハイブリダイゼーションにより起こると理解すべきである。本発明の検出システムは、核酸増幅を必要とせずに、僅か2ないし3分で、臨床試料から一塩基多型(SNP)を検出することを可能にする。本発明のさらなる実施形態において、このポリマー検出システムは、ss-DNAプローブに結合した異なる蛍光体を使用して、または固体支持体上のマイクロアレイを使用して、溶液におけるマルチパラメーター検出に容易に適合させることができる。
Claims (20)
- 蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブ、および
前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成する水溶性アフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェン
を含む核酸検出システムであって、
前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示す核酸検出システム。 - 蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブ、および
前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成する、水溶性アフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェン
を含有する1つまたは複数の容器を含むキットであって、
前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示すキット。 - 蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブを含み、かつ前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成するアフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェンを含むバイアルであって、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示すバイアル、または
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブを含むバイアル、および、前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成するアフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェンを含むバイアルの同梱であって、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示す同梱
を含む製品。 - 標的ポリヌクレオチドの存在を測定する方法であって、
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブ、および、前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成するアフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェンを供給する工程であって、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示す工程、
標的ポリヌクレオチドを前記中性二重鎖と接触させる工程、ならびに
前記標的ポリヌクレオチドの前記プローブに対する相補性を定量または分析する目的で、前記標的ポリヌクレオチドの存在下で前記中性二重鎖の吸収スペクトルの変化を測定する工程
を含む方法。 - 複合混合物中の核酸を選択的に測定する核酸検出システムであって、
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブ、および
前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成する水溶性アフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェン
を含み、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示すシステム。 - 1つまたは複数の容器を含む複合混合物中の核酸を選択的に測定するためのキットであって、
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブ、および
前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成する水溶性アフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェン
を含み、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示すキット。 - 複合混合物中の核酸を選択的に測定するための製品であって、
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブを含み、かつ前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成するアフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェンを含むバイアルであって、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示すバイアル、または
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブを含むバイアル、および、前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成するアフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェンを含むバイアルの同梱であって、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示す同梱
を含む製品。 - 核酸の複合混合物中の標的ポリヌクレオチドの存在を測定する方法であって、
蛍光体で標識されたアニオン性オリゴヌクレオチドプローブ、および、前記プローブと相互作用して、中性二重鎖を形成するアフィニティクロミック性カチオン性ポリチオフェンを供給する工程であって、前記中性二重鎖が、標的ポリヌクレオチドの存在下で吸収スペクトルの変化を示す工程、
標的ポリヌクレオチドを前記中性二重鎖と接触させる工程、ならびに
前記標的ポリヌクレオチドの前記プローブに対する相補性を定量または分析する目的で、前記標的ポリヌクレオチドの存在下で前記中性二重鎖の吸収スペクトルの変化を測定する工程
を含む方法。 - 前記標的ポリヌクレオチドが、ヒトゲノム、細菌源またはウイルス源に由来するか、あるいはアンプリコンである、請求項1または5に記載の核酸検出システム。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、システムにおける使用に先立って変性される、請求項9に記載の核酸検出システム。
- 一塩基多型を同定するための、請求項10に記載の核酸検出システムの使用。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、ヒトゲノム、細菌源またはウイルス源に由来するか、あるいはアンプリコンである、請求項2または6に記載のキット。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、システムにおける使用に先立って変性される、請求項12に記載のキット。
- 一塩基多型を同定するための、請求項13に記載のキットの使用。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、ヒトゲノム、細菌源またはウイルス源に由来するか、あるいはアンプリコンである、請求項3または7に記載の製品。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、システムにおける使用に先立って変性される、請求項15に記載の製品。
- 一塩基多型を同定するための、請求項16に記載の製品の使用。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、ヒトゲノム、細菌源またはウイルス源に由来するか、あるいはアンプリコンである、請求項4または8に記載の方法。
- 前記標的ポリヌクレオチドが、方法における使用に先立って変性される、請求項18に記載の方法。
- 一塩基多型を同定するための、請求項19に記載の方法の使用。
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