JP4884367B2 - 神経疾患を発症する危険性を決定するための方法 - Google Patents
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(a)前記被験体のMBL遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出し;次いで
(b)工程(a)において検出される核酸変異体から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、MBL遺伝子における所定の変異体配列の非存在または存在が、被験体が神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである
を含む、方法を提供する。
(a)前記被験体のMBL2遺伝子の−221位(G>C)、+154位(C>T)、+161位(G>A)および/または+170位(G>A)の1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出し;次いで
(b)工程(a)において検出される核酸変異体から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、MBL2遺伝子における所定の変異体配列の非存在または存在が、被験体が神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである
を含んでなる、方法を提供する。
(a)前記被験体のMBL2遺伝子の+154位(nt T)、+161位(nt A)および/または+170位(nt A)の1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出し;次いで
(b)工程(a)において検出される核酸変異体から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、MBL2遺伝子の+154位のヌクレオチドT(変異体D)、+161位のヌクレオチドA(変異体B)および+170位のヌクレオチドA(変異体C)の非存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである。
(a)前記被験体のMBL2遺伝子の−221位での核酸変異体の有無を検出し;次いで
(b)工程(a)において検出される核酸変異体から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、MBL2遺伝子の−221位のヌクレオチドC(変異体X)の存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである。
(a)前記被験体においてMBLハプロタイプを検出し;次いで
(b)工程(a)において検出されるハプロタイプから、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、ハプロタイプLYPAの存在が、被験体がMSのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである。
− 核酸位置154(C>T):コドン52(R52C)、「変異体D」と称される;
− 核酸位置161(G>A):コドン54(G54D)、「変異体B」と称される;
− 核酸位置170(G>A):コドン57(G57E)、「変異体C」と称される;
一方、野生型のMBL2遺伝子は「変異体A」と称される。
− 核酸位置−550(G>C):変異体H/L;
− 核酸位置−221(G>C):変異体Y/X;
− 5’UTR(C>T)の核酸位置+4:変異体P/Q
に存在する。
(a)MBL産物の1つもしくはそれ以上のタンパク質変異体の濃度を測定すること;
(b)工程(a)における測定から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定することであって、それによって、MBLの所定のタンパク質変異体の濃度の変化は、被験体が神経疾患を発症する危険性にあることを示すこと、
を含んでなる方法に関する。
(a)アミノ酸位置52でC(変異体D)、アミノ酸位置54でD(変異体B)および/またはアミノ酸位置57でE(変異体C)を伴うMBL2タンパク質変異体の濃度を測定し;次いで
(b)工程(a)における測定から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、前記MBL2タンパク質変異体の濃度の減少が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである。
(a)MBL産物の機能的活性を測定し;
(b)工程(a)における測定から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、MBL産物の機能的活性の変化は、被験体が神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである
を含んでなる方法に関する。
(a)抗原−抗体複合体を生成させるのに適切な条件下で、MBLタンパク質変異体と、MBLタンパク質変異体を特異的に認識する抗体とを接触させ;次いで
(b)抗体とMBLタンパク質変異体との間に生じる免疫結合を検出する。
(a)抗原−抗体複合体を生成させるのに適切な条件下で、前記MBLタンパク質変異体と、前記MBLタンパク質変異体を認識する抗体(第一抗体または捕捉抗体)とを接触させ;
(b)抗原−抗体複合体を生成させるのに適切な条件下で、前記MBLタンパク質変異体と前記第一抗体との間で形成される複合体と、前記MBLタンパク質変異体を特異的に認識する別の抗体(第二抗体または検出抗体)とを接触させ;
(c)抗原−抗体複合体を、前記第二抗体への特異的タグ付けもしくは結合のいずれかのためのマーカーと接触させ、ここで前記マーカーは、当業者に既知の任意の可能なマーカーである;
(d)おそらくまた、標準化目的のために、抗体を、両方の抗体に反応性である精製されたMBLタンパク質変異体に接触させる。
(a)前記被験体における1つもしくはそれ以上のMBL核酸変異体の有無を検出し;次いで
(b)工程(a)において検出される核酸変異体に基づいて選択された適切な治療用薬剤を被験体に投与する。
(a)前記被験体のMBL遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出する、前記被験体における1つもしくはそれ以上のMBLタンパク質変異体の濃度を測定する、および/または前記被験体におけるMBL機能的活性を測定するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出される核酸変異体、タンパク質変異体濃度および/または機能的活性から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段。
(a)前記被験体のMBL2遺伝子の+154位(C>T)、+161位(G>A)および/または+170位(G>A)で1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出される核酸変異体から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、MBL2遺伝子の+154位のヌクレオチドT(変異体D)、+161位のヌクレオチドA(変異体B)および+170位のヌクレオチドA(変異体C)の非存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである手段。
(a)前記被験体のMBLハプロタイプを検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出されるハプロタイプから、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、ハプロタイプHYPD、LYPBおよびLYQCの非存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである手段。
(a)前記被験体のMBL2遺伝子の−221位(G>C)の1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出するための手段;および
(b)工程(a)の手段によって検出される核酸変異体から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、MBL2遺伝子の−221位のヌクレオチドC(変異体X)存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである手段。
(a)前記被験体のMBLハプロタイプを検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出されるハプロタイプから、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、ハプロタイプLXPAの存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである手段。
(a)前記被験体のMBLハプロタイプを検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出されるハプロタイプから、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、ハプロタイプLYPAの存在が、被験体がMSのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである手段。
(i)適切な場合、生物学的サンプルに存在する標的MBL2ポリ核酸を得るおよび/またはそのヌクレオチド配列を得るための手段;
(ii)適切な場合、−550位、−221位、+4位、+154位、+161位、および/または+170位で核酸配列を含んでなる標的MBL2ポリ核酸の増幅に適切な少なくとも1つのオリゴヌクレオチド対;
(iii)適切な場合、核酸を変性するための手段;
(iv)適切な場合、−550位、−221位、+4位、+154位、+161位、および/または+170位で核酸配列を含んでなる標的MBL2ポリ核酸の検出に適切な少なくとも1つのオリゴヌクレオチド;
(v)適切な場合、二本鎖または一本鎖核酸分子を修飾することが可能な酵素;
(vi)適切な場合、ハイブリダイゼーション緩衝液、または前記緩衝液を生成するのに必要な成分;
(vii)適切な場合、洗浄液、または前記洗浄液を生成するのに必要な成分;
(viii)適切な場合、部分的または完全に変性されたポリ核酸を検出するための手段および/または先のハイブリダイゼーションにおいて形成されたハイブリッドを検出するための手段および/または核酸の酵素修飾を検出するための手段;
(ix)適切な場合、オリゴヌクレオチドを固相支持体上の既知の位置に付着させるための手段。
− 検出しようとするMBLタンパク質変異体免疫複合体を形成する抗体(第一抗体);
− 検出しようとするMBLタンパク質変異体を特異的に認識するモノクローナル抗体(第二抗体);
− 前記第二抗体への特異的タグ付けまたは結合のいずれかのためのマーカー;
− 第一抗体とMBLタンパク質変異体との間、第二抗体と第一抗体−MBLタンパク質変異体複合体との間および/または結合第二抗体とマーカーとの間の免疫反応を行うのに適切な緩衝溶液;
− おそらく、標準化の目的のための、精製されたMBLタンパク質変異体。
(a)アミノ酸位置52でC(変異体D)、アミノ酸位置54でD(変異体B)および/またはアミノ酸位置57でE(変異体C)を伴うMBLタンパク質変異体を特異的に認識する抗体;ならびに
(b)工程(a)の手段によって測定されるMBLタンパク質変異体濃度から、被験体が神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、アミノ酸位置52でC(変異体D)、54位でD(変異体B)および57位でE(変異体C)を伴うMBLタンパク質変異体の非存在が、被験体がADのような神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである手段。
(a)前記被験体のMBL遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出する、前記被験体における1つもしくはそれ以上のMBLタンパク質変異体の濃度を測定する、および/または前記被験体におけるMBL機能的活性を測定するための手段;ならびに
(b)以下:ApoE遺伝子、APP遺伝子、プレセニリン1遺伝子、プレセニリン2遺伝子、CYP46の少なくとも1つにおける核酸変異体の有無を検出するための手段。
患者サンプル
研究は、白人系の174例のAD患者を含むSahlgren’s University Hospital、Goeteborg、瑞国において保管された血液サンプルに基づいて行った。ADを伴うすべての患者がNINCDS−ADRDA基準(マックハン(McKhann)ら、1984年)に同意した。コントロール群(C)は、精神疾患または神経疾患の既往歴、徴候、もしくは症状を伴わない124例の個体からなった。
MBL2対立遺伝子における核酸変異体の有無を決定するために、ビオチン化オリゴヌクレオチドを使用して、MBL2のエキソン1およびプロモーター配列の一部を増幅した。MBL2の−550位(G>C)、−221位(G>C)、+4位(C>T)、+154位(C>T)位、+161位(G>A)および+170位(G>A)の多型を認識するように設計された12のプローブによる逆ハイブリダイゼーション法(Line Probe Assay)の使用によって、多型を検出した。56℃でのストリンジェントな洗浄後、ハイブリダイズしたプローブを、ストレプトアビジン−アルカリホスファターゼコンジュゲートと共にインキュベートした。ハイブリダイズしたプローブの存在は、NBIT/BCIPの発色を使用して表した。逆ハイブリダイゼーションの詳細については、ストイベル(Stuyver)ら(1996年)、ストイベル(Stuyver)ら(1997年)およびバン・ゲイト(Van Geyt)ら(1998年)において記載されている。
174例のAD−診断(2n=348ハプロタイプ)および124例のC−診断被験体(2n=248ハプロタイプ)を、MBL2(2n=596ハプロタイプ)について遺伝子型分類した。データ(すべてハプロタイプ)を、列は診断(1=ADおよび2=C)を示し、カラムはハプロタイプを示す2×C−表のモデルとした。
AD患者およびコントロール被験体におけるMBL2ハプロタイプの頻度を表2に示す。プロモーター変異体X(ハプロタイプLXPA)は、コントロール群と比較して、AD群ではより頻回に存在した。表1および2のオッズ比は、明らかに、プロモーター変異体X(ハプロタイプLXPA)がADを発症する優位に高い危険性を有することを示す。変異体対立遺伝子の検査時に、AD群ではそれほど優性ではないBおよびC変異体について、有意差も観察された。表1および2は、これらの変異体(LYPBおよびLYQC)を伴うハプロタイプが実際に、ADを発症するより低い危険性を有することを示す。
患者サンプル
研究は、523例のAD患者および285例のコントロール被験体を含めて行われた。ピティ(Pitea)由来のスウェーデン人サンプル(n=174、AD、血液サンプル)は、ピティ(Pitea)、瑞国における縦断的高齢者集団研究の一部として回収した。臨床的に診断されたすべてのAD患者が、既往歴、身体的、神経学的、および精神的検査、スクリーニング臨床検査、ECG、胸部X線、EEG、および脳のコンピュータ断層撮影(CT)を含む調査を受けた。臨床AD診断はNINCDS−ADRDA基準に従って行った。
MBL2対立遺伝子における核酸変異体の有無を決定するために、ビオチン化オリゴヌクレオチドを使用して、MBL2のエキソン1およびプロモーター配列の一部を増幅した。MBL2の−550位(G>C)、−221位(G>C)、+4位(C>T)、+154位(C>T)位、+161位(G>A)および+170位(G>A)の多型を認識するように設計された12のプローブによる逆ハイブリダイゼーション法(Line Probe Assay)の使用によって、多型を検出した。56℃でのストリンジェントな洗浄後、ハイブリダイズしたプローブを、ストレプトアビジン−アルカリホスファターゼコンジュゲートと共にインキュベートした。ハイブリダイズしたプローブの存在は、NBIT/BCIPの発色を使用して表した。逆ハイブリダイゼーションの詳細については、ストイベル(Stuyver)ら(1996年)、ストイベル(Stuyver)ら(1997年)およびバン・ゲイト(Van Geyt)ら(1998年)において記載されている。
ロジスティック回帰アプローチ(ジャウ(Zhao)ら2003年)を使用して、MBL2−ハプロタイプがADを発症する危険性を予測するかどうかを試験した。言い換えれば、このアプローチは、所定のハプロタイプの存在が、ADを発症する可能性を増加する一方、他の所定のハプロタイプの存在が、患者がADを発症しないように保護するかどうかについて試験する。関連の強度を、95%下限(LCL)および上限(UCL)信頼限界を伴うオッズ比(OR)として報告する。ダミー変数の組(ここでは、各ハプロタイプについて1つ)のモデルとされる遺伝子(MBL2−遺伝子)について、それは、参照ハプロタイプと比較されると解釈すべきである(ジャウ(Zhao)ら2003年)。従って、以下のモデルを試験した:
・モデル1:LXPA対プールされた他のハプロタイプ;
・モデル2:プールされたハプロタイプHYPD、LYPBおよびLYQC対プールされた他のハプロタイプ;
・モデル3:LXPA対プールされたハプロタイプHYPD、LYPBおよびLYQC対プールされたハプロタイプHYPA、LYPAおよびLYQA。
AD患者およびコントロール被験体におけるMBL2ハプロタイプおよび組み合わされたMBL2ハプロタイプの頻度をそれぞれ表3および4に示す。
患者サンプル
研究は、多発性硬化症が証明された61例の患者由来の血液サンプルに基づいて行った。コントロール群(C)は、172例の健康な個体よりなった。各血液サンプルから、研究への参加のためのインフォームドコンセントが入手可能である。
MBL2の遺伝子型を決定するために、ビオチン化オリゴヌクレオチドを使用して、MBL2遺伝子の関連のコーディング配列を増幅した。MBL2の−550位(G>C)、−221位(G>C)、+4位(C>T)、+154位(C>T)位、+161位(G>A)および+170位(G>A)の多型を認識するように設計された12のプローブによる逆ハイブリダイゼーション法(Line Probe Assay)の使用によって、多型を検出した。56℃でのストリンジェントな洗浄後、ハイブリダイズしたプローブを、ストレプトアビジン−アルカリホスファターゼコンジュゲートと共にインキュベートした。ハイブリダイズしたプローブの存在は、NBIT/BCIPの発色を使用して表した。逆ハイブリダイゼーションの詳細については、ストイベル(Stuyver)ら(1996年)、ストイベル(Stuyver)ら(1997年)およびバン・ゲイト(Van Geyt)ら(1998年)において記載されている。
MSを伴う61例の患者および172例のC診断被験体を、MBL2遺伝子における6つSNPについて遺伝子型分類した。多重ロジスティック回帰を使用して、関連を試験した。関連の強度をオッズ比(OR)として報告し、多発性硬化症を発症する危険性が増加または減少する因子を示した。95%信頼区間(95%CI)とは、研究が複数回反復される場合、その内の95%で真の効果を含有するであろうサンプルデータから計算される区間である。
ロジスティック回帰分析(変数減少法)は、MS感受性とMBL2−ハプロタイプとの間には有意な関連があることを示した:LYPAを担持すると、疾患群(OR=2.297、95%LCL=1.031;95%UCL=5.117)に属する確率(ウォールド(Wald)カイ2乗=4.1385、df=1、P=0.0419)が増大した。
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Claims (20)
- ヒト被験体が、アルツハイマー病および多発性硬化症から選択される神経疾患を発症する危険性にあるかどうかをインビトロで決定するための方法であって、前記被験体から得られた試料中のMBL2遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出する工程を含み、ここに、該変異体が、MBL2遺伝子の−550(G>C)、−221(G>C)、+4(C>T)、+154(C>T)、+161(G>A)および/または+170(G>A)である、方法。
- 下記工程:
(a)前記ヒト被験体のMBL2遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出し;次いで
(b)工程(a)において検出される核酸変異体から、前記ヒト被験体が前記神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定し、それによって、MBL2遺伝子における前記変異体配列の非存在または存在が、前記ヒト被験体が前記神経疾患を発症する危険性にあることを示すものである
を含んでなる、請求項1に記載の方法。 - +154位のヌクレオチドT(変異体D)、+161位のヌクレオチドA(変異体B)および+170位のヌクレオチドA(変異体C)の非存在は、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示す、請求項1に記載の方法。
- ハプロタイプHYPD、LYPBおよびLYQCの非存在は、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示す、請求項3に記載の方法。
- −221位(変異体X)のヌクレオチドCの存在は、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示す、請求項1に記載の方法。
- ハプロタイプLXPAの存在は、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示す、請求項5に記載の方法。
- ハプロタイプLYPAの存在は、被験体が多発性硬化症を発症する危険性にあることを示す、請求項1に記載の方法。
- 核酸変異体の有無は、以下の方法:ハイブリダイゼーション、配列決定、PCR、プライマー伸長および制限部位解析のうちの1つによって検出される、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- MBL2遺伝子における核酸変異体の有無が、前記被験体由来の生物学的サンプルにおいてインビトロで決定される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 生物学的サンプルは組織サンプルまたは体液サンプルである、請求項9に記載の方法。
- 生物学的サンプルは脳、血液、血漿、唾液または脳脊髄液サンプルである、請求項9に記載の方法。
- MBL2遺伝子における核酸変異体の有無が、1つもしくはそれ以上の他の危険因子の検出と組み合わせて決定される、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
- 他の危険因子は、ApoE遺伝子型、プレセニリン−1遺伝子型、プレセニリン−2遺伝子型、APP遺伝子における変異またはCYP46多型である、請求項12に記載の方法。
- ヒト被験体が、アルツハイマー病および多発性硬化症から選択される神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するために使用されるキットであって:
(a)前記ヒト被験体のMBL2遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出するための手段であって、ここに、該変異体が、MBL2遺伝子の−550(G>C)、−221(G>C)、+4(C>T)、+154(C>T)、+161(G>A)および/または+170(G>A)である、手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出される核酸変異体 から、前記被験体が前記神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段
を含んでなるキット。 - (a)前記ヒト被験体のMBL2遺伝子の核酸位置+154(C>T)、+161(G>A)および/または+170(G>A)の1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出される核酸変異体から、前記被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、MBL2遺伝子の+154位のヌクレオチドT(変異体D)、+161位のヌクレオチドA(変異体B)および+170位のヌクレオチドA(変異体C)の非存在が、前記被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示すものである手段
を含んでなる、請求項14に記載のキット。 - (a)前記被験体のMBLハプロタイプを検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出されるハプロタイプから、前記被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、ハプロタイプHYPD、LYPBおよびLYQCの非存在が、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示すものである手段
を含んでなる、請求項15に記載のキット。 - (a)前記被験体のMBL2遺伝子の−221位(G>C)の1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出するための手段;および
(b)工程(a)の手段によって検出される核酸変異体から、前記被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、MBL2遺伝子の−221位(変異体X)のヌクレオチドCの存在が、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示すものである手段
を含んでなる、請求項14に記載のキット。 - (a)前記被験体のMBLハプロタイプを検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出されるハプロタイプから、前記被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、ハプロタイプLXPAの存在が、被験体がアルツハイマー病を発症する危険性にあることを示すものである手段
を含んでなる、請求項17に記載のキット。 - (a)前記被験体のMBLハプロタイプを検出するための手段;ならびに
(b)工程(a)の手段によって検出されるハプロタイプから、前記被験体が多発性硬化症を発症する危険性にあるかどうかを決定するための手段であって、それによって、ハプロタイプLYPAの存在が、被験体が多発性硬化症を発症する危険性にあることを示すものである手段
を含んでなる、請求項14に記載のキット。 - ヒト被験体が、アルツハイマー病および多発性硬化症から選択される神経疾患を発症する危険性にあるかどうかを決定するために使用されるキットであって:
(a)前記ヒト被験体のMBL2遺伝子における1つもしくはそれ以上の核酸変異体の有無を検出するための手段であって、ここに、該変異体が、MBL2遺伝子の−550(G>C)、−221(G>C)、+4(C>T)、+154(C>T)、+161(G>A)および/または+170(G>A)である、手段;ならびに
(b)前記被験体においてApoE遺伝子型、プレセニリン−1遺伝子型、プレセニリン−2遺伝子型、APP遺伝子における変異および/またはCYP46多型を検出するための手段、
を含んでなるキット。
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