JP4769041B2 - 抗酸菌属細菌同定キット - Google Patents
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配列番号1と2、配列番号3と4、配列番号5と6、配列番号7と8、配列番号9と10、配列番号11と12、配列番号13と15、配列番号14と15、配列番号16と17、配列番号18と19、配列番号20と21、配列番号22と23、配列番号24と25、配列番号26と29、配列番号26と30、配列番号27と29、配列番号28と30、配列番号31と32、配列番号33と35、配列番号34と35、配列番号36と37、配列番号38と39、配列番号40と37、配列番号41と42、配列番号43と42、配列番号44と45、配列番号46と47、配列番号48と50、配列番号49と50、配列番号51と52、配列番号53と54、配列番号55と56、配列番号57と58、配列番号59と60、配列番号61と62、配列番号63と64、配列番号65と66、配列番号67と68、配列番号69と70、配列番号71と72、配列番号73と74、配列番号75と76、配列番号77と78及び配列番号79と80
で示されるオリゴヌクレオチドを含む、抗酸菌属細菌同定キット、
ただし、配列番号1、3、5、7、9、11、13、14、16、18、20、22、24、26、27、28、31、33、34、36、38、40、41、43、44、46、48、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77及び79で示されるオリゴヌクレオチドは、それぞれ配列番号81又は82で示されるオリゴヌクレオチドをその5’側に有している。
2.下記塩基配列の組:
配列番号5と6、配列番号7と8および11と12、配列番号13〜17、配列番号24〜30、配列番号31〜35、配列番号36と37および40、配列番号41〜43、配列番号44と45および48〜50、配列番号51と52および55と56、配列番号57と58および61と62、配列番号65〜68及び配列番号71と72および79と80
で示されるオリゴヌクレオチドを含む、抗酸菌属細菌同定キット、
ただし、配列番号5、7、11、13、14、16、24、26、27、28、31、33、34、36、40、41、43、44、48、49、51、55、57、61、65、67、71及び79で示されるオリゴヌクレオチドは、それぞれ配列番号81又は82で示されるオリゴヌクレオチドをその5’側に有している。
上記1.又は2.に記載のキットを用いる抗酸菌属細菌を同定するための方法。
シグナルプローブ cgcgccgaggTAAAGCGCTTTCCACC
インベーダーオリゴ GCGGGCTCATCCCACACCGCc
同定可能菌種名 M. tuberculosis 、M. bovis、M. africanum、M. microti
シグナルプローブ cgcgccgaggAGGTCCTATCCGGTATTAG
インベーダーオリゴ GCAAAAGCTTTCCACCAGAAGACATGCGTCTTGc
同定可能菌種名 M. avium、M. avium subsp. paratuberculosis、M. avium subsp. silvaticum
シグナルプローブ acggacgcggagCCGGGATAAGCCTGG
インベーダーオリゴ ACGTGGGCAATCTGCCCTGCACAa
同定可能菌種名 M. kansasii、M. gastri
シグナルプローブ1 cgcgccgaggTAAAGACATGCGCCTAAA
シグナルプローブ2 cgcgccgaggAAAAGACATGCGTCTAAAG
インベーダーオリゴ CCATCCCACACCGCAAAAGCTTTCCACCc
同定可能菌種名 M. intracellulare
シグナルプローブ acggacgcggagGCTGGGAAATGGTGC
インベーダーオリゴ CACTACAGAAACTCGCTTTATGTTCCCAAGCTCATTCGt
同定可能菌種名 M. chelonae
シグナルプローブ cgcgccgaggACTTCATGGTGAGTGGT
インベーダーオリゴ GGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCACACt
同定可能菌種名 M. chelonae、M. abscessus
シグナルプローブ1 acggacgcggagACACCGCAAAAGCTTT
シグナルプローブ2 acggacgcggagACACCGCTAAAGCGC
シグナルプローブ3 acggacgcggagACACCGCTACCAAACA
インベーダーオリゴ1 CTGATAGGCCGCGGGCTCATCCCc
インベーダーオリゴ2 GGCCGCGGGCCCATCCCc
同定可能菌種名 ほとんどすべての結核菌群細菌
シグナルプローブ cgcgccgaggGCCTTCGTCGATGG
インベーダーオリゴ TCTTCTCCACCTACCGTCAACCCACAAAGTGAt
同定可能菌種名 M. scrofulaceum
シグナルプローブ1 acggacgcggagTGTGTCCTGTGGTCC
シグナルプローブ2 acggacgcggagTGTGTTCTGTGGTCCT
インベーダーオリゴ CACCGCAAAAGCTTTCCACCACAGGACAt
同定可能菌種名 M. gordonae
シグナルプローブ cgcgccgaggATATTCGGTATTAGACCCAG
インベーダーオリゴ ACCACACACCATGAAGCGCGTGGTCt
同定可能菌種名 M. fortuitum
シグナルプローブ acggacgcggagCTATCCGGTATTAGACCCA
インベーダーオリゴ ACCACACACCATGAAGCGCGTGGTCt
同定可能菌種名 M. farcinogenes、M. senegalense、M. houstonense
シグナルプローブ cgcgccgaggGCACTTCCTGGTGTG
インベーダーオリゴ CCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGAATATGACCGCt
同定可能菌種名 M. peregrinum、M. septicum
シグナルプローブ acggacgcggagGCTCTTCATGGGGTG
インベーダーオリゴ CCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGAATATGACCGCt
同定可能菌種名 M. porcinum、M. boenickei、M. neworleansense
シグナルプローブ cgcgccgaggTGGGATGCATGTTCTG
インベーダーオリゴ CTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCAa
同定可能菌種名 M. terrae
シグナルプローブ acggacgcggagTCGGCGAAGCTCC
シグナルプローブ acggacgcggagTCGGCGAAGCTTG
インベーダーオリゴ TGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGTAc
同定可能菌種名 M. nonchromogenicum、M. terrae
シグナルプローブ cgcgccgaggAGAATGGTCCTATCCGG
インベーダーオリゴ ACACTTTCCACCACCCCACATGCGCt
同定可能菌種名 M. xenopi
シグナルプローブ acggacgcggagCTCGGCGCATGCC
インベーダーオリゴ CTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCTt
同定可能菌種名 M. intermedium
シグナルプローブ cgcgccgaggAACCGAAGTCGGCC
インベーダーオリゴ CCACCACCAAGATGGAGGGACACCACTTCt
同定可能菌種名 M. simiae
シグナルプローブ acggacgcggagAAAGGCATGCGCCA
インベーダーオリゴ CCATCCCACACCGCAAAAGCTTTCCACCAc
同定可能菌種名 M. lentiflavum
シグナルプローブ cgcgccgaggTATGGCCTACCAAGGC
インベーダーオリゴ CGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTc
同定可能菌種名 M. triviale
シグナルプローブ acggacgcggagGGGTCCTATCCGGTATT
インベーダーオリゴ CACCCCAAGGCATGCGCCTCGt
同定可能菌種名 M. szulgai
シグナルプローブ cgcgccgaggTGCTTGCTGTTGCG
インベーダーオリゴ GCCTCAGGACCCAATAGTGTGTCTGGCTa
同定可能菌種名 M. gastri
シグナルプローブ acggacgcggagTCATGTCCTGTGGTGG
インベーダーオリゴ CTGGGTCTAATACCGGATAGGACCACGGGATc
同定可能菌種名 M. marinum、M. ulcerance
FAM Redmond RED(フラップに対応する蛍光色素)
MTC −
MAV MKN/MGA
MIN MCH(ITS)
MCH/MAB Genus
MSC MGO
MFO MFC
MPE/MSE MPC
MTE MNO/MTE
MXE MIM
MSI(ITS) MLE
MTR MSZ
MGA(ITS) MMA/MUL
の組合わせで用いることができる。
抗酸菌属細菌の基準株と代表的な変異株(sqv:sequence variant)の16S rRNA遺伝子とITS1領域の塩基配列は、Ribosomal Differentiation of Microorganism:RIDOM(Turnneら、JCM、第39巻、3637−3648ページ、2001年)から入手した。また、臨床分離株での配列の多様性を確認するために、GenBank等のデータベースから16S rRNA遺伝子の1133配列とITS1領域の189配列を入手した。RIDOMから得た配列をアライメントすることにより、それぞれの菌種につき1箇所以上の菌種特異的な塩基配列を選定した(図1〜11)。なお、16S rRNA遺伝子解析による菌種同定法が一般的であるため、可能な限り16S rRNA遺伝子を使用して菌種の同定ができるよう試みた。しかし、進化速度が遅いために、遺伝学的に近縁な菌種で16S rRNA遺伝子に明確な違いがない場合は、進化速度が早くより配列に多様性のあるITS1領域を利用した。
Claims (3)
- 下記塩基配列の組:
配列番号1と2、配列番号3と4、配列番号5と6、配列番号7と8、配列番号9と10、配列番号11と12、配列番号13と15、配列番号14と15、配列番号16と17、配列番号18と19、配列番号20と21、配列番号22と23、配列番号24と25、配列番号26と29、配列番号26と30、配列番号27と29、配列番号28と30、配列番号31と32、配列番号33と35、配列番号34と35、配列番号36と37、配列番号38と39、配列番号40と37、配列番号41と42、配列番号43と42、配列番号44と45、配列番号46と47、配列番号48と50、配列番号49と50、配列番号51と52、配列番号53と54、配列番号55と56、配列番号57と58、配列番号59と60、配列番号61と62、配列番号63と64、配列番号65と66、配列番号67と68、配列番号69と70、配列番号71と72、配列番号73と74、配列番号75と76、配列番号77と78及び配列番号79と80
で示されるオリゴヌクレオチドを全て含む、抗酸菌属細菌同定キット、
ただし、配列番号1、3、5、7、9、11、13、14、16、18、20、22、24、26、27、28、31、33、34、36、38、40、41、43、44、46、48、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77及び79で示されるオリゴヌクレオチドは、それぞれ配列番号81又は82で示されるオリゴヌクレオチドをその5’側に有している。 - 下記塩基配列の組:
配列番号5と6、配列番号7と8および11と12、配列番号13〜17、配列番号24〜30、配列番号31〜35、配列番号36と37および40、配列番号41〜43、配列番号44と45および48〜50、配列番号51と52および55と56、配列番号57と58および61と62、配列番号65〜68及び配列番号71と72および79と80
で示されるオリゴヌクレオチドを全て含む、抗酸菌属細菌同定キット、
ただし、配列番号5、7、11、13、14、16、24、26、27、28、31、33、34、36、40、41、43、44、48、49、51、55、57、61、65、67、71及び79で示されるオリゴヌクレオチドは、それぞれ配列番号81又は82で示されるオリゴヌクレオチドをその5’側に有している。 - 請求項1又は2に記載のキットを用いる抗酸菌属細菌を同定するための方法。
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