JP4463884B2 - 免疫不全ウイルス−1型増幅用プライマー - Google Patents
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Description
【発明の属する技術分野】
本発明は分子生物学及び核酸化学の分野に関する。さらに具体的には、本発明はヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV−1)の検出のための方法及び試薬に関する。従って本発明は、一般に医療、特に医療診断、及び分子生物学の分野に用途を有する。
【0002】
【従来の技術】
核酸の特定の配列を増幅するための方法であるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の発明は、従来検出できない程少量でサンプル中に存在する核酸の迅速な検出を可能にする(米国特許 No.4,683,195、 No.4,683,202及び No.4,965,188を参照のこと)。増幅された核酸を検出するための好ましい方法は配列特異的オリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションによる方法である(Saiki ら、1986, Nature 324 :163-166 を参照のこと) 。
【0003】
HIV−1核酸の増幅及び検出のためのPCR及びプローブハイブリダイゼーションの使用は、Kwok, 1992, Ann, Med. 24:211-214 、及び Coutleeら、1991, Mol.Cell.Probes 5:241-259 に総説されている。PCRに基くHIV−1の検出測定は、例えば、米国特許 No.5,008,182及び No.5,176,775、 Kellogg及びKwok, 1990, PCR Protocols : A Guide to Methods and Applications (Innisら編、Academic Press, サン・ジエゴ, カリフォルニア) : 337-347 並びに Jacksonら、 1991, AIDS 5:1463-1467 に記載されている。さらに、HIV−1の増幅及び検出のための試薬が商業的に入手可能である。
【0004】
HIV−1は、異なる個体からの分離株間のみならず、同一の個体から時間を異にして得た分離株間でかなりのゲノム配列多様性を示す。HIV−1遺伝子gag及びenvの核酸配列の系統発生分析により、考慮されるコード配列に依存して少なくとも5個のサブタイプが同定されている(Myersら、1993, Human Retrovirus and AIDS 1993, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM) 。最も分岐したHIV−1がアフリカで同定されている。
【0005】
特に、ANT70及びMVP5180と称する、HIV−1の2つの分岐した株が東中央アフリカのカメルーン出身の患者から単離された。これらの分離株のゲノム構成は他のHIV−1サブタイプに類似するが、有意なヌクレオチド配列の分岐が観察された。これらの分離株の核酸配列は、ANT−70についてはアクセス番号L20587として、そしてMVP−5180についてはアクセス番号L20571として入手可能である。これらの新しいサブタイプは従来はサブタイプOと称されていた。
【0006】
本発明は、サブタイプOも含めてヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV−1)のすべての既知のサブタイプからのpol遺伝子の1領域のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅を可能にする改良されたオリゴヌクレオチドプライマーを提供する。本発明はまた、ハイブリダイゼーションによりHIV−1の核酸の検出を可能にする改良されたオリゴヌクレオチドを提供する。
【0007】
本発明のプライマーの重要な利点は、それらが、非標的配列の同時増幅を伴わないで、サブタイプOも含めてすべてのHIV−1サブタイプの増幅を可能にすることである。すなわち、このプライマーは、世界のすべての地域由来のサンプルからのHIV−1のすべてのサブタイプを検出することができるHIV−1検出測定を可能にする。
特に、本発明は、RAR1032(配列番号:1)、RAR1033(配列番号:2)、RAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)から成る群から選択される、ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV−1)の増幅のためのオリゴヌクレオチドプライマーを提供する。
【0008】
好ましくは、1対のプライマーはRAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)から成る。第二の1対のプライマーは、RAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)から成る。
本発明のオリゴヌクレオチドプローブは、本発明のプライマーを用いて増幅される領域内に含まれるHIV−1ゲノムの領域とハイブリダイズする。このプローブは、1セットのハイブリダイゼーション条件下ですべてのサブタイプからのHIV−1核酸の特異的検出を可能にする。本発明のプライマーを用いて増幅されたHIV−1核酸を検出するために使用される場合、プローブの特異性はHIV−1検出の特異性をさらに増加し、それにより偽陽性 (false positive) の可能性を低下せしめる。
【0009】
1つの態様において、本発明は塩基7〜35個を含んで成るRAR1034(配列番号:5)のサブ配列もしくは塩基7〜35個を含んで成るRAR1037(配列番号:6)のサブ配列、又はこれらの相補体から成る、ヒト免疫不全ウイルス核酸の検出のためのオリゴヌクレオチドプローブを提供する。
好ましい態様において、このプローブは、RAR1034(配列番号:5)、RAR1034T(配列番号:7)及びこれらの相補体から成る群から選択され、あるいはRAR1037(配列番号:6)、RAR1037T(配列番号:8)及びそれらの相補体から成る群から選択される。
【0010】
本発明の他の観点は、本発明のプライマーを用いてPCRを行うことを含んで成る、すべてのHIV−1サブタイプからのpol遺伝子の領域を増幅する方法に関する。
本発明の他の観点は、本発明のプライマーを用いてPCRを行い、そして増幅されたDNAを本発明のプローブを用いて検出することを含んで成る、HIV−1の検出方法に関する。本発明のプライマー及びプローブは、HIV−1核酸の特異的検出のための特に簡単で且つ迅速な方法を可能にする。
本発明の他の観点は、本発明の増幅プライマーを含んで成るキットに関する。これらのキットは、本発明のプローブのごとき追加の試薬を含むことができる。キットはまた、1又は複数の増幅試薬、例えばポリメラーゼ、緩衝剤、及びヌクレオチドトリホスフェートを含むことができる。
【0011】
本発明の理解を助けるため、次に幾つかの用語を定義する。
「核酸」及び「オリゴヌクレオチド」なる用語はプライマー、プローブ、及び検出されるべきオリゴマー断片に関し、そしてポリデオキシリボヌクレオチド(2−デオキシ−D−リボースを含有する)、ポリリボヌクレオチド(D−リボースを含有する)、及びプリンもしくはピリミジン塩基又は修飾されたプリンもしくはピリミジン塩基のN−グリコシドである他の任意のポリヌクレオチドに共通である。「ヌクレオチド」及び「オリゴヌクレオチド」なる用語の間に意図する区別は存在せず、そしてこれらの用語は、互換可能に使用される。これらの用語は、分子の一次構造にのみ関する。従って、これらの用語は、二本鎖及び単鎖DNA、二本鎖及び単鎖RNA、並びにRNAとDNAとの二本鎖を包含する。
【0012】
オリゴヌクレオチドの正確なサイズは多くの因子及びオリゴヌクレオチドの最終的な機能又は用途に依存する。オリゴヌクレオチドは任意の適当な方法、例えば適当な配列のクローニング及び制限酵素処理、並びに、Narangら、1979, Meth.Enzymol. 68:90-99 のホスホトリエステル法、 Brownら、1979, Meth.Enzymol. 68:109-151 のホスホジエステル法、Beaucageら、1981, Tetrahedron Lett. 22:1859-1862 のジエチルホスホラミダイト法、並びに米国特許 No.4,458,066の固体支持体法のごとき方法により直接化学合成される。合成法の総説はGoodchild, 1990, Bioconjugate Chemistry 1(3) : 165-187 に記載されている。
【0013】
「ハイブリダイゼーション」なる用語は、相補的塩基対合による2本の単鎖核酸による二本鎖構造の形成を意味する。ハイブリダイゼーションは完全に相補的な核酸鎖の間、又はわずかな領域のミスマッチを含む「実質的に相補的な」核酸鎖の間で生ずる。完全に相補的な核酸鎖のみがハイブリダイズする条件を「ストリンゼント(stringent) ハイブリダイゼーション条件」又は「配列特異的ハイブリダイゼーション条件」と称する。
【0014】
実質的に相補的な安定な二本鎖は低いストリンゼントハイブリダイゼーション条件下で達成し得る。核酸技術の分野の当業者は、例えばオリゴヌクレオチドの長さ及び塩基対濃度、イオン強度、及びミスマッチ塩基対の頻度等の多くの変化条件を考慮し、当業界に与えられた指標に従って、二本鎖の安定性を経験的に決定することができる (Sambrookら、1985, Molecular Cloning-A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, ニューヨークを参照のこと) 。
【0015】
一般に、ストリンゼント条件は、定義されたイオン強度及びpHにおいて特定の配列についての熱的融点(Tm)より約5℃低いように選択される。Tmは、塩基対の50%が解離する温度(定義されたイオン強度及びpHのもとで)である。ハイブリダイゼーション条件のストリンゼンシーの緩和は、配列のミスマッチが耐えられることを許容するであろう。耐えられるミスマッチの程度はハイブリダイゼーションの適当な調整により制御することができる。
【0016】
「プライマー」なる用語は、適切な緩衝液中適切な温度において、4種類の異なるヌクレオチドトリホスフェート及び重合剤(すなわち、DNAポリメラーゼ又は逆転写酵素)の存在下で、核酸鎖に対して相補的なプライマー延長生成物の合成が誘導される条件下でDNA合成の開始点として作用することができるオリゴヌクレオチドであって、天然のものでも合成品でもよい。プライマーは好ましくは、単鎖オリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーの適切な長さはプライマーの意図される用途に依存するが、しかし典型的には15〜35ヌクレオチドである。短いプライマー分子は一般に、鋳型との十分に安定なハイブリド複合体を形成するためにはより低い温度を必要とする。
【0017】
プライマーは鋳型核酸の正確な配列を反映する必要はないが、しかし鋳型とハイブリダイズするのに十分に相補的でなければならない。プライマーは、該プライマーの検出又は固定化を可能にする追加の特徴を含むことができるが、しかしDNA合成の開始点として作用するという、プライマーの基本的な性質を変更しない。例えば、プライマーは、標的核酸にはハイブリダイズしないが増幅された生成物のクローニングを促進する追加の核酸配列を5′−末端に含有することができる。ハイブリダイズするために鋳型に対して十分に相補的であるプライマーの領域は、この明細書において、ハイブリダイジング領域と称する。
【0018】
本明細書において使用する場合、「上流」プライマーとは、その延長生成物がコード配列のサブ配列であるプライマーを意味する。「下流」プライマーとは、その延長生成物が相補的非コード配列のサブ配列であるプライマーを意味する。
本明細書で使用する場合、「プローブ」なる用語は、相補的塩基対合のために標的核酸の配列と共に二本鎖構造を形成するオリゴヌクレオチドを意味する。プローブは標的核酸の検出又は捕捉のために使用される。プローブは好ましくは単鎖オリゴヌクレオチドである。プローブは典型的には、標的配列のある領域に対応する、好ましくは10〜50ヌクレオチド、さらに好ましくは15〜35ヌクレオチドから成る「ハイブリダイジング領域」から成るか又はそれを含有するであろう。
【0019】
「対応する」とは、特定の核酸又はその相補体に対して、少なくとも実質的に相補的であることを意味する。プローブは標的核酸の正確な配列を反映する必要はないが、選択されたハイブリダイゼーション条件下で標的とハイブリダイズするのに十分に相補的でなければならない。プローブオリゴヌクレオチドは、該プローブの検出又は固定化を許容するがしかしハイブリダイジング領域のハイブリダイゼーション特性を有意に変更しない追加の特徴を含有するか又はそれに結合していてもよい。
【0020】
例えば、プローブは、放射能標識されたヌクレオチドの導入により、又は別の検出可能な成分への結合により標識されるであろう。
【0021】
本明細書において使用する場合、オリゴヌクレオチドと標的配列との間に存在するミスマッチの数が、オリゴヌクレオチドと非標的配列との間に存在するミスマッチの数より少ない場合、オリゴヌクレオチドプライマー又はプローブは標的配列に対して「特異的」である。存在するミスマッチの数がオリゴヌクレオチドと標的配列との間に存在するミスマッチの数より多くない場合にのみ安定な二本鎖が形成されるようなハイブリダイゼーション条件を選択することができる。このような条件下で、標的特異的オリゴヌクレオチドは標的配列とのみ安定な二本鎖を形成することができる。すなわち、適当にストリンゼントなハイブリダイゼーション条件下での標的特異的プローブの使用が特異的標的配列の検出を可能にする。同様に、適当にストリンゼントな増幅条件下での標的特異的プライマーの使用が、標的プライマー結合部位を含有する標的配列の特異的増幅を可能にする。
【0022】
「標的領域」及び「標的核酸」なる用語は、増幅、検出又は分析されるべき核酸の領域を意味する。プライマー又はプローブがそれに対してハイブリダイズする配列を「標的配列」と称することができる。
「熱安定性ポリメラーゼ酵素」なる用語は、熱に対して比較的安定であり、且つ標的配列の核酸鎖の1つに対して相補的なプライマー延長生成物を形成するためのヌクレオシドトリホスフェートの重合を触媒する酵素を意味する。この酵素はプライマーの3′末端において合成を開始し、そして鋳型の5′末端の方向に、合成が停止するまで進行する。精製された熱安定性ポリメラーゼ酵素はさらに十分に米国特許 No.4,889,818に記載されており、そしてパーキン−エルマー社, Norwalk, CTから市販されている。
【0023】
「増幅反応混合物」及び「ポリメラーゼ連鎖反応混合物」なる用語は、ポリメラーゼ連鎖反応を行うために適当な試薬の組合せを意味する。反応混合物は典型的には、オリゴヌクレオチドプライマー、ヌクレオチドトリホスフェート、及びDNAポリメラーゼ(適当な緩衝液中)から成る。好ましい反応混合物は実施例に記載されている。
所与の核酸の「相補体」なる用語は特に、該所与の核酸と同じ長さを有し、且つ完全に相補的である核酸を意味する。従って、核酸の相補体は単一の一義的に定義された配列を意味する。
【0024】
本明細書中で使用する場合、「サブ配列」なる用語は、第二配列中に含まれる配列を意味する。本明細書において定義されそして使用される場合、サブ配列はその範囲に全長配列を包含するものと意図される。従って、例えば、配列番号:5のサブ配列から成るプローブは、配列番号:5であるプローブを包含する。
当業界の技術レベル内にある分子生物学及び核酸化学の常用技法は文献に十分に説明されている。例えば、Sambrookら、1985, Molecular Cloning-A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, ニューヨーク;Oligonucleotide Synthesis (MJ.Gait編、1984) ; Nucleic Acid Hybridization(B.D.Hames及びS.J.Higgis編、1984) ; 並びに一連のMethods in Enzymology(Academic Press, Inc.) を参照のこと。
【0025】
HIV増幅プライマー
HIV−1サブタイプ間の高度な配列多様性が、すべてのサブタイプ配列に正確に相補的であるプライマーを使用してのHIV−1核酸の増幅を妨げる。比較的保存された領域でさえなお、有意な配列多様性を含む。本発明のプライマーは、プライマーハイブリダイジング領域中に存在する配列多様性にも拘らずすべてのHIV−1サブタイプの増幅を可能にする。
【0026】
本発明のプライマーは、増幅において順応されなければならない多様性を最小にするpol遺伝子中の比較的保存された領域にハイブリダイズする。本発明のプライマーは、HIV−1サブタイプのそれぞれと1〜5個ミスマッチを含有する。実施例に記載するように、増幅は5塩基対以下のミスマッチを許容する条件下で行われ、そしてそれ故にすべてのHIV−1サブタイプの増幅を可能にする。すなわち、本発明のプライマーは既知HIV−1サブタイプからのpol遺伝子核酸の特異的増幅を可能にする。
【0027】
一般に、プライマー延長部位であるプライマーの3′末端のミスマッチは、3′末端から離れて存在する塩基対ミスマッチよりも、プライマー延長により大きな影響を与える。しかしながら、塩基対ミスマッチの脱安定化効果は関与する塩基に依存し、チミジンが関与するミスマッチが最も少なく脱安定化する (Kwokら、 1990, Nuc.Acids Res. 18:999-1005を参照のこと) 。プライマーの3′末端における脱安定化効果を最小にするため、各プライマーは3′末端にチミジンを含有する。従って、本発明のプライマーは、プライマーの重大な3′末端塩基において偶然に異なる新しいHIV−1分離株を増幅する。
【0028】
脱安定化する塩基対ミスマッチの効果はまた、プライマーの長さに依存する。プライマーが長くなるに従って1個のミスマッチによる影響が少ない。32〜33塩基長を有する本発明のプライマーを用いて、新たなHIV−1分離株中に予想されるわずかな配列多様性に順応することができるが、他の生物由来の相同性の低い配列を増幅しない。
5′から3′の方向に示すプライマーの配列を表1に記載する。
【0029】
【表1】
【0030】
上流プライマーRAR1032(配列番号:1)及び下流プライマーRAR1033(配列番号:2)は、HIV−1参照株HXB2(GenBankアクセス番号K03455)の配列のヌクレオチド位置2959〜3128に対応する170塩基対の生成物を増幅する。上流プライマーRAR1035(配列番号:3)及び下流プライマーRAR1036(配列番号:4)はヌクレオチド位置4750−4990に対応する241塩基対の生成物を増幅する。
【0031】
プライマーのハイブリダイゼーション特異性は、他のウイルス又はヒトのゲノムDNAからのホモロガス (homologous) な非標的配列の同時的増幅を伴わないで既知のHIV−1サブタイプの増幅を可能にするプライマーの必須の性質である。プライマーのハイブリダイゼーション特異性はハイブリダイジング領域の正確な長さ及び塩基組成に依存するので、プライマーのハイブリダイジング領域の配列のわずかな修飾がプライマーの有用性に不都合な影響を与える可能性がある。
【0032】
要するに、プライマーのハイブリダイジング領域は表1に示す配列から成らなければならない。しかしながら、当業者は、ある種の特定のわずかな修飾、例えば5′末端における1個の塩基の除去又は付加は、ハイブリダイゼーション特異性及び有用性に有意な影響を与えることなく可能であろう。このような修飾は典型的には日常的態様でのハイブリダイゼーションの最適化を必要とするであろう。ハイブリダイゼーション特異性を検知できる程変えることなく変更されたプライマーは同等であると考えられる。
【0033】
増幅
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅法は当業界においてよく知られており、そして米国特許 No.4,683,195及び No.4,683,202; Saikiら、1988, Science 239 :487 ; Scharfら、 1988, Hum.Immunol. 22:61;並びにScharfら、 1989, Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6215に記載されている。 Perkin Elmer, Norwalk, CTのごとき商業的提供者がPCR試薬を販売しており、そしてPCR法を発行している。本発明により提供される利点の理解を容易にするため、PCRの概要を記載する。
【0034】
PCR増幅の各サイクルにおいて、二本鎖標的配列を変性し、変性された標的の各鎖にプライマーをアニールさせ、そしてプライマーをDNAポリメラーゼの作用によりプライマーを延長せしめる。工程を典型的には25〜40回反復する。2つのプライマーは、標的核酸配列の相対する端に、そして各プライマーの延長生成物が標的配列の相補的コピーであり且つその相補体から分離された場合に他方のプライマーとハイブリダイズすることができる配向でアニールされる。各サンプルは、もしそれが100%有効であれば、存在する標的配列の数の倍化をもたらすであろう。
【0035】
PCRのために適当な種々の適当なサンプル調製法は文献に記載されている。使用される特定の方法は本発明の本質的な部分ではない。当業者は既知のサンプル調製法に使用するための反応条件を最適化することができる。HIV−1プロウイルスDNAの検出に使用するための好ましいサンプル調製法は、Casareale ら、1992, PCR Methods and Applications 2:149-153 に記載されている。
【0036】
本発明の方法は、HIV−1プロウイルスDNA又はHIV−1 RNAを検出するために使用することができる。逆転写/ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)を用いるRNAの増幅はよく知られており、そして米国特許 No.5,322,770及び No.5,310,652; Myers及びGelfand, 1991, Biochemistry 30 (31): 7661-7666 ; Youngら、1993, J.Clin.Microbiol. 31 (4):882-886 ;並びにMulderら、1994, J.Clin.Microbiol. 32 (2):292-300 に記載されている。
【0037】
PCR法により大きな増幅が可能であるため、ポジティブ対照鋳型である高いDNAレベルを含むサンプルからの、又は予備増幅からの低レベルのDNAの持込みが、目的とする添付された鋳型DNAの非存在下でもPCR生成物をもたらす場合がある。可能であれば、すべての反応混合物は、PCR生成物の分析及びサンプルの調製とは別の場所で用意する。RNA/DNAの調製、反応混合、及びサンプルの分析のための犠牲にされる又は使捨て容器、溶液及びピペット(好ましくはポジティブ置換ピペット)の使用が汚染を最小にするであろう。さらに、Kwok及びHiguchi, 1989, Nature 339 :237-238 ;並びにKwok及び Orrago, Innisら編、1990 PCR Protocols : A Guide to Methods and Applications, Academic Press, Inc. San Diego, CAを参照のこと。
【0038】
予備反応からの増幅された核酸によるPCRの汚染の問題を減少させるための酵素的方法は、PCT特許出願公開 No.WO92/01814(出願番号US91/05210)及び米国特許 No.5,035,996に記載されている。これらの方法は、予備反応からのすべての増幅されたDNAの酵素的分解を可能にする。PCR増幅は、dTTPではなくdUTPの存在下で行われる。ウラシルを含有する得られる二本鎖増幅生成物はウラシル−N−グリコシラーゼ(UNG)による分解にかけられ、他方正常のチミジン含有DNAはUNGにより分解されない。
【0039】
標的として役立つかも知れないウラシル含有DNAを分解するために、増幅の前に増幅反応生成物をUNGにより処理する。ウラシル含有DNAの唯一の源は予備反応の増幅された生成物であるから、この方法は、予備反応からの汚染の問題(持ち込み)を効果的に除去する。UNGは熱により臨時に不活性化されるので、増幅法における変性段階もUNGの不活性化に役立つ。従って、新しい増幅生成物は、ウラシルを含むが、UNGが不活性化された環境において生成され、そして分解されない。
【0040】
増幅反応混合物は、典型的には、プライマーハイブリダイゼーション特異性を確実にするために必要な温度より十分に低い室温において一緒にされる。室温においてはプライマーが非特異的に他の部分的にのみ相補的な核酸配列に結合し、そして不所望の核酸配列の合成を開始するので、非特異的増幅が生ずるであろう。これらの新たに合成された不所望の配列は、増幅反応の間に目的とする標的配列と競争することができ、そして所望の配列の増幅効率を有意に低下せしめるであろう。非特異的増幅は「ホット−スタート」法を用いて減少させることができ、この方法においては、必要なハイブリダイゼーション特異性を提供するのに十分なだけ温度が上昇するまで、1又は複数の試薬を反応混合物から排除しておく。
【0041】
非特異的増幅を減少させるための好ましい方法は、WO92/01814に記載されている。そこに記載されている方法は、反応混合物が配合された後であるが増幅反応の開始前に新たに合成された核酸を分解することにより、非特異的増幅を減少せしめる。新たに合成されたすべての核酸を分解することにより、高温増幅反応が行われる際、意図しない配列にハイブリダイズしたプライマーから生ずる増幅可能な核酸標的配列は存在しない。新たに合成された核酸の分解は反応混合物にdUTP及びUNGを導入し、そして増幅反応を行う前に反応混合物を45〜60℃でインキュベートすることにより達成される。
【0042】
増幅された生成物の分析
増幅に続き、HIV−1核酸の存在を、増幅された生成物の検出により決定する。PCR増幅された核酸を検出するための方法は当業界においてよく知られている。例えば、増幅された生成物の存在及び量はゲル電気泳動を用いて測定することができる。ゲル電気泳動による増幅生成物の検出は当業界においてよく知られている(例えば、Sambrookら、1985、前掲を参照のこと)。
【0043】
増幅された生成物の検出は好ましくはオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションにより行われる。表1のプライマーを用いて増幅されたDNAを検出するために使用される本発明のプローブは、下の表2に示す。各プローブの成分は本明細書に記載する方法において有用である。好ましいハイブリダイゼーション条件は実施例に記載する。
【0044】
【表2】
【0045】
RAR1034(配列番号:5)はHIV−1ゲノムに位置2996−3030においてハイブリダイズし、そしてプライマーRAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)を用いて増幅されたDNAを検出するために使用される。RAR1037(配列番号:6)はHIV−1ゲノムに位置4908−4942においてハイブリダイズし、そしてプライマーRAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)を用いて増幅されたDNAを検出するために使用される。
【0046】
RAR1034T(配列番号:7)はRAR1034(配列番号:5)から、5′末端の6塩基が除去されている点において異なる。全長プローブ及び末端が除去されたプローブの両者は下記及び実施例6に記載の5′−ヌクレアーゼ測定においてよく機能するが、RAR1034T(配列番号:7)が好ましい。同様に、RAR1037(配列番号:6)から5′末端の6塩基が除去されている点において異なるRAR1037T(配列番号:8)は、下記及び実施例6に記載の5′−ヌクレアーゼ測定での使用のために好ましい。
【0047】
従って、全長プローブRAR1034(配列番号:5)及びRAR1037(配列番号:6)は実施例1〜3に記載のマイクロウエルプレート測定において使用するのに好ましく、そして5′末端において6塩基除去された全長配列RAR1034T(配列番号:7)及びRAR1037T(配列番号:8)から成るプローブは、実施例6に記載の5′ヌクレアーゼ測定における使用のために好ましい。さらに、5′末端において1〜5塩基が除去された全長配列から成るプローブもまた本発明の方法において適当である。従って、本発明のプローブは全長プローブRAR1034(配列番号:5)又はRAR1037(配列番号:6)のサブ配列から成り、ここでサブ配列は前記配列の塩基7〜35個又はその相補体を含んで成る。プローブの番号は5′末端に関連する。
【0048】
プライマーと同様に、本発明のプローブはHIV−1サブタイプのそれぞれにつき少数個のミスマッチ(それぞれ1〜5、及び1〜4)を含有する。実施例に記載するハイブリダイゼーション条件は、他の生物からの相同性の少ない配列とのハイブリダイゼーションを許容することなく、任意のHIV−1サブタイプへのプローブのハイブリダイゼーションを可能にする。従って、本発明のプローブは、HIV−1核酸の特異的検出を可能にする。
サンプル中の標的核酸配列とプローブとの間に形成されたハイブリドを検出するために適当な測定方式は当業界において知られている(Sambrookら、1985、前掲を参照のこと)。実施例はドット−ブロット測定方式及び逆ドット−ブロット測定方式を包含する。
【0049】
ドット−ブロット方式においては、増幅された標的DNAを固体支持体、例えばナイロン膜に固定化する。膜−標的複合体を適当なハイブリダイゼーション条件下で、ラベルされたプローブと共にインキュベートし、ハイブリダイズしないプローブを適当なストリンゼント条件下で洗浄することにより除去し、そして膜を結合したプローブの存在についてモニターする。
【0050】
他の方式は「逆」ドット−ブロット方式であり、この方法においては増幅された標的DNAをラベルし、そしてプローブを固体支持体、例えばナイロン膜に固定化する(Saikiら、 1989, Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:6230、及びPCT出願 No.WO89/11548を参照のこと)。標的DNAは典型的には増幅の間に、ラベルされたプライマーの導入によりラベルされる。プライマーの一方又は両方をラベルすることができる。膜−プローブ複合体を適当なハイブリダイゼーション条件下で、ラベルされ増幅された標的DNAと共にインキュベートし、適当なストリンゼント条件下で洗浄することによりハイブリダイズしていない標的DNAを除去し、そして次にフィルターを、結合した標的DNAの存在についてモニターする。
【0051】
あるいは、多数のプローブハイブリダイゼーション部位又はウエルを有する固体支持体を用いて逆ドット−ブロット測定を行うことができる。例えば、本発明の大規模臨床適用においてはマイクロウエルプレートが特に有用である。プローブはマイクロウエルプレートに、受動結合により、あるいはマイクロウエルプレートに付着する蛋白質中間体例えばウシ血清アルブミン(BSA)を介して固定化することができる。マイクロウエルプレート中で行われる逆ドット−ブロット法は米国特許 No.5,232,829、 Loeffelholzら、1992, J.Clin.Microbiol. 30 (11): 2847-2851, Mulderら、1994、前掲、及び Jacksonら、1991, 前掲に記載されている。
【0052】
検出のためにハイブリダイゼーション二本鎖を固定化するための他の方法においては、BSAに結合したプローブを磁性微粒子に結合せしめる。結合したプローブを溶液中でラベル化増幅生成物にハイブリダイズせしめる。ハイブリダイゼーションに続き、プローブ−標的二本鎖を溶液から磁気的に除去し、そして次に磁気的に固定化されたハイブリダイゼーション二本鎖を前記の方法のようにして検出する。
【0053】
5′−ヌクレアーゼ測定法と称する他の適当な測定法は米国特許 No.5,210,015に記載されており、この方法においては、ラベルされた検出プローブがPCR増幅工程中に添加される。このプローブは、該プローブがDNA合成のためのプライマーとして働かないように修飾されている。各合成段階、すなわちプライマー延長の間に標的DNAにハイブリダイズする任意のプローブが、DNAポリメラーゼ、例えばTaqDNAポリメラーゼの5′→3′エキソヌクレアーゼ活性により分解される。次に、プローブからの分解生成物を検出する。従って、プローブ分解生成物の存在が、プローブと標的DNAとの間のハイブリダイゼーションが生じたこと、及び増幅反応が生じたこと、の両方を示す。米国特許 No.5,210,015の方法において機能するように修飾された表2のプローブは本発明の範囲内にある。
【0054】
上記の測定方式は典型的には、ハイブリド二本鎖の検出を促進するためにラベルされたオリゴヌクレオチドを用いる。オリゴヌクレオチドは、分光的、光化学的、生化学的、免疫化学的又は化学的手段により検出可能なラベルの導入によりラベルすることができる。有用なラベルには32P、蛍光色素、電子密度試薬、酵素(ELISASにおいて一般に使用される)、ビオチン又はハプテン及び、それに対して抗血清又はモノクローナル抗体が入手可能な蛋白質が含まれる。本発明のラベルされたオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの合成について上に記載した技法を用いて合成し又はラベルすることができる。
【0055】
本発明の好ましい態様においては、逆ドット−ブロット測定はマイクロウエルプレートを用いて行われ、そしてプライマーはビオチンによりラベルされる (Levenson及びChang, 1989, PCR Protocols:A Guide to Methods and Applications (Innisら編、Academic Press, サンジエゴ) 99-112頁に記載されているように)。プローブはBSAに結合させ(Tungら、 1991, Bioconjugate Chem. 2:464-465)、そしてマイクロウエルプレートに固定化する。ラベルされたプライマーを用いての増幅及び固定化されたプローブとのハイブリダイゼーションの後、増幅された核酸はまず、ビオチンをアビジン−ホースラディッシュパーオキシダーゼ(A−HRP)又はストレプトアビジン−ホースラディッシュパーオキシダーゼ(SA−HRP)に結合せしめ、次にこれを反応の実施により検出することにより検出する。この反応においてはHRPが色原体の変色を触媒する(Saikiら、1989、前掲を参照のこと)。
【0056】
反応混合物中の二本鎖DNAの全量の増加をモニターすることによりHIV−1核酸の増幅を検出する他の方法は、 Higuchiら、1992 Bio/Technology 10:413-417 ; Higuchiら、 1993, Bio/Technology 11:1023-1030 ;並びにヨーロッパ特許出願公開 No.487,218及び No.512,334に記載されている。二本鎖標的DNAの検出は、臭化エチジウム(EtBr)及び他のDNA結合ラベルが二本鎖DNAに結合した際に示す蛍光の増加に頼っている。標的配列の合成から生ずる二本鎖DNAの増加が蛍光を増加せしめる。本発明のプライマーは、極めて低レベルのバックグラウンド非特異的増幅生成物を伴って増幅を可能にするので、特に有用である。
【0057】
本発明はまた、本発明の方法を実施するための有用な構成成分を含んで成るキット、すなわち多容器ユニットに関する。有用なキットはHIV−1核酸のPCR増幅のためのプライマーを含むことができる。キットはさらに、増幅されたHIV−1核酸を検出するための手段、例えばオリゴヌクレオチドプローブを含むことができる。幾つかのケースにおいては、プローブは適当な支持体膜に固定される。キットの他の任意成分には、例えば、プライマー延長生成物の合成を触媒する試薬、基質ヌクレオシドトリホスフェート、ラベルするために使用される手段(例えば、アビジン−酵素結合体及び酵素基質、並びにラベルがビオチンである場合には色原体)、PCR又はハイブリダイゼーション反応のための適当な緩衝液、並びに本発明の方法を実施するための指示書を含むことができる。
【0058】
【実施例】
下記に提示する本発明の実施例は例示のためのものであり、本発明の範囲を限定するものではない。
実施例1.HIV−1 DNAの増幅及び検出
後の実施例に記載するような臨床サンプルからのHIV−1プロウイルスDNAの増幅及び検出のために次の方法を用いた。
【0059】
サンプルの調製
第一の方法においては、Boyum, 1968, Scan. J.Clin.Lab.Invert. 21 (Suppl.97) : 77、及びFotinoら、1971, Ann.Clin.Lab.Sci. 1:131-133 に記載されている標準的Ficoll-Hypaque密度勾配法により末梢血単球を単離した。
第二の方法においては、 Casarealeら、 1992, PCR Methods and Applications 2:149-153 に記載されているようにして直接赤血球溶解により0.5mlの末梢血から白血球細胞を単離した。
細胞の単離に続き、 Casarealeら、1992、前掲;並びに Butcher及び Spadoro, 1992, Clin.Immunol.Newsletter 12:73-76 に記載されているようにしてDNAを抽出した。
【0060】
増幅
プライマーRAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)を用いる増幅を100μlの反応体積(サンプルから50μl)中で行った。各反応は次の試薬を含有した。
10mM Tris−HCl(pH8.4)
50mM KCl
200μM 各dATP,dCTP,dGTP及びdUTP
3.0mM MgCl2
10% グリセロール
2.0ユニットのTaq DNAポリメラーゼ* 、及び
2.0ユニットのUNG*
* ホフマン−ラ.ロシュ社により開発及び製造され、そしてパーキン・エルマー, Norwalk, CT, により販売されている。
【0061】
プライマーRAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)を用いる増幅は、反応が2.0mM MgCl2 を含有する点を除き、本質的に同一の条件下で行った。
増幅は、次の温度プロフィールを用いてTC9600 DNA熱サイクラー(パーキン・エルマー, Norwalk, CT)において行われた。
【0062】
温度サイクルに続き、反応混合物を好ましくはすぐに分析する。分析の前に反応混合物を72℃にて短時間保持することができる。あるいは、PCRチューブを−20℃で貯蔵し、そして開封前に短時間25℃〜30℃に加温することができる。
【0063】
増幅された生成物の検出
A.ゲル電気泳動
増幅された生成物は次のようにしてゲル電気泳動により検出された。反応生成物を、アガロースゲル(100mlの3% NuSieve及び0.5% Seachem) 及び1×TE(0.089M Tris、0.089M硼酸、0.0025M EDTA二ナトリウム)ランニング緩衝液を用いて分画した。電気泳動は100ボルトにて約1時間行った。電気泳動に続き臭化エチジウム(0.5μg/ml)を加えて存在するすべてのDNAを染色する。ゲルを水中で短時間脱色し、そして臭化エチジウムで染色したDNAをUV照射により可視化した。
【0064】
B.プローブハイブリダイゼーション
増幅された生成物を、マイクロウエルプレートに固定化したプローブを用いる逆ドット−ブロット形式で測定した。この検出方式においては、プローブをマイクロウエルプレートのウエルに固定化し、そして変性した増幅された標的DNAを結合したプローブにハイブリダイズせしめた。上記の増幅をビオチン化されたプライマーを用いて行い、結合したプローブにハイブリダイズする増幅されたDNAの検出を可能にした。
増幅されたDNAは、各PCRチューブに同体積の変性溶液(0.4M NaOH、80mM EDTA及び0.005%チモールブルー)を添加することにより変性した。
【0065】
プローブをマイクロウエルプレートに、ウシ血清アルブミン(BSA)中間体を介して固定化した。BSAに結合したプローブを96ウエルプレート(Corning, コーニング, ニューヨーク)の各ウエルのプラスチック表面に吸着せしめた。プローブは15ng/ウエルの濃度でマイクロウエルプレート上に固定化した。
あるいは、プローブは次のようにしてマイクロウエルプレートのプラスチック表面上に受動的に固定化することができる。0.125ng/μlの濃度でプローブを含有する1M CH3 COONH4 の溶液100μlをマイクロウエルプレートの各ウエルに添加する。プレートを37℃にて10〜20時間(一夜)インキュベートし、そして次にPBS/EDTA(PBSは2.68mM KCl、137mM NaCl、1.47mM KH2 PO4 、及び8.03mM Na2 HPO4 )ですすぐ。
【0066】
適当な数の8ウエル・マイクロウエルストリップ(最少2ストリップ)を取り出し、そしてマイクロウエルプレートのフレームに入れた。100μlのハイブリダイゼーション/中和緩衝液(2.5M NaSCN、80mM NaH2 SO4 、10mM NaH2 PO4 及び0.125% Tween20;pH5.0±0.2)をマイクロウエルプレートの各ウエルにピペットに加えた。多チャンネルピペッターと共に栓をしたチップを用いて、トレイ中各PCRチューブからの変性された増幅反応混合物25μlをマイクロウエルプレート中の対応するウエル位置にピペットした。プレートをマイクロウエルプレートのふたにより覆い、そして色が青から明黄色に変化するまで約10〜15回、側をかるくたたいた。
【0067】
プレートを60分間37℃にてインキュベートしてハイブリダイゼーションさせた。インキュベーションの後、プレートを1×洗浄溶液により5回洗浄した。10×濃度の洗浄溶液は9.94g/Lリン酸二塩基性ナトリウム、4.41g/Lリン酸ナトリウム(一塩基性)、3.722g/L EDTA、87.66g/L塩化ナトリウム、13.7g/L Tween20、及び10g/L Pro Clin 300 (Rhom and Haas, フィラデルフィア, PA) を含有する。溶液のpHをリン酸により調整する(pH6.5−7.1が好ましい)。プレートの洗浄は手動で、又はプログラムされた自動化マイクロウエルプレート洗浄機を用いて行うことができる。
【0068】
手動洗浄のためには、プレートの内容物を空にし、かるくたたいて乾かす。各ウエルを洗浄溶液(400〜450μl)で満たし、プレートを30秒間浸漬し、そしてプレートを再度空にし、そしてかるくたたいて乾かす。この洗浄液をさらに4回反復する。
自動化されたマイクロプレート洗浄機については、次の手順を用いる。ウエルの内容物を吸引除去する。試験すべきプレートの各ウエルに350〜450μlの洗浄溶液を加え、30秒間浸漬し、そして吸引除去するように洗浄機をプログラムする。段階をさらに4回反復する。次にプレートをかるくたたいて乾かす。
【0069】
100μlのアビジン−HRP結合体(多くの提供者、例えば Fluka Chemical Corp. Ronkonkoma, ニューヨーク;及び Sigma Chemical Co. セントルイス, MOから得られる)をプレートの各ウエルに加えた。プレートを覆い、そて37℃にて15分間インキュベートし、そして上記のようにして再度洗浄した。テトラメチルベンザジン(多くの提供者、例えば Fluka Chemical Corp. Ronkonkoma, ニューヨーク;及び Sigma Chemical Co. セントルイス, MOから入手可能)及びH2 O2 を含有する色原体溶液100μlを、プレートの各ウエルに加える。次に、プレートを覆い、そして室温(20℃〜25℃)にて10分間暗所にインキュベートすることにより発色させた。最後に、100μlの停止試薬(5%H2 SO4 )を各ウエルに加えた。450nMの各ウエルの吸光度を停止試薬を添加して1時間以内に読み取る。
【0070】
実施例2.臨床サンプル中のHIV DNAの検出
この実施例においては、アフリカ象牙海岸からの血清陽性患者から得られた91サンプルをHIV DNAの存在について測定した。比較のため、増幅及び検出も文献に記載されているプライマー及びプローブを用いて行った。
末梢血単球を実施例1に記載したFicoll-Hypaque密度勾配法により単離した。増幅及び検出は、実施例1に記載されているようにして、プライマー対RAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)並びにプローブRAR1034(配列番号:5)を用いて、並びにプライマー対RAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)並びにRAR1037(配列番号:6)を用いて行った。
【0071】
比較のため、別々の増幅/検出測定を、文献に記載されている2つの追加のプライマー/プローブを用いて行った。プライマーSK462及びSK431、並びにプローブSK102は Jacksonら、前掲、に記載されている。プライマーSK38及びSK39、並びにSK19は Kellogg及びKwok, 1900、前掲、に記載されている。。プライマー対SK462/SK431、及びSK38/SK39を用いる増幅は本質的に実施例1に記載した方法により行ったが、次の条件を用いた。
【0072】
反応混合物は次の試薬を含有した。
10mM Tris−HCl(pH8.4)
50mM KCl
200mM 各dATP,dCTP,dGTP及びdUTP
25pmole の各ビオチン化プライマー
3.75mM MgCl2
10% グリセロール
2.0ユニットのTaqDNAポリメラーゼ* 、及び
2.0ユニットのUNG*
* ホフマン−ラ ロシュにより開発及び製造され、そしてパーキン・エルマー, Norwalk, CTにより販売されている。
【0073】
増幅は、次の温度プロフィールを用いてTC9600 DNA熱サイクラー(パーキン・エルマー, Norwalk, CT)において行われた。
プライマー及びプローブのセットを比較した結果を、測定した各サブタイプの合計数に対するHIV−1が検出されたサンプルの数、及び検出された対応する%を下記の表に示す。
【0074】
【表3】
【0075】
本発明の両測定法は、試験したサンプルのほとんどすべてからHIV−1を検出することができた。これに対して、プライマー対SK462及びSK431並びにプローブSK102を用いた測定法、並びにプライマー対SK38及びSK39並びにSK19を用いた測定法は、サンプルの多くからHIV−1 DNAを検出しなかった。本発明のプライマー及びプローブを用いて検出できない1個のサンプルはSKプライマー及びプローブを用いても検出できなかった。このサンプルからHIV−1が検出できなかった理由は、低いサンプルの品質又は異常に低いウイルスタイターのためであろう。
【0076】
実施例3.臨床サンプル中のHIVの検出
この実施例においては、41個のサンプルをHIV−1 DNAの存在について測定した。サンプルはアフリカ象牙海岸の血清陽性患者から得た。
実施例1に記載した直接赤血球溶解法により、0.5mlの末梢血から白血球を単離した。増幅反応及び検出測定は実施例1並びに2に記載したようにして行った。結果を、測定した各サブタイプの合計数に対するHIV−1が検出されたサンプル数、及び検出された対応する%として下記の表に示す。
【0077】
【表4】
【0078】
実施例4.既知のHIV−1サブタイプの増幅及び検出
既知HIV−1サブタイプからの合計18個のDNA排出物を、実質的に実施例1〜3に記載したようにして測定した。サブタイプA〜FからのDNAを臨床サンプルから得た。サブタイプOからのDNAを感染したセルラインから得た。すべてのDNAサンプルを実質的に Casarealeら、1992、前掲、に記載されているようにして、プロテイナーゼK溶液を用いて抽出した。
結果を、測定した各サブタイプの合計数に対するHIV−1が検出された各サブタイプのサンプル数として下記の表に示す。
【0079】
【表5】
【0080】
プライマー対RAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)並びににプローブRAR1034(配列番号:5)を用いて測定された18個のHIV−1サンプルのすべてからHIV−1が検出された。これに対して、プライマー対SK462及びSK431並びにプローブSK102を用いた測定、並びにプライマー対SK38及びSK39並びにプローブSK19を用いた測定においては、HIV−1サブタイプOのDNAの検出に失敗した。さらに、プライマー対SK462及びSK431並びにプローブSK102を用いた測定においては、サンプルの1つからのHIV−1サブタイプEの検出に失敗した。プライマー対SK38及びSK39並びにプローブSK19を用いた測定においては、2個のサンプルからのHIV−1サブタイプEの検出に失敗し、そしてHIV−1サブタイプFの検出に失敗した。
【0081】
実施例5.HIV−1 RNAの検出
HIV−1 RNAはGeneAmp(登録商標)EZrTth RNA PCTキット(パーキン・エルマー社, Norwalk, CT)を用いて増幅することができる。サンプルの調製は、Mulderら、1994、前掲、に記載されているようにして行う。増幅された生成物の検出は実施例1に記載したようにして行う。
【0082】
実施例6.5′−エキソヌクレアーゼ測定法
この実施例は、米国特許 No.5,210,015に記載の方法における本発明のプライマー及びプローブの使用について記載する。プローブがDNA合成のためにプライマーとして作用しないように修飾したラベルされたプローブを、PCR増幅工程の間に添加した。HIV−1 DNAにハイブリダイズしたすべてのプローブを、増幅の間にrTth DNAポリメラーゼの5′→3′エキソヌクレアーゼ活性により分解した。分解されたプローブの検出がHIV−1 DNAの存在を示した。
【0083】
使用したプローブは、5′末端に結合したFAMラベル(Perkin Elmer, Applied Biosystems Division, Foster City, CA) 及びDNAポリメラーゼによる延長をブロックするために3′−OHの代りに3′−PO4 を有する合成されたRAR1034T(配列番号:7)の相補体であった。
HIV−1 DNAを含有するサンプルは前記のようにして調製した。反応は、下記の試薬を含有する100μlの体積中で行った。
【0084】
50mM トリシン(Tricine)(pH8.2)
110mM KOAc
300μM 各dATP,dCTP及びdGTP
500μM 各dTTP及びdUTP
50pmole の各プライマー
100pmole プローブ
2.4mM Mn(AOc)2
12% グリセロール
2ユニットUNG* 、及び
20ユニットのrTth DNAポリメラーゼ*
* ホフマン−ラ ロシュ社により開発及び製造され、そしてパーキン・エルマー社, Norwalk, CTにより販売されている。
分解されたプローブの検出は米国特許 No.5,210,015に記載されている方法を用いて行うことができる。
【0085】
【配列表】
【0086】
【0087】
【0088】
【0089】
【0090】
【0091】
【0092】
Claims (10)
- RAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)から成る、ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV-1)の核酸の増幅のための一対のオリゴヌクレオチドプライマー。
- RAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)から成る、ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV-1)の核酸の増幅のための一対のオリゴヌクレオチドプライマー。
- RAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)から成る一対のオリゴヌクレオチドプライマーを含んで成る、ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV-1)の核酸の増幅のためのキット。
- RAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)から成る一対のオリゴヌクレオチドプライマーを含んで成る、ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV-1)の核酸の増幅のためのキット。
- 塩基15〜35個を含んで成るRAR1034(配列番号:5)のサブ配列又はその相補体から成るオリゴヌクレオチドプローブをさらに含んで成る、請求項3に記載のキット。
- 塩基15〜35個を含んで成るRAR1037(配列番号:6)のサブ配列又はその相補体から成るオリゴヌクレオチドプローブをさらに含んで成る、請求項4に記載のキット。
- ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV-1)の核酸の検出方法であって、
(a)RAR1032(配列番号:1)及びRAR1033(配列番号:2)から成る一対のオリゴヌクレオチドを用いてポリメラーゼ連鎖反応を行い、そして
(b)増幅されたHIV-1の核酸を検出する、
ことを含んで成る方法。 - 塩基15〜35個を含んで成るRAR1034(配列番号:5)のサブ配列又はその相補体から成るオリゴヌクレオチドプローブを用いて段階(b)を行う、請求項7に記載の方法。
- ヒト免疫不全ウイルス−1型(HIV-1)の核酸の検出方法であって、
(a)RAR1035(配列番号:3)及びRAR1036(配列番号:4)から成る一対のオリゴヌクレオチドプライマーを用いてポリメラーゼ連鎖反応を行い、そして
(b)増幅されたHIV-1の核酸を検出する、
ことを含んで成る方法。 - 塩基15〜35個を含んで成るRAR1037(配列番号:6)のサブ配列又はその相補体を含んで成るオリゴヌクレオチドプローブを用いて段階(b)を行う、請求項9に記載の方法。
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