JP4317398B2 - 核酸塩基配列情報の記録方法及び核酸塩基配列決定方法 - Google Patents
核酸塩基配列情報の記録方法及び核酸塩基配列決定方法 Download PDFInfo
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Description
magic_number = フォーマット識別数(文字列".SCF"を数値化したもの)
samples = 波形点数
samples_offset = 波形強度が記録されている最初の番地(バイトオフセット)
bases = 塩基数
bases_left_clip = 不使用(No. bases in left clip)
bases_right_clip= 不使用(No. bases in right clip)
bases_offset = 塩基配列が記録されている最初の番地(バイトオフセット)
comments_size = コメントの大きさ
comments_offset = コメントが記録されている最初の番地(バイトオフセット)
version = バージョン
sample_size = 波形強度値のビットサイズ(1=8ビット、2=16ビット)
code_set = 使用されているコードセット
private_size = プライベートデータの大きさ
private_offset = プライベート値が記録されている最初の番地(バイトオフセット)
spare = 予備
Samples for A trace = アデニン(A)塩基の波形データ
Samples for C trace = シトシン(C)塩基の波形データ
Samples for G trace = グアニン(G)塩基の波形データ
Samples for T trace = チミン(T)塩基の波形データ
Offset into peak index for each base= 各塩基のピーク位置
Accuracy estimate bases being 'A' = A塩基の同定信頼性
Accuracy estimate bases being 'C' = C塩基の同定信頼性
Accuracy estimate bases being 'G' = G塩基の同定信頼性
Accuracy estimate bases being 'T' = T塩基の同定信頼性
The called bases = 同定された塩基種(決定塩基配列)
Reserved for future use = 予備
Comments = コメント
Private data = プライベートデータ
Claims (3)
- 配列が既知の核酸試料から得た種々の長さの蛍光標識した核酸断片を電気泳動して得られた4種類の塩基の蛍光強度波形データを読み込むステップと、
前記4種類の蛍光強度波形データから塩基配列を決定するステップと、
マイクロサテライトの有無を判定するステップと、
マイクロサテライトがあると判定された場合、当該マイクロサテライトの開始位置及び最小繰り返し単位に関する情報を取得するステップと、
マイクロサテライトに関し、最小繰り返し単位以外の蛍光強度波形データと塩基配列の情報を消去する処理を行うステップと、
処理後の前記4種類の塩基の蛍光強度波形データと、それに対応する塩基配列情報と、マイクロサテライトの発生情報と、マイクロサテライトの開始位置及び最小繰り返し単位に関する情報を記録するステップと
を含むことを特徴とする核酸塩基配列情報の記録方法。 - 核酸試料から得た種々の長さの蛍光標識した核酸断片を電気泳動して得られた4種類の塩基の蛍光強度波形データから仮決定された塩基配列と核酸塩基配列データベースに保持された塩基配列とを比較して核酸試料の塩基配列を決定する方法において、
前記核酸塩基配列データベースは、マイクロサテライトの開始位置情報及び最小繰り返し単位に関する情報を有し、マイクロサテライト領域には前記最小繰り返し単位の塩基配列のみを保持するものであり、
前記仮決定された核酸試料の塩基配列に前記核酸塩基配列データベースに保持された塩基配列のうちの相同性が高い塩基配列を並置するステップと、
並置された2つの塩基配列を比較し前記仮決定された塩基配列中におけるマイクロサテライトの有無を判定するステップと、
マイクロサテライトが検出された場合、前記最小繰り返し単位の繰り返し回数を求めるステップとを含み、
前記核酸塩基配列データベースは、
配列が既知の核酸試料から得た種々の長さの蛍光標識した核酸断片を電気泳動して得られた4種類の塩基の蛍光強度波形データを読み込むステップと、
前記4種類の蛍光強度波形データから塩基配列を決定するステップと、
マイクロサテライトの有無を判定するステップと、
マイクロサテライトがあると判定された場合、当該マイクロサテライトの開始位置及び最小繰り返し単位に関する情報を取得するステップと、
マイクロサテライトに関し、最小繰り返し単位以外の蛍光強度波形データと塩基配列の情報を消去する処理を行うステップと、
処理後の前記4種類の塩基の蛍光強度波形データと、それに対応する塩基配列情報と、マイクロサテライトの発生情報と、マイクロサテライトの開始位置及び最小繰り返し単位に関する情報を記録するステップと
を経て構築されたものであることを特徴とする核酸塩基配列決定方法。 - 請求項2記載の核酸塩基配列決定方法において、マイクロサテライトの発生情報をデータ表示部に表示するステップを含むことを特徴とする核酸塩基配列決定方法。
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JP2005031051A JP2005031051A (ja) | 2005-02-03 |
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JP6087128B2 (ja) * | 2012-12-17 | 2017-03-01 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 遺伝子型解析装置及び遺伝子型解析方法 |
WO2015015585A1 (ja) | 2013-07-31 | 2015-02-05 | 株式会社日立製作所 | 遺伝子変異分析装置、遺伝子変異分析システム及び遺伝子変異分析方法 |
-
2003
- 2003-07-11 JP JP2003273599A patent/JP4317398B2/ja not_active Expired - Lifetime
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