JP3875171B2 - 遺伝子発現データの正規化方法 - Google Patents
遺伝子発現データの正規化方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP3875171B2 JP3875171B2 JP2002285201A JP2002285201A JP3875171B2 JP 3875171 B2 JP3875171 B2 JP 3875171B2 JP 2002285201 A JP2002285201 A JP 2002285201A JP 2002285201 A JP2002285201 A JP 2002285201A JP 3875171 B2 JP3875171 B2 JP 3875171B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sample
- expression level
- data
- expression
- samples
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Complex Calculations (AREA)
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、複数の遺伝子とハイブリダイズさせることによって得られた２つのサンプルについての遺伝子発現データの比較において、一方のサンプルについての遺伝子発現データを正規化する方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
生体内の遺伝情報はDNA塩基配列として保存されており、遺伝子の発現を解析することは各種疾病の予防、早期診断治療、オーダーメイド医療などに有効である。生物学、医学分野での遺伝子解析においては、遺伝子の発現を解析する方法として、マイクロアレイ法が用いられている。マイクロアレイ法は、スライドガラス上に数千個のDNAスポットを作成したDNAチップやDNAマイクロアレイにサンプルをハイブリダイゼーションさせ、ハイブリッド形成の強度を指標にして各遺伝子の発現量を測定する方法である。
【０００３】
近年、マイクロアレイ法を使用して遺伝子発現をモニタリングする技術が開発されている。多くの疾病状態は、特定の遺伝子の遺伝的DNAのコピー数の変化または転写レベルの変化によって、様々な遺伝子の発現レベルの違いにより特徴付けられる。例えば、遺伝物質の欠失および獲得は、癌化および癌の進行において重要な役割を担う。また、特定の遺伝子の発現レベルの変化は、様々な癌の存在および進行の指標として機能する。したがって、遺伝子発現の解析においては、疾病を有する細胞と正常な細胞との間で、複数の遺伝子の発現レベルを比較しなければならない。
【０００４】
マイクロアレイ法を使用して遺伝子発現の定量を行う際には、検体からの遺伝子抽出量が実験ごとに変化すること等から、基準となる測定値を用いて遺伝子発現データを正規化することが行われている。従来、２つのサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法では、２つのサンプルから必ず発現するある遺伝子を基準プローブとしてマイクロアレイ上に置き、この遺伝子についての発現量が同じであると仮定して、２つのサンプルにおいてこの発現量が一致するようにいずれかのサンプルについての遺伝子発現データを正規化している。また、２つのサンプルにおいてすべての遺伝子についての発現量の総和が等しいと仮定して、遺伝子発現量の総和が一致するようにいずれかのサンプルについての遺伝子発現データを正規化しているものもある。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、基準プローブを用いた正規化では、サンプルから必ず発現する遺伝子が全体の遺伝子の発現量を代表しているとは限らず、基準プローブについての発現量を一致させても他の遺伝子についての発現量が一定にならないという原理的な問題があり、精度が悪かった。また、遺伝子発現量の総和が等しいと仮定して正規化する方法では、高い発現量を持つ遺伝子についてのデータが支配的となりこのデータの影響を大きく受けるという問題があり、さらにこの方法ではノイズレベルの遺伝子発現量も加算してしまうため、遺伝子発現量は微量であり多くの遺伝子はノイズレベルの発現量であることから誤差が大きくなるという問題もあった。
【０００６】
本発明は上記のような従来技術の問題点に鑑みてなされたものであり、２つのサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、一方のサンプルについてのデータを適切に正規化する方法を提供することを目的とするものである。
【０００７】
【課題を解決するための手段】
本発明の遺伝子発現データの正規化方法は、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、前記第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する方法であって、前記第一のサンプルにおける発現量の対数を横軸に、前記第二のサンプルにおける発現量の対数を縦軸にとった対数座標上に、前記第一および第二のサンプルから得られた発現量のデータをプロットにより表示し、該プロットを傾き1の直線により近似して得られる近似直線の前記縦軸における切片の値から係数を求め、該係数で前記第二のサンプルにおける前記複数の遺伝子に対する発現量のデータを割ることにより該第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する、各工程を含むことを特徴とするものである。
【０００８】
また本発明の遺伝子発現データの正規化方法は、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、前記第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する方法であって、前記第一のサンプルにおける発現量を横軸に、前記第二のサンプルにおける発現量を縦軸にとった座標上に、前記第一および第二のサンプルから得られた発現量のデータをプロットにより表示し、該プロットを前記座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線の傾きを求め、該傾きで前記第二のサンプルにおける前記複数の遺伝子に対する発現量のデータを割ることにより該第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する、各工程を含むようにしてもよい。
【０００９】
サンプルとしては、例えば細胞や組織から抽出したDNA、ゲノム等の核酸を用いることができる。第一のサンプルを正常な細胞からのサンプルとし、第二のサンプルを例えば疾病状態などの異常な細胞からのサンプルとすることが好ましいが、これに限定されず、第一のサンプルを異常な細胞からのサンプルとし第二のサンプルを正常な細胞からのサンプルとしてもよく、また第一および第二のサンプルのいずれも異常な細胞からのサンプルとしてもよい。
【００１０】
【発明の効果】
本発明の遺伝子発現データの正規化方法によれば、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する場合において、第一のサンプルにおける発現量の対数を横軸に、第二のサンプルにおける発現量の対数を縦軸にとった対数座標上にそれぞれのサンプルにおける発現量のデータをプロットにより表示し、プロットを傾き１の直線により近似して得られる近似直線の縦軸における切片の値から係数を求め、この係数で第二のサンプルにおける発現量のデータを割ることにより正規化することとしたので、必ずしも全体の遺伝子の発現量を代表しているとは言えない遺伝子についての発現データを基準とすることにより解析の精度が悪くなることなく、また、高い発現量を持つ遺伝子についての発現データの影響を大きく受けることなく、マイクロアレイ法で得た２つのサンプルにおける遺伝子発現データを精密に比較し解析することができ、病気の診断や予防、罹病の可能性等を正確に判断することができる。また、複数の遺伝子についての発現量を同時に精密に比較することができるため、２つのサンプルにおいて発現レベルの異なる遺伝子を発見し、例えば病気に冒されているが感染していない個人からのサンプルと感染している個人からのサンプルとの発現結果を比較することにより、その病気に対する抵抗性を与える遺伝子を同定し得る。また、同一の疾病の連続的な段階または進行レベルの組織サンプル間、疾病の最終結果が異なったことが知られている組織サンプル間において発現レベルを比較することにより、例えば癌の場合に、悪性細胞と良性細胞との間での発現レベルを比較することができる。
【００１１】
また、本発明の遺伝子発現データの正規化方法において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する場合に、第一のサンプルにおける発現量を横軸に、第二のサンプルにおける発現量を縦軸にとった座標上にそれぞれのサンプルにおける発現量のデータをプロットにより表示し、プロットを座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線の傾きを求め、この傾きで第二のサンプルにおける発現量のデータを割ることにより正規化することとした場合も、上記と同様の効果が得られる。
【００１２】
【発明の実施の形態】
以下、図面を参照して本発明による遺伝子発現データの正規化方法の実施形態について説明する。
【００１３】
図１は、本発明による遺伝子発現データの正規化方法の一実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を示すグラフである。図１に示される横軸1は第一のサンプルにおける遺伝子発現量の対数を表し、縦軸2は第二のサンプルにおける遺伝子発現量の対数を表す。マイクロアレイ法により第一および第二のサンプルの両方で発現が測定された遺伝子について、第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現量がそれぞれx、yと測定されると、それらの対数であるlogx、logyが横軸１および縦軸2からなる対数座標上にプロット3により表示される。
【００１４】
図１において、複数のプロット3を傾き1の直線により近似して得られる近似直線4を引き、近似直線4の縦軸2における切片の値をaとすると、近似直線4は以下の数式(1)により表される。
【００１５】
logy=logx+a…(1)
第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現データを適切に比較するためには、図１に示す近似直線4を図２に示すように対数座標上の原点を通る直線に補正することが好ましい。この直線は以下の数式(2)により表される。
【００１６】
logy’=logx…(2)
数式(2)においてlogy’=logy−aであるから、以下の数式(3)が成り立つ。
【００１７】
y’=y/10a…(3)
したがって、第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量のデータを10aという係数で割ることにより、第二のサンプルにおける発現量のデータを適切に正規化することができ、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量のデータを適切に比較することによって病気の診断や予防、罹病の可能性等を正確に判断することができる。
【００１８】
本実施の形態における遺伝子発現データの正規化方法においては、プロット3を傾き1の直線により近似することとしているが、1以外の傾きの直線により近似してもよく、また曲線等で近似することとしてもよい。
【００１９】
図３は、本発明による遺伝子発現データの正規化方法の第二の実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を示すグラフである。図３に示される横軸6は第一のサンプルにおける遺伝子発現量を表し、縦軸7は第二のサンプルにおける遺伝子発現量を表す。マイクロアレイ法により第一および第二のサンプルの両方で発現が測定された遺伝子について、第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現量がそれぞれx、yと測定されると、それらが横軸6および縦軸7からなる座標上にプロット9により表示される。
【００２０】
図３において、複数のプロット9を座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線10を引き、近似直線10の傾きをbとすると、近似直線10は以下の数式(4)により表される。
【００２１】
y=bx…(4)
第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現データを適切に比較するためには、図３に示す近似直線10を図４に示すように座標上の原点を通る傾き1の直線11に補正することが好ましい。この直線は以下の数式(5)により表される。
【００２２】
y’=x…(5)
数式(5)において、以下の数式(6)が成り立つ。
【００２３】
y’=y/b…(6)
したがって、第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量のデータをbという係数で割ることにより、第二のサンプルにおける発現量のデータを適切に正規化することができ、上記と同様の効果を得ることができる。
【００２４】
図１および図３において、プロットの分布にばらつきがある場合には分布の多いところの影響を受けて適切な近似直線が引けない場合があるが、この場合には座標をいくつかのブロックに分け、それぞれのブロック内でプロットの数が同じになるようにランダムにプロットを選択するようにしてもよい。この場合には、選択されたプロットを用いて近似直線を作成することで、発現量の多いデータ、発現量の低いデータをすべて考慮した近似直線を作成することができる。
【００２５】
また、上記の実施の形態においては、第二のサンプルにおける遺伝子発現データを正規化することとしているが、第一のサンプルにおける遺伝子発現データを正規化するようにしてもよく、また第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現データのいずれをも正規化するようにしてもよい。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明による遺伝子発現データの正規化方法の一実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量の対数を示すグラフ
【図２】 図１におけるグラフを補正したグラフ
【図３】本発明による遺伝子発現データの正規化方法の第二の実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を示すグラフ
【図４】図３におけるグラフを補正したグラフ
【符号の説明】
1、6 横軸
2、7 縦軸
3、9 プロット
4、10 近似直線
【発明の属する技術分野】
本発明は、複数の遺伝子とハイブリダイズさせることによって得られた２つのサンプルについての遺伝子発現データの比較において、一方のサンプルについての遺伝子発現データを正規化する方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
生体内の遺伝情報はDNA塩基配列として保存されており、遺伝子の発現を解析することは各種疾病の予防、早期診断治療、オーダーメイド医療などに有効である。生物学、医学分野での遺伝子解析においては、遺伝子の発現を解析する方法として、マイクロアレイ法が用いられている。マイクロアレイ法は、スライドガラス上に数千個のDNAスポットを作成したDNAチップやDNAマイクロアレイにサンプルをハイブリダイゼーションさせ、ハイブリッド形成の強度を指標にして各遺伝子の発現量を測定する方法である。
【０００３】
近年、マイクロアレイ法を使用して遺伝子発現をモニタリングする技術が開発されている。多くの疾病状態は、特定の遺伝子の遺伝的DNAのコピー数の変化または転写レベルの変化によって、様々な遺伝子の発現レベルの違いにより特徴付けられる。例えば、遺伝物質の欠失および獲得は、癌化および癌の進行において重要な役割を担う。また、特定の遺伝子の発現レベルの変化は、様々な癌の存在および進行の指標として機能する。したがって、遺伝子発現の解析においては、疾病を有する細胞と正常な細胞との間で、複数の遺伝子の発現レベルを比較しなければならない。
【０００４】
マイクロアレイ法を使用して遺伝子発現の定量を行う際には、検体からの遺伝子抽出量が実験ごとに変化すること等から、基準となる測定値を用いて遺伝子発現データを正規化することが行われている。従来、２つのサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法では、２つのサンプルから必ず発現するある遺伝子を基準プローブとしてマイクロアレイ上に置き、この遺伝子についての発現量が同じであると仮定して、２つのサンプルにおいてこの発現量が一致するようにいずれかのサンプルについての遺伝子発現データを正規化している。また、２つのサンプルにおいてすべての遺伝子についての発現量の総和が等しいと仮定して、遺伝子発現量の総和が一致するようにいずれかのサンプルについての遺伝子発現データを正規化しているものもある。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、基準プローブを用いた正規化では、サンプルから必ず発現する遺伝子が全体の遺伝子の発現量を代表しているとは限らず、基準プローブについての発現量を一致させても他の遺伝子についての発現量が一定にならないという原理的な問題があり、精度が悪かった。また、遺伝子発現量の総和が等しいと仮定して正規化する方法では、高い発現量を持つ遺伝子についてのデータが支配的となりこのデータの影響を大きく受けるという問題があり、さらにこの方法ではノイズレベルの遺伝子発現量も加算してしまうため、遺伝子発現量は微量であり多くの遺伝子はノイズレベルの発現量であることから誤差が大きくなるという問題もあった。
【０００６】
本発明は上記のような従来技術の問題点に鑑みてなされたものであり、２つのサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、一方のサンプルについてのデータを適切に正規化する方法を提供することを目的とするものである。
【０００７】
【課題を解決するための手段】
本発明の遺伝子発現データの正規化方法は、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、前記第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する方法であって、前記第一のサンプルにおける発現量の対数を横軸に、前記第二のサンプルにおける発現量の対数を縦軸にとった対数座標上に、前記第一および第二のサンプルから得られた発現量のデータをプロットにより表示し、該プロットを傾き1の直線により近似して得られる近似直線の前記縦軸における切片の値から係数を求め、該係数で前記第二のサンプルにおける前記複数の遺伝子に対する発現量のデータを割ることにより該第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する、各工程を含むことを特徴とするものである。
【０００８】
また本発明の遺伝子発現データの正規化方法は、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、前記第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する方法であって、前記第一のサンプルにおける発現量を横軸に、前記第二のサンプルにおける発現量を縦軸にとった座標上に、前記第一および第二のサンプルから得られた発現量のデータをプロットにより表示し、該プロットを前記座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線の傾きを求め、該傾きで前記第二のサンプルにおける前記複数の遺伝子に対する発現量のデータを割ることにより該第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する、各工程を含むようにしてもよい。
【０００９】
サンプルとしては、例えば細胞や組織から抽出したDNA、ゲノム等の核酸を用いることができる。第一のサンプルを正常な細胞からのサンプルとし、第二のサンプルを例えば疾病状態などの異常な細胞からのサンプルとすることが好ましいが、これに限定されず、第一のサンプルを異常な細胞からのサンプルとし第二のサンプルを正常な細胞からのサンプルとしてもよく、また第一および第二のサンプルのいずれも異常な細胞からのサンプルとしてもよい。
【００１０】
【発明の効果】
本発明の遺伝子発現データの正規化方法によれば、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する場合において、第一のサンプルにおける発現量の対数を横軸に、第二のサンプルにおける発現量の対数を縦軸にとった対数座標上にそれぞれのサンプルにおける発現量のデータをプロットにより表示し、プロットを傾き１の直線により近似して得られる近似直線の縦軸における切片の値から係数を求め、この係数で第二のサンプルにおける発現量のデータを割ることにより正規化することとしたので、必ずしも全体の遺伝子の発現量を代表しているとは言えない遺伝子についての発現データを基準とすることにより解析の精度が悪くなることなく、また、高い発現量を持つ遺伝子についての発現データの影響を大きく受けることなく、マイクロアレイ法で得た２つのサンプルにおける遺伝子発現データを精密に比較し解析することができ、病気の診断や予防、罹病の可能性等を正確に判断することができる。また、複数の遺伝子についての発現量を同時に精密に比較することができるため、２つのサンプルにおいて発現レベルの異なる遺伝子を発見し、例えば病気に冒されているが感染していない個人からのサンプルと感染している個人からのサンプルとの発現結果を比較することにより、その病気に対する抵抗性を与える遺伝子を同定し得る。また、同一の疾病の連続的な段階または進行レベルの組織サンプル間、疾病の最終結果が異なったことが知られている組織サンプル間において発現レベルを比較することにより、例えば癌の場合に、悪性細胞と良性細胞との間での発現レベルを比較することができる。
【００１１】
また、本発明の遺伝子発現データの正規化方法において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する場合に、第一のサンプルにおける発現量を横軸に、第二のサンプルにおける発現量を縦軸にとった座標上にそれぞれのサンプルにおける発現量のデータをプロットにより表示し、プロットを座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線の傾きを求め、この傾きで第二のサンプルにおける発現量のデータを割ることにより正規化することとした場合も、上記と同様の効果が得られる。
【００１２】
【発明の実施の形態】
以下、図面を参照して本発明による遺伝子発現データの正規化方法の実施形態について説明する。
【００１３】
図１は、本発明による遺伝子発現データの正規化方法の一実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を示すグラフである。図１に示される横軸1は第一のサンプルにおける遺伝子発現量の対数を表し、縦軸2は第二のサンプルにおける遺伝子発現量の対数を表す。マイクロアレイ法により第一および第二のサンプルの両方で発現が測定された遺伝子について、第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現量がそれぞれx、yと測定されると、それらの対数であるlogx、logyが横軸１および縦軸2からなる対数座標上にプロット3により表示される。
【００１４】
図１において、複数のプロット3を傾き1の直線により近似して得られる近似直線4を引き、近似直線4の縦軸2における切片の値をaとすると、近似直線4は以下の数式(1)により表される。
【００１５】
logy=logx+a…(1)
第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現データを適切に比較するためには、図１に示す近似直線4を図２に示すように対数座標上の原点を通る直線に補正することが好ましい。この直線は以下の数式(2)により表される。
【００１６】
logy’=logx…(2)
数式(2)においてlogy’=logy−aであるから、以下の数式(3)が成り立つ。
【００１７】
y’=y/10a…(3)
したがって、第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量のデータを10aという係数で割ることにより、第二のサンプルにおける発現量のデータを適切に正規化することができ、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量のデータを適切に比較することによって病気の診断や予防、罹病の可能性等を正確に判断することができる。
【００１８】
本実施の形態における遺伝子発現データの正規化方法においては、プロット3を傾き1の直線により近似することとしているが、1以外の傾きの直線により近似してもよく、また曲線等で近似することとしてもよい。
【００１９】
図３は、本発明による遺伝子発現データの正規化方法の第二の実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を示すグラフである。図３に示される横軸6は第一のサンプルにおける遺伝子発現量を表し、縦軸7は第二のサンプルにおける遺伝子発現量を表す。マイクロアレイ法により第一および第二のサンプルの両方で発現が測定された遺伝子について、第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現量がそれぞれx、yと測定されると、それらが横軸6および縦軸7からなる座標上にプロット9により表示される。
【００２０】
図３において、複数のプロット9を座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線10を引き、近似直線10の傾きをbとすると、近似直線10は以下の数式(4)により表される。
【００２１】
y=bx…(4)
第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現データを適切に比較するためには、図３に示す近似直線10を図４に示すように座標上の原点を通る傾き1の直線11に補正することが好ましい。この直線は以下の数式(5)により表される。
【００２２】
y’=x…(5)
数式(5)において、以下の数式(6)が成り立つ。
【００２３】
y’=y/b…(6)
したがって、第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量のデータをbという係数で割ることにより、第二のサンプルにおける発現量のデータを適切に正規化することができ、上記と同様の効果を得ることができる。
【００２４】
図１および図３において、プロットの分布にばらつきがある場合には分布の多いところの影響を受けて適切な近似直線が引けない場合があるが、この場合には座標をいくつかのブロックに分け、それぞれのブロック内でプロットの数が同じになるようにランダムにプロットを選択するようにしてもよい。この場合には、選択されたプロットを用いて近似直線を作成することで、発現量の多いデータ、発現量の低いデータをすべて考慮した近似直線を作成することができる。
【００２５】
また、上記の実施の形態においては、第二のサンプルにおける遺伝子発現データを正規化することとしているが、第一のサンプルにおける遺伝子発現データを正規化するようにしてもよく、また第一および第二のサンプルにおける遺伝子発現データのいずれをも正規化するようにしてもよい。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明による遺伝子発現データの正規化方法の一実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量の対数を示すグラフ
【図２】 図１におけるグラフを補正したグラフ
【図３】本発明による遺伝子発現データの正規化方法の第二の実施の形態において、第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を示すグラフ
【図４】図３におけるグラフを補正したグラフ
【符号の説明】
1、6 横軸
2、7 縦軸
3、9 プロット
4、10 近似直線
Claims (2)
- 第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、前記第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する方法であって、
前記第一のサンプルにおける発現量の対数を横軸に、前記第二のサンプルにおける発現量の対数を縦軸にとった対数座標上に、前記第一および第二のサンプルから得られた発現量のデータをプロットにより表示し、
該プロットを傾き1の直線により近似して得られる近似直線の前記縦軸における切片の値から係数を求め、
該係数で前記第二のサンプルにおける前記複数の遺伝子に対する発現量のデータを割ることにより該第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する、
各工程を含み、
前記第一および第二のサンプルが、同一部位から採取した細胞または組織に由来するものである、
ことを特徴とする遺伝子発現データの正規化方法。 - 第一および第二のサンプルにおける複数の遺伝子に対する発現量を比較する方法において、前記第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する方法であって、
前記第一のサンプルにおける発現量を横軸に、前記第二のサンプルにおける発現量を縦軸にとった座標上に、前記第一および第二のサンプルから得られた発現量のデータをプロットにより表示し、
該プロットを前記座標の原点を通る直線により近似して得られる近似直線の傾きを求め、
該傾きで前記第二のサンプルにおける前記複数の遺伝子に対する発現量のデータを割ることにより該第二のサンプルにおける発現量のデータを正規化する、
各工程を含み、
前記第一および第二のサンプルが、同一部位から採取した細胞または組織に由来するものである、
ことを特徴とする遺伝子発現データの正規化方法。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2002285201A JP3875171B2 (ja) | 2002-09-30 | 2002-09-30 | 遺伝子発現データの正規化方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2002285201A JP3875171B2 (ja) | 2002-09-30 | 2002-09-30 | 遺伝子発現データの正規化方法 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2004117326A JP2004117326A (ja) | 2004-04-15 |
| JP3875171B2 true JP3875171B2 (ja) | 2007-01-31 |
Family
ID=32278566
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2002285201A Expired - Fee Related JP3875171B2 (ja) | 2002-09-30 | 2002-09-30 | 遺伝子発現データの正規化方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP3875171B2 (ja) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPWO2006126292A1 (ja) * | 2005-05-25 | 2008-12-25 | 国立大学法人 奈良先端科学技術大学院大学 | マイクロアレイデータ変換装置 |
-
2002
- 2002-09-30 JP JP2002285201A patent/JP3875171B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2004117326A (ja) | 2004-04-15 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109880910A (zh) | 一种肿瘤突变负荷的检测位点组合、检测方法、检测试剂盒及系统 | |
| JP2019531700A5 (ja) | ||
| ES2573484T3 (es) | Análisis automatizado de patrones de interacción sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificación de alelos | |
| TWI670495B (zh) | 一種鑑定樣本中腫瘤負荷的方法和系統 | |
| Kim et al. | rSW-seq: algorithm for detection of copy number alterations in deep sequencing data | |
| KR102067607B1 (ko) | Y 염색체 메틸화 사이트의 전립선암 진단 마커로써의 응용 | |
| CN105986008A (zh) | Cnv检测方法和装置 | |
| CN108256292A (zh) | 一种拷贝数变异检测装置 | |
| US10274459B2 (en) | Gene mutation analyzer, gene mutation analysis system, and gene mutation analysis method | |
| JP2017070240A (ja) | 稀少突然変異の検出方法、検出装置及びコンピュータプログラム | |
| Men et al. | A prognostic 11 genes expression model for ovarian cancer | |
| JP3875171B2 (ja) | 遺伝子発現データの正規化方法 | |
| EP1798651B1 (en) | Gene information display method and apparatus | |
| CN109762881A (zh) | 一种用于检测肿瘤患者血液ctDNA中的超低频突变位点的生物信息方法 | |
| CN116356001A (zh) | 一种基于血液循环肿瘤dna的双重背景噪声突变去除方法 | |
| CN113257353B (zh) | 基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法及装置 | |
| Campbell et al. | Applying gene expression microarrays to pulmonary disease | |
| CN111968702B (zh) | 一种基于循环肿瘤dna的恶性肿瘤早期筛查系统 | |
| CN107723370A (zh) | 一种用于鼻咽癌基因筛查的荧光定量pcr检测系统及其应用 | |
| CN111383713B (zh) | ctDNA检测分析装置及方法 | |
| US20150347674A1 (en) | System and method for analyzing biological sample | |
| Ben-Dor et al. | Framework for identifying common aberrations in DNA copy number data | |
| US20200286583A1 (en) | Copy number measurement device, computer readable medium, copy number measurement method and gene panel | |
| KR20150043790A (ko) | 담도암 진단용 바이오마커의 추출 방법, 이를 위한 컴퓨팅 장치, 담도암 진단용 바이오마커 및 이를 포함하는 담도암 진단 장치 | |
| KR102491322B1 (ko) | 암 진단을 위한 다중 분석 예측 모델의 제조 방법 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20050208 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20060612 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20060620 |
|
| A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060821 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20061024 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20061025 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20091102 Year of fee payment: 3 |
|
| S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313111 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20091102 Year of fee payment: 3 |
|
| R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20091102 Year of fee payment: 3 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20101102 Year of fee payment: 4 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20111102 Year of fee payment: 5 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20121102 Year of fee payment: 6 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20121102 Year of fee payment: 6 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20131102 Year of fee payment: 7 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |