JP3422776B2 - 乳癌を診断、監視、病期決定、造影及び治療する新規な方法 - Google Patents

乳癌を診断、監視、病期決定、造影及び治療する新規な方法

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Description

【発明の詳細な説明】
【0001】発明の分野 本発明は、癌、特に乳癌を検出、診断、監視、病期決
定、予知、造影及び治療するために新規に開発されたア
ッセイに一部関する。 背景技術 アメリカ人女性では、平均寿命を85歳として、その9
人に1人が人生のある時期に乳癌を発症する。年間、1
8万人以上の米国女性が乳癌と診断され、約46,00
0人がこの疾患で死亡する。
【0002】どんな女性も乳癌に罹る危険がある。乳癌
を発症する可能性は加齢とともに増加する;癌が発見さ
れる女性の80%は50歳以上である。女性の発癌可能
性を高め得るいくつかの危険因子も存在する。この疾患
の家族歴を有する女性、30歳以後に最初の子供を産ん
だか、又は子供を産んだことのない女性、月経が早い時
期に始まった女性は、そのリスクが高い可能性がある。
【0003】しかしながら、乳癌を発症する女性の70
%以上で既知の危険因子がない。1994年に発見され
たBRCA1遺伝子との関連が考えられる乳癌の症例は
10%に満たない。研究者たちは、栄養、アルコール、
運動、喫煙、及び経口避妊薬のような他の因子が癌の予
防に果たし得る役割について研究している。
【0004】他の癌と同じように、乳癌が成功裡に治療
される可能性が最も高いのは早期に発見されるときであ
る。乳房の特殊なX線写真であるマンモグラムは、全乳
癌の90%以上を検出し得る。乳癌は、早期に発見され
れば、治癒の可能性は90%以上である。治療オプショ
ンには、癌の病期(ステージ)により、外科手術、化学
療法、及び放射線療法がある。
【0005】乳癌の検出、診断、監視、病期決定、予知
及び造影するために使用される方法は、患者のアウトカ
ムにとってきわめて重要である。早期乳癌と診断された
患者の5年生存率は、遠隔転移乳癌と診断された患者の
5年生存率に比較してずっと高い。早期乳癌を検出する
ためのより高感度で特異的な新しい診断法が必要とされ
ているのは明らかである。
【0006】乳癌患者は、初回治療後、及びアジュバン
ト治療の間に綿密に監視され、治療に対する応答性が判
定され、持続性又は再発性の転移疾患が検出される。乳
癌、及びその再発及び進行を検出する、より高感度で特
異的な乳癌マーカーに対するニーズがあるのも明らかで
ある。
【0007】乳癌を管理するもう1つの重要な工程は、
患者の疾患の病期を決定することである。病期決定には
潜在的な予後価値があり、最適治療法を設計するための
判断基準を提供する。一般に、乳癌の病理学的な病期決
定が臨床的な病期決定より好ましいのは、前者がより正
確な予後をもたらすからである。しかしながら、臨床的
病期決定も、病理学的病期決定と少なくとも同じくらい
正確であったならば、好ましいことであろう。なぜな
ら、病理学的評価のために組織を採取する侵襲的な方法
に依存しないからである。乳癌の病期決定は、様々な浸
潤段階を差別化し得る、細胞、組織又は体液内の新しい
マーカーを検出することができれば、改善されることだ
ろう。
【0008】本発明では、9種の乳癌特異遺伝子(Brea
st Specific Genes; BSG)を介して乳癌を検出、診
断、監視、病期決定、予知、造影及び治療する方法が提
供される。9種のBSGは、SEQ ID NO:1〜
9のいずれかのポリヌクレオチド配列を含んでなる遺伝
子により発現されるネーティブタンパク質を特に意味す
る。他のやり方では、本明細書で使用されるように、9
種のBSGにより意味されるものは、SEQ ID N
O:1〜9のポリヌクレオチド配列のいずれかを含んで
なる遺伝子によりコードされるネーティブmRNAを意
味するか、又はそれはSEQ ID NO:1〜9のポ
リヌクレオチド配列のいずれかを含んでなる遺伝子その
ものを意味する。
【0009】本発明の他の目的、特徴、効果及び側面
は、以下の説明から当業者に明らかになるだろう。しか
しながら、以下の説明及び特定の実施例は、本発明の好
ましい態様を示すものであって、例示のためだけのもの
である。この開示される発明の精神及び範囲のなかで様
々な変更及び改良をすることは、以下の説明を読むこ
と、及び本開示の他の部分を読むことから、当業者には
すぐに明らかであろう。 発明の要約 上記及び他の目的のために、細胞、組織又は体液のBS
Gのレベルを、正常なヒト対照の好ましくは同一型の細
胞、組織又は体液のBSGレベルと比較したときの変化
について分析することによって乳癌の存在を診断する方
法を提供することが本発明の目的であり、ここでは正常
なヒト対照に対する患者のBSGレベルの変化が乳癌に
関連づけられる。
【0010】さらに提供されるのは、転移した乳癌を有
する疑いのあるヒト患者を同定すること;そのような患
者由来の細胞、組織又は体液のサンプルをBSGについ
て分析すること;そのような細胞、組織又は体液のBS
Gレベルを、正常なヒト対照の好ましくは同一型の細
胞、組織又は体液のBSGレベルと比較することによっ
て、転移したことが知られていないような癌を有する患
者において転移乳癌を診断する方法であり、ここでは正
常なヒト対照に対する患者のBSGレベルの変化が転移
した癌に関連づけられる。
【0011】本発明によりまた提供されるのは、乳癌を
有するヒト患者を同定すること;そのような患者由来の
細胞、組織又は体液のサンプルをBSGについて分析す
ること;そのような細胞、組織又は体液のBSGレベル
を正常なヒト対照サンプルの好ましくは同一型の細胞、
組織又は体液のBSGレベルと比較することによって、
そのような癌を有するヒトの乳癌を病期決定する方法で
あり、ここでは正常なヒト対照に対する前記患者のBS
Gレベルの変化が進行しているか又は退縮している、又
は寛解状態にある癌に関連づけられる。
【0012】さらに提供されるのは、乳癌を有するヒト
の乳癌を転移の発症について監視する方法である。この
方法は、転移したことが知られていない乳癌を有するヒ
ト患者を同定すること;そのような患者由来の細胞、組
織又は体液のサンプルをBSGについて定期的に分析す
ること;そのような細胞、組織又は体液のBSGレベル
を正常なヒト対照サンプルの好ましくは同一型の細胞、
組織又は体液のBSGレベルと比較することを含み、こ
こでは正常なヒト対照に対する患者のBSGレベルの変
化が転移した癌に関連づけられる。
【0013】さらに提供されるのは、乳癌を有する患者
のBSGのレベルを注視することによって、そのような
癌を有するヒトの乳癌の段階変化を監視する方法であ
る。この方法は、そのような癌を有するヒト患者を同定
すること、そのような患者由来の細胞、組織又は体液の
サンプルをBSGについて定期的に分析すること;その
ような細胞、組織又は体液のBSGレベルを正常なヒト
対照サンプルの好ましくは同一型の細胞、組織又は体液
のBSGレベルと比較することを含み、ここでは正常な
ヒト対照に対する患者のBSGレベルの変化が進行して
いるか又は退行している、又は寛解状態にある癌に関連
づけられる。
【0014】さらに提供されるのは、疾患又は病態を検
出又は診断する目的で患者のBSGの局在化を検出又は
造影するために使用し得る、BSGに対する抗体、又は
そのような抗体のフラグメントである。そのような抗体
は、ポリクローナル又はモノクローナルであり得るか、
又は分子生物学の技術によって製造し得る。本文及び本
明細書を通して使用されるように、「抗体」という用語
は、SELEXとして言及され、当業者によく知られて
いる in vitro 進化のプロトコールから派生するような
アプタマー及び単鎖オリゴヌクレオチドも包含すること
を意味する。抗体は、多様な検出ラベルで標識され得る
が、それには、限定しないが、放射性同位体及び常磁性
金属が含まれる。これらの抗体又はそのフラグメントは
また、BSGの発現により特徴づけられる疾患の処置に
おける治療薬として使用され得る。治療応用では、抗体
は、放射性同位体、酵素、毒素、薬物又はプロドラッグ
のような細胞毒性薬へ誘導化するか又は誘導化せずに使
用し得る。
【0015】本発明の他の目的、特徴、効果及び側面
は、以下の説明から当業者に明らかになるだろう。しか
しながら、以下の説明及び特定の実施例は、本発明の好
ましい態様を示すものであって、例示のためだけのもの
である。この開示される発明の精神及び範囲のなかで様
々な変更及び改良をすることは、以下の説明を読むこ
と、及び本開示の他の部分を読むことから、当業者には
すぐに明らかであろう。 発明の詳細な説明 本発明は、BSGのレベルを正常なヒト対照のBSGレ
ベルと比較することによって、癌を検出、診断、監視、
病期決定、予知及び造影するための、定量的かつ定性的
な診断アッセイ及び方法に関する。本明細書で使用され
るように、BSGのレベルとは、SEQ ID NO:
1〜9のいずれかのポリヌクレオチド配列を含んでなる
遺伝子により発現されるネーティブなタンパク質のレベ
ルを意味する。他のやり方では、本明細書で使用される
ように、BSGのレベルとは、SEQ ID NO:1
〜9のポリヌクレオチド配列のいずれでも含んでなる遺
伝子のいずれでもコードされるネーティブなmRNAの
レベル、又はSEQ IDNO:1〜9のポリヌクレオ
チド配列のいずれでも含んでなる遺伝子のレベルを意味
する。そのようなレベルは、好ましくは細胞、組織及び
/又は体液の少なくとも1つで測定され、正常及び異常
なレベルの定量も含まれる。このように、例えば、正常
な対照の体液、細胞又は組織のサンプルに比較してBS
Gタンパク質群の1つのレベルにおける変化を測定す
る、本発明による診断アッセイは、乳癌を含む、癌の存
在を診断するために使用され得る。「変化」とは、BS
Gレベルの増加又は減少のいずれかを意味する。例え
ば、Mam001(SEQ IDNO:2)、Mam0
04(SEQ ID NO:4)及びMam005(S
EQ ID NO:3)のようなBSGでは、正常なヒ
ト対照に比較したレベルの増加が、乳癌、その癌の転移
及び進行に関連しているのに対し、レベルの減少は退縮
及び/又は寛解に関連づけられる。BSG Mam00
2(SEQ IDNO:1)では、正常なヒト対照に比
較したレベルの減少が、乳癌、転移及び進行に関連して
いるのに対し、増加は退縮及び/又は寛解に関連づけら
れる。9種のBSGは、本発明の方法において、単独で
か、又はその9種のすべて一緒にか又は任意の組合せで
測定され得る。
【0016】本発明のすべての方法は、BSGだけでな
く他の癌マーカーのレベルを測定することも所望により
包含し得る。BSGだけでなく、BRCA1のような他
の癌マーカーも当技術分野で知られている。 診断アッセイ 本発明は、細胞、組織又は体液のBSGのレベルを、正
常なヒト対照の好ましくは同一タイプの細胞、組織又は
体液のBSGのレベルと比較したときの変化について分
析することによって乳癌の存在を診断する方法を提供す
る。本明細書で示されるように、正常なヒト対照に対し
て患者でMam001(SEQ IDNO:2)、Ma
m004(SEQ ID NO:4)又はMam005
(SEQ ID NO:3)のようなBSGのレベルが
増加していることが乳癌の存在に関連づけられるのに対
し、正常なヒト対照に対して患者でMam002(SE
Q ID NO:1)のようなBSGのレベルが減少し
ていることが乳癌の存在に関連づけられる。
【0017】本発明を限定しないが、一般に、定量的な
診断アッセイでは、試験される患者が癌を有することを
示す陽性の結果とは、BSGのような癌マーカーの細
胞、組織又は体液レベルが、正常なヒト対照の好ましく
は同一の細胞、組織又は体液より少なくとも2倍高いか
又は低い、最も好ましくは、少なくとも5倍高いか又は
低いものである。
【0018】本発明はまた、まだ転移していない乳癌を
有する患者の転移乳癌を、転移の発症について診断する
方法を提供する。本発明の方法では、転移した可能性が
ある(が転移したことは知られていない)乳癌を有する
ことが疑われるヒト癌患者が同定される。このことは当
業者に知られた様々な手段により達成される。例えば、
乳癌の場合、一般に患者は従来的な検出法に従って乳癌
と診断される。
【0019】本発明では、細胞、組織又は体液のBSG
レベルの存在を決定することは、転移していない乳癌と
転移した乳癌とを区別するために特に有用である。現存
の技術では転移した乳癌と転移していない乳癌とを区別
することが難しく、適切な治療の選択はそのような知識
にしばしば左右される。
【0020】本発明では、そのような細胞、組織又は体
液で測定される癌マーカーはBSGであり、そのレベル
が正常なヒト対照の好ましくは同一型の細胞、組織又は
体液のBSGレベルと比較される。つまり、観察される
癌マーカーが血清のBSGであれば、このレベルが、好
ましくは正常ヒト患者の血清のBSGレベルと比較され
る。正常なヒト対照に対して患者でMam001(SE
Q ID NO:2)、Mam004(SEQ ID
NO:4)又はMam005(SEQ IDNO:3)
のようなBSGのレベルが増加していることが転移した
乳癌に関連づけられるのに対し、正常なヒト対照に対し
て患者でMam002(SEQ IDNO:1)のよう
なBSGが減少していることが転移した乳癌に関連づけ
られる。
【0021】本発明を限定しないが、一般に、定量的な
診断アッセイでは、試験されるか又は監視される患者の
癌が転移したことを示す陽性の結果とは、BSGのよう
な癌マーカーの細胞、組織又は体液レベルが、正常患者
の好ましくは同一の細胞、組織又は体液より少なくとも
2倍高いか又は低い、最も好ましくは、少なくとも5倍
高いか又は低いものである。
【0022】本明細書で使用される正常なヒト対照に
は、癌を有さないヒト患者、及び/又はその患者由来の
非癌性サンプルが含まれ;転移について診断又は監視す
る方法では、正常なヒト対照は、好ましくは、転移して
ない乳癌を有すると信頼し得る方法により判定されてい
るヒト患者由来のサンプル、例えば同一の患者のより初
期のサンプルを含む。 病期決定(ステージング) 本発明はまたヒト患者の乳癌を病期決定する方法を提供
する。
【0023】本方法は、そのような癌を有するヒト患者
を同定すること;そのような患者由来の細胞、組織又は
体液のサンプルをBSGについて分析することを含む。
次いで、この方法ではそのような細胞、組織又は体液の
BSGレベルが正常なヒト対称のサンプルの好ましくは
同一型の細胞、組織又は体液のBSGレベルと比較さ
れ、ここでは正常なヒト対照に対して患者でMam00
1(SEQ ID NO:2)、Mam004(SEQ
ID NO:4)又はMam005(SEQID N
O:3)のようなBSGのレベルが増加しているか、又
はMam002(SEQ ID NO:1)のようなB
SGのレベルが減少していることが進行している癌に関
連づけられ、Mam001(SEQ ID NO:
2)、Mam004(SEQ ID NO:4)又はM
am005(SEQ ID NO:3)のようなBSG
のレベルが減少しているか、又はMam002(SEQ
IDNO:1)のようなBSGのレベルが増加してい
ることが退縮しているか又は寛解状態にある癌に関連づ
けられる。監視(モニタリング)さらに提供されるの
は、乳癌を有するヒトの乳癌を転移の発症について監視
する方法である。この方法は、転移したことが知られて
いないそのような癌を有するヒト患者を同定すること;
そのような患者由来の細胞、組織又は体液のサンプルを
BSGについて定期的に分析すること;そのような細
胞、組織又は体液のBSGレベルを正常なヒト対照サン
プルの好ましくは同一型の細胞、組織又は体液のBSG
レベルと比較することを含み、ここでは正常なヒト対照
に対して患者でMam001(SEQ ID NO:
2)、Mam004(SEQ ID NO:4)又はM
am005(SEQ ID NO:3)のようなBSG
のレベルが増加しているか、又はMam002(SEQ
ID NO:1)のようなBSGのレベルが減少して
いることが転移した癌に関連づけられる。
【0024】本発明によりさらに提供されるのは、乳癌
を有するヒトにおいてその癌の段階変化を監視する方法
である。この方法は、そのような癌を有するヒト患者を
同定すること;そのような患者由来の細胞、組織又は体
液のサンプルをBSGについて定期的に分析すること;
そのような細胞、組織又は体液のBSGレベルを正常な
ヒト対照サンプルの好ましくは同一型の細胞、組織又は
体液のBSGレベルと比較することを含み、ここでは正
常なヒト対照に対して患者でMam001(SEQ I
D NO:2)、Mam004(SEQ ID NO:
4)又はMam005(SEQ ID NO:3)のよ
うなBSGのレベルが増加しているか、又はMam00
2(SEQ ID NO:1)のようなBSGのレベル
が減少していることが段階において進行している癌に関
連づけられ、Mam001(SEQ ID NO:
2)、Mam004(SEQ ID NO:4)又はM
am005(SEQ ID NO:3)のようなBSG
のレベルが減少しているか、又はMam002(SEQ
ID NO:1)のようなBSGのレベルが増加して
いることが段階において退行しているか又は寛解状態に
ある癌に関連づけられるる。
【0025】そのような患者を転移の発症について監視
することは定期的であり、好ましくは四半期ベースでな
される。しかしながら、当該の癌、特定の患者、及び癌
の段階によっては頻度を増減してよい。 アッセイ技術 ある宿主に由来するサンプルにおいて、本発明のBSG
のような遺伝子発現のレベルを定量するために使用し得
るアッセイ技術は、当業者によく知られている。そのよ
うなアッセイ方法には、ラジオイムノアッセイ、逆転写
酵素PCR(RT−PCR)アッセイ、免疫組織化学ア
ッセイ、in situ ハイブリダイゼーションアッセイ、競
合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、ELIS
Aアッセイ及びプロテオミック・アプローチが含まれ
る。上記のなかで、生物学的流体における遺伝子の発現
タンパク質を診断するためにしばしば好ましいのはEL
ISAである。
【0026】ELISAアッセイは、先ず、市販品から
容易に入手し得ない場合は、BSGに対する特異抗体、
好ましくはモノクローナル抗体を製造することを含む。
さらに、一般に、BSGと特異的に結合するレポーター
抗体が製造される。このレポーター抗体には、放射活
性、蛍光、又は酵素の試薬のような検出可能な試薬、例
えば西洋ワサビペルオキシダーゼ酵素又はアルカリホス
ファターゼが付けられる。
【0027】ELISAを実行するには、BSGに特異
的な抗体を、この抗体に結合する固形支持体、例えばポ
リスチレンディッシュ上でインキュベートする。さらに
ウシ血清アルブミンのような非特異的なタンパク質とイ
ンキュベートすることによって、ディッシュ上のフリー
なタンパク質結合部位がカバーされる。次に、分析すべ
きサンプルをこのディッシュの中でインキュベートする
と、その間に、ポリスチレンディッシュに付いた特異抗
体にBSGが結合する。未結合のサンプルを緩衝液で洗
い落とす。BSG特異的に向けられて西洋ワサビペルオ
キシダーゼに結合したレポーター抗体をディッシュに入
れると、BSGに結合したモノクローナル抗体にこのレ
ポーター抗体が結合する。結合しなかったレポーター抗
体を洗い流す。比色基質を含むペルオキシダーゼ活性用
の試薬をディッシュに加える。BSG抗体に連結した固
定化ペルオキシダーゼにより発色した反応生成物が産生
される。ある一定時間において発現した色の量は、サン
プルに存在するBSGタンパク質の量に比例している。
一般に、標準曲線を参照にして定量的な結果を得る。
【0028】競合アッセイを利用することも可能であ
り、ここでは固形支持体及び標識されたBSGに付いた
BSGの特異抗体と宿主由来のサンプルを固形支持体に
通過させ、固形支持体に付いた検出ラベルの量をサンプ
ル中のBSG量に相関させる。
【0029】核酸法は、BSGのmRNAを乳癌のマー
カーとして検出するために使用し得る。ポリメラーゼ連
鎖反応(PCR)及び、リガーゼ連鎖反応(LCR)及
び核酸配列ベースの増幅(NASABA)のような他の
核酸法が、様々な悪性疾患の診断及び監視用に悪性腫瘍
細胞を検出するために使用し得る。例えば、逆転写酵素
PCR(RT−PCR)は、数千もの他のmRNA種の
複雑な混合物において特定のmRNA集団の存在を検出
するために使用し得る強力な技術である。RT−PCR
では、先ず酵素の逆転写酵素を使用してmRNA種が相
補DNA(cDNA)へ逆転写される;次いでこのcD
NAを標準的なPCR反応において増幅する。このよう
にRT−PCRの増幅により、ある単一のmRNA種の
存在を示し得る。従って、このmRNAがそれを産生す
る細胞にごく特異的であれば、RT−PCRを使用して
特定タイプの細胞の存在を同定し得る。
【0030】固形支持体上にアレイ配列された(即ち、
グリッディング)クローン又はオリゴヌクレオチドに対
するハイブリダイゼーションを使用して、当該遺伝子の
発現を検出すること、及びその発現レベルを定量するこ
とが可能になる。このアプローチでは、BSG遺伝子を
コードするcDNAが基質に固定されている。この基質
は好適なタイプのものであり得るが、限定せずに、ガラ
ス、ニトロセルロース、ナイロン又はプラスチックを包
含する。BSG遺伝子をコードするDNAの少なくとも
一部分を基質に付け、次いで分析物とインキュベートす
るが、これは関心対象の組織から単離された、RNA又
はそのRNAの相補DNA(cDNA)であり得る。基
質に結合したDNAと分析物とのハイブリダイゼーショ
ンは、様々な手段により検出及び定量され得るが、それ
には限定せずに、分析物又はハイブリッド検出用に設計
された二次分子を放射活性標識すること又は蛍光標識す
ることが含まれる。遺伝子発現レベルの定量は、分析物
由来のシグナル強度を既知の標準から決定された強度と
比較してなされる。標準は、標的遺伝子のin vitro転
写、収率の定量、及びその材料を使用して標準曲線を作
成することによって得られる。
【0031】プロテオミック・アプローチでは、二次元
(2D)電気泳動が当技術分野でよく知られた技術であ
る。血清のようなサンプルから各タンパク質を単離する
ことは、通常ポリアクリルアミドゲル上で、様々な特性
によりタンパク質を連続的に分離することによってなさ
れる。先ず、タンパク質は電流を使用してサイズにより
分離される。電流はすべてのタンパク質に均等に作用す
るので、より小さいタンパク質はより大きいタンパク質
よりゲル上を遠く移動する。第二の次元では最初に対し
て垂直な電流を適用し、サイズではなく、各タンパク質
の担う特定の電荷に基づいてタンパク質が分離される。
異なる配列を有する2つのタンパク質がサイズと電荷の
両方で一致することはないので、2D分離の結果は、四
角いゲル上に各タンパク質が特有のスポットを占めるこ
とになる。化学品又は抗体のプローブでスポットを分析
するか、又は後続のタンパク質のミクロ配列決定によ
り、サンプル内のある特定タンパク質の相対量やタンパ
ク質の同一性が明らかになる。
【0032】上記の試験は、多種多様な患者の細胞、体
液及び/又は組織生検及び剖検材料に由来するような組
織抽出物(ホモジェネート又は可溶化組織)から派生し
たサンプルに対して実施し得る。本発明に有用な体液に
は、血液、尿、唾液、又は他の身体分泌物又はそれらの
誘導物が含まれる。血液は、白血球、血漿、血清、又は
血液の誘導物を包含し得る。 In vivo の抗体使用 BSGに対する抗体は、乳房の疾患を有する患者にin v
ivoでも使用し得る。特に、BSGに対する抗体は、乳
房の疾患を有する疑いのある患者へ、診断及び/又は治
療の目的で注射され得る。例えば、インジウム−111
で標識した抗体−キレート剤は、癌胎児性抗原を発現す
る腫瘍の放射免疫シンチグラフィー造影での使用が記述
されている(Sumerdon et al., Nucl. Med. Biol. 199
0, 17: 245-254)。特にこのような抗体−キレート剤
は、再発性の結腸直腸癌を有する疑いのある患者の腫瘍
を検出するのに使用されてきた(Griffin et al., J. C
lin.Onc. 1991, 9: 631-640)。磁気共鳴映像(MR
I)に使用される標識として常磁性イオンの付いた抗体
についても記述されてきた(Lauffer, R. B., Magnetic
Resonance in Medicine, 1991, 22: 339-342)。BSG
に対して向けられた抗体も同様のやり方で使用し得る。
BSGに対する標識抗体は、患者の診断又は病態の病期
決定の目的で、乳癌のような乳房の疾患を有する疑いの
ある患者へ注射され得る。使用される標識は、用いられ
る造影のモダリティに応じて選択される。例えば、イン
ジウム−111、テクネチウム−99m又はヨウ素−1
31のような放射活性標識は、二次元スキャン又はシン
グルフォトンエミッションコンピュータ断層撮影法(S
PECT)に使用し得る。フッ素−19のような陽電子
放射標識は、陽電子放射断層撮影法に使用し得る。ガド
リニウム(III)又はマンガン(II)のような常磁
性イオンは、磁気共鳴映像に使用し得る。乳房の内部又
は乳房の外部に標識を定位することで疾患の広がりを決
定することが可能になる。乳房内の標識の量により乳房
内における癌の有無を判定することも可能になる。
【0033】乳癌と診断された患者にとっては、BSG
に対する抗体を注射することが治療上の利益をもたらし
得る。抗体はその治療効果を単独で発揮するかもしれな
い。他のやり方では、抗体は、その治療効果を増強させ
るために薬物、毒素又は放射性核種のような細胞毒性薬
に結合される。薬物−モノクローナル抗体については、
例えば Garnett and Baldwin, Cancer Research 1986,
46: 2407-2412 により、当技術分野で記述されてきた。
モノクローナル抗体に毒素を結合して様々な癌種の治療
に使用することも Pastan et al., Cell 1986, 47: 641
-648 に記述されている。イットリウム−90で標識し
たモノクローナル抗体については、正常組織に対する毒
性を制限しながら腫瘍へ最大用量をデリバリーすること
が記述されている(Goodwin and Meares, Cancer Suppl
ement 1997, 80: 2675-2680)。限定しないが、銅−6
7、ヨウ素−131及びレニウム−186を含む、他の
細胞毒性の放射性核種もBSGに対する抗体の標識に使
用し得る。
【0034】上記in vivoの方法に使用し得る抗体に
は、ポリクローナル及びモノクローナル抗体と分子生物
学の技術により製造される抗体がいずれも含まれる。抗
体フラグメント、及びSELEXとして言及され、当業
者によく知られている in vitro 進化のプロトコールか
ら派生するようなアプタマー及び単鎖オリゴヌクレオチ
ドも使用し得る。
【0035】
【実施例】本発明は以下の実施例によりよく詳しく説明
される。以下の実施例は特定の態様に関連して本発明を
具体的に説明するためにのみ提供される。これら典型的
な実施例は、本発明の特定の側面を説明するが、限定的
なことを示したり、開示された発明の範囲を制限するも
のではない。 実施例1. diaDexus LLC,サンタクララ、CAが開発
したデータマイニング用のCancer Leads
Automatic Search Package
(CLASP)を使用して、Incyte Pharm
aceuticals,パロアルト、CAより入手可能
なLIFESEQデータベースのデータを体系的に分析
することにより、BSGの同定を実施した。
【0036】CLASPは以下の工程を実施する:標的
臓器における対応ESTの(他の全臓器と比較した)ア
バンダンスレベルに基づいて、高度に発現されている臓
器特異的な遺伝子を選択すること。
【0037】高度に発現されている臓器特異的遺伝子の
それぞれについて、正常、腫瘍組織、罹患組織及び腫瘍
又は疾患に関連した組織ライブラリーにおける発現レベ
ルを分析すること。
【0038】成分ESTが腫瘍ライブラリーに専ら又は
より頻繁に見出されたことを示す候補遺伝子を選択する
こと。CLASPにより、乳癌の診断に有用な高度に発
現されている臓器及び癌特異遺伝子を同定することが可
能になる。
【0039】
【表1】
【0040】以下の実施例は、詳しく説明される場合を
除くと、当業者によく知られていて常法となっている標
準技術を使用して実施した。以下の実施例にある定常的
な分子生物学の技術は、Sambrook et al., MOLECULAR C
LONING: A LABORATORY MANUAL, 2nd. Ed.; Cold Spring
Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.
(1989) のような標準実験マニュアルに記載の通りに実
施し得る。 実施例2:遺伝子発現の比較定量 蛍光Taqmanプローブを用いるリアルタイム定量P
CRは、TaqDNAポリメラーゼの5’-3’ヌクレ
アーゼ活性を利用する定量的な検出系である。この方法
では、5’のレポーター色素と下流の3’消光色素で標
識された内部蛍光オリゴヌクレオチドプローブ(Taq
man)が使用される。PCRの間に、Taq DNA
ポリメラーゼの5’−3’ヌクレアーゼ活性によりレポ
ーターが放出され、次いでModel 7700 Se
quence Detection System(P
E Applied Biosystems,フォスタ
ーシティ、CA,アメリカ)のレーザー検出器によりそ
の蛍光を検出し得る。
【0041】内因性対照物を増幅して、反応に加えられ
るサンプルRNAの量を標準化し、逆転写酵素(RT)
の効率を正規化するのに使用した。この内因性対照物と
して使用したのは、シクロフィリン、グリセルアルデヒ
ド−3−リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)又は1
8SリボソームRNA(rRNA)のいずれかである。
試験した全サンプル間の相対量を算出するために、1つ
のサンプルの標的RNAレベルを比較結果の基準値(キ
ャリブレータ)として使用した。「キャリブレータ」に
対する相対量は、標準曲線を使用するか又は比較法(U
ser Bulletin #2:ABI PRISM
7700 Sequence Detection
System)により得ることができる。乳房特異マー
カー(BSM)である、Mam001(SEQ ID
NO:2)、Mam002(SEQ ID NO:
1)、Mam004(SEQ ID NO:4)及びM
am005(SEQ ID NO:3)の正常組織及び
癌組織の組織分布及びレベルを評価するために、癌及び
対等の(matched)正常隣接組織(NAT)と、対等で
ない(unmatched)癌及び正常組織から全RNAを抽出
した。次いで、逆転写酵素を用いて第一のcDNA鎖を
製造し、Mam001(SEQ ID NO:2)、M
am002(SEQ ID NO:1)、Mam004
(SEQ IDNO:4)及びMam005(SEQ
ID NO:3)のそれぞれに特異的なプライマ−及び
Taqmanプローブを使用して、ポリメラーゼ連鎖反
応を実施した。この結果は、ABI PRISM 77
00 Sequence Detectorを使用して
得られる。以下の数字は、それぞれのキャリブレータに
比較した、Mam001(SEQ ID NO:2)、
Mam002(SEQ ID NO:1)、Mam00
4(SEQ ID NO:4)及びMam005(SE
Q ID NO:3)の相対発現レベルである。 SEQ ID NO:2;クローンID:173088
6;遺伝子ID:238469(Mam001)の測定 表2に示す数字は、精巣(キャリブレータ)に比較した
12種の正常組織におけるMam001(SEQ ID
NO:2)の相対発現レベルである。これらのRNA
サンプルは、市販品から入手したものと様々な個人の特
定組織由来のサンプルをプールして産生したものであ
る。
【0042】
【表2】
【0043】表2の相対発現レベルは、Mam001
(SEQ ID NO:2)のmRNA発現が正常な乳
房及び精巣のプールでは検出されるものの、分析した他
の10種の正常組織プールでは検出されないことを示
す。上記の結果は、Mam001(SEQ ID N
O:2)のmRNA発現が乳房組織にごく特異的であ
り、精巣にも見出されることを示す。男性特有の組織に
おける発現は女性特有の組織の癌を検出することに無関
係である。
【0044】表2に示す組織は様々な個人からプールさ
れたサンプルである。表3に示す組織は各個人から得た
ものであり、プールされたものではない。従って、表2
に示されるmRNA発現レベルについての数値は、表3
に示される数値と直接は比較し得ない。
【0045】表3に示される数字は、24対の対等サン
プルにおける、精巣(キャリブレータ)に比較したMa
m001(SEQ ID NO:2)の相対発現レベル
である。各対等の対には、同一の個人に由来する、特定
組織の癌サンプルとその同一組織の正常隣接組織(NA
T)サンプルが含まれる。
【0046】
【表3】
【0047】8種の異なる組織を代表する表3の48サ
ンプルのなかで、発現が見られるのは乳房組織だけであ
る。上記の結果は、表2に示した正常サンプルについて
得られた組織特異性の結果を追認する。表2及び表3
は、16種のヒト組織型で合わせて全60種のサンプル
を表す。乳房及び精巣を除く14種の異なる組織型を代
表する36個のサンプルではMam001(SEQ I
D NO:2)のmRNAは検出されなかった(表2及
び3)。乳房組織以外でMam001(SEQID N
O:2)が検出されるのは他の1つの組織型(精巣)だ
けであり、それもプールされた組織サンプルだけであっ
て(表2)、対等の精巣癌サンプルでは検出されない
(表3)。
【0048】同一の個人由来の乳癌サンプルと正常隣接
組織のmRNA発現レベルを比較したものを表3に示
す。11の乳癌組織サンプルのうち、Mam001(S
EQID NO:2)が対応する正常隣接組織に比べて
より高いレベルで発現されているのは2つ(Mam A
06X及びMam 162X)である。乳癌におけるM
am001(SEQ ID NO:2)の発現レベルが
正常隣接組織に比較して低いのは4つの対等サンプル
(Mam B011X、Mam 603X/CO34、
Mam 42DN及びMam S123)である。発現
が検出されなかったのは1つの対等サンプルセット(M
am 47XP)である。同等レベル又は近似レベルの
発現が検出されたのは他の4つの対等サンプルである
(Mam S079、Mam S516、Mam S6
99及びMam S997)。しかしながら、癌の重量
が増加すると、上記の例では発現の総量も全体に増加す
る可能性がある。
【0049】11個体の6つで見られた高レベルの組織
特異性と増加又は同等の発現は、Mam001(SEQ
ID NO:2)がmRNAを用いて乳癌細胞を検出
するための診断マーカーになることを裏付けている。 SEQ ID NO:1;クローンID:274023
8;遺伝子ID:242151(Mam002)の測定 表4に示す数字は、胸腺(キャリブレータ)に比較した
12種の正常組織におけるMam002(SEQ ID
NO:1)の相対発現レベルである。これらのRNA
サンプルは、市販品から入手したものと様々な個人の特
定組織由来のサンプルをプールして産生したものであ
る。
【0050】
【表4】
【0051】表2の相対発現レベルは、Mam002
(SEQ ID NO:1)のmRNA発現が正常な乳
房のプールでは高レベルで検出されるものの、分析した
他の11種の正常組織プールではごく低いレベルで検出
されることを示す。上記の結果は、Mam002(SE
Q ID NO:2)のmRNA発現が乳房組織にごく
特異的であることを示す。
【0052】表4に示す組織は様々な個人からプールさ
れたサンプルである。表5に示す組織は各個人から得た
ものであり、プールされたものではない。従って、表4
に示されるmRNA発現レベルについての数値は、表5
に示される数値と直接は比較し得ない。
【0053】表5に示される数字は、27対の対等サン
プルにおける、胸腺(キャリブレータ)に比較したMa
m002(SEQ ID NO:1)の相対発現レベル
である。各対等の対には、同一の個人に由来する、特定
組織の癌サンプルとその同一組織の正常隣接組織(NA
T)サンプルが含まれる。さらに、正常組織由来の2つ
の非対等乳房サンプルと、1つの非対等卵巣癌及び1つ
の正常(非癌性)卵巣サンプルも試験した。
【0054】
【表5】
【0055】9種の異なる組織を代表する表5の58サ
ンプルのなかで、最高の発現が見られるのは乳房組織で
ある。発現を示す非乳房組織のなかで試験した大多数の
乳房サンプルに匹敵する発現を示したのは1つのサンプ
ル(End 4XA)だけである。このサンプルは子宮
内膜組織であり、これは女性特有の組織である。上記の
結果は、表4に示した正常サンプルについて得られた組
織特異性の結果を追認する。表4及び表5は、17種の
ヒト組織型で合わせて全70種のサンプルを表す。乳房
を除く11種の異なる組織型を代表する22個のサンプ
ルではMam002(SEQ ID NO:1)のmR
NAは検出されなかった(表4及び5)。
【0056】同一の個人由来の乳癌サンプルと正常隣接
組織のmRNA発現レベルを比較したものを表5に示
す。13の対等乳癌組織のうち、Mam002(SEQ
IDNO:1)が対応する正常隣接組織に比べてより
高いレベルで発現されているのは3つ(サンプル:Ma
m S127、Mam 162X及びMam S07
9)である。乳癌におけるMam002(SEQ ID
NO:1)の発現レベルが正常隣接組織に比較して低
いのは8人のサンプル(Mam 12X、Mam42D
N、Mam 59X、Mam B011X、Mam S
516、MamS854、Mam S967及びMam
S123)である。同等レベル又は近似レベルの発現
が検出されたのは他の3つの対等サンプル(サンプル:
MamA06X、Mam S699及びMam S99
7)である。
【0057】この高レベルの組織特異性は、Mam00
2(SEQ ID NO:1)がmRNAを用いて乳癌
細胞を検出するための診断マーカーになることを裏付け
ている。乳房組織は、この遺伝子の発現がこれまでに検
出された唯一の有意な源である。13の対等サンプルの
うち8つが正常隣接組織より癌においてより低い発現を
有する。従って、この遺伝子の発現減少が癌の存在の診
断となる可能性がある。 SEQ ID NO:4;クローンID:261306
4;遺伝子ID:27052(Mam004)の測定 表6に示す数字は、乳房(キャリブレータ)に比較した
12種の正常組織におけるMam004(SEQ ID
NO:4)の相対発現レベルである。これらのRNA
サンプルは、市販品から入手したものと様々な個人の特
定組織由来のサンプルをプールして産生したものであ
る。
【0058】
【表6】
【0059】表6の相対発現レベルは、Mam004
(SEQ ID NO:4)のmRNA発現が正常な乳
房と、肺、前立腺、精巣及び心臓を含む他の組織のプー
ルで検出されることを示す。上記の結果は、正常な乳房
組織においてより高く発現されるものの、Mam004
(SEQ ID NO:4)のmRNA発現が乳腺に特
異的はないことを示す。
【0060】表6に示す組織は様々な個人からプールさ
れたサンプルである。表7に示す組織は各個人から得た
ものであり、プールされたものではない。従って、表6
に示されるmRNA発現レベルについての数値は、表3
に示される数値と直接は比較し得ない。
【0061】表7に示される数字は、23対の対等サン
プルにおける、乳房(キャリブレータ)に比較したMa
m004(SEQ ID NO:4)の相対発現レベル
である。各対等の対には、同一の個人に由来する、特定
組織の癌サンプルとその同一組織の正常隣接組織(NA
T)サンプルが含まれる。
【0062】
【表7】
【0063】7種の異なる組織を代表する表7の46サ
ンプルのなかで、発現が最も高いのは乳房組織、特に癌
である。乳房サンプルに見られるものに匹敵する発現が
見られるのは、4つの肺サンプルの1つ(サンプル2
3)、4つの腎臓サンプルの1つ(サンプル21)、及
び6つの子宮内膜サンプルの1つ(サンプル19)であ
る。表6及び表7は、16種のヒト組織型で合わせて全
58種のサンプルを表す。乳房を除く7種の異なる組織
型を代表する20個のサンプルではMam004(SE
Q ID NO:4)のmRNAは検出されなかった
(表6及び7)。
【0064】同一の個人由来の乳癌サンプルと正常隣接
組織のmRNA発現レベルを比較したものを表7に示
す。11の乳癌組織のうち、Mam004(SEQ I
D NO:4)が対応する正常隣接組織に比べてより高
いレベルで発現されているのは8つ(Mam 12X、
Mam 603X、Mam 59X、Mam 162
X、Mam S079、Mam S123、Mam S
516及びMam S997)である。乳癌におけるM
am004(SEQ ID NO:4)の発現レベルが
正常隣接組織に比較して低いのは2つの対等サンプル
(Mam 42DN及びMam S699)である。発
現が検出されなかったのは1つの対等サンプルセット
(Mam 12B)である。
【0065】正常隣接組織に比較して大多数の対等癌サ
ンプルで発現が上昇していることは、Mam004(S
EQ ID NO:4)がmRNAを用いて乳癌細胞を
検出するための診断マーカーになることを裏付けてい
る。 SEQ ID NO:3;クローンID:y155b0
3;遺伝子ID:348845(Mam005)の測定 表8に示す数字は、精巣(キャリブレータ)に比較した
12種の正常組織におけるMam005(SEQ ID
NO:3)の相対発現レベルである。これらのRNA
サンプルは、市販品から入手したものと様々な個人の特
定組織由来のサンプルをプールして産生したものであ
る。
【0066】
【表8】
【0067】表2の相対発現レベルは、Mam005
(SEQ ID NO:3)のmRNA発現が正常な乳
房及び精巣のプールでは検出されるものの、分析した他
の10種の正常組織プールでは有意なレベルで検出され
ないことを示す。上記の結果は、Mam005(SEQ
ID NO:3)のmRNA発現が乳房組織にごく特
異的であり、精巣にも見出されることを示す。男性特有
の組織における発現は女性特有の組織の癌を検出するこ
とに無関係である。
【0068】表8に示す組織は様々な個人からプールさ
れたサンプルである。表9に示す組織は各個人から得た
ものであり、プールされたものではない。従って、表8
に示されるmRNA発現レベルについての数値は、表9
に示される数値と直接は比較し得ない。
【0069】表9に示される数字は、46対の対等サン
プルにおける、精巣(キャリブレータ)に比較したMa
m005(SEQ ID NO:3)の相対発現レベル
である。各対等の対には、同一の個人に由来する、特定
組織の癌サンプルとその同一組織の正常隣接組織サンプ
ルが含まれる。さらに、正常組織由来の2つの非対等乳
房サンプルと、1つの非対等卵巣癌及び1つの正常(非
癌性)卵巣サンプルも試験した。
【0070】
【表9】
【0071】14種の異なる組織を代表する表9の96
サンプルのなかで、有意な発現が見られるのは乳房組織
だけである。上記の結果は、表8に示した正常サンプル
について得られた組織特異性の結果を追認する。表8及
び表9は、18種のヒト組織型で合わせて全108種の
サンプルを表す。乳房及び精巣を除く16種の異なる組
織型を代表する67個のサンプルではMam005(S
EQ ID NO:3)のmRNAはまったく検出され
なかったか、又はごく低いレベルの検出しかなかった
(表8及び9)。
【0072】同一の個人由来の乳癌サンプルと正常隣接
組織のmRNA発現レベルを比較したものを表9に示
す。18組の癌及び正常サンプルのうち、Mam005
(SEQ ID NO:3)が対応する正常隣接組織に
比べてより高いレベルで発現されているのは10組(M
am A06X、Mam 162X、Mam S07
9、Mam S516、Mam S854、Mam S
967、Mam S997、Mam 14DN、Mam
S621及びMam S918)である。乳癌におけ
るMam005(SEQ ID NO:3)の発現レベ
ルが正常隣接組織に比較して低いのは8つの癌及び正常
隣接組織サンプル(Mam 12X、Mam42DN、
Mam 59X、Mam B011X、Mam S12
3、MamS127、Mam S699及びMam S
699F)である。発現が検出されなかったのは2つの
対等サンプルである。
【0073】18の対等な癌及び正常隣接組織サンプル
のうち10で見られた高レベルの組織特異性及び過剰発
現は、Mam005(SEQ ID NO:3)がmR
NAを用いて乳癌細胞を検出するための診断マーカーに
なることを裏付けている。
フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI A61P 35/00 C07K 16/32 C07K 16/32 C12Q 1/02 C12Q 1/02 1/68 ZNAA 1/68 ZNA A61K 49/02 A (72)発明者 レシポン,ハーヴ アメリカ合衆国カリフォルニア州94115, サン・フランシスコ,フォートゥナ・ア ベニュー 85 (72)発明者 カファーキー,ロバート アメリカ合衆国カリフォルニア州95134, サン・ホセ,エラン・ヴィレッジ・レイ ン 350,アパートメント 218 (56)参考文献 特表 平5−505530(JP,A) 特表 平5−509079(JP,A) 国際公開96/038463(WO,A1) 国際公開98/018945(WO,A1) 国際公開99/02559(WO,A1) 国際公開97/38085(WO,A1) (58)調査した分野(Int.Cl.7,DB名) G01N 33/574 A61K 39/395 A61K 49/00 A61K 51/00 A61P 35/00 C07K 16/32 C12Q 1/02 C12Q 1/68 ZNA

Claims (5)

    (57)【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 患者のサンプルにおいて乳癌の存在をア
    ッセイするための方法であって、 (a)患者から得た細胞、組織または体液のサンプルに
    おけるBSGのレベルを測定し;そして (b)BSGの測定レベルを、正常なヒト対照由来の細
    胞、組織または体液のサンプルにおけるBSGのレベル
    と比較するが、正常なヒト対照に対する、Mam001
    (SEQ ID NO:2),Mam004(SEQ
    ID NO:4)又はMam005(SEQ ID N
    O:3)を含むBSGの測定されたBSGレベルの増加
    又はMam002(SEQ ID NO:1)を含むB
    SGの測定されたBSGレベルの減少が乳癌の存在に関
    連づけられることを含む、前記方法。
  2. 【請求項2】 乳癌を患う患者のサンプルにおいて転移
    性乳癌をアッセイするための方法であって、 (a)患者から得た細胞、組織または体液のサンプルに
    おけるBSGのレベルを測定し;そして (b)BSGの測定レベルを、正常なヒト対照の細胞、
    組織または体液型のサンプルにおけるBSGのレベルと
    比較するが、正常なヒト対照に対する、Mam001
    (SEQ ID NO:2),Mam004(SEQ
    ID NO:4)又はMam005(SEQ ID N
    O:3)を含むBSGの測定されたBSGレベルの増加
    又はMam002(SEQ ID NO:1)を含むB
    SGの測定されたBSGレベルの減少が転移した癌の存
    在に関連づけられることを含む、前記方法。
  3. 【請求項3】 患者のサンプルにおいて乳癌を病期決定
    するための方法であって、 (a)患者から得た細胞、組織または体液のサンプルに
    おけるBSGのレベルを測定し;そして (b)BSGの測定レベルを、正常なヒト対照サンプル
    の細胞、組織または体液型におけるBSGのレベルと比
    較するが、正常なヒト対照に対する、Mam001(S
    EQ ID NO:2),Mam004(SEQ ID
    NO:4)又はMam005(SEQ ID NO:
    5)を含むBSGの測定されたBSGレベルの増加又は
    Mam002(SEQ ID NO:1)を含むBSG
    の測定されたBSGレベルの減少が進行しているか又は
    退縮しているか又は寛解状態の癌に関連づけられること
    を含む、前記方法。
  4. 【請求項4】 転移の開始に関して乳癌を患う患者から
    得たサンプルにおいて乳癌を監視する方法であって、 (a)患者から得た細胞、組織または体液のサンプルに
    おけるBSGのレベルを定期的に測定し;そして (b)BSGの測定レベルを、正常なヒト対照の細胞、
    組織または体液型のBSGのレベルと比較するが、正常
    なヒト対照に対する、Mam001(SEQID N
    O:2),Mam004(SEQ ID NO:4)又
    はMam005(SEQ ID NO:5)を含むBS
    Gの測定されたBSGレベルの増加又はMam002
    (SEQ ID NO:1)を含むBSGの測定された
    BSGレベルの減少が転移した癌に関連づけられること
    を含む、前記方法。
  5. 【請求項5】 乳癌を有する患者から得たサンプルにお
    いて乳癌の段階変化を監視する方法であって、 (a)患者から得た細胞、組織または体液のサンプルに
    おけるBSGのレベルを定期的に測定し;そして (b)BSGの測定レベルを、正常なヒト対照の細胞、
    組織または体液型のBSGのレベルと比較するが、正常
    なヒト対照に対する、Mam001(SEQID N
    O:2),Mam004(SEQ ID NO:4)又
    はMam005(SEQ ID NO:5)を含むBS
    Gの測定されたBSGレベルの増加又はMam002
    (SEQ ID NO:1)を含むBSGの測定された
    BSGレベルの減少が段階において進行しており、そし
    て、正常なヒト対照に対する、Mam001(SEQ
    ID NO:2),Mam004(SEQ ID N
    O:4)又はMam005(SEQ ID NO:5)
    を含むBSGの測定されたBSGレベルの減少又はMa
    m002(SEQ ID NO:1)を含むBSGの測
    定されたBSGレベルの増加が段階において退行してい
    るか又は寛解状態にある癌に関連づけられることを含
    む、前記方法。
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