JP2869837B2 - バイオポリマー合成装置および方法 - Google Patents
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Description
ための装置と方法に関し、特に、このような合成のため
の自動化された装置と方法に関するものである。
ような選択された配列のバイオポリマーは、一連の選択
されたポリマーサブユニットを固体支持体上に支持され
る成長ポリマー鎖に逐次添加する固相方法によって型ど
おりに合成される。代表的なポリペプチド合成では、ポ
リマーは固定化C−末端残基から段階的に合成される。
各工程では新しいN−保護アミノ酸を溶液中で固体支持
体に添加し、その遊離カルボキシル基を経て、支持体上
に固定したアミノ酸(またはペプチド)の遊離α−アミ
ノ基と反応させ、新しいアミノ酸を支持体上の成長ペプ
チドに供給する。次に支持体を最後に添加したアミノ酸
のN−保護基を除去するように処理し、この手順を最終
のポリペプチドが完成するまで段階的に繰り返す。
に固相方法によって選択された5′−保護ヌクレオチド
を固定化3′−末端ヌクレオチドを含む樹脂に段階的に
添加して合成される。主鎖結合は固定化したヌクレオシ
ドの遊離の5′OH基と遊離ヌクレオチドの活性化した
3′−末端との間のカップリングによる。カップリング
反応の後、支持体を処理して5′−末端保護基を除去
し、反応工程を所望の配列のポリヌクレオチドが完成す
るまで段階的に繰り返す。
めの固相方法は、自動化合成装置によって便利に行うこ
とができ、この装置は、選択されたサブユニット、カッ
プリング剤、および脱保護剤を固相物質を含む容器に連
続追加するために設計されている。すなわち、各サブユ
ニット添加工程は(a) 固相容器に脱保護溶液を添加して
最後に添加した固定化支持体上の残基を脱保護し、そし
て(b) 次のサブユニットを、活性化した形でまたは活性
化物質の存在で、固相容器に添加し、サブユニットを固
体支持体上の成長ポリマー鎖に結合することを含む。
はまず、操作中に追加される各サブユニットを含むガラ
ス瓶、および操作中に使用される脱保護溶液と洗浄溶液
を装填する。液体の形で各サブユニットを含むガラス瓶
は予じめ充填され、サブユニット溶液をガラス瓶から固
相容器に容易に移せるようにする。勿論、このようなガ
ラス瓶はサブユニットまたは活性化成分の漏出または分
解を防ぐように保管されなければならない。
る。乾燥物質は、機械に装填する前に手で溶解するか、
またはさらに一般的に、選択された容量の溶媒を各ガラ
ス瓶に添加して、機械操作中に溶解する。乾燥物質のひ
とつの限界は、多くのアミノ酸に対して、低い嵩密度の
物質が物質の測定と装填を難しくすることである。さら
に、若干の乾燥アミノ酸は極めてゆっくりと溶解し、サ
ブユニットが完全に溶解する前に添加した溶媒との接触
時間は30分まで必要である。これらの理由から、存在す
る入手可能な試薬のそれよりも優れている取扱性と溶解
性をもつ組成物が有用である。
チドとポリヌクレオチドの合成のために自動化装置が作
られたが、十分に克服されていない多くの問題がある。
それらのうち、使用の容易なこと、器具の価格が比較的
安いこと、サイクルコストが低いことが必要である。
およびポリヌクレオチド化学者ではないが、他の修行中
の免疫学者、神経生物学者、および分子生物学者が増え
ている発展途上の市場に関連して使用の容易性が要求さ
れる。ペプチド化学の特別な経験が不足しているこれら
新しいユーザーは、従来供給されてきたものよりは、比
較的自動化されて面倒がない操作を要求する。
望に適切な、30サブユニット程度の鎖の合成を命令でき
る比較的小規模の器具に対して感知する必要もある。同
時に、このような器具の使用は、ペプチドとポリヌクレ
オチドの化学者によって高分子のフルタイムの調製に振
り向けられる研究室での器具としては大規模ではないの
で、初めのコストを低くする要求が大きく、また、確か
にサイクルコストを低くする要求が大きい。サイクルコ
ストは合成操作に使用されるサブユニットの材料、試薬
等のためのコストである。
いて特に経験のない研究者によるこの種の器具の使用に
関連して、十分に未だ満たされていない他の要求は、必
要な反応をモニターすることである。例えば、カップリ
ング反応は時には期待できないほど遅いことが知られて
おり、ペプチド合成での遅いカップリング反応は遅い脱
保護工程によって優先されることが多いことが認められ
ていた。
れた取扱い性と溶解性をもつサブユニット材料のための
構成に加えて、必要なことは、比較的低いコストと、適
度の長さ(30サブユニット位) の分子を合成できる極め
て信頼性のある器具と、カップリング工程のためのタイ
ミングの自動調整と対になったモニター能力である。さ
らに、器具は極めて信頼性があり容易に使用できること
が必要である。
明は有機相溶媒に膨潤できるが不溶性であり、内部ポリ
マーマトリックスを有する乾燥したポリマー基質から成
るポリマー組成物を含む。バイオポリマーサブユニット
分子は基質のポリマーマトリックス内に閉じ込められて
いる。基質を有機溶媒と接触させて膨潤するとき、サブ
ユニット分子はマトリックスから膨潤溶媒に拡散する。
レート、ポリメタクリレート、ポリアクリルアミド、ポ
リビニルピロリドン、またはこれらのコポリマーから形
成することができ、ポリマーは、好ましくは0.5 〜5.0
モルパーセントの濃度をもつ適当な架橋試薬を用いて架
橋される。好ましくはその乾燥容量の少なくとも5〜10
倍の容量までの有機溶媒の存在で基質を膨潤することが
できる。
態で流動できる塊を形成する粒子から成る。好ましい粒
子ポリマーは 1.0%ジビニルベンゼンと架橋したポリス
チレンである。ポリマー粒子は好ましくは約1:10ない
し2:1のバイオポリマーサブユニット対ポリマーの重
量比で閉じ込められたバイオポリマーサブユニットを含
み、そして閉じ込められたバイオポリマーサブユニット
を含む粒子は約 0.5ないし0.6g/cc の密度を有する。
ド合成装置に使用するため、組成物中のバイオポリマー
サブユニットはN−保護アミノ酸である。他の実施例で
は、自動化したポリヌクレオチド合成装置に使用するた
め、組成物中のバイオポリマーサブユニットは、活性化
した5´−OH保護ヌクレオチドである。別の特徴で
は、本発明は自動化した固相合成装置に使用するための
カートリッジを含む。カートリッジは前記タイプのポリ
マー組成物を含有するチャンバーを含む。カートリッジ
はまた操作中に追加し除去する溶媒のための出入口を含
む。
上に支持された成長するバイオポリマー鎖にバイオポリ
マーサブユニットを逐次付加して、バイオポリマーを固
相合成するための自動化方法を含む。この方法は、流体
移動のための位置に、上記タイプのサブユニット供給カ
ートリッジを配置し、有機溶媒をカートリッジに添加し
て、カートリッジチャンバー中のポリマー基質に前記バ
イオポリマーサブユニットを溶媒中に膨潤、脱離させ
て、サブユニットの溶液を形成することを含む。次に溶
液を固相支持体を含む反応容器に移す。
ばれた成長するバイオポリマー鎖にバイオポリマーサブ
ユニットを逐次付加して、バイオポリマーを固相合成す
るための自動化装置を含む。この装置はひとつは上述し
たような、複数のカートリッジ、および自動化合成装置
を含み、この合成装置は次の構成部:(i) カートリッジ
を保持するために適合させたカートリッジホルダー;(i
i)カートリッジの開口部と流体の通らないシールを形成
し、ホルダー内の選択されたカートリッジ中に開口部を
掛合するために有効な位置まで移動できる取付部品;(i
ii) 選択されたカートリッジの開口装置と掛合装置が掛
合できる移動位置に前記ホルダー内の選択されたカート
リッジを配置するための機構部;(iv)このような固相支
持体を含むための反応容器;および(v) このような選択
されたカートリッジのチャンバに有機溶媒を移すため、
およびチャンバからの溶液を反応容器に移すための流体
移送アセンブリを含む。
発明の次の詳細な説明を添付する図面と共に読むとき、
一層完全に明らかになるだろう。
に溶液の形で所定量のサブユニットを供給するために使
用するバイオポリマーサブユニットの貯蔵形態として設
計されている。
10で示されており、組成物のひとつの粒子は12で示され
ている。粒子は、選択された有機溶媒中で膨潤できるポ
リマーサブユニット14から形成され、このような溶媒と
してはN−メチルピロリドン(NMP) 、ジメチルホルムア
ミド(DMF) 、ジクロロメタン(塩化メチレン) 、または
クロロホルムがあり、バイオポリマー合成において固相
サブユニット付加反応に適している。基質は、フィラメ
ント16のような架橋したポリマーフィラメントから形成
され、このフィラメントはマトリックス18を形成し、こ
れによってサブユニット分子20のようなバイオポリマー
サブユニット分子は基質が膨潤状態にあるとき自由に拡
散できる。
適している。これらにはポリスチレン、ポリアクリレー
ト、ポリメタクリレート、ポリアクリルアミド、ポリビ
ニルピロリドン、並びに、これらのコポリマーを含む。
ポリマーはポリマー組成物中に架橋剤を、好ましくは約
0.5〜5モルパーセントで含ませて軽く架橋されてい
る。ひとつの好ましいポリマー組成物は1%のジビニル
ベンゼンと架橋したポリスチレンから成る。
て、固相バイオポリマー合成に使用されるDMF、塩化
メチレン、またはクロロホルムのような溶媒に膨潤し不
溶であり、膨潤した基質状態で、ポリマーマトリックス
を通ってサブユニットに対して拡散させるポリマーが適
している。好ましくは、ポリマーの膨潤容量(膨潤溶媒
中)は少なくともその乾燥容量の5〜10倍である。
粒子は、全体の嵩密度を増加するために用いられ、これ
によって乾燥したバイオポリマーのサブユニット試薬の
流動性を改良し、予じめ検量した分量のサブユニットを
一層容易にガラス瓶に装填することができる。基質のひ
とつの好ましい形はポリマービーズであり、好ましくは
少なくとも50ミクロンの直径を有し、好ましくは乾燥状
態で75〜200 ミクロンの範囲内にある。所望のポリマー
組成物、膨潤性、および乾燥状態での粒径を有するポリ
スチレンビーズはイーストマン・コダック、バイオラ
ド、またはポリマー・ラブから市販品として入手でき
る。
ットを装填する組成物を調製する方法を示している。上
記の有機溶媒のうちの1種の適当な溶媒22中に溶解した
サブユニットの溶液を、混合容器中でポリマー粒子と混
合する。粒子は粒子スラリーを形成するような濃度であ
り、粒子が膨潤した後は比較的粘性であってもよい。溶
液中のポリマーサブユニットの濃度は、サブユニット/
乾燥基質の最終の所望の重量比で生成するように、好ま
しくは、約1:10ないし2:1の間で選択される。自動
化ポリペプチド合成装置を使用するために、バイオポリ
マーのサブユニットは好ましくはN−保護アミノ酸であ
り、一般的には、保護されたアルファアミン基、および
保護されたカルボキシ、ヒドロキシ、チオール、および
アミン側鎖基を有する20の天然L−酸のひとつである。
自動化ポリヌクレオチド合成装置を使用するため、サブ
ユニットは一般的には、5´−ジメトキシトリチル保護
基を有する4個のDNAデオキシヌクレオシド3´−ホ
スホルアミダイトのうちのひとつのような、活性化され
た5´−保護ヌクレオチドである。
じ込められたマトリックス量との間で釣り合っていると
き、サブユニット分子は膨潤した粒子のマトリックスに
浸透させる。粒子から溶媒を除去すると同時に、サブユ
ニット分子を閉じ込められたマトリックスにさらにつぎ
つぎと押し込む。溶媒の除去は攪拌しながら行い、粒子
を完全に乾燥させ、殆ど全部のサブユニットを粒子に閉
じ込める(かまたは粒子と会合させる)。
中の乾燥した粒子12bを示す。上記のように、乾燥状
態の粒径は好ましくは約50ないし200ミクロンであ
り、膨潤状態の数分の一である。乾燥粒子は組成物の重
量に対して既知のサブユニット分量であり、既知の重量
で、ひとつの容器から別の容器へ容易に移ることができ
る流動性の粒子組成物を形成する。閉じ込められたFm
oc保護L−(アミノ酸)を含む粒子組成物の調製は実
施例1に詳述されている。
て、バイオポリマーサブユニット分子の溶液を形成する
際にどのようして組成物中の粒子を使用するかを示して
いる。ここでは適当な溶媒、例えば溶媒24を装填粒
子、例えば粒子12cを含むガラス瓶26に添加する。
粒子は溶媒中で膨潤するので、サブユニット20のよう
な、粒子マトリックスに閉じ込められたサブユニット
は、溶媒中に拡散する。最終的に釣り合って、ガラス瓶
中のバルク相媒質中のサブユニットの濃度は閉じ込めら
れたマトリックス中のそれと等しくなる。好ましくは、
膨潤した樹脂の容量は、抽出装置中の溶媒の全量の約2
0〜50%以下、およびさらに好ましくは、5〜20%
以下を示す。これは平衡にて、バルク相媒質が抽出でき
るバイオポリマーサブユニット分子の全量の少なくとも
約50〜80%、さらに好ましくは少なくとも約80〜
95%を含むことを保証する。従って、乾燥組成物中に
存在する少なくとも約50〜80%、さらに好ましくは
80〜95%のサブユニットをバルク相媒質中に回収す
る。
いて、ガラス瓶中の組成物は、1mlのバルク相溶媒中
に約0.075ミリモルのアミノ酸を供給するように設
計される。代表的な自動化ポリヌクレオチド合成操作で
は、ガラス瓶中の組成物は、0.5mlのバルク相溶液
中に約1μモルの活性化ヌクレオチドを供給するように
設計される。
は、ポリマー粒子を溶解することなく容易に膨潤し、バ
イオポリマーサブユニットが関与する合成反応と両立で
きる溶媒を含む。9−フルオレニルメトキシカルボニル
(Fmoc)化学を用いるペプチド合成反応にN−α−保護ア
ミノ酸を添加する1実施例では、有用な溶媒はジメチル
ホルムアミド(DMF) である。ポリペプチド反応と両立で
きる活性化剤をポリマー組成物に溶媒と共に添加するこ
とができる。もしくは、または加えて、例えば対称的な
無水物、ペンタフルオロフェニルエステル類および1−
オキソ−2−ヒドロキシジヒドロベンゾトリアジン活性
エステル類のようなアミノ酸を活性化形態で添加するこ
とができる。
る活性剤はヒドロキシ−O−ベンゾトリアゾール、テト
ラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート(HBTU)
であり、これに1当量のヒドロキシ−O−ベンゾトリア
ゾール(HOBT)、および2当量のジイソプロピルエチルア
ミン(DIEA)を添加する。他の適当な溶媒/活性化溶液は
ペプチド合成に基づく第3ブチルオキシカルボニル(t-B
oc) に対してジクロロメタン(DCM)/ジジクロヘキシルカ
ルボジイミド(DCC) である。前述のHBTU/HOBT/DIEA活性
剤システムに適した溶媒系はペプチド合成に基づくFmoc
に対してジメチルホルムアミド(DMF)/N−メチルピロリ
ドン(NMP)/ジメチルスルホキシド(DMSO)である。他の溶
媒/活性剤の組合せも可能であり、所定の合成反応に最
適な組合せは合成の種類および合成に用いられる化学カ
ップリングシステムの種類に依存する。
択された5´-OH DMT-保護3´−ホスホルアミダイトデ
オキシリボヌクレオシドサブユニットを含有する粒子組
成物では、有用な溶媒はアセトニトリルである。他の適
当な溶媒は塩化メチレン、およびアセトニトリル/塩化
メチレン混合物である。L−アミノ酸:ポリマーの重量
比が1:2である粒子組成物では、1mlのDMFに懸濁
した50mgの組成物に対してバルク相中でアミノ酸が平衡
になるために要する時間は、室温で約1〜5分であり、
特定のアミノ酸とポリマー物質に依存する。平衡になっ
た後、バルク相媒質を、好ましくは濾過装置によってガ
ラス瓶から除去し、下記のように自動化合成装置中のサ
ブユニット添加反応に使用する。
て形成された組成物32を示す。この実施例では、組成物
は、ガラス瓶34の側面にライニングまたはコーティング
38を形成するフィルム状ポリマー基質36をもつ。基質は
分子40のような閉じ込められたサブユニット分子を含
み、上記の組成物10に似たポリマー組成物をもつ。基質
ライニングは乾燥状態で厚さが好ましくは約25〜100 ミ
クロンである。上記のように、ポリマーを膨潤できる溶
媒中のサブユニット溶液から溶媒を除去することによっ
て、基質は選択された分量のサブユニットを装填する。
添加するとき、サブユニットを脱離する間の組成物32の
状態を示している。基質が添加溶媒中に膨潤するので、
平衡に達するまで、閉じ込められたサブユニットは基質
マトリックスを通ってバルク相媒質に拡散する。次に得
られたサブユニット溶液は引き出してサブユニットの付
加反応に使用する。
って形成される組成物42を示す。この実施例では、組成
物はフィラメント状基質44を有し、図に示したようにガ
ラス瓶46の壁に結合することができる。閉じ込められた
サブユニット分子を含む基質は上記のものに類似したポ
リマー組成物を有する。乾燥状態で、フィラメントの厚
さは好ましくは約25〜200 ミクロンの間にある。基質を
上記のようにサブユニット分子で装填する。図3Bは、
固相バイオポリマー合成のためのサブユニット溶液を調
製する際に使用するため、基質を膨潤し、基質を脱離し
た後の組成物を示す。
バに溶液の形で選択された分量のバイオポリマーサブユ
ニットを供給するために、自動化固相合成装置で使用す
るためのカートリッジを含む。カートリッジの1例を図
4の50で示す。このカートリッジは合成装置において一
対の嵌合部52と54によって自動的に掛合するように設計
され、下記のように、流体をカートリッジに移しカート
リッジから移動するため、装置内に流動体移送アセンブ
リとライン中のガラス瓶を連結する。代表として嵌合部
52は、嵌合部をカートリッジに掛合するとき、流体シー
ルの部分を形成する環状ガスケット58を有する頭部56を
含む。シールはカートリッジとシール掛合する位置まで
互いに対して2個の嵌合部を動かすことによって形成さ
れる。2個の嵌合部もまたここでは嵌合装置と呼ばれ
る。
たように、ポリマー組成物を含む内側チャンバ65を画定
するガラス瓶またはコンテナ64を含む。実施例では、組
成物は、粒子68のような乾燥したポリマー粒子からなる
粒子組成物66である。他のポリマー組成物、例えば上記
のフィルムまたはフィラメントタイプの組成物もまた適
当であることは認められるだろう。代表的なカートリッ
ジは、約0.5 mlのコンテナ容量を有し、約0.075 ミリモ
ルのアミノ酸サブユニットまたは1μモルの活性化ポリ
ヌクレオチドに相当する分量のサブユニットを含む。コ
ンテナは好ましくはポリエチレンまたは類似した弾力性
のあるプラスチックから形成される。
の出入口部70、71を備え、ここを通って溶媒をそれぞ
れ、カートリッジに導入し、カートリッジから除去す
る。代表として入口部70はコンテナの端部に中央開口部
72によって形成され、溶媒がフィルターを通過するとき
乾燥または膨潤状態のいずれかでフィルター粒子に影響
を与える有孔膜73によって被覆されている。末端に隣接
する嵌合部52のようなガラス瓶の各端部には嶺部74のよ
うな環状嶺部を設け、嵌合物がシール位置に動くとき、
流体を気密にシールするように、隣接する嵌合部の環状
ガスケットでかみ合わせる。
ラメントタイプの組成物は膨潤前および後にガラス瓶内
に組成物を含むようにフィルター膜を必要としないこと
は認められるだろう。さらに、出入口装置は溶媒を供給
しコンテナから溶媒を除去するために働く嵌合部を収容
するための1個の出入口を含むことができる。
成装置または器具81の正射影図である。好適例では、合
成装置81は主としてペプチド合成のために使用される。
合成装置は図4に関連してセクションBで記載されたタ
イプのカートリッジ、1例としてカートリッジ50を備え
たカートリッジ供給のための回転コンベヤ85に基づくカ
ートリッジホルダー83を含む。カートリッジは上記のセ
クションAに記載されたようなポリマー組成物中のサブ
ユニット物質を運ぶ。
4)を示す装填ステーション87を通って移動し、サブユ
ニット供給カートリッジの向側端部に掛合し、溶媒を流
して合成反応に使用されるサブユニット物質を抽出す
る。特定のサブユニットを運搬するカートリッジは、代
表的には合成工程が開始する前に順ぐりに外周で回転コ
ンベヤに積載され、次に、操作において、カートリッジ
は所望の合成のために必要な順番で装填ステーション87
に供給される。
て流れ出た溶媒は凹所90に取付けた反応容器89に導かれ
る。代表的には反応容器は、上述のように、固体ポリマ
ー支持体上のC−末端残基を(ペプチド合成のために)
含む。容器91と93は液体移送装置の一部であり、効率の
よい繰返しできる移送で部品として働く。カートリッジ
内にカートリッジから、流体を移送するためのアセンブ
リは、カートリッジの開口部を掛合する嵌合部52、54を
含めて、またここでは流体移送装置と呼び、以下のセク
ションDに記載した移送構造を含む。
マイクロプロセッサーを基礎としたコントロール装置を
含む。コントロールパネルはインプット装置、例えばオ
ペレターにメニューを示すためのディスプレイ99に示さ
れた選択部と連結した数字キイパッド97とソフトキイ98
を含む。領域101 は合成プロセスに使用される種々の試
薬を貯蔵し供給するための種々の容器を有する。これら
容器の性質と関係はさらに詳細に以下のセクションDに
記載される。
バルブ、およびカートリッジの機構の表示から成る概略
図である。装置の操作は図6を参照して、1例としてF
moc化学を用いるペプチド合成に対して以下に記載す
る。本実施例ペプチド合成を始める前に、ポリスチレン
支持体に結合したFmocアミノ酸を含有する反応容器
89は装置に装填される。固定化アミノ酸は所望のペプ
チド鎖に対して出発点である。切断できるリンカーをC
−末端残基とポリスチレンの間に置き、逐次合成から得
られるペプチドを支持体から除去することができる。F
moc合成のために、適当なリンカーはヒドロキシメチ
ルフェノキシアセチル(HMPA)である。反応容器は
図4に示したサブユニット供給カートリッジ50と物理
的形態では殆ど同じであり、適当なフィルターを備えた
上部と下部の開口部を有し、ルエル嵌合部によって上部
と下部の流体導管103と105に確保されている。反
応容器の直下の流路では、薄い非伝導性の不活性ポリマ
ースペーサーによって分離された2個の金被覆ディスク
を含む伝導性セル107がある。ディスクは電気導線に
連結され、セルを通過する溶液の伝導性を試験する電位
を印加する。
酸を含むカートリッジは、所望のペプチド鎖のアセンブ
リを達成するため添加することが望まれる円周の順番で
回転コンベヤ85に配置される。円周の配列法は、予じめ
選択された順番でカートリッジを表示する際に装置の操
作を簡単にするが、選択された合成に必要な順番でアミ
ノ酸を備えるカートリッジを示すように回転コンベヤを
回転するための装置にプログラムを組み込む限りは必要
ない。
器109 中のピペリジン(Pip.)、容器111 中のジメチルホ
ルムアミド(DMF) 、容器113 中の2−(1H−ベンゾト
リアゾール−1−イル)−1, 1, 3, 3−テトラメチ
ルウロニウム・ヘキサフルオロホスフェート(HBTU)試
薬、および容器115 中のジイソプロピルエチルアミン(D
IEA)である。容器113 中のHBTU試薬は1当量の1−ヒド
ロキシ−O−ベンゾトリアゾール(HOBT)も含むように調
製する。移送中に導管その他の素子を洗浄するため他の
溶液が使用されるが、図には示されていないが、これら
は装置に連結した容器117 のような他の容器に貯蔵され
る。
て不活性気体供給器119 に連結される。気体の供給は本
実施例では約5psi にコントロールされる。容器はソレ
ノイド操作バルブブロックによって装置の主流体ライン
に連結される。予備工程として試薬びんを充填し、シー
ルし、加圧する。合成装置器具の液体移送装置は容器91
と93を含み、加圧不活性気体供給器123と共に使用さ
れ、試薬混合物を回転コンベヤのカートリッジを介し
て、反応容器を介して移送する。
長するペプチド鎖に次の残基を付加するように除去(脱
保護)しなければならない。これは廃棄するために反応
容器を通って流れたピペリジンとDMFを同時に供給し
て行われる。ピペリジンは装置から完全に洗い流し、次
のアミノ酸残基の時期尚早の脱保護を避けるため、次の
アミノ酸残基を抽出する。Fmoc基をピペリジン−ジベン
ゾフルベン付加物の形で除去する。
U (HOBT含有) 、DMSO、およびNMPの混合物をバ
ルブブロック125 と127 においてバルブ機能を循環して
容器93に調製する。そうするために、バルブ129 によっ
て容器93を排気する必要がある。例えば、導管131 をバ
ルブブロック127 によって導管128 に対して、導管128
をバルブブロック125 によって導管135 に対して、導管
135 をバルブブロック139 によって導管137 に対して、
開放することができる。次にDMFは容器111から容器9
3に気体供給器119 から供給された気体の圧力の影響下
に流れ、容器93は排気される。容器93に流れ込む流体の
分量(容量)はコントロールされた圧力で時間の関数で
ある。
Aもまた所望の混合物が得られるまで容器93に流れる。
この例示的な容器93中の混合物および装填ステーション
87での第1のサブユニット供給カートリッジ151 を用い
ると、トランスレーション素子は装填ステーションにて
活性化され、装填ステーションの一部である嵌合部52と
54(図4参照)を広げ、サブユニット供給カートリッジ
151 を掛合し、流体は143 と141 を介してカートリッジ
を通過することができる。
結するように回し、バルブ145 は容器91を排気するよう
に回し、導管137 はバルブブロック139 によって導管14
3 に連結され、導管141 はバルブブロック149 によって
導管147 に連結される。この条件下では、容器93中の混
合物がサブユニットカートリッジ151 によって上部から
下部へ容器91に移送される。試薬混合物の全部が移送さ
れると、バルブはブロック139 と149 で回し、バルブブ
ロックを通る流路を閉鎖し、バルブ145 は容器91を加圧
するように回し、バルブ129 は容器93を排気するように
回し、試薬混合物は容器91から導管153 を通って容器93
に移送される。容器93の試薬混合物のために、循環は完
結し必要に応じて繰り返すことができる。
ら、DMFはサブユニット供給カートリッジ中の組成物
を膨潤し、他の化学品はアミノ酸を活性化して、成長す
るペプチド鎖のアルファアミノ基と容易に反応する誘導
体を形成する(この場合、反応容器中の固定化C−末端
残基を用いて)。1回のカートリッジの通過ではカート
リッジ中の組成物のサブユニットアミノ酸の全部を脱離
して活性化するには充分でないので、容器93中に最後に
存在する活性化アミノ酸を含む試薬混合物のバルクを用
いて、上記に従って数サイクルが行われる。代表的には
10ないし15の移送サイクルで充分である。使用したカー
トリッジはDMFで洗浄し、次に揮発性溶媒で、そして
バルブの適当な循環によって気体乾燥し、次のカートリ
ッジに前進する。洗浄のために使用される溶媒、その他
の廃棄流体は、バルブブロック139 または149 を通過し
て図6に示すコンテナに廃棄する。
活性化したアミノ酸を含む試薬混合物は反応容器89を通
って流れ、アミノ酸サブユニットを成長するペプチド鎖
に結合する。この流れのサイクルは、バルブブロック13
9 と149 中のバルブを、導管137 を導管103 に連結し、
導管147 を導管105 に連結するようにセットする以外
は、サブユニット供給カートリッジを通る流れと同じ方
法で行われる。再度、流れは上部から下部である。
部から下部への流れは、伝導性のモニターを妨げる泡の
生成を避ける際に補助であり、望まない変数を導くかも
知れない反応チャンバ中の樹脂の分離を避けるためにあ
る。また、混合物の全部が容器93から容器91への単一の
サイクルで移送されるとは限らない。その理由は、そう
することが導電性セルがある地点で空になる原因となる
からである。単一の移送サイクルは容器93に残っている
少量の混合物で停止し、次に容器91の混合物が直接容器
93に移送され、抽出操作のために上述したように、新し
い移送サイクルが始まる。
膨潤度と活性化アミノ酸の濃度である。代表的には10分
ないし30分のサイクリングがカップリングを行うために
必要であり、各サイクルは約10秒である。カップリング
工程にかかる時間の実際の長さは直前の脱保護工程を、
以下のセクションFに“モニタリング”の標題で記載し
たように、モニタリングすることによって決定される。
(脱保護)、次の残基を成長するペプチド鎖に付加しな
ければならない。これは廃棄するために反応容器を通っ
て流れるピペリジンとDMFを同時に供給して達成され
る。ピペリジンを完全に装置から洗浄し、次のアミノ酸
残基を抽出して次の残基の時期尚早の脱保護を回避す
る。Fmoc基をピペリジン−ジベンゾフルベン付加物の形
で除去する。
サブユニット供給カートリッジ中の組成物から抽出され
た次のアミノ酸残基に対して、上記手順を繰返し、その
際に反応容器は装置から除去するかまたは適当な試薬混
合物を調製し、反応チャンバを通して流し、固体支持体
からペプチド鎖を切断する。
関数のブロック図である。一般にコントロールデーター
伝達路は素子間に示され、電源155 は図の一部として示
されているが、電力回路は示されていない。この電力回
路は通常のものでよい。
に基づくコントロール板であるが、さらに、他の入手で
きるマイクロプロセッサーに基づくこともできる。コン
トローラーはキイパッド97とソフトキイ98(図5も参
照)およびディスプレイメニューその他のディスプレイ
99のユーザー命令の情報からのインプットを取扱う。コ
ントローラーのアウトプットを不連続の信号に翻訳する
インターフェース板159にコントローラーは連結し、合
成装置のソレノイド操作バルブ並びに電動部および回転
コンベヤ85(図5と図6)を駆動するデコーダー回路16
1 に対してソレノイドを駆動する。コントローラーは同
時に回転コンベヤを1回にひとつのカートリッジステー
ションに循環するための適当なデーターを送り、モータ
ードライバー回路はステッパーモーター160 に対して必
要なアウトプットを与える。回転コンベヤ上のエンコー
ダー162 は、回路161 、従ってコントローラーに位置の
情報をフィードバックする。
照)に連結され、合成装置の反応容器を通過する試薬混
合物の溶液中の伝導性を測定し、チャートレコーダー16
5 にアウトプットを与える。モニターアウトプットは、
またA/D変換器に供給される。反応容器を通過する溶
液および得られたデーターの使用のモニタリングは以下
のセクションFに詳細に示してある。
スプレイ99上の選択を表示するためのメニューを基礎と
したルーチンを有し、オペレーターはソフトキイ群98か
らの適当なキイを押して選択する。幾つかの選択はサブ
メニューを示し、幾つかはキイパッド97にオペレーター
が入れるセットアップ値を必要とする。自動化モードは
操作を開始するメニュー装置から始まり、回転コンベヤ
上の位置の最大数まで(好ましい形では30の位置) 回転
コンベヤ上のカートリッジに供給されるアミノ酸に対し
て、抽出活性化、結合、および脱保護に必要なすべての
工程をコントロールする。
運転開止の手順、およびオペレーターに役立つ手動操作
プロトコルがある。自動モードでは、次の工程をコント
ロールするため操作中にモニターデーターを使用するた
めの独特の能力があり、モニタリングに当てられるセク
ションFにさらに詳述される。
おける進歩によって一層信頼できるものになっている
が、種々の原因による予測できない“悪い”カップリン
グが、引き続き一定の可能性で存在する。固相合成で
は、樹脂または反応溶液のいずれかをモニターすること
ができる。現存する器具は後の分析のために反応容器か
ら小さい樹脂試料を除去することをあてにしている場合
が多い。樹脂分析は非常に信頼できるが、一般的に合成
が完結した後に行う必要がある。従って、“オンライ
ン”検出のため電位や合成操作の即時変更の使用はな
い。
または導電性の測定によるものである。本発明では、器
具のための初期コストが低く操作コストが低いことか
ら、必然的に伝導性モニタリングを選択する。伝導性モ
ニタリングを応用することは、カップリング反応で存在
するHBTU溶液が本質的にかなり伝導性があるので、
脱保護工程を行うために最良である。
ニウムピペリジンカルバメートと考えられる伝導性のも
のが放出される。伝導性セル107(図6)は約100Hz にて
約2Vの方形波ポテンシャルを与える。生じた電流の見
本を取り、セルを通過する溶液の伝導性に応答して約0
〜2VのDC信号が生じるように増幅する。信号はカッ
プリング工程に対して0〜2Vの範囲を用い、脱保護工
程に対して0〜200mVの範囲を用いて、2つのペンチャ
ートレコーダー165 に記録する。信号は変換器167 によ
ってディジタル化される。
ントローラー157 に与えられ、前もってセットされた間
隔で平均をとり、先の間隔と比較して、時間に関してコ
ンダクタンスの変化Δを決定する。測定した電流はコン
ダクタンスに正比例するので時間に関してコンダクタン
スの変化はストリップチャートレコーダーの線の傾きで
ある。
ルのストリップチャート記録の再現図である。図8の線
図は実際のストリップチャート記録ではなく、実際の記
録を書きおこして再現したものである。部分171 のよう
な最大幅での水平直線を示す記録部分は、伝導性セルを
流れる流体が完全に伝導性である時、サイクルのカップ
リング部分の間に記録される。平らな輪郭は、ストリッ
プチャートレコーダーの針が最大のふれを示したためで
ある。
や迅速に落下するスパイク部173 のような先端のとがっ
た部分に特徴がある。脱保護に対する伝導性の記録にお
ける関係は、伝導性が落ちる曲線の傾き(Δ)、および
実質的にゼロに達する傾きに必要な時間である。Δが実
質的にゼロのとき、脱保護は完了し、サイクルの次の工
程が始まる。脱保護のための伝導性のスパイク部の高
さ、さらに重要なのは実質的にゼロに達するまでのΔに
対する時間は、次のカップリング反応に対して重要であ
る。
伝導性に対する時間の増加と低いピークの伝導性を特徴
とする遅い脱保護は、反応容器中の固体支持マトリック
スの成長するペプチド鎖の露出に関係する現象が作用し
ていると考えられる。この現象について、成長するペプ
チド鎖は互いに樹脂との架橋の有効度を増加することに
関係すると説明される。これは樹脂ビーズの内外の拡散
速度を減らす効果がある。また、この現象はUV吸収モ
ニタリングを用いて観察された。
場合さらに遅い方がよい次のカップリング反応との間
に、会合が認められた。あまり接近できない状態を採用
する樹脂の説明は妥当であり、次のカップリング反応の
効果を説明することができる。本発明者は、直接先行す
る脱保護を注意してモニターするならば樹脂の状態を示
すカップリングをモニターする必要はないと考える。
て、Δが実質的にゼロのとき脱保護を終了する信号とし
て使用している。次いで次の反応を開始する。このコン
トロール機構はまた洗浄操作の後に次の工程を開始する
ためにも使用される。Δが実質的にゼロになるまで、工
程が始まった後、予じめ選択された時間から脱保護工程
に対して時間を記録し、直ちに次のカップリング反応に
割り当てられた時間の長さをセットするために使用す
る。予じめ選択された時間周期の目的は、ピーク値がま
たΔ=ゼロの地点であるので、伝導性の線がピークとな
り下がったことを確認することである。
ための測定時間であり、時間t2 は他方の脱保護のため
の測定時間である。明らかにt2 はt1 よりもかなり長
く、かなり遅い脱保護を示す。本発明の好適例では、脱
保護のための測定時間は4倍であり、その結果は次のカ
ップリング反応のための時間としてコントローラーによ
って使用される。2つの時間の間の倍数または他の関係
は使用者によって設定され、経験的に超過時間を改良す
ることができる。
記実施列を変更できることは当業者には明らかだろう。
例えば多数の入手できるソレノイド操作バルブブロック
を使用することができ、本発明に従って必要なコントロ
ールを達成するようにコントローラーや連結する電子部
品を配置することができる代替法がある。広範囲の合成
プロトコルを行うことができ、サブユニット配列は本発
明に限定されない。同様に好適例はサブユニットカート
リッジに対して比較的少ない(約30) 位置をもつ系であ
るが、本発明の特徴は位置の数にかかわらず応用でき
る。本発明の精神と範囲から離れることなく行える多く
の他の同様の変更があることは認識されるだろう。
って生成中の組成粒子(1A)、乾燥、貯蔵状態(1B)、およ
び閉じ込められたサブユニットの膨潤と脱離(1C)を示す
図。
て形成された、溶媒追加による膨潤前および後の組成物
を示す図。
て形成された、溶媒追加による膨潤前および後の組成物
を示す図。
物を含有する本発明によって構成されたカートリッジを
示す図。
の線図。
トロール装置のブロック図。
導性のストリップチャートレコーダーからの線の再現
図。
Claims (15)
- 【請求項1】(i)有機溶媒に膨潤できるが不溶性であ
り、そして(ii)内部ポリマーマトリックスを有し、
これを通るバイオポリマーサブユニット分子は基質が膨
潤状態にあるとき拡散できる、乾燥ポリマー基質;およ
び マトリックス内に閉じ込められており、これによって溶
媒中の基質の懸濁液が基質を膨潤させそしてマトリック
スから膨潤溶媒に拡散する、バイオポリマーサブユニッ
ト分子からなり; バイオポリマーサブユニットがN−保護アミノ酸または
5’−OH−保護ヌクレオチドである、 バイオポリマー合成用ポリマー組成物。 - 【請求項2】 基質が、ポリスチレン、ポリアクリレー
ト、ポリメタクリレート、ポリアクリルアミド、ポリビ
ニルピロリドン、およびこれらのコポリマーから選択さ
れる架橋ポリマーからなる、請求項1記載のポリマー組
成物。 - 【請求項3】 膨潤状態で、基質の容量が乾燥状態の容
量の少なくとも5〜10倍である、請求項1または2記
載のポリマー組成物。 - 【請求項4】 基質が膨潤できるポリマー粒子からな
る、請求項1記載の組成物。 - 【請求項5】 粒子が乾燥状態で流動性である請求項4
記載の組成物。 - 【請求項6】 基質がポリマーフィルムからなる、請求
項1〜3のいずれか1項に記載の組成物。 - 【請求項7】 基質がフィラメントからなる、請求項1
〜3のいずれか1項に記載の組成物。 - 【請求項8】 N−保護アミノ酸が、遊離アミノ基と反
応するため、そのカルボキシル末端で活性化されてい
る、請求項1に記載の組成物。 - 【請求項9】 固相バイオポリマー合成装置に連結する
ためのチャンバを限定する装置; チャンバ内に含まれ、前記請求項1〜8のいずれか1項
に記載のポリマー組成物; チャンバ内にポリマー組成物のポリマー基質を保持する
ための装置;および 溶媒をチャンバに導入し、溶媒をチャンバから除去する
ための出入口からなる固相バイオポリマー合成装置を使
用するためのサブユニット供給カートリッジ。 - 【請求項10】 前記請求項1〜8のいずれか1項に記
載のポリマー組成物に有機溶媒を添加し、そして ポリマー組成物のポリマーマトリックスから放出された
バイオポリマーサブユニットを含む有機溶媒を回収する
工程からなるバイオポリマーサブユニット含有溶液を調
製する方法。 - 【請求項11】請求項9に記載のサブユニット供給カー
トリッジを、流体移送のための位置に配置し、前 記カートリッジのチャンバに前記出入口を通って有機
溶媒を添加し、これによって前記カートリッジのチャン
バ内の前記ポリマー基質を膨潤し、前記バイオポリマー
サブユニットを溶媒中に脱離してこのサブユニットの溶
液を生成し;そして このバイオポリマーサブユニットの溶液を、このような
固相支持体を舎む反応容器に移送する、 各工程から成り、前記固相支持体上に運ばれた成長する
前記バイオポリマーの鎖に、前記バイオポリマーサブユ
ニットを逐次付加して、バイオポリマーを固相合成する
ための自動化方法。 - 【請求項12】 さらに、選択されたポリマーサブユニ
ットを含む一連のカートリッジの各々を用いて、前記配
置、添加、および移送の工程を繰り返す、請求項11記
載の方法。 - 【請求項13】 前記添加の工程が、 前記カートリッジの出入口を、前記出入口の周りに流体
密閉シールを形成するための嵌合装置と掛合し、 前記有機溶媒を、前記出入口を通って前記チャンバに供
給し、そして前記バイオポリマーサブユニット溶液を前
記出入口を通って前記カートリッジャンバから除去す
る、各工程を含む、請求項11または12記載の方法。 - 【請求項14】 前記出入口が、前記カートリッジの反
対側端部にて一対の開口部を含み、前記嵌合装置が前記
カートリッジ開口部と掛合できる一対の嵌合部を含み、
前記カートリッジ開口部と掛合した位置および掛合して
いない位置との間で動くことができる、請求項13記載
の方法。 - 【請求項15】 バイオポリマーを合成中にカップリン
グサイクルに割当られる時間を決定する工程をさらに含
み、前記合成が交互にカップリングと脱保護のサイクル
を含み、サブ工程として:各 前記脱保護サイクルの間に前記固相支持体に当てられ
た脱保護試薬の減少する伝導性を測定し; 最大の伝導性が検出された後、時間に関して伝導性の変
化が実質的にゼロに等しくなるまで、予め選択された時
間から各前記脱保護サイクルにおける時間の長さを測定
し; 前記測定された時間の長さを予め設定した倍数で掛け算
して計算された時間長を得て、そして前記マイクロプロ
セッサのコントロール装置によって直ぐ次のカップリン
グサイクルのため、時間を前記計算された時間長に調整
する、 各工程から成る、請求項11ないし14のいずれか1項
に記載の方法。
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