JP2024513313A - ＣＤ６６ｅポリペプチドに結合する分子 - Google Patents

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ダブリュ． メロアス，ジョン
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Abstract

本文書は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)をCD66eポリペプチドに結合させることに関与する方法及び材料を提供する。例えば、CD66eポリペプチドに結合する結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)並びにがんを有する哺乳動物(例えば、ヒト)を処置するために1つ以上のそのような結合分子を使用する方法及び材料が提供される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2021年3月8日に出願された米国仮特許出願第63/158,205号の利益を主張する。先行出願の開示は、本出願の開示の一部として考えられる(参照により組み込まれる)。
1.技術分野
本文書は、分子(例えば、抗体、抗体の断片、抗体ドメイン、キメラ抗原受容体(CAR)、細胞エンゲージャー又は抗体薬物コンジュゲート(ADC))をCD66eポリペプチドに結合させることに関与する方法及び材料に関する。例えば本文書は、CD66eポリペプチドに結合する結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー又はADC)並びにがんを処置するためにそのような結合剤を使用する方法及び材料を提供する。本文書は、CD66eポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR又は細胞エンゲージャー)を発現するように設計された細胞(例えば、宿主細胞)、並びにがんを処置するためにそのような細胞を使用する方法及び材料も提供する。
2.背景情報
癌胎児抗原関連細胞接着分子5 (CEACAM5)としても公知のCD66eは、癌胎児抗原(CEA)遺伝子ファミリーのメンバーである。CD66eは、神経内分泌前立腺がんにおいて高度に発現されており、N末端Ig可変領域様(IgV)ドメイン、及びA1-B1-A2-B2-A3-B3と呼ばれる6個のIg定常領域2型様(IgC2様)ドメインを含有している。A3-B3ドメインは膜近位領域と考えられ、これら2つのドメインは多数のがんのCD66eのスプライスバリアント中に存在する。
本文書は、分子(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー又はADC)をCD66eポリペプチドに結合させることに関与する方法及び材料を提供する。例えば本文書は、CD66eポリペプチドに結合する結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー又はADC)並びにがんを有する哺乳動物(例えば、ヒト)を処置するために1つ以上のそのような結合剤を使用する方法及び材料を提供する。
本文書は、CD66eポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR又は細胞エンゲージャー)を発現するように設計された細胞(例えば、宿主細胞)、並びにがんを処置するためにそのような細胞を使用する方法及び材料も提供する。
本明細書に記載される場合、結合剤(例えば、1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上のCAR、1つ以上の細胞エンゲージャー及び/又は1つ以上のADC)は、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するように設計され得る。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー又はADC)は、配列番号150又は配列番号151に記載のヒトCD66eポリペプチドのアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるポリペプチドに結合する能力を有し得る(例えば、図1を参照されたい)。
一部の場合では、本明細書で提供される抗原結合性断片の3個のCDRの2つのセット(例えば、配列番号1～3及び9～11又は配列番号17～19及び25～27)は、CD66e+細胞(例えば、CD66e+腫瘍細胞及び/若しくはCD66e+腫瘍血管系)を標的にする能力を有するCAR+細胞(例えば、CAR+ T細胞、CAR+幹細胞、例えばCAR+人工多能性幹細胞、若しくはCAR+ナチュラルキラー(NK)細胞)を創成するためにCAR中に操作により導入されてよく、CD66e+細胞(例えば、CD66e+腫瘍細胞及び/若しくはCD66e+腫瘍血管系)を標的にする能力を有する抗体を創成し、標的CD66e+細胞に対する抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)を誘導するためにFc領域を含む抗体構造中に操作により導入されてよく、並びに/又はCD66e+細胞(例えば、CD66e+腫瘍細胞及び/若しくはCD66e+腫瘍血管系)を標的にし、標的CD66e+細胞に対する1つ以上の免疫応答(例えば、T細胞免疫応答及び/若しくはFc含有抗体の非存在下で細胞エンゲージャーを使用するADCC)を誘導する能力を有する細胞エンゲージャーを創成するために細胞エンゲージャー、例えば二特異性T細胞エンゲージャー(例えば、BiTE)、二特異性キラーエンゲージャー(例えば、BiKE)及び/若しくは三特異性キラーエンゲージャー(例えば、TriKE)に操作により導入されてよい。BiKE及びTriKE媒介性殺滅は、Fcドメインによって開始されるものではないが、ADCCという場合があることに留意されたい。
加えて、本明細書に記載される場合、本明細書で提供される結合剤(例えば、1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片及び/又は1つ以上の抗体ドメイン)は、結合剤及び薬物を含むコンジュゲートを創成するために使用され得る。例えば、ADC、例えば全抗体薬物コンジュゲート、Fab薬物コンジュゲート及び/又は抗体ドメイン薬物コンジュゲートは、コンジュゲートを創成するように本明細書で提供される適切な結合剤を含むように設計され得る。そのようなコンジュゲートは、標的細胞、例えばがん細胞(例えば、CD66e+がん細胞)又はがん血管系(例えば、CD66e+がん血管系)に薬物ペイロードを送達するために使用され得る。
同様に本明細書に記載される場合、本明細書で提供される結合剤(例えば、1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー及び/又は1つ以上のADC)は、がんを有する哺乳動物(例えば、ヒト)を処置するために使用され得る。例えば、がん(例えば、CD66e+がん)を有する哺乳動物(例えば、ヒト)は、哺乳動物内のがん細胞の数を低下させるために、哺乳動物内のがん細胞に対するADCCを誘導するために、及び/又はがんからの哺乳動物の生存期間を延長させるために、本明細書に記載される1つ以上の結合剤(例えば、1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー及び/又は1つ以上のADC)を含む組成物を投与され得る。
同様に本明細書に記載される場合、細胞(例えば、宿主細胞)は、CD66eポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR又は細胞エンゲージャー)を発現するように設計され得る。例えば、細胞、例えばT細胞(例えば、CTL)、幹細胞(例えば、人工多能性幹細胞)又はNK細胞は、CD66eポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上のCARを発現するように操作され得る。そのような細胞(例えば、CD66e特異的CAR+T細胞又はNK細胞)は、がんを処置するために使用され得る。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片及び/又は抗体ドメイン)は、CD66eポリペプチドの存在又は非存在を検出するために使用され得る。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片及び/又は抗体ドメイン)は、哺乳動物(例えば、ヒト)から得られた試料(例えば、生体試料、例えば腫瘍生検)がCD66e+細胞(例えば、CD66e+がん細胞)を含有するかどうかを決定するために使用され得る。CD66eポリペプチド(例えば、CD66e+がん細胞)の存在又は非存在を検出する能力を有することは、臨床医、医療従事者及び患者が、可能性がある処置選択肢についてより良い決定を行えるようにし得る。例えば哺乳動物内のCD66e+がん細胞の検出は、臨床医、医療従事者及び患者が、CD66e+がん細胞を標的にする適切な抗がん処置を選択できるようにする。CD66e+がん細胞を標的にするそのような処置は、抗CD66e抗体、例えばSAR408701及び/若しくはCD66eポリペプチドに結合する能力を有する本明細書に記載される1つ以上の結合剤の投与、並びに/又は本明細書に記載される結合剤を発現するように設計された1つ以上の細胞(例えば、CD66e特異的CAR+T細胞若しくはNK細胞)の投与を含み得る。
一般に、本文書の一態様は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)抗体を特徴とする（提供する）。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。
別の態様では、本文書は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)抗原結合性断片を特徴とする。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。
別の態様では、本文書は、抗原結合性ドメイン、ヒンジ、膜貫通ドメイン及び1つ以上のシグナル伝達ドメインを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)キメラ抗原受容体であって、抗原結合性ドメインが抗体又は抗原結合性断片を含む、キメラ抗原受容体を特徴とする。抗体は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。抗原結合性断片は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含み得る。ヒンジは、図13に記載のヒンジを含み得る。膜貫通ドメインは、図14に記載の膜貫通ドメインを含み得る。キメラ抗原受容体は、図15に記載の1つ以上のシグナル伝達ドメインを含み得る。
別の態様では、本文書は、先行する段落のキメラ抗原受容体を含む細胞を特徴とする。細胞は、T細胞、幹細胞又はNK細胞であり得る。例えば、本文書の一態様は、細胞の単離された集団であって、集団の少なくとも1つの細胞が先行する段落のキメラ抗原受容体を含む細胞の単離された集団を特徴とする。細胞は、T細胞、幹細胞又はNK細胞であり得る。一部の実施形態では、集団の少なくとも50パーセント、少なくとも75パーセント、少なくとも95パーセント、少なくとも99パーセント又は100パーセントの細胞は、キメラ抗原受容体を含み得る。
別の態様では、本文書は、第1の抗原結合性ドメイン、リンカー及び第2の抗原結合性ドメインを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)細胞エンゲージャーであって、第1の抗原結合性ドメインが抗体又は抗原結合性断片を含む、細胞エンゲージャーを特徴とする。抗体は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。抗原結合性断片は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。第1の抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含み得る。第1の抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するIgGであり得る。リンカーは、図10又は図13に記載のリンカーを含み得る。第2の抗原結合性ドメインは、T細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合し得る。T細胞の表面に発現されるポリペプチドは、CD3ポリペプチドであり得る。第2の抗原結合性ドメインは、図18に記載の抗原結合性ドメインであり得る。第2の抗原結合性ドメインは、NK細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合し得る。NK細胞の表面に発現されるポリペプチドは、CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44又はNKp46ポリペプチドであり得る。第2の抗原結合性ドメインは、図19に記載の抗原結合性ドメインであり得る。細胞エンゲージャーは、第3の抗原結合性ドメインを含み得る。第3の抗原結合性ドメインは、NK細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合し得る。NK細胞の表面に発現されるポリペプチドは、CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44又はNKp46ポリペプチドであり得る。第3の抗原結合性ドメインは、図19に記載の抗原結合性ドメインであり得る。
別の態様では、本文書は、抗体又は抗原結合性断片の少なくとも一部をコードする核酸配列を含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)核酸(例えば、単離された核酸) を特徴とする。抗体は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。抗原結合性断片は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。核酸配列は、(i)～(ii)のいずれか1つの重鎖可変ドメイン又は領域をコードし得る。核酸配列は、(i)～(ii)のいずれか1つの軽鎖可変ドメイン又は領域をコードし得る。核酸は、ウイルスベクターであり得る。核酸は、ファージミドであり得る。
別の態様では、本文書は、上に記載のキメラ抗原受容体又は上に記載の細胞エンゲージャーをコードする核酸配列を含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)核酸(例えば、単離された核酸)を特徴とする。核酸は、ウイルスベクターであり得る。核酸は、ファージミドであり得る。
別の態様では、本文書は、2つの先行する段落のいずれかの核酸を含む宿主細胞を特徴とする。例えば本文書の一態様は、宿主細胞の単離された集団であって、集団の少なくとも1つの宿主細胞が2つの先行する段落のいずれかの核酸を含む、宿主細胞の単離された集団を特徴とする。一部の実施形態では、集団の少なくとも50パーセント、少なくとも75パーセント、少なくとも95パーセント、少なくとも99パーセント又は100パーセントの細胞は、2つの先行する段落のいずれかの核酸を含み得る。
別の態様では、本文書は、上に記載のキメラ抗原受容体又は上に記載の細胞エンゲージャーを発現する宿主細胞を特徴とする。宿主細胞は、T細胞、幹細胞又はNK細胞であり得る。例えば本文書の一態様は、宿主細胞の単離された集団であって、集団の少なくとも1つの宿主細胞が上に記載のキメラ抗原受容体又は上に記載の細胞エンゲージャーを発現する、宿主細胞の単離された集団を特徴とする。一部の実施形態では、集団の少なくとも50パーセント、少なくとも75パーセント、少なくとも95パーセント、少なくとも99パーセント又は100パーセントの細胞は、上に記載のキメラ抗原受容体又は上に記載の細胞エンゲージャーを発現し得る。
別の態様では、本文書は、薬物に共有結合で連結された抗原結合性ドメインを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)抗体薬物コンジュゲート(ADC)であって、抗原結合性ドメインが抗体又は抗原結合性断片を含む。抗体薬物コンジュゲート(ADC) を特徴とする。抗体は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。抗原結合性断片は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含み得る。抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するIgGであり得る。薬物は、アウリスタチン、メルタンシン又はピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体からなる群から選択され得る。
別の態様では、本文書は、抗体又は抗原結合性断片を含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)組成物を特徴とする。抗体は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。抗原結合性断片は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。組成物は、抗体を含み得る。組成物は、抗原結合性断片を含み得る。組成物は、チェックポイント阻害剤を含み得る。チェックポイント阻害剤は、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択され得る。
別の態様では、本文書は、上に記載の細胞エンゲージャーを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)組成物を特徴とする。組成物は、チェックポイント阻害剤を含み得る。チェックポイント阻害剤は、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択され得る。
別の態様では、本文書は、上に記載の細胞を含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)組成物を特徴とする。組成物は、チェックポイント阻害剤を含み得る。チェックポイント阻害剤は、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択され得る。
別の態様では、本文書は、上に記載のADCを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)組成物を特徴とする。組成物は、チェックポイント阻害剤を含み得る。チェックポイント阻害剤は、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択され得る。
別の態様では、本文書は、がんを有する哺乳動物を処置する方法を特徴とする。方法は、先行する4つの段落のいずれかの組成物を哺乳動物に投与するステップを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)。哺乳動物はヒトであり得る。がんはCD66e+がんであり得る。CD66e+がんは、CD66e+肺がん、CD66e+前立腺がん、CD66e+食道がん、CD66e+胃がん、CD66e+結腸直腸がん、CD66e+肝臓がん、CD66e+膣がん又はCD66e+子宮頸がんからなる群から選択され得る。哺乳動物内のがん細胞の数は、投与するステップの後に低下し得る。
別の態様では、本文書は、がんを有する哺乳動物を処置する方法を特徴とする。方法は、(a)先行する段落で参照されたのと同じ4つの先行する段落のいずれかの組成物を哺乳動物に投与するステップ、及び(b)チェックポイント阻害剤を含む組成物を哺乳動物に投与するステップを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)。哺乳動物はヒトであり得る。がんはCD66e+がんであり得る。CD66e+がんは、CD66e+肺がん、CD66e+前立腺がん、CD66e+食道がん、CD66e+胃がん、CD66e+結腸直腸がん、CD66e+肝臓がん、CD66e+膣がん又はCD66e+子宮頸がんからなる群から選択され得る。チェックポイント阻害剤は、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択され得る。哺乳動物内のがん細胞の数は、投与するステップ(a)及び(b)の後に低下し得る。
別の態様では、本文書は、結合分子をCD66eポリペプチドに結合させるための方法を特徴とする。方法は、CD66eポリペプチドを抗体又は抗原結合性断片と接触させるステップを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)。抗体は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗体は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗体は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗体は、モノクローナル抗体であり得る。抗体は、scFv抗体であり得る。抗原結合性断片は:(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域、を含み得る(又は本質的にそれからなり得る、又はそれからなり得る)。抗原結合性断片は、配列番号150又は配列番号151に結合する能力を備え得る。抗原結合性断片は、(i)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(i)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の重鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。重鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、(ii)の軽鎖可変ドメイン又は領域を含み得る。軽鎖可変ドメイン又は領域は、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。抗原結合性断片は、モノクローナルであり得る。抗原結合性断片は、Fabであり得る。接触させるステップは、in vitroで実施され得る。接触させるステップは、in vivoで実施され得る。接触させるステップは、抗体又は抗原結合性断片を哺乳動物に投与することによって哺乳動物内で実施され得る。哺乳動物はヒトであり得る。
別の態様では、本文書は、結合分子をCD66eポリペプチドに結合させるための方法を特徴とする。方法は、CD66eポリペプチドを上に記載のキメラ抗原受容体、上に記載の細胞エンゲージャー又は上に記載のADCと接触させるステップを含む(又はそれから本質的になる、又はそれからなる)。接触させるステップは、in vitroで実施され得る。接触させるステップは、in vivoで実施され得る。接触させるステップは、キメラ抗原受容体、細胞エンゲージャー又はADCを哺乳動物に投与することによって哺乳動物内で実施され得る。哺乳動物はヒトであり得る。
他に定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術的及び科学的用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。方法及び材料は、本開示における使用のために本明細書に記載され;当技術分野において公知の他の好適な方法及び材料も使用され得る。材料、方法及び例は、単に例示であり、限定されることを意図しない、本明細書において述べられる全ての刊行物、特許出願、特許、配列、データベースエントリー及び他の参考文献は、それらの全体が参照により組み込まれる。矛盾する場合は、定義を含む本明細書が支配する。
本発明の1つ以上の実施形態の詳細は、添付の図面及び下の記載に記載される。本発明の他の特性、目的及び有利点は、記載及び図面から、並びに特許請求の範囲から明らかである。
ヒトCD66eポリペプチド(配列番号150)のアミノ酸残基1～702を示す図である。このヒトCD66eポリペプチドの下線及び太字のアミノ酸配列(残基501～682)はA3-B3ドメイン(配列番号151)を示し、CD66e結合剤を特定するために使用した。 クローン#1(ab1)と指定されたFabの重鎖可変ドメイン(図2A)及び軽鎖可変ドメイン(図2B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR、フレームワーク配列、及び定常ドメインも提供し、描いている。 クローン#1(ab1)と指定されたFabの重鎖可変ドメイン(図2A)及び軽鎖可変ドメイン(図2B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR、フレームワーク配列、及び定常ドメインも提供し、描いている。 クローン#2(ab2)と指定されたFabの重鎖可変ドメイン(図3A)及び軽鎖可変ドメイン(図3B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR、フレームワーク配列、及び定常ドメインも提供し、描いている。 クローン#2(ab2)と指定されたFabの重鎖可変ドメイン(図3A)及び軽鎖可変ドメイン(図3B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR、フレームワーク配列、及び定常ドメインも提供し、描いている。 クローン#1～#2の示された鎖/ドメインをコードする核酸配列を示す図である。 例示的なIgの構造を示し、例示的なヒンジ、CH2、及びCH3領域/ドメインのアミノ酸及び核酸の配列を提供する図である。 図6Aは例示的なscFvの構造を示す。図6B及び図6Cは、例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図6B)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図6C)のアミノ酸配列を示す。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図6D～図6Gは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 図6Aは例示的なscFvの構造を示す。図6B及び図6Cは、例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図6B)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図6C)のアミノ酸配列を示す。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図6D～図6Gは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 図6Aは例示的なscFvの構造を示す。図6B及び図6Cは、例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図6B)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図6C)のアミノ酸配列を示す。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図6D～図6Gは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 図6Aは例示的なscFvの構造を示す。図6B及び図6Cは、例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図6B)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図6C)のアミノ酸配列を示す。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図6D～図6Gは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 図6Aは例示的なscFvの構造を示す。図6B及び図6Cは、例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図6B)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図6C)のアミノ酸配列を示す。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図6D～図6Gは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 図6Aは例示的なscFvの構造を示す。図6B及び図6Cは、例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図6B)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図6C)のアミノ酸配列を示す。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図6D～図6Gは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図7A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図7B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図7Cは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図7A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図7B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図7Cは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図7A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図7B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。図7Cは例示的なscFvの構造を示し、リンカー、CDR、及びフレームワーク配列が描かれたアミノ酸及び核酸の配列を提供する。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図8A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図8B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図8A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図8B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図9A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図9B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。 例示的なscFvの例示的な重鎖可変ドメイン(図9A)及び例示的な軽鎖可変ドメイン(図9B)のアミノ酸配列を示す図である。それぞれのCDR及びフレームワーク配列も描いている。例示的なリンカーアミノ酸配列、例えば図10に記載のリンカーアミノ酸配列を使用して、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結して、scFvを形成することができる。 重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを一緒に連結してscFvを形成するために使用することができる例示的なリンカーアミノ酸配列を示す図である。これらのリンカー配列を使用して、CAR及び細胞エンゲージャーを創成することもできる。 図11Aは例示的なCARの構造を示す。図11BはCARを発現するために設計した例示的なCAR構築物の概略図である。プロモーター配列(例えばCMV最初期プロモーター配列)に続いて、シグナルペプチド配列(例えばGM-CSFシグナルペプチド配列)、続いて本明細書で提供されるscFv(例えば本明細書で提供される抗原結合性断片の3個のCDRの2つのセット、例えば重鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3、並びに軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3(いずれかの順序)を含むように設計したscFv、例えば配列番号1～3及び9～11、又は配列番号17～19及び25～27)、続いて必要に応じたリンカー(示していない)、続いて必要に応じたヒンジ(例えばCD8ヒンジ配列、示していない)、続いて膜貫通配列(例えばCD8膜貫通配列)、続いて1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン配列(例えば4-1BB(CD137)細胞内シグナル伝達ドメイン配列及びCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン配列)があってよい。 CARを設計するために使用することができる例示的なシグナルペプチドのアミノ酸配列を示す図である。 CARを設計するために使用することができる例示的なヒンジのアミノ酸配列を示す図である。 CARを設計するために使用することができる例示的な膜貫通ドメインのアミノ酸配列を示す図である。 CARを設計するために使用することができる例示的な細胞内シグナル伝達ドメインのアミノ酸配列を示す図である。 クローン#1のFabのCDRを使用して創成したscFvを含むように設計したCAR(CAR #1)のアミノ酸配列及びそのCARをコードする核酸配列を示す図である。このCARの種々の構成成分(例えばドメイン及びリンカー)を提供し、描いている。 クローン#1のFabのCDRを使用して創成したscFvを含むように設計したCAR(CAR #1)のアミノ酸配列及びそのCARをコードする核酸配列を示す図である。このCARの種々の構成成分(例えばドメイン及びリンカー)を提供し、描いている。 図17Aは、Igフォーマット(例えばIgG1フォーマット)の本明細書で提供される重鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3、並びに本明細書で提供される軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3を使用して設計した例示的なBiTEの概略図である。ヒト化抗CD3 scFv(例えば米国特許第6,750,325号に記載のgOKT3-7 scFv)を、リンカー(例えば(G4S)3リンカー)を介して軽鎖のC末端に連結することができる。図17Bは、リンカー配列(配列番号162、このリンカーの核酸配列は配列番号163である)のアミノ酸配列及びこれに続くgOKT3-7 scFv配列を示し、これは図17Aに示すように軽鎖に結合することができる。図17Bも、このリンカー及びgOKT3-7 scFvをコードする核酸配列を示す。 T細胞に結合する細胞エンゲージャーを設計するために使用することができる例示的な抗原結合性ドメインのアミノ酸配列を示す図である。 NK細胞に結合する細胞エンゲージャーを設計するために使用することができる例示的な抗原結合性ドメインのアミノ酸配列並びに例示的なBiKEのアミノ酸及び核酸の配列を示す図である。 NK細胞に結合する細胞エンゲージャーを設計するために使用することができる例示的な抗原結合性ドメインのアミノ酸配列並びに例示的なBiKEのアミノ酸及び核酸の配列を示す図である。 NK細胞に結合する細胞エンゲージャーを設計するために使用することができる例示的な抗原結合性ドメインのアミノ酸配列並びに例示的なBiKEのアミノ酸及び核酸の配列を示す図である。 図20Aは、本明細書で提供される例示的な抗体のCEACAM5 A3B3ドメインへの結合を示す概略図である。図20Bは、抗体の発見のための主要な抗原としてのA3B3ドメインの使用の根拠の1つを示す概略図である。 図20Aは、本明細書で提供される例示的な抗体のCEACAM5 A3B3ドメインへの結合を示す概略図である。図20Bは、抗体の発見のための主要な抗原としてのA3B3ドメインの使用の根拠の1つを示す概略図である。 パニングのための抗原及び競合剤の設計である。 精製したFc融合CEACAM5及びCEACAM6ドメインについてのSDS-PAGE解析である。 間接ELISAにおけるCEACAM5の様々なドメインへの1G9 Fabの結合である。 間接ELISAにおける様々なCEACAMのファミリーメンバー及びカニクイザル(cynomolgus) CEACAM5への1G9 Fab及びIgG1の結合である。 フローサイトメトリー解析におけるCEACAMファミリーメンバーの様々なドメインへの1G9 Fabの結合である。 5,800を超えるヒト膜関連タンパク質に対する膜プロテオームアレイ(MPA)における1G9 IgG1の特異性である。 Biacoreによる表面プラスモン共鳴(SPR)解析における平衡解離定数測定である。 CEACAM5のA3B3ドメインにおけるN連結グリコシル化部位及びAsnからQlnへの変異を有する精製されたFc融合A3B3ドメインについてのSDS-PAGE解析である。 A3B3ドメインの変異体への1G9 Fabの結合である。 CEACAM5のA3B3ドメイン及びCEACAM6のABドメインへの1G9及び1C1 hIgG1の結合である。 A3B3ドメインの変異体への1G9及び1C1 hIgG1の結合である。 CEACAM5への結合についての1C1 IgG1の存在時及び非存在時の1G9 Fabの競合的ELISAである。 1G9又は1C1 hIgG1のCEACAM5 A3B3ドメインとの複合体についての電子顕微鏡(EM)画像である。 Fcガンマ受容体(CD16a、CD65、及びCD32)への1G9及び1C1 hIgG1の結合である。 CEACAM5陽性NEPC細胞系(NCI-H660)、安定的にCEACAM5を発現するPrAd Du145細胞系(Du145-CEACAM5)、及びCEACAM5陰性PrAd細胞系(Du145)への1G9及び1C1 hIgG1の結合である。 NK細胞の存在下におけるCEACAM5陽性細胞系(NCI-H660及びCEACAM5陽性Du145細胞)及びCEACAM5陰性細胞系(Du145)に対する1G9及び1C1 hIgG1によるADCC活性である(E:T比=5:1)。 PBMCの存在下におけるCEACAM5陽性細胞系(NCI-H660)に対する1G9及び1C1 hIgG1によるADCC活性である。 CEACAM5陽性細胞系(NCI-H660)及びCEACAM5陰性細胞系(Du145)における免疫細胞の非存在下での1G9 hIgG1による72時間の処理の後の細胞生存率のアッセイである。 CEACAM5陽性細胞系(NCI-H660)における1G9 hIgG1による処理の後のトランスウェル遊走アッセイである。トランスウェルにより遊走した細胞の代表的な画像及び定量を示す。 37℃における示されたインキュベーション時間後のNCI-H660細胞表面上の残存した抗体レベル(1G9及び1C1 hIgG1)の蛍光強度ヒストグラム並びに1G9及び1C1 hIgG1についての平均蛍光強度(MFI)の定量である。 1G9のscFvの設計並びに異なるVH/VLの配向及びリンカーの使用におけるCEACAM5のA3B3ドメインへの1G9のscFvの結合である。 例示的なCAR(例えば第2世代及び第3世代のCAR)についての遺伝子構成成分である。 対照T細胞及び抗CEACAM5 CAR-T細胞(第2及び第3世代のCAR-T細胞)におけるCD4+ T及びCD8+ Tの集団でのCARの発現である。 CEACAM5陽性細胞系(NCI-H660)、CEACAM5を安定的に発現するDu145細胞系(Du145-CEACAM5)、及びCEACAM5陰性細胞系(Du145)に対する抗CEACAM5 CAR-Tの細胞傷害活性である。 N連結グリカンを付加したCEACAM5及びCEACAM6のドメインについての構造モデルである。 示された細胞培養からの細胞上清で測定したサイトカインの分泌である。 細胞内染色によって解析した、第3世代の抗CEACAM5 CAR-TのNCI-H660細胞との共培養の後、48時間における上清中のグランザイムB、パーフォリン、及びIFNγが陽性のT細胞集団(%)である(E:T比=2:1)。 Du145-CEACAM5及びDu145の腫瘍における示されたhIgG1処置群についての個別のマウスの腫瘍成長曲線及び体重である。 Du145-CEACAM5及びDu145の腫瘍における示されたCAR-T処置群についての個別のマウスの腫瘍成長曲線及び体重である。 1G9 hIgG1又はCAR-T細胞を使用した処置の後の全体の腫瘍成長阻害及び生存率である。
本文書は、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合(例えば特異的に結合)する結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及びADC)を提供する。例えば、本文書は、配列番号150又は配列番号151(例えば図1を参照)に記載のアミノ酸を含む、それから本質的になる、又はそれからなるポリペプチドに結合(例えば特異的に結合)する結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及びADC)を提供する。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、又はADC)は、CD66eポリペプチドに結合する能力を有することができ、CD66cポリペプチドに結合する能力を欠くことができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、又はADC)は、ヒトCD66eポリペプチドに結合する能力を有することができ、ヒトCD66cポリペプチドに結合する能力を欠くことができる。
本明細書で使用される用語「抗体」は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、キメラ抗体、少なくとも2つの抗体から形成される多特異性抗体(例えば二特異性抗体)、ダイアボディ、一本鎖可変断片抗体(例えばscFv抗体)、及びタンデム一本鎖可変断片抗体(例えばtaFv)を含む。ダイアボディは、同じ又は異なる抗体に由来する重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインをそれぞれ有する2つの鎖を含むことができる(例えばHornig and Farber-Schwarz, Methods Mol. Biol., 907:713-27 (2012);及びBrinkmann and Kontermann, MAbs., 9(2):182-212 (2017)を参照)。2つの可変領域は、ポリペプチドリンカー(例えば長さ5～10残基を有するポリペプチドリンカー又は図10に記載のポリペプチドリンカー)によって接続することができる。一部の場合では、ダイアボディの重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインの対の一方又は両方にドメイン間ジスルフィド結合が存在してもよい。scFvは、その中で重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインが直接接続されるか、又はポリペプチドリンカー(例えば、長さ8～18残基を有するポリペプチドリンカー又は図10に記載のポリペプチドリンカー)を介して接続される一本鎖ポリペプチド抗体である。Chenら、Adv. Drug Deliv. Rev.、65(10):1357-1369 (2013)も参照されたい。scFvは、重鎖可変ドメインに軽鎖可変ドメインが続く配向を有するように設計することができるか、又は軽鎖可変ドメインに重鎖可変ドメインが続く配向を有するように設計することができる。両方の場合において、必要に応じたリンカーを2つのドメインの間に位置させることができる。本明細書で提供されるscFvのscFv構造の例には、限定するものではないが、図6A～6G、7A～7C、8A～8B、及び9A～9Bに記載の構造が含まれる。
本明細書で提供される抗体は本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体であるように構成してよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗体は本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、モノクローナル抗体であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗体は本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、scFv抗体として構成してよい。
本明細書で使用される用語「抗体結合性断片」は、抗原に結合する能力を有する抗体の断片(例えばヒト化抗体の断片、ヒト抗体の断片、又はキメラ抗体の断片)を言う。抗原結合性断片の例には、限定するものではないが、Fab、Fab'、又はF(ab')2抗原結合性断片が含まれる。本明細書で提供される抗原結合性断片は、本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、ヒト抗原結合性断片、ヒト化抗原結合性断片、又はキメラ抗原結合性断片であるように構成してよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗原結合性断片は本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、モノクローナル抗原結合性断片であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗原結合性断片は、本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、Fab抗体として構成してよい。一部の場合では、Fab抗体は、Fabの重鎖と軽鎖の間のジスルフィド結合のための部分的ヒンジ配列(例えば配列番号152)を含んでよい。
本明細書で使用される用語「抗体ドメイン」は、抗体のドメイン、例えば抗体の他の1つ以上のドメインの非存在下における、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)又は軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)を言う。一部の場合では、抗体ドメインは、抗原に結合する能力を有する単一の抗体ドメイン(例えばVHドメイン又はVLドメイン)であってよい。本明細書で提供される抗体ドメインは本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、ヒト抗体ドメイン(例えばヒトVHドメイン)、ヒト化抗体ドメイン(例えばヒト化VHドメイン)、又はキメラ抗体ドメイン(例えばキメラVHドメイン)であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗体ドメインは本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、モノクローナル抗体ドメインであってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗体ドメインは本明細書に記載される(例えば表13に記載される)CDRを含んでよく、単一のVHドメイン又は単一のVLドメインとして操作されてもよい。
本明細書で提供される抗CD66e抗体、抗CD66e抗原結合性断片、又は抗CD66e抗体ドメインは、IgA-、IgD-、IgE-、IgG-、又はIgM-型の抗体ドメインであってよく、IgG-又はIgM-型、例えば限定するものではないがIgG1-、IgG2-、IgG3-、IgG4-、IgM1-、及びIgM2-型を含む。一部の場合では、本明細書で提供される抗体(例えば抗CD66e抗体)はscFv抗体であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗原結合性断片(例えば抗CD66e抗体断片)はFabであってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗体(例えば抗CD66e抗体)は、図5に記載の構造を有する完全に無傷の抗体であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される抗体ドメイン(例えば抗CD66e抗体ドメイン)は、VHドメインであってよい。
本明細書で使用される用語「キメラ抗原受容体」は、必要に応じたシグナルペプチド、抗原結合性ドメイン、必要に応じたヒンジ、膜貫通ドメイン、及び1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含むように設計されたキメラポリペプチドを言う。本明細書に記載される場合、本明細書で提供されるCARの抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合するように設計され得る。例えば、本明細書で提供されるCARは、その抗原結合性ドメインがCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有することを条件として、抗原結合性ドメインとして本明細書に記載される抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメインの構成成分(例えばCDRの組合せ)を含むように設計され得る。一部の例では、本明細書で提供されるCARは、本明細書で提供される抗原結合性断片の3個のCDRの2つのセット(例えば重鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3、並びに軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3)を含む抗原結合性ドメイン(例えば配列番号1～3及び9～11、又は配列番号17～19及び25～27)を含むように設計され得る。一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARの抗原結合性ドメインは、本明細書に記載されるVHドメイン又は本明細書に記載されるscFv抗体を含むように設計され得る。
本明細書で提供されるCARを作製するために使用することができるCAR構造の例には、限定するものではないが、図11A及び11Bに記載のものが含まれる。
一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、シグナルペプチドを含むように設計され得る。本明細書に記載されるCARを設計するために任意の適切なシグナルペプチドを使用することができる。本明細書に記載されるCARを作製するために使用することができるシグナルペプチドの例には、限定するものではないが、ヒトIGKV1-39由来のシグナルペプチド、IGKV1-16、IGKV1-33、IGKV3-11、IGKV4-1、又はIGKV6-21が含まれる。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、図12に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるシグナルペプチドを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図12に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるシグナルペプチドを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図12に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるシグナルペプチドを含むように設計され得る。
一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、ヒンジを含むように設計され得る。本明細書に記載されるCARを設計するために、任意の適切なヒンジを使用することができる。本明細書に記載されるCARを作製するために使用することができるヒンジの例には、限定するものではないが、Ig由来のヒンジ(例えばIgG1由来のヒンジ、IgG2由来のヒンジ、又はIgG4由来のヒンジ)、CD2ドメイン及びCD3ドメインを含有しIg由来のヒンジ、CD2ドメインを含有しCD3ドメインを欠くIg由来のヒンジ、CD3ドメインを含有しCD2ドメインを欠くIg由来のヒンジ、CD2ドメインを欠きCD3ドメインを欠くIg由来のヒンジ、CD8α由来のヒンジ、CD28由来のヒンジ、及びCD3ζ由来のヒンジが含まれる。本明細書で提供されるCARは、任意の適切な長さのヒンジを含むように設計され得る。例えば、本明細書で提供されるCARは、長さ約3～約75(例えば約3～約65、約3～約50、約5～約75、約10～約75、約5～約50、約10～約50、約10～約40、又は約10～約30)のアミノ酸残基であるヒンジを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書に記載されるCARを作製するためのヒンジとしてリンカー配列を使用してよい。例えば、本明細書に記載されるCARのヒンジとして、図10に記載のリンカー配列のいずれか1つを使用してよい。
一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、図10又は図13に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるヒンジを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図10又は図13に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるヒンジを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図10又は図13に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるヒンジを含むように設計され得る。
本明細書で提供されるCARは、任意の適切な膜貫通ドメインを含むように設計され得る。例えば、本明細書で提供されるCARの膜貫通ドメインは、限定するものではないが、CD3ζ膜貫通ドメイン、CD4膜貫通ドメイン、CD8α膜貫通ドメイン、CD28膜貫通ドメイン、及び4-1BB膜貫通ドメインであってよい。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、図14に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる膜貫通ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図14に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる膜貫通ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図14に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる膜貫通ドメインを含むように設計され得る。
本明細書で提供されるCARは、1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含むように設計され得る。例えば、本明細書で提供されるCARは、1個、2個、3個、又は4個の細胞内シグナル伝達ドメインを含むように設計され得る。本明細書に記載されるCARを作製するために、任意の好適な細胞内シグナル伝達ドメイン又は細胞内シグナル伝達ドメインの組合せを使用してよい。本明細書に記載されるCARを作製するために使用することができる細胞内シグナル伝達ドメインの例には、限定するものではないが、CD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン、CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40(CD134)細胞内シグナル伝達ドメイン、4-1BB(CD137)細胞内シグナル伝達ドメイン、CD278細胞内シグナル伝達ドメイン、DAP10細胞内シグナル伝達ドメイン、及びDAP12細胞内シグナル伝達ドメインが含まれる。一部の場合では、本明細書に記載されるCARは、CD3ζ細胞内シグナル伝達ドメインを有する第1世代のCARであるように設計され得る。一部の場合では、本明細書に記載されるCARは、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメインを有する第2世代のCARであるように設計され得る。一部の場合では、本明細書に記載されるCARは、(a) CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続く(b) CD27細胞内シグナル伝達ドメイン、OX40細胞内シグナル伝達ドメイン、又は4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続く(c) CD3ζ細胞内シグナル伝達ドメインを有する第3世代のCARであるように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、図15に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる少なくとも1つの細胞内シグナル伝達ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、その細胞内シグナル伝達ドメインが、細胞内シグナル伝達を活性化する少なくともある種の活性を有することを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図15に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる少なくとも1つの細胞内シグナル伝達ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供されるCARは、その細胞内シグナル伝達ドメインが、細胞内シグナル伝達を活性化する少なくともある種の活性を有することを条件として、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図15に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる少なくとも1つの細胞内シグナル伝達ドメインを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えばIgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば、IgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えばIgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る(例えば図16を参照)。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えばIgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る(例えば図16を参照)。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば、IgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えばIgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えばIgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続くヒンジ、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えばIgG4由来のヒンジ、CD8αヒンジ、又はリンカープラスIgG4由来のヒンジ)、それに続く膜貫通ドメイン、例えば図14に記載の膜貫通ドメイン(例えばヒトCD28膜貫通ドメイン又はCD8α膜貫通ドメイン)、それに続く1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば図15に記載の1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン(例えばヒト4-1BB細胞内シグナル伝達ドメイン、それに続くヒトCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン)を有するscFvを含むように設計され得る。例えば、CD66eポリペプチドを標的とするCARは、配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続く配列番号100、それに続く配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続く配列番号102、それに続く配列番号108、それに続く配列番号119、それに続く配列番号124、それに続く配列番号123、それに続く配列番号97、それに続く配列番号121を有するscFvを含むように設計され得る。
本明細書で使用される用語「細胞エンゲージャー」は、2つ以上の抗原結合性ドメイン(例えば2個、3個、又は4個の抗原結合性ドメイン)を含み、2つの細胞を一緒に連結する能力を有するポリペプチドを言う。細胞エンゲージャーの例には、限定するものではないが、BiTE、BiKE、及びTriKEが含まれる。一般に、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する少なくとも1つの抗原結合性ドメイン及び細胞(例えばT細胞又はNK細胞)の表面上に発現される抗原に結合する能力を有する少なくとも1つの抗原結合性ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書に記載される細胞エンゲージャーは、細胞エンゲージャーの2つ以上の抗原結合性ドメインを介して、CD66e+細胞(例えばCD66e+がん細胞)を別の細胞(例えばT細胞又はNK細胞)に連結することができる。本明細書で提供される細胞エンゲージャーの細胞エンゲージャー構造の例には、限定するものではないが、図17Aに記載の構造が含まれる。一部の場合では、図17Aに示す抗CD3 scFvは、細胞(例えばT細胞又はNK細胞)の表面上に発現される抗原に結合する能力を有する異なる抗原結合性ドメインで置き換えることができる。
細胞エンゲージャーが、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメイン及び2つ以上の他の抗原結合性ドメイン(例えば2個、3個、又は4個の他の抗原結合性ドメイン)を含む場合、これらの他の抗原結合性ドメインのそれぞれは、異なる細胞型の表面上に発現される異なる抗原に結合することができるか、又は同じ細胞型の表面上に発現される異なる抗原に結合することができる。例えば、TriKEを、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する第1の抗原結合性ドメイン、NK細胞の表面上に発現される第1の抗原(例えばCD16ポリペプチド、例えばCD16aポリペプチド)に結合する能力を有する第2の抗原結合性ドメイン、及びNK細胞の表面上に発現される第2の抗原(例えばNKG2Aポリペプチド)に結合する能力を有する第3の抗原結合性ドメインを有するように設計され得る。
本明細書に記載されるように、本明細書で提供される細胞エンゲージャーの少なくとも1つの抗原結合性ドメインは、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合するように設計され得る。例えば、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、その抗原結合性ドメインがCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有することを条件として、本明細書に記載される抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメインの構成成分(例えばCDRの組合せ)を抗原結合性ドメインとして含むように設計され得る。一部の例では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、本明細書で提供される抗原結合性断片の3個のCDRの2つのセット(例えば、重鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3、並びに軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3)(例えば、配列番号1～3及び9～11、又は配列番号17～19及び25～27)を含む抗原結合性ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャーの抗原結合性ドメインは、本明細書に記載されるVHドメイン又は本明細書に記載されるscFv/Fab抗体を含むように設計され得る。一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する本明細書に記載されるCARの抗原結合性ドメインは、CD66e+細胞を標的とする細胞エンゲージャーの抗原結合性ドメインとして使用することができる。
本明細書に記載されるように、細胞エンゲージャーは、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する少なくとも1つの抗原結合性ドメイン及び少なくとも1つの他の抗原結合性ドメインを含むように設計され得る。この少なくとも1つの他の抗原結合性ドメインは、細胞の表面上に発現される任意の適切な抗原に結合する能力を有し得る。例えば細胞エンゲージャー、例えばCD66e+細胞とT細胞とを連結するBiTEを設計する場合、細胞エンゲージャーは、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメイン及びT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメインを含み得る。本明細書で提供される細胞エンゲージャーの抗原結合性ドメインによって標的とされ得るT細胞の表面上に発現されるポリペプチドの例には、限定するものではないが、CD3ポリペプチドが含まれる。本明細書で提供される細胞エンゲージャー(例えばBiTE)を作製するために使用することができるT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメインの例には、限定するものではないが、抗CD3 scFv及び抗CD3 VHドメインが含まれる。T細胞の表面上に発現されるポリペプチド(例えばCD3)に結合する能力を有する抗原結合性ドメインとして使用することができるアミノ酸配列のさらなる例は、米国特許第6,750,325号に記載されている(例えば米国特許第6,750,325号の配列表を参照)。
一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、図18に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる抗原結合性ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、抗原結合性ドメインがT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有することを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図18に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる抗原結合性ドメインを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、抗原結合性ドメインがT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有することを条件として、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図18に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる抗原結合性ドメインを含むように設計され得る。
細胞エンゲージャー、例えばCD66e+細胞とNK細胞とを連結するためのBiKE又はTriKEを設計する場合、細胞エンゲージャーは、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメイン及びNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上(例えば1個、2個、又は3個)の抗原結合性ドメインを含み得る。本明細書で提供される細胞エンゲージャーの抗原結合性ドメインによって標的とされ得るNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドの例には、限定するものではないが、CD16ポリペプチド(例えばCD16aポリペプチド)、NKG2Aポリペプチド、NKG2Dポリペプチド、NKp30ポリペプチド、NKp44ポリペプチド、及びNKp46ポリペプチドが含まれる。本明細書で提供される細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)を作製するために使用することができるNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメインの例には、限定するものではないが、抗CD16a scFv、抗NKG2A scFv、抗NKG2D scFv、抗NKp30 scFv(例えばBioLegend Catalog #325207を参照)、抗NKp44 scFv、抗NKp46 scFv、抗CD16a VHドメイン、抗NKG2A VHドメイン、抗NKG2D VHドメイン、抗NKp30 VHドメイン、抗NKp44 VHドメイン、及び抗NKp46 VHドメインが含まれる。NK細胞の表面上に発現されるポリペプチド(例えばCD16、NKG2A、NKG2D、又はNKp46)に結合する能力を有する抗原結合性ドメインとして使用することができるアミノ酸配列のさらなる例は、McCallら、(Mol. Immunol., 36(7):433-445 (1999);例えば抗CD16 scFv配列を参照);国際特許出願公開第PCT/US2017/048721号(例えば抗CD16a結合性ドメインについてのCDR及び配列表を参照);米国特許出願公開第2011/0052606号(例えば抗NKG2A抗体、例えばZ199についてのCDR及び配列表を参照);米国特許出願公開第2011/0150870号(例えば抗NKG2D抗体についてのCDR及び配列表を参照);米国特許出願公開第2018/0369373号(例えば抗NKp46抗体についてのCDR及び配列表を参照);及び米国特許出願公開第2017/0368169号(例えば抗NKp46抗体についてのCDR及び配列表を参照)に記載されている。
一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、図19に記載のアミノ酸配列の1つ以上を含む、それから本質的になる、又はそれからなる抗原結合性ドメイン(例えばscFv又はVH)を含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、抗原結合性ドメインがNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有することを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図19に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる抗原結合性ドメイン(例えばscFv又はVH)を含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、抗原結合性ドメインがNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有することを条件として、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図19に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなる抗原結合性ドメイン(例えばscFv又はVH)を含むように設計され得る。
一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、各抗原結合性ドメインの間に位置するリンカーを含むように設計され得る。本明細書で提供される細胞エンゲージャーを設計するために、任意の好適なリンカーを使用してよい。本明細書に記載される細胞エンゲージャーを作製するために使用することができるリンカーの例には、限定するものではないが、図10に記載のリンカー配列が含まれる。本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、任意の適切な長さのリンカーを含むように設計され得る。例えば、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、長さ約3～約100(例えば約3～約90、約3～約80、約3～約70、約3～約60、約3～約50、約3～約40、約3～約30、約3～約20、約3～約15、約5～約100、約10～約100、約20～約100、約30～約100、約40～約100、約50～約100、約60～約100、約70～約100、約10～約50、約10～約40、約10～約30、約10～約20、又は約12～約17)のアミノ酸残基のリンカーを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、GGGGSGGGGSGGGGS(配列番号78)リンカーを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書に記載されるCARのヒンジを、本明細書に記載される細胞エンゲージャーを作製するためのリンカーとして使用することができる。例えば、図13に記載の配列のいずれか1つを、本明細書に記載される細胞エンゲージャーのリンカーとして使用することができる。
一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、図10又は図13に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるリンカーを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、又は10個のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図10又は図13に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるリンカーを含むように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される細胞エンゲージャーは、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、又は10個以下のアミノ酸の欠失、付加、置換、又はそれらの組合せを有する、図10又は図13に記載のアミノ酸配列の1つを含む、それから本質的になる、又はそれからなるリンカーを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE又はTriKE)は、配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10に記載のリンカー、それに続く配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、それに続くリンカー、例えば図10又は図13に記載のヒンジ/リンカー(例えば配列番号78)、それに続くNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する1つ以上の抗原結合性ドメイン(例えばBiKEについては抗ヒトCD16a scFv又はTriKEについては抗ヒトCD16a scFv及び抗ヒトNKG2A scFv)を有するscFvを含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、(a)配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、(a)配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE)は、(a)配列番号1、配列番号2、及び配列番号3を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号9、配列番号10、及び配列番号11を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD16a scFv又は抗ヒトNKG2A scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE)は、(a)配列番号8を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号16を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD16a scFv又は抗ヒトNKG2A scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、(a)配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiTE)は、(a)配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びT細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD3 scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE)は、(a)配列番号17、配列番号18、及び配列番号19を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号25、配列番号26、及び配列番号27を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD16a scFv又は抗ヒトNKG2A scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチドを標的とする細胞エンゲージャー(例えばBiKE)は、(a)配列番号24を含む重鎖可変ドメイン、Igヒンジ、及び定常ドメイン(例えばCH1、CH2、及びCH3ドメイン)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる重鎖、並びに(b)配列番号32を含む軽鎖可変ドメイン、定常ドメイン(例えばカッパ又はラムダ定常ドメイン)、及びNK細胞の表面上に発現されるポリペプチドに結合する能力を有する抗原結合性ドメイン(例えば抗ヒトCD16a scFv又は抗ヒトNKG2A scFv)を含む、それから本質的になる、又はそれからなる軽鎖を有するIgG(例えばIgG1)構成を含むように設計され得る。
一実施形態では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(i)配列番号1に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号1のバリアント)を有するCDR1、配列番号2に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号2のバリアント)を有するCDR2及び配列番号3に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号3のバリアント)を有するCDR3を有する重鎖可変ドメイン;並びに/或いは(ii)配列番号9に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号9のバリアント)を有するCDR1、配列番号10に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号10のバリアント)を有するCDR2及び配列番号11に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号11のバリアント)を有するCDR3を有する軽鎖可変ドメイン、を含み得る。これらのCDR及びCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有するこのような抗原結合性断片の例は、限定するものではないが、図2A及び2Bに記載のFabを含む。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有し、(a)配列番号1に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号1のバリアント)を有するCDR1、配列番号2に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号2のバリアント)を有するCDR2及び配列番号3に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号3のバリアント)を有するCDR3を有する重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)配列番号9に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号9のバリアント)を有するCDR1、配列番号10に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号10のバリアント)を有するCDR2及び配列番号11に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号11のバリアント)を有するCDR3を有する軽鎖可変ドメイン、を有する本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、任意の適切なフレームワーク領域を含み得る。例えば、そのような結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号4に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号4のバリアント)を有するフレームワーク領域1、配列番号5に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号5のバリアント)を有するフレームワーク領域2、配列番号6に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号6のバリアント)を有するフレームワーク領域3及び配列番号7に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号7のバリアント)を有するフレームワーク領域4を含む重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)配列番号12に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号12のバリアント)を有するフレームワーク領域1、配列番号13に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号13のバリアント)を有するフレームワーク領域2、配列番号14に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号14のバリアント)を有するフレームワーク領域3及び配列番号15に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号15のバリアント)を有するフレームワーク領域4を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。
一部の場合では、図2A又は2Bに記載のいずれかのCDRを有する結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、図2A及び2Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る、又は別の抗体、抗体断片若しくは抗体ドメイン由来の1つ以上のフレームワーク領域を含むように設計され得る。例えばFabは、配列番号4に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1が、配列番号58に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1又は配列番号67に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1又は配列番号72に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1で置き換えられていることを除いて、図2A及び2Bに記載の6個のCDR並びに図2A及び2Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。一部の場合では、scFvは、図2A及び2Bに記載の6個のCDR並びに図2A及び2Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。一部の場合では、scFvは、配列番号4に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1が、配列番号58に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1、配列番号67に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1又は配列番号72に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1で置き換えられていることを除いて、図2A及び2Bに記載の6個のCDR並びに図2A及び2Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。別の例では、scFvは、図2A及び2Bに記載の6個のCDR並びに図6B及び6C、図7A及び7B、図8A及び8B又は図9A及び9Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び/又は(b)配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び/又は(b)配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号8に記載のアミノ酸配列に100パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び/又は(b)配列番号16に記載のアミノ酸配列に100パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含み得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号1、2及び3に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、並びに/又は(b)配列番号9、10及び11に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号1、2及び3に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、並びに/又は(b)配列番号9、10及び11に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号8に記載のアミノ酸配列、又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号8に記載のアミノ酸を有する重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)配列番号16に記載のアミノ酸配列、又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号16に記載のアミノ酸を含む軽鎖可変ドメインを含み得る。例えば、本明細書で提供される抗体又は抗原結合性断片は、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有し得、配列番号1、2及び3に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号8に記載のアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインを含み得、並びに配列番号9、10及び11に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号16に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを含み得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)(i)配列番号1に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR1、(ii)配列番号2に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR2、及び(iii)配列番号3に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR3、を含む重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)(i)配列番号9に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR1、(ii)配列番号10に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR2、及び(iii)配列番号11に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR3を含む軽鎖可変ドメインを含み得る。本明細書で使用される場合、「配列番号1に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号1内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号1の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号1の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR1である。配列番号1に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1の例は、限定するものではないが、表1に記載のものを含む。
Figure 2024513313000001
本明細書で使用される場合、「配列番号2に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号2内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号2の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号2の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR2である。配列番号2に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2の例は、限定するものではないが、表2に記載のものを含む。
Figure 2024513313000002
本明細書で使用される場合、「配列番号3に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号3内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号3の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号3の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR3である。配列番号3に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3の例は、限定するものではないが、表3に記載のものを含む。
Figure 2024513313000003
本明細書で使用される場合、「配列番号9に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号9内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号9の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号9の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR1である。配列番号9に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1の例は、限定するものではないが、表4に記載のものを含む。
Figure 2024513313000004
本明細書で使用される場合、「配列番号10に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号10内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号10の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号10の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR2である。配列番号10に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2の例は、限定するものではないが、表5に記載のものを含む。
Figure 2024513313000005
本明細書で使用される場合、「配列番号11に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号11内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号11の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号11の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR3である。配列番号11に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3の例は、限定するものではないが、表6に記載のものを含む。
Figure 2024513313000006
別の実施形態では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(i)配列番号17に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号17のバリアント)を有するCDR1、配列番号18に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号18のバリアント)を有するCDR2及び配列番号19に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号19のバリアント)を有するCDR3を有する重鎖可変ドメイン;並びに/或いは(ii)配列番号25に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号25のバリアント)を有するCDR1、配列番号26に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号26のバリアント)を有するCDR2及び配列番号27に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号27のバリアント)を有するCDR3を有する軽鎖可変ドメイン、を含み得る。これらのCDR及びCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有するこのような抗原結合性断片の例は、限定するものではないが、図3A及び3Bに記載のFabを含む。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有し、(a)配列番号17に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号17のバリアント)を有するCDR1、配列番号18に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号18のバリアント)を有するCDR2及び配列番号19に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号19のバリアント)を有するCDR3を有する重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)配列番号25に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号25のバリアント)を有するCDR1、配列番号26に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号26のバリアント)を有するCDR2及び配列番号27に記載のアミノ酸配列(又は1個若しくは2個のアミノ酸改変を有する配列番号27のバリアント)を有するCDR3を有する軽鎖可変ドメイン、を有する本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、任意の適切なフレームワーク領域を含み得る。例えば、そのような結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号20に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号20のバリアント)を有するフレームワーク領域1、配列番号21に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号21のバリアント)を有するフレームワーク領域2、配列番号22に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号22のバリアント)を有するフレームワーク領域3及び配列番号23に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号23のバリアント)を有するフレームワーク領域4を含む重鎖可変ドメイン、並びに/
或いは(b)配列番号28に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号28のバリアント)を有するフレームワーク領域1、配列番号29に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号29のバリアント)を有するフレームワーク領域2、配列番号30に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号30のバリアント)を有するフレームワーク領域3及び配列番号31に記載のアミノ酸配列(又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個若しくはそれを超えるアミノ酸改変を有する配列番号31のバリアント)を有するフレームワーク領域4を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。
一部の場合では、図3A又は3Bに記載のいずれかのCDRを有する結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、図3A及び3Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る、又は別の抗体若しくは抗体断片由来の1つ以上のフレームワーク領域を含むように設計され得る。例えばFabは、配列番号20に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1が、配列番号58に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1又は配列番号67に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1又は配列番号72に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1で置き換えられていることを除いて、図3A及び3Bに記載の6個のCDR並びに図3A及び3Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。一部の場合では、scFvは、図3A及び3Bに記載の6個のCDR並びに図3A及び3Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。一部の場合では、scFvは、配列番号20に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1が、配列番号58に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1、配列番号67に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1又は配列番号72に記載のアミノ酸を有するフレームワーク領域1で置き換えられていることを除いて、図3A及び3Bに記載の6個のCDR並びに図3A及び3Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。別の例では、scFvは、図3A及び3Bに記載の6個のCDR並びに図6B及び6C、図7A及び7B、図8A及び8B又は図9A及び9Bに記載のフレームワーク領域を含むように設計され得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び/又は(b)配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び/又は(b)配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号24に記載のアミノ酸配列に100パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び/又は(b)配列番号32に記載のアミノ酸配列に100パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含み得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号17、18及び19に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、並びに/又は(b)配列番号25、26及び27に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号17、18及び19に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、並びに/又は(b)配列番号25、26及び27に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、を含み得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)配列番号24に記載のアミノ酸配列、又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号24に記載のアミノ酸を有する重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)配列番号32に記載のアミノ酸配列、又は1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号32に記載のアミノ酸を含む軽鎖可変ドメインを含み得る。例えば、本明細書で提供される抗体又は抗原結合性断片は、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有し得、配列番号17、18及び19に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号24に記載のアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインを含み得、並びに配列番号25、26及び27に記載のアミノ酸配列を含むことを条件として、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個若しくは10個のアミノ酸改変(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失及び/若しくはアミノ酸付加)を有する配列番号32に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを含み得る。
一部の場合では、CD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する、本明細書で提供される結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)は、(a)(i)配列番号17に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR1、(ii)配列番号18に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR2、及び(iii)配列番号19に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR3、を含む重鎖可変ドメイン、並びに/或いは(b)(i)配列番号25に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR1、(ii)配列番号26に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR2、及び(iii)配列番号27に記載のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、又はそれからなるCDR3を含む軽鎖可変ドメインを含み得る。本明細書で使用される場合、「配列番号17に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号17内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号17の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号17の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR1である。配列番号17に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1の例は、限定するものではないが、表7に記載のものを含む。
Figure 2024513313000007
本明細書で使用される場合、「配列番号18に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号18内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号18の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号18の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR2である。配列番号18に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2の例は、限定するものではないが、表8に記載のものを含む。
Figure 2024513313000008
本明細書で使用される場合、「配列番号19に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号19内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号19の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号19の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR3である。配列番号19に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3の例は、限定するものではないが、表9に記載のものを含む。
Figure 2024513313000009
本明細書で使用される場合、「配列番号25に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号25内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号25の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号25の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR1である。配列番号25に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR1の例は、限定するものではないが、表10に記載のものを含む。
Figure 2024513313000010
本明細書で使用される場合、「配列番号26に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号26内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号26の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号26の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR2である。配列番号26に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR2の例は、限定するものではないが、表11に記載のものを含む。
Figure 2024513313000011
本明細書で使用される場合、「配列番号27に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3」は、結合剤(例えば、抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー及び/又はADC)がCD66eポリペプチド(例えば、ヒトCD66eポリペプチド)に結合する基本的能力を維持していることを条件として、配列番号27内に0個、1個若しくは2個のアミノ酸置換を有する、配列番号27の直ぐ前に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有する、及び/又は配列番号27の直ぐ後に0個、1個、2個、3個、4個若しくは5個のアミノ酸残基を有するCDR3である。配列番号27に記載のアミノ酸配列から本質的になるCDR3の例は、限定するものではないが、表12に記載のものを含む。
Figure 2024513313000012
重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを有する一本鎖抗体(例えばscFv)を設計する場合、2つの領域は直接接続されてもよく、任意の適切なリンカー配列を使用して接続されてもよい。例えば、配列番号1～3又は配列番号17～19のCDRを有する重鎖可変ドメインを、リンカー配列を介して、それぞれ配列番号9～11又は配列番号25～27のCDRを有する軽鎖可変ドメインに直接接続され得る。重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを接続してscFvを創成するために使用することができるリンカー配列の例には、限定するものではないが、図10に記載のリンカーが含まれる。
本明細書で示されるように、本明細書に記載されるアミノ酸配列は、アミノ酸改変(例えば連接された数のアミノ酸改変)を含んでよい。そのようなアミノ酸改変には、限定するものではないが、アミノ酸置換、アミノ酸欠失、アミノ酸付加、及び組合せが含まれ得る。一部の場合では、アミノ酸改変は、抗原との結合及び/若しくは接触を改善するため、並びに/又は本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)の機能的活性を改善するために行ってよい。一部の場合では、連接された配列識別子の中のアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換であってよい。例えば、保存的アミノ酸置換は、1つのアミノ酸残基を、同様の側鎖を有する別のアミノ酸残基で置換することによって行うことができる。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、塩基性側鎖(例えばリシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えばアスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖(例えばグリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えばアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ分枝側鎖(例えばスレオニン、バリン、イソロイシン)、及び芳香族側鎖(例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を有するアミノ酸を含み得る。
一部の場合では、連接された配列識別子の中のアミノ酸置換は、非保存的アミノ酸置換であってよい。非保存的アミノ酸置換は、1つのアミノ酸残基を、同様でない側鎖を有する別のアミノ酸残基で置換することによって行うことができる。非保存的置換の例には、限定するものではないが、(a)親水性残基(例えばセリン又はスレオニン)を疎水性残基(例えばロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、バリン、又はアラニン)で、(b)システイン又はプロリンを他の任意の残基で、(c)塩基性側鎖を有する残基(例えばリシン、アルギニン、又はヒスチジン)を酸性側鎖を有する残基(例えばアスパラギン酸又はグルタミン酸)で、及び(d)嵩高な側鎖を有する残基(例えばフェニルアラニン)をグリシン又は小さな側鎖を有する他の残基で置換することが含まれる。
アミノ酸配列バリアント(例えば連接された配列識別子に関する1つ以上の改変を含むアミノ酸配列)を生成する方法は、抗体又はその断片をコードする核酸の部位特異的変異生成又はランダムな変異生成(例えばPCRによる)を含み得る。例えば、Zoller、Curr. Opin. Biotechnol. 3: 348-354 (1992)を参照されたい。天然に存在するアミノ酸及び天然に存在しないアミノ酸(例えば人工的に誘導体化されたアミノ酸)の両方を使用して、本明細書で提供されるアミノ酸配列バリアントを生成することができる。
CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)の代表的な番号を、表13にさらに記載する。
Figure 2024513313000013
表14は、クローン#1～#2のそれぞれを言うために使用できる代替の表示を含む。
Figure 2024513313000014
本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、任意の好適な方法を使用して産生することができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)は、組換え宿主細胞中で産生することができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)をコードする核酸は、構築し、発現ベクター中に導入し、好適な宿主細胞中で発現することができる。図4は、本明細書に記載される例示的な結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)をコードする核酸配列の配列表である。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)は、原核宿主、例えば大腸菌(E. coli)、ブレビス菌(Bacillus brevis)、枯草菌(Bacillus subtilis)、巨大菌(Bacillus megaterium)、乳酸菌ゼアエ/カセイ(Lactobacillus zeae/casei)、又は乳酸菌パラカセイ(Lactobacillus paracasei)の中で組換えによって産生することができる。本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)は、真核宿主、例えば酵母(例えばピキア・パストリス(Pichia pastoris)、サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、ハンセヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha)、シゾサッカロマイセス・ポンべ(Schizosaccharomyces pombe)、シュワニオマイセス・オクシデンタリス(Schwanniomyces occidentalis)、クルイベロマイセス・ラクチス(Kluyveromyces lactis)又はヤロウィア・リポリティカ(Yarrowia lipolytica))、トリコデルマ(Trichoderma)属の糸状菌(例えばT.レエセイ(T. reesei))及びアスペルギルス(Aspergillus)(例えばA.ニゲル(A. niger)及びA.オリザエ(A. oryzae))、プロトゾア、例えばリーシュマニア・タレントラ(Leishmania tarentolae)、昆虫細胞、又は哺乳動物細胞(例えば哺乳動物細胞系、例えばチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、Per.C6細胞、マウス骨髄腫NS0細胞、ベビーハムスター腎(BHK)細胞、又はヒト胚腎細胞系HEK293)の中で組換えによって産生することもできる。例えばFrenzelらの参考文献(Front Immunol.、4:217 (2013))を参照されたい。
一部の場合では、本明細書で提供される抗原結合性断片又は抗体ドメインは、無傷抗体のタンパク質分解性消化によって産生することができる。例えば、抗原結合性断片は、抗体を酵素、例えばパパイン又はペプシンで処理することによって得ることができる。全抗体のパパイン消化を使用してF(ab)2又はFab断片を産生することができ、一方、全抗体のペプシン消化を使用してF(ab')2又はFab'断片を産生することができる。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は実質的に純粋であってよい。結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)に関連して本明細書で使用される用語「実質的に純粋」は、それが天然に随伴する他のポリペプチド、脂質、炭水化物、及び核酸を実質的に含んでいない結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)を言う。即ち、本明細書で提供される実質的に純粋な結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、その天然の環境から取り出され、少なくとも60%純粋である任意の結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)である。本明細書で提供される実質的に純粋な結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、少なくとも約65、70、75、80、85、90、95、又は99パーセント純粋であってよい。
本文書は、2つの異なるエピトープに結合し、少なくとも1つがCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)のエピトープである、二特異性結合剤(例えば二特異性抗体、二特異性抗原結合性断片、及び/又は二特異性抗体ドメイン)も提供する。一部の場合では、本明細書で提供される二特異性結合剤は、同じCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)の2つの異なるエピトープに結合するように設計され得る。一部の場合では、本明細書で提供される二特異性結合剤は、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)及び異なるポリペプチド(例えばCD3ポリペプチド)上のエピトープに結合することができる。二特異性結合剤は、2つの異なる結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)を一緒に化学的にコンジュゲートすることによって産生することができる。二特異性結合剤は、2つの抗体産生細胞、例えばハイブリドーマを融合して、同じ細胞の中で2つの異なる重鎖及び2つの異なる軽鎖を産生するハイブリッド細胞系を作製することによっても産生することができ、それにより、例えば二特異性IgG分子をもたらすことができる。Brinkmann及びKontermann、MAbs.、9(2):182-212 (2017)を参照されたい。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)は、別のポリペプチド又は他の部分に融合又はコンジュゲートして(例えば共有結合又は非共有結合で結合させて)、融合タンパク質又はコンジュゲートを得ることができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)は、ポリマー(例えばポリエチレングリコール(PEG)、PEGによって改変されたポリエチレンイミン(PEI)(PEI-PEG)、及び/又はポリグルタミン酸(PGA)(N-(2-ヒドロキシプロピル)メタクリルアミド(HPMA)コポリマー)、ヒアルロン酸、蛍光性物質、発光性物質、ハプテン、酵素、金属キレート、薬物、放射性同位元素、及び/又は細胞傷害剤にコンジュゲートする(例えば共有結合又は非共有結合で結合させる)ことができる。別のポリペプチド又は他の部分を本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)にコンジュゲートする(例えば共有結合又は非共有結合で結合させる)ために任意の適切な方法を使用してよい。例えば、米国特許第8,021,661号に記載された方法を使用して、別のポリペプチド又は他の部分を本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)にコンジュゲートすることができる。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、循環中、例えば血液、血清、又は他の組織中の安定化及び/又は保持を、例えば少なくとも1.5倍、2倍、5倍、10倍、又は50倍改善する部分によって改変することができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、ポリマー、例えば実質的に非抗原性のポリマーに結合する(例えば共有結合で又は非共有結合で結合する)ことができる。本明細書に記載するように使用することができる実質的に非抗原性のポリマーの例には、限定するものではないが、ポリアルキレンオキシド及びポリエチレンオキシドが含まれる。一部の場合では、本明細書で使用されるポリマーは、任意の適切な分子量を有してよい。例えば、約200ダルトン～約35,000ダルトン(例えば約1,000～約15,000ダルトン又は約2,000～約12,500ダルトン)の平均分子量を有するポリマーを使用することができる。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、水溶性ポリマーに結合する(例えば共有結合で又は非共有結合で結合する)ことができる。本明細書に記載されるように使用することができる水溶性ポリマーの例には、限定するものではないが、親水性ポリビニルポリマー、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリアルキレンオキシドホモポリマー、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリプロピレングリコール、ポリオキシエチレン化ポリオール、並びにコポリマー又はブロックコポリマーの水溶性が維持される条件でそれらのコポリマー及び/又はそれらのブロックコポリマーが含まれる。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、1つ以上のポリオキシアルキレン(例えばポリオキシエチレン、ポリオキシプロピレン、又はポリオキシエチレン及びポリオキシプロピレンのブロックコポリマー)、ポリメタクリレート、カルボマー、分枝若しくは非分枝の多糖、又はそれらの組合せに結合する(例えば共有結合で又は非共有結合で結合する)ことができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、ポリオキシエチレンに共有結合で結合することができる。
本文書はADCも提供する。本明細書で使用される用語「ADC」は、(a)抗原結合性ドメイン及び(b)その抗原結合性ドメインに直接又は間接に共有結合で連結された少なくとも1つの薬物を含むコンジュゲートを言う。一部の場合では、本明細書に記載されるADCは、(a) CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメイン及び(b)その抗原結合性ドメインに直接又は間接に共有結合で連結された少なくとも1つの薬物を含み得る。本明細書で提供され、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する任意の適切な結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)は、本明細書に記載されるADCを作製するための抗原結合性ドメインとして使用することができる。例えば、表13に記載の結合剤のいずれかを、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有するADCを作製するために使用することができる。本明細書に記載されるADCを作製するために使用することができる薬物の例には、限定するものではないが、アウリスタチン(例えばモノメチルアウリスタチンE(MMAE))、メルタンシン(DM-1)、及びピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体が含まれる。任意の適切なADCリンカーを使用して、1つ以上の薬物をCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメインに共有結合で結合して、本明細書で提供されるADCを形成することができる。例えば、切断可能又は非切断可能なADCリンカーを使用して、1つ以上の薬物をCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメインに共有結合で結合して、本明細書で提供されるADCを形成することができる。1つ以上の薬物をCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する抗原結合性ドメインに共有結合で結合して、本明細書で提供されるADCを形成するために使用することができるADCリンカーの例には、限定するものではないが、ADCジスルフィドリンカー、ADCヒドラゾンリンカー、ADCペプチドリンカー、ADCチオエーテルリンカー、及びADC PEG含有リンカーが含まれる。
本文書は、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する核酸分子(例えば単離された核酸分子)も提供する。例えば、本明細書で提供される単離された核酸分子は、重鎖可変ドメイン、例えば図2A又は3Aに記載の重鎖可変ドメインをコードする核酸配列を含み得る。別の例において、本明細書で提供される単離された核酸分子は、軽鎖可変ドメイン、例えば図2B又は3Bに記載の軽鎖可変ドメインをコードする核酸配列を含み得る。一部の場合では、本明細書で提供される単離された核酸分子は、図10に記載のリンカーポリペプチドをコードし又はコードせず、(a)重鎖軽鎖可変ドメイン及び(b)軽鎖可変ドメインの両方をコードする核酸配列を含み得る。本明細書で提供される核酸(例えば単離された核酸分子)は、任意の適切な型(例えばDNA、RNA、又はDNA/RNAハイブリッド)の一本鎖又は二本鎖の核酸であってよい。
本文書は、本明細書で提供される1つ以上の核酸を含有するベクター(例えばプラスミドベクター又はウイルスベクター)も提供する。本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する1つ以上の核酸を含むように設計することができるプラスミドベクターの例には、限定するものではないが、ファージミドが含まれる。本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する1つ以上の核酸を含むように設計することができるウイルスベクターの例には、限定するものではないが、レトロウイルスベクター、パルボウイルス系ベクター(例えばアデノウイルス系ベクター及びアデノ随伴ウイルス(AAV)系ベクター)、レンチウイルスベクター(例えば単純ヘルペス(HSV)系ベクター)、ポックスウイルスベクター(例えばワクチニアウイルス系ベクター及び鶏痘ウイルス系ベクター)、及びハイブリット又はキメラウイルスベクターが含まれる。例えば、レンチウイルス構成成分、例えば他で記載されているものを含むアデノウイルス骨格を有するウイルスベクター(Zhengら、Nat. Biotech.、18(2): 176-80 (2000); WO 98/22143; WO 98/46778;及びWO 00/17376)、又はAAV構成成分、例えば他で記載されているものを含むアデノウイルス骨格を有するウイルスベクター(Fisherら、Hum. Gene Ther.、7:2079-2087 (1996))を、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する1つ以上の核酸を含むように設計することができる。
一部の場合では、本明細書で提供されるベクター(例えばプラスミドベクター又はウイルスベクター)は、本明細書で提供されるscFv又は抗体ドメイン(例えばVHドメイン)をコードする核酸配列を含み得る。一部の場合では、本明細書で提供されるベクター(例えばプラスミドベクター又はウイルスベクター)は、本明細書で提供されるCARをコードする核酸配列を含み得る。一部の場合では、本明細書で提供されるベクター(例えばプラスミドベクター又はウイルスベクター)は、本明細書で提供される細胞エンゲージャーをコードする核酸配列を含み得る。
本明細書で提供されるベクター(例えば本明細書で提供されるプラスミドベクター又はウイルスベクター)は、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列に作動可能に連結された任意の適切なプロモーター及び他の制御配列(例えば転写及び翻訳の開始及び停止のコドン)を含み得る。一部の場合では、発現を駆動するために使用されるプロモーターは、構成的プロモーター又は制御可能なプロモーターであってよい。本明細書に記載されるように使用することができる制御可能なプロモーターの例には、限定するものではないが、誘導性プロモーター、抑制性プロモーター、及び組織特異的プロモーターが含まれる。本明細書に記載されるように使用することができるウイルスプロモーターの例には、限定するものではないが、アデノウイルスプロモーター、ワクチニアウイルスプロモーター、CMVプロモーター(例えば最初期CMVプロモーター)、及びAAVプロモーターが含まれる。
本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する核酸分子(又はベクター、例えばプラスミドベクター若しくはウイルスベクター)を作製するために、任意の適切な方法を使用することができる。例えば、他で記載されているように(例えばSambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor Laboratory、NY (1989);及びAusubelら、Current Protocols in Molecular Biology、Green Publishing Associates and John Wiley & Sons、New York, N.Y. (1994)を参照)、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する核酸分子(又はベクター、例えばプラスミドベクター若しくはウイルスベクター)を作製するために、分子クローニング手法を使用することができる。
本文書は、本明細書で提供される核酸(例えば本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする核酸配列を有する核酸)を含む宿主細胞も提供する。本明細書で提供される1つ以上の核酸を含むように設計することができる宿主細胞は、原核細胞又は真核細胞であってよい。本明細書で提供される核酸を含むように設計することができる原核細胞の例には、限定するものではないが、大腸菌(例えばTb-1、TG-1、DH5α、XL-Blue MRF(Stratagene)、SA2821、又はY1090細胞)、枯草菌、サルモネラ・ティフィムリウム(Salmonella typhimurium)、セラチア・マルセセンス(Serratia marcescens)、又はシュードモナス(Pseudomonas(例えば緑膿菌(P. aerugenosa)))細胞が含まれる。本明細書で提供される核酸を含むように設計することができる真核細胞の例には、限定するものではないが、昆虫細胞(例えばSf9又はEa4細胞)、酵母細胞(例えばS.セレビシエ細胞)、及び哺乳動物細胞(例えばマウス、ラット、ハムスター、サル、又はヒトの細胞)が含まれる。例えば、VERO細胞、HeLa細胞、3T3細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、W138 BHK細胞、COS-7細胞、及びMDCK細胞を、本明細書で提供される核酸を含むように設計することができる。本明細書で提供される1つ以上の核酸(例えば本明細書で提供される結合剤の少なくとも一部をコードする核酸配列を有するベクター、例えばプラスミドベクター又はウイルスベクター)を宿主細胞中に導入するために、任意の適切な方法を使用してよい。例えば、本明細書で提供される核酸を宿主細胞中に導入するために、塩化カルシウム媒介形質転換、形質導入、コンジュゲーション、三親交配、DEAE、デキストラン媒介トランスフェクション、感染、リポソームとの膜融合、DNAコートマイクロプロジェクタイルによる高速ボンバードメント、単一細胞への直接ミクロ注射、電気穿孔、又はそれらの組合せを使用することができる(例えばSambrookら、Molecular Biology: A Laboratory Manual、Cold Spring
Harbor Laboratory、NY (1989); Davisら、Basic Methods in Molecular Biology (1986);及びNeumannら、EMBO J.、1:841 (1982)を参照)。
一部の場合では、細胞、例えばT細胞、幹細胞(例えば人工多能性幹細胞又は間葉幹細胞)、又はNK細胞を、本明細書に記載されるCARをコードする1つ以上の核酸を発現するように設計することができる。例えば、T細胞の集団に、本明細書に記載されるCAR(例えばCD66eポリペプチドに結合する能力を有するCAR)をコードする核酸を発現するように設計したウイルスベクターを感染させることができる。
一部の場合では、細胞、例えばT細胞、幹細胞(例えば人工多能性幹細胞又は間葉幹細胞)、又はNK細胞を、本明細書に記載される細胞エンゲージャーをコードする1つ以上の核酸を発現するように設計することができる。例えば、T細胞の集団に、本明細書に記載される細胞エンゲージャー(例えばCD66eポリペプチドに結合する能力を有する細胞エンゲージャー)をコードする核酸を発現するように設計したウイルスベクターを感染させることができる。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)は、(a)ポリペプチドをコードする核酸を宿主細胞中に導入するステップ、(b)ポリペプチドを発現するために十分な条件下の培養培地中で宿主細胞を培養するステップ、(c)細胞又は培養培地からポリペプチドを回収するステップ、及び(d)ポリペプチドを(例えば少なくとも50、60、70、80、90、95、97、98、又は99パーセントの純度に達するまで)精製するステップを含む方法を使用して産生することができる。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)、本明細書で提供される核酸(例えば本明細書で提供される抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャーをコードする核酸)、本明細書で提供されるベクター(例えば本明細書で提供される抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャーを発現するように設計されたウイルスベクター)、及び/又は本明細書で提供される宿主細胞(例えば本明細書で提供される抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャーを発現するように設計された宿主細胞)を、がんを有する哺乳動物(例えばヒト)に投与してその哺乳動物を処置するための医薬組成物として製剤化することができる。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)、本明細書で提供される核酸(例えば本明細書で提供される抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャーをコードする核酸)、本明細書で提供されるベクター(例えば本明細書で提供される抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャーを発現するように設計されたウイルスベクター)、及び/又は本明細書で提供される宿主細胞(例えば本明細書で提供される抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャーを発現するように設計された宿主細胞)を、哺乳動物(例えばヒト)に投与して哺乳動物内のがん細胞の数を低減させ及び/又はがんに罹患した哺乳動物の生存を増加させるための医薬組成物として製剤化することができる。例えば、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)に結合する能力を有する本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)は、哺乳動物(例えばヒト)への投与のための医薬組成物として製剤化することができる。一部の場合では、本明細書で提供される医薬組成物は、薬学的に許容される担体、例えば他に記載されている(Gervasiら、Eur. J. Pharmaceutics and Biopharmaceutics、131:8-24 (2018))緩衝剤、塩、界面活性剤、糖、張性改変剤、又はそれらの組合せを含んでよい。本明細書で提供される医薬組成物を作製するために使用することができる薬学的に許容される担体の例には、限定するものではないが、水、乳酸、クエン酸、塩化ナトリウム、クエン酸ナトリウム、コハク酸ナトリウム、リン酸ナトリウム、界面活性剤(例えばポリソルベート20、ポリソルベート80、又はポロキサマー188)、デキストラン40、又は糖(例えばソルビトール、マンニトール、スクロース、デキストロース、又はトレハロース)、又はそれらの組合せが含まれる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)を含むように設計された医薬組成物(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、若しくは宿主細胞)は、緩衝剤(例えば酢酸塩、クエン酸塩、ヒスチジン、コハク酸塩、リン酸塩、又はヒドロキシメチルアミノメタン(Tris)緩衝剤)、界面活性剤(例えばポリソルベート20、ポリソルベート80、又はポロキサマー188)、及び糖、例えばスクロースを含むように製剤化することができる。本明細書で提供される医薬組成物の中に含むことができる他の成分には、限定するものではないが、アミノ酸、例えばグリシン又はアルギニン、抗酸化剤、例えばアスコルビン酸、メチオニン、又はエチレンジアミン四酢酸(EDTA)、抗がん剤、例えばエンザルタミド、イマニチブ、ゲフィチニブ、エルロチニ、スニチニブ、ラパチニブ、ニロチニブ、ソラフェニブ、テムシロリムス、エベロリムス、パゾパニブ、クリゾチニブ、ルキソリチニブ、アキシチニブ、ボスチニブ、カボザンチニブ、ポナチニブ、レゴラフェニブ、イブルチニブ、トラメチニブ、ペリフォシン、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、バチマスタット、ガネテスピブ、オバトクラクス、ナビトクラクス、タキソール、パクリタキセル、若しくはベバシズマブ、又はそれらの組合せが含まれる。例えば、本明細書で提供される医薬組成物は、1つ以上のチェックポイント阻害剤、例えば抗PD-1抗体若しくはPD-1阻害剤(例えばセミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、又はAMP-514)、抗PD-L1抗体若しくはPD-L1阻害剤(例えばアベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、又はBMS-986189)、及び/又は抗CTLA-4抗体(例えばイピリムマブ)と組み合わせて、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するCARを発現するように設計された1つ以上の細胞、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)を含むように製剤化することができる。
一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するCARを発現するように設計された1つ以上の細胞、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)を含むように医薬組成物を製剤化する場合、任意の適切な濃度の結合剤を使用することができる。例えば、本明細書で提供される医薬組成物は、1mLあたり約1mg～約500mg(例えば約1mg～約500mg、約10mg～約500mg、約50mg～約500mg、約100mg～約500mg、約0.5mg～約250mg、約0.5mg～約150mg、約0.5mg～約100mg、約0.5mg～約50mg、約1mg～約300mg、約2mg～約200mg、約10mg～約300mg、約25mg～約300mg、約50mg～約150mg、又は約150mg～約300mg)の本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR+細胞集団、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)を含む液体であるように製剤化してよい。別の例では、本明細書で提供される医薬組成物は、約0.5mg～約500mg(例えば約1mg～約500mg、約10mg～約500mg、約50mg～約500mg、約100mg～約500mg、約0.5mg～約250mg、約0.5mg～約150mg、約0.5mg～約100mg、約0.5mg～約50mg、約1mg～約300mg、約10mg～約300mg、約25mg～約300mg、約50mg～約150mg、又は約150mg～約300mg)の本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)を含む固体又は半固体であるように製剤化してよい。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)を含有する医薬組成物は、結合剤の力価が約1×105～約1×1012(例えば約1×105～約1×1010、約1×105～約1×108、約1×106～約1×1012、約1×106～約1×1012、約1×108～約1×1012、約1×109～約1×1012、約1×106～約1×1011、又は約1×107～約1×1010)である剤形として製剤化してよい。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、CAR、及び/又は細胞エンゲージャー)の少なくとも一部をコードする1つ以上の核酸(例えばベクター、例えばウイルスベクター)を含むように医薬組成物を製剤化する場合、任意の適切な濃度の核酸を使用することができる。例えば、本明細書で提供される医薬組成物は、1mLあたり約0.5mg～約500mg(例えば約1mg～約500mg、約10mg～約500mg、約50mg～約500mg、約100mg～約500mg、約0.5mg～約250mg、約0.5mg～約150mg、約0.5mg～約100mg、約0.5mg～約50mg、約1mg～約300mg、約2mg～約200mg、約10mg～約300mg、約25mg～約300mg、約50mg～約150mg、又は約150mg～約300mg)の本明細書で提供される核酸を含む液体であるように製剤化してよい。別の例では、本明細書で提供される医薬組成物は、約0.5mg～約500mg(例えば約1mg～約500mg、約10mg～約500mg、約50mg～約500mg、約100mg～約500mg、約0.5mg～約250mg、約0.5mg～約150mg、約0.5mg～約100mg、約0.5mg～約50mg、約1mg～約300mg、約10mg～約300mg、約25mg～約300mg、約50mg～約150mg、又は約150mg～約300mg)の本明細書で提供される核酸を含む固体又は半固体であるように製剤化してよい。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)を含むように設計される医薬組成物は、製剤化された場合に結合剤の凝集を低減することができる1つ以上の薬剤を含むように製剤化することができる。本明細書に記載するように使用することができるそのような薬剤の例には、限定するものではないが、メチオニン、アルギニン、リシン、アスパラギン酸、グリシン、グルタミン酸、及びそれらの組合せが含まれる。一部の場合では、これらのアミノ酸の1つ以上は、約0.5mM～約145mM(例えば約1mM～約145mM、約10mM～約145mM、約100mM～約145mM、約0.5mM～約125mM、約0.5mM～約100mM、約0.5mM～約75mM、又は約10mM～約100mM)の濃度で製剤内に含まれてよい。
本明細書で提供される医薬組成物は、任意の適切な形態であってよい。例えば、本明細書で提供される医薬組成物は、液体、半固体、又は固体であるように設計することができる。一部の場合では、本明細書で提供される医薬組成物は、液体溶液(例えば注射用及び/又は注入用の溶液)、分散剤、懸濁液剤、錠剤、ピル、粉末、マイクロエマルジョン、リポソーム、又は坐剤であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される医薬組成物は、凍結乾燥することができる。一部の場合では、本明細書で提供される医薬組成物(例えば1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)を含む本明細書で提供される医薬組成物)は、急速な放出に対して保護するように設計された担体又はコーティングとともに製剤化することができる。例えば、本明細書で提供される医薬組成物は、他で記載された制御放出製剤又は規制放出製剤(米国特許出願公開第2019/0241667号、第2019/0233522号、及び第2019/0233498号)として製剤化することができる。
本文書は、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、若しくは宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)を哺乳動物(例えばヒト)に投与する方法も提供する。例えば、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、及び/若しくは宿主細胞(例えばCAR+細胞)を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)を、がんを有する哺乳動物(例えばヒト)に投与して、その哺乳動物を処置することができる。一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、及び/若しくは宿主細胞(例えばCAR+細胞)を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)を哺乳動物(例えばヒト)に投与して、哺乳動物内のがん細胞の数を低減させ、及び/又はがんに罹患した哺乳動物の生存を増大させることができる。
本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、若しくは宿主細胞(例えばCAR+細胞)を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)を使用して、任意の適切ながんを処置することができる。例えば、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)を含有する組成物(例えば医薬組成物)を、がんを有する哺乳動物(例えばヒト)に投与することによって、その哺乳動物を処置することができる。本明細書に記載されるように処置することができるがんの例には、限定するものではないが、肺がん、前立腺がん、食道がん、胃がん、結腸直腸がん、肝臓がん、膣がん、子宮頸がん、膵がん、及び乳がんが含まれる。一部の場合では、CD66e+がん(例えばCD66e+肺がん、CD66e+前立腺がん、CD66e+食道がん、CD66e+胃がん、CD66e+結腸直腸がん、CD66e+肝臓がん、CD66e+膣がん、又はCD66e+子宮頸がん)を有する哺乳動物(例えばヒト)に、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)を含有する組成物(例えば医薬組成物)を投与して、その哺乳動物を処置する(例えば哺乳動物内のがん細胞の数を低減させる)ことができる。
本明細書で提供される組成物(例えば医薬組成物)を哺乳動物(例えばヒト)に投与するために、任意の適切な方法を使用することができる。例えば、本明細書で提供される組成物(例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物、例えば本明細書で提供される1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)を、静脈内(例えば静脈内注射又は注入を介して)、皮下(例えば皮下注射を介して)、腹腔内(例えば腹腔内注射を介して)、経口、吸入を介して、又は筋肉内(例えば筋肉内注射を介して)で、哺乳動物(例えばヒト)に投与することができる。一部の場合では、組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の投与の経路及び/又は様式は、処置される哺乳動物について調整することができる。
一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、又は宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の有効量は、哺乳動物に有意な毒性を生じることなく、がんを有する哺乳動物内のがん細胞の数を低減する量であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、又は宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の有効量は、同程度のがんを有し、組成物により処置されていない対照哺乳動物と比較して、がんを有する哺乳動物の生存期間を延長する量であってよい。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、抗体ドメイン、細胞エンゲージャー、及び/又はADC)の有効量は、約0.001mg/kg～約100mg/kg(例えば約0.001mg/kg～約90mg/kg、約0.001mg/kg～約80mg/kg、約0.001mg/kg～約70mg/kg、約0.001mg/kg～約60mg/kg、約0.001mg/kg～約50mg/kg、約0.001mg/kg～約40mg/kg、約0.001mg/kg～約30mg/kg、約0.005mg/kg～約100mg/kg、約0.01mg/kg～約100mg/kg、約0.05mg/kg～約100mg/kg、約0.1mg/kg～約100mg/kg、約0.5mg/kg～約100mg/kg、約1mg/kg～約100mg/kg、約5mg/kg～約100mg/kg、約0.01mg/kg～約25mg/kg、約0.1mg/kg～約30mg/kg、約0.15mg/kg～約25mg/kg、約0.2mg/kg～約20mg/kg、約0.5mg/kg～約20mg/kg、約1mg/kg～約30mg/kg、約1mg/kg～約25mg/kg、約1mg/kg～約20mg/kg、約2mg/kg～約20mg/kg、約5mg/kg～約30mg/kg、約10mg/kg～約30mg/kg、約15mg/kg～約30mg/kg、約20mg/kg～約30mg/kg、約3mg/kg～約30mg/kg、約0.5mg/kg～約10mg/kg、約1mg/kg～約10mg/kg、約1mg/kg～約5mg/kg、又は約1mg/kg～約3mg/kg)であってよい。有効量は一定のままであってもよく、処置に対する哺乳動物の応答に応じてスライディングスケール又は可変用量として調整してもよい。特定の用途のために使用される実際の有効量は、種々の要因によって影響されることがある。例えば、がんを有する哺乳動物を処置する際のがんの重症度、投与の経路、哺乳動物の年齢及び一般的健康状態、賦形剤の使用、他の治療若しくは予防の処置、例えば他の薬剤(例えばチェックポイント阻害剤)の使用との併用の可能性、並びに処置する医師の判断によって、本明細書で提供される投与される組成物(例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物)の実際の有効量の増加又は減少が要求されることがある。
一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、又は宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の投与の有効頻度は、哺乳動物に有意な毒性を生じることなく、がんを有する哺乳動物内のがん細胞の数を低減する頻度であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、又は宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の投与の有効頻度は、同程度のがんを有し、組成物により処置されていない対照哺乳動物と比較して、がんを有する哺乳動物の生存期間を延長する頻度であってよい。例えば、本明細書で提供される医薬組成物、例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物の投与の有効頻度は、毎日約2回～毎年約1回(例えば毎日約2回～毎月約1回、毎日約2回～毎週約1回、毎日約1回～毎月約1回、又は毎日1回～毎週約1回)であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される医薬組成物、例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物の投与の頻度は毎日であってよい。本明細書で提供される医薬組成物、例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物の投与の頻度は一定のままであってもよく、処置の継続期間中、変動してもよい。特定の用途のために使用される実際の有効頻度は、種々の要因によって影響されることがある。例えば、がんの重症度、投与の経路、哺乳動物の年齢及び一般的健康状態、賦形剤の使用、他の治療若しくは予防の処置、例えば他の薬剤(例えばチェックポイント阻害剤)の使用との併用の可能性、並びに処置する医師の判断によって、本明細書で提供される組成物(例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物)の投与の実際の有効頻度の増加又は減少が要求されることがある。
一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、又は宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の投与の有効継続期間は、哺乳動物に有意な毒性を生じることなく、哺乳動物内のがん細胞の数を低減する継続期間であってよい。一部の場合では、本明細書で提供される1つ以上の結合剤(例えば1つ以上の抗体、1つ以上の抗原結合性断片、1つ以上の抗体ドメイン、1つ以上の細胞エンゲージャー、及び/又は1つ以上のADC)(又は本明細書で提供される核酸、ベクター、又は宿主細胞(例えばCAR+細胞))を含有する組成物(例えば本明細書で提供される医薬組成物)の投与の有効継続期間は、同程度のがんを有し、組成物により処置されていない対照哺乳動物と比較して、がんを有する哺乳動物の生存期間を延長する継続期間であってよい。例えば、本明細書で提供される医薬組成物、例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物の投与の有効継続期間は、単一時点の投与から数週ないし数か月(例えば4～12週)に変動してよい。特定の用途のために使用される実際の有効継続期間は、多数の要因によって影響されることがある。例えば、がんの重症度、投与の経路、哺乳動物の年齢及び一般的健康状態、賦形剤の使用、他の治療若しくは予防の処置、例えば他の薬剤(例えばチェックポイント阻害剤)の使用との併用の可能性、並びに処置する医師の判断によって、本明細書で提供される組成物(例えば本明細書で提供される1つ以上の結合剤を含有する医薬組成物)の投与の実際の有効継続期間の延長又は短縮が要求されることがある。
一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)は、in vitro、in situ、又はin vivoでCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)の存在又は非存在を検出するため(例えば哺乳動物、例えばヒトの中のin vivoイメージング)に使用することができる。例えば、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)は、標識(例えば共有結合で結合された放射活性、酵素、発色、又は蛍光の標識)を含むように設計され得る。標識された結合剤を使用して、生体試料中のCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)の存在又は非存在をin vitroで検出することができる。本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)を使用して評価することができる生体試料の例には、限定するものではないが、血清試料、血漿試料、組織試料、生検試料、細胞系試料、及び組織培養試料が含まれる。一部の場合では、本明細書に記載されるように評価することができる生体試料には、CD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)を発現し得る哺乳動物体組織及び/又は細胞、例えば白血球、卵巣の組織若しくは細胞、前立腺の組織若しくは細胞、心臓の組織若しくは細胞、胎盤の組織若しくは細胞、膵臓の組織若しくは細胞、肝臓の組織若しくは細胞、脾臓の組織若しくは細胞、肺の組織若しくは細胞、乳房の組織若しくは細胞、頭頚部の組織若しくは細胞、内膜の組織若しくは細胞、結腸の組織若しくは細胞、結腸直腸の組織若しくは細胞、子宮頸部の組織若しくは細胞、胃の組織若しくは細胞、又は臍帯の組織若しくは細胞が含まれ得る。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)は、例えば支持体上に固定化することができ、支持体上の生体試料からのCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)の保持を検出することができ、及び/又は逆もそうである。一部の場合では、本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)は、用途、例えば蛍光偏光、顕微鏡検査、ELISA、遠心分離、クロマトグラフィー、及び/又は細胞選別(例えば蛍光活性化細胞選別)に使用することができる。
一部の場合では、標識(例えば共有結合で結合された放射活性標識)を含有する本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)は、哺乳動物(例えばヒト)内のCD66eポリペプチド(例えばヒトCD66eポリペプチド)の存在又は非存在を検出するために使用することができる。例えば、放射標識又はMRI検出可能な標識を有する標識された(例えば共有結合で標識された)本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)を哺乳動物(例えばヒト)に投与することができ、検出可能な標識を検出するための手段を使用してその哺乳動物を評価することができる。一部の場合では、哺乳動物をスキャンして、哺乳動物内の本明細書で提供される標識された結合剤の位置を評価することができる。例えば、NMR又は他のトモグラフィー手法を使用して、哺乳動物をイメージングすることができる。
本明細書で提供される結合剤(例えば抗体、抗原結合性断片、及び/又は抗体ドメイン)に結合する(例えば共有結合で又は非共有結合で結合する)ことができる標識の例には、限定するものではないが、放射標識、例えば131I、111In、123I、99mTc、32P、33P、125I、3H、14C、及び188Rh、蛍光標識、例えばフルオレセイン及びローダミン、核磁気共鳴活性標識、陽電子放出トモグラフィー(「PET」)スキャナーによって検出可能な陽電子放出同位元素、化学発光体、例えばルシフェリン、並びに酵素マーカー、例えばペルオキシダーゼ又はホスファターゼが含まれる。一部の場合では、短距離発光体、例えば短距離検出プローブによって検出可能な同位元素を使用することができる。
以下の実施例において、本発明をさらに記載する。実施例は特許請求の範囲に記載した本発明の範囲を限定するものではない。
（実施例）
[実施例1]
ヒトCD66eポリペプチドに結合する能力を有する結合剤の取得
CD66eは、原形質膜へのGPIアンカーに接合したN末端Ig可変領域様(IgV)ドメイン及び6個のIg定常領域2型様(IgC2様)ドメイン、即ちN-A1-B1-A2-B2-A3-B3を含有する。注目すべきことに、膜近位のA3B3ドメインは、数多くのがんにおけるCD66eのスプライスバリアント中に見出され、したがってこれらは強力な治療用エピトープとみなされていた。ここで、2つのFab抗体断片(クローン#1及び#2、図2及び3)を同定した。これらのFabを同定するため、Fcを融合した可溶性CEACAM5及びCEACAM6ドメインを設計し、パニングプロセスに適用した。単離されたFabはA3B3ドメインを結合し、主としてCEACAM5のB3ドメイン並びにN612及びN650におけるN連結グリカンを高い親和性及び特異性で結合した。さらに、これらはCEACAM5の他のドメイン又はCEACAMのファミリーメンバーとは交差反応しなかった。
クローン#1の配列を使用してhIgG1を作製した。これは初代NK細胞又はPBMCの存在下で、NEPC細胞系NCI-H660及びPrAd細胞系Du145を用いるADCCアッセイにおいてCEACAM5依存性細胞傷害活性を示した。さらに、クローン#1のCDRを有するscFvを含有する構築した第三世代のCARをT細胞に送達した。このT細胞は、CEACAM5陽性前立腺がん細胞を効率的に殺滅することが示された一方、CEACAM5陰性細胞においては検出可能な細胞傷害性は見出されなかった。これらの結果は、かなり低いオフターゲット毒性を伴うNEPC処置のためのクローン#1のhIgG1の免疫療法の可能性を実証している。
可溶性のFc融合した組換えCEACAM5及びCEACAM6ドメインの調製
ヒト免疫グロブリン1 Fc領域(hIgG1 Fc)を融合したCEACAM5 A3B3(残基501～682)、CEACAM5 A1B1(残基145～322)、CEACAM5 A2B2(残基323～500)、及びCEACAM6 AB(残基145～296)を合成し、次いでpSectag2Aプラスミド(Invitrogen、V90020)の中にクローニングした。各プラスミドDNAをPEI-Max(Polysciences、24765-1)と複合体化し、過渡的トランスフェクションのためにフリースタイルヒト胚腎細胞系(Gibco、R79007)の培養に供給した。トランスフェクションの7日後、Fc融合した組換えタンパク質を、プロテインAレジン(Captiva、NC0997253)による親和性クロマトグラフィーによって精製した。50mMのグリシン緩衝液pH 3.0を加えることによってプロテインAに結合したタンパク質を溶出し、次いでPD-10脱塩カラム(GE、45-000-148)を使用することによって保存緩衝液をホスホ緩衝食塩水pH 7.4(PBS)に変更した。タンパク質の純度は、SDS-PAGE又はSuperdex 200 increase 10/300 GL(GE healthcare、28990944)を充填したサイズ排除クロマトグラフィーによって推定した。各タンパク質の濃度は、Nano Drop分光光度計2000C(Thermo、ND2000C)によって決定した。CEACAM5のA3B3ドメインのN-グリコシル化変異体(N508Q、N529Q、N553Q、N560Q、N580Q、N612Q、N650Q、及びN665Q)を、Q5部位指向性変異生成キット(NEB、E0554S)を用いる部位指向性変異生成によって構築し、これらのタンパク質を発現させ、野生型のCEACAM5についてと同じようにして精製した。
Fabライブラリーの構築及びパニング
天然に存在する重鎖(HC)のV(D)J組換え領域及び軽鎖(LC)のVJ組換え領域を、それぞれIGHV3-11及びIGKV1-39生殖細胞系列フレームワークにグラフトすることによって、コンビナトリアルファージディスプレイされたヒトFabライブラリー(1×1011クローン)を構築した。HC又はLCについての相補性決定領域3(CDR3)及びJ遺伝子を増幅するために、50名の健康な血液ドナーのPBMCから抽出したRNAを、Superscript(商標)IV第1ストランド合成システム(Invitrogen、18091050)によるcDNA合成に使用し、ランダムヘキサマー及びオリゴdTプライマーをアニーリングステップに適用した。その後のQ5ポリメラーゼ(NEB、M0491)によるオーバーラッピングPCRによって、選択したヒトフレームワークへの増幅したCDR3及びJ遺伝子の組込みを実施し、調製したインサートDNA及びpCAT2プラスミド(施設内プラスミド、改変されたpCom3X)を、NotI及びApaI制限酵素で消化した。T4 DNAリガーゼ(NEB、M0202)を使用することによって、消化したインサートとベクターを1:1の比でライゲートした。環化したプラスミドDNAでTG1大腸菌コンピテント細胞(Lucigen、605502)を形質転換し、100回の電気穿孔を行った。TOP10Fの大腸菌中でM13KO7ヘルパーファージ(NEB、N0315S)を増幅し、次いでその後のファージディスプレイされたライブラリーの産生に使用した。パニングのため、ファージをPBS中3%(w/v)のウシ血清アルブミン(BSA)で、室温で1時間、予めブロックした。ブロックしたファージを、CEACAM5 A1B1-Fc、CEACAM5 A2B2-Fc、及びCEACAM6 AB-Fcを含む300nMの競合剤の存在下で、10nMのビオチン化CEACAM5 A3B3-Fcと室温で1時間、インキュベートした。結合したファージを、ストレプトアビジンをコートした磁気ビーズ(Invitrogen、11-205-D)によって分離し、0.1%のTween-20(w/v)を含有する1mLのPBS pH7.4で10回洗浄した。結合したファージの溶出は、25mMのジチオスレイトール(DTT)を含有する10mMのtris-HCl pH8.0を10分、加えることによって実施した。3ラウンドのパニングの後、192個の個別のクローンの結合をELISAで解析し、次いで選択したクローンをプラスミドレスキューの後でシーケンシングした。
scFv、Fab、及びIgGの精製
scFv又はFabを含有するpCAT2プラスミドでHB2151大腸菌コンピテント細胞を形質転換し、次いで形質転換したコロニーをアンピシリン含有LBプレート(最終濃度100μg/mL)中、37℃のインキュベーター中で終夜、選択した。翌日、コロニーを液体LB+アンピシリン培地中に接種し、37℃の振盪インキュベーター中で培養した。約4×108細胞/mLに相当する0.4～0.6のOD600で、最終濃度として0.1mMのイソプロピルβ-D-1-チオガラクトピラノシド(IPTG)を培養液に加えた。培養液を30℃、200rpmに設定した振盪インキュベーターに移した。翌日、誘導した大腸菌細胞を回収し、ポリミキシンB(PBS中0.5mg/mL、pH 7.4)を含有する1/10体積のペリプラズム抽出緩衝液中に再懸濁し、次いで氷上で1時間、インキュベートした。上清を収集し、次いで予充填したNi-NTAレジンにロードした。PBS(pH 7.4)中300mMのイミダゾールを加えることによって、結合したscFv又はFabを溶出させ、次いでイミダゾールを除去した。IgGの調製のため、IgGクローニングしたプラスミドDNAをHEK239F細胞にトランスフェクトし、トランスフェクションの5～7日後に発現させた。IgGは、Fc融合抗原の調製で以前に記載したようにして精製した。
ELISAにおける結合評価
CEACAM関連タンパク質へのscFv、Fab、又はIgGの結合及び特異性を、間接ELISAによって解析した。簡単に述べると、Fc融合CEACAM5ポリペプチド、CEACAM6ポリペプチド、CEACAM5の細胞外ドメイン(R&D systems、4128-CM)、CEACAM6(R&D systems、3934-CM)、又はカニクイザルCEACAM5(Sino biological、90891-C08H)を、PBS中、200ng/ウェル(体積50μL)で、96ウェルプレート(Corning、3690)に室温、2時間でコートした。ブロッキングは、PBS中3%のBSAで、4℃で終夜行った。翌日、抗原コートプレートを種々の濃度のscFv、Fab、又はIgGで処理し、室温で1時間、インキュベートした。3回洗浄した後、結合の検出のため、抗FLAGマウス抗体(M2クローン)-HRPコンジュゲート(Sigma、A8592、1:3000希釈)又は抗ヒトカッパヤギ抗体-HRPコンジュゲート(Invitrogen、A18853、1:3000希釈)で処理した。同じ体積のTMB(Thermo、PI34028)を基質として加え、次いで2Nのスルホン酸を加えることによって酵素反応を停止した。モノマーFc融合CD16a(Fc γRIIIa)、CD64(Fc γRIa)、及びCD32(Fc γRIIa)をWei Li教授(University of Pittsburgh、PA)から入手し、Fcガンマ受容体(FcγR)結合試験に使用した。
結果
高い特異性でCEACAM5のA3B3ドメインを特異的に標的とするクローン#1 Fabの単離
抗CEACAM5抗体(例えば完全ヒト抗体)を開発するため、以下を実施した。簡単に述べると、ヒトIgG1 Fcと融合したCEACAM5及びCEACAM6のドメインを設計し精製した。A3B3ドメインは、CEACAM5の膜近位領域を標的とするための理想的なエピトープであるとみなされた(図20A及び20B)。正常細胞に毒性をもたらし得る非特異的交差反応性結合剤の可能性を排除するため、及びCEACAM5の細胞外部分の膜遠位領域への結合を防止するため、CEACAM5のFc融合したA1B2及びA2B2ドメイン、並びにCEACAM6のABドメインを、ファージライブラリーパニングの間の競合剤として使用した。それは、これらのドメインがCEACAM5のA3B3ドメインに対して70%を超える一次配列相同性を示したからである(図21)。全ての組換えタンパク質は、SDS-PAGE解析において高品質で精製した(図22)。ファージディスプレイされたFabライブラリーの構築のため、V(D)J及びVJ組換え事象を生じるVH及びVLの部分領域を、それぞれヒト単一生殖細胞系列VH3-11及びVk1-39のフレームワークにグラフトする戦略を確立した。100回の電気穿孔の後、1011の特異性を示す大きなサイズのFabライブラリーを生成し、全てのパニングステップにおいてビオチン化Fc融合A3B3ドメインとともに10倍モル過剰の競合剤を使用する競合的パニング戦略によって、クローン#1 Fab(1G9 Fabとも称する)のパニングアウトに成功した。精製された1G9 Fabは、間接ELISA(図23)において約6nMの半値最大有効濃度(EC50)、及びCEACAM5のA3B3ドメインに対するBIAcore実験において3nMの平衡解離定数(KD)を示した(図27)一方、CEACAM5のA1B1、A2B2ドメインに対しても、他のCEACAMファミリーメンバーに対しても有意なシグナルは観察されなかった。さらに、1G9 IgG1はカニクイザルCEACAM5に結合し、1G9に基づく免疫療法剤がさらに、サルにおいて生じた毒性の問題に対処できることを示唆している。それは、同程度の親和性でのヒトとサルの両方のCEACAM5への交差反応性が、サルにおける毒性の研究のために必要であるからである(図24)。さらに、1G9 Fabは、様々なCEACAMファミリーメンバーを発現するHEK293F細胞を用いるフローサイトメトリー系解析において、CEACAM5に対する優れた特異性を示し(図25)、1G9 hIgG1は、様々なヒト膜タンパク質を発現する5,800を超えるヒト細胞系を使用して抗体特異性を試験するための膜プロテオームアレイ(MPA)において同様の結果を示した(図26)。総合して、これらの結果は、単離された1G9抗体が、3つの異なる実験で、オフターゲット結合を何ら伴わずに、高い親和性及び高い特異性でCEACAM5の膜近位ドメイン、即ちA3B3ドメインに結合することを実証している。
A3B3ドメインのN連結グリカン除去変異体による1G9 Fabのエピトープマッピング
A3B3ドメインはA3ドメインのN508、N529、N553、N560、N580、及びB3ドメインのN612、N650、N665に8個のN連結グリコシル化モチーフ(N-X-S/T; Xはプロリンを除く天然の19個のアミノ酸である)を有しているので、CEACAM5のA3B3ドメインにおけるN連結グリカンが、1G9 Fabの結合に直接又は間接に関与し得ることを仮設として立てた。これらのN連結グリカンは、A3B3ドメインの露出された表面を覆っている可能性がある。1G9 Fabに対するエピトープの生成へのN連結グリカンの寄与を探索するため、各Nグリコシル化モチーフにおいてアスパラギン(N)をグルタミン(Q)に置換した8種のA3B3ドメインの変異タンパク質を構築した。N580Q、N612Q、N650Q、及びN665Q変異タンパク質は収率は低下しつつも精製することに成功したが、他の4種の変異体、N508Q、N529Q、N553Q、及びN560QはHEK293F中で発現しなかった(図28)。これらの変異タンパク質について、1G9 Fabは、間接ELISAにおいてCEACAM5のB3ドメインのN612Q及びN650Q変異体への結合の減衰を示した。他方、N580Q変異は、1G9 Fabの結合を僅かに改善した(図29)。これらの結果は、1G9 hIgGとA3B3-Fcとの複合体の電子顕微鏡検査(EM)で得られた画像と対応していた(図33)。CEACAM5及びCEACAM6のN連結グリカンの位置及び配向を可視化するため、モデリング構造にN連結グリカンを付加して分子構造をモデル化した。これら4つのドメインは、70%を超える一次配列を共有し、Ig定常領域2型様(IgC2様)ドメインを有することが既に知られていたので、予想したように非常に類似した三次構造を示した。しかし、構造モデルにN連結グリカンを付加すると、大きく異なる抗原性表面が生成し、各ドメイン内で特有のコンフォメーショナルエピトープの創成がもたらされた(図45)。総合して、これらの結果は、1G9 FabがCEACAM5のA3B3ドメインに結合し、M580、N612、及びN650における3つのN連結グリカンが主要なエピトープに関与していることを実証している。
[実施例2]
hIgG1及びCAR-Tについてのin vitro前臨床有効性評価
細胞系
NCI-H660、Du145、及び293T細胞は、ATCCから購入した。Du145は、10% v/vのFBS(Gibco)及び1%のペニシリン-ストレプトマイシン(P/S、Gibco)を添加したEMEM中で維持した。293Tは、10%のFBS及び1%のP/Sを添加したDMEM中で維持した。NCI-H660は、5%のFBS、1×インスリン-トランスフェリン-セレン(ITS-G Giboc)、10nMのヒドロコルチゾン、追加の2mMのL-グルタミン、及び1%のP/Sを添加したRPMI1640(ATCC)中で培養した。CEACAM5を安定的に発現するDu145-CEACAM5細胞を、確立された方法を使用してpLentiレンチウイルスプラスミド(Origene、RC206434L3)由来のレンチウイルスによる安定的な感染によって生成させ、10%のFBS、1%のP/S、及び1μg/mLのピューロマイシン(Gibco)を添加したEMEM中で培養した。
CEACAMファミリーを発現する細胞の生成
CEACAMファミリーを発現する細胞の生成のために、フリースタイル293F細胞(Thermofisher)を使用した。PEI Max(Polysciences)を用いて、ヒトCEACAMメンバーのための各遺伝子をクローニングしたプラスミドを、細胞にトランスフェクトした。C末端にFLAGタグを有するヒトCEACAMメンバーのための各遺伝子(CEACAM21についてRC224086、CEACAM20についてRC214882、CEACAM18についてRC215478、CEACAM16についてRC224965、CEACAM1についてRC230069、CEACAM7についてRC212214、CEACAM8についてRC204740、CEACAM6についてRC202454、及びCEACAM5についてRC206434)は、Origeneから購入した。
クローン#1のCDRを有するscFvを使用するCAR-T細胞の第三世代の生成
クローン#1のCDR、ヒトIgG4ヒンジ、CD28膜貫通領域、並びにCD28、4-1BB、及びCD3ゼータの共刺激細胞質ドメインを有するscFvをコードするCARの第三世代のためのDNAを、EcoRI及びBamHI制限酵素並びにT4 DNAリガーゼによって、pLVX-EF1a-IRES-ZsGreen1の中にクローニングした。レンチウイルス上清の産生のため、形質導入の前日に、293T細胞をT75フラスコあたり4×106細胞で播種した。24時間後、PEI系トランスフェクションシステムを使用して、抗CEACAM5 CARをコードするプラスミド(8μg)、pMD.2G(2μg)、及びパッケージングベクターpsPAX2(4μg)を293T細胞に共トランスフェクトすることによって、レンチウイルスを生成させた。48時間後及び72時間後に上清を収集し、0.45μmの膜を通して濾過した。次いで、DynabeadsヒトTアクチベーターCD3/CD28(Gibco)によって汎T細胞(Precision for medicine)を活性化し、8μg/mLのポリブレン(Sigma)とともにレンチウイルス上清を形質導入し、800×gで45分、遠心分離し(加速及び減速なし)、次いで37℃でインキュベートした。24時間後、ウイルスを含む培地を交換し、hIL-2(2日ごとに供給、50IU/mL、Miltenyi Biotec)の存在下で、T細胞培地(追加の2mMのグルタマックス、10%のヒト血清、及び1%のP/Sを添加したRPMI1640)中でT細胞を増殖させた。
フローサイトメトリー
CEACAM5又はCEACAMファミリータンパク質の細胞表面発現レベルを決定するため、PEコンジュゲート抗CEACAM5 IgG1(Miltenyi Biotec、130-114-217)又はPEコンジュゲート抗FLAGマウス抗体(Miltenyi Biotec、130-101-576)で細胞を染色した。選択した抗体の細胞表面結合を確認するため、細胞を、クローン#1のCDRを有するhIgG1、クローン#2のCDRを有するhIgG1、又はクローン#1のFabと、4℃で1時間、処理し、次いでAlexa647コンジュゲートヤギ抗ヒトIgG(Invitrogen、A21445)又はFITCコンジュゲートヤギ抗ヒトカッパ軽鎖(Invitrogen、A18854)によって、4℃で0.5時間、染色した。内部化アッセイのため、細胞(96ウェルプレート中、1×105細胞/ウェル)をAlexa488標識抗体で、0～30時間の間、処理した。抗体のインキュベーションの後、冷PBSで細胞を洗浄し、次いで残った細胞表面結合抗体をAlexa488蛍光を使用して解析した。抗CEACAM5 CAR-T細胞におけるCARの発現について、APCコンジュゲート抗ヒトCD4抗体(ebioscience、17-0049-42)及びeFluor450コンジュゲート抗ヒトCD8抗体(ebioscience、48-0088-42)を使用してCD4+ T細胞又はCD8+ T細胞をゲーティングし、FITC標識組換えプロテインL(Acrobiosystems、RPL-PF141)を使用してCARの発現を検査した。
in vitro細胞傷害性アッセイ
LDH-Glo細胞傷害性アッセイキット(Promega、J2381)を使用して、標的細胞からの細胞質LDHの放出によって抗CEACAM5 CAR-TのADCC又は殺細胞活性を測定した。ADCCについては、エフェクター細胞としてのPBMC又はPBMC由来の富化したNK細胞を、クローン#1のCDRを有するhIgG1又はクローン#2のCDRを有するhIgG1の存在下で、標的細胞としてのNCI-H660又はDu145(96ウェルプレート中、1×104細胞/ウェル)と、エフェクター対標的(E:T)比20:1(PBMCについて)又は5:1(NK細胞について)で、4時間、インキュベートした。抗CEACAM5 CAR-Tの殺細胞活性については、エフェクター細胞としての対照T細胞又はCAR-T細胞を、標的細胞としてのNCI-H660、Du145-CEACAM5、又はDu145細胞と、示されたE:T比で24時間、96ウェルプレート中でインキュベートした。細胞傷害性パーセント(細胞傷害性%)の計算のために行った対照は、メーカーの使用説明書に従って実施した。細胞傷害性%は以下の式:(実験エフェクター最小-標的最小)/(標的最大-標的最小)×100。
CellTiter-Glo発光細胞生存率アッセイキット(Promega、G7571)を使用して、クローン#1のCDRを有するhIgG1の存在下で、細胞の生存率を測定した。細胞(白色96ウェルプレート中、5×103細胞/ウェル)をプレーティングし12時間培養した後、示された抗体で72時間、処理した。ビヒクル処理したウェルについての発光値を正規化することによって、正規化された%ATP値を計算した。
トランスウェルアッセイ
トランスウェル(孔径8μm、Corning 3422)を使用して細胞の遊走を測定した。細胞(1×105細胞/ウェル)を無血清培地中に再懸濁し、次いでクローン#1のCDRを有するhIgG1の存在下で上側チャンバーに添加した。下側チャンバーは10% FBSを含有していた。陰性対照としてFBSなしの条件を実施した。37℃で3日間のインキュベーションの後、膜の上部表面に残った細胞をスワブを使用して除去した一方で、下の膜表面に遊走した細胞を固定し、20%メタノール溶液中0.5%のクリスタルバイオレットで染色した。フィルターを通して遊走する細胞を、10%の酢酸溶液を使用して染色された細胞を溶解することによって定量し、次いで590nmで吸光度を測定した。抗体の非存在下における10% FBS処理ウェルについての吸光度値を正規化することにより、正規化された遊走の%値を計算した。
サイトカインELISA
対照T細胞及びCAR-T細胞を24ウェルプレート(2×104細胞/ウェル)にプレーティングし、標的細胞とともに、示されたE:T比、37℃で48時間、共培養した。続いて、メーカーの使用説明書に従い、ヒトIFNγ、TNFα、IL-2、IL-4、IL-13、及びGM-CSFのELISAキット(Thermofisher)をそれぞれ使用して、上清のサイトカインレベルを解析した。
結果
1G9 hIgG1はCEACAM5依存性ADCCを誘導する
1G9の特徴解析の間に、クローン#2 Fab(1C1 Fabとも称する)も単離した。1C1 hIgG1は、1G9 hIgG1と同様に、CEACAM5のA3B3ドメインに特異的に結合し(図30)、A3B3ドメインの変異体に対する同様の結合も示し、N580、N612、及びN650におけるN連結グリカンも1C1に対するエピトープに関与していることが示唆された(図31)。競合ELISAにおいて、これら2つの抗体はCEACAM5への結合について競合し、2つの抗体がA3B3ドメインにおける重複するエピトープ結合することが示唆された(図32)。次いで、CEACAM5陽性NCI-H660細胞及びCEACAM5陰性Du145細胞への1G9及び1C1 hIgG1の結合を評価した。1G9と1C1 hIgG1のいずれも、NCI-H660細胞への特異的結合を示した。注目すべきことに、CEACAM5を発現するように操作されたDu145-CEACAM5細胞は、CEACAM5陰性Du145細胞とは明らかに異なる細胞表面上における1G9及び1C1 hIgG1の結合を示した(図35)。次に、LDH放出細胞傷害性アッセイを使用して、CEACAM5陽性標的細胞に対する1G9及び1C1 hIgG1のADCC活性を試験した。エフェクター細胞としてのヒト末梢血単核細胞(PBMC)から富化した初代NK細胞、及び標的細胞としてのNCI-H660又はDu145細胞を使用した。1G9 hIgG1はCEACAM5陽性NCI-H660細胞及びCEACAM5陽性Du145細胞に対して用量依存性ADCC活性を惹起したが、CEACAM5陰性Du145細胞(図36)及びLNCap(図37)に対しては惹起しなかった。興味深いことに、1C1 hIgG1はCEACAM5のA3B3ドメイン及び細胞並びにFcガンマ受容体(FcγR)に対して同様の結合親和性を示したにも関わらず、1C1 hIgG1の処理においてADCC活性は観察されなかった(図34)。1C1 hIgG1が1G9と異なるADCC活性を示した理由を検討するため、電子顕微鏡(EM)画像を検討して軽微な相違、例えば結合配向又は結合部位を解明したが、1C1 hIgG1は1G9 hIgG1と同様にA3B3ドメインに結合し、いずれの抗体もEM画像において主としてCEACAM5のB3ドメインに結合していた。第2に、免疫細胞の非存在下で1G9又は1C1 hIgG1の殺細胞活性を試験したが、いずれの抗体によってもNCI-H660細胞に対する細胞傷害活性は見出されなかった(図38)。この結果は、1G9 hIgG1の殺細胞活性は明らかにNK細胞を含むFcγR発現免疫細胞の動員に依存するが、CEACAMを標的とすることは免疫細胞の非存在下においては細胞の生存率に対する効果を有しないことを示した。第3に、フローサイトメトリーによる時間経過において、37℃における抗体処理の後のNCI-H660細胞表面上の残存抗体を測定することによって、1G9及び1C1 hIgG1についての内部化の速度を評価した(図40)。いずれのhIgG1も30時間まで内部化を受けず、両方のhIgG1のADCC活性の相違は、内部化速度論の相違によって惹起される可能性は低いことが示唆された。
1G9 hIgG1は細胞の遊走及び浸潤を阻害する
CEACAM5は細胞接着分子として細胞の接着及び遊走の制御において役割を果たしているので、トランスウェルアッセイを用いて、前立腺がん細胞の遊走における1G9 hIgG1の役割を探索した。NCI-H660及びDu145-CEACAM5細胞は、1G9 hIgG1の処理により、血清処理した細胞と比較して用量依存的に遊走の機能低下を示した一方、CEACAM5陰性Du145細胞においては1G9 hIgG1の遊走効果は観察されなかった(図39)。同様に、CEACAM5を標的とするSanofiの抗体のアナログ(SAR408701)は細胞の遊走を阻害した。これらの結果は、1G9 hIgG1によってCEACAM5を標的とすることにより、CEACAM5媒介細胞遊走を妨害することができることを示唆した。
抗CEACAM5 CAR-Tは、CEACAM5陽性前立腺がん細胞に対して強い細胞傷害性を示す
エピトープマッピング及びhIgG1 1G9の内部化の制限に基づいて、1G9抗体がCAR-T細胞療法に使用できることが結論された。図42に示す1G9に由来する一本鎖可変断片(scFv)、膜貫通ドメイン、及び共刺激細胞内ドメインをコードするレンチウイルス第2世代及び第3世代の抗CEACAM5 CAR構築物を生成させた。T細胞に第2世代及び第3世代のCAR構築物を形質導入し、フローサイトメトリーによってCARの発現を確認した。形質導入したT細胞における第3世代のCARの発現レベルは84%であり、そのうち30%はCD4+ T細胞、54%はCD8+ T細胞であった。これは全体で78%であった第2世代のCARの発現レベルと同様であった(図43)。
in vitroにおける標的細胞に対する抗CEACAM5 CAR-T細胞の細胞傷害性を決定するため、抗CEACAM5 CAR-T細胞をCEACAM5陽性のNCI-H660及びDu145-CEACAM5と1:4、1:2、1:1、2:1、4:1、及び8:1のE:T比で24時間、共培養した。NCI-H660細胞に対する第2世代及び第3世代のCAR-T細胞の細胞傷害性(%)は、全てのE:T比において対照T細胞群の細胞傷害性よりも高かった。第3世代のCAR-T細胞は、第2世代のCAR-T細胞と比較してより強力な細胞傷害性を示した(図44)。Du145-CEACAM5細胞に対する第3世代のCAR-T細胞群の細胞傷害性は8:1、4:1、及び2:1のE:T比で観察されたが、Du145細胞に対しては観察されなかった(図44)。抗CEACAM5 CAR-T細胞の細胞傷害の機序をさらに検討するため、標的細胞との48時間の共培養の後のCAR-Tの上清からのIFN-ガンマ(IFNγ)、TNFα、IL-2、IL-4、IL-13、及びGM-CSFの産生を解析した。IL-4及びGM-CSFの分泌は、CEACAM5を発現するNCI-H660及びDu145-CEACAM5細胞における第3世代の抗CEACAM5 CAR-T細胞の処理によって大幅に増強されたが、CEACAM5陰性のDu145細胞では増強されなかった(図46)。さらに、グランザイムB(GrzB)、パーフォリン、及びIFNγの細胞内染色についての48時間における上清の解析により、CEACAM5陽性のNCI-H660細胞培養における第3世代の抗CEACAM5 CAR-T細胞からのGrzB及びパーフォリンの放出の増強が明らかになった(図47)。第3世代の抗CEACAM5 CAR-T細胞は、IL-4、GM-CSFサイトカインの分泌及びGrzB/パーフォリンの放出を介してCEACAM5陽性のNEPC細胞における顕著な細胞傷害性をもたらした。これはおそらくよく設計されたCARスペーサーと組み合わされたA3B3ドメインへの1G9の結合の膜近接性によるものである。
[実施例3]
hIgG1及びCAR-Tについてのin vivo前臨床有効性評価
in vivo研究
hIgG1 1G9の評価のため、200μLのPBS/Matrigel(BD Biosciences、354234)の1:1混合物中のDu145及びDu145-CEACAM5細胞(1×107細胞/マウス)をBalb/c scidマウス(6～8週齢、雄、The Jackson Laboratory)の右側腹部に皮下(s.c.)注射した。腫瘍体積が約200mm3に達したときにマウスをランダム化し、hIgG1 1G9(20mg/kg又は5mg/kg)又はビヒクル(緩衝液対照)を週に2回、腹腔内投与した。CAR-Tのバリデーションのため、NOD-scid IL2Rgnullマウス(NSGマウス、6～8週齢、雄、The Jackson Laboratory)に、200μLのPBS/Matrigelの1:1混合物中のDu145及びDu145-CEACAM5(1×107細胞/マウス)をs.c.移植(右側腹部)した。腫瘍が150mm3のときに、マウスを4日ごとに2回、尾静脈を介して、対照T細胞又はCAR-T細胞(5×106細胞/マウス)で処置した。キャリパーで腫瘍の大きさを測定し、式V=1/2×長さ×(幅)2によって腫瘍体積を計算した。腫瘍体積が1.0cm3を超えたときに動物を安楽死させた。
結果
抗CEACAM5 hIgG1 1G9及びCAR-T細胞は、CEACAM5陽性の前立腺がん異種移植片の成長を阻害した。
in vivoにおけるhIgG1 1G9の細胞傷害の可能性を評価するため、Du145及びDu145-CEACAM5のマウス異種移植モデルを使用した。約200mm3の腫瘍を有するマウスを、20又は5mg/kgのhIgG1 1G9で処置した。hIgG1 1G9はDu145-CEACAM5腫瘍の成長を大幅に遅延させ(図48)、ビヒクル処置マウスの生存と比較してマウスの生存を改善した。CEACAM5陰性のDu145腫瘍については、ビヒクルとhIgG1 1G9との間で腫瘍の成長及びマウスの生存において有意差は観察されなかった。薬物の毒性の指標としてモニターしたマウスの体重は、処置群とビヒクル群で同様であった。
抗CEACAM5 CAR-T細胞の細胞傷害性も、マウスにおいて異種移植モデルを使用して検討した。NSGマウスにDu145及びDu145-CEACAM5細胞をs.c.移植し、対照のT細胞又は抗CEACAM5 CAR-T細胞をマウスの尾静脈を介して2回、静脈内注射した。抗CEACAM5 CAR-T細胞処置マウスは、Du145-CEACAM腫瘍では対照のT細胞処置マウスと比較して腫瘍の成長が抑制され、より長い生存を有したが、Du145腫瘍ではそうでなかった(図49)。CAR-T細胞処置の間、Du145-CEACAM5腫瘍では5匹中2匹のマウスが10%の体重減少を示したが、Du145腫瘍ではそうでなく、CAR-Tの注射後の9日目及び11日目に死亡した。この結果は、抗CEACAM5 CAR-T細胞が、一部のマウスにおいて強力な抗腫瘍効果と相まって標的媒介全身毒性を示したことを示唆している。総合して、これらの結果は、抗CEACAM5 hIgG1 1G9及びCAR-T細胞が、in vitroの結果と一致して、CEACAM5の発現に依存するin vivo抗腫瘍有効性を示すことを実証している(図50)。
[実施例4]
ヒトCD66eポリペプチドに結合する能力を有する結合剤からのBiKEの設計
クローン#1及び#2のFabの重鎖及び軽鎖の可変ドメインを抗NKG2Aとともに使用して、CD66eポリペプチド及びNKG2Aポリペプチドに結合する能力を有するBiKE(BiKE #1及びBiKE #2)を発現するように設計されたベクターを創成した。
抗CEA×NKG2A BiKEの調製
抗CEA×NKG2A BiKEのための消化した遺伝子のための合成遺伝子を、NotI及びNheI制限酵素によって消化し、次いでT4 DNAリガーゼによってpCAT2ベクターにライゲートする。再環化されたプラスミドDNAでHB2151大腸菌コンピテント細胞を形質転換し、次いで形質転換体をアンピシリン含有LBプレート(最終濃度100μg/mL)で、37℃のインキュベーター中で終夜、選択する。翌日、コロニーを液体LB+アンピシリン培地に接種し、対数増殖相中期まで37℃の振盪インキュベーター中で培養する。0.4～0.6のOD600で0.1mMのイソプロピルβ-D-1-チオガラクトピラノシド(IPTG)を培養液に加え、30℃、200rpmの振盪インキュベーター上で成長させ続ける。翌日、誘導された大腸菌細胞を6,000g、10分の遠心分離によって回収する。細胞ペレットを、ポリミキシンB(PBS中0.5mg/mL、pH 7.4)を含有する1/10体積のペリプラズム抽出緩衝液中に再懸濁し、次いで氷上で1時間、インキュベートする。12,000g、20分の遠心分離によって上清を収集する。濾過した上清を、Ni-NTAレジンを予充填した使い捨てカラムにロードする。ロードの後、レジンを5ベッド体積のPBS(pH 7.4)中30mMのイミダゾールで洗浄し、次いで結合したBiKE分子をPBS(pH 7.4)中300mMのイミダゾールの添加によって溶出させる。残存するイミダゾールは、PBS(pH 7.4)を予充填したPD-10脱塩カラムを通して除去する。
[実施例5]
他の実施形態
実施形態1.(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは
(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域
を含む抗体。
実施形態2.配列番号150又は配列番号151に結合する能力を有する、実施形態1の抗体。
実施形態3.前記(i)の前記重鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態1～2のいずれか1つの抗体。
実施形態4.前記重鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態3の抗体。
実施形態5.前記(i)の前記軽鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態1～2のいずれか1つの抗体。
実施形態6.前記軽鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態5の抗体。
実施形態7.前記(ii)の前記重鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態1～2のいずれか1つの抗体。
実施形態8.前記重鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態7の抗体。
実施形態9.前記(ii)の前記軽鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態1～2のいずれか1つの抗体。
実施形態10.前記軽鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態9の抗体。
実施形態11.(i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは
(ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域
を含む抗原結合性断片。
実施形態12.配列番号150又は配列番号151に結合する能力を有する、実施形態11の抗原結合性断片。
実施形態13.前記(i)の前記重鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態11～12のいずれか1つの抗原結合性断片。
実施形態14.前記重鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号8に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態13の抗原結合性断片。
実施形態15.前記(i)の前記軽鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態11～12のいずれか1つの抗原結合性断片。
実施形態16.前記軽鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号16に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態15の抗原結合性断片。
実施形態17.前記(ii)の前記重鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態11～12のいずれか1つの抗原結合性断片。
実施形態18.前記重鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号24に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態17の抗原結合性断片。
実施形態19.前記(ii)の前記軽鎖可変ドメイン又は領域を含む、実施形態11～12のいずれか1つの抗原結合性断片。
実施形態20.前記軽鎖可変ドメイン又は領域が、配列番号32に記載のアミノ酸配列に少なくとも90パーセントの同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態19の抗原結合性断片。
実施形態21.モノクローナル抗体である、実施形態1～10のいずれか1つの抗体。
実施形態22.scFv抗体である、実施形態1～10及び21のいずれか1つの抗体。
実施形態23.モノクローナルである、実施形態11～20のいずれか1つの抗原結合性断片。
実施形態24.Fabである、実施形態11～20及び23のいずれか1つの抗原結合性断片。
実施形態25.抗原結合性ドメイン、ヒンジ、膜貫通ドメイン及び1つ以上のシグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体であって、前記抗原結合性ドメインが実施形態1～24のいずれか1つの抗体又は抗原結合性断片を含む、キメラ抗原受容体。
実施形態26.前記抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含む、実施形態25のキメラ抗原受容体。
実施形態27.前記ヒンジが図13に記載のヒンジを含む、実施形態25～26のいずれか1つのキメラ抗原受容体。
実施形態28.前記膜貫通ドメインが、図14に記載の膜貫通ドメインを含む、実施形態25～27のいずれか1つのキメラ抗原受容体。
実施形態29.図15に記載の1つ以上のシグナル伝達ドメインを含む、実施形態25～28のいずれか1つのキメラ抗原受容体。
実施形態30.実施形態25～29のいずれか1つのキメラ抗原受容体を含む細胞。
実施形態31.T細胞、幹細胞又はNK細胞である、実施形態30の細胞。
実施形態32.第1の抗原結合性ドメイン、リンカー及び第2の抗原結合性ドメインを含む細胞エンゲージャーであって、前記第1の抗原結合性ドメインが実施形態1～24のいずれか1つの抗体又は抗原結合性断片を含む、細胞エンゲージャー。
実施形態33.前記第1の抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含む、実施形態32の細胞エンゲージャー。
実施形態34.前記第1の抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するIgGである、実施形態32の細胞エンゲージャー。
実施形態35.前記リンカーが図10又は図13に記載のリンカーを含む、実施形態32～34のいずれか1つの細胞エンゲージャー。
実施形態36.前記第2の抗原結合性ドメインがT細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合する、実施形態32～35のいずれか1つの細胞エンゲージャー。
実施形態37.T細胞の表面に発現される前記ポリペプチドがCD3ポリペプチドである、実施形態36の細胞エンゲージャー。
実施形態38.前記第2の抗原結合性ドメインが、図18に記載の抗原結合性ドメインである、実施形態36の細胞エンゲージャー。
実施形態39.前記第2の抗原結合性ドメインが、NK細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合する、実施形態32～35のいずれか1つの細胞エンゲージャー。
実施形態40.NK細胞の表面に発現される前記ポリペプチドが、CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44又はNKp46ポリペプチドである、実施形態39の細胞エンゲージャー。
実施形態41.前記第2の抗原結合性ドメインが、図19に記載の抗原結合性ドメインである、実施形態39の細胞エンゲージャー。
実施形態42.第3の抗原結合性ドメインを含む、実施形態32～41のいずれか1つの細胞エンゲージャー。
実施形態43.前記第3の抗原結合性ドメインが、NK細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合する、実施形態42の細胞エンゲージャー。
実施形態44.NK細胞の表面に発現される前記ポリペプチドが、CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44又はNKp46ポリペプチドである、実施形態43の細胞エンゲージャー。
実施形態45.前記第3の抗原結合性ドメインが、図19に記載の抗原結合性ドメインである、実施形態43の細胞エンゲージャー。
実施形態46.実施形態1～24のいずれか1つの抗体又は抗原結合性断片の少なくとも一部をコードする核酸配列を含む核酸。
実施形態47.前記核酸配列が、実施形態1の前記(i)～(ii)のいずれか1つの前記重鎖可変ドメイン又は領域をコードする、実施形態46の核酸。
実施形態48.前記核酸配列が、実施形態1の前記(i)～(ii)のいずれか1つの前記軽鎖可変ドメイン又は領域をコードする、実施形態46～47のいずれか1つの核酸。
実施形態49.ウイルスベクターである、実施形態46～48のいずれか1つの核酸。
実施形態50.ファージミドである、実施形態46～48のいずれか1つの核酸。
実施形態51.実施形態25～29のいずれか1つのキメラ抗原受容体又は実施形態32～45のいずれか1つの細胞エンゲージャーをコードする核酸配列を含む核酸。
実施形態52.ウイルスベクターである、実施形態51の核酸。
実施形態53.ファージミドである、実施形態51の核酸。
実施形態54.実施形態46～52のいずれか1つの核酸を含む宿主細胞。
実施形態55.実施形態25～29のいずれか1つのキメラ抗原受容体又は実施形態32～45のいずれか1つの細胞エンゲージャーを発現する宿主細胞。
実施形態56.T細胞、幹細胞又はNK細胞である、実施形態54～55のいずれか1つの宿主細胞。
実施形態57.薬物に共有結合で連結した抗原結合性ドメインを含む抗体薬物コンジュゲート(ADC)であって、前記抗原結合性ドメインが実施形態1～24のいずれか1つの抗体又は抗原結合性断片を含む、抗体薬物コンジュゲート。
実施形態58.前記抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含む、実施形態57のADC。
実施形態59.前記抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するIgGである、実施形態57のADC。
実施形態60.前記薬物が、アウリスタチン、メルタンシン又はピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体からなる群から選択される、実施形態57～59のいずれか1つのADC。
実施形態61.実施形態1～24のいずれか1つの抗体又は抗原結合性断片を含む組成物。
実施形態62.実施形態1～10、21及び22のいずれか1つの抗体を含む、実施形態61の組成物。
実施形態63.実施形態11～20、23及び24のいずれか1つの抗原結合性断片を含む、実施形態61の組成物。
実施形態64.実施形態32～45のいずれか1つの細胞エンゲージャーを含む組成物。
実施形態65.実施形態30、31及び53～56のいずれか1つの細胞を含む組成物。
実施形態66.実施形態57～60のいずれか1つのADCを含む組成物。
実施形態67.チェックポイント阻害剤を含む、実施形態61～66のいずれか1つの組成物。
実施形態68.前記チェックポイント阻害剤が、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択される、実施形態67の組成物。
実施形態69.がんを有する哺乳動物を処置する方法であって、前記哺乳動物に実施形態61～68のいずれか1つの組成物を投与するステップを含む方法。
実施形態70.前記哺乳動物がヒトである、実施形態69の方法。
実施形態71.前記がんがCD66e+がんである、実施形態69～70のいずれか1つの方法。
実施形態72.前記CD66e+がんが、CD66e+肺がん、CD66e+前立腺がん、CD66e+食道がん、CD66e+胃がん、CD66e+結腸直腸がん、CD66e+肝臓がん、CD66e+膣がん又はCD66e+子宮頸がんからなる群から選択される、実施形態71の方法。
実施形態73.前記哺乳動物内のがん細胞の数が、前記投与するステップ後に低下する、実施形態69～72のいずれか1つの方法。
実施形態74.がんを有する哺乳動物を処置する方法であって、
(a)前記哺乳動物に実施形態98～104のいずれか1つの組成物を投与するステップ、及び
(b)前記哺乳動物にチェックポイント阻害剤を含む組成物を投与するステップ
を含む方法。
実施形態75.前記哺乳動物がヒトである、実施形態74の方法。
実施形態76.前記がんがCD66e+がんである、実施形態74～75のいずれか1つの方法。
実施形態77.前記CD66e+がんが、CD66e+肺がん、CD66e+前立腺がん、CD66e+食道がん、CD66e+胃がん、CD66e+結腸直腸がん、CD66e+肝臓がん、CD66e+膣がん又はCD66e+子宮頸がんからなる群から選択される、実施形態76の方法。
実施形態78.前記チェックポイント阻害剤が、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択される、実施形態74～77のいずれか1つの方法。
実施形態79.前記哺乳動物内のがん細胞の数が、前記投与するステップ(a)及び(b)後に低下する、実施形態74～78のいずれか1つの方法。
実施形態80.結合分子をCD66eポリペプチドに結合させるための方法であって、前記CD66eポリペプチドを実施形態1～24のいずれか1つの抗体又は抗原結合性断片と接触させるステップを含む方法。
実施形態81.前記接触させるステップが、in vitroで実施される、実施形態80の方法。
実施形態82.前記接触させるステップが、in vivoで実施される、実施形態80の方法。
実施形態83.前記接触させるステップが、前記抗体又は前記抗原結合性断片を哺乳動物に投与することによって前記哺乳動物内で実施される、実施形態82の方法。
実施形態84.前記哺乳動物がヒトである、実施形態84の方法。
実施形態85.結合分子をCD66eポリペプチドに結合させるための方法であって、前記CD66eポリペプチドを実施形態25～29のいずれか1つのキメラ抗原受容体、実施形態32～45のいずれか1つの細胞エンゲージャー又は実施形態57～60のいずれか1つのADCと接触させるステップを含む方法。
実施形態86.前記接触させるステップが、in vitroで実施される、実施形態85の方法。
実施形態87.前記接触させるステップが、in vivoで実施される、実施形態85の方法。
実施形態88.前記接触させるステップが、前記キメラ抗原受容体、前記細胞エンゲージャー又は前記ADCを哺乳動物に投与することによって前記哺乳動物内で実施される、実施形態87の方法。
実施形態89.前記哺乳動物がヒトである、実施形態88の方法。
他の実施形態
本発明は、その詳細な記載と併せて記載されているが、前述の記載は例示を目的とし、添付の特許請求の範囲の範囲によって定義される本発明の範囲を限定しないことを理解されたい。他の態様、有利点及び改変は、続く特許請求の範囲の範囲内である。

Claims (50)

  1. (i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは
    (ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域
    を含む抗体。
  2. 配列番号150又は配列番号151に結合する能力を有する、請求項1に記載の抗体。
  3. (i)配列番号1(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号1)、配列番号2(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号2)及び配列番号3(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号3)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号9(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号9)、配列番号10(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号10)及び配列番号11(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号11)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域;或いは
    (ii)配列番号17(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号17)、配列番号18(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号18)及び配列番号19(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号19)に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン又は領域、並びに配列番号25(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号25)、配列番号26(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号26)及び配列番号27(又は1個、2個若しくは3個のアミノ酸の付加、欠失若しくは置換を有する配列番号27)に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン又は領域
    を含む抗原結合性断片。
  4. 配列番号150又は配列番号151に結合する能力を有する、請求項3に記載の抗原結合性断片。
  5. 抗原結合性ドメイン、ヒンジ、膜貫通ドメイン及び1つ以上のシグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体であって、前記抗原結合性ドメインが請求項1から4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合性断片を含む、キメラ抗原受容体。
  6. 前記抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含む、請求項5に記載のキメラ抗原受容体。
  7. 前記ヒンジが図13に記載のヒンジを含む、請求項5から6のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  8. 前記膜貫通ドメインが、図14に記載の膜貫通ドメインを含む、請求項5から7のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  9. 図15に記載の1つ以上のシグナル伝達ドメインを含む、請求項5から8のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
  10. 請求項5から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体を含む細胞。
  11. T細胞、幹細胞又はNK細胞である、請求項10に記載の細胞。
  12. 第1の抗原結合性ドメイン、リンカー及び第2の抗原結合性ドメインを含む細胞エンゲージャーであって、前記第1の抗原結合性ドメインが請求項1から4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合性断片を含む、細胞エンゲージャー。
  13. 前記第1の抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含む、請求項12に記載の細胞エンゲージャー。
  14. 前記第1の抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するIgGである、請求項12に記載の細胞エンゲージャー。
  15. 前記リンカーが図10又は図13に記載のリンカーを含む、請求項12から14のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャー。
  16. 前記第2の抗原結合性ドメインがT細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合する、請求項12から15のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャー。
  17. T細胞の表面に発現される前記ポリペプチドがCD3ポリペプチドである、請求項16に記載の細胞エンゲージャー。
  18. 前記第2の抗原結合性ドメインが、図18に記載の抗原結合性ドメインである、請求項16に記載の細胞エンゲージャー。
  19. 前記第2の抗原結合性ドメインが、NK細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合する、請求項12から15のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャー。
  20. NK細胞の表面に発現される前記ポリペプチドが、CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44又はNKp46ポリペプチドである、請求項19に記載の細胞エンゲージャー。
  21. 前記第2の抗原結合性ドメインが、図19に記載の抗原結合性ドメインである、請求項19に記載の細胞エンゲージャー。
  22. 第3の抗原結合性ドメインを含む、請求項12から21のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャー。
  23. 前記第3の抗原結合性ドメインが、NK細胞の表面に発現されるポリペプチドに結合する、請求項22に記載の細胞エンゲージャー。
  24. NK細胞の表面に発現される前記ポリペプチドが、CD16a、NKG2A、NKG2D、NKp30、NKp44又はNKp46ポリペプチドである、請求項23に記載の細胞エンゲージャー。
  25. 前記第3の抗原結合性ドメインが、図19に記載の抗原結合性ドメインである、請求項23に記載の細胞エンゲージャー。
  26. 請求項1から4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合性断片の少なくとも一部をコードする核酸配列を含む核酸。
  27. 請求項5から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体又は請求項12から25のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャーをコードする核酸配列を含む核酸。
  28. 請求項26から27のいずれか一項に記載の核酸を含む宿主細胞。
  29. 請求項5から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体又は請求項12から25のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャーを発現する宿主細胞。
  30. T細胞、幹細胞又はNK細胞である、請求項28から29のいずれか一項に記載の宿主細胞。
  31. 薬物に共有結合で連結した抗原結合性ドメインを含む抗体薬物コンジュゲート(ADC)であって、前記抗原結合性ドメインが請求項1から4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合性断片を含む、抗体薬物コンジュゲート。
  32. 前記抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するscFvを含む、請求項31に記載のADC。
  33. 前記抗原結合性ドメインが、CD66eポリペプチドに結合する能力を有するIgGである、請求項31に記載のADC。
  34. 前記薬物が、アウリスタチン、メルタンシン又はピロロベンゾジアゼピン(PBD)二量体からなる群から選択される、請求項31から33のいずれか一項に記載のADC。
  35. 請求項1から4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合性断片を含む組成物。
  36. 請求項12から25のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャーを含む組成物。
  37. 請求項28から30のいずれか一項に記載の細胞を含む組成物。
  38. 請求項31から34のいずれか一項に記載のADCを含む組成物。
  39. チェックポイント阻害剤を含む、請求項35から38のいずれか一項に記載の組成物。
  40. 前記チェックポイント阻害剤が、セミプリマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、JTX-4014、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGA00012、AMP-224、AMP-514、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、KN035、CK-301、AUNP12、CA-170、BMS-986189及びイピリムマブからなる群から選択される、請求項39に記載の組成物。
  41. がんを有する哺乳動物を処置する方法であって、前記哺乳動物に請求項35から40のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
  42. 前記哺乳動物がヒトである、請求項41に記載の方法。
  43. 前記がんがCD66e+がんである、請求項41から42のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記CD66e+がんが、CD66e+肺がん、CD66e+前立腺がん、CD66e+食道がん、CD66e+胃がん、CD66e+結腸直腸がん、CD66e+肝臓がん、CD66e+膣がん又はCD66e+子宮頸がんからなる群から選択される、請求項43に記載の方法。
  45. 前記哺乳動物内のがん細胞の数が、前記投与するステップ後に低下する、請求項41から44のいずれか一項に記載の方法。
  46. がんを有する哺乳動物を処置する方法であって、
    (a)前記哺乳動物に請求項35から38のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップ、及び
    (b)前記哺乳動物にチェックポイント阻害剤を含む組成物を投与するステップ
    を含む方法。
  47. 前記哺乳動物がヒトである、請求項46に記載の方法。
  48. 前記哺乳動物内のがん細胞の数が、前記投与するステップ(a)及び(b)後に低下する、請求項46から47のいずれか一項に記載の方法。
  49. 結合分子をCD66eポリペプチドに結合させるための方法であって、前記CD66eポリペプチドを請求項1から4のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合性断片と接触させるステップを含む方法。
  50. 結合分子をCD66eポリペプチドに結合させるための方法であって、前記CD66eポリペプチドを請求項5から9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体、請求項12から25のいずれか一項に記載の細胞エンゲージャー、又は請求項31から34のいずれか一項に記載のADCと接触させるステップを含む方法。
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