JP2024510712A - Il-15をコードするアデノウイルス - Google Patents
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Abstract
式 5’ITR-B1-BA-B2-BX-BB-BY-B3-3’ITRの配列を含むB群アデノウイルスであって;ここで、BYは、配列 -G1-G2n-G3m-G4p-G5qを含む。G1は第1の導入遺伝子である。G2は第2の導入遺伝子である。G3は第3の導入遺伝子である。G4は第4の導入遺伝子である。G5は第5の導入遺伝子であり、IL-15は導入遺伝子として上記の位置のうちの少なくとも1か所にコードされ、BYはIL-15Rアルファのsushiドメインを含むポリペプチドをもコードすることを特徴とする。【選択図】図2A
Description
本開示は、IL-15をコードするB群アデノウイルス、同上を含む医薬組成物、治療、特に癌治療における該ウイルスおよび/または組成物の用途に関するものである。本開示はさらに、宿主細胞におけるウイルス複製およびウイルスを製剤化する処理法にも関するものである。
IL-15は、CD8陽性の細胞傷害性T細胞;NK細胞ならびにNKT細胞をも刺激するサイトカインである。IL-15は、T細胞の分裂およびメモリーT細胞の生存にとって重要であると考えられる。またさらに、IL-15は、NKT細胞の活性/生存にも重要であると考えられる。腫瘍微小環境におけるIL-15の発現が抗腫瘍活性/反応に相関する重要な要因であることを示唆するデータが存在する。このように、腫瘍微小環境におけるIL-15のレベルを増加させることは、癌治療において注目されている。
Pereraら(Proc Natl Acad Sci USA 2001、Apr 24; 98(9): 5146-5151)は、IL-15をコードする生ワクシニアウイルスを調製した。Backhausら(Viruses 2019、11、914)は、IL-12またはIL-15をコードする麻疹ウイルスを開示している。
本発明者らは、IL-15をコードするB群アデノウイルス、特にEnAdを調製し、サイトカイン発現のレベルが望ましいレベルよりも低いことを明らかにしている。この問題に直面したので、本発明者らはウイルス構築物の最適化に着手した。
意外なことに、B群アデノウイルスが、IL-15に連結または非連結のIL-15Rアルファの少なくともsushiドメインを含むポリペプチドをもコードしている場合(細胞外蛋白質全体をコードすることをも含む)には、発現が有意に改善するのである。
腫瘍溶解性ウイルスにコードされる導入遺伝子の遺伝子発現レベルを測定することは困難であり得る。しかし、本発明者らは、ウイルスにコードされる導入遺伝子が腫瘍微小環境において発現するのみならず、その蛋白質産物が血液にも検出され得ることを示す証拠を得ている。
腫瘍微小環境は、本開示のアデノウイルスによる浸潤に対して許容性であり、そのため所望の送達部位におけるIL-15レベルを高めることが可能になるのである。
本開示の概要を、以下の段落に示す。
段落1:
式(I):
5′ITR-B1-BA-B2-BX-BB-BY-B3-3′ITR (I)
の配列を含むB群アデノウイルスであって;
ここで
B1は、結合であるか、
または
E1A、E1BまたはE1A-E1Bを含み;
BAは、-E2B-L1-L2-L3-E2A-L4を含み;
B2は、結合であるか、
またはE3を含み;
BXは、結合であるか、
または
制限酵素認識部位、1種類以上の導入遺伝子、またはその両方を含むDNA配列であり;
BBは、L5を含み;
BYは、配列-G1-G2n-G3m-G4p-G5qを含み;
ここで
G1は第1の導入遺伝子であり、G2は第2の導入遺伝子であり、G3は第3の導入遺伝子であり、G4は第4の導入遺伝子であり、G5は第5の導入遺伝子であり;
B3は、結合であるか、
または
E4を含み;
nは0または1であり;mは0または1であり;pは0または1であり;qは0または1であり;
ここで
導入遺伝子中においてG1、G2、G3、G4、G5、および同上のうちの2つまたは3つの組み合わせから選択される位置に、IL-15がコードされ;
ならびにBYが、IL-15Rアルファのsushiドメインを含むポリペプチドをもコードする(例えば、sushiドメインが配列番号:26に示される配列を有する)ことを特徴とする、
B群アデノウイルス。
式(I):
5′ITR-B1-BA-B2-BX-BB-BY-B3-3′ITR (I)
の配列を含むB群アデノウイルスであって;
ここで
B1は、結合であるか、
または
E1A、E1BまたはE1A-E1Bを含み;
BAは、-E2B-L1-L2-L3-E2A-L4を含み;
B2は、結合であるか、
またはE3を含み;
BXは、結合であるか、
または
制限酵素認識部位、1種類以上の導入遺伝子、またはその両方を含むDNA配列であり;
BBは、L5を含み;
BYは、配列-G1-G2n-G3m-G4p-G5qを含み;
ここで
G1は第1の導入遺伝子であり、G2は第2の導入遺伝子であり、G3は第3の導入遺伝子であり、G4は第4の導入遺伝子であり、G5は第5の導入遺伝子であり;
B3は、結合であるか、
または
E4を含み;
nは0または1であり;mは0または1であり;pは0または1であり;qは0または1であり;
ここで
導入遺伝子中においてG1、G2、G3、G4、G5、および同上のうちの2つまたは3つの組み合わせから選択される位置に、IL-15がコードされ;
ならびにBYが、IL-15Rアルファのsushiドメインを含むポリペプチドをもコードする(例えば、sushiドメインが配列番号:26に示される配列を有する)ことを特徴とする、
B群アデノウイルス。
段落2:
段落1に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ポリペプチドが、完全長IL-15Rアルファ細胞外ドメイン、例えば、その膜固定型を含む完全長IL-15Rアルファ(一実施態様においては、ECドメインから成る、あるいは本質的にECドメインから成る)を含む、B群アデノウイルス。
段落1に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ポリペプチドが、完全長IL-15Rアルファ細胞外ドメイン、例えば、その膜固定型を含む完全長IL-15Rアルファ(一実施態様においては、ECドメインから成る、あるいは本質的にECドメインから成る)を含む、B群アデノウイルス。
段落3:
段落1または2に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファのsushiドメインをコードする該ポリペプチドが、膜貫通ドメインまたはGPIアンカー、例えば、配列番号:28、238、239、240、241、242に示される膜貫通ドメインを含む、B群アデノウイルス。
段落1または2に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファのsushiドメインをコードする該ポリペプチドが、膜貫通ドメインまたはGPIアンカー、例えば、配列番号:28、238、239、240、241、242に示される膜貫通ドメインを含む、B群アデノウイルス。
段落4:
段落1~3のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ポリペプチドはIL-15に連結される、B群アデノウイルス。
段落1~3のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ポリペプチドはIL-15に連結される、B群アデノウイルス。
段落5:
段落1~4のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該コードされるポリペプチドが、IL-15とは異なる位置に存在する(すなわち、IL-15から分離している(非連結である))、B群アデノウイルス。
段落1~4のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該コードされるポリペプチドが、IL-15とは異なる位置に存在する(すなわち、IL-15から分離している(非連結である))、B群アデノウイルス。
段落6:
段落1~5のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG5の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~5のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG5の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落7:
段落1~6のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG4の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~6のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG4の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落8:
段落1~7のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG3の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~7のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG3の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落9:
段落1~8のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG2の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~8のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG2の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落10:
段落1~9のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG1の位置にコードされる、B群アデノウイルス。一実施態様においては、IL-15はG1の位置にコードされない。
段落1~9のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15がG1の位置にコードされる、B群アデノウイルス。一実施態様においては、IL-15はG1の位置にコードされない。
段落11:
段落1~10のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG5の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~10のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG5の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落12:
段落1~11のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG4の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~11のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG4の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落13:
段落1~12のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG3の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~12のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG3の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落14:
段落1~13のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG2の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~13のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG2の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落15:
段落1~14のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG1の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落1~14のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでIL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG1の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
段落16:
段落1~15のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
該ウイルスがIL-12をもコードし、例えば、該ウイルスがIL-12を1回のみコードする場合を挙げることができる、B群アデノウイルス。
段落1~15のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
該ウイルスがIL-12をもコードし、例えば、該ウイルスがIL-12を1回のみコードする場合を挙げることができる、B群アデノウイルス。
段落17:
段落16に記載のB群ウイルスであって;
ここで該IL-12が単一鎖融合蛋白質としてコードされる、B群アデノウイルス。
段落16に記載のB群ウイルスであって;
ここで該IL-12が単一鎖融合蛋白質としてコードされる、B群アデノウイルス。
段落18:
段落16または17に記載のB群ウイルスであって;
ここで該融合蛋白質がp40-リンカー-p35の形態である、B群アデノウイルス。
段落16または17に記載のB群ウイルスであって;
ここで該融合蛋白質がp40-リンカー-p35の形態である、B群アデノウイルス。
段落19:
段落18に記載のB群ウイルスであって;
ここで該リンカーが、1単位以上のGly4Ser(G4S)、例えば、1、2、3、4、5または6単位のG4S(3単位のG4Sなど)を含む、B群アデノウイルス。
段落18に記載のB群ウイルスであって;
ここで該リンカーが、1単位以上のGly4Ser(G4S)、例えば、1、2、3、4、5または6単位のG4S(3単位のG4Sなど)を含む、B群アデノウイルス。
段落21:
段落16~20のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG1の位置に存在する、例えば、G1の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落16~20のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG1の位置に存在する、例えば、G1の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落22:
段落16~21のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG2の位置に存在する、例えば、G2の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落16~21のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG2の位置に存在する、例えば、G2の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落23:
段落16~22のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG3の位置に存在する、例えば、G3の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落16~22のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG3の位置に存在する、例えば、G3の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落24:
段落16~23のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG4の位置に存在する、例えば、G4の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。一実施態様においては、IL-12はG4の位置にコードされない。
段落16~23のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG4の位置に存在する、例えば、G4の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。一実施態様においては、IL-12はG4の位置にコードされない。
段落25:
段落16~24のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG5の位置に存在する、例えば、G5の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。一実施態様においては、IL-12はG5の位置にコードされない。
段落16~24のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該IL-12がG5の位置に存在する、例えば、G5の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。一実施態様においては、IL-12はG5の位置にコードされない。
段落26:
段落1~25のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでnが1である、B群アデノウイルス。
段落1~25のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでnが1である、B群アデノウイルス。
段落27:
段落1~25のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでnが0である、B群アデノウイルス。
段落1~25のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでnが0である、B群アデノウイルス。
段落28:
段落1~27のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでmが1である、B群アデノウイルス。
段落1~27のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでmが1である、B群アデノウイルス。
段落29:
段落1~27のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでmが0である、B群アデノウイルス。
段落1~27のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでmが0である、B群アデノウイルス。
段落30:
段落1~29のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでpが1である、B群アデノウイルス。
段落1~29のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでpが1である、B群アデノウイルス。
段落31:
段落1~29のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでpが0である、B群アデノウイルス。
段落1~29のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでpが0である、B群アデノウイルス。
段落32:
請求項1~31のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでqが1である、B群アデノウイルス。
請求項1~31のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでqが1である、B群アデノウイルス。
段落33:
請求項1~31のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでqが0である、B群アデノウイルス。
請求項1~31のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでqが0である、B群アデノウイルス。
段落34:
段落1~33のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで少なくとも1種類のさらなるサイトカインがBYによってコードされる(例えば、2種類または3種類のサイトカインがコードされる)、B群アデノウイルス。
段落1~33のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで少なくとも1種類のさらなるサイトカインがBYによってコードされる(例えば、2種類または3種類のサイトカインがコードされる)、B群アデノウイルス。
段落35:
段落34に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該単一のサイトカインまたは複数のサイトカインが:
TNFスーパーファミリー(TNFSF)またはTNF受容体スーパーファミリー(TNFRSF);TGF-ベータスーパーファミリー(例えば、BMP);コロニー刺激因子(CSF)ファミリー(例えばGM-CSF、M-CSF);IL-1ファミリー(例えば、IL-1、IL-18);サイトカイン受容体コモンγ鎖(γc)ファミリー(例えば、IL-2、IL-7、IL-21);IL-10ファミリー(例えば、IL-24);IL-12ファミリー(例えば、IL-23、IL-27);IL-17ファミリー(例えば、IL-17E);増殖因子ファミリー(例えば、VEGF、FGF、IGF、PDGF、NGF、HGF、CTGF、TGF-アルファファミリー);およびインターフェロンファミリー(I型インターフェロン、II型インターフェロンおよびIII型インターフェロンなど)から独立に選択される、B群アデノウイルス。
段落34に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該単一のサイトカインまたは複数のサイトカインが:
TNFスーパーファミリー(TNFSF)またはTNF受容体スーパーファミリー(TNFRSF);TGF-ベータスーパーファミリー(例えば、BMP);コロニー刺激因子(CSF)ファミリー(例えばGM-CSF、M-CSF);IL-1ファミリー(例えば、IL-1、IL-18);サイトカイン受容体コモンγ鎖(γc)ファミリー(例えば、IL-2、IL-7、IL-21);IL-10ファミリー(例えば、IL-24);IL-12ファミリー(例えば、IL-23、IL-27);IL-17ファミリー(例えば、IL-17E);増殖因子ファミリー(例えば、VEGF、FGF、IGF、PDGF、NGF、HGF、CTGF、TGF-アルファファミリー);およびインターフェロンファミリー(I型インターフェロン、II型インターフェロンおよびIII型インターフェロンなど)から独立に選択される、B群アデノウイルス。
段落36:
段落34または35に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該単一のサイトカインまたは複数のサイトカインが:
TNF-アルファ、TNF-C、OX40L、CD154、FasL、LIGHT、TL1A、CD70、Siva、CD153、4-1BBリガンド、TRAIL、RANKL、TWEAK、APRIL、BAFF、CAMLG、NGF、BDNF、NT-3、NT-4、GITRリガンド、EDA-A、EDA-A2、IFN-α、IFN-β、IFN-ε、IFN-γ、IFN-κ、およびIFN-ω、Flt3リガンド、GM-CSF、M-CSF、VEGF-C、IL-1、IL-2、IL-7、IL-10、IL-15、IL-17、IL-18、IL-19、IL-20、IL-21、IL-22、IL-23、IL-24、IL-26、IL-27、IL-28、およびIL-29から独立に選択される、B群アデノウイルス。
段落34または35に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該単一のサイトカインまたは複数のサイトカインが:
TNF-アルファ、TNF-C、OX40L、CD154、FasL、LIGHT、TL1A、CD70、Siva、CD153、4-1BBリガンド、TRAIL、RANKL、TWEAK、APRIL、BAFF、CAMLG、NGF、BDNF、NT-3、NT-4、GITRリガンド、EDA-A、EDA-A2、IFN-α、IFN-β、IFN-ε、IFN-γ、IFN-κ、およびIFN-ω、Flt3リガンド、GM-CSF、M-CSF、VEGF-C、IL-1、IL-2、IL-7、IL-10、IL-15、IL-17、IL-18、IL-19、IL-20、IL-21、IL-22、IL-23、IL-24、IL-26、IL-27、IL-28、およびIL-29から独立に選択される、B群アデノウイルス。
段落37:
段落34~36のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでサイトカインがIL-18である、B群アデノウイルス。
段落34~36のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでサイトカインがIL-18である、B群アデノウイルス。
段落38:
段落1~37のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでBYがI型インターフェロン(インターフェロン-アルファなど)をコードする、B群アデノウイルス。
段落1~37のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでBYがI型インターフェロン(インターフェロン-アルファなど)をコードする、B群アデノウイルス。
段落39:
段落34~38のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG1の位置でコードされる、例えば、G1の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落34~38のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG1の位置でコードされる、例えば、G1の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落40:
段落34~39のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG2の位置でコードされる、例えば、G2の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落34~39のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG2の位置でコードされる、例えば、G2の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落41:
段落34~40のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG3の位置でコードされる、例えば、G3の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落34~40のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG3の位置でコードされる、例えば、G3の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落42:
段落34~41のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG4の位置でコードされる、例えば、G4の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落34~41のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG4の位置でコードされる、例えば、G4の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落43:
段落34~42のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG5の位置でコードされる、例えば、G5の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落34~42のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該サイトカインがG5の位置でコードされる、例えば、G5の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落44:
段落1~43のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでBYが少なくとも1種類のケモカイン、例えば、1種類のケモカインをコードする、B群アデノウイルス。
段落1~43のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでBYが少なくとも1種類のケモカイン、例えば、1種類のケモカインをコードする、B群アデノウイルス。
段落45:
段落44に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインが:
MIP-1アルファ、RANTES、IL-8(CXCL8)、CCL17、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL12、およびCCL2から選択される、B群アデノウイルス。
段落44に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインが:
MIP-1アルファ、RANTES、IL-8(CXCL8)、CCL17、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL12、およびCCL2から選択される、B群アデノウイルス。
段落46:
段落44または45に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがCXCL9である、B群アデノウイルス。
段落44または45に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがCXCL9である、B群アデノウイルス。
段落47:
段落44~46のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがCCL19である、B群アデノウイルス。
段落44~46のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがCCL19である、B群アデノウイルス。
段落48:
段落44~47のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがCCL21である、B群アデノウイルス。
段落44~47のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがCCL21である、B群アデノウイルス。
段落49:
段落44~48のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG1の位置にコードされる、例えば、G1の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落44~48のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG1の位置にコードされる、例えば、G1の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落50:
段落44~49のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG2の位置にコードされる、例えば、G2の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落44~49のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG2の位置にコードされる、例えば、G2の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落51:
段落44~50のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG3の位置にコードされる、例えば、G3の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落44~50のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG3の位置にコードされる、例えば、G3の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落52:
段落44~51のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG4の位置にコードされる、例えば、G4の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落44~51のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG4の位置にコードされる、例えば、G4の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落53:
段落44~52のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG5の位置にコードされる、例えば、G5の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落44~52のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該ケモカインがG5の位置にコードされる、例えば、G5の位置にのみコードされる、B群アデノウイルス。
段落54:
段落1~53のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでBY中の該1種類上の導入遺伝子が、主要後期プロモーターの制御下にある、例えば、該導入遺伝子の全部が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落1~53のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでBY中の該1種類上の導入遺伝子が、主要後期プロモーターの制御下にある、例えば、該導入遺伝子の全部が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落55:
段落54に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG1が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落54に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG1が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落56:
段落54または55に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG2が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落54または55に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG2が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落57:
段落54~56のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG3が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落54~56のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG3が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落58:
段落54~57のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG4が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落54~57のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG4が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落59:
段落54~58のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG5が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落54~58のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここでG5が主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
段落60:
段落1~59のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該アデノウイルスがEnAdまたはAd11(EnAdなど)である、B群アデノウイルス。
段落1~59のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該アデノウイルスがEnAdまたはAd11(EnAdなど)である、B群アデノウイルス。
段落61:
段落1~60のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該アデノウイルスはその複製が可能である(複製能があるなど)、B群アデノウイルス。
段落1~60のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該アデノウイルスはその複製が可能である(複製能があるなど)、B群アデノウイルス。
段落62:
段落1~61のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該アデノウイルスが腫瘍溶解性である、B群アデノウイルス。
段落1~61のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該アデノウイルスが腫瘍溶解性である、B群アデノウイルス。
段落63:
段落1~62のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスおよび薬学的に許容可能な添加剤、希釈剤または担体を含む組成物。
段落1~62のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスおよび薬学的に許容可能な添加剤、希釈剤または担体を含む組成物。
段落64:
治療、例えば、癌の治療に用いる段落1~62のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスまたは段落63に記載の組成物。
治療、例えば、癌の治療に用いる段落1~62のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスまたは段落63に記載の組成物。
段落65:
癌治療のための治療薬剤の製造における、段落1~62のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスまたは段落63に記載の組成物の用途。
癌治療のための治療薬剤の製造における、段落1~62のいずれか1段落に記載のB群アデノウイルスまたは段落63に記載の組成物の用途。
段落66:
治療的有効量の、段落1~62のいずれか1段落に記載のアデノウイルスまたは段落63に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、癌治療の方法。
治療的有効量の、段落1~62のいずれか1段落に記載のアデノウイルスまたは段落63に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、癌治療の方法。
一実施態様においては、該ウイルス中に、IL-15をコードする遺伝子が1つのみ存在する。
一実施態様においては、IL-15に用いるリーダー配列は、非天然配列であり、例えば、Ig、CD33またはIL-2のリーダー配列である。これによって発現の最適化を成し得る。
一実施態様においては、IL-15RアルファSushiドメインを含むポリペプチドをコードする遺伝子が1つのみ存在する。
一実施態様においては、Sushiドメインは、膜貫通ドメインまたはGPIアンカー、特に、天然の膜貫通ドメインを含む。一実施態様においては、Sushiドメインは、膜貫通ドメインもGPIアンカーも含まない、すなわち、発現した場合に、膜に固定されない(特に、可溶型として発現する)。
本明細書中の「可溶性(型)」は、非連結(非固定)の形態を指す(膜および/または他の蛋白質への連結から自由であることを含む)。したがって、可溶型としては、細胞から放出され(分泌されるなど)得る形態が挙げられる。
一実施態様においては、Sushiドメインは非連結である(特に、IL-15には連結されていない)。一実施態様においては、IL-15Rアルファに天然のリーダー配列を用いる。
一実施態様においては、IL-12をコードする遺伝子が1つのみ存在する。
一般的に、G1、G2、G3、G4およびG5は、導入遺伝子を表し、例えば、それらは、好適な制御性配列(2Aペプチドをコードするポリヌクレオチドなど)で隔てられている。
本明細書中に開示するアデノウイルスは、BYの位置に1、2、3、4または5種類の導入遺伝子を含んでいてもよい。実質的に、BYの位置に挿入したいずれの「遺伝子」も、導入遺伝子と見なされる;その理由は、その位置が非天然位置だからである。本明細書においては、制御性要素は「遺伝子」とはみなさない。
位置G1、G2、G3、G4およびG5は、互いに相対的に規定される便宜的名称である。したがって、導入遺伝子が単一でのみ存在する場合には、常にG1と称される。導入遺伝子が2つ存在する場合には、通常G1およびG2と称される。導入遺伝子が3つ存在する場合には、一般的にG1、G2およびG3と称される。導入遺伝子が4つ存在する場合には、一般的にG1、G2、G3およびG4と称される。導入遺伝子が5つ存在する場合には、一般的にG1、G2、G3、G4およびG5と称される。
一実施態様においては、B1はE1A-E1Bを含む。
一実施態様においては、B2はE3を含む。
一実施態様においては、BXは結合である。
一実施態様においては、BXは、1種類以上の導入遺伝子を含む。
一実施態様においては、B3はE4を含む。
一実施態様においては、BYの位置に存在する1つ以上の導入遺伝子(全導入遺伝子など)が、内因性プロモーター(主要後期プロモーターなど)によって決定される。
一実施態様においては、導入遺伝子の発現は、特にBYの位置に存在する導入遺伝子の発現は、外因性プロモーターによって決定されるのではない。
一実施態様においては、該ウイルスは複製欠損性である。
一実施態様においては、該膜貫通ドメインは、配列番号:238、239、240、241、242を含む群から選択される配列を含む;優先権書類の配列表および表1を参照のこと。
一実施態様においては、遺伝子の順序は、本明細書中の図または実施例に開示される。この順序は、請求項の補正の根拠として利用されることがある。しかしながら、重要な事柄は、IL-15および/またはsushiドメインおよび/またはIL-12および/またはIL-18の位置である。したがって、必要に応じて、これらの要素のうちの1種類以上についてその特徴の説明を、実施例から抜き出して「個別に」概要を示すこともできる。
独立した一局面においては、本明細書に開示の新規のウイルス、構築物または要素(例えば、配列表に示されるもの)、同上を含む医薬製剤、同上のうちのいずれか1つを含む該ウイルスまたは構築物または製剤の、治療、特に、癌(本明細書に開示の癌など)の治療における用途が提供される。
一実施態様においては、該構築物は、配列番号:36~73、167~188および233~235のいずれか1つに示される蛋白質配列をコードするポリヌクレオチド(DNA構築物など)である。
一実施態様においては、該構築物は、配列番号:116~156および189~210から独立に選択されるDNAカセットである。
一実施態様においては、本発明のウイルスは、配列番号:74~114および211~232から独立に選択される。
一実施態様においては、該ウイルスまたは構築物はNG-796Aであるか、またはNG-796Aに関するものであり、あるいはNG-796Aを含む組成物またはその用途、特に、治療におけるその用途に関するものである。
さらなる独立的一局面においては、IL-15をコードするウイルスであって、Sushiドメインをコードする遺伝子を含まないウイルスが提供される。
さらなる独立的一局面においては、本明細書に記載のようなIL-12をコードするウイルスであって、IL-15をコードする遺伝子を含むウイルスまたは含まないウイルスが提供される。
さらなる独立的一局面においては、本明細書に記載のようなIL-18をコードするウイルスであって、IL-15をコードする遺伝子を含むウイルスまたは含まないウイルスが提供される。
本開示はまた、該ウイルスおよび組成物を調製するプロセスに関する。
本開示のウイルスは、インビボにおいてIL-15を適切な/良好なレベルで発現するので有利である。一実施態様においては、ウイルスによってコードされる2種類以上(2、3、4または5種類など)の導入遺伝子が良好に発現する。また、BYの位置に存在する導入遺伝子の相対的位置(すなわち、相互に参照することによる、導入遺伝子の順序決め)が、ウイルス安定性および/または導入遺伝子の発現レベルに影響を与えることもあるということについても、本発明者らは明らかにしている。特に、プロモーターが内因性である場合には、所定の導入遺伝子の発現が極度に低かった;これは、該ポリペプチドの局所濃度を低下させるので、その治療有効性が低くなることもある。
該ウイルスのライフサイクルは非常に複雑であり、不明な部分も多い;特に、スプライシング機構は複雑である。後者は、導入遺伝子の局所環境の些細な違いによって影響を受けることもあり、問題が起こった場合に、それを理解することは容易ではなく、解決策も予測可能ではない。そこで、本発明は、個々の導入遺伝子の発現、特に、IL-15の発現に関する問題の最小化を実現した最適化ウイルスを提供する。
本明細書中の「B群アデノウイルス」は、3、7、11、14、16、21、34、35、51およびEnAdを含むB群とみなされるアデノウイルスを指す。この名称については、一般的にウイルスカプシドの特性に基づいて帰属決定が行われる。したがって、B群ウイルスのカプシドを有するキメラアデノウイルスはB群とみなされる。
一実施態様においては、本開示のアデノウイルスは、Bウイルスの亜群、すなわち、Ad11、特にAd11p(Slobitski株)およびその派生体(EnAdなど)を含む。
一実施態様においては、本開示のアデノウイルスは、B亜群ウイルス、すなわち、Ad11、特にAd11p(Slobitski株)およびその派生体(EnAdなど)である。
一実施態様においては、該腫瘍溶解性ウイルスは、同一血清型、例えばAd11、特にAd11p、のファイバー、ヘキソンおよびペントン蛋白質(全てのカプシド蛋白質など)、例えば、後者のゲノム配列の30812~31789、18254~21100および13682~15367の位置に存在する蛋白質を有する(ここで、該ヌクレオチドの位置は、genbank ID:217307399についてのものである(アクセッション番号:GC689208;参照として具体的に本明細書に組み入れられる)。
一実施態様においては、該アデノウイルスは、enadenotucirev(EnAdとしても公知である;また、以前はColAd1とよばれていた)である。本明細書中の「enadenotucirev」は、WO2015/059303において配列番号:12として開示されるキメラアデノウイルスを指す;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。これは、野生型アデノウイルスと比較して、治療特性が強化された複製可能腫瘍溶解性キメラアデノウイルスである(WO2005/118825を参照のこと;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる)。EnAdは、Ad11pおよびAd3に由来するDNAの存在、ならびにE3/E4の欠失を特徴とするキメラE2B領域を有している。enadenotucirevにおける構造上の変化によって、そのゲノムは、Ad11pよりもおおよそ3.5kb小型になっているので、導入遺伝子を挿入するためのさらなる「空間」を提供する。EnAdにおいては、E3領域のほぼ全体およびE4領域の一部が欠失している。したがって、そのゲノムには、付加的な遺伝物質を挿入するのに充分大きな余剰スペースを有しているのであるが、それでもなお生存可能である。さらに、EnAdはB亜群アデノウイルスであるため、ヒトにおける既存の免疫性は、例えば、Ad5と比べて共通性が低い。Ad11のファイバー、ペントンおよびヘキソンを有する腫瘍溶解性キメラウイルスの他の例としては、OvAd1およびOvAd2が挙げられる(WO2008/080003を参照のこと;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる)。したがって、一実施態様において、用いられるアデノウイルスはOvAd1またはOvAd2である。
本明細書中の「腫瘍溶解性ウイルス」は、例えば、選択的に癌細胞に感染するため、および/または癌細胞においてそのウイルスライフサイクルが、無調節性である(例えば、過剰発現する)p53などの遺伝子に依存するため、選択的に癌細胞を殺滅するなど、癌細胞に対して選択性を有するウイルスを指す。癌細胞に対する選択性(治療指数)は、WO2005/118825に記載されるような方法で試験することができる;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。一実施態様においては、該腫瘍溶解性ウイルスは、例えば、EnAdのように、癌細胞に選択的に感染し、そのウイルスゲノムを複製し、カプシド蛋白質を生産して新規にウイルス粒子を生成し続ける。EnAdは選択的に腫瘍細胞に感染すると考えられ、これらの細胞で迅速に複製して、細胞溶解を引き起こす。これにより、次に炎症性免疫応答を惹起し得るが、それは身体が癌と戦うための刺激となる。EnAdのこのような成功は、部分的には腫瘍におけるウイルスの迅速なインビボ複製に関連すると仮定される。
IL-15は、高親和性IL-15Rアルファ鎖、およびIL-15Rのコモンベータおよびガンマ鎖を含む三量体型IL-15受容体複合体との相互作用によって機能するサイトカインである。一実施態様においては、IL-15はヒトIL-15であり、例えば、Uniprot P40933(参照として具体的に本明細書に組み入れられる)で開示されるようなIL-15または配列番号:23のIL-15である。
IL-15Rアルファは、IL-15受容体複合体のサブセットである。IL-15Rアルファは、30アミノ酸のシグナルペプチドを含む267アミノ酸の配列を有している。したがって、その成熟蛋白質は長さが237アミノ酸である。IL-15Rアルファは、可溶型(例えば、アミノ酸31~205などその細胞外ドメインのみ)として得られることもある;または、膜固定型(例えば、アミノ酸206~228などの膜貫通ドメイン、および任意選択的にアミノ酸229~267などの細胞質尾部を含む)として得られることもある。該成熟蛋白質のドメインとしては、N末端のSushiドメイン、リンカー領域、Pro/Thrに富んだ領域(これら3つの領域が、細胞外ドメインを構成する);膜貫通ドメイン;および細胞内ドメインが挙げられる。
一実施態様においては、本開示のIL-15Rアルファまたはその断片は、可溶型として提供される;例えば、その場合には、該膜貫通ドメインも該細胞質尾部も含まれない。この可溶型は、IL-15とは別個の蛋白質としてコードされるのであってもよく、あるいは該蛋白質がIL-15に連結される形態でコードされるのであってもよい(例えば、融合蛋白質として連結される)。
一実施態様においては本開示のような膜固定型のIL-15Rアルファまたはその断片が提供される。膜固定型としては、膜貫通ドメインまたはGPIアンカーが挙げられる。一実施態様においては、該膜貫通ドメインは、天然の配列であり、例えば、該成熟蛋白質のおおよそアミノ酸176~198である。一実施態様においては、該膜貫通ドメインは、非天然配列であり(すなわち、IL-15Rアルファの膜貫通ドメインではない)、例えば、配列番号:238、239、240、241、242から選択される。
IL-15Rアルファの細胞外領域は、該成熟蛋白質のおおよそアミノ酸1~175である。
本明細書中の「Sushiドメイン」は、成熟蛋白質のおおよそアミノ酸1~65(リーダーを有する該蛋白質の31~95)に位置するN末端ドメインを指す。この領域は、2つのジスルフィド結合ならびに、N-グリコシル化部位およびO-グリコシル化部位を特徴とする。
該成熟蛋白質のリンカー領域は、おおよそアミノ酸66~98に位置する。
該Pro/Thrに富んだ領域は、該成熟蛋白質のおおよそアミノ酸99~175であり、O-グリコシル化部位を含む。
該膜貫通ドメインは、該成熟蛋白質のおおよそアミノ酸176~198に位置する。
該細胞内ドメインは、該成熟蛋白質のおおよそアミノ酸199~237に位置する。
したがって、一実施態様においては、該IL-15Rアルファは、該Sushiドメインを含む、あるいは該Sushiドメインから成るが、ここで該Sushiドメインは、例えば、個別の蛋白質/ポリペプチドとして提供される、あるいはIL-15に連結される。
一実施態様においては、該IL-15Rアルファは、該Sushiドメインおよび該リンカー領域(例えば、該成熟蛋白質のおおよそアミノ酸1~98)を含む、あるいは同上から成る。一実施態様においては、当該IL-15Rアルファは、個別の蛋白質/ポリペプチドとしてコードされる、あるいはIL-15に連結される。
一実施態様においては、該IL-15Rアルファは、該Sushiドメインおよび該Pro/Thrに富んだ領域(例えば、該成熟蛋白質のアミノ酸1~65および99~175)を含む、あるいは同上から成る。一実施態様においては、当該IL-15Rアルファは、個別の蛋白質/ポリペプチドとしてコードされる、あるいはIL-15に連結される。
一実施態様においては、用いる該IL-15Rアルファは、該Sushiドメイン、リンカードメインおよび該Pro/Thrに富んだ領域(例えば、該成熟蛋白質のアミノ酸1~175)を含む、もしくは同上から成る。一実施態様においては、当該IL-15Rアルファは、個別の蛋白質/ポリペプチドとしてコードされる、あるいはIL-15に連結される。
一実施態様においては、該IL-15Rアルファは、該Sushiドメイン、リンカー領域、Pro/Thrに富んだ領域、および該膜貫通領域(例えば、該成熟蛋白質のアミノ酸1~198)を含む、あるいは同上から成る。一実施態様においては、当該IL-15Rアルファは、個別の蛋白質/ポリペプチドとしてコードされる、あるいはIL-15に連結される。
本明細書中の「該IL-15に連結される」は、リンカー(例えば、G4SリンカーまたはWO2016/174200の30~31ページから始まる部分に開示されるリンカー配列番号:26~90および該参考文献中のPPP)を介して連結されること、あるいは結合(アミド結合など)を介して直接的に連結されることを意味する;本参考文献は、参照として具体的に本明細書に組み入れられ、また請求項を補正する根拠として用いられることもある。したがって、本明細書中の「連結される」は、一般的には遺伝子融合蛋白質を指す。
したがって、文脈がそうでないことを明示するのでない限り、本明細書中の「連結される」は、「2つの」物質間の連結を指し、例えば、該導入遺伝子がキメラであり、したがって該ウイルスにおいて単一遺伝子として存在し(2つのヌクレオチド断片を隔てる制御性要素が存在し)、発現した成熟型のポリペプチドもその「連結」を維持するような連結を指す。
一実施態様においては、該SushiドメインおよびIL-15は、例えば、ペプチド結合またはペプチドリンカー(例えば、長さ1~20アミノ酸)、例えば、本明細書に開示のリンカーまたはG4Sリンカー(例えば、1、2、3、4または5単位のG4Sを含む)によって連結される。
一実施態様においては、該SushiドメインのC末端は、IL-15のN末端に連結される。一実施態様においては、IL-15のC末端は、該SushiドメインのN末端に連結される。
本明細書中の「非連結の(unlinked)」は、2つのユニット(IL-15とIL-15Rアルファなど)が個別の蛋白質/ポリペプチドとして発現する場合を指す。したがって、非連結蛋白質は一般的に、該ウイルス内にコードされる個別の導入遺伝子として存在し(同上を隔てる制御性要素、例えば、2Aペプチドなどが存在するような様式)、発現した該成熟蛋白質もまた一般的に個別の物質である(すなわち、共有結合によって連結されてはいない)。しかし、個別の蛋白質がアセンブルして複合体を形成することはあり得る。
本明細書中の「IL-12」は、p35(IL-12Aにコードされる;Uniprot P29459を参照のこと)およびp40(IL-12Bにコードされる;Uniprot P29460を参照のこと)を含むヘテロ二量体型サイトカインである。一実施態様においては、該p35およびp40は非連結である。一実施態様においては、p35およびp40は、例えば、本明細書に開示のリンカーなどのリンカーによって連結される、あるいはアミド結合などの結合で連結される。
本開示はまた、本明細書に開示の蛋白質およびポリペプチドのバリアントの利用をも対象とするが、ここで、該バリアントは、所望の機能が保持されるのであれば、該アミノ酸の1~10%(1、2、3、4、5、6、7、8、9または10%など)が変化または欠失したものである。
蛋白質およびポリペプチドは、文脈がそうでないことを明示するのでない限り、一般的に同義語として用いられる。区別が存在する限りにおいては、蛋白質は一般的に三次構造を有し、ポリペプチドは三次構造を有していないこともある。
一般的に、ポリペプチド/蛋白質に関して「を含む」は、例えば、所望の機能が保持されるのであれば、付加的アミノ酸/断片/ポリペプチド/蛋白質を付け足すことができることを意味する。
本明細書中の「異なる位置に存在する」は、複数の導入遺伝子がポリヌクレオチド配列によって分離していることを指す。アデノウイルスにおいて、該ウイルスは両方の鎖にコードを有するので、遺伝子は異なるDNA鎖上に位置し得る。したがって、一実施態様においては、異なる位置は異なるDNA鎖を指す。しかし、一実施態様においては、該導入遺伝子が縦列的に(タンデムに)存在し、本質的に同一鎖内にコードされる。一実施態様においては、異なる位置は該ウイルスの異なる領域であり、例えば、該遺伝子がタンデムに並ぶ場合を含む。一実施態様においては、該遺伝子は、該ウイルスの同一領域内に存在し(例えば、該遺伝子がタンデムに並ぶ場合を含む)、「異なる位置」は、「2か所の位置」を隔てる配列、例えば、制御性要素または導入遺伝子の配列を指す。
一実施態様においては、0個の導入遺伝子が該「異なる位置」を分離し、例えば、1つの制御性要素(または要素)が該2か所の位置を分離する。一実施態様においては、1つの導入遺伝子が該「異なる位置」を分離する(それに付随する制御性要素を含み得る)。一実施態様においては、2つの導入遺伝子が該「異なる位置」を分離する(それに付随する制御性要素を含み得る)。一実施態様においては、3つの導入遺伝子が該「異なる位置」を分離する(それに付随する制御性要素を含み得る)。
本明細書中の「導入遺伝子」は、ゲノム配列に挿入されている遺伝子であって、該ウイルスにとっては非天然の(外因性の)遺伝子であるか、または本来は該ウイルス内のその特定位置には存在しない遺伝子を指す。導入遺伝子の例が、当該技術分野において公知であり、また本明細書において考察される。例えば、該導入遺伝子は、蛋白質、ペプチド、RNA分子(RNA分子など)をコードするのであってもよい。導入遺伝子にコードされる遺伝物質の他の例としては、例えば、抗体またはその結合断片、ケモカイン、サイトカイン、免疫調節剤、酵素(例えば、活性薬剤中のプロドラッグを変換可能なもの)およびRNAi分子が挙げられる。
本明細書中の「導入遺伝子」はまた、遺伝子の一部分であって、挿入した場合に、完全長遺伝子の機能または機能の大部分を発揮するために好適である、該遺伝子の機能的断片を含む。
導入遺伝子およびコード配列は、文脈がそうでないことを明示するのでない限り、ウイルスゲノムへの挿入に関して、本明細書において同義語として用いられる。本明細書中の「コード配列」は、例えば、機能性RNA、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質をコードするDNA配列を意味する。典型的には、該コード配列は、目的の機能性RNA、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質をコードする導入遺伝子のcDNAである。目的の機能性RNA、ペプチド、ポリペプチドおよび蛋白質については後述する。
明らかに、ウイルスゲノムはDNAのコード配列を含む。該ウイルスのゲノム配列に内在するもの(天然遺伝子)は、非天然位置または非天然環境に存在するように、組み換え技術によって改変されているのでない限り、本明細書の文脈においては導入遺伝子とはみなされない。
一実施態様においては、本明細書中の「導入遺伝子」は、ある生物から単離されており、かつ異なる生物(すなわち、本開示のウイルス)に導入されている遺伝子またはcDNA配列を含むDNAセグメントを指す。一実施態様においては、DNAのこの非天然セグメントは、機能的RNA、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質を産生する能力を保持し得る。
したがって、一実施態様においては、挿入した該導入遺伝子は、ヒトの、またはヒト化した蛋白質、ポリペプチドまたはペプチドをコードする。
転写、翻訳などの機能は、該遺伝子(導入遺伝子)が制御可能に連結されていることを必要とする。したがって、一般的に、単一の導入遺伝子または複数の導入遺伝子は、該ウイルスゲノムにおいて制御可能に連結される。
本明細書中の「制御可能に連結される」は、遺伝子が機能的であることを可能にする、すなわち、該ウイルスが細胞内に入れば、その細胞の機構を利用して、該遺伝子を「発現」させることを可能にするために必要な制御性要素を伴っている導入遺伝子を指す。
一つ以上の実施態様において、該導入遺伝子のカセットは、図および実施例のうちの1つ以上に示されるような構成で配置される。
本明細書中の「導入遺伝子カセット」は、1種類以上のコード配列および1種類以上の制御性要素の形態の、1種類以上の導入遺伝子をコードするDNA配列を指す。
1つの導入遺伝子カセットが、1種類以上の単シストロン性および/または多シストロン性mRNA配列をコードするのであってもよい。
一実施態様においては、該導入遺伝子または導入遺伝子カセットは、単シストロン性または多シストロン性mRNAをコードするが、例えば、該カセットは、アデノウイルスゲノムにおいて、内因性プロモーターまたは外因性プロモーターまたはそれらの組み合わせの制御下にある部位への挿入に好適である。特に、該導入遺伝子カセットは、BY内に位置し、内因性プロモーター(例えば、主要後期プロモーター)の制御下にある。
本明細書中の「単シストロン性mRNA」は、単一機能的RNA、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質をコードするmRNA分子を指す。
一実施態様においては、該導入遺伝子カセットは、単シストロン性mRNAをコードする。
一実施態様においては、単シストロン性mRNAをコードするカセットに関する該導入遺伝子カセットは、外因性プロモーター(該導入遺伝子がいつ、どこで活性であるかを決定する制御性配列である)またはスプライス部位(mRNA分子がスプライソソームによっていつ切断されるのかを決定する制御性配列である)、および、通常、目的の蛋白質/ポリペプチドをコードするcDNAに由来するコード配列(すなわち、該導入遺伝子)であって、任意選択的に、ポリAシグナル配列およびターミネーター配列を含むコード配列を任意選択的に含むDNAのセグメントを意味する。
一実施態様においては、該導入遺伝子カセットは、1種類以上の多シストロン性mRNA配列をコードするのであってもよい。
本明細書中の「多シストロン性mRNA」は、2種類以上の機能性RNA、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質、あるいはそれらの組み合わせをコードするmRNA分子を指す。一実施態様においては、該導入遺伝子カセットは、多シストロン性mRNAをコードする。
一実施態様においては、多シストロン性mRNAをコードするカセットに関する導入遺伝子カセットとしては、外因性プロモーター(該導入遺伝子がいつ、どこで活性であるかを決定する制御性配列である)またはスプライス部位(mRNA分子がスプライソソームによっていつ切断されるのかを決定する制御性配列である)、および通常、目的の蛋白質、ポリペプチドまたはペプチドについてのcDNAに由来する2種類上のコード配列(すなわち、該導入遺伝子)(例えば、ここで各コード配列は、IRESまたは高効率2Aペプチドのいずれかによって隔てられている)を任意選択的に含むDNAのセグメントが挙げられる。該カセットは、転写される最後のコード配列の後に、任意選択的にポリA配列およびターミネーター配列を含むのであってもよい。
一実施態様においては、該導入遺伝子カセットは、単シストロン性mRNAとそれに続く多シストロン性mRNAをコードする。別の一実施態様においては、該導入遺伝子カセットは、多シストロン性mRNAとそれに続く単シストロン性mRNAをコードする。
該IL-15RアルファSushiドメインは、IL-15に対して高親和性で結合する。親和性は、BIAcoreなどの技術によって測定することができる。
本明細書中の「主要後期プロモーター(MLプロモーターまたはMLP)」は、L5遺伝子などの「後期に発現する」遺伝子の発現を制御するアデノウイルスプロモーターを指す。MLPは、「センス鎖」プロモーターである。すなわち、該プロモーターは、該プロモーターの下流に存在する5′-3′方向の遺伝子に作用する。本明細書中の「主要後期プロモーター」は、該ウイルスゲノム中に位置する本来の主要後期プロモーターを指す。
アデノウイルスの構造要素
アデノウイルスの構造は通常、類似しているので、その要素について、構造要素およびそれに言及する際に通常用いられる用語に関して下で説明するが、これらは、当業者にとっては公知である。本明細書において、ある要素について言及する場合には、その要素をコードするDNA配列を指すか、あるいはアデノウイルス内のその要素の同一構造蛋白質をコードするDNA配列を指すものとする。DNA暗号には冗長性というものが存在するので、後者も含まれる。ウイルスに選択的なコドン使用頻度は、最適化な結果を得るために考慮することが必要な場合もある。
アデノウイルスの構造は通常、類似しているので、その要素について、構造要素およびそれに言及する際に通常用いられる用語に関して下で説明するが、これらは、当業者にとっては公知である。本明細書において、ある要素について言及する場合には、その要素をコードするDNA配列を指すか、あるいはアデノウイルス内のその要素の同一構造蛋白質をコードするDNA配列を指すものとする。DNA暗号には冗長性というものが存在するので、後者も含まれる。ウイルスに選択的なコドン使用頻度は、最適化な結果を得るために考慮することが必要な場合もある。
本開示のウイルスに用いるアデノウイルス由来構造要素はいずれも、天然の配列を含むのであってもよく、または天然の配列から成るのであってもよく、あるいは、の所定の長さにわたって、少なくとも95%(96%、97%、98%、99%または100%など)の類似性を有するものであってもよい。本来の配列が改変されて、該遺伝物質の10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%または1%が除去されていてもよい。該ウイルスのリーディングフレームに変更を加える場合には、構造蛋白質の発現に破綻が生じるような破壊を加えてはならないことは、当業者であれば理解するであろう。
一実施態様においては、該所定の要素は完全長配列である;すなわち、完全長遺伝子である。
一実施態様においては、該所定の要素は完全長よりも短いが、完全長配列と同一の機能またはそれに対応する機能を保持している。
本開示の構築物において任意選択的である所定の要素についての一実施態様においては、該DNA配列は、完全長よりも短く、かつ機能性が全くなくてもよい。
該アデノウイルスの構造蛋白質または機能性蛋白質をコードする構造遺伝子は、一般的にDNAの非コード領域によって連結される。したがって、本開示のウイルスに導入遺伝子を挿入する目的においては、対象とする構造要素のゲノム配列(特にその非コード領域)をどの部位で「切断」するかに関しては、ある程度の融通性がある。したがって、本明細書の目的においては、目的に合致し、かつ外来性材料をコードすることがない限り、該要素は参考構造要素とみなされるであろう。したがって、適切であれば、該遺伝子は、好適な非コード領域、例えば、該ウイルスの天然の構造に存在するような非コード領域に連結されるであろう。
したがって、一実施態様においては、制限酵素認識部位および/または導入遺伝子をコードするDNAなどの挿入物(インサート)をゲノムウイルスDNAの非コード領域(イントロンまたは遺伝子間配列など)に挿入する。しかしながら、アデノウイルスの非コード領域の一部は、例えば、選択的スプライシング、転写制御または翻訳制御において機能を有することもあるので、このことを考慮することが必要となる場合もある。
本明細書において特定する、L5領域に随伴する部位、例えば、L5領域とE4領域の間の部位は、RNAi、サイトカイン、単一鎖の蛋白質、または抗体などの多量体型蛋白質などの、各種の複雑な物質をコードするDNA配列を配置するのに好適な部位である。
本明細書中の「遺伝子」は、コード配列および任意選択的にそれに随伴する任意の非コード配列(例えば、イントロンおよびそれに随伴するエクソン)を指す。一実施態様においては、遺伝子は、必須構造要素のみ、例えば、コード領域(cDNAなど)のみを含む、または同上から成る。
アデノウイルスの特定の構造要素に関する考察が、WO2016/174200の33ページの8行目から35ページの32行目に記載されている;本参考文献は参照として明示的に本明細書に組み入れられ、また補正の根拠として用いられることもある。言及される事柄に関して疑念がある場合には、該優先権書類が同一開示を含むので、起案者の意図を確認するために用いられるであろう。
一実施態様においては、BXは緩衝(バッファ)配列を含む。この配列は人工の非コード配列であり、この配列中に、DNA配列、例えば、導入遺伝子(または導入遺伝子カセット)、制限酵素認識部位またはそれらの組み合わせを含むDNA配列を挿入してもよい非コード配列である。この配列は、ウイルスの安定性および生存率に対する悪影響を最小化しながらも、該導入遺伝子の正確な配置に対して、幾分かの融通性を可能にする緩衝材として働くことで、利点を有しているのである。
WO2015/059303などの従来技術に開示されるEnAd配列の28192bp~28193bpの位置に対応する部位内のいずれかの位置に、該挿入物(インサート)を配置することができる。
したがって、一実施態様においては、該制限酵素認識部位(単数または複数)は、上記の区分内に存在するDNAの特異的切断を可能にする。
BYに関して本明細書で用いられる「DNA配列」は、BBのL5遺伝子の3′末端付近のDNA配列を指す。本明細書中の「L5遺伝子の3′末端付近または近傍」という表現は、L5遺伝子の3′末端または本質的にそれに随伴する非コード領域に隣接(連続)する、すなわち、L5遺伝子の3′末端または本質的にそれに随伴する非コード領域(すなわち、L5の内因性の非コード配列の全体またはその一部)の隣に接して存在する(連続する)ことを指す。あるいは、「~の付近または近傍」は、BY領域とL5遺伝子の3′末端の間にコード配列が全く存在しない程度にL5遺伝子に近いことを意味することもある。
したがって、一実施態様においては、BYが、非コード配列の「末端」を表すL5の塩基に直接的連結されている、あるいは通常L5に随伴する非コード領域に直接的連結されている。
本来は(inherently)および通常は(naturally)は、本明細書において同義語として用いられる。一実施態様においては、BYは緩衝(バッファ)配列を含む。この配列は、ウイルスの安定性および生存率に対する悪影響を最小化しながらも、該導入遺伝子の正確な配置に対して、幾分かの融通性を可能にする緩衝材として働くことで、利点を有しているのである。
本明細書中の「E4」は、アデノウイルスE4領域(すなわち、ポリペプチド/蛋白質領域)の一部または全体をコードするDNA配列を指すが、ここで該E4領域は変異していることもあり、そのためE4遺伝子にコードされる蛋白質が保存性または非保存性のアミノ酸変化を有し、かつ野生型(対応する非変異蛋白質)と同等の機能を有する;または、野生型蛋白質と比較して機能が増強している;または、機能が低下しており、そのため野生型蛋白質と比較して機能を全く有していない;あるいは野生型蛋白質と比較して新規の機能を有している;または、状況に応じて同上の組み合わせを有している。一実施態様においては、該E4領域はE4orf4が欠失している。
一実施態様においては、該E4領域は部分的に欠失しており、例えば、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、または5%が欠失している。一実施態様においては、該E4領域は、WO2015/059303などの従来技術に開示されるEnAd配列の32188bp~29380bpの配列を有している。
一実施態様においては、B3は結合であり、すなわちこの場合にはE4が非存在である。
一実施態様においては、B3は、WO2015/059303などの従来技術に開示されるEnAd配列の32188bp~29380bpの配列から成る配列を有している。
本明細書においては、数値範囲は端点を含む。
本明細書中の式(式(I)など)の要素は、連続して存在し、本明細書中で言及する非コードDNA配列ならびに遺伝子およびコードDNA配列(構造的特徴)を具体化し得ることは、当業者であれば理解するであろう。一つ以上の実施態様において、本開示の式は、アデノウイルスゲノムの天然配列についての説明を意図している。この点に関して、式がゲノムの対象部位を特徴付ける主要要素を示すものであり、DNAのゲノム領域の網羅的説明を意図するものではないことは、当業者には明らかであろう。
本明細書中の「E1A」、E1B」、「E3」および「E4」はそれぞれ独立に、その野生型およびその同等物、ならびに、本明細書に記載のような、各領域の、特に、公知のアデノウイルスの野生型配列の変異型または部分的に欠失した形態を指す。
本明細書中の「挿入物(インサート)」は、所定のDNA配列参照セグメントの5′末端、3′末端、またはその内部のいずれかに挿入されて、その参照配列を寸断するDNA配列を指す。後者は、挿入物(インサート)の位置に関する参照点として用いる参照配列である。挿入物は、例えば、少なくとも1つの制限酵素部位のインサート、少なくとも1つの導入遺伝子カセット、またはその両方のうちのいずれかであり得る。該配列が寸断されても、該ウイルスは元来の配列を依然として有しているが、一般的に該挿入物を挟む2つの断片となる。
一実施態様においては、該導入遺伝子または導入遺伝子カセットは、非バイアス型挿入トランスポゾン(TN7トランスポゾンまたはその一部など)を含まない。本明細書中の「Tn7トランスポゾン」は、WO2006/060314に記載されるような非バイアス型挿入トランスポゾンを指す。
BXおよびBYは、独立に制限酵素認識部位、例えば、NotI、FseI、AsiSI、SgfIおよびSbfIから選択される制限酵素の認識部位を含んでいてもよく、特に、挿入する制限酵素部位は全てが異なる(BXに存在するNotIに特異的な部位およびFseIに特異的な部位、ならびにBY内に存在するSgfIおよびSbfIなど)。
上記で考察されるように、一実施態様においては、BX領域および/またはBY領域は、制限酵素認識部位を含まない。本開示のウイルスおよび構築物は、制限酵素部位を利用することなく、例えば、合成技術を用いて調製することができる。これらの技術によって、ウイルスおよび構築物の創出に高度融通性が与えられる。さらに、本発明者らは、合成技術によって作成した場合であっても、ウイルスおよび構築物の特性が消失することはないということを明らかにした。
制御性配列は、WO2016/174200の39ページ15行目から41ページ13行目部分までの部分に開示されている;本参考文献は、参照として具体的、明示的に本明細書に組み入れられ、また補正の根拠として用いられることもある。
本明細書中の「自己開裂高効率2Aペプチド」または「2Aペプチド」は、単一ポリペプチド中の切断性配列であって、複数の異なる個別のポリペプチドの生成を促進する切断性配列を指す。好適な2Aペプチドとしては、P2A、F2A、E2AおよびT2Aが挙げられる。所定の2Aペプチドをコードする特異的DNA配列を1か所に用いた場合に、それと同一の特異的DNA配列を第2の部位に用いることはできないことを、本発明者らは明らかにした。しかし、同一2Aペプチドに翻訳されるDNA配列を作成するためにDNA暗号の冗長性を利用することが可能かもしれない。したがって、該カセットが多シストロン性mRNAをコードする場合には、2Aペプチドを用いることが特に有用である;その理由は、2Aペプチドの利用により、複数の蛋白質またはペプチドが個別のものとして発現されるからである。
一実施態様においては、用いるコードされるP2Aペプチドは、配列番号:4のアミノ酸配列を有する。一実施態様においては、用いるコードされるT2Aペプチドは、配列番号:5のアミノ酸配列を有する。一実施態様においては、用いるコードされるE2Aペプチドは、配列番号:6のアミノ酸配列を有する。一実施態様においては、用いるコードされるF2Aペプチドは、配列番号:7のアミノ酸配列を有する。
一実施態様においては、遺伝子発現の制御因子は、スプライス受容部位の配列、例えば、本明細書に開示するようなスプライス受容部位の配列である。
製剤
本開示はさらに、本明細書に記載のようなウイルスの医薬製剤に関する。
本開示はさらに、本明細書に記載のようなウイルスの医薬製剤に関する。
一実施態様においては、非経口液状製剤が提供されるが、ここで該非経口液状製剤は、例えば、本開示にしたがう腫瘍溶解性の複製可能な、点滴または注射用の非経口液状製剤であり、ここで該製剤は、1x1010~1x1014ウイルス粒子/投与容量の範囲の用量で提供される。
非経口液状製剤は、消化管を通じて送達されるのではないものとして設計される製剤を意味する。典型的な非経口送達経路としては、注射、埋め込み移植または点滴が挙げられる。一実施態様においては、該製剤は、ボーラス送達の形態で提供される。
一実施態様においては、該非経口製剤は注射の形態である。注射としては、静脈内注射、皮下注射、腫瘍内注射、または筋肉内注射が挙げられる。本明細書中の「注射」は、注射筒により身体に液体を注入することを意味する。一実施態様においては、本開示の方法は腫瘍内注射を含まない。
一実施態様においては、該非経口製剤は点滴の形態である。
本明細書中の「点滴」は、点滴筒、輸液ポンプ、シリンジポンプ、または同等のデバイスを用いて、より低速度で液体を投与することを意味する。一実施態様においては、該点滴は、1.5分間~120分間の範囲の時間(約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、65、80、85、90、95、100、105、110または115分間など)にわたって投与する。
一実施態様においては、該製剤の一回用量は100ml未満、例えば、30mlのシリンジポンプによる投与などである。一実施態様においては、該製剤の一回用量は10ml未満、例えば、9、8、7、6、5、4、3、2、または1mlである。一実施態様においては、該製剤の一回用量は1ml未満、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2、または0.1mlなどである。
一実施態様においては、該注射を低速注入で投与する;例えば、1.5~30分間の時間をかけて投与する。
一実施態様においては、該製剤は静脈内(i.v.)投与用である。この経路は、大部分の臓器および組織に迅速に到達させることが可能であるため、特に腫瘍溶解性ウイルスの送達に効果的であり、転移の治療には特に有用であり、例えば、既存の転移、特に、肝臓および肺など、高度に血管が発達している領域に局在する転移の治療に特に有用である。
治療製剤は、典型的には滅菌され製造および保存の条件下において安定である。該組成物は、ヒトへの投与に好適な溶液、マイクロエマルション、リポソーム、またはその他の非経口製剤として製剤化することができる;また、注射筒またはバイアルなど、特に単回用量の事前充填デバイスとして製剤化するのであってもよい。
該製剤は一般的に、薬学的に許容可能な希釈剤または担体を含むが、そのような希釈剤または担体は、例えば、非毒性の等張性担体であって、該ウイルスに適合性であり、必要とされる期間は、その中で該ウイルスが安定である、希釈剤または担体である。
該担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液状ポリエチレングリコールなど)、およびその好適な混合物を含む溶媒または分散媒体であり得る。例えば、分散剤または界面活性剤(レシチンなど)または非イオン性界面活性剤(ポリソルベート80または40など)を利用することによって、適切な流動性を維持することができる。分散溶液においては、界面活性剤の存在が必要な粒子サイズの維持を助ける。該組成物中の等張化剤の例としては、糖類、ポリアルコール類(マンニトール、ソルビトールなど)、または塩化ナトリウムが挙げられる。
一実施態様において、用いる非経口製剤は、以下の緩衝液のうちの1種類以上を含んでいてもよい:
例えば、4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸、リン酸緩衝液および/またはTris緩衝液、糖(例えば、デキストロース、マンノース、スクロースまたはその類似物)、塩(塩化ナトリウム、塩化マグネシウム、または塩化カリウムなど)、界面活性剤(briji、PS-80、PS-40またはその類似物などの非イオン性界面活性剤など)。該製剤はまた、可能性のある分解の1種類以上の経路を阻害すると考えられる防腐剤(EDTAまたはエタノール、あるいはEDTAとエタノールの組み合わせなど)を含んでいてもよい。
例えば、4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸、リン酸緩衝液および/またはTris緩衝液、糖(例えば、デキストロース、マンノース、スクロースまたはその類似物)、塩(塩化ナトリウム、塩化マグネシウム、または塩化カリウムなど)、界面活性剤(briji、PS-80、PS-40またはその類似物などの非イオン性界面活性剤など)。該製剤はまた、可能性のある分解の1種類以上の経路を阻害すると考えられる防腐剤(EDTAまたはエタノール、あるいはEDTAとエタノールの組み合わせなど)を含んでいてもよい。
一実施態様においては、該製剤は、本開示の精製アデノウイルスを、例えば、1x1010~1x1014ウイルス粒子/用量(1x1010~1x1012ウイルス粒子/用量など)で含む。一実施態様においては、該製剤における該ウイルスの濃度は、2x108~2x1014vp/mL(2x1012vp/mlなど)の範囲である。
一実施態様においては、該非経口製剤は、グリセロールを含む。
一実施態様においては、該製剤は、本明細書に記載のようなアデノウイルス、HEPES(N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N´-2-エタンスルホン酸)、グリセロールおよび緩衝液を含む。
一実施態様においては、該非経口製剤は、本開示のウイルス、HEPES(例えば、5mM)、グリセロール(例えば、5~20%(v/v))、塩酸(例えば、pHを7~8の範囲に調整する)および注射用の水から成る。
一実施態様においては、5mM HEPES、20%グリセロール(最終pH=7.8)に、0.7mLの本開示のウイルスを2x1012vp/mLの濃度で製剤化する。
一実施態様においては、5mM HEPES、20%グリセロール(最終pH=7.8)に、0.7mLの本開示のウイルスを2x1012vp/mLの濃度で製剤化する。
一実施態様においては、本開示のウイルスを液状製剤として製剤化するが、該液状製剤は以下を含む:
(a)15~25%v/vグリセロール(例えば、16、17、18、19、20、21%v/vグリセロール);
および
(b)0.1~1.5%v/vエタノール(例えば、0.2~1%(1%v/vエタノールなど));
(c)緩衝液;
ここで該製剤のpHは、8.0~9.6の範囲であり、例えば、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、または9.5である;例えば、WO2019/149829を参照のこと;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。
(a)15~25%v/vグリセロール(例えば、16、17、18、19、20、21%v/vグリセロール);
および
(b)0.1~1.5%v/vエタノール(例えば、0.2~1%(1%v/vエタノールなど));
(c)緩衝液;
ここで該製剤のpHは、8.0~9.6の範囲であり、例えば、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、または9.5である;例えば、WO2019/149829を参照のこと;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。
該製剤は、界面活性剤をさらに含んでいてもよく、例えば、ポリソルベート20、40、60、または80(0.05~0.15%のポリソルベート20、40、60、または80など、0.05~0.15%のポリソルベート80など、0.115%のポリソルベート80など)を含んでいてもよい。
一実施態様においては、該製剤はメチオニンをさらに含み、例えば、0.01~0.3mM、例えば、0.1~0.3mMのメチオニン(0.25mMメチオニンなど)をさらに含む。
一実施態様においては、該製剤はアルギニンをさらに含み、例えば、5~20mMのアルギニン(15mMのアルギニンなど)をさらに含む。
一実施態様においては、該緩衝液はメグルミンを含む。
したがって、特定の一実施態様においては、該液状製剤は以下を含む:
(a)15~20%v/vグリセロール;
(b)1~1.5%v/vエタノール;
(c)0.1~0.2%v/vポリソルベート80;
(d)0.2~0.3mMメチオニン;
(e)10~20mMアルギニン;
および
(f)緩衝液(メグルミンなど);
ここで該製剤のpHは8.0~9.6の範囲(pH8など)である。
(a)15~20%v/vグリセロール;
(b)1~1.5%v/vエタノール;
(c)0.1~0.2%v/vポリソルベート80;
(d)0.2~0.3mMメチオニン;
(e)10~20mMアルギニン;
および
(f)緩衝液(メグルミンなど);
ここで該製剤のpHは8.0~9.6の範囲(pH8など)である。
薬学的に許容可能な担体については、詳細な考察が「レミントンの薬学(Remington′s Pharmaceutical Sciences)」(Mack Publishing Company、N.J.1991)に記載されている。
一実施態様においては、該製剤は、吸入を含む局所投与のための製剤として提供される。
好適な吸入可能調製剤としては、吸入可能粉末、噴霧ガスを含む定量エアロゾル剤、または噴霧ガス不含吸入可能溶液が挙げられる。本開示の吸入可能粉末は、一般的に生理学的に許容可能な添加剤と共に本明細書に記載のようなアデノウイルスを含む。
治療
さらなる一局面においては、本開示はさらに、治療、特に、癌治療に用いる本明細書に記載のようなアデノウイルスまたはその製剤を対象とする。
さらなる一局面においては、本開示はさらに、治療、特に、癌治療に用いる本明細書に記載のようなアデノウイルスまたはその製剤を対象とする。
一実施態様においては、該治療法は、腫瘍、特に、固形腫瘍の治療において用いるものである。
本明細書中の「腫瘍」は、非制御性かつ進行性の過剰細胞分裂によってもたらされる組織の異常塊(新生物ともよぶ)を指すことを意図する。腫瘍は、良性(非癌性)または悪性のいずれかであり得る。腫瘍は、癌および転移の全ての形態を含む。一実施態様においては、該腫瘍は良性ではない。
本明細書中の「腫瘍」は、非制御性かつ進行性の過剰細胞分裂によってもたらされる組織の異常塊(新生物ともよぶ)を指すことを意図する。腫瘍は、良性(非癌性)または悪性のいずれかであり得る。腫瘍は、癌および転移の全ての形態を含む。一実施態様においては、該腫瘍は良性ではない。
一実施態様においては、該腫瘍は固形腫瘍である。該固形腫瘍は、限局して存在していることもあり、あるいは転移のこともある。
一実施態様においては、該腫瘍は上皮起源である。
一実施態様においては、該腫瘍は、結腸直腸癌、肝癌、前立腺癌、膵癌、乳癌、卵巣癌、甲状腺癌、腎癌、膀胱癌、頭頸部癌または肺癌などの悪性腫瘍である。
一実施態様においては、該腫瘍は結腸直腸悪性腫瘍である。
本明細書中の「悪性腫瘍(malignancy)」は癌性細胞を意味する。
一実施態様においては、該アデノウイルスを、転移の治療または予防に用いる。
一実施態様においては、本明細書の方法または製剤を、薬剤耐性癌の治療に用いる。
一実施態様においては、該アデノウイルスの投与を、さらなる治療または療法、特に、さらなる癌治療または癌療法の実施と組み合わせる。
一実施態様においては、癌の治療、例えば、上記の癌の治療のための治療薬剤の製造に用いる本開示のウイルスまたは製剤を提供する。
さらなる一局面においては、治療有効量の本開示のウイルスまたは製剤を、それを必要とする患者、例えば、ヒト患者に投与することを含む癌治療法を提供する。
一実施態様においては、本明細書の該腫瘍溶解性ウイルスまたは製剤を、別の治療法と組み合わせて投与する。
本明細書中の「組み合わせて」は、癌治療また癌療法の前に、癌治療また癌療法と同時に、および/または癌治療後また癌療法後に、該腫瘍溶解性ウイルスを投与することを含むことを意図する。
癌療法としては、外科手術、放射線療法、標的療法および/または化学療法が挙げられる。
本明細書中の「癌治療」は、治療化合物または生物学的製剤、例えば、癌治療および/またはその維持療法を意図する抗体による治療を指す。
一実施態様においては、該癌治療は、以下を含む他の任意の抗癌療法から選択される:
化学療法剤、標的抗癌剤、放射線療法、放射性同位体療法、生物学的治療、免疫療法(PD1シグナル伝達経路のチェックポイント阻害剤など(ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブが挙げられる))、さらなる腫瘍溶解性ウイルス、細胞療法(キメラ抗原受容体細胞療法など)、またはそれらの任意の組み合わせ。
化学療法剤、標的抗癌剤、放射線療法、放射性同位体療法、生物学的治療、免疫療法(PD1シグナル伝達経路のチェックポイント阻害剤など(ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブが挙げられる))、さらなる腫瘍溶解性ウイルス、細胞療法(キメラ抗原受容体細胞療法など)、またはそれらの任意の組み合わせ。
したがって、一実施態様においては、該併用療法は、PD-1阻害剤、例えば、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、JTX-4014(Jounce Therapeutics)、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、シンチリマブ、チスレリズマブ、トリパリマブ、ドスタルリマブ、INCMGAOOO12(macrogenics)、AMP-224(AstraZeneca/MedImmune and GSK)およびAMP-514を含む。
一実施態様においては、該組み合わせは、PD-L1阻害剤アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、KN035、CK-301(チェックポイント治療剤)、AUNP12(Pierre Fabre)、CA-170およびBMS-986189を含む。
一実施態様においては、本開示のウイルスまたはその製剤は、外科手術(ネオアジュバント療法)などの治療法の前処置として、例えば、腫瘍を縮小させる、転移を治療する、および/または転移またはさらなる転移を予防する目的で用いるのであってもよい。該腫瘍溶解性アデノウイルスは、外科手術(ネオアジュバント療法)などの治療法の後に、例えば、転移を治療する、および/または転移またはさらなる転移を予防する目的で用いるのであってもよい。
本明細書中の「併用して」は、腫瘍溶解性アデノウイルス製剤の投与と同時またはほぼ同時に実施する付加的な癌治療の投与である。該治療は、同一製剤内に含めるのであってもよく、あるいは個別製剤として投与するのであってもよい。
一実施態様においては、該ウイルスを化学療法剤投与と組み合わせて投与する。
本明細書中の「化学療法剤」は、悪性の細胞および組織に対して選択破壊性である特定の抗腫瘍化学薬または抗腫瘍化学剤を指すことが意図される。例えば、アルキル化薬、代謝拮抗剤、アントラサイクリン類、植物アルカロイド類、トポイソメラーゼ阻害剤、およびその他の抗腫瘍剤。化学療法のその他の例としては、ドキソルビシン、5-フルオロウラシル(5-FU)、パクリタキセル、カペシタビン、イリノテカン、およびプラチン類(シスプラチンおよびオキサリプラチンなど)(同上のうちの2種類以上の組み合わせを含む)が挙げられる。その好ましい用量は、治療中の癌の性質に基づいて医師が選択するのであってもよい。
一実施態様においては、該治療剤は免疫応答および/または腫瘍血管新生の制御を支援し得るガンシクロビルである。
一実施態様においては、本明細書の方法に用いる1種類以上の治療法はメトロノーム治療法であり、他の治療法と併用することの多い、低用量抗癌剤による連続的または頻回の処置である。
B亜群腫瘍溶解性アデノウイルス、特に、Ad11、およびそれから派生したウイルス(EnAdなど)は、化学療法剤と特に相乗的なものであり得る。さらに、化学療法中に起こる免疫抑制によって、腫瘍溶解性ウイルスがより高効率に機能することが可能になることがある。
一実施態様においては、本開示のウイルスまたはその製剤を、細胞療法、例えば、T細胞療法、NKT細胞療法、NK細胞療法、またはマクロファージ細胞療法(そのトランスジェニック型(キメラ抗原受容体細胞、特に、CAR-T細胞およびCAR-NKT細胞など)を含む)と組み合わせて用いる。
本明細書中の「トランスジェニック細胞」は、工学的に改変した細胞、例えば、非天然ポリヌクレオチドを含むように該細胞の機能を改変する(すなわち、該細胞を改変して、その表面上に合成受容体を発現させる)組み換え技術を用いて工学的に作成した細胞を指す。
本明細書中の「CAR」は、キメラ抗原受容体、すなわち、シグナル伝達機能(細胞内シグナル伝達機能など)を共役させた抗体結合ドメインなどの合成受容体を指す。CARは、最も一般的にはモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖の可変領域を連結することによって作成される。該受容体は、それに対して特異的でありトランスジェニック細胞のシグナル伝達経路を刺激する抗原またはリガンドを結合する。
第一世代のCAR-T細胞は、CD3-ゼータを基盤とする細胞内シグナル伝達ユニットを有するものであることが多かった。しかし、第二世代CARは一般的に、細胞内シグナル伝達ドメインに組み込まれたCD28および4-1BB、CD136、CD137またはCD27およびICOSなどの共刺激要素を有している(本明細書の図14を参照のこと;例えば、US7,446,190;Dottiら、2009、Human Gene Therapy 20: 1229-1239(November 2009);Finneyら、J Immuno. 1998、Sep 15; 161(6): 2791-2797;Finneyら、2004 J Immunol Jan 1、172(1)104-113;Miloneら、Mol Ther. 2009 Aug; 17(8): 1453-1464を参照のこと)。
ProMab Biotechnologies、Incなどの企業は、これらの産物を市販可能にしている。
したがって、一実施態様においては、該CARはCD3ゼータシグナル伝達ユニットを含む。以下は、第一世代のCARについて開示している: IrvingおよびWeiss、Cell 1991 Mar 8; 64(5): 891-901;Letourmeur 1991 Oct 15; 88(20)8905-8909;Romeo、Cell、Vol 68、issue 5、p889-897、March 06、1992*
一実施態様においては、該CARはCD28シグナル伝達ユニットを含む(例えば、Maherら、Nat Biotechnol 2002 Jan; 20(1);70-75;およびCarpenitoら、PNAS Mar 3、2009 106(9)3360-3365を参照のこと)。*
一実施態様においては、該CARはCD27シグナル伝達ユニットを含む。後者は成熟CD4+およびCD8+ T細胞の機能にとって本質的寄与となる。
一実施態様においては、該CARはICOSシグナル伝達ユニットを含み、ここでICOSは誘導可能なT細胞共刺激因子を表す。
一実施態様においては、該CARは4-1BBを含む(例えば、Imai、2004、Leukemia 18、676-684を参照のこと)。*
一実施態様においては、該CAR療法は1種類の共刺激因子を含む。
一実施態様においては、該CAR療法は、共刺激因子の組み合わせ、例えば、2種類、3種類、または4種類の組み合わせ(CD28および4-1BB、CD28およびICOS、CD27および4-1BBまたはCD27およびICOSなど)を含む。
Guedanら(Blood 2014、124(7):1070-1080)は、ICOSに基づくキメラ抗原受容体について開示している;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。*Duong(PLoS 2013 May 7;8(5))は、キメラ抗原受容体を用いてT細胞機能を工学的に改変することを開示している。*
本明細書中の「シグナル伝達ユニット」は、該CARの細胞内シグナル伝達に寄与する要素である。
キメラT細胞受容体については、US2004043401に開示されている。*
*本明細書に開示されるCARの構造の特徴(特異性ではなく、シグナル伝達の局面)は、参照として本明細書に組み入れられ、また請求項に対する補正の根拠として用いられることもある。
*本明細書に開示されるCARの構造の特徴(特異性ではなく、シグナル伝達の局面)は、参照として本明細書に組み入れられ、また請求項に対する補正の根拠として用いられることもある。
該CARの結合ドメインは抗体に類似しており、例えば、scFvを含むことがある(例えば、Kuwanaら、Biochem Biophys Res Commun.1987 Dec 31、149(3);および、Eshharら、Proc Natl Acad Sci USA 1993 Jan 15;90(2):270-724を参照のこと)。*第二世代CARS
一実施態様においては、該CARの結合ドメインは、血液の癌(ALL、AML、CLL、DLBCL、BCMA、白血病および多発性骨髄腫など)の治療において特に有用な血液抗原、例えば、CD19、CD30、CD123、FLT、(CD19およびCD20またはCD22などの組み合わせを含む)に特異的である。Porterら(N Engl J Med 2011; 365: 1937-1939)は、CLLにおけるCAR改変T細胞について開示している。Gruppら(N Engl J Med 2013 April 18; 368 (16)1509-1518)は、ALLにおけるCAR改変T細胞について開示している。Maudeら(N Engl J Med 2014、371: 1507-1517)は、白血病の持続的寛解に関するCAR-T細胞について開示している。Garfallら(N Engl J Med 2015; 373: 1040-1047)は、多発性骨髄腫に関してCD19に対するCAR T細胞について開示している。
一実施態様においては、該CARは癌抗原に特異的である。
癌抗原(腫瘍抗原ともよぶ)は、癌細胞に特異的に存在する抗原である(すなわち、一般的には、健常細胞には存在せず、あるいは癌細胞で強く上方制御される);該抗原としては、例えば、CEA、MUC-1、EpCAM、HER受容体HER1、HER2、HER3、HER4、PEM、A33、G250、糖質抗原Ley、Lex、Leb、PSMA、TAG-72、STEAP1、CD166、CD24、CD44、E-カドヘリン、SPARC、ErbB2、ErbB3、WT1、MUC1、LMP2、イディオタイプ、HPV E6およびE7、EGFRvIII、HER-2/neu、MAGE A3、p53非変異体、p53変異体、NY-ESO-1、GD2、PSMA、PCSA、PSA、MelanA/MART1、Ras変異体、プロテイナーゼ3(PR1)、bcr-abl、チロシナーゼ、サバイビン、PSA、hTERT、特にWT1、MUC1、HER-2/neu、NY-ESO-1、サバイビン、およびhTERTが挙げられる。一実施態様においては、該CAR結合ドメインは癌抗原Canに特異的である。
一実施態様においては、該CAR結合ドメインは、癌細胞表面の異常な糖を標的とする。
一実施態様においては、該CARは間質抗原に特異的である。
本明細書中の「間質抗原」は、間質細胞のみに発現する抗原である;本明細書に関しては、例えば、癌細胞および間質細胞に発現する抗原は、癌抗原とみなされる。間質抗原の例としては、CD163、CD206、CD68、CD11c、CD11b、CD14、CSF1受容体、CD15、CD33およびCD66bが挙げられる。
一実施態様においては、該CAR結合ドメインは、HER-3、HER-4、CEA、EGFRviii、PSMA、CD20、VEGFR-1、VEGFR-3、c-Met、ルイスA、ROR-1、CD326、CD133、NKG2d、MUC-1、PSCA、PSA、CA-125、NotchおよびFLT-3を含む群から選択される抗原に特異的である。
一実施態様においては、該工学的に改変した細胞は、少なくとも2種類の物質をコードする(例えば、CD19 CARおよびPD-1 siRNA、CD19 TIGIT siRNA、BCMA-CS1、またはBCMA-CD33)。
したがって、一つの実施態様においては、該CARは以下に特異的である:
・ CD19(例えば、CD19-CD28、CD19scFv-CD28-CD3ζ、CD19scFv-4-1BB-CD3ζ、CD19scfv-CD28-4-1BB、CD19scFv-CD28-4-1BB-CD3ζ、またはiCas9-T2A-抗CD19scFv-CD28-CD3ζ、CD19FLAG-CD28-CD3ζ、またはiCas9 HA-T2A-抗CD19scFv-CD28-CD3ζ-GGGS-FLAG、ヒト化CD19 scFv-TM28-CD28-CD3ζ、CD19 scFv-Beam-TM28-CD28-CD3ζ、またはヒト化CD19 scFv-Beam-TM28-CD28-CD3ζ、CD19 scFv-CD22 scFv-4-1BB-CD3-T2A-tEGFR、またはCD19 scFv-TM28-GITR-CD3ζ、またはCD19 scFv-TM8-GITR-CD3ζ);
・ メソテリン(例えば、メソテリンscFv- CD28-CD3ζ、メソテリンscFv- 4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-CD28-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv FLAG-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFV-TM28-CD28-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-Beam-TM28-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-Beam-CD28-CD3ζ、メソテリンscFv-TM8-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-TM28-CD28-CD3ζ);
・ VGFR2(例えば、VGFR2 scFv-CD28 CD3ζ);
・ GPC3(例えば、GPC3 scFv-CD28-CD3ζ)
・ CD133(CD133 scFv-CD28-CD3ζ);
・ EpCAM(例えば、EpCAM scFv-CD28-CD3ζ(NheI制限酵素部位導入、scFvアミノ酸のN末端の1バージョンなど));
・ EGFR(例えば、EGFR scFv-CD28-CD3ζ、EGFR scFv-4-1BB-CD3ζ、EGFR scFv-TM28-GITR-CD3ζ、scFv-TM28-CD3ζ-GITR;
・ CD33(例えば、CD33 scFv-TM28-CD28-CD3ζ、またはCD33 scFv-Beam 2-TM28-CD28-CD3ζ);
・ CD38(例えば、CD38 scFv-TM28-CD28-CD3ζ);
・ CD138(例えば、CD138 scFv- Beam-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD22(例えば、CD22 scFv-TM28-CD28 CD3ζ、-CD22 scFv-TM28-4-1BB CD3ζ、またはCD22 scFV-Beam-TM28-CD28-CD3ζ)
・ BCMA(例えば、BCMA-4-CD28 CD3ζまたはヒト化、BCMA-4 scFv-TM8-4-1BB-CD3ζ、またはBCMA-2 scFv-Tm-CD28-CD3ζ)
・ HER2(例えば、HER2 scFv-CD28-CD3ζ、HER2 scFv-4-1-BB-CD3Z-EGFRt、またはHER scFV-4-1BB-CD3ζ-GFP)
・ CD4(例えば、CD4 scFv-Beam-TM28-CD28-CD3ζ)
・ ROR-1(例えば、ROR-1 scFv TM28-CD28-CD3ζ、ROR-1 scFv TM28-4-1BB-CD3ζ、またはヒト化ROR-1 scFv TM28-4-1BB-CD3ζ)
・ CD19およびCD22(例えば、CD19 scFv CD22 scFv-4-1BB-CD3ζ、またはCD19 scFv-CD22 scFv-4-1BB-CD3-T2A-RQR8)
・ CEA(例えば、CEA scFv-TM28-CD28 CD3ζ、またはヒト化CEA scFv-TM28-CD28 CD3ζ
・ NGFR(例えば、NGFR scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ MCAM (例えば、MCAM scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD47(例えば、CD47 scFv-TM28-Cd28-CD3ζ、またはヒト化CD47 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ PDL-1(例えば、PDL-1 scFV-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD123(例えば、CD123 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD37(例えば、CD37 scFv-TM28-CD28-CD3ζ、CD37 scFv-TM28-4-1-BB-CD3ζ
・ CS1(例えば、CS1 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ B7H4(例えば、B7H4 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD24(例えば、CD24 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)、および
・ CD20(例えば、CD20 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ NKG2D(CYAD-01など)、
・ FLT3(AMG 553など)
・ DLL3。
・ CD19(例えば、CD19-CD28、CD19scFv-CD28-CD3ζ、CD19scFv-4-1BB-CD3ζ、CD19scfv-CD28-4-1BB、CD19scFv-CD28-4-1BB-CD3ζ、またはiCas9-T2A-抗CD19scFv-CD28-CD3ζ、CD19FLAG-CD28-CD3ζ、またはiCas9 HA-T2A-抗CD19scFv-CD28-CD3ζ-GGGS-FLAG、ヒト化CD19 scFv-TM28-CD28-CD3ζ、CD19 scFv-Beam-TM28-CD28-CD3ζ、またはヒト化CD19 scFv-Beam-TM28-CD28-CD3ζ、CD19 scFv-CD22 scFv-4-1BB-CD3-T2A-tEGFR、またはCD19 scFv-TM28-GITR-CD3ζ、またはCD19 scFv-TM8-GITR-CD3ζ);
・ メソテリン(例えば、メソテリンscFv- CD28-CD3ζ、メソテリンscFv- 4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-CD28-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv FLAG-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFV-TM28-CD28-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-Beam-TM28-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-Beam-CD28-CD3ζ、メソテリンscFv-TM8-4-1BB-CD3ζ、メソテリンscFv-TM28-CD28-CD3ζ);
・ VGFR2(例えば、VGFR2 scFv-CD28 CD3ζ);
・ GPC3(例えば、GPC3 scFv-CD28-CD3ζ)
・ CD133(CD133 scFv-CD28-CD3ζ);
・ EpCAM(例えば、EpCAM scFv-CD28-CD3ζ(NheI制限酵素部位導入、scFvアミノ酸のN末端の1バージョンなど));
・ EGFR(例えば、EGFR scFv-CD28-CD3ζ、EGFR scFv-4-1BB-CD3ζ、EGFR scFv-TM28-GITR-CD3ζ、scFv-TM28-CD3ζ-GITR;
・ CD33(例えば、CD33 scFv-TM28-CD28-CD3ζ、またはCD33 scFv-Beam 2-TM28-CD28-CD3ζ);
・ CD38(例えば、CD38 scFv-TM28-CD28-CD3ζ);
・ CD138(例えば、CD138 scFv- Beam-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD22(例えば、CD22 scFv-TM28-CD28 CD3ζ、-CD22 scFv-TM28-4-1BB CD3ζ、またはCD22 scFV-Beam-TM28-CD28-CD3ζ)
・ BCMA(例えば、BCMA-4-CD28 CD3ζまたはヒト化、BCMA-4 scFv-TM8-4-1BB-CD3ζ、またはBCMA-2 scFv-Tm-CD28-CD3ζ)
・ HER2(例えば、HER2 scFv-CD28-CD3ζ、HER2 scFv-4-1-BB-CD3Z-EGFRt、またはHER scFV-4-1BB-CD3ζ-GFP)
・ CD4(例えば、CD4 scFv-Beam-TM28-CD28-CD3ζ)
・ ROR-1(例えば、ROR-1 scFv TM28-CD28-CD3ζ、ROR-1 scFv TM28-4-1BB-CD3ζ、またはヒト化ROR-1 scFv TM28-4-1BB-CD3ζ)
・ CD19およびCD22(例えば、CD19 scFv CD22 scFv-4-1BB-CD3ζ、またはCD19 scFv-CD22 scFv-4-1BB-CD3-T2A-RQR8)
・ CEA(例えば、CEA scFv-TM28-CD28 CD3ζ、またはヒト化CEA scFv-TM28-CD28 CD3ζ
・ NGFR(例えば、NGFR scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ MCAM (例えば、MCAM scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD47(例えば、CD47 scFv-TM28-Cd28-CD3ζ、またはヒト化CD47 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ PDL-1(例えば、PDL-1 scFV-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD123(例えば、CD123 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD37(例えば、CD37 scFv-TM28-CD28-CD3ζ、CD37 scFv-TM28-4-1-BB-CD3ζ
・ CS1(例えば、CS1 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ B7H4(例えば、B7H4 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ CD24(例えば、CD24 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)、および
・ CD20(例えば、CD20 scFv-TM28-CD28-CD3ζ)
・ NKG2D(CYAD-01など)、
・ FLT3(AMG 553など)
・ DLL3。
一実施態様においては、該CARはHER-2に特異的である;例えば、本明細書に開示の実施例において用いたCARの特異性。
一実施態様においては、該CARは、T細胞(自家T細胞または同種異系T細胞など、より具体的には、HLA適合性T細胞)において提供される。一実施態様においては、該CAR-T細胞は:
チサゲンレクルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル(axicabtagene ciloleuce)、リソカブタゲンマラルユーセル(lisocabtagene maraleucel)、イデカブタゲンビクルユーセル(idecabtagene vicleucel)、ブレクスカブタジェンアウトルーセル(brexucabtagene autoleucel)、JCAR015(JunoのCD19 CAR T)、デカルト-08(Descartes-08)(BCMA)およびAMG119から選択される。
チサゲンレクルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル(axicabtagene ciloleuce)、リソカブタゲンマラルユーセル(lisocabtagene maraleucel)、イデカブタゲンビクルユーセル(idecabtagene vicleucel)、ブレクスカブタジェンアウトルーセル(brexucabtagene autoleucel)、JCAR015(JunoのCD19 CAR T)、デカルト-08(Descartes-08)(BCMA)およびAMG119から選択される。
一実施態様においては、該免疫細胞は、例えば、本明細書中に列挙されるCAR(CD19 scFv標識CARまたはメソテリンscFv CARなど)をコードする食細胞である。一実施態様においては、該食細胞はマクロファージ(THP1細胞など)である。
一実施態様では、該CARはNKT細胞において提供される。NKT細胞carの利点は、それらが患者に対してHLA適合性を必要としないことである。したがって、それらは、(例えば、本明細書中に列挙する特異性を有する)「既製品」を提供する目的で用いることができる。WO2013/040371には、CARを有する工学的に改変したNKTが開示されている;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。一実施態様においては、該NKT細胞 enc。
一実施態様においては、該免疫細胞はNK細胞である;例えば、Tranら、J Immunol 1995 Jul、155(2); 1000-1009を参照のこと;本参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。
したがって、一実施態様においては、該免疫細胞療法は、例えば、IL-2、IL-5、IL-7、IL-12およびIL-15から選択されるサイトカインをコードする導入遺伝子(すなわち、工学的に改変した遺伝子)をさらに含む。
T細胞、NKT細胞など免疫細胞は、本発明のウイルスで発現するIL-15によって活性化し得る、または持続性活性を有し得る。これは、腫瘍のアネルギー/低酸素な微小環境に対抗することへの支援となり得る。後者は、天然細胞の殺滅力、および本発明と組み合わせて用いる工学的細胞療法の殺滅力さえも中和する能力を有することがある。したがって、本開示のウイルスの利用は、特に、細胞療法と組み合わせて用いる場合に、癌殺滅に関して複数の機構を惹起するのであってもよい。
本明細書中の「治療用量」は、好適な処置レジメンで用いた場合に、意図する治療効果を達成する(例えば、症状または病態を改善する)ことに好適な腫瘍溶解性アデノウイルスなどのウイルスの量を指す。ある用量は、癌または転移の治療において、ウイルス粒子の数が以下の結果を達成するのに充分であり得る場合に、治療用量とみなすことができる:
腫瘍増殖または転移性増殖を緩徐にする、または停止させる、あるいは腫瘍または転移のサイズに縮小が認められる、および/または患者の生存期間が延長する。本開示のウイルスを全身性送達した後の癌細胞の感染は、治療用量の指標である;すなわち、該標的細胞にそれが送達されている。好適な治療用量は一般的に、治療効果と忍容毒性との間のバランスである(例えば、その療法によって恩恵が得られることを考慮すれば、その副作用と毒性が忍容性である場合)。
腫瘍増殖または転移性増殖を緩徐にする、または停止させる、あるいは腫瘍または転移のサイズに縮小が認められる、および/または患者の生存期間が延長する。本開示のウイルスを全身性送達した後の癌細胞の感染は、治療用量の指標である;すなわち、該標的細胞にそれが送達されている。好適な治療用量は一般的に、治療効果と忍容毒性との間のバランスである(例えば、その療法によって恩恵が得られることを考慮すれば、その副作用と毒性が忍容性である場合)。
一実施態様においては、本開示のウイルスまたは治療用構築物(同上を含む製剤を含む)を、1週間毎に投与する;例えば、第1週目において、該用量(1用量)を1日目、3日目、5日目に投与し、例えば、その後毎週1用量、あるいは第2週目に複数回投与する。
一実施態様においては、本開示のウイルスまたは治療用構築物(同上を含む製剤を含む)を、2週間毎または3週間毎に投与する;例えば、第1週目において、1用量を1日目、3日目、5日目に投与し、第2または第3週目にも1日目、3日目、5日目に投与する。この投与レジメンを必要な回数反復するのであってもよい。
一実施態様においては、第1の用量はその後の用量よりも低量である;例えば、第1の用量を1x1010~1x1012ウイルス粒子の範囲とし、その後の用量を1x1011~1x1013ウイルス粒子の範囲とする。
一実施態様においては、2週間にわたって6用量を投与する;例えば、1日目、3日目、5日目、8日目、10日目および12日目に投与(各用量を+/-1日に投与するのであってもよい場合など(1日目の用量が他の用量よりも低量である場合を含む))。
一実施態様においては、本開示のウイルスまたは治療用構築物(同上を含む製剤を含む)を1か月毎に投与する。
一実施態様においては、本開示のウイルスまたは治療用構築物は組み換え技術によって調製される。武装化(armed)アデノウイルスゲノムが、その他の技術的手段(ゲノムの全合成、あるいはゲノムの一部または全体を含むプラスミドを含む)によって製造することができることは、当業者であれば理解するであろう。該ゲノムの合成プロセスでは、挿入領域が該制限酵素部位ヌクレオチドを含まないことがあるが、後者(プラスミド)における該制限酵素部位ヌクレオチドはクローニング法を用いた遺伝子挿入後のアーティファクトであることは、当業者であれば理解するであろう。
本明細書の開示はさらに、導入遺伝子または導入遺伝子カセットの挿入によって取得した、あるいは取得可能な、式(I)またはその副次的式のアデノウイルスをも対象とする。
本明細書中の「である(is)」は、「~を含む」を意味する。
本明細書に関しては、「を含む(comprising)」は、「を含む(including)」と解釈すべきである。
特定の特徴/要素を含む(comprising)本発明の実施態様はまた、別の実施態様である該関連要素/特徴「から成る」または「本質的に該関連要素/特徴から成る」にも及ぶことを意図する。
技術的に適切である場合には、本発明の複数の実施態様を組み合わせるのであってもよい。
特許および出願書などの技術的参考文献は参照として本明細書に組み入れられる。
本明細書において具体的かつ明示的に列挙されるいずれの実施態様も、単独のまたは1つ以上のさらなる実施態様と組み合わせた「除くクレーム」の根拠を形成することもある。
「背景技術」の節は、補正の根拠として用いられることもある。
本願は2021年2月13日付けで出願された英国特許出願第GB2102049.0号に基づく優先権を主張するものである。その優先出願の開示内容が参照として本明細書に組み入れられるが、特にその配列が明示的に本明細書に組み入れられる。該優先権書類は、本明細書中の誤りの訂正に用いられることもある。
下の添付図を参照する後述の実施例において、実例を挙げて本発明をさらに詳細に説明するが、実例は例示のみを目的とするものである。
配列
配列番号:1 短いスプライス受容部位(SSA)DNA配列 - CAGG
配列番号:2 スプライス受容部位(SA)DNA配列
配列番号:3 スプライス受容部位DNA配列
配列番号:4 高効率自己開裂可能P2Aペプチド配列
配列番号:5 高効率自己開裂可能T2Aペプチド配列
配列番号:6 高効率自己開裂可能E2Aペプチド配列
配列番号:7 高効率自己開裂可能F2Aペプチド配列
配列番号:8 ポリアデニル化(PA)配列(SV40後期ポリA配列)
配列番号:9 シグナル配列を有するヒトIL-12 p35蛋白質(IL12p35)
配列番号:10 シグナル配列を有するヒトIL-12 p40蛋白質(IL12p40)
配列番号:11 ヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質であって、シグナル配列を有するIL12p40蛋白質を、シグナル配列を有していないIL12p35蛋白質のN末端側に連結するリンカー(Gly4Ser)3を有するヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質(IL12p40LinkerIL12p35)
配列番号:12 ヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質であって、シグナル配列を有するIL12p35蛋白質を、シグナル配列を有していないIL12p40蛋白質のN末端側に連結する(Gly4Ser)3リンカーを有するヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質(IL12p35LinkerIL12p40)
配列番号:13 ヒトインターフェロンアルファ2蛋白質配列
配列番号:14 ヒトFms関連チロシンキナーゼ3リガンド(Flt3L)可溶性細胞外ドメインの蛋白質配列
配列番号:15 ヒトMIP1アルファLD78ベータ(MIP1a)蛋白質配列
配列番号:16 ヒトCXCL9蛋白質配列
配列番号:17 ヒトCCL21蛋白質配列
配列番号:18 ヒトCCL5蛋白質配列
配列番号:19 ヒトCCL19蛋白質配列
配列番号:20 ヒトIL-18の長いイソ型
配列番号:21 ヒトIgN末端リーダー配列を有するヒトIL-15蛋白質
配列番号:22 ヒトIgリーダーペプチド配列
配列番号:23 リーダー配列を含まないヒトIL-15の蛋白質配列
配列番号:24 ヒトCCL21C末端短縮蛋白質配列(CCL21t)
配列番号:25 N末端にIL-15受容体アルファのリーダー配列を有し、PDGF受容体膜貫通ドメインに連結するC末端mycペプチドを有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列(IL15RsushimycTM)
配列番号:26 N末端にIL-15受容体アルファのリーダー配列を有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列
配列番号:27 Mycペプチド配列
配列番号:28 PDGF受容体膜貫通ドメインの蛋白質配列
配列番号:29 N末端にIL-15受容体アルファのリーダー配列を有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列であって、それをPDGF受容体膜貫通ドメインに連結するC末端Gly4Serペプチド配列を有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列(IL15RsushiG4STM)
配列番号:30 Gly4Serペプチドリンカー配列
配列番号:31 (Gly4Ser)3ペプチドリンカー配列
配列番号:32 配列番号:17をコードするヒトCCL21コードDNA配列
配列番号:33 配列番号:32によってコードされるものと同一の蛋白質配列をコードするヒトCCL21の改変コドン配列(CCL21mod)
配列番号:34 C末端短縮蛋白質配列(配列番号:24)を産生する目的で3′末端が短縮されているヒトCCL21コード配列
配列番号:35 C末端短縮蛋白質配列(配列番号:24)を産生する目的で3′末端が短縮されているヒトCCL21短縮改変コード配列(CCL21tmod);配列番号:34によってコードされるものと同一の蛋白質配列
配列番号:36 NG-704導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:37 NG-706導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:38 NG-707導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:39 NG-708導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:40 NG-709導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:41 NG-720導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:42 NG-721導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:43 NG-722導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:44 NG-723導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:45 NG-724導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:46 NG-725導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:47 NG-726導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:48 NG-740導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:49 NG-742導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:50 NG-744導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:51 NG-746導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:52 NG-750導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:53 NG-751導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:54 NG-752導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:55 NG-753導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:56 NG-754導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:57 NG-755導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
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配列番号:67 NG-765導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
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配列番号:113 NG-772ウイルスのゲノム配列
配列番号:114 NG-773ウイルスのゲノム配列
配列番号:115 ヒトの成熟IL-12 p70単一鎖蛋白質であって、シグナル配列を有していないIL12p40蛋白質を、シグナル配列を有していないIL12p35蛋白質のN末端側に連結する(Gly4Ser)3リンカーを有するヒトの成熟IL-12 p70単一鎖蛋白質(成熟IL12p40LinkerIL12p35)
配列番号:116 NG-701導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:117 NG-702導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:118 NG-703導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
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配列番号:128 NG-724導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
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配列番号:144 NG-759導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
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配列番号:155 NG-772導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:156 NG-773導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:157 PDGF受容体A膜貫通ドメインのアミノ酸配列
配列番号:158 PDGF受容体B膜貫通ドメインのアミノ酸配列
配列番号:159 インスリン様増殖因子1受容体膜貫通ドメインのアミノ酸配列
配列番号:160 IL-6受容体膜貫通ドメインのアミノ酸配列
配列番号:161 CD28膜貫通ドメインのアミノ酸配列
配列番号:162 開始コドン - (gcc)gccRccAUGgを含む配列
配列番号:163 ヒトCD33N末端リーダー配列を有するヒトIL-15蛋白質
配列番号:164 ヒトCD33リーダーペプチド配列
配列番号:165 ヒトIL-2N末端リーダー配列を有するヒトIL-15蛋白質
配列番号:166 ヒトIL-2リーダーペプチド配列
配列番号:167 NG-748導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:168 NG-774導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:169 NG-775導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:170 NG-776導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:171 NG-777導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:172 NG-781導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:173 NG-782導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:174 NG-784導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:175 NG-785導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:176 NG-785A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:177 NG-786A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:178 NG-787導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:179 NG-787A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:180 NG-788P導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:181 NG-789P導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:182 NG-790P導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:183 NG-791A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:184 NG-792A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:185 NG-794A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:186 NG-795A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:187 NG-796A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:188 NG-799A導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:189 NG-748導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:190 NG-774導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:191 NG-775導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:192 NG-776導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:193 NG-777導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:194 NG-781導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:195 NG-782導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:196 NG-784導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:197 NG-785導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:198 NG-785A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:199 NG-786A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:200 NG-787導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:201 NG-787A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:202 NG-788P導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:203 NG-789P導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:204 NG-790P導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:205 NG-791A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:206 NG-792A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:207 NG-794A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:208 NG-795A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:209 NG-796A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:210 NG-799A導入遺伝子カセットの蛋白質コード配列についてのDNA配列;停止コドンを含む
配列番号:211 NG-748ウイルスのゲノム配列
配列番号:212 NG-774ウイルスのゲノム配列
配列番号:213 NG-775ウイルスのゲノム配列
配列番号:214 NG-776ウイルスのゲノム配列
配列番号:215 NG-777ウイルスのゲノム配列
配列番号:216 NG-781ウイルスのゲノム配列
配列番号:217 NG-782ウイルスのゲノム配列
配列番号:218 NG-784ウイルスのゲノム配列
配列番号:219 NG-785ウイルスのゲノム配列
配列番号:220 NG-785Aウイルスのゲノム配列
配列番号:221 NG-786Aウイルスのゲノム配列
配列番号:222 NG-787ウイルスのゲノム配列
配列番号:223 NG-787Aウイルスのゲノム配列
配列番号:224 NG-788Pウイルスのゲノム配列
配列番号:225 NG-789Pウイルスのゲノム配列
配列番号:226 NG-790Pウイルスのゲノム配列
配列番号:227 NG-791Aウイルスのゲノム配列
配列番号:228 NG-792Aウイルスのゲノム配列
配列番号:229 NG-794Aウイルスのゲノム配列
配列番号:230 NG-795Aウイルスのゲノム配列
配列番号:231 NG-796Aウイルスのゲノム配列
配列番号:232 NG-799Aウイルスのゲノム配列
配列番号:233 NG-701導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:234 NG-702導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:235 NG-703導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:236 ヒトIL-15蛋白質であって、ヒトIgN末端リーダー配列を有し、それをシグナル配列を有していないヒトIL-15受容体アルファSushiドメインに連結するペプチドリンカーを有するヒトIL-15蛋白質
配列番号:237 NG-787およびNG-787Aにおいて、IL-15をIL-15受容体アルファのsushiドメインに連結するリンカーペプチド
配列番号:238 ヒトPDGFR受容体A膜貫通領域ペプチド
配列番号:239 ヒトPDGFR受容体B膜貫通領域ペプチド
配列番号:240 ヒトインスリン様増殖因子1膜貫通領域ペプチド
配列番号:241 ヒトIL6-R膜貫通領域ペプチド
配列番号:242 ヒトCD28膜貫通領域ペプチド
配列番号:243 ヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列
配列番号:244 N末端にHisタグを付加した組み換えIL-15Ra sushiドメイン蛋白質の蛋白質配列;C末端P2Aペプチド配列を有する
配列番号:245 CMV pUCベクター pUC-796AのDNA配列
配列番号:246 CMV pUCベクター pRES-128のDNA配列
配列番号:1 短いスプライス受容部位(SSA)DNA配列 - CAGG
配列番号:2 スプライス受容部位(SA)DNA配列
配列番号:3 スプライス受容部位DNA配列
配列番号:4 高効率自己開裂可能P2Aペプチド配列
配列番号:5 高効率自己開裂可能T2Aペプチド配列
配列番号:6 高効率自己開裂可能E2Aペプチド配列
配列番号:7 高効率自己開裂可能F2Aペプチド配列
配列番号:8 ポリアデニル化(PA)配列(SV40後期ポリA配列)
配列番号:9 シグナル配列を有するヒトIL-12 p35蛋白質(IL12p35)
配列番号:10 シグナル配列を有するヒトIL-12 p40蛋白質(IL12p40)
配列番号:11 ヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質であって、シグナル配列を有するIL12p40蛋白質を、シグナル配列を有していないIL12p35蛋白質のN末端側に連結するリンカー(Gly4Ser)3を有するヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質(IL12p40LinkerIL12p35)
配列番号:12 ヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質であって、シグナル配列を有するIL12p35蛋白質を、シグナル配列を有していないIL12p40蛋白質のN末端側に連結する(Gly4Ser)3リンカーを有するヒトIL-12 p70単一鎖蛋白質(IL12p35LinkerIL12p40)
配列番号:13 ヒトインターフェロンアルファ2蛋白質配列
配列番号:14 ヒトFms関連チロシンキナーゼ3リガンド(Flt3L)可溶性細胞外ドメインの蛋白質配列
配列番号:15 ヒトMIP1アルファLD78ベータ(MIP1a)蛋白質配列
配列番号:16 ヒトCXCL9蛋白質配列
配列番号:17 ヒトCCL21蛋白質配列
配列番号:18 ヒトCCL5蛋白質配列
配列番号:19 ヒトCCL19蛋白質配列
配列番号:20 ヒトIL-18の長いイソ型
配列番号:21 ヒトIgN末端リーダー配列を有するヒトIL-15蛋白質
配列番号:22 ヒトIgリーダーペプチド配列
配列番号:23 リーダー配列を含まないヒトIL-15の蛋白質配列
配列番号:24 ヒトCCL21C末端短縮蛋白質配列(CCL21t)
配列番号:25 N末端にIL-15受容体アルファのリーダー配列を有し、PDGF受容体膜貫通ドメインに連結するC末端mycペプチドを有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列(IL15RsushimycTM)
配列番号:26 N末端にIL-15受容体アルファのリーダー配列を有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列
配列番号:27 Mycペプチド配列
配列番号:28 PDGF受容体膜貫通ドメインの蛋白質配列
配列番号:29 N末端にIL-15受容体アルファのリーダー配列を有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列であって、それをPDGF受容体膜貫通ドメインに連結するC末端Gly4Serペプチド配列を有するヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列(IL15RsushiG4STM)
配列番号:30 Gly4Serペプチドリンカー配列
配列番号:31 (Gly4Ser)3ペプチドリンカー配列
配列番号:32 配列番号:17をコードするヒトCCL21コードDNA配列
配列番号:33 配列番号:32によってコードされるものと同一の蛋白質配列をコードするヒトCCL21の改変コドン配列(CCL21mod)
配列番号:34 C末端短縮蛋白質配列(配列番号:24)を産生する目的で3′末端が短縮されているヒトCCL21コード配列
配列番号:35 C末端短縮蛋白質配列(配列番号:24)を産生する目的で3′末端が短縮されているヒトCCL21短縮改変コード配列(CCL21tmod);配列番号:34によってコードされるものと同一の蛋白質配列
配列番号:36 NG-704導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:37 NG-706導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:38 NG-707導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:39 NG-708導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:40 NG-709導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:41 NG-720導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:42 NG-721導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:43 NG-722導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:44 NG-723導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:45 NG-724導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:46 NG-725導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:47 NG-726導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:48 NG-740導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:49 NG-742導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:50 NG-744導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:51 NG-746導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:52 NG-750導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:53 NG-751導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:54 NG-752導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
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配列番号:58 NG-756導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
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配列番号:157 PDGF受容体A膜貫通ドメインのアミノ酸配列
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配列番号:163 ヒトCD33N末端リーダー配列を有するヒトIL-15蛋白質
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配列番号:211 NG-748ウイルスのゲノム配列
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配列番号:231 NG-796Aウイルスのゲノム配列
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配列番号:233 NG-701導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:234 NG-702導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:235 NG-703導入遺伝子カセットによってコードされる蛋白質配列
配列番号:236 ヒトIL-15蛋白質であって、ヒトIgN末端リーダー配列を有し、それをシグナル配列を有していないヒトIL-15受容体アルファSushiドメインに連結するペプチドリンカーを有するヒトIL-15蛋白質
配列番号:237 NG-787およびNG-787Aにおいて、IL-15をIL-15受容体アルファのsushiドメインに連結するリンカーペプチド
配列番号:238 ヒトPDGFR受容体A膜貫通領域ペプチド
配列番号:239 ヒトPDGFR受容体B膜貫通領域ペプチド
配列番号:240 ヒトインスリン様増殖因子1膜貫通領域ペプチド
配列番号:241 ヒトIL6-R膜貫通領域ペプチド
配列番号:242 ヒトCD28膜貫通領域ペプチド
配列番号:243 ヒトIL-15受容体アルファSushiドメインの蛋白質配列
配列番号:244 N末端にHisタグを付加した組み換えIL-15Ra sushiドメイン蛋白質の蛋白質配列;C末端P2Aペプチド配列を有する
配列番号:245 CMV pUCベクター pUC-796AのDNA配列
配列番号:246 CMV pUCベクター pRES-128のDNA配列
実施例
実施例1:ヒト腫瘍初代(細胞)試料における組み換えIL-15、IL-18およびIFNα蛋白質の活性
サイトカインおよび/またはケモカインの異なる組み合わせが、腫瘍初代細胞培養の応答に与える潜在的な相加的活性または相乗的活性を評価する目的で、ウイルス中で導入遺伝子としてコードされる分子のモデルとして組み換え蛋白質を用いた。初代ヒト腫瘍細胞に及ぼす影響に関しては、外科切除した腫瘍試料をAqix臓器輸送メディウム(アンフォテリシンB、ペニシリン、ストレプトマイシン、ゲンタマイシンおよびメトロニダゾールを含む)に入れ4℃で臨床現場から発送して、処理のために24時間以内に実験室がそれを受け取った。試料はメスを用いて細切して小片化した後、Gentle MACS組織ホモジナイザー(Miltenyi Biotech)を用いて腫瘍解離混合液(Miltenyi Biotech)中で酵素的に解離させた。濾過によって単一細胞懸濁液を取得し、細胞収量に応じて、ウシ胎仔血清、L-グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび非必須アミノ酸を添加したRPMI(Gibco)、または癌細胞株培地(Cancer Cell Line Medium)XF(PromoCell)のいずれかを含む96穴プレートまたは24穴プレートに播種した。培地処方には両方とも、さらにアンフォテリシンB、ペニシリンおよびストレプトマイシンを添加した。これらの懸濁液に含まれる細胞の種類については常にフローサイトメトリーによる分析を行い、腫瘍細胞および異なる免疫細胞サブセット(T細胞、B細胞およびNK細胞を含む)が含まれることを確認した。
実施例1:ヒト腫瘍初代(細胞)試料における組み換えIL-15、IL-18およびIFNα蛋白質の活性
サイトカインおよび/またはケモカインの異なる組み合わせが、腫瘍初代細胞培養の応答に与える潜在的な相加的活性または相乗的活性を評価する目的で、ウイルス中で導入遺伝子としてコードされる分子のモデルとして組み換え蛋白質を用いた。初代ヒト腫瘍細胞に及ぼす影響に関しては、外科切除した腫瘍試料をAqix臓器輸送メディウム(アンフォテリシンB、ペニシリン、ストレプトマイシン、ゲンタマイシンおよびメトロニダゾールを含む)に入れ4℃で臨床現場から発送して、処理のために24時間以内に実験室がそれを受け取った。試料はメスを用いて細切して小片化した後、Gentle MACS組織ホモジナイザー(Miltenyi Biotech)を用いて腫瘍解離混合液(Miltenyi Biotech)中で酵素的に解離させた。濾過によって単一細胞懸濁液を取得し、細胞収量に応じて、ウシ胎仔血清、L-グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび非必須アミノ酸を添加したRPMI(Gibco)、または癌細胞株培地(Cancer Cell Line Medium)XF(PromoCell)のいずれかを含む96穴プレートまたは24穴プレートに播種した。培地処方には両方とも、さらにアンフォテリシンB、ペニシリンおよびストレプトマイシンを添加した。これらの懸濁液に含まれる細胞の種類については常にフローサイトメトリーによる分析を行い、腫瘍細胞および異なる免疫細胞サブセット(T細胞、B細胞およびNK細胞を含む)が含まれることを確認した。
3種類の腫瘍(初代細胞)試料、腫瘍63(乳癌)、腫瘍64(CRC)および腫瘍65(腎臓腫瘍)を受領し、上記のように処理した。解離させた腫瘍細胞培養物に、組み換えIL-12 p70(15ng/mL、R&D Systems)、IL-18(50ng/mL、RnD Systems)およびIL-15(50ng/mL、InvivoGen)を単独または組み合わせて添加した。刺激から72時間後に、上清試料を回収して、上記のように澄明化した。IFNγ蛋白質はELISAによって定量した。IL-12およびIL-15はいずれも単独で腫瘍64および65の培養物のIFNγ産生を刺激した(ただし、腫瘍63では刺激が得られなかった);他方、IL-12およびIL-15の組み合わせ、またはIL-12およびIL-15およびIL-18の組み合わせでは、これらの単独刺激よりもより高いIFNγレベルの産生を刺激した;これは、腫瘍63をも含むものであったが、腫瘍63では、他の組み合わせの場合にはいずれも検出可能レベルの産生は起こらなかった(図1A)。これらの腫瘍細胞培養物においては、組み換えIL-18はIFNγ産生を刺激せず、IL-15単独またはIL-12とIL-15の組み合わせによって惹起されるIFNγ産生に対して無効果であるか、またはほとんど効果を示さなかった。
第2の実験では、乳癌試料(腫瘍60)を上記のような方法で解離し、組み換え蛋白質と共に培養した。感染から72時間後に、単層をこすり取り、穏やかにピペッティングすることによって生細胞を回収した。300xgの遠心分離によって細胞を沈殿させた後、1μLのLive-Dead Fixable Aqua(Life Technologies)を含む200μLのPBSを添加して、暗所にて氷上で10分間インキュベートした。次いで、遠心分離によって試料を沈殿させてから、2%FBSを含む50μLの冷PBS(フロー緩衝液)中に、複数の細胞表面蛋白質を標的とする抗体(CD45、CD3、CD4、CD8、CD56、CD107aおよびCD25)のカクテルを含む溶液を添加した。暗所にて氷上で試料を20~30分間インキュベートした後、遠心分離で沈殿させ、フロー緩衝液で2回洗浄してから、フロー緩衝液に再懸濁した。次いで、Attune NxTフローサイトメーターを用いたフローサイトメトリーにより試料の分析を行った。そのデータによって、IL-15単独、またはIL-12およびIL-18との組み合わせで、CD4 T細胞およびCD8 T細胞、およびNK細胞の表面上のCD25活性化マーカーの発現が増加することが明らかとなった(図1B)。IL-12、IL-15、IL-18またはそれらの組み合わせの存在下では、NK細胞のCD107a発現が増加した。CD4 T細胞およびCD8 T細胞のCD107a発現は、IL-15が存在することによって増加したが、IL-12またはIL-12とIL-18組み合わせによってその発現がさらに増強した。ベースライン(図1C)。
第3の実験では、表示の組み換え蛋白質と共にウシ胎仔血清、L-グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび非必須アミノ酸を含むRPMI(Gibco)中で、健常ドナーのPBMCを培養した。刺激から48時間後に生細胞を回収してフローサイトメトリーで分析した。しかし、この場合には回収の12時間前に細胞をブレフェルジンAで処理して、上記の(BD Cytofix/Cytoperm(登録商標)キットを用いた)細胞外染色後に固定/透過化の付加的工程を実施した後、暗所にて氷上で細胞を抗IFNγ抗体と共に30分間インキュベートした。次いで、遠心分離によって細胞沈殿させ、フロー緩衝液で2回洗浄してから、フロー緩衝液に再懸濁した。Attune NxTフローサイトメーターを用いたフローサイトメトリーにより試料の分析を行った。このデータによって、IL-15と組み合わせたIL-12が、CD4 T細胞およびCD8 T細胞ならびにNK細胞によるIFNγ産生を増加させ、この増加はIL-18の存在によってさらに増強されることが明らかになった(図1D)。
実施例2:他の組み換えサイトカインの存在下および非存在下でのIL-12によるT細胞媒介性標的細胞殺滅の増強
IL-12、IL-15、IL-18およびIFNα(単独または組み合わせによる)のT細胞媒介性標的細胞殺滅増強能を評価する目的で、本発明者らは、腫瘍関連線維芽細胞表面上の線維芽細胞活性化蛋白質(FAP)およびFAP発現細胞のT細胞媒介性殺滅を司るT細胞上のCD3(FAP-TAc)の両方を標的とする二重特異性T細胞活性化因子(TAc)をコードするウイルスを用いた(Freedmanら、2018、An Oncolytic Virus Expressing a T-cell Engager Simultaneously Targets Cancer and Immunosuppressive Stromal Cells. Cancer Res Nov 18:1-14; WO2018/041838およびWO2018/041827)。
IL-12、IL-15、IL-18およびIFNα(単独または組み合わせによる)のT細胞媒介性標的細胞殺滅増強能を評価する目的で、本発明者らは、腫瘍関連線維芽細胞表面上の線維芽細胞活性化蛋白質(FAP)およびFAP発現細胞のT細胞媒介性殺滅を司るT細胞上のCD3(FAP-TAc)の両方を標的とする二重特異性T細胞活性化因子(TAc)をコードするウイルスを用いた(Freedmanら、2018、An Oncolytic Virus Expressing a T-cell Engager Simultaneously Targets Cancer and Immunosuppressive Stromal Cells. Cancer Res Nov 18:1-14; WO2018/041838およびWO2018/041827)。
FAP-TAc(上記文献においては二重特異性T細胞エンゲージャー(BiTE)とも記載されている)を発現するNG-617を1ppcの量でA549細胞に感染させた。感染から11日後に、上清を回収して、300xg、5分間の遠心分離により澄明化した後、分注して-80℃で凍結した。FAP発現性肺線維芽細胞株MRC-5を1x104細胞/ウェルの密度で96穴プレートに播種して、5μMのカスパーゼGreen試薬(IncuCyte;Essen Bioscience)で染色する前に、37℃、5%CO2で24時間インキュベートした。培地を除去し、新鮮解凍した上清(NG-617で処理した細胞の上清であって、FAP-TAc蛋白質を含む上清)で置換した。ヒトPBMCドナーから単離したT細胞(6x105細胞/ウェル)と共に、組み換えIL-12 p70(15ng/mL、R&D Systems)を単独またはIL-18(50ng/mL、R&D Systems)、IL-15(50ng/mL、InvivoGen)および/またはIFNα(1,500U/mL、InvivoGen)と組み合わせて、のいずれかで添加した。次いで、プレートをIncuCyte生細胞撮像装置中で37℃、5%CO2でインキュベートしながら、ウェル当たり4イメージを30分毎に撮影した;インキュベーションは24時間行った。このデータにより、IL-12単独では、FAP-TAcが媒介するT細胞によるMRC5細胞殺滅を、FAP-TAcのみで刺激した場合よりも増強する(カスパーゼ陽性MRC5細胞の増加として観察される)ことはないが、IL-18の共存下または非共存下において、IL-12とIL-15の組み合わせでは、殺滅を増強することが明らかになった(図2A)。同一の実験において、サイトカインを添加した場合にも、あるいは添加していない場合にも、IFNαはT細胞媒介性殺滅をさらに増強した(図2B)。
第2の実験では、AutoMACS細胞分離装置(Miltenyi)でTIL単離キット(Miltenyi)を用いて、腫瘍70からCD45+腫瘍浸潤白血球(TIL)を単離した。次いで、上記の方法でPBMC由来T細胞の代わりにTILを用いて、T細胞媒介性殺滅アッセイを実施した。このデータにより、IL-12単独では、FAP-TAc単独の場合よりもT細胞によるMRC5細胞殺滅を増強することはないが、IL-12およびIL-15の組み合わせ、ならびにIL-12およびIL-15およびIL-18の組み合わせでは殺滅増強が起こり、IL-12およびIL-15の組み合わせで増強が最大となることが明らかになった(図2C)。同一の実験において、IL-12単独を除き、上記いずれかの組み合わせと共にIFNαを添加した場合には、殺滅増強が起こった(図2D)。
別の実験では、PBMCからNK細胞を単離して、IL-12および/またはIL-15で24時間の予備刺激を行った後に、12時間休止させた。次いで、細胞をMHCクラスI低発現K562細胞株と共にインキュベートした。K562細胞(標的細胞)は予めViolet Cell tracker(ThermoFisher)を用いて製造元のプロトコルにしたがって標識を行った。次いで、5μMのカスパーゼGreen試薬存在下にて、K562細胞をNK細胞(1:1の比;96穴プレート中、5x104細胞/ウェル)と共に37℃、5%CO2で3時間インキュベートした。次に、細胞を300xgで5分間遠心分離し、PBSで2回洗浄してフロー緩衝液に再懸濁した。Attune NxTフローサイトメーターを用いたフローサイトメトリーで試料を分析して、カスパーゼ陽性K562細胞の割合(%)をプロットした(図2E)。このデータから、IL-12およびIL-15はいずれも個々にNK媒介性殺滅を増強可能であるが、これら2種類のサイトカインを組み合わせた場合にはさらなる増強が得られることが明らかになった。
類似の実験において、腎臓腫瘍(初代細胞)に由来するTILと共にK562細胞を、上記のような方法でインキュベートした。解離させた腫瘍細胞(全生細胞に対する割合で約16%、NK細胞を含む)を、コラーゲンでコーティングした24穴プレートに播種し、4時間後に、非接着細胞(TIL濃縮細胞)を、コラーゲンでコーティングした別のプレートに移して、表記のサイトカインで18時間刺激した、あるいは刺激を行わなかった。次いで、細胞をカウントし、標識した標的K562細胞と共に4時間インキュベートした(0日目のNK数に基づき、エフェクター:標的細胞の比=2:1)。IL-12またはIL-15単独で刺激した腫瘍浸潤性初代NK細胞は、標的K562細胞殺滅の増強を示したが、これら2種類のサイトカインの組み合わせでは、最大の殺滅増強が得られた(図2F)。
実施例3:組み換えケモカインに応答する免疫細胞遊走
PBMC調製物中の免疫細胞サブセットならびに腫瘍(初代細胞)試料から単離したTILの遊走に対するケモカインの効果を評価する目的で、複数の実験を実施した。遊走アッセイは、トランスウェルアッセイシステム(Corning)を用いて実施したが、このアッセイでは、96穴または24穴プレート中の培地にケモカインを添加してから、直径3μmの細孔を含む透過性膜を有するプレートインサートを上部に取り付けた。次いで、プレートインサートに、上記の細胞を添加した。MACSビーズ(Miltenyi)を用いて磁気により、PBMCからT細胞およびそのサブセットを単離した;実施例1に記載されるような方法で解離させた腫瘍試料からTILを単離した。培地単独、あるいは50nMのCXCL9、CXCL10、CCL19、またはCCL21を含む培地を、トランスウェルプレートの底部に添加した後、ナイーブT細胞(100,000細胞/ウェル)またはエフェクターCD8+ T細胞(80,000細胞/ウェル)を上部槽に加えた。プレートを37℃、5%CO2で3時間30分インキュベートした後、Attune NxT(Thermofisher)を用いたフローサイトメトリーで下部槽の細胞を計数した。全てのケモカインが、ナイーブT細胞およびエフェクターT細胞の両方の遊走を、培地単独の対照よりも強く刺激した;CCL19およびCCL21は、CXCL9またはCXCL10よりも、多くのナイーブT細胞の遊走を刺激した(図3A);また、逆にエフェクターT細胞では、CXCL9およびCXCL10がより多くの細胞の遊走を刺激した(図3B)。
PBMC調製物中の免疫細胞サブセットならびに腫瘍(初代細胞)試料から単離したTILの遊走に対するケモカインの効果を評価する目的で、複数の実験を実施した。遊走アッセイは、トランスウェルアッセイシステム(Corning)を用いて実施したが、このアッセイでは、96穴または24穴プレート中の培地にケモカインを添加してから、直径3μmの細孔を含む透過性膜を有するプレートインサートを上部に取り付けた。次いで、プレートインサートに、上記の細胞を添加した。MACSビーズ(Miltenyi)を用いて磁気により、PBMCからT細胞およびそのサブセットを単離した;実施例1に記載されるような方法で解離させた腫瘍試料からTILを単離した。培地単独、あるいは50nMのCXCL9、CXCL10、CCL19、またはCCL21を含む培地を、トランスウェルプレートの底部に添加した後、ナイーブT細胞(100,000細胞/ウェル)またはエフェクターCD8+ T細胞(80,000細胞/ウェル)を上部槽に加えた。プレートを37℃、5%CO2で3時間30分インキュベートした後、Attune NxT(Thermofisher)を用いたフローサイトメトリーで下部槽の細胞を計数した。全てのケモカインが、ナイーブT細胞およびエフェクターT細胞の両方の遊走を、培地単独の対照よりも強く刺激した;CCL19およびCCL21は、CXCL9またはCXCL10よりも、多くのナイーブT細胞の遊走を刺激した(図3A);また、逆にエフェクターT細胞では、CXCL9およびCXCL10がより多くの細胞の遊走を刺激した(図3B)。
第2の実験では、乳癌(腫瘍53)から単離したTILをおおよそ24時間休止させた後、上記のようなトランスウェルプレートに添加した。4種類のケモカインはいずれも、バックグラウンド(培地のみの対照)を超える遊走を刺激し、CCL19およびCCL21が最大数のTIL遊走を刺激した(図3C)。
第3の実験では、乳癌の外科手術の一部として切除した初代リンパ節から解離させた白血球(上記実施例1において説明される処置であって腫瘍(初代細胞)に用いる処置と同一の処置)を、フラスコ(37℃、5%CO2)に入れて3時間放置し、プラスチック面に接着させた後、遊走アッセイで非接着細胞を除去した。上記のような方法で、トランスウェル遊走アッセイを実施した;すなわち、24穴プレートの上部槽に1.2x105細胞を添加した。各条件は2回繰り返して実施し、遊走後に下部槽に存在する細胞を計数して、Attune NxT (Thermofisher)を用いたフローサイトメトリーで染色/分析した(図3D)。このデータにより、CXCL9およびCCL21の両方が、リンパ節由来のT細胞(CD3+)および非T細胞(CD3-リンパ球)の遊走を誘導することが明らかになった。
別の実験では、50ng/mLの組み換えGM-CSFおよびIL-4と共に細胞を7日日間培養することにより、健常ドナーから単球由来樹状細胞を調製した後、遊走アッセイで試験する前に、その細胞をLPSで24時間成熟させた。トランスウェルアッセイは24穴プレートを用いて実施したが、このプレートは挿入槽を有し、挿入槽は直径8μmの細孔を含む透過性膜を備えており、100μg/mLのマトリゲルで予めコーティングが施された。次いで、遊走アッセイを37℃、5%CO2で6時間実施し、上記の方法で分析を行った。図3Eに示すように、単球由来樹状細胞は、CCL19およびCCL21の両方に強く応答する。マトリゲルでコーティングした8μmの細孔膜を有する96穴プレート(Essen Bioscience)を用いて製造元のプロトコルにしたがい、Incucyte走化性アッセイも実施した(図3F)。膜上の細胞を走査し、化学走化性分析ソフトウェアを用いて経時的に定量した。図3Fに示されるように、培地対照の場合と比較して、上部槽では組み換えCCL19またはCCL21に応答して、樹状細胞の数が経時的に減少した;このことは、これらケモカインに対する樹状細胞の走化性応答を実証している。
実施例4:乳癌外科手術リンパ節に由来するT細胞の腫瘍Ag特異的応答のサイトカイン媒介性増強
IL-12およびIL-15サイトカインが抗原特異的抗腫瘍T細胞応答を増強し得るか否かを評価する目的で、乳癌の外科手術によって得たリンパ節由来初代細胞を用いたIFNγ ELISpotアッセイを実施した。解離後(上記の実施例3のような方法で)、リンパ節細胞を丸底96穴プレートに播種して、乳癌関連ペプチドプール、またはCEFT(破傷風菌、エプスタインバーウイルス(HHV-4)、ヒトサイトメガロウイルス(HHV-5)、インフルエンザA)ペプチドプールのいずれか、あるいは対照としてDMSO含有培地のみで処理した。このアッセイでは以下の乳癌関連ペプチドプール(JPTから購入)を用いた:
MUC-1(ムチン-1)、HER2-ECD(受容体チロシン蛋白質キナーゼerbB-2-細胞外ドメイン)およびHER2-ICD(受容体チロシン蛋白質キナーゼerbB-2-細胞内ドメイン)。1時間後に、組み換えIL-12またはIL-15、またはそれらサイトカインの組み合わせを表示濃度で培養物に添加し、細胞を37℃、5%CO2で6日間静置した。IFNγ ELISpotアッセイの前日に、細胞を休止させた(細胞培養培地を除去して、完全培地のみに置換することによる)。ELISpot実施日に、細胞を計数し、プレートに播種して(2.5x104/ウェル)、細胞刺激を行ったのと同一のペプチドでブースター刺激を実施した。また同時に、同一試料の(リンパ節解離の日に)予め凍結した細胞を解凍して、抗原提示細胞として添加した(1.85x105/ウェル)。IFNγ ELISpotプレートを製造元(Mabtech)のプロトコルにしたがって発色させ、ELISpotプレートリーダー(CTL Europe GmbH)を用いてスポット数を読み取った。図4に示されるように、IL-15は、MUC-1(図4A)およびHER2(図4B)に対するT細胞応答を有意に増加させた。
IL-12およびIL-15サイトカインが抗原特異的抗腫瘍T細胞応答を増強し得るか否かを評価する目的で、乳癌の外科手術によって得たリンパ節由来初代細胞を用いたIFNγ ELISpotアッセイを実施した。解離後(上記の実施例3のような方法で)、リンパ節細胞を丸底96穴プレートに播種して、乳癌関連ペプチドプール、またはCEFT(破傷風菌、エプスタインバーウイルス(HHV-4)、ヒトサイトメガロウイルス(HHV-5)、インフルエンザA)ペプチドプールのいずれか、あるいは対照としてDMSO含有培地のみで処理した。このアッセイでは以下の乳癌関連ペプチドプール(JPTから購入)を用いた:
MUC-1(ムチン-1)、HER2-ECD(受容体チロシン蛋白質キナーゼerbB-2-細胞外ドメイン)およびHER2-ICD(受容体チロシン蛋白質キナーゼerbB-2-細胞内ドメイン)。1時間後に、組み換えIL-12またはIL-15、またはそれらサイトカインの組み合わせを表示濃度で培養物に添加し、細胞を37℃、5%CO2で6日間静置した。IFNγ ELISpotアッセイの前日に、細胞を休止させた(細胞培養培地を除去して、完全培地のみに置換することによる)。ELISpot実施日に、細胞を計数し、プレートに播種して(2.5x104/ウェル)、細胞刺激を行ったのと同一のペプチドでブースター刺激を実施した。また同時に、同一試料の(リンパ節解離の日に)予め凍結した細胞を解凍して、抗原提示細胞として添加した(1.85x105/ウェル)。IFNγ ELISpotプレートを製造元(Mabtech)のプロトコルにしたがって発色させ、ELISpotプレートリーダー(CTL Europe GmbH)を用いてスポット数を読み取った。図4に示されるように、IL-15は、MUC-1(図4A)およびHER2(図4B)に対するT細胞応答を有意に増加させた。
実施例5:ヒトIL-12 p35およびIL-12 p40のいずれかを個別の蛋白質として、あるいは柔軟なリンカーで連結してした蛋白質をコードするウイルスの作成
ヒトIL-12導入遺伝子を別々にコードする3種類のウイルス(NG-701、NG-702、NG-703)を作成した(表1、図5A)。
ヒトIL-12導入遺伝子を別々にコードする3種類のウイルス(NG-701、NG-702、NG-703)を作成した(表1、図5A)。
各導入遺伝子カセットにおいて、IL-12配列をコードするcDNAの5′末端に、短いスプライス受容部位配列(SSA、配列番号:1 - CAGG)を隣接して配置した。IL-12配列の3′末端には、SV40後期ポリ(A)配列(PA、配列番号:8)をコードさせた。ウイルスNG-701では、IL-12 p35およびIL-12 p40の両方のIL-12鎖を個別鎖として翻訳および産生することを可能にするため、IL-12 p35およびIL-12 p40の配列を個々にP2Aリボソームスキッピング配列(配列番号:4)に連結した。ウイルスNG-702およびウイルスNG-703では、IL-12導入遺伝子は単一鎖バリアントをコードし、これはIL-12のp35鎖およびp40鎖の2つの個別の配列を、柔軟なリンカー(Gly4Ser)をコードする配列で連結することで作成された。
ウイルス産生
プラスミドpNG-701、pNG-702およびpNG-703を作成する目的で、プラスミドpColoAd2.4(WO2015/097220)を用いて、導入遺伝子蛋白質をコードする合成導入遺伝子カセットを直接挿入した。制限酵素AsiSIおよびSbfIを用いて、プラスミドpColoAd2.4および導入遺伝子カセットを消化した。消化した各導入遺伝子カセットを、消化したプラスミドpColoAd2.4に直接的に連結した。pNG-701導入遺伝子カセットは、IL-12 p35およびIL-12 p40の2つを、個別の導入遺伝子蛋白質(配列番号:9および10)としてコードし、一方、pNG-702導入遺伝子カセットは、リンカー(Gly4Ser)3(配列番号:31)を介してIL-12 p35蛋白質のN末端に共有結合で連結されるIL-12 p40蛋白質を含む単一鎖IL-12分子(配列番号:11)をコードする;また、pNG-703導入遺伝子カセットは、リンカー(Gly4Ser)3を介してIL-12 p40蛋白質のN末端に共有結合で連結されるIL-12 p35蛋白質を含む単一鎖IL-12分子(配列番号:12)をコードする。導入遺伝子カセットの模式図を図5Aに示す。構築したプラスミドDNAの構造は、制限酵素分析およびサンガー法による配列決定により確認した。
プラスミドpNG-701、pNG-702およびpNG-703を作成する目的で、プラスミドpColoAd2.4(WO2015/097220)を用いて、導入遺伝子蛋白質をコードする合成導入遺伝子カセットを直接挿入した。制限酵素AsiSIおよびSbfIを用いて、プラスミドpColoAd2.4および導入遺伝子カセットを消化した。消化した各導入遺伝子カセットを、消化したプラスミドpColoAd2.4に直接的に連結した。pNG-701導入遺伝子カセットは、IL-12 p35およびIL-12 p40の2つを、個別の導入遺伝子蛋白質(配列番号:9および10)としてコードし、一方、pNG-702導入遺伝子カセットは、リンカー(Gly4Ser)3(配列番号:31)を介してIL-12 p35蛋白質のN末端に共有結合で連結されるIL-12 p40蛋白質を含む単一鎖IL-12分子(配列番号:11)をコードする;また、pNG-703導入遺伝子カセットは、リンカー(Gly4Ser)3を介してIL-12 p40蛋白質のN末端に共有結合で連結されるIL-12 p35蛋白質を含む単一鎖IL-12分子(配列番号:12)をコードする。導入遺伝子カセットの模式図を図5Aに示す。構築したプラスミドDNAの構造は、制限酵素分析およびサンガー法による配列決定により確認した。
ウイルスゲノムを作成するため、酵素AscIによる制限酵素消化でプラスミドpNG-701、pNG-702およびpNG-703を線状化した。ウイルスは、下記の方法にしたがって増幅・精製した。
消化DNAをフェノール/クロロホルム抽出により精製し、600μlの>95%分子生物学グレードのエタノールおよび15μlの3M酢酸ナトリウムで、-20℃にて16±2時間沈殿させた。13000rpm、5分間の遠心分離で、沈殿DNAをペレットにし、500μlの70%エタノールで2回洗浄した。この清浄なDNA沈殿を空気乾燥し、15μlのリポフェクタミン形質転換試薬を含む500μlのOptiMEMに再懸濁して、室温で30分間インキュベートした。次いで、70%細胞被覆率に増殖させた293細胞を含むT-25フラスコに、滴下によって形質転換混合物を添加した。細胞を形質転換混合物と共に、37℃、5%CO2でおおよそ2時間インキュベーションした後、4mlの細胞培地(グルタミンおよび2%FBSを含むDMEM高グルコース)を細胞に加えて、フラスコを37℃、5%CO2でインキュベートした。
形質転換した293細胞を24時間毎に観察し、必要に応じて、さらに培地を加えた。単層細胞における有意な細胞変性効果(CPE)を調べることにより、ウイルス産生をモニターした。過度のCPEが認められた時点で、3回の凍結/解凍サイクルを行うことにより、293細胞からウイルスを回収した。ウイルスストックを増幅するために、回収ウイルスを用いて293細胞を再感染させた。単層細胞における有意なCPEを調べることにより、増幅中の生ウイルス産生を確認した。CPEが認められた場合には、3回の凍結/解凍サイクルを行うことにより、293細胞からウイルスを回収した。このウイルス増幅ストックを用いてさらなる増幅を実施した。その後、精製ウイルスストックを作成するために、塩化セシウムによる2バンド形成により、ウイルスを精製した。
形質転換した293細胞を24時間毎に観察し、必要に応じて、さらに培地を加えた。単層細胞における有意な細胞変性効果(CPE)を調べることにより、ウイルス産生をモニターした。過度のCPEが認められた時点で、3回の凍結/解凍サイクルを行うことにより、293細胞からウイルスを回収した。ウイルスストックを増幅するために、回収ウイルスを用いて293細胞を再感染させた。単層細胞における有意なCPEを調べることにより、増幅中の生ウイルス産生を確認した。CPEが認められた場合には、3回の凍結/解凍サイクルを行うことにより、293細胞からウイルスを回収した。このウイルス増幅ストックを用いてさらなる増幅を実施した。その後、精製ウイルスストックを作成するために、塩化セシウムによる2バンド形成により、ウイルスを精製した。
ウイルス粒子の感染性およびIL-12 p70の定量
ヒト肺腺癌A549細胞を細胞密度7.5x105細胞/ウェルで12穴プレートに播種し、EnAd、NG-701、NG-702またはNG-703のいずれかを0.01粒子/細胞(ppc)で感染させた。プレートを37℃、5%CO2でインキュベートし、3日、4日または7日後に細胞および上清を回収した。300xg、5分間の遠心分離により、上清試料を澄明化した。各ウェルにRLT溶解緩衝液(Qiagen)+βメルカプトエタノール(Sigma)を加え最大の回収を得るためにピペッティングを行い、細胞画分を取得した。次いで、この細胞画分を上清澄明化で得た沈殿と共にプールし、各時点でqPCRによりウイルスゲノムを定量した。このデータは、試験したウイルスのそれぞれが同程度の量のウイルスゲノムを類似の速度論で産生することを実証した(図5B)。同一の実験の上清試料におけるIL-12 p70蛋白質をELISAで定量した。このELISAデータは、IL-12をコードする3種類のウイルス全てが、IL-12 p70蛋白質を産生し、NG-701およびNG-702はNG-703よりも多く産生することを示した(図5C)。異なるppcレベルを用いた同様な第2の試験においては、NG-701、NG-702およびNG-703による導入遺伝子mRNAの発現が同程度であることがRT-qPCR分析によって実証された(図5D)。
ヒト肺腺癌A549細胞を細胞密度7.5x105細胞/ウェルで12穴プレートに播種し、EnAd、NG-701、NG-702またはNG-703のいずれかを0.01粒子/細胞(ppc)で感染させた。プレートを37℃、5%CO2でインキュベートし、3日、4日または7日後に細胞および上清を回収した。300xg、5分間の遠心分離により、上清試料を澄明化した。各ウェルにRLT溶解緩衝液(Qiagen)+βメルカプトエタノール(Sigma)を加え最大の回収を得るためにピペッティングを行い、細胞画分を取得した。次いで、この細胞画分を上清澄明化で得た沈殿と共にプールし、各時点でqPCRによりウイルスゲノムを定量した。このデータは、試験したウイルスのそれぞれが同程度の量のウイルスゲノムを類似の速度論で産生することを実証した(図5B)。同一の実験の上清試料におけるIL-12 p70蛋白質をELISAで定量した。このELISAデータは、IL-12をコードする3種類のウイルス全てが、IL-12 p70蛋白質を産生し、NG-701およびNG-702はNG-703よりも多く産生することを示した(図5C)。異なるppcレベルを用いた同様な第2の試験においては、NG-701、NG-702およびNG-703による導入遺伝子mRNAの発現が同程度であることがRT-qPCR分析によって実証された(図5D)。
第3の実験では、T175フラスコにヒト肺腺癌A549細胞を播種し、細胞密度1.45x107細胞/フラスコで、10ppcのNG-701またはNG-702に感染させた。フラスコを37℃、5%CO2で72時間インキュベートしてから、細胞および上清を回収した。300xgの遠心分離により上記の方法で、細胞および上清を分離した。上清試料中のIL-12 p40およびIL-12 p70蛋白質をELISAで定量した。このデータにより、個別の蛋白質としてIL-12 p40およびIL-12 p35をコードするNG-701は、主にIL-12 p40蛋白質を産生しIL-12 p70はほとんど産生しない;他方、柔軟なリンカーで連結した2つのIL-12サブユニットをコードするNG-702は、主にIL-12 p70蛋白質を産生することが示された(図5E)。
別の実験では、T175フラスコにヒト肺腺癌A549細胞を播種し、細胞密度2.6x107細胞/フラスコで、10ppcのNG-702またはNG-703に感染させた。フラスコを37℃、5%CO2で72時間インキュベートしてから、細胞および上清を回収した。300xgの遠心分離により上記の方法で、細胞および上清を分離した。産生IL-12 p70蛋白質の機能的活性を、HEK-Blueレポーター細胞株を用いて評価した。HEK-Blue(登録商標)IL-12(InvivoGen)は、STAT4誘導可能な分泌アルカリホスファターゼ(SEAP)レポーター遺伝子と共に、ヒトIL-12受容体、IL-12シグナル伝達経路の遺伝子を安定発現する細胞である。HEK-Blue IL-12細胞を5x104細胞/ウェルで96穴プレートに播種した後、上清または100ng/mLの組み換えIL-12(InvivoGen)によって刺激を行い、37℃、5%CO2で18~24時間インキュベーションした。アッセイプレートを300xgで5分間遠心分離してから、澄明化上清を取り、20μLを別の96穴プレートに移して180μLのQuanti-Blue試薬を加えた。このプレートを37℃で1時間インキュベートしてから、SpectraMax i3xプレートリーダーでプレートの吸光度(620nm)を測定した。このデータから、NG-703感染細胞の上清と比較して、NG-702感染細胞の上清は、レポーター細胞からのSEAP分泌を促進することが明らかになった(図5F)。
さらなる試験においては、精製したヒトCD4+またはCD8+ T細胞を、抗CD3、抗CD28、または抗CD3と抗CD28の両方で活性化させた、あるいは非活性化状態のままにした;これらの細胞を、組み換えヒトIL-12(rhIL-12)またはNG-702に6日間感染させたA549細胞の上清(SN)の存在下で培養した。次いで、細胞を回収し、細胞傷害性T細胞エフェクター機能の活性化の尺度としてNG-107aの発現をフローサイトメトリーで分析した。NG-702上清は、rhIL-12を用いた場合と同程度にCD107aの発現を促進した(図5Gおよび5H)。
実施例6:他の導入遺伝子と共に一本鎖IL-12をコードするウイルスの作成
単一鎖IL-12導入遺伝子ならびに1種類以上のさらなる導入遺伝子を含む導入遺伝子カセットを有する一群のウイルスを設計、調製、および精製した。実施例5の方法にしたがって、ウイルスNG-704、NG-706、NG-707、NG-708およびNG-709を作成した。残りのウイルス(NG-720およびそれより大きい番号のウイルス)については、制限酵素AsiSIおよびSbfIを用いてプラスミドpColoAd2.4を消化し、増幅PCR産物の5′末端および3′末端に20bp配列が付加されるように各合成導入遺伝子カセットをPCRでプライマーを用いて増幅した。この付加配列はプラスミドpColoAd2.4の導入遺伝子カセット挿入部位を挟む配列に相補的であり、PCR増幅した導入遺伝子カセットを消化したプラスミドpColoAd2.4に対する直接的アセンブリを可能にした。以降の工程は実施例5に記載するものと同一であった。一本鎖IL-12と共に少なくとも1種類の他の導入遺伝子をコードするウイルスを表2に列挙し、図6に具体的に示す。一部のウイルス調製物については、塩化セシウムを用いる代わりに、Optiprep(イオジキサノール)の密度勾配を用いて、10℃で155,000gの遠心分離を1時間行い、より小規模に精製した。
単一鎖IL-12導入遺伝子ならびに1種類以上のさらなる導入遺伝子を含む導入遺伝子カセットを有する一群のウイルスを設計、調製、および精製した。実施例5の方法にしたがって、ウイルスNG-704、NG-706、NG-707、NG-708およびNG-709を作成した。残りのウイルス(NG-720およびそれより大きい番号のウイルス)については、制限酵素AsiSIおよびSbfIを用いてプラスミドpColoAd2.4を消化し、増幅PCR産物の5′末端および3′末端に20bp配列が付加されるように各合成導入遺伝子カセットをPCRでプライマーを用いて増幅した。この付加配列はプラスミドpColoAd2.4の導入遺伝子カセット挿入部位を挟む配列に相補的であり、PCR増幅した導入遺伝子カセットを消化したプラスミドpColoAd2.4に対する直接的アセンブリを可能にした。以降の工程は実施例5に記載するものと同一であった。一本鎖IL-12と共に少なくとも1種類の他の導入遺伝子をコードするウイルスを表2に列挙し、図6に具体的に示す。一部のウイルス調製物については、塩化セシウムを用いる代わりに、Optiprep(イオジキサノール)の密度勾配を用いて、10℃で155,000gの遠心分離を1時間行い、より小規模に精製した。
実施例7:ヒトIL-12およびその他の導入遺伝子をコードするウイルスの作成と活性
ウイルス粒子の感染性および導入遺伝子蛋白質産生の定量
実施例5に記載されるような方法で、EnAd、NG-702、NG-704またはNG-706のいずれかを100ppcでA549細胞に感染させた。24時間後または48時間後に、上清および細胞を回収し、上清を澄明化した。各時点で、qPCRによりウイルスゲノムを定量した。このデータは、試験したウイルスのそれぞれが同程度の量のウイルスゲノムを類似の速度論で産生することを実証した(図7A)。同一の実験の上清試料におけるIL-12 p70蛋白質をELISAで定量した。このELISAデータは、単一鎖IL-12をコードする3種類のウイルス全てが、IL-12 p70蛋白質を産生し、NG-706の場合に最大産生であり、またNG-704の場合には産生が最少であることを示した(図7B)。同一の上清におけるIFNαレベルのELISA定量は、NG-706感染腫瘍細胞におけるIFNα導入遺伝子蛋白質産生がNG-704感染細胞よりも少ないことを示した(図7C)。
ウイルス粒子の感染性および導入遺伝子蛋白質産生の定量
実施例5に記載されるような方法で、EnAd、NG-702、NG-704またはNG-706のいずれかを100ppcでA549細胞に感染させた。24時間後または48時間後に、上清および細胞を回収し、上清を澄明化した。各時点で、qPCRによりウイルスゲノムを定量した。このデータは、試験したウイルスのそれぞれが同程度の量のウイルスゲノムを類似の速度論で産生することを実証した(図7A)。同一の実験の上清試料におけるIL-12 p70蛋白質をELISAで定量した。このELISAデータは、単一鎖IL-12をコードする3種類のウイルス全てが、IL-12 p70蛋白質を産生し、NG-706の場合に最大産生であり、またNG-704の場合には産生が最少であることを示した(図7B)。同一の上清におけるIFNαレベルのELISA定量は、NG-706感染腫瘍細胞におけるIFNα導入遺伝子蛋白質産生がNG-704感染細胞よりも少ないことを示した(図7C)。
第2の実験では、ヒト肺腺癌A549細胞を96穴プレートに細胞密度5x104細胞/ウェルで播種して、EnAdまたはNG-707のいずれかを1ppcで感染させた。プレートを37℃、5%CO2で4日間インキュベートしてから、細胞および上清を回収した。細胞および上清の試料を、上記のような方法で澄明化し、また溶解も行った。コード導入遺伝子のそれぞれを標的とするプライマーを用いたRT-qPCRにより、細胞画分の分析を行った;そのデータは、NG-707がコードする5種類の遺伝子のそれぞれをコードするmRNAが同程度の量で産生されるが、EnAdではそのような産生は起こらないことを実証した(図7D)。同一の実験の上清試料を用い、IL-12 p70、Flt3リガンド(Flt3L)、MIP1α、IFNαおよびCXCL9の導入遺伝子蛋白質の産生をELISAで定量した。ELISAデータによって、NG-707がコードする5種類の蛋白質それぞれの産生が示された(図7E)。
第3の実験では、肺癌A549細胞を播種しNG-709に感染させて、上記のような方法で上清を回収した。IL-12 p70、IFNα、MIP1a、CCL19およびIL-18導入遺伝子蛋白質の産生をELISAによって定量した;これにより、NG-709がコードする4種類の蛋白質それぞれの産生が示された(図7F)。
第4の実験では、肺癌A549細胞を播種し、EnAd、NG-704、NG-706、NG-707およびNG-709を1ppcで72時間感染させた後、上記のような方法で上清を回収し澄明化した。HEK-Blue IL-12細胞を5x104細胞/ウェルで96穴プレートに播種した後、上清(それぞれ事前に10倍希釈した)、または100~1.6ng/mLの濃度範囲の組み換えIL-12(InvivoGen)で刺激した。アッセイプレートを37℃、5%CO2で20~24時間インキュベートした後、300xgの遠心分離を5分間行い、澄明化上清を取り、次いでその20μLを96穴プレートに移し、180μLのQuanti-Blue試薬を加えた。このアッセイプレートを37℃で1時間インキュベートしてから、SpectraMax i3xプレートリーダーでプレートの吸光度(620nm)を測定した。このデータから、NG-704は、IL-12をコードする他のウイルスよりも、機能的IL-12を産生する量が少ないことが明らかになった(図7G)。
第5の実験では、肺癌A549細胞を播種し、NG-708を1ppcで96時間感染させ、上記のような方法で上清を回収して澄明化した。IL-12 p70、CCL21およびFlt3L導入遺伝子蛋白質の産生をELISAによって定量した;これにより、NG-708がコードするこれら3種類の蛋白質それぞれの産生が明らかになった(図7H)。
第6の実験では、A549細胞播種し、NG-708またはNG-709を10ppcで72時間感染させ、上記のような方法で上清を回収して澄明化した。IL-12、Flt3L、CCL19、CCL21、CCL5、IFNaおよびIL-18導入遺伝子蛋白質の産生をELISAによって定量した;これにより、NG-709がコードする4種類の蛋白質それぞれが産生され、またNG-708ではIL-12、CCL21およびFlt3Lが産生されたが、CCL5についてはこの実験では検出されない(ND)ことが明らかになった(図7I)。
さらなる実験では、図6に示す他のウイルスを1ppcで用いてA549細胞に96時間感染させ、上記のような方法で上清を回収して澄明化して、導入遺伝子蛋白質の産生をELISAにより定量した。異なる導入遺伝子蛋白質のレベルは異なるウイルス間で異なっていたが、IL-15のレベルに関しては一貫して低いか、あるいは検出不能であった(図7J)。これらのウイルスの一部においては、導入遺伝子蛋白質レベルの測定を行わなかった(ND)ものもあり、あるいは測定したがアッセイの定量下限(LLOQ)を下回る場合もあった。
実施例8:ヒト腫瘍(初代細胞)試料におけるウイルスによるIL-12 p70産生
ヒト腫瘍初代細胞を用いて、ウイルスおよび導入遺伝子蛋白質の活性を評価する目的で、外科的に切除した腫瘍試料をAqix臓器輸送メディウム(アンフォテリシンB、ペニシリン、ストレプトマイシン、ゲンタマイシンおよびメトロニダゾールを含む)に入れ4℃で臨床現場から発送して、処理のために24時間以内に実験室がそれを受け取った。2回の別個の実験において、結腸直腸腫瘍(CRC、腫瘍68)および腎臓腫瘍(腫瘍70)の試料を、メスを用いて細切して小片化した後、Gentle MACS組織ホモジナイザー(Miltenyi Biotech)を用いて腫瘍解離混合液(Miltenyi Biotech)中で酵素的に解離させた。濾過によって単一細胞懸濁液を取得し、細胞収量に応じて、ウシ胎仔血清およびインスリン-トランスフェリンを添加したRPMI(Gibco)、または癌細胞株培地(Cancer Cell Line Medium)XF(PromoCell)のいずれかを含む96穴プレートまたは24穴プレートに播種した。培地処方には両方とも、さらにアンフォテリシンB、ペニシリンおよびストレプトマイシンを添加した。これらの懸濁液に含まれる細胞の種類については常にフローサイトメトリーによる分析を行い、腫瘍細胞および異なる免疫細胞サブセット(T細胞、B細胞およびNK細胞を含む)が含まれることを確認した。各腫瘍試料から取得した単一細胞懸濁液について、非感染状態を保持するか、あるいは1000ppcのEnAd、NG-702またはNG-704に感染させるか、のいずれかの処理を行った。さらに、組み換え蛋白質を(IL-12 p70を15ng/mLで、IL-15を50ng/mLで、IL-18を50ng/mLで)単独、または組み合わせて、あるいは(異なる組み合わせの種類を網羅するように)いずれかを除外して添加した。IL-12発現ウイルスを含むウェルには、組み換えIL-12 p70を添加しなかった。感染から48時間後(腫瘍68)または96時間後(腫瘍70)に、実施例7に記載する方法で、上清試料を回収して澄明化した。両方の実験の上清試料について、ELISAによるIL-12 p70蛋白質の定量を行った。ELISAデータは、IL-12をコードする両ウイルスが、腫瘍70においてIL-12 p70蛋白質を産生し、NG-702で産生が最大であり;一方、腫瘍68では、NG-702のみが定量可能レベルに産生することを示した(図8A)。腫瘍70の培養における上清試料についても、IFNγ蛋白質に関するELISA分析を実施した。IL-12とIL-15との組み合わせは、IFNγ産生を刺激した;両者とも組み換えIL-12を含んでおり、IL-12はNG-702またはNG-704に感染した培養物によって産生された。IL-12単独では、組み換え体であるか、NG-702またはNG-704にコードされるかにかかわらず、IFNγ産生を刺激することはなかった。一部の場合には、組み換えIL-18をこれらの培養物に添加することによってIFNγ産生がさらに増強されることもあった(図8B)。IL-15単独の対照については、この実験には含めていなかったが、概要を示した図1Aの試験では、IL-15単独で、IL-12単独の場合と類似のIFNγレベルを誘導することが実証されている;この試験では、IL-12による誘導は低いか、あるいは定量化不可能レベルであった。NG-704感染ウェルでIFNγがより低産生であることは、この実験におけるNG-702と比較して、IL-12産生がより低レベルであることに相関する(図8A)。
ヒト腫瘍初代細胞を用いて、ウイルスおよび導入遺伝子蛋白質の活性を評価する目的で、外科的に切除した腫瘍試料をAqix臓器輸送メディウム(アンフォテリシンB、ペニシリン、ストレプトマイシン、ゲンタマイシンおよびメトロニダゾールを含む)に入れ4℃で臨床現場から発送して、処理のために24時間以内に実験室がそれを受け取った。2回の別個の実験において、結腸直腸腫瘍(CRC、腫瘍68)および腎臓腫瘍(腫瘍70)の試料を、メスを用いて細切して小片化した後、Gentle MACS組織ホモジナイザー(Miltenyi Biotech)を用いて腫瘍解離混合液(Miltenyi Biotech)中で酵素的に解離させた。濾過によって単一細胞懸濁液を取得し、細胞収量に応じて、ウシ胎仔血清およびインスリン-トランスフェリンを添加したRPMI(Gibco)、または癌細胞株培地(Cancer Cell Line Medium)XF(PromoCell)のいずれかを含む96穴プレートまたは24穴プレートに播種した。培地処方には両方とも、さらにアンフォテリシンB、ペニシリンおよびストレプトマイシンを添加した。これらの懸濁液に含まれる細胞の種類については常にフローサイトメトリーによる分析を行い、腫瘍細胞および異なる免疫細胞サブセット(T細胞、B細胞およびNK細胞を含む)が含まれることを確認した。各腫瘍試料から取得した単一細胞懸濁液について、非感染状態を保持するか、あるいは1000ppcのEnAd、NG-702またはNG-704に感染させるか、のいずれかの処理を行った。さらに、組み換え蛋白質を(IL-12 p70を15ng/mLで、IL-15を50ng/mLで、IL-18を50ng/mLで)単独、または組み合わせて、あるいは(異なる組み合わせの種類を網羅するように)いずれかを除外して添加した。IL-12発現ウイルスを含むウェルには、組み換えIL-12 p70を添加しなかった。感染から48時間後(腫瘍68)または96時間後(腫瘍70)に、実施例7に記載する方法で、上清試料を回収して澄明化した。両方の実験の上清試料について、ELISAによるIL-12 p70蛋白質の定量を行った。ELISAデータは、IL-12をコードする両ウイルスが、腫瘍70においてIL-12 p70蛋白質を産生し、NG-702で産生が最大であり;一方、腫瘍68では、NG-702のみが定量可能レベルに産生することを示した(図8A)。腫瘍70の培養における上清試料についても、IFNγ蛋白質に関するELISA分析を実施した。IL-12とIL-15との組み合わせは、IFNγ産生を刺激した;両者とも組み換えIL-12を含んでおり、IL-12はNG-702またはNG-704に感染した培養物によって産生された。IL-12単独では、組み換え体であるか、NG-702またはNG-704にコードされるかにかかわらず、IFNγ産生を刺激することはなかった。一部の場合には、組み換えIL-18をこれらの培養物に添加することによってIFNγ産生がさらに増強されることもあった(図8B)。IL-15単独の対照については、この実験には含めていなかったが、概要を示した図1Aの試験では、IL-15単独で、IL-12単独の場合と類似のIFNγレベルを誘導することが実証されている;この試験では、IL-12による誘導は低いか、あるいは定量化不可能レベルであった。NG-704感染ウェルでIFNγがより低産生であることは、この実験におけるNG-702と比較して、IL-12産生がより低レベルであることに相関する(図8A)。
第2の実験では、腫瘍70細胞および解離させた別のCRC腫瘍(腫瘍71)の細胞の両者を培養して、1000ppcのNG-707に感染させた。感染から3日後、4日後、5日後、7日後および10日後に、上清および細胞の試料を回収した。細胞および上清の試料を澄明化して、上記のような方法で溶解を行った。上清試料をIL-12 p70蛋白質についてELISAで定量した。ELISAデータによって、両腫瘍試料においてNG-707が全ての測定時点でIL-12 p70蛋白質を産生することが明らかになった(図8C)。
第3の実験では、上記のような方法で、2種類の乳癌試料(腫瘍66および67)を解離させて、非感染(UIC)状態のまま培養するか、あるいは1000ppcのEnAd、NG-702、NG-704、NG-707またはNG-709に感染させるか、のいずれかを実施した。感染から4日後に、上清と細胞の試料を回収した。上記のような方法で、上清試料を澄明化した。上清試料をIL-12 p70蛋白質についてELISAで定量した。このELISAデータによって、両腫瘍試料においてNG-707およびNG-709はIL-12 p70蛋白質を検出可能に産生し、他方、腫瘍67では、NG-702のみが検出可能に蛋白質を産生し、NG-704ではいずれの腫瘍試料においても検出可能に蛋白質を産生することはないことが明らかになった(図8D)。
第4の実験では、結腸直腸腫瘍試料(腫瘍75)を上記のような方法で解離させて培養し、非感染(UIC)状態のままにするか、あるいは1ppcまたは100ppcのNG-707に感染させるか、のいずれかを実施した。接種から1日後、4日後、6日後、8日後、および11日後に、上清試料を回収し、上記のような方法で澄明化して、IL-12 p70蛋白質についてELISAで定量した。このELISAデータから、NG-707は、100ppcの場合に4日目から、および1ppcの場合には8日目から、検出可能にIL-12 p70蛋白質を産生することが明らかになった(図8E)。注記:非感染対照において4日目に検出したIL-12蛋白質は、腫瘍試料の不均一混合細胞中に存在する免疫細胞による低レベル産生に起因する可能性が高い。
第5の実験では、結腸直腸腫瘍試料(腫瘍76)を上記のような方法で解離させて培養し、非感染(UIC)状態のままにするか、あるいは1ppcまたは1000ppcのNG-707に感染させるか、のいずれかを実施した。接種から1日後、4日後、6日後、8日後、および11日後に、上清試料を回収し、上記のような方法で澄明化して、IL-12 p70蛋白質についてELISAで定量した。このELISAデータから、NG-707は、1000ppcの場合には1日目から、および1ppcの場合には4日目から、検出可能にIL-12 p70蛋白質を産生することが明らかになった(図8F)。
第6の実験では、結腸直腸腫瘍試料(腫瘍79)を上記のような方法で解離させて培養し、非感染(UIC)状態のままにするか、あるいは1ppcまたは1000ppcのNG-707に感染させるか、のいずれかを実施した。接種から1日後、4日後、6日後、8日後、および11日後に、上清試料を回収し、上記のような方法で澄明化して、IL-12 p70蛋白質についてELISAで定量した。このELISAデータから、NG-707は、1000ppcの場合には4日目から検出可能にIL-12 p70蛋白質を産生し、1ppcの場合には、いずれの時点でもIL-12の検出可能な産生は起こらないことが明らかになった(図8G)。
第7の実験では、初代腎細胞癌試料(腫瘍70)を上記のような方法で解離させて、非感染(UIC)状態のままにするか、あるいは100ppcまたは1000ppcのNG-707に感染させるか、のいずれかを実施した。接種から3日後、4日後、5日後、7日後、および10日後に、上清試料を回収し、上記のような方法で澄明化して、IL-12 p70蛋白質についてELISAで定量した。このデータから、NG-707は、100ppcの場合よりも1000ppcの場合に検出可能IL-12 p70蛋白質をより高いレベルで産生した(図8H)。
実施例9:導入遺伝子カセット中にヒトIL-15受容体アルファ(IL-15Ra)のIL-15結合領域と共にヒトIL-15をコードするウイルスの活性
IL-15による機能的シグナル伝達は、まずIL-15のIL-15Ra分子への結合を含み、次いで、それが、コモンガンマ鎖(gc)およびIL-2受容体ベータ(IL-2Rb)を含む受容体を有する細胞に結合する。IL-15結合ドメインをコードさせることによる、IL-15導入遺伝子の機能的活性への影響を調べる目的で、IL-15Raの主要なIL-15結合領域(「Sushi」ドメイン)の膜固定型を作成した;すなわち、その配列を、cMycペプチドまたはGly4Serリンカーのいずれかを介してPDGF受容体の膜貫通領域に連結することによって膜固定型を作成した。これらの導入遺伝子配列を用いて、ウイルスNG-744およびNG-746、ならびにIL-15をもコードするNG-740およびNG-742を作出した(表3、図9A)。
IL-15による機能的シグナル伝達は、まずIL-15のIL-15Ra分子への結合を含み、次いで、それが、コモンガンマ鎖(gc)およびIL-2受容体ベータ(IL-2Rb)を含む受容体を有する細胞に結合する。IL-15結合ドメインをコードさせることによる、IL-15導入遺伝子の機能的活性への影響を調べる目的で、IL-15Raの主要なIL-15結合領域(「Sushi」ドメイン)の膜固定型を作成した;すなわち、その配列を、cMycペプチドまたはGly4Serリンカーのいずれかを介してPDGF受容体の膜貫通領域に連結することによって膜固定型を作成した。これらの導入遺伝子配列を用いて、ウイルスNG-744およびNG-746、ならびにIL-15をもコードするNG-740およびNG-742を作出した(表3、図9A)。
ウイルスは、実施例6に記載されるプロトコルを用いて作成し精製した。
第1の実験において、ELISAによれば、NG-740をA549細胞に接種することによって、IL-15の産生が増加した(IL-15導入遺伝子をコードするがIL-15Raはコードしていない他のウイルス(NG-757、NG-758、NG-759)との比較)(図9B)。
膜貫通固定型または可溶性分泌型のIL-15Ra sushiドメインのいずれかを発現することによる、IL-15産生への影響を評価する目的で、まず、CMVプロモーターの制御下で遺伝子産物を発現するCMV pUCベクターを用いる形質転換アプローチを試みた。IL-15 pUCベクター単独で、またはIL-15Ra sushiドメインの可溶性分泌型または膜貫通固定型いずれかを発現する個別のベクターとの併用によって、HEK-293細胞を形質転換した場合には、ELISAによる測定(図9C)、または機能的レポーターアッセイを用いて測定(図9D)で、いずれかの型のIL-15Raの産生が増大した。このレポーターアッセイでは、HEK-BlueIL-2細胞(InVivogen)を用いたが、HEK293細胞は細胞表面に天然IL-15Raを構成的に発現するので、IL-15ならびにIL-2に応答して分泌型アルカリホスファターゼレポーター蛋白質を産生する;発色酵素アッセイを用いてレポーター蛋白質の測定を行う。
次に、さらなるウイルスとしてNG-748を構築し、(実施例6のような方法で)調製した;これは、IL-15と共に可溶性(分泌される)形態のIL-15Ra sushiドメインを産生するものであった(表3、図9A)。NG-740またはNG-748のいずれかをA549細胞(図9E)または結腸直腸腫瘍初代細胞試料(図9F)に接種することによって、ELISAによる測定では、いずれの場合にもIL-15産生が起こることが示され、分泌型可溶性IL-15Ra sushiドメインをコードするNG-748では産生レベルがより高かった。
別の試験では、添加した異なるレベルの組み換えIL-12またはIL-15の存在下で、腎臓腫瘍初代細胞(腫瘍101)を、それぞれNG-748またはNG-702で処理した。培養物中の初代TILによるIFNg産生を、培養上清のELISAによって測定した。このデータ(図9G)は、IL-15産生性NG-748ウイルスと添加したIL-12とによる強力な用量依存性のIFNg誘導相乗効果、ならびにIL-12産生性ウイルスNG-702と添加したIL-15とによる同様な用量依存性相乗効果を示した。
実施例10:IL-12およびIL-15の両方を分泌するように設計したIL-15Rsushiをコードするウイルス
IL-12およびIL-15の両導入遺伝子と共に異なる形態のIL-15Ra sushiドメインが組み込まれるようにさらなるウイルスを設計した。ウイルスNG-785、NG-785A、NG-786A、NG-787およびNG-787A(表4;図10A)を作成して、実施例6に記載されるような方法で精製した。
IL-12およびIL-15の両導入遺伝子と共に異なる形態のIL-15Ra sushiドメインが組み込まれるようにさらなるウイルスを設計した。ウイルスNG-785、NG-785A、NG-786A、NG-787およびNG-787A(表4;図10A)を作成して、実施例6に記載されるような方法で精製した。
これらのウイルスによる導入遺伝子蛋白質の産生を評価する目的で、A549細胞を1ppcのウイルスに感染させ、96時間後に上清を回収して、IL-12およびIL-15についてのELISAおよび機能的レポーターアッセイを行った。このELISAデータにより、5種類全てのウイルスで、IL-12およびIL-15は良好な発現レベルであることが示されたが、例外は、NG-785によって産生されるIL-12が非常に低レベルであったことである(図10B)。IL-12およびIL-15の機能レポーターアッセイにおいて、これら同一の上清を異なる希釈率で(実施例5および実施例9に記載されるような方法で)試験したところ、ELISAの結果と整合するデータが得られ、作成した導入遺伝子蛋白質の機能性が実証された(図10C)。
第2の試験では、A549細胞を未処置状態のままにするか、あるいは1ppcのEnAd、NG-740、NG-748または表4に列挙したウイルスを接種した。24時間後にPBMCを加えて、ウイルスによって産生されるサイトカインが免疫細胞反応を刺激する能力について評価した。次いで、72時間後に上清を回収して、IL-12およびIL-15の導入遺伝子蛋白質のレベルならびに添加した免疫細胞によって産生されるIFNgのレベルをELISAで評価した。このデータによって、IL-15Rsushiバリアントと共にIL-12およびIL-15の両方を発現する5種類のウイルスは、IL-15R sushiバリアントと共にIL-15のみを発現し、IL-12については発現しないNG-740およびNG-748よりも、IFNg産生をさらに強く誘導することが明らかになった(図10D)。
さらなる実験において、A549細胞に1ppcのNG-785A、NG-786AまたはNG-787Aあるいは対照を接種し24時間培養した後に、(PBMCから精製した)ヒトCD3+ T細胞を加えた。72時間後に、ウイルスによる導入遺伝子蛋白質産生の機能的評価として、培養上清のIFNgレベルをELISAで調べた。導入遺伝子を含む3種類のウイルス全てが、コードするIL-12およびIL-15蛋白質を産生し、それによって高レベルのIFNg産生が起こった。これは加えたT細胞の活性化を示唆している;他方、対照ウイルスEnAdでは上記のような産生は認められなかった(図10E)。
これらと同一の3種類のウイルスを用いたさらなる実験では、培養条件の比較を行った。このとき、トランスウェルプレートでの培養において、ウイルス接種A549腫瘍細胞が、添加した応答者T細胞に接触するようにした。ただし、このトランスウェルプレートでは、T細胞はウイルス接種腫瘍細胞から隔てられており、両者間の直接接触は回避した。これによって、IL-12およびIL-15導入遺伝子蛋白質と共にIL-15R sushi導入遺伝子蛋白質がトランスウェルのフィルターを越えることができる場合(NG-786A)に達成されるT細胞活性化の比較が可能となった;比較の対象は、IL-15RsushimycTMであり、IL-15RsushimycTMは接種した腫瘍細胞の細胞膜に留まるのでトランスウェルのフィルターを越えて移動することができないのである(NG-785A)。比較基準対照として、EnAdまたはEnAdを用い、かつ組み換えIL-12およびIL-15を添加した。ウイルスは1ppcで用い、24時間後に2種類の培養物にT細胞を加えた。T細胞培養上清中のIFNgをELISAで測定した結果から以下のことが明らかになった:導入遺伝子蛋白質産生腫瘍細胞からT細胞を分離した場合には、分泌型のIL-15Ra sushiドメインを用いる(NG-786A)ことにより、膜貫通型IL-15Ra sushiドメイン(NG-785A)と比較してより高い活性化レベルが得られ、それは、組み換えIL-12およびIL-15と共に、EnAd接種を用いた場合に示されるような、IL-15Ra導入遺伝子のない状況で達成される活性化よりも高いものであった(図10F)。
図10Dに示される試験に類似の試験では、PBMCまたは精製T細胞のいずれかを添加することによって、IL-12/IL-15媒介性免疫細胞活性化を評価した。このデータから再び、試験した5種類の導入遺伝子含有ウイルスの全てでIFNg産生の活性化が起こることが示された(図10G)。
実施例11:ヒト腫瘍初代細胞培養物におけるウイルスIL-12、IL-15およびIL-15Rsushiの活性評価
2名の結腸直腸癌患者に由来する原発ヒト腫瘍試料を、実施例1に記載するような方法で処理し培養した。同型培養物に1000ppcのEnAd、NG-785A、NG-786AまたはNG-787Aを接種した、あるいは培養物を未処置のままにした。72時間後(腫瘍98、図11A)または96時間後(腫瘍99、図11B)に、上清を取り、腫瘍試料における内因性の腫瘍浸潤リンパ球活性化の尺度として、IFNgのレベルをELISAで測定した。図11に示されるように、すべての導入遺伝子発現ウイルスが、腫瘍初代細胞によるIL-12およびIL-15の産生を引き起こし、かつIFNg産生刺激を惹起した。
2名の結腸直腸癌患者に由来する原発ヒト腫瘍試料を、実施例1に記載するような方法で処理し培養した。同型培養物に1000ppcのEnAd、NG-785A、NG-786AまたはNG-787Aを接種した、あるいは培養物を未処置のままにした。72時間後(腫瘍98、図11A)または96時間後(腫瘍99、図11B)に、上清を取り、腫瘍試料における内因性の腫瘍浸潤リンパ球活性化の尺度として、IFNgのレベルをELISAで測定した。図11に示されるように、すべての導入遺伝子発現ウイルスが、腫瘍初代細胞によるIL-12およびIL-15の産生を引き起こし、かつIFNg産生刺激を惹起した。
実施例12:さらに第4の導入遺伝子を発現するIL-15Rsushi、IL-12およびIL-15ウイルスの作成と特徴付け
さらなる一群のウイルスであって、IL-15Rsushi、IL-12およびIL-15と共に、導入遺伝子カセットにコードされるさらなる1種類または2種類の導入遺伝子として、IFNa、CXCL9またはCCL21を有するウイルスを設計し、実施例6に記載されるような方法で調製した(表5;図12A)。
さらなる一群のウイルスであって、IL-15Rsushi、IL-12およびIL-15と共に、導入遺伝子カセットにコードされるさらなる1種類または2種類の導入遺伝子として、IFNa、CXCL9またはCCL21を有するウイルスを設計し、実施例6に記載されるような方法で調製した(表5;図12A)。
ウイルスNG-788P、NG-794A、NG-795A、NG-796AおよびNG-799Aの特徴付けを、導入遺伝子蛋白質に関する特異的ELISAアッセイにより実施した;このアッセイでは、A549細胞に上記ウイルスを感染させ、また対照として非感染(UIC)A549細胞またはEnAd感染A549細胞を用いた。NG-799Aを例外として、全ウイルスで、コードする導入遺伝子蛋白質全てが検出可能レベルとなり、NG-794AおよびNG-796Aでは、IL-15レベルが顕著に高くなった(図12B)。NG-799Aでは、CCL21が検出レベルに達することなく、またIL-15も低かった。
類似の第2の試験では、表4、実施例10に列挙されているウイルスと共に、上記と同一の5種類のウイルスを試験して、IL-15Rsushiと共にIL-12およびIL-15を共発現するウイルスが産生するIL-15導入遺伝子蛋白質のレベルと比較した。A549細胞の培養上清におけるIL-15のELISAデータ(図12C)は、全ウイルスでIL-15が検出可能であることを示し、NG-794AおよびNG-796Aを用いた場合に最高レベルであった。
次に、NG-794AおよびNG-796Aの試験を行った;すなわち、1000ppcのウイルスを接種した結腸直腸腫瘍試料(腫瘍105)を用いて実施例1に記載されるような方法で確立したヒト腫瘍初代細胞培養物に対するNG-794AおよびNG-796Aの効果を調べた。48時間後に、上清を回収してELISAによるサイトカイン分析を行った。そのデータ(図12D)は、上記の導入遺伝子含有ウイルスの両方が、それぞれの導入遺伝子を産生しIFNg産生の活性化を惹起することを示している。
類似の試験では、異なる結腸直腸腫瘍試料(腫瘍107)をNG-786AまたはNG-796Aで処理し、EnAdまたは非処理と比較した。図12Eに示されるように、両方の導入遺伝子含有ウイルスが、それらの導入遺伝子蛋白質を産生し、この腫瘍初代細胞におけるIFNg産生の活性化を惹起した。
さらなる試験では、別の結腸直腸腫瘍試料(腫瘍112)をNG-786A、NG-791A、NG-794AまたはNG-796Aで処理し、EnAdまたは非処理と比較した。図12Fに示されるように、全ての導入遺伝子含有ウイルスが、それら導入遺伝子蛋白質を産生し、この腫瘍初代細胞におけるIFNg産生の活性化を惹起した。
PBMC由来T細胞または腫瘍初代細胞培養物によるIFNg産生を利用して、IL12およびIL-15/IL-15Rsushi導入遺伝子蛋白質の機能性を試験した。CCL21導入遺伝子産物の機能性を実証するために、(実施例3に記載されるような方法でGM-CSFおよびIL-4と共にそれらの細胞を培養することにより)PBMCから調製した単球由来樹状細胞をLPSで24時間刺激した後、トランスウェル遊走アッセイを行った。500mg/mLマトリゲルでコーティングした8mm細孔サイズのトランスウェルを用いて、実施例3に記載されるような方法により、遊走アッセイを実施した。非感染A549細胞、あるいはEnAdまたはNG-795Aで処理したA549細胞の培養上清を、(室温で1時間予備インキュベートした)CCL21に対するブロッキング抗体を含む、あるいは含まない下部のウェルに入れ、上部ウェルには樹状細胞を加えた。12時間培養した後、下部チャンバーに遊走した樹状細胞の数をフローサイトメトリーで計数した。図12Gのデータは、NG-795A由来のCCL21を含む上清によって、樹状細胞の遊走が選択的に増加したが、この増加は抗CCL21抗体によって阻害されたことを示している。このことは、CCL21導入遺伝子産物が樹状細胞に関するケモカインとして機能的であることを示している。反復実験でも類似のデータを得た;この場合には、LPS刺激後であって、遊走アッセイに用いる前に、樹状細胞を1mMのCell Tracer Violet(Invitrogen)で標識した;また、抗CCL21による遊走阻害の特異性を実証するため、非関連抗体対照としてアイソタイプ適合抗体も含めた(図12H)。
実施例13:インビボでのマウス試験におけるウイルスのIL-12 p70産生
ウイルスおよび導入遺伝子蛋白質産生および活性を全身性に評価する目的で、本発明者らは、A549細胞(50:50の比でマトリゲルと混合した2百万細胞)をSCIDマウスの片方の脇腹に皮下移植するインビボ試験を計画した。腫瘍が約200mm3の容積に達したところで、マウスを異なる群に無作為化し(7マウス/群)、0日目、2日目、および5日目のそれぞれの時点で、ウイルスEnAd、NG-786A、NG-791AまたはNG-796Aの5x109ウイルス粒子(または「ウイルス非存在」対照においてはPBS)を静脈内に投与した。7日目に、CXCL9およびCCL21のケモカイン勾配に応答性である標識細胞(Miltenyiの特異的キットを用いて、健常ドナーのPBMCから単離したエフェクターメモリーおよびナイーブT細胞)のカクテルを静注した。48時間後に、T細胞浸潤、導入遺伝子RNA発現およびケモカイン蛋白質発現に関して、腫瘍異種移植片をELISAにより分析し、血漿試料をIL-12導入遺伝子蛋白質産生についてELISAで分析した。
ウイルスおよび導入遺伝子蛋白質産生および活性を全身性に評価する目的で、本発明者らは、A549細胞(50:50の比でマトリゲルと混合した2百万細胞)をSCIDマウスの片方の脇腹に皮下移植するインビボ試験を計画した。腫瘍が約200mm3の容積に達したところで、マウスを異なる群に無作為化し(7マウス/群)、0日目、2日目、および5日目のそれぞれの時点で、ウイルスEnAd、NG-786A、NG-791AまたはNG-796Aの5x109ウイルス粒子(または「ウイルス非存在」対照においてはPBS)を静脈内に投与した。7日目に、CXCL9およびCCL21のケモカイン勾配に応答性である標識細胞(Miltenyiの特異的キットを用いて、健常ドナーのPBMCから単離したエフェクターメモリーおよびナイーブT細胞)のカクテルを静注した。48時間後に、T細胞浸潤、導入遺伝子RNA発現およびケモカイン蛋白質発現に関して、腫瘍異種移植片をELISAにより分析し、血漿試料をIL-12導入遺伝子蛋白質産生についてELISAで分析した。
図13に示すデータは、IL-12導入遺伝子をコードするウイルスで処置した全てのマウスの血液中にIL-12p70が検出されたことを示しており、このことは、ウイルスが腫瘍細胞に感染しコードする導入遺伝子の発現が起こったことを示唆している。
実施例14:CCL21に応答した樹状細胞のインビトロ遊走
NG-796Aにより産生される導入遺伝子CCL21の機能性を実証する目的で、(実施例3に記載されるような方法を用いて、GM-CSFおよびIL-4の存在下で培養することにより)PBMCから調製した単球由来樹状細胞をLPSで24時間刺激してから、NG-795Aについて実施例12に記載されるようなトランスウェル遊走アッセイに用いた。図15のデータは、非感染(UIC)またはEnAd感染細胞の上清と比較して、NG-796AのCCL21を含む上清では、樹状細胞の遊走が選択的に増加するが、抗CCL21ブロッキング抗体の存在下では、それが阻害される(そのアイソタイプ対照ではそのような阻害は起こらなかった)ことを示している。
NG-796Aにより産生される導入遺伝子CCL21の機能性を実証する目的で、(実施例3に記載されるような方法を用いて、GM-CSFおよびIL-4の存在下で培養することにより)PBMCから調製した単球由来樹状細胞をLPSで24時間刺激してから、NG-795Aについて実施例12に記載されるようなトランスウェル遊走アッセイに用いた。図15のデータは、非感染(UIC)またはEnAd感染細胞の上清と比較して、NG-796AのCCL21を含む上清では、樹状細胞の遊走が選択的に増加するが、抗CCL21ブロッキング抗体の存在下では、それが阻害される(そのアイソタイプ対照ではそのような阻害は起こらなかった)ことを示している。
実施例15:マウス腫瘍異種移植片インビボモデルにおけるCAR-T細胞とNG-704およびNG-796Aの相乗効果
ヒト腫瘍異種移植片システムにおけるウイルスおよび導入遺伝子の活性を評価する目的で、本発明者らは、NSGマウスの片方の脇腹に5x106細胞の数のA549細胞(HER-2陽性)を皮下移植するインビボ試験を計画した。腫瘍が約200mm3の容積に達したところで、マウスを異なる群に無作為化し(5マウス/群)、0日目、3日目のそれぞれの時点で、ウイルスEnAd、NG-704またはNG-796Aの5x109ウイルス粒子(または「CAR-Tのみ」の対照においてはPBS)を静脈内に投与した。6日目に、1x107のHER-2特異的CAR-T細胞(ProMab)を静注した。腫瘍を週当たり2回測定し、試験の終わりまで腫瘍増殖を追跡した(約90日間)。図16Aおよび16Bのデータは、CAR-T細胞がNG-704およびNG-796Aの両方と相乗効果を示し、それぞれ、腫瘍の長期クリアランスを引き起こすことを示している。CAR-T細胞単独と比較して、EnAd処置は、単に腫瘍増殖を遅延させるのみであった;このことは、NG-704およびNG-796Aによってコードされる導入遺伝子が、腫瘍抗原(HER-2)特異的CAR-T細胞の存在下での抗腫瘍活性に重要であることを示している。
ヒト腫瘍異種移植片システムにおけるウイルスおよび導入遺伝子の活性を評価する目的で、本発明者らは、NSGマウスの片方の脇腹に5x106細胞の数のA549細胞(HER-2陽性)を皮下移植するインビボ試験を計画した。腫瘍が約200mm3の容積に達したところで、マウスを異なる群に無作為化し(5マウス/群)、0日目、3日目のそれぞれの時点で、ウイルスEnAd、NG-704またはNG-796Aの5x109ウイルス粒子(または「CAR-Tのみ」の対照においてはPBS)を静脈内に投与した。6日目に、1x107のHER-2特異的CAR-T細胞(ProMab)を静注した。腫瘍を週当たり2回測定し、試験の終わりまで腫瘍増殖を追跡した(約90日間)。図16Aおよび16Bのデータは、CAR-T細胞がNG-704およびNG-796Aの両方と相乗効果を示し、それぞれ、腫瘍の長期クリアランスを引き起こすことを示している。CAR-T細胞単独と比較して、EnAd処置は、単に腫瘍増殖を遅延させるのみであった;このことは、NG-704およびNG-796Aによってコードされる導入遺伝子が、腫瘍抗原(HER-2)特異的CAR-T細胞の存在下での抗腫瘍活性に重要であることを示している。
実施例16:ヒト腫瘍異種移植片におけるNG-796A媒介性CCL21産生
A549細胞(50:50の比でマトリゲルと混合した2百万細胞)をSCIDマウスの片方の脇腹に皮下移植した。腫瘍が約200mm3の容積に達したところで、マウスを異なる2つの群に無作為化し(8マウス/群)、0日目、1日目、および3日目のそれぞれの時点で、ウイルスEnAdまたはNG-796Aを5x109ウイルス粒子量で静脈内に投与した。15日目に、血漿および腫瘍を採取して腫瘍を溶解し、試料をCCL21についてELISAで分析した。図16Cのデータは、NG-796Aで処置したマウスの腫瘍全てにおいてCCL21が検出されたことを示しており、これは、ウイルスが腫瘍細胞に感染してコードする導入遺伝子を発現したことを示唆している。血漿試料にはCCL21がまったく検出されなかったが、これはNG-796A処置マウスの腫瘍では、CCL21ケモカイン勾配が成立したことを示唆する。
A549細胞(50:50の比でマトリゲルと混合した2百万細胞)をSCIDマウスの片方の脇腹に皮下移植した。腫瘍が約200mm3の容積に達したところで、マウスを異なる2つの群に無作為化し(8マウス/群)、0日目、1日目、および3日目のそれぞれの時点で、ウイルスEnAdまたはNG-796Aを5x109ウイルス粒子量で静脈内に投与した。15日目に、血漿および腫瘍を採取して腫瘍を溶解し、試料をCCL21についてELISAで分析した。図16Cのデータは、NG-796Aで処置したマウスの腫瘍全てにおいてCCL21が検出されたことを示しており、これは、ウイルスが腫瘍細胞に感染してコードする導入遺伝子を発現したことを示唆している。血漿試料にはCCL21がまったく検出されなかったが、これはNG-796A処置マウスの腫瘍では、CCL21ケモカイン勾配が成立したことを示唆する。
実施例17:ウイルスNG-796Aに感染した腫瘍細胞培養物におけるIL15-Ra sushiドメインの産生
C末端P2Aペプチドおよび付加したN末端Hisタグ(配列番号:244)を含む組み換えIL-15Ra sushiドメイン蛋白質を、標準的な大腸菌蛋白質発現および精製技術(Native Antigen Company、Oxford、UK)により作成・精製した。この組み換え蛋白質を、形質転換およびウイルス感染実験において、IL-15Ra sushiドメイン産生を検出するELISAの標準として用いた。
ウイルスNG-796A(または対照としてのEnAd)に感染させたA549細胞の上清における、(他のコード導入遺伝子と共に)IL-15Ra sushiドメイン分泌について、(実施例12に記載されるような方法で)組み換えIL-15Ra sushiドメイン蛋白質の標準曲線を用いてELISAによる特徴付けを行った。図17に示される結果は、IL-15Ra sushiドメイン蛋白質がIL-15サイトカインと類似のレベルで産生分泌されることを示している。
C末端P2Aペプチドおよび付加したN末端Hisタグ(配列番号:244)を含む組み換えIL-15Ra sushiドメイン蛋白質を、標準的な大腸菌蛋白質発現および精製技術(Native Antigen Company、Oxford、UK)により作成・精製した。この組み換え蛋白質を、形質転換およびウイルス感染実験において、IL-15Ra sushiドメイン産生を検出するELISAの標準として用いた。
ウイルスNG-796A(または対照としてのEnAd)に感染させたA549細胞の上清における、(他のコード導入遺伝子と共に)IL-15Ra sushiドメイン分泌について、(実施例12に記載されるような方法で)組み換えIL-15Ra sushiドメイン蛋白質の標準曲線を用いてELISAによる特徴付けを行った。図17に示される結果は、IL-15Ra sushiドメイン蛋白質がIL-15サイトカインと類似のレベルで産生分泌されることを示している。
実施例18:IL15-Ra sushiドメインは、IL-15分泌を促進する
IL-15Ra sushiドメインの役割を評価し、またウイルス配列NG-796Aにおける役割を支持する目的で、本発明者らは、実施例9に記載されるアプローチに類似のアプローチにしたがい、CMVプロモーターの制御下で導入遺伝子カセットを含むpUCベクターを用いて形質転換実験を実施した。pUC-796A(NG-796Aの導入遺伝子カセット配列を有する;配列番号:245)またはpRES-128(IL-15Ra sushiドメイン配列を欠如するバージョン;配列番号:246)のいずれかでA549細胞を形質転換した(図18Bを参照のこと)。上清に分泌されたIL-15サイトカインをELISAで定量した。図18Aに示す結果においては、ウイルス感染細胞による産生を目的としてIL-15Ra sushiドメインをコードさせることにより、IL-15分泌に顕著な増強が見られた。組み換えIL-15Ra sushiドメインを培養物に添加することによって、細胞から放出されるIL-15に対して相互作用が可能となるが、このような添加により、検出可能なIL-15の量が僅かに増えた;このことは、細胞からのIL-15分泌の促進に加えて、IL-15の安定性を増加し得ることも示唆している。
IL-15Ra sushiドメインの役割を評価し、またウイルス配列NG-796Aにおける役割を支持する目的で、本発明者らは、実施例9に記載されるアプローチに類似のアプローチにしたがい、CMVプロモーターの制御下で導入遺伝子カセットを含むpUCベクターを用いて形質転換実験を実施した。pUC-796A(NG-796Aの導入遺伝子カセット配列を有する;配列番号:245)またはpRES-128(IL-15Ra sushiドメイン配列を欠如するバージョン;配列番号:246)のいずれかでA549細胞を形質転換した(図18Bを参照のこと)。上清に分泌されたIL-15サイトカインをELISAで定量した。図18Aに示す結果においては、ウイルス感染細胞による産生を目的としてIL-15Ra sushiドメインをコードさせることにより、IL-15分泌に顕著な増強が見られた。組み換えIL-15Ra sushiドメインを培養物に添加することによって、細胞から放出されるIL-15に対して相互作用が可能となるが、このような添加により、検出可能なIL-15の量が僅かに増えた;このことは、細胞からのIL-15分泌の促進に加えて、IL-15の安定性を増加し得ることも示唆している。
Claims (29)
- 式(I):
5’ITR-B1-BA-B2-BX-BB-BY-B3-3’ITR (I)
の配列を含むB群アデノウイルスであって;
ここで
B1が、結合であるか、
または
E1A、E1BまたはE1A-E1Bを含み;
BAが、-E2B-L1-L2-L3-E2A-L4を含み;
B2が、結合であるか、
またはE3を含み;
BXが、結合であるか、
または
制限酵素認識部位、1種類以上の導入遺伝子、またはその両方を含むDNA配列であり;
BBが、L5を含み;
BYが、配列-G1-G2n-G3m-G4p-G5qを含み;
ここで
G1が第1の導入遺伝子であり、G2が第2の導入遺伝子であり、G3が第3の導入遺伝子であり、G4が第4の導入遺伝子であり、G5が第5の導入遺伝子であり;
B3が、結合であるか、
または
E4を含み;
nが0または1であり;mが0または1であり;pが0または1であり;qが0または1であり;
B3が、結合であるか、
または
E4を含み;
ここで
導入遺伝子中においてG1、G2、G3、G4、G5、および同上のうちの2つまたは3つの組み合わせから選択される位置に、IL-15がコードされ;
ならびにBYが、IL-15Rアルファのsushiドメインを含むポリペプチドをもコードする(例えば、sushiドメインが配列番号:26に示される配列を有する)ことを特徴とする、
B群アデノウイルス。 - 請求項1に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該ポリペプチドが完全長IL-15Rアルファ細胞外ドメインを含む、B群アデノウイルス。
- 請求項1または2に記載のB群アデノウイルスであって、ここでIL-15Rアルファのsushiドメインをコードする該ポリペプチドが膜貫通ドメインまたはGPIアンカー、例えば、配列番号:28および238~242に示される膜貫通ドメインを含む、B群アデノウイルス。
- 請求項1~3のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該ポリペプチドが該IL-15に連結される、B群アデノウイルス。
- 請求項1~3のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該ポリペプチドが、該IL-15に対して異なる位置に存在する(すなわち、IL-15から隔てられている[非連結である])、B群アデノウイルス。
- 請求項1~5のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15がG5の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~6のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15がG4の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~7のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15がG3の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~8のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15がG2の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~9のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15がG1の位置にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~10のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG5にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~11のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG4にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~12のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG3にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~13のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG2にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~14のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該IL-15Rアルファsushiドメインを含む該ポリペプチドがG1にコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項1~15のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって;ここで該ウイルスがさらにIL-12を、例えば、特に、配列番号:115に示されるような融合蛋白質としてコードする、B群アデノウイルス。
- 請求項1~16のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで少なくとも1種類のさらなるサイトカインがBYにコードされ、例えば2種類または3種類のサイトカインがコードされる、B群アデノウイルス。
- 請求項17に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該単一のサイトカインまたは複数のサイトカインが:
TNFスーパーファミリー;TNF受容体スーパーファミリー(TNFRSF);TGF-ベータスーパーファミリー;コロニー刺激因子(CSF)ファミリー;IL-1ファミリー;サイトカイン受容体コモンγ鎖(γc)ファミリー;IL-10ファミリー;IL-12ファミリー;IL-17ファミリー;増殖因子ファミリー;およびインターフェロンファミリーから独立に選択される、
B群アデノウイルス。 - 請求項17または18に記載のB群アデノウイルスであって;
ここで該単一のサイトカインまたは複数のサイトカインが:
TNF-アルファ、TNF-C、OX40L、CD154、FasL、LIGHT、TL1A、CD70、Siva、CD153、4-1BBリガンド、TRAIL、RANKL、TWEAK、APRIL、BAFF、CAMLG、NGF、BDNF、NT-3、NT-4、GITRリガンド、EDA-A、EDA-A2、IFN-α、IFN-β、IFN-ε、IFN-γ、IFN-κ、およびIFN-ω、Flt3リガンド、GM-CSF、M-CSF、VEGF-C、IL-1、IL-2、IL-7、IL-10、IL-15、IL-17、IL-18、IL-19、IL-20、IL-21、IL-22、IL-23、IL-24、IL-26、IL-27、IL-28、およびIL-29から独立に選択される、
B群アデノウイルス。 - 請求項17~19のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該サイトカインがIL-18である、B群アデノウイルス。
- 請求項1~20のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここでBYが、インターフェロン-αなどのI型インターフェロンをコードする、B群アデノウイルス。
- 請求項1~21のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここでBYが、少なくとも1種類のケモカイン、例えば、1種類のケモカインをコードする、B群アデノウイルス。
- 請求項22に記載のB群アデノウイルスであって、
ここで該ケモカインが:
MIP-1アルファ、RANTES、IL-8、CCL17、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL12、およびCCL2(CXCL9、CCL19、またはCCL21など)から選択される、
B群アデノウイルス。 - 請求項1~23のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここでBYにおける該1種類以上の導入遺伝子(全導入遺伝子など)が、主要後期プロモーターの制御下にある、B群アデノウイルス。
- 請求項1のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスであって、ここで該ウイルスが配列番号:231である、B群アデノウイルス。
- 請求項1~25のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスおよび薬学的に許容可能な添加剤、希釈剤または担体を含む組成物。
- 治療、例えば、癌治療に用いる、請求項1~25のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスまたは請求項26に記載の組成物。
- 癌治療のための治療薬剤の製造における、請求項1~25のいずれか1項に記載のB群アデノウイルスまたは請求項26に記載の組成物の用途。
- 治療的有効量の請求項1~25のいずれか1項に記載のアデノウイルスまたは請求項26に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、癌の治療法。
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