JP2024509067A - 水稲の収量に関連するタンパク質及び生体材料、並びに両者の水稲の収量向上における使用 - Google Patents
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Abstract
水稲の収量に関連するタンパク質と生体材料及び両者の水稲の収量向上における使用である。前記水稲の収量に関連するタンパク質はOsDREB1Cであり、その配列は配列表中の配列1であり、そのコード遺伝子配列は配列表中の配列2でる。前記OsDREB1C及びその関連する生体材料は、植物の光合成効率を高めることができ、窒素吸収と輸送を促進し、植物及び穀粒中の窒素含有量を高めることができ、出穂の早まりを促進することができ、収量を高め、重要な生物学的意義及び産業的価値を有し、応用の見通しもよい。さらに、OsDREB1Cに基づくハプロタイプHap.3は、収量を高める優れた性状を有し、水稲遺伝育種学及び品種改良面で広い応用の見通しがある。
Description
本発明は、バイオ技術の分野に関し、水稲の収量に関連するタンパク質及び生体材料、並びに両者の水稲の収量向上における使用に関する。
将来、人口の増加と経済の発展に伴い、中国の穀物に対する需要はますます高まる傾向にある。耕地面積が継続的に低減し且つ穀物栽培面積の拡大可能性が限られている状況で、大面積において、作物の単位面積当たりの収量を継続的に向上させるのは、既に中国の穀物安全性を保障する唯一の選択肢となっている。したがって、穀物安全性に対する需要の圧力下で、高い収量は農業生産で追及し続ける目標である。20世紀50年代の中期から始まった「緑色革命」は、作物の品種の遺伝的改良及び栽培管理技術の向上により、作物収量の潜在力の大幅向上を実現した。しかし、近年、作物の単位面積当たりの収量は、停滞し、さらには低下する傾向があり、作物の単位面積当たりの収量を向上させるためには、新しい策略及びアプローチを必要とする。
出穂期は、作物の重要な農芸性状の1つであり、水稲の季節や地域適応性及び収量を決定する。適切な出穂期は、作物の安定的で高い収量を保障する。早熟で高収量の新しい品種を選択して育成するのは、常に作物遺伝育種学の主な研究方向の1つとなっている。「高収量・非早熟、早熟・非高収量」ということ、即ち「優秀であるが早熟ではない、早熟であるが優秀ではない」という現象は、作物品種栽培で直面する重大な難題である。
農業生産において、窒素肥料の大量使用は、農作物の高収量のための重要な施策の1つとしていた。窒素肥料の大量投入が続くと、栽培コストが高くなるばかりでなく、環境汚染の問題も深刻になっている。如何に農業生産における窒素肥料の投入を減らしながら、作物の収量を継続的に高めるかは、現在、中国の農業持続可能な発展において早急に解決すべき大きな課題となった。作物収量を大幅に増加し且つ資源を効率的に利用する調節と管理メカニズム及び技術的アプローチを探索するのは、中国の農業持続可能な発展の急務である。
現在、研究者らは、作物の育種、栽培・管理措置及び機能的遺伝子の開発の点から関連の探索及び研究を行い、ある程度重要な進展を遂げているが、上記の作物生産における高収量と資源高効率性、高収量と早熟の2つの難題に対する効果的な解決策は未だない。
農業生産において、農作物の成長期は作物の収量に対して決定的な役割を果たし、ここで、水稲出穂期は、水稲の収量及び品質を決定する最も重要な農芸性状の1つである。適切な出穂期は、水稲の品種の異なる生態地域及び異なる植栽季節への適応に重要な役割を果たしており、作物の安定的で高い収量を保障する。長い間、早熟で高収量の水稲の品種を選択して育成するのは、常に作物遺伝育種学の主な研究方向の1つとなっている。出穂期の主な影響要因には、品種の差、光周期、及び耕作方式等が含まれ、異なる水稲の品種の出穂期の差は、品種の栽培地域、季節適応性及び収量性状に直接影響する。したがって、異なる水稲の生殖質資源から出穂期及び収量に関連する候補遺伝子及び分子マーカーをマイニングして同定することは、水稲の品種の遺伝子改良に対して非常に必要である。水稲の出穂期及び収量は、いずれも典型的で複雑な数量性状であり、複数の遺伝子によって制御される。通常、1つの特定の候補遺伝子には複数のSNP部位が存在し、且つ、表現型性状は単一のSNPによるものではなく、複数のSNPの特定の組み合わせによるものであり、このタイプの統計的関連性を有するSNPsの特定の組み合わせはハプロタイプである。大量の水稲の生殖質資源材料におけるSNP情報に対してハプロタイプ分析を行うことで、水稲の出穂期及び収量の候補遺伝子の研究に、より豊かな情報を提供することができるとともに、自然選択及び人工的な栽培化過程における方向性選択のために、より信頼できる参照を提供できる。
本発明が解決しようとする技術的問題は、植物の収量をどのように高めるかということである。
本発明は、上記の技術的問題を解決するために、まず、タンパク質、又は前記タンパク質の活性若しくは含有量を調節と管理する物質の、下記のD1)~D13)のいずれかにおける使用を提供する。
D1)植物の収量を調節と管理する。
D2)植物の収量を調節と管理する製品を製造する。
D3)植物の光合成と収量を調節と管理する。
D4)植物の光合成と収量を調節と管理する製品を製造する。
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する。
D6)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D7)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する。
D8)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D9)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D10)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D11)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D12)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D13)植物を育種する。
前記タンパク質(その名称はOsDREB1Cである)は、
A1)アミノ酸配列が配列1であるタンパク質、
A2)配列表中の配列1に示されるアミノ酸配列が、1つ又は複数のアミノ酸残基の置換及び/又は欠失及び/又は添加を経り、且つ同じ機能を有するタンパク質、
A3)水稲、粟、トウモロコシ、ソルガム、エギロプス、小麦又はミナトカモジグサから由来し、配列1と64%以上の同一性を有し、A1)に記載のタンパク質と同じ機能を有するタンパク質、又は、
A4)A1)又はA2)又はA3)のN末端又は/及びC末端にタグを連結して得られる融合タンパク質である。
D1)植物の収量を調節と管理する。
D2)植物の収量を調節と管理する製品を製造する。
D3)植物の光合成と収量を調節と管理する。
D4)植物の光合成と収量を調節と管理する製品を製造する。
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する。
D6)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D7)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する。
D8)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D9)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D10)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D11)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D12)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D13)植物を育種する。
前記タンパク質(その名称はOsDREB1Cである)は、
A1)アミノ酸配列が配列1であるタンパク質、
A2)配列表中の配列1に示されるアミノ酸配列が、1つ又は複数のアミノ酸残基の置換及び/又は欠失及び/又は添加を経り、且つ同じ機能を有するタンパク質、
A3)水稲、粟、トウモロコシ、ソルガム、エギロプス、小麦又はミナトカモジグサから由来し、配列1と64%以上の同一性を有し、A1)に記載のタンパク質と同じ機能を有するタンパク質、又は、
A4)A1)又はA2)又はA3)のN末端又は/及びC末端にタグを連結して得られる融合タンパク質である。
上記のA2)におけるタンパク質は、配列1に示されるタンパク質のアミノ酸配列と64%または64%以上の同一性を有し、且つ同じ機能を有するタンパク質である。64%または64%以上の同一性を有するという前記ことは、64%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の同一性を有することである。
上記のA2)におけるタンパク質は、人工的に合成したものであってもよいし、先にそのコード遺伝子を合成してから、生物学的に発現させたものであってもよい。
上記のA2)におけるタンパク質のコード遺伝子は、配列2に示されるDNA配列から1つ又は複数のアミノ酸残基のコドンを欠失させること、及び/又は1つ又は複数の塩基対のミスセンス変異を行うこと、及び/又はその5′末端及び/又は3′末端に上記の表に示されるタグのコード配列を連結することにより得ることができる。ここで、配列2に示されるDNA分子は配列1に示されるタンパク質をコードする。
本発明は、OsDREB1Cに関連する生体材料の、D1)~D13)のいずれかにおける使用を提供する。
D1)植物の収量を調節と管理する。
D2)植物の収量を調節と管理する製品を製造する。
D3)植物の光合成と収量を調節と管理する。
D4)植物の光合成と収量を調節と管理する製品を製造する。
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する。
D6)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、お及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D7)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する。
D8)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D9)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D10)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D11)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D12)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D13)植物を育種する。
前記生体材料は、
B1)OsDREB1Cをコードする核酸分子と、
B2)B1)に記載の核酸分子を含有する発現カセットと、
B3)B1)に記載の核酸分子を含有する組換えベクター、又はB2)に記載の発現カセットを含有する組換えベクターと、
B4)B1)に記載の核酸分子を含有する組換え微生物、又はB2)に記載の発現カセットを含有する組換え微生物、又はB3)に記載の組換えベクターを含有する組換え微生物と、
B5)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物細胞株、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物細胞株と、
B6)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物組織、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物組織と、
B7)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物器官、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物器官と、
B8)OsDREB1C発現量を低下させるか又はOsDREB1Cのコード遺伝子がノックアウトされた核酸分子と、
B9)B8)に記載の核酸分子を含有する発現カセット、組換えベクター、組換え微生物、トランスジェニック植物細胞株、トランスジェニック植物組織又はトランスジェニック植物器官とのうちのいずれか1つである。
D1)植物の収量を調節と管理する。
D2)植物の収量を調節と管理する製品を製造する。
D3)植物の光合成と収量を調節と管理する。
D4)植物の光合成と収量を調節と管理する製品を製造する。
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する。
D6)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、お及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D7)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する。
D8)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D9)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D10)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D11)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D12)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造する。
D13)植物を育種する。
前記生体材料は、
B1)OsDREB1Cをコードする核酸分子と、
B2)B1)に記載の核酸分子を含有する発現カセットと、
B3)B1)に記載の核酸分子を含有する組換えベクター、又はB2)に記載の発現カセットを含有する組換えベクターと、
B4)B1)に記載の核酸分子を含有する組換え微生物、又はB2)に記載の発現カセットを含有する組換え微生物、又はB3)に記載の組換えベクターを含有する組換え微生物と、
B5)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物細胞株、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物細胞株と、
B6)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物組織、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物組織と、
B7)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物器官、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物器官と、
B8)OsDREB1C発現量を低下させるか又はOsDREB1Cのコード遺伝子がノックアウトされた核酸分子と、
B9)B8)に記載の核酸分子を含有する発現カセット、組換えベクター、組換え微生物、トランスジェニック植物細胞株、トランスジェニック植物組織又はトランスジェニック植物器官とのうちのいずれか1つである。
上記の使用において、B1)に記載の核酸分子は、
b11)コード配列が配列表中の配列2であるcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b12)配列表中の配列2に示されるcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b13)配列表中の配列3の第3001~4131位に示されるDNA分子、又は
b14)b11)又はb12)又はb13)に限定されるヌクレオチド配列と73%または73%以上の同一性を有し、OsDREB1CをコードするcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b15)厳しい条件で、b11)又はb12)又はb13)又はb14)に限定されるヌクレオチド配列とハイブリダイズし、OsDREB1CをコードするcDNA分子又はDNA分子である。
B2)に記載の発現カセットは、
b21)配列表中の配列3に示されるDNA分子、又は、
b22)b21)に限定されるヌクレオチド配列と73%または73%以上の同一性を有し、且つ同じ機能を有するDNA分子、又は、
b23)厳しい条件で、b21)又はb22)に限定されるヌクレオチド配列とハイブリダイズし、且つ同じ機能を有するDNA分子である。
b11)コード配列が配列表中の配列2であるcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b12)配列表中の配列2に示されるcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b13)配列表中の配列3の第3001~4131位に示されるDNA分子、又は
b14)b11)又はb12)又はb13)に限定されるヌクレオチド配列と73%または73%以上の同一性を有し、OsDREB1CをコードするcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b15)厳しい条件で、b11)又はb12)又はb13)又はb14)に限定されるヌクレオチド配列とハイブリダイズし、OsDREB1CをコードするcDNA分子又はDNA分子である。
B2)に記載の発現カセットは、
b21)配列表中の配列3に示されるDNA分子、又は、
b22)b21)に限定されるヌクレオチド配列と73%または73%以上の同一性を有し、且つ同じ機能を有するDNA分子、又は、
b23)厳しい条件で、b21)又はb22)に限定されるヌクレオチド配列とハイブリダイズし、且つ同じ機能を有するDNA分子である。
ここで、前記核酸分子はcDNA、ゲノムDNA又は組換えDNAのよなDNAであってもよく、前記核酸分子は、mRNA又はhnRNA等のようなRNAであってもよい。
当業者は、例えば、定向進化及び点突然変異の方法等の既知の方法を用いて、本発明のOsDREB1Cタンパク質をコードするヌクレオチド配列の突然変異を容易に行うことができる。人工修飾を経た、本発明において分離して得られたOsDREB1Cタンパク質のヌクレオチド配列と73%以上の同一性を有するヌクレオチドは、OsDREB1Cタンパク質をコードし且つOsDREB1Cタンパク質機能を有する限り、いずれも本発明のヌクレオチド配列から由来したものであり、本発明の配列と同等である。
本明細書に使用される「同一性」という用語は、天然の核酸配列との配列類似性を指す。「同一性」には、本発明のコード配列1に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質のヌクレオチド配列と73%以上、又は85%以上、又は90%以上、又は95%以上の同一性を有するヌクレオチド配列が含まれる。肉眼又はコンピュータソフトウェアで同一性の評価を行うことができる。コンピュータソフトウェアを使用し、2つ又は複数の配列間の同一性をパーセンテージ(%)で表すことができ、それは、関連配列間の同一性の評価に使用できる。
上記の使用において、前記厳しい条件は、50℃で、7%のドデシル硫酸ナトリウム(SDS)、0.5MのNaPO4及び1mMのEDTAの混合溶液中でハイブリダイズし、50℃で、2×SSCで、0.1%のSDS中で洗うことであってもよいし、50℃で、7%のSDS、0.5MのNaPO4及び1mMのEDTAの混合溶液中でハイブリダイズし、50℃で、1×SSCで、0.1%のSDS中で洗うことであってもよいし、50℃で、7%のSDS、0.5MのNaPO4及び1mMのEDTAの混合溶液中でハイブリダイズし、50℃で、0.5×SSCで、0.1%のSDS中で洗うことであってもよいし、50℃で、7%のSDS、0.5MのNaPO4及び1mMのEDTAの混合溶液中でハイブリダイズし、50℃で、0.1×SSCで、0.1%のSDS中で洗うことであってもよいし、50℃で、7%のSDS、0.5MのNaPO4及び1mMのEDTAの混合溶液中でハイブリダイズし、65℃で、0.1×SSCで、0.1%のSDS中で洗うことであってもよいし、6×SSCで、0.5%のSDSの溶液中で、65℃でハイブリダイズし、その後2×SSC、0.1%のSDS及び1×SSC、0.1%のSDSのそれぞれを用いて膜を1回洗うことであってもよいし、2×SSCで、0.1%のSDSの溶液中で、68℃でハイブリダイズし、膜を2回、毎回5分間洗ってから、0.5×SSCで、0.1%のSDSの溶液中で、68℃でハイブリダイズし、膜を2回、毎回15分間洗うことであってもよいし、0.1×SSPE(又は0.1×SSC)で、0.1%のSDSの溶液中で、65℃の条件でハイブリダイズして、膜を洗うことであってもよい。
上記の73%または73%以上の同一性は、80%、85%、90%又は95%以上の同一性であり得る。
上記の使用において、B2)に記載のOsDREB1Cタンパク質をコードする核酸分子を含有する発現カセット(OsDREB1C遺伝子発現カセット)とは、OsDREB1Cタンパク質を宿主細胞内で発現できるDNAを指し、当該DNAは、OsDREB1C遺伝子の転写を開始するプロモーターを含むだけでなく、OsDREB1C遺伝子の転写を終了するためのターミネータも含み得る。さらに、前記発現カセットは、エンハンサー配列をさらに含み得る。本発明に使用できるプロモーターは、構成的プロモーター、組織、器官及び発育特異的プロモーター、並びに誘導型プロモーターを含むが、これらに限定されない。プロモーターの例として、カリフラワーモザイクウイルスの構成的プロモーター35S、トマト由来の外傷誘導型プロモーター、ロイシンアミノペプチダーゼ(「LAP」、Chaoら(1999)Plant Physiol 120:979-992)、タバコ由来の化学誘導型プロモーター、病因関連1(PR1)(サリチル酸及びBTH(ベンゾチアジアゾール-7-カルボチオ酸S-メチルエステル)によって誘導される)、トマトプロテアーゼ阻害剤IIプロモーター(PIN2)若しくはLAPプロモーター(いずれもジャスモン酸メチルによって誘導され得る)、熱ショックプロモーター(米国特許第5,187,267)、テトラサイクリン誘導型プロモーター(米国特許第5,057,422)、粟種子特異的プロモーターpF128(CN101063139B(中国特許200710099169.7))のような種子特異的プロモーター、種子貯蔵タンパク質特異的プロモーター(例えば、ファセオリン、ナピン、オレオシン及び大豆ベータコングリシンのプロモーター(Beachyら(1985)EMBO J.4:3047-3053))を含むが、これらに限定されない。それらは、単独で使用することも、他の植物プロモーターと組み合わせて使用することもできる。本明細書に引用される全ての参照文献は、いずれもその全文が引用される。適切な転写ターミネータは、アグロバクテリウムノパリンシンターゼターミネータ(NOSターミネータ)、カリフラワーモザイクウイルスCaMV 35Sターミネータ、tmlターミネータ、エンドウrbcS E9ターミネータ、ノパリン及びオクトピンシンターゼターミネータを含むが、これらに限定されない(例えば、Odellら(I985),Nature 313:810;Rosenbergら(1987),Gene,56:125;Guerineauら(1991),Mol.Gen.Genet,262:141;Proudfoot(1991),Cell,64:671;Sanfacon,Genes Dev.,5:141;Mogenら(1990),Plant Cell,2:1261;Munroeら(1990),Gene,91:151;Balladら(1989),Nucleic Acids Res.17:7891;Joshiら(1987),Nucleic Acid Res 15:9627を参照)。
既存の発現ベクターを用いて前記OsDREB1C遺伝子発現カセットを含有する組換えベクターを構築することができる。前記植物発現ベクターは、バイナリーベクターアグロバクテリウムベクター及び植物マイクロプロジェクタイル衝突に使用できるベクター等を含む。例えば、pAHC25、pBin438、pCAMBIA1302、pCAMBIA2301、pCAMBIA1301、pCAMBIA1300、pBI121、pCAMBIA1391-Xa、PSN1301又はpCAMBIA1391-Xb(CAMBIA社)等がある。前記植物発現ベクターは、外来遺伝子の3′末端の非翻訳領域を、即ちポリアデニル酸信号及びmRNA加工又は遺伝子発現に関与する任意の他のDNA断片をさらに含んでもよい。前記ポリアデニル酸信号は、ポリアデニル酸を誘導してmRNA前駆体の3′末端に追加することができ、例えばアグロバクテリウムによるクラウンゴール腫瘍を誘導する(Ti)プラスミド遺伝子(例えばノパリンシンターゼ遺伝子Nos)、植物遺伝子(例えば大豆貯蔵タンパク質遺伝子)の3′末端に転写された非翻訳領域はいずれも類似の機能を有する。本発明の遺伝子を使用して植物発現ベクターを構築する際に、さらに、翻訳エンハンサー又は転写エンハンサーを含むエンハンサーを使用することができ、これらのエンハンサー領域は、ATG開始コドン又は隣接領域の開始コドンであってもよいが、配列全体の正確な翻訳を保証するために、コード配列のリーディングフレームと同じでなければならない。前記翻訳制御信号及び開始コドンの供給源は広い範囲内のものであり、天然的なものであってもよいし、合成されたものであってもよい。翻訳開始領域は、転写開始領域又は構造遺伝子に由来してもよい。トランスジェニック植物細胞又は植物に対する同定及びスクリーニングを容易にするために、使用される植物発現ベクターを加工することができ、例えば、植物内で発現できる、色変化を起こし得る酵素又は発光化合物をコードする遺伝子(GUS遺伝子、ルシフェラーゼ酵素遺伝子等)、抗生物質のマーカー遺伝子(例えばカナマイシン及び関連抗生物質に対する耐性を付与するnptII遺伝子、除草剤ホスフィノトリシンに対する耐性を付与するbar遺伝子、抗生物質ハイグロマイシンに対する耐性を付与するhph遺伝子、及びメトトレキサートに対する耐性を付与するdhfr遺伝子、グリホサートに対する耐性を付与するEPSPS遺伝子)、又は、化学試薬耐性マーカー遺伝子等(例えば除草剤耐性遺伝子)、マンノース代謝能を提供するマンノース-6-リン酸イソメラーゼ酵素遺伝子を追加する。トランスジェニック植物の安全性から考慮すると、いずれの選択性のマーカー遺伝子を追加せずに、形質転換植物をストレス状態で直接スクリーニングすることができる。
上記の使用において、前記ベクターは、プラスミド、コスミド、バクテリオファージ又はウイルスベクターであり得る。前記プラスミドは、具体的には、pBWA(V)HSベクター又はpsgR-Cas9-Os含有プラスミドであり得る。
B3)に記載の組換えベクターは、具体的には、pBWA(V)HS-OsDREB1Cであり得る。前記pBWA(V)HS-OsDREB1Cは、pBWA(V)HSベクターのBsaI(Eco31I)酵素消化部位に配列表中の配列2に示されるOsDREB1Cのコード遺伝子を挿入して得られる組換えベクターである。前記pBWA(V)HS-OsDREB1Cは、CaMV 35Sプロモーターの駆動下で、OsDREB1C遺伝子によってコードされるタンパク質(即ち、配列1に示されるOsDREB1Cタンパク質)を過剰発現することができる。
B8)に記載の組換えベクターは、crisper/cas9システムを利用して製造された、OsDREB1C含有量を低減できる組換えベクターであり得る。前記組換えベクターは、B1)に記載の核酸分子を標的とするsgRNAを発現することができる。前記sgRNAの標的配列は、配列表中の配列2の第356~374位であり得る。
上記の使用において、前記微生物は、酵母、細菌、藻類、又は真菌であってもよい。ここで、細菌は、毛根アグロバクテリウムEHA105のようなアグロバクテリウムであってもよい。
上記の使用において、前記トランスジェニック植物細胞株、トランスジェニック植物組織及びトランスジェニック植物器官は、いずれも繁殖材料を含んでも、繁殖材料を含まなくてもよい。
本発明は、さらに、
X1)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、収量が増加した目的植物を得ることを含む収量増加植物の栽培方法、
X2)受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を低減するか、又は受容体植物中のOsDREB1Cのコード遺伝子の発現を抑制して、前記受容体植物に比較して収量が低減した植物を得ることを含む収量低減植物の栽培方法、
X3)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X4)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X5)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素含有量が増加し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素含有量が増加し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X6)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し、開花時間が早まり且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し、開花時間が早まり且つ収量が増加した植物の栽培方法、及び
X7)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素含有量が増加し、開花時間が早まり且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素含有量が増加し、開花時間が早まり且つ収量が増加した植物の栽培方法のうちのいずれか1つを提供する。
X1)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、収量が増加した目的植物を得ることを含む収量増加植物の栽培方法、
X2)受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を低減するか、又は受容体植物中のOsDREB1Cのコード遺伝子の発現を抑制して、前記受容体植物に比較して収量が低減した植物を得ることを含む収量低減植物の栽培方法、
X3)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X4)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X5)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素含有量が増加し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素含有量が増加し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X6)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し、開花時間が早まり且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し、開花時間が早まり且つ収量が増加した植物の栽培方法、及び
X7)受容体植物内でOsDREB1Cを発現させるか、又は受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素含有量が増加し、開花時間が早まり且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素含有量が増加し、開花時間が早まり且つ収量が増加した植物の栽培方法のうちのいずれか1つを提供する。
上記の方法において、X1)~X7)に記載の方法は、前記受容体植物にOsDREB1Cのコード遺伝子を導入して、前記コード遺伝子を発現させることにより実現される。
上記の方法において、前記コード遺伝子は、B1)に記載の核酸分子であってもよい。
上記の方法において、より良い発現効果を達成するために、先に前記OsDREB1Cのコード遺伝子に対して次のような修飾を行ってから、受容体植物に導入することができる。
1)実際の必要に応じて、修飾と最適化を行って、遺伝子を効率的に発現させ、例えば、受容体植物の嗜好性に合うコドンに応じて、本発明に記載のOsDREB1Cのコード遺伝子のアミノ酸配列を維持しながら、植物の嗜好性に適合するようにそのコドンを変化させ、最適化中に、植物に導入された遺伝子の高いレベル発現を好ましく実現するために、最適化後のコード配列に一定のGC含有量を維持させることができることが好ましく、ここでGC含有量は35%であっても、45%より多くても、50%より多くても、約60%より多くてもよい。
2)翻訳を効果的に開始させるように、開始メチオニンに隣接する遺伝子配列を修飾し、例えば、植物中の既知の効果的な配列で修飾を行う。
3)各植物が発現するプロモーターに連結して、植物におけるその発現を促進し、前記プロモーターは、構成的、誘導型、タイミング調節、発育調節、化学的調節、組織優先的及び組織特異的プロモーターを含み得、プロモーターの選択は、発現の時間及び空間的要件に応じて変化し、そして標的種にも依存し、例えば、組織又は器官の特異的発現プロモーターは、受容体は発育のどの段階にある必要があるかに応じて決定され、双子葉植物に由来するプロモーターの多くは、単子葉植物において機能し得、逆も同様であることが証明されるが、双子葉植物のプロモーターを選択して双子葉植物における発現に使用し、単子葉植物のプロモーターを選択して単子葉植物における発現に使用することが理想的である。
4)適切な転写ターミネータに連結することによりも、本発明の遺伝子の発現効率を高めることができ、例えばCaMVに由来するtml、rbcSに由来するE9等、植物で機能していることが知られている任意の得られるターミネータは、いずれも本発明の遺伝子に連結されることができる。
5)例えばイントロン配列(例えばAdhl及びbronzelに由来する)及びウイルスリーダー配列(例えばTMV、MCMV及びAMVに由来する)等のエンハンサー配列を導入する。
1)実際の必要に応じて、修飾と最適化を行って、遺伝子を効率的に発現させ、例えば、受容体植物の嗜好性に合うコドンに応じて、本発明に記載のOsDREB1Cのコード遺伝子のアミノ酸配列を維持しながら、植物の嗜好性に適合するようにそのコドンを変化させ、最適化中に、植物に導入された遺伝子の高いレベル発現を好ましく実現するために、最適化後のコード配列に一定のGC含有量を維持させることができることが好ましく、ここでGC含有量は35%であっても、45%より多くても、50%より多くても、約60%より多くてもよい。
2)翻訳を効果的に開始させるように、開始メチオニンに隣接する遺伝子配列を修飾し、例えば、植物中の既知の効果的な配列で修飾を行う。
3)各植物が発現するプロモーターに連結して、植物におけるその発現を促進し、前記プロモーターは、構成的、誘導型、タイミング調節、発育調節、化学的調節、組織優先的及び組織特異的プロモーターを含み得、プロモーターの選択は、発現の時間及び空間的要件に応じて変化し、そして標的種にも依存し、例えば、組織又は器官の特異的発現プロモーターは、受容体は発育のどの段階にある必要があるかに応じて決定され、双子葉植物に由来するプロモーターの多くは、単子葉植物において機能し得、逆も同様であることが証明されるが、双子葉植物のプロモーターを選択して双子葉植物における発現に使用し、単子葉植物のプロモーターを選択して単子葉植物における発現に使用することが理想的である。
4)適切な転写ターミネータに連結することによりも、本発明の遺伝子の発現効率を高めることができ、例えばCaMVに由来するtml、rbcSに由来するE9等、植物で機能していることが知られている任意の得られるターミネータは、いずれも本発明の遺伝子に連結されることができる。
5)例えばイントロン配列(例えばAdhl及びbronzelに由来する)及びウイルスリーダー配列(例えばTMV、MCMV及びAMVに由来する)等のエンハンサー配列を導入する。
前記OsDREB1Cのコード遺伝子を含有する組換え発現ベクターを利用して前記OsDREB1Cのコード遺伝子を受容体植物に導入することができる。前記組換え発現ベクターは、具体的には、前記pBWA(V)HS-OsDREB1Cであってもよい。
Tiプラスミド、植物ウイルスベクター、直接DNA形質転換、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション等の通常のバイオ技術方法を使用して、前記組換え発現ベクターを植物細胞に導入することができる(Weissbach,1998,Method for Plant Molecular Biology VIII,Academy Press,New York,pp.411-463;Geiserson and Corey,1998,Plant Molecular Biology(2nd Edition).)。
前記目的植物は、OsDREB1Cタンパク質又はそのコード遺伝子が変更された第1世代植物を含むだけでなく、その子孫世代も含むと理解される。前記目的植物について、当該種において当該遺伝子を繁殖してもよいし、通常の育種技術を用いて当該遺伝子を、特に商業品種を含む同じ種の他の品種に移入することができる。前記目的植物は、種子、カルス、植物全体及び細胞を含む。
本発明は、さらに、OsDREB1C又は前記生体材料を含有するD1)~D6)のいずれか1つの機能を有する製品を提供する。
D1)植物の収量を調節と管理する。
D2)植物の光合成と収量を調節と管理する。
D3)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する。
D4)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する。
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D6)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D1)植物の収量を調節と管理する。
D2)植物の光合成と収量を調節と管理する。
D3)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する。
D4)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する。
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する。
D6)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する。
上記において、前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は、
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は、
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆であり得る。
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は、
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は、
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆であり得る。
上記において、前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化できる。
前記輸送は、根部から地面部分への輸送又は穀粒への輸送で具現化できる。
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり得る。
前記開花時間は、出穂期で具現化できる。
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化できる。
前記輸送は、根部から地面部分への輸送又は穀粒への輸送で具現化できる。
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり得る。
前記開花時間は、出穂期で具現化できる。
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化できる。
前記器官は、前記植物の根、茎、葉及び/又は穀粒であり得る。
前記収穫指数とは、植物収穫時の経済的収量(穀粒、果実等)と生物学的収量との比をいう。
前記調節と管理は、強化又は抑制であっても、促進又は抑制であっても、向上又は低減であってもよい。
本発明が解決しようとする別の技術的問題は、水稲の収量性状をどのように検査するかということである。
上記の技術的問題を解決するために、本発明は、まず、水稲の収量性状を検査する方法を提供し、前記方法は、被検水稲ハプロタイプを検査することを含み、前記水稲ハプロタイプは、Hap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、
ハプロタイプがHap.2であるホモ接合被検水稲の収量は低く、ハプロタイプがHap.3であるホモ接合被検水稲の収量は高く、ハプロタイプがHap.1であるホモ接合被検水稲の収量はハプロタイプがHap.2であるホモ接合被検水稲及びハプロタイプがHap.3であるホモ接合被検水稲のいずれとも差がないステップに従って、被検水稲の収量性状を判断する。
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、
ハプロタイプがHap.2であるホモ接合被検水稲の収量は低く、ハプロタイプがHap.3であるホモ接合被検水稲の収量は高く、ハプロタイプがHap.1であるホモ接合被検水稲の収量はハプロタイプがHap.2であるホモ接合被検水稲及びハプロタイプがHap.3であるホモ接合被検水稲のいずれとも差がないステップに従って、被検水稲の収量性状を判断する。
本発明は、さらに、水稲の収量性状を検査する別の方法を提供し、前記方法は、被検水稲ハプロタイプを検査することを含み、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、
Hap.2ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量はHap.3ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量よりも低く、Hap.1ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量はHap.2ハプロタイプホモ接合被検水稲、Hap.3ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量と差がないステップに従って、被検水稲の収量性状を判断する。
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、
Hap.2ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量はHap.3ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量よりも低く、Hap.1ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量はHap.2ハプロタイプホモ接合被検水稲、Hap.3ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量と差がないステップに従って、被検水稲の収量性状を判断する。
本発明は、さらに、水稲育種方法を提供し、前記方法は、水稲ゲノムDNAのうち水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドを検査して、1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806のヌクレオチドが順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T、G又はG、G、A、G、T、A、A、T、G、Tである水稲を親として育種することを含む。
本発明は、さらに、水稲の収量性状の検査における水稲ハプロタイプを検査する物質の使用を提供し、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTである。
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTである。
本発明は、さらに、水稲の収量性状の検査製品の製造における水稲ハプロタイプを検査する物質の使用を提供し、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL: https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTである。
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL: https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日2013年2月6日、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTである。
本発明では、前記水稲ハプロタイプを検査する物質を用いて水稲の収量性状の検査を行うことができる。前記水稲ハプロタイプを検査する物質は、前記Hap.1、前記Hap.2及び前記Hap.3を検査できるプライマー及び/又はプローブであってもよく、また、シークエンシング(第一世代のシークエンシング又はハイスループットシークエンシング)に必要なキット及び/又は機器であってもよい。
以下、具体的な実施形態を参照して、本発明についてさらに詳細に説明し、与えられた実施例は、本発明を説明するものにすぎず、本発明の範囲を限定するものではない。以下に提供される実施例は、当業者がさらなる改良を行うための指針となることができ、いかなる方法で本発明を限定するものではない。
下記の実施例における実験方法は、特に断らない限り、いずれも常法であり、当分野の文献に記載された技術や条件に従って、又は製品の説明書に従って行われる。下記の実施例に使用される材料、試薬、機器等は、特に断らない限り、いずれも商業的に入手可能なものである。以下の実施例における定量試験は、いずれも実験を3回繰り返し、結果を平均化すると設定した。下記の実施例において、特に断らない限り、配列表中の各ヌクレオチド配列の最初の位置はいずれも該当するDNA/RNAの5′末端ヌクレオチドであり、最後の位置はいずれも該当するDNA/RNAの3′末端のヌクレオチドである。
下記の実施例におけるpBWA(V)HSベクター(Zhao et al.,DEP1 is involved in regulating the carbon-nitrogen metabolic balance to affect grain yield and quality in rice(Oriza sativa L.),PLOS ONE,March 11,2019,https://doi.org/10.1371/journal.pone.0213504)であって、公衆は、出願人から当該生体材料を得ることができ、当該生体材料は、本発明の関連実験を繰り返すためにしか使用されず、他の用途として使用してはいけないものである。
下記の実施例におけるpsgR-Cas9-Os含有プラスミド(胡雪嬌、楊佳、程燦、周継華、牛付安、王新其、張美良、曹黎明、儲黄偉,CRISPR/Cas9システムを用いた水稲SD1遺伝子の方向性編集,中国水稲科学,2018,32(3):219-225;Mao Y,Zhang H,Xu N,Zhang B,Gou F,Zhu J K,Application of the CRISPR-Cas system for efficient genome engineering in plants,Mol Plant,2013,6(6):2008-2011.)であって、公衆は、出願人から当該生体材料を得ることができ、本発明の関連実験を繰り返すためにしか使用されず、他の用途として使用してはいけないものである。
実施例1において、OsDREB1Cは、水稲の光合成効率を高め、窒素吸収を促進し、早め出穂を促進し、収量を向上させる作用を有する。
本実施例は、水稲の光合成効率を高め、窒素吸収を促進し、早め出穂を促進し、収量を向上させる機能を有する日本晴の水稲由来のタンパク質を提供し、当該タンパク質の名称はOsDREB1Cであり、その配列は配列表中の配列1であり、日本晴において、OsDREB1Cのコード遺伝子配列は配列2であり、ゲノム配列は配列3の第3001~4131位である。配列3において、第1~3000位は日本晴ゲノムDNA中のOsDREB1C遺伝子のプロモーターである。
本実施例は、水稲の光合成効率を高め、窒素吸収を促進し、早め出穂を促進し、収量を向上させる機能を有する日本晴の水稲由来のタンパク質を提供し、当該タンパク質の名称はOsDREB1Cであり、その配列は配列表中の配列1であり、日本晴において、OsDREB1Cのコード遺伝子配列は配列2であり、ゲノム配列は配列3の第3001~4131位である。配列3において、第1~3000位は日本晴ゲノムDNA中のOsDREB1C遺伝子のプロモーターである。
水稲OsDREB1Cを他の植物中のホモログタンパク質の配列と比較して、それと粟、トウモロコシ、ソルガム、エギロプス、小麦、ミナトカモジグサとの同一性は、それぞれ73.52%、64.06%、66.52%、66.05%、66.05%、65.88%であることが分かった(図1)。
1、組換えベクターの構築
過剰発現ベクターの構築:PCRにより水稲日本晴cDNAを増幅してOsDREB1C遺伝子の全長CDSを含有するPCR産物を得、得られたPCR産物に対してBsaI(Eco31I)で単一酵素消化を行い、得られた酵素消化産物を、pBWA(V)HSベクターをBsaI(Eco31I)で単一酵素消化して得られたベクター骨格と連結し、得られた配列が正確な組換えベクターをpBWA(V)HS-OsDREB1Cと記する。pBWA(V)HS-OsDREB1Cは、pBWA(V)HSベクターのBsaI(Eco31I)酵素消化部位に配列表中の配列2に示されるOsDREB1Cのコード遺伝子を挿入して得られる組換えベクターであり、pBWA(V)HS-OsDREB1Cは、CaMV 35Sプロモーターの駆動下でOsDREB1C遺伝子によってコードされるタンパク質(即ち配列1によって示されるOsDREB1Cタンパク質)を発現することができる。
過剰発現ベクターの構築:PCRにより水稲日本晴cDNAを増幅してOsDREB1C遺伝子の全長CDSを含有するPCR産物を得、得られたPCR産物に対してBsaI(Eco31I)で単一酵素消化を行い、得られた酵素消化産物を、pBWA(V)HSベクターをBsaI(Eco31I)で単一酵素消化して得られたベクター骨格と連結し、得られた配列が正確な組換えベクターをpBWA(V)HS-OsDREB1Cと記する。pBWA(V)HS-OsDREB1Cは、pBWA(V)HSベクターのBsaI(Eco31I)酵素消化部位に配列表中の配列2に示されるOsDREB1Cのコード遺伝子を挿入して得られる組換えベクターであり、pBWA(V)HS-OsDREB1Cは、CaMV 35Sプロモーターの駆動下でOsDREB1C遺伝子によってコードされるタンパク質(即ち配列1によって示されるOsDREB1Cタンパク質)を発現することができる。
使用されるプライマー配列は、
OsDREB1C-F:5′-CAGTGGTCTCACAACATGGAGTACTACGAGCAGGAGGAGT-3′(配列表中の配列4)、及び
OsDREB1C-R:5′-CAGTGGTCTCATACATCAGTAGCTCCAGAGTGTGACGTCG-3′(配列表中の配列5)である。
OsDREB1C-F:5′-CAGTGGTCTCACAACATGGAGTACTACGAGCAGGAGGAGT-3′(配列表中の配列4)、及び
OsDREB1C-R:5′-CAGTGGTCTCATACATCAGTAGCTCCAGAGTGTGACGTCG-3′(配列表中の配列5)である。
遺伝子がノックアウトされたベクターの構築:オンライン設計サイト(http://skl.scau.edu.cn/)によりsgRNA及びプライマーを設計し、標的点の配列が5′-AGTCATGCCCGCACGACGC-3′(配列2の第356~374位)であることを決定した。OsDREB1C-sgRNA-F及びOsDREB1C-sgRNA-Rをアニールし、得られた産物をBsaIで酵素消化し、得られた酵素消化産物を、psgR-Cas9-Os含有プラスミドをBsaI酵素消化して得られたベクター骨格に連結し、得られた配列が正確な組換えベクターはOsDREB1C遺伝子がノックアウトされたベクターであり、OsU3-sgRNA-OsUBI-Cas9-OsDREB1Cと記し、当該組換えベクターにおいて、OsU3プロモーターがsgRNAを駆動し、OsUBIプロモーターがCas9を駆動する。
ここで、使用されるプライマー配列は、
OsDREB1C-sgRNA-F:5′-TGTGTGGCGTCGTGCGGGCATGACT-3′(配列表中の配列6)、及び
OsDREB1C-sgRNA-R:5′-AAACAGTCATGCCCGCACGACGCCA-3′(配列表中の配列7)である。
OsDREB1C-sgRNA-F:5′-TGTGTGGCGTCGTGCGGGCATGACT-3′(配列表中の配列6)、及び
OsDREB1C-sgRNA-R:5′-AAACAGTCATGCCCGCACGACGCCA-3′(配列表中の配列7)である。
2、トランスジェニック植物の構築
水稲粳米品種の日本晴の成熟種子を消毒した後に誘導して胚発生カルスを得、ステップ1で得られたpBWA(V)HS-OsDREB1C及びOsU3-sgRNA-OsUBI-Cas9-OsDREB1CをアグロバクテリウムEHA105に導入した後、アグロバクテリウム媒介の水稲遺伝子形質転換方法を利用してカルスに対して浸潤・共培養を行い、耐性スクリーニングでトランスジェニック植物を得、スクリーニングされた、pBWA(V)HS-OsDREB1Cから得られたトランスジェニック水稲はOsDREB1Cトランスジェニック水稲であり、OsU3-sgRNA-OsUBI-Cas9-OsDREB1Cから得られたトランスジェニック水稲はOsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲材料であった。
水稲粳米品種の日本晴の成熟種子を消毒した後に誘導して胚発生カルスを得、ステップ1で得られたpBWA(V)HS-OsDREB1C及びOsU3-sgRNA-OsUBI-Cas9-OsDREB1CをアグロバクテリウムEHA105に導入した後、アグロバクテリウム媒介の水稲遺伝子形質転換方法を利用してカルスに対して浸潤・共培養を行い、耐性スクリーニングでトランスジェニック植物を得、スクリーニングされた、pBWA(V)HS-OsDREB1Cから得られたトランスジェニック水稲はOsDREB1Cトランスジェニック水稲であり、OsU3-sgRNA-OsUBI-Cas9-OsDREB1Cから得られたトランスジェニック水稲はOsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲材料であった。
水稲粳米品種の日本晴(WT)を対照として、qRT-PCR方法を用いて、OsDREB1Cトランスジェニック水稲及びOsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲中のOsDREB1C遺伝子のRNAレベルでの相対的な発現量を検査し、使用されるプライマーは、5′-CATGATGATGCAGTACCAGGA-3′(配列表中の配列8)5′-GATCATCAGTAGCTCCAGAGTG-3′(配列表中の配列9)であり、参照遺伝子は水稲Ubiqutinであり、参照遺伝子プライマーは、5′-AAGAAGCTGAAGCATCCAGC-3′(配列表中の配列10)、5′-CCAGGACAAGATGATCTGCC-3′(配列表中の配列11)であった。
その結果は、OsDREB1Cトランスジェニック水稲の3つの植物(OE1、OE2及びOE5)中のOsDREB1C遺伝子の相対的な発現量は、いずれも野生型(WT)より有意に高く、この3つの植物はいずれもOsDREB1C過剰発現水稲材料(図2のA)であることを示した。OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲材料の3つの植物(KO1、KO2及びKO3)中のOsDREB1C遺伝子配列に、塩基欠失又は挿入があることにより、フレームシフト突然変異が発生し、それによりOsDREB1Cタンパク質の正常な機能を失った(図2のB)。
標的点配列及びその上流及び下流を増幅できるプライマー対を利用してOsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲材料の3つの植物(KO1、KO2及びKO3)に対してPCR増幅を行って、シークエンシングし、その結果、この3つの植物の標的点配列の変化状況は図2のBに示されるとおりであり、KO1及びKO2にはいずれも1つのヌクレオチドの欠失が発生し、KO3に1つのヌクレオチドの挿入が発生し、3つの植物のターゲット遺伝子のいずれにもフレームシフト突然変異が発生したことを示した。
3、OsDREB1C遺伝子組み換え水稲の光合成効率の向上
田畑成長水稲の光合成指標を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
田畑成長水稲の光合成指標を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
出穂期にある被検水稲の止葉について、LICOR-6400XT携帯型光合成計(LI-COR、米国)を用いて、植物の光合成能力を反映する光合成の日変化、光応答曲線及びCO2応答曲線をそれぞれ測定した。雲のない晴れの日を選択して、光合成の日変化の測定を行い、8:00から16:00まで、2~4時間おきに1回測定した。ここで、LI-COR 6400XT携帯型光合成計を用いて光合成速度を測定し、FluorPen FP100(PSI、チェコ共和国)を用いてNPQ(非光化学的消光)を測定し、NPQ先葉を測定するには、暗順応を15~20分間行う必要がある。光応答曲線の測定において、CO2濃度を400μmol mol-1とし、光強度(PPFD)を0~2000μmol m-2s-1とする。CO2応答曲線の測定において、PPFDを1200μmol m-2s-1とし、CO2濃度は400から50μmol mol-1に低下し、その後、400から1200μmol mol-1まで再上昇した。光応答曲線及びCO2応答曲線の両方に対してFarquhar-von Caemmerer-Berry(FvCB)モデルを用いてフィッティングを行い、CO2応答曲線により計算して、最大カルボキシル化効率(Vcmax)及び最大電子伝達速度(Jmax)を得た。
結果から分かるように、OsDREB1C過剰発現水稲の光合成効率(つまり光合成効率)は、日中では、いずれも野生型より有意に高く、光強度が最高の正午にその差が最大になって、有意なレベルに達し、野生型に比べ29.5~43.3%も高くなることができ、また、過剰な吸収光エネルギーを消費するための熱散逸NPQは、野生型より有意に低く(図3のA及びB、表1及び表2)、差はいずれも有意なレベルに達し、これは、より多くの光エネルギーが光合成に参加ことを説明した。さらに、光応答曲線及びCO2応答曲線の結果から分かるように、光強度が200μmol m-2s-1より低い場合、OsDREB1C過剰発現水稲の純光合成速度と野生型水稲の純光合成速度との間に大きな差がなく、高光強度下で差が次第に大きくなり、2000μmol m-2s-1光強度下で、OsDREB1C過剰発現水稲の光合成速度が野生型に比較して18.4~27.6%向上し(図3のC、表3)、差は有意なレベルに達した。CO2応答曲線の測定結果は、光応答曲線に類似し、CO2濃度が400μmol mol-1よりも大きい場合、OsDREB1C過剰発現水稲の光合成速度が野生型に隠して有意に向上し(図3のD、表4)、さらに計算して得た最大カルボキシル化効率(Vcmax)及び最大電子伝達速度(Jmax)は両方とも野生型よりも有意に高かった(図3のEとF、表5)。OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲の光合成作用に関するパラメータは、いずれも野生型よりも低いか、それに近かった。以上の結果のまとめから分かるように、水稲中でOsDREB1C過剰発現遺伝子は、光エネルギー利用効率及びCO2同化能力を同時に有意に向上させることができる。
4、OsDREB1C遺伝子組み換え水稲の窒素利用効率の向上
水稲の窒素利用効率を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
水稲の窒素利用効率を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
温室で、栄養液の水栽培で3週間成長させた被検水稲苗を、事前に窒素を含まない((NH4)2SO4及びKNO3のない)木村B栄養液(Kimura B solution)に入れて窒素飢餓処理を3日間行った。窒素飢餓処理の後、苗の根部を0.1mMのCaSO4溶液(溶媒は脱イオン水である)に完全に浸けて1分間浸漬した後、残りの水分を吸い尽くし、根部を0.5mMのK15NO3含有の栄養液に入れて培養した。3時間後、苗の根部を再び0.1mMのCaSO4溶液に浸けて1分間浸漬した後、残りの水分を吸い尽くし、地面部分及び根部をそれぞれ回収した後、70℃で、一定の重量になるまで3日間乾燥させ、サンプルの乾燥重量を記録した。サンプルを研磨、粉砕した後、IsoPrime100安定同位体比質量分析計(Elementar、ドイツ)を用いて地面部分及び根における15N含有量をそれぞれ測定し、窒素吸収効率及び窒素輸送効率を計算した。窒素吸収効率=(地面部分の15N含有量+根中の15N含有量)/根の乾燥重量/3であり、窒素輸送効率=地面部分の15N含有量/根中の15N含有量である。
北京の田畑で成長した成熟被検水稲植物を別にとって、単株葉、わら及び穀粒をそれぞれ収穫し、105℃で30分間水抜きし、70℃で3日間乾燥させた。サンプルを研磨、粉砕した後、IsoPrime100安定同位体比質量分析計(Elementar、ドイツ)を用いて、窒素含有量をそれぞれ測定し、異なる部位の窒素の割当比を計算した。
使用される栄養液は、下記のとおりである。
栄養液は、木村B栄養液(0.5mMの(NH4)2SO4、1mMのKNO3、0.54mMのMgSO4・7H2O、0.3mMのCaCl2、0.18mMのKH2PO4、0.09mMのK2SO4、16μMのNa2SiO3・9H2O、9.14μMのMnCl2・4H2O、46.2μMのNa2MoO4・2H2O、0.76μMのZnSO4・7H2O、0.32μMのCuSO4・5H2O、40μMのFe(II)-EDTA、pH=5.8)である。
栄養液は、木村B栄養液(0.5mMの(NH4)2SO4、1mMのKNO3、0.54mMのMgSO4・7H2O、0.3mMのCaCl2、0.18mMのKH2PO4、0.09mMのK2SO4、16μMのNa2SiO3・9H2O、9.14μMのMnCl2・4H2O、46.2μMのNa2MoO4・2H2O、0.76μMのZnSO4・7H2O、0.32μMのCuSO4・5H2O、40μMのFe(II)-EDTA、pH=5.8)である。
0.5mMのK15NO3含有の栄養液は、0.5MのK15NO3母液を1000倍希釈して窒素を含有しない木村栄養液(0.54mMのMgSO4・7H2O、0.3mMのCaCl2、0.18mMのKH2PO4、0.09mMのK2SO4、16μMのNa2SiO3・9H2O、9.14μMのMnCl2・4H2O、46.2μMのNa2MoO4・2H2O、0.76μMのZnSO4・7H2O、0.32μMのCuSO4・5H2O、40μMのFe(II)-EDTA、pH=5.8)に追加したものである。
結果から分かるように、15Nを3時間処理した後、OsDREB1C過剰発現水稲の地面部分及び根部中の15Nの含有量は、野生型より有意に高く(図4のAとB、表6)、その理由は、主に、野生型に比べ、その根部の窒素吸収効率(図4のC、表6)及び窒素の根部から地面部分への輸送効率(図4のD、表6)が両方とも有意に高まったが、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲と野生型との差は明らかではなく、野生型に比べて15Nの吸収効率が低下した以外、残りの指標はいずれも野生型に近いからである。田畑で成長した水稲植物の組織別の窒素割当をより一層分析した結果から分かるように、OsDREB1C過剰発現水稲全体の窒素含有量は、野生型に比べ、全体的に向上し(図4のE、表7)、ここで、50.3~66.4%の窒素は穀粒に割り当てられ、野生型の41.1%及びOsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲の26~38.6%よりも遥かに高かった(図4のF、表7)。また、それに対応して、葉及びわらに割り当てられた窒素は減少し、それぞれ21.1~29.7%及び12.5~19.9%であったが、野生型中の比例はそれぞれ42.66%及び16.28%であり、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲中では、43.2~49.3%及び18.2~24.7%であった(図4のF)。以上の結果のまとめて分かるように、水稲中でOsDREB1C遺伝子の過剰発現は、植物の窒素に対する吸収及び輸送効率を有意に向上させ、より多くの窒素を穀粒に割り当てることができる。
5、OsDREB1C遺伝子組み換え水稲の出穂期が早まる
水稲の出穂期を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
水稲の出穂期を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
北京の田畑で植栽する条件で、各被検水稲の出穂期をそれぞれ統計する。統計方法は次のとおりである。
各種類の被検水稲をそれぞれ3つのセルに繰り返して植栽し、ランダムに排列し、セル内の50%の植物の穂が止葉の葉鞘から1/2露出した時を出穂と記し、出穂期は、播種から出穂するまでの日数である。
各種類の被検水稲をそれぞれ3つのセルに繰り返して植栽し、ランダムに排列し、セル内の50%の植物の穂が止葉の葉鞘から1/2露出した時を出穂と記し、出穂期は、播種から出穂するまでの日数である。
結果から分かるように(表8)、OsDREB1C過剰発現水稲の出穂期は、野生型に比べ、大幅に早まり、2018年には13~17日早まり、2019年には17~19日早まったが、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲の出穂期は、野生型に比べ、それぞれ6~8日及び3~5日遅れ、水稲登熟成熟期も、対応して早まるか、又は遅れる。これは、OsDREB1C及びそのコード遺伝子は水稲の出穂期を調節と管理することができることを説明した。
6、トランスジェニック水稲の田畑での収量、品質及び収穫指数が大幅に向上する
水稲の地面部分の乾燥重量及び穀粒の収量を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
水稲の地面部分の乾燥重量及び穀粒の収量を検査し、被検水稲は、野生型日本晴水稲(WT)、OsDREB1C過剰発現水稲(OE1/OE2/OE5)、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲(KO1/KO2/KO3)である。
北京及び海南の両地で田畑実験を行い、各種類の被検水稲をそれぞれ3つのセルに繰り返して植栽し、ランダムに排列し、水稲の穀粒が成熟した後、単株の穀粒の収量、セルの穀粒の収量、及び地面部分のわらの乾燥重量を測定し、収穫指数を計算し、収穫指数は水稲単株の穀粒の収量と地面部分の生物量(地面部分のわらの乾燥重量と単株の穀粒の収量との和)との比である。
地面部分のわらの乾燥重量の測定方法は、次のようである。水稲が成熟した後、単株のわらから穀粒を除去した後、ナイロンネット袋に入れて、80℃で一定の重量になるまで乾燥し、サンプルの重量を量った。各水稲材料の20~30個の単株を取って、統計分析に繰り返して使用した。
穀粒の収量の測定方法は、次のようである。水稲の単株から脱穀された稲穂から空穀粒を除去した後、穀粒の重量を量ると、単株の穀粒の収量であり、各水稲材料の20~30個の単株を取って、統計分析に繰り返して使用した。セルの収量を統計するとき、辺り行を除き、中間の30株の水稲を取って穀粒の重量を測定して1つのセルの収量とし、3つのセルを、統計分析に繰り返して使用した。
米の品質の測定方法は、次のようである。2019年に北京の田畑実験で収穫した水稲穀粒を3カ月間自然貯蔵した後、米の品質分析に使用し、測定方法は、農業部の産業基準NY/T83-2017米質測定方法を参照した。結果から分かるように、野生型に比べ、OsDREB1C過剰発現水稲の穀粒の収量は大幅に向上し、差は有意なレベルに達し、また、その地面部分のわらの重量は、野生型より有意に低く、それにより、野生型に比べ、収穫指数が有意に向上した。
収量結果から見ると(表9)、北京及び海南で、野生型に比べ、トランスジェニック水稲の単株の収量はそれぞれ45.1~67.6%及び7.8~16%向上し、セルの収量は41.3~68.3%及び11.9~27.4%向上した。また、野生型に比べ、地面部分のわらは、12.1~24.7%及び17.5~25.8%低下し、最終的に、野生型に比べ、トランスジェニック水稲の収穫指数(HI)が有意に向上することになり、北京HIの増幅は10.3~55.7%に達することができる。また、野生型に比べ、トランスジェニック水稲の米の品質も異なる程度で向上し(表10)、ここで、野生型に比べ、玄米歩合、白米歩合、整白米歩合がいずれも有意に増加し、白亜度及び白亜粒歩合が低下し、外観の品質が改善されるが、アミロース及びタンパク質の含有量には有意な影響がなかった。野生型に比べ、OsDREB1C遺伝子がノックアウトされた水稲の単株の収量及びセルの収量はいずれも有意に低下するとともに、地面部分の生物量は増加し、これにより、野生型に比べ、収穫指数が直接22.4~37.7%大幅低下することになった。これは、水稲にOsDREB1C遺伝子を組み込んだ後、トランスジェニック水稲の収量、米の品質及び収穫指数を大幅に向上させることができ、OsDREB1C及びそのコード遺伝子は水稲の穀粒の収量、米品質及び収穫指数を調節と管理することができることを説明した。
各指標の結果は、表9及び表10示すとおりである。
表9において、地面部分のわらの乾燥重量は単株地面部分のわらの乾燥重量であり、穀粒を含まない。同じ年且つ同じ地点のWTと比べ、**は、差が有意なレベル(p<0.01)達することを示し、*は、差が有意なレベル(p<0.05)に達することを示す。
実施例2、OsDREB1Cの小麦及びシロイヌナズナにおける機能の検査
1、組換えベクターの構築
小麦過剰発現ベクターの構築:PCRにより水稲日本晴cDNAを増幅してOsDREB1C遺伝子のCDS全長を得、In-Fusion反応システムにより、得られたPCR回収産物を、pWMB110ベクター(Huiyun Liu,Ke Wang,Zimiao Jia,Qiang Gong,Zhishan Lin,Lipu Du,Xinwu Pei,Xingguo Ye,Efficient induction of haploid plants in wheat by editing of TaMTL using an optimized Agrobacterium-mediated CRISPR system,Journal of Experimental Botany,Volume 71,Issue 4,7 February 2020,Pages 1337-1349,https://doi.org/10.1093/jxb/erz529)をBamHI及びSacIで二重酵素消化して得られたベクター骨格に連結し、得られた配列が正確な組換えベクターをpWMB110-OsDREB1Cと記した。pWMB110-OsDREB1Cは、pWMB110ベクターのBamHI及びSacI識別部位間のDNA断片を配列表中の配列2に示されるOsDREB1Cのコード遺伝子に置き換えて得られた組換えベクターであり、pWMB110-OsDREB1CはUBIプロモーターの駆動下でOsDREB1C遺伝子によってコードされるタンパク質(即ち、配列1に示されるOsDREB1Cタンパク質)を発現することができる。
1、組換えベクターの構築
小麦過剰発現ベクターの構築:PCRにより水稲日本晴cDNAを増幅してOsDREB1C遺伝子のCDS全長を得、In-Fusion反応システムにより、得られたPCR回収産物を、pWMB110ベクター(Huiyun Liu,Ke Wang,Zimiao Jia,Qiang Gong,Zhishan Lin,Lipu Du,Xinwu Pei,Xingguo Ye,Efficient induction of haploid plants in wheat by editing of TaMTL using an optimized Agrobacterium-mediated CRISPR system,Journal of Experimental Botany,Volume 71,Issue 4,7 February 2020,Pages 1337-1349,https://doi.org/10.1093/jxb/erz529)をBamHI及びSacIで二重酵素消化して得られたベクター骨格に連結し、得られた配列が正確な組換えベクターをpWMB110-OsDREB1Cと記した。pWMB110-OsDREB1Cは、pWMB110ベクターのBamHI及びSacI識別部位間のDNA断片を配列表中の配列2に示されるOsDREB1Cのコード遺伝子に置き換えて得られた組換えベクターであり、pWMB110-OsDREB1CはUBIプロモーターの駆動下でOsDREB1C遺伝子によってコードされるタンパク質(即ち、配列1に示されるOsDREB1Cタンパク質)を発現することができる。
使用されるプライマー配列は、
Fielder-OsDREB1C-OE-F:5′-CAGGTCGACTCTAGAGGATCCATGGAGTACTACGAGCAGGAG-3′(配列表中の配列12)、及び
Fielder-OsDREB1C-OE-R:5′-CGATCGGGGAAATTCGAGCTCTCAGTAGCTCCAGAGTGTGAC-3′(配列表中の配列13)である。
Fielder-OsDREB1C-OE-F:5′-CAGGTCGACTCTAGAGGATCCATGGAGTACTACGAGCAGGAG-3′(配列表中の配列12)、及び
Fielder-OsDREB1C-OE-R:5′-CGATCGGGGAAATTCGAGCTCTCAGTAGCTCCAGAGTGTGAC-3′(配列表中の配列13)である。
シロイヌナズナ過剰発現ベクターの構築:PCRにより水稲日本晴cDNAを増幅してOsDREB1C遺伝子のCDS(終止コドンを含まない)を得、得られたPCR回収産物をGatewayシステム開始ベクターpENTR(ThermoFisher、K240020SP)と連結し、得られた配列が正確な組換えベクターをpENTR-OsDREB1Cと記し、pENTR-OsDREB1CをpGWB5ベクター(Nakagawa T,Kurose T,Hino T,Tanaka K,Kawamukai M,Niwa Y,Toyooka K,Matsuoka K,Jinbo T,Kimura T,Development of series of gateway binary vectors,pGWBs,for realizing efficient construction of fusion genes for plant transformation.J Biosci Bioeng.2007 Jul;104(1):34-41.doi:10.1263/jbb.104.34.)とLR反応させてOsDREB1CのCDS配列を最終ベクターpGWB5に転移させ、得られた配列が正確な組換えベクターをpGWB5-OsDREB1Cと記した。pGWB5-OsDREB1Cは、CaMV 35Sプロモーターの駆動下でOsDREB1C遺伝子によってコードされたタンパク質(即ち配列1に示されるOsDREB1Cタンパク質)を発現することができる。
使用されるプライマー配列は、
OsDREB1C-CDS-F:5′-CACCATGGAGTACTACGAGCAGGAG-3′(配列表中の配列14)、及び
OsDREB1C-CDS-R:5′-GTAGCTCCAGAGTGTGACGTC-3′(配列表中の配列15)である。
OsDREB1C-CDS-F:5′-CACCATGGAGTACTACGAGCAGGAG-3′(配列表中の配列14)、及び
OsDREB1C-CDS-R:5′-GTAGCTCCAGAGTGTGACGTC-3′(配列表中の配列15)である。
2、トランスジェニック植物の構築
小麦品種Fielderの未熟胚を消毒した後に誘導して胚発生カルスを得、ステップ1で得られたpWMB110-OsDREB1CをアグロバクテリウムC58C1に導入し、アグロバクテリウム媒介の小麦遺伝子形質転換方法を利用してカルスに対して浸潤・共培養を行い、耐性スクリーニングを利用してトランスジェニック植物を得、スクリーニングされたものがOsDREB1Cトランスジェニック小麦材料であった。OsDREB1Cと小麦自体のホモログ遺伝子との類似度が極めて高いため、qRT-PCR方法を用いてOsDREB1C遺伝子の水稲における発現量を検査することができない。そのため、小麦野生型Fielderを対照として利用し、PCR方法でトランスジェニック小麦cDNAにベクターのBar遺伝子が存在するか否かを検査し、使用されるプライマーは、5′-CAGGAACCGCAGGAGTGGA-3′(配列表中の配列16)、5′-CCAGAAACCCACGTCATGCC-3′(配列表中の配列17)である。電気泳動の検査結果は、OsDREB1Cトランスジェニック小麦の3つの植物(TaOE-5、TaOE-8及びTaOE-9)のいずれにもBar遺伝子が存在するが、野生型からは検査されないことを示し、これは、この3つの植物はいずれもpWMB110-OsDREB1Cベクターに転写されたトランスジェニック材料(図5のA)であることを説明した。
小麦品種Fielderの未熟胚を消毒した後に誘導して胚発生カルスを得、ステップ1で得られたpWMB110-OsDREB1CをアグロバクテリウムC58C1に導入し、アグロバクテリウム媒介の小麦遺伝子形質転換方法を利用してカルスに対して浸潤・共培養を行い、耐性スクリーニングを利用してトランスジェニック植物を得、スクリーニングされたものがOsDREB1Cトランスジェニック小麦材料であった。OsDREB1Cと小麦自体のホモログ遺伝子との類似度が極めて高いため、qRT-PCR方法を用いてOsDREB1C遺伝子の水稲における発現量を検査することができない。そのため、小麦野生型Fielderを対照として利用し、PCR方法でトランスジェニック小麦cDNAにベクターのBar遺伝子が存在するか否かを検査し、使用されるプライマーは、5′-CAGGAACCGCAGGAGTGGA-3′(配列表中の配列16)、5′-CCAGAAACCCACGTCATGCC-3′(配列表中の配列17)である。電気泳動の検査結果は、OsDREB1Cトランスジェニック小麦の3つの植物(TaOE-5、TaOE-8及びTaOE-9)のいずれにもBar遺伝子が存在するが、野生型からは検査されないことを示し、これは、この3つの植物はいずれもpWMB110-OsDREB1Cベクターに転写されたトランスジェニック材料(図5のA)であることを説明した。
ステップ1で得られたpGWB5-OsDREB1CをアグロバクテリウムGV3101に導入し、アグロバクテリウム媒介のフローラルディップ法を利用してシロイヌナズナ野生型Col-0に転写し、種子を収穫した後に耐性培地に播いてスクリーニングし、OsDREB1Cトランスジェニックシロイヌナズナ材料であるトランスジェニック植物を得た。シロイヌナズナ野生型Col-0を対照として利用し、qRT-PCR方法を用いてOsDREB1Cトランスジェニックシロイヌナズナ中のOsDREB1C遺伝子のRNAレベルにおける相対的な発現量を検査し、使用されるプライマーは、5′-CATGATGATGCAGTACCAGGA-3′(配列表中の配列18)、5′-GATCATCAGTAGCTCCAGAGTG-3′(配列表中の配列19)であり、参照遺伝子はシロイヌナズナActinであり、参照遺伝子プライマーは、5′-GCACCACCTGAAAGGAAGTACA-3′(配列表中の配列20)、5′-CGATTCCTGGACCTGCCTCATC-3′(配列表中の配列21)である。結果は、OsDREB1Cトランスジェニックシロイヌナズナの3つの植物(AtOE-10、AtOE-11及びAtOE-12)におけるOsDREB1C遺伝子の相対的な発現量は、いずれも野生型(Col-0)より有意に高く、この3つの植物は、いずれも過剰発現OsDREB1シロイヌナズナ材料(図5のB)であることを示した。
3、OsDREB1C遺伝子組み換え小麦の表現型の同定
温室で成長させた鉢植え小麦の表現型を検査し、被検材料は、野生型小麦(Fielder)、OsDREB1C過剰発現小麦(TaOE-5、TaOE-8及びTaOE-9)である。温室の温度を22~24℃に制御し、日照時間を光照射12時間/暗12時間にした。
温室で成長させた鉢植え小麦の表現型を検査し、被検材料は、野生型小麦(Fielder)、OsDREB1C過剰発現小麦(TaOE-5、TaOE-8及びTaOE-9)である。温室の温度を22~24℃に制御し、日照時間を光照射12時間/暗12時間にした。
野生型及びトランスジェニック小麦の出穂期を統計し、LICOR-6400XT携帯型光合成計(LI-COR、米国)を用いて出穂期にある被検小麦のフラグリーフの光合成速度を測定し、光強度を1000μmol m-2s-1とした。小麦穀粒が成熟した後、一穂の粒数、1000粒の重量及び単株の穀粒の収量を測定した。
結果から分かるように(表11、図6)、トランスジェニック小麦(TaOE-5、TaOE-8及びTaOE-9)は、野生型Fielderに比べ、早まって出穂し、また、野生型に比べ、光合成速度が向上した。収量性状において、野生型に比べ、一穂の粒数も多くなり、1000粒の重量が野生型よりも有意に高く、最終的に単株の収量の向上になり、これから分かるように、OsDREB1Cは、小麦においても同様に、出穂を早め、光合成能力を向上させ、且つ収量を向上させる機能を有する。出穂期は、播種から出穂するまでの日数である。
4、OsDREB1Cトランスジェニックシロイヌナズナの表現型の同定
温室で成長させたシロイヌナズナの表現型を検査し、被検材料は、野生型シロイヌナズナ(Col-0)、OsDREB1C過剰発現シロイヌナズナ(AtOE-10、AtOE-11及びAtOE-12)である。短い日照(日照射8時間/暗16時間)で2週間培養してから、長い日照(日照射16/8次か)に転移して培養した。
温室で成長させたシロイヌナズナの表現型を検査し、被検材料は、野生型シロイヌナズナ(Col-0)、OsDREB1C過剰発現シロイヌナズナ(AtOE-10、AtOE-11及びAtOE-12)である。短い日照(日照射8時間/暗16時間)で2週間培養してから、長い日照(日照射16/8次か)に転移して培養した。
野生型及びトランスジェニックシロイヌナズナの抽薹時間、抽薹時のロゼット葉の数及び地面部分の生物量(生体重及び乾燥重量を含む)を統計した。抽薹時間は、播種から茎が伸長して開花までの日数である。
結果から分かるように(表12、図7)、トランスジェニックシロイヌナズナ(AtOE-10、AtOE-11及びAtOE-12)は、野生型Col-0よりも早く抽薹(1~3.9日)し、抽薹時のロゼット葉は野生型よりも5~7枚多く、且つ、その地面部分の生体重量及び乾燥重量の両方が野生型に比べ向上し、これから分かるように、過剰発現OsDREB1Cも同様に双子葉植物シロイヌナズナの生物量を向上させて、シロイヌナズナを早めに抽薹させることができる。
実施例3、水稲ハプロタイプHap.1、Hap.2及びHap.3は水稲の収量と相関性がある
供試材は、709部の水稲のコア生殖質材料であり、299部のindica、355部のtemperate japonica、14部のtropical japonica、41部のintermediateを含む。
供試材は、709部の水稲のコア生殖質材料であり、299部のindica、355部のtemperate japonica、14部のtropical japonica、41部のintermediateを含む。
各供試材を植栽して、それが成熟した後に、単株の穀粒の収量を統計して記録した。
文献(Li et al.,Analysis of genetic architecture and favorable allele usage of agronomic traits in alarge collection of Chinese rice accessions,SCIENCE CHINA Life Sciences,November 2020,Vol.63 No.11:1688-1702,https://doi.org/10.1007/s11427-019-1682-6)に開示された709部の水稲のコア生殖質材料の配列(当該文献に開示された各水稲材料の配列はNCBIにおいて、BioProject PRJCA000322及びGSA accession CRA000167であり、URL:https://bigd.big.ac.cn/)の比較により、SNP集団遺伝子型を取得し、vcfファイル内の遺伝子LOC_Os06g03670の前の2kbプロモーター領域のSNPを取った。GWASの結果により、遺伝子領域のミスセンス突然変異及びプロモーター領域の-Log10(P-value)値が10より大きい部位を、ハプロタイプを区分するSNPとした。Cornell大学のBuckler実験室が開発したTASSEL5.0(http://www.maizegenetics.net/tassel)(Zhang Z,Ersoz E,Lai CQ,Todhunter RJ,Tiwari HK,Gore MA,Bradbury PJ,Yu J,Arnett DK,Ordovas JM,Buckler ES.Mixed linear model approach adapted for genome-wide association studies.Nature Genetics.2010 Apr;42(4):355-60.https://doi.org/10.1038/ng.546)ソフトウェアの一般線形モデル(General Linear Model)を用いて、SNPs及び単株の穀粒の収量に対して関連分析を行った。
結果から分かるように、水稲ゲノムにおいて、当該DNA断片の3種類のハプロタイプは単株の穀粒の収量と相関し、この3種類のハプロタイプは、それぞれHap.1、Hap.2及びHap.3であり、この3種類のハプロタイプは、10個のSNP部位に関し、この10個のSNP部位の参照ゲノム(バージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)、更新日2013.2.6、URL:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)における物理的位置は、順番に1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であり、遺伝子LOC_Os06g03670の前の2kbプロモーターにおける位置は図8に示すとおりであった。Hap.1のこの10個の部位のヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、Hap.2のこの10個の部位のヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、Hap.3のこの10個の部位のヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、各水稲材料のハプロタイプは、表13及び14示すとおりであった。
各ハプロタイプの単株の穀粒の収量を統計し、Hap.1ハプロタイプ水稲の単株の穀粒の収量は27.98±1.49gであり、Hap.2ハプロタイプ水稲の単株の穀粒の収量は20.48±2.30gであり、Hap.3ハプロタイプ水稲の単株の穀粒の収量は25.23±0.53gであり、Hap.2ハプロタイプ水稲の単株の穀粒の収量は、Hap.3ハプロタイプ水稲の単株の穀粒の収量よりも有意に高く、Hap.1ハプロタイプ水稲の単株の穀粒の収量はHap.2ハプロタイプ、Hap.3ハプロタイプの両方とも有意差がなく(図9)、これは、水稲の3種類のハプロタイプは水稲単株の収量と相関があり、水稲の育種に使用できることを説明した。
以上では、本発明について詳細に説明した。当業者にとって、本発明の趣旨及び範囲から逸脱せず、且つ不要な実験を行う必要がない場合、同じパラメータ、濃度及び条件で、広い範囲内で本発明を実施できる。本発明では、特殊の実施例を提供したが、本発明をさらに改良することができると理解するべきである。要するに、本発明の原理によれば、本願は、あらゆる変更、使用又は本発明に対する改良を含み、本願に開示されている範囲から逸脱したが、当分野の既知の一般技術で行われた改良を含むことを意図する。いくつかの基本的特徴の適用は、添付の特許請求の範囲にしたがって行われることができる。
本発明のOsDREB1C及びその関連する生体材料は、植物の光合成効率を高め、窒素吸収と輸送を促進し、植物及び穀粒の窒素含有量を高めることができ、早め出穂を促進し、収量を高めることもできることが実験により証明された。本発明は、作物の光合成効率、窒素利用効率及び出穂期を相乗的に高める観点から、作物の収量の大幅な向上を実現するとともに、窒素利用効率の相乗的な向上を実現し、また、作物の高収量及び早熟の両者の矛盾の解決案を提供する。したがって、本発明は、作物の収量潜在性及び窒素肥料利用効率をさらに大幅に向上させ、「高収量・高効率」を実現する一方で、高収量と早熟の両者の矛盾の解決は、直播稲、及び食用穀物と経済的穀物、穀物と野菜、穀物と油の連作した稲、二期作稲の早熟と高収量、並びに亜種間のハイブリダイズ稲の「超越的晩熟」等の問題の解決に対して、重要な適用潜在性を有する。
また、本発明は、OsDREB1C遺伝子が水稲の収量を調節と管理する機能に基づいて、その遺伝子配列に対してハプロタイプ分析を行い、ハプロタイプ3(Hap.3)は、収量を高める優れた性状を有し、水稲遺伝育種学及び品種改良の面で広い応用見通しがあることを見出す。
Claims (22)
- D1)植物の収量を調節と管理すること、
D2)植物の収量を調節と管理する製品を製造すること、
D3)植物の光合成と収量を調節と管理すること、
D4)植物の光合成と収量を調節と管理する製品を製造すること、
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理すること、
D6)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D7)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理すること、
D8)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D9)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理すること、
D10)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D11)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理すること、
D12)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、及び
D13)植物を育種することのうちのいずれかにおける、タンパク質、又は前記タンパク質の活性若しくは含有量を調節と管理する物質の使用であって、
前記タンパク質は、
A1)アミノ酸配列が配列1であるタンパク質、
A2)配列表中の配列1に示されるアミノ酸配列が、1つ又は複数のアミノ酸残基の置換及び/又は欠失及び/又は添加を経り、且つ同じ機能を有するタンパク質、
A3)水稲、トウモロコシ、ソルガム、大豆、ナタネ、シロイヌナズナ、粟、エギロプス、ミナトカモジグサ又は小麦に由来し、且つ配列1と64%以上の同一性を有し、A1)に記載のタンパク質同じ機能を有するタンパク質、又は
A4)A1)又はA2)又はA3)のN末端又は/及びC末端にタグを連結して得られた融合タンパク質である、
タンパク質、又は前記タンパク質の活性若しくは含有量を調節と管理する物質の使用。 - 前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆である、
ことを特徴とする請求項1に記載の使用。 - 前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化され、
前記輸送は、根部から地面部分への輸送、又は穀粒への輸送で具現化され、
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり、
前記開花時間は、出穂期で具現化され、
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化される、
ことを特徴とする請求項1又は請求項2に記載の使用。 - D1)植物の収量を調節と管理すること、
D2)植物の収量を調節と管理する製品を製造すること、
D3)植物の光合成と収量を調節と管理すること、
D4)植物の光合成と収量を調節と管理する製品を製造すること
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理すること、
D6)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D7)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理すること、
D8)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D9)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理すること、
D10)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D11)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理すること、
D12)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する製品を製造すること、
D13)植物を育種することのうちのいずれかにおける、請求項1に記載のタンパク質に関連する生体材料の使用であって、
前記生体材料は、
B1)請求項1に記載のタンパク質をコードする核酸分子、
B2)B1)に記載の核酸分子を含有する発現カセット、
B3)B1)に記載の核酸分子を含有する組換えベクター、又はB2)に記載の発現カセットを含有する組換えベクター、
B4)B1)に記載の核酸分子を含有する組換え微生物、又はB2)に記載の発現カセットを含有する組換え微生物、又はB3)に記載の組換えベクターを含有する組換え微生物、
B5)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物細胞株、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物細胞株、
B6)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物組織、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物組織、
B7)B1)に記載の核酸分子を含有するトランスジェニック植物器官、又はB2)に記載の発現カセットを含有するトランスジェニック植物器官、
B8)請求項1に記載のタンパク質発現量を低下させるか又は請求項1に記載のタンパク質コード遺伝子がノックアウトされた核酸分子、及び
B9)B8)に記載の核酸分子を含有する発現カセット、組換えベクター、組換え微生物、トランスジェニック植物細胞株、トランスジェニック植物組織又はトランスジェニック植物器官のうちのいずれか1つである、
請求項1に記載のタンパク質に関連する生体材料の使用。 - B1)に記載の核酸分子は、
b11)コード配列が配列表中の配列2であるcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b12)配列表中の配列2に示されるcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b13)配列表中の配列3の第3001~4131位に示されるDNA分子、又は
b14)b11)又はb12)又はb13)に限定されるヌクレオチド配列と73%または73%以上の同一性を有し、且つ請求項1に記載のタンパク質をコードするcDNA分子若しくはDNA分子、又は
b15)厳しい条件で、b11)又はb12)又はb13)又はb14)に限定されるヌクレオチド配列とハイブリダイズし、且つ請求項1に記載のタンパク質をコードするcDNA分子若しくはDNA分子であり、
B2)に記載の発現カセットは、
b21)配列表中の配列3に示されるDNA分子、又は
b22)b21)に限定されるヌクレオチド配列と73%または73%以上の同一性を有し、且つ同じ機能を有するDNA分子、又は
b23)厳しい条件で、b21)又はb22)に限定されるヌクレオチド配列とハイブリダイズし、且つ同じ機能を有するDNA分子である、
ことを特徴とする請求項4に記載の使用。 - 前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆である、
ことを特徴とする請求項4又は請求項5に記載の使用。 - 前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化され、
前記輸送は、根部から地面部分への輸送、又は穀粒への輸送で具現化され、
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり、
前記開花時間は、出穂期で具現化され、
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化される、
ことを特徴とする請求項4又は請求項5に記載の使用。 - 前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆であり、
前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化され、
前記輸送は、根部から地面部分への輸送、又は穀粒への輸送で具現化され、
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり、
前記開花時間は、出穂期で具現化され、
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化される、
ことを特徴とする請求項4又は請求項5に記載の使用。 - X1)受容体植物内で請求項1に記載のタンパク質を発現させるか、又は受容体植物中の請求項1に記載のタンパク質の含有量若しくは活性を高めて、収量が増加した目的植物を得ることを含む、収量増加植物の栽培方法、
X2)受容体植物中のOsDREB1Cの含有量若しくは活性を低減するか、又は受容体植物中のOsDREB1Cのコード遺伝子の発現を抑制して、前記受容体植物に比較して収量が低減した植物を得ることを含む、収量低減植物の栽培方法、
X3)受容体植物内で請求項1に記載のタンパク質を発現させるか、又は受容体植物中の請求項1に記載のタンパク質の含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む、光合成が強化し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X4)受容体植物内で請求項1に記載のタンパク質を発現させるか、又は受容体植物中の請求項1に記載のタンパク質の含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X5)受容体植物内で請求項1に記載のタンパク質を発現させるか、又は受容体植物中の請求項1に記載のタンパク質の含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素含有量が増加し且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む光合成が強化し、窒素含有量が増加し且つ収量が増加した植物の栽培方法、
X6)受容体植物内で請求項1に記載のタンパク質を発現させるか、又は受容体植物中の請求項1に記載のタンパク質の含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し、開花時間が早まり且つ収量が増加した目的植物を得ることを含む、光合成が強化し、窒素の吸収又は輸送能力が強化し、開花時間が早まり且つ収量が増加した植物の栽培方法、及び
X7)受容体植物内で請求項1に記載のタンパク質を発現させるか、又は受容体植物中の請求項1に記載のタンパク質の含有量若しくは活性を高めて、光合成が強化し、窒素含有量が増加し、開花時間が早まり且つ収量が増加した目的植物得ることを含む、光合成が強化し、窒素含有量が増加し、開花時間が早まり且つ収量が増加した植物の栽培方法、
のうちのいずれか1つの方法。 - X1)~X7)に記載の方法は、前記受容体植物に請求項1に記載のタンパク質のコード遺伝子を導入して、前記コード遺伝子を発現させることにより実現される、
ことを特徴とする請求項9に記載の方法。 - 前記コード遺伝子は、請求項4又は5のB1)に記載の核酸分子である、
ことを特徴とする請求項10に記載の方法。 - 前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆である、
ことを特徴とする請求項9~請求項11のいずれか1項に記載の方法。 - 前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化され、
前記輸送は、根部から地面部分への輸送、又は穀粒への輸送で具現化され、
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり、
前記開花時間は、出穂期で具現化され、
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化される、
ことを特徴とする請求項9~請求項11のいずれか1項に記載の方法。 - 前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆であり、
前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化され、
前記輸送は、根部から地面部分への輸送、又は穀粒への輸送で具現化され、
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり、
前記開花時間は、出穂期で具現化され、
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化される、
ことを特徴とする請求項9~請求項11のいずれか1項に記載の方法。 - 請求項1に記載のタンパク質、又は請求項4又は5に記載の生体材料を含有する製品であって、
D1)植物の収量を調節と管理する機能、
D2)植物の光合成と収量を調節と管理する機能、
D3)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、及び収量を調節と管理する機能、
D4)植物の光合成、窒素含有量、及び収量を調節と管理する機能、
D5)植物の光合成、窒素の吸収又は輸送、開花時間、及び収量を調節と管理する機能、
D6)植物の光合成、窒素含有量、開花時間、及び収量を調節と管理する機能のうちのいずれか1つを有する、
製品。 - 前記植物は、
M1)単子葉植物若しくは双子葉植物、又は
M2)イネ科植物、アブラナ科植物若しくはマメ科植物、又は
M3)水稲、小麦、トウモロコシ、シロイヌナズナ、ナタネ若しくは大豆である、
ことを特徴とする請求項15に記載の製品。 - 前記光合成は、光合成速度、純光合成速度、熱散逸NPQ、最大カルボキシル化効率及び/又は最大電子伝達速度で具現化され、
前記輸送は、根部から地面部分への輸送、又は穀粒への輸送で具現化され、
前記窒素含有量は、植物又は器官中の窒素含有量であり、
前記開花時間は、出穂期で具現化され、
前記収量は、穀粒の収量、地面部分の収量及び/又は収穫指数で具現化される、
ことを特徴とする請求項15又は16に記載の製品。 - 被検水稲ハプロタイプを検査することを含み、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、
ハプロタイプがHap.2であるホモ接合被検水稲の収量が低く、ハプロタイプがHap.3であるホモ接合被検水稲の収量が高く、ハプロタイプがHap.1であるホモ接合被検水稲の収量は、ハプロタイプがHap.2でるホモ接合被検水稲、ハプロタイプがHap.3であるホモ接合被検水稲の両方と差がないというステップにしたがって被検水稲の収量性状を判断する、
水稲の収量性状を検査する方法。 - 被検水稲ハプロタイプを検査することを含み、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTであり、
Hap.2ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量がHap.3ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量よりも低く、Hap.1ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量は、Hap.2ハプロタイプホモ接合被検水稲、Hap.3ハプロタイプホモ接合被検水稲の単株の穀粒の収量と差がないというステップにしたがって被検水稲の収量性状を判断する、
水稲の収量性状を検査する方法。 - 水稲ゲノムDNAのうち、水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドを検査し、1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806のヌクレオチドが順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T、G又はG、G、A、G、T、A、A、T、G、Tである水稲を親として選択して育種する、
水稲育種方法。 - 水稲の収量性状の検査における水稲ハプロタイプを検査する物質の使用であって、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTである、
水稲の収量性状の検査における水稲ハプロタイプを検査する物質の使用。 - 水稲の収量性状の検査製品の製造における水稲ハプロタイプを検査する物質の使用であって、前記水稲ハプロタイプはHap.1、Hap.2及びHap.3であり、前記Hap.1の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、A、G、C、A、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.2の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にA、G、G、C、T、G、G、C、T及びGであり、
前記Hap.3の水稲の参照ゲノムのバージョン番号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)における物理的位置が1433007、 1433155、1433229、1433365、1433528、1433919、1434216、1434258、1434486、1434806であるヌクレオチドは、順番にG、G、A、G、T、A、A、T、G及びTである、
水稲の収量性状の検査製品の製造における水稲ハプロタイプを検査する物質の使用。
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