JP2024508895A - Ｍｄｍ２アンタゴニストを用いた癌療法のためのバイオマーカー - Google Patents

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Abstract

本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストを用いた癌の有効な治療を予測するためのバイオマーカーとしてのＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）経路遺伝子およびそれらの遺伝子産物を提供する。癌患者において１以上のＤＤＲ経路バイオマーカーを同定できれば、患者の癌がＭＤＭ２アンタゴニストを用いて治療奏功する可能性があるかどうかの判定が可能となる。よって、本発明は一般に、ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のコンパニオン診断薬に関する。特に、ＤＤＲ経路は、相同組換え修復（ＨＲＲ）経路；非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路；ミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路；ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路；および／または塩基除去修復（ＢＥＲ）経路由来の１以上の遺伝子を含んでなる。

Description

本発明は、癌療法のためのバイオマーカーに関する。特に、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストに感受性がある可能性があるとして癌細胞を識別する生物学的マーカーを提供する。これらのバイオマーカーは、治療への応答を予測するための方法、システムおよびキット、ならびに癌のための個別化治療に組み込むことができる。
プレシジョン・メディシンまたは個別化医療とは、例えば、各患者の遺伝子、環境およびライフスタイルの個人差を考慮した疾病治療および予防のための新たなアプローチである。それはしばしば、適切な時期に適切な量の適切な薬剤を投与する取り組みであると言われる。
プレシジョン・メディシンの特定の焦点は、所与の患者が特定の薬剤に応答するかどうかを予測する必要性である。特定の薬剤が個々の患者を効果的に治療するかどうかを予測できる検査は、しばしばコンパニオン診断薬と呼ばれる。効果的なコンパニオン診断薬は、患者の治療成績を改善すると同時に、効果のない治療を提供することの多大な経済的コストを節約することができるため、非常に望ましい。新しい治療薬に有効なコンパニオン診断薬は、その療法が適切な集団で試され、最終的に承認される可能性も高めることができる。
プレシジョン・メディシンおよびコンパニオン診断薬は、患者が特定の治療に応答する可能性があるかどうかを確実に予測できるバイオマーカーに頼る場合が多い。あらゆる療法および疾患に対して信頼できるバイオマーカーを同定することは、非常に重要な課題である。
ＷＯ－Ａ－２０１６／０５６６７３には、臨床応用のための予測分子ツールを提供するとされる複合遺伝子シグネチャーが記載されている。この開示はまた、癌または腫瘍の治療に影響を及ぼし得る抗癌剤、特にＭＤＭ２活性の阻害剤およびＭＤＭ２とｐ５３タンパク質の相互作用の拮抗剤に対する癌または腫瘍の感受性を予測する方法に関する。
また、ＵＳ－Ａ－２０１５／０２１１０７３にも、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する癌の応答を予測するためのバイオマーカーとしての、一般に少なくとも４つの遺伝子を含んでなる遺伝子パネルが記載されている。
Iorio et al (Cell. 2016 Jul 28;166(3):740-75) “A Landscape of Pharmacogenomic Interactions in Cancer”には、２９組織からの１１，２８９の腫瘍で同定された癌に起因する変化（体細胞変異、コピー数変化、ＤＮＡメチル化、および遺伝子発現を統合したもの）を、１，００１の分子注釈付きヒト癌細胞株にマッピングし、２６５の薬剤に対する感受性と相関させる方法を報告している。このような研究は、遺伝子型と細胞表現型を関連付け、選択された癌亜集団に対する治療オプションを同定するためのリソースを提供する一方で、臨床的に関連性のある分子標的癌療法の開発は依然として困難な課題である。
プレシジョン・メディシンにおいて使用するための確実なバイオマーカーを同定する必要がなおある。
本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストを用いた癌の有効な治療を予測するために使用可能なバイオマーカーの同定に基づく。癌患者におけるこれらのバイオマーカーの１以上を同定できれば、患者の癌がＭＤＭ２アンタゴニストを用いて治療される可能性、または治療奏功する可能性があるかどうかの判定が可能となる。よって、特定の側面では、本発明は一般に、ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のためのコンパニオン診断に関する。
本発明において同定されるバイオマーカーは、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）経路遺伝子およびそれらの遺伝子産物である。これらのタンパク質およびそれらをコードする遺伝子は、総て当技術分野で公知である。本明細書で使用する場合、これらのバイオマーカーは、「本発明のバイオマーカー」および／または「ＤＤＲバイオマーカー」と呼ばれる。癌細胞におけるＤＤＲ機能の低下は、ＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性を示す。従って、１以上のＤＤＲ遺伝子もしくは遺伝子産物の枯渇、喪失、または機能の低下は、ＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性を示す。
特に、１つの側面において、本発明は、癌を治療する方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、この癌は１以上のＤＤＲ遺伝子、遺伝子産物または活性が枯渇している。枯渇は、遺伝子自体の枯渇である場合、遺伝子産物の枯渇（すなわち、発現の低下）である場合、または活性の低下をもたらす突然変異（すなわち、機能欠失型突然変異）である場合がある。この枯渇は、活性の低下を引き起こす異常、例えば、コピー数の減少またはエピジェネティックサイレンシングによるものかもしれない。
コピー数の減少または機能欠失型突然変異による活性の喪失など、活性の喪失／減少を引き起こすものとして幅広い一群の異常がある。機能欠失型突然変異は、野生型遺伝子産物の枯渇とみなすことができる。従って、バイオマーカーの枯渇が記載される場合、野生型が減少する、または検出できなくなるようなバイオマーカーの変異が含まれる。
１つの側面において、本発明は、癌を治療する方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、この癌は、相同組換え（ＨＲ）経路（相同組換え修復（ＨＲＲ）経路とも呼ばれる）における１以上の遺伝子、遺伝子産物または活性が枯渇している。これらの癌細胞はＨＲ機能が低下し、従って、ＨＲ欠損として特定することができる。１つの実施形態では、癌はＢＲＣＡ１が枯渇している。ヒトＢＲＣＡ１は、Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ６７２である。１つの実施形態では、癌は、ＢＲＣＡ２が枯渇している。ヒトＢＲＣＡ２は、Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ６７５である。１つの実施形態では、癌は、ＡＴＭが枯渇している。ＡＴＭは、血管拡張性失調症変異(Ataxia Telangiectasia Mutated)タンパク質である。ヒト野生型ＡＴＭは、Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ４７２である。本発明の１つの実施形態は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭのいずれか２つの枯渇に関する。本発明の１つの実施形態は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭの３つ総ての枯渇に関する。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２またはＡＴＭにおける機能欠失型突然変異に関する。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭのいずれか２つにおける機能欠失型突然変異に関する。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭｌの３つ総てにおける機能欠失型突然変異に関する。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２もしくはＡＴＭの１つ、２つもしくは３つにおけるコピー数の減少、またはエピジェネティックサイレンシングに関する。本発明の１つの実施形態は、ＢＲＣＡ１、および／またはＢＲＣＡ２における機能欠失型突然変異に関する。本発明の１つの実施形態は、ＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２におけるコピー数の減少、またはエピジェネティックサイレンシングに関する。１つの実施形態では、相同組換え修復欠損は、ＢＲＣＡ１またはＢＲＣＡ２喪失を模倣する。
１つの実施形態では、ＨＲ経路遺伝子は、以下の遺伝子から１以上選択される：ＬＩＧ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＮＢＮ、ＰＡＲＧ、ＰＡＲＰ１、ＰＡＲＰＢＰ、ＲＡＤ５０、ＴＰ５３ＢＰ１、ＸＲＣＣ２、ＸＲＣＣ３、ＥＸＯ１、ＰＣＮＡ、ＰＯＬＤ１、ＰＯＬＤ２、ＰＯＬＤ３、ＰＯＬＤ４、ＲＦＣ１、ＲＦＣ２、ＲＦＣ３、ＲＦＣ４、ＲＦＣ５、ＲＰＡ１、ＲＰＡ２、ＲＰＡ３、ＲＰＡ４、ＢＡＲＤ１、ＢＬＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＩＰ１、ＤＭＣ１、ＤＮＡ２、ＥＩＤ３、ＥＭＥ１、ＥＭＥ２、ＥＲＣＣ１、Ｈ２ＡＦＸ、ＨＥＬＱ、ＨＦＭ１、ＩＮＯ８０、ＫＡＴ５、ＭＵＳ８１、ＮＦＡＴＣ２ＩＰ、ＮＳＭＣＥ１、ＮＳＭＣＥ２、ＮＳＭＣＥ３、ＮＳＭＣＥ４Ａ、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＰ２、ＰＡＸＩＰ１、ＰＯＬＨ、ＰＯＬＱ、ＰＰＰ４Ｃ、ＰＰＰ４Ｒ１、ＰＰＰ４Ｒ２、ＰＰＰ４Ｒ４、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５２、ＲＡＤ５４Ｂ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＢＢＰ８、ＲＤＭ１、ＲＥＣＱＬ、ＲＥＣＱＬ４、ＲＥＣＱＬ５、ＲＭＩ１、ＲＭＩ２、ＲＴＥＬ１、ＳＨＦＭ１、ＳＬＸ１Ａ、ＳＬＸ１Ｂ、ＳＬＸ４、ＳＭＡＲＣＡＤ１、ＳＭＣ５、ＳＭＣ６、ＳＰＯ１１、ＳＷＳＡＰ１、ＴＯＰ３Ａ、ＴＯＰ３Ｂ、ＵＩＭＣ１、ＷＲＮ、および／またはＺＳＷＩＭ７。これらのＨＲ経路遺伝子は、総て当技術分野で公知であり、例えば、Knijnenburg et al Cell Rep. 2018 Apr 3;23(1):239-254.e6に記載されている通りである。
いくつかの実施形態では、ＨＲ欠損癌細胞は、ＡＴＭ欠損ではなく、すなわち、これらの癌細胞では、野生型ＡＴＭが正常な（または高い）レベルで発現される。これらの細胞では、ＨＲ欠損は、異なる１または複数のＨＲ遺伝子、例えば、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２の機能欠失により提供される。これらの癌細胞は、いくつかの実施形態では、ＡＴＭではないＨＲ経路における遺伝子、遺伝子産物または活性からなるＨＲ枯渇を含んでなる。
いくつかの実施形態では、ＨＲ欠損癌細胞は、ＡＴＲ欠損ではなく、すなわち、これらの癌細胞では、野生型ＡＴＲが正常な（または高い）レベルで発現される。これらの細胞では、ＨＲ欠損は、異なる１または複数のＨＲ遺伝子、例えば、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２の機能欠失により提供される。これらの癌細胞は、いくつかの実施形態では、ＡＴＲではないＨＲ経路における遺伝子、遺伝子産物または活性からなるＨＲ枯渇を含んでなる。ＡＴＲは、「血管拡張性失調症およびＲａｄ３関連 (Ataxia Telangiectasia and Rad3-related)」タンパク質である。ヒトＡＴＲに例示的配列は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢデータベースで受託番号Ｑ１３５３５（ＡＴＲ－ＨＵＭＡＮ）として、ＧｅｎＢａｎｋデータベースでＮＣＢＩ受託番号ＡＡＫ２６７４９．１として入手でき、Bentley et al., EMBO J., 15: 6641-6651 (1996)およびCimprich et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107: 18575-18480 (1996)などの文献にも公開されている。
いくつかの実施形態では、これらの癌細胞は、ＡＴＲではないＨＲ経路における遺伝子、遺伝子産物または活性からなるＨＲ枯渇を含んでなる。
いくつかの実施形態では、ＨＲ欠損癌細胞は、ＡＴＭ欠損ではなく、ＡＴＲ欠損でもなく、すなわち、これらの癌細胞では、野生型ＡＴＲおよび野生型ＡＴＭが正常な（または高い）レベルで発現される。これらの細胞では、ＨＲ欠損は、異なる１または複数のＨＲ遺伝子、例えば、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２の機能欠失により提供される。
いくつかの実施形態では、癌細胞は、ＡＴＭでなく、ＡＴＲでないＨＲ経路における遺伝子、遺伝子産物または活性からなるＨＲ枯渇を含んでなる。
いくつかの実施形態では、癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物が枯渇している、または癌は少なくとも１つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有すると判定され、１以上のＤＤＲ遺伝子または遺伝子産物は、ＡＴＭおよび／またはＡＴＲからならない。このことは、遺伝子もしくは遺伝子産物がＡＴＭおよび／もしくはＡＴＲおよび１以上の他のＤＤＲ経路バイオマーカーを含んでなり得、または単一のバイオマーカーである場合には、それはＡＴＭでもＡＴＲでもなく、バイオマーカー対である場合には、それらはＡＴＭおよびＡＴＲではないが、ＡＴＭまたはＡＴＲおよび別のＤＤＲ経路バイオマーカーを含んでなってよいことを意味する。いくつかの実施形態では、癌は、１つのＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１つの遺伝子もしくは遺伝子産物が枯渇している場合があり、または１つのＤＤＲ経路遺伝子における少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、ＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物は、ＡＴＭでもＡＴＲでもない。
よって、いくつかの実施形態では、本発明による単一のバイオマーカーである場合、それはＡＴＭでもＡＴＲでもない。いくつかの実施形態では、本発明による単一のバイオマーカーである場合、それはＡＴＭではない。いくつかの実施形態では、本発明による単一のバイオマーカーである場合、それはＡＴＲではない。
いくつかの実施形態では、癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における２つの遺伝子もしくは遺伝子産物が枯渇している場合があり、または癌は、少なくとも２つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、ＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物はＡＴＭでもＡＴＲでもない。
いくつかの実施形態では、癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における２つの遺伝子もしくは遺伝子産物が枯渇している場合があり、または癌は少なくとも２つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、ＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物は、ＡＴＭおよび／またはＡＴＲの１以上、ならびにＡＴＭでもＡＴＲでもない１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を含む。別の側面において、癌は、ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路における１以上の遺伝子、遺伝子産物または活性が枯渇している。この経路には、少なくとも遺伝子ＦＡＮＣＡ（Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ２１７５）、ＦＡＮＣＢ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２１８７）、ＦＡＮＣＣ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２１７６）、ＦＡＮＣＤ１（ＢＲＣＡ２としても知られる、ｇｅｎｅ ＩＤ ６７５）、ＦＡＮＣＤ２（ｇｅｎｅ ＩＤ ２１７７）、ＦＡＮＣＥ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２１７８）、ＦＡＮＣＦ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２１８８）、ＦＡＮＣＧ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２１８９）、ＦＡＮＣＩ（ｇｅｎｅ ＩＤ ５５２１５）、ＦＡＮＣＪ（ｇｅｎｅ ＩＤ ８３９９０）、ＦＡＮＣＬ（ｇｅｎｅ ＩＤ ５５１２０）、ＦＡＮＣＭ（ｇｅｎｅ ＩＤ ５７６９７）、ＦＡＮＣＮ（ｇｅｎｅ ＩＤ ７９７２８）、ＦＡＮＣＯ（ｇｅｎｅ ＩＤ ８８９）、ＦＡＮＣＰ（ｇｅｎｅ ＩＤ ８４４６４）、ＦＡＮＣＱ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２０７２）、ＦＡＮＣＲ（ｇｅｎｅ ＩＤ ５８８８）、ＦＡＮＣＳ（ＢＲＣＡ１、ｇｅｎｅ ＩＤ ６７２としても知られる）、ＦＡＮＣＴ（ｇｅｎｅ ＩＤ ２９０８９）、ＦＡＮＣＵ（ｇｅｎｅ ＩＤ ７５１６）、ＦＡＮＣＶ（ｇｅｎｅ ＩＤ １０４５９）、およびＦＡＮＣＷ（ｇｅｎｅ ＩＤ ５５１５９）が含まれる。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、１以上のＦＡ経路遺伝子の機能欠失型突然変異に関連する。
別の側面において、本発明は、癌を治療する方法おいて使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、癌は非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路における１以上の遺伝子、遺伝子産物または活性が枯渇している。従って、これらの癌細胞は、ＨＥＪ欠損と特徴付けることができる。１つの実施形態では、癌は、ＡＴＲＸが枯渇している。ＡＴＲＸは、αサラセミア／精神遅滞Ｘ連鎖(Alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked)である。ヒト野生型ＡＴＲＸは、Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ５４６である。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、ＡＴＲＸの機能欠失型突然変異に関する。
さらなる態様において、本発明は、癌を治療する方法おいて使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、癌はミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路における１以上の遺伝子、遺伝子産物または活性が枯渇している。従って、これらの癌細胞はＭＭＲ欠損と特徴付けることができる。１つの実施形態では、癌はＭＳＨ２（Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ４４３６）、ＭＳＨ３（ｇｅｎｅ ＩＤ ４４３７）、ＭＳＨ６（ｇｅｎｅ ＩＤ ２９５６）、ＭＬＨ１（ｇｅｎｅ ＩＤ ４２９２）、ＰＭＳ２（ｇｅｎｅ ＩＤ ５３９５）、および／またはＭＬＨ３（ｇｅｎｅ ＩＤ ２７０３０）のうち１以上が枯渇している。さらなる実施形態では、癌はＰＯＬＤ１（Ｅｎｔｒｅｚ ｇｅｎｅ ＩＤ ５４２４）またはＰＯＬＥ（ｇｅｎｅ ＩＤ ５４２６）が枯渇し、例えば、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を有する。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、１以上のＭＭＲ経路遺伝子の機能欠失型突然変異に関する。
いくつかの実施形態では、癌は、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。これらの一塩基置換（ＳＢＳ）シグネチャーは、癌の体細胞突然変異カタログ（ＣＯＳＭＩＣ）、ＧＲＣｈ３７ ｖ９１から知られている。ＣＯＳＭＩＣ ＳＢＳシグネチャーは、cancer.sanger.ac.uk/cosmicでアクセス可能であり、Alexandrov et al Nature volume 578, pages 94-101 (2020)により記載されているように作製された。
さらなる態様において、本発明は、癌を治療する方法おいて使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、癌は塩基除去修復（ＢＥＲ）経路における１以上の遺伝子、遺伝子産物または活性が枯渇している。従って、これらの癌細胞は、ＢＥＲ欠損として特徴付けることができる。本発明の１つの実施形態は、ＷＴと比較して、１以上のＢＥＲ経路遺伝子の機能欠失型突然変異に関する。
総ての側面の１つの実施形態では、癌におけるＤＤＲ遺伝子または機能的遺伝子産物の喪失または枯渇は、癌のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）および／または腫瘍遺伝子変異量、一般に「ＭＳＩ－Ｈｉｇｈ」および／または「高腫瘍遺伝子変異量」で示される。
いくつかのバイオマーカーでは、一般にタンパク質が測定される。これは例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて達成することができる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの状態を検出するために突然変異解析（例えば、ＤＮＡシークエンシング）が使用可能である。
いくつかの実施形態では、本発明は、癌を治療する方法おいて使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、癌は１以上のＤＤＲバイオマーカーが枯渇し、場合により、１以上のインターフェロンシグネチャー（ＩＦＮシグネチャー）遺伝子の発現が上昇している。ＩＦＮシグネチャー遺伝子は、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、およびＦＬＩ１を含んでなる。これらのバイオマーカーは、本明細書では「インターフェロンシグネチャー」と総称される。一般に、ＩＦＮシグネチャーバイオマーカーは、ｍＲＮＡとして検出される。
１以上の核酸バイオマーカー、例えば、ＩＦＮシグネチャーバイオマーカーの測定技術としては、当技術分野で公知のように、ＲＴ－ＰＣＲまたはＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ解析などの定量的技術を含み得る。また、ＤＮＡを測定することもできる。いくつかの実施形態では、バイオマーカー遺伝子の状態を検出するために、コピー数変化（ＣＮＶ）解析および／または突然変異解析（例えば、ＤＮＡシークエンシング）を使用することができる。
いくつかの実施形態では、本発明は、癌を治療する方法おいて使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、癌は１以上のＤＤＲバイオマーカーが枯渇し、場合により、ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＡＰ１およびＳＫＰ２のうち１つ、２つまたは３つの発現も低下している。場合により、癌は、１以上のＤＤＲバイオマーカーが枯渇し、ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＡＰ１およびＳＫＰ２のうち１つ、２つまたは３つが枯渇している。このような癌は、本明細書に記載の１以上のインターフェロンシグネチャー（ＩＦＮシグネチャー）遺伝子の発現が上昇している場合がある。１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、癌を治療する方法おいて使用するために提供され、癌は１以上のＤＤＲバイオマーカーが枯渇し、場合により、ＣＤＫＮ２Ａ枯渇、ＢＡＰ１枯渇でもあり、および／またはインターフェロンシグネチャー遺伝子のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの発現の上昇を示す。
ＳＫＰ２枯渇は、ＳＫＰ２遺伝子の喪失もしくは完全な喪失、ＳＫＰ２遺伝子の突然変異および機能欠失を意味する場合があり、またはＳＫＰ２枯渇は、その遺伝子またはその他のものの喪失または突然変異から生じる低い遺伝子発現および低いタンパク質発現・機能を意味する場合がある。１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、癌を治療する方法おいて使用するために提供され、癌は１以上のＤＤＲバイオマーカーが枯渇し、場合により、ＳＫＰ２発現の減少、低下、低発現を示すか、または発現がない。
ＣＤＫＮ２Ａ遺伝子は、ｐ１６（ＩＮＫ４Ａ）およびｐ１４（ＡＲＦ）タンパク質をコードし、遺伝子ＣＤＫＮ２Ａという場合には、ＣＤＫＮ２Ａによりコードされるタンパク質を含む。ＣＤＫＮ２Ａ喪失は、低いタンパク質発現産物レベル、すなわち、ｐ１６（ＩＮＫ４Ａ）および／またはｐ１４（ＡＲＦ）の対照発現レベルよりも低い発現レベルにより評価することができ、すなわち、ＣＤＫＮ２Ａ遺伝子喪失の結果は、ｐ１６および／またはＰ１４の喪失である。
ＣＤＫＮ２Ａでは、一般にタンパク質が測定される。これは例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて達成することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤＫＮ２Ａの状態を検出するために、突然変異解析（例えば、ＤＮＡシークエンシング）が使用可能である。
ＢＡＰ１では、一般にタンパク質が測定可能である。これは例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて達成することができる。いくつかの実施形態では、細胞の場所も測定可能である。いくつかの実施形態では、ＢＡＰ１の状態を検出するために突然変異解析（例えば、ＤＮＡシークエンシング）が使用可能である。本明細書において発現が高いと識別されるバイオマーカーは、インターフェロンシグネチャー、またはＩＦＮシグネチャー、バイオマーカーと呼ばれる場合がある。それらはまた１型インターフェロン経路遺伝子とも呼ばれる。一般に、これらのバイオマーカーは、ｍＲＮＡとして検出される。従って、１以上のＩＦＮシグネチャーバイオマーカーのための測定技術としては、当技術分野で公知のように、ＲＴ－ＰＣＲまたはＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ解析などの定量的技術が含まれる。また、ＤＮＡを測定することもできる。いくつかの実施形態では、バイオマーカー遺伝子の状態を検出するために、コピー数変化（ＣＮＶ）解析および／または突然変異解析（例えば、ＤＮＡシークエンシング）を使用することができる。
本発明のバイオマーカーは、直接的または間接的に測定することができる。間接的測定は一般に、そのバイオマーカーの機能的上流または下流にあり、そのレベルがバイオマーカーのレベルと相関する分子の検出を含む。例えば、バイオマーカーが働く基質をバイオマーカーの間接的測定として使用することができる。１つの実施形態では、ＢＡＰ１レベルは、ヒストンＨ２Ａのユビキチン化のレベルを検出することにより測定してもよく、Ｈ２Ａのユビキチン化の上昇は一般に、ＢＡＰ１の低下を反映する。別の実施形態では、ＢＡＰ１枯渇は、ＥＺＨ２の発現または活性の上昇を判定することにより評価することができる。１つの実施形態では、ＳＫＰ２は、以上のＳＫＰ２基質の検出を介して間接的に検出することができる。典型的なＳＫＰ２基質はｐ２７である。本発明の１つの実施形態では、ＳＫＰ２レベルは、ｐ２７、ｐ２１、ｐ５７、Ｅ２Ｆ－１、ＭＥＦ、Ｐ１３０、Ｔｏｂ１、サイクリンＤ、サイクリンＥ、Ｓｍａｄ４、Ｍｙｃ、Ｍｃｂ、ＲＡＳＳＦ１Ａ、Ｆｏｘｏ１、Ｏｒｃ１ｐ、Ｃｄｔ１、Ｒａｇ２、Ｂｒｃａ２、ＣＤＫ９、ＭＰＫ１、および／またはＵＢＰ４３のうち１以上のレベルを測定することにより評価される。
ＤＤＲバイオマーカーの別の間接的測定として、ＤＤＲ欠損の下流読み出しがある。１つのこのような読み出しとして腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）がある。別の下流読み出しとしてマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）がある。これらの特徴に基づいて患者を階層化するための臨床アッセイが診療所ですでに使用されている。例えば、ＭＳＩ－ｈｉｇｈ（またはＭＳＩ－Ｈ）は、次世代シークエンシング（Next Generation Sequencing）、蛍光マルチプレックスＰＣＲおよびキャピラリー電気泳動、免疫組織化学、または単一分子分子反転プローブを含む技術を用いて判定され得る癌の周知の臨床定義である。さらに、ＴＭＢは、ＮＧＳ法を用いて測定することができる。腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）は、ゲノム不安定性およびＭＳＩのマーカーとして使用することができる。ＭＳＩ検査法（ＭＳＫ－ＩｍｐａｃｔおよびＦ１ＣＤｘ）としては、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）および腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）の両測定が含まれる。
以下の実施例のデータは、ＤＤＲバイオマーカー活性のうち１以上の枯渇、例えば、喪失（全面的または完全な喪失としても知られる）がＭＤＭ２アンタゴニストに対する癌細胞の感受性を予測することを示す。よって、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切な癌を識別するために、低レベルのＤＤＲバイオマーカーのうち１以上を使用することができる。特定の実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものであり得る。測定する複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２、一般には、機能欠失型ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２突然変異を含んでなる。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸ、一般には、機能欠失型ＡＴＲＸ突然変異を含んでなる。別の実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。さらなる実施形態では、ＭＭＲバイオマーカー枯渇は、ＭＳＩ（例えば、ＭＳＩ－Ｈｉｇｈ）および／または非感受性細胞と比較しての腫瘍遺伝子変異量の増加により示される。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。
いくつかの実施形態では、本発明の１または複数のバイオマーカーのレベルの低下は、癌細胞と比較して判定される。この癌：非癌の比較は特に有用であり得る。非癌細胞は一般に癌細胞と同じタイプの細胞である。非癌細胞は、同じ患者からのものであっても、違う患者からのものであっても、またはそのタイプの非癌細胞に関して知られている値であってもよい。このように、バイオマーカーレベル、例えば、発現または活性は、健康な個体で決定された対照レベルまたは正常な非増殖性組織で決定された対照レベルと比較することができる。
いくつかの他の実施形態では、本発明の１または複数のバイオマーカーのレベル、例えば、発現の低下は、ＭＤＭ２阻害剤非応答対象由来の癌細胞サンプルと比較して、またはＭＤＭ２阻害剤非応答対象由来の癌細胞サンプルにおいて判定される。非応答癌細胞は一般に、検査する癌細胞と同じ癌タイプの細胞である。非応答癌細胞は一般に、検査するサンプルとは異なる１もしくは複数の患者由来のものであり、またはその癌タイプの非応答癌細胞に関して知られている値であってもよい。
いくつかの実施形態では、患者は、１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性レベルが正常上限値（ＵＬＮ）よりも低い場合に、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補として識別することができる。１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上からのものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。
別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。いくつかの実施形態では、野生型と比較して機能欠失型突然変異を有するＡＴＭの存在により、ＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性が予測される。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。いくつかの実施形態では、野生型と比較して機能欠失型突然変異を有するＢＲＣＡ１の存在により、ＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性が予測される。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。いくつかの実施形態では、野生型と比較して機能欠失型突然変異を有するＢＲＣＡ２の存在により、ＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性が予測される。
別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。いくつかの実施形態では、野生型と比較して機能欠失型突然変異を有するＡＴＲＸの存在により、ＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性が予測される。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。
別の実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。
さらなる実施形態では、ＤＤＲバイオマーカー、例えば、ＭＭＲバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩ（例えば、ＭＳＩ－Ｈｉｇｈ）および／または腫瘍遺伝子変異量の増加（例えば、高いＴＭＢ、または非感受性癌細胞と比較しての増加）により識別される。
場合により、この方法は、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストを患者に投与する工程を含んでなり得る。
本明細書に記載の総ての側面および実施形態において、癌は一般にｐ５３野生型癌である。
１つの実施形態では、本発明は、癌、特に、ｐ５３野生型癌の治療において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、癌は、患者から取得した生物学的サンプル内の本発明のバイオマーカーの１以上によって特徴付けられる。
本発明の別の実施形態によれば、患者において癌を治療する方法が提供され、前記方法は、本発明の２つ以上のバイオマーカーの発現プロファイルに基づいて患者を選択する工程（特定の実施形態では、患者は、
患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性が低下している
ことに基づいて選択される）および場合により、次に、前記患者に治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストを投与する工程
を含んでなる。１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。別の実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。さらなる実施形態では、バイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩの上昇および／または腫瘍遺伝子変異量の増加により識別される。
本発明のさらなる実施形態によれば、患者における癌の治療において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記患者が前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーが低下しているまたは低いことで選択されていることを特徴とするＭＤＭ２アンタゴニストが提供される。１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を測定することを含んでなる。別の実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。さらなる実施形態では、バイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩの上昇（例えば、ＭＳＩ－Ｈｉｇｈ）および／または高い腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）により識別される。
特定の実施形態では、患者組織のサンプルは、癌のバイオマーカー発現プロファイルを判定するために、治療前に検査される。サンプルは一般に、１以上の癌細胞、癌ＤＮＡ、または循環腫瘍ＤＮＡを含んでなり得る。サンプルは、血液サンプルであり得る。サンプルは、腫瘍サンプル、例えば、腫瘍生検であり得る。検査はタンパク質、ｍＲＮＡ、ＤＮＡおよび／またはｃｔＤＮＡを検出するためのアッセイを含んでなり得る。
別の側面において、本発明は、癌がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に感受性があるかどうかを評価するためのバイオマーカーとしての、ヒト患者の癌細胞サンプルにおける本発明の１以上のバイオマーカーの発現レベルの使用を提供する。
さらなる態様において、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の応答性を予後判定または評価するための方法であって、癌患者由来のサンプルにおける本発明の１以上のバイオマーカーの発現レベルを評価すること、および検査された発現レベルがその癌をＭＤＭ２アンタゴニストで治療すべきことを示すかどうかを判定することを含んでなる方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本発明の１以上のバイオマーカーは、癌が効果的にアポトーシスを受ける可能性があることを示す。従って、いくつかの実施形態では、本発明は、治療が特に有効である患者を識別することができる。
いくつかの実施形態では、評価工程は、１または複数のバイオマーカーの発現レベルを決定するためのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを含んでなる。
いくつかの実施形態では、評価工程は、発現レベルをＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する応答性または非応答性に関連することが知られる発現レベルと比較することを含んでなる。いくつかの実施形態では、評価工程は、検査された発現レベルが、癌がＭＤＭ２アンタゴニストで治療可能であることを示すかどうか評価するために、観測された発現レベルと同じ様式で、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する感受性に関連する発現レベルを表す閾値と比較することを含んでなる。
いくつかの実施形態では、患者は、バイオマーカープロファイルに基づく群に分類される。これはＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に十分に（または強く）応答する可能性がある、または応答しない可能性があるとして患者を分類することを含み得る。
さらなる態様において、本発明は、ヒト癌患者がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切であるかどうかを決定する方法であって、
患者由来の癌細胞のサンプルにおいて本発明の１以上のバイオマーカーの発現または活性を検出すること；および
サンプル中のバイオマーカーの発現または活性レベルに基づき、患者の癌がＭＤＭ２アンタゴニストで治療される可能性があるかどうかを評価すること
を含んでなる方法を提供する。場合により、この側面の方法は、ＭＤＭ２アンタゴニストを用いて患者の癌を治療するさらなる工程を含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、患者の癌の治療において、抗癌化合物と併用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを提供し、前記患者の前記癌は、本発明の１以上のバイオマーカーを有するとして選択されたｐ５３野生型癌であることを特徴とする。
さらなる実施形態では、本発明は、患者の癌を治療する方法であって、前記患者の前記癌は場合によりｐ５３野生型癌であり、患者は本発明の１以上のバイオマーカーを、ＭＤＭ２アンタゴニスト治療が有効であることを示すレベルで有するとして選択されており、選択された患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストおよび場合により別の抗癌剤を投与することを含む方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切な癌に罹患している患者を識別する方法を提供し、前記方法は、本発明の１以上のバイオマーカーの発現を検出する、および場合により定量することを含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、患者（例えば、癌に罹患している患者）を選択する方法を提供し、前記方法は、本発明の１以上のバイオマーカーの発現を検出する、および場合により定量することにより患者を選択する工程を含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、癌患者がＭＤＭ２アンタゴニストによる療法に応答する可能性を決定する方法を提供し、その方法は、
患者由来の癌細胞サンプルにおけるＤＤＲバイオマーカーのうち１以上の発現の、対応する非癌細胞と比較した場合の低下の測定値を得ること；および
その測定に基づいて患者がＭＤＭ２アンタゴニストによる療法に応答する可能性があると判定すること
を含んでなる。１以上のＤＤＲバイオマーカーは、場合により以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲ、ＦＡおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来する。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上はＭＭＲ経路のものであり、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、
本発明の１以上のバイオマーカーを判定すること、
治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストを、本発明の１以上のバイオマーカーを有する患者に投与すること
を含んでなる、薬剤投与プロセスを提供する。
なおさらなる側面において、本発明は、癌に罹患しているヒト患者において本発明の１以上のバイオマーカーの発現を検出する方法を提供する。この方法は一般に、
（ａ）ヒト患者から癌細胞サンプルを取得すること；および
（ｂ）サンプリングされた癌細胞において前記バイオマーカーが発現しているかどうかを、バイオマーカーの発現を検出するためにサンプルを１以上の試薬と接触させることにより検出すること
を含んでなる。
なおさらなる側面において、本発明は、ヒト患者由来サンプルにおいてＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性に関する少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを検出するためのキットまたは装置を提供し、前記キットまたは装置は、本発明の１以上のバイオマーカーを検出するための１または複数の検出試薬を含んでなる。
さらなる態様において、本発明は、ヒト癌患者にＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する感受性があるかどうかを評価するためのシステムにあり、このシステムは、
ヒト患者由来のサンプルにおいて本発明の１以上のバイオマーカーを検出し得る、また検出するように適合された検出手段、
判定される１または複数のバイオマーカーから患者がＭＤＭ２アンタゴニストにより治療される可能性の指示を判定し得る、また判定するように適合されたプロセッサ
を含んでなる。
前記システムは場合により、情報を提示することができる、好ましくは、対象の年齢などの情報、ならびに場合により、性別および／または病歴情報などの他の患者情報も入れることができるインターフェース、特に、グラフィカルユーザーインターフェースへのデータ接続を含み、前記インターフェースはシステムの一部であるか、遠隔インターフェースである。場合により、前記項目の１以上、特にプロセッサは、「クラウドで」、すなわち、固定された機械上ではなく、インターネットベースのアプリケーションによって機能することが可能である。
本発明はまた、患者を識別およびスクリーニングする方法、組合せ、およびキットも提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者をスクリーニングまたは識別する方法であって
前記患者は、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現が低下しているかどうかを判定すること
を含んでなる方法を提供する。１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲ、ＦＡおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来する。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。別の実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。さらなる実施形態では、ＭＭＲバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、患者の応答者を識別する方法であって、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現が低下しているかどうか患者を検査することを含んでなる方法を提供する。１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲ、ＦＡおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来する。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。別の実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。別の実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、ＦＡ経路内のものである。さらなる実施形態では、ＭＭＲバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ａ）癌の治療を必要とする患者、場合により中皮腫などのｐ５３野生型癌を識別すること；
（ｂ）患者は、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現が低下していることを判定すること；および患者を治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストで治療すること
を含んでなる治療方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ａ）癌、場合により乳癌、卵巣癌、前立腺癌または膵臓癌の治療を必要とする患者を識別すること；
（ｂ）患者は、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現が低下していることを判定すること；および患者を治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストで治療すること
を含んでなる治療方法を提供する。
場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲ、ＦＡおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ａ）癌、場合により中皮腫の治療を必要とする患者を識別すること；
（ｂ）前記患者において本発明の１以上のバイオマーカー、場合により、ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲ経路のうち１以上に由来する１以上のＤＤＲバイオマーカーを判定すること；
ａ．場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭおよびＡＴＲＸのうち１つ、２つ、３つまたは４つを含んでなり；かつ／あるいは
ｂ．場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものであり；かつ／あるいは
ｃ．場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＭＭＲ経路内のもの、例えば、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２、ＭＬＨ３、ＰＯＬＥおよび／もしくはＰＯＬＤ１、ならびに／または突然変異シグネチャーＳＢＳ６、ＳＢＳ２６および／もしくはＳＢＳ２０のうち１以上であり、場合により、前記１以上のＭＭＲ経路ＤＤＲバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される；
（ｃ）ＭＤＭ２アンタゴニストが本発明の１以上のバイオマーカーを有する患者に有効であるという認識に基づき、患者の治療としてＭＤＭ２アンタゴニストを選択すること；
（ｄ）患者を治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストで治療すること
を含んでなる治療方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ａ）癌、場合により、乳癌、卵巣癌、前立腺癌または膵臓癌の治療を必要とする患者を識別すること；
（ｂ）患者において本発明の１以上のバイオマーカー、、場合により、ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲ経路のうち１以上に由来する１以上のＤＤＲバイオマーカーを判定すること；
ａ．場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭおよびＡＴＲＸのうち１つ、２つ、３つまたは４つを含んでなる、またはからなり；かつ／あるいは
ｂ．場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものであり；かつ／あるいは
ｃ．場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＭＭＲ経路内のもの、例えば、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２、ＭＬＨ３、ＰＯＬＥおよび／もしくはＰＯＬＤ１、ならびに／または突然変異シグネチャーＳＢＳ６、ＳＢＳ２６および／もしくはＳＢＳ２０のうち１以上であり、場合により、前記１以上のＭＭＲ経路ＤＤＲバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される；
（ｃ）ＭＤＭ２アンタゴニストが本発明の１以上のバイオマーカーを有する患者に有効であるという認識に基づき、患者の治療としてＭＤＭ２アンタゴニストを選択すること；
（ｄ）患者を治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストで治療すること
を含んでなる治療方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、癌患者の治療を選択する方法であって、
（ａ）１以上の生物学的サンプルをアッセイし、それにより、患者において本発明の１以上のバイオマーカーを判定すること；
（ｂ）その判定に基づき、その患者に治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストによる治療を選択すること
を含んでなる方法を提供する。
１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーは、ＨＲ経路に由来するものであり、ＬＩＧ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＮＢＮ、ＰＡＲＧ、ＰＡＲＰ１、ＰＡＲＰＢＰ、ＲＡＤ５０、ＴＰ５３ＢＰ１、ＸＲＣＣ２、ＸＲＣＣ３、ＥＸＯ１、ＰＣＮＡ、ＰＯＬＤ１、ＰＯＬＤ２、ＰＯＬＤ３、ＰＯＬＤ４、ＲＦＣ１、ＲＦＣ２、ＲＦＣ３、ＲＦＣ４、ＲＦＣ５、ＲＰＡ１、ＲＰＡ２、ＲＰＡ３、ＲＰＡ４、ＢＡＲＤ１、ＢＬＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＩＰ１、ＤＭＣ１、ＤＮＡ２、ＥＩＤ３、ＥＭＥ１、ＥＭＥ２、ＥＲＣＣ１、Ｈ２ＡＦＸ、ＨＥＬＱ、ＨＦＭ１、ＩＮＯ８０、ＫＡＴ５、ＭＵＳ８１、ＮＦＡＴＣ２ＩＰ、ＮＳＭＣＥ１、ＮＳＭＣＥ２、ＮＳＭＣＥ３、ＮＳＭＣＥ４Ａ、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＰ２、ＰＡＸＩＰ１、ＰＯＬＨ、ＰＯＬＱ、ＰＰＰ４Ｃ、ＰＰＰ４Ｒ１、ＰＰＰ４Ｒ２、ＰＰＰ４Ｒ４、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５２、ＲＡＤ５４Ｂ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＢＢＰ８、ＲＤＭ１、ＲＥＣＱＬ、ＲＥＣＱＬ４、ＲＥＣＱＬ５、ＲＭＩ１、ＲＭＩ２、ＲＴＥＬ１、ＳＨＦＭ１、ＳＬＸ１Ａ、ＳＬＸ１Ｂ、ＳＬＸ４、ＳＭＡＲＣＡＤ１、ＳＭＣ５、ＳＭＣ６、ＳＰＯ１１、ＳＷＳＡＰ１、ＴＯＰ３Ａ、ＴＯＰ３Ｂ、ＵＩＭＣ１、ＷＲＮ、および／またはＺＳＷＩＭ７から選択される１以上のＨＲ遺伝子である。
さらなる実施形態では、本発明は、患者（例えば、癌に罹患している患者）にＭＤＭ２アンタゴニストによる治療を選択するためのプロセスであって、前記患者は、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現が低下している、または低いことで選択されていることを特徴とするプロセスを提供する。場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、患者における癌の治療において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記患者は、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカー発現または活性が低下していることを特徴とする、ＭＤＭ２アンタゴニストを提供する。場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、患者において癌を治療するためのキットを提供し、前記キットは、本発明の１以上のバイオマーカーの検出および／もしくは定量のためのバイオセンサー、ならびに／または本発明の１以上のバイオマーカーの検出のための試薬を、場合により、本明細書に定義されるような方法に従うキットの使用説明書とともに含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、癌を有する個人のＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する応答性を判定する方法であって、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性の低下を検出することを含んでなる方法を提供し、場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、癌を有する個人のＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する応答性を判定する方法であって、
前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性が低下している患者を識別すること；次いで
治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストを前記患者に投与すること
を含んでなる方法を提供する。
前記１以上のＤＤＲバイオマーカーは、場合により、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲ、ＦＡおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、患者において癌を治療する方法を提供し、前記方法は、前記患者から取得した生物学的サンプル内の１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性が低下している患者を選択する工程を含んでなる。場合により、１以上のＤＤＲ バイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上はＭＭＲ経路のものであり、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ｉ）１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性の判定を指示すること、場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである；および
（ｉｉ）；１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが低下している患者に治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストを投与すること
を含んでなる薬剤投与プロセスを提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ｉ）ＭＤＭ２アンタゴニスト；
（ｉｉ）本明細書に記載のバイオマーカープロファイルを用いて識別された患者の治療におけるＭＤＭ２アンタゴニストの使用説明を詳説した患者用添付文書
を含んでなる包装医薬製剤を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、患者において癌を治療する方法を提供し、前記方法は、
（ｉ）１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性レベルを判定するために、患者由来のサンプルをプライマー、抗体、基質またはプローブと接触させること；
ａ．場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＦＡ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものであり；
ｂ．場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１ ＢＲＣＡ２および／またはＡＴＲＸを含んでなり；
ｃ．場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＭＬＨ３、ＰＭＳ２、ＰＯＬＥおよび／またはＰＯＬＤ１突然変異を含んでなり、場合により、癌は、突然変異シグネチャーＳＢＳ６、ＳＢＳ２６および／またはＳＢＳ２０を含んでなり；
ｄ．場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものであり；かつ／あるいは
ｅ．場合により、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別され得る；
（ｉｉ）前記患者から取得した生物学的サンプルにおいて１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが低下している患者を選択すること；
（ｉｉｉ）次いで、工程（ｉｉ）で選択された前記患者に治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストを投与すること
を含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者を識別するための方法を提供し、前記方法は、
（ａ）患者由来のサンプルを複数のオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、前記複数のプライマーは、任意の１以上のＤＤＲバイオマーカーに対する少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含んでなる；
（ｂ）前記サンプルにＰＣＲを実施してサンプル中に遺伝子発現産物／転写産物を増幅させること；
（ｃ）前記遺伝子のうちの少なくとも１つの発現産物のレベルを決定すること；および
（ｄ）前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルが正常上限値（ＵＬＮ）よりも低い場合に前記患者をＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補として識別すること
を含んでなる。
患者は場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現レベルが正常上限値（ＵＬＮ）よりも低い（例えば、下回る）場合に、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補として識別され得る。場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＦＡ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ突然変異を含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者を識別するための方法を提供し、前記方法は、
（ａ）者由来のサンプルを本発明の１以上のバイオマーカーに対する抗体と接触させること；
（ｂ）前記サンプルにアッセイを実施すること；
（ｃ）本発明の１以上のバイオマーカーのレベルを決定すること；および
（ｄ）本発明の１以上のバイオマーカーのレベルが正常上限値（ＵＬＮ）よりも上昇または低下している場合に、前記患者をＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補として識別すること
を含んでなる。
パート（ｂ）のアッセイは、免疫組織化学アッセイであり得るか、またはそれを含んでなり得る。いくつかの実施形態では、アッセイは、ＥＬＩＳＡであり得るか、またはそれを含んでなり得る。患者由来のサンプルが１以上のＤＤＲバイオマーカーに対する抗体と接触される場合、一般に前記サンプルに免疫組織化学アッセイが実施され、１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが正常上限値（ＵＬＮ）よりも低い（または存在しない）場合に、前記患者はＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補として識別される。
ひと度、患者が治療のために識別されれば、本明細書に記載の方法は、患者の癌をＭＤＭ２アンタゴニストで治療することをさらに含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、癌のＭＤＭ２アンタゴニスト療法を受けるための癌患者を選択する方法であって、
（ａ）患者由来の生物学的サンプルにおいて１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを決定すること；
１以上のＤＤＲバイオマーカーは、場合により、ＨＲ、ＦＡ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲ経路のうち１以上に由来するものであり；かつ／あるいは
測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、場合により、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／またはＡＴＲＸを含んでなり；かつ／あるいは
測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、場合により、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２、ＭＬＨ３、ＰＯＬＥおよび／またはＰＯＬＤ１を含んでなり、場合により、癌は、突然変異シグネチャーＳＢＳ６、ＳＢＳ２６および／またはＳＢＳ２０を含んでなり；かつ／あるいは
ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、場合により、ＦＡ経路内のものであり；かつ／あるいは
ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、場合により、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される；ならびに
（ｂ）患者由来の生物学的サンプルにおける１以上のＤＤＲバイオマーカーのＤＤＲバイオマーカーのレベルが生物学的サンプルにおける所定の値よりも低い患者を、所定値以上の患者から選択すること
を含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、患者における癌に対するＭＤＭ２アンタゴニストの有効性を予測するため、または癌に対するＭＤＭ２アンタゴニストへの癌患者の応答を予測するための方法であって、患者由来の生物学的サンプルにおける１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを決定することを含んでなり、１以上のＤＤＲバイオマーカーの生物学的サンプルレベルが所定の値に等しいか、または一般に低い場合に、患者における有効性が示される方法を提供する。場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカーは、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは総て同じ経路のものであってもよいし、または異なる経路に由来するものであってもよい。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。１つの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２および／またはＭＬＨ３のうち１以上を含んでなる。さらなる実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥを含んでなる。いくつかの実施形態では、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうちの１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。
１つの実施形態では、患者は、ＬＩＧ１、ＭＲＥ１１Ａ、ＮＢＮ、ＰＡＲＧ、ＰＡＲＰ１、ＰＡＲＰＢＰ、ＲＡＤ５０、ＴＰ５３ＢＰ１、ＸＲＣＣ２、ＸＲＣＣ３、ＥＸＯ１、ＰＣＮＡ、ＰＯＬＤ１、ＰＯＬＤ２、ＰＯＬＤ３、ＰＯＬＤ４、ＲＦＣ１、ＲＦＣ２、ＲＦＣ３、ＲＦＣ４、ＲＦＣ５、ＲＰＡ１、ＲＰＡ２、ＲＰＡ３、ＲＰＡ４、ＢＡＲＤ１、ＢＬＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＩＰ１、ＤＭＣ１、ＤＮＡ２、ＥＩＤ３、ＥＭＥ１、ＥＭＥ２、ＥＲＣＣ１、Ｈ２ＡＦＸ、ＨＥＬＱ、ＨＦＭ１、ＩＮＯ８０、ＫＡＴ５、ＭＵＳ８１、ＮＦＡＴＣ２ＩＰ、ＮＳＭＣＥ１、ＮＳＭＣＥ２、ＮＳＭＣＥ３、ＮＳＭＣＥ４Ａ、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＰ２、ＰＡＸＩＰ１、ＰＯＬＨ、ＰＯＬＱ、ＰＰＰ４Ｃ、ＰＰＰ４Ｒ１、ＰＰＰ４Ｒ２、ＰＰＰ４Ｒ４、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５２、ＲＡＤ５４Ｂ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＢＢＰ８、ＲＤＭ１、ＲＥＣＱＬ、ＲＥＣＱＬ４、ＲＥＣＱＬ５、ＲＭＩ１、ＲＭＩ２、ＲＴＥＬ１、ＳＨＦＭ１、ＳＬＸ１Ａ、ＳＬＸ１Ｂ、ＳＬＸ４、ＳＭＡＲＣＡＤ１、ＳＭＣ５、ＳＭＣ６、ＳＰＯ１１、ＳＷＳＡＰ１、ＴＯＰ３Ａ、ＴＯＰ３Ｂ、ＵＩＭＣ１、ＷＲＮ、および／またはＺＳＷＩＭ７から選択されるもう１つのＨＲ経路バイオマーカー遺伝子の測定に基づいてＭＤＭ２アンタゴニスト治療に関して選択される。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療を必要とする癌を有する患者を選択する方法を提供し、その方法は、患者から取得した腫瘍サンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカーが低レベルかどうか検査することを含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、癌を治療する方法であって、（ｉ）癌に罹患している患者または癌に罹患している可能性のある患者から取得した腫瘍サンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカーが喪失しているかどうか検査すること、および（ｉｉ）サンプルを採取した患者にＭＤＭ２アンタゴニストを投与することを含んでなる方法を提供する。場合により、（ｉ）の１以上のＤＤＲバイオマーカーは、ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲおよび／またはＢＥＲ経路のうち１以上に由来するものである。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／またはＡＴＲＸを含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩおよび／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２ ＭＬＨ３、ＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥのうち１以上を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療から利益を得る可能性が最も高い癌を有する患者を識別する方法であって、患者から取得した腫瘍サンプルにおいて本発明のバイオマーカーのうち１以上のレベルを測定すること、および存在するレベルに応じて前記患者がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療から利益を得る可能性があるかどうかを識別することを含んでなる方法を提供する。
本発明のいくつかの実施形態は、１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失を示す１以上のＤＤＲバイオマーカーの突然変異の存在を検出することを含んでなる。これらの突然変異は、正常な非増殖性組織でまたは突然変異が存在しない場合に決定された対照レベルと比較することができる。
本発明は、様々に、癌患者がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に従うかどうかを判定する方法；ＭＤＭ２アンタゴニストによる阻害に対する腫瘍細胞成長の感受性を予測する方法；ＭＤＭ２アンタゴニストを含む癌療法に対する対象の癌の応答性を予測する方法；癌を有する対象のための治療計画を開発する方法；ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療レジメンに応答性または感受性のある患者の識別のためのｉｎ ｖｉｔｒｏ法を提供する。これらの方法は一般に、サンプル、一般に腫瘍サンプルにおける本発明の１以上のバイオマーカーのレベルを参照レベルと比較すること、およびＭＤＭ２アンタゴニストを含む癌療法による治療へのその癌の応答性を予測することを含んでなる。１つの実施形態では、これらの方法は、１以上、例えば、２以上、または３以上、または４以上、または５以上、または６以上、または７以上、または８以上、または９以上、または１０以上、または１１以上の本明細書に記載のバイオマーカーを分析することを含んでなる。１つの実施形態では、１以上のバイオマーカーはＡＴＭを含む。１つの実施形態では、１以上のバイオマーカーはＡＴＭを含まない。１つの実施形態では、１以上のバイオマーカーはＡＴＲを含まない。１つの実施形態では、１以上のバイオマーカーはＢＲＣＡ１またはＢＲＡＣ２を含む。１つの実施形態では、２以上のバイオマーカーはＢＲＣＡ１およびＢＲＡＣ２を含む。１つの実施形態では、２以上のバイオマーカーはＢＡＰ１およびＣＤＫＮ２Ａを含む。１つの実施形態では、２以上のバイオマーカーはＡＴＭを含む。１つの実施形態では、２以上のバイオマーカーはＡＴＲを含む。
さらなる実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補となる腫瘍を有する患者が化合物による治療に応答する可能性を予測するためのｉｎ ｖｉｔｒｏ法であって、（ａ）患者から採取した１以上の組織サンプルにおける１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを決定する工程を含み、（ｉ）１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失（例えば、少なくとも１つの正常な非増殖性組織の参照値との比較）は、患者にその治療に応答する可能性があることを示し、かつ／または（ｉｉ）正常または高レベルの１以上のＤＤＲバイオマーカーは、患者はその治療に応答する可能性が低いことを示す方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、（ａ）１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを測定または定量すること；（ｂ）前記１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを比較し（例えば、健康な個体で決定された対照レベルと比較）（例えば、正常な非増殖性組織で決定された対照レベルと比較）、１以上のＤＤＲバイオマーカーに喪失があれば（例えば、正常な非増殖性組織で決定された対照レベルと比較）、患者をＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切であるとして識別することを含んでなるアッセイを提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、
（ｉ）患者から取得した生物学的サンプルを抗体（例えば、１以上のＤＤＲバイオマーカーに特異的な抗体）と接触させること；
（ｉｉ）サンプルを洗浄して、結合していない抗体を除去すること；
（ｉｉｉ）結合した抗体からのシグナルの強度を測定すること；
（ｉｖ）測定されたシグナルの強度を参照値と比較し、測定された強度が参照値よりも高ければ；
（ｖ）患者から取得した生物学的サンプルを
ａ．プライマー（例えば、任意の１以上のＤＤＲバイオマーカーに対する少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマー対）、
ｂ．抗体（例えば、１以上のＤＤＲバイオマーカーに特異的な抗体）、および／または
ｃ．１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失を示す遺伝子または突然変異体に対するプライマー
と接触させること；
（ｖｉ）サンプル中の遺伝子発現産物／転写産物を増幅させるために、前記サンプルにＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲまたは次世代シークエンシングを実施すること；
（ｖｉｉ）前記遺伝子のうち少なくとも１つの発現産物のレベルを決定すること；および
（ｖｉｉｉ）対象をＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切である確率が高いとして識別すること
を含んでなるアッセイを提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、癌を治療する方法であって、シークエンシングまたはイムノアッセイで決定した場合に腫瘍サンプルにおいて１以上のＤＤＲバイオマーカーが喪失している対象にＭＤＭ２アンタゴニストを投与することを含んでなる方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、必要とする患者にＭＤＭ２アンタゴニストを投与する方法であって、
（１）１以上のＤＤＲバイオマーカーの患者レベルを決定すること；
（２）（１）で決定された腫瘍の、上記に列挙した遺伝子および遺伝子型のレベルに基づいて患者に表現型を割り当てること、この表現型は、低感受性（Ｐ）、中間（Ｉ）、および感受性（Ｓ）から選択され、前記表現型は、腫瘍の遺伝子レベルに基づいて割り当てられる；および
（３）表現型Ｓの患者にＭＤＭ２アンタゴニストを投与すること
を含んでなる方法を提供する。
１つの実施形態では、Ｍｙｒｉａｄ ＭｙＣｈｏｉｃｅ ＣＤｘ（Ｍｙｒｉａｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｃ．、ソルトレイクシティ、ユタ州、ＵＳＡからのＦＤＡ承認腫瘍検査）からの相同組換え欠損（ＨＲＤ）スコアを、ＢＲＣＡ１およびＢＲＣＡ２変異体を調べ、３つのバイオマーカー：異型接合性の喪失、テロメアアレルの不均衡(telomeric allelic imbalance)および大規模状態遷移(large-scale state transitions)を用いてゲノム不安定性を評価することにより相同組換え欠損の状態を判定するために使用する。ＨＲＤ陽性は、ＨＲＤスコア＞＝４２およびＨＲＤとして定義され、陰性は＜４２である。
Ｍｙｒｉａｄ ｍｙＣｈｏｉｃｅ（登録商標）ＣＤｘ次世代シークエンシングベースのｉｎ ｖｉｔｒｏ診断検査では、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍組織検体から単離したＤＮＡを用いて、一塩基変異体、挿入および欠失の定性的な検出と分類、ならびにＢＲＣＡ１およびＢＲＣＡ２遺伝子のタンパク質コード領域およびイントロン／エキソン境界の大規模再配列変異体を評価し、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）、テロメリックアレリック不均衡（ＴＡＩ）、大規模状態遷移（ＬＳＴ）のアルゴリズム測定であるゲノム不安定性スコア（ＧＩＳ）を決定する。
この検査結果は、ＢＲＣＡ１もしくはＢＲＣＡ２遺伝子の有害な変異もしくはその疑いのある変異の陽性判定結果のために、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療（承認された治療薬の添付文書に従って承認された場合）に適格である、あるいはＢＲＣＡ１もしくはＢＲＣＡ２遺伝子の有害な変異もしくはその疑いのある変異の陽性判定結果、または陽性ゲノム不安定性スコアのために適格となり得る、相同組換え欠損（ＨＲＤ）の状態が陽性の癌患者を識別する際の補助として使用することができる。
１つの実施形態では、ＭＳＩ検査が実施される。ＭＳＩ検査は、不安定性の検出のためのＰＣＲベースアッセイを用いて、新鮮な冷凍腫瘍組織またはパラフィン包埋腫瘍組織に実施することができる。
国立癌研究所ワークショップは、ＭＳＩの判定に必要な５つのマイクロサテライトマーカーについて合意し、これには２つのモノヌクレオチドマーカー（ＢＡＴ２５／２６）と３つのジヌクレオチドマーカー（Ｄ２Ｓ１２３、Ｄ５Ｓ３４６、およびＤ１７Ｓ２５０）が含まれる。プロファイルの解釈には、各患者の正常ＤＮＡとの比較が必要である。正常ＤＮＡとのマッチング解析を避けるため、準単型性一塩基マーカーにのみ基づく代替分子法が開発された。この方法は、オリジナルのＮＣＩパネルよりも特異度および感度が高いことが証明されている(J Clin Oncol. 2006 Jan 10; 24(2):241-51.)。
ＭＳＩの状態に基づいて、ＣＲＣなどの癌は３群に分類される：ＭＳＩ－Ｈは５つのマイクロサテライトマーカーのうち２つ以上が不安定性を示す場合、ＭＳＩ－Ｌ（低頻度ＭＳＩ）は５つのマーカーのうち１つだけが不安定性を示す場合、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）はどのマーカーも不安定性を示さない場合である(Cancer Res. 1998 Nov 15; 58(22):5248-57.)。
ＩＨＣは、広く利用可能な代替検査であり、分子検査室を必要とせず、そのタンパク質産物の欠損を検出することにより罹患遺伝子を同定できるという利点がある。ＩＨＣ検査のもう１つの利点は、特定のミスマッチ遺伝子産物（ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、およびＰＭＳ２）の欠損が生殖細胞系列検査をその特定の遺伝子に向けることができ、患者の識別に役立つことである。ミスマッチ修復欠損（ｄＭＭＲ）は高頻度マイクロサテライト不安定性（Ｈ－ＭＳＩ）と関連し、ｄＭＭＲ検査はＩＨＣを介して行うこともできる。
Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｉｎｔ ２０， １６ （２０２０）には、ＮＧＳ（次世代シークエンシング）、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）、ＣＥ（キャピラリー電気泳動）、ＩＨＣ（免疫組織化学）、ｓｍＭＩＰｓ（単一分子分子反転プローブ）を含むマイクロサテライト不安定性検出法の概要が収載されている。
さらなる実施形態では、本発明は、癌腫瘍が１以上のＤＤＲバイオマーカーを喪失している患者における癌の治療において使用するための、薬剤の製造におけるＭＤＭ２アンタゴニストの使用を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、本明細書に記載の方法に従ってＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に応答する可能性があるとして識別された患者の癌の治療において使用するための薬剤の製造におけるＭＤＭ２アンタゴニストの使用を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、一緒に包装された、薬学上許容可能な担体中のＭＤＭ２アンタゴニスト薬およびその癌（例えば、中皮腫、腎臓腫瘍、または膠芽腫）の薬剤が、レベルを測定するために使用するアッセイ方法で判定した場合に本明細書で特定される１または複数のバイオマーカーのレベルに基づき癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を含んでなる製品を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、１以上のＤＤＲバイオマーカーが喪失している癌患者を治療するためのＭＤＭ２アンタゴニスト薬の使用を標的聴衆に奨励することを含む、ＭＤＭ２アンタゴニスト薬の広告方法を提供する。
さらなる実施形態では、本発明は、癌患者の腫瘍（例えば中皮腫）を、ＭＤＭ２を標的とする治療薬もしくは治療薬の組合せによる治療から利益を得る可能性があるか、または治療薬もしくは治療薬の組合せによる治療から利益を得る可能性がないとして識別するように構成された装置を提供する。装置は、ＭＤＭ２を標的とする治療薬または治療薬の組合せによる治療から利益を得る可能性があるかないかのいずれかとして患者を識別するために、１以上のＤＤＲバイオマーカー遺伝子のレベル、および／または１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失に関する、腫瘍または血液ベースのサンプルからのシークエンシングデータまたはイムノアッセイデータを保存するストレージデバイスを含んでなり得る。
本明細書に記載の方法の１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが低いかまたは存在しない（例えば、喪失している）場合に、患者にＭＤＭ２アンタゴニストを投与する。
本明細書に記載の方法の別の実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが高い（または存在する）場合に、患者にＭＤＭ２アンタゴニストを投与しない。
特定の実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ＭＤＭ２アンタゴニストではない付加的癌治療薬と組み合わせて患者に投与することができる。１つの実施形態では、本発明の少なくとも１つのバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストと以下の（ｉ）～（ｘｌｉｘ）に記載の薬剤との併用で治療するための患者を選択するために使用することができる。
特定の実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、例えば、ＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させるために、ＭＤＭ２アンタゴニストへの感受性を誘導するための薬剤と組み合わせて患者に投与することができる。
特定の実施形態では、患者において癌を治療する方法は、
（ａ）前記患者から取得した生物学的サンプル内のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のレベルが正常であるかまたは高い患者を選択する工程；および
（ｂ）工程（ａ）で選択された前記患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニスト、例えば、ＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させることによりＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬を投与する工程
を含んでなる。
１つの実施形態では、１以上のＤＤＲ経路遺伝子産物のレベルを低下させるための薬剤は、ＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物の阻害剤である。
１つの実施形態では、１以上のＤＤＲ経路遺伝子産物のレベルを低下させるための薬剤は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭおよび／またはＡＴＲＸの阻害剤である。
図１：デュアル機能欠失型ＣＲＩＳＰＲスクリーンにより、化合物１に対する第１の増感経路としてＤＤＲが特定された。（Ａ）Ｈｏｒｉｚｏｎ ＣＲＩＳＰＲデータ：ＣＲＩＳＰＲヒットのネットワーク解析では、ファンコーニ貧血経路の濃縮が示された（Ｈｏｒｉｚｏｎのイオインフォマティクス解析）。（Ｂ）遺伝子セットエンリッチメント解析（ＧＳＥＡ）では、他のＤＤＲ経路の濃縮が示された（所内イオインフォマティクス解析）。（Ｃ）中皮腫アポトーシス細胞株における複製ストレス遺伝子発現シグネチャー。 図２：ＡＴＭ突然変異は、化合物１に対する感受性の増大に関連している。（Ａ）ＡＴＭ変異癌細胞株は、公開ＤｅｐＭＡＰ ＲＮＡｉデータ（バージョン２０Ｑ４）に基づくＡＴＭ野生型細胞株と比較して有意にＭＤＭ２に依存する。（Ｂ）アポトーシス中皮腫細胞株および非アポトーシス中皮腫細胞株におけるＡＴＭ変異の状態。（Ｃ）ＡＴＭ変異細胞株における増殖の低下。（Ｄ）ＡＴＭ変異細胞株におけるアポトーシス誘導。（Ｅ）ＡＴＭ変異細胞株におけるＤＤＲシグナル伝達の調節。（Ｆ）ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭ変異患者由来オルガノイドにおける増殖の低下をまとめた表。（Ｇ）ＢＲＣＡ２野生型患者由来オルガノイドと比較した乳癌由来ＢＲＣＡ２突然変異体における増殖の低下。 図３：ＡＴＲＸは細胞パネル解析からの追加ヒットである。Ｐ５３野生型細胞株のみを対象とし、総ての適応症を総合的に用いた細胞パネルデータのバイオインフォマティクス解析。化合物１の感受性のゲノムの特徴との関連を調べるために用いたＡＮＯＶＡ法。ＡＴＲＸ欠損が感受性と有意に関連すると予測された。（Ａ）ボルカノプロット（感受性／耐性の予測バイオマーカーのＡＮＯＶＡ結果）。（Ｂ）ＡＴＲＸ欠損細胞株とＡＴＲＸ野生型細胞株の活性領域の箱ひげ図。 図４：マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の状態および感受性。（Ａ）細胞パネルにおけるＭＳＩ－Ｈ癌細胞株の活性領域および腫瘍遺伝子変異量を列挙した表。（Ｂ）種々の適応症由来のＭＳＩ－Ｈ癌細胞株における増殖の低下。（Ｃ）６種類のＭＳＩ－Ｈ直腸結腸癌由来患者由来オルガノイドにおける増殖の低下。（Ｄ）直腸結腸癌のＭＳＩ－Ｈ異種移植モデルにおいて腫瘍成長の低下を示ｉｎ ｖｉｖｏ有効性試験。 図５：Razqallah Hakem, EMBO J (2008) 27:589-605から改変した主要ＤＤＲ経路のまとめ。四角で強調したものは、本発明者らにより特定のバイオマーカーがＭＤＭ２拮抗作用に対する感受性マーカーとして特定されたＤＮＡ修復する経路である。 図６：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸のＸ線粉末回折図形。 図７：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸のＤＳＣスキャン。
発明の具体的説明
定義
用語「ＭＤＭ２阻害剤」および「ＭＤＭ２アンタゴニスト」は、同義語として使用され、本明細書に記載のまた上記のようなそのイオン、塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、Ｎ－オキシド、エステル、プロドラッグ、同位体および保護形態（好ましくは、その塩または互変異性体または異性体またはＮ－オキシドまたは溶媒和物、より好ましくは、その塩または互変異性体またはＮ－オキシドまたは溶媒和物）を含む本明細書に記載されるような、ＭＤＭ２化合物またはＭＤＭ２化合物の類似体を定義する。
「ＭＤＭ２アンタゴニスト」は、１以上のＭＤＭ２ファミリーメンバー、特に、ＭＤＭ２およびＭＤＭ４（ＭＤＭｘとも呼ばれる）のアンタゴニストを意味する。用語「アンタゴニスト」は、一種の受容体リガンドまたはアゴニストを介した生物学的応答を遮断するまたは低下させる薬剤を指す。アンタゴニストはそれらの同族受容体に親和性は有するが、拮抗有効性は持たず、結合は相互作用を妨げ、受容体でのいずれのリガンド（例えば、内因性リガンドまたは基質、アゴニストまたは逆アゴニスト）の機能も阻害する。この拮抗作用は直接的にまたは間接的に生じる場合があり、任意の機構により任意の生理学的レベルで媒介され得る。結果として、リガンドの拮抗作用は、異なる状況下では、それ自体機能的に異なる形で現れることがある。アンタゴニストは受容体の活性部位もしくはアロステリック部位に結合することでその作用を媒介するか、またはアンタゴニストは受容体の活性の生物学的調節に通常関与しないユニークな結合部位で相互作用し得る。アンタゴニストの活性は、アンタゴニスト－受容体複合体の寿命によって、ひいてはアンタゴニスト受容体結合の性質によって可逆的であったり不可逆的であったりする。
「効力」とは、ある強度の効果をもたらすのに必要な量で表される薬物活性の尺度である。効力の高い薬物は、低濃度でより大きな応答を引き起こす。効力は親和性と有効性に比例する。親和性とは、薬物が受容体に結合する能力である。有効性とは、受容体の占有率と、分子、細胞、組織またはシステムレベルで応答を誘発する能力との関係である。
本明細書で使用する場合、例えば本明細書に記載されるようなＭＤＭ２／ｐ５３とともに使用される（そして例えば様々な生理学的プロセス、疾患、状態、病態、療法、治療または介入に適用される）「介して」という用語は、その用語が適用される様々なプロセス、疾患、状態、病態、治療および介入が、タンパク質が生物学的役割を果たすものとなるように、限定的に作用することが意図される。この用語が疾患、状態または病態に適用される場合、タンパク質が果たす生物学的役割は直接的であっても間接的であってもよく、疾患、状態または病態の症状の発現（またはその病因もしくは進行）に必要かつ／または十分であり得る。従って、タンパク質の機能（特に、過剰発現または過小発現などの異常な機能レベル）は、必ずしも疾患、状態または病態の近因である必要はなく、介在する疾患、状態または病態には、対象タンパク質が部分的にしか関与しない多因子性の病因および複雑な進行を有するものが含まれることが企図される。この用語が治療、予防または介入に適用される場合、タンパク質が果たす役割は直接的であっても間接的であってもよく、治療、予防または介入の結果に必要かつ／または十分であり得る。従って、タンパク質が介在する病的状態または病態には、特定の抗癌剤または治療に対する耐性の発現が含まれる。
病態、すなわち状態、障害または疾患を治療するという文脈で本明細書において使用される「治療」という用語は、一般に、ヒトまたは動物のため（例えば、獣医学的適用におけるもの）であるかどうかを問わず、何らかの所望の治療効果、例えば、病態の進行の抑制が達成される治療および療法に関し、進行速度の低下、進行速度の停止、病態の改善、治療される病態に関連するまたは治療される病態により引き起こされる少なくとも１つの症状の軽減または緩和、および病態の治癒を含む。例えば、治療とは、障害の１もしくは複数の症状の軽減、または障害の完全な根絶であり得る。
病態、すなわち状態、障害または疾患を治療するという文脈で本明細書において使用される「予防」という用語（すなわち、予防的手段としての化合物の使用）は、一般に、ヒトまたは動物のため（例えば、獣医学的適用におけるもの）であるかどうかを問わず、何らかの所望の予防効果、例えば、疾患の発生の予防または疾患からの保護が達成される予防または回避に関する。予防には、ある障害の総ての症状を無期限に完全かつ全面的に阻止すること、疾患の１もしくは複数の症状の発現を単に遅らせること、または疾患が発生しにくくすることが含まれる。
癌などの病状または病態の予防または治療という場合には、その範囲に、例えば癌の発生率を緩和または低減することも含む。
本発明の組合せは、別個に投与した場合の個々の化合物／薬剤の治療効果に対して、治療上有効な効果をもたらし得る。
用語「有効」には、相加性、相乗作用、副作用の軽減、毒性の軽減、病勢進行までの期間の延長、生存期間の延長、ある薬剤の別の薬剤に対する増感もしくは再増感、または応答率の改善などの有利な効果が含まれる。有利なことに、有効な効果は、患者に投与する各成分またはいずれかの成分の用量を減らし、それにより化学療法の毒性を軽減するとともに、同じ治療効果を精製および／または維持することを可能とする。本文脈における「相乗的」効果とは、組合せによって生じる、個別に提示された場合の組合せの薬剤の治療効果の合計よりも大きい治療効果を指す。本文脈における「相加的」効果とは、組合せによって生じる、個々に提供された場合の組合せの薬剤のいずれかの治療効果よりも大きい治療効果を指す。用語「応答率」は、本明細書で使用する場合、固形腫瘍の場合では、所与の時点、例えば１２週間における腫瘍の大きさの減少の程度を指す。従って、例えば、５０％の応答率は、５０％の腫瘍サイズ低減を意味する。本明細書において「臨床応答」という場合には、５０％以上の応答率を指す。本明細書において「部分応答」とは、５０％未満の応答率として定義される。
本明細書で使用する場合、２つ以上の化合物および／または薬剤に適用される「組合せ」という用語は、２つ以上の薬剤が会合された材料を定義することを意図する。この文脈における「組合せ」および「組み合わせる」という用語は、それに応じて解釈される。
組合せにおける２つ以上の化合物／薬剤の会合は、物理的であっても非物理的であってもよい。物理的に会合された組合せ化合物／薬剤の例としては、以下が挙げられる：
・２つ以上の化合物／薬剤を（例えば同一単位用量として）混和して含んでなる組成物（例えば、単位製剤）；
・２つ以上の化合物／薬剤が化学的／物理化学的に（例えば、架橋、分子凝集または共通のビヒクル部分への結合により）連結された材料を含んでなる組成物；
・２つ以上の化合物／薬剤が化学的／物理化学的に共包装された（例えば、脂質小胞、粒子（例えば、マイクロ粒子もしくはナノ粒子）またはエマルション液滴上または内部に配置された）材料を含んでなる組成物；
・２つ以上の化合物／薬剤が（例えば、単位用量の配列の一部として）共包装または共提供される医薬キット、医薬パックまたは患者用パック。
非物理的会合混合化合物／薬剤の例としては、以下が挙げられる：
・２つ以上の化合物／薬剤の物理的会合を形成するための少なくとも１つの化合物の即時会合に関する説明書を添えた、２つ以上の化合物／薬剤の少なくとも１つを含んでなる材料（例えば、非単位製剤）；
・２つ以上の化合物／薬剤との併用療法に関する説明書を添えた、２つ以上の化合物／薬剤の少なくとも１つを含んでなる材料（例えば、非単位製剤）；
・２つ以上の化合物／薬剤の他のものが投与済みまたは投与中である患者集団への投与に関する説明書を添えた、２つ以上の化合物／薬剤の少なくとも１つを含んでなる材料；
・２つ以上の化合物／薬剤の他のものとの併用に特に適合された量または形態で２つ以上の化合物／薬剤の少なくとも１つを含んでなる材料。
本明細書で使用する場合、用語「併用療法」は、２つ以上の化合物／薬剤（上記で定義した通り）の組合せの使用を含んでなる療法を定義することを意図する。従って、本出願において「併用療法」、「組合せ」、および化合物／薬剤の「併用」という場合には、同じ全体的治療レジメンの一部として投与される化合物／薬剤を指す場合がある。このように、２つ以上の化合物／薬剤のそれぞれの薬料学は異なっていてもよく、それぞれは同時に投与されてもよいし、異なる時点に投与されてもよい。従って、組合せの化合物／薬剤は、順次（例えば、前もしくは後に）投与してもよいし、または同じ医薬製剤で（すなわち、一緒に）、または異なる医薬製剤で（すなわち、別個に）、同時に投与してもよいことが認識されるであろう。同じ製剤で同時にというのは単位製剤であり、異なる医薬製剤で同時にというのは非単位製剤である。併用療法における２つ以上の化合物／薬剤のそれぞれの薬療学は、投与経路に関しても異なる場合がある。
本明細書で使用する場合、用語「医薬キット」は、投与手段（例えば、測定装置）および／または送達手段（例えば、吸入器または注射器）とともに、医薬組成物の１以上の単位用量の配列を定義し、場合により総てが共通の外包装内に含まれる。２つ以上の化合物／薬剤の組合せを含んでなる医薬キットでは、個々の化合物／薬剤は、単位製剤であっても非単位製剤であってもよい。単位用量はブリスターパック内に含まれていてもよい。医薬キットは、場合により、使用説明書をさらに含んでなってもよい。
本明細書で使用する場合、用語「医薬パック」は、場合により共通の外包装内に含まれる、医薬組成物の１以上の単位用量の配列を定義する。２つ以上の化合物／薬剤の組合せを含んでなる医薬パックでは、個々の化合物／薬剤は、単位製剤であっても非単位製剤であってもよい。単位用量はブリスターパック内に含まれていてもよい。医薬パックは、場合により、使用説明書をさらに含んでなってもよい。
用語「場合により置換されていてもよい」は、本明細書で使用する場合、本明細書で定義されるように、非置換であっても置換基で置換されていてもよい基を指す。
発明の詳細な説明
本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニスト療法に応答する可能性のある癌患者の判定を可能とするバイオマーカーの同定に基づく。これによりＭＤＭ２アンタゴニストを用いた癌の正確な療法が提供される。
特定の実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストを用いた癌の治療のためのコンパニオン診断を提供する。本明細書で使用する場合、コンパニオン診断という用語は、患者が薬剤に応答するかどうかを判定するために必要とされる検査（すなわち、必要なコンパニオン診断）と患者が好適または最適に応答するかどうかを識別することを意図する検査（補助診断と呼ばれる場合がある）の両方を指して使用される。特定の実施形態では、バイオマーカーは応答すると思われる患者を特定し、従って、非応答者から応答者を識別する。別の実施形態では、バイオマーカーは、最適に応答すると思われる患者を特定し、それにより、次に医師はその患者に最適な治療を選択することができる。
いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書で同定されたバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、２５またはそれを超えるものの発現または活性レベルを決定するためのアッセイを提供する。これは上述のように直接的または間接的に決定することができる。このアッセイは予後成績を推定する工程を含んでも含まなくてもよい。アッセイは一般に、癌生検または血液サンプル（癌が血液癌であってもなくても）などの患者由来サンプルで実施されるｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイである。
有効な癌治療のためのバイオマーカー
本開示は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する癌細胞の感受性の増強を示すバイオマーカーを提供する。従って、特定されたバイオマーカーの１以上が同定されれば、ＭＤＭ２アンタゴニスト治療のための癌患者の選択が可能となる。
これらのバイオマーカーは、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）経路遺伝子である。場合により、１以上のＤＤＲバイオマーカー遺伝子は、以下の経路：ＨＲ、ＮＨＥＪ、ＭＭＲ、ＦＡおよび／またはＢＥＲのうち１以上に由来するものである。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ１を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＢＲＣＡ２を含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＭを含んでなる。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＡＴＲＸを含んでなる。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上は、ＦＡ経路内のものである。場合により、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上がＭＭＲ経路のものである場合、前記１以上のバイオマーカーの枯渇は、ＭＳＩ（一般にＭＳＩ－Ｈｉｇｈ）および／または高い腫瘍遺伝子変異量により識別される。場合により、測定する１または複数のＤＤＲバイオマーカーは、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２ ＭＬＨ３、ＰＯＬＥおよび／またはＰＯＬＤ１を含んでなる。場合により、癌は、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６および／もしくはＳＢＳ２６、ならびに／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる。
ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）
細胞は絶えず様々な遺伝毒性攻撃を受けており、多様なＤＮＡ損傷をいくつかのＤＮＡ修復機構を介して修復することができるが、その多くにｐ５３が関与している。ＤＮＡの誤った修復は、突然変異および染色体異常をもたらすことがあり、これが腫瘍抑制遺伝子または癌遺伝子の機能を変化させ、ひいては癌の発生を引き起こす。
中心的な腫瘍抑制因子として、ｐ５３は様々なＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）機構を組織化することでゲノムを保護している（Williams and Schumacher, p53 in the DNA-Damage-Repair Process, Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine, 2016,1-15で取り上げられている通り）。重要なこととして、ｐ５３応答は、ＤＮＡ損傷後に細胞がアポトーシスを受けるか細胞周期の停止を受けるかを決定する上で重要である。
塩基除去修復（ＢＥＲ）が酸化的塩基修飾を標的とするのに対し、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）は紫外線照射によって一般に誘発される様々ならせん歪曲傷害を除去する。ミスマッチ修復（ＭＭＲ）は、複製中に誤って挿入されたヌクレオチドを修正する。代わりに、放射線によって一般に誘発されるＤＮＡ二本鎖切断は、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または相同組換え（ＨＲ）のいずれかによって修復される。
Brown et al. Targeting DNA repair in cancer: beyond PARP inhibitors, Cancer Discovery, 2017, 20-37には、ＤＤＲ経路が総説されている。ＮＥＲ経路は、ＤＮＡから、らせん歪曲傷害、特に、紫外線により誘発される光傷害を除去する(Brown et al. 2017)。これには、構造特異的エンドヌクレアーゼを用いた、損傷傷害部を含む短いオリゴヌクレオチドの除去とその後のＤＮＡポリメラーゼによるＤＮＡ配列の回復が含まれる。ＮＥＲ経路に含まれる遺伝子としては、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＣＳＡ、ＸＰＡ、ＲＰＡ、ＸＰＧ、ＥＲＣＣ１、ＰＯＬＥ、ＰＯＬＤ１、ＬＩＧ１およびＬＩＧ３がある。
ＢＥＲ経路のＤＮＡグリコシラーゼは、損傷した塩基を認識し、除去し、ＡＰＥ１によって処理される塩基性部位へと導く。ＢＥＲ経路の結果、一本鎖切断（ＳＳＢ）が生じ、ＳＳＢ修復経路を用いて修復される。ＰＡＲＰ１は、ＳＳＢ修復経路におけるＤＮＡ鎖切断のＤＮＡ損傷センサータンパク質である。ＰＡＲＰ１はＤＮＡ損傷部位に局在し、広範なポリＡＤＰリボース鎖を生成する。リボシル化されたＰＡＲＰ１は、ＤＮＡ損傷部位へのＳＳＢ修復タンパク質の動員を促進する。ＢＥＲおよびＳＳＢ修復経路に関与する遺伝子には、ＤＮＡグリコシラーゼ、ＡＰＥ１、ＰＡＲＰ、ＸＲＣＣ１、ＰＮＫＰ、ＰＯＬβ、ＦＥＮ１、ＴＤＰ１、アプラタキシン、ＬＩＧ１およびＬＩＧ３Ａが含まれる。
ＭＳＨ２、ＭＳＨ３およびＭＳＨ６は、塩基間のミスマッチおよび挿入／欠失ループを認識する(Brown et al. 2017)。ＭＳＨ２、ＭＳＨ３およびＭＳＨ６はＭＬＨ１とＰＭＳ２を損傷部位に動員する。ＭＭＲタンパク質の協働作用により、ＥＸＯ１がミスマッチを除去し、次にＰＯＬＤとＬＩＧ１がそれぞれギャップを埋め、ニックを封鎖する。ＭＭＲに関与する遺伝子には、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＰＭＳ２、ＥＸＯ１、ＰＯＬＤおよびＬＩＧ１が含まれる。ミスマッチ修復欠損（ｄＭＭＲ）は高頻度マイクロサテライト不安定性（Ｈ－ＭＳＩ）と関連し、ｄＭＭＲ検査はＩＨＣを介して行うことができる。
古典的ＮＨＥＪ（ｃ－ＮＨＥＪ）は、ヒト細胞における優勢なＤＮＡ ＤＳＢ修復経路であり、細胞周期を通して機能している(Brown et al. 2017)。これには、ＤＮＡ－ＰＫ、ＸＲＣＣ４、ＬＩＧ４、ＸＬＦおよびＰＡＸＸを含むコアＮＨＥＪ複合体を介する、切断したＤＮＡ末端の比較的迅速な連結が含まれる。ＤＮＡ末端処理とＤＮＡポリメラーゼの作用は、連結が起こる前に必要とされることがあり、本質的にＮＨＥＪのエラーが起こりやすくなる。ＮＨＥＪは、非サイクリング細胞またはＧ１細胞のように、組換え事象が大規模な染色体再配列を引き起こす可能性が高い状況において、ＤＳＢを迅速に修復することによりゲノムの安定性を維持する。ＮＨＥＪに関与する遺伝子には、Ｋｕ７０／Ｋｕ８０、ＤＮＡ－ＰＫ、ＸＲＣＣ４、ＸＬＦ、ＬＩＧ４、ＡＰＬＦ、Ａｒｔｅｍｉｓ、ＰＡＸＸ、ＷＲＮおよびＡＴＲＸが含まれる。
代替ＮＨＥＪ（Ａｌｔ－ＮＨＥＪまたはＭＭＥＪ）は、ｃ－ＮＨＥＪが遺伝的に損なわれた場合のＤＳＢの連結経路である(Brown et al. 2017)。これは限られたＤＮＡ末端切除の後に起こり、腫瘍で見られる過剰なゲノム欠失および染色体転座の一因となる。これはまたＨＲ欠損細胞におけるバックアップ修復経路も提供する可能性がある。Ａｌｔ－ＮＨＥＪに関与する遺伝子には、ＰＡＲＰ、ＸＲＣＣ１、ＬＩＧ３、ＬＩＧ１、ＣｔＩＰおよびＰＯＬＱが含まれる。
ＨＲは一般に修復を相同な姉妹染色分体ＤＮＡ鎖に依存するため、比較的遅く、Ｓ期後期／Ｇ２に限定される(Brown et al. 2017)。ＤＮＡ２、ＢＬＭ、ＷＲＮおよびＥＸＯ１などのヘリカーゼおよびエキソヌクレアーゼによる広範なＤＮＡ末端切除の結果、３’－ｓｓＤＮＡオーバーハングが生じ、その切断はＨＲによる修復に委ねられる。複製タンパク質Ａ（ＲＰＡ）は、ＢＲＣＡ１およびＰＡＬＢ２の助けで、ＲＡＤ５１をＲＰＡでコートされたｓｓＤＮＡにロードし、鎖の侵入を引き起こすが、このプロセスに負の調節を行って過度の組換えを防ぐＰＯＬＱ、ＰＡＲＩ、ＲＥＣＱＬ５、ＦＡＮＣＪ、およびＢＬＭなどのいくつかの因子がある。ＨＲに関与する遺伝子には、ＭＲＮ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＭＫ２、ＣｔｌＰ、ＢＲＣＡ１、ＢＡＲＤ１、ＢＲＣＡ２、ＰＡＬＢ２、ＲＰＡ、ＲＡＤ５１、ＭＵＳ８１／ＥＭＥ１、ＳＬＸ１／ＳＬＸ４、ＲＴＥＬ１、ＢＬＭ、ＴＯＰＯＩＩＩ、ＰＯＬＱ、ＰＡＲＩ、ＲＥＣＱＬ５、ＦＡＮＣＪ、ＢＬＭが含まれる。
ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路は、鎖間架橋の修復に関与している。ＦＡ経路の分子的詳細は、Niraj et al. The Fanconi anemia pathway in cancer, Annu. Rev. Cancer Biol. 2019. 3:457-78)に記載されている。ＦＡコア複合体は、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＬ、ＵＢＥ２Ｔ（ＦＡＮＣＴ） ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＭ、ＲＥＶ１、ＲＥＶ７およびＲＥＶ３を含んでなる。また、いくつかのファンコーニ貧血関連タンパク質（ＦＡＡＰ）も含まれる。コア複合体遺伝子またはＦＡＡＰにおける突然変異または欠失は本発明の範囲内にある。
ＤＤＲ欠損は全癌の約１３％に見られ、膵臓癌（＞３５％）、膀胱癌（３５％）、前立腺癌（３３％）、卵巣癌（２４％）およびトリプルネガティブ乳癌（１６％）を含む、特定の腫瘍型ではより高い頻度で見られる。
機能欠失型ＣＲＩＳＰＲスクリーンにより、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する第１の増感経路としてＤＤＲが特定された
以下の実施例は、ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性の新規予測バイオマーカーを同定するために、化合物１の存在下または不在下で、３つのＰ５３野生型肺癌細胞株のパネルにおけるデュアルＣＲＩＳＰＲスクリーニングを記載する。
いくつかのＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）関連遺伝子が上位ヒットとして同定された（図１Ａ～Ｂ）。興味深いことに、これらの遺伝子は、相同組換え経路、ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路、塩基除去修復経路および複製ストレス経路などのいくつかのＤＤＲ経路に関与している。注目すべきは、複製ストレス経路はゲノムの不安定性を示す指標であり、高レベルのＤＮＡ損傷（これはＤＮＡ複製の過程に影響を及ぼす）に至るＤＤＲ経路の複数の欠陥によって引き起こされることである。これらのデータは、ＤＤＲ機構に欠陥のある腫瘍は一般にＭＤＭ２アンタゴニスト治療に対してより感受性が高いことを示唆している。
この結果を確認するために、以前に化合物1に対する感受性が特徴付けられた初期継代ヒト中皮腫細胞株を用いて、アポトーシスサンプルと非アポトーシスサンプルで発現が異なるトランスクリプトームシグネチャーを同定した。「複製ストレス」シグネチャーは中皮腫アポトーシス細胞株で強く濃縮され、化合物1感受性と活性化されたＤＤＲ経路との関連が確認された（図１Ｃ）。
ＭＤＭ２アンタゴニストと複数のＤＤＲ経路における欠陥との関連は、デュアルＣＲＩＳＰＲスクリーンによって同定された。ＣＲＩＳＰＲスクリーンに続いて、複数のシステムに対するバイオインフォマティクスとウェットラボ解析により、ＤＤＲ内の特定のバイオマーカーの同定が容易になった。この結果のさらなる検証により、ＭＤＭ２アンタゴニスト治療に対する感受性を示すＤＤＲ欠損が確認される。
視覚的要約として、図５に主要なＤＤＲ経路を示す。四角で強調されているものは、特定のバイオマーカーがＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する感受性マーカーとして本発明者らによって同定されたＤＮＡ修復経路である。
ＨＲ経路：ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭの変化
相同組換え経路に関与する遺伝子がＣＲＩＳＰＲスクリーンで同定された。相同組換え（ＨＲ）はエラーのないＤＳＢ修復経路であり、細胞周期のＳ期とＧ２期に大きく限定されている。多くの癌でＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃにおいて癌を不能にするいくつかの突然変異を同定することにより、ゲノム維持にＨＲ経路が著しく重要であることが示されている。
ＨＲの中心的な成分の１つは、セリン－スレオニンキナーゼである血管拡張性失調症変異(Ataxia Telangiectasia Mutated protein)（ＡＴＭ）であり、ＤＤＲの様々な分岐において多数の重要なプレーヤーをリン酸化する。ＡＴＭの体細胞突然変異または欠失は、リンパ系悪性腫瘍ならびにいくつかの固形腫瘍で一般に見られ、タンパク質発現の低下およびゲノム中のＤＮＡ二本鎖切断修復の障害につながる。
ＭＤＭ２について公開されているＤｅｐＭＡＰ ＲＮＡｉデータ（バージョン２０Ｑ４）のバイオインフォマティクス解析から、ＡＴＭ変異細胞株はＡＴＭ野生型細胞株と比較してＭＤＭ２への依存性が有意に高いことが予測された（図２Ａ）。さらに、総てＡＴＭ野生型（６／６）である非アポトーシス株と比較して、アポトーシス患者由来の中皮腫株（６／９）ではＡＴＭ変異の強い濃縮が検出された（図２Ｂ）。
さらに、異なる適応症由来の４つのＡＴＭ変異細胞株（ＨＣＣ１５００－乳房、ＬＮＣａｐ－前立腺、ＨＴ－１４４－黒色腫、ＨｅｐＧ２－肝臓）に対するｉｎ ｖｉｔｒｏ検証では、細胞増殖の低下によって測定される化合物１に対する感受性が示され（図２Ｃ）、一方、ＬＮＣａｐ－前立腺およびＨｅｐＧ２－肝臓のデータでは、アポトーシスの増加によって測定される化合物１に対する感受性が示された（図２Ｄ）。さらに、ウエスタンブロット解析では、化合物１処置の際のＤＤＲシグナル伝達経路の明白な変調が示された（図２Ｅ）。
ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーとしてのＡＴＭ変異の同定とともに、付加的なバイオインフォマティクス解析により、他のＨＲ経路遺伝子の欠損または変異がＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーとして働き得ることが示された。ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のバイオマーカーとして働き得るＨＲ経路遺伝子には、限定するものではないが、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２が含まれる。
１つの実施形態では、相同組換え修復の欠損には、ＢＲＣＡ１またはＢＲＣＡ２の喪失が含まれる。１つの実施形態では、癌は、ＢＲＣＡ性を示す。ＢＲＣＡ１／２喪失以外のカノニカルなＨＲＲを喪失している腫瘍は、ＢＲＣＡ性を示す(Trends in Cell Biology, September 2019, Vol. 29, No. 9, pg 740)。
ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２変異（または発現の消失）がＭＤＭ２アンタゴニストの感受性に関連付けられるかどうかを確認するために、患者由来オルガノイド（ＰＤＯ）に対するｉｎ ｖｉｔｒｏ検証がさらに行われた。ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２のいずれかに変異を有する様々な適応症からの４つのＰＤＯが、細胞増殖の低下によって測定される化合物１に対する感受性を示した（図２Ｆ～Ｇ）。注目すべきは、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２に変化のない、同じ適応症からの４つのさらなるＰＤＯは化合物１に耐性であったことである。
ＦＡ経路
ＦＡ経路遺伝子もまた、ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のバイオマーカーとして提供される。
デュアルＣＲＩＳＰＲスクリーン（ＣＲＩＳＰＲノックアウトおよびＣＲＩＳＰＲｉ）により同定された遺伝子は、ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路に関与する。図１Ａは、ＣＲＩＳＰＲヒットにおけるファンコーニ貧血経路の濃縮を示す。
ＣＲＩＳＰＲスクリーンデータは、ＦＡ経路が欠損している腫瘍は一般に化合物１処置に感受性があることを示す。
従って、これらのデータは、ＭＤＭ２アンタゴニストの感受性とファンコーニ貧血経路の欠損の関連を示す。従って、ＦＡ経路における機能欠失型は、ＭＤＭ２アンタゴニストの感受性のバイオマーカーである。
ＮＨＥＪ経路：ＡＴＲＸ喪失
さらに、細胞パネルデータのバイオインフォマティクス解析により、ＡＴＲＸの欠損がＭＤＭ２化合物１に対する感受性の重要なバイオマーカーであることが予測された（図３）。ＡＴＲＸはまた、非相同末端接合（ＮＨＥＪ）と相同組換え修復（ＨＲＲ）の両方によるＤＤＲの調節にも関連付けられた。
ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のためのバイオマーカーとしてのＡＴＲＸ喪失の同定およびバイオインフォマティクス解析は、他のＮＨＥＪまたはＨＲＲ経路遺伝子の喪失または変異は、ＭＤＭ２アンタゴニストの感受性のバイオマーカーとして働き得る。
ＭＭＲ経路：マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）
マイクロサテライトは、１～５塩基対のモチーフの反復を複数含む領域であり、ヒトゲノム中に広く分布している。正常細胞では、マイクロサテライトの反復数はミスマッチ修復（ＭＭＲ）によって確認され、細胞分裂中に維持される。ＭＭＲシステムの障害により、細胞は細胞分裂中にマイクロサテライトの長さを調節できなくなり、ＭＳＩ（マイクロサテライト不安定性）と呼ばれる。ＭＳＩは数種類の癌（大腸腺癌、子宮内膜腺癌および胃腺癌）で頻繁に観察され、ＭＳＩ－Ｈｉｇｈの大腸腫瘍は免疫増強療法に感受性が高いことが示されている。
細胞株のマイクロサテライト安定性と腫瘍遺伝子変異量に関する情報は、Ｓａｎｇｅｒ Ｃｅｌｌ Ｍｏｄｅｌｓ Ｐａｓｓｐｏｒｔデータベースから入手した。本発明者らは、ＭＳＩ－Ｈ細胞株が高い腫瘍遺伝子変異量（変異／Ｍｂ）を示し、ＤＮＡミスマッチ修復経路に関連する変異（例えば、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＭＬＨ３、ＰＭＳ２）に富んでいることを見出した。さらに、ＭＳＩ－Ｈ細胞株では、ＤＮＡミスマッチ修復の欠損とＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ変異に関連する変異シグネチャーの強い濃縮を示した（図４Ａ）。まとめると、これらの所見は一貫しており、大腸、子宮内膜および胃などのＭＳＩ腫瘍はＭＤＭ２アンタゴニストに感受性があることが示唆された。さらに、異なる適応症に由来する８つのＭＳＩ－Ｈ細胞株に対するｉｎ ｖｉｔｒｏ検証では、細胞増殖の低下によって測定されるように、化合物１に対する感受性が示された（図４Ｂ）。ＭＳＩ－Ｈの状態がＭＤＭ２アンタゴニストの感受性と関連しているかどうかを確認するために、患者由来オルガノイド（ＰＤＯ）に対するｉｎ ｖｉｔｒｏ検証がさらに行われた。６つのＭＳＩ－Ｈ直腸結腸癌ＰＤＯは、細胞増殖の低下によって測定されるように、化合物１に対する感受性が示された（図４Ｃ）。ｉｎ ｖｉｖｏ有効性データでは、化合物１がＭＳＩ－Ｈ直腸結腸癌の異種移植モデル（ＨＣＴ－１１６）において腫瘍増殖を有意に阻害することが確認された（図４Ｄ）。
塩基除去修復（ＢＥＲ）経路
ＣＲＩＳＰＲスクリーン解析により、ＢＥＲ経路とＭＤＭ２アンタゴニストの感受性の間に強い相関が同定された（図１）。ＤＤＲバイオマーカーは、１以上のＢＥＲ経路遺伝子を含んでなり得る。
バイオマーカーおよび組合せ
参考のため、本開示のバイオマーカーは５群に分類することができる。
ａ．ＨＲ経路、例えば、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／またはＡＴＭの欠損
ｂ．ＮＨＥＪ経路、例えば、ＡＴＲＸの欠損
ｃ．ＭＭＲ経路、例えば、ＭＳＩ－Ｈ（マイクロサテライト不安定腫瘍で、高い腫瘍遺伝子変量によって特徴付けられる）
ｄ．ＦＡ経路
ｅ．ＢＥＲ経路
いくつかの実施形態では、１つのバイオマーカーが判定される。これは群ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）またはｅ）のいずれに由来してもよい。
いくつかの実施形態では、複数のバイオマーカー、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれを超えるバイオマーカーが判定される。これらは単一の群（すなわち、群ｂ）もしくは群ｃ））に由来する複数のバイオマーカーを含んでなる、もしくはからなるものでもよいし、または異なる群に由来する、例えば、
・群ａ由来の０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；および群ｂ）由来の０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；および群ｃ）由来の０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；および群ｄ）もしくは群ｅ）を含むもしくは含まない；または
・群ｂ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；および群ｃ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー、および群ｄを含む；または
・群ｂ）に由来する２以上のバイオマーカー；群ｃ）に由来する２以上のバイオマーカー；群ｄを含むもしくは含まない；または
・群ａ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；群ｂ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；群ｃ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー、群ｄ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー；および群ｅ）に由来する０、１、２もしくはそれを超えるバイオマーカー
を含んでなる、もしくはからなるものでもよい。
複数のバイオマーカーが判定される場合、バイオマーカーの組合せは、バイオマーカーパネルと呼ばれることがある。バイオマーカーパネルは、同定されたバイオマーカーを含んでなり得る、またはからなり得る。
本発明のバイオマーカーに加えて、人口統計学的データ（例えば、年齢、性別）などの他のバイオマーカーおよびまたはデータを、ＭＤＭ２阻害の適性の決定に適用されるデータセットに含めることができる。場合により他のバイオマーカーが含まれる場合、バイオマーカーの総数（すなわち、本発明のバイオマーカーパネル＋他のバイオマーカー）は、３、４、５、６またはそれを超えてもよい。いくつかの実施形態では、構成要素の少ない予測バイオマーカーパネルにより、検査要件を簡略化することができる。
用語「喪失」および「減少」は、本明細書で使用する場合、通常の意味を有する。用語「増加」および「強化」は本明細書で使用する場合、通常の意味を有する。
バイオマーカーは、当業者に自明の適当な技術によって判定することができる。バイオマーカーは、直接的または間接的技術によって判定することができる。遺伝子発現は、ｍＲＮＡ転写産物を検出することにより検出することができる。タンパク質バイオマーカーは、免疫組織化学により検出することができる。
いくつかの実施形態では、本発明のバイオマーカーのうち１以上の枯渇は、１以上のバイオマーカーの機能を評価することにより判定することができる。バイオマーカー発現レベルは、機能のレベルに直接比例し得る。１以上のバイオマーカーの機能は、直接的または間接的に判定することができる。
いくつかの実施形態では、発現または活性レベルは、治療に対する感受性と関連することが知られている発現または活性レベルを同様に反映する閾値と比較して、検査値が、患者におけるＭＤＭ２阻害治療に対する感受性を示すかどうかを評価することができる。
本開示に従って評価される患者は、癌を有することが知られているか、またはその疑いがある。検査されるサンプルは、癌細胞を含むことが知られているか、またはその疑いがあるものであり得る。典型的な実施形態において、検査されるサンプルは、癌組織の生検である。生検は、液体生検であってもよいし、または固形組織（例えば、固形腫瘍）生検であってもよい。
バイオマーカーレベル
本発明は、低レベルの１以上のバイオマーカーを提供する。一般に、比較は、正常な健康個体、より一般には、癌細胞と同じタイプの非癌細胞に対して行われる。
バイオマーカーレベルの低下は、例えば、癌細胞のゲノムにおいてＤＤＲ経路遺伝子の喪失をもたらす大規模な染色体再配または他の遺伝子異常による遺伝子自体の枯渇であり得る。これは当然のことながら、遺伝子産物および活性も枯渇させる。
バイオマーカーレベルの低下は、遺伝子産物の発現の低下であり得る。
バイオマーカーレベルの低下はまた、例えば、機能欠失型突然変異により引き起こされる活性の低下であってもよい。機能欠失型突然変異は、野生型遺伝子産物の枯渇とみなすことができる。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーレベルの上昇または低下は、同じ個体由来の非癌細胞、一般に、同じ個体由来の同じタイプの非癌細胞と比較して判定される。
さらなる実施形態では、バイオマーカーレベルの上昇または低下は、実験室標準値および既知の正常集団値に基づく値と比較して判定される。一般に、既知のレベルは非癌細胞から取得される。
他の実施形態では、バイオマーカーレベルの上昇または低下は、正常な（非癌）個体からの既知の値に対するものである。例えば、ＧＴＥｘは、本明細書の他所で議論されるように、４４の異なる組織からの正常な健康個体の遺伝子発現のデータリソースである。
いくつかの他の実施形態では、バイオマーカーレベルの上昇または低下は、ＭＤＭ２阻害剤非応答対象からの癌サンプルで、またはＭＤＭ２阻害剤非応答対象からの癌サンプルで決定されたレベルと比較して評価される。これは１以上のＩＦＮシグネチャーバイオマーカーに特に有用であり得る。
１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーのＲＮＡレベルは、癌に罹患していない正常対象から取得した対照サンプルにおける前記ＲＮＡの量にと比較して低下している。
別の実施形態において、１以上のＤＤＲバイオマーカーのＲＮＡレベルは、患者が癌を持っていなかった際の同じ患者から取得した、より初期のサンプルにおける前記ＲＮＡの量と比較して低下している。
１つの実施形態では、それは正常レベル（例えば、「正常上限値」またはＵＬＮ）と比較して低下している。
１つの実施形態では、バイオマーカーのうち少なくとも１つのレベルは、（ａ）癌を持たない組織もしくは人からのサンプル中のバイオマーカーのうち少なくとも１つのレベル、または（ｂ）対象からのサンプル中の１または複数の対照タンパク質のレベルに対して、対照サンプルに対する癌サンプルにおける曲線下面積（ＡＵＣ）が０．５より大きい（バイオマーカー上昇の場合）または０．５より小さい（バイオマーカー低下の場合）。場合により、ＡＵＣは０．６、０．７、０．８、０．９、０．９５、０．９７５または０．９９未満であるか、またはそれを超える。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのうち少なくとも１つのレベルは、（ａ）癌を持たない組織もしくは人からのサンプル中の１以上のバイオマーカーのレベル、または（ｂ）癌対象からのサンプル中の１以上の対照タンパク質のレベルに対して、対照からの少なくとも１標準偏差である。
いくつかの実施形態では、比較のための対照は、健康な患者から取得したサンプル、または癌と診断された患者から取得した非癌組織サンプル、例えば腫瘍が存在する器官と同じ器官からの非癌組織サンプルである（例えば、非癌結腸組織が結腸癌の対照となり得る）。いくつかの実施形態では、対照は、過去の対照または標準値（すなわち、ベースライン値または正常値を表す、以前に検査された対照サンプルまたはサンプル群）である。
差次的発現を判定するための、サンプルと比較するための対照または標準試料には、正常であると考えられるサンプル（例えば、結腸癌でない被験者からのサンプルなど、所望の特性に対して変化していないという意味で）、ならびに実験室値（任意に設定される可能性があるとしても）が含まれる。実験室標準または実験室値は、既知または決定された集団値に基づいて設定することができ、測定された、実験的に決定された値の比較を可能にするグラフまたは表の形式で提供することができる。
このような実施形態では、１または複数のバイオマーカーの参照スコアは、正常な健康個体に基づく。
癌
同定されたバイオマーカーのうち１以上を呈する癌は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療奏功の可能性の上昇を示す。治療される癌は、バイオマーカーのうち１以上を呈する限り、特に限定されない。
癌は一般にｐ５３野生型である。当技術分野で認識されるように、ｐ５３野生型癌細胞は、野生型レベルかつ野生型機能で腫瘍抑制因子ｐ５３を発現する。野生型ｐ５３細胞は、ｐ５３腫瘍抑制因子機能の低下をもたらすｐ５３遺伝子の突然変異を含まない。
実施例で提供されるデータは、結腸、血液、乳房、肺、前立腺、肝臓、皮膚、卵巣および膵臓を含む様々な癌組織から作成されたものである。１つの実施形態では、癌は肺癌である。１つの実施形態では、癌は結腸癌である。別の実施形態では、癌は血液癌である。さらなる実施形態では、癌は乳癌である。別の実施形態では、癌は肺癌である。さらに別の実施形態では、癌は皮膚癌、例えば、黒色腫または癌腫である。別の実施形態では、癌は卵巣癌である。異なる実施形態では、癌は膵臓癌である。特定の実施形態では、癌は脳癌、明細胞腎細胞癌（ｃｃＲＣＣ）、食道癌、または黒色腫である。
本発明による治療のために評価可能な特定の癌としては、限定するものではないが、中皮腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、膠芽腫（例えば、ＧＢＭ）および腎臓癌（例えば、ＫＩＲＣ）が含まれる。
本発明による治療のために評価可能な特定の癌としては、限定するものではないが、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、扁平上皮癌または頭頸部、皮膚、消化器系、もしくは生殖道の腫瘍が含まれる。
本発明による治療のために評価可能な特定の癌としては、限定するものではないが、前立腺癌、卵巣癌、乳癌および婦人科癌が含まれる。
本発明による治療のために評価可能な特定の癌としては、限定するものではないが、直腸結腸癌、胃癌および婦人科癌が含まれる。
本発明による治療のために評価可能な特定の癌としては、限定するものではないが、乳癌、卵巣癌、前立腺癌および膵臓癌、特に、ＤＤＲ欠損乳癌、卵巣癌、前立腺癌および膵臓癌が含まれる。
特定の実施形態では、癌細胞の増殖は、ナノモル範囲のＩＣ５０値を有するＭＤＭ２アンタゴニストにより阻害される。特定の実施形態では、ＩＣ５０値は、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、または２００ｎＭ未満である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０値は１００ｎＭ未満である。ＩＣ５０値は、実施例に示されるように、例えばＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウエアを用いて計算することができる。
特定の実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、癌細胞のアポトーシスを誘導する。アポトーシスは一般に、活性化カスパーゼ－３により媒介される。アポトーシスの誘導は、１μＭのＭＤＭ２アンタゴニストで７２時間処置した後に、活性化カスパーゼ－３が陽性の細胞を検出することによって決定することができる。当業者に自明であるように、例えば、１μＭのＭＤＭ２アンタゴニストで４８時間または５μＭで４８時間など、他のアッセイ濃度および／または処置の長さを使用してもよい。特定の実施形態では、活性化カスパーゼ－３に関して少なくとも１０％、少なくとも２０％または少なくとも３０％の細胞染色陽性がアポトーシス誘導の指標となる。特定の実施形態では、４０％が強いアポトーシス誘導を識別するための信頼できるレベルであり、集団中４０％を超える細胞が活性化カスパーゼ－３陽性染色である場合に、アポトーシスと見なすことができる。当業者に自明であるように、例えば、１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、７５％またはそれを超える割合など、他のレベルを細胞およびアッセイに適当なものとして使用してもよい。活性カスパーゼ－３染色キットは、例えば、Ａｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＵＫ）からカタログ番号ａｂ６５６１７として入手可能な「Ｃｌｅａｖｅｄ Ｃａｓｐａｓｅ－３ Ｓｔａｉｎｉｎｇ Ｋｉｔ（Ｒｅｄ）」など、市販されている。Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｅｌｌ Ｅｖｅｎｔ ｄｙｅ（Ｃ１０４２３）も使用可能である。
また、アネキシンＶ色素もアポトーシスを検出するために使用することができる。これは実施例で使用され、アポトーシスを検出するための有用な色素として当技術分野で周知である。
ＭＤＭ２アンタゴニスト
形質転換関連タンパク質５３(transformation-related protein 53)（ＴＰ５３）遺伝子は、５３ＫＤａタンパク質－ｐ５３をコードする。腫瘍抑制タンパク質ｐ５３は、リン酸化、アセチル化およびメチル化を含むいくつかの翻訳後修飾を介して低酸素、ＤＮＡ損傷および発癌活性化などの細胞ストレスに反応し、活性化される多様な経路においてシグナル伝達ノードとして働く。ｐ５３は、自己貪食、細胞接着、細胞代謝、生殖能、および幹細胞の老化および発生を含むその他の生理学的プロセスにさらなる役割を担う。ＡＴＭ、ＣＨＫ１および２、ならびにＤＮＡ－ＰＫを含むキナーゼの活性化によって生じるｐ５３のリン酸化は、タンパク質の安定化と転写活性化をもたらし、様々な遺伝子産物を産生する。ｐ５３活性化に対する応答には、アポトーシス、生存、細胞周期の停止、ＤＮＡ修復、血管新生、浸潤、および自己調節が含まれる。これらの特定の組合せが、細胞の遺伝的背景と協調して、観察される細胞効果、すなわち、アポトーシス、細胞周期の停止、老化をもたらす。腫瘍細胞では、腫瘍抑制タンパク質および関連の細胞周期チェックポイントの制御の喪失と発癌ストレスが相まっているため、アポトーシス経路が有利であり得る。
低酸素およびＤＮＡ損傷などのストレス条件下では、ｐ５３タンパク質の細胞内レベルが上昇することが知られている。ｐ５３は、細胞周期の進行、ＤＮＡ修復の開始およびプログラム細胞死を司る多くの遺伝子の転写を開始することが知られている。このことは、遺伝学的研究によって証明されたｐ５３の腫瘍抑制因子の役割の機構を示している。
ｐ５３の活性は、ＭＤＭ２タンパク質との結合相互作用により負の厳格な調節を受け、ＭＤＭ２タンパク質の転写はそれ自体ｐ５３によって直接調節される。ｐ５３は、そのトランス活性化ドメインにＭＤＭ２タンパク質が結合した際に不活性化される。不活性化されるとｐ５３の機能は抑制され、ｐ５３－ＭＤＭ２複合体はユビキチン化の標的となる。
正常細胞では、活性ｐ５３と不活性ＭＤＭ２結合型ｐ５３のバランスは、自己調節的な負のフィードバックループで維持されている。つまり、ｐ５３はＭＤＭ２の発現を活性化することができ、その結果、ｐ５３は抑制される。
突然変異によるｐ５３の不活性化は、総ての一般的な成人散発性癌の約半数に共通して見られることが判明している。さらに、腫瘍の約１０％では、遺伝子の増幅とＭＤＭ２の過剰発現により機能的なｐ５３が失われ、それによって悪性転換と制御不能な腫瘍成長が起こる。
様々な機構によるｐ５３の不活性化は、癌の発生および進行において頻繁に起こる原因事象である。これらには、突然変異による不活性化、発癌性ウイルスによる標的化、およびかなりの割合で、ＭＤＭ２タンパク質の過剰発現または活性化の増強をもたらすＭＤＭ２遺伝子の増幅および／または転写率の上昇が含まれる。ＭＤＭ２タンパク質の過剰発現をもたらすＭＤＭ２の遺伝子増幅は、一般的な散発性癌から採取された腫瘍サンプルで観察されている。全体として、腫瘍の約１０％にＭＤＭ２増幅が認められ、肝細胞癌（４４％）、肺（１５％）、肉腫および骨肉腫（２８％）、ホジキン病（６７％）で最も高い発生率が見られる(Danovi et al., Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 5835-5843, Toledo et al., Nat Rev Cancer 2006, 6, 909-923, Gembarska et al., Nat Med 2012, 18, 1239-1247)。通常、活性化ｐ５３によるＭＤＭ２の転写の活性化は、ＭＤＭ２タンパク質レベルの増加をもたらし、負のフィードバックループを形成する。ＭＤＭ２およびＭＤＭＸによるｐ５３調節の本質的な性質は、遺伝子ノックアウトマウスモデルによって証明されている。ＭＤＭ２－／－ノックアウトマウスは着床期前後に胚致死となる。ＭＤＭ２とＴＰ５３のダブルノックアウトでは致死は救済される。ＭＤＭ２は、ｐ５３の転写活性化ドメインに結合して閉塞させることにより、またＥ３ユビキチンリガーゼ活性を介してて複合体のプロテオソーム破壊を促進することにより、直接ｐ５３の活性を阻害する。さらに、ＭＤＭ２はｐ５３の転写標的であるため、これら２つのタンパク質は自己調節的フィードバックループでつながり、ｐ５３の活性化が一過性であることを保証している。
ＭＤＭＸはＭＤＭ２と強いアミノ酸配列および構造的相同性を示すが、どちらのタンパク質も他方の欠損を代用することはできない。ＭＤＭＸ欠損マウスは子宮内で死亡し、ＭＤＭ２ノックアウトマウスは初期胚発生期に致死的であるが、どちらもｐ５３ノックアウトによって救済され得ることから、致死性のｐ５３依存が示された。ＭＤＭＸもｐ５３と結合し、ｐ５３依存性の転写を阻害するが、ＭＤＭ２とは異なり、ｐ５３によって転写は活性化されないため、同じ自己調節ループを形成しない。さらに、ＭＤＭＸはＥ３ユビキチンリガーゼ活性も核局在シグナルも持たないが、ＭＤＭ２とヘテロ二量体を形成し、ＭＤＭ２の安定化に寄与することで、ｐ５３の分解に関与していると考えられている。
ＭＤＭ２－ｐ５３阻害の治療理論的根拠は、タンパク質間相互作用の強力なアンタゴニストがｐ５３をＭＤＭ２の抑制的制御から解放し、腫瘍においてｐ５３を介した細胞死を活性化するというものである。腫瘍では、選択性は、ｐ５３が、正常または過剰発現レベルのＭＤＭ２の作用によって事前にブロックされていた既存のＤＮＡ損傷または発癌活性化シグナルを感知することから生じると想定される。正常細胞では、ｐ５３の活性化は非アポトーシス経路の活性化をもたらし、どちらかといえば保護的な増殖抑制応答をもたらすと予想される。さらに、ＭＤＭ２－ｐ５３アンタゴニストの作用機序は非遺伝毒性であるため、特に小児の癌治療に適している。ＭＤＭ４もまたｐ５３の重要な負の調節因子である。
癌の約５０％は、ｐ５３をコードする遺伝子であるＴＰ５３が変異し、その結果、タンパク質の腫瘍抑制機能が失われ、時には新たな発癌機能を獲得するｐ５３タンパク質変種さえ生じる細胞を保有している。
高レベルのＭＤＭ２増幅が存在する癌としては、脂肪肉腫（８８％）、軟組織肉腫（２０％）、骨肉腫（１６％）、食道癌（１３％）、およびＢ細胞悪性腫瘍を含む特定の小児悪性腫瘍が含まれる。
ＭＤＭ２アンタゴニストの例
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ＭＤＭ２を調節する薬剤、例えば、ＭＤＭ２の発現を阻害する低分子、アンチセンス核酸、抗体または核酸である。１つの実施形態では、ＭＤＭ２薬は低分子である。１つの実施形態では、ＭＤＭ２薬は、本明細書で詳述されるような低分子である。
Ｒｏｃｈｅ社のＭＤＭ２の低分子アンタゴニストであるイダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）は、固形腫症および血液腫瘍、ＡＭＬ、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、本態性血小板血症、真性赤血球増加症および濾胞性リンパ腫を対象とした第Ｉ～ＩＩＩ相臨床試験中であることが報告されている。イダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）は以下の構造を有する。
イダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１４／１２８０９４に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
ＨＤＭ－２０１（ＮＶＰ－ＨＤＭ２０１、シレマドリン）は、野生型ＴＰ５３を特徴とする進行性／転移性固形腫瘍、ＡＬＬ、ＡＭＬ、ＭＳ、転移性ブドウ膜黒色腫、脱分化脂肪肉腫および高分化脂肪肉腫を含む血液腫瘍を対象とした第Ｉ／ＩＩ相臨床試験においてＮｏｖａｒｔｉｓ社により開発中である。アンタゴニストＨＤＭ－２０１（ＮＶＰ－ＨＤＭ２０１）は以下の化学構造を有する。
ＨＤＭ－２０１（ＮＶＰ－ＨＤＭ２０１）は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１３／１１１１０５に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
ＭＤＭ２の低分子アンタゴニストであるＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２、ナブテマドリン）は、腫瘍、軟組織肉腫、例えば、脂肪肉腫、再発性または新規診断膠芽腫、転移性乳癌、難治性ＭＭ、転移性皮膚黒色腫および再発性／難治性ＡＭＬを対象とする第Ｉ～Ｉ／ＩＩ相臨床試験においてＮＣＩ／Ａｍｇｅｎ／ＧＳＫ社により開発中である。ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）は以下の化学構造を有する。
ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１１／１５３５０９に記載されているようにまたはそれと類似の方法により調製することができる。
ＭＤＭ２およびＭＤＭ４のペプチド二重アンタゴニストであるＡＬＲＮ－６９２４（ＳＰ－３１５）は、固形腫瘍、小細胞肺癌、ならびにリンパ腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、網膜芽細胞腫、肝芽細胞腫、脳腫瘍、脂肪肉腫および転移性乳癌を含む小児腫瘍の静脈内処置を対象とする第ＩＩ相臨床試験においてＡｉｌｅｒｏｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ社およびＲｏｃｈｅ社により開発中である。ＡＬＲＮ－６９２４（ＳＰ－３１５）は、ペプチドをプロテアーゼに耐性のある特定の折り畳まれた形状（生物学的に活性な形状）に固定するステープルドペプチド技術に基づいて開発された合成ペプチドである。ＡＬＲＮ－６９２４（ＳＰ－３１５）は以下の構造を有する。
ＡＬＲＮ－６９２４（ＳＰ－３１５）は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１７２０５７８６に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
ＭＤＭ２の低分子アンタゴニストであるＣＧＭ－０９７（ＮＶＰ－ＣＧＭ－０９７）は、進行性固形腫瘍および急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）を対象とする第Ｉ相臨床試験においてＮｏｖａｒｔｉｓ社により開発中である。ＣＧＭ－０９７（ＮＶＰ－ＣＧＭ－０９７）は以下の化学構造を有する。
ＣＧＭ－０９７（ＮＶＰ－ＣＧＭ－０９７）は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１１０７６７８６に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
Ｒａｉｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ社にライセンスが与えられ、研究コードＲＡＩＮ－３２により改名されたＭＤＭ２の低分子アンタゴニストであるトシル酸ミラデメタン（ＤＳ－３０３２）は、進行性固形腫瘍、リンパ腫、黒色腫、難治性または再発性ＡＭＬ、ＡＬＬ、多発性骨髄腫、芽球期のＣＭＬ、または高リスクＭＤＳおよびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫を対象とする第Ｉ相臨床試験においてＤａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ社により開発中である。トシル酸ミラデメタン（ＤＳ－３０３２）は以下の化学構造を有する。
トシル酸ミラデメタン（ＤＳ－３０３２）は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１５／０３３９７４に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
ＭＤＭ２の低分子アンタゴニストＡＰＧ－１１５（ＡＡＡ－１１５；アルリゾマドリン、ＮＣＴ－０２９３５９０７）は、固形腫瘍およびリンパ腫、ＡＭＬ、腺様嚢胞癌（ＡＣＣ）の治療を対象とする第Ｉ相臨床試験においてＡｓｃｅｎｔａｇｅ Ｐｈａｒｍａ社により開発中である。ＡＰＧ－１１５（ＡＡＡ－１１５；ＮＣＴ－０２９３５９０７）は以下の化学構造を有する。
ＡＰＧ－１１５（ＡＡＡ－１１５； ＮＣＴ－０２９３５９０７）市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１５／１６１０３２に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
ＭＤＭ２のアンタゴニストであるＢＩ－９０７８２８は、ＧＢＭ、転移性脳腫瘍、ＮＳＣＬＣ、軟組織肉腫および移行上皮癌（尿路上皮細胞癌）の治療を対象とする第Ｉ相臨床試験においてＢＩ社により開発中である。
ＢＩ－９０７８２８は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１５／１６１０３２に記載されているように、もしくそれと類似の方法により調製することができる。
ミシガン大学は、ＭＩ－１０６１とサリドマイド結合体のＰＲＯＴＡＣであるＬＥ－００４を開発中であり、ＭＤＭ２分解を誘導することにより、マウスのヒト白血病モデルの増殖を効率的に阻害することを示した。構造は以下の通りであり、例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１７／１７６９５７またはＷＯ２０１７／１７６９５８に記載されているように、またはそれに類似する方法により調製することができる。ＬＥ－００４は、以下の化学構造を有する。
ＭＩ－７７３（ＳＡＲ４０５８３８）は、効力および選択性の高いＭＤＭ２阻害剤であり、ＭＤＭ２に他のタンパク質よりも高い特異性で結合し、癌細胞株において細胞成長を強く阻害する。ＳＡＲ４０５８３８は、アポトーシスを効果的に誘導し、細胞成長を効果的に阻害し、用量依存的アポトーシスを誘導し、臨床試験で検討中である。構造は以下の通りである。
ＳＡＲ４０５８３８は、例えば、ＷＯ－Ａ－２０１１／０６００４９に記載されているように調製することができる。
ＤＳ－５２７２は、ＭＤＭ２のアンタゴニストであり、経口投与を対象としてＤａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ社により開発中である。構造は以下の通りである。
ＤＳ－５２７２は、例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１５／０３３９７４に記載されているように、またはそれと類似の方法により調製することができる。
ＳＪ－０２１１は、ＭＤＭ２のアンタゴニストであり、網膜療法の治療を対象としてテネシー大学、ケンタッキー大学およびセントジュード小児研究病院により開発中である。構造はヌトリン－３類似体である。
ＢＩ－０２５２は、ＭＤＭ２のアンタゴニストであり、経口投与を対象としてＢＩ社により開発中である。ＢＩ－０２５２は、ＭＤＭ２とｐ５３の相互作用を阻害する。構造は以下の通りである。
ＡＭ－７２０９は、ＭＤＭ２のアンタゴニストであり、ＡＭＧ－２３２のバックアップとしてＡｍｇｅｎ社により開発中である。構造は以下の通りである。
ＡＭ－７２０９は、例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１４／２００９３７に記載されているように、またはそれと類似の方法により調製することができる。
ＳＰ－１４１（ＪａｐＡ）は、ＭＤＭ２の直接アンタゴニストであり、テキサス工科大学により開発中である。構造は以下の通りである。
ＳＣＨ－１４５０２０６は、経口投与を対象としてＳｃｈｅｒｉｎｇ－Ｐｌｏｕｇｈ ＆ Ｍｅｒｃｋ社により開発中のＭＤＭ２のアンタゴニストである。一例の構造は以下の通りである。
ＭＫ－８２４２およびＳＣＨ－９００２４２としても知られるシタラビンは、糖部分（リボースの代わりにアラビノース）を改変したシチジン代謝拮抗物質類似体である。経口投与時に潜在的な抗悪性腫瘍薬活性を有する二重微小染色体２ヒトホモログ(human homolog of double minute 2)（ＨＤＭ２）の経口的に利用可能な阻害剤であるＨＤＭ２阻害剤ＭＫ－８２４２は、ＨＤＭ２タンパク質と腫瘍抑制タンパク質ｐ５３の転写活性化ドメインとの結合を阻害する。このＨＤＭ２－ｐ５３相互作用を防ぐことにより、ｐ５３の分解が阻害され、これがｐ５３シグナル伝達の回復をもたらし得る。これはｐ５３を介する腫瘍細胞アポトーシスを誘導する。
ヌトリン－３ａは、ＭＤＭ２（マウス二重微小染色体２ヒトホモログ(human homolog of murine double minute 2)）のアンタゴニストまたは阻害剤であり、そのｐ５３との相互作用を破壊し、ｐ５３の安定化および活性化をもたらす。構造は以下の通りである。
ＮＸＮ－６（ＮＸＮ－７；ＮＸＮ－５５２；ＮＸＮ－５６１；ＮＸＮ－１１）は、ＭＤＭ２のアンタゴニストであり、経口投与を対象としてＮｅｘｕｓ社、Ｐｒｉａｘｏｎ社およびＢＩ社により開発中である。構造例は以下の通りである。
ＡＤＯ－２１はＭＤＭ２のアンタゴニストであり、Ａｄａｍｅｄ Ｇｒｏｕｐにより開発中である。
ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１は低分子ＭＤＭ２アンタゴニストであり、ＭｉＲｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，ＣＲＣにより開発中である。
ＩＳＡ－２７は低分子ＭＤＭ２アンタゴニストであり、Ｎａｐｏｌｉ大学およびサレルノ大学により開発中である。構造は以下の通りである。
ＲＧ－７１１２（ＲＯ５０４５３３７）は、強力で、選択性のある、最初の臨床的、経口活性があり、血液脳関門を通過するＭＤＭ２－ｐ５３阻害剤である。構造は以下の通りである。
ＲＯ－８９９４は低分子ＭＤＭ２アンタゴニストであり、Ｒｏｃｈｅ社により開発中である。ＲＯ－８９９４は、腫瘍成長を阻害し、ｐ５３のミトコンドリア効果を誘導することが示されている。構造は以下の通りである。
ＲＯ－８９９４は市販されているか、または例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１１／０６７１８５に記載されているように、もしくはそれと類似の方法により調製することができる。
ＲＯ－６８３９９２１（ＲＧ－７７７５）は低分子ＭＤＭ２アンタゴニストであり、ＩＶ投与を対象としてＲｏｃｈｅ社により開発中である。構造は以下の通りである。
ＲＯ－６８３９９２１（ＲＧ－７７７５）は、例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ２０１４／２０６８６６に記載されているように、またはそれと類似の方法により調製することができる。
ＪＮＪ２６８５４１６５（セルデメタン）は以下の構造を有し、経口ＨＤＭ２阻害剤（またはアンタゴニスト）であり、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｅｘ ｖｉｖｏで多発性骨髄腫（ＭＭ）細胞に対して強力な活性を示し、ｐ５３機能を回復させる、また他のＨＤＭ２依存性経路に強い影響を与える可能性のある薬剤である。
ＭＤＭ２とＭＤＭ４のステープルド合成ペプチド二重アンタゴニストＡＴＳＰ－７０４１（ＳＰ－１５４）は、Ａｉｌｅｒｏｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ社およびＲｏｃｈｅ社により開発中であり、前臨床開発中である。ＡＴＳＰ－７０４１（ＳＰ－１５４）は以下の構造を有する。
ＳＡＨ－ｐ５３－８は、ＭＤＭ４、Ｈｄｍ２およびカスパーゼ３のステープルド合成ペプチドアンタゴニストであり、Ｈａｒｖａｒｄ Ｃｏｌｌｅｇｅ社およびＤａｎａ－Ｆａｂｅｒ社により開発中であり、前臨床開発中である。ＳＡＨ－ｐ５３－８は以下の構造を有する。
ＰＭ－２（ｓＭＴｉｄｅ－０２）は、ＭＤＭ４、Ｈｄｍ２およびカスパーゼ３のステープルド合成ペプチドアンタゴニストであり、Ｈａｒｖａｒｄ Ｃｏｌｌｅｇｅ社およびＤａｎａ－Ｆａｂｅｒ社により開発中であり、前臨床開発中である。ＰＭ－２（ｓＭＴｉｄｅ－０２）は以下の構造を有する。
Ｋ－１７８は、関西医科大学により開発中のＭＤＭ４の低分子アンタゴニストであり、前臨床開発中である。Ｋ－１７８は以下の化学構造を有する。
ＭＭＲｉ－６４は、Ｒｏｓｗｅｌｌ Ｐａｒｋ癌研究所により開発中のＭＤＭ２およびＭＤＭ４の低分子アンタゴニストであり、発見段階である。ＭＭＲｉ－６４は以下の化学構造を有する。
ＭＤＭ２およびＭＤＭ４の低分子アンタゴニストもヤゲロニア大学および第二軍医大学により開発中である。一例は以下の構造を有する。
ＭＤＭ２およびＭＤＭ４の低分子アンタゴニストは、Ｅｍｏｒｙ社およびジョージア州大学により開発中であり、急性リンパ芽球性白血病の治療を対象として前臨床開発中である。
ＭＤＭ２およびＭＤＭ４の低分子アンタゴニストはＡｄａｍｅｄ社により開発中であり、発見段階である。
本発明の１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、イダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２、ＡＬＲＮ－６９２４、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される。
本発明の１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、イダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン（ＤＳ－３０３２ｂ）、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＡＰＧ－１５５、ＲＧ－７１１２、ＲＧ７３８８（イダサヌトリン）、ＳＡＲ４０５９３９、シタラビン（ＭＫ－８２４２およびＳＣＨ－９００２４２としても知られる）、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される。
本発明の１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、イダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン（ＤＳ－３０３２ｂ）、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される。
本発明の１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、イダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＭＩ－７７３（ＳＡＲ４０５８３８）、ミラデメタン（ＤＳ－３０３２ｂ）、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される。
本発明の１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、イダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＭＩ－７７３（ＳＡＲ４０５８３８）、ミラデメタン（ＤＳ－３０３２ｂ）、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、または式Ｉｏの化合物、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される。
式Ｉ ｏ の化合物
特定のＭＤＭ２アンタゴニストは、２０１５年９月２９日出願の英国特許出願第１５１７２１６．６号および第１５１７２１７．４号の優先権を主張する２０１６年９月２９日出願の本発明者らの初期の国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４２およびＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４１に開示されているイソインドリン化合物である（これら総ての内容は参照によりその全体が本明細書の一部とされる）。特に、化合物（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（「化合物１」）は、本発明者らの初期の国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４２に開示されている。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、式Ｉｏの化合物：
［式中、ｃｙｃは、フェニルまたは複素環式基Ｈｅｔ、すなわち、ピリジニル、ピリミジニル、ピラジニルもしくはピリダジニル、またはそのＮ－オキシドであり；
Ｒ１は、ヒドロキシ、ハロゲン、ニトロ、ニトリル、Ｃ１－４アルキル、ハロＣ１－４アルキル、ヒドロキシＣ１－４アルキル、Ｃ２－６アルケニル、Ｃ１－４アルコキシ、ハロＣ１－４アルコキシ、Ｃ２－４アルキニル、－Ｏ０，１－（ＣＲｘＲｙ）ｖ－ＣＯ２Ｈ、－（ＣＲｘＲｙ）ｖ－ＣＯ２Ｃ１－４アルキル、－（ＣＲｘＲｙ）ｖ－ＣＯＮ（Ｃ１－４アルキル）２、－Ｐ（＝Ｏ）（Ｒｘ）２、－Ｓ（Ｏ）ｄ－Ｒｘ、３～６環員を有する－Ｓ（Ｏ）ｄ－複素環式基、および－Ｓ（Ｏ）ｄ－Ｎ（Ｒ８）２から独立に選択され、ｃｙｃがＨｅｔである場合、Ｒ１は炭素原子と結合しており；
Ｒ２は、水素、Ｃ１－４アルキル、Ｃ２－６アルケニル、ヒドロキシＣ１－４アルキル、－（ＣＲｘＲｙ）ｕ－ＣＯ２Ｈ、－（ＣＲｘＲｙ）ｕ－ＣＯ２Ｃ１－４アルキル、および－（ＣＲｘＲｙ）ｕ－ＣＯＮＲｘＲｙから選択され；
ｓは、０および１から選択され；
Ｒ３は、水素または－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘであり；
ｔは、０および１から選択され；
ｑは、０、１および２から選択され；
Ｒ３が－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘである場合、（ｉ）ｓ、ｔおよびｑのうち少なくとも１つは０以外であり、かつ（ｉｉ）ｔが０である場合、ｓは１であり、ｑは０以外であり；
Ａは、Ｃ３－６シクロアルキル基または３～６環員を有する複素環式基であり、前記複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり；
Ｘは、水素、ハロゲン、－ＣＮ、－ＯＲ９、－（ＣＨ２）ｖ－ＣＯ２Ｈ、－（ＣＨ２）ｖ－ＣＯ２Ｃ１－４アルキル、－Ｓ（Ｏ）ｄ－Ｒｘ、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｃ１－４アルキル、－Ｓ（Ｏ）ｄ－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－ＮＲｘＲｙ、－ＮＨＳＯ２Ｒｘ、－ＮＲｘＣＯＲｙ、および－Ｃ（＝Ｏ）ＮＲｘＲｙから選択され；
Ｒ４およびＲ５は、ハロゲン、ニトリル、Ｃ１－４アルキル、ハロＣ１－４アルキル、Ｃ１－４アルコキシおよびハロＣ１－４アルコキシから独立に選択され；
Ｒ６およびＲ７は、水素、Ｃ１－６アルキル、ハロＣ１－６アルキル、Ｃ２－６アルケニル、Ｃ２－６アルキニル、ヒドロキシ、ヒドロキシＣ１－６アルキル、－ＣＯＯＣ１－６アルキル、－（ＣＨ２）ｊ－Ｏ－Ｃ１－６アルキル、－（ＣＨ２）ｊ－Ｏ－（ヒドロキシＣ１－６アルキル）、－Ｃ１－６アルキル－ＮＲｘＲｙ、－（ＣＲｘＲｙ）ｐ－ＣＯＮＲｘＲｙ、－（ＣＲｘＲｙ）ｐ－ＮＲｘＣＯＲｙ、－（ＣＲｘＲｙ）ｐ－Ｏ－ＣＨ２－ＣＯＮＲｘＲｙ、３～７環員を有する複素環式基、３～７環員を有する－ＣＨ２－複素環式基、３～７環員を有する－ＣＨ２－Ｏ－複素環式基、３～７環員を有する－ＣＨ２－ＮＨ－複素環式基、３～７環員を有する－ＣＨ２－Ｎ（Ｃ１－６アルキル）－複素環式基、３～７環員を有する－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－複素環式基、Ｃ３－８シクロアルキル、－ＣＨ２－Ｃ３－８シクロアルキル、－ＣＨ２－Ｏ－Ｃ３－８シクロアルキル、およびＣ３－８シクロアルケニルから独立に選択され、前記シクロアルキル、シクロアルケニルまたは複素環式基は、１以上のＲｚ基で場合により置換されてもよく、各場合において、複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなるか；
あるいはＲ６およびＲ７基は、それらが結合している炭素原子と一緒に連結して３～６環員を有するＣ３－６シクロアルキルまたはヘテロシクリル基を形成することができ、前記複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり、前記Ｃ３－６シクロアルキルおよびヘテロシクリル基は場合により１以上のＲｚ基で置換されてもよく；
Ｒ８およびＲ９は、水素、Ｃ１－６アルキル、ハロＣ１－６アルキル、ヒドロキシＣ１－６アルキル、－（ＣＨ２）ｋ－Ｏ－Ｃ１－６アルキル、－（ＣＨ２）ｋ－Ｏ－（ヒドロキシＣ１－６アルキル）、ヒドロキシＣ１－６アルコキシ、－（ＣＨ２）ｋ－ＣＯ２Ｃ１－６アルキル、－（ＣＨ２）ｋ－ＣＯ２Ｈ、－Ｃ１－６アルキル－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－（ＣＨ２）ｊ－Ｃ３－８シクロアルキルおよび－（ＣＨ２）ｊ－Ｃ３－８シクロアルケニルから独立に選択され；
ＲｘおよびＲｙは、水素、ハロゲン、ニトロ、ニトリル、Ｃ１－６アルキル、ハロＣ１－６アルキル、Ｃ２－６アルケニル、Ｃ２－６アルキニル、ヒドロキシ、ヒドロキシＣ１－６アルキル、Ｃ１－６アルコキシ、－（ＣＨ２）ｋ－Ｏ－Ｃ１－６アルキル、ヒドロキシＣ１－６アルコキシ、－ＣＯＯＣ１－６アルキル、－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－Ｃ１－６アルキル－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－（ＣＨ２）ｋ－Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、Ｃ３－８シクロアルキルおよびＣ３－８シクロアルケニルから独立に選択されるか；
あるいはＲｘおよびＲｙ基は、それらが結合している炭素原子または窒素原子と一緒に連結得して、Ｃ３－６シクロアルキルまたは３～６環員を有する飽和ヘテロシクリル基を形成することができ、これは３～５環員の芳香族ヘテロシクリル基と場合により縮合されていてもよく；
あるいは炭素原子上の場合、Ｒｘ基とＲｙ基は相互に連結して＝ＣＨ２基を形成することができ；
Ｒｚは、ハロゲン、ニトロ、ニトリル、Ｃ１－６アルキル、ハロＣ１－６アルキル、Ｃ２－６アルケニル、Ｃ２－６アルキニル、＝Ｏ、ヒドロキシ、ヒドロキシＣ１－６アルキル、Ｃ１－６アルコキシ、－（ＣＨ２）ｋ－Ｏ－Ｃ１－６アルキル、ヒドロキシＣ１－６アルコキシ、－Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１－６アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１－６アルキル－ＯＨ、－Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１－６アルキル－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－（ＣＨ２）ｒ－ＣＯ２Ｃ１－６アルキル、－（ＣＨ２）ｒ－ＣＯ２Ｈ、－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、－Ｃ１－６アルキル－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅ、３～６環員を有するヘテロシクリル基、－Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１－４アルキルで置換された３～６環員を有するヘテロシクリル基、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＣ１－４アルキルで置換された３～６環員を有するヘテロシクリル基、－Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅで置換された３～６環員を有するヘテロシクリル基、３～６環員を有する－Ｃ（＝Ｏ）ヘテロシクリル基、Ｃ３－８シクロアルキルおよびＣ３－８シクロアルケニルから独立に選択され、Ｒ７がピリジンである場合、Ｒｚは－ＮＨ２以外であり；
ａ、ｊ、ｄ、ｅ、ｎ、ｒおよびｐは、０、１および２から独立に選択され；
ｋおよびｍは、１および２から独立に選択され；
ｕは、０、１、２および３から選択され；かつ
ｖは、０および１から独立に選択される］
またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
式（Ｉｏ）の化合物は、以下に「＊」で示されるキラル中心を有する。
式（Ｉｏ）の化合物は、示された位置（本明細書では（３）と呼ばれる）に立体中心を含み、キラル性非ラセミ体である。式（Ｉｏ）の化合物は、破線のくさび結合および実線のくさび結合によって示される立体化学を有し、この立体異性体が優勢である。
一般に、式（Ｉｏ）の化合物の少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％または９５％）は、示された立体異性体として存在する。１つの一般的な実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物の総量の９７％（例えば、９９％）またはそれを超える割合（例えば、実質的に総て）が単一の立体異性体として存在し得る。
これらの化合物はまた１以上のさらなるキラル中心を含み得る（例えば、－ＣＲ６Ｒ７ＯＨ基および／またはＲ３基および／または－ＣＨＲ２基の場合）。
一般に、式（Ｉｏ）の化合物は、鏡像体過剰率が少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、８５％、９０％または９５％）である。１つの一般的な実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、鏡像体過剰率が９７％（例えば、９９％）以上である。
本節の目的では、イソインドリン－１－オン環は次の用に符番される。
化合物は、化学命名ソフトウエアパッケージが使用するプロトコールに従って命名される。
ｃｙｃがフェニルである式（Ｉｏ）の化合物
ｃｙｃがフェニルである式（Ｉｏ）の化合物は、２０１７年4月６日にＷＯ２０１７／０５５８６０として公開された本発明者らの初期の国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４２に開示されている。ＷＯ２０１７／０５５８６０に開示されている化合物、部分式、および置換基（例えば、式（Ｉ）、Ｉ（ｅ）、Ｉ（ｆ）、Ｉ（ｇ）、Ｉ（ｇ’）、Ｉ（ｈ）、Ｉ（ｉ）、Ｉ（ｊ）、Ｉ（ｋ）、Ｉ（Ｌ）、Ｉ（ｍ）、Ｉ（ｍ’）、Ｉ（ｎ）、Ｉ（ｏ）、Ｉ（ｏ’）、Ｉ（ｏ’’）、Ｉ（ｐ）、Ｉ（ｐ’）、Ｉ（ｑ）、Ｉ（ｑ’）、Ｉ（ｑ’’）、Ｉ（ｑ’’’）、Ｉ（ｑ’’’’）、Ｉ（ｒ）、Ｉ（ｓ）、Ｉ（ｔ）、Ｉ（ｕ）、Ｉ（ｖ）、Ｉ（ｖ’）、Ｉ（ｗ）、Ｉ（ｘ）、Ｉ（ｘ’）、Ｉ（ｙ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（Ｖｉａ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｄ’）、（ＶＩＩｅ）、（ＶＩＩｅ’）、（ａ）、（ｂ）、（ｂａ）、（ｂｂ）、（ｂｃ）または（ｃ））が相互参照される。従って、この相互参照により、ＷＯ２０１７／０５５８６０の化合物、部分式、および置換基は、本願により直接かつ明確に開示される。
ｃｙｃがフェニルである式（Ｉｏ）の特定の部分式、実施形態および化合物には以下のものが含まれる。
１つの実施形態では、Ｒ１は、クロロまたはニトリル、特に、クロロである。
Ｒ２が水素以外である場合、式（Ｉｏ）の化合物は、少なくとも２つのジアステレオ異性体として存在し得る。
疑念を避けるため、一般式（Ｉｏ）および総ての部分式は、個々のジアステレオ異性体および－ＣＨＲ２－基でエピマーとして関連するジアステレオ異性体の混合物の両方を包含する。１つの実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、ジアステレオ異性体１Ａまたはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。１つの実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、ジアステレオ異性体１Ｂまたはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ｒ２は、水素および－（ＣＲｘＲｙ）ｕ－ＣＯ２Ｈ（例えば、－ＣＯＯＨ、－ＣＨ２ＣＯＯＨ、－ＣＨ２ＣＨ２－ＣＯ２Ｈ、－（ＣＨ（ＣＨ３））－ＣＯ２Ｈおよび－（Ｃ（ＣＨ３）２）－ＣＯ２Ｈ）から選択される。
１つの実施形態では、ａは１であり、置換基Ｒ４はイソインドリン－１－オンの４位にあり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｒ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
Ｒ４は、ハロゲン、ニトリル、Ｃ１－４アルキル、ハロＣ１－４アルキル、Ｃ１－４アルコキシおよびハロＣ１－４アルコキシから独立に選択される。
１つの実施形態では、Ｒ４はハロゲンである。１つの実施形態では、Ｒ４はフルオロまたはクロロである。別の実施形態では、Ｒ４はフルオロである。
１つの実施形態では、ａは１であり、置換基Ｒ４はイソインドリン－１－オンの４位にあり、かつ、Ｒ４はＦであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｓ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
Ｒ６とＲ７が異なる場合、式（Ｉｏ）の化合物は、少なくとも２つのジアステレオ異性体として存在し得る。
疑念を避けるため、一般式（Ｉｏ）および総ての部分式は、個々のジアステレオ異性体および－ＣＲ６Ｒ７ＯＨ基でエピマーとして関連するジアステレオ異性体の混合物の両方を包含する。
１つの実施形態では、Ｒ６はＣ１－６アルキル（メチルまたはエチル、例えば、メチルなど）であり、Ｒ７はオキサニルであり、式（Ｉｏ）の化合物は式（Ｉｗ）の化合物である。
式（Ｉｗ）の１つの実施形態では、Ｒｚは水素またはフッ素である。
部分式
１つの実施形態では、Ｒ６はメチルまたはエチルであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ＩＩＩｂ）の化合物またはその互変異性体または溶媒和物または薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ７、ａ、ｍおよびｓは本明細書に定義される通りである。
１つの実施形態では、ｓは０であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ＩＶｂ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ７、ａ、ｍおよびｓは、本明細書に定義される通りである。
１つの実施形態では、ｍは１であり、置換基Ｒ４はフェニル基の４位にあり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ＶＩ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ｒ５はクロロであり、式（ＶＩ）の化合物は、式（ＶＩａ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ｒ３はメチルであり、式（ＶＩ）の化合物は、式（ＶＩＩｆ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
式（ＶＩＩｆ）の１つの実施形態では、Ｒ６はエチルである。
式（ＶＩＩｆ）の化合物の１つの実施形態では、Ｒ７は、メチル、オキサニル、ピラゾリル、イミダゾリル、ピペリジニル、およびシクロヘキシルから選択され、前記シクロアルキルおよび複素環式基は、１以上のＲｚ基（例えば、メチル、フッ素、またはヒドロキシ）で場合により置換されていてもよい。
式（ＶＩＩｆ）の化合物の１つの実施形態では、Ｒ７は、オキサニルおよびメチルから選択される。
式（ＶＩＩｆ）の化合物の１つの実施形態では、Ｒ７は、１以上のＲｚ基（例えば、メチル、フッ素、またはヒドロキシ）で場合により置換されていてもよいピペリジニルから選択される。
上記の部分式の別の実施形態では、Ｒ２は、－（ＣＨ（ＣＨ３））－ＣＯ２Ｈおよび－（Ｃ（ＣＨ３）２－ＣＯ２Ｈ）から選択される。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、ここで、
Ｒ１は、ハロゲン（例えばＣｌ）、ニトリル、Ｏ０，１（ＣＲｘＲｙ）ｖＣＯＯＨ（例えば、－ＣＯＯＨ、－ＣＨ２ＣＯＯＨ、－ＯＣＨ２ＣＯＯＨまたは－Ｃ（ＣＨ３）２ＣＯＯＨであり；
ｎは、１または２であり；
Ｒ２は、水素および－（ＣＲｘＲｙ）ｕ－ＣＯ２Ｈ（例えば、－ＣＯＯＨ、－ＣＨ２ＣＯＯＨ、－ＣＨ２ＣＨ２－ＣＯ２Ｈ、－（ＣＨ（ＣＨ３））－ＣＯ２Ｈおよび－（Ｃ（ＣＨ３）２）－ＣＯ２Ｈ）から選択され；
Ｒ３は水素であり、ｓは１であり；
Ｒ４はハロゲン（例えば、Ｆ）であり；
Ｒ５はハロゲン（例えば、Ｃｌ）であり；
ｍは１であり；
Ｒ６は、水素またはＣ１－６アルキル（例えば、－ＣＨ３または－ＣＨ２ＣＨ３）であり；
Ｒ７は、Ｃ１－４アルキル（例えば、メチル）、ヒドロキシルＣ１－４アルキル（例えば、ヒドロキシルメチル）、メトキシＣ１－４アルキル（例えば、メトキシメチル）、５または６環員を有する複素環式基（例えば、ピペリジニル、オキサニル、イミダゾリルまたはピラゾリル））であり；
前記５または６環員を有する複素環式基は、Ｃ１－４アルキル（例えば、メチル）から独立に選択される１または２個のＲｚ基で場合により置換されていてもよい。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、実施例１～１３７の１つであるかまたは実施例１～１３７から選択される式（Ｉｏ）の化合物、または本明細書で定義される実施例の第１のセットに記載されているその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８６０にも記載されているように、ｃｙｃがフェニルである化合物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、実施例１～９７（ｃｙｃがフェニルである実施例）の１つであるかまたは実施例１～９７（ｃｙｃがフェニルである実施例）から選択される式（Ｉｏ）の化合物、または本明細書で定義される実施例の第１のセットに記載されているその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８６０にも記載されているように、ｃｙｃがフェニルである化合物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、以下の化合物：
４－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－１－｛［１－（ヒドロキシメチル）シクロプロピル］メトキシ｝－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ベンゾニトリル、例えば、
；および
（３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）エチル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］プロパン酸、例えば、
から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、以下の化合物：
４－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－１－｛［１－（ヒドロキシメチル）シクロプロピル］メトキシ｝－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ベンゾニトリル；および
（３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）エチル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］プロパン酸
から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ｂであり、以下の化合物：
４－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－１－｛［１－（ヒドロキシメチル）シクロプロピル］メトキシ｝－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ベンゾニトリル；および
（３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）エチル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］プロパン酸
から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、２－（５－クロロ－２－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝フェニル）－２－メチルプロパン酸、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。例えば
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（「化合物１」）である式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。例えば、
疑念を避けるため、１つの置換基に関する各一般的および具体的な実施形態および実施例は、本明細書で定義されるような１以上の、特に総ての、他の置換基に関する各一般的および具体的な実施形態および実施例と組み合わせることができ、そのような実施形態は総て本願に包含されることを理解されたい。
ｃｙｃが複素環式基である式（Ｉｏ）の化合物
ｃｙｃが複素環式基である式（Ｉｏ）の化合物は、２０１７年４月６日にＷＯ２０１７／０５５８５９として公開された本発明者らの初期の国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４１に開示されている。ＷＯ２０１７／０５５８５９に開示されている化合物、部分式、および置換基（例えば、式（Ｉ）、Ｉ（ａ）、Ｉ（ａ’）、Ｉ（ｂ）、Ｉ（ｃ）、Ｉ（ｄ）、Ｉ（ｅ）、Ｉ（ｆ）、Ｉ（ｇ）、Ｉ（ｇ’）、Ｉ（ｈ）、Ｉ（ｉ）、Ｉ（ｊ）、Ｉ（ｋ）、Ｉ（Ｌ）、Ｉ（ｍ）、Ｉ（ｍ’）、Ｉ（ｎ）、Ｉ（ｏ）、Ｉ（ｏ’）、Ｉ（ｏ’’）、Ｉ（ｐ）、Ｉ（ｐ’）、Ｉ（ｑ）、Ｉ（ｑ’）、Ｉ（ｑ’’）、Ｉ（ｑ’’’）、Ｉ（ｑ’’’’）、Ｉ（ｒ）、Ｉ（ｓ）、Ｉ（ｔ）、Ｉ（ｕ）、Ｉ（ｖ）、Ｉ（ｖ’）、Ｉ（ｗ）、Ｉ（ｘ）、Ｉ（ｘ’）、Ｉ（ｙ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩＩｂ）、（Ｉｖａ）、（ＩＶｂ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩａ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｄ’）、（ＶＩＩｅ）、（ＶＩＩｅ’）、（ａ）、（ｂ）、（ｂａ）、（ｂｂ）、（ｂｃ）、または（ｃ））および本明細書に定義されるようなその例が相互参照される。従って、この相互参照により、ＷＯ２０１７／０５５８５９の化合物、部分式、および置換基は、本願により直接かつ明確に開示される。
ｃｙｃが複素環式基である式（Ｉｏ）の特定の部分式、実施形態および化合物には以下のものが含まれる。
別の実施形態では、Ｒ２は水素であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｅ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
Ｒ２が水素以外である場合、式（Ｉｏ）の化合物は少なくとも２つのジアステレオ異性体として存在し得る。
疑念を避けるため、一般式（Ｉｏ）および総ての部分式は、個々のジアステレオ異性体および－ＣＨＲ２－基でエピマーとして関連するジアステレオ異性体の混合物の両方を包含する。１つの実施形態では、式Ｉの化合物は、ジアステレオ異性体１Ａまたはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。１つの実施形態では、式Ｉの化合物は、ジアステレオ異性体１Ｂまたはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ａは、Ｃ３－６シクロアルキル基であり（すなわち、ｇは、１、２または３である）、ｔは１であり、ｓは０または１であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｆ）の化合物、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ａは、Ｃ３－６シクロアルキル基であり（すなわち、ｇは、１、２または３である）、ｔは１であり、ｓは１であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｇ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ａは、Ｃ３－６シクロアルキル基であり（すなわち、ｇは１、２または３である）、ｔは１であり、ｓは１であり、シクロアルキル基は、ジェミナルに二置換され（すなわち、－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘ基と－ＣＨ２－Ｏ－イソインドリノン基が両方ともシクロアルキル基の同じ原子に結合している）、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｈ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ａはシクロプロピル基であり（すなわち、ｇは１である）、ｔは１であり、ｓは１である。従って、シクロアルキル基はシクロプロピル基であり式（Ｉｏ）、の化合物は、式（Ｉｉ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ＡはＣ３－６シクロアルキル基であり（すなわち、ｇは１、２または３である）、ｔは１であり、ｓは１であり、Ｘは－ＣＮであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｋ’）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
別の実施形態では、ＡはＣ３－６シクロアルキル基であり（すなわち、ｇは１、２または３である）、ｔは１であり、ｓは１であり、ＲｘおよびＲｙは水素（１Ｈおよび２Ｈを含む）であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ＩＬ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ＡはＣ３－シクロアルキル基であり（すなわち、ｇは１である）、ｔは１であり、ｓは１であり、Ｘは－ＣＮであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｎ’）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、ｑは０または１である。化合物（Ｉｎ）の１つの実施形態では、ｑは０である。
１つの実施形態では、Ｒ３は－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘであり、ｓは１であり、ｔは０であり、ｑは１または２であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｐ）の化合である。
１つの実施形態では、Ａは、Ｃ３－６シクロアルキル基または３～６環員を有する飽和複素環式基であり、ここで、ｔは１であり、ｓは１であり、Ｙは、－ＣＨ２－、Ｏ、またはＳＯ２から独立に選択され、ｉは０または１であり、ｇは１、２、３または４であり、ｉ＋ｇは１、２、３または４であり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｑ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ｉは１であり、ＹはＯまたはＳＯ２特に、Ｏである。１つの実施形態では、式（Ｉｑ）の化合物は、式（Ｉｑ’’’’）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ｓは０であり、ｔは１であり、Ａはテトラヒドフラニル(tetrahydofuranyl)であり、ｑは０であり、Ｘは水素である。１つの実施形態では、Ｒ３はテトラヒドロフラニルであり、ｓは０である。
１つの実施形態では、ａは１であり、置換基Ｒ４はイソインドリン－１－オンの４位にあり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｒ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
Ｒ４は、ハロゲン、ニトリル、Ｃ１－４アルキル、ハロＣ１－４アルキル、Ｃ１－４アルコキシおよびハロＣ１－４アルコキシから独立に選択される。
１つの実施形態では、Ｒ４はハロゲンである。１つの実施形態では、Ｒ４はフルオロまたはクロロである。別の実施形態では、Ｒ４はフルオロである。
１つの実施形態では、ａは１であり、置換基Ｒ４はイソインドリン－１－オンの４位にあり、Ｒ４はＦであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｓ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
Ｒ６とＲ７が異なる場合、式（Ｉｏ）の化合物は、少なくとも２つのジアステレオ異性体として存在し得る。
疑念を避けるため、一般式（Ｉｏ）および総ての部分式は、個々のジアステレオ異性体および－ＣＲ６Ｒ７ＯＨ基でエピマーとして関連するジアステレオ異性体の混合物の両方を包含する。
１つの実施形態では、Ｒ７は４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イルであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｉｘ’’）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
部分式
１つの実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ＩＩ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、ＬはＣＲ１、ＣＨまたはＮであり、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、ａ、ｍおよびｓは本明細書に定義される通りである。１つの実施形態では、ＬはＣＨである。１つの実施形態では、ＬはＮである。１つの実施形態では、Ｌは、Ｃ－ＯＨまたはＣ－ヒドロキシＣ１－４アルキル（例えば、Ｃ－ＯＨまたはＣ－ＣＨ２ＯＨ）などのＣＲ１である。
別の実施形態では、Ｒ１はクロロまたはニトリルであり、式（ＩＩ）の化合物は、式（ＩＩａ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ７、ｍおよびｓは本明細書に定義される通りである。
１つの実施形態では、Ｒ６はエチルであり、式（ＩＩ）の化合物は、式（ＩＩＩｂ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ７、ａ、ｍおよびｓは本明細書に定義される通りである。
１つの実施形態では、ｓは０であり、式（ＩＩ）の化合物は、式（ＩＶｂ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ７、ｍおよびｓは本明細書に定義される通りである。
１つの実施形態では、Ｒ４はＦであり、式（Ｉｏ）の化合物は、式（Ｖ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ７、ｍおよびｓは本明細書に定義される通りである。
１つの実施形態では、ｍは１であり、置換基Ｒ４はフェニル基の４位にあり、式（ＩＩ）の化合物は、式（ＶＩ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ｒ５はクロロであり、式（ＶＩ）の化合物は、式（ＶＩａ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ＡはＣ３－６シクロアルキル基であり（ｇは１、２または３である）、ｔは１であり、式（ＶＩ）の化合物は、式（ＶＩＩ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ＡはＣ３－６シクロアルキル基であり（ｇは１、２または３である）、ｔは１であり、シクロアルキル基はジェミナルに二置換され（すなわち、－（ＣＲｘＲｙ）－Ｘ基とＣＨ２基（ｓが１である場合）または酸素原子（ｓが０である場合）が両方ともシクロアルキル基の同じ原子に結合しており、式（ＶＩＩ）の化合物は、式（ＶＩＩａ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ｇは１であり、従って、シクロアルキル基はシクロプロピル基であり、式（ＶＩＩａ）の化合物は、式（ＶＩＩｂ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ｓは１であり、式（ＶＩＩｂ）の化合物は、式（ＶＩＩｃ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、Ｘは－ＣＮであり、式（ＶｌＩｄ）の化合物は、式（ＶＩｌｅ’’）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、ｑは０または１、特に、ｑは０である。
１つの実施形態では、Ｒ３はメチルであり、式（ＶＩ）の化合物は、式（ＶＩＩｆ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
式（ａ）の化合物の１つの実施形態では、、Ｒ７は、Ｃ１－６アルキル（例えば、メチル）および／またはハロ（例えば、フルオロ）で場合により置換されていてもよいピペリジニルまたはピペラジニルである。
式（ａ’）の化合物の１つの実施形態では、Ｒ７は、Ｃ１－６アルキル（例えば、メチル）および／またはハロ（例えば、フルオロ）で場合により置換されていてもよいピペリジニルである。
１つの実施形態では、Ａは、３～６環員を有するヘテロシクリル基であり、この複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり（ｔは１であり；ｇは１、２、３または４であり；ＺはＮ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態を表し；ｉは１、２、または３であり；ｉ＋ｇ＝２、３、４または５）、式（ＶＩ）の化合物は、式（ｂ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
１つの実施形態では、ｓは０であり、ｇは２であり、ｑは０であり、Ｘは水素であり、式（ｂ）の化合物は、式（ｂｂ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩である。
別の実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ｃ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１はクロロまたはニトリルであり、ｓは１であって、Ｘはヒドロキシルであるか、またはｓは０であって、Ｘは－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２である。
別の実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、式（ｃ’）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、
式中、Ｒ１はクロロまたはニトリルであり、ｓは１であって、Ｘはヒドロキシルであるか、またはｓは０であって、Ｘは－ＣＮである。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、ここで、
Ｈｅｔは、ピリジニルまたはピリミジニルであり、
Ｒ１は炭素原子と結合し、ヒドロキシ、ハロゲン、ニトロ、ニトリルおよびＣ１－４アルキルから独立に選択され；
Ｒ２は、水素、Ｃ１－４アルキル、Ｃ２－６アルケニル、ヒドロキシＣ１－４アルキルおよび－ＣＨ２ＣＯ２Ｈから選択され；
Ｒ３は、水素または－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘであり；
ｓおよびｔは、０および１から独立に選択され；
ｑは、０、１および２から選択され；
Ｒ３が－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘである場合、（ｉ）ｓ、ｔおよびｑのうち少なくとも１つは０以外であり、（ｉｉ）ｔが０である場合、ｓは１であり、ｑは０以外であり；
Ａは、３～６環員を有する複素環式基であり、前記複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり；
Ｘは、水素、ハロゲン、－ＣＮおよび－ＯＲ９から選択され；
Ｒ４およびＲ５は、ハロゲン、ニトリルおよびＣ１－４アルキルから独立に選択され；
Ｒ６は、水素およびＣ１－６アルキルから選択され；
Ｒ７は、３～７環員を有する複素環式基、３～７環員を有する－ＣＨ２－複素環式基、Ｃ３－８シクロアルキル、および－ＣＨ２－Ｃ３－８シクロアルキルから選択され、前記シクロアルキルまたは複素環式基は１個以上のＲｚ基で場合により置換されていてもよく、各場合において複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり；
Ｒ９は、水素およびＣ１－６アルキルから選択され；
ＲｘおよびＲｙは、水素およびＣ１－６アルキルから独立に選択され；
Ｒｚは、ハロゲン、ニトロ、ニトリル、Ｃ１－６アルキル、ハロＣ１－６アルキル、Ｃ２－６アルケニル、ヒドロキシ、ヒドロキシＣ１－６アルキル、Ｃ１－６アルコキシ、－Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１－６アルキル、および－Ｎ（Ｈ）ｅ（Ｃ１－４アルキル）２－ｅから独立に選択され；
ｎおよびｅは、０、１および２から独立に選択され；
ｍは、１および２から選択され；かつ
ａは、０および１から選択される。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、ここで、
Ｈｅｔは、ピリジニルまたはピリミジニルであり、
Ｒ１は炭素原子に結合し、ハロゲン、ヒドロキシおよびニトリルから独立に選択され；
Ｒ２は、水素、Ｃ１－４アルキルおよび－ＣＨ２ＣＯ２Ｈから選択され；
Ｒ３は、水素または－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘであり；
Ａは、３～６環員を有する複素環式基であり、前記複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり；
ｓおよびｔは、０および１から独立に選択され；
ｑは、０、１および２から選択され；
Ｒ３が－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘである場合、（ｉ）ｓ、ｔおよびｑのうち少なくとも１つは０以外であり、（ｉｉ）ｔが０である場合、ｓは１であり、ｑは０以外であり；
Ｘは、水素、ハロゲンまたは－ＯＲ９から選択され；
Ｒ４およびＲ５は、ハロゲンから独立に選択され；
Ｒ６は、水素およびＣ１－６アルキルから選択され；
Ｒ７は、３～７環員を有する複素環式基、３～７環員を有する－ＣＨ２－複素環式基、Ｃ３－８シクロアルキル、および－ＣＨ２－Ｃ３－８シクロアルキルから選択され、前記シクロアルキル、シクロアルケニルまたは複素環式基は１個以上のＲｚ基で場合により置換されていてもよく、各場合において複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり；
Ｒ９は、水素およびＣ１－６アルキルから選択され；
ＲｘおよびＲｙは、水素およびＣ１－６アルキルから独立に選択され；
Ｒｚは、ハロゲン、ニトロ、ニトリル、およびＣ１－６アルキルから独立に選択され；
ｎは１であり、ｍは１であり；かつ
ａは０および１から選択される。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩であり、ここで、
Ｈｅｔは、ピリジニルまたはピリミジニルであり、
Ｒ１は炭素原子に結合し、ハロゲン、ヒドロキシおよびニトリルから独立に選択され；
Ｒ２は、水素、Ｃ１－４アルキルおよび－ＣＨ２ＣＯ２Ｈから選択され；
Ｒ３は、－（Ａ）ｔ－（ＣＲｘＲｙ）ｑ－Ｘであり；
Ａは、３～６環員を有する複素環式基であり、前記複素環式基は、Ｎ、Ｏ、Ｓおよびその酸化形態から選択される１個以上（例えば、１、２、または３個）のヘテロ原子を含んでなり；
ｓおよびｔは０および１から独立に選択され；
ｑは、０、１および２から選択され；
（ｉ）ｓ、ｔおよびｑのうち少なくとも１つは０以外であり、（ｉｉ）ｔが０である場合、ｓは１であり、ｑは０以外であり；
Ｘは、水素、ハロゲンおよび－ＯＲ９から選択され；
Ｒ４およびＲ５は、ハロゲンから独立に選択され；
Ｒ６は、水素およびＣ１－６アルキルから選択され；
Ｒ７は、１個以上のＲｚ基で場合により置換されていてもよい３～７環員を有する複素環式基であり；
Ｒ９は、水素およびＣ１－６アルキルから選択され；
ＲｘおよびＲｙは、水素およびＣ１－６アルキルから独立に選択され；
Ｒｚは、ハロゲンおよびＣ１－６アルキルから独立に選択され；
ｎは１であり、ｍは１であり、かつ
ａは１である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、実施例１～５８０（ｃｙｃが複素環式基である実施例）の１つであるか、または実施例１～５８０から選択される式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物（本明細書で定義される実施例の第２のセットに記載される式Ｉｏの化合物、すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８５９にも記載されているように、ｃｙｃがＨｅｔである化合物）である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、実施例１～４６０の１つであるか、または実施例１～４６０から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物（本明細書で定義される実施例の第２のセットに記載される式Ｉｏの化合物、すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８５９にも記載されているように、ｃｙｃがＨｅｔである化合物）である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、実施例１～４５９の１つであるか、または実施例１～４５９から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物（本明細書で定義される実施例の第２のセットに記載される式Ｉｏの化合物、すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８５９にも記載されているように、ｃｙｃがＨｅｔである化合物）である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、以下の化合物から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である：
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－｛１－ヒドロキシ－１－［トランス－４－ヒドロキシシクロヘキシル］エチル｝－３－｛［１－（ヒドロキシメチル）シクロプロピル］メトキシ｝－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
例えば、
２－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－１－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリミジン－５－カルボニトリル；
例えば、
（３Ｒ）－２－［（５－クロロ－３－ヒドロキシピリジン－２－イル）メチル］－３－（４－クロロフェニル）－４－フルオロ－６－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－（２－ヒドロキシエトキシ）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
例えば、
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロオキサン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－１－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
例えば、
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－［（３－フルオロオキセタン－３－イル）メトキシ］－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
例えば、
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－（｛１－［ヒドロキシ（２Ｈ２）メチル］シクロプロピル｝（２Ｈ２）メトキシ）－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
例えば、
および
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチルピペリジン－４－イル）プロピル］－３－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン
例えば、
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ａであり、以下の化合物から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である：
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－｛１－ヒドロキシ－１－［トランス－４－ヒドロキシシクロヘキシル］エチル｝－３－｛［１－（ヒドロキシメチル）シクロプロピル］メトキシ｝－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
２－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－１－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリミジン－５－カルボニトリル；
（３Ｒ）－２－［（５－クロロ－３－ヒドロキシピリジン－２－イル）メチル］－３－（４－クロロフェニル）－４－フルオロ－６－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－（２－ヒドロキシエトキシ）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロオキサン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－１－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－［（３－フルオロオキセタン－３－イル）メトキシ］－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－（｛１－［ヒドロキシ（２Ｈ２）メチル］シクロプロピル｝（２Ｈ２）メトキシ）－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；および
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチルピペリジン－４－イル）プロピル］－３－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ｂであり、以下の化合物から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である：
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－｛１－ヒドロキシ－１－［トランス－４－ヒドロキシシクロヘキシル］エチル｝－３－｛［１－（ヒドロキシメチル）シクロプロピル］メトキシ｝－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
２－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－１－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリミジン－５－カルボニトリル；
（３Ｒ）－２－［（５－クロロ－３－ヒドロキシピリジン－２－イル）メチル］－３－（４－クロロフェニル）－４－フルオロ－６－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－（２－ヒドロキシエトキシ）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロオキサン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－１－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－［（３－フルオロオキセタン－３－イル）メトキシ］－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；
６－｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－（｛１－［ヒドロキシ（２Ｈ２）メチル］シクロプロピル｝（２Ｈ２）メトキシ）－５－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］メチル｝ピリジン－３－カルボニトリル；および
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－ヒドロキシ－１－（１－メチルピペリジン－４－イル）プロピル］－３－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、以下の化合物から選択される式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である：
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［２－ヒドロキシ－１－（４－メチルピペラジン－１－イル）ブタン－２－イル］－３－［（３Ｓ）－オキソラン－３－イルオキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
例えば、
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－メトキシ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
例えば、
１－（｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－イル］オキシ｝メチル）シクロプロパン－１－カルボニトリル；
例えば、
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－［シス－３－ヒドロキシシクロブトキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン；
例えば、
および
（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－［（２Ｒ）－２－ヒドロキシプロポキシ］－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン
例えば、
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、１－（｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－イル］オキシ｝メチル）シクロプロパン－１－カルボニトリルである式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－メトキシ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オンである式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ａであり、１－（｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－イル］オキシ｝メチル）シクロプロパン－１－カルボニトリルである式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ａであり、（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－メトキシ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オンである式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ｂであり、１－（｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－７－フルオロ－５－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－イル］オキシ｝メチル）シクロプロパン－１－カルボニトリルである式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ジアステレオ異性体２Ｂであり、（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－メトキシ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オンである式（Ｉｏ）の化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［（１Ｓ）－１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－メトキシ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、（３Ｒ）－３－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－４－フルオロ－６－［（１Ｒ）－１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－メトキシ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－オン、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、１－（｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－イル］オキシ｝メチル）シクロプロパン－１－カルボニトリル、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、１－（｛［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－２－［（５－クロロピリミジン－２－イル）メチル］－７－フルオロ－５－［（１Ｒ）－１－（４－フルオロ－１－メチルピペリジン－４－イル）－１－ヒドロキシプロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－１－イル］オキシ｝メチル）シクロプロパン－１－カルボニトリル、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
疑念を避けるため、１つの置換基に関する各一般的および具体的な実施形態および実施例は、本明細書で定義されるような１以上の、特に総ての、他の置換基に関する各一般的および具体的な実施形態および実施例と組み合わせることができ、そのような実施形態は総て本願に包含されることを理解されたい。
特定の化合物
本発明の使用および方法は、本明細書に記載の式Ｉｏの総ての化合物に当てはまり、すなわち、ＭＤＭ２アンタゴニストは、式Ｉｏの化合物、その任意の部分式、または本明細書に記載の任意の特定化合物(comound)、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、本明細書に定義される実施例の第１のセットに記載されているような実施例１～１３４から選択される式Ｉｏの化合物（すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８６０にも記載されているように、ｃｙｃがフェニルである化合物）である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、本明細書に定義される実施例の第２のセットに記載されているような実施例１～５８０から選択される式Ｉｏの化合物（すなわち、ＷＯ２０１７／０５５８５９にも記載されているように、ｃｙｃがＨｅｔである化合物）である。
本発明の１つの特定の実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、すなわち、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸である。
（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸は，本明細書では「化合物１」と呼称される。
例えば、
（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸は、２０１７年４月６日にＷＯ２０１７／０５５８６０として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４２において実施例１２４として開示されている。
化合物１の調製方法は、２０１８年１０月４日にＷＯ２０１８／１７８６９１として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１８／０５０８４５に見出すことができる。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、遊離酸の形態の化合物１である。別の実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、化合物１の薬学上許容可能な塩である。
概説
他のＭＤＭ２アンタゴニストは、従来の方式で、例えば、記載のものと類似の工程により調製することができる。
ＭＤＭ２アンタゴニストのポソロジーは、当業者に公知である。各ＭＤＭ２アンタゴニストの好ましい投与方法ならびに用量および投与レジメンは、治療される特定の腫瘍および治療される特定の宿主に依存することが認識されるであろう。最適な方法、投与スケジュール、用量およびレジメは、当業者であれば、常法を用いて、本明細書に示される情報を考慮して容易に決定することができる。
塩、溶媒和物、互変異性体、異性体、Ｎ－オキシド、エステル、プロドラッグおよび同位体
本明細書で任意の化合物という場合には、例えば後述するようなイオン形態、塩、溶媒和物、異性体（指定がなければ、幾何異性体および立体化学異性体を含む）、その互変異性体、Ｎ－オキシド、エステル、プロドラッグ、同位体および保護形態；特に、その塩または互変異性体または異性体またはＮ－オキシドまたは溶媒和物；より詳しくは、その塩または互変異性体またはＮ－オキシドまたは溶媒和物も含む。１つの実施形態では、化合物をいう場合には、その塩または互変異性体または溶媒和物も含む。
塩
これらの化合物は、塩、例えば、酸付加塩、または特定の場合には、有機および無機塩基の塩、例えば、カルボン酸塩、スルホン酸塩およびリン酸塩などで存在し得る。このような総ての塩は本発明の範囲内にあり、式（Ｉｏ）の化合物という場合には、その化合物の塩形態を含む。
Ｎ－オキシド
アミン官能基を含む化合物はＮ－オキシドを形成してもよい。本明細書でアミン官能基を含む化合物という場合には、Ｎ－オキシドも含む。
幾何異性体および互変異性体
これらの化合物は、いくつかの異なる幾何異性形、および互変異性形で存在してもよく、式（Ｉｏ）の化合物という場合には、このような総ての形態を含む。疑念を避けるため、化合物はいくつかの幾何異性形または互変異性形の１つで存在してもよく、１つだけが具体的に記載されまたは示されるが、他の総てもやはり本発明における使用のために包含される。
例えば、特定のヘテロアリール環は、以下に示されるＡおよびＢなどの２つの互変異性形で存在してもよい。簡単にするために、式は１形態のみ示す場合があるが、式は両互変異性形を包含すると見なされるべきである。
立体異性体
別段のことが記述または指示されない限り、化合物の化学表示は、可能性のある総ての立体化学異性形の化合物を表す。
式（Ｉｏ）の化合物
立体中心は「破線」または「実線」のくさび線を用いた通常の方式で示される。例えば、
化合物が２つのジアステレオ異性体／エピマーの混合物として記載される場合、立体中心の構成は指定されず、直線により表される。
化合物は１以上のキラル中心を含み、２つ以上の光学異性体の形態で存在し得る場合、化合物という場合には、文脈が別段のことを必要としない限り、その総ての光学異性形（例えば、鏡像異性体、エピマーおよびジアステレオ異性体）を、個々の光学異性体、または混合物（例えば、ラセミもしくはスカレミック混合物）または２つ以上の光学異性体のいずれかとして含む。
特に興味深いのは、立体化学的に純粋な化合物である。ある化合物が例えばＲと指定されている場合、これはその化合物が実質的にＳ異性体を含まないことを意味する。化合物が例えばＥと指定されている場合、これはその化合物が実質的にＺ異性体を含まないことを意味する。シス、トランス、Ｒ、Ｓ、ＥおよびＺという用語は当業者に周知である。
同位体変種
本発明は、総ての薬学上許容可能な同位体標識化合物、すなわち、１以上の原子が同じ原子番号であるが、自然界に通常見られる原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子で置換されている化合物の使用を含む。
溶媒和物および結晶形
また、化合物の任意の多形形態、および溶媒和物、例えば、水和物、アルコラートなども本化合物に包含される。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の遊離酸の結晶形である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、
（ａ）回折角１５．１、１５．５、１５．８および２２．３°２θ（±０．２°２θ）におけるピークを特徴とするＸ線粉末回折パターン；または
（ｂ）３．９９、５．６２、５．７１および５．８７Åの面間隔
を有する、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の結晶形である。
特に、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の結晶形は、
（ａ）回折角１１．３、１５．１、１５．５、１５．８、１７．２、２０．８、２２．３および２８．６°２θ（±０．２°２θ）におけるピークを特徴とするＸ線粉末回折パターン；または
（ｂ）３．１２、３．９９、４．２７、５．１７、５．６２、５．７１、５．８７および７．８５Åにおける面間隔
を有する。
特に、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の結晶形は、本明細書の表６に示される回折角（２θ）における主要ピークの存在、面間隔（ｄ）および強度を特徴とするＸ線粉末回折パターンを有する。
特に、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の結晶形は、図６に示されるＸ線粉末回折パターンと同じ回折角にピークを示すＸ線粉末回折パターンを有し、好ましくは、これらのピークは、図６のピークと同じ相対強度を有する。
特に、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の結晶形は、実質的に図６に示されるようなＸ線粉末回折パターンを有する。
１つの実施形態では、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸の結晶形は、ＤＳＣに供した場合に２６６～２６７℃（例えば、２６６．６１℃）に発熱ピークを示す（図７）。
結晶形は、実質的に結晶性であってよく、これは、他の結晶形が微量、好ましくは無視できる量で存在してもよいが、１つの単一結晶形が優勢であり得ることを意味する。
例えば、結晶形は、５重量％以下の任意の他の結晶形を含み得る。
錯体
化合物はまた、化合物の錯体（例えば、シクロデキストリンなどの化合物との包接錯体もしくは包接体、または金属との錯体）もその範囲に含む。包接錯体、包接体および金属錯体は、当業者に周知の方法によって形成することができる。
プロドラッグ
また、化合物のいずれのプロドラッグも化合物に包含される。「プロドラッグ」とは、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏで生物学的に活性な化合物に変換されるいずれの化合物も意味する。
本発明において使用される化合物の調製方法
式（Ｉｏ）の化合物
本節では、文脈が別段のことを示さない限り、本願の他の総ての節と同様に、式Ｉｏという場合には、文脈が別段のことを示さない限り、本明細書に定義されるような他の総ての部分式およびその実施例も含む。
式（Ｉｏ）の化合物は、当業者に周知の合成方法に従って調製することができる。
必要な中間体は、市販されているか、文献で知られているか、文献に類似した方法で調製されるか、または以下の実験手順の例に記載されているものと類似の方法で調製される。その他の化合物は、当技術分野で周知の方法を用いて、基の官能基相互変換により調製することができる。
ｃｙｃがフェニルである化合物を調製、単離および精製するための一般手順は、２０１７年４月６日にＷＯ２０１７／０５５８６０として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４２に見出すことができる。
ｃｙｃがＨｅｔである化合物を調製、単離および精製するための一般手順は、２０１７年４月６日にＷＯ２０１７／０５５８５９として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４１に見出すことができる。
バイオマーカーの検出
いくつかの実施形態では、患者組織のサンプルが検査される。この組織は１以上の癌細胞を含んでなり得るか、または血液から得られる循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）などの、癌細胞由来の核酸、一般にＤＮＡを含んでなり得る。
いくつかの実施形態では、サンプルは、対象とする１または複数のバイオマーカーの相対発現または活性を測定するｉｎ ｖｉｔｒｏ診断装置に入れる。
治療が有効である可能性があるかどうかを確認するために本発明が実施される場合、患者は一般に、癌を有することが知られているかまたはその疑いがある。従って、特定の実施形態ではて、本方法は、癌を有することが知られているかまたはその疑いがあるヒト患者が、ＭＤＭ２アンタゴニストを使用して治療され得るかどうかを評価するためのものである。
本発明の方法は一般に、同定されたバイオマーカーのうち１以上、場合によりさらなるバイオマーカーを、１以上の検出試薬および／または検出技術を用いて検出することを含んでなる。検出は一般に、患者由来のサンプルでｅｘ ｖｉｖｏで、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで実施される。１つの実施形態では、バイオマーカーは直接測定される。別の実施形態では、バイオマーカーレベルを間接的に評価するために、バイオマーカー基質を測定することができる。
「検出」とは、バイオマーカーの発現または活性レベルの測定、定量、スコア化、またはアッセイを意味する。バイオマーカータンパク質、遺伝子またはｍＲＮＡ転写物を含む生物学的化合物を評価する方法は、当技術分野で公知である。バイオマーカーを検出する方法には、直接測定および間接測定が含まれることが認識されている。当業者であれば、特定のバイオマーカーをアッセイする適切な方法を選択することができるであろう。
「検出試薬」は、対象とするバイオマーカーと特異的に（もしくは選択的に結合するか、相互作用するか、または検出する薬剤または化合物である。このような検出試薬としては、限定するものではないが、タンパク質バイオマーカーと優先的に結合する抗体、ポリクローナル抗体、もしくはモノクローナル抗体、またはｍＲＮＡまたはＤＮＡバイオマーカーと相補的であり、一般にストリンジェントなハイブリダイズ条件下で選択的に結合するオリゴヌクレオチドを含み得る。
「特異的に（もしくは選択的に）結合する」または「特異的に（または選択的に）免疫反応する」という句は、検出試薬に言及する場合、生物学的分子の不均一な集団におけるバイオマーカーの存在を決定する結合反応を指す。例えば、指定されたイムノアッセイ条件下で、特定の検出試薬（例えば、抗体）は特定のタンパク質とバックグラウンドの少なくとも２倍結合し、サンプル中に存在する他のタンパク質とは有意な量では実質的に結合しない。このような条件下での特異的結合には、特定のタンパク質に対するその特異性のために選択された抗体が必要となる場合がある。特定のタンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択するために、様々なイムノアッセイ形式を使用することができる。例えば、タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択するために、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイ（酵素結合免疫吸着アッセイ）が慣例的に使用されている（特異的な免疫反応性を決定するために使用できるイムノアッセイ形式と条件についての説明は、例えば、Harlow & Lane, Antibodies, A Laboratory Manual (1988)を参照のこと）。通常、特異的反応または選択的反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも２倍、より一般にはバックグラウンドの１０～１００倍以上であろう。
ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ ＰＣＲ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）などの技術は、従来、疾患バイオマーカーの診断または検出に用いられてきた。しかし、次世代シークエンシング、１分子リアルタイムシークエンシング、デジタル病理学および定量的組織病理学などのハイスループットで高感度なアプローチの出現により、コンパニオン診断またはＣＤｘを可能にする技術プラットフォームへの移行が起こっている。定量的組織病理学とデジタル病理学は、いずれも医用画像ベースの診断アプローチであり、組織サンプル中のタンパク質バイオマーカーの局在化と測定を提供する。組織マーカーは、自動化された蛍光ベースのイメージングプラットフォームを用いて同定および定量される。
検出されるバイオマーカーがタンパク質である場合、検出方法には、抗体ベースのアッセイ、タンパク質アレイアッセイ、質量分析（ＭＳ）ベースのアッセイ、および（近）赤外線分光法ベースのアッセイが含まれる。例えば、イムノアッセイには、限定するものではないが、ウエスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、沈降素反応、ゲル拡散沈降素反応、免疫拡散アッセイ、蛍光イムノアッセイ等の技術を用いた競合および非競合アッセイシステムが含まれる。このようなアッセイは慣例であり、当技術分野で周知である。
「分析する」には、サンプル中のマーカー（例えば、マーカーの存在もしくは不在、または構成成分の発現もしくは活性レベルなど）の測定によってサンプルに関連する一連の値を決定すること、および測定値を、同一被験者または他の対照被験者からのサンプルまたはサンプルセットの測定値と比較することが含まれる。本教示のマーカーは、当技術分野で公知の様々な従来法のいずれかによって分析することができる。「分析する」には、例えば、被験者が療法（例えば、本明細書に記載されるようなＭＤＭ２アンタゴニスト治療）に対する応答者であるか非応答者であるかを決定するために統計学的分析を実施することが含まれ得る。
本教示の文脈で「サンプル」とは、対象から単離された任意の生物学的サンプル、例えば、血液サンプルまたは生検を指す。サンプルは、限定するものではないが、単細胞または多細胞、細胞断片、体液のアリコート、全血、血小板、血清、血漿、赤血球、白血球、内皮細胞、組織生検、滑液、リンパ液、腹水、および間質液または細胞外液を含み得る。用語「サンプル」にはまた、歯肉溝液、骨髄、脳脊髄液（ＣＳＦ）、唾液、粘液、喀痰、精液、汗、尿、またはその他の体液を含む、細胞間空隙にある液体も包含する。「血液サンプル」とは、血球、赤血球、白血球、血小板、血清および血漿を含む全血またはその任意の画分を指し得る。サンプルは、限定するものではないが、静脈穿刺、排泄、射精、マッサージ、生検、針吸引、洗浄、擦過、外科的切開もしくは介入、または当該技術分野で公知の他の手段を含む手段によって、対象から取得することができる。
分析技術
ＭＤＭ２アンタゴニストを投与する前に、患者をスクリーニングして、患者が罹患しているまたは罹患している可能性のある疾患または病態が、ＭＤＭ２／ｐ５３を阻害する化合物による治療に感受性があるものであるかどうかを判定することができる。「患者」という用語には、ヒトおよび霊長類などの動物対象、特にヒト患者が含まれる。
例えば、患者から採取した生物学的サンプルは、患者が罹患しているまたは罹患している可能性のある癌などの病態または疾患が、ＭＤＭ２のレベルのアップレギュレーションまたはＭＤＭ２／ｐ５３の下流の生化学的経路のアップレギュレーションをもたらす遺伝子異常または異常なタンパク質発現によって特徴付けられるものであるかどうかを判定するために分析することができる。さらに、患者から採取した生物学的サンプルは、患者が罹患している、または罹患している可能性のある癌などの状態または疾患が、本発明のバイオマーカーによって特徴付けられるものであるかどうかを判定するため分析することができる。
ＭＤＭ２の活性化または増感をもたらすこのような異常の例として、ＭＤＭ２発現に影響を及ぼす調節経路の喪失もしくは阻害、受容体もしくはそれらのリガンドのアップレギュレーション、細胞遺伝学的異常、または受容体もしくはリガンドの変異体の存在が挙げられる。ＭＤＭ２／ｐ５３のアップレギュレーション、特にＭＤＭ２の過剰発現または野生型ｐ５３を示す腫瘍は、ＭＤＭ２／ｐ５３の阻害剤に対して特に感受性がある可能性がある。例えば、ＭＤＭ２の増幅および／またはｐ１４ＡＲＦのようなその負の調節因子の欠失が、本明細書で議論されるように、様々な癌において同定されている。
用語「上昇」および「増加」は、遺伝子増幅（すなわち、複数の遺伝子コピー）、細胞遺伝学的異常、および転写効果または翻訳後効果による発現増加を含む、発現のアップレギュレーションまたは過剰発現を含む。よって、患者に、本発明のバイオマーカーのアップレギュレーションに特徴的な適切なタンパク質またはマーカーを検出するための診断検査を行うことができる。診断という用語にはスクリーニングも含まれる。
「マーカー」または「バイオマーカー」という用語には、例えば、ｐ５３の突然変異またはＭＤＭ２の増幅またはｐ１４ＡＲＦの欠失（欠損）の存在を同定するためのＤＮＡ組成の測定、または一般には本明細書で広範に議論される本発明のバイオマーカーを含む遺伝子マーカーが含まれる。マーカーという用語には、ＭＤＭ２／ｐ５３のアップレギュレーション、または本明細書で概説したバイオマーカーのアップレギュレーションもしくはダウンレギュレーションに特徴的なマーカーも含まれ、前述のタンパク質のタンパク質レベル、タンパク質状態およびｍＲＮＡレベルが含まれる。遺伝子増幅には、７コピーを超えるもの、ならびに２～７コピーの増加が含まれる。
「減少」、「枯渇」または「低下」という用語には、ダウンレギュレーション（すなわち、遺伝子コピーの減少）、細胞遺伝学的異常および転写効果による発現低下を含む、発現の低下または発現減少が含まれる。よって、患者に、より低レベルの本発明のバイオマーカーを検出するための診断検査を行うことができる。
診断検査およびスクリーンは一般に、腫瘍生検サンプル、血液サンプル（遊離腫瘍細胞の単離および濃縮または循環腫瘍ＤＮＡの単離）、脳脊髄液、血漿、血清、唾液、糞便生検、痰、染色体分析、胸膜液、腹腔液、頬側スミア(buccal spears)、皮膚生検または尿から選択される生物学的サンプル（すなわち、体組織または体液）で実施する。
さらに、血液ベースの（系統的な）循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）検査またはＮＧＳベースの液体生検検査などの液体生検も、特に癌の検出または突然変異の同定のために使用することができる。次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む液体ベースの生検は、例えば、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）の全ゲノムシークエンシングまたは循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）の超並列シークエンシングによる、ＰＣＲおよび腫瘍生検の従来の検出方法を補うものである。
１つの実施形態では、取得されるサンプルは、血液サンプル、例えば、血漿または血清 サンプル、特に、血清サンプルである。１つの実施形態では、取得されるサンプルは、腫瘍生検サンプルである。
１つの実施形態では、通常、血清分離チューブに採取された血液が、医療検査室または診療の時点で分析される。第２の実施形態では、腫瘍は生検によって分析され、医療検査室で分析される。
スクリーニング方法には、限定するものではないが、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、タンパク質分析または蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）などのｉｎ－ｓｉｔｕハイブリダイゼーションといった標準的な方法を含み得る。
細胞遺伝学的異常、遺伝子増幅、タンパク質の欠失、ダウンレギュレーション、突然変異およびアップレギュレーションの同定および分析の方法は、当業者に公知である。スクリーニング法には、限定するものではないが、従来のＳａｎｇｅｒまたは次世代シークエンシング法によるＤＮＡシークエンシング、逆転写転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡｓｅｑ）、ナノストリングハイブリダイゼーション近接ＲＮＡ ｎＣｏｕｎｔｅｒアッセイ、または蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）などのｉｎ－ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、または対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの標準的な方法を含み得る。さらに、タンパク質レベルを評価するための方法は、免疫組織化学または他のイムノアッセイを含む。よって、１つの実施形態では、患者サンプルでタンパク質発現が分析される。別の実施形態では、患者サンプルで、例えば遺伝子異常などの遺伝子発現がＦＩＳＨなどの技術を用いて分析される。遺伝子コピー変化を評価するための方法には、ＭＬＰＡ（マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅）、コピー数の異常を検出するマルチプレックスＰＣＲ法、または遺伝子増幅、増加および欠失を検出することができる他のＰＣＲ技術などの、細胞遺伝学研究室で慣用されている技術が含まれる。
ＲＴ－ＰＣＲによるスクリーニングでは、ｍＲＮＡのｃＤＮＡコピーを作成し、次いでＰＣＲによってｃＤＮＡを増幅することにより、腫瘍中のｍＲＮＡのレベルを評価する。 ＰＣＲ増幅の方法、プライマーの選択、および増幅の条件は当業者に公知である。核酸操作およびＰＣＲは、例えば、Ausubel, F.M. et al.編 (2004) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons Inc.、またはInnis, M.A. et al.編 (1990) PCR Protocols: a guide to methods and applications, Academic Press, サンディエゴに記載されているような標準的な方法によって実施される。核酸技術を含む反応および操作は、Sambrook et al., (2001), 第3版, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Pressにも記載されている。あるいは、市販のＲＴ－ＰＣＲ用キット（例えば、Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）を用いてもよいし、米国特許第４，６６６，８２８号；同第４，６８３，２０２号；同第４，８０１，５３１号；同第５，１９２，６５９号；同第５，２７２，０５７号；同第５，８８２，８６４号；および同第６，２１８，５２９号に記載され、参照により本明細書に組み込まれる方法論を用いてもよい。例えば、本明細書に概説される遺伝子における突然変異は、ＰＣＲによって決定することができる。１つの実施形態では、特異的プライマー対は市販されているか、または文献に記載されている。
ｍＲＮＡ発現を評価するためのｉｎ－ｓｉｔｕハイブリダイゼーション技術の例としては、蛍光ｉｎ－ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）がある（Angerer (1987) Meth. Enzymol., 152: 649参照）。
次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、ＤＮＡシークエンシングまたはナノストリングが実施可能である。
一般に、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションは以下の主要なステップを含んでなる：（１）分析する組織の固定、（２）標的核酸のアクセス性を高め、非特異的結合を減少させるためのサンプルのプレハイブリダイゼーション処理、（３）核酸混合物の生物学的構造または組織中の核酸へのハイブリダイゼーション、（４）ハイブリダイゼーションで結合しなかった核酸断片を除去するためのポストハイブリダイゼーション洗浄、および（５）ハイブリダイズした核酸断片の検出。このような用途に使用されるプローブは通常、例えば、放射性同位元素または蛍光レポーターで標識されている。ある種のプローブは、ストリンジェントな条件下で標的核酸との特異的なハイブリダイゼーションを可能にするために、例えば約５０、１００、または２００ヌクレオチド～約１０００以上のヌクレオチドなど十分に長いものである。ＦＩＳＨを実施するための標準的な方法は、Ausubel, F.M. et al.編 (2004) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons Inc and Fluorescence In Situ Hybridization: Technical Overview by John M. S. Bartlett in Molecular Diagnosis of Cancer, Methods and Protocols, 第2版; ISBN: 1-59259-760-2; March 2004, pps. 077-088; Series: Methods in Molecular Medicineに記載されている。
遺伝子発現プロファイリングの方法は(DePrimo et al. (2003), BMC Cancer, 3:3)に記載されている。簡単に述べれば、プロトコールは次の通りである：第一鎖ｃＤＮＡ合成のプライミングのために（ｄＴ）２４オリゴマーを用いて全ＲＮＡから二本鎖ｃＤＮＡを合成し、次にランダムヘキサマープライマーを用いて第二鎖ｃＤＮＡ合成を行う。二本鎖ｃＤＮＡは、ビオチン化リボヌクレオチドを用いたｃＲＮＡのｉｎ ｖｉｔｒｏ転写の鋳型として用いられる。ｃＲＮＡは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（サンタクララ，ＣＡ、ＵＳＡ）が記載さいているプロトコールに従って化学的に断片化し、その後、ヒトゲノムアレイ上で一晩ハイブリダイズさせる。あるいは、ＤＮＡマイクロアレイの一種である一塩基多型（ＳＮＰ）アレイを使用して、集団内の多型を検出することもできる。
さらに、検査キットは、ナノストリング技術またはｄｄＰＣＲを使用してもよい。
あるいは、ｍＲＮＡから発現されるタンパク質産物は、腫瘍サンプルの免疫組織化学（または他のイムノアッセイ）、マイクロタイタープレートを用いた固相イムノアッセイ、ウエスタンブロット法、二次元ＳＤＳ－ポリアクリルアミドゲル電気泳動、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリーおよび特定のタンパク質の検出のための当技術分野で公知の他の方法、例えば、キャピラリー電気泳動によってアッセイしてもよい。検出方法は部位特異的抗体の使用を含む。当業者は、ＭＤＭ２およびｐ５３のアップレギュレーションの検出、ＭＤＭ２またはｐ５３変異体または突然変異体の検出、またはＭＤＭ２の負の調節因子（例えば、ｐ１４ＡＲＦ）もしくは本明細書に記載の遺伝子の喪失の検出のためのこのような周知の技術は総て本場合に適用可能であることを認識するであろう。特に、本明細書に記載の遺伝子のレベルは、免疫組織化学を用いて測定することができる。細胞質中の発現は、腫瘍細胞の染色によって評価することができる。いくつかの実施形態では、本発明のタンパク質バイオマーカーの一方または両方はこれらの技術を用いてアッセイされる。いくつかの実施形態では、１以上のバイオマーカー基質がこれらの技術を用いてアッセイされる。
タンパク質のレベル、特にタンパク質の増加、減少または異常レベルは、標準的なタンパク質アッセイを用いて測定することができる。レベルの上昇もしくは低下、または過少もしくは過剰発現もまた、組織サンプル、例えば、腫瘍組織において、Ｃｈｅｍｉｃｏｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ社のようなアッセイを用いてタンパク質レベルを測定することによって検出することができる。対象タンパク質をサンプル溶解液から免疫沈降させ、そのレベルを測定する。
遺伝子がＤＤＲバイオマーカーである実施形態では、ＥＬＩＳＡ、免疫比濁法、迅速免疫拡散法、および視覚的凝集法などの様々な分析法が測定に利用可能であることが認識されるであろう。
遺伝子発現が検査される実施形態では、例えば、ＩＦＮシグネチャーバイオマーカーについては、測定に利用可能な様々な分析法があることが認識されるであろう。
１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失の検出を含んでなる１つの実施形態では、このような検出は一般に、生検に対して臨床的にバリデートされたアッセイを用いて、ＤＮＡレベル（すなわち、ＤＮＡシークエンシング）、ＲＮＡレベル（すなわち、ｑＰＣＲ、遺伝子アレイ、エクソームシークエンシングなど）またはタンパク質レベル（すなわち、免疫組織化学）レベルで行うことができる。別の実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失の検出は、逆相タンパク質アレイ、ウエスタンブロット法、半定量的または定量的ＩＨＣのうち１以上を含んでなる。
免疫組織化学（ＩＨＣ）は、バイオマーカー検出のための重要な技術である。第１に、ＩＨＣは、検査した癌組織の組織学的に関連する領域におけるバイオマーカーの発現を直接可視化することができる。第２に、ＩＨＣは、標準的な方法で処理されたＦＦＰＥ組織切片で実行されるため、バイオマーカーアッセイを臨床的に利用可能な検体で確実に実行できる。第３に、バリデートされたＩＨＣアッセイは、臨床診療に容易に導入することができる。例えば、ＰＤ－Ｌ１、ＨＥＲ２およびＡＬＫを検出するアッセイ(https://www.fda.gov/medical-devices/vitro-diagnostics/list-cleared-or-approved-companion-diagnostic-devices-vitro-and-imaging-tools)のように、臨床で使用されているバリデートされた複数のＩＨＣアッセイがある。従来、病理医はＩＨＣデータを目視でスコア化していた。例えば、ＨＳＣＯＲＥの計算では、各強度レベルで染色された領域の割合の合計に、染色強度の重み付け（例えば、１、２、または３；０は染色なし、１は弱い染色、２は中程度の染色、３は強い染色）を掛けたものが作成される[McCarty et al: Cancer Res 1986, 46:4244s-4248s]。アッセイのバリデーションの目的で、これらの解析は染色ＴＭＡ切片上に配列された検体で行われることが多く、統計的に厳密な検査を行うために十分な数の検体を表現することができる。組織検体は、ごく少数のスライド上の組織コアで十分に表現されるため、ＩＨＣのコストと組織使用量が最小限に抑えられ、観察者内、観察者間、および検査室間の研究が容易になる。対象領域（例えば、組織検体の癌化領域）を画像分類し、その領域内のＩＨＣ染色強度を定量するコンピュータ支援法もデータ作成に利用できる。
このような技術は、本明細書に記載される他の遺伝子の検出においても同様に適用可能である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される遺伝子のレベルの増加の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイ、または直接核酸シークエンシング、または遺伝子に特異的な核酸プローブとのハイブリダイゼーションを含んでなる。
よって、これらの技術も総て、特にＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切な腫瘍を識別するために使用可能である。
例えば、ＭＤＭ２／ｐ５３阻害剤投与に対する応答を評価するための癌患者における循環白血病細胞などのｅｘ－ｖｉｖｏ機能アッセイも、該当すれば使用可能である。
よって、本発明のさらなる側面では、スクリーニングされ、ＭＤＭ２／ｐ５３阻害剤による治療に感受性があると思われる疾患または病態に罹患しているか、または罹患するリスクがあると判定された患者における、疾患状態または病態の治療または予防のための医薬の製造のためのＭＤＭ２アンタゴニストの使用が含まれる。
本発明の別の側面は、１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失を有する亜集団から選択される患者における癌の予防または治療における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニストを含む。
本発明の別の側面は、ｐ５３野生型および１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失を有する亜集団から選択される患者における癌の予防または治療における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニストを含む。
本発明の別の側面は、ｐ１４ＡＲＦなどのＭＤＭ２ネガティブレギュレーターの喪失および１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失を有する患者における癌の予防または治療における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニストを含む。
循環バイオマーカーと組み合わせた血管の正常化のＭＲＩ判定（例えば、ＭＲＩ勾配エコー、スピンエコー、ならびに血液容量、相対血管サイズ、および血管透過性を測定するための造影を使用）もまた、式（Ｉｏ）の化合物による治療に適切な患者を識別するために使用可能である。
よって、本発明のさらなる側面は、ＭＤＭ２／ｐ５３によって媒介される疾患状態または病態の診断および治療のための方法であって、この方法は、（ｉ）患者をスクリーニングして、患者が罹患しているかまたは罹患している可能性のある疾患または病態が、ＭＤＭ２／ｐ５３阻害剤による治療に感受性があるものであるかどうかを判定すること；および（ｉｉ）患者がこのように感受性がある疾患または病態であることが示された場合、その後、本明細書において定義されるようなＭＤＭ２アンタゴニストおよびそのサブグループまたは例を患者に投与することを含んでなる。
１つの実施形態では、本発明の方法は、ＭＤＭファミリーメンバー（例えば、ＭＤＭ２および／またはＭＤＭｘ）のうち１以上の過剰発現を有する患者をスクリーニングする工程をさらに含んでなる。
１つの実施形態では、本発明の方法は、ＭＤＭ２の過剰発現をもたらす細胞遺伝学的異常を有する患者、例えば、負の調節因子ｐ１４ＡＲＦの喪失を有するとして選択された患者をスクリーニングする工程をさらに含んでなる。
１つの実施形態では、患者から取得したサンプルをプライマー、抗体、基質またはプローブと接触させて本明細書に記載の遺伝子のレベルを決定する。
１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルをプライマー、抗体、基質またはプローブと接触させること、および（ｉｉ）本明細書に記載の遺伝子のレベルを決定することを含んでなる。
基底レベルは、例えば、蛍光プローブに結合させた抗体抗体で処理しなかった細胞の細胞内染色を実施することによって分析することができる。本明細書に記載のバイオマーカーに対する抗体は様々な供給者から市販されている。特に、使用される抗体は、ＦＤＡ承認ｉｎ ｖｉｔｒｏ診断キット（ＩＶＤ）の一部であり得る。
１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルを抗体と接触させること、および（ｉｉ）本明細書に記載の１以上のバイオマーカーのレベルを決定することを含んでなる。別の実施形態では、この方法の工程（ｉ）は、患者サンプルを１以上のバイオマーカー基質に対する１以上のＰＣＲプライマーと接触させることを含んでなる。
１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルを抗体と接触させること、および（ｉｉ）核局在のレベルを決定して本明細書に記載の１以上のバイオマーカーのレベルを評価することを含んでなる。別の実施形態では、この方法の工程（ｉ）は、患者サンプルをバイオマーカー基質抗体と接触させることを含んでなる。
該当する場合、核局在のレベルは、抗体を用いた免疫組織化学または免疫蛍光を使用して決定することができる。
ＤＤＲバイオマーカーの喪失をもたらす突然変異は、逆相タンパク質アレイ、ウエスタンブロット法、半定量的または定量的ＩＨＣ、またはＤＮＡシークエンシングを用いて検出することができる。１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルを抗突然変異体抗体と接触させること、および（ｉｉ）患者の腫瘍がそのＤＤＲバイオマーカー喪失であることを判定することを含んでなる。１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルを抗突然変異体抗体と接触させること、および（ｉｉ）１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベル（またはその喪失）を決定することを含んでなる。
ＤＤＲバイオマーカーの欠失および突然変異の検出は、患者サンプル、例えば、腫瘍生検からのＤＮＡの抽出、適当なプライマーを用いたＰＣＲ増幅およびＤＮＡシークエンシングによって実施することができる。ＰＣＲプライマーは設計可能であるか、または市販されている。突然変異アレイキットも市販されている。
１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカーＰＣＲプライマーに接触させること、および（ｉｉ）ＤＤＲバイオマーカーの突然変異または欠失の存在または不在を判定することを含んでなる。別の実施形態では、この方法の工程（ｉ）は、患者サンプルを１以上のバイオマーカー基質に対する１以上のＰＣＲプライマーと接触させることを含んでなる。
１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルをＤＤＲバイオマーカー抗体と接触させること、および（ｉｉ）ＤＤＲバイオマーカーの突然変異または欠失の存在または不在を判定することを含んでなる。別の実施形態では、この方法の工程（ｉ）は、者サンプルをバイオマーカー基質抗体と接触させることを含んでなる。
タンパク質レベルは、ＥＬＩＳＡキットを用いて決定することができる。患者サンプルで使用するためのＥＬＩＳＡキットは、臨床現場で血液化学を評価するために使用することができる。これらでは、例えば抗ＡＴＭもしくは抗ＡＴＲＸなどの抗バイオマーカー抗体、または結合抗体などの、そのタンパク質に特異的な抗体が使用される。特に使用される抗体はＦＤＡ承認ｉｎ ｖｉｔｒｏ診断キットの一部である。１つの実施形態では、臨床生化学協会(Association for Clinical Biochemistry)（ＡＣＢ）が定義する標準に準拠した検査を用いてレベルを決定する。
１つの実施形態では、この方法は、（ｉ）患者サンプルを抗体と接触させること、および（ｉｉ）本明細書に記載の遺伝子に由来するタンパク質のレベルを決定することを含んでなる。
特に、サンプルは、レベルを定量するための条件下で接触させる。
例えば、上記の接触工程で、サンプルは、一般にバッファーの存在下で、プライマー、プローブ、基質または抗体と接触させる。基質は、例えば、蛍光プローブであり得る。
患者の選択
本発明によるＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のために選択された患者は、前節に記載された方法論に従って、１以上のＤＤＲバイオマーカーについて検査されるか、または測定されることが認識されるであろう。
例えば、このような選択された患者は、１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性が低下しているかまたは低い。
１つの実施形態では、選択された患者は、癌、特に、ＴＰ５３野生型腫瘍の少なくとも１つの症状を示す、または呈する。
１つの実施形態では、選択された癌患者は、それまでにＭＤＭ２アンタゴニストで処置されたことがない。１つの実施形態では、選択された患者は、それまでにＭＤＭ２アンタゴニストによる療法に応答したことがない。
いくつかの実施形態では、核酸発現プロファイル（例えば、ＩＦＮ遺伝子シグネチャー）は、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ｎＣｏｕｎｔｅｒなどのＰＣＲ、ＨＴＧ ＥｄｇｅＳｅｑまたは定量的遺伝子発現アッセイにより決定される。いくつかの実施形態では、タンパク質発現プロファイル（例えば、ＤＤＲ経路遺伝子産物、または例えば、ＢＡＰ１および／またはＣＤＫＮ２Ａ）は、イムノアッセイにより決定される。
任意選択のインターフェロン遺伝子シグネチャー（ＩＦＮ）
ＤＮＡ損傷の増加は、インターフェロン応答を誘導し得る。これは「インターフェロンシグネチャー」により同定することができる。これらのタンパク質の発現は一般に、ｍＲＮＡ転写産物を測定することにより判定される。
１つの実施形態では、患者またはサンプルは、
低下したまたは低い１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現または活性；および
１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるインターフェロンシグネチャー遺伝子の発現の上昇
を有する。
１つの実施形態では、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるインターフェロンシグネチャー遺伝子の発現の上昇は、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、および／またはＦＬＩ１のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの上昇したまたは高い発現である。
１つの実施形態では、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、および／またはＦＬＩ１のうち１以上のＲＮＡレベルは、癌に罹患していない正常対象から取得した対照サンプルにおける前記ＲＮＡの量に比べて上昇している。
別の実施形態では、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、および／またはＦＬＩ１のＲＮＡレベルは、腫瘍において、同じ患者から取得した非腫瘍サンプルにおける前記ＲＮＡの量に比べて上昇している。
１つの実施形態では、癌はＣＸＣＬ１０またはＣＸＣＬ１１の発現の上昇を示す。
別の実施形態では、癌は、ＩＲＦ７、ＩＦＩＴＭ１、ＩＲＦ９、ＭＸ１、またはＩＦＩ３５の発現の上昇を示す。
別の実施形態では、癌は、ＩＲＦ７、ＩＦＩＴＭ１、ＩＲＦ９、ＭＸ１、ＩＦＩ３５、ＣＸＣＬ１０またはＣＸＣＬ１１のうち．１以上、例えば、２以上の発現の上昇を示す。
１つの実施形態では、癌は、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１およびＷＡＲＳのうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの発現の上昇を示す。
１つの実施形態では、癌は、ＩＲＦ７、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、ＩＲＦ９、およびＦＬＩ１のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの発現の上昇を示す。
別の実施形態では、癌は、ＩＲＦ７、ＩＦＩＴＭ１、ＩＲＦ９、ＭＸ１、またはＩＦＩ３５の発現の上昇を示す。
別の実施形態では、癌は、ＩＲＦ７、ＩＦＩＴＭ１、ＩＲＦ９、ＭＸ１、ＩＦＩ３５、ＣＸＣＬ１０またはＣＸＣＬ１１のうち１以上、例えば、２以上の発現の上昇を示す。
いくつかの実施形態では、レベルの上昇は、ＭＤＭ２阻害剤非応答対象由来のサンプルで決定されたＲＮＡの量に対するものである。
１つの実施形態では、それは正常レベルに比べた上昇または増加である。
正常上限値（ＵＬＮ）とは、全範囲の９５％にあるレベルを指す。それは９５パーセントの正常集団が該当する値のセットである（すなわち、９５％予測区間）。
１つの実施形態では、レベルの上昇は、対照サンプル、正常上限値（ＵＬＮ）または前記患者から採取されたサンプルに対して１倍を超える差、例えば、１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００倍またはその間の任意の範囲の差である。１つの実施形態では、レベルの上昇は、対照サンプルまたはＵＬＮに対して１～５０倍の差である。１つの実施形態では、レベルの上昇は、極めて高く、例えば、対照サンプル、ＵＬＮまたは前記患者から採取されたサンプルに対して１０倍を超える差、例えば、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０００倍またはその間の任意の範囲の差である。１つの実施形態では、レベルの上昇は、対照サンプルまたはＵＬＮに対して１０～１０００倍の差である。１つの実施形態では、レベルの上昇は、対照サンプルに対して２～１０倍（例えば、５倍）の差である。
疾患個体と正常個体（参照値または対照サンプル）との間の倍数差を決定することができる。この参照値は、正常個体から計算することができ、または検査するサンプルタイプ（例えば、ＴＰ５３野生およびＤＤＲバイオマーカー損失）を除いたサンプルのプールに基づくことができる。１つの実施形態では、正常組織におけるインターフェロン遺伝子の発現（出典：GTEx; Nat Biotechnol. 2017 Apr 11;35(4):314-316）と患者中皮腫サンプル（出典：ＴＣＧＡ）との差は、５倍超～０．０５倍（ｌｏｇ２スケール）であり、特に、１セットの遺伝子にわたって平均１．５倍（ｌｏｇ２スケール）の増加である。
１つの実施形態では、ＲＮＡの濃度はＲＴ－ＰＣＲおよび／またはマイクロアレイおよび／またはナノストリングによって決定される。各アッセイ法は、特定のアッセイ法に関連する「正常上限値」（ＵＬＮ）を有するのが典型的である。このようなＵＬＮは通常、ＲＮＡ濃度を測定するための特定のアッセイ方法を用いて、十分なサンプルサイズの、正常で健康な対象から決定される。次に、ＵＬＮは通常、正常範囲内（例えば、平均値の２標準偏差以内）となおみなされる最高ＲＮＡ濃度として決定される。このようなＵＬＮ値は、濃度を測定するために採用される特定のアッセイ方法によって異なるため、各特定のアッセイ方法は、そのアッセイ方法に関連する固有のＵＬＮ値を有する。
本明細書で示されるように、濃度は、癌患者がＭＤＭ２アンタゴニスト治療から利益を得る可能性があるかどうかを予測するために使用することができる。
ＤＤＲバイオマーカーアッセイ
１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上のタンパク質レベルは、癌に罹患していない正常対象から取得した対照サンプルの前記タンパク質の量に比べて低下している。
別の実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーのタンパク質レベルは、同じ患者から取得した初期のサンプルの前記タンパク質の量に比べて低下している。
１つの実施形態では、それは正常レベルに比べて減少または低下している。
正常上限値（ＵＬＮ）とは、全範囲の９５％にあるレベルを指す。それは９５パーセントの正常集団が該当する値のセットである（すなわち、９５％予測区間）。
１つの実施形態では、レベルの減少は、対照サンプル、正常上限値（ＵＬＮ）または前記患者から採取されたサンプルに対して１倍未満の差、例えば、０．７５、０．５、０．４、０．３、０．２、０．１５、０．１、０．０９、０．０８、０．０７、０．０６、０．０５、０．０４、０．０３、０．０２または０．０１倍またはその間の任意の範囲の差である。１つの実施形態では、レベルの減少は、対照サンプルまたはＵＬＮに対して１～０．０１倍の差である。１つの実施形態では、レベルの減少は、極めて低く、例えば、対照サンプル、ＵＬＮまたは前記患者から採取されたサンプルに対して０．０１倍を超える差、例えば、０．００１またはその間の任意の範囲の差である。１つの実施形態では、レベルの減少は０、すなわち全く存在しない。
別の実施形態では、１または複数のＤＤＲバイオマーカーのレベルは、免疫組織化学により決定される。
タンパク質、タンパク質複合体またはプロテオミクスマーカーは、当技術分野で公知の様々な方法によって特異的に同定および／または定量することができ、単独または組み合わせて使用することができる。免疫学的または抗体ベースの技術には、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、ウエスタンブロット法、免疫蛍光、マイクロアレイ、いくつかのクロマトグラフィー技術（すなわち、イムノアフィニティークロマトグラフィー）、フローサイトメトリー、免疫沈降などが含まれる。このような方法は、対象とするタンパク質またはタンパク質複合体に関連する特定のエピトープまたはエピトープの組合せに対する１または複数の抗体の特異性に基づく。非免疫学的方法には、タンパク質またはタンパク質複合体自体の物理的特徴に基づく方法が含まれる。このような方法の例としては、電気泳動、いくつかのクロマトグラフィー技術（例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、高速タンパク質液体クロマトグラフィー（ＦＰＬＣ）、アフィニティークロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィーなど）、質量分析、シークエンシング、プロテアーゼ消化物などが含まれる。このような方法は、タンパク質またはタンパク質複合体のアミノ酸相補体に由来する質量、電荷、疎水性または親水性、およびアミノ酸の特異的配列に基づいている。
１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーの発現はない。低レベルの１以上のＤＤＲバイオマーカーを有するサンプルは、ＤＤＲバイオマーカー陰性、例えばＤＤＲバイオマーカー喪失として同定され得る。
１つの実施形態では、１以上のＤＤＲバイオマーカーの喪失は、突然変異分析、例えば、ＤＮＡシークエンシングにより評価される。
１以上のＤＤＲバイオマーカーの細胞質ならびに核発現レベルも測定できる。タンパク質の核局在は細胞内のマーカーである。核発現のレベルは、抗体（例えば、バイオマーカーに対するモノクローナル抗ヒト抗体）で処理した後に得られた陽性細胞のパーセンテージを表すスコア（０～１００の範囲）によって、組織学を用いてスコア化することができる。免疫染色発現スコアを作成することができる。
細胞質における１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルは、免疫組織化学または免疫蛍光を用いて測定することもできる。
１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上のレベルは、癌に罹患してない正常な対象から取得した対照サンプルにおける前記タンパク質の量に比べて低下している。
１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上のレベルは、腫瘍において、同じ患者から取得した非腫瘍サンプルにおける前記タンパク質の量に比べて低下している。
１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのうち１以上の発現レベルは、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％または１００％低下している。発現の１００％の低下は、完全な低下、すなわち、全面的な喪失である。いくつかの実施形態では、少なくとも５０％の低下が呈される。いくつかの実施形態では、少なくとも７５％の低下が呈される。
いくつかの実施形態では、少なくとも８０％の低下が呈される。
いくつかの実施形態では、少なくとも９５％、例えば、少なくとも９９％の低下が呈される。
定量化の方法
本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者の識別に関する。いくつかの実施形態では、これらの方法は、
（ａ）患者由来のサンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカー（または１以上のＤＤＲバイオマーカー基質）に対する抗体と接触させる工程；
（ｂ）前記サンプルに対してＥＬＩＳＡまたは免疫組織化学アッセイを実施する工程；
（ｃ）１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを決定する工程；および
（ｄ）（ｉ）１以上のＤＤバイオマーカーのレベルが正常上限値（ＵＬＮ）に比べて低いか；または（ｉｉ）１以上のＤＤＲバイオマーカーが存在しないか；または（ｉｉｉ）１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが正常上限値（ＵＬＮ）に比べて低い場合に、その患者をＭＤＭ２アンタゴニストによる治療の候補として識別する工程
を少なくとも含んでなる。
他の実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者を識別するための方法は、
（ａ）患者由来のサンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカー（および／または１以上のＤＤＲバイオマーカー基質）に対する抗体と接触させて、タンパク質発現のレベルを決定すること；および／または
（ｂ）者由来のサンプルを（ａ）とは異なる１以上のＤＤＲバイオマーカー（および／または１以上のＤＤＲバイオマーカー基質）に対する抗体と接触させて、タンパク質発現のレベルを決定すること；
（ｃ）１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが正常上限値（ＵＬＮ）に比べて低下している場合に、患者をＭＤＭ２アンタゴニストで治療すること
を含んでなる。
また、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者を識別または選択するための方法も記載され、その方法は、
（ａ）患者由来のサンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカーに対する抗体と接触させて、タンパク質発現のレベルを決定すること；および／または
（ｂ）患者由来のサンプルを１以上のＤＤＲバイオマーカーに対する抗体と接触させて、タンパク質発現のレベルを決定すること；および／または
（ｃ）患者由来のサンプルを複数のオリゴヌクレオチドプライマーと接触させること、前記複数のプライマーは、任意の１以上のＤＤＲバイオマーカーに対する少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含んでなる；
（ｄ）１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが正常上限値（ＵＬＮ）に比べて低下している場合に、患者をＭＤＭ２アンタゴニストで治療すること
を含んでなる。
選択される患者は一般に癌患者である。患者は一般に、患者の生物学的患者由来のサンプルにおける１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが所定の値よりも低い（または存在しない）場合に選択される。
患者における癌に対するＭＤＭ２アンタゴニストの有効性を予測するための方法は、生物学的患者由来のサンプルにおける１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルを決定することを含んでなり、生物学的サンプルの１以上のＤＤＲバイオマーカーのレベルが所定の値よりも低い場合に、患者の有効性が示される。
方法を実施するためのシステム
本明細書に記載の方法は、患者の評価または予後を補助するシステムを利用することができる。システムは、様々な装置構成要素（ユニット）をその中に統合した単一の装置であり得る。システムはまた、その様々な構成要素、またはこれらの構成要素の一部を別個の装置として有することもできる。構成要素は、測定装置、グラフィカルユーザーインターフェースおよびコンピュータ処理ユニットを含んでなり得る。
システムは一般に、インターフェースへのデータ接続を含んでなり、インターフェース自体はシステムの一部であってもよいし、またはリモートインターフェースであってもよい。後者は、実際のインターフェースを提供するために、別の装置、好ましくはスマートフォンまたはタブレットコンピュータのような携帯装置を使用可能であることを指す。このような場合のデータ接続には、好ましくは、Ｗｉ－Ｆｉもしくはブルートゥースなどの無線データ転送、または他の技術もしくは標準によるものを含む。
特定の実施形態では、測定装置は、例えば、１以上の癌細胞または一滴の血液をカートリッジに載せることによって、組織サンプルを受け取るように構成され、このカートリッジは装置内に挿入することができる。この装置は、同じサンプルから１または複数のバイオマーカーのレベルを決定することができる既存の装置であり得る。処理装置は、測定装置からタンパク質濃度の数値を受け取ることができる。処理ユニットは、通常、入力データに基づいてスコアを計算することを可能にするソフトウェア（通常、組み込みソフトウェア）を備える。
別の実施形態では、ヒト癌患者がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に適切であるかどうかを評価するためのシステムは、以下のものを含んでなる：
（ａ）ヒト患者由来のサンプルにおいて本発明の１または複数のバイオマーカーを検出することができ、そのように適合された検出手段。このような手段は公知であり、当業者には容易に入手可能である。一般に、対象のサンプルをその中に受容するための容器が提供され、その容器は検出手段を備える；
（ｂ）前記タンパク質の決定された濃度から、患者がＭＤＭ２アンタゴニストで治療される可能性の指標を決定することができ、そのように適合されたプロセッサ。
場合により、システムは、情報を提示することができるユーザーインターフェース（またはリモートインターフェースへのデータ接続）、特にグラフィカルユーザーインターフェース（ＧＵＩ）を含んでなり；ＧＵＩは、テキストベースのユーザーインターフェース、タイプされたコマンドラベルまたはテキストナビゲーションの代わりに、グラフィカルアイコンおよび二次表記などの視覚的インジケータを介してユーザーが電子デバイスと対話することを可能にするユーザーインターフェースの一種である（本発明では、そのようなインターフェースタイプはいずれも除外されない）；ＧＵＩは一般に知られており、ＭＰ３プレーヤー、ポータブルメディアプレーヤー、ゲーム機器、スマートフォンならびに小型の家庭用、オフィス用および工業用の制御装置などの携帯モバイル機器で一般に使用され；前述のように、インターフェースは場合により、患者に関する情報などを入力できるように選択することもできる。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のためのヒト癌患者の適合性を判定するためのシステムは、対象由来のサンプルのバイオマーカー発現レベルを示すバイオマーカーパネルに関連するデータを含んでなる患者由来のサンプルに関連するデータを保存するためのストレージメモリ；本発明の１以上のバイオマーカーを含んでなるバイオマーカーパネル；および
患者を分類するためにストレージメモリに通信可能に接続されたプロセッサを含んでなる。
キット
本発明はまた、別個に、または前述のシステムの一部として、癌治療のためのＭＤＭ２阻害に対する患者の応答可能性を評価するために、本発明の１以上のバイオマーカーを検出するためのキットを提供する。キットは一般に、本発明のバイオマーカーの１以上を検出するための１以上の検出試薬を含んでなる。これらの試薬は、バイオマーカーの直接検出または間接検出、例えば、相関基質を検出のためのものであってもよく。
一般に、キットは、２つ以上、または３つ以上の検出試薬を含んでなり、それぞれ本発明の異なるバイオマーカーに向けられる。
本発明の方法に関して上述したように、キットは、他のタンパク質用など、より多くの検出試薬を含んでなってもよい。好ましい実施形態では、キットで利用できる検出試薬は、前述したように、本発明のバイオマーカーパネルを構成する２つ、３つまたは４つのタンパク質の検出のための検出試薬からなる。
キットは、前記検出試薬を含んでなるチップ、マイクロタイタープレートもしくはビーズまたは樹脂などの固相支持体を含んでなり得る。いくつかの実施形態では、キットは、質量分析プローブを含んでなる。
キットはまた、未結合の検出試薬または前記バイオマーカーのいずれかに特異的な洗浄液および／または検出試薬（サンドイッチ型アッセイ）を提供することができる。
このようなキットは、好適には、本発明の１以上のバイオマーカーの検出および／または定量のためのバイオセンサーと、場合により、本明細書に記載されるような方法論に従ったキットの使用説明書とを含んでなる。
本発明の１以上のバイオマーカーの状態を特徴付ける、十分に確立された遺伝学的および生化学的手段がある。また、血清サンプルなどの血液中のタンパク質量を特徴付ける生化学的手段も十分に確立されている。
１つの実施形態では、本発明は、包装された癌治療薬を含む。包装された治療薬は、本発明を用いて選択された患者における意図された使用のために、有効量の本発明の組成物を使用するための指示書とともに包装化された組成物を含む。他の実施形態では、本発明は、対象において癌を治療するための医薬の製造のための、本発明の組成物のいずれかの使用を提供する。
１つの実施形態では、本発明は、単一の患者サンプルから本発明のバイオマーカーのうち１以上のレベルを決定するためのキットまたはパネルまたはアレイを提供する。
生物学的効果
本明細書に記載の化合物、そのサブグループおよび例は、ｐ５３とＭＤＭ２との相互作用を阻害することが示されている。このような阻害は、細胞増殖停止および細胞死（一般にアポトーシス）をもたらし、これは、本明細書に記載される病状または病態、例えば、以下に述べられる疾患および病態、ならびにｐ５３およびＭＤＭ２が役割を果たす上記の疾患および病態の予防または治療に有用であり得る。従って、例えば、本発明で使用するための化合物は、癌の発生を緩和または低減するのに有用であり得ることが想定される。
本明細書に記載の化合物は、成人集団の治療に有用であり得る。本発明の化合物は、小児集団の治療に有用であり得る。
本明細書に記載の化合物は、ＭＤＭ２－ｐ５３複合体の形成の良好なアンタゴニストであることが示されている。本明細書に記載の化合物は、ＭＤＭ２に結合し、ＭＤＭ２に対して効力を示し得る。本発明の化合物の効力は、本明細書に記載のアッセイプロトコールおよび当技術分野で公知の他の方法を用いてＭＤＭ２／ｐ５３に対して決定されている。より詳しくは、式（Ｉｏ）の化合物およびその部分群はＭＤＭ２／ｐ５３に対して親和性を有する。
本発明において使用するための特定の化合物は、０．１μＭ未満、特に、０．０１または０．００１μＭ未満のＩＣ５０値を有するものである。
ＭＤＭ２／ｐ５３の機能は、血管のリモデリングおよび血管新生プロセス、代謝経路の調節などの様々なプロセスならびに発癌における役割のために、多くの疾患に関連付けられてきた。ＭＤＭ２に対する親和性の結果として、この化合物は、自己免疫疾患；真性糖尿病；慢性炎症性疾患、例えば、狼瘡腎炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、自己免疫介在性糸球体腎炎、関節リウマチ、乾癬、炎症性腸疾患、自己免疫性真性糖尿病、湿疹過敏反応、喘息、ＣＯＰＤ、鼻炎、および上気道疾患；常染色体劣性先天性魚鱗癬（ＡＲＣＩ）などの角質増殖性疾患；糸球体障害、慢性腎臓病（ＣＫＤ）腎炎症、ポドサイト減少、糸球体硬化症、蛋白尿、進行性腎臓病を含む腎臓疾患；心肥大、再狭窄、不整脈、アテローム性動脈硬化症などの心血管系疾患；心筋梗塞、血管損傷、脳卒中、再灌流傷害に関連する虚血性傷害；血管増殖性疾患；加齢黄斑変性症、特に、湿潤型加齢黄斑変性症、虚血性増殖性網膜症、例えば、未熟児網膜症（ＲＯＰ）および糖尿病網膜症などの眼疾患；ならびに血管腫を含む様々な疾患または病態を治療または予防する上で有用であり得ると予想される。
ＭＤＭ２に対する親和性の結果として、これらの化合物は癌などの増殖性傷害の治療または予防に有用であり得ると予想される。
治療（または抑制）され得る癌（およびそれらの良性の対応疾患）の例としては、限定するものではないが、膀胱および尿路、乳房、消化管（食道、胃、小腸、結腸、腸、大腸、直腸および肛門を含む）、肝臓（肝細胞癌）、胆嚢および胆道系、外分泌膵臓、腎臓（例えば、腎細胞癌）、肺（例えば、腺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、気管支肺胞癌および中皮腫）、頭頸部（例えば、舌、頬腔、喉頭、咽頭、上咽頭、扁桃、唾液腺、鼻腔および副鼻腔の癌）、卵巣、卵管、腹膜、膣、外陰部、陰茎、精巣、子宮頸部、子宮筋層、子宮内膜、甲状腺（例えば、甲状腺濾胞癌）、脳、副腎、前立腺、皮膚および付属器（例えば、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、角化棘細胞腫、異形成性母斑）の癌などの上皮由来の腫瘍（腺癌、扁平上皮癌、移行細胞癌、およびその他の癌を含む様々なタイプの腺腫および癌腫）；血液悪性腫瘍（例えば、白血病、リンパ腫）、前悪性腫瘍性血液障害および境界悪性腫瘍性障害、例えば、リンパ系の血液悪性腫瘍および関連病態（例えば、急性リンパ性白血病［ＡＬＬ］、慢性リンパ性白血病［ＣＬＬ］、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫［ＤＬＢＣＬ］などのＢ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、バーキットリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫および白血病、ナチュラルキラー［ＮＫ］細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、毛様細胞白血病、意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症、形質細胞腫、多発性骨髄腫、および移植後リンパ増殖性障害）、ならびに骨髄系の血液悪性腫瘍および関連疾患（例えば、急性骨髄性白血病［ＡＭＬ］、慢性骨髄性白血病［ＣＭＬ］、慢性骨髄単球性白血病［ＣＭＭＬ］、好酸球増多症候群、骨髄増殖性障害（例えば、真性多血症、本態性血小板血症および原発性骨髄線維症）、骨髄増殖症候群、骨髄異形成症候群および前骨髄球性白血病）；間葉起源の腫瘍、例えば、骨肉腫、線維肉腫、軟骨肉腫、横紋筋肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、血管肉腫、カポジ肉腫、ユーイング肉腫、滑膜肉腫、類上皮肉腫、消化管間質腫瘍、良性・悪性組織球腫、および原線維肉腫などの軟部組織、骨または軟骨の肉腫；中枢神経系または末梢神経系の腫瘍（例えば、星細胞腫（例えば、神経膠腫）、神経鞘腫および膠芽腫、髄膜腫、上衣腫、松果体腫瘍および神経鞘腫）；内分泌腫瘍（例えば、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、膵島細胞腫瘍、副甲状腺腫瘍、カルチノイド腫瘍および甲状腺髄様癌）；眼球および付属器腫瘍（例えば、網膜芽細胞腫）；胚細胞腫瘍および絨毛腫瘍（例えば、奇形腫、セミノーマ、異胚葉腫、胞状奇胎および絨毛癌）；ならびに小児腫瘍および胚性腫瘍（例えば、髄芽腫、神経芽細胞腫、ウィルムス腫瘍および原始神経外胚葉腫瘍）；または患者を悪性腫瘍に罹患しやすくする症候群、先天性もしくはその他のもの（例えば、色素性乾皮症）が挙げられる。
細胞の増殖は密接に制御されている機能である。異常な細胞増殖の病態である癌は、細胞が制御不能な方法で複製され（数が増加し）、制御不能に増殖し（大きくなり）、および／またはアポトーシス（プログラム細胞死）、ネクローシス、またはアノイキスによる細胞死の減少を受けた場合に生じる。１つの実施形態において、異常な細胞増殖は、制御不能な細胞増殖、過剰な細胞増殖、またはプログラム細胞死の減少から選択される。特に、異常細胞増殖の病態または疾患は癌である。
よって、異常な細胞増殖（すなわち、制御不能のおよび／または急速な細胞増殖）を含んでなる疾患または病態を治療するための本発明の医薬組成物、使用または方法では、異常な細胞増殖を含んでなる疾患または病態は、１つの実施形態では、癌である。
多くの疾患が、持続的で制御不能の血管新生を特徴とする。慢性増殖性疾患は、多くの場合、顕著な血管新生を伴い、炎症性および／または増殖性の状態を助長もしくは維持し、または血管の侵入性増殖を通して組織の破壊につながる。腫瘍の成長および転移は血管新生に依存することが見出されている。従って、本発明で使用する化合物は、腫瘍の血管新生の開始を防ぎ、阻害する上で有用となり得る。
血管新生は、一般に、新しいもしくは代わりの血管の発生、または新血管形成を表して使用される。血管新生は、胚において血管系が確立される必要かつ生理的な正常なプロセスである。血管新生は、排卵、月経および創傷治癒の部位を除き、ほとんどの正常な成人組織では一般的に起こらない。しかし、多くの疾患は持続的で制御不能の血管新生を特徴とする。例えば、関節炎では、新しい毛細血管が関節に侵入し、軟骨を破壊する。糖尿病では（また多くの異なる眼疾患でも）、新生血管が黄斑または網膜または他の眼構造に侵入し、失明を引き起こすことがある。アテローム性動脈硬化症のプロセスは血管新生と関連付けられている。腫瘍の成長および転移は血管新生に依存していることが分かっている。本化合物は、癌および転移症、眼疾患、関節炎および血管腫などの疾患の治療に有益であり得る。
従って、本発明で使用するための化合物は、転移および転移性癌の治療に有用であり得る。転移または転移性疾患は、ある臓器または部分から別の非隣接臓器または部分への疾患の拡散である。本発明の化合物によって治療することができる癌には、原発性腫瘍（すなわち、発生部位の癌細胞）、局部浸潤（局部において周囲の正常組織に浸透および浸潤する癌細胞）、および転移性（または二次性）腫瘍、すなわち、血流を介して（血行性転移）、またはリンパ管を介して、または体腔を横切って（経骨髄性）、体内の他の部位および組織に循環した悪性細胞から形成された腫瘍が含まれる。特に、本発明で使用するための化合物は、転移および転移性癌の治療に有用であり得る。
１つの実施形態では、血液悪性腫瘍は白血病である。別の実施形態では、血液悪性腫瘍はリンパ腫である。１つの実施形態では、癌はＡＭＬである。別の実施形態では、癌はＣＬＬである。
１つの実施形態では、本発明において使用される化合物は、急性または慢性白血病などの白血病、特に、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、または慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）の予防または治療において使用するためのものである。１つの実施形態では、本発明で使用される化合物は、急性または慢性リンパ腫などのリンパ腫、特に、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫の予防または治療において使用するためのものである。
１つの実施形態では、本発明において使用される化合物は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）または急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）の予防または治療において使用するためのものである。
１つの実施形態では、本発明において使用される化合物は、血液悪性腫瘍（すなわち白血病、リンパ腫）および前悪性腫瘍性血液障害およびリンパ系の血液悪性腫瘍および関連病態を含む境界悪性腫瘍性障害（例えば、急性リンパ性白血病［ＡＬＬ］、慢性リンパ性白血病［ＣＬＬ］、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫［ＤＬＢＣＬ］などのＢ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、バーキットリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫および白血病、ナチュラルキラー［ＮＫ］細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、毛様細胞白血病、意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症、形質細胞腫、多発性骨髄腫、および移植後リンパ増殖性障害）、および骨髄系の血液悪性腫瘍および関連病態（例えば、急性骨髄性白血病［ＡＭＬ］、慢性骨髄性白血病［ＣＭＬ］、慢性骨髄単球性白血病［ＣＭＭＬ］、好酸球増多症候群、骨髄増殖性疾患（例えば、真性多血症、本態性血小板血症および原発性骨髄線維症）、骨髄増殖症候群、骨髄異形成症候群、および前骨髄球性白血病において使用するためのものである。
１つの実施形態は、ｐ５３野生型であるかまたはＭＤＭ２増幅を有する癌を有する亜集団から選択される患者における癌の予防または治療において使用するための本発明で使用される化合物を含む。
癌は、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に感受性のある癌であり得る。癌は、ＭＤＭ２を過剰発現する癌であり得る。癌はｐ５３野生型の癌であり得る。
特定の癌としては、ＭＤＭ２増幅および／またはＭＤＭ２過剰発現を有するもの、例えば、肝細胞癌、肺、肉腫、骨肉腫、およびホジキン病が含まれる。
特定の癌は、野生型ｐ５３を有するものが含まれる。特定の癌としては、特に限定されるものではないが、ＭＤＭ２が高発現している場合には、野生型ｐ５３を有する癌細胞が含まれる。
１つの実施形態では、癌は、ｐ５３機能性腫瘍である。１つの実施形態では、治療される疾患は、ｐ５３機能性固形および血液悪性腫瘍である。別の実施形態では、治療される患者はｐ５３変異腫瘍を有し、例えば、ＡＭＬ患者はｐ５３変異腫瘍を有する。
１つの実施形態では、癌は、脳の腫瘍、例えば、神経膠腫、または神経芽腫である。
１つの実施形態では、癌は、皮膚の癌、例えば、黒色腫である。
１つの実施形態では、癌は、肺の癌、例えば、ＮＳＣＬＣまたは中皮腫である。１つの実施形態では、癌は、肺の癌、例えば、中皮腫である。１つの実施形態では、中皮腫は、悪性腹膜中皮腫または悪性胸腔中皮腫である。
１つの実施形態では、癌は、消化管、例えば、ＧＩＳＴ、胃、結腸直腸または兆の癌である。
１つの実施形態では、癌は骨肉腫である。
１つの実施形態では、癌は脂肪肉腫である。
１つの実施形態では、癌はユーイング肉腫である。
１つの実施形態では、癌は、脂肪肉腫、軟組織肉腫、骨肉腫、食道癌、およびＢ細胞悪性腫瘍を含む特定の小児悪性腫瘍である。
１つの実施形態では、癌は、結腸直腸癌、乳癌、肺癌および脳癌である。
１つの実施形態では、癌は、小児癌である。
１つの実施形態では、癌は、ｐ５３野生型である。
１つの実施形態では、癌は、肺の癌、例えば、ＮＳＣＬＣまたは中皮腫、腎臓癌、例えば、ＫＩＲＣまたは膠芽腫などの脳の癌である。
特定の癌がＭＤＭ２アンタゴニストに感受性のものであるかどうかは、「診断の方法」という見出しの節に示されるような方法によって判定することができる。
さらなる側面は、本明細書に記載されるような疾患または病態、特に、癌の治療のための薬剤の製造のための化合物の使用を提供する。
ファンコーニ貧血患者は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、扁平上皮癌または頭部、頸部、皮膚、消化器系、または生殖道の腫瘍を発症するリスクが高い。
相同組換え欠損（ＨＲＤ）は、前立腺癌、卵巣癌、乳癌および婦人科癌に多い。従って、１つの実施形態では、癌は、前立腺、卵巣癌、乳癌または婦人科癌である。１つの実施形態では、ＨＲＲ経路欠損（ＨＲＤ）癌は、前立腺癌、卵巣癌、乳癌または婦人科癌である。
ＭＳＩ－Ｈは、結腸直腸癌、胃癌および婦人科癌に多い。従って、１つの実施形態では、癌は、結腸直腸癌、胃癌および婦人科癌である。
ある種の癌は特定の薬剤による治療に耐性がある。これは、腫瘍のタイプに起因し得るか（最も一般的な上皮性悪性腫瘍は、本質的に化学療法耐性であり、前立腺は、現在利用可能な化学療法または放射線療法のレジメンに対して比較的耐性である）、または耐性は、疾患の進行または治療の結果として自然に生じ得る。この点で、前立腺という場合には、抗アンドロゲン療法、特に、アビラテロンまたはエンザルタミドに対する耐性を有する前立腺、または去勢耐性前立腺を含む。同様に、多発性骨髄腫という場合には、ボルテゾミブ感受性多発性骨髄腫または不応性多発性骨髄腫を含み、慢性骨髄性白血病という場合には、イミタニブ感受性慢性骨髄性白血病および不応性慢性骨髄性白血病を含む。この点で、中皮腫という場合には、トポイソメラーゼ毒、アルキル化剤、抗チューブリン剤、抗ホレート剤、白金化合物および放射線療法に対する耐性を有する中皮腫、特に、シスプラチン耐性中皮腫を含む。
これらの化合物はまた、細胞を化学療法に増感させることによる腫瘍の増殖、病因、化学療法および放射線療法に対する耐性の治療、ならびに抗転移剤としても有用であり得る。
あらゆる種類の抗癌剤の治療介入は、必然的に標的腫瘍細胞にかかるストレスを増大させる。ＭＤＭ２／ｐ５３のアンタゴニストは、次のような可能性を持つ化学治療薬の一群である：（ｉ）悪性細胞を抗癌剤および／または治療に増感させる；（ｉｉ）抗癌剤および／または治療に対する耐性の発生を緩和または軽減する；（ｉｉｉ）抗癌剤および／または治療に対する耐性を逆転させる；（ｉｖ）抗癌剤および／または治療の活性を増強する；（ｖ）抗癌剤および／または治療に対する耐性の発現を遅延または予防する。
１つの実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２が介在する疾患または病態の治療における使用のための化合物を提供する。さらなる実施形態では、ＭＤＭ２が介在する疾患または病態は、ＭＤＭ２の過剰発現および／もしくは活性の増強、または高コピー数のＭＤＭ２および／または野生型ｐ５３を特徴とする癌である。
さらなる側面は、本明細書に記載の疾患または病態、特に、癌の治療のための薬剤の製造のための化合物の使用を提供する。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２／ｐ５３が介在する疾患または病態の予防または治療における使用のための化合物が提供される。１つの実施形態では、ＭＤＭ２タンパク質とｐ５３との相互作用を阻害するための化合物が提供される。
１つの実施形態では、有効量の少なくとも１つの定義されるような化合物を含んでなる医薬組成物が提供される。
１つの実施形態では、哺乳動物に少なくとも１つの定義されるような化合物を含んでなる薬剤を投与する工程を含んでなる、癌の予防または治療のための方法が提供される。
医薬製剤
有効化合物を単独で投与することも可能であるが、一般には、医薬組成物（例えば、製剤）として提供される。
よって、本発明はさらに、上記で定義されるような医薬組成物、１種類の式（Ｉｏ）（および本明細書に定義されるようなそのサブグループ）の化合物を含む少なくとも１つのＭＤＭ２アンタゴニストを、１以上の薬学上許容可能な賦形剤および場合により本明細書に記載されるような他の治療薬または予防薬とともに含んでなる（例えば、混合した）医薬組成物を作製する方法を提供する。
薬学上許容可能な賦形剤は、例えば、担体（例えば、固体、液体または半固体担体）、アジュバント、希釈剤、増量剤または増量剤、造粒剤、コーティング剤、放出制御剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、保存剤、抗酸化薬、緩衝剤、沈殿防止剤、増粘剤、香味剤、甘味剤、矯味矯臭剤、安定剤または医薬組成物に従来使用されている他の任意の賦形剤から選択することができる。様々なタイプの医薬組成物のための賦形剤の例を以下により詳しく示す。
「薬学上許容可能な」という用語は本明細書で使用する場合、健全な医学的判断の範囲内で、合理的なベネフィット／リスク比に見合った、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症なく、対象（例えば、ヒト対象）の組織と接触して使用するのに適している化合物、材料、組成物、および／または剤形に関する。各賦形剤はまた、製剤の他の成分との適合性という意味で「許容可能な」ものでなければならない。
式（Ｉｏ）の化合物を含むＭＤＭ２アンタゴニストを含有する医薬組成物は、既知の技術に従って製剤化することができる、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, PA, USA参照。
医薬組成物は、経口投与、非経口投与、局所投与、鼻腔内投与、気管支内投与、舌下投与、眼科投与、耳鼻科投与、直腸投与、膣内投与、または経皮投与に適した任意の形態とすることができる。組成物が非経口投与を意図する場合、静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、皮下投与、または注射、注入もしくは他の送達手段による標的臓器もしくは組織への直接送達のために製剤化することができる。送達は、ボーラス注射、短期注入、または長期注入によることができ、受動的送達または適切な注入ポンプまたはシリンジドライバーの利用によることができる。
非経口投与に適合した医薬製剤は、水性および非水性の無菌注射液が含まれ、酸化防止剤、緩衝剤、静菌剤、補助溶媒、界面活性剤、有機溶媒混合物、シクロデキストリン錯化剤、乳化剤（エマルション製剤の形成および安定化用）、リポソームを形成するためのリポソーム成分、ポリマーゲルを形成するためのゲル化性ポリマー、凍結乾燥保護剤、および特に有効成分を可溶性形態で安定化させ、製剤を意図するレシピエントの血液と等張にするための薬剤の組合せを含み得る。非経口投与用の医薬製剤は、沈殿防止剤および増粘剤を含み得る水性および非水性の無菌懸濁液の形態をとってもよい(R. G. Strickly, Solubilizing Excipients in oral and injectable formulations, Pharmaceutical Research, Vol 21(2) 2004, p 201-230)。
製剤は、例えば密封アンプル、バイアルおよび充填済シリンジなどの単位用量または複数用量容器で提供することができ、使用直前に無菌液体担体、例えば注射用水を加えるだけのフリーズドライ（凍結乾燥）状態で保存することができる。１つの実施形態では、製剤は、適切な希釈剤を用いて後に再構成するために、有効医薬成分としてボトルで提供される。
医薬製剤は、式（Ｉｏ）のの化合物またはそのサブグループを含むＭＤＭ２アンタゴニストを凍結乾燥することによって調製され得る。凍結乾燥は、組成物をフリーズドライする手順を指す。したがって、フリーズドライおよび凍結乾燥は、本明細書において同義語として使用される。
即時調合注射溶液および懸濁液は、無菌の散剤、顆粒剤および錠剤から調製され得る。
非経口注射用の本発明の医薬組成物はまた、薬学上許容可能な無菌水性または非水性溶液、分散液、懸濁液またはエマルションならびに使用直前に無菌注射可能溶液または分散液に再構成するための無菌散剤も含んでなり得る。適切な水性および非水性担体、希釈剤、溶媒またはビヒクルの例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、カルボキシメチルセルロースおよびその適切な混合物、植物油（例えば、ヒマワリ油、ベニバナ油、トウモロコシ油またはオリーブ油）、および注射可能有機エステル、例えば、オレイン酸エチルが挙げられる。適切な流動性は、例えばレシチンなどの増粘剤の使用、分散液の場合には、必要な粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持することができる。
本発明の組成物は、保存剤、湿潤剤、乳化剤、および分散剤などのアジュバントを配合してもよい。微生物作用の防止は、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などの様々な抗菌剤および抗真菌剤を配合することにより確保することができる。また、糖類、塩化ナトリウムなどの張力調整のための薬剤を配合することが望ましい場合もある。モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの吸収を遅延させる薬剤を配合することにより、注射用医薬製剤の吸収を延長することができる。
本発明の１つの典型的な実施態様では、医薬組成物は、例えば、注射または注入による静脈内投与に適した形態である。静脈内投与の場合、溶液をそのまま投与することもできるし、または投与前に輸液バッグ（０．９％生理食塩水または５％ブドウ糖などの薬学上許容可能な賦形剤を含む）に注入することもできる。
別の典型的な実施形態では、医薬組成物は、皮下（ｓ．ｃ．）投与に適切な形態である。
経口投与に適した医薬剤形としては、錠剤（コーティングまたは非コーティング）、カプセル剤（ハードシェルまたはソフトシェル）、カプレット、丸剤、トローチ剤、シロップ剤、液剤、散剤、顆粒剤、エリキシル剤、懸濁剤、および舌下錠、ウエハースまたは頬側パッチなどのパッチ剤がある。
よって、錠剤組成物は、単位用量の有効化合物を糖または糖アルコール、例えば、ラクトース、スクロース、ソルビトールまたはマンニトールなどの不活性の希釈剤または担体；ならびに／または炭酸ナトリウム、リン酸カルシウム、炭酸カルシウム、またはセルロースまたはその誘導体、例えば、微晶質セルロース（ＭＣＣ）、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、およびコーンスターチなどのデンプンといった非糖由来希釈剤とともに含有し得る。錠剤また、このような標準的成分をポリビニルピロリドンなどの結合剤および造粒剤、崩壊剤（例えば、架橋カルボキシメチルセルロースなどの膨潤性架橋ポリマー）、潤滑剤（例えば、ステアリン酸塩）、保存剤（例えば、パラベン）、酸化防止剤（例えば、ＢＨＴ）、緩衝剤（例えば、リン酸塩緩衝剤またはクエン酸塩緩衝剤）、およびクエン酸塩／炭酸水素塩混合物などの発泡剤として含有し得る。このような賦形剤は周知のものであり、ここで詳しく説明する必要はない。
錠剤は、胃液と接触した際に薬物が放出されるように設計してもよいし（即時放出錠）、長期間または消化管の特定の領域で制御された方式で放出されるように設計してもよい（放出制御錠）。
カプセル製剤は、ハードゼラチン種またはソフトゼラチン種があり得、有効成分を固体、半固体または液体の形態で含有することができる。ゼラチンカプセルは、動物性ゼラチンまたは合成もしくは植物由来の同等物から形成することができる。
固形剤形（例えば、錠剤、カプセル剤など）は、コーティングされたものでもコーティングされていないものでもよい。コーティングは、保護膜（例えば、ポリマー、ワックスもしくはワニス）として、または薬物放出を制御するメカニズムとして、または美観もしくは識別の目的で働き得る。コーティング（例えば、オイドラギット（商標）タイプのポリマー）は、消化管内の所望の位置で有効成分を放出するように設計することができる。従って、コーティングは消化管内の特定のｐＨ条件下で分解するように選択することができ、それによって胃または回腸、十二指腸、空腸もしくは結腸で化合物を選択的に放出することができる。
コーティングの代わりに、またはコーティングに加えて、薬物は放出制御剤、例えば、放出遅延剤を含んでなる固体マトリックス中に提供することができ、これは消化管内で制御された方式で化合物を放出するように適合させることができる。あるいは、薬物はポリマーコーティング、例えば、ポリメタクリレートポリマーコーティング中に提供することができ、これは、消化管内で酸性度またはアルカリ度が変化する条件下で化合物を選択的に放出するように適合させることができる。あるいは、マトリックス材料または放出遅延コーティングは、剤形が消化管を通過する際に実質的に連続的に侵食される侵食性ポリマー（例えば、無水マレイン酸ポリマー）の形態をとることができる。別の選択肢として、コーティングは、腸内の微生物作用下で崩壊するように設計することができる。さらなる選択肢として、有効化合物は、化合物の放出の浸透圧制御を提供する送達系に配合することができる。浸透圧放出および他の遅延放出または徐放性製剤（例えば、イオン交換樹脂に基づく製剤）は、当業者に周知の方法に従って調製することができる。
式（Ｉｏ）の化合物を含むＭＤＭ２アンタゴニストは、担体とともに製剤化し、ナノ粒子の形態で投与してもよく、ナノ粒子の表面積の増大がその吸収を補助する。さらに、ナノ粒子は細胞内への直接浸透の可能性を提供する。ナノ粒子薬物送達系については、"Nanoparticle Technology for Drug Delivery"、Ram B Gupta and Uday B. Kompella編，Informa Healthcare、ISBN 9781574448573、2006年3月13日発行に記載されている。薬物送達のためのナノ粒子についてはまた、J. Control. Release, 2003, 91 (1-2), 167-172, およびSinha et al., Mol. Cancer Ther. August 1, (2006) 5, 1909にも記載されている。
医薬組成物は一般に、およそ１％（ｗ／ｗ）～およそ９５％の有効成分および９９％（ｗ／ｗ）～５％（ｗ／ｗ）の薬学上許容可能な賦形剤または賦形剤の組合せを含んでなる。一般に、組成物は、およそ２０％（ｗ／ｗ）～およそ９０％（ｗ／ｗ）の有効成分および８０％（ｗ／ｗ）～１０％の薬学上許容可能な賦形剤または賦形剤の組合せを含んでなる。医薬組成物は、およそ１％～およそ９５％、一般におよそ２０％～およそ９０％の有効成分を含んでなる。本発明による医薬組成物は、、例えば、アンプル、バイアル、坐剤、充填済シリンジ、ドラジェ、錠剤またはカプセルなどの単位用量形態であり得る。
薬学上許容可能な賦形剤は、製剤の所望の物理的形態に応じて選択することができ、例えば、希釈剤（例えば、充填剤または増量剤などの固体希釈剤；ならびに溶媒および補助溶媒などの液体希釈剤）、崩壊剤、緩衝剤、滑沢剤、流動助剤、放出制御剤（例えば、放出リターディングまたは遅延ポリマーまたはワックス）、結合剤、造粒剤、顔料、可塑剤、抗酸化剤、保存剤、香味剤、矯味矯臭剤、張力調節およびコーティング剤から選択することができる。
当業者は、製剤に使用する成分の適切な量を選択する専門知識を有するであろう。例えば、錠剤およびカプセルは通常、０～２０％の崩壊剤、０～５％の滑沢剤、０～５％の流動助剤および／または０～９９％（ｗ／ｗ）の充填剤／または増量剤（薬物の用量に応じる）を含有する。また、０～１０％（ｗ／ｗ）のポリマー結合剤、０～５％（ｗ／ｗ）の抗酸化剤、０～５％（ｗ／ｗ）の顔料を含有してもよい。徐放性錠剤はさらに０～９９％（ｗ／ｗ）のポリマー（用量に応じる）を含有する。錠剤またはカプセルのフィルムコートは、一般には、０～１０％（ｗ／ｗ）の放出制御（例えば遅延）ポリマー、０～３％（ｗ／ｗ）の顔料、および／または０～２％（ｗ／ｗ）の可塑剤を含有する。
非経口製剤は一般に、０～２０％（ｗ／ｗ）のバッファー、０～５０％（ｗ／ｗ）の補助溶媒、および／または０～９９％（ｗ／ｗ）の注射用水（ＷＦＩ）（用量および凍結乾燥しているかどうかに応じる）を含有する。筋肉内デポー用製剤は、０～９９％（ｗ／ｗ）の油分を含有してもよい。
経口投与用の医薬組成物は、有効成分を固体担体と組み合わせ、所望により得られた混合物を造粒し、所望または必要に応じて、適切な賦形剤を添加した後、混合物を錠剤、ドラジェコアまたはカプセルに加工することにより得ることができる。また、有効成分を拡散させるか、または測定量を放出させるポリマーまたはワックス状マトリックスに組み込むことも可能である。
本発明で使用される化合物は、固体分散体として配合することもできる。固体分散体は、２つ以上の固体の均質な極めて微細な分散相である。固体分散体の一種である固体溶液（分子分散系）は、製薬技術における使用で周知であり（(Chiou and Riegelman, J. Pharm. Sci., 60, 1281-1300 (1971))参照）、溶解速度を高め、難水溶性薬物のバイオアベイラビリティを向上させるのに有用である。
本発明はまた、本明細書に記載の固形溶液を含んでなる固形剤形も提供する。固形剤形には、錠剤、カプセル剤、チュアブル錠、および分散性錠剤または発泡性錠剤が含まれる。既知の賦形剤と固形溶液を配合して、所望の剤形を提供することができる。例えば、カプセル剤は、（ａ）崩壊剤および滑沢剤、または（ｂ）崩壊剤、滑沢剤および界面活性剤を配合した固形溶液を含有することができる。さらにカプセルは、ラクトースまたは微結晶セルロースなどの増量剤を含有することができる。錠剤は、少なくとも１つの崩壊剤、滑沢剤、界面活性剤、増量剤および滑沢剤を配合した固溶体を含有することができる。チュアブル錠は、増量剤、滑沢剤、および所望により追加の甘味剤（人工甘味料など）、および適切な香料を配合した固形溶液を含有することができる。固形溶液はまた、薬物および適切なポリマーの溶液を、糖ビーズ（「ノンパレル」）などの不活性担体の表面に噴霧することによって形成することもできる。これらのビーズは、その後カプセルに充填するか、または打錠することができる。
医薬製剤は、通常ブリスターパックである単一の包装に全治療コースを含む「患者用パック」で患者に提供されることがある。患者用パックは、薬剤師が患者分の医薬品をバルク供給から分割する従来の処方箋と比較して、通常の処方箋に欠けている、患者が患者用パックに含まれる添付文書を常に利用できるという利点がある。添付文書が含まれることで、患者の医師の指示に対するコンプライアンスが向上することが示されている。
局所使用および鼻腔送達のための組成物には、軟膏、クリーム、スプレー、パッチ、ゲル、液体ドロップおよび挿入物（例えば、眼内挿入物）が含まれる。このような組成物は、公知の方法に従って調剤することができる。
直腸内または膣内投与用の製剤の例としては、例えば、有効化合物を含有する成形可能なまたはワックス状の材料から形成され得るペッサリーおよび坐剤が挙げられる。有効化合物の溶液も直腸投与に使用可能である。
吸入による投与のための組成物は、吸入可能な粉末組成物または液体もしくは粉末スプレーの形態をとってもよく、粉末吸入装置またはエアロゾル吐出装置を用いて標準的な形態で投与することができる。このような装置は周知である。吸入により投与する場合、粉末製剤は通常、有効化合物をラクトースなどの不活性固体粉末希釈剤とともに含んでなる。
式（Ｉｏ）の化合物を含むＭＤＭ２アンタゴニストは、一般に、単位剤形で提供され、従って、一般には、所望のレベルの生物学的活性を提供するのに十分な化合物を含有する。例えば、製剤は１ナノグラム～２グラムの有効成分、例えば１ナノグラム～２ミリグラムの有効成分を含有し得る。これらの範囲内で、化合物の特定の部分範囲は、０．１ミリグラム～２グラムの有効成分（より通常は１０ミリグラム～１グラム、例えば５０ミリグラム～５００ミリグラム）、または１マイクログラム～２０ミリグラム（例えば１マイクログラム～１０ミリグラム、例えば０．１ミリグラム～２ミリグラムの有効成分）である。
経口組成物の場合、単位剤形は１ミリグラム～２グラム、より一般には１０ミリグラム～１グラム、例えば５０ミリグラム～１グラム、例えば１００ミリグラム～１グラムの有効化合物を含有し得る。
有効化合物は、それを必要とする患者（例えば、ヒトまたは動物の患者）に、所望の治療効果を達成するのに十分な量で投与される。
他の抗癌剤との組合せ
本明細書に定義されるようなＭＤＭ２アンタゴニストは、ＭＤＭ２／ｐ５３が介在する様々な病状または病態の予防または治療において有用であり得る。このような病状および病態の例は上記に示されている。
これらの化合物は一般に、そのような投与を必要とする対象、例えば、ヒトまたは動物患者、一般にヒトに投与される。
これらの化合物は一般に、治療上または予防上有用であり、一般に非毒性の量で投与される。しかしながら、ある状況では（例えば、生命を脅かす疾患の場合）、本発明で使用する化合物（例えば、式（Ｉｏ）の化合物）を投与する利益は、毒性作用または副作用の欠点を上回ることがあり、その場合、ある程度の毒性を伴う量の化合物を投与することが望ましいと考えられる。
化合物は、有益な治療効果を維持するために長期間投与してもよいし、または短期間だけ投与してもよい。あるいは、連続的に投与してもよいし、または間欠的に投与する方法（例えば、パルス投与）で投与してもよい。
ＭＤＭ２アンタゴニストの典型的な１日用量は、体重１キログラム当たり１００ピコグラム～１００ミリグラム、より一般には体重１キログラム当たり５ナノグラム～２５ミリグラム、さらに通常は体重１キログラム当たり１０ナノグラム～１５ミリグラム（例えば、体重１キログラム当たり１０ナノグラム～１０ミリグラム、より一般には１マイクログラム～２０ミリグラム、例えば体重１キログラム当たり１マイクログラム～１０マイクログラムの範囲であり得るが、必要に応じてより高用量またはより低用量を投与してもよい。式（Ｉｏ）の化合物は、毎日、または例えば２日、または３日、または４日、または５日、または６日、または７日、または１０日、または１４日、または２１日、または２８日ごとに反復投与することができる。
用量はまた、患者の体表面積に対して投与される薬物の量（ｍｇ／ｍ２）としても表すことがでできる。ＭＤＭ２アンタゴニストの典型的な一日用量は、３７００ｐｇ／ｍ２～３７００ｍｇ／ｍ２、より一般には１８５ｎｇ／ｍ２～９２５ｍｇ／ｍ２、より通常には３７０ｎｇ／ｍ２～５５５ｍｇ／ｍ２（例えば、３７０ｎｇ／ｍ２～３７０ｍｇ／ｍ２、より一般には３７ｍｇ／ｍ２～７４０ｍｇ／ｍ２、例えば３７ｍｇ／ｍ２～３７０ｍｇ／ｍ２）の範囲であり得るが、必要に応じてより高用量またはより低用量を投与してもよい。式（Ｉｏ）の化合物は、毎日、または例えば、２日、または３日、または４日、または５日、または６日、または７日、または１０日または１４日、または２１日、または２８日ごとに反復投与することができる。
本発明の化合物は、例えば０．１～５０００ｍｇ、または１～１５００ｍｇ、２～８００ｍｇ、または５～５００ｍｇ、例えば２～２００ｍｇまたは１０～１０００ｍｇの用量の範囲で経口投与してよく、特定の用量例としては、１０、２０、５０および８０ｍｇが挙げられる。化合物は毎日１回または２回以上投与することができる。化合物は、連続的に投与することができる（すなわち、治療レジメンの期間中、毎日休むことなく服用）。あるいは、化合物を断続的に投与することもできる（すなわち、治療レジメンの期間を通じて、１週間などの所定の期間継続して服用した後、１週間などの期間投与を中止し、その後また１週間などの期間継続して服用するなど）。間欠的投与を含む治療レジメンの例としては、投与を１週間の投与、１週間の休薬；または２週間の投与、１週間の休薬；または３週間の投与、１週間の休薬；または２週間の投与、２週間の休薬；または４週間の投与、２週間の休薬；または１週間の投与、３週間の休薬を１サイクルとして、1サイクル以上、例えば２、３、４、５、６、７、８、９または１０サイクルまたはそれ以上のサイクルのレジメンが挙げられる。この非連続的治療は、１週間ではなく日数に基づいて行うこともできる。例えば、治療は、１～６日間は毎日投与し、１～６日間は投与せず、このパターンを治療プロトコールの間繰り返すことを含んでなり得る。本発明で使用する化合物を投与しない日数（または週数）は、本発明で使用する化合物を投与する日数（または週数）と必ずしも等しくなくてもよい。
１つの実施形態では、本発明で使用される化合物は、毎日３ｍｇ／ｍ２～１２５ｍｇ／ｍ２の量で投与することができる。治療は、毎日の連続投与によってもよいし、またはより通常には、治療間隔をあけた複数回の治療サイクルからなってもよい。１回の治療サイクルの例としては、毎日５回連続投与した後、３週間治療を行わないというものがある。
１つの特定の投与レジメンは、１日１回（例えば、経口）、１週間（例えば、５日間の）治療、その後１、２、または３週間の治療休止を行う。別の投与レジメンは、週１回（例えば、経口）、１、２、３または４週間である。
ある特定の投与スケジュールでは、患者に式（Ｉｏ）の化合物の化合物を毎日１時間、最大１０日間、特に最大５日間、１週間にわたって注入投与し、この治療を２～４週間、特に３週間ごとなど所望の間隔で繰り返す。
より詳しくは、患者に、式（Ｉｏ）の化合物を毎日１時間、５日間にわたって注入投与し、この治療を３週間ごとに繰り返す。
別の特定の投与スケジュールでは、患者に３０分～１時間注入投与した後、例えば１～５時間、例えば３時間の様々な期間の維持注入を行う。
本発明で使用される化合物は、ボーラスまたは持続注入によっても投与することができる。本発明で使用される化合物は、治療サイクルの間、毎日～１週間に１回、または２週ごとに１回、または３週ごとに１回、または４週ごとに１回投与することができる。治療サイクル中に毎日投与する場合、この毎日の投与は、治療サイクルの週数にわたって不連続とすることができ、例えば、１週間（または数日）投与し、１週間（または数日）投与せず、このパターンを治療サイクル中に繰り返す。
さらに特定の投与スケジュールでは、患者に１２時間～５日の期間連続注入、特に、２４時間～７２時間の連続注入を行う。
しかし、最終的には、投与される化合物の量と使用される組成物の種類は、治療される疾患または生理学的状態の性質に見合ったものであり、医師の裁量下にある。
本発明で使用される化合物を単剤として使用するか、または本発明で使用される化合物を、細胞増殖を調節するために異なるメカニズムで作用する別の薬剤と組み合わせて、癌の発生に特徴的な２つの特徴を治療することが有益であり得る。組合せ試験は、例えば、Chou TC, Talalay P. Quantitative analysis of dose-effect relationships: the combined effects of multiple drugs or enzyme inhibitors. Adv Enzyme Regulat 1984;22: 27-55に記載されているように行うことができる。
本明細書において定義されるような化合物は、単独治療薬として投与することができ、または特定の病状、例えば、以上に定義されたような癌などの新生物性疾患の治療のために、１以上の他の化合物（または療法）との併用療法において投与することができる。上記の病態の治療のために、本発明で使用される化合物は、有利には、１以上の他の医薬剤、より詳細には、癌療法における他の抗癌剤またはアジュバント（療法における補助剤）と組み合わせて使用され得る。ＭＤＭ２アンタゴニストと一緒に（同時または異なる時間間隔で）投与され得る他の治療薬または処置の例としては、限定するものではないが、以下が挙げられる。
・トポイソメラーゼＩ阻害剤
・代謝拮抗物質
・チューブリン標的化剤
・ＤＮＡ結合剤およびトポイソメラーゼＩＩ阻害剤
・アルキル化剤
・モノクローナル抗体
・抗ホルモン
・シグナル伝達阻害剤
・プロテアソーム阻害剤
・ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤
・サイトカインおよびレチノイド
・クロマチン標的療法
・放射線療法、および
・他の治療薬または予防薬
抗癌剤またはアジュバント（またはその塩）の特定の例としては、限定するものではないが、以下の群（ｉ）～（ｘｌｖｉｉｉ）、場合により、群（ｘｌｉｘ）から選択される任意の薬剤が挙げられる。
（ｉ）白金化合物、例えば、シスプラチン（場合により、アミフォスチンと併用）、カルボプラチンまたはオキサリプラチン；
（ｉｉ）タキサン化合物、例えば、パクリタキセル、パクリタキセルタンパク質結合粒子（アブラキサン（商標））、ドセタキセル、カバジタキセルまたはラロタキセル；
（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤、例えば、カンプトテシン化合物、例えば、カンプトテシン、イリノテカン（ＣＰＴ１１）、ＳＮ－３８、またはトポテカン；
（ｉｖ）トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えば、抗腫瘍エピポドフィロトキシンまたはポドフィロトキシン誘導体、例えば、エトポシド、またはテニポシド；
（ｖ）ビンカアルカロイド、例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン、リポソームビンクリスチン（Ｏｎｃｏ－ＴＣＳ）、ビノレルビン、ビンデシン、ビンフルニンまたはビンベシル；
（ｖｉ）ヌクレオシド誘導体、例えば、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ、場合により、ロイコボリンと併用）、ゲムシタビン、カペシタビン、テガフール、ＵＦＴ、Ｓ１、クラドリビン、シタラビン（Ａｒａ－Ｃ、シトシンアラビノシド）、フルダラビン、クロファラビン、またはネララビン；
（ｖｉｉ）代謝拮抗物質、例えば、クロファラビン、アミノプテリン、またはメトトレキサート、アザシチジン、シタラビン、フロクスウリジン、ペントスタチン、チオグアニン、チオプリン、６－メルカプトプリン、またはヒドロキシ尿素（ヒドロキシカルバミド）；
（ｖｉｉｉ）アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタードまたはニトロソ尿素、例えば、シクロホスファミド、クロラムブシル、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ベンダムスチン、チオテパ、メルファラン、トレオスルファン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、アルトレタミン、ブスルファン、ダカルバジン、エストラムスチン、フォテムスチン、イフォスファミド（場合により、メスナと併用）、ピポブロマン、プロカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、ウラシル、メクロレタミン、メチルシクロヘキシルクロロエチルニトロソ尿素、またはニムスチン（ＡＣＮＵ）；
（ｉｘ）アントラサイクリン、アントラセンジオンおよび関連薬、例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン（場合により、デクスラゾキサンと併用）、ドキソルビシンのリポソーム製剤（例えば、ケリックス（商標）、ミオセット（商標）、ドキシル（商標））、イダルビシン、ミトキサントロン、エピルビシン、アムサクリン、またはバルルビシン；
（ｘ）エポチロン、例えば、イキサベピロン、パツピロン、ＢＭＳ－３１０７０５、ＫＯＳ－８６２およびＺＫ－ＥＰＯ、エポチロンＡ、エポチロンＢ、デスオキシエポチロン Ｂ（エポチロンＤまたはＫＯＳ－８６２としても知られる）、アザ－エポチロンＢ（ＢＭＳ－２４７５５０としても知られる）、ラウリマリド(aulimalide)、イソラウリマリド、またはルエテロビン；
（ｘｉ）ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、テモゾロミド、アザシチジン、またはデシタビン；
（ｘｉｉ）葉酸拮抗薬、例えば、メトトレキサート、ペメトレキセドジナトリウム、またはラルチトレキセド；
（ｘｉｉｉ）細胞傷害性抗生物質、例えば、アクチノマイシンＤ(antinomycin D)、ブレオマイシン、マイトマイシンＣ、ダクチノマイシン、カルミノマイシン、ダウノマイシン、レバミゾール、プリカマイシン、またはミトラマイシン；
（ｘｉｖ）チューブリン結合剤、例えば、コンブレスタチン、コルヒチンまたはノコダゾール；
（ｘｖ）シグナル伝達阻害剤、例えば、キナーゼ阻害剤、例えば、受容体チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ（上皮増殖因子受容体）阻害剤、ＶＥＧＦＲ（血管内皮増殖因子受容体）阻害剤、ＰＤＧＦＲ（血小板由来増殖因子受容体）阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、ＭＴＫＩ（多重標的キナーゼ阻害剤）、Ｒａｆ阻害剤、ＲＯＣＫ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤またはＰＩ３Ｋ阻害剤）、例えば、メシル酸イマチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ダサチニブ、ラパチニブ、ドビチニブ(dovotinib）、アキシチニブ、ニロチニブ、バンデタニブ、バタラニブ(vatalinib)、パゾパニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムス、エベロリムス（ＲＡＤ ００１）、ベムラフェニブ（ＰＬＸ４０３２またはＲＧ７２０４）、ダブラフェニブ、エンコラフェニブ、セルメチニブ（ＡＺＤ６２４４）、トラメチニブ（ＧＳＫ１２１１２０２１２）、ダクトリシブ（ＢＥＺ２３５）、ブパルリシブ（ＢＫＭ－１２０；ＮＶＰ－ＢＫＭ－１２０）、ＢＹＬ７１９、コパンリシブ（ＢＡＹ－８０－６９４６）、ＺＳＴＫ－４７４、ＣＵＤＣ－９０７、アピトリシブ（ＧＤＣ－０９８０；ＲＧ－７４２２）、ピクチリシブ（ピクトレリシブ、ＧＤＣ－０９４１、ＲＧ－７３２１）、ＧＤＣ－００３２、ＧＤＣ－００６８、ＧＳＫ－２６３６７７１、イデラリシブ（旧称ＣＡＬ－１０１、ＧＳ１１０１、ＧＳ－１１０１）、ＭＬＮ１１１７（ＩＮＫ１１１７）、ＭＬＮ０１２８（ＩＮＫ１２８）、ＩＰＩ－１４５（ＩＮＫ１１９７）、ＬＹ－３０２３４１４、イパタセルチブ、アフレセルチブ、ＭＫ－２２０６、ＭＫ－８１５６、ＬＹ－３０２３４１４、ＬＹ２９４００２、ＳＦ１１２６またはＰＩ－１０３、ソノリシブ（ＰＸ－８６６）、またはＡＴ１３１４８；
（ｘｖｉ）オーロラキナーゼ阻害剤、例えば、ＡＴ９２８３、バラセルチブ（ＡＺＤ１１５２）、ＴＡＫ－９０１、ＭＫ０４５７（ＶＸ６８０）、セニセルチブ（Ｒ－７６３）、ダヌセルチブ（ＰＨＡ－７３９３５８）、アリセルチブ（ＭＬＮ－８２３７）、またはＭＰ－４７０；
（ｘｖｉｉ）ＣＤＫ阻害剤、例えば、ＡＴ７５１９、ロスコビチン、セリシクリブ、アルボシジブ（フラボピリドール）、ディナシクリブ（ＳＣＨ－７２７９６５）、７－ヒドロキシ－スタウロスポリン（ＵＣＮ－０１）、ＪＮＪ－７７０６６２１、ＢＭＳ－３８７０３２（別称ＳＮＳ－０３２）、ＰＨＡ５３３５３３、ＺＫ－３０４７０９、またはＡＺＤ－５４３８およびパルボシクリブ（ＰＤ３３２９９１）およびリボシクリブ（ＬＥＥ－０１１）などのＣＤＫ４阻害剤を含む；
（ｘｖｉｉｉ）ＰＫＡ／Ｂ阻害剤およびＰＫＢ（ａｋｔ）経路阻害剤、例えば、ＡＴ１３１４８、ＡＺ－５３６３、セマフォール(Semaphore)、ＳＦ１１２６およびＭＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシン類似体、ＡＰ２３８４１およびＡＰ２３５７３、カルモジュリン阻害剤（フォークヘッドトランスロケーション阻害剤）、ＡＰＩ－２／ＴＣＮ（トリシリビン）、ＲＸ－０２０１、エンザスタウリンＨＣｌ（ＬＹ３１７６１５）、ＮＬ－７１－１０１、ＳＲ－１３６６８、ＰＸ－３１６、またはＫＲＸ－０４０１（ペリフォシン／ＮＳＣ ６３９９６６）；
（ｘｉｘ）Ｈｓｐ９０阻害剤、例えば、オナレスピ（ＡＴ１３３８７）、ルビマイシン、ゲルダナマイシン（ＧＡ）、１７－アリルアミノ－１７－デスメトキシゲルダナマイシン（１７－ＡＡＧ）、例えば、ＮＳＣ－３３０５０７、Ｋｏｓ－９５３およびＣＮＦ－１０１０、１７－ジメチルアミノエチルアミノ－１７－デメトキシゲルダナマイシン塩酸塩（１７－ＤＭＡＧ）、例えば、ＮＳＣ－７０７５４５およびＫｏｓ－１０２２、ＮＶＰ－ＡＵＹ９２２（ＶＥＲ－５２２９６）、ＮＶＰ－ＢＥＰ８００、ＣＮＦ－２０２４（ＢＩＩＢ－０２１ 経口プリン）、ガネテスピブ（ＳＴＡ－９０９０）、ＳＮＸ－５４２２（ＳＣ－１０２１１２）またはＩＰＩ－５０４；
（ｘｘ）モノクローナル抗体（非結合体または放射性同位元素、毒素またはその他の薬剤との結合体）、抗体誘導体および関連薬剤、例えば、抗ＣＤ、抗ＶＥＧＦＲ、抗ＨＥＲ２または抗ＥＧＦＲ抗体、例えば、リツキシマブ（ＣＤ２０）、オファツムマブ（ＣＤ２０）、イブリツモマブ・チウキセタン（ＣＤ２０）、ＧＡ１０１（ＣＤ２０）、トシツモマブ（ＣＤ２０）、エピラツズマブ（ＣＤ２２）、リンツズマブ（ＣＤ３３）、ゲムツズマブ・オゾガマイシン（ＣＤ３３）、アレムツズマブ（ＣＤ５２）、ガリキシマブ（ＣＤ８０）、トラスツズマブ（ＨＥＲ２抗体）、ペルツズマブ（ＨＥＲ２）、トラスツズマブ－ＤＭ１（ＨＥＲ２）、エルツマキソマブ（ＨＥＲ２およびＣＤ３）、セツキシマブ（ＥＧＦＲ）、パニツムマブ（ＥＧＦＲ）、ネシツムマブ（ＥＧＦＲ）、ニモツズマブ（ＥＧＦＲ）、ベバシズマブ（ＶＥＧＦ）、カツマキソマブ(catumaxumab）（ＥｐＣＡＭおよびＣＤ３）、アバゴボマブ（ＣＡ１２５）、ファーレツズマブ（葉酸受容体）、エロツズマブ（ＣＳ１）、デノスマブ（ＲＡＮＫリガンド）、フィギツムマブ（ＩＧＦ１Ｒ）、ＣＰ７５１，８７１（ＩＧＦ１Ｒ）、マパツムマブ（ＴＲＡＩＬ受容体）、ｍｅｔＭＡＢ（ｍｅｔ）、ミツモマブ（ＧＤ３ガングリオシド）、ナプツモマブエスタフェナトクス（５Ｔ４）、またはシルツキシマブ（ＩＬ６）または免疫調節剤、例えば、ＣＴＬＡ－４遮断抗体および／またはＰＤ－１およびＰＤ－Ｌ１および／またはＰＤ－Ｌ２に対する抗体、例えば、イピリムマブ（ＣＴＬＡ４）、ＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ、旧称ラムブロリズマブ、抗ＰＤ－１）、ニボルマブ（抗ＰＤ－１）、ＢＭＳ－９３６５５９（抗ＰＤ－Ｌ１）、ＭＰＤＬ３２０Ａ、ＡＭＰ－５１４またはＭＥＤＩ４７３６（抗ＰＤ－Ｌ１）、またはトレメリムマブ（旧称チシリムマブ、ＣＰ－６７５，２０６、抗ＣＴＬＡ－４）；
（ｘｘｉ）エストロゲン受容体アンタゴニストまたは選択的エストロゲン受容体調節薬（ＳＥＲＭ）またはエストロゲン合成阻害剤、例えば、タモキシフェン、フルベストラント、トレミフェン、ドロロキシフェン、ファスロデックス、またはラロキシフェン；
（ｘｘｉｉ）アロマターゼ阻害剤および関連薬、例えば、エキセメスタン、アナストロゾール、レトラゾール、テストラクトンアミノグルテチミド、ミトタンまたはボロゾール；
（ｘｘｉｉｉ）抗アンドロゲン作用薬（すなわち、アンドロゲン受容体アンタゴニスト）および関連薬剤、例えば、ビカルタミド、ニルタミド、フルタミド、シプロテロン、またはケトコナゾール；
（ｘｘｖ）ホルモンおよびその類似体、例えば、メドロキシプロゲステロン、ジエチルスチルベストロール（別称ジエチルスチルベストロール(diethylstilboestrol)またはオクトレオチド；
（ｘｘｖｉ）ステロイド、例えば、プロピオン酸ドロモスタノロン、酢酸メゲストロール、ナンドロロン（デカン酸塩、フェンプロピオン酸塩）、フルオキシムエストロンまたはゴシポール、
（ｘｘｖｉｉ）ステロイドシトクロムＰ４５０ １７α－ヒドロキシラーゼ－１７，２０－リラーゼ阻害剤（ＣＹＰ１７）、例えば、アビラテロン；
（ｘｘｖｉｉ）ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニストまたはアンタゴニスト（ＧｎＲＡｓ）、例えば、アバレリクス、酢酸ゴセレリン、酢酸ヒストレリン、酢酸ロイプロリド、トリプトレリン、ブセレリン、またはデスロレリン；
（ｘｘｖｉｉｉ）グルココルチコイド、例えば、プレドニゾン、プレドニゾロン、デキサメタゾン；
（ｘｘｉｘ）分化剤、例えば、レチノイド、レキシノイド、ビタミンＤまたはレチノイン酸およびレチノイン酸代謝遮断薬（ＲＡＭＢＡ）、例えば、アキュテイン、アリトレチノイン、ベキサロテン、またはトレチノイン；
（ｘｘｘ）ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、チピファルニブ；
（ｘｘｘｉ）クロマチン標的療法,例えば、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤、例えば、酪酸ナトリウム、サブエロイルアニリドヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ）、デプシペプチド（ＦＲ９０１２２８）、ダシノスタット（ＮＶＰ－ＬＡＱ８２４）、Ｒ３０６４６５／ ＪＮＪ－１６２４１１９９、ＪＮＪ－２６４８１５８５、トリコスタチンＡ、ボリノスタット、クラミドシン、Ａ－１７３、ＪＮＪ－ＭＧＣＤ－０１０３、ＰＸＤ－１０１、またはアピシジン；
（ｘｘｘｉｉ）ユビキチンプロテアソーム経路標的薬、例えば、プロテアソーム阻害剤、例えば、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＣＥＰ－１８７７０、ＭＬＮ－９７０８、またはＯＮＸ－０９１２；ＮＥＤＤ８阻害剤；ＨＤＭ２アンタゴニストおよびデユビキチナーゼ（ＤＵＢ）；
（ｘｘｘｉｉｉ）光線力学薬、例えば、ポルフィマーナトリウムまたはテモポルフィン；
（ｘｘｘｉｖ）海洋生物由来抗癌剤、例えば、トラベクテジン(trabectidin)；
（ｘｘｘｖ）放射免疫治療のための、例えば、β粒子放射同位体（例えば、ヨウ素－１３１、イットリウム－９０）またはα粒子放射同位体（例えば、ビスマス－２１３またはアクチニウム－２２５）、例えば、イブリツモマブまたはヨウ素トシツモマブまたはαラジウム２２３による放射性標識薬；
（ｘｘｘｖｉ）テロメラーゼ阻害剤、例えば、テロメスタチン；
（ｘｘｘｖｉｉ）マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤、例えば、バチマスタット、マリマスタット、プリノスタットまたはメタスタット；
（ｘｘｘｖｉｉｉ）組換えインターフェロン（例えば、インターフェロン－γおよびインターフェロンα）およびインターロイキン（例えば、インターロイキン２）、例えば、アルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス、インターフェロンα２ａ、インターフェロンα２ｂ、またはペグインターフェロンα２ｂ；
（ｘｘｘｉｘ）選択的免疫応答調節薬、例えば、サリドマイド、またはレナリドマイド；
（ｘｌ）治療用ワクチン、例えば、シプロイセル－Ｔ（プロベンジ）またはＯｎｃｏＶｅｘ；
（ｘｌｉ）サイトカイン活性化剤、例えば、ピシバニール、ロムルチド、シゾフィラン、ビルリジン、またはチモシン；
（ｘｌｉｉ）三酸化ヒ素；
（ｘｌｉｉｉ）Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）阻害剤、例えば、アトラセンタン；
（ｘｌｉｖ）Ｌ－アスパラギナーゼ、ペグアスパラガーゼ、ラスブリカーゼ、またはペガデマーゼなどの酵素；
（ｘｌｖ）ＤＮＡ修復阻害剤、例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、例えば、オラパリブ、ベリパリブ、イニパリブ、ＩＮＯ－１００１、ＡＧ－０１４６９９、またはＯＮＯ－２２３１；
（ｘｌｖｉ）デス受容体のアゴニスト（例えば、ＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＲＡＩＬ）受容体）、例えば、マパツムマブ（旧称ＨＧＳ－ＥＴＲ１）、コナツムマブ（旧称ＡＭＧ６５５）、ＰＲＯ９５７８０、レクサツムマブ、ドゥラネルミン、ＣＳ－１００８、多標的または組換えＴＲＡＩＬリガンド、例えば、組換えヒトＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２リガンド；
（ｘｌｖｉｉ）免疫療法、例えば、免疫チェックポイント阻害剤；癌ワクチンおよびＣＡＲ－Ｔ細胞療法；
（ｘｌｖｉｉｉ）細胞死（アポトーシス）の調節因子、例えば、Ｂｃｌ－２（Ｂ細胞リンパ腫２）アンタゴニスト、例えば、ベネトクラックス（ＡＢＴ－１９９またはＧＤＣ－０１９９）、ＡＢＴ－７３７、ＡＢＴ－２６３、ＴＷ－３７、サブトクラックス、オバトクラックス、およびＭＩＭ１およびＩＡＰアンタゴニスト、例えば、ＬＣＬ－１６１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｄｅｂｉｏ－１１４３（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍａ／Ａｓｃｅｎｔａ）、ＡＺＤ５５８２、ビリナパント／ＴＬ－３２７１１（ＴｅｔｒａＬｏｇｉｃ）、ＣＵＤＣ－４２７／ＧＤＣ－０９１７／ＲＧ－７４５９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＪＰ１２０１（Ｊｏｙａｎｔ）、Ｔ－３２５６３３６（Ｔａｋｅｄａ）、ＧＤＣ－０１５２（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）またはＨＧＳ－１０２９／ＡＥＧ－４０８２６（ＨＧＳ／Ａｅｇｅｒａ）；
（ｘｌｉｘ）予防薬（補助薬）；すなわち、化学療法薬に伴う副作用のいくつかを軽減または緩和する薬剤、例えば、
・制吐薬、
・化学療法関連好中球減少症を予防する、またはその期間を短縮するおよび血小板、赤血球または白血球レベルの定価に起因する合併症を予防する薬剤、例えば、インターロイキン－１１（例えば、オプレルベキン）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）およびその類似体（例えば、ダルベポエチンアルファ）、コロニー刺激因子類似体、例えば、顆粒球マクロファージ－コロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）（例えば、サルグラモスチム）、および顆粒球－コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）およびその類似体（例えば、フィルグラスチム、ペグフィルグラスチム）、
・骨吸収を阻害する薬剤、例えば、デノスマブまたはビスホスホネート、例えば、ゾレドロネート、ゾレンドロン酸、パミドロネートおよびイバンドロネート、
・炎症性応答を抑制する薬剤、例えば、デキサメタゾン、プレドニゾン、およびプレドニゾロン、
・先端巨大症またはその他の希少なホルモン産生腫瘍患者において成長ホルモンおよびＩＧＦ－Ｉ（およびその他のホルモン）の血液レベルを定価させるために使用される薬剤、例えば、合成形態のホルモンソマトスタチン、例えば、酢酸オクトレオチド、
・葉酸レベルを低下させる薬物に対する解毒薬，例えば、ロイコボリン、またはフォリン酸、
・疼痛のための薬剤、例えば、オピエート、例えば、モルヒネ、ジアモルヒネおよびフェンタニル、
・非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、例えば、ＣＯＸ－２阻害剤、例えば、セレコキシブ、エトリコキシブおよびルミラコキシブ、
・粘膜炎のための薬剤、例えば、パリフェルミン、
・食欲不振症、悪液質、浮腫または血栓塞栓エピソードを含む副作用の処置のための薬剤、例えば、酢酸メゲストロール。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、上記の（ｉ）～（ｘｌｉｘ）を併用するＭＤＭ２アンタゴニストによる治療のための患者を選択するために使用することができる。１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストと組換えインターフェロン；ＤＮＡ修復阻害剤、例えば、ＰＡＲＰ阻害剤；ＩＡＰアンタゴニスト；白金化合物；アルキル化剤；および／または放射線療法との併用により治療するための患者を選択するために使用することができる。
１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物の存在のために、単剤ＭＤＭ２阻害剤による治療に適切でないと判定され、ゆえにこの患者は、ＭＤＭ２阻害剤と、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する腫瘍感受性を生じさせるために使用可能な付加的薬剤との併用によって治療することができる。１つの実施形態では、患者の腫瘍は、ＡＴＭ、ＡＴＲＸ、ＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２が正常もしくは高く、かつ／またはＭＳＩが正常もしくは低いと判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストと付加的抗癌剤との併用により治療される。１つの実施形態では、患者の腫瘍は、野生型ＡＴＭ、ＡＴＲＸ、ＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２またはならびに／または正常レベルもしくは高レベルのＡＴＭ、ＡＴＲＸ、ＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２遺伝子発現を有すると判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストと上記の（ｉ）～（ｘｌｉｘ）に挙げられた薬剤のうち１以上との併用により治療される。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストと上記の（ｉ）～（ｘｌｉｘ）に挙げられた薬剤のうち１以上との併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストと化学療法および放射線療法などのＤＮＡ傷害剤との併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＳＩ－Ｈ腫瘍の治療のための、ＭＤＭ２アンタゴニストと免疫チェックポイント阻害剤との併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストと組換えインターフェロン（例えば、インターフェロン－γおよびインターフェロンα）およびインターロイキン（例えば、インターロイキン２）、例えば、アルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス、インターフェロンα２ａ、インターフェロンα２ｂ、またはペグインターフェロンα２ｂとの併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を有すると判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストと１以上の組換えインターフェロンとの併用により治療される。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストとＤＮＡ修復阻害剤、例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、例えば、オラパリブ、ベリパリブ、イニパリブ、ＩＮＯ－１００１、ＡＧ－０１４６９９、またはＯＮＯ－２２３１との併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。１つの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、ＰＡＲＰ阻害剤、例えば、オラパリブ、ルカパリブ、ベリパリブ、イニパリブ、ＩＮＯ－１００１、ＡＧ－０１４６９９、ＯＮＯ－２２３１；またはタラゾパリブから選択される。１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を有すると判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストとＰＡＲＰ阻害剤との併用により治療される。１つの実施形態では、ＰＡＲＰｉは、ニラパリブ、オラパリブ、ルカパリブ、ベリパリブ、イニパリブ、ＩＮＯ－１００１、ＡＧ－０１４６９９、ＯＮＯ－２２３１；またはタラゾパリブである。１つの実施形態では、ＰＡＲＰｉは、ニラパリブ、オラパリブ、ルカパリブ、またはタラゾパリブである。１つの実施形態では、ＰＡＲＰｉはオラパリブである。１つの実施形態では、ＰＡＲＰｉはタラゾパリブである。１つの実施形態では、ＰＡＲＰｉは、ステノパリブまたはパミパリブである。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストとＬＣＬ－１６１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｄｅｂｉｏ－１１４３（キセビナパント）（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍａ／Ａｓｃｅｎｔａ）、ＡＺＤ５５８２、ビリナパント／ＴＬ－３２７１１（ＴｅｔｒａＬｏｇｉｃ）、ＣＵＤＣ－４２７／ＧＤＣ－０９１７／ＲＧ－７４５９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＪＰ１２０１（Ｊｏｙａｎｔ）、Ｔ－３２５６３３６（Ｔａｋｅｄａ）、ＧＤＣ－０１５２（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）またはＨＧＳ－１０２９／ＡＥＧ－４０８２６（ＨＧＳ／Ａｅｇｅｒａ）を含むＩＡＰアンタゴニストとの併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。１つの実施形態では、ＩＡＰアンタゴニストは、例えば、ＬＣＬ－１６１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｄｅｂｉｏ－１１４３（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍａ／Ａｓｃｅｎｔａ）（ｘキセビナパント）、ＡＺＤ５５８２、ビリナパント／ＴＬ－３２７１１（ＴｅｔｒａＬｏｇｉｃ）、ＣＵＤＣ－４２７／ＧＤＣ－０９１７／ＲＧ－７４５９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＪＰ１２０１（Ｊｏｙａｎｔ）、Ｔ－３２５６３３６（Ｔａｋｅｄａ）、ＧＤＣ－０１５２（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＡＳＴＸ６６０（トリナパント）およびＨＧＳ－１０２９／ＡＥＧ－４０８２６（ＨＧＳ／Ａｅｇｅｒａ）、Ｄｅｂｉｏ－４０２８およびＡｓｃｅｎｔａｇｅ ＩＡＰ阻害剤、ＡＰＧ－１３８７から選択される。１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を有すると判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストとＩＡＰアンタゴニストとの併用により治療される。
１つの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、ＭＤＭ２アンタゴニストと白金化合物、例えば、シスプラチン（場合により、アミフォスチンと併用）、カルボプラチンまたはオキサリプラチン；アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタードまたはニトロソ尿素、例えば、シクロホスファミド、クロラムブシル、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ベンダムスチン、チオテパ、メルファラン、トレオスルファン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、アルトレタミン、ブスルファン、ダカルバジン、エストラムスチン、フォテムスチン、イフォスファミド（場合により、メスナと併用）、ピポブロマン、プロカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、ウラシル、メクロレタミン、メチルシクロヘキシルクロロエチルニトロソ尿素、またはニムスチン（ＡＣＮＵ）、および／または放射線療法との併用による治療のための患者を選択するために使用することができる。１つの実施形態では、白金化合物は、例えば、シスプラチン（場合により、アミフォスチンと併用）、カルボプラチン、オキサリプラチン、ジシクロプラチン、ヘプタプラチン、ロバプラチン、ネダプラチン、サトラプラチンまたは四硝酸トリプラチン、特に、シスプラチン、カルボプラチン、およびオキサリプラチンから選択される。１つの実施形態では、アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタードまたはニトロソ尿素は、例えば、シクロホスファミド、クロラムブシル、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、アンバムスチン、ベンダムスチン、チオテパ、メルファラン、トレオスルファン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、ブスルファン、ダカルバジン、エストラムスチン、フォテムスチン、イフォスファミド（場合により、メスナとの併用）、ピポブロマン、プロカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、ウラシル、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メチルシクロヘキシルクロロエチルニトロソ尿素、ニムスチン（ＡＣＮＵ）、プレドニムスチン、メクロレタミン、エトグルシド；ストレプトゾトシン、イロフルベン、ミトラクトール、グルホスファミド、エボホスファミド、エチレンイミンまたはメチルメラミン、例えば、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリメチロロメラミン、トリエチレンホスファミド、トリエチレンチオホスホルアミド、またはトリメミロロメラミン(trimemylolomelamine)から選択される。１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を有すると判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストと放射線療法との併用により治療される。
１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を有すると判定され、ＭＤＭ２アンタゴニストと化学療法および／または放射線療法などのＤＮＡ傷害剤との併用により治療される。
１つの実施形態では、患者の腫瘍は、正常または高レベルのＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を有すると判定され、場合により、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）検査により同定することができるＭＳＩ－Ｈ腫瘍の治療のために、ＭＤＭ２アンタゴニストと免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＣＴＬＡ－４遮断抗体ならびに／またはＰＤ－１およびＰＤ－Ｌ１および／もしくはＰＤ－Ｌ２に対する抗体、例えば、イピリムマブ（ＣＴＬＡ４）、ＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ、旧称ラムブロリズマブ、抗ＰＤ－１）、ニボルマブ（抗ＰＤ－１）、ＢＭＳ－９３６５５９（抗ＰＤ－Ｌ１）、ＭＰＤＬ３２０Ａ、ＡＭＰ－５１４またはＭＥＤＩ４７３６（抗ＰＤ－Ｌ１）、またはトレメリムマブ（旧称チシリムマブ、ＣＰ－６７５，２０６、抗ＣＴＬＡ－４）との併用により治療される。
別の実施形態では、患者において癌を治療する方法が提供され、前記方法は、
（ａ）前記患者から取得した生物学的サンプル内で正常または高レベルのＤＤＲバイオマーカーを有する患者を選択する工程；および
（ｂ）工程（ａ）で選択された前記患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストおよび例えばＤＤＲバイオマーカーのレベルを低下させることによりＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤を投与すること
を含んでなる。
１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのレベルを低下させるための薬剤また治療は、抗癌剤または治療である。１つの実施形態では、ＤＤＲバイオマーカーのレベルを低下させるための薬剤または治療は、組換えインターフェロン（例えば、インターフェロン－γおよびインターフェロンα）およびインターロイキン（例えば、インターロイキン２）、例えば、アルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス、インターフェロンα２ａ、インターフェロンα２ｂ、またはペグインターフェロンα２ｂ、またはＤＮＡ修復阻害剤、例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、またはＩＡＰアンタゴニストまたは白金化合物、例えば、シスプラチン（場合により、アミフォスチンと併用）、カルボプラチンまたはオキサリプラチン；アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタードまたはニトロソ尿素、例えば、シクロホスファミド、クロラムブシル、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ベンダムスチン、チオテパ、メルファラン、トレオスルファン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、アルトレタミン、ブスルファン、ダカルバジン、エストラムスチン、フォテムスチン、イフォスファミド（場合により、メスナと併用）、ピポブロマン、プロカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、ウラシル、メクロレタミン、メチルシクロヘキシルクロロエチルニトロソ尿素、またはニムスチン（ＡＣＮＵ）、および／または放射線療法である。
１つの実施形態では、感受性を誘導するための薬剤または治療は、組換えインターフェロンおよびインターロイキン、ＤＮＡ修復阻害剤、ＩＡＰアンタゴニストまたは白金化合物である。１つの実施形態では、感受性を誘導するための薬剤または治療は、ＩＡＰアンタゴニストである。
１つの実施形態では、アポトーシスを誘発するための薬剤または治療は、ＩＡＰアンタゴニストである。１つの実施形態では、ＩＡＰアンタゴニストは、ＬＣＬ－１６１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｄｅｂｉｏ－１１４３（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍａ／Ａｓｃｅｎｔａ）、ＡＺＤ５５８２、ビリナパント／ＴＬ－３２７１１（ＴｅｔｒａＬｏｇｉｃ）、ＣＵＤＣ－４２７／ＧＤＣ－０９１７／ＲＧ－７４５９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＪＰ１２０１（Ｊｏｙａｎｔ）、Ｔ－３２５６３３６（Ｔａｋｅｄａ）、ＧＤＣ－０１５２（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）またはＨＧＳ－１０２９／ＡＥＧ－４０８２６（ＨＧＳ／Ａｅｇｅｒａ）である。
１つの実施形態では、ＩＡＰアンタゴニストは、ＡＳＴＸ６６０、ＬＣＬ－１６１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｄｅｂｉｏ－１１４３（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍａ／Ａｓｃｅｎｔａ）、ＡＺＤ５５８２、ビリナパント／ＴＬ－３２７１１（ＴｅｔｒａＬｏｇｉｃ）、ＣＵＤＣ－４２７／ＧＤＣ－０９１７／ＲＧ－７４５９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＪＰ１２０１（Ｊｏｙａｎｔ）、Ｔ－３２５６３３６（Ｔａｋｅｄａ）、ＧＤＣ－０１５２（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）またはＨＧＳ－１０２９／ＡＥＧ－４０８２６（ＨＧＳ／Ａｅｇｅｒａ）、Ｄｅｂｉｏ－４０２８およびＡｓｃｅｎｔａｇｅ ＩＡＰ阻害剤、ＡＰＧ－１３８７である。１つの実施形態では、ＩＡＰアンタゴニストは、ＡＳＴＸ６６０（トリナパント）である。１つの実施形態では、本発明は、ＭＤＭ２アンタゴニスト、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸とＡＳＴＸ６６０の組合せに関する。
１つの側面において、本発明は、
（ｉ）（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（「イソインドリン－１－オン化合物」）またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩；および
（ｉｉ）１－｛６－［（４－フルオロフェニル）メチル］－５－（ヒドロキシメチル）－３，３－ジメチル－１Ｈ，２Ｈ，３Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン－１－イル｝－２－［（２Ｒ，５Ｒ）－５－メチル－２－｛［（３Ｒ）－３－メチルモルホリン－４－イル］メチル｝ピペラジン－１－イル］エタン－１－オン（「ＡＳＴＸ６６０」）またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩
の組合せを提供する。
特に、本発明のこの側面は、以下のものを提供する。
本明細書に開示されるような組合せ（例えば、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩とＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩の組合せ）および場合により、１つ以上（例えば、１または２つ）の他の治療薬（例えば、抗癌剤）を含んでなる組合せ。
イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる本明細書に開示されるような組合せ、ここで、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩は、物理的に会合されている。
本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ、ここで、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩は、（ａ）混合されているか；（ｂ）化学的／物理化学的に連結されているか；（ｃ）化学的／物理化学的に共包装されているか；または（ｄ）共包装もしくは共提供されているが混合されていない。
本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ、ここで、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩は、物理的に会合されていない。
本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩とび付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ、ここで、この組合せは、（ａ）２つ以上の化合物のうち少なくとも１つを、２つ以上の化合物の物理的会合を形成するための少なくとも１つの化合物の即時調合会合に関する説明書とともに；または（ｂ）２つ以上の化合物のうち少なくとも１つを、２つ以上の化合物との併用療法に関する説明書とともに；または（ｃ）２つ以上の化合物のうち少なくとも１つを、２つ以上の化合物の他のものが投与された（またはされる）患者集団へ投与することに関する説明書とともに；または（ｄ）２つ以上の化合物の他のものとの併用に特に適合した量または形態の、２つ以上の化合物のうち少なくとも１つを含んでなる。
医薬キットまたは患者用パックの形態の、本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ。
本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せを含んでなる医薬組成物。
療法において使用するための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ、あるいは本明細書に開示されるような組合せを含んでなる医薬組成物。
本明細書に記載されるような病状または病態の予防または治療において使用するための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ、あるいは本明細書に開示されるような組合せを含んでなる医薬組成物。
本明細書に記載されるような病状または病態の予防または治療において使用するための薬剤の製造のための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは本明細書に開示されるような組合せを含んでなる医薬組成物の使用。
本明細書に記載されるような疾患または病態の予防または治療のための方法であって、患者にイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは本明細書に開示されるような組合せを含んでなる医薬組成物を投与することを含んでなる方法。
本明細書に記載されるような疾患または病態の予防または治療のための方法であって、必要とする患者に、（ｉ）付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、および（ｉｉ）本明細書に定義されるようなイソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物を投与することを含んでなる方法。
本明細書に開示されるような使用のため、特に、本明細書に開示されるような予防または治療のための方法において使用するためのイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは組合せを含んでなる医薬組成物、ここで、病状または病態にはＭＤＭ２－ｐ５３が介在する。
本明細書に開示されるような使用、または患者が本明細書に記載のバイオマーカーに従って選択される、本明細書に開示されるような組合せを使用する予防もしくは治療方法のための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは組合せを含んでなる医薬組成物。
本明細書に開示されるような使用、または患者が、ＤＤＲが正常もしくは高い腫瘍を有するとして選択される、本明細書に開示されるような組合せを使用する予防もしくは治療方法のための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは組合せを含んでなる医薬組成物。
本明細書に開示されるような使用、または病状もしくは病態方法が癌である、本明細書に開示されるような組合せを使用する予防もしくは治療方法のための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは組合せを含んでなる医薬組成物。
本明細書に開示されるような使用、または病状もしくは病態が癌であり、急性骨髄性白血病である、本明細書に開示されるような組合せを使用する予防もしくは治療方法のための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せあるいは組合せを含んでなる医薬組成物。
急性骨髄性白血病の予防または治療のための、本明細書に開示されるような使用のための、本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ。
本明細書に記載されるような病状または病態の予防または治療において使用するための、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、ここで、イソインドリン－１－オン化合物は、付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物と併用される。
本明細書に記載されるような癌の予防または治療において使用するための、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩または溶媒和物、ここで、イソインドリン－１－オン化合物は、付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物と併用される。
本明細書に記載されるような病状または病態の予防または治療において使用するための、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、ここで、治療薬は、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物と併用される。
付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩、および場合により１以上の他の治療薬との併用療法において、必要とする患者の癌を予防、治療または管理する上で使用するための、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物。
患者が別の治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物で処置される、癌の治療のための薬剤の製造のための、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物の使用。
患者が本明細書に開示されるようなイソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物で処置される、癌の治療のための薬剤の製造のための、治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物の使用。
患者が別の治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物で処置される、癌に罹患している患者の応答率を向上または増強する上で使用するための薬剤の製造のための、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物の使用。
哺乳動物が別の治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物で処置を受ける、哺乳動物において異常な細胞増殖を含んでなるまたは異常な細胞増殖に起因する疾患または病態を治療する上で使用するための、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物。
哺乳動物において異常な細胞増殖を含んでなるまたは異常な細胞増殖に起因する疾患または病態の罹患率を緩和または低減する上で使用するための、イソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、ここで、哺乳動物は、別の治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物による処置を受けている。
腫瘍細胞の増殖を阻害するための医薬組成物の製造における、本明細書に開示されるような組合せ（例えば、イソインドリン－１－オン化合物またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩と付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩を含んでなる組合せ）の使用。
癌の治療において同時、個別または逐次使用するための併用製剤としての、第１の有効成分としてのイソインドリン－１－オン化合物、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物と、さらなる有効成分としての付加的治療薬、例えば、ＡＳＴＸ６６０、またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物を含有する製品。
１つの実施形態では、併用される付加的治療薬は、１以上のＤＤＲ経路遺伝子産物のレベルを低下させるための薬剤または治療である。１つの実施形態では、１以上のＤＤＲ経路遺伝子産物のレベルを低下させるための薬剤または治療は、組換えインターフェロン（例えば、インターフェロン－γおよびインターフェロンα）およびインターロイキン（例えば、インターロイキン２）、例えば、アルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス、インターフェロンα２ａ、インターフェロンα２ｂ、またはペグインターフェロンα２ｂ、またはＤＮＡ修復阻害剤，例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、またはＩＡＰアンタゴニストまたは白金化合物、例えば、シスプラチン（場合により、アミフォスチンとの併用）、カルボプラチンまたはオキサリプラチン；アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタードまたはニトロソ尿素、例えば、シクロホスファミド、クロラムブシル、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ベンダムスチン、チオテパ、メルファラン、トレオスルファン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、アルトレタミン、ブスルファン、ダカルバジン、エストラムスチン、フォテムスチン、イフォスファミド（場合により、メスナとの併用）、ピポブロマン、プロカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、ウラシル、メクロレタミン、メチルシクロヘキシルクロロエチルニトロソ尿素、またはニムスチン（ＡＣＮＵ）、および／または 放射線療法である。
１つの実施形態では、１以上のＤＤＲ経路遺伝子産物のレベルを低下させるための薬剤は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭおよび／またはＡＴＲＸの阻害剤である。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ＡＴＭ阻害剤、例えば、ＡＺＤ－１３９０、Ｍ－４０７６（Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ製）またはＩＭＰ－０８（ＩＭＰＡＣＴ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ製）から選択されるＡＴＭ阻害剤と併用される。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、ＡＴＲＸ調節薬と併用される。
１つの実施形態では、ＭＤＭ２アンタゴニストは、イマチニブ、ニロチニブ、ダサチニブ、フルマチニブ、アスシミニブ、ボスチニブ、ポナチニブ、またはラドチニブと併用される。
１－｛６－［（４－フルオロフェニル）メチル］－５－（ヒドロキシメチル）－３，３－ジメチル－１Ｈ，２Ｈ，３Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン－１－イル｝－２－［（２Ｒ，５Ｒ）－５－メチル－２－｛［（３Ｒ）－３－メチルモルホリン－４－イル］メチル｝ピペラジン－１－イル］エタン－１－オン（ＡＳＴＸ６６０）および乳酸塩を含むその薬学上許容可能な塩を調製、単離および精製するための特定の方法は、２０１５年６月２５日にＷＯ２０１５／０９２４２０として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１４／０５３７７８の実施例２に見出すことができる。１つの実施形態では、これは１－｛６－［（４－フルオロフェニル）メチル］－５－（ヒドロキシメチル）－３，３－ジメチル－１Ｈ，２Ｈ，３Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン－１－イル｝－２－［（２Ｒ，５Ｒ）－５－メチル－２－｛［（３Ｒ）－３－メチルモルホリン－４－イル］メチル｝ピペラジン－１－イル］エタン－１－オンの乳酸塩である。
本発明の組合せに存在する各化合物は、個々に異なる用量スケジュールで、異なる経路で投与することができる。従って、２つ以上の薬剤のそれぞれのポソロジーは異なっていてもよく、それぞれは同時に投与されてもよいし、異なる時間に投与されてもよい。当業者には、共通の一般知識を通じて、使用すべき投与レジメンおよび併用療法が分かるであろう。例えば、式（Ｉｏ）の化合物は、既存の併用レジメンに従って投与される１以上の他の薬剤と併用することができる。標準的な併用レジメンの例を以下に示す。
タキサン化合物は有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり５０～４００ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、例えば、５～２５０ｍｇ／ｍ２の用量、特にパクリタキセルでは、約１７５～２５０ｍｇ／ｍ２、ドセタキセルでは約７５～１５０ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
カンプトテシン化合物は有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり０．１～４００ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、例えば、１～３００ｍｇ／ｍ２の用量、特にイリノテカンでは約１００～３５０ｍｇ／ｍ２、トポテカンでは約１～２ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
抗腫瘍ポドフィロトキシン誘導体は有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり３０～３００ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、例えば、５０～２５０ｍｇ／ｍ２の用量、特にエトポシドでは約３５～１００ｍｇ／ｍ２、テニポシドでは約５０～２５０ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
抗腫瘍ビンカアルカロイドは有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり２～３０ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）の用量、、特にビンブラスチンでは約３～１２ｍｇ／ｍ２の用量、ビンクリスチンでは約１～２ｍｇ／ｍ２の用量、ビノレルビンでは約１０～３０ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
抗腫瘍ヌクレオシド誘導体は有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり２００～２５００ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、例えば、７００～１５００ｍｇ／ｍ２の用量、特に、５－ＦＵでは２００～５００ｍｇ／ｍ２の用量、ゲムシタビンでは約８００～１２００ｍｇ／ｍ２の用量、カペシタビンでは約１０００～２５００ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
ナイトロジェンマスタードまたはニトロソ尿素などのアルキル化剤は有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり１００～５００ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、例えば、１２０～２００ｍｇ／ｍ２の用量、特に、シクロホスファミドでは約１００～５００ｍｇ／ｍ２の用量、クロラムブシルでは約０．１～０．２ｍｇ／ｋｇの用量、カルムスチンでは約１５０～２００ｍｇ／ｍ２の用量、ロムスチンでは約１００～１５０ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
抗腫瘍アントラサイクリン誘導体は有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり１０～７５ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、例えば、１５～６０ｍｇ／ｍ２の用量、特に、ドキソルビシンでは約４０～７５ｍｇ／ｍ２の用量、ダウノルビシンでは約２５～４５ｍｇ／ｍ２の用量、イダルビシンでは約１０～１５ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
抗エストロゲン作用薬は有利には、特定の薬剤および治療される病態に応じて１日約１～１００ｍｇの用量で投与される。タモキシフェンは有利には、１日２回５～５０ｍｇ、一般に１０～２０ｍｇの用量で経口投与され、治療効果を達成および維持するのに十分な時間療法を継続する。トレミフェンは有利には、１日１回約６０ｍｇの用量で経口投与され、治療効果を達成および維持するのに十分な時間療法を継続する。アナストロゾールは有利には、１日１回約１ｍｇの用量で経口投与される。ドロロキシフェンは有利には、１日１回約２０～１００ｍｇの用量で経口投与される。ラロキシフェンは有利には、１日１回約６０ｍｇの用量で経口投与される。エキセメスタンは有利には、１日１回約２５ｍｇの用量で経口投与される。
抗体は有利には、体表面積１平方メートル当たり約１～５ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）の用量で、または異なる場合には、当技術分野で公知の通りに投与される。トラスツズマブは有利には、治療１コースにつき、体表面積１平方メートル当たり１～５ｍｇ（ｍｇ／ｍ２）、特に、２～４ｍｇ／ｍ２の用量で投与される。
式（Ｉｏ）の化合物が１つ、２つ、３つ、４つまたはそれを超える他の治療薬（一般に、１つまたは２つ、より一般には１つ）との併用療法で投与される場合、これらの化合物は、同時または逐次に投与することができる。後者の場合、２つ以上の化合物は、有利な作用または相乗作用が確実に達成させるように十分な期間、量および様式で投与される。逐次投与される場合、それらは密接な間隔（例えば５～１０分間）で、またはより長い間隔（例えば１、２、３、４時間またはそれを超える間隔、または必要な場合にはさらに長い間隔）で投与することができ、正確な投与レジメンは治療薬の特性に見合ったものである。これらの用量は、例えば、７日、１４日、２１日または２８日ごとに繰り返すことができる治療コースにつき、例えば１回、２回またはそれを超える回数で投与することができる。
組合せの各成分の典型的な投与方法および投与順序ならびにそれぞれの投与量および投与レジメンは、投与される本発明の特定の他の薬効成分および化合物、それらの投与経路、治療される特定の腫瘍および治療される特定の宿主によって異なることが理解されるであろう。最適な投与方法および投与順序ならびに投与量および投与レジメンは、当業者であれば、従来の方法を用いて、本明細書に示される情報を考慮して容易に決定することができる。
組合せとして投与する場合の、本発明の化合物と１以上の他の抗癌剤との重量比は、当業者であれば決定可能である。前記の比および正確な用量および投与頻度は、当業者に周知のように、本発明の特定の化合物、および使用する他の抗癌剤、治療される特定の病態、治療される病態の重症度、特定の患者の年齢、体重、性別、食事、投与時間および健康状態、投与様式ならびにその個人が服用している可能性のある他の投薬によって異なる。さらに、有効な１日量は、治療する対象の応答によって、および／または本発明の化合物を処方する医師の評価によって増減可能であることが明らかである。本ＭＤＭ２アンタゴニストと別の抗癌剤の特定の重量比は、１／１０～１０／１、より詳しくは１／５～５／１、いっそうより詳しくは１／３～３／１の範囲であり得る。
本発明の化合物はまた、放射線療法、光線力学療法、遺伝子療法などの非化学療法処置；手術および食事制限とともに投与してもよい。放射線療法は、根治的、緩和的、術後補助、術前補助、または予防目的であり得る。
本発明における使用のための化合物は、腫瘍細胞を放射線療法および化学療法に増感させる治療用途も有する。従って、本発明の化合物は、「放射線増感剤」および／もしくは「化学療法増感剤」として使用することもできるし、または別の「放射線増感剤」および／または「化学療法増感剤」と組み合わせて投与することができる。１つの実施形態では、式（Ｉｏ）の化合物は、化学増感剤として使用するためのものである。
用語「放射線増感剤」は、電離放射線に対する細胞の感受性を高めるため、および／または電離放射線で治療可能な疾患の治療を促進するために、治療上有効な量で患者に投与する分子として定義される。
用語「化学療法増感剤」は、化学療法に対する細胞の感受性を高めるため、および／または化学療法薬で治療可能な疾患の治療を促進するために、治療上有効な量で患者に投与する分子として定義される。
多くの癌治療プロトコールは、現在、Ｘ線とともに放射線増感剤を使用する。Ｘ線活性化放射線増感剤の例としては、限定するものではないが、以下：メトロニダゾール、ミソニダゾール、デスメチルミソニダゾール、ピモニダゾール、エタニダゾール、ニモラゾール、マイトマイシンＣ、ＲＳＵ １０６９、ＳＲ ４２３３、ＥＯ９、ＲＢ ６１４５、 ニコチンアミド、５－ブロモデオキシウリジン（ＢＵｄＲ）、５－ヨードデオキシウリジン（ＩＵｄＲ）、ブロモデオキシシチジン、フルオロデオキシウリジン（ＦｕｄＲ）、ヒドロキシ尿素、シスプラチン、ならびにそれらの治療上有効な類似体および誘導体が挙げられる。
癌の光線力学療法（ＰＤＴ）は、増感剤の放射線活性化剤として可視光を用いる。光線力学的放射線増感剤の例としては、限定するものではないが、以下：ヘマトポルフィリン誘導体、フォトフリン、ベンゾポルフィリン誘導体、スズエチオポルフィリン、フェオボルビド－ａ、バクテリオクロロフィル－ａ、ナフタロシアニン、フタロシアニン、亜鉛フタロシアニン、およびこれらの治療上有効な類似体および誘導体が挙げられる。
放射線増感剤は、限定するものではないが、標的細胞への放射線増感剤の取り込みを促進する化合物；標的細胞への治療薬、栄養素、および／もしくは酸素の流入を制御する化合物；付加的な放射線を伴ってもしくは伴わずに腫瘍に作用する化学療法薬；または癌もしくは他の疾患を治療するための他の治療上有効な化合物を含む、治療上有効な量の１以上の他の化合物とともに投与することができる。
化学増感剤は、限定するものではないが、標的細胞への化学増感剤の取り込みを促進する化合物；標的細胞への治療薬、栄養素、および／または酸素の流入を制御する化合物；腫瘍に作用する化学療法薬、または癌もしくは他の疾患を治療するための他の治療上有効な化合物を含む、治療上有効な量の１以上の他の化合物とともに投与することができる。カルシウム拮抗剤、例えばベラパミルは、抗悪性腫瘍剤と併用することにより、受け入れられている化学療法薬に耐性のある腫瘍細胞における化学感受性を確立し、薬剤感受性の悪性腫瘍におけるそのような化合物の有効性を増強するのに有用であることが判明している。
別の化学療法薬との併用療法に使用するために、式（Ｉｏ）の化合物および１、２、３、４またはそれ超える他の治療剤を、例えば、２、３、４またはそれを超える治療薬を含有する剤形、すなわち全成分を含有する単位医薬組成物中に一緒に製剤化することができる。別の方法として、個々の治療薬を別々に製剤化し、キットの形態で一緒に、場合によりそれらの使用説明書とともに提供してもよい。
１つの実施形態では、医薬組成物は、式（Ｉｏ）の化合物を薬学上許容可能な担体および場合により１以上の治療薬とともに含んでなる。
別の実施形態では、本発明は、腫瘍細胞の増殖を阻害するための医薬組成物の製造における、本発明による組合せの使用に関する。
さらなる実施形態では、本発明は、癌に罹患している患者の治療における同時、個別、または逐次使用のための併用製剤としての式（Ｉｏ）の化合物および１以上の抗癌剤を含有する製品に関する。
符番実施形態
本発明は、少なくとも以下の符番実施形態を含む。
１．癌を治療する方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌は１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物が枯渇している、または前記癌は少なくとも１つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有する、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
２．前記ＤＤＲ経路が、
ａ．相同組換え修復（ＨＲＲ）経路；
ｂ．非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路；
ｃ．ミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路；
ｄ．ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路；および／または
ｅ．塩基除去修復（ＢＥＲ）経路
である、実施形態１に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
３．前記１以上の遺伝子または遺伝子産物がＨＲＲ経路遺伝子またはＡＴＭ以外の遺伝子産物を含んでなる、もしくはからなる；または
前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物がＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／もしくはＡＴＭを含んでなる、もしくはからなる、
実施形態１または実施形態２に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
４．前記１以上の遺伝子または遺伝子産物がＡＴＲＸを含んでなる、またはからなる、実施形態１～３のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
５．前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物がＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＭＬＨ３、ＰＭＳ２、ＰＯＬＥおよび／もしくはＰＯＬＤ１を含んでなる、もしくはからなる；あるいは
前記癌がＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６もしくはＳＢＳ２６、および／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる、
実施形態１～４のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
６．前記１以上の遺伝子または遺伝子産物がＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＩ、ＦＡＮＣＪ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＮ、ＦＡＮＣＯ、ＦＡＮＣＰ、ＦＡＮＣＱ、ＦＡＮＣＲ、ＦＡＮＣＳ、ＦＡＮＣＴ、ＦＡＮＣＵ、ＦＡＮＣＶおよび／またはＦＡＮＣＷを含んでなる、またはからなる、実施形態１～５のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
７．ＤＤＲ遺伝子における枯渇または突然変異が癌のマイクロサテライト不安定性状態および／または遺伝子変異量を評価することにより検出され、場合により前記癌はＭＳＩ－ｈｉｇｈである、実施形態１から６のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
８．患者組織のサンプルが治療前に癌発現プロファイルを決定するために検査される、実施形態１～７のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
９．前記サンプルが癌ＤＮＡ、ｃｔＤＮＡ、または癌細胞を含んでなる、実施形態８に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１０．前記検査がタンパク質、ｍＲＮＡおよび／またはｃｔＤＮＡを検出するためのアッセイを含んでなる、実施形態８または実施形態９に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１１．（ｉ）タンパク質がイムノアッセイ、タンパク質結合アッセイ、抗体ベースアッセイ、抗原結合タンパク質ベースアッセイ、タンパク質ベースアレイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、フローサイトメトリー、タンパク質アレイ、ブロット、ウエスタンブロット、ネフェロメトリー、タービディメトリー、クロマトグラフィー、質量分析、酵素活性、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫化学発光、免疫電気化学発光、免疫電気泳動、競合イムノアッセイ、もしくは免疫沈降を用いて検出され；かつ／または（ｉｉ）ｍＲＮＡがＲＴ－ＰＣＲもしくは定量的遺伝子発現アッセイを用いて検出される、実施形態１０に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１２．前記患者が決定された発現プロファイルに基づき治療のために選択される、実施形態８～１１のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１３．前記癌が、
非小細胞肺癌、中皮腫、膠芽腫もしくは腎臓明細胞癌；または
子宮癌、子宮内膜癌、膀胱癌、胃癌、直腸結腸癌、前立腺癌、もしくはＤＬＢＣＬ；または
脳、明細胞腎細胞癌（ｃｃＲＣＣ）、食道癌もしくは黒色腫
である、実施形態１～１２のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１４．前記癌がＰ５３野生型である、実施形態１～１３のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１５．前記癌細胞が治療工程の後にアポトーシスを受ける、実施形態１～１４のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１６．少なくともある割合の癌細胞においてＭＤＭ２アンタゴニストにより、活性化されたカスパーゼ－３が誘導される、実施形態１～１５のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１７．少なくとも４０％の癌細胞または少なくとも６０％の癌細胞においてＭＤＭ２アンタゴニストにより、活性化されたカスパーゼ－３が誘導される、実施形態１６に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１８．前記癌が、
対照に比べて、ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＡＰ１およびＳＫＰ２のうち１つ、２つまたは３つの発現の低下；ならびに／または
対照に比べて、インターフェロンシグネチャー遺伝子のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つもしくはそれを超えるものの発現の上昇
を示す、実施形態１～１７のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
１９．前記インターフェロンシグネチャー遺伝子がＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１およびＦＬＩ１であり；または
前記癌がＣＸＣＬ１０もしくはＣＸＣＬ１１の発現の上昇を示す、
実施形態１８に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
２０．前記癌がＩＲＦ７、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、ＩＲＦ９およびＦＬＩ１のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの発現の上昇を示す、実施形態１～１９のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
２１．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、実施形態１～２０のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
２２．前記ＭＤＭ２アンタゴニストがイダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＭＩ－７７３（ＳＡＲ４０５８３８）、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される、実施形態１～２１のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
２３．癌がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に感受性があるかどうかを評価するための１または複数のバイオマーカーとしての、ヒト患者の癌細胞サンプル中の１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のうち１以上の発現または活性レベルの使用であって、例えば、前記ＭＤＭ２アンタゴニストは、本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、使用。
２４．ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の応答性を予後判定または評価するための方法であって、癌患者由来サンプルにおいて、１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性レベルを評価すること、および検査された発現または活性レベルが、前記癌をＭＤＭ２アンタゴニストで治療すべきことを示すかどうかを判定することを含んでなる、方法。
２５．前記評価工程が前記発現または活性レベルを、（ｉ）ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する応答性もしくは非応答性に関連する発現もしくは活性レベル、または（ｉｉ）同じタイプの健康な非癌細胞の発現もしくは活性レベルと比較することを含んでなる、実施形態２４に記載の方法。
２６．前記患者がバイオマーカープロファイルに基づく群に分類され、場合により、前記群は、
（ｉ）応答者および非応答者；または
（ｉｉ）強い応答者
を含んでなる、またはからなる、実施形態２４または実施形態２５に記載の方法。
２７．１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０のまたはそれを超えるＤＤＲ経路遺伝子が、治療に適切でないと識別される患者よりも低レベルで発現される場合に、患者が治療に特に適切であると識別される、実施形態２４～２６のいずれか一項に記載の方法。
２８．（ｉ）ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する非応答性に関連する発現レベル、または（ｉｉ）同じタイプの健康な非癌細胞の発現レベルに比べて、１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現の低下が検出された場合に、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に関して患者が特定される、実施形態２４～２７のいずれか一項に記載の方法。
２９．前記ヒト患者由来の癌細胞サンプルにおいて前記バイオマーカーの発現または活性レベルを検出する工程を含んでなる、実施形態２４～２８のいずれか一項に記載の方法。
３０．前記検出がｉｎ ｖｉｔｒｏ検出アッセイを用いて実施される、実施形態２９に記載の方法。
３１．ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の感受性を判定する方法であって、前記患者由来の癌細胞サンプルにおいて、１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性を検出すること、ならびに前記患者の癌がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に応答する可能性があるかどうかを、前記サンプルにおけるバイオマーカーの発現または活性レベルに基づいて評価することを含んでなる、方法。
３２．癌に罹患しているヒト患者において１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性レベルを検出する方法。
３３．（ａ）ヒト患者から癌細胞サンプルを取得する工程；および
（ｂ）前記サンプルを、前記１または複数のバイオマーカーの発現を検出するための１以上の試薬と接触させることにより、前記１または複数のバイオマーカーが、サンプリングされた癌細胞において発現しているかどうかを検出する工程
を含んでなる、実施形態３２に記載の方法。
３４．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、実施形態２４～３３のいずれか一項に記載の方法。
３５．前記ＭＤＭ２アンタゴニストがイダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２、ＡＬＲＮ－６９２４、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩
からなる群から選択される、実施形態２４～３３のいずれか一項に記載の方法。
３６．ＭＤＭ２アンタゴニストを投与することにより、前記患者における癌を治療する工程をさらに含んでなる、実施形態２４～３５のいずれか一項に記載の方法。
３７．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩または溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩または溶媒和物である、実施形態３６に記載の方法。
３８．前記ＭＤＭ２アンタゴニストがイダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２、ＡＬＲＮ－６９２４、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される、実施形態３６に記載の方法。
３９．前記治療が方法の結果に基づいて患者に提供される、実施形態３６～３８のいずれか一項に記載の方法。
４０．ヒト患者由来サンプルにおいてＭＤＭ２阻害に対する感受性に関する少なくとも１つのバイオマーカーの発現または活性レベルを検出するためのキットまたは装置であって、１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を検出するための検出試薬を含んでなる、キットまたは装置。
４１．ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の適合性を判定するためのシステムであって、対象由来サンプルにおけるバイオマーカーの発現または活性レベルを示すバイオマーカーのパネルに関連するデータを含んでなる患者由来サンプルに関連するデータを保存するためのストレージメモリ、前記バイオマーカーパネルは１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を含んでなる；ならびに
患者を分類するためにストレージメモリに通信可能に接続されたプロセッサ
を含んでなる、システム。
４２．前記癌が１以上のＤＤＲ経路遺伝子、遺伝子産物または活性の喪失を示す、実施形態１～４１のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト、使用、方法、キットまたはシステム。
４３．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが第２の治療薬との併用療法の一部である、実施形態１～３９または４２のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト、使用、または方法。
４４．癌を治療する方法において、例えば、ＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させるために、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤と併用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のレベルが正常であるかもしくは高く、または前記癌はいずれのＤＤＲ経路遺伝子にも検出可能な機能欠失型突然変異を持たない、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
４５．患者において癌を治療する方法であって、
（ａ）前記患者から取得した生物学的サンプル内のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のレベルが正常であるかまたは高い患者を選択する工程；ならびに
（ｂ）工程（ａ）で選択された前記患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニスト、および例えば、ＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させることによりＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤を投与する工程
を含んでなる、方法。
４６．前記ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤がＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤である、実施形態４４に記載のＭＤＭ２アンタゴニストまたは実施形態４５に記載の方法。
４７．患者における、実施形態１～７のいずれか一項に定義されるような癌の治療における使用のための、ＭＤＭ２阻害剤を含んでなり、前記ＭＤＭ２阻害剤が式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である医薬組成物。
４８．（ｉ）患者由来サンプルが１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物を欠損している、または前記癌がＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有することを判定すること；
（ｉｉ）有効量のＭＤＭ２アンタゴニストを前記患者に投与すること
を含んでなる、癌患者の治療方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
４９．癌を治療する方法において、抗癌剤、例えば、ＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤と併用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のレベルが低い、または前記癌はいずれかのＤＤＲ経路遺伝子に検出可能な機能欠失型突然変異を有する、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
５０．患者において癌を治療する方法であって、
（ａ）前記患者から取得した生物学的サンプル内のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のレベルが低い患者を選択する工程；ならびに
（ｂ）工程（ａ）で選択された前記患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニストおよび抗癌剤、例えば、ＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤を投与する工程
を含んでなる、方法。
５１．対象において癌を治療する方法であって、ＭＤＭ２アンタゴニストを対象に投与することを含んでなり、前記癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物が枯渇しており、前記癌は、少なくとも１つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、場合により、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物は、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含んでなる，方法。
５２．前記ＤＤＲ経路が
ａ．相同組換え修復（ＨＲＲ）経路；
ｂ．非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路；
ｃ．ミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路；
ｄ．ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路；および／または
ｅ．塩基除去修復（ＢＥＲ）経路
である、実施形態５１に記載の方法。
５３．前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のうち１以上がＨＲＲ経路遺伝子およびＡＴＭ以外の遺伝子産物から選択され；または
前記１以上の遺伝子または遺伝子産物のうち１以上がＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭから選択されるか、またはＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２、およびＡＴＭから選択される、
実施形態５１または実施形態５２に記載の方法。
５４．前記１以上の遺伝子または遺伝子産物のうち１以上がＡＴＲＸを含んでなる、実施形態５１～５３のいずれか一項に記載の方法。
５５．前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のうち１以上がＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＭＬＨ３、ＰＭＳ２、ＰＯＬＥおよびＰＯＬＤ１から選択され；または
前記癌はＤＮＡミスマッチ修復の欠損に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６またはＳＢＳ２６、およびＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０のうち１以上を含んでなる、
実施形態５１～５４のいずれか一項に記載の方法。
５６．前記１以上の遺伝子または遺伝子産物のうち１以上がＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＩ、ＦＡＮＣＪ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＮ、ＦＡＮＣＯ、ＦＡＮＣＰ、ＦＡＮＣＱ、ＦＡＮＣＲ、ＦＡＮＣＳ、ＦＡＮＣＴ、ＦＡＮＣＵ、ＦＡＮＣＶおよびＦＡＮＣＷから選択される、実施形態５１～５５のいずれか一項に記載の方法。
５７．癌のマイクロサテライト不安定性状態および癌の腫瘍遺伝子変異量のうち１以上を評価すること、または評価されていることをさらに含んでなり、ＤＤＲ経路遺伝子の枯渇または突然変異がマイクロサテライト不安定性状態および腫瘍遺伝子変異量のうち１以上により決定される、実施形態５１～５６のいずれか一項に記載の方法。
５８．前記癌がＭＳＩ－ｈｉｇｈである、実施形態５７に記載の方法。
５９．患者組織のサンプルを投与前に癌発現プロファイルを決定するために検査すること、または検査されていることをさらに含んでなる、実施形態５１～５８のいずれか一項に記載の方法。
６０．前記サンプルが癌ＤＮＡ、ｃｔＤＮＡ、または癌細胞を含んでなる、実施形態５９に記載の方法。
６１．前記検査がタンパク質、ｍＲＮＡおよびｃｔＤＮＡのうち１以上を検出するためのアッセイを含んでなる、実施形態５９または実施形態６０に記載の方法。
６２．（ｉ）タンパク質がイムノアッセイ、タンパク質結合アッセイ、抗体ベースアッセイ、抗原結合タンパク質ベースアッセイ、タンパク質ベースアレイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、フローサイトメトリー、タンパク質アレイ、ブロット、ウエスタンブロット、ネフェロメトリー、タービディメトリー、クロマトグラフィー、質量分析、酵素活性、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫化学発光、免疫電気化学発光、免疫電気泳動、競合イムノアッセイ、または免疫沈降を用いて検出される；および（ｉｉ）ｍＲＮＡがＲＴ－ＰＣＲまたは定量的遺伝子発現アッセイを用いて検出される、の一方または両方；および／または（ｉｉｉ）ＤＮＡまたはＲＮＡが次世代シークエンシングにより検出され；および／または（ｉｖ）タンパク質が免疫組織化学により検出される、実施形態６１に記載の方法。
６３．前記患者が、決定された癌発現プロファイルに基づく治療のために選択される、実施形態５９～６２のいずれか一項に記載の方法。
６４．前記癌が、
非小細胞肺癌、中皮腫、膠芽腫もしくは腎臓明細胞癌；または
子宮癌、子宮内膜癌、膀胱癌、胃癌、直腸結腸癌、前立腺癌、もしくはＤＬＢＣＬ；または
脳、明細胞腎細胞癌（ｃｃＲＣＣ）、食道癌もしくは黒色腫、または
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、頭部、頸部、皮膚、消化器系もしくは生殖道の扁平上皮癌もしくは腫瘍；または
前立腺癌、卵巣癌、乳癌もしくは婦人科癌；または
直腸結腸癌、胃癌もしくは婦人科癌
である、実施形態１～６３のいずれか一項に記載の方法。
６５．前記癌がＰ５３野生型である、実施形態１～６４のいずれか一項に記載の方法。
６６．癌細胞が投与後にアポトーシスを受ける、実施形態１～６５のいずれか一項に記載の方法。
６７．少なくともある割合の癌細胞においてＭＤＭ２アンタゴニストにより、活性化されたカスパーゼ－３が誘導される、実施形態１～６６のいずれか一項に記載の方法。
６８．少なくとも４０％の癌細胞または少なくとも６０％の癌細胞においてＭＤＭ２アンタゴニストにより、活性化されたカスパーゼ－３が誘導される、実施形態６７に記載の方法。
６９．前記癌が、
対照に比べて、ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＡＰ１およびＳＫＰ２のうち１つ、２つまたは３つの発現の低下；および
対照に比べて、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるインターフェロンシグネチャー遺伝子の発現の上昇
のうち１以上を示す、実施形態１～６８のいずれか一項に記載の方法。
７０．１以上のインターフェロンシグネチャー遺伝子がＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１およびＦＬＩ１から選択され；または
前記癌はＣＸＣＬ１０またはＣＸＣＬ１１の発現の上昇を示す、
実施形態６９に記載の方法。
７１．前記癌がＩＲＦ７、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、ＩＲＦ９およびＦＬＩ１のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの発現の上昇を示す、実施形態１～７０のいずれか一項に記載の方法。
７２．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、実施形態１～７１のいずれか一項に記載の方法。
７３．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、実施形態１～７２のいずれか一項に記載の方法。
７４．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが化合物１、イダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＭＩ－７７３（ＳＡＲ４０５８３８）、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４、
ならびに上記のいずれかの互変異性体、溶媒和物、および薬学上許容可能な塩のうち１以上から選択される、実施形態１～７３のいずれか一項に記載の方法。
７５．患者においてＭＤＭ２アンタゴニスト感受性癌を治療するための方法であって、前記患者由来癌細胞サンプルにおける１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性のレベルを検出すること、または検出されていること、および癌細胞患者由来のサンプルにおける１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性のレベルが、非癌細胞サンプルまたは、ＭＤＭ２アンタゴニスト治療に感受性のない癌を有する第２の患者由来の細胞サンプルにおける１以上のＤＤＲ経路遺伝子のうち１以上の、それぞれ発現または活性のレベルよりも低い場合に、ＭＤＭ２アンタゴニストを患者に投与することを含んでなり、場合により、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子は、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含んでなる、方法。
７６．癌細胞患者由来のサンプルにおける１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性のレベルに基づく群に患者を分類することをさらに含んでなる、実施形態７５に記載の方法。
７７．前記群が
（ｉ）応答者および非応答者；ならびに
（ｉｉ）強い応答者
から選択される、実施形態７６に記載の方法。
７８．１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０またはそれを超えるＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性のレベルが、非癌細胞サンプルまたはＭＤＭ２アンタゴニスト医療に感受性のない癌を有する患者由来の細胞サンプルにおける、それぞれ発現または活性のレベルよりも低い場合に、ＭＤＭ２アンタゴニストを患者に投与することを含んでなる、実施形態７５～７７のいずれか一項に記載の方法。
７９．前記検出がｉｎ ｖｉｔｒｏ検出アッセイを用いて実施される、実施形態７５～７８のいずれか一項に記載の方法。
８０．ＭＤＭ２アンタゴニストが本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、実施形態７５～７９のいずれか一項に記載の方法。
８１．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、実施形態７５～８０のいずれか一項に記載の方法。
８２．前記ＭＤＭ２アンタゴニストが化合物１、イダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２、ＡＬＲＮ－６９２４、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
、またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩から選択される、実施形態７５～８１のいずれか一項に記載の方法。
８３．患者において癌を治療する方法であって、前記癌が１以上のＤＤＲ経路遺伝子、遺伝子産物または活性の喪失を示し、ＭＤＭ２アンタゴニストを患者に投与することを含んでなり、場合により、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子は、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含んでなる、方法。
８４．第２の治療薬（例えば、ＰＡＲＰ阻害剤）を併用療法の一部として患者に投与することをさらに含んでなる、実施形態１～８３のいずれか一項に記載の方法。
８５．患者において癌を治療する方法であって、
前記癌は１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路の１以上の遺伝子または遺伝子産物が正常または高レベルであり、または前記癌はいずれのＤＤＲ経路遺伝子にも検出可能な機能欠失型突然変異を持たず、
患者にＭＤＭ２アンタゴニストをＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤とともに投与すること
を含んでなる、方法。
８６．ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤がＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させる、実施形態８５に記載の方法。
８７．ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤がＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤である、実施形態８５または実施形態８６に記載の方法。
８８．ＭＤＭ２アンタゴニスト治療に感受性のある癌を有する患者を治療する方法であって、
（ｉ）患者由来のサンプルで１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物が枯渇している、または前記癌はＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有することを判定すること：
（ｉｉ）有効量のＭＤＭ２アンタゴニストを患者に投与すること
を含んでなる、方法。
８９．患者において癌を治療する方法であって、
ＭＤＭ２アンタゴニストを抗癌剤、例えば、ＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤と組み合わせて患者に投与することを含んでなり、
前記癌は、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路のうち１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルが低い、または前記癌はいずれかのＤＤＲ経路遺伝子に検出可能な機能欠失型突然変異を有する、方法。
９０．前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子がＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含んでなる、上記実施形態の方法。
９１．２つ以上のＤＤＲ経路遺伝子がＡＴＭおよび／またはＡＴＲを含まない、上記実施形態の方法。
９２．２つ以上のＤＤＲ経路遺伝子がＡＴＲおよび／またはＡＴＭを含んでなる、上記実施形態の方法。
９３．２つ以上のＤＤＲ経路遺伝子がＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２およびＡＴＭを含んでなる、上記実施形態の方法。
９４．第２の薬剤がＰＡＲＰ阻害剤である、上記実施形態の方法または使用。
以下、本発明を以下の限定されない例を参照してさらに説明する。
次に、本発明で使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストを、以下の実施例に記載される具体的な実施形態を参照して説明するが、これらに限定されるものではない。化合物は、ＡｕｔｏＮｏｍ（ＭＤＬ）またはＣｈｅｍＡｘｏｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｔｏ Ｎａｍｅなどの自動命名パッケージを使用して命名されるか、または化学物質供給業者によって命名される通りとする。
ｃｙｃがフェニルであるＭＤＭ２アンタゴニストの例の以下の第１のセットは、２０１７年４月６日にＷＯ２０１７／０５５８６０として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４２に記載されているように調製することができる。





ｃｙｃがＨｅｔであるＭＤＭ２アンタゴニストの例の以下の第２のセットは、２０１７年４月６日にＷＯ２０１７／０５５８５９として公開された国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１６／０５３０４１に記載されているように調製することができる。























（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（「化合物１」）の調製１
工程１：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－ヒドロキシ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸プロパ－２－エン－１－イル
ＤＭＦ（１５ｍＬ）中、（Ｓ）－２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－（１－ヒドロキシ－１－（テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－４－イル）プロピル）安息香酸（調製５２）（０．６８６ｇ、１．６ｍｍｏｌ）、（２Ｓ，３Ｓ）－３－アミノ－３－（４－クロロフェニル）－２－メチルプロパン酸プロパ－２－エン－１－イル（調製６２）（０．５４ｇ、２．１２ｍｍｏｌ）およびジイソプロピルエチルアミン（０．８３ｍＬ、４．８ｍｍｏｌ）の溶液に、ＨＡＴＵ（０．９１ｇ、２．４ｍｍｏｌ）を加え、反応混合物を２時間撹拌した。水を加え、酢酸エチルで抽出した。有機相を飽和ＮａＨＣＯ３、ブラインで洗浄し、乾燥させ、溶媒を蒸発させた。粗生成物をクロマトグラフィーにより精製し、標題化合物（０．７５ｇ、７２％）を得た。MS: [M-H]- =654。
工程２：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸プロパ－２－エン－１－イル
標題化合物は、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－ヒドロキシ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸エチルおよびメタノールから、１，１－ビス（ヒドロキシメチル）シクロプロパンの代わりにＭｅＯＨを用いること以外は、調製１０の記載と同様に調製した。これらのジアステレオ異性体をキラルＳＦＣにより分離した。標題化合物は溶出の早い異性体であった。MS: [M + H]+ = 670。
工程３：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸
標題化合物は、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸プロパ－２－エン－１－イルから、実施例９０工程４の記載と同様に調製した。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): 12.56-12.00 (1H, m), 7.71 (1H, s), 7.42 (1H, d), 7.02 (4H, d), 6.88 (3H, d), 4.91 (1H, s), 4.23 (1H, d), 3.99-3.85 (2H, m), 3.75 (1H, dd), 3.25-3.10 (5H, m), 2.02-1.90 (1H, m), 1.90-1.78 (2H, m), 1.67 (1H, d), 1.43-1.17 (6H, m), 0.95 (1H, d), 0.58 (3H, t)。MS:[M + H]+ = 630。
（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン塩）
上記化合物をＥｔＯＨに溶解させ、１モル当量のトリス（ヒドロキシメチル）アミノメタンを加えた。溶媒を真空で除去して無色の固体を得た。1H NMR (500 MHz, DMSO-d6) δ 7.69 (s, 1H), 7.39 (d, J = 10.7 Hz, 1H), 7.01 (ブロードs, 4H), 6.96 - 6.88 (m, 4H), 4.92 (ブロードs, 1H), 4.34 - 4.22 (m, 1H), 3.88 (dd, J = 10.9, 4.2 Hz, 1H), 3.74 (dd, J = 11.1, 4.2 Hz, 1H), 3.71 - 3.61 (m, 1H), 3.29 (s, 6H), 3.33 - 3.22 (m, 1H), 3.21 - 3.14 (m, 1H), 3.13 (s, 3H), 1.94 (tt, J = 12.2, 3.6 Hz, 1H), 1.89 - 1.78 (m, 2H), 1.66 (d, J = 12.8 Hz, 1H), 1.41 - 1.24 (m, 2H), 1.19 (d, J = 6.8 Hz, 3H), 0.93 (d, J = 13.2 Hz, 1H), 0.57 (t, J = 7.3 Hz, 3H)。MS:[M + H]+ = 630。
（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（「化合物１」）の調製２
工程１：３－ブロモ－５－フルオロ安息香酸ｔｅｒｔ－ブチル
ＤＣＭ（２８８ｍＬ、９容量）とＴＨＦ（３２ｍＬ、１容量）の混合物中、３－ブロモ－５－フルオロ安息香酸（３２．０ｇ、１．０当量）を、大部分の固体が溶解するまで撹拌した。ＤＭＦ（０．５７ｍＬ、５モル％）を加え、このフラスコを周囲温度の水浴に入れた。塩化オキサリル（１３．７ｍＬ、１．１０当量）を、シリンジポンプを経て１時間かけて加えたところ、ＨＰＬＣによれば添加の終了の３０後に反応が完了した（分析前にサンプルはＭｅＯＨ中で急冷してメチルエステルを形成させた）。得られた薄いスラリーを一晩熟成させ、１００ｍＬ容量まで濃縮し、ＴＨＦ（１６０ｍＬ、５容量）で希釈し、再び１００ｍＬまで濃縮した。得られた酸塩化物の薄いスラリーをＴＨＦで総容量１６０ｍＬまで希釈した。ＨＦ中ＬｉＯｔＢｕの（２０重量％、６７．３ｇ、７７ｍＬ、１．１５当量）をＴＨＦ（２４３ｍＬ）で希釈した後、この溶液を氷／塩浴で内部温度－９℃まで冷却した。これに、内部温度を－３℃未満に保持しながら、５５分かけて酸塩化物を含有するスラリーを加えた。反応は添加終了１５分後に完了した。溶液を周囲温度に温めながら一晩熟成させ、ヘプタン（３２０ｍＬ、１０容量）で希釈し、水（１６０ｍＬ、５容量）で洗浄した。水層を界面の不溶性ラグに除去した後、有機層をソルカフロックのパッドで濾過した。このパッドをヘプタン（１０ｍＬ）ですすいだ後、合わせた有機層を水（２×８０ｍＬ、２．５容量）で２回洗浄した。得られた有機層を最終容量１００ｍＬまで減圧下で蒸留し、ヘプタン（１６０ｍＬ、５容量）で希釈し、再び総容量１００ｍＬまで濃縮した。３－ブロモ－５－フルオロ安息香酸ｔｅｒｔ－ブチルの溶液をそのまま次の工程で使用した。NMR 1H (400MHz; CDCl3): 7.89-7.88 (1H, m), 7.60-7.57 (1H, m), 7.40-7.37 (1H, m), 1.57 (9H, s)。
工程２：３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸
２－ＭｅＴＨＦ（２００ｍＬ、１０容量）中、３－ブロモ－５－フルオロ安息香酸ｔｅｒｔ－ブチル（２０．０ｇ、１．０当量）および１－（オキサン－４－イル）プロパン－１－オン（１０．８５ｇ、１．０５当量）の溶液をＴＨＦ中、０．５Ｍ ＬｉＣｌ溶液（７２．７ｍＬ、０．５当量）で処理し、－７０℃に冷却した。ヘキサン中、ｎ－ブチルリチウムの溶液（２．２Ｍ、３９．０ｍＬ、１．１当量）を１時間かけて滴下したところ、反応は添加終了時に完了していた。この混合物を－２０℃に温め、半飽和ＮＨ４Ｃｌ水溶液（２００ｍＬ）で急冷し、１０分間振盪した。混合物を沈降させ、層に分けた。有機相を水（５０ｍＬ、２．５容量）で洗浄した。この溶液をＨＰＬＣにより分析し、２０．６ｇの３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸ｔｅｒｔ－ブチル（アッセイ収率８４％）を得た。LCMS (M-H)-; m/z = 337.2。有機溶液を減圧下での蒸留により総容量約４０ｍＬ（～２容量）まで濃縮した。３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸ｔｅｒｔ－ブチルの濃縮溶液を２０℃にてＴＦＡ（２８．０ｍＬ、６．０当量）で処理し、溶液を６０℃に温め、２時間熟成させ、この時、ＨＰＬＣ分析は反応が９８％完了したことを示し、この混合物を２０℃に冷却し、次いで、ＭＴＢＥ（４０ｍＬ、２容量）およびヘプタン（８０ｍＬ、４容量）で希釈した。この溶液に真正の３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸ｔｅｒｔ－ブチルを播種し、シードベッドを成長させながら３０分間熟成させた。スラリーを、ヘプタン（１２０ｍＬ）に添加により１時間かけて希釈し、濾過し、ケーキをヘプタン（４０ｍＬ）で洗浄し、標題化合物を灰白色固体として得た（１４．８９ｇ、収率８７％）。NMR 1H (400MHz; DMSO): 13.23 (1H, s), 7.79 (1H, t), 7.50-7.47 (1H, m), 7.43-7.39 (1H, m), 4.79 (1H, s, ブロード), 3.79 (2H, ddd), 3.18 (2H, dt), 1.86-1.79 (3H, m), 1.64 (1H, d), 1.36-1.09 (2H, m), 0.93 (1H, d), 0.58 (3H, t); LCMS (M+H)+: m/z = 283.1。
工程３：３－フルオロ－５－［１－（オキサン－４－イル）－１－［（トリメチルシリル）オキシ］プロピル］安息香酸
０℃で、ＤＣＭ（４０ｍＬ）中、３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸（７．０６ｇ、１．０当量）の懸濁液に、３０分かけてＥｔ３Ｎ（７．０８ｇ、２．６当量）を３０分かけて加えた（温度を５℃未満に維持）。得られた透明な溶液をＤＣＭ（４０ｍＬ）中、ＴＭＳＯＴｆ（１３．３４ｇ、２．４当量）の溶液で６０分かけて処理した（温度を５℃未満に維持）。反応混合物を０℃でさらに１時間撹拌した。この冷反応混合物に１５分かけて水（８８ｍＬ）を加え、相に分けた。有機相を０．２Ｍ ＫＨＳＯ４溶液（５３ｍＬ）および水（２×８８ｍＬ）で洗浄した。溶液をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、真空で濃縮した。粗生成物（油状物）をＤＣＭ／ヘプタンから結晶化させ、標題化合物（８．２４ｇ、９３％）を灰白色固体として得た。NMR 1H (400MHz; DMSO): 7.79 (1H, t), 7.65-8.62 (1H, m), 7.35-7.31 (1H, m), 3.98 (2H, ddd), 3.33 (2H, dtd), 2.04-1.84 (3H, m), 1.75 (1H, d), 1.37 (1h, qd), 1.26-1.20 (2H, m), 0.72 (3H, t), 0.25 (9H, s); LCMS (M+H)+: m/z = 355.2。
工程４：２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸
内部温度－７０℃で、ＴＨＦ（６０ｍＬ、１５容量）に、ｎ－ＢｕＬｉ（９．８ｍＬ、２．０当量、ヘキサン中２．３Ｍ溶液）を加えた。ＴＨＦ（２０．０ｍＬ、５容量）中、 ３－フルオロ－５－［１－（オキサン－４－イル）－１－［（トリメチルシリル）オキシ］プロピル］安息香酸（４．０ｇ、１．０当量）の溶液を、内部温度を－６５℃未満に維持しながら６０分かけて滴下した。得られた淡赤色の溶液を、添加の終了後３０分間撹拌し、ＴＨＦ（２容量、８．０ｍＬ）中、塩化４－クロロベンゾイル（１．６ｍＬ、１．１５当量）を、内部温度を－６０℃未満に維持しながら１０分かけて加えたところ、反応は添加終了時に完了しており、この溶液を０℃に温め、２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－［１－（オキサン－４－イル）－１－［（トリメチルシリル）オキシ］プロピル］安息香酸をＴＨＦ溶液として得た。LCMS (M+H)+: m/z = 493.2。
この溶液に濃Ｈ３ＰＯ４（３．８ｍＬ、５．０当量）を加え、混合物を５０℃で１８時間撹拌した。この混合物をトルエン（４０ｍＬ、１０容量）および４％ＮａＣｌ水溶液（２０ｍＬ、５容量）で希釈した。相に分け、上部の有機層を４％ＮａＣｌ水溶液（２０ｍＬ）および水（１０ｍＬ）で洗浄した。有機層を約１／３容量に濃縮した後、トルエン（６０ｍＬ、１５容量）で希釈した。溶液を総容量約３５ｍＬ（約９容量、浴温５０℃、圧力８０ミリバール）まで濃縮し、この間に白色固体が沈殿した。このスラリーを５０℃で１時間熟成させ、次いで、周囲温度に冷却し、３時間熟成させた。このスラリーを濾過し、ケーキを２×８ｍＬ（２×２容量）のトルエンで洗浄した後、真空炉（炉温５０℃）で一定の質量となるまで乾燥させた。標題化合物は正確な収率８１％で白色固体として得られた（４．０４ｇ、９５重量％）。LCMS (M+H)+: m/z = 421.1。
工程５：２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸－ビス［（１Ｓ）－１－フェニルエチル］アミン塩
２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－［１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸（ラセミ化合物、３００ｇ、８５重量％、２５５ｇ ６、１．０当量）をイソプロパノール（４０００ｍＬ）に、５５℃で１０分間撹拌することにより溶解させて均質な溶液を得た後、２５℃に冷却した。この溶液にＩＰＡ（３００ｍｌ）中、ビス［（１Ｓ）－１－フェニルエチル］アミン（１３６．５２ｇ；１．０当量）を２分かけて加えた後、ＩＰＡ（２００ｍＬ）ですすいだ。この溶液を周囲温度（２２～２３℃）で１５分間撹拌し、次いで、標題化合物の真正なサンプル（０．５０ｇ）を播種したところ、固体が容易に結晶化し、吸熱（およそ－０．４℃）が見られた。この懸濁液を内部温度１９℃で２０時間撹拌し、濾過し、ケーキをＩＰＡ（４５０ｍＬ）で洗浄した。固体を真空吸引下で２時間乾燥させた後、真空炉にて５０℃で２０時間乾燥させてベージュの固体１７５．５ｇ（ＩＰＡ溶媒和物としての収率４１％）を得、ＨＰＬＣより、この混合物は９５：５ ｅ．ｒ．であった。
キラルＨＰＬＣ条件：
カラム：ＣｈｉｒａｌＰａｋ ＩＣ－３ ３μカラム ４．６×１５０ｍｍ
カラム温度：２７℃
溶出剤：ヘプタン／ＩＰＡ ８０：２０（０．１％ＴＦＡ含有）
流速：１．０ｍＬ／分 ＠２５４ｎｍ
保持：目的物（Ｓ）鏡像異性体；ＲＴ＝４．６０分。非目的物（Ｒ）鏡像異性体ＲＴ＝５．８３分
材料（２５０ｇ、１．０当量、９５：５ ｅ．ｒ．）を、８０℃に温め、この温度で１５分間、均質な溶液が形成するまで撹拌することにより、ＩＰＡ（４０００ｍＬ、１６容量）に溶解させた。この溶液を約１時間かけて５２℃まで冷却し、標題化合物の真正なサンプル（０．５０ｇ）を播種し、懸濁液を４時間かけて２０℃に冷却した後、この温度、すなわち周囲温度で一晩（合計２４時間）撹拌した。真空下での濾過により固体を単離し、濾過ケーキをＩＰＡ（２×４５０ｍＬ）で洗浄し、濾過ケーキを５分間乾燥吸引した後、さらに５０℃の真空炉で乾燥させた。２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸－ビス［（１Ｓ）－１－フェニルエチル］アミン塩をベージュの固体として得た（２１９．２ｇ；回収シル８８％；ＨＰＬＣによりｅ．ｒ．は９９．６：０．４であった。NMR 1H (400MHz; DMSO): 7.84 (1H, d), 7.67 (1H, t), 7.65 (1H, t), 7.58 (1H, t), 7.56 (1H, t), 7.47 (1H, dd), 7.34-7.30 (4H, m), 7.28-7.20 (6H, m), 4.90 (1H, s), 3.90 (1H, dd), 3.80-3.72 (1H, m), 3.51-3.46 (1H, m), 3.30-3.15 (1H, m), 1.93-1.83 (3H, m), 1.68 (1H, d), 1.41-1.28 (1H, m), 1.26 (3H, s), 1.24 (3H, s), 1.04 (3H, s), 1.03 (3H, s), 0.65 (3H, t)。
工程６：（２Ｓ，３Ｓ）－３－アミノ－３－（４－クロロフェニル）－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチル－塩酸塩
－１０℃で、ＤＣＭ（１１００ｍＬ、１０容量）中、（２Ｓ，３Ｓ）－３－｛［（ｔｅｒｔ－ブトキシ）カルボニル］アミノ｝－３－（４－クロロフェニル）－２－メチルプロパン酸（１０９．８２ｇ、１．０当量）、２－トリメチルシリルエタノール（４９．６６ｇ、１．２当量）およびＤＭＡＰ（４．２８ｇ、０．０５モル％）の懸濁液に、ＥＤＣ・ＨＣｌ（１００．６５ｇ、１．５当量）を７５分かけて５等分して加えた（温度は０℃未満に維持）。得られた透明な溶液をゆっくり室温に温め、１６時間撹拌した。この反応混合物に１Ｎ ＨＣｌ溶液（１０００ｍＬ）を１５分かけてゆっくり加え、相に分けた。有機相を５％ＮａＨＣＯ３溶液（５００ｍＬ）および水（２×５００ｍＬ）で洗浄した。有機相を真空で濃縮し、（２Ｓ，３Ｓ）－３－｛［（ｔｅｒｔ－ブトキシ）カルボニル］アミノ｝－３－（４－クロロフェニル）－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチルを得、これをそのまま次の工程で使用した。LCMS (M+H)+: m/z = 414.2。
この粗材料（蝋状白色固体）をＤＣＭ（２００ｍＬ）／ヘプタン（１５００ｍＬ）に再溶解させ、ジオキサン中４Ｎ ＨＣｌ溶液（３５０ｍＬ、４．０当量）を２時間かけてヘプタン溶液に滴下した。このさらなるＨＣｌ塩が沈殿し始めた際、反応物を周囲温度で２４時間熟成させるとこの濁液は徐々に粘稠となる。懸濁液をＭＴＢＥ（８００ｍＬ）で希釈し、濾過し、濾過ケーキをＭＴＢＥ（２×２００ｍＬ）で洗浄し、真空炉にて５０℃で一定重量まで乾燥させた後に標題化合物を白色のフレーク状の固体として得た（１０８．２２ｇ、８８％）。NMR 1H (400MHz; CDCl3): 8.93 (3H, bs), 7.39-7.29 (4H, m), 4.3 (1H, bd), 4.06-3.92 (2H, m), 3.17-3.08 (1H, m), 1.32 (3H, d), 0.80-0.71 (2H, m), -0.02 (9H, s); LCMS (M+H)+: m/z = 314.1。
工程７：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－ヒドロキシ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチル
２－（４－クロロベンゾイル）－３－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］安息香酸－ビス［（１Ｓ）－１－フェニルエチル］アミン塩（１５．０ｇ、１．０当量）、（２Ｓ，３Ｓ）－３－アミノ－３－（４－クロロフェニル）－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチル－塩酸塩（８．２ｇ、１．１当量）、ＥＤＣ塩酸塩（４．７ｇ、１．１５当量）、ＤＭＡＰ（２６０ｍｇ、０．１当量）、および２－ヒドロキシピリジン－Ｎ－オキシド（２３０ｍｇ、０．１当量）の混合物にジクロロメタン（１５０ｍＬ、１０容量）を加えた。この混合物を１８時間撹拌した後、ＮａＨＣＯ３水溶液（４．５ｇ、６０ｍＬのＨ２Ｏ中２．５当量）を添加することで急冷した。層に分け、ＤＣＭ相を３０ｍＬ（２容量）まで濃縮した。ＭＴＢＥ（１５０ｍＬ、１０容量）を加え、有機層を２×Ｈ３ＰＯ４水溶液（３．５ｍＬ、６０ｍＬの水中２．５当量）、ＮａＨＣＯ３水溶液（４．５ｇ、６０ｍＬのＨ２Ｏ中２．５当量）、および水（６０ｍＬ）で順次洗浄した。有機層を６０ｍＬ（２容量）まで濃縮し、ＭｅＯＨ（３００ｍＬ、２０容量）で希釈し、１５０ｍＬ（１０容量）まで濃縮した。ＭｅＯＨ溶液を水（１５ｍＬ）で希釈し、真正なサンプル（１５ｍｇ、０．１重量％）を播種し、シードベッドを成長させながら周囲温度で３０分間熟成させた。このスラリーを２時間かけて加える水（４５ｍＬ）で希釈し、１時間熟成させた後に濾過した。このケーキを２．５／１ ＭｅＯＨ：Ｈ２Ｏ（４５ｍＬ）および水（４５ｍＬ）で洗浄し、真空炉にて５０℃で１８時間乾燥させ，標題化合物を白色固体として得た（１３．５ｇ、収率８９％、１９Ｆ ＮＭＲによればｄ．ｒ．＞９９：１）。NMR 1H (400MHz; CDCl3): 7.80 (1H, s), 7.15 (1H, d), 7.01-6.99 (4H, m), 6.97-6.92 (4H, m), 4.77 (1H, s), 4.36 (1H, d), 4.16-4.08 (1H, m), 3.94-3.90 (1H, m), 3.89-3.79 (2H, m), 3.47 (1H, d), 3.31 (1H, t), 3.08 (1H, t), 2.55 (1H, s), 1.91 (1H, sep), 1.86-1.77 (2H, m), 1.74-1.71 (1H, m), 1.41-1.22 (5H, m), 0.94 (1H, d), 0.68-0.54 (5H, m), 0.10 (9H, s), NMR 19F (376 MHz, CDCl3) δ: --119.1 and LCMS (M+H)+: m/z = 716.2。
工程８：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチル
固体（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－１－ヒドロキシ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチル（２．５ｇ、１．０当量）を、室温、１００ｍＬの３口フラスコにて、無水ＴＨＦ（１２．５ｍＬ、５容量）に溶解させた。この溶液を内部温度－７０℃に冷却し、ＭｅＯＴｆ（トリフルオロメタンスルホン酸メチル）（０．４６ｍＬ、１．２当量）を加えた。得られた透明な溶液を内部温度－７０℃に保持し、ＬｉＯｔＢｕ（ＴＨＦ中２０重量％、１．９ｍＬ、１．２当量）を、シリンジポンプを介して１時間かけて滴下した。混合物を－７０℃で１８時間保持した後、２時間かけて－１５℃まで温め、この時点の変換率は＞９８％であった。この反応混合物をＩＰＡ（１２．５ｍＬ）、次いで水（１２．５ｍＬ）で希釈した。この溶液に生成物１０を播種し、周囲温度で３０分間撹拌し、その間にシードベッドが形成した。さらなる水（２５ｍＬ）を、シリンジポンプを介して１．５時間かけてゆっくり添加し、スラリーを周囲温度で１時間熟成させた後、濾過した。ケーキを１：１ ＩＰＡ／水（２０ｍＬ）で洗浄し、真空炉にて５０℃で乾燥させ、標題化合物（２．４ｇ）を得た（不正確な収率９４％、１９Ｆ ＮＭＲによれば１００：０．５ ｄ．ｒ）。NMR 1H (400MHz; CDCl3): 7.67 (1H, d), 7.28 (1H, dd), 6.93-6.88 (8H, m), 4.30-4.19 (m, 2H), 4.01 (dd, 1H), 3.92-3.77 (m, 3H), 3.40-3.26 (m, 2H), 3.22 (s, 3H), 1.97-1.84 (m, 4H), 1.72 (bs, 3H), 1.49-1.38 (m, 2H), 1.36 (d, 3H), 1.07 (bd, 1H), 0.69 (t, 3H), 0.61-0.52 (m, 2H), -0.08 (s, 9H); NMR 19F (376 MHz, CDCl3) δ: -118.8 and LCMS (M+H)+: m/z = 730.3。
工程９：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸
（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸２－（トリメチルシリル）エチル（１７０．０ｇ、１．０当量）およびＣｓＦ（７０．７ｇ、２．０当量）を５Ｌの固定容器に装填し、ＤＭＦ（５１０ｍＬ、３容量）を周囲温度で加えた。この混合物を６０℃に温め、この温度で７時間熟成させ、この時点で反応は完了していた。この混合物を２０℃に冷却し、一晩撹拌した。ＤＭＦをＥｔＯＡｃ（１７００ｍＬ、１０ｍＬ）および１Ｍ ＨＣｌ（５１０ｍＬ、３容量）で希釈した。層に分け、有機層を５％ＬｉＣｌ水溶液（４×６８０ｍＬ、４容量）および水（２×６８０ｍＬ、４容量）で順次洗浄した後に濃縮した。得られた油状物をＥｔＯＡｃ（各２５０ｍＬ）から２回濃縮して標題化合物を、淡黄色泡沫（正確に１４１ｇ、９２重量％、収率９６％）を得た。固体をＥｔＯＡｃ（６８４ｍＬ、４容量）に懸濁させ、７０℃に加熱し、この温度で１時間保持した後、２時間かけて２０℃に冷却した。ヘプタン（１３７０ｍＬ、８容量）を７０分かけて加え、スラリーを一晩熟成させた。固体を濾過し、ＥｔＯＡｃ／ヘプタン １：２（２×３００ｍＬ）で洗浄し、真空炉にて５０℃で一定の重量になるまで乾燥させ、１３３ｇ（収率８６％）を得た。
生成物は安定な無水結晶形で単離された。これを遊離酸「形態Ｆ」と呼称し、安定な結晶性多形体である。
ＸＲＰＤは、以下の共鳴にピークを有する（表６）：

工程１０ａ：（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン塩
（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸（１１３．０ｇ、１．０当量）およびトリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン（２１．９５ｇ、１．０１当量）を２Ｌの容器に固体として装填した。メタノール（１１３０ｍＬ）を窒素下で撹拌しながら、可動性の懸濁液を得た。３０分かけて３８～４０℃に温めることで固体を溶解させ，透明な溶液を得た。これを２０～２２℃に冷却した後、ビュッヒロタベーパーにて減圧下で濃縮し、白色泡沫を得た。この泡沫を結晶化皿に移し、真空下（およそ２０ｍｍＨｇ）６０℃で、週末にわたって（６０時間）乾燥させ、標題化合物を堅く砕けやすい白色泡沫として得た（１３４．１ ｇ；９９．５）。
化合物１の調製に関する他の方法は、２０１８年１０月４日にＷＯ２０１８／１７８６９１として公開さされた国際特許出願ＰＣＴ／ＧＢ２０１８／０５０８４５に見出すことができる。
生物学的アッセイ
実施例１－式（Ｉｏ）の化合物
９６ウェルプレート結合アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用するＭＤＭ２－ｐ５３相互作用
ＥＬＩＳＡアッセイは、２００μｌ／ウェルの１μｇ ｍｌ－１ ビオチン化ＩＰ３ペプチドとともにプレインキュベートしたストレプトアビジンコーティングプレートで行った。これらのプレートは、プレートをＰＢＳで洗浄した後にＭＤＭ２結合に関して使用できるようになった。
９６ウェルプレートに分注したＤＭＳＯ中の化合物および対照溶液を、室温（例えば２０℃）で最終濃度２．５～５％（ｖ／ｖ）のＤＭＳＯ中で、ｉｎ ｖｉｔｒｏで翻訳された最適濃度のＭＤＭ２ １９０μｌアリコートと２０分間プレインキュベートした後、ＭＤＭ２－化合物混合物をｂ－ＩＰ３ストレプトアビジンプレートに移し、４℃で９０分間インキュベートした。ＰＢＳで３回洗浄して結合していないＭＤＭ２を除去した後、各ウェルを２０℃で１時間、一次マウスモノクローナル抗ＭＤＭ２抗体（Ａｂ－５、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ、使用する抗体原液によって１／１００００または１／２００希釈）のＴＢＳ－Ｔｗｅｅｎ（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ７．５；１５０ｍＭ ＮａＣｌ；０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０非イオン性洗浄剤）緩衝液でインキュベートした後、ＴＢＳ－Ｔｗｅｅｎで３回洗浄し、その後、ヤギ－抗マウス西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合二次抗体（抗体原液によって１／２００００または１／２０００希釈で使用）のＴＢＳ－Ｔｗｅｅｎ緩衝液で、２０℃で４５分間インキュベートした。結合してない二次抗体は、ＴＢＳ－Ｔｗｅｅｎで３回洗浄することにより除去した。結合したＨＲＰ活性は、ジアシルヒドラジド基質であるルミノールの酸化を用いて定量可能な光シグナルを生成する増強化学発光（ＥＣＬ（商標）、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）によって測定した。ある濃度におけるＭＤＭ２阻害率は、［１－（化合物処理サンプルで検出されたＲＬＵ－ＤＭＳＯ陰性対照のＲＬＵ）÷（ＤＭＳＯ陽性および陰性対照のＲＬＵ）］×１００、または（化合物処理サンプルで検出されたＲＬＵ÷ＤＭＳＯ対照のＲＬＵ）×１００として計算される。ＩＣ５０は、濃度に対するＭＤＭ２阻害率％のプロットを用いて算出され、２回または３回の独立した実験の平均値である。
ウエスタンブロット解析
ＳＪＳＡ細胞を０．５％ＤＭＳＯ中５、１０、２０μＭの化合物で６時間処理した。細胞を０．５％ＤＭＳＯのみの対照とともに、氷冷リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄し、高分子量ＤＮＡを分解し、サンプルの粘度を下げるために、２×５秒間の超音波処理（Ｓｏｎｉｐｒｅｐ １５０ＭＥ）を行い、ＳＤＳ緩衝液（６２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ６．８、２％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１０％グリセロール）で細胞を溶解することによりタンパク質抽出液を調製した。サンプルのタンパク質濃度は、Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡアッセイシステム（Ｐｉｅｒｃｅ、ロックフォード、ＩＬ）を用いて推定し、５０μｇアリコートのタンパク質を標準的なＳＤＳ－ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）およびウエスタン免疫ブロット法を用いて分析した。β－メルカプトエタノール（５％）およびブロモフェノールブルー（０．０５％）を加え、５分間煮沸した後、短時間の遠心分離を行ったサンプルを、プレキャスト４～２０％勾配のトリス－グリシン緩衝ＳＤＳ－ポリアクリルアミドゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にロードした。分子量標準（ＳｅｅＢｌｕｅ（商標）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を総てのゲルに含み、電気泳動はＮｏｖｅｘ ＸＬタンク（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で１８０ボルト、９０分間行った。分離されたタンパク質は、ＢｉｏＲａｄ電気泳動槽と２５ｍＭトリス、１９０ｍＭグリシン、および２０％メタノールトランスファーバッファーを用い、３０ボルトまたは７０ボルトで２時間かけて、ゲルからＨｙｂｏｎｄ Ｃニトロセルロースメンブレン（Ａｍｅｒｓｈａｍ）に一晩電気泳動的により移した。転写タンパク質の免疫検出に使用した一次抗体は、マウスモノクローナルＮＣＬ－ｐ５３ＤＯ－７（Ｎｏｖｏｃａｓｔｒａ）１：１０００；ＭＤＭ２（Ａｂ－１、クローンＩＦ２）（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ）１：５００；ＷＡＦ１（Ａｂ－１、クローン４Ｄ１０）（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ）１：１００；アクチン（ＡＣ４０）（Ｓｉｇｍａ）１：１０００であった。使用した二次抗体は、ペルオキシダーゼ結合、アフィニティー精製、ヤギ抗マウス（Ｄａｋｏ）１：１０００であった。タンパク質の検出と可視化は、増強化学発光（ＥＣＬ（商標）、Ａｍｅｒｓｈａｍ）により行い、青色感受性オートラジオグラフィーフィルム（Ｓｕｐｅｒ ＲＸ、Ｆｕｊｉ）に露光することで光を検出した。
プロトコールＡ：ＳＪＳＡ－１およびＳＮ４０Ｒ２アッセイ
試験したＭＤＭ２増幅細胞株は、ｐ５３野生型骨肉腫と変異型骨肉腫（それぞれＳＪＳＡ－１とＳＮ４０Ｒ２）の同系適合ペアであった。総ての細胞培養は、１０％ウシ胎仔血清を添加したＲＰＭＩ１６４０培地（Ｇｉｂｃｏ、ペイズリー、ＵＫ）で増殖させ、定期的に検査し、マイコプラズマ感染が陰性であることを確認した。細胞の増殖およびその阻害は、先に概説したようなスルホローダミンＢ（ＳＲＢ）法を用いて測定した。それぞれ３×１０４／ｍｌと２×１０４／ｍｌのＳＪＳＡ－１およびＳＮ４０Ｒ２細胞１００μｌを９６ウェル組織培養プレートに播種し、５％ＣＯ２加湿インキュベーター内で３７℃にて２４時間インキュベートした後、培地を様々な濃度のＭＤＭ２－ｐ５３アンタゴニストを含有する試験培地１００μｌに交換し、さらに７２時間インキュベートして細胞を増殖させ、その後２５μＬの５０％トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）を加えて４℃で１時間細胞を固定した。ＴＣＡを蒸留水で洗い流し、１００μＬのＳＲＢ色素（１％酢酸中０．４％ｗ／ｖ）（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、プール、ドーセット）をプレートの各ウェルに加えた。ＳＲＢ色素を室温で３０分間インキュベートした後、プレートを１％酢酸で洗浄し、乾燥させた。ウェル中の細胞数の指標となるＳＲＢ染色タンパク質を１００μＬの１０ｍＭトリス－ＨＣｌ（ｐＨ１０．５）に再懸濁させ、ＦｌｕｏＳｔａｒ Ｏｍｅｇａプレートリーダーを用いて各ウェルのλ＝５７０ｎｍの吸光度を測定した。ＧＩ５０は、Ｐｒｉｓｍ ｖ４．０統計ソフトを用いたデータの非線形回帰分析により算出した。
プロトコールＢ：ＳＪＳＡ－１およびＳＮ４０Ｒ２アッセイ
ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｓｓａｙは、代謝的に活性な細胞の存在を示すＡＴＰの存在量の定量に基づき、培養中の生存細胞数を測定するための均質な方法である。ＳＪＳＡ－１とＳＮ４０Ｒ２の両方を、１０％ＦＢＳ（ＰＡＡ ＃Ａ１５－２０４）および１０Ｕ／ｍｌペニシリン／ストレプトマイシンを添加したＲＰＭＩ １６４０（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ＃６１８７０）で培養した。７５μｌ中、２０００細胞を９６ウェルプレートの各ウェルに播種し、５％ＣＯ２加湿インキュベーターに３７℃で２４時間置いた。その後、ＤＭＳＯ中様々な濃度のＭＤＭ２－ｐ５３アンタゴニストを、最終ＤＭＳＯ濃度が０．３％になるように細胞に添加し、さらに７２時間インキュベートして細胞を増殖させた。１００μｌのＣＴＧ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ ＃Ｇ７５７３）を総てのウェルに添加し、トップカウントで発光を測定した。ＥＣ５０値は、Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｂａｓｅ（ＩＤＢＳ； Ｇｕｉｌｄｆｏｒｄ、サリー、ＵＫ）と組み合わせて、ＸＬｆｉｔを用いたシグモイド４パラメーター曲線フィットから求めた。
抗増殖活性
細胞増殖の阻害は、アラマーブルーアッセイ(Nociari, M. M, Shalev, A., Benias, P., Russo, C. Journal of Immunological Methods 1998, 213, 157-167)を用いて測定する。 この方法は、生細胞がレサズリンを蛍光産物レゾルフィンに還元する能力に基づいている。 各増殖アッセイについて、細胞を９６ウェルプレートにプレーティングし、１６時間回復させた後、阻害剤化合物（０．１％ＤＭＳＯｖ／ｖ中）をさらに７２時間添加する。インキュベーション期間終了時に、１０％（ｖ／ｖ）のアラマーブルーを添加し、さらに６時間インキュベートした後、励起５３５ｎＭ／発光５９０ｎＭで蛍光産物を測定する。本発明の化合物の抗増殖活性は、例えばＤＳＭＺ、ＥＣＡＣＣまたはＡＴＣＣから入手可能な癌細胞株の増殖を阻害する化合物の能力を測定することによって決定することができる。
結果：ｃｙｃがフェニルである実施例の第１のセット


２つ以上のデータ点が得られた場合、上の表はこれらのデータ点の平均（例えば、幾何平均または算術平均など）を示す。
もちろん、本発明は、例示のためにのみ記載された上記の実施形態の詳細に限定されることを意図するものではないことを理解されたい。
結果：ｃｙｃがＨｅｔである実施例の第２のセット
結果










２つ以上のデータ点が得られた場合、上の表はこれらのデータ点の平均（例えば、幾何平均または算術平均など）を示す。
もちろん、本発明は、例示のためにのみ記載された上記の実施形態の詳細に限定されることを意図するものではないことを理解されたい。
実施例２－ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）は、機能欠失型ＣＲＩＳＰＲスクリーンにより識別され、さらなる試験およびデータにより確認された化合物１に対する上位増感経路である
デュアルＣＲＩＳＰＲスクリーン（ＣＲＩＳＰＲノックアウトおよびＣＲＩＳＰＲｉ）は、ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性の新規な予測バイオマーカーを特定するために、化合物１の存在下または不在下で、３つのＰ５３野生型肺癌細胞株のパネルで行った。
いくつかのＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）関連遺伝子を上位ヒットとして特定した（図１Ａ～Ｂ）。興味深いことに、これらの遺伝子は、相同組換え経路、ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路、塩基除去修復（ＢＥＲ）経路および複製ストレス経路などのいくつかのＤＤＲ経路に関与する。図１Ａは、ＣＲＩＳＰＲヒットにおけるファンコーニ貧血経路の濃縮を示す。
複製ストレスはゲノムの不安定性の指標であり、高レベルのＤＮＡ損傷につながるＤＤＲ経路の複数の欠陥によって引き起こされる。そして、高レベルのＤＮＡ損傷は、ＤＮＡ複製のプロセスに影響を与える。ＣＲＩＳＰＲスクリーンデータは、ＤＤＲ機構に欠陥のある腫瘍は一般に化合物１の治療に感受性があることを示している。
従って、これらのデータは、ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性と、ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路および塩基除去修復（ＢＥＲ）経路を含む複数のＤＤＲ経路における欠陥との関連を示している。従って、ＤＤＲ経路の機能喪失は、ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーである。
ＣＲＩＳＰＲスクリーンの結果を確認するために、化合物１に対する感受性に関して従前に特徴付けられている継代初期のヒト中皮腫細胞株を用いて、アポトーシスサンプルと非アポトーシスサンプルの間で差次的に発現されるトランスクリプトームシグネチャーを特定した。「複製ストレス」シグネチャーは、中皮腫アポトーシス細胞株で強く濃縮され、化合物１感受性と活性化されたＤＤＲ経路の間の関連が確認された（図１Ｃ）。
以下の実施例では、ＤＤＲ経路における特定のバイオマーカーをＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーとして検証した、複数の系におけるバイオインフォマティクス解析とウェットラボ解析を記載する。これらの付加的に検証されたバイオマーカー経路を図５にまとめる。例示されたバイオマーカー経路のさらなる証拠を提供することに加え、これらのデータはＣＲＩＳＰＲスクリーンデータの信頼性をより一般的に再確認するものである。
ゲノムワイドＣＲＩＳＰＲスクリーンデータのバイオインフォマティクス解析
化合物１の存在下で、全ゲノムデュアルＬｏＦスクリーン（ＣＲＩＳＰＲｋｏおよびＣＲＩＳＰＲｉ）が、３つのＰ５３野生型肺癌細胞株（Ａ５４９、ＮＣＩ－Ｈ４６０、ＮＣＩ－Ｈ２９２）のパネルにおいて、Ｈｏｒｉｚｏｎ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ(https://horizondiscovery.com/)により実施された。ＣＲＩＳＰＲｋｏおよびＣＲＩＳＰＲｉを平行して行い、化合物１に対する感受性の潜在的ヒットと経路を特定するために一緒に解析した。
ＮＧＳ解析では、平均クォリティスコアが３５の優れたＱＣが示され、総てのサンプルでクォリティスコアが３０を超えるリードの９７％を超えるものは配列決定された。全体的に、全サンプルにわたって複製間の相関が優れていた。対照ｓｇＲＮＡ（陽性、陰性およびノンターゲッティング）は予測通りの性能を示し、最初のライブラリープラスミド比べ、対照処理サンプルでは必須遺伝子の明確な脱落が見られた。
データはＨｏｒｉｚｏｎ社によって解析され、またＤｒｕｇＺおよびＭＡＧｅＣＫの２つの異なる計算方法を用いて所内でも解析した。ＣＲＩＳＰＲヒットは、倍率変化と有意なｐ値によってランク付けした。ＣＲＩＳＰＲｋｏとＣＲＩＳＰＲｉの間には、有意なヒットの良好な重複が見られた。ユニークな増感遺伝子と重複する増感遺伝子の両方が同定され、特にＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）に関連する遺伝子はスクリーニングで強い脱落を示した。さらに、ＣＲＩＳＰＲヒットのネットワーク解析では、鎖間架橋修復（ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＤ２）における役割を示唆するファンコーニ貧血経路の遺伝子の強い濃縮が示された（図１Ａ）。遺伝子セット濃縮解析（ＧＳＥＡ）は、異なる遺伝子セットシグネチャー：Ｈａｌｌｍａｒｋ、Ｒｅａｃｔｏｍｅ、ＫＥＧＧおよびＢｉｏｃａｒｔａ経路を用いて、倍率変化値でランク付けされたＣＲＩＳＰＲヒットに対して行われた。ＧＳＥＡの結果から、塩基除去修復経路および相同組換え（図１Ｂ）のようなＤＮＡ修復関連経路が、上位の枯渇したヒットにおいて有意に濃縮されていることが明らかになった。
ＣＲＩＳＰＲスクリーンからの知見に基づき、アポトーシス中皮腫細胞株と非アポトーシス中皮腫細胞株の所内ＲＮＡ－ｓｅｑデータにおけるＤＤＲ遺伝子発現シグネチャーも調査した。
継代初期のヒト中皮腫細胞株はＵＫ Ｍｅｓｏｂａｎｋ(www.mesobank.com)から購入した。メソバンク細胞株の遺伝子発現プロファイリングは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑプラットフォームおよび各サンプルについて３反復の生物学的反復を用いたペアエンド鎖ＲＮＡシークエンシングにより行った。シークエンシングはＧＡＴＣ Ｂｉｏｔｅｃｈ社（現Ｅｕｒｏｆｉｎｓ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ社）が行い、ＲＮＡ－ｓｅｑデータのバイオインフォマティクス解析は所内で行った。サンプル当たり平均約３，７００万リードが得られた。ＲＮＡ－ｓｅｑリードは、ＳＴＡＲアライナー（ｖ２．５．４ｂ）を用いてヒトゲノムｈｇ３８／ＧＲＣｈ３８に対してアラインした。平均して９４％のリードがゲノムにユニークにアライメントされた。アラインされたＢＡＭファイルは、ＧＥＮＣＯＤＥ ｖ２７アノテーションに基づき、ＨＴＳｅｑソフトウェアスイート（バージョン０．１１．１）のｈｔｓｅｑ－ｃｏｕｎｔツールを用いて転写産物および遺伝子の定量に使用された。ＤＥＳｅｑ２ Ｒパッケージ（ｖ１．２０．０）の分散安定化変換関数を用いて生のカウントデータを正規化し、教師なし階層クラスタリングを行った。生物学的反復は相関が高かった（Ｒ２＝０．９８）。差次的遺伝子発現はＤＥＳｅｑ２ Ｒパッケージを用いて行った。発現が２倍を超え、調整Ｐ値が１ｅ－７未満の遺伝子を、アポトーシスサンプルと非アポトーシスサンプル間で有意に発現が異なるとみなした。興味深いことに、アポトーシス中皮腫細胞株では、複製ストレスに関連する遺伝子の有意なアップレギュレーションが見られ（図１Ｃ）、これはＣＲＩＳＰＲデータスクリーンの出力と一致していた。
ＨＲ経路：ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＡＴＭの変異
相同組換え経路に関与する遺伝子がＣＲＩＳＰＲスクリーンで特定された。相同組換え（ＨＲ）は、エラーのないＤＳＢ修復経路であり、細胞周期のＳ期とＧ２期に大きく限定されている。ゲノム維持に関するＨＲ経路の大きな重要性は、多くの癌においてＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃにおけるいくつかの癌を不能にする変異の同定により示されている。
ＨＲの中心的な構成要素の１つは、セリン－スレオニンキナーゼである血管拡張性失調症変異(Ataxia Telangiectasia Mutated)タンパク質（ＡＴＭ）であり、このキナーゼはＤＤＲの様々な分岐において多数の重要なプレーヤーをリン酸化する。ＡＴＭの体細胞突然変異または欠失は、リンパ系悪性腫瘍ならびにいくつかの固形腫瘍で一般的に見られ、タンパク質の発現低下およびゲノム中のＤＮＡ二本鎖切断修復の障害につながる。
ＭＤＭ２について公開されているＤｅｐＭＡＰ ＲＮＡｉデータ（バージョン２０Ｑ４）のバイオインフォマティクス解析から、ＡＴＭ変異細胞株はＡＴＭ野生株と比較してＭＤＭ２への依存性が有意に高いことが予測された（図２ａ）。さらに、ＡＴＭ野生型（６／６）である非アポトーシス株と比較して、アポトーシス患者由来の中皮腫株（６／９）ではＡＴＭ変異の強く濃縮が検出された（図２Ｂ）。
さらに、異なる適応症からの４つのＡＴＭｍｕｔ細胞株（ＨＣＣ１５００－乳房、ＬＮＣａｐ－前立腺、ＨＴ－１４４－黒色腫、ＨｅｐＧ２－肝臓）に対するｉｎ ｖｉｔｒｏ検証では、細胞増殖の減少によって測定される化合物１に対する感受性が示され（図２Ｃ）、ＬＮＣａｐ－前立腺およびＨｅｐＧ２－肝臓のデータでは、アポトーシスの増加によって測定される化合物１に対する感受性が示された（図２Ｄ）。さらに、ウエスタンブロット解析では、化合物１処置時のＤＤＲシグナル伝達経路の明らかに変調が示された（図２Ｅ）。
ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーとしてのＡＴＭ変異の同定とともに、付加的バイオインフォマティクス解析は、他のＨＲ経路遺伝子の欠損または変異がＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーとして働き得ることが示された。ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のバイオマーカーとして働き得るＨＲ経路遺伝子には、限定するものではないが、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２が含まれる。
ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２の変異（または発現の喪失）がＭＤＭ２アンタゴニストの感受性に関連するかどうかを確認するために、患者由来オルガノイド（ＰＤＯ）を用いたｉｎ ｖｉｔｒｏ検証がさらに行われた。ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２のいずれかに変異を有する様々な適応症からの４つのＰＤＯが、細胞増殖の減少によって測定される化合物１に対する感受性を示した（図２Ｆ～Ｇ）。注目すべきは、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２に変化のない、同じ適応症からの４つの付加的ＰＤＯが化合物１に耐性であったことである。
ＦＡ経路遺伝子もまた、ＭＤＭ２アンタゴニスト療法のバイオマーカーとして同定された。
バイオインフォマティクス解析
ＤｅｐＭＡＰ(www.depmap.org)から、癌細胞株の公開ＭＤＭ２ ＲＮＡｉ依存性データ（バージョン２０Ｑ４）を検索した。ＤｅｐＭＡＰデータセットから、体細胞変異およびコピー数変化などのこれらの癌細胞株のゲノム特徴を得た。ＭＤＭ２に差次的に依存性のある細胞株はＡＴＭの変異に富んでいることがわかった（図２Ａ）。公開ＲＮＡｉ依存性データセットから得られたＡＴＭ変異に関する知見に基づき、アポトーシス中皮腫細胞株と非アポトーシス中皮腫細胞株の独自パネルにおけるＡＴＭ遺伝子の状態をさらに調べた（図２Ｂ）。
中皮腫細胞株のＤＮＡ単離とエクソームシークエンシングは、ＧＡＴＣ Ｂｉｏｔｅｃｈ社（現Ｅｕｒｏｆｉｎｓ社）によりガイドラインに従って実施された。ゲノムＤＮＡを抽出し、Ａｇｉｌｅｎｔ ＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ Ｈｕｍａｎ Ａｌｌ Ｅｘｏｎ Ｖ６キットを用いてエクソームシークエンシングを行った。シーケンスライブラリーを構築し、１０１ｂｐペアエンドシークエンシングを用いてＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑにより解析した。低品質コール（平均Ｐｈｒｅｄスコアが１５未満）は、さらなる処理を進める前に除去し、メイトペア（フォワードリードとリバースリード）のみを解析に使用した。参照ヒトゲノムアセンブリｈｇ１９へのマッピングは、ＢＷＡ ｖ０．７．１５を用い、デフォルトパラメーターで行った。平均９６％のリードが参照ゲノムにユニークにマッピングされ、平均ターゲットカバレッジは９４．０２±１８．６６倍であった。エクソームデータを用い、ＧＡＴＣ Ｂｉｏｔｅｃｈ社がＧＡＴＫとＩｎｇｅｎｕｉｔｙソフトウエアを用いて行った一塩基多型（ＳＮＰ）と挿入欠失（ＩｎＤｅｌｓ）のコールを行った。また、ＶａｒＳｃａｎ２を用いて所内でデータ解析を行った。信頼性の高い結果を得るために、少なくとも２つの方法で共通にコールされたＳＮＰとＩｎＤｅｌｓのみを考慮した。ＧＡＴＫの場合、配列アラインメントはローカルアラインメントを行うことで精製し、ＰＣＲ重複はＰＩＣＡＲＤ(http://picard.sourceforge.net/)を用いて除去した。ＳＮＰおよびＩｎＤｅｌのコールはＧＡＴＫのＨａｐｌｏｔｙｐｅ Ｃａｌｌｅｒを用いて行い、ｓｎｐＥｆｆを用いてアノテーションを行った。ｖａｒＳｃａｎ２については、ＳＮＰおよびＩｎＤｅｌのコールはＳＡＭｔｏｏｌｓを用い、ｍｐｉｌｅｕｐデータを入力としてｖａｒＳｃａｎ２を体細胞モードで実行した。少なくとも２つの方法で機能欠失型突然変異と予測されたＡＴＭ変異をさらなる解析のために考慮した。
癌細胞株に対する増殖アッセイ
癌細胞を適切な培地で培養した。細胞を回収し、計数し、適切な密度に調整した後、９６ウェル不透明壁透明底プレートに１００μＬの容量で播種し、５％ＣＯ２の加湿雰囲気下、３７℃で一晩インキュベートした。化合物１の１０ｍＭ原液をＤＭＳＯで調製した。この原液をＤＭＳＯでさらに希釈した後、細胞を含む９６ウェルプレートの２反復のウェルに添加し、最終ＤＭＳＯ濃度を０．１％とした。その後、プレートを５％ＣＯ２の加湿雰囲気下、３７℃で３日間インキュベートした。各細胞株を３反復で試験した。１００μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬をアッセイプレートの各ウェルに添加した。プレートをオービタルシェーカーで１０分間混合した後、室温で１０分間インキュベートした。その後、プレートを（化学発光に関して）ＥｎＳｐｉｒｅプレートリーダーで読み取った。各ウェルは、ＤＭＳＯ対照から培地のみの対照を差し引いた平均値のパーセンテージとして、培地のみの対照（細胞なし）を差し引いて計算した。シグモイド用量反応（可変勾配）曲線とＩＣ５０値は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、ラホヤ、カリフォルニア州 ＵＳＡ）を用いて計算した。
アポトーシスアッセイ
細胞を６ウェルプレートに、２×１０５／ウェルの密度で播種し、空気中５％ＣＯ２の加湿雰囲気下、３７℃で一晩インキュベートした。化合物１をＤＭＳＯ中に調製し、指定された濃度で細胞に添加した。細胞を化合物とともに７２時間インキュベーションした後、細胞をトリプシンで処理し、ＰＢＳで洗浄し、すぐにフローサイトメトリー分析に使用した。
これらのサンプルを製造者の推奨に従い、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ（商標）アネキシンＶ－ＦＩＴＣアポトーシス検出キット（＃ＢＭＳ５００ＦＩ－１００、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ウォルサム、ＭＡ、ＵＳＡ）で染色した。簡単に述べれば、サンプルをＰＢＳで洗浄し、５μｌのアネキシンＶ－ＦＩＴＣを含有する２００μｌの１×結合バッファー中に室温で１０分間再懸濁させた。インキュベーション後、サンプルを１×結合バッファーで洗浄し、２００μｌ １×結合バッファーおよび１０μｌの２０μｇ／ｍｌ ＰＩに再懸濁させた。
次に、染色されたサンプルをすぐにＧｕａｖａ ｅａｓｙＣｙｔｅ ＨＴサイトメーター（Ｍｅｒｃｋ－Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）にてフローサイトメトリーにより分析した。細胞集団を３群に分けた：低レベルの蛍光しか示さない生細胞（アネキシンＶ－／ＰＩ－）、緑色蛍光を示すアポトーシス細胞（アネキシンＶ＋／ＰＩ－）および赤色蛍光と緑色蛍光の両方を示す死細胞（アネキシンＶ＋／ＰＩ＋）。データ解析はマイクロソフトのエクセルを用いて行い、結果をＰｒｉｓｍバージョン７（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、カリフォルニア州、ＵＳＡ）でプロットした。
ウエスタンブロット法
細胞溶解液は、細胞ペレットを採取し、氷冷１×完全トリス溶解バッファー（１％トリトンＸ－１００、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、２０ｍＭトリス．ＨＣｌ ｐＨ７．５＋プロテアーゼ阻害剤（ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｍｉｎｉ、１錠／１０ｍｌ、Ｒｏｃｈｅ、ウェリンガーデンシティー、ハーツ、ＵＫ）、５０ｍＭ ＮａＦおよび１ｍＭ Ｎａ３Ｖ０４）を添加することで調製した。サンプルをボルテックスにかけ、氷上に３０分間置いた。溶解液を冷却遠心機で１４，０００ｒｐｍにて１５分間遠心分離を行うことにより明澄化し、タンパク質測定（ＢＣＡアッセイ－Ｐｉｅｒｃｅ、ペーズリー、ＵＫ）のために上清サンプルを取り出した。
次に、これらの細胞溶解液をウエスタンブロット法により分析した。等量のタンパク質溶解液をＳＤＳサンプルバッファー（Ｎｏｖｅｘ、ペーズリー、ＵＫ）およびＤＴＴを混合した後、１０分間煮沸した。サンプルをＳＤＳ ＰＡＧＥ（４～１２％Ｎｕ－ＰＡＧＥゲル－Ｎｏｖｅｘ、ペーズリー、スコットランド）により分離し、ニトロセルロースフィルターにブロットし、Ｏｄｙｓｓｅｙブロッキングバッファー（ＬＩ－ＣＯＲ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、リンカーン、ＵＳＡ）でブロッキングし、Ｏｄｙｓｓｅｙブロッキングバッファーに希釈した特異的一次抗体とともに４℃で一晩インキュベートした。洗浄後、ブロットをＯｄｙｓｓｅｙブロッキングバッファー（ＬｉＣｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、リンカーン、ＵＳＡ）中、１：１０，０００希釈の赤外線色素標識抗ウサギＩＲ８００または抗ヤギＩＲ８００二次抗体とともに１時間インキュベートした。次に、ブロットをスキャンしてＯｄｙｓｓｅｙ赤外線イメージングシステム（ＬｉＣＯＲ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、リンカーン、ＵＳＡ）で赤外線蛍光を検出した。
患者由来オルガノイド（ＰＤＯ）に対する増殖アッセイ
オルガノイドはＣｒｏｗｎＢＩＯオルガノイドバンクから取得し、標準的な操作手順に従い、十分な量が確保できるまで拡大した。オルガノイド播種の１日前に、必要な数のオルガノイドを５０％のマトリゲルと５０％の対応する培養培地を用いて１：１で継代した。０日目にオルガノイドを播種し、化合物を添加した。６ウェルプレートから各ウェルに２０μｌの１００×Ｄｉｓｐａｓｅ溶液を加え、３７℃で３０分間インキュベートすることによりオルガノイドを回収した。インキュベーション後、総てのウェルからオルガノイドを回収し、予め湿らせた１００μｍのフィルターを通して５０ｍｌのプラスチックチューブへピペットで移した後、フロースルーを、予め湿らせた２０μｍフィルターで濾過し、その２０μｍのフィルターを反転させ、新しい５０ｍｌチューブにオルガノイドを回収した。回収したオルガノイドを次に、対応する培養培地に再懸濁させ、計数した。オルガノイド細胞懸濁液をＭｕｌｔｉｄｒｏｐディスペンサーで３８４ウェルプレートに添加した。オルガノイド播種の２～４時間後、Ｔｅｃａｎ Ｄ３００ｅで化合物を添加し、次いでプレートをインキュベーターに戻して５日間インキュベートした。５日目に、増殖をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏアッセイによりアッセイした。ＣＴＧ試薬をアッセイプレートの各ウェルに添加した。プレートをオービタルシェーカーで１０分間混合した後、室温で１０分間インキュベートした。その後、プレートをＥｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダーで（蛍光に関して）読み取った。
ＮＨＥＪ経路：ＡＴＲＸ喪失
さらに、細胞パネルデータのバイオインフォマティクス解析により、ＡＴＲＸの欠損がＭＤＭ２化合物１に対する感受性の重要なバイオマーカーであることが予測された（図３）。ＡＴＲＸはまた、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）および相同組換え修復（ＨＲＲ）の両方によるＤＤＲの調節にも関連づけられた。
ＡＴＲＸの欠損がＭＤＭ２アンタゴニスト療法のバイオマーカーとして同定されたこと、およびバイオインフォマティクス解析は、他のＮＨＥＪまたはＨＲＲ経路遺伝子の欠損または変異が、ＭＤＭ２アンタゴニスト感受性のバイオマーカーとして働き得ることを示す。
バイオインフォマティクス解析
化合物１を２３７の癌細胞株パネルでスクリーニングした。ＩＣ５０と活性面積は、生の用量反応曲線から計算した。体細胞変異、コピー数変化、および高メチル化などのこれらの細胞株のゲノムの特徴は、Ｇａｒｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ （２０１６）に記載されているＣａｎｃｅｒ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｅｖｅｎｔｓのリストから得た。ＡＮＯＶＡ法を用いて、薬剤応答に対するゲノムの特徴の有意な関連を同定した。ＡＴＲＸ欠損を化合物１感受性の統計的に有意な（補正ｐ値＜０．２０）バイオマーカーとして同定した（図３ａおよび３ｂ）。
ＭＭＲ経路：マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）
マイクロサテライトは、１～５塩基対のモチーフの反復を複数含む領域で、ヒトゲノム中に広く分布している。正常細胞では、マイクロサテライトの反復数はミスマッチ修復（ＭＭＲ）によって確認され、細胞分裂中に維持される。ＭＭＲシステムの障害により、細胞は細胞分裂中にマイクロサテライトの長さを調節できなくなり、これをＭＳＩ（マイクロサテライト不安定性）と呼ぶ。ＭＳＩは数種類の癌（直腸結腸癌、子宮内膜癌および胃腺癌）で頻繁に観察され、ＭＳＩ－Ｈｉｇｈの大腸腫瘍は免疫増強療法に感受性がより高いことが示されている。
細胞パネルデータでは、ＭＳＩ－Ｈ大腸細胞株は化合物１に感受性であった。細胞株のマイクロサテライト安定性と腫瘍遺伝子変異量に関する情報は、Ｓａｎｇｅｒ Ｃｅｌｌ Ｍｏｄｅｌｓ Ｐａｓｓｐｏｒｔデータベースから入手した。その結果、ＭＳＩ－Ｈ細胞株は高い腫瘍遺伝子変異量（変異／Ｍｂ）を示し、ＤＮＡミスマッチ修復経路に関連する変異（例えば、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＭＬＨ３、ＰＭＳ２）に富んでいた。さらに、ＭＳＩ－Ｈ細胞株では、ＤＮＡミスマッチ修復の欠陥とＰＯＬＤ１および／またはＰＯＬＥ変異に関連する変異シグネチャーの強い濃縮を示した（図４Ａ）。まとめると、これらの所見は一貫しており、大腸、子宮内膜、および胃などのＭＳＩ腫瘍はＭＤＭ２アンタゴニストに感受性があることが示唆された。さらに、異なる適応症からの８つのＭＳＩ－Ｈ細胞株に関するｉｎ ｖｉｔｒｏの検証では、細胞増殖の減少によって測定される化合物１に対する感受性が示された（図４Ｂ）。ＭＳＩ－Ｈの状態がＭＤＭ２アンタゴニストの感受性と関連しているかどうかを確認するために、患者由来オルガノイド（ＰＤＯ）に対するさらなるｉｎ ｖｉｔｒｏ検証を行った。６個のＭＳＩ－Ｈ直腸結腸癌ＰＤＯは、細胞増殖の減少によって測定されるように、化合物１に対して感受性を示した（図４Ｃ）。ｉｎ ｖｉｖｏの有効性データでは、化合物１がＭＳＩ－Ｈ直腸結腸癌の異種移植モデル（ＨＣＴ－１１６）において腫瘍増殖を有意に阻害することが確認された（図４Ｄ）。
癌細胞株に対する増殖アッセイ
癌細胞を適当な培地で培養した。細胞を採取し、計数し、適当な密度に調整し、１００μＬ容量で９６ウェル不透明壁透明底プレートに播種し、５％ＣＯ２の加湿雰囲気下、３７℃で一晩インキュベートした。化合物１の１０ｍＭ原液をＤＭＳＯで調製した。この原液をさらにＤＭＳＯで希釈した後、終濃度０．１％ＤＭＳＯとなるように、細胞を含む９６ウェルプレートの２反復のウェルに加えた。次に、プレートを５％ＣＯ２の加湿雰囲気下、３７℃で３日間インキュベートした。各細胞株は３反復で試験した。１００μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬をアッセイプレートの各ウェルに加えた。プレートをオービタルシェーカーで１０分間混合した後、室温で１０分間のインキュベーションを行った。次に、プレートをＥｎＳｐｉｒｅプレートリーダーで（発光に関して）読み取った。各ウェルは、ＤＭＳＯ対照から培地のみの対照を差し引いた平均値のパーセンテージとして、培地のみの対照（細胞なし）を差し引いて計算した。シグモイド用量反応（可変勾配）曲線とＩＣ５０値は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、ラホヤ、カリフォルニア州 ＵＳＡ）を用いて計算した。
患者由来オルガノイド（ＰＤＯ）に対する増殖アッセイ
オルガノイドはＣｒｏｗｎＢＩＯオルガノイドバンクから取得し、標準的な操作手順に従い、十分な量が確保できるまで拡大した。オルガノイド播種の１日前に、必要な数のオルガノイドを５０％のマトリゲルと５０％の対応する培養培地を用いて１：１で継代した。０日目にオルガノイドを播種し、化合物を添加した。６ウェルプレートから各ウェルに２０μｌの１００×Ｄｉｓｐａｓｅ溶液を加え、３７℃で３０分間インキュベートすることによりオルガノイドを回収した。インキュベーション後、総てのウェルからオルガノイドを回収し、予め湿らせた１００μｍのフィルターを通して５０ｍｌのプラスチックチューブへピペットで移した後、フロースルーを、予め湿らせた２０μｍフィルターで濾過し、その２０μｍのフィルターを反転させ、新しい５０ｍｌチューブにオルガノイドを回収した。回収したオルガノイドを次に、対応する培養培地に再懸濁させ、計数した。オルガノイド細胞懸濁液をＭｕｌｔｉｄｒｏｐディスペンサーで３８４ウェルプレートに添加した。オルガノイド播種の２～４時間後、Ｔｅｃａｎ Ｄ３００ｅで化合物を添加し、次いでプレートをインキュベーターに戻して５日間インキュベートした。５日目に、増殖をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏアッセイによりアッセイした。ＣＴＧ試薬をアッセイプレートの各ウェルに添加した。プレートをオービタルシェーカーで１０分間混合した後、室温で１０分間インキュベートした。その後、プレートをＥｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダーで（蛍光に関して）読み取った。
ｉｎ ｖｉｖｏ有効性
５×１０６ ＨＣＴ１１６細胞（１００μｌのＰＢＳ中）をＢＡＬＢ／ｃヌードマウス群の右後部側腹部に皮下注射した。腫瘍はデジタルノギスを用いて外部から測定し、長さ×幅２×０．５２３として体積を計算した。試験開始前に、マウスを腫瘍体積に応じて８匹の群に分け、平均体積は約１００ｍｍ３で、正常範囲は５０～１５０ｍｍ３である。マウスには化合物１を毎日５０ｍｇ／ｋｇ投与し、実験期間中は毎日体重を記録した。動物に毒性の兆候が見られた場合、または体重が初期体重の８５％を下回った場合は投与を中止した。腫瘍体積は２～３日ごとに測定し、腫瘍体積が１０００ｍｍ３を超えた場合、または腫瘍に潰瘍形成などの異常が見られ始めた場合には動物を犠死させた。
ＤＤＲ経路データの概要
二重機能欠失型ＣＲＩＳＰＲスクリーンにより、ＤＤＲ経路がＭＤＭ２拮抗作用に対する上位増感ヒットとして同定された。これらの解析は、ＨＯＲＩＺＯＮ（ＨＲ、複製ストレス、ＮＥＲ、ＦＡ経路）と概ね一致している。
さらなる解析はＤＤＲ欠損とＭＤＭ２アンタゴニスト感受性との関連を裏付ける：
・アポトーシス患者由来中皮腫に存在するＤＤＲ／複製ストレスシグネチャー
・ＡＴＲＸ変異は、肉腫におけるＩＦＮクラスターに関連する。
・１以外の総てのアポトーシス患者由来中皮腫株は、ＡＴＭ変異を有する。非アポトーシス株は総てＡＴＭ野生型である。
・ＡＴＭ変異は、診療所での実施例観察と一致して、ＲＮＡｉデータセットにおけるＭＤＭ２依存性に関連する。
・ＡＴＭ変異細胞株（ＨＣＣ１５００、ＨＴ－１４４、ＬＮＣａｐ、ＨｅｐＧ２）は化合物１に対する感受性の増強を示す。
・ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／またはＡＴＭ変異患者由来オルガノイドは、これらの遺伝子に変化を持たないＰＤＯに比べて、化合物１に対する感受性の増強を示す。
・種々の適応および患者由来直腸結腸癌モデル由来のＭＳＩ－Ｈ細胞株は、化合物１に対する感受性を示す。
・化合物１は、ＭＳＩ－Ｈ異種移植モデル（ＨＣＴ－１１６）における腫瘍ゾ移植を有意に阻害する。
実施例３－癌細胞生存率に対する化合物１とＰＡＲＰ阻害剤の併用効果
目的：
本研究の目的は、癌細胞の生存率に対する化合物１と２つの化合物の潜在的な併用効果を調べることである。まず、異なる試験品濃度でインキュベートした後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（ＣＴＧ）発光細胞生存率アッセイを用いて３つの化合物の５０％阻害濃度（ＩＣ５０）を決定する。次に、化合物１と各１つの化合物（オラパリブ、タラゾパリブ）の併用による相乗効果を、それぞれ組合せマトリックスにより評価する。
実験デザイン
細胞株を試験品単独、試験品とマトリックスの組合せ、およびビヒクル対照としての培養培地で処理する。
材料および方法
１．細胞株
細胞を、１０％ＦＢＳ（ウシ胎仔血清）を添加した培地中、温度３７℃、５％ＣＯ２および湿度９５％で培養する。
２．材料および試薬
一般細胞培養試薬およびプラスチック
ＦＢＳ、（Ｃａｔ＃ ＦＮＤ５００、ＥｘＣｅｌｌ Ｂｉｏ）
９６ウェル透明平底黒色ポリスチレンＴＣ処理マイクロプレート（Ｃａｔ＃ ３６０３、Ｃｏｒｎｉｎｇ）
ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）発光細胞生存率アッセイ（Ｃａｔ＃ Ｇ７５７２、Ｐｒｏｍｅｇａ）
試薬の調製
ａ．使用前にＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏバッファーを解凍し、室温と平衡化する。
ｂ．使用前に凍結乾燥ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ基質を室温と平衡化する。
ｃ．凍結乾燥酵素／基質混合物を再構成するために、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ基質が入ったアンバーボトルに適当な容量（１００ｍＬ）のＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏバッファーを移す。これによりＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬を形成する。
基質バイアル
ｄ．穏やかにボルテックスにかけ、旋回させるか、または内容物を転倒させることにより混合し、均質な溶液を得る。ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ基質は１分未満で容易に溶液となるはずである。
３．試験品および参照対照
５０％阻害濃度ＩＣ５０の決定
パート１：ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（商標）細胞生存アッセイを用いたＩＣ５０の決定
１．対数増殖期の細胞を採取し、計数する。
２．各培養培地で細胞濃度を４．０×１０４細胞／ｍＬに調整する。
３．１００μＬの細胞懸濁液を３つの９６ウェルプレート（プレートＡ、ＢおよびＣ）に、最終細胞密度４×１０３細胞／ウェルで加える。
４ａ．翌日：Ｔ０読み取りのプレートの場合：
１）プレートＡおよびその内容物を室温でおよそ３０分間平衡化する。
２）５０μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬を各ウェルに加える。
３）内容物をオービタルシェーカーで５分間混合して細胞溶解を誘導する。
４）プレートを室温で２０分間インキュベートして発光シグナルを安定化させる。
５）ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルリーダーを用いて発光（Ｔ０）を記録する。
４ｂ．試験読み取りのプレートの場合：
１）試験品の５００×溶液を調製する（最高使用濃度：培地中１０μＭ／１００μＭの試験品 ３倍連続希釈で９用量レベルとする）。
２）１０×参照対照溶液を調製する（最高使用濃度：培地中１００μＭ ３．１６倍連続希釈）。
３）デジタルディスペンサーを用い、５００×薬物溶液をプレートＢの各ウェルに分注する（各薬物濃度について３反復）（培養培地中のＤＭＳＯ終濃度：０．２％［ｖ／ｖ］）。
４）リキッドハンドリングＢｉｏｍｅｋ ＦＸＰを用い、参照対照プレートＣの１０μＬ培養培地を取り出す。
５）プレートＣの各ウェルに参照対照の１０μＬ（１０×）薬物溶液ＷＰ分注する（各薬物濃度について３反復）。
６）試験プレートＢおよびＣを、加湿インキュベーター中、３７℃、５％ＣＯ２で７２時間インキュベートした後、ＣＴＧアッセイにより測定する。
５．プレートおよびその内容物を室温でおよそ３０分間平衡化する。
６．５０μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬を各ウェルに加える。
７．内容物をオービタルシェーカーで５分間混合して細胞溶解を誘導する。
８．プレートを室温で２０分間インキュベートして発光シグナルを安定化させる。
９．ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルリーダーを用いて発光（Ｔ３）を記録する。
パート２：相乗作用または拮抗作用の判定
１．対数増殖期の細胞を採取し、計数する。
２．各培養培地で細胞濃度を４．０×１０４細胞／ｍＬに調整する。
３．１００μＬの細胞懸濁液を３つの９６ウェルプレート（プレートＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ）に、最終細胞密度４×１０３細胞／ウェルで加える。
４ａ．翌日：Ｔ０読み取りのプレートの場合：
１）プレートＡおよびその内容物を室温でおよそ３０分間平衡化する。
２）５０μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬を各ウェルに加える。
３）内容物をオービタルシェーカーで５分間混合して細胞溶解を誘導する。
４）プレートを室温で２０分間インキュベートして発光シグナルを安定化させる。
５）ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルリーダーを用いて発光（Ｔ０）を記録する。
４ｂ．試験読み取りのプレートの場合：
１）用量範囲：１０μＭ、３．３３μＭ、１．１１μＭ、０．３７μＭ、０．１２μＭ、０．０４１μＭの各試験品の薬物溶液を調製する。
２）デジタルディスペンサーを用い、試験プレートＢ、Ｃ、Ｄの各ウェルに各試験品の１０００×薬物溶液を同時に分注して（各薬物濃度について３反復）、以下の終濃度：１０μＭ、３．３３μＭ、１．１１μＭ、０．３７μＭ、０．１２μＭ、０．０４１μＭとする。
３）試験プレートＢ、Ｃ、Ｄを、加湿インキュベーター中、３７℃、５％ＣＯ２で７２時間インキュベートした後、ＣＴＧアッセイにより測定する。
４）プレートおよびその内容物を室温でおよそ３０分間平衡化する。
５）５０μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬を各ウェルに加える。
６）内容物をオービタルシェーカーで５分間混合して細胞溶解を誘導する。
７）プレートを室温で２０分間インキュベートして発光シグナルを安定化させる。
注：標準プレート内の不均一な発光シグナルは、温度勾配、細胞の不均一な播種、またはマルチウォールプレートのエッジ効果によるものであり得る。
８）ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルリーダーを用いて発光（Ｔ３）を記録する。
データ解析
パート１：ＩＣ５０の決定
データは、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５．０を用いてグラフ表示する。
絶対ＩＣ５０（ＥＣ５０）を算出するため、用量反応曲線はシグモイド型用量反応を持つ非線形回帰モデルを用いてフィッティングする。生存率の計算式を以下に示し、絶対 ＩＣ５０（ＥＣ５０）は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５．０で作成した用量反応曲線に従って算出する。
生存率（％）＝（ＬｕｍＴｅｓｔ ａｒｔｉｃｌｅ－ＬｕｍＭｅｄｉｕｍ ｃｏｎｔｒｏｌ）／（ＬｕｍＮｏｎ－ｔｒｅａｔｅｄ－ＬｕｍＭｅｄｉｕｍ ｃｏｎｔｒｏｌ）×１００％
パート２：相乗作用または拮抗作用の判定
相乗作用は、Ｃｏｍｂｅｎｅｆｉｔソフトウエア[Bioinformatics 2016, 32 (18), 2866-2868.]に基づき、相乗作用を計算するための３つの搭載アルゴリズムのうちの１つ最高単剤（ＨＳＡ）[Nature biotechnology 2012, 30 (11), 1125-30]を用いて算出する。
平均デルタスコアが５（予想を超える５％の反応）より高い場合は、有意とみなされる。
ここで報告されるデルタスコアは、ある特定の用量レベルでの薬剤併用による予想を超える応答のパーセンテージを示している。デルタスコアが５（予想を超える５％の応答）より高ければ、有意とみなされる。
結果
これらの結果は、化合物１とＰＡＲＰ阻害剤の間の明らかな相乗作用を示す。特に、これらの結果は、ＤＤＲ枯渇細胞株における化合物１とＰＡＲＰ阻害剤の間の明らかな相乗作用を示す。
医薬製剤例
（ｉ）錠剤製剤
式（Ｉｏ）の化合物を含有する錠剤組成物は、適当な量の化合物（例えば、５０～２５０ｍｇ）を適当な希釈剤、崩壊剤、打錠剤および／または流動促進剤と混合することにより調製される。１つの可能な錠剤は、５０ｍｇの化合物を希釈剤としての１９７ｍｇのラクトース（ＢＰ）、および滑沢剤としての３ｍｇのステアリン酸マグネシウムを含んでなり、既知の方法で圧縮成形される。圧縮錠剤は場合によりフィルムコーティングを行ってもよい。
（ｉｉ）カプセル製剤
カプセル製剤は、１００～２５０ｍｇの式（Ｉｏ）の化合物を等量のラクトースと混合し、得られた混合物を標準的なゼラチン硬カプセルに入店することにより調製される。必要に応じ、適当な崩壊剤および／または流動促進剤を適当な量で含むことができる。
（ｉｉｉ）注射製剤Ｉ
注射投与のための非経口組成物は、式（Ｉｏ）の化合物（例えば、塩形態）を、１０％プロピレングリコールを含有する水に溶解させて、１．５重量％濃度の有効化合物とすることにより調製することができる。次に、この溶液を等張にし、濾過除菌または最終滅菌により滅菌し、アンプルまたはバイアルまたは充填済みシリンジに充填し、密封する。
（ｉｖ）注射製剤ＩＩ
注射用非経口組成物は、水に式（Ｉｏ）の化合物（例えば、塩形態）（２ｍｇ／ｍｌ）およびマンニトール（５０ｍｇ／ｍｌ）を溶解させ、この溶液を濾過除菌または最終滅菌により滅菌し、密封可能なアンプルまたはバイアルまたは充填済みシリンジに充填することにより調製される。
（ｖ）注射製剤ＩＩＩ
注射または注入によるｉ．ｖ．送達用の製剤は、式（Ｉｏ）の化合物（例えば、塩形態）を水に２０ｍｇ／ｍｌで溶解させた後、等張とすることにより調製することができる。次に、バイアルを密封し、オートクレーブにより滅菌するか、またはアンプルもしくはバイアルもしくは充填済みシリンジに濾過除菌により充填して密封する。
（ｖｉ）注射製剤ＩＶ
注射または注入によるｉ．ｖ．送達用の製剤は、式（Ｉｏ）の化合物（例えば、塩形態）を、バッファー（例えば、０．２Ｍ酢酸塩 ｐＨ４．６）を含有する水に２０ｍｇ／ｍｌで溶解させることにより調製することができる。次に、バイアル、アンプルまたは充填済みシリンジを密封し、オートクレーブまたは濾過除菌により滅菌し、密封する。
（ｖｉｉ）皮下または筋肉内注射製剤
皮下または筋肉内投与用の組成物は、式（Ｉｏ）の化合物を製薬等級のトウモロコシ油と混合して５～５０ｍｇ／ｍｌの濃度とすることにより調製される。組成物を滅菌し、適切な容器に充填する。
（ｖｉｉｉ）凍結乾燥製剤Ｉ
調剤した式（Ｉｏ）の化合物のアリコートを５０ｍｌのバイアルに入れ、凍結乾燥させる。凍結乾燥中、組成物は－４５℃で１工程凍結プロトコールを用いて凍結させる。アニーリングのために温度を－１０℃に上げた後、－４５℃に下降させて凍結させ、その後、＋２５℃でおよそ３４００分間一次乾燥させ、その後、温度が５０℃になれば段階的に上昇させて二次乾燥を行う。一次乾燥および二次乾燥中の圧力は８０ミリトルに設定する。
（ｉｘ）凍結乾燥製剤ＩＩ
調剤した本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその塩のアリコートを５０ｍＬのバイアルに入れ、凍結乾燥させる。凍結乾燥中、組成物は－４５℃で１工程凍結プロトコールを用いて凍結させる。アニーリングのために温度を－１０℃に上げた後、－４５℃に下降させて凍結させ、その後、＋２５℃でおよそ３４００分間一次乾燥させ、その後、温度が５０℃になれば段階的に上昇させて二次乾燥を行う。一次乾燥および二次乾燥中の圧力は８０ミリトルに設定する。
（ｘ）ｉ．ｖ．投与に使用するための凍結乾燥製剤ＩＩＩ
式（Ｉｏ）の化合物をバッファーに溶解させることにより水性緩衝溶液を調製する。緩衝溶液を、粒状物質を除去するために濾過しながら容器（例えば、タイプ１ガラスバイアル）に充填し、次にこれを部分的密封する（例えば、フルオロテックストッパーによる）。化合物および製剤が十分に安定であれば、製剤を１２１℃で適切な時間オートクレーブにかけることにより滅菌する。製剤がオートクレーブをかけるには安定でない場合には、適切なフィルターを用いて除菌し、無菌条件下で無菌バイアルに充填する。この溶液を、適切なサイクルを用いて凍結乾燥させる。凍結乾燥サイクルが完了したところで、バイアルに大気圧まで窒素を再充填し、栓をして固定する（例えば、アルミニウムクリンプで）。静脈内投与には、凍結乾燥固体を０．９％生理食塩水または５％デキストロースなどの薬学上許容可能な希釈剤で再構成することができる。溶液はそのまま投与することもでき、または使用前に注入バッグ（０．９％生理食塩水または５％デキストロースなどの薬学上許容可能な希釈剤を含有する）にさらに希釈することもできる。
（ｘｉｉ）ボトル中の粉末
経口投与用の組成物は、ボトルまたはバイアルに式（Ｉｏ）の化合物を充填することにより調製される。次に、組成物を適切な希釈剤、例えば、水、果汁、またはＯｒａＳｗｅｅｔもしくはＳｙｒｓｐｅｎｄなどの市販のビヒクルで再構成する。再構成溶液を投与のために投与カップまたは経口シリンジに分注してもよい。
本明細書に記載された実施例および実施形態は、例示を目的とするものにすぎず、当業者にはそれを考慮した様々な修正または変更が示唆され、本願の趣旨および範囲、ならびに添付の特許請求の範囲に含まれることが理解される。本明細書に引用される総ての刊行物、配列受託番号、特許および特許出願は、目的を問わず、参照によりその全体が本明細書の一部とされる。

Claims (58)

  1. 癌を治療する方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌が１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物が枯渇しているか、あるいは、前記癌が少なくとも１つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
  2. 前記１以上のＤＤＲ経路が、
    ａ．相同組換え修復（ＨＲＲ）経路；
    ｂ．非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路；
    ｃ．ミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路；
    ｄ．ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路；および／または
    ｅ．塩基除去修復（ＢＥＲ）経路
    である、請求項１に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  3. 前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物が、ＡＴＭ以外のＨＲＲ経路遺伝子もしくは遺伝子産物を含んでなる、もしくはからなる；または
    前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物がＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２、ならびにＡＴＭを含んでなる、もしくはからなる、
    請求項１または２に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  4. 前記１以上の遺伝子または遺伝子産物がＡＴＲＸを含んでなる、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  5. 前記１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物がＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、ＭＬＨ３、ＰＭＳ２、ＰＯＬＥおよび／もしくはＰＯＬＤ１を含んでなる；あるいは
    前記癌がＤＮＡミスマッチ修復の欠陥に関連する突然変異シグネチャーＳＢＳ６もしくはＳＢＳ２６、および／またはＰＯＬＤ１突然変異シグネチャーＳＢＳ２０を含んでなる、
    請求項１～４のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  6. 前記１以上の遺伝子または遺伝子産物がＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＩ、ＦＡＮＣＪ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＮ、ＦＡＮＣＯ、ＦＡＮＣＰ、ＦＡＮＣＱ、ＦＡＮＣＲ、ＦＡＮＣＳ、ＦＡＮＣＴ、ＦＡＮＣＵ、ＦＡＮＣＶおよび／またはＦＡＮＣＷを含んでなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  7. ＤＤＲ遺伝子の枯渇または突然変異が癌のマイクロサテライト不安定性状態および／または腫瘍遺伝子変異量を評価することにより検出され、前記癌がＭＳＩ－ｈｉｇｈであってもよい、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法における使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  8. 患者組織のサンプルが治療前に癌発現プロファイルを決定するために検査される、請求項１～７のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  9. 前記サンプルが癌ＤＮＡ、ｃｔＤＮＡ、または癌細胞を含んでなる、請求項８に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  10. 前記検査が、タンパク質、ｍＲＮＡおよび／またはｃｔＤＮＡを検出するためのアッセイを含んでなる、請求項８または９に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  11. （ｉ）タンパク質が、イムノアッセイ、タンパク質結合アッセイ、抗体ベースアッセイ、抗原結合タンパク質ベースアッセイ、タンパク質ベースアレイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、フローサイトメトリー、タンパク質アレイ、ブロット、ウエスタンブロット、ネフェロメトリー、タービディメトリー、クロマトグラフィー、質量分析、酵素活性、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫化学発光、免疫電気化学発光、免疫電気泳動、競合イムノアッセイ、もしくは免疫沈降を用いて検出され；および／または（ｉｉ）ｍＲＮＡがＲＴ－ＰＣＲもしくは定量的遺伝子発現アッセイを用いて検出され；および／または（ｉｉｉ）ＤＮＡもしくはＲＮＡが次世代シークエンシング（Next Generation Sequencing）により検出され；および／または（ｉｖ）タンパク質が免疫組織化学により検出される、請求項１０に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  12. 前記患者が決定された発現プロファイルに基づき治療のために選択される、請求項８～１１のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  13. 前記癌が、
    急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、扁平上皮癌または頭部、頸部、皮膚、消化器系もしくは生殖道の腫瘍；または
    前立腺癌、卵巣癌、乳癌もしくは婦人科癌；または
    直腸結腸癌、胃癌または婦人科癌
    である、請求項１～１２のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  14. 前記癌がＰ５３野生型である、請求項１～１３のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  15. 前記癌細胞が治療工程の後にアポトーシスを受ける、請求項１～１４のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  16. 少なくともある割合の癌細胞においてＭＤＭ２アンタゴニストにより、活性化されたカスパーゼ－３が誘導される、請求項１～１５のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  17. 少なくとも４０％の癌細胞または少なくとも６０％の癌細胞において、ＭＤＭ２アンタゴニストにより、活性化されたカスパーゼ－３が誘導される、請求項１６に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  18. 前記癌が、
    対照に比べて、ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＡＰ１およびＳＫＰ２のうち１つ、２つまたは３つの発現の低下；ならびに／または
    対照に比べて、インターフェロンシグネチャー遺伝子のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つもしくはそれを超えるものの発現の上昇
    を示す、請求項１～１７のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  19. 前記インターフェロンシグネチャー遺伝子がＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＲＳＡＤ２、ＭＸ１、ＢＡＴＦ２、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩＴＭ１、ＩＳＧ１５、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩ２７、ＣＤ７４、ＩＦＩＨ１、ＣＣＲＬ２、ＩＦＩ４４、ＨＥＲＣ６、ＩＳＧ２０、ＩＦＩＴ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＯＡＳ１、ＩＦＩ３５、ＩＲＦ９、ＥＰＳＴＩ１、ＵＳＰ１８、ＢＳＴ２、ＣＳＦ１、Ｃ１Ｓ、ＤＨＸ５８、ＴＲＩＭ１４、ＯＡＳＬ、ＩＲＦ７、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、ＤＤＸ６０、ＬＡＰ３、ＬＡＭＰ３、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＳＰ１１０、ＰＬＳＣＲ１、ＷＡＲＳ、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１およびＦＬＩ１であり；または
    前記癌がＣＸＣＬ１０もしくはＣＸＣＬ１１の発現の上昇を示す、
    請求項１８に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  20. 前記癌がＩＲＦ７、ＳＴＡＴ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＭＳＣ、ＪＵＮ、ＳＰＩ１、ＩＲＦ１、ＣＯＭＭＤ３－ＢＭＩ１、ＳＴＡＴ２、ＲＵＮＸ３、ＳＲＥＢＦ１、ＩＲＦ９およびＦＬＩ１のうち１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるものの発現の上昇を示す、請求項１～１９のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  21. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－ｙｌ）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２］－イル－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、請求項１～２０のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  22. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、化合物１、イダサヌトリン（ＲＧ－７３８８）、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２（ＡＭＧ－２３２）、ＡＬＲＮ－６９２４、ＭＩ－７７３（ＳＡＲ４０５８３８）、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
    またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される、請求項１～２１のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  23. 癌がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に感受性があるかどうかを評価するための１または複数のバイオマーカーとしての、ヒト患者の癌細胞サンプル中の１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のうち１以上の発現または活性レベルの使用であって、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物がＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含み、例えば、前記ＭＤＭ２アンタゴニストは、本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩または溶媒和物である、使用。
  24. ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の応答性を予後判定または評価するための方法であって、癌患者由来サンプルにおいて、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性レベルを評価すること、ならびに検査された発現または活性レベルが、前記癌をＭＤＭ２アンタゴニストで治療すべきことを示すかどうかを判定することを含んでなる、方法。
  25. 前記評価工程が、前記発現または活性レベルを、（ｉ）ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する応答性もしくは非応答性に関連する発現もしくは活性レベル、または（ｉｉ）同じタイプの健康な非癌細胞の発現もしくは活性レベルと比較することを含んでなる、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記患者がバイオマーカープロファイルに基づく群に分類され、場合により、前記群は、
    （ｉ）応答者および非応答者；または
    （ｉｉ）強い応答者
    を含んでなる、またはからなる、請求項２４または２５に記載の方法。
  27. １つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０のまたはそれを超えるＤＤＲ経路遺伝子が、治療に適切でないと識別される患者よりも低レベルで発現される場合に、患者が治療に特に適切であると識別される、請求項２４～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. （ｉ）ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対する非応答性に関連する発現レベル、または（ｉｉ）同じタイプの健康な非癌細胞の発現レベルに比べて、１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現の低下が検出された場合に、ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に関して患者が特定される、請求項２４～２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記ヒト患者由来の癌細胞サンプルにおいて前記バイオマーカーの発現または活性レベルを検出する工程を含んでなる、請求項２４～２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記検出がｉｎ ｖｉｔｒｏ検出アッセイを用いて実施される、請求項２９に記載の方法。
  31. ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の感受性を判定する方法であって、前記患者由来の癌細胞サンプルにおいて、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性を検出すること、ならびに前記患者の癌がＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に応答する可能性があるかどうかを、前記サンプルにおけるバイオマーカーの発現または活性レベルに基づいて評価することを含んでなる、方法。
  32. 癌に罹患しているヒト患者において１以上のＤＤＲ経路遺伝子の発現または活性レベルを検出する方法であって、前記１以上のＤＤＲ遺伝子がＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、方法。
  33. （ａ）ヒト患者から癌細胞サンプルを取得する工程；および
    （ｂ）前記サンプルを、前記１または複数のバイオマーカーの発現を検出するための１以上の試薬と接触させることにより、前記１または複数のバイオマーカーが、サンプリングされた癌細胞において発現しているかどうかを検出する工程
    を含んでなる、請求項３２に記載の方法。
  34. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、請求項２４～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、化合物１、イダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２、ＡＬＲＮ－６９２４、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
    またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される、請求項２４～３３のいずれか一項に記載の方法。
  36. ＭＤＭ２アンタゴニストを投与することにより、前記患者における癌を治療する工程をさらに含んでなる、請求項２４～３５のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、本明細書に定義されるような式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、イダサヌトリン、ＨＤＭ－２０１、ＫＲＴ－２３２、ＡＬＲＮ－６９２４、ＡＬＲＮ－６９２４、ＣＧＭ－０９７、トシル酸ミラデメタン、ＡＰＧ－１１５、ＢＩ－９０７８２８、ＬＥ－００４、ＤＳ－５２７２、ＳＪ－０２１１、ＢＩ－０２５２、ＡＭ－７２０９、ＳＰ－１４１、ＳＣＨ－１４５０２０６、ＮＸＮ－６、ＡＤＯ－２１、ＣＴＸ－５０－ＣＴＸ－１、ＩＳＡ－２７、ＲＯ－８９９４、ＲＯ－６８３９９２１、ＡＴＳＰ－７０４１、ＳＡＨ－ｐ５３－８、ＰＭ－２、Ｋ－１７８、ＭＭＲｉ－６４および
    またはその互変異性体もしくは溶媒和物もしくは薬学上許容可能な塩からなる群から選択される、請求項３６に記載の方法。
  39. 前記治療が方法の結果に基づいて患者に提供される、請求項３６～３８のいずれか一項に記載の方法。
  40. ヒト患者由来サンプルにおいてＭＤＭ２阻害に対する感受性に関する少なくとも１つのバイオマーカーの発現または活性レベルを検出するためのキットまたは装置であって、１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を検出するための検出試薬を含んでなり、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物がＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、キットまたは装置。
  41. ＭＤＭ２アンタゴニストによる治療に対するヒト癌患者の適合性を判定するためのシステムであって、
    対象由来サンプルにおけるバイオマーカーの発現または活性レベルを示すバイオマーカーのパネルに関連するデータを含んでなる患者由来サンプルに関連するデータを保存するためのストレージメモリ；ならびに患者を分類するためにストレージメモリに通信可能に接続されたプロセッサを含んでなり、
    前記バイオマーカーパネルが１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物を含んでなり、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物がＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、システム。
  42. 前記癌が１以上のＤＤＲ経路遺伝子、遺伝子産物または活性の喪失を示し、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子、遺伝子産物または活性は、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、請求項１～４１のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト、使用、方法、キットまたはシステム。
  43. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストが、第２の治療薬、任意でＰＡＲＰ阻害剤、との併用療法の一部である、請求項１～３９または４２のいずれか一項に記載の使用のためのＭＤＭ２アンタゴニスト、使用、または方法。
  44. 癌を治療する方法において、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するため、例えば、ＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させるため、の薬剤と併用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、
    前記癌が、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のレベルが正常であるかもしくは高く、１以上のＤＤＲ遺伝子もしくは遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／もしくはＢＲＣＡ２を含んでなり、または前記癌がいずれのＤＤＲ経路遺伝子にも検出可能な機能欠失型突然変異を持たない、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
  45. 患者において癌を治療する方法であって、
    （ａ）前記患者から取得した生物学的サンプル内のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のレベルが正常であるかまたは高い患者を選択する工程であって、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物は、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、工程；ならびに
    （ｂ）工程（ａ）で選択された前記患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニスト、および、例えば、ＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子または遺伝子産物のレベルを低下させることにより、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤を投与する工程
    を含んでなる、方法。
  46. 前記ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤がＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤である、請求項４４に記載のＭＤＭ２アンタゴニストまたは請求項４５に記載の方法。
  47. 患者における、請求項１～７のいずれか一項に定義されるような癌の治療における使用のための、ＭＤＭ２阻害剤を含んでなる医薬組成物であって、前記ＭＤＭ２阻害剤が式（Ｉｏ）の化合物またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物、例えば、（２Ｓ，３Ｓ）－３－（４－クロロフェニル）－３－［（１Ｒ）－１－（４－クロロフェニル）－７－フルオロ－５－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシ－１－（オキサン－４－イル）プロピル］－１－メトキシ－３－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イソインドール－２－イル］－２－メチルプロパン酸またはその互変異性体、Ｎ－オキシド、薬学上許容可能な塩もしくは溶媒和物である、医薬組成物。
  48. （ｉ）患者由来サンプルが１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物を欠損しているか、または前記癌がＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有することを判定する工程であって、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、工程；
    （ｉｉ）有効量のＭＤＭ２アンタゴニストを前記患者に投与する工程
    を含んでなる、癌患者の治療方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  49. 癌を治療する方法において、抗癌剤、例えば、ＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤、と併用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌が、1以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のレベルが低いか、または前記癌がいずれかのＤＤＲ経路遺伝子に検出可能な機能欠失型突然変異を有し、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
  50. 患者において癌を治療する方法であって、
    （ａ）前記患者から取得した生物学的サンプル内のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物のレベルが低い患者を選択する工程であって、前記ＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、工程；ならびに
    （ｂ）工程（ａ）で選択された前記患者に、治療上有効な量のＭＤＭ２アンタゴニスト、および抗癌剤、例えば、ＤＮＡ傷害剤またはＤＮＡ修復阻害剤を投与する工程
    を含んでなる、方法。
  51. 癌を治療する方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌が１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物を欠損しているか、または前記癌が少なくとも１つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、前記１以上のＤＤＲ遺伝子または遺伝子産物が、ＡＴＭおよび／またはＡＴＲからならない、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
  52. 癌を治療する方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニストであって、前記癌が１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における２つ以上の遺伝子もしくは遺伝子産物を欠損しているか、または前記癌が少なくとも２つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有する、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
  53. 前記ＤＤＲ経路が、
    ａ．相同組換え修復（ＨＲＲ）経路、ただし、前記ＤＤＲ遺伝子または遺伝子産物はＡＴＭおよび／またはＡＴＲからならない；
    ｂ．非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路；
    ｃ．ミスマッチ修復（ＭＭＲ）経路；
    ｄ．ファンコーニ貧血（ＦＡ）経路；および／または
    ｅ．塩基除去修復（ＢＥＲ）経路
    である、請求項５１または５２に記載の方法において使用するためのＭＤＭ２アンタゴニスト。
  54. 本明細書のいずれかの実施形態に記載の方法において使用するための、ＭＤＭ２アンタゴニスト。
  55. 対象において癌を治療する方法であって、前記対象にＭＤＭ２アンタゴニストを投与することを含んでなり、前記癌が１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物を欠損しているか、または前記癌が少なくとも１つのＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有し、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、方法。
  56. 患者において癌を治療する方法であって、前記癌が１以上のＤＤＲ経路遺伝子、遺伝子産物または活性の喪失を示し、前記患者にＭＤＭ２アンタゴニストを投与することを含んでなり、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、方法。
  57. 患者において癌を治療する方法であって、
    前記癌が、１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物のレベルが正常であるかもしくは高く、または前記癌がいずれのＤＤＲ経路遺伝子にも検出可能な機能欠失型突然変異を持たず、
    前記患者に、ＭＤＭ２アンタゴニストを、ＭＤＭ２アンタゴニストに対する感受性を誘導するための薬剤と組み合わせて投与することを含んでなる、方法。
  58. ＭＤＭ２アンタゴニスト治療に感受性のある癌を有する患者を治療する方法であって、
    （ｉ）患者由来のサンプルが１以上のＤＮＡ損傷修復（ＤＤＲ）経路における１以上の遺伝子もしくは遺伝子産物を欠損しているか、または前記癌がＤＤＲ経路遺伝子に少なくとも１つの機能欠失型突然変異を有することを判定する工程であって、前記１以上のＤＤＲ経路遺伝子または遺伝子産物が、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２を含む、工程；
    （ｉｉ）有効量のＭＤＭ２アンタゴニストを前記患者に投与する工程
    を含んでなる、方法。
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