JP2024506758A - 改変された幹細胞組成物およびその使用方法 - Google Patents
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Abstract
幹細胞移植における改変幹細胞とその使用法を提供する。
Description
関連出願
本出願は、2021年2月9日出願の米国仮特許出願第63/147,627号および2021年10月18日出願の米国仮特許出願第63/257,012号に基づく優先権の利益を主張するものであり、これらは引用によりその内容全体を本明細書に包含させる。
本出願は、2021年2月9日出願の米国仮特許出願第63/147,627号および2021年10月18日出願の米国仮特許出願第63/257,012号に基づく優先権の利益を主張するものであり、これらは引用によりその内容全体を本明細書に包含させる。
配列表
本出願はEFS-Webを通じて電子的に提出され、電子的に提出されたテキスト形式の配列表を含む。テキストファイルには、2022年2月8日に作成されたJATH_001_01WO_ST25.txtという表題の配列表が含まれており、サイズは82キロバイトである。このテキストファイルに含まれる配列表は、本明細書の一部であり、引用することによりその内容全体を本明細書に包含させる。
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発明の分野
本発明は、改変された造血幹細胞、例えば構成的に活性な改変されたCD117を含む造血幹細胞、および造血幹細胞移植のためのそれらの使用に関する。
本発明は、改変された造血幹細胞、例えば構成的に活性な改変されたCD117を含む造血幹細胞、および造血幹細胞移植のためのそれらの使用に関する。
背景
造血細胞移植(HCT)は一般に、骨髄、末梢血、臍帯血から得られた自家または同種ドナーの造血幹細胞(HSC)または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)を、骨髄または免疫系に損傷または欠陥のある対象に静脈内点滴することを含む。造血幹細胞移植は、白血病などの癌および先天性免疫不全症など、多くの疾患の治療の一部として行われ得る。
造血細胞移植(HCT)は一般に、骨髄、末梢血、臍帯血から得られた自家または同種ドナーの造血幹細胞(HSC)または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)を、骨髄または免疫系に損傷または欠陥のある対象に静脈内点滴することを含む。造血幹細胞移植は、白血病などの癌および先天性免疫不全症など、多くの疾患の治療の一部として行われ得る。
HCTは通常、ドナーのHSCが生着するために、内因性HSCの骨髄ニッチを除去するための準備または条件付け(preparative or conditioning)レジメンを伴う。現在の条件付けレジメンには、DNAに損傷を与える放射線療法および/または化学療法が含まれることがあり、これらの治療にはHCTの使用を制限する毒性作用がある。最近、HSCを標的とし、枯渇させる非遺伝毒性アプローチが開発され、これは、HSCおよび前駆細胞(HSPC)の表面に発現される受容体チロシンキナーゼであるヒトCD117(c-Kit)と結合する抗体を用いるものである。抗c-Kit抗体による処置は、インビボでヒト造血を抑制し、ヒト細胞を異種移植したマウスでヒトHSCを枯渇させ、ヒト以外の霊長動物の造血幹細胞を安全に枯渇させることが示されている(Agarwal, R. et al., Blood (2019) 134 (Supplement_1):800。
それにもかかわらず、毒性が減少し、移植されたHSCおよび/またはHSPCの生着が増加する条件付き方法を含む、HCTのための改善された組成物および方法が当技術分野で必要とされている。本発明はこのニーズに応えるものである。
発明の概要
本発明は、とりわけ、新規の改変されたCD117ポリペプチド、関連組成物および造血幹細胞移植におけるその使用法を提供する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、幹細胞因子(SCF)結合の不存在下でHSCおよび/またはHSPCにおけるシグナル伝達が可能である。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCにおいて発現または存在するとき、構成的シグナル伝達および/またはCD117介在キナーゼ活性を提供する。従って、特定の態様において、HSCおよび/またはHSPCにおいて発現または存在するとき、改変型CD117ポリペプチドは、CD117へのSCF結合を阻止する抗体によって結合されたとき、CD117シグナル伝達を可能にする。
本発明は、とりわけ、新規の改変されたCD117ポリペプチド、関連組成物および造血幹細胞移植におけるその使用法を提供する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、幹細胞因子(SCF)結合の不存在下でHSCおよび/またはHSPCにおけるシグナル伝達が可能である。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCにおいて発現または存在するとき、構成的シグナル伝達および/またはCD117介在キナーゼ活性を提供する。従って、特定の態様において、HSCおよび/またはHSPCにおいて発現または存在するとき、改変型CD117ポリペプチドは、CD117へのSCF結合を阻止する抗体によって結合されたとき、CD117シグナル伝達を可能にする。
一面において、本明細書は、野生型CD117ポリペプチドと比較して1以上のアミノ酸修飾、例えば、1以上のアミノ酸置換、挿入または欠失を含む改変型CD117ポリペプチドを提供する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、1以上のアミノ酸置換、例えば、野生型ヒトCD117に存在する以下のアミノ酸の1以上、例えば、D816V置換および/またはN505I置換のような、N505またはD816を含む。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドの細胞外ドメイン、膜貫通領域または細胞内ドメインの表面露出アミノ酸残基または領域、例えば、膜近傍領域またはキナーゼドメインに位置する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチド、またはその機能的フラグメントに対して、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相同性を有する。特定の態様において、野生型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトCD117ポリペプチドであり、要すれば、以下のアミノ酸配列のうちの1つを有する:
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号1);または、
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号2)。
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号1);または、
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特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドと比較して、キナーゼ活性を実質的に保持し、いくつかの態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドと比較して、キナーゼ活性を実質的に増加させる。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、SCF結合の存在下での野生型CD117ポリペプチドのキナーゼ活性と比較して、SCF結合の不存在下でのキナーゼ活性、要すれば構成的キナーゼ活性を実質的に保持するか、または増加させる。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドと比較して、要すればSCF結合に応答して、キナーゼ活性を実質的に保持し得る。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドと比較して、要すればSCF結合に応答して、キナーゼ活性を増加させ得る。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドを発現する細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCにおいて、SCF結合に応答して、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、または少なくとも95%の構成的キナーゼ活性を、要すればSCF結合の不存在下で有し得る。
特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCにおいて発現される改変型CD117ポリペプチドによるc-Kitシグナル伝達または細胞増殖(要すれば、必ずしもSCF結合に応答する必要はないが)を実質的に阻害または低下させない。
特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCにおいて発現される改変型CD117ポリペプチドへの抗c-Kit抗体の結合を実質的に阻害または低下させない。特定の態様において、抗c-Kit抗体は、野生型CD117および/または改変型CD117ポリペプチドへのSCFの結合を破壊または阻止する。特定の態様では、抗c-Kit抗体は、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つに存在する6つのCDRを含む。特定の態様では、抗c-Kit抗体は、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つである。
特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞内で発現される改変型CD117ポリペプチドへの幹細胞因子(SCF)の結合を実質的に阻害または減少させない。
関連する態様において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を提供する。特定の態様では、核酸はRNA、DNAまたはそれらの組合せを含む。一態様において、核酸は修飾mRNAを含む。特定の態様では、核酸は1以上の脂質と結合しており、要すれば、核酸は脂質核酸粒子、脂質ナノ粒子、またはリポソーム内に存在する。
さらなる関連する態様において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含むベクターを提供する。特定の態様において、ベクターは発現ベクター、例えばAAVベクターまたはレンチウイルスベクターである。特定の態様では、ベクターは造血幹細胞を形質導入することができる。関連する態様において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含むベクターを含む宿主細胞を提供する。特定の態様では、宿主細胞は細菌細胞または哺乳動物細胞である。
別の関連する態様において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドおよび/または改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む改変された細胞を提供する。特定の態様では、細胞は改変型CD117ポリペプチドおよび野生型CD117ポリペプチドの両方を発現する。特定の態様では、細胞はベクターで形質導入された。特定の態様では、細胞は幹細胞である。特定の態様では、細胞は造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)または造血幹細胞(HSC)である。特定の態様では、細胞はCD34+であり、いくつかの態様では、細胞はCD34+/CD90+、CD34+/CD38-、CD34+/CD38-/CD90+、またはCD34+/CD133+である。ある態様では、細胞はヒト細胞である。ある態様では、細胞は哺乳動物ドナーから得られた。特定の態様では、哺乳動物ドナーは造血幹細胞移植を必要とする対象であり(自家ドナー)、他の態様では、哺乳動物ドナーは造血幹細胞移植を必要とする対象ではない(同種ドナー)。特定の態様において、細胞は改変型CD117ポリペプチドを発現し、要すれば、改変された細胞は改変型CD117ポリペプチドを一過性に発現する。特定の態様では、改変型CD117ポリペプチドは細胞表面または細胞膜に発現し、特定の態様では、細胞は抗CD117抗体の存在下および/またはSCFの不存在下で増殖可能である。特定の態様において、抗CD117抗体は、野生型CD117のみを発現する細胞の増殖および/または生存を阻害できるが、改変型CD117ポリペプチドを発現する細胞の増殖および/または生存を実質的に阻害しない。いくつかの態様において、抗CD117抗体は、野生型CD117のみを発現する細胞のアポトーシスまたは細胞死を誘導するが、改変型CD117ポリペプチドを発現する細胞のアポトーシスまたは細胞死を実質的に誘導しない。特定の態様では、抗CD117抗体との接触または抗CD117抗体の存在は、野生型CD117ポリペプチドのみを発現する細胞と比較して、改変型CD117ポリペプチドを発現する細胞において50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、または10%未満の細胞死をもたらす。いくつかの態様において、抗CD117抗体は、JSP191、CDX-0159、AB85、およびFSI-174からなる群より選択される。
さらなる関連する態様において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む改変された細胞、例えばHSC、および薬学的に許容される賦形剤、担体または希釈剤を含む医薬組成物を提供する。いくつかの態様において、医薬組成物は、抗CD117抗体をさらに含む。特定の態様において、医薬組成物は、1以上の抗CD47抗体、抗CD40L抗体、抗CD122抗体、抗CD4抗体、および/または抗CD8抗体をさらに含む。
特定の態様において、本発明は、薬学的に許容される賦形剤、担体または希釈剤、ならびに改変された造血幹細胞(HSC)または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)を含む医薬組成物を提供し、ここで、改変されたHSCまたはHSPCは、改変型CD117ポリペプチドを含み、要すれば、前記改変型CD117ポリペプチドは構成的c-Kitシグナル伝達および/またはキナーゼ活性を有し、要すれば、野生型CD117のみを発現するHSPCの増殖および/または生存を阻害できる抗c-Kitモノクローナル抗体と接触させたときに、前記改変された細胞が増殖および/または生存できる。特定の態様において、改変型CD117のc-Kitシグナル伝達および/またはキナーゼ活性は、抗c-Kitモノクローナル抗体によって実質的に阻害されない。特定の態様において、抗c-Kitモノクローナル抗体は、SCFのCD117への結合を阻害する。特定の態様において、抗c-Kitモノクローナル抗体は、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つに存在する6つのCDRのうちの1以上を含む。特定の態様において、抗c-Kitモノクローナル抗体は、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つである。特定の態様では、抗c-Kit抗体はJSP191である。特定の態様では、抗c-Kit抗体はFSI-174である。特定の態様において、改変型CD117は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、1以上のアミノ酸修飾を含む。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、1以上のアミノ酸置換、挿入または欠失を含む。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、改変型CD117ポリペプチドの細胞外ドメインの表面露出アミノ酸残基内、膜スパニングドメイン内、または細胞内ドメイン内に存在する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトCD117に存在する以下のアミノ酸の1以上の置換または欠失を含む:N505またはD816。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトCD117と比較して、D816V置換および/またはN505I置換を含む。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相同性を有する。特定の態様において、野生型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトCD117ポリペプチドであり、要すれば、以下のアミノ酸配列のうちの1つを有する:
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号1);または
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号2)。
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号1);または
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号2)。
特定の態様において、改変された細胞は、改変型CD117ポリペプチドおよび野生型CD117ポリペプチドの両方を発現する。特定の態様において、改変された細胞は、改変型CD117ポリペプチドを一過性に発現する。特定の態様において、HSCまたはHSPCはCD34+であり、要すればHSPCはCD34+/CD90+、CD34+/CD38-、またはCD34+/CD38-/CD90+、またはCD34+CD133+である。特定の態様では、細胞はヒト細胞である。特定の態様では、細胞は哺乳動物ドナーから得られた。特定の態様において、哺乳動物ドナーは、造血細胞移植(HCT)を必要とする対象である。特定の態様では、哺乳動物ドナーは健康なドナーである。特定の態様では、哺乳動物ドナーから得られた細胞はエクスビボで改変された。特定の態様において、医薬組成物は、抗CD117抗体、抗CD47抗体、抗CD40L抗体、抗CD122抗体、抗CD4抗体、および/または抗CD8抗体をさらに含む。
関連する面において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸またはベクターを細胞に導入することを含む、細胞、例えばHSCを改変する方法を含み、要すれば、前記細胞は一過性に改変されていてよく、要すれば、この方法は、哺乳動物対象への造血細胞移植(HCT)のための修飾細胞を調製するための方法であり得る。特定の態様において、核酸またはベクターは、トランスフェクション、導入、感染、エレクトロポレーション、またはナノポア技術によって細胞に導入される。
別の面において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドおよび/または改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む、修飾細胞、例えばHSCを含む医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする哺乳動物対象を処置する方法を含む。いくつかの態様において、本方法は、改変された細胞の生着を促進もしくは増加させるか、または内因性の野生型HSCを枯渇させるための条件付けレジメンを対象に投与することをさらに含み、前記条件付けレジメンは、医薬組成物の投与前または投与と同時に投与される。いくつかの態様では、条件付けレジメンは抗CD117抗体、要すればJSP191を含むか、またはこれらからなる。ある態様において、条件付けレジメンは、化学療法(要すればヌクレオシド類縁体および/またはアルキル化剤)、モノクローナル抗体療法、および放射線療法(要すれば全身への放射線療法)のうち1以上を含む。特定の態様では、条件付けレジメンは、対象が改変型CD117ポリペプチドを含まない造血幹細胞を投与される場合よりもマイルドである。いくつかの態様において、対象は、医薬組成物の投与前または投与と同時に、改変された細胞の生着を促進または増加させるための条件付けレジメンを投与されないか、または条件付けレジメンは抗CD117抗体のみを含む。特定の態様において、本方法は、改変型CD117ポリペプチドを含まない造血幹細胞を条件付けレジメンと組み合わせて対象に投与する方法と比較して、毒性、罹患率、または移植片対宿主病の減少、例えば、毒性、罹患率、および/または移植片対宿主病の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%の減少をもたらす。
特定の態様において、本方法は、癌、心臓疾患、神経疾患、自己免疫疾患、免疫不全、代謝疾患、および遺伝疾患からなる群より選択される疾患または障害を処置するために用いられる。特定の態様において、癌は、固形組織癌または血液癌、例えば、白血病、リンパ腫、または急性骨髄性白血病(AML)などの骨髄異形成症候群である。特定の態様において、免疫不全症は重症複合免疫不全症(SCID)である。特定の態様では、遺伝子疾患は鎌状赤血球症またはファンコニー貧血である。いくつかの態様において、本方法は、疾患または障害の処置のために対象に別の治療剤を投与することをさらに含む。
発明の詳細な説明
造血幹細胞移植(HCT)は、健康な造血幹細胞(HSC)および/または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)が異常な造血幹細胞に取って代わるという原則に基づいており、多くの疾患に対する根治療法となり得る。しかしながら、HCTは、この手法の現在の実施に伴う毒性のために、広く用いられていない。HCTの有害な影響には、移植前の化学療法および/または放射線療法(これはレシピエントがドナーまたは自家遺伝子修正(gene-corrected)細胞を受容する準備をするために必要である)および同種造血移植片内に含まれるドナーリンパ球によって引き起こされる移植片対宿主病(GVHD)による実質的な組織傷害および死亡率さえ含まれる。化学療法および/または放射線療法、および同種移植片へのドナーリンパ球の移入によって引き起こされる合併症が知られているにもかかわらず、これらの方法がHCTに取り入れられているのは、ドナーHSCの生着が促進されるためである。さらに、ドナーHSCが生着しなかったり、および/またはHCT法後に持続しなかったりするために、HCTが失敗することもある。
造血幹細胞移植(HCT)は、健康な造血幹細胞(HSC)および/または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)が異常な造血幹細胞に取って代わるという原則に基づいており、多くの疾患に対する根治療法となり得る。しかしながら、HCTは、この手法の現在の実施に伴う毒性のために、広く用いられていない。HCTの有害な影響には、移植前の化学療法および/または放射線療法(これはレシピエントがドナーまたは自家遺伝子修正(gene-corrected)細胞を受容する準備をするために必要である)および同種造血移植片内に含まれるドナーリンパ球によって引き起こされる移植片対宿主病(GVHD)による実質的な組織傷害および死亡率さえ含まれる。化学療法および/または放射線療法、および同種移植片へのドナーリンパ球の移入によって引き起こされる合併症が知られているにもかかわらず、これらの方法がHCTに取り入れられているのは、ドナーHSCの生着が促進されるためである。さらに、ドナーHSCが生着しなかったり、および/またはHCT法後に持続しなかったりするために、HCTが失敗することもある。
ある種のHCT法には、HSCおよび/またはHSPCを患者に移植する前に、幹細胞因子(SCF)が患者の内因性HSCの表面上のc-Kitに結合するのを阻害する抗c-Kit抗体による処置によって、HCTの前に患者を条件付けすることが含まれる。しかしながら、これには通常、抗c-Kit抗体投与後約1週間以上の有意な洗浄期間が必要であるため、移植されたHSCおよび/またはHSPCを枯渇させ得る抗c-Kit抗体はほとんど残っていない。
本発明は、ドナーまたは自家遺伝子修正HSCおよび/またはHSPCがレシピエントにおいて生着および/または持続する能力を増強し、それによってHCT処置の成功の可能性を高め、HCTに関連する毒性を軽減する組成物および方法を提供する。特に、本発明は、改変型CD117ポリペプチドへのSCF結合を阻害する抗c-Kit抗体(例えば、JSP191)の存在下でも、構成的活性を有するかまたは活性(例えば、c-Kitキナーゼ活性)を保持する改変型CD117ポリペプチドを含む移植用の改変されたHSCおよび/またはHSPCを提供する。特定の態様において、改変されたHSCおよび/またはHSPCは、SCFに結合していないときでも活性(例えば、c-Kitキナーゼ活性)を有する。特定の態様において、改変されたHSCおよび/またはHPSCは、抗c-Kit抗体、例えば、内因性HSCおよび/またはHSPCを枯渇させるための条件付けレジメンに用いられる抗c-Kit抗体によって実質的に枯渇されない。従って、改変された細胞は、枯渇を受けることなく、抗c-Kit抗体の存在下で対象に移植でき、従って、HCTのために患者を条件付けする改善された方法を提供し、潜在的に洗浄期間の短縮および/または他の利点を有し得る。本明細書に記載のHCT法は、集中的な化学療法、放射線療法、および/またはHSCの生着を促進するために用いられるドナーのリンパ球または他の細胞の必要性を減少させ、それによってHCTの毒性を減少させる。本明細書に記載の組成物および方法は、血液幹細胞移植が適応となるすべての疾患の処置に用いられ得る。
SCFおよび/または抗c-Kit抗体と改変型CD117ポリペプチドとの結合は、当技術分野で公知の様々な方法によって決定できる。例えば、改変型CD117を発現する一過性トランスフェクトHEK293T細胞を用いて結合を決定できる。トランスフェクション後、細胞をSCF抗体および/または抗c-Kit抗体と共にインキュベートする。結合したMAbは、Alexa Fluor 488標識二次抗体を用いて検出し、フローサイトメトリーにより細胞蛍光を測定できる。結合したSCFは、SCFと結合する蛍光標識抗体およびフローサイトメトリーを用いて決定できる。
特定の態様において、本発明は、CD34+細胞またはCD34+細胞のサブセットを含むがこれらに限定されないHSCおよび/またはHSPCに、RNAベースの方法および/またはDNAベースの方法によって、CD117バリアントおよび変異体(改変型CD117)を、HSCおよび/またはHSPCがレシピエントに首尾よく移植され得るように、エクスビボで導入するための組成物および方法を提供する。改変型CD117は、改変されたHSCおよび/またはHSPCにおいて一過性に発現され得る。例えば、改変型CD117をコードする核酸を、移植前のHSCおよび/またはHSPCに一過性に導入し、そこで改変型CD117を発現させることができる。従って、改変型CD117は内因性の野生型CD117に加えて発現する可能性がある。これらの改変されたHSCの移植は、抗体(抗CD117抗体など)による処置を含む条件付き療法の後に、あるいは条件付き療法と併用して行うことができる。これらのHSCは単独で、あるいは他の細胞と組み合わせて移植される。
本発明は、記載された特定の方法、製品、装置および要因に限定されるものではないことが理解されるべきである。また、本明細書で用いる用語は、特定の態様を説明するためだけのものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定することを意図するものではないことも理解されるべきである。
本明細書および添付の特許請求の範囲で用いられる単数形“a”、“and”および“the”は、文脈上明らかにそうでない場合を除き、複数形を含むことが特記される。したがって、例えば、“薬剤候補(a drug candidate)”という言及は、そのような候補の1つまたは混合物を意味し、“方法(the method)”という言及は、当業者に知られている同等のステップおよび方法等への言及を含む。
本明細書で特に定義しない限り、本明細書で用いる科学用語および技術用語は、当業者に一般的に理解される意味を有する。一般に、化学、分子生物学、細胞生物学および癌生物学、免疫学、微生物学、薬理学、ならびに本明細書に記載されるタンパク質および核酸化学に関連して用いられる命名法およびその技術は、当該技術分野において周知であり、一般的に使用されるものである。
値の範囲が規定されている場合、文脈上明らかにそうでない場合を除き、その範囲の上限値と下限値との間に、下限値の単位の10分の1までの各中間値、およびその規定範囲内の他の規定値または中間値は、本発明に包含されると理解される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、記載された範囲内の特に除外された制限を条件として、独立してより小さい範囲に含まれることも本発明に包含される。記載された範囲が限界値の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界値の一方または両方を除いた範囲も本発明に含まれる。
本明細書で用いる用語“抗体”は、特定の抗原と免疫学的に反応する免疫グロブリン分子への言及を含み、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の両方を包含する。この用語には、ヒト化抗体、キメラ抗体(例えば、ヒト化マウス抗体など)およびヘテロコンジュゲート抗体などの遺伝子操作型も含まれる。用語“抗体”には、抗原結合能を有するフラグメント(例えば、Fab’、F(ab’)2、Fab、FvおよびrIgG)を含む、抗体の抗原結合形態も含まれる。この用語は、組換え一本鎖Fvフラグメント(scFv)も意味する。抗体という用語には、二価または二特異性分子、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディも含まれる。
“ヒト化抗体”とは、ヒト以外の免疫グロブリンに由来する配列を最小限で含む免疫グロブリン分子である。ヒト化抗体には、レシピエントの相補的決定領域(CDR)の残基が、所望の特異性、親和性および能力(capacity)を有するマウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト種(ドナー抗体)のCDRの残基で置換されたヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)が含まれる。ある例において、ヒト免疫グロブリンのFvフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基で置換される。ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも挿入されたCDRまたはフレームワーク配列にも存在しない残基を含んでいてもよい。一般的に、ヒト化抗体は、少なくとも1つ、通常2つの可変ドメインの実質的にすべてを含んでおり、CDR領域のすべてまたは実質的にすべてが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、フレームワーク(FR)領域のすべてまたは実質的にすべてがヒト免疫グロブリンのコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域(Fc)の少なくとも一部、一般的にはヒト免疫グロブリンのものを含んでいる。
各VLドメインおよびVHドメイン(およびその中のCDR)へのアミノ酸の割り当ては、CDRの従来の定義に従う。従来の定義としては、Kabat定義(Kabat, Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1987 and 1991);Chothia定義(Chothia & Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917, 1987; Chothia et al., Nature 342:878-883, 1989);CDR-H1がChothiaおよびKabatのCDRの合成である、Chothia Kabat CDRの合成;Oxford Molecularの抗体モデリングソフトウェアで使用されているAbM定義;Martinらの接触定義(world wide web bioinfo.org.uk/abs)などが挙げられる。Kabatは、異なる重鎖間または異なる軽鎖間の対応する残基が同じ番号を割り当てられる、広く用いられている番号付け規則(Kabat番号付け)を提供している。特記されない限り、抗体の可変領域内の位置の番号付けはKabat番号付けである。抗体がCDRのある定義(例えば、Kabat)によってCDRを含むと言われる場合、その定義は抗体中に存在するCDR残基の最小数(すなわち、Kabat CDR)を規定する。従来の別のCDRの定義に含まれるが、指定された定義外の残基が存在することを排除するものではない。例えば、Kabatによって定義されたCDRを含む抗体には、CDRがKabat CDR残基を含み、他のCDR残基を含まない抗体、CDR H1が複合Chothia-Kabat CDR H1であり、他のCDRがKabat CDR残基を含み、他の定義に基づくさらなるCDR残基を含まない抗体などが含まれる。
用語“ポリヌクレオチド”とは、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、あるいはそれらの類縁体または混合物を含む、何れかの長さのヌクレオチドの重合体を意味する。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド、ヌクレオチドまたはヌクレオシド類縁体などの修飾ヌクレオチドを含んでいてもよく、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。もしあれば、ポリマーの組み立て前または組み立て後に、ヌクレオチド構造に修飾を加えることができる。本明細書で用いる用語ポリヌクレオチドには、二本鎖分子、一本鎖分子、およびそれらの混合物が含まれるが、これらに限定されない。他に規定または要求されない限り、ポリヌクレオチドである本明細書に記載の本発明の何れかの態様は、二本鎖形態、および二本鎖形態を構成することが公知であるかまたは予測される2つの相補的な一本鎖形態のそれぞれとの両方を、RNAまたはDNAとして、またはそれらの混合物として包含する。
本明細書で用いる用語“ポリペプチド”、“ペプチド”および“タンパク質”とは、何れかの長さのアミノ酸のポリマーを意味する。前記用語は、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、リン酸化、標識成分との複合体化などの、修飾されたアミノ酸ポリマーも包含する。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、他のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと一定の割合で“配列同一性”を有しており、これは、アラインメントしたとき、2つの配列を比較したときに、塩基またはアミノ酸の割合が同じであることを意味する。用語“配列同一性”とは、対照配列に対する目的のポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列の同一性のパーセンテージを意味し、対照配列に対する目的の配列の最適アラインメントにおける完全一致の数の100倍を対照配列の全長(ギャップを含む)で割ったものとして計算される。DNAおよびRNAの塩基配列を比較するとき、チミン(T)およびウラシル(U)は一致するものとしてカウントされる。
配列の類似性は、さまざまな方法で決定できる。配列同一性を決定するには、BLASTを含む世界中のウェブで利用可能な方法およびコンピュータープログラム(ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)を用いて配列をアラインメントできる。特記されない限り、配列同一性はBLASTアルゴリズム(例えば、bl2seqなど)を用いてデフォルトのパラメーターで決定される。配列の最適アラインメントは、Maderia et al. Nucleic Acids Res. 47(W1):W636-W641 (2019)に記載の、www.ebi.ac.ukで利用可能なthe European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS) needle programを用いて作製され得る。もう一つのアラインメントアルゴリズムは、Oxford Molecular Group, Inc.の完全子ものである米国ウィスコンシン州マディソンのGenetics Computing Group (GCG)パッケージで入手可能なFASTAである。アライメントのための他のテクニックは、Methods in Enzymology, vol. 266: Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis (1996), ed. Doolittle, Academic Press, Inc., a division of Harcourt Brace & Co., San Diego, Calif., USAに記載されている。特に興味深いのは、配列中のギャップを許容するアラインメントプログラムである。Smith-Watermanは、配列アラインメントのギャップを許容するアルゴリズムの一種である。(Meth. Mol. Biol. 70: 173-187 (1997)参照)。また、Needleman and Wunschアラインメント法を用いたGAPプログラムも配列のアラインメントに利用できる。(J. Mol.Biol. 48: 443-453 (1970)参照)。
興味があるのは、SmithおよびWatermanの局所相同性アルゴリズム(Advances in Applied Mathematics 2: 482-489 (1981))を用いて配列同一性を決定するBestFitプログラムである。ギャップ生成ペナルティは一般的に1~5、通常は2~4、多くの態様では3となる。ギャップ延長ペナルティは一般的に約0.01~0.20の範囲であり、多くの場合0.10となる。このプログラムには、比較するために入力された配列によって決まるデフォルトのパラメーターがある。好ましくは、配列同一性は、プログラムによって決定されたデフォルトパラメーターを用いて決定される。このプログラムは、米国ウィスコンシン州マディソン(Madison, Wis., USA)のGenetics Computing Group (GCG)パッケージからも入手可能である。
もうひとつの興味あるプログラムはFastDBアルゴリズムである。FastDBは、Current Methods in Sequence Comparison and Analysis, Macromolecule Sequencing and Synthesis, Selected Methods and Applications, pp.127-149, 1988, Alan R. Liss, Inc.に記載されている。配列同一性のパーセンテージは、以下のパラメーターに基づいてFastDBによって計算される:ミスマッチペナルティ:1.00;ギャップペナルティ:1.00;ギャップサイズペナルティ:0.33;および結合ペナルティ:30.0。
本明細書で用いる“ベクター”とは、ポリヌクレオチドを含むか、ポリヌクレオチドと結合し、ポリヌクレオチドの細胞への送達を仲介するために用いられ得る高分子または高分子の結合体を意味する。例示的なベクターとしては、例えばプラスミド、ウイルスベクター、リポソーム、およびその他の遺伝子導入ビヒクルが挙げられる。
本明細書で用いる“発現ベクター”とは、本明細書で議論されるような、または当技術分野で公知のベクター、例えば、プラスミド、ミニサークル、ウイルスベクター、リポソームなどを包含し、目的の遺伝子産物をコードするポリヌクレオチドを含み、意図される標的細胞において遺伝子産物の発現をもたらすために使用される。発現ベクターはまた、標的における遺伝子産物の発現を促進するために、コード領域に作動可能に連結された調節エレメントを含んでいる。調節エレメント、例えばプロモーター、エンハンサー、UTR、miRNA標的配列など、およびそれらが発現のために作動可能に連結されている遺伝子または遺伝子の組合せは、“発現カセット”と呼ばれる。このような調節要素の多くは公知であり、当技術分野で入手可能であるか、または当技術分野で入手可能な構成要素から容易に構成できる。
本明細書で用いる“プロモーター”とは、RNAポリメラーゼの結合を指示し、それによってRNA合成を促進するDNA配列、すなわち転写を指示するのに十分な最小限の配列を包含する。プロモーターおよびそれに対応するタンパク質またはポリペプチドの発現は、ユビキタス、つまり広範囲の細胞、組織および種で強く活性を示し得るか、または細胞型特異的、組織特異的もしくは種特異的であり得る。プロモーターは“構成的”、つまり常に活性であるか、または“誘導可能”、つまり生物学的または非生物学的因子の存在または不存在によって活性化または不活性化され得る。
“作動可能に連結された”(operatively linked or operably linked)”とは、遺伝子要素の並置を意味し、前記要素は、それらが期待される方法で作動することを可能にする関係にある。例えば、プロモーターがコード配列の転写の開始を助ける場合、プロモーターはコーディング領域に作動可能に連結される。この機能的関係が維持される限り、プロモーターとコーディング領域の間に介在残基があってもよい。
本明細書で用いる用語“天然”または“野生型”とは、野生型の細胞、組織、臓器または生物に存在するヌクレオチド配列、例えば遺伝子または遺伝子産物、例えばRNAまたはポリペプチド、例えば野生型ヒト遺伝子またはタンパク質配列を意味する。本明細書で用いる用語“変異体”とは、対照ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列(例えば、天然または野生型)の変異体、すなわち、対照ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と100%未満の配列同一性を有するものを意味する。換言すれば、変異体は、対照ポリヌクレオチド配列、例えば、天然ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対して、少なくとも1つのアミノ酸の相違(例えば、アミノ酸置換、アミノ酸挿入、アミノ酸欠失)を含む。例えば、変異体は、全長の天然ポリヌクレオチド配列に対して50%以上、60%以上、または70%以上の配列同一性、例えば、全長の天然ポリヌクレオチド配列に対して75%または80%以上、例えば、85%、90%または95%以上、例えば、98%または99%の同一性を有するポリヌクレオチドであり得る。別の例として、変異体は、全長の天然ポリペプチド配列に対して70%以上の配列同一性、例えば、全長の天然ポリペプチド配列に対して75%または80%以上、例えば、85%、90%または95%以上、例えば、98%または99%の同一性を有するポリペプチドであり得る。変異体はまた、対照配列、例えば、天然配列のフラグメントに対して70%以上の配列同一性を共有する変異体フラグメント、例えば、天然配列に対して75%または80%以上、例えば、85%、90%または95%以上、例えば、98%または99%の同一性を共有する変異体フラグメントを含み得る。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、本明細書に記載の改変および欠失、例えばN末端および/またはC末端欠失を含むが、なおCD117活性、例えばキナーゼ活性を実質的に保持している。本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドの特定の態様では、改変型CD117は構成的キナーゼ活性を有する。
本明細書で用いる用語“幹細胞”とは、自己複製能および分化した子孫を生成する能力の両方を有する哺乳動物細胞を意味する(Morrison et al. (1997) Cell 88:287-298参照)。内在性幹細胞は、特定のエピトープに関連したマーカーの存在によって特徴づけられる。造血幹細胞(HSC)は骨髄(BM)に存在する多能性細胞であり、成熟した血液細胞を生涯にわたって産生する役割を担っている。造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)には、HSCだけでなく、骨髄に存在し、かつ成熟した血液細胞に分化する能力を有する造血前駆細胞も含まれる。いくつかの態様において、HSCおよび/またはHSPC生着細胞は新鮮なもの、凍結したもの、または事前に培養したものであってもよい。HSCおよび/またはHSPCは、胎児の肝臓、骨髄、臍帯血、末梢血、ドナー(同種)、患者自身(自家)、またはその他の従来の供給源から得ることができる。
本明細書で用いる用語“投与する”または“導入する”または“提供する”とは、細胞への、対象の細胞、組織および/または器官への、あるいは対象への、組成物の送達を意味する。かかる投与または導入は、インビボ、インビトロ、またはエクスビボで行われる。
本明細書で用いる用語“処置”、“処置する”などは、一般的に、所望の薬理学的および/または生理学的効果を得る手段を意味する。その効果は、疾患またはその症状を完全にまたは部分的に予防するという観点、例えば、対象において疾患またはその症状が発生する可能性を減少させるという観点では予防的であり得て、および/または疾患および/または疾患に起因する副作用の部分的または完全な治癒という観点では治療的であり得る。本明細書で用いる“処置”とは、哺乳動物における疾患の何れかの処置を対象とし、以下を含む:(a)疾患を阻害すること、すなわち、その発症を阻止すること;または(b)疾患を緩和すること、すなわち、疾患の退縮をもたらすこと。治療薬は、疾患または損傷の発症前、発症中または発症後に投与できる。進行中の疾患の処置で、該処置によって患者の好ましくない臨床症状が安定したり軽減したりする場合は、特に関心が高い。このような処置は、患部組織の機能が完全に失われる前に行うことが望ましい。対象療法は、疾患の症状発現前または症状発現中に投与できる。
用語“個体”、“宿主”、“対象”および“患者”とは、本明細書中、互換的に用いられ、ヒトおよびヒト以外の霊長動物(猿およびヒトを含む);哺乳動物であるスポーツ用動物(例えば、ウマ);哺乳動物である家畜(例えば、ヒツジ、ヤギなど);哺乳動物であるペット(犬、猫など)およびげっ歯動物(マウス、ラットなど)を含むがこれらに限定されない哺乳動物を意味する。
本明細書で用いる用語“実質的に”とは、顕著な量または程度を意味する。例えば、“実質的に”増加するとは、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、または少なくとも10倍増加することを意味し、“実質的に”減少するとは、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%減少させることを意味する。
以下の説明では、本発明をより深く理解するために、数多くの具体的な詳細を述べる。しかしながら、当業者には、本発明はこれらの具体的な詳細の1以上がなくても実施できることが明らかであり得る。他の例では、本発明を不明瞭にしないために、当業者によく知られた周知の特徴および手段については記載していない。
一般的に、タンパク質合成、組換え細胞培養、タンパク質単離、および組換えDNA技術の当業者による常套法が、本発明において採用される。このような技術は文献で十分に説明されており、例えば、Maniatis, Fritsch & Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1982); Sambrook, Russell and Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2001); Harlow, Lane and Harlow, Using Antibodies: A Laboratory Manual: Portable Protocol No. I, Cold Spring Harbor Laboratory (1998); and Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory; (1988)に記載されている。
CD117変異体ポリペプチドおよびポリヌクレオチド
c-kitまたは幹細胞因子受容体(SCFR)としても知られるCD117は、成熟タンパク質として分子量145kDaを有し、血小板由来増殖因子(PDGF)受容体およびマクロファージコロニー刺激因子1(CSF-1)(c-fms)受容体を含むIII型受容体チロシンキナーゼ(RTK)ファミリーのメンバーである。CD117は正常な造血細胞の発生に必須であり、肥満細胞、メラノサイト、生殖細胞の生存、増殖、分化に重要な役割を果たしている。胚肝臓の造血細胞では発生を通じて発現しており、骨髄系、赤血球系、巨核球系、ナチュラルキラー系、樹状突起系前駆細胞など、より分化の進んだ前駆細胞でも発現している。
c-kitまたは幹細胞因子受容体(SCFR)としても知られるCD117は、成熟タンパク質として分子量145kDaを有し、血小板由来増殖因子(PDGF)受容体およびマクロファージコロニー刺激因子1(CSF-1)(c-fms)受容体を含むIII型受容体チロシンキナーゼ(RTK)ファミリーのメンバーである。CD117は正常な造血細胞の発生に必須であり、肥満細胞、メラノサイト、生殖細胞の生存、増殖、分化に重要な役割を果たしている。胚肝臓の造血細胞では発生を通じて発現しており、骨髄系、赤血球系、巨核球系、ナチュラルキラー系、樹状突起系前駆細胞など、より分化の進んだ前駆細胞でも発現している。
CD117には、5つの免疫グロブリン様ドメインからなる約519アミノ酸の細胞外ドメイン、膜貫通セグメント、膜接合ドメイン、および約80アミノ酸残基のインサートを含むプロテインキナーゼドメインが含まれる。細胞外ドメインの約184アミノ酸は表面に露出しており、X線結晶学的研究に基づいて同定されている。CD117の結晶構造は、例えば、Mol, et al., Accelerated Publications, Volume 278, ISSUE 34, P31461-31464, August 22, 2003; Ogg et al., RCSB Protein Data Bank, 6XV9, Crystal structure of the kinase domain of human c-KIT in complex with a type-II inhibitor, DOI: 10.2210/pdb6XV9/pdb; McAuley et al., RCSB Protein Data Bank Alkynyl Benzoxazines and Dihydroquinazolines as Cysteine Targeting Covalent Warheads and Their Application in Identification of Selective Irreversible Kinase Inhibitors, DOI: 10.1021/jacs.9b13391; Schimpl et al., RCSB Protein Data Bank 6GQM, Crystal structure of human c-KIT kinase domain in complex with a small molecule inhibitor, AZD3229, DOI: 10.1021/acs.jmedchem.8b00938;および、Lin et al., RCSB Protein Data Bank Identification of a Multitargeted Tyrosine Kinase Inhibitor for the Treatment of Gastrointestinal Stromal Tumors and Acute Myeloid Leukemia, DOI: 10.1021/acs.jmedchem.9b01229に提供されている。CD117のそのリガンド(幹細胞因子;SCF)への結合は、受容体の二量体化、キナーゼドメインのトランス型自己リン酸化、リン酸化チロシン結合またはSrc相同性2(SH2)ドメインを介したシグナル伝達タンパク質の動員、およびそれに続くシグナル伝達を引き起こす。
一面において、本発明は、野生型CD117ポリペプチドと比較して1以上のアミノ酸修飾を含む改変型CD117ポリペプチドを提供する。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、1以上のアミノ酸置換、挿入、または欠失を含む。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、CD117ポリペプチドの細胞外ドメインに位置する。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、CD117ポリペプチドの細胞外ドメインの1以上の表面に露出したアミノ酸または領域に位置する。特定の態様において、改変型CD117は、並置膜領域またはキナーゼドメイン内の1以上の修飾を含む。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、1以上の欠失、例えば、N末端またはC末端欠失を含み、要すれば、欠失は、改変型CD117ポリペプチドの生物学的活性、例えば、シグナル伝達を実質的に損なわない。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相同性を保持または有する。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、ヒトCD117における以下のものから選択されるアミノ酸残基の1以上のアミノ酸置換または欠失を含む:N505またはD816。特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、例えば、これらの残基の何れか1以上のアミノ酸置換を含む。特定の態様では、アミノ酸残基は、何れか他のアミノ酸によって、アラニンによって置換される。特定の態様では、アミノ酸置換は保存的アミノ酸置換である。本明細書で用いる用語“保存的置換”とは、1以上のアミノ酸が別の生物学的に類似の残基で置換されることを示す。
特定の態様において、1以上のアミノ酸置換は、D816V置換および/またはN505I置換を含む。
ある態様において、変異体のベースとなる野生型CD117ポリペプチドは、ヒトCD117ポリペプチドであるが、他の態様では他の哺乳動物CD117ポリペプチドである。ヒトおよび哺乳動物のCD117ポリペプチドの配列は当技術分野で知られている。c-kit遺伝子の選択的スプライシングにより、ヒトCD117ポリペプチドは様々なアイソフォームとして発現しており、本明細書に従ってこれらのいずれを用いてもよい。これらのアイソフォームには2つのGNNK+アイソフォームおよびGNNK-アイソフォーム(それぞれc-Kitおよびc-KitAとも表記される)があり、これらは膜貫通ドメインに隣接する細胞外ドメインの510-GNNK-513(配列番号25)という4つのアミノ酸の有無によって異なり、ほとんどの組織で共発現されるが、通常はGNNK-アイソフォームが優勢である。アイソフォームはまた、キナーゼ間ドメインの715位のSer残基の有無でも異なり得て、本明細書には、Ser175が存在するかまたは存在しない、以下に示すものを含むCD117のアイソフォームも含まれる。これらのアイソフォームは、例えばN505IまたはD816V改変体、および例えば少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列同一性を含むそれらの変異体を含む、本明細書に記載の改変体のいずれかを含んでいてもよい。
特定の態様において、野生型CD117ポリペプチドは、GNNK+またはGNNK-アイソフォームであり、そして以下のアミノ酸配列(GNNKテトラペプチド(配列番号25)、およびN505残基およびD816残基は太字である;番号付けは、GNNK-アイソフォームに基づく)のうちの1つを含むか、またはそれらからなる:
特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、以下の配列のいずれかを含むか、またはこれらからなる:
またはそれらの変異体もしくはフラグメント、例えば、それらに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有するもの。特定の態様において、変異体は、改変型CD117に存在するN505IまたはD816Vアミノ酸置換を保持する。特定の態様において、CD117変異体は、改変型CD117に構成的活性を付与する異なるアミノ酸修飾を含む。特定の態様において、フラグメントは、CD117キナーゼ活性を実質的に保持し、例えば、CD117キナーゼ活性を少なくとも50%保持する。
またはそれらの変異体もしくはフラグメント、例えば、それらに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有するもの。特定の態様において、変異体は、改変型CD117に存在するN505IまたはD816Vアミノ酸置換を保持する。特定の態様において、CD117変異体は、改変型CD117に構成的活性を付与する異なるアミノ酸修飾を含む。特定の態様において、フラグメントは、CD117キナーゼ活性を実質的に保持し、例えば、CD117キナーゼ活性を少なくとも50%保持する。
特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドと比較して、キナーゼ活性を実質的に保持する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、SCFが結合したとき、野生型CD117ポリペプチドのキナーゼ活性の少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、または100%を有し、特定の態様において、改変型CD117は、SCFが結合していない場合でさえ、この活性を有する。いくつかの態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドと比較して、キナーゼ活性を増加させる。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型CD117ポリペプチドのキナーゼ活性の少なくとも150%、少なくとも200%、少なくとも300%、少なくとも500%、少なくとも750%、または少なくとも1000%を有する。特定の態様において、改変型CD117は、SCF結合がないとき、または抗c-Kit抗体の存在下においてさえも、構成的キナーゼ活性を有する。キナーゼ活性は、キナーゼ反応から生成されるADPを測定する発光キナーゼアッセイであるADP-Glo(商標)キナーゼアッセイ(ADPはATPに変換され、ATPはUltra-Glo(商標)ルシフェラーゼ(Promega Corporation, Madison, WIから入手可能)によって光に変換される)など、当技術分野で公知のアッセイを用いて決定できる。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、Gab2、Shc、SHP-2および/またはCblを構成的にリン酸化する。
特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、細胞中で発現されたとき、野生型CD117ポリペプチドへの幹細胞因子(SCF)の結合と比較して、改変型CD117ポリペプチドへのSCFの結合を実質的に阻害または減少させない。特定の態様において、
以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞内で発現される改変型CD117ポリペプチドへの幹細胞因子(SCF)の結合を実質的に阻害または減少させない。
以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞内で発現される改変型CD117ポリペプチドへの幹細胞因子(SCF)の結合を実質的に阻害または減少させない。
特定の態様において、改変型CD117は、例えば、SCFリガンドが結合していない状態で、構成的シグナル伝達活性またはキナーゼ活性を有する改変型CD117である。特定の態様において、改変型CD117は、例えばSCFが結合していない状態で、構成的な自己リン酸化活性を有する。このような改変型CD117は、例えば癌細胞において様々なものが同定されており、本明細書に記載の組成物および方法に従って、これらのいずれかを使用できる。活性化または機能獲得のCD117修飾の例としては、N505I、V559D、D816V、D816H、V568F、V570F、またはY703F、位置505、522、816、557、558、559、568、569、570、703、816に対応するアミノ酸残基の修飾または変異、あるいはコドン579(Asp)の欠失が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Akin and Metcalfe, Journal of Allergy and Clinical Immunology, Vol. 114, Issue 1, p13-19, July 1, 2004; Hirotakoji et al., Science 23, Jan 1998, Vol. 279, Issue 5350, pp. 577-580; Sanlorenzo et al., J Proteomics 2016 July 20, 144: 140-147、および前述のいずれかで引用された文献を参照のこと。これらは全て、引用によりその内容全体が本明細書に包含される。特定の態様において、アミノ酸修飾は膜貫通ドメインとチロシンキナーゼドメインの間の領域にある。c-Kitの構成的活性化を引き起こす変異は、肥満細胞症のいくつかの型において原因であることが示されており、いくつかのタイプの変異が骨髄増殖性疾患(MPD)、急性骨髄性白血病(AML)、副鼻腔リンパ腫および消化管間質腫瘍(GIST)に関連している。これらは、キナーゼ分子の制御に影響を与える“制御型”変異、および酵素部位を形成するアミノ酸配列を直接変化させる“酵素ポケット型”変異の2種の活性化変異と考えられる。いずれのタイプの変異も、Longley et al., Leukemia Research, Vol. 25, Issue 7, July 2001, pp. 571-576、およびそこで引用された文献(これらはすべて、引用によりその内容全体が本明細書に包含される)に開示されたもののいずれかを含む、本明細書の種々の態様に従って使用され得る。
特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドのみを発現する細胞におけるシグナル伝達と比較して、改変型CD117のみを発現する細胞が、要すればSCF結合に応答して、c-Kitシグナル伝達または増殖を実質的に阻害または減少させるという結果をもたらさない。特定の態様において、改変型CD117は、対応する野生型CD117と比較して、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、または少なくとも95%のc-Kitシグナル伝達および/または増殖を、要すればSCF結合に応答して保持する。特定の態様において、改変型CD117は、対応する野生型CD117と比較して、SCF結合の不存在下で、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、または少なくとも95%のc-Kitシグナル伝達および/または増殖を保持する。
特定の態様において、1以上のアミノ酸修飾は、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞内で発現された改変型CD117ポリペプチドへの抗c-Kit抗体の結合を実質的に阻害または減少させない。
特定の態様では、抗c-Kit抗体は、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つに存在する6つのCDRを含む。特定の態様では、抗c-Kit抗体は、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つである。
いくつかの態様では、抗c-Kit抗体はJSP191であるか、またはJSP191に存在する6つのCDRを含む。
いくつかの態様では、抗c-Kit抗体はAB85であるか、またはAB85に存在する6つのCDRを含む。
いくつかの態様において、抗c-Kit抗体はCDX-0159であるか、またはCDX-0159に存在する6つのCDRを含む。
いくつかの態様では、抗c-Kit抗体はFSI-174であるか、FSI-174に存在する6つのCDRを含む。
本発明はまた、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸またはポリヌクレオチドを提供する。特定の態様において、核酸は、RNA、DNAまたはそれらの組合せを含み、特定の態様において、核酸は、一本鎖領域および/または二本鎖領域、またはそれらの混合物を含む。特定の態様では、核酸は二本鎖DNAであり、特定の態様では、核酸は一本鎖RNA、例えばメッセンジャーRNA(mRNA)である。特定の態様において、核酸は修飾mRNAを含む。特定の態様において、本明細書に記載のポリヌクレオチド、例えば改変mRNAは、例えば宿主細胞におけるコードされたポリペプチドの発現を増強するようにコドン最適化される。
特定の態様において、ポリヌクレオチド変異体は、1以上の修飾ヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。1以上の修飾ヌクレオシドを含む修飾mRNAは、非修飾mRNAに比べて、安定性の向上、発現レベルの向上、免疫原性の低下などの利点を有すると記載されている。改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸中に存在し得るmRNAに対する修飾の限定されない例は、例えば、PCT特許公開公報WO2011/130624、WO2012/138453、WO2013052523、WO2013151666、WO2013/071047、WO2013/078199、WO2012045075、WO2014081507、WO2014093924、WO2014164253、米国特許第US8,278,036号(シュードウリジンを含む修飾mRNAを記載)、US8,691,966号(シュードウリジンおよび/またはN1-メチルシュードウリジンを含む修飾mRNAを記載)、US8,835,108号(5-メチルシチジンを含む修飾mRNAを記載)、US8,748,089(シュードウリジンまたは1-メチルシュードウリジンを含む修飾mRNAを記載)に記載されている。特定の態様では、修飾mRNAは1以上のヌクレオシド修飾を含んでいる。特定の態様において、修飾mRNA配列は、未修飾のA、G、UまたはCリボヌクレオシドと比較して、少なくとも1つの修飾を含む。例えば、ウリジンはシュードウリジン(Ψ)またはN1-メチル-シュードウリジン(m1Ψ)のような類似のヌクレオシドに、シトシンは5-メチルシトシンに置き換えることができる。特定の態様において、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドは、N1-メチル-シュードウリジンおよび/または5-メチルシチジンを含む。特定の態様において、修飾mRNA中の全てのウリジンは、シュードウリジン(Ψ)またはN1-メチル-シュードウリジン(m1Ψ)などの類似のヌクレオシドで置換され、および/または修飾mRNA中の全てのシトシンは、5-メチルシトシンなどの類似のヌクレオシドで置換される。特定の態様において、修飾mRNAは、5’末端キャップ配列の後に改変型CD117ポリペプチドをコードする配列が続き、その後にポリAまたはポリA-G配列のような3’テーリング配列が続く。
特定の態様では、核酸、例えば修飾mRNAは、細胞膜を横切っての送達を容易にし、その負電荷を遮蔽し、および/またはヌクレアーゼによる分解から保護するために、例えば1以上の脂質と結合している。特定の態様において、核酸は、脂質核酸粒子、脂質ナノ粒子、またはリポソームと結合しているか、またはその中に存在する。特定の態様において、脂質核酸粒子、脂質ナノ粒子、またはリポソームは、細胞による核酸の送達または取り込みを促進する。特定の態様において、mRNA、要すれば修飾mRNAは、脂質ナノ粒子(LNP)に共形成される。特定の態様において、mRNA-LNP製剤は以下を含む:(1)ポリアニオン性mRNAを被覆化するための、3級アミンまたは4級アミンを有するイオン性またはカチオン性脂質またはポリマー物質;(2)細胞膜の脂質に似た、双性イオン性脂質(例えば、1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン[DOPE]など);(3)LNPの脂質二重層を安定化させるコレステロール;および、(4)ナノ粒子に水和層を与え、コロイド安定性を改善し、タンパク質の吸収を抑えるポリエチレングリコール(PEG)-脂質。
特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸はベクター中に存在する。特定の態様において、ベクターは、哺乳動物のHSCまたは他の幹細胞に、例えば、HSCまたは幹細胞の核に、核酸を送達できる。特定の態様において、ベクターはエピソームベクター、例えばプラスミドである。特定の態様において、ベクターは、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸配列に作動可能に連結されたプロモーター配列を含む発現ベクターである。特定の態様において、発現ベクターは、HSCまたは他の幹細胞においてコードされた改変型CD117ポリペプチドの発現を促進するプロモーター配列を含む。特定の態様において、発現ベクターは、改変型CD117ポリペプチドをコードする配列の上流および下流にそれぞれ、5’および/または3’細胞UTRまたはウイルスUTRまたはその誘導体を含む。
特定の態様において、ベクターはウイルスベクターであり、要すればAAVベクター、サイトメガロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターであり得る。特定の態様では、ウイルスベクターおよびHSCを培養液中で少なくとも約24時間一緒に培養すると、ウイルスベクターはHSCに感染する。
改変された造血幹細胞および医薬組成物
関連する面において、本発明は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む、改変細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCを提供する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、1以上のアミノ酸置換、例えば、野生型ヒトCD117に存在する以下のアミノ酸の1以上:N505またはD816での置換を含む。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、D816V置換および/またはN505I置換を含む。
関連する面において、本発明は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む、改変細胞、例えばHSCおよび/またはHSPCを提供する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、1以上のアミノ酸置換、例えば、野生型ヒトCD117に存在する以下のアミノ酸の1以上:N505またはD816での置換を含む。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、D816V置換および/またはN505I置換を含む。
特定の態様では、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸は、改変された細胞中に一過性に存在し、細胞のゲノム内には存在しない。特定の態様では、改変された細胞は改変型CD117ポリペプチドを発現し、および/またはそれを含み、特定の態様では、改変型CD117ポリペプチドは細胞表面に存在し、例えば細胞外ドメインは改変された細胞の外側に存在する。特定の態様では、改変された細胞は発現ベクター、要すればウイルスベクターで形質導入されるか、または感染される。特定の態様において、改変された細胞は、改変型CD117ポリペプチドおよび野生型、内因性CD117ポリペプチドの両方を発現および/または含んでおり、特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドおよび野生型、内因性CD117ポリペプチドの両方は、細胞表面上に存在し、例えば、それらの細胞外ドメインは改変細胞の外側に存在する。特定の態様では、改変型CD117ポリペプチドは細胞表面に存在し、例えば、その細胞外ドメインは修飾細胞の外側に存在する。特定の態様では、CD117はヒトCD117またはその改変型である。
特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドおよび/またはコーディング核酸を含む改変された細胞は、例えば、改変型CD117ポリペプチドを産生するために用いられ得るHEK293細胞などの宿主細胞である。対象組成物を調製する際には、例えば、哺乳動物細胞(例えば、293細胞)、昆虫細胞(例えば、SF9細胞)、微生物および酵母を含むがこれらに限定されない、何れかの宿主細胞が用いられ得る。
特定の態様では、改変された細胞は幹細胞または多能性細胞であり、特定の態様では、幹細胞は造血幹細胞(HSC)またはHSPCである。いくつかの態様では、幹細胞は自己複製能および分化した子孫を生成する能力の両方を有する哺乳動物細胞である。特定の態様では、幹細胞はヒト細胞である。幹細胞は、非同期複製、あるいは対称複製を行う能力、つまり分裂後の2つの娘細胞が異なる表現型を有する能力、広範な自己複製能力、分裂休止状態で存在する能力、存在する全ての組織のクローン再生能力(例えば、造血幹細胞は全ての造血系を再構成する能力)を有する。
造血幹細胞(HSC)は生涯を通じて維持される(自己複製)。造血前駆細胞は、明確に定義された階層の中であらゆる種類の成熟した血液細胞に分化する。造血幹細胞はまた、例えば多能性胚性幹細胞、人工多能性細胞などからインビトロで作製することもできる。例えば、造血前駆細胞の作製プロトコルを詳述したSugimuraらの、(2017)Nature 545:432-438(引用により本明細書に具体的に包含される)を参照のこと。
細胞は新鮮なものでも、凍結されたものでも、あるいは予め培養されたものでもよい。それらは胎児、新生児、成人などであってもよい。造血幹細胞およびHSPCは、胎児の肝臓、骨髄、血液、特にG-CSFまたはGM-CSFで動員された末梢血、あるいはその他の常套の供給源から得ることができる。生着用の細胞は、要すれば他の細胞から分離されるが、幹細胞を造血系や他の系統の細胞から分離する方法は本発明にとって重要ではない。要すれば、幹細胞に関連するエピトープ特性を提示しつつ、分化細胞に関連するマーカーを含まない細胞を選択的に単離することによって、実質的に均質な幹細胞または前駆細胞の集団を得ることができる。
改変されたHSCは、哺乳動物ドナーから得たHSCを用いて作製できる。特定の態様において、ドナーは造血幹細胞移植を必要とする対象、例えば、HCTで処置可能な疾患または障害と診断された対象である。他の態様では、改変されたHSCは健康なドナーから得たHSCを用いて作製でき、例えば、改変されたHSCは別の対象をHCTで処置するために用いられる。したがって、改変されたHSCは、HCTを必要とする対象に自家移植することも同種移植することもできる。
ドナーから幹細胞を採取する前に、顆粒球コロニー刺激因子(G-CSF;filgrastim [Neupogen])で骨髄をプライミングし、幹細胞数を増加させることができる。G-CSFまたはGM-CSFのようなサイトカインによって骨髄から末梢血へ幹細胞を移動させることが、造血幹細胞移植のためのアフェレーシスによる末梢血前駆細胞の広範な採用につながった。動員に用いるG-CSFの用量は、約10ug/kg/日である。しかしながら、前処置の多い自己ドナーでは、最大約40ug/kg/日の投与が可能である。モゾビルは、造血幹細胞を末梢血に動員して採取するためにG-CSFと併用されることがある。
造血幹細胞(HSC)マーカーの中でも、CD34はHSCに特異的に発現することでよく知られている。特定の態様において、改変された細胞はCD34+細胞である。特定の態様において、改変された細胞は、細胞表面マーカー発現の以下のパターンまたは組み合わせのいずれか1つを有するHSCのサブセットである:CD34+/CD90+、CD34+/CD38-、またはCD34+/CD38-/CD90+。CD34+細胞および/またはCD90+細胞は、ドナー造血細胞試料からの磁気ビーズセレクション、フローサイトメトリーなどを含む親和性法により選択できる。HSC組成物は、集団中のCD34+である細胞の割合によって定義されるように、少なくとも約50%純度であってもよく、少なくとも約75%純度であってもよく、少なくとも約85%純度であってもよく、少なくとも約95%純度であってもよく、あるいはそれ以上であってもよい。
特定の態様において、造血幹細胞および/またはHSPCは、骨髄、末梢血、または臍帯血から得られ、その後、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を細胞に導入することによって改変される。例えば、核酸はウイルスベクターによるトランスフェクションまたは感染、あるいはmRNAとの接触によって導入できる。
特定の態様において、本発明は、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を細胞に導入することを含む、HSCおよび/またはHSPCなどの幹細胞を含む細胞を改変する方法を提供する。特定の態様では、導入された核酸はウイルスベクター内に存在する。特定の態様では、核酸は脂質ナノ粒子、リポソームなどと結合しているか、その中に存在する。特定の態様において、核酸は改変された細胞中に一過性のみ存在し続けるか、または核酸は細胞中で改変型CD117ポリペプチドを一過性のみ発現する。特定の態様では、本方法は、哺乳動物対象のHCT処置用に改変された細胞を調製するために用いられる。特定の態様では、核酸またはベクターは、トランスフェクション、トランスダクション、感染、エレクトロポレーション、またはナノポア技術など、当技術分野で公知の様々な方法によって細胞内に導入され得る。特定の態様では、mRNA、例えば改変型mRNAは、脂質核酸粒子(LNP)またはナノ粒子を用いて細胞に導入される。したがって、細胞、例えば造血幹細胞および/またはHSPCSは、当技術分野で利用可能な種々の方法に従って、改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸をHSCおよび/またはHSPCに導入することにより改変され得る。
特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドを発現する改変された細胞は、内因性または野生型細胞表面CD117に結合し、野生型CD117のみを発現し、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドを発現しない細胞の増殖を阻害または死滅させるモノクローナル抗体(mAb)によって実質的に阻害、排除、枯渇、または死滅されない。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドを発現する改変された細胞の増殖は、修飾されていない、例えば野生型CD117のみを発現する同じ細胞型の増殖と比較して、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、または10%未満阻害、排除、枯渇、または死滅される。
本明細書に記載の組成物および方法は、何れかの抗c-Kit抗体、特にモノクローナル抗ヒトc-Kit抗体に適用できる。例示的な抗c-Kit抗体としては、SR-1、JSP191、8D7、K45、104D2、CK6、YB5.B8、AF-2-1、AF11、AF12、AF112、AF-3、AF-1-1、NF、NF-2-1、NF11、NF12、NF112、NF-3、HF11、HF12、およびHF112が挙げられるが、これらに限定されない。ヒトCD117に特異的に結合する、本発明によって企図される多数の抗体は、当技術分野で公知であり、市販されており、SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2などが含まれるが、これらに限定されない。特定の態様において、抗CD117抗体は、以下からなる群より選択される:JSP191(Jasper Therapeutics; Redwood City, CA);CDX-0159(Celldex Therapeutics, Hampton, NJ);MGTA-117(AB85)(マゼンタ・セラピューティクス(マサチューセッツ州ケンブリッジ);CK6(Magenta Therapeutics, Cambridge, MA);AB249(Magenta Therapeutics, Cambridge, MA);および、SI-174(Gilead, Foster City, CA)からなる群より選択される。本発明によって企図されるMagenta Therapeuticsからの抗体には、米国特許出願公開第20190153114号、PCT出願公開WO2019/084064号、WO2020/219748号、およびWO2020/219770号に開示されるものが含まれるが、これらに限定されない。FSI-174抗体は、PCT出願公開第WO2020/112687号および米国特許出願公開第20200165337号に開示されている。本発明には、本明細書に記載の特許出願のいずれかに開示された抗c-Kit抗体および/またはCDRセットが含まれるが、これらに限定されるものではなく、これらはすべて引用によりその内容全体が包含される。
特定の態様では、抗c-Kit抗体はCD117の細胞外領域、すなわちアミノ酸26-524に結合する。この領域の配列を以下に示す:
QPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTP(配列番号7)。
QPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTP(配列番号7)。
特定の態様では、抗体はSR1のヒト化型であり、これは米国特許第5,919,911号および第5,489,516号に開示されているマウス抗c-Kit抗体である。JSP191(以前はAMG191と呼ばれていた)と呼ばれるヒト化抗体は、米国特許第第8,436,150号、同第8,791,249号、同第7,915,391号、および米国特許出願公開第20110223165号に記載されている。JSP191は糖鎖除去された(aglycosylated)IgG1ヒト化抗体である。JSP191は、骨髄から造血幹細胞を除去するコンディショニング剤として臨床開発中のヒト化モノクローナル抗体である。JSP191は、造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)の表面に発現する幹細胞因子(SCF)の受容体であるヒトCD117に特異的に結合する。JSP191はSCFがCD117に結合するのを阻害し、重要な生存シグナルを破壊し、造血幹細胞の枯渇をもたらす。
JSP191の重鎖および軽鎖の配列は、それぞれ米国特許第8,436,150号の配列番号4および米国特許第8,436,150号の配列番号2として開示されている。JSP191の重鎖および軽鎖の配列は以下の通りである:
重鎖:
MMDWTWRVFCLLAVAPGAHSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYNMHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYQSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号8)
軽鎖:
MVLQTQVFISLLLWISGAYGDIVMTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDIYGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNNEDPYTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(配列番号9)。
重鎖:
MMDWTWRVFCLLAVAPGAHSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYNMHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYQSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号8)
軽鎖:
MVLQTQVFISLLLWISGAYGDIVMTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDIYGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNNEDPYTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(配列番号9)。
特定の態様において、JSP191の可変重鎖ドメインは、以下の配列を含む:
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYNMHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSS(配列番号10)。
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYNMHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSS(配列番号10)。
特定の態様において、JSP191の可変軽鎖ドメインは、以下の配列を含む:
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDIYGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNNEDPYTFGGGTKVEIK(配列番号11)。
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDIYGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNNEDPYTFGGGTKVEIK(配列番号11)。
JSP191に存在するCDRは以下の通りである:VH CDR1=YNMH(配列番号26);VH CDR2=IYSGNGDTSYNQKFKG(配列番号27);VH CDR3=ERDTRFGN(配列番号28);VL CDR1=RASESVDIYGNSFMH(配列番号29);VL CDR2=LASNLES(配列番号30);および、VL CDR3=QQNNEDPYT(配列番号31)。
CDX-0159は、受容体型チロシンキナーゼKITに特異的に結合し、その活性を強力に阻害するヒト化モノクローナル抗体である。CDX-0159は、SCFの結合およびKITの二量体化の両方を阻害することにより、KITの活性化を阻害するように設計されている。CDX-0159および他の抗c-Kit抗体は、米国特許第10,781,267号に記載されており、特定の態様において、本明細書に開示される抗c-Kitは、そこに開示される抗体のいずれかのCDRを含む。特定の態様において、抗c-Kit抗体は以下を含む:(i)以下のアミノ酸配列:
(配列番号12)を含む軽鎖可変領域(「VL」)であり、ここで、XK1は芳香族または脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK2は脂肪族または脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK3は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK4は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であるか、またはPであり、XK5は荷電側鎖または酸性側鎖を有するアミノ酸であり、そしてXK6は芳香族側鎖を有するアミノ酸である;および、(ii)以下のアミノ酸配列
(配列番号13)を含む重鎖可変領域(「VH」)であり、ここで、XH1は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH2は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH3は極性側鎖または塩基性側鎖を有するアミノ酸であり、XH4は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH5は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH6は酸性側鎖を有するアミノ酸であり、XH7は酸性またはアミド誘導体側鎖を有するアミノ酸であり、XH8は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸である。特定の面において、本明細書に記載されるのは、抗体(例えば、ヒト抗体またはヒト化抗体)であり、以下の抗原結合断片を含む:
(i)以下のアミノ酸配列:
(配列番号14)または
(配列番号15)を含むVHドメインのVH CDR:
および、
(ii)以下のアミノ酸配列:
(配列番号16)を含むVLドメインのVL CDR。
(配列番号12)を含む軽鎖可変領域(「VL」)であり、ここで、XK1は芳香族または脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK2は脂肪族または脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK3は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK4は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であるか、またはPであり、XK5は荷電側鎖または酸性側鎖を有するアミノ酸であり、そしてXK6は芳香族側鎖を有するアミノ酸である;および、(ii)以下のアミノ酸配列
(配列番号13)を含む重鎖可変領域(「VH」)であり、ここで、XH1は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH2は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH3は極性側鎖または塩基性側鎖を有するアミノ酸であり、XH4は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH5は脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH6は酸性側鎖を有するアミノ酸であり、XH7は酸性またはアミド誘導体側鎖を有するアミノ酸であり、XH8は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸である。特定の面において、本明細書に記載されるのは、抗体(例えば、ヒト抗体またはヒト化抗体)であり、以下の抗原結合断片を含む:
(i)以下のアミノ酸配列:
(配列番号14)または
(配列番号15)を含むVHドメインのVH CDR:
および、
(ii)以下のアミノ酸配列:
(配列番号16)を含むVLドメインのVL CDR。
MGTA-117(AB85)は、移植環境用に作製され、アマニチンと結合された、CD117標的化抗体であり、自家または同種幹細胞移植による免疫リセットを受ける患者を対象に開発されている。MGTA-117は造血幹細胞および前駆細胞を枯渇させるが、この抗体および本発明が意図する他の抗体は、米国出願第20200407440号および/またはPCT出願第WO2019084064号に記載されている。AB85のCD177への結合に関するエピトープ解析は、PCT出願公開第WO2020219770号に記載されており、CD117内に以下の2つのエピトープが同定されている:
EKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPA(アミノ酸60~90;(配列番号17))、および
RCPLTDPEVTNYSLKGCQGKP(アミノ酸100~130;(配列番号18))。
EKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPA(アミノ酸60~90;(配列番号17))、および
RCPLTDPEVTNYSLKGCQGKP(アミノ酸100~130;(配列番号18))。
AB85の可変重鎖および可変軽鎖の配列は、それぞれPCT出願番号WO2019084064の配列番号143および配列番号144として開示されている。
AB85のVH CDRアミノ酸配列は以下の通りである:
NYWIG(VH CDR1;配列番号32);IINPRDSDTRYRPSFQG(VH CDR2;配列番号33);および、HGRGYEGYEGAFDI(VH CDR3;配列番号34)。
NYWIG(VH CDR1;配列番号32);IINPRDSDTRYRPSFQG(VH CDR2;配列番号33);および、HGRGYEGYEGAFDI(VH CDR3;配列番号34)。
AB85のVL CDRアミノ酸配列は以下の通りである:
RSSQGIRSDLG(VLCDR1;配列番号35);DASNLET(VLCDR2;配列番号36);および、QQANGFPLT(VLCDR3;配列番号37)。
RSSQGIRSDLG(VLCDR1;配列番号35);DASNLET(VLCDR2;配列番号36);および、QQANGFPLT(VLCDR3;配列番号37)。
FSI-174は抗cKIT抗体であり、5F9との併用で無毒性移植条件付けレジメンとして、また標的化血液悪性腫瘍の治療薬として開発中である。FSI-174の配列は、PCT出願公開第2020/112687号、米国特許出願公開第20200165337号、および米国特許第11,041,022号に開示されている。特定の態様において、抗c-Kit抗体は、そこに開示されるAH1、AH2、AH3、AH4またはAH5の何れかに存在する3つのCDRまたは可変重鎖領域、および/またはそこに開示されるAL1またはAL2の何れかに存在する3つのCDRまたは可変重鎖領域を含む。
特定の態様において、FSI-174および関連抗体に存在するCDRは以下の通りである:VH CDR1=SYNMH(配列番号38);VH CDR2=VIYSGNGDTSY(A/N)QKF(K/Q)G(配列番号39);VH CDR3=ERDTRFGN(配列番号40);VL CDR1=RAS(D/E)SVDIYG(N/Q)SFMH(配列番号41);VL CDR2=LASNLES(配列番号42);およびVL CDR3=QQNNEDPYT(配列番号43)。A/Nなどは、アミノ酸位置が2つのアミノ酸のいずれか、この例ではAまたはNのいずれかであってもよいことを示す。特定の態様において、重鎖可変領域に存在するCDRは、Kabatによって定義されるCDR H1、H2およびH3である:H1=SYNMH(配列番号38);H2=VIYSGNGDTSYAQKFKG(配列番号44);およびH3=ERDTRFGN(配列番号39)であり;そして軽鎖可変領域に存在するCDRは、Kabatによって定義されるCDR L1、L2およびL3である:L1=RASESVDIYGQSFMH(配列番号45);L2=LASNLES(配列番号42);およびL3=QQNNEDPYT(配列番号43)であり、それぞれ、1個、2個または3個のCDR残基置換が、重鎖位置60におけるNからA、重鎖位置64におけるKからQ、および軽鎖位置30におけるNからQから選択されるように存在することを除いて、Kabatによって定義されるCDRであり、位置はKabatに従って番号付けされる。特定の態様において、抗体は、以下に提供される重鎖可変領域配列(AH2、AH3、AH4)および/または軽鎖可変領域配列(AL2)のいずれか、またはその中の下線で示されるCDRを含む:
AH2:
AH3:
AH4:
AL2:
AH2:
AH3:
AH4:
AL2:
特定の態様において、抗CD117抗体は、本明細書に記載の抗体の何れかの完全重鎖および/または完全軽鎖、または本明細書に記載の重鎖もしくは軽鎖、例えばJSP191重鎖もしくは軽鎖に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。特定の態様において、抗CD117抗体は、本明細書に記載の抗体のいずれかの重鎖および/または軽鎖の可変領域、または本明細書に記載の重鎖もしくは軽鎖の可変領域、例えばJSP191重鎖もしくは軽鎖可変領域と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。特定の態様において、抗CD117抗体は、本明細書に記載の抗体の1以上のCDR、例えば、本明細書に記載の抗体、例えば、JSP191抗体の2つ、3つ、4つ、5つまたは6つのCDRを含む重鎖および/または軽鎖を含む。特定の態様において、抗CD117抗体は、本明細書に記載の1つ、2つ、または3つの重鎖CDRを含む重鎖またはその可変領域、例えばJSP191重鎖を含む。特定の態様において、抗CD117抗体は、本明細書に記載の1つ、2つ、または3つの軽鎖CDRを含む軽鎖またはその可変領域、例えばJSP191軽鎖を含む。
特定の態様において、抗体は、野生型CD117の領域、または本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドにおいて修飾される野生型CD117のエピトープに結合する。特定の態様では、抗体は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドに結合しないか、または親和性が低下した、例えば50%未満、25%未満、または10%未満で本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドに結合する。野生型CD117または改変型CD117のような特定のポリペプチドに対する抗体の親和性は、例えば、抗体とその抗原との間の平衡解離定数(KD)を測定することによって決定されてもよく、これは、例えば、Hearty, Stephen, Paul Leonard, and Richard O’Kennedy. “Measuring antibody-antigen binding kinetics using surface plasmon resonance.” Antibody Engineering: Methods and Protocols, Second Edition (2012): 411-442に記載されているように、表面プラズモン共鳴によって、当技術分野における常套方法によって決定されてもよい。
特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドを発現する改変された細胞は、抗CD117抗体、例えば、細胞表面上のCD117へのSCFの結合を遮断または阻害する抗CD117抗体の存在下で増殖または生存できる。特定の態様において、抗CD117抗体、例えば、細胞表面上のCD117へのSCFの結合を遮断または阻害する抗CD117抗体の存在下での、改変型CD117ポリペプチドを発現する改変された細胞の増殖および/または生存は、抗CD118抗体の不存在下での増殖および/または生存のレベルの少なくとも90%、少なくとも80%、少なくとも70%、少なくとも60%、少なくとも50%、または少なくとも40%である。特定の態様において、抗CD117抗体は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドではなく、野生型CD117のみを発現する細胞の増殖を阻害するか、または細胞死もしくはアポトーシスを誘導できる。特定の態様では、抗CD117抗体は、以下からなる群より選択される:SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2、JSP191、CDX-0159、MGTA-117(AB85)、およびFSI-174。特定の態様では、抗体はJSP191である。従って、特定の態様において、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドは、HSCおよび/またはHSPC表面上で発現されると、細胞表面上の内因性野生型CD117へのSCFの結合を阻害する抗CD117抗体の存在下で、SCFと実質的に結合できる。同様に、特定の態様において、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドは、HSC表面上に発現されたとき、SCFの不存在下および細胞表面上の内因性野生型CD117への結合を阻害する抗CD117抗体の存在下で、SCFによって結合されたときに細胞内シグナル伝達が可能である。特定の態様において、SCF結合および/またはSCF介在シグナル伝達は、抗CD117抗体の存在下で実質的に減少しておらず、例えば、改変型CD117ポリペプチドを発現する改変された細胞の結合および/またはシグナル伝達は、改変されていない、例えば、野生型CD117のみを発現する同じ細胞型で観察される結合および/またはシグナル伝達のレベルの少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%である。
c-Kitシグナル伝達、増殖または生存率は、当技術分野で標準的な方法を用いて測定できる。例えば、特定の態様では、改変型CD117ポリペプチドを発現するように操作された細胞株(例えば、Ba/F3細胞)を用いて、改変型CD117ポリペプチドを含む細胞のc-Kitシグナル伝達または増殖(例えば、SCFに対する応答)を決定する。細胞はIL-3の存在下、幹細胞因子(SCF)の有無にかかわらず、抗CD117抗体、例えばJSP191の存在下または不存在下で培養される。対照の親Ba/F3細胞はIL-3不存在下では増殖しない。さらに、親Ba/F3細胞はCD117を発現せず、SCFシグナルには反応しない。SCF結合に対する増殖は、例えば抗CD117抗体の存在下および不存在下で、改変型CD117を過剰発現している細胞について測定できる。
本発明はまた、本明細書に記載の改変型CD117をコードするポリヌクレオチド配列をHSCおよび/またはHSPCに導入することを含む、HCTのためのHSCおよび/またはHSPCを調製する方法を提供する。特定の態様において、改変型CD117をコードするポリヌクレオチド配列は、mRNAまたは発現ベクター内に存在し、改変型CD117は、HSCおよび/またはHSPCに導入された後、一過性または構成的に発現される。ポリヌクレオチドおよび/またはベクターは、例えば、ポリヌクレオチドまたはベクターの発現または安定性を増加させるために、本明細書に記載のものまたは当技術分野で公知のものを含むヌクレオチド修飾を含んでいてもよい。
生着目的の場合、HSCおよび/またはHSPCを含む組成物を患者に投与する。このような方法は当技術分野でよく知られている。幹細胞は、必ずしも精製される必要はないが、要すれば精製される。フローサイトメトリー、アイソレックスシステム(Klein et al. (2001) Bone Marrow Transplant. 28(11):1023-9; Prince et al. (2002) Cytotherapy 4(2):137-45);免疫磁気分離(Prince et al. (2002) Cytotherapy 4(2):147-55; Handgretinger et al. (2002) Bone Marrow Transplant. 29(9):731-6; Chou et al. (2005) Breast Cancer. 12(3):178-88)などがある。これらの文献はそれぞれ、特に造血幹細胞移植の手順、細胞組成、投与量に関して、引用により本明細書中に具体的に包含される。
本発明はまた、1以上の改変型CD117ポリペプチド、改変型CD117ポリペプチドをコードする配列(例えば、改変型mRNA)を含む1以上のポリヌクレオチドもしくはベクター、または改変型CD117ポリペプチドをコードするおよび/もしくは改変型CD117を発現するポリヌクレオチドもしくはベクターを含む改変された細胞を、1以上の薬学的に許容される希釈剤、担体または賦形剤と組み合わせて含む医薬組成物を含む。
本発明は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチド(または改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸配列)を含む改変された細胞、および1以上の薬学的に許容される希釈剤、担体または賦形剤を含む医薬組成物を開示する。特定の態様では、細胞は異種細胞または処置対象から得た自己細胞である。特定の態様では、細胞は幹細胞、例えば造血幹細胞および/またはHSPCである。特定の態様において、医薬組成物は、1以上のさらなる活性剤をさらに含む。特定の態様において、1以上のさらなる活性剤は抗CD117抗体を含む。特定の態様では、抗CD117抗体は、以下からなる群より選択される:SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2、JSP191、CDX-0159、MGTA-117(AB85)、およびFSI-174からなる群より選択される。特定の態様では、抗体はJSP191である。特定の態様において、1以上のさらなる活性剤は、1以上の抗CD47抗体、抗CD40L抗体、抗CD122抗体、抗CD4抗体、および/または抗CD8抗体を含む。
本明細書に記載のポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび細胞は、一般に安全で、毒性がなく、望ましい製剤を調製するのに有用な薬学的に許容される担体、希釈剤および試薬と組み合わせることができ、哺乳動物、例えばヒトまたは霊長動物の使用に許容される賦形剤を含む。特定の態様において、医薬組成物は、本明細書に記載の改変された細胞を含む溶液または懸濁液である。このような担体または希釈剤の例としては、水、生理食塩水、リンゲル液、ブドウ糖液、5%ヒト血清アルブミンなどが挙げられるが、これらに限定されない。補助的な活性化合物を配合することもできる。製剤に用いられる溶液または懸濁液には、注射用水、生理食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒のような無菌希釈剤;ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような抗菌化合物;アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウムのような酸化防止剤;エチレンジアミン四酢酸(EDTA)のようなキレート化合物;酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝剤;凝集を防ぐためのTween20などの界面活性剤;および、塩化ナトリウムまたはブドウ糖などの強壮剤が含まれ得る。pHは塩酸または水酸化ナトリウムなどの酸または塩基で調整できる。特定の態様において、医薬組成物は無菌である。静脈内投与に適した担体としては、生理的食塩水、静菌水、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)などがある。特定の態様では、それは製造および貯蔵の条件下で安定であり、細菌または真菌のような微生物の汚染作用に対して保存される。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液状ポリエチレングリコールなど)、およびそれらの適切な混合物を含む溶媒または分散媒体であり得る。ある場合には、組成物は無菌であり、容易に注射できる程度に流動性がある。微生物の作用の防止は、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど、さまざまな抗菌および抗真菌剤によって達成できる。特定の態様において、医薬組成物は、等張化剤、例えば、糖類、マンニトール、ソルビトールなどの多価アルコール、塩化ナトリウムを組成物中に含む。内用組成物の吸収を延長するには、吸収を遅らせる薬剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムやゼラチンを組成物に含めることができる。
使用方法
さらなる面において、本発明は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドおよび/または改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む改変された細胞、例えばHSCまたはHSPCを対象に投与することを含む、それを必要とする哺乳動物対象を処置する方法を提供する。特定の態様では、対象はHCTまたは造血幹細胞移植を必要としている。移植は、同種異系幹細胞、不一致同種幹細胞、遺伝子操作された自家または同種細胞などが含まれるが、これらに限定されない、自家、同種異系または異種異系のいずれであってもよい。特定の態様において、改変されたHSCまたはHSPCは、例えば、静脈内注入により、例えば、数分から数時間の期間にわたって中心静脈から対象に注入される。特定の態様において、改変されたHSCまたはHSPCは、構成的に活性である、例えば構成的にキナーゼ活性を有する、改変型CD117ポリペプチドを一過性に発現する。特定の態様において、改変型CD117は、例えばSCFが結合していない状態で、構成的な自己リン酸化活性を有する。特定の態様において、改変型CD117を一過性に発現する修飾されたHSCまたはHSPCは、例えばJSP191のような抗c-Kit抗体による切断(ablation)に抵抗性である。従って、HCTを必要とする対象は、疾患のHSPCを除くために、HCTの前、HCTと共に、またはHCTの後に、JSP191のような抗c-Kitモノクローナル抗体を用いてコンディショニングを受けることができる。一方、移植された改変されたHSCまたはHSPCは、抗体の存在下でも一過性の構成的CD117シグナル伝達を提供する改変型CD117を一過性に発現するため、移植後の対象では、如何なるモノクローナル抗体によっても切除されにくくなる。
さらなる面において、本発明は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチドおよび/または改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む改変された細胞、例えばHSCまたはHSPCを対象に投与することを含む、それを必要とする哺乳動物対象を処置する方法を提供する。特定の態様では、対象はHCTまたは造血幹細胞移植を必要としている。移植は、同種異系幹細胞、不一致同種幹細胞、遺伝子操作された自家または同種細胞などが含まれるが、これらに限定されない、自家、同種異系または異種異系のいずれであってもよい。特定の態様において、改変されたHSCまたはHSPCは、例えば、静脈内注入により、例えば、数分から数時間の期間にわたって中心静脈から対象に注入される。特定の態様において、改変されたHSCまたはHSPCは、構成的に活性である、例えば構成的にキナーゼ活性を有する、改変型CD117ポリペプチドを一過性に発現する。特定の態様において、改変型CD117は、例えばSCFが結合していない状態で、構成的な自己リン酸化活性を有する。特定の態様において、改変型CD117を一過性に発現する修飾されたHSCまたはHSPCは、例えばJSP191のような抗c-Kit抗体による切断(ablation)に抵抗性である。従って、HCTを必要とする対象は、疾患のHSPCを除くために、HCTの前、HCTと共に、またはHCTの後に、JSP191のような抗c-Kitモノクローナル抗体を用いてコンディショニングを受けることができる。一方、移植された改変されたHSCまたはHSPCは、抗体の存在下でも一過性の構成的CD117シグナル伝達を提供する改変型CD117を一過性に発現するため、移植後の対象では、如何なるモノクローナル抗体によっても切除されにくくなる。
ドナーがレシピエントと同種である場合、ドナーおよびレシピエントのHLA型が一致するかどうかを検査してもよいし、ハプロタイプ一致の細胞を使用してもよい。特定の態様において、HLA-ハプロタイプ一致のドナーまたはHLA-同型ドナーから得られた細胞が用いられる。HLA-ハプロタイプ一致のドナーは、CD34またはCD34/CD90選択によって操作できる。HLAの一致では、従来、マッチングに重要な遺伝子座はHLA-A、HLA-BおよびHLA-DRであった。HLA-CおよびHLA-DQもまた、ドナーの適正を判断する際に考慮されるようになった。完全に適合した同胞ドナー(sibling donor)は、一般的に理想的なドナーと考えられている。関係のないドナーの場合、ほとんどの移植では完全一致または1つの不一致が許容されると考えられているが、状況によってはそれ以上の不一致も許容される。好ましくは、血清学的および分子学的な一致である。ドナー細胞が臍帯血由来である場合、許容できるHLAの不一致の程度ははるかに大きく、6つのHLA-A、HLA-BおよびHLA-DRB1抗原のうち3つまたは4つが一致すれば、移植には通常十分である。移植片対宿主病(GVHD)が発症する可能性を低減または排除するために、様々な方法を用いて免疫不全ドナーT細胞を除去できる。
本明細書に記載のHCTは、改変型CD117ポリペプチドまたは改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む改変されたHSCを用いる。本発明の方法は、改変型CD117ポリペプチドまたは改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含まないHSCを対象に投与するHCTと比較して、毒性の低減、罹患率の低減、または移植片対宿主病の低減をもたらすと考えられる。本発明の方法は、レシピエントへの移植後の幹細胞の生着も改善すると考えられる。
本明細書に記載の処置方法の特定の態様では、対象に条件付けレジメンを投与して、改変された細胞の生着を促進または増加させる。特定の態様では、条件付けレジメンは、対象の内因性の正常HSCまたは疾患HSCを枯渇させる。条件付けレジメンは、移植前に骨髄中の血液幹細胞の数を減らして、ドナーの血液幹細胞が移植されるためのスペースを確保し、かつ患者を治癒させるために行われ得る。一般的には、条件付けレジメンは、医薬組成物の投与前および/または投与と同時に投与される。特定の態様において、条件付けレジメンは抗CD117抗体の投与を含み、該抗CD117抗体は野生型CD117を発現する内因性HSCを枯渇させるが、抗CD117抗体は投与された改変されたHSCを枯渇させない。特定の態様では、抗CD117抗体は、以下からなる群から選択される:SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2、JSP191、CDX-0159、MGTA-117(AB85)、およびFSI-174からなる群から選択される。特定の態様では、抗体はJSP191である。特定の態様では、条件付けレジメンは抗CD117抗体のみを含む。特定の態様では、対象は、例えば単回投与として、改変されたHSCを投与する前に抗CD117抗体を投与される。
抗c-Kit抗体の有効量とは、内因性の造血幹細胞を枯渇させる量である。有効量は、個体および特定の抗体によって異なるが、一般に、約100μg/kg体重まで、約250μg/kgまで、約500μg/kgまで、約750μg/kgまで、約1mg/kgまで、約1.2mg/kgまで、約1.5mg/kgまで、約3mg/kgまで、約5mg/kgまで、約10mg/kgまでである。いくつかの態様では、対象に抗c-kit抗体、例えばJSP191を約0.01mg/kg~約2mg/kg投与し、要すれば対象に抗c-kit抗体、例えばJSP191を約0.1mg/kg~約1mg/kg投与する。いくつかの態様では、抗c-Kit抗体は、対象の体重1kgあたり約0.01mg~約2mg、または対象の体重1kgあたり約0.1mg~約1mgの用量で対象に投与され得る。いくつかの態様では、抗c-Kitシグナル伝達抗体は、約0.6mg/kgの用量で投与される。
特定の態様において、条件付けレジメンは、抗CD117抗体と1以上のさらなる抗体との併用投与を含む。特定の態様において、1以上のさらなる抗体は、抗CD47抗体、抗CD40L抗体、抗CD122抗体、抗CD4抗体、および/または抗CD8抗体のうちの1以上を含む。
特定の態様において、条件付けレジメンは、抗CD117抗体の単独投与、または骨髄破壊的(MA)条件、強度低下条件(RIC)、または他の非MA(NMA)条件付けレジメンとの併用投与を含む。様々な条件付けレジメンの例を図2に示す。特定の態様では、条件付けレジメンは遺伝毒性条件付けレジメンであり、および/または化学療法(要すればヌクレオシド類縁体および/またはアルキル化剤)、モノクローナル抗体療法、および放射線(要すれば全身への放射線)のうちの1以上を含み得る。特定の態様では、対象は、本明細書に記載の改変型CD117および/または抗CD117抗体を含む改変された細胞、例えばHSCを投与されるので、条件付けレジメンは、対象が改変型CD117ポリペプチドを含まない細胞、例えばHSCを投与される場合よりも穏やかである。特定の態様において、条件付けレジメンが、化学療法(要すればヌクレオシド類縁体および/またはアルキル化剤)、他のモノクローナル抗体療法、および/または放射線と併用した抗CD117抗体の使用を含む場合、化学療法、他のモノクローナル抗体療法、および/または放射線の量は、JSP191のような抗CD117抗体と併用しない場合に使用する量と比較して減少する。例えば、他の条件付き療法の量および/または期間のいずれか一方または両方を、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、または約100%減少させることができる。
しかしながら、他の態様において、対象は、医薬組成物の投与前または投与と同時に、骨髄破壊または遺伝毒性条件付けレジメンを投与されない。例えば、レシピエントは免疫不全であってもよく、移植は骨髄破壊的条件付けレジメン(conditioning)を行わない場合、すなわち放射線および/または化学療法薬を用いない場合に実施される。レシピエントは、細胞およびHLAの一致に応じて選択された薬剤セットを併用投与することで条件付けされ得る。
対象に投与される幹細胞、例えば、改変型CD117ポリペプチドおよび/または改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸を含む改変されたHSCの用量は、注入される細胞組成物の純度、および細胞の供給源によって変わり得る。特定の態様において、投与量は、自家移植および同種移植について、少なくともまたは約1~2x106 CD34+細胞/kg体重である。より高い用量としては、例えば、少なくともまたは約3x106、少なくともまたは約4x106、少なくともまたは約5x106、少なくともまたは約6x106を挙げることができる、少なくとも約7x106、少なくとも約8x106、少なくとも約9x106、少なくとも約107以上のCD34+細胞/kg体重を自家および同種移植に使用する。多くの場合、投与量は利用可能な細胞数によって制限され、本発明の方法は、必要なときまたは制限されたときに、より少ない細胞を送達することを包含する。通常、供給源にかかわらず、投与量は存在するCD34+細胞の数によって計算される。未分画骨髄または動員末梢血の場合、CD34+細胞の割合が低くなることがある。
特定の態様において、改変されたHSC組成物で送達されるCD3+細胞の最大数は、レシピエント体重1kgあたり約107 CD3+細胞以下、レシピエント体重1kgあたり約106 CD3+細胞以下、レシピエント体重1kgあたり約105 CD3+細胞以下、または約レシピエント体重1kgあたり約104 CD3+細胞以下である。あるいは、細胞集団をCD34およびCD90の発現について選択してもよく、この細胞集団は高度に精製されていてもよく、例えば、少なくとも約85%のCD34+ CD90+細胞、少なくとも約90%のCD34+ CD90+細胞、少なくとも約95%のCD34+ CD90+細胞であってよく、および最大約99%のCD34+ CD90+細胞以上であってもよい。
特定の態様において、本発明は、本明細書に記載の改変型CD117ポリペプチド、例えば、構成的c-Kitシグナル伝達またはキナーゼ活性を有する改変型CD117を含む改変された細胞、例えば、HSCおよび/またはHSPCを対象に投与することを含む、それを必要とする哺乳動物対象を処置する方法を含む。特定の態様において、改変型CD117は、例えばSCFが結合していない状態で、構成的な自己リン酸化活性を有する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞中で一過性に、例えば、約1日間、約2日間、約3日間、約4日間、約5日間、または約1週間発現される。特定の態様において、対象はまた、移植後の改変された細胞の生着を促進または増加させるための条件付けレジメンを投与され、ここで、条件付けレジメンは、医薬組成物の投与前または投与と同時に投与される。特定の態様において、条件付けレジメンは、抗c-Kit抗体、例えば、本明細書に記載のもの(例えば、JSP191など)を対象に投与することを含む。いくつかの態様において、抗c-Kit抗体は、対象への医薬組成物の投与前に対象に投与される。特定の態様では、抗c-Kit抗体の投与後、改変された細胞(すなわち、HCT)の投与前に“ウォッシュアウト”期間がある。この期間に、抗c-Kit抗体(またはコンディショニングに用いられた他の薬剤)がクリアランスされる。アブレーション剤(ablative agent)のクリアランスに必要な期間は、経験的に決定することもできるし、薬剤の薬物動態に関する以前の経験に基づいて決定することもできる。歴史的には、クリアランスの時間は通常、アブレーション剤、例えば抗c-Kit抗体のレベルがピークレベルから少なくとも約10の1、通常は少なくとも約100分の1、1000分の1、10,000分の1、またはそれ以上減少するのに十分な時間であった。しかしながら、本明細書に記載の方法に従って対象に投与される改変された細胞は、コンディショニングに用いられるアブレーション(ablative)抗c-Kit抗体によって結合されない改変型CD117ポリペプチドを含んでいるため、本発明の方法は洗浄ウォッシュアウト期間を必要としないか、または改変されていない細胞が移植されるときと比較してウォッシュアウト期間を短縮するだけで済む。特定の態様において、ウォッシュアウト期間は5日未満、4日未満、3日未満、2日未満、または1日未満である。特定の態様において、本方法は、抗c-Kit抗体および医薬組成物または改変された細胞、例えば改変されたHSCおよび/またはHSPCを、重複する期間中またはほぼ同時に投与することを含む。特定の態様において、本方法は、医薬組成物または改変された細胞、例えば、改変されたHSCおよび/またはHSPCの投与後に、要すれば少なくとも1日、少なくとも2日、少なくとも3日、少なくとも4日、少なくとも5日、または少なくとも1週間の期間、抗c-Kit抗体を対象に投与することを含む。これにより、改変されたHSCおよび/またはHSPCの投与後も、内因性のHSCおよび/またはHSPCをアブレーションし続け、より大きな生着が可能になると考えられる。
一態様では、本方法は、
(i)対象に抗c-Kit抗体、例えばJSP-191を投与することにより、該対象の内因性造血幹細胞を選択的にアブレーションすること;
(ii)要すれば、抗c-Kit抗体の投与後、一定期間待機すること;および
(iii)(ii)の後、改変された細胞、例えば改変されたHSCおよび/または改変されたHSPCを含む医薬組成物を、多系統末梢血キメラを達成するのに有効な用量で対象に投与すること
を含む。
特定の態様において、工程(ii)の期間は5日未満、4日未満、3日未満、2日未満、または1日未満であるか、または0日である。特定の態様において、改変型CD117は構成的c-Kitシグナル伝達活性またはキナーゼ活性を有する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞中で一過性に、例えば、約1日間、約2日間、約3日間、約4日間、約5日間、または約1週間発現される。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトc-Kitポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有し、N505またはD816と呼ばれる位置で、例えばN505IまたはD816Vのようなアミノ酸置換を含む。
(i)対象に抗c-Kit抗体、例えばJSP-191を投与することにより、該対象の内因性造血幹細胞を選択的にアブレーションすること;
(ii)要すれば、抗c-Kit抗体の投与後、一定期間待機すること;および
(iii)(ii)の後、改変された細胞、例えば改変されたHSCおよび/または改変されたHSPCを含む医薬組成物を、多系統末梢血キメラを達成するのに有効な用量で対象に投与すること
を含む。
特定の態様において、工程(ii)の期間は5日未満、4日未満、3日未満、2日未満、または1日未満であるか、または0日である。特定の態様において、改変型CD117は構成的c-Kitシグナル伝達活性またはキナーゼ活性を有する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞中で一過性に、例えば、約1日間、約2日間、約3日間、約4日間、約5日間、または約1週間発現される。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトc-Kitポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有し、N505またはD816と呼ばれる位置で、例えばN505IまたはD816Vのようなアミノ酸置換を含む。
特定の態様において、HCTを必要とする対象を処置する方法は、
(i)対象に条件付けレジメンを投与する工程であって、前記条件付けレジメンは抗CD117モノクローナル抗体、例えばJSP191を含む、工程;および
(ii)対象に改変されたHSCを投与する工程であって、前記改変されたHSCが改変型CD117ポリペプチドを含み、改変型CD117ポリペプチドが細胞表面に発現し、改変されたHSCが、野生型CD117ポリペプチドのみを含む内因性造血幹細胞と同程度には条件付けレジメンによって枯渇しない、および/または改変されたHSCが、内因性造血幹細胞と比較して増殖優位性を有する、工程
を含む。特定の態様では、改変型CD117は構成的c-Kitシグナル伝達活性またはキナーゼ活性を有する。特定の態様において、改変型CD117は、例えばSCFが結合していない状態で、構成的な自己リン酸化活性を有する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞中で一過性に、例えば、約1日間、約2日間、約3日間、約4日間、約5日間、または約1週間発現される。特定の態様では、条件付けレジメンはモノクローナル抗c-Kit抗体、例えばJSP191を含む。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトc-Kitポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有し、N505またはD816と呼ばれる位置におけるアミノ酸置換、例えばN505IまたはD816Vのようなアミノ酸置換を含む。“N505”または“D816”修飾の実際の位置は、c-Kitポリペプチドの特定のアイソタイプによって異なり得る。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、配列番号3~6のいずれか1つに示される配列を有する。
(i)対象に条件付けレジメンを投与する工程であって、前記条件付けレジメンは抗CD117モノクローナル抗体、例えばJSP191を含む、工程;および
(ii)対象に改変されたHSCを投与する工程であって、前記改変されたHSCが改変型CD117ポリペプチドを含み、改変型CD117ポリペプチドが細胞表面に発現し、改変されたHSCが、野生型CD117ポリペプチドのみを含む内因性造血幹細胞と同程度には条件付けレジメンによって枯渇しない、および/または改変されたHSCが、内因性造血幹細胞と比較して増殖優位性を有する、工程
を含む。特定の態様では、改変型CD117は構成的c-Kitシグナル伝達活性またはキナーゼ活性を有する。特定の態様において、改変型CD117は、例えばSCFが結合していない状態で、構成的な自己リン酸化活性を有する。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、細胞中で一過性に、例えば、約1日間、約2日間、約3日間、約4日間、約5日間、または約1週間発現される。特定の態様では、条件付けレジメンはモノクローナル抗c-Kit抗体、例えばJSP191を含む。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、野生型ヒトc-Kitポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有し、N505またはD816と呼ばれる位置におけるアミノ酸置換、例えばN505IまたはD816Vのようなアミノ酸置換を含む。“N505”または“D816”修飾の実際の位置は、c-Kitポリペプチドの特定のアイソタイプによって異なり得る。特定の態様において、改変型CD117ポリペプチドは、配列番号3~6のいずれか1つに示される配列を有する。
いくつかの態様において、移植は、骨髄破壊療法条件付けレジメンを行わないで実施される。いくつかの態様では、レシピエントは免疫不全である。移植前の条件付けレジメンの投与は、アブレーションの望ましいレベルを達成するために必要に応じて繰り返される。ドナー幹細胞による移植後、レシピエントはドナー細胞に対するキメラまたは混合キメラであり得る。
本明細書に記載の方法は、幹細胞移植に適応可能な様々な適応症の処置に用いられ得る。特定の態様において、本明細書に記載のHCT法は、癌、心臓疾患、神経疾患、自己免疫疾患、免疫不全、代謝疾患、ヘモグロビン異常症、および遺伝疾患からなる群より選択される疾患または障害を処置するために使用される。特定の態様では、以下の疾患のいずれかを処置するために用いられる:多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン病、急性骨髄性白血病、神経芽細胞腫、胚細胞腫瘍、および自己免疫疾患、例えば、全身性エリテマトーデス(SLE)、全身性硬化症、またはアミロイドーシス、例えば、自家HCTによるもの。特定の態様において、それらは以下の障害のいずれかを処置するために用いられる:急性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病;慢性リンパ性白血病、骨髄増殖性障害、骨髄異形成症候群、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン病、再生不良性貧血、純粋赤血球形成不全、発作性夜間ヘモグロビン尿症、ファンコニー貧血、サラセミア、重症サラセミア、鎌状赤血球貧血、複合免疫不全症、重症複合免疫不全症(SCID)、ウィスコット・アルドリッチ症候群、血球貪食性リンパ組織球症(HLH)、先天性代謝異常症(例えば、ムコ多糖症、ゴーシェ病、メタクロマチック白質ジストロフィー、およびアドレノロイコジストロフィー)、表皮水疱症、重症先天性好中球減少症、シュワックマン・ダイヤモンド症候群、ダイヤモンド・ブラックファン貧血、白血球接着欠損症などを、例えば同種HCTによって処置できる。
特定の態様において、本発明の方法は、固形組織がん、または白血病、リンパ腫、骨髄異形成症候群などの血液がんを処置するために用いられる。特定の態様では、白血病は急性骨髄性白血病(AML)である。
特定の態様では、リンパ腫は、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫である。
特定の態様では、本発明の方法は免疫不全の処置に用いられる。特定の態様では、免疫不全症は重症複合免疫不全症(SCID)である。特定の態様において、免疫不全症は、免疫グロブリンGサブクラス欠損症、選択的免疫グロブリンA欠損症、胸腺低形成(ディ・ジョージ(DiGeorge)症候群、高免疫グロブリンM(HIGM)症候群、選択的IgM欠損症、ウィスコット-アルドリッチ症候群、またはX連鎖性アガマグロブリン血症(XLA)である。
特定の態様では、本発明の方法は遺伝性疾患の処置に用いられる。特定の態様では、遺伝子疾患は鎌状赤血球症またはファンコニー貧血である。処置の対象となる鎌状赤血球症には、これらに限定されない:HbS病、ドレパン球性貧血、髄鞘球症、慢性溶血性貧血など。
本発明のHCT法のいずれかの特定の態様において、本方法はさらに、HCT法によって処置される疾患または障害の治療のための治療剤を対象に投与することを含む。
実施例1
CD117変異体を発現する造血細胞の増殖は抗CD117抗体では阻害されない
変異型CD117の発現が、野生型CD117に対して変異型CD117を発現する造血細胞に増殖優位性を与えることを証明するために、野生型ヒトCD117(c-Kit)および変異ヒトCD117-D816Vを発現するBa/F3細胞を、IL-3の不存在下、幹細胞因子(SCF)の濃度を変化させ、抗CD117抗体JSP191の存在下または不存在下で培養した。
CD117変異体を発現する造血細胞の増殖は抗CD117抗体では阻害されない
変異型CD117の発現が、野生型CD117に対して変異型CD117を発現する造血細胞に増殖優位性を与えることを証明するために、野生型ヒトCD117(c-Kit)および変異ヒトCD117-D816Vを発現するBa/F3細胞を、IL-3の不存在下、幹細胞因子(SCF)の濃度を変化させ、抗CD117抗体JSP191の存在下または不存在下で培養した。
対照の親Ba/F3細胞はIL-3不存在下では増殖しなかった。さらに、親のBa/F3細胞はCD117を発現せず、SCFシグナルには反応しなかった。従って、対照の親Ba/F3細胞は、濃度の高いSCFの存在下では増殖せず、JSP191の添加による生存率または増殖への影響は見られなかった。
野生型ヒトCD117(c-Kit)を発現するBa/F3細胞株は、SCFに対して用量反応性の増殖を示したが、これは抗CD117抗体JSP191の存在下で阻害された。
CD117-D816V変異体を発現するBa/F3細胞株は、SCF不存在下でも増殖が可能であり、抗CD117抗体JSP191の存在によっても増殖は阻害されなかった。
これらの研究は、構成的に活性な改変型CD117を含む細胞は、CD117へのSCF結合を阻害する抗CD117抗体の存在下でも増殖可能であり、従って、改変型CD117は、特に抗CD117抗体の存在下において、野生型細胞と比較して、改変された細胞に増殖優位性を与えることを示している。
上記の様々な態様を組み合わせて、さらなる態様を提供できる。
態様の面は、必要に応じて、様々な特許、特許出願、および刊行物の概念を採用するように変更して、さらなる態様を提供できる。
これらの変更およびその他の変更は、上記の詳細な説明に照らして態様に加えることができる。一般に、以下の特許請求の範囲において、用いられる用語は、特許請求の範囲を本明細書および特許請求の範囲に開示された特定の態様に限定するように解釈されるべきではなく、そのような特許請求の範囲が権利を有する等価物の全範囲とともに、すべての可能な態様を含むように解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は本開示によって限定されるものではない。
米国特許、米国特許出願公開公報、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、および本明細書中で言及され、および/または出願データシートに記載されている非特許文献はすべて、引用によりその内容全体を本明細書に包含させる。
Claims (80)
- 薬学的に許容される賦形剤、担体または希釈剤、ならびに改変された造血幹細胞(HSC)または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)を含む医薬組成物であって、前記改変されたHSCまたはHSPCが、改変型CD117ポリペプチドを含み、要すれば、改変型CD117ポリペプチドが、構成的c-Kitシグナル伝達および/またはキナーゼ活性を有し、および要すれば、野生型CD117のみを発現するHSPCの増殖および/または生存を阻害できる抗c-Kitモノクローナル抗体と接触させたときに、該改変された細胞が増殖および/または生存できる、医薬組成物。
- 改変型CD117のc-Kitシグナル伝達および/またはキナーゼ活性が、抗c-Kitモノクローナル抗体によって実質的に阻害されない、請求項1に記載の医薬組成物。
- 抗c-Kitモノクローナル抗体が、SCFとCD117との結合を阻害する、請求項2に記載の医薬組成物。
- 抗c-Kitモノクローナル抗体が、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つに存在する6つのCDRのうちの1つ以上を含む、請求項2に記載の医薬組成物。
- 抗c-Kitモノクローナル抗体が、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つである、請求項2に記載の医薬組成物。
- 抗c-Kit抗体がJSP191である、請求項5に記載の医薬組成物。
- 抗c-Kit抗体がFSI-174である、請求項5に記載の医薬組成物。
- 改変型CD117が、野生型CD117ポリペプチドと比較して1以上のアミノ酸修飾を含む、請求項1から7のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 1以上のアミノ酸修飾が、1以上のアミノ酸置換、挿入または欠失を含む、請求項8に記載の医薬組成物。
- アミノ酸修飾の1以上が、改変型CD117ポリペプチドの細胞外ドメインの表面露出アミノ酸残基内、膜スパニングドメイン内、または細胞内ドメイン内に存在する、請求項8に記載の医薬組成物。
- 改変型CD117ポリペプチドが、野生型ヒトCD117に存在する以下のアミノ酸:N505またはD816の1以上の置換または欠失を含む、請求項8に記載の医薬組成物。
- 改変型CD117ポリペプチドが、野生型ヒトCD117と比較して、D816V置換および/またはN505I置換を含む、請求項11に記載の医薬組成物。
- 改変型CD117ポリペプチドが、野生型CD117ポリペプチドに対して、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相同性を有する、請求項1から12のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 野生型CD117ポリペプチドが野生型ヒトCD117ポリペプチドであり、要すれば以下のアミノ酸配列のうちの1つを有する、請求項8から13のいずれか一項に記載の医薬組成物:
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号1);または、
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号2)。 - 改変された細胞が、改変型CD117ポリペプチドおよび野生型CD117ポリペプチドの両方を発現する、請求項1から14のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 改変された細胞が改変型CD117ポリペプチドを一過性に発現する、請求項1から15のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- HSCまたはHSPCがCD34+であり、要すればHSPCがCD34+/CD90+、CD34+/CD38-、またはCD34+/CD38-/CD90+、またはCD34+CD133+である、請求項1から16のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 細胞がヒト細胞である、請求項1から17のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 細胞が哺乳動物ドナーから得られたものである、請求項1から18のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 哺乳動物ドナーが造血細胞移植(HCT)を必要とする対象である、請求項19に記載の医薬組成物。
- 哺乳動物ドナーが健康なドナーである、請求項19に記載の医薬組成物。
- 哺乳動物ドナーから得られた細胞がエクスビボで改変されたものである、請求項19から21のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 抗CD117抗体をさらに含む、請求項1から22のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 1以上の抗CD47抗体、抗CD40L抗体、抗CD122抗体、抗CD4抗体、および/または抗CD8抗体をさらに含む、請求項1から23のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 請求項1から24のいずれか一項に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする哺乳動物対象を処置する方法。
- 対象が、改変された細胞の生着を促進または増加させるための条件付けレジメンを投与され、条件付けレジメンが、医薬組成物の投与前または投与と同時に投与される、請求項25に記載の方法。
- 条件付けレジメンが、医薬組成物の投与後に投与される、請求項26に記載の方法。
- 条件付けレジメンが、対象が改変型CD117ポリペプチドを含まない造血幹細胞を投与される場合よりもマイルドである、請求項26または27に記載の方法。
- 対象が、医薬組成物の投与前または投与と同時に、改変された細胞の生着を促進または増加させるための条件付けレジメンを投与されない、請求項25に記載の方法。
- 対象に、改変型CD117ポリペプチドを含まない造血幹細胞を条件付けレジメンと組み合わせて投与する方法と比較して、毒性、罹患率の減少、または移植片対宿主病の減少をもたらす、請求項25から29のいずれか一項に記載の方法。
- 条件付けレジメンが、抗CD117モノクローナル抗体の投与、要すればJSP191の投与を含むか、またはその投与からなる、請求項25から30のいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、癌、心臓障害、神経障害、自己免疫疾患、免疫不全、代謝障害、および遺伝的障害からなる群より選択される疾患または障害のために処置される、請求項25から31のいずれか一項に記載の方法。
- 癌が固形組織癌または血液癌である、請求項32に記載の方法。
- 血液癌が白血病、リンパ腫、または骨髄異形成症候群である、請求項33に記載の方法。
- 白血病が急性骨髄性白血病(AML)である、請求項34に記載の方法。
- 免疫不全症が重症複合免疫不全症(SCID)である、請求項32に記載の方法。
- 遺伝子疾患が鎌状赤血球症またはファンコニー貧血である、請求項32に記載の方法。
- 疾患または障害の処置のための治療薬を対象に投与することをさらに含む、請求項25から37のいずれか一項に記載の方法。
- 野生型CD117ポリペプチドと比較して1以上のアミノ酸修飾を含む改変型CD117ポリペプチドであって、ここで、抗c-Kitモノクローナル抗体が、野生型CD117ポリペプチドと比較して、細胞内で発現された改変型CD117ポリペプチドによるc-Kitシグナル伝達、要すればSCF結合への応答を実質的に阻害または低減しない、改変型CD117ポリペプチド。
- 改変型CD117ポリペプチドが、野生型CD117ポリペプチドと比較して、要すればSCF結合に応答して、キナーゼ活性を実質的に保持する、請求項39に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 改変型CD117ポリペプチドが構成的c-Kitシグナル伝達活性および/またはキナーゼ活性を有する、請求項39または40に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 改変型CD117ポリペプチドが、野生型CD117ポリペプチドと比較して、要すれ、SCF結合に応答して、c-Kitシグナル伝達および/またはキナーゼ活性を実質的に増加させる、請求項39から41のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 抗c-Kit抗体が、JSP191、AB85、CDX-0159またはFSI-174のいずれか1つに存在する6つのCDRのうちの1以上を含む、請求項39から42のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 抗c-Kit抗体が、JSP191、AB85、CDX-0159、またはFSI-174のいずれか1つである、請求項43に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 抗c-Kit抗体が、JSP191および/またはFSI-174に存在する1以上の、要すれば6つのCDRを含む、請求項43に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 抗c-Kit抗体がJSP191またはFSI-174である、請求項45に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 1以上のアミノ酸改変が、1以上のアミノ酸置換、挿入、または欠失を含む、請求項39から46のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- アミノ酸修飾の1以上が、細胞外ドメインの表面露出アミノ酸残基内、膜スパニングドメイン内、または野生型CD117ポリペプチドの細胞内ドメイン内に存在する、請求項47に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 1以上のアミノ酸修飾が1以上のアミノ酸置換または欠失を含む、請求項47または48に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 1以上のアミノ酸修飾が1以上のアミノ酸置換を含む、請求項49に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 1以上のアミノ酸置換または欠失が、野生型ヒトCD117に存在する以下のアミノ酸:N505またはD816の1以上の置換または欠失を含む、請求項47から50のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 1以上のアミノ酸置換が、D816V置換および/またはN505I置換を含む、請求項50または51に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 改変型CD117ポリペプチドが野生型CD117ポリペプチドに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相同性を有する、請求項39から52のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチド。
- 野生型CD117ポリペプチドが野生型ヒトCD117ポリペプチドであり、要すれば、以下のアミノ酸配列のいずれかを有する、請求項39から53のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチド:
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号1);または、
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(配列番号2)。 - 請求項39から54のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチドをコードする核酸。
- 核酸がRNA、DNAまたはそれらの組合せを含む、請求項55に記載の核酸。
- 核酸が修飾mRNAを含む、請求項56に記載の核酸。
- 核酸が1以上の脂質と結合しており、要すれば、核酸は脂質核酸粒子、脂質ナノ粒子、またはリポソーム内に存在する、請求項55から57のいずれか一項に記載の核酸。
- 請求項55から58のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
- ベクターが発現ベクターである、請求項59に記載のベクター。
- ベクターがウイルスベクター、要すれば、AAVベクターまたはレンチウイルスベクターである、請求項59または60に記載のベクター。
- ベクターが造血幹細胞を形質導入できる、請求項59から61のいずれか一項に記載のベクター。
- 請求項39から54のいずれか一項に記載の改変型CD117ポリペプチドおよび/または請求項55から58のいずれか一項に記載の核酸を含む改変された細胞。
- 細胞が改変型CD117ポリペプチドおよび野生型CD117ポリペプチドの両方を発現する、請求項63に記載の改変された細胞。
- 細胞が請求項59から62のいずれか一項に記載のベクターで形質導入された、請求項63または64に記載の改変された細胞。
- 細胞が幹細胞または多能性細胞である、請求項63から65のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 幹細胞が造血幹細胞(HSC)または造血幹細胞および前駆細胞(HSPC)である、請求項66に記載の改変された細胞。
- 細胞がCD34+であり、要すれば、細胞がCD34+/CD90+、CD34+/CD38-、またはCD34+/CD38-/CD90+、またはCD34+CD133+である、請求項63から67のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 細胞がヒト細胞である、請求項63から68のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 細胞が哺乳動物ドナーから得られたものである、請求項63から69のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 哺乳動物ドナーが造血細胞移植(HCT)を必要とする対象である、請求項70に記載の改変された細胞。
- 哺乳動物ドナーが健康なドナーである、請求項70に記載の改変された細胞。
- 哺乳動物ドナーから得られた細胞がエクスビボで改変されたものである、請求項70から72のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 細胞が改変型CD117ポリペプチドを発現し、要すれば、改変された細胞が改変型CD117ポリペプチドを一過性に発現する、請求項63から73のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 改変型CD117ポリペプチドが細胞表面または細胞膜に発現している、請求項74に記載の改変された細胞。
- 細胞が、抗CD117抗体の存在下で増殖および/または生存できる、請求項63から75のいずれか一項に記載の改変された細胞。
- 抗CD117抗体が、野生型CD117のみを発現する細胞の増殖および/または生存を阻害できる、請求項76に記載の改変された細胞。
- 抗CD117抗体が、JSP191、CDX-0159、AB85およびFSI-174からなる群より選択される、請求項76または77に記載の改変細胞。
- 細胞を改変する方法であって、請求項55から58のいずれか一項に記載の核酸または請求項59から62のいずれか一項に記載のベクターを細胞に導入することを含み、要すれば、該細胞が一過性に改変され、要すれば、該方法が、哺乳動物対象への造血細胞移植(HCT)のための改変された細胞を調製するためのものである、方法。
- 核酸またはベクターが、トランスフェクション、導入、感染、エレクトロポレーション、またはナノポア技術によって細胞に導入される、請求項79に記載の方法。
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