CN117545489A - 修饰的干细胞组合物及其使用方法 - Google Patents

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CN117545489A
CN117545489A CN202280026311.8A CN202280026311A CN117545489A CN 117545489 A CN117545489 A CN 117545489A CN 202280026311 A CN202280026311 A CN 202280026311A CN 117545489 A CN117545489 A CN 117545489A
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温迪·彭
朱迪思·志鹤
罗伯特·西科尔斯基
拉吉夫·蒂瓦里
权惠淑
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Abstract

提供了一种修饰的干细胞和用于干细胞移植的方法。

Description

修饰的干细胞组合物及其使用方法
相关申请
本申请要求于2021年2月9日提交的美国临时专利申请系列号为63/147,627和2021年10月18日提交的美国临时专利申请系列号为63/257,012的优先权,其全部内容通过引用并入本文。
序列表
本申请通过EFS-Web以电子方式提交,并且包括以电子方式提交的.txt格式的序列表。该.txt文件包含创建于2022年2月8日的标题为JATH_001_01WO_ST25.txt的序列表,并且大小为82千字节。该.txt文件中所包含的序列表是本说明书的一部分,并且其全部内容通过引用并入本文。
技术领域
本公开涉及一种修饰的造血干细胞,例如,包括组成型活性的修饰的CD117,以及它们用于造血干细胞移植的用途。
背景技术
造血细胞移植(HCT)通常包括将从骨髓、外周血或脐带血中获得的自体或同种异体供体造血干细胞(HSC)或造血干祖细胞(hematopoietic stem and progenitor cells,HSPC)静脉内输注到骨髓或免疫系统受损或有缺陷的受试者体内。HCT可以作为治疗许多疾患的疗法的一部分来实施,所述疾患包括癌症,诸如白血病和先天性免疫缺陷疾患。
HCT通常伴有制备或调理方案(conditioning regimen),以清除内源性HSC的骨髓龛(bone-marrow niche),以便供体HSC植入。目前的调理方案可以包括用DNA损伤辐照和/或化疗进行治疗,这可能具有毒性作用,从而限制HCT的使用。最近,开发了一种靶向和清除HSC的非基因毒性方法,该方法使用了结合人CD117(c-Kit)的抗体,一种在HSC和祖细胞(HSPC)的表面上表达的受体酪氨酸激酶。已经证明用抗c-Kit抗体治疗会体外抑制人的造血作用,耗尽异种移植有人细胞的小鼠体内的人HSC,并安全地耗尽非人灵长类动物的HSC(Agarwal,R.et al.,Blood(2019)134(Supplement_1):800。
尽管如此,本领域仍然需要用于HCT的改进的组合物和方法,包括具有毒性降低和移植的HSC和/或HSPC的植入增加的调理方法。本公开满足了这种需求。
发明内容
本公开尤其提供了新型修饰的CD117多肽和相关组合物以及其在造血干细胞移植中的使用方法。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽能够在缺失干细胞因子(SCF)结合的情况下在HSC和/或HSPC中进行信号转导。在某些实施方式中,当在细胞(例如,HSC和/或HSPC)中表达或存在时,修饰的CD117多肽提供组成型信号转导和/或CD117介导的激酶活性。因此,在特定实施方式中,当在HSC和/或HSPC中表达或存在时,修饰的CD117多肽在与阻断SCF与CD117结合的抗体结合时允许进行CD117信号转导。
一方面,本公开提供了修饰的CD117多肽,与野生型CD117多肽相比,其包括一个或多个氨基酸修饰,例如一个或多个氨基酸置换、插入或缺失。在某些实施方式中,所述修饰的CD117多肽包括一个或多个氨基酸置换,例如在野生型人CD117中存在的以下的氨基酸的一个或多个处:N505或D816,诸如,D816V置换和/或N505I置换。在具体的实施方式中,所述一个或多个氨基酸修饰位于野生型CD117多肽的胞外结构域的表面暴露的氨基酸残基或区域内、跨膜区内或胞内结构域内,例如近膜区或激酶结构域。在特定实施方式中,所述修饰的CD117多肽与野生型CD117多肽或其功能片段具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的序列同源性。在某些实施方式中,所述野生型CD117多肽是野生型人CD117多肽,任选地具有下列氨基酸序列之一:
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在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,修饰的CD117多肽基本上保留了激酶活性,并且在一些实施方式中,修饰的CD117多肽与野生型CD117多肽相比具有大幅地增加的激酶活性。在特定实施方式中,与在SCF结合存在的情况下的野生型CD117多肽的激酶活性相比,在没有SCF结合的情况下,修饰的CD117多肽基本上保留或已经具有增加的激酶活性,任选地组成型激酶活性。在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,修饰的CD117多肽基本上保留了激酶活性,任选地响应于SCF的结合。在特定的实施方式中,与野生型CD117多肽相比,修饰的CD117多肽已经具有,任选地响应于SCF的结合的增加的激酶活性。在特定实施方式中,修饰的CD117具有组成型激酶活性,任选地在没有SCF结合的情况下,响应于表达野生型CD117多肽的细胞(例如,HSC和/或HSPC)中的SCF的结合,其具有至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的激酶活性。
在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,任选地但不是必需地响应于SCF的结合一个或多个氨基酸修饰基本上不会抑制或减少通过在细胞(例如,HSC和/或HSPC)中表达的修饰的CD117多肽的c-Kit信号转导或细胞增殖。
在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,一个或多个氨基酸修饰基本上不会抑制或减少抗c-Kit抗体与在细胞(例如,HSC和/或HSPC)中表达的修饰的CD117多肽的结合。在某些实施方式中,抗c-Kit抗体破坏或阻断SCF与野生型CD117和/或修饰的CD117多肽的结合。在特定实施方式中,抗c-Kit抗体包括存在于JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中任一种中的六个CDR。在特定实施方式中,抗c-Kit抗体是JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种。
在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,一个或多个氨基酸修饰基本上不会抑制或减少干细胞因子(SCF)与在细胞中表达的修饰的CD117多肽的结合。
在相关实施方式中,本公开提供了一种核酸,其编码修饰的CD117多肽。在特定实施方式中,核酸包括RNA、DNA或其组合。在一种实施方式中,核酸包括修饰的mRNA。在特定实施方式中,核酸与一种或多种脂质结合,任选地,其中核酸存在于脂质核酸颗粒、脂质纳米颗粒或脂质体中。
在其他相关实施方式中,本公开提供了一种载体,其包括编码修饰的CD117多肽的核酸。在某些实施方式中,载体是表达载体,例如,AAV载体或慢病毒载体。在特定实施方式中,载体能够转导造血干细胞。在相关实施方式中,本公开提供了一种宿主细胞,其包括载体,所述载体包括编码修饰的CD117多肽的核酸。在特定实施方式中,宿主细胞是细菌或哺乳动物细胞。
在另一相关实施方式中,本公开提供了一种修饰的细胞,其包括修饰的CD117多肽和/或编码修饰的CD117多肽的核酸。在特定实施方式中,细胞表达修饰的CD117多肽和野生型CD117多肽两者。在某些实施方式中,细胞用载体进行转导。在特定实施方式中,细胞是宿主细胞。在某些实施方式中,细胞是造血干祖细胞(HSPC)或造血干细胞(HSC)。在特定实施方式中,细胞是CD34+,并且在一些实施方式中,细胞是CD34+/CD90+、CD34+/CD38-、CD34+/CD38-/CD90+或CD34+/CD133+。在一些实施方式中,细胞是人细胞。在一些实施方式中,细胞从哺乳动物供体获得。在某些实施方式中,哺乳动物供体是需要造血干细胞移植的受试者(自体供体),其中在其他实施方式中,哺乳动物供体不是需要造血干细胞移植的受试者(同种异体供体)。在某些实施方式中,细胞表达修饰的CD117多肽,任选地,其中修饰的细胞瞬时表达修饰的CD117多肽。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽在细胞表面或细胞膜中表达,而在某些实施方式中,细胞能够在存在抗CD117抗体的情况下和/或不存在SCF的情况下增殖。在某些实施方式中,抗CD117抗体能够抑制仅表达野生型CD117的细胞的增殖和/或存活,但基本上不会抑制表达修饰的CD117多肽的细胞的增殖和/或存活。在一些实施方式中,抗CD117抗体诱导仅表达野生型CD117的细胞的凋亡或死亡,但基本上不会诱导表达修饰的CD117多肽的细胞的凋亡或死亡。在某些实施方式中,与仅表达野生型CD117多肽的细胞相比,与抗CD117抗体接触或抗CD117抗体的存在导致表达修饰的CD117多肽的细胞中的细胞死亡少于50%、少于40%、少于30%、少于20%或少于10%。在一些实施方式中,抗CD117抗体选自由以下组成的组:JSP191、CDX-0159、AB85和FSI-174。
在其他相关实施方式中,本公开提供了一种药物组合物,其包括修饰的细胞,例如,HSC,其包括编码修饰的CD117多肽的核酸,以及药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂。在一些实施方式中,药物组合物还包括抗CD117抗体。在某些实施方式中,药物组合物还包括一个或多个抗CD47、抗CD40L、抗CD122、抗CD4和/或抗CD8抗体。
在某些实施方式中,本公开提供了一种药物组合物,其包括药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂以及修饰的造血干细胞(HSC)或造血干祖细胞(HSPC),其中修饰的HSC或HSPC包括修饰的CD117多肽,任选地,其中修饰的CD117多肽具有组成型c-Kit信号转导和/或激酶活性,并且任选地,其中修饰的细胞在与能够抑制仅表达野生型CD117的HSPC的增殖和/或存活的抗c-Kit单克隆抗体接触时能够增殖和/或存活。在某些实施方式中,修饰的CD117的c-Kit信号转导和/或激酶活性基本上不会受抗c-Kit单克隆抗体抑制。在某些实施方式中,抗c-Kit单克隆抗体抑制SCF与CD117的结合。在特定实施方式中,抗c-Kit单克隆抗体包括存在于JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中任一种中的六个CDR中的一个或多个。在某些实施方式中,抗c-Kit单克隆抗体是JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种。在某些实施方式中,抗c-Kit抗体是JSP191。在某些实施方式中,抗c-Kit抗体是FSI-174。在某些实施方式中,与野生型CD117多肽相比,修饰的CD117包括一个或多个氨基酸修饰。在某些实施方式中,一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换、插入或缺失。在某些实施方式中,一个或多个氨基酸修饰存在于修饰的CD117多肽的胞外结构域的表面暴露的氨基酸残基内、跨膜结构域内或胞内结构域内。在某些实施方式中,修饰的CD117多肽包括野生型人CD117中存在的以下氨基酸的一个或多个的置换或缺失:N505或D816。在某些实施方式中,与野生型人CD117相比,修饰的CD117多肽包括D816V置换和/或N505I置换。在某些实施方式中,修饰的CD117多肽具有与野生型CD117多肽至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的序列同源性。在某些实施方式中,所述野生型CD117多肽是野生型人CD117多肽,任选地具有下列氨基酸序列之一:
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在某些实施方式中,修饰的细胞表达修饰的CD117多肽和野生型CD117多肽两者。在某些实施方式中,修饰的细胞瞬时表达修饰的CD117多肽。在某些实施方式中,HSC或HSPC是CD34+,任选地其中,所述HSPC是CD34+/CD90+、CD34+/CD38-、或CD34+/CD38-/CD90+或CD34+CD133+。在某些实施方式中,细胞是人细胞。在某些实施方式中,细胞从哺乳动物供体获得。在某些实施方式中,哺乳动物供体是需要造血细胞移植(HCT)的受试者。在某些实施方式中,哺乳动物供体是健康的供体。在某些实施方式中,从哺乳动物供体获得的细胞被离体修饰。在某些实施方式中,药物组合物还包括抗CD117抗体、抗CD47、抗CD40L、抗CD122、抗CD4和/或抗CD8抗体。
在相关方面,本公开包括一种修饰细胞(例如,HSC)的方法,该方法包括将编码修饰的CD117多肽的核酸或载体引入至细胞中,任选地,其中细胞被瞬时修饰,并且任选地,其中该方法用于制备用于将造血细胞移植(HCT)到哺乳动物受试者中的修饰的细胞。在某些实施方式中,核酸或载体通过转染、转导、感染、电穿孔或纳米孔技术被引入至细胞中。
在另一方面,本公开包括治疗有此需要的哺乳动物受试者的方法,该方法包括向受试者给药包括修饰的细胞(例如,HSC)的药物组合物,包括编码修饰的CD117多肽的核酸和/或修饰的CD117多肽。在一些实施方式中,所述方法还包括对受试者实施调理方案以促进或增加修饰的细胞的植入,或耗尽内源性野生型HSC,其中在药物组合物给药之前或同时实施该预处理方案。在一些实施方式中,调理方案包括或由抗CD117抗体(任选地为JSP191)组成。在一些实施方式中,调理方案包括以下一种或多种:化学疗法(任选地,核苷类似物和/或烷化剂)、单克隆抗体疗法和辐照,任选地对全身的辐照。在特定实施方式中,该调理方案比如果向受试者给药不包括修饰的CD117多肽的造血干细胞时使用的调理方案更温和。在一些实施方式中,在药物组合物给药之前或同时,不对受试者实施用于促进或增加修饰的细胞植入的调理方案,或调理方案仅包括抗CD117抗体。在特定实施方式中,该方法与其中向受试者给药不包括修饰的CD117多肽的造血干细胞并结合调理理方案的方法相比,导致毒性降低、发病率降低或移植物抗宿主疾病减少,例如,毒性、发病率和/或移植物抗宿主病减少至少10%、至少20%、至少30%、至少40%或至少50%。
在特定实施方式中,该方法用于治疗选自由以下组成的组的疾病或疾患:癌症、心脏疾患、神经疾患、自身免疫性疾病、免疫缺陷、代谢紊乱和遗传疾患。在某些实施方式中,癌症是实体组织癌或血癌,例如,白血病、淋巴瘤或骨髓增生异常综合征诸如急性髓系白血病(AML)。在某些实施方式中,免症缺陷是重症联合免疫缺陷(SCID)。在某些实施方式中,遗传疾患是镰状细胞病或范科尼贫血。在一些实施方式中,所述方法还包括向受试者给药另一种治疗剂以治疗疾病或疾患。
附图说明
图1是显示在指定浓度的干细胞因子(SCF)存在的情况下,并且在存在或不存在抗CD117抗体(即,JSP191)的情况下,野生型BaF3细胞(BaF3)或表达野生型CD117(c-Kit)或CD117-D816V突变体的BaF3细胞的OD595的图。这些结果表明,即使在不存在SCF和存在抗CD117抗体(即,JSP191)的情况下,CD117-D816V突变体赋予细胞增殖优势。在SCF(5ng/ml)时,图中从上到下的线条为:D816V;D816V+JSP191;c-Kit;BaF3和c-Kit+JSP191。
图2是显示各种清髓性调理方案、降低强度的清髓性调理方案和非清髓性调理方案的表格,转载自Atilla,Erden et al.“A Review of Myeloablative vs ReducedIntensity/Non-Myeloablative Regimens in Allogeneic Hematopoietic Stem CellTransplantations.”Balkan Medical Journal,Vol.34,1(2017):1-9.doi:10.4274/balkanmedj.2017.0055。
具体实施方式
造血干细胞移植(HCT)对于许多疾病来说可以是治愈性疗法,其原理是用健康的造血干细胞(HSC)和/或造血干祖细胞(HSPC)替代异常的HSC。然而,HCT并没有被广泛使用,因为其毒性与该程序的当前实践相关。HCT的有害作用包括因移植前使用化疗和/或辐照而造成严重的组织损伤,甚至死亡(这是使受体准备接受供体或自体基因校正细胞所必需的),以及由同种异体造血移植物中所包含的供体淋巴细胞引起的移植物抗宿主病(GVHD)。尽管已知化疗和/或辐照以及输注同种异体移植物中的供体淋巴细胞会引起并发症,但这些方式仍被纳入HCT,因为它们促进了供体HSC的植入。此外,由于供体HSC不能移植和/或不能在HCT程序后持续存在,所以HCT可能失败。
某些HCT手术包括在HCT之前通过用抗c-Kit抗体治疗来对患者进行调理,所述抗c-Kit抗体抑制干细胞因子(SCF)与患者内源性HSC表面的c-Kit结合,所述手术会在将HSC和/或HSPC移植到患者体内之前耗尽内源性HSC。然而,这通常需要一段显著清除(washout)期,大约是在给药抗c-Kit抗体后一周或更长时间,因此,几乎没有剩余的抗c-Kit抗体会耗尽经移植的HSC和/或HSPC。
本公开提供了增强供体或自体基因校正的HSC和/或HSPC在受体中移植和/或存留的能力的组合物和方法,从而增加HCT手术成功的可能性,并降低与HCT相关的毒性。特别地,本公开提供了用于移植的修饰的HSC和/或HSPC,其包括修饰的CD117多肽,所述修饰的CD117多肽即使在存在抑制SCF与修饰的CD117多肽结合的抗c-Kit抗体(例如,JSP191)的情况下,也具有组成型活性或保留活性(例如,c-Kit激酶活性)。在特定实施方式中,修饰的HSC和/或HSPC即使不与SCF结合也具有活性(例如,c-Kit激酶活性)。在特定实施方式中,修饰的HSC和/或HPSC基本上不会被抗c-Kit抗体(例如,在用于耗尽内源性HSC和/或HSPC的调理方案中使用的抗c-Kit抗体)耗尽。因此,可以在抗c-Kit抗体存在的情况下将修饰的细胞移植到受试者中,而不会经受耗尽,从而提供了一种改善的调理HCT的患者的方法,并潜在地具有减少的清除期和/或其他优点。本文提供的HCT方法使得对强化化疗、辐照和/或供体淋巴细胞或其他用于促进HSC移植的细胞的需求的减少,从而降低了HCT的毒性。本文公开的组合物和方法可用于治疗所有需要进行血液干细胞移植的疾患。
SCF和/或抗c-Kit抗体与修饰的CD117多肽的结合可通过本领域已知的多种方法来确定。例如,可以使用表达修饰的CD117的瞬时转染的HEK293T细胞来确定结合。转染后,将细胞与SCF和/或抗c-Kit抗体一起孵育。结合的MAbs可以使用Alexa Fluor 488-偶联的第二抗体和通过流式细胞仪测定的细胞荧光来检测。结合的SCF可以使用结合SCF的荧光标记抗体和流式细胞术来测定。
在某些实施方式中,本公开提供了通过基于RNA和/或基于DNA的方法将CD117变体和突变体(修饰的CD117)离体引入至HSC和/或HSPC中的组合物和方法,所述HSC和/或HSPC包括但不限于CD34+细胞或CD34+细胞亚群,使得HSC和/或HSPC能够成功移植入受体中。修饰的CD117可以在修饰的HSC和/或HSPC中瞬时表达。例如,可以在移植前将编码修饰的CD117的核酸瞬时引入至HSC/和/或HSPC中,其中,它表达修饰的CD117。因此,除了内源性野生型CD117之外,修饰的CD117也可以被表达。这些修饰的HSC的移植可以在调理疗法(包括用抗体(诸如抗CD117抗体)治疗)之后或与调理疗法联合进行。这些HSC可以单独移植或与其他细胞联合移植。
应当理解,本发明不限于所述的特定方法、产品、设备和因素,因为这些方法、设备和制剂理所应当可以变化。还应该理解,本文使用的术语仅仅是为了描述特定的实施方式,而不是为了限制本发明的范围,本发明的范围仅由所附的权利要求来限定。
必须注意的是,如本文和所附权利要求中所使用的,单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指代对象,除非上下文另有明确规定。因此,例如,提及“候选药物”是指这些候选药物中的一种或混合物,提及“方法”包括提及本领域技术人员已知的等同步骤和方法,等等。
除非本文另有定义,本申请中使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。一般来说,与本文所述的化学、分子生物学、细胞和癌症生物学、免疫学、微生物学、药理学以及蛋白质和核酸化学相关的术语和技术是本领域公知的和常用的。
在提供数值范围的情况下,应当理解,除非上下文另有明确规定,否则在该范围的上限和下限之间的每个中间值(直到下限单位的十分之一),以及在该指定范围内的任何其他所述值或中间值,都涵盖于本发明之内。这些更小范围的上限和下限可以独立地包括在更小范围内,也包括在本发明内,服从于所述范围内的任何具体排除的限制。当所述范围包括一个或两个端值时,不包括这些端值中的一个或两个的范围也包括在本发明中。
如本文所用,“抗体”包括与特定抗原发生免疫反应的免疫球蛋白分子,并且包括多克隆抗体和单克隆抗体。该术语还包括基因工程形式,诸如人源化抗体、嵌合抗体(例如人源化鼠抗体)和异源偶联抗体。术语“抗体”还包括抗体的抗原结合形式,包括具有抗原结合能力的片段,例如,Fab'、F(ab')2、Fab、Fv和rIgG。该术语也指重组单链Fv片段(scFv)。术语抗体还包括二价或双特异性分子、双抗体、三抗体和四抗体。
“人源化抗体”是一种免疫球蛋白分子,其包含源自非人免疫球蛋白的最小序列。人源化抗体包括人免疫球蛋白(受体抗体),其中来自受体的互补决定区(CDR)的残基被来自具有所需特异性、亲和力和能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠、大鼠或兔的CDR的残基取代。在某些情况下,人免疫球蛋白的Fv框架残基被相应的非人残基取代。人源化抗体也可以包括既不存在于受体抗体中也不存在于输入的CDR或构架序列中的残基。通常,人源化抗体将基本上包括至少一个、通常两个的所有可变结构域,其中所有或基本上所有的CDR区对应于非人类免疫球蛋白的那些,并且所有或基本上所有的框架(FR)区是人类免疫球蛋白共有序列的那些。人源化抗体最佳地还包括免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分,通常是人免疫球蛋白的那个。
每个VL和VH结构域(以及其中的CDR)的氨基酸分配与CDR的任何常规定义一致。常规定义包括:Kabat定义(Kabat,Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1987and1991));Chothia定义(Chothia&Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917,1987;Chothia et al.,Nature 342:878-883,1989)。Chothia Kabat CDR的组合,其中CDR-H1是Chothia和Kabat CDR的组合;OxfordMolecular的抗体建模软件使用的AbM定义;还有,马丁等人的接触定义(contactdefinition)(world wide web bioinfo.org.uk/abs)。Kabat提供了广泛使用的编号惯例(Kabat编号),其中不同重链之间或不同轻链之间的相应残基被赋予相同的编号。除非另有说明,否则抗体可变区内位置的编号是Kabat编号。当根据CDR的某种定义(例如,Kabat)认为抗体包括CDR时,该定义规定了抗体中存在的CDR残基的最小数量(即,Kabat CDR)。这并不排除也存在属于另一个常规CDR定义但在特定定义之外的其它残基。例如,包括由Kabat定义的CDR的抗体,在其他可能性中包括这样的抗体:抗体中CDR包含Kabat CDR残基而不包括其他CDR残基,以及这样的抗体:抗体中CDR H1是复合的Chothia-Kabat CDR H1和其他CDR包含Kabat CDR残基而不包含基于其他定义的额外CDR残基。
术语“多核苷酸”指任何长度的核苷酸的聚合形式,包括脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸,或其类似物或混合物。多核苷酸可以包括修饰的核苷酸,诸如甲基化的核苷酸和核苷酸或核苷类似物,并且可以被非核苷酸成分中断。如果存在,可以在聚合物组装之前或之后对核苷酸结构进行修饰。如本文所用,术语多核苷酸包括但不限于双链和单链分子及其混合物。除非另有说明或要求,否则本文所述的本发明的任何实施方式是多核苷酸,所述多核苷酸涵盖双链形式和已知或预测组成双链形式的两个互补单链形式(无论是RNA或DNA,还是它们的混合物)中的每一个。
如本文所用,术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”指任何长度的氨基酸的聚合物。该术语还包括已经被修饰的氨基酸聚合物;例如,包括二硫键形成、糖基化、脂质化、磷酸化或与标记成分的偶联。
一种多核苷酸或多肽具有与另一种多核苷酸或多肽的一定百分比的“序列同一性”,这意味着当比对时,在比较两种序列时,碱基或氨基酸的百分比是相同的。术语“序列同一性”是指感兴趣的多肽或多核苷酸序列与参考序列的百分比同一性,计算为感兴趣的序列与参考序列的最佳比对中精确匹配数除以参考序列的总长度(包括空位(gap))的100倍。当比较DNA和RNA序列时,胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)被视为匹配。
序列相似性可以用许多不同的方式来确定。为了确定序列同一性,可以使用包括BLAST在内的方法和计算机程序对序列进行比对,BLAST可从万维网ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/上获得。除非有相反的指示,否则序列同一性是用BLAST算法(例如,bl2seq)和默认参数确定的。如在Maderia et al.Nucleic Acids Res.47(W1):W636-W641(2019)中所述,可使用可从www.ebi.ac.uk获得的欧洲分子生物学开放软件套件(European MolecularBiology Open Software Suite)(EMBOSS)needle程序产生序列的最佳比对。另一种比对算法是FASTA,可从Madison,Wis.,USA(Oxford Molecular Group,Inc.的全资子公司)的Genetics Computing Group(GCG)包中获得。其他比对技术描述于Methods inEnzymology,vol.266:Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis(1996),ed.Doolittle,Academic Press,Inc.(Harcourt Brace&Co.,San Diego,Calif.,USA的一个部门)中。特别感兴趣的是允许序列中有空位的比对程序。Smith-Waterman是一种允许序列比对中有空位的算法。参见Meth.Mol.Biol.70:173-187(1997)。此外,使用Needleman和Wunsch比对方法的GAP程序可用于比对序列。参见Mol.Biol.48:443-453(1970)。
感兴趣的是使用Smith和Waterman的局部同源算法(Advances in AppliedMathematics 2:482-489(1981))来确定序列同一性的BestFit程序。空位产生罚分通常在1至5的范围内,通常为2至4,在许多实施方式中为3。空位延伸罚分(gap extensionpenalty)通常在约0.01至0.20的范围内,在许多情况下为0.10。该程序具有由输入的待比较序列确定的默认参数。优选地,使用由程序确定的默认参数来确定序列同一性。该程序也可从Madison,Wis.,USA的Genetics Computing Group(GCG)package获得。
另一个感兴趣的程序是FastDB算法。FastDB描述于Current Methods inSequence Comparison and Analysis,Macromolecule Sequencing and Synthesis,Selected Methods and Applications,pp.127-149,1988,Alan R.Liss,Inc.。百分比序列同一性由FastDB基于以下参数计算:错配罚分:1.00;空位罚分:1.00;空位大小罚分:0.33;以及加入罚分(Joining Penalty):30.0。
本文所用的“载体”是指包括多核苷酸或与多核苷酸缔合的大分子或大分子的缔合体,以及其可用于介导多核苷酸向细胞的递送。示例性载体包括,例如,质粒、病毒载体、脂质体和其他基因递送载体。
本文所用的“表达载体”涵盖如本文所述或本领域已知的载体,例如,质粒、微环、病毒载体、脂质体等,其包括编码感兴趣的基因产物的多核苷酸,并用于影响基因产物在预期靶细胞中的表达。表达载体还包括与编码区可操作连接的控制元件,以促进基因产物在靶标中的表达。控制元件(例如,启动子、增强子、UTRs、miRNA靶向序列等)和与它们可操作连接用于表达的一个或多个基因的组合有时被称为“表达盒”。许多这样的控制元件在本领域中是已知的和可获得的,或者可以容易地由本领域中可获得的成分构成。
本文所用的“启动子”涵盖指导RNA聚合酶结合从而促进RNA合成的DNA序列,即足以指导转录的最小序列。启动子和相应的蛋白质或多肽表达可能是普遍存在的,这意味着在广泛的细胞、组织和物种中具有强烈的活性,或者它可能是细胞类型特异性的、组织特异性的或物种特异性的。启动子可以是“组成型”,这意味着是持续活性的,或者是“诱导型”,这意味着是启动子可以被生物或非生物因子的存在或不存在而激活或失活。
“可操作地连接”或“可操作连接”是指遗传元件的并置,其中元件处于允许它们以预期方式操作的关系中。例如,如果启动子帮助启动编码序列的转录,则启动子可操作地连接到编码区。只要保持这种功能关系,启动子和编码区之间可能存在插入残基。
本文所用的术语“天然的”或“野生型”是指存在于野生型细胞、组织、器官或生物体中的核苷酸序列(例如,基因)或基因产物(例如,RNA或多肽),例如,野生型人类基因或蛋白质序列。本文所用的术语“变体”是指参考的多核苷酸或多肽序列(例如,天然或野生型)的突变体,即,与参考多核苷酸或多肽序列具有小于100%的序列同一性。换句话说,相对于参考多核苷酸序列(例如,天然的多核苷酸或多肽序列),变体包括至少一个氨基酸差异(例如,氨基酸置换、氨基酸插入、氨基酸缺失)。例如,变体可以是与全长天然多核苷酸序列具有50%或更多、60%或更多、或70%或更多的序列同一性的多核苷酸,例如,与全长天然多核苷酸序列具有75%或80%或更多诸如85%、90%或95%或更多的同一性,例如,98%或99%的同一性。作为另一种实例,变体可以是与全长天然多肽序列具有70%或更多的序列同一性的多肽,例如,与全长天然多肽序列具有75%或80%或更多诸如85%、90%或95%或更多的同一性,例如,98%或99%的同一性。变体还可以包括参考序列的变体片段,例如,与参考序列(例如,天然序列)的片段具有70%或更多的序列同一性的天然序列,例如,与天然序列具有75%或80%或更多诸如85%、90%或95%或更多的同一性,例如,98%或99%的同一性。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽包括本文公开的修饰和缺失,诸如N末端和/或C末端的缺失,但基本上保留了CD117活性,例如,激酶活性。在本文公开的任何修饰的CD117多肽的特定实施方式中,修饰的CD117具有组成型激酶活性。
本文所用的术语“干细胞”是指兼具自我更新和产生分化后代的能力的哺乳动物细胞(参见Morrison et al.(1997)Cell 88:287-298)。内源性干细胞可以通过与特定表位相关的标志物的存在来表征。造血干细胞(HSC)是存在于骨髓(BM)中的多能细胞,并且负责终生产生成熟血细胞。造血干祖细胞(HSPC)包括HSC以及存在于骨髓中并能够分化成成熟血细胞的造血祖细胞。在一些实施方式中,HSC和/或HSPC移植细胞可以是新鲜的、冷冻的或预先培养的。供体(同种异体)、患者自身(自体)或任何其他常规来源的HSC和/或HSPC可以从胎儿肝脏、骨髓、脐带血或外周血中获得。
本文所用术语“给药”或“引入”或“提供”是指将组合物递送至细胞、受试者的细胞、组织和/或器官或受试者。这种给药或引入可以在体内、体外或离体进行。
本文所用的术语“治疗(treatment)”、“治疗(treating)”等通常指获得期望的药理和/或生理效果。就完全或部分预防疾病或其症状而言,所述效果可以是预防性的,例如,降低受试者中发生疾病或其症状的可能性,和/或就部分或完全治愈疾病和/或由疾病引起的副作用而言,所述效果可以是治疗性的。本文所用的“治疗”包括对哺乳动物疾病的任何治疗,以及包括:(a)抑制疾病,即,阻止其发展;或(b)缓解疾病,即,引起疾病的消退。治疗剂可以在疾病或损伤发作之前、期间或之后给药。正在进行的疾病的治疗是特别令人感兴趣的,其中该治疗稳定或减少了患者的不良临床症状。这种治疗最好在受影响组织的功能完全丧失之前进行。受试者治疗可以在疾病的表现出症状阶段之前或期间实施。
术语“个体”、“宿主”、“受试者”和“患者”在本文中可互换使用,是指哺乳动物,包括但不限于人类和非人灵长类动物,包括类人猿和人类;哺乳动物运动动物(例如,马);哺乳动物农场动物(例如,绵羊、山羊等);哺乳动物宠物(狗、猫等);和啮齿动物(例如,小鼠、大鼠等)。
如本文所用,术语“大幅地”是指显著或大量或大程度。例如,“大幅地”增加可意味着增加至少两倍、至少三倍、至少四倍、至少五倍或至少十倍,而“大幅地”减少可意味着减少至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。
在下面的描述中,阐述了许多具体细节,以更彻底地理解本发明。然而,对于本领域技术人员来说,显然可以在没有这些具体细节中的一个或多个的情况下实施本发明。在其他情况下,为了避免模糊本发明,没有描述本领域技术人员熟知的公知特征和过程。
通常,本发明采用本领域技术范围内的蛋白质合成、重组细胞培养和蛋白质分离以及重组DNA技术的常规方法。这些技术在文献中进行了充分的解释,参见,例如,Maniatis,Fritsch&Sambrook,Molecular Cloning:ALaboratory Manual(1982);Sambrook,Russell and Sambrook,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2001);Harlow,Lane and Harlow,Using Antibodies:A Laboratory Manual:Portable ProtocolNo.I,Cold Spring Harbor Laboratory(1998);以及Harlow and Lane,Antibodies:ALaboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory;(1988)。
CD117变体多肽和多核苷酸
CD117,也称为c-kit或干细胞因子受体(SCFR),具有作为成熟蛋白145kDa的分子量,并且是III型受体酪氨酸激酶(RTK)家族的成员,所述III型受体酪氨酸激酶(RTK)家族包括血小板源性生长因子(PDGF)受体和巨噬细胞集落刺激因子1(CSF-1)(c-fms)受体。CD117对正常造血细胞的发育至关重要,并在肥大细胞、黑素细胞和生殖细胞的存活、增殖和分化中发挥重要作用。它在整个发育过程中由胚胎肝脏中的造血细胞表达,并由更多定向祖细胞诸如髓系、红系、巨核细胞、自然杀伤细胞和树突祖细胞表达。
CD117包括:大约519个氨基酸的胞外结构域,由五个免疫球蛋白样结构域组成;跨膜片段;近膜结构域;和蛋白激酶结构域,其含有约80个氨基酸残基的插入片段。基于x射线晶体学研究鉴定,胞外结构域的大约184个氨基酸暴露在表面。CD117的晶体结构提供于,例如,Mol,et al.,Accelerated Publications,Volume 278,ISSUE 34,P31461-31464,August 22,2003;Ogg et al.,RCSB Protein Data Bank,6XV9,Crystal structure ofthe kinase domain of human c-KIT in complex with a type-II inhibitor,DOI:10.2210/pdb6XV9/pdb;McAuley et al.,RCSB Protein Data Bank AlkynylBenzoxazines and Dihydroquinazolines as Cysteine Targeting Covalent Warheadsand Their Application in Identification of Selective Irreversible KinaseInhibitors,DOI:10.1021/jacs.9b13391;Schimpl et al.,RCSB Protein Data Bank6GQM,Crystal structure of human c-KIT kinase domain in complex with a smallmolecule inhibitor,AZD3229,DOI:10.1021/acs.jmedchem.8b00938;以及Lin et al.,RCSB Protein Data Bank Identification of a Multitargeted Tyrosine KinaseInhibitor for the Treatment of Gastrointestinal Stromal Tumors and AcuteMyeloid Leukemia,DOI:10.1021/acs.jmedchem.9b01229。CD117与其配体(干细胞因子;SCF)的结合诱导了受体二聚化、激酶结构域的反式自身磷酸化、经由磷酸酪氨酸结合或Src同源2(SH2)结构域对信号蛋白的募集以及随后的信号转导。
一方面,本公开提供了修饰的CD117多肽,其包括与野生型CD117多肽相比的一个或多个氨基酸修饰。在特定实施方式中,一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换、插入或缺失。在某些实施方式中,一个或多个氨基酸修饰位于CD117多肽的胞外结构域。在某些实施方式中,一个或多个氨基酸修饰位于CD117多肽的胞外结构域的一个或多个表面暴露的氨基酸或区域中。在某些实施方式中,修饰的CD117包括在近膜区或激酶结构域内的一个或多个修饰。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽包括一个或多个缺失,例如,N末端或C末端的缺失,任选地,其中该缺失基本上不会损害修饰的CD117多肽的生物活性,例如信号转导。在某些实施方式中,修饰的CD117多肽保留或具有与野生型CD117多肽至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的序列同源性。在特定实施方式中,一个或多个氨基酸修饰包括选自人CD117中的下列氨基酸残基的一个或多个氨基酸置换或缺失:N505或D816。在某些实施方式中,一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换,例如,这些残基的任何的置换。在某些实施方式中,氨基酸残基被任何其他氨基酸(丙氨酸)置换。在某些实施方式中,氨基酸置换是保守氨基酸置换。本文所用的术语“保守置换”表示一个或多个氨基酸被另一个生物学上相似的残基置换。
在下面的方案中,氨基酸的保守置换按照所示的物理化学性质分组。I:中性,亲水,II:酸和酰胺,III:碱性,IV:疏水性,V:芳香族的,大体积的氨基酸。
I II III IV V
A N H M F
S D R L Y
T E K I W
P Q V
G C
在下面的方案中,氨基酸的保守置换按照所示的物理化学性质分组。VI:中性或疏水性,VII:酸性,VIII:碱性,IX:极性,X:芳香族的。
VI VII VIII IX X
A E H M F
L D R S Y
I K T W
P C
G N
V Q
在特定实施方式中,多个氨基酸置换之一包括D816V置换和/或N505I置换。
在某些实施方式中,变体所基于的野生型CD117多肽是人CD117多肽,而在其他实施方式中,它是另一种哺乳动物CD117多肽。人和哺乳动物CD117多肽的序列是本领域已知的。由于c-kit基因的可变剪接,人CD117多肽被表达为各种同种型,以及根据本公开内容可以使用这些同种型中的任何一种。这些同种型包括两种GNNK+和GNNK-同种型(也分别称为c-Kit和c-KitA),它们的不同之处在于与跨膜区相邻的胞外区存在或不存在四个氨基酸510-GNNK-513(SEQ ID NO:25),它们在大多数组织中共表达,尽管GNNK-同种型通常占优势。同种型也可以在激酶间结构域中第715位Ser残基的存在或不存在上有所不同,并且本公开还包括CD117的同种型,其包括如下所示的那些,其中Ser175或存在或不存在。这些同种型可包括本文公开的任何修饰,包括,例如,N505I或D816V修饰,以及其变体,例如,包括与其至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的序列同一性。
在特定实施方式中,野生型CD117多肽是GNNK+或GNNK-同种型,包括或由下列氨基酸序列之一组成(GNNK四肽(SEQ ID NO:25),并且N505和D816残基以粗体显示;编号基于GNNK-同种型):
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQID NO:1);或
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQ IDNO:2)。
在某些实施方式中,修饰的CD117多肽包括或由下列序列之一组成:
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNVSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQID NO:3);
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或其变体或片段,例如,与其具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的同一性。在特定实施方式中,变体保留了在修饰的CD117中存在的N505I或D816V氨基酸置换。在某些实施方式中,CD117变体包括赋予修饰的CD117组成型活性的不同氨基酸修饰。在特定实施方式中,片段基本上保留了CD117激酶活性,例如保留了至少50%的CD117激酶活性。
在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,修饰的CD117多肽基本上保留了激酶活性。在特定实施方式中,当与SCF结合时,修饰的CD117多肽具有野生型CD117多肽的至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或100%的激酶活性,并且在某些实施方式中,修饰的CD117即使在没有SCF结合的情况下也具有这种活性。在一些实施方式中,与野生型CD117多肽相比,修饰的CD117多肽具有增加的激酶活性。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽具有野生型CD117多肽的至少150%、至少200%、至少300%、至少500%、至少750%或至少1000%的激酶活性。在特定实施方式中,即使在不存在SCF结合或存在抗c-Kit抗体的情况下,修饰的CD117也具有组成型激酶活性。激酶活性可以使用本领域已知的测定法来确定,包括ADP-GloTM激酶测定法,这是一种测量激酶反应形成的ADP的发光激酶测定法;ADP被转化为ATP,ATP通过Ultra-GloTM荧光素酶(可从Promega Corporation,Madison,WI获得)被转化为光。在某些实施方式中,修饰的CD117多肽组成型地磷酸化Gab2、Shc、SHP-2和/或Cbl。
在特定实施方式中,与SCF与野生型CD117多肽的结合相比,当在细胞中表达时,一种或多种氨基酸修饰基本上不会抑制或减少干细胞因子(SCF)与修饰的CD117多肽的结合。在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,一种或多种氨基酸修饰基本上不会抑制或减少干细胞因子(SCF)与在细胞中表达的修饰的CD117多肽的结合。
在某些实施方式中,修饰的CD117是具有组成型信号转导或激酶活性的修饰的CD117,例如,在没有结合的SCF配体的情况下。在某些实施方式中,修饰的CD117具有组成型自磷酸化活性,例如,在没有结合的SCF的情况下。已经在例如癌细胞中鉴定出了多种这种修饰的CD117,并且根据本文公开的组合物和方法可以使用这些中的任何一种。激活或获得功能(gain-of-function)的CD117修饰的说明性实例包括但不限于N505I、V559D、D816V、D816H、V568F、V570F或Y703F,对应于505、522、816、557、558、559、568、569、570、703、816的氨基酸残基的修饰或突变,或密码子579(Asp)的缺失。参见,例如,Akin and Metcalfe,Journal of Allergy and Clinical Immunology,Vol.114,Issue 1,p13-19,July 1,2004;Hirotakoji et al.,Science 23,Jan 1998,Vol.279,Issue 5350,pp.577-580;Sanlorenzo et al.,JProteomics 2016July 20,144:140-147,和任何前述所引用的任何的参考文献,所有这些参考文献通过引用整体并入本文。在特定实施方式中,氨基酸修饰位于跨膜和酪氨酸激酶结构域之间的区域。导致c-Kit组成型激活的突变已被证明是某些形式的肥大细胞增多症的病因,以及几种类型的突变与骨髓增殖症(MPD)、急性髓细胞性白血病(AML)、鼻腔鼻窦淋巴瘤和胃肠道间质瘤(GIST)有关。这些可以被认为是两种类型的激活突变——“调节型”突变,其影响激酶分子的调控,以及“酶口袋型”突变,其改变直接形成酶位点的氨基酸序列。根据本公开的各种实施方式,可以使用任何一种类型的突变,包括在Longley et al.,Leukemia Research,Vol.25,Issue 7,July2001,pp.571-576中公开的任何一种突变,以及其中引用的参考文献,所有这些文献通过引用整体并入本文。
在特定实施方式中,与仅表达野生型CD117多肽的细胞中的信号转导相比,任选地响应于与SCF结合,一种或多种氨基酸修饰基本上不会导致仅表达修饰的CD117的细胞抑制或减少c-Kit信号转导或增殖。在特定实施方式中,与相应的野生型CD117相比,任选地响应于SCF结合,修饰的CD117保留至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的c-Kit信号转导和/或增殖。在特定实施方式中,与相应的野生型CD117相比,任选地在缺少SCF结合的情况下,修饰的CD117保留至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的c-Kit信号转导和/或增殖。
在特定实施方式中,与野生型CD117多肽相比,一个或多个氨基酸修饰基本上不会抑制或减少抗c-Kit抗体与在细胞中表达的修饰的CD117多肽的结合。
在特定实施方式中,抗c-Kit抗体包括存在于JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种中的六个CDR。在特定实施方式中,抗c-Kit抗体是JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种。
在一些实施方式中,抗c-Kit抗体是JSP191或包括在JSP191中存在的六个CDR。
在一些实施方式中,抗c-Kit抗体是AB85或包括在AB85中存在的六个CDR。
在一些实施方式中,抗c-Kit抗体是CDX-0159或包括在CDX-0159中存在的六个CDR。
在一些实施方式中,抗c-Kit抗体是FSI-174或包括在FSI-174中存在的六个CDR。
本公开还提供了编码本文公开的修饰的CD117多肽的核酸或多核苷酸。在特定实施方式中,核酸包括RNA、DNA或其组合,而在特定实施方式中,核酸包括单链和/或双链区域或其混合物。在某些实施方式中,核酸是双链DNA,而在某些实施方式中,核酸是单链RNA,例如,信使RNA(mRNA)。在某些实施方式中,核酸包括修饰的mRNA。在特定实施方式中,本文所述的多核苷酸,例如,修饰的mRNA,是密码子优化的,例如,增强编码的多肽在宿主细胞中的表达。
在特定实施方式中,多核苷酸变体包括一个或多个修饰的核苷酸或核苷。包括一个或多个修饰的核苷的修饰的mRNA已经被描述为具有优于未修饰的mRNA的优点,包括增加的稳定性、更高的表达水平和降低的免疫原性。在编码修饰的CD117多肽的核酸中可能存在的对mRNA的修饰的非限制性实例描述于,例如,PCT专利申请公开号WO2011/130624、WO2012/138453、WO 2013052523、WO 2013151666、WO2013/071047、WO2013/078199、WO2012045075、WO 2014081507、WO 2014093924、WO 2014164253,美国专利号US 8,278,036(描述了包括假尿苷的修饰的mRNA)、US 8,691,966(描述了包括假尿苷和/或N1-甲基假尿苷的修饰的mRNA)、US 8,835,108(描述了包括5-甲基胞苷的修饰的mRNA)、US 8,748,089(描述了包括假尿苷或1-甲基假尿苷的修饰的mRNA)。在特定实施方式中,修饰的mRNA包括一个或多个核苷修饰。在特定实施方式中,与未修饰的A、G、U或C核糖核苷相比,修饰的mRNA序列包括至少一个修饰。例如,尿苷可以是类似的核苷,诸如假尿苷(Ψ)或N1-甲基-假尿苷(m1Ψ),而胞嘧啶可以被5-甲基胞嘧啶取代。在特定实施方式中,至少一种修饰的核苷包括N1-甲基-假尿苷和/或5-甲基胞苷。在某些实施方式中,修饰的mRNA中的所有尿苷被类似的核苷诸如假尿苷(Ψ)或N1-甲基-假尿苷(m1Ψ)取代,和/或修饰的mRNA中的所有胞嘧啶被类似的核苷诸如5-甲基胞嘧啶取代。在特定实施方式中,修饰的mRNA包括5'末端帽序列,随后是编码修饰的CD117多肽的序列,随后是3'尾序列,诸如polyA或polyA-G序列。
在某些实施方式中,核酸(例如,修饰的mRNA)与一种或多种脂质结合,例如,以促进穿过细胞膜的递送,屏蔽其负电荷,和/或防止被核酸酶降解。在某些实施方式中,核酸与脂质核酸颗粒、脂质纳米颗粒或脂质体缔合或存在于其中。在某些实施方式中,脂质核酸颗粒、脂质纳米颗粒或脂质体促进由细胞递送或摄取核酸。在某些实施方式中,mRNA,任选地修饰的mRNA,被共同配制成脂质纳米粒(LNP)。在特定实施方式中,mRNA-LNP制剂包括:(1)带有叔胺或季胺的可电离或阳离子脂质或聚合材料,以包封聚阴离子mRNA;(2)两性离子脂质(例如,1,2-二油酰基-sn-甘油-3-磷酸乙醇胺[DOPE]),类似于细胞膜中脂质;(3)胆固醇,以稳定LNP的脂质双层;和(4)聚乙二醇(PEG)-脂质,以赋予纳米颗粒水合层,提高胶体稳定性,并减少蛋白质吸收。
在某些实施方式中,编码修饰的CD117多肽的核酸存在于载体中。在特定实施方式中,载体能够将核酸递送到哺乳动物HSC或其他干细胞中,例如,递送到HSC或干细胞的细胞核中。在某些实施方式中,载体是附加型载体,例如质粒。在特定实施方式中,载体是包括启动子序列的表达载体,所述启动子序列与编码修饰的CD117多肽的核酸序列可操作地连接。在特定实施方式中,表达载体包括启动子序列,其促进经编码的修饰的CD117多肽在HSC或其他干细胞中的表达。在特定实施方式中,表达载体包括分别在编码修饰的CD117多肽的序列的上游和下游的5'和/或3'细胞或病毒UTR或其衍生物。
在某些实施方式中,载体是病毒载体,任选地是AAV载体、巨细胞病毒载体、腺病毒载体或慢病毒载体。在某些实施方式中,当病毒载体和HSC在培养基中一起孵育至少约24小时时,病毒载体感染HSC。
修饰的造血干细胞和药物组合物
在相关方面,本公开提供了修饰的细胞,例如,HSC和/或HSPC,其包括编码本文所述的修饰的CD117多肽的核酸。在某些实施方式中,修饰的CD117多肽包括一个或多个氨基酸置换,例如在野生型人CD117中存在的以下的氨基酸的一个或多个处:N505或D816。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽包括D816V置换和/或N505I置换。
在某些实施方式中,编码修饰的CD117多肽的核酸瞬时存在于修饰的细胞中,并且不存在于细胞的基因组中。在特定实施方式中,修饰的细胞表达和/或包括修饰的CD117多肽,并且在特定实施方式中,修饰的CD117多肽存在于细胞表面,例如,胞外结构域存在于修饰的细胞外。在某些实施方式中,用表达载体,任选地病毒载体,转导或感染修饰的细胞。在特定实施方式中,修饰的细胞表达和/或包括修饰的CD117多肽和野生型内源性CD117多肽两者,并且在特定实施方式中,修饰的CD117多肽和野生型内源性CD117多肽两者皆存在于细胞表面,例如,它们的胞外结构域存在于修饰的细胞外。在某些实施方式中,修饰的CD117多肽存在于细胞表面,例如,其胞外结构域存在于修饰的细胞外。在特定实施方式中,CD117是人CD117或其修饰的形式。
在某些实施方式中,包括修饰的CD117多肽和/或编码核酸的修饰的细胞是宿主细胞,诸如,例如,可用于产生修饰的CD117多肽的HEK293细胞。在制备主题组合物时,可以使用任何宿主细胞,包括但不限于,例如,哺乳动物细胞(例如,293细胞)、昆虫细胞(例如,SF9细胞)、微生物和酵母。
在特定实施方式中,修饰的细胞是干细胞或多能细胞,而在某些实施方式中,干细胞是造血干细胞(HSC)或HSPC。在一些实施方式中,干细胞是兼具自我更新和产生分化后代能力的哺乳动物细胞。在某些实施方式中,干细胞是人细胞。干细胞可以具有一种或多种下列特性:进行异步或对称复制的能力,即分裂后的两个子细胞可以具有不同的表型;广泛的自我更新能力;以有丝分裂静止形式存在的能力;以及它们所存在的所有组织的克隆再生,例如造血干细胞重建所有造血谱系的能力。
造血干细胞(HSC)在整个生命过程中得以维持(自我更新)。它们产生造血祖细胞,所述造血祖细胞在明确的层次内分化成各种类型的成熟血细胞。造血干细胞也可以在体外产生,例如从多能胚胎干细胞、诱导多能细胞等产生。例如,参见Sugimura et al.(2017)Nature 545:432-438,特此通过援引并入本文,其详细描述了用于产生造血祖细胞的方案。
细胞可以是新鲜的、冷冻的或已经过预先培养的。它们可以是胎儿、新生儿、成人等。造血干细胞和HSPC可以从胎儿肝脏、骨髓、血液,特别是G-CSF或GM-CSF动员的外周血,或任何其他常规来源获得。用于移植的细胞任选地从其它细胞中分离,其中干细胞从造血或其它谱系的其它细胞中分离的方式对本发明来说并不重要。如果需要,可以通过选择性分离不含与分化细胞相关的标志物、同时显示与干细胞相关的表位特征的细胞,从而获得基本上同质的干细胞或祖细胞群。
可以使用从哺乳动物供体获得的HSC产生修饰的HSC。在特定实施方式中,供体是需要造血干细胞移植的受试者,例如,被诊断患有可以用HCT治疗的疾病或疾患的受试者。在其他实施方式中,可使用从健康供体获得的HSC产生修饰的HSC,例如,其中修饰的HSC用于治疗患有HCT的不同受试者。因此,对于需要HCT的受试者,修饰的HSC可以是自体的或同种异体的。
在从供体收集干细胞之前,可以用粒细胞集落刺激因子(G-CSF;filgrastim[Neupogen])来增加干细胞计数。通过细胞因子诸如G-CSF或GM-CSF的将干细胞从骨髓动员到外周血中,使得通过单采法(apheresis)收集外周血祖细胞被广泛用于造血干细胞移植。用于动员的G-CSF的剂量可以是大约10ug/kg/天。然而,在大量预处理的自体供体中,可以给予高达约40ug/kg/天的剂量。Mozobil可与G-CSF联合使用,以将造血干细胞动员到外周血中进行采集。
在造血干细胞(HSC)标志物中,CD34因其在HSC上的独特表达而众所周知。在某些实施方式中,修饰的细胞是CD34+细胞。在特定实施方式中,修饰的细胞是具有下列细胞表面标志物表达模式或组合之一的HSC的亚群:CD34+/CD90+、CD34+/CD38-或CD34+/CD38-/CD90+。CD34+和/或CD90+细胞可以通过亲和方法从供体造血细胞样品中选择,所述方法包括但不限于磁珠选择、流式细胞术等。HSC组合物可以至少约50%纯,如群体中CD34+细胞的百分比所定义的,可以至少约75%纯,至少约85%纯,至少约95%纯,或更多。
在某些实施方式中,造血干细胞和/或HSPC从骨髓、外周血或脐带血中获得,以及随后通过将编码修饰的CD117多肽的核酸引入指细胞中进行修饰。例如,可以通过用病毒载体转染或感染,或通过与mRNA接触来引入核酸。
在某些实施方式中,本公开提供了修饰细胞(包括干细胞诸如HSC和/或HSPC)的方法,包括将编码修饰的CD117多肽的核酸引入至细胞中。在特定实施方式中,所引入的核酸存在于病毒载体中。在某些实施方式中,核酸与脂质纳米颗粒、脂质体等缔合或存在于其中。在某些实施方式中,核酸仅瞬时存在于修饰的细胞中,或者核酸仅在细胞中瞬时表达修饰的CD117多肽。在某些实施方式中,所述方法用于为哺乳动物受试者的HCT治疗制备修饰的细胞。在特定实施方式中,可以通过本领域已知的多种方法将核酸或载体引入至细胞中,诸如转染、转导、感染、电穿孔或纳米孔技术。在特定实施方式中,使用脂质核酸颗粒(LNP)或纳米颗粒将mRNA(例如,修饰的mRNA)引入至细胞中。因此,细胞(例如,HSC和/或HSPC)可以根据本领域可用的多种方法通过将编码修饰的CD117多肽的核酸引入至HSC和/或HSPC中来修饰。
在特定实施方式中,表达修饰的CD117多肽的修饰的细胞基本上不会被单克隆抗体(mAb)抑制、消除、耗尽或杀死,所述单克隆抗体(mAb)结合内源性或野生型细胞表面CD117并抑制仅表达野生型CD117而不表达本文公开的修饰的CD117多肽的细胞的增殖或杀死该细胞。在某些实施方式中,与未修饰(例如,仅表达野生型CD117)的相同细胞类型的增殖相比,表达修饰的CD117多肽的修饰的细胞的增殖被抑制、消除、耗尽或杀死少于50%、少于40%、少于30%、少于20%或少于10%。
本文公开的组合物和方法可适用于任何抗c-Kit抗体,特别是单克隆抗人c-Kit抗体。说明性的抗c-Kit抗体包括但不限于SR-1、JSP191、8D7、K45、104D2、CK6、YB5.B8、AF-2-1、AF11、AF12、AF112、AF-3、AF-1-1、NF、NF-2-1、NF11、NF12、NF112、NF-3、HF11、HF12和HF112。本公开所考虑的特异性地结合人CD117的许多抗体是本领域已知的并且是可商购的,包括但不限于SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2等。在某些实施方式中,抗CD117抗体选自由以下组成的组:JSP191(Jasper Therapeutics;Redwood City,CA);CDX-0159Celldex Therapeutics,Hampton,NJ);MGTA-117(AB85)(Magenta Therapeutics,Cambridge,MA);CK6(Magenta Therapeutics,Cambridge,MA);AB249(MagentaTherapeutics,Cambridge,MA);以及FSI-174(Gilead,Foster City,CA)。本公开所考虑的来自Magenta Therapeutics的抗体包括但不限于在美国专利申请公开号20190153114、PCT申请公开号WO 2019084064、WO2020/219748和WO2020/219770中所描述的那些。在PCT申请公开号WO2020/112687和美国专利申请公开号20200165337中公开了FSI-174抗体。本公开包括但不限于在本文公开的任何专利申请中公开的任何抗c-Kit抗体和/或CDR组,其全部内容通过引用并入本文。
在某些实施方式中,抗c-Kit抗体结合CD117的胞外区域,即,氨基酸26-524。该区域的序列如下所示:
QPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTP(SEQ ID NO:7)。
在特定实施方式中,抗体是人源化形式的SR1,它是美国专利号5,919,911和5,489,516中公开的鼠抗c-Kit抗体。人源化抗体,称为JSP191(以前称为AMG191)描述于美国专利号8,436,150、8,791,249和7,915,391,以及美国专利申请公开号20110223165中。JSP191是一种去糖基化的IgG1人源化抗体。JSP191是一种人源化单克隆抗体,在临床开发中用作从骨髓中清除造血干细胞的调理剂。JSP191特异性地结合人CD117,一种干细胞因子(SCF)的受体,其在造血干祖细胞(HSPC)的表面上表达。JSP191阻断SCF与CD117的结合,破坏关键的存活信号,这导致了造血干细胞的耗竭。
JSP191的重链和轻链序列分别在美国专利号8,436,150中以SEQ ID NO:4和美国专利号8,436,150中以SEQ ID NO:2公开。JSP191的重链和轻链的序列是:
重链:
MDWTWRVFCLLAVAPGAHSQVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYNMHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYQSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:8)
轻链:
MVLQTQVFISLLLWISGAYGDIVMTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDIYGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNNEDPYTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:9)
在某些实施方式中,JSP191的可变重结构域包括以下序列:
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYNMHWVRQAPGQG LEWMGVIYSGNGDTSYNQKFKGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAV YYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:10)。
在某些实施方式中,JSP191的可变轻链结构域包括以下序列:
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDIYGNSFMHWYQQKPGQ PPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQNNE DP YTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:11)。
在JSP191中存在的CDR如下:VH CDR1=YNMH(SEQ ID NO:26);VH CDR2=IYSGNGDTSYNQKFKG(SEQ ID NO:27);VH CDR3=ERDTRFGN(SEQ ID NO:28);VL CDR1=RASESVDIYGNSFMH(SEQ ID NO:29);VL CDR2=LASNLES(SEQ ID NO:30);以及VL CDR3=QQNNEDPYT(SEQ ID NO:31)。
CDX-0159是一种人源化单克隆抗体,其以高特异性特异性地结合受体酪氨酸激酶KIT,并有效地抑制其活性。CDX-0159被设计成通过破坏SCF结合和KIT二聚化两者来阻断KIT激活。CDX-0159和其他抗c-Kit抗体描述于美国专利号10,781,267中,而在特定实施方式中,本文公开的抗c-Kit包括该文公开的任何抗体的CDR。在某些实施方式中,抗c-Kit抗体包括:(i)轻链可变区(“VL”),包括氨基酸序列:
DIVMTQSPSXK1LSASVGDRVTITCKASQNVRTNVAWYQQKPGKAP KXK2LIYSASYRYSGVPDRFXK3GSGSGTDFTLTISSLQXK4EDFAXK5YXK6CQQYNSYPRTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:12),其中,XK1是具有芳香族或脂肪族羟基侧链的氨基酸,XK2是具有脂肪族或脂肪族羟基侧链的氨基酸,XK3是具有脂肪族羟基侧链的氨基酸,XK4是具有脂肪族羟基侧链的氨基酸或者是P,XK5是具有带电荷或酸性侧链的氨基酸,并且XK6是具有芳香族侧链的氨基酸;以及(ii)重链可变区(“VH”),包括氨基酸序列:QVQLVQSGAEXH1KKPGASVKXH2SCKASGYTFTDYYINAVVXH3QAPGK GLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGRXH4TXH5TAXH6KSTSTAYMXH7LSSLRS EDXH8AVYFCARGVYYFDYWGQGTTVTVSS(SEQ IDNO:13),其中,XH1是具有脂肪族侧链的氨基酸,XH2是具有脂肪族侧链的氨基酸,XH3是具有极性或碱性侧链的氨基酸,XH4是具有脂肪族侧链的氨基酸,XH5是具有脂肪族侧链的氨基酸,XH6是具有酸性侧链的氨基酸,XH7是具有酸性或酰胺衍生物侧链的氨基酸,并且XH8是具有脂肪族羟基侧链的氨基酸。在具体方面,本文描述了抗体(例如,人或人源化抗体),包括其抗原结合片段,包括:
(i)VH结构域的VH CDR,包括氨基酸序列:
QVQLKQSGAELVRPGASVKLSCKASGYTFTDYYINWVKQRPGQGLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGKATLTAEKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYFCARGVYYFDYWGQ GTTLTVSS(SEQ ID NO:14)或
QVQLKQSGAELVRPGASVKLSCKASGYTFTDYYINWVKQRPGQGLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGKATLTAEKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYFCARGVYYFDYWGQ GTTLTVSA(SEQ ID NO:15)和
(ii)VL结构域的VL CDR,包括氨基酸序列:DIVMTQSQKFMSTSVGDRVSVTCKASQNVRTNVAWYQQKPGQSPKALIYSASYRYSGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLADYFCQQYNSYPRTFGGGTKLEIKR(SEQ ID NO:16)。
MGTA-117(AB85)是一种CD117靶向抗体,经工程改造用于移植环境,并与鹅膏蕈碱(amanitin)结合,其是为通过自体或异体干细胞移植进行免疫重置的患者开发的。MGTA-117耗尽造血干祖细胞,并且该抗体和本公开所考虑的其他抗体在美国申请号20200407440和/或PCT申请号WO 2019084064中有所描述。PCT申请公开号WO 2020219770中描述了结合CD177的AB85的表位分析,其鉴定了CD117中的以下两个表位:
EKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPA(氨基酸60-90;(SEQ ID NO:17)),以及
RCPLTDPEVTNYSLKGCQGKP(氨基酸100-130;(SEQ ID NO:18))。
AB85的可变重链和可变轻链的序列在PCT申请号WO 2019084064中分别公开为SEQID NO:143和SEQ ID NO:144。
AB85的重链可变区(VH)氨基酸序列为:
EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTNYWIGWVRQMPGKGLEWMAIINPRDSDTRYRPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARHGRGYEGYEGAFDIWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:19)。
AB85的VH CDR氨基酸序列为以下:NYWIG(VH CDR1;SEQ ID NO:32);IINPRDSDTRYRPSFQG(VH CDR2;SEQ ID NO:33);以及HGRGYEGYEGAFDI(VH CDR3;SEQ ID NO:34)。
AB85的轻链可变区(VL)氨基酸序列为:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRSSQGIRSDLGWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANGFPLTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:20)。
AB85的VL CDR氨基酸序列为以下:RSSQGIRSDLG(VL CDR1;SEQ ID NO:35);DASNLET(VL CDR2;SEQ ID NO:36);以及QQANGFPLT(VLCDR3;SEQ ID NO:37)。
FSI-174是一种抗cKIT抗体,正在与5F9联合开发,作为无毒的移植调理方案,以及针对靶向血液恶性肿瘤的治疗。FSI-174的序列公开于PCT申请公开号2020/112687、美国专利申请公开号20200165337和美国专利号11,041,022中。在特定实施方式中,抗c-Kit抗体包括存在于该文中公开的AH1、AH2、AH3、AH4或AH5中的任一个中的三个CDR或可变重链区,和/或存在于该文中公开的AL1或AL2的任一个中的三个CDR或可变重链区。
在某些实施方式中,FSI-174和相关抗体中存在的CDR如下:VH CDR1=SYNMH(SEQID NO:38);VH CDR2=VIYSGNGDTSY(A/N)QKF(K/Q)G(SEQ ID NO:39);VH CDR3=ERDTRFGN(SEQ ID NO:40);VL CDR1=RAS(D/E)SVDIYG(N/Q)SFMH(SEQ ID NO:41);VL CDR2=LASNLES(SEQ ID NO:42);以及VL CDR3=QQNNEDPYT(SEQ ID NO:43)。A/N等表示氨基酸位置可以是两个氨基酸(在本实例中,A或N)中的任何一个。在某些实施方式中,在重可变区中存在的CDR是如Kabat定义的CDR H1、H2和H3:H1=SYNMH(SEQ ID NO:38);H2=VIYSGNGDTSYAQKFKG(SEQ ID NO:44);H3=ERDTRFGN(SEQ ID NO:39);而在轻可变区存在的CDR是如Kabat定义的CDR L1、L2和L3:L1=RASESVDIYGQSFMH(SEQ ID NO:45);L2=LASNLES(SEQ ID NO:42);以及L3=QQNNEDPYT(SEQ ID NO:43),除了存在的1、2或3个CDR残基置换分别选自重链第60位的N至A、重链第64位的K至Q和轻链第30位的N至Q,这些位置根据Kabat编号。在某些实施方式中,抗体包括下面提供的任何重链可变区序列(AH2、AH3、AH4)和/或轻链可变区序列(AL2),或其中带下划线的CDR:
AH2:QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYMNHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYAQKF KGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:21)
AH3:QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYMNHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYNQKF QGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:22)
AH4:QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYMNHWVRQAPGQGLEWMGVIYSGNGDTSYAQKF QGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARERDTRFGNWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:23)
AL2:DIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRASESVDIYGQSFMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCQQNNEDPYTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:24)
在某些实施方式中,抗CD117抗体包括本文公开的任何抗体的全重链和/或全轻链,或与本文公开的重链或轻链(例如,JSP191重链或轻链)具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%同一性的氨基酸序列。在某些实施方式中,抗CD117抗体包括本文公开的任何抗体的重链和/或轻链的可变区,或与本文公开的重链或轻链可变区(例如,JSP191重链或轻链可变区)具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%同一性的氨基酸序列。在某些实施方式中,抗CD117抗体包括重链和/或轻链,其包括本文公开的抗体的一个或多个CDR,例如本文公开的抗体(例如,JSP191抗体)的两个、三个、四个、五个或六个CDR。在特定实施方式中,抗CD117抗体包括重链(例如,JSP191重链)或其可变区,其包括一个、两个或三个本文公开的重链CDR。在特定实施方式中,抗CD117抗体包括轻链(例如,JSP191轻链)或其可变区,其包括一个、两个或三个本文公开的轻链CDR。
在特定实施方式中,抗体结合野生型CD117的区域或野生型CD117的表位,所述野生型CD117在本文公开的修饰的CD117多肽中被修饰。在特定实施方式中,抗体不结合本文公开的修饰的CD117多肽,或以降低的亲和力,例如低于50%、低于25%或低于10%与本文公开的修饰的CD117多肽结合。对特定多肽诸如野生型CD117或修饰的CD117的抗体亲和力可以通过例如测量抗体与其抗原之间的平衡解离常数(KD)来确定,所述平衡解离常数(KD)可以通过本领域的常规方法来确定,例如通过表面等离子体共振,如在Hearty,Stephen,Paul Leonard,and Richard O’Kennedy."Measuring antibody–antigen bindingkinetics using surface plasmon resonance."Antibody Engineering:Methods andProtocols,Second Edition(2012):411-442中所描述的。
在特定实施方式中,表达修饰的CD117多肽的修饰的细胞能够在存在抗CD117抗体(例如,阻断或抑制SCF与细胞表面上的CD117结合的抗CD117抗体)的情况下增殖或存活。在特定实施方式中,在存在抗CD117抗体(例如,阻断或抑制SCF与细胞表面上CD117结合的抗CD117抗体)的情况下,表达修饰的CD117多肽的修饰的细胞的增殖和/或存活是在不存在抗CD118抗体的情况下增殖和/或存活水平的至少90%、至少80%、至少70%、至少60%、至少50%或至少40%。在某些实施方式中,抗CD117抗体能够抑制仅表达野生型CD117而不表达本文公开的修饰的CD117多肽的细胞的增殖或者诱导其死亡或凋亡。在特定实施方式中,抗CD117抗体选自由以下组成的组:SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2、JSP191、CDX-0159、MGTA-117(AB85)和FSI-174。在特定实施方式中,抗体是JSP191。因此,在特定实施方式中,当在HSC和/或HSPC表面上表达时,本文公开的修饰的CD117多肽能够在存在抑制SCF与细胞表面上的内源性野生型CD117结合的抗CD117抗体的情况下基本上与SCF结合。类似地,在特定实施方式中,本文公开的修饰的CD117多肽,当在HSC表面上表达时,在不存在和存在抑制SCF与细胞表面上内源野生型CD117结合的抗CD117抗体的情况下与SCF结合时,能够进行细胞内信号转导。在特定实施方式中,在存在抗CD117抗体的情况下,SCF结合和/或SCF介导的信号转导不会大幅地降低,例如,表达修饰的CD117多肽的修饰的细胞的结合和/或信号转导是在未修饰的相同细胞类型(例如,仅表达野生型CD117)中观察到的结合和/或信号转导水平的至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。
c-Kit信号转导或增殖或生存力可以使用本领域标准方法来确定。例如,在某些实施方式中,使用经工程改造以表达修饰的CD117多肽的细胞系(例如,Ba/F3细胞)来确定包括修饰的CD117多肽的细胞的c-Kit信号转导或增殖(例如,响应于SCF)。在存在IL-3、有或没有干细胞因子(SCF)以及存在或缺少抗CD117抗体(例如JSP191)的情况下培养细胞。对照亲代Ba/F3细胞在缺乏IL-3的情况下不增殖。此外,亲代Ba/F3细胞不表达CD117,并且对SCF信号转导没有反应。响应于SCF结合的增殖可以针对过表达修饰的CD117的细胞来确定,例如,在存在和不存在抗CD117抗体的情况下。
本公开还提供了制备用于HCT的HSC和/或HSPC的方法,包括将编码本文所述的修饰的CD117的多核苷酸序列引入至HSC和/或HSPC中,在特定实施方式中,编码修饰的CD117的多核苷酸序列存在于mRNA或表达载体中,并且修饰的CD117在其被引入至HSC和/或HSPC中后瞬时表达或组成型表达。多核苷酸和/或载体可以包括核苷酸修饰,其包括本文公开的或本领域已知的任何修饰,例如,增加多核苷酸或载体的表达或稳定性。
为了移植的目的,向患者给药包括HSC和/或HSPC的组合物。这些方法在本领域是公知的。尽管不是必须的,但干细胞是任选地经过纯化的。大量的报道探索了用于干细胞纯化和随后移植的各种方法,包括流式细胞术;isolex系统(Klein et al.(2001)BoneMarrow Transplant.28(11):1023-9;Prince et al.(2002)Cytotherapy 4(2):137-45);immunomagnetic separation(Prince et al.(2002)Cytotherapy 4(2):147-55;Handgretinger et al.(2002)Bone Marrow Transplant.29(9):731-6;Chou et al.(2005)Breast Cancer.12(3):178-88);等等。这些参考文献中的每一篇,特别是关于造血干细胞移植的程序、细胞组成和剂量,都特别通过援引并入本文。
本公开还包括药物组合物,其包括一种或多种修饰的CD117多肽、一种或多种包括编码修饰的CD117多肽的序列的多核苷酸或载体(例如,修饰的mRNA)、或包括编码修饰的CD117多肽和/或表达修饰的CD117的多核苷酸或载体的修饰的细胞,以及一种或多种药学上可接受的稀释剂、载体或赋形剂。
本发明公开了包括修饰的细胞的药物组合物,所述修饰的细胞包括本文所述的修饰的CD117多肽(或编码修饰的CD117多肽的核酸序列)和一种或多种药学上可接受的稀释剂、载体或赋形剂。在特定实施方式中,细胞是从待治疗的受试者获得的异源细胞或自体细胞。在特定实施方式中,细胞是干细胞,例如,HSC和/或HSPC。在某些实施方式中,药物组合物还包括一种或多种额外的活性剂。在某些实施方式中,一种或多种额外的活性剂包括抗CD117抗体。在特定实施方式中,抗CD117抗体选自由以下组成的组:SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2、JSP191、CDX-0159、MGTA-117(AB85)和FSI-174。在特定实施方式中,抗体是JSP191。在某些实施方式中,一种或多种额外的活性剂包括一种或多种抗CD47、抗CD40L、抗CD122、抗CD4和/或抗CD8抗体。
本文所述的多核苷酸、多肽和细胞可以与药学上可接受的载体、稀释剂和试剂组合,用于制备通常安全、无毒且合乎需要的制剂,并且包括哺乳动物(例如人或灵长类动物)使用可接受的赋形剂。在某些实施方式中,药物组合物是包括本文公开的修饰的细胞的溶液或悬浮液。这种载体或稀释剂的实例包括但不限于水、盐水、林格氏溶液、右旋糖溶液和5%人血清白蛋白。补充的活性化合物也可以并入制剂中。用于制剂的溶液或悬浮液可以包括无菌稀释剂,诸如注射用水、盐溶液、不挥发油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合成溶剂;抗菌化合物,诸如苯甲醇或尼泊金甲酯(methyl paraben);抗氧化剂,诸如抗坏血酸或亚硫酸氢钠;螯合化合物,诸如乙二胺四乙酸(EDTA);缓冲剂,诸如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐;洗涤剂,诸如吐温20以防止聚集;和用于调节张力的化合物,诸如氯化钠或右旋糖。pH值可以用酸或碱(诸如盐酸或氢氧化钠)来调节。在特定实施方式中,药物组合物是无菌的。对于静脉给药,合适的载体包括生理盐水、抑菌水或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。在某些实施方式中,它在生产和储存条件下是稳定的并被保存以抵抗微生物诸如细菌和真菌的污染作用。载体可以是例如溶剂或分散介质,包含例如水、乙醇、多元醇(例如,甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)及其合适的混合物。在一些情况下,组合物是无菌的,并且可以是达到容易注射的程度的流体。通过各种抗细菌和抗真菌剂(例如,尼泊金(paraben)、氯丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞等)可以防止微生物的作用。在某些实施方式中,药物组合物在组合物中包括等渗剂,例如,糖、多元醇诸如甘露醇、山梨醇、氯化钠。通过在组合物中加入延迟吸收的试剂(例如,单硬脂酸铝和明胶)可以延长内部组合物的吸收。
使用方法
在其他方面,本公开提供了治疗有此需要的哺乳动物受试者的方法,包括向受试者给药修饰的细胞(例如,HSC或HSPC),其包括本文所述的修饰的CD117多肽和/或编码修饰的CD117多肽的核酸。在特定实施方式中,受试者需要HCT或造血干细胞移植。移植物可以是自体的、同种异体的或异种的,包括但不限于同种异体单倍体干细胞、不匹配的同种异体干细胞、基因工程改造的自体或同种异体细胞等。在特定实施方式中,将修饰的HSC或HSPC输注到受试者体内,例如通过静脉输注,例如通过中央静脉,持续几分钟至几小时。在特定实施方式中,修饰的HSC或HSPC瞬时表达修饰的CD117多肽,其是组成型活性的,例如,具有组成型激酶活性。在某些实施方式中,修饰的CD117具有组成型自磷酸化活性,例如,在没有结合的SCF的情况下。在特定实施方式中,瞬时表达修饰的CD117的修饰的HSC或HSPC抵抗由抗c-Kit抗体(诸如,例如,JSP191)进行的消融。因此,需要HCT的受试者可以在HCT之前、同时或之后使用抗c-Kit单克隆抗体诸如JSP191进行调理,以消融疾病中的HSPC,而经移植修饰的HSC或HSPC在移植后在受试者体内对任何单克隆抗体的消融都不太敏感,因为它们瞬时表达修饰的CD117,即使在抗体存在的情况下,也能够提供瞬时的组成型CD117信号转导。
当供体与受体是同种异体时,可以检测供体和受体的HLA类型是否匹配,或者可以使用单倍体相合的细胞。在某些实施方式中,使用从HLA-单倍体相合的供体或HLA-相同的供体获得的细胞。HLA-单倍体相合的供体可以通过CD34或CD34/CD90选择来操作。对于HLA匹配,传统上,匹配的关键位点是HLA-A、HLA-B和HLA-DR。在确定合适的供体时,现在也会考虑HLA-C和HLA-DQ。完全匹配的同胞供体(sibling donor)通常被认为是理想的供体。对于不相关的供体,完全匹配或单个不匹配对于大多数移植被认为是可以接受的,尽管在某些情况下,更大的不匹配是可以容忍的。优选地,匹配是血清学的和分子的。在供体细胞来自脐带血的情况下,可耐受的HLA差异程度要大得多,并且六种HLA-A、HLA-B和HLA-DRB1抗原中的三种或四种抗原的匹配通常足以进行移植。可以使用多种方法去除具有免疫活性的供体T细胞,以减少或消除发生移植物抗宿主病(GVHD)的可能性。
公开的HCT方法使用包括修饰的CD117多肽或编码修饰的CD117多肽的核酸的修饰的HSC。据信,与HCT相比,所述方法使得毒性降低、发病率降低或移植物抗宿主疾病减少,其中向受试者给药不包括修饰的CD117多肽或编码修饰的CD117多肽的核酸的HSC。还认为本发明的方法在移植入受体后提供了改善的干细胞的植入。
在本文公开的任何治疗方法的特定实施方式中,向受试者实施调理方案以促进或增加修饰的细胞的植入。在某些实施方式中,调理方案耗尽受试者的内源性正常或疾病HSC。可在移植前实施调理方案,以减少骨髓中的血液干细胞数量,为供体血液干细胞移植和治愈患者腾出空间。通常,调理方案在给药药物组合物之前和/或同时实施。在某些实施方式中,调理方案包括给药抗CD117抗体,其中抗CD117抗体耗尽表达野生型CD117的内源性HSC,但抗CD117抗体不耗尽给药后的修饰的HSC。在特定实施方式中,抗CD117抗体选自由以下组成的组:SR1、2B8、ACK2、YB5-B8、57A5、104D2、JSP191、CDX-0159、MGTA-117(AB85)和FSI-174。在特定实施方式中,抗体是JSP191。在特定实施方式中,调理方案仅包括抗CD117抗体。在特定实施方式中,在给药修饰的HSC之前,向受试者给药抗CD117抗体,例如,作为单剂量。
抗c-Kit抗体的有效剂量是耗尽内源性造血干细胞的剂量。有效剂量将取决于个体和特定抗体,但它通常将最高达约100μg/kg体重、最高达约250μg/kg、最高达约500μg/kg、最高达约750μg/kg、最高达约1mg/kg、最高达约1.2mg/kg、最高达约1.5mg/kg、最高达约3mg/kg、最高达约5mg/kg、最高达约10mg/kg。在一些实施方式中,向受试者给药约0.01mg/kg至约2mg/kg的抗c-kit抗体,例如JSP191,并且任选地向受试者给药约0.1mg/kg至约1mg/kg的抗c-Kit抗体,例如JSP191。在一些实施方式中,抗c-Kit抗体可以以约0.01mg/kg至约2mg/kg的受试者体重,或约0.1mg/kg至约1mg/kg的受试者体重的剂量给药于受试者。在一些实施方式中,抗c-Kit信号转导抗体以约0.6mg/kg的剂量给药。
在某些实施方式中,调理方案包括抗CD117抗体与一种或多种另外的抗体的联合给药。在某些实施方式中,一种或多种额外的抗体包括以下的一种或多种:抗CD47、抗CD40L、抗CD122、抗CD4和/或抗CD8抗体。
在某些实施方式中,调理方案包括单独给药抗CD117抗体,或与清髓性(MA)调理、降低强度调理(RIC)或其他非MA(NMA)调理方案组合实施。图2提供了各种调理方案的实例。在某些实施方式中,调理方案是基因毒性调理方案和/或可以包括以下的一种或多种:化疗(任选地核苷类似物和/或烷化剂)、单克隆抗体治疗和辐照,任选地对全身的辐照。在特定实施方式中,由于向受试者给药修饰的细胞(例如,HSC),其包括本文所述的修饰的CD117和/或抗CD117抗体,则调理方案比如果向受试者给药不包括修饰的CD117多肽的细胞(例如,HSC)时要使用的调理方案更温和。在特定实施方式中,其中调理方案包括将抗CD117抗体与化疗(任选地核苷类似物和/或烷化剂)、其他单克隆抗体疗法和/或辐照联合使用,与不与抗CD117抗体(诸如JSP191)联合时所使用的量相比,化疗、其他单克隆抗体疗法和/或辐照的量有所减少。例如,其调理疗法的量和/或持续时间中的任一者或两者可以减少至少或约20%、至少或约30%、至少或约40%、至少或约50%、至少或约60%、至少或约70%、至少或约80%、至少或约90%、或约100%。
然而,在其它实施方式中,在给药药物组合物之前或同时,不向受试者施用清髓性或基因毒性调理方案。例如,受体可以是具有免疫活性的,并且移植可以在没有清髓性调理下进行,即,在没有辐照和/或化疗药物的情况下。受体可以用根据细胞和HLA匹配选择的一组剂的联合给药进行调理。
给药于受试者的干细胞(例如,包括修饰的CD117多肽和/或编码修饰的CD117多肽的核酸的修饰的HSC)的剂量可以取决于输注的细胞组合物的纯度和细胞的来源。在特定实施方式中,对于自体和同种异体移植,所给药的剂量为至少或约1-2×106个CD34+细胞/kg体重。对于自体和同种异体移植,更高的剂量可以包括,例如,至少或约3×106、至少或约4×106、至少或约5×106、至少或约6×106、至少或约7×106、至少或约8×106、至少或约9×106、至少或约107或更多个CD34+细胞/kg体重。通常,剂量受到可用细胞数量的限制,并且所公开的方法涵盖在必要或有限时递送更少细胞。通常,无论来源如何,剂量都是通过所存在的CD34+细胞数来计算的。对于未经分级的骨髓或动员的外周血,CD34+细胞的百分比数可能较低;在这种情况下,所给药的细胞总数可能更高。
在某些实施方式中,用修饰的HSC组合物递送的CD3+细胞的最大数量不超过约107个CD3+细胞/kg的受体体重,不超过约106个CD3+细胞/kg的受体体重,不超过约105个CD3+细胞/kg的受体体重,或不超过约104个CD3+细胞/kg的受体体重。可替代地,可以选择表达CD34和CD90的细胞群,所述细胞群可以是高度纯化的,例如至少约85% CD34+CD90+细胞,至少约90% CD34+CD90+细胞,至少约95% CD34+CD90+细胞,并且可以高达约99% CD34+CD90+细胞或更多。
在某些实施方式中,本公开包括治疗有此需要的哺乳动物受试者的方法,包括向受试者给药修饰的细胞(例如,HSC和/或HSPC),其包括本文公开的修饰的CD117多肽,例如具有组成型c-Kit信号转导或激酶活性的修饰的CD117。在某些实施方式中,修饰的CD117具有组成型自磷酸化活性,例如,在没有结合的SCF的情况下。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽在细胞中瞬时表达,例如,约一天、约两天、约三天、约四天、约五天或约一周。在特定实施方式中,还对受试者施用调理方案以促进或增加移植后修饰的细胞的植入,其中在给药药物组合物之前或同时施用该调理方案。在特定实施方式中,调理方案包括向受试者给药抗c-Kit抗体,例如本文公开的任何抗体(诸如,例如,JSP191)。在一些实施方式中,先将抗c-Kit抗体给药于给受试者,然后再将药物组合物给药于受试者。在特定实施方式中,在给药抗c-Kit抗体之后和给药修饰的细胞(即HCT)之存在“清除”期。这段时间允许清除抗c-Kit抗体(或用于调理的其它试剂)。清除消融剂所需的时间可以根据经验确定,或者可以基于消融剂药物动力学的先前经验。过去,清除时间通常是足以使消融剂(例如,抗c-Kit抗体)的水平从峰值水平降低至少约10倍的时间,通常是至少约100倍、1000倍、10000倍或更多。然而,由于根据本文公开的方法给药于受试者的修饰的细胞包括不与用于调理的消融性抗c-Kit抗体结合的修饰的CD117多肽,因此所公开的方法不需要清除期,或者与移植未修饰的细胞相比,它们仅需要缩短的清除期。在某些实施方式中,清除期少于五天、少于四天、少于3天、少于两天或少于一天。在某些实施方式中,该方法包括在重叠的时间段或大约相同时间期间,给药抗c-Kit抗体和药物组合物或修饰的细胞,例如,修饰的HSC和/或HSPC。在特定实施方式中,该方法包括在给药药物组合物或修饰的细胞(例如修饰的HSC和/或HSPC)后,任选地在至少一天、至少两天、至少三天、至少四天、至少五天或至少一周的一段时间内向受试者给药抗c-Kit抗体。这可以在给药修饰的HSC和/或HSPC后继续消融内源性HSC和/或HSPC,从而允许更多的移植。
在一种实施方式中,该方法包括:
(i)通过向受试者给药抗c-Kit抗体(例如,JSP-191)以选择性地消融受试者的内源性造血干细胞;
(ii)任选地,在给药抗c-Kit抗体后等待一段时间;以及
(iii)在(ii)之后,以有效实现多系外周血嵌合体的剂量向受试者给药包括修饰的细胞(例如,修饰的HSC和/或修饰的HSPC)的药物组合物。
在特定实施方式中,步骤(ii)的一段时间是少于五天、少于四天、少于3天、少于两天或少于一天,或者没有这一段时间。在特定实施方式中,修饰的CD117具有组成型c-Kit信号转导或激酶活性。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽在细胞中瞬时表达,例如,约一天、约两天、约三天、约四天、约五天或约一周。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽与野生型人c-Kit多肽具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的同一性,并且在称为N505或D816的位置处包括氨基酸置换,诸如,例如,N505I或D816V。
在某些实施方式中,治疗需要HCT的受试者的方法包括:
(i)向受试者实施调理方案,其中所述调理方案包括抗CD117单克隆抗体,例如JSP191;以及
(ii)向受试者给药修饰的HSC,其中所述修饰的HSC包含修饰的CD117多肽,其中所述修饰的CD117多肽在细胞表面上表达,并且其中所述修饰的HSC不会被所述调理方案消耗至与仅包括野生型CD117多肽的内源性HSC相同的程度,和/或其中所述修饰的HSC与内源性HSC相比具有增殖的优势。在特定实施方式中,修饰的CD117具有组成型c-Kit信号转导或激酶活性。在某些实施方式中,修饰的CD117具有组成型自磷酸化活性,例如,在没有结合的SCF的情况下。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽在细胞中瞬时表达,例如,约一天、约两天、约三天、约四天、约五天或约一周。在特定实施方式中,调理方案包括单克隆抗c-Kit抗体,例如,JSP191。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽与野生型人c-Kit多肽具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的同一性,并且在称为N505或D816的位置处包括氨基酸置换,诸如,例如,N505I或D816V。“N505”或“D816”修饰的实际位置可能不同,这取决于c-Kit多肽的特定同种型。在特定实施方式中,修饰的CD117多肽具有SEQ ID NO:3-6中任一个所示的序列。
在一些实施方式中,移植在没有清髓性调理下进行。
在一些实施方式中,受体是免疫活性的。根据需要重复施用移植前调理方案,以达到所需的消融水平。
用供体干细胞移植后,受体可以是供体细胞的嵌合体或混合嵌合体。
本文公开的方法可用于治疗适合干细胞移植的各种适应症。在特定实施方式中,本文公开的HCT方法用于治疗选自由以下组成的组的疾病或疾患:癌症、心脏疾患、神经疾患、自身免疫性疾病、免疫缺陷、代谢紊乱、血红蛋白病和遗传疾患。在特定实施方式中,它们例如通过自体HCT用于治疗任何下列疾患:多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、霍奇金病、急性髓性白血病、成神经细胞瘤、生殖细胞瘤和自身免疫性疾患,例如,系统性红斑狼疮(SLE)、系统性硬化症或淀粉样变性。在特定实施方式中,它们例如通过同种异体HCT用于治疗任何下列疾病:急性髓系白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓细胞白血病;慢性淋巴细胞白血病、骨髓增殖症、骨髓增生异常综合征、多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、霍奇金病、再生障碍性贫血、纯红细胞再生障碍、阵发性睡眠性血红蛋白尿症、范科尼贫血、地中海贫血、重型地中海贫血、镰状细胞贫血、联合免疫缺陷、重症联合免疫缺陷(SCID)、威斯科特-奥尔德里奇综合征、噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(HLH)、先天性代谢缺陷(例如,黏多糖贮积症、戈谢病、异染性脑白质营养不良和肾上腺脑白质营养不良)、大疱性表皮松解症、重症先天性中性粒细胞减少症、施瓦赫曼-戴蒙德综合征(Shwachman-Diamond syndrome)、戴-布二氏贫血(Diamond-Blackfan anemia)、白细胞黏附缺陷症,等等。
在具体实施方式中,所公开的方法用于治疗实体组织癌或血癌,诸如白血病、淋巴瘤或骨髓增生异常综合征。在特定实施方式中,白血病是急性髓系白血病(AML)。
在特定实施方式中,淋巴瘤是弥漫性大B细胞淋巴瘤。
在特定实施方式中,所公开的方法用于治疗免疫缺陷。在特定实施方式中,免疫缺陷是重症联合免疫缺陷(SCID)。在特定实施方式中,免疫缺陷是免疫球蛋白G亚类缺乏症、选择性免疫球蛋白A缺乏症、迪格奥尔格综合征、高免疫球蛋白M(HIGM)综合征、选择性IgM缺陷、威斯科特-奥尔德里奇综合征或X-连锁无丙种球蛋白血症(XLA)。
在特定实施方式中,所公开的方法用于治疗遗传疾患。在特定实施方式中,遗传疾病是镰状细胞病或范科尼贫血。可以治疗的镰状细胞病包括但不限于:HbS疾病;镰状细胞性贫血;新月形红细胞症(meniscocytosis)和慢性溶血性贫血。
在所公开的任何HCT方法的某些实施方式中,该方法还包括向受试者给药治疗剂,用于治疗通过HCT方法治疗的疾病或疾患。
实施例
实施例1
表达CD117变体的造血细胞的增殖不受抗CD117抗体的抑制
为了证明突变的CD117的表达赋予表达突变CD117的造血细胞相对于野生型CD117的增殖优势,将表达野生型人CD117(c-Kit)和突变人CD117-D816V的Ba/F3细胞在没有IL-3、不同浓度的干细胞因子(SCF)以及存在或不存在抗CD117抗体JSP191的情况下进行培养。
对照亲代Ba/F3细胞在缺乏IL-3的情况下不增殖。此外,亲代Ba/F3细胞不表达CD117,并且对SCF信号转导没有反应。因此,对照亲代Ba/F3细胞在SCF浓度增加的情况下不增殖,并且添加JSP191对生存力或增殖没有影响。
表达野生型人CD117(c-Kit)的Ba/F3细胞系显示出对SCF的剂量反应性增殖,这在存在抗CD117抗体JSP191的情况下被抑制。
表达CD117-D816V突变体的Ba/F3细胞系能够在没有SCF的情况下增殖,并且在抗CD117抗体JSP191存在的情况下增殖不受到抑制。
这些研究表明,包括组成型活性修饰的CD117的细胞能够在存在抑制SCF与CD117结合的抗CD117抗体的情况下增殖,因此与野生型细胞相比,修饰的CD117赋予修饰的细胞增殖优势,特别是在存在抗CD117抗体的情况下。
上述各种实施方式可以组合以提供其他的实施方式。
如果需要采用各种专利、专利申请和出版物的概念来提供进一步的实施方式,可以对实施方式的方面进行修改。
根据以上详细描述,可以对实施方式进行这些和其他改变。通常,在下面的权利要求中,所使用的术语不应该被解释为将权利要求限制于说明书和权利要求中公开的具体实施方式,而是应该被解释为包括所有可能的实施方式以及这些权利要求被授权的等同物的全部范围。因此,权利要求不受本公开的限制。
在本说明书中引用的和/或在申请数据表(Application Data Sheet)中列出的所有美国专利、美国专利申请出版物、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利出版物都通过援引以其全文并入本文。
序列表
<110> 贾斯帕医疗公司(Jasper Therapeutics, Inc.)
<120> 修饰的干细胞组合物及其使用方法
<130> JATH-001/01WO 335666-2116
<150> US 63/147,627
<151> 2021-02-09
<150> US 63/257,012
<151> 2021/10/18
<160> 45
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 976
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
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<223> 修饰的CD117多肽
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<213> 人工序列
<220>
<223> 修饰的CD117多肽
<400> 6
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Thr Ile Lys Asp Val Ser Ser Ser Val Tyr Ser Thr Trp Lys Arg Glu
210 215 220
Asn Ser Gln Thr Lys Leu Gln Glu Lys Tyr Asn Ser Trp His His Gly
225 230 235 240
Asp Phe Asn Tyr Glu Arg Gln Ala Thr Leu Thr Ile Ser Ser Ala Arg
245 250 255
Val Asn Asp Ser Gly Val Phe Met Cys Tyr Ala Asn Asn Thr Phe Gly
260 265 270
Ser Ala Asn Val Thr Thr Thr Leu Glu Val Val Asp Lys Gly Phe Ile
275 280 285
Asn Ile Phe Pro Met Ile Asn Thr Thr Val Phe Val Asn Asp Gly Glu
290 295 300
Asn Val Asp Leu Ile Val Glu Tyr Glu Ala Phe Pro Lys Pro Glu His
305 310 315 320
Gln Gln Trp Ile Tyr Met Asn Arg Thr Phe Thr Asp Lys Trp Glu Asp
325 330 335
Tyr Pro Lys Ser Glu Asn Glu Ser Asn Ile Arg Tyr Val Ser Glu Leu
340 345 350
His Leu Thr Arg Leu Lys Gly Thr Glu Gly Gly Thr Tyr Thr Phe Leu
355 360 365
Val Ser Asn Ser Asp Val Asn Ala Ala Ile Ala Phe Asn Val Tyr Val
370 375 380
Asn Thr Lys Pro Glu Ile Leu Thr Tyr Asp Arg Leu Val Asn Gly Met
385 390 395 400
Leu Gln Cys Val Ala Ala Gly Phe Pro Glu Pro Thr Ile Asp Trp Tyr
405 410 415
Phe Cys Pro Gly Thr Glu Gln Arg Cys Ser Ala Ser Val Leu Pro Val
420 425 430
Asp Val Gln Thr Leu Asn Ser Ser Gly Pro Pro Phe Gly Lys Leu Val
435 440 445
Val Gln Ser Ser Ile Asp Ser Ser Ala Phe Lys His Asn Gly Thr Val
450 455 460
Glu Cys Lys Ala Tyr Asn Asp Val Gly Lys Thr Ser Ala Tyr Phe Asn
465 470 475 480
Phe Ala Phe Lys Gly Asn Asn Lys Glu Gln Ile His Pro His Thr Leu
485 490 495
Phe Thr Pro
<210> 8
<211> 466
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的
重链
<400> 8
Met Asp Trp Thr Trp Arg Val Phe Cys Leu Leu Ala Val Ala Pro Gly
1 5 10 15
Ala His Ser Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys
20 25 30
Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe
35 40 45
Thr Ser Tyr Asn Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu
50 55 60
Glu Trp Met Gly Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Asn
65 70 75 80
Gln Lys Phe Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser
85 90 95
Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val
100 105 110
Tyr Tyr Cys Ala Arg Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn Trp Gly Gln
115 120 125
Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
130 135 140
Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala
145 150 155 160
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
165 170 175
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
180 185 190
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
195 200 205
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys
210 215 220
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp
225 230 235 240
Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly
245 250 255
Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile
260 265 270
Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu
275 280 285
Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His
290 295 300
Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Gln Ser Thr Tyr Arg
305 310 315 320
Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys
325 330 335
Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu
340 345 350
Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr
355 360 365
Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu
370 375 380
Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp
385 390 395 400
Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val
405 410 415
Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp
420 425 430
Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His
435 440 445
Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro
450 455 460
Gly Lys
465
<210> 9
<211> 238
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的
轻链
<400> 9
Met Val Leu Gln Thr Gln Val Phe Ile Ser Leu Leu Leu Trp Ile Ser
1 5 10 15
Gly Ala Tyr Gly Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala
20 25 30
Val Ser Leu Gly Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Arg Ala Ser Glu Ser
35 40 45
Val Asp Ile Tyr Gly Asn Ser Phe Met His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro
50 55 60
Gly Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Asn Leu Glu Ser
65 70 75 80
Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr
85 90 95
Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys
100 105 110
Gln Gln Asn Asn Glu Asp Pro Tyr Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val
115 120 125
Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro
130 135 140
Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu
145 150 155 160
Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn
165 170 175
Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser
180 185 190
Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala
195 200 205
Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly
210 215 220
Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
225 230 235
<210> 10
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的
可变重链
<400> 10
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Asn Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Asn Gln Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 11
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的
可变轻链
<400> 11
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Arg Ala Ser Glu Ser Val Asp Ile Tyr
20 25 30
Gly Asn Ser Phe Met His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro
35 40 45
Lys Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Asn Leu Glu Ser Gly Val Pro Asp
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser
65 70 75 80
Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Asn Asn
85 90 95
Glu Asp Pro Tyr Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 12
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-人源化单克隆抗体可变
轻链
<220>
<221> 变体
<222> (10)..(10)
<223> Xaa是具有芳香族或脂肪族羟基侧链的
氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (46)..(46)
<223> Xaa是具有脂肪族或脂肪族羟基侧链的
氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (63)..(63)
<223> Xaa是具有脂肪族羟基侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (80)..(80)
<223> Xaa是具有脂肪族羟基侧链的氨基酸或者是
脯氨酸
<220>
<221> 变体
<222> (85)..(85)
<223> Xaa是具有带电荷或酸性侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (87)..(87)
<223> Xaa是具有芳香侧链的氨基酸
<400> 12
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ser Xaa Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Arg Thr Asn
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Xaa Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Tyr Arg Tyr Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Xaa Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Xaa
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Xaa Tyr Xaa Cys Gln Gln Tyr Asn Ser Tyr Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 13
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-人源化单克隆抗体的
可变重链
<220>
<221> 变体
<222> (11)..(11)
<223> Xaa是具有脂肪族侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (20)..(20)
<223> Xaa是具有脂肪族侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (39)..(39)
<223> Xaa是具有极性或碱性侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (69)..(69)
<223> Xaa是具有脂肪族侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (71)..(71)
<223> Xaa是具有脂肪族侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (74)..(74)
<223> Xaa是具有酸性侧链的氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (83)..(83)
<223> Xaa是具有酸性或酰胺衍生物侧链的
氨基酸
<220>
<221> 变体
<222> (92)..(92)
<223> Xaa是具有脂肪族羟基侧链的氨基酸
<400> 13
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Xaa Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Xaa Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Tyr Ile Asn Ala Val Val Xaa Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp
35 40 45
Ile Ala Arg Ile Tyr Pro Gly Ser Gly Asn Thr Tyr Tyr Asn Glu Lys
50 55 60
Phe Lys Gly Arg Xaa Thr Xaa Thr Ala Xaa Lys Ser Thr Ser Thr Ala
65 70 75 80
Tyr Met Xaa Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Xaa Ala Val Tyr Phe
85 90 95
Cys Ala Arg Gly Val Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 14
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-人源化抗体的VH结构域
<400> 14
Gln Val Gln Leu Lys Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Tyr Ile Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Ala Arg Ile Tyr Pro Gly Ser Gly Asn Thr Tyr Tyr Asn Glu Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Lys Ala Thr Leu Thr Ala Glu Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Val Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu
100 105 110
Thr Val Ser Ser
115
<210> 15
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-人源化抗体的VH结构域
<400> 15
Gln Val Gln Leu Lys Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Tyr Ile Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Ala Arg Ile Tyr Pro Gly Ser Gly Asn Thr Tyr Tyr Asn Glu Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Lys Ala Thr Leu Thr Ala Glu Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Val Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu
100 105 110
Thr Val Ser Ala
115
<210> 16
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-人源化抗体的VL结构域
<400> 16
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Gln Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Ser Val Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Arg Thr Asn
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Ala Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Tyr Arg Tyr Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Asn Val Gln Ser
65 70 75 80
Glu Asp Leu Ala Asp Tyr Phe Cys Gln Gln Tyr Asn Ser Tyr Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 17
<211> 31
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 17
Glu Lys Ala Glu Ala Thr Asn Thr Gly Lys Tyr Thr Cys Thr Asn Lys
1 5 10 15
His Gly Leu Ser Asn Ser Ile Tyr Val Phe Val Arg Asp Pro Ala
20 25 30
<210> 18
<211> 21
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 18
Arg Cys Pro Leu Thr Asp Pro Glu Val Thr Asn Tyr Ser Leu Lys Gly
1 5 10 15
Cys Gln Gly Lys Pro
20
<210> 19
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的重链可变区
<400> 19
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Trp Ile Gly Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Ala Ile Ile Asn Pro Arg Asp Ser Asp Thr Arg Tyr Arg Pro Ser Phe
50 55 60
Gln Gly Gln Val Thr Ile Ser Ala Asp Lys Ser Ile Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg His Gly Arg Gly Tyr Glu Gly Tyr Glu Gly Ala Phe Asp Ile
100 105 110
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 20
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的轻链可变区
<400> 20
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ser Ser Gln Gly Ile Arg Ser Asp
20 25 30
Leu Gly Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Leu Glu Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ala Asn Gly Phe Pro Leu
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 21
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的重链可变区
<400> 21
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Met Asn His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 22
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的重链可变区
<400> 22
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Met Asn His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Asn Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 23
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的重链可变区
<400> 23
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Met Asn His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 24
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的轻链可变区
<400> 24
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ala Ser Glu Ser Val Asp Ile Tyr
20 25 30
Gly Gln Ser Phe Met His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro
35 40 45
Lys Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Asn Leu Glu Ser Gly Val Pro Asp
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser
65 70 75 80
Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Asn Asn
85 90 95
Glu Asp Pro Tyr Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 25
<211> 4
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 25
Gly Asn Asn Lys
1
<210> 26
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的VH CDR1
<400> 26
Tyr Asn Met His
1
<210> 27
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的VH CDR2
<400> 27
Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Asn Gln Lys Phe Lys Gly
1 5 10 15
<210> 28
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的VH CDR3
<400> 28
Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn
1 5
<210> 29
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的VL CDR1
<400> 29
Arg Ala Ser Glu Ser Val Asp Ile Tyr Gly Asn Ser Phe Met His
1 5 10 15
<210> 30
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的VL CDR2
<400> 30
Leu Ala Ser Asn Leu Glu Ser
1 5
<210> 31
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-糖基化的IgG1人源化抗体的VL CDR3
<400> 31
Gln Gln Asn Asn Glu Asp Pro Tyr Thr
1 5
<210> 32
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR1
<400> 32
Asn Tyr Trp Ile Gly
1 5
<210> 33
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR2
<400> 33
Ile Ile Asn Pro Arg Asp Ser Asp Thr Arg Tyr Arg Pro Ser Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 34
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR3
<400> 34
His Gly Arg Gly Tyr Glu Gly Tyr Glu Gly Ala Phe Asp Ile
1 5 10
<210> 35
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR1
<400> 35
Arg Ser Ser Gln Gly Ile Arg Ser Asp Leu Gly
1 5 10
<210> 36
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR2
<400> 36
Asp Ala Ser Asn Leu Glu Thr
1 5
<210> 37
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR3
<400> 37
Gln Gln Ala Asn Gly Phe Pro Leu Thr
1 5
<210> 38
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR1
<400> 38
Ser Tyr Asn Met His
1 5
<210> 39
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR2
<220>
<221> 变体
<222> (12)..(12)
<223> Xaa是Ala或Asn
<220>
<221> 变体
<222> (16)..(16)
<223> Xaa是Lys或Gln
<400> 39
Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Xaa Gln Lys Phe Xaa
1 5 10 15
Gly
<210> 40
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR3
<400> 40
Glu Arg Asp Thr Arg Phe Gly Asn
1 5
<210> 41
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR1
<220>
<221> 变体
<222> (4)..(4)
<223> Xaa是Asp或Glu
<220>
<221> 变体
<222> (11)..(11)
<223> Xaa是Asn或Gln
<400> 41
Arg Ala Ser Xaa Ser Val Asp Ile Tyr Gly Xaa Ser Phe Met His
1 5 10 15
<210> 42
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR2
<400> 42
Leu Ala Ser Asn Leu Glu Ser
1 5
<210> 43
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR3
<400> 43
Gln Gln Asn Asn Glu Asp Pro Tyr Thr
1 5
<210> 44
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VH CDR2
<400> 44
Val Ile Tyr Ser Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 45
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 在实验室中制造-工程改造抗体的VL CDR1
<400> 45
Arg Ala Ser Glu Ser Val Asp Ile Tyr Gly Gln Ser Phe Met His
1 5 10 15

Claims (80)

1.一种药物组合物,包括药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂以及修饰的造血干细胞(HSC)或造血干祖细胞(HSPC),其中所述修饰的HSC或HSPC包括修饰的CD117多肽,任选地,其中所述修饰的CD117多肽具有组成型c-Kit信号转导和/或激酶活性,并且任选地,其中所述修饰的细胞在与能够抑制仅表达野生型CD117的HSPC的增殖和/或存活的抗c-Kit单克隆抗体接触时能够增殖和/或存活。
2.根据权利要求1所述的药物组合物,其中,所述修饰的CD117的c-Kit信号转导和/或激酶活性基本上不被抗c-Kit单克隆抗体抑制。
3.根据权利要求2所述的药物组合物,其中,所述抗c-Kit单克隆抗体抑制SCF与CD117的结合。
4.根据权利要求2所述的药物组合物,其中,所述抗c-Kit单克隆抗体包括存在于JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中任一种中的六个CDR中的一个或多个。
5.根据权利要求2所述的药物组合物,其中,所述抗c-Kit单克隆抗体是JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种。
6.根据权利要求5所述的药物组合物,其中,所述抗c-Kit抗体是JSP191。
7.根据权利要求5所述的药物组合物,其中,所述抗c-Kit抗体是FSI-174。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的药物组合物,其中,与所述野生型CD117多肽相比,所述修饰的CD117包括一个或多个氨基酸修饰。
9.根据权利要求8所述的药物组合物,其中,所述一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换、插入或缺失。
10.根据权利要求8所述的药物组合物,其中,所述氨基酸修饰的一个或多个存在于所述修饰的CD117多肽的胞外结构域的表面暴露的氨基酸残基内、跨膜结构域内或胞内结构域内。
11.根据权利要求8所述的药物组合物,其中,所述修饰的CD117多肽包括野生型人CD117中存在的以下氨基酸的一个或多个的置换或缺失:N505或D816。
12.根据权利要求11所述的药物组合物,其中,与野生型人CD117相比,所述修饰的CD117多肽包括D816V置换和/或N505I置换。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的药物组合物,其中,所述修饰的CD117多肽具有与野生型CD117多肽至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的序列同源性。
14.根据权利要求8-13中任一项所述的药物组合物,其中,所述野生型CD117多肽是野生型人CD117多肽,任选地具有下列氨基酸序列之一:MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQ ID NO:1);或
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQID NO:2)。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的药物组合物,其中,所述修饰的细胞表达所述修饰的CD117多肽和野生型CD117多肽。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的药物组合物,其中,所述修饰的细胞瞬时表达所述修饰的CD117多肽。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的药物组合物,其中,所述HSC或HSPC是CD34+,任选地其中,所述HSPC是CD34+/CD90+、CD34+/CD38-、或CD34+/CD38-/CD90+或CD34+CD133+。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的药物组合物,其中,所述细胞是人细胞。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的药物组合物,其中,所述细胞从哺乳动物供体获得。
20.根据权利要求19所述的药物组合物,其中,所述哺乳动物供体是需要造血细胞移植(HCT)的受试者。
21.根据权利要求19所述的药物组合物,其中,所述哺乳动物供体是健康的供体。
22.根据权利要求19-21中任一项所述的药物组合物,其中,从所述哺乳动物供体获得的所述细胞被离体修饰。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的药物组合物,还包括抗CD117抗体。
24.根据权利要求1-23中任一项所述的药物组合物,还包括一个或多个抗CD47、抗CD40L、抗CD122、抗CD4和/或抗CD8抗体。
25.一种治疗有此需要的哺乳动物受试者的方法,包括向所述受试者给药根据权利要求1-24中任一项所述的药物组合物。
26.根据权利要求25所述的方法,其中,对所述受试者施用调理方案以促进或增加所述修饰的细胞的植入,其中在给药所述药物组合物之前或同时施用所述调理方案。
27.根据权利要求26所述的方法,其中,所述调理方案也在给药所述药物组合物后施用。
28.根据权利要求26或27所述的方法,其中,所述调理方案比如果向所述受试者给药不包括所述修饰的CD117多肽的造血干细胞时要使用的方案更温和。
29.根据权利要求25所述的方法,其中,在给药所述药物组合物之前或同时,不对所述受试者施用促进或增加所述修饰的细胞的植入的调理方案。
30.根据权利要求25-29中任一项所述的方法,其中,所述方法与其中向所述受试者给药不包括所述修饰的CD117多肽的造血干细胞并结合调理方案的方法相比,导致毒性降低、发病率降低或移植物抗宿主疾病减少。
31.根据权利要求25-30中任一项所述的方法,其中,所述调理方案包括或由给药抗CD117单克隆抗体,任选地JSP191组成。
32.根据权利要求25-31中任一项所述的方法,其中,针对选自由以下组成的组的疾病或疾患治疗所述受试者:癌症、心脏疾患、神经疾患、自身免疫性疾病、免疫缺陷、代谢紊乱和遗传疾患。
33.根据权利要求32所述的方法,其中,所述癌症是实体组织癌或血癌。
34.根据权利要求33所述的方法,其中,所述血癌是白血病、淋巴瘤或骨髓增生异常综合征。
35.根据权利要求34所述的方法,其中,所述白血病是急性髓系白血病(AML)。
36.根据权利要求32所述的方法,其中,所述免疫缺陷是重症联合免疫缺陷(SCID)。
37.根据权利要求32所述的方法,其中,所述遗传疾病是镰状细胞病或范科尼贫血。
38.根据权利要求25-37中任一项所述的方法,还包括向所述受试者给药用于治疗所述疾病或疾患的治疗剂。
39.一种修饰的CD117多肽,包括与野生型CD117多肽相比的一个或多个氨基酸修饰,其中与野生型CD117多肽相比,任选地响应于SCF结合,抗c-Kit单克隆抗体基本上不抑制或减少由在细胞中表达的所述修饰的CD117多肽引起的c-Kit信号转导。
40.根据权利要求39所述的修饰的CD117多肽,其中,与所述野生型CD117多肽相比,任选地响应于SCF结合,所述修饰的CD117多肽基本上保留了激酶活性。
41.根据权利要求39或40所述的修饰的CD117多肽,其中,所述修饰的CD117多肽具有组成型c-Kit信号转导和/或激酶活性。
42.根据权利要求39-41中任一项所述的修饰的CD117多肽,其中,与所述野生型CD117多肽相比,任选地响应于SCF结合,所述修饰的CD117多肽基本上具有增加的c-Kit信号转导和/或激酶活性。
43.根据权利要求39-42中任一项所述的修饰的CD117多肽,其中,所述抗c-Kit抗体包括存在于JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种中的六个CDR中的一个或多个。
44.根据权利要求43所述的修饰的CD117多肽,其中,所述抗c-Kit抗体是JSP191、AB85、CDX-0159或FSI-174中的任一种。
45.根据权利要求43所述的修饰的CD117多肽,其中,所述抗c-Kit抗体包括存在于JSP191和/或FSI-174中的一个或多个,任选地六个,CDR。
46.根据权利要求45所述的修饰的CD117多肽,其中,所述抗c-Kit抗体是JSP191或FSI-174。
47.根据权利要求39-46中任一项所述的修饰的CD117多肽,其中,所述一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换、插入或缺失。
48.根据权利要求47所述的修饰的CD117多肽,其中,所述氨基酸修饰的一个或多个存在于所述野生型CD117多肽的胞外结构域的表面暴露的氨基酸残基内、跨膜结构域内或胞内结构域内。
49.根据权利要求47或48所述的修饰的CD117多肽,其中,所述一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换或缺失。
50.根据权利要求49所述的修饰的CD117多肽,其中,所述一个或多个氨基酸修饰包括一个或多个氨基酸置换。
51.根据权利要求47-50中任一项所述的修饰的CD117多肽,其中,多个氨基酸置换或缺失之一包括野生型人CD117中存在的以下氨基酸的一个或多个的置换或缺失:N505或D816。
52.根据权利要求50或51所述的修饰的CD117多肽,其中,多个氨基酸置换之一包括D816V置换和/或N505I置换。
53.根据权利要求39-52中任一项所述的修饰的CD117多肽,其中,所述修饰的CD117多肽具有与所述野生型CD117多肽至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的序列同源性。
54.根据权利要求39-53中任一项所述的修饰的CD117多肽,其中,所述野生型CD117多肽是野生型人CD117多肽,任选地具有下列氨基酸序列之一:
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKGNNKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQ IDNO:1);或
MRGARGAWDFLCVLLLLLRVQTGSSQPSVSPGEPSPPSIHPGKSDLIVRVGDEIRLLCTDPGFVKWTFEILDETNENKQNEWITEKAEATNTGKYTCTNKHGLSNSIYVFVRDPAKLFLVDRSLYGKEDNDTLVRCPLTDPEVTNYSLKGCQGKPLPKDLRFIPDPKAGIMIKSVKRAYHRLCLHCSVDQEGKSVLSEKFILKVRPAFKAVPVVSVSKASYLLREGEEFTVTCTIKDVSSSVYSTWKRENSQTKLQEKYNSWHHGDFNYERQATLTISSARVNDSGVFMCYANNTFGSANVTTTLEVVDKGFINIFPMINTTVFVNDGENVDLIVEYEAFPKPEHQQWIYMNRTFTDKWEDYPKSENESNIRYVSELHLTRLKGTEGGTYTFLVSNSDVNAAIAFNVYVNTKPEILTYDRLVNGMLQCVAAGFPEPTIDWYFCPGTEQRCSASVLPVDVQTLNSSGPPFGKLVVQSSIDSSAFKHNGTVECKAYNDVGKTSAYFNFAFKEQIHPHTLFTPLLIGFVIVAGMMCIIVMILTYKYLQKPMYEVQWKVVEEINGNNYVYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNEYMDMKPGVSYVVPTKADKRRSVRIGSYIERDVTPAIMEDDELALDLEDLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGRITKICDFGLARDIKNDSNYVVKGNARLPVKWMAPESIFNCVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMLSPEHAPAEMYDIMKTCWDADPLKRPTFKQIVQLIEKQISESTNHIYSNLANCSPNRQKPVVDHSVRINSVGSTASSSQPLLVHDDV(SEQID NO:2)。
55.一种核酸,编码根据权利要求39-54中任一项所述的修饰的CD117多肽。
56.根据权利要求55所述的核酸,其中,所述核酸包括RNA、DNA或其组合。
57.根据权利要求56所述的核酸,其中,所述核酸包括修饰的mRNA。
58.根据权利要求55-57中任一项所述的核酸,其中,所述核酸与一种或多种脂质缔合,任选地,其中所述核酸存在于脂质核酸颗粒、脂质纳米颗粒或脂质体中。
59.一种载体,包括根据权利要求55-58中任一项所述的核酸。
60.根据权利要求59所述的载体,其中,所述载体是表达载体。
61.根据权利要求59或60所述的载体,其中,所述载体是病毒载体,任选地是AAV载体或慢病毒载体。
62.根据权利要求59-61中任一项所述的载体,其中,所述载体能够转导造血干细胞。
63.一种修饰的细胞,包括根据权利要求39-54中任一项所述的修饰的CD117多肽和/或根据权利要求55-58中任一项所述的核酸。
64.根据权利要求63所述的修饰的细胞,其中,所述细胞表达修饰的CD117多肽和野生型CD117多肽两者。
65.根据权利要求63或权利要求64所述的修饰的细胞,其中,所述细胞用根据权利要求59-62中任一项所述的载体转导。
66.根据权利要求63-65中任一项所述的修饰的细胞,其中,所述细胞是干细胞或多能细胞。
67.根据权利要求66所述的修饰的细胞,其中,所述干细胞是造血干细胞(HSC)或造血干祖细胞(HSPC)。
68.根据权利要求63-67中任一项所述的修饰的细胞,其中,所述细胞是CD34+,任选地其中所述细胞是CD34+/CD90+、CD34+/CD38-、或CD34+/CD38-/CD90+或CD34+CD133+。
69.根据权利要求63-68中任一项所述的修饰的细胞,其中,所述细胞是人细胞。
70.根据权利要求63-69中任一项所述的修饰的细胞,其中,所述细胞从哺乳动物供体获得。
71.根据权利要求70所述的修饰的细胞,其中,所述哺乳动物供体是需要造血细胞移植(HCT)的受试者。
72.根据权利要求70所述的修饰的细胞,其中,所述哺乳动物供体是健康的供体。
73.根据权利要求70-72中任一项所述的修饰的细胞,其中,从所述哺乳动物供体获得的所述细胞被离体修饰。
74.根据权利要求63-73中任一项所述的修饰的细胞,其中,所述细胞表达所述修饰的CD117多肽,任选地,其中所述修饰的细胞瞬时表达所述修饰的CD117多肽。
75.根据权利要求74所述的修饰的细胞,其中,所述修饰的CD117多肽在所述细胞表面或所述细胞膜中表达。
76.根据权利要求63-75中任一项所述的修饰的细胞,其中,在存在抗CD117抗体的情况下,所述细胞能够增殖和/或存活。
77.根据权利要求76所述的修饰的细胞,其中,所述抗CD117抗体能够抑制仅表达所述野生型CD117的细胞的增殖和/或存活。
78.根据权利要求76或77所述的修饰的细胞,其中,所述抗CD117抗体选自由以下组成的组:JSP191、CDX-0159、AB85和FSI-174。
79.一种修饰细胞的方法,包括将根据权利要求55-58中任一项所述的核酸或根据权利要求59-62中任一项所述的载体引入至所述细胞中,任选地,其中所述细胞被瞬时修饰,并且任选地,其中所述方法用于制备用于对哺乳动物受试者进行造血细胞移植(HCT)的修饰的细胞。
80.根据权利要求79所述的方法,其中,所述核酸或载体通过转染、转导、感染、电穿孔或纳米孔技术被引入至所述细胞中。
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