JP2024504372A - 抗pd-l1モノクローナル抗体及びインターロイキン15(il-15)、インターロイキン15受容体15アルファまたはインターロイキン2との融合タンパク質 - Google Patents
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Abstract
本開示は、ペア形成してPD-L1に特異的に結合する抗原結合部位を形成することができる抗体の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを持つタンパク質を提供する。特定の実施形態では、タンパク質または抗原結合部位は抗体または、例えば、PD-L1/IL-2Rβ二機能性抗体のような二機能性抗体を形成する。提供されているのはまた、そのようなタンパク質を含む医薬組成物、そのようなタンパク質を使用するための治療方法、及びがんの治療のためのものを含むその医薬組成物である。
Description
配列表に関する記述
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、本明細書で参照によって本明細書に組み込まれる。配列表を含有するテキストファイルの名称は、300096_402WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。テキストファイルは220KBであり、2021年1月20日に作成され、EFS-Webを介して電子提出されている。
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、本明細書で参照によって本明細書に組み込まれる。配列表を含有するテキストファイルの名称は、300096_402WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。テキストファイルは220KBであり、2021年1月20日に作成され、EFS-Webを介して電子提出されている。
CD274またはB7ホモログ1(B7-H1)としても知られるPD-L1(プログラムされたデスリガンド1)は、PD-L1がT細胞上のPD-1に結合すると、IL-2産生とT細胞増殖のTCRが介在する活性化を阻害する1型膜貫通タンパク質である。抗PD-L1抗体はがんの治療のための治療薬として使用されている。しかしながら、腫瘍増殖をさらに効果的に調節するバイオ治療剤に対するニーズが依然として存在する。
本開示は、ペア形成してPD-L1に特異的に結合する抗原結合部位を形成することができる抗体の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを持つタンパク質を提供する。本開示のタンパク質または抗原結合部位は、抗体または二機能性抗体、例えば、PD-L1/IL-2Rβ二機能性抗体を形成してもよい。本開示のタンパク質または抗原結合部位は、がん性または感染性の状態及び障害を治療するまたは予防するために使用されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されているのは、配列番号3、11、19、33、52または63の相補性決定領域1(CDR1)配列と;配列番号4、12、20、34、41、53、または64の相補性決定領域2(CDR2)配列と;配列番号5、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、86、または89の相補性決定領域3(CDR3)配列とを含む重鎖可変ドメイン(VH);及び配列番号6、14、22、28、36、47、55、または66のCDR1配列と;配列番号7、15、23、29、37、42、48、56、60、または67のCDR2配列と;配列番号8、16、24、30、38、43、49、57、または68のCDR3配列とを含む軽鎖可変ドメイン(VL)を含むPD-L1に結合する抗原結合部位である。
いくつかの実施形態では、抗原結合部位は単鎖断片可変断片(scFv)、抗原結合断片(Fab)、抗体、または同様の抗原結合タンパク質に存在する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されているのは、
(a)PD-L1に結合する抗原結合部位であって、
(i)配列番号3、11、19、33、52、または63の相補性決定領域1(CDR1);配列番号4、12、20、34、41、53、または64の相補性決定領域2(CDR2);及び配列番号55、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、86、または89の相補性決定領域3(CDR3)とを含む重鎖可変ドメイン(VH)と;
(ii)配列番号6、14、22、28、36、47、55、または66のCDR1配列;配列番号7、15、23、29、37、42、48、56、60、または67のCDR2配列;及び配列番号8、16、24、30、38、43、49、57、または68のCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン(VL)とを含むPD-L1に結合する抗原結合部位と;
(b)インターロイキン-15(IL-15)ポリペプチド、インターロイキン-15受容体アルファ(IL-15Rα)ポリペプチド、野生型インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチド、または操作されたIL-2ポリペプチド、またはその機能的断片またはその変異型とを含む二機能性タンパク質である。
(a)PD-L1に結合する抗原結合部位であって、
(i)配列番号3、11、19、33、52、または63の相補性決定領域1(CDR1);配列番号4、12、20、34、41、53、または64の相補性決定領域2(CDR2);及び配列番号55、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、86、または89の相補性決定領域3(CDR3)とを含む重鎖可変ドメイン(VH)と;
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(b)インターロイキン-15(IL-15)ポリペプチド、インターロイキン-15受容体アルファ(IL-15Rα)ポリペプチド、野生型インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチド、または操作されたIL-2ポリペプチド、またはその機能的断片またはその変異型とを含む二機能性タンパク質である。
いくつかの態様では、本開示は疾患の治療をそれを必要とする対象にて行う方法を提供し、該方法は、治療有効量の抗原結合部位、タンパク質または抗体、二機能性タンパク質または抗体、またはその医薬組成物を対象に投与することを含む。特定の態様では、疾患はがんである。
本開示のこれら及び他の態様は、以下の詳細な説明及び添付の図面を参照することによって明らかになるであろう。本明細書に開示されたすべての参考文献は、あたかもそれぞれが個別に組み込まれたかのように、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
抗PD-L1抗体は有望な免疫療法であるが、腫瘍をさらに効果的に調節するためにバイオ治療剤を利用する必要性が残っている。IL-2及びIL-15のようなサイトカインを使用した免疫療法はがん治療に効果があることが示されている。したがって、PD-L1を標的とする抗体は、IL-2及びIL-15をさらに標的とする場合に有用な免疫調節であることが判明してもよい。本明細書で提供されているのは、新しい抗PD-L1抗体、scFv、及びFabポリペプチドである。加えて、本明細書で提供されているのは、(a)抗PD-L1抗体、scFv、またはFabポリペプチドと、(b)(i)IL-15、IL-15Rα、もしくは双方、または(ii)IL-2もしくはその操作されたその変異体とを含む二機能性融合タンパク質である。
本開示はヒトPD-L1に結合する抗原結合部位を提供する。これらの抗原結合部位はPD-L1の細胞外ドメインにおける種々のエピトープに結合することができる。そのような抗原結合部位を含有するタンパク質及びタンパク質複合体、例えば、抗体、二機能性抗体、抗体薬物複合体、免疫サイトカイン、及び二重特異性T細胞エンゲージャー、と同様にそのような抗原結合部位を含有するタンパク質(例えば、キメラ抗原受容体(CAR))を発現する免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞)はPD-L1に関連するがんのような疾患の治療に有用である。本開示はまた、そのようなタンパク質、タンパク質複合体、免疫エフェクター細胞を含む医薬組成物、と同様にがん治療を含むが、これらに限定されないそのようなタンパク質、タンパク質複合体、免疫エフェクター細胞、及び医薬組成物を使用するための治療法も提供する。本開示に記載されている抗原結合部位の種々の態様は以下のセクションに記載されている;しかしながら、本開示の特定のセクションに記載されている抗原結合部位の態様は、いかなる特定のセクションにも限定されるものとは見なされない。
定義
本開示をさらに詳細に説明する前に、本明細書で使用される特定の用語の定義を提供することが本開示の理解に役立ってもよい。さらなる定義はこの開示の全体を通して示されている。
本開示をさらに詳細に説明する前に、本明細書で使用される特定の用語の定義を提供することが本開示の理解に役立ってもよい。さらなる定義はこの開示の全体を通して示されている。
本明細書にて別途定義されない限り、科学用語及び技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別途要求されない限り、単数形の用語は、複数形の用語を含むものとし、複数形の用語は単数形の用語を含むものとする。
本発明の記載では、任意の濃度範囲、割合範囲、比率範囲または整数範囲は、特に指示されない限り、列挙される範囲内の任意の整数の値を含み、適切な場合、その分数(整数の1/10及び1/100など)を含むものと理解される。また、ポリマーサブユニット、サイズまたは厚さのような任意の物理的特徴に関して本明細書に記載されている任意の数値範囲は、別段の指示がない限り、記載された範囲内の任意の整数を含むものと理解されるべきである。本明細書で使用されるとき、「約」という用語は、別途指示のない限り、示された範囲、値、または構造の±20%を意味する。本明細書で使用されるとき「a」及び「an」という用語は、列挙された構成成分のうちの「1以上」を指すと理解すべきである。選択肢(例えば、「または」)の使用は、選択肢の一方、双方またはその任意の組み合わせのいずれかを意味することを理解すべきである。本明細書で使用されるとき、「含む(include)」、「有する(have)」及び「含む(comprise)」という用語は同義的に使用され、これらの用語及びその変形は、非限定的であると解釈されるように意図される。
「任意の」または「任意で」とは、続いて記載される要素、構成成分、事象または状況が発生しても発生しなくてもよく、その記載には、その要素、構成成分、事象、または状況が発生する事例と発生しない事例が含まれることを意味する。
加えて、本明細書に記載されている構造及びサブユニットの種々の組み合わせに由来する個々の構築物または構築物群は、あたかも各構築物または構築物群が個々に示されたのと同じ程度まで本出願によって開示されることを理解すべきである。したがって、特定の構造または特定のサブユニットの選択は、本開示の範囲内である。
「から本質的に成る(consisting essentially of」という用語は、「含む(comprising)」と同等ではなく、請求項の特定の材料もしくは工程、または請求項に記載された主題の基本的特徴に実質的に影響を与えないものを指す。例えば、タンパク質のドメイン、領域、またはモジュール(例えば、結合ドメイン、ヒンジ領域、またはリンカー)またはタンパク質(1以上のドメイン、領域、またはモジュールを有してもよい)は、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わせてドメイン、領域、モジュールまたはタンパク質の長さの多くても20%(例えば、多くても15%、10%、8%、6%、5%、4%、3%、2%または1%)に寄与し、ドメイン(複数可)、領域(複数可)、モジュール(複数可)またはタンパク質の活性(例えば、結合タンパク質の標的結合親和性)に実質的に影響を及ぼさない(すなわち、50%を超えて活性を低下させない、例えば、40%、30%、25%、15%、10%、5%または1%以下)伸長、欠失、突然変異、またはそれらの組み合わせ(例えば、アミノ末端またはカルボキシ末端またはドメイン間のアミノ酸)を含む場合、特定のアミノ酸配列「から本質的に成る」。
本明細書で使用されるとき、「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸、ならびに天然アミノ酸と同様の形で機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣体を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝暗号によってコードされるもの、と同様にそれらのアミノ酸が後で修飾されたもの、例えば、ヒドロキシプロリン、γ-カルボキシグルタメート及びO-ホスホセリンである。アミノ酸類似体とは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素と、カルボキシル基と、アミノ基と、R基に結合しているα炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾されたR基を有する(例えば、ノルロイシン)、または修飾されたペプチド主鎖を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持している。アミノ酸模倣体とは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様の形で機能する化合物を指す。
本明細書で使用されるとき、「突然変異」とは、それぞれ参照または野生型の核酸分子またはポリペプチド分子と比べて核酸分子またはポリペプチド分子の配列の変化を指す。突然変異は、ヌクレオチド(複数可)またはアミノ酸(複数可)の置換、挿入、または欠失を含む配列にいくつかの異なるタイプの変化を生じることができる。
「保存的置換」とは、特定のタンパク質の結合特性に大きな影響を与えない、または変化させないアミノ酸の置換を指す。一般に保存的アミノ酸置換は、置換されるアミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられる置換である。保存的置換には、次の群:1群:アラニン(AlaまたはA)、グリシン(GlyまたはG)、セリン(SerまたはS)、スレオニン(ThrまたはT);2群:アスパラギン酸(AspまたはD)、グルタミン酸(GluまたはZ);3群:アスパラギン(AsnまたはN)、グルタミン(GlnまたはQ);4群:アルギニン(ArgまたはR)、リジン(LysまたはK)、ヒスチジン(HisまたはH);5群:イソロイシン(IleまたはI)、ロイシン(LeuまたはL)、メチオニン(MetまたはM)、バリン(ValまたはV);6群:フェニルアラニン(PheまたはF)、チロシン(TyrまたはY)、トリプトファン(TrpまたはW)の1つに見られる置換が含まれる。さらに、または代わりに、アミノ酸は、類似の機能、化学構造、または組成(例えば、酸性、塩基性、脂肪族、芳香族、または硫黄含有)によって保存的置換群に分類することができる。例えば、脂肪族群には、置換の目的で、Gly、Ala、Val、Leu、及びIleが含まれてもよい。他の保存的置換群には、硫黄含有:Met及びシステイン(CysまたはC);酸性:Asp、Glu、Asn、及びGln;小さな脂肪族、非極性またはわずかに極性の残基:Ala、Ser、Thr、Pro、及びGly;極性の負に帯電した残基とそのアミド:Asp、Asn、Glu、及びGln;極性の正に荷電した残基:His、Arg、及びLys;大きな脂肪族、非極性残基:Met、Leu、Ile、Val、及びCys。大きな芳香族残基:Phe、Tyr、及びTrpが挙げられる。追加情報はCreighton,(1984),Proteins,W.H.Freeman and Companyに見いだすことができる。
本明細書で使用されるとき、「タンパク質」または「ポリペプチド」はアミノ酸残基のポリマーを指す。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸ポリマー、と同様に1以上のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工的な化学的模倣体であるアミノ酸ポリマーと、天然に存在しないアミノ酸ポリマーとに適用される。本開示のタンパク質、ペプチド、及びポリペプチドの変異体もまた企図される。特定の実施形態では、変異体のタンパク質、ペプチド、及びポリペプチドは、本明細書に記載されている定義されたまたは参照のアミノ酸配列のアミノ酸配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る。
本明細書で使用されるとき、「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」または「ポリ核酸」は、天然のサブユニット(例えば、プリン塩基またはピリミジン塩基)または非天然のサブユニット(例えば、モルホリン環)で構成され得る、共有結合したヌクレオチドを含むポリマー化合物を指す。プリン塩基にはアデニン、グアニン、ヒポキサンチン、及びキサンチンが含まれ、ピリミジン塩基にはウラシル、チミン、及びシトシンが含まれる。核酸分子には、mRNA、マイクロRNA、siRNA、ウイルスゲノムRNA、及び合成RNAを含むポリリボ核酸(RNA)と、cDNA、ゲノムDNA、及び合成DNAを含むポリデオキシリボ核酸(DNA)とが含まれ、いずれも一本鎖または二本鎖であってもよい。一本鎖の場合、核酸分子はコード鎖であっても非コード(アンチセンス)鎖であってもよい。アミノ酸配列をコードする核酸分子には、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列が含まれる。ヌクレオチド配列の一部のバージョンには、同時転写時または転写後のメカニズムを介してイントロン(複数可)が除去される範囲でイントロン(複数可)が含まれてもよい。言い換えれば、異なるヌクレオチド配列は、遺伝暗号の冗長性または縮重の結果として、またはスプライシングによって、同じアミノ酸配列をコードしてもよい。
本開示の核酸分子の変異体もまた企図される。変異体核酸分子は、本明細書に記載されているような定義されたポリヌクレオチドもしくは参照ポリヌクレオチドの核酸分子と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%同一であり、好ましくは95%、96%、97%、98%、99%、または99.9%同一である、または約65~68℃で0.015M塩化ナトリウム、0.0015Mクエン酸ナトリウム、または約42℃で0.015M塩化ナトリウム、0.0015Mクエン酸ナトリウム、及び50%ホルムアミドのストリンジェントなハイブリッド形成条件下にてポリヌクレオチドとハイブリッド形成するものである。核酸分子変異体は、標的分子との結合のような本明細書に記載されている機能性を有するその結合ドメインをコードする能力を保持している。
本明細書で使用されるとき、「配列同一性パーセント」とは、配列を比較することによって決定されるような、2以上の配列間の関係を指す。配列同一性を決定するための好ましい方法は、比較される配列間で最良の一致が得られるように設計される。例えば、配列を、最適な比較目的のために整列させる(例えば、最適な整列のために第1及び第2のアミノ酸配列または核酸配列の一方または双方にギャップを導入することができる)。さらに、非相同配列は比較の目的で無視されてもよい。本明細書で参照される配列同一性パーセントは、別段の指示がない限り、参照配列の長さにわたって計算される。配列の同一性と類似性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータープログラムで見つけることができる。配列アラインメント及び同一性パーセントの計算は、BLASTプログラム(例えば、BLAST2.0、BLASTP、BLASTN、またはBLASTX)を使用して実行されてもよい。BLASTプログラムで使用される数学的アルゴリズムは、Altschul et al.,Nucleic Acids Res.25:3389-3402,1997に見いだすことができる。本開示の文脈内では、配列分析ソフトウェアが分析に使用される場合、分析の結果は参照されるプログラムの「初期設定値」に基づくことが理解されるであろう。「初期設定値」とは、最初に初期化されたときにソフトウェアと共に元々ロードされる値またはパラメーターのセットを意味する。
「単離される」という用語は、材料がその元の環境(例えば、それが天然に存在する場合には自然環境)から取りだされることを意味する。例えば、生きている動物に存在する天然に存在する核酸またはポリペプチドは単離されていないが、自然系の共存物質の一部またはすべてから分離された同じ核酸またはポリペプチドは単離されている。そのような核酸はベクターの一部であってもよく、及び/またはそのような核酸またはポリペプチドは組成物(例えば、細胞溶解物)の一部であってもよく、そのようなベクターまたは組成物が核酸またはポリペプチドについて自然環境の一部ではないという点で依然として単離されていてもよい。
「機能的変異体」とは、本開示の親化合物または参照化合物と構造的に類似している、または実質的に構造的に類似しているが、組成がわずかに異なる(例えば、1つの塩基、原子または官能基が異なっている、付加されている、または除去される)ので、ポリペプチドまたはコードされたポリペプチドは親ポリペプチドの活性の少なくとも50%の効率、好ましくは少なくとも55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%、または100%レベルで親ポリペプチドの少なくとも1つの機能を実行することができる。言い換えれば、本開示のポリペプチドまたはコードされたポリペプチドの機能的変異体は、例えば、結合親和性を測定するためのアッセイ(例えば、会合(Ka)定数または解離(KD)定数を測定するBiacore(登録商標)または四量体染色)のような親ポリペプチドまたは参照ポリペプチドと比較する選択されたアッセイにて性能の50%以下の低下を示さない場合、「同様の結合」、「同様の親和性」または「同様の活性」を有する。
本明細書で使用されるとき、「機能的部分」または「機能的断片」とは、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片のみを含むポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、該ポリペプチドまたはコードされたポリペプチドは、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片と関連する少なくとも50%の活性、好ましくは親ポリペプチドの活性の少なくとも55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%、または100%のレベルを保持する、または生物学的利益(例えば、エフェクター機能)を提供する。本開示のポリペプチドまたはコードされたポリペプチドの「機能的部分」または「機能的断片」は、機能的部分または機能的断片が親ポリペプチドまたは参照ポリペプチドと比べて、選択されたアッセイにて性能の50%以下(親和性に関して親または参照と比べて、好ましくは20%または10%以下、または対数差以下)の低下を示す場合、「同様の結合」または「同様の活性」を有する。
本明細書で使用されるとき、「操作された」、「組換え」、または「非天然」という用語は、少なくとも1つの遺伝子改変を含むか、または外来性もしくは異種の核酸分子の導入によって修飾されている生物、微生物、細胞、核酸分子、またはベクターを指し、その際、そのような改変または修飾は遺伝子操作(すなわち、ヒトの介入)によって導入される。遺伝子改変には、例えば、機能的RNA、タンパク質、融合タンパク質もしくは酵素をコードする発現可能な核酸分子を導入する修飾、または他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝物質の他の機能的破壊が含まれる。追加の修飾には、例えば、修飾によってポリヌクレオチド、遺伝子、またはオペロンの発現が変化する非コード調節領域が含まれる。
本明細書で使用されるとき、「異種」または「非内在性」または「外来性」とは、宿主細胞もしくは対象に本来備わっていない任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子もしくは活性、または改変されている宿主細胞もしくは対象に固有の任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。異種、非内在性、または外来性には、構造、活性、またはその双方が天然の遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子と改変されたそれとの間で異なるように変異させているまたは改変されている遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子が含まれる。特定の実施形態では、異種の、非内在性、または外来性の遺伝子、タンパク質、または核酸分子(例えば、受容体、リガンドなど)は、宿主細胞または対象にとって内在性でなくてもよいが、その代わりに、そのような遺伝子、タンパク質、または核酸分子をコードする核酸は、結合、形質転換、形質移入、エレクトロポレーションなどによって宿主細胞に加えられていてもよく、加えられた核酸分子は宿主細胞のゲノムに組み込まれてもよく、または染色体外遺伝物質として存在することができる(例えば、プラスミドまたは他の自己複製ベクターとして)。「相同な」または「ホモログ」という用語は、宿主細胞、種または株にて見いだされる、またはそれらに由来する遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。例えば、ポリペプチドをコードする異種または外来性のポリヌクレオチドまたは遺伝子は、天然のポリヌクレオチドまたは遺伝子と相同であってもよく、相同のポリペプチドまたは活性をコードしてもよいが、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは改変された構造、配列、発現レベル、またはそれらの任意の組み合わせを有してもよい。非内在性のポリヌクレオチドまたは遺伝子、と同様にコードされたポリペプチドまたは活性は、同じ種、異なる種、またはそれらの組み合わせに由来してもよい。
特定の実施形態では、宿主細胞に固有の核酸分子またはその一部は、改変されているまたは変異させている場合には宿主細胞にとって異種であるとみなされるであろう、または宿主細胞に固有の核酸分子は、それが異種発現制御配列によって改変されている、もしくは宿主細胞本来の核酸分子に通常は関連付けられていない内在性発現制御配列によって改変されている場合には異種であると見なされてもよい。加えて、「異種」という用語は、宿主細胞とは異なる、変化する、または内在性ではない生物活性を指すことができる。本明細書に記載されているように、1を超える異種核酸分子は、別個の核酸分子として、複数の個別に制御される遺伝子として、ポリシストロン性核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはそれらの組み合わせとして宿主細胞に導入することができる。
本明細書で使用されるとき「内在性」または「天然」という用語は、宿主細胞または対象に通常存在するポリヌクレオチド、遺伝子、タンパク質、化合物、分子、または活性を指す。
本明細書で使用されるとき「発現」という用語は、遺伝子のような核酸分子のコード配列に基づいてポリペプチドが生成されるプロセスを指す。このプロセスには、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはそれらの任意の組み合わせが含まれてもよい。発現される核酸分子は通常、発現制御配列(例えば、プロモーター)に操作可能に連結される。
「操作可能に連結される」という用語は、一方の機能が他方の機能によって影響を受けるように、単一の核酸断片上で2以上の核酸分子が結合することを指す。例えば、プロモーターは、そのコード配列の発現に影響を与えることができる場合(すなわち、コード配列がプロモーターの転写制御下にある場合)、コード配列と操作可能に連結されている。「連結されていない」とは、関連する遺伝要素が互いに密接に結合されておらず、一方の機能が他方に影響を及ぼさないことを意味する。
本明細書に記載されているように、1を超える異種核酸分子は、別個の核酸分子として、複数の個別に制御される遺伝子として、ポリシストロン性核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはそれらの組み合わせとして宿主細胞に導入することができる。2以上の異種核酸分子が宿主細胞に導入される場合、2以上の異種核酸分子は、別々のベクター上で単一の核酸分子として(例えば、単一のベクター上で)、別々のベクター上で導入することができ、単一部位または複数部位にて宿主染色体に組み込むことができ、またはそれらの任意の組み合わせで導入することができる。参照される異種核酸分子またはタンパク質活性の数は、宿主細胞に導入された別個の核酸分子の数ではなく、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指す。
「構築物」という用語は、組換え核酸分子(または文脈が明確に示す場合には、本開示の融合タンパク質)を含有する任意のポリヌクレオチドを指す。(ポリヌクレオチド)構築物はベクター(例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター)中に存在してもよく、またはゲノムに組み込まれてもよい。「ベクター」とは、別の核酸分子を輸送することができる核酸分子である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス、RNAベクター、または染色体、非染色体、半合成もしくは合成の核酸分子を含んでもよい直鎖もしくは環状のDNAもしくはRNA分子であってもよい。本開示のベクターにはトランスポゾン系(例えば、Sleeping Beauty,例えば、Geurts et al.,Mol.Ther.8:108,2003:Mates et al.,Nat.Genet.41:753,2009)も含まれる。例示的なベクターは、自律複製できるもの(エピソーマルベクター)、ポリヌクレオチドを細胞ゲノムに送達できるもの(例えば、ウイルスベクター)、またはそれらが連結されている核酸分子を発現させることができるもの(発現ベクター)である。
本明細書で使用されるとき、「発現ベクター」とは、好適な宿主にて核酸分子の発現をもたらすことができる好適な制御配列に操作可能に連結される核酸分子を含有するDNA構築物を指す。そのような制御配列には、転写をもたらすプロモーター、そのような転写を制御する任意のオペレーター配列、好適なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写及び翻訳の終結を制御する配列が挙げられる。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単に潜在的なゲノム挿入物であってもよい。好適な宿主に形質転換されると、ベクターは複製して宿主ゲノムとは独立して機能してもよく、または場合によっては、ゲノム自体に組み込んでもよく、もしくはベクター配列を伴わずにベクターに含有されるポリヌクレオチドをゲノムに送達してもよい。本明細書では、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」及び「ベクター」は相互交換可能に使用されることが多い。
核酸分子を細胞に挿入する文脈における「導入された」という用語は、「形質移入」、「形質転換」、または「形質導入」を意味し、真核細胞または原核細胞への核酸分子の組み込みへの言及を含み、その際、核酸分子は、細胞のゲノム(例えば、染色体、プラスミド、プラスチド、またはミトコンドリアDNA)に組み込まれ、自律レプリコンに変換され、または一時的に発現されてもよい(例えば、形質移入されたmRNA)。
特定の実施形態では、本開示のポリヌクレオチドはベクターの特定の要素に操作可能に連結されてもよい。例えば、連結されるコード配列の発現及びプロセシングに影響を与えるのに必要なポリヌクレオチド配列は、操作可能に連結されてもよい。発現制御配列には、適切な転写開始配列、終結配列、プロモーター及びエンハンサー配列;スプライシングシグナル及びポリアデニル化シグナルのような効率的なRNAプロセシングシグナル;細胞質mRNAを安定させる配列;翻訳効率を高める配列(例えば、コザックコンセンサス配列);タンパク質の安定性を高める配列;及びタンパク質の分泌を高める考えられる配列が挙げられてもよい。発現制御配列は、目的の遺伝子と連続している場合には操作可能に連結されてもよく、目的の遺伝子を制御するためにトランスでまたは離れた位置で作用する発現制御配列であってもよい。
特定の実施形態では、ベクターは、プラスミドベクターまたはウイルスベクター(例えば、レンチウイルスベクターまたはγ-レトロウイルスベクター)を含む。ウイルスベクターには、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス(例えば、アデノ随伴ウイルス)、コロナウイルス、オルトミクソウイルス(例えば、インフルエンザウイルス)、ラブドウイルス(狂犬病及び水疱性口内炎ウイルス)、パラミクソウイルス(例えば、麻疹、センダイ)のようなマイナス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス及びアルファウイルスのようなプラス鎖RNAウイルス、ならびにアデノウイルス、ヘルペスウイルス(単純ヘルペスウイルス1型及び2型、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス)、及びポックスウイルス(例えば、ワクシニア、鶏痘、及びカナリア痘)のような二本鎖DNAウイルスが挙げられる。他のウイルスには、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、及び肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例には、鳥白血病肉腫、哺乳類のC型ウイルス、B型ウイルス、D型ウイルス、HTLV-BLV群、レンチウイルス、スプマウイルス(Coffin,J.M.,Retroviridae:The viruses and their replication,In Fundamental Virology,Third Edition,B.N.Fields et al.,Eds.,Lippincott-Raven Publishers,Philadelphia,1996)が挙げられる。
「レトロウイルス」は、逆転写酵素を使用してDNAに逆転写されるRNAゲノムを有するウイルスであり、その後、逆転写されたDNAは宿主細胞ゲノムに組み込まれる。「ガンマレトロウイルス」とはレトロウイルス科の属を指す。ガンマレトロウイルスの例には、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、及び鳥網内皮症ウイルスが挙げられる。
「レンチウイルスベクター」には、遺伝子送達のためのHIVベースのレンチウイルスベクターが挙げられ、これは組み込み型または非組み込み型であり、比較的大きなパッケージング能力を有することができ、種々の異なる細胞型に形質導入することができる。レンチウイルスベクターはふつう、3つ(パッケージング、エンベロープ、トランスファー)またはそれ以上のプラスミドを生産株細胞に一時的に形質移入した後に生成される。HIVと同様に、レンチウイルスベクターは、ウイルス表面の糖タンパク質と細胞表面の受容体との相互作用を介して標的細胞に侵入する。侵入すると、ウイルスRNAはウイルス逆転写酵素複合体が介在する逆転写を受ける。逆転写の産物は二本鎖線状ウイルスDNAあり、これは感染細胞のDNAへのウイルス組み込みの基質である。
特定の実施形態では、ウイルスベクターはガンマレトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MLV)由来ベクターであることができる。他の実施形態では、ウイルスベクターは、さらに複雑なレトロウイルス由来ベクター、例えばレンチウイルス由来ベクターであることができる。HIV-1由来のベクターはこのカテゴリーに属する。他の例には、HIV-2、FIV、ウマ伝染性貧血ウイルス、SIV、及びMaedi-Visnaウイルス(ヒツジレンチウイルス)由来のレンチウイルスベクターが挙げられる。導入遺伝子を含有するウイルス粒子で哺乳類宿主細胞に形質導入するためにレトロウイルス及びレンチウイルスのウイルスベクター及びパッケージング細胞を使用する方法は当該技術分野で既知であり、例えば、米国特許第8,119,772号;Walchli et al.,PLoS One,6:327930,2011;Zhao et al.,J.Immunol.174:4415,2005;Engels et al.,Hum.Gene Ther.14:1155,2003;Frecha et al.,Mol.Ther.18:1748,2010;及びVerhoeyen et al.,Methods Mol.Biol.506:97,2009に以前記載されている。レトロウイルス及びレンチウイルスのベクター構築物及び発現システムも市販されている。例えば、アデノウイルスに基づくベクター及びアデノ随伴ウイルス(AAV)に基づくベクターを含むDNAウイルスベクターを含む他のウイルスベクター;アンプリコンベクター、複製欠損HSV及び弱毒化HSVを含む、単純ヘルペスウイルス(HSV)由来のベクター(Krisky et al.,Gene Ther.5:1517,1998)もポリヌクレオチド送達に使用することができる。
本開示の組成物及び方法と共に使用できる他のベクターには、バキュロウイルス及びαウイルス(Jolly,D J.1999.Emerging Viral Vectors.pp.209-40 in Friedmann T.ed.The Development of Human Gene Therapy.New York:Cold Spring Harbor Lab)またはプラスミドベクター(例えば、Sleeping beautyや他のトランスポゾンベクター)に由来するベクターが挙げられる。
ウイルスベクターゲノムが宿主細胞内で別個の転写物として発現される複数のポリヌクレオチドを含む場合、ウイルスベクターはまた、バイシストロン性またはマルチシストロン性の発現を可能にする2つ(またはそれ以上)の転写物の間に追加の配列も含んでもよい。ウイルスベクターで使用されるそのような配列の例には、内部リボソーム侵入部位(IRES)、フリン切断部位、ウイルス2Aペプチド、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
本明細書で使用されるとき「宿主」という用語は、目的のポリペプチド(例えば、本開示の抗体)を産生するための異種核酸分子による遺伝子操作の標的となる細胞または微生物を指す。
宿主細胞には、ベクターもしくは核酸の組み込みを受容してもよい、またはタンパク質を発現してもよい任意の個々の細胞または細胞培養物が挙げられてもよい。該用語はまた、遺伝的にまたは表現型が同じであるか、または異なるかにかかわらず、宿主細胞の子孫も包含する。好適な宿主細胞はベクターに依存してもよく、それには哺乳類細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、及び細菌細胞が挙げられてもよい。これらの細胞は、ウイルスベクターの使用、リン酸カルシウム沈殿、DEAE-デキストラン、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、または他の方法を介した形質転換によって、ベクターまたは他の物質を組み込むように誘導されてもよい。例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989),page 9.51を参照のこと。
本明細書で使用されるとき「抗原」または「Ag」は免疫応答を引き起こす免疫原性分子を指す。この免疫応答には、抗体産生、特定の免疫担当細胞の活性化、補体の活性化、抗体依存性細胞傷害性、またはそれらの任意の組み合わせが関与してもよい。抗原(免疫原性分子)は、例えば、ペプチド、糖ペプチド、ポリペプチド、糖ポリペプチド、ポリヌクレオチド、多糖、脂質等であってもよい。抗原は合成することができ、組換え生産することができ、または生体試料に由来することができることは容易に明らかである。1以上の抗原を含有することができる例示的な生物試料には、組織試料、糞便試料、細胞、体液、またはそれらの組み合わせが挙げられる。抗原は、抗原を発現するように修飾または遺伝子操作されている細胞によって作り出すことができる。
「エピトープ」または「抗原性エピトープ」という用語には、免疫グロブリン、または他の結合分子、ドメイン、もしくはタンパク質のような同族結合分子によって認識され、特異的に結合される任意の分子、構造、アミノ酸配列、またはタンパク質決定基が含まれる。エピトープ決定基は一般に、アミノ酸または糖側鎖のような分子の化学的に活性がある表面分類を含有し、特定の三次元構造特性と同様に特定の電荷特性を有する。抗原がペプチドまたはタンパク質である、またはそれらを含む場合、エピトープは連続したアミノ酸(例えば、線状エピトープ)から構成され得る、またはタンパク質のフォールディングによって近接したタンパク質の異なる部分または領域由来のアミノ酸から構成され得る(例えば、不連続または立体構造のエピトープ)、またはタンパク質のフォールディングに関係なく近接している非連続アミノ酸から構成され得る。
「抗原結合部位」または「抗原結合部分」という用語は、本明細書では相互交換可能に使用され、抗原及び/またはエピトープへの結合に関与する抗体及び/または免疫グロブリン分子の一部を指す。ヒト抗体では、抗原結合部位は、重(「H」)鎖及び軽(「L」)鎖のN末端可変(「V」)領域のアミノ酸残基によって形成される。「超可変領域」は、相対的に保存された隣接区間である「フレームワーク領域」(「FR」)間に差し挟まれた、重鎖及び軽鎖のV領域内の3つの高度に多様性の区間である。「FR」という用語は、免疫グロブリン内の超可変領域間、及びそれに隣接して天然に見いだされるアミノ酸配列を指す。ヒト抗体分子では、軽鎖の3つの超可変領域及び重鎖の3つの超可変領域は、三次元空間にて互いに相対的に配置されて、抗原結合表面を形成する。抗原結合表面は、結合した抗原の三次元表面に相補性である。重鎖(「H」)及び軽鎖(「L」)のそれぞれの3つの超可変領域は「相補性決定領域」または「CDR」と呼ばれる。抗原結合部位は、インタクトな抗体に、抗原結合表面を保持する抗体の抗原結合断片に、またはペプチドリンカーを使用して単一ポリペプチドにて重鎖可変ドメインを軽鎖可変ドメインに接続するscFvのような組換えポリペプチドに存在することができる。抗原結合部位は、抗体軽鎖可変領域(VL)及び抗体重鎖可変領域(VH)を含むことができる。
「抗体」という用語は、本明細書で使用されるとき、それらが所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体、二機能性抗体)、抗体融合タンパク質、操作したタンパク質におけるヘテロ二量体についての抗体、及び抗体断片を含むが、これらに限定されない、種々の抗体構造を包含する。
「抗体断片」とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外のポリペプチドまたはタンパク質を指す。抗体断片の例には、Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2;ダイアボディ;線状抗体;単鎖抗体分子(例えば、scFv)、及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
CDR及びフレームワーク領域の番号付けは、Kabat、Chothia、EU、IMGT、及びAHoの番号付けスキームのような任意の既知の方法またはスキームに従ってもよい(例えば、Kabat et al.,”Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept.Health and Human Services,Public Health Service National Institutes of Health,1991,5th ed.;Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987));Lefranc et al.,Dev.Comp.Immunol.27:55,2003;Honegger and Pluckthun,J.Mol.Bio.309:657-670(2001)を参照のこと)。抗原受容体番号付け及び受容体分類(ANARCI)ソフトウエアツール(2016、Bioinformatics,15:298-300)を使用して同等の残基位置に注釈を付けることができ、異なる分子を比較できる。抗原結合部位のCDRは、上記のKabat、Chothia、EU、IMGT、及びAHoのような既知の方法に従って決定することができる。これらの定義のもとで決定されたCDRには通常、互いに対して比較した場合のアミノ酸残基の重複またはサブセットも含まれる。抗体の重鎖CDRと軽鎖CDRは異なる番号付け規則を使用して定義することができる。例えば、特定の実施形態では、重鎖CDRはChothia(前出)に従って定義され、軽鎖CDRはKabat(前出)に従って定義される。CDRH1、CDRH2、及びCDRH3は重鎖CDRを示し、CDRL1、CDRL2、及びCDRL3は軽鎖CDRを示す。
本明細書で使用されるとき、PD-L1(ヒトでは「プログラムされた死リガンド1」またはCD274としても知られる)は、UniProt受入番号Q0GN75(ヒト)のタンパク質及び関連するアイソフォーム及びオルソログを指す。
本明細書で使用されるとき「置換」または「残基置換」という用語は天然または野生型の残基を異なる残基で置換することを指す。
「親和性」は、分子の単一の結合部位(例えば、リガンド、抗体、scFv)とその結合パートナー(例えば、受容体、抗原、エピトープ)の間の非共有結合性の相互作用の合計の強さを指す。別途指示のない限り、本明細書で使用されるとき、「結合親和性」は、結合ペアのメンバー(例えば、受容体及びリガンド)間の1:1相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子XのそのパートナーYに対する親和性は一般に、解離定数(KD)で表すことができ、これは解離速度定数及び会合速度定数(それぞれ、koff及びkon)の比である。従って、速度定数の比が同じままである限り、同等の親和性は、異なる速度定数を含んでもよい。親和性は、本明細書に記載されているものを含む、当業者らに既知の方法により測定することができる。
本明細書で使用されるとき「Fcドメイン」または「Fc領域」は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のC末端領域に由来するポリペプチドを指す。この用語は天然配列Fc領域を有するポリペプチド、またはその変異体を含む。IgG重鎖のFc領域の境界はわずかに異なることがあるが、ヒトIgG重鎖Fc領域は通常、Cys226またはPro230から重鎖のカルボキシル末端まで伸びると定義されている。しかし、Fc領域のC末端リジン(Lys447)があっても、なくてもよい。Fc領域の例は、米国特許第7,317,091号、米国特許第8,735,545号、米国特許第7,371,826号、米国特許第7,670,600号、及びUS9,803,023に開示され、これらは全て、全体が参照によって組み込まれる。
「免疫グロブリン」は抗体の構造を有するタンパク質を指す。一例として、IgGクラスの免疫グロブリンは、2つの軽鎖及び2つの重鎖がジスルフィド結合によって連結されているヘテロ四量体糖タンパク質である。N末端からC末端に、重鎖はそれぞれ、可変重鎖ドメインまたは重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域(VH)とそれに続く、重鎖定常領域とも呼ばれる3つの定常ドメイン(CH1、CH2、及びCH3)を有する。同様に、N末端からC末端に、軽鎖は、それぞれ、可変軽鎖ドメインまたは軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域(VL)とそれに続く、軽鎖定常領域とも呼ばれる定常軽鎖(CL)ドメインを有する。免疫グロブリンの重鎖は、α(IgA)、δ(IgD)、ε(IgE)、γ(IgG)、またはμ(IgM)と呼ばれる5つのクラスのうちの1つに割り当てられてもよく、これらのうちのいくつかはさらに、サブクラス、例えば、γ1(IgG1)、γ2(IgG2)、γ3(IgG3)、γ4(IgG4)、α1(IgA1)、及びα2(IgA2)に分けられてもよい。免疫グロブリンの軽鎖は定常ドメインの配列に基づいて、カッパ(κ)及びラムダ(λ)と呼ばれる2つのタイプのうちの1つに割り当てられてもよい。免疫グロブリンは、免疫グロブリンヒンジ領域を介して連結された2つのFab分子及びFcドメインを含む。
「Fab分子」または「抗原結合断片」は、軽鎖の可変ドメイン及び定常ドメイン、ならびに重鎖の可変ドメイン及びCH1ドメインを含む抗体の抗原結合断片である。
「単鎖可変ドメイン」または「scFv」は、リンカーペプチドで連結される重鎖及び軽鎖の可変領域を含む抗原結合部分を指す。
「二重特異性抗体」、「二機能性タンパク質」、及び「二機能性抗体」は、本開示全体を通して相互交換可能に使用され、2つの異なる抗原結合部位を持つ人工抗体及び/または少なくとも1つの抗原結合部位と少なくとも1つの機能ドメインを含む抗体融合タンパク質を指す。二重特異性抗体は、2つの異なる抗原結合部位を持つ完全な免疫グロブリンタンパク質を指すことができ、または2つのFabもしくは2つのscFvを含む融合タンパク質のような2つの抗原結合部分を有する他の分子を指すことができる。特定の実施形態では、二機能性タンパク質及び/または二機能性抗体は、1以上の機能ドメインを含むタンパク質、融合タンパク質、及び/またはヘテロ二量体タンパク質のペアを指すことができる。機能ドメインの例には、抗原結合部位、抗体断片(例えば、Fab、scFvなど)、抗体重鎖及び軽鎖、サイトカイン(例えば、IL-2、IL-15)が挙げられる。二機能性タンパク質または二機能性抗体は、サイトカインのような非抗体ポリペプチドとの融合を含む抗体を指すことができる。例えば、二機能性タンパク質は、抗体重鎖及び軽鎖が含むことができ、重鎖定常領域は、IL-2、操作されたIL-2、IL-15、操作されたIL-15、IL-15受容体、または操作されたIL-15受容体、またはその機能的断片に融合される。加えて、二機能性タンパク質は、抗体重鎖及び軽鎖を含むことができ、重鎖定常領域は、抗原結合部位を含まないポリペプチドまたはタンパク質とヘテロ二量体を形成することができる。例えば、二機能性タンパク質は、重鎖、軽鎖、及び抗体重鎖のFcドメインとヘテロ二量体を形成することができる抗体Fcドメインを含むIL-2または改変IL-2融合タンパク質を含むことができる。
「免疫応答を調節すること」は、Tエフェクター細胞応答の増加(例えば、腫瘍細胞及びウイルス感染細胞に対する細胞傷害性)、B細胞活性化の増加、リンパ球活性化及び増殖の回復、IL-2受容体の発現の増加、T細胞応答性の増加、ナチュラルキラー細胞活性またはリンホカイン活性化キラー(LAK)細胞活性の増加、他のT細胞に対する制御性T細胞応答の減少などのうち1以上を含んでもよい。
「治療」、「治療すること」または「改善すること」は、対象(例えば、患者)の状態、疾患、または障害の医学的管理を指し、これは治療的であってもよく、1以上の症状の軽減をもたらし、腫瘍のサイズ及び/または重症度の軽減をもたらし、腫瘍の測定可能な増殖もしくは症状の発症を抑制してもよく、またはそれらの任意の組み合わせであってもよい。
「有効量」または「治療有効量」は、免疫調節及び/または抗がん効果のような所望の生理学的変化を提供する治療剤の量を指してもよい。所望の生理学的変化は、例えば、疾患の症状の減少、または疾患の重症度の低下であってもよく、または疾患の進行の軽減であってもよい。がんに関しては、所望の生理学的変化は、例えば、腫瘍退縮、腫瘍進行速度の低減、がんバイオマーカーのレベルの低下、がんに関連する症状の軽減、転移の防止もしくは遅延、または臨床的寛解を含んでもよい。
本明細書で使用されるとき、「阻害する」という用語は特定の活性(例えば、免疫抑制または腫瘍増殖)の低下を指す。特に指定のない限り、本明細書に開示されている、または当該技術分野で知られている方法によって測定されるとき、活性が少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%、99%、または100%低下していれば、その活性は阻害されたと見なすことができる。
「がん抗原」はがん細胞によって優先的に発現される分子を指す。がん抗原の例には、CD19、CD20、ROR1、線維芽細胞活性化タンパク質α、及びがん胎児性抗原(CEA)が挙げられる。
「腫瘍微小環境阻害剤」は、腫瘍成長を促進する、及び腫瘍周囲の局所環境中に存在する1以上の状態または細胞型を抑制する薬剤を指す。例えば、ベバシズマブは、腫瘍微小環境における血管新生を低減させることによって腫瘍微小環境を抑制することができる。
本開示で使用される組み換えDNA、分子クローニング、及び遺伝子発現の手法は当該技術分野で既知であり、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,3rd Ed.,Cold Spring Harbor Laboratory,New York,2001、及びAusubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Baltimore,MD,1999のような参考文献に記載されている。
さらなる定義は詳細な説明の全体を通して提供されている。
PD-L1に結合する抗原結合部位
一態様では、本出願はPD-L1(例えば、ヒトPD-L1)に結合する抗原結合部位を提供する。CDR、VH、VL、及びscFv配列のような抗原結合部位内でまたはそれらに対する抗原結合部位として使用できる配列の例を表1に列挙する。アミノ酸位置及びCDR配列はIMGT番号付けスキームに従って特定されている。
一態様では、本出願はPD-L1(例えば、ヒトPD-L1)に結合する抗原結合部位を提供する。CDR、VH、VL、及びscFv配列のような抗原結合部位内でまたはそれらに対する抗原結合部位として使用できる配列の例を表1に列挙する。アミノ酸位置及びCDR配列はIMGT番号付けスキームに従って特定されている。
特定の実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位は、配列番号11、3、19、33、52または63の相補性決定領域1(CDR1)の配列と;配列番号12、4、20、34、41、53、または64の相補性決定領域2(CDR2)の配列と;配列番号89、5、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、または86の相補性決定領域3(CDR3)の配列とを含む抗体の重鎖可変ドメイン(VH);及び配列番号47、6、14、22、28、36、55、または66のCDR1配列と;配列番号48、7、15、23、29、37、42、56、60、または67のCDR2配列と;配列番号49、8、16、24、30、38、43、57、または68のCDR3配列とを含む軽鎖可変ドメイン(VL)を含む。
特定の実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位は、表1に開示されている抗体のVHと少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメイン(VH)、及び、表1に開示されている同じ抗体のVLと少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメイン(VL)を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、IMGTシステム、EUシステム、Kabatシステム(Kabat et al.,(1991),Sequences of Proteins of Immunological Interest、NIH Publication,No.91-3242、Bethesda)、Chothiaシステム(例えば、Chothia C & Lesk A M,(1987),J.Mol.Biol.196:901-917),MacCallum(MacCallum,R M.et al.,(1996),J.Mol.Biol.262:732-745を参照)、または当該技術分野で公知の他の任意のCDR決定方法の下で決定される、表1に開示されている抗体のVH配列及びVL配列の重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、表1に開示されている抗体の重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP164-F04に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号1のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVH、及び配列番号2と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号1及び2のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定方法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号3、4、及び5のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号6、7、及び8のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号3、4、及び5のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号6、7、及び8のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP170-E06に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号9のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号10と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号9及び10のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される、重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び13のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号14、15、及び16のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び13のアミノ酸配列を含むVHと;(b)それぞれ配列番号14、15、及び16のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP161-G08に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号17のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号18と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号17及び18のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号19、20、及び21のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号22、23、及び24のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号19、20、及び21のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号22、23、及び24のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP161-F08に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号25のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号26と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号25及び26のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号19、20、及び27のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号28、29、及び30のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号19、20、及び27のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号28、29、及び30のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP161-F04に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号31のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号32と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号31及び32のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号33、34、及び35のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号36、37、及び38のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号33、34、及び35のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号36、37、及び38のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP280-E04に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号39のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号40と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号39及び40のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号3、41、及び5のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号6、42、及び43のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号3、41、及び5のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号6、42、及び43のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP171-H02に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号44のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号45と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号44及び45のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び46のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び46のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP173-H11に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号50のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号51と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号50及び51のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号52、53、及び54のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号55、56、及び57のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号52、53、及び54のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号55、56、及び57のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP172-F10に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号58のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号59と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号58及び59のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び46のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、60、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び46のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、60、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2018EP280-E01に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号61のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号62と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号61及び62のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号63、64、及び65のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号66、67、及び68のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号63、64、及び65のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号66、67、及び68のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-E02に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号69のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号70と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号69及び70のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される、重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び71のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び71のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-E10に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号72のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号73と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号72及び73のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び74のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び74のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-C05に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号75のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号76と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号75及び76のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び77のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び77のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-F02に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号78のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号79と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号78及び79のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び80のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び80のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-B01に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号81のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号82と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号81及び82のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び83のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び83のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-H10に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号84のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号85と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号84及び85のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び86のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び86のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は2019EP69-F03に由来する。例えば、特定の実施形態では、本出願に記載されている抗原結合部位は、配列番号87のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号88と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、それぞれ配列番号87及び88のVH配列及びVL配列の、IMGT、EU、Kabat、Chothia、MacCallum、または当該技術分野で既知の任意の他のCDR決定法のもとで決定される、重鎖CDR1、CDR2、及びCDR3、ならびに軽鎖CDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VHは、それぞれ配列番号11、12、及び89のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)それぞれ配列番号11、12、及び89のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVHと;(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLとを含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載されている抗原結合部位は、配列番号87のアミノ酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVHと、配列番号88と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むVLとを含み、該VHは配列番号89と比べて少なくとも1、2、3、4、または5のアミノ酸置換を有する配列番号89のアミノ酸配列変異体を含むCDR3を含む。いくつかの実施形態では、VH CDR3は配列番号71、74、77、80、83、または86を含む、またはそれから成る。特定の実施形態では、VHはさらに、それぞれ配列番号11及び12のアミノ酸配列を含むCDR1及びCDR2を含む。特定の実施形態では、VLは、それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。特定の実施形態では、抗原結合部位は、(a)配列番号11の配列を有するCDR1と、配列番号12の配列を有するCDR2と、配列番号89と比べて少なくとも1、2、3、4、または5のアミノ酸置換を有する配列番号89の変異体を含むCDR3とを含むVH;及び(b)それぞれ配列番号47、48、及び49のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、及びCDR3を含むVLを含む。
前述の実施形態のそれぞれでは、PD-L1に結合するVH配列及び/またはVL配列が、PD-L1に結合する能力に影響を与えることなくVH及び/またはVLのフレームワーク領域にてアミノ酸の変化(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、または10のアミノ酸の置換、欠失または付加)を含有してもよいことが本明細書で企図される。例えば、PD-L1に結合するVH及びVL配列(例えば、scFvにおける)は、scFvのVHとVLの間のジスルフィド架橋の形成を促進するシステインのヘテロ二量体化突然変異を含有してもよいことが本明細書で企図される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は表面プラズモン共鳴(SPR)によって測定されるとき、約5nM未満、約4nM未満、約3nM未満、約2nM未満、約1nM未満、約0.8nM未満、約0.6nM未満、約0.4nM未満、約0.2nM未満、または約0.1nM未満のKDでヒトPD-L1に結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は酵素連結免疫吸着アッセイ(ELISA)によって測定されるとき、約160nM未満、約10nM未満、約1.5nM未満、約1.2nM未満、約1.0nM未満、約0.8nM未満、約0.7nM未満、約0.6nM未満、約0.5nM未満、または約0.4nM未満のEC50でヒトPD-L1に結合する。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は、100nM、90nM、80nM、70nM、60nM、50nM、45nM、40nM、35nM、30nM、25nM、20nM、15nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM、1nM、または0.5nM以下のKD値(以上の親和性)でヒトPD-L1またはその細胞外領域に結合する。特定の実施形態では、本出願の抗原結合部位は、5nM以下のKD値(親和性以上)でヒトPD-L1またはその細胞外領域に結合する。特定の実施形態では、本出願の抗原結合部位は、約2.0nM、2.1nM、2.2nM、2.3nM、2.4nM、2.5nM、2.6nM、2.7nM、2.8nM、2.9nM、3.0nM、3.1nM、3.2nM、3.3nM、3.4nM、3.5nM、3.6nM、3.7nM、3.8nM、3.9nM、4.0nM、4.1nM、4.2nM、4.3nM、4.4nM、4.5nM、4.6nM、4.7nM、4.8nM、4.9nMまたは5.0nM以下のKD値(親和性以上)でヒトPD-L1またはその細胞外領域に結合する。特定の実施形態では、本出願の抗原結合部位は、約1.0~3.5nM、1.0~4.0nM、1.0~4.5nM、1.0~5.0nM、1.5~3.5nM、1.5~4.0nM、1.5~4.5nM、1.5~5.0nM、2.0~3.5nM、2.0~4.0nM、2.0~4.5nM、2.0~5.0nM、2.5~3.5nM、2.5~4.0nM、2.5~4.5nM、2.5~5.0nM、3.0~3.5nM、3.0~4.0nM、3.0~4.5nM、または3.0~5.0nMの範囲のKD値でヒトPD-L1またはその細胞外領域に結合する。これらのKD値は、標準的な結合アッセイ、たとえばSPRまたはELISAを使用して測定される。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は蛍光活性化細胞選別(FACS)によって測定されるとき、約40nM未満、約10nM未満、約8nM未満、約6nM未満、約4nM未満、約2nM未満、約1nM未満、約0.5nM未満、約0.3nM未満、約0.2nM未満、または約0.1nM未満のEC50でヒトPD-L1を発現している細胞に結合する。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は、50nM、45nM、40nM、35nM、30nM、25nM、20nM、15nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM、1nM、または0.5nM以下(以上の親和性)のEC50値で細胞膜(細胞の原形質膜)の表面上に提示されるヒトPD-L1に結合する。特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は1nM以下(以上の親和性)のEC50値で膜(細胞の原形質膜)の表面上に提示されるヒトPD-L1に結合する。これらのEC50値は、以下の実施例(複数可)に開示されているアッセイのようなPD-L1を組換え発現するまたは内在性に発現する細胞を使用する結合アッセイで測定することができる。特定の実施形態では、抗体は、対象の体液、組織、及び/または細胞由来のPD-L1に結合する。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は、PD-L1への結合に関してPD-1と競合する、またはPD-1へのPD-L1の結合を阻害する。特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は単鎖断片可変断片(scFv)として存在する。特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は抗原結合断片(Fab)として存在する。
PD-L1に結合する抗原結合部位を持つタンパク質
特定の実施形態では、本開示は、ヒトPD-L1に結合する、本明細書に開示されている抗原結合部位を含むタンパク質を提供する。特定の実施形態では、本開示のタンパク質は1以上の抗体重鎖定常領域を含む。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域はヒトIgG重鎖定常領域である。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域はヒトIgG1重鎖定常領域である。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域は、配列番号90と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、本開示は、ヒトPD-L1に結合する、本明細書に開示されている抗原結合部位を含むタンパク質を提供する。特定の実施形態では、本開示のタンパク質は1以上の抗体重鎖定常領域を含む。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域はヒトIgG重鎖定常領域である。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域はヒトIgG1重鎖定常領域である。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域は、配列番号90と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域は、ヒトIgGと比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたL234A、L235A、P329G、Y349C、S354C、T366S、T366W、L368A、F405K、K409A及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、ヒトIgGはIgG1である。いくつかの実施形態では、ヒトIgGは、配列番号90の配列、または配列番号90に対して少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖定常領域はLALAPG突然変異を含む。LALAPG突然変異は、ヒトIgG重鎖定常領域、例えばIgG1のCH2-CH3領域におけるL234A、L235A、及びP329Gの変化を指す(例えば、Schlothauer et al.,Protein Engineering,Design & Selection.29(10):457-466,2016;Lo et al.,J.Biol.Chem.292(9):3900-3908,2017を参照のこと、参照によって本明細書に組み込まれる)。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域はノブ突然変異またはホール突然変異を含む。ノブイントゥホール突然変異は、それぞれノブ突然変異とホール突然変異を含むFcドメインのヘテロ二量体化を可能にするIgG定常ドメインに対する修飾である。ノブまたはホールの突然変異により、低レベルのホモ二量体混入物を伴って試験管内での優先的なヘテロ二量体形成が可能になる。ノブ-イントゥ-ホール突然変異は、Merchant et al.Nat.Biotechnol.16:677-681,1998;及びWei et al.,Oncotarget.8(31):51037-51049,2017に開示されており、これらは参照によって本明細書に組み込まれる。ノブ突然変異の例にはIgG重鎖定常領域におけるS354C、T366W、及びK409Aの突然変異が挙げられる。ホール突然変異の例には、IgG重鎖定常領域におけるY349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vの突然変異が挙げられる。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域はLALAPG突然変異及びホール突然変異またはノブ突然変異を含む。例えば、いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域は、L234A、L235A、P329G、S354C、T366W、及びK409Aの突然変異を含むことができる。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域は、L234A、L235A、P329G、Y349C、T366S、L368A、F405K、及びY407Vの突然変異を含むことができる。特定の実施形態では、抗体重鎖定常領域は配列番号91または92のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、タンパク質は、配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたS354C、T366W及びK409Aから選択される1以上の突然変異を含む第1の抗体重鎖定常領域と、配列番号90と比べて、Y349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む第2の抗体重鎖定常領域とを含む。特定の実施形態では、タンパク質は、配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたL234A、L235A、P329G、S354C、T366W及びK409Aから選択される1以上の突然変異を含む第1の抗体重鎖定常領域と、配列番号90と比べて、L234A、L235A、P329G、Y349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む第2の抗体重鎖定常領域とを含む。
いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位を含むタンパク質は抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は:(a)配列番号148と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る重鎖(HC)と、配列番号149と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る軽鎖(LC);(b)配列番号150と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHCと、配列番号151と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;(c)配列番号152と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHCと、配列番号153と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;(d)配列番号154と少なくとも90%、%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHCと、配列番号155と少なくとも90%、%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;(e)配列番号156と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHCと、配列番号157と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;または、(f)配列番号159と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHCと、配列番号160と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLCとを含む。
いくつかの実施形態では、抗体は(a)配列番号148のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るHCと、配列番号149のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るLC;(b)配列番号150のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るHCと、配列番号151のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るLC;(c)配列番号152のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るHCと、配列番号153のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るLC;(d)配列番号154のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るHCと、配列番号155のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るLC;(e)配列番号156のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るHCと、配列番号157のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るLC;あるいは(f)配列番号159のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るHCと、配列番号160のアミノ酸配列を含むまたはそれから成るLCとを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は抗体またはその抗原結合断片として存在することができる。抗体は、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ダイアボディ、Fab断片、Fab’断片、またはF(ab’)2断片、Fv、二重特異性抗体、二機能性抗体、二重特異性Fab2、二重特異性(mab)2、ヒト化抗体、人工的に生成されたヒト抗体、二重特異性T細胞エンゲージャー、二重特異性NK細胞エンゲージャー、単鎖抗体(例えば、単鎖Fv断片またはscFv)、トリオマブ、共通軽鎖を持つノブイントゥホール(KiH)IgG、クロスマブ、オルトFab IgG、DVD-Ig、2機能付き-IgG、IgG-scFv、sdFv2-Fc、バイナノボディ、二重親和性リターゲティング抗体(DART)、DART-Fc、scFv-HSA-scFv(HSA=ヒト血清アルブミン)、またはドックアンドロック(DNL)-Fab3であることができる。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は、抗体定常領域、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD、またはIgEの重鎖定常領域;特に、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4の( 例えば、ヒト)重鎖定常領域から選択される抗体定常領域と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列に連結されている。別の実施形態では、本明細書に開示されている抗原結合部位は、例えば、カッパまたはラムダの(例えば、ヒト)軽鎖定常領域から選択される軽鎖定常領域に連結することができる。定常領域を変化させて、例えば、変異させて、または操作して抗体の特性を修飾することができる(例えば、Fc受容体結合、抗体のグリコシル化、システイン残基の数、エフェクター細胞機能、及び/または補体機能の1以上を増やすまたは減らす)。いくつかの実施形態では、エフェクター機能を有し、且つ補体を固定することができる。いくつかの実施形態では、抗体はエフェクター細胞を動員しない、または補体を固定しない。いくつかの実施形態では、抗体はFc受容体に結合する能力が低下している、または結合する能力がない。例えば、それは、Fc受容体への結合をサポートしないアイソタイプまたはサブタイプ、断片または他の突然変異体型であり、例えば、それは変異誘発されたまたは欠失したFc受容体結合領域を有する。
特定の実施形態では、抗原結合部位は、CH1ドメインの有無にかかわらず、ヒンジ、CH2及びCH3のドメインを含むIgG定常領域に連結される。いくつかの実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ヒト抗体定常領域、例えば、ヒトIgG1定常領域、ヒトIgG2定常領域、ヒトIgG3定常領域、またはヒトIgG4定常領域と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である。いくつかの実施形態では、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインまたはその一部は、以下の配列を含む野生型ヒトIgG1 Fcと少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号90)
DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(配列番号90)
いくつかの実施形態では、ヒトIgG1定常領域と比べて、例えば、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411及び/またはK439にて1以上の突然変異を定常領域に組み込むことができる。例示的な置換には、例えば、Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、T350V、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、T394W、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eが挙げられる。
特定の実施形態では、抗原結合部位はCD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインの一部に連結される。Fcドメイン内では、CD16結合にはヒンジ領域とCH2ドメインが介在する。たとえば、ヒトIgG1内では、CD16との相互作用は主にCH2ドメインにおけるアミノ酸残基Asp265-Glu269、Asn297-Thr299、Ala327-Ile332、Leu234-Ser239、及び炭水化物残基N-アセチル-D-グルコサミンに焦点が置かれる(Sondermann et al.,Nature,406(6793):267-273を参照のこと)。既知のドメインに基づいて、例えば、ファージディスプレイライブラリーまたは酵母表面ディスプレイcDNAライブラリーを使用することによってCD16への結合親和性を強化または低下させるように突然変異を選択することができ、または、相互作用の既知の三次元構造に基づいて突然変異を設計することができる。
特定の実施形態では、ヒトIgG1定常領域のCH1に組み込むことができる突然変異は、アミノ酸V125、F126、P127、T135、T139、A140、F170、P171、及び/またはV173にあってもよい。特定の実施形態では、ヒトIgG1定常領域のCkに組み込むことができる突然変異は、アミノ酸E123、F116、S176、V163、S174、及び/またはT164にあってもよい。
いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、IgG抗体、例えばヒトIgG1抗体のCH2ドメイン及びCH3ドメインを含む。いくつかの実施形態では、別の抗体定常ドメインとのヘテロ二量体化を可能にするために、抗体定常ドメインに突然変異が導入される。例えば、抗体定常ドメインがヒトIgG1の定常ドメインに由来する場合、抗体定常ドメインはヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含むことができ、且つQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439から成る群から選択される1以上の位置で異なる。本明細書に開示されているFcドメインまたはヒンジ領域におけるすべてのアミノ酸位置はEU番号付けに従って番号付けされる。
いくつかの他の実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、またはウマのような別の哺乳類由来の抗体定常領域と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)同一である。
本明細書に記載されているタンパク質は当該技術分野で知られている組換えDNA技術を使用して作製することができる。例えば、第1の免疫グロブリン重鎖をコードする第1の核酸配列を第1の発現ベクターにクローニングすることができ;第2の免疫グロブリン重鎖をコードする第2の核酸配列を第2の発現ベクターにクローニングすることができ;第1の免疫グロブリン軽鎖をコードする第3の核酸配列を第3の発現ベクターにクローニングすることができ;第2の免疫グロブリン軽鎖をコードする第4の核酸配列を第4の発現ベクターにクローニングすることができ;第1、第2、第3及び第4の発現ベクターを一緒に宿主細胞に安定に形質移入して、多量体タンパク質を生成することができる。
タンパク質の最高収率を達成するには、第1、第2、第3、及び第4の発現ベクターの異なる比率を調べて、宿主細胞への形質移入の最適な比率を決定することができる。形質移入後、限界希釈法、ELISA、FACS、顕微鏡検査のような当該技術分野で知られている方法を使用して細胞バンク生成のために単一クローンを単離することができる。
クローンは、バイオリアクターのスケールアップに好適な条件下で培養し、本明細書に開示されている抗原結合部位を含むタンパク質の発現を維持することができる。タンパク質は、遠心分離、深層濾過、細胞溶解、均質化、凍結融解、アフィニティー精製、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用交換クロマトグラフィー、及び混合モードクロマトグラフィーを含む当該技術分野で既知の方法を使用して単離及び精製することができる。
したがって、いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に開示されている抗体のいずれか1つの免疫グロブリン重鎖及び/または免疫グロブリン軽鎖の可変領域をコードする配列を含む1以上の単離された核酸を提供する。本開示は、本明細書に開示されている抗体のいずれか1つの免疫グロブリン重鎖及び/または免疫グロブリン軽鎖の可変領域を発現する1以上の発現ベクターを提供する。同様に、本出願は、前述の発現ベクター及び/または単離された核酸のうちの1以上を含む宿主細胞を提供する。
抗体が開示されている抗体と同じエピトープに結合するか、または開示されている抗体との結合について競合するかどうかを決定するための競合アッセイは当該技術分野で知られている。例示的な競合アッセイには、免疫アッセイ(例えば、ELISAアッセイ、RIAアッセイ)、表面プラズモン共鳴(例えば、BIAcore分析)、生体層干渉法、及びフローサイトメトリーが挙げられる。
通常、競合アッセイには、固体表面に結合する、または細胞表面に発現される抗原(例えば、ヒトPD-L1タンパク質またはその断片)、試験PD-L1結合抗体及び参照抗体の使用が含まれる。参照抗体は標識され、試験抗体は標識されない。競合阻害は、試験抗体の存在下で固体表面または細胞に結合した標識参照抗体の量を決定することによって測定される。通常、試験抗体は過剰に存在する(例えば、1×、5×、10×、20×、または100×)。競合アッセイによって特定される抗体(例えば、競合抗体)には、参照抗体と同じエピトープ、または類似の(例えば、重複する)エピトープに結合する抗体、及び参照抗体が結合するエピトープに対して立体障害が発生するのに十分に近い隣接エピトープに結合する抗体が含まれる。
競合アッセイは、標識の存在が結合を妨害しない、またはさもなければ阻害しないことを確認するために、双方向で実施することができる。例えば、第1の方向では、参照抗体が標識され、試験抗体は標識されず、第2の方向では、試験抗体が標識され、参照抗体は標識されない。
競合結合アッセイで測定されるとき、一方の抗体の過剰(例えば、1×、5×、10×、20×または100×)が他方の抗体の結合を、例えば少なくとも50%、75%、90%、95%または99%阻害する場合、試験抗体は抗原への特異的結合に関して参照抗体と競合する。
一方の抗体の結合を減らすまたは排除する抗原内の本質的にすべてのアミノ酸突然変異が他方の抗体の結合を減らすまたは排除する場合、2つの抗体は同じエピトープに結合すると判定されてもよい。一方の抗体の結合を減らすまたは排除するアミノ酸突然変異の1つのサブセットだけが他方の抗体の結合を減らすまたは排除する場合、2つの抗体は重複するエピトープに結合すると判定されてもよい。
本明細書に開示されている抗体は、親和性及び/または特異性を含む生化学的特性を改善するために、凝集、安定性、沈殿及び/または非特異的相互作用を含む生物物理学的特性を改善するために、及び/または免疫原性を減らすために、さらに最適化(例えば、親和性成熟)されてもよい。例えば、DNAシャッフリング、鎖シャッフリング、CDRシャッフリング、ランダム突然変異誘発及び/または部位特異的突然変異誘発によって、免疫グロブリン重鎖及び/または免疫グロブリン軽鎖に多様性を導入することができる。
特定の実施形態では、単離されたヒト抗体は1以上の体細胞突然変異を含有する。これらの場合、抗体を最適化するために、抗体をヒト生殖系列配列に修飾することができる(例えば、生殖系列化と呼ばれるプロセスによって)。
一般に、最適化された抗体は、その抗原に対して、それが由来した非最適化(または親)抗体と少なくとも同じ、または実質的に同じ親和性を有する。例えば、特定の実施形態では、最適化された抗体は親抗体と比較した場合、抗原に対してさらに高い親和性を有する。
抗体が治療薬として使用される場合、標準的な試験管内コンジュゲート化学を使用して、小分子毒素または放射性核種のようなエフェクター薬剤に抗体をコンジュゲートすることができる。エフェクター薬剤がポリペプチドである場合、抗体はエフェクターに化学的にコンジュゲートされ得る、または融合タンパク質としてエフェクターに連結され得る。融合タンパク質の構築は当該技術分野の通常の技術の範囲内である。
標準的な試験管内コンジュゲート化学を使用して、小分子毒素または放射性核種のようなエフェクター部分に抗体をコンジュゲートすることができる。エフェクター部分がポリペプチドである場合、抗体はエフェクターに化学的にコンジュゲートされ得る、または融合タンパク質としてエフェクターに連結され得る。融合タンパク質の構築は当該技術分野の通常の技術の範囲内である。
いくつかの実施形態では、タンパク質は生体内での腫瘍増殖を阻害する抗体である。
特定の実施形態では、タンパク質は、アテゾリズマブに匹敵する、またはアテゾリズマブと比べてさらに増強されたレベルにて生体内でIFNγ及びTNFαの分泌を誘導する抗体である。
二機能性タンパク質
特定の実施形態では、本明細書に開示されているのは二機能性タンパク質、例えば、二機能性抗体である。二機能性タンパク質は、PD-L1、IgG Fcドメイン、及び/または機能ドメインに結合する抗原結合部位を含むことができる。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は単一のタンパク質配列である。他の実施形態では、二機能性タンパク質は、少なくとも2つのタンパク質配列によって形成されるヘテロ二量体である。PD-L1に結合する抗原結合部位は、本明細書に開示されている抗PD-L1抗原結合部位、抗体、及び/またはscFv配列のいずれかであることができる。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位は、抗体の重鎖及び軽鎖によって形成されるFabを含むことができる。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位はscFvを含むことができる。IgG Fcドメインは、野生型抗体定常領域または修飾された抗体定常領域を含むことができる。修飾された抗体定常領域の例は本明細書に提供されており、例えばノブまたはホールの突然変異、及びLALAPG突然変異が挙げられる。機能ドメインは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはそれらの機能的断片を含むことができる。機能ドメインの例には、表4に開示されているIL-2ポリペプチド及び操作されたIL-2ポリペプチドのようなIL-2ポリペプチド、IL-15、及びIL-15Rαが挙げられる。二機能性タンパク質の例を図9及び表7に示すが、これらには、IL-2-Fc/抗PD-L1-scFv-Fcヘテロ二量体;Fcドメインを欠くIL-2-抗PD-L1-scFv-融合タンパク質;IL-2-Fc/抗PD-L1-Fab-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合二量体またはヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合二量体またはヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-scFv-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体;及び抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体が挙げられる。
特定の実施形態では、本明細書に開示されているのは二機能性タンパク質、例えば、二機能性抗体である。二機能性タンパク質は、PD-L1、IgG Fcドメイン、及び/または機能ドメインに結合する抗原結合部位を含むことができる。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は単一のタンパク質配列である。他の実施形態では、二機能性タンパク質は、少なくとも2つのタンパク質配列によって形成されるヘテロ二量体である。PD-L1に結合する抗原結合部位は、本明細書に開示されている抗PD-L1抗原結合部位、抗体、及び/またはscFv配列のいずれかであることができる。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位は、抗体の重鎖及び軽鎖によって形成されるFabを含むことができる。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位はscFvを含むことができる。IgG Fcドメインは、野生型抗体定常領域または修飾された抗体定常領域を含むことができる。修飾された抗体定常領域の例は本明細書に提供されており、例えばノブまたはホールの突然変異、及びLALAPG突然変異が挙げられる。機能ドメインは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはそれらの機能的断片を含むことができる。機能ドメインの例には、表4に開示されているIL-2ポリペプチド及び操作されたIL-2ポリペプチドのようなIL-2ポリペプチド、IL-15、及びIL-15Rαが挙げられる。二機能性タンパク質の例を図9及び表7に示すが、これらには、IL-2-Fc/抗PD-L1-scFv-Fcヘテロ二量体;Fcドメインを欠くIL-2-抗PD-L1-scFv-融合タンパク質;IL-2-Fc/抗PD-L1-Fab-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合二量体またはヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合二量体またはヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-scFv-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-2-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-2-融合/抗PD-L1-Fab-Fcヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体;抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体;及び抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15-融合/抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15Rα-融合ヘテロ二量体が挙げられる。
特定の実施形態では、二機能性タンパク質は、(i)配列番号11、3、19、33、52、または63の配列を含むCDR1と;配列番号12、4、20、34、41、53、または64の配列を含むCDR2と;配列番号89、5、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、または86の配列を含むCDR3とを含む重鎖可変ドメイン(VH);及び(ii)配列番号47、6、14、22、28、36、55、または66の配列を含むCDR1と;配列番号48、7、15、23、29、37、42、56、60、または67の配列を含むCDR2と;配列番号49、8、16、24、30、38、43、57、または68の配列を含むCDR3とを含む軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、PD-L1に結合する抗原結合部位を含む。特定の実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位は(a)~(q)の少なくとも1つを含み、その際、(a)VHは配列番号1と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号2と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(b)VHは配列番号9と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号10と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(c)VHは配列番号17と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号18と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(d)VHは配列番号25と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号26と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(e)VHは配列番号31と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号32と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(f)VHは配列番号39と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号40と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(g)VHは配列番号44と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号45と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(h)VHは配列番号50と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号51と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(i)VHは配列番号58と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号59と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(j)VHは配列番号61と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号62と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(k)VHは配列番号69と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号70と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(l)VHは配列番号72と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号73と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(m)VHは配列番号75と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号76と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(n)VHは配列番号78と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号79と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(o)VHは配列番号81と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号82と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;(p)VHは配列番号84と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号85と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;及び/または(q)VHは配列番号87と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つVLは配列番号88と少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は抗体重鎖定常領域がヒトIgG重鎖定常領域であることを含む。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域はヒトIgG1重鎖定常領域である。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域は配列番号90と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域は配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたL234A、L235A、P329G、Y349C、S354C、T366S、T366W、L368A、F405K、K409A及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域は配列番号90と比べて、S354C、T366W、及びK409Aから選択される1以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域は配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたY349C、T366S、L368A、F405K、及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はヘテロ二量体であり、第1と第2の抗体重鎖定常領域を含み、その際、第1の抗体重鎖定常領域は配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたS354C、T366W及びK409Aから選択される1以上の突然変異を含み;且つ第2の抗体重鎖定常領域は配列番号90と比べて、Y349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、抗体重鎖定常領域はL234A、L235A、及びP329Gの突然変異を含む。いくつかの実施形態では、第1及び第2の抗体重鎖定常領域のうちの1つは配列番号91のアミノ酸配列を含み、第2の抗体重鎖定常領域は配列番号92のアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、二機能性タンパク質は機能ドメインを含み、機能ドメインはIL-15またはIL-15Rα、またはその機能的断片である。IL-15は、4つのα-ヘリックスバンドルを含有するサイトカインのメンバーである。IL-15は通常、T細胞及びNK細胞上の機能的なIL-15受容体ベータユニット及びガンマユニットに結合する前に、APC上に発現されているIL-15受容体アルファと複合体を形成する。IL-15は、受容体アルファ鎖の膜形態に結合したサイトカイン自体を発現している細胞によって、IL-2Rβ(IL15RBまたはCD122)及びIL-2Rγ(CD132)を発現する応答性細胞に対してトランスで提示されてもよい。理論によって限定されることを望まないで、IL-15受容体アルファスシドメインは、受容体β及びγと適切に結合する前にIL-15と複合体を形成する必要があると考えられている。IL-15及びIL-15Rα複合体、及びIL-15/IL-15Rαスシドメイン融合タンパク質は、CD8T細胞及びNK細胞を刺激するのに非常に強力であることが報告された。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている二機能性タンパク質は、(a)PD-L1に結合する抗原結合部位と、第1の抗体重鎖定常領域と、IL-15ポリペプチドまたその機能的断片もしくはその変異体とを含む第1のサブユニット;及び(b)PD-L1に結合する抗原結合部位と、第2の抗体重鎖定常領域と、IL-15Rαポリペプチドまたはその機能的断片または変異体とを含む第2のサブユニットを含む。いくつかの実施形態では、IL-15ポリペプチドは配列番号93またはその機能的断片または変異体を含む。いくつかの実施形態では、IL-15ポリペプチドは配列番号93のアミノ酸50~162またはその機能的断片または変異体を含む。いくつかの実施形態では、IL-15Rαポリペプチドは配列番号94またはその機能的断片または変異体を含む。いくつかの実施形態では、IL-15Rαポリペプチドは配列番号94のアミノ酸31~97またはその機能的断片または変異体を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている二機能性タンパク質は、抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15融合タンパク質及び抗PD-L1-Fab-Fc-IL-15Rα融合タンパク質を含むヘテロ二量体である。例えば、いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、配列番号186(EP203)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む第1のサブユニットと;配列番号187(EP204)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む第2のサブユニットと;配列番号181(EP205)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む第3のサブユニットとを含む。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは配列番号186のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、第2のサブユニットは配列番号187のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;且つ第3のサブユニットは配列番号181のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている二機能性タンパク質は抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15-融合タンパク質と抗PD-L1-scFv-Fc-IL-15Rα-融合タンパク質とを含むヘテロ二量体である。例えば、いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質 は配列番号188(EP207)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む第1のサブユニットと配列番号189(EP208)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む第2のサブユニットとを含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、配列番号188のアミノ酸配列を含むまたはそれから成る第1のサブユニットと配列番号189のアミノ酸配列を含むまたはそれから成る第2のサブユニットとを含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示されている二機能性タンパク質は機能ドメインを含み、その際、機能ドメインはIL-2、例えば、野生型IL-2または操作されたIL-2もしくはその機能的断片もしくは変異体である。本明細書で使用されるとき「インターロイキン2」または「IL-2」という用語は、別途指示のない限り、ヒトまたはマウスのような哺乳類を含む任意の脊椎動物源由来のIL-2を指す。この用語は、前駆体のIL-2、またはプロセシングされていないIL-2、と同様に細胞性プロセシングから生じる任意の形態のIL-2を包含する。該用語はまた、IL-2の天然に存在する変異体、例えば、スプライス変異体または対立遺伝子変異体も包含する。成熟ヒトIL-2の一例のアミノ酸配列は配列番号191に示される。IL-2に関して使用される場合の「野生型」または「天然の」は成熟IL-2分子(例えば、配列番号191)を意味するように意図される。本明細書で使用されるとき「操作されたIL-2」または「操作されたIL-2ポリペプチド」という用語は、天然のまたは野生型のIL-2とは異なる少なくとも1つの残基を有するIL-2を包含し、完全長IL-2、IL-2の切り詰め型、及びIL-2が別のポリペプチドのような別の分子と結合または融合している形態を含む。種々の形態の操作されたIL-2は、IL-2Rβ及び/またはIL-2RαとIL-2の相互作用に影響を与える少なくとも1つのアミノ酸置換を有することを特徴とする。本明細書に記載されている種々の操作された形態のIL-2の特定は、例えば、配列番号192に示される配列に関して行われる。いくつかの実施形態では、IL-2はT3A置換を含むように修飾される。T3A置換は野生型配列に対して行われてもよい。加えて、T3A置換は本明細書に開示されている操作されたIL-2配列に対して行われてもよい。野生型及び操作されたIL-2ポリペプチドの例はPCT/US2020/046244に記載されており、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
IL-2はリンパ球の増殖及び活性化を調節する。IL-2は、最大3つの個別のサブユニットを含むIL-2受容体(IL-2R)に結合することによってその作用に介在する。3つのサブユニット全て、すなわちインターロイキン2受容体アルファ鎖(IL-2Rα、またはCD25)、インターロイキン2受容体ベータ鎖(IL-2Rβ、またはCD122)、及びインターロイキン2受容体ガンマ鎖(IL-2Rγ、またはCD132)の会合によって、IL-2の高親和性受容体である三量体IL-2Rαβγがもたらされる。IL-2Rβサブユニット及びIL-2Rγサブユニットの会合は二量体受容体IL-2Rβγが生じ、中間親和性IL-2Rと呼ばれる。IL-2Rαサブユニットは単量体の低親和性IL-2受容体を形成する。IL-2Rαの発現は、免疫抑制性制御性T細胞(Treg)の増殖に関与しているのに対して;二量体のIL-2RβγはIL-2Rαの非存在下で、細胞溶解性CD8+T細胞及びNK細胞の増殖及び殺傷を生じることができる。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はPD-L1に結合する抗原結合部位を含み、野生型IL-2(例えば、配列番号191)を含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はPD-L1に結合する抗原結合部位を含み、且つ操作されたIL-2(例えば、配列番号192)を含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はPD-L1に結合する抗原結合部位を含み、操作されたIL-2を含み、その際、操作されたIL-2ポリペプチドは
(a)野生型IL-2と比べて、以下から選択される1以上の位置にて1以上の突然変異を含むIL-2受容体α(IL-2Rα)結合領域1:
K35G、K35L、K35S、K35V、K35D、K35E、及びK35Cから選択されるK35位での突然変異;
R38V、R38D、R38E、R38S、R38I、R38A、R38Y、R38G、R38C、またはR38Nから選択されるR38位での突然変異;
F42A、F42R、F42G、F42I、F42L、F42P、及びF42Hから選択されるF42位での突然変異;
Y45S、Y45P、Y45A、Y45V、Y45C、Y45T、及びY45Fから選択されるY45位の突然変異、及び/または
(b)以下を含むIL-2受容体β(IL-2Rβ)結合領域2モチーフを含み、
X1-X2-X3-D-X4-X-5-X6-N-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13(配列番号95)、
式中、
X1はC、T、G、W、I、S、E、及びKから選択され;
X2はY、P、V、W、L、A、及びGから選択され;
X3はS、T、Q、G、M、E、R、及びKから選択され;
X4はA、V、S、及びTから選択され;
X5はI、L、T、及びVから選択され;
X6はS、T、E、D、及びRから選択され;
X7はI、A、M、及びVから選択され;
X8はS、T、N、Q、I、G、E、K、及びRから選択され;
X9はV、L、及びIから選択され;
X10はN、T、I、及びLから選択され;
X11はV、A、及びIから選択され;
X12はQ、L、G、K、及びRから選択され、且つ
X13はA、D、及びEから選択される。
(a)野生型IL-2と比べて、以下から選択される1以上の位置にて1以上の突然変異を含むIL-2受容体α(IL-2Rα)結合領域1:
K35G、K35L、K35S、K35V、K35D、K35E、及びK35Cから選択されるK35位での突然変異;
R38V、R38D、R38E、R38S、R38I、R38A、R38Y、R38G、R38C、またはR38Nから選択されるR38位での突然変異;
F42A、F42R、F42G、F42I、F42L、F42P、及びF42Hから選択されるF42位での突然変異;
Y45S、Y45P、Y45A、Y45V、Y45C、Y45T、及びY45Fから選択されるY45位の突然変異、及び/または
(b)以下を含むIL-2受容体β(IL-2Rβ)結合領域2モチーフを含み、
X1-X2-X3-D-X4-X-5-X6-N-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13(配列番号95)、
式中、
X1はC、T、G、W、I、S、E、及びKから選択され;
X2はY、P、V、W、L、A、及びGから選択され;
X3はS、T、Q、G、M、E、R、及びKから選択され;
X4はA、V、S、及びTから選択され;
X5はI、L、T、及びVから選択され;
X6はS、T、E、D、及びRから選択され;
X7はI、A、M、及びVから選択され;
X8はS、T、N、Q、I、G、E、K、及びRから選択され;
X9はV、L、及びIから選択され;
X10はN、T、I、及びLから選択され;
X11はV、A、及びIから選択され;
X12はQ、L、G、K、及びRから選択され、且つ
X13はA、D、及びEから選択される。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、PD-L1に結合する抗原結合部位を含み、且つ操作されたIL-2を含み、操作されたIL-2ポリペプチドは:(a)配列番号124~147から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むIL-2Rα結合領域1;及び/または(b)配列番号96~123から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むIL-2Rβ結合領域2モチーフを含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、PD-L1に結合する抗原結合部位を含み、且つ操作されたIL-2を含み、(a)IL-2Rα結合領域1は配列番号124~147から選択されるアミノ酸配列を含み;及び/または(b)IL-2Rβ結合領域2モチーフは配列番号96~123から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位はscFVまたはFabである。
特定の実施形態では、二機能性タンパク質は、(b)野生型または操作されたIL-2ポリペプチドまたはその機能的断片もしくは変異体を含む第2のサブユニットに融合される(a)PD-L1に結合する抗原結合部位を含む第1のサブユニットを含む融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位はscFvまたはFabである。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、配列番号160~164から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、配列番号160~164(それぞれ、EP199、EP200、EP201、及びEP461)から選択されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、二機能性タンパク質は、(a)PD-L1に結合する抗原結合部位と第1の抗体重鎖定常領域とを含む第1のサブユニット;及び(b)野生型または操作されたIL-2ポリペプチドまたはその機能的断片もしくは変異体と第2の抗体重鎖定常領域とを含む第2のサブユニットを含むヘテロ二量体である。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位はscFvまたはFabである。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はヘテロ二量体を含み、その際、第1のサブユニットは抗PD-L1-scFv-Fc融合タンパク質であり、第2のサブユニットはIL-2-Fc融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは、配列番号176(EP326)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、第2のサブユニットは、配列番号165~175(それぞれ、EP290、EP291、EP297、EP412、EP413、EP414、EP415、EP416、EP417、EP418、EP419)から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは配列番号176のアミノ酸配列を含むまたはそれから成り、且つ第2のサブユニットは配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列を含むまたはそれから成る。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、(a)配列番号176と配列番号165;(b)配列番号176と配列番号166;(c)配列番号176と配列番号167;(d)配列番号176と配列番号168;(e)配列番号176と配列番号169;(f)配列番号176と配列番号170;(g)配列番号176と配列番号171;(h)配列番号176と配列番号172;(i)配列番号176と配列番号173;(j)配列番号176と配列番号174;または(k)配列番号176と配列番号175を含むタンパク質のヘテロ二量体を含む。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はヘテロ二量体を含み、その際、第1のサブユニットは抗PD-L1-Fab-Fc融合タンパク質であり、第2のサブユニットはIL-2-Fc融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは、配列番号177~180(それぞれEP325、EP462、EP463、EP464)から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、第1のサブユニットはさらに配列番号181(EP205)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むLCドメインを含み、第2のサブユニットは、配列番号165~175(それぞれEP290、EP291、EP297、EP412、EP413、EP414、EP415、EP416、EP417、EP418、EP419)から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは配列番号177~180から選択されるアミノ酸配列を含むまたはそれから成り、LCドメインは配列番号181のアミノ酸配列を含むまたはそれから成り、且つ第2のサブユニットは配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列を含むまたはそれから成る。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、(a)配列番号177と配列番号181、配列番号178と配列番号181;配列番号179と配列番号181;または配列番号180及び配列番号181を含む第1のサブユニット;及び(b)配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列を含む第2のサブユニットを含むタンパク質のヘテロ二量体を含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、(a)配列番号165、配列番号177、及び配列番号181;(b)配列番号166、配列番号177、及び配列番号181;(c)配列番号167、配列番号177、及び配列番号181;(d)配列番号168、配列番号177、及び配列番号181;(e)配列番号169、配列番号177、及び配列番号181;(f)配列番号170、配列番号177、及び配列番号181;(g)配列番号171、配列番号177、及び配列番号181;(h)配列番号172、配列番号177、及び配列番号181;(i)配列番号173、配列番号177、及び配列番号181;(j)配列番号174、配列番号177、及び配列番号181;(k)配列番号175、配列番号177、及び配列番号181;(l)配列番号171、配列番号178、及び配列番号181;(m)配列番号171、配列番号179、及び配列番号181;及び(n)配列番号171、配列番号180、及び配列番号181から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含むタンパク質のヘテロ二量体を含む。
特定の実施形態では、二機能性タンパク質は、(a)PD-L1に結合する抗原結合部位と第1の抗体重鎖定常領域とを含む第1のサブユニット;及び(b)PD-L1に結合する抗原結合部位と操作されたIL-2ポリペプチドまたはその機能的断片もしくは変異体と第2の抗体重鎖定常領域とを含む第2のサブユニットを含む。いくつかの実施形態では、PD-L1に結合する抗原結合部位はscFvまたはFabである。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はヘテロ二量体を含み、その際、第1のサブユニットは抗PD-L1-Fab-Fc融合タンパク質であり、第2のサブユニットは抗PD-L1-Fab-IL-2-融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは配列番号182(EP362)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、且つ第2のサブユニットは配列番号183~185(EP363、EP364、EP365)とから選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み;任意でその際、第1及び第2のサブユニットはそれぞれ独立してさらに、配列番号181(EP205)と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブユニットは配列番号182のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、且つ第2のサブユニットは配列番号183~185から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれから成り;任意でその際、第1及び第2のサブユニットはそれぞれ独立してさらに、配列番号181のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、(a)配列番号182;配列番号183;及び配列番号181;(b)配列番号182;配列番号184;及び配列番号181;ならびに(c)配列番号182;配列番号185;及び配列番号181から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含むタンパク質のヘテロ二量体を含む。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、SPRによって測定されるとき、約1nM未満のKDで、またはPD-L1に結合する構成される抗原結合部位と比べて同等もしくはさらに低いKDでヒトPD-L1に結合する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、SPRによって測定されるとき、約65nM未満または約50nM未満のKDでIL-2Rβに結合する。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、SPRによって測定されるとき、約40nM未満のKDでIL-2Rαに結合する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、SPRによって測定されるとき、約100nM未満、約80nM未満、約50nM未満、約10nM未満、または約5nM未満のKDでIL-2Rβに結合する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、SPRによって測定されるとき、約0.5nM未満または約0.1nM未満のKDでPD-L1に結合する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はELISAによって測定されるとき、約1nM未満のEC50でIL-2Rαに結合する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はELISAによって測定されるとき、約5nM未満、約2.5nM未満、約1.5nM未満、約1nM未満、または約0.6nM未満のEC50でIL-2Rβに結合する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はELISAによって測定されるとき、約0.4nM未満のEC50でPD-L1に結合する。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質はPD-L1への結合に関してPD-1と競合する、またはPD-1へのPD-L1の結合を阻害する。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は免疫細胞にてp-STAT5発現を誘導する。いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は、単離されたヒト末梢血単核細胞(PBMC)で測定されるとき、約1nM未満、約0.6nM未満、0.5nM未満、または約0.1nM未満のEC50で免疫細胞にてp-STAT5発現を誘導し、その際、免疫細胞はT細胞、NK細胞、またはTregである。特定の実施形態では、二機能性タンパク質は、マウス脾細胞で測定されるとき、免疫細胞にてp-STAT5発現を誘導し、その際、免疫細胞はT細胞、NK細胞、またはTregである。
いくつかの実施形態では、二機能性タンパク質は生体内で腫瘍増殖を阻害する。
ベクターと生産方法
特定の実施形態では、本開示はさらに、本明細書に開示されているような抗原結合部位、タンパク質及び/または抗体、及び/または二機能性タンパク質及び/または抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド、またはそれらの任意の断片、変異体、または組み合わせを含む。特定の実施形態では、本開示はさらに、本開示のポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む。特定の実施形態では、本開示はさらに、本開示の単離されたポリヌクレオチドまたは本開示の発現ベクターを含む操作された細胞を含む。
特定の実施形態では、本開示はさらに、本明細書に開示されているような抗原結合部位、タンパク質及び/または抗体、及び/または二機能性タンパク質及び/または抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド、またはそれらの任意の断片、変異体、または組み合わせを含む。特定の実施形態では、本開示はさらに、本開示のポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む。特定の実施形態では、本開示はさらに、本開示の単離されたポリヌクレオチドまたは本開示の発現ベクターを含む操作された細胞を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、本開示のPD-L1-抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体のいずれかをコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは宿主細胞における発現のためにコドンが最適化される。コード配列が知られるまたは特定されると、既知の技術及びツール、例えば、GenScript OptimiumGeneツールを使用してコドン最適化を実行することができる;Scholten et al.,Clin.Immunol.119:135,2006)も参照のこと。コドン最適化配列には、部分的にコドン最適化された配列 (すなわち、1以上のコドンが宿主細胞での発現のために最適化される) 及び完全にコドン最適化された配列が含まれる。
本開示のPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体をコードするポリヌクレオチドは、依然として同じPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体をコードしている一方で、例えば、遺伝子コードの縮重、スプライシングなどによって異なるヌクレオチド配列を持ってもよいことも理解されるであろう。
ベクターも提供され、その際、ベクターは本明細書に開示されているようなポリヌクレオチド(すなわち、PD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体をコードするポリヌクレオチド)を含む、または含有する。ベクターは、本明細書に開示されているベクターのいずれか1以上を含むことができる。
さらなる態様では、本開示はまた、本開示に係るPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、もしくはそれらの変異体を発現する、または、本開示に係るベクターもしくはポリヌクレオチドを含む、または含有する宿主細胞も提供する。
そのような細胞の例には、真核細胞、例えば、酵母細胞、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞;及び E.coliを含む原核細胞が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、細胞は哺乳類細胞である。特定のそのような実施形態では、細胞は、CHO細胞(例えば、DHFR-CHO細胞(Urlaub et al.,PNAS,77:4216(1980))、ヒト胎児腎臓細胞(例えば、HEK293T細胞)、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、ヒト肝細胞、例えば、Hepa RG細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞のような哺乳類細胞株である。哺乳類宿主細胞株の他の例には、マウスセルトリ細胞(例えば、TM4細胞);SV40(COS-7)によって形質転換されたサル腎臓CV1株;幼若ハムスター腎臓細胞(BHK);アフリカングリーンモンキー腎臓細胞(VERO-76);サル腎臓細胞(CV1);ヒト子宮頸部がん細胞(HELA);ヒト肺細胞(W138);ヒト肝細胞(HepG2);イヌ腎臓細胞(MDCK);バッファローラット肝細胞(BRL3A);マウス乳腺腫瘍細胞(MMT060562);TRI細胞;MRC5細胞、及びFS4細胞が挙げられる。抗体産生に好適な哺乳類宿主細胞株には、例えば、Yazaki and Wu,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo,ed.,Humana Press,Totowa,N.J.),pp.255-268(2003)に記載されているものも挙げられる。
一実施形態では、宿主細胞は、原核細胞、例えば、E.coliである。E.coliのような原核細胞におけるペプチドの発現は十分に確立されている(例えば、Pluckthun,A.Bio/Technology,9:545-551(1991)を参照のこと)。例えば、抗体は、特にグリコシル化及びFcエフェクター機能が必要とされない場合には、細菌にて産生されてもよい。細菌における抗体断片及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第5,648,237号、同第5,789,199号、及び同第5,840,523号を参照のこと。
特定の実施形態では、細胞は発現ベクターによる本記載に従ってベクターで形質移入されてもよい。「形質移入」という用語は、真核細胞のような細胞へのDNAまたはRNA(例えば、mRNA)分子のような核酸分子の導入を指す。本記載の文脈では、「形質移入」という用語は、哺乳類細胞を含む真核細胞のような細胞に核酸分子を導入するための当業者に公知の任意の方法を包含する。そのような方法は、例えば、エレクトロポレーション、例えばカチオン性脂質及び/またはリポソームに基づくリポフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ナノ粒子に基づく形質移入、ウイルスに基づく形質移入、またはDEAE-デキストランもしくはポリエチレンイミンのようなカチオン性ポリマーに基づく形質移入を包含する。特定の実施形態では、導入は非ウイルス性である。
さらに、本開示の宿主細胞は、例えば、本開示に係るPD-L1抗原結合部位、PD-L1抗原特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体を発現させるために、本開示に係るベクターによって安定してまたは一時的に形質移入されてもよい。そのような実施形態では、細胞は本明細書に記載されているベクターによって安定して形質移入されてもよい。あるいは、細胞は、本明細書に開示されている抗体または抗原結合断片をコードする本開示に係るベクターで一時的に形質移入されてもよい。現在開示されている実施形態のいずれかでは、ポリヌクレオチドは宿主細胞に対して異種であってもよい。
したがって、本開示はまた、本開示のPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体を異種発現する組換え宿主細胞も提供する。例えば、細胞は、抗体が完全にまたは部分的に得られた種とは異なる種のものであってもよい(例えば、ヒト抗体または操作されたヒト抗体を発現するCHO細胞)。いくつかの実施形態では、宿主細胞の細胞型は、自然界ではPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体を発現しない。さらに、宿主細胞は、抗体または抗原結合断片の天然状態(または抗体または抗原結合断片が操作されたまたは導出された親抗体の天然状態)には存在しないPD-L1抗原結合部位、PD-L1抗原特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体に対して翻訳後修飾(PTM;例えば、グリコシル化またはフコシル化)を付与してもよい。そのようなPTMは能的な差異 (例えば、免疫原性の低下)を生じてもよい。したがって、本明細書に開示されている宿主細胞によって産生される本開示のPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体は、天然状態の抗体(または親抗体)とは異なる1以上の翻訳後修飾を含んでもよい(例えば、CHO細胞によって産生されるヒト抗体は、ヒトから単離されたとき及び/または天然のヒトB細胞または形質細胞によって産生されたときの抗体とは異なる、追加の翻訳後修飾を含むことができる)。
関連する態様では、本開示は、PD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体を生成する方法を提供し、その際、該方法は、PD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体を生成するのに十分な条件下及び時間にて本開示の宿主細胞を培養することを含む。組換えで生成されたPD-L1抗原結合部位、特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体を単離及び精製するのに有用な方法には、例えば、組換え抗体を培養培地に分泌する好適な宿主細胞/ベクター系から上清を得ることと、次いで市販のフィルターを使用して培地を濃縮することとを含んでもよい。濃縮後、濃縮物を単一の好適な精製マトリックス、またはアフィニティーマトリックスまたはイオン交換樹脂のような一連の好適なマトリックスに適用してもよい。1以上の逆相HPLC工程を採用して、組換えポリペプチドをさらに精製してもよい。これらの精製法は自然環境から免疫原を単離するときにも採用されてもよい。本明細書に記載されている単離抗体/組換え抗体の1以上の大規模生産方法には、適切な培養条件を維持するためにモニターされ、及び制御されるバッチ細胞培養が含まれる。可溶性のPD-L1抗原結合部位、PD-L1抗原特異的抗体、抗原結合断片、またはそれらの変異体の精製は、本明細書に記載され、且つ当該技術分野で既知であり、国内及び外国の規制当局の法律及びガイドラインに適合する方法に従って実施されてもよい。
医薬組成物
特定の実施形態では、本開示はさらに、本開示の抗原結合部位、本開示のタンパク質及び/または抗体、または本開示の二機能性タンパク質及び/または抗体と、薬学的に許容される希釈剤(複数可)、賦形剤(複数可)、または担体(複数可)とを含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は追加の治療剤を含む(例えば、併用療法)。医薬組成物は、本開示の抗原結合部位、本開示のタンパク質及びまたは抗体、または本開示の二官能性タンパク質及び/または抗体の、薬学的に使用可能な製剤への加工を容易にする賦形剤及び補助剤を含む1以上の薬学的に許容される担体を使用して、従来の方法で製剤化されてもよい。適切な製剤は選択される投与経路に依存する。任意の薬学的に許容可能な手法、担体、及び賦形剤が、本明細書に記載されている医薬組成物の製剤化に適するように使用される:Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Nineteenth Ed(Easton,Pa.:Mack Publishing Company,1995)、Hoover,John E.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania 1975、Liberman,H.A.and Lachman,L.,Eds.,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980、及びPharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,Seventh Ed.(Lippincott Williams & Wilkins1999)。IL-2組成物の例は、米国特許第4,604,377号及び同第4,766,106号に記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
特定の実施形態では、本開示はさらに、本開示の抗原結合部位、本開示のタンパク質及び/または抗体、または本開示の二機能性タンパク質及び/または抗体と、薬学的に許容される希釈剤(複数可)、賦形剤(複数可)、または担体(複数可)とを含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は追加の治療剤を含む(例えば、併用療法)。医薬組成物は、本開示の抗原結合部位、本開示のタンパク質及びまたは抗体、または本開示の二官能性タンパク質及び/または抗体の、薬学的に使用可能な製剤への加工を容易にする賦形剤及び補助剤を含む1以上の薬学的に許容される担体を使用して、従来の方法で製剤化されてもよい。適切な製剤は選択される投与経路に依存する。任意の薬学的に許容可能な手法、担体、及び賦形剤が、本明細書に記載されている医薬組成物の製剤化に適するように使用される:Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Nineteenth Ed(Easton,Pa.:Mack Publishing Company,1995)、Hoover,John E.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania 1975、Liberman,H.A.and Lachman,L.,Eds.,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980、及びPharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,Seventh Ed.(Lippincott Williams & Wilkins1999)。IL-2組成物の例は、米国特許第4,604,377号及び同第4,766,106号に記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用されるとき、「薬学的に許容される担体」及び「生理学的に許容される担体」は相互交換可能に使用され、当業者に知られているような任意の及びすべての溶媒、緩衝剤、分散媒、コーティング、界面活性剤、酸化防止剤、保存剤(例えば、抗菌剤、抗真菌剤)、等張剤、吸収剤、遅延剤、塩、保存剤、酸化防止剤、タンパク質、薬物、薬物安定剤、ポリマー、ゲル、結合物質、賦形剤、崩壊剤、滑沢剤、甘味剤、香料、染料、同様の材料及びそれらの組み合わせを含み、且つ、採用される用量及び濃度にて受容者に対して一般に非毒性である、すなわち、適宜、動物、例えば、ヒトに投与された場合に、有害反応、アレルギー反応、または他の不都合な反応を生じない分子実体及び組成物である。(例えば、参照によって本明細書に組み込まれるRemington’s Pharmaceutical Sciences,18th Ed.Mack Printing Company,1990,pp.1289-1329を参照のこと)。従来の担体が活性成分と適合しない場合を除いて、治療用組成物または医薬組成物におけるその使用が企図される。
医薬組成物は、それが固体、液体、またはエアゾールの形態で投与されるかどうか、及び注射のような投与経路のために滅菌である必要があるかどうかに応じて、異なるタイプの担体を含んでもよい。本開示の抗原結合部位、本開示のタンパク質及び/または抗体、または本開示の二機能性タンパク質及び/または抗体(及び任意の追加の治療剤)は、静脈内、皮内、動脈内、腹腔内、病変内、頭蓋内、関節内、前立腺内、脾臓内、腎内、胸膜内、気管内、鼻腔内、硝子体内、膣内、直腸内、腫瘍内、筋肉内、腹腔内、皮下、結膜下、血管内、粘膜的、心膜内、臍内、眼内、経口、局所的に、局所に、吸入(例えば、エアゾール吸入)により、注射、注入、持続注入、標的細胞を直接浸す局所灌流、カテ-テルを介して、洗浄を介して、クリームにて、脂質組成物(例えば、リポソーム)にて、または他の方法もしくは当業者に知られるような上述の任意の組み合わせ(例えば、参照によって本明細書に組み込まれるRemington’s Pharmaceutical Sciences,18th Ed.Mack Printing Company,1990を参照のこと)によって投与することができる。非経口投与、特に静脈内注射は、本開示の抗原結合部位、本開示のタンパク質及び/または抗体、または本開示の二機能性タンパク質及び/または抗体のようなポリペプチド分子を投与するために最も一般的に使用される。
治療及び使用の方法
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されているのは、治療有効量の本明細書に開示されている抗原結合部位、本明細書に開示されているタンパク質もしくは抗体、または本明細書に開示されている二機能性タンパク質もしくは抗体を、それを必要とする対象に投与し、それによって免疫反応を調節することを含む、治療または使用の方法である。いくつかの実施形態では、免疫応答の調節はT細胞活性の増強またはNK細胞活性の増強のうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、治療または使用の方法は、疾患の治療をそれを必要とする対象にて行うことである。特定の実施形態では、疾患はがんである。いくつかの実施形態では、がんは、乳癌、膵臓癌、肺癌、神経膠芽腫、腎細胞癌、または黒色腫を含む。がんの非限定例には、膀胱癌、脳腫瘍、頭頸部癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、子宮癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、食道癌、結腸癌、大腸癌、直腸癌、胃癌、神経膠芽腫、前立腺癌、血液癌、皮膚癌、扁平上皮癌、皮膚癌、黒色腫、骨癌、腎細胞癌、及び腎臓癌が挙げられる。前癌状態または病変及び癌転移も含まれる。他の細胞増殖障害としては、腹部、骨、乳房、消化器系、肝臓、膵臓、腹膜、内分泌腺(副腎、副甲状腺、下垂体、精巣、卵巣、胸腺、甲状腺)、眼、頭頸部、神経系(中枢及び末梢)、リンパ系、骨盤、皮膚、軟組織、脾臓、胸部領域、及び泌尿生殖器系に位置する新生物が挙げられるが、これらに限定されない。同様に、他の細胞増殖性障害、例えば、高ガンマグロブリン血症、リンパ増殖性障害、異常蛋白血症、紫斑病、サルコイドーシス、セザリー症候群、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ゴーシェ病、組織球症、及び上記の臓器系に位置する新生物以外の他の任意の細胞増殖性疾患を治療することもできる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されているのは、治療有効量の本明細書に開示されている抗原結合部位、本明細書に開示されているタンパク質もしくは抗体、または本明細書に開示されている二機能性タンパク質もしくは抗体を、それを必要とする対象に投与し、それによって免疫反応を調節することを含む、治療または使用の方法である。いくつかの実施形態では、免疫応答の調節はT細胞活性の増強またはNK細胞活性の増強のうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、治療または使用の方法は、疾患の治療をそれを必要とする対象にて行うことである。特定の実施形態では、疾患はがんである。いくつかの実施形態では、がんは、乳癌、膵臓癌、肺癌、神経膠芽腫、腎細胞癌、または黒色腫を含む。がんの非限定例には、膀胱癌、脳腫瘍、頭頸部癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、子宮癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、食道癌、結腸癌、大腸癌、直腸癌、胃癌、神経膠芽腫、前立腺癌、血液癌、皮膚癌、扁平上皮癌、皮膚癌、黒色腫、骨癌、腎細胞癌、及び腎臓癌が挙げられる。前癌状態または病変及び癌転移も含まれる。他の細胞増殖障害としては、腹部、骨、乳房、消化器系、肝臓、膵臓、腹膜、内分泌腺(副腎、副甲状腺、下垂体、精巣、卵巣、胸腺、甲状腺)、眼、頭頸部、神経系(中枢及び末梢)、リンパ系、骨盤、皮膚、軟組織、脾臓、胸部領域、及び泌尿生殖器系に位置する新生物が挙げられるが、これらに限定されない。同様に、他の細胞増殖性障害、例えば、高ガンマグロブリン血症、リンパ増殖性障害、異常蛋白血症、紫斑病、サルコイドーシス、セザリー症候群、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ゴーシェ病、組織球症、及び上記の臓器系に位置する新生物以外の他の任意の細胞増殖性疾患を治療することもできる。
いくつかの実施形態では、免疫応答を治療または調節する使用または方法はさらに、治療有効量の少なくとも1つの追加の治療剤(例えば、併用療法)を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、追加の治療剤は抗癌剤である。抗がん薬の例としては、チェックポイント阻害薬(例えば、抗PD1抗体)、化学療法薬、腫瘍微小環境を抑制する薬剤、がんワクチン(例えば、Sipuleucel-T)、腫瘍溶解性ウイルス(例えば、タリモジンラヘルパレプベク)、キメラ抗原受容体を発現する免疫細胞、及び腫瘍浸潤リンパ球が挙げられる。ある特定の実施形態では、追加の治療薬は、抗原結合部分を含む分子である。特定の具体的な実施形態では、抗原結合部分は、単一ドメイン抗体、Fab分子、scFv、ダイアボディ、ナノボディ、二重特異性T細胞エンゲージャー、または免疫グロブリンから選択される。特定の実施形態では、抗原結合部分は、腫瘍抗原(例えば、がん胎児性抗原、線維芽細胞活性化タンパク質-α、CD20)またはチェックポイントタンパク質(例えば、CTLA-4、PD-1)に特異的である。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、キメラ抗原受容体を発現する免疫細胞、操作されたT細胞受容体を発現する免疫細胞、または腫瘍浸潤リンパ球を含む。
他の実施形態は以下の開示から明らかになるであろう。
下記の実施例は、例示として提供されており、限定するためのものではない。
実施例1.抗PD-L1抗体の開発
この実施例では、ヒトPD-L1に特異的に結合する抗体の開発と特性評価について説明する。
この実施例では、ヒトPD-L1に特異的に結合する抗体の開発と特性評価について説明する。
scFv mRNAディスプレイのスクリーニングと選択
mRNAディスプレイ技術を使用して1012~13の天然ヒトscFvライブラリーからPD-L1結合物質を特定した。手短には、報告された手順(米国特許第6,258,558号)に類似して、DNAライブラリーを先ずmRNAライブラリーに転写し、次に、ピューロマイシンリンカーを介した共有結合によるmRNA-scFv融合ライブラリーに翻訳した。融合ライブラリーを最初にヒトIgG(陰性タンパク質)で対抗選択して非特異的結合物質を除去し、次に、組換えPD-L1-Fc融合タンパク質に対して選択し、その後、プロテインG磁気ビーズに捕捉させた。PD-1とPD-L1の相互作用を阻止するscFvを濃縮するために、PD-1を利用してプロテインGビーズからPD-L1結合物質を競合排除し、ライブラリー特異的オリゴを用いたPCR増幅によって結合物質を濃縮した。合計4回の選択を実行して、スクリーニング用の高度に濃縮されたPD-L1結合プールを生成した。
mRNAディスプレイ技術を使用して1012~13の天然ヒトscFvライブラリーからPD-L1結合物質を特定した。手短には、報告された手順(米国特許第6,258,558号)に類似して、DNAライブラリーを先ずmRNAライブラリーに転写し、次に、ピューロマイシンリンカーを介した共有結合によるmRNA-scFv融合ライブラリーに翻訳した。融合ライブラリーを最初にヒトIgG(陰性タンパク質)で対抗選択して非特異的結合物質を除去し、次に、組換えPD-L1-Fc融合タンパク質に対して選択し、その後、プロテインG磁気ビーズに捕捉させた。PD-1とPD-L1の相互作用を阻止するscFvを濃縮するために、PD-1を利用してプロテインGビーズからPD-L1結合物質を競合排除し、ライブラリー特異的オリゴを用いたPCR増幅によって結合物質を濃縮した。合計4回の選択を実行して、スクリーニング用の高度に濃縮されたPD-L1結合プールを生成した。
抗PD-L1 scFvの特定と特性評価
4回の選択の後、PD-L1を濃縮したscFvライブラリーを細菌ペリプラズム発現ベクターpET22bにクローニングし、TOP10コンピテント細胞にて形質転換した。精製及びアッセイ検出のためにC末端FLAG及び6×HISのタグを有するようにscFv分子のそれぞれを操作した。TOP10細胞からのクローンをプールし、ミニプレップDNAを調製し、続いて、発現のために細菌ロゼッタII株にて形質転換した。単一クローンを選び、増殖させ、発現のために96ウェルプレートにて0.1mMのIPTGで誘導した。抗PD-L1 scFvを特定するアッセイのために30℃で16~24時間の誘導後に上清を回収した。
4回の選択の後、PD-L1を濃縮したscFvライブラリーを細菌ペリプラズム発現ベクターpET22bにクローニングし、TOP10コンピテント細胞にて形質転換した。精製及びアッセイ検出のためにC末端FLAG及び6×HISのタグを有するようにscFv分子のそれぞれを操作した。TOP10細胞からのクローンをプールし、ミニプレップDNAを調製し、続いて、発現のために細菌ロゼッタII株にて形質転換した。単一クローンを選び、増殖させ、発現のために96ウェルプレートにて0.1mMのIPTGで誘導した。抗PD-L1 scFvを特定するアッセイのために30℃で16~24時間の誘導後に上清を回収した。
個々の抗PD-L1 scFvを特定するためにPD-L1結合スクリーニングELISAを開発した。手短には、1ウェルあたり総量25μLの、1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトFc及びヒトPD-L1-Fcを384ウェルプレートに不動化した。プレートを4℃にて一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。ヒトFc及びヒトPD-L1-Fcを不動化したウェルに上清25μLを加え、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBSTにて1:5000に希釈した抗FLAG HRP25μLを加えることによってPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにてプレートを1×PBSTで3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを加えることによって止めた。OD450nmのBiotekプレートリーダーでプレートを読み取り、エクセル棒グラフで結合及び選択性を分析した。ヒトFc対照と比べて2倍を超えるPD-L1標的結合があるクローンをDNA配列決定に供した。さらなる特性評価のために、優れたクローンを生成し、及び精製した。
E.coliでのscFv生成
特定の抗PD-L1クローンをグリセロールストックプレートから採取し、通気性膜を備えたThomson24ウェルプレートにて5mL培養物で一晩増殖させた。この培養物、及び以下に記載されているその後のすべての培養物は、特に指定されない限り、1:5,000希釈の消泡剤204も加えた、100μg/mLカルベニシリン及び34μg/mLクロラムフェニコールを加えたTerrific Broth Completeにて225rpmで振盪しながら37℃で増殖させた。次いで、この一晩スターター培養物を使用してさらに大きな培養物に播種し、スターター培養物を指定生産培養物に1:100希釈し、OD600が0.5~0.8になるまで増殖させた。この時点で、培養物を最終濃度0.1mMのIPTGで誘導し、30℃で一晩インキュベートした。翌日、培養物を5,000×gで30分間遠心分離して細胞を沈殿させ、次いで上清を0.2μmの滅菌PES膜を通して濾過滅菌した。
特定の抗PD-L1クローンをグリセロールストックプレートから採取し、通気性膜を備えたThomson24ウェルプレートにて5mL培養物で一晩増殖させた。この培養物、及び以下に記載されているその後のすべての培養物は、特に指定されない限り、1:5,000希釈の消泡剤204も加えた、100μg/mLカルベニシリン及び34μg/mLクロラムフェニコールを加えたTerrific Broth Completeにて225rpmで振盪しながら37℃で増殖させた。次いで、この一晩スターター培養物を使用してさらに大きな培養物に播種し、スターター培養物を指定生産培養物に1:100希釈し、OD600が0.5~0.8になるまで増殖させた。この時点で、培養物を最終濃度0.1mMのIPTGで誘導し、30℃で一晩インキュベートした。翌日、培養物を5,000×gで30分間遠心分離して細胞を沈殿させ、次いで上清を0.2μmの滅菌PES膜を通して濾過滅菌した。
精製には、濾過した上清1mLあたり3μLのNi Sepharose Excel樹脂(GE Healthcare)を使用した。使い捨ての10mLまたは20mLのBioRad Econo-Pacカラムを使用した。樹脂を少なくとも20カラム容量(CV)の緩衝液A(500mMまで追加のNaClを添加した1×PBS、pH7.4)で平衡化した。濾過滅菌した上清を、流量を1mL/分に制御する、または同じ充填樹脂床に2回に分けて注ぐことによって重力流により精製した。次いで、カラムを緩衝液10CVの緩衝液A及び20CVの緩衝液B(1×PBS、500mMまでの追加のNaCl及び30mMのイミダゾールを含むpH7.4)で洗浄した。必要に応じて、任意の工程としてエンドトキシンを除去するのに2つのDetox緩衝液を使用した。250mLの発現培養物精製については、抗体結合カラムを20CVの緩衝液C(1×PBS、pH7.4、追加のNaClを加えて500mM、1%TX114)、20CVの緩衝液D(1×PBS、pH7.4、追加のNaClを加えて500mMまで、1%TX100+0.2%TNBP)、及び40CVの緩衝液E(1×PBS、pH7.4、500mMまで追加のNaClを含む)で連続的に洗浄した。溶出緩衝液F(1×PBS、500mMまでの追加のNaCl及び500mMイミダゾールを含むpH7.4)を用いて合計6つの画分(0.5CV前溶出、5×1CV溶出)でタンパク質を溶出した。画分をBradfordアッセイで分析した(100μLの希釈Bradford溶液+10μLの試料)。明るい青色の画分をプールした。タンパク質濃度はA280伸張係数によって測定した。SDS-PAGEゲルを使用して精製抗体の純度を分析した。ほとんどの場合、精製抗体の熱安定性を測定するためにサーマルシフトアッセイを実行した。
PD-L1結合ELISA
ELISAアッセイは抗PD-L1 scFvのEC50を決定するために開発された。手短には、384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトPD-L1-Fcを不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。精製した抗PD-L1 scFvを200nMから2倍連続用量設定した。ヒトPD-L1を不動化したウェルに25μLを添加し、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBST中1:5000に希釈した抗FLAG HRPを25μL添加することによってPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを添加することによって止めた。OD450nmのBiotekプレートリーダーでプレートを読み取り、次いでPrism8.1ソフトウェアにてプロットした。EC50を算出し、表8に示した。図1は選択されたscFvについてのPD-L1結合ELISAの曲線を示す。
ELISAアッセイは抗PD-L1 scFvのEC50を決定するために開発された。手短には、384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトPD-L1-Fcを不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。精製した抗PD-L1 scFvを200nMから2倍連続用量設定した。ヒトPD-L1を不動化したウェルに25μLを添加し、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBST中1:5000に希釈した抗FLAG HRPを25μL添加することによってPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを添加することによって止めた。OD450nmのBiotekプレートリーダーでプレートを読み取り、次いでPrism8.1ソフトウェアにてプロットした。EC50を算出し、表8に示した。図1は選択されたscFvについてのPD-L1結合ELISAの曲線を示す。
SPRにおけるPD-L1へのscFvの結合
抗PD-L1 scFvの動態解析は、Biacore T200を使用した表面プラズモン共鳴 (SPR) 技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。CM5センサーチップのフローセル1及び2に抗ヒトFc抗体を不動化した。各サイクルについては、1μg/mLのヒトPD-L1-Fcタンパク質を、抗hFcセンサーチップ上の1×のHBSP緩衝液にてフローセル2上で流速10μL/分にて60秒間捕捉した。2倍連続希釈したHISタグ精製した抗PD-L1 scFvを参照フローセル1及びPD-L1-Fc捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入した後、300秒間洗浄した。次いで、フローセルを抗体再生緩衝液(GE Healthcare)を使用して30μl/分の流速で30秒間再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 scFvごとに300nM~0nMの8つの濃度ポイントをアッセイした。Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0を使用して、PD-L1タンパク質に結合するscFvの動態を分析した。特異的結合応答単位は、PD-L1捕捉フローセル2から参照フローセル1への結合を差し引くことで得られた。選択されたscFvの結合動態(Ka、Kd、及びKD)はセンサーグラム分析から決定されたが、それを表9に示す。
抗PD-L1 scFvの動態解析は、Biacore T200を使用した表面プラズモン共鳴 (SPR) 技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。CM5センサーチップのフローセル1及び2に抗ヒトFc抗体を不動化した。各サイクルについては、1μg/mLのヒトPD-L1-Fcタンパク質を、抗hFcセンサーチップ上の1×のHBSP緩衝液にてフローセル2上で流速10μL/分にて60秒間捕捉した。2倍連続希釈したHISタグ精製した抗PD-L1 scFvを参照フローセル1及びPD-L1-Fc捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入した後、300秒間洗浄した。次いで、フローセルを抗体再生緩衝液(GE Healthcare)を使用して30μl/分の流速で30秒間再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 scFvごとに300nM~0nMの8つの濃度ポイントをアッセイした。Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0を使用して、PD-L1タンパク質に結合するscFvの動態を分析した。特異的結合応答単位は、PD-L1捕捉フローセル2から参照フローセル1への結合を差し引くことで得られた。選択されたscFvの結合動態(Ka、Kd、及びKD)はセンサーグラム分析から決定されたが、それを表9に示す。
FACSにおける細胞表面PD-L1へのscFvの結合
pCMV6-EntryベクターにてC末端FLAG及びMycのタグを持つ完全長ヒトPD-L1をコードする構築物でK562細胞(ATCC)に形質移入した。G418薬剤選択プロセスによってPD-L1標的発現細胞のポリクローナル薬剤耐性プールが得られた。並行して、空のベクターで形質移入した親株を陰性対照として生成した。PD-L1標的発現細胞をFACSによって選別してPD-L1標的発現ポリクローナルプールを生成した。このプールをG418薬剤選択のもとで増殖させた。次いで、単一細胞選別を実施し、その後さらに薬物選択を行ってクローン細胞株を形成した。FACSによってPD-L1発現についてクローン株をスクリーニングした。次に、高発現PD-L1細胞株をスクリーニングとアッセイに使用した。
pCMV6-EntryベクターにてC末端FLAG及びMycのタグを持つ完全長ヒトPD-L1をコードする構築物でK562細胞(ATCC)に形質移入した。G418薬剤選択プロセスによってPD-L1標的発現細胞のポリクローナル薬剤耐性プールが得られた。並行して、空のベクターで形質移入した親株を陰性対照として生成した。PD-L1標的発現細胞をFACSによって選別してPD-L1標的発現ポリクローナルプールを生成した。このプールをG418薬剤選択のもとで増殖させた。次いで、単一細胞選別を実施し、その後さらに薬物選択を行ってクローン細胞株を形成した。FACSによってPD-L1発現についてクローン株をスクリーニングした。次に、高発現PD-L1細胞株をスクリーニングとアッセイに使用した。
抗PD-L1 scFvがPD-L1発現細胞に結合するかどうかを確認するために、200nMの精製抗PD-L1 scFvを完全培地で希釈し、96ウェルプレートにてPD-L1/K562細胞及びK562細胞と共に氷上で1時間インキュベートした。細胞を1200rpm、4℃で5分間遠心して一次抗体を除去した。次いで、細胞を1ウェルあたり200μLの完全培地で1回洗浄した。100μLの希釈二次抗体を添加し、暗所にて4℃で30分間インキュベートすることによって、あらかじめ混合した抗HisビオチンストレプトアビジンAlexa Fluor647で試料を検出した。試料を1200rpmで4℃にて5分間遠心し、ウェルあたり200μLの1×PBSで2回洗浄した。試料を200μLの1×PBSで再構成し、Attune NxTサイトメーターで読み取った。分析は、陰性細胞株と標的細胞株の双方に結合する抗PD-L1 scFvのオーバーレイヒストグラムをプロットするAttune NxTソフトウェアによって行った。選択されたscFvについての細胞表面でのPD-L1結合のEC50を算出し、表10に示す。図2A~Bは、選択されたscFvについてのPD-L1/K562細胞の表面結合のFACS曲線を示す。
HTRFにおけるPD-L1とPD-1の相互作用とのscFvの競合
PD-1/PD-L1 TR-FRET(HTRF)アッセイキット(BPS、72038)を使用して抗PD-L1 scFvによるPD-1の中和活性を評価した。手短には、1×Immuno緩衝液1を作成した。色素標識アクセプター、PD-1-Eu、PD-L1ビオチン化及びscFvを緩衝液1で希釈した。384ウェルプレートの各ウェルに、製造元の推奨容量に従って連続希釈したscFvと試薬を加えた。試料を室温で1.5時間インキュベートし、その後、製造元のアッセイ用の機器設定を使用してBiotek Neo2プレートリーダーで蛍光強度を読み取った。データ解析は、665nm発光/620nm発光のTR-FRET比を使用して実行し、Prism8.0でプロットした。選択されたscFvについてのPD-1及びPD-L1の競合IC50を算出したが、それを表11に示す。図3A~Bは、選択されたscFvについてのPD-1及びPD-L1の競合結果を示す。
PD-1/PD-L1 TR-FRET(HTRF)アッセイキット(BPS、72038)を使用して抗PD-L1 scFvによるPD-1の中和活性を評価した。手短には、1×Immuno緩衝液1を作成した。色素標識アクセプター、PD-1-Eu、PD-L1ビオチン化及びscFvを緩衝液1で希釈した。384ウェルプレートの各ウェルに、製造元の推奨容量に従って連続希釈したscFvと試薬を加えた。試料を室温で1.5時間インキュベートし、その後、製造元のアッセイ用の機器設定を使用してBiotek Neo2プレートリーダーで蛍光強度を読み取った。データ解析は、665nm発光/620nm発光のTR-FRET比を使用して実行し、Prism8.0でプロットした。選択されたscFvについてのPD-1及びPD-L1の競合IC50を算出したが、それを表11に示す。図3A~Bは、選択されたscFvについてのPD-1及びPD-L1の競合結果を示す。
Jurkat細胞でのNFATレポーターアッセイにおけるscFv
抗PD-L1 scFvのPD-1中和活性も、PD-1/PD-L1遮断バイオアッセイキット(Promega、J1250)を使用した細胞アッセイで評価した。製造元のプロトコールに従って、PD-L1 aAPC/CHOK1細胞を解凍し、白色平底アッセイプレートに播種した。細胞を37℃、5%CO2で一晩インキュベートした。翌日、培地を各ウェルから除去した。PD-L1 scFvクローンを500nMから開始して5倍連続希釈し、40μLの2×濃度の希釈scFv及び対照を細胞に添加した。プレートを37℃で30分間インキュベートして、scFvを細胞表面のPD-L1に結合させた。PD-1エフェクター細胞を製造元のプロトコールに従って解凍し、抗PD-L1 scFvと共にPD-L1 aAPC/CHOK1細胞を含有する各ウェルに40μLを加えた。プレートを37℃、5%CO2にて16時間インキュベートした。次いで、アッセイプレートを10分間室温に平衡化した。室温のBio-Glo試薬80μLを各ウェル及び対照ウェルに加えた。プレートを室温で振盪しながら30分間インキュベートし、光から保護した。発光をBiotek Neo2プレートリーダーで定量し、Prism 8.0ソフトウェアでプロットした。選択されたscFvのNFATレポーターアッセイのEC50を算出したが、それを表12に示す。図4はレポーターアッセイの結果を示す。
抗PD-L1 scFvのPD-1中和活性も、PD-1/PD-L1遮断バイオアッセイキット(Promega、J1250)を使用した細胞アッセイで評価した。製造元のプロトコールに従って、PD-L1 aAPC/CHOK1細胞を解凍し、白色平底アッセイプレートに播種した。細胞を37℃、5%CO2で一晩インキュベートした。翌日、培地を各ウェルから除去した。PD-L1 scFvクローンを500nMから開始して5倍連続希釈し、40μLの2×濃度の希釈scFv及び対照を細胞に添加した。プレートを37℃で30分間インキュベートして、scFvを細胞表面のPD-L1に結合させた。PD-1エフェクター細胞を製造元のプロトコールに従って解凍し、抗PD-L1 scFvと共にPD-L1 aAPC/CHOK1細胞を含有する各ウェルに40μLを加えた。プレートを37℃、5%CO2にて16時間インキュベートした。次いで、アッセイプレートを10分間室温に平衡化した。室温のBio-Glo試薬80μLを各ウェル及び対照ウェルに加えた。プレートを室温で振盪しながら30分間インキュベートし、光から保護した。発光をBiotek Neo2プレートリーダーで定量し、Prism 8.0ソフトウェアでプロットした。選択されたscFvのNFATレポーターアッセイのEC50を算出したが、それを表12に示す。図4はレポーターアッセイの結果を示す。
抗PD-L1 scFv 2018EP171-H02の親和性成熟
抗PD-L1 scFvの親和性と生物活性をさらに向上させるために、2018EP171-H02の合理的に設計されたHCDR3変異誘発scFvライブラリーを構築し、厳しい選択条件に供した。HCDR3(配列番号46)の残基を70%対30%のWT対変異型の比で変異誘発した、gtg tat tac tgt gcg aga gat aaa ggg tat ggc agt ggc tgg agg ggt gac tac tgg ggc cag gga(配列番号190)。フレームワーク及びVLとの重複PCRによって変異原性ライブラリーを構築した。mRNAディスプレイを使用して、2回の選択を介してさらに高い親和性のscFv結合物質を濃縮した。最初の回は、分子がPD-L1の天然エピトープに結合することを保証するために、PD-L1/CHOK1細胞株で選択された。2回目は、10nMのPD-L1-Fcタンパク質と結合させ、続いて競合物質として500nMの不動化PD-L1の存在下で16時間オフレート選択を行った。不動化されたPD-L1はさらに弱い結合物質と共に除去された。次に、さらに高い親和性のscFv結合物質を持つPD-L1 FcをプロテインGビーズで捕捉し、溶出して、PCR増幅した。
抗PD-L1 scFvの親和性と生物活性をさらに向上させるために、2018EP171-H02の合理的に設計されたHCDR3変異誘発scFvライブラリーを構築し、厳しい選択条件に供した。HCDR3(配列番号46)の残基を70%対30%のWT対変異型の比で変異誘発した、gtg tat tac tgt gcg aga gat aaa ggg tat ggc agt ggc tgg agg ggt gac tac tgg ggc cag gga(配列番号190)。フレームワーク及びVLとの重複PCRによって変異原性ライブラリーを構築した。mRNAディスプレイを使用して、2回の選択を介してさらに高い親和性のscFv結合物質を濃縮した。最初の回は、分子がPD-L1の天然エピトープに結合することを保証するために、PD-L1/CHOK1細胞株で選択された。2回目は、10nMのPD-L1-Fcタンパク質と結合させ、続いて競合物質として500nMの不動化PD-L1の存在下で16時間オフレート選択を行った。不動化されたPD-L1はさらに弱い結合物質と共に除去された。次に、さらに高い親和性のscFv結合物質を持つPD-L1 FcをプロテインGビーズで捕捉し、溶出して、PCR増幅した。
2回目の変異原性ライブラリー選択の後、プールをpET22bベクターにクローニングし、上記のようにスクリーニングした。
選択された親和性成熟したscFvクローンについての生成、結合、及び特性評価アッセイのすべてを上記のように実施した。データを分析し、ELISA結合については表13、SPR動態解析については表14、PD-L1/K6562細胞表面FACS結合については表15、及びJurkat NFATレポーターアッセイ表面PD-L1結合の結果については表16に提供した。図5はELISA結合の結果を示す。図6はPD-L1/K6562細胞表面のFACS結合を示す。図7はPD-1とPD-L1の競合HTRFの結果を示す。図8は、選択された最適化されたscFvについてのJurkat NFATレポーターアッセイの結果を示す。
実施例2.抗体及び二機能性抗体の構造
2019EP69-F03の可変VH及びVL配列をヒト重鎖IgG1主鎖及び軽鎖ラムダ主鎖(それぞれEP206及びEP205)の定常フレーム配列に融合して、抗PD-L1モノクローナル抗体を生成した。
2019EP69-F03の可変VH及びVL配列をヒト重鎖IgG1主鎖及び軽鎖ラムダ主鎖(それぞれEP206及びEP205)の定常フレーム配列に融合して、抗PD-L1モノクローナル抗体を生成した。
抗PD-L1/IL-15融合二機能性抗体を生成するために、抗PD-L1の一方の重鎖のC末端を(G4S)4リンカーによってヒトIL-15(50-162)[P40933]に融合した。S354C、T366W、及びK409Aの突然変異(Wei et al.,Oncotarget,2017;Xu et al.,mAbs,2015)を導入して、ノブ分子(EP203)としての鎖を作成した。抗PD-L1の別の重鎖のC末端を、(G4S)4 リンカーによってヒトIL-15Rα(31-97)[Q13261]に融合した。Y349C、T366S、L368A、F405K、及びY407Vの突然変異(Wei et al.,Oncotarget,2017;Xu et al.,mAbs,2015)を導入してホール分子(EP204)としての鎖を作成した。軽鎖EP205を使用して、それぞれノブ抗PD-L1鎖及びホール抗PD-L1鎖とペア形成した。
別の場合では、2019EP69-F03のscFv鎖全体をヒト重鎖IgG1主鎖の定常Fcフレーム配列に融合した。scFv-Fc分子の1つのC末端を(G4S)4リンカーによってヒトIL-15(50-162)[P40933]に融合した。この分子はノブ分子としてS354C、T366W、及びK409Aの突然変異を保有していた。別のscFv-Fc分子のC末端を(G4S)4リンカー(EP207)によってヒトIL-15Rα(31-97)[Q13261]に融合した。この分子は、ホール分子としてY349C、T366S、L368A、F405K、及びY407Vの突然変異を保有していた(配列EP208)。ノブ分子とホール分子の双方におけるL234A、L235A、及びP329Gの突然変異を導入し、補体結合とFc-γ依存性の抗体依存性細胞傷害(ADCC)効果を消失させた(Lo et al.,JBC,2017)。
別の例では、S354C、T366W、及びK409Aの突然変異を抗PD-L1配列(例えばEP205)の重鎖に導入して、ノブ分子(例えばEP362)を生成した。操作されたIL-2ポリペプチドをコードするタンパク質配列を、(G4S)4リンカーによって抗PD-L1配列(例えば、EP205)の重鎖の定常フレーム配列のC末端部位に融合した。Y349C、T366S、L368A、F405K、及びY407Vの突然変異を導入してホール分子(例えば、EP363、EP364、EP365)としての鎖を作成した。特定の実施形態では、FcにおけるL234A、L235A、及びP329Gの突然変異を導入して、補体結合及びFc-γ依存性抗体依存性細胞傷害(ADCC)効果を排除した(Lo et al.,JBC,2017)。
種々の形式では、抗PD-L1の一方の重鎖のC末端を(G4S)4リンカーによってIL-15 (50-162)に融合した。S354C、T366W、及びK409Aの突然変異を導入してノブ分子(EP203)としての鎖を作成した。抗PD-L1の別の重鎖のC末端を、(G4S)4リンカーによってヒトIL-15Rα(31-97)に融合した。Y349C、T366S、L368A、F405K、及びY407Vの突然変異を導入してホール分子(例えば、EP204)としての鎖を作成した。ノブ分子及びホール分子双方におけるL234A、L235A、及びP329Gの突然変異を導入して補体結合及びFc-γ依存性抗体依存性細胞傷害(ADCC)効果を排除した(Lo et al.,JBC,2017)。軽鎖EP205を使用して、それぞれノブ抗PD-L1鎖及びホール抗PD-L1鎖とペア形成した。
次に、上記で設計された配列全体をコードするDNAを、哺乳類細胞発現のために最適化されたコドンで合成し、pCDNA3.4(Invitrogen)にサブクローニングした。図9は選択された抗PD-L1抗体の形式の概略図を示す。
実施例3.IL-2-Fc及び抗体の生成
抗PD-L1モノクローナル抗体を、重鎖と軽鎖のプラスミドDNAの比1:2で標準プロトコールに従ってフリースタイルシステム(Invitrogen)におけるExpiHEK293-F細胞にて一時的に発現させた。細胞は回収前に5日間増殖させた。上清を遠心分離によって回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって抗体を精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのクエン酸(pH5.0)+300mMのNaClで素早く中和した。次に、Superdex 200 16/600カラムを使用して抗体をさらに精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、20mMのヒスチジンpH6.0+150mMのNaClにて保持した。
抗PD-L1モノクローナル抗体を、重鎖と軽鎖のプラスミドDNAの比1:2で標準プロトコールに従ってフリースタイルシステム(Invitrogen)におけるExpiHEK293-F細胞にて一時的に発現させた。細胞は回収前に5日間増殖させた。上清を遠心分離によって回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって抗体を精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのクエン酸(pH5.0)+300mMのNaClで素早く中和した。次に、Superdex 200 16/600カラムを使用して抗体をさらに精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、20mMのヒスチジンpH6.0+150mMのNaClにて保持した。
抗PD-L1/IL-15二機能性融合抗体の生成については、それぞれのIgG1主鎖形式の「ノブ」及び「ホール」構築物を、標準プロトコールに従ってフリースタイルシステム(Invitrogen)でのExpiHEK293-F細胞に形質移入した。回収前に5日間細胞を増殖させた。上清を遠心分離によって回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって抗体を精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのクエン酸(pH5.0)+300mMのNaClで素早く中和した。次に、Superdex 200 Increase16/600カラムによって抗体をさらに精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、1×PBS緩衝液にて保持した。
一価IL-2-Fc融合タンパク質の生成のために、それぞれのIgG1主鎖形式での「ノブ」と「ホール」の構築物をExpiHEK293-F細胞に1:1の割合で形質移入した。細胞を5日間増殖させ、遠心分離により上清を回収し、0.2μmのPES膜で濾過した。最初に、Fc融合アゴニストを、MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのクエン酸(pH5.0)+300mMのNaClで素早く中和した。次に、アゴニストタンパク質を1mLに濃縮し、さらにSuperdex 200 16/600ゲル濾過カラムによって精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、1×PBSにて保持した。精製した一価IL-2-Fc融合アゴニストをSDSゲル(4~12%のBis-Tris Boltゲル、MESランニング緩衝液を含む)上で泳動した。
一価(Fab形式)抗PD-L1/IL-2二機能性抗体の生成については、それぞれのIgG1主鎖形式の「ノブ」及び「ホール」の構築物を対応する軽鎖構築物と共にノブ:ホール:軽鎖の比が1:4:4である標準プロトコールに従ったフリースタイルシステム(Invitrogen)にてExpiHEK293-F細胞に形質移入した。細胞は回収前に5日間増殖させた。上清を遠心分離によって回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって抗体を精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのヒスチジン(pH5.0)+150mMのNaClで素早く中和した。次に、Superdex 200 16/600カラムによって抗体をさらに精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、20mNのヒスチジン、150mMのNaCl緩衝液にて保持した。
一価(scFv形式)抗PD-L1/IL-2二機能性抗体の生成については、それぞれのIgG1主鎖形式の「ノブ」及び「ホール」の構築物をノブ:ホールの比が1:2である標準プロトコールに従ったフリースタイルシステム(Invitrogen)にてExpiHEK293-F細胞に形質移入した。細胞は回収前に5日間増殖させた。上清を遠心分離によって回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって抗体を精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのヒスチジン(pH5.0)+150mMのNaClで素早く中和した。次に、Superdex 200 16/600カラムによって抗体をさらに精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、20mNのヒスチジン、150mMのNaCl緩衝液にて保持した。
二価(Fab形式)抗PD-L1/IL-2二機能性抗体の生成については、それぞれのIgG1主鎖形式の「ノブ」及び「ホール」の構築物を対応する軽鎖構築物と共にノブ:ホール:軽鎖の比が1:2:2である標準プロトコールに従ったフリースタイルシステム(Invitrogen)にてExpiHEK293-F細胞に形質移入した。細胞は回収前に5日間増殖させた。上清を遠心分離によって回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。MabSelect PrismAプロテインA樹脂(GE Health)によって抗体を精製した。タンパク質を100mMのGly(pH2.5)+150mMのNaClで溶出させ、20mMのヒスチジン(pH5.0)+150mMのNaClで素早く中和した。次に、Superdex 200 16/600カラムによって抗体をさらに精製した。単量体のピーク画分をプールして濃縮した。最終精製タンパク質は10EU/mg未満の最終エンドトキシンレベルを有し、20mNのヒスチジン、150mMのNaCl緩衝液にて保持した。
抗PD-L1/IL-2融合抗体の生成については、構築物を、標準プロトコールに従ってフリースタイルシステム(Invitrogen)でのExpiHEK293-F細胞に形質移入した。回収前に5日間細胞を増殖させた。上清を遠心分離で回収し、0.2μmのPES膜に通して濾過した。製造元のプロトコールに従って、Ni-Sepharose(GE Healthcare)アフィニティーカラムによって抗体を精製した。Superdex 200 16/600カラムによって抗体をさらに精製した。アゴニストの高度に均質な単量体ピーク画分をそれぞれプールし、濃縮した。最終的なエンドトキシンレベルは10EU/mg未満であった。タンパク質をそれぞれ、結合及び機能分析のために1×PBS緩衝液中で保存した。
実施例4.抗PD-L1抗体IgGの特性評価
ELISAにおけるPD-L1に結合する抗PD-L1 IgG抗体
ELISAアッセイは、抗PD-L1 IgG抗体のEC50を決定するために開発された。手短には、384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトPD-L1 HISタグ付き組換えタンパク質を不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。精製PD-L1 IgGを200nMから開始する2倍連続希釈で用量設定し、25μLをヒトPD-L1不動化ウェルに加え、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBST中1:5000に希釈した抗hFc HRP 25uLを加えることによってPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを添加することによって止めた。Biotekプレートリーダーを使用してOD450nmでプレートを読み取り、次いでPrism8.1ソフトウェアにてプロットした。表17は、抗PD-L1 IgG抗体についてのELISA結合のEC50を示す。
ELISAにおけるPD-L1に結合する抗PD-L1 IgG抗体
ELISAアッセイは、抗PD-L1 IgG抗体のEC50を決定するために開発された。手短には、384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトPD-L1 HISタグ付き組換えタンパク質を不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。精製PD-L1 IgGを200nMから開始する2倍連続希釈で用量設定し、25μLをヒトPD-L1不動化ウェルに加え、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBST中1:5000に希釈した抗hFc HRP 25uLを加えることによってPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを添加することによって止めた。Biotekプレートリーダーを使用してOD450nmでプレートを読み取り、次いでPrism8.1ソフトウェアにてプロットした。表17は、抗PD-L1 IgG抗体についてのELISA結合のEC50を示す。
SPRにおける抗PD-L1 IgG抗体のPD-L1への結合動態
抗PD-L1 IgGの動態解析はBiacore T200によるSPR技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1-IgGを、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μL/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈のhPD-L1-HISタグ付きタンパク質を参照フローセル1及び抗PD-L1 IgG捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入し、その後、300秒間洗浄した。次いで、フローセルを30μl/分の流速で60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nMの8濃度ポイントをアッセイした。Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって、PD-L1タンパク質に結合する抗PD-L1 IgGの動態を分析した。特異的結合応答単位は、抗体捕捉フローセル2から参照フローセル1への結合を差し引くことで得られた。以下の表18はSPRによる抗PD-L1 IgG抗体の結合動態を示す。
抗PD-L1 IgGの動態解析はBiacore T200によるSPR技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1-IgGを、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μL/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈のhPD-L1-HISタグ付きタンパク質を参照フローセル1及び抗PD-L1 IgG捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入し、その後、300秒間洗浄した。次いで、フローセルを30μl/分の流速で60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nMの8濃度ポイントをアッセイした。Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって、PD-L1タンパク質に結合する抗PD-L1 IgGの動態を分析した。特異的結合応答単位は、抗体捕捉フローセル2から参照フローセル1への結合を差し引くことで得られた。以下の表18はSPRによる抗PD-L1 IgG抗体の結合動態を示す。
FACSにおける細胞表面のPD-L1に対する抗PD-L1 IgG抗体の結合
200nMの精製抗PD-L1 IgG抗体を完全培地で希釈し、96ウェルプレートにてPD-L1/K562細胞及びK562細胞と共に氷上で1時間インキュベートした。細胞を1200rpm、4℃で5分間遠心して一次抗体を除去した。次いで、細胞をウェルあたり200μLの完全培地で1回洗浄した。100μLの希釈二次抗体を加え、暗所にて4℃で30分間インキュベートすることによって、抗hFc Alexa Fluor647で試料を検出した。試料を1200rpmで4℃にて5分間遠心し、ウェルあたり200μLの1×PBSで2回洗浄した。試料を200μLの1×PBSで再構成し、Attune NxTサイトメーターで読み取った。分析は、陰性細胞株と標的細胞株の双方に結合する抗PD-L1抗体のオーバーレイヒストグラムをプロットするAttune NxTソフトウェアによって行った。
200nMの精製抗PD-L1 IgG抗体を完全培地で希釈し、96ウェルプレートにてPD-L1/K562細胞及びK562細胞と共に氷上で1時間インキュベートした。細胞を1200rpm、4℃で5分間遠心して一次抗体を除去した。次いで、細胞をウェルあたり200μLの完全培地で1回洗浄した。100μLの希釈二次抗体を加え、暗所にて4℃で30分間インキュベートすることによって、抗hFc Alexa Fluor647で試料を検出した。試料を1200rpmで4℃にて5分間遠心し、ウェルあたり200μLの1×PBSで2回洗浄した。試料を200μLの1×PBSで再構成し、Attune NxTサイトメーターで読み取った。分析は、陰性細胞株と標的細胞株の双方に結合する抗PD-L1抗体のオーバーレイヒストグラムをプロットするAttune NxTソフトウェアによって行った。
HTRFアッセイにおけるPD-L1及びPD-1相互作用に対する抗PD-L1 IgG抗体の結合競合、及びJurkat細胞NFATレポーターアッセイにおける免疫細胞の活性化はscFvの特性評価で記載されたものと同じだった。以下の表19は、Jurkat細胞レポーターアッセイのEC50、PD-L1/K562細胞表面結合EC50及びIgG抗体に対するHTRF PD-1とPD-L1競合の結果を示す。図10はPD-L1/K562細胞表面のFACS結合の結果を示す。
実施例5.抗PD-L1/IL-15融合抗体の特性評価
ELISAにおけるPD-L1及びIL-15受容体への抗PD-L1/IL-15の結合
ELISAアッセイは、抗PD-L1抗体のEC50を決定するために開発された。手短には、384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトIL-15Rα-HISタグ付きタンパク質またはヒトPD-L1 HISタグ付きタンパク質を不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。精製した抗PD-L1/IL-15を200nMから3倍連続用量設定した。ヒトPD-L1/IL-15を不動化したウェルに25μLを加え、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBSTで1:10000に希釈した抗ヒトHRP25μLを加えることによってIL-15またはPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを加えることによって止めた。プレートをOD450nmのBiotekプレートリーダーで読み取り、Prism8.1ソフトウェアにてプロットして、EC50を算出した。表20は、抗体についてのPD-L1のELISA結合のEC50を示す。
ELISAにおけるPD-L1及びIL-15受容体への抗PD-L1/IL-15の結合
ELISAアッセイは、抗PD-L1抗体のEC50を決定するために開発された。手短には、384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLのヒトIL-15Rα-HISタグ付きタンパク質またはヒトPD-L1 HISタグ付きタンパク質を不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。精製した抗PD-L1/IL-15を200nMから3倍連続用量設定した。ヒトPD-L1/IL-15を不動化したウェルに25μLを加え、振盪しながら1時間インキュベートした。1×PBSTで1:10000に希釈した抗ヒトHRP25μLを加えることによってIL-15またはPD-L1の結合を検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質20μLで5分間発色させ、2Nの硫酸20μLを加えることによって止めた。プレートをOD450nmのBiotekプレートリーダーで読み取り、Prism8.1ソフトウェアにてプロットして、EC50を算出した。表20は、抗体についてのPD-L1のELISA結合のEC50を示す。
SPRにおけるIL-2Rb及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-15の結合動態
抗PD-L1-IgG/IL-15及び抗PD-L1-scFv-Fc/IL-15のIL-15Rβ及びPD-L1に対する二機能性の動態解析はBiacore T200を用いたSPR技術によって評価されている。IL-15受容体はIL-2受容体と同じベータサブユニットを共有していることに留意のこと。したがって、IL-15RβはIL-2Rβ及びCD122とも呼ばれる。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1-IgG/IL-15または抗PD-L1-scFv-Fc/IL-15を、プロテインAセンサーチップ上の1×のHBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μl/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈したIL-15Rβ-HISまたはhPD-L1-HISタグ付きタンパク質を参照フローセル1及び抗PD-L1/IL-15二機能性補足フローセル2の双方に流速30μl/分で150秒間注入し、その後、300秒間洗浄した。次いで、フローセルを30μl/分の流速にて60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nM(IL-15Rβ-HIS)または300nM-0nM(PD-L1-HIS)の8濃度ポイントをアッセイした。抗PD-L1/IL-15のIL-15Rβ及びPD-L1タンパク質への二機能性結合の動態は、Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって解析した。特異的結合応答単位は、抗体を捕捉したフローセル2から参照フローセル1への結合を差し引いて得られた。表21は、IL-2Rβ及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-15の結合動態の結果を示す。
抗PD-L1-IgG/IL-15及び抗PD-L1-scFv-Fc/IL-15のIL-15Rβ及びPD-L1に対する二機能性の動態解析はBiacore T200を用いたSPR技術によって評価されている。IL-15受容体はIL-2受容体と同じベータサブユニットを共有していることに留意のこと。したがって、IL-15RβはIL-2Rβ及びCD122とも呼ばれる。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1-IgG/IL-15または抗PD-L1-scFv-Fc/IL-15を、プロテインAセンサーチップ上の1×のHBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μl/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈したIL-15Rβ-HISまたはhPD-L1-HISタグ付きタンパク質を参照フローセル1及び抗PD-L1/IL-15二機能性補足フローセル2の双方に流速30μl/分で150秒間注入し、その後、300秒間洗浄した。次いで、フローセルを30μl/分の流速にて60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nM(IL-15Rβ-HIS)または300nM-0nM(PD-L1-HIS)の8濃度ポイントをアッセイした。抗PD-L1/IL-15のIL-15Rβ及びPD-L1タンパク質への二機能性結合の動態は、Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって解析した。特異的結合応答単位は、抗体を捕捉したフローセル2から参照フローセル1への結合を差し引いて得られた。表21は、IL-2Rβ及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-15の結合動態の結果を示す。
NFATレポーターアッセイにおける抗PD-L1/IL-15抗体
Jurkat細胞NFATレポーターアッセイ(Promega、J1250)における免疫細胞の活性化はscFvの特性評価に記載されたものと同じだった。二機能性抗体についてのEC50を表22に示す。図11はNFATレポーターアッセイの結果を示す。
Jurkat細胞NFATレポーターアッセイ(Promega、J1250)における免疫細胞の活性化はscFvの特性評価に記載されたものと同じだった。二機能性抗体についてのEC50を表22に示す。図11はNFATレポーターアッセイの結果を示す。
抗PD-L1/IL-15抗体のP-STAT5活性
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーの白血球除去システム(LRS)コーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10倍濃度での抗PD-L1/IL-15抗体で37℃にて20分間、細胞を刺激した。刺激したPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の%を決定し、各抗体またはIL-15(Peprotech)の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用して、P-STAT5活性化のEC50値を決定した。P-STAT5のEC50を表23に示す。図12は、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NK細胞、及び制御性T細胞におけるp-STAT5活性化の結果を示す。
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーの白血球除去システム(LRS)コーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10倍濃度での抗PD-L1/IL-15抗体で37℃にて20分間、細胞を刺激した。刺激したPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の%を決定し、各抗体またはIL-15(Peprotech)の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用して、P-STAT5活性化のEC50値を決定した。P-STAT5のEC50を表23に示す。図12は、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NK細胞、及び制御性T細胞におけるp-STAT5活性化の結果を示す。
実施例6.一価IL-2-Fcの特性評価
IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体への結合ELISA
一価IL-2Fc融合タンパク質については、組み換えHisタグ付きヒトIL-2Rα及びIL-2Rβを384ウェルプレートのウェルに1×PBS25μLで添加し、4℃で一晩インキュベートしてプレートをコーティングした。プレートを0.05%のTween20/1×PBSで3回洗浄した。100μLのSuperBlockで室温にてプレートを1時間ブロックし、次に、0.05%のTween20/1×PBSで3回洗浄した。0.05%のTween20/1×PBS中で、IL-2突然変異型を1000nMから0nMまで希釈し、プレートに室温で2時間添加した。次に、プレートを0.05%のTween20/1×PBSで6回洗浄した。抗Hisタグ-HRPを0.05%のTween20/1×PBS中で1:5000に希釈し、室温で1時間プレートに添加した。次に、プレートを0.05%のTween20/1×PBSで6回洗浄し、TMBを添加して、青色に発色させた。反応を、2Nの硫化水素で停止させ、450nmでの光吸光度をBioTekプレートリーダーで読み取った。ヒトIL-2Rα及びIL-2Rβについて、IL-2濃度に対比させた吸光度をグラフ化する。ELISA結合のEC50値の概要を表24に示す。図13A及び図13Bは、それぞれIL-2Rα及びIL-2Rβ受容体への一価IL-2 Fcタンパク質の結合を示す。
IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体への結合ELISA
一価IL-2Fc融合タンパク質については、組み換えHisタグ付きヒトIL-2Rα及びIL-2Rβを384ウェルプレートのウェルに1×PBS25μLで添加し、4℃で一晩インキュベートしてプレートをコーティングした。プレートを0.05%のTween20/1×PBSで3回洗浄した。100μLのSuperBlockで室温にてプレートを1時間ブロックし、次に、0.05%のTween20/1×PBSで3回洗浄した。0.05%のTween20/1×PBS中で、IL-2突然変異型を1000nMから0nMまで希釈し、プレートに室温で2時間添加した。次に、プレートを0.05%のTween20/1×PBSで6回洗浄した。抗Hisタグ-HRPを0.05%のTween20/1×PBS中で1:5000に希釈し、室温で1時間プレートに添加した。次に、プレートを0.05%のTween20/1×PBSで6回洗浄し、TMBを添加して、青色に発色させた。反応を、2Nの硫化水素で停止させ、450nmでの光吸光度をBioTekプレートリーダーで読み取った。ヒトIL-2Rα及びIL-2Rβについて、IL-2濃度に対比させた吸光度をグラフ化する。ELISA結合のEC50値の概要を表24に示す。図13A及び図13Bは、それぞれIL-2Rα及びIL-2Rβ受容体への一価IL-2 Fcタンパク質の結合を示す。
IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体への結合のSPR
一価IL-2Rβ Fc融合タンパク質の結合動態はBiacore T200を使用するSPR技術によって分析されている。手短には、抗hFc抗体をフローセル1及び2に不動化した。各サイクルでは、1μg/mLのIL-2 Fc融合タンパク質を、抗hFc不動化チップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μl/分で60秒間捕捉した。100nMのIL-2Rα-Hisタグ付きまたはIL-2Rβ-Hisタグ付きを2倍連続希釈し、参照フローセル1の双方に注入し、IL-2Fc融合タンパク質をフローセル2にて流速30μl/分で150秒間補足し、最後の注入後、300秒の洗浄を行った。96ウェル形式にて8つの連続希釈濃度ポイントでアッセイを設定した。Biacore T200評価ソフトウェア3.0を使用して動態データを分析した。特異的結合応答単位は、標的フローセル2から参照フローセル1への結合を差し引くことで得られた。IL-2受容体に対する一価IL-2-Fc融合タンパク質の結合動態の概要を表25に示す。
*定常状態の親和性ND:検出不能の結合
一価IL-2Rβ Fc融合タンパク質の結合動態はBiacore T200を使用するSPR技術によって分析されている。手短には、抗hFc抗体をフローセル1及び2に不動化した。各サイクルでは、1μg/mLのIL-2 Fc融合タンパク質を、抗hFc不動化チップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μl/分で60秒間捕捉した。100nMのIL-2Rα-Hisタグ付きまたはIL-2Rβ-Hisタグ付きを2倍連続希釈し、参照フローセル1の双方に注入し、IL-2Fc融合タンパク質をフローセル2にて流速30μl/分で150秒間補足し、最後の注入後、300秒の洗浄を行った。96ウェル形式にて8つの連続希釈濃度ポイントでアッセイを設定した。Biacore T200評価ソフトウェア3.0を使用して動態データを分析した。特異的結合応答単位は、標的フローセル2から参照フローセル1への結合を差し引くことで得られた。IL-2受容体に対する一価IL-2-Fc融合タンパク質の結合動態の概要を表25に示す。
P-STAT5のプロファイル
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーのLRSコーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のヒトIL-2-Fc WT及び操作されたIL-2-Fc突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激したPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の%を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用して、P-STAT5活性化のEC50値を決定し、表26に示した。図14A~Dは、ドナー126由来のCD4+T細胞、CD8+T細胞、NK細胞、及び制御性T細胞についてのp-STAT5のプロファイリング曲線を示す。図14E~Hは、ドナー359由来のCD4+T細胞、CD8+T細胞、NK細胞、及び制御性T細胞についてのp-STAT5のプロファイリング曲線を示す。
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーのLRSコーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のヒトIL-2-Fc WT及び操作されたIL-2-Fc突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激したPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の%を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用して、P-STAT5活性化のEC50値を決定し、表26に示した。図14A~Dは、ドナー126由来のCD4+T細胞、CD8+T細胞、NK細胞、及び制御性T細胞についてのp-STAT5のプロファイリング曲線を示す。図14E~Hは、ドナー359由来のCD4+T細胞、CD8+T細胞、NK細胞、及び制御性T細胞についてのp-STAT5のプロファイリング曲線を示す。
実施例7.IL-2/抗PD-L1-scFv二機能性の特性評価
ELISAにおけるIL-2/抗PD-L1 scFv抗体のIL-2受容体とPD-L1への結合活性
384ウェルプレートに1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLの抗ヒトFcを不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。25μLの容量で50nMから開始するIL-2/抗PD-L1 scFvの用量設定をウェルに加え、振盪しながら1時間インキュベートした。洗浄後、25μLの30nMビオチン化PD-L1を各ウェルに加えた。IL-2/抗PD-L1 scFvによるPD-L1結合は、1×PBSTで1:10000に希釈したストレプトアビジンHRPを25μL加えることによって検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質25μLで5分間発色させ、2Nの硫酸25μLを添加することによって止めた。OD450nmのBiotekプレートリーダーでプレートをで読み取り、Prism8.1ソフトウェアによって結合の相関をプロットした。IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体に対する抗体のELISA結合アッセイを実施例6に記載のように行った。ELISA結合のEC50値を表27に示した。図15A、図15B、及び図15Cは、それぞれ、IL-2Rα、IL-2Rβ、及びPD-L1に対する抗体のELISA結合曲線を示す。
ELISAにおけるIL-2/抗PD-L1 scFv抗体のIL-2受容体とPD-L1への結合活性
384ウェルプレートに1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLの抗ヒトFcを不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。25μLの容量で50nMから開始するIL-2/抗PD-L1 scFvの用量設定をウェルに加え、振盪しながら1時間インキュベートした。洗浄後、25μLの30nMビオチン化PD-L1を各ウェルに加えた。IL-2/抗PD-L1 scFvによるPD-L1結合は、1×PBSTで1:10000に希釈したストレプトアビジンHRPを25μL加えることによって検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質25μLで5分間発色させ、2Nの硫酸25μLを添加することによって止めた。OD450nmのBiotekプレートリーダーでプレートをで読み取り、Prism8.1ソフトウェアによって結合の相関をプロットした。IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体に対する抗体のELISA結合アッセイを実施例6に記載のように行った。ELISA結合のEC50値を表27に示した。図15A、図15B、及び図15Cは、それぞれ、IL-2Rα、IL-2Rβ、及びPD-L1に対する抗体のELISA結合曲線を示す。
HTRFアッセイにおけるPD-L1及びPD-1相互作用に対する抗PD-L1 IgG抗体の結合競合、及びJurkat細胞NFATレポーターアッセイにおける免疫細胞の活性化は、scFvの特性評価で記載されたように実施した。HTRFのIC50及びNFATレポーターアッセイのEC50値を表28に示した。図16はNFATレポーターアッセイの結果を示す。
SPRにおけるIL-2Rα、IL-2Rβ受容体及びPD-L1への結合
IL-2Rα、IL-2Rβ受容体及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-2二機能性の動態解析はBiacore T200を使用するSPR技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1/IL-2を、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μL/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈したIL-2Rα-HISまたはIL-2Rβ-HISまたはhPD-L1-HISのタグ付きタンパク質を参照フローセル1及び抗PD-L1/IL-2二機能物質捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入した後、300秒間洗浄した。その後、フローセルを30μl/分の流速で60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nM(IL-2Rα-HIS及びIL-2Rβ-HIS)または300nM-0nM(PD-L1-HIS)の8濃度ポイントをアッセイした。抗PD-L1/IL-2のIL-2Rα、IL-2Rβ及びPD-L1タンパク質への二機能性結合の動態は、Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって解析した。特異的結合応答単位は、抗体を捕捉したフローセル2から参照フローセル1への結合を差し引いて得られた。IL-2及びPD-L1それぞれに対する抗体の結合動態を表29に示した。
IL-2Rα、IL-2Rβ受容体及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-2二機能性の動態解析はBiacore T200を使用するSPR技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1/IL-2を、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μL/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈したIL-2Rα-HISまたはIL-2Rβ-HISまたはhPD-L1-HISのタグ付きタンパク質を参照フローセル1及び抗PD-L1/IL-2二機能物質捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入した後、300秒間洗浄した。その後、フローセルを30μl/分の流速で60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nM(IL-2Rα-HIS及びIL-2Rβ-HIS)または300nM-0nM(PD-L1-HIS)の8濃度ポイントをアッセイした。抗PD-L1/IL-2のIL-2Rα、IL-2Rβ及びPD-L1タンパク質への二機能性結合の動態は、Biacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって解析した。特異的結合応答単位は、抗体を捕捉したフローセル2から参照フローセル1への結合を差し引いて得られた。IL-2及びPD-L1それぞれに対する抗体の結合動態を表29に示した。
ヒトPBMCにおけるIL-2/抗PD-L1 scFvのP-STAT5の活性化
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーのLRSコーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のヒトIL-2/抗PD-L1 scFv WT及び操作されたIL-2/抗PD-L1 scFv突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激されたPBMCを、直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の割合を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用してP-STAT5活性化のEC50値を決定し、表30に示した。図17A~Dは、ドナー359由来のPBMC細胞のp-STAT5の結果を示す。図17E~Hは、ドナー126由来のPBMC細胞のp-STAT5の結果を示す。
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーのLRSコーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のヒトIL-2/抗PD-L1 scFv WT及び操作されたIL-2/抗PD-L1 scFv突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激されたPBMCを、直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の割合を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用してP-STAT5活性化のEC50値を決定し、表30に示した。図17A~Dは、ドナー359由来のPBMC細胞のp-STAT5の結果を示す。図17E~Hは、ドナー126由来のPBMC細胞のp-STAT5の結果を示す。
実施例8.IL-2/抗PD-L1-Fab二機能性及び抗PD-L1/IL-2融合体の特性評価
IL-2/抗PD-L1 FabのPD-L1結合のELISA、HTRF競合及びJurkatレポーターアッセイ
384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLの抗ヒトFcを不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。25μLの容量で50nMから開始するIL-2/抗PD-L1 FABの用量設定をウェルに加え、振盪しながら1時間インキュベートした。洗浄後、25μLの30nMビオチン化PD-L1を各ウェルに加えた。IL-2/抗PD-L1 FABによるPD-L1結合は、1×PBSTで1:10000に希釈したストレプトアビジンHRPを25μL加えることによって検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質25μLで5分間発色させ、2Nの硫酸25μLを添加することによって止めた。IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体に対する抗体のELISA結合アッセイは実施例6に記載したものと同じであった。プレートをOD450nmでのBiotekプレートリーダーで読み取り、結合相関をPrism8.1ソフトウェアでプロットした。ELISA結合のEC50値を表31に示した。図18A、図18B、及び図18Cはそれぞれ、IL-2Rα、IL-2Rβ、及びPD-L1に対するIL-2 Fc/抗PD-L1 Fab変異体のELISA結合曲線を示す。
IL-2/抗PD-L1 FabのPD-L1結合のELISA、HTRF競合及びJurkatレポーターアッセイ
384ウェルプレートに、1ウェルあたり総量25μLの1×PBS中の最終濃度2μg/mLの抗ヒトFcを不動化した。プレートを4℃で一晩インキュベートし、続いて、1ウェルあたり80μLのスーパーブロックで1時間ブロッキングした。25μLの容量で50nMから開始するIL-2/抗PD-L1 FABの用量設定をウェルに加え、振盪しながら1時間インキュベートした。洗浄後、25μLの30nMビオチン化PD-L1を各ウェルに加えた。IL-2/抗PD-L1 FABによるPD-L1結合は、1×PBSTで1:10000に希釈したストレプトアビジンHRPを25μL加えることによって検出した。各工程間では、プレートウォッシャーにて1×PBSTでプレートを3回洗浄した。次に、プレートをTMB基質25μLで5分間発色させ、2Nの硫酸25μLを添加することによって止めた。IL-2Rα及びIL-2Rβ受容体に対する抗体のELISA結合アッセイは実施例6に記載したものと同じであった。プレートをOD450nmでのBiotekプレートリーダーで読み取り、結合相関をPrism8.1ソフトウェアでプロットした。ELISA結合のEC50値を表31に示した。図18A、図18B、及び図18Cはそれぞれ、IL-2Rα、IL-2Rβ、及びPD-L1に対するIL-2 Fc/抗PD-L1 Fab変異体のELISA結合曲線を示す。
HTRFアッセイにおけるPD-L1及びPD-1相互作用に対する二機能性タンパク質の結合競合、及びJurkat細胞NFATレポーターアッセイにおける免疫細胞の活性化は、scFvの特性評価で記載されたものと同じだった。HTRFのIC50及びNFATレポーターアッセイのEC50値を表32に示した。図19はNFATレポーターアッセイの曲線を示す。
IL-2Rα、IL-2Rβ受容体及びPD-L1に対する結合のSPR
IL-2Rα、I2Rβ及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-2二機能性物質の動態解析はBiacore T200を使用するSPR技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1/IL-2を、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μL/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈したIL-2Rα-HISまたはIL-2Rβ-HISまたはhPD-L1-HISのタグ付きタンパク質を、参照フローセル1及び抗PD-L1/IL-2二機能物質捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入した後、300秒間洗浄した。その後、フローセルを30μl/分の流速で60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nM(IL-2Rα-HIS及びIL-2Rβ-HIS)または300nM-0nM(PD-L1-HIS)の8濃度ポイントをアッセイした。抗PD-L1/IL-2のIL-2Rα、IL-2Rβ及びPD-L1タンパク質への二機能性結合の動態はBiacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって解析した。特異的結合応答単位は、抗体捕捉フローセル2への結合から参照フローセル1への結合を差し引くことから導き出した。
IL-2Rα、I2Rβ及びPD-L1に対する抗PD-L1/IL-2二機能性物質の動態解析はBiacore T200を使用するSPR技術によって評価されている。Biacore T200制御ソフトウェアバージョン2.0を用いてアッセイを実行した。各サイクルでは、1μg/mLの抗hPD-L1/IL-2を、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて流速10μL/分で60秒間捕捉した。2倍連続希釈したIL-2Rα-HISまたはIL-2Rβ-HISまたはhPD-L1-HISのタグ付きタンパク質を、参照フローセル1及び抗PD-L1/IL-2二機能物質捕捉フローセル2の双方に流速30μL/分で150秒間注入した後、300秒間洗浄した。その後、フローセルを30μl/分の流速で60秒間、グリシンpH2で再生した。96ウェルプレートにて抗PD-L1 IgGあたり100nM-0nM(IL-2Rα-HIS及びIL-2Rβ-HIS)または300nM-0nM(PD-L1-HIS)の8濃度ポイントをアッセイした。抗PD-L1/IL-2のIL-2Rα、IL-2Rβ及びPD-L1タンパク質への二機能性結合の動態はBiacore T200評価ソフトウェアバージョン3.0によって解析した。特異的結合応答単位は、抗体捕捉フローセル2への結合から参照フローセル1への結合を差し引くことから導き出した。
二機能性抗体がIL-2受容体とPD-L1を同時に結合できるかどうかを評価するために、抗PDL1/IL2二機能性抗体を、プロテインAセンサーチップ上の1×HBSP緩衝液中のフローセル2にて10μL/分の流速で60秒間捕捉した。hPD-L1-HISタグ付きタンパク質を参照フローセル1と抗PD-L1/IL-2二機能性物質捕捉フローセル2の双方に60秒間注入した後、IL-2Rα-HISまたはIL-2Rβ-HISタンパク質を参照フローセル1とhPD-L1結合抗PD-L1/IL-2二機能性物質捕捉フローセル2の双方に30μl/分の流速で90秒間注入し、その後120秒間洗浄した。図20は、単一濃度での抗体へのPD-L1及びIL-2Rα及びIL-2Rβの同時結合を示す。IL-2受容体及びPD-L1に対する抗PDL1/IL2二機能性物質の結合動態を上記のように測定し、データを表33に示した。
ヒトPBMCにおけるIL-2/抗PD-L1 FabのP-STAT5活性化
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーのLRSコーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のヒトIL-2/抗PD-L1 Fab WT及び操作されたIL-2/抗PD-L1 Fab突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激されたPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の割合を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用してP-STAT5活性化のEC50値を決定し、表34に示した。図21A~Dはドナー857におけるp-STAT5活性化曲線を示す。図21E~Hはドナー359におけるp-STAT5活性化曲線を示す。
ヒトPBMCを、2人の別々のドナーのLRSコーンから単離し、96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のヒトIL-2/抗PD-L1 Fab WT及び操作されたIL-2/抗PD-L1 Fab突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激されたPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞は、CD3+CD56-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD3-CD56+として定義された。制御性T細胞は、CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の割合を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用してP-STAT5活性化のEC50値を決定し、表34に示した。図21A~Dはドナー857におけるp-STAT5活性化曲線を示す。図21E~Hはドナー359におけるp-STAT5活性化曲線を示す。
マウス脾細胞におけるIL-2/抗PD-L1 FabのP-STAT5活性化
購入したマウス脾細胞を96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のマウスIL-2、ヒトIL-2/抗PD-L1 Fab WT及び操作されたIL-2/抗PD-L1 Fab突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激したPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、NKp46、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞はCD3+NKp46-CD4-CD8+として定義された。NK細胞はCD3-NKp46+として定義された。制御性T細胞はCD3+NKp46-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の%を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用してP-STAT5活性化のEC50値を決定し、表35に示した。マウスIL2(PeproTech、mIL-2)を参照として使用した。図22A~Dはマウス脾細胞におけるp-STAT5活性化曲線を示す。
購入したマウス脾細胞を96ウェルプレート中90μLの培地に250,000細胞/ウェルで播種した。細胞を37℃で1時間静置した。10μL中10×濃度のマウスIL-2、ヒトIL-2/抗PD-L1 Fab WT及び操作されたIL-2/抗PD-L1 Fab突然変異型で37℃にて20分間細胞を刺激した。刺激したPBMCを直ちに固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、NKp46、CD4、CD8、FOXP3)及びp-STAT5について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞はCD3+NKp46-CD4-CD8+として定義された。NK細胞はCD3-NKp46+として定義された。制御性T細胞はCD3+NKp46-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。p-STAT5+であった細胞の%を決定し、各IL-2の用量設定に対してグラフ化した。Prismソフトウェアを使用してP-STAT5活性化のEC50値を決定し、表35に示した。マウスIL2(PeproTech、mIL-2)を参照として使用した。図22A~Dはマウス脾細胞におけるp-STAT5活性化曲線を示す。
実施例9.抗PD-L1 mAbの腫瘍増殖阻害(MB-231腫瘍)
単一ドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した7週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に、50%マトリゲル中500,000個のMDA-MB-231細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が100mm3に達したら、マウスを200μgのアテゾリズマブまたは操作した抗PD-L1 mAb EP204/EP206によって3日に1回で20日間処理した。腫瘍体積及びマウスの体重を週に3回測定した。腫瘍体積及び体重をビヒクル処理群と比べて経時的にプロットした。図23は腫瘍増殖阻害曲線を示す。
単一ドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した7週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に、50%マトリゲル中500,000個のMDA-MB-231細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が100mm3に達したら、マウスを200μgのアテゾリズマブまたは操作した抗PD-L1 mAb EP204/EP206によって3日に1回で20日間処理した。腫瘍体積及びマウスの体重を週に3回測定した。腫瘍体積及び体重をビヒクル処理群と比べて経時的にプロットした。図23は腫瘍増殖阻害曲線を示す。
サイトカインプロファイリングのために、マウスを放血により屠殺し、血液を直ちに遠心分離して血漿を分離した。血漿中のヒトIFNγ及びTNFαの濃度は、DuosetのヒトTNFα及びIFNγのELISAキットを使用して測定した。図24A及び図24Bはそれぞれ、血漿中のヒトTNFα及びIFNγレベルを示す。
実施例10.MC38腫瘍マウスにおけるIL-2/抗PD-L1-Fab候補の血液及び脾細胞の免疫プロファイリング
7週齢メスC57BL/6マウスの背部脇腹に50%のマトリゲル中100,000個のMC38細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が100mm3に達したら、マウスを2μgのヒトIL-2/抗PD-L1 Fab WT(EP290/EP325/EP205)または操作したIL-2/抗-PD-L1 Fab突然変異型(EP412/EP325/EP205;EP415/EP325/EP205;EP416/EP325/EP205;EP417/EP325/EP205;及びEP418/EP325/EP205)によって4日に1回で11日間処理した。11日目にマウスを屠殺し、尾静脈採血を介して末梢血を単離した。赤血球を溶解し、Attuneフローサイトメーターを使用して免疫細胞を分析した。CD4+T細胞は、CD45+CD3+NKp46-CD4+CD8-として定義された。CD8+T細胞は、CD45+CD3+NKp46-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD45+CD3-NKp46+として定義された。制御性T細胞NK細胞は、CD45+CD3+NKp46-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。CD45+集団内の各亜型の割合を各処理群についてプロットした。図25A~Dは血液中の免疫細胞プロファイリングの結果を示す。図26A~Dは脾細胞における免疫細胞プロファイリングの結果を示す。
7週齢メスC57BL/6マウスの背部脇腹に50%のマトリゲル中100,000個のMC38細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が100mm3に達したら、マウスを2μgのヒトIL-2/抗PD-L1 Fab WT(EP290/EP325/EP205)または操作したIL-2/抗-PD-L1 Fab突然変異型(EP412/EP325/EP205;EP415/EP325/EP205;EP416/EP325/EP205;EP417/EP325/EP205;及びEP418/EP325/EP205)によって4日に1回で11日間処理した。11日目にマウスを屠殺し、尾静脈採血を介して末梢血を単離した。赤血球を溶解し、Attuneフローサイトメーターを使用して免疫細胞を分析した。CD4+T細胞は、CD45+CD3+NKp46-CD4+CD8-として定義された。CD8+T細胞は、CD45+CD3+NKp46-CD4-CD8+として定義された。NK細胞は、CD45+CD3-NKp46+として定義された。制御性T細胞NK細胞は、CD45+CD3+NKp46-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。CD45+集団内の各亜型の割合を各処理群についてプロットした。図25A~Dは血液中の免疫細胞プロファイリングの結果を示す。図26A~Dは脾細胞における免疫細胞プロファイリングの結果を示す。
実施例11.IL-2/抗PD-L1-Fab候補の腫瘍増殖阻害(hPD-1トランスジェニックマウスにおけるB16F10-hPD-L1腫瘍)
以下の実施例は、生体内マウスモデルにおけるIL-2/抗PD-L1-Fabによる腫瘍増殖阻害を評価するための実験を記載している。7週齢のメスのhPD-1トランスジェニックマウスの背部脇腹に50%マトリゲル中500,000個のB16F10-hPD-L1細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が70~90mm3に達した時点で、マウスを200μgのアテゾリズマブによって3日に1回で、または10μgの操作したIL-2/抗PD-L1-Fab二機能性タンパク質(EP415/EP325/EP205;EP418/EP325/EP205)によって5日に1回で20日間処理した。腫瘍体積とマウスの体重を週に3回測定した腫瘍体積及び体重をビヒクル処理群と比べて経時的にプロットした。図27は腫瘍増殖阻害曲線を示す。
以下の実施例は、生体内マウスモデルにおけるIL-2/抗PD-L1-Fabによる腫瘍増殖阻害を評価するための実験を記載している。7週齢のメスのhPD-1トランスジェニックマウスの背部脇腹に50%マトリゲル中500,000個のB16F10-hPD-L1細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が70~90mm3に達した時点で、マウスを200μgのアテゾリズマブによって3日に1回で、または10μgの操作したIL-2/抗PD-L1-Fab二機能性タンパク質(EP415/EP325/EP205;EP418/EP325/EP205)によって5日に1回で20日間処理した。腫瘍体積とマウスの体重を週に3回測定した腫瘍体積及び体重をビヒクル処理群と比べて経時的にプロットした。図27は腫瘍増殖阻害曲線を示す。
実施例12.IL-2/抗PD-L1-Fab候補の腫瘍増殖阻害(MB-231腫瘍)
以下の実施例は、生体内マウスモデルにおけるIL-2/抗PD-L1-Fabによる腫瘍増殖阻害を評価するための実験を記載している。単一ドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した7週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に50%マトリゲル中500,000個のMDA-MB-231細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が80~100mm3に達した時点で、マウスを200μgの操作した抗PD-L1 mAb EP205/EP206によって3日に1回で、または5μgのIL-2/抗PD-L1-Fab二機能性タンパク質(EP290/EP325/EP205;EP412/EP325/EP205;EP415/EP325/EP205;EP418/EP325/EP205)によって5日に1回で20日間処理した。腫瘍体積とマウスの体重を週に3回測定した。腫瘍体積及び体重をビヒクル処理群と比べて経時的にプロットした。図28は腫瘍増殖阻害曲線を示す。
以下の実施例は、生体内マウスモデルにおけるIL-2/抗PD-L1-Fabによる腫瘍増殖阻害を評価するための実験を記載している。単一ドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した7週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に50%マトリゲル中500,000個のMDA-MB-231細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均体積が80~100mm3に達した時点で、マウスを200μgの操作した抗PD-L1 mAb EP205/EP206によって3日に1回で、または5μgのIL-2/抗PD-L1-Fab二機能性タンパク質(EP290/EP325/EP205;EP412/EP325/EP205;EP415/EP325/EP205;EP418/EP325/EP205)によって5日に1回で20日間処理した。腫瘍体積とマウスの体重を週に3回測定した。腫瘍体積及び体重をビヒクル処理群と比べて経時的にプロットした。図28は腫瘍増殖阻害曲線を示す。
実施例13.IL2/抗PD-L1-Fab抗体によるヒトPBMCの処理は試験管内でのCD8+T細胞におけるPD-1発現の増加をもたらす。
ヒトPBMCを単一ドナー由来のLRSコーンから単離し、96ウェルプレートにて完全培地180μL中100,000細胞/ウェルで播種した。細胞を5%CO2インキュベーター内にて37℃で1時間静置した。EP415/EP325/EP205またはEP290/EP325/EP205の複合成分を含むIL-2 Fc/抗PD-L1 Fabを培地で希釈したものを20μL添加し、ウェル内のIL2の最終濃度を100nMから0.0001nMの間にして細胞を刺激した。細胞をインキュベーター内に5日間静置した。5日後、PBMCをPBSで洗浄し、生存性色素にてインキュベートした。その後洗浄した後、細胞を固定し、透過処理し、次いで細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びPD-1について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞はCD3+CD56-CD4-CD8+として定義され、TRegはCD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。PD-1を発現するCD8+T細胞及びTRegの割合を算出し、IL2濃度に対してプロットした。図29Aは、それぞれEP415/EP325/EP205及びEP290/EP325/EP205の処理後の用量依存性PD-1陽性CD8+T細胞を示す。図29Bは、それぞれEP415/EP325/EP205及びEP290/EP325/EP205の処理後のPD-1陽性Treg細胞を示す。
ヒトPBMCを単一ドナー由来のLRSコーンから単離し、96ウェルプレートにて完全培地180μL中100,000細胞/ウェルで播種した。細胞を5%CO2インキュベーター内にて37℃で1時間静置した。EP415/EP325/EP205またはEP290/EP325/EP205の複合成分を含むIL-2 Fc/抗PD-L1 Fabを培地で希釈したものを20μL添加し、ウェル内のIL2の最終濃度を100nMから0.0001nMの間にして細胞を刺激した。細胞をインキュベーター内に5日間静置した。5日後、PBMCをPBSで洗浄し、生存性色素にてインキュベートした。その後洗浄した後、細胞を固定し、透過処理し、次いで細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)及びPD-1について染色し、Attuneフローサイトメーターで可視化した。CD8+T細胞はCD3+CD56-CD4-CD8+として定義され、TRegはCD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+として定義された。PD-1を発現するCD8+T細胞及びTRegの割合を算出し、IL2濃度に対してプロットした。図29Aは、それぞれEP415/EP325/EP205及びEP290/EP325/EP205の処理後の用量依存性PD-1陽性CD8+T細胞を示す。図29Bは、それぞれEP415/EP325/EP205及びEP290/EP325/EP205の処理後のPD-1陽性Treg細胞を示す。
実施例14.EP415/EP325/EP205は強力なIL2Rβ受容体アゴニストである
HEK-Blue IL-2細胞をInvivoGenから購入し、製造元の説明書に従って培養した。これらの細胞によるCD25、CD122、PD-L1の表面発現を定量するために、HEK Blue IL2細胞を200μLの培地中1ウェルあたり100,000細胞の密度で96ウェルプレートに播種した。細胞をインキュベーター内で少なくとも1時間かけて回復させた。次に細胞を洗浄し、CD25、CD122、またはPD-L1に対する蛍光抗体で染色した。同時に、Quantum Simply Cellularミクロスフェア標準(Bangs Laboratories,Inc.)も同じ抗体で染色した。再び洗浄した後、細胞とマイクロスフェアをAttuneフローサイトメーターで視覚化した。適切な蛍光チャネルでの各マイクロスフェアの蛍光強度中央値(MFI)を算出し、抗体結合含量(ABC)に対比させたMFIの標準曲線を作成させた。各抗体についての細胞からのMFIを適切な標準と比較し、受容体数の中央値を算出してプロットした。
HEK-Blue IL-2細胞をInvivoGenから購入し、製造元の説明書に従って培養した。これらの細胞によるCD25、CD122、PD-L1の表面発現を定量するために、HEK Blue IL2細胞を200μLの培地中1ウェルあたり100,000細胞の密度で96ウェルプレートに播種した。細胞をインキュベーター内で少なくとも1時間かけて回復させた。次に細胞を洗浄し、CD25、CD122、またはPD-L1に対する蛍光抗体で染色した。同時に、Quantum Simply Cellularミクロスフェア標準(Bangs Laboratories,Inc.)も同じ抗体で染色した。再び洗浄した後、細胞とマイクロスフェアをAttuneフローサイトメーターで視覚化した。適切な蛍光チャネルでの各マイクロスフェアの蛍光強度中央値(MFI)を算出し、抗体結合含量(ABC)に対比させたMFIの標準曲線を作成させた。各抗体についての細胞からのMFIを適切な標準と比較し、受容体数の中央値を算出してプロットした。
HEK-Blue IL-2細胞を100μLの培地中1ウェルあたり100,000細胞の密度で96ウェルプレートに播種した。細胞をインキュベーター内で少なくとも1時間かけて回復させた。プレートを遠心し、培地を除去し、1:100希釈の抗CD25抗体を含有する新鮮な培地または培地のみに細胞を再浮遊させた。細胞を4℃で振盪しながら30分間インキュベートした。インキュベート後、細胞を遠心し、培地を廃棄し、用量設定したEP415/EP325/EP205またはEP290/EP325/EP205を含有する新鮮な培地に再浮遊させた。次いで、細胞を4℃で振盪しながら1時間インキュベートした。次に培地を除去し、Alex Fluor647と結合した抗ヒトFc抗体を含有する培地と交換した。細胞を4℃で振盪しながら30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、Attuneフローサイトメーターを使用して、結合したEP415/EP325/EP205またはEP290/EP325/EP205の存在を判定した。EP415/EP325/EP205またはEP290/EP325/EP205が結合したHEK Blue IL2細胞の割合をIL2濃度に対してプロットした。図30Aは、HEK Blue IL-2細胞上のCD25、CD122、及びPD-L1の発現レベルを示す。図30Bは、抗CD25抗体の干渉の有無にかかわらず、HEK-Blue IL-2細胞に対するEP415/EP325/EP205及びEP290/EP325/EP205のFACS結合活性を示す。CD-25抗体は、EP290/EP325/EP205のHEK-Blue IL-2細胞への結合を減らしたのに対して、EP415/EP325/EP205の結合には影響を有しない。このデータは、抗CD25抗体がEP415/325/205の細胞株との相互作用を妨げないように見えるので、EP415/325/205がIL2Rβγ受容体結合を好むことを示唆している。対照的に、EP290/EP325/EP205は、IL2-WT配列の存在によりIL2Rαβγへの結合レベルが高く、抗CD25抗体の干渉により結合が減少している。
実施例15.EP415/EP325/EP205は生体内で腫瘍局在性である。
C57BL/6Nマウス及びB6Nアルビノマウスに、250,000個のMC38細胞(左脇腹)と1,000,000個のMC38-hPD-L1細胞(右脇腹)の双方を両側性で皮下接種した。双方の腫瘍の体積が最小で300mm3に達したら、Alexa Fluor750で蛍光標識したEP415/EP325/EP205の1mg/kgを腹腔内注射(IP)によってマウスに投与した。腫瘍部位における蛍光標識したEP415/EP325/EP205の存在はIVIS Lumina III LT(Perkin Elmer)システムを使用して判定した。画像撮影の間、内部麻酔連結管に取り付けられたノーズコーンを介して3%イソフルランでマウスを保持し、落射照明画像取得のために画像処理チャンバーの加熱(37℃)棚上にマウスを載せた。スキャン後、マウスを取り出し、回復のためにそれぞれのケージに戻した。投与後の以下の時点:15分、1時間、2時間、4時間、6時間、及び24時間でマウスを画像化した。各腫瘍の総発光量を算出し、時間に対してプロットした。図31Aは、EP415/EP325/EP205注射後24時間における腫瘍を有するマウスの代表的な画像処理結果を示す。図31Bは、それぞれMC-38-hPD-L1及びMC-38の腫瘍部位へのEP415/EP325/EP205の時間依存性濃縮を示す。これらの結果は、EP415/EP325/EP205がMC-38-hPD-L1腫瘍部位に優先的に局在するが、MC-38腫瘍部位には局在しないことを示している。
C57BL/6Nマウス及びB6Nアルビノマウスに、250,000個のMC38細胞(左脇腹)と1,000,000個のMC38-hPD-L1細胞(右脇腹)の双方を両側性で皮下接種した。双方の腫瘍の体積が最小で300mm3に達したら、Alexa Fluor750で蛍光標識したEP415/EP325/EP205の1mg/kgを腹腔内注射(IP)によってマウスに投与した。腫瘍部位における蛍光標識したEP415/EP325/EP205の存在はIVIS Lumina III LT(Perkin Elmer)システムを使用して判定した。画像撮影の間、内部麻酔連結管に取り付けられたノーズコーンを介して3%イソフルランでマウスを保持し、落射照明画像取得のために画像処理チャンバーの加熱(37℃)棚上にマウスを載せた。スキャン後、マウスを取り出し、回復のためにそれぞれのケージに戻した。投与後の以下の時点:15分、1時間、2時間、4時間、6時間、及び24時間でマウスを画像化した。各腫瘍の総発光量を算出し、時間に対してプロットした。図31Aは、EP415/EP325/EP205注射後24時間における腫瘍を有するマウスの代表的な画像処理結果を示す。図31Bは、それぞれMC-38-hPD-L1及びMC-38の腫瘍部位へのEP415/EP325/EP205の時間依存性濃縮を示す。これらの結果は、EP415/EP325/EP205がMC-38-hPD-L1腫瘍部位に優先的に局在するが、MC-38腫瘍部位には局在しないことを示している。
実施例16.MDA-MB-231細胞ホット腫瘍モデルに有効なEP415/EP325/EP205
2~3人のドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した28~29週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に、50%マトリゲル中500,000個のMDA-MB-231細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均腫瘍体積が100mm3に達したら、マウスを抗PD-L1 EP205/EP206(200μg、3日に1回)、EP290/EP325/EP205 IL2/抗PD-L1(5ug、5日に1回)、またはEP415/EP325/EP205 IL2/抗PD-L1(5ug、5日に1回)によって腹腔内処理した。腫瘍体積を週に2~3回測定し、ビヒクル対照群と比べて経時的にプロットした。
2~3人のドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した28~29週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に、50%マトリゲル中500,000個のMDA-MB-231細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均腫瘍体積が100mm3に達したら、マウスを抗PD-L1 EP205/EP206(200μg、3日に1回)、EP290/EP325/EP205 IL2/抗PD-L1(5ug、5日に1回)、またはEP415/EP325/EP205 IL2/抗PD-L1(5ug、5日に1回)によって腹腔内処理した。腫瘍体積を週に2~3回測定し、ビヒクル対照群と比べて経時的にプロットした。
投与開始後24日目にマウスを屠殺し、腫瘍を採取した。腫瘍を単個細胞浮遊液に分離し、生存性色素と共にインキュベートした。洗浄後、腫瘍細胞を固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(CD3、CD56、CD4、CD8、FOXP3)について染色した。CD4+T細胞(CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3-)、CD8+T細胞(CD3+CD56-CD4-CD8+)、NK細胞(CD3-CD56+)、及びTReg(CD3+CD56-CD4+CD8-FOXP3+))の割合を生細胞すべての割合としてEP415/EP325/EP205処理群及びEP290/EP325/EP205処理群について算出し、ビヒクル処理マウスと比較した。図32Aは、ヒト化NCGマウスにおける抗PD1/PD-L1応答性がん細胞MDA-MB-231に対するEP415/EP325/EP205の腫瘍増殖阻害曲線を示す。EP415/EP325/EP205は、抗PD-L1抗体及びEP290/EP325/EP205の双方よりも優れた腫瘍増殖阻害活性を示す。したがって、図32B~Eは腫瘍部位における免疫細胞のレベルを示す。腫瘍部位におけるCD8 T細胞及びNK細胞の活性化は観察された有効性と相関している。
実施例17.EP415/EP325/EP205はCOLO205細胞コールド腫瘍モデルに有効である
2~3人のドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した28~29週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に、50%マトリゲル中5,000,000個のCOLO205細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均腫瘍体積が100mm3に達したら、マウスを抗PD-L1(200μg、EP205/EP206、3日に1回)、EP415/EP325/EP205(5ug、5日に1回)、またはEP415/EP325/EP205(50ug、単回用量)によって腹腔内処理した。腫瘍体積を週に2~3回測定し、ビヒクル対照群と比べて経時的にプロットした。マウスの体重を毎日測定し、時間に対してプロットした。図33Aは、ヒト化マウスにおけるがん細胞COLO205に対するEP415/EP325/EP205の腫瘍増殖阻害曲線を示す。図33Bはマウスの対応する体重変化を示す。図33A~Dのデータは、EP415/EP325/EP205が抗PD-L1抗体よりも腫瘍増殖の抑制においてさらに有効であることを裏付けている。
2~3人のドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した28~29週齢のメスNCGマウスの背部脇腹に、50%マトリゲル中5,000,000個のCOLO205細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均腫瘍体積が100mm3に達したら、マウスを抗PD-L1(200μg、EP205/EP206、3日に1回)、EP415/EP325/EP205(5ug、5日に1回)、またはEP415/EP325/EP205(50ug、単回用量)によって腹腔内処理した。腫瘍体積を週に2~3回測定し、ビヒクル対照群と比べて経時的にプロットした。マウスの体重を毎日測定し、時間に対してプロットした。図33Aは、ヒト化マウスにおけるがん細胞COLO205に対するEP415/EP325/EP205の腫瘍増殖阻害曲線を示す。図33Bはマウスの対応する体重変化を示す。図33A~Dのデータは、EP415/EP325/EP205が抗PD-L1抗体よりも腫瘍増殖の抑制においてさらに有効であることを裏付けている。
実施例18.抗PD1耐性NCI-H1975細胞腫瘍に有効であるEP415/EP325/EP205
2~3人のドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した20~24週齢のメスNOGマウスの背部右脇腹に、マトリゲルと混合した(v/v1:1)無血清培地100μL中8×106個のNCI-H1975細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均腫瘍体積が100mm3に達したら、マウスをEP415/EP325/EP205(10μg、10日に1回)、EP415/EP325/EP205(5ug、6日日に1回)、ペムブロリズマブ(200ug、4日に1回)のいずれかによって腹腔内処理した。腫瘍体積を週に2回測定し、ビヒクル対照群と比べて経時的にプロットした。マウスの体重を週に3~5回測定し、時間に対してプロットした。
2~3人のドナー由来のCD34+臍帯血でヒト化した20~24週齢のメスNOGマウスの背部右脇腹に、マトリゲルと混合した(v/v1:1)無血清培地100μL中8×106個のNCI-H1975細胞を皮下注射した。腫瘍をノギスで測定した。平均腫瘍体積が100mm3に達したら、マウスをEP415/EP325/EP205(10μg、10日に1回)、EP415/EP325/EP205(5ug、6日日に1回)、ペムブロリズマブ(200ug、4日に1回)のいずれかによって腹腔内処理した。腫瘍体積を週に2回測定し、ビヒクル対照群と比べて経時的にプロットした。マウスの体重を週に3~5回測定し、時間に対してプロットした。
投与開始後20日目にマウスを屠殺し、腫瘍を採取した。腫瘍を単個細胞浮遊液に分離し、生存性色素と共にインキュベートした。洗浄後、腫瘍細胞を固定し、透過処理し、細胞系列マーカー(mCD45、hCD45、hCD3、hCD56、hCD4、hCD8、hFOXP3)について染色した。腫瘍1mm3あたりのhCD45生細胞(mCD45-hCD45+)及びhCD8+生T細胞(mCD45-hCD45+hCD3+hCD56-hCD4-hCD8+)の数を各処理群について算出し、ビヒクル対照群と比較した。腫瘍内のhCD8+T細胞及びNK細胞(mCD45-hCD45+hCD3-hCD56+)とhTReg(mCD45-hCD45+hCD3+hCD56-hCD8-hCD4+hFOXP3+)との比率も各処理群について算出し、ビヒクル対照群と比較してプロットした。図34Aはヒト化マウスにおけるがん細胞H1975に対するEP415/EP325/EP205の腫瘍増殖阻害曲線を示す。図34Bはマウスの対応する体重変化を示す。図34C~Fは腫瘍浸潤免疫細胞のプロファイリング結果を示す。EP415/EP325/EP205は、抗PD1抗体ペムブロリズマブに耐性のあるH1975細胞に対する腫瘍増殖阻害活性を保持している。
実施例19.Ep415/Ep325/Ep205のカニクイザルPK/PD試験
体重範囲3.0~5.0kgの2~5歳の非ナイーブカニクイザルに、0.1mg/kgまたは0.5mg/kgのEP415/EP325/EP205のいずれかを単回でIVボーラス投与した。投与後、選択された各時点で血液を採取した。血漿中の構築物の濃度をELISAアッセイによって定量し、ng/mLで表した。サル血漿にて検出されたEP415/EP325/EP205の濃度を時間に対してプロットした。各動物からの各時点での血漿濃度を薬物動態(PK)計算に使用した。台形法を使用して曲線下面積(AUC)を推定した。確立された方程式を使用して他のパラメーターを推定した。
体重範囲3.0~5.0kgの2~5歳の非ナイーブカニクイザルに、0.1mg/kgまたは0.5mg/kgのEP415/EP325/EP205のいずれかを単回でIVボーラス投与した。投与後、選択された各時点で血液を採取した。血漿中の構築物の濃度をELISAアッセイによって定量し、ng/mLで表した。サル血漿にて検出されたEP415/EP325/EP205の濃度を時間に対してプロットした。各動物からの各時点での血漿濃度を薬物動態(PK)計算に使用した。台形法を使用して曲線下面積(AUC)を推定した。確立された方程式を使用して他のパラメーターを推定した。
薬力学(PD)分析については、血液を毎日(0日目と7日目については投与前)に分離し、免疫細胞系列マーカー(CD3、CD4、CD8、CD16、CD45、FOXP3、CD20)について染色し、フローサイトメトリーによって定量した。以下の免疫集団:CD4+FOXP3-T細胞(CD45+CD3+CD16-CD4+CD8-FOXP3-)、CD4+FOXP3+制御性T細胞(CD45+CD3+CD16-CD4+CD8-Foxp3+)、CD8+T細胞(CD45+CD3+CD16-CD4-CD8+)、B細胞(CD45+CD3-CD16-CD20+)、及びナチュラルキラー(NK)細胞(CD45+CD3-CD16+CD20-)を定量した。これらの各集団の生数を、観察された細胞事象の総数に対して基準化し、時間に対してプロットした。図35Aは、ELISAによってサル血漿中で検出され、時間に対してプロットしたEP415/EP325/EP205の濃度を示す。図35B~Cは、EP415/EP325/EP205を投与した後のサル血液中の免疫細胞集団の割合を示す。各投与後にCD8+T細胞集団の増加が観察された一方で、CD4+FOXP3+Tregのレベルはベースラインのままだった。
参照による組み込み
本明細書において参照される特許資料及び科学論文の各々のすべての開示は、あらゆる目的のために参照によって援用される。
本明細書において参照される特許資料及び科学論文の各々のすべての開示は、あらゆる目的のために参照によって援用される。
均等物
本出願に記載されている抗原結合部位は、その精神または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化されてもよい。したがって、前述の実施形態は、本明細書に記載されている抗原結合部位を限定するものではなく、あらゆる点において例示的であると見なされるべきである。したがって、本出願の範囲は、前述の説明によってではなく添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等の範囲内に入るすべての変更は、その中に含まれることが意図される。
本出願に記載されている抗原結合部位は、その精神または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化されてもよい。したがって、前述の実施形態は、本明細書に記載されている抗原結合部位を限定するものではなく、あらゆる点において例示的であると見なされるべきである。したがって、本出願の範囲は、前述の説明によってではなく添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等の範囲内に入るすべての変更は、その中に含まれることが意図される。
本出願は、2021年1月22日出願の米国仮特許出願第63/140,749号に対する優先権の利益を主張するものであり、その出願は、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
Claims (93)
- PD-L1に結合する抗原結合部位であって、
配列番号11、3、19、33、52、または63の相補性決定領域1(CDR1);配列番号12、4、20、34、41、53、または64の相補性決定領域2(CDR2);及び配列番号89、5、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、または86の相補性決定領域3(CDR3)を含む重鎖可変ドメイン(VH)と;
配列番号47、6、14、22、28、36、55、または66のCDR1配列;配列番号48、7、15、23、29、37、42、56、60、または67のCDR2配列;及び配列番号49、8、16、24、30、38、43、57、または68のCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン(VL)とを含む、前記抗原結合部位。 - (a)それぞれ配列番号11、12、及び89のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(b)それぞれ配列番号3、4、及び5のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号6、7、及び8のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(c)それぞれ配列番号11、12、及び13のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号14、15、及び16のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(d)それぞれ配列番号19、20、及び21のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号22、23、及び24のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(e)それぞれ配列番号19、20、及び27のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号28、29、及び30のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(f)それぞれ配列番号33、34、及び35のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号36、37、及び38のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(g)それぞれ配列番号3、41、及び5のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号6、42、及び43のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(h)それぞれ配列番号11、12、及び46のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(i)それぞれ配列番号52、53、及び54のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号55、56、及び57のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(j)それぞれ配列番号11、12、及び46のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、60、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(k)それぞれ配列番号63、64、及び65のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号66、67、及び68のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(l)それぞれ配列番号11、12、及び71のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(m)それぞれ配列番号11、12、及び74のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(n)それぞれ配列番号11、12、及び77のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(o)それぞれ配列番号11、12、及び80のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;
(p)それぞれ配列番号11、12、及び83のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;または
(q)それぞれ配列番号11、12、及び86のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVH;ならびにそれぞれ配列番号47、48、及び49のCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含むVL;を含む、請求項1に記載の抗原結合部位。 - (a)前記VHは配列番号87と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号88と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(b)前記VHは配列番号1と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号2と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(c)前記VHは配列番号9と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号10と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(d)前記VHは配列番号17と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号18と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(e)前記VHは配列番号25と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号26と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(f)前記VHは配列番号31と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号32と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(g)前記VHは配列番号39と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号40と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(h)前記VHは配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号45と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(i)前記VHは配列番号50と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号51と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(j)前記VHは配列番号58と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号59と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(k)前記VHは配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(l)前記VHは配列番号69と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(m)前記VHは配列番号72と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号73と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(n)前記VHは配列番号75と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号76と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(o)前記VHは配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号79と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(p)前記VHは配列番号81と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;または
(q)前記VHは配列番号84と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号85と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項1または2に記載の抗原結合部位。 - (a)前記VHは配列番号87のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号88のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(b)前記VHは配列番号1のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号2のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(c)前記VHは配列番号9のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号10のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(d)前記VHは配列番号17のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号18のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(e)前記VHは配列番号25のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号26のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(f)前記VHは配列番号31のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号32のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(g)前記VHは配列番号39のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号40のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(h)前記VHは配列番号44のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号45のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(i)前記VHは配列番号50のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号51のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(j)前記VHは配列番号58のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号59のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(k)前記VHは配列番号61のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号62のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(l)前記VHは配列番号69のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号70のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(m)前記VHは配列番号72のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号73のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(n)前記VHは配列番号75のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号76のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(o)前記VHは配列番号78のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号79のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(p)前記VHは配列番号81のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号82のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;または
(q)前記VHは配列番号84のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号85のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る、請求項1~3のいずれか1項に記載の抗原結合部位。 - 前記抗原結合部位が単鎖断片可変断片(scFv)である、請求項1~4のいずれか1項に記載の抗原結合部位。
- 前記抗原結合部位が抗原結合断片(Fab)である、請求項1~5のいずれか1項に記載の抗原結合部位。
- 前記抗原結合部位が、表面プラズモン共鳴(SPR)によって測定されるとき、約5nM未満、約4nM未満、約3nM未満、約2nM未満、約1nM未満、約0.8nM未満、約0.6nM未満、約0.4nM未満、約0.2nM未満、または約0.1nM未満のKDでヒトPD-L1に結合する、請求項1~6のいずれか1項に記載の抗原結合部位。
- 前記抗原結合部位が酵素連結免疫吸着アッセイ(ELISA)によって測定されるとき、約160nM未満、約10nM未満、約1.5nM未満、約1.2nM未満、約1.0nM未満、約0.8nM未満、約0.7nM未満、約0.6nM未満、約0.5nM未満、または約0.4nM未満のEC50でヒトPD-L1に結合する、請求項1~7のいずれか1項に記載の抗原結合部位。
- 前記抗原結合部位が蛍光活性化細胞選別(FACS)によって測定されるとき、約40nM未満、約10nM未満、約8nM未満、約6nM未満、約4nM未満、約2nM未満、約1nM未満、約0.5nM未満、約0.3nM未満、約0.2nM未満、約0.1nM未満のEC50でヒトPD-L1を発現している細胞に結合する、請求項1~8のいずれか1項に記載の抗原結合部位。
- 前記抗原結合部位が、PD-L1に結合することについてPD-1と競合する、またはPD-1へのPD-L1の結合を阻害する、請求項1~9のいずれか1項に記載の抗原結合部位。
- 請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位を含むタンパク質。
- 1以上の抗体重鎖定常領域を含む、請求項11に記載のタンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域がヒトIgG重鎖定常領域である、請求項12に記載のタンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域がヒトIgG1重鎖定常領域である、請求項12または13に記載のタンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域が配列番号90と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項12~14のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域が、配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたL234A、L235A、P329G、Y349C、S354C、T366S、T366W、L368A、F405K、K409A及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む、請求項12~15のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域が、配列番号91または配列番号92のアミノ酸配列を含む、請求項12~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記タンパク質が、配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたS354C、T366W及びK409Aから選択される1以上の突然変異を含む第1の抗体重鎖定常領域と、配列番号90と比べてY349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む第2の抗体重鎖定常領域とを含む、請求項12~17のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記タンパク質が抗体である、請求項11~18のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体が:
(a)配列番号148と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖(HC)及び配列番号149と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖(LC);
(b)配列番号150と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むHC及び配列番号151と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むLC;
(c)配列番号152と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むHC及び配列番号153と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むLC;
(d)配列番号154と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むHC及び配列番号155と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むLC;
(e)配列番号156と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むHC及び配列番号157と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むLC;または
(f)配列番号159と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むHC及び配列番号160と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むLCを含む、請求項19に記載のタンパク質。 - 前記抗体が:
(a)配列番号148のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHC及び配列番号149のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;
(b)配列番号150のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHC及び配列番号151のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;
(c)配列番号152のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHC及び配列番号153のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;
(d)配列番号154のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHC及び配列番号155のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;
(e)配列番号156のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHC及び配列番号157のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLC;または
(f)配列番号159のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るHC及び配列番号160のアミノ酸配列を含む、またはそれから成るLCを含む、請求項19または20に記載のタンパク質。 - 前記抗体がSPRによって測定されるとき、約10nM未満、約6nM未満、約3nM未満、約1nM未満、または約0.4nM未満のKDでヒトPD-L1に結合する、請求項19~21のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体が、ELISAによって測定されるとき、約0.2nM未満のEC50でヒトPD-L1に結合する、請求項19~22のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体が、FACSによって測定されるとき、約7nM未満のEC50でヒトPD-L1を発現している細胞に結合する、請求項19~23のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体が生体内での腫瘍増殖を阻害する、請求項19~24のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 前記抗体が、アテゾリズマブに匹敵する、またはアテゾリズマブと比べてさらに増強されたレベルにて生体内でIFNγ及びTNFαの分泌を誘導する、請求項19~25のいずれか1項に記載のタンパク質。
- 二機能性タンパク質であって、
(a)(i)配列番号11、3、19、33、52、または63の相補性決定領域1(CDR1)と;配列番号12、4、20、34、41、53、または64の相補性決定領域2(CDR2)と;配列番号89、5、13、21、27、35、46、54、65、71、74、77、80、83、または86の相補性決定領域3(CDR3)とを含む重鎖可変ドメイン(VH);及び
(ii)配列番号47、6、14、22、28、36、55、または66のCDR1配列と;配列番号48、7、15、23、29、37、42、56、60、または67のCDR2配列と;配列番号49、8、16、24、30、38、43、57、または68のCDR3配列とを含む軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、PD-L1に結合する抗原結合部位と、
(b)インターロイキン-15(IL-15)ポリペプチド、インターロイキン-15受容体アルファ(IL-15Rα)ポリペプチド、野生型インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチド、または操作されたIL-2ポリペプチド、またはその機能的断片もしくはその変異体とを含む、前記二機能性タンパク質。 - さらに、1以上の抗体重鎖定常領域を含む、請求項27に記載の二機能性タンパク質。
- PD-L1に結合する前記抗原結合部位が、
(a)前記VHは配列番号87と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号88と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(b)前記VHは配列番号1と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号2と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(c)前記VHは配列番号9と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号10と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(d)前記VHは配列番号17と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号18と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(e)前記VHは配列番号25と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号26と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(f)前記VHは配列番号31と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号32と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(g)前記VHは配列番号39と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号40と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(h)前記VHは配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号45と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(i)前記VHは配列番号50と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号51と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(j)前記VHは配列番号58と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号59と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(k)前記VHは配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(l)前記VHは配列番号69と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(m)前記VHは配列番号72と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号73と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(n)前記VHは配列番号75と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号76と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(o)前記VHは配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号79と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;
(p)前記VHは配列番号81と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;または
(q)前記VHは配列番号84と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記VLは配列番号85と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む;ことを含む、請求項27~28のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - PD-L1に結合する前記抗原結合部位が、
(a)前記VHは配列番号87のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号88のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(b)前記VHは配列番号1のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号2のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(c)前記VHは配列番号9のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号10のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(d)前記VHは配列番号17のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号18のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(e)前記VHは配列番号25のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号26のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(f)前記VHは配列番号31のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号32のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(g)前記VHは配列番号39のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号40のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(h)前記VHは配列番号44のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号45のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(i)前記VHは配列番号50のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号51のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(j)前記VHは配列番号58のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号59のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(k)前記VHは配列番号61のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号62のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(l)前記VHは配列番号69のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号70のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(m)前記VHは配列番号72のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号73のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(n)前記VHは配列番号75のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号76のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(o)前記VHは配列番号78のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号79のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;
(p)前記VHは配列番号81のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号82のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;または
(q)前記VHは配列番号84のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記VLは配列番号85のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る;ことを含む、請求項27~29のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - (a)PD-L1、インターロイキン-15(IL-15)ポリペプチドまたはその機能的断片または変異体に結合する前記抗原結合部位と第1の抗体重鎖定常領域とを含む第1のサブユニット;及び
(b)PD-L1、インターロイキン-15受容体アルファ(IL-15Rα)ポリペプチドまたはその機能的断片または変異体に結合する前記抗原結合部位と第2の抗体重鎖定常領域とを含む第2のサブユニットを含む、請求項27~30のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - 前記IL-15ポリペプチドが配列番号93のアミノ酸50~162またはその機能的断片または変異体を含む、請求項27~31のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記IL-15Rαポリペプチドが配列番号94のアミノ酸31~97またはその機能的断片または変異体を含む、請求項27~32のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号186と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号187と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み;任意で、前記第1のサブユニットはさらに、配列番号181と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項27~33のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号186のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号187のアミノ酸配列を含み;任意で、前記第1のサブユニットはさらに、配列番号181のアミノ酸配列を含む、請求項34に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号188と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号189と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項27~33のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号188のアミノ酸配列を含む、またはそれから成り、前記第2のサブユニットが配列番号189のアミノ酸配列を含む、またはそれから成る、請求項36に記載の二機能性タンパク質。
- 前記操作されたIL-2ポリペプチドが:
(a)野生型IL-2と比べて
K35G、K35L、K35S、K35V、K35D、K35E、及びK35Cから選択されるK35位における突然変異;
R38V、R38D、R38E、R38S、R38I、R38A、R38Y、R38G、R38C、またはR38Nから選択されるR38位における突然変異;
F42A、F42R、F42G、F42I、F42L、F42P、及びF42Hから選択されるF42位における突然変異;
Y45S、Y45P、Y45A、Y45V、Y45C、Y45T、及びY45Fから選択されるY45位における突然変異から選択される1以上の位置にて1以上の突然変異を含むIL-2受容体α(IL-2Rα)結合領域1、及び/または
(b)X1-X2-X3-D-X4-X-5-X6-N-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13(配列番号95)を含むIL-2受容体β(IL-2Rβ)結合領域2モチーフを含み、
式中、
X1はC、T、G、W、I、S、E、及びKから選択され;
X2はY、P、V、W、L、A、及びGから選択され;
X3はS、T、Q、G、M、E、R、及びKから選択され;
X4はA、V、S、及びTから選択され;
X5はI、L、T、及びVから選択され;
X6はS、T、E、D、及びRから選択され;
X7はI、A、M、及びVから選択され;
X8はS、T、N、Q、I、G、E、K、及びRから選択され;
X9はV、L、及びIから選択され;
X10はN、T、I、及びLから選択され;
X11はV、A、及びIから選択され;
X12はQ、L、G、K、及びRから選択され、且つ
X13はA、D、及びEから選択される、請求項27~30のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - 前記操作されたIL-2ポリペプチドが:
(a)配列番号124~147から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むIL-2Rα結合領域1;及び/または
(b)配列番号96~123から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含むIL-2Rβ結合領域2モチーフを含む、請求項38に記載の二機能性タンパク質。 - (a)前記IL-2Rα結合領域1が配列番号124~147から選択されるアミノ酸配列を含み;及び/または
(b)前記IL-2Rβ結合領域2モチーフが配列番号96~123から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項38~39のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - 配列番号160~164から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項27~30のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 配列番号160~164から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項41に記載の二機能性タンパク質。
- (a)PD-L1に結合する前記抗原結合部位と第1の抗体重鎖定常領域とを含む第1のサブユニット;及び
(b)野生型インターロイキン-2(IL-2)または操作されたIL-2ポリペプチドまたはその機能的断片または変異体と第2の抗体重鎖定常領域とを含む第2のサブユニットを含む、請求項27~30及び38~40のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - 前記第1のサブユニットが配列番号176と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項43に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号176のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項43~44のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号177~180から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み;任意で、前記第1のサブユニットはさらに、配列番号181と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項43に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号177~180から選択されるアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号165~175から選択されるアミノ酸配列を含み;任意で、前記第1のサブユニットはさらに、配列番号181のアミノ酸配列を含む、請求項46に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号177及び配列番号181のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号171のアミノ酸配列を含む、請求項46または47に記載の二機能性タンパク質。
- (a)PD-L1に結合する前記抗原結合部位と第1の抗体重鎖定常領域とを含む第1のサブユニット;及び
(b)PD-L1、野生型インターロイキン-2(IL-2)または操作されたIL-2ポリペプチドまたはその機能的断片または変異体に結合する抗原結合部位と第2の抗体重鎖定常領域とを含む第2のサブユニットを含む、請求項27~30及び38~40のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。 - 前記第1のサブユニットが配列番号182と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号183~185から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み;任意で、前記第1及び前記第2のサブユニットはそれぞれ独立してさらに、配列番号181と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項49に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1のサブユニットが配列番号182のアミノ酸配列を含み、前記第2のサブユニットが配列番号183~185から選択されるアミノ酸配列を含み;任意で、前記第1及び前記第2のサブユニットはそれぞれ独立してさらに、配列番号181のアミノ酸配列を含む、請求項49~50のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域がヒトIgG重鎖定常領域である、請求項28~51のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域がヒトIgG1重鎖定常領域である、請求項28~52のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域が配列番号90と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項28~53のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記抗体重鎖定常領域が、配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたL234A、L235A、P329G、Y349C、S354C、T366S、T366W、L368A、F405K、K409A及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む、請求項28~54のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1及び第2の抗体重鎖定常領域の一方が配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされたS354C、T366W及びK409Aから選択される1以上の突然変異を含み;且つ他方の抗体重鎖定常領域が配列番号90と比べてY349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vから選択される1以上の突然変異を含む、請求項31~55のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1及び第2の抗体重鎖定常領域の一方が配列番号90と比べて、EU番号付けシステムに従って番号付けされた突然変異S354C、T366W及びK409Aを含み;且つ他方の抗体重鎖定常領域が配列番号90と比べて突然変異Y349C、T366S、L368A、F405K及びY407Vを含む、請求項31~56のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記第1及び第2の抗体重鎖定常領域の一方が配列番号91のアミノ酸配列を含み、且つ他方の抗体重鎖定常領域が配列番号92のアミノ酸配列を含む、請求項31~57のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、SPRによって測定されるとき、約1nM未満のKDで、またはPD-L1に結合する構成される抗原結合部位と比べて同等もしくはさらに低いKDでヒトPD-L1に結合する、請求項27~58のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、SPRによって測定されるとき、約0.5nM未満または約0.1nM未満のKDでPD-L1に結合する、請求項27~59のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、ELISAによって測定されるとき、約0.4nM未満のEC50でPD-L1に結合する、請求項27~60のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、PD-L1に結合することについてPD-1と競合する、またはPD-1へのPD-L1の結合を阻害する、請求項27~61のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質がPD-1へのPD-L1の結合を阻害する、請求項27~62のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、SPRによって測定されるとき、約100nM未満、約80nM未満、約50nM未満、約10nM未満、または約5nM未満のKDでIL-2Rβに結合する、請求項27~30及び38~63のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、SPRによって測定されるとき、約65nM未満または約50nM未満のKDでIL-2Rβに結合する、請求項27~30及び38~64のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、SPRによって測定されるとき、約40nM未満のKDでIL-2Rαに結合する、請求項27~30及び38~65のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、ELISAによって測定されるとき、約1nM未満のEC50でIL-2Rαに結合する、請求項27~30及び38~66のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、ELISAによって測定されるとき、約5nM未満、約2.5nM未満、約1.5nM未満、約1nM未満、または約0.6nM未満のEC50でIL-2Rβに結合する、請求項27~30及び38~67のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が免疫細胞にてP-STAT5の発現を誘導する、請求項27~68のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、単離されたヒト末梢血単核細胞(PBMC)にて測定されるとき、約1nM未満、約0.6nM未満、または約0.1nM未満のEC50で免疫細胞にてp-STAT5の発現を誘導し、その際、前記免疫細胞はT細胞、NK細胞、またはTregである、請求項27~69のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、単離されたPBMCにて測定されるとき、約0.5nM未満、または約0.1nM未満のEC50で免疫細胞にてp-STAT5の発現を誘導し、その際、前記免疫細胞はT細胞、NK細胞、またはTregである、請求項27~70のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が、マウス脾細胞で測定されるとき、免疫細胞にてp-STAT5の発現を誘導し、その際、前記免疫細胞はT細胞、NK細胞、またはTregである、請求項27~71のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が生体内で腫瘍増殖を阻害する、請求項27~72のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記二機能性タンパク質が生体内にて免疫細胞の増殖を誘導する、請求項27~73のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質。
- 前記免疫細胞がT細胞またはNK細胞である、請求項74に記載の二機能性タンパク質。
- 前記T細胞がCD8+T細胞である、請求項75に記載の二機能性タンパク質。
- VH及びVLを含む抗体であって、前記VHが配列番号87のポリペプチド配列を含み、前記VHが配列番号88のポリペプチド配列を含む、前記抗体。
- 前記抗体が配列番号177及び配列番号181のポリペプチド配列を含む、請求項77に記載の抗体。
- 請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項79に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
- 請求項79に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは請求項80に記載の発現ベクターを含む、修飾された細胞。
- 医薬組成物であって、請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体と、薬学的に許容される担体とを含む、前記医薬組成物。
- 免疫応答の調節をそれを必要とする対象にて行う方法で使用するための請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体。
- 前記免疫応答を調節することが、T細胞活性の増強、またはNK細胞活性の増強のうちの少なくとも1つを含む、請求項83に記載の方法。
- 疾患の治療をそれを必要とする対象にて行う方法で使用するための請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体。
- 前記疾患ががんである、請求項85に記載の使用のための請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体。
- 前記がんが乳癌、膵臓癌、肺癌、神経膠芽腫、腎細胞癌、または黒色腫を含む、請求項86に記載の使用のための請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体。
- 前記対象が追加の治療剤で治療される、請求項83~87に記載の使用のための請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体。
- 免疫応答の調節をそれを必要とする対象にて行う方法であって、前記方法が治療有効量の請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体、またはその医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
- 前記免疫応答を調節することが、エフェクターT細胞活性の増強、NK細胞活性の増強、及び制御性T細胞活性の抑制のうちの少なくとも1つを含む、請求項89に記載の方法。
- 疾患の治療をそれを必要とする対象にて行う方法であって、前記方法が治療有効量の請求項1~10のいずれか1項に記載の抗原結合部位、請求項11~26のいずれか1項に記載のタンパク質、請求項27~76のいずれか1項に記載の二機能性タンパク質、または請求項77もしくは78に記載の抗体、またはその医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
- 前記疾患ががんである、請求項91に記載の方法。
- 前記がんが乳癌、膵臓癌、肺癌、神経膠芽腫、腎細胞癌、または黒色腫を含む、請求項92に記載の方法。
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