JP2024029831A - 位置ずれ検出装置、顕微鏡装置、位置ずれ検出方法、および位置ずれ検出プログラム - Google Patents

位置ずれ検出装置、顕微鏡装置、位置ずれ検出方法、および位置ずれ検出プログラム Download PDF

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智沙子 岩本
Chisako IWAMOTO
秀太朗 大西
Shutaro Onishi
俊輔 武居
Shunsuke Takei
宏平 門井
Kohei Kadoi
里穂 尾野
Riho Ono
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Abstract

【課題】観察領域の位置ずれを検出することにより、観察位置を再現する。【解決手段】第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択部と、選択された第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出部と、を有する位置ずれ検出装置を提供する。【選択図】図1

Description

本発明は、位置ずれ検出装置、顕微鏡装置、位置ずれ検出方法、および位置ずれ検出プログラムに関する。
特許文献1には、標本の中心位置の座標を算出することにより、標本の観察位置を再現する機能を備えた顕微鏡装置が記載されている。
[先行技術文献]
[特許文献]
[特許文献1] 特開2011-180538号公報
本発明の第1の態様においては、第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択部と、選択された第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出部と、を有する位置ずれ検出装置を提供する。
本発明の第2の態様においては、第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む少なくとも1つの第1の画像と、第1のタイミングより後の第2のタイミングで撮像取得され、エッジ領域を含む複数の第2の画像とを比較して複数の第2の画像から1つの第2の画像を選択する画像選択部と、選択された第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出部と、を有する位置ずれ検出装置を提供する。
本発明の第3の態様においては、上記位置ずれ検出装置を有する顕微鏡装置を提供する。
本発明の第4の態様においては、第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択段階と、選択された第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出段階と、を有する位置ずれ検出方法を提供する。
本発明の第5の態様においては、コンピュータに、第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択段階と、選択された第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出段階と、を実行させる位置ずれ検出プログラムを提供する。
なお、上記の発明の概要は、本発明の必要な特徴の全てを列挙したものではない。また、これらの特徴群のサブコンビネーションもまた、発明となりうる。
本実施形態における位置ずれ検出装置100の構成を概略的に示す図である。 実施例1における位置ずれ検出装置100の動作を示すフローチャートである。 実施例1における撮像1の概要を示す説明図である。 実施例1における撮像2の概要を示す説明図である。 実施例1における座標ずれを示す説明図である。 実施例2における位置ずれ検出装置100の動作を示すフローチャートである。 実施例2における撮像1の概要を示す説明図である。 実施例2における撮像2の概要を示す説明図である。 実施例2における座標ずれを示す説明図である。 コンピュータ2200の一例を示す。
以下、発明の実施の形態を通じて本発明を説明する。以下の実施形態は特許請求の範囲に係る発明を限定するものではない。実施形態の中で説明されている特徴の組み合わせの全てが発明の解決手段に必須であるとは限らない。
図1は、本実施形態における位置ずれ検出装置100の構成を概略的に示す図である。図1に示されるように、位置ずれ検出装置100は、画像取得部としての撮像部101と、記憶部102と、制御部103と、入力部108と、表示部109とを備える。制御部103は、画像解析部104と、画像選択部105と、ずれ量算出部106と、ずれ補正部107とを備える。ずれ補正部107は、顕微鏡210のステージ200を操作可能に構成される。ステージ200上には観察用の試料を保持する容器300が載置される。本実施形態において、位置ずれ検出装置100は、顕微鏡210内部に備えられるが、顕微鏡210の外部に備えられていてもよい。
本実施形態における位置ずれ検出装置100は、例えば、顕微鏡210のステージ200上に容器300を複数回置き直して容器300内の細胞を複数回観察する際に、ステージ200上に置き直した容器300の位置ずれを検出する装置である。顕微鏡210は、明視野顕微鏡、蛍光顕微鏡及び位相差顕微鏡のいずれを使用してもよく、またこれらに限定されるものでもない。
ステージ200は、容器300が載置される載置面を有している。ステージ200は、その面内において互いに直交する2つの方向(図1に示すX方向及びY方向)に移動する。これにより、ステージ200は、容器300の観察位置を任意に変更することが可能である。さらに、ステージ200は、XY平面に沿って回転操作され、また、高さ方向(図1に示すZ方向)に移動する。なお、不図示の対物レンズを、高さ方向(図1に示すZ方向)に移動するようにしてもよい。
容器300は、例えば、生体組織の一部や細胞を培養する培養容器であり、一例として、35mm、60mm、100mmの直径を有するディッシュである。ディッシュとは、透明な樹脂材料又はガラスによって形成され、全体として略円筒形をなす容器及び蓋からなる培養器具である。容器300は、矩形状の形状を有するスライドガラス、ウエルプレート、臓器チップ、ディッシュなどの観察対象を入れる容器、スライドガラス等を保持するホルダ、マウス等の実験用動物を保持するホルダなどであってもよい。しかしながら、容器300は、これらの形状、材質、直径に限定されるものではない。ユーザは試料を保持する容器300を顕微鏡210のステージ200上にセットする。試料とは、細胞、細胞塊(スフェロイド、オルガノイド等)、組織、マウス等の実験用動物等を含む観察対象のことをいう。
撮像部101は、顕微鏡210内の不図示の対物レンズを含む観察光学系を介して、ステージ200上に載置された試料の観察像を撮像する手段である。撮像部101としては、例えばCCD(Charge Coupled Device)カメラ、CMOS(Complementary Metal Oxide Semiconductor)カメラ、ビデオカメラなどが挙げられる。撮像部101の撮像領域の中心は、観察光学系の光軸に一致して配置されている。ステージ200のXY方向の可動範囲の中心が、観察光学系の光軸に一致した状態を座標の原点とする。撮像部101は、試料を保持する容器300を、第1のタイミングおよび第2のタイミングで、ステージ200を座標の原点から所定位置(後述するエッジ領域)に移動させて撮像する。撮像部101は顕微鏡210の観察光学系の光軸上に取り付けられており、ステージ200を光軸に直交する面内で移動させることにより、ステージ200上に載置された容器300の撮像範囲を移動させる。
本実施形態において、第1のタイミングにおける撮像を撮像1と呼び、第1のタイミングで撮像された画像を第1の画像と呼ぶ。また、第2のタイミングにおける撮像を撮像2と呼び、第2のタイミングで撮像された画像を第2の画像と呼ぶ。第1のタイミングとは容器をステージから取り外す前のタイミングであり、第2のタイミングとは第1のタイミングよりも後のタイミングであって、再度、容器をステージに置いた後のタイミングである。したがって、第1のタイミングに、ステージ200に載置した容器300の位置を第1の位置と呼び、第2のタイミングに、ステージ200に載置した容器300の位置を第2の位置と呼ぶ。
撮像部101は、試料を保持する容器300の端部の領域であるエッジ領域を撮像する。容器300が円形のディッシュである場合、ディッシュにホール部が設けられていないときは、顕微鏡210による観察領域は、ディッシュの底面であり、観察領域のエッジ領域は、例えばディッシュの外周の一部の領域であり、ディッシュにホール部が設けられているときは、観察領域はホール部であり、観察領域のエッジ領域は、ホール部の外周の一部の領域である。容器300が矩形状のスライドガラスである場合、観察領域はスライドガラスに重ねられたカバーガラスであり、観察領域のエッジ領域は、例えばカバーガラスの4隅のいずれかの領域である。なお、ホルダで保持されたマウスの頭部にカバーガラスが貼りつけられた場合においても、観察領域はカバーガラスであり、観察領域のエッジ領域は、例えばカバーガラスの4隅のいずれかの領域である。つまり、エッジ領域は、観察領域の外周の一部の領域である。撮像部101は、容器300内部の試料が存在する領域をさらに撮像してもよい。
撮像部101は、第1のタイミングにおいて、容器300の複数のエッジ領域を撮像し、複数の第1の画像を出力する。エッジ領域が円形の場合、その円の外周の一部が画像中心に配置されるように撮影し、エッジ領域が矩形の場合は、その角が画像中心に配置されるように撮影する。複数の第1の画像それぞれに対応するエッジ領域の位置を示す情報が紐づけられている。エッジ領域の位置情報は、複数の第1の画像それぞれを取得した時の画像中心の座標情報をいう。容器300のエッジ領域の概ね全てを撮影することが好ましい。撮像部101は、第1のタイミングにおいて、例えば、容器300の10箇所の異なるエッジ領域を撮像してもよい。この場合、撮像部101は、第1のタイミングにおいて、まずはユーザの指令を受けて1枚のエッジ領域の画像を撮像し、続いて画像解析部104からの指令を受けて残りの9枚のエッジ領域の画像を撮像する。撮像部101は、第2のタイミングにおいて、容器300の少なくとも1つのエッジ領域を撮像し、少なくとも1つの第2の画像を出力する。エッジ領域が円形の場合、その円の一部が画像中心に配置されるように撮影し、エッジ領域が矩形の場合は、その角が画像中心に配置されるように撮影する。第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報が紐づけられている。エッジ領域の位置情報は、第2の画像を取得した時の画像中心の座標情報をいう。撮像部101は、第2のタイミングにおいて、例えば、容器300の1箇所のエッジ領域を撮像してもよい。
撮像部101は、撮像した画像に対してデジタル画像処理を施して、デジタル信号として記憶部102へ送る。デジタル信号には、撮像部101が撮像する位置情報が紐づけられる。記憶部102へ送られたデジタル信号は、その後、表示部109に試料および容器300の画像として表示される。記憶部102は、観察領域の形状および大きさに関する情報を記憶する。
制御部103は、CPUとメモリを含み、CPUがメモリに格納されている制御プログラムを読み出し実行することにより、位置ずれ検出装置100および顕微鏡210全体の動作を制御する。入力部108は、ユーザからの各種の指示や設定等を受信して制御部103に送信する。表示部109は、制御部103からの指令を受信してユーザに対してGUI(Graphical User Interface)画面や各種のダイアログ等を表示する。
画像解析部104は、撮像部101が撮像したエッジ領域を含む画像を画像解析することにより当該画像中における容器300のエッジ領域を検出する。また、画像解析部104は、検出したエッジ領域の形状や容器300の傾き等を考慮して、容器300の他の複数のエッジ領域の位置を推測し、撮像部101に当該位置における撮像指令を送信する。撮像部101は、画像解析部104からの指令を受け取って、容器300の他の複数のエッジ領域を撮像する。
画像選択部105は、第1のタイミングで撮像され、容器300のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、第2のタイミングで撮像され、容器300のエッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する。まず、画像選択部105は、例えば10枚の第1の画像と、例えば1枚の第2の画像に対して画像解析(AIによるものを含む)を行い、第1の画像と第2の画像のそれぞれの画像特徴量を算出する。画像特徴量は、エッジ領域の形状、輝度、傷などにより特徴付けられる。画像特徴量には、画像中の試料の特徴が含まれていてもよい。続いて、画像選択部105は、第1のタイミングにおいて撮像した、例えば10枚の第1の画像の画像特徴量のそれぞれと、第2のタイミングにおいて撮像した、例えば1枚の第2の画像の画像特徴量とを比較して、第2の画像の画像特徴量に類似度が最も高い第1の画像を10枚の画像の中から選択する。画像の類似度は画像解析以外の技術を用いて実施しても良い。
こうして選択された第1の画像におけるエッジ領域は、第2の画像におけるエッジ領域と同じ領域または近い領域であることが推測される。即ち、容器300が矩形状のスライドガラスである場合、選択された第1の画像に含まれるカバーガラスの角部は、第2の画像に含まれる角部と同じ位置の角部であることが推測される。なお、画像選択部105は、複数の第1の画像(例えば、10枚)のそれぞれと複数の第2の画像(例えば、3枚)のそれぞれとを比較して、複数の第2の画像のそれぞれに対応する第1の画像を選択してもよい。その場合、例えば、複数の画像の組から算出されたずれ量の平均を最終的なずれ量としてもよく、または、一致度の高さで重み付け平均してもよい。また、撮像部101が試料を含む領域を撮像する場合、画像選択部105は、第1のタイミングで撮像され、試料の領域を含む複数の第1の画像と、第2のタイミングで撮像され、試料の領域を含む少なくとも1つの第2の画像とをさらに比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択してもよい。
ずれ量算出部106は、選択された第1の画像に対応するエッジ領域の位置情報と第2の画像に対応するエッジ領域の位置情報とから、第1のタイミングにおける容器300(観察領域)の位置ずれ量を算出する。この容器300(観察領域)位置ずれ量は、ユーザが容器300をステージ200に再セットするときに、ユーザが容器300をステージ200に最初にセットした位置と同じ位置にセットすることができないことにより発生する。位置ずれ量とは、具体的には、座標ずれ量および角度ずれ量である。ずれ量算出部106は、一例として、座標ずれ量が、X座標:-1.5mm、Y座標:-2.0mmであり、角度ずれ量は、θ:+90度であると算出する。なお、本実施形態では、ステージ200、不図示の対物レンズのZ方向の位置は、一定(移動、変動しない)として説明する。
ずれ補正部107は、ずれ量算出部106が算出した位置ずれ量に基づいて、ステージ200を動作させて容器300の位置を補正する。例えば、座標ずれ量が、X座標:-1、5mm、Y座標:-2.0mmであり、角度ずれ量は、θ:+90度である場合、ずれ補正部107は、ステージ200をX座標:+1.5mm、Y座標:+2.0mm、θ:-90度、動作させる。これにより、ユーザが容器300をステージに最初にセットした位置と、ユーザが容器300をステージに再セットした位置とを同じ位置とすることができる。ずれ補正部107が容器300の位置を補正すると、撮像部101に指令を送り撮像部101は容器300が補正後の位置に配置された状態で再度撮像を行い、画像を取得する。取得された画像は、第1のタイミングで取得した画像を同一の保存先に自動で保存さる機能を保持していても良い。
[実施例1]
図2は、実施例1における位置ずれ検出装置100の動作を示すフローチャートである。図3は、実施例1における撮像1の概要を示す説明図である。図4は、実施例1における撮像2の概要を示す説明図である。図5は、実施例1における座標ずれを示す説明図である。以降、図2から図5を参照して実施例1における位置ずれ検出装置100の動作について説明する。
図2のステップS01において、ユーザが観察用の試料を保持する容器300をステージ200の第1の位置にセットする。図3に示すように、実施例1において、容器300は円形のディッシュであり、容器300の中央にはガラス底面があり、試料は容器300内部で培養されている生細胞である。ステップS02において、制御部103が観察領域)を計算する。図3に示すように、観察領域は、例えば、直径14mmの円領域であると計算される。
図2のステップS03において、制御部103は、計算された観察領域に基づいて撮像箇所の模式図を表示部109に表示する。ステップS04において、ユーザは、表示部109に表示された模式図を確認して、1回目の撮像(撮像1)を行い、容器300のエッジ領域の画像を1枚取得する。なお、ユーザは、目視で撮影箇所を確認して、1回目の撮影(撮像1)を行ってもよい。また、ユーザが1回目の撮像行うのではなく、制御部103が、計算された観察領域の範囲に基づいて撮像箇所を自動で撮影するようにしてもよい。図3において、ユーザの指示によって取得された画像は、「1」の番号が付された画像401である。画像401は、第1のタイミングで撮像された第1の画像である。
図2のステップS05において、画像解析部104が容器300の傾き等を考慮して、画像401を画像解析することにより容器300の他の複数のエッジ領域を検出する。画像解析部104は、撮像部101に容器300の他の複数のエッジ領域を撮像する旨の指令を送り、撮像部101は容器300の他の複数のエッジ領域の複数の画像を自動取得する。図3において、「2」から「10」の番号が付された容器300のエッジ領域の9枚の画像402~410が自動取得される。
図2のステップS06において、ユーザが観察したい領域の画像を取得する。ユーザが観察したい領域とは、例えば、容器300内における試料が含まれる領域である。ユーザは、入力部108に対して所定の操作を行うことにより、容器300の観察したい領域の画像を取得する。図3において、「A」の番号が付された画像420が取得される。画像420は、第1タイミングで取得したエッジ領域の10枚の画像401~410の格納場所に格納される。ユーザは、観察したい領域の画像を取得する代わりに観察したい領域の座標情報(XY情報)を指定してもよい。
図2のステップS07において、ユーザが容器300をステージ200から取り外す。ユーザは、ステージ200から取り外した容器300に保持された試料に対して、例えば、染色し直す、薬剤処理する、などの特定の処理を行うことがあれば、試料の時間経過を観察するために、単に所定時間放置する、他の容器をステージ200に載置して観察することもある。
図2のステップS08において、ユーザが容器300をステージ200の第2の位置に再セットする。再セットした第2の位置は、ステップS01において、ユーザが容器300をステージ200に最初にセットした第1の位置からずれていることが想定される。したがって、容器300内における観察中の細胞等がわからなくなってしまうことがある。図4に示すように、図3と図4に示す関係において、ユーザが再セットした容器300の第2の位置は、ユーザが最初に容器300をセットした第1の位置から-X方向および-Y方向に少しずれており、かつ、およそ90度時計回りに回転している。したがって、ステップS06で撮像した「A」の領域は-X方向および-Y方向にずれるとともに、90度時計回りに回転している。
図2のステップS09において、ユーザが入力部108に入力することにより、表示部109に観察対象の画像420を呼び出す。ユーザは、例えば、入力部108の「画像呼び出し」ボタンを押すことにより画像420を呼び出す。ステップS10において、ユーザによる指令を受けた制御部103は、表示部109に画像420を表示するとともに、画像420に紐づけられた容器300の情報、容器300の座標、および容器300の模式図を表示する。
図2のステップS11において、ユーザは、表示部109に表示された模式図を確認して、2回目の撮像(撮像2)を行い、容器300のエッジ領域の画像を1枚取得する。図4において、ユーザの指示によって取得された画像は、「11」の番号が付された画像411である。画像411は、第2のタイミングで撮像された第2の画像である。
図2のステップS12において、画像選択部105は、第1のタイミングで撮像された10枚の第1の画像と第2のタイミングで撮像された1枚の第2の画像の画像特徴量を算出して、第2の画像の画像特徴量に類似度が最も高い第1の画像を選択する。図4において、画像選択部105は、第1の画像である複数のエッジ領域の画像401~410と、第2の画像である画像411とを比較して、複数の画像401~410の中で画像411と画像特徴量が最も類似する画像を選択する。図4において、「1」から「10」の番号が付された画像401~410の内、「4」の番号が付された画像404との類似度が高いことから、「4」の番号が付された画像404を選択する。画像404と画像411は、容器300のエッジ領域のうちで、同じ領域または近い領域を示している。
図2のステップS13において、ずれ量算出部106は、第1の画像である画像404に対応するエッジ領域の位置情報と第2の画像である画像411に対応するエッジ領域の位置情報とから、容器300の位置ずれ量を算出する。図4において、ずれ量算出部106は、画像404に対応するエッジ領域と画像411に対応するエッジ領域との間の座標ずれおよび角度ずれを計算する。図5に示すように、座標ずれは、X座標:-1.5mm、Y座標:-2.0mmであり、角度ずれは、θ:+90度であると計算される。なお、第2の画像のエッジ領域を第1の画像のエッジ領域に一致させるアフィン変換をしたときに算出される画像の拡大縮小、回転量、平行移動量などのパラメータに基づいて、容器300の位置ずれ量を算出してもよい。
図2のステップS14において、ずれ補正部107は、ずれ量算出部106が算出した位置ずれ量に基づいて、ステージ200を動作させて容器300の位置を補正する。図5に示すように、位置ずれ量が、X座標:-1.5mm、Y座標:-2.0mm、θ:+90度である場合、X座標:+1.5mm、Y座標:+2.0mm、θ:-90度、ステージ200を動作させて容器300の位置を補正する。ずれ補正部107は、容器300の位置を補正した後に再度観察対象の画像を取得するように撮像部101に指令を送信する。補正後の位置で撮像部101が取得した観察対象の画像は、画像420と同一座標の画像となる。他の実施例において、位置ずれ検出装置100は、ずれ補正部107を動作させなくてもよい。この場合、位置ずれ検出装置100は、ずれ量を加味してステージ200を移動させて、再度、観察したい領域を特定し、画像420と同様の画像を取得してもよい。例えば、図5のように、位置ずれ量が、X座標:-1.5mm、Y座標:-2.0mm、θ:+90度であると計算された場合、X座標:+1.5mm、Y座標:+2.0mm、θ:-90度、ステージ200を移動させた位置における画像を取得してもよい。
[実施例2]
図6は、実施例2における位置ずれ検出装置100の動作を示すフローチャートである。図7は、実施例2における撮像1の概要を示す説明図である。図8は、実施例2における撮像2の概要を示す説明図である。図9は、実施例2における座標ずれ示す説明図である。以降、図6から図9を参照して実施例2における位置ずれ検出装置100の動作について説明する。なお、実施例1における位置ずれ検出装置100の動作と重複する箇所については説明を省略する。
図6のステップS21において、ユーザが観察用の試料を保持する容器をステージ200の第1の位置にセットする。図7に示すように、実施例2において、容器は矩形状のスライドガラス305およびカバーガラス310であり、試料はスライドガラス305とカバーガラス310との間に配置された細胞である。
図6のステップS22において、ユーザは、入力部108に容器の種類、形状、観察領域の形状、大きさ、および撮像箇所の情報を入力する。ユーザは、例えば、容器の種類は、スライドガラスおよびカバーガラスであり、スライドガラスの形状は矩形状であり、カバーガラス(観察領域)310の形状は、矩形であり、カバーガラスの大きさが14mm×14mm×1mmであり、撮像箇所が(x:y)座標であると入力する。
図6のステップS23において、ユーザが入力した容器の種類、形状、観察領域の形状、大きさ、および撮像箇所の情報に基づいて、制御部103が観察領域の範囲を特定する。図7に示すように、観察領域の範囲は、例えば、14mm×14mmの矩形領域であると特定される。続いてステップS24において、制御部103は、計算された観察領域の範囲に基づいて撮像箇所の模式図を表示部109に表示する。
図6のステップS25において、ユーザは、表示部109に表示された模式図を確認して、1回目の撮像(撮像1)を行い、カバーガラス310のエッジ領域の画像を1枚取得する。実施例2において、容器は矩形状のスライドガラス305およびカバーガラス310であり、エッジ領域はカバーガラス(観察領域)310の4隅の領域である。図7において、ユーザの指示によって取得された画像は、「1」の番号が付された画像501である。画像501は、第1のタイミングで撮像された第1の画像である。
図6のステップS26において、画像解析部104がスライドガラス305の傾き等を考慮して、画像501を画像解析することによりカバーガラス310の他の複数のエッジ領域を検出する。画像解析部104は、撮像部101にカバーガラス310の他の複数のエッジ領域を撮像する旨の指令を送り、撮像部101はカバーガラス310の他の複数のエッジ領域の複数の画像を自動取得する。図7において、「2」から「4」の番号が付されたカバーガラス310の3隅の画像502~504が自動取得される。
図6のステップS27において、ユーザが観察したい領域の画像を取得する。図7において、「B」の番号が付された画像520が取得される。ユーザは、観察したい領域の画像を取得する代わりに観察したい領域の座標情報(XY情報)を指定してもよい。続いて、図6のステップS28において、ユーザがスライドガラス305およびカバーガラス310をステージ200から取り外す。
図6のステップS29において、ユーザがスライドガラス305およびカバーガラス310をステージ200の第2の位置に再セットする。再セットした第2の位置は、ステップS21において、ユーザがスライドガラス305およびカバーガラス310をステージ200に最初にセットした第1の位置からずれていることが想定される。したがって、観察中の細胞等がわからなくなってしまうことがある。図7および8に示すように、実施例2において、ユーザが再セットしたスライドガラス305およびカバーガラス310の第2の位置は、ユーザが最初にスライドガラス305およびカバーガラス310をセットした第1の位置から-X方向および-Y方向に少しずれており、かつ、およそ90度時計回りに回転している。
図6のステップS30において、ユーザが入力部108に入力することにより、表示部109に観察対象の画像520を呼び出す。ステップS31において、ユーザによる指令を受けた制御部103は、表示部109に画像520を表示するとともに、画像520に紐づけられたスライドガラス305およびカバーガラス310の情報、座標、および模式図を表示する。スライドガラス305およびカバーガラス310の情報には、ステップS22においてユーザが入力した、スライドガラス305およびカバーガラス310の形状、大きさの情報が含まれる。
図6のステップS32において、ユーザは、表示部109に表示された模式図を確認して、2回目の撮像(撮像2)を行い、カバーガラス(観察領域)310のエッジ領域の画像を1枚取得する。実施例2において、容器は矩形状のスライドガラス305およびカバーガラス310であり、エッジ領域はカバーガラス310の4隅のいずれかの領域である。図8において、ユーザの指示によって取得された画像は、「11」の番号が付された画像511である。画像511は、第2のタイミングで撮像された第2の画像である。
図6のステップS33において、画像選択部105は、第1のタイミングで撮像された4枚の第1の画像と第2のタイミングで撮像された1枚の第2の画像の画像特徴量を算出して、第2の画像の画像特徴量に類似度が最も高い第1の画像を選択する。図8において、画像選択部105は、第1の画像である画像501~504と、第2の画像である画像511とを比較して、画像501~504の中で画像511と画像特徴量が最も類似する画像を選択する。図8において、「1」から「4」の番号が付された画像501~504の内、「4」の番号が付された画像504が、画像511との類似度が最も高いことから、「4」の番号が付された画像504を選択する。画像504と画像511は、カバーガラス310のエッジ領域のうちで、同じ領域または近い領域を示している。
図6のステップS34において、ずれ量算出部106は、選択された第1の画像に対応するエッジ領域の位置情報と第2の画像に対応するエッジ領域の位置情報とから、カバーガラス(観察領域)310の位置ずれ量を算出する。図7において、ずれ量算出部106は、画像504と画像511との間の座標ずれおよび角度ずれを計算する。図9において、座標ずれは、X座標:-1.5mm、Y座標:-2.0mmであり、角度ずれは、θ:+90度であると計算される。
図6のステップS35において、制御部103は、ずれ量を加味して、ステージ200を移動させて、再度、観察したい領域を特定し、画像520と同様の画像を取得するように撮像部101に指令を送る。例えば、図9のように、位置ずれ量が、X座標:-1.5mm、Y座標:-2.0mm、θ:+90度であると計算された場合、X座標:+1.5mm、Y座標:+2.0mm、θ:-90度、ステージ200を移動した位置における画像520を取得する。他の実施例において、ずれ補正部107が、ずれ量算出部106が算出した位置ずれ量に基づいて、ステージ200を動作させてスライドガラス305の位置を補正し、その後、撮像部101が補正後の位置で、画像を取得してもよい。
上記実施の形態における位置ずれ検出装置100によれば、顕微鏡210のステージ200上に容器300(または、スライドガラス305およびカバーガラス310)を複数回置き直して容器内の試料を観察する観察手順において、ユーザが容器300をステージ200に再セットした第2の位置が、ユーザが容器300を最初にセットした第1の位置からずれている場合であっても、位置ずれ量を検出し自動的に補正して画像を取得する。これにより、容器300内における観察対象の細胞等がわからなくなってしまうという事態を回避することができ、容器300を置き直した場合であっても観察対象の位置を自動的に再現することができる。
上記実施の形態における位置ずれ検出装置100によれば、容器300の位置ずれ量を検出する過程において、第1の画像と第2の画像とを比較する。したがって、予め記憶されたパターンとパターンマッチングを行う従来技術と比較して、装置に所定のパターンを記憶させ、パターンマッチングを行う必要がなくなり、装置の処理量を低減することができる。
上記実施の形態における位置ずれ検出装置100によれば、第1の画像と第2の画像とを比較することにより、観察領域の位置ずれ量を検出する。したがって、例えば容器300の中心位置を検出して位置ずれを検出する従来技術(例えば、上記特許文献1)と比較して、容器300の中心位置を検出する必要がなくなり、装置の処理量を低減することができる。
さらに、容器300の中心位置を検出して位置ずれを検出する従来技術では、観察条件などにより容器300の中心位置が検出できない場合には位置ずれが検出できなかった。しかしながら、上記実施の形態における位置ずれ検出装置100によれば、容器300の位置ずれ量を検出する過程において、容器300の中心位置の検出を行わずに第1の画像と第2の画像とを比較するため、容器300の中心位置が検出できない場合であっても容器300の位置ずれを検出することができる。
第1の位置に対する第2の位置の位置ずれ量の算出過程において、ずれ量算出部106は、Z方向の位置ずれ量を検出してもよい。この場合、画像解析部104により検出された観察領域のエッジ領域のぼけ具合により、Z方向の位置ずれ量を検出してもよい。Z方向の撮像部101の焦点位置からずれているほど、エッジ領域の画像はぼけて撮像される。Z方向の位置ずれ量が検出されたら、ずれ補正部107は、ステージ200をZ方向に移動させることによりZ方向の位置ずれを補正してもよい。
また、第2のタイミングで、観察領域のエッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像を取得するのではなく、ステージ200をZ方向に移動させてZスタックした複数の第2の画像を取得する。その複数の第2の画像と、第1のタイミングで撮像された観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像それぞれとの相関値等の類似度合いを表す評価値を比較し、相関値等の評価値が最大になる第2の画像を特定する。特定された第2の画像を取得したZ位置は、複数の第1の画像を取得したZ位置であると特定できる。
なお、ステージ200に代えて、不図示の対物レンズをZ方向に移動させてもよい。さらに、第1のタイミングで、観察領域のエッジ領域を含むZスタックした複数の1画像を複数取得してもよい。その複数の第1画それぞれと、第2のタイミングで撮像された観察領域のエッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像との相関値等の類似度合いを表す評価値を比較し、相関値等の評価値が最大になる第1の画像を特定する。特定された第1の画像を取得したZ位置は、第2の画像を取得したZ位置であると特定できる。
上記実施の形態では、画像選択部105は、第1のタイミングで撮像され、観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、第2のタイミングで撮像され、観察領域のエッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択した。しかしながら、画像選択部105は、第1のタイミングで撮像され、観察領域のエッジ領域を含む少なくとも1つの第1の画像と、第2のタイミングで撮像され、観察領域のエッジ領域を含む複数の第2の画像とを比較して複数の第2の画像から1つの第2の画像を選択してもよい。
また、本発明の様々な実施形態は、フローチャートおよびブロック図を参照して記載されてよく、ここにおいてブロックは、(1)操作が実行されるプロセスの段階または(2)操作を実行する役割を持つ装置のセクションを表わしてよい。特定の段階およびセクションが、専用回路、コンピュータ可読媒体上に格納されるコンピュータ可読命令と共に供給されるプログラマブル回路、および/またはコンピュータ可読媒体上に格納されるコンピュータ可読命令と共に供給されるプロセッサによって実装されてよい。専用回路は、デジタルおよび/またはアナログハードウェア回路を含んでよく、集積回路(IC)および/またはディスクリート回路を含んでよい。プログラマブル回路は、論理AND、論理OR、論理XOR、論理NAND、論理NOR、および他の論理操作、フリップフロップ、レジスタ、フィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)、プログラマブルロジックアレイ(PLA)等のようなメモリ要素等を含む、再構成可能なハードウェア回路を含んでよい。
コンピュータ可読媒体は、適切なデバイスによって実行される命令を格納可能な任意の有形なデバイスを含んでよく、その結果、そこに格納される命令を有するコンピュータ可読媒体は、フローチャートまたはブロック図で指定された操作を実行するための手段を作成すべく実行され得る命令を含む、製品を備えることになる。コンピュータ可読媒体の例としては、電子記憶媒体、磁気記憶媒体、光記憶媒体、電磁記憶媒体、半導体記憶媒体等が含まれてよい。コンピュータ可読媒体のより具体的な例としては、フロッピー(登録商標)ディスク、ディスケット、ハードディスク、ランダムアクセスメモリ(RAM)、リードオンリメモリ(ROM)、消去可能プログラマブルリードオンリメモリ(EPROMまたはフラッシュメモリ)、電気的消去可能プログラマブルリードオンリメモリ(EEPROM)、静的ランダムアクセスメモリ(SRAM)、コンパクトディスクリードオンリメモリ(CD-ROM)、デジタル多用途ディスク(DVD)、ブルーレイ(RTM)ディスク、メモリスティック、集積回路カード等が含まれてよい。
コンピュータ可読命令は、アセンブラ命令、命令セットアーキテクチャ(ISA)命令、マシン命令、マシン依存命令、マイクロコード、ファームウェア命令、状態設定データ、またはSmalltalk(登録商標)、JAVA(登録商標)、C++等のようなオブジェクト指向プログラミング言語、および「C」プログラミング言語または同様のプログラミング言語のような従来の手続型プログラミング言語を含む、1または複数のプログラミング言語の任意の組み合わせで記述されたソースコードまたはオブジェクトコードのいずれかを含んでよい。
コンピュータ可読命令は、汎用コンピュータ、特殊目的のコンピュータ、若しくは他のプログラム可能なデータ処理装置のプロセッサまたはプログラマブル回路に対し、ローカルにまたはローカルエリアネットワーク(LAN)、インターネット等のようなワイドエリアネットワーク(WAN)を介して提供され、フローチャートまたはブロック図で指定された操作を実行するための手段を作成すべく、コンピュータ可読命令を実行してよい。プロセッサの例としては、コンピュータプロセッサ、処理ユニット、マイクロプロセッサ、デジタル信号プロセッサ、コントローラ、マイクロコントローラ等を含む。
図10は、本発明の複数の態様が全体的または部分的に具現化されてよいコンピュータ2200の例を示す。コンピュータ2200にインストールされたプログラムは、コンピュータ2200に、本発明の実施形態に係る装置に関連付けられる操作または当該装置の1または複数のセクションとして機能させることができ、または当該操作または当該1または複数のセクションを実行させることができ、および/またはコンピュータ2200に、本発明の実施形態に係るプロセスまたは当該プロセスの段階を実行させることができる。そのようなプログラムは、コンピュータ2200に、本明細書に記載のフローチャートおよびブロック図のブロックのうちのいくつかまたはすべてに関連付けられた特定の操作を実行させるべく、CPU2212によって実行されてよい。
本実施形態によるコンピュータ2200は、CPU2212、RAM2214、グラフィックコントローラ2216、およびディスプレイデバイス2218を含み、それらはホストコントローラ2210によって相互に接続されている。コンピュータ2200はまた、通信インタフェース2222、ハードディスクドライブ2224、DVD-ROMドライブ2226、およびICカードドライブのような入/出力ユニットを含み、それらは入/出力コントローラ2220を介してホストコントローラ2210に接続されている。コンピュータはまた、ROM2230およびキーボード2242のようなレガシの入/出力ユニットを含み、それらは入/出力チップ2240を介して入/出力コントローラ2220に接続されている。
CPU2212は、ROM2230およびRAM2214内に格納されたプログラムに従い動作し、それにより各ユニットを制御する。グラフィックコントローラ2216は、RAM2214内に提供されるフレームバッファ等またはそれ自体の中にCPU2212によって生成されたイメージデータを取得し、イメージデータがディスプレイデバイス2218上に表示されるようにする。
通信インタフェース2222は、ネットワークを介して他の電子デバイスと通信する。ハードディスクドライブ2224は、コンピュータ2200内のCPU2212によって使用されるプログラムおよびデータを格納する。DVD-ROMドライブ2226は、プログラムまたはデータをDVD-ROM2201から読み取り、ハードディスクドライブ2224にRAM2214を介してプログラムまたはデータを提供する。ICカードドライブは、プログラムおよびデータをICカードから読み取り、および/またはプログラムおよびデータをICカードに書き込む。
ROM2230はその中に、アクティブ化時にコンピュータ2200によって実行されるブートプログラム等、および/またはコンピュータ2200のハードウェアに依存するプログラムを格納する。入/出力チップ2240はまた、様々な入/出力ユニットをパラレルポート、シリアルポート、キーボードポート、マウスポート等を介して、入/出力コントローラ2220に接続してよい。
プログラムが、DVD-ROM2201またはICカードのようなコンピュータ可読媒体によって提供される。プログラムは、コンピュータ可読媒体から読み取られ、コンピュータ可読媒体の例でもあるハードディスクドライブ2224、RAM2214、またはROM2230にインストールされ、CPU2212によって実行される。これらのプログラム内に記述される情報処理は、コンピュータ2200に読み取られ、プログラムと、上記様々なタイプのハードウェアリソースとの間の連携をもたらす。装置または方法が、コンピュータ2200の使用に従い情報の操作または処理を実現することによって構成されてよい。
例えば、通信がコンピュータ2200および外部デバイス間で実行される場合、CPU2212は、RAM2214にロードされた通信プログラムを実行し、通信プログラムに記述された処理に基づいて、通信インタフェース2222に対し、通信処理を命令してよい。通信インタフェース2222は、CPU2212の制御下、RAM2214、ハードディスクドライブ2224、DVD-ROM2201、またはICカードのような記録媒体内に提供される送信バッファ処理領域に格納された送信データを読み取り、読み取られた送信データをネットワークに送信し、またはネットワークから受信された受信データを記録媒体上に提供される受信バッファ処理領域等に書き込む。
また、CPU2212は、ハードディスクドライブ2224、DVD-ROMドライブ2226(DVD-ROM2201)、ICカード等のような外部記録媒体に格納されたファイルまたはデータベースの全部または必要な部分がRAM2214に読み取られるようにし、RAM2214上のデータに対し様々なタイプの処理を実行してよい。CPU2212は次に、処理されたデータを外部記録媒体にライトバックする。
様々なタイプのプログラム、データ、テーブル、およびデータベースのような様々なタイプの情報が記録媒体に格納され、情報処理を受けてよい。CPU2212は、RAM2214から読み取られたデータに対し、本開示の随所に記載され、プログラムの命令シーケンスによって指定される様々なタイプの操作、情報処理、条件判断、条件分岐、無条件分岐、情報の検索/置換等を含む、様々なタイプの処理を実行してよく、結果をRAM2214に対しライトバックする。また、CPU2212は、記録媒体内のファイル、データベース等における情報を検索してよい。例えば、各々が第2の属性の属性値に関連付けられた第1の属性の属性値を有する複数のエントリが記録媒体内に格納される場合、CPU2212は、第1の属性の属性値が指定される、条件に一致するエントリを当該複数のエントリの中から検索し、当該エントリ内に格納された第2の属性の属性値を読み取り、それにより予め定められた条件を満たす第1の属性に関連付けられた第2の属性の属性値を取得してよい。
上で説明したプログラムまたはソフトウェアモジュールは、コンピュータ2200上またはコンピュータ2200近傍のコンピュータ可読媒体に格納されてよい。また、専用通信ネットワークまたはインターネットに接続されたサーバーシステム内に提供されるハードディスクまたはRAMのような記録媒体が、コンピュータ可読媒体として使用可能であり、それによりプログラムを、ネットワークを介してコンピュータ2200に提供する。
以上、本発明を実施の形態を用いて説明したが、本発明の技術的範囲は上記実施の形態に記載の範囲には限定されない。上記実施の形態に、多様な変更または改良を加えることが可能であることが当業者に明らかである。その様な変更または改良を加えた形態も本発明の技術的範囲に含まれ得ることが、特許請求の範囲の記載から明らかである。
特許請求の範囲、明細書、および図面中において示した装置、システム、プログラム、および方法における動作、手順、ステップ、および段階等の各処理の実行順序は、特段「より前に」、「先立って」等と明示しておらず、また、前の処理の出力を後の処理で用いるのでない限り、任意の順序で実現しうることに留意すべきである。特許請求の範囲、明細書、および図面中の動作フローに関して、便宜上「まず、」、「次に、」等を用いて説明したとしても、この順で実施することが必須であることを意味するものではない。
100 位置ずれ検出装置、101 撮像部、102 記憶部、103 制御部、104 画像解析部、105 画像選択部、106 ずれ量算出部、107 ずれ補正部、108 入力部、109 表示部、200 ステージ、300 容器、305 スライドガラス、310 カバーガラス、401~411 画像、420 画像、501~504 画像、511 画像、520 画像、2200 コンピュータ、2201 DVD-ROM、2210 ホストコントローラ、2212 CPU、2214 RAM、2216 グラフィックコントローラ、2218 ディスプレイデバイス、2220 入/出力コントローラ、2222 通信インタフェース、2224 ハードディスクドライブ、2226 DVD-ROMドライブ、2230 ROM、2240 入/出力チップ、2242 キーボード

Claims (16)

  1. 第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、前記第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、前記エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して前記複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択部と、
    前記選択された前記第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と前記第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから前記観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出部と、
    を有する、位置ずれ検出装置。
  2. 前記画像選択部は、複数の前記第1の画像のそれぞれの画像特徴量と、少なくとも1つの前記第2の画像の画像特徴量とを比較して、前記第2の画像の画像特徴量と類似度が最も高い前記第1の画像を選択する、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  3. 前記画像選択部は、複数の前記第1の画像のそれぞれと複数の前記第2の画像のそれぞれとを比較して、複数の前記第2の画像のそれぞれに対応する前記第1の画像を選択する、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  4. 画像解析により前記第1の画像および前記第2の画像における前記エッジ領域を検出する画像解析部をさらに有する、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  5. 前記観察領域の形状および大きさに関する情報を記憶する記憶部をさらに有し、
    前記画像解析部は、前記観察領域の形状および大きさに関する前記情報に基づいて前記エッジ領域を検出する、請求項4に記載の位置ずれ検出装置。
  6. 前記容器は円形の容器であり、前記エッジ領域は前記円形の前記観察領域の外周の一部の領域である、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  7. 前記容器は矩形状の容器であり、前記エッジ領域は前記矩形状の容器を構成するカバーガラスの4隅のいずれかの領域である、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  8. 前記ずれ量算出部は、前記第1の画像と前記第2の画像における前記観察領域の底面に平行な方向の位置ずれを検出する、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  9. 前記ずれ量算出部は、前記第1の画像と前記第2の画像における前記観察領域の回転方向の位置ずれを検出する、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  10. 前記ずれ量算出部は、前記第1の画像と前記第2の画像における前記観察領域の底面に直交する方向の位置ずれを検出する、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  11. 前記第2の画像は、前記第1の画像おける試料に対して特定の処理が施された後に取得した画像である、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  12. ステージに載置された前記容器の前記観察領域の画像を、前記第1のタイミングおよび前記第2のタイミングで取得する画像取得部をさらに備える、請求項1に記載の位置ずれ検出装置。
  13. 第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む少なくとも1つの第1の画像と、前記第1のタイミングより後の第2のタイミングで撮像取得され、前記エッジ領域を含む複数の第2の画像とを比較して前記複数の第2の画像から1つの第2の画像を選択する画像選択部と、
    前記選択された前記第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と前記第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから前記観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出部と、
    を有する、位置ずれ検出装置。
  14. 請求項1から13のいずれか1項に記載の位置ずれ検出装置を有する顕微鏡装置。
  15. 第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、前記第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、前記エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して前記複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択段階と、
    前記選択された前記第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と前記第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから前記観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出段階と、
    を有する、位置ずれ検出方法。
  16. コンピュータに、
    第1のタイミングで取得され、容器における観察領域のエッジ領域を含む複数の第1の画像と、前記第1のタイミングより後の第2のタイミングで取得され、前記エッジ領域を含む少なくとも1つの第2の画像とを比較して前記複数の第1の画像から1つの第1の画像を選択する画像選択段階と、
    前記選択された前記第1の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報と前記第2の画像に対応するエッジ領域の位置を示す情報とから前記観察領域の位置ずれ量を算出するずれ量算出段階と、
    を実行させる、位置ずれ検出プログラム。
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