JP2023549167A - ミトコンドリアタンパク質ターゲティング操作脱ユビキチン化酵素およびその使用方法 - Google Patents

ミトコンドリアタンパク質ターゲティング操作脱ユビキチン化酵素およびその使用方法 Download PDF

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Abstract

脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する部分を含むターゲティングドメインとを含む融合タンパク質が、本明細書に提供される。遺伝性疾患を含む疾患を治療するために融合タンパク質を使用する方法もまた、本明細書に提供される。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づいて２０２０年１１月６日に出願された米国仮特許出願第６３／１１０，６２５号の利益を主張し、その全開示内容は、参照により本明細書に組み込まれている。
本開示は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；標的ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する部分を含むターゲティングドメインとを含む融合タンパク質に関する。本開示はさらに、それを使用する治療方法に関する。
遺伝性疾患のサブセットは、機能的ミトコンドリアタンパク質の発現レベルにおける減少またはミトコンドリアタンパク質の安定性における減少に関連する。例えば、ハプロ不全遺伝性疾患は、機能喪失型バリアントアレルとヘテロ接合的に組み合わされた野生型アレルの単一コピーの存在によって引き起こされ、発現された機能的タンパク質のレベルは、標準的な表現型を産生するには不十分である。ハプロ不全は、バリアントアレルにおけるデノボまたは遺伝性機能喪失型変異から生じる可能性があり、その結果、機能的タンパク質は、ほとんどまたは全く産生されない。遺伝子療法における最近の進展にもかかわらず、これらの疾患に対する根治的治療はまだなく、治療は、典型的には症状の管理に中心を置いている。したがって、機能的ミトコンドリアタンパク質の発現または安定性の減少に関連する疾患、例えば遺伝性疾患のための新しい治療が必要である。
とりわけ、ミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合するターゲティング部分および脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインを含む、操作脱ユビキチン化酵素（ｅｎＤｕｂ）が、本明細書に提供される。ターゲティング部分は、脱ユビキチン化のために脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインを特異的標的ミトコンドリアタンパク質に方向付ける。本明細書に記載される融合タンパク質は、遺伝性疾患、特に、特異的ミトコンドリアタンパク質の発現または安定性の減少に関連する、またはそれによって引き起こされる遺伝性疾患を治療する方法に特に有用である。
一態様では、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインとを含む融合タンパク質が、本明細書に提供される。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、システインプロテアーゼまたはメタロプロテアーゼである。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はシステインプロテアーゼである。一部の実施形態では、システインプロテアーゼは、ユビキチン特異的プロテアーゼ（ＵＳＰ）、ユビキチンＣ末端ヒドロラーゼ（ＵＣＨ）、マシャド－ジョセフィンドメインプロテアーゼ（ＭＪＤ）、卵巣腫瘍プロテアーゼ（ＯＴＵ）、ＭＩＮＤＹプロテアーゼ、またはＺＵＦＳＰプロテアーゼである。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＵＳＰである。一部の実施形態では、ＵＳＰは、ＵＳＰ１、ＵＳＰ２、ＵＳＰ３、ＵＳＰ４、ＵＳＰ５、ＵＳＰ６、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ、ＵＳＰ９Ｙ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１１、ＵＳＰ１２、ＵＳＰ１３、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１５、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１７、ＵＳＰ１７Ｌ２、ＵＳＰ１７Ｌ３、ＵＳＰ１７Ｌ４、ＵＳＰ１７Ｌ５、ＵＳＰ１７Ｌ７、ＵＳＰ１７Ｌ８、ＵＳＰ１８、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２０、ＵＳＰ２１、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２３、ＵＳＰ２４、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２６、ＵＳＰ２７Ｘ、ＵＳＰ２８、ＵＳＰ２９、ＵＳＰ３０、ＵＳＰ３１、ＵＳＰ３２、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３４、ＵＳＰ３５、ＵＳＰ３６、ＵＳＰ３７、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４０、ＵＳＰ４１、ＵＳＰ４２、ＵＳＰ４３、ＵＳＰ４４、ＵＳＰ４５、またはＵＳＰ４６である。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＵＣＨである。一部の実施形態では、ＵＣＨは、ＢＡＰ１、ＵＣＨＬ１、ＵＣＨＬ３、またはＵＣＨＬ５である。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＭＪＤである。一部の実施形態では、ＭＪＤは、ＡＴＸＮ３またはＡＴＸＮ３Ｌである。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＯＴＵである。一部の実施形態では、ＯＴＵは、ＯＴＵＢ１またはＯＴＵＢ２である。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＭＩＮＤＹである。一部の実施形態では、ＭＩＮＤＹは、ＭＩＮＤＹ１、ＭＩＮＤＹ２、ＭＩＮＤＹ３、またはＭＩＮＤＹ４である。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＺＵＦＳＰである。一部の実施形態では、ＺＵＦＳＰはＺＵＰ１である。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はメタロプロテアーゼである。一部の実施形態では、メタロプロテアーゼは、Ｊａｂ１／Ｍｏｖ３４／Ｍｐｒ１ Ｐａｄ１ Ｎ末端＋（ＭＰＮ＋）（ＪＡＭＭ）ドメインプロテアーゼである。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一の脱ユビキチン化酵素に由来する触媒ドメインを含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１３～２２０または２７０のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２７０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する部分は、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントは、完全長抗体、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、ｓｃＦｖ２、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ｖ）、ＶＨＨ、または（ＶＨＨ）２を含む。一部の実施形態では、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントは、ＶＨＨまたは（ＶＨＨ）２を含む。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質は、ダイナミン様１２０ｋＤａタンパク質（ＯＰＡ１）、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（ＰＰＯＸ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、ＤＮＡポリメラーゼサブユニットガンマ－１（ＰＯＬＧ）、ミトコンドリアシトクロムｃオキシダーゼサブユニット６Ａ２（ＣＯＸ６Ａ２）、ユビキノール－シトクロム－ｃレダクターゼ複合体アセンブリー因子２（ＵＱＣＣ２）、または複合体ＩＩＩアセンブリー因子ＬＹＲＭ７（ＬＹＲＭ７）である。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質は、ダイナミン様１２０ｋＤａタンパク質（ＯＰＡ１）、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（ＰＰＯＸ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、またはＤＮＡポリメラーゼサブユニットガンマ－１（ＰＯＬＧ）である。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質は、ミトコンドリアシトクロムｃオキシダーゼサブユニット６Ａ２（ＣＯＸ６Ａ２）、ユビキノール－シトクロム－ｃレダクターゼ複合体アセンブリー因子２（ＵＱＣＣ２）、または複合体ＩＩＩアセンブリー因子ＬＹＲＭ７（ＬＹＲＭ７）である。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２１～２２４または２７１～２７３のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインと直接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインと間接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ペプチドリンカーを介してターゲティングドメインと間接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、エフェクタードメインおよびターゲティングドメインがそれぞれの標的タンパク質と同時に結合できるために十分な長さのペプチドリンカーを介してターゲティングドメインと間接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、配列番号２７９～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾を含む配列番号２７９～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、配列番号２７９～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾を含む配列番号２７９～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＣ末端と直接的または間接的のいずれかで作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクター部分は、ターゲティングドメインのＮ末端と直接的または間接的のいずれかで作動可能に接続されている。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸分子が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、核酸分子はＤＮＡ分子である。一部の実施形態では、核酸分子はＲＮＡ分子である。
一態様では、本明細書に記載される核酸分子（例えば、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸分子）を含むベクターが、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ベクターは、プラスミドまたはウイルスベクターである。
一態様では、本明細書に記載される核酸分子（例えば、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸分子）を含むウイルス粒子が、本明細書に提供される。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される核酸分子、または本明細書に記載されるベクターを含むｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞または細胞集団が、本明細書に提供される。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される核酸、本明細書に記載されるベクター、または本明細書に記載されるウイルス粒子と、賦形剤とを含む医薬組成物が、本明細書に提供される。
一態様では、ｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞または細胞集団に、本明細書に記載される核酸分子、本明細書に記載されるベクター、または本明細書に記載されるウイルス粒子を導入すること；細胞または細胞集団を培地中で融合タンパク質の発現に適した条件下で培養すること；培地から融合タンパク質を単離すること、および場合により融合タンパク質を精製することを含む、本明細書に記載される融合タンパク質を製造する方法が、本明細書に提供される。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される核酸分子、本明細書に記載されるベクター、本明細書に記載されるウイルス粒子、または本明細書に記載される医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、対象における疾患を治療または予防する方法が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、対象はヒトである。
一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べたミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの発現の減少に関連する。一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べたミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの安定性の減少に関連する。一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べて核タンパク質のユビキチン化の増加に関連する。一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べたミトコンドリアタンパク質のユビキチン化および分解の増加に関連する。一部の実施形態では、疾患は遺伝性疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、視神経萎縮１、異型ポルフィリン症、フリードライヒ運動失調症、アルパース症候群、ミトコンドリア複合体ＩＶ欠損症核型１８（ＭＣ４ＤＮ１８）、ミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核７（ＭＣ３ＤＮ７）、ミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核８（ＭＣ３ＤＮ８）からなる群から選択される。
一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＯＰＡ１であり、疾患は視神経萎縮１である；標的ミトコンドリアタンパク質はＰＰＯＸであり、疾患は異型ポルフィリン症である；標的ミトコンドリアタンパク質はＦＸＮであり、疾患はフリードライヒ運動失調症である；標的ミトコンドリアタンパク質はＰＯＬＧであり、疾患はアルパース症候群である；標的ミトコンドリアタンパク質はＣＯＸ６Ａ２であり、疾患はミトコンドリア複合体ＩＶ欠損症核型１８（ＭＣ４ＤＮ１８）である；標的ミトコンドリアタンパク質はＵＱＣＣ２であり、疾患はミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核７（ＭＣ３ＤＮ７）である；または標的ミトコンドリアタンパク質はＬＹＲＭ７であり、疾患はミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核８（ＭＣ３ＤＮ８）である。
一部の実施形態では、疾患はハプロ不全疾患である。
一部の実施形態では、融合タンパク質は、治療有効用量で投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、全身的にまたは局所的に投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、静脈内、皮下、または筋肉内に投与される。
一態様では、医薬としての使用のための、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、本明細書に記載されるＤＮＡ、本明細書に記載されるＲＮＡ、本明細書に記載されるベクター、本明細書に記載されるウイルス粒子、および本明細書に記載される医薬組成物が、本明細書に提供される。
一態様では、遺伝障害を治療または抑制することにおける使用のための、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、本明細書に記載されるＤＮＡ、本明細書に記載されるＲＮＡ、本明細書に記載されるベクター、本明細書に記載されるウイルス粒子、および本明細書に記載される医薬組成物が、本明細書に提供される。
一態様では、（ａ）脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；（ｂ）ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインとを含む融合タンパク質が、本明細書に提供される。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、システインプロテアーゼまたはメタロプロテアーゼである。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はシステインプロテアーゼである。一部の実施形態では、システインプロテアーゼは、ユビキチン特異的プロテアーゼ（ＵＳＰ）、ユビキチンＣ末端ヒドロラーゼ（ＵＣＨ）、マシャド－ジョセフィンドメインプロテアーゼ（ＭＪＤ）、卵巣腫瘍プロテアーゼ（ＯＴＵ）、ＭＩＮＤＹプロテアーゼ、またはＺＵＦＳＰプロテアーゼである。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＵＳＰである。一部の実施形態では、ＵＳＰは、ＵＳＰ１、ＵＳＰ２、ＵＳＰ３、ＵＳＰ４、ＵＳＰ５、ＵＳＰ６、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ、ＵＳＰ９Ｙ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１１、ＵＳＰ１２、ＵＳＰ１３、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１５、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１７、ＵＳＰ１７Ｌ２、ＵＳＰ１７Ｌ３、ＵＳＰ１７Ｌ４、ＵＳＰ１７Ｌ５、ＵＳＰ１７Ｌ７、ＵＳＰ１７Ｌ８、ＵＳＰ１８、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２０、ＵＳＰ２１、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２３、ＵＳＰ２４、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２６、ＵＳＰ２７Ｘ、ＵＳＰ２８、ＵＳＰ２９、ＵＳＰ３０、ＵＳＰ３１、ＵＳＰ３２、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３４、ＵＳＰ３５、ＵＳＰ３６、ＵＳＰ３７、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４０、ＵＳＰ４１、ＵＳＰ４２、ＵＳＰ４３、ＵＳＰ４４、ＵＳＰ４５、およびＵＳＰ４６からなる群から選択される。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＵＣＨである。一部の実施形態では、ＵＣＨは、ＢＡＰ１、ＵＣＨＬ１、ＵＣＨＬ３、およびＵＣＨＬ５からなる群から選択される。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＭＪＤである。一部の実施形態では、ＭＪＤは、ＡＴＸＮ３およびＡＴＸＮ３Ｌからなる群から選択される。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＯＴＵである。一部の実施形態では、ＯＴＵは、ＯＴＵＢ１およびＯＴＵＢ２からなる群から選択される。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＭＩＮＤＹである。一部の実施形態では、ＭＩＮＤＹは、ＭＩＮＤＹ１、ＭＩＮＤＹ２、ＭＩＮＤＹ３、およびＭＩＮＤＹ４からなる群から選択される。
一部の実施形態では、システインプロテアーゼはＺＵＦＳＰである。一部の実施形態では、ＺＵＦＳＰはＺＵＰ１である。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はメタロプロテアーゼである。一部の実施形態では、メタロプロテアーゼは、Ｊａｂ１／Ｍｏｖ３４／Ｍｐｒ１ Ｐａｄ１ Ｎ末端＋（ＭＰＮ＋）（ＪＡＭＭ）ドメインプロテアーゼである。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１～１１２のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一の脱ユビキチン化酵素に由来する触媒ドメインを含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１３～２２０のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する部分は、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントは、完全長抗体、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、ｓｃＦｖ２、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ｖ）、またはＶＨＨを含む。一部の実施形態では、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントは、ＶＨＨを含む。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質は、ダイナミン様１２０ｋＤａタンパク質（ＯＰＡ１）、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（ＰＰＯＸ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、およびＤＮＡポリメラーゼサブユニットガンマ－１（ＰＯＬＧ）からなる群から選択される。
一部の実施形態では、ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２１～２２４のうちいずれか１つと少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインと直接的に融合されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインと間接的に融合されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ペプチドリンカーを介してターゲティングドメインと間接的に融合されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、エフェクタードメインおよびターゲティングドメインがそれぞれの標的タンパク質と同時に結合できるために十分な長さのペプチドリンカーを介して、ターゲティングドメインと間接的に融合されている。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＣ末端と融合されている。一部の実施形態では、エフェクター部分は、ターゲティングドメインのＮ末端と融合されている。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸分子が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、核酸分子はＤＮＡ分子である。一部の実施形態では、核酸分子はＲＮＡ分子である。
一態様では、本明細書に記載される核酸分子を含むベクターが、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ベクターは、プラスミドまたはウイルスベクターである。
一態様では、本明細書に記載される核酸を含むウイルス粒子が、本明細書に提供される。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される核酸分子、または本明細書に記載されるベクターを含むｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞または細胞集団が、本明細書に記載される。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される核酸分子、本明細書に記載されるベクター、または本明細書に記載されるウイルス粒子と、賦形剤とを含む医薬組成物が、本明細書に提供される。
一態様では、（ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞または細胞集団に、本明細書に記載される核酸、本明細書に記載されるベクター、または本明細書に記載されるウイルス粒子を導入すること、（ｂ）細胞または細胞集団を培地中で融合タンパク質の発現に適した条件下で培養すること、（ｃ）培地から融合タンパク質を単離すること、および（ｄ）場合により融合タンパク質を精製することを含む、本明細書に記載される融合タンパク質を製造する方法が、本明細書に提供される。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される核酸、本明細書に記載されるベクター、または本明細書に記載されるウイルス粒子、または本明細書に記載される医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、対象における疾患を治療する方法が、本明細書に提供される。
一部の実施形態では、対象はヒトである。
一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べたミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの発現の減少に関連する。
一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べたミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの安定性の減少に関連する。
一部の実施形態では、疾患は、非罹患対照と比べたミトコンドリアタンパク質のユビキチン化および分解の増加に関連する。
一部の実施形態では、疾患は遺伝性疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、視神経萎縮１、異型ポルフィリン症、フリードライヒ運動失調症、およびアルパース症候群である。
一部の実施形態では、疾患はハプロ不全疾患である。
一部の実施形態では、融合タンパク質は、治療有効用量で投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、全身的または局所的に投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、静脈内、皮下、または筋肉内に投与される。
図１Ａ～図１Ｄは、本明細書に記載される例示的な融合タンパク質の概略図を提供する。図１Ａは、Ｎ’からＣ’末端にかけて、ミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合するＶＨＨおよび脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインを含む操作脱ユビキチン化酵素の概略図である。この具体的な実施形態では、ＶＨＨのＣ末端は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのＮ末端と直接的に連結されている。図１Ｂは、Ｎ’からＣ’末端にかけてミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合する脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインおよびミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合するＶＨＨを含む操作脱ユビキチン化酵素の概略図である。この具体的な実施形態では、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのＣ末端は、ＶＨＨのＮ末端と直接的に連結されている。図１Ｃは、Ｎ’からＣ’末端にかけてミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合するＶＨＨおよび脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインを含む操作脱ユビキチン化酵素の概略図である。この具体的な実施形態では、ＶＨＨのＣ末端は、ペプチドリンカーを経由して脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのＮ末端と間接的に接続されている。図１Ｄは、Ｎ’からＣ’末端にかけてミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合する脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインと、ミトコンドリア標的タンパク質と特異的に結合するＶＨＨとを含む操作脱ユビキチン化酵素の概略図である。この具体的な実施形態では、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのＣ末端は、ペプチドリンカーを経由してＶＨＨのＮ末端と間接的に接続されている。 異なるミトコンドリアタンパク質のターゲティングされた脱ユビキチン化が標的タンパク質発現に及ぼす効果をスクリーニングするために実施例３において利用されたアッセイの概略図である。 対照（アルファ－タグをターゲティングするナノボディなしの脱ユビキチン化酵素）と比べたＣＯＸ６Ａ２タンパク質の発現における変化倍率を示す棒グラフである。 対照（アルファ－タグをターゲティングするナノボディなしの脱ユビキチン化酵素）と比べたＵＱＣＣ２タンパク質の発現における変化倍率を示す棒グラフである。 対照（アルファ－タグをターゲティングするナノボディなしの脱ユビキチン化酵素）と比べたＬＹＲＭ７タンパク質の発現における変化倍率を示す棒グラフである。
５． 詳細な説明
５．１ 概要
ユビキチン化は、ユビキチンリガーゼが、ユビキチン、アミノ酸７６個の調節タンパク質の基質タンパク質への付加を媒介する過程である。ユビキチン化は、一般的に、単一のユビキチン分子の、基質タンパク質のリジンアミノ酸残基への結びつきによって開始する。その全内容が、参照により本明細書に組み込まれている、Mevissen T. et al. Mechanisms of Deubiquitinase Specificity and Regulation Annual Review of Biochemistry 86:1, 159-192(2017)。これらのモノユビキチン化事象は豊富であり、様々な機能を果たす。ユビキチン自体は、７つのリジン残基を含有し、そのすべてがユビキチン化して、ポリユビキチン化タンパク質をもたらすことができる。その全内容が、参照により本明細書に組み込まれている、Komander, D. et al. Breaking the chains: structure and function of the deubiquitinases. Nat Rev Mol Cell Biol 10, 550-563 (2009)。モノおよびポリユビキチン化は、プロテアソームを介した分解のために基質タンパク質を標識すること、タンパク質の細胞位置を変えること、タンパク質の活性を変えること、および／または正常なタンパク質相互作用を促進もしくは防止することを含む、複数の効果を基質タンパク質に対して有し得る。例えば、それぞれの全内容が、参照により本明細書に組み込まれている、Hershko A. et al. The ubiquitin system. Annu Rev Biochem. 67:425-79 (1998); Nandi D, et al. The ubiquitin-proteasome system. J Biosci. Mar;31(1):137-55 (2006)を参照のこと。ユビキチン化の効果は、基質タンパク質からユビキチンタンパク質を除去することによって反転または防止することができる。基質タンパク質からのユビキチンの除去は、脱ユビキチン化酵素（ＤＵＢ）タンパク質によって媒介される。同上。
多数の遺伝性疾患が、機能的ミトコンドリアタンパク質の発現レベルまたはミトコンドリアタンパク質の安定性における減少に関連する、またはそれによって引き起こされる。例えば、ハプロ不全遺伝性疾患は、機能喪失型バリアントアレルとヘテロ接合的に組み合わされた単一コピーの野生型アレルの存在によって引き起こされ、発現された機能的タンパク質のレベルは、標準的表現型を産生するには不十分である。例えば、その全内容が参照により本明細書に組み込まれている、Johnson, A. et al, Causes and effects of haploinsufficiency. Biol Rev, 94: 1774-1785 (2019)を参照のこと。ハプロ不全は、バリアントアレルにおけるデノボまたは遺伝性機能喪失型変異から生じる可能性があり、その結果、機能的タンパク質は、ほとんどまたはまったく産生しない。他の遺伝障害は、機能的タンパク質の発現に減少をもたらす、バリアントであるが機能的なタンパク質のユビキチン化およびそれに続く分解に起因する。
本開示は、とりわけ、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン（またはその機能的断片）と、標的ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する、ＶＨＨなどのターゲティング部分とを含む新規な融合タンパク質を提供する。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの発現の減少または標的ミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの安定性の減少は、疾患表現型に関連する。このように、本明細書に記載される融合タンパク質は、機能的標的ミトコンドリアタンパク質の発現レベルまたは標的ミトコンドリアタンパク質の安定性における減少によって特徴付けられる遺伝性疾患の治療に特に有用である。宿主細胞による融合タンパク質の発現の際に、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインは、標的ミトコンドリアタンパク質に特異的にターゲティングされ、脱ユビキチン化され、標的ミトコンドリアタンパク質の発現の、例えば疾患表現型を緩和するために十分なレベルへの増加をもたらす。
５．２ 定義
本明細書に使用されるセクションの見出しは、単に編成目的であり、説明される主題を限定するものとして見なされるべきではない。
特に定義しないかぎり、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が関係する技術分野の当業者によって通常理解されるものと同じ意味を有する。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press; The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press；およびthe Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Pressは、当業者に、本開示に使用される用語の多くの一般的辞書を提供する。
前述の全般的な説明および後述の詳細な説明は、単に例示および説明であって、請求された主題をまったく限定するものではないことを理解すべきである。本出願において、特に具体的に述べないかぎり、単数の使用は複数を含む。
明細書および添付の特許請求の範囲に使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他のことを示さないかぎり複数の指示対象を含むことに留意しなければならない。さらに、「含んでいる（including）」という用語のみならず、「含む（include）」、「含む（includes）」、および「含んでいた（included）」などの他の形態の使用も、限定するものではない。
態様が「含んでいる（comprising）」という言葉を用いて本明細書に記載される場合は必ず、「からなっている（consisting of）」および／または「から本質的になっている（consisting essentially of）」により記載された他の類似の態様も提供されることが理解されている。
本明細書に使用される場合の「および／または」という用語は、２つの特定の特徴または構成要素の各々の、他方を伴うまたは伴わない特定の開示として捉えるべきである。したがって、本明細書において「Ａおよび／またはＢ」などの語句に使用される場合の「および／または」という用語は、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、および「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」などの語句に使用される場合の「および／または」という用語は、以下の態様の各々を包含することが意図される：Ａ、Ｂ、およびＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）。
単位、接頭辞、および記号は、国際単位系（ＳＩ）で採択された形式で表示される。数値範囲は、範囲を定義している数を含む。本明細書に提供される見出しは、明細書全体を参照することによって得ることができる本開示の様々な態様を限定するものでない。したがって、すぐ下に定義される用語は、明細書をその全体で参照することによってより十分に定義される。
本明細書に記載される場合、任意の濃度範囲、百分率の範囲、比の範囲または整数の範囲は、特に示されない場合、記載された範囲内である任意の整数の値、および適切ならばその分数（整数の１０分の１および１００分の１など）を含むと理解すべきである。
「約」または「から本質的に構成される」という用語は、値または組成がどのように測定または決定されたか、すなわち測定システムの限界に一部依存する、当業者によって決定された場合の特定の値または組成について許容され得る誤差範囲内である値または組成を指す。例えば、「約」または「から本質的に構成される」は、当技術分野の慣例により１以上の標準偏差内であることを意味し得る。あるいは、「約」または「から本質的に構成される」は、最大２０％の範囲を意味し得る。さらに、特に生物学的システムまたは過程に関して、これらの用語は、値から最大１桁の違いまたは値の最大５倍を意味し得る。出願および特許請求の範囲に特定の値または組成が提供される場合、特に述べないかぎり、「約」または「から本質的に構成される」の意味は、その特定の値または組成について許容され得る誤差範囲内であると仮定されるべきである。
本明細書に使用される場合、脱ユビキチン化酵素に関する「触媒ドメイン」という用語は、標的タンパク質の脱ユビキチン化を媒介することが可能な脱ユビキチン化酵素のアミノ酸配列、またはそのバリアントを指す。触媒ドメインは、脱ユビキチン化酵素の天然アミノ酸配列を含む場合があり、またこれは、天然脱ユビキチン化酵素のバリアントアミノ酸配列を含む場合がある。触媒ドメインは、標的タンパク質の脱ユビキチン化を媒介するために脱ユビキチン化酵素の最小のアミノ酸配列を含み得る。触媒ドメインは、標的タンパク質の脱ユビキチン化を媒介するために脱ユビキチン化酵素の最小よりも大きいアミノ酸配列を含み得る。
「ポリヌクレオチド」および「核酸配列」という用語は、本明細書において互換的に使用され、ＤＮＡまたはＲＮＡのポリマーを指す。ポリヌクレオチド配列は、一本鎖または二本鎖であり；天然、非天然の、または変更されたヌクレオチドを含有し；天然、非天然の、または変更されたヌクレオチド間結合、例えば、非修飾ポリヌクレオチド配列のヌクレオチド間に見られるホスホジエステルの代わりにホスホロアミデート（phosphoroamidate）結合またはホスホロチオエート（phosphorothioate）結合を含有し得る。ポリヌクレオチド配列は、組換え手段、例えば、組換えライブラリーまたは細胞ゲノムからのポリヌクレオチド配列のクローニングを含むが、それに限定されない当技術分野において利用可能な任意の手段によって、通常のクローニング技術およびポリメラーゼ連鎖反応、その他を使用して、ならびに合成手段によって、得られるすべてのポリヌクレオチド配列を含むが、それに限定されない。
「アミノ酸配列」および「ポリペプチド」という用語は、本明細書において互換的に使用され、１つまたは複数のペプチド結合によって接続されたアミノ酸のポリマーを指す。
タンパク質またはポリペプチドに関する「機能的バリアント」という用語は、本明細書に使用される場合、少なくとも１つの特定の機能を保持する参照タンパク質のアミノ酸配列と比較して少なくとも１つのアミノ酸修飾（例えば、置換、欠失、付加）を含むタンパク質を指す。一部の実施形態では、参照タンパク質は野生型タンパク質である。例えば、ＩＬ－２タンパク質の機能的バリアントは、野生型ＩＬ－２タンパク質と比較してアミノ酸置換を含むＩＬ－２タンパク質であって、中親和性ＩＬ－２受容体と結合する能力を保持するが、当該タンパク質が高親和性ＩＬ－２受容体と結合する能力が消失するＩＬ－２タンパク質を指すことができる。参照野生型タンパク質のすべての機能がタンパク質の機能的バリアントによって保持される必要はない。場合によっては、１つまたは複数の機能が、選択的に低減または除去される。
タンパク質またはポリペプチドに関する「機能的断片」という用語は、本明細書に使用される場合、少なくとも１つの特定の機能を保持する、参照タンパク質の断片を指す。例えば、抗ＨＥＲ２抗体の機能的断片は、ＨＥＲ２抗原と特異的に結合する能力を保持する抗ＨＥＲ２抗体の断片を指し得る。参照タンパク質のすべての機能がタンパク質の機能的断片によって保持される必要はない。場合によっては、１つまたは複数の機能が、選択的に低減または除去される。
本明細書に使用される場合、ポリヌクレオチド配列に関する「修飾」という用語は、参照ポリヌクレオチド配列と比較して、ヌクレオチドの少なくとも１つの置換、変更、逆位、付加、または欠失を含むポリヌクレオチド配列を指す。修飾は、非天然ヌクレオチドを含むことができる。本明細書に使用される場合、アミノ酸配列に関する「修飾」という用語は、参照アミノ酸配列と比較して、アミノ酸残基の少なくとも１つの置換、改変、逆位、付加、または欠失を含むアミノ酸配列を指す。修飾は、非天然アミノ酸残基の包含を含み得る。
本明細書に使用される場合、アミノ酸配列に関する「由来する」という用語は、参照天然アミノ酸配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を指す。例えば、天然脱ユビキチン化酵素に由来する触媒ドメインは、触媒ドメインが、それが由来する脱ユビキチン化酵素触媒ドメインの配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有することを意味する。「由来する」という用語は、本明細書に使用される場合、アミノ酸配列を得るための任意の特定の工程または方法を意味しない。例えば、アミノ酸配列は、化学合成または組換え合成され得る。
「融合タンパク質」という用語および文法的等価物は、本明細書に使用される場合、少なくとも２つの別々のタンパク質に由来するアミノ酸配列を含むタンパク質を指す。少なくとも２つの別々のタンパク質のアミノ酸配列は、ペプチド結合を経由して直接的に接続されている場合があり；また、アミノ酸リンカーを経由して作動可能に接続されている場合がある。したがって、融合タンパク質という用語は、例えばタンパク質Ａのアミノ酸配列がタンパク質Ｂのアミノ酸配列とペプチド結合を経由して直接接続されている実施形態（タンパク質Ａ－タンパク質Ｂ）、および例えばタンパク質Ａのアミノ酸配列がアミノ酸リンカーを経由してタンパク質Ｂのアミノ酸配列と作動可能に接続された実施形態（タンパク質Ａ－リンカー－タンパク質Ｂ）を包含する。
「融合する」という用語およびその文法的等価物は、本明細書に使用される場合、１つのタンパク質に由来するアミノ酸配列の、異なるタンパク質に由来するアミノ酸配列への作動的な接続を指す。融合するという用語は、２つのアミノ酸配列のペプチド結合を経由した直接的な接続、およびアミノ酸リンカーを経由した間接的な接続の両方を包含する。
「単離された抗体」は、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を指す（例えば、ＨＥＲ２と特異的に結合する単離された抗体は、ＨＥＲ２以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない）。しかし、ＨＥＲ２に特異的に結合する単離された抗体は、異なる種由来のＨＥＲ２分子などの他の抗原と交差反応し得る。その上、単離された抗体は、他の細胞物質および／または化学物質を実質的に含まない場合がある。比較して、「単離された」核酸は、顕著に異なる、すなわち、それらが自然界に存在する核酸と別個の化学的同一性、性質および有用性を有する核酸組成の物質を指す。例えば、ネイティブなＤＮＡとは異なり、単離されたＤＮＡは、ネイティブなＤＮＡの独立した部分であって、自然界に見られるより大きな構造複合体、染色体の一体部分ではない。さらに、ネイティブなＤＮＡとは異なり、単離されたＤＮＡは、とりわけ、疾患を診断するまたは治療薬の有効性を予測するために遺伝子発現を測定し、バイオマーカー遺伝子または変異を検出するためのＰＣＲプライマーまたはハイブリダイゼーションプローブとして使用することができる。単離された核酸はまた、他の細胞構成要素または他の混入物、例えば他の細胞の核酸またはタンパク質を実質的に含まないように、当技術分野において周知の標準的な技術を使用して、精製され得る。
本明細書に使用される場合、１つまたは複数の「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、および所望の抗原結合活性を示すかぎり、抗体断片（すなわち、本明細書に定義される抗原結合断片）を含むが、それに限定されない様々な抗体構造を包含する。したがって、抗体という用語には、例えば、完全長抗体、完全長抗体の抗原結合断片、抗体ＣＤＲ、ＶＨ領域、および／もしくはＶＬ領域を含む分子；ならびに抗体様足場（例えばフィブロネクチン）が含まれる。抗体の例には、モノクローナル抗体、組換え産生された抗体、単一特異性抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、免疫グロブリン、合成抗体、２つの重鎖および２つの軽鎖分子を含むテトラマー抗体、抗体軽鎖モノマー、抗体重鎖モノマー、抗体軽鎖ダイマー、抗体重鎖ダイマー、抗体軽鎖－抗体重鎖対、イントラボディ（intrabody）、ヘテロコンジュゲート抗体、抗体－薬物コンジュゲート、単一ドメイン抗体（例えば、ＶＨＨ、（ＶＨＨ）２）、一価抗体、単鎖抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ；（ｓｃＦｖ）２）、ラクダ化抗体、アフィボディ（affybody）、Ｆａｂ断片（例えば、Ｆａｂ、単鎖Ｆａｂ（ｓｃＦａｂ）、Ｆ（ａｂ’）２断片、ジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、抗抗Ｉｄ抗体を含む）、ダイアボディ（diabody）、トリボディ（tribody）、および抗体様足場（例えばフィブロネクチン）、Ｆｃ融合体（例えば、Ｆａｂ－Ｆｃ、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、ＶＨＨ－Ｆｃ、（ｓｃＦｖ）２－Ｆｃ、（ＶＨＨ）２－Ｆｃ、および上記のいずれかの抗原結合断片、ならびに上記のいずれかを含むコンジュゲートまたは融合タンパク質が含まれるが、それに限定されない。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、ポリクローナル抗体集団を指す。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、モノクローナル抗体集団を指す。抗体は、任意の種類（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡもしくはＩｇＹ）、任意のクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１もしくはＩｇＡ２）、または任意のサブクラス（例えば、ＩｇＧ２ａもしくはＩｇＧ２ｂ）の免疫グロブリン（Ｉｇ）分子であり得る。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、ＩｇＧ抗体、またはそのクラス（例えば、ヒトＩｇＧ１もしくはＩｇＧ４）もしくはサブクラスである。具体的な実施形態では、抗体はヒト化モノクローナル抗体である。別の具体的な実施形態では、抗体はヒトモノクローナル抗体である。
「完全長抗体」という用語は、本明細書に使用される場合、ジスルフィド結合によって相互接続された２つの重鎖および２つの軽鎖を含むネイティブな抗体構造に実質的に類似した構造を有する抗体を指す。一部の実施形態では、２つの重鎖は、実質的に同一のアミノ酸配列を含み；２つの軽鎖は、実質的に同一のアミノ酸配列を含む。抗体鎖は、実質的に同一であり得るが、それらがリジン残基のＣ末端切断、選択的グリコシル化パターンなどの翻訳後修飾のせいで異なる場合、完全に同一なわけではない。
「抗原結合断片」および「抗原結合ドメイン」という用語は、本明細書において互換的に使用され、完全長抗体以外の１つまたは複数のポリペプチドを指し、ポリペプチドは、抗原と特異的に結合することが可能であり、完全長抗体の一部（例えば、ＶＨ、ＶＬ）を含む。例示的な抗原結合断片には、単一ドメイン抗体（例えば、ＶＨＨ、（ＶＨＨ）２）、単鎖抗体、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ；（ｓｃＦｖ）２）、ラクダ化抗体、アフィボディ、Ｆａｂ断片（例えば、Ｆａｂ、単鎖Ｆａｂ（ｓｃＦａｂ）、Ｆ（ａｂ’）２断片、およびジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）が含まれるが、それに限定されない。抗原結合ドメインは、より大きなタンパク質、例えば完全長抗体の部分であり得る。
「（ｓｃＦｖ）２」という用語は、本明細書に使用される場合、（例えば、リンカーを介して）作動可能に接続された第１および第２のｓｃＦｖを含む抗体を指す。第１および第２のｓｃＦｖは、同じまたは異なる抗原と特異的に結合することができる。一部の実施形態では、第１および第２のｓｃＦｖは、アミノ酸リンカーを介してアミノ酸によって作動可能に接続されている。
「（ＶＨＨ）２」という用語は、本明細書に使用される場合、（例えば、リンカーを介して）作動可能に接続された第１および第２のＶＨＨを含む抗体を指す。第１および第２のＶＨＨは、同じまたは異なる抗原と特異的に結合することができる。一部の実施形態では、第１および第２のＶＨＨは、アミノ酸リンカーを介してアミノ酸によって作動可能に接続されている。
「Ｆａｂ－Ｆｃ」という用語は、本明細書に使用される場合、ＦｃドメインまたはＦｃドメインのサブユニットと作動可能に連結されたＦａｂを含む抗体を指す。本明細書に記載される完全長抗体は、一方のＦａｂが１つのＦｃドメインと作動可能に接続され、他方のＦａｂが第２のＦｃドメインと作動可能に接続された、２つのＦａｂを含む。
「ｓｃＦｖ－Ｆｃ」という用語は、本明細書に使用される場合、ＦｃドメインまたはＦｃドメインのサブユニットと作動可能に連結されたｓｃＦｖを含む抗体を指す。
「ＶＨＨ－Ｆｃ」という用語は、本明細書に使用される場合、ＦｃドメインまたはＦｃドメインのサブユニットと作動可能に連結されたＶＨＨを含む抗体を指す。
「（ｓｃＦｖ）２－Ｆｃ」という用語は、本明細書に使用される場合、ＦｃドメインまたはＦｃドメインのサブユニットと作動可能に連結された（ｓｃＦｖ）２を指す。
「（ＶＨＨ）２－Ｆｃ」という用語は、本明細書に使用される場合、ＦｃドメインまたはＦｃドメインのサブユニットと作動可能に連結された（ＶＨＨ）２を指す。
「抗体様足場」は、当技術分野において公知であり、例えば、フィブロネクチンおよび設計されたアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）は、抗原結合ドメインに代わる足場として使用されている。例えば、Gebauer and Skerra, Engineered protein scaffolds as next-generation antibody therapeutics. Curr Opin Chem Biol 13:245-255 (2009)およびStumpp et al., Darpins: A new generation of protein therapeutics. Drug Discovery Today 13: 695-701 (2008)を参照のこと。例示的な抗体様足場タンパク質には、リポカリン（Ａｎｔｉｃａｌｉｎ）、プロテインＡ由来分子、例えばプロテインＡのＺドメイン（アフィボディ）、Ａドメイン（アビマー／マキシボディ（Maxibody））、血清トランスフェリン（トランスボディ（trans-body））；設計されたアンキリンリピートタンパク質（ＤＡＲＰｉｎ）、ＶＮＡＲ断片、フィブロネクチン（アドネクチン（AdNectin））、Ｃ型レクチンドメイン（テトラネクチン）；新しい抗原受容体ベータ－ラクタマーゼの可変ドメイン（ＶＮＡＲ断片）、ヒトガンマ－クリスタリンまたはユビキチン（アフィリン分子）；ヒトプロテアーゼ阻害因子のクニッツ型ドメイン、ノッチンファミリーからのタンパク質などの微小体、ペプチドアプタマーおよびフィブロネクチン（アドネクチン）が含まれるが、それに限定されない。
本明細書に使用される場合、「ＣＤＲ」または「相補性決定領域」という用語は、重鎖および軽鎖ポリペプチドの両方の可変領域内に見られる不連続の抗原結合部位を意味する。これらの特定の領域は、それらのすべてがそれらの全体で参照により本明細書に組み込まれている、Kabat et al., J. Biol. Chem. 252, 6609-6616 (1977)およびKabat et al., Sequences of protein of immunological interest. (1991)によって記載されている。特に規定しないかぎり、「ＣＤＲ」という用語は、Kabat et al., J. Biol. Chem. 252, 6609-6616 (1977)およびKabat et al., Sequences of protein of immunological interest. (1991)によって定義されるようなＣＤＲである。
本明細書に使用される場合、「フレームワーク（ＦＲ）アミノ酸残基」という用語は、抗体可変領域のフレームワーク領域中のアミノ酸を指す。「フレームワーク領域」または「ＦＲ領域」という用語は、本明細書に使用される場合、可変領域の部分であるが、ＣＤＲの部分ではない（例えば、ＣＤＲのＫａｂａｔ定義を使用する）アミノ酸残基を含む。
本明細書に使用される場合、「重鎖」という用語は、抗体に関して使用される場合、任意の別個の種類、例えば、定常ドメインのアミノ酸配列に基づきＩｇＧのサブクラス、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含み、それぞれＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭクラスの抗体を生じる、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）、およびミュー（μ）を指す場合がある。
本明細書に使用される場合、「軽鎖」という用語は、抗体に関して使用される場合、任意の別個の種類、例えば、定常ドメインのアミノ酸配列に基づきカッパ（κ）またはラムダ（λ）を指し得る。軽鎖アミノ酸配列は、当技術分野において周知である。具体的な実施形態では、軽鎖はヒト軽鎖である。
本明細書に使用される場合、「可変領域」という用語は、抗体の一部分、一般的に、軽鎖または重鎖の一部分、典型的にはアミノ末端の約１１０～１２０個のアミノ酸または成熟重鎖中の１１０～１２５個のアミノ酸および成熟軽鎖中の約９０～１１５個のアミノ酸を指し、これは、抗体間で配列が広範囲に異なり、特定の抗体のその特定の抗原に対する結合および特異性に使用される。配列可変性は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる領域に集中しており、それに対し、可変ドメイン中のより高度に保存された領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。特定のメカニズムまたは理論に縛られることを望むわけではないが、軽鎖および重鎖のＣＤＲは、抗体の抗原との相互作用および特異性を主に担っている。ある特定の実施形態では、可変領域はヒト可変領域である。ある特定の実施形態では、可変領域は、げっ歯類またはマウスＣＤＲと、ヒトフレームワーク領域（ＦＲ）とを含む。特定の実施形態では、可変領域は霊長類（例えば非ヒト霊長類）可変領域である。ある特定の実施形態では、可変領域は、げっ歯類またはマウスＣＤＲと、霊長類（例えば非ヒト霊長類）フレームワーク領域（ＦＲ）とを含む。
「ＶＬ」および「ＶＬドメイン」という用語は、抗体の軽鎖可変領域を指すために互換的に使用される。
「ＶＨ」および「ＶＨドメイン」という用語は、抗体の重鎖可変領域を指すために互換的に使用される。
本明細書に使用される場合、「定常領域」および「定常ドメイン」という用語は、互換的であり、当技術分野において一般的である。定常領域は、抗体部分、例えば、抗体の抗原への結合に直接的に関与していないが、Ｆｃ受容体（例えば、Ｆｃガンマ受容体）との相互作用などの様々なエフェクター機能を示すことができる、軽鎖および／または重鎖のカルボキシル末端部分である。免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の定常領域は、一般的に、免疫グロブリン（Ｉｇ）可変ドメインと比べて大きく保存されたアミノ酸配列を有する。
「Ｆｃ領域」という用語は、本明細書に使用される場合、ＮからＣ末端にかけて、ＣＨ３ドメインと作動可能に接続されたＣＨ２ドメインを少なくとも含む免疫グロブリン（Ｉｇ）重鎖のＣ末端領域を指す。一部の実施形態では、Ｆｃ領域は、ＣＨ２ドメインのＮ末端と作動可能に接続された免疫グロブリン（Ｉｇ）ヒンジ領域を含む。操作されたＦｃ領域を有するタンパク質の例は、Saunders 2019年（参照により本明細書に組み込まれている、K. O. Saunders, "Conceptual Approaches to Modulating Antibody Effector Functions and Circulation Half-Life," 2019, Frontiers in Immunology, V. 10, Art. 1296, pp. 1-20）に見出すことができる。
本明細書に使用される場合、「ＥＵ番号付けシステム」という用語は、その各々がその全体で参照により本明細書に組み込まれている、Edelman, G.M. et al., Proc. Natl. Acad. USA, 63, 78-85 (1969)およびKabat et al, Sequences of Proteins of Immunological Interest, U.S. Dept. Health and Human Services, 5th edition, 1991に記載されているような、抗体の定常領域についてのＥＵ番号付け規定を指す。
本明細書に使用される場合、「Ｋａｂａｔ番号付けシステム」という用語は、抗体の可変領域についてのＫａｂａｔ番号付け慣例を指す。例えば、Kabat et al, Sequences of Proteins of Immunological Interest, U.S. Dept. Health and Human Services, 5th edition, 1991を参照のこと。特に注記しないかぎり、抗体の可変領域の番号付けは、Ｋａｂａｔ番号付けシステムにより表示される。
本明細書に使用される場合、「と特異的に結合する」という用語は、抗原（例えば、エピトープまたは免疫複合体）に結合する分子を指し、このような結合は、当業者に理解されている。例えば、抗原に特異的に結合する分子は、例えば、イムノアッセイ、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）、ＫｉｎＥｘＡ ３０００機器（Ｓａｐｉｄｙｎｅ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ、Ｂｏｉｓｅ、ＩＤ）、または当技術分野で公知の他のアッセイによって決定された場合、他のペプチドまたはポリペプチドに、一般的により低い親和性で結合し得る。具体的な実施形態では、抗原に特異的に結合する分子は、これらの分子が別の抗原に非特異的に結合する場合のＫＡよりも少なくとも２ｌｏｇ（例えば、係数１０）、２．５ｌｏｇ、３ｌｏｇ、４ｌｏｇ、またはそれよりも大きなＫＡで抗原に結合する。当業者は、本明細書に記載される場合の抗体が、１つよりも多い抗原に（例えば、抗体分子の異なる領域を介して）特異的に結合し得ることを認識している。特異的に結合するという用語には、異なる種の同じ抗原と交差反応性である分子が含まれる。例えば、ヒトＣＤ２０と特異的に結合する抗原結合ドメインは、別の種（例えば、カニクイザル、またはマウス）のＣＤ２０と交差反応性であり得、それでも本明細書においてヒトＣＤ２０と特異的に結合すると見なされ得る。
「親和性」は、分子（例えば受容体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えばリガンド）との間の非共有結合的相互作用の合計強度を指す。特に示さないかぎり、本明細書に使用される場合の「結合親和性」は、結合ペア（例えば、抗原結合部分および抗原、または受容体およびそのリガンド）のメンバー間の１：１相互作用を反映する内因性結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般的に、解離速度定数と会合速度定数と（それぞれｋｏｆｆおよびｋｏｎ）の比である解離定数（ＫＤ）によって表すことができる。したがって、同等の親和性は、速度定数の比が同じままであるかぎり、異なる速度定数を含み得る。親和性は、本明細書に記載される方法を含む、当技術分野において公知の確立された方法によって測定することができる。親和性を測定するための特定の方法は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）である。
２つの配列（例えば、アミノ酸配列または核酸配列）の間の「同一パーセント」の決定は、数学アルゴリズムを使用して達成することができる。同一性は、特定の数学モデルまたはコンピュータープログラム（すなわち「アルゴリズム」）によってアドレス指定されたギャップアライメント（もしあれば）付きで２つ以上の配列の小さい方の間の同一マッチのパーセントを測定する。２つの配列の比較のために利用された数学アルゴリズムの特定の非限定的な例は、それらのそれぞれがその全体で参照により本明細書に組み込まれている、Karlin S & Altschul SF (1993) PNAS 90: 5873-5877のように修正されたKarlin S & Altschul SF (1990) PNAS 87: 2264-2268のアルゴリズムである。このようなアルゴリズムは、その全体が参照により本明細書に組み込まれている、Altschul SF et al., (1990) J Mol Biol 215: 403のＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＸプログラムに組み込まれている。ＢＬＡＳＴヌクレオチド探索は、ＮＢＬＡＳＴヌクレオチドプログラムパラメーターのセットを用いて、例えば、スコア＝１００、ワード長＝１２について行って、本明細書に記載される核酸分子と相同のヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴタンパク質探索は、ＢＬＡＳＴＰプログラムパラメーターのセットを用いて、例えば、デフォルト設定で行って、本明細書に記載されるタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得ることができる。その全体が参照により本明細書に組み込まれている、Altschul SF et al., (1997) Nuc Acids Res 25: 3389-3402に記載されたようにＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを利用して、比較目的のギャップ付きアライメントを得ることができる。あるいは、ＰＳＩ ＢＬＡＳＴを使用して、分子間の距離関係を検出する反復探索を行うことができる（同上）。ＢＬＡＳＴ、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ Ｂｌａｓｔプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴＰおよびＢＬＡＳＴＮのもの）のデフォルトパラメーターを使用することができる（例えば、米国国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）のワールドワイドウェブ、ncbi.nlm.nih.govを参照のこと）。配列の比較のために利用される数学アルゴリズムの別の具体的な非限定的な例は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている、Myers and Miller, 1988, CABIOS 4:11-17のアルゴリズムである。このようなアルゴリズムは、ＧＣＧ配列アライメントソフトウェアパッケージの一部であるＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている。アミノ酸配列を比較するためにＡＬＩＧＮプログラムを利用する場合、ＰＡＭ１２０重み残基表（weight residue table）、ギャップ長ペナルティー１２、およびギャップペナルティー４を使用することができる。２つの配列の間の同一パーセントは、ギャップを許容してまたは許容せずに上記と類似の技術を使用して決定することができる。同一パーセントを計算するにあたり、典型的には正確なマッチだけが計数される。上記のように、同一パーセントは、２つのタンパク質の小さい方の間のアミノ酸マッチに基づく。したがって、例えば、ＮＣＢＩ Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌ － ＢＬＡＳＴＰプログラムをデフォルト設定で使用して（探索パラメーター：ワードサイズ３、期待値０．０５、ヒットリスト１００、ギャップコスト１１，１；行列ＢＬＯＳＵＭ６２、フィルターストリング（Filter string）：Ｆ；遺伝コード：１；ウインドウサイズ：４０；閾値：１１；組成に基づく統計値（Composition Based Stats）：２；Ｋａｒｌｉｎ－Ａｌｔｓｃｈｕｌ統計値：ラムダ：０．３１２９３；０．２６７；Ｋ：０．１３２９２２；０．０４１；Ｈ：０．４０１８０９；０．１４；および相対統計値：有効探索空間：２８８９０６）、配列番号８０と配列番号２７０との同一パーセントは、１００％の同一性である。
本明細書に使用される場合、「作動可能に接続された」という用語は、機能的関係にあるポリヌクレオチド配列エレメントまたはアミノ酸配列エレメントの結合を指す。例えば、ポリヌクレオチド配列は、別のポリヌクレオチド配列と機能的関係に置かれた場合に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、転写調節ポリヌクレオチド配列、例えば、プロモーター、エンハンサー、または他の発現制御エレメントは、それがタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列の転写に影響する場合、タンパク質をコードするポリヌクレオチド配列と作動可能に連結されている。
「対象」および「患者」という用語は、本明細書において互換的に使用され、それには、任意のヒトまたは非ヒト動物が含まれる。「非ヒト動物」という用語には、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ならびにマウス、ラットおよびモルモットなどのげっ歯類などの脊椎動物が含まれるが、それに限定されるわけではない。一部の実施形態では、対象はヒトである。
本明細書に使用される場合、「投与すること」という用語は、当業者に公知の様々な方法および送達システムのいずれかを使用する、治療剤（または対象の体内で代謝または変化されてｉｎ ｖｉｖｏで治療剤を産生する治療剤の前駆物質）の対象への身体的導入を指す。例示的な経路には、例えば注射または注入による静脈内、筋肉内、皮下、腹腔内、脊髄または他の非経口の投与経路が含まれる。「非経口投与」という用語は、本明細書に使用される場合、経腸および局所投与以外の投与様式、通常は注射によるものを意味し、それには、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内の注射および注入のみならず、ｉｎ ｖｉｖｏエレクトロポレーションが含まれるが、それに限定されない。治療剤は、非経口でない経路を介して、または経口的に投与され得る。他の非経口でない経路には、局所、表皮または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内、経腟、直腸、舌下または局所的が含まれる。投与はまた、例えば、１回、複数回、および／または１つもしくは複数の長期間にわたり行うことができる。
薬物または治療剤の「治療有効量」または「治療有効用量」は、単独でまたは別の治療剤と組み合わせて使用する場合、疾患症状の重症度における減少、無疾患症状期間の頻度および持続時間における増加、または疾患の苦痛による機能障害もしくは能力障害の予防によって証明される、対象を発病から守るまたは疾患の後退を促進する薬物の任意の量である。治療剤が疾患の後退を促進する能力は、例えば、臨床試験中のヒト対象において、ヒトにおける効力を予測する動物モデルシステムにおいて、またはｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイで薬剤の活性をアッセイすることによって、当業者に公知の多様な方法を使用して評価することができる。
「疾患」、「障害」、および「症候群」という用語は、本明細書において互換的に使用される。
本明細書に使用される場合、「治療する」、「治療すること」、「治療」という用語、その他は、疾患および／もしくはそれに関連する症状を軽減もしくは改善すること、または所望の薬理学的および／もしくは生理学的効果を得ることを指す。疾患を治療することは、疾患またはそれに関連する症状が完全に消失することを排除しないものの、それを必要としないことが認識されている。一部の実施形態では、効果は治療的であり、すなわち効果は、疾患および／または疾患に起因し得る有害症状を部分的または完全に低減する、減らす、打ち消す、軽減する、緩和する、その強度を減少させる、または治癒するが、それに限定されない。一部の実施形態では、効果は予防的であり、すなわち、効果は、疾患の発生または再発を防止または予防する。このために、ここに開示される方法は、本明細書に記載される組成物の治療有効量を投与することを含む。
５．３ 融合タンパク質
ある特定の態様では、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；標的サイトゾルタンパク質と特異的に結合する部分を含むターゲティングドメインとを含む融合タンパク質が、本明細書に提供される。
５．３．１ エフェクタードメイン
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はヒトである。一部の実施形態では、触媒ドメインは、天然脱ユビキチン化酵素（例えば、天然ヒト脱ユビキチン化酵素）に由来する。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、完全長脱ユビキチン化酵素のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのアミノ酸配列と、触媒ドメインのＮ末端、Ｃ末端、またはＮ末端およびＣ末端でのさらなるアミノ酸配列とを含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、脱ユビキチン化酵素の天然アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、天然脱ユビキチン化酵素のバリアントを含む。一部の実施形態では、融合タンパク質の触媒ドメインのアミノ酸配列は、天然脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である。一部の実施形態では、融合タンパク質の触媒ドメインのアミノ酸配列は、天然脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインのアミノ酸配列と比較して１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、または２０個のアミノ酸修飾を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、標的タンパク質の脱ユビキチン化を媒介するために十分な、天然脱ユビキチン化酵素の最小のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、標的タンパク質の脱ユビキチン化を媒介するために十分な、天然脱ユビキチン化酵素の最小よりも大きなアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、システインプロテアーゼまたはメタロプロテアーゼである。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はシステインプロテアーゼである。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はメタロプロテアーゼである。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、ユビキチン特異的プロテアーゼ（ＵＳＰ）、ユビキチンＣ末端ヒドロラーゼ（ＵＣＨ）、マシャド－ジョセフィンドメインプロテアーゼ（ＭＪＤ）、卵巣腫瘍プロテアーゼ（ＯＴＵ）、ＭＩＮＤＹプロテアーゼ、またはＺＵＦＳＰプロテアーゼである。
例示的な脱ユビキチン化酵素には、ＵＳＰ１、ＵＳＰ２、ＵＳＰ３、ＵＳＰ４、ＵＳＰ５、ＵＳＰ６、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ、ＵＳＰ９Ｙ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１１、ＵＳＰ１２、ＵＳＰ１３、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１５、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１７、ＵＳＰ１７Ｌ２、ＵＳＰ１７Ｌ３、ＵＳＰ１７Ｌ４、ＵＳＰ１７Ｌ５、ＵＳＰ１７Ｌ７、ＵＳＰ１７Ｌ８、ＵＳＰ１８、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２０、ＵＳＰ２１、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２３、ＵＳＰ２４、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２６、ＵＳＰ２７Ｘ、ＵＳＰ２８、ＵＳＰ２９、ＵＳＰ３０、ＵＳＰ３１、ＵＳＰ３２、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３４、ＵＳＰ３５、ＵＳＰ３６、ＵＳＰ３７、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４０、ＵＳＰ４１、ＵＳＰ４２、ＵＳＰ４３、ＵＳＰ４４、ＵＳＰ４５、ＵＳＰ４６、ＢＡＰ１、ＵＣＨＬ１、ＵＣＨＬ３、ＵＣＨＬ５、ＡＴＸＮ３、ＡＴＸＮ３Ｌ、ＯＴＵＢ１、ＯＴＵＢ２、ＭＩＮＤＹ１、ＭＩＮＤＹ２、ＭＩＮＤＹ３、ＭＩＮＤＹ４、およびＺＵＰ１が含まれるが、それに限定されない。本開示における使用のための例示的な脱ユビキチン化酵素はまた、その全内容が、参照により本明細書に組み込まれている、Komander, D. et al. Breaking the chains: structure and function of the deubiquitinases. Nat Rev Mol Cell Biol 10, 550-563 (2009)に開示されている。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、ＵＳＰ１、ＵＳＰ２、ＵＳＰ３、ＵＳＰ４、ＵＳＰ５、ＵＳＰ６、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ、ＵＳＰ９Ｙ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１１、ＵＳＰ１２、ＵＳＰ１３、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１５、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１７、ＵＳＰ１７Ｌ２、ＵＳＰ１７Ｌ３、ＵＳＰ１７Ｌ４、ＵＳＰ１７Ｌ５、ＵＳＰ１７Ｌ７、ＵＳＰ１７Ｌ８、ＵＳＰ１８、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２０、ＵＳＰ２１、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２３、ＵＳＰ２４、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２６、ＵＳＰ２７Ｘ、ＵＳＰ２８、ＵＳＰ２９、ＵＳＰ３０、ＵＳＰ３１、ＵＳＰ３２、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３４、ＵＳＰ３５、ＵＳＰ３６、ＵＳＰ３７、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４０、ＵＳＰ４１、ＵＳＰ４２、ＵＳＰ４３、ＵＳＰ４４、ＵＳＰ４５、およびＵＳＰ４６からなる群から選択される。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、ＢＡＰ１、ＵＣＨＬ１、ＵＣＨＬ３、またはＵＣＨＬ５である。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、ＡＴＸＮ３またはＡＴＸＮ３Ｌである。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、ＯＴＵＢ１またはＯＴＵＢ２である。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、ＭＩＮＤＹ１、ＭＩＮＤＹ２、ＭＩＮＤＹ３、またはＭＩＮＤＹ４である。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はＺＵＰ１である。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素はＪａｂ１／Ｍｏｖ３４／Ｍｐｒ１ Ｐａｄ１ Ｎ末端＋（ＭＰＮ＋）（ＪＡＭＭ）ドメインプロテアーゼである。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、表１に記載された脱ユビキチン化酵素である。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素のアミノ酸配列は、表１における脱ユビキチン化酵素のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、表１における脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、表１における脱ユビキチン化酵素の機能的断片を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素のエフェクタードメインは、表１における脱ユビキチン化酵素の機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、表１における脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインの機能的断片を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、表１における脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインの機能的バリアントを含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号２９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号３９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号４９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号５９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号６９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号７９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号８９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号９９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１００と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０３と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０４と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０５と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０６と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０７と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０８と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１０９と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１１０と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１１１と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、脱ユビキチン化酵素は、配列番号１１２と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つの触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つの触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号２９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号３９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号４９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号５９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号６９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号７９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号８９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号９９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１００の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０３の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０４の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０５の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０６の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０７の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０８の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１０９の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１１０の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１１１の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エフェクタードメインのアミノ酸配列は、配列番号１１２の触媒ドメインのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号３９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号４９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号５９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号６９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号７９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号８９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号９９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１００のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１０９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる脱ユビキチン化酵素に由来する。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１３～２２０または２７０のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１３～２２０のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列からなる。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１１９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１２９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１３９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１４９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１５９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１６９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１７９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１８９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号１９９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２００のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２０９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１１のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１２のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１４のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１６のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１７のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１８のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２１９のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２２０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、触媒ドメインは、配列番号２７０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
下記表１は、例示的なヒト脱ユビキチン化酵素および例示的なヒト脱ユビキチン化酵素の例示的な触媒ドメインのアミノ酸配列を記載するものである。触媒ドメインは例示的である。当業者は、脱ユビキチン化を媒介するために十分な、ヒト脱ユビキチン化酵素のアミノ酸配列（例えば触媒ドメイン）を容易に決定することができよう。本明細書に記載される融合タンパク質における使用のための触媒ドメインを導き出すために、ヒト脱ユビキチン化酵素（その機能的断片またはバリアント）のいずれかが使用され得る。
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５．３．２ ターゲティングドメイン
一部の実施形態では、ターゲティングドメインは、標的ミトコンドリアタンパク質に特異的に結合するターゲティング部分を含む。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、抗体（またはその抗原結合断片）を含む。一部の実施形態では、抗体は、完全長抗体、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、（ｓｃＦｖ）２、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、（Ｆａｂ’）２、Ｆ（ｖ）、単一ドメイン抗体、単鎖抗体、ＶＨＨ、または（ＶＨＨ）２である。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、ＶＨＨを含む。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、（ＶＨＨ）２を含む。
一部の実施形態では、ターゲティング部分は、野生型標的ミトコンドリアタンパク質に特異的に結合する。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、野生型標的ミトコンドリアタンパク質に特異的に結合するが、遺伝性疾患に関連する標的ミトコンドリアタンパク質のバリアントには特異的に結合しない。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、標的ミトコンドリアタンパク質の天然バリアントに特異的に結合する。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、遺伝性疾患（例えば、本明細書に記載される遺伝性疾患）に関連する標的ミトコンドリアタンパク質の天然バリアントに特異的に結合する。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、遺伝性疾患（例えば、本明細書に記載される遺伝性疾患）の原因である、標的ミトコンドリアタンパク質の天然バリアントに特異的に結合する。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、機能喪失型バリアントである、標的ミトコンドリアタンパク質の天然バリアントと特異的に結合する。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、遺伝性疾患（例えば本明細書に記載される遺伝性疾患）に関連する機能喪失型バリアントである標的ミトコンドリアタンパク質の天然バリアントと特異的に結合する。一部の実施形態では、ターゲティング部分は、遺伝性疾患（例えば、本明細書に記載される遺伝性疾患）を引き起こす機能喪失型バリアントである標的ミトコンドリアタンパク質の天然バリアントと特異的に結合する。
５．３．２．１ 例示的な標的ミトコンドリアタンパク質
一部の実施形態では、ターゲティング部分は、標的ミトコンドリアタンパク質（例えば、本明細書に記載されるミトコンドリアタンパク質）と特異的に結合する。例示的な標的ミトコンドリアタンパク質には、ダイナミン様１２０ｋＤａタンパク質（ＯＰＡ１）、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（ＰＰＯＸ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、ＤＮＡポリメラーゼサブユニットガンマ－１（ＰＯＬＧ）、ミトコンドリアシトクロムｃオキシダーゼサブユニット６Ａ２（ＣＯＸ６Ａ２）、ユビキノール－シトクロム－ｃレダクターゼ複合体アセンブリー因子２（ＵＱＣＣ２）、および複合体ＩＩＩアセンブリー因子ＬＹＲＭ７（ＬＹＲＭ７）が含まれるが、それに限定されない。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＯＰＡ１である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＰＰＯＸである。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＦＸＮである。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＰＯＬＧである。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はミトコンドリアシトクロムｃオキシダーゼサブユニット６Ａ２（ＣＯＸ６Ａ２）である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はユビキノール－シトクロム－ｃレダクターゼ複合体アセンブリー因子２（ＵＱＣＣ２）である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は複合体ＩＩＩアセンブリー因子ＬＹＲＭ７（ＬＹＲＭ７）である。
一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２４のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２７１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２７２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２７３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
下記の表２は、本明細書に記載される融合タンパク質を利用して脱ユビキチン化のためにターゲティングするための例示的なタンパク質の野生型アミノ酸配列を提供する。
Figure 2023549167000074
Figure 2023549167000075
５．３．３ ミトコンドリア局在化シグナル
一部の実施形態では、融合タンパク質は、融合タンパク質のＮ末端にミトコンドリア局在化シグナル（ＭＬＳ）を含む。例示的なＭＬＳは表３に提供される。一部の実施形態では、ＭＬＳは、配列番号２７５～２７８のうち１つと少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
Figure 2023549167000076
５．３．４ 配向およびリンカー
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、融合タンパク質中のターゲティングドメインのＮ末端である。一部の実施形態では、ターゲティングドメインは、融合タンパク質中のエフェクタードメインのＮ末端である。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＣ末端と作動可能に接続されている（直接的または間接的に）。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＮ末端と作動可能に接続されている（直接的または間接的に）。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＣ末端と直接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＮ末端と直接的に作動可能に接続されている。
一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＣ末端と間接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ターゲティングドメインのＮ末端と間接的に作動可能に接続されている。例えばリンカーを含む、または１つもしくは複数のポリペプチドをコードする１または複数のアミノ酸配列は、エフェクター部分とターゲティング部分との間に位置し得る。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ペプチドリンカーを経由してターゲティングドメインのＣ末端と間接的に作動可能に接続されている。一部の実施形態では、エフェクタードメインは、ペプチドリンカーを経由してターゲティングドメインのＮ末端と間接的に作動可能に接続されている。
本明細書に記載される融合タンパク質の各構成要素は、他方と直接的に連結される場合、またはペプチドリンカーを介して他方と間接的に連結される場合がある。［００８０］エフェクタードメインおよびターゲティングドメインがそれらのそれぞれの抗原と結合することを可能にする、当技術分野において公知の任意の適切なペプチドリンカーを使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカー、切断不可能なリンカー、ペプチドリンカー、可動性リンカー、剛性リンカー、ヘリカルリンカー、または非ヘリカルリンカーのうち１つまたは任意の組合せである。一部の実施形態では、リンカーはペプチドリンカーである。一部の実施形態では、リンカーは、グリシンもしくはセリン、またはグリシンおよびセリンアミノ酸残基の両方を含むペプチドリンカーである。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、約１～２０、１～１５、１～１０、１～５、５～２０、５～１５、５～１０、または１５～２０個のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、２～２５、５～２５、１０～２５、１５～２５、２０～２５、２～２０、５～２０、１０～２０、１５～２０、２～１５、５～１５、１０～１５、２～１０、もしくは５～１０個のアミノ酸、または約２～２５、５～２５、１０～２５、１５～２５、２０～２５、２～２０、５～２０、１０～２０、１５～２０、２～１５、５～１５、１０～１５、２～１０、もしくは５～１０個のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、リンカーは、グリシンもしくはセリン、またはグリシンおよびセリンアミノ酸残基の両方からなるペプチドリンカーである。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、２～２５、５～２５、１０～２５、１５～２５、２０～２５、２～２０、５～２０、１０～２０、１５～２０、２～１５、５～１５、１０～１５、２～１０、もしくは５～１０個のアミノ酸、または約２～２５、５～２５、１０～２５、１５～２５、２０～２５、２～２０、５～２０、１０～２０、１５～２０、２～１５、５～１５、１０～１５、２～１０、もしくは５～１０個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドリンカーは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、リンカーは、少なくとも１１アミノ酸長である。一部の実施形態では、リンカーは、少なくとも１５アミノ酸長である。一部の実施形態では、リンカーは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０アミノ酸残基長である。
一部の実施形態では、リンカーは、グリシン／セリンリンカー、例えば、アミノ酸グリシンおよびセリンから実質的になるペプチドリンカーである。一部の実施形態では、リンカーは、グリシン／セリン／プロリンリンカー、例えばアミノ酸、グリシン、セリン、およびプロリンから実質的になるペプチドリンカーである。
一部の実施形態では、リンカーのアミノ酸配列は、配列番号２９７～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾（例えば、置換、欠失、もしくは付加）を含む配列番号２９７～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーのアミノ酸配列は、配列番号２９７～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾（例えば、置換、欠失、もしくは付加）を含む配列番号２９７～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列からなる。
一部の実施形態では、リンカーのアミノ酸配列は、配列番号２９７～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾（例えば、置換、欠失、もしくは付加）を含む配列番号２９７～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーのアミノ酸配列は、配列番号２９７～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾（例えば、置換、欠失、もしくは付加）を含む配列番号２９７～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列からなる。
本明細書に記載される融合タンパク質のうち任意の１つまたは複数における使用のための例示的なリンカーのアミノ酸配列は、下記の表４に提供される。
Figure 2023549167000077
Figure 2023549167000078
Figure 2023549167000079
５．３．４．１ 条件付き構築物
エフェクタードメイン（例えば、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメインを含むエフェクタードメイン、または脱ユビキチン化酵素を含むエフェクタードメイン）に結合されたターゲティングドメイン（例えば、ＶＨＨ、（ＶＨＨ）２）を含む構築物もまた、本明細書に記載される。一部の実施形態では、ターゲティングドメインとエフェクタードメインとの繋がりは、ターゲティングドメインと結び付いた第１の作用物質（例えば、小分子、タンパク質、またはペプチド）と、エフェクタードメインと結び付いた第２の作用物質（例えば、小分子、タンパク質、またはペプチド）との結合によって媒介される。例えば、一実施形態では、ターゲティングドメインは、エフェクタードメインと結び付いた第２の作用物質に特異的に結合する第１の作用物質に結び付いている場合がある。一部の実施形態では、第１の作用物質の第２の作用物質への特異的結合は、第３の作用物質（例えば小分子）の添加によって媒介される。
例えば、例として米国特許出願公開第２０１７／００８１４１１号明細書（その全内容は、参照により本明細書に組み込まれている）に記載されるＫＢＰ／ＦＲＢベースの二量体化スイッチを含む条件付き構築物を本明細書に利用することができる。ＦＫＢＰ１２（ＦＫＢＰまたはＦＫ５０６結合タンパク質）は、天然物免疫抑制薬、ラパマイシンに対する最初の細胞内標的として機能する豊富な細胞質タンパク質である。ラパマイシンは、ＦＫＢＰおよび大きなＰＩ３ＫホモログＦＲＡＰ（ＲＡＦＴ、ｍＴＯＲ）に結合し、それによって、これらの分子を二量体化するように作用する。一部の実施形態では、本明細書においてＦＫＢＰ／ＦＲＢベースのスイッチとも称されるＦＫＢＰ／ＦＲＡＰベースのスイッチは、ヘテロ二量体化分子、例えば、ラパマイシンまたはラパマイシン類似体を利用することができる。ＦＲＢは、ＦＫＢＰ－ラパマイシン複合体と結合するために十分な、ＦＲＡＰのアミノ酸９３個の部分である（その全内容が、参照により本明細書に組み込まれている、Chen, J., Zheng, X. F., Brown, E. J. & Schreiber, S. L. (1995) Identification of an 11-kDa FKBP12-rapamycin-binding domain within the 289-kDa FKBP12-rapamycin-associated protein and characterization of a critical serine residue. Proc Natl Acad Sci USA 92: 4947-51)。例えば、ターゲティングドメインをＦＫＢＰと結び付けることができ、エフェクタードメインをＦＲＢと結び付けることができる。したがって、ターゲティングドメインとエフェクタードメインとの繋がりは、ラパマイシンによって媒介され、ラパマイシンの存在下でのみ行われる。
ここで使用することができる例示的な条件付き活性化システムには、各々の全内容がすべての目的のために参照によって本明細書に組み込まれている、米国特許出願公開第２０１７／００８１４１１号明細書；Lajoie MJ, et al. Designed protein logic to target cells with precise combinations of surface antigens. Science. 2020 Sep 25;369(6511):1637-1643. doi: 10.1126/science.aba6527. Epub 2020 Aug 20. PMID: 32820060；Farrants H, et al. Chemogenetic Control of Nanobodies. Nat Methods. 2020 Mar;17(3):279-282. doi: 10.1038/s41592-020-0746-7. Epub 2020 Feb 17. PMID: 32066961；および米国特許出願公開第２０１７／００８１４１１号明細書に記載されたものが含まれるが、それに限定されない。
５．３．５ 例示的な融合タンパク質
本開示の例示的な融合タンパク質には下記のものが含まれるが、それに限定されない。一実施形態では、融合タンパク質は、システインプロテアーゼ脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、その際、ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、メタロプロテアーゼ脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインとを含み、ミトコンドリアタンパク質は、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、脱ユビキチン化酵素は、ユビキチン特異的プロテアーゼ（ＵＳＰ）、ユビキチンＣ末端ヒドロラーゼ（ＵＣＨ）、マシャド－ジョセフィンドメインプロテアーゼ（ＭＪＤ）、卵巣腫瘍プロテアーゼ（ＯＴＵ）、ＭＩＮＤＹプロテアーゼ、またはＺＵＦＳＰプロテアーゼである、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、ミトコンドリアタンパク質は、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、脱ユビキチン化酵素は、ＵＳＰ１、ＵＳＰ２、ＵＳＰ３、ＵＳＰ４、ＵＳＰ５、ＵＳＰ６、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ、ＵＳＰ９Ｙ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１１、ＵＳＰ１２、ＵＳＰ１３、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１５、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１７、ＵＳＰ１７Ｌ２、ＵＳＰ１７Ｌ３、ＵＳＰ１７Ｌ４、ＵＳＰ１７Ｌ５、ＵＳＰ１７Ｌ７、ＵＳＰ１７Ｌ８、ＵＳＰ１８、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２０、ＵＳＰ２１、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２３、ＵＳＰ２４、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２６、ＵＳＰ２７Ｘ、ＵＳＰ２８、ＵＳＰ２９、ＵＳＰ３０、ＵＳＰ３１、ＵＳＰ３２、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３４、ＵＳＰ３５、ＵＳＰ３６、ＵＳＰ３７、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４０、ＵＳＰ４１、ＵＳＰ４２、ＵＳＰ４３、ＵＳＰ４４、ＵＳＰ４５、ＵＳＰ４６、ＢＡＰ１、ＵＣＨＬ１、ＵＣＨＬ３、ＵＣＨＬ５、ＡＴＸＮ３、ＡＴＸＮ３Ｌ、ＯＴＵＢ１、ＯＴＵＢ２、ＭＩＮＤＹ１、ＭＩＮＤＹ２、ＭＩＮＤＹ３、ＭＩＮＤＹ４、またはＺＵＰ１からなる群から選択される、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７であるターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、脱ユビキチン化酵素は、表１に記載される、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、ミトコンドリアタンパク質は、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、触媒ドメインは表１に記載される、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、その際、脱ユビキチン化酵素が、配列番号１～１１２のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、その際、ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、その際、触媒ドメインが、配列番号１１３～２２０または２７０のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、その際、ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、その際、脱ユビキチン化酵素が、配列番号１～１１２のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、その際、ミトコンドリアタンパク質が、配列番号２２１～２２４または２７１～２７３のうちいずれか１つと少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、ターゲティングドメインとを含む。
一実施形態では、融合タンパク質は、脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインであって、触媒ドメインは、配列番号１１３～２２０または２７０のうちいずれか１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、エフェクタードメインと；ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインであって、ミトコンドリアタンパク質は、配列番号２２１～２２４または２７１～２７３のうちいずれか１つと少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、ターゲティングドメインとを含む。
５．３．５．１ さらなる例示的な実施形態
限定するものとして解釈すべきではない、本明細書に記載される融合タンパク質のさらなる例示的な実施形態は、下に提供される。
実施形態１。（ａ）脱ユビキチン化を媒介することが可能なヒト脱ユビキチン化酵素の機能的断片を含むエフェクター部分であって、ヒト脱ユビキチン化酵素は、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、エフェクター部分と、ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する、ＶＨＨ、（ＶＨＨ）２またはｓｃＦｖを含むターゲティング部分とを含む融合タンパク質。
実施形態２。配列番号１１３～２２０または２７０のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、脱ユビキチン化を媒介することが可能なヒト脱ユビキチン化酵素の機能的断片を含むエフェクター部分と、ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する、ＶＨＨ、（ＶＨＨ）２、またはｓｃＦｖを含むターゲティング部分とを含む融合タンパク質。
実施形態３。配列番号２７０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、脱ユビキチン化を媒介することが可能なヒト脱ユビキチン化酵素の機能的断片を含むエフェクター部分と、ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する、ＶＨＨ、（ＶＨＨ）２、またはｓｃＦｖを含むターゲティング部分とを含む融合タンパク質。
実施形態４。前記ターゲティング部分が、ＶＨＨまたは（ＶＨＨ）２である、実施形態１～３のいずれか１つに記載の融合タンパク質。
実施形態５。ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、ＰＯＬＧ、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、およびＬＹＲＭ７である、実施形態１～４のいずれか１つに記載の融合タンパク質。
実施形態６。前記ミトコンドリアタンパク質が、ＯＰＡ１、ＰＰＯＸ、ＦＸＮ、またはＰＯＬＧである、実施形態１～５のいずれか１つの融合タンパク質。
実施形態７。前記ミトコンドリアタンパク質が、ＣＯＸ６Ａ２、ＵＱＣＣ２、またはＬＹＲＭ７である、実施形態１～６のいずれか１つの融合タンパク質。
５．３．６ 融合タンパク質を製造する方法
本明細書に記載される融合タンパク質は、当技術分野において公知の任意の従来技術、例えば、組換え技術または化学合成（例えば、固相ペプチド合成）によって製造することができる。一部の実施形態では、融合タンパク質は、細胞（例えば真核細胞、例えば哺乳動物細胞）における組換え発現により製造される。簡潔には、融合タンパク質は、融合タンパク質をコードするＤＮＡを合成することおよびＤＮＡを任意の適切な発現ベクター中にクローニングすることによって製造することができる。多数のクローニングベクターが、当業者に公知であり、適切なクローニングベクターの選択は、好みの問題である。遺伝子を、プロモーター、リボソーム結合部位（細菌発現について）、ならびに場合によりオペレーターおよび／または１つもしくは複数のエンハンサーエレメントの制御下に置き、それにより、融合タンパク質をコードするＤＮＡ配列が、この発現構築物を含有するベクターによって形質転換された宿主細胞中でＲＮＡに転写されるようにすることができる。コード配列は、シグナルペプチドまたはリーダー配列を含有する場合も、また、含有しない場合もある。異種リーダー配列は、宿主生物から発現されたポリペプチドの分泌を引き起こすコード配列に付加することができる。宿主細胞の増殖と比べたタンパク質配列の発現調節を可能にする他の調節配列もまた望ましい場合がある。このような調節配列は当業者に公知であり、例には、調節化合物の存在を含む化学または物理刺激に応答して遺伝子の発現をオンオフさせるものが含まれる。他の種類の調節エレメントはまた、ベクター、例えばエンハンサー配列中に存在し得る。制御配列および他の調節配列は、ベクター、例えば上記のクローニングベクターへの挿入前にコード配列にライゲートされる場合がある。あるいは、制御配列および適切な制限部位をすでに含有する発現ベクター中に、コード配列を直接クローニングすることができる。
次いで、発現ベクターは、適切な宿主細胞を形質転換するために使用され得る。いくつかの哺乳動物細胞株は、当技術分野において公知であり、それには、アメリカ培養細胞系統保存機関（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）（ＡＴＣＣ）から入手可能な不死化細胞株、例えば、それに限定されないが、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＣＨＯ－懸濁細胞（ＣＨＯ－Ｓ）、ＨｅＬａ細胞、ＨＥＫ２９３、ベビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞、サル腎臓細胞（ＣＯＳ）、ＶＥＲＯ、ＨｅｐＧ２、メイディンダービー－ウシ腎臓（ＭＤＢＫ）細胞、ＮＯＳ、Ｕ２ＯＳ、Ａ５４９、ＨＴ１０８０、ＣＡＤ、Ｐ１９、ＮＩＨ３Ｔ３、Ｌ９２９、Ｎ２ａ、ＭＣＦ－７、Ｙ７９、ＳＯ－Ｒｂ５０、ＤＵＫＸ－Ｘ１１、およびＪ５５８Ｌが含まれる。
選択された発現システムおよび宿主に応じて、融合タンパク質は、上記発現ベクターによって形質転換された宿主細胞を、融合タンパク質が発現される条件下で増殖させることによって産生される。次いで、融合タンパク質は、宿主細胞から単離され、精製される。発現システムが増殖培地中に融合タンパク質を分泌するならば、融合タンパク質を培地から直接精製することができる。融合タンパク質が分泌されないならば、これは、細胞溶解物から単離される。適切な増殖条件および回収方法の選択は、当業者の技能の範囲内である。精製した後、融合タンパク質のアミノ酸配列は、すなわち、エドマン分解に続くＨＰＬＣによるアミノ酸分析の繰り返しサイクルによって決定することができる。他のアミノ酸配列決定方法もまた、当技術分野において公知である。精製した後、融合タンパク質の機能性を、例えば本明細書に記載されるように、例えば二機能性ＥＬＩＳＡを利用して評価することができる。
上記のように、融合タンパク質の機能性は、当技術分野において公知の任意の方法によって試験することができる。各機能性は、別々のアッセイで測定することができる。例えば、ターゲティングドメインの標的タンパク質への結合は、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して測定することができる。エフェクタードメインの触媒活性は、当技術分野において公知の任意の標準的な脱ユビキチン化酵素活性アッセイ、例えば、ＢｉｏＶｉｓｉｏｎ脱ユビキチン化酵素活性アッセイキット（蛍光分析）カタログ番号Ｋ４８５－１００を製造業者の説明書により使用して測定することができる。本明細書に記載された融合タンパク質の脱ユビキチン化酵素活性は、例えば、蛍光基質が切断されたときに脱ユビキチン化酵素活性を検出するための蛍光脱ユビキチン化酵素基質を使用することによって測定することができる。脱ユビキチン化酵素活性はまた、本明細書に提供される実施例に示される材料および方法により測定することができる。
５．４ 核酸、宿主細胞、ベクター、およびウイルス粒子
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸分子が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、核酸分子はＤＮＡ分子である。一部の実施形態では、核酸分子はＲＮＡ分子である。一部の実施形態では、核酸分子は、少なくとも１つの修飾核酸（例えば、核酸分子の安定性を増加させるもの）、例えば、ホスホロチオエート（phosphorothioate）、Ｎ６－メチルアデノシン（ｍ６Ａ）、Ｎ６，２’－Ｏ－ジメチルアデノシン（ｍ６Ａｍ）、８－オキソ－７，８－ジヒドログアノシン（８－ｏｘｏＧ）、シュードウリジン（Ψ）、５－メチルシチジン（ｍ５Ｃ）、およびＮ４－アセチルシチジン（ａｃ４Ｃ）を含有する。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含む宿主細胞（または宿主細胞集団）が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれている。一部の実施形態では、核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれていない。一部の実施形態では、核酸は、細胞のエピソーム中に存在する。一部の実施形態では、宿主細胞はヒト細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ネコ、イヌ、またはヒト細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで改変されている。
核酸は、当技術分野において公知の（例えば本明細書に記載される）任意の適切な方法によって宿主細胞に導入することができる。例えば、ウイルス送達システム（例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ポリオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、エプスタイン－バーウイルス、インフルエンザウイルス、レトロウイルス、粘液腫ウイルス、マラバウイルス、ラブドウイルス、またはコクサッキーウイルス送達システム）を利用して、融合タンパク質をコードする核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子）を、宿主細胞を用いた発現のために送達することができる。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、宿主細胞内のエピソームに存在する。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれている。一部の実施形態では、ウイルスは複製可能である。一部の実施形態では、ウイルスは複製欠損である。
一部の実施形態では、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、融合タンパク質をコードする非ウイルス性ベクター（例えばプラスミド）を使用して宿主細胞に送達される。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、宿主細胞内のエピソームに存在する。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれている。当技術分野において公知の例示的な非ウイルス性トランスフェクション方法には、例えば、ｅｘ ｖｉｖｏトランスフェクションによる、注射（例えば、マイクロインジェクション）、エレクトロポレーション、リポソーム媒介トランスフェクション、受容体媒介トランスフェクション、微粒子銃による、炭化ケイ素系繊維を用いた撹拌による、ＤＮＡの直接送達が含まれるが、それに限定されない。このような技術の適用により、コードされた融合タンパク質を発現するために、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸がこれらの細胞に安定的にまたは一過性にトランスフェクトされる場合がある。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質（例えば本明細書に記載される核酸）をコードする核酸を含むベクターが、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。例示的なウイルスベクターには、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、レンチウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、水疱性口内炎ウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、ニューカッスル病ウイルスベクター、エプスタイン－バーウイルスベクター、インフルエンザウイルスベクター、レオウイルスベクター、粘液腫ウイルスベクター、マラバウイルスベクター、ラブドウイルスベクター、およびコクサッキーウイルスベクターが含まれるが、それに限定されない。一部の実施形態では、ベクターは非ウイルス性ベクターである。一部の実施形態では、非ウイルス性ベクターはプラスミドである。
一態様では、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸（例えば、本明細書に記載される核酸）を含むウイルス粒子（またはウイルス粒子の集団）が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ウイルス粒子はＲＮＡウイルスである。一部の実施形態では、ウイルス粒子はＤＮＡウイルスである。一部の実施形態では、ウイルス粒子は、二本鎖ゲノムを含む。一部の実施形態では、ウイルス粒子は、一本鎖ゲノムを含む。例示的なウイルス粒子には、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ポリオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、エプスタイン－バーウイルス、インフルエンザウイルス、レオウイルス、粘液腫ウイルス、マラバウイルス、ラブドウイルス、またはコクサッキーが含まれるが、それに限定されない。
５．５ 医薬組成物
一態様では、１）本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むベクター、または本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むウイルス粒子と；２）少なくとも１つの薬学的に許容され得る担体、賦形剤、安定化剤、緩衝剤、希釈剤、界面活性剤、保存剤および／または佐剤などとを含む医薬組成物が、本明細書に提供される（例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences (1990) Mack Publishing Co., Easton, PAを参照のこと）。当業者は、医薬組成物中に包含するために適した賦形剤を選択することができる。例えば、医薬組成物の製剤は、投与経路（例えば、静脈内、皮下など）、および／または医薬組成物内に含有される活性分子（例えば、ウイルス粒子、非ウイルス性ベクター、ベクター内に含有されない核酸）に基づき異なる場合がある。
許容され得る担体、賦形剤、または安定化剤は、好ましくは採用された投薬量および濃度でレシピエントに無毒であり、それには、緩衝剤、例えばリン酸塩、クエン酸塩、もしくは他の有機酸；アスコルビン酸もしくはメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム塩化物；ヘキサメトニウム塩化物；ベンザルコニウム塩化物、ベンゼトニウム塩化物；フェノール、ブチルアルコールもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えばメチルパラベンもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；もしくはｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基未満の）ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン；単糖、二糖、またはグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えばＥＤＴＡ；糖、例えばスクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えばナトリウム；金属複合体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）；および／または非イオン界面活性剤、例えばＴＷＥＥＮ（登録商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（登録商標）もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれる。
一実施形態では、本開示は、医薬としての使用のための本明細書に記載される融合タンパク質を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態では、本開示は、がんの治療のための方法における使用のための医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に開示された融合タンパク質、および場合により１つまたは複数のさらなる予防または治療剤を薬学的に許容され得る担体中に含む。
医薬組成物は、対象への任意の投与経路のために製剤化される場合がある。投与経路の具体例には、非経口投与（例えば、静脈内、皮下、筋肉内）が含まれる。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈内投与のために製剤化されている。一部の実施形態では、医薬組成物は、皮下投与のために製剤化されている。注射剤は、従来の形態で、溶液または懸濁物のいずれかとして調製することができる。注射剤は、１つまたは複数の賦形剤を含有し得る。例示的な賦形剤には、例えば、水、食塩水、デキストロース、グリセロールまたはエタノールが含まれる。加えて、所望であれば、投与するべき医薬組成物はまた、無毒の補助物質、例えば湿潤または乳化剤、ｐＨ緩衝剤、安定化剤、溶解強化剤、または例えば、酢酸ナトリウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミンもしくはシクロデキストリンなどの他の薬剤を少量含有し得る。
一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈内投与のために製剤化されている。静脈内投与に適した担体には、生理食塩水もしくはリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、またはグルコース、ポリエチレングリコール、もしくはポリプロピレングリコールもしくはそれらの混合物などの増粘もしくは可溶化剤を含有する溶液が含まれる。
ｉｎ ｖｉｖｏ投与のために使用するべき組成物は、無菌であり得る。これは、例えば、無菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成される。
本明細書に記載される非経口製品中に使用される薬学的に許容され得る担体には、例えば、水性媒体、非水性媒体、抗菌剤、等張化剤、緩衝剤、抗酸化剤、局所麻酔薬、懸濁化および分散剤、乳化剤、封鎖もしくはキレート剤または他の薬学的に許容され得る物質が含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数中に組み込むことができる水性媒体の例には、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、等張デキストロース注射液、無菌水注射液、デキストロースまたは乳酸加リンゲル注射液が含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数中に組み込むことができる非水性非経口媒体には、植物由来の固定油、綿実油、コーン油、ゴマ油またはラッカセイ油が含まれる。静細菌または静真菌濃度の抗菌剤を本明細書に記載される非経口製品に添加し、フェノールまたはクレゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、ｐ－ヒドロキシ安息香酸メチルエステルおよびｐ－ヒドロキシ安息香酸プロピルエステル、チメロサール、ベンザルコニウム塩化物またはベンゼトニウム塩化物が入った多回容器中にパッケージングすることができる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる等張化剤には、塩化ナトリウムまたはデキストロースが含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる緩衝剤には、リン酸塩またはクエン酸塩が含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる抗酸化剤には、重硫酸ナトリウムが含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる局所麻酔薬には、プロカイン塩酸塩が含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる懸濁化および分散剤には、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシプロピルメチルセルロースまたはポリビニルピロリドンが含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる乳化剤には、ポリソルベート８０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０）が含まれる。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる金属イオンの封鎖またはキレート剤はＥＤＴＡである。本明細書に記載される製剤のうち１つまたは複数に組み込むことができる薬学的担体にはまた、水混和性媒体のためのエチルアルコール、ポリエチレングリコールもしくはプロピレングリコール；またはｐＨ調整のための水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸もしくは乳酸が含まれる。
医薬組成物に採用すべき正確な用量はまた、投与経路、およびそれによって引き起こされる状態の重篤度に依存し、医師の判断および各対象の状況により決定すべきである。例えば、有効用量はまた、投与手段、標的部位、対象の生理学的状態（年齢、体重、および健康を含む）、投与される他の医薬、または治療法が予防的であるかもしくは治療的であるかに応じて変動し得る。治療投薬量は、好ましくは、安全性および有効性を最適化するために設定される。
５．６ 治療的使用の方法
一態様では、疾患を有する対象に、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むベクター、または本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むウイルス粒子を投与することによる、対象における疾患を治療する方法が、本明細書に提供される。
融合タンパク質は、当技術分野において公知の任意の方法により宿主細胞に送達することができる。例えば、ウイルス送達システム（例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ポリオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、エプスタイン－バーウイルス、インフルエンザウイルス、レオウイルス、粘液腫ウイルス、マラバウイルス、ラブドウイルス、ｅｎａｄｅｎｏｔｕｃｉｒｅｖまたはコクサッキー）を利用して、対象の細胞集団内での発現のために融合タンパク質をコードする核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子）を送達することができる。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、対象の細胞集団内のエピソームに存在する。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、対象の細胞集団のゲノム中に組み込まれている。一部の実施形態では、ウイルスは、複製可能である。一部の実施形態では、ウイルスは複製欠損である。
一部の実施形態では、融合タンパク質は、対象に投与される。一部の実施形態では、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、対象に投与される。一部の実施形態では、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、担体（例えば、ナノ粒子、リポソーム、ミクロスフェア）内で複合体化されている。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする、非ウイルス性ベクター（例えばプラスミド）内の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、対象に投与される。
５．６．１ 投与
融合タンパク質は、当技術分野において公知の任意の方法を介して宿主細胞に送達することができる。例えば、ウイルス送達システム（例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ポリオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、エプスタイン－バーウイルス、インフルエンザウイルス、レオウイルス、粘液腫ウイルス、マラバウイルス、ラブドウイルス、ｅｎａｄｅｎｏｔｕｃｉｒｅｖまたはコクサッキー）を利用して、対象の細胞集団内での発現のために融合タンパク質をコードする核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子）を送達することができる。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、対象の細胞集団内のエピソームに存在する。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸は、対象の細胞集団のゲノム内に組み込まれている。一部の実施形態では、ウイルスは、複製可能である。一部の実施形態では、ウイルスは複製欠損である。
一部の実施形態では、融合タンパク質は、対象に投与される。一部の実施形態では、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、対象に投与される。一部の実施形態では、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、担体（例えば、ナノ粒子、リポソーム、ミクロスフェア）内で複合体化されている。一部の実施形態では、融合タンパク質をコードする、非ウイルス性ベクター（例えばプラスミド）内の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が対象に投与される。
一部の実施形態では、融合タンパク質は、非経口的に投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外または胸骨内の注射または注入を介して投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、静脈内に投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は皮下に投与される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、非経口でない経路を介して、または経口的に投与される。他の非経口でない経路には、局所、表皮または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内、膣内、直腸、舌下または局所が含まれる。投与はまた、例えば、１回、複数回、および／または１つもしくは複数の長期間にわたり行うことができる。
一部の実施形態では、本明細書に開示された方法は、標準治療方法の代わりに使用される。ある特定の実施形態では、標準治療方法は、本明細書に開示された任意の方法と組み合わせて使用される。一部の実施形態では、本明細書に開示された方法は、標準治療方法が失敗した後に使用される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、さらなる治療剤と同時に投与される、その前に投与される、またはその後に投与される。一部の実施形態では、疾患は遺伝性疾患である。
５．６．２ 例示的な遺伝性疾患
一部の実施形態では、疾患は遺伝性疾患である。一部の実施形態では、遺伝性疾患は、機能的標的ミトコンドリアタンパク質の発現の減少に関連する。一部の実施形態では、遺伝性疾患は、機能的標的ミトコンドリアタンパク質の安定性の減少に関連する。一部の実施形態では、遺伝性疾患は、標的ミトコンドリアタンパク質のユビキチン化の増加に関連する。一部の実施形態では、遺伝性疾患は、標的ミトコンドリアタンパク質のユビキチン化および分解の増加に関連する。一部の実施形態では、遺伝性疾患はハプロ不全疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、視神経萎縮１、異型ポルフィリン症、フリードライヒ運動失調症、およびアルパース症候群からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＯＰＡ１であり、疾患は視神経萎縮１である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＰＰＯＸであり、疾患は異型ポルフィリン症である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＦＸＮであり、疾患はフリードライヒ運動失調症である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＰＯＬＧであり、疾患はアルパース症候群である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＣＯＸ６Ａ２であり、疾患はミトコンドリア複合体ＩＶ欠損症核型１８（ＭＣ４ＤＮ１８）である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＵＱＣＣ２であり、疾患はミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核７（ＭＣ３ＤＮ７）である。一部の実施形態では、標的ミトコンドリアタンパク質はＬＹＲＭ７であり、疾患はミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核８（ＭＣ３ＤＮ８）である。
５．７ キット
一態様では、治療的使用のための、本明細書に記載される融合タンパク質、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むベクター、または本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むウイルス粒子を含むキットが、本明細書に提供される。キットは、典型的には、キットの内容物の使用目的を示すラベルおよび使用説明書を含む。期限ラベルは、キット上もしくはキットと共に供給される、またはその他の方法でキットに付随する任意の文書または記録資料を含む。したがって、本開示は、疾患（例えば遺伝性疾患）を患う対象を治療するためのキットを提供し、キットは、（ａ）融合タンパク質、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸を含むベクター、または本明細書に記載される融合物をコードする核酸を含むウイルス粒子の投薬量と；（ｂ）本明細書に開示された治療方法のいずれかで融合タンパク質を使用するための説明書とを含む。
本発明は、さらに限定するものとして解釈すべきでない、以下の実施例によってさらに例証される。
６．１
[実施例１]
ターゲティングされた操作脱ユビキチン化酵素の生成
本実施例は、蛍光タグ付き標的タンパク質をフルオロフォアタグ付き操作脱ユビキチン化酵素（ｅｎＤＵＢ）と一緒に使用して、ｅｎＤＵＢに関連する発現のアップレギュレーションを実証する一般的実験方法を提供する。例証目的で、下に開示される構築物を、哺乳動物発現に適したベクター中に合成する。一般的に、標的タンパク質は、第２レポーターとしてのＣ末端のＹＦＰに続くＰ２Ａ切断シグナルおよびｍＣｈｅｒｒｙタンパク質付きで（標的タンパク質－ＹＦＰ－Ｐ２Ａ－ｍＣｈｅｒｒｙ）発現される。この構築物を、ＣＦＰタンパク質に続くＰ２Ａシグナル、およびＹＰＦに特異的に結合するナノボディに続く操作ＤＵＢから構成される三機能性融合タンパク質（ＣＦＰ－Ｐ２Ａ－抗ＹＦＰナノボディ－ｅｎＤＵＢ）の存在下で共トランスフェクトする。薬物治療応用では、ターゲティングナノボディ（または他の特異的バインダー）が、細胞中のアップレギュレーションすべき野生型（または疾患起因変異体）タンパク質に方向付けられ、一方、ｅｎＤＵＢは標的タンパク質に対する結合タンパク質と融合している。標的タンパク質結合部分は、アップレギュレーションすべき標的タンパク質と特異的に相互作用する任意の抗体もしくは抗体断片、ナノボディ、または任意の他の非抗体足場、例えばフィブロネクチン、アンチカリン、アンキリンリピートもしくは天然結合タンパク質であり得る。被験融合タンパク質の構成要素のアミノ酸配列は、下の表５に提供される。
Figure 2023549167000080
Figure 2023549167000081
Figure 2023549167000082
被験融合タンパク質のアミノ酸配列は、下の表６に提供される。
Figure 2023549167000083
Figure 2023549167000084
Figure 2023549167000085
Figure 2023549167000086
Figure 2023549167000087
Figure 2023549167000088
Figure 2023549167000089
Figure 2023549167000090
Figure 2023549167000091
６．２
[実施例２]
ターゲティングされた操作脱ユビキチン化酵素の試験
特異的ターゲティングｅｎＤＵＢの状況での標的タンパク質のアップレギュレーションを実証するために、以下の実験を行う。
使用される構築物の概要：
● 非ターゲティングｅｎＤＵＢ融合体を使用する対照実験
〇 標的－ＹＦＰ－Ｐ２Ａ－ｍＣｈｅｒｒｒｙ
〇 ＣＦＰ－Ｐ２Ａ－ｅｎＤＵＢ（非ターゲティング対照ｅｎＤＵＢ）
● アップレギュレーションのための被験構築物：
〇 標的－ＹＦＰ－Ｐ２Ａ－ｍＣｈｅｒｒｙ
〇 ＣＦＰ－Ｐ２Ａ－ａ－ＹＦＰナノボディ－ｅｎＤＵＢ
● または、以下から構成される特異的ターゲティングｅｎＤＵＢ融合物
〇 ＣＦＰ－Ｐ２Ａ－抗ターゲティングバインダー－ｅｎＤＵＢ
ＹＦＰタグ付き標的タンパク質を有するプラスミドを、標的結合タンパク質と融合されたｅｎＤＵＢを有するプラスミドと一緒にＨＥＫ細胞への共トランスフェクションを行う。ターゲティングバインダーが存在しないｅｎＤＵＢを有する対照構築物もまた、標識標的タンパク質と一緒に共トランスフェクトする。２４～４８時間後、トランスフェクトされた細胞を、ＦＡＣＳまたは対照からのアップレギュレーションによって分析する。標的タンパク質上のｍＣｈｅｒｒｙシグナルを使用して、トランスフェクション効率について正規化し、一方、ＣＦＰシグナルを使用して、ｅｎＤＵＢ構築物のトランスフェクション効率について正規化する。標的タンパク質と融合されたＹＦＰは、標的遺伝子発現についての読出しであり、これを対照トランスフェクションにおけるシグナルに対してプロットする。対照からのＹＦＰ蛍光の相対的増加は、ｅｎＤＵＢの存在におけるアップレギュレーションを実証する。
６．３
[実施例３]
融合タンパク質を試験するためのスクリーニングアッセイ
以下の実施例は、ターゲティングされた操作脱ユビキチン化酵素（ｅｎＤｕｂ）（例えば、本明細書に記載されるｅｎＤｕｂ）が標的タンパク質の発現を増加させる能力を分析するためのアッセイを説明するものである。一般的に、アッセイは、標的タンパク質に蛍光タグ（例えばＮａｎｏＬｕｃｉｆｅｒａｓｅ（ＮＬｕｃ））およびアルファ－タグ（α－タグ）をタグ付けすること；ならびにｅｎＤｕｂと抗アルファタグナノボディとの融合タンパク質に、切断可能なリンカーを経由して異なる蛍光タグ（例えば、ホタルルシフェラーゼ（ＦＬｕｃ））をタグ付けすることを伴う。２つの異なる蛍光タグの使用は、トランスフェクション／発現における変動を補償するためのシグナルの正規化を可能にする。それは、第２の蛍光タグが、切断可能なリンカーの切断により細胞内のｅｎＤｕｂ－抗アルファタグ融合タンパク質から迅速に切断されるからである。図２は、アッセイの細胞面の全般概略図を提供するものである。材料および方法を含むプロトコールを下に記載する。
ＣＨＯ－Ｋ１細胞を０．２５％（ｗ／ｖ）トリプシン－ＥＤＴＡにより３７℃で５分間消化した。ＣＨＯ－Ｋ１細胞培養物について完全培地を添加して消化を停止した。ＣＨＯ－Ｋ１細胞を８００ｒｐｍで５分間遠心分離した。遠心分離後、上清を捨て、ＣＨＯ－Ｋ１細胞を培地２ｍＬ中に再懸濁し、計数した。１０６個のＣＨＯ－Ｋ１細胞に４４０Ｖ下でＮＬｕｃおよびアルファ－タグでタグ付けした標的タンパク質をコードするプラスミド０．５μｇ、ならびにａ）ｅｎＤｕｂ－抗アルファタグナノボディ－ＦＬｕｃ融合タンパク質（実験）、ｂ）ｅｎＤｕｂ（対照）、または抗アルファタグナノボディ（対照）をコードするプラスミド１μｇをエレクトロポレーションした。５Ｅ＋４個／ウェルの細胞を２４ウェルプレート中に入れ、３７℃、５％ＣＯ２で２４時間培養した。細胞を０．２５％（ｗ／ｖ）トリプシン－ＥＤＴＡにより３７℃で５分間消化した。完全培地を培養物に添加して、消化を停止し、ＮａｎｏＧｌｏ（登録商標）Ｄｕａｌ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ（登録商標）Ａｓｓａｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ）に使用するために細胞を計数した。このアッセイは、単一試料中のＦＬｕｃおよびＮＬｕｃ（登録商標）の検出を可能にする。製造業者の説明書（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｎａｎｏ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｄｕａｌ－Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ（登録商標）Ｒｅｐｏｒｔｅｒ Ａｓｓａｙ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ ＃ＴＭ４２６）によりＮａｎｏＧｌｏ（登録商標）Ｄｕａｌ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ（登録商標）Ａｓｓａｙを実行した。簡潔には、１Ｅ＋４個／ウェルの細胞を９６ウェル黒色プレートに入れ、３７℃、５％ ＣＯ２で２４時間培養した。プレートをインキュベーターから取り出し、室温と平衡化させた。必要に応じて試料を改変して、出発体積８０μｌ／ウェルを有するようにした。ＯＮＥ－Ｇｌｏ（商標）ＥＸ Ｒｅａｇｅｎｔ ８０μｌをすべての試料ウェルに注入し、３分間インキュベートした。１秒積分時間を使用してすべての試料ウェルにおいてホタル発光を読み取った。すべての試料ウェルにＮａｎｏＤＬＲ（商標）Ｓｔｏｐ ＆ Ｇｌｏ（登録商標）Ｒｅａｇｅｎｔ ８０μｌを注入し；５分間インキュベートした。１秒積分時間を使用してすべての試料ウェルのＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）発光を読み取った。製造業者の説明書（Ｎａｎｏ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｄｕａｌ－Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ（登録商標）Ｒｅｐｏｒｔｅｒ Ａｓｓａｙ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ ＃ＴＭ４２６．）により分注ラインを洗浄し、データを分析した。
アッセイに使用された融合タンパク質の構成要素のアミノ酸配列を下の表７に詳述する。
Figure 2023549167000092
標的タンパク質、ＮＬｕｃ、およびアルファタグを含む例示的な標的融合タンパク質のアミノ酸配列を下の表８に詳述する。
Figure 2023549167000093
対照またはターゲティングされた操作脱ユビキチン化酵素を含む例示的な融合タンパク質のアミノ酸配列を下の表９に詳述する。
Figure 2023549167000094
Figure 2023549167000095
上の表７および８に記載されたタグ付きタンパク質およびターゲティングされたｅｎＤｕｂを利用してアッセイを行った。ＣＯＸ６Ａ２タンパク質の発現に１．４８倍の増加を示す、ＣＯＸ６Ａ２ターゲティングの結果を図３に示す。ＵＱＣＣ２タンパク質の発現に２．８７倍の増加を示す、ＵＱＣＣ２ターゲティングの結果を図４に示す。ＬＹＲＭ７タンパク質の発現に１．３８６倍の増加を示す、ＬＹＲＭ７ターゲティングの結果を図５に示す。ＣＯＸ６Ａ、ＵＱＣＣ２、およびＬＹＲＭ７実験のために使用された対照は、アルファ－タグをターゲティングするナノボディを有さない操作脱ユビキチン化酵素である。参照としてのホタルルシフェラーゼシグナルおよびＮＬｕｃシグナルをホタルルシフェラーゼシグナルで割った比をｙ軸上にプロットしたものを使用して、形質導入効率の正規化を行った。
本発明は、本明細書に記載される具体的な実施形態によって範囲を限定されるべきでない。実際に、記載されたものに追加する本発明の様々な改変は、前述の説明および添付の図面から当業者に明白になるであろう。このような改変は、添付の請求項の範囲内に入ることが意図される。
本明細書において引用されたすべての参考文献（例えば、刊行物または特許または特許出願）は、それらの全体で参照により本明細書に組み込まれており、個々の参照（例えば、刊行物または特許または特許出願）がすべての目的のためにその全体で参照により本明細書に組み込まれていると具体的および個別に示されたのと同じ程度に、すべての目的のためにそれらの全体で参照により本明細書に組み込まれている。他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内である。

Claims (59)

  1. ａ． 脱ユビキチン化酵素の触媒ドメイン、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含むエフェクタードメインと；
    ｂ． ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合するターゲティング部分を含むターゲティングドメインと
    を含む融合タンパク質。
  2. 前記脱ユビキチン化酵素が、システインプロテアーゼまたはメタロプロテアーゼである、請求項１に記載の融合タンパク質。
  3. 前記脱ユビキチン化酵素がシステインプロテアーゼである、請求項２に記載の融合タンパク質。
  4. 前記システインプロテアーゼが、ユビキチン特異的プロテアーゼ（ＵＳＰ）、ユビキチンＣ末端ヒドロラーゼ（ＵＣＨ）、マシャド－ジョセフィンドメインプロテアーゼ（ＭＪＤ）、卵巣腫瘍プロテアーゼ（ＯＴＵ）、ＭＩＮＤＹプロテアーゼ、またはＺＵＦＳＰプロテアーゼである、請求項３に記載の融合タンパク質。
  5. 前記システインプロテアーゼがＵＳＰである、請求項４に記載の融合タンパク質。
  6. 前記ＵＳＰが、ＵＳＰ１、ＵＳＰ２、ＵＳＰ３、ＵＳＰ４、ＵＳＰ５、ＵＳＰ６、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ、ＵＳＰ９Ｙ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１１、ＵＳＰ１２、ＵＳＰ１３、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１５、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１７、ＵＳＰ１７Ｌ２、ＵＳＰ１７Ｌ３、ＵＳＰ１７Ｌ４、ＵＳＰ１７Ｌ５、ＵＳＰ１７Ｌ７、ＵＳＰ１７Ｌ８、ＵＳＰ１８、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２０、ＵＳＰ２１、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２３、ＵＳＰ２４、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２６、ＵＳＰ２７Ｘ、ＵＳＰ２８、ＵＳＰ２９、ＵＳＰ３０、ＵＳＰ３１、ＵＳＰ３２、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３４、ＵＳＰ３５、ＵＳＰ３６、ＵＳＰ３７、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４０、ＵＳＰ４１、ＵＳＰ４２、ＵＳＰ４３、ＵＳＰ４４、ＵＳＰ４５、またはＵＳＰ４６である、請求項５に記載の融合タンパク質。
  7. 前記システインプロテアーゼがＵＣＨである、請求項４に記載の融合タンパク質。
  8. 前記ＵＣＨが、ＢＡＰ１、ＵＣＨＬ１、ＵＣＨＬ３、またはＵＣＨＬ５である、請求項７に記載の融合タンパク質。
  9. 前記システインプロテアーゼがＭＪＤである、請求項４に記載の融合タンパク質。
  10. 前記ＭＪＤが、ＡＴＸＮ３またはＡＴＸＮ３Ｌである、請求項９に記載の融合タンパク質。
  11. 前記システインプロテアーゼがＯＴＵである、請求項４に記載の融合タンパク質。
  12. 前記ＯＴＵが、ＯＴＵＢ１またはＯＴＵＢ２である、請求項１１に記載の融合タンパク質。
  13. 前記システインプロテアーゼがＭＩＮＤＹである、請求項４に記載の融合タンパク質。
  14. 前記ＭＩＮＤＹが、ＭＩＮＤＹ１、ＭＩＮＤＹ２、ＭＩＮＤＹ３、またはＭＩＮＤＹ４である、請求項１３に記載の融合タンパク質。
  15. 前記システインプロテアーゼがＺＵＦＳＰである、請求項４に記載の融合タンパク質。
  16. 前記ＺＵＦＳＰがＺＵＰ１である、請求項１５に記載の融合タンパク質。
  17. 前記脱ユビキチン化酵素がメタロプロテアーゼである、請求項２に記載の融合タンパク質。
  18. 前記メタロプロテアーゼがＪａｂ１／Ｍｏｖ３４／Ｍｐｒ１ Ｐａｄ１ Ｎ末端＋（ＭＰＮ＋）（ＪＡＭＭ）ドメインプロテアーゼである、請求項１７に記載の融合タンパク質。
  19. 前記脱ユビキチン化酵素が、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  20. 前記触媒ドメインが、配列番号１～１１２のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一の脱ユビキチン化酵素に由来する触媒ドメインを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  21. 前記触媒ドメインが、配列番号１１３～２２０または２７０のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  22. 前記触媒ドメインが、配列番号２７０のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  23. ミトコンドリアタンパク質と特異的に結合する前記部分が、抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  24. 前記抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントが、完全長抗体、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、ｓｃＦｖ２、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ｖ）、ＶＨＨ、または（ＶＨＨ）２を含む、請求項２３に記載の融合タンパク質。
  25. 前記抗体、またはその機能的断片もしくは機能的バリアントが、ＶＨＨまたは（ＶＨＨ）２を含む、請求項２４に記載の融合タンパク質。
  26. 前記ミトコンドリアタンパク質が、ダイナミン様１２０ｋＤａタンパク質（ＯＰＡ１）、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ（ＰＰＯＸ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、ＤＮＡポリメラーゼサブユニットガンマ－１（ＰＯＬＧ）、ミトコンドリアシトクロムｃオキシダーゼサブユニット６Ａ２（ＣＯＸ６Ａ２）、ユビキノール－シトクロム－ｃレダクターゼ複合体アセンブリー因子２（ＵＱＣＣ２）、または複合体ＩＩＩアセンブリー因子ＬＹＲＭ７（ＬＹＲＭ７）である、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  27. 前記ミトコンドリアタンパク質が、配列番号２２１～２２４または２７１～２７３のうちいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  28. 前記エフェクタードメインが、前記ターゲティングドメインと直接的に作動可能に接続されている、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  29. 前記エフェクタードメインが、前記ターゲティングドメインと間接的に作動可能に接続されている、請求項１～２７のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  30. 前記エフェクタードメインが、ペプチドリンカーを介して前記ターゲティングドメインと間接的に作動可能に接続されている、請求項２９に記載の融合タンパク質。
  31. 前記エフェクタードメインおよび前記ターゲティングドメインがそれぞれの標的タンパク質と同時に結合できるために十分な長さのペプチドリンカーを介して、前記エフェクタードメインが、前記ターゲティングドメインと間接的に作動可能に接続されている、請求項３０に記載の融合タンパク質。
  32. 前記ペプチドリンカーが、配列番号２７９～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾を含む配列番号２７９～４０６のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含む、請求項３０または３１に記載の融合タンパク質。
  33. 前記ペプチドリンカーが、配列番号２７９～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列、または１、２、もしくは３つのアミノ酸修飾を含む配列番号２７９～２８８のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含む、請求項３２に記載の融合タンパク質。
  34. 前記エフェクタードメインが、前記ターゲティングドメインのＣ末端と直接的または間接的のいずれかで作動可能に接続されている、前記請求項のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  35. 前記エフェクター部分が、前記ターゲティングドメインのＮ末端と直接的または間接的のいずれかで作動可能に接続されている、請求項１～３３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  36. 請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする核酸分子。
  37. ＤＮＡ分子である、請求項３６に記載の核酸分子。
  38. ＲＮＡ分子である、請求項３６に記載の核酸分子。
  39. 請求項３６～３８のいずれか一項に記載の核酸分子を含むベクター。
  40. プラスミドまたはウイルスベクターである、請求項３９に記載のベクター。
  41. 請求項３６～３８のいずれか一項に記載の核酸を含むウイルス粒子。
  42. 請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項３６～３８のいずれか一項に記載の核酸分子、または請求項３９～４０のいずれか一項に記載のベクターを含むｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞または細胞集団。
  43. 請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項３６～３８のいずれか一項に記載の核酸分子、請求項３９～４０のいずれか一項に記載のベクター、または請求項４１に記載のウイルス粒子と、賦形剤とを含む医薬組成物。
  44. ａ． ｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞または細胞集団に、請求項３６～３８のいずれか一項に記載の核酸分子、請求項３９～４０のいずれか一項に記載のベクター、請求項４１に記載のウイルス粒子を導入すること；
    ｂ． 前記細胞または細胞集団を培地中で前記融合タンパク質の発現に適した条件下で培養すること、
    ｃ． 前記融合タンパク質を前記培地から単離すること、および
    ｄ． 場合により前記融合タンパク質を精製すること
    を含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質を製造する方法。
  45. 請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項３６～３８のいずれか一項に記載の核酸分子、請求項３９～４０のいずれか一項に記載のベクター、請求項４１に記載のウイルス粒子、または請求項４３に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、対象における疾患を治療または予防する方法。
  46. 対象がヒトである、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記疾患が、非罹患対照と比べた前記ミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの発現の減少に関連する、請求項４５または４６に記載の方法。
  48. 前記疾患が、非罹患対照と比べた前記ミトコンドリアタンパク質の機能的バージョンの安定性の減少に関連する、請求項４５～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記疾患が、非罹患対照と比べた前記核タンパク質のユビキチン化の増加に関連する、請求項４５～４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記疾患が、非罹患対照と比べた前記ミトコンドリアタンパク質のユビキチン化および分解の増加に関連する、請求項４５～４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記疾患が遺伝性疾患である、請求項４５～５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 前記疾患が、視神経萎縮１、異型ポルフィリン症、フリードライヒ運動失調症、アルパース症候群、ミトコンドリア複合体ＩＶ欠損症核型１８（ＭＣ４ＤＮ１８）、ミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核７（ＭＣ３ＤＮ７）、ミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核８（ＭＣ３ＤＮ８）からなる群から選択される、請求項４５～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. ａ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＯＰＡ１であり、前記疾患が視神経萎縮１である；
    ｂ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＰＰＯＸであり、前記疾患が異型ポルフィリン症である；
    ｃ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＦＸＮであり、前記疾患がフリードライヒ運動失調症である；
    ｄ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＰＯＬＧであり、前記疾患がアルパース症候群である；
    ｅ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＣＯＸ６Ａ２であり、前記疾患がミトコンドリア複合体ＩＶ欠損症核型１８（ＭＣ４ＤＮ１８）である；
    ｆ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＵＱＣＣ２であり、前記疾患がミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核７（ＭＣ３ＤＮ７）である；または
    ｇ． 前記標的ミトコンドリアタンパク質がＬＹＲＭ７であり、前記疾患がミトコンドリア複合体ＩＩＩ欠損症核８（ＭＣ３ＤＮ８）である、
    請求項４５～５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記疾患がハプロ不全疾患である、請求項４５～５３のいずれか一項に記載の方法。
  55. 前記融合タンパク質が、治療有効用量で投与される、請求項４５～５４のいずれか一項に記載の方法。
  56. 前記融合タンパク質が、全身的または局所的に投与される、請求項４５～５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 前記融合タンパク質が、静脈内、皮下、または筋肉内に投与される、請求項４５～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 医薬としての使用のための、請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項３６に記載のポリヌクレオチド、請求項３７に記載のＤＮＡ、請求項３８に記載のＲＮＡ、請求項３９～４０のいずれか一項に記載のベクター、請求項４１に記載のウイルス粒子、または請求項４３に記載の医薬組成物。
  59. 遺伝障害を治療または抑制することにおける使用のための、請求項１～３５のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項３６に記載のポリヌクレオチド、請求項３７に記載のＤＮＡ、請求項３８に記載のＲＮＡ、請求項３９～４０のいずれか一項に記載のベクター、請求項４１に記載のウイルス粒子、または請求項４３に記載の医薬組成物。
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