JP2023548584A - オリゴヌクレオチド組成物及びその方法 - Google Patents
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Abstract
特に、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、アデノシン修飾に有用である。いくつかの実施形態では、本開示は、アデノシン修飾から利益を得る可能性がある様々な状態、障害、又は疾患を処置するための方法を提供する。
Description
関連出願の相互参照
本出願は、2020年11月8日に出願された米国仮特許出願第63/111,079号、2021年4月14日に出願された米国仮特許出願第63/175036号、2021年5月13日に出願された米国仮特許出願第63/188,415号、2021年6月2日に出願された米国仮特許出願第63/196,178号、及び2021年9月26日に出願された米国仮特許出願第63/248,520号を含む1つ又は複数の優先権出願に対する優先権を主張する。これらの優先権出願のそれぞれの全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、2020年11月8日に出願された米国仮特許出願第63/111,079号、2021年4月14日に出願された米国仮特許出願第63/175036号、2021年5月13日に出願された米国仮特許出願第63/188,415号、2021年6月2日に出願された米国仮特許出願第63/196,178号、及び2021年9月26日に出願された米国仮特許出願第63/248,520号を含む1つ又は複数の優先権出願に対する優先権を主張する。これらの優先権出願のそれぞれの全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
背景
オリゴヌクレオチドは、様々な適用(例えば、治療、診断、及び/又は研究への適用)に有用である。例えば、様々な遺伝子を標的化するオリゴヌクレオチドは、そのような標的遺伝子に関連する状態、障害、又は疾患の処置に有用であり得る。
オリゴヌクレオチドは、様々な適用(例えば、治療、診断、及び/又は研究への適用)に有用である。例えば、様々な遺伝子を標的化するオリゴヌクレオチドは、そのような標的遺伝子に関連する状態、障害、又は疾患の処置に有用であり得る。
概要
特に、本開示は、設計されたオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている通りの修飾(例えば、核酸塩基糖、及び/又はヌクレオチド間結合に対する修飾、並びにそのパターン)を含む。いくつかの実施形態では、本開示(例えば、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、方法等)の技術(化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)、組成物、方法等)は、核酸の編集(例えば、核酸における部位特異的編集(例えば、標的アデノシンの編集))に特に有用である。いくつかの実施形態では、本明細書で実証される通り、提供される技術は、核酸編集(例えば、AからIへの変換等の1つ又は複数のA残基の修飾)の効率を著しく改善させ得る。いくつかの実施形態では、本開示は、RNAにおける編集(例えば、A残基を修飾する、例えば、AからIに変換する)ための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、転写物(例えば、mRNA)において編集する(例えば、A残基を修飾する、例えば、AからIに変換する)ための技術を提供する。特に、提供される技術は、核酸を編集するための(例えば、Aを修飾する(例えば、GからAへの変異の結果として)ための)ADAR(RNAに作用するアデノシンデアミナーゼ)タンパク質(例えば、ADAR1及び/又はADAR2)等の内在性タンパク質の利用の利益を提供する。当業者は、内在性タンパク質のそのような利用が、いくつかの課題を回避し得、及び/又は外来成分(例えば、タンパク質(例えば、所望の活性をもたらすオリゴヌクレオチド(及び/又はそれと標的核酸との二重鎖)に結合するように操作されたもの)、タンパク質をコードする核酸、ウイルス等)の送達を必要とするこれらの技術と比較して様々な利益を提供し得ることを理解することになる。
特に、本開示は、設計されたオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている通りの修飾(例えば、核酸塩基糖、及び/又はヌクレオチド間結合に対する修飾、並びにそのパターン)を含む。いくつかの実施形態では、本開示(例えば、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、方法等)の技術(化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)、組成物、方法等)は、核酸の編集(例えば、核酸における部位特異的編集(例えば、標的アデノシンの編集))に特に有用である。いくつかの実施形態では、本明細書で実証される通り、提供される技術は、核酸編集(例えば、AからIへの変換等の1つ又は複数のA残基の修飾)の効率を著しく改善させ得る。いくつかの実施形態では、本開示は、RNAにおける編集(例えば、A残基を修飾する、例えば、AからIに変換する)ための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、転写物(例えば、mRNA)において編集する(例えば、A残基を修飾する、例えば、AからIに変換する)ための技術を提供する。特に、提供される技術は、核酸を編集するための(例えば、Aを修飾する(例えば、GからAへの変異の結果として)ための)ADAR(RNAに作用するアデノシンデアミナーゼ)タンパク質(例えば、ADAR1及び/又はADAR2)等の内在性タンパク質の利用の利益を提供する。当業者は、内在性タンパク質のそのような利用が、いくつかの課題を回避し得、及び/又は外来成分(例えば、タンパク質(例えば、所望の活性をもたらすオリゴヌクレオチド(及び/又はそれと標的核酸との二重鎖)に結合するように操作されたもの)、タンパク質をコードする核酸、ウイルス等)の送達を必要とするこれらの技術と比較して様々な利益を提供し得ることを理解することになる。
特に、いくつかの実施形態では、提供される技術のオリゴヌクレオチドは、有用な糖修飾及び/又はそのパターン(例えば、ある特定の修飾の存在及び/又は非存在)、核酸塩基修飾及び/又はそのパターン(例えば、ある特定の修飾の存在及び/又は非存在)、ヌクレオチド間結合修飾及び/又は立体化学及び/又はそのパターン[例えば、キラル結合リンの型、修飾、及び/又は配置(Rp若しくはSp)等]等を含み、本明細書で説明されている1つ又は複数の他の構造的要素(例えば、追加の化学的部分)と合わされた場合には、高い活性及び/又は様々な所望の特性(例えば、核酸編集の高い効率、高い選択性、高い安定性、高い細胞取込み、低い免疫刺激、低い毒性、改善された分布、改善された親和性等)を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、アデノシン編集のために利用される天然のRNA糖の高いパーセンテージを有するオリゴヌクレオチドと比較して、高い安定性を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、高い活性(例えば、アデノシン編集活性)を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、高い選択性を提供し、例えば、いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸における標的アデノシンを同じ標的核酸における他のアデノシンより選択的に修飾すること(例えば、標的核酸における別のアデノシン、又は他の全てのアデノシンと比べて標的アデノシンで2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20倍、又はより多くの修飾)を提供する。
特に、本開示は、参照オリゴヌクレオチド及び組成物(例えば、本明細書で説明されているか又は当技術分野で報告されているもの)と比較して特性及び/又は活性が改善された、設計されたオリゴヌクレオチド及び組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で実証されているように、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、改善された安定性、薬物動態特性、薬力学的特性、及び/又は改善された活性(例えば、AからIへの編集に関するもの)を提供し得る。本明細書では、様々な設計されたオリゴヌクレオチド及び組成物が説明されている。例えば、いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、そのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供し、このオリゴヌクレオチドは、5’及び3’末端で糖修飾(例えば、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)、二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等))を独立して含むいくつか(例えば、1、2、3、4、又は5個以上;いくつかの実施形態では、3個以上)のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個以上;いくつかの実施形態では、3個以上)のヌクレオシド、及び/又は最後のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個以上;いくつかの実施形態では、3個以上)のヌクレオシドは、独立して、糖修飾を含む。いくつかの実施形態では、最初の3個以上及び最後の3個以上のヌクレオシドは、独立して、糖修飾を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオシドに結合した1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001の様なホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、最初及び最後の両方のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、最初及び最後の両方のヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、最初及び最後の両方のヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、これらは両方ともキラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシドN0を含み、このヌクレシドは、天然のDNA(2つの2’-H)、天然のRNA糖、又は2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、N0は、オリゴヌクレオチドがアデノシン編集に利用される場合には、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1(「+」又は数字の前に何もないことは、5’方向への計数を示す(5’...N1N0N-1...3’))の糖は、2’-修飾された糖、天然のDNA糖、又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、DNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1(「-」は、3’方向への計数を示す(5’...N1N0N-1...3’))の糖は、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、DNA糖である。いくつかの実施形態では、N-3の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N2と、その5’末端との間では、オリゴヌクレオチドは、複数の2’-F修飾された糖と、複数の2’-修飾された糖(例えば、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)、二環式糖、例えば、LNA糖、cEt糖等)とを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、N2からその5’末端に、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~10、2~15、2~10、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)の2’-Fブロックと、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~10、2~15、2~10、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、若しくはより多く)の分離ブロックとを含み(例えば、第1のサブドメインがN2で終わり、且つN2を含む場合には、第1のドメイン、及び第2のドメインの第1のサブドメインが結合する)、2’-Fブロック中のそれぞれのヌクレオシドは、独立して、2’-F修飾を含み、分離ブロック中のそれぞれのヌクレオシドは、独立して、2’-F修飾を含まず、それぞれのブロックは、独立して、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~10、2~15、2~10、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、若しくはより多く)のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、2つ以上のそのような2’-Fブロック、及び2つ以上のそのような分離ブロックが存在している。いくつかの実施形態では、1つ、又は複数、又は全てのそのような分離ブロックは、独立して、2つの2’-Fブロックに結合している。いくつかの実施形態では、1つ、又は複数、又は全ての分離ブロック中のそれぞれのヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルであるか、又は二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)である)を含む。いくつかの実施形態では、1つ、又は複数、又は全ての分離ブロック中のそれぞれのヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)を含む。いくつかの実施形態では、1つ、又は複数、又は全ての分離ブロック中のそれぞれのヌクレオシドは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾を含む。いくつかの実施形態では、そのような2’-Fブロック及び分離ブロックのそれぞれは、独立して、1、2、3、4、又は5個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、N0付近のヌクレオシド(例えば、N2、N1、N0、N-1、N-2等)は、2’-MOE等の大きな2’-修飾を含有しない。いくつかの実施形態では、N2、N1、N0、N-1、及びN-2の糖は、独立して、天然のDNA糖、2’-F修飾された糖、又は2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N1、N0、N-1の糖は、それぞれ、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、本開示は、第1のドメイン及び第2のドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供し、第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み、第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、
(a)第1のドメイン;及び
(b)第2のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドを提供し、
第1のドメインは、2’-F修飾を含む少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上の糖と、2’-OR修飾(式中、Rは-Hではない)(例えば、2-OMe、2,-MOE、2’-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)をそれぞれ独立して含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上の糖とを含み;
第2のドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは-Hではない)(例えば、2-OMe、2,-MOE、2’-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)をそれぞれ独立して含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上の糖を含む。
(a)第1のドメイン;及び
(b)第2のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドを提供し、
第1のドメインは、2’-F修飾を含む少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上の糖と、2’-OR修飾(式中、Rは-Hではない)(例えば、2-OMe、2,-MOE、2’-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)をそれぞれ独立して含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上の糖とを含み;
第2のドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは-Hではない)(例えば、2-OMe、2,-MOE、2’-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)をそれぞれ独立して含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上の糖を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、
(a)第1のドメイン;及び
(b)第2のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドを提供し、
第1のドメインの全ての糖の約20%~80%(例えば、約25%~80%、30%~80%、35%~80%、40%~80%、40%~70%、40%~60%、50%~80%、50%~75%、50%~60%、55%~80%、60~80%、又は約50%、55%、60%、65%、70%、75%、若しくは80%)は、2’-F修飾を含み、第1のドメインの全ての糖の約20%~70%(例えば、約20%~60%、20%~50%、30%~60%、30%~50%、40%~50%、又は約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、若しくは60%)は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2,-MOE、2,-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)を含み;
第2のドメインは、2’-F修飾を含まない少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個以上の修飾された糖を含むか、又は第2のドメインの全ての糖の少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%は、2’-F修飾を含まない。
(a)第1のドメイン;及び
(b)第2のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドを提供し、
第1のドメインの全ての糖の約20%~80%(例えば、約25%~80%、30%~80%、35%~80%、40%~80%、40%~70%、40%~60%、50%~80%、50%~75%、50%~60%、55%~80%、60~80%、又は約50%、55%、60%、65%、70%、75%、若しくは80%)は、2’-F修飾を含み、第1のドメインの全ての糖の約20%~70%(例えば、約20%~60%、20%~50%、30%~60%、30%~50%、40%~50%、又は約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、若しくは60%)は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2,-MOE、2,-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)を含み;
第2のドメインは、2’-F修飾を含まない少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個以上の修飾された糖を含むか、又は第2のドメインの全ての糖の少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%は、2’-F修飾を含まない。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、本明細書で説明されている通りの第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2,-MOE、2’-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)をそれぞれ独立して含む1つ又は複数(例えば、1~10、1~5、1~3、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中には、2’-F修飾された糖と比べて多くのそのような糖が存在している。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の糖はいずれも、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’を全く含有しない。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインのそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖、天然のRNA糖、又は2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインのそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインのそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖又は2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインのそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中には、3つのヌクレオシドが存在している。いくつかの実施形態では、標的に結合する場合には、第2のヌクレオシドのこれら3つは、標的アデノシンの反対である。いくつかの実施形態では、第2のヌクレオシドの糖は、本明細書で説明されている通りの2’-OR修飾(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を全く含有しない。いくつかの実施形態では、そのような糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、それぞれ独立して2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2,-MOE、2’-O-LB-4’(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)等)を含む1つ又は複数(例えば、1~10、1~5、1~3、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中には、2’-F修飾された糖と比べて多くのそのような糖が存在している。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2’-OR修飾を独立して含む少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個以上の修飾された糖を含むか、又は第2のドメインの全ての糖の少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%は、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CH2OCH3である。本明細書で説明されている通り、他の糖修飾もまた、任意選択的に、本明細書で説明されている塩基修飾及び/又はヌクレオチド間結合修飾と共に、本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-第1のドメイン-第2のドメイン-3’構造を含むか、又はそれである。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’-第1のサブドメイン-第2のサブドメイン-第3のサブドメイン-3’構造を含むか、又はそれである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-第1のドメイン-第1のサブドメイン-第2のサブドメイン-第3のサブドメイン-3’構造を含むか、又はそれである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、追加の部分(例えば、本明細書で説明されている通りの様々な追加の化学的部分)にコンジュゲートしている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、追加の部分(例えば、本明細書で説明されている通りの追加の部分)を含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、小分子部分、炭水化物部分(例えば、GalNAc部分)、核酸部分(例えば、1種若しくは複数種の特性及び/又は活性を提供し得る及び/又は調節し得るオリゴヌクレオチド部分、核酸部分等(例えば、RNアーゼH依存性オリゴヌクレオチド、RNAiオリゴヌクレオチド、アプタマー、gRNA等の部分))、及び/又はペプチド部分であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的アデノシンを含む標的核酸の塩基配列と実質的に相補的である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数のミスマッチ(非ワトソン-クリック塩基対)を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数のゆらぎ(例えば、G-U、I-A、G-A、I-U、I-C等)を含む。いくつかの実施形態では、ミスマッチ及び/又はゆらぎは、提供されるオリゴヌクレオチド及び標的核酸によって形成される二重鎖を認識する1種又は複数種のタンパク質(例えば、ADAR1、ADAR2等)を助け得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、ADARタンパク質は、そのような二重鎖を認識して結合する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、例えば、5’側に5~50個のヌクレオシド、及び3’側上に1~50個のヌクレオシドを伴って、提供されるオリゴヌクレオチドの中程に位置する。いくつかの実施形態では、5’側は、3’側と比べて多くのヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、5’側は、3’側と比べて少ないヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、5’側は、3’側と同じ数のヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15~40個(例えば、15、20、25、30個等)の連続した塩基の、表で説明されているオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、表で説明されているオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、様々な構造的要素(例えば、様々な修飾、立体化学、及びそのパターン)の利用により、本開示は、短いオリゴヌクレオチド(例えば、約20~40、25~40、25~35、26~32、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、又は35個の核酸塩基の長さのもの)で所望の特性及び高い活性を達成し得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、標的アデノシンの修飾を促進する。いくつかの実施形態では、標的アデニンの反対側にある核酸塩基は、Uが存在する場合と比較して、酵素(例えば、ADAR)との相互作用を維持する一方で、Uと比べて小さい強さで標的アデニンと相互作用する(例えば、より少ない水素結合を形成する)。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基及び/又はその関連する糖は、酵素(例えば、ADAR1、ADAR2等)による標的アデノシンの能力改変に対するある程度の柔軟性を提供する(例えば、Uと比較して)。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基(標的アデニンに対して;例えば、I及びその誘導体)のすぐ隣の5’又は3’にある核酸塩基は、標的アデニンの修飾を促進する。特に、本開示は、そのような核酸塩基が、提供されるオリゴヌクレオチド及びその標的核酸の二重鎖が修飾酵素(例えば、ADAR1又はADAR2)と相互作用する場合に、Gより少ない立体障害をもたらし得ることを認める。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、立体障害が低減され得るか又は除去され得るように(例えば、標的Aの反対のヌクレオシドの隣はGではない)、選択され(例えば、複数のアデノシン残基が好適な標的である場合)及び/又は設計される(例えば、本明細書で説明されている様々な核酸塩基の利用を介して)。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド間結合(即ち、天然のリン酸結合ではないヌクレオチド間結合)を提供する。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、キラルヌクレオチド間結合)の結合リンは、キラルであり、且つ異なる配置(Rp及びRs)で存在し得る。特に、本開示は、特に結合リンの中心の立体化学の制御による(立体的に不規則なオリゴヌクレオチド調製物と比較して、そのような制御された中心で一方の配置が濃縮される)修飾されたヌクレオチド間結合の組み込みは、特性(例えば、安定性)及び/又は活性(例えば、アデノシン修飾活性(例えば、アデノシンからイノシンに変換する))を著しく改善させ得ることを示す。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、立体的に不規則な調製物と比べて著しく高い立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、結合リンがキラルである1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個、又は少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%(例えば、50%~100%、60%~100%、70~100%、75%~100%、80%~100%、90%~100%、95%~100%、60%~95%、70%~95%、75~95%、80~95%、85~95%、90~95%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%等)、又は全てのヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されていない。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又はホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの中性のヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、n002である。いくつかの実施形態では、これは、n006である。いくつかの実施形態では、これは、n020である。いくつかの実施形態では、これは、n004である。いくつかの実施形態では、これは、n008である。いくつかの実施形態では、これは、n025である。いくつかの実施形態では、これは、n026である。本明細書では、様々な修飾されたヌクレオチド間結合が説明されている。結合リンは、Rp又はSpのいずれかであり得る。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの結合リンは、Rpである。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの結合リンは、Spである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個、又は少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%(例えば、50%~100%、60%~100%、70~100%、75%~100%、80%~100%、90%~100%、95%~100%、60%~95%、70%~95%、75~95%、80~95%、85~95%、90~95%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%等)、又は全てのキラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個、又は少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%(例えば、50%~100%、60%~100%、70~100%、75%~100%、80%~100%、90%~100%、95%~100%、60%~95%、70%~95%、75~95%、80~95%、85~95%、90~95%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%等)、又は全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも50%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも60%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも70%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも75%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも80%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも85%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも90%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも95%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも96%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも97%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも98%は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、3個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、4個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、5個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、6個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、7個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、8個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、9個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、10個以下の連続したホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、連続したRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、糖の大部分(例えば、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%超、若しくはより高い)又は全てが天然のDNA、及び/又はRNA、及び/又は2’-F修飾された糖である部分では利用されない。いくつかの実施形態では、連続したRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が利用される場合には、そのようなヌクレオチド間結合の1つ若しくは複数、又は大部分(例えば、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%超、若しくはより高い)、又は全ては、独立して、安定性を改善させ得る糖に結合している。いくつかの実施形態では、連続したRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が利用される場合には、そのようなヌクレオチド間結合の1つ若しくは複数、又は大部分(例えば、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%超、若しくはより高い)、又は全ては、独立して、二環式糖又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)に結合している。いくつかの実施形態では、連続したRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が利用される場合には、そのようなヌクレオチド間結合の1つ若しくは複数、又は大部分(例えば、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%超、若しくはより高い)、又は全ては、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)に結合している。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖、又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの1つ又は複数のキラル結合リンの立体化学は、組成物中で制御される。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列、及び1つ又は複数(例えば、全てのキラルヌクレオチド間結合の約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、若しくは25個以上、又は少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での独立した結合リンの同じ配置(例えば、キラル結合リンに関して全てがRpであるか又は全てがSpである)を共有する。いくつかの実施形態では、これらは、それぞれのキラル結合リンで同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を除いて構造的に同一である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、この複数のオリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列のオリゴヌクレオチドを有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列及び糖及び塩基修飾を有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ構成の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、このオリゴヌクレオチドとの1つ又は複数(例えば、全てのキラルヌクレオチド間結合の約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、若しくは25個以上、又は少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%)のキラルヌクレオチド間結合で独立して同じ配置の結合リンを共有する(例えば、キラル結合リンに関して全てがRpであるか、又は全てがSpである)。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列のオリゴヌクレオチドを有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列及び糖及び塩基修飾を有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ構成の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、1つ又は複数の形態のオリゴヌクレオチド(例えば、酸形態、塩形態(例えば、薬学的に許容される塩形態;当業者に理解される通り、オリゴヌクレオチドが塩である場合、対応する酸形態又は塩基形態のオリゴヌクレオチドの他の塩形態)等)である。
いくつかの実施形態では、本明細書で実証される通り、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、いくつかの利点(例えば、より高い安定性、活性等)を提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ADARタンパク質の様々なアイソフォーム(例えば、ADAR1のp150及びp110形態)で高レベルのアデノシン修飾(例えば、AからIへの変換)活性を提供する一方で、対応する立体的に不規則な組成物は、ADARタンパク質のある特定のアイソフォーム(例えば、ADAR1のp150アイソフォーム)のみで高レベルのアデノシン修飾(例えば、AからIへの変換)活性を提供することが観察された。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、追加の部分(例えば、標的化部分、炭水化物部分等)を含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンドであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、GalNAc又はその誘導体であるか、又はそれを含む。特に、追加の部分は、ある特定の標的部位(例えば、細胞、組織、器官等(例えば、追加の部分と相互作用する受容体を含む部位))への送達を促進し得る。いくつかの実施形態では、追加の部分は、肝臓への送達を促進する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物(特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を調製するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、高純度のものである。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合の結合リンで少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、立体選択的に調製され、且つ立体異性体を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、キラル結合リンの立体化学の同じパターンの同じ塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む(例えば、それぞれのキラル結合リンが独立してRp又はSpであるRp及び/又はSpの1つ又は複数を含む)提供される組成物において、この複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%は、キラル結合リンの立体化学の同じパターンを共有するか、又はこの複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、キラル結合リンの立体化学の同じパターンの同じ塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む提供される組成物において、この複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%は、キラル結合リンの立体化学の同じパターンを共有するか、又はこの複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を評価するための有用な技術を説明する。例えば、本開示の様々な技術は、アデノシン修飾を評価するのに有用である。当業者に理解される通り、いくつかの実施形態では、アデノシンの修飾/編集を、任意選択的に、修飾系(例えば、インビトロ系、エクスビボ系、細胞、組織、器官、生物体、対象等)における他の構成要素(例えば、ADARタンパク質)の存在を鑑みて、配列決定、質量分析、修飾された核酸(例えば、標的核酸のアデノシンはイノシンに変換される)の産物(例えば、RNA、タンパク質等)の評価(例えば、レベル、活性等)を介して評価し得る。当業者は、標的核酸のアデノシン修飾をもたらすオリゴヌクレオチドが、修飾された核酸(例えば、標的アデノシンはIに変換される)及び1つ又は複数のその産物(例えば、mRNA、タンパク質等)も提供し得ることを理解するであろう。ある特定の有用な技術が、実施例で説明されている。
本明細書で説明されている通り、本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物は、様々な形態で提供/利用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの1つ又は複数の形態(例えば、酸形態(例えば、天然のリン酸結合は、-(P(O)(OH)-O-として存在し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、-O(P(O)(SH)-O-として存在する)、塩基形態、塩形態(例えば、天然のリン酸結合は、塩形態(例えば、ナトリウム塩(-O(P(O)(O-Na+)-O-)として存在し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、塩形態(例えば、ナトリウム塩(-O(P(O)(S-Na+)-O-)等)として存在する))を含む組成物を提供する。当業者によって理解される通り、オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩を含む様々な塩形態、及び溶液(例えば、様々な水性緩衝系)中に存在し得、カチオンは、アニオンから解離し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及び/又は1つ若しくは複数のその薬学的に許容される塩と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
提供される技術を、様々な目的のために利用し得る。例えば、当業者は、提供される技術が、アデノシンの修飾、例えば、GからAへの変異の補正、ある特定の核酸及び/又はそれによってコードされる産物のレベルの調節(例えば、AからG/Iへの修飾を導入することによるタンパク質のレベルの低減)、スプライシングの調節、翻訳の調節(例えば、AからG/Iへの修飾を導入することによる翻訳開始及び/又は終止部位の調節)等を含む多くの目的に有用であることを理解するであろう。
いくつかの実施形態では、本開示は、アデノシン修飾(例えば、AからI又はGへの変換)に影響を受けやすい状態、障害、又は疾患を予防するか又は治療するための技術を提供する。当業者に理解される通り、Iは、例えば、塩基対形成、翻訳等におけるGの1つ又は複数の機能を果たし得る。いくつかの実施形態では、GからAへの変異は、G型の核酸の1つ又は複数の産物(例えば、タンパク質)が生成され得るようにAからIへの変換を介して補正され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防するか又は治療するための技術であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、オリゴヌクレオチド又は組成物が変異を編集し得る、技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防するか又は治療するための技術であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、オリゴヌクレオチド又は組成物がAを修飾し得る、技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、転写物(例えば、RNA転写物)中のAを修飾する。いくつかの実施形態では、AはIに変換される。いくつかの実施形態では、翻訳の間、タンパク質合成機構は、IをGとして読む。いくつかの実施形態では、A型は、その対応するG型によってコードされるものと比較して1つ若しくは複数のより高い所望の活性及び/又は1つ若しくは複数のより良好な所望の特性を有する1つ又は複数のタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、A型は、その対応するG型と比較して、1つ若しくは複数のより高い所望の活性及び/又は1つ若しくは複数のより良好な所望の特性を有するより高レベルの1つ又は複数のタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、A型によってコードされる産物は、その対応するG型によってコードされるものと構造的に異なる(例えば、より長い、いくつかの実施形態では、全長タンパク質)。いくつかの実施形態では、A型は、その対応するG型と比較して構造的に同一の産物(例えば、タンパク質)を提供する。
当業者が理解する通り、多くの状態、障害、又は疾患は、提供される技術によって改変され得る変異と関連し、提供される技術を使用して予防され得る、及び/又は治療され得る。例えば、20,000種を超える状態、障害、又は疾患が、GからAへの変異と関連しており、且つAからIへの編集から利益を得ることができることが報告されている。
図面の簡単な説明
提供される技術は、状態、障害、又は疾患と関連する変異の編集を提供し、特性及び/又は機能が改善されている生成物を提供する。オリゴヌクレオチド組成物は、SERPINA1(SA1)のPiZ変異を標的化する。ヒトSA1-PiZアレルを発現する初代マウス肝細胞を、指定のオリゴヌクレオチド組成物(25nM オリゴヌクレオチド)(WV-38621、WV-38622、WV-38630、及び非標的化(NT)コントロールWV-37317)でトランスフェクトした。トランスフェクションの5日後に、培地及びRNAを採取した。RT-PCR及びサンガー法による配列決定により、RNA編集を定量した。培地中のA1ATタンパク質を、ELISAアッセイにより定量した(「SerpinA1 ng/ml」)。全ての試料を、N=6の生物学的複製物で評価した。図で示されたデータにより確認されるように、提供される技術は、標的ヒトSERPINA1-PIZ mRNAの編集を提供し得る。さらに、図中のデータから、提供される技術がA1ATタンパク質分泌のレベルを増加させることが確認され、このことは、提供される技術が、タンパク質レベルの変異を修正し得、且つA1ATタンパク質の正確な折り畳みが改善されたタンパク質を提供し得ることを示す(P値:*<0.05、**<0.01、***<0.005、及び***<0.0005)。
提供される技術は、編集を提供し得る。(a)SERPINA1-Zアレルを標的化するある特定のオリゴヌクレオチド。指定の細胞株を、SERPINA1-Zアレル転写物を発現するレンチウイルスに安定的に感染させ、指定のオリゴヌクレオチドでトランスフェクトした。HEK293T細胞をまた、ADAR1-p110又はADAR1-p150を発現するプラスミドで予めトランスフェクトした。RNAを、48時間後に採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
(b)オリゴヌクレオチドは、SERPINA1-Zアレルを標的化する。指定の細胞株を、SERPINA1-Zアレル転写物を発現するレンチウイルスに安定的に感染させ、指定のオリゴヌクレオチドでトランスフェクトした。HEK293T細胞をまた、ADAR1-p110又はADAR1-p150を発現するプラスミドで予めトランスフェクトした。RNAを、48時間後に採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
修飾された塩基を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。オリゴヌクレオチドは、SERPINA1-Zアレルを標的化する。SERPINA1-Zアレル転写物を安定的に発現するHEK293T又はSF8628細胞を、指定のオリゴヌクレオチドでトランスフェクトした。HEK293Tをまた、ヒトADAR1-p110又はp150で予めトランスフェクトした。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
修飾された塩基を含む様々な修飾と、様々な型の糖とを含む提供される技術は、編集を提供し得る。オリゴヌクレオチドは、SERPINA1-Zアレルを標的化する。SERPINA1-Zアレル転写物を安定的に発現するHEK293T細胞を、ヒトADAR1-p110又はp150と、指定のオリゴヌクレオチドとでトランスフェクトした。RNA編集を、サンガー法配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のGalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込み(gymnotic uptake)により、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
塩基修飾を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
修飾されたヌクレオチド間結合を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
修飾されたヌクレオチド間結合を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
糖修飾を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
糖修飾を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な長さのオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型のヌクレオチド間結合を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のGalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び/又は追加の化学的部分を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のGalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な編集領域の塩基配列を含む提供される技術は、編集を提供し得る。(a)標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに隣接する最近傍を含む様々な編集領域配列のオリゴヌクレオチドを評価した。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で(gymnotically)処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
(b)標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに隣接する最近傍を含む様々な編集領域配列のオリゴヌクレオチドを評価した。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
(c)標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに隣接する最近傍を含む様々な編集領域配列のオリゴヌクレオチドを評価した。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型のヌクレオシド及びヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集活性を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型の糖、ヌクレオシド、及びヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型の糖、ヌクレオシド、及びヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型の糖、ヌクレオシド、及びヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型の糖、ヌクレオシド、及びヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
様々な型の糖、ヌクレオシド、及びヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な位置でゆらぎ塩基対(例えば、G-Uゆらぎ塩基対)を含むオリゴヌクレオチドは、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、SERPINA-Zを標的化する指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。
ヌクレオシド修飾を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。オリゴヌクレオチドは、ベータ-アクチンmRNAの3’UTRにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞を、指定の濃度での指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。標的の編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
糖修飾及び修飾されたヌクレオチド間結合を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。オリゴヌクレオチドは、ベータ-アクチンmRNAの3’UTRにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞を、指定の濃度での指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。標的の編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。オリゴヌクレオチドは、ベータ-アクチンmRNAの3’UTRにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞を、指定の濃度での指定のオリゴヌクレオチドにより裸で処理した。標的の編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。ヒトADAR1-p110に関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、48時間にわたる裸の取込みにより、UGP2を標的化する指定のオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、NHPにおける編集を提供し得る。(a)非ヒト霊長類(NHP)に、指定のオリゴヌクレオチド(50mg/kg、n=3の動物)又はPBS(n=1の動物)を皮下投与した。7日後、動物を部検し、指定の組織を採取した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
(b)ハイブリダイゼーションELSAにより測定した場合の、指定の組織中でのオリゴヌクレオチドの対応する濃度。
様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供し得る。(a)非ヒト霊長類(NHP)に、指定のオリゴヌクレオチド(5mg若しくは10mg、それぞれn=2の動物)又は人工脳脊髄液(aCSF)コントロール(n=1の動物)を髄腔内投与した。8日目(aCSF、5mg、10mg群)又は29日目(10mg群)に、動物を部検し、指定の組織を採取した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した(n=2の生物学的複製物)。
(b):ハイブリダイゼーションELSAにより測定した場合の、指定の組織中でのオリゴヌクレオチドの対応する濃度。
二重鎖化設計を含む提供される技術は、編集を提供し得る。示されたオリゴヌクレオチド組成物は、16又は18bpの相補的配列を共有する2つのオリゴヌクレオチドを含み、そのため、これらは、会合してADARをリクルートし得る二本鎖RNA構造を形成し得る。1つのオリゴヌクレオチド(36又は32bp)はまた、目的の標的に特異的に相補的な標的化タンパク質も含有する。示されるように、複合オリゴヌクレオチド設計は、一例としてcLucコード配列内の中途UAG終止コドンを標的化する。HEK293T細胞を、ヒトADAR1-p150をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト、及びオリゴヌクレオチドの指定の組み合わせでトランスフェクトした。cLuc活性を、モック処理された試料におけるGluc発現に対して正規化した。二重鎖領域及び標的領域(WV-42707~WV-42710及びWV-42715~WV-42718)を含むそれぞれのオリゴヌクレオチドに関して、最初から最後の二重鎖化オリゴヌクレオチドは、WV-42719~WV-42730(即ち、WV-42719、WV-42720、WV-42721、WV-42722、WV-42723、WV-42724、WV-42725、WV-42726、WV-42727、WV-42728、WV-42729、及びWV-42730)である。
二重鎖化設計を含む提供される技術は、編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、第1のオリゴヌクレオチド(例えば、二重鎖化オリゴヌクレオチド)は、ステムループを含み、且つ二重鎖を形成し得、第2のオリゴヌクレオチド(例えば、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチド)を使用して、特定の転写物を標的化し得る。いくつかの実施形態では、第1及び第2のオリゴヌクレオチドの相補配列(例えば、15nt)により、これらは会合し得る。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADARポリペプチド(例えば、ADAR1、ADAR2等)をリクルートする。図34において、組み合わされたオリゴヌクレオチド設計は、cLucコード配列内の中途UAG終止コドンを標的化する。HEK293T細胞を、ヒトADAR1-p110又はp150をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト、及びオリゴヌクレオチドの指定の組み合わせでトランスフェクトした。cLuc活性を、モック処理された試料におけるGluc発現に対して正規化した。示されるように、様々な組み合わせが、編集活性を提供する。
例としてのある特定のオリゴヌクレオチド設計。(a)二重鎖化オリゴヌクレオチド、並びに二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチド。
(b)ステムループを含む二重鎖化オリゴヌクレオチド、並びに二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチド。
様々なオリゴヌクレオチド組成物は、編集を提供し得る。トランスジェニックモデル(ヒトADARp110及びヒトSERPINA1-Zアレルを発現する)からの初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のGalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した。
様々なオリゴヌクレオチド組成物は、インビボ編集を提供し得る。huADAR/SA1トランスジェニックマウスモデルに、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチドを、3×10mg/kgで皮下投与した。マウスに、3日にわたり1日置き(0、2、4日目)に投与し、7日目に肝生検を採取した。編集率を、サンガー法による配列決定により測定した。多重比較(ダネット)の補正を伴う一元ANOVAを使用して、処理群対PBS群におけるSERPINA1-Zアレル編集の差違に関して検定した。****:P値は、0.0001未満である;***:P値は、0.001未満である;**:P値は、0.005未満である。P値を、各試料に関する用量前及び7日目の値の比較から算出した。
様々なオリゴヌクレオチド組成物は、インビボ編集後に血清AATを増加させ得る。投与前、及び図37で説明されている通りの処理後の7日目に、マウスから血清を採取した。血清中の全ヒトAATの濃度を、市販のELISAキット(AbCam)により決定した。多重比較(ボンフェローニ)の補正を伴う適合二元ANOVAを使用して、PBSと比較した処理試料でのAAT存在量の差違に関して検定した。****:P値は、0.0001未満である;***:P値は、0.001未満である;**:P値は、0.005未満である。P値を、各試料に関する用量前及び7日目の値の比較から算出した。
提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、血清中において、変異体Z-AATタンパク質レベルを減少させ得、且つ野生型AATタンパク質レベルを増加させ得る。投与前、及び図37で説明されている通りの処理後の7日目に、マウスから血清を採取した。Z(変異体)対M(野生型)AATアイソフォームの相対存在量を、質量分析により決定した。次いで、ELISAから得られた全体濃度に相対存在量を適用することにより、それぞれのアイソフォームの絶対量を算出した(図38を参照されたい)。
様々なオリゴヌクレオチド組成物による編集によって、機能的な野生型AATタンパク質を得ることができる。投与前、及び図37で説明されている通りの処理後の7日目に、マウスから血清を採取した。血清中での相対エラスターゼ阻害活性を、市販のキット(EnzChek(登録商標)Elastase Assay Kit(E-12056))を使用して決定した。多重比較(ボンフェローニ)の補正を伴う適合二元ANOVAを使用して、各処理群に関して7日目対用量前に採取した血清中のエラスターゼ阻害活性の差違に関して検定した。****:P値は、0.0001未満である;***:P値は、0.001未満である;**:P値は、0.005未満である。P値を、各試料に関する用量前及び7日目の値の比較から算出した。
提供される技術は、タンパク質-タンパク質相互作用を調節し得る。(a)提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、Keap1及びNRF2転写物中のアデノシンを編集する。HEK293T細胞を、Keap1又はNRF2を標的化するオリゴヌクレオチド組成物、及びADAR-p110(上側のバー)又はADAR1-p150(下側のバー)のいずれかを発現するプラスミドでトランスフェクトした。処理後48時間でRNAを採取し、Keap1及びNRF2転写物のRNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した。“*”:該当データなし。
(b)提供されるオリゴヌクレオチド技術は、遺伝子発現を調節し得る。HEK293T細胞を、NRF2又はKeap1を標的化する指定のオリゴヌクレオチド、及びADAR-p110又はADAR1-p150のいずれかを発現するプラスミドでトランスフェクトした。処理の48時間後に、RNAを採取した。NRF2により制御される様々な遺伝子の倍率変化を、qPCRにより測定した。
提供される技術は、インビボにおいて頑強で恒久的な編集を提供し得る。hADARマウスを、UGP2を標的化するWV-40590オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物の単一の100ug ICV注射で処理した。UGP2編集を、投与後1~16週間で測定した。
提供される技術は、編集を提供し得る。初代ヒト肝細胞を、裸の取込みにより、1uM(左側のバー)及び0.3uM(右側のバー)にて、UGP2を標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNAを、処理後48時間で採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集活性を提供し得る。ヒトIPSC由来神経細胞(i細胞)を、裸の取込みにより、3uM(左側のバー)及び1uM(右側のバー)にて、UGP2を標的化する指定のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNAを、処理後6日で採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。野生型(Wt)及びhADARマウスを、3回の10mg/kgの皮下用量(それぞれ、0、2、及び4日目)により、PBS(左側のバー)、又はUGP2を標的化するオリゴヌクレオチド組成物(中央のバー=WV-38702、右側のバー=WV-48161)で処理した。マウスの肝臓を、処理後1週間で摘出し、RNAを採取した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、免疫細胞を含む様々な細胞集団において編集を提供し得る。ヒトPBMCを、活性化(PHAの付加)条件又は非活性化(PHAの付加なし)条件下で、10uM濃度にて、ACTBを標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した(左側のバー=モック、中央のバー=PHAありのWV-37317、右側のバー=WV=PHAなしの37317)。細胞を、裸の取込みにより処理した。細胞を、ベンチトップ抗体/ビーズプロトコルを使用して、処理後4日で単離した。RNAを採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、目を含むインビボで編集を提供し得る。hADARマウスを、目の後部コンパートメント中での脳室内(ICV)注射により、指定の投与量にて、UGP2を標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した。マウスの目を、処理後1及び4週間で摘出し、RNAを単離した。RNA編集を、PCR及びサンガー法による配列決定により測定した。
提供される技術は、インビボで恒久的な編集を提供し得る。hADAR及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックなマウスを、皮下投与により、0、2、及び4日目に、10mg/kg用量にて、SERPINA1-Zアレルを標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した。マウスの血清を、処理後の指定の日数での毎週の採血により採取した。(a)ヒトAATタンパク質のレベルを、ELISAにより測定した。一部の実施形態において、R4sは-Hである。データを、平均±標準誤差で表す。統計値:適合二元ANOVA;ns:有意でない、**:P<0.01、***:0.001。
(b)質量分析及びELISAを使用して、野生型(WT/M-AAT)及び変異体(Z-AAT/変異体)AATタンパク質の相対比率を決定した。
提供される技術は、編集を提供し得る。hADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、指定の濃度にて、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のGAlNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNAを、処理後48時間で単離し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。hADAR及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックなマウスを、皮下投与により、0、2、及び4日目に、5mg/kg用量にて、SERPINA1-Zアレルを標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した。マウスの肝生検を、処理後7日目に採取した。雄(左側のバー)及び雌(右側のバー)のマウス(性別当たりn=3の動物)において、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した。
提供される技術は、編集を提供し得る。hADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、指定の濃度にて、SERPINA1-Zアレルを標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNAを、処理後48時間で単離し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=3の生物学的複製物)。
提供される技術は、インビボで機能的な編集されたポリペプチドを提供し得る。hADAR及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックなマウスを、皮下投与により、0、2、及び4日目に、10mg/kg用量にて、SERPINA1-Zアレルを標的化するオリゴヌクレオチド組成物で処理した。マウスの血清を、指定の日数での毎週の採血により採取した。ヒトAATタンパク質のレベルを、ELISA及び質量分析により定量して、野生型AATタンパク質(PiM/WT、左側のバー)及び変異体AATタンパク質(PiZ/変異体、右側のバー)の相対比率を評価した。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b001A、b008U、b010U、b001C、b008C、b011U、b002G、b012U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U、b010U、b001C、b008C、b011U、b012U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。核酸塩基修飾、結合修飾、糖修飾等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な修飾(例えば、Csm11、Csm12、b009Csm11、b009Csm12、Gsm11、Gsm12、Tsm11、Tsm12、L010等)を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、sm15等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U、b001A等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。特に、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を様々な位置で利用し得ることが示されている。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、2’-MOE等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、2’-MOE等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、2’-MOE等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、2’-MOE等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、sm15等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な修飾(例えば、n001、n002、n006、n020等の結合)を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b001A等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、モルホリン糖等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b001A等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、モルホリン糖等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
様々な最近傍が、編集活性を提供し得る。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な修飾(例えば、b008U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b004I、b002G、b009U等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe等)等を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な糖及び核酸塩基修飾(例えば、b002A、b003A、b008U、b001C、Tsm11、Tsm12、b004C、b007C、2’-F、2’-OMe等におけるもの)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)等を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な糖及び核酸塩基修飾(例えば、b003A、b008U、b001C、b008C、Tsm11、Tsm12、b004C、Csm17等におけるもの)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)等を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な糖及び核酸塩基(例えば、N-1でのdI、b001A、b003A、b008U、b001C、b008C、Tsm11、Tsm12、b004C、Csm17等におけるもの)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)等を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な糖及び核酸塩基(例えば、N-1でのdI、b001A、b002A、b003A、b008U、b008C、Tsm11、Tsm12、b004C、Csm17等におけるもの)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)等を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な糖及び核酸塩基(例えば、N-1でのCsm11、Csm12、b009Csm11、b009Csm12等におけるもの)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)等を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。
様々な種類のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドが、編集を提供し得る。塩基修飾(例えば、b008U、b014I等)、結合修飾(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001、n004、n008、n025、n026等のホスホリルグアニジン結合))、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、2’-MOE等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。ヒトADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞中におけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。それぞれのオリゴヌクレオチド組成物に関して、左側から右側へそれぞれ、1.0、0.33、0.11、0.037uM。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な修飾及びそのパターンを含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価した。様々なオリゴヌクレオチド組成物に関して、初代ヒト肝細胞中におけるUGP2での標的アデノシンの編集を確認した(N=2の生物学的複製物)。試験した濃度は、左側から右側へ、1uM、0.1uM、及び0.01uMであった。
提供される技術は、編集を提供し得る。様々な修飾及びそのパターンを含むオリゴヌクレオチドの組成物を、調製して評価し、様々な濃度で、初代ヒト肝細胞中におけるUGP2での標的アデノシンの編集を確認した。
提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。ヒトADAR及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックなマウスにおけるSERPINA1-Zアレルでの標的アデノシンのインビボ編集を確認した。処理したマウスでのAATの血清レベルも増加した。
提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。様々な核酸塩基(例えば、b008U、ヒポキサンチン等)、結合(例えば、PO、PS、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、糖修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、2’-MOE等)等、及びこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、調製した。標的アデノシンの編集、及び血清AATの増加を確認した(群当たりN=4の動物)。上部:10日目でのSERPINA1編集。下部:血清AAT倍率変化。
ある特定の実施形態の詳細な説明
本開示の技術は、ある特定の実施形態の下記の詳細な説明に対する参照によって、より容易に理解され得る。
本開示の技術は、ある特定の実施形態の下記の詳細な説明に対する参照によって、より容易に理解され得る。
定義
本明細書で使用する場合、別段の指示がない限り、下記の定義が適用されるものとする。本開示のために、化学元素は、Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edの元素周期表、CAS方式に従って特定される。さらに、有機化学の一般的な原理は、“Organic Chemistry”,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed.,Ed.:Smith,M.B. and March,J.,John Wiley & Sons,New York:2001で説明されている。
本明細書で使用する場合、別段の指示がない限り、下記の定義が適用されるものとする。本開示のために、化学元素は、Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edの元素周期表、CAS方式に従って特定される。さらに、有機化学の一般的な原理は、“Organic Chemistry”,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed.,Ed.:Smith,M.B. and March,J.,John Wiley & Sons,New York:2001で説明されている。
本開示において本明細書で使用する場合、文脈から明らかでない限り、(i)用語「1つ(a)」又は「1つ(an)」は、「少なくとも1つ」を意味すると理解され得;(ii)用語「又は」は、「及び/又は」を意味すると理解され得;(iii)用語「含んでいる」、「含む」、「包含している」(「~に限定されない」と共に使用されるかどうかに関わらず)、及び「包含する」(「~に限定されない」と共に使用されるかどうかに関わらず)は、それら自体によって提示されるか又は1つ若しくは複数の追加の構成要素若しくは工程と共に提示されるかに関わらず、項目分けされた構成要素又は工程を包含すると理解され得;(iv)用語「別の」は、少なくとも追加の/第2の1つ又は複数を意味すると理解され得;(v)用語「約」及び「およそ」は、当業者によって理解されるような標準的な変動を許容すると理解され得;並びに(vi)範囲が与えられる場合、終点が含まれる。
別段の指定がない限り、オリゴヌクレオチド及びその要素(例えば、塩基配列、糖修飾、ヌクレオチド間結合、結合リンの立体化学、そのパターン等)の説明は、5’から3’の順である。当業者が理解するように、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態(特に、薬学的に許容される塩形態、例えば、ナトリウム塩)として提供され得、及び/又は利用され得る。当業者がまた理解するように、いくつかの実施形態では、組成物内の個々のオリゴヌクレオチドは、たとえそのような組成物(例えば、液体組成物)内であっても同じ構成及び/又は構造のものであるとみなされてもよく、特定のそのようなオリゴヌクレオチドは、特定の瞬間に異なる塩形態である可能性がある(且つ溶解されてもよいし、オリゴヌクレオチド鎖が、例えば、液体組成物中にあるときにアニオン形態として存在してもよい)。例えば、当業者は、所定のpHにおいて、オリゴヌクレオチド鎖に沿った個々のヌクレオチド間結合が、酸(H)形態又は複数の可能な塩形態の1つ(例えば、ナトリウム塩、又は調製物若しくは組成物中に存在し得るイオンに応じて異なるカチオンの塩)であり得ることを理解し、及びそれらの酸形態(例えば、存在する場合には全てのカチオンをH+で置き換える)が同じ構成及び/又は構造である限り、そのような個々のオリゴヌクレオチドは、適宜同じ構成及び/又は構造であるとみなされ得ることを理解するであろう。
脂肪族:本明細書で使用する場合、「脂肪族」は、完全に飽和であるか又は不飽和(ただし芳香族ではない)の1つ又は複数の単位を含有する直鎖状(即ち非分岐状)又は分岐状の置換若しくは非置換炭化水素鎖、又は完全に飽和であるか又は不飽和(ただし芳香族ではない)の1つ又は複数の単位を含有する置換又は非置換の単環式、二環式、若しくは多環式炭化水素環、又はこれらの組み合わせを意味する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1~50個の脂肪族炭素原子を含有する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、1~20個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~10個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~9個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~8個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~7個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、1~6個の脂肪族炭素原子を含有する。さらなる他の実施形態では、脂肪族基は、1~5個の脂肪族炭素原子を含有し、さらに他の実施形態では、脂肪族基は、1、2、3、又は4個の脂肪族炭素原子を含有する。好適な脂肪族基として、直鎖状又は分岐状の置換又は非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル基、及びこれらのハイブリッド、例えば、(シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキル、又は(シクロアルキル)アルケニルが挙げられるが、これらに限定されない。
アルケニル:本明細書で使用する場合、用語「アルケニル」は、1つ又は複数の二重結合を有する、本明細書で定義される通りの脂肪族基を指す。
アルキル:本明細書で使用する場合、用語「アルキル」は、当技術分野におけるその通常の意味を有し、直鎖アルキル基、分岐鎖アルキル基、シクロアルキル(脂環)基、アルキル置換シクロアルキル基、及びシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含み得る。いくつかの実施形態では、アルキルは、1~100個の炭素原子を有する。ある特定の実施形態では、直鎖又は分岐鎖アルキルは、その骨格において約1~20個の炭素原子(例えば、直鎖に関してC1~C20、分岐鎖に関してC2~C20)を有するか、或いは約1~10個を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル環は、その環構造において約3~10個の炭素原子を有し、そのような環は、単環式、二環式、又は多環式であるか、或いは環構造において約5、6又は7個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、アルキル基は、低級アルキル基であってもよく、低級アルキル基は、1~4個の炭素原子を含む(例えば、直鎖低級アルキルに関してC1~C4)。
アルキニル:本明細書で使用する場合、用語「アルキニル」は、1つ又は複数の三重結合を有する、本明細書で定義される通りの脂肪族基を指す。
類似体:用語「類似体」は、基準となる化学的部分又は部分のクラスと構造的に異なるが、そのような基準となる化学的部分又は部分のクラスの少なくとも1つの機能を果たすことができる任意の化学的部分を含む。非限定的な例として、ヌクレオチド類似体は、ヌクレオチドと構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たし;核酸塩基類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たす等がある。
動物:本明細書で使用する場合、用語「動物」は、動物界の任意のメンバーを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階のヒトを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階の非ヒト動物を指す。ある特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳動物(例えば、齧歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、及び/又はブタ)である。いくつかの実施形態では、動物として、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類及び/又は寄生虫が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作された動物及び/又はクローンであってもよい。
アリール:単独で又は「アラルキル」、「アラルコキシ」、若しくは「アリールオキシアルキル」のより大きい部分の一部として使用される用語「アリール」は、本明細書で使用する場合、合計で5~30個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系を指し、これらの系における少なくとも1つの環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、合計で5~14個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系であり、これらの系における少なくとも1つの環は芳香族であり、これらの系における各環は、3~7個の環員を含有する。いくつかの実施形態では、各単環式環単位は、芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、ビアリール基である。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用され得る。本開示のある特定の実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシル等を含むがこれらに限定されない芳香環系を指し、1つ又は複数の置換基を有し得る。本明細書で使用する場合、芳香環が、インダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチル等の1つ又は複数の非芳香環に融合される基も用語「アリール」の範囲内に含まれる。
特徴的な部分:本明細書で使用する場合、用語「特徴的な部分」は、最も広い意味において、その存在(又は欠如)が物質の特定の特徴、属性、又は活性の存在(又は欠如)と相関する物質の一部を指す。いくつかの実施形態では、物質の特徴的な部分は、物質、及び特定の特徴、属性、又は活性を共有する関連物質において見出されるが、特定の特徴、属性、又は活性を共有しないものにおいて見出されない部分である。ある特定の実施形態では、特徴的な部分は、インタクトな物質と少なくとも1つの機能的特徴を共有する。例えば、いくつかの実施形態では、タンパク質又はポリペプチドの「特徴的な部分」は、合わせてタンパク質又はポリペプチドの特徴である連続した一続きのアミノ酸、又は連続した一続きのアミノ酸の集合を含有するものである。いくつかの実施形態では、それぞれのそのような連続した一続きは一般に、少なくとも2、5、10、15、20、50個、又はより多くのアミノ酸を含有する。一般に、物質の(例えば、タンパク質、抗体等の)特徴的な部分は、上で指定される配列及び/又は構造的同一性に加えて、関連したインタクトな物質と少なくとも1つの機能的特徴を共有するものである。いくつかの実施形態では、特徴的な部分は、生物学的に活性であり得る。
キラル制御:本明細書で使用する場合、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド内のキラルヌクレオチド間結合におけるキラル結合リンの立体化学的指定の制御を指す。本明細書で使用する場合、キラルヌクレオチド間結合は、結合リンがキラルであるヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖及び塩基部分に存在しないキラル元素により達成され、例えば、いくつかの実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチド調製の間の1種又は複数種の不斉補助剤の使用により達成され、不斉補助剤は、オリゴヌクレオチド調製の間に使用されるキラルホスホラミダイトの一部である場合が多い。キラル制御とは対照的に、当業者は、不斉補助剤を使用しない従来のオリゴヌクレオチド合成が、そのような従来のオリゴヌクレオチド合成を使用してキラルヌクレオチド間結合を形成する場合、キラルヌクレオチド間結合で立体化学を制御し得ないことを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド内の各キラルヌクレオチド間結合における各キラル結合リンの立体化学的指定が制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物:用語「キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された核酸組成物」等は、本明細書で使用する場合、共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)を含む組成物を指し、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する(キラル制御されたか又は立体的に規制されたヌクレオチド間結合、組成物中のキラル結合リンがRp又はSpであり(「立体的に規制された」)、キラル制御されていないヌクレオチド間結合としての不規則なRp及びSp混合物ではない)。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1)共通の塩基配列、2)骨格結合の共通のパターン、及び3)骨格リン修飾の共通のパターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)を含み、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する(キラル制御されたか又は立体的に規制されたヌクレオチド間結合、そのキラル結合リンは、組成物中でRp又はSpであり(「立体的に規制された」)、キラル制御されていないヌクレオチド間結合としての不規則なRp及びSp混合物ではない)。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)のレベルは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物における不規則なレベルと比較して、予め規定され/制御されるか又は高められる(例えば、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合を立体選択的に形成するキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製による)。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン、及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、レベルは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの(例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド型の)、又は共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン、及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの、又は共通の塩基配列、共通の塩基修飾のパターン、共通の糖修飾のパターン、共通のヌクレオチド間結合型のパターン、及び/又は共通のヌクレオチド間結合修飾のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、約50個(例えば、約1~10、1~20、5~10、5~20、10~15、10~20、10~25、10~30、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個)のキラルヌクレオチド間結合で同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合の約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%)で同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、いずれにおいても同じパターンの糖及び/又は核酸塩基修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、様々な形態の同じオリゴヌクレオチド(例えば、同じオリゴヌクレオチドの酸及び/又は様々な塩)である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、同じ構成のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)のレベルは、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)と同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド(又は核酸)の約1%~100%(例えば、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%)である。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%、典型的には少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも95%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも96%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも97%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも98%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも99%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、レベルのパーセンテージは、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、本開示で説明されている通りのジアステレオ純度(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上)であり、ncは、本開示で説明されている通りのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個以上)である。いくつかの実施形態では、レベルのパーセンテージは、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、95%~100%である。例えば、DSが99%であり且つncが10であるとき、パーセンテージは、90%であるか又は少なくとも90%である((99%)10≒0.90=90%)。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度の生成物として表される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(又は核酸)において2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じ2つのヌクレオシドを連結する二量体のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度によって表され、二量体は、比較可能な条件、いくつかの例では、同一の合成サイクル条件を使用して調製される(例えば、オリゴヌクレオチドにおけるNxとNyの間の結合....NxNy....に関して、二量体はNxNyである)。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御されたヌクレオチド間結合というわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物(例えば、当業者に理解される通り、従来のオリゴヌクレオチド合成、例えば、ホスホラミダイト法からのもの)において典型的に観察される通り、約80%、75%、70%、65%、60%、55%未満の、又は約50%のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、同じ型のものである。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、不規則ではないか又は制御されたレベルの個々のオリゴヌクレオチド又は核酸型を含む。例えば、いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ1つのオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2つ以上のオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの
組成物であり、この組成物は、そのオリゴヌクレオチド型の不規則ではないか又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む。
組成物であり、この組成物は、そのオリゴヌクレオチド型の不規則ではないか又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む。
同等:用語「同等」は、本明細書では、得られる結果又は観察される事象の比較を可能にするのに互いに十分に類似している条件又は状況の2つ(以上)のセットを説明するために使用される。いくつかの実施形態では、条件又は状況の比較可能なセットは、複数の実質的に同等の特徴及び1つ又は少数の変動する特徴によって特徴付けられる。当業者は、異なるセットの条件又は状況下で得られた結果又は観察された事象の相違が、変えられたそれらの特徴の変化に起因するか又はそれを意味するという合理的な結論を保証する、十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられる場合、条件のセットが互いに比較可能であると理解するであろう。
脂環式:用語「脂環式」、「炭素環」、「カルボシクリル」、「炭素環式基」、及び「炭素環式環」は、互換的に使用され、本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、3~30個の環員を有する、本明細書で説明されている通りの飽和又は部分不飽和であるが非芳香族の環式脂肪族単環式、二環式、又は多環式環系を指す。脂環式基として、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、及びシクロオクタジエニルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、脂環式基は、3~6個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、脂環式基は、飽和であり且つシクロアルキルである。用語「脂環式」は、デカヒドロナフチル又はテトラヒドロナフチル等の、1つ又は複数の芳香環又は非芳香環に融合された脂環式環も含み得る。いくつかの実施形態では、脂環式基は、二環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は、三環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は、多環式である。いくつかの実施形態では、「脂環式」は、完全飽和であるか又は1つ若しくは複数の単位の不飽和を含有するが芳香族ではない、分子の残部への単一の結合点を有するC3~C6単環式炭化水素、若しくはC8~C10二環式若しくは多環式炭化水素、又は完全飽和であるか又は1つ若しくは複数の単位の不飽和を含有するが芳香族ではない、分子の残部への単一の結合点を有するC9~C16多環式炭化水素を指す。
ヘテロ脂肪族:用語「ヘテロ脂肪族」は、本明細書で使用する場合、当技術分野におけるその通常の意味を有し、1つ又は複数の炭素原子が、独立して、1つ又は複数のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等)で置き換えられている、本明細書で説明されている通りの脂肪族基を指す。いくつかの実施形態では、C、CH、CH2、及びCH3から選択される1つ又は複数の単位は、独立して、1つ又は複数のヘテロ原子(その酸化及び/又は置換形態を含む)によって置き換えられている。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアルキル:用語「ヘテロアルキル」は、本明細書で使用する場合、当技術分野におけるその通常の意味を有し、1つ又は複数の炭素原子が、独立して、1つ又は複数のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等)で置き換えられている、本明細書で説明されている通りのアルキル基を指す。ヘテロアルキルの例として、アルコキシ、ポリ(エチレングリコール)-、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニル等が挙げられるが、これらに限定されない。
ヘテロアリール:単独で又より大きい部分、例えば「ヘテロアラルキル」若しくは「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル-」は、本明細書で使用する場合、合計で5~30個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系を指し、系における少なくとも1つの環は、芳香族であり、及び少なくとも1つの芳香環原子は、ヘテロ原子である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、5~10個の環原子(即ち、単環式、二環式、又は多環式)、いくつかの実施形態では、5、6、9、又は10個の環原子を有する基である。いくつかの実施形態では、各単環式環単位は、芳香族である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、環状の配列において共有される6、10、又は14個のπ電子を有しており、炭素原子に加えて1~5個のヘテロ原子を有する。ヘテロアリール基として、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、及びプテリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジル等のヘテロビアリール基である。用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル-」は、本明細書で使用する場合、ヘテロ芳香環が1つ又は複数のアリール、脂環式又はヘテロシクリル環に縮合され、結合の基又は点がヘテロ芳香環上にある基も含む。非限定的な例として、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、4H-キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、及びピリド[2,3-b]-1,4-オキサジン-3(4H)-オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式、又は多環式であり得る。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、又は「ヘテロ芳香族」と互換的に使用され得、これらの用語のいずれも、任意選択的に置換された環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基によって置換されたアルキル基を指し、アルキル及びヘテロアリール部分は、独立して、任意選択的に置換される。
ヘテロ原子:用語「ヘテロ原子」は、本明細書で使用する場合、炭素又は水素ではない原子を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素(窒素、硫黄、リン、又はケイ素の酸化形態;窒素(例えば、四級化形態、イミニウム基のような形態等)、リン、硫黄、酸素の荷電形態等を含む)である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ケイ素、リン、酸素、硫黄、又は窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ケイ素、酸素、硫黄、又は窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、又は窒素である。
複素環:本明細書で使用する場合、用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式基」、及び「複素環式環」は、本明細書で使用する場合、互換的に使用され、飽和又は部分不飽和であり、及び1つ又は複数のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式、又は多環式環部分(例えば、3~30員)を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、飽和又は部分不飽和のいずれかであり、且つ炭素原子に加えて、1つ又は複数の、好ましくは1~4個の上で定義される通りのヘテロ原子を有する安定な5~7員単環式又は7~10員二環式複素環式部分である。複素環の環原子に対する参照において使用されるとき、用語「窒素」は、置換された窒素を含む。一例として、飽和、又は酸素、硫黄、及び窒素から選択される0~3個のヘテロ原子を有する部分不飽和環において、窒素は、N(3,4-ジヒドロ-2H-ピロリルの場合のように)、NH(ピロリジニルの場合のように)、又は+NR(N置換ピロリジニルの場合のように)であり得る。複素環式環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合し得、環原子のいずれかは任意選択的に置換され得る。そのような飽和又は部分不飽和複素環式基の例として、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、及び「複素環式基」は、本明細書では互換的に使用され、ヘテロシクリル環が1つ又は複数のアリール、ヘテロアリール、又は脂環式環、例えば、インドリニル、3H-インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロキノリニルに融合される基も含む。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式、又は多環式であり得る。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルによって置換されたアルキル基を指し、アルキル及びヘテロシクリル部分は、独立して、任意選択的に置換される。
同一性:本明細書で使用する場合、用語「同一性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子(例えば、オリゴヌクレオチド、DNA、RNA等)間及び/又はポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。いくつかの実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一である場合、互いに「実質的に同一」であるとみなされる。2つの核酸又はポリペプチド配列の同一性パーセントの計算は、例えば、最適な比較目的のために2つの配列をアラインさせることによって実施し得る(例えば、最適なアラインメントのために第1及び第2の配列の一方又は両方にギャップを導入し得、同一ではない配列を、比較目的のために無視し得る)。ある特定の実施形態では、比較のためにアラインメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は実質的に100%である。次に、対応する位置のヌクレオチドが比較される。第1の配列における位置が、第2の配列における対応する位置と同じ残基(例えば、ヌクレオチド又はアミノ酸)により占有される場合、その分子は、その位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、この2つの配列の最適アライメントのために導入する必要があるギャップ数及び各ギャップの長さを考慮した、これらの配列により共有される同一である位置の数の関数である。2つの配列間での配列比較及び同一性パーセントの決定は、数理的アルゴリズムを使用して達成され得る。例えば、2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントを、ALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み込まれているMeyers and Miller(CABIOS,1989,4:11-17)のアルゴリズムを使用して求め得る。いくつかの例示的な実施形態では、ALIGNプログラムでなされる核酸配列比較は、PAM120重量残基表、12のギャップ長ペナルティー、及び4のギャップペナルティーを使用する。或いは、2つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントを、NWSgapdna.CMPマトリックスを使用するGCGソフトフェアパッケージにおけるGAPプログラムを使用して決定し得る。
ヌクレオチド間結合:本明細書で使用する場合、語句「ヌクレオチド間結合」は一般に、オリゴヌクレオチド又は核酸のヌクレオシド単位を連結する結合を指す。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然に存在するDNA及びRNA分子に広範囲に見出されるホスホジエステル結合(天然のリン酸結合(-OP(=O)(OH)O-)、当業者によって理解される通り、塩形態として存在し得る)である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合(天然のリン酸結合ではない)である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、「修飾されたヌクレオチド間結合」であり、ホスホジエステル結合の少なくとも1つの酸素原子又は-OHは、異なる有機又は無機部分に置き換えられている。いくつかの実施形態では、そのような有機又は無機部分は、=S、=Se、=NR’、-SR’、-SeR’、-N(R’)2、B(R’)3、-S-、-Se-、及び-N(R’)-から選択され、各R’は、独立して、本開示で定義されており且つ説明されている通りである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル結合、ホスホロチオエート結合(又はホスホロチオエートジエステル結合、-OP(=O)(SH)O-、当業者によって理解される通り、塩形態として存在し得る)、又はホスホロチオエートトリエステル結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、例えば、PNA(ペプチド核酸)又はPMO(ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー)結合のうちの1つである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、ある特定の提供されるオリゴヌクレオチドにおけるn001)である。ヌクレオチド間結合が、この結合中の酸又は塩基部分の存在により所定のpHでアニオン又はカチオンとして存在し得ることは、当業者によって理解される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、国際公開第2017/210647号で説明されている通り、s、s1、s2、s3、s4、s5、s6、s7、s8、s9、s10、s11、s12、s13、s14、s15、s16、s17、及びs18と命名される修飾されたヌクレオチド間結合である。
インビトロ:本明細書で使用する場合、用語「インビトロ」は、生物体(例えば、動物、植物、及び/又は微生物)内ではなく、人工環境において(例えば試験管又は反応容器中、細胞培養物中等において)起こる事象を指す。
インビボ:本明細書で使用する場合、用語「インビボ」は、生物体(例えば、動物、植物、及び/又は微生物)内で起こる事象を指す。
結合リン:本明細書で定義される通り、語句「結合リン」は、参照される特定のリン原子がヌクレオチド間結合中に存在するリン原子であることを示すために使用され、リン原子は、天然に存在するDNA及びRNAに存在する場合、ホスホジエステルヌクレオチド間結合のリン原子に対応する。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、修飾されたヌクレオチド間結合中に存在しており、ここで、ホスホジエステル結合の各酸素原子は、任意選択的に且つ独立して、有機又は無機部分によって置き換えられている。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、キラル(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の場合)である。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、アキラル(例えば、天然のリン酸結合の場合)である。
修飾された核酸塩基:用語「修飾された核酸塩基」、「修飾された塩基」等は、核酸塩基と化学的に異なるが核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たし得る化学的部分を指す。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、修飾を含む核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、核酸塩基の少なくとも1つの機能の、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中の部分を形成する能力がある。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの文脈における修飾された核酸塩基は、A、T、C、G又はUではない核酸塩基を指す。
修飾されたヌクレオシド:用語「修飾されたヌクレオシド」は、天然のヌクレオシドから誘導されるか又はそれと化学的に類似するが、天然のヌクレオシドからそれを区別する化学修飾を含む部分を指す。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例として、塩基及び/又は糖での修飾を含むものが挙げられる。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例として、糖で2’修飾を有するものが挙げられる。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例として、脱塩基ヌクレオシド(核酸塩基を欠く)も挙げられる。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中の部分を形成する能力がある。
修飾されたヌクレオチド:用語「修飾されたヌクレオチド」は、天然のヌクレオチドと構造的に異なるが、天然のヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たし得る任意の化学的部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、糖、塩基、及び/又はヌクレオチド間結合で修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、修飾された糖、修飾された核酸塩基、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中のサブユニットを形成する能力がある。
修飾された糖:用語「修飾された糖」は、糖を置き換え得る部分を指す。修飾された糖は、糖の空間配置、電気的特性、又はいくつかの他の物理化学的特性を模倣する。いくつかの実施形態では、本開示で説明されている通り、修飾された糖は、置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。有用な2’-修飾の例は、当技術分野で広く利用されており、且つ本明細書で説明されている。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-Fである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA、BNA等で使用される糖)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの文脈において、修飾された糖は、典型的には天然のRNA又はDNAにおいて見出される通りのリボース又はデオキシリボースではない糖である。
核酸:用語「核酸」は、本明細書で使用する場合、任意のヌクレオチド及びそのポリマーを含む。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、リボヌクレオチド(RNA)若しくはデオキシリボヌクレオチド(DNA)又はこれらの組み合わせのいずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。これらの用語は、分子の一次構造を指し、したがって二本鎖及び一本鎖DNA並びに二本鎖及び一本鎖RNAを含む。これらの用語は、等価物として、メチル化、保護された、及び/又はキャップ付加されたヌクレオチド又はポリヌクレオチドを介するが、これらに限定されないもの等の修飾されたヌクレオチド及び/又は修飾されたポリヌクレオチドを含むRNA又はDNAのいずれかの類似体を含む。これらの用語は、ポリ-又はオリゴ-リボヌクレオチド(RNA)、及びポリ-又はオリゴ-デオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基及び/又は修飾された核酸塩基のN-グリコシド又はC-グリコシドから誘導されるRNA又はDNA;糖及び/又は修飾された糖から誘導される核酸;並びにホスフェート架橋及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合から誘導される核酸を包含する。この用語は、核酸塩基、修飾された核酸塩基、糖、修飾された糖、ホスフェート架橋、又は修飾されたヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有する核酸を包含する。例として、リボース部分を含有する核酸、デオキシ-リボースを含有する核酸、リボース及びデオキシリボース部分の両方を含有する核酸、リボース及び修飾されたリボース部分を含有する核酸が挙げられるが、これらに限定されない。別段の指定がない限り、接頭辞のポリ-は、2~約10,000個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指し、接頭辞のオリゴ-は、2~約200個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指す。
核酸塩基:用語「核酸塩基」は、配列特異的な様式で一方の核酸鎖をもう一方の相補鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を指す。最も一般的な天然に存在する核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、及びチミン(T)である。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロアリール環を含み、環原子は窒素であり、ヌクレオシドの場合、窒素は、糖部分に結合している。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、複素環式環を含み、環原子は窒素であり、ヌクレオシドの場合、窒素は、糖部分に結合している。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、「修飾された核酸塩基」、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、及びチミン(T)以外の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、A、T、C、G、又はUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、核酸塩基の空間配置、電子的特性、又はいくつかの他の物理化学的特性を模倣し、且つ配列特異的な様式で一方の核酸鎖をもう一方のものに結合する水素結合の特性を保持する。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチド二重鎖の細胞内酵素又は活性による融解挙動、認識に実質的に影響を及ぼすことなく5種の天然に存在する塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、又はグアニン)の全てと対形成し得る。本明細書で使用する場合、用語「核酸塩基」は、修飾された核酸塩基及び核酸塩基類似体等の天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体も包含する。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの任意選択的に置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、「核酸塩基」は、オリゴヌクレオチド又は核酸における核酸塩基単位(例えば、オリゴヌクレオチド又は核酸の場合のようなA、T、C、G、又はU)を指す。
ヌクレオシド:用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基又は修飾された核酸塩基が糖又は修飾された糖に共有結合している部分を指す。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、天然のヌクレオシドであり、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、又はデオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドであり、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、及びデオキシシチジンから選択される置換された天然のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドであり、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、及びデオキシシチジンから選択される天然のヌクレオシドの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、「ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸におけるヌクレオシド単位を指す。
ヌクレオチド:用語「ヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、核酸塩基、糖、及び1つ又は複数のヌクレオチド間結合(例えば、天然のDNA及びRNAにおけるホスフェート結合)からなるポリヌクレオチドの単量体単位を指す。天然に存在する塩基[グアニン、(G)、アデニン、(A)、シトシン、(C)、チミン、(T)、及びウラシル(U)]は、プリン又はピリミジンの誘導体であるが、天然に存在する塩基類似体及び天然に存在しない塩基類似体も含まれることが理解されるべきである。天然に存在する糖は、ペントース(五炭糖)デオキシリボース(DNAを形成する)又はリボース(RNAを形成する)であるが、天然に存在する糖類似体及び天然に存在しない糖類似体も含まれることが理解されるべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して連結されて、核酸、又はポリヌクレオチドを形成する。多くのヌクレオチド間結合は、当技術分野で既知である(ホスフェート、ホスホロチオエート、ボラノホスフェート等を介するもの等であるが、これらに限定されない)。人工核酸として、PNA(ペプチド核酸)、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、H-ホスホネート、ホスホロアミダート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、ホスホノアセテート、チオホスホノアセテート、及び本明細書で説明されているもの等の天然の核酸のホスフェート骨格の他のバリアントが挙げられる。いくつかの実施形態では、天然のヌクレオチドは、天然に存在する塩基、糖、及びヌクレオチド間結合を含む。本明細書で使用する場合、用語「ヌクレオチド」は、修飾されたヌクレオチド及びヌクレオチド類似体等の、天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体も包含する。いくつかの実施形態では、「ヌクレオチド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸におけるヌクレオチド単位を指す。
オリゴヌクレオチド:用語「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドのポリマー又はオリゴマーを指し、天然の及び非天然の核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有し得る。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖であり得る。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域(一本鎖オリゴヌクレオチドの2つの部分によって形成される)を有し得、2本のオリゴヌクレオチド鎖を含む二本鎖オリゴヌクレオチドは、例えば、2本のオリゴヌクレオチド鎖が互いに相補的ではない領域で一本鎖領域を有し得る。オリゴヌクレオチドの例として、構造遺伝子、制御及び終結領域を含む遺伝子、ウイルス又はプラスミドDNA等の自己複製系、一本鎖及び二本鎖RNAi薬剤並びに他のRNA干渉試薬(RNAi薬剤又はiRNA薬剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロRNA、マイクロRNA模倣体、スーパーmir、アプタマー、アンチmir、アンタゴmir、Ulアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、G-四重鎖オリゴヌクレオチド、RNA活性化因子、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、及びデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
本開示のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであり得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約2~約200ヌクレオシド長の範囲であり得る。様々な関連する実施形態では、オリゴヌクレオチドの一本鎖、二本鎖、又は三本鎖は、約4~約10ヌクレオシド、約10~約50ヌクレオシド、約20~約50ヌクレオシド、約15~約30ヌクレオシド、約20~約30ヌクレオシド長の長さの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約9~約39ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約25~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約26~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約27~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約28~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約29~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約30~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約31~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約32~約70ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約25~約60ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約25~約50ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約25~約40ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約30~約40ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも7ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも9ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも16ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも17ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも19ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも26ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも27ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも28ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも29ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも31ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも32ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも33ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも34ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも35ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも36ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも37ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも38ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも39ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも40ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは25ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは26ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは27ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは28ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは29ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは30ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは31ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは32ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは33ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは34ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは35ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは36ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは37ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは38ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは39ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは40ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド長において計数される各ヌクレオシドは、独立して、少なくとも1つの窒素環原子を有する環を含む核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド長において計数される各ヌクレオシドは、独立して、A、T、C、G、若しくはU、又は任意選択的に置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの任意選択的に置換された互変異性体を含む。
オリゴヌクレオチド型:本明細書で使用する場合、語句「オリゴヌクレオチド型」は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン(即ち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロチオエートトリエステル等)、骨格のキラル中心のパターン[即ち、結合リンの立体化学(Rp/Sp)のパターン]、及び骨格リンの修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。いくつかの実施形態では、一般的に命名される「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当業者は、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンでの特定の立体化学及び/又は結合リンでの特定の修飾、及び/又は特定の塩基、及び/又は特定の糖を有するように先行して設計され及び/又は選択され得るように、オリゴヌクレオチド鎖の合成の間にある程度の制御をもたらすことを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように先行して設計され、及び/又は選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように設計され、及び/又は決定される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように設計され、及び/又は選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上記の構造的特徴の1つ又は複数の特定の組み合わせを有するように設計され、及び/又は選択される。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか又はそれらからなる組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。いくつかの実施形態では、全てのそのような分子は、同じ型のものである(即ち、互いに構造的に同一である)。しかしながら、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、典型的には既定の相対量で異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを含む。
任意選択的に置換された:本明細書で説明されている通り、本開示の化合物(例えばオリゴヌクレオチド)は、任意選択的に置換された部分及び/又は置換された部分を含有し得る。一般に、用語「置換された」は、用語「任意選択的に」が先行するかどうかに関わらず、指定された部分の1つ又は複数の水素が好適な置換基で置き換えられていることを意味する。別段の指示がない限り、「任意選択的に置換された」基は、この基の各々の置換可能な位置に好適な置換基を有し得、任意の所与の構造における2つ以上の位置が、指定の基から選択される2つ以上の置換基で置換され得る場合、置換基は、全ての位置で同じであるか又は異なり得る。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換された基は、置換されていない。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定な又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書で使用する場合、用語「安定な」は、それらの生成、検出、並びにある特定の実施形態ではそれらの採取、精製、及び本明細書で開示されている目的の1つ又は複数のための使用を可能にする条件に供されたとき、実質的に変化しない化合物を指す。ある特定の置換基を、下記で説明する。
置換可能な原子上の好適な一価置換基、例えば、好適な炭素原子は、独立して、ハロゲン;-(CH2)0~4R°;-(CH2)0~4OR°;-O(CH2)0~4R°、-O-(CH2)0~4C(O)OR°;-(CH2)0~4CH(OR°)2;R°で置換され得る-(CH2)0~4Ph;R°で置換され得る-(CH2)0~4O(CH2)0~1Ph;R°で置換され得る-CH=CHPh;R°で置換され得る-(CH2)0~4O(CH2)0~1-ピリジル;-NO2;-CN;-N3;-(CH2)0~4N(R°)2;-(CH2)0~4N(R°)C(O)R°;-N(R°)C(S)R°;-(CH2)0~4N(R°)C(O)NR°2;-N(R°)C(S)NR°2;-(CH2)0~4N(R°)C(O)OR°;-N(R°)N(R°)C(O)R°;-N(R°)N(R°)C(O)NR°2;-N(R°)N(R°)C(O)OR°;-(CH2)0~4C(O)R°;-C(S)R°;-(CH2)0~4C(O)OR°;-(CH2)0~4C(O)SR°;-(CH2)0~4C(O)OSiR°3;-(CH2)0~4OC(O)R°;-OC(O)(CH2)0~4SR°、-SC(S)SR°;-(CH2)0~4SC(O)R°;-(CH2)0~4C(O)NR°2;-C(S)NR°2;-C(S)SR°;-(CH2)0~4OC(O)NR°2;- C(O)N(OR°)R°;-C(O)C(O)R°;-C(O)CH2C(O)R°;-C(NOR°)R°;-(CH2)0~4SSR°;-(CH2)0~4S(O)2R°;-(CH2)0~4S(O)2OR°;-(CH2)0~4OS(O)2R°;-S(O)2NR°2;-(CH2)0~4S(O)R°;-N(R°)S(O)2NR°2;-N(R°)S(O)2R°;-N(OR°)R°;-C(NH)NR°2;-Si(R°)3;-OSi(R°)3;-B(R°)2;-OB(R°)2;-OB(OR°)2;-P(R°)2;-P(OR°)2;-P(R°)(OR°);-OP(R°)2;-OP(OR°)2;-OP(R°)(OR°);-P(O)(R°)2;-P(O)(OR°)2;-OP(O)(R°)2;-OP(O)(OR°)2;-OP(O)(OR°)(SR°);-SP(O)(R°)2;-SP(O)(OR°)2;-N(R°)P(O)(R°)2;-N(R°)P(O)(OR°)2;-P(R°)2[B(R°)3];-P(OR°)2[B(R°)3];-OP(R°)2[B(R°)3];-OP(OR°)2[B(R°)3];-(C1~4直鎖又は分岐状アルキレン)O-N(R°)2;又は-(C1~4直鎖又は分岐状アルキレン)C(O)O-N(R°)2であり、各R°は、本明細書で定義される通りに置換され得、且つ独立して、水素、C1~20脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから独立して選択される1~5個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、-CH2-(C6~14アリール)、-O(CH2)0~1(C6~14アリール)、-CH2-(5~14員ヘテロアリール環)、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから独立して選択される0~5個のヘテロ原子を有する5~20員の単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分不飽和又はアリール環であるか、又は上記の定義にも関わらず、R°の2つの独立した存在が、それらの介在原子と合わせて、下記で定義される通りに置換され得る、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから独立して選択される0~5個のヘテロ原子を有する5~20員の単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分不飽和又はアリール環を形成する。
R°(又はR°の2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって形成する環)上の好適な一価の置換基は、独立して、ハロゲン、-(CH2)0~2R・、-(ハロR・)、-(CH2)0~2OH、-(CH2)0~2OR・、-(CH2)0~2CH(OR・)2;-O(ハロR・)、-CN、-N3、-(CH2)0~2C(O)R・、-(CH2)0~2C(O)OH、-(CH2)0~2C(O)OR・、-(CH2)0~2SR・、-(CH2)0~2SH、-(CH2)0~2NH2、-(CH2)0~2NHR・、-(CH2)0~2NR・
2、-NO2、-SiR・
3、-OSiR・
3、-C(O)SR・、-(C1~4直鎖又は分岐状アルキレン)C(O)OR・、又は-SSR・であり、式中、各R・は、非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合には、1つ又は複数のハロゲンによってのみ置換され、且つC1~4脂肪族と、-CH2Phと、-O(CH2)0~1Phと、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員の飽和環、部分不飽和環、又はアリール環とから独立して選択される。R°の飽和炭素原子上の好適な二価の置換基には、=O及び=Sが含まれる。
例えば、好適な炭素原子上の好適な二価置換基は、独立して、下記:=O、=S、=NNR*
2、=NNHC(O)R*、=NNHC(O)OR*、=NNHS(O)2R*、=NR*、=NOR*、-O(C(R*
2))2~3O-、又は-S(C(R*
2))2~3S-であり、R*の各々の独立した存在は、水素、下記で定義する通りに置換され得るC1~6脂肪族、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員の飽和環、部分不飽和環、又はアリール環から選択される。「任意選択的に置換された」基の近接する置換可能な炭素に結合する好適な二価置換基として、-O(CR*
2)2~3O-が挙げられ、R*の各々の独立した存在は、水素、下記で定義する通りに置換され得るC1~6脂肪族、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員の飽和環、部分不飽和環、並びにアリール環から選択される。
R*の脂肪族基上の好適な置換基は、独立して、ハロゲン、-R・、-(ハロR・)、-OH、-OR・、-O(ハロR・)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR・、-NH2、-NHR・、-NR・
2、又は-NO2であり、式中、各R・は、非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合には、1つ又は複数のハロゲンによってのみ置換されており、且つ独立して、C1~4脂肪族、-CH2Ph、-O(CH2)0~1Ph、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員の飽和環、部分不飽和環、又はアリール環である。
いくつかの実施形態では、置換可能な窒素上の好適な置換基は、独立して、-R†、-NR†
2、-C(O)R†、-C(O)OR†、-C(O)C(O)R†、-C(O)CH2C(O)R†、-S(O)2R†、-S(O)2NR†
2、-C(S)NR†
2、-C(NH)NR†
2、又は-N(R†)S(O)2R†であり、各R†は、独立して、水素、下記で定義する通りに置換され得るC1~6脂肪族、非置換-OPh、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員の飽和環、部分不飽和環、若しくはアリール環であるか、又は上記の定義にもかかわらず、R†の2つの独立した存在を、それらの介在原子と合わせて、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換3~12員の飽和環、部分不飽和環、又はアリール単環式若しくは二環式環を形成する。
R†の脂肪族基上の好適な置換基は、独立して、ハロゲン、-R・、-(ハロR・)、-OH、-OR・、-O(ハロR・)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR・、-NH2、-NHR・、-NR・
2、又は-NO2であり、式中、各R・は、非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合には、1つ又は複数のハロゲンによってのみ置換されており、且つ独立して、C1~4脂肪族、-CH2Ph、-O(CH2)0~1Ph、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員環の飽和環、部分不飽和環、又はアリール環である。
P-修飾:本明細書で使用する場合、用語「P-修飾」は、立体化学修飾以外の結合リンでの任意の修飾を指す。いくつかの実施形態では、P-修飾は、結合リンに共有結合したペンダント部分の付加、置換、又は除去を含む。
部分不飽和:本明細書で使用する場合、用語「部分不飽和」は、少なくとも1つの二重結合又は三重結合を含む環部分を指す。用語「部分不飽和」は、複数の部位の不飽和を有する環を包含することが意図されるが、本明細書で定義される通りのアリール又はヘテロアリール部分を含むことは意図されない。
医薬組成物:本明細書で使用する場合、用語「医薬組成物」は、1つ又は複数の薬学的に許容される担体と共に製剤化された活性薬剤を指す。いくつかの実施形態では、活性薬剤は、適切な集団に投与されるときに既定の治療効果を達成する統計的に有意な可能性を示す治療レジメンにおける投与に適した単位用量で存在する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、下記に適合するものを含む固体又は液体形態における投与:経口投与、例えば、水薬(水性又は非水性の溶液又は懸濁液)、錠剤、例えば、頬側、舌下、及び全身性吸収を標的にするもの、ボーラス、散剤、顆粒剤、舌への適用のためのペースト剤;例えば、無菌溶液若しくは懸濁液、又は徐放製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内又は硬膜外注射による非経口投与;例えば、皮膚、肺、又は口腔に適用されるクリーム剤、軟膏剤、又は制御放出パッチ若しくは噴霧剤としての局所適用;例えば、腟坐薬、クリーム剤、又は泡として腟内又は直腸内;舌下;眼球;経皮;又は経鼻、肺、及び他の粘膜表面のために特別に製剤化され得る。
薬学的に許容される:本明細書で使用する場合、語句「薬学的に許容される」は、適切な医学的判断の範囲内において、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに好適であり、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答、又は他の問題若しくは合併症を起こさず、合理的なベネフィット/リスク比に対応した化合物、材料、組成物及び/又は剤形を指す。
薬学的に許容される担体:本明細書で使用する場合、用語「薬学的に許容される担体」は、ある器官、又は身体の部分から別の器官、又は身体の部分に対象化合物を運ぶか又は輸送することに関与する液体若しくは固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、又は材料を被包する溶媒等の薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と相溶性であり且つ患者に有害でないという意味で「許容され」なければならない。薬学的に許容される担体としての役割を果たし得る材料のいくつかの例として、ラクトース、グルコース及びスクロース等の糖類;コーンスターチ及びジャガイモデンプン等のデンプン;カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、及び酢酸セルロース等のセルロース及びその誘導体;トラガント末;麦芽;ゼラチン;タルク;ココアバター及び坐薬ワックス等の賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及びダイズ油等の油;プロピレングリコール等のグリコール類;グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール等のポリオール類;オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル等のエステル類;寒天;水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム等の緩衝剤;アルギン酸;パイロジェンフリー水;等張生理食塩水;リンゲル溶液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル類、ポリカーボネート類及び/又はポリ無水物類;並びに医薬製剤に利用される他の非毒性の適合性のある物質が挙げられる。
薬学的に許容される塩:用語「薬学的に許容可能な塩」は、本明細書で使用する場合、医薬に関連して使用に適切なそのような化合物の塩、即ち、適切な医学的判断の範囲内において、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答等を起こさず、合理的なベネフィット/リスク比に対応した、ヒト及び下等動物の組織と接触して使用するのに適した塩を指す。薬学的に許容される塩は、当技術分野で公知である。例えば、S. M. Bergeらは、薬学的に許容される塩について、J. Pharmaceutical Sciences,66:1-19(1977)で詳細に説明している。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩として、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、及び過塩素酸等の無機酸、又は酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、若しくはマロン酸等の有機酸により形成されるか或いはイオン交換等の当技術分野において使用される他の方法を使用することによって形成されるアミノ基の塩である無毒性の酸付加塩が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p-トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩等が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、1つ又は複数の酸性基を含み(例えばオリゴヌクレオチド)、薬学的に許容される塩は、アルカリ、アルカリ土類金属、又はアンモニウム(例えば、N(R)3のアンモニウム塩、各Rは、独立して定義され、且つ本開示で説明されている)塩である。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩として、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム等が挙げられる。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カルシウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩として、適切な場合には、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1~6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩、及びアリールスルホン酸塩等の対イオンを使用して形成される無毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、複数の酸基を含み、例えば、オリゴヌクレオチドは、2つ以上の酸性基(例えば、天然のリン酸結合、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合において)を含み得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩、又は一般にそのような化合物の塩は、同じであり得るか又は異なり得る2つ以上のカチオンを含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩(又は一般に塩)において、酸性基中の全てのイオン化可能な水素(例えば、約11、10、9、8、7、6、5、4、3、又は2以下、いくつかの実施形態では、約7以下;いくつかの実施形態では、約6以下;いくつかの実施形態では、約5以下;いくつかの実施形態では、約4以下;いくつかの実施形態では、約3以下のpKaを有する水溶液中)は、カチオンと置き換えられている。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエート及びホスフェート基は、独立して、その塩形態で存在する(例えば、ナトリウム塩の場合、それぞれ-O-P(O)(SNa)-O-及び-O-P(O)(ONa)-O-)。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオチド間結合は、独立して、その塩形態で存在する(例えば、ナトリウム塩の場合、それぞれ-O-P(O)(SNa)-O-及び-O-P(O)(ONa)-O-)。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、オリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、オリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、各酸性リン酸基及び修飾されたリン酸基(例えば、ホスホロチオエート、ホスフェート等)は、もしあれば、塩形態として存在する(全てがナトリウム塩)。
既定:既定(predetermined)(又は既定(pre-determined))は、例えば、不規則に起こるか、不規則であるか、又は制御を伴わずに達成されたものとは対照的に、計画的に選択されたか又は非ランダムか又は制御されていることを意味する。本明細書を読む当業者は、本開示が、オリゴヌクレオチド組成物に組み込まれることになる特定の化学及び/又は立体化学の特徴の選択を可能にし、さらにそのような化学及び/又は立体化学の特徴を有するオリゴヌクレオチド組成物の制御された調製を可能にする技術を提供することを理解するであろう。そのように提供される組成物は、本明細書で説明されている通り「既定の」ものである。特定の化学及び/又は立体化学の特徴を意図的に生成するように制御されていないプロセスを通じて偶然生成されたため、ある特定のオリゴヌクレオチドを含有する可能性がある組成物は、「既定の」組成物ではない。いくつかの実施形態では、既定の組成物は、意図的に再現され得るものである(例えば、制御されたプロセスの反復による)。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの既定のレベルは、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの絶対量、及び/又は相対量(比、パーセンテージ等)が制御されることを意味する。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの既定のレベルは、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの調製により達成される。
保護基:用語「保護基」は、本明細書で使用する場合、当技術分野で公知であり、全体が参照により本明細書に組み込まれるP Organic Synthesis,T. W. Greene and P. G. M. Wuts,3rd edition,John Wiley & Sons,1999のProtecting Groupsで詳細に説明されているものを含む。チャプター2の全体が参照により本明細書に組み込まれるSerge L. Beaucage et al. 06/2012によって編集されたCurrent Protocols in Nucleic Acid Chemistryで説明されているヌクレオシド及びヌクレオチド化学に特別に適合されたそれらの保護基も含まれる。好適なアミノ-保護基として、カルバミン酸メチル、カルバミン酸(carbamante)エチル、カルバミン酸9-フルオレニルメチル(Fmoc)、カルバミン酸9-(2-スルホ)フルオレニルメチル、カルバミン酸9-(2,7-ジブロモ)フルオロエニルメチル、カルバミン酸2,7-ジ-t-ブチル-[9-(10,10-ジオキソ-10,10,10,10-テトラヒドロチオキサンチル)]メチル(DBD-Tmoc)、カルバミン酸4-メトキシフェナシル(Phenoc)、カルバミン酸2,2,2-トリクロロエチル(Troc)、カルバミン酸2-トリメチルシリルエチル(Teoc)、カルバミン酸2-フェニルエチル(hZ)、カルバミン酸1-(1-アダマンチル)-1-メチルエチル(Adpoc)、カルバミン酸1,1-ジメチル-2-ハロエチル、カルバミン酸1,1-ジメチル-2,2-ジブロモエチル(DB-t-BOC)、カルバミン酸1,1-ジメチル-2,2,2-トリクロロエチル(TCBOC)、カルバミン酸1-メチル-1-(4-ビフェニルイル)エチル(Bpoc)、カルバミン酸1-(3,5-ジ-t-ブチルフェニル)-1-メチルエチル(t-Bumeoc)、カルバミン酸2-(2’-及び4’-ピリジル)エチル(Pyoc)、カルバミン酸2-(N,N-ジシクロヘキシルカルボキサミド)エチル、カルバミン酸t-ブチル(BOC)、カルバミン酸1-アダマンチル(Adoc)、カルバミン酸ビニル(Voc)、カルバミン酸アリル(Alloc)、カルバミン酸1-イソプロピルアリル(Ipaoc)、カルバミン酸シンナミル(Coc)、カルバミン酸4-ニトロシンナミル(Noc)、カルバミン酸8-キノリル、カルバミン酸N-ヒドロキシピペリジニル、カルバミン酸アルキルジチオ、カルバミン酸ベンジル(Cbz)、カルバミン酸p-メトキシベンジル(Moz)、カルバミン酸p-ニトベンジル(nitobenzyl)、カルバミン酸p-ブロモベンジル、カルバミン酸p-クロロベンジル、カルバミン酸2,4-ジクロロベンジル、カルバミン酸4-メチルスルフィニルベンジル(Msz)、カルバミン酸9-アントリルメチル、カルバミン酸ジフェニルメチル、カルバミン酸2-メチルチオエチル、カルバミン酸2-メチルスルホニルエチル、カルバミン酸2-(p-トルエンスルホニル)エチル、カルバミン酸[2-(1,3-ジチアニル)]メチル(Dmoc)、カルバミン酸4-メチルチオフェニル(Mtpc)、カルバミン酸2,4-ジメチルチオフェニル(Bmpc)、カルバミン酸2-ホスホニオエチル(Peoc)、カルバミン酸2-トリフェニルホスホニオイソプロピル(Ppoc)、カルバミン酸1,1-ジメチル-2-シアノエチル、カルバミン酸m-クロロ-p-アシルオキシベンジル、カルバミン酸p-(ジヒドロキシボリル)ベンジル、カルバミン酸5-ベンゾイソオキサゾリルメチル、カルバミン酸2-(トリフルオロメチル)-6-クロモニルメチル(Tcroc)、カルバミン酸m-ニトロフェニル、カルバミン酸3,5-ジメトキシベンジル、カルバミン酸o-ニトロベンジル、カルバミン酸3,4-ジメトキシ-6-ニトロベンジル、カルバミン酸フェニル(o-ニトロフェニル)メチル、フェノチアジニル-(10)-カルボニル誘導体、N’-p-トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、N’-フェニルアミノチオカルボニル誘導体、カルバミン酸t-アミル、チオカルバミン酸S-ベンジル、カルバミン酸p-シアノベンジル、カルバミン酸シクロブチル、カルバミン酸シクロヘキシル、カルバミン酸シクロペンチル、カルバミン酸シクロプロピルメチル、カルバミン酸p-デシルオキシベンジル、カルバミン酸2,2-ジメトキシカルボニルビニル、カルバミン酸o-(N,N-ジメチルカルボキサミド)ベンジル、カルバミン酸1,1-ジメチル-3-(N,N-ジメチルカルボキサミド)プロピル、カルバミン酸1,1-ジメチルプロピニル、カルバミン酸ジ(2-ピリジル)メチル、カルバミン酸2-フラニルメチル、カルバミン酸2-ヨードエチル、カルバミン酸イソボルニル(isoborynl)、カルバミン酸イソブチル、カルバミン酸イソニコチニル、カルバミン酸p-(p’-メトキシフェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸1-メチルシクロブチル、カルバミン酸1-メチルシクロヘキシル、カルバミン酸1-メチル-1-シクロプロピルメチル、カルバミン酸1-メチル-1-(3,5-ジメトキシフェニル)エチル、カルバミン酸1-メチル-1-(p-フェニルアゾフェニル)エチル、カルバミン酸1-メチル-1-フェニルエチル、カルバミン酸1-メチル-1-(4-ピリジル)エチル、カルバミン酸フェニル、カルバミン酸p-(フェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸2,4,6-トリ-t-ブチルフェニル、カルバミン酸4-(トリメチルアンモニウム)ベンジル、カルバミン酸2,4,6-トリメチルベンジル、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、3-フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、3-ピリジルカルボキサミド、N-ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、p-フェニルベンズアミド、o-ニトフェニルアセトアミド、o-ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド,(N’-ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ)アセトアミド、3-(p-ヒドロキシフェニル)プロパンアミド、3-(o-ニトロフェニル)プロパンアミド、2-メチル-2-(o-ニトロフェノキシ)プロパンアミド、2-メチル-2-(o-フェニルアゾフェノキシ)プロパンアミド、4-クロロブタンアミド、3-メチル-3-ニトロブタンアミド、o-ニトロシンアミド、N-アセチルメチオニン誘導体、o-ニトロベンズアミド、o-(ベンゾイルオキシメチル)ベンズアミド、4,5-ジフェニル-3-オキサゾリン-2-オン、N-フタルイミド、N-ジチアスクシンイミド(Dts)、N-2,3-ジフェニルマレイミド、N-2,5-ジメチルピロール、N-1,1,4,4-テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加体(STABASE)、5-置換1,3-ジメチル-1,3,5-トリアザシクロヘキサン-2-オン、5-置換1,3-ジベンジル-1,3,5-トリアザシクロヘキサン-2-オン、1-置換3,5-ジニトロ-4-ピリドン、N-メチルアミン、N-アリルアミン、N-[2-(トリメチルシリル)エトキシ]メチルアミン(SEM)、N-3-アセトキシプロピルアミン、N-(1-イソプロピル-4-ニトロ-2-オキソ-3-ピロオリン(pyroolin)-3-イル)アミン、四級アンモニウム塩、N-ベンジルアミン、N-ジ(4-メトキシフェニル)メチルアミン、N-5-ジベンゾスベリルアミン、N-トリフェニルメチルアミン(Tr)、N-[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル]アミン(MMTr)、N-9-フェニルフルオレニルアミン(PhF)、N-2,7-ジクロロ-9-フルオレニルメチレンアミン、N-フェロセニルメチルアミノ(Fcm)、N-2-ピコリルアミノN’-オキシド、N-1,1-ジメチルチオメチレンアミン、N-ベンジリデンアミン、N-p-メトキシベンジリデンアミン、N-ジフェニルメチレンアミン、N-[(2-ピリジル)メシチル]メチレンアミン、N-(N’,N’-ジメチルアミノメチレン)アミン、N,N’-イソプロピリデンジアミン、N-p-ニトロベンジリデンアミン、N-サリシリデンアミン、N-5-クロロサリシリデンアミン、N-(5-クロロ-2-ヒドロキシフェニル)フェニルメチレンアミン、N-シクロヘキシリデンアミン、N-(5,5-ジメチル-3-オキソ-1-シクロヘキセニル)アミン、N-ボラン誘導体、N-ジフェニルボリン酸誘導体、N-[フェニル(ペンタカルボニルクロム-又はタングステン)カルボニル]アミン、N-銅キレート化合物、N-亜鉛キレート化合物、N-ニトロアミン、N-ニトロソアミン、アミンN-オキシド、ジフェニルホスフィンアミド(Dpp)、ジメチルチオホスフィンアミド(Mpt)、ジフェニルチオホスフィンアミド(Ppt)、ジアルキルホスホロアミド酸、ホスホロアミド酸ジベンジル、ホスホロアミド酸ジフェニル、ベンゼンスルフェンアミド、o-ニトロベンゼンスルフェンアミド(Nps)、2,4-ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、2-ニトロ-4-メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、3-ニトロピリジンスルフェンアミド(Npys)、p-トルエンスルホンアミド(Ts)、ベンゼンスルホンアミド、2,3,6,-トリメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mtr)、2,4,6-トリメトキシベンゼンスルホンアミド(Mtb)、2,6-ジメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Pme)、2,3,5,6-テトラメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mte)、4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mbs)、2,4,6-トリメチルベンゼンスルホンアミド(Mts)、2,6-ジメトキシ-4-メチルベンゼンスルホンアミド(iMds)、2,2,5,7,8-ペンタメチルクロマン-6-スルホンアミド(Pmc)、メタンスルホンアミド(Ms)、β-トリメチルシリルエタンスルホンアミド(SES)、9-アントラセンスルホンアミド、4-(4’,8’-ジメトキシナフチルメチル)ベンゼンスルホンアミド(DNMBS)、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド、及びフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
好適に保護されたカルボン酸として、シリル-、アルキル-、アルケニル-、アリール-、及びアリールアルキル保護されたカルボン酸がさらに挙げられるが、これらに限定されない。好適なシリル基の例として、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリル等が挙げられる。好適なアルキル基の例として、メチル、ベンジル、p-メトキシベンジル、3,4-ジメトキシベンジル、トリチル、t-ブチル、テトラヒドロピラン-2-イルが挙げられる。好適なアルケニル基の例として、アリルが挙げられる。好適なアリール基の例として、任意選択的に置換されたフェニル、ビフェニル、又はナフチルが挙げられる。好適なアリールアルキル基の例として、任意選択的に置換されたベンジル(例えば、p-メトキシベンジル(MPM)、3,4-ジメトキシベンジル、O-ニトロベンジル、p-ニトロベンジル、p-ハロベンジル、2,6-ジクロロベンジル、p-シアノベンジル)、並びに2-及び4-ピコリルが挙げられる。
好適なヒドロキシル保護基として、メチル、メトキシルメチル(MOM)、メチルチオメチル(MTM)、t-ブチルチオメチル,(フェニルジメチルシリル)メトキシメチル(SMOM)、ベンジルオキシメチル(BOM)、p-メトキシベンジルオキシメチル(PMBM)、(4-メトキシフェノキシ)メチル(p-AOM)、グアヤコールメチル(GUM)、t-ブトキシメチル、4-ペンテニルオキシメチル(POM)、シロキシメチル、2-メトキシエトキシメチル(MEM)、2,2,2-トリクロロエトキシメチル、ビス(2-クロロエトキシ)メチル、2-(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEMOR)、テトラヒドロピラニル(THP)、3-ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、1-メトキシシクロヘキシル、4-メトキシテトラヒドロピラニル(MTHP)、4-メトキシテトラヒドロチオピラニル、4-メトキシテトラヒドロチオピラニル S,S-ジオキシド、1-[(2-クロロ-4-メチル)フェニル]-4-メトキシピペリジン-4-イル(CTMP)、1,4-ジオキサン-2-イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、2,3,3a,4,5,6,7,7a-オクタヒドロ-7,8,8-トリメチル-4,7-メタノベンゾフラン-2-イル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、1-メチル-1-メトキシエチル、1-メチル-1-ベンジルオキシエチル、1-メチル-1-ベンジルオキシ-2-フルオロエチル、2,2,2-トリクロロエチル、2-トリメチルシリルエチル、2-(フェニルセレニル)エチル、t-ブチル、アリル、p-クロロフェニル、p-メトキシフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、p-メトキシベンジル、3,4-ジメトキシベンジル、o-ニトロベンジル、p-ニトロベンジル、p-ハロベンジル、2,6-ジクロロベンジル、p-シアノベンジル、p-フェニルベンジル、2-ピコリル、4-ピコリル、3-メチル-2-ピコリルN-オキシド、ジフェニルメチル、p,p’-ジニトロベンズヒドリル、5-ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α-ナフチルジフェニルメチル、p-メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ(p-メトキシフェニル)フェニルメチル、トリ(p-メトキシフェニル)メチル、4-(4’-ブロモフェナシルオキシフェニル)ジフェニルメチル、4,4’,4’’-トリス(4,5-ジクロロフタルイミドフェニル)メチル、4,4’,4’’-トリス(レブリノイルオキシフェニル)メチル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシフェニル)メチル、3-(イミダゾル-1-イル)ビス(4’,4’’-ジメトキシフェニル)メチル、1,1-ビス(4-メトキシフェニル)-1’-ピレニルメチル、9-アントリル、9-(9-フェニル)キサンテニル、9-(9-フェニル-10-オキソ)アントリル、1,3-ベンゾジチオラン-2-イル、ベンゾイソチアゾリルS,S-ジオキシド、トリメチルシリル(TMS)、トリエチルシリル(TES)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル(IPDMS)、ジエチルイソプロピルシリル(DEIPS)、ジメチルテキシルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ-p-キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル(DPMS)、t-ブチルメトキシフェニルシリル(TBMPS)、ギ酸塩、ベンゾイルギ酸塩、酢酸塩、クロロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩、トリクロロ酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メトキシ酢酸塩、トリフェニルメトキシ酢酸塩、フェノキシ酢酸塩、p-クロロフェノキシ酢酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、4-オキソペンタン酸塩(レブリナート)、4,4-(エチレンジチオ)ペンタン酸塩(レブリノイルジチオアセタール)、ピバロアート、アダマノアート、クロトナート、4-メトキシクロトナート、安息香酸塩、p-フェニル安息香酸塩、2,4,6-トリメチル安息香酸塩(メシトアート)、炭酸アルキルメチル、炭酸9-フルオレニルメチル(Fmoc)、炭酸アルキルエチル、炭酸アルキル2,2,2-トリクロロエチル(Troc)、炭酸2-(トリメチルシリル)エチル(TMSEC)、炭酸2-(フェニルスルホニル)エチル(Psec)、炭酸2-(トリフェニルホスホニオ)エチル(Peoc)、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルp-ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルp-メトキシベンジル、炭酸アルキル3,4-ジメトキシベンジル、炭酸アルキルo-ニトロベンジル、炭酸アルキルp-ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルS-ベンジル、炭酸4-エトキシ-1-ナフトチル(napththyl)、ジチオ炭酸メチル、2-ヨードベンゾアート、4-アジドブチラート、4-ニトロ-4-メチルペンタノアート、o-(ジブロモメチル)ベンゾアート、2-ホルミルベンゼンスルホナート、2-(メチルチオメトキシ)エチル、4-(メチルチオメトキシ)ブチラート、2-(メチルチオメトキシメチル)ベンゾアート、2,6-ジクロロ-4-メチルフェノキシアセタート、2,6-ジクロロ-4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシアセタート、2,4-ビス(1,1-ジメチルプロピル)フェノキシアセタート、クロロジフェニルアセタート、イソブチラート、モノスクシナート、(E)-2-メチル-2-ブテノアート、o-(メトキシカルボニル)ベンゾアート、α-ナフトアート、ニトラート、アルキルN,N,N’,N’-テトラメチルホスホロジアミダート、N-フェニルカルバミン酸アルキル、ボラート、ジメチルホスフィノチオイル、2,4-ジニトロフェニルスルフェン酸アルキル、スルファート、メタンスルホン酸塩(メシラート)、ベンジルスルホナート、トシラート(Ts)が挙げられる。1,2-又は1,3-ジオールを保護するために、保護基として、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、1-t-ブチルエチリデンケタール、1-フェニルエチリデンケタール、(4-メトキシフェニル)エチリデンアセタール、2,2,2-トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、p-メトキシベンジリデンアセタール、2,4-ジメトキシベンジリデンケタール、3,4-ジメトキシベンジリデンアセタール、2-ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、1-メトキシエチリデンオルトエステル、1-エトキシエチリデンオルトエステル、1,2-ジメトキシエチリデンオルトエステル、α-メトキシベンジリデンオルトエステル、1-(N,N-ジメチルアミノ)エチリデン誘導体、α-(N,N’-ジメチルアミノ)ベンジリデン誘導体、2-オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ-t-ブチルシリレン基(DTBS)、1,3-(1,1,3,3-テトライソプロピルジシロキサニリデン)誘導体(TIPDS)、テトラ-t-ブトキシジシロキサン-1,3-ジイリデン誘導体(TBDS)、環式カルボナート、環式ボロナート、ボロン酸エチル、及びボロン酸フェニルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、t-ブチル、tブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、2-トリメチルシリルエチル、p-クロロフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p-フェニルベンゾイル、2,6-ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p-ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’-ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフィウオロアセチル(trifiuoroacetyl)、ピバロイル、炭酸9-フルオレニルメチル、メシラート、トシラート、トリフラート、トリチル、モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’-ジメトキシトリチル、(DMTr)及び4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、2-シアノエチル(CE又はCne)、2-(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2-(2-ニトロフェニル)エチル、2-(4-シアノフェニル)エチル 2-(4-ニトロフェニル)エチル(NPE)、2-(4-ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5-ジクロロフェニル、2,4-ジメチルフェニル、2-ニトロフェニル、4-ニトロフェニル、2,4,6-トリメチルフェニル、2-(2-ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、2-(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2-(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9-フェニルキサンテン-9-イル(ピクシル)、又は9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)である。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、及び4,4’-ジメトキシトリチルから選択される。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチル、及び4,4’-ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、リン結合保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体にわたってリン結合(例えば、ヌクレオチド間結合)に結合する基である。いくつかの実施形態では、保護基は、ホスホロチオエート基の硫黄原子に結合する。いくつかの実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間リン結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、保護基は、2-シアノエチル(CE若しくはCne)、2-トリメチルシリルエチル、2-ニトロエチル、2-スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o-ニトロベンジル、2-(p-ニトロフェニル)エチル(NPE若しくはNpe)、2-フェニルエチル、3-(N-tert-ブチルカルボキサミド)-1-プロピル、4-オキソペンチル、4-メチルチオ-l-ブチル、2-シアノ-1,1-ジメチルエチル、4-N-メチルアミノブチル、3-(2-ピリジル)-1-プロピル、2-[N-メチル-N-(2-ピリジル)]アミノエチル、2-(N-ホルミル,N-メチル)アミノエチル、又は4-[N-メチル-N-(2,2,2-トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。
対象:本明細書で使用する場合、用語「対象」又は「試験対象」は、化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)又は組成物が、本開示に従って、例えば、実験、診断、予防、及び/又は治療のために投与される任意の生物体を指す。典型的な対象として、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒト等の哺乳動物;昆虫;寄生虫等)、及び植物が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害及び/又は状態に罹患している場合があり、及び/又はそれになりやすい場合がある。
実質的に:本明細書で使用する場合、用語「実質的に」は、目的の特徴又は特性の全体的な又はほぼ全体的な範囲又は程度を示す定性的条件を指す。第2の配列と実質的に同一であるか又は相補的な塩基配列は、第2の配列と完全に同一ではないか又は相補的ではないが、第2の配列と大部分又はほぼ同一であるか又は相補的である。いくつかの実施形態では、別のオリゴヌクレオチド又は核酸と実質的に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドは、完全に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドと同様の様式でオリゴヌクレオチド又は核酸と二重鎖を形成する。加えて、生物学及び/又は化学分野の当業者は、生物学的及び化学的事象が完了に到り及び/又は完全になるまで進行するか、又は絶対的な結果を達成若しくは回避することが、たとえあったとしても極めて稀であることを理解するであろう。従って、本明細書で使用される用語「実質的に」は、多くの生物学的及び/又は化学的事象に固有の完全性の潜在的欠如をとらえるために使用される。
糖:用語「糖」は、閉鎖型及び/又は開放型の単糖又は多糖を指す。いくつかの実施形態では、糖は、単糖類である。いくつかの実施形態では、糖は、多糖類である。糖として、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、及びヘキソピラノース部分が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用する場合、用語「糖」は、グリコール、核酸類似体の骨格を形成するポリマー、グリコール核酸(「GNA」)等の、従来の糖分子の代わりに使用される構造的類似体も包含する。本明細書で使用する場合、用語「糖」は、修飾された糖及びヌクレオチド糖等の、天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体も包含する。いくつかの実施形態では、糖は、RNA又はDNA糖(リボース又はデオキシリボース)である。いくつかの実施形態では、糖は、修飾されたリボース又はデオキシリボース糖(例えば、2’-修飾、5’-修飾等)である。本明細書で記載される通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び/又は核酸において使用されるとき、修飾された糖は、1つ又は複数の所望の特性、活性等を提供し得る。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、「糖」は、オリゴヌクレオチド又は核酸における糖単位を指す。
なりやすい:疾患、障害、及び/又は状態に「なりやすい」個体は、一般の個体よりも疾患、障害、及び/又は状態を発症するリスクが高い個体である。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態を有する素因を有する。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態と診断されていない場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態の症状を示す場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態の症状を示さない場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態を発症することになる。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び/又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び/又は状態を発症しないことになる。
治療剤:本明細書で使用する場合、用語「治療剤」は一般に、対象に投与されるときに所望の効果(例えば、所望の生物学的、臨床的、又は薬理学的効果)を誘発する任意の薬剤を指す。いくつかの実施形態では、薬剤は、それが適切な集団全体にわたって統計的に有意な効果を示す場合には、治療剤であるとみなされる。いくつかの実施形態では、適切な集団は、疾患、障害、又は状態に罹患している及び/又はそれになりやすい対象の集団である。いくつかの実施形態では、適切な集団は、モデル生物の集団である。いくつかの実施形態では、適切な集団は、療法を受ける前に、年齢群、性別、遺伝的背景、既存の臨床状態等の1つ又は複数の判断基準によって定義され得る。いくつかの実施形態では、治療剤は、有効量で対象に投与されるときに、対象の疾患、障害、及び/又は状態の1つ又は複数の症状又は特徴を軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び/又はその発生率を減少させる物質である。いくつかの実施形態では、「治療剤」は、それがヒトへの投与のために上市され得る前に政府機関によって承認されているか又は承認されることが要求されている薬剤である。いくつかの実施形態では、「治療剤」は、処方箋がヒトへの投与のために要求される薬剤である。いくつかの実施形態では、治療剤は、提供される化合物であり、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドである。
治療有効量:本明細書で使用する場合、用語「治療有効量」は、治療レジメンの一部として投与されるときに所望の生物学的応答を誘発する物質(例えば、治療剤、組成物、及び/又は製剤)の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害、及び/又は状態に罹患しているか又はそれになりやすい対象に投与されるときに、疾患、障害、及び/又は状態を処置し、診断し、予防し、及び/又はその発症を遅らせるのに十分な量である。当業者によって理解される通り、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達されることになる物質、標的細胞又は組織等のような要因に応じて変動し得る。例えば、疾患、障害、及び/又は状態を処置するための製剤中の化合物の有効量は、疾患、障害、及び/又は状態の1つ又は複数の症状又は特徴を軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び/又はその発生率を減少させる量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、単一用量で投与され:いくつかの実施形態では、複数単位の用量は、治療有効量を送達するために必要となる。
処置する:本明細書で使用する場合、用語「処置する」、「処置」、又は「処置すること」は、疾患、障害、及び/又は状態の1つ又は複数の症状又は特徴を部分的に又は完全に軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び/又はその発生率を減少させるために使用される任意の方法を指す。処置は、疾患、障害、及び/又は状態の徴候を示さない対象に施され得る。いくつかの実施形態では、処置は、例えば、疾患、障害、及び/又は状態と関連する病変を発症するリスクを減少させるために、疾患、障害、及び/又は状態の極めて早期の徴候を示す対象に施されてもよい。
不飽和:用語「不飽和」は、本明細書で使用する場合、部分が1つ又は複数の単位の不飽和を有することを意味する。
野生型:本明細書で使用する場合、用語「野生型」は、その当技術分野で理解される意味を有し、これは、「正常な」(変異体、病気、変化等とは対照的に)状態又は状況で天然に見出される通りの構造及び/又は活性を有する実体を指す。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが、複数の異なる形態(例えば、アレル)において存在する場合が多いことを理解するであろう。
当業者が理解する通り、提供される化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)に関連する本明細書で説明されている方法及び組成物は一般に、そのような化合物の薬学的に許容される塩にも適用される。
ある特定の実施形態の説明
オリゴヌクレオチドは、様々な治療、診断、及び研究適用に有用である。天然に存在する核酸の使用は、例えば、エンド-及びエキソ-ヌクレアーゼに対するそれらの感受性によって限定される。そのため、様々な合成対応物は、これらの欠点を回避し及び/又は様々な特性及び活性をさらに改善させるために開発されている。これらは、特に、これらの分子の分解に対する感受性を少なくし、他の特性及び/又は活性を改善する化学修飾(例えば、塩基修飾、糖修飾、骨格修飾等)を含有する合成オリゴヌクレオチドを含む。
オリゴヌクレオチドは、様々な治療、診断、及び研究適用に有用である。天然に存在する核酸の使用は、例えば、エンド-及びエキソ-ヌクレアーゼに対するそれらの感受性によって限定される。そのため、様々な合成対応物は、これらの欠点を回避し及び/又は様々な特性及び活性をさらに改善させるために開発されている。これらは、特に、これらの分子の分解に対する感受性を少なくし、他の特性及び/又は活性を改善する化学修飾(例えば、塩基修飾、糖修飾、骨格修飾等)を含有する合成オリゴヌクレオチドを含む。
構造的な観点から、ヌクレオチド間結合に対する修飾は、キラリティーを導入し得、ある特定の特性及び活性は、オリゴヌクレオチドの結合リン原子の配置によって影響され得る。例えば、結合親和性、相補的RNAに対する配列特異的結合、ヌクレアーゼに対する安定性、活性、送達、薬物動態等は、とりわけ骨格結合リン原子のキラリティーによって影響され得る。
特に、本開示は、様々な構造的要素(例えば、糖修飾及びそのパターン、核酸塩基修飾及びそのパターン、修飾されたヌクレオチド間結合及びそのパターン、結合リンの立体化学及びそのパターン、追加の化学的部分(通常、オリゴヌクレオチド鎖中にない部分)及びそのパターン等)を制御するための技術を利用する。オリゴヌクレオチドの構造的要素を完全に制御する能力により、本開示は、例えば、治療剤、プローブ等としての様々な適用のために改善された及び/又は新規の特性及び/又は活性を有するオリゴヌクレオチドを提供する。例えば、本明細書で実証される通り、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、標的核酸中の標的アデノシンを編集して、いくつかの実施形態では、AをIに変換することによってGからAへの変異を補正するのに特に強力である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、核酸(例えば、DNA、プレmRNA、mRNA等)の4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60個、典型的には15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60個、又はより多くの連続した塩基と同一であるか又は完全に若しくは実質的に相補的である配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、1つ又は複数の標的アデノシンを含む標的核酸である。いくつかの実施形態では、標的核酸は、ただ1つの標的アデノシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸とハイブリダイズし得る。いくつかの実施形態では、そのようなハイブリダイゼーションは、核酸又はその産物において、例えば、ADAR1、ADAR2等によるAの修飾(例えば、AからIへの変換)を促進する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されているオリゴヌクレオチド又は核酸(例えば、表中のもの)の約10~40、約15~40、約20~40、又は少なくとも27、少なくとも28、少なくとも29、少なくとも30、少なくとも31、少なくとも32、少なくとも33、少なくとも34個の連続した塩基であるか若しくはそれを含む塩基配列、又は本明細書で開示されている標的RNA配列遺伝子、転写物等と相補的な配列を有しており、各Tは、任意選択的に且つ独立して、Uで置き換えら得、逆もまた同じである。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示されている通りの(例えば、表中の)オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸(例えば、RNA)中のヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の部位特異的編集のための一本鎖オリゴヌクレオチドである。
本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合(非天然のリン結合)を含有し得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、結合リンがキラルであるキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の負に荷電したヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合等)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラルに純粋(又は「立体的に純粋」、「立体化学的に純粋」)であり、オリゴヌクレオチドは、単一の立体異性形態として存在する(多くの場合、複数のキラル中心がオリゴヌクレオチド中で、例えば、結合リン、糖、炭素等で存在し得るため、単一のジアステレオ異性(又は「ジアステレオマーの」)形態)。当業者によって理解される通り、キラルに純粋なオリゴヌクレオチドは、その他の立体異性形態から分離される(化学的及び生物学的プロセス、選択性及び/又は精製等は、たとえあったとしても、絶対的に完全であることは稀であるため、いくつかの不純物が存在する可能性がある程度まで分離される)。キラルに純粋なオリゴヌクレオチドにおいて、各キラル中心は、独立して、その配置に関して定義される(キラルに純粋なオリゴヌクレオチドに関して、各ヌクレオチド間結合は、独立して、立体的に規制されるか、又はキラル制御される)。立体的に規制された結合リンを含むキラル制御され且つキラルに純粋なオリゴヌクレオチドとは対照的に、例えば、従来の硫化(立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合を生成する)と組み合わせたカップリング工程の間に立体化学的制御を伴わない従来のホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成に由来するキラル結合リンを含むラセミ(又は「立体的に不規則な」、「キラル制御されない」)オリゴヌクレオチドは、様々な立体異性体の不規則な混合物を指す(典型的には、複数のキラル中心がオリゴヌクレオチド中にあるため、ジアステレオ異性体(又は「ジアステレオマー」);例えば、ヌクレオチド及び結合リンにおけるもの以外にキラル元素を含有しない試薬を使用する従来のオリゴヌクレオチド調製に由来する)。例えば、A*A*Aに関して(*は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合(キラル結合リンを含む)である)、ラセミオリゴヌクレオチドの調製は、4種のジアステレオマー[22=4、2つのキラル結合リンを考慮して、その各々は、2種の配置(Sp又はRp)のいずれかにおいて存在し得る]:A*S A*S A、A*S A*R A、A*R A*S A、及びA*R A*R A(*Sは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を表し、*Rは、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を表す)を含む。キラルに純粋なオリゴヌクレオチド(例えば、A*S A*S A)に関して、このオリゴヌクレオチドは、単一の立体異性形態で存在し、且つこのオリゴヌクレオチドは、他の立体異性体(例えば、ジアステレオマーA*S A*R A、A*R A*S A、及びA*R A*R A)から分離される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はより多くの立体的に不規則なヌクレオチド間結合(ヌクレオチド間結合でのRp及びSp結合リンの混合物、例えば、従来のキラル制御されないオリゴヌクレオチド合成に由来する)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1~60、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60個、又はより多く)のキラル制御されたヌクレオチド間結合(ヌクレオチド間結合でのRp又はSp結合リン、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成に由来する)を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
特に、本開示は、キラル制御された(いくつかの実施形態では、立体化学的に純粋な)オリゴヌクレオチドを調製するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%、又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%が立体化学的に純粋である。
いくつかの実施形態では、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則であるか又はキラル制御されない。いくつかの実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドにおいてキラル制御されたヌクレオチド間結合はない。いくつかの実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合は、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド中の1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である(キラル制御されない)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド中のキラル結合リンを含む各ヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、並びに同じ塩基及び糖修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、並びに同じ塩基、糖、及びヌクレオチド間結合修飾を共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成のオリゴヌクレオチドを含み、1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である(キラル制御されない)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成のオリゴヌクレオチドを含み、キラルリン結合リンを含む各ヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物を調製し、評価し、及び/又は利用するための技術を提供する。
本開示において使用される通り、いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、1~200、1~150、1~100、1~90、1~80、1~70、1~60、1~50、1~40、1~30であるか、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、若しくは60である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、1である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、2である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、3である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、4である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、5である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、6である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、7である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、8である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、9である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、10である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも1である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも2である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも3である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも4である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも5である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも6である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも7である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも8である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも9である。いくつかの実施形態では、「1又は複数」は、少なくとも10である。
本開示において使用される通り、いくつかの実施形態では、「少なくとも1」は、1又は複数である。
例として、変数(例えば、R、RL、L等)に関して、様々な実施形態が説明されている。変数(例えばR)に関して説明されている実施形態は、一般に、そのような変数であり得る全ての変数(例えば、R’、R’’、RL、RL1等)に適用可能である。
オリゴヌクレオチド
特に、本開示は、様々な設計のオリゴヌクレオチドを提供し、これらは、本開示で説明されている通りの様々な核酸塩基及びそのパターン、糖及びそのパターン、ヌクレオチド間結合及びそのパターン、及び/又は追加の化学的部分及びそのパターンを含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸においてAからIへの編集を誘導し得る。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、標的RNA配列中のアデノシンの部位特異的な編集(AからIへの変換)の能力がある一本鎖オリゴヌクレオチドである。
特に、本開示は、様々な設計のオリゴヌクレオチドを提供し、これらは、本開示で説明されている通りの様々な核酸塩基及びそのパターン、糖及びそのパターン、ヌクレオチド間結合及びそのパターン、及び/又は追加の化学的部分及びそのパターンを含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸においてAからIへの編集を誘導し得る。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、標的RNA配列中のアデノシンの部位特異的な編集(AからIへの変換)の能力がある一本鎖オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、好適な長さ及び標的核酸と特異的にハイブリダイズするのに相補的な配列のものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、十分な長さであり、且つオフターゲット効果を減少させるために他の核酸から標的核酸を区別するために標的核酸と十分に相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、送達を容易にし、製造の複雑さ及び/又はコストを低減するために十分に短く、所望の特性及び活性(例えば、アデノシンの編集)を維持する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約10~200個(例えば、約10~20、10~30、10~40、10~50、10~60、10~70、10~80、10~90、10~100、10~120、10~150、20~30、20~40、20~50、20~60、20~70、20~80、20~90、20~100、20~120、20~150、20~200、25~30、25~40、25~50、25~60、25~70、25~80、25~90、25~100、25~120、25~150、25~200、30~40、30~50、30~60、30~70、30~80、30~90、30~100、30~120、30~150、30~200、10、20、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、60個等)の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、約10~60の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約15~50の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約15~約35の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約25~約34の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約26~約35の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約27~約32の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約29~約35の核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、又は60の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、35の核酸塩基長であるか、又は少なくとも35の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、34の核酸塩基長であるか、又は少なくとも34の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、33の核酸塩基長であるか、又は少なくとも33の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、32の核酸塩基長であるか、又は少なくとも32の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、31の核酸塩基長であるか、又は少なくとも31の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、30の核酸塩基長であるか、又は少なくとも30の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、29の核酸塩基長さであるか、又は少なくとも29の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、28の核酸塩基長であるか、又は少なくとも28の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、27の核酸塩基長であるか、又は少なくとも27の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、26の核酸塩基長であるか、又は少なくとも26の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、二重鎖中の相補的部分の塩基配列は、少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、16、27、28、29、30、31、32、33、34、35、又はより多くの核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも18の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも19の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも20の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも21の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも22の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも23の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも24の核酸塩基長である。いくつかの他の実施形態では、この塩基配列は、少なくとも25の核酸塩基長である。特に、本開示は、以前に報告されたアデノシン編集オリゴヌクレオチドと比較して、同等の若しくはより良好な特性及び/又は同等の若しくはより高い活性であるがより短い長さのオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のワトソン-クリック塩基対(AT、AU、及びCG)ではないミスマッチを伴って標的核酸の塩基配列と相補的(例えば、標的アデノシンを含む標的核酸の一部と相補的)である。いくつかの実施形態では、ミスマッチはない。いくつかの実施形態では、1個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、2個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、3個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、4個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、5個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、6個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、7個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、8個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、9個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、10個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、相補性のために設計されていない部分を含有してもよい(例えば、ループ、タンパク質結合配列等、タンパク質、例えば、ADARのリクルートのため)。当業者が理解する通り、ミスマッチ及び/又は相補性を計算するとき、そのような部分は適切に除外され得る。いくつかの実施形態では、相補性(例えば、オリゴヌクレオチドと標的核酸の間の相補性)は、約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、相補性は、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたり100%である。いくつかの実施形態では、相補性は、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたり標的ヌクレオシド(例えば、アデノシン)と反対側のヌクレオシドを除いて100%である。通常、相補性は、ワトソン-クリック塩基対AT、AU、及びCGに基づく。当業者は、異なる長さの2つの配列(例えば、提供されるオリゴヌクレオチド及び標的核酸)の相補性を評価するとき、相補性は、2つの配列間のより短い配列の長さ及び/又は最大の相補性に適切に基づき得ることを理解するであろう。多くの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び標的核酸は、修飾が標的アデノシン部位に選択的に向けられるように十分な相補性のものである。
いくつかの実施形態では、1個又は複数のミスマッチは、独立して、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、各ミスマッチは、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。いくつかの実施形態では、ゆらぎは、G-U、I-A、G-A、I-U、I-C、I-T、A-A、又は逆向きのA-Tである。いくつかの実施形態では、ゆらぎは、G-U、I-A、G-A、I-U、又はI-Cである。いくつかの実施形態では、I-Cは、Iが標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの3’側のすぐ隣のヌクレオシドであるとき、マッチであると考えられ得る。いくつかの実施形態では、ゆらぎ対を形成する塩基(例えば、G-Uゆらぎを形成し得るU)は、マッチ対(例えば、GとマッチするC)を形成する塩基を置き換え得、且つ編集活性を有するオリゴヌクレオチドを提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない1個又は複数のミスマッチを独立して含む1個又は複数のバルジを含む。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。
いくつかの実施形態では、2つのミスマッチ、ミスマッチ及びオリゴヌクレオチドの一方若しくは両方の端(又はその部分、例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン)、及び/又はミスマッチ及び標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの間の距離は、独立して、0~50、0~40、0~30、0~25、0~20、0~15、0~10(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、又は35個の核酸塩基(ミスマッチ、末端ヌクレオシド、及び標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含まない)であり得る。いくつかの実施形態では、この数は、0~30である。いくつかの実施形態では、この数は、0~20である。いくつかの実施形態では、この数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20である。いくつかの実施形態では、2つのミスマッチ間の距離は、0~20である。いくつかの実施形態では、2つのミスマッチ間の距離は、1~10である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオシドとの間の距離は、0~20である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオシドとの間の距離は、5~20である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの3’末端ヌクレオシドとの間の距離は、0~40である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの3’末端ヌクレオシドとの間の距離は、5~20である。いくつかの実施形態では、ミスマッチと標的アデノシンの反対側のヌクレオシドとの間の距離は、0~20である。いくつかの実施形態では、ミスマッチと標的アデノシンの反対側のヌクレオシドとの間の距離は、1~10である。いくつかの実施形態では、距離に関する核酸塩基の数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。いくつかの実施形態では、この数は、6である。いくつかの実施形態では、この数は、7である。いくつかの実施形態では、この数は、8である。いくつかの実施形態では、この数は、9である。いくつかの実施形態では、この数は、10である。いくつかの実施形態では、この数は、11である。いくつかの実施形態では、この数は、12である。いくつかの実施形態では、この数は、13である。いくつかの実施形態では、この数は、14である。いくつかの実施形態では、この数は、15である。いくつかの実施形態では、この数は、16である。いくつかの実施形態では、この数は、17である。いくつかの実施形態では、この数は、18である。いくつかの実施形態では、この数は、19である。いくつかの実施形態では、この数は、20である。いくつかの実施形態では、ミスマッチは、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、又は第3のサブドメインの末端(例えば、5’-末端又は3’-末端)にある。いくつかの実施形態では、ミスマッチは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドにある。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸においてアデノシン編集(例えば、AからIへの変換)を誘導し得、本明細書で開示されているオリゴヌクレオチドの塩基配列の部分(例えば、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19個、又はより多くの連続した塩基)からなるか、それを含むか、又はそれを含む塩基配列を有し、各Tは、独立して、Uで置き換えられ得、逆もまた同じであり、オリゴヌクレオチドは、塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合の少なくとも1つの天然に存在しない修飾を含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の炭水化物部分を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のGalNAc部分を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の標的化部分を含む。オリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされ得るそのような追加の化学的部分の非限定的な例は、本明細書で説明されている。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的配列又はその産物におけるGからAへの変異の補正を誘導し得る。いくつかの実施形態では、GからAへの変異の補正は、AからIへの変換であるか、又はそれを含み、これは翻訳又は他の生物学的プロセスの間にGとして読まれ得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ADARに媒介される脱アミノ化を介して標的配列又はその産物におけるGからAへの変異の補正を誘導し得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、内在性ADARをリクルートし(例えば、標的細胞において)、ADARに媒介される脱アミノ化を促進することによって、ADARに媒介される脱アミノ化を介して標的配列又はその産物におけるGからAへの変異の補正を誘導し得る。しかしながら、それにも関わらず、本開示は、いずれかの特定の機構に限定されない。いくつかの実施形態では、本開示は、二本鎖RNA干渉、一本鎖RNA干渉、RNA分解酵素Hに媒介されるノックダウン、翻訳の立体障害、ADARに媒介される脱アミノ化、又は2つ以上のそのような機構の組み合わせを介して操作可能なオリゴヌクレオチド、組成物、方法等を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている(例えば、表における)構造的要素又はその部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基配列(又はその部分)を含む塩基配列を有しており、各Tは、独立して、U、本明細書で開示されている(例えば、表若しくは図面における)か又はそれ以外で本明細書で開示されている化学修飾(又はその部分)のパターン、及び/又はオリゴヌクレオチドの形式で置換され得る。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、標的配列、又はその産物におけるGからAへの変異の補正を誘導し得る。
特に、提供されるオリゴヌクレオチドは、その標的核酸(例えば、プレmRNA、成熟mRNA等)にハイブリダイズし得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、プレmRNA又は成熟mRNAを含むがこれらに限定されないRNAプロセシングのいずれかの段階において標的RNA配列の核酸にハイブリダイズし得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、プロモーター領域、エンハンサー領域、転写終止領域、翻訳開始シグナル、翻訳終止シグナル、コード領域、非コード領域、エクソン、イントロン、イントロン/エクソン若しくはエクソン/イントロンジャンクション、5’UTR、又は3’UTRを含むがこれらに限定されないオリゴヌクレオチド核酸の任意の要素又はその相補体にハイブリダイズし得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的部位(例えば、標的配列)のセンス鎖に由来する転写物の2つ以上のバリアントにハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、増加したレベルの1種又は複数種の同位体を含有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、1種又は複数種の元素(例えば、水素、炭素、窒素等)の1種又は複数種の同位体によって標識される。いくつかの実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、組成物の複数のオリゴヌクレオチド)は、塩基修飾、糖修飾、及び/又はヌクレオチド間結合修飾を含み、オリゴヌクレオチドは、濃縮されたレベルの重水素を含有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の位置で重水素によって(-1Hを-2Hに置き換えて)標識される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖又はオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされた任意の部分(例えば、標的化部分等)の1つ又は複数の1Hが、2Hで置換されている。そのようなオリゴヌクレオチドを、本明細書で説明されている組成物及び方法において使用し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている通り、1つ若しくは複数の修飾された核酸塩基、1つ若しくは複数の修飾された糖、及び/又は1つ若しくは複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば、それぞれオリゴヌクレオチド内の全ての核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合の約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等のある特定のレベルの修飾された核酸塩基、修飾された糖、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’-F修飾を有する約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’-F修飾を有する約2~50個(例えば、約2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、2~40、2~30、2~25、2~20、2~15、2~10、3~40、3~30、3~25、3~20、3~15、3~10、4~40、4~30、4~25、4~20、4~15、4~10、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、6~40、6~30、6~25、6~20、6~15、6~10、7~40、7~30、7~25、7~20、7~15、7~10、8~40、8~30、8~25、8~20、8~15、8~10、9~40、9~30、9~25、9~20、9~15、9~10、10~40、10~30、10~25、10~20、10~15個、約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、4個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、6個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、7個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、8個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、9個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、10個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2個以上の2’-F修飾された糖ブロックを含み、2’-F修飾された糖ブロック中の各糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、各2’-F修飾された糖ブロックは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の連続した、本明細書で説明されている通りの2’-F修飾された糖を含むか、又はからなる。いくつかの実施形態では、2個の連続した2’-F修飾された糖ブロックは、独立して、分離ブロックにより分離されており、分離ブロックは、独立して2’-F修飾された糖ではない1つ又は複数の糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-Fブロックと、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の分離ブロックとを含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-Fブロックと、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の分離ブロックとを含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン2’-Fブロックに結合した各第1のドメインブロックは、分離ブロックである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン分離ブロックに結合した各第1のドメインブロックは、第1のドメイン2’-Fブロックである。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-F修飾されていない。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の2つ以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個、又はより多く)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾されていない。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、1つ若しくは複数の二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)、及び/又は1つ若しくは複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、2個以上の2’-F修飾されていない糖は、連続的である。いくつかの実施形態では、2個以上の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)は、連続的である。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個、又はより多く)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個、又はより多く)の連続した2’-ORF修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、各2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe糖又は2’-MOE糖である。いくつかの実施形態では、各2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe糖である。いくつかの実施形態では、各2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-MOE糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の2’-F修飾された糖は、互いに隣接していない。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2’-F修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、各分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、各分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、各分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2’-OMe糖及び2’-MOE修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック及び各分離ブロックは、独立して、1、2、3、4、又は5個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック及び各分離ブロックは、独立して、1、2、又は3個のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、及び二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)から独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約95%である。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-F修飾された糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-F修飾された糖、2’-OMe修飾された糖、及び2’-MOE修飾された糖から独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約95%である。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-F修飾された糖及び2’-OMe修飾された糖から独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約95%である。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、10個以上(例えば、約又は少なくとも約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、若しくは30個、又はより多く、10~50、10~40、10~30、10~25、15~50、15~40、15~30、15~25、20~50、20~40、20~30、20~25個等)の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2個以上(例えば、2~30、2~25、2~20、2~15、3~10、3~30、3~25、3~20、3~15、3~10、4~30、4~25、4~20、4~15、4~10、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個)の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2個以上(例えば、2~30、2~25、2~20、2~15、3~10、3~30、3~25、3~20、3~15、3~10、4~30、4~25、4~20、4~15、4~10、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個)の連続した2’-F修飾された糖をそれぞれ独立して含む1個以上の2’-Fブロックを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数の分離ブロックにより分離された、本明細書で説明されている通りの2個以上の2’-Fブロックを含む。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックは、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックは、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、10個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、9個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、8個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、7個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、6個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、5個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック中の各糖は、2’-F修飾された糖であり、各2’-Fブロックは、独立して、4個以下の2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックに結合した各ブロックは、独立して、2’-F修飾された糖を含まないブロックである。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックに結合した各ブロックは、独立して、中性DNA若しくはRNA糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖を含むブロックである。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックに結合した各ブロックは、独立して、中性DNA若しくはRNA糖、2’-OMe修飾された糖、2’-MOE修飾された糖、又は二環式糖を含むブロックである。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックに結合した各ブロックは、独立して、中性DNA若しくはRNA糖、2’-OMe修飾された糖、2’-MOE修飾された糖を含むブロックである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2’-Fブロックに結合した第1のドメイン中の各ヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2’-Fブロックに結合した第1のドメイン中の各ヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2’-Fブロックに結合した第1のドメイン中の各ヌクレオシドは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の2’-Fブロックに結合した第2のドメイン中の各ヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の2’-Fブロックに結合した第2のドメイン中の各ヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)糖である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の2’-Fブロックに結合した第2のドメイン中の各ヌクレオシドは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約95%である。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約又は少なくとも約95%である。
いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、全ての糖の約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等は、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、最初(5’末端)の1つ又はいくつかの(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、若しくは1~10、1~9、1~8、1~7、1~6、1~5、1~4、1~3、2~10、2~9、2~8、2~7、2~6、2~5、2~4、2~3、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、3~5、3~4個等)のヌクレオシド、及び/又は最後(3’末端)の1つ又はいくつかの(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、若しくは1~10、1~9、1~8、1~7、1~6、1~5、1~4、1~3、2~10、2~9、2~8、2~7、2~6、2~5、2~4、2~3、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、3~5、3~4個等)のヌクレオシドの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の1つ又はいくつかの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の1つ又はいくつかの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の1つ又はいくつかの糖、及び最後の1つ又はいくつかの糖の両方は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、2’-F修飾されていない糖(例えば、二環式糖)、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない(例えば、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族))。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖、及び2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は本明細書で説明されている通りの二環式糖(例えば、LNA、cEt等)を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-MOE修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OMe修飾された糖と、1つ又は複数の2’-MOE修飾された糖とを含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は本明細書で説明されている通りの二環式糖(例えば、LNA、cEt等)を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-MOE修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、1つ又は複数の2’-OMe修飾された糖と、1つ又は複数の2’-MOE修飾された糖とを含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した二環式糖又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した修飾された糖を含み、各修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した2’-MOE修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した修飾された糖を含み、各修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖、又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、3個以上の連続した2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、4個以上の連続した2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、5個以上の連続した2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、6個以上の連続した2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の連続した2’-MOE修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、最初のいくつか(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖の内の1つ又は複数(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつか(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖の内の1つ又は複数(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、及び二環式糖(例えば、2’-O-CH2-4’(式中、-CH2-は、任意選択的に置換されている)を含む糖(例えば、LNA糖、cET糖(例えば(S)-cET)))からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の2個以上は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の3個以上は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の4個以上は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の糖は、連続している。いくつかの実施形態では、最初の1、2、3、又は4個の糖は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の2個の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の3個の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の4個の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの二環式糖は、独立して、LNA糖又はcEt糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最初のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最初のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最初のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最初のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の1、2、3、4個、又はより多くの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の2個の糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の3個の糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の4個の糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の1、2、3、4個、又はより多くの糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の2個の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の3個の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の4個の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、そのような修飾された糖のそれぞれは、独立して、核酸塩基が任意選択的に置換されたか若しくは保護されたA、T、C、G、若しくはU、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたA、T、C、G、若しくはUの互変異性体であるヌクレオシドの糖である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のそのような糖は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のそのような糖は、独立して、n001等の中性のヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又はn001等の中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のそのような糖は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、最初のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、最初のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合を除いて、最初のいくつかの内の1つ若しくは複数又は最初のいくつかの修飾された糖を含むヌクレオシドに結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれは、Spである。いくつかの実施形態では、最初のヌクレオシドは、その5’末端炭を介して(いくつかの実施形態では、リン酸基を介して)、任意選択的にリンカー(例えば、L001)を介して、追加の部分(例えば、Mod001)に連結されている。
いくつかの実施形態では、最後のいくつか(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖の内の1つ又は複数(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつか(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖の内の1つ又は複数(1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、及び二環式糖(例えば、2’-O-CH2-4’(式中、-CH2-は、任意選択的に置換されている)を含む糖(例えば、LNA糖、cET糖(例えば(S)-cET)))からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の2個以上は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の3個以上は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の4個以上は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の糖は、連続している。いくつかの実施形態では、最後の1、2、3、又は4個の糖は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の2個の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の3個の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の4個の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)及び二環式糖からそれぞれ独立して選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの二環式糖は、独立して、LNA糖又はcEt糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最後のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最後のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最後のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖の内の1つ若しくは複数(1、2、3、4、若しくは5個)の糖又は最後のいくつか(例えば、1、2、3、4、若しくは5個)の糖のそれぞれは、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の1、2、3、4個、又はより多くの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の2個の糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の3個の糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の4個の糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の1、2、3、4個、又はより多くの糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の2個の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の3個の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の4個の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、そのような修飾された糖のそれぞれは、独立して、核酸塩基が任意選択的に置換されたか若しくは保護されたA、T、C、G、若しくはU、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたA、T、C、G、若しくはUの互変異性体であるヌクレオシドの糖である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のそのような糖は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のそのような糖は、独立して、n001等の中性のヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又はn001等の中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のそのような糖は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合を除いて、最後のいくつかの内の1つ若しくは複数又は最後のいくつかの修飾された糖を含むヌクレオシドに結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれは、Spである。
いくつかの実施形態では、+1位での糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、+1位での糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、0位での糖は、天然のDNA糖である(0位でのヌクレオシドは、アラインメントされた場合には、標的アデノシンの反対側である)。いくつかの実施形態では、-1位での糖は、DNA糖である。いくつかの実施形態では、-2位での糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖(例えば、2’-O-CH2-4’(式中、-CH2-は、任意選択的に置換されている)を含む糖(例えば、LNA糖、cET糖(例えば、(S)-cEt)))である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、二環式糖である。いくつかの実施形態では、これは、LNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、cEt糖である。いくつかの実施形態では、-3位での糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、-3位より後ろ(例えば、-4、-5、-6位等)のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖(例えば、2’-O-CH2-4’(式中、-CH2-は、任意選択的に置換されている)を含む糖(例えば、LNA糖、cET糖(例えば、(S)-cEt)))である。いくつかの実施形態では、それぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、それぞれは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれは、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれは、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数は、独立して、2’-OMe修飾された糖であり、1つ又は複数は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、-1位でのヌクレオシドと-2位でのヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、-2位でのヌクレオシドと-3位でのヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの3’側に対するヌクレオシド間のそれぞれのヌクレオチド間結合は、-1位のヌクレオシドと-2位のヌクレオチドとの間、-2位のヌクレオシドと-3位のヌクレオシドとの間、及び最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のものを除いて、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれは、Spである。
いくつかの実施形態では、最初及び/又は最後の1つ又はいくつかの糖は、修飾された糖であり、例えば、二環式糖、及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾され糖、2’-MOE修飾された糖等)である。いくつかの実施形態では、そのような糖は、オリゴヌクレオチドの安定性、親和性、及び/又は活性を増加させ得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の追加の化学的部分にコンジュゲートした場合には、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/又は3’末端の糖は、二環式糖又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)ではない。いくつかの実施形態では、5’末端の糖は、二環式糖又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、そのような5’末端の糖は、追加の化学的に部分に連結されていない。いくつかの実施形態では、5’末端の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、5’末端の糖は、追加の化学的部分にコンジュゲートした2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、3’末端の糖は、二環式糖又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、そのような3’末端の糖は、追加の化学的に部分に連結されていない。いくつかの実施形態では、3’末端の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、3’末端の糖は、追加の化学的部分にコンジュゲートした2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対する3’側の糖(例えば、N-1、N-2等の3’側のヌクレオシドの糖)である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、2つ以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、1つ若しくは複数の2’-F修飾された糖、又は2つ以上の連続した2’-F修飾された糖を含み、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオシドの糖は、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、2’-OR修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖又は2’-MOE修飾された糖であり、いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾された糖であり、いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、1つ若しくは複数の2’-F修飾された糖、又は2つ以上の連続した2’-F修飾された糖を含み、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオシドの糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、1つ若しくは複数の2’-F修飾された糖、又は2つ以上の連続した2’-F修飾された糖を含み、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオシドの糖は、2’-OMe修飾された糖、又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、1つ若しくは複数の2’-F修飾された糖、又は2つ以上の連続した2’-F修飾された糖を含み、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオシドの糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖、又は3’側の糖は、1つ若しくは複数の2’-F修飾された糖、又は2つ以上の連続した2’-F修飾された糖を含み、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオシドの糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、アデノシンの反対側のヌクレオシドの3’側のただ2つのヌクレオシドは、独立して、2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、これらは、-4位及び-5位で存在している。いくつかの実施形態では、これらは、オリゴヌクレオチドの最後から2番目及び3番目のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、アデノシンの反対側のヌクレオシドの3’側のただ1つのヌクレオシドは、2’-F修飾された糖を有する。いくつかの実施形態では、これは、-3位で存在している。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの最後から4番目のヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、2’-F修飾されている1つ又は複数(例えば、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、2~30、2~25、2~20、2~25、2~10個、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、若しくはより多く)の糖を含む領域中に存在している。いくつかの実施形態では、そのような領域中の本明細書で説明されている通りの糖の大部分は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2つ以上の2’-F修飾された糖は、連続している。いくつかの実施形態では、領域は、第1のドメインである。いくつかの実施形態では、二環式糖が、そのような領域中に存在している。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)が、そのような領域中に存在している。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖が、そのような領域中に存在している。いくつかの実施形態では、2’-MOE修飾された糖が、そのような領域中に存在している。
いくつかの実施形態では、-5、-4、-3、+1、+2、+4、+5、+6、+7、及び+8位での1つ又は複数の糖(0位は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置であり;「+」は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの5’末端に進み、「-」は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの3’末端に進み;例えば、5’-N1N0N-1-3’では、N0は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである場合には、0位に存在しており、N1は、+1位で存在しており、N-1は、-1位で存在している)は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、+1位での糖、並びに-5、-4、-3、+2、+4、+5、+6、+7、及び+8位での1つ又は複数の糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、+1位での糖、並びに-5、-4、-3、+2、+4、+5、+6、+7、及び+8位での1つの糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はより多く、2~10、3~10、2~5、2~4、2~3、3~5、3~4個等)の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の天然のDNA糖は、編集領域(例えば、+1、0、及び/又は-1位)で存在している。いくつかの実施形態では、天然のDNA糖は、オリゴヌクレオチドの最初のいくつかのヌクレオシド(例えば、最初の1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個のヌクレオシド)内で存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの第1、第2、及び/又は第3のヌクレオシドは、独立して、天然のDNA糖を有する。いくつかの実施形態では、天然のDNA糖は、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合、n001、又はホスホロチオエートヌクレオチド間結合(様々な実施形態において、Sp))に結合している。
オリゴヌクレオチドは、様々な型のヌクレオチド間結合を含み得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルなヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の天然リン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、天然リン酸結合は、安定性(例えば、ヌクレアーゼに対する抵抗性)を改善し得る修飾された糖を含むヌクレオシドに結合する。いくつかの実施形態では、天然リン酸結合は、二環式糖に結合する。いくつかの実施形態では、天然リン酸結合は、2’-修飾された糖に結合する。いくつかの実施形態では、天然リン酸結合は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)に結合する。いくつかの実施形態では、天然リン酸結合は、2’-OMe修飾された糖に結合する。いくつかの実施形態では、天然リン酸結合は、2’-MOE修飾された糖に結合する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、非負電荷ヌクレオチド間結合と、天然リン酸結合とを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、中性ヌクレオチド間結合と、天然リン酸結合とを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合と、天然リン酸結合とを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、n001と、天然リン酸結合とを含む。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、大部分の又は各ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、大部分の又は各負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えばn001)は、Rpである。いくつかの実施形態では、大部分の又は各負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えばn001)は、Spである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、非負電荷ヌクレオチド間結合とを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、中性ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合とを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合と、n001とを含む。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、大部分の又は各ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、又は5個)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、大部分の又は各負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えばn001)は、Rpである。いくつかの実施形態では、大部分の又は各負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えばn001)は、Spである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含まない。いくつかの実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は中性に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又はホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又はn001ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合であるか、又は中性ヌクレオチド間結合であるか、又はホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合であるか、又はn001である。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基を含む。様々な修飾が、本開示に従って糖及び/又は核酸塩基に導入され得る。例えば、いくつかの実施形態では、修飾は、米国特許第9006198号で説明されている修飾である。いくつかの実施形態では、修飾は、各々の糖、塩基、及びヌクレオチド間結合が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、同第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、同第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている修飾である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の核酸塩基は、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VIの構造を有する環BA、又は環BAの互変異性体であるか、又はそれを含み、核酸塩基は、任意選択的に置換されるか又は保護される。
いくつかの実施形態では、糖は、2’-修飾、例えば、2’-F、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換された脂肪族である)、又は二環式糖(例えば、LNA糖)、又は非環式糖(例えば、UNA糖)を含む修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のドメインを含み、その各々は独立して、本明細書で説明されている通りのある特定の長さ、修飾、結合リンの立体化学等を有する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ若しくは複数の修飾された糖、及び/又は1つ若しくは複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、各々が独立して1つ又は複数の核酸塩基を含む第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数のドメイン及び/又はサブドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの第1のドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの第2のドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの第1のサブドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの第2のサブドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの第3のサブドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、それぞれが独立して本明細書で説明されている通りである第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインからそれぞれ独立して選択される1つ又は複数の領域を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドであって、
第1のドメイン;及び
第2のドメイン
を含み、
ここで、
第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み;
第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含む、
オリゴヌクレオチドを提供する。
第1のドメイン;及び
第2のドメイン
を含み、
ここで、
第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み;
第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含む、
オリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルの修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖(例えば、対応する環状糖のC2-C3結合を切断することによる)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5’-修飾を含む。通常、本開示のオリゴヌクレオチドは、例えば文脈による別段の指定がない限り、その5’末端で遊離5’-OHを有しており、且つその3’末端で遊離3’-OHを有している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端糖は、修飾された5’-OHを含み得る。
いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全ての糖の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。
いくつかの実施形態では、大部分とは、少なくとも50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより多いでことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約50%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約50%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約55%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約60%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約65%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約70%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約75%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約80%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約85%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約90%のことである。いくつかの実施形態では、大部分とは、約又は少なくとも約95%のことである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルのキラルヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である</4713。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルのSpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルのSpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、約1~50、1~40、1~30個、例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合は、独立して、Spのキラルヌクレオチド間結合である。多くの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はそのある特定の部分における高いパーセンテージ(例えば、Rpのヌクレオチド間結合及び/又は天然のリン酸結合と比較して)のSpのヌクレオチド間結合は、改善された特性及び/又は活性(例えば、高い安定性及び/又は高いアデノシン編集活性)をもたらし得ることが観察された。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、ある特定のレベルのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその一部中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%又は約5%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約10%又は約10%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約15%又は約15%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%又は約20%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%又は約25%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%又は約30%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%又は約35%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%又は約40%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%又は約45%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、約1~50、1~40、1~30個、例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この数は、約1又は約1以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約2又は約2以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約3又は約3以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約4又は約4以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約5又は約5以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約6又は約6以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約7又は約7以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約8又は約8以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約9又は約9以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約10又は約10以下である。
特定の理論に縛られることを望むものではないが、いくつかの例では、ヌクレオチド間結合のRp及びSp配置は、オリゴヌクレオチド及びRNA等の標的核酸によって形成される二本鎖複合体のらせん形構造の構造的変化に影響を及ぼす可能性があり、ADARタンパク質は、複数のドメインを介して様々な標的(例えば、オリゴヌクレオチド及びRNA等の標的核酸によって形成される二本鎖複合体)を認識し且つそれと相互作用する可能性がある。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、オリゴヌクレオチド、標的核酸、及び/又はADARタンパク質の相互作用プロファイルを促進し及び/又は増強して、様々な修飾及び/又は立体化学の制御の組み込みを介してADARタンパク質による効率的なアデノシン修飾をもたらす。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基配列;ヌクレオチド間結合、塩基修飾、糖修飾、追加の化学的部分、若しくはそのパターン;及び/又は本明細書で説明されている(例えば表における)任意の他の構造的要素を有し得るか、又は含み得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物は、それが系(例えば、ADARに媒介される脱アミノ化系)中で標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合に、標的アデノシンの修飾(例えば、標的Aの脱アミノ化)は、参照条件(例えば、組成物の非存在、参照オリゴヌクレオチド又は組成物の存在、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される)下で観察されるものと比較して改善されるという点で特徴付けられる。いくつかの実施形態では、修飾(例えば、ADARに媒介される脱アミノ化(例えば、内在性ADARに媒介される脱アミノ化))は、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、又は2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18,19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000倍、又はより多く増加する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態として存在する負に荷電したヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合等)を含む塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、金属塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンモニウム塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、金属塩(例えばナトリウム塩)として提供され、それぞれの負に荷電したヌクレオチド間結合は、独立して、塩形態で存在する(例えば、ナトリウム塩の場合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の場合は-O-P(O)(SNa)-O-、天然のリン酸結合の場合は-O-P(O)(ONa)-O-等)。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御され、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、他の立体異性体から立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
本明細書で説明されている通り、本開示のオリゴヌクレオチドを、高純度(例えば、50%~100%)で提供し得る。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、高い立体化学的純度(例えば、50%~100%)のものである。いくつかの実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、高い立体化学的純度(例えば、同じオリゴヌクレオチドの他の立体異性体と比較して高いパーセンテージ(例えば、50%~100%)の立体異性体)のものである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約95%である。
第1のドメイン
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインからなる。例として、ある特定の実施形態を下記で説明する。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインからなる。例として、ある特定の実施形態を下記で説明する。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約2~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約5~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約10~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約10~20個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約13~16個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、11個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、12個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、13個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、14個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、15個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、16個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、17個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、18個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、19個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、20個の核酸塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、オリゴヌクレオチドの約又は少なくとも約5~95%、10%~90%、20%~80%、30%~70%、40%~70%、40%~60%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%~60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約90%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチが第1のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、2個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、3個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、4個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、5個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、6個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、7個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、8個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、9個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、10個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎが第1のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、2個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、3個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、4個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、5個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、6個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、7個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、8個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、9個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、10個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第1のドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない1つ又は複数のミスマッチを独立して含む1つ又は複数のバルジを含む。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えばLNA糖)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖(例えば、対応する環状糖のC2-C3結合を切断することによる)である。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、2’-F修飾を有する約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、2’-F修飾を有する約2~50個(例えば、約2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、2~40、2~30、2~25、2~20、2~15、2~10、3~40、3~30、3~25、3~20、3~15、3~10、4~40、4~30、4~25、4~20、4~15、4~10、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、6~40、6~30、6~25、6~20、6~15、6~10、7~40、7~30、7~25、7~20、7~15、7~10、8~40、8~30、8~25、8~20、8~15、8~10、9~40、9~30、9~25、9~20、9~15、9~10、10~40、10~30、10~25、10~20、10~15個、約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個等)の連続した修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、2個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、3個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、4個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、5個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、6個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、7個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、8個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、9個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、10個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、2個以上の2’-F修飾された糖ブロックを含み、2’-F修飾された糖ブロック中の各糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、各2’-F修飾された糖ブロックは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の、本明細書で説明されている通りの連続した2’-F修飾された糖を含むか、又はからなる。いくつかの実施形態では、2個の連続した2’-F修飾された糖ブロックは、独立して、分離ブロックにより分離されており、分離ブロックは、独立して2’-F修飾された糖ではない1つ又は複数の糖を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-F修飾されていない。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個、又はより多く)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾されていない。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、1つ若しくは複数の二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)、及び/又は1つ若しくは複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である(例えば、2’-OMe、2’-MOE等))を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、2個以上の2’-F修飾されていない糖は、連続的である。いくつかの実施形態では、2個以上の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)は、連続的である。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、9、若しくは10個、又はより多く)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2個以上(例えば、2、3、4、5、6、7、9、若しくは10個、又はより多く)の連続した2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む。いくつかの実施形態では、各2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe糖又は2’-MOE糖である。いくつかの実施形態では、各2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe糖である。いくつかの実施形態では、各2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-MOE糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の2’-F修飾された糖は、互いに隣接していない。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2’-F修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、各分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、各分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、各分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロック中の各糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、分離ブロックは、2’-OMe糖及び2’-MOE修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック及び各分離ブロックは、独立して、1、2、3、4、又は5個のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、各2’-Fブロック及び各分離ブロックは、独立して、1、2、又は3個のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約60%又は約60%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約70%又は約70%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約80%又は約80%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約90%又は約90%以下である。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、二環式糖又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは-Hではない)を含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)のレベルは、個々に又は合わせて、2’-F修飾された糖のレベルと比較し相対的に低い。いくつかの実施形態では、二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)のレベルは、個々に又は合わせて、約10%~80%(例えば、約10%~75%、10~70%、10%~65%、10%~60%、10%~50%、約20%~60%、約30%~60%、約20%~50%、約30%~50%、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、又は60%等)である。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、存在する場合には、合わされた2’-OMe及び2’-MOE修飾された糖)のレベルは、約10%~70%(例えば、約10%~60%、10~50%、約20~60%、約30~60%、約20~50%、約30~50%、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、又は60%等)である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-OMeを含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-OMeを含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約40%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約30%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約25%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約20%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約10%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、2’-ORは、2’-MOE又は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、2’-N(R)2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の二環式糖(例えば、LNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のいくつかの5’末端糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のいくつか(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はより多く)の5’末端糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの5’末端から最初の約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、最初の1個は、2’-OR修飾されている。いくつかの実施形態では、最初の2個は、独立して、2’-OR修飾されている。いくつかの実施形態では、最初の3個は、独立して、2’-OR修飾されている。いくつかの実施形態では、最初の4個は、独立して、2’-OR修飾されている。いくつかの実施形態では、最初の5個は、独立して、2’-OR修飾されている。いくつかの実施形態では、ドメイン(例えば、第1のドメイン)、サブドメイン(例えば、第1のサブドメイン)、又はオリゴヌクレオチド中の全ての2’-OR修飾は、同じである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。
いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のどの糖も、2’-ORを含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のどの糖も、2’-OMeを含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のどの糖も、2’-MOEを含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のどの糖も、2’-MOE又は2’-OMeを含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のどの糖も、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のそれぞれの糖は、2’-Fを含む。
いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約40~70%(例えば、約40%~70%、40%~60%、50%~70%、50%~60%等、又は約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%等)は2’-F修飾されており、第1のドメイン中の糖の約10%~60%(例えば、約10%~50%、20%~60%、30%~60%、30%~50%、40%~50%等、又は約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、又は60%)は、独立して、2’-OR修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か、又は二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約20%~60%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約25%~60%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約30%~60%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約35%~60%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約40%~60%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約50%~60%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約50%~70%は、2’-F修飾されている。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約20%~60%は、独立して、2’-OR修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約30%~60%は、独立して、2’-OR修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約40%~60%は、独立して、2’-OR修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約30%~50%は、独立して、2’-OR修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の糖の約40%~50%は、独立して、2’-OR修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、独立して2’-R修飾されている(式中、Rは、-Hではない)か又は二環式糖である、第1のドメイン中の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式、Rは、C1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、この数は、1以上である。いくつかの実施形態では、この数は、2以上である。いくつかの実施形態では、この数は、3以上である。いくつかの実施形態では、この数は、4以上である。いくつかの実施形態では、この数は、5以上である。いくつかの実施形態では、この数は、6以上である。いくつかの実施形態では、この数は、7以上である。いくつかの実施形態では、この数は、8以上である。いくつかの実施形態では、この数は、9以上である。いくつかの実施形態では、この数は、10以上である。いくつかの実施形態では、この数は、11以上である。いくつかの実施形態では、この数は、12以上である。いくつかの実施形態では、この数は、13以上である。いくつかの実施形態では、この数は、14以上である。いくつかの実施形態では、この数は、15以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、2つの第1のドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインのヌクレオチド間結合は、第1のドメインの2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のヌクレオシド及び第2のドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第1のドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のヌクレオシド及び第2のドメイン中のヌクレオシド
に結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。多くの実施形態では、高いパーセンテージ(例えば、Rpのヌクレオチド間結合及び/又は天然のリン酸結合と比較して)のSpのヌクレオチド間結合は、改善された特性及び/又は活性(例えば、高い安定性及び/又は高いアデノシン編集活性)をもたらすことが観察された。
に結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。多くの実施形態では、高いパーセンテージ(例えば、Rpのヌクレオチド間結合及び/又は天然のリン酸結合と比較して)のSpのヌクレオチド間結合は、改善された特性及び/又は活性(例えば、高い安定性及び/又は高いアデノシン編集活性)をもたらすことが観察された。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、ある特定のレベルのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第1のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第1のドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第1のドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%又は約5%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約10%又は約10%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約15%又は約15%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%又は約20%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%又は約25%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%又は約30%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%又は約35%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%又は約40%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%又は約45%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、1~5個、例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この数は、約1又は約1以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約2又は約2以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約3又は約3以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約4又は約4以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約5又は約5以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約6又は約6以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約7又は約7以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約8又は約8以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約9又は約9以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約10又は約10以下である。
いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示される通り、第1のドメインは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、この各々は、任意選択的に且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約1~10、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10である。いくつかの実施形態では、この数は、約1である。いくつかの実施形態では、この数は、約2である。いくつかの実施形態では、この数は、約3である。いくつかの実施形態では、この数は、約4である。いくつかの実施形態では、この数は、約5である。いくつかの実施形態では、2つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの2つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している(例えば、3つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合)。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は2つ以上の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第1のドメインの5’末端にある。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001等の中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の最初の2つのヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの最初の2つのヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の、2つの2’-OR修飾された糖に結合したヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の、2つの2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖に結合したヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)中において、2つの2’-F修飾された糖に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001のようなホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、これは、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001のようなホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、これは、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又はRpのn001のようなRpのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、2つの2’-F修飾された糖に結合したそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、ADARタンパク質(例えば、ADAR1、ADAR2等)等のタンパク質をリクルートするか、このリクルートメントを促進するか、又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、ADARタンパク質等のタンパク質をリクルートするか、又はこのタンパク質との相互作用を促進するか、若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、ADARのRNA結合ドメイン(RBD)と接触する。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、ADARの第2のRBDドメインと実質的に接触しない。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、デアミナーゼ活性を有するADARの触媒ドメインと実質的に接触しない。いくつかの実施形態では、様々な核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合は、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)の1つ又は複数の残基と相互作用し得る。
第2のドメイン
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインからなる。例として、第2のドメインのある特定の実施形態を下記で説明する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、修飾される(例えば、Iへの変換)ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインからなる。例として、第2のドメインのある特定の実施形態を下記で説明する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、修飾される(例えば、Iへの変換)ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約2~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約5~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約10~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約10~20個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約5~15個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約13~16個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約1~7個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、11個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、12個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、13個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、14個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、15個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、16個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、17個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、18個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、19個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、20個の核酸塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、オリゴヌクレオチドの約又は少なくとも約5~95%、10%~90%、20%~80%、30%~70%、40%~70%、40%~60%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%~60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約90%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチが第2のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、2個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、3個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、4個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、5個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、6個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、7個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、8個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、9個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、10個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎが第2のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、2個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、3個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、4個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、5個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、6個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、7個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、8個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、9個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、10個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第2のドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない1つ又は複数のミスマッチを独立して含む1つ又は複数のバルジを含む。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成する場合には、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたUであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたUの互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Uである。
いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Uと比較して、標的アデノシンの標的アデニンと弱い水素結合を有する。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Uと比較して、標的アデノシンの標的アデニンと少ない水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、タンパク質、例えば、ADARの1つ又は複数のアミノ酸残基と1つ又は複数の水素結合を形成し、これらの残基は、標的アデノシンと反対側のUと1つ又は複数の水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、標的アデノシンと反対側のUと1つ又は複数の水素結合を形成するADARの各アミノ酸残基と1つ又は複数の水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、標的Aとの水素結合を弱めることにより、及び/又はADAR1、ADAR2等のタンパク質との相互作用を維持するか若しくは増強することにより、ある特定の反対側の核酸塩基は、例えば、ADAR1及びADAR2等のADARタンパク質によりアデノシン修飾を容易にし、及び/又は促進する。
いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたCであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたCの互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたAであるか、又は任意選択的に置換された若しくは保護されたAの互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基であるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基の互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、シュードイソシトシンの核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシド(例えば、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド)(「反対側のヌクレオシド」ともの称され得る)は、本明細書で説明されている通り脱塩基である(例えば、L010、L012、L028等の構造を有する)
例えば、反対側の核酸塩基に関する修飾された核酸塩基の多くの有用な実施形態もまた、下記で説明する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り(例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおいて)、本開示は、例えば、A、T、C、G、U、ヒポキサンチン、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、及びzdnpであるか又はそれを含む、A等の標的ヌクレオシドと反対側のヌクレオシドの核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り(例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおいて)、本開示は、例えば、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、及びzdnpであるか又はそれを含む、A等の標的ヌクレオシドと反対側のヌクレオシドの核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り(例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおいて)、本開示は、例えば、C、A、b007U、b001U、b001A、b002U、b001C、b003U、b002C、b004U、b003C、b005U、b002I、b006U、b003I、b008U、b009U、b002A、b003A、b001G、又はzdnpであるか又はそれを含む、A等の標的ヌクレオシドと反対側のヌクレオシドの核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b002Iである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b003Iである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b004Iである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b014Iである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b001Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b002Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b003Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b004Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b005Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b006Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b007Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b008Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b009Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b001Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b002Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b003Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b004Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b005Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b006Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b007Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b008Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b009Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b011Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b012Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b013Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b001Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b002Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b003Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b001Gである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、b002Gである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、zdnpである。いくつかの実施形態では、当業者が理解する通り、核酸塩基は、例えば、オリゴヌクレオチド合成のために保護される。例えば、いくつかの実施形態では、核酸塩基は、
(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する保護されたb001Aである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Phである。
(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する保護されたb001Aである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Phである。
いくつかの実施形態では、様々な修飾された核酸塩基(例えば、b001A、b008U等)は、(例えば、同一又は同等のアッセイ等で評価される他の点では同一のオリゴヌクレオチドを含む同等の条件下で)参照核酸塩基と比較した場合に、アデノシン編集効率を改善し得ることが観察された。いくつかの実施形態では、参照核酸塩基は、Uである。いくつかの実施形態では、参照核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、参照核酸塩基は、Cである。
ある特定の修飾された核酸塩基
いくつかの実施形態では、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環BAは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式m又は多環式であるか、又はそれを含み、少なくとも1個のヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、環BAは、飽和である。いくつかの実施形態では、環BAは、1つ又は複数の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環BAは、芳香族である。
いくつかの実施形態では、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環BAは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式m又は多環式であるか、又はそれを含み、少なくとも1個のヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、環BAは、飽和である。いくつかの実施形態では、環BAは、1つ又は複数の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環BAは、芳香族である。
いくつかの実施形態では、BAは、環BAであるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環BAは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式であるか、又はそれを含み、少なくとも1個のヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、環BAは、飽和である。いくつかの実施形態では、環BAは、1つ又は複数の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環BAは、芳香族である。
いくつかの実施形態では、BAは、環BAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、BAは、環BAである。いくつかの実施形態では、BAは、環BAの互変異性体であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、BAは、環BAの互変異性体である。
いくつかの実施形態では、本開示の構造は、1つ又は複数の任意選択的に置換された環(例えば、R基と合わせて形成される環BA、-Cy-、環BAA、R等)を含有する。いくつかの実施形態では、環は、0~10個(例えば、1~10、1~5、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個等)のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC3~30、C3~20、C3~15、C3~10、C3~9、C3~8、C3~7、C3~6、C5~50、C5~20、C5~15、C5~10、C5~9、C5~8、C5~7、C5~6、又は3~30(例えば、3~30、3~20、3~15、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、5~50、5~20、5~15、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30等)員単環式、二環式、又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環は、0~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~10員単環式又は二環式の飽和、部分飽和、又は芳香環である。いくつかの実施形態では、環は、置換されている。いくつかの実施形態では、環は、置換されていない。いくつかの実施形態では、環は、3、4、5、6、7、8、9、又は10員である。いくつかの実施形態では、環は、5、6、又は7員である。いくつかの実施形態では、環は、5員である。いくつかの実施形態では、環は、6員である。いくつかの実施形態では、環は、7員である。いくつかの実施形態では、環は、単環式である。いくつかの実施形態では、環は、二環式である。いくつかの実施形態では、環は、多環式である。いくつかの実施形態では、環は、飽和である。いくつかの実施形態では、環は、少なくとも1つの不飽和を含有する。いくつかの実施形態では、環は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、環は、0~5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、1~5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、1つ又は複数のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、1個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、2個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、3個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、4個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、環は、置換されており、例えば、1つ又は複数のアルキル基、及び本明細書で説明されている通りの任意選択的な、1つ又は複数の他の置換基で置換されている。いくつかの実施形態では、置換基は、メチルである。
いくつかの実施形態では、本開示の単環式、二環式、又は多環式環(例えば、R基と合わせて形成される環BA、-Cy-、環BAA、R等)のそれぞれの単環式環単位は、独立して、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~7員、飽和、部分不飽和、又は芳香環である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の単環式単位は、独立して、1つ又は複数の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の単環式単位は、飽和である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の単環式単位は、部分飽和である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の単環式単位は、芳香族である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の単環式単位は、独立して、1~5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の単環式単位は、独立して、少なくとも1個の窒素原子を有する。いくつかの実施形態では、各単環式単位は、独立して、5又は6員である。いくつかの実施形態では、単環式単位は、5員である。いくつかの実施形態では、単環式単位は、5員であり且つ1~2個の窒素原子を有する。いくつかの実施形態では、単環式単位は、6員である。いくつかの実施形態では、単環式単位は、6員であり且つ1~2個の窒素原子を有する。環及びその単環式単位は、別段の指定がない限り、任意選択的に置換されている。
いずれかの特定の理論により限定されることを意図するものではないが、本開示は、いくつかの実施形態では、核酸塩基(例えば、BA)の構造が、タンパク質(例えば、ADAR1、ADAR2等のADARタンパク質)との相互作用に影響し得ることが認められる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、酵素(例えば、ADAR1)とオリゴヌクレオチドとの相互作用を促進し得る核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基対形成の強度を低減し得る(例えば、A-T/U又はC-Gと比較して)核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、タンパク質(例えば、ADAR1のような酵素)と第1の核酸塩基との相互作用(例えば、水素結合)を維持し及び/又は増強し、及び/又は二重鎖の他の鎖上の対応する核酸塩基(例えば、A)と第1の核酸塩基との相互作用(例えば、水素結合)を低減することによって、タンパク質(例えば、ADAR1のような酵素)による対応する核酸塩基の修飾が著しく改善され得ることが認められる。いくつかの実施形態では、本開示は、そのような第1の核酸塩基(例えば、本明細書で説明されているBAの様々な実施形態)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。そのような第1の核酸塩基の例示的な実施形態は、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、そのような第1の核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドが、最大の相補性に関して別の核酸とアラインメントされる場合には、第1の核酸塩基は、Aの反対側にある。いくつかの実施形態では、本開示の多くの実施形態に例示される通りの第1の核酸塩基の反対側のそのようなAを、本開示の技術を使用して効率的に修飾し得る。
いくつかの実施形態では、環BAは、部分
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分-X1
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分-X1
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、X1は、糖に結合している。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-である。いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=である。いくつかの実施形態では、X2は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X3は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-ではない。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-であり、例えば、同じヌクレオチド単位の一部と(例えば、同じBA単位内(例えば、X5の水素結合ドナー(例えば、-OH、SH等)と))分子内水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、X4は、-C(=NH)-である。いくつかの実施形態では、環BAは、部分
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X5’は、-NH-である。
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分-X1
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、環BAは、部分-X1
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、X1は、糖に結合している。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-である。いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=である。いくつかの実施形態では、X2は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X3は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-ではない。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-であり、例えば、同じヌクレオチド単位の一部と(例えば、同じBA単位内(例えば、X5の水素結合ドナー(例えば、-OH、SH等)と))分子内水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、X4は、-C(=NH)-である。いくつかの実施形態では、環BAは、部分
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X5’は、-NH-である。
いくつかの実施形態では、BAは、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたC又はその互変異性体である。いくつかの実施形態では、BAは、任意選択的に置換されたか又は任意選択的に保護されたCである。いくつかの実施形態では、BAは、任意選択的に置換されたか又は任意選択的に保護されたCの互変異性体である。いくつかの実施形態では、BAは、Cである、いくつかの実施形態では、BAは、置換されたCである。いくつかの実施形態では、BAは、保護されたCである。いくつかの実施形態では、BAは、置換されたCの互変異性体である。いくつかの実施形態では、BAは、保護されたCの互変異性体である。
いくつかの実施形態では、環BAは、式BA-I:
(式中、
環BAは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分飽和又は芳香環であり;
各
は、独立して、単結合又は二重結合であり;
X1は、-N(-)-又は-C(-)=であり;
X2は、-C(O)-、-C(RB2)=、又は-C(ORB2)=(式中、RB2は、-LB2-R’である)であり;
X3は、-N(RB3)-又は-N=(式中、RB3は、-LB3-R’である)であり;
X4は、-C(RB4)=、-C(-N(RB4)2)=、-C(RB4)2-、-C(O)-、又は-C(=NRB4)-(式中、各RB4は、独立して、-LB4-RB41であるか、又は同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=O、=C(-LB4-RB41)2、=N-LB4-RB41、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NH(式中、各RB41は、独立して、R’である)を形成する)であり;
LB2、LB3、及びLB4の各々は、独立して、LBであり;
各LBは、独立して、共有結合、又は0~6個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価C1~10飽和若しくは部分不飽和鎖であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、-Cy-、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-で置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、-C(O)N(R)2、又は-SO2Rであり;且つ
各Rは、独立して、-H、又はC1~20脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、C6~20アリール、C6~20アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~20アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員のヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基であるか、又は:
2つのR基は、任意選択的に且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、若しくは多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する)
の構造を有する。
(式中、
環BAは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分飽和又は芳香環であり;
各
は、独立して、単結合又は二重結合であり;
X1は、-N(-)-又は-C(-)=であり;
X2は、-C(O)-、-C(RB2)=、又は-C(ORB2)=(式中、RB2は、-LB2-R’である)であり;
X3は、-N(RB3)-又は-N=(式中、RB3は、-LB3-R’である)であり;
X4は、-C(RB4)=、-C(-N(RB4)2)=、-C(RB4)2-、-C(O)-、又は-C(=NRB4)-(式中、各RB4は、独立して、-LB4-RB41であるか、又は同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=O、=C(-LB4-RB41)2、=N-LB4-RB41、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NH(式中、各RB41は、独立して、R’である)を形成する)であり;
LB2、LB3、及びLB4の各々は、独立して、LBであり;
各LBは、独立して、共有結合、又は0~6個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価C1~10飽和若しくは部分不飽和鎖であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、-Cy-、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-で置き換えられ;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、又は多環式環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)OR、-C(O)N(R)2、又は-SO2Rであり;且つ
各Rは、独立して、-H、又はC1~20脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、C6~20アリール、C6~20アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~20アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員のヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基であるか、又は:
2つのR基は、任意選択的に且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、若しくは多環式環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する)
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BA(例えば、式BA-Iの1つ)は、式BA-II:
(式中、
X5は、-C(RB5)2-、-N(RB5)-、-C(RB5)=、-C(O)-、又は-N=であり、各RB5は、独立して、ハロゲン、又は-LB5-RB51であり、RB51は、-R’、-N(R’)2、-OR’、又は-SR’であり;
LB5は、LBであり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)
の構造を有する。
(式中、
X5は、-C(RB5)2-、-N(RB5)-、-C(RB5)=、-C(O)-、又は-N=であり、各RB5は、独立して、ハロゲン、又は-LB5-RB51であり、RB51は、-R’、-N(R’)2、-OR’、又は-SR’であり;
LB5は、LBであり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BA(例えば、式BA-I、BA-II等の1つ)は、式BA-III:
(式中、
X6は、-C(RB6)=、-C(ORB6)=、-C(RB6)2-、-C(O)-、又は-N=(式中、各RB6は、独立して、-LB6-RB61であるか、又は同じ原子上の2つのRB6は合わせて、=O、=C(-LB6-RB61)2、=N-LB6-RB61、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する(式中、各RB61は、独立して、R’である))であり;
LB6は、LBであり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)
の構造を有する。
(式中、
X6は、-C(RB6)=、-C(ORB6)=、-C(RB6)2-、-C(O)-、又は-N=(式中、各RB6は、独立して、-LB6-RB61であるか、又は同じ原子上の2つのRB6は合わせて、=O、=C(-LB6-RB61)2、=N-LB6-RB61、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する(式中、各RB61は、独立して、R’である))であり;
LB6は、LBであり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BA(例えば、式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a等の1つ)は、式BA-III-b:
の構造を有する。
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BA(例えば、式BA-I、BA-II等の1つ)は、式BA-IV:
(式中、
環BAAは、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~14員の単環式、二環式、又は多環式環であり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)
の構造を有する。
(式中、
環BAAは、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~14員の単環式、二環式、又は多環式環であり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BA(例えば、式BA-I、BA-I-a、BA-II、BA-II-a、BA-III、BA-III-a、BA-IV、BA-IV-a、BA-V等の1つ)は、式BA-V-a:
の構造を有する。
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BA(例えば、式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a等の1つ)は、式BA-V-a:
の構造を有する。
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、環BAは、式BA-VI:
(式中、
X1’は、-N(-)-又は-C(-)=であり;
X2’は、-C(O)-又は-C(RB2’)=(式中、RB2’は、-LB2’-R’である)であり;
各
は、独立して、単結合又は二重結合であり;
X3’は、-N(RB3’)-又は-N=(式中、RB3’は、-LB3’-R’である)であり;
X4’は、-C(RB4’)=、-C(ORB4’)=、-C(-N(RB4’)2)=、-C(RB4’)2-、-C(O)-、又は-C(=NRB4’)-(式中、各RB4’は、独立して、-LB4’-RB41’であるか、又は同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=O、=C(-LB4’-RB41’)2、=N-LB4’-RB41’、又は任意選択的に置換された=CH2、又は=NHを形成する(式中、各RB41’は、独立して、-R’である))であり;
X5’は、-N(RB5’)-又は-N=(式中、RB5’は、-LB5’-R’である)であり;
X6’は、-C(RB6’)=、-C(ORB6’)=、-C(RB6’)2-、-C(O)-、又は-N=(式中、各RB6’は、独立して、-LB6’-RB61’であるか、又は同じ原子上の2つのRB6’は合わせて、=O、=C(-LB6’-RB61’)2、=N-LB6’-RB61’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する(式中、各RB61’は、独立して、R’である))であり;
X7’は、-C(RB7’)=、-C(ORB6’)=、-C(RB7’)2-、-C(O)-、-N(RB7’)-、又は-N=(式中、各RB7’は、独立して、-L7’-RB71’であるか、又は同じ原子上の2つのRB7’は合わせて、=O、=C(-L7’-RB71’)2、=N-L7’-RB71’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する(式中、各RB71’は、独立して、R’である))であり;
LB2’、LB3’、LB4’、LB5’、及びLB6’の各々は、独立して、LBであり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されいてる通りである)
の構造を有する。
(式中、
X1’は、-N(-)-又は-C(-)=であり;
X2’は、-C(O)-又は-C(RB2’)=(式中、RB2’は、-LB2’-R’である)であり;
各
は、独立して、単結合又は二重結合であり;
X3’は、-N(RB3’)-又は-N=(式中、RB3’は、-LB3’-R’である)であり;
X4’は、-C(RB4’)=、-C(ORB4’)=、-C(-N(RB4’)2)=、-C(RB4’)2-、-C(O)-、又は-C(=NRB4’)-(式中、各RB4’は、独立して、-LB4’-RB41’であるか、又は同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=O、=C(-LB4’-RB41’)2、=N-LB4’-RB41’、又は任意選択的に置換された=CH2、又は=NHを形成する(式中、各RB41’は、独立して、-R’である))であり;
X5’は、-N(RB5’)-又は-N=(式中、RB5’は、-LB5’-R’である)であり;
X6’は、-C(RB6’)=、-C(ORB6’)=、-C(RB6’)2-、-C(O)-、又は-N=(式中、各RB6’は、独立して、-LB6’-RB61’であるか、又は同じ原子上の2つのRB6’は合わせて、=O、=C(-LB6’-RB61’)2、=N-LB6’-RB61’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する(式中、各RB61’は、独立して、R’である))であり;
X7’は、-C(RB7’)=、-C(ORB6’)=、-C(RB7’)2-、-C(O)-、-N(RB7’)-、又は-N=(式中、各RB7’は、独立して、-L7’-RB71’であるか、又は同じ原子上の2つのRB7’は合わせて、=O、=C(-L7’-RB71’)2、=N-L7’-RB71’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する(式中、各RB71’は、独立して、R’である))であり;
LB2’、LB3’、LB4’、LB5’、及びLB6’の各々は、独立して、LBであり;且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されいてる通りである)
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-である。いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=である。
いくつかの実施形態では、X2は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X2は、-C(RB2’)=である。いくつかの実施形態では、X2は、-C(ORB2)=である。いくつかの実施形態では、X2は、-CH=である。
いくつかの実施形態では、LB2は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、RB2は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、RB2は、R’である。いくつかの実施形態では、RB2は、-Hである。
いくつかの実施形態では、X3は、-N(RB3)-である。いくつかの実施形態では、X3は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X3は、-N=である。
いくつかの実施形態では、LB3は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、RB3は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ酸保護基(例えば、Bz)である。いくつかの実施形態では、RB3は、R’である。いくつかの実施形態では、RB3は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、RB3は、Rである。いくつかの実施形態では、RB3は、-Hである。
いくつかの実施形態では、X4は、-C(RB4)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(R)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-CH=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(ORB4)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-N(RB4)2)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NHRB4)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NHR’)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NHR’)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NH2)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NHC(O)R)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(RB4)2-である。いくつかの実施形態では、X4は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-(式中、Oは、分子内水素結合を形成する)である。いくつかの実施形態では、Oは、同じBAのX5の水素結合ドナーと水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、X4は、-C(=NRB4)-である。いくつかの実施形態では、X4は、-C((=NRB4)-(式中、Nは、分子内水素結合を形成する)である。いくつかの実施形態では、Nは、同じBAのX5の水素結合ドナーと水素結合を形成する。
いくつかの実施形態では、RB4は、-LB4-RB41である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=O、=C(-LB4-RB41)2、=N-LB4-RB41、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する。
いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=Oを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=C(-LB4-RB41)2を形成する。いくつかの実施形態では、=C(-LB4-RB41)2は、=CH-LB4-RB41である。いくつかの実施形態では、=C(-LB4-RB41)2は、=CHR’である。いくつかの実施形態では、=C(-LB4-RB41)2は、=CHRである。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=N-LB4-RB41を形成する。いくつかの実施形態では、=N-LB4-RB41は、=N-Rである。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=CH2を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4は合わせて、=NHを形成する。いくつかの実施形態では、形成された基は、オリゴヌクレオチド合成のための好適な保護基(例えば、アミノ保護基)である。
いくつかの実施形態では、X4は、-C(-N=C(-LB4-RB41)2)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-N=CH-LB4-RB41)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-N=CH-N(CH3)2)=である。
いくつかの実施形態では、X4(例えば、-C(=N-R)-、=C(R)-等)のRは、例えば、X5の別のRと任意選択的に合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。
いくつかの実施形態では、RB4は、R’である。いくつかの実施形態では、RB4は、Rである。いくつかの実施形態では、RB4は、-Hである。
いくつかの実施形態では、RB4は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、RB4は、R’である。いくつかの実施形態では、RB4は、-CH2CH2-(4-ニトロフェニル)である。
いくつかの実施形態では、RB4は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、RB4は、R’である。いくつかの実施形態では、RB4は、-CH2CH2-(4-ニトロフェニル)である。
いくつかの実施形態では、LB4は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LB4は、共有結合ではない。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-C(O)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-C(O)N(R’)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-N(R’)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-NH-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、LB4は、任意選択的に置換された-N=CH-であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、RB41は、R’である。いくつかの実施形態では、RB41は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB41は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)2-である。いくつかの実施形態では、X5は、-ChRB5-である。いくつかの実施形態では、X5は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、X5は、-N(RB5)-である。いくつかの実施形態では、X5は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(R)=である。いくつかの実施形態では、X5は、-CH=である。いくつかの実施形態では、X5は、-N=である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(O)-である。
いくつかの実施形態では、RB5は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、RB5は、-LB5-RB51である。いくつかの実施形態では、RB5は、-LB5-RB51(式中、RB51は、R’、-NHR’、-OH、又は-SHである)である。いくつかの実施形態では、RB5は、-LB5-RB51(式中、RB51は、-NHR、-OH、又は-SHである)である。いくつかの実施形態では、RB5は、-LB5-RB51(式中、RB51は、-NH2、-OH、又は-SHである)である。いくつかの実施形態では、RB5は、-C(O)-RB51である。いくつかの実施形態では、RB5は、R’である。いくつかの実施形態では、RB5は、Rである。いくつかの実施形態では、RB5は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB5は、-OHである。いくつかの実施形態では、RB5は、-CH2OHである。
いくつかの実施形態では、X4が-C(O)-である場合には、X5は、-C(RB5)2-、-C(RB5)=、又は-N(RB5)-(式中、RB5は、-LB5-RB51であり、RB51は、-NHR’、-OH、又は-SHである)である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-であり、且つRB51は、X4のOと水素結合を形成する水素結合ドナーであるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、LB5は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LB5は、-C(O)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LB5は、-O-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LB5は、-OC(O)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LB5は、-CH2OC(O)-であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、R51は、-R’である。いくつかの実施形態では、R51は、-Rである。いくつかの実施形態では、R51は、-Hである。いくつかの実施形態では、R51は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、R51は、-NHR’である。いくつかの実施形態では、R51は、-NHRである。いくつかの実施形態では、R51は、-NH2である。いくつかの実施形態では、R51は、-OR’である。いくつかの実施形態では、R51は、-ORである。いくつかの実施形態では、R51は、-OHである。いくつかの実施形態では、R51は、-SRである。いくつかの実施形態では、R51は、-SRである。いくつかの実施形態では、R51は、-SHである。いくつかの実施形態にでは、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、RB5は、-C(O)-RB51である。いくつかの実施形態では、RB5は、-C(O)NHCH2Phである。いくつかの実施形態では、RB5は、-C(O)NHPhである。いくつかの実施形態では、RB5は、-C(O)NHCH3である。いくつかの実施形態では、RB5は、-OC(O)-RB51である。いくつかの実施形態では、RB5は、-OC(O)-Rである。いくつかの実施形態では、RB5は、-OC(O)CH3である。
いくつかの実施形態では、X5は、X1に直接的に結合しており、環BAは、5員である。
いくつかの実施形態では、X6は、-C(RB6)=である。いくつかの実施形態では、X6は、-CH=である。いくつかの実施形態では、X6は、-C(ORB6)=である。いくつかの実施形態では、X6は、-C(RB6)2-である。いくつかの実施形態では、X6は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、X6は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X6は、-N=である。
いくつかの実施形態では、RB6は、-LB6-RB61である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB6は合わせて、=O、=C(-LB6-RB61)2、=N-LB6-RB61、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB6は合わせて、=Oを形成する。いくつかの実施形態では、LB6は、共有結合である。いくつかの実施形態では、RB6は、Rである。いくつかの実施形態では、RB6は、-Hである。
いくつかの実施形態では、RB6は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、RB6は、Rである。いくつかの実施形態では、
いくつかの実施形態では、LB6は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LB6は、任意選択的に置換されたC1~10アルキレンである。いくつかの実施形態では、LB6は、-CH2CH2-である。いくつかの実施形態では、RB6は、-CH2CH2-(4-ニトロフェニル)である。
いくつかの実施形態では、RB61は、R’である。いくつかの実施形態では、RB61は、Rである。いくつかの実施形態では、RB61は、-Hである。
いくつかの実施形態では、環BAAは、5員である。いくつかの実施形態では、環BAAは、5員である。いくつかの実施形態では、環BAAは、1個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環BAAは、2個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。
いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-である。いくつかの実施形態では、X1’は、-C(-)=である。
いくつかの実施形態では、X2’は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X2’は、-C(RB2’)=である。いくつかの実施形態では、X2’は、-CH=である。
いくつかの実施形態では、LB2’は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、RB2’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB2’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB2’は、-Hである。いくつかの実施形態では、X2’は、-CH=である。
いくつかの実施形態では、X3’は、-N(RB3’)-である。いくつかの実施形態では、X3’は、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、X3’は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X3’は、-N=である。
いくつかの実施形態では、LB3’は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、RB3’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB3’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB3’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、X4’は、-C(RB4’)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(ORB4’)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-N(RB4’)2)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-NHRB4’)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-NH2)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-NHR’)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-NHC(O)R)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(RB4’)2-である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(=NRB4’)-である。
いくつかの実施形態では、RB4’は、-LB4’-RB41’である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=O、=C(-LB4’-RB41’)2、=N-LB4’-RB41’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=Oを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4’を合わせて、=C(-LB4’-RB41’)2を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=N-LB4’-RB41’を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=CH2を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB4’は合わせて、=NHを形成する。いくつかの実施形態では、形成された基は、オリゴヌクレオチド合成のための好適な保護基(例えば、アミノ保護基)である。
いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-N=C(-LB4’-RB41’)2)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-N=CH-LB4’-RB41’)=である。いくつかの実施形態では、X4’は、-C(-N=CH-N(CH3)2)=である。
いくつかの実施形態では、RB4’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB4’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB4’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、RB4’は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、RB4’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB4’は、-CH2CH2-(4-ニトロフェニル)である。
いくつかの実施形態では、LB4’は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LB4’は、任意選択的に置換されたC1~10アルキレンである。いくつかの実施形態では、LB4’は、-CH2CH2-である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-N(R’)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。
いくつかの実施形態では、RB41’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB41’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB41’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、X5’は、-N(RB5’)-である。いくつかの実施形態では、X5’は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X5’は、-N=である。
いくつかの実施形態では、LB5’は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、RB5’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB5’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB5’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、X6’は、-C(RB6’)=である。いくつかの実施形態では、X6’は、-CH=である。いくつかの実施形態では、X6’は、-C(ORB6’)=である。いくつかの実施形態では、X6’は、-C(RB6’)2-である。いくつかの実施形態では、X6’は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X6’は、-N=である。
いくつかの実施形態では、RB6’は、-LB6’-RB61’である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB6’は合わせて、=O、=C(-LB6’-RB61’)2、=N-LB6’-RB61’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB6’は合わせて、=Oを形成する。
いくつかの実施形態では、LB6’は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LB6’は、任意選択的に置換されたC1~10アルキレンである。いくつかの実施形態では、LB6’は、-CH2CH2-である。
いくつかの実施形態では、RB6’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB6’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB6’は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB6’は、保護基であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、RB6’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB6’は、-CH2CH2-(4-ニトロフェニル)である。
いくつかの実施形態では、RB61’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB61’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB61’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、X7’は、-C(RB7’)=である。いくつかの実施形態では、X7’は、-CH=である。いくつかの実施形態では、X7’は、-C(ORB7’)=である。いくつかの実施形態では、X7’は、-C(RB7’)2-である。いくつかの実施形態では、X7’は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、X7’は、-N(RB7’)-である。いくつかの実施形態では、X7’は、-NH-である。いくつかの実施形態では、X7’は、-N=である。
いくつかの実施形態では、RB7’は、-L7’-RB71’である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB7’は合わせて、=O、=C(-L7’-RB71’)2、=N-L7’-RB71’、又は任意選択的に置換された=CH2若しくは=NHを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つのRB7’は合わせて、=Oを形成する。いくつかの実施形態では、L7’は、共有結合である。いくつかの実施形態では、RB7’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB7’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、RB71’は、R’である。いくつかの実施形態では、RB71’は、Rである。いくつかの実施形態では、RB71’は、-Hである。
いくつかの実施形態では、LBは、共有結合である。いくつかの実施形態では、LBは、任意選択的に置換された二価C1~10飽和又は部分不飽和脂肪族鎖であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、-Cy-、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、LBは、1~6個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価C1~10飽和又は部分不飽和ヘテロ脂肪族鎖であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、-Cy-、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくともメチレン単位は置き換えられている。いくつかの実施形態では、LBは、任意選択的に置換されたC1~10アルキレンである。いくつかの実施形態では、LBは、-CH2CH2-である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-C(O)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-C(O)N(R’)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-N(R’)-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-NH-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのメチレン単位は、-Cy-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、LBは、任意選択的に置換された-N=CH-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LBは、-C(O)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LBは、-O-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LBは、-OC(O)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、LBは、-CH2OC(O)-であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分飽和、又は芳香族環である。-Cy-の好適な単環式単位は、本明細書で説明されている。いくつかの実施形態では、-Cy-は、単環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、二環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、多環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価3~10員単環式の飽和又は部分不飽和環である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価5~10員芳香環である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、フェニレンである。
いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)ORである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)N(R)2である。いくつかの実施形態では、R’は、-SO2Rである。
いくつかの実施形態では、様々な構造におけるR’は、保護基(例えば、アミノ、ヒドロキシル等)であり、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なものである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、4-ニトロフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CH2-(4-ニトロフェニル)である。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)NPh2である。
いくつかの実施形態では、各Rは、独立して、-H、又はC1~20脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、2つのR基は、任意選択的に且つ独立して、一緒になって共有結合を形成する。いくつかの実施形態では、同一原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の2つの基を、任意選択的に且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、2つ以上の原子上の2つの基を、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、単環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、多環式である。いくつかの実施形態では、それぞれの単環式環単位は、独立して、3~10(例えば、3~8、3~7、3~6、5~10、5~8、5~7、5~6、3、4、5、6、7、8、9、又は10等)員であり、独立して、飽和、部分飽和、又は芳香族であり、且つ独立して、0~5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、飽和である。いくつかの実施形態では、環は、部分飽和である。いくつかの実施形態では、環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、形成される環は、1~5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、形成される環は、1個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、形成される環は、2個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。
いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20、C1~15、C1~10、C1~8、C1~6、C1~5、C1~4、C1~3、又はC1~2脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された脂環族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロアルキルである。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~20ヘテロ脂肪族である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC6~20アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC6~20アリール脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC6~20アリールアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC6~20アリールヘテロ脂肪族である。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~10員環ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~6員環ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリルは、飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリルは、部分飽和である。
いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、硫黄、ケイ素、及びリンから選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄、及びケイ素から選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、及び硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、硫黄である。
当業者によって理解される通り、可変要素に関して説明されている実施形態は、様々な構造を提供するために容易に組み合わせられ得る。当業者はまた、可変要素に関して説明されている実施形態は、当該可変要素、例えば、R’ RB2、RB3、RB4、RB5、RB6、RB2’、RB3’、RB4’、RB5’、RB6’等に関するRの実施形態;LB2、LB3、LB4、LB5、LB6、LB2’、LB3’、LB4’、LB5’、LB6’等に関するLBの実施形態であり得る他の可変要素のために容易に利用され得ることを理解する。例示的な実施形態及びその組み合わせとして、本明細書で例示されている構造が挙げられるが、これに限定されない。ある特定の例を、下記で説明する。
いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-であり、X4の-C(O)-におけるOは、R5の-H、例えば、-NHR’における-H、R5’の-OH又は-SHと水素結合を形成し得る。いくつかの実施形態では、X4は、-C(O)-であり、X5は、-C(R5)=である。いくつかの実施形態では、R5’は、-NHR’である。いくつかの実施形態では、R5は、-LB5-NHR’である。いくつかの実施形態では、LB5は、任意選択的に置換された-CH2-である。いくつかの実施形態では、メチレン単位は、-C(O)-に置き換えられている。いくつかの実施形態では、LB5は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、R’は、-CH2Phである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、R’は、メチルである。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=であり、X4は、=C(-N(RB4)2)-である。いくつかの実施形態では、同じ原子(例えば、窒素原子)上の2つのR基は合わせて、任意選択的に置換された=CH2又は=NHを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子(例えば、窒素原子)上の2つのR基は合わせて、任意選択的に置換された=C(-LB4-R)2、=N-LB4-Rを形成する。いくつかの実施形態では、形成される基は、=CHN(R)2である。いくつかの実施形態では、形成される基は、=CHN(CH3)2である。いくつかの実施形態では、X4は、=C(-N=CHN(CH3)2)-である。いくつかの実施形態では、-N(RB4)2は、-NRB4である。いくつかの実施形態では、RB4は、-NHC(O)Rである。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、且つX3は、-N(RB3)-である。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N(RB3)-であり、且つX4は、-C(RB4)=である。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N(RB3)-であり、X4は、-C(RB4)=であり、且つX5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X3’は、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、X4は、-C(RB4)2-である。いくつかの実施形態では、RB4は、-Rである。いくつかの実施形態では、RB4は、-Hである。いくつかの実施形態では、X4は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)2-である。いくつかの実施形態では、RB5は、-Rである。いくつかの実施形態では、RB5は、-Hである。いくつかの実施形態では、X5は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X4は、-C(RB4)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-CH=である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、X5は、-CH=である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X4は、-C(RB4)2-である。いくつかの実施形態では、X4は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、X5は、-CH=である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N(RB3)-であり、X4は、-C(RB4)=であり、X5は、-C(RB5)=であり、X6は、-C(O)-である。いくつかの実施形態では、RB3、RB4、及びRB5の各々は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、RB3は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB4は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB5は、-Hである。いくつかの実施形態では、BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、BAは、
である。
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N(RB3)-である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(RB4)2-(式中、2つのRB4は合わせて、=Oを形成する)、又は=C(-LB4-RB41)2、=N-LB4-RB41である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(=NRB4)-である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、RB41又はRB4及びRB5は、Rであり、それらの介在原子と合わせて、本明細書で説明されている通り任意選択的に置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-N(RB4)2)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NHRB4)=である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、1つのRB4及びRB5は合わせて、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素原子を有する任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-N(RB4)2)=である。いくつかの実施形態では、X4は、-C(-NHRB4)=である。いくつかの実施形態では、X5は、-C(RB5)=である。いくつかの実施形態では、1つのRB4及びRB5は合わせて、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素原子を有する任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、環BAは、式BA-IV又はBA-Vの構造を有する。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、且つX3は、-N=である。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N=であり、且つX6は、-C(RB6)=である。いくつかの実施形態では、環BAAは、5~6員である。いくつかの実施形態では、環BAAは、単環式である。いくつかの実施形態では、環BAAは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環BAAは、芳香族である。いくつかの実施形態では、環BAAは、0~2個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環BAAは、1~2個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環BAAは、1個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環BAAは、2個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、X1は、X5に結合している。いくつかの実施形態では、X4及びX5の各々は、独立して、-CH=である。いくつかの実施形態では、X1は、-N(-)-であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-NH-であり、X4は、-CH=であり、且つX5は、-CH=である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、環BAは、式BA-VIの構造を有する。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(O)-であり、且つX3’は、-N(RB3)-である。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(O)-であり、X3’は、-N(RB3)-であり、X4’は、-C(RB4’)=であり、X5’は、-N=であり、X6’は、-C(RB6’)=であり、且つX7’は、-N=である。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(O)-であり、X3’は、-N(RB3)-であり、X4’は、-C(RB4’)=であり、X5’は、-C(RB5’)=であり、X6’は、-C(RB6’)=であり、且つX7’は、-C(RB7’)=である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(RB2’)=であり、且つX3’は、-N=である。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(RB2’)=であり、X3’は、-N=であり、X4’は、-C(-N(RB4’)2)=であり、X5’は、-N=であり、X6’は、-C(O)-であり、且つX7’は、-N(RB7’)-である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(RB2’)=であり、且つX3’は、-N=である。いくつかの実施形態では、X1’は、-N(-)-であり、X2’は、-C(RB2’)=であり、X3’は、-N=であり、X4’は、-C(-N(RB4’)2)=であり、X5’は、-N=であり、X6’は、-C(O)-であり、且つX7’は、-N(RB7’)-である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=であり、X2は、-C(O)-であり、且つX3は、-N(RB3)-である。いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N(RB3)-、-C(-N(RB4)2)=であり、且つX4は、-C(RB4)=である。いくつかの実施形態では、X1は、-C(-)=であり、X2は、-C(O)-であり、X3は、-N(RB3)-、-C(-N(RB4)2)=であり、X4は、-C(RB4)=であり、且つX6は、-C(RB6)=である。いくつかの実施形態では、RB3、RB4、及びRB6の各々は、独立して、-Hである。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、任意選択的に置換されたか又は保護された
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
いくつかの実施形態では、環BAは、
の構造を有する。いくつかの実施形態で、RB4は、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態で、RB4は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、RB4は、
である。いくつかの実施形態では、RB5は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB5は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RB5は、-NH2である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
の構造を有する。いくつかの実施形態で、RB4は、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態で、RB4は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、RB4は、
である。いくつかの実施形態では、RB5は、-Hである。いくつかの実施形態では、RB5は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RB5は、-NH2である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。いくつかの実施形態では、環BAは、
である。
本明細書で説明されている通り、環BAは、任意選択的に置換され得る。いくつかの実施形態では、X2、X3、X4、X5、X6、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’の各々は、これが-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である場合には、独立して且つ任意選択的に置換される。いくつかの実施形態では、X2、X3、X4、X5、X6、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’の各々は、これが-CH=、-CH2-、又は-NH-である場合には、独立して且つ任意選択的に置換される。いくつかの実施形態では、X2、X3、X4、X5、X6、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’の各々は、これが-CH=である場合には、独立して且つ任意選択的に置換される。いくつかの実施形態では、X2、X3、X4、X5、X6、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’の各々は、これが-CH2-である場合には、独立して且つ任意選択的に置換される。いくつかの実施形態では、X2、X3、X4、X5、X6、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’の各々は、これが-NH-である場合には、独立して且つ任意選択的に置換される。いくつかの実施形態では、X2’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X3は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X4は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X5は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X6は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X2’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X3’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X4’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X5’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X6’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。いくつかの実施形態では、X7’は、任意選択的に置換された-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である。
本明細書で実証される通り、いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のある特定の核酸塩基(例えば、b001A、b002A、b008U、C、A等)を含む提供されるオリゴヌクレオチドは、特に、改善された編集効率(例えば、U等の参照核酸塩基と比較して)を提供し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、その3’側においてIに連結されている。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、本明細書で説明されている通りの環BAである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数の環BAを含む。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、脱塩基であり、例えば、
の構造を有する脱塩基である。当業者によって理解され且つ様々なオリゴヌクレオチドにおいて実証される通り、脱塩基ヌクレオシドはまた、オリゴヌクレオチドの他の部分において利用されてもよく、オリゴヌクレオチドは、1つ複数(例えば、1、2、3、4、5、又はそれより多い)の任意選択的で連続的な脱塩基ヌクレオシドを含んでもよい。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ複数の任意選択的で連続的な脱塩基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ1つの脱塩基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第1のドメイン又は第2のドメインの第1のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第1のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第2のドメインの第1のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、脱塩基ヌクレオシドは、標的アデノシンの反対側にある。本明細書で実証される通り、単一の脱塩基ヌクレオシドは、各々が参照オリゴヌクレオチド中に核酸塩基を独立して含む1つ又は複数のヌクレオシドを置き換えてもよく、例えば、L010は、核酸塩基を含む1つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよく、L012は、各々が核酸塩基を独立して含む1、2、又は3つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよく、L028は、各々が核酸塩基を独立して含む1、2、又は3つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよい。いくつかの実施形態では、塩基ヌクレオシドは、立体的に不規則な結合(例えば、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(任意選択的に脱塩基である)に連結されている。いくつかの実施形態では、それぞれの塩基ヌクレオシドは、独立して、立体的に不規則な結合(例えば、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(任意選択的に脱塩基である)に連結されている。
の構造を有する脱塩基である。当業者によって理解され且つ様々なオリゴヌクレオチドにおいて実証される通り、脱塩基ヌクレオシドはまた、オリゴヌクレオチドの他の部分において利用されてもよく、オリゴヌクレオチドは、1つ複数(例えば、1、2、3、4、5、又はそれより多い)の任意選択的で連続的な脱塩基ヌクレオシドを含んでもよい。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ複数の任意選択的で連続的な脱塩基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ1つの脱塩基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第1のドメイン又は第2のドメインの第1のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第1のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第2のドメインの第1のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、脱塩基ヌクレオシドは、標的アデノシンの反対側にある。本明細書で実証される通り、単一の脱塩基ヌクレオシドは、各々が参照オリゴヌクレオチド中に核酸塩基を独立して含む1つ又は複数のヌクレオシドを置き換えてもよく、例えば、L010は、核酸塩基を含む1つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよく、L012は、各々が核酸塩基を独立して含む1、2、又は3つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよく、L028は、各々が核酸塩基を独立して含む1、2、又は3つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよい。いくつかの実施形態では、塩基ヌクレオシドは、立体的に不規則な結合(例えば、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(任意選択的に脱塩基である)に連結されている。いくつかの実施形態では、それぞれの塩基ヌクレオシドは、独立して、立体的に不規則な結合(例えば、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(任意選択的に脱塩基である)に連結されている。
いくつかの実施形態では、標的アデニンの反対側の修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を著しく改善させ得る。いくつかの実施形態では、反対側の位置の修飾された核酸塩基は、その隣(例えば、3’側)にGがあるときでさえ、高い活性を提供し得、及び/又は他の核酸塩基(例えば、C)は、はるかに低い活性を提供するか、又は実質的に活性(activites)を検出しない。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA糖)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖(例えば、対応する環状糖のC2-C3結合を切断することによる)である。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。いくつかの実施形態では、この数は、6である。いくつかの実施形態では、この数は、7である。いくつかの実施形態では、この数は、8である。いくつかの実施形態では、この数は、9である。いくつかの実施形態では、この数は、10である。いくつかの実施形態では、この数は、11である。いくつかの実施形態では、この数は、12である。いくつかの実施形態では、この数は、13である。いくつかの実施形態では、この数は、14である。いくつかの実施形態では、この数は、15である。いくつかの実施形態では、この数は、16である。いくつかの実施形態では、この数は、17である。いくつかの実施形態では、この数は、18である。いくつかの実施形態では、この数は、19である。いくつかの実施形態では、この数は、20である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して2’-Fではない修飾を有する修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの修飾された糖は、それぞれ独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から選択される。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2’-F修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数の二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)のレベルは、個々に又は合わせて、2’-F修飾された糖のレベルと比較して相対的に高い。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の、2’-N(R)2修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の、2’-NH2修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の二環式糖(例えば、LNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む。
いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のどの糖も、2’-MOEを含まない。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、この数は、1以上である。いくつかの実施形態では、この数は、2以上である。いくつかの実施形態では、この数は、3以上である。いくつかの実施形態では、この数は、4以上である。いくつかの実施形態では、この数は、5以上である。いくつかの実施形態では、この数は、6以上である。いくつかの実施形態では、この数は、7以上である。いくつかの実施形態では、この数は、8以上である。いくつかの実施形態では、この数は、9以上である。いくつかの実施形態では、この数は、10以上である。いくつかの実施形態では、この数は、11以上である。いくつかの実施形態では、この数は、12以上である。いくつかの実施形態では、この数は、13以上である。いくつかの実施形態では、この数は、14以上である。いくつかの実施形態では、この数は、15以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、2つの第2のドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインのヌクレオチド間結合は、第2のドメインの2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のヌクレオシド及び第2のドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第2のドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態で
は、高いパーセンテージ(例えば、Rpのヌクレオチド間結合及び/又は天然のリン酸結合と比較して)のSpのヌクレオチド間結合は、改善された特性及び/又は活性(例えば、高い安定性及び/又は高いアデノシン編集活性)をもたらすことが観察された。
は、高いパーセンテージ(例えば、Rpのヌクレオチド間結合及び/又は天然のリン酸結合と比較して)のSpのヌクレオチド間結合は、改善された特性及び/又は活性(例えば、高い安定性及び/又は高いアデノシン編集活性)をもたらすことが観察された。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、ある特定のレベルのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第2のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第2のドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第2のドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%又は約5%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約10%又は約10%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約15%又は約15%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%又は約20%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%又は約25%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%又は約30%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%又は約35%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%又は約40%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%又は約45%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、1~5個、例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この数は、約1又は約1以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約2又は約2以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約3又は約3以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約4又は約4以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約5又は約5以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約6又は約6以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約7又は約7以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約8又は約8以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約9又は約9以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約10又は約10以下である。
いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個))は、Rpである。
いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個))は、Rpである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示される通り、第2のドメインは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択的に且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約1~10、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10である。いくつかの実施形態では、この数は、約1である。いくつかの実施形態では、この数は、約2である。いくつかの実施形態では、この数は、約3である。いくつかの実施形態では、この数は、約4である。いくつかの実施形態では、この数は、約5である。いくつかの実施形態では、2つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの2つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している(例えば、3つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合)。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は2つ以上(例えば、約2、約3、約4個等)の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第2のドメインの3’末端にある。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、n001ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの最後の2つのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001等の中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、ADARタンパク質等のタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか、又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、ADARタンパク質等のタンパク質をリクルートするか、又はこのタンパク質との相互作用を促進するか、若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、ADARのRNA結合ドメイン(RBD)と接触する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、デアミナーゼ活性を有するADARの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、様々な核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合が、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)の1つ又は複数の残基と相互作用し得る。
いくつかの実施形態では、第2のドメインは、本明細書で説明されている通りの第1のサブドメインを含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、本明細書で説明されている通りの第2のサブドメインを含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、本明細書で説明されている通りの第3のサブドメインを含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。そのようなサブドメインのある特定の実施形態を、下記で説明する。
第1のサブドメイン
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。第1のサブドメインのある特定の実施形態を、例として下記で説明する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、修飾される(例えば、Iへの変換)ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。第1のサブドメインのある特定の実施形態を、例として下記で説明する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、修飾される(例えば、Iへの変換)ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~20個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約5~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約10~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約10~20個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約5~15個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約13~16個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約6~12個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約6~9個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~7個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~5個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、4個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、5個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、6個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、7個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、8個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、9個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、11個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、12個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、13個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、14個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、15個の核酸塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、第2のドメインの約、又は少なくとも約5~95%、10%~90%、20%~80%、30%~70%、40%~70%、40%~60%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%~60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約90%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチが第1のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、2個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、3個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、4個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、5個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、6個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、7個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、8個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、9個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、10個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎが第1のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、2個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、3個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、4個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、5個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、6個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、7個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、8個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、9個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、10個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない1つ又は複数のミスマッチを独立して含む1つ又は複数のバルジを含む。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成する場合には、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。反対側のヌクレオシド中の修飾された核酸塩基を含む好適な核酸塩基は、本明細書で説明されている。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、C、Cの互変異性体、U、Uの互変異性体、A、Aの互変異性体、及びBA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VIの構造を有する環BA、又は環BAの互変異性体であるか又はそれを含む核酸塩基から選択される任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA糖)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖(例えば、対応する環状糖のC2-C3結合を切断することによる)である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。いくつかの実施形態では、この数は、6である。いくつかの実施形態では、この数は、7である。いくつかの実施形態では、この数は、8である。いくつかの実施形態では、この数は、9である。いくつかの実施形態では、この数は、10である。いくつかの実施形態では、この数は、11である。いくつかの実施形態では、この数は、12である。いくつかの実施形態では、この数は、13である。いくつかの実施形態では、この数は、14である。いくつかの実施形態では、この数は、15である。いくつかの実施形態では、この数は、16である。いくつかの実施形態では、この数は、17である。いくつかの実施形態では、この数は、18である。いくつかの実施形態では、この数は、19である。いくつかの実施形態では、この数は、20である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して2’-Fではない修飾を有する修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの修飾された糖は、それぞれ独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から選択される。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、2’-F修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、二環式糖(例えば、LNA)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から独立して選択される約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2’-F修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数の二環式糖、及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-OHである)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは-Hではない)のレベルは、個々に又は合わせて、2’-F修飾された糖のレベルと比較して相対的に高い。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約50%以下は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の、2’-N(R)2修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の二環式糖(例えば、LNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の糖の約50%以下は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のどの糖も、2’-MOEを含まない。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、2’-F修飾された糖と比べて多くの2’-OR修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖又は2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、3つのヌクレオシドのみを含み、これらの2つは、独立して、2’-OR修飾された糖であり、1つは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2’-F修飾されたヌクレオシドは、第1のサブドメインの3’末端に存在しており、第2のサブドメインと連結している。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、ある糖は、2’-OMe修飾されており、ある糖は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、3つのヌクレオシドのみを含み、これらのヌクレオシドは、N2、N3、及びN4である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の少なくとも約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の少なくとも約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の少なくとも約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、この数は、1以上である。いくつかの実施形態では、この数は、2以上である。いくつかの実施形態では、この数は、3以上である。いくつかの実施形態では、この数は、4以上である。いくつかの実施形態では、この数は、5以上である。いくつかの実施形態では、この数は、6以上である。いくつかの実施形態では、この数は、7以上である。いくつかの実施形態では、この数は、8以上である。いくつかの実施形態では、この数は、9以上である。いくつかの実施形態では、この数は、10以上である。いくつかの実施形態では、この数は、11以上である。いくつかの実施形態では、この数は、12以上である。いくつかの実施形態では、この数は、13以上である。いくつかの実施形態では、この数は、14以上である。いくつかの実施形態では、この数は、15以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、2つの第1のサブドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第1のサブドメインの
2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第1のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。
2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第1のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、ある特定のレベルのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第1のサブドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第1のサブドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第1のサブドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%又は約5%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約10%又は約10%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約15%又は約15%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%又は約20%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%又は約25%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%又は約30%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%又は約35%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%又は約40%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%又は約45%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、1~5個、例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この数は、約1又は約1以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約2又は約2以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約3又は約3以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約4又は約4以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約5又は約5以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約6又は約6以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約7又は約7以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約8又は約8以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約9又は約9以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約10又は約10以下である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個))は、Rpである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示される通り、第1のサブドメインは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、この各々は、任意選択的に且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約1~10、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10である。いくつかの実施形態では、この数は、約1である。いくつかの実施形態では、この数は、約2である。いくつかの実施形態では、この数は、約3である。いくつかの実施形態では、この数は、約4である。いくつかの実施形態では、この数は、約5である。いくつかの実施形態では、2つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの2つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第1のサブドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している(例えば、3つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合)。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は2つ以上(例えば、約2、約3、約4個等)の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第1のサブドメインの3’末端にある。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、n001ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001等の中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の、2つの2’-OR修飾された糖に結合したヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、50%以上(例えば、50%~100%、50%~90%、50~80%、又は約50%、60%、66%、70%、75%、80%、90%、又はより多く)の、2つの2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖に結合したヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、5’末端部分、例えば、約1~20、1~15、1~10、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の核酸塩基の長さを有するものを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、約3~6個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、長さは、1個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、2個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、3個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、4個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、5個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、6個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、7個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、8個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、9個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、10個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、第1のサブドメインの5’末端核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2つの2’-Hを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2’-OHを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の糖の1つ又は複数(例えば、約1~20、1~15、1~10、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OR(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、5’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Spである。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、60%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、70%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、75%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、80%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、90%以上である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、3’末端部分、例えば、約1~20、1~15、1~10、1~5、1~3、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個の核酸塩基の長さを有するものを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、約1~3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、長さは、1個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、2個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、3個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、4個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、5個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、6個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、7個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、8個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、9個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、10個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、第1のサブドメインの3’末端核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、5’末端部分及び3’末端部分を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2つの2’-Hを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2’-OHを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の糖の1つ又は複数(例えば、約1~20、1~15、1~10、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F、又は2’-OR(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より高いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)の2’-F修飾された糖及び/又は2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)、及び/又はより低いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)の他の種類の修飾された糖(例えば、二環式糖、及び/又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である))を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より高いレベルの2’-F修飾された糖、及び/又はより低いレベルの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より高いレベルの2’-F修飾された糖、及び/又はより低いレベルの2’-OMe修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より低いレベルの2’-F修飾された糖、及び/又はより高いレベルの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より低いレベルの2’-F修飾された糖、及び/又はより高いレベルの2’-OMe修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より高いレベルの天然のDNA糖、及び/又はより低いレベルの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分と比較して、3’末端部分は、より高いレベルの天然のDNA糖、及び/又はより低いレベルの2’-OMe修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、低いレベル(例えば、50%、40%、30%、25%、20%、若しくは10%以下、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個以下)の、二環式糖又は2’-ORを含む糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族(例えば、メチル)である)である修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、二環式糖又は2’-ORを含む糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族(例えば、メチル)である)である修飾された糖を含有しない。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の修飾された糖は、独立して、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、どの修飾された糖も、2’-OMe又は他の2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含まない。いくつかの実施形態では、3’末端部分のそれぞれの糖は、独立して、2つの2’-H又は2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1~3個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1~3個の天然のDNA糖を含む。
いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、3’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、3’-末端部分は、5’末端部分と比較して高いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)のRpのヌクレオチド間結合及び/又は天然のリン酸結合を含有する。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、60%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、70%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、75%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、80%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、90%以上である。
いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、ADARタンパク質(例えば、ADAR1、ADAR2)等のタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか、又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、ADARタンパク質等のタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、ADARのRNA結合ドメイン(RBD)と接触する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、デアミナーゼ活性を有するADARの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインの様々な核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合は、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)の1つ又は複数の残基と相互作用し得る。
第2のサブドメイン
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。第2のサブドメインのある特定の実施形態を、例として下記で説明する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、修飾される(例えば、Iへの変換)ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、標的アデノシンの反対側にただ1つのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの標的アデノシンの反対側のそれぞれのヌクレオシドは、第2のサブドメインである。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。第2のサブドメインのある特定の実施形態を、例として下記で説明する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、修飾される(例えば、Iへの変換)ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、標的アデノシンの反対側にただ1つのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの標的アデノシンの反対側のそれぞれのヌクレオシドは、第2のサブドメインである。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、約1~10、1~5、1~3個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、約1~10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、約1~5個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、約1~3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、2個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の全てのヌクレオシドは、5’-N1N0N-1-3’である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチが第2のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、2個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、3個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、4個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、5個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、6個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、7個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、8個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、9個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、10個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ただ1個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ただ2個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ただ2個のミスマッチを含み、1個のミスマッチは、標的アデノシンとその反対側のヌクレオシドとの間にあり、及び/又は1個のミスマッチは、標的アデノシンの隣のヌクレオシドとオリゴヌクレオチド中のその対応するヌクレオシドとの間にある。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの隣のヌクレオシドとオリゴヌクレオチド中のその対応するヌクレオシドとの間のミスマッチは、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、ゆらぎは、I-Cである。いくつかの実施形態では、Cは、標的アデノシンの隣にあり、例えば、その3’側のすぐ隣にある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎが第2のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、2個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、3個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、4個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、5個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、6個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、7個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、8個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、9個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、10個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない1つ又は複数のミスマッチを独立して含む1つ又は複数のバルジを含む。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成する場合には、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。反対側のヌクレオシド中の修飾された核酸塩基を含む好適な核酸塩基は、本明細書で説明されている。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、C、Cの互変異性体、U、Uの互変異性体、A、Aの互変異性体、及びBA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VIの構造を有する環BA、又は環BAの互変異性体であるか又はそれを含む核酸塩基から選択される任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
から選択される。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。
から選択される。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、反対側の核酸塩基の隣に修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、これは、5’側にある。いくつかの実施形態では、これは、3’側にある。いくつかの実施形態では、それぞれの側に、独立して、修飾された核酸塩基がある。特に、本開示は、反対側の核酸塩基に隣接する(例えば、その隣にある)核酸塩基が、標的核酸、オリゴヌクレオチド、及び/又はその二重鎖の認識、結合、相互作用、及び/又は修飾に対する破壊(例えば、立体障害)を引き起こす可能性があることを認める。いくつかの実施形態では、破壊は、隣接するGと関連する。いくつかの実施形態では、本開示は、Gを置き換え得、且つGと比較して改善された安定性及び/又は活性をもたらし得る核酸塩基を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基(例えば、反対側のヌクレオシドの3’側のすぐ隣のヌクレオシド)は、ヒポキサンチンである(破壊(例えば、立体障害)及び/又はCとのゆらぎの塩基対形成の形成を低減するためにGを置き換える)。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、ヒポキサンチンの誘導体である。いくつかの実施形態では、3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、式BA-VIの構造を有する環BAであるか又はそれを含む核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、
である。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、
である。
である。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、
である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA糖)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖(例えば、対応する環状糖のC2-C3結合を切断することによる)である。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、UNA糖等の非環式糖を含む。いくつかの実施形態では、そのような非環式糖は、タンパク質が標的アデノシン上で修飾を行うための柔軟性を提供する。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から独立して選択される約1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の低いレベル(例えば、50%、40%、30%、25%、20%、若しくは10%以下、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個以下)の糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含有しない。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含有しない。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の高いレベル(例えば、50%、60%、70%、80%、90%、若しくは95%、99%超、又は10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個超)の糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)、又は2’-OHを含む糖(例えば、天然のRNA糖)である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖及び天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、レベルは、100%である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1、2、3、4、又は5個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1、2、3、4、又は5個の糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1、2、3、4、又は5個の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、2’-OHを含む1、2、3、4、又は5個の糖を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1、2、3、4、又は5個の天然のRNA糖を含む。いくつかの実施形態では、数は、1である。いくつかの実施形態では、数は、2である。いくつかの実施形態では、数は、3である。いくつかの実施形態では、数は、4である。いくつかの実施形態では、数は、5である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の低いレベル(例えば、50%、40%、30%、25%、20%、若しくは10%以下、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個以下)の糖は、独立して、2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-Fを含有しない。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-Fを含有しない。
いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの糖(「反対側の糖」)、反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(「5’側の隣の糖」)、及び/又は反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(「3’側の隣の糖」)は、独立して且つ任意選択的に、2’-F修飾された糖、2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)、又は2’-OHを含む糖(例えば、天然のRNA糖)である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、2つの2’-Hを含む糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、2’-OHを含む糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、天然のRNA糖である。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の5’側の隣の糖、反対側の糖、及び3’側の隣の糖の各々は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、5’側の隣の糖は、2’-F修飾された糖であり、反対側の糖及び3’側の隣の糖の各々は、独立して、天然のDNA糖である。
いくつかの実施形態では、5’側の隣の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、5’側の隣の糖は、2つの2’-Hを含む糖である。いくつかの実施形態では、5’側の隣の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、5’側の隣の糖は、2’-OHを含む糖である。いくつかの実施形態では、5’側の隣の糖は、天然のRNA糖である。
いくつかの実施形態では、3’側の隣の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、3’側の隣の糖は、2つの2’-Hを含む糖である。いくつかの実施形態では、3’側の隣の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、3’側の隣の糖は、2’-OHを含む糖である。いくつかの実施形態では、3’側の隣の糖は、天然のRNA糖である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の糖の約50%以下は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のどの糖も、2’-MOEを含まない。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、約1~10個(例えば、約1~5、1~4、1~3、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の少なくとも約1~10個(例えば、約1~5、1~4、1~3、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の少なくとも約1~10個(例えば、約1~5、1~4、1~3、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の少なくとも約1~10個(例えば、約1~5、1~4、1~3、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、この数は、1以上である。いくつかの実施形態では、この数は、2以上である。いくつかの実施形態では、この数は、3以上である。いくつかの実施形態では、この数は、4以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、2つの第2のサブドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第2のサブドメインの2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のヌクレオシド及び第1又は第3のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第2のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のヌクレオシド及び第1又は第3のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ある特定のレベルのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第2のサブドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第2のサブドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第2のサブドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%又は約5%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約10%又は約10%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約15%又は約15%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%又は約20%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%又は約25%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%又は約30%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%又は約35%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%又は約40%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%又は約45%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、1~10個(例えば、約1~5、1~4、1~3、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この数は、約1又は約1以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約2又は約2以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約3又は約3以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約4又は約4以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約5又は約5以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約6又は約6以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約7又は約7以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約8又は約8以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約9又は約9以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約10又は約10以下である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、他の部分(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン全体、第1のサブドメイン、第3のサブドメイン、又はこれらの一部)と比較してより高いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、Spのヌクレオチド間結合より高いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)のRpのヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個))は、Rpである。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の天然のDNA若しくはRNA又は2’-修飾された糖に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのそのような修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001のようなホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、それぞれのそのような修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又はn001ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、2つの第2のサブドメインヌクレオシドに結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、2つの第2のサブドメインヌクレオシドに結合しているそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインヌクレオシドに結合している1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001のようなホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、N-1及びN-2に結合しているヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、N-1は、ヒポキサンチンを含み、いくつかの実施形態では、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンを含むヌクレオシドの3’位に結合しているホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンを含むヌクレオシド(例えば、デオキシイノシン)の3’位に結合しているそのようなSpのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合(例えば、Spのn001)を含むオリゴヌクレオチドは、様々な利益(例えば、より高い活性、より良好な特性、より低い製造コスト、及び/又はより容易に利用可能な原料等)を提供する。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されている通り、第2のサブドメインは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、この各々は、任意選択的に且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約1~5、又は約1、2、3、4、若しくは5である。いくつかの実施形態では、この数は、約1である。いくつかの実施形態では、この数は、約2である。いくつかの実施形態では、この数は、約3である。いくつかの実施形態では、この数は、約4である。いくつかの実施形態では、この数は、約5である。いくつかの実施形態では、2つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの2つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第2のサブドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している(例えば、3つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合)。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は2つ以上(例えば、約2、約3、約4個等)の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第2のサブドメインの3’末端にある。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、n001ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第3のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第3のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第3のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第3のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第3のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001等の中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、少なくとも1つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、少なくとも2つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、少なくとも3つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、少なくとも4つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、少なくとも5つの天然のリン酸結合を含む。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその5’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその5’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその5’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(反対側のヌクレオシドに対して-1位)に連結される。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つSpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、且つキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、且つキラル制御されない。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドに対して-1位のヌクレオシド及び反対側のヌクレオシドに対して-2位のヌクレオシド(例えば、5’-...N0N-1N-2...3’において、N0が反対側のヌクレオシドである場合には、N-1は、-1位にあり、且つN-2は-2位にある)は、天然のリン酸結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、これらは、修飾されたヌクレオチド間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つSpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、且つキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、且つキラル制御されない。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインのヌクレオシド及び第3のサブドメインのヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、これらは、修飾されたヌクレオチド間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つSpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、且つキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)であり、且つキラル制御されない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N1N0N-1-3’を含み、N1、N0、及びN-1の各々は、独立して、ヌクレオシドであり、N1及びN0は、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合に結合しており、N-1及びN0は、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合に結合しており、N0は、標的アデノシンの反対側である。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖又は2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、2’修飾された糖であり、N0及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、N-1に結合している2つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1に結合している2つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1に結合している2つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの他のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、もしあれば独立して、Spである。いくつかの実施形態では、N1に結合している5’ヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N1及びN0に結合しているヌクレオチド間結合(すなわち、N1に結合している3’ヌクレオチド間結合)は、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1及びN0に結合しているヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1に結合している3’ヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N0に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N0又はN1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N0又はN-1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、それぞれのRpのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの他のキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。
いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)の糖は、独立して、天然のDNA糖、天然のRNA糖、及び2’-F修飾された糖(例えば、R2sは、-Fである)から選択される。いくつかの実施形態では、反対のヌクレオシド(例えば、N0)の糖は、独立して、天然のDNA糖、天然のRNA糖、及び2’-F修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の糖は、独立して、天然のDNA糖、天然のRNA糖、及び2’-F修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド、反対側のヌクレオシド、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシドの糖は、それぞれ独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド、反対側のヌクレオシド、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシドの糖は、それぞれ天然のDNA糖、天然のRNA糖、及び天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド、反対側のヌクレオシド、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシドの糖は、それぞれ2’-F修飾された糖、天然のRNA糖、及び天然のDNA糖である。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、そのような反対側のヌクレオシドは、3’側のすぐ隣のIヌクレオシド(アラインメントされる場合には、標的核酸中のCに対して任意選択的に相補的である)と共に利用される。いくつかの実施形態では、3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)とその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-2)との間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、これは、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され、且つSpである。
いくつかの実施形態では、3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)及びその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、5’-N1N0N-1N-2-3’におけるN-2)に結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、これは、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、立体的に不規則な負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、立体的に不規則なn001である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これは、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。
いくつかの実施形態では、N-1は、Iである。いくつかの実施形態では、例えば、標的核酸が5’-CA-3’(式中、Aは、標的アデノシンである)を含む場合には、Iを利用してGを置き換える。いくつかの実施形態では、5’-N1N0N-1-3’は、5’-N1N0I-3’である。いくつかの実施形態では、N0は、b001A、b002A、b003A、b008U、b001C、C、A、又はUである。いくつかの実施形態では、N0は、b001A、b002A、b008U、b001C、C、又はAである。いくつかの実施形態では、N0は、b001A、b002A、b008U、又はb001Cである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、b002Aである。いくつかの実施形態では、N0は、b003Aである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Cである。いくつかの実施形態では、N0は、Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Uである。
本明細書で実証される通り、いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側にある特定の核酸塩基(例えば、b001A、b002A、b008U、C、A等)を含む提供されるオリゴヌクレオチドは、特に、改善された編集効率(例えば、U等の参照核酸塩基と比較して)を提供し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、その3’側においてIに連結される。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、本明細書で説明されている通りの編集領域を含む。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、5’末端部分、例えば、約1~5、1~3、又は約1、2、3、4、若しくは5個の核酸塩基の長さを有するものを含む。いくつかの実施形態では、長さは、1個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、2個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、3個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、4個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、5個の核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2つの2’-Hを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2’-OHを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の糖の1つ又は複数(例えば、約1~5、1~3個、又は約1、2、3、4、若しくは5個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。
いくつかの実施形態では、5’末端部分中の低いレベル(例えば、50%、40%、30%、25%、20%、若しくは10%以下、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個以下)の糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含有しない。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含有しない。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、5’末端中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)、又は2’-OHを含む糖(例えば、天然のRNA糖)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、及び天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、レベルは、100%である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の糖は、2つの2’-Hを有する糖(例えば、天然のDNA糖)及び2’-F修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2つの2’-Hを含む1、2、3、4、又は5個の糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2’-OHを含む1、2、3、4、又は5個の糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の天然のRNA糖を含む。いくつかの実施形態では、数は、1である。いくつかの実施形態では、数は、2である。いくつかの実施形態では、数は、3である。いくつかの実施形態では、数は、4である。いくつかの実施形態では、数は、5である。
いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、5’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Spである。
いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、5’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Rpである。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、60%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、70%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、75%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、80%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、90%以上である。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、反対側のヌクレオシドの5’側の隣にヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドは、本明細書で説明されている通りの核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、3’末端部分(例えば、約1~5、1~3個、又は約1、2、3、4、若しくは5個の核酸塩基の長さを有するもの)を含む。いくつかの実施形態では、長さは、1個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、2個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、3個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、4個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、5個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、5’末端部分及び3’末端部分からなる。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、2つの2’-Hを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、2’-OHを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の糖の1つ又は複数(例えば、約1~5、1~3個、又は約1、2、3、4、若しくは5個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。
いくつかの実施形態では、3’末端部分中の低いレベル(例えば、50%、40%、30%、25%、20%、若しくは10%以下、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個以下)の糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含有しない。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含有しない。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、3’末端中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)、又は2’-OHを含む糖(例えば、天然のRNA糖)である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の高いレベル(例えば、約60~100%、又は約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以上、若しくは100%)又は全ての糖は、独立して、2’-F修飾された糖、及び天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、レベルは、100%である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の糖は、2つの2’-Hを有する糖(例えば、天然のDNA糖)及び2’-F修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、2つの2’-Hを含む1、2、3、4又は5個の糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、2’-OHを含む1、2、3、4、又は5個の糖を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の天然のRNA糖を含む。いくつかの実施形態では、数は、1である。いくつかの実施形態では、数は、2である。いくつかの実施形態では、数は、3である。いくつかの実施形態では、数は、4である。いくつかの実施形態では、数は、5である。
いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、3’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Spである。
いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、3’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Rpである。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、又は5個)のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、60%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、70%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、75%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、80%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、90%以上である。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、反対側のヌクレオシドの3’側の隣にヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドは、本明細書で説明されている通りの核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドは、標的核酸における対応するヌクレオシドとゆらぎの対を形成する。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの核酸塩基は、ヒポキサンチンであり;いくつかの実施形態では、これは、ヒポキサンチンの誘導体である。
いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ADARタンパク質(例えば、ADAR1、ADAR2)等のタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか、又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ADARタンパク質等のタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ADARのRNA結合ドメイン(RBD)と接触する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、デアミナーゼ活性を有するADARの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインの様々な核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合が、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)の1つ又は複数の残基と相互作用し得る。
第3のサブドメイン
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。第3のサブドメインのある特定の実施形態を、例として下記で説明する。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’から3’に、第1のドメイン及び第2のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、5’から3’に、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる。第3のサブドメインのある特定の実施形態を、例として下記で説明する。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~20個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約5~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約10~30個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約10~20個の長さの核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約5~15個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約13~16個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約6~12個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約6~9個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~7個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、4個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、5個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、6個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、7個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、8個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、9個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、10個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、11個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、12個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、13個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、14個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、15個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、第1のサブドメインより短い。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、第1のドメインより短い。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、第2のドメインの3’末端核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、第2のドメインの約、又は少なくとも約5~95%、10%~90%、20%~80%、30%~70%、40%~70%、40%~60%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%~70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%~60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約90%である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの5’末端ヌクレオシドは、N-2である。いくつかの実施形態では、N-2から3’末端までの全てのヌクレオシドは、第3のサブドメイン中に存在する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチが、第3のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、2個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、3個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、4個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、5個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、6個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、7個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、8個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、9個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、10個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎが、第3のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、1個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、2個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、3個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、4個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、5個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、6個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、7個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、8個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、9個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、10個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない1つ又は複数のミスマッチを独立して含む1つ又は複数のバルジを含む。いくつかの実施形態では、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジがある。いくつかの実施形態では、この数は、0である。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第3のドメインは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(反対側のヌクレオシド)を含む。いくつかの実施形態では、第3のドメインは、反対側のヌクレオシドの3’側の隣にヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第3のドメインは、反対側のヌクレオシドの5’側の隣にヌクレオシドを含む。糖及びその核酸塩基を含む様々な好適な反対側のヌクレオシドが、本明細書で説明されている。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成する場合には、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。反対側のヌクレオシド中に修飾された核酸塩基を含む好適な核酸塩基は、本明細書で説明されている。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、C、Cの互変異性体、U、Uの互変異性体、A、Aの互変異性体、及びBA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VIの構造を有する環BA、又は環BAの互変異性体であるか又はそれを含む核酸塩基から選択される任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA糖)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖(例えば、対応する環状糖のC2-C3結合を切断することによる)である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、この数は、1である。いくつかの実施形態では、この数は、2である。いくつかの実施形態では、この数は、3である。いくつかの実施形態では、この数は、4である。いくつかの実施形態では、この数は、5である。いくつかの実施形態では、この数は、6である。いくつかの実施形態では、この数は、7である。いくつかの実施形態では、この数は、8である。いくつかの実施形態では、この数は、9である。いくつかの実施形態では、この数は、10である。いくつかの実施形態では、この数は、11である。いくつかの実施形態では、この数は、12である。いくつかの実施形態では、この数は、13である。いくつかの実施形態では、この数は、14である。いくつかの実施形態では、この数は、15である。いくつかの実施形態では、この数は、16である。いくつかの実施形態では、この数は、17である。いくつかの実施形態では、この数は、18である。いくつかの実施形態では、この数は、19である。いくつかの実施形態では、この数は、20である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)のRNA糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)のDNA糖を含む。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の全ての糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、N-2は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、N-3は、2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、N-3の後のそれぞれのヌクレオシドは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、N-3は、2’-F修飾された糖を含み、第3のサブドメイン中のそれぞれの他のヌクレオシドは、独立して、2’-OF修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の、独立して2’-Fではない修飾を有する修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの修飾された糖は、それぞれ独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から選択される。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、二環式糖(例えば、LNA)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から独立して選択される約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2’-F修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数の二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)のレベルは、個々に又は合わせて、2’-F修飾された糖のレベルと比較して相対的に高い。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約50%以下は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-N(R)2修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の二環式糖(例えば、LNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約50%以下は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のどの糖も、2’-MOEを含まない。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の少なくとも約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の少なくとも約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の少なくとも約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである。いくつかの実施形態では、この数は、1以上である。いくつかの実施形態では、この数は、2以上である。いくつかの実施形態では、この数は、3以上である。いくつかの実施形態では、この数は、4以上である。いくつかの実施形態では、この数は、5以上である。いくつかの実施形態では、この数は、6以上である。いくつかの実施形態では、この数は、7以上である。いくつかの実施形態では、この数は、8以上である。いくつかの実施形態では、この数は、9以上である。いくつかの実施形態では、この数は、10以上である。いくつかの実施形態では、この数は、11以上である。いくつかの実施形態では、この数は、12以上である。いくつかの実施形態では、この数は、13以上である。いくつかの実施形態では、この数は、14以上である。いくつかの実施形態では、この数は、15以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、2つの第3のサブドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では
、第3のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第3のサブドメインの2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第3のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。
、第3のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第3のサブドメインの2つのヌクレオシドに結合している。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、第3のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のヌクレオシド及び第2のサブドメイン中のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラルヌクレオチド間結合であり;いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され;いくつかの実施形態では、これは、Rpであり;いくつかの実施形態では、これは、Spである。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、ある特定のレベルのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第3のサブドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第3のサブドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、レベルは、第3のサブドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約5%~100%、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約55%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%又は約5%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約10%又は約10%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約15%又は約15%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約20%又は約20%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約25%又は約25%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約30%又は約30%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約35%又は約35%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約40%又は約40%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約45%又は約45%以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約50%又は約50%以下である。いくつかの実施形態では、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、1~5個、例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この数は、約1又は約1以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約2又は約2以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約3又は約3以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約4又は約4以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約5又は約5以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約6又は約6以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約7又は約7以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約8又は約8以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約9又は約9以下である。いくつかの実施形態では、この数は、約10又は約10以下である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個))は、Rpである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示される通り、第3のサブドメインは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択的に且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約1~10、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10である。いくつかの実施形態では、この数は、約1である。いくつかの実施形態では、この数は、約2である。いくつかの実施形態では、この数は、約3である。いくつかの実施形態では、この数は、約4である。いくつかの実施形態では、この数は、約5である。いくつかの実施形態では、2つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの2つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している(例えば、3つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合)。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は2つ以上(例えば、約2、約3、約4個等)の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第3のサブドメインの3’末端にある。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2又は3又は4つのヌクレオチド間結合は、n001ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最後の2つのヌクレオシドは、第2のドメインの最後の2つのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の最後の2つのヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの最後の2つのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001等の中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最後の及び/又は最後から2番目のヌクレオチド間結合は、n001のようなホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合等の負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御され、且つRpである。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。いくつかの実施形態では、N-2及びN-3に結合しているヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、N-3の糖は、2’-F修飾された糖であり、N-2の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe修飾された糖)である。いくつかの実施形態では、第3サブドメインの2つのヌクレオシドに結合している全てのヌクレオチド間結合の中でも、1つは、天然のリン酸結合(例えば、本明細書で説明されている通りのN-2とN-3との間)であり、1つは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合n001等のRpの負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、オリゴヌクレオチドの最後の又は最後から2番目のヌクレオチド間結合)であり、他は全て、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、5’末端部分を含み、例えば、約1~20、1~15、1~10、1~8、1~5、1~3、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の核酸塩基の長さを有するものを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、約1~3個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、長さは、1個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、2個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、3個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、4個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、5個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、6個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、7個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、8個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、9個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、10個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、第3のサブドメインの5’末端核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、3’末端部分及び5’末端部分を含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、第3のサブドメインの5’末端核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの5’末端部分は、第2のサブドメインに結合している。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2つの2’-Hを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、2’-OHを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の糖の1つ又は複数(例えば、約1~20、1~15、1~10、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OR(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、5’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、3’末端部分と比較して、5’末端部分は、より高いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)の2’-F修飾された糖、及び/又は2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)、及び/又はより低いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)の他の種類の修飾された糖(例えば、二環式糖)、及び/又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含有する。いくつかの実施形態では、3’末端部分と比較して、5’末端部分は、より高いレベルの2’-F修飾された糖、及び/又はより低いレベルの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含有する。いくつかの実施形態では、3’末端部分と比較して、5’末端部分は、より高いレベルの2’-F修飾された糖、及び/又はより低いレベルの2’-OMe修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、3’末端部分と比較して、5’末端部分は、より高いレベルの天然のDNA糖、及び/又はより低いレベルの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含有する。いくつかの実施形態では、3’末端部分と比較して、5’末端部分は、より高いレベルの天然のDNA糖、及び/又はより低いレベルの2’-OMe修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、低いレベル(例えば、50%、40%、30%、25%、20%、若しくは10%以下、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個以下)の、二環式糖又は2’-ORを含む糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族(例えば、メチル)である)である修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、二環式糖又は2’-ORを含む糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族(例えば、メチル)である)である修飾された糖を含有しない。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の修飾された糖は、独立して、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、どの修飾された糖も、2’-OMe又は他の2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含まない。いくつかの実施形態では、5’末端部分のそれぞれの糖は、独立して、2つの2’-H又は2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1~3個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1、2、3、4、又は5個の天然のDNA糖を含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、1~3個の天然のDNA糖を含む。
いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、5’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、5’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、5’-末端部分は、3’末端部分と比較してより高いレベル(数及び/又はパーセンテージにおいて)のRpのヌクレオチド間結合、及び/又は天然のリン酸結合を含有する。
いくつかの実施形態では、5’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、5’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、60%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、70%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、75%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、80%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、90%以上である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、3’末端部分を含み、例えば、約1~20、1~15、1~10、1~8、1~4、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の核酸塩基の長さを有するものを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、約3~6個の核酸塩基の長さを有する。いくつかの実施形態では、長さは、1個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、2個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、3個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、4個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、5個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、6個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、7個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、8個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、9個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、10個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、第3のサブドメイン3’末端核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、2つの2’-Hを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、2’-OHを有する1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の糖の1つ又は複数(例えば、約1~20、1~15、1~10、3~8個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OR(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OMeである。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、又は2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾を有する糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、3’末端部分中の1つ又は複数の糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む。いくつかの実施形態では、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である。いくつかの実施形態では、LBは、-CH2-である。いくつかの実施形態では、3’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む。
いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、3’末端部分の1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、3’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Spである。
いくつかの実施形態では、3’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数(例えば、約1~10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、3’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、60%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、70%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、75%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、80%以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、90%以上である。
いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、ADARタンパク質(例えば、ADAR1、ADAR2)等のタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか、又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、ADARタンパク質等のタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか、若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、ADARのRNA結合ドメイン(RBD)と接触する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、デアミナーゼ活性を有するADARの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインの様々な核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合は、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)の1つ又は複数の残基と相互作用し得る。
本明細書で実証される通り、キラルヌクレオチド間結合の結合リンのキラル制御は、様々な特性及び/又は活性を提供するためにオリゴヌクレオチドにおいて利用され得る。いくつかの実施形態では、Rpのヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)、Spのヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)、又はキラル制御されていないヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の内の1つ又は複数にある(「+」は、このヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの5’末端向への計数であり、+1位でのヌクレオチド間結合は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドと、その5’側で隣接するヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合であり(例えば、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの5’炭素に結合しているヌクレオチド間結合であるか、又は5’-N1N0N-1-3’のN1とN0との間にあり、ここで、本明細書で説明されている通り、N0は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである)、「-」は、このヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの3’末端向への計数であり、-1位でのヌクレオチド間結合は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドと、その3’側で隣接するヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合である(例えば、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの3’炭素に結合しているヌクレオチド間結合であるか、又は5’-N1N0N-1-3’のN-1とN0との間にあり、ここで、本明細書で説明されている通り、N0は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである))。いくつかの実施形態では、Rpのヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、Rpのヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-2、-1、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、Spのヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、Spのヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-2、-1、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-2、-1、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。
いくつかの実施形態では、Rpは、+8位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、+7位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-6位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、+5位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、+4位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、+3位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、+2位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、+1位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-1位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-2位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-3位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-4位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-5位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-6位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-7位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、-8位にある。いくつかの実施形態では、Rpは、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の配置である。いくつかの実施形態では、Spは、+8位にある。いくつかの実施形態では、Spは、+7位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-6位にある。いくつかの実施形態では、Spは、+5位にある。いくつかの実施形態では、Spは、+4位にある。いくつかの実施形態では、Spは、+3位にある。いくつかの実施形態では、Spは、+2位にある。いくつかの実施形態では、Spは、+1位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-1位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-2位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-3位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-4位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-5位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-6位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-7位にある。いくつかの実施形態では、Spは、-8位にある。いくつかの実施形態では、Spは、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の配置である。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+8位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+7位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-6位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+5位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+4位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+3位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+2位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、+1位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-1位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-2位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-3位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-4位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-5位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-6位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-7位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、-8位にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のRpのヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のSpのヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されていないヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のヌクレオチド間結合の少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全ては、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全ては、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のRpのヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のSpのヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されていないヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のヌクレオチド間結合の少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全ては、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、第2のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全ては、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のRpのヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のSpのヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されていないヌクレオチド間結合(例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、第1のサブドメインの3’末端部分にある。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の天然のリン酸結合が、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物において利用される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、1つ又は複数(例えば、約、又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、若しくは50個、又はより多く)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、2つ以上(例えば、約、又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、若しくは50個、又はより多く)の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)中の約又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)中の約又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合ではない。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)中の約又は少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのヌクレオチド間結合は、連続した天然のリン酸結合ではない。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部は、1つ又は複数の天然のリン酸結合、及び1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部は、1つ又は複数の天然のリン酸結合、及び1つ又は複数のキラル制御された修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、各々が独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであるが、-Hではない)を含まない2つの糖に結合する約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、各々が独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであるが、-Hではない)を含まない2つの糖に結合する2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、各々が独立して、2つの2’-F修飾された糖に結合する約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)は、各々が独立して2つの2’-F修飾された糖に結合する2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)において、2’-OR修飾(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであるが、-Hではない)を含まない2つの糖に結合する約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下、例えば、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下等のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)において、2つの2’-F修飾された糖に結合する約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下、例えば、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下等のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)において、2’-OR修飾(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであるが、-Hではない)を含まない2つの糖に結合するヌクレオチド間結合の約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%以下、例えば、10%以下、15%以下、20%以下、25%以下、約30%以下、約40%以下、50%以下等は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)において、2つの2’-F修飾された糖に結合するヌクレオチド間結合の約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%以下、例えば、10%以下、15%以下、20%以下、25%以下、約30%以下、約40%以下、50%以下等は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)において、2’-OR修飾(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであるが、-Hではない)を含まない2つの糖に結合する約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下、例えば、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下等の連続したヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)において、2つの2’-F修飾された糖に結合する約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、又は50個以下、例えば、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下等の連続したヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-1及び+1位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-1及び+1位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-1位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+1位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+8位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+7位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-6位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+5位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+4位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+3位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+2位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-2位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-3位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-4位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-5位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-6位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-7位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-8位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、-1位にあり、修飾されたヌクレオチド間結合は、+1位にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、+1位にあり、修飾されたヌクレオチド間結合は、-1位にある。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御されたSpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御されたRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、2つ以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、単一の天然のリン酸結合は、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等)の様々な位置で利用され得る。
いくつかの実施形態では、特定の種類の糖が、オリゴヌクレオチド又はその一部の特定の位置で利用される。例えば、いくつかの実施形態では、第1のドメインは、いくつかの2’-F修飾された糖(及び任意選択的に、いくつかの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)、いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖よりも低いレベルで)を含み、第1のサブドメインは、いくつかの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe修飾された糖;及び任意選択的に、いくつかの2’-F糖、いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)より低いレベルで)を含み、第2のドメインは、1つ又は複数の天然のDNA糖(2’位置で置換がない)及び/又は1つ又は複数の2’-F修飾された糖を含み、及び/又は第3のサブドメインは、いくつかの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe修飾された糖;及び任意選択的に、いくつかの2’-F糖、いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)より低いレベルで)を含む。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び+8位の1つ又は複数にある(「+」は、このヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの5’末端方向への計数であり、「-」は、このヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの3’末端方向への計数であり、0位は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置であり、例えば:5’-...N+2N+1N0N-1N-2....3’)。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、及び+5位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、-3、-2、-1、0、+1、+2、及び+3位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、-2、-1、0、+1、及び+2位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、-1、0、及び+1位の1つ又は複数にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+8にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+7位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+6位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+5位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+4位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+3位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+2位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、+1位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、0位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-8位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-7位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-6位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-5位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-4位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-3位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-2位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、-1位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、天然のDNA糖(2’-炭素で2つの2’-H)、2’-OMe修飾された糖、及び2’-F修飾された糖から選択される糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、天然のDNA糖(2’-炭素で2つの2’-H)、及び2’-OMe修飾された糖から選択される糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、例えば、0、-1、及び/又は+1位での糖に関して、天然のDNA糖(2’-炭素で2つの2’-H)、及び2’-F修飾された糖から選択される糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、-1、0、又は+1位で、天然のDNA糖(2’-炭素での2つの2’-H)である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び/又は+8位で、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び/又は+8位で、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、-2位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、-3位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、-4位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+2位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+3位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+4位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+5位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+6位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+7位にある。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖は、+8位にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び/又は+8位で、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、+2、+3、+4、+5、+6、+7、及び/又は+8位で、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、-2位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、-3位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、-4位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+2位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+3位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+4位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+5位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+6位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+7位にある。いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖は、+8位にある。いくつかの実施形態では、0位での糖は、2’-MOE修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、0位での糖は、天然のDNA糖(2’-炭素で2つの2’-H)である。いくつかの実施形態では、0位での糖は、2’-MOE修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、-1位での糖は、2’-MOE修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、-2位での糖は、2’-MOE修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、-3位での糖は、2’-MOE修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾された糖、及び任意選択的な2’-OR修飾された糖(いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖より低いレベルで)(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の2’-OR修飾された糖(いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖より低いレベルで)(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1、2、3、若しくは4個、又はただ1個、ただ2個、ただ3個、若しくはただ4個の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインの第1、第2、第3、及び/又は第4の糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-ORを含む糖は、連続している。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、その5’末端で2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の連続した糖を含む(それぞれの糖は、独立して、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む)。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで)(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない)、及び任意選択的な2’-F修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで)を含む。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで)(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない)、及び任意選択的な2’-F修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで)を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで)(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない)、及び任意選択的な2’-F修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで;いくつかの実施形態では、より高いレベルで)を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約、又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、約、又は少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の連続した2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の糖の約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、独立して、2’-F修飾を含む。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン(5’から3’)中の最初の2’-F修飾された糖は、第3のサブドメイン中の最初の糖ではない。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の最初の2’-F修飾された糖は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して-3位にある。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、修飾された糖であり、修飾は、2’-F及び2’-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-F及び2’-OMeから選択される。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中の1つ又は複数の修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖であり、第3のサブドメイン中の1つ又は複数の修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメイン中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、第3のサブドメインの最初の糖を除いて、2’-F修飾された糖であり、この最初糖は、いくつかの実施形態では、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、1つ又は複数の2’-OR修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低いレベルで)(式中、Rは、本明細書で説明されている通りであり、-Hではない)、及び任意選択的な2’-F修飾された糖(いくつかの実施形態では、より低い
レベルで)を含む。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。
レベルで)を含む。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。
編集領域
いくつかの実施形態では、本開示は、編集領域(例えば、本明細書で説明されている通りの5’-N1N0N-1-3’を含むか又はからなる領域)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、編集領域は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(典型的には、オリゴヌクレオチドの塩基配列が、最大の相補性に関して標的配列とアラインメントされた場合、及び/又はオリゴヌクレオチドが標的核酸とハイブリダイズする場合)、並びにこのヌクレシドに隣接するヌクレオシドであるか、又はこれらを含む。いくつかの実施形態では、編集領域は、3つの核酸塩基であるか、又はこれらの核酸塩基を含み、中央の核酸塩基は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、本明細書で説明されている通りのN0である。
いくつかの実施形態では、本開示は、編集領域(例えば、本明細書で説明されている通りの5’-N1N0N-1-3’を含むか又はからなる領域)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、編集領域は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(典型的には、オリゴヌクレオチドの塩基配列が、最大の相補性に関して標的配列とアラインメントされた場合、及び/又はオリゴヌクレオチドが標的核酸とハイブリダイズする場合)、並びにこのヌクレシドに隣接するヌクレオシドであるか、又はこれらを含む。いくつかの実施形態では、編集領域は、3つの核酸塩基であるか、又はこれらの核酸塩基を含み、中央の核酸塩基は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、本明細書で説明されている通りのN0である。
いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの核酸塩基(BA0と称され得る)は、Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基(例えば、BA0)は、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VIの構造を有する環BA、又は環BAの互変異性体であるか、又はそれを含み、核酸塩基は、任意選択的に置換されているか、又は保護されている。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されているか、又はC、T、U、ヒポキサンチン、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、及びzdnpの任意選択的に置換されたか若しくは保護された互変異性体である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されているか、又はzdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b001A、b002A、b003A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、若しくはb001Gの任意選択的に置換されたか若しくは保護された互変異性体である。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されているか、又はC、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b001A、b002A、b003A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、若しくはb001Gの任意選択的に置換されたか若しくは保護された互変異性体であり、N0の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されているか、又はC、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b001A、b002A、b003A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、若しくはb001Gの任意選択的に置換されたか若しくは保護された互変異性体であり、N0の糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、BA0は、Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、Tである。いくつかの実施形態では、BA0は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、BA0は、Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b001Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b002Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b003Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b004Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b005Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b006Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b007Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b009Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b011Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b012Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b013Uである。いくつかの実施形態では、BA0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、BA0は、b002Aである。いくつかの実施形態では、BA0は、b003Aである。いくつかの実施形態では、BA0は、b001Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b002Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b003Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b004Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b005Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b006Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b007Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b008Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b009Cである。いくつかの実施形態では、BA0は、b002Iである。いくつかの実施形態では、BA0は、b003Iである。いくつかの実施形態では、BA0は、b004Iである。いくつかの実施形態では、BA0は、b014Iである。いくつかの実施形態では、BA0は、b001Gである。いくつかの実施形態では、BA0は、b002Gである。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のDNA糖、又は置換された天然のDNA糖(この2’-Hの一方は、-OH又は-Fで置換されており、他方の2’-Hは、置換されていない)である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、非環式糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm01である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm04である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm11である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm12である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、rsm13である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、rsm14である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm15である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm16である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm17である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm18である。特に、本開示から、オリゴヌクレオチド中のN0で、様々な修飾された核酸塩基及び/又は様々な糖を利用して、アデノシン編集活性を提供し得ることが確認された。いくつかの実施形態では、BA0としてのb001Aは、(例えば、他の点では同一のオリゴヌクレオチドを含む同等の条件下で、同一の又は同等のアッセイ等で評価して)参照核酸塩基と比較してアデノシン編集効率の改善を提供し得ることを観察した。いくつかの実施形態では、BA0としてのb008Uは、アデノシン編集効率の改善を提供し得ることを観察した。いくつかの実施形態では、参照核酸塩基は、Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、参照核酸塩基は、Cである。
いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側の核酸塩基(例えば、N0)は、dCである。いくつかの実施形態では、これは、rCである。いくつかの実施形態では、これは、fCである。いくつかの実施形態では、これは、dTである。いくつかの実施形態では、これは、rTである。いくつかの実施形態では、これは、fTである。いくつかの実施形態では、これは、dUである。いくつかの実施形態では、これは、rUである。いくつかの実施形態では、これは、fUである。いくつかの実施形態では、これは、b001A(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、Csm15(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、Usm15(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、rCsm13(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、Csm04(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、b001rA(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、糖は、(R)-GNA糖
である。いくつかの実施形態では、糖は、(S)-GNA糖
である。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA Cであり、本明細書ではCsm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA Cであり、本明細書ではCsm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA イソCであり、本明細書ではb009Csm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA イソCであり、本明細書ではb009Csm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA Gであり、本明細書ではGsm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA Gであり、本明細書ではGsm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA Tであり、本明細書ではTsm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA Tであり、本明細書ではTsm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、b004C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b007C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Csm16(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Csm17(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、rCsm14(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b008U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b010U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b001C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b008C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b011U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b012U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、脱塩基である。いくつかの実施形態では、この糖は、L010である。いくつかの実施形態では、この糖は、L034(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002G(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b013U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002A(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003A(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b004I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b014I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b009U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、aC(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b001U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b004U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b005U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b006U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b007U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b001G(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003mC(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Asm01(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Gsm01(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Tsm01(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、この糖は、5MsfC(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Usm04(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、5MRdT(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Tsm18(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、N0は、脱塩基である。いくつかの実施形態では、N0は、L010である。
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、Csm15(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、Usm15(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、rCsm13(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、Csm04(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、これは、b001rA(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、糖は、(R)-GNA糖
である。いくつかの実施形態では、糖は、(S)-GNA糖
である。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA Cであり、本明細書ではCsm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA Cであり、本明細書ではCsm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA イソCであり、本明細書ではb009Csm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA イソCであり、本明細書ではb009Csm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA Gであり、本明細書ではGsm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA Gであり、本明細書ではGsm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、S-GNA Tであり、本明細書ではTsm11(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、R-GNA Tであり、本明細書ではTsm12(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)とも称される。いくつかの実施形態では、この糖は、b004C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b007C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Csm16(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Csm17(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、rCsm14(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b008U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b010U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b001C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b008C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b011U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b012U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、脱塩基である。いくつかの実施形態では、この糖は、L010である。いくつかの実施形態では、この糖は、L034(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002G(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b013U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002A(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003A(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b004I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b014I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b009U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、aC(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b001U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b004U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b005U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b006U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b007U(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b001G(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003C(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003mC(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b002I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、b003I(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Asm01(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Gsm01(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Tsm01(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、この糖は、5MsfC(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Usm04(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、5MRdT(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指す)である。いくつかの実施形態では、この糖は、Tsm18(ヌクレオシドに利用される場合には、別途指定されない限り、オリゴヌクレオチド鎖中の
を指しており;いくつかの実施形態では、窒素原子は、結合リンに結合している)である。いくつかの実施形態では、N0は、脱塩基である。いくつかの実施形態では、N0は、L010である。
いくつかの実施形態では、様々な実施例で実証されているように、ある特定の修飾されたヌクレオシド又は核酸塩基(例えば、b001A、b008U等)は、例えば、標的アデノシンの反対の位置でdCと比較した場合には、編集の改善を提供し得る。一部の実施形態では、ある特定のヌクレオシド(例えば、dC、b001A、b001rA、Csm15、b001C等)は、(例えば、他の点では同一のオリゴヌクレオチドを含む同等の条件下で、同一の又は同等のアッセイ等で評価して)参照ヌクレオシドと比較して、N0で利用された場合にアデノシン編集効率の改善を提供し得ることを観察した。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b002Aである。いくつかの実施形態では、N0は、b003Aである。いくつかの実施形態では、N0は、b004Iである。いくつかの実施形態では、N0は、b014Iである。いくつかの実施形態では、N0は、b002Gである。いくつかの実施形態では、N0は、dCである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Cである。いくつかの実施形態では、N0は、b009Uである。いくつかの実施形態では、N0は、b010Uである。いくつかの実施形態では、N0は、b011Uである。いくつかの実施形態では、N0は、b012Uである。いくつかの実施形態では、N0は、b013Uである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm04である。いくつかの実施形態では、N0は、Csm11である。いくつかの実施形態では、N0は、Csm12である。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b009Csm11である。いくつかの実施形態では、N0は、b009Csm12である。いくつかの実施形態では、N0は、Gsm11である。いくつかの実施形態では、N0は、Gsm12である。いくつかの実施形態では、N0は、Tsm11である。いくつかの実施形態では、N0は、Tsm12である。いくつかの実施形態では、参照ヌクレオシドは、rUである。いくつかの実施形態では、参照ヌクレオシドは、dUである。いくつかの実施形態では、参照ヌクレオシドは、dTである。いくつかの実施形態では、N0位では、核酸塩基が存在していない。いくつかの実施形態では、N0では、これは、L010である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、sm15である。
いくつかの実施形態では、-1位でグアニンをヒポキサンチンに置き換えることにより(例えば、dGをdIに置き換えることにより)、編集の改善を提供し得る。ある特定のデータを、例として図17等に示す。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N1N0N-1-3’(式中、N1、N0、及びN-1のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N2N1N0N-1N-2-3’(式中、N2、N1、N0、N-1、及びN-2のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N3N2N1N0N-1N-2N-3-3’(式中、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、及びN-3のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4-3’(式中、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、及びN-4のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5-3’(式中、N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、及びN-5のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N6N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5N-6-3’(式中、N6、N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、Nn(式中、nは、正数である)(例えば、N1)はまた、N+1とも称され得る。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、核酸(例えば、RNA核酸)と二重鎖を形成し得、且つN0の反対側の標的アデノシンを編集し得る。いくつかの実施形態では、N-6は、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオシドである(5’末端からの計数)。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N2N1N0N-1N-2-3’(式中、N2、N1、N0、N-1、及びN-2は、独立して、ヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N2N1N0N-1N-2-3’(式中、N2、N1、N0、N-1、及びN-2のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N2N1N0N-1N-2-3’(式中、N2、N1、N0、N-1、及びN-2のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドであり、N0は、標的アデノシンの反対側であり、隣同士のN2、N1、N0、N-1、及びN-2のそれぞれ2つは、当業者が理解するように、独立して、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合に結合している)を含む。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の1つ、又は複数、又は全ては、独立して、天然のRNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の1つ、又は複数、又は全ては、独立して、天然のDNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖、又は2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、2’修飾された糖であり、N0及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、2’修飾された糖であり、N0及びN-1の各々の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N0の糖は、2’-F修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N0の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)ではない。いくつかの実施形態では、N0の糖は、2’-F修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N0の糖は、2’-OMe修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のDNA又はRNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、2’-修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)ではない。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、2’-F修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、2’-OMe修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、天然のDNA又はRNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の各々は、独立して、天然のRNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の各は、独立して、天然のDNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F修飾された糖を有しており、N0及びN-1のそれぞれは、独立して、天然のDNA又はRNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F修飾された糖を有しており、N0及びN-1のそれぞれは、独立して、天然のDNA糖を有する(例えば、WV-22434)。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の2つは、独立して、天然のDNA又はRNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1の2つは、独立して、天然のDNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N1及びN0のそれぞれは、独立して、2’-F修飾された糖を有しており、N-1は、天然のDNA糖である。
いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、N-1に結合している2つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1に結合している2つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1に結合している2つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの他のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、もしあれば独立して、Spである。いくつかの実施形態では、N1に結合している5’ヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N1及びN0に結合しているヌクレオチド間結合(即ち、N1に結合している3’ヌクレオチド間結合)は、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1及びN0に結合しているヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1に結合している3’ヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N0に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N0又はN1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N0又はN-1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、N1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpである。いくつかの実施形態では、それぞれのRpのヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの他のキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、N0N-1間のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N0N-1間のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1N-2間のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1N-2間のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1に結合している全てのヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1に結合している全てのヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N2、N1、N0、N-1、及びN-2に結合している全てのヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、N2、N1、N0、N-1、及びN-2に結合している全てのヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N1に結合している両方のヌクレオチド間結合は、独立して、Sp(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、N1とN0との間のヌクレオチド間結合は、Sp(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、N-1とN0との間のヌクレオチド間結合は、Sp(例えば、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、N2は、修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、N-2は、修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、N2及びN-2のそれぞれは、独立して、修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖であり、例えば、LNA糖、cEt糖等である。
いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの3’側(例えば、N0)に、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9個、又はより多くのヌクレオシド(例えば、2~30、3~30、4~30、5~30、2~20、3~20、4~20、5~20、2~15、3~15、4~15、5~15、2~10、3~10、4~10、5~10、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個等、「3’側ヌクレオシド」)が存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも2個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも3個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個の3’側ヌクレオシドが存在する(例えば、5’-N0N-1N-2N-3N-4N-5-3’(式中、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、及びN-5は、独立して、ヌクレオシドである)を含むオリゴヌクレオチド)。いくつかの実施形態では、少なくとも6個の3’側ヌクレオシドが存在する(例えば、5’-N0N-1N-2N-3N-4N-5N-6-3’(式中、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6は、独立して、ヌクレオシドである)を含むオリゴヌクレオチド)。いくつかの実施形態では、少なくとも7個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも8個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも9個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも10個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、2個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、3個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、4個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、5個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、6個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、7個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、8個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、9個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、10個の3’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの5’側(例えば、N0)に、少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、若しくは30個、又はより多くのヌクレオシド(例えば、15~50、20~50、21~50、22~50、23~50、24~50、25~50、26~50、27~50、28~50、29~50、30~50、15~40、20~40、21~40、22~40、23~40、24~40、25~40、26~40、27~40、28~40、29~40、30~40、15~30、20~30、21~30、22~30、23~30、24~30、25~30、26~30、27~30、28~30、29~30、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個等)が存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも15個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも16個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも17個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも18個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも19個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも20個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも21個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも22個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも23個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも24個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも25個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも26個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも27個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも28個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも29個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも30個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、15個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、16個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、17個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、18個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、19個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、20個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、21個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、22個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、23個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、24個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、25個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、26個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、27個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、28個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、29個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、30個の5’側ヌクレオシドが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも22個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも23個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも24個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも4個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも25個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも22個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも23個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも24個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも5個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも25個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも6個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも21個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも6個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも22個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも6個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも23個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも6個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも24個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも7個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも20個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも7個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも21個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも7個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも22個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも7個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも23個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも8個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも19個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも8個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも20個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも8個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも21個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも8個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも22個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも9個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも18個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも9個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも19個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも9個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも20個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも9個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも21個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも10個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも17個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも10個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも18個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも10個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも19個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも10個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも20個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも11個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも16個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも11個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも17個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも11個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも18個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも11個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも19個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも12個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも15個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも12個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも16個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも12個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも17個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも12個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも18個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも13個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも14個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも13個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも15個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも13個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも16個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、少なくとも13個の3’側ヌクレオシドと、少なくとも17個の5’側ヌクレオシドとが存在する。いくつかの実施形態では、5’側及び/又は3’側のある特定の有利な長さ、及び/又は標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置決め(例えば、図2、(a)中で説明されているオリゴヌクレオチドにおけるUCIのC)は、図2及び図3で説明されている。
本明細書で説明されている通り、糖修飾、核酸塩基修飾等の修飾が、N1に利用され得る。いくつかの実施形態では、N1は、天然のDNA糖を含有する。いくつかの実施形態では、N1は、天然のRNA糖を含有する。いくつかの実施形態では、N1は、本明細書で説明されている通りの修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、糖は、UNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、GNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、sm01である。いくつかの実施形態では、これは、sm11である。いくつかの実施形態では、これは、sm12である。いくつかの実施形態では、これは、sm18である。いくつかの実施形態では、修飾された糖(例えば、2’-F修飾された糖)又はDNA糖は、参照糖(例えば、天然のRNA糖、異なる修飾された糖等)と比較して、系(例えば、細胞、組織、生物等)に投与された場合に、高い編集効率をもたらす。いくつかの実施形態では、N1は、天然の核酸塩基(例えば、U)を含有する。いくつかの実施形態では、N1は、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含有する。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、A、T、C、G、U、ヒポキサンチン、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、又はzdnpである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、これは、b002Aである。いくつかの実施形態では、これは、b003Aである。いくつかの実施形態では、これは、b008Uである。いくつかの実施形態では、これは、b010Uである。いくつかの実施形態では、これは、b011Uである。いくつかの実施形態では、これは、b012Uである。いくつかの実施形態では、これは、b001Cである。いくつかの実施形態では、これは、b004Cである。いくつかの実施形態では、これは、b007Cである。いくつかの実施形態では、これは、b008Cである。いくつかの実施形態では、N1は、天然の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、N1は、修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、N1は、fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、fI、aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、b014I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、及びTsm18である。いくつかの実施形態では、N1は、fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、又はfIである。いくつかの実施形態では、N1は、fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、又はdGである。いくつかの実施形態では、N1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N1は、b002Aである。いくつかの実施形態では、N1は、b003Aである。いくつかの実施形態では、N1は、fUである。いくつかの実施形態では、N1は、b008Uである。いくつかの実施形態では、N1は、b001Cである。いくつかの実施形態では、N1は、b004Cである。いくつかの実施形態では、N1は、b007Cである。いくつかの実施形態では、N1は、b008Cである。いくつかの実施形態では、N1は、b001Uである。いくつかの実施形態では、N1は、b008Uである。いくつかの実施形態では、N1は、b010Uである。いくつかの実施形態では、N1は、b011Uである。いくつかの実施形態では、N1は、b012Uである。いくつかの実施形態では、N1は、Csm11である。いくつかの実施形態では、N1は、Gsm11である。いくつかの実施形態では、N1は、Tsm11である。いくつかの実施形態では、N1は、b009Csm11である。いくつかの実施形態では、N1は、Csm12である。いくつかの実施形態では、N1は、Gsm12である。いくつかの実施形態では、N1は、Tsm12である。いくつかの実施形態では、N1は、b009Csm12である。いくつかの実施形態では、N1は、Gsm01である。いくつかの実施形態では、N1は、Tsm01である。いくつかの実施形態では、N1は、Csm17である。いくつかの実施形態では、N1は、Tsm18である。いくつかの実施形態では、N1は、b014Iである。いくつかの実施形態では、N1は、脱塩基である。いくつかの実施形態では、N1は、L010である。本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態でのN1位では、オリゴヌクレオチドが核酸(例えば、アデノシン編集のための標的転写物)と二重鎖を形成する場合には、これは一致する。いくつかの実施形態では、これは、ミスマッチである。いくつかの実施形態では、これは、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、N1は、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、N1は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合に結合しており、様々な実施形態では、立体化学が規定されている。いくつかの実施形態では、N1は、天然のリン酸結合及び修飾されたヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、N1は、2つの天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、N1は、2つの修飾されたヌクレオチド間結合に結合しており、これらのそれぞれは、独立して及び任意選択的に立体制御され得、且つRp又はSpであり得る。
本明細書で説明されている通り、糖修飾、核酸塩基修飾等の修飾を、N-1に利用し得る。いくつかの実施形態では、N-1は、天然のDNA糖を含有する。いくつかの実施形態では、N-1は、天然のRNA糖を含有する。いくつかの実施形態では、N-1は、本明細書で説明されている通りの修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC-1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、糖は、UNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、GNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、sm01である。いくつかの実施形態では、これは、sm11である。いくつかの実施形態では、これは、sm12である。いくつかの実施形態では、これは、sm18である。いくつかの実施形態では、修飾された糖(例えば、2’-F修飾された糖)又はDNA糖は、参照糖(例えば、天然のRNA糖、異なる修飾された糖等)と比較して、系(例えば、細胞、組織、生物等)に投与された場合に、高い編集効率をもたらす。いくつかの実施形態では、N-1は、天然の核酸塩基(例えば、U)を含有する。いくつかの実施形態では、N-1は、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含有する。いくつかの実施形態では、N-1の核酸塩基は、A、T、C、G、U、ヒポキサンチン、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、又はzdnpである。いくつかの実施形態では、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、これは、Uである。いくつかの実施形態では、これは、b001Aである。いくつかの実施形態では、これは、b002Aである。いくつかの実施形態では、これは、b003Aである。いくつかの実施形態では、これは、b008Uである。いくつかの実施形態では、これは、b011Uである。いくつかの実施形態では、これは、b012Uである。いくつかの実施形態では、これは、b001Cである。いくつかの実施形態では、これは、b004Cである。いくつかの実施形態では、これは、b007Cである。いくつかの実施形態では、これは、b008Cである。いくつかの実施形態では、これは、b009Cである。いくつかの実施形態では、これは、b002Gである。いくつかの実施形態では、これは、b014Iである。いくつかの実施形態では、N-1は、天然の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、N-1は、修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、N-1は、fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、fI、aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、b014I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、及びTsm18である。いくつかの実施形態では、N-1は、fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、又はfIである。いくつかの実施形態では、N-1は、fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、又はdGである。いくつかの実施形態では、N-1は、dIである。いくつかの実施形態では、N-1は、rIである。いくつかの実施形態では、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N-1は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N-1は、b002Aである。いくつかの実施形態では、N-1は、b003Aである。いくつかの実施形態では、N-1は、fUである。いくつかの実施形態では、N-1は、b001Cである。いくつかの実施形態では、N-1は、b004Cである。いくつかの実施形態では、N-1は、b007Cである。いくつかの実施形態では、N-1は、b008Cである。いくつかの実施形態では、N-1は、b009Csm12である。いくつかの実施形態では、N-1は、b001Uである。いくつかの実施形態では、N-1は、b008Uである。いくつかの実施形態では、N-1は、b010Uである。いくつかの実施形態では、N-1は、b011Uである。いくつかの実施形態では、N-1は、b012Uである。いくつかの実施形態では、N-1は、Csm11である。いくつかの実施形態では、N-1は、b009Csm11である。いくつかの実施形態では、N-1は、Gsm11である。いくつかの実施形態では、N-1は、Tsm11である。いくつかの実施形態では、N-1は、Csm12である。いくつかの実施形態では、N-1は、b009Csm12である。いくつかの実施形態では、N-1は、Gsm12である。いくつかの実施形態では、N-1は、Tsm12である。いくつかの実施形態では、N-1は、Gsm01である。いくつかの実施形態では、N-1は、Tsm01である。いくつかの実施形態では、N-1は、Tsm18である。いくつかの実施形態では、N-1は、脱塩基である。いくつかの実施形態では、N-1は、L010である。いくつかの実施形態では、N-1は、Csm17である。いくつかの実施形態では、N-1は、b002Gである。いくつかの実施形態では、N-1は、b014Iである。本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態でのN-1位では、オリゴヌクレオチドが核酸(例えば、アデノシン編集のための標的転写物)と二重鎖を形成する場合には、これは一致する。いくつかの実施形態では、これは、ミスマッチである。いくつかの実施形態では、これは、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、N-1は、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-1は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合に結合しており、様々な実施形態では、立体化学が規定されている。いくつかの実施形態では、N-1は、天然のリン酸結合及び修飾されたヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-1は、2つの天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-1は、2つの修飾されたヌクレオチド間結合に結合しており、これらのそれぞれは、独立して及び任意選択的に立体制御され得、且つRp又はSpであり得る。
いくつかの実施形態では、N2は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N2の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N1とN2との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N3は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N3の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されいてる通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N2とN3との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。いくつかの実施形態では、N4は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N4の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されいてる通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N3とN4との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N5は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N5の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されいてる通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N4とN5との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N6は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N6の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N5とN6との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)は、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個)のブロックを含み得るか、又はそれからなり得、これらのそれぞれは、独立して、1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~24、1~23、1~22、1~21、1~20、1~10、1~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等)の糖を含み、ブロック中のそれぞれの糖は、同一の構造を共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)は、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個)のブロックを含み得るか、又はそれからなり得、これらのそれぞれは、独立して、1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~24、1~23、1~22、1~21、1~20、1~10、1~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個等)の糖を含み、ブロック中のそれぞれの糖は、同一の修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれのブロックは、独立して、1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖を含有する。いくつかの実施形態では、それぞれのブロックは、独立して、1~5個の糖を含有する。いくつかの実施形態では、それぞれのブロックは、独立して、1、2、又は3個の糖を含有する。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、1~15、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のブロックは、独立して、2又は3個以上の糖を含有する。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、1~15、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のブロックは、独立して、2又は3個の糖を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部中の約又は少なくとも約30%、40%、又は50%のブロックは、独立して、2個以上(例えば、2又は3個)の糖を含有する。いくつかの実施形態では、第1のドメインのオリゴヌクレオチド中の約50%のブロックは、独立して、2個以上(例えば、2又は3個)の糖を含有する。いくつかの実施形態では、ブロックは、2’-Fブロックであり、このブロック中のそれぞれの糖は、2’-F修飾されたブロックである。いくつかの実施形態では、ブロックは、2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)であり、このブロック中のそれぞれの糖は、同一の2’-OR修飾された糖である。いくつかの実施形態では、ブロックは、2’-OMeブロックである。いくつかの実施形態では、ブロックは、2’-MOEブロックである。いくつかの実施形態では、ブロックは、二環式糖ブロックであり、このブロック中のそれぞれの糖は、同一の二環式糖(例えば、LNA糖、cEt等)である。いくつかの実施形態では、2個の以上のブロックは、2’-Fブロックである。いくつかの実施形態では、全ての他のブロックは、2’-Fブロックである。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-Fブロックは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下の糖を含有する。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックは、5個以下の糖を含有する。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックは、4個以下の糖を含有する。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックは、3個以下の糖を含有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部中の全ての2つの2’-Fブロックの間には、少なくとも1つの2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は1つの二環式糖ブロックが存在している。いくつかの実施形態では、一部中の全ての2つの2’-Fブロックの間には、少なくとも1つの2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は1つの二環式糖ブロックが存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全ての2つの2’-Fブロックの間には、少なくとも1つの2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)が存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の全ての2つの2’-Fブロックの間には、少なくとも1つの2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)が存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の全ての2つの2’-Fブロックの間には、少なくとも1つの2’-OMeブロックが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2つの2’-Fブロックの間には、2’-OMeブロックが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2つの2’-Fブロックの間には、2’-MOEブロックが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2つの2’-Fブロックの間には、2’-MOEブロック及び2’-OMeブロックが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2つの2’-Fブロックの間には、2’-MOEブロック及び2’-OMeブロックが存在しており、且つ2’-Fブロックは存在していない。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-Fブロックは、独立して、2’-ORブロック(式中、Rは、C1~6脂肪族である)又は二環式糖ブロックに結合している。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-Fブロックは、独立して、2’-ORブロック(式中、Rは、C1~6脂肪族である)に結合している。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックが結合するそれぞれのブロックは、独立して、2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖ブロックである。いくつかの実施形態では、2’-Fブロックが結合するそれぞれのブロックは、独立して、2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2’-Fブロックが結合する第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、独立して、2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖ブロックである。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の2’-Fブロックが結合する第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、独立して、2’-ORブロック(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-ORブロック(式中、Rは、C1~6脂肪族である)又は二環式糖ブロックが結合する第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、独立して、別の2’-ORブロック(式中、Rは、C1~6脂肪族である)又は二環式糖ブロックの2’-Fブロックである。いくつかの実施形態では、2’-ORブロック(式中、Rは、C1~6脂肪族である)が結合する第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、独立して、別の2’-ORブロック(式中、Rは、C1~6脂肪族である)の2’-Fブロックである。いくつかの実施形態では、2’-ORブロックは、2’-OMeブロックである。いくつかの実施形態では、2’-ORブロックは、2’-MOEブロックである。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのブロックは、2’-OMeブロックである。いくつかの実施形態では、約又は少なくとも約2、3、4、又は5個のブロックは、独立して、2’-OMeブロックである。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのブロックは、2’-MOEブロックである。いくつかの実施形態では、約又は少なくとも約2、3、4、又は5個のブロックは、独立して、2’-MOEブロックである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-OMeブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-MOEブロックとが存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-OMeブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-MOEブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-Fブロックとが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-OMeブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-MOEブロックとが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-OMeブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-Fブロックとが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-Fブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-MOEブロックとが存在している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-OMeブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-MOEブロックと、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の2’-Fブロックとが存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中において、2’-F修飾された糖のパーセンテージは、約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%であり、2’-OR修飾された糖(これらのそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である)のパーセンテージは、約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%である。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中において、2’-F修飾された糖のパーセンテージは、約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%であり、2’-OR修飾された糖(これらのそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置
換されたC1~6脂肪族である)である)のパーセンテージは、約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%である。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖のパーセンテージと、2’-OR修飾された糖(これらのそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である)のパーセンテージとの差違は、約50%、40%、30%、20%、又は10%未満(これら2つのパーセンテージの大きい方からこれら2つのパーセンテージの小さい方を減算することにより算出される)である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。
換されたC1~6脂肪族である)である)のパーセンテージは、約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%である。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖のパーセンテージと、2’-OR修飾された糖(これらのそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である)のパーセンテージとの差違は、約50%、40%、30%、20%、又は10%未満(これら2つのパーセンテージの大きい方からこれら2つのパーセンテージの小さい方を減算することにより算出される)である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。
例えば、いくつかの実施形態では、N2、N5、及びN6のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖であり、N3及びN4のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、N2、N5、及びN6のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖であり、N3及びN4のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N2、N5、及びN6のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖であり、N3及びN4のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N2、N5、及びN6のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖であり、N3及びN4のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N3の糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N3の糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N4の糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N3及びN4の両方の糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N2は、2’-Fブロックを形成する。いくつかの実施形態では、N3及びN4は、2’-OMeブロックを形成する。いくつかの実施形態では、N3及びN4は、2’-MOEブロックを形成する。いくつかの実施形態では、N5、N6、及び/又はN7は、2’-Fブロックを形成する。本明細書で実証されている通り、様々な位置で、修飾された糖(例えば、2’-F修飾された糖、2’-OMe修飾された糖、2’-MOE修飾された糖等)を含むオリゴヌクレオチドは、特に、高レベルのアデノシン編集を提供し得る。例えば、2’-MOE修飾された糖が様々な位置に組み込まれて、アデノシン編集可能なオリゴヌクレオチドが提供され得;いくつかの実施形態では、N1の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、N2の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、N3の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、N4の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、N5の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、N6の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、N7の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、8の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、-1の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、-2の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、-3の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、-4の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、-5の糖は、2’-MOE修飾された糖であり;いくつかの実施形態では、-6の糖は、2’-MOE修飾された糖である。
本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)では、様々なヌクレオチド間結合が利用され得る。例えば、第1のドメインでは、様々な結合が利用され得る。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合と、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合とを含む。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中におけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中におけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、約1~5個(例えば、1、2、3、4、又は5個)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、そのような負に荷電していないヌクレオチド間結合のそれぞれは、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、これらの1つ又は複数は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、Rpのn001である。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である1つ又は複数の糖は、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-OMe糖は、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-MOE糖は、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の2’-F修飾された糖は、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン、第2のドメイン中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。Iいくつかの実施形態では、第1のドメイン中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン、第2のドメイン中の約又は少なくとも約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の約又は少なくとも約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-OMe修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、第1のドメイン中の約又は少なくとも約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-MOE修飾された糖は、独立して、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖に結合している1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の天然のリン酸結合は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖に結合している。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖に結合しているそれぞれの天然のリン酸結合は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖に結合している。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖に結合している1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)の天然のリン酸結合は、独立して、2’-MOE修飾された糖に結合している。いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖に結合しているそれぞれの天然のリン酸結合は、独立して、2’-MOE修飾された糖に結合している。
特に、本開示は、本明細書で説明されている通りの様々なブロック及びパターン(例えば、2’-Fブロック、2’-OMeブロック、2’-MOEブロック等)、及び/又は本明細書で説明されている通りの様々なヌクレオチド間結合及びそのパターンを含むオリゴヌクレオチドが、比較可能な参照オリゴヌクレオチド(例えば、国際公開第2016/097212号、同第2017/220751号、同第2018/041973号、同第2018/134301A1号、同第2019/158475号、同第2019/219581号、同第2020/157008号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、又は同第2020/252376で既に報告されているもの)と比較して改善された薬理学、薬物動態、及び/又はアデノシン編集レベル等を提供し得ることを実証している。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、国際公開第2021071858号で報告されているオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、N-2は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N-2の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。いくつかの実施形態では、N-1は、dIであり、N-1とN-2との間の結合は、Spのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1は、dIであり、N-1とN-2との間の結合は、Spのn001である。
いくつかの実施形態では、N-3は、天然の糖を含有する いくつかの実施形態では、N-3の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N-2とN-3との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N-4は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N-4の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N-3とN-4との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N-5は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N-5の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N-4とN-5との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N-6は、天然の糖を含有する。いくつかの実施形態では、N-6の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、これは、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、これは、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、これは、2’-OMe修飾されている。いくつかの実施形態では、これは、2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、N-5とN-6との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、これは、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのn001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのn001である。
いくつかの実施形態では、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つの糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つの糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つの糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つの糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つの糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つの糖は、二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つの糖は、2’-F修飾された糖であり、他の糖のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-MOE修飾された糖等)又は二環式糖である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つの糖は、2’-F修飾された糖であり、他の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つの糖は、2’-F修飾された糖であり、他の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つの糖は、2’-F修飾された糖であり、他の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-3の糖は、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、DNA糖であり、N-3の糖は、2’-F修飾された糖であり、N-2、N-4、N-5、及びN-6のそれぞれの糖は、独立して、本明細書で説明されている通りの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖(例えば、LNA糖、ENA糖等)である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、DNA糖であり、N-3の糖は、2’-F修飾された糖であり、N-2、N-4、N-5、及びN-6のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、DNA糖であり、N-3の糖は、2’-F修飾された糖であり、N-2、N-4、N-5、及びN-6のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、DNA糖であり、N-3の糖は、2’-F修飾された糖であり、N-2、N-4、N-5、及びN-6のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N-2は、2’-OMeブロックを形成する。いくつかの実施形態では、N-3は、2’-Fブロックを形成する。いくつかの実施形態では、N-4、N-5、及びN-6は、2’-OMeブロックを形成する。
いくつかの実施形態では、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つは、天然のリン酸結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-2とN-3との間の結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、N-2は、負に荷電していないヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つは、負に荷電していないヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-5とN-6との間の結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-3、N-4、N-5、及びN-6の少なくとも1つは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、N-3、N-4、及びN-5のそれぞれは、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、これは、Rpである。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、N-2とv-3との間の結合は、天然のリン酸結合であり、N-3とN-4との間の結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、N-4とN-5との間の結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、N-5とN-6との間の結合は、Rpの負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、Rpのn001等のRpのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、少なくとも1つの修飾された糖に結合している。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、少なくとも1つの2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)又は二環式糖に結合している。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、2’-OMe修飾された糖に結合している。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、2’-MOE修飾された糖に結合している。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合に結合している両方の糖は、独立して、本明細書で説明されている通りの修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている通りの第1のドメイン(例えば、糖の複数、又は大部分、又は全てが2’-F修飾された糖である第1のドメイン)と、本明細書で説明されている通りの第2のドメイン(例えば、糖の複数、又は大部分、又は全てが非2’-F修飾された糖(例えば、2’-OMe修飾された糖)である第2のドメイン)とを含む。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、第2のドメインの5’側に存在している(例えば、図2(a)中の様々なオリゴヌクレオチド)。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、第2のドメインの3’側に存在している(例えば、図2(b)中の様々なオリゴヌクレオチド)。いくつかの実施形態では、第1のドメインが第2のドメインの3’側に存在している(例えば、図2(b)中の様々なオリゴヌクレオチド)場合には、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上(例えば、1~20、2~20、3~20、4~20、5~20、6~20、7~20、7~11個等)の5’側のヌクレオシドが存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも3個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも4個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも5個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも6個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも7個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも8個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも9個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも10個が存在している。いくつかの実施形態では、3個が存在している。いくつかの実施形態では、4個が存在している。いくつかの実施形態では、5個が存在している。いくつかの実施形態では、6個が存在している。いくつかの実施形態では、7個が存在している。いくつかの実施形態では、8個が存在している。いくつかの実施形態では、9個が存在している。いくつかの実施形態では、10個が存在している。いくつかの実施形態では、11個が存在している。いくつかの実施形態では、7~11個が存在している。いくつかの実施形態では、9~11個が存在している。いくつかの実施形態では、10又は11個が存在している。いくつかの実施形態では、加えて又は或いは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの少なくとも15、16、17、18、19、20個、又はより多く(例えば、15~30、16~30、17~30、18~30、18~25、18~22個等)の5’側のヌクレオシドが存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも15個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも16個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも17個が存在している。いくつかの実施形態では、少なくとも18個が存在している。いくつかの実施形態では、上記で説明されている通り、少なくとも約5個(例えば、5~50、5~40、5~30、5~20、5~10、5~9、5、6、7、8、9、又は10個等)の3’側のヌクレオシドと、少なくとも約15個(例えば、15~50、15~40、15~30、15~20、20~30、20~25、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個等)の5’側のヌクレオシドとが存在している。いくつかの実施形態では、独立して約1~10個(例えば、2~10、3~10、3~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の二環式又は2’-OR修飾された糖は、独立して、編集領域(例えば、N1N0N-1)の5’側、又は3’側、又は両側上に存在しており、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、独立して約1~10個(例えば、2~10、3~10、3~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-OR修飾された糖は、独立して、編集領域の5’側、又は3’側、又は両側上に存在しており、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、独立して約1~10個(例えば、2~10、3~10、3~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-OMe修飾された糖は、独立して、編集領域の5’側、又は3’側、又は両側上に存在している。いくつかの実施形態では、これらは、5’側上に存在している。いくつかの実施形態では、これらは、3’側上に存在している。いくつかの実施形態では、これらは、両側上に存在している。いくつかの実施形態では、編集領域(例えば、N1N0N-1)を囲んで、両側上に、二環式又は2’-OR修飾された糖(例えば、独立して約1~10個(例えば、2~10、3~10、3~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個))が存在しており、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族であることが有益である。いくつかの実施形態では、編集領域(例えば、N1N0N-1)を囲んで、両側上に、2’-OR修飾された糖(例えば、独立して約1~10個(例えば、2~10、3~10、3~5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個))が存在しており、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族であることが有益である。いくつかの実施形態では、両側上に、少なくとも2個が存在している。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。ある特定の例が、図2((a)及び/又は(b))並びに図3で説明されている。
提供される技術の多くの利点の1つは、従来の他の技術と比較してはるかに短いオリゴヌクレオチドが、同等か又はより高いレベルのアデノシン編集を提供し得ることである。本開示を読む当業者は、本開示のオリゴヌクレオチド(例えば、図2で説明されているもの)の1つ又は複数の構造要素(例えば、糖修飾、核酸塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾、立体化学、及び/又はこれらのパターン)が組み込まれた、より長いオリゴヌクレオチド(例えば、標的アデノシン5’側、3’側、又は両側で伸長している)はまた、例えば、本明細書で説明されている様々な用途(例えば、アデニン編集、並びに標的アデノシンの編集に利益をもたらし得る状態、障害、又は疾患の予防及び/又は処置)にも有用であることを理解するだろう。
いくつかの実施形態では、ADAR1 p150は ADAR1 p110と比べて、5’側及び/又は3’側の長さの変動、及び/又は標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置決めの変動を許容し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、編集(例えば、ADAR1 p110及び/又はADAR1 p150による)に特に有用な5’側及び/又は3’側の長さ及び/又は標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置決めを提供する。いくつかの実施形態では、(例えば、編集を提供するオリゴヌクレオチドの、例えば、WV-12027、WV-42028、WV-42029、WV-42030、WV-42032、及びWV-420333の;いくつかの実施形態では、WV-42027の;いくつかの実施形態では、WV-42028の;いくつかの実施形態では、WV-42029の;いくつかの実施形態では、WV-42030の;いくつかの実施形態では、WV-42031の)ある特定の有用な5’側及び/又は3’側の長さ及び/又はヌクレオシドの位置決めは、ADAR1(例えば、ADAR1 p110及び/又はp150)を発現する細胞中での編集に有用である。
いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに結合しているそれぞれのホスホロチオエートは、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N0とN-1との間のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、本開示は、高い編集効率を提供し得る編集領域を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、提供される編集領域は、本明細書で説明されている通りの5’-N1N0N-1-3’であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの5’-N1N0N-1-3’を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通りの糖及び核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、N0は、天然のDNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N0は、天然のRNA糖を有する。いくつかの実施形態では、N0は、修飾された糖(例えば、2’-F修飾された糖)を有する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側の核酸塩基、即ちN0の糖は、アラビノフラノースである。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側の核酸塩基、即ちN0の糖は、
(式中、C1’は、本明細書で説明されている通りの核酸塩基に結合する)である。いくつかの実施形態では、N0は、天然の核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、シチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、2’-F C(シチジンの2’-OHは、-Fで置き換えられている)である。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、TでもUでもない。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、Tではない。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、Uではない。いくつかの実施形態では、N0は、Aと一致しない。
(式中、C1’は、本明細書で説明されている通りの核酸塩基に結合する)である。いくつかの実施形態では、N0は、天然の核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、シチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、2’-F C(シチジンの2’-OHは、-Fで置き換えられている)である。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、TでもUでもない。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、Tではない。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、Uではない。いくつかの実施形態では、N0は、Aと一致しない。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、本明細書で説明されている通り(例えば、シトシン、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Tであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、チミジンであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、本明細書で説明されている通り(例えば、シトシン、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、本明細書で説明されている通り(例えば、シトシン、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、グアニンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシグアノシンである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、本明細書で説明されている通り(例えば、シトシン、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。いくつかの実施形態では、N0の3’側に、6又は少なくとも6個のヌクレオシドが存在している(例えば、6個が存在する場合には、N-1~N-6)。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、グアニンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシグアノシンである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、本明細書で説明されている通り(例えば、シトシン、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。いくつかの実施形態では、N0の3’側に、6又は少なくとも6個のヌクレオシドが存在している(例えば、6個が存在する場合には、N-1~N-6)。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0の核酸塩基は、本明細書で説明されている通り(例えば、シトシン、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、チミンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-AAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-AAU-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-AAG-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-AAC-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-UAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-UAU-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-UAG-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-UAC-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-GAA-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-GAU-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-GAG-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dTである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dCである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-GAC-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAU-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAG-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dGである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、デオキシシチジン、b001A、Csm15、b001rA、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N0は、デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、N0は、b001Aである。いくつかの実施形態では、N0は、Csm15である。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-CAC-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Gであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Gであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Cであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Uであり、N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Uであり、N-1は、デオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Aであり、N-1の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N1は、2’-F Aであり、N-1は、dAである。いくつかの実施形態では、N0は、b001rAである。いくつかの実施形態では、N0は、b008Uである。いくつかの実施形態では、そのような5’-N1N0N-1-3’は、標的アデノシンAを編集するための5’-UAG-3’を含むRNAの標的化に特に有用である。
いくつかの実施形態では、編集レベルを低下させることなく、核酸塩基UをTで置き換え得る。いくつかの実施形態では、核酸塩基UをTで置き換えて、編集レベルを増加させ得る。いくつかの実施形態では、2’-F Uを、チミジンで置き換え得る。例えば、図19を参照されたい。いくつかの実施形態では、N1は、チミジンである。いくつかの実施形態では、N1は、チミジンであり、N0は、本明細書で説明されている通り(例えば、b001A、b008U等)である。いくつかの実施形態では、N1は、チミジンであり、N0、本明細書で説明されている通り(例えば、b001A、b008U等)であり、N-1は、Iである。
いくつかの実施形態では、標的配列にアラインメントされた場合、及び/又は標的核酸にハイブリダイズされた場合には、N0は、Aに対するゆらぎ又はミスマッチである。いくつかの実施形態では、N1は、その反対側の核酸塩基と一致しない。いくつかの実施形態では、N-1は、その反対側の核酸塩基と一致しない。いくつかの実施形態では、N-1、N0、及びN1の2つは、独立して、その反対側の核酸塩基と一致しない。いくつかの実施形態では、N0及びN1は、独立して、その反対側の核酸塩基と一致しない。いくつかの実施形態では、N0及びN-1は、独立して、その反対側の核酸塩基と一致しない。いくつかの実施隊では、これは、一致しない場合にはゆらぎである。いくつかの実施隊では、これは、一致しない場合にはミスマッチである。いくつかの実施形態では、N1の核酸塩基は、Cであり、その反対側の核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、N0の3’側に対するよりヌクレオシドが多いほど(例えば、6個以上)、5’-N1N0N-1-3’の多くのミスマッチ/ゆらぎが許容される。
いくつかの実施形態では、N0に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N1に結合しているそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1に結合しているヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1に結合しているヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1に結合しているヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、N-1に結合しているヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、N-1(例えば、その3’位)に結合しているホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、N-1(例えば、その3’位)に結合しているホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、キラル制御され、且つSpである(例えば、いくつかの実施形態は、N-1がdIである場合)。
塩基配列
当業者によって理解される通り、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学等の本開示の構造的特徴、及びその組み合わせは、所望の特性及び/又は活性を有するオリゴヌクレオチド及び組成物を提供するために、様々な好適な塩基配列と共に利用され得る。例えば、アデノシン修飾(例えば、ADARタンパク質の存在下でのIへの変換)のためのオリゴヌクレオチドは通常、標的アデノシンを含む標的核酸の配列と十分に相補的な配列を有する。標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの様々な位置で存在し得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第1のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第2のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第1のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第2のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第3のサブドメイン中にある。本開示のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の標的アデノシンを標的化し得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドは、それぞれ独立して、第2のサブドメインの構造的特徴を有する部分において存在し、各々が独立して、本明細書で説明されている通りの反対側のヌクレオシドの1つ又は複数又は全ての構造的特徴を有する。多くの実施形態では、例えば、GからAへの変異を標的化するために、オリゴヌクレオチドは、例えば、Iに変換するADARによって、修飾のためにただ1つの標的アデノシンを選択的に標的化し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの5’末端より3’末端に近い。
当業者によって理解される通り、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学等の本開示の構造的特徴、及びその組み合わせは、所望の特性及び/又は活性を有するオリゴヌクレオチド及び組成物を提供するために、様々な好適な塩基配列と共に利用され得る。例えば、アデノシン修飾(例えば、ADARタンパク質の存在下でのIへの変換)のためのオリゴヌクレオチドは通常、標的アデノシンを含む標的核酸の配列と十分に相補的な配列を有する。標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの様々な位置で存在し得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第1のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第2のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第1のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第2のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドが、第3のサブドメイン中にある。本開示のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の標的アデノシンを標的化し得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の反対側のヌクレオシドは、それぞれ独立して、第2のサブドメインの構造的特徴を有する部分において存在し、各々が独立して、本明細書で説明されている通りの反対側のヌクレオシドの1つ又は複数又は全ての構造的特徴を有する。多くの実施形態では、例えば、GからAへの変異を標的化するために、オリゴヌクレオチドは、例えば、Iに変換するADARによって、修飾のためにただ1つの標的アデノシンを選択的に標的化し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの5’末端より3’末端に近い。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、0~5個(例えば、0、1、2、3、4、又は5個)のミスマッチを有する、本明細書で説明されいてる(例えば、表における)塩基配列又はその一部(例えば、10~50、10~40、10~30、10~20個の範囲、又は10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又は少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25個の連続した核酸塩基)を有し、各Tは、独立して、Uで置換され得、その逆もあり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている塩基配列、又はその一部を含み、一部は、少なくとも10個の連続した核酸塩基の範囲、又は0~5個のミスマッチを有する少なくとも15個の連続した核酸塩基の範囲である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている塩基配列、又はその一部を有しており、一部は、少なくとも10個の連続した核酸塩基の範囲、又は1~5個のミスマッチを有する少なくとも10個の連続した核酸塩基の範囲であり、各Tは、独立して、Uで置換され得、その逆もあり得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、10~60個(例えば、約又は少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60個;いくつかの実施形態では、少なくとも15個;いくつかの実施形態では、少なくとも16個;いくつかの実施形態では、少なくとも17個;いくつかの実施形態では、少なくとも18個;いくつかの実施形態では、少なくとも19個;いくつかの実施形態では、少なくとも20個;いくつかの実施形態では、少なくとも21個;いくつかの実施形態では、少なくとも22個;いくつかの実施形態では、少なくとも23個;いくつかの実施形態では、少なくとも24個;いくつかの実施形態では、少なくとも25個;いくつかの実施形態では、少なくとも26個;いくつかの実施形態では、少なくとも27個;いくつかの実施形態では、少なくとも28個;いくつかの実施形態では、少なくとも29個;いくつかの実施形態では、少なくとも30個;いくつかの実施形態では、少なくとも31個;いくつかの実施形態では、少なくとも32個;いくつかの実施形態では、少なくとも33個;いくつかの実施形態では、少なくとも34個;いくつかの実施形態では、少なくとも35個)の塩基、任意選択的に連続した、核酸(例えば、遺伝子又はその転写物(例えば、mRNA))の塩基配列と同一であるか又は相補的な塩基配列を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、遺伝子又はその転写物中の標的配列と相補的な配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、配列は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60個、又はより多くの核酸塩基の長さである。
いくつかの実施形態では、標的配列は、関連する生物において他よりも核酸配列を規定するという点で、核酸配列の(例えば、遺伝子又はその転写物の)特徴的な配列であるか、又はそれを含み;例えば、特徴的な配列は、関連する生物における他のゲノム核酸配列(例えば、遺伝子)又はその転写物中にないか、又は少なくとも様々なミスマッチを有する。いくつかの実施形態では、転写物の特徴的な配列は、関連する生物における他の転写物よりもその転写物を規定し;例えば、いくつかの実施形態では、特徴的な配列は、異なる核酸配列(例えば、異なる遺伝子)から転写される転写物中にない。いくつかの実施形態では、核酸配列からの転写物バリアント(例えば、遺伝子のmRNAバリアント)は、例えば、他の遺伝子の転写物からそれらを規定する共通の特徴的な配列を共有し得る。いくつかの実施形態では、特徴的な配列は、標的アデノシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的アデノシンを含む核酸と選択的に二重鎖を形成し、標的アデノシンは、二重鎖領域内にあり、ADAR1又はADAR2等のタンパク質によって修飾され得る。
当業者によって理解される通り、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は通常、例えば、標的アデノシンの部位特異的編集のために、十分な長さ及びそれらの標的核酸(例えば、RNA転写物(例えば、プレmRNA、成熟mRNA等))との相補性を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的アデノシンを含む標的RNA配列の一部と相補的である(当業者によって理解される通り、多くの場合において、標的核酸は、本開示のオリゴヌクレオチドより長く、相補性は、2つのオリゴヌクレオチドのより短い方に基づいて適切に評価され得る)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と90%以上の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換され得、その逆もあり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と95%以上の同一性を有し、各Tは、独立して、Uで置換され得、その逆もあり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40個、又はより多くの塩基の連続した範囲を含み、各Tは、独立して、Uで置換され得、その逆もあり得、この範囲内の1つ又は複数の塩基が脱塩基(例えば、核酸塩基は、ヌクレオチドを欠損している)であることを除く。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15個の連続した塩基を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列と少なくとも90%同一である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列と少なくとも95%同一である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書で説明されている任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の10~40個(例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40個)の連続した塩基であるか、それらを含むか、又はそれらを含み、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書の表に示されるオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸(例えば、標的アデノシンを含む部分)のものと相補的である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表におけるオリゴヌクレオチドの少なくとも15個の連続した塩基(例えば、15、16、17、18、19、又は20個)を含む塩基配列を有し、各Tは、独立して、Uで置換されてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表のいずれかに記載される塩基配列又はその一部(例えば、10~40個、例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40個の核酸塩基を含む一部)を含み、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、及び/又は表のいずれかに記載される糖、核酸塩基、及び/又はヌクレオチド間結合修飾及び/又は立体化学、及び/又はそのパターン、及び/又は表のいずれかに記載される追加の化学的部分(オリゴヌクレオチド鎖に加えて、例えば、標的部分、脂質部分、炭水化物部分等)を含む。
いくつかの実施形態では、用語「相補的な」、「完全に相補的な」、及び「実質的に相補的な」は、それらの使用の文脈から当業者によって理解される通り、オリゴヌクレオチドと標的配列の間で一致する塩基に関して使用され得る。TによるUの置換、又はその逆は、概して相補性の大きさを変化させないことが注記される。本明細書で使用する場合、標的配列と「実質的に相補的な」オリゴヌクレオチドは、大部分又はほとんど相補的であるが、必ずしも100%相補的ではない。いくつかの実施形態では、実質的に相補的な配列(例えば、オリゴヌクレオチド)は、その標的配列と最大限にアラインメントされる場合には、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、又は5個)のミスマッチを有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸の標的配列と実質的に相補的な塩基配列を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの配列の相補体と実質的に相補的な塩基配列を有する。当業者によって理解される通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、オリゴヌクレオチドがそれらの機能(例えば、核酸におけるAからIへの変換)を果たすためにそれらの標的と100%相補的である必要はない。いくつかの実施形態では、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの5’及び/又は3’末端又は中程で十分に許容される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のミスマッチは、本明細書で実証される通りのアデノシン修飾のために好ましい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸との相補性のための部分、及び任意選択的な、主として標的核酸との相補性のためのものではない部分を含み;例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、タンパク質結合のための部分を含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、それらの標的配列と完全に相補的である(A-T/U及びC-G塩基対形成)。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的ヌクレオシド(例えば、アデノシン)の反対側のヌクレオシドを除いて、それらの標的配列と完全に相補的である(A-T/U及びC-G塩基対形成)。
いくつかの実施形態では、本開示は、表に記載されるオリゴヌクレオチドに見出される配列を含むオリゴヌクレオチドを提供し、1つ又は複数のUは、独立して且つ任意選択的に、Tで置き換えられており、その逆でもある。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのT及び/又は少なくとも1つのUを含み得る。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書の表に記載されるオリゴヌクレオチドに見出される配列を含むオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、表に記載されるオリゴヌクレオチドの配列と50%を超える同一性を有する。いくつかの実施形態では、本開示は、塩基配列が表で開示されるオリゴヌクレオチドの配列であるオリゴヌクレオチドを提供し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、本開示は、表のオリゴヌクレオチドに見出される配列を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書の表の同じオリゴヌクレオチド又は別のオリゴヌクレオチドの骨格結合のパターン、骨格のキラル中心のパターン、及び/又は骨格のリン修飾のパターンを有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される(例えば、表における)オリゴヌクレオチドの塩基配列の一部であるか、それを含むか、又はそれを含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを提供し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、オリゴヌクレオチドは任意選択的にさらに、本明細書で説明されている化学修飾、立体化学、形式、追加の化学的部分(例えば、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分等)、及び/又は別の構造的特徴を含む。
いくつかの実施形態では、「一部」(例えば、塩基配列又は修飾若しくは他の構造的要素のパターン)は、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個の単量体単位長である。
本開示に関する当業者は、本明細書の技術が、編集するために標的アデノシンを含む様々な標的核酸を標的化するために利用され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、標的核酸は、PiZZアレルの転写物である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、...atcgacAagaaagggactgaagc...である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、編集のために標的アデノシンを含む転写物の一部と二重鎖を選択的に形成するのに十分な相補性を有するように、好適な塩基配列を有する。
本明細書で説明されている通り、標的ヌクレオシド(例えば、A)の反対側のヌクレオシドは、様々な位置に位置し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの5’末端から2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から3位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から4位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から5位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から6位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から7位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から8位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から9位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの5’末端から10位以上にある。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの3’末端から2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から3位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から4位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から5位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から6位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から7位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から8位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から9位以上にある。いくつかの実施形態では、これは、オリゴヌクレオチドの3’末端から10位以上にある。いくつかの実施形態では、5’末端及び/又は3’末端から1位にある核酸塩基は、最大の相補性に関してアラインメントされる場合には、標的配列中の対応する核酸塩基と相補的である。いくつかの実施形態では、ある特定の位置(例えば、6、7、又は8位)は、より高い編集効率をもたらし得る。
例として、ある特定の例の塩基配列、核酸塩基修飾及びそのパターン、糖修飾及びそのパターン、ヌクレオチド間結合及びそのパターン、結合リンの立体化学及びそのパターン、リンカー、及び/又は追加の化学的部分等を含むある特定のオリゴヌクレオチドを、下の表1に示す。特に、これらのオリゴヌクレオチドは、遺伝子又は遺伝子産物におけるGからAへの変異を補正する(例えば、AからIに変換することによって)ために利用され得る。いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物が表に列挙される。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、塩基配列は、特定の配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、特定の配列と相補的な塩基配列であるか又はそれを含む塩基配列と相補的である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、1、2、3、4、又は5位以内で、特定の配列と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、1、2、3、4、又は5位以内で、特定の配列の約15~30個(例えば、15~25、15~20、20~30、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個)の連続した核酸塩基と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、1位以内で、特定の配列と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、2位以内で、特定の配列と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、3位以内で、特定の配列と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、4位以内で、特定の配列と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、塩基配列は、5位以内で、特定の配列と異なる配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1(例えば、表1A~表1I、1J~1O等のいずれか)から選択される塩基配列であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の5~30、10~30、15~30、20~30、又は25~30個(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個)の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の10個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の11個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の12個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の13個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の14個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の15個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の16個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の17個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の18個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の19個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の20個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の21個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の22個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の23個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の24個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の25個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の26個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の27個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の28個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の29個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、表1から選択される塩基配列中の30個の連続した塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Aから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Bから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Cから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Dから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Eから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Fから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Gから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Hから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Iから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Jから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Kから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Lから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Mから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Nから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、表1から選択される塩基配列は、表1Oから選択される塩基配列である。いくつかの実施形態では、塩基配列は、全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第2021/071858号の表1(例えば、1A、1B、1C、1D、1E、1F、1G、1H、及び/又は1I)から選択される。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UCCCUUUCTCIUCGA(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UCCCUUUCTCIUCGAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UCCCUUUCTCGUCGA(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UCCCUUUCTCGUCGAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGA(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、UUCAGUCCCUUUCTCGUCGAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGA(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCIUCGAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCUAIUCGAU(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCUAIUCGAUであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCAC(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、ACAUAAUUUACACGAAAGCAAUGCCAUCACであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUU(式中、各Uは、独立して、Tによって置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、AUCCACUGUGGCACCCAGAUUAUCCAUGUUであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、特定の配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUTCTUIUCGAUであるか、又はそれを含む。
ある特定のオリゴヌクレオチド及び/又は組成物が、複数のセクション(例えば、1A、1B、1C等、これらは、個別に、表1A、1B、1C等と称され得る)を含む下記の表1に記載されている。本開示で言及されているある特定のオリゴヌクレオチド及び/又は組成物が、国際公開第2021/071858号(例えば、国際公開第2021/071858号の表1)に記載されている。国際公開第2021/071858号の全てのオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、参照により本明細書に組み込まれる。
注記:
説明、塩基配列、及び立体化学/結合は、それらの長さに起因して、表1(例えば、表1A、表1B、表1C等)において複数の系列に分類され得る。別段の指定がない限り、表1の全てのオリゴヌクレオチドは、一本鎖である。当業者によって理解される通り、ヌクレオシド単位は、別段の指示がない限り(例えば、r、m、m5、eo等)、修飾されず、修飾されていない核酸塩基及び2’-デオキシ糖を含有し;結合は、別段の指示がない限り、天然のリン酸結合であり;且つ酸性/塩基性基は、独立して、それらの塩形態で存在し得る。糖が指定されない場合、糖は、天然のDNA糖であり;及びヌクレオチド間結合が指定されない場合、ヌクレオチド間結合は、天然のホスフェート結合である。部分及び修飾:
a:2’-NH2(例えば、aC:
);
m:2’-OMe;
m5:Cの5位でのメチル(核酸塩基は5-メチルシトシンである);
m5lC:Cの5位でのメチル(核酸塩基は5-メチルシトシンである)、糖はLNA糖であり;
l:LNA糖;
I:核酸塩基は、ヒポキサンチンであり;
f:2’-F;
r:2’-OH;
eo:2’-MOE(2’-OCH2CH2OCH3);
m5Ceo:5-メチル 2’-O-メトキシエチル C;
O、PO:ホスホジエステル(リン酸)。これは、結合又は末端基(又はその構成要素)、例えば、リンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、ヌクレオチド間結合(天然のホスフェート結合)等であり得る。ホスホジエステルは通常、立体化学/結合の列において「O」で示され、通常は説明の列において標識されない(これが末端基、例えば、5’末端基である場合には、これは説明において示され、通常は立体化学/結合において示されない);結合が説明の列で示されない場合には、別段の指示がない限り、これは通常、ホスホジエステルである。リンカー(例えば、L001)とオリゴヌクレオチド鎖との間のホスフェート結合は、説明の列において標識され得ないが、立体化学/結合の列において「O」で示され得ることに留意されたい;
*、PS:ホスホロチオエート。これは、末端基(これが末端基、例えば、5’末端基である場合には、これは、説明において示され、通常は立体化学/結合において示されない)、又は結合、例えば、リンカー(例えば、L001)とオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、ヌクレオチド間結合(ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)等であり得る;
R、Rp:Rp配置におけるホスホロチオエート。説明における*Rは、Rp配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい;
S、Sp:Sp配置におけるホスホロチオエート。説明における*Sは、Sp配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい;
X:立体的に不規則なホスホロチオエート;
n001:
;
nX(n001に関して利用される場合):立体的に不規則なn001;
nR(n001に関して利用される場合)又はn001R;Rp配置におけるn001;
nS(n001に関して利用される場合)又はn001S;Sp配置におけるn001;
*n001:
;
n*X:立体的に不規則な*n001;
n002:
;
nX(n002に関して利用される場合):立体的に不規則なn002;
nR(n002に関して利用される場合)又はn002R;Rp配置におけるn002;
nS(n002に関して利用される場合)又はn002S;Sp配置におけるn002;
n003:
;
nX(n003に関して利用される場合):立体的に不規則なn003;
nR(n003に関して利用される場合)又はn003R;Rp配置におけるn003;
nS(n003に関して利用される場合)又はn003S;Sp配置におけるn003;
n004:
;
nX(n004に関して利用される場合):立体的に不規則なn004;
nR(n004に関して利用される場合)又はn004R;Rp配置におけるn004;
nS(n004に関して利用される場合)又はn004S;Sp配置におけるn004;
n006:
;
nX(n006に関して利用される場合):立体的に不規則なn006;
nR(n006に関して利用される場合)又はn006R;Rp配置におけるn006;
nS(n006に関して利用される場合)又はn006S;Sp配置におけるn006;
n008:
;
nX(n008に関して利用される場合):立体的に不規則なn008;
nR(n008に関して利用される場合)又はn008R;Rp配置におけるn008;
nS(n008に関して利用される場合)又はn008S;Sp配置におけるn008;
n020:
;
nX(n020に関して利用される場合):立体的に不規則なn020;
nR(n020に関して利用される場合)又はn020R;Rp配置におけるn020;
nS(n020に関して利用される場合)又はn020S;Sp配置におけるn020;
n025:
;
nX(n025に関して利用される場合):立体的に不規則なn025;
nR(n025に関して利用される場合)又はn025R;Rp配置におけるn025;
nS(n025に関して利用される場合)又はn025S;Sp配置におけるn025;
n026
;
nX(n026に関して利用される場合):立体的に不規則なn026;
nR(n026に関して利用される場合)又はn026R;Rp配置におけるn026;
nS(n026に関して利用される場合)又はn026S;Sp配置におけるn026;
n051:
;
nX(n051に関して利用される場合):立体的に不規則なn051;
nR(n051に関して利用される場合)又はn051R;Rp配置におけるn051;
nS(n051に関して利用される場合)又はn051S;Sp配置におけるn051;
n057:
;
nX(n057に関して利用される場合):立体的に不規則なn057;
nR(n057に関して利用される場合)又はn057R;Rp配置におけるn057;
nS(n057に関して利用される場合)又はn057S;Sp配置におけるn057;
sm01n001:
(例えば、
);
sm01*n001:
(例えば、
);
sm18n001:
(例えば、Tsm18n001:
);
n013:n013:(式中、-C(O)-は、窒素に結合している);表で利用されるように、n013は、立体化学/結合中においてOと示され得る;
sm01n013:
(例えば、
);
Mod001:
;
L001:-NH-を介してMod(例えば、Mod001)に連結され、例えばWV-27457の場合には、ホスフェート結合(O又はPO)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結された-NH-(CH2)6-リンカー(C6リンカー、C6アミンリンカー、又はC6アミノリンカー)。例えば、WV-27457において、L001は、-NH-を介してMod001に連結され(アミド基-C(O)-NH-を形成する)、リン酸結合(O)を介してオリゴヌクレオチド鎖に連結される;
L010:
。いくつかの実施形態では、L010がオリゴヌクレオチドの中程に存在する場合には、これは、他の糖(例えば、DNA糖)としてヌクレオチド間結合に結合しており、例えば、この5’-炭素は、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、この3’-炭素は、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、独立して、例えば、結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))を介する。
L012:-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-。L012が、オリゴヌクレオチドの中程に存在する場合には、この2つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))に結合している;
L022:
、L022は、例えば、Rpのホスホロチオエートを介したWV-42488において、別段の指示がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される;
L023:HO-(CH2)6-(式中、CH2は、別段の指示がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される)。例えば、WV-39202(式中、OnRnRnRnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSnRSSSSSnRSSnRのOは、L023と分子の残部を連結するホスフェート結合を示す)。
L025:
、式中、-CH2-の連結部位が、糖(例えば、DNA糖)のC5連結部位として利用され、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、環上の連結部位は、C3連結部位として利用され、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、各々は独立して、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))を介する。L025が、いずれの修飾も有しないa5’末端にある場合には、この-CH2-の連結部位は、-OHに結合している。例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおけるL025L025L025-は、
(様々な塩形態として存在し得る)の構造を有し、指定の結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’-炭素に連結される。
L028:-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-。L028が、オリゴヌクレオチドの中程に存在する場合には、この2つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか又はキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))に結合している;
sm04:
。sm04は、これが結合する核酸塩基に続き;例えば、WV-28787において、「Usm04」は、Uがsm04
に結合していることを示し;WV-44238において、「Csm04」は、Cがsm04
に結合していることを示す;
sm11:
。sm11は、これが結合する核酸塩基に続き;例えば、WV-47403において、「Csm11」は、Cがsm11
に結合していることを示す;
sm12:
。sm12は、これが結合する核酸塩基に続き;例えば、WV-47402において、「Csm12」は、Cがsm12
に結合していることを示す;
a:2’-NH2;
b001U:塩基が
であるヌクレオシド;
b001rU:塩基が
であり、且つ糖が天然のRNA糖(r)であるヌクレオシド;
b002U:塩基が
であるヌクレオシド;
b003U:塩基が
であるヌクレオシド;
b004U:塩基が
であるヌクレオシド;
b005U:塩基が
であるヌクレオシド;
b006U:塩基が
であるヌクレオシド;
b007U:塩基が
であるヌクレオシド;
b008U:塩基が
であるヌクレオシド;
b009U:塩基が
であるヌクレオシド;
b010U:下記の構造:
を有するヌクレオシド;
b011U:塩基が
であるヌクレオシド;
b012U:塩基が
であるヌクレオシド;
b003I:塩基が
であるヌクレオシド;
b004I:塩基が
であるヌクレオシド;
b014I:塩基が
であるヌクレオシド;
b001G:塩基が
であるヌクレオシド;
b002G:塩基が
であるヌクレオシド;
b001A:塩基が
であるヌクレオシド;
b002A:塩基が
であるヌクレオシド;
b003A:塩基が
であるヌクレオシド;
zdnp:塩基が
であるヌクレオシド;
b001C:塩基が
であるヌクレオシド;
b002C:塩基が
であるヌクレオシド;
b003C:塩基が
であるヌクレオシド;
b004C:塩基が
であるヌクレオシド;
b007C:塩基が
であるヌクレオシド;
b008C:塩基が
であるヌクレオシド;
b009C:塩基が
であるヌクレオシド;
5MR:糖に対する5’-Me修飾及び5’炭素の構成、糖は、Rである(例えば、
);
5MS:糖に対する5’-Me修飾及び5’炭素の構成、糖は、Sである(例えば、
);
rNxsm13:
、式中、Nxは、核酸塩基である(例えば、rCsm13:
);
rNxsm14:
、式中、Nxは、核酸塩基である(例えば、rCsm14:
);
sm15:
。sm15は、これが結合する核酸塩基に続く(例えば、Csm15:
);
sm16:
。sm16は、これが結合する核酸塩基に続く(例えば、Csm16:
);並びに
sm17:
。sm17は、これが結合する核酸塩基に続く(例えば、Csm17:
)。
説明、塩基配列、及び立体化学/結合は、それらの長さに起因して、表1(例えば、表1A、表1B、表1C等)において複数の系列に分類され得る。別段の指定がない限り、表1の全てのオリゴヌクレオチドは、一本鎖である。当業者によって理解される通り、ヌクレオシド単位は、別段の指示がない限り(例えば、r、m、m5、eo等)、修飾されず、修飾されていない核酸塩基及び2’-デオキシ糖を含有し;結合は、別段の指示がない限り、天然のリン酸結合であり;且つ酸性/塩基性基は、独立して、それらの塩形態で存在し得る。糖が指定されない場合、糖は、天然のDNA糖であり;及びヌクレオチド間結合が指定されない場合、ヌクレオチド間結合は、天然のホスフェート結合である。部分及び修飾:
a:2’-NH2(例えば、aC:
);
m:2’-OMe;
m5:Cの5位でのメチル(核酸塩基は5-メチルシトシンである);
m5lC:Cの5位でのメチル(核酸塩基は5-メチルシトシンである)、糖はLNA糖であり;
l:LNA糖;
I:核酸塩基は、ヒポキサンチンであり;
f:2’-F;
r:2’-OH;
eo:2’-MOE(2’-OCH2CH2OCH3);
m5Ceo:5-メチル 2’-O-メトキシエチル C;
O、PO:ホスホジエステル(リン酸)。これは、結合又は末端基(又はその構成要素)、例えば、リンカーとオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、ヌクレオチド間結合(天然のホスフェート結合)等であり得る。ホスホジエステルは通常、立体化学/結合の列において「O」で示され、通常は説明の列において標識されない(これが末端基、例えば、5’末端基である場合には、これは説明において示され、通常は立体化学/結合において示されない);結合が説明の列で示されない場合には、別段の指示がない限り、これは通常、ホスホジエステルである。リンカー(例えば、L001)とオリゴヌクレオチド鎖との間のホスフェート結合は、説明の列において標識され得ないが、立体化学/結合の列において「O」で示され得ることに留意されたい;
*、PS:ホスホロチオエート。これは、末端基(これが末端基、例えば、5’末端基である場合には、これは、説明において示され、通常は立体化学/結合において示されない)、又は結合、例えば、リンカー(例えば、L001)とオリゴヌクレオチド鎖との間の結合、ヌクレオチド間結合(ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)等であり得る;
R、Rp:Rp配置におけるホスホロチオエート。説明における*Rは、Rp配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい;
S、Sp:Sp配置におけるホスホロチオエート。説明における*Sは、Sp配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい;
X:立体的に不規則なホスホロチオエート;
n001:
;
nX(n001に関して利用される場合):立体的に不規則なn001;
nR(n001に関して利用される場合)又はn001R;Rp配置におけるn001;
nS(n001に関して利用される場合)又はn001S;Sp配置におけるn001;
*n001:
;
n*X:立体的に不規則な*n001;
n002:
;
nX(n002に関して利用される場合):立体的に不規則なn002;
nR(n002に関して利用される場合)又はn002R;Rp配置におけるn002;
nS(n002に関して利用される場合)又はn002S;Sp配置におけるn002;
n003:
;
nX(n003に関して利用される場合):立体的に不規則なn003;
nR(n003に関して利用される場合)又はn003R;Rp配置におけるn003;
nS(n003に関して利用される場合)又はn003S;Sp配置におけるn003;
n004:
;
nX(n004に関して利用される場合):立体的に不規則なn004;
nR(n004に関して利用される場合)又はn004R;Rp配置におけるn004;
nS(n004に関して利用される場合)又はn004S;Sp配置におけるn004;
n006:
;
nX(n006に関して利用される場合):立体的に不規則なn006;
nR(n006に関して利用される場合)又はn006R;Rp配置におけるn006;
nS(n006に関して利用される場合)又はn006S;Sp配置におけるn006;
n008:
;
nX(n008に関して利用される場合):立体的に不規則なn008;
nR(n008に関して利用される場合)又はn008R;Rp配置におけるn008;
nS(n008に関して利用される場合)又はn008S;Sp配置におけるn008;
n020:
;
nX(n020に関して利用される場合):立体的に不規則なn020;
nR(n020に関して利用される場合)又はn020R;Rp配置におけるn020;
nS(n020に関して利用される場合)又はn020S;Sp配置におけるn020;
n025:
;
nX(n025に関して利用される場合):立体的に不規則なn025;
nR(n025に関して利用される場合)又はn025R;Rp配置におけるn025;
nS(n025に関して利用される場合)又はn025S;Sp配置におけるn025;
n026
;
nX(n026に関して利用される場合):立体的に不規則なn026;
nR(n026に関して利用される場合)又はn026R;Rp配置におけるn026;
nS(n026に関して利用される場合)又はn026S;Sp配置におけるn026;
n051:
;
nX(n051に関して利用される場合):立体的に不規則なn051;
nR(n051に関して利用される場合)又はn051R;Rp配置におけるn051;
nS(n051に関して利用される場合)又はn051S;Sp配置におけるn051;
n057:
;
nX(n057に関して利用される場合):立体的に不規則なn057;
nR(n057に関して利用される場合)又はn057R;Rp配置におけるn057;
nS(n057に関して利用される場合)又はn057S;Sp配置におけるn057;
sm01n001:
(例えば、
);
sm01*n001:
(例えば、
);
sm18n001:
(例えば、Tsm18n001:
);
n013:n013:(式中、-C(O)-は、窒素に結合している);表で利用されるように、n013は、立体化学/結合中においてOと示され得る;
sm01n013:
(例えば、
);
Mod001:
;
L001:-NH-を介してMod(例えば、Mod001)に連結され、例えばWV-27457の場合には、ホスフェート結合(O又はPO)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結された-NH-(CH2)6-リンカー(C6リンカー、C6アミンリンカー、又はC6アミノリンカー)。例えば、WV-27457において、L001は、-NH-を介してMod001に連結され(アミド基-C(O)-NH-を形成する)、リン酸結合(O)を介してオリゴヌクレオチド鎖に連結される;
L010:
。いくつかの実施形態では、L010がオリゴヌクレオチドの中程に存在する場合には、これは、他の糖(例えば、DNA糖)としてヌクレオチド間結合に結合しており、例えば、この5’-炭素は、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、この3’-炭素は、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、独立して、例えば、結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))を介する。
L012:-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-。L012が、オリゴヌクレオチドの中程に存在する場合には、この2つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))に結合している;
L022:
、L022は、例えば、Rpのホスホロチオエートを介したWV-42488において、別段の指示がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される;
L023:HO-(CH2)6-(式中、CH2は、別段の指示がない限り、リン酸を介して分子の残部に連結される)。例えば、WV-39202(式中、OnRnRnRnRSSSSSSSSSSSSSSSSSSnRSSSSSnRSSnRのOは、L023と分子の残部を連結するホスフェート結合を示す)。
L025:
、式中、-CH2-の連結部位が、糖(例えば、DNA糖)のC5連結部位として利用され、別の単位(例えば、糖の3’)に連結され、環上の連結部位は、C3連結部位として利用され、別の単位(例えば、炭素の5’-炭素)に連結され、各々は独立して、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))を介する。L025が、いずれの修飾も有しないa5’末端にある場合には、この-CH2-の連結部位は、-OHに結合している。例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおけるL025L025L025-は、
(様々な塩形態として存在し得る)の構造を有し、指定の結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか若しくはキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’-炭素に連結される。
L028:-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-。L028が、オリゴヌクレオチドの中程に存在する場合には、この2つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合(例えば、ホスフェート結合(O若しくはPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか又はキラル制御され得る(Sp若しくはRp)))に結合している;
sm04:
。sm04は、これが結合する核酸塩基に続き;例えば、WV-28787において、「Usm04」は、Uがsm04
に結合していることを示し;WV-44238において、「Csm04」は、Cがsm04
に結合していることを示す;
sm11:
。sm11は、これが結合する核酸塩基に続き;例えば、WV-47403において、「Csm11」は、Cがsm11
に結合していることを示す;
sm12:
。sm12は、これが結合する核酸塩基に続き;例えば、WV-47402において、「Csm12」は、Cがsm12
に結合していることを示す;
a:2’-NH2;
b001U:塩基が
であるヌクレオシド;
b001rU:塩基が
であり、且つ糖が天然のRNA糖(r)であるヌクレオシド;
b002U:塩基が
であるヌクレオシド;
b003U:塩基が
であるヌクレオシド;
b004U:塩基が
であるヌクレオシド;
b005U:塩基が
であるヌクレオシド;
b006U:塩基が
であるヌクレオシド;
b007U:塩基が
であるヌクレオシド;
b008U:塩基が
であるヌクレオシド;
b009U:塩基が
であるヌクレオシド;
b010U:下記の構造:
を有するヌクレオシド;
b011U:塩基が
であるヌクレオシド;
b012U:塩基が
であるヌクレオシド;
b003I:塩基が
であるヌクレオシド;
b004I:塩基が
であるヌクレオシド;
b014I:塩基が
であるヌクレオシド;
b001G:塩基が
であるヌクレオシド;
b002G:塩基が
であるヌクレオシド;
b001A:塩基が
であるヌクレオシド;
b002A:塩基が
であるヌクレオシド;
b003A:塩基が
であるヌクレオシド;
zdnp:塩基が
であるヌクレオシド;
b001C:塩基が
であるヌクレオシド;
b002C:塩基が
であるヌクレオシド;
b003C:塩基が
であるヌクレオシド;
b004C:塩基が
であるヌクレオシド;
b007C:塩基が
であるヌクレオシド;
b008C:塩基が
であるヌクレオシド;
b009C:塩基が
であるヌクレオシド;
5MR:糖に対する5’-Me修飾及び5’炭素の構成、糖は、Rである(例えば、
);
5MS:糖に対する5’-Me修飾及び5’炭素の構成、糖は、Sである(例えば、
);
rNxsm13:
、式中、Nxは、核酸塩基である(例えば、rCsm13:
);
rNxsm14:
、式中、Nxは、核酸塩基である(例えば、rCsm14:
);
sm15:
。sm15は、これが結合する核酸塩基に続く(例えば、Csm15:
);
sm16:
。sm16は、これが結合する核酸塩基に続く(例えば、Csm16:
);並びに
sm17:
。sm17は、これが結合する核酸塩基に続く(例えば、Csm17:
)。
いくつかの実施形態では、糖は、酸素原子(例えば、典型的な天然のDNA分子等の天然のリン酸結合中の酸素原子)を介して、ヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、糖は、酸素ではない原子を介して、ヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、糖は、糖の窒素原子を介して、ヌクレオチド間結合に結合している。いくつかの実施形態では、糖は、(例えばsm01中の)糖の環窒素原子を介して、ヌクレオチド間結合に結合しており;そのような場合には、糖の環窒素原子は、結合リン原子との結合を直接形成し得(例えば、sm01n001を参照されたい)、当業者は、酸素原子が結合から除去され得ることを理解するだろう(例えば、sm01n001を参照されたい)。例えば、表中のオリゴヌクレオチドで示されているように、窒素原子を介して結合リンに直接結合し得るsm18も参照されたい(例えば、sm18n001)。ある特定の試薬(例えば、ホスホロアミダイト、ヌクレオシド等)、及び様々な修飾(例えば、修飾された糖、修飾された核酸塩基等の本明細書の表で例示されているもの)を利用する方法が、実施例、又は参照により本明細書に組み込まれる国際公開第2021/071858号で説明されている。
オリゴヌクレオチド組成物
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されているオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示で説明されている複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない(立体的に不規則)。
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されているオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示で説明されている複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない(立体的に不規則)。
天然のホスフェート結合の結合リンは、アキラルである。多くの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)の結合リンは、キラルである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物の調製の間(例えば、従来のホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成において)、キラル結合リンの配置は、意図的に設計されないか又は制御されず、様々な立体異性体(ジアステレオ異性体)の複雑で不規則な混合物であるキラル制御されていない(立体的に不規則な)オリゴヌクレオチド組成物(実質的にラセミ調製物)をもたらし、n個のキラルヌクレオチド間結合(結合リンがキラルである)を有するオリゴヌクレオチドに関して、通常2n個の立体異性体(例えば、nが10である場合には、210=1,032;nが20である場合には、220=1,048,576)がある。これらの立体異性体は、同じ構成を有するが、これらの結合リンの立体化学のパターンに関して異なる。
いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物は、ある特定の目的及び/又は適用のために十分な特性及び/又は活性を有する。いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物より安価に、容易に、及び/又は単純に生成され得る。しかしながら、立体的に不規則な組成物内の立体異性体は、様々な特性、活性、及び/又は毒性を有する場合があり、特に、同じ構成のオリゴヌクレオチドのある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と比較して、立体的に不規則な組成物によって不定の治療効果及び/又は意図しない副作用がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計して調製するための技術を包含する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、表1においてそれらの立体化学/結合にS及び/又はRを含有する多くのオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、制御された/既定の(立体的に不規則な組成物のように不規則ではない)レベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、これらのオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、これらのオリゴヌクレオチドは、骨格のキラル中心(結合リンの立体化学)の同じパターンを共有する。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、本開示で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これら複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有する。
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これら複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、これらのオリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、これらのオリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、これらのオリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン(パターンは、少なくとも1つのRpを含む)
を共有し、
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン(パターンは、少なくとも1つのRpを含む)
を共有し、
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これらのオリゴヌクレオチドは、
1)共通の構成を共有し、且つ
2)1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有し、
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
1)共通の構成を共有し、且つ
2)1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有し、
この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これら複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、80%~100%(例えば、85~100%、90~100%、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%)である。
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、80%~100%(例えば、85~100%、90~100%、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%)である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、これらのオリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、80%~100%(例えば、85~100%、90~100%、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%)である。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はそれ以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、80%~100%(例えば、85~100%、90~100%、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%)である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これらのオリゴヌクレオチドは、
1)共通の構成を共有し、且つ
2)1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有し、
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、80%~100%(例えば、85~100%、90~100%、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%)である。
1)共通の構成を共有し、且つ
2)1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有し、
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、80%~100%(例えば、85~100%、90~100%、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%)である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これら複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である。
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である。
いくつかの実施形態では、本開示は、1又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である。
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である。
いくつかの実施形態では、本開示は、
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物が、それが、この特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;且つ
共通の塩基配列が、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である、
組成物を提供する。
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物が、それが、この特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;且つ
共通の塩基配列が、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である、
組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、一部は、約又は少なくとも約10~40、15~40、20~40個、例えば、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個以上の核酸塩基長であり得る いくつかの実施形態では、一部は、核酸の約若しくは少なくとも約1%~50%又は約1%~50%以下である。いくつかの実施形態では、一部は、核酸の全長である。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列は、本明細書で説明されている通りの核酸の一部の塩基配列と相補的である。いくつかの実施形態では、これは、標的アデノシンの反対側の核酸塩基を除いて、その長さ全体にわたって完全に相補的である。いくつかの実施形態では、これは、その長さ全体にわたって完全に相補的である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、状態、障害、又は疾患と関連する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、状態、障害、又は疾患と関連するGからAへの変異である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物によってIに編集される。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、編集は、転写物又はその産物(例えば、mRNA、タンパク質等)の発現、レベル、及び/又は活性を増大させる。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、編集は、転写物又はその産物(例えば、mRNA、タンパク質等)の発現、レベル、及び/又は活性を低減する。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ核酸塩基修飾及び/又は糖修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じヌクレオチド間結合修飾(ヌクレオチド間結合は、様々な酸、塩基、及び/又は塩形態で存在し得る)を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、もしあれば、同じ核酸塩基修飾、糖修飾、及びヌクレオチド間結合修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ形態(例えば、酸形態、塩基形態、又は特に塩形態(例えば、薬学的に許容される塩形態、例えば、塩形態))のものである。いくつかの実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の形態(例えば、酸形態、塩基形態、及び/又は1つ若しくは複数の塩形態)として存在し得る。いくつかの実施形態では、水溶液中で(例えば、PBSのような緩衝液中で溶解される場合)、アニオン及びカチオンは、解離し得る。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これらのオリゴヌクレオチドは、共通の構成のものであり、且つ1つ又は複数(例えば、1~60、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60個、又はより多く)のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ結合リンの立体化学を共有し、この組成物は、これら複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、少なくとも2つのヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数は、少なくとも3である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも4である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも5である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも6である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも7である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも8である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも9である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも10である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも11である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも12である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも13である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも14である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも15である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも20である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも25である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも30である。
いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、1~10個以下、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、1個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、2個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、3個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、4個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、5個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合の数は、1である。いくつかの実施形態では、これは、2である。いくつかの実施形態では、これは、3である。いくつかの実施形態では、これは、4である。いくつかの実施形態では、これは、5である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩である。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩である。いくつかの実施形態では、そのような組成物は、特定のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。当業者によって理解される通り、複数のオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチドの塩基配列である共通の配列を共有する。いくつかの実施形態では、特定のオリゴヌクレオチドの塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも10%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、これは、約5~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約10~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約20~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~90%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~80%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~70%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~90%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~80%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~70%である。いくつかの実施形態では、特定のオリゴヌクレオチドは、本明細書で例示されるオリゴヌクレオチド(例えば、表1又は別の表のオリゴヌクレオチド)である。
いくつかの実施形態では、実質的にラセミの調製物と比較した濃縮とは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%)が複数のオリゴヌクレオチドであるということである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも10%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、これは、約5~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約10~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約20~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~90%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~80%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~70%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~90%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~80%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~70%である。
いくつかの実施形態では、複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも10%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、これは、約5~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約10~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約20~100%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~90%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~80%である。いくつかの実施形態では、これは、約30~70%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~90%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~80%である。いくつかの実施形態では、これは、約40~70%である。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、制御される。対照的に、キラル制御されていない(又は立体的に不規則な、ラセミの)オリゴヌクレオチド組成物(又は調製物)において、オリゴヌクレオチドのレベルは、不規則であり且つ制御されない。いくつかの実施形態では、実質的にラセミの調製物と比較した濃縮は、本明細書で説明されているレベルである。
いくつかの実施形態では、パーセンテージとしてのレベル(例えば、制御されたレベル、既定のレベル、濃縮)は、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DS(個々のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度)は、90%~100%であり、ncは、本開示で説明されている通りのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はより多い)である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、ncは、キラルヌクレオチド間結合の数である。いくつかの実施形態では、DSは、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上である。いくつかの実施形態では、DSは、90%又は少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、DSは、91%又は少なくとも91%である。いくつかの実施形態では、DSは、92%又は少なくとも92%である。いくつかの実施形態では、DSは、93%又は少なくとも93%である。いくつかの実施形態では、DSは、94%又は少なくとも94%である。いくつかの実施形態では、DSは、95%又は少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、DSは、96%又は少なくとも96%である。いくつかの実施形態では、DSは、97%又は少なくとも97%である。いくつかの実施形態では、DSは、98%又は少なくとも98%である。いくつかの実施形態では、DSは、99%又は少なくとも99%である。いくつかの実施形態では、レベル(例えば、制御されたレベル、既定のレベル、濃縮)は、同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのパーセンテージであり、パーセンテージは、(DS)nc又は少なくとも(DS)ncである。例えば、DSは、99%であり、及びncは、10であり、パーセンテージは、90%又は少なくとも90%である((99%)10≒0.90=90%)。当業者によって理解される通り、立体的に不規則な調製物において、パーセンテージは通常、約1/2ncである(ncが10である倍には、パーセンテージは、約1/210≒0.001=0.1%である)。いくつかの実施形態では、濃縮(例えば、実質的にラセミの調製物と比較して)、レベル等とは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約(DS)ncが複数のオリゴヌクレオチドであるということである。いくつかの実施形態では、これは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、これは、複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、これは、複数の共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの様々な形態(例えば、様々な塩形態)は、同じ構成を有すると適切にみなされ得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み、この結合リンのジアステレオマー過剰(d.e.)は、独立して、約又は少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、キラル結合リンを含む全てのキラルヌクレオチド間結合の約又は少なくとも約50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、独立して、そのようなキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の約又は少なくとも約50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、独立して、そのようなキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、そのようなキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラル結合リンを含む各キラルヌクレオチド間結合は、独立して、そのようなキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約96%である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約97%である。いくつかの実施形態では、d.e.は、約又は少なくとも約98%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物(オリゴヌクレオチド組成物とも称される)は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは、90%~100%であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは、90%~100%であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物(オリゴヌクレオチド組成物とも称される)は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは、90%~100%であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン(パターンは、少なくとも1つのSpを含む)
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも(DS)ncであり、DSは、90%~100%であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのジアステレオ純度のレベルを、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度の生成物として決定し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(又は核酸)において2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じ2つのヌクレオシドを連結する二量体のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度によって表され、この二量体は、比較可能な条件、いくつかの例では、同一の合成サイクル条件を使用して調製される(例えば、オリゴヌクレオチドにおけるNxとNyの間の結合....NxNy.....に関して、この二量体は、NxNyである)。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含み、それぞれの複数のものは、独立して、複数の本明細書で説明されているオリゴヌクレオチドである(例えば、様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において)。例えば、いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、共通の塩基配列、及び1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合での同じ結合リンの立体化学を共有し、且つそれぞれの複数のものは、独立して、その複数のものの立体的に不規則な調製物と比較して濃縮されるか又はそれぞれの複数のものは、独立して、本明細書で説明されている通りのレベルのものである。いくつかの実施形態では、少なくとも2種の複数のもの又はそれぞれの複数のものは、独立して、異なるアデノシンを標的化する。いくつかの実施形態では、少なくとも2種の複数のもの又はそれぞれの複数のものは、独立して、同じ又は異なる核酸の異なる転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、少なくとも2種の複数のもの又はそれぞれの複数のものは、独立して、異なる遺伝子の転写物を標的化する。特に、そのような組成物を利用して、2種以上の標的を、いくつかの実施形態では同時に及び同じ系において、標的化し得る。
いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御されたヌクレオチド間結合というわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
オリゴヌクレオチドは、骨格のキラル中心の様々なパターン(キラル結合リンの立体化学のパターン)を含み得るか、又はそれらからなり得る。骨格のキラル中心のある特定の有用なパターンは、本開示で説明されている。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、本開示で説明されているパターンであるか又はそれを含む骨格のキラル中心の共通のパターン(例えば、「結合リンの立体化学及びそのパターン」、表1のキラル制御されたオリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターン等)を共有する。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラルに純粋(又は立体的に純粋、立体化学的に純粋)なオリゴヌクレオチド組成物であり、このオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、これらのオリゴヌクレオチドは、同一であり[(それぞれのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれのキラル要素が独立して規定される(立体的に規制される)ことを含む]、且つこの組成物は、他の立体異性体を含有しない。オリゴヌクレオチド立体異性体のキラルに純粋(又は立体的に純粋、立体化学的に純粋)なオリゴヌクレオチド組成物は、他の立体異性体を含有しない(当業者によって理解される通り、1種又は複数種の意図されない立体異性体が不純物として存在する場合がある)。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を超えるいくつかの利点を示し得る。特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド構造に関して、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物より均一である。立体化学を制御することによって、個々の立体異性体の組成物を調製して評価し得、その結果、所望の特性及び/又は活性を有する立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を開発し得る。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、より良好な送達、安定性、クリアランス、活性、選択性、及び/又は毒性プロファイルを提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より良好な有効性、より少ない副作用、及び/又はより簡便であり且つ効果的な投薬レジメンを提供する。特に、本明細書で説明されている他の構造的特徴(例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合等の修飾)と任意選択的に組み合わせた本明細書で説明されている通りの骨格のキラル中心のパターンを利用して、高い効率で一定方向のアデノシン編集をもたらし得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に制御されている(キラル制御されている;いくつかの実施形態では、立体的に純粋な)1つ又は複数のヌクレオチド間結合、及び立体的に不規則な1つ又は複数のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に制御されている(キラル制御されている;いくつかの実施形態では、立体的に純粋な)1つ又は複数のヌクレオチド間結合、及び立体的に不規則な1つ又は複数のヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に制御されている(例えば、キラル制御されているか又は立体的に純粋な)1つ又は複数のヌクレオチド間結合、及び立体的に不規則な1つ又は複数のヌクレオチド間結合を含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、様々な核酸を標的化する場合があり、様々な塩基配列を有する場合があり、効率的なアデノシン編集(例えば、AからIへの変換)をもたらす場合がある。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成の複数のオリゴヌクレオチドを含み、且つ1つ又は複数のヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において、表1(及び/又はその様々な塩形態のうちの1つ若しくは複数)から選択される複数のオリゴヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合において少なくとも1つのRp又はSpの結合リンを含む。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において、表1(及び/又はその様々な塩形態のうちの1つ若しくは複数)から選択される複数のオリゴヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチド中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される(それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Rp又はSpである)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物(例えば、オリゴヌクレオチド組成物)は、単一のオリゴヌクレオチドではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、いくつかの場合には、ある特定の精製手順の後の単一のオリゴヌクレオチドの調製プロセスに由来する不純物であるという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。いくつかの実施形態では、単一のオリゴヌクレオチドは、表1のオリゴヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される(例えば、「立体化学/結合」においてXではなくS又はRとして示される)。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、活性及び/又は安定性の増大、送達の増加、及び/又は補体、TLR9活性化等の有害作用を誘発する能力の低減を有し得る。いくつかの実施形態では、立体的に不規則な(キラル制御されていない)オリゴヌクレオチド組成物は、その対応する複数のオリゴヌクレオチドが、いずれのキラル制御されたヌクレオチド間結合も含有しないが、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物が、その他の点でキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と同一であるという点で、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と異なる。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を調節し得るキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、参照条件(例えば、本開示のオリゴヌクレオチド及び/又は組成物の非存在下、及び/又は参照オリゴヌクレオチド、及び/又はオリゴヌクレオチド組成物(例えば、同じ塩基配列であるが修飾が異なるオリゴヌクレオチド、同等の構造(例えば、塩基配列、修飾等)のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な組成物の存在下であるが立体化学的制御を欠く等)と比較して、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現は、増大され(例えば、正しいGからAへの変異を元に戻すためのAからIへの変換によって、タンパク質翻訳レベルを増大させ、特定のタンパク質アイソフォームの産生を増加させ、特定のスプライシング産物及びそれによりコードされるタンパク質のレベルを増大させるためにスプライシングを調節すること等を介して)、いくつかの実施形態では、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現は、低減される(例えば、終止コドンを作製し及び/又はコドンを変化させるためのAからIへの変換によって、タンパク質翻訳レベルを低減し、特定のタンパク質アイソフォームの産生を減少させ、特定のスプライシング産物及びそれによりコードされるタンパク質のレベルを低減するためにスプライシングを調節すること等を介して)。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を増大させ得、且つある範囲(例えば、少なくとも10又は15個の連続した塩基)の本明細書で開示されている(例えば、表1において、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい)塩基配列であるか、それを含むか、又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を増大させ得、且つ本明細書で開示されている(例えば、表1において、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい)塩基配列であるか又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を増大させ得、且つ本明細書で開示されている(例えば、表1において、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい)塩基配列である共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を低減し得、且つある範囲(例えば、少なくとも10又は15個の連続した塩基)の本明細書で開示されている(例えば、表1において、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい)塩基配列であるか、それを含むか、又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を低減し得、且つ本明細書で開示されている(例えば、表1において、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい)塩基配列であるか又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性、又は発現を低減し得、且つ本明細書で開示されている(例えば、表1において、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい)塩基配列である共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラルに純粋(又は「立体化学的に純粋」)なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、本開示は、表1のオリゴヌクレオチドのキラルに純粋なオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される(Rp又はSp、例えば、「立体化学/結合」においてR又はSから決定され得るがXからは決定され得ない)。当業者が理解することになる通り、化学的選択性が完全になることは(絶対的な100%)、もしあったとしても、ほとんどない。いくつかの実施形態では、キラルに純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一であり且つ全てが同じ構造を有し(同じ立体異性形態;オリゴヌクレオチドの文脈において、典型的にはオリゴヌクレオチド中に複数のキラル中心が存在するために、典型的には同じジアステレオ異性形態)、キラルに純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、他の立体異性体を含有しない(オリゴヌクレオチドの文脈において、典型的にはオリゴヌクレオチド中に複数のキラル中心が存在するために、典型的にはジアステレオマー;例えば、立体選択的調製によって達成可能な程度まで)。当業者によって理解される通り、立体的に不規則な(又は「ラセミの」、「キラル制御されていない」)オリゴヌクレオチド組成物は、多くの立体異性体(例えば、2nのジアステレオ異性体、nは、他のキラル中心(例えば、糖における炭素キラル中心)が、それぞれ独立して1つの配置に存在してキラル制御され、且つ唯一のキラル結合リンの中心がキラル制御されないオリゴヌクレオチドに関するキラル結合リンの数である)の不規則な混合物である。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(例えば、標的遺伝子及び/又はその産物のレベル、活性、及び/又は発現を調節する際のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)の特性及び/又は活性を示すある特定のデータは、例えば、本開示の実施例において示される。
いくつかの実施形態では、本開示は、少なくとも1つのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、少なくとも1つのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドがキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、結合リンがRp配置を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドがキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、結合リンがSp配置を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドがキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、結合リンがRp配置を有し、且つ結合リンがSp配置を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御され、Rp及び/又はSpのヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物と比較して、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)は、驚くほど効果的である。いくつかの実施形態では、所望の生物学的効果(例えば、mRNA、タンパク質等(そのレベルは増大の対象となっている)のレベルの増大(増大が望まれる場合)及び/又は低減(低減が望まれる場合)によって測定される通り)は、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、又は100倍を超えて増強され得る(例えば、所望のmRNA、タンパク質等のレベルによって測定される通り)。いくつかの実施形態では、変化は、参照条件と比較して、所望のmRNA及び/又はタンパク質レベルの増大、又は望まれないmRNA及び/又はタンパク質レベルの低減によって測定される。いくつかの実施形態では、変化は、参照条件と比較して、所望のmRNA及び/又はタンパク質レベルの増大によって測定される。いくつかの実施形態では、変化は、参照条件と比較して、望まれないmRNA及び/又はレベルの低減によって測定される。いくつかの実施形態では、参照条件は、それぞれ提供されるオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物の非存在、及び/又は参照オリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物の存在である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を共有するが、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、及び/又は結合リンの立体化学が異なる。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ塩基配列であるが、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、及び/又は結合リンの立体化学が異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のための参照組成物は、同じ塩基配列、核酸塩基修飾、糖修飾、及び/又はヌクレオチド間結合修飾を有するか(ただし、結合リンの立体化学的制御の欠如及び/又は低いレベル)又は同じ構成を有するオリゴヌクレオチドの対応する立体的に不規則な組成物である。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンは、Spである。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、キラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの大部分は、Spである。いくつかの実施形態では、全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の(又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の)約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、又はより高くは、Spである。いくつかの実施形態では、全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、又はより高くは、Spである。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下は、キラル制御されないか、又はキラル制御され且つRpである。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以下は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、これは、1個以下である。いくつかの実施形態では、これは、2個以下である。いくつかの実施形態では、これは、3個以下である。いくつかの実施形態では、これは、4個以下である。いくつかの実施形態では、これは、5個以下である。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、キラルヌクレオチド間結合の大部分は、キラル制御され、これらの結合リンでSpである。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、それぞれのキラル結合リンは、Spである。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、例えば、少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Rpの結合リンを有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Rpの結合リンを含み、少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも2つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、互いに対して異なる結合リンの立体化学及び/又は異なるP-修飾を有し、P-修飾は、結合リンでの修飾である。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも2つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、互いに対して異なる立体化学を有し、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、交互の立体化学の反復パターンによって特徴付けられる。
ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有する。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、天然のリン酸結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、天然のリン酸結合及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、ホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、天然のリン酸結合及びホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも2つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるP-修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合及びホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示されているオリゴヌクレオチドの塩基配列である共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも1つのヌクレオチド間結合は、キラル制御される。
結合リンの立体化学及び骨格のキラル中心のパターン
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されているオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示で説明されている複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない(立体的に不規則)。
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されているオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示で説明されている複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない(立体的に不規則)。
天然のホスフェート結合とは対照的に、キラル修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)の結合リンは、キラルである。特に、本開示は、キラルヌクレオチド間結合中のキラル結合リンの立体化学の制御を含む技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法等)を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で実証される通り、立体化学の制御は、所望の安定性、毒性の低減、標的核酸の修飾の改善、転写物及び/又はそれにコードされる産物(例えば、mRNA、タンパク質等)のレベルの調節の改善を含む、改善された特性及び/又は活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及び/又はその領域に関する骨格のキラル中心の有用なパターンを提供し、パターンは、5’から3’へのキラル結合リンのそれぞれのキラル結合リン(Rp又はSp)の立体化学、それぞれのアキラル結合リン(Op、もしあれば)の表示等の組み合わせを含む。ある特定のパターンは、様々な表において提供される(例えば、例として立体化学/結合;そのようなパターンは、様々な塩基配列及び修飾(例えば、そのパターンを含む本明細書で説明されているもの)を有する様々なオリゴヌクレオチドに適用され得る。
骨格のキラル中心(例えば、オリゴヌクレオチド、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、第3のサブドメイン等に関するもの)の有用なパターンは、本明細書で広範に説明されている。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその1つ若しくは複数の一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び/又は第3のサブドメイン、及び/又はその中の5’末端部分及び/又は3’末端部分)の高いレベルのSpのヌクレオチド間結合は、高い安定性及び/又は活性をもたらす。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、高いレベルのSpのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、第2のドメインは、高いレベルのSpのヌクレオチド間結合を含有する(天然のリン酸結合及び/又はRpのヌクレオチド間結合と比較して、数及び/又はパーセンテージにおいて)。いくつかの実施形態では、第1のサブドメインは、高いレベルのSpのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、高いレベルのSpのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、第3のサブドメインは、高いレベルのSpのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、本明細書で実証される通り、Rpのヌクレオチド間結合は、様々な位置及び/又は部分において利用され得る。例えば、いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ若しくは複数の又は高いレベルのRpのヌクレオチド間結合を含有し、いくつかの実施形態では、第2のサブドメインは、1つ若しくは複数又は高いレベルのRpのヌクレオチド間結合を含有する。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合におけるいくつかの結合リンは、Spである。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも10%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも65%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有する。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも5個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも6個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも7個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも8個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも9個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも10個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも11個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも12個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも13個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも14個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも15個のヌクレオチド間結合は、Spの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のヌクレオチド間結合は、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、又は60個以下のヌクレオチド間結合は、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ1個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ2個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ3個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ4個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ5個のヌクレオチド間結合が、Rpの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部におけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て、又は大部分は、1つ又は少数のヌクレオチド間結合(例えば、1、2、3、4、若しくは5個、及び/又はオリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、又は5%未満)がRp配置にあることを除いて、Spの配置にある(例えば、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、若しくはより高い)。いくつかの実施形態では、第1のドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て、又は大部分は、Sp配置にある(例えば、第1のドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、若しくはより高い)。いくつかの実施形態では、第1のドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、ドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て、又は大部分は、Sp配置にある(例えば、第2のドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、若しくはより高い)。いくつかの実施形態では、第2のドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、1つがRp配置のホスホロチオエートであることを除いて、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインのサブドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て、又は大部分は、Sp配置にある(例えば、第2のドメインの第1のサブドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、若しくはより高い)。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第1のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第1のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、1つがRp配置のホスホロチオエートであることを除いて、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第2のサブドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て、又は大部分は、1つ又は少数のヌクレオチド間結合がRp配置であることを除いて、Sp配置にある(例えば、第2のドメインの第2のサブドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、若しくはより高い)。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第2のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、1つがRp配置のホスホロチオエートであることを除いて、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第2のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、1つがRp配置のホスホロチオエートであることを除いて、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第3のサブドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て、又は大部分は、Sp配置にある(例えば、第2のドメインの第3のサブドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約50%~100%、55%~100%、60%~100%、65%~100%、70%~100%、75%~100%、80%~100%、85%~100%、90%~100%、55%~95%、60%~95%、65%~95%、又は約55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%、若しくはより高い)。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第3のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、1つがRp配置のホスホロチオエートであることを除いて、Sp配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第2のドメインの第3のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、1つがRp配置のホスホロチオエートであることを除いて、Sp配置のホスホロチオエートである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ1つのRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5個以上のRpのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約5%~50%は、Rpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約5%~40%は、Rpである。いくつかの実施形態では、ある特定の部分(例えば、ドメイン、サブドメイン等)、例えば、第2のサブドメインは、相対的に多くの(数及び/又はパーセンテージにおいて)Rpのヌクレオチド間結合を含有し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の位置(例えば、-1、-2、+1、+2、+7、+8等)で、1つ又は複数のRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、-1位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-2位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+1位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+2位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-1、-2、+1、及び+2位の2つ又は3つのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、この位置は、-1及び-2である。いくつかの実施形態では、この位置は、+1及び+2である。いくつかの実施形態では、この位置は、-1及び+1である。いくつかの実施形態では、この位置は、-1、+1、及び+2である。いくつかの実施形態では、この位置は、-1、-2、及び+1である。いくつかの実施形態では、ただ1つのヌクレオチド間結合が、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ただ1つのヌクレオチド間結合が、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つ+2、+1、1、又は2位に存在する。いくつかの実施形態では、位置は、+1である。いくつかの実施形態では、位置は、+2である。いくつかの実施形態では、位置は、-1である。いくつかの実施形態では、位置は、-2である。いくつかの実施形態では、Rpのヌクレオチド間結合の利用によって、ADAR1(p110及び/又はp150)及び/又はADAR2により編集効率が改善され得ることが観察される。いくつかの実施形態では、ADAR1(p110及び/又はp150)による編集の改善は、ADAR2によるもの(Rpの非存在と比較して改善がないか若しくは低いか、又は編集が少ない)と比べて高い。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、不規則ではないか又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、これら複数のオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列を共有し、且つ独立して1~60、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ配置の結合リンを共有する。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2~30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、5~30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、10~30個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の約1~100%は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の約1~100%は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%~100%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、965、96%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、965、96%、98%、又は99%である。
いくつかの実施形態では、Sp配置(Spの結合リンを有する)のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、アキラルヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、Rp配置(Rpの結合リンを有する)のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、Sp配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのアキラルヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、Rp配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、Sp配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、それぞれのアキラルヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合であり、且つRp配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドはそれぞれ、異なる型のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合、及び少なくとも1個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然のリン酸結合、及び1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39又は40個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合であり、独立して、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、互いに対して異なる立体化学及び/又は異なるP-修飾を有する少なくとも2つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも2つのヌクレオチド間結合は、互いに対して異なる立体化学を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはそれぞれ、交互の結合リンの立体化学を含む骨格のキラル中心のパターンを含む。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、例えば、反応(例えば、オリゴヌクレオチド合成サイクルにおけるカップリング反応)の立体選択性を制御するために使用される不斉補助剤を含む。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、不斉補助剤を含まない。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、対象へのオリゴヌクレオチド組成物の投与まで及び/又はその間に意図的に維持される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体に連結されている。いくつかの実施形態では、固体支持体は、オリゴヌクレオチド合成のための支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ガラスを含む。いくつかの実施形態では、固体支持体は、CPG(コントロールドポアガラス)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリマーである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリスチレンである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、高度に架橋したポリスチレン(HCP)である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス(CPG)と高度に架橋したポリスチレン(HCP)とのハイブリッド支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、金属フォームである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、樹脂である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。
いくつかの実施形態では、キラル結合リンの中心ではないオリゴヌクレオチド中の全ての他のキラル中心が、立体的に規制されている(例えば、糖における炭素キラル中心であって、これは、例えば、オリゴヌクレオチド合成のためにホスホラミダイトにおいて規定される)多くのオリゴヌクレオチド及びその組成物の純度、特に立体化学的純度、及び特にジアステレオマー純度は、キラルヌクレオチド間結合を形成するときのカップリング工程におけるキラル結合リンでの立体選択性(当業者によって理解される通り、オリゴヌクレオチドが複数のキラル中心を含むオリゴヌクレオチド合成の多くの場合におけるジアステレオ選択性)によって制御され得る。いくつかの実施形態では、カップリング工程は、結合リンで60%の立体選択性(他のキラル中心がある場合にはジアステレオ選択性)を有する。そのようなカップリング工程の後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、60%の立体化学的純度(オリゴヌクレオチドに関して、典型的には、他のキラル中心の存在に鑑みてジアステレオマー純度)を有すると言及され得る。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は通常、少なくとも85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99.5%、又は実質的に100%の立体選択性を有して形成される(いくつかの実施形態では、少なくとも85%;いくつかの実施形態では、少なくとも87%;いくつかの実施形態では、少なくとも90%;いくつかの実施形態では、少なくとも95%;いくつかの実施形態では、少なくとも96%;いくつかの実施形態では、少なくとも97%;いくつかの実施形態では、少なくとも98%;いくつかの実施形態では、少なくとも99%)。いくつかの実施形態では、立体選択性は、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、少なくとも87%である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、実質的に100%の立体選択性を有する。
いくつかの実施形態では、組成物中のキラル中心(例えば、キラル結合リン)の立体純度は、少なくとも60%、70%、80%、85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも87%である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、立体純度は、実質的に100%である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、そのキラル結合リンで少なくとも85%、87%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99.5%、又は実質的に100%の立体化学的純度(複数のキラル中心を有するオリゴヌクレオチドに関しては典型的にはジアステレオマー純度)を有する(いくつかの実施形態では、少なくとも85%;いくつかの実施形態では、少なくとも87%;いくつかの実施形態では、少なくとも90%;いくつかの実施形態では、少なくとも95%;いくつかの実施形態では、少なくとも96%;いくつかの実施形態では、少なくとも97%;いくつかの実施形態では、少なくとも98%;いくつかの実施形態では、少なくとも99%)。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも90%の立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の大部分は、独立して、少なくとも90%の立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、少なくとも90%の立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%、又は全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。
立体選択性及び立体純度を、様々な技術によって評価し得る。いくつかの実施形態では、立体選択性及び/又は立体純度は、組成物が分析的方法(例えば、NMR、HPLC等)によって分析される場合に、実質的に全ての検出可能な立体異性体が意図される立体化学を有するという点で、実質的に100%である。
いくつかの実施形態では、単量体の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個のカップリング(当業者によって理解される通り、多くの実施形態では、オリゴヌクレオチド合成に関してはホスホラミダイト)は、独立して、約60%、70%、80%、85%、又は90%未満の立体選択性を有する[オリゴヌクレオチド合成に関して、形成される結合リンのキラル中心については典型的にはジアステレオ選択性]。
いくつかの実施形態では、立体的に不規則な(又はラセミの)調製物(又は立体的に不規則な/キラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物)において、オリゴヌクレオチドの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個のキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ヌクレオチド間結合のキラル結合リンに関して約60%、65%、70%、75%、80%、又は85%未満の立体化学的純度(複数のキラル中心を含むオリゴヌクレオチドに関して、典型的にはジアステレオマー純度)を有する。いくつかの実施形態では、立体化学純度(立体純度)は、約60%未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度(立体純度)は、約65%未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度(立体純度)は、約70%未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度(立体純度)は、約75%未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度(立体純度)は、約80%未満である。
いくつかの実施形態では、本開示の化合物(例えば、オリゴヌクレオチド、不斉補助剤等)は、複数のキラル元素(例えば、複数の炭素及び/又はリン(例えば、キラルヌクレオチド間結合の結合リン)のキラル中心)を含む。いくつかの実施形態では、提供される化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9個、又はより多くのキラル元素は、それぞれ独立して、本明細書で説明されている通りのジアステレオマー純度を有する。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも86%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも87%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも88%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも89%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも91%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも92%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも93%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも94%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも96%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも97%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも98%である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも99%である。
当業者によって理解される通り、いくつかの実施形態では、カップリングのジアステレオ選択性、又はキラル結合リンの中心のジアステレオマー純度を、二量体形成のジアステレオ選択性又は同じ若しくは比較可能な条件下で調製される二量体のジアステレオマー純度を介して評価し得、二量体は、同じ5’及び3’ヌクレオシド並びにヌクレオチド間結合を有する。
キラル要素(例えば、キラル結合リンの配置)及び/又は骨格キラル中心のパターンの立体化学を識別するか又は確認するために、及び/又は立体選択性(例えば、オリゴヌクレオチド合成におけるカップリング工程のジアステレオ選択性)及び/又は立体化学的純度(例えば、ヌクレオチド間結合、化合物(例えば、オリゴヌクレオチド)等のジアステレオマー純度)を評価するために、様々な技術を利用し得る。技術の例としては、NMR[例えば、1D(1次元)及び/又は2D(2次元)1H-31P HETCOR(異種核相関分光法)]、HPLC、RP-HPLC、質量分析、LC-MS、及び立体特異的ヌクレアーゼによるヌクレオチド間結合の切断等が挙げられ、これらは、個別に又は組み合わせて利用され得る。有用なヌクレアーゼの例としては、Rpの結合リンを有するある特定のヌクレオチド間結合(例えば、Rpのホスホロチオエート結合)に特異的なベンゾナーゼ、小球菌ヌクレアーゼ、及びsvPDE(ヘビ毒ホスホジエステラーゼ);並びにSpの結合リンを有するヌクレオチド間結合(例えば、Spのホスホロチオエート結合)に特異的なヌクレアーゼP1、マングビーンヌクレアーゼ、及びヌクレアーゼS1が挙げられる。いずれかの特定の理論に拘束されることを望むものではないが、本開示は、少なくともいくつかの場合、特定のヌクレアーゼによるオリゴヌクレオチドの切断が、構造的要素、例えば、化学修飾(例えば、糖の2’-修飾)、塩基配列、又は立体化学的文脈によって影響される場合があることを認める。例えば、いくつかの場合には、Rpの結合リンを有するヌクレオチド間結合に特異的なベンゾナーゼ及び小球菌ヌクレアーゼは、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合に隣接する単離されたRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を切断し得なかった。
いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを共有するオリゴヌクレオチドは、骨格のリン修飾の共通のパターン及び塩基修飾の共通のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを共有するオリゴヌクレオチド組成物は、骨格のリン修飾の共通のパターン及びヌクレオシド修飾の共通のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを共有し、同一の構造を有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸における標的アデノシンの脱アミノ化を誘導し得る複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、これら複数のオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチド型のものであり、この組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるという点で、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド又は特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列;
骨格結合の共通のパターン;及び
1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
この組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
共通の塩基配列;
骨格結合の共通のパターン;及び
1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
この組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列;
骨格結合の共通のパターン;及び
骨格のキラル中心の共通のパターン
を共有し、
この組成物は、この組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、93%、95%、96%、97%、98%、又は99%が、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
共通の塩基配列;
骨格結合の共通のパターン;及び
骨格のキラル中心の共通のパターン
を共有し、
この組成物は、この組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、93%、95%、96%、97%、98%、又は99%が、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを有するという点で、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物の型はさらに、4)追加の化学的部分(存在する場合)によってさらに定義される。
いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約10%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約20%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約30%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約40%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約91%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約92%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約93%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約94%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約96%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約97%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約98%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約99%である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、(DS)ncであるか又は(DS)ncより大きく、DS及びncは、それぞれ独立して、本開示で説明されている通りである。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同一(同じ立体異性体)である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、立体的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物であり、複数のオリゴヌクレオチドは、同一(同じ立体異性体)であり、この組成物は、いずれかの他の立体異性体を含有しない。当業者は、プロセス、選択性、精製等が完全ではない場合があるため、1つ又は複数の他の立体異性体が不純物として存在する可能性があることを理解するであろう。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、それが標的核酸[例えば、転写物(例えば、組成物のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするプレmRNA、成熟mRNA、他の型のRNA等)]と接触する場合には、標的核酸及び/又はそれによってコードされる産物のレベルが、参照条件下で観察されるものと比較して低減されるという点で特徴付けられる。いくつかの実施形態では、核酸が標的核酸のAからIへの編集の産物である核酸及び/又はその産物のレベルは、増大される。いくつかの実施形態では、参照条件は、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、参照条件は、組成物の非存在である。いくつかの実施形態では、参照条件は、参照組成物の存在である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、オリゴヌクレオチドが標的核酸とハイブリダイズしない組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、オリゴヌクレオチドが標的核酸と十分に相補的な配列を含まない組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、オリゴヌクレオチドが同じ塩基配列を共有するが、同じ核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合修飾を共有しない組成物である。いくつかの実施形態では、提供される組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、参照組成物は、他の点で同一であるがキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成のオリゴヌクレオチドのラセミ調製物)である。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸中の標的アデノシンの脱アミノ化を誘導し得る複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
この組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮され、
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが標的配列と接触する場合には、標的核酸中の標的アデノシンの脱アミノ化が、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較して改善されるという点で特徴付けられる。
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
この組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮され、
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが標的配列と接触する場合には、標的核酸中の標的アデノシンの脱アミノ化が、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較して改善されるという点で特徴付けられる。
当業者によって理解される通り、標的アデノシンの脱アミノ化を、様々な技術を使用して評価し得る。いくつかの実施形態では、技術は、配列決定であり、脱アミノ化されたアデノシンは、G又はIとして検出される。いくつかの実施形態では、脱アミノ化は、産物(例えば、RNA、タンパク質(例えば、標的AがIで置き換えられるが、他の点では標的核酸と同一である配列によってコードされる)等)のレベルによって評価される。
本明細書で実証される通り、オリゴヌクレオチドの構造的要素(例えば、糖修飾、骨格結合、骨格のキラル中心、骨格のリン修飾、そのパターン等)及びこれらの組み合わせは、驚くほど改善された特性及び/又は生物活性を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成のものであるが、立体異性体のものではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、いくつかの場合には、ある特定の精製手順の後の前記オリゴヌクレオチド立体異性体の調製プロセスに由来する不純物であるという点で、単一のオリゴヌクレオチド立体異性体の実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されており、且ついくつかの実施形態では立体的に純粋であるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、不規則ではないか又は制御されたレベルの1つ又は複数の個々のオリゴヌクレオチド型を含有する。いくつかの実施形態では、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。
核酸塩基
様々な核酸塩基が、本開示に従って提供されるオリゴヌクレオチド中で利用され得る。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基であり、最も一般的に存在するものは、A、T、C、G、及びUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、それがA、T、C、G、又はUではないという点で、修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、又はU(例えば、5mC、5-ヒドロキシメチルC等)である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、アルキル置換されたA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、5mCである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、置換されたA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、A、T、C、G、又はUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、置換は、核酸塩基中のある特定の官能基を保護して、オリゴヌクレオチド合成中の望まれない反応を最小限にする。オリゴヌクレオチド合成における核酸塩基の保護のための好適な技術は、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を改善する。例えば、多くの場合には、5mCは、ある特定の望まれない生物学的作用(例えば、免疫反応)を調節するためにCの代わりに利用され得る。いくつかの実施形態では、配列同一性を決定する場合に、同じ水素結合パターンを有する置換された核酸塩基は、置換されていない核酸塩基と同じものとして処理され、例えば、5mCは、Cと同じものとして処理され得る[例えば、Cの代わりに5mCを有するオリゴヌクレオチド(例えば、AT5mCG)は、対応する位置でCを有するオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列(例えば、ATCG)を有するとみなされる]。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、少なくとも1つの窒素原子を有する任意選択的に置換された環であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、本明細書で説明されている通りの環BAを含み、環BAの少なくとも1つの単環式環は、窒素環原子を含む。
様々な核酸塩基が、本開示に従って提供されるオリゴヌクレオチド中で利用され得る。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基であり、最も一般的に存在するものは、A、T、C、G、及びUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、それがA、T、C、G、又はUではないという点で、修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、又はU(例えば、5mC、5-ヒドロキシメチルC等)である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、アルキル置換されたA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Aである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Tである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Cである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Gである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Uである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、5mCである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、置換されたA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、A、T、C、G、又はUの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、置換は、核酸塩基中のある特定の官能基を保護して、オリゴヌクレオチド合成中の望まれない反応を最小限にする。オリゴヌクレオチド合成における核酸塩基の保護のための好適な技術は、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を改善する。例えば、多くの場合には、5mCは、ある特定の望まれない生物学的作用(例えば、免疫反応)を調節するためにCの代わりに利用され得る。いくつかの実施形態では、配列同一性を決定する場合に、同じ水素結合パターンを有する置換された核酸塩基は、置換されていない核酸塩基と同じものとして処理され、例えば、5mCは、Cと同じものとして処理され得る[例えば、Cの代わりに5mCを有するオリゴヌクレオチド(例えば、AT5mCG)は、対応する位置でCを有するオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列(例えば、ATCG)を有するとみなされる]。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、少なくとも1つの窒素原子を有する任意選択的に置換された環であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、本明細書で説明されている通りの環BAを含み、環BAの少なくとも1つの単環式環は、窒素環原子を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のA、T、C、G、又はUを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の任意選択的に置換されたA、T、C、G、又はUを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の5-メチルシチジン、5-ヒドロキシメチルシチジン、5-ホルミルシトシン、又は5-カルボキシルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の5-メチルシチジンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、及びU、並びにA、T、C、G、及びUの任意選択的に置換された互変異性体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択的に保護されたA、T、C、G、及びUである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、A、T、C、G、U、及び5mCからなる群から選択される。
本明細書で実証される通り、ある特定の位置での(例えば、標的アデノシン及びその隣接するヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにおける)ある特定の核酸塩基の利用により、改善された特性及び/又は活性(例えば、Iへのアデノシン編集)を有するオリゴヌクレオチドを提供し得る。いくつかの実施形態では、有用な核酸塩基は、本明細書で説明されている通りの環BAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の核酸塩基は、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VIの構造を有する環BA、又は環BAの互変異性体であるか、又はそれを含み、核酸塩基は、任意選択的に置換されるか、又は保護される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されているか、又は下記の任意選択的に置換されたか若しくは保護された互変異性体である。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、又はzdnpである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、又はb007Cである。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数のそのような核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、そのような核酸塩基を含む化合物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、そのような核酸塩基を含む単量体(例えば、オリゴヌクレオチド合成に有用なもの)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、そのような核酸塩基を含むホスホラミダイトを提供する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、CEDホスホラミダイトである。いくつかの実施形態では、単量体は、本明細書で説明されている通りの補助剤部分を含む(例えば、Pが、O及びNへの結合、O及びSへの結合、S及びSへの結合等を形成する)。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、本明細書で説明されている通りの不斉補助剤部分を含む(例えば、Pが、O及びNへの結合を形成する)。いくつかの実施形態では、RNSは、そのような核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために保護されている。
いくつかの実施形態では、本開示は、様々なヌクレオシドを提供する。いくつかの実施形態では、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、又はb007Cはまた、それぞれ、核酸塩基がb001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、又はb007Cであるヌクレオシドも指し得る。例えば、b001Aは、核酸塩基が
であり且つ糖が天然のDNA糖であるヌクレオシドを指し得;糖修飾も示され得、例えば、b001rA中の「r」は、糖(天然のRNA糖)上に2’-OHが存在していることを示す。いくつかの実施形態では、本開示は、
の構造又はその塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する化合物を提供する。いくつかの実施形態では、提供される化合物(例えば、ヌクレオシド)は、
の構造又はその塩(式中、「*」は、様々なオリゴヌクレオチド中の場合には、ヌクレオチド間連結への連結を示し、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、BAsは、本明細書で説明されている通りの核酸塩基(例えば、BA)である。いくつかの実施形態では、BAは、オリゴヌクレオチド合成のために保護されている。いくつかの実施形態では、提供されるヌクレオシドは、
、又はこれらの塩(式中、「*」は、様々オリゴヌクレオチド中の場合には、ヌクレオチド間結合への連結を示す)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されているヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、窒素原子(例えば、sm01、sm18等)を介してヌクレオチド間結合に連結されており、この窒素原子は、結合リン原子に直接連結されている。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りのヌクレオシド(例えば、Asm01、Gsm01、Tsm18等)の単量体を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドのホスホラミダイトを提供する。いくつかの実施形態では、そのような単量体又はホスホラミダイトは、保護されたヒドロキシル(例えば、DMTrO-)、及び/又は保護された核酸塩基(例えば、オリゴヌクレオチド合成用)を含む。いくつかの実施形態では、そのような単量体又はホスホラミダイトは、保護されたヒドロキシル(例えば、DMTrO-)、任意選択的に保護された核酸塩基(例えば、オリゴヌクレオチド合成に有用なものとして)、及び/又は不斉補助基を含む。様々なヌクレオシド及び/又は化合物のオリゴヌクレオチドへの組み込みに有用なある特定の試薬(例えば、様々なホスホラミダイト)、並びにオリゴヌクレオチド調製にそのような試薬を利用するためのある特定の技術(例えば、サイクル、条件等)は、実施例又は国際公開第2021/071858号で説明されている。修飾されたヌクレオシドを含むある特定のオリゴヌクレオチド、及びその組成物が、そのような試薬及び技術を利用して調製され、例(例えば、表1中のもの等の様々な表中のもの)として本明細書で提示されている。
であり且つ糖が天然のDNA糖であるヌクレオシドを指し得;糖修飾も示され得、例えば、b001rA中の「r」は、糖(天然のRNA糖)上に2’-OHが存在していることを示す。いくつかの実施形態では、本開示は、
の構造又はその塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する化合物を提供する。いくつかの実施形態では、提供される化合物(例えば、ヌクレオシド)は、
の構造又はその塩(式中、「*」は、様々なオリゴヌクレオチド中の場合には、ヌクレオチド間連結への連結を示し、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、BAsは、本明細書で説明されている通りの核酸塩基(例えば、BA)である。いくつかの実施形態では、BAは、オリゴヌクレオチド合成のために保護されている。いくつかの実施形態では、提供されるヌクレオシドは、
、又はこれらの塩(式中、「*」は、様々オリゴヌクレオチド中の場合には、ヌクレオチド間結合への連結を示す)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されているヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、窒素原子(例えば、sm01、sm18等)を介してヌクレオチド間結合に連結されており、この窒素原子は、結合リン原子に直接連結されている。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りのヌクレオシド(例えば、Asm01、Gsm01、Tsm18等)の単量体を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りのヌクレオシドのホスホラミダイトを提供する。いくつかの実施形態では、そのような単量体又はホスホラミダイトは、保護されたヒドロキシル(例えば、DMTrO-)、及び/又は保護された核酸塩基(例えば、オリゴヌクレオチド合成用)を含む。いくつかの実施形態では、そのような単量体又はホスホラミダイトは、保護されたヒドロキシル(例えば、DMTrO-)、任意選択的に保護された核酸塩基(例えば、オリゴヌクレオチド合成に有用なものとして)、及び/又は不斉補助基を含む。様々なヌクレオシド及び/又は化合物のオリゴヌクレオチドへの組み込みに有用なある特定の試薬(例えば、様々なホスホラミダイト)、並びにオリゴヌクレオチド調製にそのような試薬を利用するためのある特定の技術(例えば、サイクル、条件等)は、実施例又は国際公開第2021/071858号で説明されている。修飾されたヌクレオシドを含むある特定のオリゴヌクレオチド、及びその組成物が、そのような試薬及び技術を利用して調製され、例(例えば、表1中のもの等の様々な表中のもの)として本明細書で提示されている。
いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含む化合物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含む単量体(例えば、オリゴヌクレオチド合成に有用なもの)を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含むホスホラミダイトを提供する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、CEDホスホラミダイトである。いくつかの実施形態では、単量体は、本明細書で説明されている通りの補助剤部分を含む(例えば、Pが、O及びNへの結合、O及びSへの結合、S及びSへの結合等を形成する)。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、本明細書で説明されている通りの不斉補助剤部分を含む(例えば、Pが、O及びNへの結合を形成する)。いくつかの実施形態では、RNSは、本明細書で説明されている通りの核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、RNSは、本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために保護される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、シュードイソシチジン、Benner’s塩基Z、5-ヒドロキシC、5-アミノC、及び8-オキソAから独立して選択される1つ又は複数の構造を含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換された2AP(2-アミノプリン、
)、又はDAP(2,6-ジアミノプリン、
)である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換された2APである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたDAPである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、2APである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、DAPである。
)、又はDAP(2,6-ジアミノプリン、
)である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換された2APである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたDAPである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、2APである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、DAPである。
当業者によって理解される通り、様々な核酸塩基が当技術分野で知られおり、本開示に従って利用され得、例えば、各々の糖、塩基、及びヌクレオチド間結合修飾が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されているものである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されており、且つオリゴヌクレオチド合成に有用である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基、又は天然の核酸塩基から誘導される修飾された核酸塩基である。例として、アシル保護基によって保護されたそれぞれのアミノ基を任意選択的に有するウラシル、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニン、2-フルオロフラシル、2-フルオロシトシン、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、2,6-ジアミノプリン、アザシトシン、シュードイソシトシン及びシュードウラシル等のピリミジン類似体、並びに8-置換プリン、キサンチン、又はヒポキサンチン(後の2つは天然の分解産物である)等の他の修飾された核酸塩基が挙げられる。修飾された核酸塩基のある特定の例は、Chiu and Rana,RNA,2003,9,1034-1048、Limbach et al.Nucleic Acids Research,1994,22,2183-2196、及びRevankar and Rao,Comprehensive Natural Products Chemistry,vol.7,313で開示されている。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、又はグアニンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、水素結合及び/又はウラシル、チミン、アデニン、シトシン、若しくはグアニンの塩基対形成に関する機能的置換である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5-メチルシトシン、又はグアニンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5-メチルシトシン、又はグアニンである。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の5-メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、塩基配列が本明細書(例えば、表1)で開示されているオリゴヌクレオチドを提供し、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、各シトシンは、任意選択的に且つ独立して、5-メチルシトシンで置き換えられるか又はその逆である。当業者によって理解される通り、いくつかの実施形態では、5mCは、オリゴヌクレオチドの塩基配列に関してCとして処理されてもよい(そのようなオリゴヌクレオチドは、C位置で核酸塩基修飾を含む(例えば、表1の様々なオリゴヌクレオチドを参照されたい))。オリゴヌクレオチドの説明において、典型的には、別段の記載がない限り、核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合は、修飾されていない。
いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、任意選択的に置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシル、又はこれらの互変異性体である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、
核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換されたシリル、及びこれらの組み合わせから独立して選択される1つ又は複数の任意選択的に置換された基によって修飾されるか;
核酸塩基の1つ又は複数の原子が、独立して、炭素、窒素、及び硫黄から選択される異なる原子で置き換えられるか;
核酸塩基中の1つ又は複数の二重結合が、独立して、水素化されるか;又は
1つ又は複数のアリール又はヘテロアリール環が、独立して、核酸塩基に挿入される、
1つ又は複数の修飾によって修飾される修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換されたシリル、及びこれらの組み合わせから独立して選択される1つ又は複数の任意選択的に置換された基によって修飾されるか;
核酸塩基の1つ又は複数の原子が、独立して、炭素、窒素、及び硫黄から選択される異なる原子で置き換えられるか;
核酸塩基中の1つ又は複数の二重結合が、独立して、水素化されるか;又は
1つ又は複数のアリール又はヘテロアリール環が、独立して、核酸塩基に挿入される、
1つ又は複数の修飾によって修飾される修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
いくつかの実施形態では、塩基は、任意選択的に置換されたA、T、C、G、又はUであり、ここで、1つ又は複数の-NH2は、独立して且つ任意選択的に、-C(-L-R1)3-で置き換えられており、1つ又は複数の-NH-は、独立して且つ任意選択的に、-C(-L-R1)2-で置き換えられており、1つ又は複数の=N-は、独立して且つ任意選択的に、-C(-L-R1)-で置き換えられており、1つ又は複数の=CH-は、独立して且つ任意選択的に、=N-で置き換えられており、1つ又は複数の=Oは、独立して且つ任意選択的に、=S、=N(-L-R1)、又は=C(-L-R1)2で置き換えられておりこの場合、2つ以上の-L-R1は、任意選択的に、それらの介在原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子環原子を有する3~30員の二環式又は多環式の環を形成する。いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、任意選択的に置換されているA、T、C、G、又はUであり、ここで、1つ又は複数の-NH2は、独立して且つ任意選択的に、-C(-L-R1)3で置き換えられており、1つ又は複数の-NH-は、独立して且つ任意選択的に、-C(-L-R1)2-で置き換えられており、1つ又は複数の=N-は、独立して且つ任意選択的に、-C(-L-R1)-で置き換えられており、1つ又は複数の=CH-は、独立して且つ任意選択的に、=N-で置き換えられており、及び1つ又は複数の=Oは、独立して且つ任意選択的に、=S、=N(-L-R1)、又は=C(-L-R1)2で置き換えられており、式中、2つ以上の-L-R1は、任意選択的に、でそれらの介在原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子環原子を有する3~30員環の二環式又は多環式の環を形成し、ここで、修飾された塩基は、天然のA、T、C、G、及びUと異なる。いくつかの実施形態では、塩基は、任意選択的に置換されているA、T、C、G、又はUである。いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、置換されているA、T、C、G、又はUであり、ここで、修飾された塩基は、天然のA、T、C、G、及びUと異なる。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、当技術分野において(例えば、国際公開第2017/210647号)で既知の修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、フェニル環等の1つ又は複数のアリール及び/又はヘテロアリール環が付加された拡大したサイズの核酸塩基である。核酸塩基の置き換えを含む修飾された核酸塩基のある特定の例が、Glen Researchカタログ(Glen Research,Sterling,Virginia);Krueger AT et al.,Acc. Chem.Res.,2007,40,141-150;Kool,ET,Acc. Chem.Res.,2002,35,936-943;Benner S.A.,et al.,Nat. Rev. Genet.,2005,6,553-543;Romesberg,F.E.,et al.,Curr.Opin.Chem.Biol.,2003,7,723-733;又はHirao,I.,Curr.Opin.Chem.Biol.,2006,10,622-627で説明されている。いくつかの実施形態では、拡大したサイズの核酸塩基は、例えば、国際公開第2017/210647号で説明されている拡大したサイズの核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、コーリン又はポルフィリンに由来する環等の部分である。ある特定のポルフィリンに由来する塩基の置き換えは、例えば、Morales-Rojas,H and Kool,ET,Org.Lett.,2002,4,4377-4380で説明されている。いくつかの実施形態では、ポルフィリンに由来する環は、例えば、国際公開第2017/219647号で説明されているポルフィリンに由来する環である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、国際公開第2017/219647号で説明されている修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、蛍光性である。そのような蛍光性の修飾された核酸塩基の例として、フェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン(isozanthopterin)、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン、ベンゾ-ウラシル、ナフト-ウラシル等、及び例えば、国際公開第2017/210647号で説明されているものが挙げられる。いくつかの実施形態では、核酸塩基又は修飾された核酸塩基は、C5-プロピン T、C5-プロピン C、C5-チアゾール、フェノキサジン、2-チオ-チミン、5-トリアゾリルフェニル-チミン、ジアミノプリン、及びN2-アミノプロピルグアニンから選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、5-置換されたピリミジン、6-アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換されたピリミジン、アルキル置換されたプリン、並びにN-2、N-6及びO-6置換されたプリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、2-アミノプロピルアデニン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、6-N-メチルグアニン、6-N-メチルアデニン、2-プロピルアデニン、2-チオウラシル、2-チオチミン及び2-チオシトシン、5-プロピニル(-C≡C-CH3)ウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、5-リボシルウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、8-アザ及び他の8-置換されたプリン、5-ハロ、特に、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-ハロウラシル、及び5-ハロシトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、6-N-ベンゾイルアデニン、2-N-イソブチリルグアニン、4-N-ベンゾイルシトシン、4-N-ベンゾイルウラシル、5-メチル4-N-ベンゾイルシトシン、5-メチル4-N-ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、乱雑な塩基、サイズが拡大された塩基、及びフッ化塩基から選択される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、l,3-ジアザフェノキサジン-2-オン、l,3-ジアザフェノチアジン-2-オン、又は9-(2-アミノエトキシ)-l,3-ジアザフェノキサジン-2-オン(G-クランプ)等の三環式ピリミジンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、プリン又はピリミジン塩基が、他の複素環、例えば、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、又は2-ピリドンで置き換えられているものである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、米国特許第3687808号、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,John Wiley & Sons,1990,858-859;Englisch et al.,Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613;Sanghvi,Y.S.,Chapter 15,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T. and Lebleu,B.,Eds.,CRC Press,1993,273-288;又はChapters 6 and 15,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.,Ed.,CRC Press,2008,163-166 and 442-443で説明されているものである。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基及びその方法は、米国特許出願公開第20030158403号、米国特許第3687808号、同第4845205号、同第5130302号、同第5134066号、同第5175273号、同第5367066号、同第5432272号、同第5434257号、同第5457187号、同第5459255号、同第5484908号、同第5502177号、同第5525711号、同第5552540号、同第5587469号、同第5594121号、同第5596091号、同第5614617号、同第5645985号、同第5681941号、同第5750692号、同第5763588号、同第5830653号、又は同第6005096号で説明されているものである。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されている。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、これが、例えば、ヘテロ原子、アルキル基、又は蛍光部分、ビオチン若しくはアビジン部分、又は他のタンパク質若しくはペプチドに連結される連結部分を含有するように置換されている。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、最も古典的な意味での核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。ユニバーサル塩基の一例は、3-ニトロピロールである。
いくつかの実施形態では、提供される技術において利用され得るヌクレオシドは、修飾された核酸塩基及び/又は修飾された糖、例えば、4-アセチルシチジン;5-(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン;2’-O-メチルシチジン;5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン;5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン;ジヒドロウリジン;2’-O-メチルシュードウリジン;ベータ,D-ガラクトシルキューオシン;2’-O-メチルグアノシン;N6-イソペンテニルアデノシン;1-メチルアデノシン;1-メチルシュードウリジン;1-メチルグアノシン;l-メチルイノシン;2,2-ジメチルグアノシン;2-メチルアデノシン;2-メチルグアノシン;N7-メチルグアノシン;3-メチル-シチジン;5-メチルシチジン;5-ヒドロキシメチルシチジン;5-ホルミルシトシン;5-カルボキシルシトシン;N6-メチルアデノシン;7-メチルグアノシン;5-メチルアミノエチルウリジン;5-メトキシアミノメチル-2-チオウリジン;ベータ,D-マンノシルキューオシン;5-メトキシカルボニルメチルウリジン;5-メトキシウリジン;2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデノシン;N-((9-ベータ,D-リボフラノシル-2-メチルチオプリン-6-イル)カルバモイル)スレオニン;N-((9-ベータ,D-リボフラノシルプリン-6-イル)-N-メチルカルバモイル)スレオニン;ウリジン-5-オキシ酢酸メチルエステル;ウリジン-5-オキシ酢酸(v);シュードウリジン;キューオシン;2-チオシチジン;5-メチル-2-チオウリジン;2-チオウリジン;4-チオウリジン;5-メチルウリジン;2’-O-メチル-5-メチルウリジン;及び2’-O-メチルウリジンを含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基(例えば、修飾された核酸塩基)は、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、又はキレート化部分等の1つ又は複数の生体分子結合部分を含む。他の実施形態では、核酸塩基は、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、又は2,6-ジアミノプリンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、蛍光性又は生体分子結合部分との置換を含む。いくつかの実施形態では、置換基は、蛍光性部分である。いくつかの実施形態では、置換基は、ビオチン又はアビジンである。
核酸塩基及び関連する方法のある特定の例は、米国特許第3687808号、同第4845205号、同第513030号、同第5134066号、同第5175273号、同第5367066号、同第5432272号、同第5457187号、同第5457191号、同第5459255号、同第5484908号、同第5502177号、同第5525711号、同第5552540号、同第5587469号、同第5594121号、同第5596091号、同第5614617号、同第5681941号、同第5750692号、同第6015886号、同第6147200号、同第6166197号、同第6222025号、同第6235887号、同第6380368号、同第6528640号、同第6639062号、同第6617438号、同第7045610号、同第7427672号、又は同第7495088号で説明されている。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Gryaznov,S;Chen,J.-K. J. Am. Chem.Soc.1994,116,3143;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J. 3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130-146;Jones et al.J. Org.Chem.1993,58,2983;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267-3273;Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54:3607-3630;Kumar et al. 1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219-2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530-531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253-256;Mesmaeker et al. Angew.Chem.,Int. Ed.Engl. 1994,33,226;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241-242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73-76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211-2226;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev. 73;Nielsen et al.1997 J. Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423-3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735-8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401-5404;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195-8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74-81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395-1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2009 J. Med.Chem.52:10-13;Seth et al.2010 J. Med.Chem.53:8309-8318;Seth et al.2010 J. Org.Chem.75:1569-1581;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296-299;Seth et al.2012 Mol.Ther-Nuc.Acids.1,e47;Seth,Punit P;Siwkowski,Andrew;Allerson,Charles R;Vasquez,Guillermo;Lee,Sam;Prakash,Thazha P;Kinberger,Garth;Migawa,Michael T;Gaus,Hans;Bhat,Balkrishen;et al.From Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553-554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247-1248;Singh et al.1998 J. Org.Chem.63:10035-39;Singh et al.1998 J. Org.Chem.63:6078-6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130-2131;Ts’o et al.Ann.N. Y. Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int. Ed.Engl. 34:1338;Vasseur et al.J. Am. Chem.Soc.1992,114,4006;国際公開第2007090071号;又は同第2016/079181号のいずれかで説明されている核酸塩基、糖、ヌクレオシド、及び/又はヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Feldman et al.2017 J. Am. Chem.Soc.139:11427-11433,Feldman et al.2017 Proc.Natl.Acad.Sci. USA 114:E6478-E6479,Hwang et al. 2009 Nucl.Acids Res.37:4757-4763,Hwang et al.2008 J. Am. Chem.Soc.130:14872-14882,Lavergne et al.2012 Chem.Eur.J. 18:1231-1239,Lavergne et al.2013 J. Am. Chem.Soc.135:5408-5419,Ledbetter et al.2018 J. Am. Chem.Soc.140:758-765,Malyshev et al.2009 J. Am. Chem.Soc.131:14620-14621,Seo et al.2009 Chem.Bio.Chem.2394-2400のいずれかで説明されている修飾された核酸塩基、ヌクレオシド、又はヌクレオチドを含み、例えば、d3FB、d2Py類似体、d2Py、d3MPy、d4MPy、d5MPy、d34DMPy、d35DMPy、d45DMPy、d5FM、d5PrM、d5SICS、dFEMO、dMMO2、dNaM、dNM01、dTPT3、2’-アジド、2’-クロロ、2’-アミノ又はアラビノース糖を有するヌクレオチド、イソカルボスチリル-、ナフチル-及びアザインドール-ヌクレオチド、並びにその修飾及び誘導体及び機能付加されたバージョン、例えば、糖が2’-修飾及び/又は他の修飾、並びにメタ-塩素、-臭素、-ヨウ素、-メチル、又は-プロピニル置換基を有するdMMO2誘導体を含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロ原子の環原子を含む少なくとも1つの任意選択的に置換された環を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、窒素環原子を含む少なくとも1つの任意選択的に置換された環を含む。いくつかの実施形態では、そのような環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロ原子を介して糖に結合している。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、窒素原子を介して糖に結合している。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、環窒素原子を介して糖に結合している。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、各々の塩基及び修飾された核酸塩基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第2018/022473号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又同第2021/071858号で説明されている通りの核酸塩基又は修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたプリン塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたプリン塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたアデニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたアデニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたグアニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたグアニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたチミン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたチミン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換されたウラシル残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたウラシル残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択的に置換された5-メチルシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護された5-メチルシトシン残基である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、米国特許第5552540号、同第6222025号、同第6528640号、同第4845205号、同第5681941号、同第5750692号、同第6015886号、同第5614617号、同第6147200号、同第5457187号、同第6639062号、同第7427672号、同第5459255号、同第5484908号、同第7045610号、同第3687808号、同第5502177号、同第5525711号、同第6235887号、同第5175273号、同第6617438号、同第5594121号、同第6380368号、同第5367066号、同第5587469号、同第6166197号、同第5432272号、同第7495088号、同第5134066号、又は同第5596091号で説明されている修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、国際公開第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されており、且つ本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、オリゴヌクレオチド調製において使用される通りの保護された塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、各々の塩基残基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2011/0294124号、同第2015/0211006号、同第2015/0197540号、国際公開第2015/107425号、同第2017/192679号、同第2018/022473号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で示されている塩基残基である。
糖
本開示に従って、修飾された糖を含む様々な糖を利用し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドに組み込まれる場合に、改善された特性及び/又は活性を提供し得る他の構造的要素(例えば、ヌクレオチド間結合修飾及びそのパターン、その骨格のキラル中心のパターン等)と任意選択的に組み合わされた糖修飾及びそのパターンを提供する。
本開示に従って、修飾された糖を含む様々な糖を利用し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドに組み込まれる場合に、改善された特性及び/又は活性を提供し得る他の構造的要素(例えば、ヌクレオチド間結合修飾及びそのパターン、その骨格のキラル中心のパターン等)と任意選択的に組み合わされた糖修飾及びそのパターンを提供する。
最も一般的な天然に存在するヌクレオシドは、核酸塩基アデノシン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、又はウラシル(U)に連結されたリボース糖(例えば、RNAにおいて)又はデオキシリボース糖(例えば、DNAにおいて)を含む。いくつかの実施形態では、糖(例えば、(別段の記載がない限り)表1の多くのオリゴヌクレオチドにおける様々な糖)は、
の構造を有する天然のDNA糖(DNA核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて)であり、核酸塩基は、1’位に結合しており、3’及び5’位は、ヌクレオチド間結合に連結されており(当業者によって理解される通り)、オリゴヌクレオチドの5’末端の場合には、5’位は、5’末端基(例えば、-OH)に連結され得、オリゴヌクレオチドの3’末端の場合には、3’位は、3’末端基(例えば、-OH)に連結され得る。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する天然のRNA糖(RNA核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて)であり、核酸塩基は、1’位に結合しており、3’及び5’位は、ヌクレオチド間結合に連結されており(当業者によって理解される通り)、オリゴヌクレオチドの5’末端の場合には、5’位は、5’末端基(例えば、-OH)に連結され得、オリゴヌクレオチドの3’末端の場合には、3’位は、3’末端基(例えば、-OH)に連結され得る。いくつかの実施形態では、糖は、それが天然のDNA糖又は天然のRNA糖ではないという点で、修飾された糖である。特に、修飾された糖は、改善された安定性を提供し得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、1つ又は複数のハイブリダイゼーション特性を変化させ及び/又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、標的核酸認識を変化させ及び/又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Tmを最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、オリゴヌクレオチド活性を改善するために利用され得る。
の構造を有する天然のDNA糖(DNA核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて)であり、核酸塩基は、1’位に結合しており、3’及び5’位は、ヌクレオチド間結合に連結されており(当業者によって理解される通り)、オリゴヌクレオチドの5’末端の場合には、5’位は、5’末端基(例えば、-OH)に連結され得、オリゴヌクレオチドの3’末端の場合には、3’位は、3’末端基(例えば、-OH)に連結され得る。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する天然のRNA糖(RNA核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて)であり、核酸塩基は、1’位に結合しており、3’及び5’位は、ヌクレオチド間結合に連結されており(当業者によって理解される通り)、オリゴヌクレオチドの5’末端の場合には、5’位は、5’末端基(例えば、-OH)に連結され得、オリゴヌクレオチドの3’末端の場合には、3’位は、3’末端基(例えば、-OH)に連結され得る。いくつかの実施形態では、糖は、それが天然のDNA糖又は天然のRNA糖ではないという点で、修飾された糖である。特に、修飾された糖は、改善された安定性を提供し得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、1つ又は複数のハイブリダイゼーション特性を変化させ及び/又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、標的核酸認識を変化させ及び/又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Tmを最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、オリゴヌクレオチド活性を改善するために利用され得る。
特に、本開示から、様々な非天然のRNA糖(例えば、天然のDNA糖、様々な修飾された糖等)が、本開示に従って利用され得ることが実証されている。例えば、1つ又は複数の天然のDNA糖が、様々な位置で許容され得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の天然のDNA糖の組み込みにより、編集レベルの上昇、又はADAR1(p110、p150、若しくは両方)、ADAR2、又は両方による編集レベルの上昇がもたらされる。いくつかの実施形態では、ADAR1による編集が改善される。いくつかの実施形態では、N-3、N-1、N1、N4、N5、N7、N8、N10、N12、N13、N14、N15、N16、N17、N18、N20、及びN21の1つ又は複数の糖は、独立して、天然のDNA糖(-(例えば、N-1):N0から オリゴヌクレオチドの3’末端への計数;+又は単なる数字(例えば、N1):N0 からオリゴヌクレオチドの5’末端への計数;それぞれのNNZは、独立して、ヌクレオシドであり、式中、NZは、例えば、約-100、-90、-80、-70、-60、-50、-40、-30、-20、-10、-9、-8、-7、-6、-5、-4等からの整数である)。いくつかの実施形態では、N-3、N-1、N0、N1、N4、N5、N7、N8、N10、N12、N13、N14、N15、N16、N17、N18、N20、及びN21の1つ又は複数の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1、N5、N11、N12、及びN20の1つ又は複数の糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N-1の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N0の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N5の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N11糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N12の糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、1つ又は複数の位置で許容される。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖(例えば、2’-F及び/又は2’-OR修飾された糖)は、1つ、又は複数、又は大部分の位置で利用され、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族(例えば、メチル)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5’-N1N0N-1-3’の1つ、又は複数、又は大部分、又は全ての位置で利用される。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖は、5’-N1N0N-1-3’(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族(例えば、メチル)である)の1つ、又は複数、又は大部分、又は全ての位置で利用される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5’-N1N0N-1-3’の1つ、又は複数、又は大部分、又は全ての位置で利用され、1つ又は複数の2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、及び/又は天然のRNA糖は、5’-N1N0N-1-3’中で利用される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5’-N1N0N-1-3’の1つ、又は複数、又は大部分、又は全ての位置で利用され、5’-N1N0N-1-3’のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、又は天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5’-N1N0N-1-3’の1つ、又は複数、又は大部分、又は全ての位置で利用され、5’-N1N0N-1-3’のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖、又は天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、5’-N1N0N-1-3’の1つ、又は複数、又は大部分、又は全ての位置で利用され、5’-N1N0N-1-3’のそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖(例えば、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)により、編集レベルの上昇、又はADAR1(p110、p150、若しくは両方)、ADAR2、又は両方による編集レベルの上昇がもたらされる。いくつかの実施形態では、ADAR2による編集が改善される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖(例えば、LNA糖、cEt糖等)である。いくつかの実施形態では、二環式糖は、1つ、又は複数、又は全ての位置で利用され得、2’-OR糖が利用され、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、大部分とは、少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%(例えば、55%~100%、60%~100%、70~100%、75%~100%、80%~100%、90%~100%、95%~100%、60%~95%、70%~95%、75~95%、80~95%、85~95%、90~95%、51%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は99%等)のことである。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又は第1のドメインの(別途指定されない限り、5’末端から)最初のいくつか(例えば、1~10、1、2、3、4、又は5個等)の糖の1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、又は5個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初のいくつかの糖のそれぞれは、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又は第1のドメインの最初の1、2、又は3つの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の糖は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の2つの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最初の3つの糖は、独立して、修飾された糖(例えば、WV-27458)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、又は第2のドメイン、又は第3のサブドメインの(別途指定されない限り、5’末端から)最後のいくつか(例えば、1~10、1、2、3、4、又は5個等)の糖の1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、又は5個)は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後のいくつかの糖のそれぞれは、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、又は第2のドメイン、又は第3のサブドメインの最後の1、2、又は3つの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の糖は、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の2つの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の3つの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、最後の4つの糖は、独立して、修飾された糖(例えば、WV-27458)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。
糖は、様々な位置でヌクレオチド間結合に結合し得る。非限定的な例として、ヌクレオチド間結合は、糖の2’、3’、4’、又は5’位に結合し得る。いくつかの実施形態では、天然の核酸において最も一般的であるように、ヌクレオチド間結合は、別段の指示がない限り、5’位で一方の糖と連結し、3’位でもう一方の糖と連結する。
いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換された天然のDNA又はRNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、2’位は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、糖は、
である。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、-H、好適な置換基、又は好適な糖修飾(例えば、各々の置換基、糖修飾、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5s、並びに修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されいてるもの)である。いくつかの実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、Rsであり、各Rsは、独立して、-F、-Cl、-Br、-I、-CN、-N3、-NO、-NO2、-Ls-R’、-Ls-OR’、-Ls-SR’、-Ls-N(R’)2、-O-Ls-OR’、-O-Ls-SR’、又は-O-Ls-N(R’)2であり、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りであり、各Lsは、独立して、共有結合、又は任意選択的に置換された二価C1~6脂肪族若しくは1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族であるか;又は2つのRsは合わせて、-Ls-架橋を形成する。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、R5sは、メチルである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。様々なそのような糖が、表1で利用される。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、
(式中、R2sは、2’-修飾である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
(式中、R2sは、-H、ハロゲン、又は-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、mA、mT、mC、m5mC、mG、mU等であり、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OCH2CH2OMeである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueo等であり、R2sは、-OCH2CH2OMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OCH2CH2OHである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(例えば、fA、fT、fC、f5mC、fG、fU等の場合)の構造を有する2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(例えば、mA、mT、mC、m5mC、mG、mU等の場合)の構造を有する2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(例えば、Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueo等)の構造を有する2’-MOE修飾された糖を含む。
である。いくつかの実施形態では、2’位は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、糖は、
である。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、-H、好適な置換基、又は好適な糖修飾(例えば、各々の置換基、糖修飾、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5s、並びに修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されいてるもの)である。いくつかの実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、Rsであり、各Rsは、独立して、-F、-Cl、-Br、-I、-CN、-N3、-NO、-NO2、-Ls-R’、-Ls-OR’、-Ls-SR’、-Ls-N(R’)2、-O-Ls-OR’、-O-Ls-SR’、又は-O-Ls-N(R’)2であり、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りであり、各Lsは、独立して、共有結合、又は任意選択的に置換された二価C1~6脂肪族若しくは1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族であるか;又は2つのRsは合わせて、-Ls-架橋を形成する。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R5sは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、R5sは、メチルである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。様々なそのような糖が、表1で利用される。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、
(式中、R2sは、2’-修飾である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
(式中、R2sは、-H、ハロゲン、又は-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、mA、mT、mC、m5mC、mG、mU等であり、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OCH2CH2OMeである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueo等であり、R2sは、-OCH2CH2OMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OCH2CH2OHである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(例えば、fA、fT、fC、f5mC、fG、fU等の場合)の構造を有する2’-F修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(例えば、mA、mT、mC、m5mC、mG、mU等の場合)の構造を有する2’-OMe修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(例えば、Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueo等)の構造を有する2’-MOE修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、R2s及びR4sは、一緒になって-Ls-を形成し、式中、Lsは、共有結合又は任意選択的に置換された二価C1~6脂肪族若しくは1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、窒素、酸素、又は硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、Lsは、任意選択的に置換されたC2-O-CH2-C4である。いくつかの実施形態では、Lsは、C2-O-CH2-C4である。いくつかの実施形態では、Lsは、C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4である。いくつかの実施形態では、Lsは、C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4である。
の構造を有しており、式中、R2s及びR4sは、一緒になって-Ls-を形成し、式中、Lsは、共有結合又は任意選択的に置換された二価C1~6脂肪族若しくは1~4個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、窒素、酸素、又は硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、Lsは、任意選択的に置換されたC2-O-CH2-C4である。いくつかの実施形態では、Lsは、C2-O-CH2-C4である。いくつかの実施形態では、Lsは、C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4である。いくつかの実施形態では、Lsは、C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4である。
いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、R5sは、-Hである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、R3Sは、-OHである。いくつかの実施形態では、R3sは、-Hである。いくつかの実施形態では、糖は、
である。いくつかの実施形態では、糖は、
である。
の構造を有しており、式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、R5sは、-Hである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、R3Sは、-OHである。いくつかの実施形態では、R3sは、-Hである。いくつかの実施形態では、糖は、
である。いくつかの実施形態では、糖は、
である。
いくつかの実施形態では、糖は、である。
いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、BAsは、-H又は任意選択的に置換されたか若しくは保護された核酸塩基(例えば、BA)であり、R2sは、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R2s’は、Rsであり、Rs、R2s、及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2s及びR2s’の各々は、独立して、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OHである。いくつかの実施形態では、R2sは、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、R2sは、任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2s’は、-Hである。いくつかの実施形態では、R2s’は、-OHである。いくつかの実施形態では、R2s’は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、R2s’は、-Fである。いくつかの実施形態では、R2s’は、任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、BA等の核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に置換されているか又は保護されている。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド、並びにその使用は、国際公開第2020/154342号で説明されいてる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アラビノシド、2’-デオキシ-2’-フルオロ-アラビノシド、2’-ORアラビノシド、アデオキシシチジン、DNA-脱塩基、RNA-脱塩基、又は2’-OR脱塩基を含み、式中、Rは、水素ではない(例えば、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族)。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’-O-メチル-アラビノシチジン(amC)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、単量体は、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、そのようなヌクレオシドを含む(いくつかの実施形態では、1つの連結部位(例えば、-CH2-連結部位)は、任意選択的に置換された-OH(例えば、(-ODMTr))に結合しており、1つの連結部位(例えば、環連結部位)は、ホスホラミダイトのPにも結合しているOに結合している)。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)、反対側のヌクレオシド(N0)、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の1つ、又は複数、又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、5’-N1N0N-1-3’は、amCCAである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造をしており、式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りであり、C1’は、核酸塩基に結合している。いくつかの実施形態では、糖は、アラビノースdえある。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、C1’は、核酸塩基に結合している。
の構造又はその塩形態(式中、BAsは、-H又は任意選択的に置換されたか若しくは保護された核酸塩基(例えば、BA)であり、R2sは、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R2s’は、Rsであり、Rs、R2s、及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R2s及びR2s’の各々は、独立して、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OHである。いくつかの実施形態では、R2sは、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、R2sは、任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、R2s’は、-Hである。いくつかの実施形態では、R2s’は、-OHである。いくつかの実施形態では、R2s’は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、R2s’は、-Fである。いくつかの実施形態では、R2s’は、任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、BA等の核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に置換されているか又は保護されている。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド、並びにその使用は、国際公開第2020/154342号で説明されいてる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アラビノシド、2’-デオキシ-2’-フルオロ-アラビノシド、2’-ORアラビノシド、アデオキシシチジン、DNA-脱塩基、RNA-脱塩基、又は2’-OR脱塩基を含み、式中、Rは、水素ではない(例えば、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族)。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2’-O-メチル-アラビノシチジン(amC)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、単量体は、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、そのようなヌクレオシドを含む(いくつかの実施形態では、1つの連結部位(例えば、-CH2-連結部位)は、任意選択的に置換された-OH(例えば、(-ODMTr))に結合しており、1つの連結部位(例えば、環連結部位)は、ホスホラミダイトのPにも結合しているOに結合している)。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)、反対側のヌクレオシド(N0)、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の1つ、又は複数、又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、5’-N1N0N-1-3’は、amCCAである。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造をしており、式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りであり、C1’は、核酸塩基に結合している。いくつかの実施形態では、糖は、アラビノースdえある。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有しており、式中、C1’は、核酸塩基に結合している。
いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R6s及びR7sの各々は、独立して、Rsであり、BAsは、-H又は任意選択的に置換されたか若しくは保護された核酸塩基(例えば、BA)であり、Rsは、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R6sは、-H、-OH、又はハロゲンであり、R7sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R8s及びR9sの各々は、独立してRsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R8sは、-H又は-ハロゲンであり、R9sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R10s及びR11sの各々は、独立して、Rsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R10sは、-H又は-ハロゲンであり、R11sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する。当業者は、いくつかの実施形態では、窒素が結合リンに直接的に結合し得ることを理解する。いくつかの実施形態では、ハロゲンは、-Fである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、BA等の核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に置換されているか又は保護されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アルファ-ホモ-DNA、ベータ-ホモ-DNA部分を含む。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド、並びにその使用は、国際公開第2020/154343号で説明されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、単量体は、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、そのようなヌクレオシドを含む(いくつかの実施形態では、1つの連結部位(例えば、-CH2-連結部位)は、任意選択的に置換された-OH(例えば、-ODMTr)に結合しており、1つの連結部位(例えば、環連結部位)は、ホスホラミダイトのP(例えば、連結する環原子がNである場合)又はホスホラミダイトのPにも結合しているO(例えば、連結する環原子がCである場合)に結合している)。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)、反対側のヌクレオシド(N0)、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の1つ、又は複数、又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
の構造又はその塩形態(式中、R6s及びR7sの各々は、独立して、Rsであり、BAsは、-H又は任意選択的に置換されたか若しくは保護された核酸塩基(例えば、BA)であり、Rsは、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R6sは、-H、-OH、又はハロゲンであり、R7sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R8s及びR9sの各々は、独立してRsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R8sは、-H又は-ハロゲンであり、R9sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R10s及びR11sの各々は、独立して、Rsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R10sは、-H又は-ハロゲンであり、R11sは、-H、-OH、ハロゲン、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルコキシである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)を有する。当業者は、いくつかの実施形態では、窒素が結合リンに直接的に結合し得ることを理解する。いくつかの実施形態では、ハロゲンは、-Fである。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、BA等の核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に置換されているか又は保護されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アルファ-ホモ-DNA、ベータ-ホモ-DNA部分を含む。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド、並びにその使用は、国際公開第2020/154343号で説明されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、単量体は、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、そのようなヌクレオシドを含む(いくつかの実施形態では、1つの連結部位(例えば、-CH2-連結部位)は、任意選択的に置換された-OH(例えば、-ODMTr)に結合しており、1つの連結部位(例えば、環連結部位)は、ホスホラミダイトのP(例えば、連結する環原子がNである場合)又はホスホラミダイトのPにも結合しているO(例えば、連結する環原子がCである場合)に結合している)。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)、反対側のヌクレオシド(N0)、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の1つ、又は複数、又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R12sは、Rsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R12sは、-H、-OH、ハロゲン、任意選択的に置換されたC1~6アルキル、任意選択的に置換されたC1~6ヘテロアルキル、又は任意選択的に置換されたC1~6アルコキシである。いくつかの実施形態では、ハロゲンは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオチドは、
の構造又はその塩形態(式中、R13sは、Rsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R13sは、-H、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルキルである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオチドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、結合は、アミド結合である。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、BA等の核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に置換されているか又は保護されている。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド及びヌクレオチド、並びにその使用は、国際公開第2020/154344号で説明されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む(いくつかの実施形態では、1つの連結部位(例えば、-CH2-連結部位)は、任意選択的に置換された-OH(例えば、(-ODMTr))に結合しており、1つの連結部位(例えば、環連結部位)は、ホスホラミダイトのPにも結合しているOに結合している)。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)、反対側のヌクレオシド(N0)、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の1つ、又は複数、又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、R12sは、Rsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R12sは、-H、-OH、ハロゲン、任意選択的に置換されたC1~6アルキル、任意選択的に置換されたC1~6ヘテロアルキル、又は任意選択的に置換されたC1~6アルコキシである。いくつかの実施形態では、ハロゲンは、-Fである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオチドは、
の構造又はその塩形態(式中、R13sは、Rsであり、Rs及びBAsの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R13sは、-H、又は任意選択的に置換されたC1~C6アルキルである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオチドは、
の構造又はその塩形態(式中、各可変要素は、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、結合は、アミド結合である。いくつかの実施形態では、BAsは、-Hである。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、BAsは、BAである。いくつかの実施形態では、BA等の核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に置換されているか又は保護されている。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド及びヌクレオチド、並びにその使用は、国際公開第2020/154344号で説明されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む(いくつかの実施形態では、1つの連結部位(例えば、-CH2-連結部位)は、任意選択的に置換された-OH(例えば、(-ODMTr))に結合しており、1つの連結部位(例えば、環連結部位)は、ホスホラミダイトのPにも結合しているOに結合している)。いくつかの実施形態では、5’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N1)、反対側のヌクレオシド(N0)、及び3’側のすぐ隣のヌクレオシド(例えば、N-1)の1つ、又は複数、又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、糖は、非環式糖(例えば、UNA糖)である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、2’位は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、糖は、
である。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、R2Sは、-OHである。いくつかの実施形態では、糖は、
であり、式中、「*」は、核酸塩基に結合している炭素原子を示す。いくつかの実施形態では、糖は、
であり、式中、「*」は、核酸塩基に結合している炭素原子を示す。いくつかの実施形態では、核酸塩基の窒素原子に結合している炭素原子は、R配置のものである(例えば、sm18)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている糖を含む。
である。いくつかの実施形態では、2’位は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、糖は、
である。いくつかの実施形態では、糖は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、R2Sは、-OHである。いくつかの実施形態では、糖は、
であり、式中、「*」は、核酸塩基に結合している炭素原子を示す。いくつかの実施形態では、糖は、
であり、式中、「*」は、核酸塩基に結合している炭素原子を示す。いくつかの実施形態では、核酸塩基の窒素原子に結合している炭素原子は、R配置のものである(例えば、sm18)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で説明されている糖を含む。
いくつかの実施形態では、糖は、5’位及び3’位を介さずに連結されている。当業者は、そのような糖に関して、5’は、オリゴヌクレオチドの5’末端に向かう側/方向を指し得、3’は、オリゴヌクレオチドの3’末端に向かう側/方向を指し得ることを理解する。
いくつかの実施形態では、R1s、R2s、R3s、R4s、及びR5sの各々は、独立して、Rsであり、Rsは、独立して、-H、ハロゲン、-CN、-N3、-NO、-NO2、-Ls-R’、-Ls-Si(R’)3、-Ls-OR’、-Ls-SR’、-Ls-N(R’)2、-O-Ls-R’、-O-Ls-Si(R)3、-O-Ls-OR’、-O-Ls-SR’、又は-O-Ls-N(R’)2であり;Lsは、本明細書で説明されている通りのLBであり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、R1s及びR2sの各々は、独立して、Rsである。いくつかの実施形態では、Rsは、-Hである。いくつかの実施形態では、Rsは、-Hではない。いくつかの実施形態では、Lsは、共有結合である。いくつかの実施形態では、R2s及びR4sの各々は、独立して、-H、-F、-OR、-N(R)2である。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-F、-OR、-N(R)2である。いくつかの実施形態では、R4sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2s及びR4sは、2’-O-Ls-(式中、Lsは、任意選択的に置換されたC1~6アルキレンである)を形成する。いくつかの実施形態では、Lsは、任意選択的に置換された-CH2-である。いくつかの実施形態では、Lsは、任意選択的に置換された-CH2-である。
いくつかの実施形態では、Rは、水素である。いくつかの実施形態では、Rは、水素ではない。いくつかの実施形態では、Rは、C1~10脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族、C6~20アリール、酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~20員ヘテロアリール環、並びに酸素、窒素、硫黄、リン、及びケイ素から独立して選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~20員複素環式環から選択される任意選択的に置換された基である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~30脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~15脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘキシル、ペンチル、ブチル、プロピル、エチル、又はメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘキシルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたペンチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、ヘキシルである。いくつかの実施形態では、Rは、ペンチルである。いくつかの実施形態では、Rは、ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、プロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、n-プロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、tert-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、sec-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、n-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CH2)2OCH3である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、R2sは、本開示で説明されている通りの2’-修飾であり、R4sは、-Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OR(式中、Rは、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、R2sは、-Fである。いくつかの実施形態では、R2sは、-OMeである。いくつかの実施形態では、R2sは、例えば、表1において利用される様々なXeo(Xは、m5C、T、G、A等である)において-OCH2CH2CH3である。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-F、及び-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)から選択される。いくつかの実施形態では、R2sは、-H、-F、及び-OMeから選択される。
いくつかの実施形態では、糖は、二環式糖であり、例えば、R2s及びR4sが合わせて、本開示で説明されている通りの任意選択的に置換された環を形成する糖である。いくつかの実施形態では、糖は、LNA糖、BNA糖、cEt糖等から選択される。いくつかの実施形態では、架橋は、2’と4’-炭素原子(それらの介在原子と合わせて、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された環を形成するために合わせられたR2s及びR4sに対応する)の間にある。いくつかの実施形態では、架橋は、2’-La-Lb-4’(式中、Laは、-O-、-S-、又はN(R)であり、Lbは、任意選択的に置換されたC1~4二価脂肪族鎖(例えば、メチレンである))である。
いくつかの実施形態では、糖は、2’-OMe、2’-MOE、2’-F、LNA(ロックド核酸)糖、ENA(エチレン架橋核酸)糖、BNA(NMe)(メチルアミノ架橋核酸)糖、2’-F ANA(2’-Fアラビノース)、アルファ-DNA(アルファ-D-リボース)、2’/5’ODN(例えば、2’/5’結合オリゴヌクレオチド)、Inv(反転糖、例えば、反転デオキシリボース)、AmR(アミノ-リボース)、チオR(チオ-リボース)、HNA(ヘキソース核酸)、CeNA(シクロヘキセン核酸)、又はMOR(モルホリノ)糖である。
本開示を読んだ後の当業者は、様々な型の糖修飾が既知であり、本開示に従って利用され得ることを理解することになる。いくつかの実施形態では、糖修飾は、2’-修飾(例えば、R2s)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-Fである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OR(式中、Rは水素ではない)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、糖部分の2’-炭素を糖部分の別の炭素に連結する-O-Lb-又は-Lb-Lb-である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、糖部分の2’-炭素を糖部分の4’-炭素に連結する2’-O-Lb-4’又は2’-Lb-Lb-4’である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、S-cEtである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、LNA糖である。いくつかの実施形態では、-Lb-は、-C(R)2-である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-C(R)2-C4)であり、式中、各Rは、独立に、本開示で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、LNA糖修飾(C2-O-CH2-C4)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-CHR-C4)(式中、Rは、本開示で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(R)-CHR-C4)(式中、Rは、本開示で説明されている通りであり、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(S)-CHR-C4)(式中、Rは、本開示で説明されている通りであり、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、置換されていないC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-CHR-C4)(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-CHR-C4)(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-CHR-C4)(式中、Rは、メチルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-CHR-C4)(式中、Rは、エチルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(R)-CHR-C4)(式中、Rは、メチルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(R)-CHR-C4)(式中、Rは、エチルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(S)-CHR-C4)(式中、Rは、メチルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、(C2-O-(S)-CHR-C4)(式中、Rは、エチルである)である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4である。いくつかの実施形態では、糖は、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、天然のRNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換された天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、2’で任意選択的に置換された天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、2’で置換された(2’-修飾)天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、2’で修飾された(2’-修飾)天然のDNA糖である。
いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に修飾されたリボース又はデオキシリボースであり、リボース又はデオキシリボース部分の1つ又は複数のヒドロキシル基は、任意選択的に且つ独立して、ハロゲン、R’、-N(R’)2、-OR’、又は-SR’(式中、各R’は、本明細書で説明されている通りである)によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、ハロゲン、R’、-N(R’)2、-OR’、又は-SR’(式中、各R’は、独立して、本開示で説明されている)で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、ハロゲンで置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、1つ又は複数の-Fで置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、-OR’(式中、各R’は、独立して、本開示で説明されている)で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、-OR’(式中、各R’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~C6脂肪族である)で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、-OR’(式中、各R’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~C6アルキルである)で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、-OMeで置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択的に置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの2’位は、任意選択的に、-O-メトキシエチルで置換される。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された糖、及び1つ又は複数の天然の糖を含む。
二環式糖の例として、アルファ-L-メチレンオキシ(4’-CH2-O-2’)LNA、ベータ-D-メチレンオキシ(4’-CH2-O-2’)LNA,エチレンオキシ(4’-(CH2)2-O-2’)LNA、アミノオキシ(4’-CH2-O-N(R)-2’)LNA、及びオキシアミノ(4’-CH2-N(R)-O-2’)LNAの糖が挙げられる。いくつかの実施形態では、二環式糖(例えば、LNA又はBNA糖)は、2つの糖炭素の間に少なくとも1つの架橋を有する糖である。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の二環式糖は、アルファ-L-リボフラノース又はベータ-D-リボフラノースの立体化学的配置を有し得る。
いくつかの実施形態では、二環式糖はさらに、異性体配置によって定義され得る。例えば、4’-(CH2)-O-2’架橋を含む糖は、アルファ-L配置又はベータ-D配置で存在し得る。いくつかの実施形態では、4’~2’架橋は、-L-4’-(CH2)-O-2’、b-D-4’-CH2-O-2’、4’-(CH2)2-O-2’、4’-CH2-O-N(R’)-2’、4’-CH2-N(R’)-O-2’、4’-CH(R’)-O-2’、4’-CH(CH3)-O-2’、4’-CH2-S-2’、4’-CH2-N(R’)-2’、4’-CH2-CH(R’)-2’、4’-CH2-CH(CH3)-2’、及び4’-(CH2)3-2’であり、各R’は、本開示で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、R’は、-H、保護基、又は任意選択的に置換されたC1~C12アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、-H、又は任意選択的に置換されたC1~C12アルキルである。
いくつかの実施形態では、二環式糖は、α-L-メチレンオキシ(4’-CH2-O-2’)BNA、β-D-メチレンオキシ(4’-CH2-O-2’)BNA、エチレンオキシ(4’-(CH2)2-O-2’)BNA、アミノオキシ(4’-CH2-O-N(R)-2’)BNA、オキシアミノ(4’-CH2-N(R)-O-2’)BNA、メチル(メチレンオキシ)(4’-CH(CH3)-O-2’)BNA(拘束エチル又はcEtとも称される)、メチレン-チオ(4’-CH2-S-2’)BNA、メチレン-アミノ(4’-CH2-N(R)-2’)BNA、メチル炭素環式(4’-CH2-CH(CH3)-2’)BNA、プロピレン炭素環式(4’-(CH2)3-2’)BNA、又はビニルBNAの糖である。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、米国特許第9006198号で説明されている修飾である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、米国特許第9006198号で説明されている。いくつかの実施形態では、糖修飾は、各々の糖修飾及び修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている修飾である。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、米国特許第5658873号、同第5118800号、同第5393878号、同第5514785号、同第5627053号、同第7034133号;同第7084125号、同第7399845号、同第5319080号、同第5591722号、同第5597909号、同第5466786号、同第6268490号、同第6525191号、同第5519134号、同第5576427号、同第6794499号、同第6998484号、同第7053207号、同第4981957号、同第5359044号、同第6770748号、同第7427672号、同第5446137号、同第6670461号、同第7569686号、同第7741457号、同第8022193号、同第8030467号、同第8278425号、同第5610300号、同第5646265号、同第8278426号、同第5567811号、同第5700920号、同第8278283号、同第5639873号、同第5670633号、同第8314227号、米国特許出願公開第2008/0039618号、同第2009/0012281号、国際公開第2021/030778号、同第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されているものである。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、2’-OMe、2’-MOE、2’-LNA、2’-F、5’-ビニル、又はS-cEtである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、FRNA、FANA、又はモルホリノの糖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、核酸類似体、例えば、GNA、LNA、PNA、TNA、F-HNA(F-THP又は3’-フルオロテトラヒドロピラン)、MNA(マンニトール核酸、例えば、Leumann 2002 Bioorg.Med.Chem.10:841-854)、ANA(アニトール核酸)、若しくはモルホリノ、又はこれらの一部を含む。いくつかの実施形態では、糖は、可動性の核酸又はセリノール核酸と同様である。いくつかの実施形態では、糖修飾は、天然の糖を別の環式又は非環式部分で置き換える。そのような部分の例は、モルホリノ、グリコール核酸において使用されるもの等、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。当業者によって理解される通り、修飾された糖と共に利用される場合には、いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、例えば、モルホリノ、PNA等のように修飾され得る。いくつかの実施形態では、糖は、(R)-GNA糖である。いくつかの実施形態では、糖は、(S)-GNA糖である。いくつかの実施形態では、GNA糖を有するヌクレオシドは、N-1、N0、及び/又はN1として利用される。いくつかの実施形態では、N0は、GNA糖を有するヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、糖は、二環式糖である。いくつかの実施形態では、糖は、LNA糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖である。いくつかの実施形態では、糖は、UNA糖である。いくつかの実施形態では、UNA糖を有するヌクレオシドは、N-1、N0及び/又はN1として利用される。いくつかの実施形態では、N0は、UNA糖を有するヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、脱塩基である。いくつかの実施形態では、脱塩基糖は、N-1、N0、及び/又はN1として利用される。いくつかの実施形態では、N0は、脱塩基糖を有するヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、糖は、6位で(R)又は(S)-キラリティーのいずれかを有する6’-修飾された二環式糖であり、例えば、米国特許第7399845号で説明されているものである。いくつかの実施形態では、糖は、5位で(R)又は(S)-キラリティーのいずれかを有する5’-修飾された二環式糖であり、例えば、米国特許出願公開第20070287831号で説明されているものである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、-F;-CF3、-CN、-N3、-NO、-NO2、-OR’、-SR’、又は-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本開示で説明されている);-O-(C1~C10アルキル)、-S-(C1~C10アルキル)、-NH-(C1~C10アルキル)、又は-N(C1~C10アルキル)2;-O-(C2~C10アルケニル)、-S-(C2~C10アルケニル)、-NH-(C2~C10アルケニル)、又は-N(C2~C10アルケニル)2;-O-(C2~C10アルキニル)、-S-(C2~C10アルキニル)、-NH-(C2~C10アルキニル)、又は-N(C2~C10アルキニル)2;又は-O-(C1~C10アルキレン)-O-(C1~C10アルキル)、-O-(C1~C10アルキレン)-NH-(C1~C10アルキル)若しくは-O-(C1~C10アルキレン)-NH(C1~C10アルキル)2、-NH-(C1~C10アルキレン)-O-(C1~C10アルキル)、又は-N(C1~C10アルキル)-(C1~C10アルキレン)-O-(C1~C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル、及びアルキニルの各々は、独立して且つ任意選択的に置換されている)から独立して選択される2’位での1つ又は複数の置換基(典型的には1つの置換基、及び多くの場合アキシャルな位置で)を含有する。いくつかの実施形態では、置換基は、-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、MOE、DMAOE、又はDMAEOE(式中、nは、1~約10である)である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、国際公開第2001/088198号;及びMartin et al.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504で説明されているものである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、置換されたシリル基、RNA切断基、レポーター基、蛍光標識、干渉物質、核酸の薬物動態特性を改善するための基、核酸の薬力学的特性を改善するための基、又は同様の特性を有する他の置換基から選択される1つ又は複数の基を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、3’末端ヌクレオシドの糖の3’位又は5’末端ヌクレオシドの5’位を含む2’、3’、4’、又は5’位の1つ又は複数でなされる。
いくつかの実施形態では、リボースの2’-OHは、-H、-F;-CF3、-CN、-N3、-NO、-NO2、-OR’、-SR’、又は-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本開示で説明されている);-O-(C1~C10アルキル)、-S-(C1~C10アルキル)、-NH-(C1~C10アルキル)、又は-N(C1~C10アルキル)2;-O-(C2~C10アルケニル)、-S-(C2~C10アルケニル)、-NH-(C2~C10アルケニル)、又は-N(C2~C10アルケニル)2;-O-(C2~C10アルキニル)、-S-(C2~C10アルキニル)、-NH-(C2~C10アルキニル)、又は-N(C2~C10アルキニル)2;又は-O-(C1~C10アルキレン)-O-(C1~C10アルキル)、-O-(C1~C10アルキレン)-NH-(C1~C10アルキル)若しくは-O-(C1~C10アルキレン)-NH(C1~C10アルキル)2、-NH-(C1~C10アルキレン)-O-(C1~C10アルキル)、又は-N(C1~C10アルキル)-(C1~C10アルキレン)-O-(C1~C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル、及びアルキニルの各々は、独立して且つ任意選択的に、置換されている)から選択される基で置き換えられている。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-Hで置き換えられている(デオキシリボース)。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-Fで置き換えられている。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-OR’で置き換えられている。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-OMeで置き換えられている。いくつかの実施形態では、2’-OHは、-OCH2CH2OMeで置き換えられている。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、2’-修飾である。一般的に使用される2’-修飾として、2’-OR(式中、Rは、水素ではなく、本開示で説明されている通りである)が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、S-cEtである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、LNA糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、-Fである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、FANAである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、FRNAである。いくつかの実施形態では、糖修飾は、5’-修飾(例えば、5’-Me)である。いくつかの実施形態では、糖修飾は、糖環のサイズを変化させる。いくつかの実施形態では、糖修飾は、FHNAにおける糖部分である。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、糖部分を別の環式又は非環式部分で置き換える。そのような部分の例は、当技術分野で広く知られており、モルホリノ(任意選択的に、そのホスホロジアミデート結合を伴う)、グリコール核酸等において使用されるものが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の1つ又は複数が修飾されている。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾を含む。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-ORである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、LNA糖修飾である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-Fである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-修飾である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-Fである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-Fであり、少なくとも1つは、2’-Fである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルであり、且つ少なくとも1つは、2’-ORである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、少なくとも1つは、2’-Fであり、且つ少なくとも1つは、2’-ORである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR又は2’-F(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルであり、且つ少なくとも1つは、2’-Fであり、且つ少なくとも1つは、2’-ORである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-ORである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OMe又は2’-MOEである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、2’-OMe、2’-MOE、又はLNA糖である。
修飾された糖は、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル又はシクロペンチル部分を含む。そのような修飾された糖の代表例として、米国特許第4,981,957号、同第5,118,800号、同第5,319,080号、又は同第5,359,044号で説明されているものが挙げられる。いくつかの実施形態では、リボース環内の酸素原子は、窒素、硫黄、セレン、又は炭素によって置き換えられている。いくつかの実施形態では、-O-は、-N(R’)-、-S-、-Se-、又は-C(R’)2-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、修飾されたリボースであり、リボース環内の酸素原子は、窒素で置き換えられており、窒素は、任意選択的に、アルキル基(例えば、メチル、エチル、イソプロピル等)で置換されている。
修飾された糖の非限定的な例は、例えば、Zhang,R et al.,J. Am. Chem.Soc.,2008,130,5846-5847;Zhang L,et al.,J. Am. Chem.Soc.,2005,127,4174-4175及びTsai CH et al.,PNAS,2007,14598-14603で説明されている通りのグリセロール核酸(GNA)の一部であるグリセロールである。
可動性の核酸(FNA)は、例えば、Joyce GF et al.,PNAS,1987,84,4398-4402、及びHeuberger BD and Switzer C,J. Am. Chem.Soc.,2008,130,412-413で説明されている通りのホルミルグリセロールの混合型アセタールアミナールに基づく。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、及び/又はその修飾されたヌクレオシドは、各々の糖及び修飾された核酸塩基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第2018/022473号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている糖又は修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、糖における1つ又は複数のヒドロキシル基は、任意選択的に且つ独立して、ハロゲン、R’-N(R’)2、-OR’、又は-SR’(式中、各R’は、独立して、本開示で説明されている)で置き換えられている。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、各々の修飾されたヌクレオシドが独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第2018/022473号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている任意の修飾されたヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、5’-ビニル(R又はS)、5’-メチル(R又はS)、2’-SH、2’-F、2’-OCH3、2’-OCH2CH3、2’-OCH2CH2F、又は2’-O(CH2)20CH3である。いくつかの実施形態では、2’位での置換基(例えば、2’-修飾)は、アリル、アミノ、アジド、チオ、O-アリル、O-C1~C10アルキル、OCF3、OCH2F、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)、及びO-CH2-C(=O)-N(R1)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)であり、それぞれのアリル、アミノ、及びアルキルは、任意選択的に置換されており、Rl、Rm、及びRnの各々は、独立して、本開示で説明されている通りのR’である。いくつかの実施形態では、Rl、Rm、及びRnの各々は、独立して、-Hであるか、又は任意選択的に置換されたC1~C10アルキルである。
いくつかの実施形態では、二環式糖は、2つの糖炭素の間(例えば、4’及び2’リボシル環炭素原子の間)に架橋を含み、例えば、-Lb-Lb-、-L-等を含む。いくつかの実施形態では、架橋は、4’-(CH2)-O-2’(例えば、LNA糖)、4’-(CH2)-S-2’、4’-(CH2)2-O-2’(例えば、ENA糖)、4’-CH(R’)-O-2’(例えば、4’-CH(CH3)-O-2’、4’-CH(CH2OCH3)-O-2’、及び米国特許第7399845号における例等)、4’-CH(R’)2-O-2’(例えば、4’-C(CH3)(CH3)-O-2’及び国際公開第2009006478号における例等)、4’-CH2-N(OR’)-2’(例えば、4’-CH2-N(OCH3)-2’、国際公開第2008150729号における例等)、4’-CH2-O-N(R’)-2’(例えば、4’-CH2-O-N(CH3)-2’、米国特許出願公開第20040171570号における例等)、4’-CH2-N(R’)-O-2’[例えば、Rは、-H、C1~C12アルキル、又は保護基(例えば、米国特許第7427672号を参照のされたい)]、4’-C(R’)2-C(H)(R’)-2’(例えば、4’-CH2-C(H)(CH3)-2’、Chattopadhyaya et al.,J. Org.Chem.,2009,74,118-134における例等)、又は4’-C(R’)2-C(=C(R’)2)-2’(例えば、4’-CH2-C(=CH2)-2’、国際公開第2008154401号における例等)である。
いくつかの実施形態では、糖は、テトラヒドロピラン又はTHP糖である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、典型的な天然のヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基に関して置換された6員テトラヒドロピラン糖を有するヌクレオシドであるテトラヒドロピランヌクレオシド又はTHPヌクレオシドである。THP糖及び/又はヌクレオシドとして、ヘキシトール核酸(HNA)、アニトール核酸(ANA)、マンニトール核酸(MNA)(例えば、Leumann,Bioorg.Med.Chem.,2002,10,841-854)、又はフルオロHNA(F-HNA)において使用されるものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、糖は、5個超の原子及び/又は複数のヘテロ原子を有する環を含み、例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503-4510;米国特許第5698685号;同第5166315号;同第5185444号;同第5034506号等で説明されているモルホリノ糖を含む。
当業者は、糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合等の修飾を理解することになり、オリゴヌクレオチド(例えば、表1の様々なオリゴヌクレオチドを参照されたい)と組み合わせて利用され得、且つ利用される場合が多い。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、天然に存在するヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基の代わりに6員シクロヘキセニルを有する。シクロヘキセニルヌクレオシド並びにその調製及び使用の例は、例えば、国際公開第2010036696号;Robeyns et al.,J. Am. Chem.Soc.,2008,130(6),1979-1984;Horvath et al.,Tetrahedron Letters,2007,48,3621-3623;Nauwelaerts et al.,J. Am. Chem.Soc.,2007,129(30),9340-9348;Gu et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,2005,24(5-7),993-998;Nauwelaerts et al.,Nucleic Acids Research,2005,33(8),2452-2463;Robeyns et al.,Acta Crystallographica,Section F:Structural Biology and Crystallization Communications,2005,F61(6),585-586;Gu et al.,Tetrahedron,2004,60(9),2111-2123;Gu et al.,Oligonucleotides,2003,13(6),479-489;Wang et al.,J. Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeure et al.,Nucleic Acids Research,2001,29(24),4941-4947;Wang et al.,J. Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wang et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,2001,20(4-7),785-788;Wang et al.,J. Am. Chem.,2000,122,8595-8602;国際公開第2006047842号;同第2001049687号等で説明されている。
多くの単環式、二環式、及び三環式の環系は、代用の糖(修飾された糖)として好適であり、本開示に従って利用され得る。例えば、Leumann,Christian J. Bioorg.& Med.Chem.,2002,10,841-854を参照されたい。そのような環系は、様々な追加の置換を経て、それらの特性及び/又は活性をさらに増強すし得る。
いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、2’位で修飾されたフラノシル糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、ハロゲン、-R’(式中、R’は-Hではない)、-OR’(式中、R’は-Hではない)、-SR’、-N(R’)2、任意選択的に置換された-CH2-CH=CH2、任意選択的に置換されたアルケニル、又は任意選択的に置換されたアルキニルである。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCH3、-O(CH2)nF、-O(CH2)nONH2、-OCH2C(=O)N(H)CH3、及び-O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2(式中、各n及びmは、独立して、1~約10である)から選択される。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、任意選択的に置換されたC1~C12アルキル、任意選択的に置換されたアルケニル、任意選択的に置換されたアルキニル、任意選択的に置換されたアルカリール、任意選択的に置換されたアラルキル、任意選択的に置換された-O-アルカリール、任意選択的に置換された-O-アラルキル、-SH、-SCH3、-OCN、-Cl、-Br、-CN、-F、-CF3、-OCF3、-SOCH3、-SO2CH3、-ONO2、-NO2、-N3、-NH2、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルカリール、任意選択的に置換されたアミノアルキルアミノ、任意選択的に置換されたポリアルキルアミノ、置換されたシリル、レポーター基、干渉物質、薬物動態特性を改善するための基、薬力学的特性を改善するための基、及び他の置換基である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、2’-MOE修飾である(例えば、Baker et al.,J. Biol.Chem.,1997,272,11944-12000を参照されたい)。いくつかの場合では、2’-MOE修飾は、修飾されていない糖及び2’-O-メチル、2’-O-プロピル、及び2’-O-アミノプロピル等のいくつかの他の修飾されたヌクレオシドと比較して、改善された結合親和性を有すると報告されている。2’-MOE修飾を有するオリゴヌクレオチドはまた、インビボでの使用のための有望な特徴を有する遺伝子発現を阻害し得ると報告されている(例えば、Martin,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504;Altmann et al.,Chimia,1996,50,168-176;Altmann et al.,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637;及びAltmann et al.,Nucleosides Nucleotides,1997,16,917-926等を参照されたい)。
いくつかの実施形態では、2’-修飾されたか又は2’-置換された糖又はヌクレオシドは、-H(通常、置換基としてみなされない)又は-OH以外の糖の2’位での置換基を含む糖又はヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、1つが2’炭素である糖環の2つの炭素原子を連結する架橋を含む二環式糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾は、非架橋、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、任意選択的に置換された-O-アリル、任意選択的に置換された-O-C1~C10アルキル、-OCF3、-O(CH2)2OCH3、2’-O(CH2)2SCH3、-O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、又は-OCH2C(=O)N(Rm)(Rn)(式中、それぞれのRm及びRnは、独立して、-H又は任意選択的に置換されたC1~C10アルキルである)である。
ある特定の修飾された糖、それらの調製及び使用は、米国特許第4981957号、同第5118800号、同第5319080号、同第5359044号、同第5393878号、同第5446137号、同第5466786号、同第5514785号、同第5519134号、同第5567811号、同第5576427号、同第5591722号、同第5597909号、同第5610300号、同第5627053号、同第5639873号、同第5646265号、同第5670633号、同第5700920号、同第5792847号、同第6600032号、及び国際公開第2005121371号で説明されている。
いくつかの実施形態では、糖は、N-メタノカルバ、LNA、cMOE BNA、cEt BNA、α-L-LNA若しくは関連する類似体、HNA、Me-ANA、MOE-ANA、Ara-FHNA、FHNA、R-6’-Me-FHNA、S-6’-Me-FHNA、ENA、又はc-ANAの糖である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、C3-アミド(例えば、C3’に結合したアミド修飾を有する糖、Mutisya et al.2014 Nucleic Acids Res.2014 Jun 1;42(10):6542-6551)、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、MMI[例えば、メチレン(メチルイミノ)、Peoc’h et al.2006 Nucleosides and Nucleotides 16(7-9)]、PMO(ホスホロジアミデート結合モルホリノ)結合(2つの糖を連結する)、又はPNA(ペプチド核酸)結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合及び/又は糖の例は、Allerson et al.2005 J. Med.Chem. 48:901-4;BMCL 2011 21:1122;BMCL 2011 21:588;BMCL 2012 22:296;Chattopadhyaya et al. 2007 J. Am. Chem.Soc.129:8362;Chem.Bio.Chem. 2013 14:58;Curr. Prot.Nucl.Acids Chem.2011 1.24.1;Egli et al.2011 J. Am. Chem.Soc.133:16642;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J. 3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Imanishi 1997 Tet.Lett.38:8735;J. Am. Chem.Soc.1994,116,3143;J. Med.Chem.2009 52:10;J. Org.Chem.2010 75:1589;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130-146;Jones et al.J. Org.Chem.1993,58,2983;Jung et al.2014 ACIEE 53:9893;Kodama et al. 2014 AGDS;Koizumi 2003 BMC 11:2211;Koizumi et al. 2003 Nuc.Acids Res.12:3267-3273;Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54:3607-3630;Kumar et al. 1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219-2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530-531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253-256;Lima et al. 2012 Cell 150:883-894;Mesmaeker et al. Angew.Chem.,Int. Ed.Engl. 1994,33,226;Migawa et al.2013 Org.Lett.15:4316;Mol.Ther.Nucl.Acids 2012 1:e47;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241-242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73-76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211-2226;Murray et al.2012 Nucl.Acids Res.40:6135;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev. 73;Nielsen et al.1997 J. Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423-3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735-8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401-5404;Obika et al.2008 J. Am. Chem.Soc.130:4886;Obika et al.2011 Org.Lett.13:6050;Oestergaard et al.2014 JOC 79:8877;Pallan et al.2012 Biochem.51:7;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195-8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74-81;Prakash et al.2010 J. Med.Chem.53:1636;Prakash et al.2015 Nucl.Acids Res.43:2993-3011;Prakash et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:2817-2820;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395-1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2008 Nucl.Acid Sym.Ser.52:553;Seth et al.2009 J. Med.Chem.52:10-13;Seth et al.2010 J. Am. Chem.Soc.132:14942;Seth et al.2010 J. Med.Chem.53:8309-8318;Seth et al.2010 J. Org.Chem.75:1569-1581;Seth et al.2011 BMCL 21:4690;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296-299;Seth et al.2012 Mol.Ther-Nuc.Acids.1,e47;Seth et al.,Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553-554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247-1248;Singh et al.1998 J. Org.Chem.63:10035-39;Singh et al.1998 J. Org.Chem.63:6078-6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130-2131;Starrup et al.2010 Nucl.Acids Res. 38:7100;Swayze et al.2007 Nucl.Acids Res.35:687;Ts’o et al.Ann.N. Y. Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int. Ed.Engl. 34:1338;Vasseur et al.J. Am. Chem.Soc.1992,114,4006;国際公開第2007090071号;同第2016079181号;米国特許第6326199号;同第6066500号;又は同第6440739号で説明されている。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、ドメイン、サブドメイン等)は、高いレベルの2’-F修飾された糖、例えば、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、ドメイン、サブドメイン等)における糖の約10%~100%(例えば、約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくはそれ以上、又は約100%)は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における糖の約50%以上は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における糖の約60%以上は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における糖の約70%以上は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における糖の約80%以上は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における糖の約90%以上は、2’-Fを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部はまた、2’-Fを含まない1つ又は複数の糖(例えば、修飾を含まない糖及び/又は他の修飾を含む糖)を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、ドメイン、サブドメイン等)における糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下など)は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における糖の約50%以下は、2’-MOEを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部におけるどの糖も、2’-MOEを含まない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における1、2、3、4、又は5個以下の糖は、2’-MOEを含む。
オリゴヌクレオチド又はその類似体を調製するのに有用な様々な追加の糖は、当技術分野で知られており、本開示に従って利用され得る。
ヌクレオチド間結合
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を提供するために他の構造的要素(例えば、本明細書で説明されている通りの様々な糖)と共に利用され得る様々なヌクレオチド間結合(例えば、様々な修飾されたヌクレオチド間結合)を提供する。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を提供するために他の構造的要素(例えば、本明細書で説明されている通りの様々な糖)と共に利用され得る様々なヌクレオチド間結合(例えば、様々な修飾されたヌクレオチド間結合)を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、及び/又はヌクレオチド間結合修飾を含む。様々なヌクレオチド間結合は、核酸塩基を含む単位(例えば、ヌクレオシド)を連結するために、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合及び1つ又は複数の天然のリン酸結合の両方を含む。当業者によって広く知られる通り、天然のホスフェート結合は、天然のDNA及びRNA分子に広く見出され;これらは、-OP(O)(OH)O-の構造を有し、DNA及びRNA中のヌクレオシドにおける糖を連結し、例えば生理的pH(約7.4)で様々な塩形態で存在し得、天然のホスフェート結合は、主に塩形態で存在し、アニオンは、-OP(O)(O-)O-である。修飾されたヌクレオチド間結合又は非天然のホスフェート結合は、天然のホスフェート結合又はその塩形態ではないヌクレオチド間結合である。修飾されたヌクレオチド間結合は、その構造に応じて、それらの塩形態で存在し得る。例えば、当業者によって理解される通り、-OP(O)(SH)O-の構造を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、例えば、生理的pH(約7.4)で様々な塩形態で存在し得、アニオンは、-OP(O)(S-)O-である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド間結合であるヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホロアミデート、チオホスフェート、3’-チオホスフェート、又は5’-チオホスフェートを含む。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関してキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関して立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の位置及び結合リンの配置(Rp又はSp)、並びにアキラルヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合)の位置を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、P-修飾を含み、P-修飾は、結合リンでの修飾である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、例えば、ペプチド核酸(PNA)の場合のように、リンを含まないが、それぞれ独立して核酸塩基を含む2つの糖又は2つの一部を連結するのに役立つ部分である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、式I、I-a、I-b、又はI-cの構造を有し且つ本明細書及び/又は各々のヌクレオチド間結合(例えば、式I、I-a、I-b、I-cのもの等)が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第2018/022473号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は国際公開第2021/071858号で説明されているものを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルなヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、本明細書及び/又は各々の負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2のもの等、又はその好適な塩形態)が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている通りの式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等の構造、又はその塩形態を有する。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、送達及び/又は活性(例えば、アデノシン編集活性)を改善し得る。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、任意選択的に置換されたトリアゾリルを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、任意選択的に置換されたアルキニルを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分(例えば、トリアゾリル基)は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分(例えば、トリアゾリル基)は、置換されている。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分は、置換されていない。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換された環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、
の構造を有しており、且つ任意選択的にキラル制御され、R1は、-L-R’であり、Lは、本明細書で説明されている通りのLBであり、及びR’は、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、R’である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、2つのR1及びRが合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、2つの異なる窒素原子上の2つのR1は、Rであり、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、R1は、独立して、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R1は、メチルである。いくつかの実施形態では、同じ窒素原子上の2つのR’は、Rであり、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、
の構造を有しており、且つ任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、
は、
である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換された環式グアニジン部分を含み、且つ
の構造を有しており、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
の構造を有しており、且つ任意選択的にキラル制御され、R1は、-L-R’であり、Lは、本明細書で説明されている通りのLBであり、及びR’は、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、R’である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、2つのR1及びRが合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、2つの異なる窒素原子上の2つのR1は、Rであり、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、R1は、独立して、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R1は、メチルである。いくつかの実施形態では、同じ窒素原子上の2つのR’は、Rであり、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、
の構造を有しており、且つ任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、
は、
である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換された環式グアニジン部分を含み、且つ
の構造を有しており、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分(例えば、任意選択的に置換されたトリアゾリル基)を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
の式を有しており、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、アルキン部分(例えば、任意選択的に置換されたアルキニル基)を含むヌクレオチド間結合は、
の式を有しており、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合)は、環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、環式グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、
(式中、Wは、O又はSである)から選択される構造であるか、又はそれを含む。
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
の式を有しており、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、アルキン部分(例えば、任意選択的に置換されたアルキニル基)を含むヌクレオチド間結合は、
の式を有しており、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合)は、環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、環式グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、
(式中、Wは、O又はSである)から選択される構造であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基
を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基を含み、且つ
(「Tmgヌクレオチド間結合」)の構造を有する。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合として、PNA及びPMOのヌクレオチド間結合、並びにTmgヌクレオチド間結合が挙げられる。
を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基を含み、且つ
(「Tmgヌクレオチド間結合」)の構造を有する。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合として、PNA及びPMOのヌクレオチド間結合、並びにTmgヌクレオチド間結合が挙げられる。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等の構造、又はこれらの塩形態を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、5員環のものである。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、6員環のものである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されている5~6員環ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、結合リンに直接的に結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されていないトリアゾリル基(例えば、
)を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されたトリアゾリル基(例えば、
)を含む。
)を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されたトリアゾリル基(例えば、
)を含む。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロシクリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~6員環ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、少なくとも2つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、結合リンに直接的に結合している。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、結合リンにその=N-で直接結合したグアニジン部分の一部であるヘテロシクリル基である場合には、リンカー(例えば=N-)を介して結合リンに結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換された
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
基(式中、各R1は、独立して、-L-Rである)を含む。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、メチルである。
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
基(式中、各R1は、独立して、-L-Rである)を含む。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、メチルである。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、各々が任意選択的に置換されているトリアゾール又はアルキン部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されていないトリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されたトリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、アルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換されたアルキニル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されていないアルキニル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されたアルキニル基を含む。いくつかの実施形態では、アルキニル基は、結合リンに直接的に結合している。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、異なる型のヌクレオチド間リン結合を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然のリン酸結合、及び少なくとも1つの修飾された(非天然)ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然のリン酸結合、及び少なくとも1つのホスホロチオエートを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの天然のリン酸結合、及び少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及び少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、少なくとも1つの天然のリン酸結合、及び少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~20、1~15、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ある特定の数以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、1個以下、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、10個以下、11個以下、12個以下、13個以下、14個以下、15個以下、16個以下、17個以下、18個以下、19個以下、20個以下、21個以下、22個以下、23個以下、24個以下、25個以下、26個以下、27個以下、28個以下、29個以下、又は30個以下の負に荷電していないヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、負に荷電していないヌクレオチド間結合を含まない。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、水溶液中において所与のpHにおいて負電荷塩形態で存在するヌクレオチド間結合が50%、40%、40%、30%、20%、10%、5%、又は1%未満である点で、負に荷電していない。いくつかの実施形態では、pHは、約pH7.4である。いくつかの実施形態では、pHは、約4~9である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、10%未満である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、5%未満である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、1%未満である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ヌクレオチド間結合の中性形態が、水中で約1、2、3、4、5、6、又は7以下のpKaを有しないという点で、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、pKaは、7以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、6以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、5以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、4以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、3以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、2以下ではない。いくつかの実施形態では、pKaは、1以下ではない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合の中性形態のpKaは、CH3-ヌクレオチド間結合-CH3の構造を有する化合物の中性形態のpKaによって表され得る。例えば、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合の中性形態のpKaは、
(式中、X、Y、Zの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(R’)-であり;Lは、LBであり、及びR1は、-L-R’である)の構造を有する化合物の中性形態のpKaによって表され得、
のpKaは、pKa
で表され得る。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ヘテロアリール塩基部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、アルキニル部分を含む。
(式中、X、Y、Zの各々は、独立して、-O-、-S-、-N(R’)-であり;Lは、LBであり、及びR1は、-L-R’である)の構造を有する化合物の中性形態のpKaによって表され得、
のpKaは、pKa
で表され得る。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ヘテロアリール塩基部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、アルキニル部分を含む。
いくつかの実施形態では、中性の又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、各々の中性の又は負に荷電していないヌクレオチド間結合が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号のいずれかで説明されているいずれかの中性の又は負に荷電していないヌクレオチド間結合の構造を有する。
いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、-CH3である。いくつかの実施形態では、各RSは、独立して、-Hである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、上記の負に荷電していないヌクレオチド間結合である。
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、上記の負に荷電していないヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、各々の式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、若しくはII-d-2、又はこれらの塩形態が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、又はII-d-2の1つ又は複数のヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合、及びキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合、及び中性のヌクレオチド間結合ではないキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合、及びキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び1つ又は複数のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合、及び1つ又は複数のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多いキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合、及び1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されていないキラルヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されていない負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む(いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、独立して、n001である)。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御された中性のヌクレオチド間結合、及び1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のキラル制御されていない中性のヌクレオチド間結合を含む(いくつかの実施形態では、これらのそれぞれは、独立して、n001である)。
いずれかの特定の理論に拘束されることを望むものではないが、本開示は、中性のヌクレオチド間結合が、天然のホスフェート結合(PO)より疎水的であり得るホスホロチオエートヌクレオチド間結合(PS)より疎水的であり得ることを認める。通常、PS又はPOと異なり、中性のヌクレオチド間結合は、より少ない電荷を有する。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドへの1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、細胞によって取り込まれ及び/又はエンドソームから逃避するオリゴヌクレオチドの能力を増大させ得ることを認める。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、オリゴヌクレオチドとその標的核酸との間で形成される二重鎖の融解温度を調節するために利用され得ることを認める。
いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドへの1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、中性のヌクレオチド間結合)の組み込みが、標的アデノシン編集等の機能を媒介するオリゴヌクレオチドの能力を増大させ得ることを認める。
当業者によって理解される通り、天然のリン酸結合及び式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2のもの、又はこれらの塩形態等のヌクレオチド間結合は通常、式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2、又はこれらの塩形態の各々が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている通りの2つのヌクレオシド(天然のものであり得るか又は修飾され得る)を連結する。天然のDNA及びRNAの場合のような典型的な連結は、ヌクレオチド間結合が、2つの糖(修飾され得ないか又は本明細書で説明されている通りに修飾され得る)との結合を形成することである。多くの実施形態では、本明細書に例示される通り、ヌクレオチド間結合は、5’炭素で1つの任意選択的に修飾されたリボース又はデオキシリボース、及び3’炭素で他の任意選択的に修飾されたリボース又はデオキシリボースと、酸素原子又はヘテロ原子(例えば、様々な式におけるY及びZ)を介して結合を形成する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合によって連結されるそれぞれのヌクレオシド単位は、独立して、任意選択的に置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G若しくはUの置換された互変異性体、又は少なくとも1つの窒素原子を有する任意選択的に置換されたヘテロシクリル及び/又はヘテロアリール環を含む核酸塩基である核酸塩基を、独立して含む。
いくつかの実施形態では、結合は、-Y-PL(-X-RL)-Z-若しくはその塩形態の構造を有するか、又はそれを含み、式中:
PLは、P、P(=W)、P->B(-LL-RL)3又はPNであり;
Wは、O、N(-LL-RL)、S又はSeであり;
PNは、P=N-C(-LL-R’)(=LN-R’)又はP=N-LL-RLであり;
LNは、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択的に置換される)、又は=N+(R’)(Q-)-LL1-であり;
Q-は、アニオンであり;
X、Y及びZのそれぞれは、独立して、-O-、-S-、-LL-N(-LL-RL)-LL-、-LL-N=C(-LL-RL)-LL-、又はLLであり;
各RLは、独立して、-LL-N(R’)2、-LL-R’、-N=C(-LL-R’)2、-LL-N(R’)C(NR’)N(R’)2、-LL-N(R’)C(O)N(R’)2、炭化水素、又は任意選択的にリンカーを介して連結された1つ若しくは複数の追加的な化学部分であり;
LL1及びLLのそれぞれは、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択的に置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、ここで、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、--C≡C--、1~5個のヘテロ原子を有する二価のC1~6ヘテロ脂肪族基、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(NR’)N(R’)-、-N(R’)C(NR’)N(R’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、-OP(OR’)[B(R’)3]O-、及び-[C(R’)2C(R’)2O]n-(式中、nは、1~50である)から選択される任意選択的に置換された基で置き換えられており、且つ1つ又は複数の窒素又は炭素原子は、任意選択的に且つ独立して、CyLにで置き換えられており;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価の3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環であり;
各CyLは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された三価又は四価の3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)N(R)2、-C(O)OR、又は-S(O)2Rであり、
各Rは、独立して、-H、若しくはC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基であるか、又は
2つのR基は、任意選択的に且つ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同一原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、その原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、若しくは多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子をこれらの介在原子に加えて有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環を形成する。
PLは、P、P(=W)、P->B(-LL-RL)3又はPNであり;
Wは、O、N(-LL-RL)、S又はSeであり;
PNは、P=N-C(-LL-R’)(=LN-R’)又はP=N-LL-RLであり;
LNは、=N-LL1-、=CH-LL1-(式中、CHは、任意選択的に置換される)、又は=N+(R’)(Q-)-LL1-であり;
Q-は、アニオンであり;
X、Y及びZのそれぞれは、独立して、-O-、-S-、-LL-N(-LL-RL)-LL-、-LL-N=C(-LL-RL)-LL-、又はLLであり;
各RLは、独立して、-LL-N(R’)2、-LL-R’、-N=C(-LL-R’)2、-LL-N(R’)C(NR’)N(R’)2、-LL-N(R’)C(O)N(R’)2、炭化水素、又は任意選択的にリンカーを介して連結された1つ若しくは複数の追加的な化学部分であり;
LL1及びLLのそれぞれは、独立して、Lであり;
-CyIL-は、-Cy-であり;
各Lは、独立して、共有結合、又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択的に置換された直鎖状若しくは分岐状基であり、ここで、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、--C≡C--、1~5個のヘテロ原子を有する二価のC1~6ヘテロ脂肪族基、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(NR’)N(R’)-、-N(R’)C(NR’)N(R’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、-OP(OR’)[B(R’)3]O-、及び-[C(R’)2C(R’)2O]n-(式中、nは、1~50である)から選択される任意選択的に置換された基で置き換えられており、且つ1つ又は複数の窒素又は炭素原子は、任意選択的に且つ独立して、CyLにで置き換えられており;
各-Cy-は、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価の3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環であり;
各CyLは、独立して、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された三価又は四価の3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)N(R)2、-C(O)OR、又は-S(O)2Rであり、
各Rは、独立して、-H、若しくはC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基であるか、又は
2つのR基は、任意選択的に且つ独立して、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同一原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、その原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子をその原子に加えて有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、若しくは多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子をこれらの介在原子に加えて有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環を形成する。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-PL(-X-RL)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-X-RL)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N(-LL-RL)-RL]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-NH-LL-RL)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N(R’)2]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-NHR’)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)(-NHSO2R)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=O)(-NHSO2CH3)-O-である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N=C(-LL-R’)2]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-O-P(=W)[-N=C[N(R’)2]2]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N=C(R”)2)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N(R”)2)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-PL(-X-RL)-Z-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-PL(-X-RL)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-X-RL)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N(-LL-RL)-RL]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-NH-LL-RL)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N(R’)2]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-NHR’)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-NHSO2R)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHSO2CH3)-O-である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N=C(-LL-R’)2]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)[-N=C[N(R’)2]2]-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-N=C(R”)2)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=W)(-N(R”)2)-O-(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合のPは、糖のNに結合している。
いくつかの実施形態では、結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、結合は、チオ-ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、本明細書で説明されている通りの部分と置き換えられる。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-SO2-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-SO2N(R’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-C(O)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-C(O)O-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-C(O)N(R’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(=W)(R’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(=O)(R’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(=S)(R’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(R’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(=W)(OR’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(=O)(OR’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(=S)(OR’)-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、L又はLLは、-P(OR’)-であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)SO2RLである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)C(O)RLである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)P(=O)(R’)RLである。
いくつかの実施形態では、結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合)は、-P(=W)(-N=C(R”)2)-、-P(=W)(-N(R’)SO2R”)-、-P(=W)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(=W)(-N(R”)2)-、-P(=W)(-N(R’)P(O)(R”)2)-、-OP(=W)(-N=C(R”)2)O-、-OP(=W)(-N(R’)SO2R”)O-、-OP(=W)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(=W)(-N(R”)2)O-、-OP(=W)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、-P(=W)(-N=C(R”)2)O-、-P(=W)(-N(R’)SO2R”)O-、-P(=W)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(=W)(-N(R”)2)O-、若しくは-P(=W)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、又はこれらの塩形態(式中、
Wは、O又はSであり;
各R”は、独立して、R’、-OR’、-P(=W)(R’)2、又は-N(R’)2であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)N(R)2、-C(O)OR、又は-S(O)2Rであり;
各Rは、独立して、-H、若しくはC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基であるか、又は
2つのR基は、任意選択的に且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、この原子と合わせて、この原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、若しくは多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子をこの介在原子に加えて有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環を形成する)の構造を有するか、又はこれらを含む。
Wは、O又はSであり;
各R”は、独立して、R’、-OR’、-P(=W)(R’)2、又は-N(R’)2であり;
各R’は、独立して、-R、-C(O)R、-C(O)N(R)2、-C(O)OR、又は-S(O)2Rであり;
各Rは、独立して、-H、若しくはC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員ヘテロアリール、及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員ヘテロシクリルから選択される任意選択的に置換された基であるか、又は
2つのR基は、任意選択的に且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は:
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、この原子と合わせて、この原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、若しくは多環式の環を形成するか;又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、0~10個のヘテロ原子をこの介在原子に加えて有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式の環を形成する)の構造を有するか、又はこれらを含む。
いくつかの実施形態では、WはOである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N=C(R”)2)-、-P(=O)(-N(R’)SO2R”)-、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(=O)(-N(R”)2)-、-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)-、-OP(=O)(-N=C(R”)2)O-、-OP(=O)(-N(R’)SO2R”)O-、-OP(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(=O)(-N(R”)2)O-、-OP(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、-P(=O)(-N=C(R”)2)O-、-P(=O)(-N(R’)SO2R”)O-、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(=O)(-N(R”)2)O-、若しくは-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-の構造、又はこれらの塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N=C(R”)2)-、-P(=O)(-N(R”)2)-、-OP(=O)(-N=C(R”)2)-O-、-OP(=O)(-N(R”)2)-O-、-P(=O)(-N=C(R”)2)-O-、若しくは-P(=O)(-N(R”)2)-O-の構造、又はこれらの塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C(R”)2)-O-、若しくは-OP(=O)(-N(R”)2)-O-の構造、又はこれらの塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C(R”)2)-O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R”)2)-O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)SO2R”)O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、n001である。
いくつかの実施形態では、WはSである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N=C(R”)2)-、-P(=S)(-N(R’)SO2R”)-、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(=S)(-N(R”)2)-、-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)-、-OP(=S)(-N=C(R”)2)O-、-OP(=S)(-N(R’)SO2R”)O-、-OP(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(=S)(-N(R”)2)O-、-OP(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、-P(=S)(-N=C(R”)2)O-、-P(=S)(-N(R’)SO2R”)O-、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(=S)(-N(R”)2)O-、若しくは-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N=C(R”)2)-、-P(=S)(-N(R”)2)-、-OP(=S)(-N=C(R”)2)-O-、-OP(=S)(-N(R”)2)-O-、-P(=S)(-N=C(R”)2)-O-、若しくは-P(=S)(-N(R”)2)-O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N=C(R”)2)-O-、若しくは-OP(=S)(-N(R”)2)-O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N=C(R”)2)-O-の構造、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R”)2)-O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)SO2R”)O-の構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-の構造、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-の構造、又はその塩形態の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、*n001である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)SO2R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)SO2R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)SO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)SO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)SO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)SO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、例えば、-N(R’)-のR’は、水素、又は任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、水素である。いくつかの実施形態では、例えば、-SO2R”中のR”は、本明細書で説明されているR’である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHSO2R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHSO2R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHSO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHSO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHSO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-NHSO2R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)SO2RL(式中、R’及びRLのそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、R”である。いくつかの実施形態では、RLは、R’である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)SO2R”(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)SO2R’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHSO2R’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、例えば、-SO2R”中のR”は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルケニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHSO2CH3である。いくつかの実施形態では、Rは、-CF3である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CHF2である。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CH2OCH3である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、n-ブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-(CH2)6NH2である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C2~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、p-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、4-ジメチルアミノフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、3-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、
である。いくつかの実施形態では、Rは、
である。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rはイソプロピルである。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、R”は-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、例えば、-SO2R”中のR”は、-OR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCH3である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2R)O-(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された直鎖アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書で説明されている通りの直鎖アルキルである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2CH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2CH2OCH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2Ph)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2CHF2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2(4-メチルフェニル))O-である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-X-RL)O-(式中、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH(CH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2N(CH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、n002である。いくつかの実施形態では、結合は、n006である。いくつかの実施形態では、結合は、n020である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合を、n001の様な結合の代わりに利用し得る。
である。いくつかの実施形態では、Rは、
である。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rはイソプロピルである。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、R”は-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、例えば、-SO2R”中のR”は、-OR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCH3である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2R)O-(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された直鎖アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、本明細書で説明されている通りの直鎖アルキルである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2CH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2CH2OCH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2Ph)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH2CHF2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2(4-メチルフェニル))O-である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-X-RL)O-(式中、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2CH(CH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(=O)(-NHSO2N(CH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、n002である。いくつかの実施形態では、結合は、n006である。いくつかの実施形態では、結合は、n020である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合を、n001の様な結合の代わりに利用し得る。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)C(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、例えば、-N(R’)-のR’は、水素、又は任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、水素である。いくつかの実施形態では、例えば、-C(O)R”のR”は、本明細書で説明されている通りのR’である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHC(O)R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHC(O)R”)-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-NHC(O)R”)O-(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)CORL(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)COR”(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)COR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHCOR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、例えば、-C(O)R”のR”は、R’である。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルケニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキニルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHC(O)CH3である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CF3である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CHF2である。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CH2OCH3である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20等の)脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20等の)アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C2~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、p-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2)5NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)CON(RL)2(式中、R’及びRLの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHCON(RL)2(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、2つのR’又は2つのRLを、それらが結合する窒素原子と合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成し、例えば、任意選択的に置換された
を形成する。いくつかの実施形態では、例えば、-C(O)R”中のR”は、-OR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCH3である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)C(O)ORL(式中、R’及びRLの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、Rは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHC(O)OCH3である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHC(O)N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)CH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)OCH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)(p-メチルフェニル))O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)N(CH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)RL(式中、R’及びRLの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)RL(式中、R’及びRLの各々は、独立して、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHRL(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、水素でない。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたアリール又はヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHR(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、RL(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-NHR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-NHR(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2中のR’は、いずれも水素ではない。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-L-R’(式中、L及びR’の各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-L-R(式中、L及びRの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-N(R’)-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-C(O)-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-O-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-SO2-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-SO2-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-C(O)-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-OP(O)(R”)2である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された二価アリール基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、RLは、-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(i-Pr)2である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-RLである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、RLである。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-O-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-SO2-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)-SO2-R’である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、RLは、
である。
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)CON(RL)2(式中、R’及びRLの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHCON(RL)2(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、2つのR’又は2つのRLを、それらが結合する窒素原子と合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成し、例えば、任意選択的に置換された
を形成する。いくつかの実施形態では、例えば、-C(O)R”中のR”は、-OR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R”は、-OCH3である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)C(O)ORL(式中、R’及びRLの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、Rは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHC(O)OCH3である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHC(O)N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)CH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)OCH3)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)(p-メチルフェニル))O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHC(O)N(CH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)RL(式中、R’及びRLの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)RL(式中、R’及びRLの各々は、独立して、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHRL(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、水素でない。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたアリール又はヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-NHR(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、RL(式中、RLは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-NHR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-NHR(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2中のR’は、いずれも水素ではない。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)2(式中、各R’は、独立して、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-L-R’(式中、L及びR’の各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-L-R(式中、L及びRの各々は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-N(R’)-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-C(O)-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-O-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-SO2-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-SO2-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-C(O)-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-Cy-OP(O)(R”)2である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された二価アリール基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、RLは、-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(i-Pr)2である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-RLである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、RLである。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-O-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-R’である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-SO2-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、RLは、-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)-SO2-R’である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、RLは、
である。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、L、又はLを含むか若しくはLである可変要素の1つ又は複数のメチレン単位は、独立して、-O-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(O)N(R’)-、-SO2-、-SO2N(R’)-、又は-Cy-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、メチレン単位は、-Cy-で置き換えられている。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された二価アリール基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された1,4-フェニレンである。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された二価の5~20(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)員ヘテロアリール基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、単環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、二環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、多環式である。いくつかの実施形態では、-Cy-における各単環単位は、独立して、3~10(例えば、3、4、5、6、7、8、9、又は10)員であり、且つ独立して、飽和、部分飽和、又は芳香族である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、任意選択的に置換された3~20(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)員の単環式、二環式、又は多環式の脂肪族基である。いくつかの実施形態では、-Cy-は、1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)員の単環式、二環式、又は多環式のヘテロ脂肪族基である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R’(例えば、-N(R’)-の)は、水素、又は任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R’は、水素である。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-P(O)(R”)2における)は、本明細書で説明されている通りのR’である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHP(O)(R”)2)-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHP(O)(R”)2)-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=O)(-NHP(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-P(=S)(-NHP(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHP(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-OP(=S)(-NHP(O)(R”)2)O-(式中、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R”(例えば、-P(O)(R”)2における)の存在は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、及びヘテロアリールから選択される任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルケニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキニルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CF3である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CHF2である。いくつかの実施形態では、Rは、-CH2CH2OCH3である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20等の)脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20(例えば、C1~6、C2~6、C3~6、C1~10、C2~10、C3~10、C2~20、C3~20、C10~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20等の)アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C2~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C2~20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された直鎖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、直鎖C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、又はC20アルキルである。いくつかの実施形態では、各R”は、独立して、本明細書で説明されている通りのRであり、例えば、いくつかの実施形態では、各R”はメチルである。いくつかの実施形態では、R”は、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、p-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1,3-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された1-メチル-2-(1,3)-ジアゾリルである。いくつかの実施形態では、例えば、R”の存在は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、R”は-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、例えば、-P(O)(R”)2のR”の存在は、-OR’(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R”は-OCH3である。いくつかの実施形態では、各R”は、本明細書で説明されている通りの-OR’である。いくつかの実施形態では、各R”は、-OCH3である。いくつかの実施形態では、各R”は、-OHである。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHP(O)(OH)2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHP(O)(OCH3)2)O-である。いくつかの実施形態では、結合は、-OP(O)(NHP(O)(CH3)2)O-である。
いくつかの実施形態では、-N(R”)2は、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、-N(R”)2は、-NHRである。いくつかの実施形態では、-N(R”)2は、-NHC(O)Rである。いくつかの実施形態では、-N(R”)2は、-NHC(O)ORである。いくつかの実施形態では、-N(R”)2は、-NHS(O)2Rである。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの-X-RLを含む。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(-LL-RL)2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(RL)2]2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[NR’RL]2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(R’)2]2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(RL)2](CHRL1RL2)(式中、RL1及びRL2のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL)(CHRL1RL2)(式中、RL1及びRL2のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)(式中、RL1及びRL2のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(R’)2](CHR’RL2)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(RL)2](RL)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL)(RL)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL)(R’)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(R’)2](R’)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)(式中、各RL1及びRL2は、独立して、RLであり、各R’及びRLは、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)(式中、可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL1)(CHR’RL2)(式中、可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(NR’RL1)(R’)(式中、可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、R’、RL、RL1、RL2等から選択される2つの基(いくつかの実施形態では、同じ原子上(例えば、-N(R’)2、又は-NR’RL、又は-N(RL)2(式中、R’及びRLは、独立して、本明細書で説明されている通りのRであり得る)等)、又は異なる原子上(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等における2つのR’)は、R、例えば、RL、RL1、RL2等であり得る2つの他の可変要素でもあり得る))は、独立して、Rであり、それらの介在原子と合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上のR、R’、RL、RL1、又はRL2(例えば、-N(R’)2、-N(RL)2、-NR’RL、-NR’RL1、-NR’RL2、-CR’RL1RL2等)のうちの2つは、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、2つの異なる原子上の2つのR’、RL、RL1、又はRL2(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等における2つのR’)は、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、0~5個の追加のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20(例えば、3~15、3~12、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、4~15、4~12、4~10、4~9、4~8、4~7、4~6、5~15、5~12、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20等)単環式、二環式、又は三環式の環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、本明細書で説明されている通りの単環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択的に置換された5~10員単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成された環は、多環式である。いくつかの実施形態では、Rであるか又はRであり得る2つの基(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)の2つのR’、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等の2つのR’)は、合せて、任意選択的に置換された二価の炭化水素鎖を形成し、例えば、任意選択的に置換されたC1~20脂肪族鎖、任意選択的に置換された-(CH2)n-(式中、nは、1~20(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20)である)を形成する。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、飽和である。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、部分的に不飽和である。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、不飽和である。いくつかの実施形態では、Rであるか又はRであり得る2つの基(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)の2つのR’、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等の2つのR’は、合せて、任意選択的に置換された二価のヘテロ脂肪族鎖を形成し、例えば、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択的に置換されたC1~20ヘテロ脂肪族鎖を形成する。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、部分的に不飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、不飽和である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)2-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)2-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)3-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)4-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)5-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)6-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-CH=CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、異なる原子上のR、R’、RL、RL1、RL2等のうちの2つは、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。例えば、いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2、-N(R)2、-N(RL)2、-NR’RL、-NR’RL1、-NR’RL2、-NRL1RL2等は、形成された環である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。
である。いくつかの実施形態では、R’、RL、RL1、RL2等から選択される2つの基(いくつかの実施形態では、同じ原子上(例えば、-N(R’)2、又は-NR’RL、又は-N(RL)2(式中、R’及びRLは、独立して、本明細書で説明されている通りのRであり得る)等)、又は異なる原子上(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等における2つのR’)は、R、例えば、RL、RL1、RL2等であり得る2つの他の可変要素でもあり得る))は、独立して、Rであり、それらの介在原子と合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上のR、R’、RL、RL1、又はRL2(例えば、-N(R’)2、-N(RL)2、-NR’RL、-NR’RL1、-NR’RL2、-CR’RL1RL2等)のうちの2つは、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、2つの異なる原子上の2つのR’、RL、RL1、又はRL2(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等における2つのR’)は、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、0~5個の追加のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20(例えば、3~15、3~12、3~10、3~9、3~8、3~7、3~6、4~15、4~12、4~10、4~9、4~8、4~7、4~6、5~15、5~12、5~10、5~9、5~8、5~7、5~6、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20等)単環式、二環式、又は三環式の環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、本明細書で説明されている通りの単環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、任意選択的に置換された5~10員単環式環である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成された環は、多環式である。いくつかの実施形態では、Rであるか又はRであり得る2つの基(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)の2つのR’、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等の2つのR’)は、合せて、任意選択的に置換された二価の炭化水素鎖を形成し、例えば、任意選択的に置換されたC1~20脂肪族鎖、任意選択的に置換された-(CH2)n-(式中、nは、1~20(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20)である)を形成する。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、飽和である。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、部分的に不飽和である。いくつかの実施形態では、炭化水素鎖は、不飽和である。いくつかの実施形態では、Rであるか又はRであり得る2つの基(例えば、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)又は-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)の2つのR’、-N=C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N=C(NR’RL1)(NR’RL2)等の2つのR’は、合せて、任意選択的に置換された二価のヘテロ脂肪族鎖を形成し、例えば、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択的に置換されたC1~20ヘテロ脂肪族鎖を形成する。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、部分的に不飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族鎖は、不飽和である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)2-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)2-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)3-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)4-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)5-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-(CH2)6-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された-CH=CH-である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、鎖は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、異なる原子上のR、R’、RL、RL1、RL2等のうちの2つは、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成する。例えば、いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2、-N(R)2、-N(RL)2、-NR’RL、-NR’RL1、-NR’RL2、-NRL1RL2等は、形成された環である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、環は、任意選択的に置換された
である。
いくつかの実施形態では、RL1及びRL2は、同じである。いくつかの実施形態では、RL1及びRL2は、異なる。いくつかの実施形態では、RL1及びRL2の各々は、独立して、本明細書(例えば、下記)で説明されている通りのRLである。
いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたC1~30脂肪族である。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたC1~30アルキルである。いくつかの実施形態では、RLは、直鎖である。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換された直鎖C1~30アルキルである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RLは、メチルである。いくつかの実施形態では、RLは、エチルである。いくつかの実施形態では、RLは、n-プロピルである。いくつかの実施形態では、RLは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、RLは、n-ブチルである。いくつかの実施形態では、RLは、tert-ブチルである。いくつかの実施形態では、RLは、(E)-CH2-CH=CH-CH2-CH3である。いくつかの実施形態では、RLは、(Z)-CH2-CH=CH-CH2-CH3である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、CH3(CH2)2C≡CC≡C(CH2)3-である。いくつかの実施形態では、RLは、CH3(CH2)5C≡C-である。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、1つ又は複数のハロゲンによって置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、ハロゲン、-N(R’)、又は-N(R’)C(O)R’によって任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、-Cl、-Br、-F、-N(Me)2、又は-NHCOCH3によって任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、-LL-R’(式中、LLは、任意選択的に置換されたC1~20飽和、部分的に不飽和、又は不飽和の炭化水素鎖である)である。いくつかの実施形態では、そのような炭化水素鎖は、直鎖である。いくつかの実施形態では、そのような炭化水素鎖は、未置換である。いくつかの実施形態では、LLは、(E)-CH2-CH=CH-である。いくつかの実施形態では、LLは、-CH2-C≡C-CH2-である。いくつかの実施形態では、LLは、-(CH2)3-である。いくつかの実施形態では、LLは、-(CH2)4-である。いくつかの実施形態では、LLは、-(CH2)n-(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、2’-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、R’は、3’-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、-LL-N(R’)2(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2は、-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2は、-NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2)n-N(R’)2(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2-N(R’)2(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2)n-NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2-NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2-R’(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2CH3(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2OH(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、炭水化物部分(例えば、GalNAc)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RLは、-LL-GalNAcである。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、LLの1つ又は複数のメチレン単位は、独立して、-Cy-(例えば、任意選択的に置換された1,4-フェニレン、3~30員の二価の任意選択的に置換された単環式、二環式、又は多環式の脂環式環等)、-O-、-N(R’)-(例えば、-NH)、-C(O)-、-C(O)N(R’)-(例えば、-C(O)NH-)、-C(NR’)-(例えば、-C(NH)-)、-N(R’)C(O)(N(R’)-(例えば、-NHC(O)NH-)、-N(R’)C(NR’)(N(R’)-(例えば、-NHC(NH)NH-)、-(CH2CH2O)n-等で置き換えられている。例えば、いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、RLは、リンカー(二価又は多価であり得る)を介して連結される任意選択的に置換された1つ又は複数の追加の化学的部分(例えば、炭水化物部分、GalNAc部分等)であるか、又はそれを含む。例えば、いくつかの実施形態では、RLは、
(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、RLは、
(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、RLは、本明細書で説明されている通りのR’である。本明細書で説明されている通り、多くの可変要素は、独立して、R’であり得る。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。本明細書で説明されている通り、様々な可変要素は、独立して、Rであり得る。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、例えば、その1個が窒素である、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~20ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、CH3(CH2)2C≡CC≡C(CH2)3-である。いくつかの実施形態では、RLは、CH3(CH2)5C≡C-である。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RLは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、1つ又は複数のハロゲンによって置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、ハロゲン、-N(R’)、又は-N(R’)C(O)R’によって任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、-Cl、-Br、-F、-N(Me)2、又は-NHCOCH3によって任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RLは、-LL-R’(式中、LLは、任意選択的に置換されたC1~20飽和、部分的に不飽和、又は不飽和の炭化水素鎖である)である。いくつかの実施形態では、そのような炭化水素鎖は、直鎖である。いくつかの実施形態では、そのような炭化水素鎖は、未置換である。いくつかの実施形態では、LLは、(E)-CH2-CH=CH-である。いくつかの実施形態では、LLは、-CH2-C≡C-CH2-である。いくつかの実施形態では、LLは、-(CH2)3-である。いくつかの実施形態では、LLは、-(CH2)4-である。いくつかの実施形態では、LLは、-(CH2)n-(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、R’は、2’-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、R’は、3’-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、-LL-N(R’)2(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、本明細書で説明されている通りのC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2は、-N(CH3)2である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2は、-NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2)n-N(R’)2(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2-N(R’)2(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2)n-NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2-NH2である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2-R’(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2CH3(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、-(CH2CH2O)n-CH2CH2OH(式中、nは、1~30(例えば、1~20、5~30、6~30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30等)である)である。いくつかの実施形態では、RLは、炭水化物部分(例えば、GalNAc)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RLは、-LL-GalNAcである。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、LLの1つ又は複数のメチレン単位は、独立して、-Cy-(例えば、任意選択的に置換された1,4-フェニレン、3~30員の二価の任意選択的に置換された単環式、二環式、又は多環式の脂環式環等)、-O-、-N(R’)-(例えば、-NH)、-C(O)-、-C(O)N(R’)-(例えば、-C(O)NH-)、-C(NR’)-(例えば、-C(NH)-)、-N(R’)C(O)(N(R’)-(例えば、-NHC(O)NH-)、-N(R’)C(NR’)(N(R’)-(例えば、-NHC(NH)NH-)、-(CH2CH2O)n-等で置き換えられている。例えば、いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
である。いくつかの実施形態では、RLは、
(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、RLは、リンカー(二価又は多価であり得る)を介して連結される任意選択的に置換された1つ又は複数の追加の化学的部分(例えば、炭水化物部分、GalNAc部分等)であるか、又はそれを含む。例えば、いくつかの実施形態では、RLは、
(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、RLは、
(式中、nは、0~20である)である。いくつかの実施形態では、RLは、本明細書で説明されている通りのR’である。本明細書で説明されている通り、多くの可変要素は、独立して、R’であり得る。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。本明細書で説明されている通り、様々な可変要素は、独立して、Rであり得る。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、例えば、その1個が窒素である、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~20ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
から選択される。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
(式中、nは、1~20である)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
から選択される。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。
いくつかの実施形態では、RLは、本明細書で説明されている通りのR”である。いくつかの実施形態では、RLは、本明細書で説明されている通りのRである。
いくつかの実施形態では、R”又はRLは、追加の化学的部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R”又はRLは、追加の化学的部分であるか、又はそれを含み、この追加の化学的部分は、炭水化物部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R”又はRLは、GalNAcであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、RL又はR”は、追加の化学的部分と置き換えられるか、又はそれに連結するために利用される。
いくつかの実施形態では、Xは、-O-である。いくつかの実施形態では、Xは、-S-である。いくつかの実施形態では、Xは、-LL-N(-LL-RL)-LL-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N(-LL-RL)-LL-である。いくつかの実施形態では、Xは、-LL-N(-LL-RL)-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N(-LL-RL)-である。いくつかの実施形態では、Xは、-LL-N=C(-LL-RL)-LL-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N=C(-LL-RL)-LL-である。いくつかの実施形態では、Xは、-LL-N=C(-LL-RL)-である。いくつかの実施形態では、Xは、-N=C(-LL-RL)-である。いくつかの実施形態では、Xは、LLである。いくつかの実施形態では、Xは、共有結合である。
いくつかの実施形態では、Yは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Yは、-O-である。いくつかの実施形態では、Yは、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、Zは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Zは、-O-である。いくつかの実施形態では、Zは、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、プロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。
本明細書で説明されている通り、本開示の構造中の様々な可変要素は、Rであり得るか、又はRを含み得る。Rについての適切な実施形態は、本開示において広範に説明されている。当業者に理解されるように、Rであり得る可変要素について説明されたRの実施形態は、Rであり得る別の可変要素にも適用され得る。同様に、可変要素に関する成分/部分(例えば、L)について説明された実施形態は、その成分/部分であり得るか又はそれを含み得る他の可変要素にも適用され得る。
いくつかの実施形態では、R”はR’である。いくつかの実施形態では、R”は、-N(R’)2である。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、-SHである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-OHである。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N(R’)2である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、メチルである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-N=C((N(R’)2)2-O-の構造を有する。いくつかの実施形態では、一方のN(R’)2のR’基は、Rであり、他方のN(R’)2のR’基は、Rであり、及びこれら2つのR基は、それらの介在する原子と一緒になって、任意選択的に置換された環(例えば、n001におけるような5員環)を形成している。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rであり、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(-LL-R’)2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(-LL1-LL2-LL3-R’)2(式中、各LL1、LL2、及びLL3は、独立してL”であり、各L”は、独立して、共有結合、又はC1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択的に置換された直線状若しくは分岐状の基であり、1つ若しくは複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、--C≡C--、1~5個のヘテロ原子を有する二価C1~C6ヘテロ脂肪族基、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)3]O-から選択される任意選択的に置換された基により置き換えられ、1つ又は複数の窒素又は炭素原子は、任意選択的に且つ独立して、CyLで置き換えられる。いくつかの実施形態では、LL2は、-Cy-である。いくつかの実施形態では、LL1は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LL3は、共有結合である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C(-LL1-Cy-LL3-R’)2である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。
いくつかの実施形態では、本開示において利用される通り、Lは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択的に置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、--C≡C--、1~5個のヘテロ原子を有する二価C1~C6ヘテロ脂肪族基、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)3]O-から選択される任意選択的に置換された基により置き換えられ、1つ又は複数の窒素又は炭素原子は、任意選択的に且つ独立して、CyLで置き換えられている。いくつかの実施形態では、Lは、C1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択的に置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、--C≡C--、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)3]O-から選択される任意選択的に置換された基により置き換えられ、且つ1つ又は複数の窒素又は炭素原子は、任意選択的に且つ独立して、CyLで置き換えられている。いくつかの実施形態では、Lは、C1~10脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される二価の任意選択的に置換された直鎖状又は分岐状基であり、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、--C≡C--、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、又は-OP(OR’)[B(R’)3]O-から選択される任意選択的に置換された基により置き換えられ、且つ1つ又は複数の窒素又は炭素原子は、任意選択的に且つ独立して、CyLで置き換えられている。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択的に且つ独立して、--C≡C--、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、又は-C(O)O-から選択される任意選択的に置換された基により置き換えられている。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、-N=C[N(R’)2]2である。いくつかの実施形態では、各R’は、独立して、Rである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、窒素原子上の一方のR’は、他方の窒素上のR’と合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成している。
である。いくつかの実施形態では、窒素原子上の一方のR’は、他方の窒素上のR’と合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成している。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、
(式中、R1及びR2は、独立して、R’である)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、同じ窒素上の2つのR’は、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成している。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。
(式中、R1及びR2は、独立して、R’である)である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、同じ窒素上の2つのR’は、合わせて、本明細書で説明されている通りの環を形成している。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。いくつかの実施形態では、-X-RLは、
である。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、Rは、水素ではない。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、-X-RLは、下記の表から選択される。いくつかの実施形態では、Xは、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、RLは、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、結合は、-Y-PL(-X-RL)-Z-(式中、-X-RLは、下記の表から選択され、及びそれぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-P(O)(-X-RL)-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(S)(-X-RL)-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(-X-RL)-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(O)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(S)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-P(O)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-P(S)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-P(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、Pは、窒素原子(例えば、sm01、sm18等における窒素原子)に結合している。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(O)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(S)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有するか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(O)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(S)(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、結合は、-O-P(-X-RL)-O-(式中、-X-RLは、下記の表から選択される)の構造を有する。いくつかの実施形態では、下記の表中、nは、0~20であるか、又は本明細書で説明されている通りである。当業者が理解する通り、結合は、塩形態で存在する場合がある。
表L-1.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
式中、各RLSは、独立して、Rsである。いくつかの実施形態では、各RLSは、独立して、-Cl、-Br、-F、-N(Me)2、又は-NHCOCH3である。
表L-2.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-3.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-4.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-5.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-6.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-1.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
式中、各RLSは、独立して、Rsである。いくつかの実施形態では、各RLSは、独立して、-Cl、-Br、-F、-N(Me)2、又は-NHCOCH3である。
表L-2.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-3.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-4.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-5.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
表L-6.結合リンに結合しているある特定の有用な部分(例えば、-X-RL)。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合)は、-LL1-CyIL-LL2-の構造を有する。いくつかの実施形態では、LL1は、糖の3’-炭素に結合している。いくつかの実施形態では、LL2は、糖の5’-炭素に結合している。いくつかの実施形態では、LL1は、-O-CH2-である。いくつかの実施形態では、LL2は、共有結合である。いくつかの実施形態では、LL2は、-N(R’)-である。いくつかの実施形態では、LL2は、-NH-である。いくつかの実施形態では、LL2は、糖の5’-炭素に結合しており、5’-炭素は、=Oで置換されている。いくつかの実施形態では、CyILは、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~10員の飽和、部分不飽和、又は芳香環である。いくつかの実施形態では、CyILは、任意選択的に置換されたトリアゾール環である。いくつかの実施形態では、CyILは、
である。いくつかの実施形態では、結合は、
である。
である。いくつかの実施形態では、結合は、
である。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、-OP(=W)(-N(R’)2)-O-の構造を有する。
いくつかの実施形態では、R’は、Rである。いくつかの実施形態では、R’は、Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)ORである。いくつかの実施形態では、R’は、-S(O)2Rである。
いくつかの実施形態では、R”は、-NHR’である。いくつかの実施形態では、-N(R’)2は、-NHR’である。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、Rは、Hである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、エチルである。いくつかの実施形態では、Rは、置換されたエチルである。
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、任意選択的に置換されたトリアゾリルを含む。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたトリアゾリルであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)は、任意選択的に置換されたアルキニルを含む。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたアルキニルである。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換された三重結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含む。いくつかの実施形態では、R’は、任意選択的に置換されたトリアゾール又はアルキン部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分(例えば、トリアゾリル基)は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分)例えば、トリアゾリル基)は、置換されている。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分は、置換されない。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換されたグアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換された環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、R’、RL、又は-X-RLは、任意選択的に置換されたグアニジン部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R’、RL、又は-X-RLは、任意選択的に置換された環式グアニジン部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、R’、RL、又は-X-RLは、任意選択的に置換された環式グアニジン部分を含み、ヌクレオチド間結合は、
の構造を有し、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
の構造を有し、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、Wは、Oである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分(例えば、任意選択的に置換されたトリアゾリル基)を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合)は、環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、環式グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、
(式中、Wは、O又はSである)から選択される構造であるか、又はそれを含む。
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合)は、環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、環式グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、
(式中、Wは、O又はSである)から選択される構造であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基
を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基を含み、且つ
(「Tmgヌクレオチド間結合」)の構造を有する。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合として、PNA及びPMOのヌクレオチド間結合、並びにTmgヌクレオチド間結合が挙げられる。
を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Tmg基を含み、且つ
(「Tmgヌクレオチド間結合」)の構造を有する。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合として、PNA及びPMOのヌクレオチド間結合、並びにTmgヌクレオチド間結合が挙げられる。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員のヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20員のヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、5員環のものである。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、6員環のものである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~6員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリール基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、結合リンに直接的に結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロシクリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~6員環ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも1つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、少なくとも2つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、結合リンに直接的に結合している。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、ヘテロシクリル基が、結合リンに=N-で直接結合したグアニジン部分の一部である場合には、リンカー(例えば=N-)を介して結合リンに結合している。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択的に置換された
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
基を含む。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、メチルである。
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
基を含む。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、各R1は、独立して、メチルである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、中性のヌクレオチド間結合)は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されており、その結合リンは、Rpである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されており、その結合リンは、Spである。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、結合リンを含まない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間連結は、-C(O)-(O)-又は-C(O)-N(R’)-(式中、R’は本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-C(O)-(O)-の構造を有する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、-C(O)-N(R’)-(式中、R’は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。様々な実施形態では、-C(O)-は、窒素に結合している。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、カルバメート部分の一部である-C(O)-O-であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間連結は、尿素部分の一部である-C(O)-O-であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1~20、1~15、1~10、1~5個、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、若しくはより多くの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1~20、1~15、1~10、1~5個、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、若しくはより多くの中性のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び/又は中性のヌクレオチド間結合のそれぞれは、任意選択的に且つ独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の各負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の各中性のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合/中性のヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、その結合リンがRp配置である少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合、及びその結合リンがSp配置である少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。
の構造を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、その結合リンがRp配置である少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合、及びその結合リンがSp配置である少なくとも1つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。
多くの実施形態では、広範に実証される通り、本開示のオリゴヌクレオチドは、2つ以上の異なるヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及び負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001、
、又はn013である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、各キラル修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されていない。
、又はn013である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、各キラル修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されていない。
天然のDNA及びRNAの場合のような典型的な連結は、ヌクレオチド間結合が、2つの糖(修飾され得ないか又は本明細書で説明されている通りに修飾され得る)との結合を形成することである。多くの実施形態では、本明細書で例示されるように、ヌクレオチド間結合は、その5’炭素で1つの任意選択的に修飾されたリボース又はデオキシリボース、及びその3’炭素で他の任意選択的に修飾されたリボース又はデオキシリボースと、その酸素原子又はヘテロ原子を介する結合を形成する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、リボース糖ではない糖(例えば、N環原子を含む糖、及び本明細書で説明されている非環状糖)を連結している。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合によって連結された各ヌクレオシド単位は、独立して、任意選択的に置換されたA、T、C、G、若しくはU、又はA、T、C、G、若しくはUの任意選択的に置換された互変異性である核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9598458号、同第9982257号、同第10160969号、同第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、同第2018/0216107号、同第2019/0127733号、同第10450568号、同第2019/0077817号、同第2019/0249173号、同第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、及び/又は同第2019/032612号で説明されているような修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、式I、I-a、I-b、又はI-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2の構造を有する修飾されたヌクレオチド間結合、又はこれらの塩形態)を含み、これらのそれぞれのヌクレオチド間結合(例えば、式I、I-a、I-b、又はI-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2のもの等)は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合(例えば、式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2のもの等)は、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9598458号、同第9982257号、同第10160969号、同第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、同第2018/0216107号、同第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、同第2019/0249173号、同第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、及び/又は同第2019/032612号で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、国際公開第2018/223056号、同第2019/032607号、同第2019/075357号、同第2019/032607号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、及び/又は同第2019/032612号で説明されている式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2のもの等であり、そのようなそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で説明されている通り、様々な可変要素は、R(例えば、R’、RL等)であり得る。Rに関する様々な実施形態が、本開示で説明されている(例えば、Rであり得る可変要素を説明する場合)。そのような実施形態は、一般に、Rであり得る全ての可変要素に有用である。いくつかの実施形態では、Rは、水素である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~30(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30)脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたペンチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘキシルである。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された3~30員(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30)の脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、脂環式は、単環式、二環式、又は多環式であり、ここで、各単環単位は、独立して、飽和又は部分飽和である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロプロピルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロブチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロペンチルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたシクロヘキシルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたアダマンチルである。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~30(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30)ヘテロ脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~20脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30)ヘテロ脂環式である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂環式は、単環式、二環式、又は多環式であり、ここで、各単環単位は、独立して、飽和又は部分飽和である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC6~30アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、C6~14アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された二環式アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された多環式アリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC6~30アリール脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族である。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~30(5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30)員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~10員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された単環式ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された二環式ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された多環式ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。
いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された2-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された3-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された4-ピリジニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。
である。
いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30(3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30)員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された4員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~10員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~4個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、1個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された6員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された単環式ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された二環式ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された多環式ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された飽和ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された部分的不飽和ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換された
である。
いくつかの実施形態では、2つのR基は、任意選択的に且つ独立して、合わせて、共有結合を形成する。いくつかの実施形態では、同一原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択的に且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、この介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~30員の単環式、二環式、又は多環式環を形成する。
種々の可変要素は、任意選択的に置換された環を含み得るか、又はそれらの介在原子と一緒になって環を形成し得る。いくつかの実施形態では、環は、3~30(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30)員である。いくつかの実施形態では、環は、3~20員である。いくつかの実施形態では、環は、3~15員である。いくつかの実施形態では、環は、3~10員である。いくつかの実施形態では、環は、3~8員である。いくつかの実施形態では、環は、3~7員である。いくつかの実施形態では、環は、3~6員である。いくつかの実施形態では、環は、4~20員である。いくつかの実施形態では、環は、5~20員である。いくつかの実施形態では、環は、単環である。いくつかの実施形態では、環は、二環である。いくつかの実施形態では、環は、多環である。いくつかの実施形態では、各単環式環、又は二環式若しくは多環式環における各単環式環単位は、独立して、飽和、部分飽和、又は芳香族である。いくつかの実施形態では、各単環式環、又は二環式若しくは多環式環における各単環式環単位は、独立して、3~10員であり、及び0~5個のヘテロ原子を有する。
いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、及びリンから選択される。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、酸素、窒素、硫黄、及びリンから選択される。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、酸素、窒素、及び硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸化型である。
当業者によって理解される通り、多くの他の型のヌクレオチド間結合、例えば、米国特許第3,687,808号;同第4,469,863号;同第4,476,301号;同第5,177,195号;同第5,023,243号;同第5,034,506号;同第5,166,315号;同第5,185,444号;同第5,188,897号;同第5,214,134号;同第5,216,141号;同第5,235,033号;同第5,264,423号;同第5,264,564号;同第5,276,019号;同第5,278,302号;同第5,286,717号;同第5,321,131号;同第5,399,676号;同第5,405,938号;同第5,405,939号;同第5,434,257号;同第5,453,496号;同第5,455,233号;同第5,466,677号;同第5,466,677号;同第5,470,967号;同第5,476,925号;同第5,489,677号;同第5,519,126号;同第5,536,821号;同第5,541,307号;同第5,541,316号;同第5,550,111号;同第5,561,225号;同第5,563,253号;同第5,571,799号;同第5,587,361号;同第5,596,086号;同第5,602,240号;同第5,608,046号;同第5,610,289号;同第5,618,704号;同第5,623,070号;同第5,625,050号;同第5,633,360号;同第5,64,562号;同第5,663,312号;同第5,677,437号;同第5,677,439号;同第6,160,109号;同第6,239,265号;同第6,028,188号;同第6,124,445号;同第6,169,170号;同第6,172,209号;同第6,277,603号;同第6,326,199号;同第6,346,614号;同第6,444,423号;同第6,531,590号;同第6,534,639号;同第6,608,035号;同第6,683,167号;同第6,858,715号;同第6,867,294号;同第6,878,805号;同第7,015,315号;同第7,041,816号;同第7,273,933号;同第7,321,029号;又は米国再発行特許第39464号で説明されているものは、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、各々の核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合、不斉補助剤/試薬、及びオリゴヌクレオチド合成のための技術(試薬、条件、サイクル等)が、独立して、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9394333号、同第9744183号、同第9605019号、同第9598458号、同第9982257号、同第10160969号、同第10479995号、米国特許出願公開第2020/0056173号、同第2018/0216107号、同第2019/0127733号、米国特許第10450568号、米国特許出願公開第2019/0077817号、同第2019/0249173号、同第2019/0375774号、国際公開第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、及び/又は同第2019/032612号で説明されているものである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009、n010、n013等)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009、n010、n013等)から選択される。
オリゴヌクレオチドは、様々な数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~10、1~5個、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、若しくはより多く)の天然のリン酸結合を含み得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける1つ又は複数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~10、1~5個、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、若しくはより多く)の天然のリン酸結合は、連続的である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然のリン酸結合を含まない。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1~30個以上の天然のリン酸結合を含む。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関してキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関して立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の位置及び結合リンの配置(Rp又はSp)、並びにアキラルヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合)の位置を含むか、又はこれらからなる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の中性のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの中性のヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの中性のヌクレオチド間結合及び負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合、及び天然のリン酸結合から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおける各ヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、n001、及び天然のリン酸結合から選択される。
様々な型のヌクレオチド間結合が、所望のオリゴヌクレオチド特性及び/又は活性を達成するために、他の構造的要素(例えば、糖)と組み合わせて利用され得る。例えば、本開示は、設計されるオリゴヌクレオチドにおいて、任意選択的に天然のリン酸結合及び天然の糖と共に、修飾されたヌクレオチド間結合及び修飾された糖を慣例的に利用する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の修飾された糖、及び1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合(これらの1つ又は複数は、天然のリン酸結合である)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジン、ホスホリルアミジン、ホスホリルイソ尿素、ホスホリルイソチオ尿素、ホスホリルイミダート、又はホスホリルイミドチオアートヌクレオチド間結合(例えば、米国特許出願公開第20170362270号で説明されている通りのもの)である。
当業者によって理解される通り、多くの他の型のヌクレオチド間結合、例えば、米国特許第3,687,808号;同第4,469,863号;同第4,476,301号;同第5,177,195号;同第5,023,243号;同第5,034,506号;同第5,166,315号;同第5,185,444号;同第5,188,897号;同第5,214,134号;同第5,216,141号;同第5,235,033号;同第5,264,423号;同第5,264,564号;同第5,276,019号;同第5,278,302号;同第5,286,717号;同第5,321,131号;同第5,399,676号;同第5,405,938号;同第5,405,939号;同第5,434,257号;同第5,453,496号;同第5,455,233号;同第5,466,677号;同第5,466,677号;同第5,470,967号;同第5,476,925号;同第5,489,677号;同第5,519,126号;同第5,536,821号;同第5,541,307号;同第5,541,316号;同第5,550,111号;同第5,561,225号;同第5,563,253号;同第5,571,799号;同第5,587,361号;同第5,596,086号;同第5,602,240号;同第5,608,046号;同第5,610,289号;同第5,618,704号;同第5,623,070号;同第5,625,050号;同第5,633,360号;同第5,64,562号;同第5,663,312号;同第5,677,437号;同第5,677,439号;同第6,160,109号;同第6,239,265号;同第6,028,188号;同第6,124,445号;同第6,169,170号;同第6,172,209号;同第6,277,603号;同第6,326,199号;同第6,346,614号;同第6,444,423号;同第6,531,590号;同第6,534,639号;同第6,608,035号;同第6,683,167号;同第6,858,715号;同第6,867,294号;同第6,878,805号;同第7,015,315号;同第7,041,816号;同第7,273,933号;同第7,321,029号;又は米国再発行特許第39464号で説明されているものは、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、各々の核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合、不斉補助剤/試薬、及びオリゴヌクレオチド合成のための技術(試薬、条件、サイクル等)が、独立して、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、国際公開第2017192664号、同第2017015575号、同第2017062862号、同第2018067973号、同第2017160741号、同第2017192679号、同第2017210647号、同第2018098264号、同第2018223056号、同第2018237194号、又は同第2019055951号で説明されているものである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、国際公開第2012/030683号、同第2021/030778号、同第2019112485号、米国特許出願公開第20170362270号、国際公開第2018156056号、同第2018056871号、同第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されており、本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、中性の天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び中性のヌクレオチド間結合(例えば、n001)から選択される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ある特定の条件下で「自動的に遊離する」傾向があるリン修飾を独立して含む1つ又は複数のヌクレオチドを含む。即ち、ある特定の条件下で、特定のリン修飾は、それがオリゴヌクレオチドから自己切断して、例えば、天然のリン結合をもたらすように設計される。いくつかの実施形態では、そのようなリン修飾は、-O-L-R1(式中、Lは、本明細書で説明されている通りのLBであり、R1は、本明細書で説明されている通りのR’である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、リン修飾は、-S-L-R1(式中、それぞれのL及びR1は、独立して、本開示で説明されている通りである)の構造を有する。そのようなリン修飾基のある特定の例は、米国特許第9982257号において見出され得る。いくつかの実施形態では、自動的に遊離する基は、モルホリノ基を含む。いくつかの実施形態では、自動的に遊離する基は、ヌクレオチド間リンリンカーに薬剤を送達する能力によって特徴付けられ、その薬剤は、例えば、脱硫化等のリン原子のさらなる修飾を促進する。いくつかの実施形態では、薬剤は、水であり、さらなる修飾は、天然のリン酸結合を形成する加水分解である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドの1つ又は複数の医薬特性及び/又は活性を改善する1つ又は複数のヌクレオチド間結合を含む。ある特定のオリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによって急速に分解され、細胞質細胞膜を介する細胞への不十分な取込みを示すことは、当技術分野でよく記述されている(Poijarvi-Virta et al.,Curr.Med.Chem.(2006),13(28);3441-65;Wagner et al.,Med.Res.Rev.(2000),20(6):417-51;Peyrottes et al.,Mini Rev. Med.Chem.(2004),4(4):395-408;Gosselin et al.,(1996),43(1):196-208;Bologna et al.,(2002),Antisense & Nucleic Acid Drug Development 12:33-41)。Vives et al.(Nucleic Acids Research(1999),27(20):4071-76)は、tert-ブチルSATEプロ-オリゴヌクレオチドが、ある特定の条件下で親オリゴヌクレオチドと比較して、細胞透過の顕著な増加を示すことを報告した)。
オリゴヌクレオチドは、様々な数の天然のリン酸結合を含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はより多くの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4、5、6、7、8、9、10個、又はより多くの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、2である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、3である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、4である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、5である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、6である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、7である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、8である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の一部又は全ては、連続している。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのある特定の数以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である(例えば、1個以下、2個以下、3個以下、4個以下、5個以下、6個以下、7個以下、8個以下、9個以下、10個以下、11個以下、12個以下、13個以下、14個以下、15個以下、16個以下、17個以下、18個以下、19個以下、20個以下、21個以下、22個以下、23個以下、24個以下、25個以下、26個以下、27個以下、28個以下、29個以下、又は30個以下の天然のリン酸結合)。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然のリン酸結合を含まない。
いくつかの実施形態では、本開示は、少なくともいくつかの場合では、特に、5’及び/又は3’末端でのSpのヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチド安定性を改善し得ることを実証する。いくつかの実施形態では、本開示は、特に、天然のリン酸結合及び/又はRpのヌクレオチド間結合が、系からのオリゴヌクレオチドの除去を改善し得ることを実証する。当業者によって理解される通り、当技術分野で知られる様々なアッセイが、本開示に従ってそのような特性を評価するために利用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、ドメイン、サブドメイン等)におけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Sp又はRpである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書で説明されている通りのSpである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部におけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数(例えば、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個))は、Rpである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示される通り、オリゴヌクレオチド又はその一部は、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択的に且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約1~10、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10である。いくつかの実施形態では、この数は、約1である。いくつかの実施形態では、この数は、約2である。いくつかの実施形態では、この数は、約3である。いくつかの実施形態では、この数は、約4である。いくつかの実施形態では、この数は、約5である。いくつかの実施形態では、この数は、約6である。いくつかの実施形態では、この数は、約7である。いくつかの実施形態では、この数は、約8である。いくつかの実施形態では、この数は、約9である。いくつかの実施形態では、この数は、約10である。いくつかの実施形態では、2つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの2つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部における全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している(例えば、3つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合)。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は2個以上(例えば、約2、約3、約4個等)の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチド又はその一部の3’末端にある。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部の最後の2つ、又は3つ、又は4つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部の最後の2つ、又は3つ、又は4つのヌクレオチド間結合は、n001ではない少なくとも1つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部の最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部の最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部の最初の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその一部の最後の2つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spである。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御され、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御され、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初の2つのヌクレオシド間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、最後の2つのヌクレオシド間のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、両方が、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の追加のヌクレオチド間結合を含み、例えば、その1つは、標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドに対して-1及び-2位のヌクレオシド間にある(標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの3’側のすぐ隣の2つのヌクレオシド)(例えば、...N0N-1N-2...において、N0は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドであり、N-1及びN-2は、それぞれ-1及び-2位にある)。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。
本明細書で実証される通り、いくつかの実施形態では、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、改善された特性及び/又は活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおいて、各々が独立して、本明細書で説明されている通りの核酸塩基を含む2つのヌクレオシドに結合している5’末端ヌクレオチド間結合及び/又は3’末端ヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各々が独立して、第1のドメインにおける2つのヌクレオシドに結合している最初の1つ又は複数(例えば、最初の1、2、及び/又は3つ)、及び/又は最後の1つ又は複数(例えば、最後の1、2、3、4、5、6又は7つ)のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの2つのヌクレオシドに結合する最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各々が第2のドメインの2つのヌクレオシドに独立して結合する第2のドメインの中程におけるヌクレオチド間結合の1つ又は複数(例えば、4番目、5番目、及び6番目のヌクレオチド間結合の1つ又は複数)は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの2つのヌクレオシドに結合する11番目のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに結合していないが、その3’側のすぐ隣のヌクレオシドに結合しているヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々が第1のドメインの2つのヌクレオシドに独立して結合している第1のドメインの1つ又は複数のヌクレオチド間結合(例えば、4番目、5番目、6番目、7番目、及び8番目のヌクレオチド間結合の1つ又は複数)は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、各々が第1のドメインの2つのヌクレオシドに独立して結合している第2のドメインの1つ又は複数のヌクレオチド間結合(例えば、1番目、2番目、3番目、7番目、8番目、9番目、12番目、及び13番目のヌクレオチド間結合の1つ又は複数)は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、第2のドメインの2番目及び3番目のヌクレオチド間結合の一方又は両方は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではないヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Rpのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、Spのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの+11、+9、+5、-2、及び-5位での1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である(「+」は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの5’末端への計数であり、+1位でのヌクレオチド間結合は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドと、その5’側で隣接するヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合であり(例えば、5’-N1N0N-1-3’のN1とN0との間にあり、ここで、本明細書で説明されている通り、N0は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである)、「-」は、このヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの3’末端向への計数であり、-1位でのヌクレオチド間結合は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドと、その3’側で隣接するヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合である(例えば、5’-N1N0N-1-3’のN-1とN0との間にあり、ここで、本明細書で説明されている通り、N0は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドである))。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初及び最後のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+21、+20、+18、+17、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4、及び-2位での1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド結合)である。いくつかの実施形態では、+24、+23、+22、+19、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4、-2、及び-5位での1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド結合)である。いくつかの実施形態では、+23、+22、+19、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4、及び-2位での1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド結合)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初及び最後のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド結合)である。いくつかの実施形態では、最初及び最後のヌクレオチド間結合、並びに+23、+22、+19、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4、及び-2位での1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド結合)である。いくつかの実施形態では、最初及び最後のヌクレオチド間結合は、両方とも、Rpである。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、-2位でのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-5位でのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+5位でのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+9位でのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+11位でのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-2及び-5位でのヌクレオチド間結合のそれぞれは、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+5、-2、及び-5位でのヌクレオチド間結合のそれぞれは、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+11、+9、-2、及び-5位でのヌクレオチド間結合のそれぞれは、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+11、+9、+5、-2、及び-5位でのヌクレオチド間結合のそれぞれは、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、1番目、14番目、16番目、20番目、26番目、及び29番目のヌクレオチド間結合(別途指定されない限り、5’末端から)の1つ、又は複数、又はそれぞれは、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの最初のヌクレオチド間結合が、任意選択的に負に荷電していないヌクレオチド間結合であり得ることを除いて、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの5’側への負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、-2位を除いて、内部の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含まない。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初及び最後のヌクレオチド間結合の1方又は両方は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初及び最後のヌクレオチド間結合の1方又は両方は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初及び最後のヌクレオチド間結合の1方又は両方は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第1のドメインの最初及び最後のヌクレオチド間結合の両方は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第2のドメインの最初及び最後のヌクレオチド間結合の両方は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初及び最後のヌクレオチド間結合の両方は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、Rp、Sp、又はキラル制御されていない。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されていない。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、3’位でのイノシン、又はデオキシイノシン、又は2’-修飾されたイノシン(例えば、-F、-OMe、-MOE等の非-H部分で置き換えられた2’-OH)に結合しているヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、キラル制御されていないか又はキラル制御されており、且つSpである。いくつかの実施形態では、これは、キラル制御されており、且つSpである。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンを含むヌクレオシドの3’位に結合しているキラル制御されたSpの負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含むオリゴヌクレオチド及びその組成物は、対応する立体的に不規則な又はRpのヌクレオチド間結合と比べて様々な利点(例えば、同一の又はより良好な特性及び/又は活性、製造効率の改善、及び/又は製造コストの低下等)を提供する。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンを含むヌクレオシドの3’位に結合しているキラル制御されたSpの負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を構築するプロセスを、より容易に(例えば、より高い試薬濃度、より小さい溶液量、より短い反応時間等)、及び/又はより低コストで(例えば、より容易に入手可能な材料)実施し得ることを観察した。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンを含むヌクレオシドの3’位に結合しているキラル制御されたRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド及びその組成物は、対応する立体的に不規則な又はSpのヌクレオチド間結合と比べて様々な利点(例えば、同一の又はより良好な特性及び/又は活性、製造効率の改善、及び/又は製造コストの低下等)を提供する。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンを含むヌクレオシドの3’位に結合しているキラル制御されたRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を構築するプロセスを、より容易に(例えば、より高い試薬濃度、より小さい溶液量、より短い反応時間等)、及び/又はより低コストで(例えば、より容易に入手可能な材料)実施し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はより多く等)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合に結合しているヌクレオシドは両方とも、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の大部分(例えば、少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより多く)に結合しているヌクレオシドは両方とも、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、各天然のリン酸結合に結合しているヌクレオシドは両方とも、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、2’-修飾された糖は、二環式糖又は2’-OR修飾された糖であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-修飾された糖は、独立して、二環式糖又は2’-OR修飾された糖であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖であり、式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖、又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-修飾された糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)と共に利用される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、天然のリン酸結合及び負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を交互に含む。(例えば、WV-43047を参照されたい)。
いくつかの実施形態では、-1及び-2位での1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-3、-2、-1、+1、+3、+4、+5、+7、+8、+9、+10、+11、+12、+13、+16、+17、及び+18位での1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-3位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-2位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-1位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+1位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+3位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+4位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+5位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+7位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+8位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+9位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+10位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+11位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+12位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+13位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+16位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+17位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+18位でのヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ1個のRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、これは、2個以下を含む。いくつかの実施形態では、これは、3個以下を含む。いくつかの実施形態では、これは、4個以下を含む。いくつかの実施形態では、これは、5個以下を含む。
いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合している負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合している負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているn001のヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているそれぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているそれぞれの中性のヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているそれぞれのホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているそれぞれのn001は、独立して、Spである。
いくつかの実施形態では、組成物中の制御されたレベルのオリゴヌクレオチドは、所望のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列(例えば、目的のための所望の配列)を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのうち、又は組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのうち、所望のオリゴヌクレオチド(様々な形態(例えば、塩形態)で存在する場合があり且つ典型的にはキラル制御されていないヌクレオチド間結合でのみ異なる(同じ立体異性体の様々な形態がこの目的のために同じであるとみなされ得る))のレベルは、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%、又は少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約50%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約60%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約70%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約75%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、レベルは、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%であり、ncは、本開示で説明されている通りのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数(例えば、1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、又はより多い)である。いくつかの実施形態では、レベルは、(DS)ncであるか又は少なくとも(DS)ncであり、DSは、95%~100%である。
様々な型のヌクレオチド間結合が、所望のオリゴヌクレオチド特性及び/又は活性を達成するために、他の構造的要素(例えば、糖)と組み合わせて利用され得る。例えば、本開示は、オリゴヌクレオチドを設計する際、任意選択的に天然のリン酸結合及び天然の糖と共に、修飾されたヌクレオチド間結合及び修飾された糖を慣例的に利用する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、1つ又は複数の修飾された糖及び1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合(これらの1つ又は複数は、天然のリン酸結合である)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、いくつかの天然のRNA糖を含む(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30以上、これらの2つ以上又は全ては、任意選択的に連続している)。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、一方又は両方の末端で、修飾された糖(例えば、2’修飾された糖(例えば、2’-F等)、及び/又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2-OMe、2-MOE等))を含み、及び/又は様々な修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合等)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端に、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)のそのような2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)が存在する。いくつかの実施形態では、3’末端に、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上)のそのような2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)が存在する。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、2’-ORは、2’-OMeである。いくつかの実施形態では、2’-ORは、2’-MOEである。いくつかの実施形態では、2’-ORの各々は、独立して、2’-OMe又は2’-MOEである。いくつかの実施形態では、各2’-ORは、2’-OMeである。
いくつかの実施形態では、様々なヌクレオチド間結合の安定性が評価される。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチド製造(例えば、固相オリゴヌクレオチド合成)に利用される様々な条件(例えば、試薬、溶媒、温度(いくつかの場合では、室温より高い温度)、切断条件、脱保護条件、精製条件等)に曝され、安定性が評価される。いくつかの実施形態では、安定なヌクレオチド間結合(例えば、1つ又は複数の条件及び/又はプロセスに曝された場合での、又は完全なオリゴヌクレオチド製造プロセスの後に、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.9%、0.8%、0.7%、0.6%、0.5%、0.4%、0.3%、0.2%、又は0.1%以下の分解を有するもの)は、様々なオリゴヌクレオチド組成物及び適用における利用のために選択される。
追加の化学的部分
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の追加の化学的部分を含む。様々な追加の化学的部分(例えば、標的化部分、炭水化物部分、脂質部分等)は、当技術分野で知られており、提供されるオリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性(例えば、安定性、半減期、活性、送達、薬力学特性、薬物動態特性等)を調節するために本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、中枢神経系の細胞を含むがこれに限定されない所望の細胞、組織、及び/又は器官へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの内部移行を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド安定性を増大させる。いくつかの実施形態では、本開示は、様々な追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込むための技術を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の追加の化学的部分を含む。様々な追加の化学的部分(例えば、標的化部分、炭水化物部分、脂質部分等)は、当技術分野で知られており、提供されるオリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性(例えば、安定性、半減期、活性、送達、薬力学特性、薬物動態特性等)を調節するために本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、中枢神経系の細胞を含むがこれに限定されない所望の細胞、組織、及び/又は器官へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの内部移行を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド安定性を増大させる。いくつかの実施形態では、本開示は、様々な追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込むための技術を提供する。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、小分子部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、小分子は、タンパク質(例えば受容体)のリガンドである。いくつかの実施形態では、小分子は、ポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、小分子は、ポリペプチドの阻害剤である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分はペプチド部分(例えば、抗体)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、核酸部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、新規の特性及び/又は活性を提供する。いくつかの実施形態では、核酸部分は、元のオリゴヌクレオチド鎖(コンジュゲーション前)又はその一部と、二重鎖又は他の二次構造を形成する。いくつかの実施形態では、核酸は、同一の又は異なる標的を標的とするオリゴヌクレオチドであるか、又はそれを含み、且つ同一の又は異なる機序を介して活性を発揮し得る。いくつかの実施形態では、核酸は、RNAi剤であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、miRNA剤であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、RNアーゼH依存型であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、gRNAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、アプタマーであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、本明細書で説明されている通りの炭水化物部分であるか、又はそれを含む。多くの有用な薬剤(例えば、小分子、ペプチド、炭水化物、核酸剤等)は、本開示に従って、本明細書のオリゴヌクレオチドとコンジュゲートされ得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、参照オリゴヌクレオチド(例えば、追加の化学的部分を有しないが、他の点では同一である参照オリゴヌクレオチド)と比較して、組織への送達及び/又は組織中での活性の増大を示す追加の化学的部分を含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分の非限定的な例として、オリゴヌクレオチドに組み込まれた場合に1つ又は複数の特性を改善し得る炭水化物部分、標的化部分等が挙げられる。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、グルコース、GluNAc(N-アセチルアミングルコサミン)、及びアニスアミド部分から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の追加の化学的部分を含み得、追加の化学的部分は、同一であるか若しくは同一ではないか、又は同じ分類(例えば、炭水化物部分、糖部分、標的化部分等)のものであるか若しくは同じ分類のものではない。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、標的化部分である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、炭水化物部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、脂質部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、シグマ受容体、アシアロ糖タンパク質受容体等の細胞受容体のためのリガンド部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンド部分は、シグマ受容体のためのリガンド部分であり得るアニスアミド部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンド部分は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンド部分であり得るGalNAcであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、肝臓への送達を促進する。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のリンカー、及び追加の化学的部分(例えば、標的化部分)を含み得、及び/又はキラル制御され得るか、若しくはキラル制御され得ず、及び/又は本明細書で説明されている通りの塩基配列及び/又は1つ若しくは複数の修飾及び/又は形式を有し得る。
当技術分野で知られる多くのものを含む様々なリンカー、炭水化物部分、及び標的化部分が、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、炭水化物部分は、標的化部分である。いくつかの実施形態では、標的化部分は、炭水化物部分である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、送達に好適な追加の化学的部分を含み、例えば、グルコース、GluNAc(N-アセチルアミングルコサミン)、アニスアミド、又は
から選択される構造を含む。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、nは、2である。いくつかの実施形態では、nは、3である。いくつかの実施形態では、nは、4である。いくつかの実施形態では、nは、5である。いくつかの実施形態では、nは、6である。いくつかの実施形態では、nは、7である。いくつかの実施形態では、nは、8である。
から選択される構造を含む。いくつかの実施形態では、nは、1である。いくつかの実施形態では、nは、2である。いくつかの実施形態では、nは、3である。いくつかの実施形態では、nは、4である。いくつかの実施形態では、nは、5である。いくつかの実施形態では、nは、6である。いくつかの実施形態では、nは、7である。いくつかの実施形態では、nは、8である。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、様々なオリゴヌクレオチドに組み込まれる様々な追加の化学的部分の例を含む、実施例に記載されるもののいずれかである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた追加の化学的部分は、中枢神経系の細胞にオリゴヌクレオチドを標的化し得る。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、細胞受容体リガンドを含むか、又はそれである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、タンパク質結合体(例えば、細胞表面タンパク質に結合するもの)を含むか、又はそれである。そのような部分は特に、対応する受容体又はタンパク質を発現する細胞へのオリゴヌクレオチドの標的化された送達に有用であり得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの追加の化学的部分は、アニスアミド、又はその誘導体若しくは類似体を含み、シグマ1受容体等の特定の受容体を発現する細胞にオリゴヌクレオチドを標的化し得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、その標的を発現する体細胞及び/又は組織への投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた追加の化学的部分は、細胞にオリゴヌクレオチドを標的化し得る。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択的に置換されたフェニル、
(式中、n’は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10であり、それぞれの他の可変要素は、本開示で説明されている通りである)から選択される。いくつかの実施形態では、Rsは、Fである。いくつかの実施形態では、Rsは、OMeである。いくつかの実施形態では、Rsは、OHである。いくつかの実施形態では、Rsは、NHAcである。いくつかの実施形態では、Rsは、NHCOCF3である。いくつかの実施形態では、R’は、Hである。いくつかの実施形態では、Rは、Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、NHAcであり、且つR5sは、OHである。いくつかの実施形態では、R2sは、p-アニソイルであり、R5sは、OHである。いくつかの実施形態では、R2sは、NHAcであり、R5sは、p-アニソイルである。いくつかの実施形態では、R2sは、OHであり、R5sは、p-アニソイルである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
から選択される。いくつかの実施形態では、n’は、1である。いくつかの実施形態では、n’は、0である。いくつかの実施形態では、n”は、1である。いくつかの実施形態では、n”は、2である。
(式中、n’は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10であり、それぞれの他の可変要素は、本開示で説明されている通りである)から選択される。いくつかの実施形態では、Rsは、Fである。いくつかの実施形態では、Rsは、OMeである。いくつかの実施形態では、Rsは、OHである。いくつかの実施形態では、Rsは、NHAcである。いくつかの実施形態では、Rsは、NHCOCF3である。いくつかの実施形態では、R’は、Hである。いくつかの実施形態では、Rは、Hである。いくつかの実施形態では、R2sは、NHAcであり、且つR5sは、OHである。いくつかの実施形態では、R2sは、p-アニソイルであり、R5sは、OHである。いくつかの実施形態では、R2sは、NHAcであり、R5sは、p-アニソイルである。いくつかの実施形態では、R2sは、OHであり、R5sは、p-アニソイルである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
から選択される。いくつかの実施形態では、n’は、1である。いくつかの実施形態では、n’は、0である。いくつかの実施形態では、n”は、1である。いくつかの実施形態では、n”は、2である。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、アシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)リガンドであるか、又はそれを含む。
いずれかの特定の理論に拘束されることを望むものではないが、本開示は、ASGPR1もマウスの海馬領域及び/又は小脳プルキンエ細胞層において発現されることが報告されていることを認める。http://mouse.brain-map.org/experiment/show/2048
様々な他のASGPRリガンドは、当技術分野で知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、炭水化物である。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、GalNac又はその誘導体若しくは類似体である。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、Sanhueza et al.J.Am.Chem.Soc.,2017,139(9),pp 3528-3536で説明されているものである。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、mAMIDYALA ET AL.j.aM.cHEM.sOC.,2012,134,PP 1978-1981で説明されているものである。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、米国特許出願公開第20160207953号で説明されているものである。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、例えば、米国特許出願公開第20160207953号で開示されている置換-6,8-ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン-2,3-ジオール誘導体である。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、例えば、米国特許出願公開第20150329555号で説明されているものである。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、例えば、米国特許出願公開第20150329555号で開示されている置換-6,8-ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン-2,3-ジオール誘導体である。いくつかの実施形態では、ASGPRリガンドは、米国特許第8877917号、米国特許出願公開第20160376585号、米国特許第10086081号、又は同第8106022号で説明されているものである。これらの文書で説明されているASGPRリガンドは、参照により本明細書に組み込まれる。当業者は、ASGPRへの化学的部分の結合を評価するためのこれらの文書で説明されているものを含む様々な技術が当技術分野で知られており、本開示に従って利用され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ASGPRリガンドにコンジュゲートしている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ASGPRリガンドを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
(式中、各可変要素は、独立して、本開示で説明されている通りである)であるASGPRリガンドを含む。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。
(式中、各可変要素は、独立して、本開示で説明されている通りである)であるASGPRリガンドを含む。いくつかの実施形態では、Rは、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択的に置換された
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択的に置換された
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、オリゴヌクレオチド標的細胞に結合し得る1つ又は複数の部分を含む。例えば、いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、1つ又は複数のタンパク質リガンド部分を含み、例えば、いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、各々が独立して、ASGPRリガンドである複数の部分を含む。いくつかの実施形態では、Mod 001及びMod083の場合のように、追加の化学的部分は、3つのそのようなリガンドを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OAcであり、-N(R’)2は、-NHAcである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、各R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OHであり、各-N(R’)2は、-NHC(O)Rである。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OHであり、各-N(R’)2は、-NHAcである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、-CH2-連結部位は、糖におけるC5連結部位として利用される。いくつかの実施形態では、環上の連結部位は、糖におけるC3連結部位として利用される。そのような部分は、例えば、
、例えば、
のホスホラミダイトを利用して導入され得る(当業者は、-OH、-NH2-、-N(i-Pr)2、-OCH2CH2CN等のための保護基等の1つ又は複数の他の基が代わりに利用されてもよく、保護基は、場合によりオリゴヌクレオチド脱保護及び/又は切断工程の間、様々な好適な条件下で除去され得ることを理解する)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2、3個、又はより多く(例えば、ただ3個)の
を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2、3個、又はより多く(例えば、ただ3個)の
を含む。いくつかの実施形態では、そのような部分の複製物は、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合(例えば、天然のホスフェート結合)によって連結されている。いくつかの実施形態では、5’末端にある場合には、-CH2-連結部位は、-OHに結合している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OAcであり、-N(R’)2は、-NHAcである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。特に、
は、同等の及び/又はより良好な活性及び/又は特性を有する
を導入するために利用され得る。いくつかの実施形態では、これは、同じ数の
に関して改善された調製効率及び/又は低いコスト(例えば、Mod001と比較した場合)を提供する。
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OAcであり、-N(R’)2は、-NHAcである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、各R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OHであり、各-N(R’)2は、-NHC(O)Rである。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OHであり、各-N(R’)2は、-NHAcである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、-CH2-連結部位は、糖におけるC5連結部位として利用される。いくつかの実施形態では、環上の連結部位は、糖におけるC3連結部位として利用される。そのような部分は、例えば、
、例えば、
のホスホラミダイトを利用して導入され得る(当業者は、-OH、-NH2-、-N(i-Pr)2、-OCH2CH2CN等のための保護基等の1つ又は複数の他の基が代わりに利用されてもよく、保護基は、場合によりオリゴヌクレオチド脱保護及び/又は切断工程の間、様々な好適な条件下で除去され得ることを理解する)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2、3個、又はより多く(例えば、ただ3個)の
を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2、3個、又はより多く(例えば、ただ3個)の
を含む。いくつかの実施形態では、そのような部分の複製物は、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合(例えば、天然のホスフェート結合)によって連結されている。いくつかの実施形態では、5’末端にある場合には、-CH2-連結部位は、-OHに結合している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。いくつかの実施形態では、各-OR’は、-OAcであり、-N(R’)2は、-NHAcである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
を含む。特に、
は、同等の及び/又はより良好な活性及び/又は特性を有する
を導入するために利用され得る。いくつかの実施形態では、これは、同じ数の
に関して改善された調製効率及び/又は低いコスト(例えば、Mod001と比較した場合)を提供する。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、本明細書(例えば、表1)で説明されているMod基である。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、Mod001である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、Mod083である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分(例えば、Mod基)は、オリゴヌクレオチドの残部に(例えば、リンカーを伴わずに)直接的にコンジュゲートされている。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの残部に、リンカーを介してコンジュゲートされている。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分(例えば、Mod基)は、直接的に及び/又はリンカーを介して、オリゴヌクレオチドの核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合に連結され得る。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、糖に連結されている。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、5’末端糖に連結されている。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、5’炭素を介して5’末端糖に連結されている。例えば、表1における様々なオリゴヌクレオチドを参照されたい。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、3’末端糖に連結されている。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、3’炭素を介して3’末端糖に連結されている。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、核酸塩基に連結されている。いくつかの実施形態では、Mod基は、直接的に又はリンカーを介して、ヌクレオチド間結合に連結されている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、L001を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結されたMod001を含む。
当業者によって理解される通り、追加の化学的部分は、様々な位置(例えば、5’末端、3’末端、又は中程の位置(例えば、糖、塩基、ヌクレオチド間結合等))で、オリゴヌクレオチド鎖に連結され得る。いくつかの実施形態では、これは、5’末端で連結されている。いくつかの実施形態では、これは、3’末端で連結されている。いくつかの実施形態では、それは、中程のヌクレオチドで連結されている。
Mod012、Mod039、Mod062、Mod085、Mod086、及びMod094を含むがこれらに限定されないある特定の追加の化学的部分(例えば、脂質部分、標的化部分、炭水化物部分)、並びにL001、L003、L004、L008、L009、及びL010を含むがこれらに限定されない、オリゴヌクレオチド鎖に追加の化学的部分を連結するための様々なリンカーは、各々の追加の化学的部分及びリンカーが独立して参照により本明細書に組み込まれる国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、ジゴキシゲニン若しくはビオチン、又はこれらの誘導体である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リンカー(例えば、L001 L004、L008)、及び/又は追加の化学的部分(例えば、Mod012、Mod039、Mod062、Mod085、Mod086、若しくはMod094)を含む。いくつかの実施形態では、リンカー(例えば、L001、L003、L004、L008、L009、L110等)は、Mod(例えば、Mod012、Mod039、Mod062、Mod085、Mod086、Mod094等)に連結されている。
L001:-CH2-連結部位で示される通りの、存在する場合には-NH-を介してModに連結されており、及びリン酸結合(塩形態として存在し得、及びO又はPOとして示され得る-O-P(O)(OH)-O-)又はホスホロチオエート結合(塩形態として存在し得、及びホスホロチオエートがキラル制御されない場合には、*として示され得るか;又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つSp配置を有する場合には、*S、Sp、若しくはSpとして示され得るか、又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つRp配置を有する場合には、*R、R、若しくはRpとして示され得る-O-P(O)(SH)-O-)のいずれかを介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端に連結された-NH-(CH2)6-リンカー(C6リンカー、C6アミンリンカー、又はC6アミノリンカーとしても知られる)。Modが存在しない場合には、L001は、-NH-を介して-Hに連結されている;
L003:
リンカー。いくつかの実施形態では、これは、もしあれば(Modがない場合、-H)、そのアミノ基を介してModに連結されており、及び例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか、又はキラル制御され得る(Sp又はRp)))を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端に連結されている。
L004:-NH(CH2)4CH(CH2OH)CH2-(式中、-NH-は、Mod(-C(O)-を介して)又は-Hに連結されており、-CH2-連結部位は、結合(例えば、ホスホジエステル(塩形態として存在し得、O又はPOとして示され得る-O-P(O)(OH)-O-)、ホスホロチオエート(塩形態として存在し得、ホスホロチオエートがキラル制御されない場合には、*として示され得るか;又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つSp配置を有する場合には、*S、Sp、若しくはSpとして示され得るか、又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つRp配置を有する場合には、*R、R、若しくはRpとして示され得る-O-P(O)(SH)-O-)、又はホスホロジチオエート(塩形態として存在し得、PS2又は:又はDとして示され得る-O-P(S)(SH)-O-)結合)を介してオリゴヌクレオチド鎖(例えば、3’末端で)に連結されている)の構造を有するリンカー。例えば、L004の直前に付されたアスタリスク(例えば、*L004)は、その結合がホスホロチオエート結合であることを示し、L004の直前にアスタリスクがなければ、その結合がホスホジエステル結合であることを示す。例えば、mAL004において終止するオリゴヌクレオチドにおいて、リンカーL004は、ホスホジエステル結合を介して3’末端糖(2’-OMe修飾され、核酸塩基Aに連結されている)の3’位に連結され(-CH2-部位を介して)、L004リンカーは、-NH-を介して-Hに連結されている。同様に、1つ又は複数のオリゴヌクレオチドにおいて、L004リンカーは、ホスホジエステル結合を介して3’末端糖の3’位に連結されており(-CH2-部位を介して)、L004は、-NH-を介して、例えば、Mod012、Mod085、Mod086等に連結されている。
L008:-C(O)-(CH2)9-(式中、-C(O)-は、Mod(-NH-を介して)又は-OH(Modが示されない場合)に連結されており、-CH2-連結部位は、結合(例えば、ホスホジエステル(塩形態として存在し得、O又はPOとして示され得る-O-P(O)(OH)-O-)、ホスホロチオエート(塩形態として存在し得、ホスホロチオエートがキラル制御されない場合には、*として示され得るか;又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つSp配置を有する場合には、*S、Sp、若しくはSpとして示され得るか、又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つRp配置を有する場合には、*R、R、若しくはRpとして示され得る-O-P(O)(SH)-O-)、又はホスホロジチオエート(塩形態として存在し得、PS2又は:又はDとして示され得る-O-P(S)(SH)-O-)結合)を介してオリゴヌクレオチド鎖(例えば、5’末端で)に連結されている)の構造を有するリンカー。例えば、5’-L008mN*mN*mN*mN*N*N*N*N*N*N*N*N*N*N*mN*mN*mN*mN-3’の配列を有し、OXXXXXXXXX XXXXXXXX(式中、Nは、塩基であり、Oは、天然のリン酸ヌクレオチド間結合であり、Xは、立体的に不規則なホスホロチオエートである)の立体化学/結合を有する例となるオリゴヌクレオチドにおいて、L008は、-C(O)-を介して-OHに連結されており、及びリン酸結合(「立体化学/結合」においてOとして示される)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結されており;5’-Mod062L008mN*mN*mN*mN*N*N*N*N*N*N*N*N*N*N*mN*mN*mN*mN-3’の配列を有し、OXXXXXXXXX XXXXXXXX(式中、Nは、塩基である)の立体化学/結合を有する別の例となるオリゴヌクレオチドにおいて、L008は、-C(O)-を介してMod062に連結されており、リン酸結合(「立体化学/結合」においてOとして示される)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結連結されている。
L009:-CH2CH2CH2-。いくつかの実施形態では、L009が、Modを伴わずにオリゴヌクレオチドの5’末端に存在する場合には、L009の一方の端は、-OHに連結されており、他方の端は、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか、又はキラル制御され得る(Sp又はRp)))を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’-炭素に連結されている。
L010:
。L010は、他の部分、例えば、L023、L010、オリゴヌクレオチド鎖などに、様々な結合(例えば、n001;示されない場合には、典型的にはリン酸)を介して連結する。他の部分が存在しない場合には、L010は、-OHに結合している。例えば、WV-39202において、L010は、n001Rと共に利用されて、L010n001Rを形成し、これは
の構造を有しており、式中、結合リンの構成は、Rpである。いくつかの実施形態では、複数のL010n001Rが利用され得る。例えば、WV-39202は、下記の構造:
を有するL023L010n001RL010n001RL010n001R(これは、オリゴヌクレオチド鎖の5’-末端の5’-炭素に結合しており、各結合リンは、独立して、Rpである)を含む;
Mod012(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L004、L008等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod039(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
Mod062(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod085(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod086(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod094(いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合に連結するか、又は結合(例えば、リン酸結合、ホスホロチオエート結合(任意選択的にキラル制御される)等)を介してオリゴヌクレオチドの5’末端又は3’末端に連結する)。例えば、5’-mN*mN*mN*mN*N*N*N*N*N*N*N*N*N*N*mN*mN*mN*mNMod094-3’の配列を有し、XXXXX XXXXX XXXXX XXO(式中、Nは、塩基である)の立体化学/結合を有する例となるオリゴヌクレオチドにおいて、Mod094は、リン酸基(下記に示されず、塩形態として存在し得;「立体化学/結合」
において「O」として示される)を介してオリゴヌクレオチド鎖の3’末端(3’末端糖の3’-炭素)に連結されている:
。
L001:-CH2-連結部位で示される通りの、存在する場合には-NH-を介してModに連結されており、及びリン酸結合(塩形態として存在し得、及びO又はPOとして示され得る-O-P(O)(OH)-O-)又はホスホロチオエート結合(塩形態として存在し得、及びホスホロチオエートがキラル制御されない場合には、*として示され得るか;又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つSp配置を有する場合には、*S、Sp、若しくはSpとして示され得るか、又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つRp配置を有する場合には、*R、R、若しくはRpとして示され得る-O-P(O)(SH)-O-)のいずれかを介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端に連結された-NH-(CH2)6-リンカー(C6リンカー、C6アミンリンカー、又はC6アミノリンカーとしても知られる)。Modが存在しない場合には、L001は、-NH-を介して-Hに連結されている;
L003:
リンカー。いくつかの実施形態では、これは、もしあれば(Modがない場合、-H)、そのアミノ基を介してModに連結されており、及び例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか、又はキラル制御され得る(Sp又はRp)))を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端に連結されている。
L004:-NH(CH2)4CH(CH2OH)CH2-(式中、-NH-は、Mod(-C(O)-を介して)又は-Hに連結されており、-CH2-連結部位は、結合(例えば、ホスホジエステル(塩形態として存在し得、O又はPOとして示され得る-O-P(O)(OH)-O-)、ホスホロチオエート(塩形態として存在し得、ホスホロチオエートがキラル制御されない場合には、*として示され得るか;又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つSp配置を有する場合には、*S、Sp、若しくはSpとして示され得るか、又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つRp配置を有する場合には、*R、R、若しくはRpとして示され得る-O-P(O)(SH)-O-)、又はホスホロジチオエート(塩形態として存在し得、PS2又は:又はDとして示され得る-O-P(S)(SH)-O-)結合)を介してオリゴヌクレオチド鎖(例えば、3’末端で)に連結されている)の構造を有するリンカー。例えば、L004の直前に付されたアスタリスク(例えば、*L004)は、その結合がホスホロチオエート結合であることを示し、L004の直前にアスタリスクがなければ、その結合がホスホジエステル結合であることを示す。例えば、mAL004において終止するオリゴヌクレオチドにおいて、リンカーL004は、ホスホジエステル結合を介して3’末端糖(2’-OMe修飾され、核酸塩基Aに連結されている)の3’位に連結され(-CH2-部位を介して)、L004リンカーは、-NH-を介して-Hに連結されている。同様に、1つ又は複数のオリゴヌクレオチドにおいて、L004リンカーは、ホスホジエステル結合を介して3’末端糖の3’位に連結されており(-CH2-部位を介して)、L004は、-NH-を介して、例えば、Mod012、Mod085、Mod086等に連結されている。
L008:-C(O)-(CH2)9-(式中、-C(O)-は、Mod(-NH-を介して)又は-OH(Modが示されない場合)に連結されており、-CH2-連結部位は、結合(例えば、ホスホジエステル(塩形態として存在し得、O又はPOとして示され得る-O-P(O)(OH)-O-)、ホスホロチオエート(塩形態として存在し得、ホスホロチオエートがキラル制御されない場合には、*として示され得るか;又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つSp配置を有する場合には、*S、Sp、若しくはSpとして示され得るか、又はホスホロチオエートがキラル制御され、且つRp配置を有する場合には、*R、R、若しくはRpとして示され得る-O-P(O)(SH)-O-)、又はホスホロジチオエート(塩形態として存在し得、PS2又は:又はDとして示され得る-O-P(S)(SH)-O-)結合)を介してオリゴヌクレオチド鎖(例えば、5’末端で)に連結されている)の構造を有するリンカー。例えば、5’-L008mN*mN*mN*mN*N*N*N*N*N*N*N*N*N*N*mN*mN*mN*mN-3’の配列を有し、OXXXXXXXXX XXXXXXXX(式中、Nは、塩基であり、Oは、天然のリン酸ヌクレオチド間結合であり、Xは、立体的に不規則なホスホロチオエートである)の立体化学/結合を有する例となるオリゴヌクレオチドにおいて、L008は、-C(O)-を介して-OHに連結されており、及びリン酸結合(「立体化学/結合」においてOとして示される)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結されており;5’-Mod062L008mN*mN*mN*mN*N*N*N*N*N*N*N*N*N*N*mN*mN*mN*mN-3’の配列を有し、OXXXXXXXXX XXXXXXXX(式中、Nは、塩基である)の立体化学/結合を有する別の例となるオリゴヌクレオチドにおいて、L008は、-C(O)-を介してMod062に連結されており、リン酸結合(「立体化学/結合」においてOとして示される)を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結連結されている。
L009:-CH2CH2CH2-。いくつかの実施形態では、L009が、Modを伴わずにオリゴヌクレオチドの5’末端に存在する場合には、L009の一方の端は、-OHに連結されており、他方の端は、例えば、結合(例えば、リン酸結合(O又はPO)又はホスホロチオエート結合(キラル制御され得ないか、又はキラル制御され得る(Sp又はRp)))を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’-炭素に連結されている。
L010:
。L010は、他の部分、例えば、L023、L010、オリゴヌクレオチド鎖などに、様々な結合(例えば、n001;示されない場合には、典型的にはリン酸)を介して連結する。他の部分が存在しない場合には、L010は、-OHに結合している。例えば、WV-39202において、L010は、n001Rと共に利用されて、L010n001Rを形成し、これは
の構造を有しており、式中、結合リンの構成は、Rpである。いくつかの実施形態では、複数のL010n001Rが利用され得る。例えば、WV-39202は、下記の構造:
を有するL023L010n001RL010n001RL010n001R(これは、オリゴヌクレオチド鎖の5’-末端の5’-炭素に結合しており、各結合リンは、独立して、Rpである)を含む;
Mod012(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L004、L008等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod039(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
Mod062(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod085(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod086(いくつかの実施形態では、-C(O)-は、L001、L003、L004、L008、L009、L110等のリンカーの-NH-に連結する):
;
Mod094(いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合に連結するか、又は結合(例えば、リン酸結合、ホスホロチオエート結合(任意選択的にキラル制御される)等)を介してオリゴヌクレオチドの5’末端又は3’末端に連結する)。例えば、5’-mN*mN*mN*mN*N*N*N*N*N*N*N*N*N*N*mN*mN*mN*mNMod094-3’の配列を有し、XXXXX XXXXX XXXXX XXO(式中、Nは、塩基である)の立体化学/結合を有する例となるオリゴヌクレオチドにおいて、Mod094は、リン酸基(下記に示されず、塩形態として存在し得;「立体化学/結合」
において「O」として示される)を介してオリゴヌクレオチド鎖の3’末端(3’末端糖の3’-炭素)に連結されている:
。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分(例えば、リンカー、脂質、可溶化基、コンジュゲート基、標的化基、及び/又は標的化リガンド)は、国際公開第2012/030683号又は同第2021/030778号で説明されているものである。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、国際公開第2012/030683号、同第2021/030778号、同第2019112485号,米国特許出願公開第20170362270号、国際公開第2018156056号、又は同第2018056871号、同第2021/030778号、同第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されている化学的構造(例えば、リンカー、脂質、可溶化基、及び/又は標的化リガンド)を含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、米国特許第5,688,941号;同第6,294,664号;同第6,320,017号;同第6,576,752号;同第5,258,506号;同第5,591,584号;同第4,958,013号;同第5,082,830号;同第5,118,802号;同第5,138,045号;同第6,783,931号;同第5,254,469号;同第5,414,077号;同第5,486,603号;同第5,112,963号;同第5,599,928号;同第6,900,297号;同第5,214,136号;同第5,109,124号;同第5,512,439号;同第4,667,025号;同第5,525,465号;同第5,514,785号;同第5,565,552号;同第5,541,313号;同第5,545,730号;同第4,835,263号;同第4,876,335号;同第5,578,717号;同第5,580,731号;同第5,451,463号;同第5,510,475号;同第4,904,582号;同第5,082,830号;同第4,762,779号;同第4,789,737号;同第4,824,941号;同第4,828,979号;同第5,595,726号;同第5,214,136号;同第5,245,022号;同第5,317,098号;同第5,371,241号;同第5,391,723号;同第4,948,882号;同第5,218,105号;同第5,112,963号;同第5,567,810号;同第5,574,142号;同第5,578,718号;同第5,608,046号;同第4,587,044号;同第4,605,735号;同第5,585,481号;同第5,292,873号;同第5,552,538号;同第5,512,667号;同第5,597,696号;同第5,599,923号;同第7,037,646号;同第5,587,371号;同第5,416,203号;同第5,262,536号;同第5,272,250号;又は同第8,106,022号で説明されている追加の化学的部分(例えば、標的化基、コンジュゲート基等)及び/又は修飾(例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合等の修飾)を含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分(例えば、Mod)は、リンカーを介して連結されている。様々なリンカー、例えば、タンパク質(例えば、抗体薬物コンジュゲートを形成する抗体を伴う)、核酸等との様々な部分のコンジュゲーションのために利用されるものが当技術分野で利用可能であり、本開示に従って利用され得る。ある特定の有用なリンカーは、各々のリンカー部分が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている。いくつかの実施形態では、リンカーは、非限定的な例として、L001、L004、L009、又はL010である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リンカーを含むが、リンカー以外の追加の化学的部分を含まない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リンカーを含むが、リンカー以外の追加の化学的部分を含まず、リンカーは、L001、L004、L009、又はL010である。いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合の構造を有する部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リンカー中のそのような部分は、2つのヌクレオシドを連結しない。いくつかの実施形態では、リンカーは、Lの構造を有する。いくつかの実施形態では、リンカーは、二価である。いくつかの実施形態では、リンカーは、多価である。いくつかの実施形態では、リンカーは、2つ以上の追加の化学的部分を、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチドに連結し得ない。例えば、いくつかの実施形態では、1個、又は2個、又は3個、又はより多くの追加の化学的部分(例えば、GalNAc部分)は、多価リンカー部分を介して、オリゴヌクレオチド鎖に(例えば、5’末端で)連結されている。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、系、細胞、組織、器官、対象等に投与された後、オリゴヌクレオチド(例えば、オリゴヌクレオチド鎖)の残部から切断される。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、ある特定の細胞への送達を促進し、増大させ、及び/又は加速し、オリゴヌクレオチドのそのような細胞への送達の後、追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドから切断される。いくつかの実施形態では、リンカー部分は、望ましい位置(例えば、ある特定の型の細胞、リソソーム等の細胞内区画等の中)及び/又はタイミングで切断され得る1つ又は複数の切断可能な部分を含む。いくつかの実施形態では、切断可能な部分は、ポリペプチド(例えば、ヌクレアーゼ等の酵素)によって選択的に切断される。多くの有用な切断可能な部分及び切断可能なリンカーが、報告されており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、切断可能な部分は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステル、ジスルフィド、カルバマート等から選択される1つ又は複数の官能基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、国際公開第2012/030683号、同第2021/030778号、同第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されている通りである。
本明細書で実証される通り、提供される技術は、いくつかの実施形態では、望ましく及び/又は必要であると報告された特定の構造的要素(例えば、修飾、結合配置、及び/又はパターン等)(例えば、国際公開第2019/219581号に報告されるもの)を利用することなく、高いレベルの活性及び/又は所望の特性を提供し得るが、ある特定のそのような構造的要素は、本開示に従って様々な他の構造的要素と組み合わせてオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。例えば、いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでにより少ないヌクレオシドを有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、報告によれば、好ましくなかったか又は許容されなかった1つ又は複数の位置で1つ又は複数のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有し、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、報告によれば、好ましくなかったか又は許容されなかった1つ又は複数の位置で1つ又は複数のSpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有し、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、報告によれば、好ましくなかったか又は許容されなかった1つ又は複数の位置で1つ又は複数のRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有し、及び/又は報告によればある特定のオリゴヌクレオチド特性及び/又は活性に好ましいか又は必要となるものと比較して1つ又は複数の位置で異なる修飾(例えば、ヌクレオチド間結合修飾、糖修飾等)及び/又は立体化学を含有する(例えば、2’-MOEの存在、ある特定の位置でのホスホロチオエート結合の非存在、ある特定の位置でのSpのホスホロチオエート結合の非存在、及び/又はある特定の位置でのRpのホスホロチオエート結合の非存在は、報告によれば、ある特定のオリゴヌクレオチド特性及び/又は活性に好ましいか又は必要となり;本明細書で実証される通り、提供される技術は、2’-MOEを利用することなく、1つ若しくは複数のそのようなある特定の位置でホスホロチオエート結合を避けることなく、1つ若しくは複数のそのようなある特定の位置でSpのホスホロチオエート結合を避けることなく、及び/又は1つ若しくは複数のそのようなある特定の位置でRpのホスホロチオエート結合を避けることなく、所望の特性及び/又は高い活性を提供し得る)。或いは又は加えて、提供されるオリゴヌクレオチドは、ある特定の修飾(例えば、塩基修飾、糖修飾(例えば、2’-F)、結合修飾(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合)、追加の部分等)の利用等、並びにそのレベル、パターン、及び組み合わせ等の以前に認識されなかった構造的要素を組み込む。
例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、提供されるオリゴヌクレオチドは、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでに、5、6、7、8、9、10、11、又は12個以下のヌクレオシドを含有する。
或いは又は加えて、本明細書で説明されている通り(例えば、ある特定の実施例に示される)、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの構造的要素に関して、いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%)は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、これは任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでの1、2、又は3個以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合はどれも、天然のリン酸結合ではない。いくつかの実施形態では、1個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、2個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、3個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでの1、2、又は3個以下のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の3’位(-1位とみなされる)で結合しているヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでで唯一のRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して-3位のヌクレオチド間結合(例えば、...N0N-1N-2N-3...に関して、N-2及びN-3を連結するヌクレオチド間結合、N0は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドである)は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して-6位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して-4及び/又は-5位のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)であるか、又は独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-1、-3、-4、-5、及び-6位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-1、-3、-4、-5、及び-6位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-4及び/又は-5位のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Rpのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、-4及び/又は-5位のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。多くの実施形態では、1、2、3、4、又は5個以下のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
或いは又は加えて、本明細書で説明されている通り(例えば、ある特定の実施例に示される)、いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%)は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、これは任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの0個、又は1、2、若しくは3個以下のヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの0個、又は1、2、若しくは3個以下のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの0個、又は1、2、若しくは3個以下のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1、2、又は3個以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合はどれも、天然のリン酸結合ではない。いくつかの実施形態では、1個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、2個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、3個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに2、3、又は4個の連続したヌクレオチド間結合は存在せず、各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに2、3、又は4個の連続したヌクレオチド間結合は存在せず、各々は、キラル制御され、且つSpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの0個、又は1、2、3、4、若しくは5個以下のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の5’位(+1位とみなされる)で結合しているヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これは、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでで唯一のRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して+5位のヌクレオチド間結合(例えば、...N+5N+4N+3N+2N+1N0...に関して、N+4及びN+5を連結するヌクレオチド間結合、N0は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドである)は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、+11位のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して+6~+8位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、これらの各々は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、これらの各々は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して+6~+8位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、+6、+7、+8、+9、及び+11位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Rpのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+6、+7、+8、+9、及び+11位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して+5、+6、+7、+8、及び+9位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して+5、+6、+7、+8、及び+9位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+5位のヌクレオチド間結合は、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+5位のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+6位のヌクレオチド間結合は、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+6位のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+7位のヌクレオチド間結合は、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+7位のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+8位のヌクレオチド間結合は、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+8位のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+9位のヌクレオチド間結合は、Spのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+9位のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、若しくは32個、又は約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%)は、それぞれ独立して、キラル制御され、且つSpのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個、又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、若しくは32個、又は約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%)は、それぞれ独立して、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。
或いは又は加えて、本明細書で説明されている通り(例えば、ある特定の実施例で示されている通り)、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオシド中の1つ又は複数(例えば、約1~15、1~10、1~9、1~8、1~7、1~6、1~5、5~6、5~7、5~8、5~9、5~10個、又は約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1つ又は複数(例えば、約1~15、1~10、1~9、1~8、1~7、1~6、1~5、5~6、5~7、5~8、5~9、5~10個、又は約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、+3(N+4N+3の間)、+4、+6、+8、+9、+12、+14、+15、+17、及び+18位の1つ又は複数での1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、4個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、5個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、6個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、7個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、8個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、9個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、10個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、1個の天然のリン酸結合が存在している。いくつかの実施形態では、-3位のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。
或いは又は加えて、本明細書で説明されている通り(例えば、ある特定の実施例で示されている通り)、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、30~70%、40~70%、40~65%、40~60%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、若しくは65%は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、30~70%、40~70%、40~65%、40~60%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、若しくは65%は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオシド中の1つ又は複数(例えば、約1~30、1~25、1~20、1~15、5~30、5~25、5~20、5~15、10~30、10~25、10~20、10~15個、又は約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個)のヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1つ又は複数(例えば、約1~30、1~25、1~20、1~15、5~30、5~25、5~20、5~15、10~30、10~25、10~20、10~15個、又は約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個)のヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+1(N+1N0の間)、+2、+5、+6、+7、+8、+11、+14、+15、+16、+17、+19、+20、+21、及び+22位の1つ又は複数での1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、5個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、10個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、11個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、12個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、13個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、14個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、15個以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、1個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、2個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、3個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、-1,-4、及び-5位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されている。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の約又は少なくとも約80%、85%、90%、若しくは95%は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。
或いは又は加えて、本明細書で説明されている通り(例えば、ある特定の実施例で示されている通り)、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10%~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15%~25%、15%~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10%~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15%~25%、15%~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオシド中の1つ又は複数(例えば、約1~15、1~10、1~9、1~8、1~7、1~6、1~5、5~6、5~7、5~8、5~9、5~10個、又は約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1つ又は複数(例えば、約1~15、1~10、1~9、1~8、1~7、1~6、1~5、5~6、5~7、5~8、5~9、5~10個、又は約若しくは少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10個)のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、+5(N+5N+4の間)、+10、+13、又は+23位の1つ、又は複数、又は全てでの1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、2個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、3個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、4個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、5’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、5個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでの1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、1個の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、2個以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、3’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに、2個の負に荷電していないヌクレオチド間結合が存在している。いくつかの実施形態では、-2及び-6位の一方又は両方のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Rpである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、dIの3’炭素に結合しているそれぞれのn001が、独立して、Rpであることを除いて、それぞれのn001は、独立して、Spである。
ADAR
特に、提供される技術は、AをIに変換することによる標的アデノシンの修飾/編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び/又は標的核酸とオリゴヌクレオチドによって形成される二重鎖は、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)と相互作用する。いくつかの実施形態では、そのようなタンパク質は、アデノシン修飾活性を含み、標的核酸中の標的アデノシンを修飾し得、例えば、これをイノシンに変換する。
特に、提供される技術は、AをIに変換することによる標的アデノシンの修飾/編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び/又は標的核酸とオリゴヌクレオチドによって形成される二重鎖は、タンパク質(例えば、ADARタンパク質)と相互作用する。いくつかの実施形態では、そのようなタンパク質は、アデノシン修飾活性を含み、標的核酸中の標的アデノシンを修飾し得、例えば、これをイノシンに変換する。
ADARタンパク質は、様々な細胞、組織、器官、及び/又は生物において天然に発現されるタンパク質である。いくつかのADARタンパク質(例えば、ADAR1及びADAR2)は、脱アミノ化によりアデノシンを編集して、アデノシンをイノシンに変換し得、翻訳中にG又はそれと同様に読まれることを含むいくつかの機能を提供し得ることが報告されている。ADARに媒介されるRNA編集の機構(例えば、脱アミノ化)が報告されている。例えば、ADARタンパク質は、ミスマッチを有する二本鎖RNA基質上でアデノシンからイノシンへの変換を触媒することが報告される。当業者によって理解される通り、イノシンは、細胞における翻訳及び/又はスプライシング機構によって、グアノシンとして認識され得る。従って、ADARは、核酸(例えば、プレmRNA及びmRNA基質)の機能的なアデノシンからグアノシンへの編集のために使用され得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸(例えば、RNA)における標的アデノシンのADARに媒介される編集のためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。ADARに媒介されるRNA編集は、DNA編集を超えるいくつかの利点を提供し得、例えば、送達は、Cas9のような組換えタンパク質の発現を必要としないために単純化される。ADAR1及びADAR2の両方は内在性酵素であるため、オリゴヌクレオチドの細胞性送達のみで編集のために十分であり得る。オフターゲット作用は、たとえあったとしても一過的であり、ゲノムDNAに変化をもたらさない。さらに、ADARに媒介される編集は、分裂終了細胞において使用され得、これは、修復のためのHDR鋳型を必要としない。3つの脊椎動物ADAR遺伝子が、共通の機能ドメインと共に報告されている(Nishikura Nat Rev Mol Cell Biol. 2016 Feb;17(2):83-96.;Nishikura Annu Rev Biochem. 2010;79:321-349.;Thomas and Beal Bioessays. 2017 Apr;39(4))。3つのADARの全てが、dsRNA基質と接触し得るdsRNA結合ドメイン(dsRBD)を含有する。いくつかのADAR1は、Z-DNA結合ドメインも含有する。ADAR1は、脳、肺、腎臓、肝臓、及び心臓等において著しく発現されることが報告されており、2つのアイソフォームで存在し得る。いくつかの実施形態では、アイソフォームp150は、インターフェロンによって誘導され得る一方で、アイソフォームp110は、構成的に発現され得る。いくつかの実施形態では、広範且つ構成的に発現されることが報告されているため、p110を利用することが有利であり得る。ADAR2は、例えば、脳及び肺において高度に発現され得、核に排他的に局在されることが報告されている。ADAR3は、触媒的に不活性であり、脳にのみ発現されることが報告されている。組織発現における潜在的な相違は、治療標的を選択する際に考慮に入れられ得る。
ADARによるRNA編集のためのオリゴヌクレオチドの使用が報告されている。特に、本開示は、以前に報告された技術が一般に、1つ又は複数の欠点、例えば、低い安定性(例えば、天然のRNA糖を有するオリゴヌクレオチド)、低い編集効率、低い編集特異性(例えば、いくつかのAが、オリゴヌクレオチドと実質的に相補的な標的核酸の一部において編集される)、ADAR認識/リクルートメントに関するオリゴヌクレオチドにおける特異的な構造、外来タンパク質(例えば、編集のために特異的な構造を有するオリゴヌクレオチド及び/又はその二重鎖(例えば、標的核酸との)を認識するように操作されたもの)等を有することを認識する。さらに、以前に報告された技術は通常、オリゴヌクレオチドが修飾されたヌクレオチド間結合の1つ又は複数のキラルの結合リンを含む場合には、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を利用する。
例えば、様々な報告されたオリゴヌクレオチドは、ADARリクルートドメインを含有する。Merkle et al.,Nat Biotechnol. 2019 Feb;2019 Feb;37(2):133-138は、内在性転写物を転写するために内在性ヒトADAR2をリクルートする分子内ステムループである不完全な20bpのヘアピンADARリクルートドメインを含むオリゴヌクレオチドを開示した。Mali et al.,Nat Methods. 2019 Mar;16(3):239-242において報告されるオリゴヌクレオチドは、標的mRNAにハイブリダイズする特異性ドメインに加えて、ADAR基質のGluR2プレ-メッセンジャーRNA配列又はMS2ヘアピンを含有する。
ある特定の報告された編集手法は、外来又は操作されたタンパク質(例えば、CRISPR/Cas9系を利用するもの)を利用する。例えば、Komor et al.Nature 2016 volume533,pages420-424は、プログラム可能なDNA塩基エディターを作製するためにCRISPR-Cas9と結合したデアミナーゼを開示した。これは、外来編集タンパク質において結合するため、CRISPR/Cas9系及びガイドRNAの両方の送達を必要とする。
特に、本開示は、以前のアデノシン編集技術が有する1つ、又は複数、又は全ての欠点を、例えば、本明細書で説明されている設計されたオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供することにより解決するための糖修飾、塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾、立体化学の制御、その様々なパターン等の1つ又は複数の特徴を含むオリゴヌクレオチドを提供する。例えば、本明細書で実証される通り、ADARリクルートループは、任意選択であり、提供される技術に要求とされない。
当業者によって理解される通り、そのような有用な特徴の1つ又は複数を利用して、以前の技術(例えば、各々のオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物が独立して参照により組み込まれる、国際公開第2016097212号、同第2017220751号、同第2018041973号、同第2018134301号で説明されているもの)におけるオリゴヌクレオチドを改善し得る いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている1つ又は複数の有用な特徴を以前に報告されたオリゴヌクレオチド塩基配列に適用することによる、以前の技術の改善を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、アデノシン編集に有用であり得る以前に報告されたオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を使用する以前に報告されたアデノシン編集の、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を使用してそのような編集を実施することによる改善を提供する。
報告された通り、ADARタンパク質は、様々なアイソフォームを有し得る。例えば、ADAR1は、とりわけ、報告されたp110アイソフォーム及び報告されたp150アイソフォームを有する。いくつかの実施形態では、ある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のアイソフォーム、いくつかの実施形態では、p110及びp150の両方のアイソフォームにより高いレベルのアデノシン修飾(例えば、AからIへの変換)を提供し得る一方で、立体的に不規則な組成物は、1つ又は複数のアイソフォーム(例えば、p110)に関して低いレベルのアデノシン修飾を提供することが観察された。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ADAR1のp110アイソフォームを発現するか又は含む系(例えば、細胞、組織、器官、生物、対象等)、特に、p150アイソフォームと比較して高いレベルのADAR1のp110アイソフォームを発現するか若しくは含むもの、又はADAR1 p150をまったく発現しないか若しくは低いレベルで発現するものにおけるアデノシン修飾に特に有用である。
いくつかの実施形態では、本開示は、構造中にステムループを必要としないシス作用性(CisA)オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基対形成を介して標的mRNAとdsRNA構造を形成し得る。いくつかの実施形態では、形成されたdsRNA構造(任意選択的に二次的なミスマッチを有する)は、ADAR結合を促進し、従って、ADARに媒介される編集(例えば、標的アデノシンの脱アミノ化)を促進し得るバルジを含有する。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、LSLオリゴヌクレオチド又はCSLオリゴヌクレオチドより短く、例えば、32nt以下若しくは約32nt、31nt以下若しくは約31nt、30nt以下若しくは約30nt、29nt以下若しくは約29nt、28nt以下若しくは約28nt、27nt以下若しくは約27nt、又は26nt以下若しくは約26ntの長さであり、高い編集効率を提供し得る。
二重鎖化領域及び標的化領域
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドであって、
二重鎖化領域;及び
標的化領域
を含み、
二重鎖化領域は、核酸と二重鎖を形成し得、及び
標的化領域は、標的アデノシンを含む標的核酸と二重鎖を形成し得る、
オリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドであって、
二重鎖化領域;及び
標的化領域
を含み、
二重鎖化領域は、核酸と二重鎖を形成し得、及び
標的化領域は、標的アデノシンを含む標的核酸と二重鎖を形成し得る、
オリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、本明細書で説明されている通りの第1のドメインであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的化領域は、本明細書で説明されている通りの第2のドメインであるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、核酸と二重鎖を形成し得、この核酸は、標的核酸ではない。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、標的核酸と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、細胞等の系中で発現された核酸と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、オリゴヌクレオチド等の外来核酸と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、RNA部分であるか又はそれを含む核酸と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ポリペプチド(例えば、ADARポリペプチド、例えば、ADAR1(p110、又はp150、又は両方)、ADAR2等)により認識され得る。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ポリペプチド(例えば、ADARポリペプチド、例えば、ADAR1(p110、又はp150、又は両方)、ADAR2等)をリクルートし得る。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1 p110をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1 p150をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR2をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1 p110及びp150をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1及びADAR2をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1 p110、ADAR p150、及び/又はADAR2をリクルートする。いくつかの実施形態では、形成された二重鎖は、ADAR1 p110及びp150、並びにADAR2をリクルートする。
いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、オリゴヌクレオチド(このオリゴヌクレオチドは、「二重鎖化オリゴヌクレオチド」と称され得る)と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された核酸塩基、修飾された糖、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、二重鎖化領域に相補的な二重鎖形成領域を含む。当業者が理解するように、多くの場合には、完全な相補性は必要ではなく、1つ又は複数のゆらぎ、バルジ、ミスマッチ等が十分に許容され得る。例えば、ADAR部分は、完全な相補性の二重鎖及び不完全な相補性の二重鎖の両方に結合し、及び/又はこれらを基質として利用することが報告されている。
二重鎖化領域及び/又は二重鎖形成領域は、様々な長さのものであり得る。いくつかの実施形態では、これらは、少なくとも10個(例えば、約又は少なくとも約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個以上、約10~20、10~25、10~30、10~40、10~50、10~100、14~20、14~25、14~30、14~40、14~50、14~100、15~20、15~25、15~30、15~40、15~50、15~100、16~20、16~25、16~30、16~40、16~50、16~100、17~20、17~25、17~30、17~40、17~50、17~100、18~20、18~25、18~30、18~40、18~50、18~100、19~20、19~25、19~30、19~40、19~50、19~100、20~25、20~30、20~40、20~50、20~100個等)のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約10個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約11個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約12個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約13個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約14個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約15個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約16個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約17個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約18個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約19個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約20個のヌクレオシドの長さである。
いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、二重鎖形成領域からなるか、又はそれから本質的になる。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、二重鎖形成領域に加えて、1つ又は複数の追加の領域をさらに含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、ステム-ループ領域(例えば、図35で説明されている)を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、二重鎖形成領域と、ステム-ループ構造とを含むか、又はこれらからなる。いくつかの実施形態では、ステム領域は、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個(例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個以上、約4~10、4~15、4~20、4~25、4~30、4~40、4~50、5~10、5~15、5~20、5~25、5~30、5~40、5~50、6~10、6~15、6~20、6~25、6~30、6~40、6~50、7~10、7~15、7~20、7~25、7~30、7~40、7~50、8~10、8~15、8~20、8~25、8~30、8~40、8~50、9~10、9~15、9~20、9~25、9~30、9~40、9~50、10~15、10~25、10~30、10~40、10~50、10~100個等)の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、これは、約又は少なくとも約5個の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、これは、約又は少なくとも約6個の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、これは、約又は少なくとも約7個の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、これは、約又は少なくとも約8個の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、これは、約又は少なくとも約9個の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、これは、約又は少なくとも約10個の核酸塩基の長さである。
いくつかの実施形態では、1つ又は複数の追加の領域は、ポリペプチド(例えば、ADAR1(p110及び/又はp150)、及び/又はADAR2)のリクルートメント、及び/又これによる認識、及び/又はこれとの相互作用を促進し得、助長し得、容易にし得、及び/又は寄与し得る。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の追加の領域を含むオリゴヌクレオチドを二重鎖化するために、そのような追加の領域がない場合と比較して短い二重鎖形成領域を利用し得る。
いくつかの実施形態では、二重鎖領域と二重鎖化オリゴヌクレオチドとにより形成された二重鎖構造は、ポリペプチド(例えば、ADAR1(p110及び/又はp150)、及び/又はADAR2)をリクルートし得る。いくつかの実施形態では、二重鎖構造は、国際公開第2016/097212号で説明されている通りのリクルート部分であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の、本明細書で説明されている通りの糖、核酸塩基、及び/又はヌクレオチド間結合の修飾を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖修飾を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチド中の糖の大部分(本明細書で説明されている通り)、又は全ては、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の大部分(本明細書で説明されている通り)又は全ては、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の大部分(本明細書で説明されている通り)又は全ては、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む場合には、5’及び/又は3’末端での1つ又はいくつかのヌクレオチド間結合は、独立して、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’及び3’末端の両方でのいくつかのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5等)のヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、例えばホスホロチオエートヌクレオチド間結合等の修飾されたヌクレオチド間結合の数を増加させることにより、例えば、より多くの天然のDNA/RNA糖、2’-F修飾された糖等が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等の修飾されたヌクレオチド間結合に結合している場合には、編集効率を上昇させ得る。
いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、1つ又は複数の、本明細書で説明されている通りの糖、核酸塩基、及び/又はヌクレオチド間結合の修飾を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、1つ又は複数(例えば、1~30、1~20、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く等)の、本明細書で説明されている通りの修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域中の糖の大部分(本明細書で説明されている通り)又は全ては、それぞれ独立して、本明細書で説明されている通りの修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域中の糖の約50%~100%、60%~100%、70%~100%、50%~90%、50%~80%、60%~90%、60%~80%、70%~90%、70%~80%、又は約若しくは少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくはより多くは、それぞれ独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数の糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数の糖は、独立して、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの両方の末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)の糖は、それぞれ独立して、修飾された糖であり;例えば、いくつかのオリゴヌクレオチドでは、5’末端での3個以上の糖は、2’-OMe修飾された糖であり、3’末端での4個以上の糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、1つ又は複数(例えば、1~30、1~20、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く等)の、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’及び/又は3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、例えば、いくつかの実施形態では、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合、n001、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、オリゴヌクレオチドの3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の大部分(本明細書で説明されている通り)又は全ては、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、キラル修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域は、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む場合には、5’及び/又は3’末端での1つ又はいくつかのヌクレオチド間結合は、独立して、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合である いくつかの実施形態では、5’及び3’末端の両方でのいくつかのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5等)のヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5等)の天然のリン酸結合の組み込みにより、編集効率が上昇する。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域中のヌクレオチド間結合の大部分(例えば、50%~100%、60%~100%、70%~100%、50%~90%、50%~80%、60%~90%、60%~80%、70%~90%、70%~80%、又や約若しくは少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより多く)は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数の天然のリン酸結合(存在する場合)を除いて、二重鎖化領域中のそれぞれの他のヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、標的化領域は、本明細書で説明されている通りの編集領域であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的化領域は、本明細書で説明されている通りの5’-N1N0N-1-3’を含む。
いくつかの実施形態では、標的化領域は、1つ又は複数の、本明細書で説明されている通りの糖、核酸塩基、及び/又はヌクレオチド間結合の修飾を含む。いくつかの実施形態では、標的化領域は、1つ又は複数(例えば、1~30、1~20、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く等)の、本明細書で説明されている通りの修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、標的化領域中の糖の大部分(本明細書で説明されている通り)又は全ては、それぞれ独立して、本明細書で説明されている通りの修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、標的化領域中の糖の約50%~100%、60%~100%、70%~100%、50%~90%、50%~80%、60%~90%、60%~80%、70%~90%、70%~80%、又は約若しくは少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくはより多くは、それぞれ独立して、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)である。いくつかの実施形態では、標的化領域中の糖の約50%~100%、60%~100%、70%~100%、50%~90%、50%~80%、60%~90%、60%~80%、70%~90%、70%~80%、又は約若しくは少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくはより多くは、それぞれ独立して、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、標的化領域中の糖の約50%~100%、60%~100%、70%~100%、50%~90%、50%~80%、60%~90%、60%~80%、70%~90%、70%~80%、又は約若しくは少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくはより多くは、それぞれ独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、編集領域中の糖を除く標的化領域中のそれぞれの糖は、独立して、本明細書で説明されている通りの修飾された糖である。いくつかの実施形態では、編集領域中の糖を除く標的化領域中のそれぞれの糖は、独立して、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、編集領域中の糖を除く標的化領域中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、編集領域中の糖を除く標的化領域中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いくつかの実施形態では、編集領域中の糖を除く標的化領域中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、編集領域は、3つのヌクレオシドを含むか又はこれらからなり、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、この3つの中央である。いくつかの実施形態では、編集領域は、3つのヌクレオシドからなり、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、この3つの中央である。いくつかの実施形態では、編集領域は、5’-N1N0N-1-3’を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)の糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)の糖は、独立して、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、C1~6脂肪族である)である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの両方の末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)の糖は、それぞれ独立して、修飾された糖であり;例えば、いくつかのオリゴヌクレオチドでは、5’末端での3個以上の糖は、2’-OMe修飾された糖であり、3’末端での4個以上の糖は、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、標的化領域は、1つ又は複数(例えば、1~30、1~20、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く等)の、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’及び/又は3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、例えば、いくつかの実施形態では、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合、n001、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、オリゴヌクレオチドの3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の大部分(本明細書で説明されている通り)又は全ては、独立して、Spである。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである。いくつかの実施形態では、キラル修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、標的化領域は、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個以上)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む場合には、5’及び/又は3’末端での1つ又はいくつかのヌクレオチド間結合は、独立して、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合である いくつかの実施形態では、5’及び3’末端の両方でのいくつかのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、5’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5個等)のヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、3’末端での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5等)のヌクレオチド間結合は、本明細書で説明されている通りの修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である。いくつかの実施形態では、標的化領域での1つ又は複数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2~20、2~10、2~5、3~5等)の天然のリン酸結合の組み込みにより、編集効率が上昇する。いくつかの実施形態では、標的化域中のヌクレオチド間結合の大部分(例えば、50%~100%、60%~100%、70%~100%、50%~90%、50%~80%、60%~90%、60%~80%、70%~90%、70%~80%、又や約若しくは少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより多く)は、独立して、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの末端での1つ又は複数の天然のリン酸結合(存在する場合)を除いて、標的化領域中のそれぞれの他のヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、標的化領域は、標的核酸中の配列に相補的である。いくつかの実施形態では、核酸は、RNAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、RNAである。いくつかの実施形態では、標的領域が相補的な標的核酸中の配列は、標的アデノシンを含む。当業者が理解するように、多くの場合には、完全な相補性は必要ではなく、1つ又は複数のゆらぎ、バルジ、ミスマッチ等が存在してもよい。
標的化領域は、様々な長さのものであり得る。いくつかの実施形態では、標的化領域は、少なくとも10個(例えば、約又は少なくとも約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個以上、約10~20、10~25、10~30、10~40、10~50、10~100、14~20、14~25、14~30、14~40、14~50、14~100、15~20、15~25、15~30、15~40、15~50、15~100、16~20、16~25、16~30、16~40、16~50、16~100、17~20、17~25、17~30、17~40、17~50、17~100、18~20、18~25、18~30、18~40、18~50、18~100、19~20、19~25、19~30、19~40、19~50、19~100、20~25、20~30、20~40、20~50、20~100個等)のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約10個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約11個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約12個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約13個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約14個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約15個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約16個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約17個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約18個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約19個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約20個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約21個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約22個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約23個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約24個のヌクレオシドの長さである。いくつかの実施形態では、長さは、約又は少なくとも約25個のヌクレオシドの長さである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化領域と、二重鎖化領域とを含み、標的化領域は、二重鎖化領域の3’側に存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化領域と、二重鎖化領域とを含み、標的化領域は、二重鎖化領域の5’側に存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化領域と、二重鎖化領域とからなり、標的化領域は、二重鎖化領域の3’側に存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化領域と、二重鎖化領域とからなり、標的化領域は、二重鎖化領域の5’側に存在している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化領域と、二重鎖化領域と、この標的化領域及び二重鎖化領域の間のリンカー領域とを含む。いくつかの実施形態では、リンカー領域は、オリゴヌクレオチド部分を含むか、又はそれである。
いくつかの実施形態では、二重鎖化領域と、標的化領域とを含むオリゴヌクレオチドは、他の核酸(例えば、二重鎖化オリゴヌクレオチド)と、二重鎖を含む複合体を形成する。いくつかの実施形態では、本開示は、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドと、二重鎖化領域と二重鎖を形成する核酸とを含む二重鎖を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドと、二重鎖化オリゴヌクレオチドとを含む二重鎖を提供する。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が利用される(例えば、WV-42707)。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物が利用される。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が利用される(例えば、WV-42724)。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオのキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物が利用される(例えば、WV-42721)。
いくつかの実施形態では、二重鎖は、投与前に形成される。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドと、これと二重鎖を形成する核酸(「二重鎖化核酸」と称され得る)とを別々に投与する。いくつかの実施形態では、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドを、二重鎖化核酸(例えば、本明細書で説明されている様々な二重鎖化オリゴヌクレオチド)の前に投与するか、(単一若しくは複数の組成物で)同時に投与するか、又は後に投与する。いくつかの実施形態では、二重鎖化核酸は、細胞中に存在しており、及び/又は細胞により発現され得、そのため、直接投与する必要がない場合がある。
二重鎖化領域及び標的化領域を含むある特定のオリゴヌクレオチド、及び/又は二重鎖化核酸(例えば、二重鎖化オリゴヌクレオチド)、及び/又は使用が、例として、図33、図34、及び図35等で説明されている。
いくつかの実施形態では、標的核酸は、RNAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的核酸は、mRNAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的核酸中の標的アデノシンは、Iに編集される。
オリゴヌクレオチド及び組成物の作製
様々な方法を、オリゴヌクレオチド及び組成物の作製に利用し得、且つ本開示に従って利用し得る。例えば、従来のホスホラミダイト化学反応(例えば、-CH2CH2CN及び-N(i-Pr)2を含むホスホラミダイト)を利用して、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及び組成物を調製し得、ある特定の試薬及びキラル制御された技術を利用して、例えば、各々の試薬及び方法が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている通りキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製し得る。
様々な方法を、オリゴヌクレオチド及び組成物の作製に利用し得、且つ本開示に従って利用し得る。例えば、従来のホスホラミダイト化学反応(例えば、-CH2CH2CN及び-N(i-Pr)2を含むホスホラミダイト)を利用して、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及び組成物を調製し得、ある特定の試薬及びキラル制御された技術を利用して、例えば、各々の試薬及び方法が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている通りキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及びその組成物のキラル制御された/立体選択的な調製は、例えば、単量体、二量体(例えば、分離からキラルに純粋な二量体)、単量体ホスホラミダイト、二量体ホスホラミダイト(例えば、分離からキラルに純粋な二量体)等の一部としての不斉補助剤の利用を含む。そのような不斉補助剤、単量体、二量体、及びホスホラミダイトの例は、各々の不斉補助剤、単量体、二量体、及びホスホラミダイトが独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、同第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、各々の不斉補助剤が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第2018/022473号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号のいずれかで説明されている不斉補助剤である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド合成サイクル、試薬、及び条件を含むキラル制御された調製技術は、各々のオリゴヌクレオチド合成方法、サイクル、試薬、及び条件が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、及び同第2018/098264号、同第2018/022473号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/032612号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2018/223056号、同第2018/223073号、同第2018/223081号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている。
合成されると、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は通常、さらに精製される。好適な精製技術は、当業者によって広く知られ、行われており、各々の精製技術が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、及び同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されているものが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、修飾、及びデブロッキングを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、修飾、キャップ付加及びデブロッキングを含むか、又はそれらからなる。これらの工程は通常、それらが列挙される順序で実施されるが、いくつかの実施形態では、当業者によって理解される通り、ある特定の工程(例えば、キャップ付加及び修飾)の順序は、変更されてもよい。必要に応じて、当業者が多くの場合に合成において実施するように、1つ又は複数の工程は、変換、収率、及び/又は純度を改善するために繰り返され得る。例えば、いくつかの実施形態では、カップリングが繰り返されてもよく;いくつかの実施形態では、修飾(例えば、=Oを導入するための酸化、=Sを導入するための硫化等)が繰り返されてもよく;いくつかの実施形態では、カップリングが、P(III)結合をある特定の条件下でより安定であり得るP(V)結合に変換させ得る修飾の後に繰り返され、カップリングの後、慣例的に、新たに形成されたP(III)結合をP(V)結合に変換する修飾が行われる。いくつかの実施形態では、工程が繰り返される場合には、異なる条件が利用されてもよい(例えば、濃度、温度、試薬、時間等)。
提供されるオリゴヌクレオチドを製剤化し及び/又は例えば、様々な経路を介する対象への投与のための医薬組成物を調製するための技術、例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、又は同第2018/237194号、及びこれらで引用される参考文献で説明されているものは、当技術分野で容易に利用可能であり、本開示に従って利用され得る。
提供されるオリゴヌクレオチドを製剤化し及び/又は例えば、様々な経路を介する対象への投与のための医薬組成物を調製するための技術、例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、又は同第2018/237194号、及びこれらで引用される参考文献で説明されているものは、当技術分野で容易に利用可能であり、本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造又はその塩を有しており、
式中、RC11は、-LC1-RC1であり、LC1は、任意選択的に置換された-CH2-であり、RC1は、R、-Si(R)3、-SO2R、又は電子求引性基であり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~10員飽和環を形成する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造を有しており、式中、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員飽和環を形成する。形成される環は、任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造又はその塩を有している。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、DPSE不斉補助剤である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤の純度又は立体化学的純度は、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも96%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも97%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも98%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも99%である。
の構造又はその塩を有しており、
式中、RC11は、-LC1-RC1であり、LC1は、任意選択的に置換された-CH2-であり、RC1は、R、-Si(R)3、-SO2R、又は電子求引性基であり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~10員飽和環を形成する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造を有しており、式中、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員飽和環を形成する。形成される環は、任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造又はその塩を有している。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、DPSE不斉補助剤である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤の純度又は立体化学的純度は、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも96%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも97%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも98%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも99%である。
いくつかの実施形態では、LC1は、-CH2-である。いくつかの実施形態では、LC1は、置換された-CH2-である。いくつかの実施形態では、LC1は、一置換された-CH2-である。
いくつかの実施形態では、RC1は、Rである。いくつかの実施形態では、RC1は、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、RC1は、-SiR3である。いくつかの実施形態では、RC1は、-SiPh2Meである。いくつかの実施形態では、RC1は、-SO2Rである。いくつかの実施形態では、Rは、水素ではない。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、Rは、C1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。いくつかの実施形態では、Rは、t-ブチルである。
いくつかの実施形態では、RC1は、-C(O)R、-OP(O)(OR)2、-OP(O)(R)2、-P(O)(R)2、-S(O)R、-S(O)2R等の電子求引性基である。いくつかの実施形態では、電子求引性基RC1基を含む不斉補助剤は、キラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び/又は天然のRNA糖に結合したキラル制御されたヌクレオチド間結合を調製するのに特に有用である。
いくつかの実施形態では、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択的に置換された3~10(例えば、3、4、5、6、7、8、9、又は10)員飽和環を形成する。いくつかの実施形態では、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択的に置換された5員飽和環を形成する。
いくつかの実施形態では、化合物は、H-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-SHの構造又はその塩を有しており、式中、XCは、O又はSであり、RC5及びRC6のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、そのような化合物は、単量体の調製に有用である。いくつかの実施形態では、そのような化合物は、不斉補助剤として有用である。いくつかの実施形態では、そのような化合物は、オリゴヌクレオチド合成で利用された場合に、結合リンにより窒素原子間で結合を形成する単量体の調製に特に有用である(例えば、sm01、sm18等を含む単量体)。いくつかの実施形態では、XCは、Oである。いくつかの実施形態では、XCは、Sである。いくつかの実施形態では、1つのRC5は、-Hである。いくつかの実施形態では、1つのRC6は、-Hである。いくつかの実施形態では、化合物は、H-XC-CHRC5-CHRC6-SHの構造又はその塩を有する。いくつかの実施形態では、RC5は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RC5は、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RC5は、メチルである。いくつかの実施形態では、RC6は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、RC6は、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、RC6は、メチルである。いくつかの実施形態では、化合物は、HOCH(CH3)CH(CH3)SHである。いくつかの実施形態では、化合物は、HSCH(CH3)CH(CH3)SHである。いくつかの実施形態では、1つのRC5は、水素ではない。いくつかの実施形態では、1つのRC6は、水素ではない。いくつかの実施形態では、1つのRC5及び1つのRC6は、これらの介在原子と合せて、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20(例えば、3~15、3~10、5~10、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)員の単環式、二環式、又は多環式の環を形成する いくつかの実施形態では、形成される環は、単環式である。いくつかの実施形態では、1つのRC5及び1つのRC6は、これらの介在原子と合せて、任意選択的に置換された4~8、4~7、5~8、5~7、4、5、6、7、又は8員の単環式環を形成する。いくつかの実施形態では、形成された環は、飽和シクロアルキル環である。いくつかの実施形態では、形成された環は、シクロヘキシル環である。いくつかの実施形態では、形成された環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成された環は、ヘテロ原子環原子を有しない。いくつかの実施形態では、それぞれの単環式環単位は、独立して、3~10員であり、及び/又は独立して、飽和、部分不飽和、又は芳香族であり、且つ0~5個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、
又はその塩であり、式中、シクロヘキシル環は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、化合物は、
又はその塩であり、式中、シクロヘキシル環は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、置換基は、C1~6脂肪族であり、例えば、-C(CH3)=CH2である。例えば、いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
又はその塩であり、式中、シクロヘキシル環は、任意選択的に置換されている。
又はその塩であり、式中、シクロヘキシル環は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、化合物は、
又はその塩であり、式中、シクロヘキシル環は、任意選択的に置換されている。いくつかの実施形態では、置換基は、C1~6脂肪族であり、例えば、-C(CH3)=CH2である。例えば、いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
又はその塩であり、式中、シクロヘキシル環は、任意選択的に置換されている。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び/又は組成物を調製する方法は、例えば、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合を構築するために、本明細書で説明されている不斉補助剤を使用することを含む。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、DPSE不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、DPSE不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
又はその塩(式中、RAUは、本明細書で説明されている通りである)を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、独立して、
又はその塩を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
又はその塩を使用して構築される。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されたC1~20、C1~10、C1~6、C1~5、又はC1~4脂肪族である。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されたC1~20、C1~10、C1~6、C1~5、又はC1~4アルキルである。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RAUは、フェニルである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、PSM不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、独立して、PSM不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PSM不斉補助剤を使用して構築される。当業者によって理解される通り、不斉補助剤は、オリゴヌクレオチド調製のために、ホスホラミダイト(例えば、
(DPSEホスホラミダイト)、
(式中、RAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、PSMホスホラミダイトである)、RNSは、任意選択的に置換された/保護されたヌクレオシド(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に保護される)、又はその塩等である)において利用される場合が多い。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
の構造を有する化合物又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されているフェニルである。いくつかの実施形態では、RAUは、フェニルである。いくつかの実施形態では、RNSは、ヒポキサンチンを含む任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたデオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-Fイノシン(2’-OHが2’-Fで置き換えられている)である。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-OR修飾されたイノシン(2’-OHが、本明細書で説明されている通りの2’-OR修飾(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)で置き換えられている)である。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンは、O6保護されている。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンは、-L-Si(R)3(式中、Lは、任意選択的に置換された-CH2-CH2-であり、それぞれのRは、独立して、本明細書で説明されている通りであり、且つ-Hではない)で保護されたO6である。いくつかの実施形態では、それぞれのRは、独立して、C1~6脂肪族及びフェニルから選択される任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、それぞれR’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、-L-Si(R)3は、-CH2CH2Si(Me)3である。いくつかの実施形態では、(例えば、-CH2CH2Si(Me)3により)O6保護されたヒポキサンチンを含む化合物は、対応するO6保護されていない化合物と比べて高い溶解度を有しており、本開示に従うオリゴヌクレオチド合成に利用される場合には、様々な利益及び利点を提供し得る。いくつかの実施形態では、
の構造又はその塩を有する化合物において、RNSは、(例えば、-CH2CH2Si(Me)3により)O6保護されたヒポキサンチンを含む いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護されたイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護されたデオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護された2’-Fイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護された2’-OR修飾されたイノシンであり、この2’-OR修飾は、本明細書で説明されている通りである(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)。特に、本開示は、そのような化合物は、オリゴヌクレオチド合成に十分な溶解度を有しており、且つオリゴヌクレオチド合成で利用され得、O6保護を有しない対応する化合物は、効率的なオリゴヌクレオチド合成に十分な溶解度を有しない場合があるという認識を包含する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(6-(2-(トリメチルシリル)エトキシ)-9H-プリン-9-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホールである。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(6-(2-(トリメチルシリル)エトキシ)-9H-プリン-9-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホールである。いくつかの実施形態では、
の構造又はその塩を有する化合物において、RNSは、O6保護されていないヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されていない。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたデオキシイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されていない。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-Fイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されていない。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-OR修飾されたイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されておらず、この2’-OR修飾は、本明細書で説明されている通りである(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)。特に、本開示は、そのような化合物は、オリゴヌクレオチド合成に十分な溶解度を有しており、且つO6を使用することなくオリゴヌクレオチド合成で利用され得るという認識を包含する。
又はその塩(式中、RAUは、本明細書で説明されている通りである)を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、独立して、
又はその塩を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
又はその塩を使用して構築される。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されたC1~20、C1~10、C1~6、C1~5、又はC1~4脂肪族である。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されたC1~20、C1~10、C1~6、C1~5、又はC1~4アルキルである。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、RAUは、フェニルである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、PSM不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)は、独立して、PSM不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PSM不斉補助剤を使用して構築される。当業者によって理解される通り、不斉補助剤は、オリゴヌクレオチド調製のために、ホスホラミダイト(例えば、
(DPSEホスホラミダイト)、
(式中、RAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、PSMホスホラミダイトである)、RNSは、任意選択的に置換された/保護されたヌクレオシド(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に保護される)、又はその塩等である)において利用される場合が多い。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
の構造を有する化合物又はその塩(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RAUは、任意選択的に置換されているフェニルである。いくつかの実施形態では、RAUは、フェニルである。いくつかの実施形態では、RNSは、ヒポキサンチンを含む任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたデオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-Fイノシン(2’-OHが2’-Fで置き換えられている)である。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-OR修飾されたイノシン(2’-OHが、本明細書で説明されている通りの2’-OR修飾(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)で置き換えられている)である。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンは、O6保護されている。いくつかの実施形態では、ヒポキサンチンは、-L-Si(R)3(式中、Lは、任意選択的に置換された-CH2-CH2-であり、それぞれのRは、独立して、本明細書で説明されている通りであり、且つ-Hではない)で保護されたO6である。いくつかの実施形態では、それぞれのRは、独立して、C1~6脂肪族及びフェニルから選択される任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、それぞれR’は、独立して、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、-L-Si(R)3は、-CH2CH2Si(Me)3である。いくつかの実施形態では、(例えば、-CH2CH2Si(Me)3により)O6保護されたヒポキサンチンを含む化合物は、対応するO6保護されていない化合物と比べて高い溶解度を有しており、本開示に従うオリゴヌクレオチド合成に利用される場合には、様々な利益及び利点を提供し得る。いくつかの実施形態では、
の構造又はその塩を有する化合物において、RNSは、(例えば、-CH2CH2Si(Me)3により)O6保護されたヒポキサンチンを含む いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護されたイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護されたデオキシイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護された2’-Fイノシンである。いくつかの実施形態では、RNSは、O6保護された2’-OR修飾されたイノシンであり、この2’-OR修飾は、本明細書で説明されている通りである(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)。特に、本開示は、そのような化合物は、オリゴヌクレオチド合成に十分な溶解度を有しており、且つオリゴヌクレオチド合成で利用され得、O6保護を有しない対応する化合物は、効率的なオリゴヌクレオチド合成に十分な溶解度を有しない場合があるという認識を包含する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(6-(2-(トリメチルシリル)エトキシ)-9H-プリン-9-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホールである。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(6-(2-(トリメチルシリル)エトキシ)-9H-プリン-9-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホールである。いくつかの実施形態では、
の構造又はその塩を有する化合物において、RNSは、O6保護されていないヒポキサンチンである。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されていない。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護されたデオキシイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されていない。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-Fイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されていない。いくつかの実施形態では、RNSは、任意選択的に置換されたか又は保護された2’-OR修飾されたイノシンであり、ヒポキサンチンは、保護されておらず、この2’-OR修飾は、本明細書で説明されている通りである(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)。特に、本開示は、そのような化合物は、オリゴヌクレオチド合成に十分な溶解度を有しており、且つO6を使用することなくオリゴヌクレオチド合成で利用され得るという認識を包含する。
いくつかの実施形態では、方法は、DPSE及び/又はPSMホスホラミダイト又はその塩を供給することを含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、DPSE及び/又はPSMホスホラミダイト又はその塩と、-OH(例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の5’-OH)とを接触させることを含む。当業者が理解する通り、接触させることを、リン結合が形成されるように様々な好適な条件下で実施し得る。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の調製は、独立して、DPSE若しくはPSMホスホラミダイト又はその塩と、-OH(例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の5’-OH)とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の調製は、独立して、DPSEホスホラミダイト又はその塩と、-OH(例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の5’-OH)とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)の調製は、独立して、PSMホスホラミダイト又はその塩と、-OH(例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の5’-OH)とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の調製は、独立して、PSMホスホラミダイト又はその塩と、-OH(例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の5’-OH)とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、接触させることを、2つの糖及び不斉補助剤部分(例えば、
、又はその塩形態(例えば、DPSEホスホラミダイト又はその塩に由来する)、
、又はその塩形態(式中、RAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)に結合したリン原子を含むP(III)結合を形成する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば、DPSE又はPSMホスホラミダイトに由来する不斉補助剤部分を含むP(III)結合を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤部分を含むP(III)結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、不斉補助剤部分を、例えば、P(III)結合をP(V)結合に変換する前(例えば、硫化、アジドと反応させる前等)に保護し得る。いくつかの実施形態では、保護された不斉補助剤は、
、又はその塩形態(例えば、式中、R’は、独立して、本明細書で説明されている通りであり;例えば、DPSEホスホラミダイト又はその塩に由来する)、又は
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)(それぞれのR’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)R(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-CH3である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、保護された不斉補助剤を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
又はその塩形態、又は
、又はその塩形態を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
、又はその塩形態を含む。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RAUは、Phである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-1)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-2)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-5)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-6)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端のヌクレオチド間結合は、PIII-1、PIII-2、PIII-5、又はPIII-6である。いくつかの実施形態では、5’末端のヌクレオチド間結合は、PIII-1又はPIII-2である。いくつかの実施形態では、R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RAUは、-Phである。いくつかの実施形態では、P(III)結合は、P(V)結合に変換される。いくつかの実施は、P(V)結合は、2つの糖、不斉補助剤部分(例えば、
、又はその塩形態(式中、R’は、本明細書で説明されている通りであり;例えば、DPSEホスホラミダイト又はその塩に由来する)、
、又はその塩形態(式中、R’及びRAUのそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及びS又は
に結合したリン原子を含む。いくつかの実施形態では、P(V)結合は、2つの糖、
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及びS又は
に結合したリン原子を含む。いくつかの実施形態では、P(V)結合は、2つの糖、
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及びSに結合したリン原子を含む。いくつかの実施形態では、P(V)結合は、2つの糖、
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及び
に結合したリン原子を含む。当業者は、
が、対イオン(例えば、いくつかの実施形態では、PF6 -)と共に存在し得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-1)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-2)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-3)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-4)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-5)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-6)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PIII-1、PIII-2、PIII-5、PIII-6、PV-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、及びPV-6から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PIII-1、PIII-2、PV-1、PV-2、PV-3、及びPV-4から選択される。いくつかの実施形態では、PIII-1、PIII-2、PIII-5、又はPIII-6の結合は通常、5’末端のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PV-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、及びPV-6から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PV-1、PV-2、PV-3、又はPV-4から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書(例えば、表1)で説明されている通りのオリゴヌクレオチドであり、各*Sは、独立して、PV-3又はPV-5で置き換えられており、各*Rは、独立して、PV-4又はPV-6で置き換えられており、各n001Rは、独立して、PV-1で置き換えられており、各n001Sは、独立して、PV-2で置き換えられている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書(例えば、表1)で説明されている通りのオリゴヌクレオチドであり、各*Sは、独立して、PV-3で置き換えられており、各*Rは、独立して、PV-4で置き換えられており、各n001Rは、独立して、PV-1で置き換えられており、各n001Sは、独立して、PV-2で置き換えられている。いくつかの実施形態では、それぞれの天然のリン酸結合は、独立して、前駆体であり、例えば、
である。いくつかの実施形態では、R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RAUは、-Phである。いくつかの実施形態では、方法は、ホスホロチオエート及び/又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)が形成される(例えば、V-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、PV-6等から)ように1つ又は複数の不斉補助剤部分の除去を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤(例えば、PSM)の除去は、無水条件下でオリゴヌクレオチドと塩基(例えば、DEA等のN(R)3)とを接触させることを含む。
、又はその塩形態(例えば、DPSEホスホラミダイト又はその塩に由来する)、
、又はその塩形態(式中、RAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)に結合したリン原子を含むP(III)結合を形成する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば、DPSE又はPSMホスホラミダイトに由来する不斉補助剤部分を含むP(III)結合を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤部分を含むP(III)結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、不斉補助剤部分を、例えば、P(III)結合をP(V)結合に変換する前(例えば、硫化、アジドと反応させる前等)に保護し得る。いくつかの実施形態では、保護された不斉補助剤は、
、又はその塩形態(例えば、式中、R’は、独立して、本明細書で説明されている通りであり;例えば、DPSEホスホラミダイト又はその塩に由来する)、又は
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)(それぞれのR’は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)R(式中、Rは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、Rは、-CH3である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、保護された不斉補助剤を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
又はその塩形態、又は
、又はその塩形態を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
、又はその塩形態を含む。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RAUは、Phである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-1)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-2)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-5)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PIII-6)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、5’末端のヌクレオチド間結合は、PIII-1、PIII-2、PIII-5、又はPIII-6である。いくつかの実施形態では、5’末端のヌクレオチド間結合は、PIII-1又はPIII-2である。いくつかの実施形態では、R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RAUは、-Phである。いくつかの実施形態では、P(III)結合は、P(V)結合に変換される。いくつかの実施は、P(V)結合は、2つの糖、不斉補助剤部分(例えば、
、又はその塩形態(式中、R’は、本明細書で説明されている通りであり;例えば、DPSEホスホラミダイト又はその塩に由来する)、
、又はその塩形態(式中、R’及びRAUのそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及びS又は
に結合したリン原子を含む。いくつかの実施形態では、P(V)結合は、2つの糖、
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及びS又は
に結合したリン原子を含む。いくつかの実施形態では、P(V)結合は、2つの糖、
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及びSに結合したリン原子を含む。いくつかの実施形態では、P(V)結合は、2つの糖、
、又はその塩形態(式中、それぞれのR’及びRAUは、独立して、本明細書で説明されている通りであり;RAUが-Phである場合には、例えば、PSMホスホラミダイト又はその塩に由来する)等)、及び
に結合したリン原子を含む。当業者は、
が、対イオン(例えば、いくつかの実施形態では、PF6 -)と共に存在し得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-1)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-2)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-3)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-4)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-5)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の
又はその塩形態(PV-6)(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PIII-1、PIII-2、PIII-5、PIII-6、PV-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、及びPV-6から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PIII-1、PIII-2、PV-1、PV-2、PV-3、及びPV-4から選択される。いくつかの実施形態では、PIII-1、PIII-2、PIII-5、又はPIII-6の結合は通常、5’末端のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PV-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、及びPV-6から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、PV-1、PV-2、PV-3、又はPV-4から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書(例えば、表1)で説明されている通りのオリゴヌクレオチドであり、各*Sは、独立して、PV-3又はPV-5で置き換えられており、各*Rは、独立して、PV-4又はPV-6で置き換えられており、各n001Rは、独立して、PV-1で置き換えられており、各n001Sは、独立して、PV-2で置き換えられている。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書(例えば、表1)で説明されている通りのオリゴヌクレオチドであり、各*Sは、独立して、PV-3で置き換えられており、各*Rは、独立して、PV-4で置き換えられており、各n001Rは、独立して、PV-1で置き換えられており、各n001Sは、独立して、PV-2で置き換えられている。いくつかの実施形態では、それぞれの天然のリン酸結合は、独立して、前駆体であり、例えば、
である。いくつかの実施形態では、R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)Rである。いくつかの実施形態では、R’は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RAUは、-Phである。いくつかの実施形態では、方法は、ホスホロチオエート及び/又は負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001)が形成される(例えば、V-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、PV-6等から)ように1つ又は複数の不斉補助剤部分の除去を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤(例えば、PSM)の除去は、無水条件下でオリゴヌクレオチドと塩基(例えば、DEA等のN(R)3)とを接触させることを含む。
いくつかの実施形態では、当業者によって理解される通り、キラル制御されたヌクレオチド間結合の調製のために、単量体又はホスホラミダイト(例えば、DPSE又はPSMホスホラミダイト)は通常、キラルに濃縮されたか又は純粋な形態(例えば、本明細書で説明されている通りの純度(例えば、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%、又は約100%))で利用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の調製のための有用な試薬を提供する。いくつかの実施形態では、単量体及びホスホラミダイトは、本明細書で説明されている通りのヌクレオシド、核酸塩基、及び糖を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基及び糖は、当業者が理解する通り、オリゴヌクレオチド合成のために適切に保護されている。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、RNS-P(OR)N(R)2(式中、RNSは、任意選択的に保護されたヌクレオシド部分である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2の構造を有する。いくつかの実施形態では、単量体は、環BAであるか又はそれを含む核酸塩基を含み、環BAは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択的に置換されているか、又は保護されている。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、環BAであるか又はそれを含む核酸塩基を含み、環BAは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択的に置換されているか、又は保護されている。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、不斉補助剤部分を含み、リンは、この不斉補助剤部分の酸素及び窒素原子に結合している。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
、又はその塩(式中、RNSは、保護されたヌクレオシド部分(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護された5’-OH及び/又は核酸塩基)であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
(式中、RNSは、保護されたヌクレオシド部分(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護された5’-OH及び/又は核酸塩基)であり、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員飽和環を形成し、カップリングは、ヌクレオチド間結合を形成する)の構造を有する。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、保護されている。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、-ODMTrとして保護されている。いくつかの実施形態では、RNSは、その3’-O-を介してリンに結合している。いくつかの実施形態では、RC2及びRC3によって形成される環は、任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
、又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、RNSは、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に保護されている修飾された核酸塩基(例えば、b001A、b002A、b003A、b008U、b001C等)を含む。いくつかの実施形態では、単量体は、
又はその塩の構造を有し、式中、RNSは、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された/保護されたヌクレオシド(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に保護されている)であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-S-は、H-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-SHが、本明細書で説明されている通りの化合物(例えば、HOCH(CH3)CH(CH3)SH、HSCH(CH3)CH(CH3)SH、
等であるような構造のものである。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、保護されている。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、-ODMTrとして保護されている。
、又はその塩(式中、RNSは、保護されたヌクレオシド部分(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護された5’-OH及び/又は核酸塩基)であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
(式中、RNSは、保護されたヌクレオシド部分(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護された5’-OH及び/又は核酸塩基)であり、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員飽和環を形成し、カップリングは、ヌクレオチド間結合を形成する)の構造を有する。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、保護されている。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、-ODMTrとして保護されている。いくつかの実施形態では、RNSは、その3’-O-を介してリンに結合している。いくつかの実施形態では、RC2及びRC3によって形成される環は、任意選択的に置換された5員環である。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
、又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、RNSは、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に保護されている修飾された核酸塩基(例えば、b001A、b002A、b003A、b008U、b001C等)を含む。いくつかの実施形態では、単量体は、
又はその塩の構造を有し、式中、RNSは、本明細書で説明されている通りの任意選択的に置換された/保護されたヌクレオシド(例えば、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択的に保護されている)であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-S-は、H-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-SHが、本明細書で説明されている通りの化合物(例えば、HOCH(CH3)CH(CH3)SH、HSCH(CH3)CH(CH3)SH、
等であるような構造のものである。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、保護されている。いくつかの実施形態では、RNSの5’-OHは、-ODMTrとして保護されている。
いくつかの実施形態では、RNSは、
,
又はこれらの塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)から選択される任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、RNSは、
、又はその塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの-OHは、任意選択的に及び独立して、置換されているか、又は保護されている。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基であり、この核酸塩基のそれぞれの-OHは、独立して、保護されており、少なくとも1つの-OHは、DMTrO-として保護されている。いくつかの実施形態では、例えば別の単量体又はホスホラミダイトとのカップリング用の-OHは、DMTrO-として保護されている。いくつかの実施形態では、例えば別の単量体又はホスホラミダイトとのカップリング用の-OHは、カップリング用ではない-OH基と異なり保護されている。いくつかの実施形態では、非カップリング-OHは、DMTrO-が脱保護された場合に保護が維持されるように保護されている。いくつかの実施形態では、非カップリング-OHは、オリゴヌクレオチド合成サイクル中に保護が維持されるように保護されている。いくつかの実施形態では、BAsは、A、T、C、U、G、及びこれらの互変異性体から選択される任意選択的に保護された核酸塩基である。
,
又はこれらの塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)から選択される任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、RNSは、
、又はその塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、それぞれの-OHは、任意選択的に及び独立して、置換されているか、又は保護されている。いくつかの実施形態では、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基であり、この核酸塩基のそれぞれの-OHは、独立して、保護されており、少なくとも1つの-OHは、DMTrO-として保護されている。いくつかの実施形態では、例えば別の単量体又はホスホラミダイトとのカップリング用の-OHは、DMTrO-として保護されている。いくつかの実施形態では、例えば別の単量体又はホスホラミダイトとのカップリング用の-OHは、カップリング用ではない-OH基と異なり保護されている。いくつかの実施形態では、非カップリング-OHは、DMTrO-が脱保護された場合に保護が維持されるように保護されている。いくつかの実施形態では、非カップリング-OHは、オリゴヌクレオチド合成サイクル中に保護が維持されるように保護されている。いくつかの実施形態では、BAsは、A、T、C、U、G、及びこれらの互変異性体から選択される任意選択的に保護された核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、単量体又はホスホラミダイトの純度又は立体化学的純度は、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの遊離-OH(例えば、遊離5’-OH)を、本明細書で説明されている通りの単量体とカップリングさせることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの遊離-OH(例えば、遊離5’-OH)を、本明細書で説明されている通りのホスホラミダイトとカップリングさせることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドであって、-O5-PL(W)(RCA)-O3-(式中、
PLは、P、又はP(=W)であり;
Wは、O、S、又はWNであり;
WNは、=N-C(-N(R1)2=N+(R1)2Q-であり;
Q-は、アニオンであり;
RCAは、任意選択的にキャップ付加された不斉補助剤部分であるか又はそれを含み、
O5は、糖の5’-炭素に結合した酸素であり、及び
O3は、糖の3’-炭素に結合した酸素である)の構造をそれぞれ独立して有する1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
PLは、P、又はP(=W)であり;
Wは、O、S、又はWNであり;
WNは、=N-C(-N(R1)2=N+(R1)2Q-であり;
Q-は、アニオンであり;
RCAは、任意選択的にキャップ付加された不斉補助剤部分であるか又はそれを含み、
O5は、糖の5’-炭素に結合した酸素であり、及び
O3は、糖の3’-炭素に結合した酸素である)の構造をそれぞれ独立して有する1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的にキラル制御される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択的にキラル制御される。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、そのような修飾されたヌクレオチド間結合からRCAを除去することを含む。いくつかの実施形態では、除去の後、RCAへの結合は、-OHで置き換えられる。いくつかの実施形態では、除去の後、RCAへの結合は、=Oで置き換えられ、WNへの結合は、-N=C(N(R1)2)2で置き換えられる。
いくつかの実施形態では、PLは、P=Sであり、RCAが除去される場合には、そのようなヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合に変換される。
いくつかの実施形態では、PLは、P=WNであり、RCAが除去される場合には、そのようなヌクレオチド間結合は、
の構造を有するヌクレオチド間結合に変換される。いくつかの実施形態では、
の構造を有するヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、
の構造を有するヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。
の構造を有するヌクレオチド間結合に変換される。いくつかの実施形態では、
の構造を有するヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。いくつかの実施形態では、
の構造を有するヌクレオチド間結合は、
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、PLは、P(例えば、5’-OHとのホスホラミダイトのカップリングから新たに形成されるヌクレオチド間結合において)である。いくつかの実施形態では、Wは、O又はSである。いくつかの実施形態では、Wは、Sである(例えば、硫化の後)。いくつかの実施形態では、Wは、Oである(例えば、酸化の後)。いくつかの実施形態では、ある特定の負に荷電しいていないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、P(III)亜リン酸トリエステルヌクレオチド間結合と、アジドイミダゾリウム塩(例えば、
を含む化合物)とを、好適な条件下で反応させることによって調製され得る。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、PF6 -の塩である。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、
の塩である。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリウムヘキサフルオロホスフェートである。
を含む化合物)とを、好適な条件下で反応させることによって調製され得る。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、PF6 -の塩である。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、
の塩である。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリウムヘキサフルオロホスフェートである。
当業者によって理解される通り、Q-は、系(例えば、オリゴヌクレオチド合成における)に存在する様々な好適なアニオンであり得、サイクル、プロセス段階、試薬、溶媒等に応じてオリゴヌクレオチド調製プロセス中に変動し得る。いくつかの実施形態では、Q-は、PF6
-である。
いくつかの実施形態では、RCAは、
(式中、RC4は、-H又は-C(O)R’であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RCAは、
(式中、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員飽和環を形成し、RC4は、-H又は-C(O)R’である)である。いくつかの実施形態では、RC4は、-Hである。いくつかの実施形態では、RC4は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RC2及びRC3は、合わせて、任意選択的に置換された5員環を形成する。
(式中、RC4は、-H又は-C(O)R’であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、RCAは、
(式中、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員飽和環を形成し、RC4は、-H又は-C(O)R’である)である。いくつかの実施形態では、RC4は、-Hである。いくつかの実施形態では、RC4は、-C(O)CH3である。いくつかの実施形態では、RC2及びRC3は、合わせて、任意選択的に置換された5員環を形成する。
いくつかの実施形態では、RC4は、-H(例えば、5’-OHとのホスホラミダイトのカップリングから新たに形成されるヌクレオチド間結合において)である。いくつかの実施形態では、RC4は、-C(O)Rである(例えば、アミンのキャップ付加の後)。いくつかの実施形態では、Rは、メチルである。
いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、-O5-PL(W)(RCA)-O3-から変換される。
提供する技術の評価/特徴付け
当業者によって理解される通り、様々な技術が、本開示に従って、提供される技術を評価する/特徴付けるために利用され得る。ある特定の有用な技術が、実施例で説明されており;実証される通り、特に、本開示では、提供される技術を評価し且つ特徴付けるのに好適な様々なインビボ及びインビトロの技術が説明されている。いくつかの実施形態では、提供される技術は、外来ADARポリペプチドを伴って又は伴わずに、例えば、細胞において評価され/特徴付けられ;これに加えて又はこれに代えて、いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、動物(例えば、非ヒト霊長類及びマウス)において評価される/特徴付けられる。
当業者によって理解される通り、様々な技術が、本開示に従って、提供される技術を評価する/特徴付けるために利用され得る。ある特定の有用な技術が、実施例で説明されており;実証される通り、特に、本開示では、提供される技術を評価し且つ特徴付けるのに好適な様々なインビボ及びインビトロの技術が説明されている。いくつかの実施形態では、提供される技術は、外来ADARポリペプチドを伴って又は伴わずに、例えば、細胞において評価され/特徴付けられ;これに加えて又はこれに代えて、いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、動物(例えば、非ヒト霊長類及びマウス)において評価される/特徴付けられる。
特に、本開示は、様々なヒト系(例えば、細胞)において編集を提供し得る様々な薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド)及びその組成物が、ヒトADAR(例えば、ヒトADAR1)を含有しないか又は発現しないある特定の細胞(例えば、マウス細胞)及び齧歯類(例えば、マウス)等のある特定の動物において編集を全く示さないか又ははるかに低いレベルの編集を示し得るという洞察を包含する。特に、一般的に使用される動物モデルであるマウスは、ヒト細胞において活性な様々な薬剤が、適切なADAR1(例えば、ヒトADAR1)ポリペプチド又はその特徴的な部分を含むか又は発現するように操作されていないマウス細胞及び動物において全く活性をもたらさないか又は非常に低いレベルの活性をもたらすことから、ヒトにおける編集のための様々な薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド)の評価には、限定的な使用になり得る。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分を発現する操作された細胞及び非ヒト動物を提供する。いくつかの実施形態では、そのような細胞及びヒトは、提供される技術を評価して特徴付けるのに有用である。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 p110ポリペプチド又はその特徴的な部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 p150ポリペプチド又はその特徴的な部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 p110ペプチドであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 p150ペプチドであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1の下記のドメイン:Z-DNA結合ドメイン、dsRNA結合ドメイン、及びデアミナーゼドメインの1つ、又は複数、又は全てであるか、又はこれらを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 Z-DNA結合ドメインの一方又は両方であるか、又はそれを含み;或いは又は加えて、いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 dsRNA結合ドメインの1つ、2つ、又は全てであるか、又はそれを含み;或いは又は加えて、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトデアミナーゼドメインであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、マウスADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分と共に発現されてもよく、例えば、1つ又は複数のヒトdsRNA結合ドメインは、マウスデアミナーゼドメインと共に発現するように操作されて、ヒト-マウスハイブリッドADAR1ポリペプチドを形成し得る。いくつかの実施形態では、細胞及び/又は非ヒト動物は、本明細書で説明されている通りのヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含み及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞及び/又は非ヒト動物のゲノムは、本明細書で説明されている通りのヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞及び/又は非ヒト動物の生殖系列ゲノムは、本明細書で説明されている通りのヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞及び非ヒト動物は、例えば、それらのゲノムにおいて(いくつかの実施形態では、生殖系列ゲノム)、状態、障害、又は疾患とそれぞれ独立して関連する1つ又は複数のGからAへの変異(例えば、A1ATタンパク質のアミノ酸位置342でグルタミン酸からリジンへの置換(E342K)をもたらすSERPINA1遺伝子における変異(例えば、c.1024G>A))を含むように操作されている。本明細書で実証される通り、特に、そのような細胞及び動物は、提供される技術(例えば、様々なオリゴヌクレオチド及びその組成物)を、例えば、1つ又は複数の状態、障害、又は疾患に対するそれらの使用を含むそれらの編集特性及び/又は活性に関して評価する/特徴付けるのに有用である。いくつかの実施形態では、細胞は、齧歯類細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、マウス細胞である。いくつかの実施形態では、動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、動物は、マウスである。
特に、本開示は、糖修飾、塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学、及び/又はこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチド設計であって、類似の又は同一の塩基配列であるか参照設計の比較可能なオリゴヌクレオチドと比較して、オリゴヌクレオチドの1つ又は複数の特性及び/又は活性を大幅に改善し得るオリゴヌクレオチド設計を提供する 例えば、様々な提供された設計のオリゴヌクレオチド及びその組成物は、いくつかの実施形態では、ヒトADARタンパク質を発現するように操作されたマウスと同等以上に、ヒトADARタンパク質を発現しないマウス(例えば、マウスADARタンパク質のみを発現するマウス)において高レベルの編集を提供し得るが、参照設計の同等のオリゴヌクレオチド及びその組成物は、いくつかの実施形態では、ヒトADARタンパク質を発現するように操作されたマウスと比べて顕著に低く、ヒトADARタンパク質を発現しないマウス(例えば、マウスADARタンパク質のみを発現するマウス)において低レベルの編集を提供することを観察した。いくつかの実施形態では、参照設計は、国際公開第2016/097212号、同第2017/220751号、同第2018/041973号、同第2018/134301A1号、同第2019/158475号、同第2019/219581号、同第2020/157008号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、又は同第2020/252376号で報告されている設計である。いくつかの実施形態では、参照設計は、国際公開第2021/071858号での設計である。
いくつかの実施形態では、本開示は、ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現するように操作されたものを含む細胞及び/又は非ヒト動物を評価するために評価する/特徴付けるための技術を提供し、ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分及び/又はポリヌクレオチドは、操作する前に細胞及び/又は非ヒト動物中に存在せず、及び/又はその中で発現されない。いくつかの実施形態では、提供される方法は、細胞又はその集団に、それぞれ独立して、比較可能なヒト細胞又はその集団においてアデノシンを編集し得る1つ又は複数のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、動物又はその集団に、それぞれ独立して、ヒト細胞又はその集団においてアデノシンを編集し得る1つ又は複数のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、評価される/特徴付けられることになる細胞における、又は動物に由来する細胞における編集レベルは、比較可能なヒト細胞において観察されるものと比較される。いくつかの実施形態では、比較可能なヒト細胞は、評価される/特徴付けられる細胞又は動物に由来する細胞と同じ型のものである。いくつかの実施形態では、細胞は、齧歯類細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、マウス細胞である。いくつかの実施形態では、動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、動物は、マウスである。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のオリゴヌクレオチド又は組成物は、別々の細胞及び/又は動物に別々に投与される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のオリゴヌクレオチド又は組成物は、細胞及び/又は動物の同じ集団に、任意選択的に同時に投与され得る。様々な標的アデノシンを編集し得る様々なオリゴヌクレオチド及び組成物は、本明細書で説明されている通りであり、適宜利用され得る。
当業者に理解される通り、いつかの実施形態では、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物等)を、1つ又は複数のモデル(例えば、細胞、組織、器官、動物等)で評価し得る。いくつかの実施形態では、当業者に理解される通り、細胞、組織、器官、動物等は、状態、障害、又は疾患の1つ又は複数の特徴(例えば、変異等のヌクレオチド配列)の細胞であるか、それと関連する細胞であるか、又はそれを含む細胞であるか、又はその細胞を含む。例えば、いくつかの実施形態では、細胞、組織、器官、動物等は、状態、障害、又は疾患と関連するGからAへの変異(例えば、ヒトSERPINA1での1024G/A(E342K))を含む。いくつかの実施形態では、動物は、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJマウスである(例えば、The Jackson Laboratory Stock No:028842;NSG-PiZ、及び同様にBorel F;Tang Q;Gernoux G;Greer C;Wang Z;Barzel A;Kay MA;Shultz LD;Greiner DL;Flotte TR;Brehm MA;Mueller C. 2017. Survival Advantage of Both Human Hepatocyte Xenografts and Genome-Edited Hepatocytes for Treatment of alpha-1 Antitrypsin Deficiency. Mol Ther 25(11):2477-2489PubMed:29032169MGI:J:243726、及びLi S;Ling C;Zhong L;Li M;Su Q;He R;Tang Q;Greiner DL;Shultz LD;Brehm MA;Flotte TR;Mueller C;Srivastava A;Gao G. 2015). Efficient and Targeted Transduction of Nonhuman Primate Liver With Systemically Delivered Optimized AAV3B Vectors. Mol Ther 23(12):1867-76PubMed:26403887MGI:J:230567を参照されたい)。いくつかの実施形態では、細胞、組織、器官、動物等は、1つ又は複数の癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、非ヒト細胞、組織、器官、動物等は、例えば、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドの組み込み(任意選択的なゲノム又は生殖系列ゲノムへの組み込み)により、ADAR1又はその特徴的な部分を含むか又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、ADAR1は、霊長類ADAR1である。いくつかの実施形態では、ADAR1は、ヒトADAR1である。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1は、ヒトADAR1 p110である。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1は、ヒトADAR1 p150である。当業者に理解される通り、様々な技術が当技術分野で利用可能であり、本開示に従って利用して、有用な細胞、組織、器官、動物等を作製し得る。例えば、ヒトADAR1又はその特徴的な部分を発現する状態、障害、又は疾患の動物モデルの場合には、動物モデルを、本明細書で説明されているhuADAR1マウスと交配させて、ヒトADAR1又はその特徴的な部分を発現する操作された動物モデルを得ることができる。いくつかの実施形態では、GからAへの変異を含むマウス、例えば、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJマウス(例えば、The Jackson Laboratory Stock No:028842;NSG-PiZ、及び同様にBorel F;Tang Q;Gernoux G;Greer C;Wang Z;Barzel A;Kay MA;Shultz LD;Greiner DL;Flotte TR;Brehm MA;Mueller C. 2017. Survival Advantage of Both Human Hepatocyte Xenografts and Genome-Edited Hepatocytes for Treatment of alpha-1 Antitrypsin Deficiency. Mol Ther 25(11):2477-2489PubMed:29032169MGI:J:243726、及びLi S;Ling C;Zhong L;Li M;Su Q;He R;Tang Q;Greiner DL;Shultz LD;Brehm MA;Flotte TR;Mueller C;Srivastava A;Gao G. 2015を参照されたい)を、本明細書で説明されているhuADAR1マウスと交配させて、GからAへの変異(例えば、ヒトSERPINA1における024G>A(E342K)を含み、且つヒトADAR1又はその特徴的な部分を発現するマウスが得られる。
当業者に理解される通り、いくつかの実施形態では、動物は、1つ、又は複数、又は全ての配列に関してヘテロ接合性であり得る。いくつかの実施形態では、動物は、1つ、又は複数、又は全ての配列に関してホモ接合性であり得る。いくつかの実施形態では、動物は、1つ、又は複数、又は全ての操作された配列に関してヘミ接合性であり得る。いくつかの実施形態では、動物は、1つ又は複数の配列に関してホモ接合性であり、且つ1つ又は複数の配列に関してヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、動物は、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドに関してヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、動物は、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドに関してホモ接合性である。いくつかの実施形態では、ある特定の動物は、様々な状態、障害、又は疾患と関連する1つ又は複数のポリヌクレオチド配列に関してヘテロ接合性であり、且つ配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドに関してヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、ある特定の動物は、様々な状態、障害、又は疾患と関連する1つ又は複数のポリヌクレオチド配列に関してホモ接合性であり、且つ配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドに関してヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、ある特定の動物は、様々な状態、障害、又は疾患と関連する1つ又は複数のポリヌクレオチド配列に関してヘテロ接合性であり、且つ配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドに関してホモ接合性である。いくつかの実施形態では、ある特定の動物は、様々な状態、障害、又は疾患と関連する1つ又は複数のポリヌクレオチド配列に関してホモ接合性であり、且つ配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドに関してホモ接合性である。細胞又は組織も同様に、様々な配列に関してヘテロ接合性、ヘミ接合性、及び/又はホモ接合性であり得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド、又はその組成物)を評価する方法であって、本明細書で説明されている動物、細胞、又は組織に、この薬剤又は組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、薬剤又は組成物を、状態、障害、又は疾患の予防又は処置に関して評価する。いくつかの実施形態では、例えば本明細書での様々な実施形態で説明されている通りの動物、細胞、組織は、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている、様々な状態、障害、又は疾患用の動物モデル、又は細胞、又は組織(例えば、様々な状態、障害、若しくは疾患と関連とする変異、及び/又は様々な状態、障害、若しくは疾患と関連するか若しくはその細胞、組織、器官等を含む)である。いくつかの実施形態では、様々な状態、障害、又は疾患用の動物モデルであるが、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されていない動物を、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている動物と交配させること(例えば、IVF、自然交配等)により、動物を得ることができる。いくつかの実施形態では、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを、細胞又は組織に導入することにより、細胞又は組織を得ることができる。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、対象に、薬剤又はその組成物の有効量を投与することを含み、この薬剤又は組成物を、本明細書で提供される動物(例えば、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分を含むように操作されている動物、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている動物、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分を含むように操作されている、状態、障害、又は疾患用のモデル動物、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている、状態、障害、又は疾患用のモデル動物)で評価する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、対象に、薬剤又はその組成物の有効量を投与することを含み、この薬剤又は組成物を、本明細書で提供される細胞又は組織中で評価する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、動物、細胞、又は組織は、SERPINA1変異(例えば、1024G>A(E342K))を含み、且つ配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、動物は、非ヒト動物である。いくつかの実施形態では、細胞は、非ヒト動物細胞である。いくつかの実施形態では、組織は、非ヒト動物組織である。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、マウスである。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、ラットである。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、非ヒト動物霊長類である。
いくつかの実施形態では、本開示は、1)薬剤又はその組成物を評価することであって、この薬剤又はその組成物と、状態、障害、又は疾患と関連するか又はその提供される細胞又は組織とを接触させることを含む評価すること、及び2)状態、障害、又は疾患に罹患しているか又はそれになりやすい対象に、薬剤又はその組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、1)薬剤又はその組成物を評価することであって、この薬剤又はその組成物を、状態、障害、又は疾患の動物モデルである提供される動物に投与することを含む評価すること、及び2)状態、障害、又は疾患に罹患しているか又はそれになりやすい対象に、薬剤又はその組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、細胞、組織、又は動物は、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分を含むように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物は、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物は、状態、状態、又は疾患と関連するヌクレオチド配列(例えば、変異)をさらに含む。いくつかの実施形態では、動物は、齧歯類(例えば、マウス、ラット等)である。いくつかの実施形態では、細胞又は組織は、齧歯類(例えば、マウス、ラット等)のものである。いくつかの実施形態では、細胞は、生殖系列細胞である。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物の集団の全てではなく一部の細胞(例えば、特定の細胞型又は組織又は位置の細胞)は、状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列(例えば、変異)を含み、そのような一部の細胞は、ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分を含むように操作されているか、又は配列がADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、肝細胞の採取物は、SERPINA1変異(例えば、1024G>A(E342K))と、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドとを含む。様々な技術が、様々な細胞、組織、又は器官中におけるヌクレオチド配列の任意選択的に制御された導入及び/又は発現のために利用可能であり、且つ本開示に従って利用され得ることを、当業者は理解する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、細胞、組織、又は動物は、ゲノム(いくつかの実施形態では、生殖系列ゲノム)中に、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通り、細胞、組織、又は動物は、ゲノム(いくつかの実施形態では、生殖系列ゲノム)中に、状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列(例えば変異)を含む。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ヒトADAR1 p110又はその特徴的な部分をコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ヒトADAR1 p110をコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ヒトADAR1 p150又はその特徴的な部分をコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ヒトADAR1 p150をコードする。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物(例えば、huADARマウス、又はそれ由来の細胞若しくは組織)は、配列がヒトADAR1 p110ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物(例えば、huADARマウス、又はそれ由来の細胞若しくは組織)は、配列がヒトADAR1 p110ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物(例えば、huADARマウス、又はそれ由来の細胞若しくは組織)は、配列がヒトADAR1 p150ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、細胞、組織、又は動物(例えば、huADARマウス、又はそれ由来の細胞若しくは組織)は、配列がヒトADAR1 p150ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、動物は、齧歯類(例えば、マウス又はラット)である。
いくつかの実施形態では、ADAR(例えば、ヒトADAR1)導入遺伝子は、接合体(例えば、変異(例えば、ヒトSERPINA1での変異(例えば、1024G>A(E342K)を含むSERPINA1マウス接合体)で確立されており、逆もまた同じである。いくつかの実施形態では、接合体は、ホモ接合性である。いくつかの実施形態では、接合体は、ヘテロ接合性である。
使用及び適用
当業者によって理解される通り、オリゴヌクレオチドは、複数の目的のために有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法等)は、様々な核酸(例えば、RNA)及び/又はそれにコードされる産物(例えば、タンパク質)のレベル及び/又は活性を調節するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、望まれない標的核酸(例えば、望まれないアデノシンを含む)及び/又はその産物のレベル及び/又は活性を低減させ得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、所望の標的核酸(例えば、1つ又は複数の位置で望まれないアデノシンの代わりにIを含む)及び/又はその産物のレベル及び/又は活性を増大させ得る。
当業者によって理解される通り、オリゴヌクレオチドは、複数の目的のために有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法等)は、様々な核酸(例えば、RNA)及び/又はそれにコードされる産物(例えば、タンパク質)のレベル及び/又は活性を調節するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、望まれない標的核酸(例えば、望まれないアデノシンを含む)及び/又はその産物のレベル及び/又は活性を低減させ得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、所望の標的核酸(例えば、1つ又は複数の位置で望まれないアデノシンの代わりにIを含む)及び/又はその産物のレベル及び/又は活性を増大させ得る。
例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的RNA配列における標的アデノシンの部位特異的編集のために一本鎖オリゴヌクレオチドとして利用され得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、発現及び活性のレベルを調節し得る。特に、本開示は、様々な状態、障害、又は疾患(例えば、GからAへの変異と関連するもの)の処置及び/又は予防を含むがこれらに限定されない様々な所望の生体機能の改善であり得る、提供される技術による改善を提供する。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的遺伝子の活性及び/又は機能を調節し得る。いくつかの実施形態では、標的遺伝子は、1つ又は複数の遺伝子産物(例えば、RNA及び/又はタンパク質産物)の発現及び/又は活性が改変されることが意図される遺伝子である。多くの実施形態では、標的遺伝子は、改変されることになる標的アデノシン残基を有し、そのような残基のイノシン残基への変換から利益を得る可能性がある。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチドが、特定の標的遺伝子上で作用する場合には、この遺伝子の1つ又は複数の遺伝子産物のレベル及び/又は活性は、このオリゴヌクレオチドが存在する場合に、それが欠損しているときと比較して改変され得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、様々な状態、障害、又は疾患を、この状態、障害、又は疾患と関連する標的転写物及び/又はそれによりコードされる産物のレベル及び/又は活性を低減すること、並びに任意選択的に、この状態、障害、又は疾患とより少なく関連するか又は関連しない転写物及び/又はそれによりコードされる産物を提供すること(例えば、GからAへの変異を補正する標的アデノシンからイノシンへの変換によってスプライシングを改変する等)によって処置するのに有用である。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、状態、障害、又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している対象に、標的RNA配列におけるヌクレオチド(例えば、標的アデノシン)の部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド、又はその組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、状態、障害、又は疾患と関連する転写物の一部と部分的に又は完全に相補的な塩基配列のものである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、それが状態、障害、又は疾患と関連する転写物に、前記状態、障害、又は疾患と関連しない他の転写物と比べて優先的に結合するようなものである。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、GからAへの変異と関連する。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、SERPINA1でのGからAへの変異と関連する。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、ヒトSERPINA1での1024G>A(E342K)変異と関連する。いくつかの実施形態では、状態、障、害又は疾患は、アルファ-1抗トリプシン欠損症である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、絶対量(例えば、血清中のng/mL)及び/又は相対量(例えば、全タンパク質又は全A1ATタンパク質の%として)で、所望の産物(例えば、血清中の適切に折り畳まれた野生型A1ATタンパク質)のレベル、特性、及び/又は活性を増加させ、及び/又は望まれない産物(例えば、血清中の変異体(例えば、E342K)A1ATタンパク質)のレベル、特性、及び/又は活性を減少させる。いくつかの実施形態では、本開示は、対象の血清又は血液中のアルファ-1抗トリプシン(A1AT)ポリペプチドのレベル及び/又は活性を増加させる方法であって、この対象に、オリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、A1ATポリペプチドは、参照A1ATポリペプチドと比較して1つ又は複数の高い活性を提供する。いくつかの実施形態では、A1ATポリペプチドは、野生型A1ATポリペプチドである。いくつかの実施形態では、方法により、血清中のA1ATポリペプチドの量が増加する。いくつかの実施形態では、方法により、血清中の参照A1ATポリペプチドの量が減少する。いくつかの実施形態では、方法により、血清又は血液中における参照A1ATポリペプチドに対するA1ATポリペプチドの比が増加する。いくつかの実施形態では、参照A1ATポリペプチドは、変異している。いくつかの実施形態では、参照A1ATポリペプチドは、適切に折り畳まれていない。いくつかの実施形態では、参照A1ATポリペプチドは、E342K A1ATポリペプチドである。いくつかの実施形態では、本開示は、対象の血清又は血液中の変異体アルファ-1抗トリプシン(A1AT)ポリペプチドのレベル及び/又は活性を減少させる方法であって、この対象に、オリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、状態、障害、又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、アルファ-1抗トリプシン欠損症アンチトリプシン欠損症である。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトSERPINA1での変異を含む。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトSERPINA1での1024G>A(E342K)変異を含む。いくつかの実施形態では、対象は、変異に関してホモ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、変異に関してヘテロ接合性である。
いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、GからAへの変異と関連していない。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、転写物及び/又はそれによりコードされる産物のレベル及び/又は活性の増加と関連しており、提供される技術は、例えば、転写物に対して1つ又は複数のAからIへを導入することにより、転写物及び/又はそれによりコードされる産物のレベル及び/又は活性を減少させ得る。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、転写物及び/又はそれによりコードされる産物のレベル及び/又は活性の減少と関連しており、提供される技術は、例えば、転写物に対して1つ又は複数のAからIへを導入することにより、転写物及び/又はそれによりコードされる産物のレベル及び/又は活性を増加させ得る。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、スプライシングと関連しており、提供される技術は、転写物(例えば、プレ-mRNA)に対して1つ又は複数のAからIへを導入することにより、スプライシング調節を提供する。
いくつかの実施形態では、提供される方法におけるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患を処置する方法は、標的転写物における標的配列と相補的な共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含み得る。特に、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物として、本開示で説明されている通りのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む改善であって、系中で標的転写物と接触した場合に、転写物のアデノシン編集が、この組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそのいずれかの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較して改善されことを特徴とする改善を提供する。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ配列又は構成のオリゴヌクレオチドのラセミ調製物である。いくつかの実施形態では、標的転写物は、オリゴヌクレオチド転写物である。
当業者によって理解される通り、特に、提供される技術は、アデノシンからイノシンへの変換を伴い及び/又はそれから利益を得る可能性のある様々な適用のために利用され得る。ある特定の適用は、下記で記載される。
本開示を読む当業者は、様々なGからAへの変異(例えば、ヒト遺伝子において存在する最も一般的な変異の型である、転写物におけるCからTへの変異)は、補正され、したがって、提供される技術から利益を得る可能性があることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、提供される技術は、様々な極性又は荷電アミノ酸(例えば、Ser、Tyr、Asp、Glu、His、Asn、Gln、Lys等)、終止コドン(オパール、オーカー、及びアンバー)、転写開始部位、スプライシングシグナル、マイクロRNA認識部位、反復エレメント、マイクロRNA(miRNA)、タンパク質コード転写物等と関連する標的変異に対して利用され得る。特に、提供される技術は、多様な機能的帰結(例えば、スプライシングの改変、タンパク質発現及び/又は機能の回復/改善等)を誘発し得る。
いくつかの実施形態では、編集を介して、提供される技術は、タンパク質機能を回復させ得(例えば、スプライシングで補正され得ないナンセンス及びミスセンス変異を修復し、終止変異を除去し、タンパク質ミスフォールディング及び凝集等を妨げ、劣性若しくは優性の遺伝的に規定された疾患等の様々な状態、障害、又は疾患を予防し及び/又は処置するために利用され得る)、タンパク質機能を修飾し得る(例えば、タンパク質プロセシング(例えば、プロテアーゼ切断部位)、タンパク質-タンパク質相互作用を改変し、シグナル伝達経路等を調節し、且つイオンチャネル透過性に関連するもの等の様々な状態、障害、又は疾患を予防し及び/又は処置するために利用され得る)、タンパク質上方制御を修飾し得(例えば、miRNA標的部位修飾、上流ORFの修飾、ユビキチン化部位の修飾等、様々な状態、障害、又はハプロ不全疾患等の疾患を予防し及び/又は処置するために利用され得る)。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質の発現、レベル、機能、及び/又は活性を回復するか、又は改善する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、劣性又は優性の遺伝的に定義された状態、障害、又は疾患(例えば、GからAへの変異と関連するもの)の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、肝臓の状態、障害、又は疾患である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、代謝性肝臓の状態、障害、又は疾患である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、神経発生的な状態、障害、又は疾患である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質の発現、レベル、機能、及び/又は活性を変更する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質の発現、レベル、機能、及び/又は活性を減少させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質の発現、レベル、機能、及び/又は活性を増加させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、イオンチャネル透過性を変更する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、イオンチャネル透過性と関連する状態、障害、又は疾患の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、家族性てんかんである。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、神経障害性疼痛である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、AATDである。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、レット症候群である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、劣性又は優性の遺伝的に定義された疾患である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸(例えば、miRNA)標的部位を修飾する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、上流ORを修飾するか、その機能若しくは活性を減少させるか、又はそれを抑制する(例えば、いくつかの実施形態では、A(例えば、uORFのATG開始コドンのA)を修飾する)。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質の修飾部位(例えば、ユビキチン化部位)を修飾する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ハプロ不全と関連する状態、障害、又は疾患の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、神経細胞の状態、障害、又は疾患の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、神経筋の状態、障害、又は疾患の予防処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、認知症の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、認知症の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ハプロ不全の状態、障害、又は疾患の予防又は処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド又はその組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。当業者は、例えば、RNA中のA等の核酸塩基を編集することにより、このRNAによりコードされるタンパク質を編集し得ることを理解する。いくつかの実施形態では、アミノ酸残基は、別のアミノ酸残基に置き換えられている。いくつかの実施形態では、タンパク質は、伸長されている。いくつかの実施形態では、タンパク質は、短縮されている。いくつかの実施形態では、発現、レベル、機能、安定性、特性、及び/又は活性が調節される。いくつかの実施形態では、いくつかの特性及び/又は活性が増強され、他が低減されるか、又はそのまま維持される。いくつかの実施形態では、いくつかの特性及び/又は活性が低減され、他が増強されるか、又はそのまま維持される。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異を含む核酸又はコドンを編集する。いくつかの実施形態では、変異は、ナンセンス変異である。いくつかの実施形態では、変異は、ミスセンス変異である。いくつかの実施形態では、変異は、サイレント変異である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ナンセンス変異を修復する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ミスセンス変異を修復する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、停止変異を除去する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ミスフォールディング及び/又は凝集を予防するか、又は減少させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異を含むコドンを編集する。いくつかの実施形態では、編集された核酸塩基は、変異である。いくつかの実施形態では、編集された核酸塩基は、変異ではないが、コドン中の別の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、編集後に、コドンは、その対応する野生型コドンとなる。いくつかの実施形態では、編集後に、コドンは、野生型コドンと同一のアミノ酸をコードする。いくつかの実施形態では、編集後に、コドンは、野生型コドンと異なるアミノ酸をコードする。いくつかの実施形態では、そのような異なるアミノ酸残基を含むタンパク質は、その対応する野生型タンパク質の1つ又は複数の特性を共有し、及び/又はその1つ又は複数の機能を発揮する。いくつかの実施形態では、そのような異なるアミノ酸残基を含むタンパク質は、対応する変異した未編集タンパク質と比較して、野生型タンパク質に対して高い類異性を共有し、及び/又は高いレベルの所望の活性を提供する。いくつかの実施形態では、ナンセンス変異又はミスセンス変異は、スプライス修正され得ない。いくつかの実施形態では、提供される技術は、サイレント変異を生じる。いくつかの実施形態では、サイレント変異は、コードされるタンパク質のレベルを調節する。いくつかの実施形態では、タンパク質レベルは、増加する。いくつかの実施形態では、タンパク質レベルは、減少する。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質機能を改変する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸(例えば、転写物)及び/又はタンパク質の1つ又は複数の特性及び/又は機能を変更する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸(例えば、転写物)及び/又はタンパク質の1つ又は複数の特性及び/又は機能を増加させるか、促進するか、又は増強する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、核酸(例えば、転写物)及び/又はタンパク質の1つ又は複数の新規の特性及び/又は活性を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸(例えば、転写物)及び/又はタンパク質の1つ又は複数の特性及び/又は機能を減少させるか、阻害するか、又は除去する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質プロセシングを変化させる。例えば、いくつかの実施形態では、プロテアーゼ切断部位が編集される。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質-タンパク質相互作用に関与する1つ又は複数の残基を編集する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質-タンパク質相互作用ドメインでアミノ酸残基を編集する。いくつかの実施形態では、タンパク質をコードするmRNAの編集により、ポリペプチドの様々な領域(例えば、プロテアーゼ切断部位)の残基、様々なドメイン(例えば、タンパク質-タンパク質相互作用ドメイン)、修飾部位、mRNA標的化部位、ユビキチン化部位等を編集し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、シグナル伝達経路を調節する。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、機能的タンパク質のレベルを回復するか、増加させるか、又は増強する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異体又は望ましくない核酸(例えば、RNA転写物)及びタンパク質のレベル及び/又は活性を減少させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、1種又は複数種のポリペプチドの発現を回復させるか、又は修正する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、発現を上方制御し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、翻訳を上方制御し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ポリペプチドの活性レベルを上方制御し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的核酸(例えば、RNA転写物)及び/又はそれによりコードされる産物(例えば、ポリペプチド)の機能を改変する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的核酸(例えば、RNA転写物)及び/又はそれによりコードされる産物(例えば、ポリペプチド)の翻訳後修飾を調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ポリペプチドのレベルを上方制御し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質-タンパク質相互作用又はタンパク質と他の薬剤との相互作用に関与するアミノ酸残基をコードするコドンを編集する(例えば、いくつかの実施形態では、このアミノ酸残基を別のアミン酸残基に変更して、相互作用を増強するか、又は減少させる)。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸及び/又はタンパク質の1つ又は複数の機能を改変する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質-タンパク質相互作用を調節し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、コードする転写物を編集して、翻訳後修飾のためにアミノ残基を除去するか、変更するか、又は組み込む。いくつかの実施形態では、提供される技術は、翻訳後修飾を調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸フォールディングを調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質フォールディングを調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、転写物及び/又はその産物の安定性を調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質の安定性を調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、転写物及び/又はその産物のプロセシングを調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、核酸(例えば、転写物)プロセシングを調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質プロセシングを変更する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、翻訳後プロセスを調節する。例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、PCSK9の翻訳後プロセスを調節する。特に、提供される技術は、患者集団が大きい幅広い治療用途に適用可能である。
例えば、本明細書で実証される通り、いくつかの実施形態では、1種又は複数種のタンパク質の1つ又は複数のアミノ酸残基を、コードするmRNAの編集により変更して、タンパク質-タンパク質相互作用を調節し得る。編集に好適なアミノ酸残基として、タンパク質-タンパク質相互作用に関与する様々な報告されたアミノ酸残基が挙げられるか、又はこの好適なアミノ酸残基を、当技術分野で利用可能な技術(例えば、変異技術、構造生物学技術等)により同定し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、核酸(例えば、転写物)及び/又はそれと相互作用するタンパク質の編集により、核酸(例えば、転写物)及び/又はタンパク質のレベル、特性、及び/又は活性を調節するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、タンパク質(例えば、転写因子)のレベル及び/又は活性、及び/又はそれにより制御される転写及び/又は発現を調節するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質(例えば、転写因子)又はこのタンパク質と相互作用するパートナータンパク質のアミノ酸残基を編集することを含み、このタンパク質とパートナータンパク質との間の相互作用は、減少するか、又は増強される。いくつかの実施形態では、提供される技術は、タンパク質(例えば、転写因子)又はこのタンパク質と相互作用するパートナータンパク質のアミノ酸残基を編集することを含み、このタンパク質とパートナータンパク質との間の相互作用は、減少する。いくつかの実施形態では、そのような編集によりタンパク質が安定化し、そのため、このタンパク質のレベル及び/又は活性(例えば、ある特定の核酸の転写活性)が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、核酸の発現を調節する(例えば、活性化する、増加させる、減少させる、抑制する等)ための技術であって、この核酸の発現を制御するタンパク質をコードするか、又はこの核酸の発現を制御するタンパク質と相互作用するタンパク質をコードするか、又はこの核酸の発現を制御するタンパク質を含む経路のメンバーであるタンパク質をコードする転写物中のアデノシンを編集することを含み、編集により、この核酸の発現を制御するタンパク質のレベル及び/又は活性が調節される、技術を提供する。いくつかの実施形態では、核酸の転写物レベル及び/又は活性が調節される。いくつかの実施形態では、そのような転写物によりコードされるタンパク質のレベル及び/又は活性が調節される。特に、本開示は、タンパク質-タンパク質相互作用を伴う多くの機能、活性、経路等が、1種又は複数種の相互作用タンパク質の相互作用アミノ酸残基の編集により調節され得ることを裏付ける。例えば、NRF2(例えば、Glu82(例えば、Glyへ)、Glu79(例えば、Glyへ)、Glu78(例えば、Glyへ)、Asp76(例えば、Glyへ)、Ile28(Valへ)、Asp27(例えば、Glyへ)、Gln26(例えば、Argへ)等)、又はKeap1(例えば、Ser603(例えば、Glyへ)、Tyr572(例えば、Cysへ)、Tyr525(例えば、Cysへ)、Ser508(例えば、Glyへ)、His436(例えば、Argへ)、Asn382(例えば、Aspへ)、Arg380(例えば、Glyへ)、Tyr334(例えば、Cysへ)等)での1つ又は複数のアミノ酸残基編集により、NRF2のレベル及び/又は活性、及び/又はNRR2により制御される様々な核酸(例えば、様々な遺伝子)の発現が増加し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、系中でのNRF2-Keap1相互作用を調節する(例えば、減少させる)方法であって、NRF2又はKeap1 mRNAを含む系に、オリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、このmRNAによりコードされるタンパク質中のアミノ酸残基が別の残基に編集されるように、このmRNA中のアデノシンを編集する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、系中のNRF2のレベル及び/又は活性を増加させる方法であって、NRF2又はKeap1 mRNAを含む系に、オリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、このmRNAによりコードされるタンパク質中のアミノ酸残基が別の残基に編集されるように、このmRNA中のアデノシンを編集する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、NRF2により制御される核酸(例えば、遺伝子)の転写又は発現を増加させる方法であって、NRF2又はKeap1 mRNAを含む系に、オリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、このmRNAによりコードされるタンパク質中のアミノ酸残基が別の残基に編集されるように、このmRNA中のアデノシンを編集する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、NRF2により制御される核酸(例えば、SRGN、HMOX1、SLC7a11、NQO1等)からの転写物、及び/又はそれによりコードされる産物(例えば、タンパク質)のレベル及び/又は活性が増加する。いくつかの実施形態では、NRF2及びKeap1 mRNAを含む系、並びにNRF2及びKeap1タンパク質は、そのようなmRNAから翻訳される。いくつかの実施形態では、NRF2及び/又はKeap1 mRNAの標的アデノシンは、アミノ酸残基が翻訳後に別のアミノ酸残基に置き換えられるように編集される。いくつかの実施形態では、投与されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、NRF2 mRNAを標的化する。いくつかの実施形態では、投与されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、Keap1 mRNAを標的化する。いくつかの実施形態では、NRF2中のアミノ酸残基(例えば、Glu82(例えば、Glyへ)、Glu79(例えば、Glyへ)、Glu78(例えば、Glyへ)、Asp76(例えば、Glyへ)、Ile28(Valへ)、Asp27(例えば、Glyへ)、Gln26(例えば、Argへ)等)が編集される。いくつかの実施形態では、Keap1中のアミノ酸残基(例えば、Ser603(例えば、Glyへ)、Tyr572(例えば、Cysへ)、Tyr525(例えば、Cysへ)、Ser508(例えば、Glyへ)、His436(例えば、Argへ)、Asn382(例えば、Aspへ)、Arg380(例えば、Glyへ)、Tyr334(例えば、Cysへ)等)が編集される。いくつかの実施形態では、2つ以上のアミノ酸残基が編集される。いくつかの実施形態では、それぞれの編集されるアミノ酸残基は、独立して、NRF2残基である。いくつかの実施形態では、それぞれの編集されるアミノ酸残基は、独立して、Keap1残基である。いくつかの実施形態では、ある編集されるアミノ酸残基は、Keap1残基であり、且つある編集されるアミノ酸残基は、NRF2残基である。いくつかの実施形態では、系は、細胞であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、系は、組織であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、系は、器官であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、系は、生物である。いくつかの実施形態では、系は、インビトロでの系である。ある特定のNRF2標的化及びKeap1標的化オリゴヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチド組成物を、例として表に示す。いくつかの実施形態では、提供される技術は、NRF2に関連する状態、障害、又は疾患の処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、Keap1に関連する状態、障害、又は疾患の処置に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、NRF2-Keap1相互作用に関連する状態、障害、又は疾患の処置に有用である。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、酵素活性を調節する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、コドンを、酵素活性を増加させ得るアミノ酸残基をコードするコドンへと編集することにより、酵素活性を増加させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、コドンを、酵素活性を減少させ得るアミノ酸残基をコードするコドンへと編集することにより、酵素活性(例えば、状態、障害、又は疾患と関連するもの)を減少させる。様々な酵素活性が、(多くの場合、そのような活性に関与するアミノ酸残基と共に)報告されているか、又は同定されて特徴付けられ得、且つ本開示に従って調節され得る。いくつかの実施形態では、活性は、キナーゼ活性である。
いくつかの実施形態では、タンパク質の編集(例えば、1つ又は複数のアミノ酸残基を変更するための、このタンパク質をコードするmRNAの編集による)により、タンパク質又はこのタンパク質と相互作用するタンパク質の分解が減少する。いくつかの実施形態では、タンパク質の編集により、このタンパク質のレベルが上方制御される。いくつかの実施形態では、タンパク質の編集により、タンパク質のプロセシングが調節される。いくつかの実施形態では、タンパク質の編集により、このタンパク質のフォールディングが調節される。いくつかの実施形態では、タンパク質の編集により、このタンパク質の安定性が調節される。いくつかの実施形態では、タンパク質の編集により、タンパク質の修飾(例えば、修飾部位の増加、減少、除去、又は導入等)が調節される。いくつかの実施形態では、タンパク質の編集により、翻訳後修飾(例えば、修飾部位の増加、減少、除去、又は導入等)が調節される。いくつかの実施形態では、提供される技術は、関連する状態、障害、又は疾患(例えば、認知症、家族性てんかん、神経障害性疼痛、神経筋障害、認知症、ハプロ不全疾患、機能喪失の状態、障害、又は疾患等)の処置に有用である。
本開示の技術は、様々な種類の細胞、組織、器官、及び/又は生物中での効率的な編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、様々な免疫細胞中での効率的な編集を提供し得る。本明細書で実証される通り、提供される技術は、ヒト末梢血単核球(PBMC)中での高レベルの編集を提供し得る。特に、提供される技術は、様々な細胞集団(例えば、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD14単核球、CD19 B細胞、NK細胞、Tregs T細胞等)中での高レベルの編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、オリゴヌクレオチドとの接触前に(例えば、PHAにより)活性化される。いくつかの実施形態では、細胞は、活性化されていない。いくつかの実施形態では、活性化された細胞及び活性化されていない細胞で、同様のレベルの編集が観察される。いくつかの実施形態では、活性化された細胞では、より高レベルの編集が観察される。いくつかの実施形態では、編集後に、細胞(例えば、PBMC)を、様々な細胞型に分類し得る。いくつかの実施形態では、細胞を、オリゴヌクレオチドとの接触前に最初に分類し得る。当業者に理解される通り、免疫細胞は、多くの機能を有しており、様々な状態、障害、又は疾患の処置を含む多くの目的に利用され得る。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、(例えば、様々な種類の癌のための)免疫療法で利用される。特に、本開示は、免疫細胞中で発現される1種又は複数種の転写物を編集して、この転写物の免疫療法のための特性及び/又は活性を改善するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、免疫細胞中での1種又は複数種の遺伝子(例えば、FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC、TRBC等)の発現及び/又は活性を減少させ得る。いくつかの実施形態では、そのような遺伝子からの転写物が編集される。いくつかの実施形態では、標的細胞は、T細胞、例えば、CD8+T細胞(例えば、CD8+ナイーブT細胞、セントラルメモリーT細胞、又はエフェクターメモリーT細胞)、CD4+T細胞、ナチュラルキラーT細胞(NK T細胞)、制御性T細胞、幹細胞メモリーT細胞、リンパ球前駆細胞、造血幹細胞、ナチュラルキラー細胞(NK細胞)、又は樹状細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、CD4+細胞であり、例えば、CD4+T細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、CD8+細胞であり、例えば、CD8+T細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、CD14+細胞であり、例えば、CD14+単球である。いくつかの実施形態では、細胞は、CD19+細胞であり、例えば、CD19+B細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、NC細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、T制御性細胞である。いくつかの実施形態では、標的細胞は、人工多能性幹(iPS)細胞、又はiPS細胞(例えば、対象から生成されたiPS細胞)由来の細胞であり、1種又は複数種の遺伝子(例えば、FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC、又はTRBC遺伝子)の発現を変更するように(例えば、変異を誘発するように)操作されており、且つT細胞に分化し、例えば、CD8+T細胞(例えば、CD8+ナイーブT細胞、セントラルメモリーT細胞、又はエフェクターメモリーT細胞)、CD4+T細胞、幹細胞メモリーT細胞、リンパ球前駆細胞、又は造血幹細胞に分化する。
特に、提供される技術は、様々なタンパク質を含む様々なポリペプチドのレベル、特性、活性等の増加、増強、改善、又は上方制御に有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、結合部位又は標的部位(例えば、miRNA標的部位)を修飾する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、転写物中の調節要素を修飾する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、上流ORF(例えば、ATG中のA)を修飾する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、修飾され得るアミノ酸残基(例えば、ユビキチン化部位)を修飾する。提供される技術が、RNAを修飾することによる、様々なタンパク質を含む様々なポリペプチドのレベル、特性、活性等の減少、又は下方制御にも有用であり得ることを、当業者は理解する。
いくつかの実施形態では、編集部位(例えば、標的アデノシン)は、コード領域中に存在する。いくつかの実施形態では、この標的部位は、非コード領域中に存在する。いくつかの実施形態では、標的核酸は、非コードRNAである。
ある特定の適用が、例えば、国際公開第2016/097212号、同第2017/220751号、同第2018/041973号、同第2018/134301A1号、同第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されている。
様々な状態、障害、又は疾患と関連する多くのアデノシンが報告されているか、又は同定され得、例えば、関連する状態、障害、又は疾患の予防又は処置のために、提供される技術を使用して標的化され得る。例えば、様々な状態、障害、又は疾患と関連する様々なアデノシンが、下記で同定されていることが報告されている:SNCA(例えば、パーキンソン病)、APP(例えば、アルツハイマー病)、Tau(例えば、アルツハイマー病)、Nav1.7(例えば、慢性疼痛)、C9orf72(例えば、筋萎縮性側索硬化症)、SOD1(例えば、筋萎縮性側索硬化症)、DYRK1A(例えば、ダウン症候群)、IT15(例えば、ハンチントン病)、HEXA(例えば、テイ・サックス病)、RAI1(例えば、Protocki-Lupski症候群)、ABCA4(例えば、シュタルガルト病)、USH2A(例えば、アッシャー症候群)、NRP1(例えば、滲出型AMD、萎縮型AMD等)、PCSK9(例えば、心血管の状態、障害、又は疾患)、LIPA(例えば、コレステロールエステル蓄積症)、HFE(例えば、ヘモクロマトーシス)、ALAS1(例えば、ポルフィリン症/急性肝性ポルフィリン症)、ATP7B(ウィルソン病)、COL4A5(例えば、アルポート症候群)、LDHA(例えば、原発性高シュウ酸尿症)、HAO1(例えば、2型原発性高シュウ酸尿症)、DUX4(例えば、顔面肩甲上腕ジストロフィー)、DMPK(例えば、筋緊張性ジストロフィー)、BCL11A(例えば、鎌状赤血球症)、Mex3B(例えば、喘息)、CIDEC(例えば、肥満)、SCD1(例えば、肥満)、GNB3(例えば、肥満)、FGFR3(例えば、軟骨無形成症)、CLCN7(例えば、大理石骨病)、PMP22(例えば、シャルコー・マリー・トゥース病)、ENAC(例えば、嚢胞性線維症)、GHR(例えば、先端巨大症)、TTR(例えば、トランスサイレチンアミロイドーシス(家族性))等。いくつかの実施形態では、本開示は、そのようなアデノシンを標的化するオリゴヌクレオチド及び組成物、並びにそのような状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、処置され得る状態、障害、又は疾患として、例えば、下記が挙げられる:アルファ-1抗トリプシン欠損症、アルツハイマー病、アミロイド疾患、ベッカー型筋ジストロフィー、乳癌素因変異、カナバン病、シャルコー・マリー・トゥース病、嚢胞性線維症、第V因子ライデン欠損症、1型糖尿病、2型糖尿病、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ファブリー病、遺伝性チロシン血症I型(HTI)、家族性大腸腺腫症、家族性アミロイド心筋症、家族性アミロイドポリニューロパチー、家族性自律神経失調症、家族性高コレステロール血症、フリートライヒ運動失調症、ゴーシェ病I型、ゴーシェ病II型、糖原病II型、GM2ガングリオシドーシス、ヘモクロマトーシス、血友病A、血友病B、血友病C、ヘキソサミニダーゼA欠損症、卵巣癌素因変異、肥満、フェニルケトン尿症、多発性嚢胞腎疾患、プリオン病、老人性全身性アミロイドーシス、鎌状赤血球症、スミス・レムリ・オピッツ症候群、脊髄性筋萎縮症、ウィルソン病、パーキンソン病、及び遺伝性失明。いくつかの実施形態では、疾患/標的として、下記が挙げられる:嚢胞性線維症膜コンダクタンス調節遺伝子(CFTR);白皮症、筋萎縮性側索硬化症、喘息、β-サラセミア、カダシル症候群、慢性閉塞性肺疾患(COPD)、遠位脊髄性筋萎縮症(DSMA)、デュシェンヌ/ベッカー筋ジストロフィー、栄養障害型表皮水疱症、表皮水疱症、ジストロフィン遺伝子(DMD);アミロイドベータ(A4)前駆体タンパク質遺伝子(APP);第V因子ライデン関連障害、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、血友病、遺伝性ヘマトクロマトーシス、ハンター症候群、ハンチントン病、ハーラー症候群、炎症性腸疾患(IBD)、遺伝性多形凝集症候群、リーバー先天性黒内障、レッシュ・ナイハン症候群、リンチ症候群、マルファン症候群、ムコ多糖症、筋強直性ジストロフィーI型及びII型、神経線維腫症、ニーマン・ピック病A型、B型、及びC型、NY-eso1関連癌、レット症候群、NY-ESO-1関連癌、11-サラセミア、ガラクトース血症、ゴーシェ病、第XII因子遺伝子;第IX因子遺伝子;第XI因子遺伝子;HgbS;インスリン受容体遺伝子;アデノシンデアミナーゼ遺伝子;アルファ-1抗トリプシン遺伝子;乳癌1遺伝子(BRCA1);乳癌2遺伝子(BRCA2);アスパルトシクラーゼ遺伝子(ASPA);ガラクトシダーゼアルファ遺伝子(GLA);大腸腺腫症遺伝子(APC);B細胞におけるカッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの阻害因子、キナーゼ複合体関連タンパク質(IKBKAP);グルコシダーゼベータ酸遺伝子(GBA);グルコシダーゼアルファ酸遺伝子(GAA);ヘモクロマトーシス遺伝子(HFE);アポリポタンパク質B遺伝子(APOB);低密度リポタンパク質受容体遺伝子(LDLR)、低密度リポタンパク質受容体アダプタータンパク質1遺伝子(LDLRAP1);プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型遺伝子(PCSK9);多発性嚢胞腎疾患1(常染色体優性)遺伝子(PKD-1);プリオンタンパク質遺伝子(PRNP);PTP-1B;7-デヒドロコレステロール還元酵素遺伝子(DHCR7);運動ニューロン1の生存、テロメア遺伝子(SMN1);ビキチン様修飾因子活性化酵素1遺伝子(UBA1);ダイニン、細胞質1、重鎖1遺伝子(DYNC1H1)、運動ニューロン2の生存、セントロメア遺伝子(SMN2);(小胞関連膜タンパク質)-関連タンパク質B及びC(VAPB);ヘキソサミニダーゼA(アルファポリペプチド)遺伝子(HEXA);トランスサイレチン遺伝子(TTR);ATPase、Cu++輸送、ベータポリペプチド遺伝子(ATP7B);フェニルアラニンヒドロキシラーゼ遺伝子(PAH);ロドプシン遺伝子;網膜色素変性症1(常染色体優性)遺伝子(RP1);網膜色素変性症2(X連鎖性劣性)遺伝子(RP2)、スタージ・ウェーバー症候群、パーキンソン病、ピュッツ・ジェガース症候群、ポンペ病、原発性毛様体疾患、プロトロンビン変異関連障害、例えば、プロトロンビンG20210A変異、肺高血圧症、サンドホフ病、重症複合免疫不全症候群(SCID)、スターガルト病、テイ・サックス病、アッシャー症候群、X連鎖性免疫不全症、様々な形態の癌(例えば、BRCA1及び2に連鎖する乳癌及び卵巣癌)等、奈良木に他の既知の遺伝子標的。他の疾患として、例えば2021年9月24にアップデートされた、Man(登録商標)An Online Catalog of Human Genes and Genetic Disordersのhttp://www.omim.org/ Online Mendelian Inheritanceで列挙されている点変異、又は小さい欠失若しくは挿入、又は点変更、又は小さい欠失若しくは挿入によって修正され得る疾患が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本開示は、IDUAを標的化する技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、IDUAと関連する状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、オリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、IDUAにおけるGからAへの編集の利益を受ける。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、ハーラー症候群である。いくつかの実施形態では、本開示は、PINK1を標的化する技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、PINK1関連の状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、オリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、PINK1におけるGからAへの編集の利益を受ける。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、パーキンソン病である。いくつかの実施形態では、本開示は、第V因子ライデンを標的化する技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、第V因子ライデン関連の状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、オリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、第V因子ライデンにおけるGからAへの編集の利益を受ける。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、第V因子ライデン欠損症である。いくつかの実施形態では、本開示は、CFTRを標的化する技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、CFTR関連の状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、オリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、CFTRにおけるGからAへの編集の利益を受ける。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、嚢胞性線維症である。
32,000種超の病原性ヒトSNPが存在していると報告されており、このほぼ半数が、提供される技術により修正され得るGからAへの変異である。実際に、何万もの疾患が、GからAへの変異と関連していると報告されており、提供される技術により予防され得るか、又は処置され得る。特に、提供される技術を利用して、中途終止コドンと関連する多くの状態、障害、又は疾患を予防し得るか、又は処置し得、報告された疾患の原因となる変異全ての約12%は、中途終止コドンを生じる単一点変異である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、中途終止コドンを修正する。例えば、ClinVar database;Gaudelli NM et al.,Nature. 2017 Nov 23;551(7681):464-471;Keeling KM et al.,Madame Curie Bioscience Database 2000-2013等を参照されたい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸中の標的アデノシンは、修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸のレベルは、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して低減される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸又はその産物のスプライシングは、オリゴヌクレオチドの非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸の産物のレベルは、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される。いくつかの実施形態では、産物のレベルは増大され、産物は、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンが修飾されている核酸であるか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態では、産物のレベルは増大され、産物は、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンがイノシンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態では、産物のレベルは増大され、産物は、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンのアデニンがグアニンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態では、産物は、タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、グアニンからの変異である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、同じ位置でグアニンよりも状態、障害、又は疾患とより関連している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と二本鎖複合体を形成し得る。いくつかの実施形態では、標的核酸又はその一部は、RNAであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、RNAのものである。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、修飾されており、この修飾は、標的アデノシンの脱アミノ化であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、修飾されており、この修飾は、標的アデノシンのイノシンへの変換であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、修飾は、ADARタンパク質によって促進される。いくつかの実施形態では、系は、ADARタンパク質を含むインビトロ又はエクスビボの系である。いくつかの実施形態では、系は、ADARタンパク質を含むか又は発現する細胞であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、系は、ADARタンパク質を含むか又は発現する細胞を含む対象である。いくつかの実施形態では、ADARタンパク質は、ADAR1である。いくつかの実施形態では、ADAR1タンパク質は、p110アイソフォームであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1タンパク質は、p150アイソフォームであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1タンパク質は、p110及びp150アイソフォームであるか、又はそれらを含む。いくつかの実施形態では、ADARタンパク質は、ADAR2である。本明細書で実証される通り、本開示は、特に、標的部位(例えば、標的Aを含むもの)に酵素をリクルートするための技術であって、そのような標的部位を、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させること、又はそのような標的部位を含むポリヌクレオチド(例えば、RNA)を含むか又は発現する系に投与することを含む技術を提供する。いくつかの実施形態では、酵素は、本明細書で説明されている通り、ADAR1、ADAR2等のRNA編集酵素である。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物は、比較可能な参照オリゴヌクレオチド組成物で観察されるものより高いレベルを提供し、例えば、標的アデノシンは、より高いレベルで修飾される。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを全く含まないか、又はより低いレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成を有するオリゴヌクレオチドを含有しない。いくつかの実施形態では、参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構造を有するオリゴヌクレオチドを含有しない。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの2’-F修飾を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの2’-OMe修飾を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して異なる糖修飾パターンを有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの修飾されたヌクレオチド間結合を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸において標的アデノシンを修飾するための技術であって、標的核酸を本明細書で説明されている通りの提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物と接触させることを含む技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸において標的アデノシンを脱アミノ化する方法であって、標的核酸を本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、特定の核酸の産物を生成するか、又はそのレベルを回復させるか若しくは増大させる方法であって、標的核酸を提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、標的核酸が、標的アデノシンを含み、特定の核酸が、標的アデノシンの代わりにI又はGを有するという点で標的核酸と異なる、方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸の産物のレベルを低減する方法であって、標的核酸を本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、標的核酸が、標的アデノシンを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、産物は、タンパク質である。いくつかの実施形態では、産物は、mRNAである。
いくつかの実施形態では、本開示は、
オリゴヌクレオチド又は組成物を標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触させることを含み、
このオリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数のこのオリゴヌクレオチドの塩基配列が、標的核酸のものと実質的に相補的であり;且つ
標的核酸が、標的アデノシンを含み;
標的アデノシンが修飾される、
方法を提供する。
オリゴヌクレオチド又は組成物を標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触させることを含み、
このオリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数のこのオリゴヌクレオチドの塩基配列が、標的核酸のものと実質的に相補的であり;且つ
標的核酸が、標的アデノシンを含み;
標的アデノシンが修飾される、
方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得るであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
及び
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、この参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ることを
を含む方法であって、
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み;
並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法を提供する。
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得るであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
及び
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、この参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ることを
を含む方法であって、
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み;
並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾より高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは参照の複数のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法を提供する。
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾より高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは参照の複数のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
及び
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法を提供する。
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
及び
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾より高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法を提供する。
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾より高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
及び
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物であり);
及び
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法を提供する。
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
及び
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物であり);
及び
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ることを
含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾より高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物である)、方法を提供する。
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、そのレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ることを
含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾より高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
ここで、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物である)、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、ADAR酵素である。いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、ADAR1である。いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、ADAR2である。いくつかの実施形態では、試料は、細胞であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的核酸は、標的アデノシンの代わりに標的アデノシンの部分でI又はGを有するという点で標的核酸と異なる核酸と比較して、状態、障害、若しくは疾患とより関連するか、又は所望の特性若しくは機能の低減とより関連するか、又は望まれない特性若しくは機能の増大とより関連する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、GからAへの変異である。
特に、本開示のオリゴヌクレオチド設計(例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学の制御、及び/又はそのパターン)は、以前の技術を改善するために適用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、以前の技術におけるオリゴヌクレオチドに、本開示の1つ又は複数の構造的特徴(例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学の制御、及び/又はそのパターン)を導入することによって、以前の技術に対して改善を提供する。いくつかの実施形態では、改善は、結合リンの立体化学の制御に由来する改善であるか、又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、ポリペプチド(例えば、ADAR1、ADAR2等)によるアデノシン編集を改善するための技術であって、本明細書で説明されている通りの設計(例えば、1つ又は複数の修飾及び/又はそのパターン)をオリゴヌクレオチドに導入することを含む技術を提供する。いくつかの実施形態では、設計は、例えば、標的アデノシンの反対側の位置での、及び/又はその隣接位置の一方若しくは両方での、本明細書で説明されている通りの修飾された塩基であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、設計は、1つ又は複数の糖修飾及び/又はそのパターン、1つ又は複数の塩基修飾及び/又はそのパターン、1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合及び/又はそのパターン、及び/又は1つ又は複数の位置での制御された立体化学及び/又はそのパターンであるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ADAR2と比べてADAR1による編集を改善する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、ADAR1と比べてADAR2による編集を改善する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、p150と比べてADAR1 p110による編集を改善する(例えば、いくつかの実施形態では、1つ又は複数の位置でのRp(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のもの))。いくつかの実施形態では、提供される技術は、p110と比べてADAR1 p150による編集を改善する。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、アデノシン編集ポリペプチド(例えば、ADAR1(p110若しくはp150)、又はADAR2、又はこれらの一部)のレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、増加は、ポリペプチドの外因性の発現による。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、核酸の著しい分解を引き起こさない(例えば、約5%~100%以下(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%以下等))。いくつかの実施形態では、組成物は、標的核酸において著しい望まれないエクソンスキッピング又はエクソンインクルージョンの改変を引き起こさない(例えば、約5%~100%以下(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%以下等))。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、高いレベルのアデノシン編集(例えば、イノシンへの変換)を提供し得る。いくつかの実施形態では、標的アデノシン編集のパーセンテージは、約10%~100%(例えば、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%)である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも10%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも15%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも20%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも25%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも30%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも35%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも40%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも45%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも50%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも60%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも70%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも75%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも80%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも85%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも95%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約100%である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、標的核酸又はその産物の発現又はレベルの低減を媒介し得る(例えば、標的アデノシンをイノシンに修飾することによる)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、インビトロの細胞において標的遺伝子又はその遺伝子産物の発現又はレベルの低減を媒介し得る(例えば、標的アデノシンをイノシンに修飾することによる)。いくつかの実施形態では、発現又はレベルを、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%低減させ得る。いくつかの実施形態では、標的遺伝子又はその遺伝子産物の発現又はレベルを、例えば、インビトロの細胞において10uM以下の濃度で、オリゴヌクレオチド又はその組成物によって誘導されるADARに媒介される脱アミノ化によって、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%低減させ得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、1nM、5nM、10nM、又はより低い濃度で好適なレベルの活性を提供し得る(例えば、インビトロ又はインビボの細胞においてアッセイされる場合)。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物の活性は、好適な条件(例えば、細胞ベースのインビトロアッセイ)において、標的核酸又はその産物のレベルを50%低減する阻害濃度であるIC50によって評価され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物は、例えば、細胞ベースのアッセイにおいて評価される場合に、0.001、0.01、0.1、0.5、1、2、5、10、50、100、200、500、又は1000nM以下のIC50を有する。いくつかの実施形態では、IC50は、約500nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約200nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約100nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約50nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約25nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約10nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約5nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約2nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約1nM以下である。いくつかの実施形態では、IC50は、約0.5nM以下である。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的アデノシンにおいて他のアデノシン残基に対する標的アデノシンの選択的編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、非標的アデノシンに対する標的アデノシンの選択性は、少なくとも1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100倍以上である(例えば、好適な条件での非標的アデノシンに対する標的アデノシンの編集のレベル、又はある特定のレベルの編集(例えば、0.5%、1%、2%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%等)のためのオリゴヌクレオチド濃度によって測定される場合)。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも2倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも3倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも4倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも5倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも10倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも25倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも50倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも100倍である。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、1つ又は複数の同様の核酸配列が、集団内に存在し、標的及び同様の配列の各々が、同様の配列に対して標的配列を定義する特定の特徴的な配列エレメントを含有し、この方法は、標的核酸配列の転写物を含む試料と、オリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物とを接触させることを含み、オリゴヌクレオチドの塩基配列、又は複数のオリゴヌクレオチドの共通の塩基配列が、標的核酸配列を定義する特徴的な配列エレメントと相補的な配列であるか、又はそれを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸配列及び同様の核酸配列の両方の転写物を含む系と接触する場合には、標的核酸配列の転写物は、同様の核酸配列について観察される抑制のレベルと比べて大きいレベルで抑制される。いくつかの実施形態では、標的核酸配列の転写物の抑制は、同様の核酸配列について観察される抑制と比べて1.1~100、2~100、1.5、2、2.5、3、4、5、6、7、8、9、又は10倍大きいものであり得る。いくつかの実施形態では、標的核酸配列は、状態、障害、又は疾患と関連する(又は同様の核酸配列と比較してより関連する)。当業者が理解する通り、状態、障害、又は疾患と関連しない、又は関連性が低い転写物を維持しながらの状態、障害、又は疾患に関連する転写物(及び/又はその産物)の選択的な低減は、いくつかの利点を提供し得、例えば、1つ又は複数の所望の生体機能を維持しながら疾患の処置及び/又は予防を提供する(これは、特に、少ない又は重症ではない副作用をもたらす可能性がある)。
いくつかの実施形態では、本明細書で実証される通り、選択性は、系(例えば、本明細書で説明されているレポーターアッセイ)において少なくとも10倍、又は20、30、40、若しくは50倍以上である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は組成物は、系において野生型タンパク質のレベルを維持しながら(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより多くの野生型タンパク質が残存する)変異体タンパク質のレベルを効果的に低減し得る(例えば、変異体タンパク質の少なくとも50%、60%、70%、又はより高い低減)。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な生物システム(例えば、マウス脳ホモジネート)において安定である(例えば、1、2、3、4、5、6、7、又は8日後に少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより多く残存する)。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、低毒性のものである。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びその組成物)は、TLR9を著しくは活性化しない(例えば、参照オリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及びその組成物)と比較した場合)。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びその組成物)は、補体活性化を著しくは誘導しない(例えば、参照オリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及びその組成物)と比較した場合)。
様々な適用のために、提供されるオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、医薬組成物として提供され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、有効量のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩を含むか又は送達する医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、オリゴヌクレオチドの様々な形態(例えば、酸、塩基、及び様々な薬学的に許容される塩形態)を含み得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、アミン塩(例えば、N(R)3の構造を有するアミンのもの)である。いくつか医薬実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容される担形をさらに含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、液体溶液であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、液体組成物は、制御されたpH範囲(例えば、およそ生理的pH又は生理的pH)を有する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ハンクス液、リンゲル液、脳脊髄液、人工脳脊髄液(aCSF)、又は生理食塩緩衝液等の生理的に適合性を示す緩衝液中の溶液を含むか、又はこの溶液として製剤化される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、人工脳脊髄液(aCSF)中の溶液を含むか、又はこの溶液として製剤化される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、注射可能な懸濁液又は溶液である。ある特定の実施形態では、注射可能な懸濁液又は溶液を、適切な液体担体、懸濁剤等を使用して調製する。医薬組成物を、様々な好適な経路で投与し得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物を、経口投与、例えば、飲薬(水性又は非水性の溶液又は懸濁液)、錠剤、例えば、頬側、舌下、及び全身吸収を目標とするもの、ボーラス、散剤、顆粒、舌への適用向けのペースト;例えば、ハンクス液、リンゲル液、脳脊髄液、人工脳脊髄液(aCSF)、若しくは生理食塩緩衝液等の生理的に適合性を示す緩衝液中の例えば滅菌溶液若しくは懸濁液としての、又は徐放製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内、髄腔内、脳室内、又は硬膜外注射による非経口投与;例えば、クリーム、軟膏、又は制御放出パッチ、又は皮膚、肺、若しくは口腔に適用されるスプレーとしての局所適用;例えば、ペッサリー、クリーム又は泡としての腟内又は直腸内;舌下;眼内;経皮;又は鼻腔、肺、及び他の粘膜表面に対して製剤化する。
特に、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与するか又は送達することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、AからIへの変換に影響を受けやすい(例えば、それから利益を得る可能性がある)。いくつかの実施形態では、本開示は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、GからAへの変異に影響を受けやすい状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、本明細書で説明されている通りのオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的アデノシンを含む標的核酸のものと実質的に相補的である。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患と関連する細胞、組織、又は器官は、ADARタンパク質を含むか、又は発現する。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患と関連する細胞、組織、又は器官は、ADAR1(例えば、p110及び/又はp150形態)を含むか、又は発現する。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患と関連する細胞、組織、又は器官は、ADAR2を含むか、又は発現する。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、本明細書で説明されている通りである。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、アルファ-1抗トリプシン欠損症である。いくつかの実施形態では、方法は、標的アデノシンをIに変換することを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的配列との配列相補性を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、部位特異的(部位特異的(site directed)とも称され得る)編集(例えば、脱アミノ化)を誘導するオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ADAR(例えば、内在性ADAR)によって媒介される部位特異的アデノシン編集を誘導するオリゴヌクレオチドを提供する。様々な提供されるオリゴヌクレオチドは、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための一本鎖オリゴヌクレオチドとして利用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド及びその組成物を使用して、標的配列におけるGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防する及び/又は処置する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、標的配列におけるGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患のための、医薬としての使用のためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的配列におけるGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の処置における使用ためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的配列におけるGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の処置のための医薬の製造のためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、なりやすいか又は罹患している対象において標的配列におけるGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防するか、処置するか、又は寛解させる方法であって、この対象に、オリゴヌクレオチド又はその医薬組成物の治療有効量を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞中の標的配列における標的アデノシンを脱アミノ化する方法であって、この細胞と、オリゴヌクレオチド又はその組成物とを接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、細胞中の標的配列(例えば、転写物)における標的アデノシンを脱アミノ化する方法であって、この細胞と、オリゴヌクレオチド又はその組成物とを接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、細胞におけるGからAへの変異と関連するタンパク質のレベルを低減する方法であって、この細胞と、オリゴヌクレオチド又はその組成物とを接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、提供される方法は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患と関連する転写物及び/又はそれによりコードされる産物のレベルを選択的に低減させ得る。いくつかの実施形態では、提供される方法は、標的核酸(例えば、標的Aの位置でGを有する他の点で同一の核酸に対して、望まれないA(例えば、GからAへの変異)を含む標的核酸(例えば、転写物)を選択的に編集し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、必要とする哺乳動物における変異した遺伝子(例えば、GからAへの変異)発現を減少させる方法であって、この哺乳動物に、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド又はその組成物を含む核酸-脂質粒子を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのインビボ送達のための方法であって、哺乳動物に、オリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の処置に好適な対象又は患者は、医療専門家によって同定され得るか、又は診断され得る。
いくつかの実施形態では、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の症状は、AからIへの変換から利益を得る可能性がある任意の状態、障害、又は疾患であり得る。
いくつかの実施形態では、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド又はその組成物は、GからAへの変異と関連する状態、障害、若しくは疾患、又はGからAへの変異と関連する状態、障害、若しくは疾患の少なくとも1つの症状を予防し得るか、処置し得るか、寛解させ得るか、又はその進行を遅らせ得る。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、対象におけるGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の処置のためのものであり得、この方法は、この対象に、オリゴヌクレオチド又はその医薬組成物の治療有効量を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の少なくとも1つの症状を低減させ得、この方法は、対象に、オリゴヌクレオチド又はその医薬組成物治療有効量を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、患者又は対象へのオリゴヌクレオチドの投与は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の進行を遅らせること;、GからAへの変異と関連する状態、障害、若しくは疾患、又はその少なくとも1つの症状の発症を遅延させること;GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の1つ又は複数の徴候を改善すること;及び/又は患者又は対象の生存時間又は寿命を増加させることのうちのいずれか1つ又は複数を媒介することが可能である。
いくつかの実施形態では、疾患進行を遅らせることは、本明細書で説明されているもの等のGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している個体における、1つ又は複数の臨床パラメーターの臨床的に望まれない変化の予防、又はその遅延に関連し得る。GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している個体における疾患進行の緩徐化を、本明細書で説明されている疾患評価試験の1つ又は複数を使用して同定することは、十分に医師の能力の範囲内である。さらに、医師は、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している個体における疾患進行の速度を評価するために、本明細書で説明されているもの以外の個々の診断試験を施してもよいことが理解される。
医師は、GからAへの変異と関連する状態、障害、若しくは疾患の家族歴、又は同様の遺伝的プロファイルを有する他の患者との比較を使用してもよい。
いくつかの実施形態では、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の徴候は、状態、障害、又は疾患の進行を診断するか又は測定するために医師等の医療従事者によって利用されるパラメーターを含む。
いくつかの実施形態では、対象は、オリゴヌクレオチド若しくはその組成物と、追加の薬剤及び/又は方法(例えば、追加の治療剤及び/又は方法)とが施される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、単独で又は1つ若しくは複数の追加の治療剤及び/又は処置と組み合わせて投与され得る。組み合わせて投与される場合には、それぞれの構成要素は、同時に又は異なる時点で任意の順序において逐次的に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、それぞれの構成要素は、所望の治療効果をもたらすために別々であるが十分に近い時間で投与されてもよい。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び追加の治療的構成要素は、同時に投与される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び追加の治療的構成要素は、1つの組成物として投与され得る。いくつかの実施形態では、ある時点で、投与されている対象は、提供されるオリゴヌクレオチド及び追加の構成要素の両方に同時に暴露され得る。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドに物理的にコンジュゲートされ得る。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、GalNAcである。いくつかの実施形態では、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、追加の薬剤に物理的にコンジュゲートされ得る。いくつかの実施形態では、追加の薬剤のオリゴヌクレオチドは、本開示で説明されている通りの塩基配列、糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、糖、核酸塩基、及び/又はヌクレオチド間結合修飾のパターン、骨格のキラル中心のパターン等、又はその任意の組み合わせを有し得、各Tは、独立して、Uで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列の発現、活性、及び/又はレベルを低減させ得るか(直接的に又は間接的に)、又はGからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を処置するのに有用な第2のオリゴヌクレオチドに物理的にコンジュゲートされ得る。
いくつかの実施形態では、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患のための1つ又は複数の追加の(又は第2の)治療剤と共に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、対象は、オリゴヌクレオチド及び追加の治療剤が投与され得、追加の治療剤は、処置されることになる状態、障害、又は疾患の治療に有用な本明細書で説明されているか又は当技術分野で知られる薬剤である。
いくつかの実施形態では、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、アプタマー、lncRNA、lncRNA阻害剤、抗体、ペプチド、低分子、他の標的を標的化する他のオリゴヌクレオチドを含むがこれらに限定されない、状態、障害、若しくは疾患又はその症状のための1つ又は複数の処置と共に同時投与され得るか、又は処置レジメンの一部として使用され得る。
いくつかの実施形態では、追加の治療的処置は、非限定的な例として、遺伝子を編集する方法である。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、非限定的な例として、オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、第2の又は追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの前に、それと同時に、又はその後に対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、第2の又は追加の治療剤は、対象に複数回投与され得、オリゴヌクレオチドもまた、対象に複数回投与され、この投与は、任意の順序である。
いくつかの実施形態では、改善は、疾患状態において高すぎる遺伝子又は遺伝子産物の発現、活性、及び/又はレベルを低減すること;疾患状態において低すぎる遺伝子又は遺伝子産物の発現、活性、及び/又はレベルを増大させること;及び/又は遺伝子又は遺伝子産物の変異体及び/又は疾患関連バリアントの発現、活性、及び/又はレベルを低減することを含み得る。
いくつかの実施形態では、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を処置し、寛解させ、及び/又は予防するのに有用なオリゴヌクレオチド又は組成物は、様々な好適に利用可能な技術を介して(例えば、対象に)投与され得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド(例えば、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための一本鎖オリゴヌクレオチド)は、例えば、状態、障害、又は疾患を治療し、寛解させ、及び/又は予防するために、医薬組成物として投与され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。
特に、本開示の技術(例えば、オリゴヌクレオチド及びその組成物)は、参照技術(例えば、キラル制御(例えば、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物(例えば、同じ塩基配列、又は同じ構成等のオリゴヌクレオチドの))の欠如若しくは低いレベル、及び/又はある特定の修飾及びそのパターン(例えば、2’-F、負に荷電していないヌクレオチド間結合等)の欠如若しくは低いレベルと比較して、安定性、送達、編集効率、薬物動態、及び/又は薬物動力学の改善等の様々な改善及び利点を提供し得る。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成を有するオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である(当業者によって理解される通り、いくつかの実施形態では、様々な塩形態が同じ構成のものであると適切にみなされ得る)。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、負に荷電していないヌクレオチド間結合を含まないオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、n001を含まない。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、負に荷電していないヌクレオチド間結合を含まないオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、n001を含まないオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、参照技術と比較して、低い単位又は総用量で利用されてもよく、及び/又は少ない用量及び/又は長い投与間隔で投与されてもよい(例えば、同等又はより良好な効果を達成するために)。いくつかの実施形態では、提供される技術は、編集の長期の耐久性を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、投与されると、最後の用量後の一定期間(例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60日以上、又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10ヶ月間)にわたり、ある特定のレベル以上(例えば、ある特定の生物学的効果及び/又は治療効果をもたらすのに有用な及び/又は十分なレベル)で活性(例えば、標的編集)を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、低い毒性を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、参照技術と比較して、高い単位又は総用量で利用されてもよく、及び/又は多い用量及び/又は短い投与間隔で投与されてもよい(例えば、より良好な効果を達成するために)。いくつかの実施形態では、総用量は、単一用量として投与され得る。いくつかの実施形態では、総用量は、2回以上の単一用量として投与され得る。いくつかの実施形態では、単一用量として投与される総用量は、2回以上の単一用量として投与される場合と比較して高い最大編集レベルを提供し得る。
いくつかの場合において、医薬としてオリゴヌクレオチドを投与されている患者は、血小板減少症、腎毒性、糸球体腎炎、及び/又は凝血異常;遺伝毒性、標的器官の反復投与毒性、及び病的作用;用量反応及び暴露関連性;慢性毒性;幼若毒性;生殖及び発生毒性;心血管安全性;注射部位反応;サイトカイン反応補体作用;免疫原性;及び/又は発癌性を含むある特定の副作用又は有害作用を経験する可能性がある。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与の副作用又は有害作用を相殺するために投与される。いくつかの実施形態では、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための特定の一本鎖オリゴヌクレオチドは、標的RNA配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための異なる一本鎖オリゴヌクレオチドと比較して、副作用又は有害作用を誘発する能力の低減を有し得る。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与と関連する1つ又は複数の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び1種又は複数種の追加の治療剤が患者に投与され得(任意の順序で)、この追加の治療剤は、このオリゴヌクレオチドの投与と関連する1つ又は複数の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び1種又は複数種の追加の治療剤が、患者に投与され得(任意の順序で)、この追加の治療剤は、このオリゴヌクレオチドの投与と関連する1つ又は複数の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び1つ又は複数の追加の治療剤が、患者に投与され得(任意の順序で)、この追加の治療剤は、このオリゴヌクレオチドの投与と関連する1つ又は複数の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与され得、このオリゴヌクレオチドは、任意の生化学的機序(例えば、限定されないが、標的遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、発現、及び/又は活性の減少、標的遺伝子mRNA中の1つ又は複数のエクソンのスキッピングの増加又は減少、ADAR媒介脱アミノ化、RNAaseH媒介機序、立体障害媒介機序、及び/又はRNA干渉媒介機序)により機能し、このオリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物及び1種又は複数種の追加の治療剤が、患者に投与され得(任意の順序で)、この追加の治療剤は、このオリゴヌクレオチド組成物の投与と関連する1つ又は複数の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与され得、このオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御され得るか、又は少なくとも1つのキラル制御されたヌクレオチド間結合(キラル制御されたホスホロチオエートを含むがこれに限定されない)を含む。
GからAへの変異と関連するもの、例えば、嚢胞性線維症、ハーラー症候群、アルファ-1抗トリプシン(A1AT)欠損症、パーキンソン病、アルツハイマー病、白皮症、筋萎縮性側索硬化症、喘息、β-サラセミア、カダシル症候群、シャルコー・マリー・トゥース病、慢性閉塞性肺疾患(COPD)、遠位型脊髄性筋萎縮症(DSMA)、デュシェンヌ/ベッカー型筋ジストロフィー、栄養障害型表皮水疱症、表皮水疱症(Epidermylosis bullosa)、ファブリー病、第V因子ライデン関連障害、家族性大腸腺腫症、ポリープ症、ガラクトース血症、ゴーシェ病、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、血友病、遺伝性ヘモクロマトーシス(Hereditary Hematochromatosis)、ハンター症候群、ハンチントン病、炎症性腸疾患(IBD)、遺伝性多凝集反応症候群、レーバー先天黒内障、レッシュ・ナイハン症候群、リンチ症候群、マルファン症候群、ムコ多糖症、筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィーI型及びII型、神経線維腫症、ニーマン・ピック病A、B及びC型、NY-eso1関連癌、ポイツ・ジェガース症候群、フェニルケトン尿症、ポンぺ病、原発性線毛疾患、プロトロンビンG20210A変異等のプロトロンビン変異関連障害、肺高血圧症、網膜色素変性症、サンドホフ病、重症複合免疫不全症候群(SCID)、鎌状赤血球貧血、脊髄性筋萎縮症、シュタルガルト病、テイ・サックス病、アッシャー症候群、X連鎖免疫不全、スタージ・ウェーバー症候群、及び様々な癌を含む様々な状態、障害、又は疾患が、アデノシン編集から利益を得ることができる。ある特定の状態、障害、又は疾患が、国際公開第2020/154344号、同第2020/154343号、同第2020/154342号、同第2020/165077号、同第2020/201406号、同第2020/216637号、又は同第2020/252376号で説明されている。
いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、アルファ-1抗トリプシン(A1AT)欠損症(AATD)である。
アルファ-1抗トリプシン(A1AT)欠損症(AATD)は、報告によればSERPINA1遺伝子(PI;AIA;AAT;PIl;A1AT;PR02275;及びアルファ1ATとしても知られる)における欠損によって引き起こされる遺伝性疾患である。重篤なA1AT欠損症は、肺及び肝臓表現型を含む様々な表現型と関連する。
報告によれば、A1AT欠損症は、北欧の血統の対象において最も一般的な遺伝性疾患の1つである。米国単独での重篤なA1AT欠損症の患者数は、80,000~100,000人である。同様の数がEUにおいて見出されると推定される。重篤なA1AT欠損症の全世界での概算は、300万人で固定されている。A1AT欠損症は、肺気腫を引き起こし、対象は20代又は30代で肺気腫を発症する。A1AT欠損症はまた、肝不全及び肝細胞癌を引き起こす可能性もあり、重篤なA1AT欠損症を有する対象の最大30%が、肝硬変、劇症肝不全、及び肝細胞癌を含む重大な肝疾患を発症する。
SERPINA1遺伝子における変異(即ち、c.1024G>A)は、成熟AIATタンパク質のアミノ酸位置342でグルタミン酸からリジンへの置換(E342K、「Z変異」)を引き起こす。このミスセンス変異は、タンパク質の立体構造及び分泌に影響を及ぼし、A1ATの循環レベルの低減を引き起こす。Z変異を有するアレルは、PiZアレルとして同定される。PiZアレルに関してホモ接合性の対象は、PiZZ保因者と呼ばれ、血清A1ATの正常レベルの10~15%を発現する。A1AT欠損症の徴候を示す対象のおよそ95%が、PiZZ遺伝型を有する。Z変異に関してヘテロ接合性の対象は、PiMZ変異体と呼ばれ、血清A1ATの正常レベルの60%を発現する。診断された中で重篤なAAT欠損症を有する患者の90%が、ZZ変異を有する。米国における約30,000~50,000人の個体が、PiZZ遺伝型を有する。
A1AT欠損症の病態生理は、冒される器官によって異なる可能性がある。肝疾患は、機能獲得の機構に起因すると報告されている。異常に折り畳まれたA1AT(特に、Z型A1AT(Z-AT))は、肝細胞内で凝集して重合する。A1AT封入体は、PiZZ対象において見出され、肝硬変、及びいくつかの場合には肝細胞癌を引き起こすと考えられる。肝疾患における機能獲得の機構に関するエビデンスは、ヌルホモ接合体によって支持される。これらの対象は、A1ATを産生せず、且つ肝細胞封入体又は肝疾患を発症しない。
A1AT欠損症は、A1AT対象の最大約50%において肝疾患を引き起こし、対象の最大約30%において重篤な肝疾患を引き起こすことが報告されている。肝疾患は、(a)自然治癒する小児期の肝硬変、(b)肝移植を必要とするか又は死に至る小児期又は成人期の重篤な肝硬変、及び(c)致命的である場合が多い肝細胞癌として顕在化し得る。肝疾患の発症は、二峰性であり、主に小児又は成人を冒すことが報告されている。小児疾患は、多くの場合自然治癒するが、末期の致命的な肝硬変を引き起こす可能性もある。PiZZ遺伝型を有する対象の最大約18%は、小児期に臨床的に重大な肝臓異常を発症する可能性があることが報告されている。PiZZ対象のおよそ2%は、小児期に死に至る重篤な肝硬変を発症することが報告されている(Sveger 1988;Volpert 2000)。成人が発症する肝疾患は、全ての遺伝型を有する対象を冒す可能性があるが、PiZZ遺伝型を有する対象においてより早く生じる。A1AT欠損症対象のおよそ2~10%が、成人が発症する肝疾患を発症することが報告されている。
A1AT欠損症と関連する肺疾患は現在、ヒト由来の置換AIATタンパク質の静脈内投与で処置されるが、対象の全寿命にわたって費用がかかり且つ頻繁な注射を必要とすることに加えて、この手法は、部分的に有効なだけである。肝細胞癌を有するA1AT欠損症対象は現在、化学療法及び外科手術で処置されるが、A1AT欠損症の潜在的に死に至る肝臓徴候を予防するための満足な手法は存在しない。
特に、本開示は、例えば、肝臓及び肺徴候を含むA1AT欠損症の処置の改善に対する必要性を認識する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、A変異を、タンパク質翻訳中にGとして読まれ得るIに変換し得、したがってタンパク質翻訳のためにGからAへの変異を補正するオリゴヌクレオチド及び/又は組成物を提供することによって、状態、障害、又は疾患に関連するアルファ-1抗トリプシン(A1AT)欠損症を予防するか又は処置するための技術を提供する。特に、肝細胞の1つ又は複数におけるSERPINA1の改変によって、毒性のZタンパク質(Z-AAT)の産生を減少させるか又は消失させることにより、A1AT欠損症を有する対象における肝疾患の進行を予防し得る。ある特定の実施形態では、Zタンパク質の産生は、提供される技術を利用することによって消失されるか、又は減少する。ある特定の実施形態では、疾患は、療法を受けていない対象と比較して、治癒させられるか、進行しないか、又は進行の遅延を有する。
いくつかの実施形態では、肝臓及び肺において、AATD二重病変が報告されている。いくつかの実施形態では、重合したZ-ATTが分泌され得ないことにより、例えば、肝臓障害/肝硬変が引き起こされることが報告されている。いくつかの実施形態では、一方又は両方の肺は、抑制されていないプロテアーゼに対して開放されており、いくつかの実施形態では、炎症及び肺損傷が引き起こされる。多くの患者(例えば、報告によれば、米国及び欧州における約200,000例)が、重症AATDの最も一般的な型と関連すると報告されているホモ接合性ZZA遺伝子型を有している。承認された療法は、肺病変を有するものにおいて野生型AATの循環レベルをわずかに増加させ、肺病変に対する療法はないことが報告されている。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓中での野生型AATの発現、レベル、特性、及び/又は活性を増加させるか、又は回復させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、肝臓を標的化する部位(例えば、肝臓中で発現される受容体を標的化するGalNAc等のリガンド)をオリゴヌクレオチドに組み込むことにより、肝臓を標的化する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓中での野生型AATの生理学的制御を回復させるか、増加させるか、又は増強する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、Z-AATタンパク質の凝集を減少させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓中での野生型AATの生理学的制御を回復させるか、増加させるか、又は増強し、且つZ-AATタンパク質の凝集を減少させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、血流中への分泌を増加させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、循環性野生型AATを増加させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、循環性の肺結合野生型AATを増加させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肺中の野生型AATの発現、レベル、特性、及び/又は活性を増加させるか、又は回復させる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、望ましくないプロテアーゼから肺を保護する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、炎症及び/又は肺損傷を減少させるか、又は予防する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓及び肺の両方で利益をもたらす。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓損傷又は肝硬変を軽減するか、又は予防し、且つ炎症及び/又は肺損傷を減少させるか、又は予防する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクオチド(例えば、肝臓中で発現される受容体を標的化するリガンド(例えば、GalNAc)等のある特定の部分を含むもの)は、肝臓及び肺で利益をもたらす。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓及び肺で同時に利益をもたらす。いくつかの実施形態では、提供される技術は、AATDの肺及び/又は肝臓での徴候に対処する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、AATDの肺及び/又は肝臓での徴候に同時に対処する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、GalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチド及びその組成物を使用して、AATDを誘発するSERPINA1 ZアレルによってコードされるmRNA中でのRNA塩基変異を修正することを含む。いくつかの実施形態では、提供される技術は、同時に、変異してミスフォールドしたアルファ-1タンパク質の凝集を減少させ、且つ野生型アルファ-1抗トリプシンタンパク質の循環レベルを増加させ、いくつかの実施形態では、AATDの肝臓と肺の両方の徴候に対処する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、DNAに対する恒久的なオフターゲット変化のリスクを回避する。
ある特定の実施形態では、本明細書で説明されている通りの技術は、処置された肝細胞の1つ又は複数の生存に対して選択的な利点を提供し得る。ある特定の実施形態では、標的細胞は、修飾されている。いくつかの実施形態では、本明細書の技術で処置される細胞は、毒性のZタンパク質を産生しない場合がある。いくつかの実施形態では、修飾されていない疾患細胞は、毒性のZタンパク質を産生し、Zタンパク質のミスフォールディングによって誘導される小胞体(ER)ストレスから二次的に起こるアポトーシスを経る場合がある。ある特定の実施形態では、提供される技術を使用する処置の後、処置された細胞は、生存することになり、未処置の細胞は、死ぬことになる。この選択的な利点により、大部分がSERPINA1を補正された細胞である肝細胞の最終的なコロニー形成が促進され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患に罹患しているか又はそれになりやすい患者に投与された場合には、この状態、障害、又は疾患の少なくとも1つの症状を低減し得、及び/又は遺伝子又は遺伝子産物におけるGからAへの変異に起因する状態、障害、又は疾患の少なくとも1つの症状の発症、悪化を遅延させるか又は予防し得、及び/又はその悪化の速度及び/又は程度を低減し得る。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、系(例えば、細胞、組織、器官、動物等)において2つ以上の部位の編集を提供し得る。(「多重編集」)。いくつかの実施形態では、提供される技術は、同じ転写物の2つ以上の部位を標的化し、その編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、同じ核酸又は異なる核酸のいずれかに由来する2つ以上の異なる転写物を標的化し、その編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、2つ以上の異なる核酸に由来する転写物を標的化し、その編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、2つ以上の異なる遺伝子に由来する転写物を標的化し、その編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、同時に編集された標的の中で、それぞれは、独立して、生物学的に及び/又は治療的に適切なレベルで存在する。いくつかの実施形態では、多重編集において、1つ、又は複数、又は全ての標的は、独立して、同等の条件下で個別に実行される編集と同等のレベルで編集される。いくつかの実施形態では、多重編集は、各々が独立して1つ又は複数の標的を標的化する2つ以上の別々の組成物を利用して実施される。いくつかの実施形態では、組成物は、同時に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、好適な間隔で投与される。いくつかの実施形態では、1つ又は複数の組成物は、1つ又は複数の他の組成物の前又はその後に投与される。いくつかの実施形態では、多重編集は、単一の組成物(例えば、複数のものが、異なる標的を標的化する2つ以上の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物)を利用して実施される。いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、異なるアデノシンを標的化する。いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、異なる転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、異なる遺伝子を標的化する。いくつかの実施形態では、2つ以上の複数のものは、同じ標的を標的化し得るが、複数のものは、一緒に所望の標的を標的化する。
本明細書で説明されている通り、提供される技術は、多くの利点を提供し得る。例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、可逆的且つ調整可能なRNA編集を提供し得ることから(例えば、用量の調整により)、提供される技術は、DNAに対して作用する技術よりも安全である。加えて及び或いは、本明細書で実証される通り、提供される技術は、内在性ADARタンパク質を発現する系において高いレベルの編集を提供し得、したがって、様々な場合において、内在性タンパク質の導入の必要を回避する。さらに、提供される技術は、多くの他の技術において、特に、細胞培養以外の適用のために利用されるようなウイルスベクター又は脂質ナノ粒子等の補助的な送達ビヒクルに依存する複雑なオリゴヌクレオチドを必要としない。いくつかの実施形態では、提供される技術は、内在性ADAR酵素を使用して高い効率を有する配列特異的なAからIへのRNA編集を提供し得、人工的な送達剤の非存在下で様々な系(例えば、細胞)に送達され得る。
本開示を読む当業者は、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物が、本開示に従う多くの技術を使用して送達され得ることを理解することになる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、トランスフェクション又はリポフェクションを介して送達され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、トランスフェクション又はリポフェクションにおいて利用されるもの等の送達助剤の非存在下で送達され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、トランスフェクション又はリポフェクションを介して送達され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、裸による送達で送達される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、送達を促進し得る追加の化学的部分を含む。例えば、いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、受容体(例えば、アシアロ糖タンパク質受容体)に対するリガンド部分(例えば、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc))であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、GalNAcに媒介される送達により送達され得る。
特に、本開示は、下記の例示的実施形態を提供する。
1.オリゴヌクレオチドであって、
第1のドメイン;
及び
第2のドメイン
を含み、
ここで、
第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み;
第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含む、
オリゴヌクレオチド。
第1のドメイン;
及び
第2のドメイン
を含み、
ここで、
第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み;
第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含む、
オリゴヌクレオチド。
2.本開示で説明されている通りの修飾された核酸塩基、核酸塩基、糖、又はヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド。
3.オリゴヌクレオチドであって、全ての糖の約又は少なくとも約60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%は、2’-F修飾された糖である、オリゴヌクレオチド。
4.本明細書で説明されている通りの第2のサブドメインを含むオリゴヌクレオチド。
5.1つ若しくは複数の修飾された糖、及び/又は1つ若しくは複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドは、それぞれが独立して1つ又は複数の核酸塩基を含む第1のドメイン及び第2のドメインを含む、オリゴヌクレオチド。
6.オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸中の標的アデノシンが修飾される、実施形態1~5のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
7.オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸のレベルは、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して低減される、実施形態1~5のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
8.オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸又はその産物のスプライシングが、オリゴヌクレオチドの非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される、実施形態1~5のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
9.オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、標的核酸の産物のレベルは、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される、実施形態1~5のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
10.標的核酸が、修飾される、実施形態7~9のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
11.産物のレベルが増大され、産物が、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンが修飾されている核酸であるか、又はそれによってコードされる、実施形態6~10のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
12.産物のレベルが増大され、産物が、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンがイノシンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる、実施形態6~10のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
13.産物のレベルが増大され、産物が、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンのアデニンがグアニンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる、実施形態6~10のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
14.産物は、タンパク質である、実施形態11~13のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
15.標的アデノシンは、グアニンからの変異である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
16.標的アデノシンは、同じ位置でグアニンと比べて状態、障害、又は疾患と関連している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
17.標的アデノシンは、アルファ-1抗トリプシン(A1AT)欠乏症と関連している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
18.標的アデノシンは、ヒトSERPINA1遺伝子中に存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
19.標的アデノシンは、ヒトSERPINA1遺伝子中での1024G>A(E342K)変異である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
20.オリゴヌクレオチドは、標的核酸と二本鎖複合体を形成し得る、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
21.標的核酸又はその一部は、RNAであるか、又はそれを含む、実施形態6~20のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
22.標的アデノシンは、RNAのものである、実施形態6~21のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
23.標的アデノシンは修飾され、且つ修飾は、標的アデノシンの脱アミノ化であるか、又はそれを含む、実施形態6~22のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
24.標的アデノシンは修飾され、且つ修飾は、標的アデノシンのイノシンへの変換であるか、又はそれを含む、実施形態6~23のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
25.修飾は、ADARタンパク質によって促進される、実施形態6~24のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
26.系は、ADARタンパク質を含むインビトロ又はエクスビボの系である、実施形態6~25のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
27.系は、ADARタンパク質を含むか又は発現する細胞であるか、又はそれを含む、実施形態6~25のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
28.系は、ADARタンパク質を含むか又はそれを発現する細胞を含む対象である、実施形態6~25のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
29.ADARタンパク質は、ADAR1である、実施形態25~28のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
30.ADARタンパク質は、ADAR2である、実施形態25~28のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
31.オリゴヌクレオチドは、約10~200個(例えば、約10~20、10~30、10~40、10~50、10~60、10~70、10~80、10~90、10~100、10~120、10~150、20~30、20~40、20~50、20~60、20~70、20~80、20~90、20~100、20~120、20~150、20~200、25~30、25~40、25~50、25~60、25~70、25~80、25~90、25~100、25~120、25~150、25~200、30~40、30~50、30~60、30~70、30~80、30~90、30~100、30~120、30~150、30~200、10、20、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、60個等)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
32.オリゴヌクレオチドは、約26~35個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
33.オリゴヌクレオチドは、約26個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
34.オリゴヌクレオチドは、約27個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
35.オリゴヌクレオチドは、約28個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
36.オリゴヌクレオチドは、約29個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
37.オリゴヌクレオチドは、約30個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
38.オリゴヌクレオチドは、約31個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
39.オリゴヌクレオチドは、約32個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
40.オリゴヌクレオチドは、約33個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
41.オリゴヌクレオチドは、約34個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
42.オリゴヌクレオチドは、約35個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
43.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)の、ワトソン-クリック塩基対ではないミスマッチを伴って、標的アデノシンを含む標的核酸の一部の塩基配列と相補的である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
44.1つ又は複数のミスマッチは、独立して、ゆらぎの塩基対形成である、実施形態43に記載のオリゴヌクレオチド。
45.相補性は、約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)である、実施形態43又は44に記載のオリゴヌクレオチド。
46.相補性は、約90%~100%又は約95~100%である、実施形態43又は44に記載のオリゴヌクレオチド。
47.相補性は、100%である、実施形態43又は44に記載のオリゴヌクレオチド。
48.相補性は、標的ヌクレオシド(例えば、アデノシン)の反対側のヌクレオシドを除いて100%である、実施形態43又は44に記載のオリゴヌクレオチド。
49.オリゴヌクレオチドは、第1のドメイン及び第2のドメインからなる、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
50.第1のドメインは、約2~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
51.第1のドメインは、約10~25個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
52.第1のドメインは、約15個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
53.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
54.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、2個以上のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
55.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、ただ1つのミスマッチを含む、実施形態1~50のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
56.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、ただ2個のミスマッチを含む、実施形態1~50のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
57.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
58.それぞれバルジは、独立して、ワトソン-クリック又はゆらぎ対ではない1つ又は複数の塩基対を含む、実施形態57に記載のリゴヌクレオチド。
59.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
60.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、2個以上のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
61.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のドメインは、ただ2個のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
62.第1のドメインは、標的核酸と完全に相補的である、実施形態1~50のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
63.第1のドメインは、2’-F修飾を有する約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
64.第1のドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-F修飾を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
65.第1のドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-F修飾を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
66.第1のドメイン中の糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、若しくは70%)は、2’-F修飾を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
67.第1のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-OMeを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
68.第1のドメイン中の糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、若しくは70%)は、2’-OMeを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
69.第1のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-OMeを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
70.第1のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
71.第1のドメイン中の糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、若しくは70%)は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
72.第1のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
73.第1のドメイン中の糖の約1%~95%以下(例えば、約1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%以下等)は、2’-ORを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
74.第1のドメイン中の糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、若しくは70%)は、2’-OR(式中、Rは、-Hではない)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
75.第1のドメイン中の糖の約50%以下は、2’-ORを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
76.第1のドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
77.第1のドメインは、2’-MOE修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
78.第1のドメインは、2’-OMe修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
79.第1のドメインの5’末端から最初の約1~5個(例えば、1、2、3、4、又は5個)の糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
80.第1のドメインの5’末端から最初の約1~5個(例えば、1、2、3、4、又は5個)の糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
81.第1のドメインは、2’-N(R)2修飾(式中、それぞれのRは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
82.第1のドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
83.第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)のLNA糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
84.第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
85.第1のドメインは、2’-F修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
86.第1のドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
87.第1のドメインは、2個の2’-Hを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
88.第1のドメイン中のどの糖も、2’-ORを含まない、実施形態1~75のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
89.第1のドメイン中のどの糖も、2’-OMeを含まない、実施形態1~75のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
90.第1のドメイン中のどの糖も、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含まない、実施形態1~75のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
91.第1のドメイン中のそれぞれの糖は、2’-Fを含む、実施形態1~75のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
92.第1のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
93.第1のドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
94.第1のドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
95.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
96.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
97.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
98.第1のドメインは、1つ又は複数のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
99.第1のドメインは、1、2、3、4、又は5個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
100.第1のドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
101.第1のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
102.第1のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
103.第1のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
104.第1のドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
105.第1のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
106.それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
107.第1のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
108.第1のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
109.第1のドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
110.第1のドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態1~108のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
111.第1のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態1~108及び110のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
112.第1のドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
113.第1のドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む、実施形態1~111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
114.第1のドメインは、標的核酸にADARタンパク質をリクルートし得るか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
115.第1のドメインは、標的核酸を伴うADARタンパク質と相互作用し得るか、又は標的核酸とADARタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
116.第1のドメインは、ADARのRNA結合ドメイン(RBD)と接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
117.第1のドメインは、ADARの第2のRBDドメインと実質的に接触しない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
118.第1のドメインは、デアミナーゼ活性を有するADARの触媒ドメインと実質的に接触しない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
119.第2のドメインは、約2~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
120.第2のドメインは、約1~7個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
121.第2のドメインは、約5~15個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
122.第2のドメインは、約10~25個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
123.第2のドメインは、約15個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
124.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
125.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、2個以上のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
126.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、ただ1つのミスマッチを含む、実施形態1~119のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
127.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、ただ2個のミスマッチを含む、実施形態1~119のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
128.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10等)のバルジを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
129.それぞれのバルジは、独立して、ワトソン-クリック又はゆらぎ対ではない1つ又は複数の塩基対を含む、実施形態128に記載のオリゴヌクレオチド。
130.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
131.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、2個以上のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
132.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、ただ2個のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
133.第2のドメインは、標的核酸と完全に相補的である、実施形態1~119のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
134.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のドメインは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
135.反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたUであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたUの互変異性体である、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
136.反対側の核酸塩基は、Uである、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
137.反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたCであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたCの互変異性体である、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
138.反対側の核酸塩基は、Cである、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
139.反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたAであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたAの互変異性体である、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
140.反対側の核酸塩基は、Aである、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
141.反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基であるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基の互変異性体である、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
142.反対側の核酸塩基は、シュードイソシトシンの核酸塩基である、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
143.オリゴヌクレオチドは、核酸塩基BAを含み、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の環である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
144.オリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基BAを含み、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の環である、オリゴヌクレオチド。
145.核酸塩基は、BAであり、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の環である、実施形態134に記載のオリゴヌクレオチド。
146.BAは、Uと比較してアデノシンの標的アデニンと弱い水素結合を有する、実施形態143~145のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
147.BAは、Uと比較してアデノシンの標的アデニンと弱い水素結合を形成する、実施形態143~146のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
148.BAは、残基が標的アデノシンの反対側のUと1つ又は複数の水素結合を形成するADARの1つ又は複数のアミノ酸残基と1つ又は複数の水素結合を形成する、実施形態143~147のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
149.BAは、標的アデノシンの反対側のUと1つ又は複数の水素結合を形成するADARのそれぞれのアミノ酸残基と1つ又は複数の水素結合を形成する、実施形態143~148のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
154.環BAは、式BA-Iの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
155.環BAは、式BA-I-aの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
156.環BAは、式BA-I-bの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
157.環BAは、式BA-IIの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
158.環BAは、式BA-II-aの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
159.環BAは、式BA-II-bの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
160.環BAは、式BA-IIIの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
161.環BAは、式BA-III-aの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
162.環BAは、式BA-III-bの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
163.X1、X2、X3、X4、X5、X6、X1’、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’のそれぞれは、これが-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である場合に、独立して且つ任意選択的に置換されている、実施形態143~162のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
164.X1は、-N(-)-である、実施形態150~163のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
165.X1は、-C(-)=である、実施形態150~163のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
166.X2は、-C(O)-である、実施形態150~165のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
167.X3は、-NR’-である、実施形態150~166のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
168.X3は、任意選択的に置換された-NH-である、実施形態150~167のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
169.X3は、-NH-である、実施形態150~167のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
170.X4は、-C(RB4)=、-C(-N(RB4)2)=、-C(RB4)2-、又は-C(=NRB4)-である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
171.X4は、-C(RB4)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
172.X4は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
173.X4は、-CH=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
174.X4は、-C(-N(RB4)2)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
175.X4は、任意選択的に置換された-C(-NH2)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
176.X4は、-C(-NH2)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
177.X4は、-C(-N=CHNR2)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
178.X4は、-C(-N=CHN(CH3)2)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
179.X4は、-C(-NHR’)=である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
180.X4は、-C(RB4)2-である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
181.X4は、任意選択的に置換された-CH2-である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
182.X4は、-CH2-である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
183.X4は、任意選択的に置換された-C(=NH)-である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
184.X4は、-C(=NRB4)-である、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
185.X4は、-C(O)=であり、酸素原子は、Uにおける対応する-C(O)-と比べて弱い水素結合アクセプターを有する、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
186.X4は、-C(O)=であり、酸素原子は、分子内水素結合を形成する、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
187.X4は、-C(O)=であり、酸素原子は、同じ核酸塩基内の水素と水素結合を形成する、実施形態150~169のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
188.X5は、-C(RB5)2-である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
189.X5は、任意選択的に置換された-CH2-である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
190.X5は、-CH2-である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
191.X5は、-C(RB5)=である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
192.X5は、任意選択的に置換された-C(-NO2)=である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
193.X5は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
194.X5は、-CH=である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
195.X5は、-C(-LB5-RB51)=であり、RB51は、-R’、-N(R’)2、-OR’、又は-SR’である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
196.X5は、-C(-LB5-RB51)=であり、RB51は、-N(R’)2、-OR’、又は-SR’である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
197.X5は、-C(-LB5-RB51)=であり、RB51は、-NHR’である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
198.LB5は、-C(O)であるか、又はそれを含む、実施形態195~197のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
199.X5は、-N=である、実施形態157~187のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
200.X4は、-C(O)=であり、酸素原子は、RB51において-NHR’、-OH、又は-SHの水素と水素結合を形成する、実施形態197又は198に記載のオリゴヌクレオチド。
201.環BAは、式BA-IVの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
202.環BAは、式BA-IV-aの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
203.環BAは、式BA-IV-bの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
204.環BAは、式BA-Vの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
205.環BAは、式BA-V-aの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
206.環BAは、式BA-V-bの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
207.環BAは、式BA-VIの構造を有する、実施形態143~153のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
208.X1、X2、X3、X4、X5、X6、X1’、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’、及びX7’のそれぞれは、これが-CH=、-C(OH)=、-C(-NH2)=、-CH2-、-C(=NH)-、又は-NH-である場合に、独立して且つ任意選択的に置換されている、実施形態201~207のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
209.X1は、-N(-)-である、実施形態201~208のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
210.X1は、-C(-)=である、実施形態201~208のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
211.X2は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態201~210のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
212.X2は、-CH=である、実施形態201~210のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
213.X2は、-C(O)-である、実施形態201~210のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
214.X3は、-NR’-である、実施形態201~213のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
215.X3は、任意選択的に置換された-NH-である、実施形態201~213のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
216.X3は、-NH-である、実施形態201~213のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
217.環BAAは、5員である、実施形態201~216のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
218.環BAAは、6員である、実施形態201~216のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
219.環BAAは、1~3個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された環である、実施形態201~218のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
220.ヘテロ原子は、窒素である、実施形態219に記載のオリゴヌクレオチド。
221.環BAAは、2個の窒素を含有する、実施形態219又は220に記載のオリゴヌクレオチド。
222.ヘテロ原子は、酸素である、実施形態219又は220に記載のオリゴヌクレオチド。
223.X6は、-C(RB6)=、-C(ORB6)=、-C(RB6)2-、又は-C(O)-である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
224.X6は、-C(R)=、-C(R)2-、又は-C(O)-である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
225.X6は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
226.X6は、-CH=である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
227.X6は、任意選択的に置換された-CH2-である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
228.X6は、-CH2-である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
229.X6は、-C(O)-である、実施形態160~222のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
231.環BAは、式BA-VIの構造を有する、実施形態143~149のいずれか一つ又は実施形態230に記載のオリゴヌクレオチド。
232.X1’は、-N(-)-である、実施形態230に記載のオリゴヌクレオチド。
233.X1’は、-C(-)=である、実施形態230に記載のオリゴヌクレオチド。
234.X2’は、-C(O)-である、実施形態230~233のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
235.X2’は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態230~233のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
236.X2’は、-CH=である、実施形態230~233のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
237.X2’は、-C(-)=である、実施形態230~233のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
238.X3’は、-NR’-である、実施形態230~236のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
239.X3’は、任意選択的に置換された-NH-である、実施形態230~236のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
240.X3’は、-NH-である、実施形態230~236のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
241.X3’は、-N=である、実施形態230~236のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
242.X4’は、-C(O)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
243.X4’は、-C(ORB4’)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
244.X4’は、-C(RB4’)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
245.X4’は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
246.X4’は、-CH=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
247.X4’は、-C(-N(RB4’)2)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
248.X4’は、任意選択的に置換された-C(-NH2)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
249.X4’は、-C(-NH2)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
250.X4’は、-C(-N=CHN(CH3)2)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
251.X4’は、-C(-NC(O)R’)=である、実施形態230~241のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
252.X5’は、任意選択的に置換された-NH-である、実施形態230~251のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
253.X5’は、-NH-である、実施形態230~251のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
254.X5’は、-N=である、実施形態230~251のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
255.X5’は、-C(RB5’)=である、実施形態230~251のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
256.X5’は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態230~251のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
257.X5’は、-CH=である、実施形態230~251のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
258.X6’は、-C(RB6’)=である、実施形態230~257のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
259.X6’は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態230~257のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
260.X6’は、-CH=である、実施形態230~257のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
261.X6’は、-C(O)=である、実施形態230~257のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
262.X6’は、-C(ORB6’)=である、実施形態230~257のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
263.X6’は、-C(-OR’)=である、実施形態230~257のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
264.X7’は、-C(RB7’)=である、実施形態230~263のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
265.X7’は、任意選択的に置換された-CH=である、実施形態230~263のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
266.X7’は、-CH=である、実施形態230~263のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
267.X7’は、任意選択的に置換された-NH-である、実施形態230~263のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
268.X7’は、-NH-である、実施形態230~263のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
269.X7’は、-N=である、実施形態230~263のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
294.核酸塩基は、環BA又はその互変異性体である、実施形態143~293のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
295.核酸塩基は、置換された環BA又はその互変異性体である、実施形態143~293のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
296.核酸塩基は、任意選択的に置換された環BA又はその互変異性体であり、それぞれの環-CH=、-CH2-、及び-NH-は、任意選択的に且つ独立して置換されている、実施形態143~293のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
297.核酸塩基は、任意選択的に置換された環BA又はその互変異性体であり、それぞれの環-CH=及び-CH2-は、任意選択的に且つ独立して置換されている、実施形態143~293のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
298.核酸塩基は、任意選択的に置換された環BA又はその互変異性体であり、それぞれの環-CH=は、任意選択的に且つ独立して置換されている、実施形態143~293のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
299.第2のドメインは、2’-Fではない修飾を独立して有する約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
300.第2のドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
301.第2のドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
302.修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、実施形態139~301のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
303.第2のドメインは、2’-F修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
304.第2のドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
305.第2のドメインは、2’-OMe修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
306.第2のドメインは、2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
307.第2のドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
308.第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)のLNA糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
309.第2のドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
310.第2のドメインは、2’-F修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
311.第2のドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
312.第2のドメインは、2個の2’-Hを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
313.第2のドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
314.第2のドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
315.第2のドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
316.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
317.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
318.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
319.第2のドメインは、1つ又は複数のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
320.第2のドメインは、1、2、3、4、又は5個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
321.第2のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
322.第2のドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
323.第2のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
324.第2のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
325.第2のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
326.第2のドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
327.それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
328.第2のドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
329.第2のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%等)は、Spであるか、又は第2のドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
330.第2のドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、Rpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
331.第2のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、Rpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
332.第2のドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
333.第2のドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む、実施形態1~331のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
334.第2のドメインは、標的核酸にADARタンパク質をリクルートし得るか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
335.第2のドメインは、標的核酸を伴うADARタンパク質と相互作用し得るか、又は標的核酸とADARタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
336.第2のドメインは、酵素活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
337.第2のドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
338.第2のドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
339.第2のドメインは、5’から3’へと、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
340.2のドメインは、5’から3’へと、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインからなる、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
341.第1のサブドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
342.第1のサブドメインは、約10~20個(例えば、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
343.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
344.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、2個以上のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
345.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、ただ1個のミスマッチを含む、実施形態1~343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
346.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、ただ2個のミスマッチを含む、実施形態1~343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
347.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
348.それぞれのバルジは、独立して、ワトソン-クリック又はゆらぎ対ではない1つ又は複数の塩基対を含む、実施形態347に記載のオリゴヌクレオチド。
349.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
350.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、2個以上のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
351.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第1のサブドメインは、ただ2個のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
352.第1のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である、実施形態1~341のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
353.第1のサブドメインは、2’-Fではない修飾を独立して有する約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
354.第1のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
355.第1のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
356.第1のサブドメインは、二環式糖(例えば、LNA)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から独立して選択される約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む、実施形態353~355のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
357.第1のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である、実施形態353~355のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
358.第1のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である、実施形態353~355のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
359.第1のサブドメインは、2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
360.第1のサブドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
361.第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)のLNA糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
362.第1のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
363.第1のサブドメインは、2’-F修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
364.第1のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
365.第1のサブドメインは、2個の2’-Hを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
366.第1のサブドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
367.第1のサブドメインは、2’-OMe修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
368.第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む、実施形態339~358のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
369.第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含む、実施形態368に記載のオリゴヌクレオチド。
370.第1のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む、実施形態368に記載のオリゴヌクレオチド。
371.第1のサブドメインは、約3~8個の核酸塩基の長さを有する5’末端部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
372.5’末端部分は、約3~6個の核酸塩基の長さを有する、実施形態371に記載のオリゴヌクレオチド。
373.5’末端部分は、第1のサブドメインの5’末端核酸塩基を含む、実施形態371又は372に記載のオリゴヌクレオチド。
374.5’末端部分における糖の1つ又は複数は、独立して、修飾された糖である、実施形態371~373のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
375.修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、実施形態374に記載のオリゴヌクレオチド。
376.修飾された糖の1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OR(式中、Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む、実施形態374に記載のオリゴヌクレオチド。
377.修飾された糖の1つ又は複数は、独立して、2’-F又は2’-OMeである、実施形態374に記載のオリゴヌクレオチド。
378.5’末端部分は、1つ又は複数のミスマッチを含む、実施形態371~377のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
379.5’末端部分は、1つ又は複数のゆらぎを含む、実施形態371~378のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
380.5’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である、実施形態371~379のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
381.第1のサブドメインは、約3~8個の核酸塩基の長さを有する3’末端部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
382.3’末端部分は、約1~3個の核酸塩基の長さを有する、実施形態381に記載のオリゴヌクレオチド。
383.3’末端部分は、第1のサブドメインの3’末端核酸塩基を含む、実施形態381又は382に記載のオリゴヌクレオチド。
384.3’末端部分における糖の1つ又は複数は、独立して、修飾された糖である、実施形態381~383のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
385.修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、実施形態384に記載のオリゴヌクレオチド。
386.修飾された糖の1つ又は複数は、独立して、2’-Fを含む、実施形態384に記載のオリゴヌクレオチド。
387.どの修飾された糖も、2’-OMeを含まない、実施形態384~386のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
388.3’末端部分のそれぞれの糖は、独立して、2つの2’-H又は2’-F修飾を含む、実施形態381~387のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
389.3’末端部分は、1つ又は複数のミスマッチを含む、実施形態371~377のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
390.3’末端部分は、1つ又は複数のゆらぎを含む、実施形態371~378のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
391.3’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である、実施形態371~379のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
392.第1のサブドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
393.第1のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
394.第1のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
395.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
396.第1のサブドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
397.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
398.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
399.第1のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
400.第1のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
401.第1のサブドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
402.それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
403.第1のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
404.第1のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
405.第1のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
406.第1のサブドメインの1番目のヌクレオシドと2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態1~405のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
407.第1のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
408.第1のサブドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む、実施形態1~406のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
409.第1のサブドメインは、標的核酸にADARタンパク質をリクルートし得るか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
410.第1のサブドメインは、標的核酸を伴うADARタンパク質と相互作用し得るか、又は標的核酸とADARタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
411.第1のサブドメインは、酵素活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
412.第1のサブドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
413.第1のサブドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
414.第2のサブドメインは、約1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
415.第2のサブドメインが、約1~5個(例えば、約1、2、3、4、又は5個)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
416.第2のサブドメインは、約1、2、又は3個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
417.第2のサブドメインは、3個の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
418.第2のサブドメインは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
419.第2のドメインは、標的アデノシンの反対側のただ1個のヌクレオシドを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
420.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
421.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、2個以上のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
422.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、ただ1個のミスマッチを含む、実施形態1~420のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
423.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、ただ2個のミスマッチを含む、実施形態1~420のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
424.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
425.それぞれのバルジは、独立して、ワトソン-クリック又はゆらぎ対ではない1つ又は複数の塩基対を含む、実施形態424に記載のオリゴヌクレオチド。
426.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
427.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、2個以上のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
428.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第2のサブドメインは、ただ2個のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
429.第2のサブドメインが、標的核酸と完全に相補的である、実施形態1~419のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
430.第2のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のDNA糖)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
431.第2のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数の糖(例えば、天然のRNA糖)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
432.第2のサブドメインは、約1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
433.それぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、実施形態432に記載のオリゴヌクレオチド。
434.第2のサブドメインは、2’-OMe修飾を含む修飾された糖を含まない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
435.第2のサブドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む修飾された糖を含まない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
436.それぞれの2’-修飾された糖は、2’-F修飾を含む糖である、実施形態432に記載のオリゴヌクレオチド。
437.反対側のヌクレオシドの糖は、非環式糖(例えば、UNA糖)である、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
438.反対側のヌクレオシドの糖は、2つの2’-Hを含む、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
439.反対側のヌクレオシドの糖は、2’-OHを含む、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
440.反対側のヌクレオシドの糖は、天然のDNA糖である、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
441.反対側のヌクレオシドの糖は、修飾されている、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
442.反対側のヌクレオシドの糖は、2’-Fを含む、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
443.反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2つの2’-Hを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
444.反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-OHを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
445.反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、天然のDNA糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
446.反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
447.反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2つの2’-Hを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
448.反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-OHを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
449.反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、天然のDNA糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
450.反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-Fを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
451.反対側のヌクレオシドの糖、反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)、及び反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)のそれぞれは、独立して、天然のDNA糖である、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
452.反対側のヌクレオシドの糖は、天然のDNA糖であり、反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-F修飾された糖であり、且つ反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、天然のDNA糖である、実施形態1~435のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
453.第2のサブドメインは、反対側のヌクレオシドの5’側に連結された5’末端部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
454.5’末端部分は、相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数のミスマッチ又はゆらぎを含む、実施形態450に記載のオリゴヌクレオチド。
455.5’末端部分は、1、2、又は3個の核酸塩基の長さを有する、実施形態450又は454に記載のオリゴヌクレオチド。
456.5’末端部分の糖は、2つの2’-Hを有する糖(例えば、天然のDNA糖)、及び2’-F修飾された糖から選択される、実施形態450~455のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
457.第2のサブドメインは、反対側のヌクレオシドの3’側に連結された3’末端部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
458.3’末端部分は、相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数のミスマッチ又はゆらぎを含む、実施形態457に記載のオリゴヌクレオチド。
459.3’末端部分は、相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数のミスマッチ及び/又はゆらぎを含む、実施形態457に記載のオリゴヌクレオチド。
460.3’末端部分は、相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、1つ又は複数のゆらぎを含む、実施形態457に記載のオリゴヌクレオチド。
461.3’末端部分は、I又はその誘導体を含む、実施形態457に記載のオリゴヌクレオチド。
462.3’末端部分は、相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、I及びI-Cゆらぎを含む、実施形態457に記載のオリゴヌクレオチド。
463.3’末端部分は、1、2、又は3個の核酸塩基の長さを有する、実施形態457~462のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
464.3’末端部分の糖は、2つの2’-Hを有する糖(例えば、天然のDNA糖)、及び2’-F修飾された糖から選択される、実施形態457~463のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
465.3’末端部分の糖は、2つの2’-Hを有する糖(例えば、天然のDNA糖)である、実施形態457~463のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
466.第2のサブドメインは、約1~10個(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
467.第2のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
468.第2のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
469.第2のサブドメイン中のそれぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
470.第2のサブドメイン中のそれぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
471.第2のサブドメイン中のそれぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
472.第2のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
473.第2のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
474.第2のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
475.第2のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
476.第2のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Rpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
477.第2のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
478.第2のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
479.第2のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
480.第2のサブドメインが、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む、実施形態1~478のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
481.反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその5’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態1~478のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
482.反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその5’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態1~480のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
483.反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態1~482のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
484.反対側のヌクレオシド(0位)の3’側のすぐ隣のヌクレオシド(-1位)は、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(-2位)に連結される、実施形態1~483のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
485.修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態482~484のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
486.修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態482~485のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
487.修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態482~485のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
488.修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である、実施形態482~485のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
489.キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態485~488のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
490.キラルヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態485~489のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
491.キラルヌクレオチド間結合が、Spである、実施形態485~489のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
492.5’側のすぐ隣のヌクレオシドは、修飾された糖を含む、実施形態481~491のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
493.5’側のすぐ隣のヌクレオシドは、2’-F修飾を含む修飾された糖を含む、実施形態481~491のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
494.5’側のすぐ隣のヌクレオシドは、2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)を含む、実施形態481~491のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
495.反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態1~478及び480~494のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
496.反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態1~478及び480~494のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
497.修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態496に記載のオリゴヌクレオチド。
498.修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態496又は497に記載のオリゴヌクレオチド。
499.修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態496又は497に記載のオリゴヌクレオチド。
500.修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である、実施形態496又は497に記載のオリゴヌクレオチド。
501.キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態497~500のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
502.キラルヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態497~501のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
503.キラルヌクレオチド間結合は、Spである、実施形態497~501のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
504.3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
505.3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、2’-F修飾を含む修飾された糖を含む、実施形態503に記載のオリゴヌクレオチド。
506.3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、2つの2’-Hを含む糖(例えば、天然のDNA糖)を含む、実施形態503に記載のオリゴヌクレオチド。
507.3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、Gではない塩基を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
508.3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、Gと比べて立体的ではない塩基を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
509.3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、式BA-VIの構造を有する環BAであるか又はそれを含む核酸塩基を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
510.環BAは、実施形態232~298のいずれか一つに記載の環BAである、実施形態507~509のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
513.核酸塩基は、ヒポキサンチンである、実施形態507~510のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
514.標的核酸は、5’-CA-3’(式中、Aは、標的アデノシンである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
524.第2のサブドメインは、標的核酸にADARタンパク質をリクルートし得るか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
525.第2のサブドメインは、標的核酸を伴うADARタンパク質と相互作用し得るか、又は標的核酸とADARタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
526.第2のサブドメインは、酵素活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
527.第2のサブドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
528.第2のサブドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
529.第3のサブドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
530.第3のサブドメインは、約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の核酸塩基の長さを有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
531.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
532.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、2個以上のミスマッチを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
533.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、ただ1個のミスマッチを含む、実施形態1~531のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
534.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、ただ2個のミスマッチを含む、実施形態1~531のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
535.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のバルジを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
536.それぞれのバルジは、独立して、ワトソン-クリック又はゆらぎ対ではない1つ又は複数の塩基対を含む、実施形態535に記載のオリゴヌクレオチド。
537.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
538.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、2個以上のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
539.オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、第3のサブドメインは、ただ2個のゆらぎ対を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
540.第3のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である、実施形態1~530のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
541.第3のサブドメインは、2’-Fではない修飾を独立して有する約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
542.第3のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
543.第3のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
544.第3のサブドメインは、二環式糖(例えば、LNA)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を有する糖から独立して選択される約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
545.第3のサブドメイン中の糖の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
546.第3のサブドメイン中の糖の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
547.第3のサブドメインは、2’-N(R)2修飾(式中、各Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
548.第3のサブドメインは、2’-NH2修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
549.第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)のLNA糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
550.第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の非環式糖(例えば、UNA糖)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
551.第3のサブドメインは、2’-F修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
552.第3のサブドメインは、2’-OHを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
553.第3のサブドメインは、2つの2’-Hを含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
554.第3のサブドメインは、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
555.第3のサブドメインは、2’-OMe修飾を含む1つ又は複数(例えば、約1~20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の修飾された糖を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
556.第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む、実施形態1~546のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
557.第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾(式中、LBは、任意選択的に置換された-CH2-である)を含む、実施形態556に記載のオリゴヌクレオチド。
558.第3のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む、実施形態556に記載のオリゴヌクレオチド。
559.第3のサブドメインは、約1~8個の核酸塩基の長さを有する5’末端部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
560.5’末端部分は、約1、2、又は3個の核酸塩基の長さを有する、実施形態559に記載のオリゴヌクレオチド。
561.5’末端部分は、第2のサブドメインに結合している、実施形態559又は560に記載のオリゴヌクレオチド。
562.5’末端部分における糖の1つ又は複数は、独立して、修飾された糖である、実施形態559~561のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
563.修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、実施形態562に記載のオリゴヌクレオチド。
564.修飾された糖の1つ又は複数は、独立して、2’-Fを含む、実施形態562に記載のオリゴヌクレオチド。
565.5’末端部分の1つ又は複数の糖は、独立して、2つの2’-H(例えば、天然のDNA糖)を含む、実施形態559~561のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
566.5’末端部分の1つ又は複数の糖は、独立して、2’-OH(例えば、天然のRNA糖)を含む、実施形態559~565のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
567.5’末端部分の糖は、独立して、2つの2’-H(例えば、天然のDNA糖)又は2’-OH(例えば、天然のRNA糖)を含む、実施形態559~561のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
568.5’末端部分の糖は、独立して、天然のDNA糖又はRNA糖である、実施形態559~561のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
569.5’末端部分は、1つ又は複数のミスマッチを含む、実施形態559~568のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
570.5’末端部分は、1つ又は複数のゆらぎを含む、実施形態559~569のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
571.5’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である、実施形態559~570のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
572.第3のサブドメインは、約1~8個の核酸塩基の長さを有する3’末端部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
573.3’末端部分は、約1、2、3、又は4個の核酸塩基の長さを有する、実施形態572に記載のオリゴヌクレオチド。
574.3’末端部分は、第3のサブドメインの3’末端核酸塩基を含む、実施形態572又は573に記載のオリゴヌクレオチド。
575.3’末端部分における糖の1つ又は複数は、独立して、修飾された糖である、実施形態572~574のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
576.修飾された糖は、独立して、二環式糖(例えば、LNA糖)、非環式糖(例えば、UNA糖)、2’-OR修飾を有する糖、又は2’-N(R)2修飾を有する糖(式中、各Rは、独立して、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、実施形態575に記載のオリゴヌクレオチド。
577.1つ又は複数の修飾された糖は、独立して、2’-Fを含む、実施形態575又は576に記載のオリゴヌクレオチド。
578.第3のサブドメインにおける少なくとも20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、90%、又は95%の糖は、独立して、2’-Fを含む、実施形態575又は576に記載のオリゴヌクレオチド。
579.3’末端部分中の1つ又は複数の糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む、実施形態575~578のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
580.3’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)、又は2’-O-LB-4’修飾を含む、実施形態579に記載のオリゴヌクレオチド。
581.LBは、任意選択的に置換された-CH2-である、実施形態579又は580に記載のオリゴヌクレオチド。
582.LBは、-CH2-である、実施形態579又は580に記載のオリゴヌクレオチド。
583.3’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMeを含む、実施形態579に記載のオリゴヌクレオチド。
584.3’末端部分は、1つ又は複数のミスマッチを含む、実施形態572~583のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
585.3’末端部分は、1つ又は複数のゆらぎを含む、実施形態572~584のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
586.3’末端部分は、標的核酸に対して約60~100%(例えば、66%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又はより高く)相補的である、実施形態572~585のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
587.第3のサブドメインは、約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
588.第3のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
589.第3のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
590.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
591.第3のサブドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
592.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
593.それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
594.第3のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
595.第3のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
596.第3のサブドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、キラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
597.それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
598.第3のサブドメイン中の少なくとも約1~50個(例えば、約5、6、7、8、9、若しくは10~約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個、又は約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、若しくは50個等、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20個等)のキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
599.第3のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも5%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
600.第3のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
601.第3のサブドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態1~599のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
602.第2のサブドメインの最後のヌクレオシドと第3のサブドメインの最初のヌクレオシドとを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
603.-2位のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
604.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態602又は603に記載のオリゴヌクレオチド。
605.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Rpである、実施形態604に記載のオリゴヌクレオチド。
606.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、Spである、実施形態604に記載のオリゴヌクレオチド。
607.第3のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
608.第3のサブドメインは、1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む、実施形態1~606のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
609.第3のサブドメインは、標的核酸にADARタンパク質をリクルートし得るか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
610.第3のサブドメインは、標的核酸を伴うADARタンパク質と相互作用し得るか、又は標的核酸とADARタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
611.第3のサブドメインは、酵素活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
612.第3のサブドメインは、ADAR1のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
613.第3のサブドメインは、ADAR2のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
614.それぞれのゆらぎ塩基対は、独立して、G-U、I-A、G-A、I-U、I-C、I-T、A-A、又は逆向きのA-Tである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
615.それぞれのゆらぎ塩基対は、独立して、G-U、I-A、G-A、I-U、又はI-Cである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
618.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R2s及びR4sは、Hである)を含む、実施形態617に記載のオリゴヌクレオチド。
619.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R2sは、-ORであり、且つR4sは、Hである)を含む、実施形態617又は618に記載のオリゴヌクレオチド。
620.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R2sは、-ORであり、Rは、任意選択的に置換されたC1~4アルキルであり、且つR4sは、Hである)を含む、実施形態617~619のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
621.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R2sは、-OMeであり、且つR4sは、Hである)を含む、実施形態617~620のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
622.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R2sは、-Fであり、且つ4sは、Hである)を含む、実施形態617~621のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
623.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R4s及びR2sは、任意選択的に置換された2’-O-CH2-4’の構造を有する架橋を形成している)を含む、実施形態617~622のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
624.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の糖(式中、R4s及びR2sは、2’-O-CH2-4’の構造を有する架橋を形成している)を含む、実施形態617~622のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
625.オリゴヌクレオチドは、追加の化学的部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
626.オリゴヌクレオチドは、標的化部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
627.オリゴヌクレオチドは、炭水化物部分を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
628.部分は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンドであるか、又はそれを含む、実施形態623~627のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
629.部分は、GalNAc又はその誘導体であるか、又はそれを含む、実施形態623~628のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
632.部分は、リンカーを介してオリゴヌクレオチド鎖に連結されている、実施形態623~631のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
633.リンカーは、L001であるか、又はそれを含む、実施形態632に記載のオリゴヌクレオチド。
634.L001は、リン酸基を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端5’-炭素に連結されている、実施形態633に記載のオリゴヌクレオチド。
635.追加の化学的部分は、核酸部分であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
636.核酸は、アプタマーであるか、又はそれを含む、実施形態635に記載のオリゴヌクレオチド。
637.オリゴヌクレオチドは、塩形態で存在する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
638.オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩形態で存在する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
639.オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩形態で存在する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
640.オリゴヌクレオチドは、アンモニウム塩形態で存在する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
641.もしあれば、少なくとも1つ又はそれぞれの中性のヌクレオチド間結合は、独立して、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
642.もしあれば、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
643.3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの5、6、7、8、9、10、11、又は12個以下のヌクレオシドである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
644.3’から標的ヌクレオシドの反対側ヌクレオシドまでの5、6、7、8、9、10、11、又は12個以下のヌクレオシドであり、ヌクレオシドのそれぞれは、独立して、任意選択的に置換されたA、T、C、G、U、又はその互変異性体である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
645.3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%)は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
646.3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%)は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
647.3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの1、2、又は3個以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
648.3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの1、2、又は3個以下のヌクレオチド間結合は、Rpのヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
649.3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの1、2、又は3個以下のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
650.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドと、その3’側のすぐ隣のヌクレオシド(-1位とみなされる)との間のヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
651.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドと、その3’側のすぐ隣のヌクレオシド(-1位とみなされる)との間のヌクレオチド間結合は、キラル制御されたRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1~649のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
652.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドと、その3’側のすぐ隣のヌクレオシド(-1位とみなされる)との間のヌクレオチド間結合は、キラル制御されたSpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1~649のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
653.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の3’位(-1位とみなされる)で結合しているヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つ任意選択的に、3’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合のみである、実施形態1~649のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
654.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の3’位(-1位とみなされる)で結合しているヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1~649のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
655.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の3’位(-1位とみなされる)で結合しているヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1~649のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
656.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの3’側のすぐ隣のヌクレオシドと、その次の3’側のすぐ隣のヌクレオシドとの間のヌクレオチド間結合(例えば、5’-...N0N-1N-2...-3’のN-1とN-2との間の-2位、N0は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドを表す)は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態1~649のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
657.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である、実施形態656に記載のオリゴヌクレオチド。
658.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態656に記載のオリゴヌクレオチド。
659.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態656に記載のオリゴヌクレオチド。
660.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである、実施形態656に記載のオリゴヌクレオチド。
661.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、実施形態656~660のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
662.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である、実施形態656~660のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
663.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、又はn026である、実施形態656~660のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
664.最初のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
665.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である、実施形態664に記載のオリゴヌクレオチド。
666.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態664に記載のオリゴヌクレオチド。
667.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態664に記載のオリゴヌクレオチド。
668.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである、実施形態664に記載のオリゴヌクレオチド。
669.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、実施形態664~668のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
670.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である、実施形態664~668のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
671.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、実施形態664~668のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
672.最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
673.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である、実施形態672に記載のオリゴヌクレオチド。
674.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態672に記載のオリゴヌクレオチド。
675.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態672に記載のオリゴヌクレオチド。
676.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである、実施形態672に記載のオリゴヌクレオチド。
677.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、実施形態672~676のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
678.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、実施形態672~676のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
679.負に荷電していないヌクレオチド間結合は、n001である、実施形態672~676のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
680.標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して-3位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
681.標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して-6位のヌクレオチド間結合は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
682.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して-4及び/又は-5位のヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
683.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドは、5’末端から2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30位以上にある、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
684.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドは、3’末端から2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30位以上にある、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
685.位置は、4位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
686.位置は、5位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
687.位置は、6位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
688.位置は、7位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
689.位置は、8位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
690.位置は、9位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
691.位置は、10位である、実施形態683又は684に記載のオリゴヌクレオチド。
692.5’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%)は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、これは、任意選択的にキラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
693.5’から標的ヌクレオシド(例えば、標的アデノシン)の反対側のヌクレオシドまでのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の約50%~100%(例えば、約又は少なくとも約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%)は、それぞれ、キラル制御され、且つSpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
694.5’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの0個又は1、2、若しくは3個以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
695.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して+5位のヌクレオチド間結合(例えば、...N+5N+4N+3N+2N+1N0...に関して、N+4及びN+5を連結するヌクレオチド間結合、N0は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドである)は、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
696.標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して+6~+8位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、任意選択的にキラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
697.標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して+6~+8位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、任意選択的にキラル制御される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
698.標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して+6、+7、+8、+9、及び+11位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
699.標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して+5、+6、+7、+8、及び+9位の1つ、又は複数、又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
700.オリゴヌクレオチドは、PiZZアレル(例えば、
)に対して約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、又は少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%等)の相補性を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
)に対して約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、又は少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%等)の相補性を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
701.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCIUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
702.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
703.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCIUCGAから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
704.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCGUCGAから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
705.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCIUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
706.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
707.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCIUCGAであるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
708.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UCCCUUUCTCGUCGAであるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
709.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
710.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
711.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGAから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
712.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCGUCGAから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
713.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
714.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
715.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGAであるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
716.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCGUCGAであるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
717.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
718.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
719.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGAから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
720.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGAから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
721.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
722.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
723.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
724.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGAであるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
725.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGAである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
726.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAU(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
727.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAU(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)から1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
728.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
729.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUから1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
730.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAU(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
731.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAU(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
732.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAU(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、及び逆も同様である)であるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
733.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUであるか、又はそれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
734.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
735.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUであるか、又はそれを含む、実施形態1~724のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
736.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAUである、実施形態1~724のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
737.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCUAIUCGAUであるか、又はそれを含む、実施形態1~724のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
738.オリゴヌクレオチドの塩基配列は、CCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCUAIUCGAUである、実施形態1~724のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
739.b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、及びzdnpから選択されるヌクレオシドの任意選択的に保護された核酸塩基を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
740.b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、及びb007Cから選択されるヌクレオシドの任意選択的に保護された核酸塩基を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
741.b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、及びzdnpから選択されるヌクレオシドの任意選択的に保護された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチド。
742.b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、及びb007Cから選択されるヌクレオシドの任意選択的に保護された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチド。
743.任意選択的に保護された核酸塩基b001Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
744.任意選択的に保護された核酸塩基b002Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
745.任意選択的に保護された核酸塩基b003Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
746.任意選択的に保護された核酸塩基b004Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
747.任意選択的に保護された核酸塩基b005Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
748.任意選択的に保護された核酸塩基b006Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
749.任意選択的に保護された核酸塩基b007Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
750.任意選択的に保護された核酸塩基b008Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
751.任意選択的に保護された核酸塩基b009Uを含む実先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
752.任意選択的に保護された核酸塩基b011Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
753.任意選択的に保護された核酸塩基b012Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
754.任意選択的に保護された核酸塩基b013Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
755.任意選択的に保護された核酸塩基b001Aを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
756.任意選択的に保護された核酸塩基b002Aを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
757.任意選択的に保護された核酸塩基b003Aを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
758.任意選択的に保護された核酸塩基b001Gを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
759.任意選択的に保護された核酸塩基b002Gを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
760.任意選択的に保護された核酸塩基b001Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
761.任意選択的に保護された核酸塩基b002Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
762.任意選択的に保護された核酸塩基b003Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
763.任意選択的に保護された核酸塩基b004Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
764.任意選択的に保護された核酸塩基b005Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
765.任意選択的に保護された核酸塩基b006Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
766.任意選択的に保護された核酸塩基b007Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
767.任意選択的に保護された核酸塩基b008Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
768.任意選択的に保護された核酸塩基b009Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
769.任意選択的に保護された核酸塩基b002Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
770.任意選択的に保護された核酸塩基b003Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
771.任意選択的に保護された核酸塩基b004Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
772.任意選択的に保護された核酸塩基b014Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
773.任意選択的に保護された核酸塩基及びzdnpを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
774.aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、b014I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、及びTsm18から選択される任意選択的に保護されたヌクレオシドを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
775.b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、b007C、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm15、Csm16、rCsm14、Csm17、及びTsm18から選択される任意選択的に保護されたヌクレオシドを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
776.aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、b014I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、及びTsm18から選択される任意選択的に保護されたヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド。
777.b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、b007C、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm15、Csm16、rCsm14、Csm17、及びTsm18から選択される任意選択的に保護されたヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド。
778.Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm15、Csm16、rCsm14、Csm17、及びTsm18から選択されるヌクレオシドの任意選択的に保護された糖を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
779.任意選択的に保護されたヌクレオシドaCを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
780.任意選択的に保護されたヌクレオシドb001Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
781.任意選択的に保護されたヌクレオシドb002Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
782.任意選択的に保護されたヌクレオシドb003Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
783.任意選択的に保護されたヌクレオシドb004Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
784.任意選択的に保護されたヌクレオシドb005Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
785.任意選択的に保護されたヌクレオシドb006Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
786.任意選択的に保護されたヌクレオシドb007Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
787.任意選択的に保護されたヌクレオシドb008Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
788.任意選択的に保護されたヌクレオシドb009Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
789.任意選択的に保護されたヌクレオシドb010Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
790.任意選択的に保護されたヌクレオシドb011Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
791.任意選択的に保護されたヌクレオシドb012Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
792.任意選択的に保護されたヌクレオシドb013Uを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
793.任意選択的に保護されたヌクレオシドb001Aを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
794.任意選択的に保護されたヌクレオシドb001rAを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
795.任意選択的に保護されたヌクレオシドb002Aを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
796.任意選択的に保護されたヌクレオシドb003Aを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
797.任意選択的に保護されたヌクレオシドb001Gを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
798.任意選択的に保護されたヌクレオシドb002Gを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
799.任意選択的に保護されたヌクレオシドb001Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
800.任意選択的に保護されたヌクレオシドb002Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
801.任意選択的に保護されたヌクレオシドb003Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
802.任意選択的に保護されたヌクレオシドb003mCを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
803.任意選択的に保護されたヌクレオシドb004Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
804.任意選択的に保護されたヌクレオシドb005Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
805.任意選択的に保護されたヌクレオシドb006Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
806.任意選択的に保護されたヌクレオシドb007Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
807.任意選択的に保護されたヌクレオシドb008Cを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
808.任意選択的に保護されたヌクレオシドb002Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
809.任意選択的に保護されたヌクレオシドb003Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
810.任意選択的に保護されたヌクレオシドb004Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
811.任意選択的に保護されたヌクレオシドb014Iを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
812.任意選択的に保護されたヌクレオシドAsm01を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
813.任意選択的に保護されたヌクレオシドGsm01を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
814.任意選択的に保護されたヌクレオシド5MSfCを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
815.任意選択的に保護されたヌクレオシドUsm04を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
816.任意選択的に保護されたヌクレオシド5MRdTを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
817.任意選択的に保護されたヌクレオシドCsm04を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
818.任意選択的に保護されたヌクレオシドCsm11を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
819.任意選択的に保護されたヌクレオシドGsm11を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
820.任意選択的に保護されたヌクレオシドTsm11を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
821.任意選択的に保護されたヌクレオシドb009Csm11を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
822.任意選択的に保護されたヌクレオシドb009Csm12を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
823.任意選択的に保護されたヌクレオシドGsm12を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
824.任意選択的に保護されたヌクレオシドTsm12を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
825.任意選択的に保護されたヌクレオシドCsm12を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
826.任意選択的に保護されたヌクレオシドrCsm13を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
827.任意選択的に保護されたヌクレオシドrCsm14を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
828.任意選択的に保護されたヌクレオシドCsm15を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
829.任意選択的に保護されたヌクレオシドCsm16を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
830.任意選択的に保護されたヌクレオシドCsm17を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
831.任意選択的に保護された脱塩基ヌクレオシドを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
832.任意選択的に保護されたL010を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
833.任意選択的に保護されたヌクレオシドL034を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
834.任意選択的に保護されたヌクレオシドzdnpを含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
835.任意選択的に保護されたヌクレオシドTsm18を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
836.それぞれの任意選択的に保護された核酸塩基又はヌクレオシドは、それぞれ独立して、任意選択的に置換された核酸塩基又はヌクレオシドである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
837.それぞれの任意選択的に保護されたか又は置換された核酸塩基又はヌクレオシドは、それぞれ、保護されていないか、又は置換されていない、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
838.-Y-P(=W)(-X-RL)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
839.-Y-P(=W)(-X-RL)-Z-の構造を有するヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド。
840.Wは、Oである、実施形態838又は839に記載のオリゴヌクレオチド。
841.Wは、Sである、実施形態838又は839に記載のオリゴヌクレオチド。
842.Yは、-O-である、実施形態838~841のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
843.Zは、共有結合である、実施形態838~842のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
844.Zは、-O-である、実施形態838~842のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
845.-X-RLを含むヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド。
846.-X-RLを含むヌクレオチド間結合を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
847.-X-RLは、-N(R’)SO2R”(式中、R”は、R’、-OR’、又は-N(R’)2である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
848.-X-RLは、-NHSO2R”(式中、R”は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
849.-X-RLは、-NHSO2R”(式中、R”は、メチルである)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
850.-X-RLは、-NHSO2R”(式中、R”は、任意選択的に置換されたフェニルである)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
851.n002を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
852.n006を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
853.n020を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
854.-OP(=O)(NHSO2CH3)O-を含む先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
855.最初の1つ、2つ、又は3つのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、実施形態847~854のいずれか一つに記載のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
856.最後の1つ、2つ、又は3つのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、実施形態847~854のいずれか一つに記載のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
857.1つ又は複数の内部のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、実施形態847~854のいずれか一つに記載のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
858.-X-RLは、-N(R’)C(O)R”(式中、R”は、R’、-OR’、又は-N(R’)2である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
859.-X-RLは、-NHC(O)R”(式中、R”は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
860.-X-RLは、-NHC(O)R”(式中、R”は、メチルである)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
861.-X-RLは、-NHC(O)R”(式中、R”は、任意選択的に置換されたフェニルである)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
862.-X-RLは、-NHC(O)R”(式中、R”は、-OR’である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
863.-X-RLは、-NHC(O)R”(式中、R”は、-N(R’)2である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
864.-X-RLは、-N(R’)P(O)(R”)2(式中、それぞれのR”は、独立して、R’、-OR’、又は-N(R’)2である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
865.-X-RLは、-N(R’)P(S)(R”)2(式中、それぞれのR”は、独立して、R’、-OR’、又は-N(R’)2である)である、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
866.-X-RLは、表L-1、L-2、L-3、L-4、L-5、又はL-6から選択される、実施形態838~846のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
867.オリヌクレオチドの全ての糖の約20%~90%(例えば、約20%~80%、20%~70%、30%~90%、30%~80%、30%~70%、30%~60%、30%~50%、約30%、40%、50%、60%、又は70%)は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
868.オリヌクレオチドの全ての糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、約30%、40%、50%、60%、又は70%)は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
869.オリヌクレオチドの全ての糖の約30%~60%(例えば、約40%~60%、30%~50%、約30%、40%、50%、60%、又は70%)は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
870.オリヌクレオチドの全ての糖の少なくとも約65%は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
871.オリヌクレオチドの全ての糖の少なくとも約70%は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
872.オリヌクレオチドの全ての糖の少なくとも約75%は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
873.オリヌクレオチドの全ての糖の少なくとも約80%は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
874.オリヌクレオチドの全ての糖の少なくとも約85%は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
875.オリヌクレオチドの全ての糖の少なくとも約90%は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
876.オリヌクレオチドの全ての糖の約20%~90%(例えば、約20%~80%、20%~70%、30%~90%、30%~80%、30%~70%、30%~60%、30%~50%、約30%、40%、50%、60%、又は70%)は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
877.オリヌクレオチドの全ての糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、約30%、40%、50%、60%、又は70%)は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
878.オリヌクレオチドの全ての糖の約30%~60%(例えば、約40%~60%、30%~50%、約30%、40%、50%、60%、又は70%)は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
879.2’-OR修飾された糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、実施形態876~878のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
880.2’-OR修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
881.2’-OR修飾された糖は、2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
882.2’-OR修飾された糖は、二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
883.2’-OR修飾された糖は、LNA糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
884.2’-OR修飾された糖は、cEt糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
885.それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、実施形態876~878のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
886.それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、実施形態876~878のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
887.それぞれの2’-OR修飾された糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖であり、少なくとも1つは、2’-OMe修飾された糖であり、且つ少なくとも1つは、2’-MOE修飾された糖である、実施形態876~878のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
888.それぞれの2’-OR修飾された糖は、2’-OMe修飾された糖である、実施形態876~878のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
889.第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-Fブロックと、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)分離ブロックとを含み、それぞれの2’-Fブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖であり、それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖以外の糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
890.第1のドメイン中に2個以上の2’-Fブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
891.第1のドメイン中に3個以上の2’-Fブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
892.第1のドメイン中に4個以上の2’-Fブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
893.第1のドメイン中に5個以上の2’-Fブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
894.第1のドメイン中に2個以上の分離ブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
895.第1のドメイン中に3個以上の分離ブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
896.第1のドメイン中に4個以上の分離ブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
897.第1のドメイン中に5個以上の分離ブロックが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
898.それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
899.分離ブロック中の糖は、独立して、2’-OR糖(式中、Rは、-Hではない)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
900.それぞれの分離ブロックは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
901.分離ブロック中の糖は、独立して、2’-OR糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
902.それぞれの分離ブロックは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
903.それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖又は二環式糖であり、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
904.分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
905.それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
906.分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
907.それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
908.分離ブロック中の糖は、2’-OME修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
909.分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
910.分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
911.それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である、実施形態1~897のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
912.それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~897のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
913.それぞれの2’-Fブロック中に、独立して、約1~20個(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-F修飾された糖が存在している、実施形態889~912のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
914.それぞれの2’-Fブロック中には、約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の2’-F修飾された糖が存在している、実施形態889~912のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
915.それぞれの2’-Fブロック中には、約1、2、3、4、又は5個の2’-F修飾された糖が存在している、実施形態889~912のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
916.それぞれの2’-Fブロック中には、約1、2、又は3個の2’-F修飾された糖が存在している、実施形態889~912のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
917.それぞれの分離ブロック中には、独立して、約1~20個(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の糖が存在している、実施形態889~916のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
918.それぞれの分離ブロック中には、約1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の糖が存在している、実施形態889~916のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
919.それぞれの分離ブロック中には、約1、2、3、4、又は5個の糖が存在している、実施形態889~916のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
920.それぞれの分離ブロック中には、約1、2、又は3個の糖が存在している、実施形態889~916のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
921.第1のドメイン中の2’-Fブロックに結合している第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、分離ブロックである、実施形態889~920のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
922.第1のドメイン中の分離ブロックに結合している第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、2’-Fブロックである、実施形態889~921のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
923.オリゴヌクレオチドは、2個以上の2’-F修飾された糖ブロックを含み、それぞれの2’-F修飾された糖ブロックは、独立して、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個の連続した2’-F修飾された糖を含むか、又はそれらからなり、それぞれの2個の連続した2’-F修飾された糖ブロックは、独立して、独立して2’-F修飾された糖ではなく且つ連続した2’-F修飾された糖ではない1つ又は複数の糖を含む分離ブロックにより分離されている、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
924.全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%(例えば、50%~100%、60%~100%、70~100%、75%~100%、80%~100%、90%~100%、95%~100%、60%~95%、70%~95%、75~95%、80~95%、85~95%、90~95%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%等)、又は全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
925.第1のドメインは、第2のドメイン5’側に存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
926.第1のドメインは、第2のドメイン3’側に存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
927.第2のドメイン中では、第1のサブドメインは、第2のサブドメインの5’側に存在しており、且つ第3のサブドメインは、第2のサブドメインの3’側に存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
928.オリゴヌクレオチドは、5’-N1N0N-1-3’(式中、N-1、N0、及びN1のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
929.オリゴヌクレオチドは、5’-N2N1N0N-1N-2-3’(式中、N2、N1、N0、N-1、及びN-2のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
930.オリゴヌクレオチドは、5’-N3N2N1N0N-1N-2N-3-3’(式中、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、及びN-3のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
931.オリゴヌクレオチドは、5’-N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4-3’(式中、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、及びN-4のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
932.オリゴヌクレオチドは、5’-N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5-3’(式中、N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、及びN-5のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
933.オリゴヌクレオチドは、5’-N6N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5N-6-3’(式中、N6、N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
934.第2のサブドメインは、5’-N1N0N-1-3’(式中、N-1、N0、及びN1のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドである)を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
935.本開示で説明されている通りの5’-N1N0N-1-3’を含むオリゴヌクレオチド。
936.オリゴヌクレオチドが標的核酸とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
937.N-1、N0、及びN1のそれぞれは、独立して、2’-F修飾された糖、天然のRNA糖、又は天然のRNA糖の2’-OHを置き換える2’-置換を有しない糖を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
938.N-1、N0、及びN1のそれぞれは、独立して、2’-F修飾された糖、天然のRNA糖、又は2’-置換を有しない糖を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
939.N-1、N0、及びN1のそれぞれは、独立して、2’-F修飾された糖、天然のRNA糖、又は天然のDNA糖を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
940.N-1、N0、及びN1のただ1つは、2’-F修飾された糖を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
941.N-1、N0、及びN1のただ1つは、天然のRNA糖を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
942.N1の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
943.N0の糖は、天然のRNA糖の2’-OHに対応する位置で置換を含まない糖である、実施形態1~941のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
944.N0の糖は、2’-置換を含まない糖である、実施形態1~941のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
945.N1の糖は、天然のDNA糖である、実施形態1~941のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
946.N1の糖は、天然のRNA糖である、実施形態1~941のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
947.N0の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
948.N0の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
949.N0の糖は、天然のRNA糖の2’-OHに対応する位置で置換を含まない糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
950.N0の糖は、2’-置換を含まない糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
951.N0の糖は、5’-修飾された糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
952.N0の糖は、5’-Me修飾された糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
953.N0の糖は、非環式糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
954.N0の糖は、sm01である糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
955.N0の糖は、sm15である糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
956.N0の糖は、置換された天然のDNA糖であり、この2’-Hの1つは、-OH又は-Fで置換されおり、他の2’-Hは、置換されていない実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
957.N0の糖は、天然のDNA糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
958.N0の糖は、天然のRNA糖である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
959.N0の核酸塩基は、Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
960.N0の核酸塩基は、ヒポキサンチンである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
961.N0の核酸塩基は、Tである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
962.N0の核酸塩基は、Aである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
963.N0の核酸塩基は、Gである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
964.N0の核酸塩基は、Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
965.N0の核酸塩基は、b001Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
966.N0の核酸塩基は、b002Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
967.N0の核酸塩基は、b003Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
968.N0の核酸塩基は、b004Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
969.N0の核酸塩基は、b005Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
970.N0の核酸塩基は、b006Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
971.N0の核酸塩基は、b007Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
972.N0の核酸塩基は、b008Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
973.N0の核酸塩基は、b009Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
974.N0の核酸塩基は、b011Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
975.N0の核酸塩基は、b012Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
976.N0の核酸塩基は、b013Uである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
977.N0の核酸塩基は、b001Aである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
978.N0の核酸塩基は、b002Aである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
979.N0の核酸塩基は、b003Aである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
980.N0の核酸塩基は、b001Gである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
981.N0の核酸塩基は、b002Gである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
982.N0の核酸塩基は、b001Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
983.N0の核酸塩基は、b002Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
984.N0の核酸塩基は、b003Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
985.N0の核酸塩基は、b004Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
986.N0の核酸塩基は、b005Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
987.N0の核酸塩基は、b006Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
988.N0の核酸塩基は、b007Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
989.N0の核酸塩基は、b008Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
990.N0の核酸塩基は、b009Cである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
991.N0の核酸塩基は、b002Iである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
992.N0の核酸塩基は、b003Iである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
993.N0の核酸塩基は、b004Iである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
994.N0の核酸塩基は、b014Iである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
995.N0の核酸塩基は、zndpである、実施形態1~958のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
996.N0は、dCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
997.N0は、fUである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
998.N0は、dUである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
999.N0は、fAである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1000.N0は、dAである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1001.N0は、fTである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1002.N0は、dTである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1003.N0は、fCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1004.N0は、fGである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1005.N0は、dGである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1006.N0は、dIである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1007.N0は、fIである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1008.N0は、aCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1009.N0は、m5dCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1010.N0は、5MRm5dCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1011.N0は、5MSm5dCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1012.N0は、b001Gである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1013.N0は、b002Gである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1014.N0は、b001Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1015.N0は、b002Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1016.N0は、b003Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1017.N0は、b003mCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1018.N0は、b004Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1019.N0は、b005Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1020.N0は、b006Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1021.N0は、b007Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1022.N0は、b008Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1023.N0は、b009Cである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1024.N0は、b001Aである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1025.N0は、b002Aである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1026.N0は、b003Aである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1027.N0は、b001Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1028.N0は、b002Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1029.N0は、b003Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1030.N0は、b004Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1031.N0は、b005Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1032.N0は、b006Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1033.N0は、b007Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1034.N0は、b008Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1035.N0は、b009Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1036.N0は、b010Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1037.N0は、b011Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1038.N0は、b012Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1039.N0は、b013Uである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1040.N0は、b002Iである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1041.N0は、b003Iである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1042.N0は、b004Iである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1043.N0は、b014Iである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1044.N0は、Asm01である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1045.N0は、Gsm01である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1046.N0は、Tsm01である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1047.N0は、5MSfCである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1048.N0は、Usm04である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1049.N0は、5MRdTである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1050.N0は、Csm04である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1051.N0は、Csm11である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1052.N0は、Gsm11である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1053.N0は、Tsm11である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1054.N0は、b009Csm11である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1055.N0は、b009Csm12である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1056.N0は、Gsm12である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1057.N0は、Tsm12である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1058.N0は、Csm12である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1059.N0は、rCsm13である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1060.N0は、rCsm14である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1061.N0は、Csm15である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1062.N0は、Csm16である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1063.N0は、Csm17である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1064.N0は、脱塩基である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1065.N0は、L010である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1066.N0は、L034である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1067.N0は、Csm15である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1068.N0は、Tsm18である、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1069.N0は、b001rAである、実施形態1~946のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1070.N1の核酸塩基は、A、T、C、G、U、ヒポキサンチン、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、又はzdnpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1071.N1の核酸塩基は、修飾された核酸塩基である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1072.N1の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1073.N1の糖は、天然のRNA糖の2’-OHに対応する位置で置換を含まない糖である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1074.N1の糖は、2’-置換を含まない糖である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1075.N1の糖は、天然のDNA糖である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1076.N1の糖は、天然のRNA糖である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1077.N1は、dA、dT、dC、dG、dU、fA、fT、fC、fG、又はfUである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1078.N1の核酸塩基は、A、T、C、G、U、ヒポキサンチンb001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、又はzdnpである、実施形態1~1076のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1079.N1は、b001Aである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1080.N1は、b002Aである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1081.N1は、b003Aである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1082.N1は、b001Cである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1083.N1は、b004Cである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1084.N1は、b007Cである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1085.N1は、b008Cである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1086.N1は、b008Uである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1087.N1は、b010Uである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1088.N1は、b011Uである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1089.N1は、b012Uである、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1090.N1は、Csm11である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1091.N1は、Csm12である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1092.N1は、Csm17である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1093.N1は、b009Csm11である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1094.N1は、b009Csm12である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1095.N1は、Gsm01である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1096.N1は、Gsm11である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1097.N1は、Gsm12である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1098.N1は、Tsm01である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1099.N1は、Tsm11である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1100.N1は、Tsm12である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1101.N1は、Tsm18である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1102.N1は、L010である、実施形態1~1070のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1103.N-1の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1104.N-1の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1105.N-1の糖は、天然のRNA糖の2’-OHに対応する位置で置換を含まない糖である、実施形態1~1102のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1106.N-1の糖は、2’-置換を含まない糖である、実施形態1~1102のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1107.N-1の糖は、天然のDNA糖である、実施形態1~1102のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1108.N-1の糖は、天然のRNA糖である、実施形態1~1102のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1109.オリゴヌクレオチドが標的核酸とアラインメントされる場合には、N1及びN-1は両方とも、これらの対応するヌクレオシドと相補的である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1110.オリゴヌクレオチドが標的核酸とアラインメントされる場合には、N1及びN-1の少なくとも1つは、独立して、ミスマッチ又はゆらぎ塩基対形成を生じる、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1111.オリゴヌクレオチドは、参照オリゴヌクレオチドと比較して標的アデノシンの同等の又は高い編集レベルを提供し、参照オリゴヌクレオチドは、他の点では同一であるが、参照オリゴヌクレオチドが標的核酸とアラインメントされる場合に、対応するヌクレオシドと相補的であるN1及びN-1を有し、オリゴヌクレオチドが標的核酸とアラインメントされる場合には、標的アデノシンは、N0の反対側である、実施形態1110に記載のオリゴヌクレオチド。
1112.N-1の核酸塩基は、A、T、C、G、U、ヒポキサンチン、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、又はzdnpである、実先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1113.N-1の核酸塩基は、修飾された核酸塩基である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1114.N-1の核酸塩基は、ヒポキサンチンである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1115.N-1の核酸塩基は、Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1116.N-1の核酸塩基は、Tである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1117.N-1の核酸塩基は、Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1118.N-1の核酸塩基は、Gである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1119.N-1の核酸塩基は、Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1120.N-1の核酸塩基は、b001Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1121.N-1の核酸塩基は、b002Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1122.N-1の核酸塩基は、b003Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1123.N-1の核酸塩基は、b004Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1124.N-1の核酸塩基は、b005Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1125.N-1の核酸塩基は、b006Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1126.N-1の核酸塩基は、b007Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1127.N-1の核酸塩基は、b008Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1128.N-1の核酸塩基は、b009Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1129.N-1の核酸塩基は、b011Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1130.N-1の核酸塩基は、b012Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1131.N-1の核酸塩基は、b013Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1132.N-1の核酸塩基は、b001Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1133.N-1の核酸塩基は、b002Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1134.N-1の核酸塩基は、b003Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1135.N-1の核酸塩基は、b001Gである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1136.N-1の核酸塩基は、b002Gである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1137.N-1の核酸塩基は、b001Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1138.N-1の核酸塩基は、b002Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1139.N-1の核酸塩基は、b003Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1140.N-1の核酸塩基は、b004Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1141.N-1の核酸塩基は、b005Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1142.N-1の核酸塩基は、b006Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1143.N-1の核酸塩基は、b007Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1144.N-1の核酸塩基は、b008Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1145.N-1の核酸塩基は、b009Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1146.N-1の核酸塩基は、b002Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1147.N-1の核酸塩基は、b003Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1148.N-1の核酸塩基は、b004Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1149.N-1の核酸塩基は、b014Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1150.N-1の核酸塩基は、zndpである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1151.N-1は、dCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1152.N-1は、fUである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1153.N-1は、dUである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1154.N-1は、fAである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1155.N-1は、dAである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1156.N-1は、fTである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1157.N-1は、dTである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1158.N-1は、fCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1159.N-1は、fGである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1160.N-1は、dGである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1161.N-1は、dIである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1162.N-1は、fIである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1163.N-1は、aCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1164.N-1は、m5dCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1165.N-1は、5MRm5dCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1166.N-1は、5MSm5dCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1167.N-1は、b001Gである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1168.N-1は、b002Gである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1169.N-1は、b001Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1170.N-1は、b002Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1171.N-1は、b003Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1172.N-1は、b003mCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1173.N-1は、b004Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1174.N-1は、b005Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1175.N-1は、b006Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1176.N-1は、b007Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1177.N-1は、b008Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1178.N-1は、b009Cである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1179.N-1は、b001Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1180.N-1は、b002Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1181.N-1は、b003Aである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1182.N-1は、b001Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1183.N-1は、b002Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1184.N-1は、b003Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1185.N-1は、b004Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1186.N-1は、b005Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1187.N-1は、b006Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1188.N-1は、b007Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1189.N-1は、b008Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1190.N-1は、b009Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1191.N-1は、b010Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1192.N-1は、b011Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1193.N-1は、b012Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1194.N-1は、b013Uである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1195.N-1は、b002Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1196.N-1は、b003Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1197.N-1は、b004Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1198.N-1は、b014Iである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1199.N-1は、Asm01である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1200.N-1は、Gsm01である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1201.N-1は、5MSfCである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1202.N-1は、Usm04である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1203.N-1は、5MRdTである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1204.N-1は、Csm04である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1205.N-1は、Csm11である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1206.N-1は、Gsm11である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1207.N-1は、Tsm11である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1208.N-1は、b009Csm11である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1209.N-1は、b009Csm12である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1210.N-1は、Gsm12である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1211.N-1は、Tsm12である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1212.N-1は、Csm12である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1213.N-1は、rCsm13である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1214.N-1は、rCsm14である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1215.N-1は、Csm15である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1216.N-1は、Csm16である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1217.N-1は、Csm17である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1218.N-1は、脱塩基である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1219.N-1は、L010である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1220.N-1は、L034である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1221.N-1は、Csm15である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1222.N-1は、Tsm18である、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1223.N-1は、b001rAである、実施形態1~1111のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1224.N0とN1との間のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1225.N0とN1との間のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1226.N0とN-1との間のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1227.N0とN-1との間のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1228.N2の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1229.N2の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1230.N1とN2との間のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1231.N1とN2との間のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1232.N3の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1233.N3の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1234.N3の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1235.N3の糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1236.N3の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1233に記載のオリゴヌクレオチド。
1237.N2とN3との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1238.N4の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1239.N4の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1240.N4の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1241.N4の糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1242.N4の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1239に記載のオリゴヌクレオチド。
1243.N3とN4との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1244.N5の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1245.N5の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1246.N4とN5との間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1247.N4とN5との間のヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1248.N4とN5との間のヌクレオチド間結合は、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1249.N4とN5との間のヌクレオチド間結合は、Rpのn001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1250.N6の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1251.N6の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1252.N5とN6との間のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合ヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1253.N5とN6との間のヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1254.N-2の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1255.N-2の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1256.N-2の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1257.N-2の糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1258.N-2の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1255に記載のオリゴヌクレオチド。
1259.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1260.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1261.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1262.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Rpのn004、n008、n025、n026である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1263.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Spのn004、n008、n025、n026である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1264.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1265.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Rpのn001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1266.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、Spのn001である、実施形態1264に記載のオリゴヌクレオチド。
1267.N-3の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1268.N-3の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1269.N-2とN-3との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1270.N-4の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1271.N-4の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6の脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1272.N-4の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6の脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1273.N-4の糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1274.N-4の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1271に記載のオリゴヌクレオチド。
1275.N-3とN-4との間の結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1276.N-3とN-4との間の結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1277.N-5の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1278.N-5の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1279.N-5の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1280.N-5の糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1281.N-5の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1278に記載のオリゴヌクレオチド。
1282.N-4とN-5との間の結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1283.N-4とN-5との間の結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1284.N-6の糖は、修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1285.N-6の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1286.N-6の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1287.N-6の糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1288.N-6の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1278に記載のオリゴヌクレオチド。
1289.N-5とN-6との間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1290.N-5とN-6との間のヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1291.N-5とN-6との間のヌクレオチド間結合は、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1292.N-5とN-6との間のヌクレオチド間結合は、Rpのn001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1293.オリゴヌクレオチドの糖の約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%は、それぞれ独立して、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1294.オリゴヌクレオチドの糖の約30%~60%は、それぞれ独立して、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1295.オリゴヌクレオチドの糖の約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1296.オリゴヌクレオチドの糖の約30~60%は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1297.オリゴヌクレオチドの糖の約30~60%は、それぞれ独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1298.第1のドメイン中のオリゴヌクレオチドの糖の約20%~80%、30~70%、30%~60%、30%~50%、40%~60%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、又は80%は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1299.第1のドメイン中のオリゴヌクレオチドの糖の約30~60%は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1300.第1のドメイン中のオリゴヌクレオチドの糖の約30~60%は、それぞれ独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1301.第1のドメインの3’末端ヌクレオシドは、N2である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1302.第1のドメインの5’末端ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオシドである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1303.オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば第1のドメイン、第2のドメイン等)中の約又は少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1304.N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1305.N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1306.N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1307.N-2、N-3、N-4、N-5、及びN-6の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1308.N2、N3、N4、N5、N6、N7、及びN8の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1309.N2、N3、N4、N5、N6、N7、及びN8の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1310.N2、N3、N4、N5、N6、N7、及びN8の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1311.N2、N3、N4、N5、N6、N7、及びN8の1つ又は複数の糖のそれぞれは、独立して、2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1312.オリゴヌクレオチド又はその一部(例えば、第1のドメイン、第2のドメイン等)中の約又は少なくとも約50%の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)は、独立して、天然のリン酸結合に結合している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1313.それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)又は二環式糖である少なくとも1つの修飾された糖に結合した、少なくとも60%、70%、80%、又は90%、又は全ての天然のリン酸結合、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1314.オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1315.第1のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1316.+3(N+4N+3の間)、+4、+6、+8、+9、+12、+14、+15、+17、及び+18位の1つ又は複数での1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1317.オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、30%~70%、40~70%、40%~65%、40%~60%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、若しくは65%は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1318.第1のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、15~40%、20~30%、25~30%、30%~70%、40~70%、40%~65%、40%~60%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、若しくは65%は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1319.+1(N+1N0の間)、+2、+5、+6、+7、+8、+11、+14、+15、+16、+17、+19、+20、+21、及び+22位の1つ又は複数での1つ又は複数のヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1320.オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15~25%、15~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1321.第1のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15~25%、15~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1322.オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15~25%、15~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1323.第1のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15~25%、15~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1324.オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15~25%、15~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1325.第1のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約5%~90%、約10~80%、約10~75%、約10~70%、10%~60%、10~50%、10~40%、10~30%、10%~20%、10~15%、15~40%、15%~35%、15%~30%、15~25%、15~20%、又は約若しくは少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、若しくは50%は、独立して、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1326.+5(N+5N+4の間)、+10、+13、又は+23位の1つ、又は複数、又は全ては、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1327.+5(N+5N+4の間)、+10、+13、又は+23位の1つ、又は複数、又は全ては、独立して、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1328.+5(N+5N+4の間)、+10、+13、又は+23位の1つ、又は複数、又は全ては、独立して、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1329.N4の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1330.N3とN4との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1331.N0の3’側に、5個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1332.N0の3’側に、6個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1333.N0の3’側に、7個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1334.N0の3’側に、8個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1335.N0の3’側に、3個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1336.N0の3’側に、4個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1337.N0の3’側に、5個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1338.N0の3’側に、6個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1339.N0の3’側に、7個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1340.N0の3’側に、8個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1341.N0の3’側に、9個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1342.N0の3’側に、10個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1330のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1343.N0の5’側に、5個以上(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個以上)のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1344.N0の5’側に、8個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1345.N0の5’側に、10個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1346.N0の5’側に、15個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1347.N0の5’側に、16個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1348.N0の5’側に、17個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1349.N0の5’側に、18個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1350.N0の5’側に、19個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1351.N0の5’側に、20個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1352.N0の5’側に、21個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1353.N0の5’側に、22個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1354.N0の5’側に、23個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1355.N0の5’側に、24個以上のヌクレオシドが存在している先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1356.N0の5’側に、25個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1357.N0の5’側に、26個以上のヌクレオシドが存在している、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1358.N0の5’側に、20個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1359.N0の5’側に、21個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1360.N0の5’側に、22個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1361.N0の5’側に、23個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1362.N0の5’側に、24個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1363.N0の5’側に、25個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1364.N0の5’側に、26個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1365.N0の5’側に、27個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1366.N0の5’側に、28個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1367.N0の5’側に、29個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1368.N0の5’側に、30個のヌクレオシドが存在している、実施形態1~1343のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1369.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1370.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の3個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1371.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の4個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1372.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の5個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1373.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1374.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の3個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1375.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の4個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1376.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の5個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1377.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の3個の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1378.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の4個の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1379.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1380.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1381.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1382.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の3個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1383.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の4個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1384.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1385.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1380のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1386.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の3個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1380のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1387.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の4個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1380のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1388.オリゴヌクレオチドの5’末端での最初の5個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1380のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1389.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1390.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の3個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1391.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の4個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1392.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の5個の糖は、それぞれ独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1393.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1394.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の3個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1395.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の4個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1396.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の5個の糖は、それぞれ独立して、二環式糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1397.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の3個の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1398.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の4個の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1399.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1400.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1401.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1402.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の3個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1403.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の4個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1404.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の5個の糖は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1405.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の1、2、3、4、又は5個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1400のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1406.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の3個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1400のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1407.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の4個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1400のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1408.オリゴヌクレオチドの3’末端での最後の5個の糖は、それぞれ独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1400のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1409.オリゴヌクレオチドの5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1410.オリゴヌクレオチドの5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1411.オリゴヌクレオチドの5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1412.オリゴヌクレオチドの5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1413.オリゴヌクレオチドの5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1414.5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1415.5’末端から最初のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態1~1413のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1416.5’末端から3番目のヌクレオシドに結合している両方のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1417.5’末端から4番目のヌクレオシドに結合している両方のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1418.5’末端から5番目のヌクレオシドに結合している両方のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1419.それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される、実施形態1416~1418のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1420.それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Spである、実施形態1419に記載のオリゴヌクレオチド。
1421.オリゴヌクレオチドの3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1422.オリゴヌクレオチドの3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1423.オリゴヌクレオチドの3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1424.オリゴヌクレオチドの3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1425.オリゴヌクレオチドの3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1426.3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1427.3’末端から最初のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態1~1426のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1428.標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシド(0位、そのようなヌクレオシド:N0)の糖は、天然のDNA糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1429.+1位のヌクレオシド(N0のすぐ5’側のヌクレオシド;即ち、5’-...N+1N0...-3’のN+1)の糖は、天然のDNA糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1430.+1位のヌクレオシド(N0のすぐ5’側のヌクレオシド;即ち、5’-...N+1N0...-3’のN+1)の糖は、2’-F修飾された糖である、実施形態1~1428のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1431.+2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0...-3’のN+2)の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1432.-1位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1...-3’のN-1)の糖は、天然のDNA糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1433.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1434.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1435.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1436.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、実施形態1~1434のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1437.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、2’-OMe修飾された糖である、実施形態1~1434のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1438.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1434のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1439.-2位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2...-3’のN-2)の糖は、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1434のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1440.-3位のヌクレオシド(5’-...N+2N+1N0N-1N-2N-3...-3’のN-3)の糖は、2’-F修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1441.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドのそれぞれの糖は、独立して、安定性を増加させ得る糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1442.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドのそれぞれの糖は、独立して、二環式糖、又は2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1443.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドの糖は、二環式糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1444.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドの糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1445.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドの糖は、2’-OMe修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1446.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドの糖は、2’-MOE修飾された糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1447.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドのそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択されたC1~6脂肪族である)である、実施形態1~1442のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1448.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドのそれぞれの糖は、独立して、2’-OMe修飾された糖である、実施形態1~1442のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1449.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドのそれぞれの糖は、独立して、2’-MOE修飾された糖である、実施形態1~1442のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1450.N+1又はN0に結合したそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1451.N+1又はN0に結合したそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1452.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1453.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1454.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1455.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1456.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、n001である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1457.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つRpである、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1458.N-1とN-2との間のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態1~1456のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1459.N-2とN-3との間のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1460.N-3の後(例えば、N-4、N-5、N-6等)のヌクレオシドに結合したそれぞれのヌクレオチド間結合は、3’末端から最初のヌクレオチド間結合を除いて、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1461.ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである、実施形態1460に記載のオリゴヌクレオチド。
1462.二環式糖は、LNA糖又はcEt糖である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1463.オリゴヌクレオチドは、1~10個(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の天然のリン酸結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1464.オリゴヌクレオチドは、5個以下(例えば、1、2、3、4、又は5個)の天然のリン酸結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1465.オリゴヌクレオチドは、10個以下(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のn001を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1466.オリゴヌクレオチドは、10個以下(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1467.二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドであって、標的化領域は、先行する実施形態のいずれか一つに記載の第2の領域であるか、又はそれを含む、オリゴヌクレオチド。
1468.二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドであって、標的化領域は、先行する実施形態のいずれか一つに記載の5’-N1N0N-1-3’であるか、又はそれを含む、オリゴヌクレオチド。
1469.二重鎖化領域は、核酸(二重鎖化核酸)と二重鎖を形成し得る、実施形態1467又は1468に記載のオリゴヌクレオチド。
1470.標的化領域は、標的アデノシンを含む標的核酸と二重鎖を形成し得る、実施形態1467~1469のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1471.二重鎖化核酸は、標的核酸ではない、実施形態1467~1470のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1472.オリゴヌクレオチドは、実施形態1~1466のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態1467~1470のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1473.標的化領域の長さは、約又は少なくとも約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個のヌクレオシドである、実施形態1467~1472のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1474.二重鎖化領域の長さは、約又は少なくとも約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個のヌクレオシドである、実施形態1467~1473のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1475.二重鎖化オリゴヌクレオチドの長さは、約又は少なくとも約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個のヌクレオシドである、実施形態1467~1474のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1476.二重鎖化オリゴヌクレオチドは、ステップループを含む、実施形態1467~1475のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1477.オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された糖、1つ又は複数のヌクレオチド間結合、及び1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む、実施形態1467~1476のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1478.オリゴヌクレオチドは、キラル制御されない、実施形態1467~1477のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1479.二重鎖化オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数の修飾された糖、及び1つ又は複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態1467~1478のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1480.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全ての糖は、修飾された糖である、実施形態1467~1479のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1481.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全ての糖は、2’-F修飾された糖である、実施形態1467~1479のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1482.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全ての糖は、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、実施形態1467~1479のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1483.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全ての糖は、2’-OMe修飾された糖である、実施形態1467~1479のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1484.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全てのヌクレオチド間結合は、修飾されている、実施形態1467~1483のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1485.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全てのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1467~1484のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1486.二重鎖化オリゴヌクレオチドは、キラル制御される、実施形態1467~1485のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1487.二重鎖化オリゴヌクレオチド中の大部分又は全てのヌクレオチド間結合は、Spのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1467~1486のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1488.オリゴヌクレオチド及びその二重鎖化オリゴヌクレオチドを、二重鎖として投与する、実施形態1467~1487のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1489.オリゴヌクレオチド及びその二重鎖化オリゴヌクレオチドを、別々に投与する、実施形態1467~1487のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1490.それぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖、天然のRNA糖、2’-F修飾された糖、及び2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1491.それぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖、天然のRNA糖、2’-F修飾された糖、及び2’-OMe又は2’-MO修飾された糖から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1492.それぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1493.それぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、天然のヌクレオチド間結合、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1494.それぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1495.それぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、n001、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1496.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfU*SmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1497.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1498.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmAfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SmCfUn001RmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1499.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SfCmA*SfG*SmCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RfU*SmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1500.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SfCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SmCfC*SfUn001RfU*SmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1501.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmAfG*SfC*SfU*SfUn001RfC*SfAfGn001RfUmCmCfC*SfU*SmUmU*SfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1502.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SfCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfU*SfU*SmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1503.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1504.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmAfG*SfC*SmUfUn001RmCfA*SmGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1505.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SmGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1506.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SmGn001RfUm5Ceo*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1507.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SmCTeo*SmUn001RmCfA*SfGn001RmUmCmC*SfC*SfU*STeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1508.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SmCTeo*SmUn001RmCfA*SfGn001RmUm5CeomC*SfC*SfU*STeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1509.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*Sm5CeoTeo*SmUn001Rm5CeofA*SfGn001RmUm5Ceom5Ceo*SfC*SfU*STeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1510.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*SmUmUn001RmCfA*SfGn001RfUm5Ceo*SfC*SmCmUn001RmUTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1511.Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SfGn001RfUm5Ceo*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチド。
1512.オリゴヌクレオチドは、塩形態で存在する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1513.オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩形態で存在する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1514.1つ又は複数(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のキラル結合リン中心のジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1515.1つ又は複数(例えば、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、又はより多く)のキラル結合リン中心のジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1516.それぞれのホスホロチオエート結合リンのジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1517.それぞれのホスホロチオエート結合リンのジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1518.それぞれのキラル結合リン中心のジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1519.それぞれのキラル結合リン中心のジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1520.オリゴヌクレオチドは、約10%~100%(例えば、約10%~95%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、又は約若しくは少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%等)の純度を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1521.オリゴヌクレオチドは、約50%~100%(例えば、約50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、又は少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、若しくは100%等)の純度を有する、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1522.先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩の有効量と、薬学的に許容される担体とを含むか又は送達する医薬組成物。
1523.複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1524.複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1525.複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物。
1526.共通の塩基配列は、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のワトソン-クリック塩基対ではないミスマッチを伴って、核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態1525に記載の組成物。
1527.共通の塩基配列は、ワトソン-クリック塩基対ではない0~5個のミスマッチを伴って、核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態1525に記載の組成物。
1528.共通の塩基配列は、標的アデノシンと反対側のヌクレオシドを除いて、共通の塩基配列の長さにわたって、核酸の一部の塩基配列と100%相補的である、実施形態1525に記載の組成物。
1529.共通の塩基配列は、共通の塩基配列の長さにわたって、核酸の一部の塩基配列と100%相補的である、実施形態1525に記載の組成物。
1530.組成物は、ADARを発現する系において核酸と接触した場合に、標的AをIに編集し得る、実施形態1523~1529のいずれか一つに記載の組成物。
1531.標的アデノシンは、状態、障害、又は疾患と関連するGからAへの変異である、実施形態1523~1530のいずれか一つに記載の組成物。
1532.複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基及び糖修飾を共有する、実施形態1523~1531のいずれか一つに記載の組成物。
1533.複数のオリゴヌクレオチドは、同じパターンの骨格のキラル中心を共有する、実施形態1523~1532のいずれか一つに記載の組成物。
1534.組成物は、どのヌクレオチド間結合もキラル制御されないオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な調製物と比較して、複数のオリゴヌクレオチドが濃縮されている、実施形態1523~1533のいずれか一つに記載の組成物。
1535.共通の塩基配列並びに同じ塩基及び糖修飾を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1523~1533のいずれか一つに記載の組成物。
1536.共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1523~1533のいずれか一つに記載の組成物。
1537.複数のオリゴヌクレオチドは、同じオリゴヌクレオチド又はその1つ若しくは複数の薬学的に許容される塩のものである、実施形態1523~1536のいずれか一つに記載の組成物。
1538.複数のオリゴヌクレオチドは、同じ酸形態オリゴヌクレオチドの1つ又は複数の薬学的に許容可能な塩である、実施形態1523~1536のいずれか一つに記載の組成物。
1539.複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成のものである、実施形態1523~1536のいずれか一つに記載の組成物。
1540.複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1539に記載の組成物。
1541.同じ構成を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1539に記載の組成物。
1542.複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構造のものである、実施形態1523~1536のいずれか一つに記載の組成物。
1543.複数のオリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩である、実施形態1523~1542のいずれか一つに記載の組成物。
1544.複数のオリゴヌクレオチドは、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態1523~1543のいずれか一つに記載の組成物。
1545.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態1523~1544のいずれか一つに記載の組成物。
1546.複数のオリゴヌクレオチドは、1つ、又は複数、又はいずれの負に荷電していないヌクレオチド間結合でも同じ結合リンの立体化学を共有しない、実施形態1523~1545のいずれか一つに記載の組成物。
1547.1種又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1548.1種又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態及び実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態及び実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1549.1種又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列
、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列
、及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
1550.1種又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物。
1)共通の塩基配列、
及び
2)独立して1つ又は複数(例えば、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~15、1~10、5~50、5~40、5~30、5~25、5~20、5~15、5~10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25個以上)のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物。
1551.共通の塩基配列は、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のワトソン-クリック塩基対ではないミスマッチを伴って、核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態に記載の組成物。
1552.それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、ワトソン-クリック塩基対ではない0~5個のミスマッチを伴って、核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態1551に記載の組成物。
1553.それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを除いて、共通の塩基配列の長さにわたって、核酸の一部の塩基配列と100%相補的である、実施形態1551に記載の組成物。
1554.それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、共通の塩基配列の長さにわたって、核酸の一部の塩基配列と100%相補的である、実施形態1551に記載の組成物。
1555.それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、ADARを発現する系において核酸と接触した場合に、標的AをIに編集し得る、実施形態1547~1554のいずれか一つに記載の組成物。
1556.標的アデノシンは、状態、障害、又は疾患と関連するGからAへの変異である、実施形態1547~1555のいずれか一つに記載の組成物。
1557.組成物は、2種以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、又はより多く)の複数のオリゴヌクレオチドを含む、実施形態1547~1556のいずれか一つに記載の組成物。
1558.少なくとも2種の複数の共通の塩基配列が異なる、実施形態1547~1557のいずれか一つに記載の組成物。
1559.どの2種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じ共通の塩基配列を共有しない、実施形態1547~1558のいずれか一つに記載の組成物。
1560.少なくとも2種の複数のオリゴヌクレオチドは、異なるアデノシンを標的化する、実施形態1547~1559のいずれか一つに記載の組成物。
1561.どの2種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じアデノシンを標的化しない、実施形態1547~1560のいずれか一つに記載の組成物。
1562.少なくとも2種の複数のオリゴヌクレオチドは、異なる転写物を標的化する、実施形態1547~1561のいずれか一つに記載の組成物。
1563.どの2種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じ転写物を標的化しない、実施形態1547~1562のいずれか一つに記載の組成物。
1564.少なくとも2種の複数のオリゴヌクレオチドは、異なるポリヌクレオチドに由来する転写物におけるアデノシン残基を標的化する、実施形態1547~1563のいずれか一つに記載の組成物。
1565.どの2種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じポリヌクレオチドに由来する転写物を標的化しない、実施形態1547~1566のいずれか一つに記載の組成物。
1566.少なくとも2種の複数のオリゴヌクレオチドは、異なる遺伝子に由来する転写物におけるアデノシン残基を標的化する、実施形態1547~1565のいずれか一つに記載の組成物。
1567.どの2種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じ遺伝子に由来する転写物を標的化しない、実施形態1547~1566のいずれか一つに記載の組成物。
1568.それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、複数のものの中で同じ塩基及び糖修飾を共有する、実施形態1547~1567のいずれか一つに記載の組成物。
1569.それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、複数のものの中で同じパターンの骨格のキラル中心を共有する、実施形態1547~1568のいずれか一つに記載の組成物。
1570.それぞれの複数のものに関して、独立して、組成物は、どのヌクレオチド間結合もキラル制御されない複数のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な調製物と比較して、複数のオリゴヌクレオチドが濃縮されている、実施形態1547~1569のいずれか一つに記載の組成物。
1571.それぞれの複数のものに関して、独立して、共通の塩基配列並びに同じ塩基及び糖修飾を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1547~1570のいずれか一つに記載の組成物。
1572.それぞれの複数のものに関して、独立して、共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1547~1570のいずれか一つに記載の組成物。
1573.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、同じオリゴヌクレオチド又はその1つ若しくは複数の薬学的に許容される塩のものである、実施形態1547~1572のいずれか一つに記載の組成物。
1574.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ酸形態のオリゴヌクレオチドの1つ又は複数の薬学的に許容される塩である、実施形態1547~1573のいずれか一つに記載の組成物。
1575.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成のものである、実施形態1547~1572のいずれか一つに記載の組成物。
1576.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1575に記載の組成物。
1577.それぞれの複数のものに関して、独立して、同じ構成を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1575に記載の組成物。
1578.1つ若しくは2つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構造のものである、実施形態1547~1577のいずれか一つに記載の組成物。
1579.1つ若しくは2つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ独立して、薬学的に許容される塩形態である、実施形態1547~1578のいずれか一つに記載の組成物。
1580.1つ若しくは2つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩である、実施形態1547~1578のいずれか一つに記載の組成物。
1581.1つ若しくは2つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態1547~1580のいずれか一つに記載の組成物。
1582.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態1547~1581のいずれか一つに記載の組成物。
1583.1つ若しくは2つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態1547~1582のいずれか一つに記載の組成物。
1584.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態1547~1583のいずれか一つに記載の組成物。
1585.1つ若しくは2つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数又はいずれの負に荷電していないヌクレオチド間結合でも同じ結合リンの立体化学を共有しない、実施形態1547~1584のいずれか一つに記載の組成物。
1586.それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数又はいずれの負に荷電していないヌクレオチド間結合でも同じ結合リンの立体化学を共有しない、実施形態1547~1585のいずれか一つに記載の組成物。
1587.
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;
且つ
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;
且つ
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、先行する実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
1588.
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;
且つ
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;
且つ
複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、実施形態1637~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
1589.
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;且つ
共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、組成物。
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって;
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;且つ
共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、組成物。
1590.共通の塩基配列は、0~10個(例えば、0~1、0~2、0~3、0~4、0~5、0~6、0~7、0~8、0~9、0~10、1~2、1~3、1~4、1~5、1~6、1~7、1~8、1~9、1~10、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7、2~8、2~9、2~10、3~4、3~5、3~6、3~7、3~8、3~9、3~10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個等)のワトソン-クリック塩基対ではないミスマッチを伴って、核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態1589に記載の組成物。
1591.共通の塩基配列は、ワトソン-クリック塩基対ではない0~5個のミスマッチを伴って、核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態1589に記載の組成物。
1592.共通の塩基配列は、標的アデノシンと反対側のヌクレオシドを除いて、共通の塩基配列の長さにわたって、核酸の一部の塩基配列と100%相補的である、実施形態1589に記載の組成物。
1593.共通の塩基配列は、共通の塩基配列の長さにわたって、核酸の一部の塩基配列と100%相補的である、実施形態1589に記載の組成物。
1594.組成物は、ADARを発現する系において核酸と接触した場合に、標的AをIに編集し得る、実施形態1587~1593のいずれか一つに記載の組成物。
1595.標的アデノシンは、状態、障害、又は疾患と関連するGからAへの変異である、実施形態1587~1594のいずれか一つに記載の組成物。
1596.組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される、実施形態1587~1595のいずれか一つに記載の組成物。
1597.複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、特定のオリゴヌクレオチドは、実施形態1~1513のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、組成物。
1598.複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、特定のオリゴヌクレオチドは、実施形態1~1513のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドであり、特定のオリゴヌクレオチドの塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである、組成物。
1599.複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、特定のオリゴヌクレオチドは、実施形態1~1513のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドであり、特定のオリゴヌクレオチドの又はその塩の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約5%~100%、10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、5%~90%、10%~90%、20~90%、30%~90%、40%~90%、50%~90%、5%~85%、10%~85%、20~85%、30%~85%、40%~85%、50%~85%、5%~80%、10%~80%、20~80%、30%~80%、40%~80%、50%~80%、5%~75%、10%~75%、20~75%、30%~75%、40%~75%、50%~75%、5%~70%、10%~70%、20~70%、30%~70%、40%~70%、50%~70%、5%~65%、10%~65%、20~65%、30%~65%、40%~65%、50%~65%、5%~60%、10%~60%、20~60%、30%~60%、40%~60%、50%~60%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、複数のオリゴヌクレオチドである、組成物。
1600.複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩であり、特定のオリゴヌクレオチドは、表1のオリゴヌクレオチドである、組成物。
1601.共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態1587~1600のいずれか一つに記載の組成物。
1602.組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち共通の塩基配列を共有するもののレベルは、約又は少なくとも約(DS)ncであり、DSは、約85%~100%(例えば、約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上)であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態1523~1601のいずれか一つに記載の組成物。
1603.それぞれの複数のオリゴヌクレオチドに関して、組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち複数の共通の塩基配列を共有するもののレベルは、独立して、約又は少なくとも約(DS)ncであり、DSは、約85%~100%(例えば、約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上)であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態1523~1601のいずれか一つに記載の組成物。
1604.組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち複数の共通の構成を共有するもののレベルは、約又は少なくとも約(DS)ncであり、DSは、約85%~100%(例えば、約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上)であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態1523~1601のいずれか一つに記載の組成物。
1605.それぞれの複数のオリゴヌクレオチドに関して、組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち複数の共通の構成を共有するもののレベルは、独立して、約又は少なくとも約(DS)ncであり、DSは、約85%~100%(例えば、約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上)であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態1523~1601のいずれか一つに記載の組成物。
1606.DSは、約90%~100%(例えば、約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は99.5%以上)である、実施形態1523~1605のいずれか一つに記載の組成物。
1607.ncは、約5~40(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、又は40)以上である、実施形態1602~1606のいずれか一つに記載の組成物。
1608.レベルは、少なくとも約10%~100%、又は少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、若しくは95%である、実施形態1523~1601のいずれか一つに記載の組成物。
1609.レベルは、少なくとも約50%~100%、又は少なくとも約50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%である、実施形態1523~1601のいずれか一つに記載の組成物。
1610.特定のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、オリゴヌクレオチドの塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約10%~100%(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%等)は、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩である、組成物。
1611.特定のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、オリゴヌクレオチドの塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約30%~90%は、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩である、組成物。
1612.特定のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、オリゴヌクレオチドの塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約40%~90%は、独立して、特定のオリゴヌクレオチド又はその塩である、組成物。
1613.特定のオリゴヌクレオチドは、実施形態1~1521のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態1610~1612のいずれか一つに記載の組成物。
1614.特定のオリゴヌクレオチドは、表1から選択されるオリゴヌクレオチドである、実施形態1610~1613のいずれか一つに記載の組成物。
1615.特定のオリゴヌクレオチドは、約又は少なくとも約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個、又はより多くのキラルヌクレオチド間結合を含む、実施形態1610~1614のいずれか一つに記載の組成物。
1616.それぞれの塩は、独立して、薬学的に許容可能な塩である、実施形態1610~1615のいずれか一つに記載の組成物。
1617.組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合には、標的アデノシン残基が修飾される、実施形態1523~1616のいずれか一つに記載の組成物。
1618.修飾は、ADAR1によって行われる修飾であるか、又はそれを含む、実施形態1617に記載の組成物。
1619.修飾は、ADAR2によって行われる修飾であるか、又はそれを含む、実施形態1617又は1618に記載の組成物。
1620.修飾は、インビトロで行われる、実施形態1617~1619のいずれか一つに記載の組成物。
1621.試料は、細胞である、実施形態1617~1619のいずれか一つに記載の組成物。
1622.標的アデノシンは、イノシンに変換される、実施形態1617~1621のいずれか一つに記載の組成物。
1623.標的アデノシンは、比較可能な参照オリゴヌクレオチド組成物で観察されるものより大きい程度まで修飾される、実施形態1617~1622のいずれか一つに記載の組成物。
1624.参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを全く含まないか又はより低いレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む、実施形態1623に記載の組成物。
1625.参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成を有するオリゴヌクレオチドを含有しない、実施形態1623又は1624に記載の組成物。
1626.参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構造を有するオリゴヌクレオチドを含有しない、実施形態1623~1625のいずれか一つに記載の組成物。
1627.参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの2’-F修飾を含有する組成物である、実施形態1623に記載の組成物。
1628.参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの2’-OMe修飾を含有する組成物である、実施形態1623~1627のいずれか一つに記載の組成物。
1629.参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して異なる糖修飾パターンを有する組成物である、実施形態1623~1628のいずれか一つに記載の組成物。
1630.参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの修飾されたヌクレオチド間結合を含有する組成物である、実施形態1623~1629のいずれか一つに記載の組成物。
1631.参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する組成物である、実施形態1623~1630のいずれか一つに記載の組成物。
1632.参照組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態1623~1631のいずれか一つに記載の組成物。
1633.参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態1623に記載の組成物。
1634.組成物は、核酸の著しい分解を引き起こさない(例えば、約5%~100%以下(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%以下等))、先行する実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
1635.組成物は、標的核酸において著しいエクソンスキッピング又はエクソンインクルージョンの改変を引き起こさない(例えば、約5%~100%以下(例えば、約10%~100%、20~100%、30%~100%、40%~100%、50%~80%、50%~85%、50%~90%、50%~95%、60%~80%、60%~85%、60%~90%、60%~95%、60%~100%、65%~80%、65%~85%、65%~90%、65%~95%、65%~100%、70%~80%、70%~85%、70%~90%、70%~95%、70%~100%、75%~80%、75%~85%、75%~90%、75%~95%、75%~100%、80%~85%、80%~90%、80%~95%、80%~100%、85%~90%、85%~95%、85%~100%、90%~95%、90%~100%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、又は100%以下等))、先行する実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
1636.組成物は、医薬組成物であり、且つさらに薬学的に許容される担体を含む、実施形態1523~1635のいずれか一つに記載の組成物。
1637.オリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドは、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドと他の点で同一であるが、修飾されたヌクレオチド間結合の位置で、-O5-PL(RCA)-O3-(式中、
PLは、P、又はP(=W)であり;
Wは、O、S、又はWNであり;
RCAは、任意選択的に置換されたか又はキャップ付加された不斉補助剤部分であるか、又はそれを含み、
O5は、糖の5’-炭素に結合した酸素であり、及び
O3は、糖の3’-炭素に結合した酸素である)の構造を有する結合である、オリゴヌクレオチド。
PLは、P、又はP(=W)であり;
Wは、O、S、又はWNであり;
RCAは、任意選択的に置換されたか又はキャップ付加された不斉補助剤部分であるか、又はそれを含み、
O5は、糖の5’-炭素に結合した酸素であり、及び
O3は、糖の3’-炭素に結合した酸素である)の構造を有する結合である、オリゴヌクレオチド。
1638.不斉補助剤が除去され、結合が修飾されたヌクレオチド間結合に変換される、実施形態1637に記載のオリゴヌクレオチド。
1639.修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態1637に記載のオリゴヌクレオチド。
1640.Wが-SHで置き換えられ、且つRCAがOで置き換えられ、PLが、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合リンと同じ配置を有する、実施形態1639に記載のオリゴヌクレオチド。
1641.修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である、実施形態1637~1640のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1642.修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である、実施形態1637~1640のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1643.修飾されたヌクレオチド間結合は、n004、n008、n025、n026である、実施形態1637~1640のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1644.修飾されたヌクレオチド間結合は、n001である、実施形態1637~1640のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1645.ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のそれぞれの位置で、独立して、-O5-PL(W)(RCA)-O3-の構造を有する結合である、実施形態1637~1644のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1646.修飾されたヌクレオチド間結合のそれぞれの位置で、独立して、-O5-PL(W)(RCA)-O3-の構造を有する結合である、実施形態1637~1644のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1647.1つ又はそれぞれのWは、Sである、実施形態1637~1646のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1648.ただ1つのPLは、Pである、実施形態1637~1647のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1650.それぞれのRCAは、独立して、
(式中、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員の飽和又は部分不飽和の環を形成し、RC4は、-H又は-C(O)R’である)である、実施形態1637~1648のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
(式中、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員の飽和又は部分不飽和の環を形成し、RC4は、-H又は-C(O)R’である)である、実施形態1637~1648のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1651.結合において、RC4は、-C(O)Rであり、且つPLは、Pである、実施形態1649又は1650に記載のオリゴヌクレオチド。
1652.結合において、RC4は、-C(O)Rであり、Wは、Sである、実施形態1650又は1651に記載のオリゴヌクレオチド。
1653.それぞれの結合において、Wは、Sであり、RC4は、-C(O)R’である、実施形態1650~1652のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1654.RC4は、-C(O)CH3である、実施形態1650~1653のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1655.結合において、RC4は、-Hであり、且つPLは、Pである、実施形態1650に記載のオリゴヌクレオチド。
1656.RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択的に置換された5員環を形成する、実施形態1650~1655のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1658.RC1は、-SiPh2Meである、実施形態1650~1657のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1659.RC1は、-SO2Rである、実施形態1650~1657のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1660.RC1は、-SO2R(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である)である、実施形態1650~1657のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1661.RC1は、-SO2R(式中、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである)である、実施形態1650~1657のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1662.RC1は、-SO2R(式中、Rは、フェニルである)である、実施形態1650~1657のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド。
1663.ホスホラミダイトであって、ホスホラミダイトの核酸塩基は、実施形態1~1521のいずれか一つに記載の酸塩基又はその互変異性体であり、核酸塩基又はその互変異性体は、任意選択的に置換されるか又は保護される、ホスホラミダイト。
1664.核酸塩基は、環BAであるか、又はそれを含み、環BAは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択に置換されるか又は保護される、ホスホラミダイト。
1665.ホスホラミダイトの糖は、実施形態1~1521のいずれか一つに記載の糖であり、糖は、任意選択的に保護される、実施形態1663又は1664に記載のホスホラミダイト。
1666.ホスホラミダイトは、RNS-P(OR)N(R)2の構造を有し、RNSは、任意選択的に保護されたヌクレオシド部分であり、且つそれぞれのRは、本明細書で説明されている通りである、実施形態1663~1665のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1667.ホスホラミダイトは、RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2の構造を有する、実施形態1663~1665のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1668.ホスホラミダイトは、不斉補助剤部分を含み、リンは、不斉補助剤部分の酸素及び窒素原子に結合している、実施形態1663~1665のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1670.ホスホラミダイトが、
(式中、RNSは、任意選択的に保護されたヌクレオシド部分であり、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員の飽和環又は部分不飽和の環を形成する)の構造を有する、実施形態1663~1665のいずれか一つ又は実施形態1668に記載のホスホラミダイト。
(式中、RNSは、任意選択的に保護されたヌクレオシド部分であり、RC1は、R、-Si(R)3、又は-SO2Rであり、RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~7員の飽和環又は部分不飽和の環を形成する)の構造を有する、実施形態1663~1665のいずれか一つ又は実施形態1668に記載のホスホラミダイト。
1671.RC2及びRC3は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択的に置換された5員飽和環を形成する、実施形態1669又は1670に記載のホスホラミダイト。
1676.RC1は、-SiPh2Meである、実施形態1669~1675のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1677.RC1は、-SO2Rである、実施形態1669~1675のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1678.RC1は、-SO2R(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族である)である、実施形態1669~1675のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1679.RC1は、-SO2R(式中、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである)である、実施形態1669~1675のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1680.RC1が、-SO2R(式中、Rは、フェニルである)である、実施形態1669~1675のいずれか一つに記載のホスホラミダイト。
1682.XCは、Oである、実施形態1681に記載の化合物。
1683.XCは、Sである、実施形態1681に記載の化合物。
1684.1つのRC5は、水素ではない、実施形態1681~1683のいずれか一つに記載の化合物。
1685.1つのRC5は、水素である、実施形態1681~1684のいずれか一つに記載の化合物。
1686.1つのRC6は、水素ではない、実施形態1681~1685のいずれか一つに記載の化合物。
1687.1つのRC6は、水素である、実施形態1681~1686のいずれか一つに記載の化合物。
1688.1つのRC5及び1つのRC6は、それらの介在原子と合わせて、0~5個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された3~20(例えば、3~15、3~10、5~10、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)員の単環式、二環式、又は多環式の環を形成する、実施形態1681~1687のいずれか一つに記載の化合物。
1689.1つのRC5及び1つのRC6は、それらの介在原子と合わせて、任意選択的に置換されたシクロヘキシル環を形成する、実施形態1681~1687のいずれか一つに記載の化合物。
1690.-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-S-は、-OCH(CH3)CH(CH3)S-である、実施形態1681に記載の化合物。
1691.-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-S-は、-SCH(CH3)CH(CH3)S-である、実施形態1681に記載の化合物。
1692.RNSのヒドロキシル基は、保護される、実施形態1666~1691のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1693.RNSのヒドロキシル基は、-ODMTrとして保護される、実施形態1666~1691のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1694.RNSの5’-OHは、保護される、実施形態1666~1691のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1695.RNSの5’-OHは、-ODMTrとして保護される、実施形態1694に記載のホスホラミダイト又は化合物。
1696.RNSは、
又はこれらの塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)から選択される任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオシドである、実施形態1666~1695のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
又はこれらの塩(式中、BAsは、本明細書で説明されている通りである)から選択される任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオシドである、実施形態1666~1695のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1698.RNSは、
又はこれらの塩(式中、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基であり、それぞれの-OHは、任意選択的に且つ独立して置換されるか又は保護される)から選択される、実施形態1666~1697のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
又はこれらの塩(式中、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基であり、それぞれの-OHは、任意選択的に且つ独立して置換されるか又は保護される)から選択される、実施形態1666~1697のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1699.RNSは、
又はこれらの塩(式中、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基であり、ヌクレオシドのそれぞれの-OHは、独立して、保護され、少なくとも1つの-OHは、DMTrO-として保護される)から選択される、実施形態1666~1698のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
又はこれらの塩(式中、BAsは、任意選択的に置換されたか又は保護された核酸塩基であり、ヌクレオシドのそれぞれの-OHは、独立して、保護され、少なくとも1つの-OHは、DMTrO-として保護される)から選択される、実施形態1666~1698のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1700.RNSは、
又はこれらの塩(式中、BAsは、A、T、C、G、U、及びこれらの互変異性体から選択される任意選択的に置換された核酸塩基であり、ヌクレオシドのそれぞれの-OHは、独立して、保護され、少なくとも1つの-OHは、DMTrO-として保護される)から選択される、実施形態1666~1699のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
又はこれらの塩(式中、BAsは、A、T、C、G、U、及びこれらの互変異性体から選択される任意選択的に置換された核酸塩基であり、ヌクレオシドのそれぞれの-OHは、独立して、保護され、少なくとも1つの-OHは、DMTrO-として保護される)から選択される、実施形態1666~1699のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1701.ホスホラミダイト又は化合物は、実施形態1~1521のいずれか一つに記載の核酸塩基又はその互変異性体を含み、核酸塩基又はその互変異性体は、任意選択的に置換されるか又は保護される、実施形態1666~1700のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1702.ホスホラミダイト又は化合物は、核酸塩基を含み、核酸塩基は、環BAであるか、又はそれを含み、環BAは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択的に置換されるか又は保護される、実施形態1666~1701のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1703.ホスホラミダイト又は化合物は、核酸塩基を含み、核酸塩基は、環BAであるか、又はそれを含み、環BAは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択的に置換されるか又は保護される、実施形態1666~1702のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1704.BAsは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択に置換されるか又は保護される、実施形態1666~1703のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1705.ホスホラミダイト又は化合物は、ヒポキサンチンを含む、実施形態1666~1701のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1706.ホスホラミダイト又は化合物は、O6-保護されたヒポキサンチンを含む、実施形態1666~1701のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1707.ホスホラミダイト又は化合物は、O6-保護されたヒポキサンチンを含み、O6保護基は、-CH2CH2Si(R)3であり、-CH2CH2-は、任意選択的に置換され、それぞれのRは、-Hではない、実施形態1666~1701のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1708.ホスホラミダイト又は化合物は、O6-保護されたヒポキサンチンを含み、O6保護基は、-CH2CH2Si(Me)3である、実施形態1666~1701のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1709.ホスホラミダイト又は化合物は、実施形態1~1521のいずれか一つに記載の糖である糖を含む、実施形態1666~1708のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1710.RNSは、A、T、C、G、及びUから選択される任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオシドである、実施形態1666~1695のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1711.RNSは、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、b007C、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm15、Csm16、rCsm14、Csm17、及びTsm18から選択される任意選択的に置換されたか又は保護されたヌクレオシドである、実施形態1666~1695のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1712.RNSは、その3’-O-を介してリンに結合している、実施形態1666~1711のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1713.ホスホラミダイトの純度は、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、実施形態1669~1712のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物。
1714.オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの-OH基を、実施形態1663~1713のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物とカップリングさせることを含む方法。
1715.オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの5’-OHを、実施形態1663~1713のいずれか一つに記載のホスホラミダイト又は化合物とカップリングさせることを含む方法。
1716.オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、実施形態1523~1662のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドから不斉補助剤部分を除去することを含む方法。
1717.オリゴヌクレオチド、又は組成物中のオリゴヌクレオチドは、2’-OHを含む糖を含む、実施形態1714~1716のいずれか一つに記載の方法。
1718.オリゴヌクレオチド、又は組成物中のオリゴヌクレオチドは、2’-OHを含む糖を含み、糖は、キラル制御されたヌクレオチド間結合に結合している、実施形態1714~1717のいずれか一つに記載の方法。
1719.それぞれのヘテロ原子は、独立して、窒素、酸素、ケイ素、リン、及び硫黄から選択される、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、組成物、又は方法。
1720.それぞれの核酸塩基は、独立して、少なくとも1つの窒素を有する任意選択的に置換された環を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド、組成物、又は方法。
1721.
細胞、組織、又は動物中の薬剤又はその組成物を評価することであって、細胞、組織、又は動物は、状態、障害、若しくは疾患に関連するか若しくはこれらの細胞、組織、若しくは器官であるか若しくはそれを含み、及び/又は状態、障害、若しくは疾患に関連するヌクレオチド配列を含む、評価すること;
並びに
状態、障害、又は疾患に罹患しやすいか又は罹患している対象に、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置するための薬剤又は組成物の有効量を投与すること
を含む方法。
細胞、組織、又は動物中の薬剤又はその組成物を評価することであって、細胞、組織、又は動物は、状態、障害、若しくは疾患に関連するか若しくはこれらの細胞、組織、若しくは器官であるか若しくはそれを含み、及び/又は状態、障害、若しくは疾患に関連するヌクレオチド配列を含む、評価すること;
並びに
状態、障害、又は疾患に罹患しやすいか又は罹患している対象に、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置するための薬剤又は組成物の有効量を投与すること
を含む方法。
1722.
状態、障害、又は疾患に罹患しやすいか又は罹患している対象に、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置するための薬剤又は組成物の有効量を投与することを含む方法であって、薬剤又は組成物を、細胞、組織、又は動物中で評価し、細胞、組織、又は動物は、状態、障害、若しくは疾患に関連するか若しくはこれらの細胞、組織、若しくは器官であるか若しくはそれを含み、及び/又は状態、障害、若しくは疾患に関連するヌクレオチド配列を含む、方法。
状態、障害、又は疾患に罹患しやすいか又は罹患している対象に、状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置するための薬剤又は組成物の有効量を投与することを含む方法であって、薬剤又は組成物を、細胞、組織、又は動物中で評価し、細胞、組織、又は動物は、状態、障害、若しくは疾患に関連するか若しくはこれらの細胞、組織、若しくは器官であるか若しくはそれを含み、及び/又は状態、障害、若しくは疾患に関連するヌクレオチド配列を含む、方法。
1723.対象は、ヒトである、実施形態1721又は1722に記載の方法。
1724.状態、障害、又は疾患は、GからAへの変異に関連している、実施形態1721~1723のいずれか一つに記載の方法。
1725.状態、障害、又は疾患は、ヒトSERPINA1遺伝子中での1024G>A(E342K)変異に関連している、実施形態1721~1724のいずれか一つに記載の方法。
1726.状態、障害、又は疾患は、アルファ-1アンチトリプシン欠損症である、実施形態1721~1725のいずれか一つに記載の方法。
1727.状態、障害、又は疾患は、癌である、実施形態1721~1723のいずれか一つに記載の方法。
1728.オリゴヌクレオチド又は組成物を特徴付ける方法であって、
ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する細胞又はその集団に、オリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する細胞又はその集団に、オリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
1729.細胞は、齧歯動物細胞である、実施形態1721~1728のいずれか一つに記載の方法。
1730.細胞は、ラット細胞である、実施形態1721~1728のいずれか一つに記載の方法。
1731.細胞は、マウス細胞である、実施形態1721~1728のいずれか一つに記載の方法。
1732.細胞のゲノムは、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態1721~1731のいずれか一つに記載の方法。
1733.オリゴヌクレオチド又は組成物を特徴付ける方法であって、
ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する非ヒト動物又はその集団に、オリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する非ヒト動物又はその集団に、オリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
1734.動物が、マウスである、実施形態1733に記載の方法。
1735.動物のゲノムは、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態1733又は1734に記載の方法。
1736.動物の生殖系列ゲノムは、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態1733又は1734に記載の方法。
1737.ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 Z-DNA結合ドメインの一方若しくは両方であるか、又はそれを含む、実施形態1721~1736のいずれか一つに記載の方法。
1738.ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 dsRNA結合ドメインの1つ、又は複数、又は全てであるか、又はそれを含む、実施形態1721~1737のいずれか一つに記載の方法。
1739.ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトデアミナーゼドメインであるか、又はそれを含む、実施形態1721~1738のいずれか一つに記載の方法。
1740.ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1であるか、又はそれを含む、実施形態1721~1739のいずれか一つに記載の方法。
1741.ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 p110であるか、又はそれを含む、実施形態1721~1740のいずれか一つに記載の方法。
1742.ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトADAR1 p150であるか、又はそれを含む、実施形態1721~1740のいずれか一つに記載の方法。
1743.細胞、若しくは動物に由来する細胞、又はその集団から観察されるオリゴヌクレオチド又は組成物の活性レベルは、操作前の細胞、若しくは操作前の動物に由来する細胞、又はその集団から観察されるものと比較して、比較可能なヒト細胞又はその集団で観察されるものと類似している、実施形態1721~1742のいずれか一つに記載の方法。
1744.比較可能なヒト細胞は、細胞又は動物に由来する細胞と同じ型のものである、実施形態1743に記載の方法。
1745.細胞、組織、又は動物は、状態、障害、又は疾患と関連する細胞、組織、又は器官であるか、又はそれを含む、実施形態1721~1744のいずれか一つに記載の方法。
1746.状態、障害、又は疾患と関連する細胞、組織、又は器官は、腫瘍であるか、又はそれを含む、実施形態1745に記載の方法。
1747.細胞、組織、又は動物は、状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列を含む、実施形態1721~1746のいずれか一つに記載の組成物。
1748.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、ホモ接合性である、実施形態1747に記載の方法。
1749.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、ヘテロ接合性である、実施形態1747に記載の方法。
1750.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、ヘミ接合性である、実施形態1747に記載の方法。
1751.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、ゲノム中の存在する、実施形態1747~1750のいずれか一つに記載の方法。
1752.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、いくつかの細胞中に存在するが全ての細胞中には存在しない、実施形態1747~1751のいずれか一つに記載の方法。
1753.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、生殖系列ゲノム中に存在する、実施形態1747~1752のいずれか一つに記載の方法。
1754.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、変異である、実施形態1747~1753のいずれか一つに記載の方法。
1755.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、GからAへの変異である、実施形態1747~1754のいずれか一つに記載の方法。
1756.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、SERPINA1中でのGからAへの変異である、実施形態1747~1755のいずれか一つに記載の方法。
1757.状態、障害、又は疾患と関連するヌクレオチド配列は、ヒトSERPINA1中での1024G>A(E342K)変異である、実施形態1747~1756のいずれか一つに記載の方法。
1758.細胞、組織、又は動物は、ヒトSERPINA1遺伝子中に1024G>A(E342K)変異を含む、実施形態1721~1756のいずれか一つに記載の方法。
1759.細胞、組織、又は動物は、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJを含む、実施形態1758に記載の方法。
1760.対象は、ヒトSERPINA1中に1024G>A(E342K)変異を含む、実施形態1721~1759のいずれか一つに記載の方法。
1761.対象は、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異に関してホモ接合性である、実施形態1760に記載の方法。
1762.対象は、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異に関してヘテロ接合性である、実施形態1760に記載の方法。
1763.対象は、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異に関してヘテロ接合性であり、且つ1つのアレルは、野生型である、実施形態1760に記載の方法。
1764.標的核酸における標的アデノシンを修飾する方法であって、標的核酸と、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含む方法。
1765.標的核酸における標的アデノシンを脱アミノ化する方法であって、標的核酸と、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含む方法。
1766.特定の核酸の産物を生成するか、又はそのレベルを回復させるか若しくは増大させる方法であって、標的核酸と、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含み、標的核酸は、標的アデノシンを含み、特定の核酸は、標的アデノシンの代わりにI又はGを有するという点で標的核酸と異なる、方法。
1767.標的核酸の産物のレベルを低減する方法であって、標的核酸と、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含み、標的核酸は、標的アデノシンを含む、方法。
1768.産物は、タンパク質である、実施形態1766又は1767に記載の方法。
1769.産物は、mRNAである、実施形態1766又は1767に記載の方法。
1770.オリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸のものと実質的に相補的である、実施形態1764~1769のいずれか一つに記載の方法。
1771.標的核酸が、試料中に存在する、実施形態1764~1770のいずれか一つに記載の方法。
1772.先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料とを接触させることを含む方法であって、
オリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸のものと実質的に相補的であり;及び
標的核酸は、標的アデノシンを含み;
標的アデノシンは、修飾される、
方法。
オリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸のものと実質的に相補的であり;及び
標的核酸は、標的アデノシンを含み;
標的アデノシンは、修飾される、
方法。
1773.
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて、多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法。
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて、多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法。
1774.標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法。
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法。
1775.
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法。
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法。
1776.標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法。
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む、
方法。
1777.
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物であり);
及び
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法。
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;
並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物であり);
及び
第1のオリゴヌクレオチド組成物は、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、
方法。
1778.標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、第1のオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物である)方法。
を含む方法であって、
標的アデノシンの第1のレベルの修飾は、標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
(式中、
第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;
及び
参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物である)方法。
1779.第1のオリゴヌクレオチド組成物は、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態1773~1778のいずれか一つに記載の方法。
1780.参照オリゴヌクレオチド組成物は、実施形態1624~1633のいずれか一つに記載の参照オリゴヌクレオチド組成物である、実施形態1773~1779のいずれか一つに記載の方法。
1781.デアミナーゼは、ADAR酵素である、実施形態1764~1780のいずれか一つに記載の方法。
1782.デアミナーゼは、ADAR1である、実施形態1764~1780のいずれか一つに記載の方法。
1783.デアミナーゼは、ADAR2である、実施形態1764~1780のいずれか一つに記載の方法。
1784.標的核酸は、RNAであるか、又はそれを含む、実施形態1764~1783のいずれか一つに記載の方法。
1785.試料は、細胞である、実施形態1764~1784のいずれか一つに記載の方法。
1786.標的核酸は、標的アデノシンの代わりに標的アデノシンの位置でI又はGを有するという点で標的核酸と異なる核酸と比較して、状態、障害、若しくは疾患とより関連するか、又は所望の特性若しくは機能の低減とより関連するか、又は望まれない特性若しくは機能の増大とより関連する、実施形態1764~1785のいずれか一つに記載の方法。
1787.標的アデノシンは、GからAへの変異である、実施形態1764~1785のいずれか一つに記載の方法。
1788.状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与するか又は送達することを含む方法。
1789.GからAへの変異に影響を受けやすい状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与する又は送達することを含む方法。
1790.GからAへの変異に影響を受けやすい状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法。
1791.対象の血清又は血液中のアルファ-1抗トリプシン(A1AT)ポリペプチドのレベル及び/又は活性を増加させる方法であって、対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法。
1792.A1ATポリペプチドは、参照A1ATポリペプチドと比較して1種又は複数種の高い活性を提供する、実施形態1791に記載の方法。
1793.A1ATポリペプチドは、野生型A1ATポリペプチドである、実施形態1791又は1792に記載の方法。
1794.方法により、血清中のA1ATポリペプチドの量が増加する、実施形態1791~1793のいずれか一つに記載の方法。
1795.方法により、血清中の参照A1ATポリペプチドの量が減少する、実施形態1791~1793のいずれか一つに記載の方法。
1796.方法により、血清又は血液中の参照A1ATポリペプチドに対するA1ATポリペプチドの比が増加する、実施形態1791~1795のいずれか一つに記載の方法。
1797.参照A1ATポリペプチドが変異する、実施形態1791~1796のいずれか一つに記載の方法。
1798.参照A1ATポリペプチドは、E342K A1ATポリペプチドである、実施形態1791~1797のいずれか一つに記載の方法。
1799.対象の血清又は血液中の変異体アルファ-1抗トリプシン(A1AT)ポリペプチドのレベル及び/又は活性を減少させる方法であって、対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法。
1800.変異体A1ATポリペプチドは、E342K A1ATポリペプチドである、実施形態1799に記載の方法。
1801.対象は、状態、障害、又は疾患になりやすいか、又はそれに罹患している、実施形態1791~1800のいずれか一つに記載の方法。
1802.GからAへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与するか又は送達することを含む方法。
1803.GからAへの変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか又は処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法。
1804.オリゴヌクレオチド組成物中の1つ又は複数オリゴヌクレオチドの塩基配列は、変異である標的アデノシンを含む標的核酸のものと実質的に相補的である、実施形態1788~1803のいずれか一つに記載の方法。
1805.状態、障害、又は疾患は、AからG又はAからIへの修飾に影響を受けやすい、実施形態1803又は1804に記載の方法。
1806.状態、障害、又は疾患と関連する細胞は、ADARタンパク質を含むか、又はそれを発現する、実施形態1788~1805のいずれか一つに記載の方法。
1807.状態、障害、又は疾患と関連する細胞は、ADAR1を含むか、又はそれを発現する、実施形態1788~1805のいずれか一つに記載の方法。
1808.状態、障害、又は疾患と関連する細胞は、ADAR2を含むか、又はそれを発現する、実施形態1788~1805のいずれか一つに記載の方法。
1809.対象は、ヒト対象である、実施形態1788~1808のいずれか一つに記載の方法。
1810.状態、障害、又は疾患は、アルファ-1抗トリプシン欠損症であるか、又はそれと関連する、実施形態1788~1809のいずれか一つに記載の方法。
1811.標的アデノシンをIに変換することを含む実施形態1764~1810のいずれか一つに記載の方法。
1812.2つ以上の異なるアデノシンが、標的化されて編集される、実施形態1764~1811のいずれか一つに記載の方法。
1813.2つ以上の異なる転写物が、標的化されて編集される、実施形態1764~1811のいずれか一つに記載の方法。
1814.2つ以上の異なるポリヌクレオチドに由来する転写物が、標的化されて編集される、実施形態1764~1811のいずれか一つに記載の方法。
1815.2つ以上の遺伝子に由来する転写物が、標的化されて編集される、実施形態1764~1811のいずれか一つに記載の方法。
1816.2つ以上のオリゴヌクレオチドを投与することであって、これらのそれぞれは、独立して、異なる標的を標的化し、且つこれらのそれぞれは、独立して、実施形態1~1521のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその塩である、投与することを含む実施形態1812~1815のいずれか一つに記載の方法。
1817.2つ以上のオリゴヌクレオチド組成物を投与することであって、これらのそれぞれは、独立して、少なくとも1つの異なる標的を標的化し、且つこれらのそれぞれは、独立して、実施形態1522~1636のいずれか一つに記載の組成物である、投与することを含む実施形態1812~1815のいずれか一つに記載の方法。
1818.実施形態1547~1636のいずれか一つに記載の組成物を投与することを含む実施形態1812~1817のいずれか一つに記載の方法。
1819.2つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物を同時に投与する、実施形態1812~1818のいずれか一つに記載の方法。
1820.2つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物を、単一の組成物で同時に投与する、実施形態1812~1819のいずれか一つに記載の方法。
1821.2つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物を、別々の組成物として投与する、実施形態1812~1819のいずれか一つに記載の方法。
1822.1つ又は複数のオリゴヌクレオチド又は組成物を、1つ又は複数の他のオリゴヌクレオチド又は組成物の前又は後に投与する、実施形態1812~1818のいずれか一つに記載の方法。
1823.対象は、ヒトSERPINA1中に1024G>A(E342K)変異を含む、実施形態1788~1822のいずれか一つに記載の方法。
1824.対象は、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異に関してホモ接合性である、実施形態1823に記載の方法。
1825.対象は、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異に関してヘテロ接合性である、実施形態1823に記載の方法。
1826.対象は、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異に関してヘテロ接合性であり、且つ1つのアレルは、野生型である、実施形態1823に記載の方法。
1827.状態、障害、又は疾患は、SERPINA1中でのGからAへの変異と関連する、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1828.状態、障害、又は疾患は、ヒトSERPINA1中での1024G>A(E342K)変異と関連する、実施形態1788~1827のいずれか一つに記載の方法。
1829.状態、障害、又は疾患は、アルファ-1抗トリプシン欠損症である、実施形態1788~1828のいずれか一つに記載の方法。
1830.対象は、ヘテロ接合性ZZ遺伝型を有する、実施形態1788~1829のいずれか一つに記載の方法。
1831.対象は、ホモ接合性ZZ遺伝型を有する、実施形態1788~1829のいずれか一つに記載の方法。
1832.方法により、肝臓で野生型のレベル又は活性が増加するか又は回復する、実施形態1788~1831のいずれか一つに記載の方法。
1833.方法により、Z-AAT凝集が減少する、実施形態1788~1832のいずれか一つに記載の方法。
1834.方法により、肝臓の損傷が減少するか又は予防される、実施形態1788~1833のいずれか一つに記載の方法。
1835.方法により、肝硬変が減少するか又は予防される、実施形態1788~1834のいずれか一つに記載の方法。
1836.方法により、血液中の野生型AATのレベルが増加する、実施形態1788~1835のいずれか一つに記載の方法。
1837.方法により、血液中の循環性の肺結合野生型AATのレベルが増加する、実施形態1788~1836のいずれか一つに記載の方法。
1838.方法により、肺の損傷が減少するか又は予防される、実施形態1788~1837のいずれか一つに記載の方法。
1839.方法により、プロテアーゼからの肺の損傷が減少するか又は予防される、実施形態1788~1838のいずれか一つに記載の方法。
1840.方法により、肺の炎症が減少するか又は予防される、実施形態1788~1839のいずれか一つに記載の方法。
1841.状態、障害、又は疾患は、劣性又は優生の遺伝的に定義された状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1842.状態、障害、又は疾患は、肝臓の状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1843.状態、障害、又は疾患は、代謝性の肝臓の状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1844.状態、障害、又は疾患は、神経細胞の状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1845.状態、障害、又は疾患は、神経発生的な状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1846.状態、障害、又は疾患は、イオンチャネルの透過性と関連する状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1847.状態、障害、又は疾患は、家族性てんかんである、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1848.状態、障害、又は疾患は、神経障害性疼痛である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1849.状態、障害、又は疾患は、ハプロ不全の状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1850.状態、障害、又は疾患は、神経筋の状態、障害、又は疾患である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1851.状態、障害、又は疾患は、認知症である、実施形態1788~1826のいずれか一つに記載の方法。
1852.対象に投与されるオリゴヌクレオチドは、標的化部分を含む、実施形態1788~1851のいずれか一つに記載の方法。
1853.対象に投与されるオリゴヌクレオチドは、肝臓を標的化する標的化部分を含む、実施形態1788~1851のいずれか一つに記載の方法。
1854.対象に投与されるオリゴヌクレオチドは、肝臓中で発現される1種又は複数種の受容体を標的化する1種又は複数種のリガンドを含む、実施形態1788~1851のいずれか一つに記載の方法。
1855.対象に投与されるオリゴヌクレオチドは、アシアロ糖タンパク質受容体を標的化する1種又は複数種のリガンドを含む、実施形態1788~1851のいずれか一つに記載の方法。
1856.対象に投与されるオリゴヌクレオチドは、GalNAcがコンジュゲートしたオリゴヌクレオチドである、実施形態1788~1851のいずれか一つに記載の方法。
1857.対象に投与されるオリゴヌクレオチドは、肝臓中で発現される1種又は複数種の受容体を標的化する1種又は複数種のリガンドを含む、実施形態1788~1851のいずれか一つに記載の方法。
1858.mRNAスプライシングを変更するための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用であって、mRNAの標的アデノシンが編集される、使用。
1859.エクソンがスキップされるか、又はエクソンが含まれるか、又はフレームが復元される、実施形態1860に記載の使用。
1860.mRNAスプライシングを変更するための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用であって、mRNAの標的アデノシンが編集される、使用。
1861.RNA及び/又はこのRNAによりコードされるポリペプチドのレベルが減少する、実施形態1860に記載の使用。
1862.タンパク質発現をサイレンシングするための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用であって、タンパク質をコードするmRNAの標的アデノシンが編集される、使用。
1863.タンパク質の発現、レベル、及び/又は活性が増加するか又は回復する、実施形態1862に記載の使用。
1864.ナンセンス変異を固定するための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用であって、ナンセンス変異が修復されるようにRNAの標的アデノシンが編集される、使用。
1865.タンパク質の発現、レベル、及び/又は活性が増加するか又は回復する、実施形態1864に記載の使用。
1866.ミスセンス変異を固定するための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用であって、ミスセンス変異が修復されるようにRNAの標的アデノシンが編集される、使用。
1867.タンパク質の発現、レベル、及び/又は活性が増加するか又は回復する、実施形態1866に記載の使用。
1868.コドン中の標的アデノシンを編集するための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用。
1869.タンパク質の配列、発現、レベル、及び/又は活性が変更される、実施形態1868に記載の使用。
1870.上流ORF中の標的アデノシンを編集するための先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の使用。
1871.タンパク質の発現、レベル、及び/又は活性が増加する、実施形態1870に記載の使用。
1872.タンパク質がそのコードRNAから翻訳される系におけるタンパク質-タンパク質相互作用を調節する方法であって、コードRNAと、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含み、コードRNA中のアデノシンが編集され、タンパク質は、コード化mRNAから翻訳され(「編集されたタンパク質」)、編集されたタンパク質は、タンパク質-タンパク質相互作用に関与するアミノ酸残基で未編集のタンパク質と異なる、方法。
1873.系においてタンパク質と、そのパートナータンパク質との間の相互作用を調節する方法であって、系に、先行する実施形態のいずれか一つを投与することを含み、オリゴヌクレオチド又は組成物は、タンパク質又はそのパートナータンパク質をコードする核酸中のアデノシンを編集し得、編集された核酸は、タンパク質とそのパートナータンパク質との間の相互作用に関与する少なくとも1つのアミノ酸残基で、未編集核酸によりコードされるタンパク質と異なるタンパク質をコードする、方法。
1874.編集されたアデノシンは、タンパク質とそのパートナータンパク質との間の相互作用に関与するアミノ酸残基をコードするコドン中に存在する、実施形態1872又は1873に記載の方法。
1875.編集されたアデノシンは、タンパク質とそのパートナーとの間の相互作用に関与するアミノ酸残基をコードするコドン中に存在し、編集により、アミノ酸が異なるアミノ酸に変更される、実施形態1874に記載の方法。
1876.タンパク質-タンパク質相互作用が減少するか又は破壊される、実施形態1872~1875のいずれか一つに記載の方法。
1877.タンパク質は、転写因子である、実施形態1872~1876のいずれか一つに記載の方法。
1878.タンパク質のレベルが増加する、実施形態1872~1877のいずれか一つに記載の方法。
1879.タンパク質により制御される1種又は複数種の核酸の発現が調節される、実施形態1872~1878のいずれか一つに記載の方法。
1880.タンパク質により制御される1種又は複数種の核酸の発現が増加する、実施形態1872~1879のいずれか一つに記載の方法。
1881.タンパク質は、NRF2である、実施形態1872~1880のいずれか一つに記載の方法。
1882.NRF2の編集は、Glu82(例えば、Glyへ)、Glu79(例えば、Glyへ)、Glu78(例えば、Glyへ)、Asp76(例えば、Glyへ)、Ile28(Valへ)、Asp27(例えば、Glyへ)、又はGln26(例えば、Argへ)をコードするコドンを編集することであるか、又はそれを含む、実施形態1872~1881のいずれか一つに記載の方法。
1883.パートナータンパク質は、Keap1である、実施形態1872~1882のいずれか一つに記載の方法。
1884.Keap1の編集は、Ser603(例えば、Glyへ)、Tyr572(例えば、Cysへ)、Tyr525(例えば、Cysへ)、Ser508(例えば、Glyへ)、His436(例えば、Argへ)、Asn382(例えば、Aspへ)、Arg380(例えば、Glyへ)、又はTyr334をコードするコドンを編集することであるか、又はそれを含む、実施形態1872~1883のいずれか一つに記載の方法。
1885.系は、細胞であるか、又はそれを含む、実施形態1872~1883のいずれか一つに記載の方法。
1886.系は、組織であるか、又はそれを含む、実施形態1872~1883のいずれか一つに記載の方法。
1887.系は、器官であるか、又はそれを含む、実施形態1872~1883のいずれか一つに記載の方法。
1888.系は、生物であるか、又はそれを含む、実施形態1872~1883のいずれか一つに記載の方法。
1889.免疫細胞中で転写物を編集する方法であって、免疫細胞に、先行する実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与することを含む方法。
1890.免疫細胞は、PBMCである、実施形態1889に記載の方法。
1891.免疫細胞は、CD4+細胞である、実施形態1889に記載の方法。
1892.免疫細胞は、CD8+細胞である、実施形態1889に記載の方法。
1893.免疫細胞は、CD14+細胞である、実施形態1889に記載の方法。
1894.免疫細胞は、CD19+細胞である、実施形態1889に記載の方法。
1895.免疫細胞は、NK細胞である、実施形態1889に記載の方法。
1896.免疫細胞は、Treg細胞である、実施形態1889に記載の方法。
1897.細胞が活性化される、実施形態1889~1896のいずれか一つに記載の方法。
1898.細胞が活性化されない、実施形態1889~1896のいずれか一つに記載の方法。
1899.オリゴヌクレオチド又は組成物は、FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC、又はTRBCを標的化して編有する、実施形態1889~1898のいずれか一つに記載の方法。
1900.オリゴヌクレオチドの編集レベルを改善する方法であって、先行する実施形態のいずれか一つで列挙された構成要素を組み込むことを含む方法。
1901.本開示で説明されている化合物、オリゴヌクレオチド、組成物、核酸塩基、糖、ヌクレオシド、ヌクレオチド間結合、又は方法。
1902.本明細書で説明されている通りの核酸塩基を含むオリゴヌクレオチド。
1903.本明細書で説明されている通りの糖を含むオリゴヌクレオチド。
1904.本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチド。
1905.オリゴヌクレオチドであって、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結と、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合に結合した糖(例えば、sm01n001)とを含むオリゴヌクレオチド。
例証
提供される技術(化合物(オリゴヌクレオチド、試薬等)、組成物、方法(調製、使用、評価の方法等)等)のある特定の例を、本明細書で提示した。多くの技術(例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、同第2021/071858等で説明されているもの)を、本開示に従って提供される技術の特性及び/又は活性を整えるために及び/又は評価するために利用し得ることを、当業者は理解する。
提供される技術(化合物(オリゴヌクレオチド、試薬等)、組成物、方法(調製、使用、評価の方法等)等)のある特定の例を、本明細書で提示した。多くの技術(例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、同第2021/071858等で説明されているもの)を、本開示に従って提供される技術の特性及び/又は活性を整えるために及び/又は評価するために利用し得ることを、当業者は理解する。
実施例1.アデノシン編集を評価するための有用な技術
オリゴヌクレオチド設計を、様々な系を使用して評価し得る。いくつかの実施形態では、cLucオリゴヌクレオチドを調製し、HEK293T細胞で評価した。いくつかの実施形態では、cLuc(ウミホタル(Cypridina))を標的化するオリゴヌクレオチドを、ヒトADAR1又はヒトADAR2のいずれかに関するプラスミド及びcLucルシフェラーゼレポータープラスミドでトランスフェクトされた293T細胞で評価した。cLucレポータープラスミドは、ルシフェラーゼに関して(ガウシア(Gaussia))gLuc-p2A-cLuc(W85X)からなった。cLucレポーターを、ADARに媒介されるA>I編集によって活性化した。オリゴヌクレオチドの編集活性を、式:
倍率変化=処理されたオリゴヌクレオチド(cLuc/gLuc)/モック(cLuc/gLuc)を使用して算出した。
オリゴヌクレオチド設計を、様々な系を使用して評価し得る。いくつかの実施形態では、cLucオリゴヌクレオチドを調製し、HEK293T細胞で評価した。いくつかの実施形態では、cLuc(ウミホタル(Cypridina))を標的化するオリゴヌクレオチドを、ヒトADAR1又はヒトADAR2のいずれかに関するプラスミド及びcLucルシフェラーゼレポータープラスミドでトランスフェクトされた293T細胞で評価した。cLucレポータープラスミドは、ルシフェラーゼに関して(ガウシア(Gaussia))gLuc-p2A-cLuc(W85X)からなった。cLucレポーターを、ADARに媒介されるA>I編集によって活性化した。オリゴヌクレオチドの編集活性を、式:
倍率変化=処理されたオリゴヌクレオチド(cLuc/gLuc)/モック(cLuc/gLuc)を使用して算出した。
いくつかの実施形態では、レポータープラスミド及びADAR1又はADAR2プラスミドを、Liptofectamine 2000トランスフェクションプロトコル(Thermo 11668030)を使用して、HEK293T細胞に合わせてトランスフェクトした。好適な期間(例えば、24時間)後、レポーター及びADARプラスミドを発現するHEK293T細胞を、各実験のために適切な量のオリゴヌクレオチドでリバーストランスフェクトした。cLuc及びgLuc活性を、それぞれ、Pierce(商標)ガウシア(Gaussia)ルシフェラーゼGlowアッセイキット(Pierce(商標)16161)又はPierce(商標)ウミホタル(Cypridina)ルシフェラーゼGlowアッセイキット(Pierce(商標)16170)を使用して、48、72、及び/又は96時間後に測定した。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物を評価して、様々な細胞(例えば、マウス又はヒトの初代肝細胞、初代ヒト網膜色素上皮細胞、細胞株等)中で編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物を評価して、対象中で編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物を評価して、動物(例えば、マウス、非ヒト霊長類(例えば、カニクイザル)等)中で編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニックマウス(例えば、ヒトADAR1を発現するマウス)である。いくつかの実施形態では、動物は、状態、障害、又は疾患と関連する標的アデノシン(例えば、多くの場合では、GからAへの変異)を含むモデル動物である。いくつかの実施形態では、提供される技術により、外来性ADARポリペプチドの有無に関わらず、効率的な編集が提要され得る。いくつかの実施形態では、提供される技術により、外来性ADAR1又はADAR2を使用することなく、効率的な編集が提要され得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物を、トランスフェクション(例えば、Lipofectamine RNAimax等のトランスフェクション組成物を使用するトランスフェクション)により送達する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物を、裸のフリーアップデートにより送達する。特に、本開示は、編集(例えば、AからI(G)への編集)のための薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド、及びその組成物)を評価するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で説明されている通りのADARポリペプチド(例えば、ADAR1ポリペプチド)と相互作用し、及び/又はその1つ又は複数の機能を調節するか若しくは利用する薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド)及びその組成物を評価するのに有用な技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作された非ヒト動物細胞及び/又は非ヒト動物を提供する。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、霊長類のADAR1又はその特徴的な部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、霊長類のADAR1であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、霊長類のADAR1である。いくつかの実施形態では、霊長類は、非ヒト霊長類である。いくつかの実施形態では、霊長類は、ヒトである。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトp110 ADAR1又はその特徴的な部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトp110 ADAR1であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトp110 ADAR1である。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトp150 ADAR1又はその特徴的な部分であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトp150 ADAR1であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトp150 ADAR1である。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、これは、ラットである。いくつかの実施形態では、これは、マウスである。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトADAR1を発現するように操作されたマウスを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトADAR1を発現するように操作されたマウス細胞を提供する。
特に、本実施例は、提供される技術が、編集(例えば、実施例で説明されているアデノシン編集)に有用な薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド、及びその組成物)を評価するのに特に有用であることを実証する。特に、本開示は、様々なヒト細胞において編集を提供し得る様々な薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド)及びその組成物が、ヒトADAR(例えば、ヒトADAR1)を含有しないか又は発現しないある特定の細胞(例えば、マウス細胞)及び齧歯類(例えば、マウス)等のある特定の動物において編集を全く示さないか又ははるかに低いレベルの編集を示し得ることを提供し、本実施例はそれを確証し;特に、一般的に使用される動物モデルであるマウスは、ヒトにおいて活性な薬剤が、活性を示さないか又は非常に低いレベルの活性を示し得ることから、ヒトにおいて編集するための様々な薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド)を評価するための限定的な使用のものであり得る。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトADAR1(例えば、ヒトADAR1 p110、p150等)を発現するように操作された細胞及び非ヒト動物(例えば、マウス等の齧歯類)、並びにオリゴヌクレオチド及びその組成物等の編集薬剤を評価するためのそれらの使用を提供する。特に、そのような操作された細胞及び/又は動物は、そのように操作されていない細胞及び/又は動物と比べてヒト細胞における活性により相関し及び/又はより予測的である活性を実証し得る。
ヒトADAR1を発現する非ヒトマウスの生成:様々な技術を、本開示に従って利用して、ヒトADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分を発現するように操作されたマウスを提供し得る。ある特定の有用な技術が、本開示及び優先出願(この全体は、参照により独立して組み込まれる)で説明されている。
いくつかの実施形態では、ヒトADAR1を発現するように操作されたマウス細胞及び動物において、様々なオリゴヌクレオチドが、ヒトADAR1を発現するように操作されていない参照マウス細胞及び動物と比較して、ヒト細胞におけるそれらの活性プロファイルにはるかに類似した活性プロファイルを示し、例えば、多くのオリゴヌクレオチドが、ヒトADAR1を発現するヒト細胞及び/又はヒトADAR1を発現するように操作されたマウス細胞及び動物と比較して、ヒトADAR1を発現するように操作されていない参照マウス細胞及び動物において活性を示さなかったか、又ははるかに低いレベルの活性を示した。
動物を含むトランスジュエニック系を生成するための様々な有用な技術(例えば、優先出願及び国際公開第2021/071858号(これらのそれぞれの全体が、参照により本明細書に組み込まれる)で説明されているもの)が、当業者に利用可能であり、且つ本開示に従って利用され得る。
本明細書で説明されている通り、ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分を含むように操作されたか又は配列がADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作された動物を、様々な動物(例えば、様々な状態、障害、若しくは疾患のモデル動物)と交配させて、特に、様々な状態、障害、又は疾患と関連する特徴的な要素と、ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又は配列がADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドとの両方を含む動物モデルを提供し得る。いくつかの実施形態では、動物は、SERPINA1-Pi*Zを含むモデル動物である。いくつかの実施形態では、動物は、ヒトSERPINA1の1024G>A(E342K)と、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドとを含む。特に、そのような動物は、ヒトSERPINA1の1024G>A(E342K)変異の編集に関する様々な薬剤(例えば、オリゴヌクレオチド)の評価に有用である。特に、提供される技術(例えば、ADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分を含むか又は発現するように操作された非ヒト動物)は、アデノシン編集に関する薬剤の評価に特に有用である。
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通りのhuADARを、目的のヌクレオチド配列(例えば、状態、障害、又は疾患と関連する変異)を含む別のマウスと交配させる。ある特定の実施形態では、そのような交配を、本開示に従って、当技術分野で既知の体外受精を使用して実施する。ある特定の実施形態では、そのようなマウスは、ヒトセルピンファミリAメンバー1(SERPINA1)ポリヌクレオチド配列又はその特徴的な部分を含む。ある特定の実施形態では、そのようなマウスは、SERPINA1-Pi*Zマウスであり、1024G>A(E342K)変異に対応するGからAへの変異を含むヒトSERPINA1遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、結果として得られた子孫は、ヒトSERPINA1-Pi*Zポリヌクレオチド配列又はその特徴的な部分(例えば、変異(例えば、状態、障害、又は疾患と関連する1024G>A)を含む部分)と、huADAR1ポリヌクレオチド配列又はその断片との両方を含む。いくつかの実施形態では、二重トランスジェニック動物(例えば、ヒトADAR1配列又はその特徴的な部分と、状態、障害、又は疾患と関連する配列とを含む)はまた、この動物をヒト化させる(即ち、免疫不全表現型を有する)ヘテロ接合体、ヘミ接合体、及び/又はホモ接合体中に追加のバックグラウンド変異又はアレルも含み得、そのような遺伝子型として、NOD.Cg-PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJ又はNOD/ShiLtJが挙げられるがこれらに限定されず、代替の好適なヒト化マウス株が、当技術分野で既知である。いくつかの実施形態では、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むマウスを、SERPINA1変異(例えば、状態、障害、又は疾患(例えば、アルファ1-抗トリプシン(A1AT)欠損症)と関連する1024G>A)を含むマウスと交配させる。いくつかの実施形態では、交配させる別のマウスは、The Jackson Laboratory Stock No:028842;NSG-PiZである(Borel F;Tang Q;Gernoux G;Greer C;Wang Z;Barzel A;Kay MA;Shultz LD;Greiner DL;Flotte TR;Brehm MA;Mueller C.2017.Survival Advantage of Both Human Hepatocyte Xenografts and Genome-Edited Hepatocytes for Treatment of alpha-1 Antitrypsin Deficiency.Mol Ther 25(11):2477-2489PubMed:29032169MGI:J:243726、及びLi S;Ling C;Zhong L;Li M;Su Q;He R;Tang Q;Greiner DL;Shultz LD;Brehm MA;Flotte TR;Mueller C;Srivastava A;Gao G.2015.Efficient and Targeted Transduction of Nonhuman Primate Liver With Systemically Delivered Optimized AAV3B Vectors.Mol Ther 23(12):1867-76PubMed:26403887MGI:J:230567も参照されたい)。本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、huADARマウスは、配列がヒトADAR1 p110ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、huADARマウスは、配列がヒトADAR1 p150ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通りのhuADARマウスを、目的のヌクレオチド配列を含む別のマウスと交配させる。いくつかの実施形態では、配列がADAR1ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むマウスと、SERPINA1変異(例えば、状態、障害、又は疾患(例えば、アルファ1-抗トリプシン(A1AT)欠損症)と関連する1024G>A)を含むマウスとを交配させた。いくつかの実施形態では、そのような交配を、本開示に従って、当技術分野で既知の外受精を使用して実施した。いくつかの実施形態では、そのようなマウスは、ヒトセルピンファミリAメンバー1(SERPINA1)ポリヌクレオチド配列又はその特徴的な部分を含んだ。いくつかの実施形態では、そのようなマウスはSERPINA1-Pi*Zマウスであり、例えば1024G>A(E342K)変異又はこれに対応する遺伝的特徴に対応するGからAへの変異を含むヒトSERPINA1遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、結果として得られた子孫は、ヒトSERPINA1-Pi*Zポリヌクレオチド配列と、huADAR1ポリヌクレオチド配列との両方を含んだ。いくつかの実施形態では、二重トランスジェニック動物はまた、この動物をヒト化させる(例えば、免疫不全表現型を有する)ヘテロ接合体、ヘミ接合体、及び/又はホモ接合体(野生型又は変異型)中に追加のバックグラウンド変異又はアレルも含んだ。いくつかの実施形態では、そのような遺伝子型として、NOD.Cg-PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJが挙げられた。
当業者によって理解される通り、様々な技術を、本開示に従う交配育種に利用し得る。いくつかの実施形態では、技術は、IVF(例えば、ヘテロ接合性若しくはホモ接合性のhuADARマウスの精子及び別のマウス由来の卵母細胞又はその逆を使用する)であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、技術は、自然交配(例えば、ヘテロ接合性若しくはホモ接合性のhuADARマウスの精子及び別のマウス由来の卵母細胞又はその逆を使用する)であるか、又はそれを含む。
例えば、いくつかの実施形態では、huADAR雄マウス由来のヘテロ接合性精子と、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJ(NSG-PiZ,Stock #028842)雌マウス由来の卵母細胞とを、例えばIVFで利用して、Prkdcscidヘテロ接合性/Il2rgtm1Wjlヘテロ接合性/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcwヘテロ接合性/hADARヘテロ接合性雌マウスと、Prkdcscidヘテロ接合性/Il2rgtm1Wjlヘミ接合性/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcwヘテロ接合性/hADARヘテロ接合性雄マウスとを生成する。いくつかの実施形態では、huADAR雄マウス由来のホモ接合性精子と、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJ(NSG-PiZ,Stock #028842)雌マウス由来の卵母細胞とを、例えばIVFで利用して、Prkdcscidヘテロ接合性/Il2rgtm1Wjlヘテロ接合性/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcwヘテロ接合性/hADARヘテロ接合性雌マウスと、Prkdcscidヘテロ接合性/Il2rgtm1Wjlヘミ接合性/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcwヘテロ接合性/hADARヘテロ接合性雄マウスとを生成する。いくつかの実施形態では、株「hADAR」雄マウス由来のホモ接合性精子と、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJ(NSG-PiZ,Stock #028842)雌マウス由来の卵母細胞とを利用し、得られたマウスを、例えば、NOD/ShiLtJ(The Jackson Laboratory Stock #001976)マウスと交配させて、一連のコロニーを確立する。いくつかの実施形態では、生成されたマウスは、Prkdcscid/Il2rgtm1Wjl/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/hADAR遺伝子順を仮定して)HET HET HET HET、HET WILD HET HET、WILD HET HET HET、WILD WILD HET HET、HET HEMI HET HET、HET HEMI HET WILD、HET HET HET WILD、及び/又はWILD HEMI HET HETである。当業者は、雄又は雌の配偶子を、いずれかの株から提供され得ることを理解し、例えば、いくつかの実施形態では、卵母細胞は、huADAR株から提供され得、精子は、他の遺伝子型(例えば、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJ(NSG-PiZ,Stock #028842))から提供され得ることを理解する。いくつかの実施形態では、huADR(又はhuADAR)マウスは、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように及び/又は発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、動物は、そのゲノム中に、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、動物は、その生殖系列ゲノム中に、配列がADAR1ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1は、ヒトADAR1である。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1は、ヒトADAR1 p110である。いくつかの実施形態では、ヒトADAR1は、ヒトADAR1 p150である。例として、ヒトADAR1 p110と、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異とを含む多くの動物を、本明細書で説明されている1つ又は複数のプロトコル(例えば、ヘテロ接合性hADAR1精子及びIVFを使用する)を使用して生成した。当業者に理解されるように、いくつかの実施形態では、生成された動物をさらに育種して、所望の遺伝子型の動物(例えば、ヘテロ接合性、ヘミ接合性、又はホモ接合性のマウス)を作製し得る。いくつかの実施形態では、IVFを使用して、huADAR雄マウス由来のヘテロ接合性卵子と、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJ(NSG-PiZ,Stock #028842)雌マウス由来の卵母細胞とを交配して、Prkdcscidヘテロ接合性/Il2rgtm1Wjlヘテロ接合性/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcwヘテロ接合性/hADARヘテロ接合性雌マウスと、Prkdcscidヘテロ接合性/Il2rgtm1Wjlヘミ接合性/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcwヘテロ接合性/hADARヘテロ接合性雄マウスとを生成した。加えて、遺伝子型(Prkdcscid/Il2rgtm1Wjl/Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/hADAR遺伝子順を仮定して)HET HET HET HET、HET WILD HET HET、WILD HET HET HET、WILD WILD HET HET、HET HEMI HET HET、HET HEMI HET WILD、HET HET HET WILD、及び/又はWILD HEMI HET HETを有する子を作製した。ヒトADAR1 p110と、ヒトSERPINA1中の1024G>A(E342K)変異とを含む多くの動物を、本明細書で説明されている1つ又は複数のプロトコル(例えば、ヘテロ接合性hADAR1精子及びIVFを使用する)を使用して生成した。
いくつかの実施形態では、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド及びその組成物)を、そのような動物モデルで評価する。いくつかの実施形態では、観察された量(例えば、血清中のng/mL)及び/又は相対(例えば、全タンパク質若しくは全A1ATタンパク質の%としての)で、所望の生成物(例えば、血清中の適切に折り畳まれた野生型A1ATタンパク質)のレベル、特性、及び/又は活性が増加し、及び/又は望ましくない生成物(例えば、血清中の変異体(例えば、E342K)A1ATタンパク質)のレベル、特性、及び/又は活性が減少する。
提供される技術により、様々な型の細胞、組織、器官、生物等(例えば、肝臓、腎臓、CNS、神経細胞、星細胞、肝細胞等)中において、活性(例えば、アデノシン編集)がもたらされ得る。いくつかの実施形態では、編集を、免疫細胞(例えば、CD8+T細胞)(いくつかの場合では、例えば24又は96時間にわたりサイトカインで予め刺激されている)中で確認した。いくつかの実施形態では、編集を、線維芽細胞株中で確認した。いくつかの実施形態では、編集を、エクスビボでNHP目(網膜)中にて確認した。様々な標的転写物中の標的アデノシンの編集を観察し、提供される技術が一般に適用可能であることを確認した。ある特定の標的転写物が、本明細書で説明されており、且つ例えば優先出願及び国際公開第2021/071858で説明されている。
オリゴヌクレオチド及び組成物を、本開示に従う多くの技術を利用して送達し得る。例えば、いくつかの実施形態では、これらを、トランスフェクションにより送達した。いくつかの実施形態では、これらを、裸の取込みにより送達した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、送達を促進し得る部分を含む。例えば、いくつかの実施形態では、部分は、多くの場合は細胞表面上のポリペプチド(例えば、受容体)のリガンドである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、細胞、組織等の種類又は集団によって比較的高レベルで発現され、そのため送達に利用され得る。いくつかの実施形態では、リガンドは、ASGPRリガンドである。いくつかの実施形態では、リガンドは、GalNAc又はその誘導体であるか、又はそれを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2つ以上のリガンド部分を含み得、これらのそれぞれは、独立して、ポリペプチドのリガンドである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リガンド部分の2つ以上のコピーを含む。いくつかの実施形態では、部分は、場所又は環境の1つ又は複数の特徴(例えば、pH、酸化還元等)を標的とする。
いくつかの実施形態では、提供される技術により、安定性の増加、高レベルの編集等が提供され得る。いくつかの実施形態では、提供される技術により、最後の用量後の長期間(例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45日、又はより多くの日数)にわたり、所望の編集活性が提供され得る。いくつかの実施形態では、所望の編集活性/編集のレベルは、最後の用量後の長期間(例えば、約又は少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45日、又はより多くの日数)にわたり維持され得る。
いくつかの実施形態では、提供される技術により、高レベルの選択性が提供され得る。いくつかの実施形態では、観察されるアデノシン編集の約又は少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、又は99.9%は、標的アデノシンで起こる。いくつかの実施形態では、観察されるコード領域中でのアデノシン編集の約又は少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、標的アデノシンで起こる。いくつかの実施形態では、観察される標的核酸(例えば、標的遺伝子の転写物)中でのアデノシン編集の約又は少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、標的アデノシンで起こる。いくつかの実施形態では、観察される標的核酸(例えば、標的遺伝子の転写物)のコード領域中でのアデノシン編集の約又は少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%は、標的アデノシンで起こる。選択性を評価するために、様々な技術(例えば、RNA-Seq)が当業者に利用可能であり、ある特定のそのような技術は、本明細書で説明されているか、又は優先出願若しくは国際公開第2021/071858号(これらのそれぞれの全体は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる)で説明されている。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている選択性のパーセンテージは、少なくとも約80%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約85%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約90%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約95%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約96%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約97%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約98%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約99%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約99.5%である。いくつかの実施形態では、これは、少なくとも約99.9%である。いくつかの実施形態では、これは、約100%である。いくつかの実施形態では、オフターゲット編集は観察されない。いくつかの実施形態では、提供される技術により、インビボでの高い選択性が提供される。
いくつかの実施形態では、本開示は、多重編集を提供する。いくつかの実施形態では、複数の標的アデノシンが一緒に編集され、これらの1つ、又は複数、又はそれぞれは、独立して、個別に編集された場合と比較して同等のレベルで編集される。
提供される技術が提供し得る様々な利益及び利点を示す例として、様々な結果が、例えば本明細書の図面及び表中に示されている。
本明細書で実証される通り、本開示は、特に、効率的な編集を提供し得る様々な修飾(例えば、核酸塩基修飾、糖修飾、結合修飾等、並びにこれらの組み合わせ及びパターン)を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、編集部位及び/又はその近傍でのある特定の糖(例えば、天然のDNA糖、2’-F修飾された糖等)の利用により、編集活性が提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-N1N0N-1-3’を含み、N1、N0、及びN-1のそれぞれは、独立して、ヌクレオシドであり、N1及びN0は、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合に結合し、N-1及びN0は、本明細書で説明されている通りのヌクレオチド間結合に結合し、N0は、標的アデノシンの反対側である。いくつかの実施形態では、N1、N0、及びN-1のそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、N1の糖は、2’修飾された糖(例えば、2’-F修飾された糖)であり、N0及びN-1のそれぞれの糖は、独立して、天然のDNA糖である。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは-Hではない)は、第2のサブドメイン又は編集領域の外側(例えば、第1のドメイン、第1のサブドメイン、及び/又は第3のサブドメイン中)で利用される。そのような修飾された糖は、これらのドメイン/サブドメイン中の様々な位置で利用され得、十分な耐容性を示し、且つ様々な場合で、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性を改善し得る。
本明細書で実証される通り、提供される技術は、様々な先に報告された技術と比較して有意に短いオリゴヌクレオチドを使用して、効率的な編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、様々な長さ(例えば、27、28、29、20、31、32個、又はより多くのヌクレオシド)のオリゴヌクレオチドが、編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸のものと十分に相補性のものであり、そのため、オリゴヌクレオチドは、適切な条件(例えば、インビボ又はインビトロでの編集条件)下で二重鎖を形成し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非標的核酸と比べて標的核酸と二重鎖を選択的に形成する。標的アデノシン編集を含む様々な用途には、標的核酸に対するある程度のレベルの相補性が好ましいか又は必要とされるが、完全な相補性は、一般には必要とされない。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている通りの1つ又は複数のミスマッチ、バルジ等が存在している。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの核酸塩基N0は、標的アデノシンに対して相補的ではない。いくつかの実施形態では、特にN0の付近か又はそれに隣接している場合には、Gの代わりに、ヒポキサンチンが利用される。いくつかの実施形態では、第1のドメイン、第1のサブドメイン、及び/又は第3のサブドメインは、1つ又は複数(例えば、1、2、3、4個、又はより多く)のミスマッチを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラルに制御されたオリゴヌクレオチド組成物で提供される。いくつかの実施形態では、本明細書で例示される通り、キラルに制御されたオリゴヌクレオチド組成物により、様々な所望の特性及び/又は活性が提供される。いくつかの実施形態では、キラルに制御されたオリゴヌクレオチド組成物により、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物(例えば、同じ構成のオリゴヌクレオチオのものであるが、キラル結合リンでキラル制御されない)と比較して改善された特性及び/又は活性が提供される。
特に、本出願人は、様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物により標的編集が提供され得、且つ標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを、オリゴヌクレオチドの様々な位置(例えば、いくつの場合では、3’-末端から5、6、7、8、9個、又はより多くの位置)に配置し得ることを確認している。同様に確認されているのは、GalNAc(例えば、Mod001又はL025中)の異なるバージョンが,送達及び/又は活性を提供するために利用され得るということである。当業者によって理解され、本明細書に記載され且つ確証される通り、編集の後、編集された核酸塩基は、Gの様々な機能を発揮し得る(及びいくつかの例では、編集は、AからGと称され得る)。様々な実施形態では、天然のRNA糖は、提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、及びいくつかの場合では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドにおいて、利用され得る。いくつかの実施形態では、RNA又はDNAヌクレオシドは、3’側のすぐ隣の位置(N-1)で利用され、この核酸塩基としてヒポキサンチンを有する。いくつかの実施形態では、3’側のすぐ隣のI又はdIヌクレオシドは、Spの負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001のようなホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を介して、その3’側のすぐ隣のヌクレオシドに結合している。特に、様々な数の負に荷電していないヌクレオチド間結合が、本開示に従って様々な部分で利用され得ることを確認した。いくつかの実施形態では、編集領域又は第2のサブドメインに加えて、相補的ではない塩基対(例えば、ゆらぎ及び/又はミスマッチ)が利用される。いくつかの実施形態では、相補的ではない塩基対(例えば、ゆらぎ及び/又はミスマッチ)の除去により編集効率を改善し得ることを確認した。いくつかの実施形態では、ある特定の核酸塩基が、改善された特性及び/又は活性を提供することを観察した。特に、いくつかの実施形態では、様々な修飾された核酸塩基(又は脱塩基ヌクレオシド)を含むオリゴヌクレオチドは、N0で編集を提供し得ることを確認した。いくつかの実施形態では、b001A、b002A、b008U等のある特定の塩基修飾を含むオリゴヌクレオチドは、参照組成物と比較した場合に編集活性を増大させることを観察した。いくつかの実施形態では、b001A、b002A、b008U等のある特定の塩基修飾を含むオリゴヌクレオチドは、N0で、参照組成物と比較した場合に編集活性を増大させることを観察した。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基を構成するヌクレオシドの間で脱塩基部分を含む。核酸塩基を構成するヌクレオシドの代わりに1つ又は複数の脱塩基単位を含む様々なオリゴヌクレオチドを評価し、編集活性と提供し得ることを確認した。いくつかの実施形態では、ある特定の位置の脱塩基単位は、他の位置と比べて高い活性を提供することを観察した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ある特定の状況において、ADAR1-p110、ADAR1-p150、及びADAR2により異なる絶対的な及び/又は相対的な編集レベルを提供し得ることを観察した。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸中の同じ長さの配列と完全に相補的である。
提供される技術により、ADAR1及び/又はADAR2の存在下で、頑強な編集が提供され得る。提供される技術により、ADAR1-p110及び/又はADAR1-p150の存在下で、頑強な編集が提供され得る。
本開示の技術の様々な特性、活性、利点等の確認するデータは、優先出願でのものを含む様々な例及び図面で例として提供され、これらのそれぞれの全体は、独立して、参照により本明細書に組み込まれる 本開示に従って利用され得るある特定の有用な技術(例えば、構造要素、アッセイ、標的等)は、国際公開2021/071858号で説明されており、この全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例2.オリゴヌクレオチド及び組成物を調製するための技術
提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物(例えば、オリゴヌクレオチド組成物、医薬組成物等)等)を調製するための様々技術(例えば、ホスホラミダイト、核酸塩基、ヌクレオシド等)を、本開示に従って利用し得、例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている方法及び試薬が挙げられ、これらのそれぞれの方法及び試薬は、参照により本明細書書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の調製のための有用な試薬を提供する。
提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物(例えば、オリゴヌクレオチド組成物、医薬組成物等)等)を調製するための様々技術(例えば、ホスホラミダイト、核酸塩基、ヌクレオシド等)を、本開示に従って利用し得、例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている方法及び試薬が挙げられ、これらのそれぞれの方法及び試薬は、参照により本明細書書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の調製のための有用な試薬を提供する。
いくつかの実施形態では、下記で説明するものを含む有用な化合物又はその塩。いくつかの実施形態では、優先出願及び国際公開第2021/071858号(これらのそれぞれの全体が、参照により本明細書に組み込まれる)で説明されている技術を利用して、化合物を調製した。
様々な追加の有用な化合物を調製するためのある特定の有用な技術を、例として下記で説明する。
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-096)及び3-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-096A)の合成
いくつかの実施形態では、本開示は、核酸塩基、糖、ヌクレオシド等を調製するための化合物及び方法を提供する。いくつかの実施形態では、化合物は、NH(R’)2又はその塩(式中、それぞれのR’は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、2つのR’は、それらが結合する窒素と合せて、任意選択的に置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された単環式の飽和、部分的不飽和、又は芳香族の環である。いくつかの実施形態では、NH(R’)2は、核酸塩基である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、NH(R’)又は核酸塩基は、所望のアミノ基で反応が選択的に起こるように適切に保護されている。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
(式中、LGは、脱離基であり、それぞれのRRAは、独立して、1~6のヘテロ原子を有する置換されたC6~10アリール又はC5~10ヘテロアリールであり、少なくとも1つの置換基は、独立して、電子求引基である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、それぞれの置換基は、独立して、電子求引基である。いくつかの実施形態では、RRAは、置換されたアリールであり、置換基は、電子吸引基である。いくつかの実施形態では、それぞれのRRAは、独立して、置換されたアリールであり、置換基は、電子吸引基である。いくつかの実施形態では、電子吸引基は、-Clである。いくつかの実施形態では、RRAは、p-クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、それぞれのRRAは、p-クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、脱離基は、-Clである。当業者は、様々な電子吸引基及び脱離基を本開示に従って利用し得ることを理解する。いくつかの実施形態では、化合物は、
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。
いくつかの実施形態では、本開示は、核酸塩基、糖、ヌクレオシド等を調製するための化合物及び方法を提供する。いくつかの実施形態では、化合物は、NH(R’)2又はその塩(式中、それぞれのR’は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、2つのR’は、それらが結合する窒素と合せて、任意選択的に置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素に加えて0~2個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された単環式の飽和、部分的不飽和、又は芳香族の環である。いくつかの実施形態では、NH(R’)2は、核酸塩基である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、NH(R’)又は核酸塩基は、所望のアミノ基で反応が選択的に起こるように適切に保護されている。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
(式中、LGは、脱離基であり、それぞれのRRAは、独立して、1~6のヘテロ原子を有する置換されたC6~10アリール又はC5~10ヘテロアリールであり、少なくとも1つの置換基は、独立して、電子求引基である)の構造を有する。いくつかの実施形態では、それぞれの置換基は、独立して、電子求引基である。いくつかの実施形態では、RRAは、置換されたアリールであり、置換基は、電子吸引基である。いくつかの実施形態では、それぞれのRRAは、独立して、置換されたアリールであり、置換基は、電子吸引基である。いくつかの実施形態では、電子吸引基は、-Clである。いくつかの実施形態では、RRAは、p-クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、それぞれのRRAは、p-クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、脱離基は、-Clである。当業者は、様々な電子吸引基及び脱離基を本開示に従って利用し得ることを理解する。いくつかの実施形態では、化合物は、
(式中、各可変要素は、独立して、本明細書で説明されている通りである)である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。いくつかの実施形態では、化合物は、
である。
いくつかの実施形態では、本開示は、NH(R’)2の構造を有する化合物、核酸塩基、及びアミン、又はこれらの塩から選択される化合物(例えば、
)と、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩とを反応させて、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩を得ることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、反応を、塩基性条件下(例えば、NaHの存在下)で実施する。いくつかの実施形態では、好適な溶媒は、MeCNである。いくつかの実施形態では、好適な温度は、0~65℃である。いくつかの実施形態では、提供される方法は、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩を、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩に変換することを含む。いくつかの実施形態では、変換を、エステル加水分解条件下で実施する。いくつかの実施形態では、変換は、好適な溶媒(例えば、MeOH等のアルコール)中で、
の構造を有する化合物又はその塩と、塩基(例えば、NaOMe)とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩の5’-OHを保護して、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩(式中、PGOは、保護された-OH基である)を得ることを含む。いくつかの実施形態では、DMTrOとしてのPGO。
)と、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩とを反応させて、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩を得ることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、反応を、塩基性条件下(例えば、NaHの存在下)で実施する。いくつかの実施形態では、好適な溶媒は、MeCNである。いくつかの実施形態では、好適な温度は、0~65℃である。いくつかの実施形態では、提供される方法は、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩を、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩に変換することを含む。いくつかの実施形態では、変換を、エステル加水分解条件下で実施する。いくつかの実施形態では、変換は、好適な溶媒(例えば、MeOH等のアルコール)中で、
の構造を有する化合物又はその塩と、塩基(例えば、NaOMe)とを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩の5’-OHを保護して、
(例えば、
等)の構造を有する化合物又はその塩(式中、PGOは、保護された-OH基である)を得ることを含む。いくつかの実施形態では、DMTrOとしてのPGO。
ステップ1:ピリジン(1000mL)中のピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g,892.17mmol,1当量)の溶液に、Ac2O(546.48g,5.35mol,501.36mL,6当量)を添加した。この混合物を、3時間にわたり120℃で撹拌した。この反応混合物を減圧下で濃縮して、粗製物を得、この残渣を、EtOAc(100mL)で洗浄し、ろ別し、ケーキを減圧下で乾燥させて、生成物を得た。1-アセチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g,648.83mmol,収率72.73%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.55(br s,1H),8.12(d,J=8.4Hz,1H),5.80(dd,J=2.2,8.5Hz,1H),2.70-2.55(m,3H);TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1),Rf=0.72。
ステップ2:清潔で乾燥した三つ口の3リットル丸底フラスコに、1-アセチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(17g,110.30mmol,1当量)を充填し、アルゴン雰囲気下で乾燥MeCN(1700mL)に溶解させた。この反応混合物を、氷浴中を使用して0℃まで冷却した。この反応混合物に、NaH(6.62g,165.45mmol,純度60%,1.5当量)を少量ずつ添加し、0℃で30分にわたり撹拌した。(2R,3S)-5-クロロ-2-(((4-クロロベンゾイル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル 4-クロロベンゾエート(65.88g,153.32mmol,1.39当量)を少量ずつ添加し、この反応混合物を、0℃で30分にわたり撹拌し、3時間にわたり65℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1,Rf=0.24)は、反応体1が消費され、新しいスポットが形成されたことを示す。次いで、この反応混合物を室温まで冷却し、Whatmanろ紙を使用して焼結漏斗に通してろ過した。ろ液を減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。この粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)で精製した。生成物を、50%~80%EtOAc:石油エーテルで溶出させ、次いで、固形物を、DCM(30mL)で粉砕して、化合物WV-NU-096b及び化合物WV-NU-096cの混合物(50g)を、黄色固形物として得た。
ステップ3:MeOH(500mL)中のWV-NU-096b及びWV-NU-096cの混合物(45g,89.06mmol,1当量)の溶液に、NaOMe(12.03g,222.65mmol,2.5当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物に、NH4Cl 12.03gを添加し、これを、30分にわたり撹拌し、次いでろ過し、ろ液を減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/1~0/1、続いて酢酸エチル/メタノール=5/1~8/1)により精製して、WV-NU-096d(20g,87.64mmol,収率98.41%)を、黄色固形物として得た。LCMS:(M+H+)=227.0。
ステップ4:ピリジン(200mL)中のWV-NU-096d(20.00g,87.64mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(35.26g,104.07mmol,1.19当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、水(200mL)でクエンチし、酢酸エチル 400mL(200mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、飽和塩水 500mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex Titank C18 Bulk 250*70mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:45%~75%,20分)で精製して、WV-NU-096(30g,55.27mmol,収率63.06%,純度97.75%)及びWV-NU-096A(5g,9.20mmol,収率10.50%,純度97.61%)を、白色固形物として得た。WV-NU-096:1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.14-10.94(m,1H),7.47-7.31(m,3H),7.27-7.21(m,6H),7.20-7.13(m,1H),6.86-6.77(m,4H),6.61-6.52(m,1H),5.57-5.49(m,1H),5.08-5.02(m,1H),4.29-4.19(m,1H),3.87-3.76(m,1H),3.74-3.69(m,6H),3.24-3.16(m,1H),3.08-3.01(m,1H),2.62-2.52(m,1H),2.04-1.92(m,1H);LCMS(M-H+):529.2,LCMS 純度:97.75%。WV-NU-096A:1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.25-11.01(m,1H),7.49-7.43(m,1H),7.41-7.35(m,2H),7.33-7.28(m,2H),7.27-7.17(m,5H),6.95-6.84(m,4H),6.57-6.44(m,1H),5.63-5.56(m,1H),5.28-5.19(m,1H),4.34-4.24(m,1H),4.12-3.99(m,1H),3.77-3.69(m,6H),3.17-3.10(m,1H),2.98-2.89(m,1H),2.60-2.53(m,1H),2.38-2.30(m,1H);LCMS(M-H+):529.2,LCMS 純度:97.61%.
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-096)、及び3-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-096A)の合成
ステップ1:PYRIDINE(1000mL)中のピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g,892.17mmol,1当量)の溶液に、Ac2O(546.48g,5.35mol,501.36mL,6当量)を添加した。この混合物を、3時間にわたり120℃で撹拌した。この反応混合物を減圧下で濃縮して、粗製物を得、残渣をEtOAc(100mL)で洗浄し、ろ別し、ケーキを減圧下で乾燥させて、生成物を得た。1-アセチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g,648.83mmol,収率72.73%)を、白色固体として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.55(br s,1H),8.12(d,J=8.4Hz,1H),5.80(dd,J=2.2,8.5Hz,1H),2.70-2.55(m,3H);TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1),Rf=0.72.
ステップ1:PYRIDINE(1000mL)中のピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g,892.17mmol,1当量)の溶液に、Ac2O(546.48g,5.35mol,501.36mL,6当量)を添加した。この混合物を、3時間にわたり120℃で撹拌した。この反応混合物を減圧下で濃縮して、粗製物を得、残渣をEtOAc(100mL)で洗浄し、ろ別し、ケーキを減圧下で乾燥させて、生成物を得た。1-アセチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(100g,648.83mmol,収率72.73%)を、白色固体として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.55(br s,1H),8.12(d,J=8.4Hz,1H),5.80(dd,J=2.2,8.5Hz,1H),2.70-2.55(m,3H);TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1),Rf=0.72.
ステップ2:清潔で乾燥した三つ口の3リットル丸底フラスコに、1-アセチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(17g,110.30mmol,1当量)を充填し、アルゴン雰囲気下で乾燥MeCN(1700mL)に溶解させた。この反応混合物を、氷浴中を使用して0℃まで冷却した。この反応混合物に、NaH(6.62g,165.45mmol,純度60%,1.5当量)を少量ずつ添加し、0℃で30分にわたり撹拌した。(2R,3S)-5-クロロ-2-(((4-クロロベンゾイル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル 4-クロロベンゾエート(65.88g,153.32mmol,1.39当量)を少量ずつ添加し、この反応混合物を、0℃で30分にわたり撹拌し、3時間にわたり65℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1,Rf=0.24)は、反応体1が消費され、新しいスポットが形成されたことを示す。次いで、この反応混合物を室温まで冷却し、Whatmanろ紙を使用して焼結漏斗に通してろ過した。ろ液を減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。この粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(100~200メッシュ)で精製した。生成物を、50%~80%EtOAc:石油エーテルで溶出させ、次いで、固形物を、DCM(30mL)で粉砕して、化合物WV-NU-096b及び化合物WV-NU-096cの混合物(50g)を、黄色固形物として得た。
ステップ3:MeOH(500mL)中のWV-NU-096b及びWV-NU-096cの混合物(45g,89.06mmol,1当量)の溶液に、NaOMe(12.03g,222.65mmol,2.5当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物に、NH4Cl 12.03gを添加し、これを、30分にわたり撹拌し、次いでろ過し、ろ液を減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/1~0/1、続いて酢酸エチル/メタノール=5/1)により精製して、WV-NU-096d(20g,87.64mmol,収率98.41%)を、黄色固形物として得た。LCMS:(M+H+)=227.0。
ステップ4:ピリジン(200mL)中のWV-NU-096d(20.00g,87.64mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(35.26g,104.07mmol,1.19当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、水(200mL)でクエンチし、酢酸エチル 400mL(200mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、飽和塩水 50mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex Titank C18 Bulk 250*70mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:45%~75%,20分)で精製して、WV-NU-096(30g,55.27mmol,収率63.06%,純度97.75%)及びWV-NU-096A(5g,9.20mmol,収率10.50%,純度97.61%)を、白色固形物として得た。WV-NU-096:1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.14-10.94(m,1H),7.47-7.31(m,3H),7.27-7.21(m,6H),7.20-7.13(m,1H),6.86-6.77(m,4H),6.61-6.52(m,1H),5.57-5.49(m,1H),5.08-5.02(m,1H),4.29-4.19(m,1H),3.87-3.76(m,1H),3.74-3.69(m,6H),3.24-3.16(m,1H),3.08-3.01(m,1H),2.62-2.52(m,1H),2.04-1.92(m,1H);LCMS(M-H+):529.2,LCMS 純度:97.75%。WV-NU-096A:1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.25-11.01(m,1H),7.49-7.43(m,1H),7.41-7.35(m,2H),7.33-7.28(m,2H),7.27-7.17(m,5H),6.95-6.84(m,4H),6.57-6.44(m,1H),5.63-5.56(m,1H),5.28-5.19(m,1H),4.34-4.24(m,1H),4.12-3.99(m,1H),3.77-3.69(m,6H),3.17-3.10(m,1H),2.98-2.89(m,1H),2.60-2.53(m,1H),2.38-2.30(m,1H);LCMS(M-H+):529.2,LCMS 純度:97.61%.
1-(1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレア(WV-NU-187)の合成
ステップ1:ACN(1000mL)中の4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(98g,215.04mmol,1当量)の溶液に、イソシアナトベンゼン(29.93g,251.26mmol,27.21mL,1.17当量)を添加した。この混合物を、6時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物をろ過し、固形物を得た。ろ液を、水100mLの添加によりクエンチした。この固形物を、ACN(300mL*3)で洗浄した。1-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレア(90g,粗製物)を、白色固形物として得た。LCMS(M-H+):573.2
ステップ1:ACN(1000mL)中の4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(98g,215.04mmol,1当量)の溶液に、イソシアナトベンゼン(29.93g,251.26mmol,27.21mL,1.17当量)を添加した。この混合物を、6時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物をろ過し、固形物を得た。ろ液を、水100mLの添加によりクエンチした。この固形物を、ACN(300mL*3)で洗浄した。1-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレア(90g,粗製物)を、白色固形物として得た。LCMS(M-H+):573.2
ステップ2:THF(900mL)中の1-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレア(90g,156.56mmol,1当量)の溶液に、TBAF(1M,391.40mL,2.5当量)を添加した。この混合物を、3時間にわたり20℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、Rf=0.1)は、出発物質が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。この反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,酢酸エチル/メタノール=1/0~3/1)で精製して、1-(1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレア(54g,粗製物)を、白色固形物として得た。
ステップ3:ピリジン(500mL)中の1-(1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレア(53g,153.03mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(77.78g,229.55mmol,1.5当量)を添加した。この混合物を、5時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物、メタノール200mLの添加によりクエンチし、次いで、減圧下で濃縮して残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィーで精製して、WV-NU-187(26g,39.79mmol,収率76.56%,純度99.28%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=11.57-10.79(m,2H),8.18(d,J=7.7Hz,1H),7.68(br d,J=7.8Hz,2H),7.41(br d,J=7.6Hz,2H),7.36-7.22(m,9H),7.17(d,J=8.8Hz,1H),7.04(br t,J=7.3Hz,1H),6.92-6.79(m,4H),6.30(br t,J=5.4Hz,1H),4.45(br d,J=5.0Hz,1H),4.10-4.05(m,1H),3.80(s,6H),3.59-3.35(m,2H),2.68-2.55(m,1H),2.34-2.19(m,2H);LCMS(M-H+):647.3;純度:99.28%。
1-(1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-(ナフタレン-2-イル)ウレア(WV-NU-188)の合成
ステップ1:2バッチ:DCM(250mL)中の4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(25g,110.03mmol,1当量)の溶液に、イミダゾール(59.92g,880.22mmol,8当量)及びTBSCl(66.33g,440.11mmol,53.93mL,4当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を、水 500mLで希釈し、ジクロロメタン(500mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オンを得るための残渣(100g,粗製物)を、無色油状物として得た。LCMS(M-H+):454.5、純度:99.93%
ステップ1:2バッチ:DCM(250mL)中の4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(25g,110.03mmol,1当量)の溶液に、イミダゾール(59.92g,880.22mmol,8当量)及びTBSCl(66.33g,440.11mmol,53.93mL,4当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を、水 500mLで希釈し、ジクロロメタン(500mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オンを得るための残渣(100g,粗製物)を、無色油状物として得た。LCMS(M-H+):454.5、純度:99.93%
ステップ2:2バッチ:MeCN(500mL)中の4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(46.5g,102.03mmol,1当量)の溶液に、1-イソシアナトナフタレン(17.26g,102.03mmol,14.63mL,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を、水 500mLで希釈し、DCM(200mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、1-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-(ナフタレン-2-イル)ウレア(127g)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.51(br s,1H),10.48(s,1H),8.46-7.90(m,4H),7.71-7.45(m,4H),6.36-6.13(m,2H),4.39(br d,J=4.5Hz,1H),3.92-3.69(m,3H),2.39-2.17(m,2H),0.88(br d,J=7.5Hz,18H),0.08(br d,J=1.1Hz,12H);LCMS(M-H+):622.9、純度:85.7%
ステップ3:2バッチ:THF(600mL)中の1-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-(ナフタレン-2-イル)ウレア(63.5g,101.61mmol,1当量)の溶液に、TBAF(1M,254.03mL,2.5当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。この反応に、酢酸エチル 500mlを添加し、30分にわたり25℃で撹拌して固形物を沈殿させ、次いでこの固形物をろ別して、1-(1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-(ナフタレン-2-イル)ウレア(80g)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.65-8.56(m,1H),8.38(d,J=7.6Hz,1H),8.08(br d,J=7.3Hz,1H),7.89(br dd,J=2.9,6.5Hz,1H),7.58-7.39(m,4H),6.36-6.18(m,2H),4.33-4.25(m,1H),3.81(br d,J=3.5Hz,1H),3.69-3.57(m,2H),2.27-2.18(m,1H),2.05(td,J=6.3,13.0Hz,1H);LCMS(M-H+):395.1、純度:97.74%。
ステップ4:2バッチ:ピリジン(400mL)中の1-(1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-(ナフタレン-2-イル)ウレア(40g,100.91mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(51.29g,151.36mmol,1.5当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり25℃で撹拌した。この反応混合物を、水 800mLで希釈し、酢酸エチル(400mL*4)で抽出した。合わせた有機層を、塩水 400mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=10:1~0:1、5% TEA)により精製して、WV-NU-188(82g,117.35mmol,収率58.57%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=10.53(s,1H),8.44(br d,J=8.0Hz,1H),8.29(d,J=7.5Hz,1H),8.12(d,J=7.4Hz,1H),7.98-7.94(m,1H),7.69(d,J=8.3Hz,1H),7.64-7.55(m,2H),7.50(t,J=7.9Hz,1H),7.43-7.37(m,2H),7.37-7.22(m,7H),6.91(dd,J=1.0,8.9Hz,4H),6.25-6.13(m,2H),5.40(d,J=4.6Hz,1H),4.34(quin,J=5.3Hz,1H),3.74(s,6H),3.30(br d,J=3.6Hz,2H),2.44-2.35(m,1H),2.28-2.19(m,1H);LCMS(M-H+):697.3;純度:99.66%。
N-(5-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(WV-NU-189)の合成
ステップ1:BSA(73.19g,359.80mmol,88.94mL,3.1当量)の溶液に、アルゴン雰囲気下で、DMF(500mL)中のN-(5-ヨード-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(80.97g,290.16mmol,2.5当量)の懸濁液を滴下した。1時間にわたる撹拌後、この反応体は、透明な溶液となった。次いで、DIPEA(46.50g,359.80mmol,62.67mL,3.1当量)及びtert-ブチル(((2R,3S)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-2,3-ジヒドロフラン-2-イル)メトキシ)ジメチルシラン(40g,116.06mmol,1当量)を添加した。別個のフラスコ中において、出発DMF(500mL)中のトリフェニルアルサン(14.22g,46.43mmol,0.4当量)の溶液に、Pd(OAc)2(1.82g,8.12mmol,0.07当量)を添加した。30分後、この溶液を、最初のフラスコに緩やかに添加し、この混合物を、80℃で12時間にわたり撹拌した。この反応を、H2O(30mL)の添加によりクエンチし、溶媒を減圧下で蒸発させた。残渣を、EtOAc(500mL)に再溶解させ、H2O(2*100mL)及び塩水(200mL)で洗浄した。有機層を、MgSO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,石油エーテル/酢酸エチル=100/1~0/1)で精製して、N-(5-((2R,5R)-4-((tert-ブチルジメチシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-2,5-ジヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(25g,50.43mmol,収率43.45%)を、白色固形物として得た。1H NMR(クロロホルム-d,400MHz):δ=8.27(d,J=2.0Hz,1H),8.22(br d,J=8.0Hz,2H),7.98(dd,J=8.6,2.3Hz,1H),7.30-7.39(m,4H),5.69(dd,J=3.8,1.4Hz,1H),4.75(s,1H),4.58(tt,J=3.7,1.9Hz,1H),3.85-3.92(m,1H),3.75-3.81(m,1H),2.22-2.24(m,4H),0.86-0.98(m,19H),0.22(d,J=6.6Hz,6H),0.05 ppm(d,J=2.5Hz,6H).
ステップ1:BSA(73.19g,359.80mmol,88.94mL,3.1当量)の溶液に、アルゴン雰囲気下で、DMF(500mL)中のN-(5-ヨード-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(80.97g,290.16mmol,2.5当量)の懸濁液を滴下した。1時間にわたる撹拌後、この反応体は、透明な溶液となった。次いで、DIPEA(46.50g,359.80mmol,62.67mL,3.1当量)及びtert-ブチル(((2R,3S)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-2,3-ジヒドロフラン-2-イル)メトキシ)ジメチルシラン(40g,116.06mmol,1当量)を添加した。別個のフラスコ中において、出発DMF(500mL)中のトリフェニルアルサン(14.22g,46.43mmol,0.4当量)の溶液に、Pd(OAc)2(1.82g,8.12mmol,0.07当量)を添加した。30分後、この溶液を、最初のフラスコに緩やかに添加し、この混合物を、80℃で12時間にわたり撹拌した。この反応を、H2O(30mL)の添加によりクエンチし、溶媒を減圧下で蒸発させた。残渣を、EtOAc(500mL)に再溶解させ、H2O(2*100mL)及び塩水(200mL)で洗浄した。有機層を、MgSO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,石油エーテル/酢酸エチル=100/1~0/1)で精製して、N-(5-((2R,5R)-4-((tert-ブチルジメチシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-2,5-ジヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(25g,50.43mmol,収率43.45%)を、白色固形物として得た。1H NMR(クロロホルム-d,400MHz):δ=8.27(d,J=2.0Hz,1H),8.22(br d,J=8.0Hz,2H),7.98(dd,J=8.6,2.3Hz,1H),7.30-7.39(m,4H),5.69(dd,J=3.8,1.4Hz,1H),4.75(s,1H),4.58(tt,J=3.7,1.9Hz,1H),3.85-3.92(m,1H),3.75-3.81(m,1H),2.22-2.24(m,4H),0.86-0.98(m,19H),0.22(d,J=6.6Hz,6H),0.05 ppm(d,J=2.5Hz,6H).
ステップ2:N-(5-((2R,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-2,5-ジヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(23g,46.39mmol,1当量)の溶液に、THF(200mL)中のピリジン:ヒドロフルオリド(23.65g,167.02mmol,21.50mL,純度70%,3.6当量)の溶液を滴下した。この反応体を、12時間にわたり25℃で撹拌した。この懸濁液を、酢酸(30mL)で希釈し、揮発性物質を減圧下で除去した。N-(5-((2R,5R)-5-(ヒドロキシメチル)-4-オキソテトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(12.40g,46.40mmol,収率100.00%)を、白色固形物として得、これを、さらに精製することなく次のステップで使用した;LCMS(M+H+):268.3。
ステップ3:N-(5-((2R,5R)-5-(ヒドロキシメチル)-4-オキソテトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(12.4g,46.40mmol,1当量)を、MeCN(66mL)/AcOH(66mL)(1:1 v/v)の混合物に溶解させ、この混合物を、-15℃まで冷却し、続いて、NaBH(OAc)3(23.11g,109.04mmol,2.35当量)を滴下した。この混合物を、2時間にわたり-15℃で撹拌した。この混合物を、減圧下で蒸発乾固させた。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=100/1~5/1)で精製して、N-(5-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(11g,40.85mmol,収率88.05%)を、白色固形物として得た。
ステップ4:ピリジン(100mL)中のN-(5-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミド(9g,33.43mmol 1当量)の溶液に、DMTCl(11.33g,33.43mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。残渣を、H2O 200mLで希釈し、EtOAc 1500mL(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、塩水 30mL(10mL*3)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、DCM:MeOH=100/1~5/1)で精製して、WV-NU-189(15g,26.24mmol,収率78.51%)を、白色固形物として得た。1HNMR(クロロホルム-d,400MHz):δ=7.94(br s,1H),7.43(br d,J=7.3Hz,2H),7.27(s,7H),7.22(br d,J=6.8Hz,1H),6.83(br d,J=8.8Hz,4H),5.17(br s,1H),4.40(br s,1H),4.03(br s,1H),3.78(s,6H),3.21-3.36(m,2H),2.48(br s,1H),2.18(br s,3H),1.95 ppm(br s,1H);LCMS(M-H+):570.3,LCMS 純度:91.61%.
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オンWV-NU-197)の合成。
ステップ1:BSA(18.30g,89.95mmol,22.23mL,3.1当量)の溶液に、アルゴン雰囲気下で、DMF(100mL)中の3-ヨードピリジン-2(1H)-オン16.03g,72.54mmol,2.5当量)の懸濁液を滴下した 1時間にわたる撹拌後、この反応体は、透明な溶液となった。次いで、DIEA(11.63g,89.95mmol,15.67mL,3.1当量)及びtert-ブチル(((2R,3S)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-2,3-ジヒドロフラン-2-イル)メトキシ)ジメチルシラン(10g,29.02mmol,1当量)を添加した。別個のフラスコ中において、出発DMF(100mL)中のトリフェニルアルサン(3.55g,11.61mmol,0.4当量)の溶液に、Pd(OAc)2(456.01mg,2.03mmol,0.07当量)を添加した。30分後、この溶液を、最初のフラスコに緩やかに添加し、この混合物を、80℃で12時間にわたり撹拌した。この反応を、H2O(300mL)の添加によりクエンチし、溶媒を減圧下で蒸発させた。残渣を、EtOAc(300mL)に再溶解させ、H2O(2*100mL)及び塩水(30mL)で洗浄した。有機層を、MgSO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=100/1~0/1)で精製して、3-((2R,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-2,5-ジヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(12g,27.41mmol,収率94.48%)を、白色固形物として得た。1HNMR(クロロホルム-d,400MHz):δ1=12.66(brs,1H),7.81-7.85(m,1H),7.22-7.29(m,2H),6.22(t,J=6.7Hz,1H),5.86(d,J=3.3Hz,1H),4.95(t,J=1.6Hz,1H),4.49-4.59(m,1H),3.85(dd,J=11.3,2.1Hz,1H),3.69(dd,J=11.2,3.7Hz,1H),0.78-0.90(m,17H),0.14(d,J=16.4Hz,6H),-0.01 ppm(d,J=8.6Hz,6H);LCMS:M+H+=438.7.
ステップ1:BSA(18.30g,89.95mmol,22.23mL,3.1当量)の溶液に、アルゴン雰囲気下で、DMF(100mL)中の3-ヨードピリジン-2(1H)-オン16.03g,72.54mmol,2.5当量)の懸濁液を滴下した 1時間にわたる撹拌後、この反応体は、透明な溶液となった。次いで、DIEA(11.63g,89.95mmol,15.67mL,3.1当量)及びtert-ブチル(((2R,3S)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-2,3-ジヒドロフラン-2-イル)メトキシ)ジメチルシラン(10g,29.02mmol,1当量)を添加した。別個のフラスコ中において、出発DMF(100mL)中のトリフェニルアルサン(3.55g,11.61mmol,0.4当量)の溶液に、Pd(OAc)2(456.01mg,2.03mmol,0.07当量)を添加した。30分後、この溶液を、最初のフラスコに緩やかに添加し、この混合物を、80℃で12時間にわたり撹拌した。この反応を、H2O(300mL)の添加によりクエンチし、溶媒を減圧下で蒸発させた。残渣を、EtOAc(300mL)に再溶解させ、H2O(2*100mL)及び塩水(30mL)で洗浄した。有機層を、MgSO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=100/1~0/1)で精製して、3-((2R,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-2,5-ジヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(12g,27.41mmol,収率94.48%)を、白色固形物として得た。1HNMR(クロロホルム-d,400MHz):δ1=12.66(brs,1H),7.81-7.85(m,1H),7.22-7.29(m,2H),6.22(t,J=6.7Hz,1H),5.86(d,J=3.3Hz,1H),4.95(t,J=1.6Hz,1H),4.49-4.59(m,1H),3.85(dd,J=11.3,2.1Hz,1H),3.69(dd,J=11.2,3.7Hz,1H),0.78-0.90(m,17H),0.14(d,J=16.4Hz,6H),-0.01 ppm(d,J=8.6Hz,6H);LCMS:M+H+=438.7.
ステップ2:THF(120mL)中の3-((2R,5R)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-2,5-ジヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(12g,27.41mmol,1当量)の溶液に、ピリジンを添加し;ヒドロフルオリド(11.89g,95.95mmol,10.81mL,純度80%,3.5当量)を脱気し、N2で3回パージし、次いで、この混合物を、N2雰囲気下で12時間にわたり15℃にて撹拌した。ろ液を真空中で濃縮して、粗3-((2R,5R)-5-(ヒドロキシメチル)-4-オキソテトラヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(5.74g,27.44mmol,収率100.00%)を得た。LCMS:M+H+=210.1及びM+Na+=232.1。
ステップ3:3-((2R,5R)-5-(ヒドロキシメチル)-4-オキソテトラヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(5.74g,27.44mmol,1当量)の溶液を、MeCN(70mL)/AcOH(70mL)の混合物に溶解させ、続いてNaBH(OAc)3(13.67g,64.48mmol,2.35当量)を少量ずつ添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物を、減圧下で蒸発乾固した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=100/1~5/1)で精製して、3-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(3.1g,14.68mmol,収率53.49%)を、白色固形物として得た。1H NMR (クロロホルム-d,400MHz):δ1=7.72-7.78(m,1H),7.35(dd,J=6.5,2.0Hz,1H),6.40(t,J=6.7Hz,1H),5.16(dd,J=10.0,5.9Hz,1H),4.26-4.33(m,1H),3.94(td,J=4.4,2.7Hz,1H),3.61-3.72(m,2H),2.33(ddd,J=13.0,5.9,2.0Hz,1H),1.87-2.00 ppm(m,1H);LCMS:(M+H+):212.
ステップ4:ピリジン(30mL)中の3-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン(3.10g,14.68mmol,1当量)の溶液に、DMTrCl(4.48g,13.21mmol,0.9当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、H2O 50mLで希釈し、EAOAC 180mL(60mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、塩水15mL(5mL*3)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、DCM:MeOH=100:1~5:1)で精製して、WV-NU-197(5.2g)を、白色固形物として得た。1HNMR(DMSO-d6,400MHz):δ1=11.59(br s,1H),7.39-7.50(m,3H),7.18-7.35(m,8H),6.89(d,J=8.5Hz,4H),6.15(t,J=6.7Hz,1H),5.06(d,J=4.1Hz,1H),5.00(dd,J=9.2,6.0Hz,1H),4.00-4.16(m,1H),3.82-3.95(m,1H),3.73(s,6H),2.99-3.17(m,3H),2.26(ddd,J=12.7,6.0,2.5Hz,1H),1.58 ppm(ddd,J=12.7,9.3,6.1Hz,1H);LCMS:(M+H+:513.6;LCMS 純度 100.0%.
N-((3aR,5R,6R,6aS)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-6-ヒドロキシ-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル)アセトアミド(WV-NU-194)の合成
ステップ1:DMF(500mL)中の(2S,3R,4R)-2,3,4,5-テトラヒドロキシペンタナール(80g,532.87mmol,1当量)の混合物に、KHCO3(2.80g,27.97mmol,5.25e-2当量)及びNH2CN(26.80g,637.49mmol,26.80mL,1.20当量)を添加し、1時間にわたり90℃で撹拌した。室温までの冷却後、この混合物を、半分の量まで減圧下で蒸発させ、得られた溶液を、5℃で20時間にわたり保存した。得られた沈殿物をろ過し、96% aq.EtOH(600ml)から再結晶させて、(3aR,5R,6R,6aS)-2-アミノ-5-(ヒドロキシメチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-6-オール(50g)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=6.36(br s,2H),5.66(d,J=5.6Hz,1H),5.46(br s,1H),4.75(br s,1H),4.53(br d,J=5.5Hz,1H),4.00(br s,1H),3.67-3.59(m,1H),3.40(s,1H),3.33-3.19(m,2H).
ステップ1:DMF(500mL)中の(2S,3R,4R)-2,3,4,5-テトラヒドロキシペンタナール(80g,532.87mmol,1当量)の混合物に、KHCO3(2.80g,27.97mmol,5.25e-2当量)及びNH2CN(26.80g,637.49mmol,26.80mL,1.20当量)を添加し、1時間にわたり90℃で撹拌した。室温までの冷却後、この混合物を、半分の量まで減圧下で蒸発させ、得られた溶液を、5℃で20時間にわたり保存した。得られた沈殿物をろ過し、96% aq.EtOH(600ml)から再結晶させて、(3aR,5R,6R,6aS)-2-アミノ-5-(ヒドロキシメチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-6-オール(50g)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=6.36(br s,2H),5.66(d,J=5.6Hz,1H),5.46(br s,1H),4.75(br s,1H),4.53(br d,J=5.5Hz,1H),4.00(br s,1H),3.67-3.59(m,1H),3.40(s,1H),3.33-3.19(m,2H).
ステップ2:DCM(200mL)中の(3aR,5R,6R,6aS)-2-アミノ-5-(ヒドロキシメチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-6-オール(20g,114.84mmol,1当量)の溶液に、イミダゾール(46.91g,689.04mmol,6当量)を添加し、次いでTBSCl(60.58g,401.94mmol,49.25mL,3.5当量)を添加した。この混合物を、10時間にわたり30℃で撹拌した。2つのバッチの反応混合物を、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、酢酸エチル:メタノール=0:1~5:1)で精製して、(3aR,5R,6R,6aS)-6-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-アミン(91g,135.59mmol,収率55.15%,純度60%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=5.87(d,J=5.6Hz,1H),4.64(d,J=5.6Hz,1H),4.32(d,J=2.5Hz,1H),3.91-3.81(m,1H),3.63(dd,J=5.1,10.7Hz,1H),3.46(dd,J=7.6,10.6Hz,1H),0.91-0.86(m,19H),0.11(d,J=8.0Hz,6H),0.03(s,6H);LCMS(M+H+):403.3、純度:79.78%。
ステップ3:ピリダベン(400mL)中の(3aR,5R,6R,6aS)-6-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-アミン(40g,99.34mmol,1当量)の混合溶液に、Ac2O(7.10g,69.54mmol,6.51mL,0.7当量)を滴下した。この混合物を、12時間にわたり25℃で撹拌した。この反応混合物を、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,石油エーテル:酢酸エチル=50:1~15:1)で精製して、N-((3aR,5R,6R,6aS)-6-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル)アセトアミド(33g,74.21mmol,収率74.70%)を、黄色油状物として得た。1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=5.91(d,J=5.8Hz,1H),4.81(dd,J=1.0,5.8Hz,1H),4.49(dd,J=0.9,2.8Hz,1H),3.98(ddd,J=2.9,4.8,7.4Hz,1H),3.61(dd,J=5.0,10.9Hz,1H),3.44(dd,J=7.4,10.9Hz,1H),2.16(s,3H),0.90-0.88(m,9H),0.87-0.85(m,9H),0.12(d,J=9.6Hz,6H),0.02(d,J=3.8Hz,6H);LCMS(M+H)+:445.4、純度:92.67%。
ステップ4:THF(300mL)中のN-((3aR,5R,6R,6aS)-6-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル)アセトアミド(33g,74.21mmol,1当量)の溶液に、TBAF(1M,111.31mL,1.5当量)を添加した。この混合物を、1時間にわたり25℃で撹拌した。この反応混合物を、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この粗生成物を、逆相HPLC(カラム:C18 20~35um 100A 100g;移動相:[水-MeOH];B%:0%~0%@30mL/分)で精製し、精製後、LCMS(ET35599-347-P2A1)で確認して、N-((3aR,5R,6R,6aS)-6-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル)アセトアミド(11g,50.88mmol,収率68.75%)を、白色固形物として得た。1H NMR(400MHz,重水)δ=4.43-4.36(m,1H),4.14-3.98(m,3H),3.84-3.61(m,3H),3.56(dd,J=4.8,12.4Hz,1H),3.49-3.41(m,1H),2.09(s,3H);LCMS(M+H+):217.2、純度:99.41%。
ステップ5:DCM(50mL)中のN-((3aR,5R,6R,6aS)-6-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル)アセトアミド(10g,46.26mmol,1当量)の溶液に、0℃で、ピリジン(7.32g,92.51mmol,7.47mL,2当量)及びDMTrCl(9.40g,27.75mmol,0.6当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を、水 200mLの添加によりクエンチし、次いでDCM(200mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この粗生成物を、逆相HPLC(カラム:C18 20~35um 100A 100g;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:40%~65%、20分で精製して、WV-NU-194(5.1g,9.83mmol,収率21.26%)を、白色固形物として得た。1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.60(br s,1H),7.37(d,J=7.5Hz,2H),7.29-7.19(m,7H),7.16-7.10(m,1H),6.75(dd,J=4.4,8.8Hz,4H),5.89(d,J=6.0Hz,1H),4.96(dd,J=1.6,5.9Hz,1H),4.42(br d,J=4.9Hz,1H),4.11-4.06(m,1H),3.74(d,J=2.1Hz,6H),3.29-3.19(m,2H),2.01(s,3H);LCMS(M-H+):517、純度:100%。
1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-3-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-203)の合成
ステップ1:DMF(200mL)中の1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(20g,87.64mmol,1当量)の溶液に、MeI(31.10g,219.10mmol,13.64mL,2.5当量)及びK2CO3(36.34g,262.93mmol,3当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり55℃で撹拌した。この反応混合物をろ過し、ろ液を減圧下で濃縮して残渣を得、次いでDCM 200mL*2で抽出した。合わせた有機層を脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-3-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(15g)を、白色固形物として得た。LCMS:(M+H+)243.2。
ステップ1:DMF(200mL)中の1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(20g,87.64mmol,1当量)の溶液に、MeI(31.10g,219.10mmol,13.64mL,2.5当量)及びK2CO3(36.34g,262.93mmol,3当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり55℃で撹拌した。この反応混合物をろ過し、ろ液を減圧下で濃縮して残渣を得、次いでDCM 200mL*2で抽出した。合わせた有機層を脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-3-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(15g)を、白色固形物として得た。LCMS:(M+H+)243.2。
ステップ2:ピリジン(150mL)中の1-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-3-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(15g,61.93mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(23.08g,68.12mmol,1.1当量)を添加した。この混合物を、1時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、酢酸エチル150mL*2で抽出した。合わせた有機層を、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)で精製して、WV-NU-203(13g,23.87mmol,収率38.55%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.42-7.34(m,2H),7.31(t,J=7.6Hz,2H),7.26-7.18(m,5H),6.92-6.84(m,4H),5.56-5.45(m,1H),5.39-5.29(m,1H),4.34-4.23(m,1H),3.79-3.69(m,6H),3.37-3.25(m,5H),3.18-3.11(m,3H),2.25-2.16(m,2H);LCMS:純度:92.72%、(M-H+):543.59.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(WV-NU-137)の合成
ステップ1:3時間後、BnOH(391.84g、3.62mol)中のNa(9.99g、434.67mmol)の溶液に、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(25g,75.73mmol)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、0℃でのHCl(1M)800mLの添加によりクエンチし、次いで、pH約9になるまでNaHCO3飽和水溶液を添加し、EtOAc(1000mL*3)で抽出し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー((SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=5/1~酢酸エチル:メタノール=10/1)で精製して、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-(ベンジルオキシ)-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(35g,収率64.67%)を、黄色油状物として得た。LCMS:(M+H+):358.2
ステップ1:3時間後、BnOH(391.84g、3.62mol)中のNa(9.99g、434.67mmol)の溶液に、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(25g,75.73mmol)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、0℃でのHCl(1M)800mLの添加によりクエンチし、次いで、pH約9になるまでNaHCO3飽和水溶液を添加し、EtOAc(1000mL*3)で抽出し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー((SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=5/1~酢酸エチル:メタノール=10/1)で精製して、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-(ベンジルオキシ)-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(35g,収率64.67%)を、黄色油状物として得た。LCMS:(M+H+):358.2
ステップ2:(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-(ベンジルオキシ)-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(50g、139.91mmol)(ピリジン(200mL*3)とのロータリーエバポレーターによる共沸蒸留によって乾燥させた)に、HMDS(338.72g、2.10mol)を添加した。この混合物を、12時間にわたり150℃で撹拌した。この反応混合物を、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。さらに精製することなく、8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,4S,5R)-4-((トリメチルシリル)オキシ)-5-(((トリメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-アミン(70.2g、粗製物)を、黄色油状物として得た。
ステップ3:ピリジン(500mL)中の8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,4S,5R)-4-((トリメチルシリル)オキシ)-5-(((トリメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-アミン(70.2g)の溶液に、BzCl(29.50g)を添加した。この混合物を、2時間にわたり20℃で撹拌した。MeOH(500mL)及び水(500mL)を添加し、10分後、NH3.H2O(250mL)を添加し、30分後、H2O(500mL)を添加し、EtOAc(500mL*4)で抽出し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、次いで酢酸エチル/メタノール=10:1)により精製して、N-(8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(36g、収率55.76%)を、黄色固形物として得た。LCMS:(M+H+):462.2
ステップ4:THF(500mL)及びMeOH(500mL)中のN-(8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(36g、78mmol)の溶液に、Pd/C(9g、39.01mmol、純度10%)を添加した。この混合物を、H2(15psi)中において3時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物をろ過し、ろ液を減圧下で濃縮して、N-(9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(28.9g、粗製物)を、黄色固形物として得た。LCMS:(M+H+):372.2。
ステップ5:ピリジン(300mL)中のN-(9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(28.9g、77.82mmol)の溶液に、DMTCl(26.37g、77.82mmol)を添加し、この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、0℃での水(200mL)の添加によりクエンチし、EtOAc(300mL*3)で抽出した。Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=10/1、1/4、5% TEA)により精製して、N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(WV-NU-137)(32g、収率57.75%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,400MHz,DMSO-d6)δ=8.38-8.24(m,1H),8.12-8.00(m,2H),7.67-7.60(m,1H),7.58-7.51(m,2H),7.38-7.33(m,2H),7.26-7.13(m,7H),6.81(dd,J=9.0,13.3Hz,4H),6.25(t,J=6.8Hz,1H),5.29(d,J=4.6Hz,1H),4.56-4.49(m,1H),3.95(q,J=4.9Hz,1H),3.71(d,J=4.4Hz,6H),3.20-3.15(m,2H),3.08(td,J=6.5,13.0Hz,1H),2.21-2.10(m,1H);LCMS(M-H+):672.2.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミドの合成
rbf中の乾燥N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]ベンズアミド(4.0g、5.94mmol)を、THF(50mL)に溶解させた。この透明な溶液に、トリエチルアミン(5.59mL、40.08mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.96M溶液、11.16mL、10.69mmol)を、滴下した。この反応溶液を、2時間にわたり室温で撹拌した。TLCにより、この反応が完了したことが示された。無水MgSO4(708mg)を添加した。1分間撹拌した。この混合物をろ過し、ろ液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の0~100% EtOAc(各移動相は、1.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミドを、白色泡状物(4.45g、収率74.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.42(s,1H),8.59(s,1H),8.17(s,1H),7.98-7.93(m,2H),7.68-7.62(m,1H),7.58-7.53(m,2H),7.53-7.46(m,4H),7.45-7.40(m,2H),7.33-7.26(m,7H),7.24-7.17(m,5H),7.16-7.11(m,1H),6.76-6.69(m,4H),6.30(dd,J=7.3,6.1Hz,1H),5.05(ddt,J=8.9,6.9,4.5Hz,1H),4.85(dt,J=8.9,5.7Hz,1H),4.03(q,J=5.0Hz,1H),3.73(d,J=4.5Hz,6H),3.49(ddt,J=14.6,10.6,7.6Hz,1H),3.40(ddt,J=12.6,7.0,5.5Hz,1H),3.34(dd,J=10.1,4.9Hz,1H),3.25(dd,J=10.1,5.9Hz,1H),2.97(tdd,J=10.8,8.8,4.3Hz,1H),2.83(dt,J=13.3,6.6Hz,1H),2.08(ddd,J=13.5,7.4,4.6Hz,1H),1.84(ddt,J=12.2,8.5,4.3Hz,1H),1.70-1.63(m,1H),1.55(dd,J=14.7,8.9Hz,1H),1.45-1.38(m,2H),1.30-1.20(m,1H),0.65(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 148.40;MS(ESI),1013.18[M+H]+.
rbf中の乾燥N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]ベンズアミド(4.0g、5.94mmol)を、THF(50mL)に溶解させた。この透明な溶液に、トリエチルアミン(5.59mL、40.08mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.96M溶液、11.16mL、10.69mmol)を、滴下した。この反応溶液を、2時間にわたり室温で撹拌した。TLCにより、この反応が完了したことが示された。無水MgSO4(708mg)を添加した。1分間撹拌した。この混合物をろ過し、ろ液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の0~100% EtOAc(各移動相は、1.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミドを、白色泡状物(4.45g、収率74.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.42(s,1H),8.59(s,1H),8.17(s,1H),7.98-7.93(m,2H),7.68-7.62(m,1H),7.58-7.53(m,2H),7.53-7.46(m,4H),7.45-7.40(m,2H),7.33-7.26(m,7H),7.24-7.17(m,5H),7.16-7.11(m,1H),6.76-6.69(m,4H),6.30(dd,J=7.3,6.1Hz,1H),5.05(ddt,J=8.9,6.9,4.5Hz,1H),4.85(dt,J=8.9,5.7Hz,1H),4.03(q,J=5.0Hz,1H),3.73(d,J=4.5Hz,6H),3.49(ddt,J=14.6,10.6,7.6Hz,1H),3.40(ddt,J=12.6,7.0,5.5Hz,1H),3.34(dd,J=10.1,4.9Hz,1H),3.25(dd,J=10.1,5.9Hz,1H),2.97(tdd,J=10.8,8.8,4.3Hz,1H),2.83(dt,J=13.3,6.6Hz,1H),2.08(ddd,J=13.5,7.4,4.6Hz,1H),1.84(ddt,J=12.2,8.5,4.3Hz,1H),1.70-1.63(m,1H),1.55(dd,J=14.7,8.9Hz,1H),1.45-1.38(m,2H),1.30-1.20(m,1H),0.65(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 148.40;MS(ESI),1013.18[M+H]+.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミドの合成
THF(30mL)中の乾燥N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]ベンズアミド(3.0g、4.45mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.55mL、11.13mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M、8.91mL、8.02mmol)を、滴下した。得られたの灰白色スラリーを、2時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(80uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.07g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を、灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(2.979g、収率69.9%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.45(s,1H),8.60(s,1H),8.24(s,1H),7.97-7.92(m,2H),7.92-7.88(m,2H),7.67-7.62(m,1H),7.62-7.57(m,1H),7.57-7.48(m,4H),7.45-7.40(m,2H),7.34-7.28(m,4H),7.21(dd,J=8.3,6.7Hz,2H),7.19-7.13(m,1H),6.79-6.72(m,4H),6.39(t,J=6.8Hz,1H),5.09(ddt,J=14.7,6.9,4.9Hz,2H),4.08-4.03(m,1H),3.76(s,3H),3.75(s,3H),3.69(dq,J=9.8,5.9Hz,1H),3.52-3.42(m,2H),3.37(ddd,J=12.2,5.4,2.4Hz,2H),3.34-3.24(m,2H),3.03(tdd,J=10.3,8.8,4.1Hz,1H),2.30(ddd,J=13.5,7.3,4.5Hz,1H),1.87(dt,J=11.4,5.9Hz,1H),1.80-1.72(m,1H),1.70-1.63(m,1H),1.12(dtd,J=11.7,10.1,8.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 149.85;MS(ESI),955.37[M-H]-.
THF(30mL)中の乾燥N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]ベンズアミド(3.0g、4.45mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.55mL、11.13mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M、8.91mL、8.02mmol)を、滴下した。得られたの灰白色スラリーを、2時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(80uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.07g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を、灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(2.979g、収率69.9%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.45(s,1H),8.60(s,1H),8.24(s,1H),7.97-7.92(m,2H),7.92-7.88(m,2H),7.67-7.62(m,1H),7.62-7.57(m,1H),7.57-7.48(m,4H),7.45-7.40(m,2H),7.34-7.28(m,4H),7.21(dd,J=8.3,6.7Hz,2H),7.19-7.13(m,1H),6.79-6.72(m,4H),6.39(t,J=6.8Hz,1H),5.09(ddt,J=14.7,6.9,4.9Hz,2H),4.08-4.03(m,1H),3.76(s,3H),3.75(s,3H),3.69(dq,J=9.8,5.9Hz,1H),3.52-3.42(m,2H),3.37(ddd,J=12.2,5.4,2.4Hz,2H),3.34-3.24(m,2H),3.03(tdd,J=10.3,8.8,4.1Hz,1H),2.30(ddd,J=13.5,7.3,4.5Hz,1H),1.87(dt,J=11.4,5.9Hz,1H),1.80-1.72(m,1H),1.70-1.63(m,1H),1.12(dtd,J=11.7,10.1,8.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 149.85;MS(ESI),955.37[M-H]-.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル-2-フェノキシアセトアミド(WV-NU-195)の合成
ステップ1:3バッチ:ジオキサン(400mL)及びAcONa(0.5M,480mL,2.01当量)緩衝液(pH4.7)中の(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(30g,119.41mmol,1当量)の溶液に、撹拌しつつ、ジオキサン(500mL)中のBr2(22.90g,143.29mmol,7.39mL,1.2当量)の溶液を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。仕上げのために、3つのバッチを組み合わせた。この混合物に、赤色が消えるまで、濃Na2S2O5を添加した。この混合物を、0.5M NaOHで、pH7.0に中和した。残渣を蒸発させて、白色固形物が沈殿した。この固形物をろ別し、冷1,4-ジオキサン(50mL)で洗浄し、高真空下で乾燥させて、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(100g,302.90mmol,収率84.56%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.22-7.98(m,1H),7.53(br s,2H),6.29(dd,J=6.5,7.9Hz,1H),5.35(br d,J=12.3Hz,2H),4.58-4.38(m,1H),3.95-3.82(m,1H),3.65(dd,J=4.5,11.9Hz,1H),3.48(br dd,J=4.5,11.7Hz,1H),3.36(br s,1H),3.24(ddd,J=6.1,7.8,13.4Hz,1H),2.19(ddd,J=2.6,6.4,13.1Hz,1H);LCMS(M+H+):330.1.
ステップ1:3バッチ:ジオキサン(400mL)及びAcONa(0.5M,480mL,2.01当量)緩衝液(pH4.7)中の(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(30g,119.41mmol,1当量)の溶液に、撹拌しつつ、ジオキサン(500mL)中のBr2(22.90g,143.29mmol,7.39mL,1.2当量)の溶液を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。仕上げのために、3つのバッチを組み合わせた。この混合物に、赤色が消えるまで、濃Na2S2O5を添加した。この混合物を、0.5M NaOHで、pH7.0に中和した。残渣を蒸発させて、白色固形物が沈殿した。この固形物をろ別し、冷1,4-ジオキサン(50mL)で洗浄し、高真空下で乾燥させて、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(100g,302.90mmol,収率84.56%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.22-7.98(m,1H),7.53(br s,2H),6.29(dd,J=6.5,7.9Hz,1H),5.35(br d,J=12.3Hz,2H),4.58-4.38(m,1H),3.95-3.82(m,1H),3.65(dd,J=4.5,11.9Hz,1H),3.48(br dd,J=4.5,11.7Hz,1H),3.36(br s,1H),3.24(ddd,J=6.1,7.8,13.4Hz,1H),2.19(ddd,J=2.6,6.4,13.1Hz,1H);LCMS(M+H+):330.1.
ステップ2:ピリジン(1500mL)中の(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(55g,166.60mmol,1当量)の溶液に、NaOAc(24.87g,303.21mmol,1.82当量)及び(2-フェノキシアセチル)2-フェノキシアセテート(267.08g,932.94mmol,5.6当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり80℃で撹拌した。この反応混合物を、H2O 100mLの添加によりクエンチし、この混合物を、10分わたり室温で放置した。この混合物を蒸発させ、次いで、DCM 1000mL及び飽和 NaHCO3 1000mLで希釈し、DCM(1000mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、ブライン(1000mL*2)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,石油エーテル/(DCM/EtOAc=1:1)=1/0~0/1)で精製し、次いで、カラム上にいくらかの固形物が析出し、このカラムを、DCM 2Lで洗浄し、濃縮して、粗製物を得た。この粗生成物を、メタノール 1000mLで粉砕した。(2R,3S,5R)-5-(8-オキソ-6-(2-フェノキシアセトアミド)-7,8-ジヒドロ-9H-プリン-9-イル)-2-((2-フェノキシアセトキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル 2-フェノキシアセテート(60g,67.20mmol,収率40.34%,純度75%)を、褐色固形物として得た。LCMS(M-H+):668.2。
ステップ3:2バッチ:TEA(270mL)、ピリジン(270mL)、及びH2O(810mL)の混合溶媒中の(2R,3S,5R)-5-(8-オキソ-6-(2-フェノキシアセトアミド)-7,8-ジヒドロ-9H-プリン-9-イル)-2-((2-フェノキシアセトキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル 2-フェノキシアセテート(27g,40.32mmol,1当量)の溶液。この混合物を、1.5時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。2つのバッチの粗製物を組み合わせ、メタノール500mLからの再結晶により精製して、N-(9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)-2-フェノキシアセトアミド(18g,44.85mmol,収率55.61%)を、褐色固形物として得た。LCMS(M-H+):400.1。
ステップ4:ピリジン(300mL)中のN-(9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)-2-フェノキシアセトアミド(16g,39.86mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(18.91g,55.81mmol,1.4当量)を添加した。この混合物を、10時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、水 50mLの添加によりクエンチし、次いで飽和 NaHCO3 500mLで希釈し、酢酸エチル1500mL(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、飽和塩水 500mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、5% TFA)により精製して、WV-NU-195(20g,27.63mmol,収率69.30%,純度97.21%)を、白色固形物として得た。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=10.94(br s,1H),10.50(br s,1H),8.26(s,1H),7.38-7.28(m,4H),7.26-7.11(m,7H),7.06-6.94(m,3H),6.79(dd,J=8.9,14.1Hz,4H),6.23(t,J=6.8Hz,1H),5.27(d,J=4.6Hz,1H),4.84(s,2H),4.58-4.44(m,1H),3.97-3.91(m,1H),3.70(d,J=5.0Hz,6H),3.22-3.11(m,2H),3.05(td,J=6.4,13.0Hz,1H),2.14(ddd,J=4.9,7.6,12.9Hz,1H);LCMS(M-H)-:702.3;純度:97.21%。
N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミドの合成
ステップ1:BnOH(1000mL)中のNa(21g、913.45mmol、21.65mL、8.43当量)の溶液に、3時間後、(2R,3R,4S,5R)-2-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3,4-ジオール(37.5g、108.34mmol、1.0当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物を、1N 冷HCl(2500mL)中に注ぎ、EtOAc(1500mL)で抽出した。水相に、pH>8になるまで飽和NaHCO3(水溶液)を添加し、白色ケーキを分離して取り出し、ろ過し、濃縮して、粗製物を得た。(2R,3R,4S,5R)-2-(6-アミノ-8-(ベンジルオキシ)-9H-プリン-9-イル)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3,4-ジオール(80g、粗製物)を、白色固形物として得た。LCMS:(M+H+):374.4.
ステップ1:BnOH(1000mL)中のNa(21g、913.45mmol、21.65mL、8.43当量)の溶液に、3時間後、(2R,3R,4S,5R)-2-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3,4-ジオール(37.5g、108.34mmol、1.0当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物を、1N 冷HCl(2500mL)中に注ぎ、EtOAc(1500mL)で抽出した。水相に、pH>8になるまで飽和NaHCO3(水溶液)を添加し、白色ケーキを分離して取り出し、ろ過し、濃縮して、粗製物を得た。(2R,3R,4S,5R)-2-(6-アミノ-8-(ベンジルオキシ)-9H-プリン-9-イル)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3,4-ジオール(80g、粗製物)を、白色固形物として得た。LCMS:(M+H+):374.4.
ステップ2:HMDS(400mL)中の(2R,3R,4S,5R)-2-(6-アミノ-8-(ベンジルオキシ)-9H-プリン-9-イル)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3,4-ジオール(39.0g、104.46mmol、1.0当量)の溶液。この混合物を、12時間にわたり130℃で撹拌した。この反応混合物を、減圧下で濃縮して、残渣を得た。N-(8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,3R,4R,5R)-4-ヒドロキシ-3-((トリメチルシリル)オキシ)-5-(((トリメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(61.62g、粗製物)を、褐色固体として得た。
ステップ3:ピリジン(460mL)中のN-(8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,3R,4R,5R)-4-ヒドロキシ-3-((トリメチルシリル)オキシ)-5-(((トリメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(46.0g、77.98mmol、1当量)の溶液に、塩化ベンゾイル(21.92g、155.96mmol、18.12mL、2.0当量)を添加した。この混合物を、1時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物に、MeOH:H2O(1:1)500mLを添加し、10分にわたり15℃で撹拌した。次いで、この混合物に、NH3.H2O(150mL)を添加し、15℃で10分にわたり撹拌した。次いで、この混合物を、H2O 200mLで希釈し、EtOAc 800mL(200mL*4)で抽出した。この混合物に、塩水 200mLを添加し、Na2SO4で脱水した。次いで、この混合物を、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィーにより精製した。N-(8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(33.99g、71.19mmol、収率91.29%)を、黄色固形物として得た。LCMS:(M+H+):478.4.
ステップ4:MeOH(1500mL)及びTHF(500mL)中のN-(8-(ベンジルオキシ)-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(35.1g、73.51mmol、1当量)の溶液に、H2(15psi)下で、Pd/C(7.0g、純度10%)を添加した。この混合物を、1時間にわたり20℃で撹拌した。この反応体をろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を精製せず、N-(9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(19.6g、50.60mmol、収率68.83%)を、褐色固形物として得た。LCMS:(M+H+):388.2.
ステップ5:ピリジン(150mL)中のN-(9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(14.8g、38.21mmol、1当量)の溶液に、DMTCl(15.54g、45.85mmol、1.2当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を、H2O 10mLで希釈し、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を、塩水 100mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=100/1~0/1)により精製した。N-(9-((2R,3R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3,4-ジヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(13.2g、19.14mmol、収率50.09%)を、褐色固形物として得た。LCMS:(M+H+):690.5.
ステップ6:DMF(100mL)中のN-(9-((2R,3R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3,4-ジヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(10.20g、14.79mmol、1当量)の溶液に、イミダゾール(3.02g、44.37mmol、3.00当量)及びTBSCl(2.01g、13.31mmol、1.63mL、0.9当量)を添加した。一部の実施形態において、R4sは-Hである。この混合物を、10時間にわたり15℃で撹拌した。この混合物を、酢酸エチルで希釈し、NaHCO3溶液で洗浄した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=100/1~1/1)により精製した。N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミド(3.82g、4.75mmol、収率32.13%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.51(s,1H),8.57(s,1H),8.26(s,1H),8.03(s,1H),7.96(d,J=7.5Hz,2H),7.70-7.63(m,1H),7.61-7.54(m,2H),7.48(d,J=7.3Hz,2H),7.36(dd,J=2.0,8.9Hz,4H),7.26-7.16(m,3H),6.78(d,J=8.7Hz,4H),5.99(d,J=4.6Hz,1H),5.32-5.27(m,1H),4.48(q,J=5.5Hz,1H),4.13-4.08(m,1H),3.78(s,6H),3.46(dd,J=3.9,10.3Hz,1H),3.32(dd,J=5.3,10.3Hz,1H),2.70(d,J=5.9Hz,1H),2.06(s,1H),1.58(s,2H),1.27(t,J=7.2Hz,1H),0.89(s,9H),0.05(s,3H),-0.01(s,3H);LCMS:(M-H+):802.3.
N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)ベンズアミドの合成
THF(35mL)中の乾燥N-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3-[tert-ブチル(ジメチル)シリル]オキシ-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]ベンズアミド(3.5g、4.35mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.52mL、10.88mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M、8.71mL、7.84mmol)を、滴下した。得られた濁った溶液を、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(78uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.05g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を、灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(3.512g、収率74.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.48(s,1H),8.62(s,1H),8.24(s,1H),7.96-7.92(m,2H),7.90-7.85(m,2H),7.67-7.61(m,1H),7.57(td,J=7.2,1.2Hz,1H),7.54(t,J=7.8Hz,2H),7.50-7.43(m,4H),7.38-7.32(m,4H),7.22(dd,J=8.4,6.9Hz,2H),7.19-7.13(m,1H),6.79-6.72(m,4H),6.01(d,J=5.4Hz,1H),5.33(t,J=5.3Hz,1H),5.00(q,J=6.2Hz,1H),4.78(dt,J=10.8,4.7Hz,1H),4.06(q,J=4.4Hz,1H),3.76(s,6H),3.67(dq,J=11.4,5.8Hz,1H),3.49-3.34(m,4H),3.19(dd,J=10.4,4.9Hz,1H),3.01(qd,J=9.5,4.0Hz,1H),1.85(t,J=5.8Hz,1H),1.77-1.70(m,1H),1.68-1.62(m,1H),1.16-1.06(m,1H),0.83(s,9H),0.02(s,3H),-0.09(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.12;MS(ESI),1086.13[M-H]-.
THF(35mL)中の乾燥N-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3-[tert-ブチル(ジメチル)シリル]オキシ-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]ベンズアミド(3.5g、4.35mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.52mL、10.88mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M、8.71mL、7.84mmol)を、滴下した。得られた濁った溶液を、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(78uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.05g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を、灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(3.512g、収率74.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.48(s,1H),8.62(s,1H),8.24(s,1H),7.96-7.92(m,2H),7.90-7.85(m,2H),7.67-7.61(m,1H),7.57(td,J=7.2,1.2Hz,1H),7.54(t,J=7.8Hz,2H),7.50-7.43(m,4H),7.38-7.32(m,4H),7.22(dd,J=8.4,6.9Hz,2H),7.19-7.13(m,1H),6.79-6.72(m,4H),6.01(d,J=5.4Hz,1H),5.33(t,J=5.3Hz,1H),5.00(q,J=6.2Hz,1H),4.78(dt,J=10.8,4.7Hz,1H),4.06(q,J=4.4Hz,1H),3.76(s,6H),3.67(dq,J=11.4,5.8Hz,1H),3.49-3.34(m,4H),3.19(dd,J=10.4,4.9Hz,1H),3.01(qd,J=9.5,4.0Hz,1H),1.85(t,J=5.8Hz,1H),1.77-1.70(m,1H),1.68-1.62(m,1H),1.16-1.06(m,1H),0.83(s,9H),0.02(s,3H),-0.09(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.12;MS(ESI),1086.13[M-H]-.
(1S,3S,3aS)-1-(((2R,3S)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)メトキシ)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホールの合成
THF(150mL)中の乾燥[(2R,3R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]テトラヒドロフラン-2-イル]メタノール(10.0g,23.78mmol)の白色スラリーに、トリエチルアミン(17.9mL,128.42mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M、47.56mL、42.81mmol)を、滴下した。DCM(50mL)を添加した。この白色スラリーを、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(428uL)によりクエンチした。無水MgSO4(5.7g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(13.08g、収率78.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.92(dd,J=8.2,1.4Hz,2H),7.64(tt,J=7.4,1.3Hz,1H),7.54(t,J=7.8Hz,2H),7.46(dd,J=8.6,1.3Hz,2H),7.35(d,J=8.6Hz,4H),7.29(t,J=7.6Hz,2H),7.22(tt,J=7.3,1.3Hz,1H),6.84(d,J=8.9Hz,4H),4.99(q,J=6.1Hz,1H),4.07(dt,J=6.2,1.9Hz,1H),3.89(ddd,J=10.1,8.1,5.9Hz,1H),3.82(td,J=8.0,2.8Hz,1H),3.79(s,6H),3.79-3.75(m,1H),3.61(dq,J=9.7,5.9Hz,1H),3.47(dd,J=14.5,6.8Hz,1H),3.45-3.38(m,2H),3.34(dd,J=14.5,5.6Hz,1H),3.29(ddd,J=11.1,8.7,4.6Hz,1H),3.00(qd,J=10.5,4.1Hz,1H),1.83(dtt,J=11.9,7.7,3.3Hz,1H),1.74(dq,J=11.9,7.5Hz,1H),1.61(qd,J=7.7,6.6,3.0Hz,1H),1.56(dddd,J=13.7,10.0,5.8,3.9Hz,1H),1.38(ddt,J=13.0,5.4,2.1Hz,1H),1.07(dq,J=11.5,9.8Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.11;MS(ESI),704.87[M+H]+.
THF(150mL)中の乾燥[(2R,3R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]テトラヒドロフラン-2-イル]メタノール(10.0g,23.78mmol)の白色スラリーに、トリエチルアミン(17.9mL,128.42mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M、47.56mL、42.81mmol)を、滴下した。DCM(50mL)を添加した。この白色スラリーを、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(428uL)によりクエンチした。無水MgSO4(5.7g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(13.08g、収率78.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.92(dd,J=8.2,1.4Hz,2H),7.64(tt,J=7.4,1.3Hz,1H),7.54(t,J=7.8Hz,2H),7.46(dd,J=8.6,1.3Hz,2H),7.35(d,J=8.6Hz,4H),7.29(t,J=7.6Hz,2H),7.22(tt,J=7.3,1.3Hz,1H),6.84(d,J=8.9Hz,4H),4.99(q,J=6.1Hz,1H),4.07(dt,J=6.2,1.9Hz,1H),3.89(ddd,J=10.1,8.1,5.9Hz,1H),3.82(td,J=8.0,2.8Hz,1H),3.79(s,6H),3.79-3.75(m,1H),3.61(dq,J=9.7,5.9Hz,1H),3.47(dd,J=14.5,6.8Hz,1H),3.45-3.38(m,2H),3.34(dd,J=14.5,5.6Hz,1H),3.29(ddd,J=11.1,8.7,4.6Hz,1H),3.00(qd,J=10.5,4.1Hz,1H),1.83(dtt,J=11.9,7.7,3.3Hz,1H),1.74(dq,J=11.9,7.5Hz,1H),1.61(qd,J=7.7,6.6,3.0Hz,1H),1.56(dddd,J=13.7,10.0,5.8,3.9Hz,1H),1.38(ddt,J=13.0,5.4,2.1Hz,1H),1.07(dq,J=11.5,9.8Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.11;MS(ESI),704.87[M+H]+.
(S)-N-(1-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(WV-NU-175)の合成
DMF(300mL)中の(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(34.30g,159.39mmol,1当量)の溶液に、NaH(1.27g,31.88mmol,純度60%,0.2当量)を添加し、この混合物を2時間にわたり20℃で撹拌し、次いで(2S)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]オキシラン(60g,159.39mmol,1当量)を添加した。この混合物を、4時間にわたり115℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.05)は、化合物2が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。その後、この溶液を、20℃まで冷却し、飽和塩水1000mLとEtOAc(200mL*3)との間で分配した。有機相を分離し、飽和塩水で2回洗浄し、Na2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、5% TEA)により精製した。WV-NU-175(14.9g,24.45mmol,収率15.34%,純度97.094%)を、黄色固形物として得た。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ ppm 2.90-3.03(m,2H)3.54-3.63(m,1H)3.73(d,J=1.50Hz,6H)4.02(s,1H)4.20(br dd,J=12.82,3.06Hz,1H)5.31(d,J=5.88Hz,1H)6.90(dd,J=8.88,1.75Hz,4H)7.19-7.36(m,8H)7.43(d,J=7.38Hz,2H)7.48-7.55(m,2H)7.61(d,J=7.38Hz,1H)7.96-8.05(m,2H)11.15(br s,1H);LCMS(M-H+):590.3;純度:98.72%。
DMF(300mL)中の(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(34.30g,159.39mmol,1当量)の溶液に、NaH(1.27g,31.88mmol,純度60%,0.2当量)を添加し、この混合物を2時間にわたり20℃で撹拌し、次いで(2S)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]オキシラン(60g,159.39mmol,1当量)を添加した。この混合物を、4時間にわたり115℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.05)は、化合物2が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。その後、この溶液を、20℃まで冷却し、飽和塩水1000mLとEtOAc(200mL*3)との間で分配した。有機相を分離し、飽和塩水で2回洗浄し、Na2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1、5% TEA)により精製した。WV-NU-175(14.9g,24.45mmol,収率15.34%,純度97.094%)を、黄色固形物として得た。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ ppm 2.90-3.03(m,2H)3.54-3.63(m,1H)3.73(d,J=1.50Hz,6H)4.02(s,1H)4.20(br dd,J=12.82,3.06Hz,1H)5.31(d,J=5.88Hz,1H)6.90(dd,J=8.88,1.75Hz,4H)7.19-7.36(m,8H)7.43(d,J=7.38Hz,2H)7.48-7.55(m,2H)7.61(d,J=7.38Hz,1H)7.96-8.05(m,2H)11.15(br s,1H);LCMS(M-H+):590.3;純度:98.72%。
(R)-N-(1-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(WV-NU-176)
ステップ1:ピリジン(1750mL)中の[(2S)-オキシラン-2-イル]メタノール[(2S)-オキシラン-2-イル]メタノール(35.7g,481.92mmol,31.88mL,1当量)の溶液に、DMTCl(179.62g,530.11mmol,1.1当量)を添加した。この混合物を、10時間にわたり15℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.70)は、反応体1が完全に消費され、3つの新たなスポットが形成されたことを示した。数滴のメタノール30mlを添加して、未反応のDMTrClを加水分解し、この混合物を、10分にわたり撹拌した。生成物を、H2O(8000ml)で洗浄し、EAOAC(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、NaCl(50mL*3)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=50/1~3/1,5% TEA)により精製して、(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(240g,637.55mmol,収率66.15%)を、黄色油状物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.43-7.38(m,2H),7.34-7.19(m,7H),6.89(d,J=8.8Hz,4H),5.31(d,J=5.5Hz,1H),3.84(qd,J=5.4,10.4Hz,1H),3.75-3.72(m,6H),3.65-3.59(m,1H),3.39-3.38(m,1H),3.06-2.94(m,2H).
ステップ1:ピリジン(1750mL)中の[(2S)-オキシラン-2-イル]メタノール[(2S)-オキシラン-2-イル]メタノール(35.7g,481.92mmol,31.88mL,1当量)の溶液に、DMTCl(179.62g,530.11mmol,1.1当量)を添加した。この混合物を、10時間にわたり15℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.70)は、反応体1が完全に消費され、3つの新たなスポットが形成されたことを示した。数滴のメタノール30mlを添加して、未反応のDMTrClを加水分解し、この混合物を、10分にわたり撹拌した。生成物を、H2O(8000ml)で洗浄し、EAOAC(500mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、NaCl(50mL*3)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=50/1~3/1,5% TEA)により精製して、(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(240g,637.55mmol,収率66.15%)を、黄色油状物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.43-7.38(m,2H),7.34-7.19(m,7H),6.89(d,J=8.8Hz,4H),5.31(d,J=5.5Hz,1H),3.84(qd,J=5.4,10.4Hz,1H),3.75-3.72(m,6H),3.65-3.59(m,1H),3.39-3.38(m,1H),3.06-2.94(m,2H).
ステップ2:DMF(250mL)中の(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(14.29g,66.41mmol,1当量)の溶液に、K2CO3(18.36g,132.82mmol,2当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり85℃で撹拌し、(2R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]オキシラン(25g,66.41mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。この混合物を、真空中で濃縮した。残渣を、NaHCO3飽和水溶液(50mL)によりクエンチし、次いでEtOAc(600mL*3)で抽出した。合わせた有機相を、塩水(300mL)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、(石油エーテル/酢酸エチル=50/1、3/1)にょり溶出されるシリカゲルによるカラムクロマトグラフィーによって精製して、WV-NU-176(24g,40.56mmol,収率11.75%)を、白色固形物として得た。1HNMR(クロロホルム-d,400MHz):δ=7.94(s,2H),7.83(br d,J=7.4Hz,2H),7.50-7.58(m,2H),7.45(t,J=7.6Hz,2H),7.34(br d,J=7.6Hz,3H),7.20-7.29(m,7H),7.12-7.20(m,2H),6.76(d,J=8.8Hz,4H),4.28(dd,J=13.6,2.5Hz,1H),4.14(br s,1H),3.74-3.81(m,1H),3.71(s,6H),3.11-3.26(m,1H),3.05(dd,J=9.6,6.0Hz,1H),1.19 ppm(t,J=7.1Hz,2H);LCMS:(M-H+):590.2;LCMS 純度 99.56%.
(S)-N-(1-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミド(WV-NU-199)の合成
DMF(600mL)中の化合物N-(4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミド(57.17g,265.64mmol,2当量)の溶液に、85℃で、K2CO3(9.18g,66.41mmol,0.5当量)を滴下し、この混合物を、30分にわたりこの温度で撹拌し、次いで、85℃で、(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(50g,132.82mmol,1当量)を滴下した。得られた混合物を、48時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水150mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル1000mL(500mL*2)で抽出し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1で精製して、WV-NU-199(14.23g,24.05mmol,収率18.11%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=13.40-13.08(m,1H),8.17(d,J=7.9Hz,2H),7.81(d,J=8.0Hz,1H),7.53-7.42(m,3H),7.33-7.20(m,9H),6.85(d,J=8.8Hz,4H),5.94(dd,J=2.2,7.9Hz,1H),5.37(d,J=5.6Hz,1H),4.67(dd,J=3.1,13.3Hz,1H),4.34-4.18(m,1H),3.75-3.68(m,7H),3.15(br dd,J=4.9,9.0Hz,1H),2.96(br t,J=8.1Hz,1H);LCMS(M-H+):592.24、純度:94.76%。
DMF(600mL)中の化合物N-(4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミド(57.17g,265.64mmol,2当量)の溶液に、85℃で、K2CO3(9.18g,66.41mmol,0.5当量)を滴下し、この混合物を、30分にわたりこの温度で撹拌し、次いで、85℃で、(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(50g,132.82mmol,1当量)を滴下した。得られた混合物を、48時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水150mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル1000mL(500mL*2)で抽出し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1で精製して、WV-NU-199(14.23g,24.05mmol,収率18.11%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=13.40-13.08(m,1H),8.17(d,J=7.9Hz,2H),7.81(d,J=8.0Hz,1H),7.53-7.42(m,3H),7.33-7.20(m,9H),6.85(d,J=8.8Hz,4H),5.94(dd,J=2.2,7.9Hz,1H),5.37(d,J=5.6Hz,1H),4.67(dd,J=3.1,13.3Hz,1H),4.34-4.18(m,1H),3.75-3.68(m,7H),3.15(br dd,J=4.9,9.0Hz,1H),2.96(br t,J=8.1Hz,1H);LCMS(M-H+):592.24、純度:94.76%。
(R)-N-(1-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミド(WV-NU-200)の合成
DMF(350mL)中のN-(4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミド(34.30g,159.39mmol,2当量)の溶液に、85℃で、K2CO3(5.51g,39.85mmol,0.5当量)を添加し、この混合物を、30分にわたりこの温度で撹拌し、次いで、85℃で、(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(30.00g,79.69mmol,1当量)を滴下した。得られた混合物を、48時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水50mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル200mL(100mL*2)で抽出し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1)によって精製して、WV-NU-200(7.95g,13.44mmol,収率16.86%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=13.23(d,J=2.0Hz,1H),8.17(d,J=7.3Hz,2H),7.81(d,J=8.0Hz,1H),7.53-7.41(m,3H),7.32-7.19(m,9H),6.84(d,J=8.9Hz,4H),5.93(dd,J=2.4,8.0Hz,1H),5.36(d,J=5.6Hz,1H),4.67(dd,J=3.1,13.3Hz,1H),4.33-4.19(m,1H),3.75-3.67(m,7H),3.14(dd,J=4.9,9.1Hz,1H),2.96(br t,J=8.1Hz,1H);LCMS(M-H+):592.24、純度:93.75%。
DMF(350mL)中のN-(4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミド(34.30g,159.39mmol,2当量)の溶液に、85℃で、K2CO3(5.51g,39.85mmol,0.5当量)を添加し、この混合物を、30分にわたりこの温度で撹拌し、次いで、85℃で、(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(30.00g,79.69mmol,1当量)を滴下した。得られた混合物を、48時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水50mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル200mL(100mL*2)で抽出し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1)によって精製して、WV-NU-200(7.95g,13.44mmol,収率16.86%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=13.23(d,J=2.0Hz,1H),8.17(d,J=7.3Hz,2H),7.81(d,J=8.0Hz,1H),7.53-7.41(m,3H),7.32-7.19(m,9H),6.84(d,J=8.9Hz,4H),5.93(dd,J=2.4,8.0Hz,1H),5.36(d,J=5.6Hz,1H),4.67(dd,J=3.1,13.3Hz,1H),4.33-4.19(m,1H),3.75-3.67(m,7H),3.14(dd,J=4.9,9.1Hz,1H),2.96(br t,J=8.1Hz,1H);LCMS(M-H+):592.24、純度:93.75%。
(S)-1-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-180)の合成
DMF(100mL)中の5-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(16.75g,132.82mmol,1当量)の溶液に、85℃でK2CO3(7.34g,53.13mmol,0.4当量)を添加し、次いで(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(50g,132.82mmol,1当量)を添加した。この混合物を、24時間にわたり85℃で撹拌した。この混合物を、H2O 500mLで希釈し、EtOAc 500mL*3で抽出した。有機相を、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。シリカゲルカラムを、石油エーテル(5% Et3N)600mL及び石油エーテル600mLで洗浄した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=100/1~1/1)により精製して、WV-NU-180(13.8g,26.33mmol,収率19.83%,純度95.9%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.20(s,1H),7.50-7.13(m,10H),6.88(dd,J=1.5,8.8Hz,4H),5.25(d,J=5.6Hz,1H),3.95-3.86(m,2H),3.77-3.70(m,6H),3.53-3.40(m,1H),3.01-2.93(m,1H),2.91-2.82(m,1H),2.75-2.71(m,1H),2.73(s,1H),1.70(s,3H).LCMS:(M-H+):501.1,LCMS 純度:95.9%.
DMF(100mL)中の5-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(16.75g,132.82mmol,1当量)の溶液に、85℃でK2CO3(7.34g,53.13mmol,0.4当量)を添加し、次いで(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(50g,132.82mmol,1当量)を添加した。この混合物を、24時間にわたり85℃で撹拌した。この混合物を、H2O 500mLで希釈し、EtOAc 500mL*3で抽出した。有機相を、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。シリカゲルカラムを、石油エーテル(5% Et3N)600mL及び石油エーテル600mLで洗浄した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=100/1~1/1)により精製して、WV-NU-180(13.8g,26.33mmol,収率19.83%,純度95.9%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.20(s,1H),7.50-7.13(m,10H),6.88(dd,J=1.5,8.8Hz,4H),5.25(d,J=5.6Hz,1H),3.95-3.86(m,2H),3.77-3.70(m,6H),3.53-3.40(m,1H),3.01-2.93(m,1H),2.91-2.82(m,1H),2.75-2.71(m,1H),2.73(s,1H),1.70(s,3H).LCMS:(M-H+):501.1,LCMS 純度:95.9%.
(R)-1-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-205)の合成
2バッチ:DMF(600mL)中の(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(60g,159.39mmol,1当量)の溶液に、30分にわたり85℃で、K2CO3(11.01g,79.69mmol,0.5当量)を添加し、次いで5-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(20.10g,159.39mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水 500mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル 2000mL(1000mL*2)で抽出し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1:0~0:1)で精製して、WV-NU-205(10g,19.90mmol)を、白色固形物として得た。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.18(s,1H),7.42(br d,J=7.5Hz,2H),7.36-7.21(m,9H),6.88(dd,J=1.3,8.7Hz,4H),5.24(d,J=5.5Hz,1H),3.95-3.86(m,2H),3.74(s,6H),3.46(br dd,J=9.4,14.5Hz,1H),3.01-2.85(m,2H),1.70(s,3H);LCMS(M-H+):502.56、純度:96.97%。
2バッチ:DMF(600mL)中の(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(60g,159.39mmol,1当量)の溶液に、30分にわたり85℃で、K2CO3(11.01g,79.69mmol,0.5当量)を添加し、次いで5-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(20.10g,159.39mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水 500mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル 2000mL(1000mL*2)で抽出し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1:0~0:1)で精製して、WV-NU-205(10g,19.90mmol)を、白色固形物として得た。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.18(s,1H),7.42(br d,J=7.5Hz,2H),7.36-7.21(m,9H),6.88(dd,J=1.3,8.7Hz,4H),5.24(d,J=5.5Hz,1H),3.95-3.86(m,2H),3.74(s,6H),3.46(br dd,J=9.4,14.5Hz,1H),3.01-2.85(m,2H),1.70(s,3H);LCMS(M-H+):502.56、純度:96.97%。
(S)-N-(9-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(WV-NU-177)の合成
3バッチ:DMF(200mL)中の2-メチル-N-(6-オキソ-1,9-ジヒドロプリン-2-イル)プロパンアミド(11.75g,53.13mmol,1当量)の溶液に、30分にわたり85℃でK2CO3(3.67g,26.56mmol,0.5当量)を添加し、次いで(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(20g,53.13mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。3つの反応体を、仕上げのために組み合わせた。この反応混合物を、水 500mLで希釈し、EtOAc(500mL*4)で抽出した。合わせた有機層を、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、ジクロロメタン:メタノール=0:1~30:1)で精製した。粗製物 22gの混合物を、分取HPLCカラム(Phenomenex Titank C18 Bulk 250*100mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:45%~65%,20分)で精製して、化合物WV-NU-177(8.1g,13.55mmol,収率36.82%)を、淡黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.03(s,1H),11.56(s,1H),7.89-7.86(m,1H),7.43-7.37(m,2H),7.33-7.18(m,7H),6.90-6.84(m,4H),5.42(d,J=5.0Hz,1H),4.15-4.08(m,2H),3.73(d,J=0.8Hz,6H),3.34(s,1H),3.01-2.96(m,1H),2.89(dd,J=4.1,9.4Hz,1H),2.78(quin,J=6.8Hz,1H),1.11(dd,J=2.6,6.9Hz,6H);LCMS(M-H+):597.26,LCMS 純度:97.82%.
3バッチ:DMF(200mL)中の2-メチル-N-(6-オキソ-1,9-ジヒドロプリン-2-イル)プロパンアミド(11.75g,53.13mmol,1当量)の溶液に、30分にわたり85℃でK2CO3(3.67g,26.56mmol,0.5当量)を添加し、次いで(S)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(20g,53.13mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。3つの反応体を、仕上げのために組み合わせた。この反応混合物を、水 500mLで希釈し、EtOAc(500mL*4)で抽出した。合わせた有機層を、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、ジクロロメタン:メタノール=0:1~30:1)で精製した。粗製物 22gの混合物を、分取HPLCカラム(Phenomenex Titank C18 Bulk 250*100mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:45%~65%,20分)で精製して、化合物WV-NU-177(8.1g,13.55mmol,収率36.82%)を、淡黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=12.03(s,1H),11.56(s,1H),7.89-7.86(m,1H),7.43-7.37(m,2H),7.33-7.18(m,7H),6.90-6.84(m,4H),5.42(d,J=5.0Hz,1H),4.15-4.08(m,2H),3.73(d,J=0.8Hz,6H),3.34(s,1H),3.01-2.96(m,1H),2.89(dd,J=4.1,9.4Hz,1H),2.78(quin,J=6.8Hz,1H),1.11(dd,J=2.6,6.9Hz,6H);LCMS(M-H+):597.26,LCMS 純度:97.82%.
((R)-N-(9-(3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-ヒドロキシプロピル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(WV-NU-178)の合成
5バッチ:DMF(100mL)中の(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(14g,37.19mmol,1当量)の溶液に、K2CO3(2.06g,14.88mmol,0.4当量)及び2-メチル-N-(6-オキソ-1,9-ジヒドロプリン-2-イル)プロパンアミド(8.23g,37.19mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水 500mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル 1000mL(500mL*2)で抽出した。合わせた有機相を、塩水(150mL)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex Titank C18 Bulk 250*100mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:50%~70%,20分)で精製して、化合物WV-NU-178(8g,13.39mmol,収率32.01%)を、白色固形物として得た。1HNMR(クロロホルム-d,400MHz):δ=7.59(s,1H),7.46(d,J=7.8Hz,2H),7.30-7.36(m,6H),7.22-7.27(m,1H),6.85(d,J=8.8Hz,4H),4.26(br d,J=11.3Hz,2H),4.10(br dd,J=14.8,8.3Hz,2H),3.82(s,6H),3.16-3.29(m,2H),2.57-2.65(m,1H),1.30 ppm(dd,J=6.8,4.8Hz,6H).LCMS:M-H+:596.6;LCMS 純度 99.48%.
5バッチ:DMF(100mL)中の(R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)オキシラン(14g,37.19mmol,1当量)の溶液に、K2CO3(2.06g,14.88mmol,0.4当量)及び2-メチル-N-(6-オキソ-1,9-ジヒドロプリン-2-イル)プロパンアミド(8.23g,37.19mmol,1当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり85℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水 500mLの添加によりクエンチし、酢酸エチル 1000mL(500mL*2)で抽出した。合わせた有機相を、塩水(150mL)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex Titank C18 Bulk 250*100mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:50%~70%,20分)で精製して、化合物WV-NU-178(8g,13.39mmol,収率32.01%)を、白色固形物として得た。1HNMR(クロロホルム-d,400MHz):δ=7.59(s,1H),7.46(d,J=7.8Hz,2H),7.30-7.36(m,6H),7.22-7.27(m,1H),6.85(d,J=8.8Hz,4H),4.26(br d,J=11.3Hz,2H),4.10(br dd,J=14.8,8.3Hz,2H),3.82(s,6H),3.16-3.29(m,2H),2.57-2.65(m,1H),1.30 ppm(dd,J=6.8,4.8Hz,6H).LCMS:M-H+:596.6;LCMS 純度 99.48%.
(2R,3S,4R,5R)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-3-イル アセテート(WV-NU-207)の合成。
ステップ1:ピリジン(460mL)中の4-アミノ-1-((2R,3S,4S,5R)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(96g,394.71mmol,1当量)の溶液に、N2中で0℃にて、クロロ-[クロロ(ジイソプロピル)シリル]オキシ-ジイソプロピル-シラン(136.95g,434.18mmol,138.90mL,1.1当量)を滴下した。2時間後、この混合物を、10時間にわたり0~20℃で撹拌した。この反応混合物を、真空下で濃縮して、粗生成物を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=10:1~0:1)で精製して、4-アミノ-1-((6aR,8R,9S,9aS)-9-ヒドロキシ-2,2,4,4-テトライソプロピルテトラヒドロ-6H-フロ[3,2-f][1,3,5,2,4]トリオキサジシロシン-8-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(170g,350.00mmol,収率88.67%)を、白色固形物として得た。LCMS(M+H+):486.3.
ステップ1:ピリジン(460mL)中の4-アミノ-1-((2R,3S,4S,5R)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(96g,394.71mmol,1当量)の溶液に、N2中で0℃にて、クロロ-[クロロ(ジイソプロピル)シリル]オキシ-ジイソプロピル-シラン(136.95g,434.18mmol,138.90mL,1.1当量)を滴下した。2時間後、この混合物を、10時間にわたり0~20℃で撹拌した。この反応混合物を、真空下で濃縮して、粗生成物を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=10:1~0:1)で精製して、4-アミノ-1-((6aR,8R,9S,9aS)-9-ヒドロキシ-2,2,4,4-テトライソプロピルテトラヒドロ-6H-フロ[3,2-f][1,3,5,2,4]トリオキサジシロシン-8-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(170g,350.00mmol,収率88.67%)を、白色固形物として得た。LCMS(M+H+):486.3.
ステップ2:ピリジン(1700mL)中の4-アミノ-1-((6aR,8R,9S,9aS)-9-ヒドロキシ-2,2,4,4-テトライソプロピルテトラヒドロ-6H-フロ[3,2-f][1,3,5,2,4]トリオキサジシロシン-8-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(170g,350.00mmol,1当量)の溶液に、DMAP(85.52g,699.99mmol,2当量)及びAc2O(142.92g,1.40mol,131.12mL,4当量)を添加した。この混合物を、10時間にわたり25℃で撹拌した。この反応混合物を、水 1000mLで希釈し、次いで分離し、有機相を採取した。まとめた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、(6aR,8R,9S,9aR)-8-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2,2,4,4-テトライソプロピルテトラヒドロ-6H-フロ[3,2-f][1,3,5,2,4]トリオキサジシロシン-9-イル アセテート(199g,粗製物)を、黄色油状物として得た。LCMS(M+H+):570.4.
ステップ3:3バッチ:THF(600mL)中の(6aR,8R,9S,9aR)-8-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2,2,4,4-テトライソプロピルテトラヒドロ-6H-フロ[3,2-f][1,3,5,2,4]トリオキサジシロシン-9-イル アセテート(66.3g,116.36mmol,1当量)の溶液に、TBAF(1M,174.54mL,1.5当量)及びAcOH(6.99g,116.36mmol,6.66mL,1当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり20℃で撹拌した。この反応混合物を、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、酢酸エチル:MeOH=20:1~1:1)で精製した。減圧下での濃縮後、酢酸エチル 1Lを、10分にわたり撹拌し、ろ過して、(2R,3S,4R,5R)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-イル アセテート(64g,195.55mmol,収率64.00%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=10.89(br s,1H),8.21(d,J=7.5Hz,1H),7.22(d,J=7.5Hz,1H),6.17(d,J=4.8Hz,1H),5.85(br d,J=4.1Hz,1H),5.26(t,J=4.3Hz,1H),5.12(br s,1H),4.09(br s,2H),3.87(q,J=4.8Hz,1H),3.63-3.57(m,1H),3.16(d,J=4.4Hz,2H),2.10(s,3H),1.85(s,3H);LCMS(M+H+):328.2;純度:73.59%。
ステップ4:2バッチ:ピリジン(500mL)中の(2R,3S,4R,5R)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-イル アセテート(26g,79.44mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(26.92g,79.44mmol,1当量)を添加した。この混合物を、20時間にわたり25℃で撹拌した。この反応混合物を、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得、この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,酢酸エチル:MeOH=20:1~1:1、5% TEA)で精製して、WV-NU-207(46.5g,73.85mmol,収率46.50%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=10.90(s,1H),7.87(d,J=7.5Hz,1H),7.43-7.39(m,2H),7.36-7.22(m,8H),7.11(d,J=7.5Hz,1H),6.91(dd,J=1.3,8.8Hz,4H),6.20(d,J=4.8Hz,1H),5.94(d,J=4.6Hz,1H),5.26-5.22(m,1H),4.17-4.09(m,2H),3.74(s,6H),3.32-3.28(m,2H),2.10(s,3H),1.74(s,3H);LCMS(M-H+):628.2;純度:96.49%。
N-(1-((2R,3R,4S)-4-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-3-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)アセトアミド(WV-NU-088)の合成
ステップ1:MeCN(140mL)中の(3R,4S)-2-アセトキシ-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(27.5g,54.49mmol,1当量)及びN-(2-オキソ-1H-ピリミジン-4-イル)アセトアミド(8.76g,57.22mmol,1.05当量)の溶液に、BSA(23.28g,114.44mmol,28.29mL,2.1当量)を添加し、この混合物を、60℃で30分にわたり撹拌した。TMSOTf(19.38g,87.19mmol,15.76mL,1.6当量)を滴下し、60℃でさらに2時間にわたり撹拌し続けた。この混合物をr.t.まで冷却し、EtOAc 100mLで希釈し、撹拌しつつ冷 NaHCO3飽和水溶液 200mL中に注ぎ、この混合物を、DCM(500mL*2)で抽出した。有機層を分離し、H2O(100mL)及び塩水(100mL)で洗浄し、MgSO4で脱水し、減圧下で濃縮して、(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(30g,粗製物)を、黄色固形物として得た。この混合物を、さらに精製することなく直接使用した。LCMS:(M+H+):598.3。
ステップ1:MeCN(140mL)中の(3R,4S)-2-アセトキシ-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(27.5g,54.49mmol,1当量)及びN-(2-オキソ-1H-ピリミジン-4-イル)アセトアミド(8.76g,57.22mmol,1.05当量)の溶液に、BSA(23.28g,114.44mmol,28.29mL,2.1当量)を添加し、この混合物を、60℃で30分にわたり撹拌した。TMSOTf(19.38g,87.19mmol,15.76mL,1.6当量)を滴下し、60℃でさらに2時間にわたり撹拌し続けた。この混合物をr.t.まで冷却し、EtOAc 100mLで希釈し、撹拌しつつ冷 NaHCO3飽和水溶液 200mL中に注ぎ、この混合物を、DCM(500mL*2)で抽出した。有機層を分離し、H2O(100mL)及び塩水(100mL)で洗浄し、MgSO4で脱水し、減圧下で濃縮して、(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(30g,粗製物)を、黄色固形物として得た。この混合物を、さらに精製することなく直接使用した。LCMS:(M+H+):598.3。
ステップ2:THF(240mL)中の(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(30g,50.19mmol,1当量)の溶液に、TBAF(1M,75.28mL,1.5当量)を添加した。この混合物を、1時間にわたり0℃で撹拌した。TLC(酢酸エチル/石油エーテル=2:1,Rf=0.25)は、1つの主要なスポットを示した。減圧下で溶媒を蒸発させ、残渣を、EtOAc 600mLに溶解させた。有機層を分離し、H2O(100mL*2)及び塩水(100mL)で洗浄し、MgSO4で脱水し、減圧下で濃縮して、粗製物を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=5/1~1:2)により精製して、(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(12g,33.40mmol,収率66.54%)を、黄色固形物として得た。
ステップ3:(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(11g,30.61mmol,1当量)、DMTCl(15.56g,45.92mmol,1.5当量)、DMAP(373.98mg,3.06mmol,0.1当量)の混合物を、無水ピリジン 20mLと共に、2回共蒸発させた。この混合物を、無水ピリジン(80mL)に溶解させ、16時間にわたり80℃にてアルゴン下で撹拌した。この混合物を濃縮して、粗製物を得た。この残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=10/1,3/1,5% TEA)で精製して、(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(18.5g,粗製物)を、白色固形物として得た。LCMS:(M-H+):660.2。
ステップ4:MeOH(180mL),LiOH.H2O(1.41g,33.55mmol,1.2当量)の混合物中の(2R,3R,4S)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-4-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)テトラヒドロフラン-3-イル ベンゾエート(18.5g,27.96mmol,1当量)の溶液に、0℃で、水(500mL)を添加し、次いで減圧下で濃縮して、有機溶媒を除去した。水相を、EtOAc(250mL*3)で抽出し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、4-アミノ-1-((2R,3R,4S)-4-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-3-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(14.4g,粗製物)を、黄色固形物として得た。
ステップ5:DMF(100mL)中の4-アミノ-1-((2R,3R,4S)-4-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-3-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(14.4g,27.93mmol,1当量)の溶液に、Ac2O(3.14g,30.72mmol,2.88mL,1.1当量)を添加し、この混合物を、12時間にわたり20℃で撹拌した。水(500mL)を添加し、EtOAc(500mL*2)で抽出し、有機物を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、濃縮して、粗製物を得た。この残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM/酢酸エチル=20/1,1/1,酢酸エチル:メタノール=20:1,5% TEA)により精製して、化合物WV-NU-088(8.3g,14.45mmol,収率51.73%,純度97.07%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=9.23(br s,1H),8.04(d,J=7.5Hz,1H),7.54(d,J=7.4Hz,1H),7.38-7.33(m,2H),7.31-7.18(m,8H),6.86-6.78(m,4H),4.34-4.24(m,3H),3.80(d,J=2.4Hz,6H),3.69(dd,J=4.4,9.9Hz,1H),3.39(dd,J=2.3,9.8Hz,1H),2.34(s,3H),2.00(s,1H);LCMS 純度:97.07[M-H;556.2(M-H)-.
1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-1,3-ジヒドロ-2H-イミダゾール-2-オンの合成
THF(40mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-イミダゾール-2-オン(4.0g,7.96mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.99mL,35.82mmol)を添加した。0℃まで冷却し、(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,13.27mL,11.94mmol)を滴下した。得られたスラリーを、2.5時間にわたり0℃で撹拌し、次いで1.5時間にわたり室温で撹拌した。この反応を、水(72μL)でクエンチした。無水MgSO4(960mg)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてEtOAc中の0~100% MeCN(各移動相は2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(2.389g,収率38.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.68(s,1H),7.90-7.86(m,2H),7.62-7.56(m,1H),7.50(t,J=7.8Hz,2H),7.45-7.41(m,2H),7.31(dd,J=8.7,5.5Hz,4H),7.28(t,J=7.5Hz,2H),7.21(t,J=7.4Hz,1H),6.83(d,J=8.5Hz,4H),6.34(t,J=2.6Hz,1H),6.21(t,J=2.7Hz,1H),6.07(t,J=7.0Hz,1H),4.92(q,J=6.1Hz,1H),4.75(dq,J=8.8,3.8,3.4Hz,1H),3.96(q,J=3.4Hz,1H),3.78(s,6H),3.58(dq,J=11.8,6.0Hz,1H),3.51-3.41(m,2H),3.35(dd,J=14.6,5.3Hz,1H),3.31(dd,J=10.3,3.9Hz,1H),3.18(dd,J=10.3,3.7Hz,1H),3.09(qd,J=10.1,3.9Hz,1H),2.31(dd,J=7.0,4.4Hz,2H),1.87(dh,J=12.6,4.7,3.7Hz,1H),1.81-1.71(m,1H),1.65-1.62(m,1H),1.15-1.05(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.36;MS(ESI),784.77[M-H]-.
THF(40mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-イミダゾール-2-オン(4.0g,7.96mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.99mL,35.82mmol)を添加した。0℃まで冷却し、(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,13.27mL,11.94mmol)を滴下した。得られたスラリーを、2.5時間にわたり0℃で撹拌し、次いで1.5時間にわたり室温で撹拌した。この反応を、水(72μL)でクエンチした。無水MgSO4(960mg)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてEtOAc中の0~100% MeCN(各移動相は2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(2.389g,収率38.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.68(s,1H),7.90-7.86(m,2H),7.62-7.56(m,1H),7.50(t,J=7.8Hz,2H),7.45-7.41(m,2H),7.31(dd,J=8.7,5.5Hz,4H),7.28(t,J=7.5Hz,2H),7.21(t,J=7.4Hz,1H),6.83(d,J=8.5Hz,4H),6.34(t,J=2.6Hz,1H),6.21(t,J=2.7Hz,1H),6.07(t,J=7.0Hz,1H),4.92(q,J=6.1Hz,1H),4.75(dq,J=8.8,3.8,3.4Hz,1H),3.96(q,J=3.4Hz,1H),3.78(s,6H),3.58(dq,J=11.8,6.0Hz,1H),3.51-3.41(m,2H),3.35(dd,J=14.6,5.3Hz,1H),3.31(dd,J=10.3,3.9Hz,1H),3.18(dd,J=10.3,3.7Hz,1H),3.09(qd,J=10.1,3.9Hz,1H),2.31(dd,J=7.0,4.4Hz,2H),1.87(dh,J=12.6,4.7,3.7Hz,1H),1.81-1.71(m,1H),1.65-1.62(m,1H),1.15-1.05(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.36;MS(ESI),784.77[M-H]-.
N-(1-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-3-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミドの合成
THF(100mL)中の乾燥N-[1-[(2R,3S,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-[tert-ブチル(ジメチル)シリル]オキシ-3-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド(10.0g,13.09mmol)の溶液に、トリエチルアミン(9.85mL,70.69mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,26.18mL,23.56mmol)を滴下した。得られたスラリーを、2.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(234uL)でクエンチした。無水MgSO4(3.12g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~70% EtOAc(各移動相は5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、灰白色泡状物(9.95g,収率72.6%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.57(bs,2H),7.99-7.95(m,2H),7.91-7.82(m,2H),7.64-7.58(m,2H),7.52(dt,J=15.0,7.6Hz,4H),7.41(d,J=7.4Hz,2H),7.34(t,J=7.5Hz,2H),7.30(dd,J=8.8,3.2Hz,5H),6.88(d,J=8.5Hz,4H),5.93(d,J=1.6Hz,1H),5.14(q,J=6.3Hz,1H),4.51-4.45(m,1H),4.20(dd,J=8.0,4.3Hz,1H),4.15(dd,J=6.7,4.2Hz,1H),3.83(s,6H),3.79-3.69(m,3H),3.59-3.54(m,1H),3.51(dd,J=14.7,6.9Hz,1H),3.43-3.39(m,1H),3.35(dd,J=11.0,2.6Hz,1H),3.20(qd,J=9.4,4.1Hz,1H),1.82(tt,J=8.3,4.3Hz,1H),1.79-1.74(m,1H),1.65(ddt,J=12.2,6.1,3.0Hz,1H),1.18-1.11(m,1H),0.75(s,9H),-0.03(s,3H),-0.12(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 155.49;MS(ESI),1045.67[M-H]-.
THF(100mL)中の乾燥N-[1-[(2R,3S,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-[tert-ブチル(ジメチル)シリル]オキシ-3-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド(10.0g,13.09mmol)の溶液に、トリエチルアミン(9.85mL,70.69mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,26.18mL,23.56mmol)を滴下した。得られたスラリーを、2.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(234uL)でクエンチした。無水MgSO4(3.12g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~70% EtOAc(各移動相は5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、灰白色泡状物(9.95g,収率72.6%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.57(bs,2H),7.99-7.95(m,2H),7.91-7.82(m,2H),7.64-7.58(m,2H),7.52(dt,J=15.0,7.6Hz,4H),7.41(d,J=7.4Hz,2H),7.34(t,J=7.5Hz,2H),7.30(dd,J=8.8,3.2Hz,5H),6.88(d,J=8.5Hz,4H),5.93(d,J=1.6Hz,1H),5.14(q,J=6.3Hz,1H),4.51-4.45(m,1H),4.20(dd,J=8.0,4.3Hz,1H),4.15(dd,J=6.7,4.2Hz,1H),3.83(s,6H),3.79-3.69(m,3H),3.59-3.54(m,1H),3.51(dd,J=14.7,6.9Hz,1H),3.43-3.39(m,1H),3.35(dd,J=11.0,2.6Hz,1H),3.20(qd,J=9.4,4.1Hz,1H),1.82(tt,J=8.3,4.3Hz,1H),1.79-1.74(m,1H),1.65(ddt,J=12.2,6.1,3.0Hz,1H),1.18-1.11(m,1H),0.75(s,9H),-0.03(s,3H),-0.12(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 155.49;MS(ESI),1045.67[M-H]-.
1-(1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-フェニルウレアの合成
THF(100mL)中の乾燥1-[1-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]-3-フェニル-ウレア(10.0g,15.42mmol)の溶液に、トリエチルアミン(11.6mL,83.24mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,28.98mL,27.75mmol)を滴下した。得られたの灰白色スラリーを、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(277uL)でクエンチした。無水MgSO4(3.7g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、灰白色泡状物(9.18g,収率60.3%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 11.38(s,1H),11.05(s,1H),8.10(d,J=7.7Hz,1H),7.68(d,J=8.0Hz,2H),7.45(t,J=7.4Hz,4H),7.36(t,J=8.6Hz,3H),7.30(m,9H),7.26-7.21(m,6H),7.04(t,J=7.4Hz,1H),6.84(d,J=8.4Hz,4H),6.28(t,J=6.3Hz,1H),4.78-4.68(m,2H),3.93(q,J=3.3Hz,1H),3.77(s,6H),3.52(ddt,J=15.1,10.5,7.6Hz,1H),3.32(qd,J=10.6,2.9Hz,3H),3.08(dt,J=10.8,6.8Hz,1H),2.60(ddd,J=14.1,6.3,4.0Hz,1H),2.05(m,1H),1.84(dh,J=12.7,4.7,3.9Hz,1H),1.70-1.62(m,1H),1.56-1.52(m,1H),1.40(dq,J=15.8,7.2,6.7Hz,2H),1.23-1.18(m,1H),0.58(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.22;MS(ESI),986.91[M-H]-.
THF(100mL)中の乾燥1-[1-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]-3-フェニル-ウレア(10.0g,15.42mmol)の溶液に、トリエチルアミン(11.6mL,83.24mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,28.98mL,27.75mmol)を滴下した。得られたの灰白色スラリーを、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(277uL)でクエンチした。無水MgSO4(3.7g)を添加した。この混合物を、セライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、灰白色泡状物(9.18g,収率60.3%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 11.38(s,1H),11.05(s,1H),8.10(d,J=7.7Hz,1H),7.68(d,J=8.0Hz,2H),7.45(t,J=7.4Hz,4H),7.36(t,J=8.6Hz,3H),7.30(m,9H),7.26-7.21(m,6H),7.04(t,J=7.4Hz,1H),6.84(d,J=8.4Hz,4H),6.28(t,J=6.3Hz,1H),4.78-4.68(m,2H),3.93(q,J=3.3Hz,1H),3.77(s,6H),3.52(ddt,J=15.1,10.5,7.6Hz,1H),3.32(qd,J=10.6,2.9Hz,3H),3.08(dt,J=10.8,6.8Hz,1H),2.60(ddd,J=14.1,6.3,4.0Hz,1H),2.05(m,1H),1.84(dh,J=12.7,4.7,3.9Hz,1H),1.70-1.62(m,1H),1.56-1.52(m,1H),1.40(dq,J=15.8,7.2,6.7Hz,2H),1.23-1.18(m,1H),0.58(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.22;MS(ESI),986.91[M-H]-.
1-(1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)-3-(ナフタレン-2-イル)ウレアの合成
THF(150mL)中の乾燥1-[1-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]-3-(2-ナフチル)ウレア(15.0g,21.47mmol)の溶液に、トリエチルアミン(16.16mL,115.92mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,40.36mL,38.64mmol)を滴下した。得られた灰白色スラリーを、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(386uL)でクエンチした。無水MgSO4(5.15g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~60% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を灰白色泡状物(15.91g,収率71.4%)として得た。1H NMR(600MHz,DMSO)δ 12.56(s,1H),10.56(s,1H),8.48-8.43(m,1H),8.28(d,J=7.6Hz,1H),8.02(d,J=7.4Hz,1H),7.99-7.94(m,1H),7.70(d,J=8.2Hz,1H),7.62-7.56(m,2H),7.54-7.45(m,5H),7.39-7.27(m,8H),7.27-7.20(m,8H),6.88(dd,J=8.5,5.7Hz,4H),6.17(d,J=6.7Hz,1H),6.09(t,J=6.4Hz,1H),4.68-4.63(m,1H),4.63-4.57(m,1H),3.84(q,J=4.0Hz,1H),3.73(s,3H),3.72(s,3H),3.38(ddt,J=14.8,10.2,7.5Hz,1H),3.30(m,1H),3.23(dd,J=10.8,3.4Hz,1H),3.19(dd,J=10.7,4.4Hz,1H),2.81(qd,J=10.6,4.3Hz,1H),2.24-2.17(m,1H),1.88(dt,J=13.5,6.6Hz,1H),1.77(dq,J=12.9,4.5Hz,1H),1.64-1.56(m,1H),1.51(dd,J=14.8,5.3Hz,1H),1.45(dt,J=11.3,8.0Hz,2H),0.59(s,3H);31P NMR(243MHz,DMSO)δ 146.05;MS(ESI),1036.85[M-H]-.
THF(150mL)中の乾燥1-[1-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]-3-(2-ナフチル)ウレア(15.0g,21.47mmol)の溶液に、トリエチルアミン(16.16mL,115.92mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,40.36mL,38.64mmol)を滴下した。得られた灰白色スラリーを、3.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(386uL)でクエンチした。無水MgSO4(5.15g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~60% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を灰白色泡状物(15.91g,収率71.4%)として得た。1H NMR(600MHz,DMSO)δ 12.56(s,1H),10.56(s,1H),8.48-8.43(m,1H),8.28(d,J=7.6Hz,1H),8.02(d,J=7.4Hz,1H),7.99-7.94(m,1H),7.70(d,J=8.2Hz,1H),7.62-7.56(m,2H),7.54-7.45(m,5H),7.39-7.27(m,8H),7.27-7.20(m,8H),6.88(dd,J=8.5,5.7Hz,4H),6.17(d,J=6.7Hz,1H),6.09(t,J=6.4Hz,1H),4.68-4.63(m,1H),4.63-4.57(m,1H),3.84(q,J=4.0Hz,1H),3.73(s,3H),3.72(s,3H),3.38(ddt,J=14.8,10.2,7.5Hz,1H),3.30(m,1H),3.23(dd,J=10.8,3.4Hz,1H),3.19(dd,J=10.7,4.4Hz,1H),2.81(qd,J=10.6,4.3Hz,1H),2.24-2.17(m,1H),1.88(dt,J=13.5,6.6Hz,1H),1.77(dq,J=12.9,4.5Hz,1H),1.64-1.56(m,1H),1.51(dd,J=14.8,5.3Hz,1H),1.45(dt,J=11.3,8.0Hz,2H),0.59(s,3H);31P NMR(243MHz,DMSO)δ 146.05;MS(ESI),1036.85[M-H]-.
N-(1-((2R,3R,4S)-4-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-3-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)アセトアミドの合成
THF(40mL)中の乾燥N-[1-[(2R,4R)-4-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-3-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]アセトアミド(4.0g,7.17mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.4mL,38.74mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,13.49mL,12.91mmol)を滴下した。この反応スラリーを、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(129μL)でクエンチした。無水MgSO4(1.72g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~70% EtOAc(各移動相は、2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(4.4g,収率68.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.18(s,1H),7.95(d,J=7.5Hz,1H),7.51-7.45(m,4H),7.43-7.37(m,3H),7.35(q,J=6.8Hz,3H),7.32-7.28(m,3H),7.26(d,J=4.3Hz,3H),7.21(p,J=4.2Hz,1H),7.18(dd,J=8.7,4.3Hz,4H),6.80(t,J=8.7Hz,4H),5.65(s,1H),4.76(q,J=6.8Hz,1H),4.39(d,J=8.2Hz,1H),4.09(d,J=3.6Hz,1H),3.79-3.75(m,1H),3.76(s,3H),3.75(s,3H),3.61(ddt,J=14.9,10.4,7.6Hz,1H),3.42(d,J=9.9Hz,1H),3.36(ddd,J=13.3,10.2,5.8Hz,1H),3.21(dt,J=11.0,6.9Hz,1H),2.29(s,3H),1.83(dp,J=12.7,4.7Hz,1H),1.69-1.61(m,1H),1.53(dd,J=14.6,7.9Hz,1H),1.41(dd,J=14.6,7.0Hz,1H),1.38-1.32(m,1H),1.21(p,J=10.2Hz,1H),0.53(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 158.33;MS(ESI),895.65[M-H]-.
THF(40mL)中の乾燥N-[1-[(2R,4R)-4-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-3-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]アセトアミド(4.0g,7.17mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.4mL,38.74mmol)を添加した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,13.49mL,12.91mmol)を滴下した。この反応スラリーを、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(129μL)でクエンチした。無水MgSO4(1.72g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~70% EtOAc(各移動相は、2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(4.4g,収率68.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.18(s,1H),7.95(d,J=7.5Hz,1H),7.51-7.45(m,4H),7.43-7.37(m,3H),7.35(q,J=6.8Hz,3H),7.32-7.28(m,3H),7.26(d,J=4.3Hz,3H),7.21(p,J=4.2Hz,1H),7.18(dd,J=8.7,4.3Hz,4H),6.80(t,J=8.7Hz,4H),5.65(s,1H),4.76(q,J=6.8Hz,1H),4.39(d,J=8.2Hz,1H),4.09(d,J=3.6Hz,1H),3.79-3.75(m,1H),3.76(s,3H),3.75(s,3H),3.61(ddt,J=14.9,10.4,7.6Hz,1H),3.42(d,J=9.9Hz,1H),3.36(ddd,J=13.3,10.2,5.8Hz,1H),3.21(dt,J=11.0,6.9Hz,1H),2.29(s,3H),1.83(dp,J=12.7,4.7Hz,1H),1.69-1.61(m,1H),1.53(dd,J=14.6,7.9Hz,1H),1.41(dd,J=14.6,7.0Hz,1H),1.38-1.32(m,1H),1.21(p,J=10.2Hz,1H),0.53(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 158.33;MS(ESI),895.65[M-H]-.
N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)-2-フェノキシアセトアミドの合成
THF(37.5mL)中の乾燥N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]-2-フェノキシ-アセトアミド(7.5g,10.66mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.71mL,26.64mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,21.31mL,19.18mmol)を滴下した。水浴を取り外した。灰白色スラリーを、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(153μL)でクエンチした。無水MgSO4(2.04g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の30~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.35g,収率79.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.35(s,1H),8.95(s,1H),8.24(d,J=1.5Hz,1H),7.90(d,J=7.7Hz,2H),7.59(t,J=7.5Hz,1H),7.51(t,J=7.9Hz,2H),7.42(d,J=7.8Hz,2H),7.39-7.34(m,2H),7.33-7.28(m,4H),7.21(t,J=7.5Hz,2H),7.16(t,J=7.3Hz,1H),7.09(t,J=7.4Hz,1H),7.00(d,J=8.1Hz,2H),6.75(dd,J=8.8,7.0Hz,4H),6.38(t,J=6.8Hz,1H),5.09(h,J=6.2,5.4Hz,2H),4.67(s,2H),4.06(q,J=5.1Hz,1H),3.763(s,3H),3.756(s,3H),3.69(dq,J=11.7,6.1Hz,1H),3.47(dt,J=14.7,8.1Hz,2H),3.37(dd,J=10.1,5.1Hz,2H),3.28(ddd,J=23.8,11.7,6.1Hz,2H),3.03(tt,J=9.8,5.1Hz,1H),2.30(dq,J=12.6,6.3,5.3Hz,1H),1.88(ddt,J=13.0,9.3,5.1Hz,1H),1.77(q,J=10.8,10.0Hz,1H),1.66(dt,J=12.7,6.4Hz,1H),1.12(p,J=10.0Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 149.94;MS(ESI),985.68[M-H]-.
THF(37.5mL)中の乾燥N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]-2-フェノキシ-アセトアミド(7.5g,10.66mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.71mL,26.64mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,21.31mL,19.18mmol)を滴下した。水浴を取り外した。灰白色スラリーを、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(153μL)でクエンチした。無水MgSO4(2.04g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の30~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.35g,収率79.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.35(s,1H),8.95(s,1H),8.24(d,J=1.5Hz,1H),7.90(d,J=7.7Hz,2H),7.59(t,J=7.5Hz,1H),7.51(t,J=7.9Hz,2H),7.42(d,J=7.8Hz,2H),7.39-7.34(m,2H),7.33-7.28(m,4H),7.21(t,J=7.5Hz,2H),7.16(t,J=7.3Hz,1H),7.09(t,J=7.4Hz,1H),7.00(d,J=8.1Hz,2H),6.75(dd,J=8.8,7.0Hz,4H),6.38(t,J=6.8Hz,1H),5.09(h,J=6.2,5.4Hz,2H),4.67(s,2H),4.06(q,J=5.1Hz,1H),3.763(s,3H),3.756(s,3H),3.69(dq,J=11.7,6.1Hz,1H),3.47(dt,J=14.7,8.1Hz,2H),3.37(dd,J=10.1,5.1Hz,2H),3.28(ddd,J=23.8,11.7,6.1Hz,2H),3.03(tt,J=9.8,5.1Hz,1H),2.30(dq,J=12.6,6.3,5.3Hz,1H),1.88(ddt,J=13.0,9.3,5.1Hz,1H),1.77(q,J=10.8,10.0Hz,1H),1.66(dt,J=12.7,6.4Hz,1H),1.12(p,J=10.0Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 149.94;MS(ESI),985.68[M-H]-.
3-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(22.5mL)中の乾燥3-[(2S,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(3.0g,5.65mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.97mL,14.14mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,11.31mL,10.18mmol)を滴下した。この濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(81uL)でクエンチした。無水MgSO4(1.08g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の50~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(3.48g,収率75.6%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.51(s,1H),7.90-7.85(m,2H),7.62-7.57(m,1H),7.55-7.47(m,2H),7.47-7.40(m,2H),7.37-7.32(m,4H),7.29-7.24(m,2H),7.21-7.16(m,1H),7.13(d,J=7.7Hz,1H),6.86-6.78(m,4H),6.75(t,J=7.7Hz,1H),5.68(d,J=7.7Hz,1H),4.94(q,J=6.1Hz,1H),4.75(p,J=8.4Hz,1H),4.44(ddd,J=7.5,3.9,2.3Hz,1H),3.767(s,3H),3.765(s,3H),3.59(dq,J=10.0,5.9Hz,1H),3.44-3.26(m,4H),3.04-3.00(m,1H),3.00-2.93(m,1H),2.83(dt,J=12.4,8.2Hz,1H),2.53(dt,J=12.5,7.9Hz,1H),1.82(s,1H),1.72(d,J=10.6Hz,1H),1.65-1.55(m,1H),1.06(dq,J=11.6,9.9Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 150.88;MS(ESI),812.53[M-H]-.
THF(22.5mL)中の乾燥3-[(2S,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(3.0g,5.65mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.97mL,14.14mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,11.31mL,10.18mmol)を滴下した。この濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(81uL)でクエンチした。無水MgSO4(1.08g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の50~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(3.48g,収率75.6%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.51(s,1H),7.90-7.85(m,2H),7.62-7.57(m,1H),7.55-7.47(m,2H),7.47-7.40(m,2H),7.37-7.32(m,4H),7.29-7.24(m,2H),7.21-7.16(m,1H),7.13(d,J=7.7Hz,1H),6.86-6.78(m,4H),6.75(t,J=7.7Hz,1H),5.68(d,J=7.7Hz,1H),4.94(q,J=6.1Hz,1H),4.75(p,J=8.4Hz,1H),4.44(ddd,J=7.5,3.9,2.3Hz,1H),3.767(s,3H),3.765(s,3H),3.59(dq,J=10.0,5.9Hz,1H),3.44-3.26(m,4H),3.04-3.00(m,1H),3.00-2.93(m,1H),2.83(dt,J=12.4,8.2Hz,1H),2.53(dt,J=12.5,7.9Hz,1H),1.82(s,1H),1.72(d,J=10.6Hz,1H),1.65-1.55(m,1H),1.06(dq,J=11.6,9.9Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 150.88;MS(ESI),812.53[M-H]-.
N-(5-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-2-イル)アセトアミドの合成
THF(35mL)中の乾燥N-[5-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-ピリミジン-2-イル]アセトアミド(7.0g,12.25mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.27mL,30.61mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,24.49mL,22.04mmol)を滴下した。水浴を取り外した。白色スラリーを、2時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(176μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.35g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を、灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてMECN中の0~60% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(8.22g,収率78.5%)として得た。1H NMR(600MHz,DMSO)δ 11.56(s,2H),7.90-7.86(m,2H),7.86-7.81(m,1H),7.67-7.61(m,1H),7.55(t,J=7.8Hz,2H),7.42-7.37(m,2H),7.31(t,J=7.7Hz,2H),7.28-7.24(m,4H),7.24-7.21(m,1H),6.91-6.85(m,4H),4.87(m,1H),4.82(ddd,J=9.1,5.9,3.1Hz,1H),4.59(m,1H),3.85(td,J=4.5,2.4Hz,1H),3.77(dd,J=15.0,3.1Hz,1H),3.74(s,6H),3.72-3.68(m,1H),3.44(dq,J=11.8,6.1Hz,1H),3.38-3.29(m,1H),3.13(dd,J=10.1,4.3Hz,1H),3.04(dd,J=10.2,4.7Hz,1H),2.85-2.76(m,1H),2.28-2.22(m,1H),2.15(s,3H),1.76(dt,J=12.1,4.6Hz,2H),1.61(td,J=13.5,11.2,6.2Hz,1H),1.56-1.50(m,1H),1.10(dq,J=11.7,9.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,DMSO)δ 146.56;MS(ESI),853.57[M-H]-.
THF(35mL)中の乾燥N-[5-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-ピリミジン-2-イル]アセトアミド(7.0g,12.25mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.27mL,30.61mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.90M,24.49mL,22.04mmol)を滴下した。水浴を取り外した。白色スラリーを、2時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(176μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.35g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を、灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてMECN中の0~60% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(8.22g,収率78.5%)として得た。1H NMR(600MHz,DMSO)δ 11.56(s,2H),7.90-7.86(m,2H),7.86-7.81(m,1H),7.67-7.61(m,1H),7.55(t,J=7.8Hz,2H),7.42-7.37(m,2H),7.31(t,J=7.7Hz,2H),7.28-7.24(m,4H),7.24-7.21(m,1H),6.91-6.85(m,4H),4.87(m,1H),4.82(ddd,J=9.1,5.9,3.1Hz,1H),4.59(m,1H),3.85(td,J=4.5,2.4Hz,1H),3.77(dd,J=15.0,3.1Hz,1H),3.74(s,6H),3.72-3.68(m,1H),3.44(dq,J=11.8,6.1Hz,1H),3.38-3.29(m,1H),3.13(dd,J=10.1,4.3Hz,1H),3.04(dd,J=10.2,4.7Hz,1H),2.85-2.76(m,1H),2.28-2.22(m,1H),2.15(s,3H),1.76(dt,J=12.1,4.6Hz,2H),1.61(td,J=13.5,11.2,6.2Hz,1H),1.56-1.50(m,1H),1.10(dq,J=11.7,9.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,DMSO)δ 146.56;MS(ESI),853.57[M-H]-.
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(200mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(29.8g,56.17mmol)の溶液に、トリエチルアミン(19.57mL,140.42mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,113.59mL,101.1mmol)を滴下した。水浴を取り外した。濁った反応溶液を、2.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(794μL)でクエンチした。無水MgSO4(10.6g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の50~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(40.4g,収率88.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.28(bs,1H),7.87(dd,J=8.3,1.4Hz,2H),7.63-7.57(m,1H),7.53-7.44(m,4H),7.37-7.33(m,4H),7.23(t,J=7.8Hz,2H),7.19-7.13(m,1H),6.81-6.75(m,4H),6.70(dd,J=8.4,5.1Hz,1H),6.64(d,J=7.7Hz,1H),5.53(d,J=7.7Hz,1H),4.96(q,J=6.1Hz,1H),4.87(dq,J=12.8,5.6Hz,1H),3.93(td,J=5.9,3.9Hz,1H),3.752(s,3H),3.749(s,3H),3.62(dq,J=11.7,6.0Hz,1H),3.44-3.25(m,5H),2.94(qd,J=10.0,4.0Hz,1H),2.85(ddd,J=13.2,8.0,5.2Hz,1H),2.23(ddd,J=13.6,8.6,5.5Hz,1H),1.85-1.79(m,1H),1.76-1.69(m,1H),1.65-1.59(m,1H),1.12-1.02(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 149.14;MS(ESI),812.53[M-H]-.
THF(200mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(29.8g,56.17mmol)の溶液に、トリエチルアミン(19.57mL,140.42mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,113.59mL,101.1mmol)を滴下した。水浴を取り外した。濁った反応溶液を、2.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(794μL)でクエンチした。無水MgSO4(10.6g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の50~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(40.4g,収率88.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.28(bs,1H),7.87(dd,J=8.3,1.4Hz,2H),7.63-7.57(m,1H),7.53-7.44(m,4H),7.37-7.33(m,4H),7.23(t,J=7.8Hz,2H),7.19-7.13(m,1H),6.81-6.75(m,4H),6.70(dd,J=8.4,5.1Hz,1H),6.64(d,J=7.7Hz,1H),5.53(d,J=7.7Hz,1H),4.96(q,J=6.1Hz,1H),4.87(dq,J=12.8,5.6Hz,1H),3.93(td,J=5.9,3.9Hz,1H),3.752(s,3H),3.749(s,3H),3.62(dq,J=11.7,6.0Hz,1H),3.44-3.25(m,5H),2.94(qd,J=10.0,4.0Hz,1H),2.85(ddd,J=13.2,8.0,5.2Hz,1H),2.23(ddd,J=13.6,8.6,5.5Hz,1H),1.85-1.79(m,1H),1.76-1.69(m,1H),1.65-1.59(m,1H),1.12-1.02(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 149.14;MS(ESI),812.53[M-H]-.
N-((3aR,5R,6R,6aS)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-6-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル)アセトアミドの合成
THF(36mL)中の乾燥N-[(3aR,5R,6aR)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-ヒドロキシ-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル]アセトアミド(4.87g,9.38mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.27mL,23.45mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,18.97mL,16.89mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った溶液を、1.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(135μL)でクエンチした。無水MgSO4(1.8g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の25~100% EtOAc(各移動相は1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(5.75g,収率76.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.55(s,1H),7.93(dt,J=7.3,1.3Hz,2H),7.61(t,J=7.6Hz,1H),7.52(t,J=7.8Hz,2H),7.41-7.37(m,2H),7.30-7.26(m,5H),7.25(s,1H),7.22-7.16(m,1H),6.84-6.78(m,4H),5.92(s,1H),5.09(s,1H),4.91(d,J=5.6Hz,1H),4.82-4.77(m,1H),4.20(s,1H),3.78(s,6H),3.69(dd,J=10.0,5.7Hz,1H),3.53(dd,J=15.5,5.8Hz,1H),3.47(dd,J=14.5,7.3Hz,1H),3.37(dd,J=14.6,5.0Hz,1H),3.18(dd,J=10.0,6.2Hz,1H),3.13(s,1H),2.93(dd,J=10.0,6.8Hz,1H),2.13(s,3H),1.89(td,J=8.2,3.9Hz,1H),1.80(d,J=10.2Hz,1H),1.65(m,1H),1.14(p,J=9.9Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.57;MS(ESI),802.49[M+H]+.
THF(36mL)中の乾燥N-[(3aR,5R,6aR)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-ヒドロキシ-3a,5,6,6a-テトラヒドロフロ[2,3-d]オキサゾール-2-イル]アセトアミド(4.87g,9.38mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.27mL,23.45mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,18.97mL,16.89mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った溶液を、1.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(135μL)でクエンチした。無水MgSO4(1.8g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の25~100% EtOAc(各移動相は1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(5.75g,収率76.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.55(s,1H),7.93(dt,J=7.3,1.3Hz,2H),7.61(t,J=7.6Hz,1H),7.52(t,J=7.8Hz,2H),7.41-7.37(m,2H),7.30-7.26(m,5H),7.25(s,1H),7.22-7.16(m,1H),6.84-6.78(m,4H),5.92(s,1H),5.09(s,1H),4.91(d,J=5.6Hz,1H),4.82-4.77(m,1H),4.20(s,1H),3.78(s,6H),3.69(dd,J=10.0,5.7Hz,1H),3.53(dd,J=15.5,5.8Hz,1H),3.47(dd,J=14.5,7.3Hz,1H),3.37(dd,J=14.6,5.0Hz,1H),3.18(dd,J=10.0,6.2Hz,1H),3.13(s,1H),2.93(dd,J=10.0,6.8Hz,1H),2.13(s,3H),1.89(td,J=8.2,3.9Hz,1H),1.80(d,J=10.2Hz,1H),1.65(m,1H),1.14(p,J=9.9Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 152.57;MS(ESI),802.49[M+H]+.
1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-3-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(45mL)中の乾燥1-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-3-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(6.2g,11.38mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.97mL,28.46mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,19.19mL,17.08mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った溶液を、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(102μL)でクエンチした。無水MgSO4(1.366g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~70% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(7.06g,収率74.9%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.91-7.86(m,2H),7.75(d,J=8.1Hz,1H),7.63-7.54(m,1H),7.53-7.47(m,2H),7.40-7.35(m,2H),7.32-7.28(m,2H),7.28-7.26(m,4H),7.25-7.22(m,1H),6.87-6.81(m,4H),6.33(t,J=6.5Hz,1H),5.42(d,J=8.1Hz,1H),4.98(dt,J=6.9,5.5Hz,1H),4.80(ddt,J=9.6,6.7,3.4Hz,1H),4.02(q,J=3.1Hz,1H),3.788(s,3H),3.786(s,3H),3.66-3.58(m,1H),3.54-3.47(m,1H),3.47-3.41(m,2H),3.39-3.34(m,2H),3.32(s,3H),3.14(tdd,J=10.3,8.8,4.0Hz,1H),2.57-2.51(m,1H),2.23(dt,J=13.6,6.6Hz,1H),1.88(td,J=8.4,4.1Hz,1H),1.79(q,J=11.4,10.3Hz,1H),1.68-1.62(m,1H),1.15-1.06(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.80;MS(ESI),850.35[M+Na]+.
THF(45mL)中の乾燥1-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-3-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(6.2g,11.38mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.97mL,28.46mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,19.19mL,17.08mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った溶液を、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(102μL)でクエンチした。無水MgSO4(1.366g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~70% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(7.06g,収率74.9%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.91-7.86(m,2H),7.75(d,J=8.1Hz,1H),7.63-7.54(m,1H),7.53-7.47(m,2H),7.40-7.35(m,2H),7.32-7.28(m,2H),7.28-7.26(m,4H),7.25-7.22(m,1H),6.87-6.81(m,4H),6.33(t,J=6.5Hz,1H),5.42(d,J=8.1Hz,1H),4.98(dt,J=6.9,5.5Hz,1H),4.80(ddt,J=9.6,6.7,3.4Hz,1H),4.02(q,J=3.1Hz,1H),3.788(s,3H),3.786(s,3H),3.66-3.58(m,1H),3.54-3.47(m,1H),3.47-3.41(m,2H),3.39-3.34(m,2H),3.32(s,3H),3.14(tdd,J=10.3,8.8,4.0Hz,1H),2.57-2.51(m,1H),2.23(dt,J=13.6,6.6Hz,1H),1.88(td,J=8.4,4.1Hz,1H),1.79(q,J=11.4,10.3Hz,1H),1.68-1.62(m,1H),1.15-1.06(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.80;MS(ESI),850.35[M+Na]+.
N-(1-((R)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミドの合成
THF(37.5mL)中の乾燥N-[1-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-4-オキソ-ピリミジン-2-イル]ベンズアミド(5.0g,8.45mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.3mL,38.03mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,15.89mL,15.21mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、1.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(122μL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.62g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~70% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(5.3g,収率67.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 13.31(s,1H),8.19(dd,J=8.2,1.4Hz,2H),7.45(tdt,J=7.7,2.7,1.4Hz,7H),7.37-7.26(m,12H),7.24(ddt,J=10.2,8.5,1.6Hz,3H),7.08(d,J=8.0Hz,1H),6.80-6.74(m,4H),5.57(d,J=8.0Hz,1H),4.71(dq,J=11.2,5.8,4.4Hz,2H),4.40(dd,J=13.8,4.0Hz,1H),3.75(s,6H),3.58(dd,J=13.7,8.1Hz,1H),3.50-3.40(m,1H),3.33-3.27(m,1H),3.22-3.15(m,2H),2.96(tdd,J=10.4,8.5,5.0Hz,1H),1.74(qt,J=8.4,4.1Hz,1H),1.67-1.59(m,1H),1.54(dd,J=14.5,8.1Hz,1H),1.36(dd,J=14.6,7.0Hz,1H),1.32-1.26(m,1H),1.24-1.17(m,1H),0.52(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.11;MS(ESI),929.76[M-H]-.
THF(37.5mL)中の乾燥N-[1-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-4-オキソ-ピリミジン-2-イル]ベンズアミド(5.0g,8.45mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.3mL,38.03mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,15.89mL,15.21mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、1.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(122μL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.62g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~70% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(5.3g,収率67.4%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 13.31(s,1H),8.19(dd,J=8.2,1.4Hz,2H),7.45(tdt,J=7.7,2.7,1.4Hz,7H),7.37-7.26(m,12H),7.24(ddt,J=10.2,8.5,1.6Hz,3H),7.08(d,J=8.0Hz,1H),6.80-6.74(m,4H),5.57(d,J=8.0Hz,1H),4.71(dq,J=11.2,5.8,4.4Hz,2H),4.40(dd,J=13.8,4.0Hz,1H),3.75(s,6H),3.58(dd,J=13.7,8.1Hz,1H),3.50-3.40(m,1H),3.33-3.27(m,1H),3.22-3.15(m,2H),2.96(tdd,J=10.4,8.5,5.0Hz,1H),1.74(qt,J=8.4,4.1Hz,1H),1.67-1.59(m,1H),1.54(dd,J=14.5,8.1Hz,1H),1.36(dd,J=14.6,7.0Hz,1H),1.32-1.26(m,1H),1.24-1.17(m,1H),0.52(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.11;MS(ESI),929.76[M-H]-.
N-(1-((S)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-4-オキソ-1,4-ジヒドロピリミジン-2-イル)ベンズアミドの合成
THF(52.5mL)中の乾燥N-[1-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-4-オキソ-ピリミジン-2-イル]ベンズアミド(7.0g,11.83mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.94mL,42.59mmol)を添加した。フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,22.24mL,21.3mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(171μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.27g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~80% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.37g,収率76.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 13.34(s,1H),8.25(dd,J=8.3,1.4Hz,2H),7.47(ddt,J=6.7,2.6,1.4Hz,4H),7.46-7.42(m,3H),7.36-7.32(m,6H),7.31-7.24(m,6H),7.22(ddt,J=9.3,5.3,1.8Hz,3H),7.05(d,J=8.0Hz,1H),6.83-6.76(m,4H),5.56(d,J=7.9Hz,1H),4.86(dd,J=13.6,3.3Hz,1H),4.70-4.60(m,2H),3.75(s,6H),3.42-3.30(m,3H),3.20-3.12(m,1H),3.09(dd,J=9.6,7.4Hz,1H),2.95-2.86(m,1H),1.72(ddt,J=12.7,8.3,4.1Hz,1H),1.65-1.52(m,2H),1.36(dd,J=14.6,6.6Hz,1H),1.31-1.24(m,1H),1.14(dq,J=11.9,9.5Hz,1H),0.53(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 156.70;MS(ESI),931.17[M+H]+.
THF(52.5mL)中の乾燥N-[1-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-4-オキソ-ピリミジン-2-イル]ベンズアミド(7.0g,11.83mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.94mL,42.59mmol)を添加した。フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,22.24mL,21.3mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(171μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.27g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~80% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.37g,収率76.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 13.34(s,1H),8.25(dd,J=8.3,1.4Hz,2H),7.47(ddt,J=6.7,2.6,1.4Hz,4H),7.46-7.42(m,3H),7.36-7.32(m,6H),7.31-7.24(m,6H),7.22(ddt,J=9.3,5.3,1.8Hz,3H),7.05(d,J=8.0Hz,1H),6.83-6.76(m,4H),5.56(d,J=7.9Hz,1H),4.86(dd,J=13.6,3.3Hz,1H),4.70-4.60(m,2H),3.75(s,6H),3.42-3.30(m,3H),3.20-3.12(m,1H),3.09(dd,J=9.6,7.4Hz,1H),2.95-2.86(m,1H),1.72(ddt,J=12.7,8.3,4.1Hz,1H),1.65-1.52(m,2H),1.36(dd,J=14.6,6.6Hz,1H),1.31-1.24(m,1H),1.14(dq,J=11.9,9.5Hz,1H),0.53(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 156.70;MS(ESI),931.17[M+H]+.
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オンの合成
THF(31mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-ピリジン-2-オン(4.17g,8.12mmol)の溶液に、トリエチルアミン(2.49mL,17.86mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,13.68mL,12.18mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、2時間45分にわたり室温で撹拌した。この反応を、水(73μL)でクエンチした。無水MgSO4(974mg)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(3.69g,収率57.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 12.70(s,1H),7.92-7.85(m,2H),7.69(ddd,J=6.9,2.1,1.1Hz,1H),7.59-7.54(m,1H),7.54-7.44(m,4H),7.38-7.31(m,4H),7.28(t,J=7.7Hz,2H),7.25(dd,J=6.5,2.1Hz,1H),7.22-7.18(m,1H),6.85-6.80(m,4H),6.22(t,J=6.7Hz,1H),5.23(dd,J=9.9,5.7Hz,1H),4.94(q,J=6.0Hz,1H),4.66(ddd,J=9.1,6.0,2.6Hz,1H),4.04(q,J=4.1Hz,1H),3.78(s,6H),3.59(dq,J=11.7,5.9Hz,1H),3.52-3.43(m,2H),3.36(dd,J=14.6,5.5Hz,1H),3.29(dd,J=10.0,4.3Hz,1H),3.20(dd,J=10.0,4.2Hz,1H),3.14-3.05(m,1H),2.62(ddd,J=13.3,5.8,2.0Hz,1H),1.86(ddd,J=13.0,9.8,6.2Hz,2H),1.78-1.72(m,1H),1.66-1.61(m,1H),1.15-1.05(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 151.29;MS(ESI),795.57[M-H]-.
THF(31mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-ピリジン-2-オン(4.17g,8.12mmol)の溶液に、トリエチルアミン(2.49mL,17.86mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,13.68mL,12.18mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、2時間45分にわたり室温で撹拌した。この反応を、水(73μL)でクエンチした。無水MgSO4(974mg)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(3.69g,収率57.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 12.70(s,1H),7.92-7.85(m,2H),7.69(ddd,J=6.9,2.1,1.1Hz,1H),7.59-7.54(m,1H),7.54-7.44(m,4H),7.38-7.31(m,4H),7.28(t,J=7.7Hz,2H),7.25(dd,J=6.5,2.1Hz,1H),7.22-7.18(m,1H),6.85-6.80(m,4H),6.22(t,J=6.7Hz,1H),5.23(dd,J=9.9,5.7Hz,1H),4.94(q,J=6.0Hz,1H),4.66(ddd,J=9.1,6.0,2.6Hz,1H),4.04(q,J=4.1Hz,1H),3.78(s,6H),3.59(dq,J=11.7,5.9Hz,1H),3.52-3.43(m,2H),3.36(dd,J=14.6,5.5Hz,1H),3.29(dd,J=10.0,4.3Hz,1H),3.20(dd,J=10.0,4.2Hz,1H),3.14-3.05(m,1H),2.62(ddd,J=13.3,5.8,2.0Hz,1H),1.86(ddd,J=13.0,9.8,6.2Hz,2H),1.78-1.72(m,1H),1.66-1.61(m,1H),1.15-1.05(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 151.29;MS(ESI),795.57[M-H]-.
N-(9-((S)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミドの合成
THF(45mL)中の乾燥N-[9-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド(6.0g,10.04mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.04mL,36.14mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,18.87mL,18.07mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(144μL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.92g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の25~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.18g,収率87.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 11.84(s,1H),7.86(s,1H),7.53(s,1H),7.49-7.42(m,6H),7.38-7.29(m,8H),7.28(q,J=3.0,2.2Hz,3H),7.25(d,J=1.1Hz,1H),7.23-7.19(m,1H),6.83-6.78(m,4H),4.73(dt,J=8.2,6.2Hz,1H),4.25-4.18(m,2H),3.98(dd,J=14.2,8.0Hz,1H),3.76(s,6H),3.31-3.26(m,1H),3.23(dd,J=10.0,5.3Hz,1H),3.22-3.16(m,1H),2.94(dd,J=9.9,7.1Hz,1H),2.92-2.87(m,1H),2.52(hept,J=6.9Hz,1H),1.71(dtd,J=12.8,9.0,8.4,4.0Hz,1H),1.61-1.52(m,2H),1.37(dd,J=14.6,6.6Hz,1H),1.30-1.22(m,7H),1.10(dq,J=11.9,9.7Hz,1H),0.53(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 156.67;MS(ESI),935.73[M-H]-.
THF(45mL)中の乾燥N-[9-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド(6.0g,10.04mmol)の溶液に、トリエチルアミン(5.04mL,36.14mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,18.87mL,18.07mmol)を滴下した。水浴を取り外した。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(144μL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.92g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の25~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.18g,収率87.0%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 11.84(s,1H),7.86(s,1H),7.53(s,1H),7.49-7.42(m,6H),7.38-7.29(m,8H),7.28(q,J=3.0,2.2Hz,3H),7.25(d,J=1.1Hz,1H),7.23-7.19(m,1H),6.83-6.78(m,4H),4.73(dt,J=8.2,6.2Hz,1H),4.25-4.18(m,2H),3.98(dd,J=14.2,8.0Hz,1H),3.76(s,6H),3.31-3.26(m,1H),3.23(dd,J=10.0,5.3Hz,1H),3.22-3.16(m,1H),2.94(dd,J=9.9,7.1Hz,1H),2.92-2.87(m,1H),2.52(hept,J=6.9Hz,1H),1.71(dtd,J=12.8,9.0,8.4,4.0Hz,1H),1.61-1.52(m,2H),1.37(dd,J=14.6,6.6Hz,1H),1.30-1.22(m,7H),1.10(dq,J=11.9,9.7Hz,1H),0.53(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 156.67;MS(ESI),935.73[M-H]-.
N-(9-((R)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミドの合成
THF(41mL)中の乾燥N-[9-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド(5.5g,9.2mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.62mL,33.13mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,17.3mL,16.56mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(132uL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.27g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の40~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(6.265g,収率72.6%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 11.81(s,1H),7.78(s,1H),7.53(ddd,J=7.7,3.8,2.0Hz,4H),7.42-7.38(m,3H),7.36-7.31(m,3H),7.31-7.27(m,3H),7.27-7.24(m,6H),7.21-7.17(m,1H),6.81-6.74(m,4H),4.74(dt,J=8.5,6.2Hz,1H),4.34-4.26(m,1H),4.00(dd,J=14.2,6.3Hz,1H),3.87(dd,J=14.1,4.4Hz,1H),3.769(s,3H),3.768(s,3H),3.43(ddt,J=14.7,10.7,7.6Hz,1H),3.31(ddt,J=9.6,7.3,5.6Hz,1H),3.08(dd,J=9.9,5.3Hz,1H),3.00(tdd,J=10.9,8.7,4.5Hz,1H),2.90(dd,J=9.9,5.8Hz,1H),2.47(hept,J=6.9Hz,1H),1.78(ddt,J=16.2,8.0,3.2Hz,1H),1.67-1.56(m,2H),1.40(dd,J=14.6,6.5Hz,1H),1.38-1.30(m,1H),1.23(d,J=6.9Hz,3H),1.21(d,J=6.9Hz,3H),1.21-1.16(m,1H),0.65(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 155.34;MS(ESI),937.91[M+H]+.
THF(41mL)中の乾燥N-[9-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド(5.5g,9.2mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.62mL,33.13mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,17.3mL,16.56mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(132uL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.27g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の40~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(6.265g,収率72.6%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 11.81(s,1H),7.78(s,1H),7.53(ddd,J=7.7,3.8,2.0Hz,4H),7.42-7.38(m,3H),7.36-7.31(m,3H),7.31-7.27(m,3H),7.27-7.24(m,6H),7.21-7.17(m,1H),6.81-6.74(m,4H),4.74(dt,J=8.5,6.2Hz,1H),4.34-4.26(m,1H),4.00(dd,J=14.2,6.3Hz,1H),3.87(dd,J=14.1,4.4Hz,1H),3.769(s,3H),3.768(s,3H),3.43(ddt,J=14.7,10.7,7.6Hz,1H),3.31(ddt,J=9.6,7.3,5.6Hz,1H),3.08(dd,J=9.9,5.3Hz,1H),3.00(tdd,J=10.9,8.7,4.5Hz,1H),2.90(dd,J=9.9,5.8Hz,1H),2.47(hept,J=6.9Hz,1H),1.78(ddt,J=16.2,8.0,3.2Hz,1H),1.67-1.56(m,2H),1.40(dd,J=14.6,6.5Hz,1H),1.38-1.30(m,1H),1.23(d,J=6.9Hz,3H),1.21(d,J=6.9Hz,3H),1.21-1.16(m,1H),0.65(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 155.34;MS(ESI),937.91[M+H]+.
1-((S)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(45mL)中の乾燥1-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(6.0g,11.94mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.99mL,35.82mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,22.45mL,21.49mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(172μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.29g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~80% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.26g,収率82.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.17(s,1H),7.48(dt,J=6.7,1.4Hz,4H),7.47-7.44(m,2H),7.39-7.30(m,7H),7.30-7.26(m,5H),7.23-7.17(m,1H),6.87(d,J=1.4Hz,1H),6.85-6.79(m,4H),4.77(dt,J=8.5,5.9Hz,1H),4.38-4.29(m,1H),4.16(dd,J=14.1,3.6Hz,1H),3.76(s,6H),3.41(tdd,J=14.5,9.4,7.2Hz,1H),3.31(dd,J=14.0,8.9Hz,1H),3.26-3.18(m,1H),3.15(dd,J=9.9,4.7Hz,1H),3.08(dd,J=9.9,5.8Hz,1H),3.00-2.92(m,1H),1.81-1.73(m,1H),1.76(d,J=1.2Hz,3H),1.62(qt,J=11.0,5.1Hz,1H),1.56(dd,J=14.6,8.6Hz,1H),1.37(dd,J=14.6,6.3Hz,1H),1.32(qd,J=7.4,3.0Hz,1H),1.19(dq,J=12.1,9.5Hz,1H),0.56(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 155.31;MS(ESI),840.68[M-H]-.
THF(45mL)中の乾燥1-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(6.0g,11.94mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.99mL,35.82mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,22.45mL,21.49mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(172μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.29g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の10~80% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(8.26g,収率82.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.17(s,1H),7.48(dt,J=6.7,1.4Hz,4H),7.47-7.44(m,2H),7.39-7.30(m,7H),7.30-7.26(m,5H),7.23-7.17(m,1H),6.87(d,J=1.4Hz,1H),6.85-6.79(m,4H),4.77(dt,J=8.5,5.9Hz,1H),4.38-4.29(m,1H),4.16(dd,J=14.1,3.6Hz,1H),3.76(s,6H),3.41(tdd,J=14.5,9.4,7.2Hz,1H),3.31(dd,J=14.0,8.9Hz,1H),3.26-3.18(m,1H),3.15(dd,J=9.9,4.7Hz,1H),3.08(dd,J=9.9,5.8Hz,1H),3.00-2.92(m,1H),1.81-1.73(m,1H),1.76(d,J=1.2Hz,3H),1.62(qt,J=11.0,5.1Hz,1H),1.56(dd,J=14.6,8.6Hz,1H),1.37(dd,J=14.6,6.3Hz,1H),1.32(qd,J=7.4,3.0Hz,1H),1.19(dq,J=12.1,9.5Hz,1H),0.56(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 155.31;MS(ESI),840.68[M-H]-.
1-((R)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(41.6mL)中の乾燥1-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(5.54g,11.02mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.61mL,33.07mmol)を添加した。フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,20.73mL,19.84mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1時間わたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(159μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.115g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(7.63g,収率82.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.17(s,1H),7.48(dt,J=8.0,1.6Hz,4H),7.45-7.42(m,2H),7.36-7.24(m,12H),7.23-7.17(m,1H),6.93(q,J=1.2Hz,1H),6.84-6.77(m,4H),4.74(dt,J=8.5,6.1Hz,1H),4.36-4.28(m,1H),3.85(dd,J=14.0,4.2Hz,1H),3.78(s,3H),3.77(s,3H),3.54(dd,J=14.0,8.0Hz,1H),3.49-3.40(m,1H),3.40-3.34(m,1H),3.16(dd,J=10.1,4.6Hz,1H),3.03(dd,J=10.1,4.4Hz,1H),2.99-2.90(m,1H),1.80(d,J=1.2Hz,3H),1.78-1.72(m,1H),1.68-1.58(m,1H),1.54(dd,J=14.6,8.5Hz,1H),1.42-1.31(m,2H),1.26-1.21(m,1H),0.59(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 151.30;MS(ESI),840.78[M-H]-.
THF(41.6mL)中の乾燥1-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(5.54g,11.02mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.61mL,33.07mmol)を添加した。フラスコを、水浴中に設置した。[(3S,3aS)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-3-イル]メチル-メチル-ジフェニル-シラン(THF中の0.9574M,20.73mL,19.84mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1時間わたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(159μL)によりクエンチした。無水MgSO4(2.115g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(7.63g,収率82.2%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.17(s,1H),7.48(dt,J=8.0,1.6Hz,4H),7.45-7.42(m,2H),7.36-7.24(m,12H),7.23-7.17(m,1H),6.93(q,J=1.2Hz,1H),6.84-6.77(m,4H),4.74(dt,J=8.5,6.1Hz,1H),4.36-4.28(m,1H),3.85(dd,J=14.0,4.2Hz,1H),3.78(s,3H),3.77(s,3H),3.54(dd,J=14.0,8.0Hz,1H),3.49-3.40(m,1H),3.40-3.34(m,1H),3.16(dd,J=10.1,4.6Hz,1H),3.03(dd,J=10.1,4.4Hz,1H),2.99-2.90(m,1H),1.80(d,J=1.2Hz,3H),1.78-1.72(m,1H),1.68-1.58(m,1H),1.54(dd,J=14.6,8.5Hz,1H),1.42-1.31(m,2H),1.26-1.21(m,1H),0.59(s,3H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 151.30;MS(ESI),840.78[M-H]-.
(2R,3S,4R,5R)-2-(4-アセトアミド-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-3-イル アセテートの合成
THF(75mL)中の乾燥[(2R,3R,5R)-2-(4-アセトアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-3-イル] アセテート(10.0g,15.88mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.87mL,34.94mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,55.4mL,23.82mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(143uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.906g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(9.35g,収率64.5%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.69(s,1H),7.93-7.89(m,2H),7.87(d,J=7.6Hz,1H),7.64-7.58(m,1H),7.52(t,J=7.8Hz,2H),7.47-7.43(m,2H),7.38-7.33(m,4H),7.31(dd,J=8.4,6.9Hz,2H),7.28(d,J=7.5Hz,1H),7.26-7.22(m,1H),6.88-6.83(m,4H),6.31(d,J=4.1Hz,1H),5.44(dd,J=4.2,2.1Hz,1H),5.04(q,J=6.1Hz,1H),4.58(ddd,J=9.2,3.6,2.2Hz,1H),4.14(dd,J=7.2,3.2Hz,1H),3.79(s,6H),3.65(dq,J=9.9,6.0Hz,1H),3.54-3.43(m,2H),3.42-3.31(m,3H),3.13-3.04(m,1H),2.26(s,3H),1.87(dtd,J=16.8,8.1,4.0Hz,1H),1.81(s,3H),1.80-1.71(m,1H),1.64(ddt,J=12.0,7.4,4.2Hz,1H),1.10(dtd,J=11.7,10.0,8.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.43;MS(ESI),913.46[M+H]+.
THF(75mL)中の乾燥[(2R,3R,5R)-2-(4-アセトアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-3-イル] アセテート(10.0g,15.88mmol)の溶液に、トリエチルアミン(4.87mL,34.94mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,55.4mL,23.82mmol)を滴下した。水浴を取り除いた。得られた濁った反応溶液を、1.5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(143uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.906g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を白色泡状物(9.35g,収率64.5%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 9.69(s,1H),7.93-7.89(m,2H),7.87(d,J=7.6Hz,1H),7.64-7.58(m,1H),7.52(t,J=7.8Hz,2H),7.47-7.43(m,2H),7.38-7.33(m,4H),7.31(dd,J=8.4,6.9Hz,2H),7.28(d,J=7.5Hz,1H),7.26-7.22(m,1H),6.88-6.83(m,4H),6.31(d,J=4.1Hz,1H),5.44(dd,J=4.2,2.1Hz,1H),5.04(q,J=6.1Hz,1H),4.58(ddd,J=9.2,3.6,2.2Hz,1H),4.14(dd,J=7.2,3.2Hz,1H),3.79(s,6H),3.65(dq,J=9.9,6.0Hz,1H),3.54-3.43(m,2H),3.42-3.31(m,3H),3.13-3.04(m,1H),2.26(s,3H),1.87(dtd,J=16.8,8.1,4.0Hz,1H),1.81(s,3H),1.80-1.71(m,1H),1.64(ddt,J=12.0,7.4,4.2Hz,1H),1.10(dtd,J=11.7,10.0,8.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 153.43;MS(ESI),913.46[M+H]+.
WV-NU-172及びアミダイト(amidte)の合成。
いくつかの実施形態では、WV-NU-172を、下記の通りに調製した:
いくつかの実施形態では、WV-NU-172を、様々な規模で下記の通りに調製した:
2バッチ:DCM(1200mL)中の化合物1B(60g,137.52mmol,1当量)の溶液に、20℃で、クロロ(イソプロピル)マグネシウム(2M,103.14mL,1.5当量)を添加し、1時間後に、トリブチル(クロロ)スタンナン(66.70g,204.91mmol,55.12mL,1.49当量)を緩やかに添加し、この混合物を12時間にわたり20℃で撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)は、化合物1Bが消費されたことを示した。仕上げのために、2つのバッチを組み合わせた。この反応混合物を、注意深い水(500mL)の添加によりクエンチし、この混合物を、DCM(500mL*2)で抽出した。有機層を合わせ、塩水で洗浄し、Na2SO4で脱水した。溶媒を、減圧下で除去した。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=10/1、3/1)により精製して、化合物1C(120g,200.19mmol,収率72.78%)を、白色固形物として得た。TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=3:1),Rf=0.25。
いくつかの実施形態では、WV-NU-172を、下記の通りに調製した:
いくつかの実施形態では、WV-NU-172を、様々な規模で下記の通りに調製した:
2バッチ:DCM(1200mL)中の化合物1B(60g,137.52mmol,1当量)の溶液に、20℃で、クロロ(イソプロピル)マグネシウム(2M,103.14mL,1.5当量)を添加し、1時間後に、トリブチル(クロロ)スタンナン(66.70g,204.91mmol,55.12mL,1.49当量)を緩やかに添加し、この混合物を12時間にわたり20℃で撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)は、化合物1Bが消費されたことを示した。仕上げのために、2つのバッチを組み合わせた。この反応混合物を、注意深い水(500mL)の添加によりクエンチし、この混合物を、DCM(500mL*2)で抽出した。有機層を合わせ、塩水で洗浄し、Na2SO4で脱水した。溶媒を、減圧下で除去した。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=10/1、3/1)により精製して、化合物1C(120g,200.19mmol,収率72.78%)を、白色固形物として得た。TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=3:1),Rf=0.25。
THF(500mL)中のBnOH(145.18g,1.34mol,139.59mL,2当量)の溶液に、t-BuOK(79.09g,704.80mmol,1.05当量)を添加し、溶解するまで撹拌した。この混合物を、不活性雰囲気下で、-78℃まで冷却したDMF(500mL)中の化合物1(100g,671.24mmol,1当量)の溶液に滴下した。この混合物を、20℃まで緩やかに昇温させ、1時間にわたり撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.76)は、化合物1が完全に消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。この反応混合物を、H2O 1000mLで希釈し、EtOAc mL(500mL*2)で抽出した。合わせた有機層を、塩水 100mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=1/0~0/1)により精製して、化合物2(80g,362.56mmol,収率54.01%)を白色固形物として得た。TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=3:1),Rf=0.76。
トルエン(900mL)中の化合物1C(85.57g,142.76mmol,1.26当量)の溶液に、4-ベンジルオキシ-2-クロロ-ピリミジン(25g,113.30mmol,1当量)、Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(9.25g,11.33mmol,0.1当量)を添加した。この混合物を、N2下にて3時間にわたり120℃で撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)は、反応体1が消費され、新たなスポットが見出されたことを示した。この混合物を濃縮して、粗製物を得た。この混合物を、MPLC(SiO2,石油エーテル/酢酸エチル=10:1,5:1)で精製して、化合物3(45g,90.99mmol,収率80.31%)を、褐色固形物として得た。TLC:(石油エーテル:酢酸エチル=1:1),Rf=0.24。
THF(400mL)中の化合物3(45g,90.99mmol,1当量)の溶液に、HCl(5M,90.99mL,5当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=0:1)により、所望物質が検出されたことが示された。この反応混合物を、水 50mLで希釈し、EtOAc 90mL(30mL*3)で抽出した。合わせた水層に、pH>11まで2N NaOH aqを添加し、DCM(50mL*3)で抽出し、合わせた有機物を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、濃縮して、化合物4(23g,粗製物)を黄色固形物として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1),Rf=0.01。
MeCN(800mL)中の化合物4(23g,91.17mmol,1当量)の溶液に、NaH(7.29g,182.34mmol,純度60%,2当量)を添加し、この混合物を、30分にわたり0℃で撹拌し、次いで化合物1E(47.01g,109.41mmol,1.2当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。LCMSは、化合物4が消費され、所望の物質が見出されたことを示した。この反応混合物をろ過し、ケーキをDCM(100mL)で洗浄し、ろ液を濃縮して、粗製物を得た。この混合物を、MPLC(SiO2、DCM:MeOH=20:1)によって精製して、化合物6(30g,粗製物)を黄色油状物として得た。LCMS:(M+H+):645.3。TLC(DCM:MeOH=20:1),Rf=0.24。
MeOH(600mL)中の化合物6(30g,46.48mmol,1当量)の溶液に、N2雰囲気下で、Pd/C(6,46.48mmol,純度10%,1当量)を添加した。この懸濁液を脱気し、H2で3回パージした。この混合物を、12時間にわたり15℃でH2(15psi)下にて撹拌した。LCMSは、化合物6が消費され、所望の物質が見出されたことを示した。この混合物をろ過し、濃縮して、化合物7(25g、粗製物)を黄色油状物として得た。LCMS:(M+H+):555.2。
AMMONIA(200mL)中の化合物7(2g,3.60mmol,1当量)の溶液を、12時間にわたり15℃で撹拌した LCMSにより、化合物7が消費されたことが示された。この混合物を濃縮して、化合物8(1g,3.59mmol,純度99.79%)を黄色油状物として得た。アンモニア(1000mL)中の化合物7(25g,45.02mmol,1当量)の溶液を、12時間にわたり15℃で撹拌した。LCMSにより、化合物7が消費されたことが示された。この混合物を濃縮して、粗製物を得た。この混合物を、MPLC(SiO2,ジクロロメタン:メタノール=20;1,10:1,5:1)で精製して、化合物8(11g,39.53mmol,収率87.82%)を黄色油状物として得た。LCMS:(M+H+):279.1。TLC:(ジクロロメタン:メタノール=10:1),Rf=0.15。
ピリジン(60mL)中の化合物8(5g,17.97mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(6.39g,18.87mmol,1.05当量)を添加し、この溶液を、1.5時間にわたり20℃で撹拌した。LCMSは、化合物8が消費され、所望の物質が見出されたことを示した。この混合物にMeOH(10mL)を添加し、濃縮して、粗製物を得た。この混合物を、分取HPLC(カラム:Phenomenex C18 250*70mm 10u;移動相:[水(NH4HCO3)-ACN];B%:40%~65%,20分)で精製して、WV-NU-172(2.5g,4.31mmol,収率23.96%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.74(br s,1H),8.23-8.03(m,2H),7.97-7.80(m,1H),7.39-7.33(m,2H),7.31-7.16(m,7H),6.85(br dd,J=5.4,8.5Hz,4H),6.17(br t,J=6.0Hz,2H),5.39(br d,J=4.1Hz,1H),4.33(br s,1H),3.96(br d,J=3.8Hz,1H),3.71(d,J=3.8Hz,6H),3.17-3.12(m,2H),2.42-2.22(m,1H).LCMS:(M-H+):579.3.
250mLサイズの三口フラスコ中のヌクレオシドWV-NU-172(1.9g,3.27mmol,1.0当量)を無水トルエン(30mL)と共沸させ、高真空で48時間にわたり乾燥させた。このフラスコに、アルゴン下で無水THF(10mL)を添加し、溶液を-10℃まで冷却した。この反応混合物に、トリエチルアミン(4.0当量)を添加し、続いてD-PSM-Cl(0.9M)溶液(2.0当量)を10分間かけて添加した。この反応混合物を室温まで温め、反応の進行をHPLCで監視した。出発材料の消失後、反応を水の添加によりクエンチし、モレキュラーシーブの添加により乾燥させた。この反応混合物を、フリットガラスチューブに通して濾過した。反応フラスコ及び沈殿物を、無水THF(25mL)で洗浄した。得られたろ液を回収し、溶媒を減圧下で除去した。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,ヘキサン中の40~100% 酢酸エチル)で精製して、D-PSM-WV-NU-172アミダイトを灰白色固形物(1.6g,収率57%)として得た。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ=154.34 1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.95-7.88(m,3H),7.86(d,J=1.4Hz,1H),7.71(d,J=1.4Hz,1H),7.62(tt,J=7.3,1.3Hz,1H),7.54-7.48(m,2H),7.43-7.38(m,2H),7.34-7.27(m,4H),7.26-7.20(m,1H),6.85(ddq,J=8.4,3.1,1.8Hz,4H),6.31(dd,J=6.6,1.4Hz,1H),6.04(dd,J=7.9,5.5Hz,1H),5.07(dt,J=7.4,5.5Hz,1H),4.79(ddd,J=8.2,5.3,2.5Hz,1H),4.18(td,J=4.2,2.2Hz,1H),3.82-3.74(m,8H),3.68(ddd,J=9.7,5.5,2.7Hz,1H),3.58-3.47(m,2H),3.40(dd,J=14.4,5.3Hz,1H),3.30(qd,J=10.4,4.2Hz,2H),3.20(ddd,J=10.3,4.0,1.6Hz,1H),2.56(ddd,J=13.5,5.6,2.3Hz,1H),2.47(ddd,J=13.6,8.0,5.8Hz,1H),1.96-1.81(m,4H),1.72-1.65(m,1H),1.18-1.11(m,1H).13C NMR(151MHz,CDCl3)δ 161.36,158.64,154.95,152.50,144.40,139.41,136.49,135.47,135.45,135.06,134.06,130.09,130.01,129.35,128.10,128.03,127.99,127.97,126.99,119.43,113.68,113.28,113.26,86.71,85.97,85.95,74.47,74.41,74.03,73.94,67.99,66.33,66.31,63.12,58.01,57.99,55.25,46.79,46.56,41.15,41.12,27.37,26.01,25.99,25.63.LCMS:C45H46N5O9PS(M-H+):865.04.
ヌクレオシドWV-NU-172(0.9g)を、灰白色固形物としてのL-PSM-WV-NU-172アミダイト(510mg,収率45%)へと変換させた。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ=153.78 1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.94-7.87(m,3H),7.86(d,J=1.5Hz,1H),7.70(d,J=1.4Hz,1H),7.62(tt,J=7.3,1.4Hz,1H),7.53-7.47(m,2H),7.42-7.36(m,2H),7.34-7.27(m,4H),7.26-7.20(m,1H),6.85(ddq,J=8.4,3.1,1.8Hz,4H),6.31(dd,J=6.6,1.3Hz,1H),6.03(dd,J=7.9,5.4Hz,1H),5.07(dt,J=7.4,5.5Hz,1H),4.79(ddd,J=8.2,5.3,2.5Hz,1H),4.19(td,J=4.2,2.2Hz,1H),3.82-3.72(m,8H),3.68(ddd,J=9.7,5.5,2.7Hz,1H),3.58-3.47(m,2H),3.40(dd,J=14.4,5.3Hz,1H),3.30(qd,J=10.4,4.3Hz,2H),3.20(ddd,J=10.2,4.0,1.6Hz,1H),2.56(ddd,J=13.5,5.6,2.3Hz,1H),2.46(ddd,J=13.6,8.0,5.8Hz,1H),1.95-1.80(m,4H),1.72-1.64(m,1H),1.17-1.10(m,1H).13C NMR(151MHz,CDCl3)δ 161.49,158.77,155.08,152.63,144.53,139.54,136.61,135.60,135.57,135.18,134.19,130.22,129.48,128.22,128.12,128.10,127.12,119.56,113.81,113.41,113.39,86.84,86.09,86.08,74.60,74.54,74.16,74.07,68.12,66.46,66.43,63.25,58.14,58.12,55.37,46.92,46.69,41.28,41.25,27.50,26.14,26.12,25.76.LCMS:C45H46N5O9PS(M-H+):865.04.
ヌクレオシドWV-NU-172(0.9g)を、灰白色固形物としてのL-PSM-WV-NU-172アミダイト(510mg,収率45%)へと変換させた。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ=153.78 1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 7.94-7.87(m,3H),7.86(d,J=1.5Hz,1H),7.70(d,J=1.4Hz,1H),7.62(tt,J=7.3,1.4Hz,1H),7.53-7.47(m,2H),7.42-7.36(m,2H),7.34-7.27(m,4H),7.26-7.20(m,1H),6.85(ddq,J=8.4,3.1,1.8Hz,4H),6.31(dd,J=6.6,1.3Hz,1H),6.03(dd,J=7.9,5.4Hz,1H),5.07(dt,J=7.4,5.5Hz,1H),4.79(ddd,J=8.2,5.3,2.5Hz,1H),4.19(td,J=4.2,2.2Hz,1H),3.82-3.72(m,8H),3.68(ddd,J=9.7,5.5,2.7Hz,1H),3.58-3.47(m,2H),3.40(dd,J=14.4,5.3Hz,1H),3.30(qd,J=10.4,4.3Hz,2H),3.20(ddd,J=10.2,4.0,1.6Hz,1H),2.56(ddd,J=13.5,5.6,2.3Hz,1H),2.46(ddd,J=13.6,8.0,5.8Hz,1H),1.95-1.80(m,4H),1.72-1.64(m,1H),1.17-1.10(m,1H).13C NMR(151MHz,CDCl3)δ 161.49,158.77,155.08,152.63,144.53,139.54,136.61,135.60,135.57,135.18,134.19,130.22,129.48,128.22,128.12,128.10,127.12,119.56,113.81,113.41,113.39,86.84,86.09,86.08,74.60,74.54,74.16,74.07,68.12,66.46,66.43,63.25,58.14,58.12,55.37,46.92,46.69,41.28,41.25,27.50,26.14,26.12,25.76.LCMS:C45H46N5O9PS(M-H+):865.04.
N-(1-((S)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミドの合成
THF(48mL)中の乾燥N-[1-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド(4.79g,8.1mmol)の溶液に、トリエチルアミン(6.1mL,43.73mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M,16.2mL,14.58mmol)を滴下した。灰白色スラリーを、7時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(146uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.94g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を淡褐色泡状物(5.63g,収率79.5%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.62(bs,1H),7.93-7.86(m,2H),7.85-7.81(m,2H),7.60(t,J=7.5Hz,1H),7.56(tt,J=7.6,1.2Hz,,1H),7.51(tt,J=7.9,1.6Hz,2H),7.47(dt,J=7.1,1.5Hz,2H),7.42(tt,J=8.1,1.6Hz,3H),7.35(dd,J=8.9,2.1Hz,4H),7.30(t,J=7.7Hz,3H),7.21(tt,J=7.4,1.3Hz,1H),6.85(dd,J=8.9,1.5Hz,4H),5.09(q,J=6.3Hz,1H),4.59-4.52(m,1H),4.41(dd,J=13.4,3.3Hz,1H),3.79(s,6H),3.71-3.62(m,1H),3.57(dd,J=13.4,9.1Hz,1H),3.43(dd,J=14.3,6.8Hz,1H),3.39-3.33(m,1H),3.30(dd,J=14.6,6.1Hz,1H),3.18(qd,J=9.9,4.7Hz,2H),3.01(qd,J=10.0,4.4Hz,1H),1.81-1.67(m,2H),1.67-1.59(m,1H),1.12-1.04(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 154.61;MS(ESI),873.94[M-H]-.
THF(48mL)中の乾燥N-[1-[(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド(4.79g,8.1mmol)の溶液に、トリエチルアミン(6.1mL,43.73mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M,16.2mL,14.58mmol)を滴下した。灰白色スラリーを、7時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(146uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.94g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を淡褐色泡状物(5.63g,収率79.5%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.62(bs,1H),7.93-7.86(m,2H),7.85-7.81(m,2H),7.60(t,J=7.5Hz,1H),7.56(tt,J=7.6,1.2Hz,,1H),7.51(tt,J=7.9,1.6Hz,2H),7.47(dt,J=7.1,1.5Hz,2H),7.42(tt,J=8.1,1.6Hz,3H),7.35(dd,J=8.9,2.1Hz,4H),7.30(t,J=7.7Hz,3H),7.21(tt,J=7.4,1.3Hz,1H),6.85(dd,J=8.9,1.5Hz,4H),5.09(q,J=6.3Hz,1H),4.59-4.52(m,1H),4.41(dd,J=13.4,3.3Hz,1H),3.79(s,6H),3.71-3.62(m,1H),3.57(dd,J=13.4,9.1Hz,1H),3.43(dd,J=14.3,6.8Hz,1H),3.39-3.33(m,1H),3.30(dd,J=14.6,6.1Hz,1H),3.18(qd,J=9.9,4.7Hz,2H),3.01(qd,J=10.0,4.4Hz,1H),1.81-1.67(m,2H),1.67-1.59(m,1H),1.12-1.04(m,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 154.61;MS(ESI),873.94[M-H]-.
N-(1-((R)-3-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-2-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)プロピル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミドの合成
THF(48mL)中の乾燥N-[1-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド(4.81g,8.13mmol)の溶液に、トリエチルアミン(6.12mL,43.91mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M,16.3mL,14.64mmol)を滴下した。灰白色スラリーを、5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(146uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.94g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を淡褐色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製した。主要ピークの画分の最初の半分は、まだ純粋ではなく、この半分を、勾配としてヘキサン中の30~100% DCM(各移動相は、2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより再度精製した。2つのカラムからの純粋な所望の生成物画分を組み合わせ、濃縮して、標題の化合物を、褐色がかった灰白色泡状物(4.69g,収率65.9%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.60(bs,1H),7.96(dt,J=7.2,1.3Hz,2H),7.91-7.84(m,2H),7.66-7.57(m,3H),7.56-7.46(m,7H),7.39-7.33(m,4H),7.29(t,J=7.7Hz,2H),7.21(tt,J=7.4,1.3Hz,1H),6.87-6.81(m,4H),5.08(q,J=6.2Hz,1H),4.59(tdd,J=12.1,8.9,4.1Hz,1H),4.32(dd,J=13.4,3.2Hz,1H),3.791(s,3H),3.789(s,3H),3.78-3.73(m,1H),3.58(dd,J=13.4,8.9Hz,1H),3.48(dd,J=14.3,6.4Hz,1H),3.46-3.39(m,1H),3.30(dd,J=14.2,6.4Hz,1H),3.23(dd,J=10.0,3.7Hz,1H),3.17(dd,J=10.0,5.4Hz,1H),3.07-2.98(m,1H),1.85-1.70(m,2H),1.69-1.63(m,1H),1.08(dq,J=11.7,9.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 154.17;MS(ESI),873.94[M-H]-.
THF(48mL)中の乾燥N-[1-[(2R)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-ヒドロキシ-プロピル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド(4.81g,8.13mmol)の溶液に、トリエチルアミン(6.12mL,43.91mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.9M,16.3mL,14.64mmol)を滴下した。灰白色スラリーを、5時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSは、反応が完了したことを示した。反応を、水(146uL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.94g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を淡褐色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製した。主要ピークの画分の最初の半分は、まだ純粋ではなく、この半分を、勾配としてヘキサン中の30~100% DCM(各移動相は、2.5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより再度精製した。2つのカラムからの純粋な所望の生成物画分を組み合わせ、濃縮して、標題の化合物を、褐色がかった灰白色泡状物(4.69g,収率65.9%)として得た。1H NMR(600MHz,CDCl3)δ 8.60(bs,1H),7.96(dt,J=7.2,1.3Hz,2H),7.91-7.84(m,2H),7.66-7.57(m,3H),7.56-7.46(m,7H),7.39-7.33(m,4H),7.29(t,J=7.7Hz,2H),7.21(tt,J=7.4,1.3Hz,1H),6.87-6.81(m,4H),5.08(q,J=6.2Hz,1H),4.59(tdd,J=12.1,8.9,4.1Hz,1H),4.32(dd,J=13.4,3.2Hz,1H),3.791(s,3H),3.789(s,3H),3.78-3.73(m,1H),3.58(dd,J=13.4,8.9Hz,1H),3.48(dd,J=14.3,6.4Hz,1H),3.46-3.39(m,1H),3.30(dd,J=14.2,6.4Hz,1H),3.23(dd,J=10.0,3.7Hz,1H),3.17(dd,J=10.0,5.4Hz,1H),3.07-2.98(m,1H),1.85-1.70(m,2H),1.69-1.63(m,1H),1.08(dq,J=11.7,9.5Hz,1H);31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 154.17;MS(ESI),873.94[M-H]-.
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-198)、及び3-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-198A)の合成
ステップ1:ピリジン(300mL)中の(2S,4S,5R)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2,4-ジオール(50g,372.77mmol,1当量)の溶液に、15℃でDMAP(4.55g,37.28mmol,0.1当量)を添加し、Ac2O(190.28g,1.86mol,174.57mL,5当量)を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。ロータリーエバポレータによりピリジンを除去し、残渣を、トルエン(2*50mL)と共蒸発させた。残渣を、DCM(300mL)で希釈し、1M HCl(100mL)で洗浄し、次いで飽和NaHCO3(20mL)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、濃縮して、粗生成物(2R,4S,5R)-5-(アセトキシメチル)テトラヒドロフラン-2,4-ジイル ジアセテート(95g,365.05mmol,収率97.93%)を、白色固形物として得た。
ステップ1:ピリジン(300mL)中の(2S,4S,5R)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2,4-ジオール(50g,372.77mmol,1当量)の溶液に、15℃でDMAP(4.55g,37.28mmol,0.1当量)を添加し、Ac2O(190.28g,1.86mol,174.57mL,5当量)を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。ロータリーエバポレータによりピリジンを除去し、残渣を、トルエン(2*50mL)と共蒸発させた。残渣を、DCM(300mL)で希釈し、1M HCl(100mL)で洗浄し、次いで飽和NaHCO3(20mL)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、濃縮して、粗生成物(2R,4S,5R)-5-(アセトキシメチル)テトラヒドロフラン-2,4-ジイル ジアセテート(95g,365.05mmol,収率97.93%)を、白色固形物として得た。
ステップ2:アルゴン下で保持した(2R,4S,5R)-5-(アセトキシメチル)テトラヒドロフラン-2,4-ジイル ジアセテート(14.54g,115.28mmol,1.5当量)の溶液を、DCE(300mL)に溶解させ、BSA(46.90g,230.56mmol,56.99mL,3当量)を添加し、この混合物を、この混合物が透明になるまで、激しく撹拌しつつ、0.5時間にわたり80℃で撹拌し、DCE(150mL)中の6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(20g,76.85mmol,1当量)を添加し、次いで、わずかに黄色がかった溶液に、0℃で、SnCl4(22.02g,84.54mmol,9.88mL,1.1当量)を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、NaHCO3 20mLの添加によりクエンチし、DCM 45mL(15mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、((2R,3S,5R)-3-アセトキシ-5-(4-メチル-2,6-ジオキソ-3,6-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-2-イル)メチル アセテート(20g,61.29mmol,収率79.75%)を、白色固形物として得た。LCMS(M-H)-:325.1.
ステップ3:MeOH(160mL)中の((2R,3S,5R)-3-アセトキシ-5-(4-メチル-2,6-ジオキソ-3,6-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-2-イル)メチル アセテート(16g,49.03mmol,1当量)の溶液に、NaOMe(6.62g,122.59mmol,2.5当量)を添加した。この混合物を、3時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、NH4Cl(400cmg)の添加によりクエンチし、次いで減圧下で濃縮して残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2,石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1)で精製して、3-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(8g,33.03mmol,収率88.89%)を、白色固形物として得た。LCMS:(M-H+):241.0。
ステップ4:ピリジン(90mL)中の3-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(4g,16.51mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(6.71g,19.82mmol,1.2当量)を添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、DCM(100mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この粗製物を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=1:0~0:1)で精製し、逆相HPLC(カラム:Phenomenex Titank C18 Bulk 250*70mm 10u;移動相:[水(10mM NH4HCO3)-ACN];B%:46%~66%,20分 @100mL/分)で再精製して、3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-198)(0.83g,純度9.23%)を白色固形物として得、3-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(WV-NU-198A)(1.65g,収率18.35%)を白色固形物として得た。WV-NU-198:1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.15-10.94(m,1H),7.53-7.34(m,2H),7.31-7.18(m,6H),6.96-6.79(m,4H),6.63-6.54(m,1H),5.50-5.40(m,1H),5.15-5.01(m,1H),4.35-4.21(m,1H),3.90-3.80(m,1H),3.74(d,J=1.8Hz,6H),3.40-3.29(m,1H),3.27-3.12(m,1H),3.10-2.96(m,1H),2.14-1.89(m,4H);LCMS:(M-H+):543.2。WV-NU-198A:1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.10-10.89(m,1H),7.59-7.43(m,2H),7.42-7.29(m,6H),7.26-7.17(m,1H),6.95-6.81(m,4H),6.14-6.02(m,1H),5.81-5.71(m,1H),5.39-5.31(m,1H),4.92-4.76(m,1H),3.79-3.68(m,6H),3.65(br s,1H),3.56-3.49(m,1H),3.45-3.40(m,1H),3.37-3.29(m,1H),2.76(br t,J=11.9Hz,1H),2.67-2.59(m,1H),2.07(s,1H),1.99-1.92(m,3H),1.55-1.40(m,1H);LCMS:(M-H+):543.2。
9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-7,9-ジヒドロ-1H-プリン-6,8-ジオン(WV-NU-213)の合成
ステップ1:2バッチ:ジオキサン(400mL)及びAcONa(0.5M,1.87L,4.71当量)緩衝液(pH4.3)中の(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(50g,199.01mmol,1当量)の溶液に、撹拌しつつ、Br2(38.16g,238.81mmol,12.31mL,1.2当量)の溶液を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。仕上げのために、2つのバッチを組み合わせた。この混合物に、赤色が消失するまで濃Na2S2O5を添加した。この混合物を、0.5m NaOHでpH7.0に中和した。残渣を蒸発させ、白色固形物が沈殿した。この固体をろ別し、冷1,4-ジオキサン(50mL)で洗浄し、高真空下で乾燥させて、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(110g,333.19mmol,収率83.71%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.22-7.98(m,1H),7.53(br s,2H),6.29(dd,J=6.5,7.9Hz,1H),5.35(br d,J=12.3Hz,2H),4.58-4.38(m,1H),3.95-3.82(m,1H),3.65(dd,J=4.5,11.9Hz,1H),3.48(br dd,J=4.5,11.7Hz,1H),3.36(br s,1H),3.24(ddd,J=6.1,7.8,13.4Hz,1H),2.19(ddd,J=2.6,6.4,13.1Hz,1H);LCMS:(M+H+):330.14.
ステップ1:2バッチ:ジオキサン(400mL)及びAcONa(0.5M,1.87L,4.71当量)緩衝液(pH4.3)中の(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(50g,199.01mmol,1当量)の溶液に、撹拌しつつ、Br2(38.16g,238.81mmol,12.31mL,1.2当量)の溶液を滴下した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。仕上げのために、2つのバッチを組み合わせた。この混合物に、赤色が消失するまで濃Na2S2O5を添加した。この混合物を、0.5m NaOHでpH7.0に中和した。残渣を蒸発させ、白色固形物が沈殿した。この固体をろ別し、冷1,4-ジオキサン(50mL)で洗浄し、高真空下で乾燥させて、(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(110g,333.19mmol,収率83.71%)を、黄色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.22-7.98(m,1H),7.53(br s,2H),6.29(dd,J=6.5,7.9Hz,1H),5.35(br d,J=12.3Hz,2H),4.58-4.38(m,1H),3.95-3.82(m,1H),3.65(dd,J=4.5,11.9Hz,1H),3.48(br dd,J=4.5,11.7Hz,1H),3.36(br s,1H),3.24(ddd,J=6.1,7.8,13.4Hz,1H),2.19(ddd,J=2.6,6.4,13.1Hz,1H);LCMS:(M+H+):330.14.
ステップ2:2バッチ:水(1500mL)中の(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-8-ブロモ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-オール(55g,166.60mmol,1当量)、2-メルカプトエタノール(39.22g,501.90mmol,35.01mL,3.01当量)、及びTEA(168.58g,1.67mol,231.88mL,10当量)の溶液を、4時間にわたり110℃下で撹拌した。溶媒を減圧下で除去して残渣を得、この残渣を、MPLC(ジクロロメタン:メタノール=5:1,10:1)で精製して、6-アミノ-9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-8-オール(65g,243.23mmol,収率73.00%)を、白色固形物として得た。LCMS :(M+H+):267.24。
ステップ3:水(60mL)中のNaNO2(15.49g,224.52mmol,2当量)の溶液を、HOAc(1500mL、純度95%)中の6-アミノ-9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-8-オール(30g,112.26mmol,1当量)の撹拌溶液に添加した。この反応混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。溶媒を、減圧下で除去した。粗生成物を、5分にわたり15℃で、DCM(500ml)により粉砕して、9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-7,9-ジヒドロ-1H-プリン-6,8-ジオン(22g,82.02mmol,収率73.06%)を、白色固形物として得た。1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.98(s,1H),6.12(t,J=7.3Hz,1H),4.36(td,J=2.8,5.8Hz,1H),3.79-3.74(m,1H),3.58(dd,J=5.0,11.6Hz,1H),3.44(dd,J=5.3,11.6Hz,1H),2.96(ddd,J=6.2,7.6,13.3Hz,1H),2.01(ddd,J=2.8,6.7,13.0Hz,1H),1.90(s,1H);LCMS:(M+H+):268.23.
ステップ4:ピリジン(400mL)中の9-((2R,4S,5R)-4-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-7,9-ジヒドロ-1H-プリン-6,8-ジオン(22g,82.02mmol,1当量)の溶液に、DMTCl(22.23g,65.62mmol,0.8当量)を添加した。この混合物を、12時間にわたり15℃で撹拌した。この反応混合物を、15℃での水 400mLの添加によりクエンチし、次いで水200mLで希釈し、酢酸エチル 900mL(300mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、DCM:MeOH=1:0~0:1)で精製した。粗生成物を、5分にわたり15℃にてDCM(300mL)で粉砕して、WV-NU-213(13.67g,収率30%)を白色固形物として得た。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=11.37(s,1H),7.78(s,1H),7.35(d,J=7.4Hz,2H),7.26-7.14(m,7H),6.80(dd,J=8.9,14.5Hz,4H),6.13(t,J=6.8Hz,1H),5.21(d,J=4.8Hz,1H),4.48-4.39(m,1H),3.89(td,J=4.4,6.4Hz,1H),3.72(d,J=3.6Hz,6H),3.33(s,1H),3.20-3.03(m,2H),2.96(td,J=6.5,12.9Hz,1H),2.15-2.05(m,1H);LCMS :(M+H+):570.59,LCMS 純度:97.33%.
3-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(6.5mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(0.83g,1.52mmol)の溶液に、トリエチルアミン(0.47mL,3.35mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,5.32mL,2.29mmol)を、迅速に滴下した。得られた濁った反応溶液を、5時間にわたり室温で撹拌した。TLCは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(14μL)によりクエンチした。無水MgSO4(183mg)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(0.549g,収率43.5%)として得た。1H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 9.50(s,1H),7.89-7.84(m,2H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.50(t,J=7.7Hz,2H),7.46-7.42(m,2H),7.32(ddd,J=9.2,5.6,2.8Hz,4H),7.22(t,J=7.6Hz,2H),7.14(t,J=7.3Hz,1H),6.79-6.73(m,4H),6.71(dd,J=8.9,4.3Hz,1H),5.46(s,1H),4.93(q,J=6.1Hz,1H),4.84(dq,J=8.8,6.2Hz,1H),3.92(td,J=6.4,3.9Hz,1H),3.74(s,3H),3.73(s,3H),3.63(dq,J=11.8,5.9Hz,1H),3.43-3.27(m,5H),2.94(qd,J=10.0,4.1Hz,1H),2.80(ddd,J=13.0,8.2,4.3Hz,1H),2.26(ddd,J=13.6,9.0,6.1Hz,1H),1.99(s,3H),1.83(dtt,J=11.9,7.8,3.2Hz,1H),1.77-1.68(m,1H),1.66-1.58(m,1H),1.11-1.04(m,1H);31P NMR(243MHz,クロロホルム-d)δ 149.82;MS(ESI),826.14[M-H]-.
THF(6.5mL)中の乾燥3-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(0.83g,1.52mmol)の溶液に、トリエチルアミン(0.47mL,3.35mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,5.32mL,2.29mmol)を、迅速に滴下した。得られた濁った反応溶液を、5時間にわたり室温で撹拌した。TLCは、反応が完了したことを示した。この反応を、水(14μL)によりクエンチした。無水MgSO4(183mg)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(0.549g,収率43.5%)として得た。1H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 9.50(s,1H),7.89-7.84(m,2H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.50(t,J=7.7Hz,2H),7.46-7.42(m,2H),7.32(ddd,J=9.2,5.6,2.8Hz,4H),7.22(t,J=7.6Hz,2H),7.14(t,J=7.3Hz,1H),6.79-6.73(m,4H),6.71(dd,J=8.9,4.3Hz,1H),5.46(s,1H),4.93(q,J=6.1Hz,1H),4.84(dq,J=8.8,6.2Hz,1H),3.92(td,J=6.4,3.9Hz,1H),3.74(s,3H),3.73(s,3H),3.63(dq,J=11.8,5.9Hz,1H),3.43-3.27(m,5H),2.94(qd,J=10.0,4.1Hz,1H),2.80(ddd,J=13.0,8.2,4.3Hz,1H),2.26(ddd,J=13.6,9.0,6.1Hz,1H),1.99(s,3H),1.83(dtt,J=11.9,7.8,3.2Hz,1H),1.77-1.68(m,1H),1.66-1.58(m,1H),1.11-1.04(m,1H);31P NMR(243MHz,クロロホルム-d)δ 149.82;MS(ESI),826.14[M-H]-.
3-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンの合成
THF(12.5mL)中の乾燥3-[(2S,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(1.65g,3.03mmol)の溶液に、トリエチルアミン(0.93mL,6.67mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,10.6mL,4.54 mmol)を、迅速に滴下した。得られた濁った反応溶液を、5時間にわたり室温で撹拌した。TLCにより、反応が完了したことが示された。この反応を、水(27μL)によりクエンチした。無水MgSO4(363mg)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(1.266g,収率50.5%)として得た。1H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 9.07(s,1H),7.93(dd,J=7.8,1.6Hz,2H),7.64-7.58(m,1H),7.53(t,J=7.7Hz,2H),7.51-7.47(m,2H),7.41-7.36(m,4H),7.25(d,J=7.6Hz,2H),7.19(t,J=7.3Hz,1H),6.79(dd,J=9.0,2.2Hz,4H),6.16(d,J=11.2Hz,1H),5.45(s,1H),5.04(q,J=6.0Hz,1H),4.17-4.11(m,1H),3.783(s,3H),3.777(s,3H),3.73-3.62(m,3H),3.58-3.53(m,1H),3.52-3.47(m,1H),3.42(dd,J=14.6,5.4Hz,1H),3.06-2.97(m,1H),2.95-2.88(m,1H),2.86(dd,J=10.3,4.2Hz,1H),2.03(s,3H),1.85(dp,J=12.2,4.5Hz,1H),1.78-1.70(m,1H),1.66(ddt,J=7.8,5.5,2.5Hz,1H),1.61(dt,J=13.6,3.1Hz,1H),1.21-1.11(m,1H);31P NMR(243MHz,クロロホルム-d)δ 148.85;MS(ESI),826.14[M-H]-.
THF(12.5mL)中の乾燥3-[(2S,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-メチル-1H-ピリミジン-2,4-ジオン(1.65g,3.03mmol)の溶液に、トリエチルアミン(0.93mL,6.67mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,10.6mL,4.54 mmol)を、迅速に滴下した。得られた濁った反応溶液を、5時間にわたり室温で撹拌した。TLCにより、反応が完了したことが示された。この反応を、水(27μL)によりクエンチした。無水MgSO4(363mg)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(1.266g,収率50.5%)として得た。1H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 9.07(s,1H),7.93(dd,J=7.8,1.6Hz,2H),7.64-7.58(m,1H),7.53(t,J=7.7Hz,2H),7.51-7.47(m,2H),7.41-7.36(m,4H),7.25(d,J=7.6Hz,2H),7.19(t,J=7.3Hz,1H),6.79(dd,J=9.0,2.2Hz,4H),6.16(d,J=11.2Hz,1H),5.45(s,1H),5.04(q,J=6.0Hz,1H),4.17-4.11(m,1H),3.783(s,3H),3.777(s,3H),3.73-3.62(m,3H),3.58-3.53(m,1H),3.52-3.47(m,1H),3.42(dd,J=14.6,5.4Hz,1H),3.06-2.97(m,1H),2.95-2.88(m,1H),2.86(dd,J=10.3,4.2Hz,1H),2.03(s,3H),1.85(dp,J=12.2,4.5Hz,1H),1.78-1.70(m,1H),1.66(ddt,J=7.8,5.5,2.5Hz,1H),1.61(dt,J=13.6,3.1Hz,1H),1.21-1.11(m,1H);31P NMR(243MHz,クロロホルム-d)δ 148.85;MS(ESI),826.14[M-H]-.
(Z)-N’-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-3-((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-8-オキソ-8,9-ジヒドロ-7H-プリン-6-イル)-N,N-ジメチルホルムイミドアミドの合成
THF(135mL)中の乾燥N’-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3-[tert-ブチル(ジメチル)シリル]オキシ-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]-N,N-ジメチル-ホルムアミジン(18.0g,23.84mmol)の溶液に、トリエチルアミン(7.31mL,52.45mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,83.17mL,35.76mmol)を、迅速に滴下した。水浴を取り除いた。濁った反応溶液を、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSにより、反応が完了しなかったことが示された。追加のTEA(1.46mL,10.47mmol)を添加した。追加の(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,16.6mL,7.14mmol)も、迅速に滴下した。さらに1時間にわたり撹拌した。TLCにより、反応が完了したことが示された。この反応を、水(343μL)によりクエンチした。無水MgSO4(4.577g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(17.87g,収率72.2%)として得た。1H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 8.72(s,1H),8.28(s,1H),8.16(s,1H),7.87-7.83(m,2H),7.56-7.52(m,1H),7.49-7.42(m,4H),7.38-7.31(m,4H),7.20(dd,J=8.4,6.8Hz,2H),7.17-7.12(m,1H),6.78-6.72(m,4H),5.94(d,J=5.5Hz,1H),5.34(t,J=5.4Hz,1H),4.96(q,J=6.2Hz,1H),4.78(dt,J=10.8,4.5Hz,1H),4.01(q,J=4.4Hz,1H),3.75(s,6H),3.67(dq,J=11.5,6.0Hz,1H),3.48-3.35(m,4H),3.17(dd,J=10.2,4.9Hz,1H),3.13(s,3H),3.10(s,3H),3.03(qd,J=9.5,4.0Hz,1H),1.89-1.81(m,1H),1.78-1.72(m,1H),1.69-1.62(m,1H),1.15-1.06(m,1H),0.81(s,9H),-0.02(s,3H),-0.14(s,3H);31P NMR(243MHz,クロロホルム-d)δ 152.36;MS(ESI),1036.85[M-H]-.
THF(135mL)中の乾燥N’-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3-[tert-ブチル(ジメチル)シリル]オキシ-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-8-オキソ-7H-プリン-6-イル]-N,N-ジメチル-ホルムアミジン(18.0g,23.84mmol)の溶液に、トリエチルアミン(7.31mL,52.45mmol)を添加した。反応フラスコを、水浴中に設置した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,83.17mL,35.76mmol)を、迅速に滴下した。水浴を取り除いた。濁った反応溶液を、3時間にわたり室温で撹拌した。TLC及びLCMSにより、反応が完了しなかったことが示された。追加のTEA(1.46mL,10.47mmol)を添加した。追加の(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.43M,16.6mL,7.14mmol)も、迅速に滴下した。さらに1時間にわたり撹拌した。TLCにより、反応が完了したことが示された。この反応を、水(343μL)によりクエンチした。無水MgSO4(4.577g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてヘキサン中の20~100% EtOAc(各移動相は、1%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を、白色泡状物(17.87g,収率72.2%)として得た。1H NMR(600MHz,クロロホルム-d)δ 8.72(s,1H),8.28(s,1H),8.16(s,1H),7.87-7.83(m,2H),7.56-7.52(m,1H),7.49-7.42(m,4H),7.38-7.31(m,4H),7.20(dd,J=8.4,6.8Hz,2H),7.17-7.12(m,1H),6.78-6.72(m,4H),5.94(d,J=5.5Hz,1H),5.34(t,J=5.4Hz,1H),4.96(q,J=6.2Hz,1H),4.78(dt,J=10.8,4.5Hz,1H),4.01(q,J=4.4Hz,1H),3.75(s,6H),3.67(dq,J=11.5,6.0Hz,1H),3.48-3.35(m,4H),3.17(dd,J=10.2,4.9Hz,1H),3.13(s,3H),3.10(s,3H),3.03(qd,J=9.5,4.0Hz,1H),1.89-1.81(m,1H),1.78-1.72(m,1H),1.69-1.62(m,1H),1.15-1.06(m,1H),0.81(s,9H),-0.02(s,3H),-0.14(s,3H);31P NMR(243MHz,クロロホルム-d)δ 152.36;MS(ESI),1036.85[M-H]-.
9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((1S,3S,3aS)-3-((フェニルスルホニル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール-1-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-7,9-ジヒドロ-1H-プリン-6,8-ジオンの合成
THF(90mL)中の乾燥9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1,7-ジヒドロプリン-6,8-ジオン(6.0g,10.52mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.08mL,22.08mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,18.9mL,16.82mmol)を、迅速に滴下した。2時間にわたり室温で撹拌した。LCMSにより、変換率が約67%であることが示された。さらに6時間にわたり撹拌した。TLCにより、出発物質がわずかであることが示された。この反応を、水(113μL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.51g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてEtOAc中の0~100% ACN(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を灰白色泡状物(5.32g,収率59.3%)として得た。1H NMR(600MHz,DMSO-d6)δ 11.42(s,2H),7.88-7.81(m,3H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.52(t,J=7.6Hz,2H),7.33(d,J=7.8Hz,2H),7.25-7.14(m,7H),6.79(dd,J=18.2,8.5Hz,4H),6.11(dd,J=8.1,4.6Hz,1H),5.10-5.00(m,2H),3.86-3.79(m,2H),3.73-3.69(m,6H),3.69-3.65(m,1H),3.58(dt,J=9.6,5.3Hz,1H),3.24(dd,J=14.3,7.6Hz,1H),3.11(dd,J=10.4,3.8Hz,1H),3.08-3.03(m,1H),2.85(dt,J=13.2,6.1Hz,1H),2.81-2.73(m,1H),2.60(qd,J=9.8,3.9Hz,1H),2.27(dt,J=14.1,7.4Hz,1H),1.63-1.50(m,2H),1.11(q,J=10.2,9.7Hz,1H);31P NMR(243MHz,DMSO-d6)δ 144.02;MS(ESI),852.62[M-H]-.
THF(90mL)中の乾燥9-[(2R,4R,5R)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヒドロキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]-1,7-ジヒドロプリン-6,8-ジオン(6.0g,10.52mmol)の溶液に、トリエチルアミン(3.08mL,22.08mmol)を添加した。(3S,3aS)-3-(ベンゼンスルホニルメチル)-1-クロロ-3a,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(THF中の0.89M,18.9mL,16.82mmol)を、迅速に滴下した。2時間にわたり室温で撹拌した。LCMSにより、変換率が約67%であることが示された。さらに6時間にわたり撹拌した。TLCにより、出発物質がわずかであることが示された。この反応を、水(113μL)によりクエンチした。無水MgSO4(1.51g)を添加した。この混合物をセライトに通してろ過し、ろ液を濃縮して、粗生成物を灰白色泡状物として得た。この粗生成物を、勾配としてEtOAc中の0~100% ACN(各移動相は、5%トリエチルアミンを含有した)を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、標題の化合物を灰白色泡状物(5.32g,収率59.3%)として得た。1H NMR(600MHz,DMSO-d6)δ 11.42(s,2H),7.88-7.81(m,3H),7.60(t,J=7.4Hz,1H),7.52(t,J=7.6Hz,2H),7.33(d,J=7.8Hz,2H),7.25-7.14(m,7H),6.79(dd,J=18.2,8.5Hz,4H),6.11(dd,J=8.1,4.6Hz,1H),5.10-5.00(m,2H),3.86-3.79(m,2H),3.73-3.69(m,6H),3.69-3.65(m,1H),3.58(dt,J=9.6,5.3Hz,1H),3.24(dd,J=14.3,7.6Hz,1H),3.11(dd,J=10.4,3.8Hz,1H),3.08-3.03(m,1H),2.85(dt,J=13.2,6.1Hz,1H),2.81-2.73(m,1H),2.60(qd,J=9.8,3.9Hz,1H),2.27(dt,J=14.1,7.4Hz,1H),1.63-1.50(m,2H),1.11(q,J=10.2,9.7Hz,1H);31P NMR(243MHz,DMSO-d6)δ 144.02;MS(ESI),852.62[M-H]-.
オリゴヌクレオチド調製に有用な更なる化合物の調製を、例として下記で説明した。
クロロ試薬(2)の一般的な実験手順(A)
ジチオール(360mmol)を、アルゴン下でトルエン(720mL)に溶解させ(3000mL一口フラスコ)、次いで4-メチルモルホリン(35.4mL、792mmol)を添加した。この混合物を、トルエン(720mL)中の三塩化リン(720mL、396mmol)の氷冷溶液に、アルゴン雰囲気下で30分間かけて、カニューレを介して滴下した。1時間にわたり室温まで温めた後、この混合物を、真空/アルゴン下で注意深くろ過した。得られたろ液を、回転蒸発(Arでフラッシング)により濃縮し、次いで2時間にわたり高真空下で乾燥させた。得られた粗化合物を、粘稠な油状物として単離し、これをTHFに溶解させて1M原液を得、この溶液を、さらに精製することなく次のステップで使用した。
ジチオール(360mmol)を、アルゴン下でトルエン(720mL)に溶解させ(3000mL一口フラスコ)、次いで4-メチルモルホリン(35.4mL、792mmol)を添加した。この混合物を、トルエン(720mL)中の三塩化リン(720mL、396mmol)の氷冷溶液に、アルゴン雰囲気下で30分間かけて、カニューレを介して滴下した。1時間にわたり室温まで温めた後、この混合物を、真空/アルゴン下で注意深くろ過した。得られたろ液を、回転蒸発(Arでフラッシング)により濃縮し、次いで2時間にわたり高真空下で乾燥させた。得られた粗化合物を、粘稠な油状物として単離し、これをTHFに溶解させて1M原液を得、この溶液を、さらに精製することなく次のステップで使用した。
2のデータ:一般手順Aに従って、化合物1から合成した。31P NMR(243MHz,THF-CDCl3,1:2)δ 168.77,161.4
単量体(5及び6)の一般的な実験手順(B)
5’-ODMTr保護ヌクレオシド3又は4(6.9mmol)を、三ツ口250mL丸底フラスコ中で、無水トルエン(50mL)と共蒸発させ、その後18時間にわたり高真空下で乾燥させた。乾燥したヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で、乾燥THF(35mL)に溶解させた。次いで、この反応混合物に、トリエチルアミン(24.4mmol、3.5当量)を添加し、次いで約-10℃まで冷却した。粗クロロ試薬のTHF溶液(1M溶液、2.5当量、17.4mmol)を、カニューレを通して上記混合物に約5分かけて添加し、その後、約1時間かけて徐々に室温まで温めた。LCMSにより、出発物質が消費されたことが示された。この反応混合物を、真空/アルゴン下で注意深くろ過し、得られたろ液を減圧下で濃縮して黄色泡状物を得、これを、さらに高真空下で一晩乾燥させた。粗混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[アセトニトリル、次いで酢酸エチル(5%TEA)を使用してカラムを予め不活性化し、その後、酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーによって精製した。
5’-ODMTr保護ヌクレオシド3又は4(6.9mmol)を、三ツ口250mL丸底フラスコ中で、無水トルエン(50mL)と共蒸発させ、その後18時間にわたり高真空下で乾燥させた。乾燥したヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で、乾燥THF(35mL)に溶解させた。次いで、この反応混合物に、トリエチルアミン(24.4mmol、3.5当量)を添加し、次いで約-10℃まで冷却した。粗クロロ試薬のTHF溶液(1M溶液、2.5当量、17.4mmol)を、カニューレを通して上記混合物に約5分かけて添加し、その後、約1時間かけて徐々に室温まで温めた。LCMSにより、出発物質が消費されたことが示された。この反応混合物を、真空/アルゴン下で注意深くろ過し、得られたろ液を減圧下で濃縮して黄色泡状物を得、これを、さらに高真空下で一晩乾燥させた。粗混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[アセトニトリル、次いで酢酸エチル(5%TEA)を使用してカラムを予め不活性化し、その後、酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーによって精製した。
立体的に不規則な(Rp/Sp)単量体5:収率86%。反応を、ヌクレオシド3及びクロロ試薬2を使用して、一般手順Bに従って実行した。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 171.62,155.50,146.84,146.17;MS(ES)m/z C35H39N2O7PS2[M+K]+に対する計算値733.16、実測値733.40[M+K]+。
立体的に不規則な(Rp/Sp)単量体6:収率73%。反応を、ヌクレオシド4及びクロロ試薬2を使用して、一般手順Bに従って実行した。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 121.87,106.20,93.58,92.99;MS(ES)m/z C35H40N3O6PS2[M+K]+に対する計算値773.28、実測値773.70[M+K]+。
PS-PN二量体(7及び8)の一般的な実験手順(C):
乾燥アセトニトリル(0.5mL)中の単量体5又は6(0.10mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下にて室温で、アセトニトリル(0.2mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(0.11mmol、2.25当量)の溶液を添加した。得られた反応混合物を10分にわたり撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(0.25mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.05mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.23mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中の0.23mlの1M溶液)を添加した。この反応をモニタリングし、LCMSにより分析した。およその反応完了時間10~20分。
乾燥アセトニトリル(0.5mL)中の単量体5又は6(0.10mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下にて室温で、アセトニトリル(0.2mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(0.11mmol、2.25当量)の溶液を添加した。得られた反応混合物を10分にわたり撹拌し、続いて乾燥アセトニトリル(0.25mL)中のDMTr保護されたアルコール(0.05mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.23mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中の0.23mlの1M溶液)を添加した。この反応をモニタリングし、LCMSにより分析した。およその反応完了時間10~20分。
立体的に不規則な二量体7:反応を、5を使用して一般手順Cに従って実行した。MS(ES)m/z C67H72N7O14PS[M+K]+に対する計算値1300.42、実測値1300.70[M+K]+。
立体的に純粋な(Rp)二量体8:反応を、6を使用して一般手順Cに従って実行した。MS(ES)m/z C67H73N8O13PS[M+K]+に対する計算値1299.44、実測値1299.65[M+K]+。
PS-PS二量体(9及び10)の一般的な実験手順(D):
乾燥アセトニトリル(0.5mL)中の単量体5又は6(0.10mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下にて室温で、アセトニトリル中の5-フェニル-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-オン(0.12mmol、2.5当量、0.2M)の溶液を添加した。得られた反応混合物を10分にわたり撹拌した後、乾燥アセトニトリル中のDMTr保護されたアルコール(0.05mmol、1当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)(0.2mL)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデク-7-エン(0.23mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中1M溶液)を添加する。反応が完了したら(LCMSでモニタリング)、この反応混合物をLCMSによって分析した。
乾燥アセトニトリル(0.5mL)中の単量体5又は6(0.10mmol、2当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下にて室温で、アセトニトリル中の5-フェニル-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-オン(0.12mmol、2.5当量、0.2M)の溶液を添加した。得られた反応混合物を10分にわたり撹拌した後、乾燥アセトニトリル中のDMTr保護されたアルコール(0.05mmol、1当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発により予め乾燥させ、真空下にて最小で12時間維持した)(0.2mL)及び1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデク-7-エン(0.23mmol、5当量、乾燥アセトニトリル中1M溶液)を添加する。反応が完了したら(LCMSでモニタリング)、この反応混合物をLCMSによって分析した。
二量体9:反応を、モノマー5を使用して、一般手順Dに従って反応を実行した。反応完了時間約30分。MS(ES)m/z C62H62N4O14PS2[M]-に対する計算値1181.34、実測値1181.66[M]-.
二量体10:反応を、モノマー6を使用して、一般手順Dに従って反応を実行した。反応完了時間約20時間。MS(ES)m/z C62H63N5O13PS2[M]-に対する計算値1180.36、実測値1180.71[M]-。
MOE-G単量体451:収率81%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 175.14,158.52,150.30,148.81;MS(ES)C42H50N5O9PS2に関するm/z計算値[M+H]+864.29、実測値:864.56[M+H]+。
OMe-A単量体452:収率92%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 175.65,159.27,151.04,150.10;MS(ES)C43H44N5O7PS2に関するm/z計算値[M+H]+838.25、実測値:838.05[M+H]+。
OMe-U単量体453:収率94%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 175.09,162.04,154.12,153.58;MS(ES)C35H39N2O8PS2に関するm/z計算値[M+K]+749.15、実測値:749.06[M+K]+。
MOE-5-Me-C単量体454:収率91%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 175.53,162.04,153.78,153.61;MS(ES)C45H50N3O9PS2に関するm/z計算値[M+H]+872.28、実測値:872.16[M+H]+。
f-G単量体455:収率97%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 176.88(d),161.94(d),154.16(d),152.48(d);MS(ES)C39H43FN5O7PS2に関するm/z計算値[M+H]+808.24、実測値:808.65[M+H]+。
f-A単量体456:収率99%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 177.43(d),159.63(d),149.76(d),149.55(d);MS(ES)m/z C42H41FN5O6PS2[M+H]+に対する計算値826.23、実測値:826.56[M+H]+。
dA単量体457:収率98%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 171.85,154.47,146.19,144.48;MS(ES)C42H42N5O6PS2に関するm/z計算値[M+K]+846.20、実測値:846.56[M+K]+。
Mor-G単量体458:収率72%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 121.26,105.98,93.48,93.24;MS(ES)C39H45N6O6PS2に関するm/z計算値[M+K]+827.22、実測値:827.60[M+K]+。
Mor-A単量体459:収率37%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 121.87,106.17,93.23,93.05;MS(ES)C42H43N6O5PS2に関するm/z計算値[M+K]+845.21、実測値:845.32[M+K]+。
Mor-C単量体460:収率68%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 122.34,106.05,93.33,92.6116;MS(ES)C41H43N4O6PS2に関するm/z計算値[M+K]+821.20、実測値:821.54[M+K]+。
いくつかの実施形態では、糖は、非環式である。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、環式糖を含むオリゴヌクレオチドを調製するための技術(例えば、試薬(例えば、ホスホラミダイト)、条件、方法等)を提供する。sm18に関する例を、下記で説明する。
ある特定の非環式モルホリン単量体。
5’-ODMTr保護されたモルホリノヌクレオシド(5.05mmol)を、無水トルエン(50mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口100mL丸底フラスコ中で乾燥させた。乾燥したヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で乾燥THF(25mL)に溶解させた。次に、この反応混合物に、トリエチルアミン(17.6mmol、3.5当量)を添加し、続いて約-10℃まで冷却した。粗クロロ試薬のTHF溶液(1.4M溶液、1.8当量、9.09mmol)を、カニューレを介して約3分間かけて上記混合物に添加し、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。次に、真空/アルゴン下で注意深くろ過し、得られたろ液を減圧下で濃縮して、黄色泡状物を得、これを、さらに高真空下で一晩乾燥させた。粗混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。収率66%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 154.93,154.65,154.58,154.23,150.54,150.17,145.69,145.26;MS(ES)C37H46N3O7PSに関するm/z計算値[M+K]+746.24、実測値:746.38[M+K]+。
5’-ODMTr保護されたモルホリノヌクレオシド(5.05mmol)を、無水トルエン(50mL)と共蒸発させた後、高真空下に18時間置くことによって三口100mL丸底フラスコ中で乾燥させた。乾燥したヌクレオシドを、アルゴン雰囲気下で乾燥THF(25mL)に溶解させた。次に、この反応混合物に、トリエチルアミン(17.6mmol、3.5当量)を添加し、続いて約-10℃まで冷却した。粗クロロ試薬のTHF溶液(1.4M溶液、1.8当量、9.09mmol)を、カニューレを介して約3分間かけて上記混合物に添加し、続いて約1時間かけて室温まで徐々に温めた。LCMSは、出発材料が消費されたことを示した。次に、真空/アルゴン下で注意深くろ過し、得られたろ液を減圧下で濃縮して、黄色泡状物を得、これを、さらに高真空下で一晩乾燥させた。粗混合物を、溶出液として酢酸エチル及びヘキサンを使用するシリカゲルカラム[カラムを、アセトニトリル、続いて酢酸エチル(5% TEA)を使用して予め不活性化し、続いて酢酸エチル-ヘキサンを使用して平衡化した]クロマトグラフィーにより精製した。収率66%。31P NMR(243MHz,CDCl3)δ 154.93,154.65,154.58,154.23,150.54,150.17,145.69,145.26;MS(ES)C37H46N3O7PSに関するm/z計算値[M+K]+746.24、実測値:746.38[M+K]+。
DCM(40mL)中のWV-SM-53a/50a(6g、10.70mmol)の溶液に、0℃で、DCM(20mL)中のEt3N(3.25g、32.11mmol)及びMsCl(2.45g、21.40mmol)を添加した。この混合物を、4時間にわたり0℃で撹拌した。TLCは、WV-SM-53a/50aが消費され、1つの新たなスポットが検出されたことを示した。この反応混合物を、飽和NaHCO3(水溶液、50mL)の添加によりクエンチし、続いてEtOAc(50mL*3)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(50mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥させ、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物27(8.0g、粗製物)を、褐色油状物として得た。TLC石油エーテル:酢酸エチル=1:3、Rf=0.50。
2バッチ:THF(20mL)中の化合物27(3.42g、5.35mmol)の溶液に、メタンアミン(10g、96.60mmol、純度30%)を添加した。この混合物を、160時間にわたり100℃で撹拌した。LC-MSは、化合物27が消費され、所望のMSを有する1つのメインピークが検出されたことを示した。TLCは、1つのメインスポットを示した。2つのバッチを合わせ、この反応混合物をろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、MPLC(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=5:1~0:1、5% TEA)により精製した。WV-SM-56a(2.9g、収率47.21%)を、黄色固形物として得た。1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.29-7.24(m,2H),7.20-7.06(m,8H),6.72(d,J=8.8Hz,4H),6.08-5.87(m,1H),3.71(s,6H),3.58-3.42(m,1H),3.19-3.05(m,1H),3.05-2.91(m,1H),2.83-2.75(m,1H),2.72(d,J=4.8Hz,2H),2.31(s,3H),1.61(dd,J=0.9,5.9Hz,3H),1.36(d,J=5.9Hz,3H),0.96-0.77(m,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.71,163.62,158.47,150.74,150.58,144.72,135.94,135.89,135.86,135.25,135.15,130.02,129.93,129.89,127.90(dd,J=2.9,22.0Hz,1C),126.83,126.81,113.10,113.08,111.28,111.24,86.45,86.39,81.89,81.82,81.00,80.58,63.39,63.15,60.40,56.02,55.23,34.52,34.17,26.41,23.11,21.66,21.59,15.57,15.09,14.20,12.46,12.41.HPLC純度:90.87%。LCMS(M+Na+):596.3。SFC:dr=52.46:47.54。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.19。
化合物2の調製。2つのバッチ:EtOH(1000mL)中の化合物1(50g、137.99mmol)の溶液に、H2O(500mL)中のNaIO4(30.00g、140.26mmol)を添加した。この混合物を、2時間にわたり15℃で暗所において撹拌した。TLCは、化合物1が消費され、1つの新たなスポットが形成されたことを示した。化合物2(99.44g、粗製物)を、白色懸濁液として得、これを、次のステップで使用した。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.49。
化合物3の調製。2つのバッチ:EtOH(1000mL)及びH2O(500mL)中の化合物2(49.72g、137.99mmol)の撹拌溶液に、0℃で、NaBH4(10.44g、275.98mmol)を少量ずつ添加した。この混合物を、1時間にわたり15℃で撹拌した。TLCにより、化合物2が消費され、1つの新しいスポットが形成されたことが示された。1N HClを添加して、pH=7に調整した。溶媒を除去して、褐色固形物を得た。この固形物に、飽和Na2SO3(水溶液、500mL)を添加し、続いてEtOAc(500mL*8)で抽出した。合わせた有機相を、Na2SO4で脱水した。減圧下での溶媒の除去によって、生成物を得た。化合物3(86.7g、収率86.22%)を、白色固形物として得た。LCMS(M+Na+)386.9、純度96.31%。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.38。
化合物4の調製。DCM(700mL)中の化合物3(86.7g、237.96mmol)及びTEA(120.40g、1.19mol)の溶液に、DCM(300mL)中のMsCl(59.97g、523.51mmol)を添加した。加えた。この混合物を、4時間にわたり0℃で撹拌した。TLCは、化合物3が消費され、2つの新たなスポットが形成されたことを示した。この反応混合物を、水(500mL)の添加によりクエンチし、36時間静置した。TLCは、中間体が消費され、1つのスポットが残ったことを示した。水層を、DCM(800mL*3)で抽出した。合わせた有機層をNa2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0:1、続いてMeOH/EtOAc=0/1~1/10)により精製した。化合物4(75g、収率74.26%)を、白色固形物として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1)、Rf=0.38;(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.13。
化合物5の調製。DMF(650mL)中の化合物4(75g,176.71mmol)の溶液に、HI(100.46g,353.42mmol,59.09mL,純度45%)を添加した。この混合物を、0.5時間にわたり15℃で撹拌した。TLCは、化合物4が消費され、1つのメインスポットが検出されたことを示した。この反応混合物を、飽和NaHCO3(水溶液)によりクエンチして、pH=7にした。残渣を、EtOAc(800mL*5)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(600mL)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物5(91.15g、粗製物)を、褐色油状物として得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.80。
化合物6の調製。EtOH(700mL)中の化合物5(91g、164.75mmol)、Pd/C(28g、純度10%)及びNaOAc(122.85g、1.50mol)の混合物を、脱気し、H2で3回パージし、続いてこの混合物を、H2雰囲気(15psi)下にて15℃で24時間撹拌した。TLCは、化合物5が消費され、1つのメインスポットが見出されたことを示した。Pd/Cをろ別し、ろ液を蒸発させた。残渣に水(500mL)を添加し、EtOAc(500mL*6)で抽出した。次に、有機層を、塩水(500mL)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物6(76g、粗製物)を、褐色油状物として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:3)Rf=0.12。
化合物7の調製。MeOH(1000mL)中の化合物6(70g、164.15mmol)の溶液に、NH3.H2O(1.15kg、8.21mol、1.26L、純度25%)を添加した。この混合物を、16時間にわたり15℃で撹拌した。TLCにより、化合物6が消費され、1つの新しいスポットが形成されたことが示された。この反応混合物を減圧下で濃縮してMeOHを除去し、水相をEtOAc(300mL*8)で抽出した。有機相を、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~0:1)により精製した。化合物7(33g、収率62.37%)を、白色固形物として得た。TLC(酢酸エチル:メタノール=9:1)、Rf=0.39。
化合物8の調製。ピリジン(120mL)中の化合物7(33g、102.38mmol)の溶液に、DMTCl(41.63g、122.85mmol)を添加した。この混合物を、4時間にわたり15℃で撹拌した。TLCにより、化合物7が消費され、1つの新しいスポットが形成されたことが示された。この反応混合物を、飽和NaHCO3(水溶液、100mL)で希釈し、EtOAc(200mL*5)で抽出した。合わせた有機層をNa2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル/酢酸エチル=20/1~1/5、5% TEA)により精製した。化合物8(55g、収率86.00%)を、黄色固形物として得た。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1),Rf=0.65。
WV-SM-47aの調製:DMSO(300mL)及び水(300mL)中の化合物8(55g、88.04mmol)、NaOH(42.26g、1.06mol)の混合物を、脱気し、N2で3回パージし、続いてこの混合物を、N2雰囲気下にて16時間にわたり90℃で撹拌した。LCMS及びTLCは、化合物8が完了し、所望のMS 545(NEG、M-H+)を有する1つのメインピークが見出されたことを示した。この反応混合物を、EtOAc(1000mL)の添加によりクエンチし、続いてH2O(1000mL)で希釈し、EtOAc(1000mL*4)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(1000mL)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=20/1~1/3、5% TEA)により精製した。WV-SM-47a(37.5g、収率77.92%)を、白色固形物として得た。LCMS(M-H+)545.3。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=0:1、5% TEA)、Rf=0.29。
化合物9の調製。DCM(400mL)中のWV-SM-47a(37.5g、68.60mmol)の溶液に、ピリジン(81.40g、1.03mol、83.06mL)及びデス-マーチンペルヨージナン(34.92g、82.33mmol)を添加した。この混合物を、4時間にわたり20℃で撹拌した。LC-MSは、WV-SM-47aが完全に消費され、所望のMSを有する新たなピークが検出されたことを示した。この反応混合物を、飽和NaHCO3(水溶液、1000mL)及び飽和Na2SO3(水溶液)1000mLの添加によりクエンチし、続いてEtOAc(100mL*5)で抽出した。合わせた有機層を、塩水 500mLで洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。化合物9(43g、粗製物)を、黄色固形物として得た。LCMS(M-H+)543.3。
WV-NU-53a及びWV-NU-50aの調製:THF(300mL)中の化合物9(37.36g、68.60mmol)の溶液に、-40℃でMeMgBr(3M、68.60mL)を添加した。この混合物を、6時間にわたり-40~15℃で撹拌した。LC-MSは、化合物9が完全に消費され、質量を有する新たなピークが検出されたことを示した。この反応混合物を、0℃での水(20mL)の添加によりクエンチし、続いてEtOAc(300mL*3)で抽出した。合わせた有機層を塩水(200mL)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。TLCは、1つのメインスポットを示した。この残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO2、石油エーテル:酢酸エチル=20/1~0/1、5% TEA)により精製した。この残渣 6gを、SFC(カラム:DAICEL CHIRALPAK AD-H(250mm*30mm、5um);移動相:[0.1%NH3H2O IPA];B%:39%~39%、9.33分)により精製した。粗WV-SM-50aを、分取HPLC(カラム:Agela Durashell 10u 250*50mm;移動相:[水(0.04%NH3H2O)-ACN];B%:37%~56%、20分)により精製した。WV-SM-53a(1.4g、収率23.33%)を、白色固形物として得た。WV-SM-50a(1.8g、収率30.00%)を、白色固形物として得た。WV-SM-53a 0.5g:1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.37-7.30(m,2H),7.28-7.18(m,8H),7.12(d,J=1.1Hz,1H),6.80(d,J=8.6Hz,4H),6.08(q,J=5.8Hz,1H),4.09-3.99(m,1H),3.79(d,J=0.9Hz,6H),3.51(q,J=5.0Hz,1H),3.20-3.05(m,2H),2.70(q,J=7.1Hz,2H),1.71(d,J=1.1Hz,3H),1.46(d,J=6.0Hz,3H),1.14-1.10(m,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.19,158.54,150.48,144.39,135.53,134.91,129.86,129.81,127.90,127.86,126.93,113.15,111.48,86.73,81.44,81.24,68.14,63.45,55.22,45.74,21.45,18.01,12.43.HPLC純度:99.04%。LCMS(M-H+):559.0。SFC dr=99.83:0.17。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:3)Rf=0.28。0.9gのWV-SM-53a:1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.36-7.30(m,2H),7.29-7.15(m,9H),7.13(s,1H),6.80(d,J=8.8Hz,4H),6.08(q,J=6.0Hz,1H),4.11-3.97(m,1H),3.79(s,6H),3.51(q,J=4.9Hz,1H),3.13(dq,J=5.3,10.1Hz,2H),1.72(s,3H),1.47(d,J=6.2Hz,3H),1.10(d,J=6.4Hz,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.19,158.54,150.47,144.39,135.50,134.92,129.86,129.81,127.89,127.87,126.94,113.15,111.48,86.73,81.44,81.25,68.14,63.45,55.22,45.19,21.46,18.02,12.44.HPLC純度:97.56%。LCMS(M-H+):559.1,純度92.9%。SFC dr=98.49:1.51。1.75gのWV-SM-50a:1H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.41(s,1H),7.35-7.31(m,2H),7.26-7.19(m,7H),7.11(d,J=1.3Hz,1H),6.82-6.77(m,4H),6.00(q,J=5.7Hz,1H),4.09-4.00(m,1H),3.79(d,J=0.9Hz,6H),3.51-3.44(m,1H),3.22(dd,J=5.3,10.1Hz,1H),3.02(dd,J=5.3,10.1Hz,1H),2.20(br s,1H),1.72(d,J=0.9Hz,3H),1.47(d,J=6.1Hz,3H),1.17(d,J=6.6Hz,3H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.29,158.50,150.43,144.40,135.55,135.45,134.86,129.88,129.84,127.93,127.84,126.94,113.12,111.46,86.55,82.48,82.43,67.59,63.24,55.22,21.40,19.17,12.43.HPLC純度:96.51%。LCMS(M-H+):559.2、純度93.04%。SFC dr=0.88:99.12。
実施例3.オリゴヌクレオチド及び組成物の調製
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物(立体的に不規則及びキラル制御の両方)を調製するための様々な技術が、本開示に従って利用され得、例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている方法及び試薬が挙げられ、これらの方法及び試薬は、参照により本明細書に組み込まれる。多くのオリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、表1中の様々なオリゴヌクレオチド及びその組成物)を調製して評価し、様々な活性(例えば、アデノシン編集)を提供することを確認した。
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物(立体的に不規則及びキラル制御の両方)を調製するための様々な技術が、本開示に従って利用され得、例えば、米国特許第9982257号、米国特許出願公開第20170037399号、同第20180216108号、同第20180216107号、米国特許第9598458号、国際公開第2017/062862号、同第2018/067973号、同第2017/160741号、同第2017/192679号、同第2017/210647号、同第2018/098264号、同第2018/223056号、同第2018/237194号、同第2019/032607号、同第2019/055951号、同第2019/075357号、同第2019/200185号、同第2019/217784号、同第2019/032612号、同第2020/191252号、及び/又は同第2021/071858号で説明されている方法及び試薬が挙げられ、これらの方法及び試薬は、参照により本明細書に組み込まれる。多くのオリゴヌクレオチド及びその組成物(例えば、表1中の様々なオリゴヌクレオチド及びその組成物)を調製して評価し、様々な活性(例えば、アデノシン編集)を提供することを確認した。
ある特定の有用なサイクルを、オリゴヌクレオチドを調製するための例として下記で説明する。
各Bは、独立して、本明細書で説明されているBA等の核酸塩基である(例えば、A、C、G、T、U等)。各BPROは、独立して、本明細書で説明されているBA等の任意選択的に保護された核酸塩基である(例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なAbz、Cac、Gibu、T、U等)。示されるように、固体支持体上のものを含むヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドにモノマーを連結するために、様々な結合を構築し得る。当業者に理解されるように、これらのサイクルを、単量体を様々な他の種類の糖の-OHに結合させるために利用し得る。
各Bは、独立して、本明細書で説明されているBA等の核酸塩基である(例えば、A、C、G、T、U等)。各BPROは、独立して、本明細書で説明されているBA等の任意選択的に保護された核酸塩基である(例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なAbz、Cac、Gibu、T、U等)。示されるように、固体支持体上のものを含むヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドにモノマーを連結するために、様々な結合を構築し得る。当業者に理解されるように、これらのサイクルを、単量体を様々な他の種類の糖の-OHに結合させるために利用し得る。
いくつかの実施形態では、調製には、1つ又は複数のDPSE及び/又はPSMサイクルが含まれる。
いくつかのオリゴヌクレオチド組成物を、合成して評価した。いくつかの調製されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの観測されたMSデータは、下記の通りである(同じヌクレオチドに関して複数の数値が示される場合には、これらの数値は、異なるバッチ/実験において観測されたMSデータであり得る):WV-20666:10167.1;WV-20689:10183;WV-20690:10198.4;WV-20691:10215.3;WV-20692:10230.3;WV-20693:10246.5;WV-20694:10262.7;WV-20695:10278.9;WV-20696:10294.3;WV-20697:10311.3;WV-20698:10327;WV-20699:10342.9;WV-20700:10358.5;WV-20701:10376;WV-20702:10391.1;WV-20703:10407.5;WV-20704:10423.6;WV-20706:10199;WV-20707:10215.3;WV-20708:10230.6;WV-20709:10246.5;WV-20710:10262.6;WV-20711:10279.3;WV-20712:10294.2;WV-20713:10310.8;WV-20714:10327;WV-20715:10342.9;WV-20716:10358.7;WV-20717:10246.3;WV-20718:10262.7;WV-20719:10278.3;WV-20720:10294.2;WV-20721:10311.4;WV-20722:10327.1;WV-20723:10342.8;WV-20724:10358.7;WV-20725:10374.8;WV-20726:10391;WV-20727:10182.9;WV-20728:10182.7;WV-20729:10182.7;WV-20730:10182.9;WV-20731:10230.8;WV-20732:10199.1;WV-20733:10663.7;WV-20734:10194.7;WV-20735:10222.7;WV-20736:10250.5;WV-20737:10278.3;WV-20738:10306.7;WV-20739:10334.8;WV-20740:10362.9;WV-20741:10194.8;WV-20742:10208.5;WV-20743:10236.8;WV-20744:10263.9;WV-20745:10293.1;WV-20746:10320.4;WV-20747:10093.9;WV-20748:10098.1;WV-20749:10101.9;WV-20750:10106.4;WV-20751:10110.5;WV-20752:10113.5;WV-20753:10118.3;WV-20754:10122.6;WV-20755:10098;WV-20756:10100;WV-20757:10104.3;WV-20758:10107.7;WV-20759:10111.8;WV-20760:10116.7;WV-23388:10098;WV-23395:10612.3;WV-24111:10046.8;WV-24112:10047;WV-24113:10047;WV-24114:10046.8;WV-24115:10047;WV-24116:10046.8;WV-24117:10046.9;WV-24118:10046.8;WV-24119:10046.9;WV-24120:10047.1;WV-24121:10047;WV-24122:10047.1;WV-24123:10047;WV-24124:10047;WV-24125:10046.9;WV-24126:10046.9;WV-24127:10047;WV-24128:10046.5;WV-24129:10047;WV-24130:10046.8;WV-24131:10046.8;WV-24132:10047;WV-24133:10047.1;WV-24134:10047;WV-24135:10047;WV-24136:10046.9;WV-24137:10047.1;WV-24138:10047;WV-24139:10046.8;WV-24140:10046.4;WV-24141:10046.9;WV-24142:10047;WV-24143:10047.1;WV-24144:10047;WV-24145:10047.1;WV-24146:10046.9;WV-24147:10046.7;WV-24148:10047;WV-24149:10047;WV-24150:10047.1;WV-24151:10047.1;WV-24152:10047.1;WV-24153:10047.1;WV-24154:10047.1;WV-24155:10047.1;WV-24156:10046.7;WV-24157:10047;WV-24158:10047.1;WV-27457:12613.1;WV-27458:11954.6;WV-27459:12631;WV-27460:11972.7;WV-27521:10064.1;WV-31133:10737.8;WV-31134:10869.1;WV-31135:10790.3;WV-31137:10779.4;WV-31138:10788.2;WV-31139:10039.1;WV-31140:10168.8;WV-31141:10091.0;WV-31143:10079.0;WV-31144:10089.6;WV-31632:10772.7;WV-31633:10786.6;WV-31634:10072.7;WV-31635:10087.2;WV-31748:10762.5;WV-31749:10064.4;WV-28788:10169.1;WV-27458:11954.6;WV-31940:10285.5;WV-35741:12352.0;WV-42028:10252.9(計算値10254.9);WV-42680:10293.4(計算値10294.9);WV-44278:10326.5(計算値10329);WV-44279:10331.2(計算値10333);WV-44280:10346.3(計算値10348);WV-44281:10266.5(計算値10268.9);WV-44282:10195.8(計算値10197.9);WV-44283:10200.1(計算値10201.8);WV-44284:10135.4(計算値10137.8);WV-44285:10368.2(計算値10369);WV-44286:10307.1(計算値10308.9);WV-44287:10235(計算値10237.9);WV-44288:10175.9(計算値10177.8);WV-44327:10398.4(計算値10399.1);WV-44328:10357.7(計算値10359.1)。多くの他のものも、調製し、特徴付け、且つ評価した(例えば、図中のものを参照されたい)。
本明細書で説明され且つ確証される通り、本開示の技術は、様々な構造的特徴を含むオリゴヌクレオチドの様々な組成物を調製するのに有用である。いくつかの実施形態では、本明細書で確証される通り、提供される技術(例えば、電子求引性基を含む不斉補助剤(例えば、電子求引性基(例えば、-SO2RC1、-C(O)RC1等)を含むRC11)を利用するもの)は、特に、2’-OH糖(例えば、典型的には天然のRNAに見出される糖等のR2s=OHを有する糖)を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を、特にそのような糖がキラル制御されたヌクレオチド間結合に結合された場合に調製するのに有用である。WV-29874の調製を、例として下記で説明する。
25umol規模でのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物(WV-29874)の自動化された固相合成を、下記のサイクルに従って実施した。
合成サイクルの完了後、PSM不斉補助基を、無水塩基処理(DEA処理)によって除去した。CPGを、35℃で30分にわたり、40% MeNH2(5.0mL)で処理し、次いで室温まで冷却し、CPGを、膜ろ過により分離し、DMSO 8.0mLで洗浄した。ろ液に、TEA(トリエチルアミン)-3HF(5.0mL)を添加し、45℃で1時間にわたり撹拌し、これにより、2’-OHからTBS保護基を除去し得る。この反応混合物を室温まで冷却し、50mM NaOAc(pH5.2)10mLで希釈した。粗材料を、LTQ及びRP-UPLCにより分析した。粗材料を、50mM TEAA(酢酸トリエチルアンモニウム)中のMeCNの直線勾配によるRP-HPLCにより精製し、tC18 SepPakカートリッジにより脱塩して、標的オリゴヌクレオチドを得た。
脱塩を、下記の手順を使用して実施した:
存在する場合、試料からMeCNを蒸発させる。
4CVの100% アセトニトリル(HPLCグレード)による条件カラム。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の2CVの40% MeCNでカラムをすすぐ。
4CVの水(Millipore Bio-Pak、エンドトキシン不含)でカラムをすすぐ。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の2CVの50mM TEAAでカラムを平衡化する。
平衡化されたカラム上に純粋な画分をロードする。いくつかの実施形態では、重力によるロードは、最大量の結合をもたらし、吸引によるゆっくりとしたロードは、一定の水準の結合をもたらし、吸引による迅速なロードは、不十分な結合をもたらす。
2CVのBioPak水でカラムを洗浄してTEAAを洗い流す。
2CVの100mM NaOAcでカラムを洗浄して、オリゴヌクレオチドの骨格上のアンモニウムをナトリウムと交換する。
溶出液の伝導率が<20uS/cmになるまでBioPak水でカラムを洗浄する。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の2カラム体積の40% MeCNで生成物を溶出する。
Speed-vac上に30℃で一晩置いてアセトニトリルを除去し、濃縮する。
存在する場合、試料からMeCNを蒸発させる。
4CVの100% アセトニトリル(HPLCグレード)による条件カラム。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の2CVの40% MeCNでカラムをすすぐ。
4CVの水(Millipore Bio-Pak、エンドトキシン不含)でカラムをすすぐ。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の2CVの50mM TEAAでカラムを平衡化する。
平衡化されたカラム上に純粋な画分をロードする。いくつかの実施形態では、重力によるロードは、最大量の結合をもたらし、吸引によるゆっくりとしたロードは、一定の水準の結合をもたらし、吸引による迅速なロードは、不十分な結合をもたらす。
2CVのBioPak水でカラムを洗浄してTEAAを洗い流す。
2CVの100mM NaOAcでカラムを洗浄して、オリゴヌクレオチドの骨格上のアンモニウムをナトリウムと交換する。
溶出液の伝導率が<20uS/cmになるまでBioPak水でカラムを洗浄する。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の2カラム体積の40% MeCNで生成物を溶出する。
Speed-vac上に30℃で一晩置いてアセトニトリルを除去し、濃縮する。
1つの調製物からの結果:合成規模:25umol;粗製物のOD:874OD;粗製物のUPLC純度:32.17%;粗製物のLTQ純度:62.45%;最終OD:59.8OD;最終UPLC純度:59.85%;最終MS純度:74.51%;及び最後に観測されたMS:10064.4(計算値10,063.68)。
本開示に従って、本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物を調製するために、当業者は多くの技術を利用し得る。
例えば、様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製した。ある特定の有用な手順を、例として下記で説明した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、混合PS(ホスホロチオエート)/PO(天然のリン酸結合)/PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)骨格を含む。様々な数のPS/PO/PN結合を有するオリゴヌクレオチド(例えば、表1を参照されたい)を、本開示に従う技術を使用して調製した。例えば、いくつかの実施形態では、ホスホジエステル(PO)結合を、シアノエチルアミダイトを使用して形成し、ホスホロチオエート(PS)結合(Sp及びRp;いくつかの実施形態では、全てSp)を、DPSEキラルアミダイトを使用して形成し、ホスホロアミダイト結合(PN;例えば、n001)(Sp及びRp)結合を、PSMアミダイトを使用して形成した。オリゴヌクレオチドは、典型的には、様々な糖修飾(例えば、2’-OMe、2’-F、及び2’-MOE等のような2’-修飾)を含む(例えば、表1を参照されたい)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば5’末端で、三本触覚性GalNAc部分(triantennary GalNAc moiety)等の追加の部分を含む。5’末端でのGalNAc部分の導入のために、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを、最後のカップリングサイクルとしてのC-6アミノ修飾剤とのカップリングにより合成し、精製及び脱塩後に、三本触覚性GalNAcとコンジュゲートさせてコンジュゲートを作製した。
オリゴヌクレオチド組成物の調製の例示的手順(25μmol規模)
キラル制御されたPS結合のために、DPSEアミダイトを使用し、n001等のキラル制御されたPN結合のために、PSMアミダイトを使用した。オリゴヌクレオチドの自動化された固相合成を、下記に示すサイクルに従って実施した:PO結合のための通常のアミダイトサイクル、キラル制御されたPS結合のためのDPSEアミダイトサイクル、及びn001等のキラル制御されたPN結合のためのPSMアミダイトサイクル。
通常のアミダイト合成サイクル
キラル制御されたPS結合のために、DPSEアミダイトを使用し、n001等のキラル制御されたPN結合のために、PSMアミダイトを使用した。オリゴヌクレオチドの自動化された固相合成を、下記に示すサイクルに従って実施した:PO結合のための通常のアミダイトサイクル、キラル制御されたPS結合のためのDPSEアミダイトサイクル、及びn001等のキラル制御されたPN結合のためのPSMアミダイトサイクル。
通常のアミダイト合成サイクル
DPSEアミダイト合成サイクル
PSMアミダイト合成サイクル
いくつかの実施形態では、5’末端でのGalNAc部分の導入のために、オリゴヌクレオチドを、最後のカップリングサイクルとしてのC-6アミノリンカーとのカップリングにより合成した。
切断及び脱保護の例示的手順(25μmol規模)
サイクルの完了後、CPG支持体を、5カラム容量/15分での20% ジエチルアミン/アセトニトリル洗浄ステップで処理し、続いてACN洗浄サイクルで処理した。このCPG固体支持体を乾燥させ、50mLのプラスチック管に移し、28℃で3時間にわたり、1X脱シリル試薬(2.5mL;100μL/umol)で処理し、次いで37℃で24時間にわたり、濃NH3(5.0mL;200μL/umol)を添加した。この反応混合物を室温まで冷却し、CPGを膜ろ過により分離し、H2O 15mLで洗浄した。粗製の材料(ろ液)を、LTQ及びRP-UPLCにより分析した。GalNac等の他の追加の化学的部分とコンジュゲートするある特定のオリゴヌクレオチドの場合には、アミノ基等の好適な反応基を含むオリゴヌクレオチドを、塩化ナトリウム勾配を使用するAKTA純粋系でのイオン交換クロマトグラフィーにより精製した。所望の生成物を脱塩し、さらに、GalNAc含有酸とコンジュゲートさせた。コンジュゲーション反応が完了したことが分かった後、この材料を、イオン交換クロマトグラフィーでさらに精製し、タンジェンシャルフローろ過(TFF)を使用して脱塩して、所望の生成物を得た(例えば、表1中の様々なオリゴヌクレオチド組成物、例えば、WV-46312、WV-47606、WV-47608、WV-49085、WV-49086、WV-49087、WV-49088、WV-49089、WV-49090、WV-49092、WV-47603、WV-47604、WV-47605、WV-47607、WV-47609、WV-49091、WV-49093、WV-48453、WV-48454等)。
サイクルの完了後、CPG支持体を、5カラム容量/15分での20% ジエチルアミン/アセトニトリル洗浄ステップで処理し、続いてACN洗浄サイクルで処理した。このCPG固体支持体を乾燥させ、50mLのプラスチック管に移し、28℃で3時間にわたり、1X脱シリル試薬(2.5mL;100μL/umol)で処理し、次いで37℃で24時間にわたり、濃NH3(5.0mL;200μL/umol)を添加した。この反応混合物を室温まで冷却し、CPGを膜ろ過により分離し、H2O 15mLで洗浄した。粗製の材料(ろ液)を、LTQ及びRP-UPLCにより分析した。GalNac等の他の追加の化学的部分とコンジュゲートするある特定のオリゴヌクレオチドの場合には、アミノ基等の好適な反応基を含むオリゴヌクレオチドを、塩化ナトリウム勾配を使用するAKTA純粋系でのイオン交換クロマトグラフィーにより精製した。所望の生成物を脱塩し、さらに、GalNAc含有酸とコンジュゲートさせた。コンジュゲーション反応が完了したことが分かった後、この材料を、イオン交換クロマトグラフィーでさらに精製し、タンジェンシャルフローろ過(TFF)を使用して脱塩して、所望の生成物を得た(例えば、表1中の様々なオリゴヌクレオチド組成物、例えば、WV-46312、WV-47606、WV-47608、WV-49085、WV-49086、WV-49087、WV-49088、WV-49089、WV-49090、WV-49092、WV-47603、WV-47604、WV-47605、WV-47607、WV-47609、WV-49091、WV-49093、WV-48453、WV-48454等)。
例えば、WV-47595を調製し、次いでコンジュゲートさせてWV-46312を調製した。有用な合成手順を、例として下記で説明する。
調製では、WV-47595の合成を、CPG支持体(ローディング72μmol/g)を使用する1200μmol規模での3.5cm直径の細線カラムを使用して、AKTA OP100合成機(GE healthcare)で実施した。ある特定の合成サイクルは、下記の5つのステップを含んだ:脱トリチル化、カップリング、キャップ付加1(キャップ-1)、酸化/硫化/イミド化、及びキャップ付加2(キャップ-2)。
脱トリチル化:脱トリチル化を、UV監視コマンドを436nmに設定して、トルエン中3%DCAを使用して実施した。脱トリチル化後、CPG支持体を、2CVでアセトニトリルを使用する洗浄サイクルに供した。
カップリング:DPSE及びPSMキラルアミダイトを、0.2M濃度(ACN中、又はACN中の20% IBN)で調製した。これらのアミダイトを、5.83の比でCMIMT活性化剤(アセトニトリル中の0.5M)とインラインで混合した後、カラムに添加した。このカップリング混合物を10分にわたり再循環させてカップリング効率を最大化した後、2CVのACNでカラムを洗浄した。シアノエチルアミダイトを、0.2M濃度(ACN中、又はACN中の20% IBN)で調製した。このアミダイトを、4.07の比でETT活性化剤(アセトニトリル中の0.5M)とインラインで混合した後、カラムに添加した。このカップリング混合物を10分にわたり再循環させてカップリング効率を最大化した後、2CVのACNでカラムを洗浄した。
キャップ付加1:立体的に定義されたカップリングの場合には、次いで、カラムを、不斉補助アミンをアセチル化し得る2分で1CVのキャップ付加1溶液(無水酢酸、ルチジン、ACN)により処理した。このステップ後、このカラムを、1.5CVのアセトニトリルで洗浄した。立体的に不規則なカップリングの場合には、キャップ付加1を実施しなかった。
硫化/イミド化/酸化ステップ:硫化を、6分の接触時間でピリジン/アセトニトリル中の0.1M キサンタン水素化物(1.2当量)により実施し、続いて2CVの洗浄ステップを行なった。イミド化を、18当量及び15分の接触時間でアセトニトリル中の0.3M ADIH試薬により実施し、続いて2CVの洗浄ステップを行なった。酸化ステップを、酸化試薬(50mM I2/ピリジン-H2O(9:1,v/v))3.5当量、2.5分を使用して実施し、続いて2CVのアセトニトリル洗浄を行なった。
キャップ付加2:キャップ付加2ステップを、インラインで混合されたキャップ付加A及びキャップ付加B試薬(1:1)を使用して実施し(例えば、キャップ-2を参照されたい)、続いて2CV ACNで洗浄した。
合成の完了後、CPG支持体を、5カラム容量/15分にて20%ジエチルアミン/アセトニトリル洗浄ステップで最後に処理し、続いてACN洗浄サイクルを行なった。CPG固体支持体を乾燥させ、圧力容器に移した。この支持体を、支持体1μモル当たり脱シリル試薬100μLの比にて脱シリル試薬で処理することにより、DPSEを除去した。この脱シリル試薬を、7.33:1.47:0.7:0.5の比でDMSO:水:TEA:TEA.3HFを混合することにより作製した。CPG支持体を、インキュベーションシェーカー中において、27℃で3時間にわたり、脱シリル試薬の存在下でインキュベートした。その後、濃アンモニアを、支持体1μモル当たり濃アンモニア200μLの比で添加した。この混合物を、37℃で24時間にわたり、インキュベートして振盪した。この混合物を冷却し、0.2~0.45ミクロンのフィルタを使用してろ過し、CPG支持体を3回すすいで、所望の物質をろ液として全て回収した。粗製オリゴヌクレオチドを含有するろ液を、RP-UPLCで分析し、定量を、Nanodrop One Spectrophotometer(Thermo Scientific)を使用して行ない、110,000OD/μモルの収量が得られた。
精製及び脱塩:粗製オリゴヌクレオチドを、Source 15Q(Cytiva)が充填されたWaters AP-2ガラスカラム(2.0cm×20cm)にロードした。精製を、下記の緩衝液を使用してAKTA150 Pure(GE healthcare)で実施した:(緩衝液A:20mM NaOH,20% アセトニトリル v/v)(緩衝液B:20mM NaOH,2.5M NaCl,20% アセトニトリル v/v)。完全長生成物が70~80%の範囲の所望の画分を、まとめてプールした。次いで、プールした物質を、2KD再生セルロース膜で脱塩し、続いて凍結乾燥させて、オリゴヌクレオチドを、コンジュゲーションに適したふわふわした白色ケーキとして得た。
WV-46312の調製:様々なの技術を、本開示に従って利用して、オリゴヌクレオチドを他の部分とコンジュゲートさせ得る。GalNAcコンジュゲーションに関する有用なプロトコルを、例として下記で説明する。コンジュゲーション前物質:WV-47595.01(.01は、バッチ番号を示す)。生成物:WV-46312.01.
三本触覚性GalNAc酸(-OAcとして保護されたヒドロキシル基)及びHATUを、50mLプラスチックチューブ中で秤量し、無水アセトニトリルに溶解させ、次いで、このチューブにDIEAを添加した。得られた混合物を、37℃で10分にわたり撹拌した。凍結乾燥させたWV-47595を、別のチューブ中において水で再構成し、このオリゴヌクレオチド溶液に、GalNAc混合物を添加し、37℃で60分にわたり撹拌した。この反応を、RP-UPLCでモニタリングした。反応が1時間で完了することが分かった。この反応混合物を真空下で濃縮してアセトニトリルで除去し、得られたGalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドを、37℃2時間にわたり、濃アンモニアで処理した。最終生成物の形成を、質量分析及びRP-UPLCで確認した。このコンジュゲートした物質を、アニオン交換クロマトグラフィーで精製し、タンジェンシャルフローろ過(TFF)を使用して脱塩して、最終生成物(目標質量:12110.65;観測質量:12112.3)を得た。同様の手順を使用して、様々なオリゴヌクレオチド及び組成物を製造した。
実施例4.提供される技術は、特性及び/又は活性が改善された生成物を提供し得る。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異を修正し得、且つタンパク質等の様々な生成物のレベル、特性、及び/又は活性の改善又は回復を提供し得る。例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異を修正し、且つレベル、特性、及び/又は活性が改善されている又は回復しているタンパク質(例えば、野生型タンパク質)を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、所望のタンパク質(例えば、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物等)の投与前の対応するタンパク質と比較して特性及び/又は活性が改善されたタンパク質)のレベルの増加を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、野生型タンパク質のレベルの増加を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、適切に折り畳まれたタンパク質のレベルの増加を提供する。特に、本開示は、一例としてSERPINA1での1024G>Aの編集を使用して、様々なそのような利益を裏付けるデータを提供する。
本明細書で説明されている通り、いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異を修正し得、且つタンパク質等の様々な生成物のレベル、特性、及び/又は活性の改善又は回復を提供し得る。例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、変異を修正し、且つレベル、特性、及び/又は活性が改善されている又は回復しているタンパク質(例えば、野生型タンパク質)を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、所望のタンパク質(例えば、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物等)の投与前の対応するタンパク質と比較して特性及び/又は活性が改善されたタンパク質)のレベルの増加を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、野生型タンパク質のレベルの増加を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、適切に折り畳まれたタンパク質のレベルの増加を提供する。特に、本開示は、一例としてSERPINA1での1024G>Aの編集を使用して、様々なそのような利益を裏付けるデータを提供する。
いくつかの実施形態では、ヒトSERPINA1での1024G>A変異を含む細胞、組織、又は動物を利用して、提供される技術を評価した。
いくつかの実施形態では、動物は、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJマウス(例えば、The Jackson Laboratory Stock No:028842;NSG-PiZ、及び同様にBorel F;Tang Q;Gernoux G;Greer C;Wang Z;Barzel A;Kay MA;Shultz LD;Greiner DL;Flotte TR;Brehm MA;Mueller C.2017.Survival Advantage of Both Human Hepatocyte Xenografts and Genome-Edited Hepatocytes for Treatment of alpha-1 Antitrypsin Deficiency.Mol Ther 25(11):2477-2489PubMed:29032169MGI:J:243726、及びLi S;Ling C;Zhong L;Li M;Su Q;He R;Tang Q;Greiner DL;Shultz LD;Brehm MA;Flotte TR;Mueller C;Srivastava A;Gao G.2015.Efficient and Targeted Transduction of Nonhuman Primate Liver With Systemically Delivered Optimized AAV3B Vectors.Mol Ther 23(12):1867-76PubMed:26403887MGI:J:230567)である。いくつかの実施形態では、そのような動物由来の細胞、組織、又は器官を利用して、提供される技術を評価した。
いくつかの実施形態では、動物は、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJマウス(例えば、The Jackson Laboratory Stock No:028842;NSG-PiZ、及び同様にBorel F;Tang Q;Gernoux G;Greer C;Wang Z;Barzel A;Kay MA;Shultz LD;Greiner DL;Flotte TR;Brehm MA;Mueller C.2017.Survival Advantage of Both Human Hepatocyte Xenografts and Genome-Edited Hepatocytes for Treatment of alpha-1 Antitrypsin Deficiency.Mol Ther 25(11):2477-2489PubMed:29032169MGI:J:243726、及びLi S;Ling C;Zhong L;Li M;Su Q;He R;Tang Q;Greiner DL;Shultz LD;Brehm MA;Flotte TR;Mueller C;Srivastava A;Gao G.2015.Efficient and Targeted Transduction of Nonhuman Primate Liver With Systemically Delivered Optimized AAV3B Vectors.Mol Ther 23(12):1867-76PubMed:26403887MGI:J:230567)である。いくつかの実施形態では、そのような動物由来の細胞、組織、又は器官を利用して、提供される技術を評価した。
いくつかの実施形態では、初代マウス肝細胞を、96ウェルプレートのウェルに蒔き、それぞれの時点で1つのプレートを調べた。適切な期間(例えば、24時間)の後、オリゴヌクレオチド組成物を投与し、例えば、いくつかの実施形態では、例えば、製造業者の指示通りに適切な技術(例えば、RNAiMAX)を使用して、25nM最終オリゴヌクレオチド濃度にてオリゴヌクレオチド組成物で細胞をトランスフェクトした。適切な時点(例えば、120時間)で、培地を、タンパク質分析(例えば、ELISAを使用する)のために回収し、細胞を、RNA編集分析のために採取した(例えば、後の配列決定のためのRNA Lysis緩衝液(Promega)中)。
ELISA.いくつかの実施形態では、A1ATタンパク質濃度を、製造業者の指示に従ってA1AT ELISAアッセイ(例えば、Abcam-ab108799アッセイ)を使用して評価した。いくつかの実施形態では、標準物質を、希釈液で25ng/mlまで希釈された組み換えA1ATタンパク質を使用して生成し、7点にわたり2倍連続希釈した。細胞培養培地を、10分にわたる3000gでの遠心分離により清澄化した後、希釈液で1:400に希釈した。調製された標準物質、及び希釈された培養培地を、SERPINA1抗体でコーティングされており且つブロックされた96ウェルプレートのウェルに添加し、室温で2時間にわたりインキュベートした。プレートを、提供されるELISA洗浄緩衝液で6回(300uL/ウェル)洗浄した後、ビオチン化SERPINA1抗体を希釈液で1×まで希釈し、室温で1時間にわたり各ウェルに添加した。ウェルを、既に説明した通りに洗浄し、希釈液で1×まで希釈されたストレプトアビジン-ペルオキシダーゼ複合体を、室温で30分にわたり各ウェルに添加した。ウェルを最終洗浄した後に、3,3’,5,5’-テトラメチルベンジジン(TMB)を各ウェルに添加し、プレートを20分にわたり現像した後、停止溶液を添加した。次いで、このプレートを、450nm及び570nmで読み取った。光学的不完全さを考慮して、450nmでの読み取りから570nmでの読み取りを減算し、プレートを定量した。ある特定のデータを、図1に示した。
図1で確認された通り、提供される技術は、状態、障害、又は疾患と関連する変異の編集(例えば、SERPINA1(SA1)のPiZ変異)を提供し得る。特に、提供される技術は、RNAレベルでの編集を提供するだけでなく、タンパク質の改善されたレベル、特性、及び/又は活性も提供し得る。例えば、図1に示す通り、RNA編集に加えて、提供される技術は、分泌されたタンパク質の増加したレベルを提供し得(例えば、非標的化(NT)コントロールWV-37317と比較したWV-38621、WV-38622、及びWV-38630)、これは、編集されていないRNAによりコードされたタンパク質(例えば、1024G>A変異からE342K変異を含むタンパク質)と比較して改善された折り畳み及び/又は高い活性のタンパク質を含み得る。当業者に理解される通り、配列を含むレベル、特性、及び/又は活性をまた、質量分析等の他の技術を使用しても評価し得る。いくつかの実施形態では、LC-MSベースのプロテオミクス技術を利用して、A1ATタンパク質(例えば、(例えば、編集されているか又は編集されていないRNAによりコードされる)野生型及び/変異体タンパク質)を定量する。
実施例5.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々なオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、あるドメイン(5’)で2’-F修飾された糖の大部分を有し、且つ別ドメイン(3’)で2’-OMe修飾された糖の大部分を有するか、又はあるドメイン(5’)で2’-OMe修飾された糖の大部分を有し、且つ別のドメイン(5’)で2’-Fの大部分を有するように設計した。次いで、オリゴヌクレオチド組成物を、SERPINA1-PIZアレルを安定的に発現する293T又はARPE19細胞中でスクリーニングした。図2(a)及び(b)に示す通り、ある特定の配列、及び/又は標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(例えば、C)の5’側及び/又は3’側の長さを含むある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、より高いレベルの編集を提供する。いくつかの実施形態では、3種全ての細胞株293T-SERPINA1-ADAR1-p110p110、293T-SERPINA1-p150、及びARPE19-SERPINA1において、WV-42028及びWV-42029により、WV-42027と比べて高い編集レベルが得られた。いくつかの実施形態では、図2(a)及び(b)に示す通り、編集部位が、あるドメインから別のドメインへと移動する場合には、周囲の2’化学(例えば、2’-OMe修飾された糖)の移動により、編集効率が改善され得る。いくつかの実施形態では、編集部位がドメイン(5’)に存在する場合には、複数の2’-OMe修飾された糖を含むこのドメイン(及び任意選択的に、複数の2’-F修飾された糖を含む別のドメイン)を有することが有用であり得ることが観察された。
様々なオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、あるドメイン(5’)で2’-F修飾された糖の大部分を有し、且つ別ドメイン(3’)で2’-OMe修飾された糖の大部分を有するか、又はあるドメイン(5’)で2’-OMe修飾された糖の大部分を有し、且つ別のドメイン(5’)で2’-Fの大部分を有するように設計した。次いで、オリゴヌクレオチド組成物を、SERPINA1-PIZアレルを安定的に発現する293T又はARPE19細胞中でスクリーニングした。図2(a)及び(b)に示す通り、ある特定の配列、及び/又は標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(例えば、C)の5’側及び/又は3’側の長さを含むある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、より高いレベルの編集を提供する。いくつかの実施形態では、3種全ての細胞株293T-SERPINA1-ADAR1-p110p110、293T-SERPINA1-p150、及びARPE19-SERPINA1において、WV-42028及びWV-42029により、WV-42027と比べて高い編集レベルが得られた。いくつかの実施形態では、図2(a)及び(b)に示す通り、編集部位が、あるドメインから別のドメインへと移動する場合には、周囲の2’化学(例えば、2’-OMe修飾された糖)の移動により、編集効率が改善され得る。いくつかの実施形態では、編集部位がドメイン(5’)に存在する場合には、複数の2’-OMe修飾された糖を含むこのドメイン(及び任意選択的に、複数の2’-F修飾された糖を含む別のドメイン)を有することが有用であり得ることが観察された。
実施例6.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々なオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ドメイン(3’)で8-オキソ-dA塩基修飾を含むように設計した。次いで、オリゴヌクレオチドを、SERPINA1-PIZアレルを安定的に発現する293T又はSF8628細胞中でスクリーニングした。いくつかの実施形態では、3種全ての細胞株293T-SERPINA1-ADAR1-p110、293T-SERPINA1-p150、及びSF8628-SERPINA1において、WV-42680及びWV-42681により、WV-42679と比べて高い編集レベルが得られた(図3)。
様々なオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ドメイン(3’)で8-オキソ-dA塩基修飾を含むように設計した。次いで、オリゴヌクレオチドを、SERPINA1-PIZアレルを安定的に発現する293T又はSF8628細胞中でスクリーニングした。いくつかの実施形態では、3種全ての細胞株293T-SERPINA1-ADAR1-p110、293T-SERPINA1-p150、及びSF8628-SERPINA1において、WV-42680及びWV-42681により、WV-42679と比べて高い編集レベルが得られた(図3)。
実施例7.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
編集部位で又はその周囲で様々な修飾された核酸塩基(例えば、b008U)、及び/又は様々な種類の糖(例えば、DNA糖、RNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを、PIZ標的部位周囲で設計して評価した。オリゴヌクレオチド組成物を、SERPINA1-PIZアレルを安定的に発現する293T又はSF8628細胞中でスクリーニングした。いくつかの実施形態では、293T-SERPINA1-ADAR1-p110、293T-SERPINA1-p150、及びSF8628-SERPINA1において、WV-38621、WV-38622、WV-28923、WV-42328、WV-38629、WV-38630、及びWV-42327により、WV-38620と比べて高い編集レベルが得られた(図4)。
編集部位で又はその周囲で様々な修飾された核酸塩基(例えば、b008U)、及び/又は様々な種類の糖(例えば、DNA糖、RNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを、PIZ標的部位周囲で設計して評価した。オリゴヌクレオチド組成物を、SERPINA1-PIZアレルを安定的に発現する293T又はSF8628細胞中でスクリーニングした。いくつかの実施形態では、293T-SERPINA1-ADAR1-p110、293T-SERPINA1-p150、及びSF8628-SERPINA1において、WV-38621、WV-38622、WV-28923、WV-42328、WV-38629、WV-38630、及びWV-42327により、WV-38620と比べて高い編集レベルが得られた(図4)。
実施例8.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な塩基配列、修飾された糖(例えば、2’-F、2’-OMe等)、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の中性のヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中において、複数の用量濃度で、GalNAc媒介取込みにより投与した。図5に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、図5に示す通り、例えばドメイン-2(3’)における1つ又は複数の2’F修飾された糖の付加により、編集効率が上昇し得る。
様々な塩基配列、修飾された糖(例えば、2’-F、2’-OMe等)、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の中性のヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中において、複数の用量濃度で、GalNAc媒介取込みにより投与した。図5に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、図5に示す通り、例えばドメイン-2(3’)における1つ又は複数の2’F修飾された糖の付加により、編集効率が上昇し得る。
実施例9.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2’-F、2’-OMe等))、及び修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中において、複数の用量濃度で、裸の取込みにより投与した。いくかの実施形態では、図6に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。
様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2’-F、2’-OMe等))、及び修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中において、複数の用量濃度で、裸の取込みにより投与した。いくかの実施形態では、図6に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。
実施例10.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中において、裸の取込みにより投与した。いくつかの実施形態では、WV-42680、WV-42935、及びWV-42938は、WV-42028と比較して高い編集効率を示した。いくつかの実施形態では、図7に示す通り、修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、ある特定の糖(例えば、アラビノ-シチジン)、又はこれらの組み合わせは、編集効率の増加を示し得る。
修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中において、裸の取込みにより投与した。いくつかの実施形態では、WV-42680、WV-42935、及びWV-42938は、WV-42028と比較して高い編集効率を示した。いくつかの実施形態では、図7に示す通り、修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、ある特定の糖(例えば、アラビノ-シチジン)、又はこれらの組み合わせは、編集効率の増加を示し得る。
実施例11.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中に投与した。いくつかの実施形態では、WV-42680及びWV-42028は、WV-42679及びWV-42027と比較した場合に高い編集レベルを示した。いくつかの実施形態では、図8に示す通り、1ntによる標的配列のシフトにより、編集効率が増加し得る。いくつかの実施形態では、修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)の包含により、編集効率が増加し得る。
修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞中に投与した。いくつかの実施形態では、WV-42680及びWV-42028は、WV-42679及びWV-42027と比較した場合に高い編集レベルを示した。いくつかの実施形態では、図8に示す通り、1ntによる標的配列のシフトにより、編集効率が増加し得る。いくつかの実施形態では、修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)の包含により、編集効率が増加し得る。
実施例12.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、WV-43112、WV-431113、及びWV-43114は、WV-42680と比較した場合に高い編集レベルを示した。図9を参照されたい。いくつかの実施形態では、例えばドメイン-2(3’)におけるオリゴヌクレオチドへの2’-F修飾された糖の付加により、編集活性が増加し得る。いくつかの実施形態では、5’末端での2’-OMe修飾された糖の付加により、編集効率が改善され得る。
修飾された塩基(例えば、8-オキソ-dA)、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、WV-43112、WV-431113、及びWV-43114は、WV-42680と比較した場合に高い編集レベルを示した。図9を参照されたい。いくつかの実施形態では、例えばドメイン-2(3’)におけるオリゴヌクレオチドへの2’-F修飾された糖の付加により、編集活性が増加し得る。いくつかの実施形態では、5’末端での2’-OMe修飾された糖の付加により、編集効率が改善され得る。
実施例13.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
修飾された塩基、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図10に示す通り、いくつかの実施形態では、様々な位置で修飾されたヌクレオチド間結合を含む様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の位置でn001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、他と比較して高い活性を提供する。
修飾された塩基、様々な種類の糖(例えば、修飾された糖(例えば、2-F’、2’-OMe等))、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図10に示す通り、いくつかの実施形態では、様々な位置で修飾されたヌクレオチド間結合を含む様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の位置でn001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、他と比較して高い活性を提供する。
実施例14.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図11に示す通り、いくつかの実施形態では、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を様々な位置で組み込んで、編集活性を有するオリゴヌクレオチドを得ることができ、ある特定の部位では、編集レベルが増加し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図11に示す通り、いくつかの実施形態では、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を様々な位置で組み込んで、編集活性を有するオリゴヌクレオチドを得ることができ、ある特定の部位では、編集レベルが増加し得る。
実施例15.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図12に示す通り、いくつかの実施形態では、例えば、複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)を含むドメイン(例えば、ある特定のオリゴヌクレオチド中のドメイン-2(3’))におけるある特定の部位への2’-F修飾された糖の付加により、編集レベルが増加し得るか、又は維持され得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図12に示す通り、いくつかの実施形態では、例えば、複数の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)を含むドメイン(例えば、ある特定のオリゴヌクレオチド中のドメイン-2(3’))におけるある特定の部位への2’-F修飾された糖の付加により、編集レベルが増加し得るか、又は維持され得る。
実施例16.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図13に示す通り、いくつかの実施形態では、例えば、複数の2’-F修飾された糖を含むドメイン(例えば、ある特定のオリゴヌクレオチド中のドメイン-1(5’))におけるある特定の部位への2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)の付加により、編集レベルが増加し得るか、又は維持され得る。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)が、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/又は3’末端で利用される。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図13に示す通り、いくつかの実施形態では、例えば、複数の2’-F修飾された糖を含むドメイン(例えば、ある特定のオリゴヌクレオチド中のドメイン-1(5’))におけるある特定の部位への2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)の付加により、編集レベルが増加し得るか、又は維持され得る。いくつかの実施形態では、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)が、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/又は3’末端で利用される。
実施例17.様々な長さのオリゴヌクレオチドの組成物が、編集を提供し得る。
様々な編集及び塩基配列、並びに様々な長さ(例えば、28nt、29nt、30nt、31nt、32nt)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図14に示す通り、他で報告されているものと比べて顕著に短いもの等の様々な長さのオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、31nt及び32ntのオリゴヌクレオチドは、改善された編集レベルを提供し得る。
様々な編集及び塩基配列、並びに様々な長さ(例えば、28nt、29nt、30nt、31nt、32nt)を含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図14に示す通り、他で報告されているものと比べて顕著に短いもの等の様々な長さのオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、31nt及び32ntのオリゴヌクレオチドは、改善された編集レベルを提供し得る。
実施例18.様々な種類のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドの組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図15に示す通り、いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合を様々な位置で利用して、編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の部位(例えば、ドメイン-2(3’)のある特定の位置)での天然のリン酸結合により、編集レベルが増加し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の部位での様々なヌクレオチド間結合及び/又は立体化学のある特定の組み合わせにより、編集レベルが増加し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図15に示す通り、いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合、n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合を様々な位置で利用して、編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の部位(例えば、ドメイン-2(3’)のある特定の位置)での天然のリン酸結合により、編集レベルが増加し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の部位での様々なヌクレオチド間結合及び/又は立体化学のある特定の組み合わせにより、編集レベルが増加し得る。
実施例19.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、GalNAc媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図16に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/3’末端での2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)の付加により、編集レベルが増加し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、GalNAc媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図16に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/3’末端での2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)(例えば、2’-OMe修飾された糖)の付加により、編集レベルが増加し得る。
実施例20.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。GalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図17に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の位置で2’-F修飾された糖及び/又はある特定の塩基/核酸塩基(例えば、8-オキソ-dA、b001A、b008U、I等)の増加したレベルを含むオリゴヌクレオチドは、増加した編集レベルを提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。GalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドを、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図17に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の位置で2’-F修飾された糖及び/又はある特定の塩基/核酸塩基(例えば、8-オキソ-dA、b001A、b008U、I等)の増加したレベルを含むオリゴヌクレオチドは、増加した編集レベルを提供し得る。
実施例21.提供される編集領域は、編集を改善し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンと、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド周囲で様々な配列を含む様々な編集領域とを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図18(a)~(c)に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、編集部位に対して5’及び/又は3’の最近接の位置でのある特定のミスマッチ又はゆらぎ塩基対は、完全に相補的な編集領域と比悪して、編集レベルを低減させる場合がある。いくつかの実施形態では、編集部位に対して5’及び/又は3’の最近接の位置でのある特定のミスマッチ又はゆらぎ塩基対により、いくつかの実施形態では、編集レベルが、維持されるか、又は増加する。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンと、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド周囲で様々な配列を含む様々な編集領域とを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図18(a)~(c)に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、編集部位に対して5’及び/又は3’の最近接の位置でのある特定のミスマッチ又はゆらぎ塩基対は、完全に相補的な編集領域と比悪して、編集レベルを低減させる場合がある。いくつかの実施形態では、編集部位に対して5’及び/又は3’の最近接の位置でのある特定のミスマッチ又はゆらぎ塩基対により、いくつかの実施形態では、編集レベルが、維持されるか、又は増加する。
実施例22.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。オリゴヌクレオチドを、裸の媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図19に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、(例えば、N1としての)編集部位に隣接する2’-DNAヌクレオシド(例えば、2’-F Uの代わりのT)の導入により、編集レベルが増加し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。オリゴヌクレオチドを、裸の媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図19に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、(例えば、N1としての)編集部位に隣接する2’-DNAヌクレオシド(例えば、2’-F Uの代わりのT)の導入により、編集レベルが増加し得る。
実施例23.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。オリゴヌクレオチドを、裸の媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。様々なそのようなオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。図20に示す通り、いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖の増加したレベルにより、編集レベルが増加し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。オリゴヌクレオチドを、裸の媒介取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。様々なそのようなオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。図20に示す通り、いくつかの実施形態では、2’-F修飾された糖の増加したレベルにより、編集レベルが増加し得る。
実施例24.様々な提供される設計のオリゴヌクレオチドが、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図21に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図21に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。
実施例25.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図22に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図22に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。
実施例26.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図23に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、5’及び/又は3’末端で、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない(例えば、Rが、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である場合))(例えば、2’-OMe修飾された糖)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び3’末端の両方で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図23に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、5’及び/又は3’末端で、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない(例えば、Rが、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である場合))(例えば、2’-OMe修飾された糖)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び3’末端の両方で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、3’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。
実施例27.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図24に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、5’及び/又は3’末端で、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない(例えば、Rが、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である場合))(例えば、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び3’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、天然のDNA糖は、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を有する末端領域(例えば、図24に示す通りの5’末端領域)で利用され得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。図24に示す通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドが、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、5’及び/又は3’末端で、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない(例えば、Rが、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である場合))(例えば、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び3’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、天然のDNA糖は、修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合等)を有する末端領域(例えば、図24に示す通りの5’末端領域)で利用され得る。
実施例28.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図25に示す通り、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(例えば、b001A、b001rA、Csm15、I等)での及び/又はその周囲での様々な種類の糖、核酸塩基、及びヌクレオチド間結合(例えば、様々な核酸塩基、糖、ヌクレオシド)を含む様々なオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、より高い編集レベルを提供する。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、PIZ標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図25に示す通り、標的アデノシンの反対側のヌクレオシド(例えば、b001A、b001rA、Csm15、I等)での及び/又はその周囲での様々な種類の糖、核酸塩基、及びヌクレオチド間結合(例えば、様々な核酸塩基、糖、ヌクレオシド)を含む様々なオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、より高い編集レベルを提供する。
実施例29.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸とアラインメントされた場合に、ミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含む。本明細書で実証される通り、様々なそのようなオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の位置でG-Uゆらぎ塩基対を含むオリゴヌクレオチドを、PIZ標的部位を標的化するように設計した。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図26に示す通り、様々な実施形態では、G-Uゆらぎ塩基対を含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸とアラインメントされた場合に、ミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含む。本明細書で実証される通り、様々なそのようなオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定の位置でG-Uゆらぎ塩基対を含むオリゴヌクレオチドを、PIZ標的部位を標的化するように設計した。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みにより、ヒトSERPINA1-PIZを発現する初代マウス肝細胞で試験した。図26に示す通り、様々な実施形態では、G-Uゆらぎ塩基対を含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供する。
実施例30.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
編集領域での様々な構造的特徴(例えば、様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオシド、結合等、例えば、N1、N0、N-1、N-2等に関する5MRm5dC、5MSm5dC、5MSm5fC、fC、dC、m5dC、dA、5MSdT、5MRdT等)を含む、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、5’-(R)-Me又は5’-(S)-Me修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供する。ある特定のデータを、図27に示す。オリゴヌクレオチドを、様々な濃度でのGalNAc媒介取込みにより、初代ヒト肝細胞で試験した。
編集領域での様々な構造的特徴(例えば、様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオシド、結合等、例えば、N1、N0、N-1、N-2等に関する5MRm5dC、5MSm5dC、5MSm5fC、fC、dC、m5dC、dA、5MSdT、5MRdT等)を含む、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、5’-(R)-Me又は5’-(S)-Me修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供する。ある特定のデータを、図27に示す。オリゴヌクレオチドを、様々な濃度でのGalNAc媒介取込みにより、初代ヒト肝細胞で試験した。
実施例31.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、ACTB標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、様々な濃度でのGalNAc媒介取込みにより、初代ヒト肝細胞で試験した。図28に示す通り、*n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び/又はUNA(アンロックド核酸)糖を含むもの等の様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、ACTB標的部位を標的化する。オリゴヌクレオチドを、様々な濃度でのGalNAc媒介取込みにより、初代ヒト肝細胞で試験した。図28に示す通り、*n001等の負に荷電していないヌクレオチド間結合、及び/又はUNA(アンロックド核酸)糖を含むもの等の様々なオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。
実施例32.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脱塩基5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えばオリゴヌクレオチドの5’末端に連結された追加の化学的部分を含む。様々なそのようなオリゴヌクレオチドを、調製して評価した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを、GalNAc媒介取込みにより、初代ヒト肝細胞で試験した。図29に示す通り、そのようなオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脱塩基5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えばオリゴヌクレオチドの5’末端に連結された追加の化学的部分を含む。様々なそのようなオリゴヌクレオチドを、調製して評価した。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを、GalNAc媒介取込みにより、初代ヒト肝細胞で試験した。図29に示す通り、そのようなオリゴヌクレオチドが、編集活性を提供し得る。
実施例33.ある特定の編集領域が、高い編集レベルを提供する。
特に、本開示は、編集に特に有用な編集領域を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、編集に特に有用な5’-N1N0N-1-3’要素を提供する。いくつかの実施形態では、この要素は、その直接5’及び3’で、標的アデノシン及びヌクレオシドに完全に相補的である。いくつかの実施形態では、この要素は、1つ又は複数のミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含む。いくつかの実施形態では、例えばN-1及び/又はN1でミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含むものは、そのようなミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対がない場合と比較して同等の又は高いレベルの編集を提供する。いくつかの実施形態では、直接5’及び3’に並びに編集部位で様々なヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価し、一例としてACTB標的を標的化した。いくつかの実施形態では、標的アデノシンに対して直接5’及び3’でのヌクレオシドの様々な組み合わせを有する完全長ACTB cDNAを発現するプラスミドレポーターを設計し、標的部位に対して直接5’及び3’での塩基及び/又は糖の固有の組み合わせをそれぞれ特徴とする対応するオリゴヌクレオチドで試験した。プラスミド及びオリゴヌクレオチドを、トランスフェクションにより293T細胞で試験した。下記に示すように、いくつかの実施形態では、編集部位に対して直接5’及び/又3’でのある特定のミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含むオリゴヌクレオチドは、編集レベルを維持し得るか、又は増加させ得る。各標的に関する最近傍の組み合わせが、表の上部で水平に示されており(5’から3’への方向)、オリゴヌクレオチド中の編集部位に関する最近傍の組み合わせが、表の左側で垂直に示されている(3’から5’へ)。内在性ACTB転写物が、*で示されている。オリゴヌクレオチド中の標的アデノシンの反対側は、dCである。各レポーター-オリゴヌクレオチドの組み合わせに関する平均編集レベルがプロットされている。上部から下部に関して、オリゴヌクレオチドは、WV-42331からWV-42335、WV-37317、WV-42337からWV-42349である。
特に、本開示は、編集に特に有用な編集領域を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、編集に特に有用な5’-N1N0N-1-3’要素を提供する。いくつかの実施形態では、この要素は、その直接5’及び3’で、標的アデノシン及びヌクレオシドに完全に相補的である。いくつかの実施形態では、この要素は、1つ又は複数のミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含む。いくつかの実施形態では、例えばN-1及び/又はN1でミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含むものは、そのようなミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対がない場合と比較して同等の又は高いレベルの編集を提供する。いくつかの実施形態では、直接5’及び3’に並びに編集部位で様々なヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価し、一例としてACTB標的を標的化した。いくつかの実施形態では、標的アデノシンに対して直接5’及び3’でのヌクレオシドの様々な組み合わせを有する完全長ACTB cDNAを発現するプラスミドレポーターを設計し、標的部位に対して直接5’及び3’での塩基及び/又は糖の固有の組み合わせをそれぞれ特徴とする対応するオリゴヌクレオチドで試験した。プラスミド及びオリゴヌクレオチドを、トランスフェクションにより293T細胞で試験した。下記に示すように、いくつかの実施形態では、編集部位に対して直接5’及び/又3’でのある特定のミスマッチ及び/又はゆらぎ塩基対を含むオリゴヌクレオチドは、編集レベルを維持し得るか、又は増加させ得る。各標的に関する最近傍の組み合わせが、表の上部で水平に示されており(5’から3’への方向)、オリゴヌクレオチド中の編集部位に関する最近傍の組み合わせが、表の左側で垂直に示されている(3’から5’へ)。内在性ACTB転写物が、*で示されている。オリゴヌクレオチド中の標的アデノシンの反対側は、dCである。各レポーター-オリゴヌクレオチドの組み合わせに関する平均編集レベルがプロットされている。上部から下部に関して、オリゴヌクレオチドは、WV-42331からWV-42335、WV-37317、WV-42337からWV-42349である。
実施例34.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脱塩基5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えばオリゴヌクレオチドの5’末端に連結された追加の化学的部分を含む。様々なそのようなオリゴヌクレオチドを、調製して評価した。いくつかの実施形態では、次いで、オリゴヌクレオチドを、ヒトADAR-p110を発現する初代マウス肝細胞で試験した。図30に示す通り、そのようなオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脱塩基5’-キャップを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えばオリゴヌクレオチドの5’末端に連結された追加の化学的部分を含む。様々なそのようなオリゴヌクレオチドを、調製して評価した。いくつかの実施形態では、次いで、オリゴヌクレオチドを、ヒトADAR-p110を発現する初代マウス肝細胞で試験した。図30に示す通り、そのようなオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。
実施例35.提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。
特に、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドがインビボで編集を提供し得ることを実証する。一例では、非ヒト霊長類(NHP)に、50mg/kgでWV-37317の単回皮下(SC)用量を投与したか(3匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))、又はコントロールとしてPBSを投与した(1匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))。投与の詳細を、下記に示す。動物を8日目に屠殺し(1日目に投与、8日目に回収)、全ての組織を、PK/PD分析のために採取した。図31(a)に示す通り、複数の組織(腎臓、肝臓、肺、心臓、膵臓、肺静脈及び動脈、十二指腸、回腸、空腸、PBMC)が、ACTB編集を示し、全ての組織において、WV-37317が高レベルで検出された(図31(b)を参照されたい)。特に、本開示のオリゴヌクレオチドを、NHPにおいて、例えばSC投与により送達し得、そのため、広範な組織分布、及び複数の組織型における効率的な内在性ADAR媒介編集が可能となる。
特に、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドがインビボで編集を提供し得ることを実証する。一例では、非ヒト霊長類(NHP)に、50mg/kgでWV-37317の単回皮下(SC)用量を投与したか(3匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))、又はコントロールとしてPBSを投与した(1匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))。投与の詳細を、下記に示す。動物を8日目に屠殺し(1日目に投与、8日目に回収)、全ての組織を、PK/PD分析のために採取した。図31(a)に示す通り、複数の組織(腎臓、肝臓、肺、心臓、膵臓、肺静脈及び動脈、十二指腸、回腸、空腸、PBMC)が、ACTB編集を示し、全ての組織において、WV-37317が高レベルで検出された(図31(b)を参照されたい)。特に、本開示のオリゴヌクレオチドを、NHPにおいて、例えばSC投与により送達し得、そのため、広範な組織分布、及び複数の組織型における効率的な内在性ADAR媒介編集が可能となる。
実施例36.提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。
特に、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドがインビボで編集を提供し得ることを実証する。一例では、非ヒト霊長類(NHP)に、10mg又は5mgでWV-37317の単回髄腔内(IT)用量を投与したか(6匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))、又はコントロールとしてPBSを投与した(1匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))。投与の詳細を、下記に示す。動物を8日目又は29日目に屠殺し(1日目に投与、8及び29日目に回収)、組織を、PK/PD分析のために採取した。図32(a)に示す通り、複数の組織(例えば、脊髄、皮質、海馬、中脳、小脳、脳梁、及び視神経等)が、ACTB編集を示した。図32(b)に示す通り、様々なCNS組織において、WV-37317が検出された。特に、本開示のオリゴヌクレオチドは、NHPにおいて、例えばIT投与により送達され得、且つ広範な分布、及びCNS組織を含む様々な組織における効率的な内在性ADAR媒介編集を提供する。
特に、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチドがインビボで編集を提供し得ることを実証する。一例では、非ヒト霊長類(NHP)に、10mg又は5mgでWV-37317の単回髄腔内(IT)用量を投与したか(6匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))、又はコントロールとしてPBSを投与した(1匹×カニクイザル(Macaca fascicularis))。投与の詳細を、下記に示す。動物を8日目又は29日目に屠殺し(1日目に投与、8及び29日目に回収)、組織を、PK/PD分析のために採取した。図32(a)に示す通り、複数の組織(例えば、脊髄、皮質、海馬、中脳、小脳、脳梁、及び視神経等)が、ACTB編集を示した。図32(b)に示す通り、様々なCNS組織において、WV-37317が検出された。特に、本開示のオリゴヌクレオチドは、NHPにおいて、例えばIT投与により送達され得、且つ広範な分布、及びCNS組織を含む様々な組織における効率的な内在性ADAR媒介編集を提供する。
実施例37.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、二重鎖化オリゴヌクレオチド及び標的化オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、例えば、二重鎖化核酸及びオリゴヌクレオチドと二重鎖を形成し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び対応する二重鎖化オリゴヌクレオチド。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを、ルシフェラーゼレポーター標的を標的化するように設計して評価した。いくつかの実施形態では、この設計により、16bp又は18bpの相補的配列を共有する2つのオリゴヌクレオチド部分が組み合わされ、それにより、細胞内で両方の部分の会合が可能となる。ある特定のオリゴヌクレオチドを、293T細胞中でのトランスフェクションにより組み合わせて試験した。編集効率を、cLUC/gLUC比を決定することにより算出した。図33に示す通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド部分のある特定の組み合わせが、編集を提供し得る。ある特定の二重鎖設計を、例として図35に示した。当業者が理解する通り、本開示に従って、部分、領域、オリゴヌクレオチド等に、様々な好適な長さを利用し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、二重鎖化オリゴヌクレオチド及び標的化オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、例えば、二重鎖化核酸及びオリゴヌクレオチドと二重鎖を形成し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び対応する二重鎖化オリゴヌクレオチド。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドを、ルシフェラーゼレポーター標的を標的化するように設計して評価した。いくつかの実施形態では、この設計により、16bp又は18bpの相補的配列を共有する2つのオリゴヌクレオチド部分が組み合わされ、それにより、細胞内で両方の部分の会合が可能となる。ある特定のオリゴヌクレオチドを、293T細胞中でのトランスフェクションにより組み合わせて試験した。編集効率を、cLUC/gLUC比を決定することにより算出した。図33に示す通り、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド部分のある特定の組み合わせが、編集を提供し得る。ある特定の二重鎖設計を、例として図35に示した。当業者が理解する通り、本開示に従って、部分、領域、オリゴヌクレオチド等に、様々な好適な長さを利用し得る。
実施例38.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ステムループ、並びに二本鎖領域及び一本鎖領域を含む。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドを、二重鎖化オリゴヌクレオチドとして利用して、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドと複合体を形成し得る。一例の設計を、図35に示した。当業者が理解する通り、本開示に従って、部分、領域、オリゴヌクレオチド等に、様々な好適な長さを利用し得る。一例として、ある特定のオリゴヌクレオチドを、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト中の部位を標的化するように設計した。設計により、相補的配列(例えば、15bp)を共有する2つオリゴヌクレオチドが組み合わされ、それにより、両方の部分の会合、及び細胞内でのステムループ複合体の形成が可能となった。オリゴヌクレオチドを、293T細胞中でのトランスフェクションにより組み合わせて試験した。編集効率を、cLUC/gLUC比を決定することにより算出した。図34に示す通り、様々な組み合わせが、編集活性を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ステムループ、並びに二本鎖領域及び一本鎖領域を含む。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドを、二重鎖化オリゴヌクレオチドとして利用して、二重鎖化領域及び標的化領域を含むオリゴヌクレオチドと複合体を形成し得る。一例の設計を、図35に示した。当業者が理解する通り、本開示に従って、部分、領域、オリゴヌクレオチド等に、様々な好適な長さを利用し得る。一例として、ある特定のオリゴヌクレオチドを、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト中の部位を標的化するように設計した。設計により、相補的配列(例えば、15bp)を共有する2つオリゴヌクレオチドが組み合わされ、それにより、両方の部分の会合、及び細胞内でのステムループ複合体の形成が可能となった。オリゴヌクレオチドを、293T細胞中でのトランスフェクションにより組み合わせて試験した。編集効率を、cLUC/gLUC比を決定することにより算出した。図34に示す通り、様々な組み合わせが、編集活性を提供する。
実施例39.様々なオリゴヌクレオチド組成物が、インビボでの編集を提供し得る。
特に、提供される技術は、インビボでの編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(例えば、WV-43120、WV-44464、WV-44465)は、本明細書で説明されているヒトADAR(huADAR)トランスジェニックマウス中におけるSERPINA1-Zアレルのインビボでの編集を裏付けることが分かった。JAX huADAR x SA1マウス株の32匹の雄のマウス(全て、SA1-PiZに関してヘテロ接合性である)を使用した。このうち、20匹のマウスは、huADAR-p110に関してもヘテロ接合性であり、12匹のマウスは、マウスADARに関して野生型(huADAR-p110の発現なし)であった。UGP2を、huADAR活性関するコントロールとして使用した。マウスに、3日にわたり1日置きに(0、2、4日目)、10mg/kgの選択されたオリゴヌクレオチド又はPBSコントロールを皮下投与(s.c.)した。投与前、及び処理後7日目に、マウスから血清を採取し、肝生検を7日目に採取した。試料を、PK及びPD分析並びにハイブリッドELISAに供した。ある特定の情報を、下記に示した。
特に、提供される技術は、インビボでの編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド(例えば、WV-43120、WV-44464、WV-44465)は、本明細書で説明されているヒトADAR(huADAR)トランスジェニックマウス中におけるSERPINA1-Zアレルのインビボでの編集を裏付けることが分かった。JAX huADAR x SA1マウス株の32匹の雄のマウス(全て、SA1-PiZに関してヘテロ接合性である)を使用した。このうち、20匹のマウスは、huADAR-p110に関してもヘテロ接合性であり、12匹のマウスは、マウスADARに関して野生型(huADAR-p110の発現なし)であった。UGP2を、huADAR活性関するコントロールとして使用した。マウスに、3日にわたり1日置きに(0、2、4日目)、10mg/kgの選択されたオリゴヌクレオチド又はPBSコントロールを皮下投与(s.c.)した。投与前、及び処理後7日目に、マウスから血清を採取し、肝生検を7日目に採取した。試料を、PK及びPD分析並びにハイブリッドELISAに供した。ある特定の情報を、下記に示した。
いくつかの実施形態では、トランスジェニックモデル(ヒトADARp110及びヒトSERPINA1-Zアレルを発現する)からの初代マウス肝細胞を、48時間にわたり、様々なGalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した。いくつかの実施形態では、図36に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドが、SERPINA1-Zアレルのインビトロでの編集を提供した。
huADAR/SA1トランスジェニックマウスから7日目に採取した肝生検試料を、サンガー法により配列決定して、編集率を測定した。いくつかの実施形態では、図37で確認される通り、様々なオリゴヌクレオチド組成物が、SERPINA1-Zアレルに関して、最大約20%、最大約30%、又は最大約40%まで、インビボでの編集活性を提供した。
投与前及び処理後7日目にマウスから採取した血清試料から、市販のELISAキット(AbCam)により、血清中の全ヒトAATの濃度を決定した。いくつかの実施形態では、図38に示す通り、様々なオリゴヌクレオチドの投与からのインビボでの編集により、血清中における全ヒトAAT濃度が増加した。
投与前及び処理後7日目にマウスから採取した血清試料から、Z(変異体)対M(野生型)AATアイソフォームの相対存在量を、質量分析により決定した。次いで、各アイソフォームの絶対量を、ELISAから得られた絶対濃度への相対存在量の適用により算出した(図38を参照されたい)。いくつかの実施形態では、図39で確認される通り、WV-44464による処理からの編集により、血清中において、野生型AATタンパク質が分泌され、且つ変異体Z-AATタンパク質が大幅に減少した。本明細書で確認される通り、いくつかの実施形態では、提供される技術により、血液中で野生型SERPINA1タンパク質レベルが増加し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術により、血液中で変異体SERPINA1タンパク質レベルが減少し得る。いくつかの実施系阿智では、図38に示す通り、血液中の全AATの約75%が、野生型である。
ある特定のデータを、例として下記に示した。
huADARマウスでのインビボSERPINA1-Zアレル編集(例えば、図37):
huADARマウスでのインビボSERPINA1-Zアレル編集(例えば、図37):
血清中でのヒトAAT濃度(ELISA)(例えば、図38):
血清中でのAAIアイソフォーム(質量分析;PBS及びWV-44464)(例えば、図39):
血清中でのエラスターゼ阻害活性(例えば、図40)
提供される技術が、編集及び機能的タンパク質を提供し得ることを確認した。投与前及び処理後7日目にマウスから採取した血清試料から、市販のキット(EnzChek(登録商標)Elastase Assay Kit(E-12056))を使用して、相対エラスターゼ阻害活性を決定した。希釈した血清を、組換えエラスターゼ酵素及び蛍光標識エラスチン基質と共にインキュベートした。エラスターゼ酵素の活性を、エラスチン切断時に検出される蛍光シグナルにより検出し得る。相対的阻害を、血清が存在しないコントロール反応(100%エラスターゼ活性)について算出した。各試料を、技術的反復で実行した。特に、図40に示されるデータから、提供される技術による編集の結果とて産生されて分泌される野生型AATタンパク質は、例えばエラスターゼ阻害に関して機能的であることが確認された。
特に、本明細書で示されるデータから、ヒトADARを発現するトランスジェニックマウスモデルが、ADAR編集剤(例えば、オリゴヌクレオチド)の評価に有用であることが確認される。いくつかの実施形態では、本明細書で確認される通り、(例えば、ある特定の時点での肝臓中において)SERPINA1 ZアレルmRNAの最大40%以上の編集が提供された。いくつかの実施形態では、提供される編集レベルは、ヘテロ接合体(MZ)に対する修正に近付いている。いくつかの実施形態では、本明細書で確認される通り、提供される技術は、インビボでの循環機能的野生型M-AATタンパク質の顕著な増加を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、肝臓、血清等中において、変異体Z-AATタンパク質のレベルを減少させる。
実施例40.提供される技術は、タンパク質-タンパク質相互作用を調節し得る。
本明細書で確認されている通り、提供される技術は、例えば、mRNAでのアデノシン編集及びそれによりコードされるポリペプチドでのアミノ酸残基の同一性の変化により、特に、タンパク質-タンパク質相互作用を調節し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、1つ又は複数のタンパク質の1つ又は複数のアミノ酸残基を編集することにより、タンパク質-タンパク質相互作用、活性、及び/又は機能を調節する。本明細書で実証されている通り、Keap1又はNrf2の様々な残基の編集により、これらの相互作用、活性、及び/又は機能が調節され得る。例えば、いくつかの実施形態では、Keap1又はNrf2の残基の編集により、Nrf2のレベル、Nrf2により活性化され得る核酸の転写、及び/又はNrf2制御遺伝子の発現が増加する。Keap1は、NRF2に対して報告されており、且つNRF2プロテアソーム分解を媒介することが報告されている。いくつかの実施形態では、Keap1とNRF2との間の相互作用の破壊により、NRF2の転写後上方制御、及びNRF2の核への転位が可能となり、NRF2制御遺伝子の転写が活性化され得る。本明細書で実証されている通り、様々なオリゴヌクレオチドを、Keap1転写物又はNrf2転写物のいずれかにおいて特定の編集部位を標的化するように設計した。図41(a)に示される通り、様々なオリゴヌクレオチドが、Keap1又はNrf2転写物中の複数の部位で編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、Keap1及び/又はNrf2転写物の編集により、NRF2により制御される下流の遺伝子の発現レベルが変更され得る(例えば、SRGN、HMOX1、SLC7a11、NQO1等、図41(b)で示される通り)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アミノ酸残基を変化させるKeap1又はNRF2転写物の編集を提供し、これにより、Keap1/NRF2複合体の形成及び安定性が破壊され得、且つNRF2レベル、転位、及び/又はNRF2により制御される核酸の発現が調節され得る。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/又は3’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/又は3’末端で、2’-OMe修飾された糖等の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない(例えば、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である))を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/又は3’末端で、2’-F修飾された糖を含む。当業者は、本明細書で説明されている様々なオリゴヌクレオチド設計が、ポリペプチド間の相互作用の調節に適用され得ることを理解する。
本明細書で確認されている通り、提供される技術は、例えば、mRNAでのアデノシン編集及びそれによりコードされるポリペプチドでのアミノ酸残基の同一性の変化により、特に、タンパク質-タンパク質相互作用を調節し得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、1つ又は複数のタンパク質の1つ又は複数のアミノ酸残基を編集することにより、タンパク質-タンパク質相互作用、活性、及び/又は機能を調節する。本明細書で実証されている通り、Keap1又はNrf2の様々な残基の編集により、これらの相互作用、活性、及び/又は機能が調節され得る。例えば、いくつかの実施形態では、Keap1又はNrf2の残基の編集により、Nrf2のレベル、Nrf2により活性化され得る核酸の転写、及び/又はNrf2制御遺伝子の発現が増加する。Keap1は、NRF2に対して報告されており、且つNRF2プロテアソーム分解を媒介することが報告されている。いくつかの実施形態では、Keap1とNRF2との間の相互作用の破壊により、NRF2の転写後上方制御、及びNRF2の核への転位が可能となり、NRF2制御遺伝子の転写が活性化され得る。本明細書で実証されている通り、様々なオリゴヌクレオチドを、Keap1転写物又はNrf2転写物のいずれかにおいて特定の編集部位を標的化するように設計した。図41(a)に示される通り、様々なオリゴヌクレオチドが、Keap1又はNrf2転写物中の複数の部位で編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、Keap1及び/又はNrf2転写物の編集により、NRF2により制御される下流の遺伝子の発現レベルが変更され得る(例えば、SRGN、HMOX1、SLC7a11、NQO1等、図41(b)で示される通り)。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アミノ酸残基を変化させるKeap1又はNRF2転写物の編集を提供し、これにより、Keap1/NRF2複合体の形成及び安定性が破壊され得、且つNRF2レベル、転位、及び/又はNRF2により制御される核酸の発現が調節され得る。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/又は3’末端で、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/又は3’末端で、2’-OMe修飾された糖等の2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない(例えば、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である))を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/又は3’末端で、2’-F修飾された糖を含む。当業者は、本明細書で説明されている様々なオリゴヌクレオチド設計が、ポリペプチド間の相互作用の調節に適用され得ることを理解する。
実施例41.提供される技術は、インビボにおいて頑強で恒久的な編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系(例えば、インビボでの様々な細胞、組織、及び/又は器官)で編集活性を提供し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図42に示されとり、このデータから、提供される技術が、CNSを含むインビボでの様々な組織で頑強な編集を提供し得ることが裏付けられる。本明細書で説明されているヒトADAR(hADAR)トランスジェニックマウスを、脳室内(ICV)注射により、単回100ug用量のWV-40590オリゴヌクレオチオ組成物で処理した。マウスを、用量後1週間、2週間、4週間、8週間、12週間、及び16週間で屠殺し、複数のCNS組織を採取して分析した。図42に示される通り、分析した全ての組織で、UGP2 mRNA編集が達成された。いくつかの実施形態では、UGP2編集レベルは、分析した様々な時点にわたり同等であった。特に、これらのデータから、提供される技術は、少なくとも16週間にわたり、インビボで様々な組織の有効な編集を提供し得ることが実証される。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系(例えば、インビボでの様々な細胞、組織、及び/又は器官)で編集活性を提供し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図42に示されとり、このデータから、提供される技術が、CNSを含むインビボでの様々な組織で頑強な編集を提供し得ることが裏付けられる。本明細書で説明されているヒトADAR(hADAR)トランスジェニックマウスを、脳室内(ICV)注射により、単回100ug用量のWV-40590オリゴヌクレオチオ組成物で処理した。マウスを、用量後1週間、2週間、4週間、8週間、12週間、及び16週間で屠殺し、複数のCNS組織を採取して分析した。図42に示される通り、分析した全ての組織で、UGP2 mRNA編集が達成された。いくつかの実施形態では、UGP2編集レベルは、分析した様々な時点にわたり同等であった。特に、これらのデータから、提供される技術は、少なくとも16週間にわたり、インビボで様々な組織の有効な編集を提供し得ることが実証される。
実施例42.提供される技術は、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、UGP2転写物中の特定の編集部位を標的化する。図43及び図44に示される通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、第2のドメイン(例えば、N0の3’側までの領域;いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのN-2から3’末端まで)中の2’-F、及び/又は第1のドメイン(例えば、N0の5’側までの領域;いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端からN2まで)及び/又は第2ドメイン中の天然のリン酸結合及び/又は2’-OR(式中、Rは、C1~6任意選択的に置換された脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)は、改善された編集効率を提供する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みによりヒト肝細胞で試験し(図43)、且つIPSC由来神経細胞で試験した(図44)いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、特定の濃度で他と比較して高い編集を提供する。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、UGP2転写物中の特定の編集部位を標的化する。図43及び図44に示される通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、第2のドメイン(例えば、N0の3’側までの領域;いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのN-2から3’末端まで)中の2’-F、及び/又は第1のドメイン(例えば、N0の5’側までの領域;いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの5’末端からN2まで)及び/又は第2ドメイン中の天然のリン酸結合及び/又は2’-OR(式中、Rは、C1~6任意選択的に置換された脂肪族である)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)は、改善された編集効率を提供する。オリゴヌクレオチドを、裸の取込みによりヒト肝細胞で試験し(図43)、且つIPSC由来神経細胞で試験した(図44)いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、特定の濃度で他と比較して高い編集を提供する。
実施例43.提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、立体化学、追加の化学的部分等、及びこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、UGP2転写物中の特定の編集部位を標的化する。図45に示されるように、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、肝臓等のインビボでの様々な組織中において、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、10mg/kgの3回の用量の皮下投与(それぞれ、0、2、及び4日)により、野生型(wt)及びトランスジェニックhDADRマウスで試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、他と比較して高い編集を提供する。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、wtマウスと比較して、hADARマウスにおいてはるかに高い編集を提供する。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、wt及びhADARマウスの両方において、高い編集レベルを提供する。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、立体化学、追加の化学的部分等、及びこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価した。ある特定のオリゴヌクレオチドは、UGP2転写物中の特定の編集部位を標的化する。図45に示されるように、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、肝臓等のインビボでの様々な組織中において、編集活性を提供し得る。オリゴヌクレオチドを、10mg/kgの3回の用量の皮下投与(それぞれ、0、2、及び4日)により、野生型(wt)及びトランスジェニックhDADRマウスで試験した。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、他と比較して高い編集を提供する。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、wtマウスと比較して、hADARマウスにおいてはるかに高い編集を提供する。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、wt及びhADARマウスの両方において、高い編集レベルを提供する。
実施例44.提供される技術は、様々な細胞集団において編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系(例えば、様々な細胞、組織、及び/又は器官)で編集活性を提供し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図46に示されており、このデータから、提供される技術が、PBMCを含む様々な免疫細胞集団において編集を提供し得ることが裏付けられる。特に、提供される技術は、CD4+、CD8+、CD14+、CD19+、NK、Treg細胞等の細胞集団において編集を提供し得る。細胞を、活性化(PHAの添加)又は非活性化条件下にて、10uM WV-37317で処理した。RNAを、ベンチトップ抗体/ビーズプロトコルにより、処理後4日で単離した。図46に示される通り、複数の免疫細胞集団において、ACTB mRNA編集が達成された。いくつかの実施形態では、ACTB編集レベルは、活性化されている及び活性化されていない細胞集団で同等であった。いくつかの実施形態では、活性化細胞集団でACTB編集レベルが増加した。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系(例えば、様々な細胞、組織、及び/又は器官)で編集活性を提供し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図46に示されており、このデータから、提供される技術が、PBMCを含む様々な免疫細胞集団において編集を提供し得ることが裏付けられる。特に、提供される技術は、CD4+、CD8+、CD14+、CD19+、NK、Treg細胞等の細胞集団において編集を提供し得る。細胞を、活性化(PHAの添加)又は非活性化条件下にて、10uM WV-37317で処理した。RNAを、ベンチトップ抗体/ビーズプロトコルにより、処理後4日で単離した。図46に示される通り、複数の免疫細胞集団において、ACTB mRNA編集が達成された。いくつかの実施形態では、ACTB編集レベルは、活性化されている及び活性化されていない細胞集団で同等であった。いくつかの実施形態では、活性化細胞集団でACTB編集レベルが増加した。
実施例45.提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系(例えば、インビボでの様々な細胞、組織、及び/又は器官)で編集活性を提供し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図47に示されており、このデータから、提供される技術が、目を含むインビボでの編集を提供し得ることが裏付けられる。WV-40590オリゴヌクレオチド組成物の単回10ug又は50ugのICV注射を、トランスジェニックhADARマウスの目の後部コンパートメントに投与した。RNAを、処理後1週間及び4週間で単離した。図47に示される通り、両方の用量で、目において頑強なUGP2 mRNA編集が達成された。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系(例えば、インビボでの様々な細胞、組織、及び/又は器官)で編集活性を提供し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図47に示されており、このデータから、提供される技術が、目を含むインビボでの編集を提供し得ることが裏付けられる。WV-40590オリゴヌクレオチド組成物の単回10ug又は50ugのICV注射を、トランスジェニックhADARマウスの目の後部コンパートメントに投与した。RNAを、処理後1週間及び4週間で単離した。図47に示される通り、両方の用量で、目において頑強なUGP2 mRNA編集が達成された。
実施例46.提供される技術は、インビボで恒久的な編集を提供し得る。
特に、提供される技術は、インビボで恒久的な編集を提供し得る。ある特定のデータが、図48に示されており、このデータから、提供される技術が、マウスモデルにおいて恒久的な編集を提供し得ることが裏付けられる。野生型及びトランスジェニックhADARマウスを、0、2、及び4日目に、PBS、又は10mg/kgのWV-44464オリゴヌクレオチド組成物で処理した。血清を、毎週の採血により採取し、全ヒトAATタンパク質(全体、野生型(M-ATT)、及び変異体(Z-AAT))のレベルを、ELISA及び質量分析により定量した。図48に示される通り、提供される技術は、全ヒトAAT血清濃度を増加させ得、且つ野生型AATタンパク質(M-AAT)を生成し得るか、又は増加させ得る。いくつかの実施形態では、AAT血清濃度が、最終用量後30日間にわたり3倍以上であることを観察した(図48(a))。いくつかの実施形態では、最終用量後30日間にわたり、回復された野生型M-AATを検出した(図48(b))。
特に、提供される技術は、インビボで恒久的な編集を提供し得る。ある特定のデータが、図48に示されており、このデータから、提供される技術が、マウスモデルにおいて恒久的な編集を提供し得ることが裏付けられる。野生型及びトランスジェニックhADARマウスを、0、2、及び4日目に、PBS、又は10mg/kgのWV-44464オリゴヌクレオチド組成物で処理した。血清を、毎週の採血により採取し、全ヒトAATタンパク質(全体、野生型(M-ATT)、及び変異体(Z-AAT))のレベルを、ELISA及び質量分析により定量した。図48に示される通り、提供される技術は、全ヒトAAT血清濃度を増加させ得、且つ野生型AATタンパク質(M-AAT)を生成し得るか、又は増加させ得る。いくつかの実施形態では、AAT血清濃度が、最終用量後30日間にわたり3倍以上であることを観察した(図48(a))。いくつかの実施形態では、最終用量後30日間にわたり、回復された野生型M-AATを検出した(図48(b))。
実施例47.提供される技術は、編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価し、これにより、様々な設計のオリゴヌクレオチド(例えば、2’-Fを含むブロックと、本明細書で説明されている通りの2’-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)(2’-OMe及び/又は2’-MOE)ブロック、天然のリン酸結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001s等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)、制御された立体化学、これらのパターン等を含むブロックとを交互に含むもの)が、効率的な編集を提供し得ることが裏付けられた。図49及び図51に示される通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、頑強な編集活性を提供し得る。hADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、裸の取込みにより、GalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNAを、処理後48時間で収集し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。ある特定のEC50(nM)データを、下記に示した(図49及び図51)。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドを、設計して評価し、これにより、様々な設計のオリゴヌクレオチド(例えば、2’-Fを含むブロックと、本明細書で説明されている通りの2’-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)(2’-OMe及び/又は2’-MOE)ブロック、天然のリン酸結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001s等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)、制御された立体化学、これらのパターン等を含むブロックとを交互に含むもの)が、効率的な編集を提供し得ることが裏付けられた。図49及び図51に示される通り、様々な種類の糖(例えば、DNA糖、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、水素ではない)、及びこれらのパターン)、核酸塩基(修飾されている及び修飾されていない塩基、並びにこれらのパターン)、ヌクレオチド間結合(例えば、天然のリン酸結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及びこれらのパターン)、及び立体化学(例えば、Rp、Sp、及びこれらのパターン)、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、頑強な編集活性を提供し得る。hADAR p110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックな初代マウス肝細胞を、裸の取込みにより、GalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドで処理した。RNAを、処理後48時間で収集し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(n=2の生物学的複製物)。ある特定のEC50(nM)データを、下記に示した(図49及び図51)。
実施例48.提供される技術は、インビボで編集を提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチド(例えば、2’-Fを含むブロックと、本明細書で説明されている通りの2’-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)(2’-OMe及び/又は2’-MOE)ブロック、天然のリン酸結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001s等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)、制御された立体化学、これらのパターン等を含むブロックとを交互に含むもの)を、設計して評価た。ある特定のデータが、図50に示されており、このデータから、提供される技術が、マウスモデルにおいて頑強な編集を提供し得ることが裏付けられる。雄及び雌のトランスジェニックhADARマウスを、0、2、及び4日目に、皮下投与により、5mg/kgにて、指定のオリゴヌクレオチドで処理した。処理後7日目に、肝生検を採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(性別当たりn=3の動物)。図50に示される通り、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、高い編集レベルを提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、雌マウスと比較して雄マウスにおいて高い編集レベルを提供し得る。
様々な種類の糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、及び立体化学、並びにこれらのパターンを含むオリゴヌクレオチド(例えば、2’-Fを含むブロックと、本明細書で説明されている通りの2’-OR(式中、Rは、C1~6脂肪族である)(2’-OMe及び/又は2’-MOE)ブロック、天然のリン酸結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合(例えば、n001s等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合)、制御された立体化学、これらのパターン等を含むブロックとを交互に含むもの)を、設計して評価た。ある特定のデータが、図50に示されており、このデータから、提供される技術が、マウスモデルにおいて頑強な編集を提供し得ることが裏付けられる。雄及び雌のトランスジェニックhADARマウスを、0、2、及び4日目に、皮下投与により、5mg/kgにて、指定のオリゴヌクレオチドで処理した。処理後7日目に、肝生検を採取し、RNA編集を、サンガー法による配列決定により測定した(性別当たりn=3の動物)。図50に示される通り、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、高い編集レベルを提供し得る。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物は、雌マウスと比較して雄マウスにおいて高い編集レベルを提供し得る。
実施例49.提供される技術は、インビボで、所望の特性及び機能を有する編集されたポリペプチドを提供し得る
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、インビボでの様々な系(例えば、様々な細胞、組織、及び/又は器官)において編集活性を提供し得、且つ所望の特定及び活性を有するポリペプチド(例えば、いくつかの実施形態では、野生型タンパク質)を生成し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図52に示されており、このデータから、提供される技術が、いくつかの実施形態では、マウスモデルにおいて編集を提供し得、及び/又は血清中において野生型タンパク質を含む循環タンパク質のレベルを増加させ得ることが裏付けられる。野生型及びトランスジェニックhADARマウスを、0、2、及び4日目に、PBS又は10mg/kgのWV-46312オリゴヌクレオチド組成物で処理した。血清を、毎週の採血により採取し、全ヒトAATタンパク質(野生型(PiM)、及び変異体(PiZ))のレベルを、ELISA及び質量分析により定量した。図52に示される通り、提供される技術は、AAT血清濃度を約4倍以上増加させ得、且つ参照(例えば、用量前レベル)と比較して、血清中において高いレベルの野生型AATを生成し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、インビボでの様々な系(例えば、様々な細胞、組織、及び/又は器官)において編集活性を提供し得、且つ所望の特定及び活性を有するポリペプチド(例えば、いくつかの実施形態では、野生型タンパク質)を生成し得るオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図52に示されており、このデータから、提供される技術が、いくつかの実施形態では、マウスモデルにおいて編集を提供し得、及び/又は血清中において野生型タンパク質を含む循環タンパク質のレベルを増加させ得ることが裏付けられる。野生型及びトランスジェニックhADARマウスを、0、2、及び4日目に、PBS又は10mg/kgのWV-46312オリゴヌクレオチド組成物で処理した。血清を、毎週の採血により採取し、全ヒトAATタンパク質(野生型(PiM)、及び変異体(PiZ))のレベルを、ELISA及び質量分析により定量した。図52に示される通り、提供される技術は、AAT血清濃度を約4倍以上増加させ得、且つ参照(例えば、用量前レベル)と比較して、血清中において高いレベルの野生型AATを生成し得る。
実施例50.提供される技術は、インビトロ及びインビボで編集を提供し得る。
特に、本開示は、提供される技術が編集を提供し得ることをさらに裏付けるデータを提供する。
特に、本開示は、提供される技術が編集を提供し得ることをさらに裏付けるデータを提供する。
例えば、図53は、本明細書で説明されている通りの様々な塩基修飾(例えば、s b001A、b001rA、CSM15、b008U等)等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドが標的アデノシンを編集し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図54は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。標的アデノシン編集部位にまたがる位置でのb008U等の修飾された核酸塩基、様々な種類の結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図55は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。標的アデノシン編集部位にまたがる位置でのb001A等の修飾された核酸塩基、様々な種類の結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。確認された通り、n001の様なホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合等の負に荷電していないヌクレオチド間結合を、様々な位置で利用し得;Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、及び天然のリン酸結合も利用し得る。いくつかの実施形態では、第1のドメインは、1つ又は複数のRpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、1つ又は複数の、n001の様なホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合等の負に荷電していないヌクレオチド間結合(それぞれ、任意選択的に及び独立して、Rpの立体配置である)、並びに1つ又は複数の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、様々な図に示される通り、N0に近接する場合には(例えば、N-1位では)、Gの代わりにヒポキサンチンが利用される。
図56は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。標的アデノシン編集部位にまたがる位置での修飾された核酸塩基(例えば、b001A、b008U、b010U、b001C、b008C、b011U、b002G、b012U等)、様々な種類の修飾された結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、及び様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供し得ることを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。ある特定の塩基修飾は、試験した条件下でより高い編集レベルを提供し得ることを観察した。
図57は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。(例えば、N1、N0等で)b008U、b010U、b001C、b008C、b011U、及びb012U等の修飾された核酸塩基、様々な種類の修飾された結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)等)、及び様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供し得ることを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。ある特定の塩基修飾は、試験した条件下でより高い編集レベルを提供し得ることを観察した。
図58は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。N0及び/又はN1でUsm04、Csm04、及びrCsm13等の修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを評価し、ある特定の場合には標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、N0及び/又はN1である特定の修飾(例えば、sm04等のUNA糖を含むもの)は、試験した条件下で、他の修飾と比較して低い編集レベルを提供することを観察した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図59は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。(例えば、N1、N0、及びN-1位の1つ又は複数で)Csm11、Csm12、b009Csm11、b009Csm12、Gsm11、Gsm12、Tsm11、Tsm12、L010等の様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。いくつかの実施形態では、N-1及び/又はN0で天然のDNA糖を含むオリゴヌクレオチドは、非環式糖を含むものと比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、sm11、sm12等の非環式糖を、N1で利用し得る。
図60は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。本明細書で説明されている通りの様々な修飾及びそれらのパターンを含むオリゴヌクレオチドは、頑強な編集を提供し得る。例えば、いくつかの実施形態では、2’基が独立して-H及び-OHから選択されるN0糖(例えば、天然のDNA糖、sm15等)は、頑強な編集を提供し得る。いくつかの実施形態では、N1糖は、天然のDNA糖又は2’-F修飾された糖である。いくつかの実施形態では、N1位で2’-F修飾された糖又は天然のDNA糖を含み、且つN0及びN-1位で天然のDNA糖を含むオリゴヌクレオチドは、高い編集レベルを提供し得る。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図61は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な種類の結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチド評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、レベルが増加した2’-OMe修飾された糖及びPO結合を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の濃度で、参照と比較して同等以上の編集活性を提供し得る。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。実証されている通り、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe修飾された糖)を、様々な位置(例えば、最初の及び最後のいくつかのヌクレオシド、第1のドメイン、第1のサブドメイン、第3のサブドメイン等)で利用し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全ての糖の約30%~80%(例えば、30%~75%、30%~70%、30%~65%、30%~60%、30%~50%、40%~70%、40%~65%、40%~60%、40%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、65%、若しくは70%)は、それぞれ独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-Ome、2’-MOE、2’-O-LB-4’修飾された糖)である。いつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全ての糖の約30%~80%(例えば、30%~75%、30%~70%、30%~65%、30%~60%、30%~50%、40%~70%、40%~65%、40%~60%、40%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、65%、若しくは70%)は、それぞれ独立して、2’-OMe又は2’-MOE修飾された糖である。いつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の全ての糖の約30%~80%(例えば、30%~75%、30%~70%、30%~65%、30%~60%、30%~50%、40%~70%、40%~65%、40%~60%、40%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、65%、若しくは70%)は、それぞれ独立して、2’-OMe修飾された糖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ又は複数(例えば、1~10、2~10、3~9、3~8、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個)の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、内部で利用される(例えば、最初の及び最後の1、2、又は3個のヌクレオシドには結合していない)。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の少なくとも約50%、60%、70%、75%、80%、85%、又は90%は、それぞれ独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む少なくとも1つの糖に結合している。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、それぞれ独立して、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)を含む少なくとも1つの糖に結合している。
図62は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な種類の核酸塩基、結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。本明細書で示される通り、2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe)を、第1のドメイン、第1のサブドメイン、及び/又は第3のサブドメイン中の様々な位置で利用し得る。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
糖修飾(例えば、2-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)(例えば、2’-OMe、2’-MOE等)、2’-F等)が、編集を提供するために本開示に従って様々な他の構造要素と共に利用され得ることを裏付けるさらなるデータに関して、例えば、図63、図64、図65、図66、図67、図68、図69、及び図70も参照されたい。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な種類の結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-MOE修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖等)を含むオリゴヌクレオチド評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、レベルが増加した2’-OMe及び/又は2’-MOE修飾された糖及びPO結合を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の濃度で、参照と比較して標的アデノシンの同等以上の編集を提供する。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図71は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な種類の結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、sm15等)を含むオリゴヌクレオチド評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、N-2でsm15又天然のRNA糖を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の条件下で、頑強な編集を提供し得る。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
本明細書で説明されている通り、様々な修飾された荷電しているヌクレオチド間結合を、本開示に従って利用し得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、n001である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、-OP(O)(-N(R’)SO2R”)O-又はその塩の構造(式中、R’及びR”のそれぞれは、独立して、本明細書で説明されている通りである)を有する。いくつかの実施形態では、R’は、本明細書で説明されている通りのRである。いくつかの実施形態では、R’は、-Hであるか、又は任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R’は、-Hである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、-OP(=O)(-NHSO2R”)O-又はその塩(式中、R”は、本明細書で説明されている通りである)の構造を有する。いくつかの実施形態では、R”は、本明細書で説明されている通りのR(Rは、-Hではない)である。いくつかの実施形態では、R”は、C1~6脂肪族及びフェニルから任意選択的に置換された基である。いくつかの実施形態では、R”は、任意選択的に置換されたフェニルである。例えば、いくつかの実施形態では、R”は、4-メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、R”は、4-(CH3C(O)NH)C6H4である。いくつかの実施形態では、R”は、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である。いくつかの実施形態では、R”は、任意選択的に置換されたC1~6アルキルである。いくつかの実施形態では、R”は、メチルである。いくつかの実施形態では、R”は、エチルである。いくつかの実施形態では、R”は、n-プロピルである。いくつかの実施形態では、R”は、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、R”は、n-ブチルである。いくつかの実施形態では、結合は、n002である。いくつかの実施形態では、結合は、n006である。いくつかの実施形態では、結合は、n020である。いくつかの実施形態では、図72で確認される通り、そのようなヌクレオチド間結合を、n001等のホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合の代わりに利用し得る。例えば、いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、5’末端及び/3’末端で利用される。いくつかの実施形態では、そのような結合は、内部で利用される。例えば、いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合を、N-1のヌクレオシドとN-2のヌクレオシドとの間で利用し得る。図72に関して、初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
いくつかの実施形態では、天然の糖の代わりに、モルホリン単位を利用し得る。図73は、そのような修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な種類の結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、モルホリン糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、モルホリン糖、及び様々な修飾(例えば、Gsm01、Tsm01、Tsm01n013、Gsm01n013、Tsm18))を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の濃度で、参照と比較して標的アデノシンの同等以下の編集を提供する。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図74は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な塩基修飾(例えば、b001A、b008U等)、結合の種類(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに様々な種類の糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-修飾された糖、天然のDNA糖、モルホリン糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、モルホリン糖、及び様々な修飾(例えば、Gsm01、Tsm01、Csm01、Csm01n013、Tsm01n013、Gsm01n013、Tsm18)を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の濃度で、参照と比較して同等以下の標的アデノシンの編集を提供し得る。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
様々なオリゴヌクレオチド組成物の用量反応を、評価した。ある特定の組成物に関するある特定の結果を、例として下記に示す。初代マウス(humanADARp110及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニック)肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。約1000nM~約0.5nMの連続希釈濃度。最低濃度で観察された約15%~40%の編集、及び最高濃度で観察された約85%の編集。
特に、本開示は、N1位及びN-1位の両方で完全に一致しないが、いくつかの実施家形態では、完全な一途と同等以上の頑強さを提供し得る様々な最近傍の対を提供する。図75は、一例を示す。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
図76は、様々な修飾をオリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。(例えば、b008U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b004I、b002G、b009U等において)様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、編集部位(N0位)の向かい側の修飾された塩基(例えば、b008U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b004I、b002G、b009U等)を含むオリゴヌクレオチドは、参照と比較して同等以上の編集活性を提供した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。
本明細書で説明されている通り、様々な糖及び核酸塩基を、N1等の位置で利用し得る。図77は、様々なそのような糖及び/又は核酸塩基(例えば、修飾された糖及び/又は核酸塩基)を、オリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。例えば、dT、b002A、b003A、b008U、b001C、Tsm11、Tsm12、b004C、b007C等中においてN1で様々な核酸塩基及び糖を含むオリゴヌクレオチドを評価し、評定アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、N1位でそのような糖及び/又は核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の条件下で、頑強な編集活性を提供した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。様々な糖及び核酸塩基を、本開示に従って他の構造要素(例えば、様々な糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、立体化学等)と組み合わせて、N1で利用して編集を提供し得ることを裏付ける追加のデータが、図78に示されている。図78に関して、初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。例えば、dT、b003A、b008U、b001C、b008C、Tsm11、Tsm12、b004C、Csm17等においてN1で様々な糖及び核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、N1位でそのような糖及び/又は核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドは、ある特定の条件下で、頑強な編集活性を提供した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。様々な図で示される通り、いくつかの実施形態では、天然の及び/又は修飾された核酸塩基(例えば、C、b008U等)、及び/又は天然のDNA糖が、N0で利用され、及び/又は天然の及び/又は修飾された核酸塩基(例えば、ヒポキサンチン)、及び/又は天然のDNAが、N-1で利用されている。
同様に、本開示は、N-1での利用に有用な糖及び核酸塩基、並びにN-1をその隣接するヌクレオシドに連結するために利用され得る有用なヌクレオチド間結合を説明する。例えば、図79は、様々な糖、ヌクレオシド、ヌクレオチド間結合等を利用して編集を提供し得ることを裏付ける。初代肝細胞を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した。(例えば、dI、b001A、b003A、b008U、b001C、b008C、Tsm11、Tsm12、b004C、Csm17等における)N-1での様々な糖及び核酸塩基、様々な結合(例えば、N-1とN-2との間のPS(ホスホロチオエート)又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)(例えば、Rp、Sp、又は立体的に不規則)、N0とN-1との間のPS結合等)等を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。いくつかの実施形態では、ある特定の核酸塩基、糖、及び/又はヌクレオチド間結合は、他と比較して高い編集レベルを提供する。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。更なるデータを、図80(例えば、N-1でdI、b001A、b002A、b003A、b008U、b008C、Tsm11、Tsm12、b004C、Csm17等を含むオリゴヌクレオチド)、及び図81(例えば、dI、Csm11、Csm12、b009Csm11、b009Csm12等を含むオリゴヌクレオチド)に示す。いくつかの実施形態では、N-1でのある特定の糖(例えば、天然のDNA糖)及び/又は核酸塩基(例えば、ヒポキサンチン、b001A,b003A等)は、他と比較して高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、N0でのある特定の糖(例えば、DNA糖)及び/又は核酸塩基(例えば、b008U)は、他と比較して高い編集レベルを提供する。
特に、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を提供するために他の構造要素と共に利用するための様々なヌクレオチド間結合を提供する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合である。図82に示される通り、様々なヌクレオチド間結合(例えば、n001、n004、n008、n025、n026等のPNヌクレオチド間結合)を、オリゴヌクレオチド中で本開示に従って利用して、編集を提供し得る。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な核酸塩基(例えば、b008U、ヒポキサンチン、b014I等)、結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001、n004、n008、n025、n026等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、2’-MOE修飾された糖等)を含むオリゴヌクレオチドを評価し、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。いくつかの実施形態では、N-1及びN-2に結合した様々なホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合(例えば、n001、n004、n008、n025、n026等)を含むオリゴヌクレオチドは、頑強な編集を提供する。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、キラル制御され、且つSpである。いくつかの実施形態では、非n001ホスホリルグアニジンヌクレオチド間結合の1つ又は複数を、独立して、1つ又は複数のn001(及び/又は1つ若しくは複数の他の種類の結合)の代わりに利用し得る。
本明細書で説明されている通り、オリゴヌクレオチドは、二重鎖領域を含んでもよいし、二重鎖として利用されてもよい。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、標的アデノシンを標的化して編集し得るオリゴヌクレオチドと二重鎖を形成する。ある特定の例を、例として下記に示す。約1000nM~約0.5nMの連続希釈濃度。最低濃度で観察された約5%~20%の編集、及び最高濃度で観察された約70%~90%の編集。初代マウス肝細胞(huADAR/SA1 Tg)を、48時間にわたり、SERPINA1-Zアレルを標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した(裸)。様々な種類の核酸塩基、結合(例えば、PS(ホスホロチオエート)、PO(天然のリン酸結合)、及び/又はPN(例えば、n001等のホスホリルグアニジン結合)ヌクレオチド間結合)、並びに糖(例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-F修飾された糖、天然のDNA糖、2’-MOE修飾された糖等)を含むオリゴヌクレオチドは、対応する二重鎖化オリゴヌクレオチドと二重鎖を形成し得る。ある特定の二重鎖を例として評価して、標的アデノシンの編集を提供することを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。いくつかの実施形態では、ある特定の二重鎖は、参照と比較して同等以上の編集活性を提供した。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、両末端で、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、-Hではない;例えば、2’-OMe修飾された糖、2’-MOE修飾された糖等)、及び/又は修飾されたヌクレオチド間結合(例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合)を含む。いくつかの実施形態では、二重鎖化オリゴヌクレオチドは、2’-F修飾された糖、2’-OR修飾され糖(式中、Rは、-Hではない;例えば、2’-OMe修飾され糖、2’-MOE修飾された糖等)、及び/又は天然のRNA糖を含む。いくつかの実施形態では、内部の天然のRNA糖を含む二重鎖化オリゴヌクレオチドは、標的化オリゴヌクレオチドと二重鎖化した場合には(例えば、WV-46312)、より高い編集効率を提供し得ることを観察した。
本明細書で説明されている通り、提供される技術を利用して、様々な核酸中の標的アデノシンを編集し得る。例えば、図83に示される通り、様々な修飾及びそのパターンを含む様々なオリゴヌクレオチドは、UGP2転写物中の標的アデノシンの編集を提供し得る。初代ヒト肝細胞を、48時間にわたり、指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。更なるデータを、例として図84に示す。初代ヒト肝細胞を、48時間にわたり、指定の濃度で、UGP2を標的化する指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。いくつかの実施形態では、末端領域でのある特定の構造要素(例えば、2’-OR修飾された糖)、複数の分離ブロック(例えば、1つ、若しくは複数、若しくはそれぞれ独立して、2’-ORブロック)で分離された複数の2’-Fブロック、及び/又はN-3での2’-F修飾された糖等を含むオリゴヌクレオチドは、改善された編集効率を提供し得る。
本明細書で説明されている通り、提供される技術は、インビボでの編集を提供し、且つ編集された核酸によりコードされる産物(例えばポリペプチド)を提供し得る。例えば、図85は、SERPINA1のインビボでの編集、及び血清AATレベルの増加を裏付ける。ヒトADAR及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックなマウスに、0、2、及び4日目に、PBS又は10mg/kgのオリゴヌクレオチドを皮下投与した。7日目に、肝生検を採取し、用量前及び7日目に、血清AATを採取した。図85で確認される通り、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、参照(例えば、PBSコントロール、用量前レベル)と比較して有意な編集活性を送達し、且つ血清AATのレベルを増加させた。血清AATを、ELISAを使用して定量した。様々な修飾を本開示に従って利用して、インビボで活性なオリゴヌクレオチドを提供し得ることを裏付けるある特定のさらなる結果を、図86に示す。ヒトADAR及びSERPINA1-Zアレルに関してトランスジェニックなマウスに、0日目に、PBS又は10mg/kgのオリゴヌクレオチドを皮下投与した。10日目に、肝生検を採取した。用量前、7日目、及び10日目に、血清を採取した。様々なオリゴヌクレオチド組成物を評価し、標的アデノシンの編集を提供し、且つ血清AATの増加したレベルを提供することを確認した。RNA編集を、サンガー法による配列決定により定量した。血清AATを、ELISAを使用して定量した。
本明細書には様々な実施形態が説明されており且つ例示されているが、当業者は、本開示で説明されている機能を果たし、及び/又は結果及び/又は利点の1つ若しくは複数を達成するための種々の他の手段及び/又は構造を容易に想定し、かかる変形形態及び/又は改良形態の各々は、包含されると見なされる。より一般的には、当業者は、本明細書で説明されている全てのパラメーター、寸法、材料、及び構成が、例であることを意味しており、実際のパラメーター、寸法、材料、及び/又は構成等が、本開示の教示が使用される特定の適用に依存する場合があることを容易に理解するであろう。当業者は、単に日常的な実験を使用して、本開示の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、又は確認し得るであろう。したがって、前述の実施形態は、単なる例示であり、添付の特許請求の範囲及びその均等物の範囲内で、特許請求される技術が、具体的に説明されており且つ特許請求されるものとは異なる方法で実践され得ることが理解されることになる。加えて、2つ以上の特徴、系、物品、材料、キット、及び/又は方法の任意の組み合わせは、そのような特徴、系、物品、材料、キット、及び/又は方法が相互に矛盾していない場合には、本開示の範囲内に含まれる。
Claims (95)
- オリゴヌクレオチドであって、
第1のドメイン;及び
第2のドメイン
を含み、
ここで、
前記第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み;
前記第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含み;
前記第1のドメイン中の糖の約30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、若しくは70%)は、独立して、2’-F修飾を含み;
前記第1のドメイン中の糖の30%~70%(例えば、約30%~60%、30%~50%、又は約30%、40%、50%、60%、若しくは70%)は、2’-OR(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)を含む、
オリゴヌクレオチド。 - 前記オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、前記標的核酸中の標的アデノシンが修飾され、前記修飾が、前記標的アデノシンのイノシンへの変換であるか又はそれを含む、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のドメインは、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の2’-Fブロックと、1つ又は複数(例えば、1~20、1~15、1~14、1~13、1~12、1~11、1~10、2~20、3~15、4~15、5~15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個等)の分離ブロックとを含み、それぞれの2’-Fブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖であり、それぞれの分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-F修飾された糖以外の糖である、請求項2に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のドメイン中に、3個以上の2’-Fブロックが存在している、請求項3に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のドメイン中に、2個以上の分離ブロックが存在している、請求項4に記載のオリゴヌクレオチド。
- 分離ブロック中のそれぞれの糖は、独立して、2’-OR修飾された糖(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~6脂肪族である)である、請求項5に記載のオリゴヌクレオチド。
- 第1のドメイン中の2’-Fブロックに結合している、第1のドメイン中のそれぞれのブロックは、分離ブロックである、請求項5に記載のオリゴヌクレオチド。
- オリゴヌクレオチドであって、
第1のドメイン;及び
第2のドメイン
を含み、
ここで、
前記第1のドメインは、1つ又は複数の2’-F修飾を含み;
前記第2のドメインは、2’-F修飾を有しない1つ又は複数の糖を含む、
オリゴヌクレオチド。 - 1つ若しくは複数の修飾された糖、及び/又は1つ若しくは複数の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドは、それぞれが独立して1つ又は複数の核酸塩基を含む第1のドメイン及び第2のドメインを含む、オリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触した場合には、前記標的核酸中の標的アデノシンが修飾され、前記修飾が、前記標的アデノシンのイノシンへの変換であるか、又はそれを含む、請求項8又は9に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、約26~35個の核酸塩基の長さを有する、請求項7に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のドメイン及び第2のドメインのそれぞれは、独立して、約10~50個の核酸塩基の長さを有する、請求項7に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%は、修飾されたヌクレオチド間結合である、請求項12に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされる場合には、前記第2のドメインは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、請求項13に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側の核酸塩基は、任意選択的に置換されたか若しくは保護されたUであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたUの互変異性体であるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたCであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたCの互変異性体であるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたAであるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたAの互変異性体であるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基であるか、又は任意選択的に置換されたか若しくは保護されたシュードイソシトシンの前記核酸塩基の互変異性体であるか、又は核酸塩基BA(式中、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の環である)である、請求項14に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記核酸塩基は、BAであり、BAは、環BA又はその互変異性体であるか、又はそれを含み、環BAは、0~10個のヘテロ原子を有する任意選択的に置換された5~20員の単環式、二環式、又は多環式の環である、請求項15に記載のオリゴヌクレオチド。
- BAは、Uと比較して前記アデノシンの標的アデニンとの弱い水素結合を有する、請求項16に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメイン中の糖の約50%~100%は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、請求項14に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメイン中のヌクレオチド間結合の約50%~100%は、修飾されたヌクレオチド間結合である、請求項22に記載のオリゴヌクレオチド。
- それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、請求項23に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメインは、1つ又は複数のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、請求項24に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメインは、1、2、3、4、又は5個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、請求項25に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメインの最後のヌクレオシドと最後から2番目のヌクレオシドとの間の前記ヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、請求項26に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメイン中の少なくともキラルヌクレオチド間結合の少なくとも50~100%は、キラル制御されている、請求項25に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のドメインは、5’から3’へと、第1のサブドメイン、第2のサブドメイン、及び第3のサブドメインを含むか、又はそれらからなる、請求項28に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のサブドメインは、約5~50個の核酸塩基の長さを有する、請求項29に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第1のサブドメイン中の糖の約50%~100%は、独立して、2’-Fではない修飾を有する修飾された糖である、請求項30に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のサブドメインは、3個の核酸塩基の長さを有する、請求項31に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のサブドメインは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、請求項32に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のサブドメインは、1つ又は複数の天然のDNA糖を含む、請求項33に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のサブドメインは、1つ又は複数の天然のRNA糖を含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第2のサブドメインは、約1つの2’-F修飾された糖を含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの前記糖は、2’-OHを含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの前記糖は、天然のDNA糖である、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、天然のDNA糖である、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-Fを含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、天然のDNA糖である、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの前記糖、前記反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)、及び前記反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)のそれぞれは、独立して、天然のDNA糖である、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記反対側のヌクレオシドの前記糖は、天然のDNA糖であり、前記反対側のヌクレオシドの5’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N1N0...3’におけるN1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、2’-F修飾された糖であり、且つ前記反対側のヌクレオシドの3’側の隣のヌクレオシドの前記糖(5’-...N0N-1...3’におけるN-1の糖、標的とアラインメントされる場合には、N0は、標的アデノシンの反対側にある)は、天然のDNA糖である、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 標的ヌクレオシドの反対側の前記ヌクレオシドは、Rpのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結されている、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 標的ヌクレオシド(0位)の反対側のヌクレオシドの3’側のすぐ隣の前記ヌクレオシド(-1位)は、負に荷電していないヌクレオチド間結合を介してその3’側のすぐ隣のヌクレオシド(-2位)に連結されている、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、Gではない塩基を含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記3’側のすぐ隣のヌクレオシドは、ヒポキサンチンを含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記第3のサブドメインは、約1~10個の核酸塩基の長さを有する、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、GalNAc又はその誘導体であるか又はそれを含む部分を含む、請求項34に記載のオリゴヌクレオチド。
- 本明細書で説明されている通りの修飾された核酸塩基又は修飾された結合を含むオリゴヌクレオチド。
- オリゴヌクレオチドであって、修飾されたヌクレオチド間結合の位置で、-O5-PL(RCA)-O3-(式中、
PLは、P、又はP(=W)であり;
Wは、O、S、又はWNであり;
RCAは、任意選択的に置換されたか又はキャップ付加された不斉補助剤部分であるか、又はそれを含み、
O5は、糖の5’-炭素に結合した酸素であり、及び
O3は、糖の3’-炭素に結合した酸素である)の構造を有する結合であることを除いて、請求項1~50のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドと同一である、オリゴヌクレオチド。 - 修飾されたヌクレオチド間結合のそれぞれの位置で、独立して、-O5-PL(W)-RCA)-O3-の構造を有する結合である請求項51に記載のオリゴヌクレオチド。
- RC1は、-SiPh2Meであるか、又はRC1は、-SO2R(式中、Rは、任意選択的に置換されたフェニルである)である、請求項54に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドの塩基配列は、UUCAGUCCCUUUCTCIUCGA、CCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTCGUCGA、又はCCCAGCAGCUUCAGUCCCUUUCTUIUCGAU(式中、それぞれのUは、独立して、Tで置き換えられ得、その逆もあり得る)と1、2、3、4、又は5箇所以下の位置で異なる配列であるか、又はそれを含む、請求項1~55のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfU*SmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmU(式中、Mod001は、
であり;
L001は、-NH-(CH2)6-であり、ここで、-NH-は、Mod001に結合しており、
mは、ヌクレオシドに対する2’-OMe修飾を表し;
n001Rは、Rp n001結合を表し、ここで、n001結合は、
の構造を有し;
n001Sは、Sp n001結合を表し;
*Sは、Spホスホロチオエート結合を表し;
fは、ヌクレオシドに対する2’-F修飾を表し;
b008Uは、塩基が
であるヌクレオシドを表し;
Iは、塩基がヒポキサンチンであるヌクレオシドを表す)の構造を有するオリゴヌクレオチド。 - Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496又は明細書で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmAfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SmCfUn001RmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SfCmA*SfG*SmCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RfU*SmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SfCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SmCfC*SfUn001RfU*SmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmAfG*SfC*SfU*SfUn001RfC*SfAfGn001RfUmCmCfC*SfU*SmUmU*SfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SfCmA*SfG*SfCmU*SfUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfU*SfU*SmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SfGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*SmCmAfG*SfC*SmUfUn001RmCfA*SmGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RmUmUfC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SmGn001RfUmC*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SmGn001RfUm5Ceo*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SmCTeo*SmUn001RmCfA*SfGn001RmUmCmC*SfC*SfU*STeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SmCTeo*SmUn001RmCfA*SfGn001RmUm5CeomC*SfC*SfU*STeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*Sm5CeoTeo*SmUn001Rm5CeofA*SfGn001RmUm5Ceom5Ceo*SfC*SfU*STeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*SmUmUn001RmCfA*SfGn001RfUm5Ceo*SfC*SmCmUn001RmUTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- Mod001L001mCn001RmC*SmC*SfA*SfG*Sm5CeoAeofG*SfC*STeofUn001RmCfA*SfGn001RfUm5Ceo*SfC*SfC*SfUn001RTeoTeofC*ST*Sb008U*SIn001SmUfC*SmG*SmAn001RmUの構造を有するオリゴヌクレオチドであって、修飾は、請求項1496(及び/又は明細書)で説明されている通りである、オリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、塩形態で存在する、請求項1~72のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩形態で存在する、請求項1~73のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- それぞれのキラル結合リンのジアステレオマー過剰は、独立して、約又は少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%である、請求項1~74のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- 前記オリゴヌクレオチドは、約10%~100%の純度を有する、請求項1~75のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- 請求項1~76のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩の有効量と、薬学的に許容される担体とを含むか又は送達する医薬組成物。
- 複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの前記複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、請求項1~76のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物;又は
1種又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの前記複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、請求項1~76のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物;又は
複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記オリゴオリゴヌクレオチドは、
a)共通の塩基配列;
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものであり;
組成物は、前記組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるという点でキラル制御されるか、又は前記共通の塩基配列を共有する前記組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、前記複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;及び
それぞれの前記複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、請求項1~76のいずれか一項に記載オリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物;又は
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
前記共通の塩基配列は、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物;又は
1種又は複数種の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
1)共通の塩基配列、及び
2)独立して1つ又は複数のキラルヌクレオチド間結合(「キラル制御されたヌクレオチド間結合」)での同じ結合リンの立体化学
を共有し;
それぞれの複数の前記共通の塩基配列は、独立して、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物;又は
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記複数のオリゴヌクレオチドは、
a)共通の塩基配列、
b)骨格結合の共通のパターン;
c)骨格のキラル中心の共通のパターン;
d)骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものであり;
組成物は、前記組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン、及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるという点でキラル制御されるか、又は前記共通の塩基配列を共有する前記組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、前記複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され;及び
前記共通の塩基配列が、標的アデノシンを含む、核酸の一部の塩基配列と相補的である、組成物。 - 前記複数のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、独立して、請求項57~72のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、又はその薬学的に許容される塩である、税九項78に記載の組成物。
- 前記複数の前記共通の塩基配列を共有する前記組成物中のオリゴヌクレオチド中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、約若しくは少なくとも約(DS)nc(式中、DSは、約85%~100%(例えば、約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは99.5%以上)であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である)であるか、又は前記複数のオリゴヌクレオチド又はその塩と同じ構成を共有する前記組成物中のオリゴヌクレオチド中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、約若しくは少なくとも約(DS)nc(式中、DSは、約85%~100%(例えば、約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくは99.5%以上)であり、ncは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である)である、請求項78又は79に記載の組成物。
- ホスホラミダイトであって、前記ホスホラミダイトの塩基配列は、本明細書で説明されている通りの核酸塩基、若しくはその互変異性体であり、前記核酸塩基若しくはその互変異性体は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されている、ホスホラミダイト、又は
ホスホラミダイトであって、核酸塩基は、環BAであるか、又はそれを含み、環BAは、BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、若しくはBA-VI、又は環BAの互変異性体の構造を有し、前記核酸塩基は、任意選択的に置換されているか若しくは保護されている、ホスホラミダイト。 - 前記ホスホラミダイトは、RNS-P(OR)N(R)2(式中、RNSは、任意選択的に保護されたヌクレオシド部分であり、それぞれのRは、本明細書で説明されている通りである)の構造を有し、好ましくは、ホスホラミダイトは、RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2の構造を有する、請求項81に記載のホスホライダイト。
- RC1は、-SiPh2Meである、請求項83に記載のホスホラミダイト。
- RC1は、-SO2R(式中、Rは、任意選択的に置換されたC1~10脂肪族であるか、又はRは、任意選択的に置換されたフェニルである)である、請求項83に記載のホスホラミダイト。
- オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの5’-OHと、請求項81~85のいずれか一項に記載のホスホラミダイトとをカップリングすることを含む方法。
- オリゴヌクレオチド又は組成物を特徴付ける方法であって、
ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する細胞又はその集団に、前記オリゴヌクレオチド又は組成物を投与すること;又は
ADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はADAR1ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する非ヒト動物又はその集団に、前記オリゴヌクレオチド又は組成物を投与すること
を含む方法。 - 標的核酸における標的アデノシンを修飾する方法であって、前記標的核酸と、請求項1~87のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含む方法;又は
標的核酸における標的アデノシンを脱アミノ化する方法であって、前記標的核酸と、請求項1~87のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含む方法;又は
特定の核酸の産物を生成するか、又はそのレベルを回復させるか若しくは増大させる方法であって、標的核酸と、請求項1~87のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物とを接触させることを含み、前記標的核酸は、標的アデノシンを含み、前記特定の核酸は、前記標的アデノシンの代わりにI又はGを有するという点で前記標的核酸と異なる、方法;又は
標的核酸の産物のレベルを低減する方法であって、標的核酸と、請求項1~87のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド若しくは組成物とを接触させることを含み、前記標的核酸は、標的アデノシンを含む、方法;又は
請求項1~87のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料とを接触させることを含む方法であって、
前記オリゴヌクレオチド組成物中の前記オリゴヌクレオチドの前記塩基配列は、前記標的核酸のものと実質的に相補的であり;及び
前記標的核酸は、標的アデノシンを含み;
前記標的アデノシンが修飾される、方法;又は
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
前記第1の複数のオリゴヌクレオチドは、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて、多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、方法;又は
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの前記第1のレベルの修飾は、前記標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、前記参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み、
前記第1の複数のオリゴヌクレオチドは、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む、方法;又は
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
前記第1の複数のオリゴヌクレオチドは、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、方法;又は
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの前記第1のレベルの修飾は、前記標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、前記参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
前記第1の複数のオリゴヌクレオチドは、前記参照の複数のオリゴヌクレオチと比べて多くの2’-F修飾を有する糖、多くの2’-OR修飾(式中、Rは、-Hではない)を有する糖、及び/又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む、方法;又は
1)標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること;並びに
2)標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることであって、このレベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
前記第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
前記参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物であり);並びに
前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する、方法;又は
標的核酸において第1のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることであり、このレベルは、第1のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記第1のオリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第1の複数のオリゴヌクレオチドを含む、得ること
を含む方法であって、
標的アデノシンの前記第1のレベルの修飾は、前記標的アデノシンの参照レベルの修飾と比べて高く、前記参照レベルは、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触した場合に観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物は、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み;
前記第1の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ又は複数のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み;並びに
前記参照の複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない(参照オリゴヌクレオチド組成物は、「立体的に不規則な」組成物である)、方法。 - 第1のオリゴヌクレオチド組成物は、請求項1~85のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド組成物である、請求項88に記載の方法。
- 前記デアミナーゼは、ADAR酵素である、請求項86~88のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的核酸は、前記標的アデノシンの代わりに標的アデノシンの位置でI又はGを有するという点で前記標的核酸と異なる核酸と比較して、状態、障害、若しくは疾患と関連するか、又は所望の特性若しくは機能の低減と関連するか、又は望まれない特性若しくは機能の増大と関連する、実施形態87~90のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的アデノシンは、GからAへの変異である、請求項91に記載の方法。
- 状態、障害、若しくは疾患を予防するか若しくは処置する方法であって、それになりやすいか若しくはそれに罹患している対象に、請求項1~85のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物の有効量を投与するか又は送達することを含む方法;
又は
GからAへの変異と関連する状態、障害、若しくは疾患を予防するか若しくは処置する方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、請求項1~85のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド若しくは組成物の有効量を投与するか若しくは送達することを含む方法。 - 前記状態、障害、又は疾患は、AからG又はAからIへの修飾に影響を受けやすい、請求項93に記載の方法。
- 本明細書、又は実施例の実施形態1~1905のいずれか1つの化合物、オリゴヌクレオチド、組成物、又は方法。
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